JP2006525805A - 細胞表面タンパク質相同体をコードするアシドフィルス菌核酸配列及びその使用 - Google Patents

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Abstract

細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質の核酸分子及びポリペプチド、並びにそれらの断片及び変種を本発明において開示する。加えて、細胞壁、細胞表面、及び分泌物の融合タンパク質、抗原性ペプチド、並びに、細胞壁、細胞表面、及び分泌物に対する抗体も包含される。本発明は、本発明の核酸分子を含有する組換え体発現ベクター、及びこれらの発現ベクターが導入された宿主細胞も提供する。本発明のポリペプチドを生成する方法、及びそれらの使用法もさらに開示する。

Description

本発明は、乳酸菌、すなわちアシドフィルス菌から単離されたポリヌクレオチドと、それらによってコードされているポリペプチドとに関し、また、それらのポリペプチドと、それらを発現する微生物とを使用する方法にも関する。
この出願は、２００３年４月２５日に出願された米国特許仮出願第６０／４６５６２１号に基づく権利を主張し、その内容を全体として参照により本明細書に組み込む。
アシドフィルス菌（Lactobacillus acidophilus）は、胃腸及び尿生殖路の正常な常住菌であって、グラム陽性、桿状、非胞子形成性、同種発酵性の細菌である。最初にＭｏｒｏ（１９００年）が幼児の糞便から単離して以来、この「酸を好む」生物は、ヒト、母乳を与えられている乳児、及び乳、ラクトース、又はデキストリンの多い食物を摂取している人々の腸管で見出されている。歴史的に、アシドフィルス菌は、胃腸管微生物叢に有益な効果を引き起こすことのできる腸内プロバイオティックとして考えられることが最も多い乳酸桿菌（Lactobacillus）種である（Klaenhammer and Russell (2000) "Species of the Lactobacillus acidophilus complex," Encyclopedia of Food Microbiology, Volume 2, pp. 1151-1157, Robinson et al. eds. (Academic Press, San Diego, California)。アシドフィルス菌は、ラクトース及びさらに複雑な少糖を含めたヘキソースを発酵させることができ、それによって乳酸を生成し、また、この生物が培養されている環境のｐＨを低下させる。酸性化した環境（例えば、食物、膣、及び胃腸管内の領域）は、望ましくない細菌、病原体、及び酵母の成長を妨げることができる。この生物は、その酸耐性、培養乳製品中での生存、並びに、胃及び胃腸管の通過中における生存率によってよく知られている。乳酸杆菌及び他の片利共生細菌（それらの一部は、「生体に好ましい」プロバイオティック細菌であるとみなされる）は、ヒトの健康に対するそれらの影響に関して、とりわけ、腸内感染及び下痢性疾患の予防又は治療、癌の予防、並びに免疫系の刺激に関して詳細に研究されている。
グラム陽性菌の細胞壁は、ペプチドグリカン高分子、並びに、タイコ酸、テイクロン酸、リポタイコ酸、リポグリカン、ポリリン酸塩、及び炭化水素などの付属アクセサリー分子から成る（Hancock (1997) Biochem. Soc. Trans. 25:183-187; Salton (1994) The bacterial cell envelope-a historical perspective, p. 1-22. In J.-M. Ghuysen and R. Hakenbeck (ed.) Bacterial cell wall. Elsevier Science BV, Amsterdam , The Netherlands）。グラム陽性菌の細胞表面に付随しているタンパク質には、加水分解酵素及びタンパク質分解酵素、多糖、表面排除タンパク質及び凝集促進タンパク質（交配に関与していると考えられている）、Ｓ層タンパク質（多くの単細胞生物の外部表面を被包する結晶性アレイのサブユニット）、ソルターゼ（sortase）（ＬＰＸＴＧ様（配列番号３０８）モチーフにおける表面タンパク質の切断を行うトランスペプチダーゼ）、ＬＰＸＴＧ様のモチーフを有するタンパク質、並びに、フィブロネクチン結合タンパク質、フィブリノーゲン結合タンパク質、及び粘液結合タンパク質などのＭＳＣＲＡＭＭ（微生物表面成分認識性粘着マトリックス分子）が含まれる。
グラム陽性菌の細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質は、他の細胞又は化合物への付着、構造安定性の提供、並びに環境の刺激に対する応答を含めた多くの様々な機能を果たす。細菌の表面タンパク質は、宿主内での生存と、細胞の増殖及び分裂とに重要である。さらに、表面タンパク質は、宿主の免疫系によって認識されて、それによって、免疫促進、変調、又は増進が開始されることも多い。これらのタンパク質の単離及び特性分析は、ヒト又は動物の健康のためになるもの、並びに食物の生産及び安全に関するものを含めた多数の適用がある必須のプロバイオティック産物を開発する補助となるであろう。
米国特許仮出願第６０／４６５６２１号 Klaenhammer and Russell (2000) "Species of the Lactobacillus acidophilus complex," Encyclopedia of Food Microbiology, Volume 2, pp. 1151-1157, Robinson et al., eds. (Academic Press, San Diego, California) Hancock (1997) Biochem. Soc. Trans. 25:183-187 Salton (1994) The bacterial cell envelope-a historical perspective, p. 1-22. In J.-M. Ghuysen and R. Hakenbeck (ed.) Bacterial cell wall. Elsevier Science BV, Amsterdam, The Netherlands
乳酸杆菌生物を改変する組成物及び方法を提供する。本発明の組成物は、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質をコードする、アシドフィルス菌から単離された核酸分子を含む。詳細には、本発明は、配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５及び３０７
に示されるヌクレオチド配列を含む（ヌクレオチド配列からなる:"comprising the nucleotide sequences"）単離された核酸分子と、配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４及び３０６に示されるアミノ酸配列をコードする単離された核酸分子とを提供する。本明細書に記載の核酸分子によってコードされているアミノ酸配列を有する単離されているか、または組換え体のポリペプチドも提供する。変種核酸分子、並びに、配列リストに記載するヌクレオチド配列及びアミノ酸配列に十分に同一なポリペプチドも本発明に包含される。さらに、これらのヌクレオチド配列及びアミノ酸配列の断片と、それらに十分に同一な断片も包含される。本発明のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列、又は本発明の配列にハイブリダイズするヌクレオチド配列も包含される。
組成物には、本明細書に記載する核酸分子の組換え体発現用のベクター及び宿主細胞もさらに含まれ、また、これらのベクターを含むトランスジェニック微生物群も含まれる。本明細書に記載のベクター及び宿主細胞を作製する方法も本発明に含まれ、また、本発明のポリペプチドの組換え体を産生する方法、及びそれらの使用方法も含まれる。試料中における、本発明の核酸配列又はポリペプチド配列の存在を検出する方法及びキット、並びに、本発明のポリペプチドに結合する抗体もさらに含まれる。
本発明の配列によってコードされている細胞壁、細胞表面、及び分泌物のポリペプチド、並びにそれらを発現するトランスジェニック微生物には、健康に関連した恩恵がある。これらのポリヌクレオチド配列で形質転換された微生物は、健康に関連した恩恵を提供するために、医薬組成物又はプロバイオティック組成物として内部摂取することができ、或いはその代わりに、これらの微生物又はそれらがコードしているポリペプチドを、産物とは別々に、またそれらに追加して投与することもできる。本発明の核酸分子は、それらを発現する微生物の安定性を高めることもあり、したがって、様々な食物の生産及び加工に有用でありうる。
本発明は、アシドフィルス菌の細胞壁、細胞表面、及び分泌物の分子に関する。これらの分子のヌクレオチド配列及びアミノ酸配列を提供する。これらの配列は、生物を改変して利点を促進するのに使用できる。
「細胞壁、細胞表面、及び分泌物の分子」によって、アシドフィルス菌における新規の細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質を意図する。「細胞壁」によって、細菌細胞の細胞壁に付随して見出されるタンパク質を意図する。本発明のポリペプチド又はポリヌクレオチドに関する場合、「細胞表面」によって、細菌細胞膜に付随して見出されるタンパク質を意図する。「分泌」によって、それがその中で発現される細胞から放出されるタンパク質を意図する。本発明のタンパク質は、細胞壁のタンパク質、細胞表面のタンパク質、又は分泌物のタンパク質のいずれかに分類できるか、或いはこれらの分類における複数に含まれることもある。さらに、「細胞壁、細胞表面、又は分泌物」という用語は、単一のタンパク質を記述するのに使用されることもあるし、複数のタンパク質を記述するのに使用されることもある。具体的な、本発明の細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質分子については表１を参照のこと。
これらの新規の、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質は、ペプチドグリカン；タイコ酸；リポテイコ酸；ホモ多糖及びヘテロ多糖を含めた多糖；接着タンパク質；分泌タンパク質；表面（ｓ）層タンパク質；ステロイド結合タンパク質も含みうる、コラーゲン結合タンパク質及び他の細胞表面タンパク質；ｌｅｍＡ様のタンパク質；凝集促進タンパク質；表面排除タンパク質；ミオシン交差反応性タンパク質；粘液結合タンパク質及び前駆体；フィブロネクチン結合タンパク質；ソルターゼ；生物膜に付随した表面タンパク；フィブリノーゲン結合タンパク質；トロポミオシン様のタンパク質；ＦｍｔＢ様の表面タンパク；ｐｓａＡ様の付着因子；ｌｙｓM様のタンパク質；自己融解素；細胞形態決定タンパク質；及び桿形態決定タンパク質からなる群から選択された細胞成分を含む。完全長遺伝子配列は、「細胞壁、細胞表面、及び分泌物の分子の配列」と呼ばれ、細胞壁、細胞表面、及び分泌物の遺伝子に類似性を有することを示す。本発明は、これらの細胞壁、細胞表面、及び分泌物の配列の断片及び変種もさらに提供する。これらの断片及び変種も、本発明の方法を実施するのに用いることができる。
本明細書で使用する場合、「遺伝子」及び「組換え体遺伝子」という用語は、オープンリーディングフレーム、とりわけ細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質をコードするものを含む核酸分子を指す。本発明の単離された核酸分子は、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質をコードする核酸配列と、配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、７６、７８、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４及び３０６に記載のアミノ酸配列（以下、「配列番号１〜３０７のうちの偶数」と呼ぶ）をコードする核酸配列と、配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７５、７７、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５及び３０７に記載の核酸配列（以下、「配列番号１〜３０７のうちの奇数」と呼ぶ）と、これらの変種及び断片とを含む。本発明は、以下に記載するアンチセンス核酸分子も包含する。
加えて、細胞壁又は細胞表面に付随するか、或いは分泌される、単離されたポリペプチド及びタンパク質、並びにそれらの変種及び断片も包含される。本発明に関しては、「タンパク質」と「ポリペプチド」とは互換性をもって使用される。
本発明の組成物及び方法は、アシドフィルス菌の細胞壁、細胞表面、及び分泌物の分子の機能を変調するのに使用することができる。「変調する」、「変化させる」、又は「改変する」によって、標的生物活性の上方制御、又は下方制御を意図する。本発明のタンパク質は、乳酸菌の生物活性を改変するのに有用であり、そして、乳酸菌によって発酵された食物の栄養特性、又は健康を促進する特性を改変するのにも有用である。本発明のヌクレオチド分子は、乳酸菌によって発現される細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質の発現を変調するのに有用である。本発明のポリヌクレオチドからの発現の上方制御及び下方制御も包含される。上方制御は、多数の遺伝子コピーを提供することによって、調節エレメントの改変によって発現を変調することによって、転写又は翻訳の機構を促進することによって、或いは他の方法によって達成することができる。下方制御は、公知のアンチセンス技法及び遺伝子サイレンシング技法を用いることによって達成することができる。すなわち、本発明のタンパク質は、免疫系、宿主タンパク質の発現、治療効果、安定性、及び乳酸菌の他の活性を変調するのに有用である。「乳酸菌」によって、エロコッカス（Aerococcus）、カルノバクテリウム（Carnobacterium）、エンテロコッカス、ラクトコッカス、乳酸桿菌、ロイコノストック（Leuconostoc）、エノコッカス（Oenococcus）、ペディオコッカス（Pediococcus）、連鎖球菌、メリソコッカス（Melissococcus）、アロイオコッカス（Alloiococcus）、ドロシグラニュラム（Dolosigranulum）、ラクトスフェラ（Lactosphaera）、テトラジェノコッカス（Tetragenococcus）、バゴコッカス（Vagococcus）、及びワイセーラ（Weissella）から選択された属の細菌を意図する（Holzapfel et al. (2001) Am. J. Clin. Nutr. 73:365S-373S: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Vol. 2 (Williams and Wilkins, Baltimore (1986) pp. 1075-1079）。
本発明のポリペプチド、又はそれらを発現する微生物は、栄養添加物又はサプリメントとして、また、乳製品及び発酵加工の添加物としても有用である。これらのポリヌクレオチドの配列、コードされているポリペプチド、及びそれらを発現する微生物は、チーズ、ヨーグルト、発酵乳、乳製品、酸乳、及びバターミルクなどの乳から作られる製品の製造に有用である。本発明のポリペプチドを発現する微生物は、プロバイオティック生物でありうる。「プロバイオティック」によって、胃腸管を通過しても生き残っており、かつ、宿主に対して有益な効果を有する、生きている微生物を意図する。「宿主」によって、本発明が開示するポリペプチド、又はそのようなタンパク質を発現する微生物と接触する生物を意図する。宿主は、ヒト及び他の動物を指すことも、また、細菌を指すこともある。
本発明のポリヌクレオチド及びポリペプチドは、乳から作られる製品の健康に関連した恩恵を改変するのに有用である。これらの使用には、宿主の免疫系を変調すること；宿主のタンパク質又は化合物の発現を変化させること；胃腸障害を治療すること；感染を予防するか、又はその発生を低下させること；対象における有害な化合物を、結合、不活性化、除去、隔離、分解、消化、切断、又は改変すること；微生物が、改変された付着特性を保持するのを可能にすること；対象における虫歯の発生を低減すること；生産動物における飼料変換率を増大させること；微生物又はポリペプチドが他の微生物を抑制する（antagonize）のを可能にすること；食物を汚染から保護すること；創傷を治療すること；微生物の抗生物質の感受性を変調すること；微生物が生物膜を形成するのを可能にするか、又はそのような能力を阻害すること；癌を治療又は予防すること；心臓病を治療すること；及びコレステロールを低下させることが含まれるが、これらに限定されない。これらの使用には、乳酸菌によって産生された食物製品の食感を改変することも含まれる。
本発明のポリヌクレオチド及びポリペプチドは、貯蔵（保管）を含めた工業発酵過程中における微生物の安定性を高めるのにも有用である。そのような過程では、様々なストレスへの曝露によって、微生物生存率の低下、代謝活性の障害、及び最適ではない発酵条件が導かれることがある。ストレスは、胃腸管にも存在する。存在しうるストレスには、酸化ストレス、ｐＨ、浸透圧ストレス、脱水、炭素飢餓、リン酸塩飢餓、窒素飢餓、アミノ酸飢餓、機械的ストレス、圧力変化、熱又は低温ショック、及び変異原性ストレスが含まれる。
本発明の核酸分子は、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質をコードする。それらは、配列番号１〜３０７のうちの奇数に記載のＤＮＡ配列を有する転写産物をコードする。本発明のヌクレオチド配列によってコードされているアミノ酸配列を、配列番号１〜３０７のうちの偶数に記載する。
本発明の単離された核酸分子は、本明細書に開示されている細胞壁、細胞表面、及び分泌物のヌクレオチド配列、並びにそれらの断片及び変種に加えて、本明細書に開示されている細胞壁、細胞表面、及び分泌物のヌクレオチド配列又はそれらの変種及び断片から得られた配列の全体又は部分とのハイブリダイゼーションによって、他の生物又は細胞から同定及び単離された相同ＤＮＡ配列も包含する。
本発明によって包含される核酸組成物及びタンパク質組成物は、単離されているか、又は実質的に精製されている。「単離されている」又は「実質的に精製されている」によって、核酸若しくはタンパク質分子、又は生物学的に活性な断片若しくは変種が、天然の状態にある、それらの核酸又はタンパク質に、通常、付随して見出される成分を、実質的又は本質的に含まないことを意図する。そのような成分には、他の細胞物質と、組換え体生成における培地と、タンパク質又は核酸の化学合成に使用される様々な化学物質とが含まれる。本発明の「単離されている」核酸は、その核酸が由来した生物のゲノムＤＮＡ中で、注目している核酸に隣接している核酸配列（５’又は３’末端に存在するコード配列など）を含まないことが好ましい。しかし、これらの分子は、その組成物の基本特性に有害な影響を与えない塩基又は部分をいくらか追加して含んでもよい。例えば、様々な実施形態において、単離されている核酸は、それが由来した細胞のゲノムＤＮＡに、通常、付随している核酸配列を、５ｋｂ、４ｋｂ、３ｋｂ、２ｋｂ、１ｋｂ、０．５ｋｂ、又は０．１ｋｂ未満含有している。同様に、実質的に精製されているタンパク質は、（乾燥重量で）約３０％、２０％、１０％、５％、又は１％の混入タンパク質、又は細胞壁、細胞表面、若しくは分泌物ではないタンパク質を有する。そのタンパク質が組換えによって生成されている場合には、培地が、そのタンパク質調製物の体積の３０％、２０％、１０％、又は５％未満であることが好ましく、そして、そのタンパク質が化学的に生成されている場合には、その調製物は、（乾燥重量で）約３０％、２０％、１０％、又は５％未満の化学前駆体、又は細胞壁、細胞表面、若しくは分泌物ではないタンパク質化学物質を有する。
（断片及び変種）
本発明は、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む単離された核酸分子を提供し、さらに、それによってコードされている、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質も提供する。「細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質」によって、配列番号１〜３０７のうちの偶数に記載のアミノ酸配列を有するタンパク質を意図する。これらのヌクレオチド配列の断片及び変種、並びにそれらにコードされているタンパク質も提供する。ヌクレオチド配列又はタンパク質の「断片」によって、そのヌクレオチド配列又はアミノ酸配列の部分を意図する。
本明細書に開示されている核酸分子の断片は、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質をコードする核酸を同定するためのハイブリダイゼーションプローブとして、又は細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質の核酸分子のＰＣＲ増幅又は変異誘発におけるプライマーとして用いることができる。核酸の断片は、物理的な基質に結合して、マクロアレイ又はマイクロアレイとみなせるものを構成することができる（例えば、米国特許第５８３７８３２号；米国特許第５８６１２４２号；ＷＯ８９／１０９７７；ＷＯ８９／１１５４８；ＷＯ９３／１７１２６；米国特許第６３０９８２３号を参照）。核酸のそのようなアレイは、遺伝子発現を研究するのに、又は標的配列に十分な同一性を有する核酸分子を同定するのに用いることができる。「ポリヌクレオチド」又は「核酸分子」によって、ＤＮＡ分子（例えば、ｃＤＮＡ又はゲノムＤＮＡ）及びＲＮＡ分子（例えば、ｍＲＮＡ）並びにヌクレオチド類似体を用いて生成されるＤＮＡ類似体又はＲＮＡ類似体のセンス鎖及びアンチセンス鎖の両方を意図する。核酸分子は、一本鎖でも、二本鎖でもよいが、二本鎖ＤＮＡであることが好ましい。細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質をコードしている核酸分子の断片は、生物学的に活性なタンパク質断片をコードするものでもよく、或いは、以下に記述するハイブリダイゼーションプローブ又はＰＣＲプライマーとして用いてもよい。本明細書に開示されているポリペプチドの生物学的に活性な断片は、本発明のヌクレオチド配列のうちの一配列の部分を単離し、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質がコードされている部分を発現し（例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏでの組換え体発現によって）、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質がコードされている部分の活性を評価することによって調製することができる。細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質をコードする核酸分子の断片は、少なくとも約１５、２０、５０、７５、１００、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００ヌクレオチド、或いは、最大で、本明細書に開示されている、細胞壁、細胞表面、又は分泌物の完全長ヌクレオチド配列に存在するヌクレオチドの総数（例えば、配列番号１では９１８、配列番号３では５７３、配列番号5では７６１７など）を含む。
本発明のヌクレオチド配列の断片は、細胞表面、細胞膜、又は分泌物のタンパク質の生物活性を保持するタンパク質断片をコードし、したがって、細胞表面、細胞膜、又は分泌物のタンパク質活性を保持するであろう。「活性を保持する」によって、配列番号１〜３０７のうちの偶数に開示する、細胞表面、細胞膜、又は分泌物のタンパク質活性の少なくとも約３０％、好ましくは少なくとも約５０％、より好ましくは少なくとも約７０％、さらにより好ましくは少なくとも約８０％を、その断片が有するであろうことを意図する。細胞表面、細胞膜、又は分泌物の活性を測定する方法は、当技術分野で周知である。機能アッセイの例としては、例えば、下記の実施例の項、又は「使用の方法」と題した項を参照のこと。
アミノ酸配列の断片には、細胞壁、細胞表面、及び分泌物に対する抗体を産生する免疫原として使用するのに適したポリペプチド断片が含まれる。断片には、本発明の、細胞壁、細胞表面、若しくは分泌物のタンパク質のアミノ酸配列、又はその部分長タンパク質に十分に同一であるか、又はそれに由来するアミノ酸配列を含むペプチドであって、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の少なくとも１つの活性を示すペプチドが含まれるが、これらのペプチドは、本明細書に開示されている完全長の、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質より少ないアミノ酸を含む。通常、生物学的に活性な部分は、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の活性の少なくとも１つを有するドメイン又はモチーフを含む。細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の生物学的に活性な部分は、例えば、連続した１０、２５、５０、１００、１５０、２００アミノ酸の長さのポリペプチド、或いは、最大で、本発明の細胞壁、細胞表面、又は分泌物の完全長タンパク質に存在するアミノ酸の総数（例えば、配列番号２では３０６、配列番号４では１９１、配列番号６では２５３９など）を含む。そのような生物学的に活性な部分は、組換え技法によって調製され、天然の細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の機能活性の１つ又は複数に関して評価することができる。本明細書で使用する場合、断片は、配列番号１〜３０７のうちの偶数における任意のものの、連続した少なくとも５アミノ酸を含む。しかし、本発明は、そのタンパク質における６、７、８、又は９アミノ酸より大きな断片の任意のものなど、他の断片も包含する。
ヌクレオチド配列及びアミノ酸配列の変種も本発明に包含される。「変種」によって、十分に同一な配列を意図する。したがって、本発明は、配列番号１〜３０７のうちの偶数に示す細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質をコードするヌクレオチド配列に十分に同一な単離された核酸分子、或いは、配列番号１〜３０７のうちの奇数の核酸分子、又はそれらの相補鎖にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする核酸分子を包含する。変種には、本発明の変種ヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチドも含まれる。さらに、本発明のポリペプチドは、配列番号１〜３０７のうちの偶数に記載のアミノ酸配列に十分に同一なアミノ酸配列を有する。「十分に同一」によって、あるアミノ酸配列又はヌクレオチド配列が、第２のアミノ酸配列又はヌクレオチド配列と比較して、十分な、又は最小限の数の等価または同一のアミノ酸残基を含有しており、それによって、共通の構造ドメインの提供、及び／又は共通の機能活性の提示がされる。「十分に同一」によって、標準的なパラメータを用いた、本明細書に記載のアライメントプログラムの１つを用いた際に、配列番号１〜３０７のうちの偶数に記載のアミノ酸配列、又は配列番号１〜３０７のうちの奇数に記載のヌクレオチド配列に対して、少なくとも約４５％、５５％、又は６５％の同一性、好ましくは少なくとも約７０％又は７５％の同一性、より好ましくは少なくとも約８０％、８５％、又は９０％、最も好ましくは少なくとも約９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列又はヌクレオチド配列を意図する。当業者ならば、これらの値は、２つのヌクレオチド配列によってコードされているタンパク質の対応する同一性を判定するのに、コドン縮重、アミノ酸の類似性、リーディングフレームの位置付け、及び同様のものを考慮に入れることによって適切に調整できることを認識するであろう。
本発明によって包含される変種タンパク質は、生物学的に活性であって、すなわち、天然タンパク質における望ましい生物活性、すなわち、本明細書に記載する、天然の、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質が有する１つ又は複数の機能活性を保持する。「活性を保持する」によって、配列番号１〜３０７のうちの偶数に開示する、細胞表面、細胞膜、又は分泌物のタンパク質活性の少なくとも約３０％、好ましくは少なくとも約５０％、より好ましくは少なくとも約７０％、さらにより好ましくは少なくとも約８０％を、その変種が有するであろうことを意図する。細胞表面、細胞膜、又は分泌物の活性を測定する方法は、当技術分野で周知である。機能アッセイの例としては、例えば、下記の実施例の項、又は「使用の方法」と題した項を参照のこと。本発明のタンパク質の生物学的に活性な変種は、前者のタンパク質との相違が１〜１５アミノ酸残基という小さいものでもよく、６〜１０アミノ酸残基のもの、５アミノ酸残基という小さいもの、４、３、２、又は最小で１アミノ酸残基という小さいものなど、１〜１０アミノ酸残基という小さいものでもよい。
自然発生の変種が集団（例えば、アシドフィルス菌集団）内に存在することもある。そのような変種は、以下に記述するポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、及びハイブリダイゼーションなど、周知の分子生物学技法を用いることによって、同定することができる。合成によって得られたヌクレオチド配列、例えば、依然として細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質をコードしている、部位特異的変異誘発又はＰＣＲに媒介された変異誘発によって生成された配列も、変種に含まれる。本明細書に開示するヌクレオチド配列又はアミノ酸配列に、１つ又は複数のヌクレオチド又はアミノ酸の置換、付加、又は欠失を導入して、それによって、コードされているタンパク質に置換、付加、又は欠失を導入することができる。付加（挿入）又は欠失（トランケーション）は、天然タンパク質のＮ末端又はＣ末端に行っても、或いは、天然タンパク質中の１つ又は複数の部位に行ってもよい。同様に、天然タンパク質中の１つ又は複数の部位で、１つ又は複数のヌクレオチド又はアミノ酸の置換を行ってもよい。
例えば、保存的なアミノ酸置換を、予測されるアミノ酸残基、好ましくは非必須アミノ酸残基の１つまたは複数で行ってもよい。「非必須」アミノ酸残基は、あるタンパク質の野生型配列から、それの生物活性を変化させずに、変化させることができる残基であり、一方、「必須」アミノ酸は、生物活性に必要である。「保存的なアミノ酸置換」は、その際にそのアミノ酸残基が同様の側鎖を有するアミノ酸残基に置換されるものである。同様の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当技術分野で公知である。これらのファミリーには、塩基性側鎖（例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、ベータ分枝側鎖（例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン）、及び芳香族側鎖（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）を有するアミノ酸が含まれる。そのような置換は、保存されているアミノ酸残基、又は保存されているモチーフ中に常在するアミノ酸残基がタンパク質活性に必須である場合、そのような残基には作製されないだろう。
別法として、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のコード配列の全長にわたって、又はその部分に、飽和変異誘発など、無作為に変異を生成することもできる。変異体は、組換え体発現して、細胞壁、細胞表面、又は分泌物の天然タンパク質の１つ又は複数の機能活性について、標準的なアッセイ技法を用いて検査することによって、生物活性を保有するものを求めて、スクリーニングすることができる。変異誘発及びヌクレオチド配列改変の方法は当技術分野で公知である例えば、Kunkel (1985) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82:488-492; Kunkel et al. (1987) Methods in Enzymol. Molecular Biology (MacMillan Publishing Company, New York)、及びそこに引用されている参考文献を参照のこと。自明のことであるが、変種をコードするＤＮＡ中に生成される変異は、リーディングフレームを破壊するものであってはならず、また、ｍＲＮＡの二次構造を生成するかもしれない相補領域を生成しないものが好ましいであろう。欧州特許出願公開第７５４４４号を参照のこと。注目しているタンパク質の生物活性に影響を与えない適切なアミノ酸置換に関する指導を、参照により本明細書に組み込まれている、Dayhoff et al. (1978) Atlas of Protein Sequence and Structure (Natl. Biomed. Res. Found., Washington, D.C.)のモデルに見出すことができる。
本発明が包含するタンパク質配列の欠失、挿入、及び置換は、タンパク質の特性に根本的な変化を生成しないと予測されるものである。しかし、置換、欠失、又は挿入の正確な影響を、事前に予測するのが困難である場合には、その影響が通常のスクリーニングアッセイによって評価されるであろうことを当業者は理解するであろう。すなわち、活性は、改変された配列の活性を、元の配列の活性に比較することによって、評価されることができる。例えば、ｇｕｓＡの改変によって、酵素活性及び酵素安定性の変化が生じた（Matsumura and Ellington (2001) J. Mol. Biol. 305:331-9; Flores and Ellington (2002) J. Mol. Biol., 315:325-37を参照）。ラクターゼでも同様の研究が行われた。
本発明の変種ヌクレオチド配列及びアミノ酸配列は、ＤＮＡシャッフルなど、変異誘発操作及び組換え体生成操作によって得られた配列も包含する。望ましい特性を有する新規の細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質を生成するのに、そのような操作で、１つ又は複数の異なった細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質のコード領域を用いることができる。この方法で、実質的な配列同一性を有し、ｉｎ ｖｉｔｒｏ又はｉｎ ｖｉｖｏで相同組み換えしうる配列領域を含む、関連した配列のポリヌクレオチドの集団から、組換え体ポリヌクレオチドのライブラリーを生成する。例えば、酵素の場合におけるKｍの増大など、注目している特性が改善されているタンパク質をコードする新規の遺伝子を得るために、このアプローチを用いて、本発明の細胞壁、細胞表面、又は分泌物の遺伝子と、既知の他の遺伝子の細胞壁、細胞表面、又は分泌物の遺伝子との間で、注目しているドメインをコードする配列モチーフをシャッフルすることができる。そのようなＤＮＡシャッフルのストラテジーは当技術分野で公知である。例えば、Stemmer (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91:10747-10751；Stemmer (1994) Nature 370:389-391；Crameri et al. (1997) Nature Biotech. 15:436-438；Moore et al. (1997) J. Mol. Biol. 272:336-347；Zhang et al. (1997) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94:4504-4509；Crameri et al. (1998) Nature 391:288-291；並びに、米国特許第５６０５７９３号及び第５８３７４５８号を参照のこと。
細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質の変種は、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のアゴニスト（ミメティック）、或いは、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のアンタゴニストとして機能しうる。細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のアゴニストは、天然存在型の細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の生物活性に実質的に同一のもの、またはそれらのサブセットを保持しうる。細胞壁、細胞表面、又は分泌物タンパク質のアンタゴニストは、例えば、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質を含む細胞シグナリングカスケードの下流又は上流のメンバーに競合的に結合することによって、天然存在型の細胞壁、細胞表面、又は分泌物タンパク質の活性の１つまたは複数を阻害することができる。
アゴニスト又はアンタゴニストのいずれかとして機能する細胞壁、細胞表面、又は分泌物タンパク質の変種は、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質の変異体、例えばトランケーション変異体のコンビナトリアルライブラリーを、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質のアゴニスト又はアンタゴニスト活性に関してスクリーニングすることによって同定することができる。一実施形態では、細胞壁、細胞表面、及び分泌物変種の多様化されたライブラリーが、核酸レベルでのコンビナトリアル変異誘発で生成され、多様化された遺伝子ライブラリーによってコードされている。細胞壁、細胞表面、及び分泌物変種の多様化されたライブラリーは、例えば、遺伝子配列に合成オリゴヌクレオチドの混合物を酵素的に連結し、それによって、細胞壁、細胞表面、及び分泌物の潜在的な配列の縮重セットを、個々のポリペプチドとして、或いは、その中に細胞壁、細胞表面、及び分泌物配列のセットを含有するさらに大きな融合タンパク質（例えば、ファージディスプレイ用）のセットとして発現することによって生成することができる。縮重オリゴヌクレオチド配列から細胞壁、細胞表面、及び分泌物の潜在的な変種のライブラリーを生成するのに使用できる様々な方法がある。縮重遺伝子配列の化学合成は、ＤＮＡ自動合成機で行うことができ、その後、合成遺伝子を適切な発現ベクターに連結する。遺伝子の縮重セットを使用することによって、所望のセットの細胞壁、細胞表面、又は分泌物の潜在的なタンパク質配列をコードする配列すべてを１つの混合物中に準備することが可能となる。縮重オリゴヌクレオチドを合成する方法は当技術分野で公知である（例えば、Narang (1983) Tetrahedron 39:3；Itakura et al. (1984) Annu. Rev. Biochem. 53:323；Itakura et al. (1984) Science 198:1056；Ike et al. (1983) Nucleic Acid Res. 11:477）。
さらに、細胞壁、細胞表面、及び分泌物タンパク質コード配列の断片のライブラリーは、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質の変種のスクリーニングと、その後の選別とを行うための、細胞壁、細胞表面、及び分泌物の断片の多様化された集団を生成するのに用いることもできる。一実施形態では、細胞壁、細胞表面、又は分泌物コード配列の二本鎖のＰＣＲ断片を、ニッキングが１分子あたりおよそ一度だけ起こるような条件下に、ヌクレアーゼで処理すること、二本鎖ＤＮＡを変性させること、異なったニッキング産物のセンス／アンチセンス対を含むことができる二本鎖ＤＮＡが形成されるようにＤＮＡを再生させること、Ｓ１ヌクレアーゼ処理によって、再形成された二本鎖分子から一本鎖部分を除去すること、及びこの結果得られた断片ライブラリーを発現ベクターに連結することによって、コード配列断片のライブラリーを生成することができる。この方法によって、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質の、様々な大きさのＮ末端断片及び内部断片をコードする発現ライブラリーを得ることができる。
点突然変異又はトランケーションによって作製されたコンビナトリアルライブラリーの遺伝子産物をスクリーニングする技法、及び選択された特性を有する遺伝子産物を得るためにｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングする技法が、いくつか当技術分野で知られている。そのような技法は、細胞壁、細胞表面、及び分泌物タンパク質のコンビナトリアル変異誘発によって生成された遺伝子ライブラリーの急速スクリーニングに適合させることができる。大きな遺伝子ライブラリーをスクリーニングするのに最も広範に使用されている技法はハイスループット分析になじみやすいものであるが、それらは、遺伝子ライブラリーを複製可能な発現ベクターにクローニングすること、この結果得られたベクターのライブラリーで適当な細胞を形質転換すること、及び所望の活性の検出によって、その産物が検出された遺伝子をコードするベクターの単離が促進される条件下にコンビナトリアル遺伝子を発現することを通常含む。再帰的アンサンブル変異誘発（Recursive ensemble mutagenesis）（ＲＥＭ）は機能を有する変異体の、ライブラリー中における頻度を増大する技法であるが、細胞壁、細胞表面、又は分泌物の変種を同定するのに、スクリーニングアッセイと組み合わせて、この技法を用いることができる（Arkin and Yourvan (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:7811-7815；Delgrave et al. (1993) Protein Engineering 6(3):327-331）。
（配列同一性）
グラム陽性菌の細胞壁、細胞表面、及び分泌物の配列は、それらが多様な範囲の機能を有し、かつ、複数のタンパク質ファミリーのものであるのにもかかわらず、それらのデザインにおいていくつかの共通のテーマを有している（Navarre and Schneewind (1999) Micro. Mol. Biol. Rev. 63:174-229を参照）。Ｎ末端ドメインは、通常、結合活性又は触媒活性を含有するが、それに続いて様々な大きさの反復ドメインがいくつかあることが多く、これらの反復ドメインは、活性をもつ場合も、もたない場合もある（Navarre and Schneewind (1999) Micro. Mol. Biol. Rev. 63:174-229）。プロリンに富んだ一続きのアミノ酸残基は、タンパク質構造にランダムコイルを導入することがあり、ペプチドグリカン複合体を横断する際の補助となりうるが、ＬＰＸＴＧモチーフの直前に見出されることが多い（配列番号３０８、Navarre and Schneewind (1999) Micro. Mal. Biol. Rev. 63:174-229）。
「ファミリー」によって、十分なヌクレオチド同一性又はアミノ酸配列同一性を有する２つ以上のタンパク質又は核酸分子を意図する。「配列同一性」は、指定の比較ウィンドウにおいて一致が最大となるように２つの配列を整列させた際、同一となるヌクレオチド残基又はアミノ酸残基を意図するものである。「比較ウィンドウ」によって、２つのヌクレオチド配列又はアミノ酸配列の最適アライメントのための連続したセグメントを意図し、この際、第２の配列は、第１の配列と比較して、付加又は欠失（すなわちギャップ）を含有してもよい。通常、核酸アライメントでは、比較ウィンドウは、連続した少なくとも２０ヌクレオチドの長さであり、任意選択で、３０、４０、５０、１００、又はさらに長くとることもできる。アミノ酸配列アラインメントでは、比較ウィンドウは、連続した少なくとも６アミノ酸の長さであり、任意選択で、１０、１５、２０、３０、又はさらに長くとることもできる。当業者ならば、ギャップの包含によって類似性が高くなるのを回避するために、通常、ギャップペナルティーが導入され、一致の数から減算されることを理解している。
ファミリーメンバーは、同一種のものでも、異なった種のものでもよく、相同なタンパク質を含むことができ、また、明確に異なったタンパク質を含むこともできる。ファミリーメンバーは、共通の機能特性を示すことが多い。相同体の単離は、本明細書に開示するアシドフィルス菌細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の核酸配列に対するそれらの同一性に基づいて、ｃＤＮＡ又はその部分をハイブリダイゼーションプローブとして用いて、以下に開示するストリンジェントなハイブリダイゼーション条件における標準的なハイブリダイゼーション技法に従って行うことができる。
２つのアミノ酸配列又はヌクレオチド配列の同一性の比率を判定するためにアライメントを実施する。２つの配列の同一性の比率は、比較ウィンドウ中の２つの配列によって共有されている同一残基数の関数である（すなわち、同一性の比率＝同一残基数／総残基数X１００）。一実施形態では、これらの配列が同じ長さである。２つの配列間における同一性の比率を判定するのに、以下に述べるものと同様の方法を用いることができる。これら方法は、ギャップを許容する場合にも、許容しない場合にも用いることができる。アライメントは、手操作の点検によっても実施できる。
アミノ酸配列の相違が保存的な置換による場合、同一性の比率を上方調整して、置換の保存的性質に関する修正を行うこともできる。この調節を行う方法は当技術分野で公知である。通常、保存的な置換は、完全な不一致ではなく、部分的な不一致として計算され、それによって、配列同一性の比率が増大する。
２つの配列の同一性比率を判定するのに数学的アルゴリズムを用いることができる。数学的アルゴリズムの非限定的な例には、Karlin and Altschul (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:5873-5877において修正されている、Karlin and Altschul (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87:2264のアルゴリズム；Myers and Miller (1988) CABIOS 4:11-17のアルゴリズム；Smith et al. (1981) Adv. Appl. Math. 2:482の局所アライメントアルゴリズム；Needleman and Wunsch (1970) J. Mol. Biol. 48:443-453の相同性アライメントアルゴリズム；及びPearson and Lipman (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:2444-2448の類似性探索法（search-for-similarity-method）がある。
これらの数学的アルゴリズムに基づく様々なコンピューターインプリメンテーションが、配列同一性の判定を可能にするために設計されている。Altschul et al. (1990) J. Mol. Biol. 215:403のＢＬＡＳＴプログラムは、上記のKarlin and Altschul (1990)のアルゴリズムに基づいている。本発明のヌクレオチド配列に相同なヌクレオチド配列を得るための検索は、スコア＝１００、語長＝１２で、ＢＬＡＳＴＮプログラムを用いて実施することができる。本発明のタンパク質又はポリペプチドをコードする配列に相同なアミノ酸配列を得るには、スコア＝５０、語長＝３で、ＢＬＡＳＴＸプログラムを用いることができる。Altschul et al. (1997) Nucleic Acids Res. 25:3389に記載されているように、ギャップつきＢＬＡＳＴを用いることによって、ギャップつきアライメントを得ることもできる。分子間の疎遠な関連性を検出するのに、ＰＳＩ−ＢＬＡＳＴを用いることもできる。上記のAltschul et al. (1997)を参照のこと。すべてのＢＬＡＳＴプログラムに、各プログラムのデフォルトパラメータを用いることができる。www.ncbi.nlm.nih.govを参照のこと。
配列同一性の比率を判定するのに使用できる別のプログラムに、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）があるが、これは、上記のMyers and Miller (1988)の数学的アルゴリズムを用いたものである。アミノ酸配列の比較を行う場合、このプログラムで、ＰＡＭ１２０重み残基表を用い、ギャップ長ペナルティーを１２、そしてギャップペナルティーを４とすることができる。
ＡＬＩＧＮ及びＢＬＡＳＴプログラムに加えて、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＧＡＰ、ＦＡＳＴＡ、及びＴＦＡＳＴＡプログラムが、Wisconsin遺伝学ソフトウェアパッケージ（ＧＣＧ社、Madison、Wisconsin）の一部であり、配列アラインメントを実施するのに使用できる。好ましいプログラムはＧＡＰバージョン１０であるが、このプログラムは上記Needleman and Wunsch (1970)のアルゴリズムを用いている。別段の記載がない限り、本明細書に提示する配列同一性類似性値は、以下のパラメータでＧＡＰバージョン１０、又は任意の同等のプログラムを用いて得られた値を指す。すなわち、ヌクレオチド配列の同一性％及び類似性％には、ギャップ重みを５０、ギャップ長重みを３として、ｎｗｓｇａｐｄｎａ．ｃｍｐスコアリングマトリツクスを用い；アミノ酸配列の同一性％及び類似性％には、ギャップ重みを８、ギャップ長重みを２として、ＢＬＯＳＵＭ６２スコアリングマトリツクスを用いる。「同等のプログラム」によって、ＧＡＰバージョン１０によって生成された対応するアライメントと比較した際に、問題となるいかなる２つの配列に関しても、等しいヌクレオチド残基一致又はアミノ酸残基一致と、等しい同一性比率とを有するアライメントを生成するいかなる配列比較プログラムも意図する。
（相同配列の同定及び単離）
本明細書に記載の細胞壁、細胞表面、及び分泌物のヌクレオチド配列、又はそれらの断片及び変種に対する配列同一性に基づいて同定された細胞壁、細胞表面、及び分泌物のヌクレオチド配列も、本発明によって包含される。ｃＤＮＡ又はゲノムライブラリーから、例えば、本発明の配列に実質的に同一な配列を同定するのに、ＰＣＲ又はハイブリダイゼーションなどの方法を用いることができる。例えば、Sambrook et al. (1989) Molecular Cloning: Laboratory Manual (2d ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview, New York) and Innis, et al., (1990) PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (Academic Press, .New York)を参照のこと。そのようなｃＤＮＡライブラリー及びゲノムライブラリーを構築するための方法は、当技術分野で一般に知られており、さらに、上記の参考文献にも開示されている。
ハイブリダイゼーション技法において、ハイブリダイゼーションプローブは、ゲノムＤＮＡ断片、ｃＤＮＡ断片、ＲＮＡ断片、又は他のオリゴヌクレオチドである場合があり、また、本明細書に開示する既知のヌクレオチド配列の全体から成る場合も、一部から成る場合もある。さらに、３２Ｐなどの検出可能な官能基、或いは、他の放射性同位元素、蛍光化合物、酵素、又は酵素補助因子など、いかなる他の検出可能なマーカーで、それらを標識してもよい。ハイブリダイゼーション用のプローブは、本明細書に開示する既知の細胞壁、細胞表面、及び分泌物ヌクレオチド配列に基づいた合成オリゴヌクレオチドを標識することによって生成することができる。さらに、既知の細胞壁、細胞表面、及び分泌物のヌクレオチド配列又はコードされているアミノ酸配列中で保存されているヌクレオチド残基又はアミノ酸残基に基づいて設計された縮重プライマーも用いることができる。ハイブリダイゼーションプローブは、本発明の細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のヌクレオチド配列、又はその断片若しくは変種における、連続した少なくとも約１０、好ましくは約２０、より好ましくは、５０、７５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２５０、３００、３５０、又は４００ヌクレオチドに、ストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列の領域を通常含む。様々な状件下で特異的なハイブリダイゼーションを実現するために、そのようなプローブは細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質配列の間で独特の配列を含む。ハイブリダイゼーション用のプローブ調製物は、当技術分野で一般に知られており、参照により本明細書に組み込まれているSambrook et al. (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2d ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview, New York)に開示されている。
