JP2008505625A - リコンビナーゼを介したカセット交換を用いる、短いヘアピン型ｒｎａ発現カセットの標的遺伝子組換え - Google Patents

リコンビナーゼを介したカセット交換を用いる、短いヘアピン型ｒｎａ発現カセットの標的遺伝子組換え Download PDF

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Abstract

本発明は、リコンビナーゼを介したカセット交換を用いる、短いヘアピン型ＲＮＡ発現カセットの標的遺伝子組換えのための方法を提供する。標的遺伝子組換え及びリコンビナーゼを介した遺伝子組換えのための適切なヌクレオチド酸配列及びベクターが提供される。

Description

本発明は、リコンビナーゼを介したカセット交換を用いる、短いヘアピン型ＲＮＡ発現カセットの標的遺伝子組換えのための方法を提供する。標的遺伝子組換え及びリコンビナーゼを介した遺伝子組換えのための適切なヌクレオチド酸配列及びベクターが提供される。
受精卵への精製ＤＮＡの核内注入によるトランスジェニックマウスの作製は、インビボで遺伝子又はプロモーター機能を検討するための広く使用されるアプローチである。しかし、発現のレベル及びパターンは、しばしば導入遺伝子のコピー数、立体配置及び組込み部位に強く依存して変動する。加えて、ファウンダーマウスは時として導入遺伝子を伝達しない。それ故、有用な系統を特定するためには多くの異なるファウンダーを作製し、試験する必要があり、これは多大の労力と時間を要する作業である（Bradley et. al., Nature Genet., 14: 121-123 (1996); Jasin et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 93:8804-8808 (1996); Dobie et al., Trends Genet., 13:127-130 (1997); Garrick et al., Nature Genet, 18:56-59 (1998), Al-Shawi et al., Mol. Cell. Boil. 10:1192-1198 (1990)）。
これらの制限を克服するために、胚幹細胞における相同的組換えを用いて、ゲノムのあらかじめ定められた部位に組み込まれた単一コピーの導入遺伝子を担持するマウスが生産されてきた (Shaw-White et al., Transgenic Res.; (1): 1-13 (1993); Bronson et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 93(17:9067-72 (1996); Hatada et al., J. Biol., Chem., 274(2):948-55 (1999); Vivian et al., Biotech niques, 27(1): 154-62 (1999); Evans et al., Physiol. Genomics, Mar. 13, 2(2):67-75 (2000); Cvetkovic et al., J. boil. Chem., 275(2): 1073-8 (2000); Guillot et al., Physiol. Genomics, Mar. 13, (2):77-83 (2000); Magness et al., Blood, 95(11):3568-77 (2000); Misra et al., BMC Biotechnol., 1(1): 12 (2001); Minami et al., Blood, 100(12):4019-25 (2002); Tang et al., Genesis, 32(3): 199-202 (2002))。これらの試験では、「標的遺伝子組換え」のために遍在Ｈｐｒｔ遺伝子座が使用され、大なり小なり成功を収めた。ポリオーマエンハンサー／ＨＳＶチミジンキナーゼプロモーターの制御下でのＨｐｒｔの３番目のエクソンへのｌａｃＺ遺伝子の挿入は、両方向性及び細胞型依存性の可変的なβ−ガラクトシダーゼ発現をもたらした(Shaw-White et al., Transgenic Res.; (1): 1-13 (1993))。しかし、ヒト及びニワトリβ−アクチン遺伝子プロモーターの制御下で導入遺伝子は、Ｈｐｒｔ遺伝子座に挿入したとき広汎な発現を生じさせ、転写産物のレベルは種々の組織において大きく異なった(Bronson et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 93(17:9067-72 (1996))。意外にも、これらの導入遺伝子の発現は、内在性Ｈｐｒｔ遺伝子の発現と異なって、腎及び肝では低いか又は検出不能であると思われた(Bronson et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 93(17:9067-72 (1996))。Hatada et al. は、ＨＰＲＴ遺伝子座は、マウスのいくつかの組織においてハプトグロビン遺伝子プロモーター並びに単純ヘルペスチミジンキナーゼプロモーターの両方の活性を抑制することを明らかにした(Hatada et al., J. Biol., Chem., 274(2) :948-55 (1999))。同様に、Ｈｐｒｔ遺伝子座に位置するヒトｅＮＯＳプロモーター−ＬａｃＺレポーター遺伝子は、さもなければ内在性ｅＮＯＳを発現する肝脈管において不活性であることが認められた(Guillot et al., Physiol. Genomics, Mar. 13, (2):77-83 (2000)。最後に、ＨＰＲＴ遺伝子座はＸ染色体上にあるので、この遺伝子座における導入遺伝子発現は無作為なＸ染色体不活性化に供される。雌性の全ての細胞における導入遺伝子の発現は、それ故、ホモ接合体の生成を必要とする。
国際公開公報第ＷＯ０４／６３３８１号は、相同的組換えを通して挿入される導入遺伝子の強力且つ予測可能な発現を可能にする特定常染色体遺伝子座、すなわちＲｏｓａ２６に関して報告している。この染色体遺伝子座は、予測可能な導入遺伝子発現パターンを有するトランスジェニック生物（例えばマウス）の効率的な作製のための「標的遺伝子組換え」アプローチに関して有用であると認められた。前記出願において提供される「標的遺伝子組換え」法は連続的実験工程を含む。対象遺伝子に機能的に連結された適切なプロモーター（例えば誘導的又は構成的な、遍在又は組織特異的プロモーター）を含む遺伝子発現カセットを創造する；その後Ｒｏｓａ２６遺伝子座への上記遺伝子発現カセットの標的挿入のためのベクターを作製する；続いて胚幹細胞における相同的組換え又は部位特異的組換えを通してＲｏｓａ２６遺伝子座に上記遺伝子発現カセットを挿入する；最後にそのような遺伝的に修飾されたＥＳ細胞の胚盤胞への注入によってトランスジェニックマウスを作製する。
以前に、ｒｏｓａ２６遺伝子座は、マウス胚幹細胞のゲノムへのレトロウイルス配列及びβ−ガラクトシダーゼ−ネオマイシン耐性融合遺伝子のランダム挿入によって特定された(Zambrowicz et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 94, 3789- 94 (1997))。ｒｏｓａ２６プロモーターは、異なる器官において異なるレベルであるが(Vooijs et al., EMBO reports, 21:292-297 (2001))、胚及び成体マウスの両方でプロモーターを持たない遺伝子の遍在的発現を媒介すると思われた(Kisseberth et al., Dev. Biol., 214:128-138 (1999); Zambrowicz et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 94, 3789-94 (1997))。
さらに、国際公開公報第ＷＯ９９／５３０１７号は、遍在的に発現される内在性プロモーター、例えばマウスＲｏｓａ２６遺伝子座のプロモーターの制御下にある異種遺伝子を遍在的に発現するトランスジェニック動物を作製するための方法を述べる。R. Dacquin et al., Dev. Dynamics 224 :245-251 (2002)及びK. A. Moses et al., Genesis 31:176-180 (2001)は、異種遺伝子の発現のために国際公開公報第ＷＯ９９／５３０１７号に従って得られるトランスジェニックマウス系統Ｒ２６Ｒを使用している。国際公開公報第ＷＯ０２／０９８２１７号は、プロモーターを持たない選択カセットを転写的に活性な遺伝子座、例えばＲｏｓａ２６遺伝子座に標的する方法を述べる。
最後に、国際公開公報第ＷＯ０３／０２０７４３号は、導入された組織特異的内在性プロモーターが少なくともある程度の組織特異的活性を有するように、保護された導入遺伝子カセットをあらかじめ定められた遺伝子座（例えばＲｏｓａ２６遺伝子座）に標的することによるインビボでの導入遺伝子の発現を述べる。保護された導入遺伝子カセットは、（５’から３’方向に）転写終結シグナル、外来性組織特異的プロモーター及び対象遺伝子を含む。発現パターンは主として組織特異的外来性プロモーターの性質によって決定されるので、転写終結シグナルの存在は国際公開公報第ＷＯ０３／０２０７４３号の方法にとって不可欠である。
ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）は、数年前に遺伝子発現の阻害のためのツールとして発見された (Fire, A. et al., Nature 391, 806-811 (1998))。これは、それによって１本の鎖が標的遺伝子のコード領域に相補的となる、二重鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）分子の細胞への導入に基づく。導入されたＲＮＡ分子と特定ｍＲＮＡの対合を通して、細胞機構によってｍＲＮＡが分解される。長いｄｓＲＮＡは哺乳動物細胞においてインターフェロン応答を惹起するので、このテクノロジーは当初、インターフェロン応答を示さない生物又は細胞に限定された(Bass, B. L., Nature 411, 428-429 (2001))。短い（＜３０ｂｐ）干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）はインターフェロン応答を回避するという所見は、その適用を哺乳動物細胞に拡大した(Elbashir, S.M. et al., Nature 411, 494-498 (2001))。
マウスにおけるＲＮＡｉは原則的に明らかにされたが、現在のテクノロジーではインビボで体系的な遺伝子機能分析を実施することは不可能である。これまで遺伝子発現の阻害は、マウスの尾静脈への精製ｓｉＲＮＡの注入によって達成されてきた(McCaffrey, A.P. et al., Nature 418, 38-39 (2002); Lewis, D.H. et al., Nature Genet. 32, 107-108 (2002))。このアプローチを用いると、遺伝子阻害は特定器官に限定され、数日間しか持続しない。ｓｉＲＮＡテクノロジーのさらなる改善は、遺伝子発現ベクターを用いた短いヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）分子の細胞内転写に基づく（図１参照； Brummelkamp, T.R. et al., Science 296, 550-553 (2002); Paddison, PJ. et al, Genes Dev. 16, 948-958 (2002); Yu, J.Y. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 6047-6052 (2002); Sui, G. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 5515-5520 (2002); Paul, CP. et al., Nature Biotechnol. 20, 505-508 (2002); Xia, H. et al., Nat. Biotechnol. 10, 1006-10 (2002); Jacque, J. M. et al., Nature 418(6896) :435-8 (2002))。マウスにおけるｓｈＲＮＡの作用は、尾静脈へのｓｈＲＮＡ発現ベクターの注入を通してMcCaffrey et al., 2002によって明らかにされた。やはり、遺伝子阻害は一時的であり、空間的に限定された。これらの結果は、ｓｈＲＮＡを介した遺伝子沈黙化の機構がマウスにおいて機能性であることを示すが、構成的ＲＮＡｉがトランスジェニック動物において実現できるかどうかは明らかにしていない。 Brummelkamp, T.R. et al., Science 296, 550-553 (2002), Paddison, PJ. et al., Genes Dev. 16, 948-958 (2002), Hemann, M.T. et al., Nat. Genet. 33(3):396-400 (2003); and Devroe, E. et al., BMC Biotechnol. 2(1): 15 (2002)は、培養細胞系へのｓｈＲＮＡベクターの安定な組込みを通して遺伝子発現の長期的な阻害を示した。これらの実験は、ｓｈＲＮＡ導入遺伝子のランダムな組込み及び適切なｓｉＲＮＡ発現を有するクローンについてのスクリーニングを含み、マウスでの多数の異なるｓｈＲＮＡ導入遺伝子の試験には適用できない。最後に、いくつかの報告がトランスジェニックマウス及びラットにおけるｓｈＲＮＡを介した遺伝子沈黙化を明らかにしている(Hasuwa, H. et al., FEBS Lett. 532(1-2): 227-30 (2002); Carmell, M.A. et al., Nat. Struct. Biol. 10(2):91-2 (2003); Rubinson, D.A. et al., Nat. Genet. 33(3):401-6 (2003); Kunath, T. et al., Nat. Biotechnol. (Apr. 7 2003))。しかし、これらの実験もやはり、ｓｈＲＮＡ発現の一定しないレベルとパターンを生じさせるｓｈＲＮＡ導入遺伝子のランダム組込みを含んだ。そこで、適切なｓｈＲＮＡ発現を有するＥＳ細胞クローン又はマウス系統の試験が必要とされたが、それらは多大の労力と時間を要する作業である。
大規模設定でのＲＮＡｉを介した遺伝子抑制による遺伝子のインビボでの有効性確認は、多数の器官における十分に高いレベルでの及び予測可能なパターンを有するｓｉＲＮＡの発現を必要する。標的遺伝子組換えは、生物（例えばマウスなどの哺乳動物）において導入遺伝子の再現可能な発現を達成するための唯一のアプローチを提供する。国際公開公報第ＷＯ０４／０３５７８２号は、初めて、ゲノムの規定遺伝子座に組み込まれたｓｉＲＮＡ発現ベクターの単一コピーが、生物の多数の器官における効率的なＲＮＡｉを介した遺伝子阻害のために十分に高いレベルのｓｉＲＮＡを提供できることを開示する。
胚幹（ＥＳ）細胞ゲノムの規定遺伝子座への導入遺伝子の標的組込みのために２種類の手順が記述されている。一方は胚幹細胞における相同的組換え（ＨＲ）に基づき、他方は部位特異的組換えに基づく。最初の場合、ＨＲの低い発生率によって効率が制限される。これに対し、部位特異的組換えは、真核細胞ゲノムへの導入遺伝子の標的挿入のための強力なツールであることが明らかになってきた。
部位特異的リコンビナーゼ、例えばＦｌｐ及びＣｒｅは、それぞれＦＲＴ及びｌｏｘＰと称されるそれらの標的配列の２コピーの間での組換えを媒介する。２つの不適合性標的配列の使用、例えばＦ３と組み合わせたＦＲＴ(Schlake & Bode, Biochemistry, 1994 Nov. 1, 33(43): 12746-51)並びに逆方向認識標的部位(Feng et al., J. Mol. Biol. 292(4):779-85 (1999))は、同様の立体配置で標的配列を担持するあらかじめ規定された染色体遺伝子座へのＤＮＡセグメントの挿入を可能にする。この交換システムは、リコンビナーゼを介したカセット交換（ＲＭＣＥ；Bode & Baer, Curr Opin Biotechnol. 2001 Oct;12(5):473-80)と呼ばれる。単一組換え部位を用いるアプローチと異なり、標的産物は、交換プラスミドに暴露されない限りリコンビナーゼの永続的な影響下でも安定である(Seibler & Bode (1997) Biochemistry 36, 1740- 1747.)。
これまでのところ、ＥＳでのＲＭＣＥの成功の例はごくわずかしか記述されていない (Feng et al., J Mol Biol. 1999 Oct l;292(4):779-85; Seibler et al., Biochemistry. 1998 May 5;37(18):6229-34; Kolb, Anal Biochem. 2001 Mar15;290(2):260-71; Belteki et al., Nat Biotechnol. 2003 Mar;21(3):321-4.; Cesari et al., 2004, Genesis, 38:87-92.)。これらの実験では、交換ベクターのランダムな組込み並びに不完全な組換えがしばしば望ましくない導入遺伝子立体配置を生じさせた。ＲＭＣＥの効率は、組換え部位の選択、選択戦略,及び染色体標的に強く依存して異なると思われた。所与の遺伝子座における効率的ＲＭＣＥについての判定基準は、それ故、定義されておらず、当業者にとって予測不能である。
規定遺伝子座での効率的（＞９０％）ＲＭＣＥの唯一の例は、染色体標的として組織特異的β−カゼイン遺伝子を使用した(Kolb, Anal Biochem. 2001 Mar15;290(2):260- 71)。しかし、交換ベクターのランダムな組込み又は不完全な組換えを排除するためにＨＰＲＴ遺伝子が必要であった。この戦略の適用は、それ故、ＨＰＲＴ陰性ＥＳ細胞に限定される。加えて、β−カゼイン遺伝子座の細胞型特異的活性は多数の組織での導入遺伝子の発現には適さないと考えられる。合わせて考慮すると、遍在的に活性な遺伝子座における効率的ＲＭＣＥのための一般的戦略はこれまで一度も達成されていない。
驚くべきことに、ＲＭＣＥは遍在活性遺伝子座において高い効率で有効に実施できることが見出された。本発明は：
（１）リコンビナーゼを介したカセット交換によって発現カセットを真核細胞の遍在遺伝子座に導入することを含む、プロモーター又はその不活性前駆体に作動可能に連結された短いヘアピン型ＲＮＡ構築物を含む発現カセットによって修飾された遍在遺伝子座を有するトランスジェニック真核細胞を作製するための方法；
（２）（ａ）出発細胞のゲノムに組み込む、遍在遺伝子座に相同なフランキングＤＮＡ配列及び２つの相互に不適合性の第一リコンビナーゼ認識部位（ＲＲＳ）を有するアクセプターＤＮＡを含むターゲティングベクターでの相同的組換えによって出発真核細胞のＲｏｓａ２６遺伝子座に機能性ＤＮＡ配列を導入すること、及び
