JP2007524086A - 混合式ミクロ流動方法 - Google Patents
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Abstract
Description
ミクロ流動工学は、一層の迅速性、正確性、容易に自動化可能な小型化実験を約束することにより、生物学及び化学的研究における次の技術革新として報告されてきた。ミクロ流動実験の利点の多くは、市場で明らかである。例えば、Caliper Technologies Corp.から供給されるAgilent 2100 Bioanalyzer並びにそのミクロ流動装置及び試薬キットメニューは、生命科学研究者に重要な多数の異なる分析を行うための多目的実験台を提供する。これらのシステムで作られたデータは、デジタル化された高再現性状態で容易に得られる。
本発明は、一般に、チャンネルネットワーク中で材料の最適移動を行うため、混成流体流れプロファイルを用いる方法及びシステムを提供する。これらのシステムは、各種チャンネルセグメント間の相互連絡を維持しながら、材料を相互連絡したチャンネルネットワーク中で移動させるため、圧力及び動電による混成流れシステムを用いる。特に本発明は、一般に、第一チャンネルセグメントでの流れが、圧力流により駆動され、その結果、放物線状流れプロファイルが得られる場合のチャンネルネットワークに向けたものである。相互連絡したチャンネルセグメントでは、材料の流れは、動電的に駆動され、その結果、プラグ流れプロファイルを生じる。本方法及びシステムは、圧力流をタップオフすると共に、接続部を通る動電的流れに置換するため、異種の流れプロファイルを持つチャンネルの該接続部に、通常、アクセスチャンネル又はタッピングチャンネルを用いる。これは、材料の移動下で流れプロファイルを変えながら、材料を第一チャンネルセグメントから第二チャンネルセグメントに流す競争試験(passing off)を保証する。
図1は、放物線状の圧力駆動流れプロファイル(図1A)及び動電的駆動プラグ流れプロファイル(図1B)を示す。
I.総論
一般に本発明は、第一のチャンネルセグメント中に主として非動電的圧力駆動流を含み、一方、接続した第二のチャンネルセグメント中に動電的駆動流を含むミクロ流動チャンネルシステムで材料を移動させる方法及びシステムを提供する。ミクロ流動チャンネルネットワークの異なる部分で異なる種類の流れプロファイルを付与することにより、特殊な流れプロファイルにより生じる恐れがある悪影響を最小にしながら、全体の操作により各セグメントを最適化できる。
先に述べたように、微小規模の流動チャンネルでは、圧力駆動流は、動電的駆動流とは異なる特徴を有する。特に、これらシステムでの圧力駆動流は、通路又は導管の中央部の流体が最も速く移動する所では、流体が側壁に接近するのに従って減少する流れ速度勾配により放物線流となり、また壁での流体は、流れ速度が0又は0に近くなる(図1Aの放物線流の概略図参照)。放物線流の結果の一つは、材料の流速に関連する分散水準の増大であり、チャンネルを流通する際、別の流体又は他の材料の広がりが増大する。分散、特にTaylor−Aris分散についての検討は、例えばTaylor等,Proc.Roy.Soc.London,(1953)219A:186−203;Aris,Proc.Roy.Soc.London,(1956)A235:67−77;Chatwin等,J.Fluid mech.(1982)120:347−358;Doshi等,Chem,Eng.Sci.(1978)33:795−804;及びGuell等,Chem.Eng.Comm.(1987)58:231−244参照。これらの各文献は、あらゆる目的のため、全体をここに援用した。