一実施形態では、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質をコードする全ヌクレオチド配列を、新規の細胞壁、細胞表面、又は分泌物の配列及びメッセンジャーＲＮＡを同定するプローブとして用いる。別の実施形態では、このプローブは、本明細書に開示するヌクレオチド配列の断片である。実施形態の一部では、ストリンジェントな条件下でこのプローブにハイブリダイズするヌクレオチド配列の長さが、少なくとも約３００、３２５、３５０、３７５、４００、４２５、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、８００、９００、１０００、２０００、３０００、４０００、５０００、６０００、７０００、８０００、９０００、１００００、１１０００、１２０００、又は１２５００ヌクレオチドでありうる。
実質的に同一な配列は、ストリンジェントな条件下で相互にハイブリダイズするであろう。「ストリンジェントな条件」によって、その条件下で、プローブがその標的配列にハイブリダイズする程度が、他の配列に対してより、検出可能に大きい（例えば、少なくともバックグランドの２倍）ものとなる条件を意図する。通常、ストリンジェントな条件は、少なくとも約６０％、６５％、７０％、好ましくは７５％の配列同一性を有するヌクレオチドが、通常、その条件下で相互にハイブリダイズしたまま残るような、ハイブリダイゼーション及び洗浄の条件を包含する。ストリンジェントな条件は、当技術分野で公知であり、Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley & Sons, New York (1989)), 6.3.1-6.3.6.に見出すことができる。ハイブリダイゼーションは、典型的には約２４時間以内、通常は約４から約１２時間の間に起こる。
ストリンジェントな条件は、配列に依存し、異なった状況では相違するであろう。本発明によって包含される相同体及びオーソログを得るのに、完全長の核酸配列を用いる場合も、部分的な核酸配列を用いる場合もある。「オーソログ」によって、共通の祖先遺伝子に由来する遺伝子であって、種分化の結果として異なった種に見出される遺伝子を意図する。異なった種に見出された遺伝子は、それらのヌクレオチド配列、及び／又はそれらにコードされているタンパク質配列が、本明細書の他の場所で定義する実質的な同一性を共有する場合にオーソログであるとみなされる。オーソログの機能は、種相互で強く保存されていることが多い。
プローブを用いる際、ストリンジェントな条件とは、塩濃度が約１．５Ｍ Ｎａイオン未満、典型的には、ｐＨ７．０から８．３で、約０．０１から１．０Ｍ Ｎａイオン濃度（又は他の塩）であり、かつ、温度が短いプローブ（例えば１０から５０ヌクレオチド）用には少なくとも約３０℃、そして、長いプローブ（例えば５０ヌクレオチド超）用には少なくとも約６０℃である条件であろう。
ハイブリダイゼーション後の洗浄は、特異性を制御する手段となる。最終洗浄溶液のイオン強度及び温度が、２つの重要因子である。完全長か、又はほぼ完全長の標的配列にハイブリダイズする配列の検出では、ストリンジェントな条件下にある温度は、所定のイオン強度及びｐＨにおける、特定の配列の融点温度（Ｔｍ）より約５℃低く選択する。しかし、ストリンジェントな条件は、本明細書において別の方法で認定する所望の程度のストリンジェンシーに応じて、Ｔｍより１℃から２０℃の範囲で低い温度を包含するであろう。ＤＮＡ−ＤＮＡハイブリッドでは、Meinkoth and Wahl (1984) Anal. Biochem. 138:267-284の方程式：Ｔｍ＝８１．５℃＋１６．６（ｌｏｇＭ）＋０．４１（％ＧＣ）−（０．６１（％フォルム）−５００／Ｌを用いてＴｍを判定することができ；式中、Ｍは一価陽イオンのモル濃度であり、％ＧＣはＤＮＡ中のグアノシン及びシトシンヌクレオチドの割合であり、％フォルムはハイブリダイゼーション溶液中のホルムアミドの割合であり、そして、Ｌはハイブリットの長さを塩基対で表したものである。Ｔｍは、相補的な標的配列の５０％が、完全に一致したプローブにハイブリダイズする温度（特定のイオン強度及びｐＨの下で）である。
ハイブリダイゼーション条件及び／又は洗浄条件のストリンジェンシーを変えることによって、異なった程度の相同性を有する配列を検出する能力を得ることができる。１００％同一の配列を標的にする（相同プロービング）には、不一致を許容しないストリンジェンシー条件を得なければならない。ヌクレオチド残基の不一致が起こるのを許容することによって、より低い程度の類似性を有する配列を検出することができる（異種プロービング）。不一致が１％あるごとに、Ｔｍが約１℃低下し、したがって、標的とする同一性比率を有する配列のハイブリダイゼーションを許容するように、ハイブリダイゼーション条件及び／又は洗浄条件を操作することができる。例えば、＞９０％の配列同一性を有する配列が好ましい場合、Ｔｍが１０℃低下しているものとすることができる。２つのヌクレオチド配列は、それらがコードするポリペプチドが実質的に同一である場合には、ストリンジェントな条件下で相互にハイブリダイズしないにもかかわらず、実質的に同一であるかもしれない。このような状況は、例えば、遺伝コードにおける最大限のコドン縮重を用いて核酸のコピーを生成した場合に起こるかもしれない。
低ストリンジェンシー条件の例には、３０〜３５％ホルムアミド、１Ｍ ＮａＣｌ、１％ ＳＤＳ（ドデシル硫酸ナトリウム）、３７℃の緩衝溶液を用いたハイブリダイゼーション、及び１Ｘから２Ｘ ＳＳＣ（２０Ｘ ＳＳＣ＝３．０Ｍ ＮａＣｌ／Ｏ．３Ｍクエン酸３ナトリウム）中、５０〜５５℃での洗浄が含まれる。中程度ストリンジェンシー条件の例には、４０から４５％ホルムアミド、１．０Ｍ ＮａＣｌ、１％ ＳＤＳ中、３７℃でのハイブリダイゼーション、及び０．５Ｘから１Ｘ ＳＳＣ中、５５から６０℃での洗浄が含まれる。高ストリンジェンシー条件の例には、５０％ホルムアミド、１Ｍ ＮａＣｌ、１％ ＳＤＳ中、３７℃でのハイブリダイゼーション、及び０．１Ｘ ＳＳＣ中、６０から６５℃での洗浄が含まれる。任意選択で、洗浄緩衝液は、約０．１％から約１％のＳＤＳを含みうる。通常、ハイブリダイゼーションの時間は、一般的には２４時間未満、通常は約４から約１２時間である。核酸のハイブリダイゼーション行うための詳細なガイドが、Tijssen (1993) Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology - Hybridization with Nucleic Acid Probes, Part I, Chapter 2 (Elsevier, New York); Ausubel et al., eds. (1995) Current Protocols in Molecular Biology, Chapter 2 (Greene Publishing and Wiley-Interscience, New York)に見出される。Sambrook et at (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2d ed.: Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview, New York)を参照のこと。
ＰＣＲアプローチでは、対応するＤＮＡ配列を、任意の注目している生物から抽出されたｃＤＮＡ又はゲノムＤＮＡから増幅するＰＣＲ反応で使用するために、オリゴヌクレオチドプライマーを設計することができる。ＰＣＲプライマーは、長さが少なくとも約１０ヌクレオチドであることが好ましく、また、長さが少なくとも約２０ヌクレオチドであることが最も好ましい。ＰＣＲプライマーを設計する方法、及びＰＣＲクローニングの方法は、当技術分野で一般的に知られており、Sambrook et al. (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2d ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview, New York)に開示されている。Innis et al., eds. (1990) PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (Academic Press, New York)；Innis and Gelfand, eds. (1995) PCR Strategies (Academic Press: New York)；及びInnis and Gelfand, eds. (1999) PCR Methods Manual (Academic Press, New York)も参照のこと。公知のＰＣＲ法には、対にされたプライマー、入れ子にされたプライマー、単一の特異的プライマー、縮重プライマー、遺伝子特異的プライマー、ベクター特異的プライマー、部分的な不一致を有するプライマー、及び同様のものを用いた方法が含まれるが、これらに限定されるものではない。
（アッセイ）
試料中における開示のポリペプチド及び／又は核酸分子の発現、並びにそれらにおける開示の活性を検出する診断アッセイを開示する。試料中における開示の核酸、又は開示のポリペプチドを含むタンパク質の存在又は不在を検出する方法の一例では、食物製品／乳製品／飼料産物、発端培養（母、種子、原体／セット、濃縮、乾燥、凍結乾燥、凍結）、培養された食物製品／乳製品／飼料産物、栄養補助食品、バイオプロセスを行っている発酵物、又はプロバイオティック物質を摂取した対象から試料を取得し、開示のポリペプチド又は核酸（例えば、開示の核酸、又はその断片を含むｍＲＮＡ又はゲノムＤＮＡ）を検出できる化合物又は薬剤に上記試料を、開示の配列の存在が試料中に検出されるように接触させる。食物、サプリメント、培養、産物、又は対象からの試料から得られた結果は、対照の培養、産物、又は対象からの試料から得られた結果と比較することができる。
開示のヌクレオチド配列を含むｍＲＮＡ又はゲノムＤＮＡを検出する薬剤の１つは、開示のヌクレオチド配列のｍＲＮＡ又はゲノムＤＮＡにハイブリダイズできる標識されている核酸プローブである。この核酸プローブは、例えば、長さが少なくとも１５、３０、５０、１００、２５０、又は５００ヌクレオチドであって、かつ、開示の核酸配列を含むｍＲＮＡ又はゲノムＤＮＡにストリンジェントな条件下で特異的にハイブリダイズするのに十分である核酸分子など、配列番号１〜３０７のうちの奇数の核酸又はその部分などの開示の核酸分子でありうる。本発明の診断アッセイで使用するための他の適当なプローブも本明細書に記述する。
開示のポリペプチド配列を含むタンパク質を検出する薬剤の１つは、開示のポリペプチドに結合できる抗体であり、好ましくは、検出可能な標識を備えた抗体である。抗体は、ポリクローナルでもよく、より好ましくはモノクローナルである。完全な抗体、又はその断片（例えば、Ｆａｂ又はＦ（ａｂ’）２）を用いることができる。プローブ又は抗体に関して、「標識されている」という用語は、検出可能な物質をプローブ又は抗体に結合する（すなわち、物理的に連結させる）ことによって、プローブ又は抗体を直接標識することを包含し、また、直接的に標識されている別の試薬との反応性によって、プローブ又は抗体を間接標識することも包含するものとする。間接標識の例には、蛍光によって標識されている二次抗体を用いた一次抗体の検出と、蛍光標識されているストレプトアビジンで検出できるような、ビオチンによるＤＮＡプローブの末端標識とが含まれる。
「試料」という用語は、対象の中に存在するか、又は対象から単離された組織、細胞、及び生物体液を含み、さらに、発端培養からの細胞、又はそのような培養を随伴するか、或いはそのような培養の使用から得られる食物製品も含むものとする。すなわち、本発明の検出法は、試料中における、開示の配列を含むｍＲＮＡ、タンパク質、又はゲノムＤＮＡを、ｉｎ ｖｉｔｒｏ及びｉｎ ｖｉｖｏの両方で検出するのに用いることができる。開示の配列を含むｍＲＮＡを検出するｉｎ ｖｉｔｒｏ技法には、ノーザンハイブリダイゼーション及びｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションが含まれる。開示のポリペプチドを含むタンパク質を検出のためのｉｎ ｖｉｔｒｏ技法には、酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡ）、ウエスタンブロット、免疫沈降反応、及び免疫蛍光が含まれる。開示のヌクレオチド配列を含むゲノムＤＮＡを検出のためのｉｎ ｖｉｔｒｏ技法には、サザンハイブリダイゼイションが含まれる。加えて、開示のポリペプチドを含むタンパク質を検出するｉｎ ｖｉｖｏ技法には、開示のポリペプチドに対する標識抗体を対象に導入することが含まれる。例えば、抗体を放射性マーカーで標識することができ、対象の中でのその存在及び位置を、標準的な映像化技法によって検出することができる。
一実施形態では、試料は、プロバイオティック物質を摂取した試験対象からのタンパク質分子を含有する。別法として、試料は、発端培養からのｍＲＮＡ又はゲノムＤＮＡを含有するものでありうる。
本発明は、試料中における、開示の核酸、又は開示のポリペプチドを含むタンパク質の存在を検出するキットも包含する。そのようなキットは、本発明の特定のポリペプチドを発現する微生物が、食物製品若しくは発端培養、又はプロバイオティック物質を摂取した対象の中に存在しているかどうか判定するのに用いることができる。例えば、キットは、試料中における、開示のポリペプチド又はｍＲＮＡを検出できる標識された化合物又は薬剤と、試料中における、開示のポリペプチドの量を測定する手段とを含むことがある（例えば、開示のポリペプチドを認識する抗体、又は開示のポリペプチド、例えば、配列番号１〜３０７のうちの任意の偶数のものをコードするＤＮＡに結合するオリゴヌクレオチドプローブ）。キットは、そのような化合物の使用に関して詳しく述べる説明書も含むことがある。
抗体ベースのキットでは、キットは、例えば、（１）開示のポリペプチドに結合する第１の抗体（例えば、固形担体に結合している）と、任意選択で、（２）開示のポリペプチド、又は第１の抗体に結合し、かつ、検出可能な薬剤に結合している第２の異なった抗体とを含むものでありうる。オリゴヌクレオチドベースのキットでは、キットは、例えば、（１）開示の核酸配列にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、例えば検出可能に標識されているオリゴヌクレオチド、又は（２）開示の核酸分子を増幅するのに有用な一対のプライマーを含むものでありうる。
キットは、例えば、緩衝薬、保存剤、又はタンパク質安定化剤も含むことがある。キットは、検出可能な薬剤（例えば酵素又は基質）を検出するのに必要な構成要素を含むことがある。キットは、アッセイして、含まれている試験試料と比較することができる対照試料又は一連の対照試料も含むことがある。キットの各構成要素は、通常、個々の容器に入れられ、これらの様々な容器のすべてが、使用に関する説明書を伴った単一のパッケージの中にある。
一実施形態では、キットは、例えば、参照により本明細書に組み込まれている、米国特許第５４１２０８７号及び第５５４５５３１号、並びにＷＯ９５／００５３０に記載のものなど、アレイフォーマットの複数のプローブを含む。アレイで使用するためのプローブは、ＷＯ９５／００５３０に開示されているように、アレイの表面で直接合成することもできるし、アレイの表面に固定する前に合成することもできる(Gait, ed. (1984) Oligonucleotide Synthesis a Practical Approach IRL Press, Oxford, England)。プローブは、米国特許第５４１２０８７号に記載のものなど、当業者に周知の技法を用いて表面に固定することができる。プローブは、核酸配列若しくはペプチド配列、好ましくは精製されたもの、又は抗体でありうる。
アレイは、生物、試料、又は産物を、特定の配列又はタンパク質の存在又は不在を含めた、それらのゲノムｃＤＮＡ、ポリペプチド、又は抗体の内容の相違、そして、それらの物質の濃度の相違に関してスクリーニングするのに用いることができる。捕捉プローブに対する結合は、例えば、開示の核酸配列を含む核酸分子、開示のアミノ酸配列を含むポリペプチド、又は抗体に結合した標識から生成されるシグナルによって検出する。この方法は、開示の核酸、ポリペプチド、又は抗体を含む分子を、複数の捕捉プローブを有する第１のアレイ、及び異なった複数の捕捉プローブを有する第２のアレイと接触させることを含みうる。それぞれのハイブリダイゼーションの結果を比較して、第１の試料と、第２の試料との間の発現の相違を分析することができる。第１の複数の捕捉プローブは、対照試料、例えば、野生型の乳酸菌から得たもの、又は対照対象、例えば、食物、栄養補助食品、発端培養試料、または生物体液から得たものでありうる。第２の複数の捕捉プローブは、実験試料、例えば変異体型乳酸菌から得たもの、或いはプロバイオティック物質、例えば、発端培養試料又は生物体液を摂取した対象から得たものでありうる。
これらのアッセイは、微生物の選択と、不要物の検出を必須とする品質管理操作とに特に有用でありうる。特定のヌクレオチド配列又はポリペプチドの検出は、食物、発酵産物、若しくは産業微生物の遺伝子組成、又はプロバイオティクスを摂取した動物若しくはヒトの消化系に存在する微生物を判定するのに有用でありうる。
（アンチセンスヌクレオチド配列）
本発明は、アンチセンス核酸分子、すなわち、タンパク質をコードするセンス核酸に相補的な分子、例えば、二本鎖ｃＤＮＡ分子のコーディング鎖に相補的な分子、又はｍＲＮＡ配列に相補的な分子も包含する。したがって、アンチセンス核酸はセンス核酸に水素結合できる。アンチセンス核酸は、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質をコードしている鎖全体又はその一部、例えば、タンパク質コード領域（又はオープンリーディングフレーム）の全体または一部のみに相補的なものでありうる。アンチセンス核酸分子は、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質をコードするヌクレオチド配列のコード鎖の非翻訳領域に対してアンチセンスである場合もある。非翻訳領域は、コード領域に隣接し、かつ、アミノ酸に翻訳されない５’及び３’の配列である。アンチセンスヌクレオチド配列は、標的遺伝子の発現を破壊するのに有用である。対応する配列に対して７０％、好ましくは８０％、より好ましくは８５％の配列同一性を有するアンチセンスコンストラクトを用いることができる。
本明細書に開示する、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質をコードするコード鎖配列（例えば、配列番号１〜３０７のうちの奇数）を考えて、本発明のアンチセンス核酸は、ワトソン及びクリックの塩基対合法則に従って設計することができる。アンチセンス核酸分子は、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のｍＲＮＡのコード領域全体に相補的なものである場合もあるが、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のｍＲＮＡのコード領域又は非翻訳領域の一部のみに対してアンチセンスであるオリゴヌクレオチドがより好ましい。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のｍＲＮＡにおける翻訳開始部位の周辺領域に相補的なものでありうる。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、長さが約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０ヌクレオチドのものである場合もあり、或いは、長さが１００、２００ヌクレオチド、又はさらに長い場合もある。本発明のアンチセンス核酸は、当技術分野で公知の化学合成操作、及び酵素連結操作を用いて構築することができる。
例えば、アンチセンス核酸（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド）は、天然に存在するヌクレオチド、又は限定されるものではないが、例えばホスホロチオエート誘導体及びアクリジン置換ヌクレオチドを含めた、分子の生物学的安定性を増大させるため、若しくは、アンチセンス核酸とセンス核酸との間で形成された二本鎖分子の物理的安定性を増大させるために様々に修飾されたヌクレオチドを用いて、化学的に合成することができる。別法として、核酸がアンチセンスの方向にサブクローニングされている（すなわち、挿入されている核酸から転写されるＲＮＡが注目している標的核酸に対してアンチセンスの方向のものになるであろう）発現ベクターを用いて、アンチセンス核酸を生物学的に生成することもできる。
本発明のアンチセンス核酸分子は、α−アノマー核酸分子でありうる。α−アノマー核酸分子は、相補的なＲＮＡと特異的な二本鎖ハイブリットを形成し、その中では、通常のβ−ユニットとは反対に、鎖がお互いに対して平行に走っている(Gaultier et al. (1987) Nucleic Acids Res. 15:6625-6641)。アンチセンス核酸分子は、２’−ｏ−メチルリボヌクレオチド（Inoue et al. (1987) Nucleic Acids Res. 15:6131-6148）、又はキメラＲＮＡ−ＤＮＡ類似体（Inoue et al. (1987) FEBS Lett. 215:327-330）を含む場合もある。
本発明はリボザイムも包含する。リボザイムは、ｍＲＮＡなどの一本鎖核酸に対してそれが相補的な領域を有する場合に、その一本鎖核酸を切断することができるリボヌクレアーゼ活性を有する触媒ＲＮＡ分子である。リボザイム（例えばハンマーヘッド型リボザイム（Haselhoff and Gerlach (1988) Nature 334:585-591に記載））は、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のｍＲＮＡ転写物を触媒作用によって切断して、それによって、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のｍＲＮＡの翻訳を阻害するのに用いることができる。細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質をコードする核酸に対する特異性を有するリボザイムは、本明細書に開示の細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のｃＤＮＡのヌクレオチド配列（例えば配列番号１〜３０７のうちの奇数）に基づいて設計することができる。例えば、米国特許第４９８７０７１号、及び米国特許第５１１６７４２号を参照のこと。別法として、特定のリボヌクレアーゼ活性を有する触媒ＲＮＡをＲＮＡ分子のプールから選択するのに、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質のｍＲＮＡを用いることもできる。例えば、Bartel and Szostak (1993) Science 261:1411-1418を参照のこと。
本発明は、三重ら旋構造を形成する核酸分子も包含する。例えば、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の遺伝子発現は、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の調節領域（例えば、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のプロモーター及び／又はエンハンサー）に相補的なヌクレオチド配列を標的として、標的細胞内の細胞壁、細胞表面、又は分泌物タンパク質の遺伝子の転写を阻止する三重ら旋構造を形成させることによって阻害できる。Helene (1991) Anticancer Drug Des. 6(6):569: Helene (1992) Ann. N Y. Acad Sci. 660:27；及びMaher (1992) Bioassays 14(12):807を参照のこと。
一部の実施形態では、例えば分子の安定性、ハイブリダイゼーション、又は溶解性改善するために、本発明の核酸分子を塩基部分、糖部分、又はリン酸骨格で修飾することがある。例えば、核酸のデオキシリボースリン酸骨格を修飾して、ペプチド核酸を生成することができる（Hyrup et al. (1996) Bioorganic & Medicinal Chemistry 4:5を参照）。本明細書で使用する場合、「ペプチド核酸」又は「ＰＮＡ」という用語は、デオキシリボースリン酸骨格が疑似ペプチドバックボーンによって置換され、天然の４つの核酸塩基のみが保持されている核酸模倣体、例えばＤＮＡ模倣体を指す。ＰＮＡの中性バックボーンは、低イオン強度条件下でのＤＮＡ及びＲＮＡに対する特異的なハイブリダイゼーションを可能にすることが示されている。ＰＮＡオリゴマーの合成は、例えば、上記のHyrup et al. (1996)； Perry-O'Keefe et al. (1996) Proc. Natl. Acad. Sci: USA 93:14670に記載の標準的な固相ペプチド合成プロトコールを用いて実施できる。
ＰＮＡは、例えば転写又は翻訳の停止を誘導するか、或いは複製を阻害することによって、遺伝子発現の配列特異的な変調を行うためのアンチセンス薬剤又は抗原薬剤として用いることができる。本発明のＰＮＡは、例えば、ＰＮＡを標的としたＰＣＲクランプ法によって；他の酵素、例えばＳ１ヌクレアーゼと併用した際の人工制限酵素として（Hyrup (1996)、同上）；又はＤＮＡ配列及びハイブリダイゼーション用のプローブ又はプライマーとして（Hyrup (1996)、同上；Perry-O'Keefe et al. (1996)、同上）、例えば、遺伝子内の単一塩基対変異の分析に用いることができる。
別の実施形態では、例えば、それらの安定性、特異性、又は細胞内取込みを促進するために、親油基又は他の補助基（helper group）をＰＮＡに結合させることによって、ＰＮＡ−ＤＮＡキメラを形成させることによって、或いは、リポソーム、又は当技術分野で公知の、薬物送達の他の技法を使用することよって、細胞壁、細胞表面、又は分泌物の分子のＰＮＡを修飾することができる。ＰＮＡ−ＤＮＡキメラの合成は、Hyrup (1996)、同上；Finn et al. (1996) Nucleic Acids Res. 24(17):3357-63；Mag et al. (1989) Nucleic Acids Res. 17:5973；及びPeterson et al. (1975) Bioorganic Med. Chem. Lett. 5:1119に記載されている通りに実施できる。
（融合タンパク質）
本発明は、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のキメラタンパク質又は融合タンパク質も含む。細胞壁、細胞表面、又は分泌物の「キメラタンパク質」又は「融合タンパク質」は、細胞壁、細胞表面又は分泌物ではないポリペプチドに作用可能に連結した細胞壁、細胞表面、又は分泌物のポリペプチドを含む。「細胞壁、細胞表面、又は分泌物のポリペプチド」は、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドを指し、一方、「細胞壁、細胞表面又は分泌物ではないポリペプチド」は、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質に実質的に同一ではないタンパク質に対応するアミノ酸配列を有するポリペプチドであって、同じ生物又は異なった生物に由来するポリペプチドを指す。細胞壁、細胞表面、又は分泌物の融合タンパク質の内部で、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のポリペプチドは、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の全体に対応することも、その部分に対応することもあるが、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質における少なくとも１つの生物学的に活性な部分を含むことが好ましい。この融合タンパク質の内部で、「作用可能に連結した」という用語は、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のポリペプチドと、細胞壁、細胞表面、は分泌物ではないポリペプチドとが、インフレームで相互に融合していることを示すものとする。細胞壁、細胞表面、又は分泌物ではないポリペプチドは、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のポリペプチドのＮ末端に融合する場合も、Ｃ末端に融合する場合もある。
連結されているコード配列を発現することによって、融合タンパク質を形成する、連結されている２つの異種アミノ酸配列が結果として得られる。担体配列（細胞壁、細胞表面、又は分泌物ではないポリペプチド）は、細菌宿主における融合タンパク質の発現を増強又は増大させる担体ポリペプチドをコードすることがある。融合タンパク質における、担体配列によってコードされている部分（すなわち担体ポリペプチド）は、タンパク質断片、機能性部分の全体、又はタンパク質配列全体でありうる。加えて、担体領域すなわち担体ポリペプチドは、その担体ポリペプチドに特異的な抗体又はアフィニティー精製を用いた、融合タンパク質の精製に使用されるように設計することもできる。同様に、融合タンパク質の選択的な精製を可能にするために、担体ポリペプチドの物理学的特性を利用することもできる。
具体的な当該の担体ポリペプチドには、スーパーオキシドジスムターゼ（ＳＯＤ）、マルトース結合タンパク質（ＭＢＰ）、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、Ｎ末端ヒスチジン（Ｈｉｓ）タグ、及び同様のものが含まれる。このリストは、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の発現を増強するいかなる担体ポリペプチドとしても、本発明の方法において使用できる融合タンパク質としても、限定するものではない。
一実施形態では、融合タンパク質が、ＧＳＴと細胞壁、細胞表面、又は分泌物との融合タンパク質であり、その中では、細胞壁、細胞表面、又は分泌物の配列がＧＳＴ配列のＣ末端に融合している。別の実施形態では、融合タンパク質が、細胞壁、細胞表面、又は分泌物と免疫グロブリンとの融合タンパク質であり、その中では、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の全体または一部が免疫グロブリンタンパク質ファミリーのメンバーに由来する配列に融合している。本発明の細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質と免疫グロブリンとの融合タンパク質は、細胞壁、細胞表面、又は分泌物に対する抗体を、対象で生成するための免疫原として用いたり、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のリガンドを精製するのに用いたり、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質と、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のリガンドとの相互作用を阻害する分子を同定するスクリーニングアッセイに用いたりすることができる。
当業者ならば、具体的な担体ポリペプチドは、精製スキームを考慮して選択されることを認めるであろう。例えば、Ｈｉｓタグ、ＧＳＴ、及びマルトース結合タンパク質は、容易に利用できるアフィニティーカラムであって、それにそれらのポリペプチドを結合させて、溶出することができるアフィニティーカラムが存在する担体ポリペプチドを代表するものである。したがって、担体ポリペプチドがヘキサヒスチジン（Ｈｉｓ６タグ）などのＮ末端Ｈｉｓタグである場合、細胞壁、細胞表面、又は分泌物の融合タンパク質を、金属キレート樹脂、例えば、ニッケルニトリロ三酢酸（Ｎｉ−ＮＴＡ）、ニッケルイミノ二酢酸（Ｎｉ−ＩＤＡ）、及びコバルト含有樹脂（Ｃｏ樹脂）を含むマトリックスを用いて精製することができる。例えば、参照により本明細書に全体として組み込まれている、Steinert et al. (1997) QIAGEN News 4:11-15を参照のこと。担体ポリペプチドがＧＳＴである場合には、細胞壁、細胞表面、又は分泌物の融合タンパク質を、グルタチオンアガロースビーズ（Sigma社又はPharmacia Biotech社）を含むマトリックスを用いて精製することができ；担体ポリペプチドがマルトース結合タンパク質（ＭＢＰ）である場合には、細胞壁、細胞表面、又は分泌物の融合タンパク質を、アミロースによって誘導体化されたアガロース樹脂を含むマトリックスを用いて精製することができる。
本発明のキメラタンパク質又は融合タンパク質は、標準的な組換えＤＮＡ技法で生成することが好ましい。例えば、異なったポリペプチド配列をコードするＤＮＡ断片を一つにインフレームに連結してもよく、或いは、ＤＮＡ自動合成機などで融合遺伝子を合成することもできる。別法として、遺伝子断片のＰＣＲ増幅は、後で、アニーリングして、さらに再増幅することでキメラ遺伝子配列を生成することができる、連続した２つの遺伝子断片の間に相補的なオーバーハングをもたらすアンカープライマーを用いて実行することもできる（例えば、Ausubel et al., eds. (1995) Current Protocols in Molecular Biology (Greene Publishing and Wiley-Interscience, New York)を参照）。さらに、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質をコードする核酸を、市販されている発現ベクターに、既存の融合部分にインフレームに連結されるようにクローニングすることもできる。
融合タンパク質発現ベクターは、通常、担体ポリペプチドを除去するのが容易で、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質が、それに付随する天然の生物活性を保持できるように設計する。融合タンパク質を切断する方法は当技術分野で公知である。例えば、Ausubel et al., eds. (1998) Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley & Sons, Inc.)を参照のこと。融合タンパク質の化学的切断は、臭化シアン、２−（２−ニトロフェニルスルフェニル）−３−メチル−３’−ブロモインドレニン、ヒドロキシルアミン、又は低ｐＨなどの試薬で実行できる。化学的切断は、そうしないと不溶性となる融合タンパク質を切断するために、変性条件下で実行することが多い。
細胞壁、細胞表面、又は分泌物のポリペプチドを担体ポリペプチドから分離することが望しく、かつ、これらの融合ポリペプチド間の接合部の切断部位が天然には存在しない場合、特異的なプロテアーゼ切断部位を含有して、担体ポリペプチドの酵素による切断及び除去が促進されるように融合コンストラクトを設計することができる。この様にして、所定の酵素に特異的な切断部位を有するペプチドのコード配列を含むリンカー配列を、担体ポリペプチド（例えば、ＭＢＰ、ＧＳＴ、ＳＯＤ、又はＮ末端Ｈｉｓタグ）のコード配列と、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のポリペプチドのコード配列との間にインフレームに融合させることができる。切断部位に対する特異性を有する適当な酵素には、因子Ｘａ、トロンビン、エンテロキナーゼ、レミン（remin）、コラゲナーゼ、及びタバコエッチウイルス（ＴＥＶ）プロテアーゼが含まれるが、これらに限定されない。これらの酵素の切断部位は当技術分野で周知である。したがって、例えば、担体ポリペプチドを、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のポリペプチドから切断するのに、因子Ｘａを用いる場合には、因子Ｘａに感受性の切断部位、例えば、ＩＥＧＲという配列をコードするリンカー配列を含むように融合コンストラクトを設計することができる（例えば、参照により本明細書に組み込まれている、Nagai and Thogersen (1984) Nature 309:810-812；Nagai and Thogersen (1987) Meth. Enzymol. 153:461-481；及びPryor and Leiting (1997) Protein Expr. Purif. 10(3):309-319を参照のこと）。担体ポリペプチドを、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のポリペプチドから切断するのにトロンビンを用いる場合には、トロンビンに感受性の切断部位、例えば、ＬＶＰＲＧＳ又はＶＩＡＧＲという配列をコードするリンカー配列を含むように融合コンストラクトを設計することができる（例えば、それぞれ、Pryor and Leiting (1997) Protein Expr. Purif. 10(3):309-319、及びHong et al. (1997) Chin. Med. Sci. J. 12(3):143-147を参照のこと；これらの開示を参照により本明細書に組み込む）。ＴＥＶプロテアーゼの切断部位は当技術分野で公知である。例えば、参照により全体として本明細書に組み込まれている米国特許第５５３２１４２号に記載の切断部位を参照のこと。Ausubel et al., eds. (1998) Current Protocols in Molecular Biology (John Wiley & Sons, Inc.), Chapter 16の考察も参照のこと。
本発明の融合タンパク質は、「細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質」の全体又は部分を利用して、外来のペプチド及びタンパク質の指向性を細胞壁、細胞表面、又は分泌にすることができる。細胞壁、細胞表面、又は細胞による分泌への指向性は、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質にあるシグナル配列、分泌シグナル、又はＬＰＸＴＧ様（配列番号３０８）モチーフの結果として生じる。天然の細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質が細胞壁又は細胞表面に結合するか、或いは分泌されるのを可能にする機能領域は、下記の通り、細胞壁、細胞表面、又は分泌物ではないタンパク質が分泌されるか、或いは、同じ生物又は異なる生物の細胞壁又は細胞表面に結合するのが可能となるように融合させることができる。
（抗体）
細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質に特異的に結合する抗体を生成するか、又はｉｎ ｖｉｖｏで抗体の産生を刺激するイムノゲンとして、本発明の単離されたポリペプチドを用いることができる。イムノゲンとして、完全長の細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質を用いることもできるし、或いはその代わりに、本明細書に記載の、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の抗原性ペプチド断片を用いることもできる。細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の抗原性ペプチドは、配列番号１〜３０７のうちの偶数のいずれに示されているアミノ酸配列でも、そのうちの少なくとも８、好ましくは１０、１５、２０、又は３０アミノ酸残基を含み、かつ、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のエピトープを包含して、それによって、そのペプチドに対して産生された抗体が、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質と特異的な免疫複合物を形成する。抗原性ペプチドに包含される好ましいエピトープは、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の領域であって、そのタンパク質の表面に位置している領域、例えば、親水性の領域である。
（組換え体の発現ベクター及び宿主細胞）
本発明の核酸分子は、ベクター、好ましくは発現ベクターに含まれていてもよい。「ベクター」は、それが連結されている別の核酸を輸送することができる核酸分子を指す。発現ベクターは、１つ又は複数の調節配列を含み、それらが操作可能に連結されている遺伝子の発現を指示する。「操作可能に連結されている」によって、注目しているヌクレオチド配列が、そのヌクレオチド配列の発現が可能になるように（例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏの転写系／翻訳系で、或いは、ベクターが宿主細胞に導入される場合には、宿主細胞で）、調節配列に連結されていることを意図する。「調節配列」という用語には、制御可能な転写プロモーター、オペレーター、エンハンサー、転写ターミネーター、及び翻訳調節配列など、他の発現制御エレメントが含まれるものとする（例えば、シャイン−ダルガルノコンセンサス配列、開始コドン、及び終止コドン）。これらの調節配列は、例えば使用される宿主細胞に応じて、異なるであろう。
ベクターは、宿主細胞内で自律的に複製されることもあるし（エピソームベクター）、或いは、宿主細胞のゲノムに組み込まれて、宿主ゲノムと共に複製されることもある（非エピソープ哺乳類ベクター）。組み込み型ベクターは、通常、細菌染色体に相同な配列を少なくとも１つ含有し、それによって、ベクターと、細菌染色体とにある相同なＤＮＡの間で組み換えが起こるのを可能にしている。組み込み型ベクターは、バクテリオファージ又はトランスポゾンの配列も含むことがある。エピソームベクター又はプラスミドは、その中にＤＮＡセグメントを追加して連結することができる環状の二本鎖ＤＮＡループである。組み換えＤＮＡ技法を用いる場合には、通常、宿主内での安定した維持が可能なプラスミドが、発現ベクターの好ましい形態である。
本発明に包含される発現コンストラクト又はベクターは、宿主細胞内での核酸の発現に適した形態にある本発明の核酸コンストラクトを含む。原核細胞の宿主細胞における発現も、本発明に包含される。発現ベクターの設計が、形質転換される宿主細胞の選択、所望のタンパク質発現レベルなどの因子に依存しうることを、当業者ならば理解するであろう。本発明の発現ベクターを宿主細胞に導入して、それによって、融合タンパク質又はペプチドを含めた、本明細書に記載の核酸によってコードされているタンパク質又はペプチド（例えば、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質、変異体型の細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質；融合タンパク質など）を生成することができる。
調節配列には、ヌクレオチド配列の構成的な発現を指示するものと、ある特定の環境条件下でのみヌクレオチド配列の誘導性の発現を指示するものとが含まれる。細菌性ＲＮＡポリメラーゼに結合して、ｍＲＮＡへのコード配列（例えば構造遺伝子）の転写を下流（３’）で開始することができるいかなるＤＮＡ配列も、細菌性プロモーターである。プロモーターは転写開始領域を有するであろう。そして、転写開始領域は、通常、コード配列の５’末端近傍に配置される。この転写開始領域は、通常、ＲＮＡポリメラーゼ結合部位と、転写開始部位とを含む。細菌性プロモーターは、オペレーターと呼ばれる第２のドメインも有することがある。オペレーターは、ＲＮＡ合成が始まる、隣接のＲＮＡポリメラーゼ結合部位と重複する場合もある。オペレーターは、負に調節された（誘導性）転写を可能にするが、それは、遺伝子リプレッサータンパク質がオペレーターに結合して、それによって特定の遺伝子の転写を阻害する可能性があるためである。構成的な発現は、オペレーターなどの負の調節エレメントの非存在下に起こりうる。さらに、遺伝子活性化タンパク質結合配列によって、正の調節が実現される場合もある。この配列は、存在する場合には、通常、ＲＮＡポリメラーゼ結合配列の近傍（５’）にある。
遺伝子活性化タンパク質の一例に、カタボライト遺伝子活性化タンパク質（ＣＡＰ）があるが、これは、大腸菌（Escherichia coli）のｌａｃオペロンの転写開始を補助する(Raibaud et al. (1984) Annu. Rev. Genet. 18:173)。したがって、調節性の発現は、正の場合も、負の場合もあり、それによって転写が促進されるか、又は抑制される。正及び負の調節エレメントの他の例は当技術分野で周知である。タンパク質発現系に含めることのできる様々なプロモーターには、Ｔ７／ＬａｃＯハイブリッドプロモーター、ｔｒｐプロモーター、Ｔ７プロモーター、ラクトースプロモーター、及びバクテリオファージλプロモーターが含まれるが、これらに限定されない。在来のプロモーター又は異種プロモーターを含めた、いかなる適当なプロモーターも、本発明を実行するのに使用できる。異種プロモーターは、構成的に活性であることも、誘導性であることもある。異種プロモーターの非限定な例は、米国特許第６２４２１９４号に示されている。
代謝経路の酵素をコードする配列は、特に有用なプロモーター配列を提供する。それらの例には、ガラクトース、ラクトース（ｌａｃ）(Chang et al. (1987) Nature 198:1056)、及びマルトースなど、糖を代謝する酵素に由来するプロモーター配列が含まれる。追加の例には、トリプトファンなどの生合成酵素（ｔｒｐ）に由来するプロモーター配列（Goeddel et al. (1980) Nucleic Acids Res. 8:4057; Yelverton et al. (1981) Nucleic Acids Res. 9:731；米国特許第４７３８９２１号；欧州特許公開第３６７７６号及び第１２１７７５号）が含まれる。ベータラクタマーゼ（ｂｌａ）プロモーターシステム（Weissmann, (1981) "The Cloning of Interferon and Other Mistakes," in Interferon 3 (ed. I. Gresser)）；バクテリオファージラムダＰＬ（Shimatake et al: (1981) Nature 292:128）；アラビノース誘導性ａｒａＢプロモーター（米国特許第５０２８５３０号）；及びＴ５（米国特許第４６８９４０６号）プロモーターシステムも有用なプロモーター配列を提供する。大腸菌（E.coli）の発現系について論じている、Balbas (2001) Mal. Biotech. 19:251-267も参照のこと。
さらに、天然には存在しない合成プロモーターも細菌性プロモーターとして機能する。例えば、ある細菌性プロモーター又はバクテリオファージプロモーターの転写活性化配列を、別の細菌性プロモーター又はバクテリオファージプロモーターのオペロン配列に連結されて、合成のハイブリッドプロモーターを生成することもできる（米国特許第４５５１４３３号）。例えば、ｔａｃプロモーター（Amann et al. (1983) Gene 25:167; de Boer et al. (1983) Proc. Natl. Acad. Sci. 80:21）、及びｔｒｃプロモーター（Brosius et al. (1985) J. Biol. Chem. 260:3539-3541）は、ｔｒｐプロモーターと、ラックリプレッサーによって調節されるｌａｃオペロン配列との両方で構成されるハイブリッドｔｒｐ−ｌａｃプロモーターである。ｔａｃプロモーターは、誘導性調節配列としての追加の機能も有する。したがって、ｔａｃプロモーターに作用可能に連結されているコード配列の発現は、細胞培養で、例えば、イソプロピル−１−チオ−β−Ｄ−ガラクトシド（ＩＰＴＧ）を添加することによって、誘導することができる。さらに、細菌性プロモーターは、細菌性ＲＮＡポリメラーゼに結合して、さらに転写を開始する能力を有する、細菌以外の出自の、天然に存在するプロモーターを含むこともある。原核生物のなんらかの遺伝子の発現を高レベルに生成するために、細菌以外の出自の、天然に存在するプロモーターを、適合性のあるＲＮＡポリメラーゼと共役させることもできる。バクテリオファージＴ７ ＲＮＡポリメラーゼ／プロモーターシステムは、共役プロモーターシステムの例である（Stadier et al. (1986) J. Mol. Biol. 189:113; Tabor et al. (1985) Proc. Natl. Acad. Sci. 82:1074）。加えて、ハイブリッドプロモーターは、バクテリオファージプロモーターと、大腸菌（E.coli）オペレーター領域とで構成されることもある（欧州特許第２６７８５１号）。
ベクターは、そのプロモーターのリプレッサー（又は誘導物質）をコードする遺伝子をさらに含有しうる。例えば、本発明の誘導性ベクターは、ＬａｃＩリプレッサータンパク質をコードする遺伝子を発現することによって、Ｌａｃオペレーター（ＬａｃＯ）からの転写を調節するものでありうる。他の例には、ｐＲｅｃＡの発現を調節するためのｌｅｘＡ遺伝子の使用、及びｐｔｒｐを調節するためのｔｒｐＯの使用が含まれる。抑制の程度を増強する（例えば、ｌａｃＩｑ）か、或いは誘導の様式を改変する（例えば、λｐＬに熱誘導性を与えるλＣＩ８５７、又はλｐＬに化学誘導性を与えるλＣＩ＋）そのような遺伝子のアレルを利用することもできる。
機能的なプロモーター配列に加えて、効率的なリボゾーム結合部位も、融合コンストラクトの発現に有用である。原核生物では、リボゾーム結合部位は、シャイン−ダルガルノ（ＳＤ）配列と呼ばれ、開始コドン（ＡＴＧ）と、開始コドンの３〜１１ヌクレオチド上流にある長さ３〜９ヌクレオチドの配列とを含む(Shine et al. (1975) Nature 254:34)。ＳＤ配列は、ＳＤ配列と細菌１６ＳリボソームＲＮＡの３’末端との間の塩基対合によって、リボゾームに対するｍＲＮＡの結合を促進すると考えられている（Steitz et al. (1979) "Genetic Signals and Nucleotide Sequences in Messenger RNA," in Biological Regulation and Development: Gene Expression (ed. R. F. Goldberger, Plenum Press, NY）。
細胞壁及び細胞表面のタンパク質も、細菌における細胞壁又は細胞表面のポリペプチドの分泌を提供するシグナルペプチド配列断片を含むタンパク質をコードするキメラＤＮＡ分子を生成することによって、細胞から分泌されることがある（米国特許第４３３６３３６号）。シグナル配列断片は、通常、細胞からのタンパク質の分泌を指示する、疎水性アミノ酸で構成されるシグナルペプチドをコードする。タンパク質は、増殖培地（グラム陽性細菌）か、細胞の内膜と外膜との間に位置する細胞膜周辺腔（グラム陰性菌）のいずれかに分泌される。シグナルペプチド断片と、細胞壁、細胞表面、及び分泌物のタンパク質との間にコードされたプロセシング部位が存在し、このプロセシング部位は、ｉｎ ｖｉｖｏ又はｉｎ ｖｉｔｒｏのいずれかで切断できるものであることが好ましい。
適当なシグナル配列をコードするＤＮＡは、大腸菌（E.coli）の外膜タンパク質遺伝子（ｏｍｐＡ）（Masui et al. (1983) FEBS Lett. 151(1):159-I64; Ghrayeb et al. (1984) EMBOJ 3:2437-2442）、及び大腸菌（E.coli）アルカリホスファターゼシグナル配列（ｐｈｏＡ）（Oka et al. (1985) Proc. Natl. Acad Sci. 82:7212）など、細菌の分泌タンパク質の遺伝子から得ることができる。他の原核細胞シグナルには、例えば、ペニシリン分解酵素Ｉｐｐからのシグナル配列；又は熱安定性エンテロトキシンＩＩのリーダー配列が含まれる。
アシドフィルス菌（L.acidophilus）などの細菌は、通常、開始コドンＡＴＧを利用し、これはアミノ酸のメチオニン（これは、原核生物内でＮ−ホルミルメチオニンに修飾される）を指定する。細菌は、ＧＴＧ及びＴＴＧというコドンのなど、代替の開始コドンも認識するが、これらはそれぞれ、バリンと、ロイシンとをコードする。しかし、それらが開始コドンとして使用される場合、通常、これらのコドンは、それらがコードしているアミノ酸ではなくメチオニンの取込みを指示する。アシドフィルス菌ＮＣＦＭは、これらの代替のスタート部位を認識して、メチオニンを最初のアミノ酸として組み込む。
通常、細菌によって認識される転写終結配列は、翻訳終止コドンの３’に位置する調節領域であり、したがって、プロモーターと共にコード配列を挟み込む。これらの配列は、ＤＮＡによってコードされている、ポリペプチドに翻訳可能なｍＲＮＡの転写を指示する。転写終結配列は、頻写の終了を補助するステムループ構造を形成できるＤＮＡ配列（約５０ヌクレオチドの）を含むことが多い。これらの例には、大腸菌（E.coli）のｔｒｐ遺伝子、そして、他の生合成遺伝子など、強いプロモーターを有する遺伝子に由来する転写終結配列が含まれる。
発現ベクターは、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質配列が調節領域の転写調節下となるように、その配列を挿入するための複数の制限部位を有する。ベクターを確実に細胞内に維持するための選択的マーカー遺伝子も、発現ベクターに含めることができる。好ましい選択的マーカーには、アンピシリン、クロラムフェニコール、エリスロマイシン、カナマイシン（ネオマイシン）、及びテトラサイクリンなどの薬物に対する抵抗性を与えるものが含まれる(Davies et al. (1978) Annu. Rev. Microbial. 32:469)。選択的マーカーは、最少培地上で、又は毒性代謝物質の存在下で細胞が増殖するのを可能にするものでもよく、これには、ヒスチジン、トリプトファン、及びロイシンの生合成経路の遺伝子など、生合成遺伝子が含まれる。
