JP2008271966A - HLA−Cw03新規アリル - Google Patents
HLA−Cw03新規アリル Download PDFInfo
- Publication number
- JP2008271966A JP2008271966A JP2008097653A JP2008097653A JP2008271966A JP 2008271966 A JP2008271966 A JP 2008271966A JP 2008097653 A JP2008097653 A JP 2008097653A JP 2008097653 A JP2008097653 A JP 2008097653A JP 2008271966 A JP2008271966 A JP 2008271966A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- hla
- sequence
- allele
- antigen
- amino acid
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Images
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
Abstract
【課題】ヒト白血球抗原−C(以下HLA−Cと略す)のサブタイプのひとつであるCw03に含まれる新規アリルを提供する。
【解決手段】オリゴヌクレオチドプローブを固相した複数のビーズを用いるHLA−C抗原の遺伝子型の解析による既知のアリルと全く異なる陽性反応を示す特定のアミノ酸配列をコードするHLA−Cw03新規アリル及び特定の塩基配列又はその相補配列を有するHLA−Cw03新規アリル。移植時の適合性の判定、疾患に対する個人の感受性の判定に有用。
【選択図】図1
【解決手段】オリゴヌクレオチドプローブを固相した複数のビーズを用いるHLA−C抗原の遺伝子型の解析による既知のアリルと全く異なる陽性反応を示す特定のアミノ酸配列をコードするHLA−Cw03新規アリル及び特定の塩基配列又はその相補配列を有するHLA−Cw03新規アリル。移植時の適合性の判定、疾患に対する個人の感受性の判定に有用。
【選択図】図1
Description
本発明は、ヒト白血球抗原(Human Leukocyte Antigen;以下HLAと略す)−Cの新規アリルに関する。
HLAのタイピングは移植時の適合性を判定するのみならず、疾患に対する個人の感受性の判定などにおいて重要性が注目されている。
臓器移植を行う場合、臓器の提供者と患者の間でHLAの型がどれだけ一致しているかが移植成功率に大きく影響する。HLA型が一致しない場合、拒絶反応のため臓器が患者に生着せず、逆に提供者由来の免疫細胞のためにGVHD(移植片対宿主病(Graft-Versus-Host Disease))が発生し、患者の生命が危険にさらされることになる。また糖尿病など特定の病気の発症率とHLA型の関連も指摘されている。HLAのタイピングはこのような医療技術の高度化に従い重要性を増したといえる。
従来のHLAタイピングは抗体を用いて行われる血清学的手法であったが、近年の技術革新によりHLA抗原をコードする遺伝子の配列より型分けを行う、いわゆる遺伝子タイピング法が主流となってきた。骨髄移植において遺伝子型でのマッチングが移植成績と相関することが明らかとなり、HLAの遺伝子タイピングは医療現場においても重要度を増してきている。
塩基配列を確認する方法としては、シークエンシング反応により配列を決定するサンガー法(例えば、非特許文献1参照)などがあるが、コスト面からHLAの遺伝子タイピングは部分的な配列をプローブやプライマーとして利用し、その反応性から遺伝子配列を推定し、HLA型を決める方法が利用されている(例えば、非特許文献2、3参照)。
HLA−C抗原のサブタイプのひとつであるCw03に含まれる遺伝子型は2007年3月26日の時点で、45種類が報告されている(例えば、非特許文献4参照)が、アリルの存在については充分検討されていないのが現状である。
Santamaria P. et al. HLA class I sequence-based typing. Hum Immunol. 37(1):39-50, 1993. Bunce M. et al. Phototyping: comprehensive DNA typing for HLA-A, B, C, DRB1, DRB3, DRB4, DRB5 & DQB1 by PCR with 144 primer mixes utilizing sequence-specific primers (PCR-SSP). Tissue Antigens. 46(5):355-67, 1995. Kawai S. et al. Routine low and high resolution typing of the HLA-DRB gene using the PCR-MPH (microtitre plate hybridization) method. Eur J Immunogenet. 23(6):471-86, 1996. Allele Frequencies [online]、[平成19年3月26日検索]、インターネット<URL:http://www.ebi.ac.uk/imgt/hla/>
Santamaria P. et al. HLA class I sequence-based typing. Hum Immunol. 37(1):39-50, 1993. Bunce M. et al. Phototyping: comprehensive DNA typing for HLA-A, B, C, DRB1, DRB3, DRB4, DRB5 & DQB1 by PCR with 144 primer mixes utilizing sequence-specific primers (PCR-SSP). Tissue Antigens. 46(5):355-67, 1995. Kawai S. et al. Routine low and high resolution typing of the HLA-DRB gene using the PCR-MPH (microtitre plate hybridization) method. Eur J Immunogenet. 23(6):471-86, 1996. Allele Frequencies [online]、[平成19年3月26日検索]、インターネット<URL:http://www.ebi.ac.uk/imgt/hla/>
従って、本発明の目的は、HLA−C抗原のサブタイプのひとつであるCw03に含まれる新規アリルを提供することにある。
本発明者らは今般、オリゴヌクレオチドプローブを固相した複数のビーズを用いてHLA−Cw抗原の遺伝子型を決める方法によって、既知のアリルとは異なる陽性反応を示す遺伝子を見出した。本発明はかかる知見に基づくものである。
即ち、本発明は、配列番号1のアミノ酸配列をコードする、HLA−Cw03新規アリルを提供するものである。
