JP2007531883A - 卵巣がんのためのバイオマーカー - Google Patents
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Abstract
【選択図】 なし
Description
本出願は、2004年12月1日に出願された米国仮出願第60/632474号、2004年3月31日に出願された米国仮出願第60/558422号の優先権を主張するものであり、両出願を参照してその全てを本明細書に取り込む。
本発明は、卵巣がんの検出において重要なバイオマーカーを提供する。マーカーは、SELDI分析を用いて、健常人由来のものと、卵巣がん患者の血清蛋白質プロファイリングを識別することで同定された。本発明は、卵巣がんの状態を認定するのにバイオマーカーを使用するシステム及び方法に、これらのバイオマーカーを関連づけるものである。本発明はまた、公知の蛋白質であるバイオマーカーを同定するものでもある。
本発明は、マーカーを測定することにより、卵巣がんの状態を決定するのに有用な、感度が高く迅速な方法及びキットを提供する。患者のサンプルに於いてこれらのマーカーを測定することで、診断者がヒトのがんの予想される診断又は陰性(例えば正常又は疾患ではない)と関連付けられる情報が提供される。マーカーは分子量及び/又はそれらの蛋白質の独自性で特徴付けられる。マーカーは、例えばマススペクトロメトリーを伴うクロマトグラフィーによる分離、固定化された抗体を使用する又は伝統的なイムノアッセイによる蛋白質の捕獲等の様々な分画技術を使用して、サンプル内の他の蛋白質から分析することができる。好ましい態様では、分析法は、表面活性化レーザー脱離/イオン化(SELDI)マススペクトロメトリーを含み、マススペクトロメトリープローブの表面は、マーカーに結合する吸収剤を含んでいる。
他に定義されない限り、本明細書に使用される全ての技術及び化学用語は、本発明の所属する技術分野の当業者に通常理解される意味を有するものである。以下の参照文献は、本発明において使用される用語の多くの一般的な定義を、当業者に提供するものである。Singletonら、Dictonary of Microbiology and Molecular Biology (2nd ed. 1994)、The Cambridge Dictionary of Science and Technology (Walker ed. 1988)、The Glossary of Genetics, 5th ed., R.Riegerら(eds.), Springer Verlag (1991)、Hale & Marhan, The Harper Collins Dictionary of Biology (1991)。本明細書で使用されるように、以下の用語は他に特定されない限り、それらの用語に割り当てられた意味を有するものである。
本発明は、プロテインチップ(登録商標)バイオマーカーシステム(サイファージェンバイオシステムズ、インコーポレイテッド、フレモント、CA)を使用して、卵巣がんと診断された患者及び公知の腫瘍疾患に罹患していない患者由来の蛋白質プロファイルの比較から産生されたバイオマーカーを提供する。これらのバイオマーカーは、その他の公知の卵巣がんマーカーと共に、個々のおよび多変量予測モデルに於いて評価された。特にこれらのバイオマーカーは個々で又は好ましくはこのグループ由来の他のバイオマーカー又は他の診断試験と組み合わせて、対象生物に於ける卵巣がん状態を測定する(determining)新規な方法を提供する。
A.アポリポプロテインA1
本発明の方法において有用なマーカーの一例は、アポリポプロテインA1であり、これは本明細書では「ApoA1」と表される。ApoA1はm/z28043(マーカーXXIV)のピークとして、マススペクトロメトリーで検出される。本明細書に開示されるマーカーの分子量は、開示されるSELDIマススペクトロスコピー手順により測定される特定値に対して0.15%以内の正確性であると考えられている。従って、ApoA1はm/z28055のピークとしても検出されるものである。
本発明の方法において有用なマーカーの他の例には、プレアルブミンの形態であり、本明細書で「トランスサイレチンΔN10」と表されるものが含まれる。トランスサイレチンΔN10はm/z12870.9のピークとして、マススペクトロメトリーで検出される。トランスサイレチンΔN10は手順に従って血液を分画化し、IMACチップへ適用後のSELDIによる検出で、見出された。免疫沈降およびタンデムマススペクトロメトリーにより、精製された蛋白質はN末端の10個のアミノ酸を欠如するプレアルブミンの切断された形態(本明細書では「トランスサイレチンΔN10」と表される)であることが見出された。トランスサイレチンΔN10の単離及び同定のための手順は、以下の実施例に開示されている。トランスサイレチンΔN10もまたある病期(stage)の卵巣がん患者に於いてはダウンレギュレートされている。よってトランスサイレチンΔN10の欠如又は正常な対照と比較したトランスサイレチンΔN10量に於ける統計学的に有意な減少は、卵巣がん状態と関連があるだろう。
本発明の方法に於いて有用なマーカーのその他の例は、インターαトリプシン阻害剤重鎖H4の開裂した断片であり、本明細書では選択的に「IAIH4断片」、「ITIH4断片」及び/又はPK−120断片と表されるものである。好ましい態様では、IAIH4断片はIAIH4断片1、IAIH4断片2及びIAIH4断片3からなる群より選択される。更に好ましい態様では、一般的な「IAIH4断片」という用語は、IAIH4断片1、IAIH4断片2及びIAIH4断片3の何れをも含む。
卵巣がんの状態と関連性を有する更なるバイオマーカーが、pH4及びpH9で溶出された分画に於いて同定された。pH4では、これらのバイオマーカーに対応する蛋白質又はその断片が、SELDI(表面活性化レーザー脱離/イオン化)プロテインチップ/マススペクトルに、以下に示される値を中心とする分子量の強度ピークとして現れた。
本発明のある態様はまた、ApoA1、トランスサイレチンΔN10、IAIH4断片1、IAIH4断片2及びIAIH4断片3から選択される一つ又はそれ以上のマーカーと組み合わせて、公知の卵巣がんバイオマーカーを使用するものである。「マーカー4」という用語は、本明細書では公知の卵巣がんマーカーを表すのに使用される。マーカー4として有用なマーカーの例には、CA125、CA125II、CA15−3、CA19−9、CA72−4、CA195、TATI、CEA、PLAP、シアリルTN、ガラクトシルトランスフェラーゼ、M−CSF、CSF−1、LPA、p110EGFR、組織カリクレイン、プロスタシン、HE4、CKB、LASA、HER−2/neu、尿ゴナドトロピンペプチド、ダイアノンNB70/K、TPA、オステオポンチン、ハプトグロビン、ビクニン及びMUC1並びにそれらの蛋白質の変異体(例えば開裂体やアイソフォーム等)であるバイオマーカーが含まれるが、これらに限定されるものではない。
