JP2008051565A - 分析データの書式変換システム及びプログラム - Google Patents

Abstract

【課題】分析装置の機種が異なると出力される分析データのファイル形式やデータ書式も異なることが多く、そのため、LDMS、LIMSなどのデータ管理システムに分析データを登録しようとすると、各機種用のデータ書式変換プログラムを作成しなければならなかったり、ユーザが手作業によって分析データの項目を特定してデータ書式を変換しなければならなかったりするという煩わしさがあった。
【解決手段】分析装置から分析データをテキスト形式で出力させる。一方、分析データにおける書式コード定義、分析データを表形式で展開した場合のアドレスとデータ項目との関係を示すデータ項目アドレス定義が含まれる定義ファイルを用意しておく。コンピュータは分析データを読み込むと、その中に含まれている分析装置の機種を特定するための判別項目を検出し、その判別項目に対応した定義ファイルを参照しつつ、該分析データを表に展開してデータ項目を取得し、分析データのデータ書式を目的とする書式に変換する。
【選択図】図１

Description

本発明は、液体クロマトグラフ、ガスクロマトグラフ、質量分析計等の分析装置を用いた分析に関連するデータの書式を変換するための書式変換システム及びプログラムに関する。

近年、ＬＡＮ（Local Area Network）等のデータ通信ネットワークを介して遠隔端末から監視や制御を行うことができるネットワーク型分析装置システムが提案されている。このようなネットワーク型分析装置システムにより、複数の分析装置を一つの端末から操作することが可能となる。

ネットワーク型分析装置システムにおいて複数の分析装置をネットワークに接続して使用するときには、分析装置のメーカーや機種が互いに異なっていることがある。このような場合、一般に、メーカーや機種が異なれば通信プロトコルや制御パラメータも異なるので、端末から制御や操作を行うためには、分析装置のメーカー毎にあるいは機種毎に専用の分析制御アプリケーションを用意しなければならず、これには相当なコストや労力が要求されていた。

このような問題を解決するために、これまでに、対象を特定のシステムに特化させることのない、汎用性を持たせたネットワーク型分析装置用の管理システムが開示されてきた。例えば特許文献１には、分析情報をＨＴＭＬ（Hyper Text Markup Language）等の標準形式の言語で出力することにより、ウェブブラウザを搭載した端末にて分析の結果である分析情報（本発明では分析データと呼ぶ）を遠隔から閲覧することを可能にした分析装置の管理システムが開示されている。特許文献１のシステムでは、分析装置の制御プログラムをCGI（Common Gateway Interface）によって作成することにより、端末上のウェブブラウザから制御命令を送信することも可能となっている。

特開2002-372543号公報（[0027]〜[0029]）

昨今では、分析を実行した結果取得された分析データを一元管理するために、また、データの処理を容易化することを目的として、取得された分析データをデータ管理システム（データベース管理システム（ＤＢＭＳ）、ラボラトリデータ管理システム（ＬＤＭＳ）、ラボラトリ情報管理システム（ＬＩＭＳ）等）に登録することが多くなっている。しかし、データ管理システムに分析データを登録しようとする際に、分析装置のメーカーや機種によって分析データの出力フォーマット（ファイル形式やデータ書式）が異なるという点が問題となっていた。

分析データをユーザが閲覧するだけであれば、出力フォーマットの違いは特に問題とはならない（上記特許文献１において開示されているような技術を用いればよい）が、分析データをデータ管理システムに登録するためには、分析データを構成するデータの意味やその分析データ中における記載箇所を定義しなければならないため、結局、分析装置のメーカーや機種毎に対応した登録用ソフトウェアを開発しなければならなかったのである。これには、機器やシステムの仕様が変更になったり、新たな機器が追加されたりした場合、それに合わせたシステムの保守、変更が必要となり、メンテナンスに相当な労力及びコストが掛かるという問題がある。
また、そういったソフトウェアを用意することができない場合には、ユーザが手作業によって分析データをデータ管理システムに登録しなければならず、非常に面倒であった。

上述したような課題を解決するべく本願発明者は研究を重ねた結果、通常の分析装置は分析データをテキスト形式で出力する機能を備えていることを利用し、分析データのデータ書式を所定のデータ書式に変換するための書式変換システムに想到した。

