JP2005517718A - 免疫応答および輸送の代替抗体による調整のための組成物および方法 - Google Patents
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Abstract
免疫応答の調整のための方法および組成物を提供する。組成物は、目的のリガンドと相互作用する二機能性代替抗体分子を含み、前記二機能性代替抗体は免疫調整薬および/または輸送薬にさらに結合している。本発明の組成物は、目的のリガンドへの免疫調整薬の送達方法で適用される。また、目的のリガンドに対する被験体の免疫応答を調整する方法をさらに提供する。この方法は、治療有効量の本発明の二機能性代替抗体を投与するステップを含む。本発明の方法はまた、免疫応答の調整を必要とする被験体の臨床結果の改善で適用される。癌、免疫疾患、アレルギー、プリオン、ならびに細菌、寄生虫、酵母、またはウイルスを原因とする種々の疾患または病態を含む種々の病態および/または障害の治療または予防方法をさらに提供する。
Description
本発明は、免疫応答および輸送の調整に関する。
伝統的なワクチン開発アプローチには、生きた弱毒化病原体、完全に死滅させた病原体、または不活化毒素の使用が含まれていた。これらの方法は、一定の疾患の蔓延において限定的に成功していたが、その使用に関して欠点があった。例えば、生きた病原体を含むワクチンは、有毒株の弱毒化されている種類、または関連する毒性の低い種類のいずれでも、通常、完全な免疫応答の誘導に非常に有効である。しかし、これらのワクチン型は、有毒形態に逆戻りする可能性がある。完全に死滅させたワクチンでは、主な欠点は、抗原が単に外因性抗原として処理されて、しばしば細胞性免疫反応が不十分となるという点である。ワクチン開発におけるより最近のアプローチには、サブユニットワクチン、合成ペプチド、またはプラスミドDNAの使用が含まれる。これらは感染リスクはないが、サブユニットワクチンおよび合成ペプチドは、免疫原性が低く、製造コストが高い。
抗原特異的免疫応答を有効且つ効率的に作製するための方法および組成物が必要である。
免疫系を調整するための方法および組成物を提供する。詳細には、本発明は、目的のリガンドと相互作用し、且つ免疫調整薬(immunomodulatory agent)とさらに結合した二機能性代替抗体分子を提供する。この様式では、二機能性代替抗体分子の目的のリガンドとの相互作用により、リガンド/二機能性代替抗体の相互作用部位で免疫応答がターゲティングされる。
本発明の組成物は、特異性鎖および安定化鎖を含む単離二機能性代替抗体分子(isolated bi-functional surrogate antibody molecule)を含む。特異性鎖は、第一の定常領域および第二の定常領域に近接する特異性領域を有する核酸配列を含む。安定化鎖は、第一の定常領域と相互作用する第一の安定化領域および第二の定常領域と相互作用する第二の安定化領域を含む。二機能性代替抗体は、免疫調整薬とさらに結合し、二機能性代替抗体分子は目的のリガンドと相互作用することができる。
他の実施形態では、安定化鎖および特異性鎖は異なる分子(distinct molecules)を含む。他の実施形態では、安定化鎖は、さらに、第一の安定化ドメインと第二の安定化ドメインとの間に第一のスペーサードメインを含む。他の実施形態では、安定化鎖は、アミノ酸配列または核酸結合分子のポリマーを含む。他の実施形態では、安定化鎖は、第二の核酸配列を含む。
本発明は、さらに、免疫調整薬が、免疫グロブリン定常領域、免疫グロブリン定常領域の活性フラグメント、または免疫グロブリン定常領域の変異型、IgG免疫グロブリン定常領域、IgG免疫グロブリン定常領域の活性変異型、またはIgG免疫グロブリン定常領域の活性フラグメント、サイトカイン、サイトカインの活性変異型、サイトカインの活性フラグメント、ケモカイン、ケモカインの活性変異型、またはケモカインの活性フラグメント、CpGモチーフ、免疫刺激性CpGモチーフ(immunostimulatory CpG motif)、接着分子(adhesion molecule)、接着分子の活性変異型、接着分子の活性フラグメント、リポ多糖、またはリポ多糖の活性誘導体を含む、単離二機能性代替抗体分子を提供する。
他の実施形態では、本発明の二機能性代替抗体分子は二重特異性抗体である。したがって、二機能性代替抗体分子に結合した免疫調整薬は、第二の特異性領域が免疫応答レギュレーターと相互作用することができる第二の特異性ドメインを含む。1つの実施形態では、第二の特異性領域は、FγR受容体と相互作用する。
さらなる実施形態では、単離二機能性代替抗体分子は目的のリガンドと相互作用する。種々のリガンド(例えば、ポリペプチド、細胞、プリオン、または微生物が含まれる)を使用することができる。
本発明の方法は、目的のリガンドへの免疫調整薬の送達方法を含む。この方法は、単離二機能性代替抗体分子であって、前記免疫調整薬は二機能性代替抗体分子に結合し、前記二機能性代替抗体分子が目的のリガンドと相互作用することができる単離二機能性代替抗体分子を含む組成物を被験体に投与するステップを含む。
本発明のさらなる方法は、被験体において目的のリガンドに対する免疫応答を調整する方法であって、単離二機能性代替抗体分子であって、前記代替抗体は免疫調整薬に結合し、前記二機能性代替抗体分子が目的のリガンドと相互作用することができる単離二機能性代替抗体分子を被験体に投与するステップを含む。
種々の障害(例えば、癌、自己免疫疾患が含まれる)ならびに細菌、寄生虫、酵母、またはウイルスを原因とする種々の疾患および病態の治療および/または予防方法をさらに提供する。
本発明のさらなる組成物には、輸送薬(transport agent)に結合した二機能性代替抗体および目的のリガンドと相互作用することができる二機能性代替抗体分子が含まれる。1つの実施形態では、輸送薬は、IgAの定常領域またはその活性フラグメントもしくは変異型またはIgMの定常領域またはその活性フラグメントもしくは変異型を含む。
本発明は、全てではないがいくつかの本発明の実施形態を示す添付の図面を参照して以下により完全に記載する。実際、これらの発明を多数の異なる形態で実施することができ、本明細書中に記載の実施形態に制限されると解釈すべきではなく、むしろ、この開示は適用可能な法的必要条件を満たすようにこれらの実施形態を記載している。図面を通して、同じ番号は同じ要素を示す。
本明細書中に記載の本発明の多数の修正形態および他の実施形態は、これらの発明の分野に属する当業者に理解され、上記説明および関連する図面に示す教示の利点を有する。したがって、本発明は開示された特定の実施形態に制限されず、修正形態および他の実施形態は添付の特許請求の範囲の範囲に含まれることが意図されると理解すべきである。本明細書中で特定の用語が使用されているが、これらは一般的および説明としてのみ使用されており、制限を目的としていない。
[概要]
必須の抗原への抗体の結合は外来抗原のその内因性標的(例えば、受容体またはリガンド)への結合を防止することができるという中和作用があるが、結合のみでは外来抗原を除去することができない。外来抗原を有効に除去および/または破壊するために、その標的抗原に対する高い親和性および特異的結合ならびに有効な免疫エフェクター機能を抗体に付与しなければならない。本発明は、二機能性代替抗体分子および二機能性代替抗体分子の種々の集団を含む組成物および方法に関する。本明細書中で使用される、「二機能性」代替抗体は、目的のリガンドに選択的に結合することができ、且つ免疫調整薬および/または輸送薬にさらに結合している、異なる核酸構造またはモチーフを含む分子クラスをいう。この様式では、二機能性代替抗体分子の目的のリガンドとの相互作用により、リガンド/代替抗体の相互作用部位で免疫応答の調整がターゲティングされる。
必須の抗原への抗体の結合は外来抗原のその内因性標的(例えば、受容体またはリガンド)への結合を防止することができるという中和作用があるが、結合のみでは外来抗原を除去することができない。外来抗原を有効に除去および/または破壊するために、その標的抗原に対する高い親和性および特異的結合ならびに有効な免疫エフェクター機能を抗体に付与しなければならない。本発明は、二機能性代替抗体分子および二機能性代替抗体分子の種々の集団を含む組成物および方法に関する。本明細書中で使用される、「二機能性」代替抗体は、目的のリガンドに選択的に結合することができ、且つ免疫調整薬および/または輸送薬にさらに結合している、異なる核酸構造またはモチーフを含む分子クラスをいう。この様式では、二機能性代替抗体分子の目的のリガンドとの相互作用により、リガンド/代替抗体の相互作用部位で免疫応答の調整がターゲティングされる。
本発明の二機能性代替抗体分子は、免疫応答を「調整する」。「調整する」または「調整」は、特定の特徴、質、活性、物質、または応答の増減を意図する。例えば、免疫応答の調整は、抗体依存性細胞傷害(ADCC)、食作用、補体依存性細胞傷害(CDC)、半減期/クリアランス比、依存細胞細胞傷害性(dependant cell cytotoxicity)、オプソニン誘導性食作用、補体依存性溶菌、細胞傷害性T細胞(CTL)の死滅、多形核(PMN)細胞の死滅、即時型過敏症、および遅延型過敏症の増減を含み得る。したがって、本発明の二機能性代替抗体を、目的のリガンド部位への免疫系の動員のためにデザインする。免疫応答(すなわち、抗体依存性細胞傷害(ADCC)、食作用、補体依存性細胞傷害(CDC)、半減期/クリアランス比)の所望の調整に応じて、適切な免疫調整薬を、二機能性代替抗体分子に結合する。
例えば、免疫系の動員が所望される場合、二機能性代替抗体分子は、目的のリガンド部位で免疫エフェクター機能を改良することができる免疫応答薬を含み得る。この場合、免疫グロブリンG(IgG)Fc部分を、二機能性代替抗体分子に結合させ、それによりFcγRへの結合および/または補体活性化の改良によって免疫エフェクター機能を強化することができる。他の実施形態では、免疫エフェクター機能が有害であるが長期の半減期を所望する場合、免疫グロブリン定常領域または分子の半減期を増大させる操作免疫グロブリンを二機能性代替抗体に結合させることができる。目的の免疫調整薬に関するさらなる詳細を、本明細書中に記載する。したがって、本発明の二機能性代替抗体分子を、所望の治療活性(すなわち、目的のリガンドに対する所望の結合親和性および特異性ならびに意図する適用のための所望の免疫エフェクター機能)を有するようにデザインすることができる。
本発明の組成物は、目的のリガンドへの免疫調整薬の送達方法で適用される。本発明の組成物は、さらに、目的のリガンドに対する被験体の免疫応答の調整で適用される。この方法は、被験体に治療有効量の本発明の二機能性代替抗体を投与するステップを含む。
本発明の組成物および方法は、さらに、種々の病態の治療または予防に使用することができる治療用二機能性代替抗体として適用される。したがって、本発明の方法は、ターゲティングされた免疫応答を必要とする被験体の臨床結果の改善で適用される。「治療または予防」は、所望の薬理学的効果および/または生理学的効果の獲得を意図する。効果は、特定の感染もしくは疾患またはその徴候もしくは症状の完全または部分的防止という点では予防的であり、感染もしくは疾患および/または感染もしくは疾患に起因する副作用の部分的または完全な治癒という点で治療的であり得る。したがって、本発明の方法は、二機能性代替抗体分子を投与した被験体において疾患または障害の副作用を「防止」(すなわち、遅延または阻害)および/または「軽減させる」(すなわち、減少させる、遅延させる、または緩和する)。被験体は、任意の動物、好ましくは、哺乳動物(例えば、ヒト、ブタ、ウシ、ムース、ラット、ヒツジ、ウマ、イヌ、ネコ、トリ、ニワトリが含まれる)であり得る。
本発明のさらなる組成物では、二機能性代替抗体は、輸送薬を含む。以下で考察するように、輸送薬はトランスサイトーシスを媒介し、それにより代替抗体を粘膜内層に送達させる。
以下でさらに考察するように、所望の目的のリガンドと相互作用する本発明の二機能性代替抗体および二機能性代替抗体の種々の集団(すなわち、選択された集団、ポリクローナル集団、モノクローナル二機能性代替抗体集団)を作製することができる。したがって、二機能性代替抗体により、所望のリガンド部位での免疫応答のターゲティングされた調整を行うことができる。したがって、二機能性代替抗体を使用して、試験、薬学的、および研究での適用で従来の抗体と置き換えることができる。
本明細書中で使用される、「リガンド」は、二機能性代替抗体と相互作用する目的の任意の分子(イオン、分子、または分子群が含まれるが、これらに限定されない)であり得る。本明細書中で使用される、「リガンド」は、抗原性を示す必要はない。したがって、リガンドは、細胞および/または任意の細胞構成要素または免疫ハプテンであり得る。リガンドは、任意の発生段階(種々の表現型を有する)および種々の病態(すなわち、正常および異常な状態)での任意の目的の細胞型であり得る。例えば、微生物(すなわち、原核細胞(例えば、細菌)、ウイルス、真菌、原生動物、および寄生虫)の表面上またはその内部または真核細胞(例えば、上皮細胞、筋細胞、神経細胞、感覚細胞、癌細胞、分泌細胞、悪性細胞、赤血球、白血球、および幹細胞など)の表面上またはその内部で見出される正常、異常、および/または固有の構成要素を含むリガンドに結合するように二機能性代替抗体を開発することができる。目的のリガンドはまた、上記の細胞型の1つまたは複数の構成要素を含み得る。
例えば、本発明の二機能性代替抗体を開発するのに使用される、目的のリガンドは、種々の腫瘍細胞(黒色腫細胞、結腸腫瘍細胞、乳癌細胞、乳房腫瘍細胞、前立腺腫瘍細胞、膠芽細胞腫細胞、腎臓癌細胞、神経芽細胞腫細胞、肺癌細胞、膀胱癌細胞、形質細胞腫結腸癌細胞、乳癌細胞、リンパ腫細胞、および/または細胞型の種々の構成要素など)を含み得る。このようなリガンドを、切除腫瘍の培養またはHCT 116、Colo205、SW403、またはSW620(結腸癌)、およびBT−20細胞株(乳癌)などの確立された細胞株(すなわち、ヒト細胞株)から得ることができる。例えば、American Type Culture Collection(ATCC;Rockville,Md.)から、このような細胞は、当業者に利用可能である。さらに、目的のリガンドは、初代神経膠腫細胞または確立されたヒト膠芽細胞腫もしくは星状細胞腫株由来の細胞であり得る。Wakimoto et al.(1999)Japan.J.Cancer Res.88:296-305(1997)(本明細書中で参考として組み込まれる)に記載のように、神経膠腫細胞の初代培養物を、外科的に切除した腫瘍組織から確立することができる。ヒト膠芽細胞腫株(U−87MGまたはU−118MGなど)またはヒト星状細胞腫株(CCF−STTG1またはSW1088(Chi et al.(1997)Amer.J.Path.150:2142-2152)など)を、ATCCから得ることができる。本発明でリガンドとして使用することができる望ましくないさらなる細胞型には、自己免疫疾患の治療のための自己抗体産生リンパ球またはアレルギー治療のためのIgE産生リンパ球が含まれる。
さらに、目的のリガンドが抗原性を示す必要はないが、いくつかの実施形態では、リガンドは、疾患関連抗原(例えば、腫瘍関連抗原および自己免疫疾患関連抗原が含まれる)であり得る。このような疾患関連抗原は当分野で公知であり、例えば、成長因子受容体、細胞周期レギュレーター、血管形成因子、シグナル伝達因子が含まれる。
目的の他のリガンドには、有機化合物、無機化合物、有毒環境化合物、核酸、タンパク質、ポリペプチド、糖タンパク質、受容体、成長因子、ホルモン、酵素、天然および合成ポリマー、炭水化物、多糖、ムコ多糖、エフェクター、抗原、抗体、プリオン、基質、代謝産物、免疫ハプテン、小分子、薬物、毒素、遷移状態のアナログ、補因子、インヒビター、栄養素、固有の細胞表面決定基、または細胞内マーカーなどが含まれるが、これらに限定されない。リガンドには、さらに、有機または無機環境汚染物質(例えば、PCB、ダイオキシン、石油炭化水素)、治療薬および乱用物質を含む免疫ハプテンが含まれ得る。
本発明の二機能性代替抗体は、所望のリガンドと相互作用し、免疫応答も調整するようにデザインされる。したがって、二機能性代替抗体を使用して、種々の病態/障害(腫瘍および癌、自己免疫疾患、細菌、寄生虫、またはウイルスに起因する感染症および障害が含まれるが、これらに限定されない)を治療または防止することができる。1つの実施形態では、本発明の方法を使用して、癌(黒色腫、結腸直腸癌、前立腺癌、乳癌、卵巣癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、膠芽細胞腫、腎臓癌、膀胱癌、胃癌、膵臓癌、神経芽腫、肺癌、白血病、およびリンパ腫などの癌が含まれる)の予防または治療のために免疫応答を調整することができる。本発明の方法を使用して、後天性免疫不全症候群(AIDS)などの感染症から防御または治療することもできる。
さらに、本発明の方法を使用して、既存の自己免疫疾患(関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、全身性紅斑性狼瘡、橋本病、I型真性糖尿病、重症筋無力症、アジソン病、自己免疫性胃炎、グレーブス病、および白斑など)の発症を防御するか治療することができる。本発明の免疫応答調整方法を使用して、花粉症、喘息、全身性アナフィラキシー、または接触性皮膚炎などのアレルギー反応も治療することができる。
本発明の方法を使用して、細菌、寄生虫、酵母、またはウイルスに起因する種々の疾患または病態を防止および治療することもできる。このような疾患および病態には、胃潰瘍および消化性潰瘍;歯周病;カンジダ感染;寄生虫感染;結核;ヘモフィルス媒介疾患(細菌性髄膜炎など);百日咳ウイルス媒介疾患(百日咳など);コレラ;マラリア;インフルエンザ感染;呼吸器合胞体抗原;肝炎;灰白髄炎;陰部および非陰部単純ヘルペスウイルス感染;ロタウイルス媒介疾患(急性小児胃腸炎および下痢など);およびフラビウイルス媒介疾患(黄熱病および脳炎など)が含まれる。さらに、本発明の方法および組成物は、生物兵器(例えば、クロストリジウム毒素、出血熱ウイルス、およびFrancisella tularensis、Yersinia pestis、およびBacillus antracsisなどの細菌が含まれるが、これらに限定されない)への曝露の治療で適用される。
本明細書中に開示されるように、本発明の方法を使用して、このような疾患もしくは病態の1つを有する個体またはこのような疾患もしくは病態の1つを有すると疑われる個体を治療することができる。本発明の方法を使用して、実際の疾患の発症からこのような疾患または病態の1つの発症リスクを有する個体を防御することもできる。特定の疾患(特定の癌型など)を発症しやすい個体を、遺伝子スクリーニング方法を使用して同定することができる。たとえば、Mao et al.(1994)Canc.Res.54(Suppl.):1939s-1940およびGarber et al.(1993)Curr.Opin.Pediatr.5:712-715(それぞれ本明細書中で参考として組み込まれる)を参照のこと。このような個体は、例えば、黒色腫、網膜芽腫、乳癌、または結腸癌を発症しやすいか、多発性硬化症または関節リウマチを発症しやすい。
[組成物]
I.二機能性代替抗体
本発明の二機能性代替抗体は、目的のリガンドに対する種々の範囲の結合特異性および結合親和性を有する抗体を開発可能な種々の構造を含む。この種々の構造に関する詳細およびどのようにして本発明の二機能性代替抗体を開発するかについて、以下に詳述する。
I.二機能性代替抗体
本発明の二機能性代替抗体は、目的のリガンドに対する種々の範囲の結合特異性および結合親和性を有する抗体を開発可能な種々の構造を含む。この種々の構造に関する詳細およびどのようにして本発明の二機能性代替抗体を開発するかについて、以下に詳述する。
二機能性代替抗体は、本明細書中で「特異性鎖」といわれる第一の鎖および本明細書中で「安定化鎖」といわれる第二の鎖を含む。特異性鎖は、第一の定常領域および第二の定常領域に近接する特異性領域を有する核酸配列を含む。安定化鎖は、第一の定常領域と相互作用する第一の安定化領域および第二の定常領域と相互作用する第二の安定化領域を含む。このような代替抗体分子には、2002年2月19日提出の米国特許仮出願60/358,459号および同時出願された「代替抗体およびその調製および使用方法」というタイトルの通常の米国特許出願にさらに記載されている。本発明の二機能性代替抗体分子は、さらに、免疫応答を調整することができる免疫調整薬に結合している。
本発明は、単離または実質的に単離された二機能性代替抗体組成物を含む。「単離」二機能性代替抗体分子は、実質的に他の細胞物質、培養培地、化学的前駆体、または化学合成されている場合は他の化合物を含まない。実質的に細胞物質を含まない二機能性代替抗体には、約30%、20%、10%、5%(乾燥重量)未満の夾雑タンパク質または核酸を有する代替抗体の調製物が含まれる。さらに、代替抗体分子が天然の配列に相同な核酸配列を含む場合、「単離」二機能性代替抗体分子は、代替抗体が相同性を有する生物のゲノムDNA中に核酸に天然に近接し得る配列(すなわち、核酸の5’末端および3’末端に存在する配列)を含まない。
本明細書中で使用される、「核酸」は、TNA、DNA、RNA、その一本鎖または二本鎖、およびその任意の化学的修飾物を意味する。二機能性代替抗体は、1つまたは複数の特異性ドメインを安定化させる相互作用定常ドメインが存在する二本鎖RNA、一本鎖RNA、一本鎖DNA、二本鎖DNA、ハイブリッドRNA−DNA二本鎖組み合わせ、ハイブリッドTNA−DNA、ハイブリッドTNA−RNA、ハイブリッドアミノ酸/RNA、アミノ酸/DNA、アミノ酸/TNA、またはその組み合わせから構成され得る。ヌクレオチドまたはアミノ酸残基が天然に存在する残基および/または合成された修飾残基を含み得ることがさらに認識される。
A.特異性鎖
本明細書中で使用される、二機能性代替抗体の特異性鎖は、2つの定常領域に近接する特異性領域を有する核酸分子を含む。本明細書中で使用される、「に近接する」は、定常領域が特異的領域に直接近接するか、定常領域が特異性領域の5’および3’で見出されるがスペーサー配列で分離されていることを意図する。特異性領域はリガンド結合部位として機能し、定常ドメインは安定化鎖上で見出される安定化ドメインと相互作用し、それにより特異性ドメインは目的のリガンドと相互作用する領域を形成する。
本明細書中で使用される、二機能性代替抗体の特異性鎖は、2つの定常領域に近接する特異性領域を有する核酸分子を含む。本明細書中で使用される、「に近接する」は、定常領域が特異的領域に直接近接するか、定常領域が特異性領域の5’および3’で見出されるがスペーサー配列で分離されていることを意図する。特異性領域はリガンド結合部位として機能し、定常ドメインは安定化鎖上で見出される安定化ドメインと相互作用し、それにより特異性ドメインは目的のリガンドと相互作用する領域を形成する。
特異性鎖は、リボヌクレオチド、修飾リボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド、修飾デオキシリボヌクレオチド、(3’,2’)−α−L−トレオース核酸(TNA)、修飾TNA、またはその任意の組み合わせから構成される核酸配列を含む。例えば、Chaput et al.(2003)J.Am.Chem.Soc.125:856-857(本明細書中で参考として組み込まれる)を参照のこと。修飾には、ヌクレオチド配列の任意の機能的部分(functional moiety)または分子の結合が含まれる。修飾は、鎖中のどこかの各ヌクレオチド残基に付加するか、ピリミジンまたはプリン残基の全てまたは一部に結合するか、ヌクレオチド残基の所与の型の全てまたは一部に結合させた配列の5’末端および/または3’末端に存在し得る。DNAおよびRNA残基への種々の修飾が当分野で公知であり、本発明の二機能性代替抗体に対する目的の修飾のいくつかの例は、以下でさらに詳細に考察している。
特異性鎖およびその反応性ドメイン(すなわち、定常ドメインおよび特異性ドメイン、ならびにいくつかの実施形態ではスペーサー領域)は、鎖が本明細書中に記載の二機能性代替抗体を形成することができる限り任意の長さであり得る。例えば、特異性鎖は、10、50、100、200、400、500、800、1000、2000、4000、8000またはそれ以上のヌクレオチド長であり得る。あるいは、特異性鎖は、約15〜80、80〜150、150〜600、600〜1200、1200〜1800、1800〜3000、3000〜5000、またはそれ以上のヌクレオチドであり得る。定常ドメインおよび特異性ドメインは、約2ヌクレオチド長と約100ヌクレオチド長との間、約20ヌクレオチド長と約50ヌクレオチド長との間、約10ヌクレオチド長と約90ヌクレオチド長との間、約10ヌクレオチド長と約80ヌクレオチド長との間、約10ヌクレオチド長と約60ヌクレオチド長との間、約10ヌクレオチド長と約40ヌクレオチド長との間であり得る。
二機能性代替抗体分子は特異性領域中にスペーサー領域を必要としないが、この領域が存在する場合、任意の長さであり得る。例えば、スペーサー領域が特異性鎖中に存在する場合、この領域は、約2ヌクレオチド長と約100ヌクレオチド長との間、約20ヌクレオチド長と約50ヌクレオチド長との間、約10ヌクレオチド長と約90ヌクレオチド長との間、約10ヌクレオチド長と約60ヌクレオチド長との間、約10ヌクレオチド長と約40ヌクレオチド長との間であり得る。さらに他の実施形態では、スペーサー領域は核酸残基を含む必要はないが、所望の空間を空けて二機能性代替抗体分子を形成する鎖に組み込まれたリン酸部分などの任意の分子であり得る。
いくつかの実施形態では、特異性鎖またはその成分(定常領域または特異性領域)は、天然に存在する核酸配列と有意に類似する。他の実施形態では、核酸配列は、天然の配列とほとんどまたは全く同一ではない配列を共有することができる。さらに他の実施形態では、核酸残基を本明細書中に記載のように修飾することができる。
B.安定化鎖
二機能性代替抗体は、安定化鎖をさらに含む。安定化鎖は、特異性鎖の定常ドメインに相互作用して特異性ドメインのリガンド結合溝を安定化することができる任意の分子を含む。したがって、安定化鎖は、例えば、アミノ酸配列、核酸配列、または種々のポリマー(任意のカチオン性ポリマー、シクロデキストリンポリマー、または臭化リチウムもしくは臭化エチジウムなどの適切に荷電した挿入剤を有するポリマーが含まれる)を含み得る。
二機能性代替抗体は、安定化鎖をさらに含む。安定化鎖は、特異性鎖の定常ドメインに相互作用して特異性ドメインのリガンド結合溝を安定化することができる任意の分子を含む。したがって、安定化鎖は、例えば、アミノ酸配列、核酸配列、または種々のポリマー(任意のカチオン性ポリマー、シクロデキストリンポリマー、または臭化リチウムもしくは臭化エチジウムなどの適切に荷電した挿入剤を有するポリマーが含まれる)を含み得る。
二機能性代替抗体中の安定化領域は同一であり得るか(すなわち、同一のヌクレオチド配列またはペプチド配列)、各安定化領域が特異性鎖中で見出されるその対応する定常領域と相互作用する限り、領域は非同一であり得ることが認識される。さらに、定常領域と安定化領域との間の相互作用は直接または間接的であり得る。相互作用は、さらに、生理学的条件下(すなわち、所望のリガンド結合条件)を含む種々の条件下などで相互作用が起こる。
いくつかの実施形態では、安定化鎖および特異性鎖ならびに/またはその各ドメインは、天然に存在しない。他の実施形態では、これらは、天然に存在する核酸配列またはアミノ酸配列と有意に類似し得るか、実際に天然に存在する配列であり得る。当業者は、安定化ドメインの長さは特異性鎖の定常ドメインに必要な相互作用の型に依存して変化することを認識する。このような相互作用を、本明細書中でさらに詳細に考察する。
アミノ酸配列を含む安定化鎖は、特異性鎖の定常ドメインの核酸配列と相互作用することができる任意のポリペプチドを含み得る。例えば、DNA結合活性を有するアミノ酸配列(すなわち、ジンクフィンガー結合ドメイン(Balgth et al.(2001)Proc.Natl.Acad.Sci.98:7158-7163;Friesen et al.(1998)Nature Structural Biology,Tang et al.(2001)J.Biol.Chem.276:19631-9;Dreier et al.(2001)J.Biol.Chem.29466-79;Sera et al.(2002)Biochemistry 41:7074-81))、ヘリックス−ターンドメイン、ロイシンジッパーモチーフ(Mitra et al.(2001)Biochemistry 40:1693-9)、またはレクチン活性を有するポリペプチドを1つまたは複数の安定化ドメインに使用することができる。したがって、種々のポリペプチド(転写因子、制限酵素、テロメラーゼ、RNAもしくはDNAポリメラーゼ、インデューサー/リプレッサー、または核酸結合活性を保持するそのフラグメントおよび変異型が含まれる)を使用することができる。例えば、Gadgil et al.(2001)J.Biochem.Biophys.Methods 49:607-24を参照のこと。さらに他の実施形態では、安定化鎖には、ポリアミドなどの小分子に結合する配列特異的DNA(Dervan et al.(1999)Current Opinion Chem.Biol.6:688-93およびWinters et al.(2000)Curr Opin Mol Ther 6:670-81);アミノグリコシド(Yoshhizawa et al.(2002)Biochemistry 41:6263-70)、キノキサリン抗生物質(Bailly et al.(1998)Biochem Inorg Chem 37:6874-6883)などの抗生物質;AT特異的結合分子(Wagnarocoski et al.(2002)Biochem Biophys Acta 1587:300-8);ロジウム複合体(Terbrueggen et al.(1998)Inorg.Chem.330:81-7)が含まれ得る。
当業者は、例えば、安定化鎖中でジンクフィンガー結合ドメインを使用する場合、対応する核酸結合部位は特異性鎖の所望の定常領域に存在することを認識する。同様に、安定化鎖中でレシチン活性を有するポリペプチドを使用する場合、特異性鎖の対応する定常ドメインは所望の相互作用に必要な修飾を有する。安定化ドメインがアミノ酸配列を含む場合、任意のアミノ酸残基を機能的部分を含むように修飾することができる。このような修飾を、本明細書中でさらに詳細に考察する。