調節領域は、本発明の宿主、細胞、及び／又はヌクレオチド配列にとって、在来（同種）のものであることも、或いは外来（異種）のものであることもある。調節領域は、天然のものであることも、合成であることもある。その領域が、宿主細胞にとって「外来」、すなわち「異種」である場合には、その領域が導入される、自然状態の細胞で、その領域が見出されないことが意図されている。その領域が本発明の細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のヌクレオチド配列に「外来」、すなわち「異種」である場合、作用可能に連結している、本発明の細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のヌクレオチド配列にとって、その領域は、在来のものでも、天然に存在する領域でもないことが意図されている。そのような領域は、例えば、ファージ由来のものでありうる。これらの配列は、異種の調節領域を用いて発現するのが望ましいが、在来の領域を用いることもできる。場合によっては、そのようなコンストラクトによって、宿主細胞における、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質の発現レベルが変化を受けることも予測されよう。したがって、宿主細胞の表現型が変化を受けることもあろう。
発現カセットを調製する際には、適切な配向性を有し、必要に応じて、適当なリーディングフレーム中にあるＤＮＡ配列を提供するために、様々なＤＮＡ断片が操作されることがある。このような目的で、ＤＮＡ断片を連結するのに、アダプター又はリンカーが利用されることがあり、或いは、好都合な制限部位、不必要なＤＮＡの除去、制限部位の除去、又は同様のもの提供するのに、他の操作が行われることもある。このために、ｉｎ ｖｉｔｒｏ変異誘発、プライマー修復、制限、アニーリング、再置換、例えば、転移及び転換が行われこともある。
本発明は、その発現ベクターにアンチセンスの方向にクローニングされている本発明のＤＮＡ分子を含む組換え体発現ベクターも提供する。すなわち、このＤＮＡ分子は、細胞壁、細胞表面、又は分泌物のタンパク質のｍＲＮＡに対してアンチセンスのＲＮＡ分子の発現（ＤＮＡ分子の転写による）が可能となる様式で、調節配列に作用可能に連結している。アンチセンスの方向にクローニングされた核酸に作用可能に連結している調節配列は、アンチセンスＲＮＡ分子の連続的又は誘導性の発現を指示するように選択することができる。アンチセンス発現ベクターは、組換え体のプラスミド又はファージミドの形態をとりうるが、この形態において、アンチセンス核酸が高効率の調節領域の制御下に生成され、この調節領域の活性は、ベクターがその中に導入された細胞型によって決定されることがある。アンチセンス遺伝子を用いた遺伝子発現の調節に関する考察には、Weintraub et al. (1986) Reviews Trends in Genetics, Vol. 1(1)を参照のこと。
別法として、上記の構成要素のいくつかを、形質転換ベクターに併せて入れることもできる。形質転換ベクターは、通常、選択的マーカーで構成され、複製単位によって維持されるか、或いは、上述のように、組み込み型ベクターへと展開される。
（微生物又は細菌宿主細胞）
指定の核酸配列又はタンパク質を含有する細菌の生成、そのような細菌の発端培養の調製、及び基質、特に乳などの食物基質を発酵させる方法は、公知の技法に従って実行することができる。
核酸分子に関する場合、「導入」によって、従来の形質転換又は形質移入の技法、或いはファージを媒介にした感染によって、原核細胞に導入することを意図する。本明細書で使用する場合、「形質転換」、「形質導入」、「接合」、及び「原形質融合」は、リン酸カルシウム若しくは塩化カルシウム共沈殿、ＤＥＡＥデキストランを媒介にした形質移入、リポフェクション、又はエレクトロポレーションを含めた、宿主細胞に外来核酸（例えばＤＮＡ）を導入する、当技術分野技術で承認されている様々な技法を指すものとする。宿主細胞を形質転換又は形質移入するのに適した方法は、Sambrook et al. (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual (2d ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview, New York)、及び他の実験室マニュアルに見出すことができる。本発明のポリペプチド又は微生物に関する場合、「導入」によって、食物摂取、局所適用、鼻腔内、座薬、泌尿生殖器、又は経口適用によってポリペプチド又は微生物を宿主に導入することを意図する。
本発明の細胞壁、細胞表面、及び分泌物のポリペプチドを生成するのに使用される細菌細胞は、概ね、Sambrook et al. (1989) Molecular Cloning, A Laboratory Manual (2d ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview, New York)に記載されている適当な培地中で培養する。
（機能及びアッセイ）
周辺質溶質結合タンパク質（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１２９７）などのタンパク質の結合活性を測定するアッセイは、当技術分野で周知である（例えば、Hosie et al. (2001) MoL Microbiol. 40: 1449-59；Hazlett et al. (2003) J. Biol. Chem. 278:20687-20694を参照）。本発明の周辺質溶質結合タンパク質には、配列番号２のタンパク質が含まれる。
Ｏ−グリコシル加水分解酵素などのグリコシル加水分解酵素（ＥＣ ３．２．１．−）は、２つ以上の炭化水素の間、又は炭化水素と非炭化水素部分との間にあるグリコシド結合を加水分解する酵素の広範なグループである。グリコシル加水分解酵素ファミリー３２（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００２５１）は、いくつかの既知の活性を有する酵素、すなわち、インベルターゼ（ＥＣ：３．２．１．２６）；イヌリナーゼ（ＥＣ：３．２．１．７）；レバナーゼ（ＥＣ：３．２．１．６５）；エキソイヌリナーゼ（ＥＣ：３．２．１．８０）；スクロース：スクロース１−フルクトシルトランスフェラーゼ（ＥＣ：２．４．１．９９）；及びフルクタン：フルクタン１−フルクトシルトランスフェラーゼ（ＥＣ：２．４．１．１００）を含む。本発明のグリコシル加水分解酵素ファミリー３２タンパク質には、配列番号１０のタンパク質が含まれる。
グリコシド加水分解酵素ファミリー３１（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１０５５）は、いくつかの既知の活性を有する酵素、すなわち、グルコシダーゼ（ＥＣ：３．２．１．２０）；ガラクトシダーゼ（ＥＣ：３．２．１．２２）；グルコアミラーゼ（ＥＣ：３．２．１．３）；スクラーゼ−イソマルターゼ（ＥＣ：３．２．１．４８）（ＥＣ：３．２．１．１０）；キシロシダーゼ（ＥＣ：３．２．１）；グルカンリアーゼ（ＥＣ：４．２．２．１３）を含む。本発明のグリコシル加水分解酵素ファミリー３１タンパク質には、配列番号２６２、２６４、及び２６８のタンパク質が含まれる。
加水分解酵素活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Avigad and Bauer (1966) Methods Enzymol. 8:621-628；Neumann and Lampen (1967), Biochemistry 6:468-475；Henry and Darbyshire (1980) Phytochemistry 19:1017-1020）。
アルファアミラーゼ（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００１２８）はグリコシル加水分解酵素のファミリー１３として分類される。アルファアミラーゼの構造は、活性部位を含有する、８ストランドのアルファ／ベータバレルと、これを中断し、ベータストランド３及びアルファヘリックス３の間に突出する約７０アミノ酸のカルシウム結合ドメインと、Ｃ末端のギリシアキーベータバーレルドメインとからなる。アルファアミラーゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Das et al. (2004) Biotechnol. Appl. Biochern. Mar 25; Grzybowska et al. (2004) Mol. Biotechnol. 26:101-110を参照）。本発明のアルファアミラーゼタンパク質には、配列番号２６０、２６６、２７０、２７２、２７４、２７６、及び２７８のタンパク質が含まれる。
アルファアミラーゼＮ末端ｉｇ様ドメインを含有する酵素は、グリコシル加水分解酵素のファミリー１３（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２９０３）に属する。マルトース生成アミラーゼは、デンプンをマルトースに変換する際に、鎖の非還元端からマルトース残基を連続的に除去するために、多糖の（１−４）−Ｄ−グルコシド結合の加水分解を促進する酵素である。他の酵素には、プルランをパノースに加水分解するネオプルラナーゼと、シクロデキストリンを加水分解するシクロマルトデキストリナーゼとが含まれる。本発明のアルファアミラーゼＮ末端ｉｇ様ドメインタンパク質には、配列番号２７４が含まれる。
イソアミラーゼＮ末端ドメインを含有する酵素は、グリコシル加水分解酵素のファミリー１３（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２９２２）に属する。このドメインは、分岐を有する基質に作用する様々な酵素、すなわち、イソアミラーゼ、プルラナーゼ、及び分岐酵素に見出される。イソアミラーゼは、グリコーゲン、アミロペクチン、及びデキストリンの１，６−Ｄ−グルコシド分枝結合を加水分解し；１，４−グルカン分枝酵素は、グリコーゲンの１，６−グルコシド結合の形成に機能し；そして、プルラナーゼは、デンプン脱分枝酵素である。本発明のイソアミラーゼＮ末端ドメインタンパク質には、配列番号２７２のタンパク質が含まれる。
表層タンパク質は、細菌の最外層細胞エンベロープ成分の層を形成する糖タンパクであり、細胞外酵素の付着構造として、又は細胞形態の決定因子として機能しうる。ｓ層タンパク質の構造機能関係を測定するアッセイは、当技術分野で周知である（例えば、Sleytr et al. (1997) Trends Biotechnol. 15:20-26; Olabarria et al. (1996) J. Bacteriol. 178:4765-4772を参照のこと）。本発明の表層タンパク質には、配列番号６２のタンパク質が含まれる。
Ｎ−アセチルムラモイル−Ｌ−アラニンアミダーゼファミリーのタンパク質（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１５１０）には、Ｎ−アセチルムラモイル−Ｌ−アラニンアミダーゼ活性（ＥＣ：３．５．１．２８）を有する亜鉛アミダーゼが含まれる。この酵素ドメインは、細菌細胞壁のＮ−アセチルムラモイルとＬ−アミノ酸との間のアミド結合を切断する（Ｄ−ラクチル−Ｌ−Ａｌａを選択的に）。アミダーゼ活性を測定する方法は当技術分野で周知である（例えば、Wang et al. (2003) J. Biol. Chem. 278:49044-52；Gelius et. al. (2003) Biochem Biophys Res Commun. 306:988-94を参照）。本発明のＮ−アセチルムラモイル−Ｌ−アラニンアミダーゼタンパク質には、配列番号８２のタンパク質が含まれる。
ＦｔｓＷ、ＲｏｄＡ、及びＳｐｏＶＥなどのタンパク質は、細胞周期過程に関与する内在性膜タンパク質である（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１０９８）。細胞周期タンパク質の活性をアッセイする方法は当技術分野で周知である（例えば、Vinella et al. (1993) J. Bacteriol. 175:6704-6710を参照）。本発明の細胞周期タンパク質には、配列番号９２及び２８６のタンパク質が含まれる。
Ｍｕｒリガーゼファミリータンパク質には、ＥＣ番号６．３．２−を有する多数の近縁のリガーゼ酵素が含まれる。このファミリーには、ＭｕｒＣ、ＭｕｒＤ、ＭｕｒＥ、ＭｕｒＦ、Ｍｐｌ、及びＦｏｌＣが含まれる。ＭｕｒＣ、ＭｕｒＤ、ＭｕｒＥ、及びＭｕｒＦは、ペプチドグリカン合成における連続したステップの触媒を行う。ペプチドグリカンは、２種類の糖誘導体によるシートからなり、これらのうちの１つであるＮ−アセチルムラミン酸が小さなペンタペプチドに結合している。このペンタペプチドは、Ｌ−アラニン、Ｄ−グルタミン酸、メソ−ジアミノピメリン酸、及びＤ−アラニルアラニンからできている。ペプチド部分は、これらのアミノ酸をＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラミン酸に連続的に付加することによって合成される。ＭｕｒＣはＬ−アラニンを転移し；ＭｕｒＤはＤ−グルタミン酸塩を転移し；ＭｕｒＥはジアミノピメリン酸を転移し；そして、ＭｕｒＦはＤ−アラニルアラニンを転移する。このファミリーには、グルタミン酸をフォリルポリグルタミン酸（folylpolyglutamate）に転移するフォリルポリグルタミン酸シンターゼも含まれる。リガーゼ酵素活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である（Bouhss et al. (1997) Biochemistry. 36:11556-11563；Hesse et al. (2003) J. Bacteriol. 185:6507-6512を参照）。本発明のＭｕｒリガーゼファミリータンパク質には、配列番号９４、９６、９８、１００、及び１１６のタンパク質が含まれる。
グリコシルトランスフェラーゼは、活性化されたドナー分子から、特異的なアクセプター分子への糖部分の転移を触媒して、グリコシル結合を形成する酵素である。グリコシルトランスフェラーゼファミリー２８Ｎ末端ドメイン（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０３０３３）には、モノガラクトシルジアシルグリセロールシンターゼ（Ｐ９３１１５、ＥＣ２．４．１．４６）、１，２−ジアシルグリセロール３−ガラクトシルトランスフェラーゼ（ＥＣ：２．４．１．４６）、１，２−ジアシルグリセロール３−グルコシルトランスフェラーゼ（ＥＣ：２．４．１．１５７）、及びＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミントランスフェラーゼ（ＭＵＲＧ＿ＳＹＮＹ３、ＥＣ２．４．１．−）が含まれる。このＮ末端ドメインは、アクセプター結合部位と、膜結合部位である可能性が高い部位とを含有する。本発明のグリコシルトランスフェラーゼファミリー２８Ｎ末端ドメインタンパク質には、配列番号１０２のタンパク質が含まれる。
グリコシルトランスフェラーゼ（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００９５３）は、ＵＤＰ−ＧｌｃＮＡｃ／ＭｕｒＮＡｃ：ポリイソプレノール−Ｐ ＧｌｃＮＡｃ/ＭｕｒＮＡｃ−１−Ｐトランスフェラーゼのファミリーである。このファミリーのメンバーには、グリコシル化経路における、ＵＤＰ−Ｎ−アセチル−Ｄ−グルコサミン及びドリコールリン酸の、ＵＭＰ及びＮ−アセチル−Ｄ−グルコサミニル−ジホスホドリコールへの変換を触媒する、真核生物のＮ−アセチルグルコサミンリン酸トランスフェラーゼと；細胞壁ペプチドグリカンの生合成における脂質サイクル反応の第１ステップを触媒する、細菌のホスホ−Ｎ−アセチルムラモイル−ペンタペプチド−トランスフェラーゼとが含まれる。本発明のグリコシルトランスフェラーゼタンパク質（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００９５３）には、配列番号１０４及び１２６のタンパク質が含まれる。
グリコシルトランスフェラーゼファミリー（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００５３５）は、ＵＤＰ−グルコース、ＵＤＰ−Ｎ−ＧＤＰ−マンノース、又はＣＤＰ−アベクオースから、セルロース、ドリコールリン酸、及びテイコ酸を含めた様々な基質に糖を転移する様々なグリコシルトランスフェラーゼからなる多様性に富んだファミリーである。本発明のグリコシルトランスフェラーゼタンパク質（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００５３５）には、配列番号１６４、１７０、２３６、及び２５２のタンパク質が含まれる。
グリコシルトランスフェラーゼグループ１ファミリー（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００５３４）のメンバーは、活性化された糖を、グリコーゲン、フルクトース−６−リン酸、及びリポ多糖を含めた様々な基質に転移する。このファミリーのメンバーは、ＵＤＰ、ＡＤＰ、ＧＤＰ、又はＣＭＰに連結した糖を、グリコーゲン、フルクトース−６−リン酸、及びリポ多糖を含めた様々な基質に転移する。細菌のグリコシルトランスフェラーゼは、エキソポリサッカライド生合成、リポ多糖コア生合成、及び粘液多糖コラン酸（colanic acid）生合成を含めた様々な生合成過程に関与している。本発明のグリコシルトランスフェラーゼグループ１ファミリータンパク質には、配列番号２４２、２５０、及び２５８のタンパク質が含まれる。
グリコシルトランスフェラーゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Mengin-Lecreulx et al. (1991) J. Bacteriol. 173:4625-4636を参照）。
マンノシル−糖タンパク質エンド−ベータ−Ｎ−アセチルグルコサミダーゼファミリーには、ＥＣ：３．２．１．９６の酵素が含まれるが、これらの酵素は、高マンノース糖ペプチド、及び−［Ｍａｎ（ＧｌｃＮＡｃ）２］−構造を含有する糖タンパク質にあるジ−Ｎ−アセチルキトビオシルユニットのユニット内加水分解を引き起こす。アミダーゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Pierce et al. (1980) Biochem. J. 185:261-264; Koide and Muramatsu (1974) J. Biol. Chem. 249:4897-4904を参照）。本発明のマンノシル−糖タンパク質エンド−ベータ−Ｎ−アセチルグルコサミダーゼタンパク質には、配列番号１０６及び１０８のタンパク質が含まれる。
ＬｙｓＭドメインは、細菌細胞壁の分解に関与する様々な酵素に見出される（Bateman and Bycroft (2000) J. Mol. Biol. 299:1113-1119）。このドメインは、一般性のあるペプチドグリカン結合機能を有するものかもしれない。このドメインの構造は公知である（Joris et al. (1992) FEMS Microbiol. Lett. 70:257-264）。本発明のＬｙｓＭドメインタンパク質には、配列番号１１０のタンパク質が含まれる。
Ｄ−ａｌａ Ｄ−ａｌａリガーゼＮ末端ファミリー（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１８２０）には、細胞壁生合成に関与する細菌性酵素であるＤ−アラニンＤ−アラニンリガーゼ（ＥＣ：６．３．２．４）が含まれる。この酵素は、ペプチドグリカン前駆体であるＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラミルペンタペプチドの形成に関与する。これらの酵素は、多数の保存された領域を含有する３００〜３６０アミノ酸のタンパク質である。Ｎ末端Ｇｌｙリッチ領域は、ＡＴＰ結合に関与しているかもしれない。Ｄ-アラニンＤ-アラニンリガーゼ活性を測定する方法は当技術分野で周知である（例えば、Ito and Strominger (1962) J. Biol. Chem. 237:2696-2703；Marshall et al. (1997) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 94:6480-6483を参照）。本発明のＤ−ａｌａ Ｄ−ａｌａリガーゼＮ末端タンパク質には、配列番号１１２のタンパク質が含まれる。
Ｄ−アラニル−Ｄ−アラニンカルボキシペプチダーゼ（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００７６８）は、ＭｅｒｏｐｓペプチダーゼファミリーＳ１１（Ｄ−Ａｌａ−Ｄ−ＡｌａカルボキシペプチダーゼＡファミリー、クランＳＥ）に属するセリンペプチダーゼである。Ｄ−Ａｌａ−Ｄ−ＡｌａカルボキシペプチダーゼＡは、細胞成分の代謝に関与する。セリンタイプのＤ−Ａｌａ−Ｄ−Ａｌａペプチダーゼには、３つのファミリーがあり、これらは、低分子量ペニシリン結合タンパク質（Ｓ１１、Ｓ１２、Ｓ１３）としても知られている。ファミリーＳ１１は、クラスＣ−ラクタマーゼ及びＤ−アミノペプチダーゼなど、他の酵素を含有するファミリーＳ１２及びＳ１３とは違って、Ｄ−Ａｌａ−Ｄ−Ａｌａペプチダーゼのみを含有する（Rawlings and Barrett (1994) Methods Enzymol. 244:19-61）。セリンカルボキシペプチダーゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Chang et al. (1990) Proc. Natl. cad Sci. USA. 87:2823-7を参照）。本発明のＤ−アラニル−Ｄ−アラニンカルボキシペプチダーゼタンパク質には配列番号１１８のタンパク質が含まれる。
ＥＰＳＰシンターゼ（3−ホスホシキミ酸１−カルボキシビニルトランスフェラーゼ）（ＥＣ：２．５．１．１９）は、細菌（遺伝子ａｒｏＡ）、植物、及び真菌類で、コリスミ酸からの芳香族アミノ酸の生合成（シキミ酸経路）における６番目のステップを触媒する（この経路における連続した５つのステップを触媒する多機能酵素の一部である）。様々な生物学的供給源に由来するＥＰＳＰの配列は、進化を通して、この酵素の構造がよく保存されていることを示す。強く保存されている２箇所の領域が詳細に明らかにされている。第１の領域は、活性部位の一部であって、グリフォセートに対する抵抗性にも重要な領域に対応している。第２の領域は、このタンパク質のＣ末端部分に位置し、この酵素の活性に重要と考えられる保存されているリジンを含有する。ＥＰＳＰシンターゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Okunuki et al. (2003) Shokuhin Eiseigaku Zasshi. 44:77-82；Oliveira et al. (2001) Protein Expr. Purif. 22:430-435）。本発明のＥＰＳＰシンターゼタンパク質には、配列番号１２０のタンパク質が含まれる。
細菌性トランスフェラーゼヘキサペプチド（３反復）ファミリー（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００１３２）は、［ＬＩＶ］−Ｇ−Ｘ（４）ヘキサペプチドの直列反復で構成された反復構造を含有する。ＬｐｘＡ（ＵＤＰ Ｎ−アセチルグルコサミンアシルトランスフェラーゼ）の三次構造では、このヘキサペプチドは、左回りの平行へリックスを形成することが示されている（Raetz and Roderick (1995) Science 270:997-1000）。本発明の細菌性トランスフェラーゼペプチドタンパク質には、配列番号１２２のタンパク質が含まれている。
推定のウンデカプレニルニリン酸シンターゼファミリー（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１２５５）のメンバーには、Ｄｉ−トランス−ポリ−シス−デカプレニルシストランスフェラーゼ（ＥＣ：２．５．１．３１）（ＵＰＰシンセターゼ）が含まれ、この酵素は、イソペンテニルピロリン酸（ＩＰＰ）からウンデカプレニルピロリン酸（ＵＰＰ）を生成する。Ｕｐｐシンセターゼ活性を測定する方法は当技術分野で周知である（例えば、Apfel et al. (1999) J. Bacteriol. 181:483-492を参照）。本発明のウンデカプレニルニリン酸シンターゼタンパク質には、配列番号１２４のタンパク質が含まれる。
ペニシリン結合タンパク質は、それぞれＮ末端及びＣ末端にあるトランスグリコシラーゼとトランスペプチダーゼとからなる二機能性のタンパク質である。トランスグリコシラーゼドメインは、ムレイングリカン鎖の重合を触媒する（Lefevre et al (1997) J Bacteriol. 179:4761-4767）。トランスグリコシラーゼファミリー（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００９１２）のメンバーには、トランスグリコシラーゼドメイン（Ｎ末端）及びトランスペプチダーゼドメイン（Ｃ−末端）を有する、二機能性のペニシリン結合タンパク質と、一機能性の生合成ペプチドグリカントランスグリコシラーゼとが含まれる。これらのタンパク質の触媒活性を測定する方法は当技術分野で周知である（例えば、Di Guilmi et al. (2003) J. Bacteriol. 185:4418-4423を参照）。本発明のペニシリン結合性トランスグリコシラーゼタンパク質には、配列番号１３４及び１３８のタンパク質が含まれる。
ペニシリン結合タンパク質トランスペプチダーゼドメインファミリー（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００９０５）のメンバーは、ファミリーの全メンバーに保存されている活性部位セリン（ＰＢＰＸ＿ＳＴＲＰＮにおける残基３３７）を有する。これらのタンパク質は、細胞壁形成のためのペプチドグリカン生合成の最終ステージの原因となる。これらのタンパク質は、架橋されたペプチドグリカンを脂質中間体から合成し、また、ペニシリン応答性のトランスペプチダーゼカルボキシ端末ドメインを含有する。トランスペプチダーゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Zijderveld et al. (1995) J. Bacteriol. 177:6290-6293を参照）。本発明のペニシリン結合性トランスペプチダーゼタンパク質には、配列番号１３２、１３４、１３８、及び１４６のタンパク質が含まれる。
ＡＭＰ結合酵素ファミリー（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００５０１）のメンバーは、それらの基質に、ＡＭＰがＡＴＰ依存的に共有結合することを介して作用すると考えられ、また、配列類似性を有する一領域を共有している。この領域は、保存されているＰｒｏ−Ｌｙｓ−Ｇｌｙの三つ組によってさらに特徴付けられるＳｅｒ／Ｔｈｒ／Ｇｌｙリッチドメインである。これらのタンパク質の触媒活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Weimar et al. (2002) J. Biol. Chem. 277:29369-29376を参照）。本発明のＡＭＰ結合タンパク質には、配列番号１４８のタンパク質が含まれる。
多糖生合成タンパク質ファミリー（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１９４３）の多数のメンバーが、多糖生成に関与するものとされている。多糖生合成を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Yao and Valvano (1994) J. Bacteriol. 176:4133-4143を参照）。本発明の多糖生合成タンパク質には、配列番号１５６及び２３８のタンパク質が含まれる。
ＵＤＰ−ガラクトピラノースムターゼファミリー（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０３２７５）（ＥＣ：５．４．９９．９）のメンバーは、２−ケト中間体を介した、ＵＤＰ−ＧＡＬＰの、ＵＤＰ−ＣＡＬＦへの変換に関与しており、また、ＦＡＤを補因子として含有する。ＵＤＰ−ガラクトピラノースムターゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Lee et al. (1996) Anal. Biochem. 242:1-7を参照）。本発明のＵＤＰ−ガラクトピラノースムターゼタンパク質には、配列番号１５８のタンパク質が含まれる。
細菌性糖転移酵素（Bacterial sugar transferase）ファミリー（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２３９７）は、多数の細菌性糖転移酵素に由来する保存領域を表し、また、様々な生合成経路に関与している。それらの例には、Ｏ−多糖生合成の第１ステップでガラクトース−１−リン酸を脂質前駆体に転移するガラクトシル−Ｐ−Ｐ−ウンデカプレノールシンセターゼ（ＥＣ：２．７．８．６）；アミロボラン（amylovoran）の生合成に関与するＵＤＰ−ガラクトース−脂質担体トランスフェラーゼ；及びグループＢ連鎖球菌（ＧＢＳ）ＩＩＩ型莢膜多糖の構築に必須なガラクトシルトランスフェラーゼＣｐｓＤが含まれる。トランスフェラーゼ活性をアッセイする方法は当技術分野で周知である（例えば、Osborn and Yuan Tze-Yuen (1968) J. Biol.. Chem. 243:5145-5152；Wright et al. (1967) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 57:1798-1803を参照）。本発明の細菌性糖転移酵素タンパク質には、配列番号１７４のタンパク質が含まれる。
鎖長決定タンパク質（Chain length determinant protein）ファミリー（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２７０６）には、リポ多糖（ＬＳＰ）の生合成に関与するタンパク質が含まれる。リポ多糖生合成を測定する方法は当技術分野で周知である（例えば、Franco et al. (1998) J. Bacterial. 180:2670-5を参照）。本発明の鎖長決定タンパク質には、配列番号１８０のタンパク質が含まれる。
ＮＩｐＣ／Ｐ６０（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００８７７）は、細胞壁ペプチダーゼを含有するファミリーであり、そのメンバーの一部は、Ｄ−ガンマ−グルタミル−メソジアミノピメリン酸結合、又はＮ−アセチルムラミン酸−Ｌ−アラニン結合を加水分解することが知られている（Anantharaman and Aravind (2003) Genome Biol. 4:R11）。本発明のＮ１ｐＣ／Ｐ６０タンパク質には、配列番号１９０、１９４、及び１９６のタンパク質が含まれる。
リボヌクレオチド還元酵素（ＥＣ：１．１７．４．１）はＤＮＡ合成に必要な前駆体を提供する。この酵素は、それらの対応するリボヌクレオチドからのデオキシリボヌクレオチドの還元的合成、すなわち、２’−デオキシリボヌクレオシドニリン酸 ＋ 酸化チオレドキシン ＋ Ｈ２Ｏ ＝ リボヌクレオシドニリン酸 ＋ ニリン酸 ＋ 還元チオレドキシンを触媒する。
リボヌクレオチド還元酵素は、大きなサブユニット（７００〜１０００残基）と、小さなサブユニット（３００〜４００残基）とで構成されたオリゴマー酵素であり、クラスＩＩ ＲＮＲはそれより複雑ではなく、小さな鎖の代わりに小分子Ｂ１２を用いる。小さい鎖は、２つの鉄原子に結合し（Ｇｌｕ ３つ、Ａｓｐ １つ、及びＨｉｓ ２つが金属結合に関与する）、また、活性部位チロシンラジカルを含有する。金属に結合する残基と活性部位チロシンとを含有する配列の領域は、原核生物、真核生物、及びウイルスにおける、リボヌクレオチド還元酵素の小さな鎖で保存されている。リボヌクレオシドニリン酸還元酵素活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Nilsson et al. (1988) Biochem. Soc. Trans. 16:91-94；Reichard (1993) Science 260:1773-1777を参照）。本発明のリボヌクレオチド還元酵素タンパク質には、配列番号２０８のタンパク質が含まれる。
ＡＢＣ輸送体（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００００５）は、様々な化合物の、生体膜を通した移行の原因となるタンパク質の大ファミリーを形成している。それらは、異分泌物質（allocrite）の結合及び輸送の原因となる２つの膜貫通ドメイン（ＴＭＤ）と、ＡＴＰ加水分解エネルギーを、ＴＭＤにおける立体配座変化に共役させる原因となる２つのヌクレオチド結合ドメイン（ＮＢＤ）とを備えた最少４ドメインで構成される。ＮＢＤは両方ともＡＴＰ加水分解を行うことができ、そして、一方のＮＢＤにおける加水分解を阻害することによって、もう一方での加水分解が効果的に抑制される。このファミリーに属するタンパク質は、１コピー又は２コピーの「Ａ」コンセンサス配列（Walker of al. (1982) EMBO J. 1:945-951）、又はＰループ（Saraste et al. (1990) Trends Biochem Sci. 15:430-434）を含有する。ＡＴＰの結合及び輸送を測定する方法は当技術分野で周知である（例えば、Hung et al. (1998) Nature 396:703-707；Higgins et al. (1990) J. Bioenerg. Biomembr. 22:571-592を参照）。本発明のＡＢＣ輸送体タンパク質には、配列番号２１８及び２２６が含まれる。
ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン２−エピメラーゼファミリー（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２３５０）のメンバーは、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン２−エピメラーゼ（ＥＣ：５．１．３．１４）からなる。この酵素は、ＵＤＰ−ＧｌｃＮＡｃからのＵＤＰ−ＭａｎＮＡｃの生成を触媒する。ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン２−エピメラーゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Stasche et al. (1997) J. BioL Chem. 272:24319-24324を参照）。本発明のＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン２−エピメラーゼタンパク質には、配列番号２４４及び２４６のタンパク質が含まれる。
ｔＲＮＡ（グアニン−１）−メチルトランスフェラーゼ（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１７４６）ファミリーは、ｔＲＮＡ（グアニン−１）−メチルトランスフェラーゼ（ＥＣ：２．１．１．３１）からなる。大腸菌Ｋ１２では、この酵素は、ｔＲＮＡのアンチコドンの隣である位置３７のＮ１−メチルグアニンへのグアノシン残基の変換を触媒する（Hjalmarsson et al. (1983) J. Biol. Chem 258:1343-1351）。ｔＲＮＡ（グアニン−Ｎ１−）−メチルトランスフェラーゼは、Ｓ−アデノシル−Ｌ−メチオニン ＋ ｔＲＮＡ −＞ Ｓ−アデノシル−Ｌ−ホモシステイン ＋ ｔＲＮＡ含有Ｎ１−メチルグアニンという反応を触媒する。この過程で、グアノシン（Ｇ）が、ｔＲＮＡの位置３７のＮ１−メチルグアニン（１−メチルグアノシン（ｍ１Ｇ））にメチル化され、これがＣＵＮ（ロイシン）、ＣＣＮ（プロリン）、及びＣＧＧ（アルギニン）のコドンを読み込む。ｍ１Ｇの存在は、細胞増殖率及びポリペプチドのステップ時間を改善し、さらに、ｔＲＮＡがリーディングフレームを移動させるのを阻止する（Hagervall et al. (1990) Biochim. Biophys. Acta. 1050:263-266）。ｔＲＮＡメチルトランスフェラーゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Hjalrnarsson et al. (1983) J. Biol. Chem. 258:1343-1351を参照）。本発明のｔＲＮＡ（グアニン−１）−メチルトランスフェラーゼタンパク質には、配列番号２９４のタンパク質が含まれる。
アミノアシル−ｔＲＮＡシンテターゼ（ＥＣ：６．１．１）は、極めて特異的な二段階反応で、それが認識する転移ＲＮＡ分子へのアミノ酸の結合を触媒する。２０種のアミノアシル−ｔＲＮＡシンテターゼは、２つのクラス、Ｉ及びＩＩ（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００５８７）に分けられる。クラスＩアミノアシル−ｔＲＮＡシンテターゼは、特徴的なロスマンフォールドを含有し、ほとんどが単量体であり、一方、クラスＩＩアミノアシルｔＲＮＡシンテターゼは、ヘリックスに挟まれた逆平行シート形成を共有し（Perona et al. (1993) Biochemistry 32:8758-8771）、ほとんどが二量体又は多量体である。クラスＩアミノアシル−ｔＲＮＡシンテターゼによって触媒される反応では、アミノアシル基は、ｔＲＮＡの２’−ヒドロキシルに結合され、一方、クラスＩＩ反応では、３’−ヒドロキシル部位が好まれる。アルギニン、システイン、グルタミン酸、グルタミン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、チロシン、トリプトファン、及びバリンに特異的なシンセターゼがクラスＩシンセターゼに属する。アラニン、アスパラギン、アスパラギン酸、グリシン、ヒスチジン、リジン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、及びトレオニンに特異的なシンセターゼがクラスＩＩシンセターゼに属する。アミノアシル−ｔＲＮＡシンテターゼ活性を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Augustine and Franklyn (1997) Biochemistry 36:3473-3482）。本発明のアミノアシル−ｔＲＮＡシンテターゼタンパク質には、配列番号２９６のタンパク質が含まれる。
ＬｕｘＳタンパク質ファミリー（ＬｕｘＳ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２６６４）は、オートインデューサーＡ１２の合成に関与するＬｕｘＳタンパク質と、その推定上の類縁とからなる。細菌における、細胞密度の変化に反応した遺伝子発現調節を、集団感知と呼ぶ。集団感知を行う細菌は、細胞集団が増大するにつれて外部環境に蓄積するホルモン様の分子（オートインデューサー）の生成、放出、及び応答を行う。ＬｕｘＳタンパク質は、集団感知に関与し、かつ、オートインデューサー生成タンパク質である（Surette et al. (1999). Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96:1639-1644）。集団感知を検出する方法は当技術分野で周知である（例えば、Surette et al. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96:1639-1644を参照）。本発明のＬｕｘＳタンパク質には配列番号３０４のタンパク質が含まれる。
（使用の方法）
一実施形態では、本発明のポリペプチド及びそれらを発現する微生物は、局所及び全身における体液性、細胞性、及び非特定の免疫応答の変化を含めた、宿主の免疫系を変化させることがある。プロバイオティック細菌による免疫系の変化は、例えば、感染及び腫瘍に対する非特異的防御又は抗原特異的防御の増強によって、粘膜免疫の増強によって、アジュバント効果を抗原特異的な免疫応答に提供することによって、又はＴｈ１／Ｔｈ２細胞及びそれらのサイトカイン産生の調節によって起こりうる（例えば、米国特許出願第２００２／０１５９９７６号を参照）。「アジュバント」によって、抗原と共に導入された際に、抗原に対する免疫反応を増強する物質を意図する。
体液免疫は、プロバイオティック細菌を摂取した後における、ＩｇＡ産生の増大と、Ｂリンパ球産生の刺激とによって増強されることがある。免疫グロブリンの型及び濃度を測定するアッセイと、免疫細胞の数及び型を評価するアッセイとを含めた、粘膜免疫系の調査に使用される方法は当技術分野で周知である（例えば、Erickson and Hubbard (2000) J. Nutr. 130:403S-409Sを参照）。非特異的な免疫の改変は、ＩＬ−１β、ＩＬ−６、ＩＬ−１０、ＴＮＦα、ＩＬ−１２、ＩＦＮ−γ、及びＩＬ−１８などのサイトカイン産生の変化、及び食細胞活性の増強をもたらしうる。プロバイオティック細菌で刺激した後に、細胞から放出されるサイトカインの型及び量を検出するアッセイ、並びに、非特異的な免疫を測定する他のアッセイは当技術分野で公知である（例えば、Miettinen et al. (1996) Infect. Immun. 64:5403-5405；Marin et al. (1998) J. Food Prot. 61:859-864；Schiffrin et al. (1994) J. Dairy Sci. 78:491-497を参照）。細胞性免疫の変化は、マクロファージ産生の増大、又はサイトカイン産生の変化をもたらしうる。プロバイオティックサプリメントからのプロテアーゼは、牛乳の中にあるカゼインを分解することができ、それによってリンパ球の増殖を抑制するペプチドを生成する（Sutas et al. (1996) J. Allergy Clin. Immunol. 98:216-224）。リンパ球増殖アッセイなどの、細胞性免疫反応を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Erickson and Hubbard (2000) J. Nutr. 130:403S-409S；De Simone et al. (1993) J. Immunother. 9:23-28；Perdigon et al. (1986) Infect. Immun. 53:404-410を参照）。
プロバイオティック細菌は、経口ワクチンに対する免疫応答を促進するもの（Chin et al. (2000) Immunol. Cell Biol. 78:55-66; Isolauri et al. (1995) Vaccine 13:310-312を参照）、抗炎症性の特性を有するもの（Pessi et al. (1999) Appl. Environ. Microbiol. 65:475-478；Isolauri et al. (2001) Am. J. Clin. Nutr. 73:444S-450S；Antonopoulou et al. (1996) J. Agric. Food Chem. 44:3047-3051）、及び腸の巨大分子透過性を安定させるもの（Heyman (2000) J. Am. College Nutr. 19:137S-146S；Isolauri et al. (1993) Fed. Res. 33:548-553）でありうる。腸の透過性に対するこの効果は、粘膜上皮細胞の間にある密着結合の維持又は修復の結果かもしれない。これらの特性を測定するアッセイは当技術分野で公知であり、それらの例は引用した参考文献に見出すことができる。
別の実施形態では、本発明のポリペプチド及びそれらを発現する微生物は、様々な宿主タンパク質又は化合物の発現を変化させうる。これらのタンパク質及び化合物には、細胞表面タンパク質（すなわち細胞接着分子）、ムチン産生に関与するタンパク質（すなわちＭＵＣ１及びＭUＣ２）、細胞シグナル伝達タンパク質（すなわち、チロシンキナーゼ、プロテインキナーゼＣ、マイトジェン活性化プロテインキナーゼ、及び核因子カッパＢ（ｎｆ−ｘＢ））、片利共生細菌の宿主耐性に関与するタンパク質、及び抗菌剤タンパク質又は化合物（すなわち、過酸化水素（Hawes et al. (1996) J. Infect. Dis 174:1058-1063）、又は酸化窒素（Korhonen et al. (2002) Inflammation 26:207-214））が含まれるが、これらに限定されない。変化させられた宿主タンパク質に関する場合、「細胞表面」によって、細胞膜に付随して見出されるタンパク質を意図する。「ムチン」によって、粘液腺又は粘液細胞によって分泌されるタンパク質を意図する。「細胞シグナル伝達タンパク質」によって、細胞シグナル伝達に関与するタンパク質を意図する。「宿主耐性」によって、特定の抗原を投与した際の、免疫応答を生成する動物の能力の低下又は減失を意図する。「片利共生細菌」によって、別の生物と密接な物理的結びつきをもって存在する細菌であって、この結びつきによって、どちらの生物も利益を得ることも、害を受けることもない細菌を意図する。「抗菌剤」によって、微生物を殺すか、その成長を阻止する化合物を意図する。
細胞接着分子、又はその領域／ドメイン／断片の発現の変化は、改変された付着特性を微生物が有するのを可能にしうる。別法として、ムチン産生に関与するタンパク質は、病原体が腸上皮細胞に付着する能力を阻止しうる（Mack et al. (1999) Am. J. Physiol. 276:G941-G950）。ムチン産生の組成、質、及び量が影響されるかもしれず、それによって、病原体−ムチン相互作用の変化が導かれる。宿主タンパク質又は化合物の発現の変化を測定するアッセイは、当技術分野で周知であり、これらにはノーザンブロット及びウエスタンブロットが含まれる。例えば、Sambrook et al. (1989) Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Cold Spring Harbor Laboratory Press, Plainview, New York)を参照のこと。
さらに別の実施形態では、これらのポリペプチド及びそれらを発現する微生物は、限定されるものではないが、炎症性腸疾患、クローン病、潰瘍性大腸炎、過敏性腸管症候群、下痢、抗生物質関連の下痢、便秘、及び小腸細菌過増殖を含めた胃腸障害の治療又は予防に有用でありうる。「治療又は予防」によって、本発明のポリペプチド又は微生物の投与の後に起こる、疾患に関連した任意の症候の軽減又は予防を意図する。この軽減には、治療を受けている対象における症候の強さまた期間のいかなる低減も含まれる。本明細書で使用する場合、本発明のポリペプチド又は微生物の「有効量」は、治療されている疾患の臨床症状を予防、軽減、又は減少させるのに十分であろう。
プロバイオティック細菌は、上述のように、免疫調節薬として作用することによって、又は消化管関連リンパ系組織に影響を与えることによって、胃腸障害の治療又は予防に有効となることもあり、或いは、保護層を形成する上皮に付着することもあり、それによって病原菌の侵襲を予防する（Kasper (1998) Int. J Food Micro. 41:127-131）。慢性の炎症性腸疾患であるクローン病の患者に、プロバイオティック細菌が投与され、その結果、免疫学的な改善が得られている（Malin et al. (1996) Ann. Nutr. Metab. 40:137-145）。肯定的な効果は、便秘（Kasper (1998) Int. J. Food Micro. 41:127-131）、小児におけるロタウイルス関連腸管感染症（Isolauri et al. (1991) Pediatrics 88:90-97; Boudraa et al. (1990) Gastroenterol.Nutr. 11:509-512）、旅行者下痢（Hilton et al. (1997) J Travel Med. 4:41-43）小腸細菌過増殖（Vanderhoof et al. (1998) J. Pediatr. Gastroenterol. Nutr. 27:155-160）、及び抗生物質関連の下痢（Biller. et al. (1995) J. Pediatr. Gastr. Nutr. 21:224-226）の治療の際にも見られた。胃腸障害の治療又は予防にプロバイオティック細菌を用いることの臨床効果を測定するアッセイは当技術分野で公知である（例えば、Guandalini et al. (2000) J Pediatr. Gastroenterol. Nutr. 30:54-60；Saavedra et al. (1994) Lancet 344:1046-1049）。
さらに別の実施形態では、本発明のポリペプチド、又は本発明のポリペプチドを発現する微生物は、宿主における感染の発生を予防又は抑制しうる。「の発生を抑制する」によって、ある生物に対象が感染して、さらにその後、その生物によって引き起こされる疾患の症候を示す確率が低下することを意図する。プロバイオティック細菌によって予防又は治療することができる感染には、食品媒介病原体によって引き起こされるもの（すなわち、毒素原性大腸菌（ＥＴＥＣ）、ネズミチフス菌（Salmonella typhimurium）、リステリア菌（Listeria monocytogenes）、及びコレラ菌（Vibrio cholerae））（Boris et al. (1998) Infect: Immun. 66:1985-1989; Silva et al. (2001) J. Med. Microbiol. 50:161-164; Strus et al. (2001) Med. Dosw. Mikrobiol. 53:133-142; Tannock (1999) Probiotics: a critical review. Horizon Scientific Press, 161 pp; Salminen, S, and von Wright, A. 1998. Lactic acid bacteria: microbiology and functional. aspects. Marcel Dekker, Inc. NY. 617pp.を参照）、日和見病原体によって引き起こされる感染、ピロリ菌（Helicobacter pylori）によって引き起こされる感染（Cremonini et al. (2001) Dig. Dis. 19:144-147；Lorca et. al. (2001) Current Micro. 42:39-44）、膣疾患又は腟炎などの泌尿生殖器疾患（Reid et al. (2001) FEMS Immunol. Med. Micro. 30:49-52）、及びＨＩＶ感染（Hashemi et al. (2000) J Infect. Dis. 181:1574-1580）が含まれるが、これらに限定されない。プロバイオティック細菌が感染の治療又は予防に有効であるかどうか判定する方法は、当技術分野で周知であり、それらの例は上記の参考文献に見出すことができる。
別の実施形態では、このポリペプチドは、毒素、変異誘発物質、胆汁酸塩、脂肪、コレステロール、及び現在未確認のタンパク質又は化合物を含めた、胃腸管内の有害な化合物に微生物が結合し、かつ除去することを可能にしうる。これらの化合物は、不活性化、隔離、分解、消化、切断、又は改変されることもある。これらの化合物は、例えば変異誘発化合物（すなわち、肉を料理する間に形成された複素環式アミン）を含む食物製品の消化の結果として、宿主によって生成されることもあり、或いは、消化管内に存在する微生物によって生成されることもある（すなわち、遺伝毒性、変異原性、又は発癌性の活性を有する微生物代謝物）。ＮＡＤ（Ｐ）Ｈデヒドロゲナーゼ（アゾレダクターゼ）、ニトロレダクターゼ、β−グルコロニダーゼ、β−グルコシダーゼ、及び７−α−デヒドロキシラーゼなどの細菌酵素は、毒性化合物の発癌効果を増強する可能性がある。乳酸桿菌などの細菌は、これらの生体外物質代謝酵素の活性が低く、一部の株の投与によって、ニトロレダクターゼ及びβ−グルコロニダーゼの活性が低減された（Goldin and Gorbach. (1984) Am. J. Clin. Nutr. 39:756-761；Goldin et al. (1992) Dig, Dis: Sci. 37:121-128；Benno and Mitsuoka (1992) Microbiol. Immunol. 36:683-694；Bouhnik et al. (1996) Eur. J Clin. Nutr. 50:269-273）。
これらのポリペプチドが、それら自体でこれらの活性を有することもある。したがって、本発明のタンパク質又はそれらを発現するプロバイオティック細菌は、癌、特に大腸癌の治療又は予防に使用を見出しうる。プロバイオティック細菌の抗発癌効果が指摘されており（Wollowski et al. (2001) Am. J Clin. Nutr. 73:451S-455S；Hayatsu and Hayatsu (1993) Cancer Lett. 73:173-179）、乳酸菌に対する様々な変異誘発化合物の物理的な結合が示されている（Orrhage et al. (1994) Mutation Res. 311:239-248）。プロバイオティック細菌の様々な抗発癌効果を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Wollowski et al. (2001) Am. J. Clin. Nutr. 73:451S-455S; Goldin and Gorbach (1980) J. Natl. Cancer Inst. 64:263-265; Goldin and Gorbach (1984) J. Natl. Cancer Inst. 73:689-695参照）。