また本発明は、配列番号2の塩基配列又はその相補配列を有する、HLA−Cw03新規アリルを提供するものである。
本発明により、HLA−C抗原の詳細なタイピングが可能となるため、移植時の適合性を判定するのみならず、疾患に対する個人の感受性の判定などにおいて、極めて有用となる。
DNAタイピング法の1つであるPCR−SSOP(Sequence Specific Oligonucleotide probe)法に基づき、Luminex社の xMAP測定技術(http://www.luminexcorp.com/01_xMAPTechnology/index.html)を用いてHLA遺伝子のタイピングが可能なWAKFlow HLAタイピング試薬(湧永製薬製)を用いてHLA−C抗原の遺伝子型をタイピングしたところ、血液より抽出したDNA検体で既知の遺伝子型の反応性が示されなかった。
ダイレクトシークエンシング法(Wong C. et al. Characterization of beta-thalassaemia mutations using directgenomic sequencing of amplified single copy DNA. Nature. 330:384-6, 1987.)によりエクソン2およびエクソン3の配列を確認した。エクソン2およびエクソン3のそれぞれ上流と下流に設定したプライマーを用いて、センス鎖アンチセンス鎖の両側から配列を確認したところ、エクソン2はCw*0801とCw*0304の配列であるが、エクソン3はCw*0801の配列とこれまでに報告されていない配列とが検出された。よって、この検体がCw*0801と未知のアリルのヘテロ接合である可能性が考えられた。
配列を詳細に調べるため、HLA−C遺伝子のエクソン2からエクソン3にかけて約1Kbの領域をサブクローニングにより単離した。HLA−C遺伝子のエクソン2上流とエクソン3下流に設定したプライマーを用いて、PCR反応によりこの領域を増幅し、電気泳動で目的とする長さの断片を取り出してTAクローニングによりプラスミドベクターに取り込ませた。このプラスミドを用いて形質転換させた大腸菌を少量の培地で培養し、培地から回収した大腸菌よりプラスミドを抽出した。得られたプラスミドの中から約1Kbのインサートの入ったものを制限酵素処理により選び出し、得られた12クローンのプラスミドについて配列を確認した。
その結果、HLA−Cw*0801が5クローン、ダイレクトシークエンシング法で確認された新規配列を有する変異型が4クローン得られた。また、PCR反応によって人工的に生じたと考えられる2種類のアリルの組換え体が3クローン得られた。
新規配列を有する変異型4クローンについて、遺伝子の塩基配列の確認を行った結果、図1のようにCw*0304の配列のエクソン3内に2箇所の変異を確認した。これらの変異のうち1箇所は図2に示す173番目のアミノ酸がリジンからグルタミン酸へと置き換わる非同義置換であり、残りの1箇所は同義置換であった。Cw03に含まれる遺伝子型の中でこのアミノ酸は共有されている。また、173番目のアミノ酸はHLA−C抗原において抗原ペプチドをはさみこむ領域の内側に位置している。
このことから、これらのアミノ酸はHLA−C抗原に結合するペプチドモチーフにも重要な部位であり、免疫系において重要な役割を果たしている可能性が高い。したがって、Cw*0304と本発明の変異をもつ遺伝子型(Cw*0304V)とは、移植医療においては区別する必要があり、移植時の適合性判定などにおいて、HLA−C抗原のタイピング精度を高める上で、極めて有用かつ重要なものである。
なお、本発明において見出された新規アリルは、WHO命名によれば「Cw*0341」とされている。このため本明細書においては、新規アリルを「Cw*0304V」または「Cw*0341」のいずれかで表示する。
なお、本発明において見出された新規アリルは、WHO命名によれば「Cw*0341」とされている。このため本明細書においては、新規アリルを「Cw*0304V」または「Cw*0341」のいずれかで表示する。
よって、本発明による新規アリルは、前記したように、配列番号1記載のアミノ酸配列をコードしてなるものであり、また、配列番号2記載の塩基配列又はその相補配列を有するものである。
本発明の別の態様によれば、本発明によるHLA−Cw03新規アリルでコードされるペプチドを有するタンパク質が提供される。本発明によるHLA−Cw03新規アリルでコードされるペプチドを有するタンパク質も、アリルと同様に移植時の適合性判定などにおいて、極めて有用かつ重要なものである。
本発明の別の態様によれば、HLA−Cw03抗原のタイピング方法であって、遺伝子型の判定の際に、配列番号1のアミノ酸配列、配列番号2の塩基配列もしくはその相補配列、またはそれらから得られる配列変異情報を用いることを特徴とする方法が提供される。ここで、それらから得られる配列変異情報とは、図1および図2にも示されているように既知のアリル(Cw*0304)と本件新規アリル(Cw*0304V)とを塩基配列またはアミノ酸配列を比較することにより得られる配列上の変異情報である。例えば、アミノ酸配列の場合であれば、前記したような、Cw*0304のアミノ酸配列上、173番目のアミノ酸がリジンからグルタミン酸へと置き換わっている場合が挙げられる。
Claims (4)
- 配列番号1のアミノ酸配列をコードする、HLA−Cw03新規アリル
- 配列番号2の塩基配列又はその相補配列を有する、HLA−Cw03新規アリル。
- 請求項1または2に記載のHLA−Cw03新規アリルでコードされるペプチドを有する、タンパク質。
- 遺伝子型の判定の際に、配列番号1のアミノ酸配列、配列番号2の塩基配列もしくはその相補配列、またはそれらから得られる配列変異情報を用いることを特徴とするHLA−Cw抗原のタイピング方法。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2008097653A JP2008271966A (ja) | 2007-04-05 | 2008-04-04 | HLA−Cw03新規アリル |
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2007121935 | 2007-04-05 | ||
JP2008097653A JP2008271966A (ja) | 2007-04-05 | 2008-04-04 | HLA−Cw03新規アリル |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2008271966A true JP2008271966A (ja) | 2008-11-13 |
Family
ID=40050734
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2008097653A Pending JP2008271966A (ja) | 2007-04-05 | 2008-04-04 | HLA−Cw03新規アリル |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JP2008271966A (ja) |
