JP2007511738A - 変形性関節症のバイオマーカー及びその使用 - Google Patents
変形性関節症のバイオマーカー及びその使用 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2007511738A JP2007511738A JP2006522802A JP2006522802A JP2007511738A JP 2007511738 A JP2007511738 A JP 2007511738A JP 2006522802 A JP2006522802 A JP 2006522802A JP 2006522802 A JP2006522802 A JP 2006522802A JP 2007511738 A JP2007511738 A JP 2007511738A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- osteoarthritis
- protein
- biomarker
- biomarkers
- rna
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 title claims abstract description 344
- 201000008482 osteoarthritis Diseases 0.000 title abstract description 518
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 450
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims abstract description 248
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims abstract description 64
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims abstract description 64
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims abstract description 63
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims abstract description 63
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 claims description 167
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims description 150
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims description 139
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims description 129
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims description 72
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 59
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 claims description 44
- 101000794040 Homo sapiens Bromodomain and WD repeat-containing protein 1 Proteins 0.000 claims description 43
- 241000282414 Homo sapiens Species 0.000 claims description 39
- 102100029892 Bromodomain and WD repeat-containing protein 1 Human genes 0.000 claims description 38
- 101000617776 Homo sapiens U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein Proteins 0.000 claims description 36
- 102100022009 U11/U12 small nuclear ribonucleoprotein 48 kDa protein Human genes 0.000 claims description 36
- 108060008682 Tumor Necrosis Factor Proteins 0.000 claims description 35
- 239000003623 enhancer Substances 0.000 claims description 35
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 claims description 35
- 108010090909 laminin gamma 1 Proteins 0.000 claims description 34
- 239000003446 ligand Substances 0.000 claims description 33
- 108091000080 Phosphotransferase Proteins 0.000 claims description 31
- 102000020233 phosphotransferase Human genes 0.000 claims description 31
- 101000959414 Bacillus thermoamyloliquefaciens Alpha-glucosidase 2 Proteins 0.000 claims description 29
- 102000003390 tumor necrosis factor Human genes 0.000 claims description 29
- 102000014447 Complement C1q Human genes 0.000 claims description 28
- 108010078043 Complement C1q Proteins 0.000 claims description 28
- 102000005962 receptors Human genes 0.000 claims description 28
- 108020003175 receptors Proteins 0.000 claims description 28
- 102000009195 Intracellular chloride channels Human genes 0.000 claims description 27
- 108050000080 Intracellular chloride channels Proteins 0.000 claims description 27
- 108020005497 Nuclear hormone receptor Proteins 0.000 claims description 27
- 230000004913 activation Effects 0.000 claims description 27
- 108020004017 nuclear receptors Proteins 0.000 claims description 27
- 102100021631 B-cell lymphoma 6 protein Human genes 0.000 claims description 26
- 101710111825 B-cell lymphoma 6 protein Proteins 0.000 claims description 26
- 102000002428 Cyclin C Human genes 0.000 claims description 26
- 108010068155 Cyclin C Proteins 0.000 claims description 26
- 108010017511 Interleukin-13 Receptors Proteins 0.000 claims description 26
- 102100026090 Polyadenylate-binding protein 1 Human genes 0.000 claims description 26
- 101710103012 Polyadenylate-binding protein, cytoplasmic and nuclear Proteins 0.000 claims description 26
- 102000006275 Ubiquitin-Protein Ligases Human genes 0.000 claims description 26
- 108010083111 Ubiquitin-Protein Ligases Proteins 0.000 claims description 26
- 230000035939 shock Effects 0.000 claims description 26
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 claims description 22
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 claims description 10
- 102100023406 Zinc finger RNA-binding protein Human genes 0.000 claims description 9
- 101710150392 Zinc finger RNA-binding protein Proteins 0.000 claims description 9
- 241000255581 Drosophila <fruit fly, genus> Species 0.000 claims description 8
- 101001015936 Homo sapiens Probable rRNA-processing protein EBP2 Proteins 0.000 claims description 8
- 102100032223 Probable rRNA-processing protein EBP2 Human genes 0.000 claims description 8
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 claims description 7
- 102000040650 (ribonucleotides)n+m Human genes 0.000 claims description 6
- 101150084750 1 gene Proteins 0.000 claims description 6
- 102000000852 Tumor Necrosis Factor-alpha Human genes 0.000 claims description 6
- 102000014150 Interferons Human genes 0.000 claims description 3
- 108010050904 Interferons Proteins 0.000 claims description 3
- 229940079322 interferon Drugs 0.000 claims description 3
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 claims description 2
- 101150092476 ABCA1 gene Proteins 0.000 claims 2
- 102000055510 ATP Binding Cassette Transporter 1 Human genes 0.000 claims 2
- 108700005241 ATP Binding Cassette Transporter 1 Proteins 0.000 claims 2
- 102000004559 Interleukin-13 Receptors Human genes 0.000 claims 2
- 102000007399 Nuclear hormone receptor Human genes 0.000 claims 2
- 238000000034 method Methods 0.000 abstract description 233
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 abstract description 207
- 238000011282 treatment Methods 0.000 abstract description 58
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 abstract description 37
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 abstract description 34
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 abstract description 27
- 230000000069 prophylactic effect Effects 0.000 abstract description 20
- 230000000694 effects Effects 0.000 abstract description 19
- 238000003556 assay Methods 0.000 abstract description 18
- 238000011161 development Methods 0.000 abstract description 15
- 230000002265 prevention Effects 0.000 abstract description 11
- 230000008901 benefit Effects 0.000 abstract description 8
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 abstract description 8
- 238000002560 therapeutic procedure Methods 0.000 abstract description 7
- 206010061818 Disease progression Diseases 0.000 abstract description 4
- 230000005750 disease progression Effects 0.000 abstract description 4
- 150000002611 lead compounds Chemical class 0.000 abstract description 3
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 247
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 224
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 description 222
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 184
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 184
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 173
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 173
- 239000000047 product Substances 0.000 description 160
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 90
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 81
- 210000000845 cartilage Anatomy 0.000 description 77
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 75
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 66
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 57
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 51
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 50
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 48
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 38
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 38
- 239000013615 primer Substances 0.000 description 36
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 36
- 210000001179 synovial fluid Anatomy 0.000 description 35
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 34
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 33
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 33
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 32
- 235000001014 amino acid Nutrition 0.000 description 31
- 229940024606 amino acid Drugs 0.000 description 30
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 30
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 28
- 239000002585 base Substances 0.000 description 28
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 28
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 26
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 25
- 102000004289 Interferon regulatory factor 1 Human genes 0.000 description 25
- 108090000890 Interferon regulatory factor 1 Proteins 0.000 description 25
- 102000006255 nuclear receptors Human genes 0.000 description 25
- 102100039078 Interleukin-4 receptor subunit alpha Human genes 0.000 description 24
- 102000015736 beta 2-Microglobulin Human genes 0.000 description 24
- 108010081355 beta 2-Microglobulin Proteins 0.000 description 24
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 description 23
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 22
- 210000001612 chondrocyte Anatomy 0.000 description 22
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 22
- 238000013178 mathematical model Methods 0.000 description 22
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 21
- ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N Formamide Chemical compound NC=O ZHNUHDYFZUAESO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 20
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 description 19
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 18
- 230000006870 function Effects 0.000 description 18
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 18
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 17
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 17
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 16
- 239000000463 material Substances 0.000 description 16
- 238000012549 training Methods 0.000 description 16
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 15
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 15
- 210000000601 blood cell Anatomy 0.000 description 15
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 15
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 15
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 15
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 description 14
- 238000013528 artificial neural network Methods 0.000 description 14
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 14
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 13
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 13
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 13
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 12
- -1 for example Substances 0.000 description 12
- 239000011521 glass Substances 0.000 description 12
- 238000002493 microarray Methods 0.000 description 12
- 238000010839 reverse transcription Methods 0.000 description 12
- 210000001188 articular cartilage Anatomy 0.000 description 11
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 11
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 11
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 11
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 11
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 11
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 11
- HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N Chloroform Chemical compound ClC(Cl)Cl HEDRZPFGACZZDS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 10
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 10
- 239000004793 Polystyrene Substances 0.000 description 10
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 10
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 10
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 10
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 10
- 238000007477 logistic regression Methods 0.000 description 10
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 10
- 238000010606 normalization Methods 0.000 description 10
- 230000003349 osteoarthritic effect Effects 0.000 description 10
- 239000008188 pellet Substances 0.000 description 10
- 229920002223 polystyrene Polymers 0.000 description 10
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 10
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 9
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 9
- KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N citric acid Chemical compound OC(=O)CC(O)(C(O)=O)CC(O)=O KRKNYBCHXYNGOX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 9
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 description 9
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 9
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 9
- 230000004044 response Effects 0.000 description 9
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 9
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 9
- 238000010561 standard procedure Methods 0.000 description 9
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 9
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 9
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 8
- IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N Atomic nitrogen Chemical compound N#N IJGRMHOSHXDMSA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 8
- 108700026244 Open Reading Frames Proteins 0.000 description 8
- VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N Silicium dioxide Chemical compound O=[Si]=O VYPSYNLAJGMNEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 8
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 8
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 8
- 239000010408 film Substances 0.000 description 8
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 8
- 239000012139 lysis buffer Substances 0.000 description 8
- 210000004379 membrane Anatomy 0.000 description 8
- 229920005989 resin Polymers 0.000 description 8
- 239000011347 resin Substances 0.000 description 8
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 8
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 108091060211 Expressed sequence tag Proteins 0.000 description 7
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 description 7
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 7
- 238000003491 array Methods 0.000 description 7
- 125000003178 carboxy group Chemical group [H]OC(*)=O 0.000 description 7
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 7
- 230000009274 differential gene expression Effects 0.000 description 7
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 7
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 7
- 238000003499 nucleic acid array Methods 0.000 description 7
- 230000008569 process Effects 0.000 description 7
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 7
- QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N Acetic acid Chemical compound CC(O)=O QTBSBXVTEAMEQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 6
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 6
- KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N EDTA Chemical compound OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC(O)=O KCXVZYZYPLLWCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N Isopropanol Chemical compound CC(C)O KFZMGEQAYNKOFK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 238000010222 PCR analysis Methods 0.000 description 6
- HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M Sodium hydroxide Chemical compound [OH-].[Na+] HEMHJVSKTPXQMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 6
- 238000007792 addition Methods 0.000 description 6
- 230000001195 anabolic effect Effects 0.000 description 6
- 230000008859 change Effects 0.000 description 6
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 description 6
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 6
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 6
- PHTQWCKDNZKARW-UHFFFAOYSA-N isoamylol Chemical compound CC(C)CCO PHTQWCKDNZKARW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 210000002540 macrophage Anatomy 0.000 description 6
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 6
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 6
- 230000002441 reversible effect Effects 0.000 description 6
- 230000009870 specific binding Effects 0.000 description 6
- 208000036487 Arthropathies Diseases 0.000 description 5
- 206010007710 Cartilage injury Diseases 0.000 description 5
- 102000000503 Collagen Type II Human genes 0.000 description 5
- 108010041390 Collagen Type II Proteins 0.000 description 5
- 208000012659 Joint disease Diseases 0.000 description 5
- 102100024295 Maltase-glucoamylase Human genes 0.000 description 5
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 5
- 239000000020 Nitrocellulose Substances 0.000 description 5
- 108010067787 Proteoglycans Proteins 0.000 description 5
- 102000016611 Proteoglycans Human genes 0.000 description 5
- 230000002378 acidificating effect Effects 0.000 description 5
- 108010028144 alpha-Glucosidases Proteins 0.000 description 5
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 5
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 5
- 230000034994 death Effects 0.000 description 5
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 5
- 210000001503 joint Anatomy 0.000 description 5
- 210000003127 knee Anatomy 0.000 description 5
- 238000007834 ligase chain reaction Methods 0.000 description 5
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 5
- 238000007726 management method Methods 0.000 description 5
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 5
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 5
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 5
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 5
- 210000001616 monocyte Anatomy 0.000 description 5
- 229920001220 nitrocellulos Polymers 0.000 description 5
- 229920003023 plastic Polymers 0.000 description 5
- 239000004033 plastic Substances 0.000 description 5
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 5
- 239000003155 DNA primer Substances 0.000 description 4
- IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N Dimethylsulphoxide Chemical compound CS(C)=O IAZDPXIOMUYVGZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- ZRALSGWEFCBTJO-UHFFFAOYSA-N Guanidine Chemical compound NC(N)=N ZRALSGWEFCBTJO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 4
- 238000000636 Northern blotting Methods 0.000 description 4
- 108091005461 Nucleic proteins Proteins 0.000 description 4
- 108091093037 Peptide nucleic acid Proteins 0.000 description 4
- ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N Phenol Chemical compound OC1=CC=CC=C1 ISWSIDIOOBJBQZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N Phosphoric acid Chemical compound OP(O)(O)=O NBIIXXVUZAFLBC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000002105 Southern blotting Methods 0.000 description 4
- KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-N Succinic acid Natural products OC(=O)CCC(O)=O KDYFGRWQOYBRFD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 108091023045 Untranslated Region Proteins 0.000 description 4
- 125000003277 amino group Chemical group 0.000 description 4
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 4
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 4
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 4
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 4
- 210000000988 bone and bone Anatomy 0.000 description 4
- AIYUHDOJVYHVIT-UHFFFAOYSA-M caesium chloride Chemical compound [Cl-].[Cs+] AIYUHDOJVYHVIT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 230000001925 catabolic effect Effects 0.000 description 4
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 4
- 239000012707 chemical precursor Substances 0.000 description 4
- 230000007423 decrease Effects 0.000 description 4