癌予防に加えて、本発明のポリペプチド又はそれらを発現する微生物は、血清コレステロールレベルを低下させ、心臓病の予防の補助となりうる。乳酸菌は培養培地からコレステロールを除去することができ（Klaver and van der Meer (1993) Appl. Environ. Microbiol. 59:1120-1124）、いくつかの研究によって、プロバイオティック細菌の摂取の後で、ヒトの血清コレステロールが低下していることが示されている（Lin et al. (1989) J Dairy Res. 72:2885-2899.; Khedkar et al. (1993) J. Dairy Foods Home Sci. 12:33-38）。コレステロールは、胆汁酸に変換されて、排出によって失われたものを置換するので、コレステロールレベルは、胆汁酸の脱抱合を介してプロバイオティック細菌によって低下されるのかもしれない（Sanders (2000) J. Nutr. 130:384S-390S）。
別の実施形態では、本発明のポリペプチド又はその変種は、微生物の安定性を高めることができる。この安定性の促進は、微生物が胃、小腸、及び／又は消化管を生きたまま通過すること、それらの領域で酸及び胆汁に抵抗すること、又は宿主による摂取の後に、消化管に残留することを可能にしうる。高められた安定性は、微生物の貯蔵を含めた、発酵製品の生産及び加工の間に生じるストレスの多い条件に、微生物が耐えるのを可能にしうる。これらのストレスには、酸化ストレス、ｐＨ、圧力、浸透圧ストレス、脱水、炭素飢餓、リン酸飢餓、窒素飢餓、アミノ酸飢餓、遠心などの機械的な操作、熱又は低温ショック、変異原性ストレス、並びに、細胞培養、凍結、凍結乾燥、及び乾燥を含めた、様々な貯蔵条件に伴うストレスが含まれるが、これらに限定されない（Girgis et al. (2002) Stress adaptations of lactic acid bacteria. In Microbial adaptation to stress and safety of new generation foods. Yousef, A.E. and Juneja, V.K. (Eds.) Technomic Publishing Co. Inc.を参照）。本発明のポリペプチドは１つ又は複数のストレスに対して防御を提供するかもしれない。微生物の安定性を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Klaenhammer and Kleernan (1981) Appl. Environ. Microbial: 41:1461-1467；Wright and Klaenhammer (1983). J. Food Sci. 48:773-777）。安定性を増大させるのに有用でありうる配列は、配列番号６０、６２、２８６、２７０、２９４、３００、３０２、３０４、及び３０６に記載の配列が含まれるが、これらに限定されない。
別の実施形態では、本発明のポリペプチド又はその変種は、改変された付着特性を、微生物が保持するのを可能にしうる。これらの付着特性は、小腸上皮細胞などの特定の細胞型に、又は別の細菌細胞に、或いはムチンなどの化合物に、増大又は低減した能力で、その微生物が結合するのを可能にするかもしれない（例えば、Ouwehand et al. (2000) Lett. Appl. Microbiol. 30:10-13；Tuomola et al. (1999) FEMS Immunol. Med. Microbiol. 26:137-142を参照）。他の細菌細胞に付着する能力の増大は、凝集をもたらしうる。細菌の付着を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Jin et al. (2000) Appl. Environ. Microbiol. 66:4200-4204；Coconnier et al. (1992) Appl. Environ. Microbiol. 58:2034-2039；Greene and Klaenhammer (1994) Appl. Environ. Microbiol. 60:4487-4494；Lorca et al, (2002) FEMS Microbiol Lett 206:31-37；Antikainen et al. (2002) Mol. Microbiol. 46:381-94を参照）。
別の実施形態では、本発明のポリペプチドは、対象に経口投与した後に、微生物が虫歯の発生を低減するのを可能にしうる。虫歯を低減するプロバイオティック細菌の能力を評価する方法は当技術分野で公知である（例えば、Nase et al. (2001) Caries Res.,35:412-420を参照）。
別の実施形態では、本発明のポリペプチドは、生産動物における飼料変換率を微生物が増大させるのを可能にしうる。生産動物における飼料変換率の増大を測定する方法は当技術分野で公知である（例えば、Fuller (1998) Priobiotics for farm animals. In: Probiotics: A Critical Review (Tannock, G. W., ed.), Horizon Scientific Press, Wymondham, UK）。
別の実施形態では、本発明のポリヌクレオチド及びポリペプチドは、微生物が、「病原体」を含めた別の微生物を抑制するか、又は殺すのを可能にしうる。「抑制する」によって、一方が、もう一方の活性を部分的に又は完全に阻害するような、２つの生理活性物質間の相互作用を意図する。これらのポリペプチドは、それらを発現する微生物が、別の微生物に結合するか、別の微生物に対する抗菌剤活性を有するか、或いは別の微生物を溶解するのを可能にしうる。ポリペプチドの発現の結果、第１の微生物は、例えばその微生物を摂取した宿主の消化管の中で、必須結合部位又は必須栄養素のために、第２の微生物と競合することになりうる（例えば、Jin et al. (2000) Appl. Environ. Microbiol. 66:4200-4204を参照）。異なった実施形態では、単離されたポリペプチド自体が、上述した同じ機構で微生物を、抑制するか、又は殺しうる。微生物の溶解又は死を含めた抗菌剤活性を測定するアッセイは、当技術分野で公知である（例えば、Methods for General and Molecular Bacteriology. 1994. Gerhardt, P., Murray, R.G.E., Wood, W.A. Krieg, N.R. (Eds.) American Society for Microbiology, 791 pp.）。細菌の付着を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、上記のJin et al.を参照）。結合部位又は栄養物のための競合を測定するアッセイは当技術分野で公知である（例えば、Edelman et al. (2003) Vet. Microbiol. 91:41-56；Gan et al. (2002) J Infect. Dis. 185:1369-1372；Horie et al. (2002) J. Appl Microbial. 92:396-403を参照）。
別の実施形態では、これらのポリペプチドは、抗菌剤活性を有し、食物保護、及び局所治療などの、傷の治療を含めた様々な適用における使用を提供しうる。タンパク質の抗菌剤活性を検出する方法は当技術分野で周知である（Allison and Klaenhammer (1999) Genetics of bacteriocins produced by lactic acid bacteria and their use in novel industrial applications. pp789-808. In Manual of Industrial Microbiology and Biotechnology. A.L. DeMain and J.E. Davies. (eds.) ASM Press, Washington, D.C.）。
別の実施形態では、本発明のポリペプチドは、微生物の抗生物質感受性を変調しうるものであるか、或いは、これらのポリペプチドは、抗菌剤活性を有する他の化合物に対する、微生物の感受性を変調しうる。微生物の抗生物質感受性、又は抗菌剤活性を有する化合物に対する、微生物の感受性を検出する方法は当技術分野で周知である。
別の実施形態では、ポリペプチドは、微生物の凝集又は生物膜の形成を可能にするか、或いは、第１の微生物が、第２の微生物の生物膜を形成する能力を阻害するのを可能にする。これらのポリペプチド自体も、生物膜を形成する微生物の能力を妨害しうる。「生物膜」によって、基層又は中間面に、或いは相互に、非可逆的に付着した細胞であって、それらが生成した細胞外重合体物質の基質に埋め込まれており、かつ、成長速度及び遺伝子転写に関して変化した表現型を示す細胞を特徴とする微生物由来の固着性群集を意図する。生物膜形成を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、O'Toole and Kolter (1998) Mol. Microbiol. 28:449-461；Yoshida and Kuramitsu (2002) Appl Environ Microbiol 68:6283-6291を参照）。
別の実施形態では、本発明のポリペプチドから単離された、細胞壁への固着に十分な局在化シグナルを異種タンパク質に融合することができる（Schneewind et al. (1993) EMBO J. 12:4803-4811；Schneewind et al. (1992) Cell 70:267-281）。ＬＰＸＴＧ（配列番号３０８）モチーフは、グラム陽性菌の表面タンパク質に特徴的なものとして同定された（Navarre and Schneewind (1994) Molecular Microbiology 14:115-121；Fischetti et al. (1990) Mol. Microbiol. 4:1603-1605）。細胞表面における異種タンパク質の発現を測定するアッセイは当技術分野で周知である（例えば、Steidler et al. (1998) Appl Env. Micro. 64:342-345を参照）。
本発明のポリペプチドは、乳酸菌を用いて生成された食物の食感又は他の物理的性質を変調しうる。細胞外多糖は、様々な食物製品において、安定化剤、濃縮剤、ゲル化剤、粘性強化剤、及び乳化剤として作用しうる（De Vuyst and Degeest (1999.) FEMS Microbiol. Rev. 153-177）。細胞外多糖を含有する食物の増強された粘着性は、消化管におけるプロバイオティック細菌のコロニー化に有益でありうる（German et al. (1999) Trends Biotechnol. 17:491-499；Jolly et al. (2002) Antonie van Leeurvenhoek 82:367-374）。食物の食感を測定する方法は当技術分野で公知である（例えば、van den Berg et al. (1995) Appl. Envir. Microbiol. 61:2840-2844を参照）。
以下の実施例を、限定のためではなく、例示のために提供する。
（アミノ酸配列のためのギャップつきＢｌａｓｔＰ結果）
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２（３０６アミノ酸）における、アミノ酸７〜３０４がラクトバシラスガセリ（Lactobacillus gasseri）の、ＡＢＣ型メタルイオン輸送系、周辺質の構成要素／表面付着因子であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６４８．１）と約７３％の同一性、アミノ酸９〜３０４がラクトバシルスジョンソニ（Lactobacillus johnsonii）の、ＡＢＣ輸送体の溶質結合構成要素であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６７８．１）と約７１％の同一性、アミノ酸１８〜３０６がラクトバシラスガセリの、ＡＢＣ型メタルイオン輸送系、周辺質の構成要素／表面付着因子であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６２０８．１）と約６２％の同一性アミノ酸２６〜３０６がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４７５６．１）と約６２％の同一性、そして、アミノ酸１８〜３０６がロイコノストックメセンテロイデス（Leuconostoc mesenteroides）のメセンテロイデス（mesenteroides）亜種の、ＡＢＣ型メタルイオン輸送系、周辺質の構成要素／表面付着因子であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６４３１５．１）と約４５％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号４（１９１アミノ酸）における、アミノ酸２９〜１９１がラクトバシラスガセリの、特徴付けされていない保存されているタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７０６６．１）と約７５％の同一性、アミノ酸２９〜１９１がラクトバシルスジョンソニの、ＬｅｍＡ様タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４０９３．１）と約７６％の同一性、アミノ酸２９〜１９１がラクトバシラスプランタルム（Lactobacillus plantarum）の未知のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ７８４２９５．１）と約６８％の同一性、アミノ酸２９〜１９１がミュータンス連鎖球菌（Streptococcus mutans）の、ＬｅｍＡ様タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７２２２３５．１）と約６５％の同一性、そして、アミノ酸２９〜１９１が肺炎連鎖球菌の、ＬｅｍＡ様タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３４５７４８．１）と約６１％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号６（２５３９アミノ酸）における、アミノ酸１〜２５０１がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４９８４．１）と約４１％の同一性、アミノ酸７９７〜２２０９がアビトロフィアデフェクティバ（Abiotrophia defectiva）の、細胞外基質結合タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｐｉｒ‖Ｔ３１１１０）と約２７％の同一性、アミノ酸４〜２５２１が表皮ブドウ球菌（Staphylococcus epidermidis）の、ＦｍｔＢタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ７６４９８４．１）と約２０％の同一性、アミノ酸１〜２５２９が黄色ブドウ球菌（Staphylococcus aureus）アウレウス（aureus）亜種の、連鎖球菌付着因子ｅｍｂに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３７４５４８．１）と約２１％の同一性、そして、アミノ酸１〜２５２９が黄色ブドウ球菌アウレウス亜種の推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３７１９５８．１）と約２０％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号８（５９１アミノ酸）における、アミノ酸１〜５９１がラクトバシラスガセリの、ミオシン交差反応性抗原であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７３３３．１）と約８４％の同一性、アミノ酸１〜５９１がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４６８１．１）と約８３％の同一性、アミノ酸１〜５９１がロイコノストックメセンテロイデス（Leuconostoc mesenteroides）のメセンテロイデス（mesenteroides）亜種の、ミオシン交差反応性抗原であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６３７３５．１）と約７０％の同一性、アミノ酸１〜５９１が化膿連鎖球菌（Streptococcus pyogenes）の、６７ｋＤａミオシン交差反応性連鎖球菌抗原であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２６８７６１．１）と約６７％の同一性、そして、アミノ酸１〜５９１が化膿連鎖球菌の、６７ｋＤａミオシン交差反応性連鎖球菌抗原であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６６４１３６．１）と約６７％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１０（５９０アミノ酸）における、アミノ酸１〜５９０がラクトバシラスガセリの、ミオシン交差反応性抗原であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６０２４．１）と約７９％の同一性、アミノ酸１〜５９０がミュータンス連鎖球菌の、６７ｋＤａミオシン交差反応性連鎖球菌抗原に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７２１９２１．１）と約７１％の同一性、アミノ酸１〜５９０が黄色ブドウ球菌アウレウス亜種の、６７ｋＤａミオシン交差反応性連鎖球菌抗原に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６４４８９６．１）と約６０％の同一性、アミノ酸１〜５９０が黄色ブドウ球菌アウレウス亜種の、６７ｋＤａミオシン交差反応性連鎖球菌抗原に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３７０６３０．１）と約５９％の同一性、そして、アミノ酸１〜５９０が表皮ブドウ球菌の、６７ｋＤａミオシン交差反応性連鎖球菌抗原様タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７６４３３１．１）と約５８％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１２（２２９アミノ酸）における、アミノ酸１〜２２９がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５２７８．１）と約６１％の同一性、アミノ酸３１〜２２９がラクトバシラスガセリの、ソルターゼ（表面タンパク質トランスペプチダーゼ）であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６５６９．１）と約６５％の同一性、アミノ酸３１〜２２９がエンテロコッカスフェカーリス（Enterococcus faecalis）の、ソルターゼファミリータンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１６６６８．１）と約３８％の同一性、アミノ酸３１〜２１０がラクトバシラスガセリの、ソルターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４２９４．１）と約３７％の同一性、そして、アミノ酸３１〜２２９がラクトコッカスラクチス（Lactococcus lactis）のラクチス（lactis）亜種の推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２６７２６９．１）と約３６％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１４（６４３アミノ酸）における、アミノ酸１〜６４３がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６１２８．１）と約３４％の同一性、アミノ酸２〜４５６がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６７８１．１）と約３８％の同一性、アミノ酸２〜４５６がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４０６４．１）と約３８％の同一性、アミノ酸１２４〜６０２がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿０００４６１３３．１）と約３４％の同一性、そして、アミノ酸１１〜４２８がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４０６２．１）と約３３％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１６（１０１７アミノ酸）における、アミノ酸２９９〜８６５がラクトバシラスガセリの、ヘムの利用又は接着に関与する大きなエキソプロテイン（exoprotein）であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６７８０．１）と約２７％の同一性、アミノ酸２７３〜８４８が発酵乳酸杆菌（Lactobacillus fermentum）の、Ｍｌｐタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＰ４１７３８．１）と約２２％の同一性、アミノ酸４２０〜８６２がラクトバシラスロイテリ（Lactobacillus reuteri）の、粘液結合タンパク質前駆体（Ｍｕｂ）であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＦ２５５７６．１）と約２３％の同一性、アミノ酸４８７〜８５９がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４０６３．１）と約２５％の同一性、そして、アミノ酸５３７〜８６５がラクトバシラスプランタルムの、細胞表面タンパク質前駆体であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８６４１７．１）と約２５％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１８（４３２６アミノ酸）における、アミノ酸２２３４〜４１６５がラクトバシラスガセリの、ヘムの利用又は接着に関与する大きなエキソプロテインであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６７８０．１）と約２９％の同一性、アミノ酸６５０〜３９７４がラクトバシラスロイテリの、粘液結合タンパク質前駆体（Ｍｕｂ）であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＦ２５５７６．１）と約２３％の同一性、アミノ酸１７７８〜４１６４が発酵乳酸杆菌の、Ｍｌｐタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＰ４１７３８．１）と約２４％の同一性、アミノ酸１６７３〜２９９４がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６４５．１）と約２７％の同一性、アミノ酸１３８８〜２９７４がラクトバシラスプランタルムの、細胞表面タンパク質前駆体であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５２３２．１）と約２５％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２０（１２０８アミノ酸）における、アミノ酸７２５〜１０６０がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４０６３．１）と約６４％の同一性、アミノ酸７〜９９９がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６４５．１）と約２９％の同一性、アミノ酸１５９〜９９９がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６８１．１）と約２９％の同一性、アミノ酸４５６〜１０６０が発酵乳酸杆菌の、Ｍｌｐタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＰ４１７３８．１）と約３５％の同一性、アミノ酸５０４〜１０６０がラクトバシラスガセリの、ヘムの利用又は接着に関与する大きなエキソプロテインであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６７８０．１）と約３５％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２２（１１７４アミノ酸）における、アミノ酸６６２〜１０００がラクトバシラスプランタルムの、細胞表面タンパク質前駆体であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４８９１．１）と約３０％の同一性、アミノ酸６４１〜９８５がラクトコッカスラクチスのラクチス亜種の推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２６８３３７．１）と約３０％の同一性、アミノ酸６５８〜１０００がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６３０８．１）と約３０％の同一性、アミノ酸６７２〜１０００がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６１４．１）と約２６％の同一性、そして、アミノ酸６３６〜９７４がラクトバシラスロイテリの、粘液結合タンパク質前駆体（Ｍｕｂ）であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＦ２５５７６．１）と約２９％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２４（６９７アミノ酸）における、アミノ酸１３５〜６４９がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６３１６．１）と約２５％の同一性、アミノ酸１８５〜６８１がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６１４．１）と約２４％の同一性、アミノ酸８６〜６９７がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６４５．１）と約２３％の同一性、アミノ酸１８５〜６１５がラクトバシラスロイテリの、粘液結合タンパク質前駆体（Ｍｕｂであるタンパク質）（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＦ２５５７６．１）と約２２％の同一性、アミノ酸１９０〜６３０がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６３０８．１）と約２２％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２６（２３１９アミノ酸）における、アミノ酸１０〜２０１０がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４０６３．１）と約５３％の同一性、アミノ酸１０〜１５５２がラクトバシラスガセリの、ヘムの利用又は接着に関与する大きなエキソプロテインであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６７８０．１）と約４０％の同一性、アミノ酸１１５４〜２１１９が発酵乳酸杆菌の、Ｍｌｐタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＰ４１７３８．１）と約４９％の同一性、アミノ酸１２６３〜２１１８がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５８１８．１）と約３３％の同一性、そして、アミノ酸１２７０〜２１１２がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６４５．１）と約３１％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２８（２６５０アミノ酸）における、アミノ酸１〜２３７３がラクトバシラスガセリの、ヘムの利用又は接着に関与する大きなエキソプロテインであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６７８０．１）と約３６％の同一性、アミノ酸３１０〜２０８６がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４０６３．１）と約４０％の同一性、アミノ酸１７０２〜２４６３が発酵乳酸杆菌の、Ｍｌｐタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＰ４１７３８．１）と約４２％の同一性、アミノ酸１５０４〜２５１３がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５８１８．１）と約３０％の同一性、アミノ酸１９８７〜２５１３がウシ（Bos taurus）の、ヒトＨｒ４４ウシ相同体であるタンパク質（アクセッション番号ｅｍｂ｜ＣＡＣ１６３５４．１）と約３２％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号３０（３４６アミノ酸）における、アミノ酸２〜２０４がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６０６７．１）と約３３％の同一性、アミノ酸５６〜２３１がラクトバシラスロイテリの、粘液結合タンパク質前駆体（Ｍｕｂ）であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＦ２５５７６．１）と約３４％の同一性、アミノ酸１〜３４６がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４５１０．１）と約２６％の同一性、アミノ酸２〜３４４がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４４０６．１）と約２４％の同一性、そして、アミノ酸２〜１８２がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６９４５．１）と約２９％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号３２（２９４アミノ酸）における、アミノ酸６〜２９４がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６１３１．１）と約３４％の同一性、アミノ酸６〜２９３がラクトバシラスガセリの、ＲＴＸ毒素及び関連のＣａ２＋結合タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６９４７．１）と約２９％の同一性、アミノ酸６〜２９３がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６９４５．１）と約２９％の同一性、アミノ酸６〜２８４がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６１３０．１）と約３０％の同一性、そして、アミノ酸３〜２７９がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４５１０．１）と約３０％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号３４（１８５アミノ酸）における、アミノ酸３〜１７９がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４５１０．１）と約４２％の同一性、アミノ酸１０〜１７６がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６０６７．１）と約３３％の同一性、アミノ酸１０〜１７７がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６９４６．１）と約３０％の同一性、アミノ酸１０〜１７７がラクトバシラスガセリの、ＲＴＸ毒素及び関連のＣａ２＋結合タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６９４７．１）と約３０％の同一性、そして、アミノ酸１２〜１７７がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６９４５．１）と約３０％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号３６（５０８アミノ酸）における、アミノ酸４〜４７４がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６１２８．１）と約３０％の同一性、アミノ酸９〜４０９がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６７８１．１）と約３１％の同一性、アミノ酸９〜３６２がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４０６４．）と約３０％の同一性、アミノ酸１３〜３９９がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６７７９．１）と約２９％の同一性、そして、アミノ酸１３〜３８５がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４０６２．１）と約３１％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号３８（３３９アミノ酸）における、アミノ酸７９〜２８６がラクトバシラスプランタルムの、細胞表面タンパク質前駆体であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４８９１．１）と約３１％の同一性、アミノ酸８６〜２８５がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６１４．１）と約３２％の同一性、アミノ酸１１２〜２８４がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６３１６．１）と約３４％の同一性、アミノ酸１７８〜２９３がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６３０８．１）と約４２％の同一性、アミノ酸７９〜２８２が発酵乳酸杆菌の、Ｍｌｐタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＰ４１７３８．１）と約２９％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号４０（７６アミノ酸）における、アミノ酸４〜７５がラクトバシラスプランタルムの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８６２６９．１）と約４７％の同一性、アミノ酸２〜７３がアセトンブタトル菌（Clostridium acetobutylicum）の、ＨｙｐＱ３タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＫ１１５８５．１）と約４３％の同一性、アミノ酸２〜７３がアセトンブタトル菌の、ステロイド結合タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿１４９３０７．１）と約４３％の同一性、アミノ酸１〜７３がメタノサルチナアセチボランス（Methanosarcina acetivorans）の推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６１８５９９．１）と約４４％の同一性、アミノ酸１〜７３がクロストリジウムパーフリンジェンス（Clostridium perfringens）の推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿５６３４１５．１）と約４２％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号４２（３５５アミノ酸）における、アミノ酸９９〜３４０が化膿連鎖球菌の、表面排除タンパク質に相同であるタンパク質（アクッセッション番号ＮＰ＿６０６５３８．１；ＮＣ＿００３４８５）と約２６％の同一性、アミノ酸９９〜３４０が化膿連鎖球菌の、細胞表面タンパク質前駆体であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６６４００１．１）と約２６％の同一性、アミノ酸９９〜３４０が化膿連鎖球菌の、表面排除タンパク質に相同であるタンパク質（アクッセッション番号ＮＰ２６８６２３．１；ＮＣ＿００２７３７）と約２６％の同一性、アミノ酸１１６〜３１９がエンテロコッカスフェカーリスの、表面排除タンパク質（ｓｅａ１）前駆体であるタンパク質（アクッセッション番号ｐｉｒ‖Ｓ２２４５２）と約２３％の同一性、アミノ酸１１６〜３１９がエンテロコッカスフェカーリスの、表面排除タンパク質（ｓｅａ１）であるタンパク質（アクッセッション番号ＮＰ＿８１６９７６．１）と約２３％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号４４（１１１アミノ酸）における、アミノ酸１〜１０７がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５４７９．１）と約２７％の同一性、アミノ酸１〜１０２がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６７１０．１）と約２７％の同一性、アミノ酸３１〜１０８のブラウントラウト（Salmo trutta）の、心臓トロポミオシンであるタンパク質（アクセッション番号ｅｍｂ｜ＣＡＡ９１４３４．１）と約２６％の同一性、アミノ酸３１〜９４がヒト（Homo sapiens）の推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６５３２９９．２）と約３１％の同一性、アミノ酸３３〜１０８がマウス（Mus musculus）の、精巣発現遺伝子９であるタンパク質（アクッセッション番号ＮＰ０３３３８５．１；ＮＭ＿００９３５９）と約２５％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号４６（６６アミノ酸）における、アミノ酸１５〜６２がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６４５．１）と約５８％の同一性、アミノ酸１２〜６０がラクトバシラスガセリの、Ｖ型分泌経路付着因子（ＡｉｄＡ）であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６９４８．１）と約５８％の同一性、アミノ酸１５〜５３がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４９８４．１）と約６１％の同一性、アミノ酸１６〜５４がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６３０７．１）と約５８％の同一性、アミノ酸１５〜５２がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６８２．１）と約６３％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号４８（２３１アミノ酸）における、アミノ酸６６〜２３１がラクトバシラスガセリの、Ａｐｆ１タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＯ８６５１５．１）と約４４％の同一性、アミノ酸６６〜２３１がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７４８８．１）と約４４％の同一性、アミノ酸６６〜２３１がラクトバシルスジョンソニの、凝集促進因子であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＮ７８４５１．１）と約４４％の同一性、アミノ酸６６〜２３１がラクトバシルスジョンソニの表面タンパク質、凝集促進因子であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５５５１．１）と約４０％の同一性、そして、アミノ酸６６〜２３１がラクトバシルスジョンソニの、表面タンパク質（Ａｐｆ１）であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＮ６３９５１．１）と約４０％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号５０（１２０アミノ酸）における、アミノ酸２６〜１２０がラクトバシラスプランタルムの、細胞外タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８６３６５．１）と約６１％の同一性、アミノ酸１４〜１２０がラクトバシラスプランタルムの、細胞外タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８６２０９．１）と約５４％の同一性、アミノ酸２４〜１２０がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７４８８．１）と約５２％の同一性、アミノ酸２４〜１２０がラクトバシルスジョンソニの、凝集促進因子であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＮ７８４５０．１）と約５４％の同一性、そして、アミノ酸２６〜１２０がラクトバシルスジョンソニの、凝集促進因子であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＮ６４９１４．１）と約５５％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号５２（２６４アミノ酸）における、アミノ酸１〜９４が黄色ブドウ球菌アウレウス亜種の、ｓｅｒ−ａｓｐに富んだフィブリノーゲン結合性の骨シアロタンパク質結合タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３７３７７４．１）と約２７％の同一性、アミノ酸１〜９４が黄色ブドウ球菌アウレウス亜種の、ｓｅｒ−ａｓｐに富んだフィブリノーゲン結合性の骨シアロタンパク質結合タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３７１０８７．１）と約２７％の同一性、そして、アミノ酸１〜９４が黄色ブドウ球菌の、フィブリノーゲン結合タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ｐｉｒ‖Ｔ２８６８０）と約２７％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号５４（９９１アミノ酸）における、アミノ酸９７〜４７７が熱帯熱マラリア原虫（Plasmodium falciparum）の推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７０１７２５．１）と約２４％の同一性、アミノ酸２７０〜５１０が細胞性粘菌（Dictyostelium discoideum）の推定上のタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＯ５１５９３．１）と約２２％の同一性、アミノ酸４７〜４５２が熱帯熱マラリア原虫の、ＳＴＡＲＰ抗原であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７０３９８８．１）と約２３％の同一性、アミノ酸１３〜４０１が熱帯熱マラリア原虫の推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７０４５８８．１）と約１９％の同一性、そして、アミノ酸４４〜４０３がフソバクテリウムヌクレアタム（Fusobacterium nucleatum）のヌクレアタム（nucleatum）亜種の、溶血素であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６０２６１７．１）と約２３％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号５６（９０６アミノ酸）における、アミノ酸１〜８８８がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４９８４．１）と約７０％の同一性、アミノ酸１〜７６０がラクトバシラスガセリの、ヘムの利用又は接着に関与する大きなエキソプロテインであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６７８０．１）と約２４％の同一性、アミノ酸１〜６４５がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４０６３．１）と約２３％の同一性、アミノ酸１〜２４８がラクトバシラスガセリの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６４５．１）と約２９％の同一性、そして、アミノ酸２７〜８６９が表皮ブドウ球菌の、連鎖球菌血球凝集素タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７６５８０４．１）と約１７％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号５８（５６６アミノ酸）における、アミノ酸４〜５６４がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５０３８．１）と約６９％の同一性、アミノ酸４〜５６４がラクトバシラスガセリの、真核生物ｓｎＲＮＰに相同なＲＮＡ結合タンパク質であることが予測されているタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４５９５９．１）と約６６％の同一性、アミノ酸４〜５６６がエンテロコッカスファエシウム（Enterococcus faecium）の、真核生物ｓｎＲＮＰに相同なＲＮＡ結合タンパク質であることが予測されているタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３７４９９．１）と約４１％の同一性、アミノ酸４〜５６６がエンテロコッカスフェカーリスのフィブロネクチン／フィブリノーゲン結合タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１４９７５．１）と約４１％の同一性、そして、アミノ酸４〜５５７がラクトバシラスプランタルムの、粘着性タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５３５８．１）と約４１％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号６０（４４４アミノ酸）における、アミノ酸４９〜４４４がアシドフィルス菌の、Ｓ層タンパク質前駆体であるタンパク質（アクセッション番号ｓｐ｜Ｐ３５８２９｜ＳＬＡＰ＿ＬＡＣＡＣ）と約９０％の同一性、アミノ酸４９〜４４３がラクトバシルスヘルベティカス（Lactobacillus helveticus）の、表層タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｅｍｂ｜ＣＡＡ６２６０６．１）と約６７％の同一性、アミノ酸４９〜４４３がラクトバシルスヘルベティカスの、表層タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｅｍｂ｜ＣＡＢ４６９８４．１；ＡＪ３８８５５８）と約６７％の同一性、アミノ酸４９〜４４３がラクトバシルスヘルベティカスの、表層タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｅｍｂ｜ＣＡＢ４６９８５．１）と約６６％の同一性、そして、アミノ酸４９〜４４３がラクトバシルスヘルベティカスの、表層タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｅｍｂ｜ＣＡＢ４６９８６．１）と約６６％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号６２（４５７アミノ酸）における、アミノ酸１〜４５７がアシドフィルス菌の、ＳＢタンパク質であるタンパク質（アクッセッション番号ＣＡＡ６１５６１．１；Ｘ８９３７６）と約８８％の同一性、アミノ酸１〜４５７がアシドフィルス菌の、Ｓ層タンパク質前駆体であるタンパク質（アクセッション番号ｓｐ｜Ｐ３５８２９｜ＳＬＡＰ＿ＬＡＣＡＣ）と約５１％の同一性、アミノ酸１〜４５６がラクトバシルスヘルベティカスの、表層タンパク質であるタンパク質（アクッセッション番号ｅｍｂ｜ＣＡＢ４６９８５．１；ＡＪ３８８５５９）と約４４％の同一性、アミノ酸１〜４５６がラクトバシルスヘルベティカスの、表層タンパク質（アクセッション番号ｅｍｂ｜ＣＡＡ６２６０６．１）であるタンパク質と約４４％の同一性、そして、アミノ酸１〜４５６がラクトバシルスヘルベティカスの、表層タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｅｍｂ｜ＣＡＡ６３４０９．１）と約４４％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号６４（５６７アミノ酸）における、アミノ酸１６３〜３１１がラクトバシルスクリスパトゥス（Lactobacillus crispatus）の、表層タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＢ５８７３４．１；ＡＦ００１３１３）と約３５％の同一性、アミノ酸１８２〜３１１がアシドフィルス菌の、ＳＢ−タンパク質（アクッセッション番号ｅｍｂ｜ＣＡＡ６１５６１．１；Ｘ８９３７６）であるタンパク質と約３７％の同一性、アミノ酸１６３〜３０４がラクトバシルスヘルベティカスの、プロテナーゼであるタンパク質（アクッセッション番号ｄｂｊ｜ＢＡＢ７２０６５．１；ＡＢ０６１７７５）と約３４％の同一性、アミノ酸２７〜３１１がアシドフィルス菌の、表層タンパク質前駆体（アクセッション番号ｓｐ｜Ｐ３５８２９｜ＳＬＡＰ＿ＬＡＣＡＣ）であるタンパク質と約２５％の同一性、アミノ酸４４〜１０４がヒト（Homo sapiens）の、ミオメシン１であるタンパク質（アクッセッション番号ＮＰ＿００３７９４．１；ＮＭ＿００３８０３）と約３４％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号６６（１７７アミノ酸）における、アミノ酸１３〜１７０がラクトバシルスクリスパトゥスの、表層タンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＢ５８７３４．１）であるタンパク質と約２８％の同一性、アミノ酸９〜１７０がラクトバシルスクリスパトゥスの、サイレント表層タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＦ６８９７２．１）と約２６％の同一性、アミノ酸４２〜１６２がアセトンブタトル菌の、腸管毒に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３４７７１３．１）と約２６％の同一性、アミノ酸６２〜１６６がラクトバシラスガセリの、グリセロホスホリルジエステルホスホジエステラーゼ（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６２６０．１）であるタンパク質と約２６％の同一性、そして、アミノ酸４０〜１６２がクロモバクテリウムビオラセウム（Chromobacterium violaceum）の、ｒｈｓ関連タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９００９０８．１）と約２５％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号６８（１７３アミノ酸）における、アミノ酸６８〜１３５がラマ（Lama glama）の、免疫グロブリン重鎖可変領域であるタンパク質（アクセッション番号ｅｍｂ｜ＣＡＤ２２４７０：１）と約３２％の同一性、アミノ酸１０７〜１７１がラット（Rattus norvegicus）の、嗅覚受容体様タンパク質Ｆ３に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＸＰ＿２１６８３２．２）と約３３％の同一性、アミノ酸７１〜１６５がシロイヌナズナ（Arabidopsis thaliana）（アクセッション番号ＮＰ＿１９１８６０．１）のタンパク質と約２７％の同一性、アミノ酸７１〜１６０が環境配列（アクセッション番号ｇｂ｜ＥＡＤ４９０８４．１）と約２９％の同一性、そして、アミノ酸８０〜１５７が細胞性粘菌のタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＯ５１５６２．１）と約２６％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号７０（２９２アミノ酸）における、アミノ酸２〜２９２がアシドフィルス菌の、表層タンパク質であるタンパク質（アクッセッション番号ｇｂ｜ＡＡＦ６５５６１．