JP2007531504A - 新規真菌タンパク質および同タンパク質をコードする核酸 - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は、一つには、配列番号3、6、9、12、15、18、21、24、27、30、33および35から選択される成熟型アミノ酸配列を有する、単離されたポリペプチドの発見に基づくものである。本発明はまた、配列番号3、6、9、12、15、18、21、24、27、30、33および35から選択されるアミノ酸配列を有する、単離されたポリペプチド、ならびに前記配列を有するポリペプチドと少なくとも90%同一である、単離されたポリペプチドを提供するが、こうしたポリペプチドは状況に応じてアミノペプチダーゼ活性もしくはカルボキシペプチダーゼ活性を有する。たとえば、ポリペプチドはruLAP2のようなロイシンアミノペプチダーゼとすることができる。
本明細書で使用されるプロテアーゼという用語は、ペプチダーゼ、タンパク質分解酵素およびペプチド加水分解酵素と同義である。プロテアーゼは、タンパク質のペプチド結合(CO-NH)の切断を触媒する酵素をすべて包含するものであって、こうしたタンパク質をペプチドもしくは遊離アミノ酸にまで消化する。エキソペプチダーゼは、アミノ(N)もしくはカルボキシ(C)末端の、ポリペプチド鎖末端近くで作用する。遊離N末端に作用するエキソペプチダーゼは単一のアミノ酸残基を遊離し、アミノペプチダーゼと呼ばれる。多種多様な特異性の高いプロテアーゼが、多数のさまざまな生物学的および生理学的プロセスに関与する。したがって、こうしたプロテアーゼは、新薬申請、ならびにコントロールされたペプチドおよび/またはタンパク質分解のために最適な標的となる。
var. sulphureum、T. tonsurans var. tonsurans subvar. perforans、T. vanbreuseghemii、疣状白癬菌(T. verrucosum)、黄色白癬菌(T. violaceum)、T. yaoundei、T. kanei、T. raubischekii、スーダン白癬菌(T. soudanese)が含まれる。2つのLAPの性質を、日和見真菌であるアスペルギルス・フミガーツス(Aspergillus fumigatus)のオルソログ(相同分子種)遺伝子によってコードされる分泌型酵素、fuLAP1およびfuLAP2、ならびに市販のブタ腎臓由来ミクロソームLAP(pkLAP)(MEROPS>M1ファミリー)の性質と比較した。これらの酵素はすべてロイシンアミノペプチダーゼ活性を示す。また、A. フミガーツスのアミノペプチダーゼfuLAP1およびfuLAP2は、米国特許第6,127,161号および第5,994,113号において報告されたコウジカビ(A. oryzae)のオルソログと約70%のアミノ酸同一性を示し、これらの特許は参考として本明細書に含めるものとする。さらに、ruLAP2は独特のものであると思われるが、その理由は、(i)ruLAP1およびruLAP2が、A. フミガーツスのオルソログfuLAP1およびfuLAP2と、ならびに米国特許第6,127,161号および第5,994,113号において報告されたコウジカビ(A. oryzae)のオルソログと、約50%のアミノ酸同一性を示す;(ii)ruLAPおよびP. pastoris発現系起源のトリプシン様エンドプロテアーゼの混合物は、変性カゼインのような全長ポリペプチド鎖を順次、消化する;(iii)ruLAP2およびruDPPIV(紅色白癬菌のもう一つのエキソプロテアーゼ)の混合物は、プロテアーゼ作用に抵抗性であることが知られているグリアジンの断片を分解するが、それによってruLAP2は単独で、またはruDPPIVと併用して、セリアック病の治療、もしくは吸収不良といった消化管のいかなる疾患の治療にも使用できると思われる;(iv)他のプロテアーゼと組み合わせたruLAP(混合物)は、食品工業、たとえば苦味の基質の分解、theves分解、肉の処理、石鹸工業、プリオンの分解、ウイルスの分解、および毒性もしくは汚染タンパク質の分解において役立つ;(v)ならびに、ruLAP2および/または真菌によって分泌される他のプロテアーゼは、皮膚糸状菌が爪の角化基部で増殖するために必要であるので、ruLAP2および/または真菌によって分泌される他のプロテアーゼの阻害剤が真菌症の新規治療法となりうるためである。
ここに示す紅色白癬菌アミノペプチダーゼ活性、ならびにイヌ小胞子菌により分泌されるズブチリシンおよびメタロプロテアーゼに関するこれまでの研究は、皮膚糸状菌が、単独の炭素源および窒素源としてタンパク質を含有する培地中で、アスペルギルス種のプロテアーゼに類似した一連のプロテアーゼを分泌することを示す。さらに、A. fumigatusおよびコウジカビ(A. oryzae)の両者に由来するDPPIVおよびDPPVに類似性の高いジペプチジルアミノペプチダーゼをコードする2つの遺伝子、ruDPPIVおよびruDPPVについてはruDPPV:EMBL AF082514(Beauvaisら、J. Biol. Chem. 272:6238-6244 (1997); Beauvaisら、Infec. Immun. 65:3042-3047 (1997); Doumasら、Appl. Environ. Microbiol. 64: 4809-4815 (1998); Doumasら、J. Food Mycol. 2: 271-279 (1999))が、紅色白癬菌のゲノムライブラリおよびcDNAライブラリから単離された。これらのプロテアーゼをコードする紅色白癬菌遺伝子のイントロン-エキソン構造は、A. fumigatusおよびコウジカビ(A. oryzae)から単離された相同遺伝子と類似している。アスペルギルス属種のテレオモルフおよび皮膚糸状菌種のテレオモルフは密接な関係があり、これらは閉鎖子嚢果においてprototunicate子嚢を生成する子嚢菌類(Ascomycetes)の同一分類群に属するので(Eurotiomycetes綱)、上記の結果は驚くには当たらない。ズブチリシンおよびファンガリシン(fungalysin)をコードする遺伝子と対照的に、ruLAP1およびruLAP2は、紅色白癬菌ゲノム中の大きな遺伝子ファミリー群に属さない。
tblastn タンパク質「配列1」を、6リーディングフレーム全てに翻訳されたヌクレオチド「配列2」と比較する。
blastx ヌクレオチド「配列1」をタンパク質「配列2」と比較する。
blastp タンパク質-タンパク質の比較用。
ruDPPIVはT. rubrumジペプチジルペプチダーゼIVである。2326ヌクレオチドのruDPPIV核酸(配列番号34)を表12Aに示す。開示されたruDPPIVオープンリーディングフレーム(「ORF」)は、位置1のATG開始コドン(表12Aで下線を引いてある)で始まる。