サンプル中に、検出可能な質量差によって特徴付けられる複数の異なる形態で頻繁に存在する蛋白質が発見されている。これらの形態は、翻訳前及び翻訳後の修飾の何れか一方、若しくは両方の結果として起こり得る。翻訳前の修飾による形態には対立遺伝子多型、スライス多型(slice variants)及びRNA編集型を含む。翻訳後の修飾による形態には、切断された、蛋白質分解による分裂(例、親蛋白質の断片)、グリコシル化、脂質化、システイン化、グルタチオン化、リン酸化反応、プレニル化、アシル化、アセチル化、メチル化、硫酸化、スルホン化、水酸化、ミリストイル化 、ファルネシル化 、酸化及びユビキチン化を含む。特定の蛋白質及びその蛋白質の修飾された全ての形態を含む集合を本明細書では「蛋白質群」とする。特定の蛋白質の全ての修飾された形態から成り、その特定の蛋白質自体を除いた集合を、本明細書では「修飾された蛋白質群」とする。本発明の何れのバイオマーカーの修飾された形態もまた、それ自体がバイオマーカーとして使用されてもよい。特定のケースでは、診断に於いて、修飾された形態の方が本明細書で説明される特定の形態のものよりも優れた識別力を示すかもしれない。
A)対象生物(subject)の型
サンプルは、例えば卵巣がんの状態の確定を望む女性などの対象患者(subject)から集める。対象患者は家系的に卵巣がんの高度の危険性が高い女性であってもよい。他の患者には、卵巣がんに罹っている女性が含まれ、試験は患者が受ける療法又は治療の効果を決定するために使用される。また、患者には、通常の試験の一部として又はバイオマーカーのベースラインレベルを確立するために試験される、健常人が含まれる。サンプルは、既に卵巣がんと診断され、軽減治療を受けてたことのある女性、又おそらくは、回復した女性から収集してもよい。
マーカーは種々の異なった型の生体サンプルで測定することができる。サンプルは好ましくは体液サンプルである。有用な体液サンプルの例には、血液、血清、血漿、膣分泌、尿、涙、精液等が含まれる。マーカーは全て血清内で見出されることから、本発明の態様に於いて血清が好ましいサンプル源である。
マーカーは好ましくは、個々に開示される如何なるバイオチップ、マルチウエルマイクロタイタープレート又は樹脂のような、固体支持体に固定化された捕獲試薬により捕獲される。特に、本発明のバイオマーカーは、好ましくはSELDI蛋白質バイオチップ上に捕獲される。捕獲はクロマトグラフィーの表面又は生体特異的表面に於いて行われる。反応性表面を含むSELDI蛋白質バイオチップの如何なるものでも、本発明のバイオマーカーを捕獲及び検出するために使用されることができる。しかしながら、本発明のバイオマーカーは固定化された金属キレートによく結合する。IMAC−3及びIMAC30バイオチップは、ニトリル酢酸がキレートによりCu++やNi++のような遷移金属イオンを吸着するもので、本発明のバイオマーカーを捕獲するための好ましいSELDIバイオチップである。反応性表面を含むSELDI蛋白質バイオチップであれば、どれでも本発明のバイオマーカーの捕獲及び検出に使用できる。これらのバイオチップは生体分子を特異的に捕獲する抗体を運搬することができ、又は、イムノグロブリンに結合するプロテインA又はプロテインGのような捕獲試薬とともに運搬することができる。それから生体分子は特異的な抗体を使用して溶液内で捕獲することができ、捕獲された生体分子は捕獲試薬を通じてチップ上で単離される。
例えばバイオチップ又は抗体のような基質に一旦捕獲されれば、適切な方法であればどれでも、サンプル内の一つ又はそれ以上のマーカーを測定するために使用できる。例えば、マーカーは、ガス相イオンスペクトロメトリー法、光学的手法、電気化学的手法、原子間力顕微鏡法、高周波法を含む、様々な検出方法により、検出及び/又は測定することができる。これらの方法を使用することで、一つ又はそれ以上のマーカーが検出できる。
バイオマーカーの検出及び/又は測定の一つの好ましい方法は、マススペクトロメトリー、特に、「表面活性化レーザー脱離/イオン化」又は「SELDI」を使用する。SELDIとは、分析物がプローブインターフェースを司るSELDIプローブの表面に捕獲される、脱離/イオン化ガス相イオンスペクトロメトリー(例えばマススペクトロメトリー)の方法のことである。「SELDI MS」では、ガス相イオンスペクトロメーターはマススペクトロメーターである。SELDI技術は詳しく上述されている。ApoA1、修飾された6つの形態のApoA1、トランスサイレチンΔN10、未変性のトランスサイレチン、システイン化されたトランスサイレチン、スルホン化されたトランスサイレチン、CysGlyで修飾されたトランスサイレチン、グルタチオン化されたトランスサイレチン、IAIH4断片1、IAIH4断片2及びIAIH4断片3は、それぞれm/z約28043(又は28055);m/z約29977.4,28262,28473,28692,28844,及び29031;m/z約3031;及びm/z約2884として検出される。
他の態様では、イムノアッセイがサンプル内のマーカーの検出及び分析に使用される。この方法は、(a)マーカーに特異的に結合する抗体を提供し、(b)サンプルを抗体と接触させ、(c)サンプル内でマーカーに結合した抗体の複合体の存在を検出する、ことを含む。
例えばマススペクトロメトリーにより、サンプルが測定され、データが産生されると、データはそれからコンピュータソフトウェアプログラムにより分析される。一般的にソフトウェアはマススペクトロメーター由来のシグナルをコンピュータで読み取り可能な形に変換するコードを含んでいる。ソフトウェアはまた、シグナルが、本発明のマーカー又は他の有用なマーカーに対応する「ピーク」を表しているか否かを決定するために、シグナル分析のためのアルゴリズムを適用するコードを含むこともできる。ソフトウェアはまた、試験サンプル由来のシグナルを「正常」及びヒトがんの典型的なシグナルの特徴と比較して、両シグナル間の適合の親密さを決定するアルゴリズムを実行するコードを含むこともできる。ソフトウェアはまた、試験サンプルが最も近く、それ故予想される診断を提供するコードを表示することを含むことができる。
好ましい態様では、血清サンプルは患者から集められ、上述したように陰イオン交換樹脂を使用して分画化される。サンプル内のバイオマーカーはIMAC銅プロテインチップアレイを使用して捕獲される。マーカーはそれからSELDIを使用して検出される。そのような試験に於いては、ApoA1、トランスサイレチンΔN10、未変性のトランスサイレチン、システイン化されたトランスサイレチン、スルホン化されたトランスサイレチン、CysGlyで修飾されたトランスサイレチン、グルタチオン化されたトランスサイレチン、IAIH4断片1、IAIH4断片2及び/又はIAIH4断片3が検出できる。結果はコンピュータシステムへ挿入され、そのコンピュータシステムは、バイオマーカーをもともと決定するための学習アルゴリズムと分類アルゴリズムに於いて使用されたものと同じパラメータを使用するようにデザインされたアルゴリズムを含む。アルゴリズムは個々のバイオマーカーに関する受容されたデータに基づいて診断する。