圧力流れプロファイル及び動電的流れプロファイルの異なる特徴にも拘わらず、幾つかの場合には、これらの異なる特徴から、単独の接続したチャンネルネットワークに両方の流れプロファイルを付与できることが望ましい。例えば同時係属PCT出願公開No.WO 02/10732には、この目的は、一般に、高流れ抵抗性接続チャンネルを用いて、或る領域を他の領域から流れとして実質的に単離することにより達成されると記載されている。特にサンプル導入チャンネルに負圧を加えることにより、サンプルは、装置内に引き込まれる。サンプル材料の一部は、高流れ抵抗性接続チャンネルにより分離チャンネル中に注入される。高流れ抵抗性接続チャンネルを組み入れることにより、圧力駆動サンプル装填用チャンネルから動電的駆動分離チャンネルを効果的に脱結合(decouple)することができる。前記システムの有用性にも拘わらず、一般に、これらの目的は、異なるチャンネルセグメントを、例えば高抵抗性チャンネルセグメントにより、互いに実質的に単離する必要もなく、一層簡単なチャンネルネットワーク内で達成することが望ましい。
移動度変化検出計画を利用した連続流アッセイフォーマットの一例を図4に概略的に示す。このアッセイフォーマットでは、アッセイ用試薬、例えば基質及び酵素、又は相補的結合パートナー、即ち、受容体/配位子又は核酸は、通常、反応中、電荷の変化を受ける、例えば標識された反応剤から帯電部分が付加されるか除去される標識反応剤を含む。一例として、通常のキナーゼアッセイでは、標識されたキナーゼ基質は、キナーゼ酵素と接触させる。このキナーゼ酵素は、基質に比べて生成物の電荷にかなりの変化を生じる高帯電のホスフェート基を基質に付加する。この電荷差は、バックグラウンドの基質水準から生成物を分離するのに使用される。これらの試薬は、流動チャンネルと平行に連続的に流れ、これにより反応の定常状態水準は、連続的に反応し分離する試薬の結果である一定の信号を生じる。問題の反応の作動体を例えばスラッグ中の反応に導入すると、作動体は、定常状態の反応/分離を乱し、チャンネルから検出された信号水準に指示的変化又はサインを生じる。連続流移動度変化アッセイの概略は、USP 5,942,443、同6,046,056及び同6,267,858に記載されている。これら文献の全内容は、ここに援用した。
本発明装置は、加えた圧力又は電場の制御、或いは加えた圧力、電場の両方の制御で差別的に帯電した種の流れプロファイルを管理することにより、サンプル混合物からこれら各種の種を分離するのにも有用である。多数の圧力及び電圧源を備えた流体制御システムを用いると、ミクロ流動チャンネルネットワークのいずれの部分での流体力学流及び電場も所望値に設定できるように、装置のいずれの所定チャンネルセグメントでの圧力及び/又は電圧も制御できる。本発明は、2つの異なる流れプロファイル、即ち、圧力による及び動電的駆動のプロファイルを重複させ、同時に各流れプロファイル下で、流速を制御して、この流体中に、流体で運ばれたサンプル中に含まれる差別的に帯電した種を容易に分離及び単離するのに十分な量まで含有する所定種について正味速度を得ることにより、チャンネルネットワークの異なるセグメント中の流体流を独立に制御する装置を提供する。こうして、以下に説明するT−交差点のようなチャンネル交差点に送られた、異なる電気泳動移動度を有する2つ以上のサンプル種の混合物(例えば中性基質及び以下の実施例1で説明するような酵素反応の負帯電生成物)は、サンプル種の異なる電気泳動移動度に基づいて、交差点の別々のチャンネル内の分離成分に完全に分離できる。
正味流れ=流体力学流の速度+〔電気泳動移動度(μep)×E〕
Aの正味流れ=0.1cm/s+0.28cm/s
Aの正味流れ=0.38cm/s
そのような応用に於いて、ミュータントDNA分子への自然タイプの割合については、100:1となるように期待されている。稀な事象を算出する為、遺伝子タイプシステム(a genotyping system)を使用する際には、該システムの処理量を増加させるのに出来る限り、迅速に外部のミクロ滴定濃度プレート(或いは、他の外部のサンプル・ソース)から吸収されてきた一DNAサンプルを処理するのが望ましい。