（ｂ）アクセプターＤＮＡに含まれる同じ２つの相互に不適合性の第一ＲＲＳによって隣接される発現カセットを含む、ドナーＤＮＡを含む交換ベクターを用いて、アクセプターＤＮＡとドナーＤＮＡのＲＲＳの間の組換えを触媒するリコンビナーゼを利用することにより、ＲＭＣＥ標的部位を有する工程（ａ）の組換え産物のリコンビナーゼを介したカセット交換を実施すること
を含む、上記（１）の方法；
（３）トランスジェニック真核細胞がマウスに由来し、遍在遺伝子座がＲｏｓａ２６遺伝子座であり、及び
（ｉ）Ｒｏｓａ２６遺伝子座に相同なＤＮＡ配列が、マウスＲｏｓａ２６遺伝子座の５’及び３’フランキングアームに由来し、好ましくは前記相同ＤＮＡ配列がそれぞれ配列番号４及び５に示す配列を有しており；及び／又は
（ｉｉ）ターゲティング及び交換ベクターのＲＲＳがＦ３／Ｆｒｔであり、及びターゲティングベクターがリコンビナーゼＦｌｐ又はその突然変異体、好ましくはＦｌｐeをコードし；及び／又は
（ｉｉｉ）ターゲティングベクターが陰性選択マーカーを含み；及び／又は
（ｉｖ）交換ベクターがプロモーターを持たない陽性選択マーカーを含み；及び／又は
（ｖ）発現カセットのプロモーターがＨ１又はＨ６であり；
最も好ましくは、ターゲティングベクターが配列番号１１に示す配列を有し、交換ベクターが配列番号１２に示す配列又は短いヘアピン型ＲＮＡ構築物内に修飾を有するその変異体を有する、
上記（１）又は（２）の方法；
（４）上記（１）−（３）で定義される交換ベクター；
（５）上記（１）、（２）及び（３）の方法によって得られる修飾された遍在遺伝子座を有する真核細胞；
（６）上記（１）及び（３）で定義される方法を用いることを含む、修飾遍在遺伝子座を有するトランスジェニック多細胞生物を作製するための方法；
（７）トランスジェニック多細胞生物が非ヒト哺乳動物であり、前記方法が上記（３）で定義されるようにＥＳ細胞を修飾することを含む、上記（６）の方法；
（８）それぞれ、上記で定義される方法（６）及び（７）によって得られるトランスジェニック多細胞生物及び非ヒト哺乳動物；及び
（９）遺伝子機能試験、薬剤開発、疾患モデルとして等のための、上記（５）の真核細胞、上記（８）のトランスジェニック多細胞生物、又は上記（８）のトランスジェニック非ヒト哺乳動物の使用
を提供する。
本発明の方法は、現在の前核注入のテクノロジーに比べていくつかの利点を提供する。特に、ターゲティングベクターは単一コピーの遺伝子発現カセットの挿入を可能にし、それによって多数のコピーの配置による導入遺伝子発現の変化を回避する。常染色体Ｒｏｓａ２６遺伝子座を挿入部位として選択することにより、非ヒト動物における挿入された導入遺伝子の発現パターンが予測可能である；染色体位置作用によるランダムなＸ染色体不活性化及び／又は変調が回避される。これはまた、所与の導入遺伝子について多数のトランスジェニック系統を作製し、分析する必要性を排除する。最後に、部位特異的組込みのためのＲｏｓａ２６ターゲティングベクターは、多数の遺伝子発現カセットのために使用することができる。さらに、このＲＭＣＥ戦略は、トランスジェニック動物及び生体器官におけるＲＮＡを介した遺伝子沈黙化である、構成的及び誘導的遺伝子ノックダウンのためにより大きな柔軟性を提供する。
本発明に従った「生物」という用語は、脊椎動物、例えば哺乳動物（例えば非ヒト動物、例えばマウス及びラットを含むげっ歯動物；及びヒト）又は非哺乳動物（例えば魚）であり得るか、又は無脊椎動物、例えば昆虫又はぜん虫であり得るか、又は植物（高等植物、藻類又は真菌）であり得る。最も好ましい生物は、マウス及び魚である。
本発明に従った「真核細胞」及び「出発真核細胞」は、上記で定義した生物から単離して（前記生物に由来する）、インビトロで培養した細胞を含む。これらの細胞は、形質転換（不死化）又は非形質転換（生物に直接由来する；一次細胞培養）であり得る。「真核細胞」という用語はまた、真核単細胞、例えば酵母等を包含する。
本発明の方法（１）では、真核細胞が、脊椎動物、無脊椎動物及び植物を含む多細胞生物に由来し、好ましくは脊椎動物細胞であり、より好ましくはげっ歯動物、例えばマウス、ラット等を含む哺乳動物に由来するか、又は魚、例えばゼブラフィッシュに由来することが好ましい。
本発明の方法（１）では、機能性ＤＮＡ配列が対象とするタンパク質／ペプチドをコードする遺伝子を含む（すなわち発現可能及び翻訳可能ＤＮＡ配列である）ことが好ましく、より好ましくは前記機能性ＤＮＡ配列が、（ａ）プロモーターに作動可能に連結された対象遺伝子を含む遺伝子発現カセットであるか、又は（ｂ）そのような遺伝子発現カセットに（すなわち、例えばその組込み後に結果として起こる修飾反応によって、作動可能に連結された「対象プロモーター−遺伝子」構築物に）変換され得るＤＮＡ配列である。遺伝子発現カセット内の対象遺伝子は、リコンビナーゼ、レポーター遺伝子、受容体、シグナル伝達分子、転写因子、製薬活性タンパク質及びペプチド、薬剤標的候補物質、疾患を引き起こす遺伝子産物、毒素等を含むが、これらに限定されない、一定の対象タンパク質／ペプチドをコードする遺伝子であり得る。
遺伝子発現カセットのプロモーター（Ｒｏｓａ２６遺伝子に対して異種プロモーターである）は、好ましくは、構成的又は誘導的な、遍在性又は組織特異的プロモーターである。本発明に従ったベクター内の遍在プロモーターは、好ましくはポリメラーゼＩ、ＩＩ及びＩＩＩ依存性プロモーターから選択され、好ましくは、ＣＭＶプロモーター、ＣＡＧＧＳプロモーター、ｓｎＲＮＡプロモーター、例えばＵ６、ＲＮアーゼＰ ＲＮＡプロモーター、例えばＨ１、ｔＲＮＡプロモーター、７ＳＬ ＲＮＡプロモーター、５Ｓ ｒＲＮＡプロモーター等を含むが、これらに限定されないポリメラーゼＩＩ又はＩＩＩ依存性プロモーターである。特に好ましい遍在プロモーターは、ＣＡＧＧＳ、ｈＣＭＶ、ＰＧＫである。好ましい組織特異的プロモーターは、ＦＡＢＰ(Saam & Gordon, J. Biol. Chem., 274:38071-38082 (1999))、Ｌｃｋ (Orban et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:6861-5 (1992))、ＣａｍＫＩＩ(Tsien et al., Cell 87: 1317-1326 (1996))、ＣＤ１９ (Rickert et al., Nucleic Acids Res. 25:1317-1318 (1997))、ケラチン(Li et al., Development, 128:675-88 (201))、アルブミン(Postic & Magnuson, Genesis, 26:149-150 (2000))、ａＰ２(Barlow et al., Nucleic Acids Res., 25 (1997))、インスリン(Ray et al., Int. J. Pancreatol. 25:157-63 (1999))、ＭＣＫ (Bruning et al., Molecular Cell 2:559-569 (1998))、ＭｙＨＣ (Agak et al., J. Clin. Invest., 100:169-179 (1997)、ＷＡＰ(Utomo et al., Nat. Biotechnol. 17: 1091-1096 (1999))、Ｃｏｌ２Ａ(Ovchinnikov et al., Genesis, 26:145-146 (2000))であり；好ましい誘導的プロモーター系は、Ｍｘ(Khun et al. Scinence, 269:1427-1429 (1995))、ｔｅｔ(Urlinger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 97:7963-8 (2000))、Ｔｒｅｘ(Feng and Erikson, Human Gene Therapy, 10:419-27)である。適切な誘導的プロモーターは、ｔｅｔ、Ｇａｌ４、ｌａｃ等を含むが、これらに限定されない、オペレーター配列を含む上記プロモーターである。
ターゲティングベクター、組換えベクター、機能性ＤＮＡ配列又は遺伝子発現カセットは、（選択）マーカー遺伝子（例えば大腸菌トランスポゾンのネオマイシンホスホトランスフェラーゼ遺伝子等）、リコンビナーゼ認識部位（組換えベクターの場合は、第一リコンビナーゼ認識部位とは異なり、ｌｏｘＰ、ＦＲＴ、それらの変異体等を含む）、ポリＡシグナル（例えば合成ポリアデニル化部位又はヒト成長ホルモンのポリアデニル化部位等）、スプライス受容配列（例えばアデノウイルスのスプライス受容配列等）、イントロン、タンパク質検出のためのタグ、エンハンサー、選択マーカー等を含むが、これらに限定されない、１又はそれ以上の付加的な機能性配列をさらに含み得る。
好ましい実施形態では、本発明の方法（１）−（３）は相同的組換えを含む。その場合、Ｒｏｓａ２６遺伝子座に相同なＤＮＡ配列は０．２−２０ｋＢ、好ましくは１−１０ｋＢの長さであることが好ましい。方法（２）の特に好ましい実施形態では、真核細胞はマウスに由来し、Ｒｏｓａ２６遺伝子座に相同なＤＮＡ配列はマウスＲｏｓａ２６遺伝子座の５’及び３’フランキングアームに由来し、好ましくは前記相同ＤＮＡ配列はそれぞれ配列番号４及び５に示す配列を有しており、及びプロモーターはＣＡＧＧＳプロモーターであり、最も好ましくはターゲティングベクターは配列番号７に示す配列を有する。