本発明はさらに、遺伝暗号の縮重のため、配列番号2、5、8、11、14、17、20、23、26、29、32もしくは34に示すヌクレオチド配列とは異なるが、配列番号2、5、8、11、14、17、20、23、26、29、32もしくは34に示すヌクレオチド配列によりコードされるのと同一のEXOXタンパク質をコードする核酸分子を包含する。別の実施形態において、本発明の単離された核酸分子は、配列番号3、6、9、12、15、18、21、24、27、30、33、もしくは35に示すアミノ酸配列を有するタンパク質をコードする、ヌクレオチド配列を有する。配列番号2、5、8、11、14、17、20、23、26、29、32もしくは34に示す真菌EXOXヌクレオチド配列に加えて、当業者には当然のことながら、EXOXポリペプチドのアミノ酸配列の変化につながるDNA配列多型が、さまざまな種の集団において存在しうる。EXOX遺伝子におけるこのような遺伝子多型は、自然の対立遺伝子変異により集団内部で、個々の真菌種の間に存在する可能性がある。本明細書で使用される「遺伝子」および「組換え遺伝子」という用語は、EXOXタンパク質、好ましくは真菌EXOXタンパク質をコードするオープンリーディングフレーム(ORF)を含んでなる核酸分子を表す。こうした自然の対立遺伝子変異は、通常、EXOX遺伝子のヌクレオチド配列に1-5%の変動をもたらす可能性がある。任意の、およびすべてのヌクレオチド変異、およびその結果生じるEXOXポリペプチドにおけるアミノ酸多型は、自然の対立遺伝子変異の結果であり、EXOXポリペプチドの機能的な活性を変更しないものであって、本発明の範囲に含めるものとする。
集団において存在する可能性のあるEXOX配列の自然発生的な対立遺伝子バリアントに加えて、当業者には当然のことであるが、変異によって配列番号2、5、8、11、14、17、20、23、26、29、32もしくは34のヌクレオチド配列内に変化を導入することができ、それによって、コードされるEXOXタンパク質のアミノ酸配列内に、前記EXOXタンパク質の機能上の能力を変えることなく、変化をもたらすことができる。たとえば、配列番号3、6、9、12、15、18、21、24、27、30、33、もしくは35の配列において、「非必須」アミノ酸残基のアミノ酸置換をもたらすヌクレオチド置換を行うことができる。「非必須」アミノ酸残基は、EXOXタンパク質の生物学的活性を変化させることなく同タンパク質の野生型配列から変更することができる残基であるが、これに対して「必須の」アミノ酸残基は、そうした生物学的活性に必要とされる。
本発明におけるポリペプチドとしては、配列番号3、6、9、12、15、18、21、24、27、30、33および35に提供される配列を有するEXOXポリペプチドのアミノ酸配列を含むポリペプチドが挙げられる。本発明にはまた、配列番号3、6、9、12、15、18、21、24、27、30、33および35に示される残基に対応する残基が変更されていながらも、なおかつ自身のEXOX活性および生理学的機能を維持し続けるタンパク質をコードする突然変異体または変異型タンパク質、あるいはその機能的な断片も含まれる。
2つのアミノ酸配列または2つの核酸配列の類似性または相同性のパーセントを決定するためには、配列を最適な比較目的のためにアラインさせる(例えば、第2のアミノ酸または核酸配列との最適なアラインメントのために、第1のアミノ酸または核酸配列にギャップを導入してもよい)。次に、対応するアミノ酸の位置またはヌクレオチドの位置におけるアミノ酸残基またはヌクレオチドを比較する。第1の配列中の位置が、第2の配列中の対応する位置のアミノ酸残基またはヌクレオチドと同じアミノ酸残基またはヌクレオチドによって占められる場合、これらの分子はその位置において相同である(すなわち本明細書において用いるアミノ酸または核酸「相同性」はアミノ酸または核酸「同一性」と同等である)。
本発明はまた、EXOXキメラタンパク質または融合タンパク質を提供する。本明細書において用いる「キメラタンパク質」または「融合タンパク質」は、非EXOXポリペプチドと機能しうるように結合したEXOXポリペプチドを含む。「EXOXポリペプチド」は、EXOXタンパク質に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチド(配列番号3、6、9、12、15、18、21、24、27、30、33または35)のことを言い、これに対して「非EXOXポリペプチド」は、EXOXタンパク質と実質的に相同ではないタンパク質、例えばEXOXタンパク質とは異なるタンパク質であって、かつ同じまたは異なる生物から誘導されるタンパク質に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドのことを言う。EXOX融合タンパク質内において、EXOXポリペプチドはEXOXタンパク質の全てまたは一部に対応してもよい。ある実施形態において、EXOX融合タンパク質は、EXOXタンパク質の少なくとも1つの生物学的に活性な部分を含んでなる。別の実施形態において、EXOX融合タンパク質は、EXOXタンパク質の少なくとも2つの生物学的に活性な部分を含んでなる。さらなる実施形態において、EXOX融合タンパク質はEXOXタンパク質の少なくとも3つの生物学的に活性な部分を含んでなる。融合タンパク質内において、「機能しうるように結合した」という用語はEXOXポリペプチドと非EXOXポリペプチドとが互いにインフレーム(in frame)で融合されていることを表すことを意図する。非EXOXポリペプチドは、EXOXタンパク質のN末端および/またはC末端に融合することができる。
本発明はまた、EXOXアゴニスト(例えば擬似体)またはEXOXアンタゴニストとして機能するEXOXタンパク質の変異体に関する。EXOXタンパク質の変異体は、突然変異誘発(EXOXタンパク質の個々の点突原変異誘発または短縮)により製造することができる。EXOXタンパク質のアゴニストは、天然に生ずる形態のEXOXタンパク質の生物学的活性と実質的に同じもの、またはそのサブセットを保持できる。EXOXタンパク質のアンタゴニストは、天然に生ずる形態のEXOXタンパク質の1以上の活性を阻害することができ、例えば、細胞性シグナルカスケードの下流または上流のメンバー(EXOXタンパク質が含まれる)に競合的に結合することができる。このことから、機能を限定した変異体を用いた治療により、特定の生物学的効果を引き出すことができる。ある実施形態において、天然に生ずる形態のタンパク質の生物学的活性のサブセットを有する変異体で被験者を治療することは、天然に生ずる形態のEXOXタンパク質での治療と比較して、被験者における副作用が少ない。
さらに、EXOXタンパク質をコードする配列の断片のライブラリーは、スクリーニングとその後のEXOXタンパク質の変異体の選択のための、EXOX断片の変化を与えた集団を作製するために用いることができる。ある実施形態においては、コード配列断片のライブラリーを次のようにして作製することができる:EXOXをコードする配列の二本鎖PCR断片を、一分子あたり1箇所しかニックが生じないような条件下でヌクレアーゼで処理し、二本鎖DNAを変性させ、種々のニックされた産物からのセンス/アンチセンスペアを含みうるような二本鎖DNAが形成されるようDNAを復元させ、S1ヌクレアーゼで処理することにより再形成された二重鎖から一本鎖部分を除去し、結果として得られる断片のライブラリーを発現ベクターに連結する。この方法により、EXOXタンパク質の種々の大きさのN末端および内部の断片をコードする発現ライブラリーを誘導することができる。