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 4
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 4
- 210000003754 fetus Anatomy 0.000 description 4
- GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N fluorescein Chemical compound O1C(=O)C2=CC=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 GNBHRKFJIUUOQI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 210000003714 granulocyte Anatomy 0.000 description 4
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 4
- 230000003902 lesion Effects 0.000 description 4
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 description 4
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 4
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 4
- 230000002503 metabolic effect Effects 0.000 description 4
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 description 4
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 4
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 4
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 4
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 4
- 238000007423 screening assay Methods 0.000 description 4
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 4
- 239000011734 sodium Substances 0.000 description 4
- 230000002195 synergetic effect Effects 0.000 description 4
- VZCYOOQTPOCHFL-UHFFFAOYSA-N trans-butenedioic acid Natural products OC(=O)C=CC(O)=O VZCYOOQTPOCHFL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 210000003462 vein Anatomy 0.000 description 4
- BQCIDUSAKPWEOX-UHFFFAOYSA-N 1,1-Difluoroethene Chemical compound FC(F)=C BQCIDUSAKPWEOX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 102100022594 ATP-binding cassette sub-family G member 1 Human genes 0.000 description 3
- 208000006820 Arthralgia Diseases 0.000 description 3
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 3
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 3
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 3
- MUBZPKHOEPUJKR-UHFFFAOYSA-N Oxalic acid Chemical compound OC(=O)C(O)=O MUBZPKHOEPUJKR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 208000002193 Pain Diseases 0.000 description 3
- 108010004729 Phycoerythrin Proteins 0.000 description 3
- 239000013614 RNA sample Substances 0.000 description 3
- VMHLLURERBWHNL-UHFFFAOYSA-M Sodium acetate Chemical compound [Na+].CC([O-])=O VMHLLURERBWHNL-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M Sodium laurylsulphate Chemical compound [Na+].CCCCCCCCCCCCOS([O-])(=O)=O DBMJMQXJHONAFJ-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 3
- 150000007513 acids Chemical class 0.000 description 3
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 3
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 3
- 210000001772 blood platelet Anatomy 0.000 description 3
- 210000001217 buttock Anatomy 0.000 description 3
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 3
- 238000002790 cross-validation Methods 0.000 description 3
- 230000007850 degeneration Effects 0.000 description 3
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 3
- 238000000432 density-gradient centrifugation Methods 0.000 description 3
- LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I dipotassium trisodium dihydrogen phosphate hydrogen phosphate dichloride Chemical compound P(=O)(O)(O)[O-].[K+].P(=O)(O)([O-])[O-].[Na+].[Na+].[Cl-].[K+].[Cl-].[Na+] LOKCTEFSRHRXRJ-UHFFFAOYSA-I 0.000 description 3
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 3
- 210000003743 erythrocyte Anatomy 0.000 description 3
- MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N fluorescein-5-isothiocyanate Chemical compound O1C(=O)C2=CC(N=C=S)=CC=C2C21C1=CC=C(O)C=C1OC1=CC(O)=CC=C21 MHMNJMPURVTYEJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 3
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 3
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 3
- 238000002955 isolation Methods 0.000 description 3
- 230000033001 locomotion Effects 0.000 description 3
- VZCYOOQTPOCHFL-UPHRSURJSA-N maleic acid Chemical compound OC(=O)\C=C/C(O)=O VZCYOOQTPOCHFL-UPHRSURJSA-N 0.000 description 3
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 3
- 210000000440 neutrophil Anatomy 0.000 description 3
- 238000005457 optimization Methods 0.000 description 3
- 239000000123 paper Substances 0.000 description 3
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 description 3
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 3
- 239000002953 phosphate buffered saline Substances 0.000 description 3
- 239000004417 polycarbonate Substances 0.000 description 3
- 229920000515 polycarbonate Polymers 0.000 description 3
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 3
- 229920000131 polyvinylidene Polymers 0.000 description 3
- 239000002987 primer (paints) Substances 0.000 description 3
- 238000000513 principal component analysis Methods 0.000 description 3
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 3
- 239000011541 reaction mixture Substances 0.000 description 3
- 238000005057 refrigeration Methods 0.000 description 3
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 3
- 229910052710 silicon Inorganic materials 0.000 description 3
- 239000000377 silicon dioxide Substances 0.000 description 3
- 239000001632 sodium acetate Substances 0.000 description 3
- 235000017281 sodium acetate Nutrition 0.000 description 3
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 description 3
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 3
- 238000012706 support-vector machine Methods 0.000 description 3
- BFKJFAAPBSQJPD-UHFFFAOYSA-N tetrafluoroethene Chemical group FC(F)=C(F)F BFKJFAAPBSQJPD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 230000014616 translation Effects 0.000 description 3
- 238000013519 translation Methods 0.000 description 3
- 210000000707 wrist Anatomy 0.000 description 3
- UHPQFNXOFFPHJW-UHFFFAOYSA-N (4-methylphenyl)-phenylmethanamine Chemical group C1=CC(C)=CC=C1C(N)C1=CC=CC=C1 UHPQFNXOFFPHJW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- GHOKWGTUZJEAQD-ZETCQYMHSA-N (D)-(+)-Pantothenic acid Chemical compound OCC(C)(C)[C@@H](O)C(=O)NCCC(O)=O GHOKWGTUZJEAQD-ZETCQYMHSA-N 0.000 description 2
- WXTMDXOMEHJXQO-UHFFFAOYSA-N 2,5-dihydroxybenzoic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC(O)=CC=C1O WXTMDXOMEHJXQO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000002260 Alkaline Phosphatase Human genes 0.000 description 2
- 108020004774 Alkaline Phosphatase Proteins 0.000 description 2
- CIWBSHSKHKDKBQ-JLAZNSOCSA-N Ascorbic acid Chemical compound OC[C@H](O)[C@H]1OC(=O)C(O)=C1O CIWBSHSKHKDKBQ-JLAZNSOCSA-N 0.000 description 2
- OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N Calcium Chemical compound [Ca] OYPRJOBELJOOCE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 2
- 208000017667 Chronic Disease Diseases 0.000 description 2
- 108010035532 Collagen Proteins 0.000 description 2
- 102000008186 Collagen Human genes 0.000 description 2
- RGHNJXZEOKUKBD-SQOUGZDYSA-N D-gluconic acid Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)C(O)=O RGHNJXZEOKUKBD-SQOUGZDYSA-N 0.000 description 2
- 239000003298 DNA probe Substances 0.000 description 2
- FEWJPZIEWOKRBE-JCYAYHJZSA-N Dextrotartaric acid Chemical compound OC(=O)[C@H](O)[C@@H](O)C(O)=O FEWJPZIEWOKRBE-JCYAYHJZSA-N 0.000 description 2
- VZCYOOQTPOCHFL-OWOJBTEDSA-N Fumaric acid Chemical compound OC(=O)\C=C\C(O)=O VZCYOOQTPOCHFL-OWOJBTEDSA-N 0.000 description 2
- 208000034826 Genetic Predisposition to Disease Diseases 0.000 description 2
- 101000823300 Homo sapiens ATP-binding cassette sub-family G member 1 Proteins 0.000 description 2
- 101001072765 Homo sapiens Neutral alpha-glucosidase AB Proteins 0.000 description 2
- 101000579484 Homo sapiens Period circadian protein homolog 1 Proteins 0.000 description 2
- 101000801684 Homo sapiens Phospholipid-transporting ATPase ABCA1 Proteins 0.000 description 2
- VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N Hydrochloric acid Chemical compound Cl VEXZGXHMUGYJMC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 description 2
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 description 2
- 108700005091 Immunoglobulin Genes Proteins 0.000 description 2
- 206010060820 Joint injury Diseases 0.000 description 2
- 206010023232 Joint swelling Diseases 0.000 description 2
- 102000007651 Macrophage Colony-Stimulating Factor Human genes 0.000 description 2
- 108010046938 Macrophage Colony-Stimulating Factor Proteins 0.000 description 2
- 108010072582 Matrilin Proteins Proteins 0.000 description 2
- 102000055008 Matrilin Proteins Human genes 0.000 description 2
- 238000007476 Maximum Likelihood Methods 0.000 description 2
- BACYUWVYYTXETD-UHFFFAOYSA-N N-Lauroylsarcosine Chemical compound CCCCCCCCCCCC(=O)N(C)CC(O)=O BACYUWVYYTXETD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- SECXISVLQFMRJM-UHFFFAOYSA-N N-Methylpyrrolidone Chemical compound CN1CCCC1=O SECXISVLQFMRJM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- CHJJGSNFBQVOTG-UHFFFAOYSA-N N-methyl-guanidine Natural products CNC(N)=N CHJJGSNFBQVOTG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 2
- 102100036592 Neutral alpha-glucosidase AB Human genes 0.000 description 2
- 239000004677 Nylon Substances 0.000 description 2
- 229920002302 Nylon 6,6 Polymers 0.000 description 2
- 102100028293 Period circadian protein homolog 1 Human genes 0.000 description 2
- 102100033616 Phospholipid-transporting ATPase ABCA1 Human genes 0.000 description 2
- OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N Phosphorus Chemical compound [P] OAICVXFJPJFONN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000004743 Polypropylene Substances 0.000 description 2
- OFOBLEOULBTSOW-UHFFFAOYSA-N Propanedioic acid Natural products OC(=O)CC(O)=O OFOBLEOULBTSOW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108020004518 RNA Probes Proteins 0.000 description 2
- 239000003391 RNA probe Substances 0.000 description 2
- 108010092799 RNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 2
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 2
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 2
- 239000006146 Roswell Park Memorial Institute medium Substances 0.000 description 2
- XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N Silicon Chemical compound [Si] XUIMIQQOPSSXEZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- PPBRXRYQALVLMV-UHFFFAOYSA-N Styrene Chemical compound C=CC1=CC=CC=C1 PPBRXRYQALVLMV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010006785 Taq Polymerase Proteins 0.000 description 2
- FEWJPZIEWOKRBE-UHFFFAOYSA-N Tartaric acid Natural products [H+].[H+].[O-]C(=O)C(O)C(O)C([O-])=O FEWJPZIEWOKRBE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- HCHKCACWOHOZIP-UHFFFAOYSA-N Zinc Chemical compound [Zn] HCHKCACWOHOZIP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000002835 absorbance Methods 0.000 description 2
- 229910000147 aluminium phosphate Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 2
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 2
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 2
- 206010003246 arthritis Diseases 0.000 description 2
- WPYMKLBDIGXBTP-UHFFFAOYSA-N benzoic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC=CC=C1 WPYMKLBDIGXBTP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000011575 calcium Substances 0.000 description 2
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 2
- 150000001768 cations Chemical class 0.000 description 2
- 230000032823 cell division Effects 0.000 description 2
- 238000004587 chromatography analysis Methods 0.000 description 2
- 238000010224 classification analysis Methods 0.000 description 2
- 238000004440 column chromatography Methods 0.000 description 2
- 239000013068 control sample Substances 0.000 description 2
- RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J dCTP(4-) Chemical compound O=C1N=C(N)C=CN1[C@@H]1O[C@H](COP([O-])(=O)OP([O-])(=O)OP([O-])([O-])=O)[C@@H](O)C1 RGWHQCVHVJXOKC-SHYZEUOFSA-J 0.000 description 2
- 238000007405 data analysis Methods 0.000 description 2
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 2
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 2
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 2
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 2
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 2
- 238000002405 diagnostic procedure Methods 0.000 description 2
- SWSQBOPZIKWTGO-UHFFFAOYSA-N dimethylaminoamidine Natural products CN(C)C(N)=N SWSQBOPZIKWTGO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000006073 displacement reaction Methods 0.000 description 2
- 230000005284 excitation Effects 0.000 description 2
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 2
- 230000001605 fetal effect Effects 0.000 description 2
- 210000003811 finger Anatomy 0.000 description 2
- 210000002683 foot Anatomy 0.000 description 2
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 2
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 2
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 210000004247 hand Anatomy 0.000 description 2
- 230000013632 homeostatic process Effects 0.000 description 2
- 125000004435 hydrogen atom Chemical group [H]* 0.000 description 2
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 2
- 238000010166 immunofluorescence Methods 0.000 description 2
- 238000001114 immunoprecipitation Methods 0.000 description 2
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 2
- 208000014674 injury Diseases 0.000 description 2
- TWBYWOBDOCUKOW-UHFFFAOYSA-N isonicotinic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC=NC=C1 TWBYWOBDOCUKOW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000013150 knee replacement Methods 0.000 description 2
- JVTAAEKCZFNVCJ-UHFFFAOYSA-N lactic acid Chemical compound CC(O)C(O)=O JVTAAEKCZFNVCJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 239000004816 latex Substances 0.000 description 2
- 229920000126 latex Polymers 0.000 description 2
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 2
- 238000012417 linear regression Methods 0.000 description 2
- 238000002826 magnetic-activated cell sorting Methods 0.000 description 2
- 239000011976 maleic acid Substances 0.000 description 2
- 239000002609 medium Substances 0.000 description 2
- BDAGIHXWWSANSR-UHFFFAOYSA-N methanoic acid Natural products OC=O BDAGIHXWWSANSR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 2
- 210000005036 nerve Anatomy 0.000 description 2
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 2
- 229920001778 nylon Polymers 0.000 description 2
- WLJNZVDCPSBLRP-UHFFFAOYSA-N pamoic acid Chemical class C1=CC=C2C(CC=3C4=CC=CC=C4C=C(C=3O)C(=O)O)=C(O)C(C(O)=O)=CC2=C1 WLJNZVDCPSBLRP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000004091 panning Methods 0.000 description 2
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 2
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 2
- 102000013415 peroxidase activity proteins Human genes 0.000 description 2
- 108040007629 peroxidase activity proteins Proteins 0.000 description 2
- 239000002985 plastic film Substances 0.000 description 2
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 2
- 229920001155 polypropylene Polymers 0.000 description 2
- 229920001282 polysaccharide Polymers 0.000 description 2
- 239000005017 polysaccharide Substances 0.000 description 2
- 150000004804 polysaccharides Chemical class 0.000 description 2
- 102000035123 post-translationally modified proteins Human genes 0.000 description 2
- 108091005626 post-translationally modified proteins Proteins 0.000 description 2
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 2
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 2
- 238000011160 research Methods 0.000 description 2
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 2
- PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N rhodamine B Chemical compound [Cl-].C=12C=CC(=[N+](CC)CC)C=C2OC2=CC(N(CC)CC)=CC=C2C=1C1=CC=CC=C1C(O)=O PYWVYCXTNDRMGF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- YGSDEFSMJLZEOE-UHFFFAOYSA-N salicylic acid Chemical compound OC(=O)C1=CC=CC=C1O YGSDEFSMJLZEOE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000013077 scoring method Methods 0.000 description 2
- 238000012216 screening Methods 0.000 description 2
- 239000000741 silica gel Substances 0.000 description 2
- 229910002027 silica gel Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000010703 silicon Substances 0.000 description 2
- 210000003491 skin Anatomy 0.000 description 2
- 238000002415 sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 238000001179 sorption measurement Methods 0.000 description 2
- 241000894007 species Species 0.000 description 2
- 238000002798 spectrophotometry method Methods 0.000 description 2
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 2
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 2
- 230000008961 swelling Effects 0.000 description 2
- 239000011975 tartaric acid Substances 0.000 description 2
- 235000002906 tartaric acid Nutrition 0.000 description 2
- 229960001367 tartaric acid Drugs 0.000 description 2
- MPLHNVLQVRSVEE-UHFFFAOYSA-N texas red Chemical compound [O-]S(=O)(=O)C1=CC(S(Cl)(=O)=O)=CC=C1C(C1=CC=2CCCN3CCCC(C=23)=C1O1)=C2C1=C(CCC1)C3=[N+]1CCCC3=C2 MPLHNVLQVRSVEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- JOXIMZWYDAKGHI-UHFFFAOYSA-N toluene-4-sulfonic acid Chemical class CC1=CC=C(S(O)(=O)=O)C=C1 JOXIMZWYDAKGHI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 230000001988 toxicity Effects 0.000 description 2
- 231100000419 toxicity Toxicity 0.000 description 2
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 2
- 238000012800 visualization Methods 0.000 description 2
- 238000001262 western blot Methods 0.000 description 2
- 229910052725 zinc Inorganic materials 0.000 description 2
- 239000011701 zinc Substances 0.000 description 2
- QGKMIGUHVLGJBR-UHFFFAOYSA-M (4z)-1-(3-methylbutyl)-4-[[1-(3-methylbutyl)quinolin-1-ium-4-yl]methylidene]quinoline;iodide Chemical compound [I-].C12=CC=CC=C2N(CCC(C)C)C=CC1=CC1=CC=[N+](CCC(C)C)C2=CC=CC=C12 QGKMIGUHVLGJBR-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- WRIDQFICGBMAFQ-UHFFFAOYSA-N (E)-8-Octadecenoic acid Natural products CCCCCCCCCC=CCCCCCCC(O)=O WRIDQFICGBMAFQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NAOLWIGVYRIGTP-UHFFFAOYSA-N 1,3,5-trihydroxyanthracene-9,10-dione Chemical compound C1=CC(O)=C2C(=O)C3=CC(O)=CC(O)=C3C(=O)C2=C1 NAOLWIGVYRIGTP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- TUSDEZXZIZRFGC-UHFFFAOYSA-N 1-O-galloyl-3,6-(R)-HHDP-beta-D-glucose Natural products OC1C(O2)COC(=O)C3=CC(O)=C(O)C(O)=C3C3=C(O)C(O)=C(O)C=C3C(=O)OC1C(O)C2OC(=O)C1=CC(O)=C(O)C(O)=C1 TUSDEZXZIZRFGC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101150040471 19 gene Proteins 0.000 description 1
- FALRKNHUBBKYCC-UHFFFAOYSA-N 2-(chloromethyl)pyridine-3-carbonitrile Chemical compound ClCC1=NC=CC=C1C#N FALRKNHUBBKYCC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- JRYMOPZHXMVHTA-DAGMQNCNSA-N 2-amino-7-[(2r,3r,4s,5r)-3,4-dihydroxy-5-(hydroxymethyl)oxolan-2-yl]-1h-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-one Chemical compound C1=CC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H]1O JRYMOPZHXMVHTA-DAGMQNCNSA-N 0.000 description 1
- LQJBNNIYVWPHFW-UHFFFAOYSA-N 20:1omega9c fatty acid Natural products CCCCCCCCCCC=CCCCCCCCC(O)=O LQJBNNIYVWPHFW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020005345 3' Untranslated Regions Proteins 0.000 description 1
- ZPZDIFSPRVHGIF-UHFFFAOYSA-N 3-aminopropylsilicon Chemical compound NCCC[Si] ZPZDIFSPRVHGIF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BMYNFMYTOJXKLE-UHFFFAOYSA-N 3-azaniumyl-2-hydroxypropanoate Chemical compound NCC(O)C(O)=O BMYNFMYTOJXKLE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- WHNPOQXWAMXPTA-UHFFFAOYSA-N 3-methylbut-2-enamide Chemical compound CC(C)=CC(N)=O WHNPOQXWAMXPTA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101150033839 4 gene Proteins 0.000 description 1
- OSWFIVFLDKOXQC-UHFFFAOYSA-N 4-(3-methoxyphenyl)aniline Chemical compound COC1=CC=CC(C=2C=CC(N)=CC=2)=C1 OSWFIVFLDKOXQC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020003589 5' Untranslated Regions Proteins 0.000 description 1