上述したように、本発明の方法（１）−（３）は、リコンビナーゼを介したカセット交換（ＲＭＣＥ）を含む。ゲノムへの導入遺伝子又はＤＮＡセグメントの挿入は部位特異的組換えによって媒介され得る(Fukushige & Sauer, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89(17):7905-9 (1992))。ｃｒｅ又はＦＬＰのような部位特異的リコンビナーゼは、それぞれｌｏｘＰ又はＦＲＴのような２つの認識標的部位を組み換える。２つの不適合性認識標的部位（Ｆ３又はＦ５、Schlake & Bode, Biochemistry, 1994 Nov. 1, 33(43): 12746-51)又は逆方向認識標的部位(Feng et al., J. Mol. Biol. 292(4):779-85 (1999))の使用は、２つの不適合性又は逆方向標的部位によって隣接されるＤＮＡセグメントの挿入を可能にする。この交換システムはリコンビナーゼを介したカセット交換（ＲＭＣＥ）と呼ばれている。好ましい実施形態では、ＦＬＰに基づくＲＭＣＥシステムをＲｏｓａ２６遺伝子座に挿入する。前記のリコンビナーゼを介した組み換えは、好ましくは：
（ａ１）出発細胞のゲノムに組み込む、２つの相互に不適合性の第一ＲＲＳを含むアクセプターＤＮＡを出発細胞に導入すること、及び得られた細胞に、
（ａ２）上記で定義した組換えベクターを使用することにより、アクセプターＤＮＡに含まれる同じ２つの相互に不適合性の第一ＲＲＳを含むドナーＤＮＡ、及び
（ａ３）アクセプターとドナーのＲＲＳの間の組換えを触媒するリコンビナーゼ
を導入すること、の工程を含む。
前記のリコンビナーゼを介した組換え法では、
（ｉ）ＲＲＳがｌｏｘＰ又はＦＲＴ部位又はその変異体（例えば単一突然変異体認識部位ｌｏｘ６６及びｌｏｘ７１(Albert et al., The Plant J. 7:649-659 (1995))である；及び／又は
（ｉｉ）アクセプターＤＮＡが陰性選択マーカー（例えば単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ遺伝子等）を含む；及び／又は
（ｉｉｉ）ドナーＤＮＡが不活性陽性選択マーカー（例えばネオマイシンホスホトランスフェラーゼ等）を含む
ことが好ましい。
さらなる選択マーカーについては、その全体が参照してここに組み込まれる、米国特許第５，４８７，９３２号及び同第５，４６４，７６３号が参照される。
本発明に従ったベクター内の遍在プロモーターは、好ましくはポリメラーゼＩ、ＩＩ及びＩＩＩ依存性プロモーターから選択され、好ましくは、ＣＭＶプロモーター、ＣＡＧＧＳプロモーター、ｓｎＲＮＡプロモーター、例えばＵ６、ＲＮアーゼＰ ＲＮＡプロモーター、例えばＨ１、ｔＲＮＡプロモーター、７ＳＬ ＲＮＡプロモーター、５Ｓ ｒＲＮＡプロモーター等を含むが、これらに限定されないポリメラーゼＩＩ又はＩＩＩ依存性プロモーターである。
遍在プロモーターは構成的プロモーターであり得るか、又は誘導的プロモーターであり得る。適切な誘導的プロモーターは、ｔｅｔ、Ｇａｌ４、ｌａｃ等を含むが、これらに限定されない、オペレーター配列を含む上記ポリメラーゼＩ、ＩＩ及びＩＩＩ依存性プロモーターである。
本発明の発現ベクターは、以下の特に好ましいアプローチ（構成的及び誘導的発現のため）に適する：
Ａ．（遍在活性Ｐｏｌ ＩＩ依存性遺伝子座（図２参照）に組み込まれる）ｓｈＲＮＡ構築物を駆動する、Ｐｏｌ ＩＩＩ依存性プロモーター（構成的Ｕ６、Ｈ１等）；
Ｂ．（遍在活性Ｐｏｌ ＩＩ依存性遺伝子座（図３及び４）に組み込まれる）ｓｈＲＮＡ構築物を駆動する、Ｐｏｌ ＩＩＩ依存性プロモーター（誘導的Ｕ６、Ｈ１等）；又は
Ｃ．（遍在活性Ｐｏｌ ＩＩ依存性遺伝子座（図５及び６）に組み込まれる）ｓｈＲＮＡ構築物を駆動する、ポリメラーゼＩＩ（Ｐｏｌ ＩＩ）依存性プロモーター（誘導的ＣＭＶ等）。
発現カセットの短いヘアピン型ＲＮＡ構築物又はその不活性前駆体は、短いヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）又は相補的な短い干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）鎖に対応する少なくとも１つのセグメントを含む。ｓｈＲＮＡセグメントを発現カセット内で使用する場合、前記カセットは、好ましくは構造Ａ−Ｂ−Ｃ又はＣ−Ｂ−Ａのヌクレオチド（例えばＤＮＡ）配列を有する少なくとも１つのｓｈＲＮＡセグメントを含む。ｓｉＲＮＡセグメントを発現カセット内で使用する場合、前記カセットは、好ましくは各々が上記で定義したような別々のプロモーター（例えば誘導的Ｕ６、Ｈ１等を含むＰｏｌ ＩＩＩプロモーター）の制御下にある、少なくとも２つのＤＮＡセグメントＡ及びＣ又はＣ及びＡを含む。上記セグメントにおいて、
Ａは、ノックダウンする遺伝子に少なくとも９０％、好ましくは１００％の相補的である１５−３５、好ましくは１９−２９ｂｐのＤＮＡ配列であり（例えばホタルルシフェラーゼ；ｐ５３等）＊、
Ｂは、発現されたＲＮＡヘアピン分子のループを形成する、５−９ｂｐを有するスペーサーＤＮＡ配列であり、及び
Ｃは、配列Ａに少なくとも８５％の相補的である１５−３５、好ましくは１９−２９ｂｐのＤＮＡ配列である。
上記ｓｈＲＮＡ及びｓｉＲＮＡセグメントは、終結及び／又はポリアデニル化配列をさらに含み得る。
所与の標的遺伝子のノックダウンのための適切なｓｈＲＮＡ配列は、当技術分野において周知であるか（例えば以下の表１及び２に列記する特定ｓｈＲＮＡ配列参照）又は当業者によって容易に決定され得る。

Figure 2008505625
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所与の標的遺伝子のノックダウンのための適切なｓｉＲＮＡ配列は、当技術分野において周知であるか（例えばLee N. S. et al., J. Nat. Biotechnol. 20(5): 500-5 (2002) において言及される特定ｓｉＲＮＡ配列 ｇｃｃｔｇｔｇｃｃｔｃｔｔｃａｇｃｔａｃｃ（配列番号２１５）及びｇｃｇｇａｇａｃａｇｃｇａｃｇａａｇａｇｃ（配列番号２１６）及びDu, Q. et al., Nucl. Acids Res. 21; 33(5): 1671-7 (2005) において言及される特定ｓｉＲＮＡ配列 ｃｔｔａｔｔｇｇａｇａｇａｇｃａｃｇａ（配列番号２１７））又は当業者によって容易に決定され得る。
本発明の方法（１）又は（２）の好ましい実施形態は以下の工程に関する：
１．遺伝子（例えばホタルルシフェラーゼ；ｐ５３）のコード領域のアンチセンス及びセンス鎖を含む短いヘアピン型ＤＮＡの作製。アンチセンスとセンス鎖は５−９ｂｐのスペーサーによって分離する。
２．構成的又は誘導的プロモーター（Ｐｏｌ ＩＩ又はＰｏｌ ＩＩＩ依存性）の制御下での上記ｓｈＲＮＡの発現のための構築物の作製。
３．交換ベクターへの上記発現構築物の挿入及びその後のＲＭＣＥによるＥＳ細胞での遍在発現遺伝子座への交換ベクターの挿入。
４．ＥＳ細胞における遺伝子発現（例えばホタルルシフェラーゼ；ｐ５３）の構成的及び誘導的阻害の分析（例えばウエスタンブロット分析を通して）。
５．上記ＥＳ細胞を用いたマウスの作製及びいくつかの組織における遺伝子発現の阻害の分析（例えばホタルルシフェラーゼ；ｐ５３；例えばウエスタンブロット分析を通して）。
本発明の実施形態（４）に従ったベクターは、安定な又は一過性の組込みに適する。前記ベクターは遺伝子導入に適する。
本発明のテクノロジーは以下の利点を提供する：
（ｉ）トランスジェニック動物（例えばマウス）を作製することによる遺伝子発現の安定で全身的な阻害。
（ｉｉ）誘導的構築物を用いた遺伝子発現の可逆的阻害。
本発明者らは、遍在発現Ｒｏｓａ２６遺伝子座における高い効率（＞９０％）のＲＭＣＥを示した。本発明のＲＭＣＥ戦略では以下の特徴を組み合わせた：
１．本発明者らは、逆方向Ｆ３部位と組み合わせて野生型Ｆｌｐ標的部位（ＦＲＴ）を使用する、Ｆｌｐを介したＲＭＣＥを用いた。Ｆ３配列は、Ｆｌｐ結合エレメントの間に位置する８ｂｐスペーサーの体系的突然変異誘発によって作製した(Schlake & Bode (1994) Biochemistry 33, 12746- 12751.)。Ｆ３／Ｆ３対は２つの野生型リコンビナーゼ認識部位（ＲＲＳ）と同じ効率でＦＬＰによって組み換えられ、一方ＦＲＴ／Ｆ３対の組換えは触媒されない(Seibler & Bode (1997) Biochemistry 36, 1740- 1747.)。この特徴は、野生型と突然変異体ＲＲＳの他の対、例えば残存組換え能力を示すｌｏｘｐ／ｌｏｘ５１１とは対照的である(Lauth et al., 2002, Nucleic Acids Res. 30:e115)。
２．本発明者らは、交換ベクターのＲＭＣＥが成功するまで十分なリコンビナーゼ活性を与えるためにターゲティングベクターに構成的ＦＬＰe発現カセットを含めた。それ故、不完全な組換え中間体は回避されるはずである。
３．交換ベクター上のスプライス受容部位と共に陽性選択マーカーは機能性プロモーターを持たない。それ故、選択マーカーの発現は、ＲＭＣＥの成功後に内在性Ｒｏｓａ２６プロモーターによって媒介されるはずであり、交換ベクターのランダムな組込みを通してではない。
４．ターゲティングベクター上の蛍光タンパク質発現カセットは、抗生物質を含む培地の長期的培養を回避して、初期胚におけるＲＭＣＥの検出を可能にするはずである。
方法（１）−（３）は、（上記で定義した工程（ａ）及び（ｂ）に加えて）、Ｒｏｓａ２６遺伝子座に組み込まれた所望の機能性交換カセットを有する真核細胞、好ましくはＥＳ細胞を単離すること；及び／又は（ｄ）組み込まれた発現カセットの前駆体を修飾し、所望の修飾された機能性交換カセットを有する（ＥＳ）細胞を単離すること、の工程の１又はそれ以上をさらに含み得る。
方法（１）−（３）の工程（ａ）及び（ｂ）は、好ましくはインビトロで実施される。工程（ｃ）はインビトロ及びインビボで実施し得る。
