JP2005508312A - Ｍｄｒ１に基づいた癌治療の改善のための手段および方法 - Google Patents

Abstract

本発明は、本発明に従ってのポリヌクレオチドを含む対立遺伝子を含む遺伝子型を有する患者における、結腸直腸癌、子宮頸癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、および膵臓癌の治療用医薬組成物を製造するための、イリノテカンまたはその誘導体の使用に関する。好ましくは、当該ポリヌクレオチドに含まれるヌクレオチドの欠失、付加、および/または置換により、対応する野生型対立遺伝子と比較しての変異型対立遺伝子の発現に変化をきたす、または対応する野生型対立遺伝子にコードされたポリペプチドと比較しての、変異型対立遺伝子にコードされたポリペプチドの活性に変化をきたすものとする。最後に本発明は、結腸直腸癌、子宮頸癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、および膵臓癌の患者のための適切な治療を選択する方法に関する。

Description

【技術分野】
【０００１】
本発明は、本発明に従ってのポリヌクレオチドを含む対立遺伝子を含む遺伝子型を有する患者における、結腸直腸癌、子宮頸癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、および膵臓癌の治療用医薬組成物を製造するための、カンプトテシン系薬剤、例えばイリノテカン（ＣＰＴ−１１）またはその誘導体の使用に関する。好ましくは、当該ポリヌクレオチドに含まれるヌクレオチドの欠失、付加、および/または置換により、対応する野生型対立遺伝子と比較しての変異型対立遺伝子の発現に変化をきたす、または対応する野生型対立遺伝子にコードされたポリペプチドと比較しての、変異型対立遺伝子にコードされたポリペプチドの活性に変化をきたすものとする。最後に本発明は、結腸直腸癌、子宮頸癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、または膵臓癌の患者のための適切な治療を選択する方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
イリノテカンは、東洋の樹木から得られる細胞毒性アルカロイドのカンプトテシン（ＣＰＴ）の半合成類似体であるが、このカンレンボクのカンプトテシン(Camptotheca acuminata Camptothecins)は、ＤＮＡの一方の鎖の可逆的な切断を誘導することによりＤＮＡ鎖のねじれを解消する酵素であるトポイソメラーゼＩを特異的に阻害することによる抗新生物形成活性を示す［D'Arpa,et al.,1989, Biochim Biophys Acta 989: 163-77, Horwitz, et al., 1973, Cancer Res 33: 2834-6］。イリノテカンおよびその活性代謝物ＳＮ−３８はトポイソメラーゼＩ−ＤＮＡ複合体に結合し、これらの一方の鎖の再連結を妨げる［Kawato, et al., 1991, Cancer Res 51: 4187-91］。イリノテカンは、親油性代謝物ＳＮ−３８（７−エチル−１０−ヒドロキシカンプトテシン）の水溶性プロドラッグとして作用し、このＳＮ−３８は、カンプトテシン部分とジピペリジノ側鎖の間のカルバメート結合のカルボキシルエステラーゼを介した開裂により、イリノテカンから生成される［Tsuji, et al., 1991, J Pharmacobiodyn 14:341-9］。カルボキシルエステラーゼ−２は、薬理学的濃度でこの加水分解に関与する主要な酵素である［Humerickhouse, et al., 2000, Cancer Res 60: 1189-92］。トポイソメラーゼの阻害およびイリノテカンの関与する１本鎖の切断は、主にＳＮ−３８に起因する［Kawato, et al., 1991, Cancer Res 51: 4187-91］。イリノテカンの投与は、げっ歯目由来の癌および様々な組織のタイプのヒトの癌の異種移植を行ったマウスにおいて、抗腫瘍活性が得られた［Furuta, et al., 1988, 癌と化学療法 15: 2757-60, Giovanella, et al., 1989, Science 246: 1046-8, Giovanella, et al., 1991, Casncer Res 51: 3052-5, Hawkins, 1992, Oncology (Huntingt) 6: 17-23, Kunimoto, et al., 1987, Cancer Res 47: 5944-7］。
【０００３】
イリノテカンはまた、ＣＹＰ３Ａ４およびＣＹＰ３Ａ５により酸化される［Hazz, et al., 1998, Drug Metab Dispos 26: 769-74, Kuhn, 1998,Oncology(Huntingt)12: 39-42, Santos, et al., 2000, Clin Cancer Res 6: 2012-20, Rivory, et al., 1996, Cancer Res 56: 3689-94］。ＳＮ−３８の主要な排泄経路はグルクロン酸との抱合により、対応するグルクロニド（ＳＮ−３８Ｇ）を形成することである［Atsumi, et al., 1991, Xenobiotica 21: 1159-69］。ＳＮ−３８Ｇは腸内ミクロフローラにより脱抱合され、ＳＮ−３８を生成することが報告されている［Kaneda, et al., 1990, Cancer Res 50: 1715-20］。ＳＮ−３８のグルクロン酸化はＵＧＴ１Ａ１およびＵＧＴ１Ａ７により仲介される［Lyer, et al., 1998, J Clin Invest 101: 847-54, Ciotti, et al., 1999, Biochem Biophys Res Commun 260: 199-202］。質量平衡の研究は総投与量の６４％が大便中に排泄されることを示し、胆汁排泄の重要な役割を立証した［Slatter, et al., 2000, Drug Metab Dispos 28: 423-33］。Ｐ糖タンパク質もまたイリノテカンの排泄にかかわっている［Chu, et al., 1998, Cancer Res 58: 5137-43, Chu, et al.,1999, Drug Metab Dispos 27: 440-1, Chu, et al., 1999, J Pharmacol Exp Ther 288: 735-41, Mattern, et al., 1993, Oncol Res 5: 467-74, Hoki, et al., 1997, Cancer Chemother Pharmacol 40: 433-8, Sugiyama, et al., 1998, Cancer Chemother Pharmacol 42: S44-9］が、多剤耐性タンパク質１（ＭＲＰ１）がイリノテカンおよびその代謝物の主要な輸送体であり［Kuhn, 1998, Oncology (Huntingt) 12: 39-42, Chen, et al., 1999, Mol Pharmacol 55: 921-8, Chu, et al., 1997, Cancer Res 57: 1934-8, Chu, et al., 1997, J Pharmacol Exp Ther 281: 304-14］、これらの胆汁排泄を促進しているが、その際にこれらが副作用の原因となることを、複数の研究が示唆している。
【０００４】
カンプトテシンに対する細胞の耐性、およびしたがってイリノテカンについての治療応答は、細胞内のカルボキシルエステラーゼの活性およびトポイソメラーゼＩの切断活性に関連していた［van Ark-Otte, et al., 1998, Br J Cancer 77: 2171-6, Guichard, et al., 1999, Br J Cancer 80: 364-70］。
【０００５】
このようなカンプトテシン系薬剤、例えばイリノテカン、の使用は、その副作用が致死的であると証明され得る悪心、嘔吐、腹痛、および下痢を含む、明らかに投与依存性の骨髄抑制および消化管毒性により限定される。イリノテカン治療の投与を限定する主な毒性は下痢であるが、これは患者の８８％までに起こり、ＳＮ−３８の胆汁排泄から二次的に起こる、腸内のＳＮ−３８の蓄積に依存し［van Ark-Otte, et al., 1998, Br J Cancer 77: 2171-6, Guichard, et al., 1999, Br J Cancer 80: 364-70, Araki, et al., 1993, Jpn J Cancer Res 84: 697-702］、その程度はＳＮ−３８のグルクロン酸化により決定される［Gupta, et al., 1994, Cancer Res 54: 3723-5, Gupta et al., 1997, J Clin Oncol 15: 1502-10］。骨髄抑制は、イリノテカンおよびＳＮ−３８双方の濃度−時間曲線における面積との相関が認められた［Sasaki, et al., 1995, Jpn J Cancer Res 86: 101-10］。
【０００６】
１９９７年に５−フルオロウラシル治療に難治性の転移性結腸直腸癌の患者に対してイリノテカンが承認されたにもかかわらず、治療の有益性は明確ではない。最近の結腸直腸癌に関する２０００名以上の患者を含む２つの大規模臨床試験は、治療の最初の６０日間以内にイリノテカンの毒性に関する死亡率がほぼ３倍に増加したため、National Institute of Cancer(NCI)により中止せざるをえなかった。死亡原因は下痢および嘔吐による脱水、ならびに好中球減少による敗血症であった［2001, arznei-telegramm 32:58］。イリノテカンは癌そのものに対しては有効であることが証明されたが、短期間の毒性のためすべての患者が長期的な生存による有益性を得ることはできなかった。したがってイリノテカンの毒性を最も受けやすいと思われるこれらの患者を同定することが、強く望まれる。
【０００７】
現在、他の抗新生物薬と併用して、最初にイリノテカンを６０から１２５ｍｇ/ｍ²の標準的な用量で３から４週毎に投与するコースを数回行い、続いての用量は個々の患者の治療への耐性に基づいて２５から５０ｍｇ/ｍ²の増量を調整する、というおおかたの治療計画に従って患者の治療を行っている。イリノテカンの関与する毒性からの回復のため、治療を１から２週間遅らせることがあるが、患者が回復しない場合には治療を中止しなければならない。ただし耐えられない毒性を発症しない場合には、患者が臨床的な有益性を得られている限り、さらなるコースによる治療を確定はできないが継続する。応答率は腫瘍のタイプにより１０％未満からほぼ９０％までと様々である。しかし治療への応答を評価し、代わりの治療を考慮するには少なくとも６から８週かかる。したがってその患者にとって適正な用量を見出すのは長たらしく、時間がかかり、そして、生命を脅かす副作用のリスクを負うこととなる。治療からの有益性の得られない患者がこのリスクを不必要に負う可能性もあり、加えてこれらの患者が彼らに適した治療を受ける前に貴重な時間が浪費されることになる。
【０００８】
さらに、多くの化学治療剤で観察されるように、治療に対して細胞の耐性が出現するリスクは、化学治療薬、例えばイリノテカンを至適以下で細胞を暴露することで増加する。
胆汁排泄（例えばＭＲＰおよびＰ糖タンパク質）の阻害剤およびＵＧＴ１Ａ１の誘導物質により薬物動態学的に修飾することが、カプトテシンの関与する毒性の低減手段として示唆された［Gupta, et al., 1996, Cancer Res 56: 1309-14, Gupta, et al., 1997, Cancer Chemother Pharmacol 39: 440-4］。シクロスポリンＡおよびフェノバルビタルと併用してのイリノテカンの臨床試験の予備データは、カンプトテシンの関与する下痢を抑えることに関してある程度期待できる結果を示す［Ratain, 2000, Clin Cancer Res 6: 3393-4］が、薬剤、例えばシクロスポリンＡおよびフェノバルビタルとの併用治療は、有害作用および薬剤相互作用のさらなるリスクを負うことにもなる。