- BRLRJZRHRJEWJY-VCOUNFBDSA-N 5-[(3as,4s,6ar)-2-oxo-1,3,3a,4,6,6a-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]-n-[3-[3-(4-azido-2-nitroanilino)propyl-methylamino]propyl]pentanamide Chemical compound C([C@H]1[C@H]2NC(=O)N[C@H]2CS1)CCCC(=O)NCCCN(C)CCCNC1=CC=C(N=[N+]=[N-])C=C1[N+]([O-])=O BRLRJZRHRJEWJY-VCOUNFBDSA-N 0.000 description 1
- QSBYPNXLFMSGKH-UHFFFAOYSA-N 9-Heptadecensaeure Natural products CCCCCCCC=CCCCCCCCC(O)=O QSBYPNXLFMSGKH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HRPVXLWXLXDGHG-UHFFFAOYSA-N Acrylamide Chemical compound NC(=O)C=C HRPVXLWXLXDGHG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000251468 Actinopterygii Species 0.000 description 1
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 1
- 108020000948 Antisense Oligonucleotides Proteins 0.000 description 1
- 241000271566 Aves Species 0.000 description 1
- 108090001008 Avidin Proteins 0.000 description 1
- 102100038080 B-cell receptor CD22 Human genes 0.000 description 1
- 102100024222 B-lymphocyte antigen CD19 Human genes 0.000 description 1
- 102100022005 B-lymphocyte antigen CD20 Human genes 0.000 description 1
- 239000005711 Benzoic acid Substances 0.000 description 1
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 1
- 101100289995 Caenorhabditis elegans mac-1 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000282472 Canis lupus familiaris Species 0.000 description 1
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical compound [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 1
- 108091006146 Channels Proteins 0.000 description 1
- GHOKWGTUZJEAQD-UHFFFAOYSA-N Chick antidermatitis factor Natural products OCC(C)(C)C(O)C(=O)NCCC(O)=O GHOKWGTUZJEAQD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000012422 Collagen Type I Human genes 0.000 description 1
- 108010022452 Collagen Type I Proteins 0.000 description 1
- 102100032768 Complement receptor type 2 Human genes 0.000 description 1
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 1
- 229920000742 Cotton Polymers 0.000 description 1
- 241000699800 Cricetinae Species 0.000 description 1
- 241000938605 Crocodylia Species 0.000 description 1
- 108010069514 Cyclic Peptides Proteins 0.000 description 1
- 102000001189 Cyclic Peptides Human genes 0.000 description 1
- RGHNJXZEOKUKBD-UHFFFAOYSA-N D-gluconic acid Natural products OCC(O)C(O)C(O)C(O)C(O)=O RGHNJXZEOKUKBD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000007399 DNA isolation Methods 0.000 description 1
- 230000004543 DNA replication Effects 0.000 description 1
- AHCYMLUZIRLXAA-SHYZEUOFSA-N Deoxyuridine 5'-triphosphate Chemical compound O1[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C[C@@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 AHCYMLUZIRLXAA-SHYZEUOFSA-N 0.000 description 1
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 1
- 241000701867 Enterobacteria phage T7 Species 0.000 description 1
- 241000283073 Equus caballus Species 0.000 description 1
- 108700039887 Essential Genes Proteins 0.000 description 1
- 108700024394 Exon Proteins 0.000 description 1
- 239000001263 FEMA 3042 Substances 0.000 description 1
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 1
- YCKRFDGAMUMZLT-UHFFFAOYSA-N Fluorine atom Chemical compound [F] YCKRFDGAMUMZLT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910005540 GaP Inorganic materials 0.000 description 1
- 229910001218 Gallium arsenide Inorganic materials 0.000 description 1
- 241000287828 Gallus gallus Species 0.000 description 1
- 239000004366 Glucose oxidase Substances 0.000 description 1
- 108010015776 Glucose oxidase Proteins 0.000 description 1
- WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N Glutamic acid Natural products OC(=O)C(N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SXRSQZLOMIGNAQ-UHFFFAOYSA-N Glutaraldehyde Chemical compound O=CCCCC=O SXRSQZLOMIGNAQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010043121 Green Fluorescent Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000004144 Green Fluorescent Proteins Human genes 0.000 description 1
- 102100034472 H(+)/Cl(-) exchange transporter 4 Human genes 0.000 description 1
- HTTJABKRGRZYRN-UHFFFAOYSA-N Heparin Chemical compound OC1C(NC(=O)C)C(O)OC(COS(O)(=O)=O)C1OC1C(OS(O)(=O)=O)C(O)C(OC2C(C(OS(O)(=O)=O)C(OC3C(C(O)C(O)C(O3)C(O)=O)OS(O)(=O)=O)C(CO)O2)NS(O)(=O)=O)C(C(O)=O)O1 HTTJABKRGRZYRN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 1
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 1
- 101000884305 Homo sapiens B-cell receptor CD22 Proteins 0.000 description 1
- 101000980825 Homo sapiens B-lymphocyte antigen CD19 Proteins 0.000 description 1
- 101000897405 Homo sapiens B-lymphocyte antigen CD20 Proteins 0.000 description 1
- 101000941929 Homo sapiens Complement receptor type 2 Proteins 0.000 description 1
- 101000710229 Homo sapiens H(+)/Cl(-) exchange transporter 4 Proteins 0.000 description 1
- 101001078143 Homo sapiens Integrin alpha-IIb Proteins 0.000 description 1
- 101000935043 Homo sapiens Integrin beta-1 Proteins 0.000 description 1
- 101001015004 Homo sapiens Integrin beta-3 Proteins 0.000 description 1
- 101000878605 Homo sapiens Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor Proteins 0.000 description 1
- 101000934372 Homo sapiens Macrosialin Proteins 0.000 description 1
- 101000946889 Homo sapiens Monocyte differentiation antigen CD14 Proteins 0.000 description 1
- 101000914514 Homo sapiens T-cell-specific surface glycoprotein CD28 Proteins 0.000 description 1
- 108010001336 Horseradish Peroxidase Proteins 0.000 description 1
- 108010067060 Immunoglobulin Variable Region Proteins 0.000 description 1
- 229930010555 Inosine Natural products 0.000 description 1
- UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N Inosine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=NC(O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 1
- 101710203526 Integrase Proteins 0.000 description 1
- 102100025306 Integrin alpha-IIb Human genes 0.000 description 1
- 102100025304 Integrin beta-1 Human genes 0.000 description 1
- 102100032999 Integrin beta-3 Human genes 0.000 description 1
- WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N L-glutamic acid Chemical compound OC(=O)[C@@H](N)CCC(O)=O WHUUTDBJXJRKMK-VKHMYHEASA-N 0.000 description 1
- 102100038007 Low affinity immunoglobulin epsilon Fc receptor Human genes 0.000 description 1
- 102100025136 Macrosialin Human genes 0.000 description 1
- FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N Magnesium Chemical compound [Mg] FYYHWMGAXLPEAU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010090314 Member 1 Subfamily G ATP Binding Cassette Transporter Proteins 0.000 description 1
- 102100035877 Monocyte differentiation antigen CD14 Human genes 0.000 description 1
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 1
- 238000005481 NMR spectroscopy Methods 0.000 description 1
- GRYLNZFGIOXLOG-UHFFFAOYSA-N Nitric acid Chemical compound O[N+]([O-])=O GRYLNZFGIOXLOG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000008589 Obesity Diseases 0.000 description 1
- 239000005642 Oleic acid Substances 0.000 description 1
- ZQPPMHVWECSIRJ-UHFFFAOYSA-N Oleic acid Natural products CCCCCCCCC=CCCCCCCCC(O)=O ZQPPMHVWECSIRJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 description 1
- 208000008558 Osteophyte Diseases 0.000 description 1
- 241000282577 Pan troglodytes Species 0.000 description 1
- LRBQNJMCXXYXIU-PPKXGCFTSA-N Penta-digallate-beta-D-glucose Natural products OC1=C(O)C(O)=CC(C(=O)OC=2C(=C(O)C=C(C=2)C(=O)OC[C@@H]2[C@H]([C@H](OC(=O)C=3C=C(OC(=O)C=4C=C(O)C(O)=C(O)C=4)C(O)=C(O)C=3)[C@@H](OC(=O)C=3C=C(OC(=O)C=4C=C(O)C(O)=C(O)C=4)C(O)=C(O)C=3)[C@H](OC(=O)C=3C=C(OC(=O)C=4C=C(O)C(O)=C(O)C=4)C(O)=C(O)C=3)O2)OC(=O)C=2C=C(OC(=O)C=3C=C(O)C(O)=C(O)C=3)C(O)=C(O)C=2)O)=C1 LRBQNJMCXXYXIU-PPKXGCFTSA-N 0.000 description 1
- 239000002202 Polyethylene glycol Substances 0.000 description 1
- 108010039918 Polylysine Proteins 0.000 description 1
- ZLMJMSJWJFRBEC-UHFFFAOYSA-N Potassium Chemical compound [K] ZLMJMSJWJFRBEC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000288906 Primates Species 0.000 description 1
- 108010066717 Q beta Replicase Proteins 0.000 description 1
- 238000002123 RNA extraction Methods 0.000 description 1
- 230000004570 RNA-binding Effects 0.000 description 1
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 1
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 1
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 1
- 241000219061 Rheum Species 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- 229920002684 Sepharose Polymers 0.000 description 1
- 229910008051 Si-OH Inorganic materials 0.000 description 1
- 229910004298 SiO 2 Inorganic materials 0.000 description 1
- 108091027568 Single-stranded nucleotide Proteins 0.000 description 1
- 229910006358 Si—OH Inorganic materials 0.000 description 1
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 1
- 241000282898 Sus scrofa Species 0.000 description 1
- 102100027213 T-cell-specific surface glycoprotein CD28 Human genes 0.000 description 1
- 101710137500 T7 RNA polymerase Proteins 0.000 description 1
- 239000004809 Teflon Substances 0.000 description 1
- 229920006362 Teflon® Polymers 0.000 description 1
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N Thiophosphoric acid Chemical class OP(O)(S)=O RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108091036066 Three prime untranslated region Proteins 0.000 description 1
- GYDJEQRTZSCIOI-UHFFFAOYSA-N Tranexamic acid Chemical compound NCC1CCC(C(O)=O)CC1 GYDJEQRTZSCIOI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100040247 Tumor necrosis factor Human genes 0.000 description 1
- YJQCOFNZVFGCAF-UHFFFAOYSA-N Tunicamycin II Natural products O1C(CC(O)C2C(C(O)C(O2)N2C(NC(=O)C=C2)=O)O)C(O)C(O)C(NC(=O)C=CCCCCCCCCC(C)C)C1OC1OC(CO)C(O)C(O)C1NC(C)=O YJQCOFNZVFGCAF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 108010046334 Urease Proteins 0.000 description 1
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 1
- 208000027418 Wounds and injury Diseases 0.000 description 1
- 230000021736 acetylation Effects 0.000 description 1
- 238000006640 acetylation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000009471 action Effects 0.000 description 1
- 239000013543 active substance Substances 0.000 description 1
- 230000000996 additive effect Effects 0.000 description 1
- 230000001464 adherent effect Effects 0.000 description 1
- 230000002411 adverse Effects 0.000 description 1
- 238000001042 affinity chromatography Methods 0.000 description 1
- 239000011543 agarose gel Substances 0.000 description 1
- 229910052783 alkali metal Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000001340 alkali metals Chemical class 0.000 description 1
- 229910052784 alkaline earth metal Inorganic materials 0.000 description 1
- PNEYBMLMFCGWSK-UHFFFAOYSA-N aluminium oxide Inorganic materials [O-2].[O-2].[O-2].[Al+3].[Al+3] PNEYBMLMFCGWSK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000004202 aminomethyl group Chemical group [H]N([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 238000004082 amperometric method Methods 0.000 description 1
- 230000003444 anaesthetic effect Effects 0.000 description 1
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 1
- 150000001450 anions Chemical class 0.000 description 1
- 210000003423 ankle Anatomy 0.000 description 1
- 239000003146 anticoagulant agent Substances 0.000 description 1
- 229940127219 anticoagulant drug Drugs 0.000 description 1
- 239000000074 antisense oligonucleotide Substances 0.000 description 1
- 238000012230 antisense oligonucleotides Methods 0.000 description 1
- 239000002787 antisense oligonuctleotide Substances 0.000 description 1
- 210000000617 arm Anatomy 0.000 description 1
- 230000002917 arthritic effect Effects 0.000 description 1
- 235000010323 ascorbic acid Nutrition 0.000 description 1
- 229960005070 ascorbic acid Drugs 0.000 description 1
- 239000011668 ascorbic acid Substances 0.000 description 1
- 125000004429 atom Chemical group 0.000 description 1
- JPIYZTWMUGTEHX-UHFFFAOYSA-N auramine O free base Chemical compound C1=CC(N(C)C)=CC=C1C(=N)C1=CC=C(N(C)C)C=C1 JPIYZTWMUGTEHX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000000376 autoradiography Methods 0.000 description 1
- 150000007514 bases Chemical class 0.000 description 1
- 210000003651 basophil Anatomy 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- SRSXLGNVWSONIS-UHFFFAOYSA-N benzenesulfonic acid Chemical class OS(=O)(=O)C1=CC=CC=C1 SRSXLGNVWSONIS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940092714 benzenesulfonic acid Drugs 0.000 description 1
- 235000010233 benzoic acid Nutrition 0.000 description 1
- 102000005936 beta-Galactosidase Human genes 0.000 description 1
- 108010005774 beta-Galactosidase Proteins 0.000 description 1
- 238000001574 biopsy Methods 0.000 description 1
- 210000003969 blast cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 1
- 238000009534 blood test Methods 0.000 description 1
- 210000000746 body region Anatomy 0.000 description 1
- 238000006664 bond formation reaction Methods 0.000 description 1
- 229910021538 borax Inorganic materials 0.000 description 1
- 210000002302 brachial artery Anatomy 0.000 description 1
- KDYFGRWQOYBRFD-NUQCWPJISA-N butanedioic acid Chemical compound O[14C](=O)CC[14C](O)=O KDYFGRWQOYBRFD-NUQCWPJISA-N 0.000 description 1
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 1
- 229910052791 calcium Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 238000011088 calibration curve Methods 0.000 description 1
- 238000007707 calorimetry Methods 0.000 description 1
- 150000001718 carbodiimides Chemical class 0.000 description 1
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 1
- 230000008355 cartilage degradation Effects 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 239000002771 cell marker Substances 0.000 description 1
- 239000002458 cell surface marker Substances 0.000 description 1
- 108091092328 cellular RNA Proteins 0.000 description 1
- 229920002678 cellulose Polymers 0.000 description 1
- 239000001913 cellulose Substances 0.000 description 1
- 235000010980 cellulose Nutrition 0.000 description 1
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 1
- 238000007385 chemical modification Methods 0.000 description 1
- 239000007795 chemical reaction product Substances 0.000 description 1
- 239000013626 chemical specie Substances 0.000 description 1
- 235000013330 chicken meat Nutrition 0.000 description 1
- XFIOKOXROGCUQX-UHFFFAOYSA-N chloroform;guanidine;phenol Chemical compound NC(N)=N.ClC(Cl)Cl.OC1=CC=CC=C1 XFIOKOXROGCUQX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000004218 chloromethyl group Chemical group [H]C([H])(Cl)* 0.000 description 1
- 230000002759 chromosomal effect Effects 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 238000002983 circular dichroism Methods 0.000 description 1
- 229960004106 citric acid Drugs 0.000 description 1
- 235000015165 citric acid Nutrition 0.000 description 1
- 238000013145 classification model Methods 0.000 description 1
- 238000004140 cleaning Methods 0.000 description 1
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 1
- 229920001436 collagen Polymers 0.000 description 1
- 238000004737 colorimetric analysis Methods 0.000 description 1
- 238000007906 compression Methods 0.000 description 1
- 230000006835 compression Effects 0.000 description 1
- 230000001268 conjugating effect Effects 0.000 description 1
- 210000002808 connective tissue Anatomy 0.000 description 1
- 239000000470 constituent Substances 0.000 description 1
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 1
- 239000000356 contaminant Substances 0.000 description 1
- 238000004132 cross linking Methods 0.000 description 1
- 238000011461 current therapy Methods 0.000 description 1
- 230000001351 cycling effect Effects 0.000 description 1
- 210000001151 cytotoxic T lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 239000002254 cytotoxic agent Substances 0.000 description 1
- 229940127089 cytotoxic agent Drugs 0.000 description 1
- 231100000599 cytotoxic agent Toxicity 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N dATP Natural products C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1C1CC(O)C(COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N dATP Chemical compound C1=NC=2C(N)=NC=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 SUYVUBYJARFZHO-RRKCRQDMSA-N 0.000 description 1
- HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N dGTP Chemical compound C1=NC=2C(=O)NC(N)=NC=2N1[C@H]1C[C@H](O)[C@@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)O1 HAAZLUGHYHWQIW-KVQBGUIXSA-N 0.000 description 1
- NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N dTTP Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C1 NHVNXKFIZYSCEB-XLPZGREQSA-N 0.000 description 1
- 238000003066 decision tree Methods 0.000 description 1
- 230000003412 degenerative effect Effects 0.000 description 1
- 239000008367 deionised water Substances 0.000 description 1
- 229910021641 deionized water Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000001934 delay Effects 0.000 description 1
- 239000005549 deoxyribonucleoside Substances 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 230000006866 deterioration Effects 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 229910003460 diamond Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000010432 diamond Substances 0.000 description 1
- 125000005442 diisocyanate group Chemical group 0.000 description 1
- 238000005315 distribution function Methods 0.000 description 1
- NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-N dithiophosphoric acid Chemical class OP(O)(S)=S NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940116441 divinylbenzene Drugs 0.000 description 1
- MYRTYDVEIRVNKP-UHFFFAOYSA-N divinylbenzene Substances C=CC1=CC=CC=C1C=C MYRTYDVEIRVNKP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003118 drug derivative Substances 0.000 description 1
- 238000007876 drug discovery Methods 0.000 description 1
- 238000007877 drug screening Methods 0.000 description 1
- 210000005069 ears Anatomy 0.000 description 1
- 229920001971 elastomer Polymers 0.000 description 1
- 210000001513 elbow Anatomy 0.000 description 1
- 238000001493 electron microscopy Methods 0.000 description 1
- 230000009881 electrostatic interaction Effects 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 1
- 210000003979 eosinophil Anatomy 0.000 description 1
- CCIVGXIOQKPBKL-UHFFFAOYSA-M ethanesulfonate Chemical class CCS([O-])(=O)=O CCIVGXIOQKPBKL-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N ethidium bromide Chemical compound [Br-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CC)=C1C1=CC=CC=C1 ZMMJGEGLRURXTF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229960005542 ethidium bromide Drugs 0.000 description 1
- 125000001495 ethyl group Chemical group [H]C([H])([H])C([H])([H])* 0.000 description 1
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 1
- 230000012953 feeding on blood of other organism Effects 0.000 description 1
- 210000001105 femoral artery Anatomy 0.000 description 1
- 239000000835 fiber Substances 0.000 description 1
- 239000012467 final product Substances 0.000 description 1
- 235000019688 fish Nutrition 0.000 description 1
- 229920002457 flexible plastic Polymers 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- 238000001943 fluorescence-activated cell sorting Methods 0.000 description 1
- 239000011737 fluorine Substances 0.000 description 1
- 229910052731 fluorine Inorganic materials 0.000 description 1
- 235000019253 formic acid Nutrition 0.000 description 1
- 230000022244 formylation Effects 0.000 description 1
- 238000006170 formylation reaction Methods 0.000 description 1
- 239000001530 fumaric acid Substances 0.000 description 1
- LRBQNJMCXXYXIU-QWKBTXIPSA-N gallotannic acid Chemical compound OC1=C(O)C(O)=CC(C(=O)OC=2C(=C(O)C=C(C=2)C(=O)OC[C@H]2[C@@H]([C@@H](OC(=O)C=3C=C(OC(=O)C=4C=C(O)C(O)=C(O)C=4)C(O)=C(O)C=3)[C@H](OC(=O)C=3C=C(OC(=O)C=4C=C(O)C(O)=C(O)C=4)C(O)=C(O)C=3)[C@@H](OC(=O)C=3C=C(OC(=O)C=4C=C(O)C(O)=C(O)C=4)C(O)=C(O)C=3)O2)OC(=O)C=2C=C(OC(=O)C=3C=C(O)C(O)=C(O)C=3)C(O)=C(O)C=2)O)=C1 LRBQNJMCXXYXIU-QWKBTXIPSA-N 0.000 description 1