個別的に如何なるバイオマーカーもが、卵巣がん状態を決定する上での助けとして有用である。まず、選択されたバイオマーカーが、例えばマススペクトロメトリーによる検出に続くSELDIバイオチップでの捕獲物のような、本明細書に記載されている方法を用いた対象生物からのサンプルに於いて測定される。それから、測定結果は卵巣がんの状態を、がんでない状態から区別する対照の診断量と比較される。診断量はがんでない状態に比較して、がん状態において特有のバイオマーカーがアップレギュレート又はダウンレギュレートされているという情報を反映するだろう。当該技術分野にてよく理解されているように、使用される特有の診断量は、診断する人の意向に基づいて、診断アッセイの感度や特異度を増強させるために調整されることができる。診断量と比較される試験量はよって、卵巣がんの状態を示す。
VIII.キット
本発明の方法は、同様に他にも適用できる。例えば、マーカーはインビボ又はインビトロでマーカーの発現を調節する化合物をスクリーニングするために使用でき、その化合物は患者に於いて卵巣がんを治療若しくは処置、又は予防するのに有用である。他の例では、バイオマーカーは卵巣がんの治療又は処置への応答をモニターするために使用できる。更に他の例では、バイオマーカーは、対象生物が卵巣がんを発展させる危険にあるか否かを決定するために遺伝の研究に使用できる。
データセットは複合の分類アルゴリズムにより分析できる。幾つかの分類アルゴリズムは分類のための個別の規則を提供し、その他の分類アルゴリズムは特定の結果(クラス)の確率評価を提供する。後者の場合は、決定(診断)は最も高い確率のクラスに基づいてなされる。例えば、健常、良性、「がん」という、3種類(クラス)の問題を考察する。分類アルゴリズム(例、最近隣法)を構築してサンプルAに適用し、当該サンプルが健常である確率が0、良性である確率が33%、及び「がん」である確率が67%であると仮定する。このとき、サンプルAは「がん」であると診断できるであろう。この方法は、しかしながら、診断に於ける「曖昧さ」を何ら考慮していない。即ち、サンプルが良性であるという若干の可能性があり得る。従って、この診断は、健常又は良性である確率が0であり、「がん」である確率が1というサンプルBと同一となる。
I=0xp(対照)+1xp(良性)+2xp(悪性腫瘍)
を導き出す。
原料と方法
サンプル
プロテオミックプロファイリングデータはグローニンゲン大学病院(グローニンゲン、オランダ)、デューク大学メディカルセンター(ダーハム、NC)、ロイヤルホスピタルフォーウィメン(シドニー、オーストラリア)、MDアンダーソン癌センター(ヒューストン、TX)で集められた全部で503例の血清試料から過去にさかのぼって得たものである。卵巣がんの群は、65人のステージI/IIの浸潤性上皮卵巣がん患者、88人のステージIII/IVの浸潤性上皮卵巣がん患者、28人の境界型腫瘍の患者及び14人の再発性患者からなる。がんのケースはFIGOクライテリアに基づく病理学者により最適なステージに分けられる。ステージI/IIの浸潤性卵巣がん患者のうち、20人は重症、17人は粘液性、15人は子宮内、8人は明細胞、1人はがん肉腫及び4人は混合上皮がん腫であった。サンプルはまた、良性骨盤塊と診断された166人の患者及び142人の健常人を対照として含むものであった。年齢及びCA125レベルを含む研究集団(群)の特徴と基本的な記述統計を、表1に記す。
血清分画:血清サンプルは氷上で溶かされ、それから沈殿を除去するために20000gで10分間遠心された。血清の20μlは30μlの変異緩衝液(U9:9Mのウレア、2%のCHAPS、50mMのトリスpH9.0)と混合され、4℃で20分間撹拌された。個々のサンプルのために、180μlのハイパーQDFアニオン交換樹脂が、200μlのU1緩衝液(50mMのトリスpH9.0で1:9に希釈されたU9)で三回平衡化された。変性した血清は樹脂に添加され、30分間結合させられた。結合しない物質は集められ、それから100μlの0.1%OGPを含む50mMトリス9.0が樹脂へと添加された。この洗浄物は収集され、結合しない物質(フロースルー、分画1)とあわせられた。分画はそれからpH7,5,4,3の洗浄緩衡液と有機溶媒それぞれ100μlを二回使用する段階的pH勾配で集められた。これで、全部で6つの分画が集められた。分画はバイオメック2000自動化液体ハンドラー(ベックマン)及びマイクロミックスシェイカー(DPC)で処理された。対照の収集されたヒト血清(インタージェン)のサンプルはアッセイをモニターするために、同様に処理された。
ベックマンバイオメック2000自動化ワークステーション
QハイパーDFセラミックアニオン交換樹脂(バイオセプラ、フランス)96穴ウェル
v底マイクロプレート
96穴ロプロダイン膜フィルタープレート(サイレントスクリーン、Nalge Nunc)
平衡緩衝液−50mMのトリス塩酸pH9.0
U9−9Mのウレア、2.0%のCHAPS、50mMのトリス塩酸、pH9.0;
U1−1Mのウレア、0.22%のCHAPS、50mMトリス塩酸、pH9.0;
pH9.0緩衝液−100mMのトリス塩酸、0.1%のOGP pH9.0;
pH7.0緩衡液−100mMのHEPES、0.1%のOGP pH7.0;
pH5.0緩衝液−100mMの酢酸Na、0.1%のOGP pH5.0;
pH4.0緩衝液−100mMの酢酸Na、0.1%のOGP pH4.0;
pH3.0緩衝液−50mMのクエン酸Na,0.1%のOGP pH3.0;
有機緩衝液−33.3%のイソプロパノール/16.67%のアセトニトリル/0.5%のトリフルオロ酢酸(TFA)
血清変性
20μlの血清を96穴V底プレートにピペットする。血清を含む個々のウェルに30μlのU9を添加する。96穴プレートをシーリングフィルムで覆う。樹脂が平衡化される間、少なくとも20分間4℃で撹拌する。
50mMのトリス塩酸 pH9.0の3ベッド(bed)容量で樹脂を5回洗浄する。これは50mLの遠心チューブで行われる。樹脂に50mMのトリス塩酸 pH9.0の当量を添加することで樹脂の50/50スラリーを調製する。180μlの50/50スラリーを96ウェルフィルタープレートの個々のウェルに添加する。樹脂の緩衝液に対する比率を一貫したものに保つために、スラリーを含む(2又は3分取毎に)チューブを定期的に撹拌する。それから緩衝液をろ過し、200μlのU1を添加し、再度ろ過する。これを同様に更に2回行う。
次に血清を樹脂に結合させる。本工程の最初の段階は、フィルタープレート内の対応するウェルに50μlの個々のサンプルをピペットする。次にサンプルプレートの個々のウェルに50μlのU1を添加し、5分間混合する。それからサンプルプレートの個々のウェルから50μlをフィルタープレートの対応するウェルへピペットする。30分間4℃で撹拌する。
チップ結合手順までの間、分画は凍結させておく。