(商業的に入手する事が可能な従来型96,384,或いは1536床プレートとして)ミクロ滴定濃度プレート1200の一つ、或いは多くの床に位置している。複数のサンプルは、大きな圧力駆動流れが、チャンネルセグメント1202,1208,そして1210に沿って、そしてリザーバ1204方向というようにリザーバ1204へ吸引を適用する事によって相対的に高い流れの割合(例えば、約3Nl/s)で細孔1202を通じて吸収されている。二次元チップの配置の為に細孔1202は、サンプルが置かれているリザーバの中にサンプルを置き換える事が出来、そしてそれからリザーバ1204に適用された吸引は、チャンネルネットワークに流れるようにサンプルリザーバ内にサンプルを生じさせる事が示されている。同時に、大体低い正の圧力或いは、吸引は、反応チャンネル内の圧力流れを作動するように反応チャンネル1216に流動的に一対となった装置の一つ、或いは多くのリザーバに応用されるはずである。例えば、以下に記述されているように、かすかな正の圧力は、連続的な流れの状態の下では反応チャンネル内で発生する熱循環運動(例えば、PCRによる)にとって十分である反応チャンネル1216を通じて正の圧力流れを立てるようリザーバ1206(そして、反応チャンネル1216の下流にある図示されていないリザーバにかすかな吸引が適用され)に応用されるはずである。かくして、図16Aに記されているように適用された圧力そして/或いは、吸引(そして、さまざまなチャンネルセグメントの範囲)に基づいて、チップのさまざまなチャンネルセグメントの各々に、圧力駆動速度(Vp)が確立されるはずである。即ち、圧力駆動速度とは、装置の反応チャンネル領域にある(例えば、反応チャンネル1216内の一秒間に約0.4mm)よりも装置の前端にある(例えば、チャンネルセグメント1208内の一秒間に約3.2mm)ようにかなり高い水準にあるのである。例えば、適用された圧力そして/或いは吸引は、チャンネルセグメント1208内の全流れの割合が、チャンネルセグメント1216内の流れの割合の約二倍であり、例えば、チャンネルセグメント1216内の流れの割合の約五倍であり、例えば、チャンネルセグメント1216内の流れの割合の約十倍かそれ以上であるようにチャンネルの次元が選択され、確立されるはずである。
換言すれば、リザーバ1204及び1206との間で適用された電気分野ではサンプル内の帯電したDNAは、全ての種が電気泳動の可動性を以下の与えられた数値によって、チャンネルセグメント1210に流れながら、チャンネルセグメント1212に分離され、そして監理されるよう調整されるはずである。かくして、例えば電気分野でリザーバ1204及び1206の間に確立されたもの、つまりサンプル内の帯電したDNA電気泳動速度(Vep)は、チャンネルセグメント1210に於いて一秒間に約4.2mmのようであり、(図16Aに示されている一秒間に約3.1mmの圧力駆動速度より優れている)こうして、図16Cに示されているように強いてDNAをチャンネルセグメント1212に入れる事により一秒間に約1.1mmもの総合的な全速度(VT)を産み出している。
DNAの電気泳動の可動性は、おおよそサイズの機能(例えば、ベース・ペアーの数)としての連続性であり、自由な区域である為に多種なDNAサイズを含む疾病のサンプルの異質性にも拘わらず、選択的なイオン抽出プロセスのとても
素晴らしい調節を提供する必要はないのである。
そして、以後処理及び/或いは検出(例えば、癌スクリーニングの目的の為に稀にヌクレイン酸分子の検出)の為に増幅されるチャンネルセクション1216に継続的な流れの下に相対的に高度な濃縮にて流れているのである。
総合的な流れの確率(或いは速度、さまざまなチャンネルセグメントが、全く同じか、或いは部分的に同じ横断する次元を持っていると仮定した場合)の割合を細孔1202にまで上げ、前濃縮の量である熱を帯びたチャンネル領域1216に送り込む流れの率(或いは速度)を好ましくは約二のようであり、例えば約五、例えば約十或いは、それ以上である。例えばもし、流体の3Nl/sが、細孔1202を通じて処理されており、一秒間に約0.4mmの熱せられたチャンネル領域の丁度前に全種の速度とを比較してみた処、1208が一秒間に約3.2mmである(図16Cに示されている)事を通じて種の全速度(VT)にあり、