本発明の別の態様は、ベクター、好ましくはEXOXタンパク質またはその誘導体、断片、類似体または相同体をコードする核酸を含有する発現ベクターに関する。本明細書において用いる「ベクター」とは、それに連結された別の核酸を輸送することができる核酸分子のことを言う。ベクターの1つの種類は「プラスミド」であり、これはさらなるDNA断片を連結することができる環状二本鎖DNAループのことを言う。別の種のベクターはウイルスベクターであり、この場合追加のDNA断片をウイルスゲノム内に連結することができる。特定のベクターは、それらを導入した宿主細胞内において自律的複製能力を有する(例えば細菌の複製起点を有する細菌ベクターおよびエピソーム哺乳動物ベクター)。他のベクター(例えば非エピソーム哺乳動物ベクター)は、宿主細胞への導入により宿主細胞のゲノム内に組み込まれ、そのことにより宿主ゲノムとともに複製される。さらに、特定のベクターは、それらに機能しうるように結合されている遺伝子の発現を指令することができる。このようなベクターを本願明細書において「発現ベクター」と呼ぶ。一般に、組み換えDNA技術に用いられる発現ベクターは、多くの場合プラスミドの形態である。本明細書において、プラスミドが最も良く用いられる形態のベクターであることから、「プラスミド」と「ベクター」は相互に交換可能なように用いられる。しかしながら、本発明は、同等の機能を果たす他の形態の発現ベクター、例えばウイルスベクター(例えば複製欠損型レトロウイルス、アデノウイルスおよびアデノ随伴ウイルス)などを包含することを意図する。
真核生物酵母の例の1つはメタノール資化性のPichia pastorisである。P. pastorisは、そのアルコールオキシダーゼプロモーターが単離されクローニングされて以来、外来タンパク質産生用の優れた宿主として開発されてきた。P. pastorisの形質転換は、1985に初めて報告された。P. pastorisの異種タンパク質発現系はPillips Petroleumにより開発された。例えば米国特許第4855231号、第4857467号、4879231号、および4929555号を参照されたい。これらはそれぞれ参照により本明細書に組み入れる。この系は現在、Invitrogvenにより市販されている。他の真核生物発現系と比べて、P. pastorisは多くの利点を提供する、なぜならば、P. pastorisは細菌に関連した内毒素問題がなく、動物細胞培養で産生されるタンパク質におけるウイルス汚染問題もないからである。さらに、P. pastorisはグルコースの不在下でメタノールを炭素源として利用することができる。P. pastoris発現系は、メタノール誘導性アルコールオキシダーゼ(AOX1)プロモーターを使用するが、これはメタノールの代謝の第一段階を触媒する酵素であるアルコールオキシダーゼの発現をコードする遺伝子を制御するものである。このプロモーターは特徴付けられており、一連のP. pastoris発現ベクターに組み込まれている。P. pastoris中で産生されるタンパク質は一般的には正しくおりたたまれ培地中に分泌されることから、遺伝子改変P. pastorisの発酵は、E. coli発現系と比べて優れた代替手段を提供する。さらにP. pastorisは、発現させたタンパク質を自発的にグリコシル化する能力を有し、これもまたE. coliと比較した場合の利点である。この発現系を用いていくつかのタンパク質が発現されてきたが、そうしたものとしては例えば破傷風毒素フラグメント、百日咳菌パータクチン、ヒト血清アルブミンおよびリゾチームが挙げられる。
細菌中で発現される組換えタンパク質の迅速なそして効率的な精製を可能にするために、いくつかのシステムが開発されてきた。これらのシステムのほとんどは、タンパク質を、グルタチオンS-トランスフェラーゼ(GST)ドメイン、カルモジュリン結合ペプチド(CBP)またはHisタグとの融合タンパク質として発現することを基にする。例えば、ポリペプチドをインフレームでグルタチオンS-トランスフェラーゼ(GST)と発現させることは、非変性条件で、グルタチオンアガロースを用いたアフィニティークロマトグラフィーにより細菌粗抽出物からの融合タンパク質の精製を可能にする。
本発明の別の態様は、1以上のEXOXタンパク質のリバースタンパク質分解活性を用いることにより、アミノ酸、ペプチド、オリゴペプチド、ポリペプチド、またはアクセス可能な第二級アミンを有する任意の組成物に、1以上のアミノ酸を付加することに関する。本明細書において用いる「リバースタンパク質分解活性」という用語は、アミノ酸、ペプチド、オリゴペプチド、ポリペプチド、またはアクセス可能な第二級アミンを有する任意の組成物への、1以上のアミノ酸の付加を触媒する酵素活性のことを言う。当業者ならば、適当な熱力学的条件下では、タンパク質分解酵素がリバースタンパク質分解活性を有しうると理解するであろう。
本発明のEXOX核酸分子、EXOXタンパク質、および抗EXOX抗体(本明細書において「活性化合物」とも言う)ならびにその誘導体、フラグメント、類似体、および相同体は、投与に適した医薬組成物に組み入れてもよい。このような組成物は典型的には前記核酸分子、タンパク質または抗体と製薬上許容可能な担体とを含む。本明細書において用いる「製薬上許容可能な担体」とは、薬剤の投与に適合可能な任意のそして全ての溶媒、分散媒体、コーティング剤、抗細菌および抗真菌剤、等張剤および吸収遅延剤などを含むことを意図する。適当な担体はRemington’s Pharmaceutical Sciencesの最新版に記載されているが、これは当技術分野の標準的な参考テキストであり、参照により本明細書に組み入れる。このような担体または希釈剤の好適な例としては、限定するものではないが、水、生理食塩水、リンガー溶液、デキストロース溶液、および5%ヒト血清アルブミンが挙げられる。リポソームならびに不揮発性油などの非水性ビヒクルもまた使用可能である。このような媒体および薬剤を製薬上活性な物質として使用することは当技術分野において周知である。あらゆる慣用の媒体または薬剤が活性化合物と適合不可能な範囲を除いて、本発明の組成物におけるそれらの使用は熟考される。補助的な活性化合物もまた、本発明の組成物に組み入れてもよい。
菌株およびプラスミド
臨床単離株であるTrichophyton rubrum CHUV 862-00を本研究に用いた。バクテリオファージλEMBL3(Promega, Wallisellen, Switzerland)の増殖のためには、Escherichia coli LE392を使用した。全てのプラスミドサブクローニング実験は、E. coli DH5αで、プラスミドpMTL2Iを用いて行った(Chambersら, Gene 68:139-149 (1988))。組換えペプチダーゼを発現させるためには、Pichia pastoris GS1 15および発現ベクターpKJ113(Borg-von Zepelinら, Mol. Microbiol. 28:543-554 (1998)))を使用した。当技術分野では多量の組換えタンパク質を発現させるためにP. pastorisを利用できることが知られている。
T. rubrumはサブロー寒天および液体培地(Bio〜Rad, Munchen, Germany)上で増殖させたか、またはタンパク質分解活性の産生を促進するために、唯一の窒素源および炭素源として0.2%大豆タンパク質((Supro 1711, Protein Technologies International, St.Louis, MO))を含有する液体培地で増殖させた。この培地には塩を全く添加しなかった。当業者ならば、培地に塩を添加した増殖培地もまた利用可能であることを認識するであろう。800mlの組織培養フラスコ中で、100mlの液体培地に新鮮な増殖中の菌糸体のプラグを接種した。培地を振とうせずに30℃で10日間インキュベートした。