上記のようにして成された本発明に係る分析データの書式変換システムは、
各種分析装置からテキスト形式で出力された分析データのデータ書式を所定のデータ書式に変換するための書式変換システムであって、
分析データにおける書式コードを定義した書式コード定義、分析データに含まれる各種のデータ項目と該分析データを表形式で展開した際の該表におけるアドレスとの関係を示すデータ項目アドレス定義、及び分析装置の機種を特定するための判別項目が記載された定義ファイルが、分析データのデータ書式毎に保存された定義ファイル保存部と、
前記定義ファイル保存部に保存されている複数の定義ファイルのうち、分析装置から出力された分析データである出力分析データに含まれる判別項目に対応した一の定義ファイルを読み出す機種判別部と、
前記定義ファイルに含まれる書式コード定義に基づいて前記出力分析データを表形式で展開する表展開部と、
前記定義ファイルに含まれるデータ項目アドレス定義に基づいて、前記表から各種データ項目を取得し、該各データ項目を所定のデータ書式で書き出すことにより前記出力分析データのデータ書式を変換する書式変換部と、
を備えることを特徴とする。

本発明に係る分析データの書式変換システムは、好適には、
更に、前記定義ファイルを定義するための定義ファイル作成部を備えており、
該定義ファイル作成部は、
ユーザの指示に基づき、分析データにおける書式コードを定義する書式コード定義部と、
ユーザの指示に基づき、前記表展開部によって分析データが展開された表において、各種のデータ項目と該表におけるアドレスとの対応を示すデータ項目アドレスを定義するデータ項目アドレス定義部と、
ユーザの指示に基づき又は自動的に、分析データに含まれる、分析装置の機種を特定するための判別項目を定義する判別項目定義部と、
を含んで成る構成とするのが望ましい。

また、本発明は、分析データにおける書式コードを定義した書式コード定義、分析データに含まれる各種のデータ項目と該分析データを表形式で展開した際の該表におけるアドレスとの関係を示すデータ項目アドレス定義、及び分析装置の機種を特定するための判別項目が記載された定義ファイルが、分析データのデータ書式毎に保存された定義ファイル保存部を備えた各種分析装置からテキスト形式で出力された分析データのデータ書式を所定のデータ書式に変換するための書式変換システムに利用するものであって、
コンピュータを
前記定義ファイル保存部に保存されている複数の定義ファイルのうち、分析装置から出力された分析データである出力分析データに含まれる判別項目に対応した一の定義ファイルを読み出す機種判別部と、
前記定義ファイルに含まれる書式コード定義に基づいて前記出力分析データを表形式で展開する表展開部と、
前記定義ファイルに含まれるデータ項目アドレス定義に基づいて、前記表から各種データ項目を取得し、該各データ項目を所定のデータ書式で書き出すことにより前記出力分析データのデータ書式を変換する書式変換部と、
して機能させるための分析データの書式変換プログラムを提供する。

前記分析データの書式変換プログラムは、好適には、前記コンピュータを更に、
ユーザの指示に基づき、分析データにおける書式コードを定義する書式コード定義部と、
ユーザの指示に基づき、前記表展開部によって分析データが展開された表において、各種のデータ項目と該表におけるアドレスとの対応を示すデータ項目アドレスを定義するデータ項目アドレス定義部と、
ユーザの指示に基づき又は自動的に、分析データに含まれる、分析装置の機種を特定するための判別項目を定義する判別項目定義部と、
して機能させることを特徴とすることができる。

なお、本明細書では、分析装置から出力されてきた分析データを適宜「出力分析データ」と称する。

本発明に係る分析データの書式変換システムによれば、分析データがテキスト形式でありさえすれば、定義ファイル保存部に予め記憶されている定義ファイルを参照することによって、各種のデータ書式の出力分析データをユーザが目的とするデータ書式に変換することができる。従って、複数の異なる機種の分析装置がネットワークに接続されており、各分析装置から出力されるテキスト形式の分析データのデータ書式がそれぞれ異なっているような場合であっても、ユーザの手を煩わすことなくデータ書式を統一することができる。これにより、出力分析データを自動的にデータ管理システムに登録することが可能となる。

また、定義ファイル作成部を更に備えた構成においては、ユーザは書式コードを設定し、表に展開されている分析データのデータ項目を、表を構成するセルのアドレスによって指定するだけでよいので、新たな種類の分析装置をネットワークに接続した場合であっても、定義ファイルの作成や設定変更を、変換コードを一々書く必要なく非常に簡単に行うことができる。従って、これまでデータ書式を変更するために要求されていた手間やコストを大幅に削減することが可能となる。また、専門的な知識を有していないユーザでも、定義ファイルを作成することができるというメリットもある。