- 239000007789 gas Substances 0.000 description 1
- 238000004817 gas chromatography Methods 0.000 description 1
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 1
- 229960005219 gentisic acid Drugs 0.000 description 1
- 229910052732 germanium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000000174 gluconic acid Substances 0.000 description 1
- 235000012208 gluconic acid Nutrition 0.000 description 1
- 229940116332 glucose oxidase Drugs 0.000 description 1
- 235000019420 glucose oxidase Nutrition 0.000 description 1
- 235000013922 glutamic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000004220 glutamic acid Substances 0.000 description 1
- PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N gold Chemical compound [Au] PCHJSUWPFVWCPO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000005090 green fluorescent protein Substances 0.000 description 1
- YQOKLYTXVFAUCW-UHFFFAOYSA-N guanidine;isothiocyanic acid Chemical compound N=C=S.NC(N)=N YQOKLYTXVFAUCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- IVUUEDNTAZIDTL-UHFFFAOYSA-N guanidine;sulfurothioic o-acid Chemical compound NC(N)=N.OS(O)(=O)=S IVUUEDNTAZIDTL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- PJJJBBJSCAKJQF-UHFFFAOYSA-N guanidinium chloride Chemical compound [Cl-].NC(N)=[NH2+] PJJJBBJSCAKJQF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940093915 gynecological organic acid Drugs 0.000 description 1
- 208000034311 hand osteoarthritis Diseases 0.000 description 1
- 230000035876 healing Effects 0.000 description 1
- 238000003505 heat denaturation Methods 0.000 description 1
- 210000002443 helper t lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 229960002897 heparin Drugs 0.000 description 1
- 229920000669 heparin Polymers 0.000 description 1
- 238000004128 high performance liquid chromatography Methods 0.000 description 1
- XMBWDFGMSWQBCA-UHFFFAOYSA-N hydrogen iodide Chemical compound I XMBWDFGMSWQBCA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-M hydrogensulfate Chemical compound OS([O-])(=O)=O QAOWNCQODCNURD-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 229940071870 hydroiodic acid Drugs 0.000 description 1
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 1
- 125000004029 hydroxymethyl group Chemical group [H]OC([H])([H])* 0.000 description 1
- 230000003053 immunization Effects 0.000 description 1
- 238000002649 immunization Methods 0.000 description 1
- 230000000984 immunochemical effect Effects 0.000 description 1
- 230000016784 immunoglobulin production Effects 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 239000000411 inducer Substances 0.000 description 1
- 230000006698 induction Effects 0.000 description 1
- 229960003786 inosine Drugs 0.000 description 1
- 238000009830 intercalation Methods 0.000 description 1
- 238000005342 ion exchange Methods 0.000 description 1
- 150000002500 ions Chemical class 0.000 description 1
- XEEYBQQBJWHFJM-UHFFFAOYSA-N iron Substances [Fe] XEEYBQQBJWHFJM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 159000000014 iron salts Chemical class 0.000 description 1
- QXJSBBXBKPUZAA-UHFFFAOYSA-N isooleic acid Natural products CCCCCCCC=CCCCCCCCCC(O)=O QXJSBBXBKPUZAA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000011901 isothermal amplification Methods 0.000 description 1
- 150000002540 isothiocyanates Chemical class 0.000 description 1
- 238000011005 laboratory method Methods 0.000 description 1
- 239000004310 lactic acid Substances 0.000 description 1
- 235000014655 lactic acid Nutrition 0.000 description 1
- 210000003041 ligament Anatomy 0.000 description 1
- VVNXEADCOVSAER-UHFFFAOYSA-N lithium sodium Chemical compound [Li].[Na] VVNXEADCOVSAER-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 210000003141 lower extremity Anatomy 0.000 description 1
- DLBFLQKQABVKGT-UHFFFAOYSA-L lucifer yellow dye Chemical compound [Li+].[Li+].[O-]S(=O)(=O)C1=CC(C(N(C(=O)NN)C2=O)=O)=C3C2=CC(S([O-])(=O)=O)=CC3=C1N DLBFLQKQABVKGT-UHFFFAOYSA-L 0.000 description 1
- 238000004020 luminiscence type Methods 0.000 description 1
- 239000011777 magnesium Substances 0.000 description 1
- 229910052749 magnesium Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000012423 maintenance Methods 0.000 description 1
- 230000035800 maturation Effects 0.000 description 1
- 238000000691 measurement method Methods 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 230000005499 meniscus Effects 0.000 description 1
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 1
- 150000002739 metals Chemical class 0.000 description 1
- 125000002496 methyl group Chemical group [H]C([H])([H])* 0.000 description 1
- YACKEPLHDIMKIO-UHFFFAOYSA-N methylphosphonic acid Chemical class CP(O)(O)=O YACKEPLHDIMKIO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000010208 microarray analysis Methods 0.000 description 1
- 239000011859 microparticle Substances 0.000 description 1
- 238000000386 microscopy Methods 0.000 description 1
- 239000004005 microsphere Substances 0.000 description 1
- 239000002480 mineral oil Substances 0.000 description 1
- 235000010446 mineral oil Nutrition 0.000 description 1
- 150000007522 mineralic acids Chemical class 0.000 description 1
- 230000037230 mobility Effects 0.000 description 1
- 239000002808 molecular sieve Substances 0.000 description 1
- 229910021421 monocrystalline silicon Inorganic materials 0.000 description 1
- 210000005087 mononuclear cell Anatomy 0.000 description 1
- 125000004573 morpholin-4-yl group Chemical group N1(CCOCC1)* 0.000 description 1
- 210000003205 muscle Anatomy 0.000 description 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 1
- 210000000822 natural killer cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 1
- 230000001537 neural effect Effects 0.000 description 1
- 238000003062 neural network model Methods 0.000 description 1
- 210000002569 neuron Anatomy 0.000 description 1
- 229910017604 nitric acid Inorganic materials 0.000 description 1
- 230000009871 nonspecific binding Effects 0.000 description 1
- 231100000252 nontoxic Toxicity 0.000 description 1
- 230000003000 nontoxic effect Effects 0.000 description 1
- 210000001331 nose Anatomy 0.000 description 1
- 235000020824 obesity Nutrition 0.000 description 1
- ZQPPMHVWECSIRJ-KTKRTIGZSA-N oleic acid Chemical compound CCCCCCCC\C=C/CCCCCCCC(O)=O ZQPPMHVWECSIRJ-KTKRTIGZSA-N 0.000 description 1
- 229960002969 oleic acid Drugs 0.000 description 1
- 235000021313 oleic acid Nutrition 0.000 description 1
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 1
- 238000002515 oligonucleotide synthesis Methods 0.000 description 1
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 1
- 150000007524 organic acids Chemical class 0.000 description 1
- 235000005985 organic acids Nutrition 0.000 description 1
- 239000003960 organic solvent Substances 0.000 description 1
- 230000011164 ossification Effects 0.000 description 1
- 210000000963 osteoblast Anatomy 0.000 description 1
- 210000002997 osteoclast Anatomy 0.000 description 1
- 235000006408 oxalic acid Nutrition 0.000 description 1
- 238000004806 packaging method and process Methods 0.000 description 1
- 239000011713 pantothenic acid Substances 0.000 description 1
- 229940055726 pantothenic acid Drugs 0.000 description 1
- 235000019161 pantothenic acid Nutrition 0.000 description 1
- FJKROLUGYXJWQN-UHFFFAOYSA-N papa-hydroxy-benzoic acid Natural products OC(=O)C1=CC=C(O)C=C1 FJKROLUGYXJWQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 238000004816 paper chromatography Methods 0.000 description 1
- 238000010647 peptide synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 230000010412 perfusion Effects 0.000 description 1
- 230000002085 persistent effect Effects 0.000 description 1
- 238000002205 phenol-chloroform extraction Methods 0.000 description 1
- 150000002989 phenols Chemical class 0.000 description 1
- 230000000865 phosphorylative effect Effects 0.000 description 1
- 229920006255 plastic film Polymers 0.000 description 1
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 1
- 238000002264 polyacrylamide gel electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 229920006122 polyamide resin Polymers 0.000 description 1
- 229920001223 polyethylene glycol Polymers 0.000 description 1
- 229920000656 polylysine Polymers 0.000 description 1
- 239000012985 polymerization agent Substances 0.000 description 1
- 229920000193 polymethacrylate Polymers 0.000 description 1
- 229920005990 polystyrene resin Polymers 0.000 description 1
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 1
- 229910052700 potassium Inorganic materials 0.000 description 1
- 239000011591 potassium Substances 0.000 description 1
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 1
- 238000004393 prognosis Methods 0.000 description 1
- 230000001915 proofreading effect Effects 0.000 description 1
- 238000000164 protein isolation Methods 0.000 description 1
- 230000006337 proteolytic cleavage Effects 0.000 description 1
- 238000004445 quantitative analysis Methods 0.000 description 1
- 210000002321 radial artery Anatomy 0.000 description 1
- 230000005855 radiation Effects 0.000 description 1
- 230000008439 repair process Effects 0.000 description 1
- 230000003252 repetitive effect Effects 0.000 description 1
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 1
- 230000008458 response to injury Effects 0.000 description 1
- 230000000717 retained effect Effects 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 239000005060 rubber Substances 0.000 description 1
- 229960004889 salicylic acid Drugs 0.000 description 1
- 229940016590 sarkosyl Drugs 0.000 description 1
- 108700004121 sarkosyl Proteins 0.000 description 1
- 229920006395 saturated elastomer Polymers 0.000 description 1
- 230000003248 secreting effect Effects 0.000 description 1
- 230000011218 segmentation Effects 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 238000013207 serial dilution Methods 0.000 description 1
- 150000004760 silicates Chemical class 0.000 description 1
- 150000003376 silicon Chemical class 0.000 description 1
- 150000003384 small molecules Chemical class 0.000 description 1
- URGAHOPLAPQHLN-UHFFFAOYSA-N sodium aluminosilicate Chemical compound [Na+].[Al+3].[O-][Si]([O-])=O.[O-][Si]([O-])=O URGAHOPLAPQHLN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000001509 sodium citrate Substances 0.000 description 1
- NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K sodium citrate Chemical compound O.O.[Na+].[Na+].[Na+].[O-]C(=O)CC(O)(CC([O-])=O)C([O-])=O NLJMYIDDQXHKNR-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 1
- 235000010339 sodium tetraborate Nutrition 0.000 description 1
- 239000011343 solid material Substances 0.000 description 1
- 238000000638 solvent extraction Methods 0.000 description 1
- 238000011895 specific detection Methods 0.000 description 1
- 238000001228 spectrum Methods 0.000 description 1
- 108010068698 spleen exonuclease Proteins 0.000 description 1
- 239000003381 stabilizer Substances 0.000 description 1
- 230000000087 stabilizing effect Effects 0.000 description 1
- 239000007858 starting material Substances 0.000 description 1
- 210000002784 stomach Anatomy 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 239000001384 succinic acid Substances 0.000 description 1
- 229940014800 succinic anhydride Drugs 0.000 description 1
- IIACRCGMVDHOTQ-UHFFFAOYSA-N sulfamic acid Chemical class NS(O)(=O)=O IIACRCGMVDHOTQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000003457 sulfones Chemical class 0.000 description 1
- 238000001356 surgical procedure Methods 0.000 description 1
- 210000001258 synovial membrane Anatomy 0.000 description 1
- 210000002437 synoviocyte Anatomy 0.000 description 1
- 229920002258 tannic acid Polymers 0.000 description 1
- 235000015523 tannic acid Nutrition 0.000 description 1
- 229940033123 tannic acid Drugs 0.000 description 1
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 1
- 238000004809 thin layer chromatography Methods 0.000 description 1
- 125000003396 thiol group Chemical group [H]S* 0.000 description 1
- 150000003573 thiols Chemical class 0.000 description 1
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 1
- 230000032258 transport Effects 0.000 description 1
- 230000008733 trauma Effects 0.000 description 1
- 239000001226 triphosphate Substances 0.000 description 1
- 235000011178 triphosphate Nutrition 0.000 description 1
- UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N triphosphoric acid Chemical compound OP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O UNXRWKVEANCORM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- BSVBQGMMJUBVOD-UHFFFAOYSA-N trisodium borate Chemical compound [Na+].[Na+].[Na+].[O-]B([O-])[O-] BSVBQGMMJUBVOD-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- ZHSGGJXRNHWHRS-VIDYELAYSA-N tunicamycin Chemical compound O([C@H]1[C@@H]([C@H]([C@@H](O)[C@@H](CC(O)[C@@H]2[C@H]([C@@H](O)[C@@H](O2)N2C(NC(=O)C=C2)=O)O)O1)O)NC(=O)/C=C/CC(C)C)[C@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]1NC(C)=O ZHSGGJXRNHWHRS-VIDYELAYSA-N 0.000 description 1
- MEYZYGMYMLNUHJ-UHFFFAOYSA-N tunicamycin Natural products CC(C)CCCCCCCCCC=CC(=O)NC1C(O)C(O)C(CC(O)C2OC(C(O)C2O)N3C=CC(=O)NC3=O)OC1OC4OC(CO)C(O)C(O)C4NC(=O)C MEYZYGMYMLNUHJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 1
- 238000007794 visualization technique Methods 0.000 description 1
- 238000002424 x-ray crystallography Methods 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/564—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for pre-existing immune complex or autoimmune disease, i.e. systemic lupus erythematosus, rheumatoid arthritis, multiple sclerosis, rheumatoid factors or complement components C1-C9
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/11—Antisense
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/12—Type of nucleic acid catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/14—Type of nucleic acid interfering N.A.
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/15—Nucleic acids forming more than 2 strands, e.g. TFOs
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/10—Musculoskeletal or connective tissue disorders
- G01N2800/105—Osteoarthritis, e.g. cartilage alteration, hypertrophy of bone
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
- G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Hematology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Rehabilitation Therapy (AREA)
- Rheumatology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
Abstract
【選択図】図1
Description
本発明は、変形性関節症及び/又は変形性関節症の特定のステージで示差的に発現される新たなバイオマーカーの同定及び選択、並びに新たなバイオマーカーの組み合わせの同定及び選択に関し、同様に新たなバイオマーカーの組み合わせを選択する手段にも関する。本発明のバイオマーカー及びバイオマーカーの組み合わせの産物の発現を測定すると、以下のうち1つ又は複数において特定の利点が示される:(a)個体を変形性関節症であると診断すること、(b)変形性関節症(OA)の2つのステージを区別すること、及び(c)個体を変形性関節症(OA)の特定のステージであると診断すること。理解されているように、本発明のバイオマーカーの産物を測定するために、本発明のバイオマーカーの産物と特異的に及び/又は選択的にハイブリダイズするポリヌクレオチド及びタンパク質もまた、(a)個体を変形性関節症であると診断すること、(b)変形性関節症(OA)の2つのステージを区別すること、及び(c)個体を変形性関節症(OA)の特定のステージであると診断することに使用する前記ポリヌクレオチド及びタンパク質を含むキットと同様に本発明の範囲に包含される。個体の疾患の進行をモニターし、治療法の効力をモニターするための、本発明のバイオマーカーの産物と特異的に及び/又は選択的にハイブリダイズするポリヌクレオチド及びタンパク質の使用が、さらに本発明に包含される。本発明はまた、変形性関節症の新たな治療標的の同定における本発明のバイオマーカーの産物の使用を提供する。本発明はまた、本発明の遺伝子と結合し及び/又はその活性をモジュレートする化合物の同定における本発明のバイオマーカーの産物の使用を提供する。そのような方法によって同定された化合物は、変形性関節症及び変形性関節症の進行を研究するアッセイの開発に有用である。さらに、そのような方法によって同定された化合物は、変形性関節症又はその症状の予防、治療、管理及び/又は改善のための予防及び治療用の組成物の開発におけるリード化合物として有用である。
変形性関節症(OA)は、骨の末端にあり、関節の関節形成表面を形成する関節軟骨が、時間が経つにつれて徐々に変性する慢性疾患である。遺伝的感受性、肥満、偶発的な又は運動性の外傷、手術、薬物及び重篤度の身体的な要求を含めて、患者が変形性関節症に罹患しやすくなると考えられる多数の要因が存在する。変形性関節症は、関節の軟骨に対する損傷によって惹起されると考えられる。2つの最も一般的な関節の損傷は、スポーツ関連の損傷及び長期にわたる「反復使用」の関節損傷である。変形性関節症に最も一般的に罹患する関節は、膝、臀部及び手である。ほとんどの場合では、膝及び臀部には必須の体重支持機能があるために、これらの関節における変形性関節症は、手の変形性関節症よりはるかに大きな能力障害を引き起こす。軟骨の変性が進行するにつれて、二次的な変化が、骨、筋、靭帯、半月板及び滑膜を含めて、関節中及びその周囲にある他の組織に生じる。軟骨組織の原発性の不全と他の組織の二次的損傷の最終的な影響は、患者が、罹患した(複数の)関節で疼痛、腫脹、脆弱及び機能的能力の喪失を経験することである。これらの症状は、患者が生産性及び/又は生活の質を喪失する結果となる点で著しい影響を及ぼすステージまで頻繁に進行する。
本発明は、変形性関節症及び/又は変形性関節症の特定のステージで示差的に発現される新たなバイオマーカーの同定及び選択、並びに新たなバイオマーカーの組み合わせの同定及び選択に関し、同様に新たなバイオマーカーの組み合わせを選択する手段にも関する。本発明のバイオマーカー及びバイオマーカーの組み合わせの産物の発現を測定すると、以下のうち1つ又は複数において特定の利点が示される:(a)個体を変形性関節症であると診断すること、(b)変形性関節症(OA)の2つのステージを区別すること、及び(c)個体を変形性関節症(OA)の特定のステージであると診断すること。理解されているように、本発明のバイオマーカーの産物を測定するために、本発明のバイオマーカーの産物と特異的に及び/又は選択的にハイブリダイズするポリヌクレオチド及びタンパク質もまた、(a)個体を変形性関節症であると診断すること、(b)変形性関節症(OA)の2つのステージを区別すること、及び(c)個体を変形性関節症(OA)の特定のステージであると診断することに使用する前記ポリヌクレオチド及びタンパク質を含むキットと同様に本発明の範囲に包含される。個体の疾患の進行をモニターし、治療法の効力をモニターするための、本発明のバイオマーカーの産物と特異的に及び/又は選択的にハイブリダイズするポリヌクレオチド及びタンパク質の使用が、さらに本発明に包含される。本発明はまた、変形性関節症の新たな治療標的の同定において本発明のバイオマーカーの産物を使用する方法の同定をも提供する。本発明はまた、本発明の遺伝子と結合し及び/又はその活性をモジュレートする化合物の同定において本発明のバイオマーカーの産物を使用する方法の同定をも提供する。そのような方法によって同定された化合物は、変形性関節症及び変形性関節症の進行を研究するアッセイの開発に有用である。さらに、そのような方法によって同定された化合物は、変形性関節症又はその症状の予防、治療、管理及び/又は改善のための予防及び治療用の組成物の開発におけるリード化合物として有用である。
以下の定義は、以下の明細書の記載において用いられる特定の用語について提供するものである。
本明細書において用いる「複数」又は「セット」とは、2を超える、例えば3又はそれ以上、10又はそれ以上、100又はそれ以上、1000又はそれ以上、あるいは10000又はそれ以上を意味する。
本発明の目的及び特徴は、以下の詳細な説明及び図面を参照してより理解されうる。
本発明の実施は、当分野の技術の範囲内にある分子生物学、微生物学及び組換えDNA技術の従来技術を一部使用する。そのような技術は、文献中に十分に説明されている。例えば、Sambrook, Fritsch & Maniatis, 1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition; Oligonucleotide Synthesis,(M.J. Gait編, 1984); Nucleic Acid Hybridization(B.D. Harnes & S.J. Higgins編, 1984); A Practical Guide to Molecular Cloning(B. Perbal, 1984); 及びMethods in Enzymologyシリーズ(Academic Press, Inc.); Short Protocols In Molecular Biology,(Ausubel et al. 編, 1995)を参照されたい。上記にも下記にも本明細書で挙げたすべての特許、特許出願、及び刊行物は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書で特に示さない限り、任意の被験体から得られる任意の組織サンプル(例えば、軟骨、滑液又は血液サンプル)又は細胞サンプル(例えば、軟骨細胞サンプル又は血液細胞サンプル)を、本発明の方法に従って使用することができる。本発明の方法に従ってそのようなサンプルを得、利用することができる被験体の例には、それだけに限らないが、1、2、3、4又はそれ以上の変形性関節症の症状を現している又は示している被験体、変形性関節症であると臨床的に診断された被験体、変形性関節症に罹患しやすい被験体(例えば、変形性関節症の家族歴がある被験体、変形性関節症の遺伝的素因がある被験体、及び変形性関節症に罹患しやすくし、又は変形性関節症に罹患する可能性を高める生活を送る被験体)、変形性関節症であると疑われる被験体、変形性関節症の治療を受けている被験体、変形性関節症と少なくとも1種の他の病態を有する被験体(例えば、2、3、4、5又はそれ以上の病態を有する被験体)、変形性関節症の治療を受けていない被験体、医師(例えば、内科医)によって健康である又は変形性関節症でない(すなわち、正常である)と判定された被験体、変形性関節症が治癒した被験体、変形性関節症をやり過ごしている被験体、及び変形性関節症と診断されていない被験体がある。特定の実施形態では、サンプルを得、利用することができる被験体は、手、足、脊椎、膝、臀部及び/又は手首の変形性関節症である。
一態様では、当技術分野で公知の方法を用いて、胎児から軟骨サンプルを得る。胎児軟骨の軟骨細胞は、健常成人又は任意のステージの(軽度の、中程度の、顕著な、及び重篤な)変形性関節症と診断された個体由来の軟骨の軟骨細胞と比べて高レベルの代謝活性及び細胞分裂速度を有する。
一態様では、当技術分野で周知の方法に従って、被験体から滑液のサンプルを得る。例えば、関節穿刺を行うことができる。関節穿刺の間、滅菌針を使用して滑液を関節から取り出す。膝、肘、手首、指、臀部、脊椎又は他の任意の関節から、関節穿刺を用いて滑液を収集することができる。特定の実施形態では、変形性関節症に罹患した又は罹患したと疑われる関節から滑液を収集する。以下のいずれの発生ステージ又は疾患ステージの被験体からも滑液を得ることができる:胎児、正常、軽度の変形性関節症、中程度の変形性関節症、顕著な変形性関節症、又は重篤な変形性関節症。
本発明の一態様では、当技術分野で周知の方法に従って、被験体から血液のサンプルを得る。以下の発生ステージ又は疾患ステージ:胎児、正常、軽度の変形性関節症、中程度の変形性関節症、顕著な変形性関節症、又は重篤な変形性関節症のうちいずれかである被験体から、あるいは変形性関節症であるかどうか、又はあるステージの変形性関節症であるかどうかが分からない被験者から血液のサンプルを得ることができる。いくつかの実施形態では、被験体の皮膚に針で刺した単一の穴から1滴の血液を収集する。そのような実施形態では、針刺し穴から収集したこの1滴の血液が必要なすべてである。当業者に公知の技術、具体的には当技術分野で知られている静脈切開の方法を用いて、身体のどんな部分からも(例えば、指、手、手首、腕、下肢、足、足首、胃、及び首)被験体の血液を採取することができる。特定の実施形態では、被験体から静脈血を得、本発明の方法に従ってそれを使用する。他の実施形態では、動脈血を得、本発明の方法に従ってそれを使用する。静脈血の組成は、それが供給されている身体領域の代謝の必要に従って様々である。その一方で、動脈血の組成は、身体全体を通じて変わらない。日常的な血液の試験では、静脈血を一般に使用する。
本発明の一態様では、本発明のバイオマーカーのRNA産物を測定するために、個体からRNAを単離する。本明細書に記載のように、様々な疾患ステージ又は発生ステージの軟骨サンプルからRNAを単離する。サンプルは、単一の患者のものでもよく、あるいは複数の患者からプールしてもよい。
一実施形態では、本発明はバイオマーカー及びバイオマーカーの組み合わせを提供し、前記バイオマーカーの産物又は複数産物の発現レベルを測定することによって、変形性関節症の存在が示唆される。他の実施形態では、本発明はバイオマーカー及びバイオマーカーの組み合わせを提供し、前記バイオマーカーの産物又は複数産物の発現レベル測定を用いて、個体が変形性関節症の2つのステージのうちどちらであるかを診断することができる。さらに他の実施形態では、本発明はバイオマーカー及びバイオマーカーの組み合わせを提供し、前記バイオマーカーの産物又は複数産物の発現レベル測定を用いて、変形性関節症の他の任意のステージと比較して変形性関節症の特定のステージであると個体を診断することができる。
一実施形態では、本発明のバイオマーカーの組み合わせは、表1に示すバイオマーカーのうち2個、3個、4個、5個、6個、7個、8個、10個、15個、20個、30個、40個、又はすべての任意の組み合わせを含む。本発明の他の実施形態では、本発明のバイオマーカーの組み合わせは、図1の一覧から選択されるバイオマーカーの任意の組み合わせを含み、その産物の発現測定を用いて、個体が軽度の変形性関節症であるか、又は変形性関節症でないかを診断することができる。本発明の他の実施形態では、本発明のバイオマーカーの組み合わせは、図2の一覧から選択されるバイオマーカーの任意の組み合わせを含み、その産物の発現測定を用いて、個体が中程度の変形性関節症であるか、又は変形性関節症でないかの診断に使用することができる。本発明の他の実施形態では、本発明のバイオマーカーの組み合わせは、図3で選択されるバイオマーカーの任意の組み合わせを含み、その産物の発現測定を用いて、個体が中程度の変形性関節症であるか、又は軽度の変形性関節症であるかの診断に使用することができる。本発明の他の実施形態では、本発明のバイオマーカーの組み合わせは、図4の一覧から選択されるバイオマーカーの任意の組み合わせを含み、その産物の発現測定を用いて、個体が顕著な変形性関節症であるか、又は重篤な変形性関節症であるかを診断することができる。
m!/(n)!(m−n)!
