JP2006275895A5 - - Google Patents

Description

次に、解析結果の規格化方法として、全プローブスポットの平均輝度や中央値を用いる方法が挙げられる。これは、対象としているマイクロアレイに配置されている遺伝子の全体的な振る舞いは、被験試料間でそれほど差がない遺伝子であるという仮定のもと、マイクロアレイ上にあるすべての検出対象遺伝子を使用して規格化を行うという方法である。この方法は、内部標準遺伝子を決めるのが難しい場合などに使用される。

また、図１２では折れ線グラフを示しているが、例えばマイクロアレイCGHの解析で網羅的な解析を行う際には、一例として、染色体上の開始位置から終了位置までを順番にプローブとしてスポットする場合があり、横軸上のそれぞれのプロットを折れ線で結んでいく意味があるが、見たい部位を絞り込み、染色体上のある一部を断片的に測定していく場合には、プロットを折れ線で結んでいく意味合いがなくなる。このような解析の場合も考慮し、線をなくしプロットだけの状態やグループごとにプロットを結ぶようにでも表示することができ、解析内容にあわせて、表示方法も選択することが可能であることが望ましい。また、断片的に抽出したグループが分かるように、マイクロアレイ上の関連ある複数のプローブスポットを、擬似画像上で区別して表示することが可能である。例えば、図１２に示した擬似画像上にグループを囲った枠を付けたり、表上にグループを示す項目を追加すると、さらに分かりやすい表示が可能である。

（第６の実施の形態）
マイクロアレイ上のプローブスポットは、反応させる被験試料によって、高いシグナルが検出される場合も、とても低いシグナルが検出される場合も予想される。これは、例えば発現解析を行っている場合であれば、高輝度プローブスポットは高発現の遺伝子であることを示しており、逆に低輝度プローブスポットは、低発現の遺伝子であることを示しており、マイクロアレイでは、それぞれのプローブスポット輝度の比較を行うので、低発現の遺伝子の値も高発現の遺伝子の値も正確に取得する必要がある。よって、高輝度のプローブスポットと低輝度のプローブスポットが一緒に存在するマイクロアレイであっても、それぞれのプローブスポットを最適な露光条件で取得する必要性が出てくる。また、その得られた画像も同様に、それぞれのプローブスポットが最適な露光条件で取得された画像を表示する必要がある。

図２１は、図１７で得られた解析結果を含む測定情報を表示する散布図に関する概略処理フローを示している。表示方法選択部１０４−２は、規格化用のプローブスポットを赤色、対象としているプローブスポットを青色で表示している。プローブスポットを解析に使用するかしないかの変更、規格化用のプローブスポットの変更、縦軸と横軸の切り換え、グラフ軸の種類の変更が可能である。これは、グラフ上でマウスを右クリックし、選択ボックスを表示させ、当該表示から、当該項目をクリックすればよい。これにより当該変更指示等が入力され、表示方法選択部１０４−２は当該変更等処理を行う。また、グラフの描画範囲を設定することができる。これは、表示設定をクリックすればよい。また、メニュー画面から表示、散布図の順にクリックし、次いで、縦軸、横軸の切り換え、対数軸表示、又は、表示設定を選択することによっても変更を行うことが可能である。これにより当該設定指示が入力され、表示方法選択部１０４−２は当該設定処理を行う。