１；ＡＦ２５０２２９）と約６６％の同一性、アミノ酸８〜２９１がアシドフィルス菌の、Ｓ層タンパク質前駆体（アクッセッション番号ｓｐ｜Ｐ３５８２９；ＳＬＡＰ＿ＬＡＣＡＣ）であるタンパク質と約２８％の同一性、アミノ酸１７８〜２９１がアシドフィルス菌の、ＳＢ−タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｅｍｂ｜ＣＡＡ６１５６１．１；Ｘ８９３７６）と約４２％の同一性、アミノ酸１３７〜２９１がラクトバシルスクリスパトゥスの、表層タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＢ５８７３４．１；ＡＦ００１３１３）と約３７％の同一性、アミノ酸９０〜２９１がラクトバシルスクリスパトゥスの、サイレント表層タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＦ６８９７２．１；ＡＦ２５３０４４）と約３２％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号７２（２１６アミノ酸）における、アミノ酸３５〜１２８がラクトバシルスクリスパトゥスの、表層タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＢ５８７３４．１；ＡＦ００１３１３）と約２７％の同一性、アミノ酸３５〜１２８がラクトバシルスクリスパトゥスの、サイレント表層タンパク質（アクセッション番号ｄｂｊ｜ＢＡＣ７６６８７．１）であるタンパク質と約２７％の同一性、アミノ酸３５〜１２８がラクトバシルスクリスパトゥスの、サイレント表層タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＦ６８９７２．１）と約２８％の同一性、アミノ酸４１〜１２６が環境配列（アクセッション番号ｇｂ｜ＥＡＧ７７０１７．１）と約３１％の同一性、そして、アミノ酸４５〜１６９が環境配列（アクセッション番号ｇｂ｜ＥＡＣ３３５４５．１）と約２８％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号７４（３５９アミノ酸）における、アミノ酸３４〜２２８がサイトファガフチンソニ（Cytophaga hutchinsonii）の推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿００１１８７６５．１）と約２７％の同一性、アミノ酸３〜１６０がラクトバシルスクリスパトゥスの、サイレント表層タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｄｂｊ｜ＢＡＣ７６６８７．１）と約２８％の同一性、アミノ酸９８〜２５６がデルブリュック菌（Lactobacillus delbrueckii）ブルガリカス（bulgaricus）亜種の、ラクトセピン（lactocepin）（ＥＣ３．４．２１．９６）前駆体（アクセッション番号ｐｉｒ‖ＪＪＣ６０３２）であるタンパク質と約２６％の同一性、アミノ酸４〜１６０がラクトバシルスクリスパトゥスの、表層タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＢ５８７３４．１）と約２７％の同一性、アミノ酸３〜１６０がラクトバシルスクリスパトゥスの、サイレント表層タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＦ６８９７２．１）と約２８％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号７６（１６７６アミノ酸）における、アミノ酸９２６〜１５２８がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６３４．１）と約４２％の同一性、アミノ酸８３９〜１５２８がストレプトコッカスアガラクティエ(Streptococcus agalactiae)の、表面タンパク質Ｒ２８であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＤ３９０８５．１；ＡＦ０９１３９３）と約４０％の同一性、アミノ酸８３９〜１５２８がストレプトコッカスアガラクティエの、表面タンパク質Ｒｉｂであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６８７４６７．１）と約３９％の同一性、アミノ酸８３９〜１５２８がストレプトコッカスアガラクティエの、ｒｉｂタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｐｉｒ‖Ｔ２８６８１）と約３９％の同一性、そして、アミノ酸７５２〜１５２８がエンテロコッカスファエシウムの、表面タンパク質前駆体に相同であるタンパク質（アクセッション番号ｅｍｂ｜ＣＡＤ３２３１５．１）と約３３％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号７８（１９２４アミノ酸）における、アミノ酸９２１〜１７９６がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６３４．１）と約４４％の同一性、アミノ酸８０７〜１９２３が化膿連鎖球菌の、表面タンパク質Ｒ２８であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＤ３９０８５．１）と約２９％の同一性、アミノ酸８０７〜１９２３がストレプトコッカスアガラクティエの、表面タンパク質Ｒｉｂであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６８７４６７．１）と約３０％の同一性、アミノ酸８０７〜１９２３がストレプトコッカスアガラクティエの、ｒｉｂタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｐｉｒ‖Ｔ２８６８１）と約３０％の同一性、アミノ酸９８４〜１８１２が発酵乳酸杆菌の、Ｒｌｐタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＰ４１７３７．１）と約３１％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号８０（３５３アミノ酸）における、アミノ酸１２８〜３４４がヘモフィルスソムヌス（Haemophilus somnus）の、ヘムの利用又は接着に関与する大きなエキソプロテインであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿００１３３２７９．１）と約２２％の同一性、アミノ酸１２８〜３４４がヘモフィルスソムヌスの、ヘムの利用又は接着に関与する大きなエキソプロテインであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿００１３３２８０．１）と約２２％の同一性、アミノ酸１３７〜２７８が環境配列（アクセッション番号ｇｂ｜ＥＡＣ６４０８２．１）と約２６％の同一性、そして、アミノ酸８４〜２５０が環境配列（アクセッション番号ｇｂ｜ＥＡＪ１２２９５．１）と約２７％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号８２（３６４アミノ酸）における、アミノ酸３３〜２２２がリステリアイノクア（Listeria innocua）の、自己溶菌酵素、アミダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４７２０３２．１）と約４６％の同一性、アミノ酸４９〜２３７がリステリア菌（Listeria monocytogenes）の、自己溶菌酵素、アミダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＣ４６３８４．１）と約４５％の同一性、アミノ酸４９〜２３７がリステリア菌の、自己溶菌酵素、アミダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６６０８１．１）と約４５％の同一性、アミノ酸４９〜２３７がリステリア菌の、ＡＭＩタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＣ４５６０５．１）と約４５％の同一性、そして、アミノ酸４９〜２９９がリステリア菌の、Ａｍｉ ４ｂタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｅｍｂ｜ＣＡＣ２０６４０．１；ＡＪ２７６３９０）と約３９％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号８４（３３４アミノ酸）における、アミノ酸１〜３３３がラクトバシルスジョンソニの、桿形態決定タンパク質（ＭｒｅＢ）であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４８１７．１）と約８７％の同一性、アミノ酸２３〜３３３がラクトバシラスガセリの、細胞形態形成に関与するアクチン様ＡＴＰアーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７４３４．１）と約８６％の同一性、アミノ酸１〜３３１がラクトバシラスプランタルムの、細胞形態決定タンパク質（ＭｒｅＢ）（であるタンパク質アクセッション番号ＮＰ＿７８５７９３．１）と約７５％の同一性、アミノ酸２〜３３１がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、細胞形態形成に関与するアクチン様ＡＴＰアーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６３６９０．１）と約６６％の同一性、そして、アミノ酸１〜３３３がリステリアイノクアの、細胞形態決定タンパク質（ＭｒｅＢ）に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４７０９１９．１）と約６６％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号８６（３２９アミノ酸）における、アミノ酸１〜３２９がラクトバシルスジョンソニの、ｍｒｅＢ様タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４７９８．１）と約８６％の同一性、アミノ酸１〜３２９がラクトバシラスガセリの、細胞形態形成に関与するアクチン様ＡＴＰアーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６２４８．１）と約８６％の同一性、アミノ酸１〜３２５がラクトバシラスプランタルムの、細胞形態決定タンパク質（ＭｒｅＢ）であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５８２６．１）と約６５％の同一性、アミノ酸１〜３２８がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、細胞形態形成に関与するアクチン様ＡＴＰアーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６３６０６．１）と約６５％の同一性、そして、アミノ酸２〜３２８が炭疽菌（Bacillus anthracis）の、ｍｂｌタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８４７６７９．１）と約６４％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号８８（２８３アミノ酸）における、アミノ酸１〜２８１がラクトバシラスガセリの、細胞形態決定タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７４３５．１）と約６４％の同一性、アミノ酸１〜２８１がラクトバシルスジョンソニの、桿形態決定タンパク質（ＭｒｅＣ）であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４８１８．１）と約６３％の同一性、アミノ酸１〜２７９がラクトバシラスプランタルムの、細胞形態決定タンパク質（ＭｒｅＣ）であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５７９２．１）と約４２％の同一性、アミノ酸１〜２７９がエンテロコッカスファエシウムの、細胞形態決定タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３７３９６．１）と約３８％の同一性、アミノ酸３３〜２８１がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、細胞形態決定タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６３６８９．１）と約４１％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号９０（１７９アミノ酸）における、アミノ酸１〜１７１がラクトバシルスジョンソニの、桿形態決定タンパク質（ＭｒｅＤ）であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４８１９．１）と約４２％の同一性、アミノ酸１５〜１７１がラクトバシラスガセリの、細胞形態決定タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７４３６．１）と約３９％の同一性、アミノ酸６〜１５９がラクトバシラスプランタルムの、細胞形態決定タンパク質（ＭｒｅＤ）であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５７９１．１）と約２６％の同一性、アミノ酸３〜１２２がオセアノバチラスイヘエンシス（Oceanobacillus iheyensis）の、細胞形態決定タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６９２９７２．１）と約２８％の同一性、そして、アミノ酸１１〜１３２がラクトコッカスラクチスのラクチス亜種の、細胞形態決定タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２６８３８７．１）と約２９％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号９２（３９７アミノ酸）における、アミノ酸１〜３９７がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４８０１．１）と約６１％の同一性、アミノ酸１〜３９７がラクトバシラスガセリの、細胞分裂膜タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６２５１．１）と約６０％の同一性、アミノ酸１３〜３９２がラクトバシラスプランタルムの、桿形態決定タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５８２３．１）と約５０％の同一性、アミノ酸５〜３８４がエンテロコッカスフェカーリスの、ＦｔｓＷ／ＲｏｄＡ／ＳｐｏＶＥファミリーの細胞分裂タンパク質であるタンパク質（アクッセッション番号ＮＰ＿８１６１４８．１）と約４１％の同一性、そして、アミノ酸１６〜３６８がラクトバシラスプランタルムの、桿形態決定タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５５９６．１）と約４１％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号９４（４３７アミノ酸）における、アミノ酸１〜４３７がラクトバシラスガセリの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラミン酸−アラニンリガーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６７２３．１）と約９１％の同一性、アミノ酸１〜４３７がラクトバシルスジョンソニの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラミン酸−アラニンリガーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５４７０．１）と約９１％の同一性、アミノ酸２〜４３４がラクトバシラスプランタルムの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラミン酸−アラニンリガーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５０７３．１）と約５６％の同一性、アミノ酸５〜４３７がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラミン酸−アラニンリガーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６４１００．１）と約５６％の同一性、アミノ酸４〜４３７がエンテロコッカスフェカーリスの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラミン酸−アラニンリガーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１５５９０．１）と約５１％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号９６（４５２アミノ酸）における、アミノ酸３〜４５２がラクトバシラスガセリの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラモイルトリペプチドシンセターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６２３４．１）と約８７％の同一性、アミノ酸３〜４５２がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４７８３．１）と約８６％の同一性、アミノ酸３〜４５２がラクトバシラスプランタルムの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラモイルトリペプチドシンセターゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５８４４．１）と約５５％の同一性、アミノ酸３〜４５２がエンテロコッカスフェカーリスの、ｍｕｒリガーゼファミリータンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１６２２６．１）と約５０％の同一性、そして、アミノ酸３〜４５１がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラモイルトリペプチドシンセターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６３６５４．１）と約５１％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号９８（５３２アミノ酸）における、アミノ酸１１〜５２８がラクトバシルスジョンソニの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラモイル−Ｌ−アラニル−Ｄ−グルタミル−リジンライゲースであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６９０．１）と約８３％の同一性、アミノ酸１１〜５２８がラクトバシラスガセリの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラモイルトリペプチドシンセターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６３７．１）と約８３％の同一性、アミノ酸１０〜５２４がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラモイルトリペプチドシンセターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６２８３７．１）と約４４％の同一性、アミノ酸２４〜５２２がエンテロコッカスファエシウムの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラモイルトリペプチドシンセターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３６０３５．１）と約４３％の同一性、そして、アミノ酸１０〜５２２がエンテロコッカスフェカーリスの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラモイルアラニル−Ｄ−グルタミン酸−２，６−ジアミノピメリン酸リガーゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１４４２０．１）と約４２％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１００（４５９アミノ酸）における、アミノ酸１〜４５９がラクトバシルスジョンソニの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラモイルアラニル−Ｄ−グルタミン酸リガーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４８２６．１）と約７８％の同一性、アミノ酸８９〜４５９がラクトバシラスガセリの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラモイルアラニル−Ｄ−グルタミン酸リガーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６２６５．１）と約８０％の同一性、アミノ酸１〜４５６が炭疽菌の、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラモイルアラニル−Ｄ−グルタミン酸リガーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８４６２９１．１）と約４９％の同一性、アミノ酸１〜４５６がバチルスセレウス（Bacillus cereus）の、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラモイルアラニル−Ｄ−グルタミン酸リガーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９８０２５３．１）と約４９％の同一性、そして、アミノ酸１〜４５６がバチルスセレウスの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラモイルアラニル−Ｄ−グルタミン酸リガーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８３３６３２．１）と約４９％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１０２（３６８アミノ酸）における、アミノ酸１〜３６４がラクトバシラスガセリの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン：ＬＰＳ Ｎ−アセチルグルコサミントランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６２６６．１）と約７９％の同一性、アミノ酸１〜３６６がラクトバシルスジョンソニの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミンＮ−アセチルムラモイル−（ペンタペプチド）ピロホスホリル−ウンデカプレノールＮ−アセチルグルコサミントランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４８２７．１）と約７８％の同一性、アミノ酸１〜３６６がラクトバシラスプランタルムの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミンＮ−アセチルムラモイル−（ペンタペプチド）ピロホスホリル−ウンデカプレノールＮ−アセチルグルコサミントランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５６９２．１）と約４９％の同一性、アミノ酸１〜３６８がバシラスハロデドラン（Bacillus halodurans）の、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン−Ｎ−アセチルムラモイル−（ペンタペプチド）ピロホスホであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２４３４３１．１）と約４６％の同一性、そして、アミノ酸１〜３６６がエンテロコッカスヒラエ（Enterococcus hirae）の、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミンＮ−アセチルムラモイル−（ペンタペプチド）ピロホスホリル−ウンデカプレノールＮ−アセチルグルコサミントランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ｓｐ｜Ｏ０７６７０｜ＭＵＲＧ＿ＥＮＴＨＲ）と約４７％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１０４（３２２アミノ酸）における、アミノ酸４〜３２２がラクトバシラスガセリの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラモイルペンタペプチドホスホトランスフェラーゼ／ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン−１−リン酸トランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７４４２．１）と約６７％の同一性、アミノ酸４〜３２２がラクトバシルスジョンソニの、ホスホ−Ｎ−アセチルムラモイル−ペンタペプチド−トランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４８２５．１）と約６７％の同一性、アミノ酸１１〜３１９がラクトバシラスプランタルムの、ホスホ−Ｎ−アセチルムラモイル−ペンタペプチド−トランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５６９４．１）と約４９％の同一性、アミノ酸９〜３２０がエンテロコッカスファエシウムの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラモイルペンタペプチドホスホトランスフェラーゼ／ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン−１−リン酸トランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３７８２８．１）と約４７％の同一性、そして、アミノ酸９〜３２０がエンテロコッカスフェカーリスの、ホスホ−Ｎ−アセチルムラモイルペンタペプチドトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１４７２８．１）と約４７％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１０６（２１５アミノ酸）における、アミノ酸１５〜２１４がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５５２７．１）と約５４％の同一性、アミノ酸１５〜２１４がラクトバシラスガセリの、ムラミダーゼ（ベン毛特異的）であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６３６５．１）と約５４％の同一性、アミノ酸１〜２１５がリステリア菌の、Ｎ−アセチルムラモイル−Ｌ−アラニンアミダーゼ（自己溶菌酵素）に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６４７４０．１）と約４２％の同一性、アミノ酸１〜２１５がリステリアイノクアの、Ｎ−アセチルムラモイル−Ｌ−アラニンアミダーゼ（自己溶菌酵素）に相同であるタンパク質（アクッセッション番号ＮＰ＿４７０５１５．１；ＮＣ＿００３２１２）と約４２％の同一性、そして、アミノ酸７１〜２１５がラクトコッカスラクチスのラクチス亜種の、Ｎ−アセチルムラミダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２６７５２１．１）と約５３％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１０８（４０９アミノ酸）における、アミノ酸１〜２６２がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４１７１．１）と約４３％の同一性、アミノ酸２６〜２５７がリステリア菌の、自己溶菌酵素（ＥＣ ３．５．１．２８）、（Ｎ−アセチルムラモイル−Ｌ−アラニンアミダーゼ）に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６４６０１．１）と約３９％の同一性、アミノ酸１６〜２３６がリステリアイノクアの、自己溶菌酵素、Ｎ−アセチルムラミダーゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４７２１６６．１）と約３８％の同一性、アミノ酸１６〜２７４がリステリア菌の、自己溶菌酵素、Ｎ−アセチルムラミダーゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６６２１３．１）と約３４％の同一性、そして、アミノ酸４０〜２２２がエンテロコッカスファエシウムの、グリコシダーゼ（ＧｌｙＡ）に相同であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＫ７２４９６．１）と約３９％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１１０（１５３アミノ酸）における、アミノ酸１０５〜１５２がエノコッカスエニ（Oenococcus oeni）の、ムラミダーゼ（ベン毛特異的）であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６９３８４．１）と約４７％の同一性、アミノ酸１０８〜１５０が枯草菌（Bacillus subtilis）の、Ｎ−アセチルムラモイル−Ｌ−アラニンアミダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３８９１６４．１；ＮＣ＿０００９６４）と約５３％の同一性、アミノ酸１０４〜１５０がクロロフレクサスアウランティアクス（Chloroflexus aurantiacus）の推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００１９７４１．１）と約４８％の同一性、アミノ酸１０７〜１５２がデイノコッカスラジオデュランス（Deinococcus radiodurans）の、細胞壁タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２９４６３４．１）と約５４％の同一性、アミノ酸１０９〜１５２がラクトコッカスラクチスのラクチス亜種の、Ｎ−アセチルムラミダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２６６６９７：１）と約４７％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１１２（３６０アミノ酸）における、アミノ酸１〜３６０がラクトバシラスガセリの、Ｄ−アラニン−Ｄ−アラニンリガーゼ及び関連のＡＴＰ捕捉酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７０３６．１）と約７１％の同一性、アミノ酸１〜３６０がラクトバシルスジョンソニの、Ｄ−アラニン−Ｄ−アラニンリガーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４１２４．１）と約７１％の同一性、アミノ酸３〜３４８が大腸菌（Escherichia coli）の、Ｄ−アラニン−Ｄ−アラニンリガーゼＡであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３０８４５８．１）と約４１％の同一性、アミノ酸３〜３４８が大腸菌の、Ｄ−アラニン−Ｄ−アラニンリガーゼＡであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７５２４２１．１）と約４１％の同一性、アミノ酸４〜３４８がオセアノバチラスイヘエンシス（Oceanobacillus iheyensis）の、Ｄ−アラニン−Ｄ−アラニンリガーゼＡであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６９２２２７．１）と約３９％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１１４（３２７アミノ酸）における、アミノ酸２９〜３２６がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５７３０．１）と約４１％の同一性、アミノ酸７９〜３２６がラクトバシラスガセリの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６５９８．１）と約４３％の同一性、アミノ酸５８〜１６５がラクトバシラスガセリの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６５９７．１）と約４３％の同一性、そして、アミノ酸１４１〜１８７がクロストリジウムパーフリンジェンスの、細胞分裂タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿５６１２６６．１）と約３８％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１１６（４５５アミノ酸）における、アミノ酸１〜４５４がラクトバシルスジョンソニの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラモイルアラニル−Ｄ−グルタミル−２，６−ジアミノピメリン酸−Ｄ−アラニル−Ｄ−アラニルリガーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４２８６．１）と約７７％の同一性、アミノ酸１５０〜４５４がラクトバシラスガセリの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラモイルペンタペプチドシンターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７００７．１）と約７９％の同一性、アミノ酸１〜４５４がラクトバシラスプランタルムの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラモイルアラニル−Ｄ−グルタミル−２，６−ジアミノピメリン酸−Ｄ−アラニル−Ｄ−アラニルリガーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４２９８．１）と約５４％の同一性、アミノ酸１〜４５４がエンテロコッカスフェカーリスの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラモイルアラニル−Ｄ−グルタミル−２，６−ジアミノピメリン酸−Ｄ−アラニル−Ｄ−アラニルリガーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１４５８７．１）と約４６％の同一性、そして、アミノ酸１〜４５４が化膿連鎖球菌の、Ｄ−Ａｌａ−Ｄ−Ａｌａ付加酵素に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２６９５１１．１）と約４３％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１１８（４３２アミノ酸）における、アミノ酸１〜４２６がラクトバシラスプランタルムの、セリン型Ｄ−Ａｌａ−Ｄ−Ａｌａカルボキシペプチダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８６４６７．１）と約４０％の同一性、アミノ酸３７〜３１７がラクトバシルスジョンソニの、Ｄ−アラニル−Ｄ−アラニンカルボキシペプチダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４５３７．１）と約５１％の同一性、アミノ酸３７〜３１７がラクトバシラスガセリの、Ｄ−アラニル−Ｄ−アラニンカルボキシペプチダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７２９３．１）と約４９％の同一性、アミノ酸５〜４３０が枯草菌の、Ｄ−アラニル−Ｄ−アラニンカルボキシペプチダーゼ（ペニシリン結合タンパク質５）であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３８７８９１．１）と約３８％の同一性、アミノ酸５６〜４３０が枯草菌の、ペニシリン結合タンパク質５であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＡ２２３７５．１）と約４０％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１２０（４４１アミノ酸）における、アミノ酸１１〜４３０がラクトバシルスジョンソニの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン１−カルボキシビニルトランスフェラーゼ１であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４２４０．１）と約８８％の同一性、アミノ酸１１〜３８２がラクトバシラスガセリの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン１−カルボキシビニルトランスフェラーゼ１であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７０７２．１）と約９０％の同一性アミノ酸１１〜４３５がラクトバシラスプランタルムの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン１−カルボキシビニルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４２９０．１）と約６４％の同一性、アミノ酸１１〜４２９がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミンエノールピルビルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６３２１８．１）と約６２％の同一性、そして、アミノ酸１１〜４３６がエンテロコッカスフェカーリスの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン１−カルボキシビニルトランスフェラーゼ２であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１４８９９．１）と約５８％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１２２（４５９アミノ酸）における、アミノ酸１〜４５９がラクトバシラスジョンソニの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン−１−リン酸ウリジルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４２２４．１）と約８２％の同一性、アミノ酸１〜４５９がラクトバシラスガセリの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン−１−リン酸ウリジルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７０８８．１）と約８１％の同一性、アミノ酸３〜４５３がラクトバシラスプランタルムの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミンピロホスホリラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４２５７．１）と約６２％の同一性、アミノ酸３〜４５７がエンテロコッカスフェカーリスの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミンピロホスホリラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１３８６９．１）と約６１％の同一性、そして、アミノ酸１〜４５３がストレプトコッカスアガラクティエの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミンピロホスホリラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６８８５３２．１）と約５６％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１２４（２４４アミノ酸）における、アミノ酸１〜２３９がラクトバシルスジョンソニの、ウンデカプレニルピロリン酸シンテターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５２９８．１）と約６９％の同一性、アミノ酸１〜２３９がラクトバシラスガセリの、ウンデカプレニルピロリン酸シンターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６５８９．１）と約６８％の同一性、アミノ酸１０〜２４２がエノコッカスエニ（Oenococcus oeni）の、ウンデカプレニルピロリン酸シンターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００７０１５８．１）と約５７％の同一性、アミノ酸１０〜２３７がリステリアイノクアの、ウンデカプレニル二リン酸シンターゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４７０６８８．１）と約５９％の同一性、そして、アミノ酸１０〜２４２がエンテロコッカスフェカーリスの、ウンデカプレニル二リン酸シンターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１６１４１．１）と約５６％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１２６（３８９アミノ酸）における、アミノ酸１〜３７７がラクトバシラスガセリの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルムラモイルペンタペプチドホスホトランスフェラーゼ／ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン−１−リン酸トランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６８９６．１）と約７２％の同一性、アミノ酸１〜３７７がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４６９６．１）と約７２％の同一性、アミノ酸１〜３７５がデルブリュック菌の、ＲｇｐＧタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号、ｇｂ｜ＡＡＫ００３２９．１）と約７２％の同一性、アミノ酸２〜３５５がラクトバシラスプランタルムの、ウンデカプレニル−リン酸Ｎ−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４４８５．１）と約５４％の同一性、そして、アミノ酸１〜３５８がエンテロコッカスフェカーリスの、グリコシルトランスフェラーゼ、グループ４ファミリータンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１５８６０．１）と約５１％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１２８（３１３アミノ酸）におけるアミノ酸５１〜３１１がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５７５９．１）と約３８％の同一性、アミノ酸５１〜３１１がラクトバシラスガセリの、ベータラクタマーゼクラスＣ及び他のペニシリン結合タンパク質ファミリーに属するタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６８４７．１）と約３８％の同一性、アミノ酸３０〜２９６がエンテロコッカスフェカーリスの、ペニシリン結合タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１４４９４．１）と約３１％の同一性、アミノ酸１２〜２９０がラクトバシラスプランタルムの、セリン型Ｄ−Ａｌａ−Ｄ−Ａｌａカルボキシペプチダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５５４８．１）と約３１％の同一性、そして、アミノ酸３８〜２８９がエンテロコッカスファエシウムの、ベータ−ラクタマーゼクラスＣ及び他のペニシリン結合タンパク質ファミリーに属するタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０．００３５４７２．１）と約３３％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１３０（３７４アミノ酸）における、アミノ酸４９〜３０４がデルブリュック菌ブルガリカス（bulgaricus）亜種の、保存されている推定上のペニシリン結合タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＭ２２４８２．１）と約５１％の同一性、アミノ酸６７〜３６２がラクトバシラスプランタルムの、セリン型Ｄ−Ａｌａ−Ｄ−Ａｌａカルボキシペプチダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４８３８．１）と約３０％の同一性、アミノ酸が４６〜３７１ストレプトコッカスアガラクティエ（Streptococcus agalactiae）の推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７３５０９１．１）と約２４％の同一性、アミノ酸４６〜３７１がストレプトコッカスアガラクティエの、リポタンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６８７６７６．１）と約２４％の同一性、そして、アミノ酸４８〜３４６がエンテロコッカスフェカーリスの、ペニシリン結合タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１４４９４．１）と約２７％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１３２（７０２アミノ酸）における、アミノ酸１〜６９９がラクトバシルスジョンソニの、ペニシリン結合タンパク質２Ｂであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５４２６．１）と約６９％の同一性、アミノ酸２２〜６９９がラクトバシラスガセリの、細胞分裂タンパク質ＦｔｓＩ／ペニシリン結合タンパク質２であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６９２８．１）と約７１％の同一性、アミノ酸１〜７００がラクトバシラスプランタルムの、ペニシリン結合タンパク質２Ｂであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５１６６．１）と約４４％の同一性、アミノ酸１９〜６９９がエンテロコッカスフェカーリスの、ペニシリン結合タンパク質２Ｂであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１６４７９．１）と約３９％の同一性、そして、アミノ酸１２〜７０２がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、細胞分裂タンパク質ＦｔｓＩ／ペニシリン結合タンパク質２であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６３６３９．１）と約３７％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１３４（７０４アミノ酸）における、アミノ酸３４〜７０４がラクトバシルスジョンソニの、ペニシリン結合タンパク質１Ｆであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５４８５．１）と約７５％の同一性、アミノ酸３４〜７０４がラクトバシラスガセリの、膜カルボキシペプチダーゼ（ペニシリン結合タンパク質）であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６７０４．１）と約７４％の同一性、アミノ酸３４〜７０３がラクトバシラスプランタルムの、ペニシリン結合タンパク質２ａであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５０３４．１）と約５３％の同一性、アミノ酸２４〜６９９がエンテロコッカスフェカーリスの、ペニシリン結合タンパク質２ａであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１４４３０．１）と約４７％の同一性、そして、アミノ酸６１〜７０４がリステリア菌の、ペニシリン結合タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６５７５３．１）と約４７％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１３６（３４３アミノ酸）における、アミノ酸２６〜３３７がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５４９６．１）と約６８％の同一性、アミノ酸２６〜３３８がラクトバシラスガセリの、ベータラクタマーゼクラスＣ及び他のペニシリン結合タンパク質ファミリーに属するタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６９８．１）と約６７％の同一性、アミノ酸２７〜１７８がラクトバシラスロイテリの、ペニシリン結合タンパク質クラスＣのｆｍｔ様タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＰ９７０５９．１）と約６７％の同一性、アミノ酸２７〜３４３がミュータンス連鎖球菌（Streptococcus mutans）の、ペニシリン結合タンパク質クラスＣのｆｍｔ様タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７２１２９７．１）と約２９％の同一性、そして、アミノ酸３９〜３２３がストレプトコッカスアガラクティエの、リポタンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６８７６７６．１）と約３０％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１３８（７７６アミノ酸）における、アミノ酸１〜６７９がラクトバシラスガセリの、膜カルボキシペプチダーゼ（ペニシリン結合タンパク質）であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４５９４５．１）と約７１％の同一性、アミノ酸１〜６８０がラクトバシルスジョンソニの、ペニシリン結合タンパク質１Ａであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５０５２．１）と約７１％の同一性、アミノ酸１９〜６８８がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、膜カルボキシペプチダーゼ（ペニシリン結合タンパク質）であるタンパク質（アクセッション番号ＺＦ＿０００６４３５７．１）と約４５％の同一性、アミノ酸１〜６８８がラクトバシラスプランタルムの、ペニシリン結合タンパク質１ａ（アクセッション番号ＮＰ＿７８５３２３．１）であるタンパク質と約４５％の同一性、そして、アミノ酸２０〜６５１がエンテロコッカスファエシウムの、膜カルボキシペプチダーゼ（ペニシリン結合タンパク質）であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３５５０８．１）と約４５％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１４０（２１８アミノ酸）における、アミノ酸７〜２１７がラクトバシラスガセリの、リコンビナーゼに相同なペニシリン結合タンパク質関連因子Ａであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４５９４６．１）と約７２％の同一性、アミノ酸７〜２１２がラクトバシルスジョンソニの、組換えタンパク質（ＲｅｃＵ）であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５０５１．