JP2007521495A - 磁気効果により生物学的試料を分割するための方法及びデバイス - Google Patents
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Abstract
Description
本発明は、試料に含まれる検体を等分割又は不等分割する方法、並びにこの方法を実行するデバイス及びシステムに関する。
具体的には、本発明は、磁性粒子に既に固定されている検体を分割する磁気手段の使用法に関する。
検体とは、使用及び/又は実証を目的に別の培地に単離された、及び/又は移動された、小体又は分子の全部又は一部を意味し、例えば、微生物、バクテリア、菌体、ウィルス、真核細胞;化合物;ペプチド、タンパク質、酵素、多糖類、脂質、リポタンパク質、リポ多糖類、核酸、ホルモン、抗原、抗体、成長因子、ハプテンのような分子;腫瘍細胞などのような細胞を挙げることができる。
本発明は、例えば複数の処置が互いに相容れない場合、又は複数の処置を互いに混じりあわない溶液中で行なう必要がある場合に、複数の処置を1つの試料に対して平行して行なう必要がある全ての分野に適用することができる。
同様に、免疫検査の間、初期タンパク質で多数の異なる配位子を検査する必要があり、試料に含まれる単一種に多数の反応にさらして抗体/抗原を検出する。
液相に含まれる試料を多数の部分試料に分割する最も簡単な解決法の一つでは、初期容積の一部分を採取し、それを容器に加え、その中で複数の反応の一つを検体に行う。
別の解決法では、複数のバルブを備えるスイッチングデバイスを含むことにより複数の部分容器が形成される構成の1つの容器を充填する。このようなバルブの配置は複雑となり、部分容器の数が数個より多い場合には、バルブにより必然的に非常に大きな空間が占有される。
本発明は、特に上記の需要を満たすという利点を有する。
本発明の一態様によれば、本発明は、第1容器内の溶液に含まれ、磁性粒子に固定された検体を分割する方法に関する。粒子は第1磁気手段によって沈殿し、検体は第2容器に位置する複数の残渣に分布する。
複数の第2容器は、それぞれ流路により第1容器に接続され、同一又は異なる、第1容器内の溶液と同様の溶液又は同様でなない溶液で充填される。
有利には、各第2容器は1つの流路を介して第1容器に接続されるが、これらの第2容器を異なる数の流路により互いに接続することができる。流路のレイアウトを制御することにより、各第2容器内の検体の量を決定する。このようにして、流路間の間隔を正確に同じくする同一流路を平行に配置することにより、等分割方法を容易に実現することができる。
別の構成では、磁気手段を物理的に移動させることなく、例えば連続コイルを含む磁気手段を用いて磁界を移動させる。
形成された残渣の分割が行なわれるこの変形例の主たる利点は、この方法の使用が単純であること、及び磁気構造と流体構造との間の正確な位置合わせが不要なことである。
有利には、流路はネック部により第1容器に接続され、このネック部によって磁性粒子の流れ込みが可能になり、輸送量を高精度に制御することができる。等分割を行なう場合、各流路のネック部は同一である。
磁性粒子を第2容器まで輸送して検体を放出するプロセスを行なうか、又は検体が第2容器に達する前に放出を行ない、その後の検体の輸送は液体移動によって行なうことができる。
検体は、溶液を第1容器に加える前に磁性粒子に固定することができるか、又は溶液を加え、固定化を容器内において行なうことができる。
これらのデバイスは、磁気手段を含む本発明によるシステムの一部分を構成し、磁気手段は移動可能で、特に輸送デバイス又は分割デバイスに対する相対的平行移動を行なうことができ、更にこれらのシステムは、磁性粒子をデバイスの第1容器から第2容器に輸送する。別の構成は、移動磁界を生成できる手段に関する。
他の特徴及び利点は、明らかに説明を目的とし、いかなる意味でも本発明を制限しない以下の実施例の説明と、添付図面により明らかとなる。
添付図面では、同じ参照記号は同じ構成要素を指す。