T. rubrumゲノムDNAライブラリーを、新鮮な増殖中の菌糸体から単離されたDNAを用いて作製した。(Yeltonら, Proc. NatI. Acad. Sci. USA. 81:1470-1474 (1984))。このDNAをSau3Aで部分消化し、低融点アガロース(Roche Diagnostics, Rotkreuz, Switzerland)から12〜20kbのDNA断片を、アガラーゼ(Roche Diagnostics)を用いて分離した。これらのDNA断片を、適当なクローニング系システムを用いてバクテリオファージλEMBL3に挿入した(Promega)。
ゲノムライブラリーの組換えプラーク(104)を、GeneScreenナイロンメンブレン(NEN Life science products, Boston, MA)上に固定した。フィルターを低ストリンジェンシー条件を使用して32P標識プローブでハイブリダイズさせた。Monodら, Mol. Microbiol. 13:357-368 (1994)。全ての陽性プラークを精製し、関連していたバクテリオファージDNAを、Grossbergerに記載された通りに単離した。Grossberger, Nucleic Acid Res. 15:6737 (1987)。EMBL3バクテリオファージ由来のハイブリダイズする断片を、標準的方法に従ってpMTL2Iへとサブクローニングした。ヌクレオチド配列決定は、Microsynth(Balgach, Switzerland)により行った。
T. rubrumおよびA. fumigatus cDNAは、それぞれのcDNAライブラリーの106クローンから調製したDNAを用いたPCRによって得た。PCRは、種々のペプチダーゼ遺伝子(表13)のDNA配列から誘導された相同なプライマーを用いて標準的条件で行った。200ngのDNA、濃度にして42mMの各々のセンスおよびアンチセンスオリゴヌクレオチドを10μl、および8μlのデオキシヌクレオチド混合物(各dNTPを10mM含有する)を、100μlのPCRバッファー(10 mM Tris-HCl pH 8.3, 50 mM KCl および 1.5 mM MgCl2)に溶解させた。各反応系にAmpliTAQ DNAポリメラーゼ(Perkin Elmer, Zurich, Switzerland)を2.5単位ずつ加えた。反応混合物を94℃で5分間(mm)インキュベートし、94℃で0.5分間、55℃で0.5分間、および72℃で0.5分間のサイクル25回に供し、最後に72℃で10分間インキュベートした。
発現プラスミドは、E. coli - P. pastorisシャトルベクターであるpKJ113のマルチクローニングサイトに、cDNA産物をクローニングすることにより構築した。PCR産物はPCR精製キット(Roche Diagnostics)を用いて精製し、プライマーの5’末端にあらかじめ設計されたサイト(表14)についての制限酵素で消化した。P. pastoris GS1 15(Invitrogen)を、EcoR1またはSma1で線形化したプラスミドDNA 10pgでエレクトロポレーションにより形質転換した。ヒスチジン欠損培地(1Mソルビトール、1%(w/v)デキストロース、アミノ酸不含の1.34%(w/v)酵母窒素ベース(YNB)、4×10-5%(w/v)ビオチン、5×10-3%アミノ酸(例えばLグルタミン酸、Lメチオニン、Lリジン、Lロイシン、Lイソロイシンそれぞれについて5×10-3%(w/v))、2%(w/v)アガロース)上で選択された形質転換体を、最小メタノールプレート(アミノ酸不含1.34%(w/v)YNB、4×10-5%(w/v)ビオチン、0.5%(v/v)メタノール、2%(w/v)アガロース)上でAOX1サイトでの構築物の挿入についてスクリーニングした。炭素源としてメタノールのみを含有する培地上で生育できない形質転換体は、AOX1コード領域を転位するAOX1遺伝子座における組込事象によって正しい酵母ゲノム位置に構築物を含有すると推測した。これらの形質転換体をグリセロールをベースとした酵母培地(1%(w/v)酵母エキス、2%(w/v)ペプトン、アミノ酸不含1.34%(w/v)YNB、1%(v/v)グリセロール、および4×1%(w/v)ビオチンを含有するpH 6.0の0.1Mリン酸カリウムバッファー)10mlで30℃で、飽和付近(600nmでOD20)まで増殖させた。細胞を回収し、グリセロールのかわりに0.5%(v/v)メタノールを有する同じ培地2mlに再懸濁し、2日間インキュベートした。2日間インキュベートした後、上清を回収し、SDS-PAGEゲル上でタンパク質産生について試験した。400ml細胞培養上清から、組換えペプチダーゼ酵素が大量に産生された。
P. pastorisの培養上清400mlから分泌されたタンパク質を、Amicom cellおよびUltracel Amicon YM30メンブレン(30kDaカットオフ)(Millipore, Volketswil, Switzerland)を用いた限外濾過により濃縮した。この濃縮物を50mM Tris-HCl、pH 7.5で洗浄し、同じバッファーで平衡化したMono-Qセファロース(Amersham Pharmacia, Dubendorf, Switzerland)カラムにアプライした。カラムを50m MTris-HCl、pH 7.5で洗浄後、流速1ml/分で、0〜0.5M NaClの線形濃度勾配で溶出を行った。Mono-Qセファロースカラムから溶出した種々の画分を、ロイシン-7-アミノ-4-メチルクマリン(Leu-AMC)を基質として用いて酵素活性についてスクリーニングし、LAPを含有する画分をプールした。Ultracel Amicon YM30メンブレンでのAmicon 限外濾過セルで濃縮し、20mM Tris-HCl、pH 6.0で洗浄後、LAP抽出物をサイズ排除Superose 6 FPLC(Amersham Pharmacia)カラムにのせ、20mM Tris-HCl、pH 6.0を溶出液として0.2ml/分の流速で溶出を行った。溶出した活性画分をプールした。LAP酵素は、さらなる機能的キャラクタリゼーションを行う前に、30kDaのカットオフ(Millipore)を有するCentricon濃縮器で最終容量0.4〜1.0mlまで4℃で濃縮した。
タンパク質抽出物は、12%ポリアクリルアミドゲルの分離ゲルをSDS-PAGEで解析した。ゲルはCoomassie brilliant blue R-250(Bio-Rad)で染色した。N-グリコシダーゼF消化は以前に記載された通りに行った。Doumas ら, Appl. Environ. Microbiol. 64:4809-4815 (1998)。
メンブレンを最初にレッド-ポンソーで染色し、主要タンパク質バンドを針でマークした。免疫ブロットは、ウサギ抗血清と、2次標識化抗体としてのアルカリフォスファターゼコンジュゲート化ヤギ抗ウサギIgG(Bio Rad)またはペルオキシダーゼコンジュゲート化ヤギ抗ウサギIgG(Amersham Pharmacia)とを用いて行った。ruLAP1、ruLAP2、Aspergillus oryzae分泌アルカリプロテアーゼ(ALP)およびファンガリシン(fungalysin)ファミリーのA. oryzae分泌中性プロテアーゼ(NPI)(Doumas ら, J. Food Mycol. 2:271-279 (1999))に対するウサギ抗血清は、精製した組換え酵素を用いて、Eurogentec(Liege, Belgium)により作製された。