安定化鎖が核酸分子を含む場合、二機能性代替抗体は、特異性鎖を含むヌクレオチド配列を含み、上記のように、安定化鎖上の2つの安定化領域に相補的な2つの安定化領域を含む。この実施形態では、安定化鎖および特異性鎖が互いにハイブリッド形成して安定化ドメインと定常ドメインとの間に適切な相互作用が得られた場合、二機能性代替抗体が形成される。1つの実施形態では、安定化鎖は特異性鎖よりも長い。
安定化鎖は、任意のヌクレオチド塩基(例えば、リボヌクレオチド、修飾リボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド、修飾デオキシリボヌクレオチド、またはその任意の組み合わせが含まれる)を含み得る。
C.二機能性代替抗体の形成
二機能性代替抗体の形成方法は、特異性鎖および安定化鎖を得るステップと、第一の安定化ドメインが第一の定常領域と相互作用し、且つ第二の安定化ドメインが第二の定常領域と相互作用する条件下で特異性鎖を安定化鎖に接触させるステップとを含む。安定化ドメインと定常ドメインとが安定に相互作用する任意の条件下で、特異性鎖を安定化鎖に接触させることができる。この代替抗体の形成方法を使用して、代替抗体集団を作製することができる。
二機能性代替抗体の形成方法は、特異性鎖および安定化鎖を得るステップと、第一の安定化ドメインが第一の定常領域と相互作用し、且つ第二の安定化ドメインが第二の定常領域と相互作用する条件下で特異性鎖を安定化鎖に接触させるステップとを含む。安定化ドメインと定常ドメインとが安定に相互作用する任意の条件下で、特異性鎖を安定化鎖に接触させることができる。この代替抗体の形成方法を使用して、代替抗体集団を作製することができる。
好ましい実施形態では、二機能性代替抗体分子を、生理学的条件下で形成する。当業者は、意図する適用のための適切な条件を経験的に決定することができる。例えば、生理学的条件は、約pH6.5〜約pH8.0、約pH7.0〜約7.6、または約pH7.2、7.3、7.4、または7.5を含み得る。生理学的条件は、約230〜約350ミリオスモル、約250〜約300ミリオスモル、約280〜約300ミリオスモルの生理学的塩条件を含む。あるいは、生理学的塩条件は、約270ミリオスモル、280ミリオスモル、290ミリオスモル、300ミリオスモル、310ミリオスモル、330ミリオスモル、340ミリオスモル、350ミリオスモル、360ミリオスモル、370ミリオスモル、または380ミリオスモルを含み得る。生理学的条件は、さらに、約34℃〜約39℃、および約35℃〜約38℃、約36℃〜約37℃の温度を含む。当業者は、意図する適用に適切な塩濃度およびpHを決定することができる。1つの実施形態では、生理学的条件は、約37℃でpH7.4および塩濃度280〜約300ミリオスモルを含む。
安定化鎖が核酸配列を含む場合、定常領域および安定化領域のヌクレオチド配列は所望の条件下で(すなわち、リガンド結合条件下で)相互作用する(すなわち、ハイブリッド形成する)。さらに、好ましくは第一の定常ドメインが第一の安定化ドメインと相互作用し、好ましくは第二の安定化ドメインが第二の定常ドメインと相互作用するように会合するように、各安定化ドメインおよび各定常ドメインをデザインすることができる。この方法では、特異性鎖と安定化鎖との相互作用時に、二機能性代替抗体の配列直接的自己会合が起こり得る。
1つの実施形態では、各安定化/定常ドメイン相互作用のTmが意図する適用温度(すなわち、所望のリガンド結合条件)より約15℃〜約25℃高くなるように代替抗体分子をデザインする。したがって、意図する適用が治療への適用または生理学的に条件下で行われる任意の適用である場合、Tmは、約37℃+約15℃〜約37℃+25℃(すなわち、49℃、50℃、52℃、54℃、55℃、56℃、58℃、60℃、62℃、64℃、またはそれ以上)であり得る。意図する適用が室温で行われる診断アッセイである場合、Tmは、25℃+約15℃〜約25℃+25℃(すなわち、38℃、40℃、41℃、42℃、43℃、44℃、46℃、48℃、50℃、52℃、53℃またはそれ以上)であり得る。Tmの測定式は、当分野で公知である。Tmの好ましい計算プログラムは、IDTBioTools(著作権)2000のOligoAnalyzer3.0を含む。本発明の方法に任意の温度を使用することができると認識される。したがって、リガンド結合条件の温度は、約5℃、10℃、15℃、16℃、18℃、20℃、22℃、24℃、26℃、28℃、30℃、32℃、34℃、38℃、40℃、42℃、44℃、46℃、48℃、50℃、52℃、54℃、56℃、58℃、60℃、またはそれ以上であり得る。
あるいは、約40%〜約99%、約40%〜約50%、または約50%〜約60%、約60%〜約70%、約70%〜約80%、約85%、約90%、約95%、約98%、またはそれ以上の代替抗体集団が意図するリガンド結合条件下でアニーリングを保持するように、安定化ドメインおよび各定常ドメインをデザインする。ゲル電気泳動を含む種々の方法を使用して、代替抗体の形成率を決定することができる。実施例を参照のこと。さらに、この決定型の計算は、例えば、Markey et al.(1987)Biopolymers 26:1601-1620およびPetersteim et al.(1983)Biochemistry 22:256-263(その両方が本明細書中で参考として組み込まれる)に見出すことができる。
比が二機能性代替抗体の形成に好ましい限り、特異性鎖および安定化鎖の相対濃度を変化させることができる。このような条件には、過剰な安定化鎖の獲得が含まれる。
安定化鎖および特異性鎖が核酸分子である場合、定常領域および安定化領域は、任意の所望のG/C含量(例えば、約0%、5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、または100%のG/Cが含まれる)を有し得る。
安定化鎖およびこれに含まれるドメイン(安定化ドメイン、いくつかの実施形態では、スペーサードメイン)は、鎖が本明細書中に記載の代替抗体を形成することができる限り、任意の長さであり得る。例えば、安定化鎖は、約8、10、50、100、200、400、500、800、1000、2000、4000、8000、またはそれ以上のヌクレオチド長であり得る。あるいは、安定化鎖は、約15〜80、80〜150、150〜600、600〜1200、1200〜1800、1800〜3000、3000〜5000、またはそれ以上であり得る。
安定化ドメインは、約2ヌクレオチド長と約100ヌクレオチド長との間、約20ヌクレオチド長と約50ヌクレオチド長との間、約10ヌクレオチド長と約90ヌクレオチド長との間、約10ヌクレオチド長と約60ヌクレオチド長との間、約10ヌクレオチド長と約40ヌクレオチド長との間であり得る。スペーサー領域が安定化鎖中に存在する場合、この領域は、約1ヌクレオチド長と約100ヌクレオチド長との間、約5ヌクレオチド長と約50ヌクレオチド長との間、約10ヌクレオチド長と約90ヌクレオチド長との間、約10ヌクレオチド長と約60ヌクレオチド長との間、約10ヌクレオチド長と約40ヌクレオチド長との間であり得る。あるいは、本明細書中で考察されるように、スペーサーは、1つまたは複数の分子(例えば、リン酸部分が含まれる)を含み得る。定常ドメインと安定化ドメインとの間の相互作用が代替抗体構造の安定化および安定な特異性領域の産生に十分である限り、各ドメインの長さおよびG/C含量を変化させることができる。さらに、安定化鎖は、線状、環状、または球状であり、複数(2、3、4、5、6、またはそれ以上)の特異性鎖が相互作用する安定化ドメインをさらに含むことができる。
当業者は、安定化鎖安定化ドメインおよび特異性鎖定常ドメインを所望の条件下で相互作用の安定性を最大にするようにデザインし、それにより代替抗体の構造を維持することができると認識する。例えば、Guo et al.(2002)Nature Structural Biology 9:855-861およびNair et al.(2000)Nucleic Acid Research 28:1935-1940を参照のこと。代替抗体分子の安定性または構造を測定する方法は公知である。例えば、表面プラズモン共鳴(BIACORE)を使用して、代替抗体分子形成の速度値を決定することができる(BIACORE AB)。他の使用技術には、NMR分光法および電気泳動移動度シフトアッセイが含まれる。Nair et al.(2000)Nucleic Acid Research 9:1935-1940を参照のこと。安定化鎖および特異性鎖が核酸である場合、相補性ハイブリッド形成安定化領域および定常領域は互いに100%相同である必要はないと認識される。これらは配向性様式で互いに結合し、リガンド結合条件に曝露された場合に安定な構造を形成することが必要である。一般に、これは、少なくとも80%、少なくとも90%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、およびそれ以上の配列が相同な安定化ドメインおよび定常ドメインが必要である。さらに、相互作用には、安定化ドメインおよび対応する定常ドメイン中に少なくとも5個の連続する相補性ヌクレオチド残基が必要であり得る。
「配列同一性または相同性」は、定常ドメインのヌクレオチド配列の特定された連続セグメントが整列され、安定化ドメインのヌクレオチド配列と比較した場合、定常領域および安定化ドメイン内に相補塩基を有するヌクレオチドが見出されることを意図する。配列アラインメントおよび配列間の同一性の決定方法は、当分野で周知である。例えば、Ausubel et al.eds.(1995)Current Protocols in Molecular Biology,Chapter19(Greene Publishing and Wiley-Interscience,New York);およびALIGNプログラム(Dayhoff(1978)in Atlas of Polypeputide Sequence and Structure 5:Suppl.3(National Biomedical Research Foundation,Washington,D.C.))を参照のこと。2つのヌクレオチド配列の至適アラインメントに関して、定常/安定化ドメインの連続セグメントは、対応する定常/安定化ヌクレオチド配列に関してさらなるヌクレオチドまたは欠失ヌクレオチドを有し得る。基準ヌクレオチド配列との比較で使用した連続セグメントは、少なくとも5、10、15、20、25個の連続ヌクレオチドを含み、30、40、50、100、またはそれ以上のヌクレオチドであり得る。ヌクレオチド配列中のギャップの封入に関する配列同一性の増大を、ギャップペナルティの割り当てによって補正することができる。
2配列間の同一率を、数学的アルゴリズムを使用して決定することができる。ギャップオープンペナルティ25およびギャップ伸長ペナルティ5を使用したSmith-Waterman相同検索アルゴリズムを使用して、ヌクレオチド配列の同一率を決定する。例えば、TimeLogicのDeCypher Hardware Acceleratorを使用して、このような配列同一性を決定することができる。
代替抗体の特異性鎖および安定化鎖が核酸配列を含む場合、第一および第二の鎖を溶液に入れること、溶液を加熱すること、および冷却時に第一および第二の鎖がアニーリングして抗体を形成するような条件下で溶液を冷却することによって代替抗体を形成することができる。他の実施形態では、加熱せずに代替抗体を形成することができる。
D.二機能性代替抗体の多様な構造
多数の種々の二機能性代替抗体構造を形成することができる。1つの実施形態では、本明細書中に記載の二機能性代替抗体は、1つまたは複数の特異性ドメインを有する1つまたは複数の異なる特異性鎖を含むことができ、各特異性ドメインは定常ドメインに近接する。したがって、本発明の二機能性代替抗体は、1、2、3、4、5、またはそれ以上の特異性ドメインを有し得る。したがって、二機能性代替抗体分子を、複数のオリゴヌクレオチドを使用して形成することができる。例えば、図2および3を参照のこと。したがって、二機能性代替抗体は、「多価」であり得るので、1つの特異性鎖または複数の異なる鎖上に含まれる複数の特異性ドメインを含む。したがって、多価の代替抗体の特異性ドメインは、同一のヌクレオチド配列および同一のサイズであってよく、且つ同一のリガンド結合部位を認識することができる。他の実施形態では、特異性ドメインが異なり得るので、「多特異的」代替抗体を形成することができる。多特異的抗体は、異なるリガンドまたは同一リガンドの異なる領域に結合する。したがって、各特異性ドメインを、同一のリガンドまたは異なるリガンドに結合するようにデザインすることができる。この方法では、二機能性抗体は、1つの細胞上の2つの共通の決定基に同時に結合するか、異なる決定基に結合するか、2つの異なる方向で化合物に結合することができる。例えば、抗体は、好ましい結合部位およびアロステリックな位置でも特定の受容体に結合することができる。あるいは、代替抗体は、所与の細胞表面上の受容体の特定の対に結合して共同結合相互作用によって親和性を増大するか、分子または細胞間に架橋を形成することができる。
多数の種々の二機能性代替抗体構造を形成することができる。1つの実施形態では、本明細書中に記載の二機能性代替抗体は、1つまたは複数の特異性ドメインを有する1つまたは複数の異なる特異性鎖を含むことができ、各特異性ドメインは定常ドメインに近接する。したがって、本発明の二機能性代替抗体は、1、2、3、4、5、またはそれ以上の特異性ドメインを有し得る。したがって、二機能性代替抗体分子を、複数のオリゴヌクレオチドを使用して形成することができる。例えば、図2および3を参照のこと。したがって、二機能性代替抗体は、「多価」であり得るので、1つの特異性鎖または複数の異なる鎖上に含まれる複数の特異性ドメインを含む。したがって、多価の代替抗体の特異性ドメインは、同一のヌクレオチド配列および同一のサイズであってよく、且つ同一のリガンド結合部位を認識することができる。他の実施形態では、特異性ドメインが異なり得るので、「多特異的」代替抗体を形成することができる。多特異的抗体は、異なるリガンドまたは同一リガンドの異なる領域に結合する。したがって、各特異性ドメインを、同一のリガンドまたは異なるリガンドに結合するようにデザインすることができる。この方法では、二機能性抗体は、1つの細胞上の2つの共通の決定基に同時に結合するか、異なる決定基に結合するか、2つの異なる方向で化合物に結合することができる。例えば、抗体は、好ましい結合部位およびアロステリックな位置でも特定の受容体に結合することができる。あるいは、代替抗体は、所与の細胞表面上の受容体の特定の対に結合して共同結合相互作用によって親和性を増大するか、分子または細胞間に架橋を形成することができる。
二機能性代替抗体は、個別のループ構造の間にヒンジ領域(またはスペーサー領域)をさらに含むことができる。代替抗体は、従来の抗体中でヒンジ単位として類似の様式で機能する「ヒンジ単位」またはスペーサーを含み得る。結合を立体的に至適化するために、スペーサー配列は、特異性鎖上の構造の間および/または安定化鎖の安定化ドメインの間に存在し得る。この方法では、スペーサー領域を使用して、分子中の結合ストレスを排除するか、結合溝のサイズおよび/または形状に多様性を持たせるか、特異性ループの配向を変化させるか、凝集もしくは綿状沈殿(flocculation)を至適化するか、エネルギー(フルーア)移動反応を至適化することができる。したがって、二機能性代替抗体分子は、同数のヌクレオチドおよびヌクレオチド配列または異なる数のヌクレオチドおよびヌクレオチド配列を有する複数のスペーサー領域を含み得る。
安定化鎖および特異性鎖がヌクレオチド配列を含む場合、同一または個別の(すなわち、異なる)核酸分子上に鎖を含むことができることがさらに認識される。したがって、別の実施形態では、1つのヌクレオチド鎖から、第一の定常領域、特異性ドメイン、第二の定常領域、第二の定常領域とハイブリッド形成することができる第二の安定化領域、および第一の定常領域とハイブリッド形成することができる第一の安定化領域を含む代替抗体を形成する。1つの実施形態では、各領域は、約1個から約20個のヌクレオチドを含み、この分子は代替抗体構造を形成するためのスペーサー領域をさらに含み得る。さらに、安定化領域および定常領域が相互作用する限り、ヌクレオチドの鎖は線状または環状であり得る。
あるいは、特異性鎖および安定化鎖は、共有性相互作用によって結合する必要はない。その代わり、特異性鎖および安定化鎖は、非共有相互作用を介して(直接または間接的に)相互作用する異なる分子(distinct molecule)を含み得る。この様式では、特異性鎖および安定化鎖が核酸配列を含む場合、各「異なる」鎖は3’末端および5’末端を有する核酸配列を含む。したがって、本発明は、2つまたはそれ以上の一本鎖RNAオリゴヌクレオチド鎖、2つまたはそれ以上の一本鎖DNAオリゴヌクレオチド鎖、2つまたはそれ以上のTNAオリゴヌクレオチド鎖、または2つまたはそれ以上の一本鎖RNA鎖、DNA鎖、もしくはTNA鎖の組み合わせの会合を含むリガンド結合代替抗体分子に関する。
代替抗体分子種々の型の代表を、図1、2、および3に示す。図2は、複数の特異性領域を含む代替抗体分子の2つの実施形態を示す。1つの実施形態では、代替抗体分子は、複数の特異性領域、安定化領域、および集合的に多次元リガンド結合を提供するスペーサー領域を含む。これらの分子型を、例えば、図3a〜3dに示す。
E.免疫調製薬
本発明の二機能性代替抗体は、所望の目的のリガンドと相互作用し、且つ免疫調整薬にさらに結合している。「免疫調整薬」は、免疫応答を調整する(刺激または抑制する)ことができる任意の分子が意図される。以下で考察するように、免疫応答の調整は、直接的または間接的な効果であり得る。
本発明の二機能性代替抗体は、所望の目的のリガンドと相互作用し、且つ免疫調整薬にさらに結合している。「免疫調整薬」は、免疫応答を調整する(刺激または抑制する)ことができる任意の分子が意図される。以下で考察するように、免疫応答の調整は、直接的または間接的な効果であり得る。
「結合」または「結合される」は、二機能性代替抗体との薬剤の任意の結合(共有結合、イオン結合、疎水性結合、または任意の他の手段)を意図する。結合は、所望の適用条件下での二機能性代替抗体と免疫調整薬との相互作用を維持するほどである。種々の非共有結合方法には、例えば、アビジン−ビオチン、予備複合体形成抗体(pre-complexed antibody)−抱合タンパク質(conjugated protein)、レクチン−糖、化合物に結合したキレート剤(シクロデキストリンなど)などが含まれる。免疫調整薬を、代替抗体の任意の領域(すなわち、安定化鎖、少なくとも1つの安定化ドメイン、特異性鎖、特異性ドメイン、少なくとも1つの定常ドメイン、スペーサードメイン(存在する場合)、またはその任意の組み合わせ)に結合することができる。
免疫調整薬は、代替抗体上の任意の位置(すなわち、残基)で結合することができる。したがって、核酸配列への「結合」は、例えば、糖残基への共有結合を含むか、免疫調整薬が核酸配列(すなわち、CpGモチーフ)でもある場合、薬剤を、鎖中に内在的または5’もしくは3’末端でのリン酸結合を介して結合することができる。同様に、安定化鎖がアミノ酸配列を含む場合、任意の残基で免疫調整薬が結合することができる。いくつかの実施形態では、安定化鎖のN末端またはC末端で結合する。
代替抗体構造への免疫調整薬の種々の結合方法は、当分野で公知である。例えば、代替抗体にポリペプチドまたは目的の種々の他の化合物が抱合される生体抱合反応(bioconjugation reaction)を、例えば、Aslam et al.(1999)Protein Coupling Techniques for Biomed Sciences,Macmillan Press;Solulink Bioconjugation system(www.solulink.com;Sebestyen et al.(1998)Nature Biotechnology 16:80-85;Soukchareum et al.(1995)Bioconjugate chem.6:43-54;Lemaitre et al.(1987)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 84:648-52、およびWong et al.(2000)Chemistry of Protein Conjugation and Cross-Linking,CRC(その全てが本明細書中で参考として組み込まれる)で見出すことができる。
1つまたは複数の同一または異なる免疫調整薬を、二機能性代替抗体を形成する1つまたは複数の鎖に結合することができる。代替抗体分子の鎖を、1つ、2つ、3つ、4つ、またはそれ以上の異なるまたは同一の免疫調整薬に結合することができる。薬剤は、安定化鎖または特異性鎖のいずれかの末端のいずれかまたは両方に存在し、いずれかの鎖中のどこにでも各残基を付加するか、残基の全てまたは一部に結合するか、または所与の残基型の全部または一部に結合することができる。1つの実施形態では、免疫調整薬を、1つまたは複数の定常ドメインおよび/または安定化ドメインに結合する。他の実施形態では、薬剤を特異性ドメインに結合する。当業者は、薬剤の結合部位は所望のリガンドに依存し、代替抗体の標的リガンドとの相互作用を破壊するほどではないことを認識する。
種々の免疫調整薬が本発明で適用される。二機能性代替抗体構造に組み込まれる免疫調整薬は、目的のリガンドおよび/または二機能性抗体を投与する被験体におけるリガンド部位での所望の免疫応答型に依存して選択される。
免疫調整薬には、ポリペプチド(免疫グロブリン重鎖、サイトカイン、サイトカインアンタゴニスト、補体系のポリペプチド、および熱ショックタンパク質(すなわち、マイコバクテリア熱ショックタンパク質HSP65(Silva et al.(1996)Infect.Immun.64:2400-2407))など)が含まれるが、これらに限定されない。さらなる免疫調整薬には、非タンパク質ポリマー(米国特許第6,468,532号を参照のこと)、CpGモチーフおよびその活性変異型、サポニンおよびその誘導体(トリテルペノイドグリコシド(QS−21)Kim et al.(2000)Vaccine 19:530-7など)、細菌毒素ならびにその変異型および誘導体、リポ多糖誘導体、ムラミルジペプチド(MDP)およびその誘導体(Ellouz et al.(1974)Biochem.Bioophys.Res.Commun.59:1317-25、Azuma et al.(1992)Int.J.Immunopharmacol.14:487-96、およびO’Reilly et al.(1992)Clin.Infect.Dis.14:1100-9)、ホルモン(すなわち、1α,25−ジヒドロキシビタミンD3またはデヒソロエピアンドロステロン(DHEA)(Daynes et al.(1996)Infect.Immun.64:1100-9、Enioutina et al.(1999)Vaccine 17:3050-64、Van der Stede et al.(2001)Vaccine 19:1807-8、およびKriesel et al.(1999)Vaccine 17:1883-8))、ビタミン(Tengerdy et al.(1989)Ann.N.Y.Acad.Sci.570:335-44およびBanic et al.(1982)Int.J.Vitam.Nurt.Res.Suppl 23:49-52)、およびイミダゾキノリン(R−837、R−848など)(Wagner et al.(1999)Cell Immunol 191:10-9およびBernstein et al.(1993)J.Infect.Dis.167:731-5)が含まれる。免疫調整薬には、さらに、接着分子ならびにその活性変異型およびそのフラグメント(セレクチン、カドヘリン、インテグリン、ムチン様血管アドレシン(addressin)、インテグリン、および免疫グロブリンスーパーファミリー(CD2、CD54、CD102、リンパ球抗原提示細胞(LFA3およびCD106など))が含まれるが、これらに限定されない)が含まれる。例えば、米国特許第6,406,870号、同第6,123,915号、同第6,482,840号、および同第5,714,147号(その全てが本明細書中で参考として組み込まれる)を参照のこと。さらなる薬剤の例を、以下でさらに詳述する。
他の実施形態では、免疫調整薬は、投与時に標的リガンド部位で方向性抗代替抗体応答(directed anti-surrogate antibody response)を可能にする宿主に対して外来の任意の化合物(例えば、BSA、マウスIgなどの生体異物タンパク質)を含み得る。例えば、補体活性化、オプソニン化誘導性食作用などを含む収束(focused)炎症応答を確保することができる。
免疫調整薬がポリペプチドである場合、ポリペプチドは、生物活性変異体および配列フラグメントを含み得る。適切な生物活性変異型は、免疫調整薬のフラグメント、アナログ、および誘導体(すなわち、免疫グロブリンの定常ドメイン(IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1、IgA2、IgM、IgD、IgE);サイトカイン;ケモカイン;サイトカインアンタゴニスト;HSPなど)であり得る。「フラグメント」は、生物活性を保持する(すなわち、免疫応答を調整する)ポリペプチド配列の一部のみからなるタンパク質を意図する。フラグメントは、ポリペプチドのC末端欠失物またはN末端欠失物であり得る。免疫応答を調整することができるポリペプチドの「変異型」(すなわち、免疫グロブリンの定常ドメイン(IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1、IgA2、IgM、IgD、IgE);サイトカイン;ケモカイン;サイトカインアンタゴニスト;HSPなど)は、免疫応答を調整することができる全長ポリペプチドのアナログまたは1つまたは複数のアミノ酸が置換、挿入、または欠失した天然の配列および構造を含むそのフラグメントを意図する。免疫応答を調整することができるポリペプチドの「誘導体」(すなわち、免疫グロブリンの定常ドメイン(IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgD、IgA1、IgA2、IgE、IgMなど);サイトカイン;ケモカイン;サイトカインアンタゴニスト;HSPなど)は、活性が保持される限り、天然のポリペプチドもしくはそのフラグメントまたはその各変異型の任意の適切な修飾(グリコシル化、リン酸化、または外来部分の他の付加など)を意図する。
好ましくは、免疫応答を調整することができるポリペプチドの天然または非天然の変異型(すなわち、免疫グロブリンの定常ドメイン、サイトカイン、ケモカイン、サイトカインアンタゴニスト、熱ショックタンパク質など)は、基準分子(例えば、免疫グロブリンのFcドメイン(すなわち、IgG1、IgG2、IgG3、およびIgG4))とアミノ酸配列が、少なくとも70%、好ましくは80%、より好ましくは85%、90%、91%、92%、93%、94%、または95%同一なアミノ酸配列を有する。より好ましくは、分子は、96%、97%、98%、または99%同一である。ギャップオープンペナルティ12およびギャップ伸長ペナルティ2、BLOSUM行列62を使用したアフィンギャップ検索を使用したSmith-Waterman相同性検索アルゴリズムを使用して配列同一率を決定する。Smith-Waterman相同検索アルゴリズムは、Smith and Waterman(1981)Adv.Appl.Math.2:482-489で教示されている。変異型は、例えば、1〜10個ほどのアミノ酸残基(6〜10など)、5個ほど、4、3、2、または1ほどのアミノ酸残基が異なり得る。
2つのアミノ酸配列の至適アラインメントに関して、変異アミノ酸配列の連続セグメントは、基準アミノ酸配列に関してさらなるアミノ酸残基を含むか、アミノ酸残基が欠失され得る。基準アミノ酸配列との比較のために使用した連続セグメントは、少なくとも20個の連続アミノ酸を含み、30個、40個、50個、またはそれ以上のアミノ酸残基であり得る。保存残基置換またはギャップに関する配列同一性を修正することができる(Smith-Waterman相同検索アルゴリズムを参照のこと)。
上で概説するように、当業者は、このような変異型の調製および使用に関する実質的なガイダンスを提供している。免疫応答を調整することができるペプチドのフラグメントは、一般に、全長分子の少なくとも約10個の連続アミノ酸残基、好ましくは全長ドメインの約15〜25個の連続アミノ酸残基、または全長定常ドメインの少なくとも約20〜50個またはそれ以上の連続アミノ酸残基を含む。
免疫応答を調整することができる薬剤が非タンパク質分子である場合、薬剤は、活性誘導体を含み得る。免疫応答を調整することができる薬剤の「誘導体」(すなわち、ホルモン(1α,25−ジヒドロキシビタミンD3またはデヒソロエピアンドロステロン(DHEA);ビタミン;イミダゾキノリン(R−837、R−848など))は、所望の活性が保持される限り(免疫応答の調整)、天然の薬剤の任意の適切な修飾(グリコシル化、リン酸化、外来部分の他の付加、または天然構造の変化など)を意図する。
意図する適用のための会合の維持に必要な最小の配列長を有する核酸配列のみから排他的に構成される代替抗体を単離することによって、ならびに配列をヒト化することおよび/または安定化ドメインの形成に必要なペプチドのサイズを減少させることによって、免疫原性の低い代替抗体を作製することができることがさらに認識される。さらに、二機能性代替抗体に結合した免疫調整薬もまた、非ヒトポリペプチドの「ヒト化」形態であり得る。これらの実施形態では、ドナーポリペプチド由来のアミノ酸を、対応するヒト残基に置換する。さらに、ヒト化ポリペプチドは、ヒト配列またはドナー抗体中で見出されない残基を含み得る。ポリペプチドの性能をさらに改良するためにこれらの修飾を行う。さらなる詳細については、Jones et al.(1986)Nature 321:522-525;Riechmann et al.(1988)Nature 332:323-329;およびPresta et al.(1992)Curr.Op.Struct.Biol.2:593-596を参照のこと。
i.免疫グロブリン定常鎖
1つの実施形態では、免疫応答を調整することができる免疫調整薬は、免疫グロブリンまたはその活性変異型もしくは活性フラグメント由来の定常領域を含むアミノ酸配列を含む。
1つの実施形態では、免疫応答を調整することができる免疫調整薬は、免疫グロブリンまたはその活性変異型もしくは活性フラグメント由来の定常領域を含むアミノ酸配列を含む。