【０００９】
ＳＮ−３８およびＳＮ−３８Ｇ双方の薬物動態は患者間に大きなばらつきがある［Canal, et al., 1996, J Clin Oncol 14: 2688-95］が、これはイリノテカンの代謝経路における患者間の相違によると思われる［Rivory, et al., 1997, Clin Cancer Res 3: 1261-6］。さらに重症のイリノテカンの毒性が、ギルバート症候群の患者で報告された［Wasserman, et al., 1997, Ann Oncol 8: 1049-51］。その結果、ＵＧＴ１Ａ１活性の低い患者はイリノテカンの毒性に対するリスクが高いという、イリノテカンの代謝についての遺伝的素因が示唆された［Iyer, et al., 1998, J Clin Invest 101: 847-54, Ando, et al., 1998, Ann Oncol 9: 845-7］。ＵＧＴ１Ａ１プロモーターにおける共通の多型［Monaghan et al., 1996, Lancet 347: 578-81］がin vitroのＳＮ−３８のグルクロン酸化と相関しており［Iyer, et al., 1999, Clin Pharmacol Ther 65:576-82］、その臨床使用の可能性が症例コントロール試験から示唆された［Ando, et al., 2000, Cancer Res 60: 6921-6］。しかしイリノテカンの関与する毒性がＵＧＴ１Ａ１の遺伝型によって予測できたのは、影響を受けた患者のうちの少数（＜１５％）にすぎなかった。
【００１０】
結論として、カンプトテシンに基づく治療の治療効能および安全性を有意に改善し、治療に起因する致死性を回避し、不必要な耐性の出現を回避し、有害作用および治療の遅れによる入院費用を削減することが切望されてきた。しかしイリノテカンの毒性を軽減する、または治療効能を改善するための納得できるメカニズムは現在解明されていない。
【００１１】
したがって本発明の根底にある技術的な問題は、結腸直腸癌、子宮頸癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、および膵臓癌の効率的な治療のための改善された手段および方法を提供することであり、それにより前述の有害な副作用を避けることができる。本発明の根底にある技術的な問題は、本請求項に特徴を示した態様により解決する。
【発明の開示】
【課題を解決するための手段】
【００１２】
したがって本発明は、以下からなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む対立遺伝子を含むゲノムを有する被験者における、癌、特に結腸直腸癌、子宮頸癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、および膵臓癌の治療用医薬組成物を製造するための、イリノテカンまたはその誘導体の使用に関し、その群は：
（ａ）ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ：３３７、３３８、３４１、３４２、３４５、３４６、３４９、３５０、３５３、３５４、３５７、３５８、３６１、３６２、３６５、３６６、３６９、３７０、３７３、３７４、３７７、３７８、３８１、３８２、３８５、３８６、３８９、３９０、３９３、３９４、３９７、３９８、４０１、４０２、４０５、４０６、４０９、４１０、４１３、４１４、４１７、４１８、４２１、４２２、４２５、４２６、４２９、４３０、４３３、４３４、４３７、４３８、４４１、４４２、４４５、４４６、４４９、４５０、４５３、４５４、４５７、４５８、４６１、４６２、４６５、４６６、４６９、４７０、４７３、４７４、４７７、４７８、４８１、４８２、４８５、４８６、４８９、４９０、４９３、４９４、４９７、４９８、５０１、５０２、５０５、５０６、５０９、５１０、５１３、５１４、５１７、５１８、５２１、５２２、５２５、５２６、６３６、６３７、６４０および/または６４１のいずれか一つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ：６０６、６０８、６１０、６１２、６１８、６２０、６２２、６２４、および/または６２８のいずれか一つのアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（ｃ）多剤耐性１（ＭＤＲ１）遺伝子とハイブリダイズすることのできるポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリヌクレオチドがＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:ＡＣ００２４５７）の１４０８３７、１４１５２９、１４１５９０、１４５９８４、１７１４０４、１７１４５６、１７１４６６、１７１５１１、１７１５１２、１７４９０１、１７５０６８、１７５０７４、１７５１４２、１７５１８０、１３９０１５、１３９０６４、１３９１１９、１３９１７７、１３９２７６、１４０１１８、１４０２１６、１４０４９０、１４０５６８、１４０５７６、１４０５９５、１４０７２７、１３９４７９、１３９６１９、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:ＡＣ００５０６８）の８４７０１、８３９４６、８３９７３、８４０３２、８４０７４、８４１１９、７７８１１、７８１７０、７３２５２、７０２００、７０２０４、７０２３７、７０２５３、７０３７１、６５２４１、５０５３７、４３２６３、４３１６２、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:Ｍ２９４３２）の１０１、３０８、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:Ｍ２９４４５）の１３７、１７６の位置に対応する位置に、少なくとも１つのヌクレオチドの置換または欠失を有する、ポリヌクレオチド；
（ｄ）ＭＤＲ１遺伝子とハイブリダイズることのできるポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリヌクレオチドがＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００５０６８）の８３９４６、７０２００、７０２３７、６５２４１、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：Ｍ２９４３２）の１０１、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００２４５７）の１４１５２９、１７４９０１、１３９１７７、１４０１１８、１４０５６８、１４０７２７、１３９４７９の位置に対応する位置にＡを有する、ＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：Ｍ２９４３２）の３０８、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００５０６８）の８４７０１、８３９７３、８４０７４、８４１１９、７８１７０、７０２０４、７０２５３、７０３７１、５０５３７、４３１６２、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：Ｍ２９４４５）の１３７または１７６、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００２４５７）の１４５９８４、１７１４６６、１７５０６８、１７５０７４、１３９０６４、１３９２７６、１４０５７６の位置に対応する位置にＴを有する、ＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００２４５７）の１４０８３７、１７１４０４、１７１４５６、１７１５１１、１７１５１２、１３９１１９、１４０４９０、１３９６１９、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００５０６８）の４３２６３の位置に対応する位置にＣを有する、ＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００５０６８）の８４０３２、７７８１１、７３２５２、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００２４５７）の１４１５９０、１７５１４２、１７５１８０、１３９０１５、１４０２１６、１４０５９５の位置に対応する位置にＧを有する、ポリヌクレオチド；
（ｅ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはその断片をコードするポリヌクレオチドであって、ここで、当該ポリペプチドが、ＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の２１、１０３、１６８、４００、８９３、９９９、１００１、１１０７および/または１１４１の位置に対応する位置にアミノ酸の置換を含む、ポリヌクレオチド；
（ｆ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはその断片をコードするポリヌクレオチドであって、ここで、当該ポリペプチドが、ＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の２１の位置に対応する位置でＡｓｎからＡｓｐに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の１０３の位置に対応する位置でＰｈｅからＬｅｕに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の１６８の位置に対応する位置でＶａｌからＩｌｅに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の４００の位置に対応する位置でＳｅｒからＡｓｎに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の８９３の位置に対応する位置でＡｌａからＳｅｒに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の９９９の位置に対応する位置でＡｌａからＴｈｒに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の１００１の位置に対応する位置でＡｌａからＴｈｒに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の１１０７の位置に対応する位置でＧｌｎからＰｒｏに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の１１４１の位置に対応する位置でＳｅｒからＴｈｒへのアミノ酸の置換を含む、ポリヌクレオチド；
である。
【００１３】
“イリノテカンまたはその誘導体”という用語は本発明にしたがって使用する場合、好ましくは以下の一般構造式を特徴とする物質、
【００１４】
【化１】

【００１５】