チャンバ10、12の特定の形状は例示として示されており、容器及び毛管は、その用途又はデバイス1の製造に使用される技術に応じて、他の形状及び/又は大きさを有してもよく、互いに異なっていてもよい。同様に、第1チャンバ10を1つの反応チャンバ12に接続する複数の流路14を設けることができる。更に、反応に必要な他の構成要素を流路網の内部に取り入れることができ、例えば毛管14に沿って又は第2容器12上に、気泡調整バルブ8を設けることができる。
基台2ではなくカバー6をエッチングすることも可能である。
これらの2つの技術(「物理的」流路及び磁性ガイド流路)を組み合せることもでき、デバイスの用途によっては磁気テープを各「物理的」流路14の底部に設けることができる。
試料及び異なる試薬又は緩衝液は、デバイスに様々な方法で加えることができる。例えば、図1に示す第1の変形例では、デバイスのカバー6には、錐状の皿4の形態の流入手段が設けられる。この形状は例示に過ぎないことを明記する。例えば、この錐状の皿にピペット又はシリンジの先端を当てることにより、圧力を液体に加えて緩衝液又は試薬をデバイスの内部に「流し込む」ことができる。デバイスに含まれる空気又はその他のいかなる流体(液体又はガス)も、排出口18を通してデバイスから排出される。この場合、これらの排出口は反応チャンバ12に通じるが、これらの排出口は、状況に応じてデバイス1の他の位置に配置することができる。
デバイス1を使用する第1ステップでは、公知の方法に従って、検体を含む均等な溶液を調製する。例えば、検体を含有する試料から検体を抽出するか、又は「純粋な」検体を溶液中で直接希釈する。
固定方法は本技術分野において公知であり、粒子表面に存在するヌクレオチドによる吸収、癒合、捕捉、温熱感受性を挙げることができる。
固定化ステップは、溶液を第1容器10に加える前に行なうことができるが、この容器内で行なうこともでき、その場合、磁性粒子も含む容器に溶液を加える。
注目する検体を予め磁性粒子に固定した、所定量の緩衝液から成る試料を、第1容器10に加える。この試料は単一相と考えられる。輸送及び分割対象の検体は単一相で存在する。
この第1の実施形態では、次の沈殿ステップにおいて、磁性粒子を流入チャンバ10の底部に誘導する。好適には、沈殿は、(第1)磁気手段を使用して行ない、粒子の大きさはほぼマイクロメートルのオーダーであるか、場合によってはナノメートルのオーダーであり、磁気手段によって沈殿速度を自然沈殿よりも高めることができる。
固定サイズの磁性粒子の沈殿速度は、粒子溶液を含む容器の下に位置する磁気ブロックの上面から粒子までの距離に依存し、更にブロックの体積にも依存する。
好適な一実施形態によれば、残渣22は、第2磁気手段と一致する第1磁気手段を相対的に移動させることにより変えることができる。これについては後述で詳細に記載する。このような相対移動により、残渣の移動及び印加する磁界の均一性を制御することができる。しかしながら、他の解決手段、例えば第2容器の方向に位置し、残渣22を引き付ける強力な固定磁石を用いることができる。磁石の代わりにコイルを使用する場合、コイルを移動させる代わりに、本目的のために設けられるアセンブリの連続コイルを切り替えることができる。従って、物理的磁気手段の位置を変えることなく、磁界の位置が相対的に変わる。上記構成の組み合わせを用いることができる。
ここでまた、図2にはネック部16が無いことに注目されたい。「櫛形」構造は分割の制御を向上させるために有利である。
本実施形態では、全ての流路を残渣22によって示されるAA軸の同じ側に位置させることが望ましい。そうでない場合、後述に更に明確に示すように、残渣を平行移動させても、平行移動方向の反対側に位置する反応チャンバ12には充填が行なわれないこととなる。
このようにして残渣22は流路14の流入口に到達し、壁の作用により残渣は複数のセグメントに分離される(図3c参照)。残渣22の平行移動は流路14に沿って継続し(図3d)、試料は第2容器(又は反応チャンバ)12に到達する(図3e)。