アミノペプチダーゼ活性は、種々のペプチドの蛍光性アミノアシル-4-メチルクマリル-7-アミド誘導体を用いて測定し、アミノペプチダーゼP活性の特異的測定については内部で反応停止させる蛍光基質Lys(Abz)-Pro-Pro-pNAを用いて測定した。Stockelら, Adv. Exp. Med. Biol. 421:31-35 (1997)。全ての基質はBachem (Bubendorf, Switzerland)からのものであった。基質ストック溶液は、製造業者の指示に従って0.1Mで調製し、-20℃で保存した。反応混合物には、それぞれのLAPについて最適のpH(7〜8)に調節された50mM Tris-HClバッファー25μl中で酵素調製物(各酵素の基質に対する切断活性によって、1アッセイ当たり56〜2662 ng)および濃度5mMの基質を含有した。37℃で60分のインキュベーション後、5μlの氷酢酸を添加することにより反応を停止させ、反応混合物を水3.5mlで希釈した。放出された7-アミノ-4-メチルクマリン(AMC)は、370nmの励起波長と460nmの発光波長で、分光蛍光光度計(Perkin Elmer LS-5 fluorometer, Zurich, Switzerland)を用いて測定した。合成AMCを用いて作成した標準曲線を利用して、放出されたAMCを評価した。放出されたジプロリル-p-ニトロアニリドは、310nmの励起波長および410nmの発光波長で測定した。LA活性は、放出されたAMCまたはpNAのナノモル/分/μgタンパク質で表した。
阻害剤および金属カチオンを、酵素とともに37℃で15分間プレインキュベートした。次に、最終濃度5mMのLeu-AMCを添加した。さらに60分間のインキュベーション後、酵素活性を上記のように測定した。精製LAPに対して試験した阻害剤および阻害剤濃度は以下の通りである:500μM アマスタチン(amastatin)(Bachem)、40μMベンズアミジン(Sigma)、500μMベスタチン(Bestatin)(Bachem)、5mM/1mM EDTA(Sigma)、100μM E-64(L-trans-エポキシスクシニル-leu-4-グアニジノブチルアミド)(Bachem)、100μMロイペプチン(Sigma)、5mM/1mMオルト-フェナントロリン(Sigma)、500μM p-クロロマーキュリーベンゾエート(Sigma)、100μMペプスタチンA(Sigma)、40μM PMSF(Sigma)、20μM TLCK(Roche Diagnostics)、および20μM TPCK(Roche Diagnostics)。CaCl2、MgCl2、MnCl2、CoCl2、ZnCl2、NiCl2、CuCl2は0.5mM〜1mMの濃度で試験した。
酵素活性のための至適pHは、エリスとモリソンのバッファー系を用いて測定した。Ellis & Morrison, Methods Enzymol. 87:405-426 (1982)。このバッファーは、調べたpH範囲全体にわたりバッファーのイオン強度が一定でありながら、異なるpKa値を有する3つの成分を含有した。バッファーのpHを、1M HClまたは1M NaOHで半pH単位ずつの区切りで6〜11に調整した。Leu-AMC基質に対する活性のためのアッセイ条件は、示したpH値においてTris/HClバッファーをエリスとモリソンのバッファー(組成物)で置き換えた以外は上記と同じであった。
最適温度条件は、各LAPをLeu-AMC(5mM)と共に20、30、40、50、60、70、および80℃で10分、30分および60分インキュベート後、最適pHにおける酵素活性を測定することにより決定した。
タンパク質分解活性は、レゾルフィン標識化カゼインをリン酸バッファー(20mM; pH7.4)中で用いることにより測定した。反応混合物は、合計用量0.5ml中に0.02%基質を含有した。37℃でインキュベート後、未消化の基質をトリクロロ酢酸添加(最終濃度4%)で沈殿させ、遠心分離により上清から分離した。500μl Trisバッファー(500mM; pH9.4)を加えることによりアルカリ化した後、上清の574nmにおける吸収を測定した。実用的な目的から、1単位のタンパク質分解活性は、1分当たり0.001の吸収を生じる活性と定義した。
T. rubrumは、0.2%大豆タンパク質を唯一の炭素源および窒素源として含有する培地で30℃で増殖させた。14日間の増殖後、レゾルフィン標識化カゼインを基質として用いて実質的なタンパク質分解活性(400 U ml-1)を検出し、付随して培地の清浄化が認められた。このタンパク質分解活性は、PMSFおよびオルトーフェナントロリンによりそれぞれ15%および85%阻害され、このことはT. rubrumによりセリンプロテアーゼおよびメタロプロテアーゼが分泌されたことを証明した。培養上清のウェスタンブロット解析は、Microsporum canis同様、T. rubrumが、Aspergillus oryzaeによって分泌される中性メタロプロテアーゼNPIおよびアルカリプロテアーゼALPと同様に、ズブチリシンファミリー(MEROPS>S8)のエンドプロテアーゼおよびファンガリシンファミリー(MEROPS>M36)のエンドプロテアーゼを分泌したことを明らかにした(図1参照)。さらに、Leu-AMCおよびLeu-pNAなどの基質に対する強い活性が、T. rubrum培養上清で検出された。
Microsporum canisのエンドプロテアーゼ遺伝子のヌクレオチド配列は、A. oryzaeおよびA. fumigatusにより分泌されたスブチリシンおよびファンガリシンをコードする相同遺伝子と50〜70%の類似性を示した。さらに、M. canis遺伝子とAspergillus遺伝子は、共直線性イントロン-エキソン構造を示した。このことから、T. rubrumゲノムDNAライブラリーをスクリーニングするためのプローブを設計するために、アミノペプチダーゼをコードするA. oryzaeおよびSacharomyces cerevisiae遺伝子について利用可能なDNA配列を用いた。日和見病原菌A. fumigatusによって分泌されるものと比較した、T. rubrumにより分泌されるアミノペプチダーゼのキャラクタリゼーションは、組換えタンパク質を用いて行った。
RT-PCRにより得られたT. rubrum およびA. fumigatus cDNAを、pKJ113(Borg-von Zepelin ら,1998)にクローニングし、P. pastorisで発現させた。産生させるペプチダーゼによって、Leu-AMCに対する活性酵素約10〜80μg/mlが得られた(表18参照)。野生型P. pastorisは、同一の培養条件下では、培地にロイシンアミノペプチダーゼ活性を全く分泌しなかった。P. pastorisの形質転換体により分泌された組換えruLAP2、fuLAP1およびfuLAP2のSDS-PAGE解析は、不鮮明なバンドを示した(図2)。N-グリコシダーゼFでの処理後、移動度がより速い主要バンドのみがゲル上に現れ、このことはruLAP1と対比して、これらの3種のLAPが糖タンパク質であることを証明した(図2)。それぞれの脱グリコシル化組換えLAPの見かけ上の分子量は、プロテアーゼをコードする遺伝子のヌクレオチド配列から推定上されるポリペプチド鎖の計算上の分子量に近かった。各組換え酵素の推定される一次構造(アミノ酸配列)を、表18に示す。