免疫グロブリンの「定常領域」は、免疫グロブリンのイソ型特異的特性またはエフェクター機能を付与する免疫グロブリンタンパク質のアミノ酸領域を意図する。定常領域は、軽鎖の定常領域および重鎖の定常ドメインを含み得る。定常ドメインは、抗体のリガンドへの結合に直接関与しないが、種々のエフェクター機能を示す。重鎖定常領域のアミノ酸配列に依存して、免疫グロブリンを、異なるクラスに割り当てることができる。免疫グロブリンには5つの主要なクラス(IgA、IgD、IgE、IgG、およびIgM)が存在し、これらのいくつかをさらにサブクラス(イソ型)(例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1、IgA2)に分類することができる。異なる免疫グロブリンクラスに相当する重鎖定常領域を、それぞれα、δ、ε、γ、およびμと呼ぶ。任意の免疫グロブリンの定常領域またはその活性変異型もしくはフラグメントを、本発明で免疫調整薬として使用することができる。免疫グロブリン定常重鎖のアミノ酸配列および免疫グロブリン定常軽鎖は、Kabet et al.(1991)Sequences of Proteins of Immunological Interest,5thEd.Public Health Service,National Institute of Health,Methesda,Md(その全内容が本明細書中で参考として組み込まれる)に記載されている。
これらの免疫グロブリン定常鎖の活性変異型およびフラグメントはまた当分野で公知であり、免疫調整薬として適用される。免疫グロブリン重鎖の活性変異型またはフラグメントは、免疫応答を調整する能力、特に、免疫エフェクター機能を調整する能力を保持する。抗体定常領域によって媒介されるエフェクター機能には、抗体の抗原への結合後に作用する機能(すなわち、食作用または補体依存性細胞傷害性を得ることができる補体カスケードまたはFc受容体(FcR)保有細胞への影響によるもの)が含まれる。定常領域はまた、抗原結合に独立して作用する機能に影響を与え得る(すなわち、循環中の持続性の付与およびトランスサイトーシスによって細胞障壁を移動する能力)。Ward et al.(1995)Therapeutic Immunology 2:77-94を参照のこと。
したがって、免疫グロブリンの定常領域の活性フラグメントは、例えば、重鎖CH1領域、重鎖CH2領域、重鎖ヒンジ領域、CH3領域、CH4領域、κ軽鎖、またはその任意の組み合わせを含み得るか、免疫グロブリン定常領域の活性フラグメントはFc領域を含み得る。「Fc領域」は、パパイン消化時の天然の抗体の消化時に産生されるC末端免疫グロブリンを意図する(Deisenhofer et al.(1981)Biochemistry 20:2361-2370)。
したがって、免疫グロブリンの定常ドメインまたはその活性フラグメントおよび変異型は、本発明の代替抗体と結合した場合、オプソニン化、補体固定、抗原クリアランス、ADCC、または細胞傷害性の調整を含む種々の方法で免疫応答を調整することができる。
1つの実施形態では、免疫調整薬は、IgGである。他の実施形態では、免疫調整薬は、IgGの定常領域(すなわち、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4)を含み、他の実施形態では、免疫調整薬は、IgG定常領域の活性フラグメントまたは変異型(すなわち、重鎖CH1領域、重鎖CH2領域、重鎖ヒンジ領域、CH3領域、CH4領域、κ軽鎖、またはその任意の組み合わせまたはFc領域)を含む。これらのIgGドメインのアミノ酸配列は、Kabet et al.(1991)Sequences of Proteins of Immunological Interest,5thEd.Public Health Service,National Institute of Health,Bethesda,Md,volume1:661-723に記載されている。これらの各ページは、本明細書中で参考として組み込まれる。IgG分子の略図を、図8に示す。
免疫グロブリン定常領域またはその活性フラグメントもしくは変異型が有する免疫エフェクター機能に対する特定の影響は公知であるので、免疫応答を望ましく調整する免疫グロブリン定常鎖またはその変異型もしくはフラグメントをデザインすることができる。例えば、異なる細胞機構を介して、ADCCおよび食作用はどちらも、細胞結合mAbがそのFc領域を介してFcγR(すなわち、FcγRI、FcγRII、およびFcγRIII)へ最初に結合する。この相互作用の後に免疫系細胞によって標的が破壊される。種々のIgG定常鎖ならびにその活性変異型およびフラグメントの種々のFcγR受容体型との相互作用が公知である。したがって、所望のFcγR受容体と結合することができるIgG定常ドメインまたはその活性フラグメントもしくは変異型を含む二機能性代替抗体は、免疫応答を調整する(すなわち、炎症メディエーターの放出の調整、免疫複合体のエンドサイトーシス、ADDCの調整、FcγR保有細胞に対する架橋剤としての作用、および免疫系細胞活性化の増大)。
1つの実施形態では、IgG免疫グロブリンのFc領域を使用する。他の実施形態では、IgG定常領域の活性変異型およびフラグメントを使用する。4つのIgGサブクラスのFcドメインは、種々のFcγRメンバーに対して異なる結合親和性を有する。このような相互作用は、当分野で公知である。例えば、Gessner et al.(1998)Ann.Hematol 76:231-248,Warmerdam et al.(1991)J.Immunol.147:1338-1343、de Haas et al.(1996)J.Immunol.156:2948-2955、Koene et al.(1997)Blood 90:1109-1114、Wu et al.(1997)J.Clin.Invest.100:1059-1070、Kabat et al.(1991)Sequences of Proteins of Immunological Interest,5thEd.Public Health Service,National Institute of Health,Lund et al.(1995)FASEB J.9:115-119、Morgan et al.(1995)Immunology 86:319-324、Michaelsen et al.(1992)Mol.Immunol.29:319-326、Shields et al.(2001)J.Biol.Chem.267:6591-6604(それぞれ本明細書中で参考として組み込まれる)を参照のこと。これらの引例は、IgGサブクラスの定常領域がFcγR相互作用を媒介することを考察している。この所望の活性を有する免疫グロブリンの変異型を考察している米国特許第6,194,551号も参照のこと。したがって、所望の免疫調整のための所望のFcドメインをデザインすることができる。
FcγRと相互作用するIgG定常領域のアナログもまた公知である。例えば、配列は、炭水化物至適化を含み得る。例えば、FcドメインのAsn297に結合した炭水化物は、IgGのFcγRとの相互作用に影響を与え、ADCC活性を減少させる。したがって、エフェクター機能の増大を所望する場合、アグリコシルポリペプチドを使用することができるか、Asn297のアミノ酸の位置を、別のアミノ酸に変化させることができる。例えば、Hobbs et al.(1992)Mol.Immunol.29:949-956を参照のこと。さらに、アナログは、ガラクトース、ガラクトース−シアリン酸、マンノース、フコース、およびN−アセチルグルコサミンを含む種々のオリゴ糖の結合を含み得る。さらなる活性変異型の概説については、Presta et al.(2002)Current Pharmaceutical Biotechnology 3:237-256を参照のこと。
別のIgG依存性エフェクター系は、補体活性化を使用する。免疫系細胞(ADCCおよび食作用の場合)の代わりに、補体系は、古典経路(細胞に結合したIgGへのc1q結合)または他の分子への最初の結合を使用する代替経路のいずれかによって細胞を死滅させる複合体を形成するカスケードである一連の可溶性血中タンパク質である。C1qは、カスケードを開始するために細胞表面に結合した複数のIgGに結合しなければならない補体タンパク質である。
種々のIgG定常領域のC1q補体タンパク質との相互作用が特徴付けられた。したがって、補体を活性化することができる免疫グロブリン定常領域またはその活性フラグメントもしくは変異型を有する二機能性代替抗体をデザインすることができる。C1qと相互作用することができる免疫グロブリン定常領域またはその変異型もしくはフラグメントを含む二機能性代替抗体の相互作用は、補体カスケードの調整によって免疫応答を調整する能力を有する。
C1q相互作用のためのIgGエピトープを研究した。研究により、Asp270、Lys322、Pro329、およびPro331がC1q結合エピトープを含むことが示唆される。例えば、Tao et al.(1993)J.Exp.Med.178:661-667、Idusogie et al.(2000)J.Immunol.164:4178-4184、Thommesen et al.(2000)Mol.Immunol.37:995-1004(それぞれ本明細書中で参考として組み込まれる)を参照のこと。
C1qとの相互作用を介して免疫応答を調整するIgG定常鎖の変異型およびアナログも公知である。末端シアリン酸および末端ガラクトースの効果についての研究も補体活性化を調整する。例えば、Wright et al.(1998)J.Immunol.160:3393-3402、Jassal et al.(2001)Biodhem.Biophys.Res.Commun.286:243-249、Gottleib et al.(2002)J.Am.Acad.Dermatol.43:595-604(その全てが本明細書中で参考として組み込まれる)を参照のこと。さらに、修飾された場合に補体活性化が増大するIgG1中のアミノ酸残基が同定されている。例えば、Idusogie et al.(2001)J.Immunol.166:2571-2575を参照のこと。所望の活性を有する免疫グロブリンの変異型を考察している米国特許第6,194,551号も参照のこと。
IgGの別のエフェクター機能は、その半減期またはクリアランス比を含む。ヒトIgGの半減期は比較的長い。したがって、免疫グロブリンの定常ドメインまたはその活性変異型もしくは活性フラグメントを有する二機能性代替抗体は、二機能性代替抗体の半減期の増大によって免疫応答を調整する。この改変により、二機能性代替抗体の有効性に影響を与えることなく投薬量または投与頻度を減少させることができる。
免疫グロブリンの半減期は、FcRnとの相互作用による影響である。IgGのFcRnとの相互作用のためのエピトープがマッピングされており(Kim et al.(1994)Eur.J.Immunol.24:542-548、Kim et al.(1994)Eur.J.Immunol.24:2429-2434、Kim et al.(1999)J.Immunol.29:2819-2825、Medesan et al.(1997)J.Immunol.158:2211-2217、およびWeiner et al.(1995)Cancer Res.55:4586-4593)、マウスFcRnへの結合を改良するマウスIgG中の特定のアミノ酸の変化によりマウス中での半減期も増大することが示されている(Ghetie et al.(1997)Nature Biotechnol.15:637-640)。したがって、本発明の二機能性代替抗体に結合した場合に意図する適用に望ましい半減期を産生する多数のIgGの変異型を作製することができる。
IgAの定常領域もまた免疫エフェクター機能を誘発することができる。例えば、FcαR1と相互作用するIgA定常鎖の領域は、ADCC、好中球呼吸バースト、および食作用を含む免疫応答を調整することができる。例えば、Morton et al.(1996)Crit.Rev.Immunol.16:423-440、Van Egmond et al.(2000)Nat.Med.6:680-685、Van Egmond et al.(1999)Blood 93:4387-4394、Van Egmond et al.(1999)Immunol.Lett.68:83-87、米国特許第6,063(その全てが本明細書中で参考として組み込まれる)を参照のこと。IgAの活性変異型およびフラグメントは公知である。例えば、Mattu et al.(1998)J.Biol.Chem.273:2260-2272、Rifai et al.(2000)J.Exp.Med.191:2171-2181を参照のこと。
本発明の免疫グロブリンの変異型は、ヒト化ポリペプチドをさらに含み得る。非ヒト(例えば、マウス)抗体の「ヒト化」形態は、非ヒト免疫グロブリン由来の最小の配列を含むキメラ抗体である。これらの実施形態では、ドナー免疫グロブリン由来のアミノ酸を、対応するヒト残基に置換する。さらに、ヒト化免疫グロブリンは、ヒト抗体またはドナー抗体で見出されない残基を含み得る。免疫グロブリンドメインの抗体性能をさらに改良するためにこれらの修飾を行う。Jones et al.(1986)Nature 321:522-525;Riechmann et al.(1988)Nature 332:323-329;およびPresta et al.(1992)Curr.Op.Struct.Biol.2:593-596を参照のこと。
さらに別の実施形態では、二機能性代替抗体に結合した免疫グロブリン定常鎖またはその活性変異型もしくはフラグメントは、輸送薬として作用する。「輸送薬」は、トランスサイトーシスを介した経上皮輸送を行うことができる任意の分子を意図する。IgAおよびIgMが共に粘膜表面で分泌され、それにより輸送薬として作用することができる。上記で考察されるように、ヒトでは2つのIgAイソ型(IGA1およびIgA2)が生じる。二量体IgAは、J鎖と呼ばれるシトシンリッチポリペプチドに結合したジスルフィドによって結合した2つのIgA分子を含む。二量体IgAの粘膜への輸送は、高分子免疫グロブリン受容体(pIgR)によって媒介される。この受容体は、粘膜上皮細胞の基底外側表面で二量体IgAと結合し、IgA/pIgR複合体が先端細胞表面にトランスサイトーシスされる。二量体IgA/J鎖/pIgR複合体が放出され、それにより、粘膜表面で病原微生物に対する分泌防御系を産生する。輸送活性を有するIgAの変異型およびフラグメントは公知である。米国特許第6,063,905号(本明細書中で参考として組み込まれる)を参照のこと。例えば、Kerr et al.(1990)Biochem J.271:285-296、Morton et al.(1996)Crit.Rev.Immunol.16:423-440、Chintalacharuvu et al.(1999)Immunotechnology 4:165-174、米国特許第5,928,895号、米国特許第6,045,774号も参照のこと。1つの実施形態では、輸送薬は、IgAまたはIgMの分泌ドメインを含む。例えば、米国特許第6,063,905号(本明細書中で参考として組み込まれる)を参照のこと。
結合した輸送薬を有する二機能性代替抗体の輸送アッセイは当分野で公知である。このようなアッセイには、pIgRに対する結合活性および特異性についてのアッセイが含まれる(Bakos et al.(1991)J.Immunol.147:3419-3426)。さらに、免疫グロブリンの活性フラグメントおよび変異型を産生する種々のインビトロ発現系を使用してFc構造/機能の分野が開発されている。これらの系は、補体の誘発および/またはIgM、IgG、およびIgE上のFc受容体結合部位の誘発を容易にした(Burton et al.(1992)Adv.Immunol.51:1-84)。類似のアッセイ系を使用して、pIgR結合活性を保持し、それにより粘膜輸送されるIgAおよびIgMならびにその活性変異型およびフラグメントが研究されている。さらに、インビトロトランスサイトーシスアッセイが公知である。簡単に述べれば、pIgRでトランスフェクトしたMDCK(Madin-Dabyイヌ腎臓)細胞株を使用して、トランスサイトーシスをアッセイした。これは、半透性支持体上で成長させた場合に輸送活性を有するIgA、IgM、またはその活性変異型および活性フラグメントを組織培養ウェルの下(基底外側)から上(先端)のチャンバーに輸送する強固に連結した単層を形成することができる極性細胞株である。
したがって、別の実施形態では、二機能性代替抗体は、1つまたは複数の結合した同一または異なる輸送薬を含み得る。輸送薬を有する分子は、さらに、1つまたは複数の免疫調整薬または本明細書中で考察される他の機能的部分を含み得る。
ii.二重特異性抗体
別の実施形態では、本発明の二機能性代替抗体分子を、二重特異性抗体となるようにデザインする。二重特異性抗体は、2つの特異性を含む抗体である(すなわち、これらは、2つの異なる抗原上の2つの異なるエピトープに結合する)。この実施形態では、免疫調整薬は、免疫応答レギュレーターと相互作用することができる特異性ドメインを含む。本明細書中で使用される、「免疫応答レギュレーター」は、リガンド/代替抗体相互作用部位に輸送された場合に免疫応答を調整することができる任意の分子である。
別の実施形態では、本発明の二機能性代替抗体分子を、二重特異性抗体となるようにデザインする。二重特異性抗体は、2つの特異性を含む抗体である(すなわち、これらは、2つの異なる抗原上の2つの異なるエピトープに結合する)。この実施形態では、免疫調整薬は、免疫応答レギュレーターと相互作用することができる特異性ドメインを含む。本明細書中で使用される、「免疫応答レギュレーター」は、リガンド/代替抗体相互作用部位に輸送された場合に免疫応答を調整することができる任意の分子である。
例えば、1つの実施形態では、代替抗体は、標的リガンドと相互作用する第一の特異性ドメインおよび免疫応答レギュレーター(FcγRなど)と相互作用する第二の特異性ドメインを含む。したがって、FcγRとの相互作用は、標的抗原を破壊するために免疫エフェクター細胞を漸増させる。例えば、Da Costa et al.(2000)Cancer Chemother Pharmacol.46:S33-S36、McCall et al.(1999)Mol.Immunol.36:433446、Akewanlop et al.(2001)Cancer Res.61:4061-4065、Sundarapandiyan et al.(2001)J.Immunol.Meth 248:113-123、およびStockmeyer et al.(2001)J.Immunol.Meth.248:103-111(その全てが本明細書中で参考として組み込まれる)を参照のこと。他の免疫応答レギュレーターには、α1抗トリプシンおよび主要組織適合性複合体(すなわち、腫瘍特異的抗原またはウイルス関連抗原に結合する組織適合抗原)が含まれるが、これらに限定されない。
iii.サイトカイン
サイトカインは、広範な免疫細胞型に影響を与える免疫調整分子である。本明細書中で使用される、用語「サイトカイン」は、免疫系の細胞によって産生され、免疫応答を調節または調整するタンパク質クラスのメンバーをいう。このような調節は、体液性または細胞性免疫応答内で生じることができ、T細胞、B細胞、NK細胞、マクロファージ、抗原提示細胞、または他の免疫系細胞のエフェクター機能の調整が含まれる。本発明の代替抗体へのサイトカインの結合により、サイトカインの標的リガンド(すなわち、癌細胞、細菌、ウイルス)への送達がターゲティングされ、それにより所望の部位でのサイトカイン送達のターゲティングにより全身投与で頻繁に認められたサイトカインの毒性が減少する。
サイトカインは、広範な免疫細胞型に影響を与える免疫調整分子である。本明細書中で使用される、用語「サイトカイン」は、免疫系の細胞によって産生され、免疫応答を調節または調整するタンパク質クラスのメンバーをいう。このような調節は、体液性または細胞性免疫応答内で生じることができ、T細胞、B細胞、NK細胞、マクロファージ、抗原提示細胞、または他の免疫系細胞のエフェクター機能の調整が含まれる。本発明の代替抗体へのサイトカインの結合により、サイトカインの標的リガンド(すなわち、癌細胞、細菌、ウイルス)への送達がターゲティングされ、それにより所望の部位でのサイトカイン送達のターゲティングにより全身投与で頻繁に認められたサイトカインの毒性が減少する。
本明細書中で使用される、用語「サイトカイン」は、リンパ球および他の細胞型(指定のリンホカイン)によって分泌されたサイトカインならびに単球およびマクロファージによって分泌されたサイトカインおよび他の細胞型(指定のモノカイン)を含む。用語「サイトカイン」には、造血系細胞および免疫系細胞の成長および分化に主に影響を与える白血球によって分泌される分子であるIL−2(Harvill et al.(1995)Immunotechnology 1:95-105およびShu et al.(1995)Immunoltechnologgy 1:231-241)、IL-3、IL-4、およびIL-12(Lode et al.(1998)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 95:2475-2450、Peng et al.(1999)J.Immunol.163:250-258、Kenney et al.(1999)J.Immunol.163:4481-8、およびBuchanan et al.(1998)J.Immunol.161:5525-33)などのインターロイキンが含まれる。
用語「サイトカイン」には、コロニー刺激因子1(Nobiron et al.(2001)Vaccine 19:4226-35およびDela et al.(2000)J.Immunol.165:5112-5121)などのコロニー刺激因子、顆粒球コロニー刺激因子および顆粒球マクロファージコロニー刺激因子(米国特許第6,482,407号)などの造血成長因子も含まれる。さらに、用語「サイトカイン」は、種々の白血球の走化性を媒介し、白血球インテグリン発現または接着を調節することができる低分子量の分子であるケモカインを含む。ケモカインの例には、インターロイキン8(Holzer et al.(1999)Cytokine 8:214-221)、樹状細胞ケモカイン1(DC−CK1)およびT細胞の動員および粘膜免疫に重要なケモカインであるリンホタクチンならびにC−CおよびC−X−Cケモカインサブファミリーの他のメンバーが含まれる。別のアミノ酸によって分離された2つのシステイン残基ならびに好中球の移動を促進する機能を有するCXCファミリーメンバーを特徴付け、これらの例には、IL8、IP10、SDF1が含まれる。CCファミリーメンバーは単球または他の細胞型の移動を促進し、例として、マクロファージ化学誘引タンパク質、またはMCP1、MIPαおよびβ、RANTES,エオタキシン、リンホタクチン(胸腺中でT細胞前駆体を誘引する)が含まれる。CXXXXCファミリーのメンバーには、単球およびT細胞を誘引するフラクタルカインが含まれる。例えば、Miller et al.(1992)Crit.Rev.Immunol.12:17-46(1992);Hedrick et al.(1997)J.Immunol.158:1533-1540;およびBoismenu et al.(1996)J.Immunol.157:985-992(それぞれ本明細書中で参考として組み込まれる)を参照のこと。
本明細書中で使用される、用語「サイトカイン」はまた、Tヘルパー1(TH1)およびTヘルパー2(TH2)サブセットによって産生されたサイトカインを含む。TH1サブセットのサイトカインは、TH1細胞によって産生され、IL−2、IL−12,IFN−αおよびTNF−βが含まれる。TH1サブセットのサイトカインは、細胞傷害性Tリンパ球、マクロファージ、および遅延型過敏症の活性化などの古典的細胞性機能を担う。TH1サブセットのサイトカインは、腫瘍細胞、感染細胞、および細胞内病原体に対する免疫応答の刺激に特に有用である。
TH2サブセットのサイトカインは、TH2細胞によって産生され、サイトカインIL−4、IL−5、IL−6、およびIL−10(Kim et al.(1999)J.Med.Primatol.28:214-23およびSuh et al.(1999)J.Interferon Cytokine Research 19:77-84)が含まれる。TH2サブセットのサイトカインは、B細胞活性化のヘルパーとして有効に機能し、自由生活性細菌および寄生虫に対する免疫応答を刺激するのに特に有用である。TH2サブセットのサイトカインもまた、アレルギー反応を媒介することができる。したがって、任意のサイトカインを、代替抗体に結合することができる。米国特許第6,399,068号もまた参照のこと。さらなる目的のサイトカインには、リンホトキシンおよびTGF−βが含まれる。
サイトカインの活性フラグメントおよび変異型もまた、本発明で有用である。活性サイトカインフラグメントおよび変異型は当分野で公知であり、例えば、全長IL−1βサイトカインの免疫刺激活性を保持するIL−1β由来の9アミノ酸ペプチドが含まれる。Hakim et al.(1996)J.Immunol.157:5503-5511(本明細書中で参考として組み込まれる)を参照のこと。さらに、米国特許第6,482,407号に記載されている、骨髄増殖アッセイなどの種々の周知のサイトカイン活性のインビトロおよびインビボアッセイはサイトカインフラグメントの活性試験に有用である。Thomson(1994)The Cytokine Handbook(second Edition)London:Harcourt Brace & Companyも参照のこと。これらの引例は共に本明細書中で参考として組み込まれる。
サイトカインアンタゴニストはまた、本発明で有用な免疫調整分子であり得る。このようなサイトカインアンタゴニストは、天然に存在しても非天然であってもよく、例えば、GM−CSF、G−CSF、IFN−γ、IFN−α、TNF−α、TNF−β、IL−1、IL−2、IL−3、IL−4、IL−6、IL−7、IL−10、IL−12、リンホタクチン、およびDC−CK1のアンタゴニストが含まれる。サイトカインアンタゴニストには、サイトカイン欠失および点変異、サイトカイン由来ペプチド、サイトカイン受容体の可溶性のドミナントネガティブ部分が含まれる。例えば、IL−1の天然に存在するアンタゴニストを、IL−1の病態生理的活性を阻害するために本発明の免疫調整薬として使用することができる。このようなIL−1アンタゴニストには、IL−1αまたはIL−1βとほぼ等しい親和性を有するが受容体を活性化しないIL−1受容体Iに結合するポリペプチドであるIL−1Raが含まれる(Fischer et al.(1991)Am.J.Physiol.261:R442-R449;Dinarello et al.(1991)Immunol.Today 12:404-410(それぞれ本明細書中で参考として組み込まれる))。IL−1アンタゴニストには、IL−1β由来のペプチドおよびIL−1ムテインも含まれる(本明細書中で参考として組み込まれる、Palaszynski et al.(1987)Biochem.Biophys.Res.Commun.147:204-209)。本発明で有用なサイトカインアンタゴニストには、例えば、TNF−αのアンタゴニストも含まれる(Ashkenazi et al.(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88:10535-10539;およびMire-Sluis et al.(1993)Trends in Biotech.11:74-77(それぞれ本明細書中で参考として組み込まれる))。
iv.免疫調整核酸モチーフ
本発明の別の実施形態では、二機能性抗体を、免疫調整核酸モチーフに結合した。本明細書中で使用される、「CpGモチーフ」は、免疫応答を調整することができる非メチル化シトシン、グアニンジヌクレオチド配列(すなわち、リン酸結合で連結されたシトシンおよびその後にグアニンを含むCpGモチーフ)を含む。
本発明の別の実施形態では、二機能性抗体を、免疫調整核酸モチーフに結合した。本明細書中で使用される、「CpGモチーフ」は、免疫応答を調整することができる非メチル化シトシン、グアニンジヌクレオチド配列(すなわち、リン酸結合で連結されたシトシンおよびその後にグアニンを含むCpGモチーフ)を含む。
1つの実施形態では、免疫調整核酸モチーフは、免疫調整核酸モチーフを含む。本明細書中で使用される、「免疫刺激核酸モチーフ」は、免疫応答を刺激することができ、非メチル化シトシン、グアニンジヌクレオチド配列(すなわち、シトシンおよびその後にリン酸結合で連結されたグアニンを含むCpGモチーフ)を含む。このような刺激は、脊椎動物リンパ球に対するマイトジェン効果、または脊椎動物リンパ球によるサイトカイン発現の増大を含み得る。刺激CpGモチーフはまた、例えば、天然のキラー細胞溶解活性を増大させ、抗体依存性細胞傷害性(ADCC)を調整し、そして/またはB細胞樹状細胞およびT細胞を活性化する。したがって、免疫調整核酸モチーフを有する二機能性特異的抗体は、本発明で適用される。
種々の免疫刺激CpGモチーフが公知である。例えば、米国特許第6,339,068号、同第6,476,000号、Klinman et al.(2002)Microbes and Infection 4:897-901、McKenzie et al.(2001)Immunological Research 24:225-244、およびCarpentier et al.(2003)Frontiers in Bioscience 8:115-127(その全てが本明細書中で参考として組み込まれる)を参照のこと。典型的な免疫刺激CpGモチーフは、5’N1CGN23’(配列番号5)(少なくとも1つのヌクレオチドが連続するCpGモチーフを分離し、N1はアデニン、グアニン、またはチミン/ウリジンであり、N2はシトシン、チミン/ウリジン、またはアデニンである)を含む。免疫刺激CpGオリゴヌクレオチドモチーフの例には、GACGTT(配列番号6)、AGCGTT(配列番号7)、AACGCT(配列番号8)、GTCGTT(配列番号9)、およびAACGAT(配列番号10)が含まれる。別の免疫刺激核酸モチーフには、TCAACGTT(配列番号11)が含まれる。本発明のオリゴヌクレオチドのさらなる例には、GTCG(T/C)T(配列番号12)、TGACGTT(配列番号13)、TGTCG(T/C)T(配列番号14)、TCCATGTCGTTCCTGTCGTT(配列番号15)、TCCTGACGTTCCTGACGTT(配列番号16)、およびTCGTCGTTTTGTCGTTTTGTCGTT(配列番号17)が含まれる。