それから、種の保存がDNAの濃縮(チャンネル領域1208及び1216が、全く同じチャンネルを横断する次元にあると仮定した場合)におおよそ8つのフォールド(fold)を必要とする。もし、チャンネル領域1208及び1216が、全く同じチャンネルを横断する次元にない場合、それから、こうしたチャンネル領域を通じた流れの率は、チャンネル領域の間で濃縮要素を正確に予言する事を比較される必要があるであろう。図17は、図15に示されているような同様のチャンネル配置を使用するDNAのおおよそ7個から8個にフォールド(fold)積み重ねて示されたエレクトロフェログラム(electropherogram)である。上記で記されているように、本発明の方法によって、濃縮され、抽出された複数のサンプルは、典型的には電気泳動技術によって分離され、こうしたものを含んでおり、帯電した合成ポリマーと同様にペプチド、蛋白質、ヌクレイン酸、そして多糖類のような帯電した生体分子をも含んでいる。
他の局面では、本発明は、前述の選択的イオン抽出法を用いて多段抽出を行う方法及び装置を提供する。多段抽出は、少なくとも2つの他の種の電荷の中間にある電荷を有する種を分離するという追加の利益を与える。例えば一段選択的イオン抽出は、最高又は最低のイオン移動度を持った種を分離するには好適であるが、多段抽出は、中間移動度の種や、最低速及び最高速の電気泳動移動度を持った種を分離するのに望ましい。したがって、多段選択的イオン抽出は、混合物中に含まれる流体で運ばれた種の分離を行う際、なお一層の多用性を与え、これにより、これまで実現された利用よりもなお一層広範な各種利用にミクロ流体技術を容易に使用できる。
試薬:
酵素:Protein Kinase A、camp−依存Protein Kinase(Promega,Madison,WI)
全ての実験は、マルチポートカートリッジ(Caliper Technologies Corp.,Mountain View,CA)を備えたCaliper 100開発システム又はCaliper 220高スループット選別システムのいずれかで行った。これらのシステムは、主アッセイ選別用完全一体化溶液を供給するように設計されている。各システムは、自動化サンプリングロボット、アーク灯又はレーザーによる蛍光検出システム、及び制御、分析用完全ソフトウエア包装を有する。カートリッジの内側にはチップが載せてあり、マルチポート圧力及び電圧コントローラーとのインターフェース及びアラインメントを与える。要するに、このマルチポート制御モジュールは、ミクロ流動チップに必要な基本的な制御能力を与える。制御媒体として、周囲の空気を用いた8つの独立ぜん動ポンプは、正又は負(真空)のいずれかの圧力で5psi供給できる。電圧コントローラーは、±3KVに達する8つの別々の高電圧を供給できる。マルチポートモジュールは、通常、圧力設定又は電圧設定のような、各ファンクションの順序、期間及び大きさを含む文字により制御される。
本実施例で使用したミクロチップの概略図を図9に示す。図示のように、ミクロ流動チップ装置900は、酵素リザーバー918と流動可能に連結したチャンネルセグメント902、基質リザーバー920と流動可能に連結したチャンネルセグメント904、T−交差点を有する主チャンネルセグメント910、及びそれぞれ廃棄物(及び/又はアナライト)リザーバー922、924と流動可能に連結したチャンネルセグメント912、914を備える。こうして、圧力駆動流又は動電的流れ等によりチャンネルセグメント902、904中に導入されたサンプル及び酵素は、主チャンネルセグメント910中で混合、相互作用して、基質、該基質とは異なる電荷を有する生成物、及び酵素を含む反応混合生成物を生成する。