本発明はまた、上記（１）−（３）で定義した方法を用いることを含む、修飾Ｒｏｓａ２６遺伝子座を有するトランスジェニック多細胞生物を作製するための方法を提供する。これは、工程（ａ）−（ｃ）に従って出発ＥＳ細胞を修飾することを含む、非ヒト哺乳動物を作製するための方法を含む。ＥＳ細胞はその後、以下の工程：
（ｄ）工程（ｂ）又は（ｃ）で得たＥＳ細胞を胚盤胞に注入すること；及び
（ｅ）Ｒｏｓａ２６遺伝子座に１又はそれ以上の対象機能性遺伝子を担持するトランスジェニック非ヒト動物を作製すること（すなわち周知の交配手順によって）
の１又はそれ以上に従って処理し得る。
それぞれ方法（６）及び（７）によって得られるトランスジェニック多細胞生物及び非ヒト哺乳動物は、好ましくはそのＲｏｓａ２６遺伝子座に組み込まれた作動可能に機能性の遺伝子発現カセット（上記で定義したような）を有する。そのようなトランスジェニック多細胞生物及び非ヒト哺乳動物は、遺伝子機能試験、薬剤開発、疾患モデル動物として等に適する。
以下の実施例及び付属の図面によって本発明をさらに説明するが、それらは本発明を限定すると解釈されるべきではない。
（実施例）
実験材料及び方法
細胞培養：ＥＳ細胞の培養及び標的突然変異誘発は、近交系及びＦ１胚の両方に由来するＥＳ細胞系に関してHogan et al., (Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor NY.)、p. 253-289において述べられているように実施した（実施例１及び２）。実施例３では、Ａｒｔ４．１２ ＥＳ細胞(Seibler et al., Nucl. Acid Res., 31(4) :e12 (2003)を使用した。
マウス：全てのマウスは、Ａｒｔｅｍｉｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ ＧｍｂＨの動物施設においてマイクロアイソレーターケージ（Ｔｅｃｎｉｐｌａｓｔ Ｓｅａｌｓａｖｅ）で飼育した。四倍体胚盤胞の生成のためのＢ６Ｄ２Ｆ１はＪａｎｖｉｅｒより入手した。ｐｏｌｂflox／ｒｏｓａ（ＣｒｅＥＲT2）及びｅｃｔ２flox／ｒｏｓａ（ＣｒｅＥＲT2）マウスは、それぞれｒｏｓａ（ＣｒｅＥＲT2）ＥＳマウスをＢＴ１４と交配することによって生産した(Gu et al., Science, 265, 103-106.)。
四倍体胚相補発生法によるＥＳマウスの生産：四倍体胚相補発生法によるマウスの生産は基本的に記述されているように実施した (Eggan et al., Proc Natl Acad Sd USA, 98, 6209-6214.)。
リガンドの投与：タモキシフェン不含塩基１００ｍｇ（Ｓｉｇｍａ，Ｔ５６４８）をエタノール１００μｌに懸濁し、ヒマワリ油１ｍｌ（Ｓｉｇｍａ）に溶解した。この１０ｍｇ／１００μｌ タモキシフェン溶液を１−２分間超音波処理し、その後−２０℃で保存した。経口投与のために溶液を５５℃で解凍し、経口ゾンデ（ＦＳＴ Ｆｉｎｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｔｏｏｌｓ ＧｍｂＨ，１８０６１−２０）によって４−８週齢のマウスに投与した。
ウエスタンブロット分析： ＳＤＳ−ＰＡＧＥ（ＮｕＰＡＧＥ，Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）及びｔｈｅ Ｂｒｅｅｚｅ Ｉｍｍｕｎｏｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｓｙｓｔｅｍ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を製造者のプロトコールに従って使用して、ウエスタンブロット分析を実施した。免疫検出は、ＥＲ抗体に対してはｓｃ−５４３（ＨＣ−２０，Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．）、ｃｒｅ抗体に対してはＰＲＢ−１０６Ｃ、アクチン及びウサギポリクローナルＩｇＧ抗体（Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．）に対してはアクチンｓｃ−１６１６ Ａｃｔｉｎ（Ｉ−１９）を用いて実施した。
組織切片に関するＸ−Ｇａｌ染色：β−ガラクトシダーゼ活性を検出するために、組織をＴｉｓｓｕｅ Ｔｅｃ ＯＣＴ（Ｓａｋｕｒａ Ｆｉｎｅｔｅｋ Ｅｕｒｏｐｅ Ｂ．Ｖ．，Ｔｈｅ Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ）に包埋し、ドライアイスで凍結して、ミクロ切片に切断した。切片をスライドガラスに封入し、１−４時間室温で乾燥した。切片を室温で５分間固定溶液（０．１Ｍ ＰＢ（０．１Ｍ Ｋ2ＨＰＯ4、ｐＨ７．３）中０．２％グルタルアルデヒド、５ｍＭ ＥＧＴＡ、２ｍＭ ＭｇＣｌ2）に固定し、洗浄緩衝液中（０．１Ｍ ＰＢ中２ｍＭ ＭｇＣｌ2、０．０２％ノニデット−４０）、室温で１５分間ずつ３回洗った。その後、組織を、Ｘ−Ｇａｌ溶液（洗浄緩衝液中、０．６ｍｇ／ｍｌ Ｘ−Ｇａｌ（ＤＭＳＯ中にあらかじめ溶解した）、５ｍＭ カリウムヘキサシアノフェラートＩＩＩ、５ｍＭ カリウムヘキサシアノフェラートＩＩ）を用いて３７℃で一晩β−ガラクトシダーゼ活性に関して染色した。切片をＰＢＳ中室温で５分間ずつ２回洗い、ヌクレアーファーストレッド溶液で１０分間対比染色して、蒸留水中で手早く洗浄し、一連の段階的エタノールを通して脱水し、Ｅｕｋｉｔｔ（Ｓｉｇｍａ，Ｇｅｒｍａｎｙ）に封入した。
（標準実施例）
ＣｒｅＥＲ Ｒｏｓａターゲティングベクター：１２９ＳＶ／ＥＶ−ＢＡＣ（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ）を、Ｒｏｓ２６のエクソン２（Ｒｓｃｒｅｅｎ１ｓ（ＧＡＣＡＧＧＡＣＡＧＴＧＣＴＴＧＴＴＴＡＡＧＧ）（配列番号１）及びＲｓｃｒｅｅｎ１ａｓ（ＴＧＡＣＴＡＣＡＣＡＡＴＡＴＴＧＣＴＣＧＣＡＣ）（配列番号２）を用いてマウスゲノムＤＮＡから増幅した）に対するプローブでスクリーニングした。特定したＢＡＣクローンの中から、１１ｋｂのＥｃｏＲＶサブフラグメントをｐＢＳのＨｉｎｄＩＩＩ部位に挿入した。２個のフラグメント（１ｋｂ ＳａｃＩＩ／ＸｂａＩ及び４ｋｂ ＸｂａＩフラグメント、それぞれ配列番号４及び５）をホモロジーアームとして使用し、基本Ｒｏｓａ２６ターゲティングベクターを作製するためにＦＲＴ隣接ネオマイシン耐性遺伝子を含むベクター（未公表）に挿入した。ＣＡＧＧＳプロモーター（配列番号６；ヌクレオチド１−１６１６）又はアデノウイルスからのスプライス受容部位（ＳＡ）(Friedrich G., Soriano P., Genes Dev., 5:1513-23 (1991)) を５’アームとＦＲＴ隣接ネオマイシン耐性遺伝子の間に挿入した。ＣｒｅＥＲT2及びポリアデニル化部位（ｐＡ；配列番号６、ヌクレオチド３９２１−４０９９）をＳＡ又はＣＡＧＧＳプロモーターの３’側でクローニングした。ベクターはＣＡＧＧＳプロモーターの５’側転写終結配列を含まない。
ＣＡＧＧＳプロモーター(Okabe, Fabs Letters 407:313-19 (1997))の制御下のＣｒｅＥＲT2遺伝子(Fe[iota]l et al., (1997) Biochem Biophys Res Common., 237, 752-757)を、上述したようなＣｒｅＥＲ Ｒｏｓａターゲティングベクターを使用することにより、ＥＳ細胞における相同的組換えによってｒｏｓａ２６遺伝子座に挿入した（図１）。ＣｒｅＥＲT2遺伝子に加えて、スプライス受容配列(Friedrich and Soziano (1991), Genes Dev., 9, 1513-1523)をｒｏｓａ２６遺伝子プロモーターの内在性活性についての対照として導入した（図１）。ＣｒｅＥＲT2についての試験基質を与えるためにｌｏｘＰ隣接ハイグロマイシン耐性遺伝子をｒｏｓａ２６の２番目の対立遺伝子に導入した(Seibler et al., Nucl. Acids. Res. Feb. 15, 2003, 31(4):(12) (2003)), in press)。両方のｒｏｓａ２６対立遺伝子で修飾されたＥＳ細胞を四倍体胚盤胞に注入し、完全にＥＳ細胞由来のマウスを作製した (Eggan et al., (2001). PNAS, 98, 6209-6214)。Ｒｏｓａ（ＳＡ−ＣｒｅＥＲT2／レポーター）及びＲｏｓａ（ＣＡＧＧＳ−ＣｒｅＥＲT2／レポーター）マウスにタモキシフェン１日５ｍｇを５日間与え、最後の投与の３日後にレポーターの組換えを分析した。種々の器官からのゲノムＤＮＡのサザン分析は、それぞれＲｏｓａ（ＳＡ−ＣｒｅＥＲT2／レポーター）マウスにおける５０％までの組換え及びＲｏｓａ（ＣＡＧＧＳ−ＣｒｅＥＲT2／レポーター）マウスにおける９０％までの組換えを示した（図２Ａ）。２番目の基質として、本発明者らはｌｏｘＰ隣接ＤＮＡポリメラーゼβ遺伝子セグメント（ｐｏｌβflox）(Gu et al., (1994). Science, 265, 103-106)を使用した。ｐｏｌβflox／ｒｏｓａ（ＳＡ−ＣｒｅＥＲT2）及びｐｏｌβflox／ｒｏｓａ（ＣＡＧＧＳ−ＣｒｅＥＲT2）マウスにタモキシフェン１日５ｍｇを５日間与え、３日後に分析した。サザンブロット分析は、ｒｏｓａ（ＳＡ−ＣｒｅＥＲT2／レポーター）マウスでは脳を除く全ての器官において細胞の９０％以上でｌｏｘＰ隣接ＤＮＡポリメラーゼβ遺伝子セグメントが切り出されたことを明らかにした（図２Ｂ）。これに対し、ｒｏｓａ（ＣＡＧＧＳ−ＣｒｅＥＲT2／レポーター）マウスでは誘導的組換えの度合が有意に高く、大部分の器官で１００％の効率に達し、脳では７０％までに達した。