さらに米国特許ＵＳ０５１０６７４２号、ＵＳ０５３４０８１７号、ＵＳ０５３６４８５８号、ＵＳ０５４０１７４７号、ＵＳ０５４６８７５４号、ＵＳ０５５５９２３５号、およびＵＳ０５６６３１７７号に記載されている物質をいう。さらにまた“イリノテカンまたはその誘導体”という用語は、カンプトテシンの類似体および誘導体を含む。利用可能なカンプトテシン誘導体のタイプおよび範囲は当該技術分野の業者に周知であり、例えば以下の多数の書籍に記載されている［Hawkins, 1992, Oncology (Huntingt) 6:17-23, Burris, et al., 1994, Hematol Oncol Clin North Am 8: 333-35, Slichenmyer, et al., 1993, J Natl Cancer Inst 85: 271-91, Slichenmyer, et al., 1994, Cancer Chmother Pharmacol 34: S53-7］。活性なカンプトテシン類似体の特定の例は、６員環カンプトテシン類似体、９−ニトロ−カンプトテシン、９位または１０位がアミノ基、ハロゲンまたはヒドロキシル基で置換されている２０Ｓ抱合体（20S configuration）を含むカンプトテシン類似体、７位で置換されている水溶性カンプトテシン、９位で置換されているカンプトテシン、Ｅ環が修飾されているカンプトテシン、例えば（ＲＳ）−２０−デオキシアミノ−７−エチル−１０−メトキシカンプトテシン、および１０位で置換されているカンプトテシン類似体である［Emerson, et al., 1995, Cancer Res 55: 603-9, Ejima, et al., 1992, Chem Pharm Bull (Tokyo) 40: 683-8, Sugimori, et al., 1994, J Med Chem 37: 3033-9, Wall, et al., 1993, J Med Chem 36: 2689-700, Wani, et al., 1980, J Med Chem 23: 554-60, Kingsbury, et al., 1991, J Med Chem 34: 98-107］。類似の治療活性を有する、他の様々なカンプトテシン類似体が記載されている［Hawkins, 1992, Oncology (Huntingt) 6: 17-23, Burris and Fields, 1994, Hematol Oncol Clin North Am 8: 333-55, Slichenmyer, et al., 1993, J Natl Cancer Inst 85: 271-91, Slichenmyer, et al., 1994, Cancer Chemother Pharmacol 34: S53-7］。カンプトテシン類似体を合成する適切な方法が記載されている［Emerson, et al., 1995, Cancer Res 55: 603-9, Ejima, et al., 1992, Chem Pharm Bull (Tokyo) 40: 683-8, Sugimori, et al., 1994, J Med Chem 37: 3033-9, Wall, et al., 1993, J Med Chem 36: 2689-700, Wani, et al., 1980, J Med Chem 23: 554-60, Kingsbury et al., 1991, J Med Chem 34: 98-107, Sugasawa, et al., 1976, J Med Chem 19: 675-9］。
【００１６】
当該物質は記載されているように、例えば 結腸直腸癌、非小細胞肺癌および小細胞肺癌、食道癌、腎細胞癌、卵巣癌、乳癌、膵臓癌、扁平上皮細胞癌、白血病およびリンパ腫において、治療上有用であることが知られている［Kawato, et al., 1991, Cancer Res 51: 4187-91, Furuta, et al., 1988, 癌と化学療法15: 2757-60, Hawkins, 1992, Oncology (Huntingt) 6: 17-23, Slichenmyer, et al., 1993, J Natl Cancer Inst 85: 271-91, Slichenmyer, et al., 1994, Cancer Chemother Pharmacol 34: S53-7, Tsuruo, et al., 1988, Cancer Chemother Pharmacol 21: 71-4, Wiseman, et al., 1996, Drugs 52: 606-23, Gottlieb, et al., 1970, Cancer Chemother Rep 54: 461-70, Negoro, et al., 1991, J Natl Cancer Inst 83: 1164-8, Rowinsky, et al., 1994, Cancer Res 54: 427-36］。あらゆる化学的修飾の方法で得ることのできるこれらの物質の誘導体もまた本発明の使用に含まれるが、その場合該誘導体は本発明の使用に関して等しく十分に治療に適するものとする。本発明の物質の誘導体が本発明の使用に等しく十分に治療に適するかどうかを決定するため、当該技術分野の周知の生物学的アッセイを行うことができる。このようなアッセイは例えば以下に記載されている［Kawato, et al., 1991, Cancer Res 51: 4187-91, Furuta, et al., 1988, 癌と化学療法15: 2757-60, Giovanella et al., 1989, Science 246: 1046-8, Giovanella et al., 1991, Cancer Res 51: 3052-5, Kunimoto, et al., 1987, Cancer Res 47: 5944-7, Mattern, et al., 1993, Oncol Res 5: 467-74, Tsuruo, et al., 1988, Cancer Chemother Pharmacol 21: 71-4, Burris, et al., 1992, J Natl Cancer Inst 84: 1816-20, Friedman, et al., 1994, Cancer Chemother Pharmacol 34: 171-4］。
【００１７】
上の文献に記載されているいずれの化合物も本発明に使用してもよいことを企図する。
イリノテカンは特に結腸直腸癌、子宮頸癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、および膵臓癌の治療に十分に適することが示された。したがって、最も好ましくは本発明により使用する物質はイリノテカンである。
【００１８】
“医薬組成物”という用語は本明細書で使用する場合、本発明の物質および所望により１つまたはそれ以上の医薬的に受容可能な担体を含む。本発明の物質は医薬的に受容可能な塩として処方してもよい。受容可能な塩は酢酸塩、メチルエステル、ＨＣｌ塩、硫酸塩、塩化物などを含む。医薬組成物は、薬剤投与に従来より使用するあらゆる経路で、例えば経口、局所、非経口、または吸入により使い勝手よく投与することができる。物質は、従来の方法により標準的な医薬担体を薬剤に組み合わせて製造する、従来の剤形で投与することができる。これらの製法には、所望の調製物に適するように成分を混合、粒状化および圧縮または溶解することを伴ってもよい。医薬的に受容可能な担体または希釈剤の形および性質は、組み合わせる活性成分の量、投与経路、およびその他の周知の様々な変数により指定されることは理解されるだろう。担体（複数）は処方物の他の成分と共存でき、そのレシピエントに有害ではないという意味において“受容可能”でなければならない。使用する医薬的担体は、例えば固体または液体のいずれかであってもよい。固体の担体の例は、ラクトース、石膏、スクロース、タルク、ゼラチン、寒天、ペクチン、アカシア、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸などである。液体の担体の例は、リン酸緩衝化生理食塩水、シロップ、油、例えばピーナッツ油およびオリーブ油、水、エマルジョン、様々なタイプの湿潤剤、殺菌溶液などがある。同様に担体または希釈剤は、当該技術分野の周知の徐放剤、例えばグリセリルモノステアラート、グリセリルジステアラートを単独でまたはワックスと共に含むことができる。本発明による物質は様々な方法で投与して所望の効果を得ることができる。当該物質は、単独でまたは医薬調製物として処方してのいずれかで、治療を行う被験者に経口、局所、非経口または吸入のいずれかにより投与することができる。さらにこの物質は他の物質と共通の医薬組成物中に、または別々の医薬組成物としてのいずれかで、併用して投与することができる。
【００１９】
希釈剤は、組み合わせの生物学的活性に影響を与えないように選択する。このような希釈剤の例は、蒸留水、生理学的食塩水、リンガー液、デキストロース溶液、およびハンクス液がある。加えて医薬組成物または処方物はまた、他の担体、アジュバント、または非毒性の治療作用のない免疫原性のない安定剤などを含んでもよい。治療上有効な用量は、症状または状態を改善する本発明による物質の量をいう。このような化合物の治療効能および毒性は、細胞培養または実験動物における標準的な医薬的な方法により、例えばＥＤ５０（母集団の５０％において治療上有効な用量）およびＬＤ５０（母集団の５０％において致死的な用量）を決定することができる。治療効果および毒性の影響との間の用量の比率が治療係数であるが、これはＬＤ５０/ＥＤ５０の比率として表わすことができる。
【００２０】
投与計画は担当医および他の臨床的因子により決定されることになる；好ましくは先の述べた方法のいずれか一つにしたがって決定する。医学分野で周知のように、いずれの一患者に対する投与量も、患者の身長体重、対表面積、年齢、投与する特定の化合物、性別、投与時間および経路、全身の健康状態、および併用する他の薬剤を含む、多くの因子に依存する。経過は定期的な評価によりモニターすることができる。
【００２１】
典型的な用量は例えば５から１００ｍｇの範囲とすることができるが、この例示した範囲以下または以上の用量は特に前述の因子を考慮して推定する。一般に医薬組成物の規定の投与としての計画は、１μｇから１０ｍｇユニット/日の範囲とすべきである。投与計画が持続注入の場合、これもまた各々１分あたり１μｇから１０ｍｇユニット/ｋｇ体重の範囲とすべきである。経過は定期的な評価によりモニターすることができる。しかし被験者および投与方法によって、物質の投与量を約１ｍｇ/ｍ²体表面積から約５００ｍｇ/ｍ²体表面積の広い範囲で、通常２０から２００ｍｇ/ｍ²体表面積の範囲で変えてもよい。
【００２２】
当該明細書で述べた医薬組成物および医薬処方物は、本発明の使用にしたがって少なくとも１回投与する。しかし該医薬組成物および医薬処方物は１回以上、例えば隔週ごとに週１回から、何週間も回数を限定せずに投与してもよい。
【００２３】
本発明による物質の特定の処方物は医薬分野の周知の方法で調製し、通常、本明細書で述べた少なくとも１つの活性物質を、医薬的に受容可能な担体または希釈剤と混合して、あるいは会合して含む。このような処方物を作るため、活性物質（複数）は通常、担体と混合する、または希釈剤で希釈する、またはカプセル、プラスチック容器（sachet）、カシュー、紙もしくは他の適切な容器もしくはビヒクルに封入もしくはカプセル化するものとする。担体は、活性成分のためのビヒクル、添加剤または媒質とする固体、半固体、ゲルベース、または液体素材とすることができる。このような適切な担体は上述の物質および当該技術分野の周知の他の物質を含み、例えばRemington's Pharmaceutical Sciences, Mack Publishing Company, Easton, Pennsylvania を参照することができる。処方物は、錠剤、カプセル、座剤、溶液、懸濁液などの形を含む投与法に合わせることができる。
【００２４】
投与についての推奨は、誤った薬剤を誤った患者に誤った用量で処方する事を避ける情報を添えて、対象とする患者群により処方者が用量を調整できるように、製品にラベル表示して示すものとする。
【００２５】
“治療する”という用語は、治療を行った被験者または疾患の母集団における、疾患の症状の軽減、すなわち症状の沈静または該症状の進行阻止を意味する。疾患のこのような軽減は、疾患に伴う臨床症状の程度（例えば腫瘍サイズ）によりモニターすることができる。本発明は治療する患者の１００％に有効とはできないが、統計的に有意な患者数（ｐ値が０．０５未満）を治療する上で有効である。このような被験者数が有意かどうかは、統計学の検定、例えばスチューデントのｔ検定、カイ二乗検定、MannおよびWhitneyによるＵ検定、Kruskal-Wallis検定（Ｈ検定）、Jonckheere-Terpstra検定またはWilcoxon検定により決定することができる。
【００２６】
本発明は、米国特許ＵＳ０５１０６７４２号、ＵＳ０５３４０８１７号、ＵＳ０５３６４８５８号、ＵＳ０５４０１７４７号、ＵＳ０５４６８７５４号、ＵＳ０５５５９２３５号、およびＵＳ０５６６３１７７号における医薬組成物に関連して記載されたすべての態様もまた包含する。
【００２７】