次に、この反応混合物は、本発明方法に従ってT−交差領域916で分離できる。Caliper 100及び220分析システムは、蛍光検出領域が、チャンネルセグメント912との交差点に近い主チャンネルセグメント910の端部に隣接して配置されるように、装置900を保持する。光学システムに接続されたビデオカメラ及びモニターにより、チップ上の検出器場所を見ることができる。検出器は、まず基準点としてT−接続部の内側の隅を用いて、T−交差接続部916の前0.2mmの所に置いた。図10の流束モデルに基づいて、チップ900に加える圧力及び電圧は、生成物又は基質がT−交差接続部を通るとは予想されないような条件を確定した。検出器での一連のピーク(図11A〜11Cの“前”ピーク)を集め、前接続ピーク特性を得た。次に、検出器をT−接続の内側の隅から下流0.5mmの所に再配置した。基質及び酵素を再び、混合して、反応生成物混合物とし、次いでこれをT−交差接続部916の下流に位置する検出領域で検出した。
202 第一チャンネルセグメント
204 第二チャンネルセグメント
206 第一流動接続部
208 第三チャンネルセグメント又はアクセスチャンネル
218 電気システム
400 アッセイ装置
402 サンプリングエレメント
404 第一チャンネルセグメント
406 第二チャンネルセグメント
408 第一流動接続部
410 第三チャンネルセグメント
412、414 副チャンネル
416、418 リザーバー/試薬源
420 電気制御システム
450 テスト化合物
452 反応混合物スラッグ
454 分離された種
456 検出窓
500 ミクロ流動装置と併用される、電力源及び圧力源を有するシステム
502 ミクロ流動装置
504 コントローラー
506 電力源
508 圧力源
510 圧力ポート
512、514 電極
518 チャンネルセグメント
520、522、524 リザーバー
602 平面的装置
604 本体構造
608〜638 リザーバー
652 高スループット装置又は一部立体的装置
654 概略平面的本体構造
656 ミクロ流動チャンネルネットワーク
658 サンプリング毛管又はピペッター
662〜670 リザーバー
672 光学的検出窓
700 酵素アッセイ用装置
702 サンプル源
702、705、706 主チャンネルのチャンネルセグメント
704、714、716 副チャンネルのチャンネルセグメント
708、710 差別的に帯電した種
722、724、726、728 リザーバー
728 廃棄物リザーバー
800 多段抽出用システム
804 主分離チャンネル
806、808、810 リザーバー
812〜824 チャンネルセグメント
900 ミクロ流動チップ装置
902、904、912、914 チャンネルセグメント
910 主チャンネルセグメント
916 T交差領域
918 酵素リザーバー
920 基質リザーバー
922、924 廃棄物(及び/又はアナライト)リザーバー
1000 ミクロ流動装置
1002、1004 平行なチャンネル
1006 サンプルリザーバー1006
1007 サンプル入口チャンネル
1008 廃棄物リザーバー
1010、1012 差別的に帯電した種
1018、1022、1024 チャンネル
1020、1030、1040 チャンネルネットワーク
1032、1034、1042、1044 チャンネル
1100 チャンネルネットワーク
1102、1104、1106、1108 平行なチャンネル
1110 入力チャンネル
1112 出力チャンネル
Claims (19)
- 相互に連結されたチャンネル・ネットワークを供給する工程であって、該ネットワークは、第一流動ジャンクションで相交わる第一、第二、第三チャンネルセグメントを備え、第二チャンネルセグメントは、第一流動リザーバに一端で終端し、第一流動ジャンクションに他端で相交わり、該ネットワークは更に第四チャンネルセグメントを備え、第四チャンネルセグメントは、一端で第二流動ジャンクションにて第三チャンネルセグメントと相交わり、他端で第一バッファーを含んだ第二流動リザーバに終端している工程、