更に、図3に示す分割は等分割である。換言すれば、第2容器12の各々が同じ量の検体を受け入れ、初期検体は等しい部分に、この場合は8つの部分に分割される。特に、流路14のピッチは一定であり、ネック部16は正確に同じ大きさを有する。しかしながら、流路のレイアウトを変更することにより、不等分であるが制御された分割部分を形成することができる。図4はそのような分割の一実施例を示しており、この実施例では、第2容器12a〜hはそれぞれが初期検体の量の8分の1を含む構成にはなっていない。チャンバ12aは検体量のほぼ3分の1を受け入れ、この量は、例えば一定のピッチで分割され、収容量がそれぞれ同じになるチャンバ12d〜fの3倍超である。
従って、本発明による方法によって、液体自体を操作する前に、制御下において不等分な分割部分を実現することができる。例えば、いずれかの公知の手段によって試薬が既に反応チャンバ12に収容され、流路14のレイアウト、従って分割率が反応感度に応じて決定されているキットを作製することができる。このようなキットは、等分割部分が得られるように作製することもできる。
複数の突起24を有するデバイスは、磁石ブロック26から成り、このブロックの上面を切断して図5に示すような「尖端部」又はピラミッド形突起28が得られるようにすることが好ましい。強磁性材料(鉄、Imphy SA社製のAFK502合金のような鉄−クロム合金)により作製される磁極部分を付け加えることもでき、この磁極部分は、磁石ブロックの平坦面の上に、好ましくはピラミッド28の形に加工された尖端部を備える。尖端部28の役割は、磁性粒子の軌跡を粒子の沈殿の最後に屈曲させることである。ブロック26による影響は、溶液中の粒子が尖端部の高さの2〜3倍の距離だけ尖端部から離れ、沈殿が均一になるまで支配的である。次に、粒子が第1容器10の底部、従って磁石ブロック26の表面に近づくと、尖端部28によって実体化される磁性隆起により粒子に対する相対的な影響が増大する。従って、残渣30自体は尖端部28の上方に位置する。
規模を縮小しても理論的には磁気特性に影響を与えることはない(磁界値が維持される)が、磁界の勾配に比例する磁力が変化する。何故なら、容積が小さく、磁力は寸法に反比例して大きくなるからである。従って、磁気システムの寸法及び材料の選択は使用条件によって決まる。
別の例示的実施形態は、1辺が5mmの正方形断面を有する高さ2mmのピラミッド6個を有する、15×40×25mmのNdFeBブロックである。このモデルは極めて高い性能を有し、特に第1容器10の静止液の高さは5mmに等しい。
実際に、磁石ブロック26の寸法は、約100平方ミリメートルの面積にまで相似形に容易に小さくすることができる。小さい寸法においては、純粋鉄又はFe50Co50合金のような大きな飽和磁化を有する軟磁性材料を機械加工することにより尖端部を作製する必要がある。
長い磁石20と同じように、突起(群)24を有する磁気手段は、相対移動、例えば流路に沿った相対的平行移動によって、残渣30、この場合は小さい残渣を、各流路内で移動させることができる。
本変形例を磁気トラックと組み合わせない場合、変形例は特に、残渣30のピッチ、つまりは流路のピッチが1ミリメートル超の、更に大きなデバイスの動作に適する。このようにして、磁気構造と流体構造とは非常に正確に位置合わせされる。しかしながら、変形例は、尖端部28の密度に応じて、もっと濃度の低い初期溶液を分割するのに使用できる。更に、分離は機械的分離装置を用いることなく行なわれるので、磁性粒子が分離器の壁に集まることはない。
従って、分割は沈殿の直接的な結果として行われる。表面46の下方に位置する第1磁気手段50が溶液中の磁性粒子を第1容器44に引き付け、残渣が第2容器42の各々に形成され、その結果、初期試料に含まれる検体が分割される。
図6は、磁石がデバイス40の下方に位置する実施形態を示している。この実施形態は、重力を平行に使用するので好ましいが、第2容器42を形成する突起を有する表面48が基台の上に位置しない構成の、同様のデバイスを提供することが可能である。同様に、図示の構成は単なる例示であり、沈殿は、ブロック50とは異なる形状の磁石(例えば、各第2容器42の下方の突起)を用いて行なうことができる。