抗ruLAP1抗血清を用いて、組換えruLAP1の電気泳動の移動度よりも高い移動度を有するLAP1産物の蓄積を、T. rubrum培養上清において検出した(図3参照)。
アミノペプチダーゼruLAP1、ruLAP2、fuLAP1、fuLAP2およびミクロソーム由来ブタ腎臓アミノペプチダーゼ(pKLAP)は、それぞれ効率的にLeu-AMCを加水分解した。この基質は、活性の最適温度およびpHを測定するため、そしてさらに(i)様々な既知のペプチダーゼ阻害剤(表16参照)および(ii)種々の二価イオン(表17参照)の影響を測定することにより酵素を特徴付けするために使用した。それぞれのLAPは、20℃でLeu-AMCを切断することができ、40〜50℃の最適温度を有した。至適pHは7.0〜8.5であった(表18参照)。80℃での10分間の前処理は、酵素を完全にそして不可逆的に不活性化した。
セリアック病(CD)は、小腸を傷つけ、食品からの栄養吸収を妨げる消化管の疾患である。セリアック病を有する人は、グルテンとよばれる、コムギ、ライムギおよびオオムギに存在するタンパク質を寛容できない。セリアック病を有する人が、グルテンを含有する食品を食べた場合、その人たちの免疫系は小腸を傷つけることにより応答する。この疾患は世界の殆どの人口集団において〜1:200の罹患率を有し、セリアック病の唯一の治療法は、一生涯、厳密にグルテン不含ダイエットを維持することである。殆どの人については、このダイエットを守ることは症状を停止させ、存在する腸の損傷を治癒させ、さらなる損傷を予防する。
固相合成は、Applied Biosystemsからのカスタム改変型430Aペプチド合成機で行ったが、これには標準-O-CH2-フェニルアセトアミドメチル樹脂上に逐次的Boc化学鎖伸長のためのin situ中性化/2-(1H-ベンゾトリアゾール-1-イル)-1、1、1、3、3-テトラメチルウロニウムヘキサフルオロリン酸(HBTU)活性化プロトコールを用いた。Schnolzerら,Int. J. Peptide Protein Res. 40:180-193 (1992)。
インキュベーションは、1mg/mLの基質濃度と1:20のE/S比での、1mM CoCl2を補充した50mM Tris-HCl、pH7.2中で37℃で行った。反応はCH3COOHを用いた酸性化により停止させ、媒体をC8カラムで0.1%TFA中での2%/分CH3CN勾配を用い、RP-HPLCにより解析した。全てのピークを、ESI-MSで特徴付けした。
図6に示す通り、4時間以内では、14量体はruLAP2によって消化されない。対照と比較しても、HPLCプロファイルには変化はなかった。それどころか、消化は結果的にN末端プロリンの切断にしか起こらない。これに対してruDPPIVは単独ではペプチドを加水分解することができないものの、ruDPPIVの補充はアミノ酸およびジペプチドへの完全な分解を生じる(図7)。
ruLAP2単独での33量体の消化は、4時間以内でペプチドの部分的分解(50%未満)を生じる(データ不提示)。このペプチドはruDPPIVの基質ではない(図8)。しかしながら、この両方の酵素を混合した場合、この33量体はアミノ酸およびジペプチドに完全に消化され(図9)、そのうちのいくつかはESI-MSによって確認できる(Y、L、F、P、PY、およびPF)。
20時間にわたるプロナーゼとの消化(E/S=1/25)は部分的(40%未満)でしかなく、ruLAP2の添加(両方の酵素について1:50のE/S比(w:w))は加水分解を向上させない。他方、同じ条件でのDPPIVの添加は、アミノペプチダーゼとジペプチジルペプチダーゼの相補的作用により、ペプチドの完全な分解という結果となる。キモトリプシン単独、またはruLAPもしくはDPPIVを添加したものは、ペプチドを分解することができない。
LAP2を、proNPYのN末端からのGly-Serの切断について、および同じペプチドのN末端からの付加的Alaの切断について、評価した。より大きな組換えタンパク質のプロセシングにおいて、単独でまたは別のエキソペプチダーゼと一緒に、LAP2の応用性を拡大するために、N末端配列Met-Thr-Pro-を有するG-CSF組換えタンパク質(Cys17→Ser、Lys16、23、34、40→Arg)を、ruLAP2およびruDPPIVと連続的にインキュベートしたところ、175残基のタンパク質からMetおよびThr-Proジペプチドが逐次的に除去された。
ペプチドは1mg/mlで、1:20および1:100(w:w)のE/S比でのruLAP2を有する50mM Tris-HCl、1mM CoCl2バッファー中で37℃で一晩インキュベートした。消化された物質はRP-HPLCで分離し、ESI-MSで特徴付けした。図10に示す通り、ruLAP2とのインキュベーションは144.1 amuの理論的低下(144.2であると確認された)を伴う2つのN末端残基Gly-Serの切断が生じる。同じ結果は1:100 E/S比で得られた。消化は、酵素がXaa-Pro-モチーフまで到達した場合(proNPYの場合についてはこれはTyr-Proである)に、停止する。
インキュベーション条件は、Gly-Ser-proNPYの場合と同じであった。図11Bは、N末端アラニンがほとんど完全にproNPYから除去されたこと(71 amuの分子量低下)を示す。
これらの実験で用いるTG47として知られているG-CSFの変異体類似体は、メチオニル-[C17S、K16、23、34、40R]G-CSFであり、これは折りたたまれたタンパク質について18894.90の理論的質量を有する。
G-CSFのストック溶液(0.1%サルコシルを含有するPBS中1.9mg/ml)を、1mM CoCl2を添加したpH7.2の50mM Tris-HClで4倍希釈し、ruLAP2と共に(E/S=1/20および1:100、w:w)37℃で15時間インキュベートした。この溶液を、30%(v:v)アセトニトリルで希釈し、酢酸で酸性化し、MSキャラクタリゼーションのためにRP-HPLCでタンパク質を分離した。図12Aおよび12Bに示す通り、一晩のインキュベーションは、131.2 amuの理論的質量減少であるN末端メチオニンの完全な切断が起こる。1:100のE/S比(w:w)では、一晩のインキュベーションの後でも切断されていない微量の物質が依然として存在する。
凍結乾燥させた物質を、0.1%サルコシルを含有するpH7.5の50mM Tris-HClに1mg/mlの濃度で懸濁し、1/20のE/S比(w:w)でDPPIVと共に一晩37℃でインキュベートした。タンパク質は、上記と同じようにRP-HPLCで分離し、ESI-MSで特徴付けした(図13Aおよび13B)。DPPIV消化(図13B)は、N末端ジペプチドThr-Proの切断を生じる(計算上の分子量18564.8 amu;測定された分子量18563)。微量の未消化の物質はなおも、反応媒体中に存在する。