バイオマーカー検索: M/Z2kD−50kDのマスの幅で限定されたマスピークが(S/N>5、0.3%のクラスターマスウインドウ)、SELDIスペクトルから選択された。興味あるスペクトルの幅でのデータのばらつきのより一貫したレベルを得るために、更なる分析の前に対数変換がピーク強度に適用された。初期の上皮卵巣がん患者及び、デューク大学医療センター(Ca n=36、HC n=47)並びにグロニンゲン大学病院(Ca n=20、HC n=30)由来の健常コントロールのデータ強度が、まずマイクロアレイデータ分析に、次いで蛋白質発現データ分析(プロピーク、3Zインフォマティックス)に用いられた、ユニファイドマキシマムセパラビリティー分析(UMSA)アルゴリズムを使用して分析された。(Li Jら、Clin Chem 2002, 48: 1296-304、Rai AJら、Zhang Zら、Arch Pathol Lab Med 2002, 126: 1518-26、Zhang Zら、Applying classification separability analysis: papers from CAMDA ’00 Boston: Kluwer Academic Publishers, 2001: 125-136; Zhang Zら、Fishing Expression- a Supervised Approach to Extract Patterns from a Compendium Of Expression Profiles. In: Lin SM, Johnson KF, eds. Microarray Data Analysis II: Papers from CAMDA ’01. Boston: Kluwer Academic Publishers, 2002)。
全てのマーカーに於いて、血清は蛋白質発現プロファイリングに使用されたアニオン交換プロトコールを使用して初めに分画化された。個々の精製工程では、分画はNP20又はIMAC−銅プロテインチップアレイに於いてモニターされた。
精製された蛋白質はトリプシンで消化され、トリプシンで消化された断片はプロテインチップリーダーで分析された。個々のスペクトルは平均少なくとも250レーザーショットであり、公知のペプチドの混合物に対して外見的に校正され、又はトリプシン自動溶解およびマトリックスピークを使用して内部的に校正された。ピークマスはプロファウンド検索ペプチドマッピングサイト(オンラインで入手可能)に供された。蛋白質配列はNCBIデータベースを使用して得られた。これらのデータベース合致は、プロテインチップアレイインターフェース(サイファージェン)を装着したPE Sciex QStar(コンコルド、カナダ)により確かめられた。MS/MS実験では、スペクトルはサイファージェン PCI1000プロテインチップ(登録商標)アレイインターフェースを装着したSciex QStar(コンコルド、オンタリオ、カナダ)タンデム四極飛行時間マススペクトロメーターで得られた。イオンは、平均電圧流が130μJ/mm2の秒辺り30パルスで作動する、電圧をかけられた窒素レーザー(レーザーサイエンスVSL337NDS、フランクリン、MA、USA)を使用してつくられた。窒素ガスは、全ての低エネルギー衝突誘起解離(CID)実験と同様に、形成されたイオンの衝突冷却のために、圧力10mトールで使用された。適用された衝突エネルギーは一般に50eV/kDaの支配へ続く。MS及びMS/MSモードでは、システムは公知のペプチドの混合物を使用して外見的に校正された。蛋白質の同定はUCSFプロテインプロスペクターMS−タグプログラム(オンラインで入手可能;Clauser K.R.ら(1999)Anal.l Chem.71:2871参照)を使用して行われた。MS−タグによるデータベース検索は、以下の値を使用して行われた。ヒト、トリプシン消化(許容される解裂の二つがかけた)、カルバミドメチル化により修飾されたシステイン、親及び断片イオンマス許容性50ppm、NCBI又はSwiss−Protデータベース。
これらの同定は、EIA又はプロテインチップアレイに基づくイムノアッセイにより確かめられた。
発見セット内で、初期の卵巣がん患者と健常人の対照との間に於ける、3つのバイオマーカーの発現レベルに於ける違いは統計学的に顕著であった(m/z12828及び28043のマーカーではP<0.000001、m/z3272のマーカーではP<0.003、m/z3031のマーカーではP<0.04、m/z2884のマーカーではP<0.005)(表1)。
非線形UMSA分類を使用して、二つの多変量予測モデルが構築された。最初のものは、その入力として3つのバイオマーカーのみを使用し、二番目のものはCA125レベルとともに、3つのバイオマーカーを使用した。図2のパネルE−Hは、二つのモデルの全体的な診断性能を、ROC分析を使用してCA125の全体的な診断性能と比較している。パネルE−Hでは、○:CA125、□:3つのバイオマーカーを使用する多変量モデル、△:3つのバイオマーカーとCA125を使用する多変量モデル。トレーニングデータでは、0.5のカットオフ値が感度及び特異度の合計をおおよそ最大化した。このカットオフを使用して、モデルは試験データと個々の検証データに適用された(表2)。独立した検証セットに於いて健常対照とステージI/II浸潤性卵巣がんとを差別するために、82.6%の感度(95% Cl 61.2−95.1%)で三つのバイオマーカーとCA125を使用する多変量モデルが、93.7%(84.5−98.2%)の特異度を有していた。表2はまた、独立した検証セットで、良性状態、後期浸潤がん又は境界の腫瘍である患者に関する結果を含んでいる。
マイクロタイタープレート形式(和光化学、USA)で行われる濁度免疫アッセイを使用して、アポリポプロテインA1について、そして、ジメンションRxL器具(デイド−ベーリング)での、粒子増強濁度免疫アッセイを使用して、トランスサイレチンΔN10について、142の試料が分析された(表3)。
図4において図式的に描かれる分類アルゴリズムに関して、モジュール1−3はUMSA学習アルゴリズムでトレーニングされた。しかしながら、最終分類モジュールは、通常の支持ベクター機械分類と同じ数学的形態を有していた。
CA125nm=log(CA125+0.01)
m/z12.9Knm=(m/z12828−61.103)/239.031
m/z28Knm=(m/z28043−61.3043)/238.9799
m/z3272nm=log(m/z3272+0.01)
log():自然対数
カーネル機能:ポリノミナル<X(:,i)X(:,j)>)^3.0
CA125nm=log(CA125+0.01)
m/z12.9Knm=(m/z12828−0.345)/0.1114
m/z28Knm=(m/z28043−0.4834)/0.2792
m/z3272nm=log(m/z3272+0.01)
log():自然対数
カーネル機能:exp(−/X(:,i)−X(:,j)/^2/(2*(1.0)^))
カーネル機構:ポリノミアル<X(:,i),X(:,j)>)^2.0
X1=exp(モジュール1出力)/(1+exp(モジュール1出力)
X1=モジュール2出力
Y=(CA125<=75)ならば、モジュール3出力
その他は、モジュール3出力+log((CA125+0.0001)/75)*8/log(10/3)
モジュール出力=exp(Y/2)/(1+exp(Y/2))