他の実施形態では、免疫抑制核酸モチーフを、代替抗体分子に組み込むことができる。このようなモチーフには、CpGジヌクレオチド、CCGトリヌクレオチド、CGGトリヌクレオチド、CCGGテトラヌクレオチド、CGCGテトラヌクレオチド、またはこれらのモチーフの任意の組み合わせの直接反復を含むCpGモチーフが含まれる。Carpentier et al.(2003)Frontiers in Bioscience 8:115-127も参照のこと。
付加される正確な免疫調整CpGモチーフは、二機能性代替抗体の最終目的に依存する。例えば、二機能性代替抗体を感染の治療に使用する場合、細胞性免疫応答および/または特定のサイトカインプロフィールを優先的に誘導するモチーフを二機能性代替抗体に組み込む。CpG配列の免疫刺激効果のアッセイ方法は公知である。例えば、特異的CpGモチーフの一定のインビトロ免疫刺激効果とインビボ効果との間に強い相関関係が認められる。例えば、体液性応答の強度は、TNF−α、IL−6、IL−12、およびB細胞増殖のインビトロ誘導と非常に強く相関する。細胞傷害性T細胞応答の強度は、IFN−γのインビトロ誘導と十分に相関する。例えば、米国特許第6,339,068号、Krieg et al.(2002)Annu.Rev.Immunol 20:709-760、Krieg et al.(1995)Nature 374:546-549、Yi et al.(1996)J.Immunol 157:5394-5402、Stacey et al.(1996)J.Immunol 157:2116-2122、Cho et al.(2000)Nat.Biotechnol 18:509-514、Iho et al.(1999)J.Immunol.163:3642-3652(その全てが本明細書中で参考として組み込まれる)を参照のこと。
これらの種々のCpGモチーフの活性変異型、フラグメント、およびアナログを、本発明で免疫調整薬として使用することもできる。CpGモチーフの活性変異型およびフラグメントは、免疫応答を調整する能力を保持する。上記で考察されるように、CpG配列が所望の免疫調整活性を保持するかどうかを決定するための種々のアッセイが公知である。CpG配列の活性変異型またはアナログは免疫調整活性を保持し、基準CpG配列と同一である少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%の配列を含む。ヌクレオチド配列の同一率の決定方法は、本明細書中で考察されている。
v.リポ多糖およびその誘導体
LPSは、サイトカイン(IL−1、IL−6、およびTNF−αなど)の強力な免疫モジュレーター且つインデューサーである。LPSの活性誘導体が公知である。例えば、脂質Aの免疫刺激活性を保持し、さらに毒性が減少した脂質Aの誘導体が産生されている。このような活性誘導体には、体液性および細胞性免疫応答の両方を増大させることが示されているモノホスホリル脂質A(MPL)が含まれる。例えば、Kiener et al.(1988)J.Immunol 141:870-4およびChilders et al.(2000)Infect.Immun.68:5509-16を参照のこと。
LPSは、サイトカイン(IL−1、IL−6、およびTNF−αなど)の強力な免疫モジュレーター且つインデューサーである。LPSの活性誘導体が公知である。例えば、脂質Aの免疫刺激活性を保持し、さらに毒性が減少した脂質Aの誘導体が産生されている。このような活性誘導体には、体液性および細胞性免疫応答の両方を増大させることが示されているモノホスホリル脂質A(MPL)が含まれる。例えば、Kiener et al.(1988)J.Immunol 141:870-4およびChilders et al.(2000)Infect.Immun.68:5509-16を参照のこと。
F.さらなる機能的部分
上記で考察するように、二機能性代替抗体(すなわち、特異性鎖および安定化鎖)の調製で使用される残基(すなわち、ヌクレオチドまたはアミノ酸残基)は、天然に存在するか修飾され得る。このような修飾には、「機能的部分」が二機能性代替抗体と結合する特異性鎖または安定化鎖の成分の変化が含まれる。上記で考察されるように、結合は意図する適用の条件下で代替抗体と安定な相互作用を形成する任意の結び付き(共有結合、イオン結合、疎水性結合が含まれる)である。
上記で考察するように、二機能性代替抗体(すなわち、特異性鎖および安定化鎖)の調製で使用される残基(すなわち、ヌクレオチドまたはアミノ酸残基)は、天然に存在するか修飾され得る。このような修飾には、「機能的部分」が二機能性代替抗体と結合する特異性鎖または安定化鎖の成分の変化が含まれる。上記で考察されるように、結合は意図する適用の条件下で代替抗体と安定な相互作用を形成する任意の結び付き(共有結合、イオン結合、疎水性結合が含まれる)である。
本明細書中に記載の任意の種々の方法および組成物では、種々の機能的部分(1、2、3、4、5またはそれ以上)を1つまたは複数の鎖と関連させて鎖上の1つまたは複数の位置で二機能性抗体を形成することができる。機能的部分は、安定化鎖または特異性鎖のいずれかの末端のいずれかまたは両方に存在し得るか、いずれかの鎖のどこかの各残基に付加するか、残基(すなわち、ピリミジンまたはプリン)の全部または一部に結合するか、所与の残基型(すなわち、A、G、C、T/U)の全部または一部に結合するか、残基の任意の領域(すわなち、糖、リン酸、窒素含有塩基)に結合することができる。1つの実施形態では、機能的部分を、1つまたは複数の定常ドメインおよび/または安定化ドメインに結合する。他の実施形態では、機能的部分を、特異性ドメインに関連させる。当業者は、機能的部分の結合部位は所望の機能的部分に依存することを認識する。さらに、二機能性代替抗体構造に組み込むために選択された機能的部分を、二機能性代替抗体がそのリガンドまたは潜在的リガンドと接触する条件に依存して選択することができる。
二機能性代替抗体分子中のこれらの修飾の例には、アミン、ジオール、チオール、ホスホロチオエート、グリコール、フッ素、ヒドロキシル、蛍光化合物(例えば、FITC)、アビジン、ビオチン、芳香族化合物、アルカン、およびハロゲンで修飾されたヌクレオチドが含まれる。このような修飾には、さらに、シトシン環外アミン、5−ブロモ−ウラシルの置換(Golden et al.(2000)J.of Biotechnology 81:167-178)、骨格修飾、メチル化、異常の塩基対合組み合わせなどでの修飾が含まれ得るが、これらに限定されない。概説として、Jayasena et al.(1999)Clinical Chemistry 45:1628-1650を参照のこと。
当業者は、エクソヌクレアーゼおよびエンドヌクレアーゼに対してより高い安定性を付与する、ヌクレオチドおよび隣接ヌクレオチド間のリン酸結合の修飾を多数認識している(Uhlmann et al.(1996)Chem Rev.90:543-98およびAgraul et al.(1996)Trends Biotechnology 14:147-9およびUsman et al.(2000)The Journal of Clinical Investigations 106:1997-1202)。このような機能的部分には、例えば、糖の2’位での修飾が含まれる(Hobbs et al.(1973)Biochemistry 12:5138-45およびPieken et al.(1991)Science 253:314-7)。例えば、修飾ヌクレオチドを、2’位でアミノおよびフルオロ官能基で置換することができる。さらに、目的のさらなる機能的部分には、2’−O−メチルプリンヌクレオチドおよびホスホロチオエート修飾ヌクレオチド(Green et al.(1995)Chem.Biol.2:683-695;Vester et al.(2002)J.Am.Chem.Soc.124:13682-13683;Rhodes et al.(2000)J.Biol.Chem.37:28555-28561;およびSeyler et al.(1996)Biol.Chem.377:67-70)が含まれる。したがって、別の実施形態では、二機能性代替抗体分子は、血清ヌクレアーゼの存在下で分子を安定化させる修飾ヌクレオチドを含む機能的部分を含む。
目的の他の機能的部分には、修飾ヌクレオチドが特異性ドメインに疎水性結合能力を導入する、特異性鎖の特異性ドメイン中の1つまたは複数のヌクレオチドに対する化学修飾が含まれる。いくつかの実施形態では、この化学修飾は、ヌクレオチドの糖またはリン酸分子の2’位で起こる。このような修飾は当分野で公知であり、例えば、6−メチルプリンおよび2,4−ジフルオロトルエンなどの非極性の非水素結合形状の模倣物が含まれる(Schweizer et al.(1995)J.Am.Chem.Soc.117:1863-72およびGuckian et al.(1998)Nat.Struct.Biol.5:950-9(その両方が本明細書中で参考として組み込まれる))。さらなる修飾には、イミダゾール、フェニル、プロリン、およびイソロイシルが含まれる。
他の実施形態では、二機能性代替抗体分子の特異性鎖が優先的に増幅されることが望ましい。「優先的に増幅される」は、二機能性代替抗体分子の特異性鎖が、対応する安定化鎖の増幅レベルと比較して高い頻度で増幅工程中に増幅されることを意図する。したがって、目的のさらなる機能的部分は、二機能性代替抗体分子の特異性鎖を優先的に増幅する修飾を含む。二機能性代替抗体の増幅方法は、本明細書中でさらに詳細に考察するが、この増幅型を可能にする修飾型は当分野で公知であり、例えば、PCR反応においてポリメラーゼ活性耐性を増大させる安定化鎖に対する少なくとも1つのヌクレオチドの修飾が含まれる。このような修飾には、例えば、ビオチンを含む増幅を妨害する任意の機能的部分が含まれる。
目的のさらなる機能的部分には、例えば、レポーター分子が含まれる。本明細書中で使用される、「レポーター分子」は、結合した二機能性代替抗体を検出する分子をいう。したがって、別の実施形態では、機能的部分としての「レポーター」分子の組み込みまたは結合により、代替抗体および複合体形成された標的リガンドが検出される。このようなレポーター分子には、例えば、ポリペプチド;ラジオヌクレオチド(例えば、32P);蛍光分子(Jhaveri et al.(2000)J.Am.Soc.122:2469-2473)、発光分子、発色団(FITC、フルオレセイン、TRITC、メチルウンベリフェロン、ルミノール、ルシフェリン、およびTexas Redなど(Sumedha et al.(1999)Clinical Chemistry 45:1628-1649,Wilson et al.(1998)Clin.Chemistry 44:86-91、および(2000)Nature Biotechnology 18:345-349))、酵素(例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ウレアーゼ、β−ガラクトシダーゼ、ペルオキシダーゼ、プロテアーゼなど)、ランタニド系列(例えば、ユーロピウム、テルビウム、イットリウム)、およびミクロスフェア(例えば、サブミクロンポリスチレン(染色または非染色))が含まれる。このようなレポーター分子は、直接的な定性または定量検出またはエネルギー転移反応が可能である。
さらに他の実施形態では、遺伝コードを拡大するために機能的部分を特異性鎖に組み込む。このような部分には、例えば、IsoG/IsoC対および2,6−ジアミノピリミド/キサンチン塩基対(Piccirilli et al.(1990)Nature 343:537-9およびTor et al.(1993)J.Am.Chem.Soc.115:4461-7);methylisoCおよび(6−アミノヘキシル)イソG塩基対(Latham et al.(1994)Nucleic Acid Research 22:2817-22)、ベンジル基(Dewey et al.(1995)J.Am.Chem.Soc.117:8474-5およびEaton et al.(1997)Curr.Opin.Chem.Biol.1:10-6)、およびアミノ酸側鎖が含まれる。
目的の他の機能的部分には、架橋分子(すなわち、光架橋または化学的架橋のいずれかのためのヨウ素または臭素;化学的架橋のための−SH);治療薬(すなわち、癌、関節炎、敗血症、心筋の不整脈および梗塞、ウイルスおよび細菌感染、自己免疫疾患、およびプリオン疾患の治療で使用される化合物);生体分布、薬物動態学、および組織浸透、またはその任意の組み合わせを変化させる化学修飾物が含まれる。このような修飾は、ピリミジン残基のC−5位に存在し得る。
二機能性代替抗体に組み込まれた機能的部分(安定化鎖もしくは特異性鎖またはその両方のいずれか)は、多機能であり得る(すなわち、この部分により標識および親和性送達、ヌクレアーゼ安定化が可能であり、そして/または所望の複数の治療効果もしくは毒性が得られる)。これらの種々の「機能的部分」修飾は、例えば、蛍光標示式細胞分取(Charlton et al.(1997)Biochemistry 36:3018-3026およびDavis et al.(1996)Nucleic Acid Research 24:702-703)、酵素結合オリゴヌクレオチドアッセイ(Drolet et al.(1996)Nat.Biotech 14:1021-1025)などに適用するための検出の補助で適用される。さらに、テクネチウム−99mキレート化ケージ(chelatin cage)との抱合によりインビボで画像化することができる。例えば、Hnatowich et al.(1998)Nucl.Med.39:56-64を参照のこと。
目的のさらなる機能的部分には、インビボで血漿クリアランスを減少させるためのポリエチレングリセロールの添加(Tucker et al.(1999)J.Chromatography 732:203-212)またはジアシルグリセロール脂質基の添加(Willis et al.(1998)Bioconjugate Chem.9:573-582)が含まれる。さらに、抗菌活性(すなわち、抗細菌、抗ウイルス、または抗真菌)特性を有する機能的部分を、天然または改変された病原性生物およびウイルスを抑制するための抗バイオテロ薬として代替抗体と共に使用することができる。
1つの実施形態では、機能的部分はジゴキシゲニンである。いくつかの異なる蛍光色素または酵素に直接結合した抗ジゴキシゲニン抗体とのインキュベーションまたは直接免疫蛍光によってこの機能的部分を検出する。Ausubel et al.Current Protocols in Molecular Biology,John Wiley&Sons,Inc.およびCeleda et al.(1992)Biotechniques 12:98-102(両方が本明細書中で参考として組み込まれる)を参照のこと。レポーターとして作用することができるさらなる分子には、ビオチンおよびポリAテールが含まれる。
別の実施形態では、機能的部分は、固体支持体または溶液中の他の分子に二機能性代替抗体を結合させるために使用することができる親和性タグである。したがって、リガンド結合二機能性代替抗体複合体の単離を、代替抗体に結合した親和性タグの使用によって容易にすることができる。本明細書中で使用される、「親和性タグ」は、代替抗体分子に結合することができ、且つ化合物を分離するために使用することができ、そして/または代替抗体に化合物を結合させるために使用することができる任意の化合物である。好ましくは、親和性タグは、結合分子または抗体などの別の化合物と結合するか相互作用する化合物である。親和性タグと捕捉成分とのこのような相互作用は特異的相互作用であることも好ましい。例えば、代替抗体分子がカラム、マイクロタイターウェル、または固定化ストレプトアビジンを含むチューブに結合した場合、ビオチン化プライマーを使用して調製した代替抗体分子により固相に結合したストレプトアビジンに結合する。この様式で使用される他の親和性タグには、ポリA配列、プロテインA、受容体、抗体分子、キレート剤、アンチセンス配列によって認識されるヌクレオチド配列、シクロデキストリン、およびレシチンが含まれ得る。核酸プローブの文脈で記載されているさらなる親和性タグは、Syvanen et al.(1986)Nucleic Acids Res.14:5037に記載されている。好ましい親和性タグには、核酸配列に組み込むことができ(Langer et al.(1981)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 78:6633)、且つストレプトアビジンまたはビオチン特異的抗体を使用して捕捉することができるビオチンが含まれる。親和性タグ用の好ましいハプテンは、ジゴキシゲニンである(Kerkhof(1992)Anal.Biochem.205:359-364)。特異性抗体が公知であるか特異性抗体を作製することができる多数の化合物を、親和性タグとして使用することができる。親和性タグとして有用な抗体は市販されているか、十分に確立された方法を使用して産生することができる。例えば、Johnston et al.(1987)Immunochemistry In Practice(Blackwell Scientific Publications,Oxford,England)30-85を参照のこと。
他の親和性タグは、抗抗体抗体である。このような抗抗体抗体およびその使用は周知である。例えば、一般に、一定のクラスまたはイソ型もしくはサブクラスの抗体(例えば、IgG、IgM)または一定の種の抗体(例えば、抗ウサギ抗体)に特異的な抗抗体抗体を使用して、他の抗体群を検出または結合させる。したがって、これらは、親和性タグに対する抗体を有することができ、この抗体:親和性タグ:代替抗体複合体を複合体の抗体部分への抗体の結合によって精製することができる。
別の親和性タグは、他の最適な分子と選択的に切断可能な共有結合を形成することができるものである。例えば、この型の親和性タグは、硫黄原子を含むものである。この親和性タグと結合する核酸分子を、チオプロピルセファロースカラムへの保持によって精製することができる。カラムの強力な洗浄により望ましくない分子を除去し、例えば、β−メルカプトエタノールでの還元により、精製後に比較的穏やかな条件下で所望の分子を回収可能である。
さらに、例えば、セルロース(Yang et al.(1998)Proc.Natl.Acad.Sci.95:5462-5467)またはSephadex(Srisawat et al.(2001)Nucleic Acid Research 29)に結合することが公知のアプタマーが同定されている。これらのアプタマーを、代替抗体に結合し、代替抗体分子の単離または検出手段として使用することができる。
代替抗体構造への機能的部分の種々の結合方法は、当分野で公知である。例えば、代替抗体にポリペプチドまたは目的の種々の他の化合物が抱合される生体抱合反応を、例えば、Aslam et al.(1999)Protein Coupling Techniques for Biomed Sciences,Macmillan Press and Solulink Bioconjugation system(www.solulink.com);Sebestyen et al.(1998)Nature Biotechnology 16:80-85;Soukchareum et al.(1995)Bioconjugate chem.6:43-54;Lemaitre et al.(1987)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 84:648-52、およびWong et al.(2000)Chemistry of Protein Conjugation and Cross-Linking,CRC(その全てが本明細書中で参考として組み込まれる)で見出すことができる。
さらなる機能的部分には、標的リガンドの位置に指示されることが望まれる種々の薬剤が含まれる。送達用薬剤は、任意の目的の分子(治療薬または薬物送達媒介物が含まれる)であり得る。このような薬剤およびその送達方法は、本明細書中に開示されている。
II.薬学的組成物
本発明の代替抗体分子は、無機もしくは有機で固体もしくは液体の薬学的に許容可能なキャリアをさらに含み得る。キャリアはまた、防腐剤、湿潤剤、乳化剤、可溶化剤、安定化剤、緩衝液、溶媒、および塩を含み得る。組成物を滅菌し、固体、粒子、粉末、溶液、懸濁液、または乳濁液として存在することができる。
本発明の代替抗体分子は、無機もしくは有機で固体もしくは液体の薬学的に許容可能なキャリアをさらに含み得る。キャリアはまた、防腐剤、湿潤剤、乳化剤、可溶化剤、安定化剤、緩衝液、溶媒、および塩を含み得る。組成物を滅菌し、固体、粒子、粉末、溶液、懸濁液、または乳濁液として存在することができる。
薬学的に許容可能なキャリア媒介物との混合などによって薬学的に有用な組成物を調製するために公知の方法に従って二機能性代替抗体を処方することができる。適切な媒介物およびその処方は、例えば、Remington's Pharmaceutical Sciences(16th ed.,Osol,A.(ed.),Mack,EastonPA(1980))に記載されている。有効な投与に適切な薬学的に許容可能な組成物を形成するために、このような組成物は、単独で、または適切な量のキャリア媒介物と共に有効量の二機能性代替抗体分子を含む。
薬学的に許容可能なキャリアは、投与方法および意図する使用方法に依存して変化する。使用される薬学的キャリアは、例えば、固体、液体、または徐放物であり得る。代表的な固体キャリアは、ラクトース、白土、スクロース、タルク、ゼラチン、寒天、ペクチン、アカシア、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸、微結晶性セルロース、およびポリマーヒドロゲルなどである。典型的な液体キャリアには、シロップ、ピーナッツ油、オリーブ油、シクロデキストリン、および乳濁液などが含まれる。当業者は、それぞれの一般的に使用される投与方法に適切なキャリアを周知である。さらに、二機能性代替抗体の総投与量は投与される薬学的組成物(すなわち、使用されるキャリア)、投与様式、結合活性、および所望の効果(すなわち、免疫応答の調整)に依存すると認識する。二機能性代替抗体の投与量は、免疫応答の所望の調整に十分である。
一旦薬学的組成物が処方されると、これを溶液、懸濁液、ゲル、乳濁液、固体、または脱水もしくは凍結乾燥粉末として滅菌バイアル中で保存することができる。このような処方物を、すぐに使用できる形態または投与直前に再構成が必要な形態で保存することができる。
二機能性代替抗体を、カテーテルまたはシリンジの使用によって適切な細胞、組織、または器官系に局所的に送達させることもできる。このような二機能性代替抗体の細胞への他の局所的送達手段には、移植片周辺領域への治療用二機能性代替抗体の徐放に影響を与え得る輸液ポンプ(例えば、Alza Corporation,Palo Alto,CA)の使用または高分子移植片への代替抗体の組み込み(例えば、Johnson eds.(1987)Drug Delivery Systems(Chichester,England:Ellis Horwood Ltd.)を参照のこと)が含まれる。
種々の方法が、被験体(すなわち、被験体)、組織、器官、または細胞)への代替抗体の送達に利用可能である。全身送達のための二機能性代替抗体の投与様式は、皮下、筋肉内、静脈内、ID、または鼻腔内であり得る。さらに、吸入ミスト、経口活性処方物、経皮イオン導入、または坐剤も想定される。1つのキャリアは生理学的食塩水であるが、他の薬学的に許容可能なキャリアも使用することができることが意図される。1つの実施形態では、キャリアおよび代替抗体分子は生理学的に適合可能な徐放処方物を構成することが想定される。このようなキャリア中の主な溶媒は、本質的に水性または非水性のいずれかであり得る。さらに、キャリアは、処方物のpH、浸透圧、粘度、透明度、色、無菌、安定性、溶解速度、または臭気の修正または維持のための他の薬理学的に許容可能な賦形剤を含み得る。同様に、キャリアは、代替抗体の安定性、溶解速度、放出、または吸収の修正または維持のためのさらに他の薬学的に許容可能な賦形剤を含み得る。このような賦形剤は、単位用量または複数回用量形態のいずれかでの非経口投与のための投薬量を処方するために通常および習慣的に使用される物質である。
例えば、一般に、開示の二機能性代替抗体を、微粒子またはリポソーム内またはその表面上に組み込むことができる。開示の代替抗体を含む微粒子またはリポソームを、例えば、開示の二機能性代替抗体の目的のリガンドへの送達に有効な量の静脈内または腹腔内投与によって全身に投与することができる。適切な微粒子と組み合わせて使用した場合、他の可能な経路には、経皮または経口投与が含まれる。一般に、個体に投与されるリポソーム結合代替抗体の総量は、同一の望ましいか意図する効果のために投与されなければならない非結合代替抗体の量未満である。
したがって、本発明はまた、1つまたは複数の薬学的に許容可能なキャリアおよび任意選択的に任意の他の治療成分と共に二機能性代替抗体を含む脊椎動物およびヒトの医療用の薬学的処方物または組成物を提供する。キャリアは、処方物の他の成分と適合することができるがそのレシピエントに過度の悪影響を与えないという意味で薬学的に許容可能でなければならない。
組成物には、経口、直腸、局所、鼻腔内、眼内、または非経口(腹腔内、静脈内、皮下、または筋肉内注射が含まれる)投与に適切なものが含まれる。組成物は、単位投与形態で都合よく存在することができ、薬学分野で周知の任意の方法によって調製することができる。全ての方法は、有効成分を1つまたは複数の副成分を構成するキャリアと組み合わせるステップを含む。一般に、有効成分を液体キャリア、微粉化固体キャリア、またはその両方と均一且つ十分に組み合わせ、その後必要に応じて生成物を所望の処方物に成形することによって組成物を調製する。
経口投与に適切な本発明の組成物は、カプセル、カシェ、錠剤、およびロゼンジなどの個別の単位として存在することができ、それぞれ粉末もしくは顆粒、シロップ、エリキシル、乳濁液、および吸気などの水性または非水性の液体中の懸濁液として所定量の有効成分を含む。
任意の副成分も添加することができる糖(例えば、スクロース)の濃縮水溶液への活性化合物の添加によってシロップを作製することができる。このような副成分には、香料、適切な防腐剤、糖の結晶化を遅延させる薬剤、多価アルコール(例えば、グリセロールまたはソルビトール)などの任意の他の成分の可溶性を増大させる薬剤が含まれ得る。
非経口投与に適切な処方物は、レシピエントの血液と等張であり得る活性化合物の滅菌水性調製物を都合よく含む。
鼻腔スプレー処方物は、防腐剤および等張化剤と共に有効成分の精製水溶液を含む。このような処方物を、鼻粘膜に適合するpHおよび等張状態に調節することが好ましい。
直腸投与用の処方物は、ココアバター、硬化脂肪、または硬化脂肪カルボン酸などの適切なキャリアを含む坐剤として存在することができる。
pHおよび等張因子を好ましくは眼のそれに適合するように調整すること以外は鼻腔内スプレーに類似の方法によって眼内処方物を調製する。
局所処方物は、鉱物油、石油、多価アルコール、または局所処方物に使用される他の基剤などの1つまたは複数の媒体中に溶解または懸濁された活性化合物を含む。上記の他の副成分の添加が望ましい。
さらに、本発明は、代替抗体のリポソーム処方物を提供する。リポソーム懸濁液の形成テクノロジーは当分野で周知である。二機能性代替抗体が水溶性塩である場合、従来のリポソームテクノロジーを使用して、これを脂質小胞に組み込むことができる。このような例では、化合物の水溶性のために、化合物を実質的に親水性中心またはリポソームのコアに混入させる。使用した脂質層は、任意の従来の組成物に由来し、コレステロールを含み得るか、無コレステロールであり得る。目的の化合物または塩が水に不溶性である場合、従来のリポソーム形成テクノロジーを使用して、塩を親水性脂質二重層内に実質的に混入してリポソーム構造を形成することができる。いずれかの例では、標準的な音波処理および均一化技術を使用して生成されたリポソームのサイズを減少させることができる。プロゲステロン代謝産物またはその塩を含むリポソーム処方物を凍結乾燥させて、水などの薬学的に許容可能なキャリアで再構成させてリポソーム懸濁液を再度作製することができる凍結乾燥物を生成することができる。
エアゾールとして吸入投与に適切な薬学的処方物も提供する。これらの処方物は、所望の代替抗体の溶液もしくは懸濁液または化合物もしくは塩の複数の固体粒子を含む。所望の処方物を小チャンバーに入れて噴霧することができる。化合物または塩を含む複数の液滴または固体粒子を形成する圧縮空気または超音波エネルギーによって噴霧することができる。
上記の成分に加えて、本発明の組成物は、希釈剤、緩衝液、香料、結合剤、崩壊剤、界面活性剤、増粘剤、潤滑剤、および防腐剤(抗酸化剤が含まれる)などからなる群から選択される1つまたは複数の副成分をさらに含み得る。
III.キット
開示の本発明の二機能性代替抗体分子を、キット中の試薬として使用することもできる。キットは、免疫応答を調整することができる薬剤に結合した二機能性代替抗体集団および適切な緩衝液またはキャリアを含む。1つの例では、二機能性代替抗体および緩衝液は、溶液、懸濁液、または固体(粉末または凍結乾燥物など)の形態で存在し得る。試薬は、共に存在するか、互いに分離されている。開示のキットを、治療薬として使用することもできる。
開示の本発明の二機能性代替抗体分子を、キット中の試薬として使用することもできる。キットは、免疫応答を調整することができる薬剤に結合した二機能性代替抗体集団および適切な緩衝液またはキャリアを含む。1つの例では、二機能性代替抗体および緩衝液は、溶液、懸濁液、または固体(粉末または凍結乾燥物など)の形態で存在し得る。試薬は、共に存在するか、互いに分離されている。開示のキットを、治療薬として使用することもできる。
[方法]
本発明は、所望の目的のリガンドと相互作用し、且つ免疫応答を調整することができる免疫調整薬をさらに含む二機能性代替抗体分子を提供する。この様式では、二機能性代替抗体分子の標的との相互作用により、リガンド/代替抗体の相互作用部位で免疫応答がターゲティングされる。
本発明は、所望の目的のリガンドと相互作用し、且つ免疫応答を調整することができる免疫調整薬をさらに含む二機能性代替抗体分子を提供する。この様式では、二機能性代替抗体分子の標的との相互作用により、リガンド/代替抗体の相互作用部位で免疫応答がターゲティングされる。