“結腸直腸癌、子宮頸癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、および膵臓癌”という用語は、癌に関連する疾患および制御不全を含む。本発明の使用に含まれる好ましい疾患は、結腸直腸癌、子宮頸癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、および膵臓癌である。このような疾患および制御不全は当該技術分野で周知であり、付随する症状は、例えばStedmanのような標準的な教科書に記載されている。
【００２８】
“被験者”という用語は本発明の意味において使用される場合、動物、好ましくは当明細書で後に特定する動物、およびヒトを含む。
“変異型対立遺伝子”という用語は当明細書で使用する場合、ＭＤＲ１遺伝子に対応する当明細書で以下に述べるポリヌクレオチドの１つまたはそれ以上を含むポリヌクレオチドをいう。個々の被験者はＭＤＲ１遺伝子の少なくとも２つの対立遺伝子を保有しており、この場合該対立遺伝子は区別できることもあるし全く等しいこともある。本発明の使用に従って変異型対立遺伝子は、当明細書で以下に特定するポリヌクレオチドの少なくとも１つまたはそれ以上を含む。該ポリヌクレオチドは、変異型対立遺伝子の制御または機能に共同的影響を与え得る。好ましくは本発明の使用に従っての変異型対立遺伝子は当明細書で特定するポリヌクレオチドの少なくとも２つを含む。
【００２９】
本発明の内容において“ポリヌクレオチド”または“ポリペプチド”という用語は、本発明の使用に従って特定するポリヌクレオチドまたはポリペプチドの様々な変異型をいう。このような変異型は、当明細書で特定するポリヌクレオチドまたはポリペプチドの参照または野生型の配列、ならびに、構造または組成においてそれらと異なる変異型を含む。ポリヌクレオチドの参照または野生型の配列はGenbankのアクセション番号：ＧＩ：８８５０２３５、ＧＩ：１１１１８７４０、ＧＩ：１０２８１４５１、ＧＩ：１１１７７４５２、ＧＩ：１０２８１４５１、ＧＩ：６７０６０３７、Ｕ９１３１８、ＧＩ：７２０９４５１、ＡＣ０２６４５２、ＡＣ００３０２６、Ｕ９１３１８、ＡＦ０２２８３０、ＧＩ：７２０９４５１、ＡＣ０２６４５２、ＡＣ００３０２６、ＡＣ０２５２７７、ＡＦ０２２８２８、ＡＦ０２２８２９、ＡＦ０２２８３１、Ｕ０７０５０、ＡＣ００３０２６、ＡＣ００２４５７、ＡＣ００５０６８、Ｍ２９４３２、Ｍ２９４４５、およびＧＩ：１１２２５２５９、またはポリペプチドに関してはアクセション番号（Ｐｉｄ Ｎｏ）：Ｇ８８５０２３６、Ｇ２８２８２０６、Ｇ２５０６１１８、およびＧ１２６４４１１８である。構造または組成の差は通常、ヌクレオチドまたはアミノ酸の置換（複数）、付加（複数）および/または欠失（複数）により起こる。
【００３０】
好ましくは、本発明の使用に従って述べたこのようなヌクレオチドの置換（複数）、付加（複数）または欠失（複数）により、対応するポリペプチドのアミノ酸の１つまたはそれ以上に変化をきたす。変異型ポリヌクレオチドはまた、当該ポリヌクレオチドまたはポリペプチドのフラグメントも含む。このポリヌクレオチドまたはポリペプチド、ならびに前述のそのフラグメントは、例えば不十分な薬剤の取り込みおよび/または薬剤の取り込みの変化を含む、ＭＤＲ１の機能不全または制御不全を伴うものとして特徴付けられる。
【００３１】
本発明は、ＷＯ９９５７３２２、ＷＯ０１０９０８３、またはＵＳ５７８６３４４におけるポリヌクレオチドに関連して記載されたすべての態様もまた包含する。
“ハイブリダイズする”という用語は当明細書で使用する場合、ＭＤＲ１の機能不全または制御不全に関連する上述のポリヌクレオチドまたはその一部とハイブリダイズすることのできるポリヌクレオチドをいう：したがってこのようなハイブリダイズするポリヌクレオチドもまた、前記の機能不全および制御不全にも関連する。好ましくは、ＭＤＲ１の機能不全または制御不全に関連する上述のポリヌクレオチドまたはその一部とハイブダイズすることのできる該ポリヌクレオチドは、ＭＤＲ１の機能不全または制御不全に関連するポリヌクレオチドまたはその一部と、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９５％、または少なくとも１００％等しい。したがって、該ポリヌクレオチドはＲＮＡ調製またはＤＮＡ調製のノーザンブロットまたはサザンブロットの分析において各々プローブとして有用であってもよく、またはその各サイズによってＰＣＲ分析のオリゴヌクレオチドプライマーとして使用することができる。例えば電気泳動移動度シフト解析（ＥＭＳＡ）によるＤＮＡとタンパク質との相互作用の解析に有用なハイブリダイズするポリヌクレオチドもまた、本発明の使用に従って含まれる。好ましくはこのようなハイブダイズするポリヌクレオチドは、好ましくは少なくとも１０、より好ましくは少なくとも１５ヌクレオチド残基の長さを含むが、一方プローブとして使用するハイブダイズするポリヌクレオチドは、好ましくは少なくとも１００、より好ましくは少なくとも２００、または最も好ましくは少なくとも５００ヌクレオチド残基の長さを含む。
【００３２】
核酸分子を用いたハイブリダイゼーションの実験を行う方法は当該技術分野で周知であり、すなわち当該技術分野の業者は、本発明に従ってどのようなハイブリダイゼーションの条件を使用しなければならないかを理解している。このようなハイブリダイゼーションの条件は標準的な教科書、例えばMolecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory (1989) N.Y.に記述されている。ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、ＭＤＲ１の機能不全または制御不全に関連する上記ポリヌクレオチドまたはその一部とハイブリダイズすることのできるポリヌクレオチド、すなわち関係のないポリヌクレオチド、例えば本発明のＭＤＲ１ポリペプチドとは異なるポリペプチドをコードするポリヌクレオチドとはクロスハイブリダイズしないポリヌクレオチドが、本発明の使用に従って好ましい。
【００３３】
さらに被験者が当明細書で先に述べたポリヌクレオチドを有するかどうかを決定する方法は、当該技術分野で周知である。このような方法を行うため、該被験者からの生物学的素材、例えば単離細胞または単離組織、を含むサンプルを採取することが必要となるだろう。さらに当該技術分野で公知の方法として、例えばＰＣＲに基づく技術、ＲＦＬＰに基づく技術、ＤＮＡシーケンシングに基づく技術、ハイブリダイゼーション技術、一本鎖立体構造多型（ＳＳＣＰ）法、変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）、ミスマッチ切断部の検出、ヘテロ二本鎖の解析、質量分析法に基づく技術、ＨＰＬＣに基づく技術、プライマーの伸長に基づく技術、および５’ヌクレアーゼアッセイに基づく技術を含むことができる。先に特定したポリヌクレオチドが１つまたはそれ以上存在するかどうかを決定するために使用する好ましい便利な方法は、被験者から血液細胞を単離し、これら血液細胞から単離したゲノムＤＮＡについてＰＣＲに基づくアッセイを行うことであり、それによりＰＣＲを用いて、当明細書で先に特定した該ポリヌクレオチドまたはその一部の存在の有無を決定することができる。このような方法は以下におよび実施例においてより詳細に記載する。
【００３４】
“対応する”という用語は当明細書で使用する場合、位置は、先のヌクレオチドおよびアミノ酸の各番号によって決定されるだけではないことを意味する。１つまたはそれ以上のヌクレオチド（複数）の欠失、置換、または付加を含んでもよい、本発明の使用にしたがって与えられたヌクレオチドおよびアミノ酸の位置は、遺伝子またはポリペプチドの他の場所でのヌクレオチドまたはアミノ酸の欠失または付加によって変わり得る。したがって本発明に従っての“対応する位置”では、ヌクレオチドまたはアミノ酸は指示された位置とは異なるかもしれないが、同様の周囲のヌクレオチドまたはアミノ酸を有していると理解されなければならない。ヌクレオチドまたはアミノ酸の交換、欠失、または付加を含み得る当該ヌクレオチドまたはアミノ酸もまた、“対応する位置”という用語に含まれる。当該ヌクレオチドまたはアミノ酸は、例えばそれらの周囲と共に遺伝子の発現の制御、対応するＲＮＡの安定性またはＲＮＡの編集に関与し、ならびに機能的ドメインまたは本発明のタンパク質のモチーフをコード化し得る配列を形成してもよい。
【００３５】
例えば“１７９７０から１７９７０（１７９７０ to １７９７０）の位置”により、当該ポリヌクレオチドの対応する野生型バージョンの１７９７０の位置と１７９７０の位置との間で欠失した、１つまたはそれ以上の欠失ヌクレオチドを当該ポリヌクレオチドを含むことを意味する。同じ様式で表わした先の態様で述べた他のすべての位置の番号についても、同様なことが必要に応じて変更を加えて適用される。
【００３６】
例えば“１２２２/１２２３の位置”により、当該ポリヌクレオチドの対応する野生型のバージョンの１２２２および１２２３の位置の間に挿入された、１つまたはそれ以上の付加されたヌクレオチドを当該ポリヌクレオチドが含むことを意味する。同じ様式、すなわち２つの連続する番号をスラッシュ（/）で分離して表す、先の態様で述べた他のすべての位置の番号についても、同様なことが必要に応じて変更を加えて適用される。
【００３７】
本発明に従って、ＭＤＲ１遺伝子における遺伝子の多様性の形および母集団の分布、すなわちＭＤＲ１遺伝子の異なる対立遺伝子について、多数の異なる個体からのヒトの当該遺伝子の関連領域を配列分析することにより、分析を行った。ＭＤＲ１遺伝子を含む、個人のすべての遺伝子の遺伝的性質をつかさどる各個体のゲノムＤＮＡは、個人の血液サンプルから容易に精製できることは、周知の事実である。次にこれらのそれぞれのＤＮＡサンプルを、血液サンプルを提供した個体に存在するＭＤＲ１遺伝子の対立遺伝子の配列組成の分析に使用する。配列分析は、当該遺伝子の関連領域のＰＣＲ増幅、続いてＰＣＲ産物の精製を行い、その後確立された方法（例えばABI dyetermibator cycle sequencing）による自動的なＤＮＡシーケンシングを行った。
【００３８】
ヒトの血液のゲノムＤＮＡからのＰＣＲ産物を直接ＤＮＡシーケンシングすることにより、その人のＭＤＲ１遺伝子の遺伝子型を決定し、新たな変異型を同定する試みにおいて、考慮しなければならない１つの重要なパラメータは、ヒトは各々、各常染色体の遺伝子の２つの遺伝子のコピー（二倍性）を（通常、異常な例外はほとんどなく）保有している、という事実である。このため、ホモ接合体配列のバリエーションだけでなくヘテロ接合体のバリエーションもまた明確に同定することができるように、配列の評価には細心の注意を払わなければならない。ＭＤＲ１遺伝子の多型（ホモ接合体およびヘテロ接合体）の同定および特徴づけにおける様々なステップの詳細は、以下の実施例に記載する。
【００３９】
過去２０年にわたり遺伝的な異質性は、薬物反応の多様性の有意な原因としてますます認識されるようになってきた。多数の科学論文（Meyer, Ann. Rev. Pharmacol. Toxicol. 37 (1997), 269-296 および West, J. Clin. Phamacol. 37 (1997), 635-648）は、一部の薬剤が一部の患者には他の患者よりよく効いたり、あるいは非常に有毒とさえなり得る、そして患者の薬剤への反応におけるこのような多様性は分子レベルで相関させることができることを、明確に示した。この“ファーマコジェノミクス”の概念は、患者の薬剤への反応と遺伝的特性との相関に注目するものである（Marshall, Nature Biotchnology, 15 (1997), 954-957; Marshall, Nature Biotchnology, 15 (1997), 1249-1252）。薬剤治療に関する母集団の可変性というこの背景において、特定の薬剤に副作用を示さずに反応することのできる患者の同定および選別の有用な手段として、ファーマコジェノミクスが提案された。この同定/選択は、例えば患者の血液中の白血球からのＤＮＡの遺伝子型の決定による遺伝子多型の分子診断および疾患の特徴付けに基づいて行うことができる（Bertz, Clin. Pharmacokinet. 32 (1997), 210-256; Engel, J. Chromatogra. B. Biomed. Appl. 678 (1996), 93-103）。健康管理の設立者（the founders of health care）、例えば米国の健康維持機関（health maintenance organizations）および欧州の多くの国々の政府の保健機関（govament public health services）にとってこのファーマコジェノミクスのアプローチは、健康管理の改善、ならびに不必要な薬剤の開発、有効でない薬剤および薬剤投与による副作用に起因する健康管理にかかわるコストの削減の双方の解決法となり得る。