患者:この研究には、フローニンゲン及びルーバンの2カ所の病院から集められた、良性の卵巣の疾病を有する女性25人、卵巣がん初期(ステージI、IIa)の女性53人、卵巣がん後期の女性116人、及び健常な対照として73人が参加した。サンプルの組織学的亜型は以下の通りである:95漿液、29粘液、16子宮内膜、11明細胞、17腺がん及び1ミュラー管混合。不明確な腫瘍のある患者は含まなかった。初期がんの女性の平均年齢は51.8歳であり、後期がんでは58.8歳であり、良性の疾病では47歳、そして健常な対照では58歳であった。
患者:研究には、上皮性卵巣がんの女性45人、良性卵巣疾病の女性71人、消化器系の疾病の女性122人が参加した。本発明者らは、一人の小児良性病変及び解凍後の再冷凍を1回以上行ったサンプルを除外した。対照用のサンプルは患者及び良性の疾病のサンプルより長期に渡り保存された(平均の保存期間は、対照が21年、患者及び良性疾病は17年。)保存期間に関係するピークの検出の偏りを最小化する為、本発明者らはマーカーデータのメインの分析を1983〜1989年に採取されたサンプルに制限した。従って、本明細書に挙げられるデータは卵巣がん患者42人の症例、良性疾病の患者65人、及び対照76人に基づいたものである。
Claims (99)
- (a)対象生物由来のサンプルに於いて、ApoA1、修飾されたApoA1、トランスサイレチンΔN10、未変性のトランスサイレチン、システイン化されたトランスサイレチン、スルホン化されたトランスサイレチン、CysGlyで修飾されたトランスサイレチン、グルタチオン化されたトランスサイレチン、IAIH4断片1、IAIH4断片2及びIAIH4断片3及びそれらの組み合わせから選択される少なくとも一つのバイオマーカーを測定し、
(b)その測定結果を卵巣がんの状態と関連づけることを含む、
対象生物における卵巣がんの状態を認定する方法。 - 更に、(c)前記状態に基づいて対象生物を治療又は処置することを含む、請求項1に記載の方法。
- 対象生物の治療又は処置管理が、更なる試験の指示、手術及び更なる手段を講じないことから選択されるものである、請求項2に記載の方法。
- 更に、(d)対象生物を治療又は処置した後に、少なくとも一つのバイオマーカーを測定することを含む、請求項2に記載の方法。
- 卵巣がんの状態が、対象生物に於けるがんのリスク、疾患の有無、疾患の病期及び疾患の治療又は処置の有効性からなる群より選択されるものである、請求項1に記載の方法。
- 更に、対象生物由来のサンプルにおいて、少なくとも一つの公知のバイオマーカー(マーカー4)を測定し、公知のバイオマーカーの測定結果と、ApoA1、修飾されたApoA1、トランスサイレチンΔN10、未変性のトランスサイレチン、システイン化されたトランスサイレチン、スルホン化されたトランスサイレチン、CysGlyで修飾されたトランスサイレチン、グルタチオン化されたトランスサイレチン、IAIH4断片1、IAIH4断片2又はIAIH4断片3の測定結果を卵巣がんの状態と関連づけることを含む、請求項5に記載の方法。
- 公知のバイオマーカーが、CA125、CA125II、CA15−3、CA19−9、CA72−4、CA195、腫瘍関連トリプシン阻害剤(TATI)、CEA、胎盤アルカリンホスファターゼ(PLAP)、シアリルTN、ガラクトシルトランスフェラーゼ、マクロファージコロニー刺激因子(M−CSF、CSF−1)、リゾホスファチジン酸(LPA)、上皮成長因子受容体(p110GFR)の細胞外ドメインの110kD構成体、例えばカリクレイン6及びカリクレイン10(NES−1)等の組織カリクレイン、プロスタシン、HE4、クレアチンキナーゼB(CKB)、LASA、HER−2/neu、尿ゴナドトロピンペプチド、ダイアノンNB70/K、組織ペプチド抗体(TPA)、オステオポンチン及びハプトグロビン、並びにそれらの蛋白質の変異体(例えば開裂体やアイソフォーム等)であるバイオマーカーから選択されるものである、請求項6に記載の方法。
- 修飾されたApoA1及び未修飾のApoA1を含む群から選択されるApoA1、並びに
トランスサイレチンΔN10、未変性のトランスサイレチン、システイン化されたトランスサイレチン、スルホン化されたトランスサイレチン、CysGlyで修飾されたトランスサイレチン及びグルタチオン化されたトランスサイレチンを含む群から選択されるトランスサイレチン、
を測定することを含む、請求項1に記載の方法。 - ApoA1が修飾されたApoA1であり、トランスサイレチンがシステイン化されたトランスサイレチンである、請求項8に記載の方法。
- 修飾されたApoA1及び未修飾のApoA1を含む群から選択されるApoA1、
トランスサイレチンΔN10、未変性のトランスサイレチン、システイン化されたトランスサイレチン、スルホン化されたトランスサイレチン、CysGlyで修飾されたトランスサイレチン及びグルタチオン化されたトランスサイレチンを含む群から選択されるトランスサイレチン、並びに
IAIH4断片1、IAIH断片2及びIAIH4断片3を含む群から選択されるIAIH4断片、
を測定することを含む、請求項1に記載の方法。 - ApoA1、修飾されたApoA1、トランスサイレチンΔN10、未変性のトランスサイレチン、システイン化されたトランスサイレチン、スルホン化されたトランスサイレチン、CysGlyで修飾されたトランスサイレチン及びグルタチオン化されたトランスサイレチン、IAIH4断片1、IAIH4断片2及びIAIH4断片3を測定することを含む、請求項1に記載の方法。
- 更に、対象生物由来のサンプルにおいて、公知のバイオマーカーを測定し、公知のバイオマーカーの測定結果と、ApoA1、トランスサイレチンΔN10及びIAIH4断片の測定結果を卵巣がんの状態と関連づけることを含む、請求項8〜12の何れか一項に記載の方法。
- 公知のバイオマーカーが、CA125、CA125II、CA15−3、CA19−9、CA72−4、CA195、TATI、CEA、PLAP、シアリルTN、ガラクトシルトランスフェラーゼ、M−CSF、CSF−1、LPA、p110EGFR、組織カリクレイン、プロスタシン、HE4、CKB、LASA、HER−2/neu、尿ゴナドトロピンペプチド、ダイアノンNB70/K、TPA、オステオポンチン、ハプトグロビン及びそれらの蛋白質の変異体(例えば開裂体やアイソフォーム等)であるバイオマーカーから選択されるものである、請求項12に記載の方法。
- 測定が、
(a)血液又は血液由来の対象生物からのサンプルを提供し、
(b)陰イオン交換樹脂でサンプル内の蛋白質を分け、ApoA1、トランスサイレチン及びIAIH4断片を含む分画を集め、そして
(c)蛋白質バイオマーカーに結合する捕獲試薬を含む基質の表面で、分画由来のApoA1、トランスサイレチン及びIAIH4断片を捕獲する、
ことを含む請求項8〜13の何れか一項に記載の方法。 - 基質が、IMAC銅表面を含むSELDIプローブであり、蛋白質バイオマーカーがSELDIで検出されるものである、請求項14に記載の方法。
- 基質が、ApoA1、トランスサイレチン及びIAIH4断片に結合する生体特異的な親和性試薬を含むSELDIプローブであり、蛋白質バイオマーカーがSELDIで検出されるものである、請求項14に記載の方法。