図１は、本発明に係る分析データの書式変換システムの一使用形態例の概略構成を示す図である。本実施形態のネットワーク型分析システム１には、ＬＡＮなどのネットワークＮＷに接続された分析装置Ａ−１〜Ａ−４、分析制御サーバＡＳ−１及びＡＳ−２、分析装置に対する分析指示及び分析結果表示を分析制御サーバを介して行うための複数の端末コンピュータ（パソコン）ＰＣ−１及びＰＣ−２、システム全体の制御を行うためのシステム制御サーバＳＳ、分析データを保存するためのデータベースサーバＤＳが含まれているものとする。データベースサーバＤＳには、分析装置Ａ−１〜Ａ−４が分析を実行した結果として出力される出力分析データを一括して登録管理するためのデータ管理アプリケーションがインストールされている。なお、図１のシステム構成は一例であって、本ネットワークＮＷに接続される機器の種類やその台数は何ら限定されるものではない。

ネットワーク型分析システム１における分析装置Ａ−１〜Ａ−４は、各種の分析装置や計測装置とすることができ、先に述べたようにその種類や接続台数は問わないが、いずれも、取得した分析データをテキスト形式で出力する機能を備えている必要がある。
本発明においてテキスト形式とは、分析データを構成する各データが文字又は数字で記述されており、それら各データがタブ、スペース、カンマなどのデリミタ（区切り文字）によって区切られて成るファイル形式のことをいう。なお、出力分析データには、例えばグラフや画像といったバイナリ形式のデータが付属していてもよい。こういったバイナリ形式のデータは添付データとして処理する。
また、本発明においていうデータ項目とは、分析データを構成するデータにおいて、何らかの意味を持つ一又は複数のデータのことである。データ項目には例えば、分析装置名、データ処理の種類、サンプル名、分析日時、ピーク種別、濃度といったものがある。

本発明に係る分析データの書式変換システムは、分析システム１に接続されている限りその設置箇所は問わないが、一例として、データベースサーバＤＳにおいてバックグラウンドで常時作動する常駐サービスとして組み込むことができる。
データベースサーバＤＳは、ＣＰＵ、メモリ、ハードディスクなどを備えるコンピュータである。ハードディスクには定義ファイル保存部が設けられている（後述）ほか、分析データの書式変換プログラムが保存されている。またデータベースサーバＤＳには、キーボードやマウスといった入力部、及びＣＲＴ（Cathode Ray Tube）やＬＣＤ（Liquid Crystal Display）といった表示部が接続されていてもよい。また、データベースサーバＤＳが表示部や入力部を備えていなくても、ネットワークＮＷを介してデータベースサーバＤＳに接続されている端末コンピュータの表示部や入力部を用いてデータベースサーバＤＳを操作したり制御したりする構成としてもよい。

本発明に係る分析データの書式変換システムの構成は、定義ファイル保存部と、機種判別部と、表展開部と、書式変換部と、から成る。このうち機種判別部、表展開部、書式変換部は、ＣＰＵが分析データの書式変換プログラムを実行することにより実現される機能である。

定義ファイル保存部は、ハードディスクやフラッシュメモリなどのデータ記憶装置の一部領域又は全領域に設けられた記憶領域であり、定義ファイルが分析装置のデータ書式の種類毎に保存される。

定義ファイル保存部に記憶されている定義ファイルについて説明する。定義ファイルは、分析データのデータ書式毎に予め作成されたファイル（ひとまとまりのデータ）である。各定義ファイルには、以下の情報が含まれる。

・書式コード定義…そのデータ書式の分析データにおいて使用されているデリミタ（カンマやタブ）、改行コード（CRやCRLF）、ファイル終端コードといった書式コードの定義。この書式コードによって、分析データを適切に表形式で展開することができる。また、書式コード定義には、日付の書式（yyyy/mm/dd、mm-dd-yyyyなど）、時刻の書式（hh:mm:ss、hh-mm-ssなど）、数値における小数点と桁区切り記号の定義（カンマとコロン）も含めておく。

・データ項目アドレス定義…分析データを表形式で展開した際に、該表においてどのアドレスのセルにどのデータ項目が記載されているかという対応を示す定義。セルの指定は必ずしも固定的な絶対アドレスによる必要はなく、例えば、「ある文字列が記載されたセルの一つ下のセル」といった相対的なものでも構わない。また、分析の結果取得された値のデータ項目は、データの個数が不定である場合がある。このような場合には、「あるアドレスのセルから下方向へ、所定の文字列が記入されたセルまで」のように、セルの範囲を定義しておくことによって複数の値を全て取得することができる。所定の文字列にはnull値を指定することもできる。