免疫調整薬の目的のリガンドへの送達方法を提供する。この方法は、リガンドを二機能性代替抗体に接触させるステップを含む。いくつかの実施形態では、方法は、特異性鎖および安定化鎖を含む単離二機能性代替抗体分子であって、前記特異性鎖が第一の定常領域および第二の定常領域に近接する特異性領域を有する核酸配列を含み、前記安定化鎖が前記第一の定常領域と相互作用する第一の安定化ドメインおよび前記第二の定常領域と相互作用する第二の安定化ドメインを含む単離二機能性代替抗体分子を含む組成物を被験体に投与するステップを含む。単離二機能性抗体は、さらに免疫調整薬と結合し、二機能性代替抗体分子は目的のリガンドと相互作用することができる。他の実施形態では、安定化鎖および特異性鎖は異なる分子を含む。
二機能性代替抗体の目的のリガンドとの相互作用のアッセイ方法は公知である。例えば、種々の濾過方法およびリガンド/代替抗体相互作用をモニターするために使用することができる結合を測定するための他の日常的技術が公知である。さらに、インビボ相互作用を決定する種々の技術が公知である。例えば、二機能性代替抗体のテクネチウム−99mキレート化ケージ(chelatin cage)との抱合により、インビボで画像化することができる。例えば、Hnatowich et al.(1998)Nucl.Med.39:56-64を参照のこと。さらに、レポーター分子を含む任意の機能的部分(すなわち、放射性標識または蛍光分子)を使用して、相互作用をモニターすることができる。
本発明は、さらに、被験体におけるリガンドに対する免疫応答の調整方法を提供する。この方法は、特異性鎖および安定化鎖を含む単離二機能性代替抗体分子であって、前記特異性鎖が第一の定常領域および第二の定常領域に近接する特異性領域を有する核酸配列を含み、前記安定化鎖が前記第一の定常領域と相互作用する第一の安定化ドメインおよび前記第二の定常領域と相互作用する第二の安定化ドメインを含む単離二機能性代替抗体分子を被験体に投与するステップを含む。二機能性代替抗体は、免疫調整薬とさらに結合しており、二機能性代替抗体分子は目的のリガンドと相互作用することができる。したがって、二機能性代替抗体は、種々の疾患、障害、および病原体に対するワクチンとして適用される。
免疫応答のこのような調整を、インビボ攻撃誘発アッセイ、インビボ免疫原性アッセイ、インビトロ細胞受容体結合アッセイ、およびインビトロ抗原競合アッセイを含む標準的なバイオアッセイを使用して測定することができる。当業者は、意図する適用に適切なアッセイを認識する。例えば、補体応答調整のための代表的アッセイには、二機能性代替抗体のC1qへの結合アッセイまたは二機能性代替抗体が補体媒介細胞溶解を付与する能力を有するかどうかを決定するアッセイが含まれる。例えば、Duncan(1988)Nature 332:738-40;米国特許第5,648,260号;同第5,624,821号;Tao et al.(1993)J.Exp.Med.178:661-667;Brekke et al.(1994)Eur.J.Immunol.24:2542-47;Xu et al.(1993)J.Immunol.150:152A;およびWO94/29351(その全てが本明細書中で参考として組み込まれる)を参照のこと。
免疫応答の調整を測定するためのさらなるアッセイには、ワクチン誘導細胞性免疫応答を測定するElispotアッセイが含まれる。このアッセイは、特異的抗原によって活性化されたT細胞数を測定する。簡単に述べれば、被験体を目的のリガンドで攻撃誘発し、その後二機能性代替抗体を投与する。分泌(細胞外)サイトカインについての染色によって応答細胞を検出する。他のアッセイには、細胞内サイトカインアッセイ(ICC)が含まれる。このアッセイは、特定の抗原に応答するサイトカインの産生を測定する。この場合、蛍光標識サイトカイン結合抗体を使用して、サイトカインを細胞の内側で検出する。次いで、蛍光発光細胞を、フローサイトメトリーを使用して計数する。
さらなるアッセイには、FcγRをモニターするためのアッセイが含まれる。Bredius et al.(1994)Immunology 83:624-630;Tax et al.(1984)J.Immunol.133(3):1185-1189;Nagarajan et al.(1995)J.Biol.Chem.270(43):25762-25770;およびWarmerdam et al.(1991)J.Immunol.147(4)1338-1343(その全てが本明細書中で参考として組み込まれる)を参照のこと。
二機能性代替抗体の半減期またはクリアランス比をモニターするためのアッセイには、FcRnとの直接的相互作用のアッセイまたは血清半減期の増減、循環中の平均滞留時間(MRT)の増加、および/または免疫調整薬を欠く代替抗体の血清クリアランス速度の減少のモニタリングが含まれる。例えば、米国特許第6,468,532号(本明細書中で参考として組み込まれる)を参照のこと。Gazzano-Santoro et al.(1997)J.Immunol.Methods 202:163に記載のように、補体依存性細胞傷害(CDC)のアッセイを準備することができる。米国特許第6,194,551号も参照のこと。これらの両引例は、本明細書中で参考として組み込まれる。
種々の障害の治療方法または予防方法をさらに提供する。この方法は、治療有効量の単離二機能性代替抗体分子を含む組成物を必要とする被験体に投与するステップを含む。単離二機能性代替抗体は、特異性鎖および安定化鎖を含み、前記特異性鎖は第一の定常領域および第二の定常領域に近接する特異性領域を有する核酸配列を含み、前記安定化鎖は前記第一の定常領域と相互作用する第一の安定化ドメインおよび前記第二の定常領域と相互作用する第二の安定化ドメインを含む。二機能性代替抗体は、免疫調整薬とさらに結合しており、二機能性代替抗体分子は目的のリガンドと相互作用することができる。
「有効量」は、免疫応答の調整(すなわち、抗体依存性細胞傷害(ADCC)、食作用、補体依存性細胞傷害(CDC)、および半減期/クリアランス比の増減)の誘発に十分な二機能性代替抗体の濃度を意味する。したがって、二機能性抗体の有効量は、治療または予防される疾患、障害、または病態の臨床系の軽減または減少に十分である。
本発明の方法を単独で使用して、例えば、腫瘍から防御または治療するか、手術、放射線治療、および化学療法などの従来の治療による腫瘍の減量後のアジュバント療法として使用することができる。
他の実施形態では、二機能性代替抗体を被験体の粘膜表面に送達させる。この方法では、二機能性代替抗体は輸送薬に結合している。
さらに他の実施形態では、本発明は、体内への侵入前に感染を阻害または予防する方法を提供する。この方法により、被験体への特定の病原体の侵入前の最初の防御ラインが得られる。1つの実施形態では、結合した輸送薬を有する二機能性代替抗体を使用して、受動的効果機構(例えば、宿主細胞のウイルス受容体の遮断または細菌の移動の阻害)を得ることができる。
他の実施形態では、二機能性代替抗体を輸送薬ならびに少なくとも1つの免疫調整薬および/または抗菌薬および/または他の治療薬に結合する。したがって、粘膜表面での免疫応答を増強し、それにより感染因子の体内への侵入を防止することができる。このような方法は、ヒトならびに家畜および非家畜動物における性感染疾患、出生時の疾患の母体感染、尿生殖管、口腔鼻腔経路(mouth nasal passage)、肺、眼などの粘膜表面を介して進入する他の感染の防止で適用される。
本発明の投与単位中の代替抗体の濃度は、所望の効果を得るのに有効である。有効量は、多数の要因(例えば、使用した特定の二機能性代替抗体、所望の効果、被験体の反応性、被験体の体重、他の被験体内の変動性、投与方法、使用した処方物)に依存する。有効性、投薬量、Ka、および投与経路を決定する方法は、当業者に公知である。
本発明の実施形態は、約0.5mg/kg、1.0mg/kg、1.5mg/kg、2mg/kg、2.5mg/kg、3.0mg/kg,4.0mg/kg、5.0mg/kg、6.0mg/kg、15.0mg/kg、20mg/kgの用量の二機能性代替抗体の投与を提供する。あるいは、代替抗体を、約0.2mg/kg〜1.2mg/kg、1.2mg/kg〜2.0mg/kg、2.0mg/kg〜3.0mg/kg、3.0mg/kg〜4mg/kg、4mg/kg〜6mg/kg、6mg/kg〜8mg/kg、8mg/kg〜15mg/kg、または15mg/kg〜20mg/kgの用量で投与することができる。
本発明の別の実施形態では、治療有効用量の二機能性代替抗体を含む薬学的組成物を断続的に投与する。「断続的投与」は、治療有効用量の二機能性代替抗体を投与し、その後一定期間中断し、その後治療有効量をさらに投与することなどを意図する。例えば、治療有効用量を、徐放性処方物を使用して連続的様式で投与することができるか、所望の毎日の投薬計画(例えば、1日に1回、2回、3回、またはそれ以上の投与回数)に従って投与することができる。「中断期間」は、調節薬の連続的な徐放または毎日の投与の中断を意図する。中断期間は、連続的な徐放期間または毎日の投与期間よりも長くても短くてもよい。中断中、関連する組織中の二機能性代替抗体レベルは、治療中に得られる最大レベルよりも実質的に低い。好ましい中断期間は、使用した二機能性代替抗体の有効用量または形態の濃度に依存する。中断期間は、少なくとも2日間、少なくとも4日間、少なくとも1週間、またはそれ以上であり得る。徐放性処方物を使用する場合、損傷部位での調節薬をより長期間留まらせるために中断期間を延長しなければならない。あるいは、有効用量の徐放性処方物の投与頻度を増加させることができる。所望の治療効果が得られ、最終的に疾患または障害が治療されるまで二機能性代替抗体の断続的投与スケジュールを継続することができる。
さらに別の実施形態では、治療有効用量の調節薬の断続的投与は周期的である。「周期的」は、約1ヶ月から約2、3、4、5、または6ヶ月までの範囲の周期で投与時に中断を伴う断続的投与を意図する。例えば、投与スケジュールは、短期間の単回用量を1週間に1回を4週間、その後3ヶ月間の断続投与の中断、その後1週間に1回の短期間の単回用量の断続投与を4週間、その後3ヶ月間の断続的投与の中断による、有効用量の二機能性代替抗体の断続的投与であり得る。別の例では、短期単回用量を1週間に1回を2週間投与することができ、その後1ヶ月間断続投与を中断し、その後短期単回用量を1週間に1回を2週間投与し、その後1ヶ月間断続投与を中断することができる。所望の治療結果が得られ、最終的に障害または疾患が治療されるまで、調節薬の被験体への周期的断続投与スケジュールを継続することができる。
本発明は、さらに、目的のリガンドの活性を調整し、被験体中のリガンド部位での免疫応答を調整する方法を提供する。リガンドの調整は、二機能性代替抗体のエピトープ結合ドメインとの直接相互作用に起因し得る。あるいは、二機能性抗体を、標的リガンドまたは標的リガンド周辺の成分の活性を調整することができる機能的部分に結合することができる。
リガンド活性調整のアッセイ方法は、リガンドに依存して変化する。当業者は、アッセイによりリガンド活性を直接測定することができるか、あるいは細胞、組織、または器官の表現型を変化させることができるか、二機能性代替抗体を投与した被験体の臨床結果を改良することができることをさらに認識する。
リガンドの活性を調整することができる機能的薬剤は、種々の治療薬を含み得る。目的の治療薬には、例えば、癌、関節炎、敗血症、心筋の不整脈および梗塞、ウイルスおよび細菌感染、自己免疫疾患、およびプリオン疾患の治療のために開発された薬学的化合物が含まれる。この様式では、治療薬の送達および目的の領域に指向された (directed)免疫応答を調整するための手段として二機能性代替抗体を使用することができる。
目的のリガンドの活性を調整することができる治療薬が特定の障害を治療するために送達される場合、特定の障害のために治療薬を選択することができる。例えば、二機能性代替抗体を特定の腫瘍部位の腫瘍細胞表面上で見出される固有のリガンドにターゲティングする場合、その部位への特異的送達および正常な組織に対する付随的病態を最小にするか排除するために二機能性代替抗体を抗腫瘍薬に抱合することができる。
治療薬は、代替抗体に結合することができる事実上任意の型の抗腫瘍または抗脈管形成化合物(すなわち、腫瘍への血管の供給を破壊する薬剤)(例として、細胞毒素、インターロイキン、化学走性因子、放射性ヌクレオチド、メトトレキセート、シスプラチン、アナストロゾール/Arimidex(登録商標)、およびタモキシフェンなどの合成または天然の化合物が含まれ得る)であり得る。
さらなる目的の薬剤には、リシンもしくはジフテリア毒素、真菌由来のカリケアミシン、メイタンシノイド、モモルジン、アメリカヤマゴボウ(pokeweek)抗ウイルスタンパク質、StapoloccoccalエンテロトキシンA、シュードモナス外毒素、リボソーム相互作用タンパク質、および種々の細胞傷害薬(ネオカルチノスタイン、メトトレキセート、またはカリケアミシオン(callicheamicin)が含まれる)などの生物毒素が含まれる。例えば、Buschsbaum et al.(1999)Clin.Cancer Res 5:Grassband et al.(1992)Blood 79:576-83;Batra et al.(1991)Mol Cell Biol.11:2200-5;Penichet et al.(2001)J Immunol Meth 248:91-101;Hinman et al.(1993)Cancer Res 53:3336-3342;Tur et al.(2001)Intt J Mol Med 8:579-584;Tazzari et al.(2001)J Immunol 167:4222-4229;Panousis et al.(1999)Drugs Aging 15:1-13,Trail et al.(1993)Science 212-5;Yamaguchi et al.(1993)Jpn J Cancer Res 84:1190-4を参照のこと。
あるいは、治療薬はプロドラッグを含み得る。特異的標的へのその局在化後、薬物をプロドラッグにした非毒性分子を注射する。例えば、Senter et al.(1996)Advanced Drug Delivery 22:341-9を参照のこと。
1つの実施形態では、機能的部分は、抗菌活性を有する化合物である。「抗菌活性」は、任意の微生物の成長を阻害または減少させる能力および/または微生物集団中の微生物数を減少させる能力を意図する。「微生物」は、細菌、ウイルス、真菌、または寄生虫を意図し、したがって、抗菌活性を有する機能的部分は、抗細菌活性、抗真菌活性、および/または抗ウイルス活性を有する。
「抗細菌活性」は、任意の細菌の成長を阻害または減少させる能力および/または細菌集団中の生存細菌細胞数を減少させる能力を意図する。薬剤は、グラム陽性抗細菌薬、グラム陰性抗細菌薬、または雄性特異的抗細菌薬であり得る。「抗ウイルス活性」は、任意のウイルスまたはウイルス感染細胞の成長を阻害または減少させる能力および/または集団中の生存ウイルス粒子またはウイルス感染細胞集団を減少させる能力を意図する。用語「抗真菌活性」は、真菌の成長を阻害または減少させる能力を意図する。抗菌薬は当分野で公知であり、種々のケモカイン、サイトカイン、抗菌ポリペプチド(すなわち、抗細菌、抗ウイルス、および抗真菌ポリペプチド)、抗生物質、LPS、補体アクチベーター、CpG配列、および抗菌活性を有する種々の他の薬剤が含まれる。抗菌薬の例を、以下でさらに詳細に考察する。
したがって、1つの実施形態では、本発明は、抗菌薬に共有結合した二機能性代替抗体を提供する。本明細書中に記載の種々の方法を使用して、特定の標的リガンド(すなわち、標的微生物のエピトープ)に結合するように二機能性代替抗体をデザインすることができる。次いで、二機能性代替抗体/抗菌複合体を、抗菌薬を微生物に送達するための手段として使用する一方で、ターゲティングした免疫応答に免疫調整薬を提供することができる。したがって、組成物は、必要な被験体に投与した場合に被験体中に含まれる微生物の成長を阻害または減少させ、そして/または被験体中の微生物集団を減少させる治療薬として適用される。
抗菌薬ならびにその活性変異型および誘導体の例は当分野で公知であり、同時出願され、本明細書中で参考として組み込まれる、「Surrogate Antibodies and Methods of Preparation and Uses Thereof」というタイトルの米国出願に開示されている。
別の実施形態では、二機能性代替抗体は、インビトロでの免疫応答を増強する。例えば、1つの実施形態では、免疫応答の調整により、サンプル中の微生物レベルが減少する。この実施形態では、代替抗体によって認識されるリガンドは微生物(または微生物の表面上の構成要素)である。代替抗体を、細胞集団に接触させ、二機能性代替抗体は標的微生物と相互作用する。適切な補体因子、好中球、および/またはリンパ球を、サンプルに添加する。適切な補体因子、好中球、またはリンパ球により、インビトロで免疫応答がターゲティングされ、代替抗体に結合した微生物が死滅する。微生物活性の減少のアッセイ方法は公知である。
[代替抗体の作製]
本発明の二機能性代替抗体を、免疫調整薬に結合されている。所望の特異性および親和性を有するリガンドと相互作用する二機能性代替抗体の産生方法を以下で考察する。免疫調整薬および/または輸送薬を以下で考察した任意の選択工程で代替抗体に結合することができると認識される。したがって、以下の方法は「代替抗体」について考察しているが、各代替抗体集団もまた(所望する場合)「二機能性代替抗体」であり、それにより免疫調整薬と結合することができると認識される。用語「(二機能性)代替抗体」を、いずれかの構造(代替抗体または二機能性代替抗体)を使用することができることを示すために下記の方法で使用する。
本発明の二機能性代替抗体を、免疫調整薬に結合されている。所望の特異性および親和性を有するリガンドと相互作用する二機能性代替抗体の産生方法を以下で考察する。免疫調整薬および/または輸送薬を以下で考察した任意の選択工程で代替抗体に結合することができると認識される。したがって、以下の方法は「代替抗体」について考察しているが、各代替抗体集団もまた(所望する場合)「二機能性代替抗体」であり、それにより免疫調整薬と結合することができると認識される。用語「(二機能性)代替抗体」を、いずれかの構造(代替抗体または二機能性代替抗体)を使用することができることを示すために下記の方法で使用する。
I.(二機能性)代替抗体ライブラリー
目的のリガンドに対する所望の結合親和性および特異性を有する(二機能性)代替抗体または(二機能性)代替抗体集団を同定するために代替抗体ライブラリーまたは二機能性代替抗体ライブラリーをスクリーニングすることができる。「集団」は、2つまたはそれ以上(すなわち、10、100、1,000、10,000、1×106、1×107、1×108、またはそれ以上)の(二機能性)代替抗体を含む群または集団を意図する。(二機能性)代替抗体の種々の「集団」が存在し、例えば、以下に詳細に考察するように、無作為化された特異性領域を有する(二機能性)代替抗体集団を含む(二機能性)代替抗体のライブラリーが含まれる。(二機能性)代替抗体の種々の集団を、混合物または基質/アレイ中で見出すことができる。
目的のリガンドに対する所望の結合親和性および特異性を有する(二機能性)代替抗体または(二機能性)代替抗体集団を同定するために代替抗体ライブラリーまたは二機能性代替抗体ライブラリーをスクリーニングすることができる。「集団」は、2つまたはそれ以上(すなわち、10、100、1,000、10,000、1×106、1×107、1×108、またはそれ以上)の(二機能性)代替抗体を含む群または集団を意図する。(二機能性)代替抗体の種々の「集団」が存在し、例えば、以下に詳細に考察するように、無作為化された特異性領域を有する(二機能性)代替抗体集団を含む(二機能性)代替抗体のライブラリーが含まれる。(二機能性)代替抗体の種々の集団を、混合物または基質/アレイ中で見出すことができる。
(二機能性)代替抗体分子の結合多様性は、ゲノム内の遺伝子セグメントの多様性に制限されない。したがって、(二機能性)代替抗体分子のライブラリーは、種々の構造の分子を含み得る。例えば、集団中の特異性ドメインのサイズを変化させ、それにより認識することができる種々の規模のエピトープに拡大することができる。さらに、ライブラリーの多様性は、異なるヌクレオチド塩基および機能的部分(すなわち、ヌクレオチド修飾物)の数の関数として増大される。40個の天然のヌクレオチドから構成される特異性領域を有するライブラリーは、潜在的に1.2×1024種の特異性を有する。複数の特異性領域を有する(二機能性)代替抗体分子の産生により、この数が増大する。天然の塩基と組み合わせた修飾塩基の選択的使用により、再び抗体レパートリーの多様性が増大する。
(二機能性)代替抗体のライブラリーは、所望の(二機能性)代替抗体が同定/捕捉される選択技術のインビトロでの反復によって進行する。各選択ラウンドにより、ライブラリーと比較して所望のリガンドに対する結合親和性および/または特異性が増大した(二機能性)代替抗体分子集団が選択される。例えば、同時出願され、本明細書中で参考として組み込まれる、「Surrogate Antibodies and Methods of Preparation and Uses Thereof」というタイトルの米国出願を参照のこと。
(二機能性)代替抗体分子のライブラリーは、所望のリガンドに結合することができる(二機能性)代替抗体分子が捕捉される安定且つ予め形成された異なる配列の(二機能性)代替抗体分子の混合物である。本明細書中で使用される、「(二機能性)代替抗体分子のライブラリー」は、特異性鎖および安定化鎖を含む分子の集団を含む。特異性鎖は、第一の定常領域および第二の定常領域に近接する特異性領域を有する核酸配列を含み、安定化鎖は、第一の定常領域に相互作用する第一の安定化ドメインおよび第二の定常領域と相互作用する第二の安定化ドメインを含む。さらに、集団中の特異性鎖の第一の定常領域はそれぞれ同一であり;集団中の特異性鎖の第二の定常領域はそれぞれ同一であり;集団中の特異性鎖の特異性領域はそれぞれ無作為化されており;集団中の安定化鎖はそれぞれ同一である。本明細書中に記載の任意の種々の構造を有する(二機能性)代替抗体分子のライブラリーを会合することができると認識される。
本明細書中で使用される、「ライブラリー」は、典型的には、約2および約1×1014との間の(二機能性)代替抗体を有する集団が含まれる。あるいは、選択で使用される(二機能性)代替抗体ライブラリーには、各結合溝(すなわち、特異性ドメイン)中に少なくとも10ヌクレオチド長の連続無作為化配列を有する約2と約1018との間、約109と約1014との間、約2と1027との間、またはそれ以上の(二機能性)代替抗体の混合物が含まれ得る。さらに他の実施形態では、ライブラリーは、少なくとも3、10、100、1000、10000、1×105、1×106、1×107、1×1010、1×1014、1×1018、1×1022、1×1025、1×1027、またはそれ以上の無作為化または半ランダム特異性ドメインを有する(二機能性)代替抗体分子を含む。ライブラリー中に含まれる分子を、混合物中またはアレイ中で見出すことができる。
本明細書中の用途についての一定の他の例では、用語「集団」を、1つまたは複数の選択された特徴を有する本発明のポリクローナルまたはモノクローナル代替抗体調製物を言うために使用することができる。
「ポリクローナル抗体集団」は、目的のリガンドへの結合が増大したポリクローナルライブラリーを産生するために会合した(二機能性)代替抗体の各クローン集団を含む。一旦(二機能性)代替抗体または複数の個別の(二機能性)代替抗体クローンが標的能力の基準を満たすことが見出されると、これらをポリクローナル試薬に会合して、標的リガンドの検出/相互作用において複数のエピトープ認識およびより高い感受性を得ることができる。ポリクローナル代替抗体集団は所望のリガンドに対する捕捉および増幅工程後に得られる分子のプールに相当し得ると認識される。あるいは、ポリクローナル代替抗体集団を、所望のリガンド結合特性を有する少なくとも2つの各モノクローナル(二機能性)代替抗体クローンの混合によって形成することができる。
A.特異性領域の無作為化集団の形成
無作為化特異性ドメインを有する特異性鎖集団の産生または形成方法は、当分野で公知である。例えば、多数の方法(例えば、無作為化核酸配列の合成および無作為に切断された細胞核酸からの選択が含まれる)で特異性領域を調製することができる。あるいは、核酸(またはその一部)の直接化学合成または適切な酵素の使用によって核酸(またはその一部)を調製することができるテンプレートの合成によって完全または部分的な配列の無作為化を容易に行うことができる。例えば、Breaker et al.(1997)Science 261:1411-1418;Jaeger et al.(1997)Methods Enzy 183:281-306;Gold et al.(1995)Annu Rev Biochem 64:763-797;Perspetive Biosystems(1998)、およびBeaucage et al.(2000)Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry John Wiley&Sons,N.Y.3.3.1-3.20(その全てが本明細書中で参考として組み込まれる)を参照のこと。あるいは、オリゴヌクレオチドを天然の供給源(ゲノムDNAまたは細胞RNA調製物)から切断し、定常領域の間にライゲーションすることができる。
無作為化特異性ドメインを有する特異性鎖集団の産生または形成方法は、当分野で公知である。例えば、多数の方法(例えば、無作為化核酸配列の合成および無作為に切断された細胞核酸からの選択が含まれる)で特異性領域を調製することができる。あるいは、核酸(またはその一部)の直接化学合成または適切な酵素の使用によって核酸(またはその一部)を調製することができるテンプレートの合成によって完全または部分的な配列の無作為化を容易に行うことができる。例えば、Breaker et al.(1997)Science 261:1411-1418;Jaeger et al.(1997)Methods Enzy 183:281-306;Gold et al.(1995)Annu Rev Biochem 64:763-797;Perspetive Biosystems(1998)、およびBeaucage et al.(2000)Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry John Wiley&Sons,N.Y.3.3.1-3.20(その全てが本明細書中で参考として組み込まれる)を参照のこと。あるいは、オリゴヌクレオチドを天然の供給源(ゲノムDNAまたは細胞RNA調製物)から切断し、定常領域の間にライゲーションすることができる。
「無作為化(randomized)」は、原則的に所与の長さを超える天然または修飾塩基を含む任意の可能なヌクレオチド配列を有する核酸のセグメントを説明するために使用される用語である。上で考察されるように、特異性領域は種々の長さであり得る。したがって、(二機能性)代替抗体ライブラリー中の無作為化配列はまた、約10から約90までまたはそれ以上のヌクレオチドの範囲の所望する種々の長さであり得る。ランダム配列セグメントが作製される化学反応または酵素反応では、存在し得る未知の偏りまたはヌクレオチドの優先度により、数学的にランダムな配列を得ることはできない。本明細書中で使用される、用語「無作為化」または「ランダム」は、非理想性からのこのような逸脱の可能性を反映する。現在公知の技術(例えば、連続的化学合成)では、大きな逸脱が起こることは知られていない。20個またはそれ以下のヌクレオチドの短いセグメントについては、存在し得る任意の小さな偏りは、無視できる結果である。1回の合成手順が長いほど任意の偏りの影響が大きくなる。
配列変動性(すなわち、ライブラリーの多様性)を、巨大な天然核酸(ゲノムDNA調製物または細胞RNA調製物など)の部分的に消化された(または切断された)調製物のサイズ選択フラグメントを使用して達成することができる。ライブラリーが全ての可能な変異型配列を含む必要はない。ライブラリーは、選択に実用的であるので、最大数の潜在的な結合配列を確実に同定するために非常に多数の可能な配列変異型として含み得る。例えば、特異性領域中の無作為化配列が30個のヌクレオチドを含む場合、4つの天然に存在する塩基を使用して、約1018(すなわち、430)種の配列並べ替えを含む。
例えば、合成反応の前駆体ヌクレオシド(またはデオキシヌクレオシド)三リン酸のモル比の変化によって、無作為化配列に偏りを意図的に導入することができる。意図的な偏りは、例えば、所与の生物における各塩基の比率に近づけるか二次構造に影響を与えるのに望ましい。Hermes et al.(1998)Gene 84:143-151およびBartel et al.(1991)Cell 67:529-536(両方が本明細書中で参考として組み込まれる)を参照のこと。規定のステムループ構造を含む偏りを有する無作為化集団を作製したDavis et al.(2002)Proc.Natl.Acad.Sci.99:11616-11621も参照のこと。したがって、本明細書中で使用されるように、ドメインの一次配列および/または二次構造中に所望の偏りが含まれるように特異性ドメインの無作為化集団を作製することができる。
他の実施形態では、ライブラリー中の各メンバーの特異性領域の長さは、実質的に同一であっても異なっていてもよい。特異性ドメインのサイズが各ライブラリーで変化するかループサイズが混合したライブラリーを形成するために組み合わせる場合、特定の標的リガンドについての至適ループサイズを同定する目的のために、反復ライブラリーを使用することができる。
上記で考察されるように、特異性鎖は、種々の機能的部分を含み得る。特異性鎖の無作為化集団の形成方法は、鎖に含まれる機能的部分に依存して変化する。例えば、1つの実施形態では、機能的部分は、修飾アデノシン残基を含む。これに関して、特異性ドメイン中のみにアデノシン残基を含むように特異性鎖をデザインすることができる。増幅時に使用したヌクレオチド混合物は、所望の機能的部分(すなわち、疎水性結合特性を増大させる部分)を有するアデノシンを含む。他の例では、合成反応後に機能的部分を代替抗体に結合することができる。
免疫応答を調整することができる薬剤を、選択プロセス中のいつでも抗体に結合することができるか、薬剤を、所望のリガンド結合特性を有する代替抗体の同定後に結合することができる。
B.(二機能性)代替抗体ライブラリーの作製
一旦無作為化した特異性領域を有する特異性鎖集団が形成されると、(本明細書中で考察されるように)所望の条件下での特異性鎖の適切な安定化鎖との接触によって(二機能性)代替抗体が形成される。