１）と約７４％の同一性、アミノ酸７〜２１３がエンテロコッカスヒラエの、ペニシリン結合タンパク質関連因子Ａであるタンパク質（アクセッション番号ｅｍｂ｜ＣＡＣ２１５６７．１）と約５３％の同一性、アミノ酸７〜２１２がラクトバシラスプランタルムの、組換えタンパク質（ＲｅｃＵ）であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５３２４．１）と約５７％の同一性、アミノ酸７〜２１３がエンテロコッカスファエシウムの、リコンビナーゼに相同なペニシリン結合タンパク質関連因子Ａであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３５５０７．１）と約５２％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１４２（３６４アミノ酸）における、アミノ酸４８〜２９０がデルブリュック菌ブルガリカス亜種の、保存されている推定上のペニシリン結合タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＭ２２４８２．１）と約４６％の同一性、アミノ酸３７〜３３７がラクトバシラスプランタルムの、セリン型Ｄ−Ａｌａ−Ｄ−Ａｌａカルボキシペプチダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４８３８．１）と約３０％の同一性、アミノ酸１９〜３３６がエンテロコッカスフェカーリスの、ペニシリン結合タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１４４９４．１）と約２７％の同一性、アミノ酸７８〜２９９がミュータンス連鎖球菌の、ペニシリン結合タンパク質クラスＣ、ｆｍｔ様タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７２１２９７．１）と約３１％の同一性、そして、アミノ酸４８〜３３６がラクトバシラスプランタルムの、セリン型Ｄ−Ａｌａ−Ｄ−Ａｌａカルボキシペプチダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５５４８．１）と約２７％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１４４（３６９アミノ酸）における、アミノ酸４６〜２９９がデルブリュック菌ブルガリカス亜種の、保存されている推定上のペニシリン結合タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＭ２２４８２．１）と約４６％の同一性、アミノ酸１６〜３５０がラクトバシラスプランタルムの、セリン型Ｄ−Ａｌａ−Ｄ−Ａｌａカルボキシペプチダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４８３８．１）と約３０％の同一性、アミノ酸２６〜３６２が黄色ブドウ球菌アウレウス亜種の、自己融解及びメチシリン耐性に関連したタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３７１５８１．１）と約２９％の同一性、アミノ酸２２〜３０４が表皮ブドウ球菌の、自己融解及びメチシリン耐性に関連したタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７６４３０９．１）と約２８％の同一性、そして、アミノ酸１６〜３４１がラクトバシラスプランタルムの、セリン型Ｄ−Ａｌａ−Ｄ−Ａｌａカルボキシペプチダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５５４８．１）と約２８％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１４６（７２０アミノ酸）における、アミノ酸１４〜７１９がラクトバシラスガセリの、細胞分裂タンパク質ＦｔｓＩ／ペニシリン結合タンパク質２であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７４４１．１）と約６０％の同一性、アミノ酸１４〜７１９がラクトバシルスジョンソニの、ペニシリン結合タンパク質２Ｂであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４８２４．１）と約６０％の同一性、アミノ酸４２〜７１９がラクトバシラスプランタルムの、ペニシリン結合タンパク質２Ｂであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５６９５．１）と約４３％の同一性、アミノ酸４２〜７１８がリステリアイノクアの、ペニシリン結合タンパク質２Ｂに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４７１４７９．１）と約３９％の同一性、そして、アミノ酸４２〜７１８がリステリア菌の、ペニシリン結合タンパク質２Ｂに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６５５６３．１）と約３８％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１４８（５０４アミノ酸）における、アミノ酸１〜５０３がラクトバシルスジョンソニの、Ｄ−アラニン活性化酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５７６３．１）と約７４％の同一性、アミノ酸１〜５０３がラクトバシラスガセリの、非リボソームペプチドシンセターゼモジュール及び関連のタンパク質ファミリーに属するタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６８４３．１）と約７３％の同一性、アミノ酸１〜５０３がラクトバシラスプランタルムの、Ｄ−アラニン活性化酵素（ＤｌｔＡ）であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５５４６．１）と約５３％の同一性、アミノ酸１〜５０３がラクトバシラスラムノサス（Lactobacillus rhamnosus）の、Ｄ−アラニン−ポリ（ホスホリビトール）リガーゼサブユニット１（Ｄ−アラニン活性化酵素）であるタンパク質（アクセッション番号ｓｐ｜Ｐ３５８５４｜ＤＬＴＡ＿ＬＡＣＲＨ）と約５１％の同一性、そして、アミノ酸１〜５０４がストレプトコッカスアガラクティエの、Ｄ−アラニン活性化酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６８８７８０．１）と約４９％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１５０（４１２アミノ酸）における、アミノ酸６〜４１２がラクトバシラスガセリの、Ｄ−アラニンの搬出に関与する推定上の膜タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６８４４．１）と約７０％の同一性、アミノ酸６〜４１２がラクトバシルスジョンソニの、ＤｌｔＢタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５７６２．１）と約７０％の同一性、アミノ酸６〜４１０がラクトバシラスプランタルムの、Ｄ−アラニル輸送タンパク質（ＤｌｔＢ）であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５５４５．１）と約５８％の同一性、アミノ酸４〜４０９がエンテロコッカスフェカーリスの、塩基性膜タンパク質（ＤｔｌＢ）であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１６３７７．１）と約５５％の同一性、そして、アミノ酸６〜４０９がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、Ｄ−アラニンの搬出に関与する推定上の膜タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６４０５４．１）と約５１％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１５２（７９アミノ酸）における、アミノ酸１〜７９がラクトバシルスジョンソニの、Ｄ−アラニル担体タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５７６１．１）と約８１％の同一性、アミノ酸１〜７９がラクトバシラスガセリの、アシル担体タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６８４５．１）と約７９％の同一性、アミノ酸１〜７３がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、アシル担体タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６４０５３．１）と約６３％の同一性、アミノ酸２〜７７がラクトバシラスプランタルムの、Ｄ−アラニル担体タンパク質（ＤｌｔＣ）であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５５４４．１）と約６７％の同一性、そして、アミノ酸２〜７７がラクトバシラスプランタルムの、Ｄ−アラニル担体タンパク質（ＤｌｔＣ）であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５０２８．１）と約６４％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１５４（４２８アミノ酸）における、アミノ酸１〜４２８がラクトバシルスジョンソニの、ＤｌｔＤ前駆体であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５７６０．１）と約５８％の同一性、アミノ酸１〜４２８がラクトバシラスガセリの、リポテイコ酸及び細胞壁タイコ酸のＤ−アラニンエステル化に関与するタンパク質（Ｄ−アラニン輸送タンパク質）であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６８４６．１）と約５８％の同一性、アミノ酸１〜４０９がラクトバシラスプランタルムの、Ｄ−アラニル輸送タンパク質ＤｌｔＤであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５５４３．１）と約５０％の同一性、アミノ酸１〜４１０がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、リポテイコ酸及び細胞壁タイコ酸のＤ−アラニンエステル化に関与するタンパク質（Ｄ−アラニン輸送タンパク質）であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６４０５２．１）と約４６％の同一性、そして、アミノ酸５〜４０８がミュータンス連鎖球菌の、膜外タンパク質（ＤｌｔＤ）に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７２２０１９．１）と約４５％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１５６（４７７アミノ酸）における、アミノ酸１〜４７３がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４８９０．１）と約７４％の同一性、アミノ酸１〜４７４がラクトバシラスガセリの、Ｏ抗原及びタイコ酸の搬出に関与する膜タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４５８５４．１）と約７４％の同一性、アミノ酸１〜４７０が高温性連鎖球菌（Streptococcus thermophilus）の、ｃｐｓＵタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＭ９３４０６．１）と約４６％の同一性、アミノ酸１〜４７０が高温性連鎖球菌の、ＥｐｓＩタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＫ６１９０４．１）と約４６％の同一性、そして、アミノ酸１〜４７０が高温性連鎖球菌の、ＥｐｓＵタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｅｍｂ｜ＣＡＢ５２２２５．１）と約４６％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１５８（１７４アミノ酸）における、アミノ酸１〜１７４がラクトバシラスガセリの、ＵＤＰ−ガラクトピラノースムターゼ（アクセッション番号ＺＰ＿０００４５８５３．１）であるタンパク質と約８３％の同一性、アミノ酸１〜１７２がラクトバシルスジョンソニの、ＵＤＰ−ガラクトピラノースムターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４８８８．１）と約８３％の同一性、アミノ酸１〜１６９がラクトバシラスプランタルムの、ＵＤＰ−ガラクトピラノースムターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４８４２．１）と約７４％の同一性、アミノ酸１〜１７２がラクトバシラスプランタルムの、ＵＤＰ−ガラクトピラノースムターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４８８２．１）と約６９％の同一性、そして、アミノ酸１〜１７２が高温性連鎖球菌の、ＥｐｓＪタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＫ６１９０５．１）と約６３％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１６０（１３３アミノ酸）における、アミノ酸２〜１３３がラクトバシルスジョンソニの、ＵＤＰ−ガラクトピラノースムターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４８８８．１）と約８８％の同一性、アミノ酸４〜１３３がラクトバシラスプランタルムの、ＵＤＰ−ガラクトピラノースムターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４８４２．１）と約７９％の同一性、アミノ酸４〜１３３がラクトバシラスプランタルムの、ＵＤＰ−ガラクトピラノースムターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４８８２．１）と約７８％の同一性、アミノ酸１〜１３３が肺炎連鎖球菌（Streptococcus pneumoniae）の、Ｇｌｆ様のタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＬ６８４３１．１）と約７３％の同一性、そして、アミノ酸１〜１３３が高温性連鎖球菌の、ＥｐｓＪタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＫ６１９０５．１）と約７０％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１６２（４３１アミノ酸）が、アミノ酸１〜３７５が肺炎連鎖球菌の、多糖ポリメラーゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＣ４４９６６．１）と約２２％の同一性、アミノ酸１〜３６８が肺炎連鎖球菌の、多糖ポリメラーゼ（Ｃｐｓ１９ａＩ）であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＣ７８６７１．１）と約２２％の同一性、アミノ酸４〜３７６が肺炎連鎖球菌の、Ｗｚｙタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＫ２０６８９．１）と約２４％の同一性、アミノ酸４〜３７６が肺炎連鎖球菌の、多糖ポリメラーゼ（Ｃｐｓ６ａＩ）に相同であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＬ６８４２４．１）と約２４％の同一性、そして、アミノ酸４〜３７６が肺炎連鎖球菌の、多糖ポリメラーゼ（Ｃｐｓ６ａＩ）に相同であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＬ８２７８６．１）と約２４％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１６４（３４６アミノ酸）における、アミノ酸３５〜２５１が肺炎連鎖球菌の、グリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクッセッション番号ｅｍｂ｜ＣＡＡ０７４０１．１；ＡＪ００６９８６）と約３５％の同一性、アミノ酸３６〜３０５が肺炎連鎖球菌の、グリコシルトランスフェラーゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ｅｍｂ｜ＣＡＢ５９２９１．１；ＡＪ１３１９８４）と約３２％の同一性、アミノ酸４〜２７２がアセトンブタトル菌の、細胞壁生合成に関与するグリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクッセッション番号ＮＰ＿３４８１１６．１；ＮＣ＿００３０３０）と約３３％の同一性、アミノ酸４〜２５４がビフィドバクテリウムロングム（Bifidobacterium longum）の、グリコシルトランスフェラーゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６９５６３９．１）と約３１％の同一性、そして、アミノ酸４〜２５４がビフィドバクテリウムロングムの、細胞壁生合成に関与するグリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿００１２０９０７．１）と約３１％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１６６（２１８アミノ酸）における、アミノ酸８〜１５１が環境配列（アクセッション番号ｇｂ｜ＥＡＦ１５７１２．１）と約２９％の同一性、アミノ酸３８〜１３９がヘリコバクターヘパティカス（Helicobacter hepaticus）の推定上の、タンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８６０３７７．１）と約２６％の同一性、アミノ酸１３〜１６６が環境配列（アクセッション番号ｇｂ｜ＥＡＢ８８９３２．１）と約２４％の同一性、アミノ酸５１〜１５５が環境配列（アクセッション番号ｇｂ｜ＥＡＤ８８２６０．１）と約２７％の同一性、そして、アミノ酸２〜１６７が環境配列（アクセッション番号ｇｂ｜ＥＡＦ０１７５２．１）と約２４％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１６８（１７３アミノ酸）における、アミノ酸３０〜１０８が環境配列（アクセッション番号ｇｂ｜ＥＡＪ１８１４３．１）と約２９％の同一性、アミノ酸３０〜１０８が環境配列（アクセッション番号ｇｂ｜ＥＡＫ６７５０８．１）と約２９％の同一性、アミノ酸８〜１３４が環境配列（アクセッション番号ｇｂ｜ＥＡＤ６３９９１．１）と約２３％の同一性、アミノ酸３８〜１７３がシロイヌナズナの、Ｆ−ボックスファミリータンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿１７８９８６．１）であるタンパク質と約２３％の同一性、そして、アミノ酸４７〜１５５がホトラブダスルミネッセンス（Photorhabdus luminescens）のラウモンジ（laumondii）亜種の、マルトデキストリンホスホリラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９２７８２３．１）と約２５％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１７０（２９３アミノ酸）における、アミノ酸３〜２９３がラクトバシルスジョンソニの推定上の、タンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４８８６．１）と約３９％の同一性、アミノ酸５〜２９３がエノコッカスエニ（Oenococcus oeni）の、グリコシルトランスフェラーゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６９９２１．１）と約３８％の同一性、アミノ酸３〜２９０がロイコノストックメセンテロイデス（Leuconostoc mesenteroides）のメセンテロイデス（mesenteroides）亜種の、グリコシルトランスフェラーゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６４０３０．１）と約３６％の同一性、アミノ酸４〜２９２がサーモアナエロバクテリウムサーモサッカロリティカム（Thermoanaerobacterium thermosaccharolyticum）の、グリコシルトランスフェラーゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＲ８５５１５．１）と約３３％の同一性、そして、アミノ酸４〜２６５がピロコッカスヒロコシ（Pyrococcus horikoshii）の推定上の、タンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿１４２４０７．１）と約３２％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１７２（２５７アミノ酸）における、アミノ酸１〜２５７がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４８８２．１）と約７５％の同一性、アミノ酸１〜２５７がラクトバシラスプランタルムの、多糖生合成タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４８８９．１）と約４９％の同一性、アミノ酸１〜２４９がラクトバシラスプランタルムの、グリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４８４６．１）と約５１％の同一性、アミノ酸１〜２４９がエノコッカスエニ（Oenococcus oeni）の、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６９９２２．１）と約４４％の同一性、そして、アミノ酸２〜２２８が高温性連鎖球菌の、ＥｐｓＦタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＫ６１９００．１）と約４６％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１７４（２１７アミノ酸）における、アミノ酸１〜２１７がラクトバシラスガセリの、リポ多糖合成に関与する糖転移酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４５８４３．１）と約７３％の同一性，アミノ酸１〜２１７がラクトバシルスジョンソニの、ウンデカプレニル−リン酸ガラクトースホスホトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４８８１．１）と約７１％の同一性、アミノ酸９〜２１５がデルブリュック菌ブルガリカス亜種の、ホスホグルコシルトランスフェラーゼ（ＥｐｓＥ）であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＧ４４７０９．１）と約７０％の同一性、アミノ酸１８〜２１７がラクトバシラスラムノサスの、ウンデカプレニル−リン酸グリコシル−１−リン酸トランスフェラーゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＫ６３８３２．１）と約６６％の同一性、そして、アミノ酸７〜２１７がラクトバシラスプランタルムの、プライミンググリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４８９４．１）と約６０％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１７６（２５６アミノ酸）における、アミノ酸１〜２５５がデルブリュック菌ブルガリカス亜種の、ＥｐｓＤタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＧ４４７０８．１；ＡＦ２６７１２７）と約６８％の同一性、アミノ酸１〜２５６がラクトバシルスガセリの、莢膜多糖生合成タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４５８４２．１）と約６７％の同一性、アミノ酸１〜２５６がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４８８０．１）と約６６％の同一性、アミノ酸３〜２５０がラクトバシラスラムノサスの、ＥｐｓＢタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＫ６４２８９．１）と約５７％の同一性、そして、アミノ酸３〜２５６がラクトバシラスプランタルムの、細胞外多糖生合成タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４８６５．１）と約４５％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１７８（２６０アミノ酸）における、アミノ酸５〜２２５がラクトバシルスジョンソニの、チロシンプロテインキナーゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４８７９．１）と約６６％の同一性、アミノ酸５〜２２５がラクトバシラスガセリの、染色体分配に関与するＡＴＰアーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４５８４０．１）と約６５％の同一性、アミノ酸１〜２２８がデルブリュック菌ブルガリカス亜種の、ＥｐｓＣタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＧ４４７０７．１）と約５７％の同一性、アミノ酸１〜２２６がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、染色体分配に関与するＡＴＰアーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６３７８４．１）と約５１％の同一性、そして、アミノ酸５〜２３０がオセアノバチラスイヘエンシス（Oceanobacillus iheyensis）の、莢膜多糖生合成タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６９３８２２．１）と約４６％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１８０（２９１アミノ酸）における、アミノ酸１〜２８８がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４８７８．１）と約５１％の同一性、アミノ酸２〜２８９がデルブリュック菌ブルガリカス亜種の、ＥｐｓＢタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＧ４４７０６．１）と約５０％の同一性、アミノ酸７４〜２９１がラクトバシラスガセリの、莢膜多糖生合成タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４５８３９．１）と約５１％の同一性、アミノ酸９〜２７９がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、莢膜多糖生合成タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６３７８５．１）と約３５％の同一性、そして、アミノ酸８〜２８４がラクトバシラスプランタルムの、細胞外多糖生合成タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４８６３．１）と約３１％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１８２（３５１アミノ酸）における、アミノ酸４５〜３４０がデルブリュック菌ブルガリカス亜種の、ＥｐｓＡタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＧ４４７０５．１；ＡＦ２６７１２７）と約５２％の同一性、アミノ酸２６〜３３５がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４８７７．１）と約５１％の同一性、アミノ酸５８〜３３５がラクトバシラスプランタルムの、転写調節因子であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４７０４．１）と約４３％の同一性、アミノ酸５９〜３３５がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、転写調節因子であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６３４９５．１）と約３７％の同一性、そして、アミノ酸２６〜３３５がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、転写調節因子であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６３６４３．１）と約３７％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１８４（４２１アミノ酸）における、アミノ酸１〜４１７がラクトバシルスガセリの、ＧＴＰアーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６７１．１）と約７６％の同一性、アミノ酸１〜４１７がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６５６．１）と約７６％の同一性、アミノ酸１０〜４２１がリステリア菌の、ＡＴＰ／ＧＴＰ結合タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６４２８９．１）と約５１％の同一性、アミノ酸１３〜４２１がリステリアイノクアの、ＡＴＰ／ＧＴＰ結合タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４７００９８．１）と約５１％の同一性、そして、アミノ酸４〜４２１がラクトバシラスプランタルムの、ＧＴＰアーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４６２０．１）と約４８％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１８６（３３６アミノ酸）における、アミノ酸２５〜３３１がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４１２３．１）と約４１％の同一性、アミノ酸２〜３３１がラクトバシラスガセリの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７０３７．１）と約３９％の同一性、アミノ酸６〜３１０がクロストリジウムサーモセルム（Clostridium thermocellum）の、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００５９７０６．１）と約２０％の同一性、アミノ酸１６２〜１９４が環境配列（アクセッション番号ｇｂ｜ＥＡＤ８７４９７．１）と約４５％の同一性、そして、アミノ酸２１５〜３２４が環境配列（アクセッション番号ｇｂ｜ＥＡＢ３６１２７．１）と約２４％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１８８（１３８２アミノ酸）における、アミノ酸１３２〜１０３５がエンテロコッカスフェカーリスの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１５９０７．１）と２４％の同一性、アミノ酸４５６〜９３１がラクトバシラスプランタルムの、細胞表面タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８６３８４．１）と約２７％の同一性、アミノ酸４９１〜９２５がビブリオブルニフィカス（Vibrio vulnificus）の、膜結合リポタンパク前駆体であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９３５０２０．１）と約３１％の同一性、アミノ酸４０８〜９２６がヘリコバクターヘパティカスの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８５９５８１．１）と約２８％の同一性、そして、アミノ酸２４〜７９５がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４５１０．１）と約２３％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１９０（２５０アミノ酸）における、アミノ酸１２６〜２４９がラクトバシラスガセリの、細胞壁結合加水分解酵素（侵襲関連のタンパク質）であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６６９．１）と約５２％の同一性、アミノ酸１２６〜２４９がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６５８．１）と約５０％の同一性、アミノ酸１３１〜２４９がアセトンブタトル菌の、Ｎ末端ドメインインテグリン様反復及びＣ末端細胞壁結合加水分解酵素ドメインを有するタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３４９５４５．１）と約５４％の同一性、アミノ酸１２６〜２５０がエノコッカスエニ（Oenococcus oeni）の、細胞壁結合加水分解酵素（侵襲関連のタンパク質）であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００７０６０５．１）と約４６％の同一性、そして、アミノ酸７２〜２４６がラクトバシラスプランタルムの、細胞外タンパク質、ガンマ−Ｄ−グルタミン酸−メソ−ジアミノピメリン酸ムロペプチダーゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５６６６．１）と約３３％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１９４（２６２アミノ酸）における、アミノ酸１４５〜２６０がラクトバシラスガセリの、細胞壁結合加水分解酵素（侵襲関連のタンパク質）であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６６９．１）と約５４％の同一性、アミノ酸１４５〜２６０がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６５８．１）と約５１％の同一性、アミノ酸１４３〜２６１がクロストリジウムパーフリンジェンスの、保存されている推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿５６１１９４．１）と約５３％の同一性、アミノ酸１４５〜２６１がエノコッカスエニ（Oenococcus oeni）の、細胞壁結合加水分解酵素（侵襲関連のタンパク質）であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００７０６０５．１）でと約５０％の同一性、そして、アミノ酸１４３〜２６０がアセトンブタトル菌の、細胞壁結合加水分解酵素であるタンパク質と（アクセッション番号ＮＰ＿３４６９４９．１）約５１％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１９６（１８４アミノ酸）における、アミノ酸４８〜１８２がラクトバシラスガセリの、細胞壁結合加水分解酵素（侵襲関連のタンパク質）であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６６９．１）と約４３％の同一性、アミノ酸４７〜１８２がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６５８．１）と約４３％の同一性、アミノ酸６６〜１８２がエンテロコッカスファエシウムの、表面抗原であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３６９０８．１）と約４８％の同一性、アミノ酸６６〜１８２がエンテロコッカスファエシウムの、グリコシダーゼ（ＧｌｙＡ）に相同であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＫ７２４９６．１）と約４８％の同一性、そして、アミノ酸４６〜１７１がラクトコッカスラクチスのラクチス亜種の、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２６７０９２．１）と約４１％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号１９８（１４９アミノ酸）における、アミノ酸１〜１４６がラクトバシルスガセリの、グアニル酸キナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６６８．１）と約５２％の同一性、アミノ酸１〜１４５がラクトバシルスジョンソニの、グアニル酸キナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６５９．１）と約５４％の同一性、アミノ酸１〜１４８がラクトバシラスプランタルムの、グアニル酸キナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４５９８．１）と約４３％の同一性、アミノ酸１〜１４５がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、グアニル酸キナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６３５０６．１）と約４０％の同一性、そして、アミノ酸１〜１４５がエノコッカスエニ（Oenococcus oeni）の、グアニル酸キナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００７０３６５．１）と約３８％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２００（９９アミノ酸）における、アミノ酸１〜８０がラクトバシラスガセリの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６６７．１）と約７１％の同一性、アミノ酸１〜８０がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６６０．１）と約７０％の同一性、アミノ酸８〜６９がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６３６００．１）と約４０％の同一性、アミノ酸５〜７５がラクトバシラスプランタルムのタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５０１３．１）と約３３％の同一性、そして、アミノ酸４〜６９がラクトバシラスプランタルムの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８６５５９．１）と約３９％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２０２（５０３アミノ酸）における、アミノ酸１〜４９７がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６６１．１）と約４０％の同一性、アミノ酸２１４〜５０２がラクトバシラスガセリの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６６６．１）と約４０％の同一性、アミノ酸１０５〜４７７がバチルスセレウス（Bacillus cereus）の、膜タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９７７３０１．１）と約２２％の同一性、アミノ酸４〜４９７が炭疽菌の、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６５３８９０．１）と約１９％の同一性、そして、アミノ酸４〜４９７が炭疽菌の、膜タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８４７８１８．１）と約１９％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２０４（２０６アミノ酸）における、アミノ酸４〜２０５がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６６２．１）と約４３％の同一性、アミノ酸４〜２０５がラクトバシラスガセリの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６６５．１）と約４２％の同一性、アミノ酸４１〜２０３がラクトバシラスプランタルムのタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８６１３５．１）と約３３％の同一性、アミノ酸７１〜１７７が熱帯熱マラリア原虫の、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７０１６２２．１）と約２６％の同一性、そして、アミノ酸６２〜１４５が環境配列（アクセッション番号ｇｂ｜ＥＡＨ１００８５．１）と約２７％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２０６（１４８アミノ酸）における、アミノ酸１〜１４７がラクトバシルスジョンソニの、ＮｒｄＩタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６６３．１）と約６０％の同一性、アミノ酸１〜１４７がラクトバシルスガセリの、リボヌクレオチド還元に関与するタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６６４．１）と約６０％の同一性、アミノ酸４〜１２３がエンテロコッカスフェカーリスの、ＮｒｄＩタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１４２５６．１）と約３８％の同一性、アミノ酸４〜１２４がラクトコッカスラクチスの、ＮｒｄＩタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｓｐ｜Ｑ４８７０９｜ＮＲＤＩ＿ＬＡＣＬＣ）と約３３％の同一性、そして、アミノ酸４〜１２４がラクトコッカスラクチスのラクチス亜種の、リボヌクレオチド還元酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２６７１３２．１）と約３３％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２０８（３１１アミノ酸）における、アミノ酸３〜３１０がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６６４．１）と約５３％の同一性、アミノ酸３〜３１１がラクトバシラスガセリの、リボヌクレオチド還元酵素、ベータサブユニットであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６６３．１）と約５３％の同一性、アミノ酸５〜２９６が化膿連鎖球菌の、リボヌクレオチド二リン酸還元酵素小サブユニットであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６０７４８４．１）と約４２％の同一性、アミノ酸５〜２９６が化膿連鎖球菌の、リボヌクレオチド二リン酸還元酵素小サブユニットであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２６９４８２．１）と約４２％の同一性、そして、アミノ酸５〜２９６がストレプトコッカスアガラクティエの、リボヌクレオシド二リン酸還元酵素２、ベータサブユニットであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６８７８３３．１）と約４２％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２１０（１７７アミノ酸）における、アミノ酸１〜１５２がラクトバシラスガセリのタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６６２．１）と約５８％の同一性、アミノ酸１〜１５２がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６６５．１）と約５７％の同一性、アミノ酸１〜１３２がラクトバシラスプランタルムの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８６０４７．１）と約３３％の同一性、アミノ酸２３〜１４４がパイロコッカスホリコシ（Pyrococcus horikoshii）の、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿１４２２６６．１）と約２９％の同一性、そして、アミノ酸１〜６７が環境配列（アクセッション番号ｇｂ｜ＥＡＣ３７７５３．１）と約３３％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２１２（２４０アミノ酸）における、アミノ酸７〜２４０がラクトバシラスガセリのタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７１７１．１）と約６３％の同一性、アミノ酸２０〜２４０がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６３８．１）と約６６％の同一性、アミノ酸７〜２３９がラクトバシラスプランタルム（アクセッション番号ＮＰ＿７８６１８３．１）のタンパク質と約４１％の同一性、アミノ酸５１〜２３９がリステリア菌の、ＹｖｐＢタンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６４２５１．１）と約４４％の同一性、そして、アミノ酸５２〜２４０が枯草菌（Bacillus subtilis）の、ＹｖｐＢタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３９１３７４．１）と約４２％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２１４（１０５アミノ酸）における、アミノ酸４〜１０５がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４９９９．１）と約６０％の同一性、アミノ酸４〜１０４がラクトコッカスラクチスのラクチス亜種の、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２６７０３９．１）と約５０％の同一性、アミノ酸３〜１０４がエンテロコッカスファエシウムの、金属硫黄クラスター生合成酵素に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３６５５５．１）と約５０％の同一性、アミノ酸４〜１０４がエンテロコッカスフェカーリスの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１５２３１．１）と約４６％の同一性、そして、アミノ酸１６〜１０５がラクトバシラスプランタルムの、タンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４７７３．１）と約５６％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２１６（９８アミノ酸）における、アミノ酸３〜９８がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４９９８．１）と約８１％の同一性、アミノ酸３〜９８がラクトバシラスプランタルムの、鉄で調節されるＡＢＣ輸送体構成要素に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５０８１．１）と約７２％の同一性、アミノ酸３〜９８がエノコッカスエニ（Oenococcus oeni）の、Ｆｅ−Ｓクラスター形成に関与するＡＢＣ−タイプ輸送系、透過酵素構成要素であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６９２９８．１）と約６７％の同一性、アミノ酸４〜９８が肺炎連鎖球菌の、保存されている推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３５８３６９．１）と約６４％の同一性、そして、アミノ酸４〜９８が肺炎連鎖球菌の、保存されている推定上のインテイン含有タンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３４５３５８．１）と約６４％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２１８（７６アミノ酸）における、アミノ酸１〜７３がラクトバシルスジョンソニの、ＡＢＣ輸送体のＡＴＰアーゼ構成要素であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４９９４．１）と約８０％の同一性、アミノ酸１〜７３がラクトバシラスプランタルムの、ＡＢＣ輸送体、ＡＴＰ結合タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５０７７．１）と約７３％の同一性、アミノ酸１〜７３がミュータンス連鎖球菌の、ＡＢＣ輸送体、ＡＴＰ結合タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ７２０７１１．１）と約７１％の同一性、アミノ酸１〜７３がエンテロコッカスファエシウムの、鉄−硫黄クラスター形成に関与するＡＢＣ型輸送系、ＡＴＰアーゼ構成要素であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３７２８５．１）と約６５％の同一性、そして、アミノ酸１〜７２が肺炎連鎖球菌の、ＡＢＣ輸送体、ＡＴＰ結合タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３４５３５４．１）と約６９％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２２０（５２アミノ酸）における、アミノ酸５〜４７が熱帯熱マラリア原虫の、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７００８４４．１）と約３２％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２２２（１６１アミノ酸）における、アミノ酸１〜１４６がラクトバシラスガセリのタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６５９．１）と約５９％の同一性、アミノ酸１〜１４６がラクトバシルスジョンソニのタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６６８．１）と約６０％の同一性、アミノ酸７〜１５１がリステリアイノクア（アクセッション番号ＮＰ＿４６９９２９．１）のタンパク質と約４４％の同一性、アミノ酸７〜１６１がエンテロコッカスファエシウムの、膜タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１４９２９．１）と約３９％の同一性、そして、アミノ酸１１〜１３７がラクトバシラスプランタルムの、内在性膜タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４７０３．１）と約４０％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２２４（２５６アミノ酸）における、アミノ酸１２〜２３５がラクトバシラスガセリのタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６５８．１）と約６４％の同一性、アミノ酸１２〜２３５がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（ＮＰ＿９６５６６９．１）と約６３％の同一性、アミノ酸１２〜２１６がラクトバシラスサケイ（Lactobacillus sakei）の、ＬａｂＬタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＬ００９５９．１）と約４８％の同一性、アミノ酸１３〜２３５がリステリアイノクアの保存されている膜タンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６９９３０．１）と約４５％の同一性、そして、そして、アミノ酸１３〜２３５がリステリア菌の保存されている膜タンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６４１０６．１）と約４５％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２２６（５１３アミノ酸）における、アミノ酸１〜５１３がラクトバシルスガセリの、重複したＡＴＰアーゼドメインを有するＡＢＣ輸送体のＡＴＰアーゼ構成要素であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６５７．