従って、本発明による検体を含む相の分割は、初期溶液を加える以外はいかなる液体輸送も利用することなく、特に必然的に累積的な不正確さを招くピペット滴下を使用することなく行なわれる。バルブは必要でなく、デバイス1、40の製造は、機械部品を無くすことにより精度の向上を考慮する必要がないため簡単である。
第1容器10の容積:0.6μl
第1容器10の寸法:4mm×1.5mm×0.1mm
第2容器12の容積:40nl
第2容器12の寸法:0.4mm×1mm×0.1mm
接続毛管14の大きさ:2mm×0.1mm×0.1mm
チャンバ間のピッチ:500μm
基台2の全体の大きさ:6mm×6mm
磁石基台の大きさ:8mm×8mm
8mm×8mmの寸法を有する基台2に替えて、メインブロックの寸法が8mm×8mmよりもわずかに大きい磁石を設けることができる。
分割デバイスは、更に幅の広いアセンブリの一部分を形成することができる。この場合、初期試料の連続分割を考慮することができ、この構成では、デバイスの第2容器自体が後続の別の容器にとっての第1容器となり、異なる連続分割の間で試料を処理することができる。
分子マーカによるリアルタイム検出を組み合わせたNASBA増幅法を各反応チャンバ12に導入することができる。溶液に含まれる核標的を検出/解析する本方法では、最大数の検査を並行して進めるために、試料を複数の流路に分割しなければならない。
この手順は次のように行なわれる。
i.増幅対象の標的を従来技術により磁性粒子を使用して捕獲する。粒子に固定される捕獲プローブの数は、増幅対象の標的の数と同じであり、これらの標的に相補的である。
ii.図1に模式的に示すデバイスと同様のデバイスに適切な緩衝液、例えばTE 1M NaCl又はTriton X100 0.05%を約30℃の温度で充填する。充填の間、毛管14に沿って設けられるエアトラップチャンバ8にはエアが充填されたままである。
iii.図1に示すように、試料をデバイスの錐状の入口4に注ぎ込む。
iv.本発明による磁気沈殿、分割、及び輸送を実施し、検体を輸送して第2チャンバ12に移す。
v.酵素及び特殊プライマーを含む増幅混合液を各チャンバに、例えばシリンジポンプを使用して注入する。この注入は、試料を加える端部とは反対側の端部、即ち排出口18を通して行う。
vi.次に、デバイスの温度を42℃まで上げて、システムを1〜2時間インキュベートし、各反応チャンバ12においてマーカからの蛍光を等時間間隔で観察する。
4種類のデバイス60を、図7a〜7dに模式的に示すように作製した。
図7a及び7bに示すチップタイプ60a、60b、及び60cを、シリコン技術における同一のディープエッチングを使用した後、熱酸化工程を行って作製した。
チップ60aと60bは同一で、櫛形分割の設計を唯一の違いとしており、櫛形分割の歯の先端は、それぞれ丸みが付いているか、尖っている。チップ60cは同じ形状を有するが寸法が小さく、中に磁気残渣が形成される容器62の表面が3分の1の大きさである。詳細には、櫛の歯の幅(即ち流路64のピッチ)は、デバイス60cでは約500μmであり、デバイス60a及び60bが900μmであるのに対して狭い。
上にPDMSカバー70を接着したデバイス60を使用して磁気分割実験を行なった。カバーの形状は、25μlの試料容量を収容するために十分な厚さを持つように構成される。換言すれば、例えば特にデバイス60a〜60cの場合、平板カバー70は、第1容器に位置する隆起72を除いて均一な厚さを有する(図7c参照)。次に、試料注入用の領域74を手術用メスの刃で開き、流路64内における破片の凝集を防止した。
デバイスの構造に応じて、粒子を含む溶液は異なる特性を示した。8の流路64を備える構成要素60aには、粒子を含む8μlの溶液及び17μlの緩衝液を使用した。25個の皿を備えるデバイス60dには、粒子を含む25μlの溶液を、緩衝液を全く追加せずに使用した。