・判別項目…出力分析データには、通常、分析装置の機種を特定することができる機種名などのデータ項目が含まれており、本発明ではこのようなデータ項目のことを判別項目と称する。複数の分析装置の機種が同一のデータ書式でもって分析データを出力することがあるので、一つの定義ファイルには複数の判別項目、つまり、複数機種の分析装置についての判別項目が記載されていてもよい。なお、ファイルを開くことなく高速に適切な定義ファイルを選択可能とするために、判別項目の文字列はファイル名やファイルのプロパティ内に記載されることが望ましい。

本発明に係る書式変換システムにおいて上記定義ファイルを新規に作成したり必要に応じて変更を行ったりするためには、定義ファイル作成部を更に備えたシステム構成とすることができる。この場合、定義ファイル作成部は、分析データにおける書式コードを定義する書式コード定義部と、前記表展開部によって分析データが展開された表において、各種のデータ項目と該表におけるアドレスとの対応を示すデータ項目アドレスを定義するデータ項目アドレス定義部と、分析データに含まれる、分析装置の機種を特定するための判別項目を定義する判別項目定義部と、を含む構成とすればよい。

定義ファイル作成部によって定義ファイルを作成する場合には、まず分析データを読み込み、それを表示部の画面において、行と列から成る表に展開する。その後、ユーザは画面に表示されている表を参照しつつ、分析データを構成する各データ項目が正しく表に展開されるように書式コードを設定する。図２は、書式コードのうち、日付、時刻、数値の設定を行うための画面である。この画面で各項目の設定を行った後に「保存」ボタンを押すことにより、これらの書式コードが保存される。書式コードの設定は、分析データを表に展開する前の段階で行っておいてもよい。

次にユーザはデータ項目アドレスの設定を行う。図３は、分析データの各データ項目が正しく表に展開された状態の表の画面例である。また、図４に各種のデータ項目のアドレスを設定する画面表示例を示す。図４（ａ）はサンプルに関する項目を設定する画面例、図４（ｂ）は分析の結果取得されたデータに関する項目を設定する画面例である。図４（ａ）の設定画面では、分析装置名、サンプル名、サンプルタイプといった項目に対して、設定値（セルのアドレス）を設定する。項目名に対応する設定値が分析データに存在しない場合には、その設定値は空欄とする。また、図４（ｂ）の設定画面では、保持時間、濃度、ピーク開始時間等に関し、読み出し開始セルを設定値として設定するとともに、検索方向も設定する。先述したサンプルに関する項目の設定の場合と同様に、項目名に対応する設定値が分析データに存在しない場合には、その設定値は空欄としておく。
次に、必要であればユーザは判別項目を指定する。ただし本例においては分析装置名を判別項目とする（図４（ａ）：既に設定済み）ので、改めて判別項目を設定する必要はない（すなわち、この場合は自動的に分析装置の機種を特定するための判別項目が定義される。）。
作成された定義ファイルは、手動で、又は自動的に定義ファイル保存部に保存される。

以下、本発明に係る分析データの書式変換システムによって、出力分析データの書式を変換する処理の例を説明する。以下は、データベースサーバＤＳにおいて、そのＣＰＵが分析データの書式変換プログラムを実行することにより行われる。また、分析装置から逐次出力される分析結果は一旦分析制御サーバに保存されてゆき、一分析が完了した後に一分析に関するひとまとまりの出力分析データとして分析制御サーバからデータベースサーバＤＳの所定の一又は複数のフォルダ内に格納されてゆくものとする（図１）。

ＣＰＵは出力分析データの格納先として設定されたフォルダを定期的にサーチして、新規の出力分析データが存在しているかどうかを随時確認する。出力分析データが存在していることを検出した場合には、その出力分析データから判別項目を読み出し、定義ファイル保存部に保存されている定義ファイルのファイル名やファイルのプロパティの所定項目を検索し、前記判別項目に対応する判別項目を有している定義ファイルを読み出す。なお、出力分析データの判別項目に対応する定義ファイルが無い場合には、ＣＰＵはその旨をユーザに通知するダイアログを表示部に表示したり、自動的に定義ファイルを作成する画面を表示したりする。

次にＣＰＵは、読み出した定義ファイルに記載されている書式コード定義に基づき、出力分析データを表形式で展開する。ＣＰＵは、定義ファイルに含まれるデータ項目アドレス定義に基づいて前記表から各種データ項目を取得し、該各データ項目を、データ管理システムに登録することができるように予め定められた所定のデータ書式で書き出すことにより出力分析データのデータ書式を変換する。次いでＣＰＵはデータ書式が変換された後の出力分析データをデータ管理システムに登録する。

ＣＰＵは他の分析が完了して新たに出力分析データが保存されると自動的に上記の処理を行い、その分析データのデータ書式を変換して、データ管理システムに登録する。
このように、本発明に係る分析データの書式変換システムを利用することにより、出力分析データのデータ書式が異なるような場合であっても、自動的にデータ管理システムへ分析データを登録することが可能となる。