本明細書において特定の実施形態を詳細に開示したが、これは例証のみを目的とした例として行ったことであり、以下の特許請求の範囲を制限することを意図したものではない。特に、本発明者らは、特許請求の範囲に定義される発明の範囲と精神から離れることなく、本発明に種々の置換、変更および改変が可能であることを意図している。核酸出発物質、興味あるクローン、またはライブラリーのタイプの選択は、本明細書に開示する実施態様の知識を有する当業者にとって、日常的な事であると考えられる。他の態様、利点および改変は、以下の特許請求の範囲内にあるものとみなされる。
Claims (66)
- 配列番号3、6、9、12、15、18、21、24、27、30、33、および35からなる一群から選択されるアミノ酸配列の成熟型を含んでなる、単離されたポリペプチド。
- 配列番号3、6、9、12、15、18、21、24、27、30、33、および35からなる一群から選択されるアミノ酸配列を含んでなる、単離されたポリペプチド。
- 配列番号3、6、9、12、15、18、21、24、27、30、33、および35からなる一群から選択されるアミノ酸配列に少なくとも90%同一であるアミノ酸配列を含んでなる、単離されたポリペプチド。
- 前記の単離されたポリペプチドが、配列番号3、6、9、12、15、18、21、24、27、30、33、および35からなる一群から選択されるアミノ酸配列の、自然発生的な対立遺伝子バリアントである、請求項3に記載の単離されたポリペプチド。
- 前記の単離されたポリペプチドが、アミノペプチダーゼもしくはカルボキシペプチダーゼ活性を有する、請求項3に記載の単離されたポリペプチド。
- 前記ポリペプチドがロイシンアミノペプチダーゼである、請求項5に記載のポリペプチド。
- 前記ポリペプチドがruLAP2である、請求項6に記載のポリペプチド。
- 前記ポリペプチドが、配列番号3、6、9、12、15、18、21、24、27、30、33、および35からなる一群から選択されるアミノ酸配列中に1つもしくは複数の保存的置換を包含するアミノ酸配列を含んでなる、単離されたポリペプチド。
- 前記ポリペプチドが、アミノペプチダーゼ活性を有する、請求項8に記載のポリペプチド。
- 前記ポリペプチドが天然に存在する、請求項1に記載のポリペプチド。
- 請求項1に記載のポリペプチド、および担体を含んでなる、組成物。
- 請求項11に記載の組成物を1つもしくは複数の容器内に含んでなる、キット。
- 請求項1に記載のポリペプチドを含んでなる、皮膚糸状菌。
- 皮膚糸状菌が、有毛表皮糸状菌(Epidermophyton floccosum)、オーズアン小胞子菌(Microsporum audouinii)、鉄さび色白癬菌(Microsporum ferrugineum)、渦状白癬菌(Trichophyton concentricum)、Trichophyton kanei、Trichophyton megninii、毛瘡白癬菌(Trichophyton mentagrophytes)、Trichophyton raubitschekii、紅色白癬菌(Trichophyton rubrum)、シェンライン白癬菌(Trichophyton schoenleinii)、スーダン白癬菌(Trichophyton soudanense)、断髪性白癬菌(Trichophyton tonsurans)、黄色白癬菌(Trichophyton violaceum)、Trichophyton yaoundei、イヌ小胞子菌(Microsporum canis)、Microsporum equinum、Microsporum nanum、Microsporum persicolor、Trichophyton equinum、Trichophyton simii、疣状白癬菌(Trichophyton verrucosum)、石膏状小胞子菌(Microsporum gypseum)、Trichophyton ajelloi、およびTrichophyton terrestreからなる一群から選択される、請求項13に記載の皮膚糸状菌。
- 請求項1に記載のポリペプチドを含んでなる、微生物培養上清。
- 請求項1に記載のポリペプチドに関わる病理から選択される疾患である、ヒト疾患に付随する症状を治療するための医薬品の製造に、治療薬を使用することであって、その治療薬が請求項1のポリペプチドを含んでなる、前記治療薬の使用。
- 真菌感染症治療用の、可能性のある治療薬を同定する方法であって、この真菌感染は、請求項1に記載のポリペプチドの異常な発現、もしくは異常な生理的相互作用に関係しており、その方法は
(a) 請求項1に記載のポリペプチドを発現し、そのポリペプチドに起因する特性もしくは機能を有する細胞を提供すること;
(b) その細胞を、候補物質を含んでなる組成物と接触させること;および
(c) その物質が、ポリペプチドに起因する特性もしくは機能を変化させるかどうかを判定すること;
を含んでなるが、それによって、物質の存在下で認められた変化が、その物質を含まない組成物と細胞を接触させたときに認められないならば、その物質は治療薬の可能性があると同定される、前記方法。 - 前記特性もしくは機能がアミノペプチダーゼもしくはカルボキシペプチダーゼ活性である、請求項17に記載の方法。
- 哺乳動物において病的状態を治療する方法であって、その方法が、病的状態を軽減するのに十分な量のポリペプチドを哺乳動物に投与することを含んでなり、そのポリペプチドは、配列番号3、6、9、12、15、18、21、24、27、30、33、および35、もしくはそれらの生物学的に活性な断片からなる一群から選択されるアミノ酸配列を含んでなるポリペプチドと、少なくとも90%同一なアミノ酸配列を有するポリペプチドである、前記方法。
- 病的状態が、真菌感染症、セリアック病、消化管吸収不良、スプルー、アレルギー反応および酵素欠損症からなる一群から選択される、請求項19に記載の方法。
- 前記アレルギー反応がグルテンに対する反応である、請求項20に記載の方法。
- 哺乳動物において病的状態を治療する方法であって、その方法が、病的状態を軽減するのに十分な量のプロテアーゼインヒビターを哺乳動物に投与することを含んでなり、そのプロテアーゼインヒビターは、配列番号3、6、9、12、15、18、21、24、27、30、33、および35、もしくはそれらの生物学的に活性な断片からなる一群から選択されるアミノ酸配列を有するポリペプチドと、少なくとも90%同一なアミノ酸配列を有するポリペプチドである、前記方法。
- 病的状態が真菌感染症である、請求項22に記載の方法。
- 配列番号2、5、8、11、14、17、20、23、26、29、32および34からなる一群から選択される核酸配列を含んでなる、単離された核酸分子。
- 前記核酸分子が天然に存在する、請求項24に記載の核酸分子。
- 前記核酸分子が、配列番号2、5、8、11、14、17、20、23、26、29、32および34からなる一群から選択される核酸配列とはヌクレオチド1つだけ異なっている、核酸分子。
- 配列番号3、6、9、12、15、18、21、24、27、30、33、および35からなる一群から選択されるアミノ酸配列を有するポリペプチドの成熟型をコードする、単離された核酸配列。
- 配列番号2、5、8、11、14、17、20、23、26、29、32および34、または前記ヌクレオチド配列の相補体からなる一群から選択されるヌクレオチド配列に対して、ストリンジェントな条件下で、前記核酸分子がハイブリダイズする、請求項24に記載の核酸分子。