Rolin磁石をデバイス60a〜60cに使用した。表裏一体式APIS型磁石をデバイス60dに使用して、平板基台に均一な磁界を得た。
−予め緩衝液を充填する(デバイス60a、60b、60cを真空チャンバ内に配置した)。
−磁石を顕微鏡の下に配置し、位置合わせする。
−磁石を下げる。
−デバイスを正規の位置に配置する。
−各容器の底部を蛍光撮影する。
−粒子を注入する(25μlの緩衝液中の8の残渣)。
−複数の実験で平衡状態に達する。
−磁石を持ち上げる。
−沈殿をブラックライトでモニタリングする(チップ60dについては、顕微鏡のスライドをチップ60dの上に配置してメニスカスによる光の反射を防止する)。
−デバイスを磁石に対して移動させて磁気分割を行なう。
−各容器を蛍光撮影する。
各残渣の蛍光強度は残渣を広範囲に含む表面の積分強度である。この強度は、分割前に得られる強度を分割後に得られる強度から差し引くことにより得られるので、マーキングされた磁性粒子により発生する蛍光強度のみを表わす。変動率(CV)は、一連の測定値(デバイス60a〜60cの8の流路に関する)から、必要に応じて異常ポイント(例えば、大きな外部汚染粒子)を取り除く形で計算した。
更に、60a〜60cのデバイスの8つの流路に沿った蛍光強度分布を分析した。カバーに設けられる注入領域の構造に起因する影響は認められなかった。
これらの結果から、本分割方法は、一組の磁性粒子を複数のサブセットに等しい大きさで分散させるのに有効であることが極めて明瞭である。重要な結論は主に次の通りである。
−複数の流路への等分割を5%未満のCVで行なうことができる。
−分割中の粒子損失は無視できる程度である。
−分割櫛を有するデバイス(60a、60b、60c)は複数の皿(60d)への沈殿により分割を行なうデバイスよりも良好な結果をもたらす。
−試料注入領域の構造は有意な影響を及ぼさない。
−粒子の沈殿の前にブラウン分散ステップを行なうことが好ましい。
Claims (36)
- 第1容器(10、44)内の溶液に含まれ、磁性粒子に固定された検体を複数の第2容器(12、42)に分割する方法であって、第1磁気手段によって磁性粒子を沈殿させ、第2容器(12、42)内に複数の残渣を形成する方法。
- 少なくとも一の第1残渣(22、30)の形態で第1容器(10)に磁性粒子を沈殿させ、それぞれが少なくとも一の流路(14)により第1容器(10)に接続される第2容器(12)に第1残渣(群)を輸送する、請求項1記載の方法。
- 第2磁気手段(20、24)によって生成される磁界を流路(14)に対して相対移動させることにより、第1残渣(群)(22、30)を第2容器(12)に輸送する、請求項2記載の方法。
- 各流路(14)は他の流路に対して平行であり、第2磁気手段(20、24)によって生成される磁界の相対移動は流路(14)の方向に平行である、請求項3記載の方法。
- 第1及び第2磁気手段を1つの構造体に一体化する、請求項3又は4記載の方法。
- 第1残渣(22)は単一の直線的残渣であり、第1容器(10)を2つの部分に分割する、請求項2ないし5のいずれか一項に記載の方法。
- 各流路(14)を、残渣(22)の同じ側に、第2磁気手段(20)によって生成される磁界の移動方向に向かって配置する、請求項6記載の方法。
- 第2磁気手段は、流路(14)に対して移動する長い磁石(20)を含む、請求項6又は7記載の方法。
- 磁石(20)を流路(14)に対して移動させる方法であって、磁石(20)の長さは、移動方向に直交して磁石(20)を含む平面と、残渣(22)が堆積する第1容器(10)の底部との交差部分によって規定されるセグメントの磁石の、前記移動方向に直交して磁石(20)を含む平面に沿って突出する部分が、磁石が相対移動する間に亘り、磁石(20)によって画定されるセグメントの内部に含まれるような長さを有する、請求項8記載の方法。
- 第2磁気手段(24)を、各流路(14)の前面に1つの残渣(30)を形成するように構成する、請求項2ないし5のいずれか一項に記載の方法。
- 残渣(30)の全てを各流路(14)の方向に沿って同時に移動させる、請求項10記載の方法。