- 基質が、ApoA1、トランスサイレチン及びIAIH4断片に結合する生体特異的な親和性試薬を含むマイクロタイタープレートであり、蛋白質バイオマーカーがイムノアッセイで検出されるものである、請求項14に記載の方法。
- 測定が、バイオマーカーの有無を検出すること、マーカーを定量すること及びバイオマーカーのタイプを認定することから選択されるものである、請求項1に記載の方法。
- 少なくとも一つのバイオマーカーが、バイオチップアレイを用いて測定されるものである、請求項1に記載の方法。
- バイオチップアレイが蛋白質チップアレイである、請求項19に記載の方法。
- バイオチップアレイが核酸アレイである、請求項19に記載の方法。
- 少なくとも一つのバイオマーカーがバイオチップアレイに固定化されたものである、請求項19に記載の方法。
- 蛋白質バイオマーカーがSELDIで測定されるものである、請求項1に記載の方法。
- 蛋白質バイオマーカーがイムノアッセイで測定されるものである、請求項1に記載の方法。
- 関連づけがソフトウエア分類アルゴリズムにより行われるものである、請求項1に記載の方法。
- サンプルが、血液、血清及び血漿から選択されるものである、請求項1に記載の方法。
- (a)対象生物由来のサンプルにおいて、ApoA1、修飾されたApoA1、トランスサイレチンΔN10、未変性のトランスサイレチン、システイン化されたトランスサイレチン、スルホン化されたトランスサイレチン、CysGlyで修飾されたトランスサイレチン、グルタチオン化されたトランスサイレチン、IAIH4断片1、IAIH4断片2及びIAIH4断片3からなる群より選択される複数のバイオマーカーを測定することを含む方法。
- 複数のバイオマーカーが、
未修飾のApoA1及び修飾されたApoA1を含む群から選択されるApoA1、並びに
トランスサイレチンΔN10、未変性のトランスサイレチン、システイン化されたトランスサイレチン、スルホン化されたトランスサイレチン、CysGlyで修飾されたトランスサイレチン及びグルタチオン化されたトランスサイレチンを含む群から選択されるトランスサイレチン、
を含むものである、請求項27に記載の方法。 - 複数のバイオマーカーが、
ApoA1、
トランスサイレチンΔN10、未変性のトランスサイレチン、システイン化されたトランスサイレチン、スルホン化されたトランスサイレチン、CysGlyで修飾されたトランスサイレチン及びグルタチオン化されたトランスサイレチンを含む群から選択されるトランスサイレチン、並びに
IAIH4断片1,IAIH断片2及びIAIH4断片3を含む群から選択されるIAIH4断片、
を含むものである、請求項27に記載の方法。 - 更に、少なくとも一つの公知のバイオマーカーを測定することを含む、請求項27〜29の何れか一項に記載の方法。
- 公知のバイオマーカーが、CA125、CA125II、CA15−3、CA19−9、CA72−4、CA195、TATI、CEA、PLAP、シアリルTN、ガラクトシルトランスフェラーゼ、M−CSF、CSF−1、LPA、p110EGFR、組織カリクレイン、プロスタシン、HE4、CKB、LASA、HER−2/neu、尿ゴナドトロピンペプチド、ダイアノンNB70/K、TPA、オステオポンチン及びハプトグロビン、並びにそれらの蛋白質の変異体(例えば開裂体やアイソフォーム等)であるバイオマーカーから選択されるものである、請求項30に記載の方法。
- 蛋白質バイオマーカーがSELDI又はイムノアッセイで検出されるものである、請求項27〜31の何れか一項に記載の方法。
- サンプルが、血液、血清及び血漿から選択されるものである、請求項27〜32の何れか一項に記載の方法。
- 対象生物由来のサンプルにおいて、トランスサイレチンΔN10、未変性のトランスサイレチン、システイン化されたトランスサイレチン、スルホン化されたトランスサイレチン、CysGlyで修飾されたトランスサイレチン、グルタチオン化されたトランスサイレチン、IAIH4断片1、IAIH4断片2及びIAIH4断片3、並びにそれらの組み合わせからなる群より選択される少なくとも一つのバイオマーカーを測定することを含む方法。
- 更に、ApoA1を測定することを含む、請求項34に記載の方法。
- ApoA1が修飾されたApoA1である、請求項35に記載の方法。
- 更に、少なくとも一つの公知のバイオマーカーを測定することを含む、請求項34〜36の何れか一項に記載の方法。
- 公知のバイオマーカーが、CA125、CA125II、CA15−3、CA19−9、CA72−4、CA195、TATI、CEA、PLAP、シアリルTN、ガラクトシルトランスフェラーゼ、M−CSF、CSF−1、LPA、p110EGFR、組織カリクレイン、プロスタシン、HE4、CKB、LASA、HER−2/neu、尿ゴナドトロピンペプチド、ダイアノンNB70/K、TPA、オステオポンチン及びハプトグロビン、並びにそれらの蛋白質の変異体(例えば開裂体やアイソフォーム等)であるバイオマーカーから選択されるものである、請求項37に記載の方法。。
- 蛋白質バイオマーカーがSELDI又はイムノアッセイで検出されるものである、請求項34〜38の何れか一項に記載の方法。
- サンプルが、血液、血清及び血漿から選択されるものである、請求項34〜39の何れか一項に記載の方法。
- (a)ApoA1、修飾されたApoA1、トランスサイレチンΔN10、未変性のトランスサイレチン、システイン化されたトランスサイレチン、スルホン化されたトランスサイレチン、CysGlyで修飾されたトランスサイレチン、グルタチオン化されたトランスサイレチン、IAIH4断片1、IAIH4断片2及びIAIH4断片3、並びにそれらの組み合わせから選択されるバイオマーカーに結合する捕獲試薬、そして
(b)少なくとも一つのバイオマーカーを含む容器、
を含むキット。 - 捕獲試薬が複数のバイオマーカーに結合するものである、請求項41に記載のキット。
- 捕獲試薬がSELDIプローブである、請求項41〜42の何れか一項に記載のキット。
- 更に、CA125に結合する捕獲試薬を含む、請求項41〜43の何れか一項に記載のキット。
- 更に、第一の捕獲試薬が結合しないバイオマーカーの一つと結合する第二の捕獲試薬を含むものである、請求項41〜44の何れか一項に記載のキット。
- (a)ApoA1、修飾されたApoA1、トランスサイレチンΔN10、未変性のトランスサイレチン、システイン化されたトランスサイレチン、グルタチオン化されたトランスサイレチン、IAIH4断片1、IAIH4断片2及びIAIH4断片3から選択される少なくともひとつのバイオマーカーと結合する第一の捕獲試薬、そして
(b)第一の捕獲試薬とは結合しないバイオマーカーの少なくとも一つと結合する第二の捕獲試薬、
を含むキット。 - 少なくとも一つの捕獲試薬が抗体である、請求項46に記載のキット。
- 更に、少なくとも一つの捕獲試薬が結合している又は結合できるMSプローブを含む、請求項46〜47の何れか一項に記載のキット。
- 捕獲試薬が固定化された金属キレートである、請求項46〜48の何れか一項に記載のキット。