【００４０】
本発明の変異型遺伝子における変異は、単独でまたは組み合わされてのアミノ酸の欠失（複数）、挿入（複数）および特に置換（複数）をきたす。もちろん野生型遺伝子または他の変異型にこのような変異を遺伝子工学的に作成することもできる。当該遺伝子のＤＮＡ塩基配列にこのような修飾を導入する方法は、当該技術分野の業者によく知られている；例えばSambrook, Molecular Cloning A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory (1989) N.Y.を参照のこと。
【００４１】
本発明のポリペプチドのアミノ酸配列が一部変更されたもの (alternations)の性質を調べるには、例えばインターネットから入手できるＢＲＡＳＭＯＬを利用してもよい。さらに折りたたみ(folding)のシミュレーションおよびコンピューターによる構造モチーフの再デザインは、他の適当なコンピュータープログラムを用いて行うことができる（Oiszewski, Protein 25 (1996), 286-299; Hoffman, Comput. Appl. Biosci. 11 (1995), 675-679）。コンピューターは、詳細なタンパク質モデルのコンフォメーション分析およびエネルギーの分析についても利用することができる（Monge, J. Mol. Biol. 247 (1995), 995-1012; Renouf, Adv. Exp. Med. Biol. 376 (1995), 37-45）。これらの分析は、薬剤の代謝、結合、阻害、治療作用の仲介および/または輸送について、特定の変異の影響を同定するために用いることができる。さらに本発明の使用で特定したポリヌクレオチドによりコードされるポリペプチドの構造の変化の知識に基づいて、より効率的に代謝、修飾、輸送、排泄、および/または結合され得る、先に述べた物質の誘導体をデザインし合成することができる。それにより、本発明のポリヌクレオチドの１つまたはそれ以上の存在を特徴とする遺伝子型を有する被験者における、結腸直腸癌、子宮頸癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、および膵臓癌の治療に、より効率的な薬剤またはプロドラッグを、当明細書で述べた物質に基づいてデザインすることができる。
【００４２】
通常、本発明の使用に従って述べたポリヌクレオチドにコードされるタンパク質のアミノ酸配列における、このようなアミノ酸の欠失、付加または置換は、１つまたはそれ以上のヌクレオチドの置換、挿入もしくは欠失、またはそれらを組み合わせることによる。好ましくは前記のヌクレオチドの置換、挿入、または欠失により、以下のアミノ酸配列の置換をきたし得るものとする、すなわちＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の２１の位置に対応する位置でＡｓｎからＡｓｐに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の１０３の位置に対応する位置でＰｈｅからＬｅｕに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の１６８の位置に対応する位置でＶａｌからＩｌｅに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の４００の位置に対応する位置でＳｅｒからＡｓｎに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の８９３の位置に対応する位置でＡｌａからＳｅｒに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の９９９の位置に対応する位置でＡｌａからＴｈｒに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の１００１の位置に対応する位置でＡｌａからＴｈｒに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の１１０７の位置に対応する位置でＧｌｎからＰｒｏに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の１１４１の位置に対応する位置でＳｅｒからＴｈｒへの置換である。当明細書に述べた使用に従っていうポリヌクレオチドにコードされたポリペプチドは、本発明に従って述べた変異により変化した生物学的特性を有する。このような特性の変化の例は、ポリペプチドの安定性またはポリペプチドの量であり、そのことが以下のような変化に至る影響を及ぼすと考えられる。例えば薬剤代謝の変化、または薬剤輸送の変化、または基質の特異性の変化、または例えば薬剤代謝の不十分さもしくは薬剤代謝能の完全な喪失もしくは薬剤代謝能の増強を特徴とする触媒活性の変化、または例えば薬剤輸送の不十分さもしくは薬剤輸送能の完全な喪失を特徴とする輸送活性の変化、または例えば薬剤作用の変化、もしくは輸送の阻害もしくは誘導の変化を特徴とする基質の結合の変化、または例えばシグナル伝達経路の活性化の変化、もしくはタンパク質もしくは酵素の機能の変化を特徴とする受容体もしくは他の標的分子への結合の変化が挙げられる。これらの特性の変化が、本発明の使用に従って治療する被験者の上述の物質への薬理学的反応の障害を引き起こす。さらに、当明細書で特定した変異型対立遺伝子によりコードされたポリペプチドの特性のこのような変化により、該物質が被験者にとって危険もしくは有毒となる、または有害な副作用の原因となる物質の誘導体に至るように、該物質が化学的に修飾されてもよい。
【００４３】
本発明に従って検出されたＭＤＲ１遺伝子の変異を、表１および２に列記する。当該技術分野の業者には明らかなように、当明細書で先に特定したポリヌクレオチドの遺伝子の知識を用いて、患者の遺伝子型の正確な信頼できる特徴づけを行うことができる。
【００４４】
好都合なことに、イリノテカンまたはその誘導体に基づいた治療基準は、前記の遺伝子の知識を考慮するとより効率的に適用することができる。被験者の遺伝子の構成の知識により当該物質の有害な副作用を避けることができ、有効な有害でない投与量を個別に計算することができる。さらに前述の内容に従って、投与した薬剤が通常とは異なる影響を引き起こす場合には被験者の個々の遺伝子の構成の知識に基づいて、適切な個別の治療をデザインすることができる。このテーラーメイド治療はまた、治療への耐性の発生を避けるためにも適するだろう。該耐性は様々な化学治療薬剤による癌の化学治療における１つの大きな問題であり、その事実は当該技術分野で周知である。したがって本発明の使用は、当明細書で先に述べた物質の適当な投与量および/または適当な誘導体で、被験者を個別に治療することが可能となるため、当該物質の治療で所望される公知の効果に基づいた治療への適用の改善を提供する。それにより有害な、危険なまたは有毒な影響を効率的に避けることができる。さらに本発明の使用は、当明細書で先に述べた物質の治療が最も有益となりそうな被験者を薬剤治療を開始する前に同定し、このような被験者のみに当該物質による適当な投与量および/または適当な誘導体で治療することが可能となるため、当該物質の治療で所望される公知の効果に基づいた治療の適用の改善を提供できる。それにより、該物質による治療に反応しない被験者（無効患者）への不必要なおよび有害となり得る治療、ならびに至適以下の薬剤投与による薬剤耐性の出現を避けることができる。
【００４５】
本発明の使用の好ましい態様において、当該変異型対立遺伝子は以下からなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む：
（ａ）ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ：３４５、４１７または６３６のいずれか一つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ：６１２または６１８のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（ｃ）ＭＤＲ１遺伝子とハイブリダイズすることのできるポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリヌクレオチドがＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:Ｍ２９４３２）の１０１、ＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:Ｍ２９４４５）の１７６、またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:ＧＩ：１０１２２１３５）の８８８８３の位置に対応する位置に置換を有する、ポリヌクレオチド；
（ｄ）ＭＤＲ１遺伝子とハイブリダイズすることのできるポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリヌクレオチドがＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：Ｍ２９４３２）の１０１、もしくはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:ＧＩ：１０１２２１３５）の８８８８３の位置に対応する位置にＡを有する、またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：Ｍ２９４４５）の１７６、もしくはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:ＧＩ：１０１２２１３５）の８８８８３の位置に対応する位置にＴを有する、ポリヌクレオチド；
（ｅ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはその断片をコードするポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリペプチドが、ＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の４００または８９３の位置に対応する位置にアミノ酸の置換を含む、ポリヌクレオチド；および
（ｆ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはその断片をコードするポリヌクレオチドであって、ここで、、該ポリペプチドが、ＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の４００の位置に対応する位置でＳｅｒからＡｓｎに、または８９３の位置に対応する位置でＡｌａからＳｅｒへのアミノ酸の置換を含む、ポリヌクレオチド。
【００４６】
より好ましくは当該変異型対立遺伝子が以下からなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む：
（ａ）ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ：４１７または６３６の核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ：６１８のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（ｃ）ＭＤＲ１遺伝子とハイブリダイズすることのできるポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリヌクレオチドがＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:Ｍ２９４４５）の１７６、ＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:ＧＩ：１０１２２１３５）の８８８８３の位置に対応する位置に置換を有する、ポリヌクレオチド；