ｒｏｓａ（ＳＡ−ＣｒｅＥＲT2）及びｒｏｓａ（ＣＡＧＧＳ−ＣｒｅＥＲT2）マウスにおけるＣｒｅＥＲT2発現のパターンとレベルを検討するため、本発明者らは、Ｃｒｅに特異的な抗体を用いてウエスタン分析を実施した。ＣｒｅＥＲT2融合タンパク質に対応する７４ｋＤａバンドが、脳を含むｒｏｓａ（ＣＡＧＧＳ−ＣｒｅＥＲT2）マウスの全ての器官において検出可能であった（図３）。これに対し、ｒｏｓａ（ＳＡ−ＣｒｅＥＲT2）マウスでのＣｒｅＥＲT2発現レベルはｒｏｓａ（ＣＡＧＧＳ−ＣｒｅＥＲT2）系統に比べて有意に低く、脳では検出不能であると思われた（図３）。
（標準実施例）
ＦＡＢＰ−Ｃｒｅ Ｒｏｓａターゲティングベクター（配列番号８）：アデノウイルスからのスプライス受容部位（配列番号８、ヌクレオチド１８５６９−１８６８９）を、上記１．で述べた基本Ｒｏｓａ２６ターゲティングベクターに挿入した。生じたプラスミドのＳｗａＩ及びＡｓｃＩ制限部位に、５’から３’方向にヒト成長ホルモン遺伝子からのポリアデニル化シグナル（配列番号８、ヌクレオチド１８７６０−６８８；Bond et al, Science 289:1942-1946 (2000))、修飾Ｆａｂｐｌプロモーター（配列番号８、ヌクレオチド７０２−１４８１； Ｆａｂｐｌ-132ニ4x；Simon et al., J. Biol. Chem. 272:10652-10663 (1997))、合成イントロン（配列番号８、ヌクレオチド１５２１−１７５８）、Ｃｒｅコード配列（配列番号８、ヌクレオチド１７７８−２８３０）及び合成ポリＡシグナル（配列番号８、ヌクレオチド２８８８−３０６６）を含む３１９５ｂｐのＸｂａblunt／ＡｓｃＩ ＤＮＡフラグメントを挿入した。
Ｆａｂｐｌ-132ニ4xプロモーター（配列番号８；図４）の制御下のＣｒｅ遺伝子を、２番目のＲｏｓａ２６対立遺伝子内にＣｒｅレポーター基質を担持するＦ１ ＥＳ細胞での相同的組換えによってＲｏｓａ２６遺伝子座に挿入した。Ｃｒｅを介した組換え時にレポーター構築物（配列番号９；図５）からのＬａｃＺ発現が活性化される。ＦＡＢＰ−Ｃｒｅ／レポーター−基質二重トランスジェニックＥＳマウスを作製するために標的ＥＳ細胞を四倍体胚盤胞に注入した。これらのマウスにおけるＣｒｅ組換えパターンを、組織切片中のβ−ガラクトシダーゼ活性を分析することによって検討した（図６）。これらのマウスにおけるＣｒｅを介した組換えは腸上皮、肝及び腎の細管の上皮内の細胞の一部に限定され、それ故内在性Ｆａｂｐｌ遺伝子の発現パターンを正確に反映した(Simon et al., J. Biol. Chem., 272: 10652-10663 (1997))。
Ｒｏｓａターゲティング及び交換ベクター
Ｒｏｓａ２６ ＲＭＣＥターゲティングベクター（配列番号１１）：１２９ ＳＶ／ＥＶ−ＢＡＣライブラリー（Ｉｎｃｙｔｅ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ）をＲｏｓａ２６遺伝子座のエクソン２（配列番号３）に対するプローブでスクリーニングした。エクソン２プローブは、プライマーＲｓｃｒｅｅｎ１ｓ（ＧＡＣＡＧＧＡＣＡＧＴＧＣＴＴＧＴＴＴＡＡＧＧ）（配列番号１）及びＲｓｃｒｅｅｎ１ａｓ（ＴＧＡＣＴＡＣＡＣＡＡＴＡＴＴＧＣＴＣＧＣＡＣ）（配列番号２）を用いてマウスゲノムＤＮＡから増幅した。特定したＢＡＣクローンから単離した１１ｋｂのＥｃｏＲＶフラグメントをｐＢＳのＨｉｎｄＩＩ部位に挿入した。１１ｋｂ ＥｃｏＲＶフラグメントからの２個のサブフラグメント、１ｋｂ ＳａｃＩＩ／ＸｂａＩ（配列番号４）及び４ｋｂ ＸｂａＩフラグメント（配列番号５）をホモロジーアームとして使用し、基本Ｒｏｓａ２６ターゲティングベクター（配列番号１０）を作製するためにＦＲＴ隣接ネオマイシン耐性遺伝子を含むベクター（未公表）に挿入した。アデノウイルスからのスプライス受容部位（ＳＡ）(Friedrich G., Soriano P., Genes Dev., 5:1513-23 (1991)) を５’アームとＦＲＴ隣接ネオマイシン耐性遺伝子の間に挿入した。細菌内のＦｌｐを介した欠失によってネオマイシンは欠失した (Buchholz et al., Nucleic Acids Res. 1996, 24:3118-9)。標準クローニング手順によって最終的なＲｏｓａ（ＲＭＣＥ）ターゲティングベクター（配列番号１１、図７Ａ）を作製し、このベクターは５’から３’方向に以下の順序で：ＡＴＧ開始コドン、Ｆ３部位(Schlake & Bode (1994) Biochemistry 33,12746-12751;（配列番号１１、ヌクレオチド１２９２−１３３９）)、ｚｓｇｒｅｅｎ ＯＲＦ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ；配列番号１１、ヌクレオチド１４０７−２０９９）、合成ポリＡシグナル（配列番号１１、ヌクレオチド２１２１−２２９９）、ＰＧＫ−ハイグロマイシン耐性遺伝子（配列番号１１、ヌクレオチド２３１４−４３３５）、ＣＡＧＧＳプロモーター（配列番号１１、ヌクレオチド４３９７−６０１２）、Ｆｌｐe−リコンビナーゼ遺伝子(Buchholz et al., Nat Biotechnol. 1998, 16:657-62.)、合成ポリＡシグナル（配列番号１１、ヌクレオチド７７２８−７９０６）、及び３’ホモロジーアームの５’側のＦＲＴ部位（配列番号１１、ヌクレオチド７９２２−７９６９）を有する。
交換ベクター（配列番号１２）：このベクターは、上述したＲｏｓａ２６ターゲティングベクターと同じ立体配置でＦ３部位及びＦＲＴ部位を含む。ベクターは標準クローニング手順を用いて作製し、５’から３’方向に以下の順序で：合成ポリＡシグナル（配列番号１２、ヌクレオチド２３−２０１）、Ｆ３部位（配列番号１２、ヌクレオチド２１６−２６３）、開始ＡＴＧを持たないネオマイシン耐性遺伝子（配列番号１２、ヌクレオチド２７１−１５５９）、Ｈ１プロモーター（配列番号１２、ヌクレオチド１７６３−１９９６）、ヘアピン配列（配列番号１２、ヌクレオチド１９９７−２０５１）、及びＦＲＴ部位（配列番号１２、ヌクレオチド２１６１−２２０８）を有する。
細胞培養：ＥＳ細胞培養及び相同的組換えは、先に記述されているように実施した (Hogan et al., (Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor NY.), pp. 253-289.)。
交換ベクターによる細胞のトランスフェクション：トランスフェクションの１日前に、２×１０5ＥＳ細胞を２ｍｌ培地中で３ｃｍ皿にプレートした。トランスフェクションの前に、新鮮培地２ｍｌを細胞に与えた。Ｆｕｇｅｎｅ６試薬３μｌ（Ｒｏｃｈｅ；カタログ番号１ ８１４ ４４３）を無血清培地１００μｌ（ＯｐｔｉＭＥＭ１とＧｌｕｔａｍａｘ−Ｉ Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ；カタログ番号５１９８５−０３５）と混合し、５分間インキュベートした。Ｆｕｇｅｎｅ／ＯｐｔｉＭＥＭ溶液１００μｌを環状ＤＮＡ２μｇ（ｃ＝０．３３μｇ／μｌ）に添加し、１５分間インキュベートした。このトランスフェクション複合体を培地に滴下し、巡回運動によって混合した。翌日、新鮮培地をトランスフェクト細胞に添加した。２日目から、培地を、２５０μｇ／ｍｌ Ｇ４１８（ゲネチシン；Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ；カタログ番号１０１３１−０１９）を含む培地に毎日交換した。トランスフェクション後７日目に、記述されている標準手順によって(Hogan et al., (Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor NY.), pp. 253-289.)単一クローンを単離した。
ＲＭＣＥのためのＲｏｓａ２６遺伝子座を作製するためのターゲティングベクターを図７Ａに示す。ベクターは、ＲＭＣＥのためのリコンビナーゼを提供するＦＬＰe発現カセットを担持する。ハイグロマイシン耐性遺伝子を相同的組換えクローンの陽性選択のために使用した。加えて、交換ベクターの二次トランスフェクション後にＲＭＣＥを受けなかった組換えクローンを特定できるように、ｚｓＧｒｅｅｎ遺伝子をＦＲＴとＦ３部位の間に位置づけた。スプライス受容部位（ＳＡ）及びＡＴＧ開始コドンは、ＲＭＣＥ後に内在性ｒｏｓａ２６プロモーターを使用することによって交換ベクター上のトランケート型ネオマイシン耐性遺伝子（Δ５’ｎｅｏR）の発現を促進するはずである。
ハイブリッドＥＳ細胞系ＡＲＴ４．１２（［Ｃ５７ＢＬ／６×１２９Ｓ６／ＳｖＥｖＴａｃ］Ｆ１）を相同的組換えのために使用した。これらの系統は、四倍体胚盤胞相補発生法を通して完全にＥＳ細胞由来のマウス（ＥＳマウス）を誘導することができるからである (Seibler et al., Nucl. Acid Res., 31(4):e12 (2003)。ＡＲＴ４．１２細胞をｒｏｓａ２６ターゲティングベクターでトランスフェクトし、ハイグロマイシンＢを含む細胞培養培地でインキュベートした。サザンブロット分析によって確認したとき２％の頻度で独立した組換えＲｏｓａ（ＲＭＣＥ）ＥＳ細胞クローンを得た（図８、１番目と２番目のレーン）。
交換ベクター（図７Ｂ）は、ＲＭＣＥの陽性選択のためのトランケート型ｎｅｏR遺伝子と共にＦＲＴ及びＦ３部位を担持する。ｓｈＲＮＡ発現カセットを、Ｒｏｓａ２６遺伝子座への標的組込みのための試験導入遺伝子として使用した。ランダムに組み込まれたベクターを担持するＥＳ細胞でのトランケート型ｎｅｏR遺伝子の発現を防ぐために上流のポリＡシグナルを含めた。ＲＭＣＥ後の標的Ｒｏｓａ２６遺伝子座の立体配置を図７Ｃに示す。