を用いて、Feller, Intro to Probability Theory, Third Edition, volume 1, 1968, J. Wiley(編)に記載されている。
19! = 19x18x17x16x15x14x13x12x11x10x9x8x7x6x5x4x3x2x1
2!(19-2)! (2x1)(19x18x17x16x15x14x13x12x11x10x9x8x7x6x5x4x3x2x1)
=1.216 10 17 =171
7,11 1014
通りの一意的な2個の遺伝子の組み合わせが存在する。この2個の遺伝子の各組み合わせの遺伝子発現測定をそれぞれ独立して使用して、患者が変形性関節症であるかどうかを決定することができる。mが19であり、nが3である他の特定の実施形態では、19!/3!(19−3)!通りの一意的な3個の遺伝子の組み合わせが存在する。この一意的な3個の遺伝子の各組み合わせを、患者が変形性関節症であるかどうかを決定するモデルとして、それぞれ独立して使用することができる。
本発明のバイオマーカーの組み合わせはすべてOAの診断に有用であるが、本発明はさらに、(a)個体を変形性関節症であると診断すること、(b)変形性関節症(OA)の2つのステージを区別すること、及び(c)個体を変形性関節症(OA)の特定のステージであると診断することのそれぞれについて特に有用なバイオマーカーの組み合わせを選択する手段を提供する。本発明はさらに、上述した有用性のそれぞれについて同定された組み合わせを評価する方法を提供する。
いくつかの実施形態では、基準又は訓練用集団は、10〜30の被験体を含む。他の実施形態では、訓練用集団は30〜50の被験体を含む。さらに他の実施形態では、基準集団は、それぞれ50〜100、100〜500、500〜1000、又は1000を超える被験体を含む2以上の集団を含む。
例えば、変形性関節症である、又は変形性関節症でないと個体を診断するのに有用なそれらのバイオマーカーを同定するために、変形性関節症である個体の集団から、表1のバイオマーカーのmRNA産物すべての発現レベルを反映するデータを使用し、変形性関節症でない個体の第2の集団を使用する。変形性関節症である又は変形性関節症でないと集団を特徴付ける目的で、OAを診断する任意の旧来の方法を使用することができる。好ましい実施形態では、本明細書に記載のMarshallのスコア決定法を使用する。本発明の一実施形態では、変形性関節症であるとみなされる個体の集団は、軽度のOA、中程度のOA、顕著なOA、又は重篤なOAであるとスコア決定される任意の個体を含む。同様に、同様の方法に従って、OAでない個体の集団を選択する。好ましい実施形態では、訓練用セットに使用する2集団の表現形質は、OAの有無を除けば類似している。他の好ましい実施形態では、2集団は、少なくとも年齢、性別及びBMI(肥満度指数)が一致している。
本発明の一実施形態では、軽度の変形性関節症である、又は変形性関節症でないと個体を診断するのに有用なそれらのバイオマーカーの組み合わせを同定するために、軽度の変形性関節症であるとOAを診断する任意の旧来の方法によって特定された個体の集団、及び変形性関節症でない個体の第2の集団から得られた表1のバイオマーカーのmRNA産物すべての発現レベルを反映するデータを使用する。
本発明の一実施形態では、OAの任意の他のステージと比較して個体が軽度のOAであるかどうかを特定する際に有用なそれらのバイオマーカーの組み合わせを同定する(すなわち、個体のOAのステージについて診断するバイオマーカーを同定する)ために、軽度の変形性関節症であるとOAを診断する任意の旧来の方法によって特定された個体の集団、並びに中程度のOAである個体、顕著なOAである個体、重篤なOAである個体、及びOAでない個体の組み合わせである個体の第2の集団から得られた表1の各バイオマーカーのmRNA産物の発現レベルを反映するデータを使用する。好ましくは、両集団の個体は、年齢、性別及びBMIが一致している。
本発明の一実施形態では、OAの任意の他のステージと比較して個体が軽度のOAであるかどうかを特定する際に有用なそれらのバイオマーカーの組み合わせを同定するために、(a)軽度のOAである個体、(b)中程度のOAである個体、(c)顕著なOAである個体、(d)重篤なOAである個体の集団から得られた表1の各バイオマーカーの発現レベルを反映するデータを使用する。その集団は、OAを診断する任意の旧来の方法によって特定された個体から構成されるが、好ましくは、Marshallのスコア決定法(上記)を使用する。好ましくは、その集団の個体は、年齢、性別及びBMIが一致している。
いくつかの実施形態では、本発明で同定されるバイオマーカーのいくつかの又はすべての考えられる組み合わせの発現データは、回帰モデルで、好ましくはロジスティック回帰モデルで使用する。そのような回帰モデルから、バイオマーカーの考えられる各組み合わせについて1又はそれ以上の式が決定され、各式から、そのモデルによって表される各バイオマーカーの係数が得られる。
Y=α+β1X1+β2X2+...+βkXk+ε
と書くことができ、従属変数Yは、第1のサブグループに関連する生物学的特徴(例えば、変形性関節症の不在/存在/ステージ)の存在(Yが正のとき)又は不在(Yが負のとき)である。このモデルから、従属変数Yが、k個の説明変数(訓練用データセットにおける第1と第2のサブグループの被験体に由来するk個の選択遺伝子の特徴的な測定値)と、省略されている様々な不特定の因子を包含する誤差項に依存するといえる。上記に特定したモデルでは、パラメータβ1は、他の説明変数を一定にした状態で、従属変数Yに対する第1の説明変数X1の効果を測るものである。同様に、β2は、残りの説明変数を一定にした状態で、Yに対する説明変数X2の効果を与える。
ln[p/(1-p)]=α+β1X1+β2X2+...+βkXk+ε 又は
[p/(1-p)]=expαexpβ1X1expβ2X2×...×expβkXkexpε
と表すことができ、式中、
lnは自然対数logexpであり、exp=2.71828...であり、
pは、事象Yが起こる確率p(Y=1)であり、
p/(1−p)は「オッズ比」であり、
ln[p/(1−p)]は対数オッズ比又は「ロジット」であり、
このモデルの他の成分すべては、上述の一般的な回帰式と同じである。α及びεの項を同じ定数にすることができることが、当業者に理解されるであろう。実際、好ましい実施形態では、単数項を用いてα及びεを表す。「ロジスティック」分布は、S字形の分布関数である。ロジット分布によって、推定確率(p)は0と1の間にあるように制約される。
L=Prob(Y1* Y2*** Yn)
と書ける。尤度関数が高いと、サンプル中でYsが認められる確率が高くなる。MLEは、尤度関数の対数(LL<0)をできるだけ大きくし、又は尤度関数の対数の−2倍(−2LL)をできるだけ小さくする係数(α、β1、β2、...)を見出すものである。MLEでは、パラメータα、β1、β2、...について何らかの最初の推定を行う。次いで、このパラメータの推定値によって与えられるデータの尤度を計算する。パラメータの推定値を改善し、データの尤度を再計算する。パラメータの推定値が大して変化しなくなる(例えば、0.01又は0.001未満の確率の変化)まで、このプロセスを反復する。ロジスティック回帰及びロジスティックロジスティック回帰モデルの適合の例は、Hastie, The Elements of Statistical Learning, Springer, New York, 2001, pp. 95-100に認められ、この文献はその全体が本明細書に組み込まれる。
他の実施形態では、本発明の各バイオマーカーについて測定される発現を用いて、ニューラルネットワークを訓練することができる。ニューラルネットワークとは、2ステージの回帰又は分類モデルである。ニューラルネットワークは層化構造を有し、その構造は、出力単位の層に対する加重の層によってつながった入力単位(及び偏り)の層を含む。回帰では、出力単位の層は、通常出力単位を1個しか含まない。しかし、ニューラルネットワークは、均一な形で複数の量的反応を扱うことができる。したがって、ニューラルネットワークを適用して、2個を超える集団を区別するバイオマーカーを同定することができる。特定の一例では、表1のバイオマーカーの発現データを用いてニューラルネットワークを訓練して、変形性関節症の他の任意のステージと比較して変形性関節症のステージ(例えば軽度の変形性関節症)に特異的なバイオマーカーの組み合わせを同定することができ、この場合変形性関節症でないことを変形性関節症の一ステージとみなすことができる。その結果、訓練したニューラルネットワークを使用して、ステージ特異的バイオマーカーとして有用なバイオマーカーの組み合わせを直接同定することができる。いくつかの実施形態では、EasyNN−Plus version 4.0gソフトウェアパッケージ(Neural Planner Software Inc.)で認められる10ニューロン(10個の隠れ単位)からなる単一の隠れ層を含む誤差逆伝搬ニューラルネットワーク(例えば、Abdi, 1994, "A neural network primer", J. Biol System. 2, 247-283を参照)を使用する。
上述したパターン分類及び統計技術は、例えば、その全体が参照により本明細書に組み込まれるDuda and Hart, Pattern Classification and Scene Analysis, 1973, John Wiley & Sons, Inc., New Yorkの211〜256ページに記載されているクラスタリング;主成分分析(参照により本明細書に組み込まれるJolliffe, 1986, Principal Component Analysis, Springer, New Yorkを参照);最近傍分類分析(例えば、Duda, Pattern Classification, Second Edition, 2001, John Wiley & Sons, Inc; 及びHastie, 2001, The Elements of Statistical Learning, Springer, New Yorkを参照);線形識別分析(例えば、Duda, Pattern Classification, Second Edition, 2001, John Wiley & Sons, Inc; 及びHastie, 2001, The Elements of Statistical Learning, Springer, New York; Venables & Ripley, 1997, Modern Applied Statistics with s-plus, Springer, New Yorkを参照);サポートベクターマシン(例えば、参照により本明細書に組み込まれるCristianini and Shawe-Taylor, 2000, An Introduction to Support Vector Machines, Cambridge University Press, Cambridge、Boser et al., 1992, Proceedings of the 5th Annual ACM Workshop on Computational Learning Theoryの"A training algorithm for optimal margin classifiers, ACM Press, Pittsburgh, PA, p
p. 142-152; Vapnik, 1998, Statistical Learning Theory, Wiley, New Yorkを参照)などの、OAの分類のモデル構築に使用することができるモデルのタイプの例に過ぎない。
当業者に理解されているように、OA又はOAのステージの間で示差的に発現される1又はそれ以上のバイオマーカーの組み合わせを同定すると、個体におけるバイオマーカー(遺伝子)の産物の発現を測定することによって、OA及びOAのステージの診断が可能となる。
本発明は、OAを診断し、OAのステージを区別し、OAの特定のステージを診断する目的で、バイオマーカーの有用な組み合わせを同定することができることを教示するものである。本発明のバイオマーカーのRNA又はタンパク質産物を表すデータを本発明のモデルに入力し、その結果特に有用な組み合わせを同定する。その組み合わせを使用する診断上の目的は、本明細書に記載する入力用集団の表現形質に依存する。同定された組み合わせを、その組み合わせのRNA及びタンパク質産物の発現レベルを測定する旧来の技術とともに使用して、被験個体と対照集団の1名又は複数名の個体との間に発現パターンがあるかどうか(対照集団は、モデルに入力する集団によって定義される部分表現形質を有する部分集団を含み、対照集団を表すデータを含むことができる)を決定することができる。好ましい実施形態では、個体を診断するために作成されたモデルを使用して、例えば、その組み合わせを同定するために作成したモデルに入力する被験個体における本発明のバイオマーカーのRNA産物の発現レベルを測定することによって、そのモデルによって定義される診断を決定する。好ましい実施形態では、被験個体の診断に使用するものと同じ方法を使用して、数学的モデルの作成に使用する発現データを得る。
本発明は、個体をOAの特定のステージであると診断する目的で、バイオマーカーの有用な組み合わせを同定することができることを教示するものである。組み合わせを同定することによって、個体がOAの特定のステージと診断される(そのステージは、既知のステージ決定の方法に従ったどんなステージでもよく、Marshallのスコアによってステージが定義されるMarshallの方法の細分類を含む)。一実施形態では、(a)正常な、(b)軽度の、(c)中程度の、(d)顕著な、(e)重篤なステージを含む5ステージが存在する。特定のステージを診断する組み合わせが、例えば治療に応答して、個体のOAの重症度について進行したか又は退行したかを決定する際に有用であることが当業者に理解されるであろう。例えば、治療する前に、OAの特定のステージを診断するものとして同定された1又はそれ以上の組み合わせを用いて、個体をOAの特定のステージであると診断することができる。治療の後、OAの特定のステージを診断するものとして同定された1又はそれ以上の組み合わせを用いて、個体を再度診断することができる。治療する前にもはや個体についてそのステージを特定できない場合には、このことから、それ自体治療が有効であることが示唆される可能性がある。さらに、治療は、個体がより軽度のOAと目下で診断されるようなOAのステージの退行を導くこともあり、個体がより重篤なステージのOAと目下で診断されるように、治療によって疾患が進行することもある。したがって、OAの進行又は退行をモニターし、あるいは治療に対する応答をモニターするために、OAのステージの診断に特異的なものとして同定された1又はそれ以上の組み合わせは有用である。
当業者に理解されているように、本発明のバイオマーカーのRNA産物の発現を測定する手段として、本発明のサンプル中のRNA発現を測定する1又はそれ以上の方法と組み合わせて、以下のものを1種又は複数種使用することができる:すなわち、本発明のバイオマーカーの1又はそれ以上のRNA産物と特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、cDNA、DNA、RNA、PCR産物、合成DNA、合成RNA、又は天然に存在する修飾ヌクレオチドの他の組み合わせ。他の特定の実施形態では、本発明のバイオマーカーの1又はそれ以上のRNA産物と選択的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、cDNA、DNA、RNA、PCR産物、合成DNA、合成RNA、又は天然に存在する修飾ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドの他の組み合わせを使用する。好ましい実施形態では、本発明のバイオマーカーの1又はそれ以上のRNA産物と特異的にも選択的にもハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、cDNA、DNA、RNA、PCR産物、合成DNA、合成RNA、又は天然に存在する修飾ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドの他の組み合わせを使用する。
本発明のいくつかの実施形態では、本発明のバイオマーカーのRNA産物と特異的に及び/又は選択的にハイブリダイズすることができるポリヌクレオチドは、本発明で使用するアレイ上にスポットすることができる。一実施形態では、アレイは、表1で開示される本発明の各バイオマーカーの1又はそれ以上の産物とハイブリダイズすることができる10〜1000ヌクレオチド長の配列からなる。
対象の方法では、実質的に固体の支持体の表面と安定に結合した核酸メンバーのアレイを、相補的な核酸メンバー/標的の複合体のハイブリダイゼーションパターンが生じるのに十分なハイブリダイゼーション条件下で標的核酸を含むサンプルと接触させ、アレイ上の固有の位置にある1又はそれ以上の相補的な核酸メンバーが標的核酸と特異的にハイブリダイズする。ハイブリダイズする標的核酸の同一性は、アレイ上の核酸メンバーの位置を参照して決定することができる。
本発明において、アレイは、柔軟な又は強固な基板のどちらかを含む。柔軟な基板は、破損を起こさずに曲げ、折り畳み、又は同様に扱うことができる。本発明に関する柔軟な固相支持体である固体の材料の例には、膜、例えばナイロン膜、及び柔軟なプラスチックフィルムなどがある。「強固な」とは、支持体が固体であり、容易に曲がらない、すなわち支持体が柔軟でないことを意味する。したがって、対象のアレイの強固な基板は、アレイを使用するアッセイ条件下で、特に高処理能で取り扱う条件下で、その上に存在する結合した核酸に対する物理的な支持及び構造をもたらすのに十分である。
一態様では、本発明は、アレイを提供し、そのアレイを含む各核酸メンバーを固相支持体上にスポットする。
1又はそれ以上の標的核酸配列を含むサンプル中の多数の核酸についてアッセイを行うことができるハイスループット技術において、本発明に係る核酸アレイを使用することができる。本発明のアレイは、遺伝子発現分析、変形性関節症の診断及び変形性関節症の予後診断、治療に対する患者の応答のモニタリング、薬物スクリーニングなどを含めて、様々な用途での使用を見出すものである。
本発明において、アレイの標的は、好ましくはヒト軟骨、血液又は滑液に由来するものである。
標的又はプローブのどちらかを標識することができる。
核酸のハイブリダイゼーションでは、プローブ又は標的核酸メンバー及びその相補的な標的が、相補的な塩基対合により安定なハイブリッド二重鎖を形成することができる条件下で、変性プローブ又は標的核酸メンバー及び標的核酸を供給する。次いで、ハイブリッド二重鎖を形成しない核酸は洗浄によって除去され、通常は、結合している検出可能な標識の検出によって、残っているハイブリダイズした核酸を検出する。核酸が、核酸を含むバッファーの温度の上昇又は塩濃度の低下によって変性することが一般に認められている。低ストリンジェンシー条件(例えば、低温及び/又は高塩)下では、ハイブリッド二重鎖(例えば、DNA:DNA、RNA:RNA、又はRNA:DNA)は、アニールした配列が完全に相補的でない場合でも形成する。したがって、ハイブリダイゼーションの特異性は、低ストリンジェンシー条件で低下する。逆に、高ストリンジェンシー条件(例えば、高温又は低塩)では、ハイブリダイゼーションの成功にはミスマッチがより少ないことが必要である。
ハイブリダイゼーション及び(複数の)洗浄ステップ及び/又はその後の処理の後、上述のように、得られたハイブリダイゼーションパターンを検出する。ハイブリダイゼーションパターンを検出し又は可視化する際に、その標識の強度又はシグナル値を検出するだけでなく定量化し、このことは、ハイブリダイゼーションの各スポットからのシグナルを測定し、既知の数の末端標識核酸が発するシグナルに対応する単位値と比較して、ハイブリダイゼーションパターンにおいて、アレイ上の特定のスポットとハイブリダイズする各末端標識標的の数又はコピー数の絶対値を得ることを意味する。
本発明の態様では、逆転写(RT)をポリメラーゼ連鎖反応(PCR)と組み合わせて用いて、サンプルからバイオマーカーのRNA産物を増幅することによって本発明のバイオマーカーのRNA産物の発現レベルを測定することができる。本明細書の一実施形態によれば、当業者に理解されているようにRTは定量的である可能性がある。
本発明の他の実施形態では、ヌクレアーゼ保護アッセイ(リボヌクレアーゼ保護アッセイとS1ヌクレアーゼアッセイの両方を含む)を使用して、本発明のバイオマーカーのRNA産物を検出し定量することができる。ヌクレアーゼ保護アッセイでは、アンチセンスプローブ(例えば、放射標識又は非同位体で標識されている)を、溶液中でRNAサンプルとハイブリダイズさせる。ハイブリダイゼーション後、一本鎖である、ハイブリダイズしなかったプローブ及びRNAをヌクレアーゼにより分解する。アクリルアミドゲルを使用して、残っている保護された断片を分離する。通常、溶液でのハイブリダイゼーションは、膜に基づくハイブリダイゼーションより効率がよく、ブロットでのハイブリダイゼーションが最大でサンプルRNA20〜30μgであるのと比べて、それは最大でサンプルRNA100μgまで適応できる。
当業者に知られている従来のノーザンハイブリダイゼーション技術に従って、標準的なノーザンブロットアッセイを使用して、RNA転写産物のサイズを確認し、選択的スプライシングによるRNA転写産物、及び本発明のバイオマーカーのRNA産物の相対量を同定することもできる。ノーザンブロットでは、変性条件下のアガロースゲルでの電気泳動により、RNAサンプルをサイズで最初に分離する。次いで、RNAを膜に移し、架橋し、標識プローブとハイブリダイズさせる。ランダムプライム法、ニックトランスレーション法又はPCRにより得られるDNAプローブ、in vitro転写RNAプローブ、及びオリゴヌクレオチドを含めて、非同位体の又は高比活性放射標識プローブを使用することができる。さらに、部分的な相同性しか有さない配列(例えば、異なる種由来のcDNA、又はエキソンを含む可能性があるゲノムDNA断片)をプローブとして使用することができる。標識プローブ、例えば、完全長の一本鎖DNA又はそのDNA配列の断片を含む放射標識cDNAは、長さが少なくとも20個、少なくとも30個、少なくとも50個、又は少なくとも100個の連続したヌクレオチドでもよい。当業者に知られている多数の様々な方法のいずれかによって、プローブを標識することができる。これらの研究で最も一般に使用される標識は、放射性元素、酵素、紫外光にさらしたとき蛍光を発する化学物質他である。いくつかの蛍光物質が知られ、それを標識として利用することができる。これには、それだけに限らないが、フルオレセイン、ローダミン、オーラミン、テキサスレッド、AMCAブルー、及びルシファーイエローがある。特定の検出物質は、ヤギで作製され、イソチオシアネートを介してフルオレセインと結合した抗ウサギ抗体である。放射性元素で又は酵素でタンパク質を標識することもできる。現在利用されている計数の手順のいずれかによって放射活性標識を検出することができる。同位体の非限定的な例には、3H、14C、32P、35S、36Cl、51Cr、57Co、58Co、59Fe、90Y、125I、131I、及び186Reがある。酵素標識も同様に有用であり、現在利用されている比色定量、分光光度測定、蛍光分光光度測定、電流測定又は気体定量の技術のいずれかによって検出することができる。カルボジイミド、ジイソシアネート、グルタルアルデヒドなどの架橋分子との反応によって、選択した粒子と酵素を結合する。当業者に知られているどんな酵素も利用することができる。そのような酵素の例には、それだけに限らないが、ペルオキシダーゼ、β−D−ガラクトシダーゼ、ウレアーゼ、グルコースオキシダーゼ+ペルオキシダーゼ、及びアルカリホスファターゼがある。米国特許第3,654,090号、第3,850,752号、及び第4,016,043号は、一例として、代替の標識物質及び方法の開示について言及している。
タンパク質産物
標準的な技術を利用して、サンプル中に存在する対象のタンパク質又はタンパク質群の量を決定することもできる。例えばウェスタンブロット、免疫沈降後のドデシル硫酸ナトリウムポリアクリルアミドゲル電気泳動(SDS−PAGE)、免疫細胞化学分析などの例えばイムノアッセイを用いて、例えば標準的な技術を使用してサンプル中に存在する対象のタンパク質又はタンパク質群の量を決定することができる。対象とするタンパク質の検出に好ましい作用物質は、対象とするタンパク質と結合することができる抗体であり、好ましくは、検出可能な標識の付いた抗体である。
本発明のバイオマーカーのタンパク質産物と特異的に及び/又は選択的に結合するポリペプチドを、タンパク質アレイ上に固定化することができる。タンパク質アレイを診断の道具として使用して、例えば、本発明のバイオマーカーのポリペプチドタンパク質産物が存在するかどうか、医学的なサンプル(単離細胞、血液、滑液、血清、生検材料など)をスクリーニングすることができる。タンパク質アレイはまた、例えば本発明のバイオマーカーによってコードされるポリペプチドと結合する、抗体並びに他のリガンドをも含む可能性がある。
標準的な組換え核酸の方法を使用して、本発明のポリペプチド又は抗体(例えば、本発明のバイオマーカーのタンパク質産物)を発現させることができる。一般に、ポリペプチドをコードする核酸配列を核酸発現ベクター中にクローン化する。もちろん、タンパク質が複数のポリペプチド鎖を含む場合、発現ベクター中に、例えば同じ又は異なる細胞中で発現する同じ又は異なるベクター中に各鎖をクローン化しなければならない。タンパク質が十分に小さい、すなわちタンパク質が50アミノ酸未満のペプチドである場合、自動化された有機合成の方法を用いてタンパク質を合成することができる。本発明のバイオマーカーの5’領域、3’領域又は内部コード領域を含むポリペプチドを、本発明のバイオマーカーの5’領域、3’領域又は内部コード領域に対応するヌクレオチド配列しか含まない核酸発現ベクターから発現させる。本発明のバイオマーカーのタンパク質産物、あるいは本発明のバイオマーカーの5’領域、3’領域又は内部コード領域によってコードされるポリペプチドに対する抗体を産生する方法を提供する。
5.20.1 バイオマーカーの発現又は活性をモジュレートする化合物を同定する方法
本発明は、本発明のバイオマーカーの産物と結合する化合物を同定する方法を提供する。本発明はまた、本発明のバイオマーカーの産物の発現及び/又は活性をモジュレートする化合物を同定する方法をも提供する。そのような方法によって同定された化合物は、変形性関節症を研究するための1又はそれ以上の動物モデルの開発に有用である。さらに、そのような方法によって同定された化合物は、変形性関節症又はその症状の予防、治療、管理及び/又は改善のための予防及び治療用の組成物の開発におけるリード化合物として有用である。そのような方法は、in vivoでの潜在的な予防薬及び治療薬の試験に関する労力及び多大な費用を、本明細書に記載のin vitro及びex vivoの方法によって同定された化合物に効率よく集中させる点で特に有用である。