一旦無作為化した特異性領域を有する特異性鎖集団が形成されると、(本明細書中で考察されるように)所望の条件下での特異性鎖の適切な安定化鎖との接触によって(二機能性)代替抗体が形成される。
(二機能性)代替抗体分子のライブラリーの作製方法は、a)特異性鎖集団を得るステップであって、i)特異性鎖集団が核酸分子集団として特徴付けられ、ii)前記集団中の各特異性鎖が第一の定常領域および第二の定常領域に近接した特異性領域を有する核酸配列を含み、iii)前記集団中の特異性鎖の各第一の定常領域が同一であり、iv)前記集団中の特異性鎖の各第二の定常領域が同一であり、v)前記集団中の特異性鎖の各特異性領域が無作為化されているステップを含む。特異性鎖集団を安定化鎖に接触し、安定化鎖は前記第一の定常領域と相互作用する第一の安定化ドメインおよび前記第二の定常領域と相互作用する第二の安定化ドメインを含み、第一の安定化ドメインが第一の定常領域と相互作用し、且つ第二の安定化ドメインが第二の定常領域と相互作用する条件下で接触させる。他の実施形態では、ライブラリーを構成する代替抗体は、異なる鎖上に含まれる特異性鎖および安定化鎖を有する。
上記で考察されるように、長さの異なる無作為化特異性ドメインを有する(二機能性)代替抗体集団を産生することが有利であり得る。この様式では、ラブラリーを、任意の所与のリガンドに使用するための至適代替抗体の溝サイズを決定する(二機能性)代替抗体開発の「多適合」プロセスで使用することができる。このプロセスにより、パラトープ(結合部位)がサイズに無関係に全てのリガンドに有限な天然の抗体分子の結合特異性について代替抗体結合を改良することが可能である。「多適合」プロセスは、代替抗体−リガンド複合体の適合、特異性、および親和性を増大させる空間的特徴を有する溝サイズを同定する。「多適合」プロセスは、理想的な結合ループ/溝(進化および遺伝学の教えによってサイズまたは次元が制限されないもの)として同定することができる。したがって、代替抗体分子は、天然の抗体分子の性質について科学および研究に依存して形成されたエピトープまたは決定基のサイズに関する従来のパラダイムに挑む。種々のサイズおよび高次構造の特定ドメインを含む異種代替抗体集団を使用して、予備的「多適合」リガンド捕捉ラウンドを実施する。代替ライブラリー調製物についての至適溝サイズを、制限された数の捕捉および増幅サイクル後に最も高いリガンド結合度を示す溝サイズを有する下位集団によって示す。
C.(二機能性)代替抗体ライブラリーのスクリーニング方法
所望のリガンド結合特性を有する(二機能性)代替抗体または(二機能性)代替抗体集団を同定または「捕捉する」ために、(二機能性)代替抗体ライブラリーまたは(二機能性)代替抗体の選択された集団をスクリーニングすることができる。この様式では、その後のクローニングのために、ランダム特異性領域および溶液中の分子の構造を安定化する安定化領域を含む予め合成した複数鎖の分子のライブラリーから(二機能性)代替抗体分子を選択する。
所望のリガンド結合特性を有する(二機能性)代替抗体または(二機能性)代替抗体集団を同定または「捕捉する」ために、(二機能性)代替抗体ライブラリーまたは(二機能性)代替抗体の選択された集団をスクリーニングすることができる。この様式では、その後のクローニングのために、ランダム特異性領域および溶液中の分子の構造を安定化する安定化領域を含む予め合成した複数鎖の分子のライブラリーから(二機能性)代替抗体分子を選択する。
一般に、特定のリガンドに結合する(二機能性)代替抗体を、1つまたは複数のリガンドのライブラリーへの接触、リガンドへの1つまたは複数の(二機能性)代替抗体の結合、非結合(二機能性)代替抗体からの(二機能性)代替抗体結合リガンドの分離、および結合リガンドおよび/または結合(二機能性)代替抗体の同定によって出発代替抗体ライブラリーから捕捉する。
例えば、(二機能性)代替抗体ライブラリーのスクリーニング方法は、
a)少なくとも1つの目的のリガンドを(二機能性)代替抗体分子のライブラリーに接触させるステップであって、前記ライブラリーが特異性鎖および安定化鎖を含む(二機能性)代替抗体分子集団を含み、
i)前記特異性鎖が、第一の定常領域および第二の定常領域に近接した特異性領域を有する核酸配列を含み、前記安定化鎖が前記第一の定常領域と相互作用する第一の安定化ドメインおよび前記第二の定常領域と相互作用する第二の安定化ドメインを含み、
ii)前記集団中の特異性鎖の各第一の定常領域が同一であり、集団中の特異性鎖の各第二の定常領域が同一であり、前記集団中の特異性鎖の各特異性ドメインが無作為化されており、前記集団中の各安定化鎖が同一であるステップと、
b)リガンド結合(二機能性)代替抗体複合体集団から標的リガンドおよび(二機能性)代替抗体分子集団を分配するステップと、
c)前記リガンド結合(二機能性)代替抗体複合体集団の特異性鎖を増幅するステップとを含む。
a)少なくとも1つの目的のリガンドを(二機能性)代替抗体分子のライブラリーに接触させるステップであって、前記ライブラリーが特異性鎖および安定化鎖を含む(二機能性)代替抗体分子集団を含み、
i)前記特異性鎖が、第一の定常領域および第二の定常領域に近接した特異性領域を有する核酸配列を含み、前記安定化鎖が前記第一の定常領域と相互作用する第一の安定化ドメインおよび前記第二の定常領域と相互作用する第二の安定化ドメインを含み、
ii)前記集団中の特異性鎖の各第一の定常領域が同一であり、集団中の特異性鎖の各第二の定常領域が同一であり、前記集団中の特異性鎖の各特異性ドメインが無作為化されており、前記集団中の各安定化鎖が同一であるステップと、
b)リガンド結合(二機能性)代替抗体複合体集団から標的リガンドおよび(二機能性)代替抗体分子集団を分配するステップと、
c)前記リガンド結合(二機能性)代替抗体複合体集団の特異性鎖を増幅するステップとを含む。
さらに他の実施形態では、(二機能性)代替抗体ライブラリーのスクリーニング方法は、前記第一の安定化ドメインが前記第一の定常領域と相互作用し、且つ前記第二の安定化ドメインが前記第二の定常領域と相互作用する条件下でステップ(c)の特異性鎖集団を安定化鎖に接触させるステップをさらに含む。
他の実施形態では、(二機能性)代替抗体分子の安定化鎖および特異性鎖は異なる。
前に考察するように、この方法により、目的の所望のリガンドと相互作用する(二機能性)代替抗体分子が選択または捕捉される。それにより、この方法は、(二機能性)代替抗体分子のライブラリーからの選択およびその後の選択および増幅の段階的反復を用い、目的のリガンドについての所望の結合親和性および/または選択性を有する(二機能性)代替抗体分子を同定する。本明細書中で使用される、「(二機能性)代替抗体分子の選択された集団」は、少なくとも1ラウンドのリガンド結合を受けた分子集団を意図する。
したがって、別の実施形態では、(二機能性)代替抗体の捕捉方法は、(二機能性)代替抗体の選択された集団を目的のリガンドに接触させるステップを含む。この実施形態では、無作為化特異性ドメインを含む分子のライブラリーを使用する必要はないが、むしろ例えば、第2、第3、第4、第5、第6、第7、またはそれ以上のラウンドの選択/増幅後に作製された(二機能性)代替抗体分子の選択された集団を、所望のリガンドに接触させることができる。この実施形態では、(二機能性)代替抗体の捕捉方法は、
a)リガンド結合(二機能性)代替抗体複合体集団を形成する条件下でリガンドを(二機能性)代替抗体分子集団に接触させるステップであって、前記(二機能性)代替抗体集団の(二機能性)代替抗体分子が特異性鎖および安定化鎖を含み、
前記特異性鎖が第一の定常領域および第二の定常領域に近接する特異性領域を有する核酸配列を含み、
前記安定化鎖が前記第一の定常領域と相互作用する第一の安定化ドメインおよび前記第二の定常領域と相互作用する第二の安定化ドメインを含むステップと、
b)前記リガンド結合(二機能性)代替抗体複合体集団から前記リガンドおよび前記(二機能性)代替抗体分子集団を分配するステップと、
c)前記リガンド結合(二機能性)代替抗体複合体集団の特異性鎖を増幅するステップとを含む。
a)リガンド結合(二機能性)代替抗体複合体集団を形成する条件下でリガンドを(二機能性)代替抗体分子集団に接触させるステップであって、前記(二機能性)代替抗体集団の(二機能性)代替抗体分子が特異性鎖および安定化鎖を含み、
前記特異性鎖が第一の定常領域および第二の定常領域に近接する特異性領域を有する核酸配列を含み、
前記安定化鎖が前記第一の定常領域と相互作用する第一の安定化ドメインおよび前記第二の定常領域と相互作用する第二の安定化ドメインを含むステップと、
b)前記リガンド結合(二機能性)代替抗体複合体集団から前記リガンドおよび前記(二機能性)代替抗体分子集団を分配するステップと、
c)前記リガンド結合(二機能性)代替抗体複合体集団の特異性鎖を増幅するステップとを含む。
他の実施形態では、代替抗体分子の捕捉方法は、前記第一の安定化ドメインが前記第一の定常領域と相互作用し、且つ前記第二の安定化ドメインが前記第二の定常領域と相互作用する条件下でステップ(c)の特異性鎖集団を安定化鎖に接触させるステップをさらに含む。さらに他の実施形態では、安定化鎖および特異性鎖が異なる。
上記の種々の方法では、1つを超える標的リガンドを使用して、複数の(二機能性)代替抗体を出発ライブラリーまたは集団から同時に捕捉するか、抗体集団の結合特異性を増大させることができると認識される。
i.接触方法
「接触」は、目的の所望のリガンドを(二機能性)代替抗体分子またはその集団と相互作用させる任意の方法を意図する。当業者は、種々の条件をこの相互作用に使用することができることを認識する。例えば、種々の標的リガンドに結合する(二機能性)代替抗体を選択するために使用した実験条件を、標的がインビボで見出されるかインビトロでの適用が予想される環境を模倣するために選択することができる。この結合環境をより正確に反映するように変化させることができる調整可能な条件には、総イオン強度(浸透圧)、pH、酵素組成物(例えば、ヌクレアーゼ)、金属タンパク質(例えば、ヘモグロビン、セルロプラスミン)、温度、および無関係の化合物の存在が含まれるが、これらに限定されない。例えば、Dang et al.(1996)J.Mol.Bio.264:268-278;O'Connell et al.(1996)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 93:5883-7;Bridonneu et al.(1999)Antisense Nucleic Acid Drug Dev 9:1-11;Hicke et al.(1996)J.Clin.Investig.98:2688-92;およびLin et al.(1997)J.Mol.Biol.271:446-8(その全てが本明細書中で参考として組み込まれる)を参照のこと。適切な生理学的条件を、本明細書中にさらに詳述している。
「接触」は、目的の所望のリガンドを(二機能性)代替抗体分子またはその集団と相互作用させる任意の方法を意図する。当業者は、種々の条件をこの相互作用に使用することができることを認識する。例えば、種々の標的リガンドに結合する(二機能性)代替抗体を選択するために使用した実験条件を、標的がインビボで見出されるかインビトロでの適用が予想される環境を模倣するために選択することができる。この結合環境をより正確に反映するように変化させることができる調整可能な条件には、総イオン強度(浸透圧)、pH、酵素組成物(例えば、ヌクレアーゼ)、金属タンパク質(例えば、ヘモグロビン、セルロプラスミン)、温度、および無関係の化合物の存在が含まれるが、これらに限定されない。例えば、Dang et al.(1996)J.Mol.Bio.264:268-278;O'Connell et al.(1996)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 93:5883-7;Bridonneu et al.(1999)Antisense Nucleic Acid Drug Dev 9:1-11;Hicke et al.(1996)J.Clin.Investig.98:2688-92;およびLin et al.(1997)J.Mol.Biol.271:446-8(その全てが本明細書中で参考として組み込まれる)を参照のこと。適切な生理学的条件を、本明細書中にさらに詳述している。
目的のリガンドと代替抗体との適切な接触条件を、反応化学に基づいて経験的に決定することができる。一般に、適切な条件は、1%〜5%、5%〜10%、10%〜20%、20%〜40%、40%〜60%、60%〜80%、80%〜90%、または90%〜100%の抗体分子集団をリガンドと相互作用させるのに十分である。当業者は、所望の結果(すなわち、リガンドとの相互作用、特異性の増大、親和性の増大など)に基づいた適切な条件を認識する。
ii.分配方法
「分配」は、リガンド結合(二機能性)代替抗体複合体と呼ばれる標的リガンドに結合した(二機能性)代替抗体を標的リガンドに結合していない(二機能性)代替抗体から分離する任意のプロセスを意図する。当分野で公知の種々の方法によって分配することができる。例えば、非結合代替抗体とは異なり、目的のリガンドに結合した代替抗体を固定してもよく、またはフィルターまたは分子篩を通過させなくてもよい。リガンド結合(二機能性)代替抗体を特異的に保持するカラムを分配に使用することができる。濾過ゲルリターデイションおよび密度勾配遠心分離と同様に液体−液体分配を使用することもできる。分配方法の選択は、リガンドの性質およびリガンド結合(二機能性)代替抗体に依存し、当業者に公知の原理および性質にしたがって作製することができる。
「分配」は、リガンド結合(二機能性)代替抗体複合体と呼ばれる標的リガンドに結合した(二機能性)代替抗体を標的リガンドに結合していない(二機能性)代替抗体から分離する任意のプロセスを意図する。当分野で公知の種々の方法によって分配することができる。例えば、非結合代替抗体とは異なり、目的のリガンドに結合した代替抗体を固定してもよく、またはフィルターまたは分子篩を通過させなくてもよい。リガンド結合(二機能性)代替抗体を特異的に保持するカラムを分配に使用することができる。濾過ゲルリターデイションおよび密度勾配遠心分離と同様に液体−液体分配を使用することもできる。分配方法の選択は、リガンドの性質およびリガンド結合(二機能性)代替抗体に依存し、当業者に公知の原理および性質にしたがって作製することができる。
1つの実施形態では、分配は、目的のリガンド、(二機能性)代替抗体分子集団、およびリガンド結合(二機能性)代替抗体複合体集団を含む混合物を、濾過システムによって濾過するステップであって、リガンド結合(二機能性)代替抗体複合体を保持物(retentate)中に保持し、且つ非結合(二機能性)代替抗体を通過させて濾過物とすることを特徴とするステップを含む。このような濾過システムは、当分野で公知である。例えば、種々の濾過膜を使用することができる。用語「濾過膜」には、サイズ(例えば、Amicon Microcon(登録商標)、Pall Nanosep(登録商標))、電荷、疎水性、キレート化、および包接に基づいて分離するデバイスが含まれる。
濾過プロセスで使用される孔サイズを、標的リガンドのサイズおよび(二機能性)代替抗体の初期の集団で使用した(二機能性)代替抗体分子のサイズに対合させることができる。例えば、直径7〜10ミクロンの細胞リガンドは、7ミクロンを排除するメンブレンによって保持される。複合体形成しない場合に120ヌクレオチドの二オリゴヌクレオチド構造を有する(二機能性)代替抗体分子が、メンブレンを通過するので容易に排除される。保持物中のリガンドに結合した(二機能性)代替抗体が捕捉され、その後の集団の会合に使用される。(二機能性)代替抗体とBSA−ハプテン抱合物との調製物には、代替抗体−抱合体複合体を排除する孔サイズを使用しなければならない。50,000または100,000ダルトンを排除するメンブレンにより、抱合体に結合したこの(二機能性)代替抗体が遊離の(二機能性)代替抗体から有効に分画される。小タンパク質(酵素西洋ワサビペルオキシダーゼなど)に対して調製された(二機能性)代替抗体は、約50,000ダルトンまたはそれ以上の分子を排除し、非複合体形成(二機能性)代替抗体がフィルターを通過するメンブレンが必要である。サイズおよび膜排除特性を増大させるために、目的のリガンドは巨大なキャリア分子と化学的に抱合するか複合体形成することができる。
非結合(二機能性)代替抗体から標的リガンドに結合した(二機能性)代替抗体を分離するために使用される別のプロトコールは、本技術に利用可能である。例えば、溶液中に存在するリガンド結合(二機能性)代替抗体分子および遊離(二機能性)代替抗体分子を、サイズ排除カラムクロマトグラフィ、逆相クロマトグラフィ、サイズ排除/分子篩濾過、アフィニティクロマトグラフィ、電気泳動法、イオン交換クロマトグラフィ、溶解性の調整(例えば、硫酸アンモニウム沈殿またはメタノール沈殿)、免疫沈降、タンパク質変性、FACS密度勾配遠心分離を使用して分離することができる。リガンド結合および非結合(二機能性)代替抗体分子を、HPLCおよび蛍光標示式細胞分取器などの分析方法を使用して分離することができる。
固相への選択的固定を使用したアフィニティクロマトグラフィ手順を使用して、非結合(二機能性)代替抗体分子から標的リガンドに結合した(二機能性)代替抗体を分離することができる。このような方法には、アガロース、ポリエチレン、ポリスチレン、デキストラン、ポリアクリルアミド、ガラス、ナイロン、セルロースアセテート、ポリプロピレン、またはシリコンチップから構成される吸着剤(absorbent)への標的リガンドの固定を含み得る。
(二機能性)代替抗体の特異性鎖の増幅方法が以下に記載されているが、標的リガンドに結合した代替抗体をPCR増幅で使用して、親和性マトリクスから分離されているか分離されていない組み合わせ特異性領域を有するオリゴヌクレオチド鎖を産生することができると認識される。
一旦結合されると、抗体の結合親和性および触媒活性に基づいて(二機能性)代替触媒抗体を選択することができる。触媒抗体の1つの選択方法は、酵素触媒反応の遷移状態のアナログに結合する代替抗体を調査することである。
溶液と固相分離との組み合わせには、(二機能性)代替抗体結合によって得られた生理化学的効果に基づいて単離することができるリガンド抱合ミクロスフェアへの(二機能性)代替抗体の結合が含まれ得る。個別のミクロスフェア集団を、異なる標的リガンドまたは異なる方向の同一のリガンドと抱合した発色団、フルオロフォア、マグネタイトで個別に標識することができる。各ミクロスフェア集団に結合した(二機能性)代替抗体分子を、ミクロスフェアレポーター分子の特徴に基づいて分離し、異なるリガンドに対する複数の代替集団を同時に産生することができる。
複数の化学的に異なるリガンドに結合する(二機能性)代替抗体分子を同時に産生するための方法を使用することができる。例えば、この方法を使用して、メンブレンを通過することができない標的リガンド抱合体の混合集団について(二機能性)代替抗体を選択することができる。非抱合濾過可能リガンドとの代替抗体集団の連続的インキュベーションにより、濾過物中の非特異的(二機能性)代替抗体集団を分離することが可能である。濾過可能な標的リガンドの予備インキュベーションにより、その後の増幅のための保持物中の(二機能性)代替抗体集団を迅速に分画することが可能である。
iii.増幅方法
(二機能性)代替抗体分子の特異性鎖の増幅方法、(二機能性)代替抗体集団の特異性鎖の増幅方法、および/またはリガンド結合(二機能性)代替抗体複合体の特異性鎖の増幅方法を提供する。増幅は、分子または分子クラスのコピーの量または数を増大させる任意のプロセスまたはプロセスの組み合わせを意味する。以下の一連の3つの反応:選択したRNAのcDNAコピーの作製、各cDNAのコピー数を増加させるためのポリメラーゼ連鎖反応の使用、および選択RNAと同一の配列を有するRNA分子を得るためのcDNAコピーの転写によってRNA分子を増幅することができる。当業者に認識されるように、当分野で公知の任意の反応または反応の組み合わせ(直接DNA複製および直接RNA増幅などが含まれる)を必要に応じて使用することができる。増幅方法により、増幅混合物の比率は最初の混合物中の異なる成分配列の比率を本質的に代表するはずである。(二機能性)代替抗体分子中の特異性領域のいずれかの端の定常領域により特異性領域の構造が安定化する一方で、これらの領域を使用して(二機能性)代替抗体の増幅を容易にすることもできる。
(二機能性)代替抗体分子の特異性鎖の増幅方法、(二機能性)代替抗体集団の特異性鎖の増幅方法、および/またはリガンド結合(二機能性)代替抗体複合体の特異性鎖の増幅方法を提供する。増幅は、分子または分子クラスのコピーの量または数を増大させる任意のプロセスまたはプロセスの組み合わせを意味する。以下の一連の3つの反応:選択したRNAのcDNAコピーの作製、各cDNAのコピー数を増加させるためのポリメラーゼ連鎖反応の使用、および選択RNAと同一の配列を有するRNA分子を得るためのcDNAコピーの転写によってRNA分子を増幅することができる。当業者に認識されるように、当分野で公知の任意の反応または反応の組み合わせ(直接DNA複製および直接RNA増幅などが含まれる)を必要に応じて使用することができる。増幅方法により、増幅混合物の比率は最初の混合物中の異なる成分配列の比率を本質的に代表するはずである。(二機能性)代替抗体分子中の特異性領域のいずれかの端の定常領域により特異性領域の構造が安定化する一方で、これらの領域を使用して(二機能性)代替抗体の増幅を容易にすることもできる。
この様式では、特異性鎖集団が作製される。したがって、増幅された特異性鎖を適切な安定化鎖に接触させた場合、所望のリガンド結合親和性および/または特異性を有する(二機能性)代替抗体集団を形成することができる。リガンド相互作用の特異性を選択的に増大する方法および集団の結合親和性の増大方法を以下に提供する。
一旦所望の(二機能性)代替抗体または代替抗体組が同定されると、1つまたは複数のモノクローナル(二機能性)代替抗体クローンを同定し、大量のモノクローナルまたは会合したポリクローナル(二機能性)代替抗体試薬のいずれかを作製することがしばしば望ましい。モノクローナル(二機能性)代替抗体の捕捉は、増幅された特異性鎖集団から少なくとも1つの特異性鎖をクローン化するステップをさらに含む。クローン化した特異性鎖を、日常的な方法を使用して増幅し、その後第一の安定化ドメインが第一の定常領域と相互作用し、且つ第二の安定化ドメインが第二の定常領域と相互作用する条件下で適切な安定化鎖と接触させることにより、モノクローナル(二機能性)代替抗体集団を産生することができる。
核酸配列(特異性鎖の核酸配列など)の増幅方法は公知である。ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)は、例示的な核酸増幅方法である。PCR法は、例えば、Saiki et al.(1985)Science 230:1350-1354;Saiki et al.(1986)Nature 324:163-166;Scharf et al.(1986)Sciencek233:1076-1078;Innis et al.(1988)Proc.Natl.Acad.Sci.85:9436-9440;ならびに米国特許第4,683,195号および同第4,683,202号(それぞれの内容全体が本明細書中で参考として組み込まれる)に記載されている。
PCR増幅は、ssDNAの3’末端および5’末端に相補的な特異的オリゴヌクレオチドプライマー、DNAポリメラーゼを使用したプライマー伸長、およびDNA変性を使用した所望の一本鎖DNA(またはRNAのcDNAコピー)の反復複製サイクルを含む。伸長によって1つのプライマーから作製された産物は、他のプライマー由来の伸長のテンプレートとして作用する。PCT公開出願WO89/01050号に記載の関連する増幅方法には、二本鎖中間体を得るために増幅されるべき配列の上流にプロモーター配列の存在または移入が必要である。次いで、RNAポリメラーゼを使用して、中間体を含む二本鎖プロモーターの多RNAコピーを産生する。得られたRNAコピーを、逆転写酵素で処理して中間体を含むさらなる二本鎖プロモーターを産生し、これらをRNAポリメラーゼを使用した別の増幅ラウンドに供することができる。別の増幅方法は、特に、適切なベクターで選択されたDNAまたは選択されたRNAのcDNAコピーをクローン化するステップと、宿主生物にベクターを移入し、ベクターおよびクローン化DNAが複製および増幅されるステップとを含む(Guatelli et al.(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.87:1874)。一般に、選択された核酸配列を忠実且つ有効に増幅する任意の手段を使用することができる。増幅後の配列の比率が増幅前の混合物中の配列の相対的比率を少なくともおおよそ反映することのみが必要である。Crameri et al.(1993)Nucleic Acid Research 21:4110(本明細書中で参考として組み込まれる)も参照のこと。
この方法は、任意選択的に、適切な核酸精製工程を含み得る。
一般に、特異性領域のヌクレオチドを含む(二機能性)代替抗体鎖を増幅することができる。一般に、この鎖中で使用される任意の保存領域もまた増幅を妨害する分子を含まない。しかし、例えば、選択化学を介してPCRなどの方法によってこの鎖の増幅を妨害し得る安定化鎖に機能的部分を導入することができる。このような代替抗体を、本発明の方法にしたがって、任意の必要な生物学的および/または化学的工程によって産生することができる。
他の実施形態では、安定化鎖および特異性鎖は、安定化鎖の増幅を防止するために適切なプライマーと組み合わせて使用することができる非相同領域を含む。この実施形態の非限定的な例を図7および実施例の実施例4に示す。簡単に述べれば、この非限定的な例では、安定化鎖および特異性鎖は、特異性ドメインに対して5’に位置する約2、3、4、5、6、8、またはそれ以上のヌクレオチドが相同性を欠く。図7の斜線のボックスを参照のこと。特異性鎖の正の鎖の増幅に使用したプライマーは、特異性鎖の配列に相補的である。しかし、ミスマッチデザインによって、このプライマーは、安定化鎖の配列に対して3’末端で相同性を欠く。この相同性の欠如により、負の全長安定化鎖の増幅が防止される。したがって、この方法により、特異性鎖が優先的に増幅される。
iv.ステージング
選択された目的のリガンドに高親和性で特異的に結合する(二機能性)代替抗体エレメントの反復選択プロセスを、本明細書中で「ステージング」と命名する。ステージングは、高分子であるか免疫学的ハプテンサイズであり得る標的リガンドに結合する(二機能性)代替抗体分子の「捕捉および増幅」を意味する用語である。所望の(二機能性)代替抗体のこの同定が可能な種々の方法でステージングプロセスを修正することができる。例えば、「特異性の増大」により捕捉された集団から無関係または望ましくない(二機能性)代替抗体分子の数を排除または減少させる工程を使用することができる。さらに、「親和性を増大」させ、それにより標的リガンドに対して高親和性の(二機能性)代替抗体分子を選択することが可能である。ステージングプロセスは、目的の標的リガンドに対して高い親和性および特異性を有する(二機能性)代替抗体の迅速な単離および増幅に特に有用である。例えば、Crameri et al.(1993)Nucleic Acid Research 21:4410を参照のこと。
選択された目的のリガンドに高親和性で特異的に結合する(二機能性)代替抗体エレメントの反復選択プロセスを、本明細書中で「ステージング」と命名する。ステージングは、高分子であるか免疫学的ハプテンサイズであり得る標的リガンドに結合する(二機能性)代替抗体分子の「捕捉および増幅」を意味する用語である。所望の(二機能性)代替抗体のこの同定が可能な種々の方法でステージングプロセスを修正することができる。例えば、「特異性の増大」により捕捉された集団から無関係または望ましくない(二機能性)代替抗体分子の数を排除または減少させる工程を使用することができる。さらに、「親和性を増大」させ、それにより標的リガンドに対して高親和性の(二機能性)代替抗体分子を選択することが可能である。ステージングプロセスは、目的の標的リガンドに対して高い親和性および特異性を有する(二機能性)代替抗体の迅速な単離および増幅に特に有用である。例えば、Crameri et al.(1993)Nucleic Acid Research 21:4410を参照のこと。
特異的結合は、場合に応じて決定される用語である。所与の(二機能性)代替抗体分子と所与のリガンドとの間の所与の相互作用の文脈で、(二機能性)代替抗体の標的との優先的結合相互作用が(二機能性)代替抗体と無関係および/または望ましくない標的との間に認められる相互作用よりも高い場合に結合特異性が増大する。(二機能性)代替抗体分子を、特異的分子を捕捉、単離、および増幅するための「ステージング」プロセスを使用して必要に応じて特異的に選択することができる。
したがって、(二機能性)代替抗体の結合特異性を増大する方法は、a)非特異的部分結合(二機能性)代替抗体複合体集団を形成する条件下で目的のリガンドに結合することができる(二機能性)代替抗体分子集団を非特異的部分に接触させるステップであって、
前記代替抗体集団の代替抗体分子が特異性鎖および安定化鎖を含み、前記特異性鎖が第一の定常領域および第二の定常領域に近接する特異性領域を有する核酸配列を含み、前記安定化鎖が前記第一の定常領域と相互作用する第一の安定化ドメインおよび前記第二の定常領域と相互作用する第二の安定化ドメインを含むステップと、
b)前記非結合(二機能性)代替抗体分子集団から前記非特異的部分および前記非特異的部分結合(二機能性)代替抗体複合体集団を分配するステップと、
c)前記非結合(二機能性)代替抗体分子の特異性鎖を増幅するステップとを含む。
前記代替抗体集団の代替抗体分子が特異性鎖および安定化鎖を含み、前記特異性鎖が第一の定常領域および第二の定常領域に近接する特異性領域を有する核酸配列を含み、前記安定化鎖が前記第一の定常領域と相互作用する第一の安定化ドメインおよび前記第二の定常領域と相互作用する第二の安定化ドメインを含むステップと、
b)前記非結合(二機能性)代替抗体分子集団から前記非特異的部分および前記非特異的部分結合(二機能性)代替抗体複合体集団を分配するステップと、
c)前記非結合(二機能性)代替抗体分子の特異性鎖を増幅するステップとを含む。
結合親和性の増大方法は、前記第一の安定化ドメインが前記第一の定常領域と相互作用し、且つ前記第二の安定化ドメインが前記第二の定常領域と相互作用する条件下でステップ(c)の特異性鎖集団を安定化鎖と接触させるステップをさらに含み得る。
さらなる実施形態では、(二機能性)代替抗体集団は、(二機能性)代替抗体のライブラリーおよび/または選択された(二機能性)代替抗体集団を含む。