Ｒｏｓａ（ＲＭＣＥ）ＥＳ細胞を交換ベクターでトランスフェクトし、Ｇ４１８を含む培地中で選択した。Ｇ４１８耐性コロニーのサザンブロット分析は、クローンの＞９０％においてＲＭＣＥが成功裏に起こったことを明らかにした（図８）。これは、遍在的に発現される遺伝子座における標的遺伝子組換えのための効率的ＲＭＣＥの初めての実証である。
ｓｈＲＮＡトランスジェニックＥＳ細胞を四倍体胚盤胞に注入し、３週間後に３％の頻度でＥＳ細胞由来マウスを得た。１５週齢マウスのリアルタイムＰＣＲ分析は、大部分の器官においてレプチン受容体ｍＲＮＡの＞８０％低下を示し、ｓｈＲＮＡ導入遺伝子が遍在的に発現されることを指示した(Seibler et al. 2005, Nucl Acids Res 33(7) :e67)。
ヒトＵ６プロモーターの制御下のｌａｃＺ特異的ｓｈＲＮＡ（ヌクレオチド１９９８−２０５５、配列番号２１８）を、ＲＭＣＥを通してＡＲＴ４．１２／ｒｏｓａ２６（ＲＭＣＥ）ＥＳ細胞に導入した(Seibler et al. 2005, Nucl Acids Res 33(7):e67)。Ｇ４１８耐性クローンのサザンブロット分析は、クローンの＞９０％においてＲＭＣＥが成功裏に起こったことを明らかにした。組換えＥＳ細胞を四倍体胚盤胞に注入し、ＥＳ細胞由来マウスを誘導した。Ｒｏｓａ２６プロモーターに導入しておいた、遍在ＣＡＧＧＳプロモーターの制御下にｌａｃＺ（ヌクレオチド２１６１−５６７８、配列番号２１９）を担持するマウス系統を使用した交配を通して、高度発現β−ガラクトシダーゼ遺伝子が提供された。組織切片のＸ−Ｇａｌ染色は、あらゆる単一細胞においてＣＡＧＧＳプロモーターの制御下でのｌａｃＺの強力で一様な発現を明らかにし、一方ｓｈＲＮＡ構築物の存在は、細胞の圧倒的多数においてβ−ガラクトシダーゼ活性の著明な低下を生じさせた (Seibler et al. 2005, Nucl Acids Res 33(7):e67)。これらの結果は、ｌａｃＺ特異的ｓｈＲＮＡが全ての器官において効率的ＲＮＡｉを媒介するのに十分なだけ発現されることを指示する。
ＣＡＧＧＳ−Ｆｌｕｃ（ヌクレオチド２１００−５９８３、配列番号２１８）発現カセットを、ｒｏｓａ２６遺伝子座でのＲＭＣＥを用いてＥＳ細胞ゲノムに挿入した (Seibler et al. 2005, Nucl Acids Res 33(7) :e67)。やはり、サザンブロット分析によって確認したときクローンの＞９０％においてＲＭＣＥが成功裏に起こっていた。組換えＥＳ細胞を胚盤胞に注入し、偽妊娠雌性への胚盤胞の導入後にマウスを得た。ヒトＵ６プロモーターの制御下のＦｌｕｃ特異的ｓｈＲＮＡ遺伝子及びＣＡＧＧＳ−Ｆｌｕｃ導入遺伝子を、マウスの交配を通して組み合わせた。様々な器官からのタンパク質抽出物におけるルシフェラーゼ活性の測定は、ｓｈＲＮＡの存在下でのルシフェラーゼの活性の強力な低下を明らかにしたが、ｓｈＲＮＡ不在下ではルシフェラーゼ活性の低下を示さず、両方の導入遺伝子が遍在的に発現されることを指示した (Seibler et al. 2005, Nucl Acids Res 33(7) :e67)。
Ｒｏｓａ２６遺伝子座へのＣｒｅＥＲ及びＣＡＧＧＳ−Ｃｒｅ−ＥＲの標的挿入。場合によりＣＡＧＧＳプロモーターに作動可能に連結されたＣｒｅ−ＥＲを含むカセット、又はＣｒｅ−ＥＲに連結されたスプライス受容部位（ＳＡ）を含むカセットを、相同的組換えによってＲｏｓａ２６遺伝子座に挿入する。垂直のダッシュはＲｏｓａ２６遺伝子座内の挿入点を示し、長方形の箱はＲｏｓａ２６転写産物の開始点と終止点を表わす。 Ｒｏｓａ２６（レポーター）の誘導的組換えのサザンブロット分析。（Ａ）ＳＡ−ｃｒｅＥＲ／Ｒｏｓａ−ｒｅｐ挿入物又はＣＡＧＧＳ−Ｃｒｅ−ＥＲ／Ｒｏｓａ−ｒｅｐ挿入物を担持するトランスジェニックマウスの肝臓（Ｌｉ）、脾臓（Ｓｐ）及び小腸（Ｓｉ）からゲノムＤＮＡを単離した。Ｃｒｅ−ＥＲリコンビナーゼを誘導するため、マウスをタモキシフェンで処置した（処置）。対照として、ＳＡ−ｃｒｅＥＲ／Ｒｏｓａ−ｒｅｐ挿入物を有するマウスの群を未処置のままにした（未処置）。組換え事象を誘導したときのレポーターバンドの存在（ｆｌｏｘｅｄ）及びその欠失（欠失）を示す。（Ｂ）一方のＲｏｓａ２６遺伝子座にｌｏｘＰ隣接ＤＮＡポリメラーゼβ遺伝子セグメント（ｐｏｌβflox）及び他方にＳＡ−ｃｒｅＥＲ／Ｒｏｓａ−ｒｅｐを担持するトランスジェニックマウスをタモキシフェンで処置した（処置）。マウスの対照群は未処置のままにした（未処置）。肝臓（Ｌｉ）、脾臓（Ｓｐ）、腎臓（Ｋｉ）、心臓（Ｈｅ）、肺（Ｌｕ）、胸腺（Ｔｈ）、筋（Ｍｕ）、小腸（Ｓｉ）及び脳（Ｂｒ）からのゲノムＤＮＡをｐｏｌβfloxの存在に関して分析した。非組換え事象では、ｐｏｌβfloxバンドが残存し（ｆｌｏｘｅｄ）、組換え事象では、欠失が起こった（欠失）。（Ｃ）（Ｂ）と同様であるが、マウスはＳＡ−ｃｒｅＥＲ／Ｒｏｓａ−ｒｅｐの代わりにＣＡＧＧＳ−Ｃｒｅ−ＥＲ／Ｒｏｓａ−ｒｅｐ挿入物を担持した。 リコンビナーゼ及びα−アクチン発現のウエスタンブロット分析。ｒｏｓａ（Ｓａ−ＣｒｅＥＲT2）及びｒｏｓａ（ＣＡＧＧＳ−ＣｒｅＥＲT2）マウスからタンパク質を抽出し、「実験材料及び方法」の章で述べるように分析した。ＣｒｅＥＲT2を表わすバンドの位置を示す。ＦＡ：脂肪組織、Ｔｙ：胸腺；Ｓｐ：脾臓、Ｂｒ：脳、Ｌｕ：肺、Ｈｅ：心臓。 Ｆａｂｐ−Ｃｒｅターゲティングベクター。ＣｒｅリコンビナーゼがＦａｂｐｌ-132ニ4xプロモーターの制御下で発現される発現カセットをＲｏｓａ２６ターゲティングベクターに挿入する。このベクターは、ＥＳ細胞における相同的組換えによってＦａｂｐ−ＣｒｅカセットをＲｏｓａ２６遺伝子座に挿入するために使用した。 Ｃｒｅ基質レポーター構築物を担持するＣｒｅレポーターマウスのＲＯＳＡ２６遺伝子座。組換え基質（配列番号９）をＲＯＳＡ２６遺伝子座に挿入した。この基質は、ＣＡＧＧＳプロモーター、それに続く、ＰＧＫプロモーターによって駆動され、ｌｏｘＰ組換え部位によって隣接されるハイグロマイシン耐性遺伝子から成るカセットで構成される。このカセットの後に、ハイグロマイシン耐性遺伝子が組換えによって欠失したときにだけ発現される、β−ガラクトシダーゼのコード領域が続く。 Ｆａｂｐ−Ｃｒｅ／レポーター基質二重トランスジェニックマウスの種々の組織の凍結切片におけるβ−ガラクトシダーゼのインサイチュー検出。マウス組織をＯＣＴに包埋し、凍結して、ミクロ切片に切断した。切片をＸ−ｇａｌ染色によってβ−ガラクトシダーゼ活性に関して染色し（青色で示す）、ヌクレアーファーストレッド溶液で対比染色して、脱水し、封入して、写真撮影した。 ｒｏｓａ２６についてのＲＭＣＥターゲティングシステム。Ａ）ｒｏｓａ２６遺伝子座へのＲＭＣＥ標的の挿入。ｚｓｇｒｅｅｎ、ＰＧＫ−Ｈｙｇ及びＣＡＧＧＳ−ＦＬＰを含むカセットを、ＥＳ細胞における相同的組換えによってＲｏｓａ２６遺伝子座に挿入する。ＦＲＴ及びＦ３部位を互いの反対の方向に方向付ける。「Ｘ」で示す垂直のダッシュはｒｏｓａ２６遺伝子座内の挿入点を表わす。Ｂ）ＲＭＣＥの陽性選択のためのトランケート型ｎｅｏR遺伝子と共にＦＲＴ及びＦ３部位を担持する交換ベクター及びＲｏｓａ２６遺伝子座への標的組込みのためのＵ６プロモーターの制御下のｓｈＲＮＡ発現カセット。ランダムな組込みの部位でのトランケート型ｎｅｏR遺伝子の発現を防ぐためにポリＡシグナルが含まれる。Ｃ）標的Ｒｏｓａ２６遺伝子座の立体配置。Ｘ：ＸｂａＩ、Ｈ：ＨｉｎｄＩＩＩ。 交換ベクターでトランスフェクトしたｒｏｓａ（ＲＭＣＥ）標的ＥＳ細胞からのゲノムＤＮＡのサザンブロット分析。ｒｏｓａ（ＲＭＣＥ交換した）対立遺伝子。野生型、Ｒｏｓａ２６標的（１°ＨＲ）及びＲＭＣＥ対立遺伝子（交換）の大きさは、それぞれ４．４ｋｂ、３．９ｋｂ及び５．８ｋｂである。クローンＮｏ．１−３、５−９及び１１−１６では、ＲＭＣＥが成功裏に起こっていた。ゲノムＤＮＡをＨｉｎｄＩＩＩで消化し、プローブ１を用いて分析した。

Claims (20)

  1. リコンビナーゼを介したカセット交換（ＲＭＣＥ）によって発現カセットを真核細胞の遍在遺伝子座に導入することを含む、プロモーター又はその不活性前駆体に作動可能に連結された短いヘアピン型ＲＮＡ構築物を含む発現カセットによって修飾された遍在遺伝子座を有するトランスジェニック真核細胞を作製するための方法。
  2. （ａ）出発細胞のゲノムに組み込む、遍在遺伝子座に相同なフランキングＤＮＡ配列及び２つの相互に不適合性の第一リコンビナーゼ認識部位（ＲＲＳ）を有するアクセプターＤＮＡを含むターゲティングベクターでの相同的組換えによって出発真核細胞のＲｏｓａ２６遺伝子座に機能性ＤＮＡ配列を導入すること、及び
    （ｂ）アクセプターＤＮＡに含まれる同じ２つの相互に不適合性の第一ＲＲＳによって隣接される発現カセットを含む、ドナーＤＮＡを含む交換ベクターを用いて、アクセプターＤＮＡとドナーＤＮＡのＲＲＳの間の組換えを触媒するリコンビナーゼを利用することにより、ＲＭＣＥ標的部位を有する工程（ａ）の組換え産物のＲＭＣＥを実施すること
    を含む、請求項１に記載の方法。
  3. （ｉ）真核細胞が、脊椎動物、無脊椎動物及び植物を含む多細胞生物に由来し、好ましくは脊椎動物細胞であり、より好ましくは哺乳動物、例えばヒト又はげっ歯動物、例えばマウス、ラット等を含む非ヒト哺乳動物に由来するか、又は魚、例えばゼブラフィッシュに由来する；及び／又は
    （ｉｉ）真核細胞が一次細胞又は不死化細胞であり、好ましくは細胞が哺乳動物胚幹（ＥＳ）細胞である；及び／又は
    （ｉｉｉ）遍在遺伝子座が、Ｒｏｓａ２６、コラーゲン、β−アクチン、ＨＰＲＴ、Ｕ６、Ｈ１、ｔＲＮＡ、７ＳＬ ＲＮＡ等から選択され、好ましくはＲｏｓａ２６遺伝子座である；及び／又は