-
2008
- 2008-04-04 JP JP2008097653A patent/JP2008271966A/ja active Pending
Non-Patent Citations (3)
Title |
---|
JPN6012052850; Hum.Immunol.,1993 May,37(1),p.39-50 * |
JPN6012052852; Tissue Antigens,2001 Jul,58(1),p.42-6 * |
JPN6012052854; Tissue Antigens,2005 Jan,65(1),p.101-6 * |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
Bossini-Castillo et al. | Immunogenetics of systemic sclerosis: defining heritability, functional variants and shared-autoimmunity pathways | |
Shiina et al. | Super high resolution for single molecule‐sequence‐based typing of classical HLA loci at the 8‐digit level using next generation sequencers | |
AU2014355369B2 (en) | Simple method and kit for DNA profiling of HLA genes by high-throughput massively parallel sequencer | |
Rak et al. | Transfer of the shared epitope through microchimerism in women with rheumatoid arthritis | |
CN105339508B (zh) | Hla基因的多重dna分型方法和试剂盒 | |
BR112014001258B1 (pt) | Método de tipagem de dna, e, conjuntos de iniciadores para tipagem de dna | |
Dieude et al. | Immunogenetics of systemic sclerosis | |
Greene et al. | Differential MHC class I expression in distinct leukocyte subsets | |
Georgel et al. | The heterogeneous allelic repertoire of human toll-like receptor (TLR) genes | |
WO2014065410A1 (ja) | Hla遺伝子のdnaタイピング方法及びキット | |
Collins et al. | High resolution molecular phototyping of MICA and MICB alleles using sequence specific primers | |
Luo et al. | High‐resolution sequence typing of HLA‐DQA1 and‐DQB1 exon 2 DNA with taxonomy‐based sequence analysis (TBSA) allele assignment | |
Houtman et al. | Haplotype-specific expression analysis of MHC class II genes in healthy individuals and rheumatoid arthritis patients | |
Rozemuller et al. | MR1 encompasses at least six allele groups with coding region alterations | |
O’Leary et al. | Identification of novel MHC class I sequences in pig-tailed macaques by amplicon pyrosequencing and full-length cDNA cloning and sequencing | |
JP4381424B2 (ja) | Hla新規遺伝子 | |
Lobashevsky et al. | Six mamu-A locus alleles defined by a polymerase chain reaction sequence specific primer method | |
JP2024515240A (ja) | Mhc-i病の治療に使用するための組成物 | |
Cheng et al. | HLA-C locus allelic dropout in Sanger sequence-based typing due to intronic single nucleotide polymorphism | |
Wu et al. | Identification of a new HLA allele, A* 1114, in a Chinese family | |
JP2008271966A (ja) | HLA−Cw03新規アリル | |
JP2009050258A (ja) | Hla−a2新規アリル | |
Qiu et al. | Characterization of the major histocompatibility complex class II DQB (MhcMamu-DQB1) alleles in a cohort of Chinese rhesus macaques (Macaca mulatta) | |
JP2009132696A (ja) | Hla−b54新規アリル | |
WO2006085402A1 (ja) | ウシ白血病発症に対する抵抗性の判定方法 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20110214 |
|
RD03 | Notification of appointment of power of attorney |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A7423 Effective date: 20110214 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20121009 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20130219 |