非特異的部分結合(二機能性)代替抗体複合体集団を形成する条件下での(二機能性)代替抗体集団の非特異性部分との接触によって(二機能性)代替抗体集団の結合特異性を増大する。この様式では、標的リガンドおよび種々の非特異的部分の両方と相互作用する(二機能性)代替抗体を、所望のリガンドに対してより高い特異性レベルを有する(二機能性)代替抗体集団から分配することができる。
「非特異的部分」は、所望の標的リガンドではない任意の分子、化合物、細胞、生物、ウイルス、ヌクレオチド、またはポリペプチドを意図する。産生される所望の代替抗体集団に依存して、当業者は、使用すべき最も適切な非特異的部分を認識する。例えば、所望の標的がプロテインYと95%の配列が同一のプロテインXである場合、プロテインXに対する(二機能性)代替抗体集団の結合特異性を、非特異的部分としてプロテインYを使用して増大させることができる。この方法では、プロテインXに対する相互作用が増大した(二機能性)代替抗体集団を産生することができる。例えば、Giver et al.(1993)Nucleic Acid Research 23:5509-5516およびJellinek et al.(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.90:11227-11231を参照のこと。
結合親和性は、(二機能性)代替抗体とリガンドとの間の結合相互作用の強度を説明する用語である。結合親和性の増大により、標的リガンドと(二機能性)代替抗体との間の結合相互作用が増大する。(二機能性)代替抗体と標的リガンドとの間の相互作用の結合親和性は、(二機能性)代替抗体が達成することができる検出感度に直接相関する。実際の適用において結合親和性を評価するために、結合反応条件は意図する用途の条件に匹敵しなければならない。最も正確な比較のために、溶液中およびその意図する適用の条件下での(二機能性)代替抗体と標的リガンドとの間の相互作用を反映する測定を行う。
したがって、本発明は、a)リガンド結合(二機能性)代替抗体複合体集団を形成するストリンジェントな条件下でリガンドを(二機能性)代替抗体分子集団に接触させるステップであって、
前記(二機能性)代替抗体集団の(二機能性)代替抗体分子が特異性鎖および安定化鎖を含み、
前記特異性鎖が第一の定常領域および第二の定常領域に近接する特異性領域を有する核酸配列を含み、
前記安定化鎖が前記第一の定常領域と相互作用する第一の安定化ドメインおよび前記第二の定常領域と相互作用する第二の安定化ドメインを含むステップと、
b)前記リガンド結合(二機能性)代替抗体複合体集団から前記リガンドおよび前記(二機能性)代替抗体分子集団を分配するステップと、
c)前記リガンド結合(二機能性)代替抗体複合体集団の特異性鎖を増幅するステップとを含む、(二機能性)代替抗体の結合親和性を増大する方法を提供する。
前記(二機能性)代替抗体集団の(二機能性)代替抗体分子が特異性鎖および安定化鎖を含み、
前記特異性鎖が第一の定常領域および第二の定常領域に近接する特異性領域を有する核酸配列を含み、
前記安定化鎖が前記第一の定常領域と相互作用する第一の安定化ドメインおよび前記第二の定常領域と相互作用する第二の安定化ドメインを含むステップと、
b)前記リガンド結合(二機能性)代替抗体複合体集団から前記リガンドおよび前記(二機能性)代替抗体分子集団を分配するステップと、
c)前記リガンド結合(二機能性)代替抗体複合体集団の特異性鎖を増幅するステップとを含む、(二機能性)代替抗体の結合親和性を増大する方法を提供する。
さらなる実施形態では、結合親和性を増大する方法は、前記第一の安定化ドメインが前記第一の定常領域と相互作用し、且つ前記第二の安定化ドメインが前記第二の定常領域と相互作用する条件下で上記のステップ(c)の特異性鎖集団を安定化鎖に接触させるステップをさらに含む。
さらなる実施形態では、(二機能性)代替抗体集団は、(二機能性)代替抗体のライブラリーおよび/または選択された(二機能性)代替抗体集団を含む。
この実施形態では、リガンド結合(二機能性)代替抗体複合体集団を形成するストリンジェントな条件下での所望のリガンドと(二機能性)代替抗体分子集団との接触により、所望のリガンドに対する結合親和性が増大した(二機能性)代替抗体を選択可能である。「ストリンジェントな条件」は、所望のリガンドと(二機能性)代替抗体集団との相互作用にストレスを与える任意の条件を意図する。このような条件は、目的のリガンドおよび(二機能性)代替抗体とリガンドが相互作用する好ましい条件に依存して変化する。選択されたストリンジェントな条件は代替抗体構造の形成に寄与すると認識される。このようなストリンジェントな条件の例には、浸透圧、pH、溶媒(有機または無機)、温度、またはその任意の組み合わせの変化が含まれる。ストリンジェントな条件を得ることができるさらなる成分には、疎水性結合、水素結合、静電気、およびファンデルワールス相互作用を和らげる(compromise)成分が含まれる。例えば、10%メタノールまたはエタノールは疎水性結合を和らげ、水溶性である。
条件のストリンジェンシーを、(二機能性)代替抗体:リガンド比によって操作することもできる。例えば、等しい(二機能性)代替抗体:リガンド比を使用した数ラウンドの選択後、比を1:10または1:100に増大させることができる。(二機能性)代替抗体の増加または標的リガンドの減少によってこれを増大させることができる。例えば、Irvine et al.(1991)J.Mol.Bio.222:739-761を参照のこと。結合条件のストリンジェンシーを増大させるためのさらなる変化には、塩濃度、結合平衡時間、結合緩衝液の希釈、ならびに洗浄の量および組成の変化が含まれる。条件のストリンジェンシーは、総集団の1%〜10%、10%〜20%、20%〜30%、30%〜40%、40%〜50%、60%〜70%、70%〜80%、80%〜90%、95%〜99%の抗体の減少に十分である。
さらに他の実施形態では、所望のリガンド結合特異性を有するモノクローナル(二機能性)代替抗体の同定および単離後、当業者は、特異性領域の変異誘発およびより強固な結合変異体のスクリーニングによって所望する目的のために分子の親和性をさらに増大させることができる。例えば、Colas et al.(2000)Proc.Natl.Acad.Science 97:13720-13725を参照のこと。
本発明は、以下の非限定的な実施例を参照してより深く理解される。
[実施例1:増幅不可能な安定化鎖を使用したリガンド結合代替抗体試薬の作製プロセス]
近接する定常ヌクレオチド配列を有する40ntのランダム特異性ドメイン配列を有する二量体分子を形成させるために自己会合オリゴヌクレオチド鎖(87nt+48nt)を使用して代替抗体(SAb)分子を産生した。リガンド結合、PCR増幅、結合/遊離の分離、および会合/再アニーリングのサイクルを使用して、SAb集団にBSA−アジポイル−BZ101抱合体および非抱合BZ101(2,2’,4,5,5’−ペンタクロロビフェニル)ハプテンに結合する分子を富化させた。
近接する定常ヌクレオチド配列を有する40ntのランダム特異性ドメイン配列を有する二量体分子を形成させるために自己会合オリゴヌクレオチド鎖(87nt+48nt)を使用して代替抗体(SAb)分子を産生した。リガンド結合、PCR増幅、結合/遊離の分離、および会合/再アニーリングのサイクルを使用して、SAb集団にBSA−アジポイル−BZ101抱合体および非抱合BZ101(2,2’,4,5,5’−ペンタクロロビフェニル)ハプテンに結合する分子を富化させた。
〔方法〕
A.代替抗体ライブラリーの形成:
ランダム40nt配列、FITC(F)、およびビオチン化(B)プライマーを含む87nt ssDNAオリゴヌクレオチドライブラリーを、IDTから購入した。可変領域に近接する定常配列領域中のヌクレオチド数を反映させるために、87nt ssDNAを#22−40−25(87g2)と命名した。これらは、代替抗体分子の特異性鎖であり、87量体の配列を以下に示し(上の鎖;配列番号18)、48ntオリゴヌクレオチド(安定化鎖)を以下に示す(下の鎖;配列番号19)。
可変配列のいずれかの端の2つの定常領域ヌクレオチドは、並列した48ntの安定化オリゴヌクレオチドのヌクレオチド配列に相補的である。安定化鎖は、FITC標識5’であり、オリゴヌクレオチド(#F21−10−17)(太字の塩基は87nt特異性鎖上の塩基と非相補性である)として参照される。
A.代替抗体ライブラリーの形成:
ランダム40nt配列、FITC(F)、およびビオチン化(B)プライマーを含む87nt ssDNAオリゴヌクレオチドライブラリーを、IDTから購入した。可変領域に近接する定常配列領域中のヌクレオチド数を反映させるために、87nt ssDNAを#22−40−25(87g2)と命名した。これらは、代替抗体分子の特異性鎖であり、87量体の配列を以下に示し(上の鎖;配列番号18)、48ntオリゴヌクレオチド(安定化鎖)を以下に示す(下の鎖;配列番号19)。
DI水中でオリゴを0.1mM(100pm/μl)に再構成し、ストック溶液として2mlネジ蓋バイアルにて−20℃で保存した。(再構成安定性についての製造者の主張は6ヶ月超である)。各20μlの作業アリコートをPCR反応チューブに分注し、−20℃で保存した。
B.選択;サイクル1
4μlの0.1mM ssDNAオリゴヌクレオチドA22−40−25(すなわち、「+87」)ライブラリー(2.4×1014分子)を、5’末端がFITC標識された4μlの0.1mM F21−10−17(すなわち、「−40」)および2μlの5×TNKMg5(すなわち、5mM MgSO4を含むTNK緩衝液)緩衝液と混合した。TNK緩衝液は、Tris緩衝化生理食塩水(pH8.0)である。5×ストックは250mM Tris HCL、690mM NaCl、13.5mM KClを含み、ワーキング緩衝液(1×)は50mM TrisHCl、138mM NaCl、および2.7mM KClを含む。TNK5Mgは5mM MgSO4(1M MgSO4ストックの200倍希釈物)を含む上記のTNKであり、5×TNK5Mgは25mM MgSO4(1M MgSO4の40倍希釈物)を含む5×TNKである。
4μlの0.1mM ssDNAオリゴヌクレオチドA22−40−25(すなわち、「+87」)ライブラリー(2.4×1014分子)を、5’末端がFITC標識された4μlの0.1mM F21−10−17(すなわち、「−40」)および2μlの5×TNKMg5(すなわち、5mM MgSO4を含むTNK緩衝液)緩衝液と混合した。TNK緩衝液は、Tris緩衝化生理食塩水(pH8.0)である。5×ストックは250mM Tris HCL、690mM NaCl、13.5mM KClを含み、ワーキング緩衝液(1×)は50mM TrisHCl、138mM NaCl、および2.7mM KClを含む。TNK5Mgは5mM MgSO4(1M MgSO4ストックの200倍希釈物)を含む上記のTNKであり、5×TNK5Mgは25mM MgSO4(1M MgSO4の40倍希釈物)を含む5×TNKである。
HYBAID PCR EXPRESSサーマルサイクラーを使用して、SAb分子をアニーリングした。オリゴ混合物を、96℃で5分間加熱し、温度を2℃/秒の速度で65℃に低下させ、この温度で20分間維持した。次いで、温度を2℃/秒の速度で63℃に低下させ、この温度で3分間維持した。次いで、温度を2℃/秒の速度で60℃に低下させ、この温度で3分間維持した。次いで、温度を2℃/秒の速度で3℃ずつ低下させ、温度が20℃に達するまで各温度で3分間保持した。60℃から20℃までの時間は40分である。総アニーリング時間は、1.5時間である。
代替抗体の形成についてアッセイするために、電気泳動を使用した。各分離ゲル上で、FAM−87およびF−48をロードして、対応するバンドおよびSAbの位置を決定した。並行ゲル(または分離ゲルの他の半分)上に、各アニーリングSAbのアリコート(0.5μl)の隣に10bpラダー、48ss、87ss、および保持PCR産物。上記由来の10μlの反応混合物を、7μlの60%w/vスクロースと混合した。混合物を、20%アクリルアミドゲル上にロードした。48nt(F21−10−17)およびdsSAbは、緑色蛍光バンドとして出現した。48バンドは、約50塩基対に泳動し、dsSAbは約304に泳動された。Sabの抽出後、ゲルをEtBr(10mg/mlを10ml緩衝液に溶解したうちの1μl)で染色する。標準的な分子量関数を使用して、約157bpに87バンドが出現する。
SAB87/48バンドを含むゲルフラグメントを切り出し、1.5mlエッペンドルフチューブに入れた。滅菌ピペットチップを使用してゲル画分を浸漬させ、0.05%v/vTween20を含む400μlTNKMg5緩衝液を添加し、サンプルを2時間/RTの低速での回転プラットフォームで震盪する。ゲルスラリーを吸引し、Pall Filter300Kに添加し、Eppendort5417R中にて1〜5000×g(7000rpm)で3分間スピンする。0.05%Tweenを含む40μlのTNKMg5緩衝液を体積440μlまで添加し、3分間遠心分離した。
濾過物の体積を測定する。10μlアリコートの濾過物および90μl緩衝液、ならびにWallac VICTOR2、mdl1420(プログラム名「フルオレセイン(485nm/535nm,1)」)を使用して、形成されたSabのRFU(相対蛍光単位)を測定した。緩衝液のみのブランクも測定した。バックグラウンドを差し引き、適切な希釈計数および体積を掛けることにより総蛍光を計算した。
20μlのBSA−aa−BZ101抱合体(10%MeOHv/vを含むTNKMg5 Tw0.05中の1μg/μlの抱合体濃縮物)と共に1/10の体積(40μl)のMeOHを濾過物に添加した。実施例5に概説するように、BSA−AA−BZ101抱合体を合成し、特徴付けた。サンプルを、1時間/RTでインキュベートした。
反応混合物を吸引し、新規のNanosep 100K遠心分離デバイスに添加し、1000g/3’で遠心分離した。(Nanosep 100Kおよび300K遠心分離デバイスをPALL-Gelman(カタログ番号OD100C33)から購入し、ポリエチレン基質上にOmega低タンパク質およびDNA結合修飾ポリエーテルスルホンを備えた遠心分離フィルターである。)フィルターを使用して、非結合SabからBSA−AD−BZ101に結合したSAbを分画した。保持物中の抱合体に結合したSAbを回収し、非結合SAbは濾過物に保持された。濾過物を吸引し、新規の1.5mlエッペンドルフチューブに添加した。100μlの混合物を除去し、Wallac VictorIIを使用してマイクロウェルプレート中でRFUを定量した。サイクル1について保持物を400μlアリコートのTNKMg5緩衝液(TweenおよびMeOHを含まない)を使用した1000g/3〜8’で1回だけ洗浄した(サイクル2については2回、サイクル3〜6については3回)。スピン時間は、フィルターごとに異なる(一般に、3〜8分間)。保持物はSAbを確保し、濾過物およびプールを保持し、保持物RFUと一致させるために蛍光×体積を測定した。濾過物を破棄した。
100μlアリコートのDI H2Oの添加、撹拌、および吸引によって保持物中のSAb(SAbが抱合体と結合する場合、MW>100KD)を回収した。回収した物質について総RFUを計算した。抱合物とインキュベートした開始量のSAb中の総量に対する総回収量の計算によって回収率を計算した。
C.PCR増幅
40サイクルのPCR増幅プログラムおよび2μMのプライマーF22−5および2μMのプライマーBio21−4を使用して保持物から回収したDNAを増幅した。Bio21−4は、−87オリゴヌクレオチドの5’末端にビオチンを添加する。
40サイクルのPCR増幅プログラムおよび2μMのプライマーF22−5および2μMのプライマーBio21−4を使用して保持物から回収したDNAを増幅した。Bio21−4は、−87オリゴヌクレオチドの5’末端にビオチンを添加する。
PCRプライマー。87鎖(特異性鎖)のみを増幅し、且つ−48鎖(安定化鎖)を増幅しないように、プライマーをデザインした。87鎖に相補するが48鎖に相補しない3’末端上に4〜5塩基を有することによってこれを行った。図7を参照のこと。非相補性の
4〜5塩基は、伸長の阻害に十分であった。
4〜5塩基は、伸長の阻害に十分であった。
PCR増幅のために使用したプライマー配列を以下に示した。プライマーF22−5は−87鎖から増幅させて新規の+87鎖を作製し、配列:5’FAM−GTA AAA CGA CGG CCA GTG TCT C3’(配列番号20)を含む。プライマーBio−21−4は+87から増幅させてビオチン標識−87を作製し、いくつかの実施形態では、これを使用して−48にアニーリングしない−87鎖を抽出することができる。Bio−21−4の配列は、bio−GGA TAA CAA TTT CAC ACA GGA ATC T3’(配列番号21)である。
プライマーを10mM Tris(EB)中で0.1mM(100pm/μl)に再構成し、ストック溶液として−20℃で2mlのネジ蓋付きバイアルに保存した(再構成物の安定性は6ヶ月超である)。20μlのワーキングアリコートを、PCR反応チューブに分注し、−20℃で凍結保存した。
PCR反応:10μlの保持物を、0.2ml PCRチューブに添加した。10mMの4つの各ヌクレオチド(A、G、C、T)、12μLの5Mベタイン(Sigma B-0300)および10μlの10pmole/μlの各プライマーの混合物を含む5μlのThermopol 10×緩衝液、1μlNTPストック溶液(PCR dNTP、ヌクレオチド三リン酸10mM(Invitrogen 18427.013)を添加した。QSを、DI H2Oで49.5μlにした。以下のパラメーターでプログラムを実行した。3分、94℃−65℃−72℃で30秒をそれぞれ35回、10℃で保持。PCR装置が96℃で5μlのTaq DNAポリメラーゼ((NEBiolabsカタログ番号MO267S)5U/μL)を添加し、反応物を混合し、PCR装置にセットした。
PCR反応後、5μLのPCR産物を、増幅およびバンドサイズを検証するための10bpラダーコントロールおよびssオリゴと共に3%アガロース1000ゲルまたは4%E−ゲルで泳動した。残存する増幅DNAを、100%エタノールを使用した塩沈殿によって精製する。特に、1/3体積(100μl)の8M酢酸アンモニウムを、200μlの増幅DNAに添加する。2.6倍の組み合わせ(DNA+酢酸アンモニウム)体積(約780〜800μl)の冷無水エタノール(−20℃)をチューブに添加する。チューブを撹拌し、氷上で1時間保存する。サンプルを、冷却遠心分離機で15’/14,000g/4℃で遠心分離する。ペレットに触れたり破壊することなく上清液を除去する。0.5mlの70%(V/V)エタノールを添加する。サンプルを穏やかに混合し、5’/14,000gで遠心分離する。ペレットを乱すことなく上清を除去し、室温での空気への曝露によって蒸発乾燥させる。
保持物から選択したDNAを増幅する場合、以下のコントロールも泳動する:DNAなし、87のみ、および48のみ。これにより、保持物由来のバンドが正しいサイズであり、プライマー二量体に起因しないことが確認される。SAbチューブ中で48鎖が増幅されないこともまた示す。単独で、−48は増幅し、−48コントロールチューブで検出することができる。これにより、増幅した場合に、SAbチューブ中でds48の位置が同定される。
再アニーリング:4μlの滅菌DI H2O+4μlの0.1mM−48ntオリゴヌクレオチド(F21−10−17)を含む8μlの溶液の添加によって、ペレットを再構成した。サンプルを、0.2mlPCRチューブに移し、2μlの5×TNKMg5緩衝液を添加した。(注意:過剰なF21−10−17(−48nt)プライマーの添加により、所望の+87/−48SAb分子の形成が駆動される)。
D.サイクル2〜6:SAbのアニーリング
アニーリングのために前に特定した温度プログラムを使用した0.2mlPCRチューブでの再構成物質の加熱によってdsSAbをアニーリングした。第1のサイクル後、複数のバンドが出現する。したがって、切断されたバンドが実際に新規のSAbであることを確認するために、並行SAbアリコートをその対応するPCR開始鎖と共に泳動した。SAbバンドがds87/48であることを確認するために、アリコートを除去し、変性ゲル(16%、2×尿素サンプル緩衝液中でボイル)で泳動し、分離ゲル由来のバンドが87鎖および48鎖の両方を含むことを確認した。
アニーリングのために前に特定した温度プログラムを使用した0.2mlPCRチューブでの再構成物質の加熱によってdsSAbをアニーリングした。第1のサイクル後、複数のバンドが出現する。したがって、切断されたバンドが実際に新規のSAbであることを確認するために、並行SAbアリコートをその対応するPCR開始鎖と共に泳動した。SAbバンドがds87/48であることを確認するために、アリコートを除去し、変性ゲル(16%、2×尿素サンプル緩衝液中でボイル)で泳動し、分離ゲル由来のバンドが87鎖および48鎖の両方を含むことを確認した。
120vで40分間電気泳動を行った。7μlの60%w/vスクロースを、10μlのDNAと混合し、サンプルをロードした。5’末端にFITCを有する任意のDNA成分(すなわち、SAb 87/48、ds48およびss48)が、長波長下で緑色蛍光バンドとしてゲル上に出現する。サイズマーカーとして利用可能なレーン中に5pMolのF21−10−17(−48ntプライマー)を泳動した。SAbは、20%アクリルアミド未変性ゲルにおいて250〜300ntのdsDNAと同時に移動することが認められた。SAb−ゲル部分を切り出し、250μlのTNKMg5Tw0.05緩衝液中に浸漬させた。サンプルを、低速の回転プラットフォームで撹拌しながら2時間/RTでインキュベートした。
ゲル上清をPall 300K遠心分離デバイスに移し、1〜5000g/3’で遠心分離してポリアクリルアミドを除去した。保持物を、50μlアリコートの緩衝液の添加によって洗浄し、1000g/3’で遠心分離した。その後の選択サイクルで使用するために、濾過物からSAbを回収する。
100μlアリコートの濾過物を使用してSAbおよび緩衝液ブランクのRFUをWallac Victor2によって上記のように測定した。
E.選択サイクル2〜7
サイクル1で1/10体積のMeOHおよび20μlのBZ101−aa−BSA(1μg/μl)を添加する。サンプルを1時間インキュベートし、Pall 100Kフィルターを使用して選択する。サイクル2については2回およびサイクル3〜6については3回洗浄後、保持物のRFUを測定した。バックグラウンドRFUを差し引くことにより、回収率を決定する。
サイクル1で1/10体積のMeOHおよび20μlのBZ101−aa−BSA(1μg/μl)を添加する。サンプルを1時間インキュベートし、Pall 100Kフィルターを使用して選択する。サイクル2については2回およびサイクル3〜6については3回洗浄後、保持物のRFUを測定した。バックグラウンドRFUを差し引くことにより、回収率を決定する。
負の選択。この実施例では、サイクル番号1〜6でBSAを使用した負の選択を行わなかった。
負の選択を所望する場合、250μlのSAb 87/48濾過物(FITCによって2〜20pMol)を、20μlの1μg/μl(20μg)BSA溶液と混合した。サンプルを、30’/RTでインキュベートした。Wallac VICTOR IIプログラムを使用して100μlアリコート中のRFUを測定した。
250μlの上記反応混合物(16%非変性PAGEおよび8M尿素を使用した8%変性PAGEのために20μlを確保する)を、Nanosep100K遠心分離濃縮器に添加した。フィルターを、1000g/15’/RTで遠心分離した。濾過物中の総体積は、約240μlであった。濾過物を吸引し、新規の1.5mlエッペンドルフチューブに入れる。100μlアリコートのRFUをチェックした。
200μl TNKMg5緩衝液の添加によってフィルターを洗浄し、遠心分離し(1000g/10’/RT)、遠心分離後にさらに200μlの同一の緩衝液を添加し、再度遠心分離し、100μlの同一の緩衝液を添加し、再度遠心分離した。100μlのDI H2Oを添加し、濾過し、撹拌し、保持物を吸引下。保持物の吸引によってBSAに結合したSAbのRFUをWallac VICTOR IIによって決定し、回収率を決定した。
200μlの負の選択を行った濾過物を、TNKMg5緩衝液中に懸濁した20μl(1μg/μl)のBSA−aa−BZ10抱合体を混合した。総体積約220μlの混合物を1時間/RTでインキュベートした。反応溶液を新規のNanosep100K遠心分離デバイスに添加し、1000g/3’で遠心分離した。TNKMg5緩衝液を使用して3回洗浄した。非結合(遊離)SAbの比率を決定するために、100μlアリコートの濾過物のRFUを測定した。
100μlのDI H2Oをフィルターに添加し、撹拌し、保持物を吸引した。全サンプルをマイクロタイタープレートのウェルに入れた。サンプルのRFUおよびバックグラウンドを測定し、回収率を計算した。
さらなる工程。100μlアリコート中に回収した1〜20%の結合SAbを、プライマーを使用したPCR増幅に使用した。前に記載のように、これにより、それぞれ50μl含まれる4つのチューブ中にdsDNAを再度作製する。SAb集団において回収率がさらに増大しなくなるまで負および正の選択サイクルを繰り返した。
抱合体添加前のポリクローナルSAbライブラリーとの遊離ハプテンの予備インキュベーションおよびその後の増幅のための濾過物の回収によってさらなるサイクルを実施することができる。高MeOH、界面活性剤、低pH、および/または塩の増加におけるSAbおよび抱合体のインキュベーションによって親和性富化のサイクルを実施することができる。抱合体に結合した高親和性の残存SAbを増幅する。1.結合、2.特異性富化、3.親和性の増大およびその後のモノクローナルSAbクローンの産生によってポリクローナルSAb産生プロセスを進行させる。
計算。抱合体とインキュベートした場合に存在するRFUの総量に対する回収された抱合体結合アリコート中の総RFU量を決定した。負の選択のために、BSAとインキュベートした場合に総RFU量に対する回収したBSA結合アリコート中のRFU量を決定した。濾過物から定量したRFUから非結合SAbおよび濾過デバイスでのロスを示すデータおよび補助的情報が得られる。
注釈:サイクル番号2〜5におけるDNA/抱合体比およびDNA/BSA比は、10〜100nM DNA/2,000nMタンパク質(すなわち、20〜200分子の抱合体またはBSAに対して1分子のSAb)であった。この計算により、抱合体が1モルのタンパク質あたり報告された20モルのBZ101を有すると推測される。(SAb 87/48−−BSA−aa−BZ101)複合体の分子量=(A22−40−25=217.4Kd)+(FM21−10−17=15.4Kd)+(BSA=67Kd)+(20BZ101=7Kd)。総量=約116.8Kd;2SAb1:1抱合体=約159.6Kd。
[実施例2:モノクローナルSAbの調製]
特異的プライマーを使用してPCRによってポリクローナルSAb集団を増幅して、二本鎖78ntおよび二本鎖40nt分子を先生する。信頼性の高いポリメラーゼおよび少数のPCRサイクル(25サイクル)の使用によって増幅物およびPCRエラーを最小にする。PCR産物を、31/2高分解能アガロースゲルで電気泳動し、78ヌクレオチドフラグメントを回収し、Qiagen Gel抽出キットによって精製する。精製78nt二本鎖DNAを、PCRクローニングベクター(pGEM−T−Easyなど)にクローン化して、各二本鎖78ntフラグメントコピーを含むプラスミドを産生する。大腸菌細菌(例えば、JM109株、Promega)を、エレクトロポレーションによってプラスミドで形質転換する。
特異的プライマーを使用してPCRによってポリクローナルSAb集団を増幅して、二本鎖78ntおよび二本鎖40nt分子を先生する。信頼性の高いポリメラーゼおよび少数のPCRサイクル(25サイクル)の使用によって増幅物およびPCRエラーを最小にする。PCR産物を、31/2高分解能アガロースゲルで電気泳動し、78ヌクレオチドフラグメントを回収し、Qiagen Gel抽出キットによって精製する。精製78nt二本鎖DNAを、PCRクローニングベクター(pGEM−T−Easyなど)にクローン化して、各二本鎖78ntフラグメントコピーを含むプラスミドを産生する。大腸菌細菌(例えば、JM109株、Promega)を、エレクトロポレーションによってプラスミドで形質転換する。
形質転換細菌を、100μg/mlアンピシリンを含むLB/寒天プレートで培養する。78ntフラグメントを含む細菌は白色のコロニーを形成し、78ntフラグメントを含まない細菌は13galを発現し、青色のコロニーを形成する。各白色コロニーを、液体増殖培地を含むマイクロウェル(例えば、SOC培地、Promega)に移し、37℃で一晩インキュベートする。
各ウェルからPCRマイクロプレートにアリコートを移した後、ウェルの内容物を増幅する。適切なプライマーおよびPCR条件の使用によって、PCR産物を精製する必要性を回避する。前に記載のプロセスである40ntフラグメントの添加および定義の加熱および冷却サイクルを使用したサーマルサイクラーでのハイブリッド形成を使用して、マイクロプレート中でSAb分子を会合する。
[実施例3:分析およびデータベースの構築]
モノクローナルSAbクローンの反応性パネルプロファイリングを使用して、市販のアプリケーションのために選択試薬で使用した結合特性を比較する。分析した特徴は、以下を含み得る:
1)標的リガンドの認識;
2)相対力価および親和性;
3)感受性;
4)特異性;
5)マトリクス効果;
6)温度効果;
7)安定性;および
8)商業的意義(commercial significance)の他の変化(例えば、溶解、エフェクター機能)。
モノクローナルSAbクローンの反応性パネルプロファイリングを使用して、市販のアプリケーションのために選択試薬で使用した結合特性を比較する。分析した特徴は、以下を含み得る:
1)標的リガンドの認識;
2)相対力価および親和性;
3)感受性;
4)特異性;
5)マトリクス効果;
6)温度効果;
7)安定性;および
8)商業的意義(commercial significance)の他の変化(例えば、溶解、エフェクター機能)。
標準的な試験プロトコールを使用し、各クローンから収集したデータを、リレーショナルデータ−ベースに入力する。