- 更に、洗浄後に他のバイオマーカーと比較して、捕獲試薬に結合したバイオマーカーを選択的に保持する洗浄液を含む、請求項46〜49の何れか一項に記載のキット。
- (a)ApoA1、修飾されたApoA1、トランスサイレチンΔN10、未変性のトランスサイレチン、システイン化されたトランスサイレチン、スルホン化されたトランスサイレチン、CysGlyで修飾されたトランスサイレチン、グルタチオン化されたトランスサイレチン、IAIH4断片1、IAIH4断片2及びIAIH4断片3から選択される少なくとも一つのバイオマーカーと結合する第一の捕獲試薬、そして
(b)バイオマーカーを検出するための捕獲試薬を使用するための説明書、
を含むキット。 - 捕獲試薬が抗体である、請求項51に記載のキット。
- 更に、捕獲試薬が結合している、又は結合できるMSプローブを含む、請求項51〜52の何れか一項に記載のキット。
- 捕獲試薬が固定化された金属キレートである、請求項51〜53の何れか一項に記載のキット。
- 更に、洗浄後に他のバイオマーカーと比較して、捕獲試薬に結合したバイオマーカーを選択的に保持する洗浄液を含む、請求項51〜55の何れか一項に記載のキット。
- 更に、がんを検出するためのキットの使用説明書を含むものである、請求項51〜55の何れか一項に記載のキット。
- 使用説明書が、試験サンプルを捕獲試薬と接触させ、捕獲試薬により保持される一つ又はそれ以上のバイオマーカーを検出することを指示するものである、請求項56に記載のキット。
- 配列番号1(IAIH4断片1)、配列番号2(IAIH4断片2)及び配列番号3(IAIH4断片3)からなる群より選択される、精製されたペプチド。
- 更に、検出可能な標識を含む、請求項58に記載のペプチド。
- (a)ApoA1、修飾されたApoA1、トランスサイレチンΔN10、未変性のトランスサイレチン、システイン化されたトランスサイレチン、スルホン化されたトランスサイレチン、CysGlyで修飾されたトランスサイレチン、グルタチオン化されたトランスサイレチン、IAIH4断片1、IAIH4断片2及びIAIH4断片3から選択される少なくとも二つのバイオマーカーと結合する、少なくとも一つの捕獲試薬を含む製品。
- バイオマーカーが、
未修飾のApoA1及び修飾されたApoA1からなる群より選択されるApoA1、並びに
トランスサイレチンΔN10、未変性のトランスサイレチン、システイン化されたトランスサイレチン、スルホン化されたトランスサイレチン、CysGlyで修飾されたトランスサイレチン及びグルタチオン化されたトランスサイレチンからなる群より選択されるトランスサイレチン、
である、請求項60に記載の製品。 - バイオマーカーが、
ApoA1、
トランスサイレチンΔN10、未変性のトランスサイレチン、システイン化されたトランスサイレチン、スルホン化されたトランスサイレチン、CysGlyで修飾されたトランスサイレチン及びグルタチオン化されたトランスサイレチンからなる群より選択されるトランスサイレチン、並びに
IAIH4断片1、IAIH4断片2及びIAIH4断片3からなる群より選択されるIAIH4断片、
である、請求項60に記載の製品。 - 更に、少なくとも一つの公知のバイオマーカーと結合する捕獲試薬を含む、請求項60〜62の何れか一項に記載の製品。
- 公知のバイオマーカーが、CA125、CA125II、CA15−3、CA19−9、CA72−4、CA195、TATI、CEA、PLAP、シアリルTN、ガラクトシルトランスフェラーゼ、M−CSF、CSF−1、LPA、p110EGFR、組織カリクレイン、プロスタシン、HE4、CKB、LASA、HER−2/neu、尿ゴナドトロピンペプチド、ダイアノンNB70/K、TPA、オステオポンチン及びハプトグロビン、並びにそれらの蛋白質の変異体(例えば開裂体やアイソフォーム等)であるバイオマーカーから選択されるものである、請求項63に記載の製品。
- (a)ApoA1、修飾されたApoA1、トランスサイレチンΔN10、未変性のトランスサイレチン、システイン化されたトランスサイレチン、スルホン化されたトランスサイレチン、CysGlyで修飾されたトランスサイレチン、グルタチオン化されたトランスサイレチン、IAIH4断片1、IAIH4断片2、IAIH4断片3及びCA125から選択される異なるバイオマーカーを各々に結合する複数の捕獲試薬を含むシステム。
- (a)カリクレインを、カリクレイン基質及び試験試薬と接触させ、そして
(b)試験試薬がカリクレインの活性を調節するか否かを決定する、
ことを含むスクリーニング方法。 - 基質が、インターαトリプシン阻害剤重鎖H4前駆体である、請求項66に記載の試験。
- カリクレインが基質をIAIH4断片1、IAIH4断片2及びIAIH4断片3へ開裂させるものである、請求項66に記載の試験。
- 更に、決定工程がバイオマーカーIAIH4断片1、IAIH4断片2及びIAIH4断片3を測定することを含む、請求項66に記載の試験。
- 蛋白質バイオマーカーがSELDIで測定されるものである、請求項69に記載の試験。
- 蛋白質バイオマーカーがイムノアッセイで測定されるものである、請求項69に記載の試験。
- (a)対象生物由来のサンプルにおいて、マーカーI〜XLVIII及びそれらの組み合わせからなる群より選択されるバイオマーカーの少なくとも一つを測定し、そして
(b)測定結果を卵巣がんの状態と関連づけることを含む、
対象生物における卵巣がんの状態を認定する方法。 - 更に、(c)状態に基づいて対象生物の治療又は処置管理を行うことを含む、請求項72に記載の方法。
- 対象生物の治療又は処置管理が、更なる試験の指示、手術及び更なる手段を講じないことから選択されるものである、請求項73に記載の方法。
- 更に、(d)対象生物を治療又は処置した後に、少なくとも一つのバイオマーカーを測定することを含む、請求項73に記載の方法。
- 卵巣がんの状態が、対象生物に於けるがんのリスク、疾患の有無、疾患の病期及び疾患に対する治療又は処置の有効性からなる群より選択されるものである、請求項72に記載の方法。
- 更に、対象生物由来のサンプルにおいて、少なくとも一つの公知のバイオマーカーを測定し、少なくとも一つの公知のバイオマーカーの測定結果と、マーカーI〜XLVIIIからなる群の少なくとも一つのマーカーの測定結果を、卵巣がんの状態と関連付けることを含む、請求項72〜77の何れか一項に記載の方法。
- 公知のバイオマーカーが、ApoA1、トランスサイレチン、IAIH4断片、CA125、CA125II、CA15−3、CA19−9、CA72−4、CA195、TATI、CEA、PLAP、シアリルTN、ガラクトシルトランスフェラーゼ、M−CSF、CSF−1、LPA、p110EGFR、組織カリクレイン、プロスタシン、HE4、CKB、LASA、HER−2/neu、尿ゴナドトロピンペプチド、ダイアノンNB70/K、TPA、オステオポンチン及びハプトグロビン、並びにそれらの蛋白質の変異体(例えば開裂体やアイソフォーム等)であるバイオマーカーから選択されるものである、請求項77に記載の方法。
- 測定が、
(a)血液又は血液由来の対象生物からのサンプルを提供し、