（ｄ）ＭＤＲ１遺伝子とハイブリダイズすることのできるポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリヌクレオチドがＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：Ｍ２９４４５）の１７６、またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:ＧＩ：１０１２２１３５）の８８８８３の位置に対応する位置にＴを有する、ポリヌクレオチド；
（ｅ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはその断片をコードするポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリペプチドが、ＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の８９３の位置に対応する位置にアミノ酸の置換を含む、ポリヌクレオチド；および
（ｆ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはその断片をコードするポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリペプチドが、ＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の８９３の位置に対応する位置でＡｌａからＳｅｒへのアミノ酸の置換を含む、ポリヌクレオチド。
【００４７】
最も好ましくは当該変異型対立遺伝子が以下からなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む：
（ａ）ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ：４１７の核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）ＭＤＲ１遺伝子とハイブリダイズすることのできるポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドがＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:Ｍ２９４４５）の１７６の位置に対応する位置に置換を有する、ポリヌクレオチド；および
（ｃ）ＭＤＲ１遺伝子とハイブリダイズすることのできるポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリヌクレオチドがＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:Ｍ２９４４５）の１７６の位置に対応する位置にＴを有する、ポリヌクレオチド。
【００４８】
本発明に従って、ＭＤＲ１に対応する変異型対立遺伝子が、イリノテカンまたはその誘導体の投与に対する当該被験者の薬理学的反応を変化させることが、驚くべきことに発見された。本発明に従って発見されたように、イリノテカンまたはその誘導体に基づく薬剤の薬物動態および被験者の薬理学的反応は、主にＭＤＲ１遺伝子によりコードされるポリペプチドにより支配されている。したがって本発明に従って適用される治療基準の予測可能性および/または有効性を高めるために、当明細書で述べた変異型対立遺伝子の存在の有無についての被験者の遺伝子の構成が決定されなければならず、その知識に基づいて、治療上最も有効となるそして本発明による物質に起因する有毒または有害な副作用を回避する、個別の治療を展開することができる。
【００４９】
本発明はまた以下を含む、結腸直腸癌、子宮頸癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、および膵臓癌を治療する方法に関する：
（ａ）当明細書で述べたポリヌクレオチドを含む変異型対立遺伝子の存在の有無を決定すること；および
（ｂ）イリノテカンの治療上有効な投与量を被験者に投与すること。
【００５０】
本発明の使用に従って使用する定義は、必要に応じて変更を加えて上記方法に適用される。さらに本発明の使用に従って述べたすべての態様は、本発明の方法に必要に応じて変更を加えて適用することができる。さらに当該技術分野の業者が過度の負担なくその知識および従来技術、例えば本明細書を通して述べた文献類に基づいて行うことのできる、前記方法のあらゆるさらなる開発もまた、本発明の方法に包含される。
【００５１】
本発明の使用の好ましい態様において、当該ポリヌクレオチドに含まれるヌクレオチドの欠失、付加および/または置換により、対応する野生型の対立遺伝子と比較しての、変異型対立遺伝子の発現に変化をきたす。先に述べたように、本発明の使用にしたがって述べた対立遺伝子は、ＭＤＲ１遺伝子に対応する。遺伝子がアミノ酸配列をコードする構造エレメントならびに同遺伝子の発現の制御に関与する制御エレメントを含むことは、当該技術分野で周知である。構造エレメントは、アミノ酸配列をコードすることができるか、またはアミノ酸配列はコードしていないがそれでも例えば同ＲＮＡの安定性または同ＲＮＡの核外への搬出を制御することにより、同ＲＮＡの機能に関連することができるかのいずれかである、エキソンにより表される。
【００５２】
遺伝子の制御エレメントはプロモーターエレメントまたはエンハンサーエレメントを含むことができ、その双方とも遺伝子発現の転写のコントロールに関与することができる。プロモーターが遺伝子の構造エレメントの上流に見出されることは、当該技術分野で非常によく知られている。しかしエンハンサーエレメントのような制御エレメントは遺伝子の遺伝子座全体に分散して見出され得る。制御エレメントは、例えばイントロン中に、すなわち遺伝子のエキソンを分離するゲノムＤＮＡ領域中に含まれ得る。プロモーターエレメントまたはエンハンサーエレメントは、該プロモーターエレメントまたはエンハンサーエレメントを含む遺伝子の制御に関与するポリペプチドを、引き付けたり結合したりすることのできるポリヌクレオチド断片に対応する。例えば該遺伝子の制御に関与するポリペプチドには、いわゆる転写因子を含む。
【００５３】
前記イントロンは、正しい遺伝子の発現に必要なさらなる制御エレメントを含み得る。イントロンは通常遺伝子のエキソンと共に転写され、その結果エキソンとイントロンの双方の配列を含む前駆体(nascent)ＲＮＡの転写産物が得られる。ＲＮＡ配列にコードされたイントロンは、ＲＮＡスプライシングとして知られる過程により通常切り取られる。しかしこのような過程もまた、転写産物ＲＮＡ上に存在する制御配列を必要とし、その制御配列はイントロンがコードする。
【００５４】
加えて転写のコントロールおよび正しいＲＮＡのプロセシングおよび/または安定性のコントロールにおけるこれらの機能のほかに、遺伝子の制御エレメントはまた、遺伝子座の遺伝的安定性のコントロールにも関与し得る。このようなエレメントは、例えば組み替え事象をコントロールしたり、または染色体上のＤＮＡの一定の構造もしくはＤＮＡの配置を維持したりする。
【００５５】
したがって一塩基多型は、先に述べたようなアミノ酸配列をコードする遺伝子の対立遺伝子のエキソンにおいて、同様に先に述べた過程に関与する制御領域においても起こり得る。本発明の使用に従って述べたポリヌクレオチドに含まれる多型は、ＭＤＲ１遺伝子の転写の増加または低下、遺伝子の転写産物ＲＮＡの安定性、および一次転写産物ＲＮＡのプロセシングの変化、を含むメカニズムを介してＭＤＲ１タンパク質の発現レベルに影響を与え得る。
【００５６】
野生型の対応する発現と比較した場合の、変異型対立遺伝子の発現の変化を決定する方法は、当該技術分野で周知であり、特に当明細書で先に述べた方法、例えばＰＣＲに基づく技術、ＲＦＬＰに基づく技術、ＤＮＡ配列決定に基づく技術、ハイブリダイゼーション技術、一本鎖立体構造多型（ＳＳＣＰ）法、変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）、ミスマッチ切断部の検出、ヘテロ二本鎖解析、質量分析に基づく技術、ＨＰＬＣに基づく技術、プライマーの伸長に基づく技術、および５’ヌクレアーゼアッセイに基づく技術を含む。野生型および変異型の対立遺伝子の各発現レベルを決定するためのこのような方法を行う前に、被験者からの生物学的素材、例えば単離細胞または単離組織を含むサンプルを採取する必要があるだろう。本発明の使用に従っての発現の変化は、野生型対立遺伝子の発現が変異型対立遺伝子の発現と有意に異なることを意味する。有意差は、標準的な統計学的方法、例えばスチューデントのｔ検定、カイ二乗検定、MannおよびWhitneyによるＵ検定により決定することができる。さらに当業者は、これらの方法および当該技術分野に公知の他の統計学的方法を、各自過度の負担なく適用することができる。
【００５７】
本発明の使用のより好ましい態様において、このような発現の変化は発現の低下または増加である。
本発明に従って述べた対立遺伝子の発現が、対応する野生型の対立遺伝子と比較して増加しているかまたは減少しているかを決定するため、公知の方法、例えばＰＣＲに基づく技術、ＲＦＬＰに基づく技術、ＤＮＡ配列決定に基づく技術、ハイブリダイゼーション技術、一本鎖立体構造多型（ＳＳＣＰ）法、変性勾配ゲル電気泳動（ＤＧＧＥ）、ミスマッチ切断部の検出、ヘテロ二本鎖解析、質量分析に基づく技術、ＨＰＬＣに基づく技術、プライマーの伸長に基づく技術、および５’ヌクレアーゼアッセイに基づく技術を適応することができる。上述のように、本発明の使用において述べた変異型対立遺伝子の発現レベルを決定するために、該被験者からの細胞または組織を含むサンプルを採取する必要があるだろう。発現の低下または増加は、これらのアッセイにおける野生型対立遺伝子に対する変異型対立遺伝子の発現レベルの有意差をその特徴とする。変異型対立遺伝子の発現が検出できない場合もまた、発現の低下に含める。
【００５８】
本発明の使用のさらに好ましい態様において、当該ポリヌクレオチドに含まれるヌクレオチドの欠失、付加、および/または置換により、対応する野生型対立遺伝子にコードされたポリペプチドと比較しての、変異型対立遺伝子にコードされたポリペプチドの活性に変化をきたす。先に述べたように、ＭＤＲ１遺伝子のコード領域に対応する、当明細書で特定したこれらのポリヌクレオチドを含む変異型対立遺伝子は、該変異型対立遺伝子にコードされるポリペプチドのアミノ酸配列に影響を与える。したがってこの変異型ポリペプチドは、これらの対応する野生型のポリペプチドと比較した場合、生物学的および/または免疫学的特性の変化を示す。本発明の使用に従っての好ましい変異型ポリペプチドは、生物学的活性の変化、すなわち触媒活性の低下、増加もしくは完全な喪失に至る酵素機能の変化、または輸送活性の低下、増加もしくは完全な喪失にいたる輸送機能の変化、またはシグナル伝達経路の活性化の変化、もしくは輸送体もしくは酵素機能の阻害の変化に至る受容体もしくは他の薬剤の標的への結合の変化を示すものである。野生型および変異型のポリペプチドの各活性を決定するための前記の方法を行う前に、該被験者から生物学的素材、例えば単離細胞または単離組織を含むサンプルを採取する必要があるだろう。対応する野生型のポリペプチドと比較して、変異型のポリペプチドの活性または発現レベルの変化があるかどうかは、当該技術分野で周知の標準的な技術により決定することができる。このような標準的な技術はＭＤＲ１に関する、例えばＥＬＩＳＡに基づくアッセイ、ＲＩＡに基づくアッセイ、ＨＰＬＣに基づくアッセイ、質量分析に基づくアッセイ、ウェスタンブロット解析、または当該技術分野で公知のアッセイ、および以下に記載されているアッセイ [Hitzl, et al., 2001, Pharmacogenetics 11: 293-8; Hoffmeyer, 2000 #77; van Helvoort, 1996 #115; Schumacher, 1997 #116; Cordon-Cardo, 1990 #117; Hafkemeyer, 1998 #118]を含むことができる。