１）と約８１％の同一性、アミノ酸１〜５１３がラクトバシルスジョンソニの、ＡＢＣ輸送体ＡＴＰアーゼ構成要素であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６７０．１）と約８１％の同一性、アミノ酸１〜５１３がラクトバシルスプランタルムの、ＡＢＣ輸送体、ＡＴＰ結合タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５９６１．１）と約５２％の同一性、アミノ酸１〜５１２がエンテロコッカスフェカーリスの、ＡＢＣ輸送体、ＡＴＰ結合タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１５７４０．１）と約５２％の同一性、そして、アミノ酸１〜５１３がエノコッカスエニ（Oenococcus oeni）の、重複したＡＴＰアーゼドメインを有するＡＢＣ輸送体のＡＴＰアーゼ構成要素であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００７０３６６．１）と約４９％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２２８（１２４アミノ酸）における、アミノ酸３〜１２４がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６７１．１）と約５０％の同一性、アミノ酸３〜１２１がラクトバシラスガセリの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６５６．１）と約５１％の同一性、そして、アミノ酸５３〜８１がピロコッカスフリオサス（Pyrococcus furiosus）の、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿５７８９１３．１）と約４８％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２３０（７３アミノ酸）における、アミノ酸８〜５８がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、アセチルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６３１８０．１）と約３９％の同一性、アミノ酸７〜５８がエノコッカスエニ（Oenococcus oeni）の、アセチルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６９０３２．１）と約３６％の同一性、アミノ酸７〜５６がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５０８２．１）と約３６％の同一性、アミノ酸１５〜５５が環境配列（アクセッション番号ｇｂ｜ＥＡＩ００３３０．１）と約３６％の同一性、そして、アミノ酸１２〜５４が炭疽菌の、ＧＮＡＴファミリーに属するアセチルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６５８７１６．１）と約３７％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２３２（４２４アミノ酸）における、アミノ酸８〜３７５がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６７３．１）と約５８％の同一性、アミノ酸８〜３７５がラクトバシラスガセリの、転写調節因子であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６５５．１）と約５８％の同一性、アミノ酸４２〜３８３がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４１８８．１）と約４１％の同一性、アミノ酸４２〜３７０がラクトバシラスガセリの、転写調節因子であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７２３６．１）と約４２％の同一性、そして、アミノ酸７８〜３５０がラクトバシラスプランタルムの、転写調節因子であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４１０５．１）と約４６％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２３４（５３８アミノ酸）における、アミノ酸５〜５２７がラクトバシラスガセリの、Ｏ抗原及びタイコ酸の搬出に関与する膜タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７２９８．１）と約３０％の同一性、アミノ酸５〜５２７がラクトバシルスジョンソニの、多糖及びタイコ酸の搬出タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４５３３．１）と約２９％の同一性、アミノ酸１〜４５７がエンテロコッカスフェカーリスの、多糖生合成ファミリータンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１４３２８．１）と約３１％の同一性、アミノ酸３〜４５０がエンテロコッカスフェカーリスの、多糖生合成ファミリータンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１４４２１．１）と約３３％の同一性、そして、アミノ酸３〜５２６がミュータンス連鎖球菌の、膜タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７２２００９．１）と２８％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２３６（２７１アミノ酸）における、アミノ酸１〜２７１がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４１１６．１）と約５８％の同一性、アミノ酸１〜２７１がラクトバシルスガセリの、細胞壁生合成に関与するグリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７０４５．１）と約５８％の同一性、アミノ酸７〜２３４がバチルスセレウスの、グリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８３４９３０．１）と約３１％の同一性、アミノ酸２〜２５０が高温性連鎖球菌の、ＥｐｓＶタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｅｍｂ｜ＣＡＢ５２２２４．１）と約２８％の同一性、そして、アミノ酸２〜２２２がラクトバシラスプランタルムの、グリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８６１６０．１）と約３１％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２３８（４７６アミノ酸）における、アミノ酸１〜４７５がラクトバシルスガセリの、Ｏ抗原及びタイコ酸の搬出に関与する膜タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７２２３．１）と約７５％の同一性、アミノ酸１〜４７５がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５５３２．１）と約７４％の同一性、アミノ酸７〜４６０が高温性連鎖球菌の、ｃｐｓＵタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＭ９３４０６．１）と約３０％の同一性、アミノ酸７〜４６０が高温性連鎖球菌の、ＥｐｓＵタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｅｍｂ｜ＣＡＢ５２２２５．１）と約３０％の同一性、そして、アミノ酸７〜４６０が高温性連鎖球菌の、ＥｐｓＩタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＫ６１９０４．１）と約３０％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２４０（３６７アミノ酸）における、アミノ酸３〜３６４がラクトバシラスガセリの、転写調節因子であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７２３６．１）と約５４％の同一性、アミノ酸３〜３６４がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４１８８．１）と約５３％の同一性、アミノ酸２２〜３６０がラクトバシラスガセリの、転写調節因子であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６５５．１）と約４２％の同一性、アミノ酸２１〜３６０がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６７３．１）と約４１％の同一性、そして、アミノ酸３３〜３３８がラクトバシラスプランタルムの、転写調節因子であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４７０４．１）と約４４％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２４２（２４６アミノ酸）における、アミノ酸１〜２４２がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５１２６．１）と約４６％の同一性、アミノ酸７７〜２３４がクロストリジウムサーモセルム（Clostridium thermocellum）の、グリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６０４２５．１）と約３７％の同一性アミノ酸１０〜２２０がピロリ菌（Helicobacter pylori）の、１型莢膜多糖生合成タンパク質Ｊ（ｃａｐＪ）であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２０７２１９．１）と約３３％の同一性、アミノ酸１７〜２２５がビフィドバクテリウムロングムの、グリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿００１２０９４４．１）と約３２％の同一性、そして、アミノ酸１７〜２２５がビフィドバクテリウムロングムの、グリコシルトランスフェラーゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６９６２７６．１）と３２％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２４４（３８０アミノ酸）における、アミノ酸１〜３８０がラクトバシルスガセリの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン２−エピメラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６４６４．１）と約８８％の同一性、アミノ酸１〜３７９がラクトバシルスジョンソニの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン２−エピメラーゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５４０２．１）と約８４％の同一性、アミノ酸１〜３７９がミュータンス連鎖球菌の、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン２−エピメラーゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７２１７９４．１）と約７０％の同一性、アミノ酸４〜３６４がラクトバシラスプランタルムの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン２−エピメラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４８３９．１）と約６８％の同一性、そして、アミノ酸１〜３７９がリステリアイノクアの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン２−エピメラーゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４７２０１０．１）と約６４％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２４６（３９９アミノ酸）における、アミノ酸７〜３９８がラクトバシラスガセリの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン２−エピメラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６４６４．１）と約８５％の同一性、アミノ酸２０〜３９８がラクトバシルスジョンソニの、ＵＤＰ Ｎ−アセチルグルコサミン２−エピメラーゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５４０２．１）と約８４％の同一性、アミノ酸２０〜３９８がミュータンス連鎖球菌の、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン ２−エピメラーゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７２１７９４．１）と約７０％の同一性、アミノ酸２３〜３８３がラクトバシラスプランタルムの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン２−エピメラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４８３９．１）と約６８％の同一性、そして、アミノ酸２０〜３９８がリステリアイノクアの、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン ２−エピメラーゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４７２０１０．１）と約６４％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２４８（２３２アミノ酸）における、アミノ酸１〜２３２がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５５３０．１）と約７４％の同一性、アミノ酸１〜２３２がラクトバシルスガセリの、マンノシルトランスフェラーゼＯＣＨ１及び関連した酵素ファミリーに属するタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７２２４．１）と約７４％の同一性、アミノ酸１〜２０８がクロストリジウムサーモセルム（Clostridium thermocellum）の、マンノシルトランスフェラーゼＯＣＨ１及び関連した酵素ファミリーに属するタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６０２７１．１）と約４０％の同一性、アミノ酸２〜２１３がラクトバシラスガセリの、マンノシルトランスフェラーゼＯＣＨ１及び関連した酵素ファミリーに属するタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４５８４６．１）と約３５％の同一性、そして、アミノ酸１〜２１１がラクトコッカスラクチスのクレモリス（cremoris）亜種の、ＥｐｓＱタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＰ３２７３０．１）と３８％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２５０（３８７アミノ酸）における、アミノ酸１〜３７９がラクトバシルスプランタルムの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５５７７．１）と約７０％の同一性、アミノ酸１〜３１５がラクトバシルスガセリの、グリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７２０２．１）と約７７％の同一性、アミノ酸１〜３７４がラクトバシルスガセリの、グリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４９２９．１）と約５３％の同一性、アミノ酸１〜３８６がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、グリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６３７５１．１）と約４９％の同一性、そして、アミノ酸１〜３７４がエンテロコッカスファエシウムの、グリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３６７６２．１）と４８％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２５２（１５６アミノ酸）における、アミノ酸２６〜１５２がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４０９７．１）と約６２％の同一性、アミノ酸１〜１５２がラクトバシルスガセリの、グリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７０６２．１）と約５２％の同一性、アミノ酸５０〜１５２がミュータンス連鎖球菌の、グリコシルトランスフェラーゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７２１７９１．１）と約５６％の同一性、アミノ酸３６〜１４９が破傷風菌（Clostridium tetani）の、Ｎ−アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８１４９９．１）と約４０％の同一性、そして、アミノ酸が４４〜１５２枯草菌（Bacillus subtilis）の、セルロースシンターゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３８８３１１．１）と３７％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２５４（４９０アミノ酸）における、アミノ酸１１〜４９０がアシドフィルス菌の、スクロースホスホリラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＯ２１８６１．１）と約１００％の同一性、アミノ酸１１〜４９０がアシドフィルス菌の、スクロースホスホリラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＯ２１８６８．１）と約６９％の同一性、アミノ酸１１〜４９０がラクトバシルスジョンソニの、スクロースホスホリラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４２７９．１）と約６８％の同一性、アミノ酸１１〜４９０がミュータンス連鎖球菌の、スクロースホスホリラーゼ（ＥＣ ２．４．１．７）であるタンパク質（アクセッション番号ｐｉｒ‖Ａ２７６２６）と約６３％の同一性、そして、アミノ酸１１〜４８９がミュータンス連鎖球菌の、ｇｔｆＡタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｐｉｒ‖ＢＷＳＯＧＭ）と６３％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２５６（５４８アミノ酸）における、アミノ酸８〜５４６がラクトバシラスガセリの、Ｏ抗原及びタイコ酸の搬出に関与する膜タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７２９８．１）と約６９％の同一性、アミノ酸８〜５４６がラクトバシルスジョンソニの、多糖及びタイコ酸の搬出タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４５３３．１）と約６７％の同一性、アミノ酸５〜５４６がエンテロコッカスフェカーリスの、多糖生合成ファミリータンパク質であるタンパク質（アクッセッション番号ＮＰ＿８１４４２１．１）と約４２％の同一性、アミノ酸１７〜５４６がラクトバシラスプランタルムの、内在性膜タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４９５９．１）と約４２％の同一性、そして、アミノ酸１３〜５４７がミュータンス連鎖球菌の、膜タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７２２００９．１）と３８％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２５８（３６３アミノ酸）における、アミノ酸１〜３６３がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５５４１．１）と約６４％の同一性、アミノ酸１〜３６３がラクトバシルスガセリの、グリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿００Ｏ４７２１５．１）と約６２％の同一性、アミノ酸１〜３６３が炭疽菌の、グリコシルトランスフェラーゼ、グループ１ファミリータンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８４７８１７．１）と約４１％の同一性、アミノ酸１〜３６３が炭疽菌からの、グリコシルトランスフェラーゼグループ１タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６５３８８９．１）と約４０％の同一性、そして、アミノ酸１〜３６３がバチルス−セレウスの、グリコシルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８３５０８１．１）と３９％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２６０（５５６アミノ酸）における、アミノ酸６〜５５５がラクトバシラスガセリの、グリコシダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７０８５．１）と約７４％の同一性、アミノ酸６〜５５３がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４２２７．１）と約７３％の同一性、アミノ酸８〜５５３がラクトバシラスプランタルムの、α−グルコシダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４００６．１）と約５０％の同一性、アミノ酸７〜５５６がバシラスハロデドラン（Bacillus halodurans）の、オリゴ−１，６−グルコシダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２４３７６９．１）と約３５％の同一性、そして、アミノ酸９〜５５３がバチルスセレウスの、オリゴ−１，６−グルコシダーゼ（オリゴ糖アルファ−１，６−グルコシダーゼ）であるタンパク質（アクセッション番号ｓｐ｜Ｐ２１３３２｜Ｏ１６Ｇ＿ＢＡＣＣＥ）と３４％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２６２（７５９アミノ酸）における、アミノ酸１〜７５７がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４５８９．１）と約７５％の同一性、アミノ酸１〜７３２がアセトンブタトル菌の、アルファグルコシダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３４７７１９．１）と約５２％の同一性、アミノ酸１〜７２６がサーモトガマリチマ（Thermotoga maritima）の、アルファキシロシダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２２８１２０．１）と約５１％の同一性、アミノ酸１〜７２４がバシラスハロデドラン（Bacillus halodurans）のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２４２７７１．１）と約４９％の同一性、そして、アミノ酸１〜７２７が大腸菌（Escherichia coil）の推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４１８１１３．１）と４７％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２６４（７６７アミノ酸）における、アミノ酸３〜７６６がラクトバシルスジョンソニの、α−グルコシダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６８６．１）と約６９％の同一性、アミノ酸３〜７６６がラクトバシラスガセリの、α−グルコシダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６６４１．１）と約６９％の同一性、アミノ酸５〜７６１がラクトバシラスプランタルムの、アルファグルコシダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８６７３８．１）と約６４％の同一性、アミノ酸１５〜７２０がサーモアナエロバクターテンコジェネシス（Thermoanaerobacter tengcongensis）の、α−グルコシダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６２１７１９．１）と約４１％の同一性、そして、アミノ酸２０〜７１７がバシラスサーモアミロリケファシエンス（Bacillus thermoamyloliquefaciens）の、α−グルコシダーゼＩＩであるタンパク質（アクセッション番号ｓｐ｜Ｑ９Ｆ２３４｜ＡＧＬ２＿ＢＡＣＴＱ）と４０％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２６６（５４４ミノ酸）における、アミノ酸６〜５４１がラクトバシラスガセリの、グリコシダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７０７７．１）と約７８％の同一性、アミノ酸６〜５４１がラクトバシルスジョンソニの、グルカン１，６−α−グルコシダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４２３５．１）と約７７％の同一性、アミノ酸２〜５４２がエンテロコッカスファエシウムの、グルコシダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３７２１１．１）と約６３％の同一性、アミノ酸９〜５４２がエンテロコッカスフェカーリスの、グルカン１，６−α−グルコシダーゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１５０６９．１）と約６２％の同一性、そして、アミノ酸９〜５４３が肺炎連鎖球菌の、グルカン１，６α−グルコシダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３４４８７６．１）と６１％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２６８（１００４アミノ酸）における、アミノ酸４〜１００３がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４１３１．１）と約４８％の同一性、アミノ酸１〜１００３がラクトバシルスガセリの、アルファグルコシダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７０３０．１）と約４８％の同一性、アミノ酸１２〜１００１がエンテロコッカスフェカーリスの、グリコシルヒドロラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１５５２１．１）と約３２％の同一性、アミノ酸９８〜１０００がバクテロイデステタイオタオミクロン（Bacteroides thetaiotaomicron）の、アルファキシロシダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１２０８１．１）と約３０％の同一性、そして、アミノ酸１１〜９９５がクロストリジウムパーフリンジェンスの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿５６１９６２．１）と約２５％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２７０（５７０アミノ酸）における、アミノ酸１７〜５６８がラクトバシラスガセリの、グリコシダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４５９８１．１）と約７７％の同一性、アミノ酸１７〜５６８がラクトバシルスジョンソニの、トレハロース−６−リン酸ヒドロラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４６１０．１）と約７７％の同一性、アミノ酸１８〜５６６がラクトバシラスプランタルムの、アルファ，アルファホスホトレハラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４０８１．１）およそ６６％の同一性、アミノ酸２３〜５６８が肺炎連鎖球菌の、デキストラングルコシダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３５９２９０．１）と約５７％の同一性、そして、アミノ酸２３〜５６８が肺炎連鎖球菌の、デキストラングルコシダーゼ（ＤｅｘＳ）に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３４６３１５．１）と５７％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２７２（６３８アミノ酸）における、アミノ酸８〜６２１がミュータンス連鎖球菌の、１，４−アルファ−グルカン分枝酵素に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７２１８８３．１）と約５６％の同一性、アミノ酸８〜６１９がストレプトコッカスアガラクティエの、１，４−アルファ−グルカン分枝酵素であるタンパク質（アクセッション番号ｓｐ｜Ｑ８Ｅ５Ｖ８｜ＧＬＧＢ＿ＳＴＲＡ３）と約５７％の同一性、アミノ酸８〜６１９がストレプトコッカスアガラクティエの、１，４−アルファ−グルカン分枝酵素である。タンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６８７８６８．１）と約５７％の同一性、アミノ酸８〜６２１が肺炎連鎖球菌の、１，４−アルファ−グルカン分枝酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３４５５９２．１）と約５６％の同一性、そして、アミノ酸８〜６２１が肺炎連鎖球菌の、１，４−アルファ−グルカン分枝酵素であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿３５８６２３．１）と５６％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２７４（５７３アミノ酸）における、アミノ酸１〜５７２がラクトバシルスジョンソニの、マルトース生成（maltogenic）アミラーゼすなわちネオプルラナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４２２８．１）と約７６％の同一性、アミノ酸１〜５７２がラクトバシルスガセリの、グリコシダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７０８４．１）と約７５％の同一性、アミノ酸５６〜５７１がエンテロコッカスファエシウムの、グリコシダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３６９８８．１）と約５４％の同一性、アミノ酸１〜５７０がエンテロコッカスフェカーリスの、グリコシルヒドロラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１５０６８．１）と約４９％の同一性、そして、アミノ酸１〜５４０がラクトコッカスラクチスのラクチス亜種の、ネオプルラナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２６７８３８．１）と約５０％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２７６（１１８５アミノ酸）における、アミノ酸２８４〜１００８がバチルスセレウスの、プルラナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８３２４８７．１）と約３９％の同一性、アミノ酸２８４〜１００８アミノ酸がバチルスセレウスの、プルラナーゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９７９０６５．１）と約４０％の同一性、アミノ酸２８４〜１００８が炭疽菌の、プルラナーゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８４５０７９．１）と約４０％の同一性、アミノ酸３０６〜１００８が炭疽菌の、α−アミラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６５６６１１．１）と約４１％の同一性、そして、アミノ酸２８４〜９７６がアナエオブランカホリコシ（Anaerobranca horikoshii）の、プルラナーゼ（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＰ４５０１２．１）であるタンパク質と３８％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２７８（５８９アミノ酸）における、アミノ酸５〜５４８がラクトコッカスラクチスのラクチス亜種の、アミロプルラナーゼであるタンパク質（アクッセッション番号ＮＰ２６６８５７．１；ＮＣ＿００２６６２）と約４２％の同一性、アミノ酸１〜５４６がラクトバシルスプランタルムの、α−アミラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８３８８９．１）と約４１％の同一性、アミノ酸３〜５５８がクロストリジウムパーフリンジェンスの、アミロプルラナーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿５６０９８２．１）と約３８％の同一性、アミノ酸１９８〜４４１がデルブリュック菌ラクチス亜種の、グリコシルヒドロラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＱ０６９７３．１）と約７０％の同一性、そして、アミノ酸７３〜５４７がデスルフィトバクテリウムハフニエンス（Desulfitobacterium hafniense）の、グリコシダーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿００１００１７５．１）と３７％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２８０（４３５アミノ酸）における、アミノ酸７８〜３８４が環境配列（アクセッション番号ｇｂ｜ＥＡＨ６９４０９．１）と約２２％の同一性、アミノ酸５３〜３８７が熱帯熱マラリア原虫（Plasmodium falciparum）の、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ７０１３２０．１）と約２３％の同一性、アミノ酸５９〜３８２が熱帯熱マラリア原虫（Plasmodium falciparum）の、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７０１９６１．１）と約２２％の同一性、アミノ酸５６〜３８６が熱帯熱マラリア原虫（Plasmodium falciparum）の、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４７３１９９．１）と約２２％の同一性、そして、アミノ酸６１〜３３６がプラスモディウムヨエリヨエリ（Plasmodium yoelii yoelii）の、ＣＣＡＡＴボックスＤＮＡ結合タンパク質サブユニットＢに相同である。タンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＥＡＡ２２６９６．１）と約２４％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２８２（３８２アミノ酸）における、アミノ酸１〜３８２がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５５２４．１）と約５４％の同一性、アミノ酸１１５〜３８２がラクトバシラスガセリの、性フェロモン生合成に関与するタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６３６８．１）と約６０％の同一性、アミノ酸１〜３８２がラクトバシラスプランタルムの、リポタンパク前駆体であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４８１６．１）と約４１％の同一性、アミノ酸５３〜３７４がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、性フェロモン生合成に関与するタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６３６９４．１）と約３８％の同一性、そして、アミノ酸１〜３７９がリステリアイノクアのタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４７１２０３．１）と３５％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２８４（１７３アミノ酸）における、アミノ酸１〜１６１がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４７３６．１）と約５２％の同一性、アミノ酸１〜１６１がラクトバシルスガセリの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４７４０５．１）と約５１％の同一性、アミノ酸２１〜１５９がエノコッカスエニ（Oenococcus oeni）の、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００７０３６９．１）と約２５％の同一性、アミノ酸４〜７４が環境配列（アクセッション番号ｇｂ｜ＥＡＦ８６５７９．１）と約２８％の同一性、そして、アミノ酸６３〜１６０がリステリアイノクアの、細胞表面タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４７１６１３．１）と２４％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２８６（４１４アミノ酸）における、アミノ酸２１〜４０４がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６４８５２．１）と約６５％の同一性、アミノ酸２１〜４０４がラクトバシラスガセリの、細菌性細胞分裂膜タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６２８９．１）と約６４％の同一性、アミノ酸２３〜４０７がラクトバシラスプランタルムの、細胞分裂タンパク質ＦｔｓＷであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５６４８．１）と約３９％の同一性、アミノ酸４８〜４１１がエンテロコッカスフェカーリスの、ＦｔｓＷ／ＲｏｄＡ／ＳｐｏＶＥファミリーに属する細胞分裂タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１６１０５．１）と約３６％の同一性、そして、アミノ酸４８〜４０４がエンテロコッカスファエシウムの、細菌性細胞分裂膜タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３５６６４．１）と３５％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２８８（１５１アミノ酸）における、アミノ酸１〜１４９がラクトバシルスプランタルムの、内在性膜タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５４３９．１）と約５３％の同一性、アミノ酸１８〜１４６がリステリア菌のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４６５０９３．１）と約５８％の同一性、アミノ酸１８〜１４６がリステリアイノクアのタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿４７０９３９．１）と約５８％の同一性、アミノ酸１〜１４９がエンテロコッカスファエシウムの、膜タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３６５４６．１）と約４８％の同一性、そして、アミノ酸１〜１４７エンテロコッカスフェカーリスのタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１４９７２．１）と４９％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２９０（４５１アミノ酸）における、アミノ酸１３〜４５０がラクトバシルスジョンソニの、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５２０２．１）と約６２％の同一性、アミノ酸１３〜４５０がラクトバシラスガセリのタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６５４６．１）と約６１％の同一性、アミノ酸６〜４５１がラクトバシラスプランタルムの、内在性膜タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８３９２２．１）と約５３％の同一性、アミノ酸１３〜４５１がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６２８２９．１）と約５１％の同一性、そして、アミノ酸１９〜４５１がエノコッカスエニ（Oenococcus oeni）のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００７００９５．１）と５１％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２９２（３７４アミノ酸）における、アミノ酸１〜３７４がラクトバシルスガセリの、ＤＮＡメチラーゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４５９４９．１）と約７５％の同一性、アミノ酸１〜３７４がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５０４８．１）と約７４％の同一性、アミノ酸１〜３７３がラクトバシラスプランタルムのタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５３２７．１）と約５３％の同一性、アミノ酸２〜３７３がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、ＤＮＡメチラーゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６２７７７．１）と約５２％の同一性、そして、アミノ酸２〜３７３がエンテロコッカスフェカーリスの、保存されている推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８１４８８２．１）と５０％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２９４（２４２アミノ酸）における、アミノ酸１〜２３８がラクトバシルスジョンソニの、ｔＲＮＡ（グアニン−Ｎ１）−メチルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５３１５．１）と約７９％の同一性、アミノ酸１〜２４１がラクトバシラスプランタルムの、ｔＲＮＡ（グアニン−Ｎ１）−メチルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５２２９．１）と５２％の同一性、アミノ酸１〜２３８がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、ｔＲＮＡメチルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６４００８．１）と約４６％の同一性、アミノ酸１〜２３８がバチルスセレウスの、ｔＲＮＡ（グアニン−Ｎ１）−メチルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿８３３５６０．１）と５１％の同一性、そして、アミノ酸１〜２３６が炭疽菌の、ｔＲＮＡ（グアニン−Ｎ１）メチルトランスフェラーゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６５７８１０．１）と５１％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２９６（６６７アミノ酸）における、アミノ酸２４〜６６６がラクトバシルスジョンソニの、トレオニルｔＲＮＡシンテターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５４５２．１）と約８３％の同一性、アミノ酸２４〜６６６がラクトバシラスガセリの、トレオニルｔＲＮＡシンテターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６７３４．１）と約８３％の同一性、アミノ酸２５〜６６５がラクトバシラスプランタルムの、トレオニンｔＲＮＡリガーゼ１であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８５１２０．１）と約６１％の同一性、アミノ酸２８〜６６５がミュータンス連鎖球菌の、トレオニルｔＲＮＡシンテターゼに相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７２１９２３．１）と約５７％の同一性、そして、アミノ酸２８〜６６５がラクトコッカスラクチスのラクチス亜種の、トレオニルｔＲＮＡシンテターゼであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２６８０６８．１）と約５６％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号２９８（７０６アミノ酸）における、アミノ酸１２３〜５１１がラクトバシラスプランタルムの、細胞表面タンパク質前駆体であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８６２６８．１）と約２４％の同一性、アミノ酸２２０〜５１０がエンテロコッカスファエシウムの、オートトランスポーター付着因子であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００３５９９５．１）と約２９％の同一性、アミノ酸１８１〜５０３がフソバクテリウムヌクレアタムのヌクレアタム亜種からの、溶血素であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６０３１９８．１）と約２３％の同一性、アミノ酸２６〜２６０が黄色ブドウ球菌のアウレウス亜種の、フィブリノーゲン結合タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６４５５８１．１）と約１９％の同一性、そして、アミノ酸３８３〜５０９がマイクロバルブリファーデグラダンス（Microbulbifer degradans）の推定上のタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６４８７９．１）と２５％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号３００（４３８アミノ酸）における、アミノ酸１１６〜２９７がミュータンス連鎖球菌の、推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７２２２１０．１）と約３１％の同一性、アミノ酸１１６〜１８８がラクトバシラスサリバリウス（Lactobacillus salivarius）のサリバリウス（salivarius）亜種のタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＭ６１７７３．１）と約５０％の同一性、アミノ酸１２６〜２２０がストレプトコッカスアガラクティエの、バクテリオシン輸送アクセサリータンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿６８７４８２．１）と約２９％の同一性、アミノ酸１２５〜３３８がブラディリゾビウムジャポニカム（Bradyrhizobium japonicum）の、チオレドキシンであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７６７２３４．１）と２４％の同一性、そして、アミノ酸１２３〜２０１が炭疽菌のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿０５２７８３．１）と２７％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号３０２（３７２アミノ酸）における、アミノ酸１１〜３７１がロイコノストックメセンテロイデスのメセンテロイデス亜種の、メチオニンシンターゼＩＩ（コバラミン非依存性）タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号＿ＺＰ０００６４０７０．１）と約５５％の同一性、アミノ酸５〜３７２がラクトバシラスガセリの、メチオニンシンターゼＩＩ（コバラミン非依存性）タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６３１１．１）と約４７％の同一性、アミノ酸７〜３７２が肺炎クラミジア（Chlamydophila pneumoniae）の推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２２４３５１．１）と約４６％の同一性、アミノ酸４〜３７２がラクトバシルスジョンソニの推定上のタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６２３．１）と約４４％の同一性、そして、アミノ酸９〜３７２がエノコッカスエニ（Oenococcus oeni）の、メチオニンシンターゼＩＩ（コバラミン非依存性）タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００６９８９８．１）と４５％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号３０４（１５７アミノ酸）における、アミノ酸１〜１５７がラクトバシルスジョンソニの、オートインデューサー２産生タンパク質ＬｕｘＳであるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿９６５６２４．１）と約８７％の同一性、アミノ酸１〜１５７がラクトバシルスガセリの、オートインデューサーＡＩ２合成に関与するＬｕｘＳタンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＺＰ＿０００４６３１０．１）と約８７％の同一性、アミノ酸４〜１５７がストレプトコッカスボビス（Streptococcus bovis）の、ＬｕｘＳオートインデューサー２シンターゼであるタンパク質（アクセッション番号ｄｂｊ｜ＢＡＤ０６８７６．１）と約７６％の同一性、アミノ酸１〜１５７がラクトバシラスプランタルムの、オートインデューサー産生タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿７８４５２２．１）と約７７％の同一性、そして、アミノ酸４〜１５７が化膿連鎖球菌の、オートインデューサー２産生タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ＮＰ＿２６９６８９．１）と７３％の同一性を有することを示した。