特徴づけアッセイは、会合したモノクローナルSAb試薬のアリコートを分析用の特定の特徴づけプレートに移す。親和性および滴定アッセイは、各試薬の相対親和性(Ka)および濃度を比較する。感受性アッセイは、低濃度の標的リガンドを検出して最小検出用量を評価する能力を比較する。特異性アッセイは、無関係/望ましくないリガンドのSAb認識を比較する。マトリクス干渉研究は、SAb結合に対する予想されるマトリクス成分の効果を評価する。温度効果は、結合との関係を評価する。安定性は、最も安定なクローンおよびさらなる評価に必要な問題を同定する。予想される適用に関連する他の特徴を、公知の手段を使用して評価することもできる。
[実施例4:PCB同族体BZ101に対する代替抗体87/48の調製]
近接する定常ヌクレオチド配列を有する40ntのランダム配列結合ループを有する二量体代替抗体分子を形成させるために自己会合オリゴヌクレオチド鎖(78nt+48nt)を使用して代替抗体(SAb)分子を産生した。リガンド結合、PCR増幅、結合/遊離の分離、および会合/再アニーリングのサイクルを使用して、SAb集団にBSA−アジポイル−BZ101抱合体および非抱合BZ101(2,2’,4,5,5’−ペンタクロロビフェニル)ハプテンに結合する分子を富化させた。
近接する定常ヌクレオチド配列を有する40ntのランダム配列結合ループを有する二量体代替抗体分子を形成させるために自己会合オリゴヌクレオチド鎖(78nt+48nt)を使用して代替抗体(SAb)分子を産生した。リガンド結合、PCR増幅、結合/遊離の分離、および会合/再アニーリングのサイクルを使用して、SAb集団にBSA−アジポイル−BZ101抱合体および非抱合BZ101(2,2’,4,5,5’−ペンタクロロビフェニル)ハプテンに結合する分子を富化させた。
A.選択;サイクル1
代替抗体の形成。以下の実験で使用する代替抗体のライブラリーを、以下の様に形成した。ランダム40nt配列ならびにFITC(F)およびビオチン化(B)プライマーを含む78nt ssDNAオリゴヌクレオチドのライブラリーを、Gbco-Invitrogen life technologiesから購入した。78nt ssDNAを、可変領域に近接する定常配列領域中のヌクレオチド数を反映させて#17−40−21と命名した。48ntオリゴヌクレオチド(すなわち、安定化鎖;配列番号23)と共に78量体配列(すなわち、特異的鎖;配列番号22)を以下に示す。
(78ntオリゴヌクレオチド(上の鎖として示す))
(48ntオリゴヌクレオチド(下の鎖として示す))
可変配列のいずれかの端の2つの定常領域のヌクレオチド配列は、並列48nt安定化オリゴヌクレオチドのヌクレオチド配列に相補的である。FITC標識5’−オリゴヌクレオチド(#F21−10−17)の太字の塩基は、78nt鎖上の塩基に非相補的である。DI水中で0.1mM(100pm/μl)のオリゴを再構成し、ストック溶液として2mlのネジ蓋付きバイアルにて−20℃で保存した。
代替抗体の形成。以下の実験で使用する代替抗体のライブラリーを、以下の様に形成した。ランダム40nt配列ならびにFITC(F)およびビオチン化(B)プライマーを含む78nt ssDNAオリゴヌクレオチドのライブラリーを、Gbco-Invitrogen life technologiesから購入した。78nt ssDNAを、可変領域に近接する定常配列領域中のヌクレオチド数を反映させて#17−40−21と命名した。48ntオリゴヌクレオチド(すなわち、安定化鎖;配列番号23)と共に78量体配列(すなわち、特異的鎖;配列番号22)を以下に示す。
(78ntオリゴヌクレオチド(上の鎖として示す))
可変配列のいずれかの端の2つの定常領域のヌクレオチド配列は、並列48nt安定化オリゴヌクレオチドのヌクレオチド配列に相補的である。FITC標識5’−オリゴヌクレオチド(#F21−10−17)の太字の塩基は、78nt鎖上の塩基に非相補的である。DI水中で0.1mM(100pm/μl)のオリゴを再構成し、ストック溶液として2mlのネジ蓋付きバイアルにて−20℃で保存した。
4μlの0.1mM ssDNAオリゴヌクレオチドA17−40−21(すなわち、「+78」)ライブラリー(2.4×1014個の分子)(すなわち、特異性鎖)を、5’末端でFITC標識した4μlの0.1mM F21−10−17(すなわち、「−40」)(安定化鎖)および2μlの5×TNKMg5(すなわち、5mM MgSO4を含むTNK緩衝液)緩衝液と混合した。TNK緩衝液は、Tris緩衝化生理食塩水(pH8.0)である(1×ストックは、50mM Tris HCl、138mM NaCl、および2.7mMKClを含む)。TNKMg5緩衝液は、TNK緩衝液+5mM MgSO4を含む。
HYBAID PCR EXPRESSサーマルサイクラー(プログラム名:「Primer」)を使用してSAb分子をアニーリングした。オリゴ混合物を96℃で5分間加熱し、この温度を2℃/秒の速度で65℃に低下させ、この温度を20分間維持する。次いで、温度を2℃/秒で63℃に低下させ、この温度を3分間維持する。ついで、温度を2℃/秒で60℃に低下させ、この温度を3分間維持する。ついで、温度を2℃/秒で3℃ずつ低下させ、温度が20℃に達するまで各温度で3分間保持した。60℃から20℃までの総時間は40分である。
10μlの上記由来の反応混合物を、7μlの60%w/vスクロースと混合し、1mmの16%アクリルアミドゲル(19:1のアクリルアミド:メチレンジサリチルアミド)にロードした。長波UV−366nmブラックレイランプモデルUVL−56を使用してゲルを試験した。緑色蛍光バンドとして40nt(F21−10−17)およびdsSAbが出現する。
「SAb 78/48」バンドをゲルから切り出し、ゲル画分を、0.05v/vTween20を含む400μlのTNKMg5緩衝液中に浸漬した。ゲルスライスを、低速のボルテックスにて2時間/室温で震盪した。
ゲルスラリーを吸引し、ゲル懸濁液をAmicon(Microcon)遠心分離デバイスに添加し、1000g/10’でスピンした。0.05%Tweenを含む40μlのTNKMg5緩衝液を添加し、サンプルを1000g/10’で遠心分離した。総体積は、440μl以下である。
40μlのMeOHを濾過物に添加した。抗体量を定量するために、100μlアリコートの濾過物およびWallac VICTOR2、mdl 1420(プログラム名「Fluorocein(485nm/535nm,1)」)を使用してRFU(相対蛍光単位)を測定した。
全SAb濾過物を、Nanosep 100K遠心分離デバイス(Pall-Gelman)に添加し、1000g/5’で遠心分離した。100μlアリコートの上記濾過物を使用して、RFUを定量した。
B.代替抗体の選択
上記由来の濾過物を、20μlのBSA−aa−BZ101抱合体(1μg/μlの抱合体濃度)を含むTNKMg5 Tw0.05(10%MeOHv/vを含む)を含む0.2mlのPCRチューブに添加した。BSA−AA−BZ101抱合体を、下記のように合成した。最終濃度10%v/vのメタノールを添加した。最終濃度0.05%w/vのTween20を添加した。サンプルを、1時間/RTでインキュベートした。
上記由来の濾過物を、20μlのBSA−aa−BZ101抱合体(1μg/μlの抱合体濃度)を含むTNKMg5 Tw0.05(10%MeOHv/vを含む)を含む0.2mlのPCRチューブに添加した。BSA−AA−BZ101抱合体を、下記のように合成した。最終濃度10%v/vのメタノールを添加した。最終濃度0.05%w/vのTween20を添加した。サンプルを、1時間/RTでインキュベートした。
反応混合物を吸引し、新規のNanosep 100K遠心分離デバイスに添加し、1000g/10’で遠心分離した。使用したNanosep 100K遠心分離デバイス(カタログ番号OD100C33 PALL-Gelman、ポリエチレン基質上にポリエチレンスルホンを修飾したOmega低タンパク質およびDNA結合の遠心分離フィルター)は、非結合SAbからのBSA−AD−BZ101に結合したSAbを分画することができた。抱合体に結合したSAbが保持物中に回収され、非結合SAbは通過して濾過物となった。濾過物を吸引し、新規の1.5mlエッペンドルフチューブに添加した。100μlを取り出し、Wallac VictorIIを使用してマイクロウェルプレート中でRFUを定量した。200μlアリコートのTNKMg5緩衝液(tweenおよびMeOHなし)を使用して保持物を1000g/10’で3回洗浄した。濾過物を破棄した。
保持物中のSAb(SAbが抱合物に結合した場合、MWは100KD超)を、100μlアリコートのDIH2Oの添加、撹拌、および吸引によって回収した。回収物質についての総RFUを計算した。抱合物とインキュベートしたSAbの総開始量に対する総回収量の計算によって回収率を決定した。
C.PCR増幅
40サイクルのPCR増幅プログラムならびに2μMのプライマーFM13−20および2μMのプライマーBioM13R48を使用して、保持物から回収したDNAを増幅させた。BioM13R48は、+78オリゴヌクレオチドの5’末端にビオチンを付加する。PCR反応により、+78nt、−48nt、−78nt、および+48nt鎖が増幅され、それによってSAbの理論的収量が減少する。
40サイクルのPCR増幅プログラムならびに2μMのプライマーFM13−20および2μMのプライマーBioM13R48を使用して、保持物から回収したDNAを増幅させた。BioM13R48は、+78オリゴヌクレオチドの5’末端にビオチンを付加する。PCR反応により、+78nt、−48nt、−78nt、および+48nt鎖が増幅され、それによってSAbの理論的収量が減少する。
PCR増幅に使用したプライマー配列を以下に示す。プライマー#FM13−20(配列番号24)は配列5’FITC−GTA AAA CGA CGG CCA GT3’を有し(FITCはフルオレセインイソチオシアネートである)、プライマー#BioM13R48(配列番号25)は配列5’Bio−GGA TAA CAA TTT CAC ACA GGA3’(Bioはビオチンである)を有する。DI中で0.1mM(100pm/μl)のプライマーを再構成し、ストック溶液として2mlのネジ蓋付きバイアル中にて−20℃で保存した。
100μlの保持物を、0.2mlPCRチューブに添加した。20μlのThermopol 10×緩衝液、4μl NTPストック溶液、および4μlの100pmole/μlの各プライマーを添加した。DI H2Oで最終体積を200μlにした。サンプルを混合し、PCR装置に入れた。温度が96℃に到達したとき、プログラムを中止し、10×ThermoPol反応緩衝液と共に2μlのDeep Vent(エクソヌクレアーゼ陰性)DNAポリメラーゼストック溶液(2単位/μl)(New England BioLabsカタログ番号M0259S)を添加した。10×ThermoPol緩衝液は、10mM KCL、10mM(NH4)2SO4、20mM Tris−HCL(pH8.8、2℃)、2mM MgSO4、および0.1%TritonX−100を含む。装置中で96℃に予め加熱した空の50μlPCRチューブに反応混合物を等分した。総増幅時間は、約2.5〜3時間であった。
等量のフェノール−クロロホルム−イソアミルアルコール溶液(25:24:1v/v)での抽出によって増幅DNAを精製した。200μlの増幅DNAを、1.5mlエッペンドルフチューブに移した。200μlの抽出溶液をチューブに添加した。チューブを撹拌し、5’/12,000gで遠心分離した。上清(緩衝液層)を吸引し、新規の1.5mlエッペンドルフチューブに移した。
吸引したDNA溶液を、100%エタノールを使用した塩沈殿に供する。100μlの8M酢酸アンモニウムを、約200μlの吸引DNAに添加した。2.6倍の組み合わせ(DNA+酢酸アンモニウム)体積(約780〜800μl)の冷無水エタノール(−20℃)をチューブに添加した。チューブを混合し、氷水中で30分間保存した。サンプルを、15’/12,000gで遠心分離した。上清を、吸引し、破棄した。0.5mlの70%(V/V)エタノールを添加し、サンプルを5’/12,000gで遠心分離した。ペレットを崩壊させないように上清を除去し、室温での空気への曝露によって蒸発乾燥させた。4μlの滅菌DI H2O+4μlの0.1mMプライマー(F21−10−17)を含む8μlの溶液の添加によって、ペレットを再構成した。サンプルを、0.2ml PCRチューブに移し、2μlの5×TNKMg5緩衝液を添加する。所望の+78/−48SAb分子の形成を優先する過剰なF21−10−17(−48nt)プライマーの添加によって代替抗体を再形成させた。
D.SAbのアニーリング
アニーリングのために前に特定した温度プログラムを使用した0.2ml PCRチューブ中での再構成物質の加熱によって、dsSAをアニーリングした。10μlのDNAを含む7μlの60%w/vのスクロースおよびロードサンプルを、16%アクリルアミドゲルにロードした。長波長(UV−366nmBLAK−RAY LAMPモデルUVL−56)下で緑色蛍光バンドとして5’末端にFITCを有する任意のDNA成分(すなわち、SAb78/48、ds48、およびss48)がゲル上に出現する。サイズマーカーとして5pMolのF21−10−17(−48ntプライマー)もゲルに泳動した。SAb 78/48の500〜600ntのdsDNAとの同時移動が認められる。SAb−ゲル片を切り出し、250μlのTNKMg5 Tw0.05緩衝液をサンプルに添加した。次いで、サンプルを、低速のボルテックスで撹拌しながら2時間/RTでインキュベートした。
アニーリングのために前に特定した温度プログラムを使用した0.2ml PCRチューブ中での再構成物質の加熱によって、dsSAをアニーリングした。10μlのDNAを含む7μlの60%w/vのスクロースおよびロードサンプルを、16%アクリルアミドゲルにロードした。長波長(UV−366nmBLAK−RAY LAMPモデルUVL−56)下で緑色蛍光バンドとして5’末端にFITCを有する任意のDNA成分(すなわち、SAb78/48、ds48、およびss48)がゲル上に出現する。サイズマーカーとして5pMolのF21−10−17(−48ntプライマー)もゲルに泳動した。SAb 78/48の500〜600ntのdsDNAとの同時移動が認められる。SAb−ゲル片を切り出し、250μlのTNKMg5 Tw0.05緩衝液をサンプルに添加した。次いで、サンプルを、低速のボルテックスで撹拌しながら2時間/RTでインキュベートした。
ゲル懸濁液をAmiconPCR遠心分離デバイスに移し、1000g/10’で遠心分離してポリアクリルアミドを除去した。50μlアリコートの緩衝液の添加によって保持物を洗浄し、1000g/10’で遠心分離した。濾過物から回収したSAbを、次の選択サイクルで使用する。100μlアリコートの濾過物を使用したFUによってWallac Victor2にてSabを定量した。
E.選択サイクル2〜7
サイクル番号1でBSAを使用した負の選択を行わなかった。負の選択混合物は、20μlの1μg/μl(20μg)のBSA溶液と共に250μlのSAb 78/48濾過物(FITCによって2〜20pMol)を含む。サンプルを30’/RTでインキュベートし、Wallac VICTOR IIを使用して100μlアリコートのRFUを測定した。
サイクル番号1でBSAを使用した負の選択を行わなかった。負の選択混合物は、20μlの1μg/μl(20μg)のBSA溶液と共に250μlのSAb 78/48濾過物(FITCによって2〜20pMol)を含む。サンプルを30’/RTでインキュベートし、Wallac VICTOR IIを使用して100μlアリコートのRFUを測定した。
250μlの上記反応混合物(16%未変性PAGEおよび8M尿素を含む8%変性PAGEのために20μlを確保する)をNanosep100K遠心分離機に添加する。濾過物を、1000g/15’/RTで遠心分離した。濾過物中の総体積は、約240μlであった。濾過物を吸引し、新規の1.5mlエッペンドルフチューブに入れる。100μlアリコートのRFUを決定した。
200μlTNKMg5緩衝液の添加によって濾過物を洗浄し、遠心分離し(1000g/10’/RT)、遠心分離後にさらに200μlの同一緩衝液を添加した。サンプルを再構成し、100μlの同一緩衝液を添加した。サンプルを再度遠心分離した。100μl のDI H2Oをフィルターに添加し、撹拌し、保持物を吸引する。保持物の吸引および回収率の決定によって、Wallac VICTOR IIにてBSAに結合したSAbのRFUを決定した。
200μlの負に選択された濾過物を、20μl(1μg/μl)のTNKMg5緩衝液中に懸濁されたBSA−aa−BZ10抱合体と混合した。サンプルを、1時間/RTでインキュベートした。反応物の総体積は220μlである。
新規のNanosep 100K遠心分離デバイスに反応溶液を添加し、1000g/15’で遠心分離した。TNKMg5緩衝液を使用してフィルターを3回洗浄した。非結合(遊離)SAbの比率と共に100μlアリコートの濾過物のRFUを決定した。
100μlのDI H2Oをフィルターに添加し、撹拌し、保持物を吸引した。全サンプルをマイクロタイタープレートのウェルに入れ、RFUおよび回収率を測定した。
PCR増幅のために、プライマー#BioM13R48(100pMol)およびFM13−20(100pMol)と共に100μlアリコート中で回収した1〜20%の結合SAbを使用した。これにより、それぞれ50μlの上記を含む4つのチューブ中でdsDNAが再度作製される。SAb集団中で回収率がさらに増大しなくなるまで負および正の選択サイクルを繰り返す。
遊離ハプテンのポリクローナルSAbライブラリーとの予備インキュベーション、その後の抱合体の添加、およびその後の増幅のための濾過物の回収によってさらなるサイクルを行うことができる。高MeOH、界面活性剤、低pH、および/または高濃度の塩の存在下でのSAbおよび抱合体のインキュベーションによって親和性増加サイクルを行うことができる。抱合体に結合した残存高親和性SAbを増幅した。ポリクローナルSAbの産生プロセスは、1)結合、2)特異性の増大、および3)モノクローナルSAbクローン産生前の親和性の増大によって進行する。
F.計算
抱合体とインキュベートした場合に存在する総RFU量に対する回収された抱合体結合アリコート中の総RFU量は、代替抗体の結合率を示す。
抱合体とインキュベートした場合に存在する総RFU量に対する回収された抱合体結合アリコート中の総RFU量は、代替抗体の結合率を示す。
負の選択のために、BSAとインキュベートした場合に存在する総RFU量に対する回収されたBSA結合アリコート中のRFU量を決定する。
さらなる計算は、非結合SAbおよび濾過デバイスでのロスを示すデータおよび情報が得られる濾過物から定量したRFUを含む。
サイクル番号2〜5におけるDNA/抱合体比およびDNA/BSA比は、10〜100nM DNA/2,000nMタンパク質(すなわち、20〜200分子の抱合体またはBSAに対して1分子のSAb 78/48)であることにさらに留意のこと。この計算により、抱合体が1モルのタンパク質あたり報告された20モルのBZ101を有すると推測される。さらに、(SAb 87/48−−BSA−aa−BZ101)複合体の分子量は、約113.4Kdである((A17−40−21=24Kd)+(FM21−10−17=15.4Kd)+(BSA=67Kd)+(20BZ101=7Kd)。2SAb:1抱合体の分子量は、約152.8Kdであり、1SAb:2抱合体の分子量は、約189.4Kdである。
[結果]
図1に示す代替抗体の産生を開始させて、ステム−ループ構造を有するアプタマーよりも万能なコア分子が得られた。デザインには、結合特異性ドメインをまとめた定常領域ドメインが組み込まれている。多オリゴヌクレオチド構造により、複数の標識(例えば、FITC、ビオチン)(同一であっても同一でなくてもよい)を簡単に結合させることが可能である。複数の自己指示且つ自己形成結合溝を容易に組み込むことができる。結合鎖から離れた安定化鎖により、必要に応じて化学修飾のための都合のよい部位が付与される。
図1に示す代替抗体の産生を開始させて、ステム−ループ構造を有するアプタマーよりも万能なコア分子が得られた。デザインには、結合特異性ドメインをまとめた定常領域ドメインが組み込まれている。多オリゴヌクレオチド構造により、複数の標識(例えば、FITC、ビオチン)(同一であっても同一でなくてもよい)を簡単に結合させることが可能である。複数の自己指示且つ自己形成結合溝を容易に組み込むことができる。結合鎖から離れた安定化鎖により、必要に応じて化学修飾のための都合のよい部位が付与される。
標的とのインキュベーション前の「安定化鎖」への「特異性鎖」のアニーリングによって代替抗体が形成される。結合する分子を、「特異性鎖」を優先的に富化する非対称PCRを使用して増幅する。定常配列(「安定化鎖」)を付加し、別の選択サイクルのために代替分子をアニーリングする。
結合ループ中のヌクレオチド数を変化させる「結合鎖」を使用して、代替抗体を会合することができる。これらの各分子は、異なる結合溝サイズおよび固有の結合配置を有する。図8は、「特異性」および「安定化」プライマーの異なる組み合わせを使用して会合した代替抗体の電気泳動の移動度を示す。フルオレセイン標識した「安定化鎖」(略語「F」)および非標識「特異性鎖」(略語「A」)を、これらの分子の産生で使用した。この組み合わせは、フルオレセイン標識した「安定化」鎖およびアニーリング分子の電気泳動移動度の有意な変化を示す(図9)。図9中のレーンは、以下を示す:レーン1、プライマーA78;レーン2、プライマーF40;レーン3、Synthetide(商標)「A58/F40」;レーン4、Synthetide(商標)「A58/F48」;レーン5、Synthetide(商標)「A88/F40」;レーン6、Synthetide(商標)「A88/F48」;レーン7、プライマーF48;レーン8、A88、レーン9、Synthetide(商標)「A78/F40」;レーン10、Synthetide(商標)「A78/F48」;レーン11、Synthetide(商標)「A78/F40」;レーン12、dsDNAマーカー(各鎖中のヌクレオチド数を右に示した);レーン13、プライマーF40。
分子の二本鎖の性質および約1:1の比「特異性」鎖および「安定化」鎖を検証するために、未変性アクリルアミドゲル電気泳動を使用して特徴付けた代替抗体を、変性ゲル(8%アクリルアミド、8M尿素)を使用して再度特徴付けた(図10)。図10中のレーンは、以下を示す:レーン1、A78/F40;レーン2、A78/F48;レーン3、A78/F40;レーン4、プライマーF48;レーン5、A88;レーン6、F48;レーン7、A88/F48;レーン8、A88/F40、レーン9、A58/F48;レーン10、A58/F40;レーン11、F40;レーン12、A78。
図11は、BSA−PCB(BZ101同族体)に対する代替抗体の選択および富化を示す。シグナル/ネガティブコントロールは、標的が存在しない(ネガティブコントロール)場合に回収された代替抗体の量に対する標的に結合した代替抗体の量の比率として示す。
[実施例5:IgGを認識するリガンド結合代替抗体試薬の作製方法]
実施例1に概説するように、近接する定常ヌクレオチド配列を有する40ntのランダム特異性ドメイン配列を有する二量体分子を形成するための自己会合オリゴヌクレオチド鎖(87nt+48nt)を使用して、代替抗体(SAb)分子を産生した。リガンド結合、PCR増幅、結合/遊離の分離、および会合/再アニーリングのサイクルを使用して、SAb集団にIgGポリペプチドに結合する分子を富化させた。選択方法は、実施例1で詳細に考察している。
実施例1に概説するように、近接する定常ヌクレオチド配列を有する40ntのランダム特異性ドメイン配列を有する二量体分子を形成するための自己会合オリゴヌクレオチド鎖(87nt+48nt)を使用して、代替抗体(SAb)分子を産生した。リガンド結合、PCR増幅、結合/遊離の分離、および会合/再アニーリングのサイクルを使用して、SAb集団にIgGポリペプチドに結合する分子を富化させた。選択方法は、実施例1で詳細に考察している。
図12は、IgGに対する代替抗体の選択および富化を示す。シグナル/ネガティブコントロールは、標的が存在しない(ネガティブコントロール)場合に回収された代替抗体の量に対する標的に結合した代替抗体の量の比率として示す。
明細書中に記載の全ての刊行物および特許出願は、本発明に属する当業者のレベルを示す。全ての刊行物および特許出願は、各刊行物または特許出願があたかも具体的且つ個別に参考として組み込まれるように示されるような範囲で本明細書中で参考として組み込まれる。
Claims (38)
- 特異性鎖および安定化鎖を含む単離二機能性代替抗体分子であって、
前記特異性鎖が第一の定常領域および第二の定常領域に近接する特異性領域を有する核酸配列を含み、
前記安定化鎖が前記第一の定常領域と相互作用する第一の安定化ドメインおよび前記第二の定常領域と相互作用する第二の安定化ドメインを含み、
前記二機能性代替抗体がさらに免疫調整薬に結合しており、
前記二機能性代替抗体分子が目的のリガンドと相互作用することができる、単離二機能性代替抗体分子。 - 前記安定化鎖および前記特異性鎖が異なる分子を含む、請求項1の単離二機能性代替抗体分子。
- 前記安定化鎖が、前記第一の安定化ドメインと前記第二の安定化ドメインとの間に第一のスペーサードメインをさらに含む、請求項1の単離二機能性代替抗体分子。
- 前記安定化鎖がアミノ酸配列を含む、請求項1の単離二機能性代替抗体分子。
- 前記安定化鎖が第二の核酸配列を含む、請求項1の単離二機能性代替抗体分子。
- 前記免疫調整薬が、安定化鎖、第一の定常領域、または第二の定常領域の少なくとも1つに結合する、請求項5の単離二機能性代替抗体分子。
- 前記免疫調整薬が、免疫グロブリン定常領域、免疫グロブリン定常領域の活性フラグメント、または免疫グロブリン定常領域の活性変異型を含む、請求項5の単離二機能性代替抗体分子。
- 前記免疫グロブリン定常領域が、IgG免疫グロブリン定常領域、IgG免疫グロブリン定常領域の活性フラグメント、またはIgG前記免疫グロブリン定常領域の活性変異型を含む、請求項7の単離二機能性代替抗体分子。
- 前記免疫調整薬が、サイトカイン、サイトカインの活性変異型、サイトカインの活性フラグメント、ケモカイン、ケモカインの活性変異型、またはケモカインの活性フラグメントを含む、請求項5の単離二機能性代替抗体分子。
- 前記免疫調整薬がCpGモチーフを含む核酸配列を含む、請求項5の単離二機能性代替抗体分子。
- 前記CpGモチーフが免疫刺激性を示す、請求項10の単離二機能性代替抗体分子。
- 前記免疫調整薬が、リポ多糖またはリポ多糖の活性誘導体を含む、請求項5の単離二機能性代替抗体分子。
- 前記免疫調整薬が、第二の特異性領域を含み、前記第二の特異性領域が、免疫応答レギュレーターと相互作用することができる、請求項5の単離二機能性代替抗体分子。
- 前記免疫応答レギュレーターがFγR受容体を含む、請求項13の単離二機能性代替抗体分子。
- 前記目的のリガンドが、ポリペプチド、細胞、微生物、有機分子、または無機分子からなる群から選択される、請求項5の単離二機能性代替抗体分子。
- 前記微生物がウイルスまたは細菌である、請求項15の単離二機能性代替抗体分子。
- 前記細胞が癌細胞である、請求項15の単離二機能性代替抗体分子。
- ヌクレオチドの糖の2’位が修飾された修飾ヌクレオチドをさらに含む、請求項5の単離二機能性代替抗体分子。
- ヌクレアーゼ分解耐性を増大させる機能的部分をさらに含む、請求項5の単離二機能性代替抗体分子。
- PCR反応におけるポリメラーゼ活性に対する耐性を増大させる非増幅可能部分を含む機能的部分をさらに含む、請求項5の単離分子。
- 請求項1の二機能性代替抗体を含む組成物。
- 目的のリガンドへの免疫調整薬の送達方法であって、
a)特異性鎖および安定化鎖を含む単離二機能性代替抗体分子であって、
前記特異性鎖が第一の定常領域および第二の定常領域に近接する特異性領域を有する核酸配列を含み、
前記安定化鎖が前記第一の定常領域と相互作用する第一の安定化ドメインおよび前記第二の定常領域と相互作用する第二の安定化ドメインを含み、
前記免疫調整薬が前記二機能性代替抗体分子に結合しており、
前記二機能性代替抗体分子が目的のリガンドと相互作用することができる単離二機能性代替抗体分子を含む組成物を被験体に投与するステップを含む方法。 - 前記安定化鎖および前記特異性鎖が異なる分子を含む、請求項22の方法。
- 前記安定化鎖が第二の核酸配列を含む、請求項22の方法。
- 前記免疫調整薬が、安定化鎖、第一の定常領域、または第二の定常領域に結合する、請求項22の方法。
- 前記免疫調整薬が、免疫グロブリン定常領域、免疫グロブリン定常領域の活性フラグメント、または免疫グロブリン定常領域の活性変異型を含む、請求項24の方法。
- 前記免疫グロブリン定常領域が、IgG免疫グロブリン定常領域、IgG免疫グロブリン定常領域の活性フラグメント、またはIgG免疫グロブリン定常領域の活性変異型を含む、請求項26の方法。
- 前記免疫調整薬が、サイトカイン、サイトカインの活性変異型、サイトカインの活性フラグメント、ケモカイン、ケモカインの活性変異型、またはケモカインの活性フラグメントを含む、請求項24の方法。
- 前記免疫調整薬がCpGモチーフを含む核酸配列を含む、請求項24の方法。
- 前記CpGモチーフが免疫刺激性を示す、請求項29の方法。
- 前記免疫調整薬が、リポ多糖またはリポ多糖の活性誘導体を含む、請求項24の方法。
- 前記免疫調整薬が、免疫応答レギュレーターと相互作用することができる第二の特異性領域を含む、請求項24の方法。
- 前記免疫応答レギュレーターがFγR受容体を含む、請求項32の方法。
- 前記目的のリガンドが、ポリペプチド、細胞、および微生物からなる群から選択される、請求項24の方法。
- 前記微生物がウイルスまたは細菌である、請求項34の方法。
- 前記細胞が癌細胞である、請求項34の方法。
- 哺乳動物被験体において目的のリガンドに対する免疫応答を調整する方法であって、
特異性鎖および安定化鎖を含む単離二機能性代替抗体分子であって、
前記特異性鎖が第一の定常領域および第二の定常領域に近接する特異性領域を有する核酸配列を含み、
前記安定化鎖が前記第一の定常領域と相互作用する第一の安定化ドメインおよび前記第二の定常領域と相互作用する第二の安定化ドメインを含み、
前記二機能性代替抗体分子が前記免疫調整薬に結合しており、
前記二機能性代替抗体分子が目的のリガンドと相互作用することができる単離二機能性代替抗体分子を哺乳動物被験体に投与するステップを含む方法。 - 前記免疫応答が刺激される、請求項37の方法。
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
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