    （ｉｖ）方法がインビトロで実施される、
    請求項１又は２に記載の方法。
  4. （ｉ）発現カセットのプロモーターが異種プロモーターであり、好ましくは、構成的又は誘導的な、偏在性又は組織特異的プロモーターである；及び／又は
    （ｉｉ）ターゲティングベクター、交換ベクター及び／又は発現カセットが、マーカー遺伝子、第一リコンビナーゼ認識部位とは異なる第二リコンビナーゼ認識部位、ポリＡシグナル、イントロン等を含むが、これらに限定されない１又はそれ以上の付加的な機能性配列をさらに含む；及び／又は
    （ｉｉｉ）ターゲティングベクター及び交換ベクターが、タンパク質検出のためのタグ、エンハンサー、選択マーカー等をさらに含む；及び／又は
    （ｉｖ）ターゲティングベクターが、アクセプターＤＮＡとドナーＤＮＡの間の組換えを触媒するリコンビナーゼをコードする遺伝子をさらに含む；及び／又は
    （ｖ）工程（ａ）において遍在遺伝子座に相同なＤＮＡ配列が０．２−２０ｋＢ、好ましくは１−１０ｋＢの長さである；及び／又は
    （ｖｉ）相互に不適合性のＲＲＳが、相互に不適合性のｌｏｘＰ、ＦＲＴ、及びＡｔｔ部位又はその変異体の対から選択され、好ましくは以下の相互に不適合性のＲＲＳ対の群：Ｆ３／ＦＲＴ、Ｆ５／ＦＲＴ、Ｆ５／Ｆ３、ｌｏｘ／ｌｏｘ５１１、ｌｏｘ／ｌｏｘ２７２２、ｌｏｘ６６／ｌｏｘ７１及びＡｔｔＢ／ＡｔｔＰから選択される；及び／又は
    （ｖｉｉ）細胞に付加され得る又は細胞によって発現され得るリコンビナーゼが、アクセプター／ドナーＤＮＡ内に存在する第一ＲＳＳのカセット交換に適するリコンビナーゼ、例えばＣｒｅ、Ｆｌｐ、ФＣ３１又はその突然変異体から選択される；及び／又は
    （ｖｉｉｉ）短いヘアピン型ＲＮＡ構築物が終止及び／又はポリアデニル化配列を含む、
    請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
  5. （ｉ）遍在プロモーターが、ポリメラーゼＩ、ＩＩ及びＩＩＩ依存性プロモーターから選択され、好ましくはポリメラーゼＩＩ又はＩＩＩ依存性プロモーターであり、最も好ましくはＣＭＶプロモーター、ＣＡＧＧＳプロモーター、Ｍｘプロモーター、ＰＧＫプロモーター、ｓｎＲＮＡプロモーター、例えばＵ６、ＲＮアーゼＰ ＲＮＡプロモーター、例えばＨ１、ｔＲＮＡプロモーター、７ＳＬ ＲＮＡプロモーター、及び５Ｓ ｒＲＮＡプロモーターであり、及び組織特異的プロモーターが、ＦＡＢＰ、Ｌｃｋ、ＣａｍＫＩＩ、ＣＤ１９、ケラチン、アルブミン、ａＰ２、インスリン、ＭＣＫ、ＭｙＨＣ、ＷＡＰ、Ｃｏｌ２Ａプロモーター等である；及び／又は
    （ｉｉ）遍在プロモーターが構成的プロモーター又は誘導的プロモーターであり、好ましくはｔｅｔ、Ｇａｌ４、ｌａｃ又はリコンビナーゼを介した調節のためのＲＲＳ等から選択されるオペレーター配列を含むプロモーターである、
    請求項４に記載の方法。
  6. プロモーターが、
    （ｉ）遍在活性Ｐｏｌ ＩＩ依存性遺伝子座に組み込むのに適したｓｈＲＮＡ構築物を駆動する、Ｐｏｌ ＩＩＩ依存性プロモーター、好ましくは構成的Ｈ１又はＵ６；
    （ｉｉ）遍在活性Ｐｏｌ ＩＩ依存性遺伝子座に組み込むのに適したｓｈＲＮＡ構築物を駆動する、Ｐｏｌ ＩＩＩ依存性プロモーター、好ましくは誘導的Ｕ６又はＨ１；又は
    （ｉｉｉ）遍在活性Ｐｏｌ ＩＩ依存性遺伝子座に組み込むのに適したｓｈＲＮＡ構築物を駆動する、Ｐｏｌ ＩＩ依存性プロモーター、好ましくは誘導的ＣＭＶ
    である、請求項４に記載の方法。
  7. 短いヘアピン型ＲＮＡ構築物又はその不活性前駆体が、短いヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）又は２本の相補的な短い干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）鎖に対応する少なくとも１つのセグメントを含み、好ましくはＤＮＡ配列Ａ−Ｂ−Ｃ又はＣ−Ｂ−Ａを有する少なくとも１つのｓｈＲＮＡセグメントを含むか、又は各々が別々の前駆体の制御下にある、少なくとも２つのｓｉＲＮＡセグメントＡ及びＣ又はＣ及びＡを含み、但し、
    Ａは、ノックダウンする遺伝子に少なくとも９５％、好ましくは１００％の相補性を有する１５−３５、好ましくは１９−２９ｂｐのＤＮＡ配列であり、
    Ｂは、発現されたＲＮＡヘアピン分子のループを形成する、５−９ｂｐを有するスペーサーＤＮＡ配列であり、及び
    Ｃは、配列Ａに少なくとも８５％の相補性を有する１５−３５、好ましくは１９−２９ｂｐのＤＮＡ配列である、
    請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
  8. トランスジェニック真核細胞がマウスに由来し、遍在遺伝子座がＲｏｓａ２６遺伝子座であり、及び
    （ｉ）Ｒｏｓａ２６遺伝子座に相同なＤＮＡ配列が、マウスＲｏｓａ２６遺伝子座の５’及び３’フランキングアームに由来し、好ましくは前記相同ＤＮＡ配列がそれぞれ配列番号４及び５に示す配列を有しており；及び／又は
    （ｉｉ）ターゲティング及び交換ベクターのＲＲＳがＦ３／Ｆｒｔであり、及びターゲティングベクターがリコンビナーゼＦｌｐ又はその突然変異体、好ましくはＦｌｐeをコードし；及び／又は
    （ｉｉｉ）ターゲティングベクターが陰性選択マーカーを含み；及び／又は
    （ｉｖ）交換ベクターがプロモーターを持たない陽性選択マーカーを含み；及び／又は
    （ｖ）発現カセットのプロモーターがＨ１又はＨ６であり；
    最も好ましくは、ターゲティングベクターが配列番号１１に示す配列を有し、交換ベクターが配列番号１２に示す配列又は短いヘアピン型ＲＮＡ構築物内に修飾を有するその変異体を有する、請求項３から７のいずれか一項に記載の方法。
  9. （ｃ）遍在遺伝子座に組み込まれた所望の機能性交換カセット又はその不活性前駆体を有する真核細胞、好ましくはＥＳ細胞を単離すること；及び
    （ｄ）場合により組み込まれた発現カセットの前駆体を活性化するためにその前駆体を修飾し、所望の修飾された機能性交換カセットを有するＥＳ細胞を単離すること
    の工程の１又はそれ以上をさらに含む、請求項２から８のいずれか一項に記載の方法。
  10. 請求項２から９で定義される発現カセット及びドナーＤＮＡを含む交換ベクター。
  11. 請求項１から９に記載の方法によって得られる、修飾された遍在遺伝子座を有する真核細胞。
  12. （ａ）請求項１から９で定義される方法に従って真核細胞をトランスフェクトすること；又は
    （ｂ）請求項１０で定義される交換ベクターを、対応するＲＭＣＥ標的部位を有する非ヒト哺乳動物の初期胚に注入すること
    を含む、修飾遍在遺伝子座を有するトランスジェニック多細胞生物を作製するための方法。
  13. トランスジェニック多細胞生物が非ヒト哺乳動物であり、前記遍在遺伝子座がＲｏｓａ２６遺伝子座であり、及び前記方法がＥＳ細胞を請求項１から９で定義されるように修飾することを含む、請求項１２に記載の方法。
  14. （ｅ）工程（ｃ）又は（ｄ）で得たＥＳ細胞を胚盤胞に注入すること；及び
    （ｆ）Ｒｏｓａ２６遺伝子座に１又はそれ以上の対象機能性遺伝子を担持するトランスジェニック非ヒト多細胞生物又は非ヒト哺乳動物を作製すること
    の工程の１又はそれ以上をさらに含む、請求項１２又は１３に記載の方法。
  15. それぞれ請求項１２から１４に記載の方法によって入手でき、及びその遺伝子座の少なくとも１つに組み込まれた作動可能に機能性の遺伝子発現カセットを有する、トランスジェニック多細胞生物又はそれに由来する組織培養、及びトランスジェニック非ヒト哺乳動物又はそれに由来する組織培養。
  16. （ｉ）多細胞生物、又は多細胞生物に由来する組織培養又は細胞培養の細胞における構成的及び／又は誘導的遺伝子ノックダウンのための作用物質、又は（ｉｉ）請求項１０で定義される交換ベクターを非ヒト哺乳動物の８細胞期胚の細胞に注入するための作用物質を生成するための、好ましくは請求項２から９で定義されるような、プロモーターの制御下での短いヘアピン型ＲＮＡ構築物（ｓｈＲＮＡ）を含む交換ベクターの使用。
  17. 発現ベクターが、遍在遺伝子座、好ましくはそのＲｏｓａ２６遺伝子座における、多細胞生物のゲノム、又はその組織培養又は細胞培養の細胞のゲノムへの安定な組込みに適する、請求項１６に記載の使用。
  18. 請求項２から９のいずれかで定義される発現ベクターを、生物、組織培養又は細胞培養の細胞のゲノム内に安定に組み込むことを含む、多細胞生物、又は前記多細胞生物に由来する組織培養又は細胞培養の細胞における構成的及び／又は誘導的遺伝子ノックダウンのための方法。
  19. （ｉ）発現ベクターを多細胞生物、組織培養又は細胞培養のＲｏｓａ２６遺伝子座に組み込むこと；及び／又は
    （ｉｉ）脊椎動物における構成的及び／又は誘導的遺伝子ノックダウンのための方法が、発現ベクターを脊椎動物のＥＳ細胞に組み込むことを含む、
    請求項１８に記載の方法。
  20. 遺伝子機能試験、薬剤開発、疾患モデル動物として等のための、請求項１２に記載の真核細胞、請求項１５に記載のトランスジェニック多細胞生物、組織培養又は非ヒト哺乳動物の使用。
JP2007519804A 2004-07-07 2005-07-07 リコンビナーゼを介したカセット交換を用いる、短いヘアピン型ｒｎａ発現カセットの標的遺伝子組換え Pending JP2008505625A (ja)

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