ギャップつきＢｌａｓｔＰアミノ酸配列アラインメントは、配列番号３０６（５９９アミノ酸）における、アミノ酸２２５〜３４３がラクトバシルスクリスパトゥスの、Ｓ層タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｅｍｂ｜ＣＡＡ０７７０８．１）と約３７％の同一性、アミノ酸２２５〜３４３がラクトバシルスクリスパトゥスの、表層タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＢ５８７３４．１）と約３４％の同一性、アミノ酸２２５〜３４３がラクトバシルスクリスパトゥスの、サイレント表層タンパク質であるタンパク質（アクセッション番号ｄｂｊ｜ＢＡＣ７６６８７．１）と約３３％の同一性、アミノ酸２２５〜３４３がラクトバシルスクリスパトゥスの、サイレント表層タンパク質に相同であるタンパク質（アクセッション番号ｇｂ｜ＡＡＦ６８９７２．１）と約３４％の同一性、そして、アミノ酸１３７〜２８４がラクトバシルスヘルベティカス（Lactobacillus helveticus）の、細胞外プロテイナーゼ（ＥＣ ３．４．２１．−）（ｐｒｔＹ）であるタンパク質（アクセッション番号ｐｉｒ‖ＪＣ７３０６）と約３０％の同一性を有することを示した。
（アミノ酸配列に関するＰＦＡＭ結果）
配列番号２は、およそアミノ酸２５から３０６に位置する推定のリポタンパク質＿４（Lipoprotein_4）ドメインを含有し、周辺質溶質結合タンパク質ファミリー（ＳＢＰ＿ｂａｃ＿９）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１２９７）のメンバーである。
配列番号１０は、およそアミノ酸２４から４０９に位置する推定のＧｌｙｃｏ＿ｈｙｄｒｏ＿３２ドメインを含有し、グリコシルヒドロラーゼファミリー３２（Ｇｌｙｃｏ＿ｈｙｄｒｏ＿３２）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００２５１）のメンバーである。
配列番号６２は、およそアミノ酸１から４５６に位置する推定のＳＬＡＰドメインを含有し、細胞表層タンパク質ファミリー（ＳＬＡＰ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０３２１７）のメンバーである。
配列番号８２は、およそアミノ酸５９から２０８に位置する推定のアミダーゼ＿２（Amidase_2）ドメインを含有し、Ｎ−アセチルムラモイル−Ｌ−アラニンアミダーゼ（Ａｍｉｄａｓｅ＿２）ファミリー（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１５１０）のメンバーである。
配列番号９２は、およそアミノ酸１５から３８８に位置する推定のＦＴＳＷ＿ＲＯＤＡ＿ＳＰＯＶＥドメインを含有し、細胞周期タンパク質ファミリー（ＦＴＳＷ＿ＲＯＤＡ＿ＳＰＯＶＥ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１０９８）のメンバーである。
配列番号９４は、およそアミノ酸４３から２９３に位置する推定のＭｕｒ＿リガーゼ（Mur_ligase）ドメインと、およそアミノ酸３０１−３９０に位置する推定のＭｕｒ＿リガーゼ＿Ｃ（Mur_ligase_C）ドメインとを含有し、Ｍｕｒリガーゼ、触媒ドメインファミリー（Ｍｕｒ＿ｌｉｇａｓｅ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１２２５）、及びＭｕｒリガーゼ、グルタミン酸リガーゼドメインファミリー（Ｍｕｒ＿ｌｉｇａｓｅ＿Ｃ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２８７５）のメンバーである。
配列番号９８は、およそアミノ酸３６５から４５４に位置する推定のＭｕｒ＿リガーゼ＿Ｃ（Mur_ligase_C）ドメインを含有し、Ｍｕｒリガーゼ、グルタミン酸リガーゼドメインファミリー（Ｍｕｒ＿ｌｉｇａｓｅ＿Ｃ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２８７５）のメンバーである。
配列番号１００は、およそアミノ酸４８から３０９に位置する推定のＭｕｒ＿リガーゼ（Mur_ligase）ドメインと、およそアミノ酸３１７−３９４に位置する推定のＭｕｒ＿リガーゼ＿Ｃ（Mur_ligase_C）ドメインとを含有し、Ｍｕｒリガーゼ、触媒ドメインファミリー（Ｍｕｒ＿ｌｉｇａｓｅ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１２２５）、及びＭｕｒリガーゼ、グルタミン酸リガーゼドメインファミリー（Ｍｕｒ＿ｌｉｇａｓｅ＿Ｃ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２８７５）のメンバーである。
配列番号１０２は、およそアミノ酸２から２８７に位置する推定のＧｌｙｃｏ＿ｔｒａｎｓｆ＿２８ドメインを含有し、グリコシルトランスフェラーゼファミリー２８Ｎ末端ドメイン（Ｇｌｙｃｏ＿ｔｒａｎｓｆ＿２８）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０３０３３）のメンバーである。
配列番号１０４は、およそアミノ酸８２から２５４に位置する推定のＧｌｙｃｏｓ＿ｔｒａｎｓｆ＿４ドメインを含有し、グリコシルトランスフェラーゼファミリー（Ｇｌｙｃｏｓ＿ｔｒａｎｓｆ＿４）（ＰＦＡＭアクセッションＦＦ００９５３）のメンバーである。
配列番号１０６は、およそアミノ酸６３から２１２に位置する推定のアミダーゼ＿４（Amidase_4）ドメインを含有し、マンノシル−糖タンパク質エンド−ベータ−Ｎ−アセチルグルコサミダーゼファミリー（Ａｍｉｄａｓｅ＿４）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１８３２）のメンバーである。
配列番号１０８は、およそアミノ酸４３から１９６に位置する推定のアミダーゼ＿４（Amidase_4）ドメインを含有し、マンノシル−糖タンパク質エンド−ベータ−Ｎ−アセチルグルコサミダーゼファミリー（Ａｍｉｄａｓｅ＿４）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１８３２）のメンバーである。
配列番号１１０は、およそアミノ酸１１０から１５３に位置する推定のＬｙｓＭドメインを含有し、ＬｙｓＭドメインファミリー（ＬｙｓＭ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１４７６）のメンバーである。
配列番号１１２は、およそアミノ酸５から３４３に位置する推定のＤａｌａ＿Ｄａｌａ＿ｌｉｇａｓ（Ｄａｌａ＿Ｄａｌａ＿ｌｉｇ＿Ｎ）ドメインを含有し、Ｄ−ａｌａ Ｄ−ａｌａリガーゼＮ末端ファミリー（Ｄａｌａ＿Ｄａｌａ＿ｌｉｇ＿Ｎ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１８２０）のメンバーである。
配列番号１１６は、およそアミノ酸３６から３０３に位置する推定のＭｕｒ＿リガーゼ（Mur_ligase）ドメインを含有し、Ｍｕｒリガーゼ、触媒ドメインファミリー（Ｍｕｒ＿ｌｉｇａｓｅ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１２２５）のメンバーである。
配列番号１１８は、およそアミノ酸２５から３２１に位置する推定のペプチダーゼ＿Ｓ１１（Peptidase_S11）ドメインを含有し、Ｄ−アラニル−Ｄ−アラニンカルボキシペプチダーゼファミリー（Ｐｅｐｔｉｄａｓｅ＿Ｓ１１）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００７６８）のメンバーである。
配列番号１２０は、およそアミノ酸１６から４１９に位置する推定のＥＰＳＰ＿シンターゼ（EPSP_synthase）ドメインを含有し、ＥＰＳＰシンターゼ（３−ホスホシキミ酸１−カルボキシビニルトランスフェラーゼ）ファミリー（ＥＰＳＰ＿ｓｙｎｔｈａｓｅ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００２７５）のメンバーである。
配列番号１２２は、およそアミノ酸４から２３３に位置する推定のＮＴＰ＿トランスフェラーゼ（NTP_transferase）ドメインを含有し、細菌性トランスフェラーゼヘキサペプチド（３反復）ファミリー（Ｈｅｘａｐｅｐ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００１３２）のメンバーである。
配列番号１２４は、およそアミノ酸１４から２３８に位置する推定のＰｒｅｎｙｌｔｒａｎｓｆ（ＵＰＰ＿シンターゼ（UPP_synthetase））ドメインを含有し、推定上のウンデカプレニル二リン酸シンターゼファミリー（Ｐｒｅｎｙｌｔｒａｎｓｆ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１２５５）のメンバーである。
配列番号１２６は、およそアミノ酸７４から２４０に位置する推定のＧｌｙｃｏｓ＿ｔｒａｎｓｆ＿４ドメインを含有し、グリコシルトランスフェラーゼファミリー（Ｇｌｙｃｏｓ＿ｔｒａｎｓｆ＿４）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００９５３）のメンバーである。
配列番号１３２は、およそアミノ酸３３１から６９３に位置する推定のトランスペプチダーゼ（Transpeptidase）ドメインを含有し、ペニシリン結合タンパク質トランスペプチダーゼドメインファミリー（Ｔｒａｎｓｐｅｐｔｉｄａｓｅ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００９０５）のメンバーである。
配列番号１３４は、およそアミノ酸８２から２５１に位置する推定のトランスグリコシル（Transglycosyl）ドメインと、およそアミノ酸３３６から６４０に位置する推定のトランスペプチダーゼ（Transpeptidase）ドメインを含有し、トランスグリコシラーゼファミリー（Ｔｒａｎｓｇｌｙ）（Ｔｒａｎｓｇｌｙｃｏｓｙｌ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００９１２）、及びペニシリン結合タンパク質トランスペプチダーゼドメインファミリー（Ｔｒａｎｓｐｅｐｔｉｄａｓｅ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００９０５）のメンバーである。
配列番号１３８は、およそアミノ酸７０から２４２に位置する推定のトランスグリコシル（Transglycosyl）ドメインと、アミノ酸３２４〜６２９に位置する推定のトランスペプチダーゼ（Transpeptidase）ドメインとを含有し、トランスグリコシラーゼファミリー（Ｔｒａｎｓｇｌｙ）（Ｔｒａｎｓｇｌｙｃｏｓｙｌ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００９１２）、及びペニシリン結合タンパク質トランスペプチダーゼドメインファミリー（Ｔｒａｎｓｐｅｐｔｉｄａｓｅ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００９０５）のメンバーである。
配列番号１４６は、およそアミノ酸２５９から５９３に位置する推定のトランスペプチダーゼ（Transpeptidase）ドメインを含有し、ペニシリン結合タンパク質トランスペプチダーゼドメインファミリー（Ｔｒａｎｓｐｅｐｔｉｄａｓｅ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００９０５）のメンバーである。
配列番号１４８は、およそアミノ酸３０から４２６に位置する推定のＡＭＰ結合（AMP-binding）メインを含有し、ＡＭＰ結合酵素ファミリー（ＡＭＰ−ｂｉｎｄｉｎｇ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００５０１）のメンバーである。
配列番号１５６は、およそアミノ酸３から２６９に位置する推定のＰｏｌｙｓａｃｃ＿ｓｙｎｔドメインを含有し、多糖生合成タンパク質ファミリー（Ｐｏｌｙｓａｃｃ＿ｓｙｎｔ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１９４３）のメンバーである。
配列番号１５８は、およそアミノ酸１から１５４に位置する推定のＧＬＦドメインを含有し、ＵＤＰガラクトピラノースムターゼファミリー（ＧＬＦ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０３２７５）のメンバーである。
配列番号１６４は、およそアミノ酸７から１７９に位置する推定のＧｌｙｃｏｓ＿ｔｒａｎｓｆ＿２ドメインを含有し、グリコシルトランスフェラーゼファミリー（Ｇｉｙｃｏｓ＿ｔｒａｎｓｆ＿２）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００５３５）のメンバーである。
配列番号１７０は、およそアミノ酸５から１７１に位置する推定のＧｌｙｃｏｓ＿ｔｒａｎｓｆ＿２ドメインを含有し、グリコシルトランスフェラーゼファミリー（Ｇｌｙｃｏｓ＿ｔｒａｎｓｆ＿２）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００５３５）のメンバーである。
配列番号１７４は、およそアミノ酸２４から２１７に位置する推定のＢａｃ＿ｔｒａｎｓｆ（Ｂａｃｔ＿ｔｒａｎｓｆ）ドメインを含有し、細菌性糖転移酵素ファミリー（Ｂａｃ＿ｔｒａｎｓｆ）（Ｂａｃｔ＿ｔｒａｎｓｆ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２３９７）のメンバーである。
配列番号１８０は、およそアミノ酸９から１８６に位置する推定のＷｚｚドメインを含有し、鎖長決定タンパク質ファミリー（Ｗｚｚ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２７０６）のメンバーである。
配列番号１９０は、およそアミノ酸１４１から２４９に位置する推定のＮＬＰＣ＿Ｐ６０ドメインを含有し、ＮｌｐＣ／Ｐ６０ファミリー（ＮＬＰＣ＿Ｐ６０）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００８７７）のメンバーである。
配列番号１９４は、およそアミノ酸１５２から２６０に位置する推定のＮＬＰＣ＿Ｐ６０ドメインを含有し、ＮｌｐＣ／Ｐ６０ファミリー（ＮＬＰＣ＿Ｐ６０）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００８７７）のメンバーである。
配列番号１９６は、およそアミノ酸７７から１８２に位置する推定のＮＬＰＣ＿Ｐ６０ドメインを含有し、ＮｌｐＣ／Ｐ６０ファミリー（ＮＬＰＣ＿Ｐ６０）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００８７７）のメンバーである。
配列番号２０８は、およそアミノ酸１から２８３に位置する推定のＲｉｂｏｎｕｃ＿ｒｅｄ＿Ｓｍドメインを含有し、リボヌクレオチドレダクターゼ、小さな鎖ファミリー（Ｒｉｂｏｎｕｃ＿ｒｅｄ＿Ｓｍ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００２６８）のメンバーである。
配列番号２１４は、およそアミノ酸９から８３に位置する推定のＤＵＦ５９ドメインを含有し、未知機能ドメインＤＵＦ５９ファミリー（ＤＵＦ５９）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１８８３）のメンバーである。
配列番号２１６は、およそアミノ酸２から７３に位置する推定のＵＰＦ００５１ドメインを含有し、特徴付けされていないタンパク質ファミリー（ＵＰＦ００５１）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１４５８）のメンバーである。
配列番号２１８は、およそアミノ酸３５から７３に位置する推定のＡＢＣ＿ｔｒａｎドメインを含有し、ＡＢＣ輸送体ファミリー（ＡＢＣ＿ｔｒａｎ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００００５）のメンバーである。
配列番号２２６は、およそアミノ酸２９から２３２と、およそアミノ酸３４７から５１２とに位置する推定のＡＢＣ＿ｔｒａｎドメインを含有し、ＡＢＣ輸送体ファミリー（ＡＢＣ＿ｔｒａｎ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００００５）のメンバーである。
配列番号２３６は、およそアミノ酸８から１７１に位置する推定のＧｌｙｃｏｓ＿ｔｒａｎｓｆ＿２ドメインを含有し、グリコシルトランスフェラーゼファミリー（Ｇｌｙｃｏｓ＿ｔｒａｎｓｆ＿２）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００５３５）のメンバーである。
配列番号２３８は、およそアミノ酸４から２７３に位置する推定のＰｏｌｙｓａｃｃ＿ｓｙｎｔドメインを含有し、多糖生合成タンパク質ファミリー（Ｐｏｌｙｓａｃｃ＿ｓｙｎｔ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１９４３）のメンバーである。
配列番号２４２は、およそアミノ酸５７から２３３に位置する推定のＧｌｙｃｏｓ＿ｔｒａｎｓｆ＿１ドメインを含有し、グリコシルトランスフェラーゼグループ１ファミリー（Ｇｌｙｃｏｓ＿ｔｒａｎｓｆ＿１）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００５３４）のメンバーである。
配列番号２４４は、およそアミノ酸４５から３６５に位置する推定のエピメラーゼ＿２（Epimerase_2）ドメインを含有し、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン２−エピメラーゼファミリー（Ｅｐｉｍｅｒａｓｅ＿２）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２３５０）のメンバーである。
配列番号２４６は、およそアミノ酸６４から３８４に位置する推定のエピメラーゼ＿２（Epimerase_2）ドメインを含有し、ＵＤＰ−Ｎ−アセチルグルコサミン２−エピメラーゼファミリー（Ｅｐｉｍｅｒａｓｅ＿２）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２３５０）のメンバーである。
配列番号２５０は、およそアミノ酸１８９から３５９に位置する推定のＧｌｙｃｏｓ＿ｔｒａｎｓｆ＿１ドメインを含有し、グリコシルトランスフェラーゼグループ１ファミリー（Ｇｌｙｃｏｓ＿ｔｒａｎｓｆ＿１）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００５３４）のメンバーである。
配列番号２５２は、およそアミノ酸５１から１５２に位置する推定のＧｌｙｃｏｓ＿ｔｒａｎｓｆ＿２ドメインを含有し、グリコシルトランスフェラーゼファミリー（Ｇｌｙｃｏｓ＿ｔｒａｎｓｆ＿２）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００５３５）のメンバーである。
配列番号２５８は、およそアミノ酸１７４から２４１に位置する推定のＧｌｙｃｏｓ＿ｔｒａｎｓｆ＿１ドメインを含有し、グリコシルトランスフェラーゼグループ１ファミリー（Ｇｌｙｃｏｓ＿ｔｒａｎｓｆ＿１）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００５３４）のメンバーである。
配列番号２６０は、およそアミノ酸１８から４１２に位置する推定のアルファアミラーゼ（Alpha-amylase）ドメインを含有し、アルファアミラーゼ、触媒ドメインファミリー（Ａｌｐｈａ−ａｍｙｌａｓｅ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００１２８）のメンバーである。
配列番号２６２は、およそアミノ酸１１０から７５７に位置する推定のＧｌｙｃｏ＿ｈｙｄｒｏ＿３１ドメインを含有し、グリコシルヒドロラーゼファミリー３１（Ｇｌｙｃｏ＿ｈｙｄｒｏ＿３１）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１０５５）のメンバーである。
配列番号：２６４は、およそアミノ酸８３から７５７に位置する推定のＧｌｙｃｏ＿ｈｙｄｒｏ＿３１ドメインを含有し、グリコシルヒドロラーゼファミリー３１（Ｇｌｙｃｏ＿ｈｙｄｒｏ＿３１）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１０５５）のメンバーである。
配列番号２６６は、およそアミノ酸１８から４１０に位置する推定のアルファアミラーゼ（Ａｌｐｈａ−ａｍｙｌａｓｅ）ドメインを含有し、アルファアミラーゼ、触媒ドメインファミリー（Ａｌｐｈａ−ａｍｙｌａｓｅ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００１２８）のメンバーである。
配列番号２６８は、およそアミノ酸６８から６８２に位置する推定のＧｌｙｃｏ＿ｈｙｄｒｏ＿３１ドメインを含有し、グリコシルヒドロラーゼファミリー３１（Ｇｌｙｃｏ＿ｈｙｄｒｏ＿３１）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１０５５）のメンバーである。
配列番号２７０は、およそアミノ酸２８から４２９に位置する推定のアルファアミラーゼ（Ａｌｐｈａ−ａｍｙｌａｓｅ）ドメインを含有し、アルファアミラーゼ、触媒ドメインファミリー（Ａｌｐｈａ−ａｍｙｌａｓｅ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００１２８）のメンバーである。
配列番号２７２は、およそアミノ酸２３から１０９に位置する推定のイソアミラーゼ＿Ｎ（Isoamylase_N）ドメインと、およそアミノ酸１４５から４９５に位置するアルファアミラーゼ（Alpha-amylase）ドメインとを含有し、イソアミラーゼＮ末端ドメインファミリー（Ｉｓｏａｍｙｌａｓｅ＿Ｎ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２９２２）、及びアルファアミラーゼ、触媒ドメインファミリー（Ａｌｐｈａ−ａｍｙｌａｓｅ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００１２８）のメンバーである。
配列番号２７４は、およそアミノ酸１から１２１に推定のアルファアミラーゼ＿Ｎ（Alpha-amylase_N）ドメインと、およそアミノ酸１４０から５０３に位置するアルファアミラーゼ（Alpha-amylase）ドメインとを含有し、アルファアミラーゼ、触媒ドメインファミリー（Ａｌｐｈａ−ａｍｙｌａｓｅ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００１２８）、及びアルファアミラーゼ、Ｎ末端ｉｇ様ドメインファミリー（Ａｌｐｈａ−ａｍｙｌａｓｅ＿Ｎ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２９０３）のメンバーである。
配列番号２７６は、およそアミノ酸５４８から９２６に位置する推定のアルファアミラーゼ（Alpha-amylase）ドメインを含有し、アルファアミラーゼ、触媒ドメインファミリー（Ａｌｐｈａ−ａｍｙｌａｓｅ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００１２８）のメンバーである。
配列番号２７８は、およそアミノ酸１３３から５０５に位置する推定のアルファアミラーゼ（Alpha-amylase）ドメインを含有し、アルファアミラーゼ、触媒ドメインファミリー（Ａｌｐｈａ−ａｍｙｌａｓｅ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００１２８）のメンバーである。
配列番号２８６は、およそアミノ酸２９から４０５に位置する推定のＦＴＳＷ＿ＲＯＤＡ＿ＳＰＯＶＥドメインを含有し、細胞周期タンパク質ファミリー（ＦＴＳ＿ＷＲＯＤＡ＿ＳＰＯＶＥ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１０９８）のメンバーである。
配列番号２９２は、およそアミノ酸１６３から３６８に位置する推定のＵＰＦ００２０ドメインを含有し、推定上のＲＮＡメチラーゼファミリーＵＰＦ００２０（ＵＰＦ００２０）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１１７０）のメンバーである。
配列番号２９４は、およそアミノ酸２１から２２６に位置するｔＲＮＡ＿ｍ１Ｇ＿ＭＴドメインを含有し、ｔＲＮＡ（グアニン−１）−メチルトランスフェラーゼ（ｔＲＮＡ＿ｍ１Ｇ＿ＭＴ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０１７４６）のメンバーである。
配列番号２９６は、およそアミノ酸２２から８５に位置する推定のＴＧＳドメインと、およそアミノ酸２８３から４３８に位置する推定のｔＲＮＡ＿ｓｙｎｔ＿２ｂドメインと、およそアミノ酸５６２から６５９に位置する推定のＨＧＴＰ＿アンチコドン（HGTP_anticodon）ドメインとを含有し、ｔＲＮＡシンテターゼクラスＩＩコアドメインファミリー（Ｇ、Ｈ、Ｐ、Ｓ、及びＴ）（ｔＲＮＡ＿ｓｙｎｔ＿２ｂ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ００５８７）、アンチコドン結合ドメインファミリー（ＨＧＴＰ＿ａｎｔｉｃｏｄｏｎ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０３１２９）、及びＴＧＳドメインファミリー（ＴＧＳ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２８２４）のメンバーである。
配列番号３０４は、およそアミノ酸２から１５５に位置する推定のＬｕｘＳドメインを含有し、ＬｕｘＳタンパク質ファミリー（ＬｕｘＳ）（ＰＦＡＭアクセッションＰＦ０２６６４）のメンバーである。
（細胞接着に関与する配列の同定）
粘膜表面に粘着する微生物の能力は、消化管における常在性を確立する際に、明確な利点を提供することができる。乳酸杆菌は、腸微生物相の正常な構成員である。ただし、これらの生物が上皮に付着する分子機序は、まだ、完全に特徴付けられているわけではない。アシドフィルス菌ＮＣＦＭの接着に潜在的に関与する遺伝子を同定するために、完全ゲノム配列の分析を行い、接着に関与することが以前に示されている遺伝子に類似したオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を選択した。これらのＯＲＦには、連鎖球菌Ｒ２８の２つの相同体（配列番号７６及び配列番号７８、図１では、これらはそれぞれＯＲＦ１６３３及びＯＲＦ１６３４として示されている）、フィブロネクチン結合タンパク質（ＦｐｂＡ）（配列番号５８）、及びムチン結合タンパク質（Ｍｕｂ）（配列番号１８）が含まれる。接着に対するそれらの影響を測定するために、これらの遺伝子を標的として、挿入による不活性化を、（Russell and Klaenhammer (2001) Appl. Environ. Microbiol. 67:4361-4364）によって記述されている、組み込み用のツール及びストラテジーを用いて行った。細菌性表面構成要素は、接着と相互作用する性質があるため、不活性化されている表層タンパク質（ＳｌｐＡ）（配列番号６０）を含有する株に関しても、接着性の評価を行った。すべての変異体に関して、それらの接着性の評価は、Ｃａｃｏ２細胞上で、アシドフィルス菌ＮＣＦＭ ＬａｃＬ−と比較して行った。アシドフィルス菌ＮＣＦＭ ＬａｃＬ−は、抗生物質に関する対照として使用され、野生型として指定されるものである。Ｃａｃｏ２細胞は、正常な小腸絨毛細胞に関連している多数のマーカーを発現し、細菌の接着を研究するのに一般的に用いられている。
Ｒ２８の２つの相同体の変異体（配列番号７６及び配列番号７８）は、再現性のある接着の低減を示さなかった（図１を参照）。表層の変異体であるＳｌｐＡ（配列番号６０）が接着の最も大きな低減を示し、一方、フィブロネクチン（配列番号５８）及びムチン結合（配列番号１８）の変異体は、両方とも、野生型と比較した場合に、接着の、有意な低減を有した。これらのデータは、フィブロネクチン結合タンパク質、表層タンパク質、及びムチン結合タンパク質が、付着又は接着の過程に寄与していることを示す。
（接着アッセイ）
Ｃａｃｏ２細胞は、適切な分化と腸マーカーの発現とを実現するために、細胞培養処理されているカバーガラス上で１５日間成長させた。その後、単層培養を、約４ｘ１０８細菌／ｍｌの濃度の細菌懸濁液で処理した。対数期の中間部にある細菌集団を用いて、選択を維持するために、２．５μｇ／ｍｌのＥｍを含んだＭＲＳ中で成長させた。ＭＲＳ及び細胞系培養液（２０％ウシ胎仔血清で捕捉した最小必須培地）の混合物中、３７℃で、１．５時間、細菌を単層培養上でインキュベートした。インキュベーションの後、単層培養を、リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）で５回洗浄し、メタノールで固定し、そして、グラム染色した。次に、カバーガラスを顕微鏡スライドに移し、そこで、細胞を計数した。統計上の目的で、各カバーガラスにつき、固定格子中の１７の視野を計数し、各実験について、２枚組のカバーガラスを計数した。各カバーガラスの総計測数を用い、対照に対するパーセント（％）として接着を表した。アシドフィルス菌、ＮＣＦＭ：：ｌａｃＬは、３−ガラクトシダーゼ遺伝子中に組み込まれたｐＯＲ１２８を保持する。接着に対する、ｌａｃＬへの組み込みの影響は見出されておらず、対照は、他のすべての組み込み体と同様に、同じ抗生物質選択条件下で増殖することができた。
本明細書中に言及された全ての出版物及び特許出願は、本発明が関係する当業者の技術水準を示すものである。すべての出版物及び特許出願は、それぞれ個々の出版物または特許出願が、具体的かつ個別に参照により本明細書に組み込まれると示されるのと同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
理解を明快にすることを目的として、例示による方法と、実例とによって、上記の発明をある程度詳細に記述したが、添付されている特許請求の範囲内において、ある程度の変更及び修正を行うことができるのは明らかであろう。
野生型のアシドフィルス菌ＮＣＦＭと、ＦｐｂＡ（配列番号５８）、Ｍｕｂ（配列番号１８）、ＳｌｐＡ（配列番号６０）、又は連鎖球菌Ｒ２８タンパク質（配列番号７６及び配列番号７８、それぞれＯＲＦ１６３３及びＯＲＦ１６３４と名付けられている）を欠失した変異体細菌とを対比した接着比率を示す図である。

Claims (53)

  1. ａ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列を含む核酸分子；
    ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列が、活性を保持しているポリペプチドをコードする核酸分子；
    ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子；及び
    ｄ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸分子であって、前記ヌクレオチド配列が、活性を保持しているポリペプチドをコードする核酸分子；及び
    ｅ） ａ）からｄ）のいずれかの相補体
    からなる群から選択された単離されている核酸分子。
  2. 請求項１に記載の核酸分子を含むベクター。
  3. 異種ポリペプチドをコードする核酸分子をさらに含む、請求項２に記載のベクター。
  4. 請求項２に記載のベクターを含有する宿主細胞。
  5. 細菌宿主細胞である、請求項４に記載の宿主細胞。
  6. ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
    ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド；
    ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド；及び
    ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列に少なくとも８０％同一であるヌクレオチド配列によってコードされており、活性を保持しているポリペプチド
    からなる群から選択された単離されているポリペプチド。
  7. 異種アミノ酸配列をさらに含む、請求項６に記載のポリペプチド。
  8. 請求項６に記載のポリペプチドに選択的に結合する抗体。
  9. ポリペプチドを生成する方法であって、前記ポリペプチドをコードする核酸分子が発現される条件下で請求項４に記載の宿主細胞を培養することを含み、前記ポリペプチドが、
    ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
    ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド；
    ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド；及び
    ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列によってコードされており、活性を保持しているポリペプチド
    からなる群から選択される方法。
  10. 試料中のポリペプチドの存在を検出する方法であって、ポリペプチドに選択的に結合する化合物に、前記試料を接触させること、及び前記化合物が前記試料中の前記ポリペプチドに結合するかどうか判定することを含み；前記ポリペプチドが、
    ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
    ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド；
    ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド、及び
    ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列によってコードされており、活性を保持しているポリペプチド
    からなる群から選択される方法。
  11. ポリペプチドに結合する化合物が抗体である、請求項１０に記載の方法。
  12. 試料中における請求項１に記載の核酸分子の存在を検出する方法であって、
    ａ） 前記核酸分子に選択的にハイブリダイズする核酸プローブ又はプライマーに、前記試料を接触させるステップと；
    ｂ） 前記核酸プローブ又はプライマーが、前記試料中の核酸分子に結合するかどうか判定するステップと
    を含む方法。
  13. 試料がｍＲＮＡ分子を含み、かつ核酸プローブと接触させられる、請求項１２に記載の方法。
  14. 宿主の免疫系を変調する方法であって、
    ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
    ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド；
    ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド；及び
    ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列によってコードされており、活性を保持しているポリペプチド
    からなる群から選択されるポリペプチドを前記宿主に導入することを含む方法。
  15. 免疫系の変調が、宿主のサイトカイン産生の改変を含む、請求項１４に記載の方法。
  16. 免疫系の変調が、抗炎症活性の改変を含む、請求項１５に記載の方法。
  17. 宿主の免疫系を変調する方法であって、
    ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
    ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド；
    ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド；及び
    ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列によってコードされており、活性を保持しているポリペプチド
    からなる群から選択されたポリペプチドを発現する微生物を、前記宿主に導入することを含む方法。
  18. 宿主タンパク質又は化合物の発現を変化させる方法であって、
    ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
    ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド；
    ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド；及び
    ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列によってコードされており、活性を保持しているポリペプチド
    からなる群から選択されたポリペプチドを、宿主に導入することを含む方法。
  19. 変化を受ける宿主タンパク質が、細胞表面のタンパク質、ムチン産生に関与するタンパク質、細胞間シグナル伝達に関与するタンパク質、片利共生細菌の宿主耐性に関与するタンパク質、及び抗菌活性を有するタンパク質からなる群から選択される、請求項１８に記載の方法。
  20. 宿主タンパク質又は化合物の発現を変化させる方法であって、
    ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
    ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド；
    ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド；及び
    ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列によってコードされており、活性を保持しているポリペプチド
    からなる群から選択されたポリペプチドを発現する微生物を、宿主に導入することを含む方法。
  21. 対象における胃腸障害を治療する方法であって、
    ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
    ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド；
    ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド；及び
    ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、１９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列によってコードされており、活性を保持しているポリペプチド
    からなる群から選択されたポリペプチドを含む微生物を、前記対象に導入することを含む方法。
  22. 胃腸障害が、炎症性腸疾患、クローン病、潰瘍性大腸炎、過敏性腸管症候群、下痢、抗生物質関連の下痢、便秘、及び小腸細菌過増殖からなる群から選択される、請求項２１に記載の方法。
  23. 対象における胃腸障害を治療する方法であって、
    ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
    ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド；
    ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド；及び
    ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列によってコードされており、活性を保持しているポリペプチド
    からなる群から選択されたポリペプチドを、前記対象に導入することを含む方法。
  24. 宿主における感染の発生を予防又は抑制する方法であって、
    ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
    ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド；
    ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド；及び
    ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列によってコードされており、活性を保持しているポリペプチド
    からなる群から選択されたポリペプチドを、対象に導入することを含む方法。
  25. 感染が、食品媒介病原体、日和見病原体、及びピロリ菌からなる群から選択された病原体によって引き起こされる、請求項２４に記載の方法。
  26. 感染が、膣疾患、酵母感染、及びＨＩＶ感染からなる群から選択される、請求項２４の方法。
  27. 宿主における感染の発生を予防又は抑制する方法であって、
    ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
    ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド；
    ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド；及び
    ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列によってコードされており、活性を保持しているポリペプチド
    からなる群から選択されたポリペプチドを発現する微生物を、対象に導入することを含む方法。
  28. 対象の胃腸管から有害な化合物を除去する方法であって、
    ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
    ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド；
    ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド；及び
    ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列によってコードされており、活性を保持しているポリペプチド
    からなる群から選択されたポリペプチドを、前記対象に導入することを含む方法。
  29. 化合物が、毒素、変異誘発物質、胆汁酸塩、脂肪、及びコレステロールからなる群から選択される、請求項２８に記載の方法。
  30. 対象の胃腸管から有害な化合物を除去する方法であって、
    ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
    ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド；
    ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド；及び
    ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列によってコードされており、活性を保持しているポリペプチド
    からなる群から選択されたポリペプチドを発現する微生物を、前記対象に導入することを含む方法。
  31. 化合物が、毒素、変異誘発物質、胆汁酸塩、脂肪、及びコレステロールからなる群から選択される、請求項３０に記載の方法。
  32. 微生物の安定性を高める方法であって、前記生物にベクターを導入することを含み、前記ベクターが、
    ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
    ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド；
    ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド；及び
    ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列によってコードされており、活性を保持しているポリペプチド
    からなる群から選択された少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む方法。
  33. 微生物が、胃、小腸、及び／又は胃腸管を生きたまま通過する可能性（能力）の増大が、高められた安定性によって可能となる、請求項３２に記載の方法。
  34. 微生物が、胃、小腸、及び／又は胃腸管内で、酸及び胆汁に抵抗することが、高められた安定性によって可能となる、請求項３２に記載の方法。
  35. 微生物が胃腸管に残留することが、高められた安定性によって可能となる、請求項３２に記載の方法。
  36. 貯蔵中に生じる、ストレスの多い条件に、微生物が耐えることが、高められた安定性によって可能となる、請求項３２に記載の方法。
  37. 条件が、培養、凍結、凍結乾燥、及び乾燥からなる群から選択される、請求項３６に記載の方法。
  38. 生産及び加工の間に生じる、ストレスの多い条件に、微生物が耐えることが、高められた安定性によって可能となる、請求項３６に記載の方法。
  39. 条件が、温度の変化、ｐＨの変化、浸透圧の変化、酸化状態の変化、脱水、機械的な操作、及び圧力の変化からなる群から選択される請求項３８に記載の方法。
  40. 改変された付着特性を、微生物が保持するのを可能にする方法であって、
    ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
    ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド；
    ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド；及び
    ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列によってコードされており、活性を保持しているポリペプチド
    からなる群から選択されたポリペプチドを、前記微生物に導入することを含む方法。
  41. 微生物が、上皮細胞に付着できる、請求項４０に記載の方法。
  42. 微生物によって食物を汚染から保護する方法であって、
    ａ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列を含むポリペプチド；
    ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列によってコードされているポリペプチド；
    ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含み、活性を保持しているポリペプチド；及び
    ｄ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列によってコードされており、活性を保持しているポリペプチド
    からなる群から選択されたポリペプチドを、前記食物に接触させることを含む方法。
  43. 乳酸菌によって産生された食物製品の食感を改変する方法であって、
    ａ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２１、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列；
    ｂ）配列番号：１、３、５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３５、３７、３９、４１、４３、４５、４７、４９、５１、５３、５５、５７、５９、６１、６３、６５、６７、６９、７１、７３、７９、８１、８３、８５、８７、８９、９１、９３、９５、９７、９９、１０１、１０３、１０５、１０７、１０９、１１１、１１３、１１５、１１７、１１９、１２１、１２３、１２５、１２７、１２９、１３１、１３３、１３５、１３７、１３９、１４１、１４３、１４５、１４７、１４９、１５１、１５３、１５５、１５７、１５９、１６１、１６３、１６５、１６７、１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、１９５、１９７、１９９、２０１、２０３、２０５、２０７、２０９、２１１、２１３、２１５、２１７、２１９、２２４、２２３、２２５、２２７、２２９、２３１、２３３、２３５、２３７、２３９、２４１、２４３、２４５、２４７、２４９、２５１、２５３、２５５、２５７、２５９、２６１、２６３、２６５、２６７、２６９、２７１、２７３、２７５、２７７、２７９、２８１、２８３、２８５、２８７、２８９、２９１、２９３、２９５、２９７、２９９、３０１、３０３、３０５又は３０７のヌクレオチド配列に少なくとも８０％の配列同一性を有するヌクレオチド配列であって、ポリペプチドが活性を保持しているポリペプチド；
    ｃ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列；及び
    ｄ）配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６のアミノ酸配列に少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列
    からなる群から選択された核酸配列を含むベクターを、前記乳酸菌に導入することを含む方法。
  44. 食感の改変が、粘性強化、濃縮、乳化、又はゲル化を含む、請求項４３に記載の方法。
  45. 野生型のアシドフィルス菌と比較して、宿主の免疫系を変調する、改変された能力をもつアシドフィルス菌株であって、前記改変された能力が、配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６の中に示されている少なくとも１つのポリペプチドの発現によるものであるアシドフィルス菌株。
  46. 野生型のアシドフィルス菌と比較して、宿主タンパク質又は化合物の発現を変化させる、改変された能力をもつアシドフィルス菌株であって、前記改変された能力が、配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６の中に示されている少なくとも１つのポリペプチドの発現によるものであるアシドフィルス菌株。
  47. 野生型のアシドフィルス菌と比較して、対象における胃腸障害を治療する、改変された能力をもつアシドフィルス菌株であって、前記改変された能力が、配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６の中に示されている少なくとも１つのポリペプチドの発現によるものであるアシドフィルス菌株。
  48. 野生型のアシドフィルス菌と比較して、宿主における感染の発生を予防又は抑制する、改変された能力をもつアシドフィルス菌株であって、前記改変された能力が、配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６の中に示されている少なくとも１つのポリペプチドの発現によるものであるアシドフィルス菌株。
  49. 野生型のアシドフィルス菌と比較して、対象の胃腸管から有害な化合物を除去する、改変された能力をもつアシドフィルス菌株であって、前記改変された能力が、配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６の中に示されている少なくとも１つのポリペプチドの発現によるものであるアシドフィルス菌株。
  50. 野生型のアシドフィルス菌と比較して、微生物の安定性を高める、改変された能力をもつアシドフィルス菌株であって、前記改変された能力が、配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６の中に示されている少なくとも１つのポリペプチドの発現によるものであるアシドフィルス菌株。
  51. 野生型のアシドフィルス菌と比較して、改変された付着特性を有するアシドフィルス菌株であって、改変された能力が、配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６の中に示されている少なくとも１つのポリペプチドの発現によるものであるアシドフィルス菌株。
  52. 野生型のアシドフィルス菌と比較して、微生物によって食物を汚染から保護する、改変された能力をもつアシドフィルス菌株であって、前記改変された能力が、配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６の中に示されている少なくとも１つのポリペプチドの発現によるものであるアシドフィルス菌株。
  53. 野生型のアシドフィルス菌と比較して、乳酸菌によって産生された食物製品の食感を改変する、改変された能力をもつアシドフィルス菌株であって、前記改変された能力が、配列番号：２、４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６８、７０、７２、７４、８０、８２、８４、８６、８８、９０、９２、９４、９６、９８、１００、１０２、１０４、１０６、１０８、１１０、１１２、１１４、１１６、１１８、１２０、１２２、１２４、１２６、１２８、１３０、１３２、１３４、１３６、１３８、１４０、１４２、１４４、１４６、１４８、１５０、１５２、１５４、１５６、１５８、１６０、１６２、１６４、１６６、１６８、１７０、１７２、１７４、１７６、１７８、１８０、１８２、１８４、１８６、１８８、１９０、１９２、１９４、１９６、１９８、２００、２０２、２０４、２０６、２０８、２１０、２１２、２１４、２１６、２１８、２２０、２２２、２２４、２２６、２２８、２３０、２３２、２３４、２３６、２３８、２４０、２４２、２４４、２４６、２４８、２５０、２５２、２５４、２５６、２５８、２６０、２６２、２６４、２６６、２６８、２７０、２７２、２７４、２７６、２７８、２８０、２８２、２８４、２８６、２８８、２９０、２９２、２９４、２９６、２９８、３００、３０２、３０４又は３０６の中に示されている少なくとも１つのポリペプチドの発現によるものであるアシドフィルス菌株。

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