【００５９】
本発明の使用に従っての活性の変化は、野生型ポリペプチドの活性が変異型ポリペプチドとは有意に異なることを意味する。有意差は、当明細書で先に述べた標準的な統計学的方法により決定することができる。
【００６０】
最も好ましくは前記の活性の変化は、活性の低下または増加である。
発現の増加または低下について述べたように、活性の低下または増加は、当明細書で述べたアッセイにおける野生型ポリペプチドに対する変異型ポリペプチドの活性の有意差を特徴とする。変異型対立遺伝子の活性が検出できない場合もまた、活性の低下に包含する。
【００６１】
さらに、本発明のさらなる好ましい態様において、前記被験者は動物である。
上述のように本発明の使用に従っての被験者は、動物を包含する。“動物”という用語は当明細書で使用する場合すべての動物、好ましくは脊椎動物、より好ましくは哺乳類に属する動物を包含する。さらにこの動物は、先に述べたポリヌクレオチドの１つまたはそれ以上を該動物のゲノムに組み入れるために、遺伝子導入および相同的組み換えを含む周知の技術により遺伝子操作することができる。遺伝子操作した動物を含む該動物を、当明細書で述べた物質またはその誘導体、好ましくはイリノテカンに基づいた薬剤またはプロドラッグの薬理学的効果を研究するために使用することができる。
【００６２】
上述の内容に従って、最も好ましくは前記動物はマウスまたはラットである。
Giovanella, et al., 1991, Cancer Res 51: 3052-5, Kunimoto, et al.,1987, Cancer Res 47: 5944-7, Kaneda, et al., 1990, Cancer Res 50: 1715-20 に詳細に記載されているように、該動物は、本発明の使用に従って述べた物質または誘導体の薬理学的特性を評価するために特に適している。
【００６３】
好ましくは前記マウスは機能的なＭＤＲ１を欠損するものとする。機能的なＭＤＲ１を欠損する該マウスを作成する方法は、当該技術分野で周知である。例えば該マウスは、Schinkel, 1998, Int J Clin Pharmacol Ther 36: 9-13, Schinkel, et al., 2000, Pharmacogentics 10: 583-90 においてＭＤＲ１について記載されているように、相同組み換えにより作成することができるだろう。
【００６４】
さらに本発明の使用のより好ましいもう１つの態様において、前記被験者はヒトである。
特に本発明は上記から明らかなようにヒトに適用することができる。本発明の使用は、結腸直腸癌、子宮頸癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、および膵臓癌の患者において治療を行うまたは副作用を防ぐために適用するものとする。上記物質またはその誘導体の薬理学的効果は、ヒトについて十分に述べられている。しかし従来の治療は、患者の個別の遺伝子の構成を考慮していない。民族による母集団は異なる遺伝的背景を有し、そのことがまた変異型対立遺伝子の機能または制御にも影響を及ぼす可能性があり、それにより本発明に従って薬剤またはプロドラッグの主成分として使用する物質または誘導体に対する患者の薬理学的反応は異なってくる。
【００６５】
前述の観点においてこのようなヒトは、アフリカ系の母集団から細心の注意を払って選択するが、この母集団は白人または日本人（約５０％）に比してＭＤＲ１のより高発現の対立遺伝子（アクセション番号Ｍ２９４４５のＭＤＲ１遺伝子の１３７の位置に対応する位置にヌクレオチドＣを有する）をより高頻度（約８０％）に示し、そのためイリノテカンの毒性をより受けやすい（母集団の頻度のデータは以下から入手 [Cascorbi, et al., 2001, Clin Pharmacol Ther 69: 169-74, Ameyaw, et al., 2001, Pharmacogenetics 11: 217-21, Ito, et al., 2001, Pharmacogenetics 11: 175-84]）。
【００６６】
本発明はまた、癌、特に結腸直腸癌、子宮頸癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、および膵臓癌の患者に対する適切な治療を選択するための方法にも関するが、その際前記方法は以下を含む：
（ａ）被験者から得たサンプル中の該被験者のゲノムについて、先に述べた変異型対立遺伝子の存在の有無を決定すること；および
（ｂ）（ａ）で得られた結果に基づいて、該被験者のための適切な治療を選択すること。
【００６７】
先に示した用語の定義および説明を、必要に応じて変更を加えて先の方法に適用する。
“適切な治療”という用語は当明細書で使用する場合、本発明による物質を選択し、該物質を一定の投与量で被験者に投与し、その際該物質および該投与量を、本発明の使用に従って述べた変異型対立遺伝子の存在の有無の知識に基づいて選択することを意味する。該物質および該物質の該投与量は、一方ではそれらが結腸直腸癌、子宮頸癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、および膵臓癌の治療または予防に最も効率的となるよう、他方ではそれらが有毒または有害な副作用の原因とならないように選択する。
【００６８】
上記から明らかなように適切な治療を選択するための必要前提条件は、本発明の使用に従って述べた変異型対立遺伝子の存在の有無に関する知識である。したがって本発明の方法は、該被験者から得たサンプル中の該変異型対立遺伝子の存在の有無を決定することを包含する。被験者から得るサンプルは、該変異型対立遺伝子の存在の有無の決定に適する生物学的素材、例えば単離細胞または単離組織を含む。本発明の方法の変異型対立遺伝子の存在の有無の決定するための方法は、当明細書で先に述べた方法を含む。
【００６９】
本発明の方法によって、結腸直腸癌、子宮頸癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、および膵臓癌の被験者、好ましくはヒトのための適切な治療を効率的に選択することが可能となる。したがって誤った薬剤投与に基づいた患者への誤った治療およびその結果、例えば癌治療に対する耐性の出現およびその後の健康管理コストの増大を効率的に回避することができる。さらに高リスクの患者を最初の投与前に治療から除外することができ、および/または薬剤治療の開始前に個人の遺伝子の構成により投与量を調整することができる。また、上述の輸送体（例えばＭＤＲ１）の遺伝子の阻害剤を、遺伝的に定義されたサブ母集団の患者に適用することができる。このように有害作用を避けることができ、時間を浪費せず、高価な薬剤モニタリングに基づく用量調査をすることなく、より早く最適用量レベルを得ることができる。このことが医療コストおよび疾患の間接的コスト（例えば患者の入院時間の短縮および入院頻度の減少）の削減が可能とする。
【００７０】
以下の項目もまた本発明に包含される。先に行った定義および説明を、請求項を特徴付けるために使用する用語に必要に応じて変更して適用する。
１．以下を含む癌の患者を治療するためにイリノテカンを使用する方法：
（ａ）患者が、癌組織中にＭＤＲ１遺伝子の１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子を有するかどうかを決定すること；
（ｂ）１つまたはそれ以上の該変異型対立遺伝子を有する患者において、該変異型対立遺伝子を有する患者を治療するのに十分な量のイリノテカン、すなわちＭＤＲ１遺伝子中の患者の対立遺伝子に関係なく投与する量と比較して、増量または減量した量を同患者に投与すること。
【００７１】
２．癌が結腸直腸癌、子宮頸癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、または膵臓癌である、項目１の方法。
３．以下を含む項目２の方法：
（ａ）１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子が、患者におけるＭＤＲ１遺伝子産生物の低い量の発現という結果をもたらすため、毒性を回避するためにその患者に投与するイリノテカンの量を減量すること；または
（ｂ）１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子が、患者におけるＭＤＲ１遺伝子産生物の高い量の発現という結果をもたらすため、薬効を高めるためにその患者に投与するイリノテカンの量を増量すること。
【００７２】
４．１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子がＭＤＲ１遺伝子のプロモーター領域にある、項目３の方法。
５．１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子がＭＤＲ１遺伝子のコード領域にある、項目３の方法。
【００７３】
６．１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子がＭＤＲ１遺伝子のプロモーター領域またはコード領域のいずれにもない、項目３の方法。
７．１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子がＭＤＲ１遺伝子のプロモーター領域およびコード領域の双方にある、項目３の方法。
８．１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子が以下からなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む、項目３の方法：
（ａ）ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ：３３７、３３８、３４１、３４２、３４５、３４６、３４９、３５０、３５３、３５４、３５７、３５８、３６１、３６２、３６５、３６６、３６９、３７０、３７３、３７４、３７７、３７８、３８１、３８２、３８５、３８６、３８９、３９０、３９３、３９４、３９７、３９８、４０１、４０２、４０５、４０６、４０９、４１０、４１３、４１４、４１７、４１８、４２１、４２２、４２５、４２６、４２９、４３０、４３３、４３４、４３７、４３８、４４１、４４２、４４５、４４６、４４９、４５０、４５３、４５４、４５７、４５８、４６１、４６２、４６５、４６６、４６９、４７０、４７３、４７４、４７７、４７８、４８１、４８２、４８５、４８６、４８９、４９０、４９３、４９４、４９７、４９８、５０１、５０２、５０５、５０６、５０９、５１０、５１３、５１４、５１７、５１８、５２１、５２２、５２５、５２６、６３６、６３７、６４０および/または６４１のいずれか一つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ：６０６、６０８、６１０、６１２、６１８、６２０、６２２、６２４、および/または６２８のいずれか一つのアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（ｃ）多剤耐性１（ＭＤＲ１）遺伝子とハイブリダイズすることのできるポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリヌクレオチドがＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:ＡＣ００２４５７）の１４０８３７、１４１５２９、１４１５９０、１４５９８４、１７１４０４、１７１４５６、１７１４６６、１７１５１１、１７１５１２、１７４９０１、１７５０６８、１７５０７４、１７５１４２、１７５１８０、１３９０１５、１３９０６４、１３９１１９、１３９１７７、１３９２７６、１４０１１８、１４０２１６、１４０４９０、１４０５６８、１４０５７６、１４０５９５、１４０７２７、１３９４７９、１３９６１９、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:ＡＣ００５０６８）の８４７０１、８３９４６、８３９７３、８４０３２、８４０７４、８４１１９、７７８１１、７８１７０、７３２５２、７０２００、７０２０４、７０２３７、７０２５３、７０３７１、６５２４１、５０５３７、４３２６３、４３１６２、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:Ｍ２９４３２）の１０１、３０８、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:Ｍ２９４４５）の１３７、１７６の位置に対応する位置に、少なくとも１つのヌクレオチドの置換または欠失を有する、ポリヌクレオチド；