(b)陰イオン交換樹脂でサンプル内の蛋白質を分け、マーカーI〜XLVIIIからなる群より選択されるバイオマーカーのいずれかを含む分画を集め、そして
(c)蛋白質バイオマーカーに結合する捕獲試薬を含む基質の表面で、分画由来のバイオマーカーを捕獲する、
ことを含む請求項72〜78の何れか一項に記載の方法。 - 基質がIMAC銅表面を含むSELDIプローブであり、蛋白質バイオマーカーがSELDIで検出されるものである、請求項79に記載の方法。
- 基質が、マーカーI〜XLVIIIからなる群より選択されるバイオマーカーのいずれかと結合する生体特異的な親和性試薬を含むSELDIプローブであり、蛋白質バイオマーカーがSELDIで検出されるものである、請求項79に記載の方法。
- 更に、対象生物由来のサンプルにおいて、ApoA1、修飾されたApoA1、トランスサイレチンΔN10、未変性のトランスサイレチン、システイン化されたトランスサイレチン、スルホン化されたトランスサイレチン、CysGlyで修飾されたトランスサイレチン、グルタチオン化されたトランスサイレチン、IAIH4断片1、IAIH4断片2及びIAIH4断片3から選択される少なくとも一つのバイオマーカーを測定し、そのバイオマーカーの測定結果と、マーカーI〜XLVIIIからなる群の少なくとも一つのマーカーの測定結果を、卵巣がんの状態と関連付けることを含む、請求項72〜81の何れか一項に記載の方法。
- a.サンプルに属するデータにアクセスするコード、サンプルの少なくとも一つのバイオマーカーの測定結果を含んでなるデータ、ApoA1、修飾されたApoA1、トランスサイレチンΔN10、未変性のトランスサイレチン、システイン化されたトランスサイレチン、スルホン化されたトランスサイレチン、CysGlyで修飾されたトランスサイレチン、グルタチオン化されたトランスサイレチン、IAIH4断片1、IAIH4断片2及びIAIH4断片3からなる群より選択されるバイオマーカー、並びに
b.サンプルの卵巣がんの状態を測定結果の関数として分類する分類アルゴリズムを実行するコード、
を含むソフトウェア製品。 - 分類アルゴリズムがサンプルの卵巣がんの状態を、ApoA1、未修飾のApoA1、トランスサイレチンΔN10、未変性のトランスサイレチン、システイン化されたトランスサイレチン、スルホン化されたトランスサイレチン、CysGlyで修飾されたトランスサイレチン、グルタチオン化されたトランスサイレチン、IAIH4断片1、IAIH4断片2及びIAIH断片3からなる群より選択されるバイマーカーの測定結果の関数として分類する、請求項83に記載のソフトウェア製品。
- 分類アルゴリズムがサンプルの卵巣がんの状態を、
未修飾のApoA1及び修飾されたApoA1からなる群より選択されるApoA1、並びに
トランスサイレチンΔN10、未変性のトランスサイレチン、システイン化されたトランスサイレチン、スルホン化されたトランスサイレチン、CysGlyで修飾されたトランスサイレチン及びグルタチオン化されたトランスサイレチンからなる群より選択されるトランスサイレチン、
の各バイオマーカーの測定結果の関数として分類する、請求項83に記載のソフトウェア製品。 - 分類アルゴリズムがサンプルの卵巣がんの状態を、
未修飾のApoA1及び修飾されたApoA1からなる群より選択されるApoA1、
トランスサイレチンΔN10、未変性のトランスサイレチン、システイン化されたトランスサイレチン、スルホン化されたトランスサイレチン、CysGlyで修飾されたトランスサイレチン及びグルタチオン化されたトランスサイレチンからなる群より選択されるトランスサイレチン、並びに
IAIH4断片1,IAIH4断片2及びIAIH4断片3からなる群より選択されるIAIH4断片、
の各バイオマーカーの測定結果の関数として分類する、請求項83に記載のソフトウェア製品。 - 更に、分類アルゴリズムがサンプルの卵巣がんの状態を公知のバイオマーカーの測定結果の関数として分類するものである、請求項83〜86の何れか一項に記載のソフトウェア製品。
- 公知のバイオマーカーが、ApoA1、トランスサイレチンΔN10、IAIH4断片、CA125、CA125II、CA15−3、CA19−9、CA72−4、CA195、TATI、CEA、PLAP、シアリルTN、ガラクトシルトランスフェラーゼ、M−CSF、CSF−1、LPA、p110EGFR、組織カリクレイン、プロスタシン、HE4、CKB、LASA、HER−2/neu、尿ゴナドトロピンペプチド、ダイアノンNB70/K、TPA、オステオポンチン、ハプトグロビン及びそれらの蛋白質の変異体(例えば開裂体やアイソフォーム等)であるバイオマーカーからなる群より選択されるものである、請求項87に記載のソフトウェア製品。
- ApoA1、修飾されたApoA1、トランスサイレチンΔN10、未変性のトランスサイレチン、システイン化されたトランスサイレチン、スルホン化されたトランスサイレチン、CysGlyで修飾されたトランスサイレチン、グルタチオン化されたトランスサイレチン、IAIH4断片1、IAIH4断片2及びIAIH4断片3からなる群より選択されるバイオマーカーのマススペクトメトリー又はイムノアッセイによる検出を含む方法。
- ApoA1、修飾されたApoA1、トランスサイレチンΔN10、未変性のトランスサイレチン、システイン化されたトランスサイレチン、スルホン化されたトランスサイレチン、CysGlyで修飾されたトランスサイレチン、グルタチオン化されたトランスサイレチン、IAIH4断片1、IAIH4断片2及びIAIH4断片3からなる群より選択される、対象生物由来のサンプル中のバイオマーカーとの関連から決定される卵巣がんの状態に関する診断を対象に伝えることを含む方法。
- コンピューター処理による媒体を通じて診断を対象に伝える、請求項90に記載の方法。
- a)IAIH4を試験化合物と接触させ、そして
b)試験化合物がIAIH4と相互作用するかどうかを決定する、
ことを含む、IAIH4と相互作用する化合物を同定する方法。 - a)IAIH4を試験化合物と接触させ、そして
b)試験化合物がIAIH4と相互作用するかどうかを決定する、
ことを含む、IAIH4と相互作用する化合物を同定する方法。 - a)IAIH4の切断を抑制するプロテアーゼ阻害剤を細胞に接触させて、当該細胞内のIAIH4濃度を調節する方法。
- IAIH4を切断するプロテアーゼの発現又は活性を調節する化合物の治療有効量を対象生物に投与することを含んでなる、対象生物の症状を治療又は処置する方法。
- a)データセットが少なくとも2つの群の各々に分類される確率を指定し、そして
b)各々の確率の関数であるデータセットの指数を決定する、
ことを含む方法。 - データセットが複数のバイオマーカー、病歴、遺伝子型及び臨床検査からなる群より選択される少なくとも一つ又はそれ以上の測定を含む、請求項96に記載の方法。
- 関数が、各々の確率の関数の合計である、請求項96に記載の方法。
- 確率が相対リスク、オッズ比及びハザード比からなる群より選択されるものである、請求項96に記載の方法。
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