以上、本発明に係る分析データの書式変換システムについて説明を行ったが、上記は例に過ぎないことは明らかであって、本発明の趣旨の範囲で適宜に改良や変更を行っても構わない。

以上の説明においては、分析データはテキスト形式で出力されることを前提としている。しかし、本発明の書式変換システムは出力分析データを表形式で展開することができれば良いという観点からすると、出力分析データのファイル形式は例えばMicrosoft社のExcel（登録商標）ファイル形式や、SYLKファイル形式といった、いわゆるスプレッドシートアプリケーションで扱うことが可能なファイル形式を含めることも可能である。

本発明に係る分析データの書式変換システムの一実施形態の概略構成図。 日付、時刻、数値の設定を行うための画面例。 分析データを表形式で展開した際の画面例。 （ａ）サンプルに関する項目を設定する画面例、（ｂ）分析の結果取得されたデータに関する項目を設定する画面例。

Claims (4)

1. 各種分析装置からテキスト形式で出力された分析データのデータ書式を所定のデータ書式に変換するための書式変換システムであって、
   分析データにおける書式コードを定義した書式コード定義、分析データに含まれる各種のデータ項目と該分析データを表形式で展開した際の該表におけるアドレスとの関係を示すデータ項目アドレス定義、及び分析装置の機種を特定するための判別項目が記載された定義ファイルが、分析データのデータ書式毎に保存された定義ファイル保存部と、
   前記定義ファイル保存部に保存されている複数の定義ファイルのうち、分析装置から出力された分析データである出力分析データに含まれる判別項目に対応した一の定義ファイルを読み出す機種判別部と、
   前記定義ファイルに含まれる書式コード定義に基づいて前記出力分析データを表形式で展開する表展開部と、
   前記定義ファイルに含まれるデータ項目アドレス定義に基づいて、前記表から各種データ項目を取得し、該各データ項目を所定のデータ書式で書き出すことにより前記出力分析データのデータ書式を変換する書式変換部と、
   を備えることを特徴とする分析データの書式変換システム。
2. 更に、前記定義ファイルを作成するための定義ファイル作成部を備えており、
   該定義ファイル作成部は、
   ユーザの指示に基づき、分析データにおける書式コードを定義する書式コード定義部と、
   ユーザの指示に基づき、前記表展開部によって分析データが展開された表において、各種のデータ項目と該表におけるアドレスとの対応を示すデータ項目アドレスを定義するデータ項目アドレス定義部と、
   ユーザの指示に基づき又は自動的に、分析データに含まれる、分析装置の機種を特定するための判別項目を定義する判別項目定義部と、
   を含んで成ることを特徴とする請求項１に記載の分析データの書式変換システム。
3. 分析データにおける書式コードを定義した書式コード定義、分析データに含まれる各種のデータ項目と該分析データを表形式で展開した際の該表におけるアドレスとの関係を示すデータ項目アドレス定義、及び分析装置の機種を特定するための判別項目が記載された定義ファイルが、分析データのデータ書式毎に保存された定義ファイル保存部を備えた各種分析装置からテキスト形式で出力された分析データのデータ書式を所定のデータ書式に変換するための書式変換システムに利用するものであって、
   コンピュータを
   前記定義ファイル保存部に保存されている複数の定義ファイルのうち、分析装置から出力された分析データである出力分析データに含まれる判別項目に対応した一の定義ファイルを読み出す機種判別部と、
   前記定義ファイルに含まれる書式コード定義に基づいて前記出力分析データを表形式で展開する表展開部と、
   前記定義ファイルに含まれるデータ項目アドレス定義に基づいて、前記表から各種データ項目を取得し、該各データ項目を所定のデータ書式で書き出すことにより前記出力分析データのデータ書式を変換する書式変換部と、
   して機能させるための分析データの書式変換プログラム。
4. 請求項３に記載の分析データの書式変換プログラムにおいて、前記コンピュータを更に、
   ユーザの指示に基づき、分析データにおける書式コードを定義する書式コード定義部と、
   ユーザの指示に基づき、前記表展開部によって分析データが展開された表において、各種のデータ項目と該表におけるアドレスとの対応を示すデータ項目アドレスを定義するデータ項目アドレス定義部と、
   ユーザの指示に基づき又は自動的に、分析データに含まれる、分析装置の機種を特定するための判別項目を定義する判別項目定義部と、
   して機能させることを特徴とする分析データの書式変換プログラム。
   
   
   

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