第一チャンネルセグメント及び第二チャンネルセグメントに第一の圧力差、そして第三チャンネルセグメント及び第四チャンネルセグメントに第二の圧力差を加えることにより、第二バッファー中のサンプル中の帯電した種を相互連結されたチャンネル・ネットワークを通して流す工程であって、第一の圧力差は第二の圧力差よりも大きく、第一のバッファーは、第二のバッファーとは異なるイオン強度を持つ工程、及び
第一流動ジャンクションに於けるサンプル内の帯電した種の実質的な部分が第三チャンネルセグメントに流れ込むのに十分な電圧差を第一リザーバ及び第二リザーバに印加する工程、
を含むサンプルから帯電した種を抽出し、それを濃縮する方法。 - 第一、第二、第三及び第四チャンネルセグメントが、ミクロ流動装置の本体構造内に配置される請求項1に記載の方法。
- 第一流動リザーバを減圧することにより第一圧力差を発生させる請求項1に記載の方法。
- 第二流動リザーバに正圧を加えることにより第二の圧力差を少なくとも部分的に発生させる請求項1に記載の方法。
- 第一バッファーが第二バッファーよりも高いイオン強度を持つ請求項1に記載の方法。
- 第一圧力差と第二圧力差との差は、第一チャンネルセグメント内の圧力によって駆動した流量又は流速が第三チャンネルセグメント内の圧力より駆動した流量又は流速よりも少なくとも約二倍大きくなるように設定される請求項1に記載の方法。
- 第一圧力差と第二圧力差との差は、第一チャンネルセグメント内の圧力によって駆動した流量又は流速が第三チャンネルセグメント内の圧力より駆動した流量又は流速よりも少なくとも約五倍大きくなるように設定される請求項1に記載の方法。
- 第一圧力差と第二圧力差との差は、第一チャンネルセグメント内の圧力によって駆動した流量又は流速が第三チャンネルセグメント内の圧力より駆動した流量又は流速よりも少なくとも約十倍大きくなるように設定される請求項1に記載の方法。
- 第一圧力差と第二圧力差との差は、第一チャンネルセグメント内の圧力によって駆動した流量又は流速が第三チャンネルセグメント内の圧力より駆動した流量又は流速よりも少なくとも約二十倍大きくなるように設定される請求項1に記載の方法。
- 第二チャンネルセグメント内の帯電した種の動電学的速度が、その圧力駆動速度よりも大きい請求項1に記載の方法。
- 第四チャンネルセグメント内の帯電した種の動電学的速度が、その圧力駆動速度よりも小さい請求項1に記載の方法。
- 第二流動ジャンクションに流動連結された第五チャンネルセグメントを更に備え、第五チャンネルセグメント内の帯電した種の全流量又は流速が第三チャンネルセグメント内の帯電した種の全流量又は流速よりも約五倍小さい請求項1に記載の方法。
- 第二流動ジャンクションに流動連結された第五チャンネルセグメントを更に備え、第五チャンネルセグメント内の帯電した種の全流量又は流速が第三チャンネルセグメント内の帯電した種の全流量又は流速よりも約十倍小さい請求項1に記載の方法。
- 前記帯電した種がDNA又はRNAである請求項1に記載の方法。
- 前記DNA又はRNAを相互連結されたチャンネル・ネットワークの第五チャンネルセグメント内にて1回以上増幅する工程を更に含む請求項14に記載の方法。
- 第二流動ジャンクション内又はその付近に帯電した種を十分に濃縮するために、第一バッファーが第二流動ジャンクション内で第二バッファーと流体境界を形成する請求項1に記載の方法。
- 前記帯電した種を、第二流動ジャンクション内又はその付近に少なくとも約五倍濃縮させる請求項16に記載の方法。
- 前記帯電した種を、第二流動ジャンクション内又はその付近に少なくとも約十倍濃縮させる請求項16に記載の方法。
- 帯電した種以外の第二バッファー内にあるサンプルの多くの部分を、第二チャンネルセグメントに流す請求項1に記載の方法。
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