- 請求項24に記載の核酸分子を含んでなるベクター。
- 前記核酸分子と機能しうるように結合したプロモーターをさらに含んでなる、請求項29に記載のベクター。
- 請求項29に記載のベクターを含んでなる細胞。
- 請求項1に記載のポリペプチドを製造する方法であって、その方法は、ポリペプチドの発現をもたらす条件下で細胞を培養することを含んでなるが、ここで前記細胞は、配列番号2、5、8、11、14、17、20、23、26、29、32および34からなる一群から選択される核酸配列を含んでなる単離された核酸分子を含んでなる、ベクターを包含する、前記方法。
- 前記細胞が、真菌細胞、細菌細胞、昆虫細胞、植物細胞、および哺乳動物細胞からなる一群から選択される、請求項32に記載の方法。
- 請求項2に記載のポリペプチドを製造する方法であって、その方法は、ポリペプチドの発現をもたらす条件下で細胞を培養することを含んでなるが、ここで前記細胞は、配列番号2、5、8、11、14、17、20、23、26、29、32および34からなる一群から選択される核酸配列を含んでなる単離された核酸分子を含んでなる、ベクターを包含する、前記方法。
- 前記細胞が、真菌細胞、細菌細胞、昆虫細胞、植物細胞、および哺乳動物細胞からなる一群から選択される、請求項34に記載の方法。
- (a) 請求項13に記載の皮膚糸状菌をタンパク質の製造に十分な条件下で培養すること;および
(b) 皮膚糸状菌培養物からタンパク質を単離すること;
を含んでなる、タンパク質を製造する方法。 - 前記タンパク質が分泌タンパク質である、請求項36に記載の方法。
- 前記タンパク質がアミノペプチダーゼもしくはカルボキシペプチダーゼである、請求項36に記載の方法。
- 前記アミノペプチダーゼがロイシンアミノペプチダーゼである、請求項38に記載の方法。
- 前記ロイシンアミノペプチダーゼがruLAP2である、請求項39に記載の方法。
- 前記皮膚糸状菌が、有毛表皮糸状菌(Epidermophyton floccosum)、オーズアン小胞子菌(Microsporum audouinii)、鉄さび色白癬菌(Microsporum ferrugineum)、渦状白癬菌(Trichophyton concentricum)、Trichophyton kanei、Trichophyton megninii、毛瘡白癬菌(Trichophyton mentagrophytes)、Trichophyton raubitschekii、紅色白癬菌(Trichophyton rubrum)、シェンライン白癬菌(Trichophyton schoenleinii)、スーダン白癬菌(Trichophyton soudanense)、断髪性白癬菌(Trichophyton tonsurans)、黄色白癬菌(Trichophyton violaceum)、Trichophyton yaoundei、イヌ小胞子菌(Microsporum canis)、Microsporum equinum、Microsporum nanum、Microsporum persicolor、Trichophyton equinum、Trichophyton simii、疣状白癬菌(Trichophyton verrucosum)、石膏状小胞子菌(Microsporum gypseum)、Trichophyton ajelloi、およびTrichophyton terrestreからなる一群から選択される、請求項36に記載の方法。
- 製造されたタンパク質をポリペプチド基質に適用することをさらに含んでなる、請求項36に記載の方法。
- 製造されたタンパク質がポリペプチド基質を分解する、請求項42に記載の方法。
- ポリペプチド基質の長さが2から200アミノ酸である、請求項42に記載の方法。
- 製造されたタンパク質が全長ポリペプチド基質を順次消化する、請求項42に記載の方法。
- 真菌症にかかった患者の真菌症を治療する方法であって、その方法は配列番号3、6、9、12、15、18、21、24、27、30、33、および35からなる一群から選択されるEXOXタンパク質の活性を有する、有効量の阻害剤を投与することを含んでなる、前記方法。
- 前記EXOXタンパク質が配列番号2を含んでなる、請求項46に記載の方法。
- ポリペプチド基質を、請求項1に記載の1つもしくは複数の単離されたポリペプチドと接触させることを含んでなる方法である、ポリペプチド基質を分解する方法。
- 前記ポリペプチド基質が全長タンパク質である、請求項48に記載の方法。
- 前記の1つもしくは複数の単離されたポリペプチドが、ポリペプチド基質を順次消化する、請求項48に記載の方法。
- 前記ポリペプチド基質が、変性カゼイン、グリアジン、グルテン、ウシ血清アルブミンもしくはそれらの断片からなる一群から選択される、請求項48に記載の方法。
- 前記の単離されたポリペプチドがアミノペプチダーゼである、請求項48に記載の方法。
- 前記アミノペプチダーゼがロイシンアミノペプチダーゼである、請求項52に記載の方法。
- 前記ロイシンアミノペプチダーゼがruLAP2である、請求項53に記載の方法。
- 前記ポリペプチド基質を1つもしくは複数のプロテアーゼと接触させることをさらに含んでなる、請求項48に記載の方法。
- 前記の1つもしくは複数のプロテアーゼが、トリプシン、プロナーゼ、キモトリプシンおよびプロテイナーゼKからなる一群から選択される、請求項55に記載の方法。
- タンパク質を、請求項3に記載の1つもしくは複数の単離されたポリペプチドと接触させることを含んでなる、タンパク質のアミノ末端からアミノ酸を除去する方法。
- タンパク質の前記アミノ末端がHisタグを含んでなる、請求項57に記載の方法。
- タンパク質の前記アミノ末端がXaa-Proタグを含んでなる、請求項57に記載の方法。
- Xaaが、少なくとも2つの近接する求核性の基を含んでなるアミノ酸である、請求項59に記載の方法。
- 前記アミノ酸がセリン、トレオニンまたはシステインである、請求項60に記載の方法。
- 単離されたポリペプチドが、リバースタンパク質分解活性を有する、請求項3に記載の単離されたポリペプチド。
- 製造されたタンパク質が、ポリペプチド基質に1つもしくは複数のアミノ酸を付加する、請求項42に記載の方法。
- 製造されたタンパク質が、ポリペプチド基質から1つもしくは複数のアミノ酸を除去して、修飾されたポリペプチド基質を形成させ、さらに製造されたタンパク質は次にこの修飾されたポリペプチド基質に1つもしくは複数のアミノ酸を付加し、それによって元のポリペプチド基質とは異なるアミノ酸配列を含んでなるポリペプチド産物を生成する、請求項42に記載の方法。
- ポリペプチド基質に1つもしくは複数のアミノ酸を付加する方法であって、ポリペプチド基質を、請求項3に記載の1つもしくは複数の単離されたポリペプチドと接触させることを含んでなる、前記方法。
- 1つもしくは複数のアミノ酸のその後の付加を可能にするのに十分な条件下で、一時、ポリペプチド基質を1つもしくは複数の単離されたポリペプチドとともにインキュベートするステップをさらに含んでなる、請求項48に記載の方法。
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