特定の実施形態において、本明細書に記載の方法において用いる細胞は、軟骨細胞、リンパ球(T又はBリンパ球)、単球、好中球、マクロファージ、好酸球、好塩基球、赤血球又は血小板である。好ましい実施形態において、本明細書に記載の方法において用いる細胞は軟骨細胞である。別の好ましい実施形態において、本明細書に記載の方法において用いる細胞はリンパ球である。別の実施形態において、本明細書に記載の方法において用いる細胞は、供与源、例えば組織から誘導された不死化細胞系である。
変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善する能力について試験対象の化合物(簡便性のため、本明細書中「リード」化合物という)の同定に際しては、化合物をさらに研究してもよい。例えば、本発明の方法により同定される化合物は、炎症、好ましくは関節炎、より好ましくは変形性関節症の認可された動物モデルにおいて、in vivoで試験してもよい。さらに、本方法により同定される化合物は、それらの特異性に関して分析してもよい。特に、化合物は、軟骨細胞によるII型コラーゲン及びプロテオグリカンの生成に対する影響について試験しうる。そのようなさらなる化合物の研究のための技術は当業者に周知である。
化合物は、ヒトにおける使用の前に、好適な動物モデル系において試験しうる。そのような動物モデル系としては、限定されるものではないが、ラット、マウス、ニワトリ、ウシ、サル、ブタ、イヌ、ウサギなどが挙げられる。当技術分野で周知の任意の動物系を用いることができる。特定の実施形態において、化合物はマウスモデルにおいて試験する。化合物は、反復投与してもよい。
本発明によって同定される化合物の毒性及び/又は有効性は、たとえばLD50(集団の50%に致死的な用量)及びED50(集団の50%に治療上有効な用量)を決定するための、細胞培養物又は実験動物での標準的な薬学的手法によって決定することができる。本発明により同定される化合物の細胞毒性を評価するために用いることができる細胞及び細胞系としては、限定されるものではないが、末梢血単核細胞(PBMC)、Caco−2細胞、及びHuh7細胞が挙げられる。毒性と治療効果との用量比が治療指数であり、LD50/ED50の比として表すことができる。本発明によって同定される化合物で、高い治療指数を示すものが好ましい。本発明によって同定される化合物で毒性の副作用を示すものを使用してもよいが、未感染細胞の潜在的な損傷を最小限にし、したがって副作用を低減するために、罹患組織の部位をこのような薬剤の標的とさせる送達系を設計するよう注意すべきである。
所望の生物学的活性を示す化合物は、有用な薬理学的活性を有する同属種又は類似体を開発又は設計するためのリード化合物として使用することができる。たとえば、リード化合物を同定したあと、分子モデリング技術を用いて、より有効であり得る該化合物の変種を設計することができる。分子モデリングシステムの例はCHARM及びQUANTAプログラムである(Polygen Corporation、Waltham、MA)。CHARMは、エネルギー最小化及び分子力学機能を行う。QUANTAは分子構造の構築、グラフィックモデリング及び分析を行う。QUANTAにより、分子の互いに対する挙動のインタラクティブな構築、修飾、可視化、及び分析が可能となる。
本明細書に記載の方法により試験し、同定することができる化合物としては、限定されるものではないが、任意の市販供給源、例えばAldrich(1001 West St. Paul Ave., Milwaukee,WI 53233)、Sigma Chemical(P. O. Box 14508, St. Louis, MO 63178)、Fluka Chemie AG(Industriestrasse 25, CH- 9471 Buchs, Switzerland(Fluka Chemical Corp. 980 South 2nd Street, Ronkonkoma, NY 11779))、Eastman Chemical Company, Fine Chemicals(P.O Box 431, Kingsport, TN 37662)、 Boehringer Mannheim GmbH(Sandhofer Strasse 116, D-68298 Mannheim)、Takasago(4 Volvo Drive, Rockleigh, NJ 07647)、SST Corporation(635 Brighton Road, Clifton, NJ 07012)、Ferro(111 West Irene Road, Zachary, LA70791)、Riedel-deHaen Aktiengesellschaft(P. O. Box D-30918, Seelze, Germany)、PPG IndustriesInc., Fine Chemicals(One PPG Place, 34th Floor, Pittsburgh, PA 15272)などから得られる化合物が挙げられる。さらに、本発明の方法を用いて、任意の種の天然産物、例えば微生物、真菌、植物又は動物抽出物などをスクリーニングしてもよい。
本発明は、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善する方法であって、その必要のある被験体に、本発明の方法に従って同定される1以上の化合物を投与することを含む方法を提供する。特定の実施形態において、被験体は、軽度、中程度、顕著又は重篤な変形性関節症を有する。好ましい実施形態において、被験体はヒトである。
本発明の方法に従って、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理及び/又は改善するために用いることができる化合物の代表的な非限定的な例を以下に詳細に記載する。
アンチセンス分子の代表的な非限定的な例には、表6に例示したものが含まれる。
一実施形態において、本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーのタンパク質産物の1又はそれ以上に特異的に結合する抗体は、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善するために、被験体、好ましくはヒトに投与する。別の実施形態において、本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーのタンパク質産物の1又はそれ以上に特異的に結合する抗体の任意の組み合わせは、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善するために、被験体、好ましくはヒトに投与する。特定の実施形態において、本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーのタンパク質産物の1又はそれ以上に特異的に結合する1又はそれ以上の抗体は、他の種類の治療(例えばNSAIDS)と組み合わせて、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善するために、被験体、好ましくはヒトに投与する。特定の実施形態において、本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーのタンパク質産物の1又はそれ以上と特異的に結合する、当技術分野で公知の抗体は、他の種類の治療(例えばNSAIDS)と組み合わせて、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善するために、被験体、好ましくはヒトに投与する。他の実施形態において、本発明の1又はそれ以上のバイオマーカーのタンパク質産物の1又はそれ以上と特異的に結合する、当技術分野で公知の抗体は、他の種類の治療(例えばNSAIDS)と組み合わせて、変形性関節症又はその症候を予防、治療、管理又は改善するために、被験体、好ましくはヒトに投与しない。
れた方法が挙げられ、これらはそれぞれ参照によりその全文が本明細書に組み入れられる。
Fcドメインを含む抗体に関しては、抗体作製系、好ましくはFc領域がグリコシル化されている抗体を合成する。例えば、IgG分子のFcドメインは、CH2ドメインのアスパラギン297でグリコシル化される。このアスパラギンは、二分岐型オリゴ糖による修飾部位である。このグリコシル化は、Fcγ受容体及び補体Clqにより媒介されるエフェクター機能に必要であることが証明されている(Burton and Woof, 1992, Adv. Immunol. 51: 1-84 ; Jefferis et al., 1998, Immunol. Rev. 163: 59-76)。好ましい実施形態において、Fcドメインは、アスパラギン297に対応する残基を適当にグリコシル化する哺乳動物発現系において生成する。Fcドメインはまた、真核生物翻訳後修飾を含んでもよい。
遺伝子治療とは、発現された又は発現可能な核酸の被験体への投与により実施される治療を意味する。当技術分野で利用可能な遺伝子治療の方法のいずれをも本発明に従って用いることができる。その方法の例を以下に説明する。
抗炎症薬は、変形性関節症の治療、管理及び改善に成功を収め、現在では一般的で、そのような障害の標準的治療となっている。当業者に周知のいかなる抗炎症薬をも本発明の組成物及び方法に用いることができる。抗炎症薬の例には、限定されるものではないが、非ステロイド性抗炎症薬(NSAID)、ステロイド性抗炎症薬、βアゴニスト、抗コリン作動薬及びメチルキサンチンが挙げられる。NSAIDの例には、アスピリン、イブプロフェン、セレコキシブ(CELEBREXTM)、ジクロフェナク(VOLTARENTM)、エトドラク(LODINETM)、フェノプロン(NALFONTM)、インドメタシン(INDOCINTM)、ケトロラク(TORADOLTM)、オキサプロジン(DAYPROTM)、ナブメトン(RELAFENTM)、スリンダク(CLINORILTM)、トルメチン(TOLECTINTM)、ロフェコキシブ(VIOXXTM)、ナプロキセン(ALEVETM、NAPROSYNTM)、ケトプロフェン(ACTRONTM)、及びナブメトン(RELAFENTM)が含まれるが、これらに限定されるものではない。そのようなNSAIDは、シクロオキシゲナーゼ酵素(例えば、COX−1及び/又はCOX−2)を阻害することによって機能する。ステロイド性抗炎症薬の例には、グルココルチコイド、デキサメサゾン(DECADRONTM)、コルチゾン、ヒドロコルチゾン、プレドニソン(DELTASONETM)、プレドニソロン、トリアムシノロン、アザルフィジン、及びエイコサノイド(例えば、プロスタグランジン、トロンボキサン、及びロイコトリエンが含まれるが、これらに限定されるものではない。
本発明の方法を用いて同定される、生物学的に活性な化合物又は薬学的に許容されるその塩を、変形性関節症に罹患している患者、好ましくは哺乳動物、より好ましくはヒトに投与することができる。具体的な実施形態では、化合物又は薬学的に許容されるその塩を、患者、好ましくは哺乳動物、より好ましくは変形性関節症の次のステージ、すなわち軽度、中程度、顕著又は重篤のステージに罹患したヒトに投与する。別の実施形態において、化合物又は薬学的に許容されるその塩は、患者、好ましくは哺乳動物、好ましくはヒトに、変形性関節症に対する予防措置として投与する。これらの実施形態においては、患者は、子供、成人又は高齢者のいずれでもよく、「子供」は24ヶ月齢から10歳の年齢の被験者、「成人」は18歳以上の被験者、そして「高齢者」は65歳以上の被験者である。
本発明は、本発明のバイオマーカーの少なくとも1種、少なくとも2種、少なくとも3種、少なくとも4種、少なくとも5種、少なくとも6種、少なくとも7種、少なくとも8種、少なくとも9種、少なくとも10種、少なくとも15種、少なくとも20種、少なくとも25種、少なくとも30種、少なくとも35種、少なくとも40種、少なくとも45種、少なくとも50種、全種又は任意の組み合わせのタンパク質及びRNA産物の発現を測定するキットを提供する。そのようなキットは、そのようなタンパク質及びRNA産物の発現を測定するのに必要な材料及び試薬を含む。特定の実施形態では、キットはさらに、(1)血液、軟骨細胞又は滑液からRNAを精製するための試薬;(2)試験核酸を生成するためのプライマー;(3)dNTP及び/又はrNTP(予め混合したもの又は別々のもの)、場合によっては一意的に標識された1又はそれ以上のdNTP及び/又はrNTP(例えば、ビオチン化したあるいはCy3又はCy5タグの付いたdNTP);(4)蛍光色素の化学的に活性な誘導体などの合成後標識試薬;(5)逆転写酵素、DNAポリメラーゼなどの酵素;(6)種々のバッファー、例えばハイブリダイゼーションバッファー及び洗浄バッファー;(7)標識プローブ精製試薬、及びスピンカラムのような構成品など;(8)タンパク質精製試薬;(9)シグナル発生及び検出試薬、例えばストレプトアビジン−アルカリホスファターゼ結合体、化学蛍光基質又は化学発光基質など、種々の方法で使用する1又はそれ以上のさらなる試薬を含んでよい。特定の実施形態では、キットは、対照として使用する、サンプル(例えば、血液又は軟骨細胞又は滑液)から単離した、予め標識され品質管理されたタンパク質及び/又はRNAを含む。
本発明の一態様に係るアレイを以下のように構築した。
全血から
微小遠心管中で全血100μlを得、4℃、2,000rpm(800g)で5分間遠心し、上清を除去する。TRIzol(登録商標)(GIBCO/BRL)を用いて、元の血液サンプル10μl毎にTRIzol(登録商標)約6μlの割合で、ペレットにした細胞をホモジナイズし、十分にボルテックスをかける。サンプルを室温で5分間放置する。TRIzol(登録商標)10μl当たりクロロホルム12μlを用いてRNAを抽出する。サンプルを4℃、12,000×gで5分間遠心分離し、上層を収集する。上層に、TRIzol(登録商標)10μl当たり5μlの割合でイソプロパノールを加える。−20℃で一晩、又は20℃で1時間サンプルを放置する。既知の方法に従ってRNAをペレットにし、RNAペレットを空気乾燥させ、ペレットをDEPC処理ddH2O中に再懸濁させる。RNAサンプルは、サンプルが室温で輸送に安定である75%エタノール中で貯蔵することもできる。
バキュテイナー(Vacutainer)中で全血10mlを得、4℃、2,000rpm(800g)で5分間遠心し、血漿層を除去する。溶解バッファー3部に対して血液1部の割合で溶解バッファーを血液サンプルに加える(溶解バッファー(1L)、EDTA 0.6g、KHCO2 1.0g、NH4Cl 8.2g、pH7.4に調整(NaOHを使用))。サンプルを混合し、透明になるまで5〜10分間氷上に置く。溶解したサンプルを4℃、1000rpmで10分間遠心分離し、上清を吸引する。ペレットを溶解バッファー5ml中に再懸濁させ、再度4℃、1000rpmで10分間遠心分離する。TRIzol(登録商標)(GIBCO/BRL)を用いて、元の血液サンプル10ml毎にTRIzol(登録商標)約6mlの割合で、ペレットにした細胞をホモジナイズし、十分にボルテックスをかける。サンプルを室温で5分間放置する。TRIzol(登録商標)1ml当たりクロロホルム1.2mlを用いてRNAを抽出する。サンプルを4℃、12,000×gで5分間遠心分離し、上層を収集する。上層に、TRIzol(登録商標)1ml当たり0.5mlの割合でイソプロパノールを加える。−20℃で一晩、又は20℃で1時間サンプルを放置する。既知の方法に従ってRNAをペレットにし、RNAペレットを空気乾燥させ、ペレットをDEPC処理ddH2O中に再懸濁させる。RNAサンプルは、サンプルが室温で輸送に安定である75%エタノール中で貯蔵することもできる。
バキュテイナー(Vacutainer)中で全血10mlを得、4℃、2,000rpm(800g)で5分間遠心し、血漿層を除去する。TRIzol(登録商標)(GIBCO/BRL)を用いて、元の血液サンプル10ml毎にTRIzol(登録商標)約6mlの割合で、ペレットにした細胞をホモジナイズし、十分にボルテックスをかける。サンプルを室温で5分間放置する。TRIzol(登録商標)1ml当たりクロロホルム1.2mlを用いてRNAを抽出する。サンプルを4℃、12,000×gで5分間遠心分離し、上層を収集する。上層に、TRIzol(登録商標)1ml当たり0.5mlの割合でイソプロパノールを加える。−20℃で一晩、又は20℃で1時間サンプルを放置する。既知の方法に従ってRNAをペレットにし、RNAペレットを空気乾燥させ、ペレットをDEPC処理ddH2O中に再懸濁させる。RNAサンプルは、サンプルが室温で輸送に安定である75%エタノール中で貯蔵することもできる。
mRNAからの蛍光DNAプローブの調製
本発明のアレイを用いた分析用にRNAの蛍光標識標的核酸サンプルを調製する。
100℃で2分間加熱することによって標識核酸を変性させ、37℃で20〜30分間インキュベートした後、核酸アレイ上、22mm×22mmカバーガラスの下に入れる。3×SSCの小さな貯蔵器により湿度が維持される特注のスライドチャンバー中で、ハイブリダイゼーションを65℃で14〜18時間実施する。0.1%SDSを含む2×SSCで2〜5分間、その後1×SSC及び0.1×SSC中に浸水させ撹拌することによってアレイを洗浄する。最後に、650RPMで2分間、マイクロプラスキャリアー(Microplus carrier)中のBeckman GS−6卓上遠心分離機で、スライドラックに入れて2分間遠心分離を行うことによってアレイを乾燥させる。
表1及び図1〜4で開示されている遺伝子に対して、Qiagen製のSYBR(登録商標)グリーンキット(Product Number 204143)を用いてリアルタイムRT PCRを行った。図1〜4で同定された遺伝子の1つに関する実験結果の例を図5に示す。
Qiagen製のQuantiTectTMProbe RT−PCRシステム(Product Number 204343)を、目的の遺伝子に対応するTaqMan(登録商標)二重標識プローブ及びプライマーと組み合わせて用いて、定量リアルタイムRT PCRも行った。TaqMan(登録商標)プローブ及びプライマーは、Applied Biosystems Assays−On−DemandTMに注文することができる。
正常と、あるいは軽度のOA、中程度のOA、顕著なOA又は重篤なOAと分類された個体から単離した血液サンプルに対するリアルタイムPCR分析結果を、バイオマーカーとして開示された遺伝子の有用性を確認するために、既知の方法を用いて統計的に分析した。
本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、健常な患者から得られた血液サンプルと比較した、OA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって変形性関節症が診断されることを実証するものである。
本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、健常な患者から得られた血液サンプルと比較した、中程度のOA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって中程度の変形性関節症が診断されることを実証するものである。
本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、中程度のOA患者から得られた血液サンプルと比較した、顕著なOA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって顕著な変形性関節症が診断されることを実証するものである。
本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、顕著なOA患者から得られた血液サンプルと比較した、重篤なOA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって重篤な変形性関節症が診断されることを実証するものである。
本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、健常な患者から得られた血液サンプルと比較した、OA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって変形性関節症が診断されることを実証するものである。
本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、健常な患者から得られた血液サンプルと比較した、OA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって変形性関節症が診断されることを実証するものである。
本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、健常な患者から得られた血液サンプルと比較した、OA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって変形性関節症が診断されることを実証するものである。
本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、健常な患者から得られた血液サンプルと比較した、OA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって変形性関節症が診断されることを実証するものである。
本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、健常な患者から得られた血液サンプルと比較した、OA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって中程度の変形性関節症が診断されることを実証するものである。
本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、中程度のOA患者から得られた血液サンプルと比較した、顕著なOA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって顕著な変形性関節症が診断されることを実証するものである。
本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、顕著なOA患者から得られた血液サンプルと比較した、重篤なOA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって重篤な変形性関節症が診断されることを実証するものである。
本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、健常な患者から得られた血液サンプルと比較した、OA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって変形性関節症が診断されることを実証するものである。
本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、健常な患者から得られた血液サンプルと比較した、OA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって変形性関節症が診断されることを実証するものである。
本実施例は、特許請求に記載の本発明を使用して、健常な患者から得られた血液サンプルと比較した、OA患者から得られた血液サンプル中の示差的な遺伝子発現を検出することによって変形性関節症が診断されることを実証するものである。
Marshallのシステム(上記)を用いて分類された軽度な変形性関節症患者259名、及び正常被験者82名の血液サンプルからRNAを単離した。実施例4の表4で開示されているプライマーを使用して、表2で開示されているRNA産物の集団の発現レベルに対応するデータを得た。9種のバイオマーカー(EGR1、G2AN、HSPCA、IKBKAP、IL13RA1、LAMC1、MAFB、PF4、TNFAIP6)のQRT−PCRから生じるΔCt値からなる基準のデータセットを、ロジスティック回帰への入力に利用して、この9種の候補バイオマーカーのΔCt値の様々な組み合わせの診断可能性を判定した。29−1=511通りの考えられるバイオマーカーの組み合わせのうち、254通りの組み合わせが、最大尤度のロジスティック回帰でうまく動作し、「対照」に対して「軽度の変形性関節症」が有意に区別された(ROC面積>0.5)。わずか3種のバイオマーカーの組み合わせでも、ROC面積>0.85となったことは注目に値する。下記の表9に、固定した数の遺伝子で最大のROC面積が得られる1種、2種、3種、4種、5種、6種、7種又は8種のバイオマーカーの組み合わせに関するロジスティック回帰パラメータを示す。
当業者であれば、本明細書に記載した本発明の具体的な実施形態に対する多くの均等物を理解し、通常の実験の範囲内でそれを確認することができる。そのような均等物は、特許請求の範囲により包含されることを意図する。
Claims (13)
- 少なくとも2つのバイオマーカーのタンパク質産物に選択的に結合する2又はそれ以上の単離されたタンパク質の収集物を含む組成物であって、該バイオマーカーが、図1に示される、β−2−ミクログロブリン、αグルコシダーゼIIαサブユニット、インターロイキン13受容体α1、B細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビター キナーゼ複合体関連タンパク質、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、Nedd−4様ユビキチンタンパク質リガーゼ、B細胞CLL/リンパ腫6、補体成分1q副成分 受容体1、サイクリンC、6番染色体オープンリーディングフレーム151、熱ショック90kDaタンパク質1α、ラミニンγ1及びPABP相互作用タンパク質、インターフェロン調節因子1、核内受容体活性化補助因子1、ホモ・サピエンス細胞内塩素チャネル4、ATP結合カセット サブファミリーA(ABC1) メンバー1(ABCA1)、並びにATP結合カセット サブファミリーG(WHITE) メンバー1の遺伝子からなる群より選択される、上記組成物。
- 少なくとも2つのバイオマーカーのRNA産物に選択的に結合する2又はそれ以上の単離されたポリヌクレオチドの収集物を含む組成物であって、該バイオマーカーが、図1に示される、β−2−ミクログロブリン、αグルコシダーゼIIαサブユニット、インターロイキン13受容体α1、B細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビター キナーゼ複合体関連タンパク質、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、Nedd−4様ユビキチンタンパク質リガーゼ、B細胞CLL/リンパ腫6、補体成分1q副成分 受容体1、サイクリンC、6番染色体オープンリーディングフレーム151、熱ショック90kDaタンパク質1α、ラミニンγ1及びPABP相互作用タンパク質、インターフェロン調節因子1、核内受容体活性化補助因子1、ホモ・サピエンス細胞内塩素チャネル4、ATP結合カセット サブファミリーA(ABC1) メンバー1(ABCA1)、並びにATP結合カセット サブファミリーG(WHITE) メンバー1の遺伝子からなる群より選択される、上記組成物。