- 第2磁気手段(24)が、流路(14)に対して自由に移動する1又は複数の突起(28)を含む、請求項11記載の方法。
- 第1残渣(群)(22、30)を第2容器(12)の位置まで移動させる、請求項2ないし12のいずれか一項に記載の方法。
- 各流路(14)が強磁気テープを含み、第1残渣(群)をこの強磁気テープに沿って移動させて導く、請求項2ないし13のいずれか一項に記載の方法。
- 各第2容器(12)が、毛管から成る1の流路(14)により第1容器(10)に接続される、請求項2ないし14のいずれか一項に記載の方法。
- 磁性粒子の沈殿によって第2容器(42)内に複数の残渣を直接形成する、請求項1記載の方法。
- 分割は等分割であり、即ち各第2容器(12、42)内の検体の量を同じにする、請求項1ないし16のいずれか一項に記載の方法。
- 検体を粒子に固定し、粒子に固定された検体を含む溶液を第1容器に加える先行ステップを含む、請求項1ないし17のいずれか一項に記載の方法。
- 液体に含まれる、磁性粒子に固定された検体を分割するデバイス(1、40)であって、液体を収容するための第1容器(10、44)と、各々が流路(14、48)により第1容器(10、44)に接続された複数の第2容器(12、42)とを備えるデバイス。
- 各流路(14)が毛管である、請求項19記載のデバイス。
- 各流路(14)がネック部(16、48)を介して第1容器に接続される、請求項19又は20に記載のデバイス。
- 第1容器(10、44)が溶液を加える手段(4)に接続される、請求項19ないし21のいずれか一項に記載のデバイス。
- 各第2容器(12)には流体の流入−排出流路(18)が設けられる、請求項19ないし22のいずれか一項に記載のデバイス。
- 第1容器(10)、第2容器(12)、及び流路(14)を含む支持体(2、6)を備える、請求項19ないし23のいずれか一項に記載のデバイス。
- 各流路(14)が同一であり、2つの隣接する流路を分離するピッチが一定である、請求項24記載のデバイス。
- 各流路(14)に、磁性粒子の残渣(22、30)の移動を導くための磁気トラックを備える、請求項19ないし25のいずれか一項に記載のデバイス。
- 検体を分割するデバイスセットであって、請求項19ないし26のいずれか一項に記載のデバイス(1、40)を複数個含むデバイスセット。
- 各デバイスの第1容器(10、44)が同様の大きさ及び形状を有する、請求項27記載のデバイスセット。
- 液体に含まれる、磁性粒子に固定された検体を分割するシステムであって、請求項19ないし26のいずれか一項に記載のデバイス(1、40)、又は請求項27又は28に記載のデバイスセット、及び磁気手段(20、24、50)を備えるシステム。
- 磁気手段が、流路(14)に対して自由に移動可能であることにより、検体が固定された磁性粒子を第1容器(10)から流路(14)を通して第2容器(12)に移動させることができる磁気手段(20、24)を含む、請求項29記載のシステム。
- 可動磁気手段(20、24)が、流路(群)(14)に対する平行移動に適している、請求項30記載のシステム。
- 可動磁気手段が長い磁石(20)を含む、請求項30又は31に記載のシステム。
- 磁石(20)の長さには、移動方向に直交して磁石を含む平面に沿って磁石の上に突出する第1容器(10)の幅の部分が含まれ、第1容器の幅は、移動方向に直交する平面と第1容器(10)の底部との交差部分により形成されるセグメントによって規定される、請求項32記載のシステム。
- 各流路(14)が、磁石の移動方向に沿って第1容器の同じ側に配置される、請求項32又は33記載のシステム。
- 磁気手段が1又は複数の突起(24)を備える構造である、請求項29ないし31のいずれか一項に記載のシステム。
- 磁気手段が、流路(14)に対して自由に平行移動する磁界を生成できる一組の磁気要素を含む、請求項29記載のシステム。
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