- 少なくとも2つのバイオマーカーのタンパク質産物に選択的に結合する2又はそれ以上の単離されたタンパク質の収集物を含む組成物であって、該バイオマーカーが、図2に示される、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、αグルコシダーゼIIαサブユニット及びB細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビター キナーゼ複合体関連タンパク質の遺伝子からなる群より選択される、上記組成物。
- 少なくとも2つのバイオマーカーのRNA産物に選択的に結合する2又はそれ以上の単離されたポリヌクレオチドの収集物を含む組成物であって、該バイオマーカーが、図2に示される、腫瘍壊死因子α誘導型タンパク質6、WD反復ドメイン9、αグルコシダーゼIIαサブユニット及びB細胞におけるκ軽鎖ポリペプチド遺伝子エンハンサーのインヒビター キナーゼ複合体関連タンパク質の遺伝子からなる群より選択される、上記組成物。
- バイオマーカーのタンパク質産物に選択的に結合する単離されたタンパク質の収集物を含む組成物であって、該バイオマーカーが、図3に示される、ジンクフィンガーRNA結合タンパク質及びWD反復ドメイン9の遺伝子である、上記組成物。
- バイオマーカーのRNA産物に選択的に結合する単離されたポリヌクレオチドの収集物を含む組成物であって、該バイオマーカーが、図3に示される、ジンクフィンガーRNA結合タンパク質及びWD反復ドメイン9の遺伝子である、上記組成物。
- 少なくとも2つのバイオマーカーのタンパク質産物に選択的に結合する2又はそれ以上の単離されたタンパク質の収集物を含む組成物であって、該バイオマーカーが、図4に示される、Period1(Drosophila)、EBNA1結合タンパク質2、6番染色体 オープンリーディングフレーム151及びラミニンγ1の遺伝子からなる群より選択される、上記組成物。
- 少なくとも2つのバイオマーカーのRNA産物に選択的に結合する2又はそれ以上の単離されたポリヌクレオチドの収集物を含む組成物であって、該バイオマーカーが、図4に示される、Period1(Drosophila)、EBNA1結合タンパク質2、6番染色体 オープンリーディングフレーム151及びラミニンγ1の遺伝子からなる群より選択される、上記組成物。
- 単離されたタンパク質がリガンドである、請求項1、3、5又は7記載の組成物。
- リガンドが抗体である、請求項1、3、5又は7記載の組成物。
- 抗体がモノクローナル抗体である、請求項10記載の組成物。
- 単離されたポリヌクレオチドが一本鎖又は二本鎖RNAである、請求項2、4、6又は8記載の組成物。
- 単離されたポリヌクレオチドが一本鎖又は二本鎖DNAである、請求項2、4、6又は8記載の組成物。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US49360703P | 2003-08-08 | 2003-08-08 | |
US51682303P | 2003-11-03 | 2003-11-03 | |
PCT/US2004/025826 WO2005014795A2 (en) | 2003-08-08 | 2004-08-09 | Osteoarthritis biomarkers and uses thereof |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2011184206A Division JP2012040008A (ja) | 2003-08-08 | 2011-08-26 | 変形性関節症のバイオマーカー及びその使用 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2007511738A true JP2007511738A (ja) | 2007-05-10 |
Family
ID=34138757
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2006522802A Pending JP2007511738A (ja) | 2003-08-08 | 2004-08-09 | 変形性関節症のバイオマーカー及びその使用 |
JP2011184206A Pending JP2012040008A (ja) | 2003-08-08 | 2011-08-26 | 変形性関節症のバイオマーカー及びその使用 |
Family Applications After (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2011184206A Pending JP2012040008A (ja) | 2003-08-08 | 2011-08-26 | 変形性関節症のバイオマーカー及びその使用 |
Country Status (6)
Country | Link |
---|---|
US (3) | US20050221383A1 (ja) |
EP (2) | EP1668111A4 (ja) |
JP (2) | JP2007511738A (ja) |
AU (1) | AU2004263896A1 (ja) |
CA (1) | CA2534661A1 (ja) |
WO (1) | WO2005014795A2 (ja) |
Families Citing this family (14)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP5265923B2 (ja) * | 2005-02-07 | 2013-08-14 | ジーンニュース インコーポレーテッド | 軽度の変形性関節症のバイオマーカーおよびその使用 |
CA2615947A1 (en) * | 2005-06-17 | 2006-12-28 | Brigham And Women's Hospital, Inc. | Protein profile for osteoarthritis |
WO2007044566A2 (en) * | 2005-10-07 | 2007-04-19 | Baylor Research Institute | Diagnosis of systemic onset juvenile idiopathic arthritis through blood leukocyte microarray analysis |
JPWO2007100058A1 (ja) * | 2006-03-02 | 2009-07-23 | 国立大学法人 千葉大学 | 関節リウマチの検査方法及び治療方法 |
US20070224638A1 (en) * | 2006-03-27 | 2007-09-27 | Institut Pasteur | Secreted proteins as early markers and drug targets for autoimmunity, tumorigenesis and infections |
US7468048B2 (en) | 2006-10-06 | 2008-12-23 | National Jewish Health | Joint aspirate facilitating device |
EP2155904A2 (en) * | 2007-05-01 | 2010-02-24 | Hill's Pet Nutrition Inc. | Methods and compositions for diagnosing osteoarthritis in a feline |
CA2728537A1 (en) * | 2008-06-25 | 2009-12-30 | Source Precision Medicine, Inc. D/B/A Source Mdx | Gene expression profiling for identification, monitoring, and treatment of osteoarthritis |
WO2010071405A1 (en) * | 2008-12-18 | 2010-06-24 | Erasmus University Medical Center Rotterdam | Markers for detecting predisposition for risk, incidence and progression of osteoarthritis |
US8846350B2 (en) * | 2009-10-26 | 2014-09-30 | Albert Einstein College Of Medicine Of Yeshiva University | MicroRNA affinity assay and uses thereof |
US20140236621A1 (en) * | 2011-09-26 | 2014-08-21 | Universite Pierre Et Marie Curie (Paris 6) | Method for determining a predictive function for discriminating patients according to their disease activity status |
US9255924B2 (en) | 2012-10-12 | 2016-02-09 | University Of Notre Dame Du Lac | Exosomes and diagnostic biomarkers |
PT3442657T (pt) * | 2016-04-15 | 2022-10-13 | Esm Tech Llc | Método para avaliação da terapêutica da articulação |
EP3382032A1 (en) * | 2017-03-30 | 2018-10-03 | Euroimmun Medizinische Labordiagnostika AG | Assay for the diagnosis of dermatophytosis |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2000111556A (ja) * | 1998-10-06 | 2000-04-21 | Sekisui Chem Co Ltd | リウマチ性疾患の病態判定方法 |
WO2002070737A2 (en) * | 2001-02-28 | 2002-09-12 | Chondrogene Inc. | Compositions and methods relating to osteoarthritis |
Family Cites Families (115)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US3654090A (en) | 1968-09-24 | 1972-04-04 | Organon | Method for the determination of antigens and antibodies |
NL154598B (nl) | 1970-11-10 | 1977-09-15 | Organon Nv | Werkwijze voor het aantonen en bepalen van laagmoleculire verbindingen en van eiwitten die deze verbindingen specifiek kunnen binden, alsmede testverpakking. |
US3817837A (en) | 1971-05-14 | 1974-06-18 | Syva Corp | Enzyme amplification assay |
US3939350A (en) | 1974-04-29 | 1976-02-17 | Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Fluorescent immunoassay employing total reflection for activation |
US3996345A (en) | 1974-08-12 | 1976-12-07 | Syva Company | Fluorescence quenching with immunological pairs in immunoassays |
US4016043A (en) | 1975-09-04 | 1977-04-05 | Akzona Incorporated | Enzymatic immunological method for the determination of antigens and antibodies |
US4196265A (en) | 1977-06-15 | 1980-04-01 | The Wistar Institute | Method of producing antibodies |
US4275149A (en) | 1978-11-24 | 1981-06-23 | Syva Company | Macromolecular environment control in specific receptor assays |
US4277437A (en) | 1978-04-05 | 1981-07-07 | Syva Company | Kit for carrying out chemically induced fluorescence immunoassay |
US4444887A (en) | 1979-12-10 | 1984-04-24 | Sloan-Kettering Institute | Process for making human antibody producing B-lymphocytes |
US5179017A (en) | 1980-02-25 | 1993-01-12 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Processes for inserting DNA into eucaryotic cells and for producing proteinaceous materials |
US4399216A (en) | 1980-02-25 | 1983-08-16 | The Trustees Of Columbia University | Processes for inserting DNA into eucaryotic cells and for producing proteinaceous materials |
US4634665A (en) | 1980-02-25 | 1987-01-06 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Processes for inserting DNA into eucaryotic cells and for producing proteinaceous materials |
US4366241A (en) | 1980-08-07 | 1982-12-28 | Syva Company | Concentrating zone method in heterogeneous immunoassays |
US4411993A (en) | 1981-04-29 | 1983-10-25 | Steven Gillis | Hybridoma antibody which inhibits interleukin 2 activity |
USRE32011E (en) | 1981-12-14 | 1985-10-22 | Scripps Clinic And Research Foundation | Ultrapurification of factor VIII using monoclonal antibodies |
US4522811A (en) | 1982-07-08 | 1985-06-11 | Syntex (U.S.A.) Inc. | Serial injection of muramyldipeptides and liposomes enhances the anti-infective activity of muramyldipeptides |
US4716111A (en) | 1982-08-11 | 1987-12-29 | Trustees Of Boston University | Process for producing human antibodies |
US4543439A (en) | 1982-12-13 | 1985-09-24 | Massachusetts Institute Of Technology | Production and use of monoclonal antibodies to phosphotyrosine-containing proteins |
GB8308235D0 (en) | 1983-03-25 | 1983-05-05 | Celltech Ltd | Polypeptides |
US4816567A (en) | 1983-04-08 | 1989-03-28 | Genentech, Inc. | Recombinant immunoglobin preparations |
US5807715A (en) | 1984-08-27 | 1998-09-15 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Methods and transformed mammalian lymphocyte cells for producing functional antigen-binding protein including chimeric immunoglobulin |
US4902614A (en) | 1984-12-03 | 1990-02-20 | Teijin Limited | Monoclonal antibody to human protein C |
US4980286A (en) | 1985-07-05 | 1990-12-25 | Whitehead Institute For Biomedical Research | In vivo introduction and expression of foreign genetic material in epithelial cells |
GB8607679D0 (en) | 1986-03-27 | 1986-04-30 | Winter G P | Recombinant dna product |
US5225539A (en) | 1986-03-27 | 1993-07-06 | Medical Research Council | Recombinant altered antibodies and methods of making altered antibodies |
US4902505A (en) | 1986-07-30 | 1990-02-20 | Alkermes | Chimeric peptides for neuropeptide delivery through the blood-brain barrier |
US4987071A (en) | 1986-12-03 | 1991-01-22 | University Patents, Inc. | RNA ribozyme polymerases, dephosphorylases, restriction endoribonucleases and methods |
US5116742A (en) | 1986-12-03 | 1992-05-26 | University Patents, Inc. | RNA ribozyme restriction endoribonucleases and methods |
US4904582A (en) | 1987-06-11 | 1990-02-27 | Synthetic Genetics | Novel amphiphilic nucleic acid conjugates |
IL86724A (en) | 1987-06-19 | 1995-01-24 | Siska Diagnostics Inc | Methods and kits for amplification and testing of nucleic acid sequences |
US5080891A (en) | 1987-08-03 | 1992-01-14 | Ddi Pharmaceuticals, Inc. | Conjugates of superoxide dismutase coupled to high molecular weight polyalkylene glycols |
US5223409A (en) | 1988-09-02 | 1993-06-29 | Protein Engineering Corp. | Directed evolution of novel binding proteins |
ATE151110T1 (de) | 1988-09-02 | 1997-04-15 | Protein Eng Corp | Herstellung und auswahl von rekombinantproteinen mit verschiedenen bindestellen |
US5750373A (en) | 1990-12-03 | 1998-05-12 | Genentech, Inc. | Enrichment method for variant proteins having altered binding properties, M13 phagemids, and growth hormone variants |
US5530101A (en) | 1988-12-28 | 1996-06-25 | Protein Design Labs, Inc. | Humanized immunoglobulins |
US6551784B2 (en) | 1989-06-07 | 2003-04-22 | Affymetrix Inc | Method of comparing nucleic acid sequences |
US5413923A (en) | 1989-07-25 | 1995-05-09 | Cell Genesys, Inc. | Homologous recombination for universal donor cells and chimeric mammalian hosts |
US5436146A (en) | 1989-09-07 | 1995-07-25 | The Trustees Of Princeton University | Helper-free stocks of recombinant adeno-associated virus vectors |
GB8928874D0 (en) | 1989-12-21 | 1990-02-28 | Celltech Ltd | Humanised antibodies |
US5780225A (en) | 1990-01-12 | 1998-07-14 | Stratagene | Method for generating libaries of antibody genes comprising amplification of diverse antibody DNAs and methods for using these libraries for the production of diverse antigen combining molecules |
WO1991010737A1 (en) | 1990-01-11 | 1991-07-25 | Molecular Affinities Corporation | Production of antibodies using gene libraries |
AU633698B2 (en) | 1990-01-12 | 1993-02-04 | Amgen Fremont Inc. | Generation of xenogeneic antibodies |
US5427908A (en) | 1990-05-01 | 1995-06-27 | Affymax Technologies N.V. | Recombinant library screening methods |
GB9015198D0 (en) | 1990-07-10 | 1990-08-29 | Brien Caroline J O | Binding substance |
WO1992003918A1 (en) | 1990-08-29 | 1992-03-19 | Genpharm International, Inc. | Transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies |
US5545806A (en) | 1990-08-29 | 1996-08-13 | Genpharm International, Inc. | Ransgenic non-human animals for producing heterologous antibodies |
US5625126A (en) | 1990-08-29 | 1997-04-29 | Genpharm International, Inc. | Transgenic non-human animals for producing heterologous antibodies |
US5633425A (en) | 1990-08-29 | 1997-05-27 | Genpharm International, Inc. | Transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies |
US5661016A (en) | 1990-08-29 | 1997-08-26 | Genpharm International Inc. | Transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies of various isotypes |
US5814318A (en) | 1990-08-29 | 1998-09-29 | Genpharm International Inc. | Transgenic non-human animals for producing heterologous antibodies |
US5698426A (en) | 1990-09-28 | 1997-12-16 | Ixsys, Incorporated | Surface expression libraries of heteromeric receptors |
JPH07500961A (ja) | 1990-10-01 | 1995-02-02 | ユニバーシティ オブ コネチカット | 細胞による選択的内在化を目的としたウイルス及び細胞の標的設定 |
JP3672306B2 (ja) | 1991-04-10 | 2005-07-20 | ザ スクリップス リサーチ インスティテュート | ファージミドを使用するヘテロ二量体受容体ライブラリー |
AU668870B2 (en) | 1991-05-14 | 1996-05-23 | Targetech, Inc | Targeted delivery of genes encoding immunogenic proteins |
EP0519596B1 (en) | 1991-05-17 | 2005-02-23 | Merck & Co. Inc. | A method for reducing the immunogenicity of antibody variable domains |
AU2160992A (en) | 1991-06-05 | 1993-01-12 | Board Of Regents Acting For And On Behalf Of The University Of Michigan, The | Targeted delivery of genes encoding secretory proteins |
EP0590067A1 (en) | 1991-06-14 | 1994-04-06 | Xoma Corporation | Microbially-produced antibody fragments and their conjugates |
EP1400536A1 (en) | 1991-06-14 | 2004-03-24 | Genentech Inc. | Method for making humanized antibodies |
US5565332A (en) | 1991-09-23 | 1996-10-15 | Medical Research Council | Production of chimeric antibodies - a combinatorial approach |
ATE275198T1 (de) | 1991-12-02 | 2004-09-15 | Medical Res Council | Herstellung von antikörpern auf phagenoberflächen ausgehend von antikörpersegmentbibliotheken. |
US5766886A (en) | 1991-12-13 | 1998-06-16 | Xoma Corporation | Modified antibody variable domains |
AU3434393A (en) | 1992-01-17 | 1993-08-03 | Regents Of The University Of Michigan, The | Targeted virus |
GB9203459D0 (en) | 1992-02-19 | 1992-04-08 | Scotgen Ltd | Antibodies with germ-line variable regions |
US5733743A (en) | 1992-03-24 | 1998-03-31 | Cambridge Antibody Technology Limited | Methods for producing members of specific binding pairs |
CA2133411A1 (en) | 1992-04-03 | 1993-10-14 | Alexander T. YOUNG | Gene therapy using targeted viral vectors |
DK0656946T4 (da) | 1992-08-21 | 2010-07-26 | Univ Bruxelles | Immunoglobuliner uden lette kæder |
US6005079A (en) | 1992-08-21 | 1999-12-21 | Vrije Universiteit Brussels | Immunoglobulins devoid of light chains |
US5639641A (en) | 1992-09-09 | 1997-06-17 | Immunogen Inc. | Resurfacing of rodent antibodies |
JP3789930B2 (ja) | 1992-10-09 | 2006-06-28 | アドバンスド ティシュー サイエンシズ,インコーポレーテッド | 肝予備細胞 |
EP0672131B1 (en) | 1992-10-30 | 2003-12-17 | The General Hospital Corporation | A novel cell cycle control protein |
AU680459B2 (en) | 1992-12-03 | 1997-07-31 | Genzyme Corporation | Gene therapy for cystic fibrosis |
US5279721A (en) | 1993-04-22 | 1994-01-18 | Peter Schmid | Apparatus and method for an automated electrophoresis system |
AU6796094A (en) | 1993-04-29 | 1994-11-21 | Raymond Hamers | Production of antibodies or (functionalized) fragments thereof derived from heavy chain immunoglobulins of (camelidae) |
WO1995003035A1 (en) | 1993-07-23 | 1995-02-02 | Massachusetts Institute Of Technology | Polymerized liposomes with enhanced stability for oral delivery |
US6004534A (en) | 1993-07-23 | 1999-12-21 | Massachusetts Institute Of Technology | Targeted polymerized liposomes for improved drug delivery |
WO1995015982A2 (en) | 1993-12-08 | 1995-06-15 | Genzyme Corporation | Process for generating specific antibodies |
US5827690A (en) | 1993-12-20 | 1998-10-27 | Genzyme Transgenics Corporatiion | Transgenic production of antibodies in milk |
WO1995020401A1 (en) | 1994-01-31 | 1995-08-03 | Trustees Of Boston University | Polyclonal antibody libraries |
US5516637A (en) | 1994-06-10 | 1996-05-14 | Dade International Inc. | Method involving display of protein binding pairs on the surface of bacterial pili and bacteriophage |
US5807522A (en) | 1994-06-17 | 1998-09-15 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Methods for fabricating microarrays of biological samples |
AU695117B2 (en) * | 1994-10-06 | 1998-08-06 | Hoechst Aktiengesellschaft | Regulated genes by stimulation of chondrocytes with IL-1beta |
EP1978033A3 (en) | 1995-04-27 | 2008-12-24 | Amgen Fremont Inc. | Human antibodies derived from immunized xenomice |
CA2219486A1 (en) | 1995-04-28 | 1996-10-31 | Abgenix, Inc. | Human antibodies derived from immunized xenomice |
GB9601081D0 (en) | 1995-10-06 | 1996-03-20 | Cambridge Antibody Tech | Specific binding members for human transforming growth factor beta;materials and methods |
DE69632989T2 (de) | 1995-10-17 | 2005-08-25 | Combichem, Inc., San Diego | Matrize für die Synthese kombinatorischer Bibliotheken in Lösung |
JP2978435B2 (ja) | 1996-01-24 | 1999-11-15 | チッソ株式会社 | アクリロキシプロピルシランの製造方法 |
CA2250118C (en) | 1996-03-26 | 2009-09-29 | Michael S. Kopreski | Method enabling use of extracellular rna extracted from plasma or serum to detect, monitor or evaluate cancer |
US5916771A (en) | 1996-10-11 | 1999-06-29 | Abgenix, Inc. | Production of a multimeric protein by cell fusion method |
CA2616914C (en) | 1996-12-03 | 2012-05-29 | Abgenix, Inc. | Egfr-binding antibody |
CZ294425B6 (cs) | 1997-04-14 | 2005-01-12 | Micromet Ag | Způsob výroby anti-humánního antigenového receptoru, anti-humánní antigenový receptor, řetězec VH a VL, souprava pro selekci anti-humánních antigenových receptorů a farmaceutická kompozice, obsahující uvedený receptor |
US6235883B1 (en) | 1997-05-05 | 2001-05-22 | Abgenix, Inc. | Human monoclonal antibodies to epidermal growth factor receptor |
US6190619B1 (en) | 1997-06-11 | 2001-02-20 | Argonaut Technologies, Inc. | Systems and methods for parallel synthesis of compounds |
IL138668A0 (en) | 1998-04-03 | 2001-10-31 | Phylos Inc | Addressable protein arrays |
AU3644299A (en) | 1998-04-16 | 1999-11-01 | Regents Of The University Of California, The | A method for the targeting of proteins produced by (yersinia) into the cytosol of eukaryotic cells |
US6406921B1 (en) | 1998-07-14 | 2002-06-18 | Zyomyx, Incorporated | Protein arrays for high-throughput screening |
US20050123938A1 (en) * | 1999-01-06 | 2005-06-09 | Chondrogene Limited | Method for the detection of osteoarthritis related gene transcripts in blood |
ES2290046T3 (es) | 1999-06-28 | 2008-02-16 | Source Precision Medicine, Inc. | Procedimiento para caracterizar un estado biologico, mediante el empleo de perfiles calibrados de expresion genica. |
US6692916B2 (en) * | 1999-06-28 | 2004-02-17 | Source Precision Medicine, Inc. | Systems and methods for characterizing a biological condition or agent using precision gene expression profiles |
US6245527B1 (en) | 1999-06-30 | 2001-06-12 | Millennium Pharmaceuticals, Inc. | Nucleic acid molecules encoding glycoprotein VI and recombinant uses thereof |
ATE440111T1 (de) | 1999-11-29 | 2009-09-15 | Bac Ip B V | Immobilisierte antigenbindende moleküle aus einer domäne |
GB9928787D0 (en) | 1999-12-03 | 2000-02-02 | Medical Res Council | Direct screening method |
NZ525336A (en) | 2000-10-20 | 2006-03-31 | Expression Diagnostics Inc | Leukocyte expression profiling |
US6602718B1 (en) | 2000-11-08 | 2003-08-05 | Becton, Dickinson And Company | Method and device for collecting and stabilizing a biological sample |
US7906278B2 (en) * | 2001-02-28 | 2011-03-15 | Chondrogene, Inc. | Diagnosis of osteoarthritis by determination of asporin RNA levels |
WO2002092854A2 (en) * | 2001-05-16 | 2002-11-21 | Novartis Ag | Genes expressed in breast cancer as prognostic and therapeutic targets |
US6905827B2 (en) * | 2001-06-08 | 2005-06-14 | Expression Diagnostics, Inc. | Methods and compositions for diagnosing or monitoring auto immune and chronic inflammatory diseases |
JP2003183177A (ja) * | 2001-09-10 | 2003-07-03 | Takeda Chem Ind Ltd | 骨・関節疾患の予防・治療剤 |
EP1444365A4 (en) | 2001-10-25 | 2005-07-20 | Gorilla Genomics Inc | ASYMMETRIC PCR WITH NUCLEASE-FREE POLYMERASE OR NUCLEASERESISTENT MOLECULAR BEACONS |
KR20040064275A (ko) | 2001-11-09 | 2004-07-16 | 소스 프리시전 메디슨, 인코포레이티드 | 유전자 발현 프로파일을 이용한 질병의 동정, 모니터링,치료 및 생물학적 상태의 확인 |
US7425618B2 (en) | 2002-06-14 | 2008-09-16 | Medimmune, Inc. | Stabilized anti-respiratory syncytial virus (RSV) antibody formulations |
US20040127445A1 (en) * | 2002-08-28 | 2004-07-01 | Chondrogene Limited | Beta-2 microglobulin (B2M) and B2M related gene products for the regulation of osteoarthritis pathogenesis and chondrocyte proliferation |
US7452667B2 (en) * | 2002-09-12 | 2008-11-18 | Genenews, Inc. | Diagnosis of mild osteoarthritis by determination of TNFAIP6 and TGFBI RNA levels |
EP1579008A1 (en) | 2002-12-19 | 2005-09-28 | Source Precision Medicine, Inc. | Identification, monitoring and treatment of infectious disease and characterization of inflammatory conditions related to infectious disease using gene expression profiles |
EP1766043A4 (en) | 2004-06-19 | 2012-05-30 | Genenews Corp | COMPUTER SYSTEMS AND METHODS FOR CONSTRUCTING BIOLOGICAL CLASSIFIERS AND USES THEREOF |
-
2004
- 2004-08-09 AU AU2004263896A patent/AU2004263896A1/en not_active Abandoned
- 2004-08-09 EP EP04786486A patent/EP1668111A4/en not_active Withdrawn
- 2004-08-09 WO PCT/US2004/025826 patent/WO2005014795A2/en active Application Filing
- 2004-08-09 US US10/915,680 patent/US20050221383A1/en not_active Abandoned
- 2004-08-09 EP EP09011086A patent/EP2128270B1/en not_active Not-in-force
- 2004-08-09 CA CA002534661A patent/CA2534661A1/en not_active Abandoned
- 2004-08-09 JP JP2006522802A patent/JP2007511738A/ja active Pending
-
2009
- 2009-09-04 US US12/554,141 patent/US8142998B2/en not_active Expired - Fee Related
-
2011
- 2011-08-26 JP JP2011184206A patent/JP2012040008A/ja active Pending
-
2012
- 2012-01-18 US US13/352,903 patent/US20130017965A1/en not_active Abandoned
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2000111556A (ja) * | 1998-10-06 | 2000-04-21 | Sekisui Chem Co Ltd | リウマチ性疾患の病態判定方法 |
WO2002070737A2 (en) * | 2001-02-28 | 2002-09-12 | Chondrogene Inc. | Compositions and methods relating to osteoarthritis |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
JPN6011064342; Naijun Sha, et al.: 'Gene selection in arthritis classification with large-scale microarray expression profiles' Comp Funct Genomics Vol. 4, No. 2, 200304, 171-181 |
JPN6011064344; Thomas Aigner, et al.: 'Independent Expression of Fibril-forming Collagens I, II, and III in Chondrocytes of Human Osteoarth' J Clin Invest Vol. 91, No. 3, 199303, 829-837 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US20100143916A1 (en) | 2010-06-10 |
CA2534661A1 (en) | 2005-02-17 |
JP2012040008A (ja) | 2012-03-01 |
AU2004263896A1 (en) | 2005-02-17 |
US8142998B2 (en) | 2012-03-27 |
US20050221383A1 (en) | 2005-10-06 |
EP1668111A2 (en) | 2006-06-14 |
WO2005014795A2 (en) | 2005-02-17 |
EP2128270B1 (en) | 2012-10-03 |
WO2005014795A3 (en) | 2007-04-12 |
US20130017965A1 (en) | 2013-01-17 |
EP2128270A1 (en) | 2009-12-02 |
EP1668111A4 (en) | 2008-07-02 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP5265923B2 (ja) | 軽度の変形性関節症のバイオマーカーおよびその使用 | |
US8142998B2 (en) | Osteoarthritis biomarkers and uses thereof | |
US8258284B2 (en) | Kits and primers for diagnosing schizophrenia | |
US20050152908A1 (en) | Liver cancer biomarkers | |
JP5237817B2 (ja) | バイオマーカー産物レベルを疾患に相関させるための方法および装置 | |
US20070134681A1 (en) | Bladder cancer biomarkers and uses thereof | |
CN101627128A (zh) | 膀胱癌生物标记及其用途 | |
Class et al. | Patent application title: METHOD OF DIAGNOSING MILD OSTEOARTHRITIS Inventors: Choong-Chin Liew (Toronto, CA) Hongwei Zhang (Toronto, CA) Hongwei Zhang (Toronto, CA) Adam Dempsey (Toronto, CA) Thomas Yager (Mississauga, CA) Thomas Yager (Mississauga, CA) Samuel Chao (Concord, CA) Samuel Chao (Concord, CA) Assignees: GENENEWS CORPORATION | |
AU2011239262A1 (en) | Osteoarthritis biomarkers and uses thereof |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20070807 |
|
A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20100210 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20100216 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20100514 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20101207 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20110426 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20110826 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20110913 |