（ｄ）ＭＤＲ１遺伝子とハイブリダイズすることのできるポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリヌクレオチドがＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００５０６８）の８３９４６、７０２００、７０２３７、６５２４１、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：Ｍ２９４３２）の１０１、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００２４５７）の１４１５２９、１７４９０１、１３９１７７、１４０１１８、１４０５６８、１４０７２７、１３９４７９の位置に対応する位置にＡを有する、ＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：Ｍ２９４３２）の３０８、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００５０６８）の８４７０１、８３９７３、８４０７４、８４１１９、７８１７０、７０２０４、７０２５３、７０３７１、５０５３７、４３１６２、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：Ｍ２９４４５）の１３７または１７６、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００２４５７）の１４５９８４、１７１４６６、１７５０６８、１７５０７４、１３９０６４、１３９２７６、１４０５７６の位置に対応する位置にＴを有する、ＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００２４５７）の１４０８３７、１７１４０４、１７１４５６、１７１５１１、１７１５１２、１３９１１９、１４０４９０、１３９６１９、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００５０６８）の４３２６３の位置に対応する位置にＣを有する、ＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００５０６８）の８４０３２、７７８１１、７３２５２、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００２４５７）の１４１５９０、１７５１４２、１７５１８０、１３９０１５、１４０２１６、１４０５９５の位置に対応する位置にＧを有する、ポリヌクレオチド；
（ｅ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはその断片をコードするポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリペプチドが、ＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の２１、１０３、１６８、４００、８９３、９９９、１００１、１１０７および/または１１４１の位置に対応する位置にアミノ酸の置換を含む、ポリヌクレオチド；
（ｆ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはその断片をコードするポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリペプチドが、ＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の２１の位置に対応する位置でＡｓｎからＡｓｐに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の１０３の位置に対応する位置でＰｈｅからＬｅｕに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の１６８の位置に対応する位置でＶａｌからＩｌｅに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の４００の位置に対応する位置でＳｅｒからＡｓｎに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の８９３の位置に対応する位置でＡｌａからＳｅｒに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の９９９の位置に対応する位置でＡｌａからＴｈｒに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の１００１の位置に対応する位置でＡｌａからＴｈｒに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の１１０７の位置に対応する位置でＧｌｎからＰｒｏに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の１１４１の位置に対応する位置でＳｅｒからＴｈｒへのアミノ酸の置換を含む、ポリヌクレオチド。
【００７４】
９．１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子が、以下からなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む、項目８の方法：
（ａ）ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ：３４５、４１７または６３６のいずれか一つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ：６１２または６１８のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
（ｃ）ＭＤＲ１遺伝子とハイブリダイズすることのできるポリヌクレオチドであって、ここで、当該ポリヌクレオチドがＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:Ｍ２９４３２）の１０１、ＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:Ｍ２９４４５）の１７６、またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:ＧＩ：１０１２２１３５）の８８８８３の位置に対応する位置に置換を有する、ポリヌクレオチド；
（ｄ）ＭＤＲ１遺伝子とハイブリダイズすることのできるポリヌクレオチドであって、ここで、当該ポリヌクレオチドがＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：Ｍ２９４３２）の１０１、もしくはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:ＧＩ：１０１２２１３５）の８８８８３の位置に対応する位置にＡを有する、またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：Ｍ２９４４５）の１７６、もしくはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:ＧＩ：１０１２２１３５）の８８８８３の位置に対応する位置にＴを有する、ポリヌクレオチド；
（ｅ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはその断片をコードするポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリペプチドが、ＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の４００または８９３の位置に対応する位置にアミノ酸の置換を含む、ポリヌクレオチド；
（ｆ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはその断片をコードするポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリペプチドが、ＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の４００の位置に対応する位置でＳｅｒからＡｓｎに、または８９３の位置に対応する位置でＡｌａからＳｅｒへのアミノ酸の置換を含む、ポリヌクレオチド。
【００７５】
１０．１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子が、患者におけるＭＤＲ１遺伝子産生物の低い量の発現という結果をもたらすため、その患者に投与するイリノテカンの量を減量する、項目８の方法。
【００７６】
１１．１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子が、患者におけるＭＤＲ１遺伝子産生物の高い量の発現という結果をもたらすため、その患者に投与するイリノテカンの量を増量する、項目８の方法。
【００７７】
１２．１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子が、患者におけるＭＤＲ１遺伝子産生物の低い量の発現という結果をもたらすため、その患者に投与するイリノテカンの量を減量する、項目９の方法。
【００７８】
１３．１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子が、患者におけるＭＤＲ１遺伝子産生物の高い量の発現という結果をもたらすため、その患者に投与するイリノテカンの量を増量する、項目９の方法。
【００７９】
１４．患者が１つまたはそれ以上のＭＤＲ１遺伝子の変異型対立遺伝子を有するかどうかを決定することを含む、同患者が、イリノテカンによる治療に対して有毒な反応をするリスクがあるかどうかを決定する方法。
【００８０】
１５．患者にイリノテカンを減量して投与することをさらに含む、項目１４の方法。
１６．以下を含む、癌の患者にイリノテカンを投与するための最適な投与計画を決定する方法：
（ａ）患者がＭＤＲ１遺伝子の１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子を有するかどうかを決定すること；
（ｂ）１つまたはそれ以上の該変異型対立遺伝子を有する患者において、ＭＤＲ１遺伝子中の同患者の対立遺伝子に関係なくイリノテカンを投与する場合の同患者のピークの量と比較して、同患者のイリノテカンのピークの量を低減させるように投与計画を変更すること。
【００８１】
１７．ＭＤＲ１遺伝子産生物の発現レベルが一般的な母集団の場合より低く、そのためイリノテカンへの高い感受性を示すような、ＭＤＲ１遺伝子の１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子を有する患者において、イリノテカンを減量して同患者に投与することを含む、癌の治療法。
【００８２】
１８．ＭＤＲ１遺伝子産生物の発現レベルが一般的な母集団の場合より高く、そのためイリノテカンに対する耐性または耐性素因を示すような、ＭＤＲ１遺伝子の１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子を有する患者において、イリノテカンを増量して同患者に投与することを含む癌の治療法。
【００８３】
１９．耐性または耐性素因を示す変異型対立遺伝子を有する患者を、ＭＤＲ１阻害剤を用いて治療する項目１８の方法。
２０．ＭＤＲ１阻害剤を以下からなる群から選択する項目１９の方法：ＧＦ１２０９１８、ＬＹ３３５９７９、ＸＲ ９５７６、ＸＲ ９０５１、フラボノイド類（例えばアピゲニン、ゲニスチン、ナリンギン、ケルセチン、フラボン、フラボノン、フラボピリドール）、ベルガモチン、クラリスロマイシン、ケトコナゾール、レゼルピン、１，９−ジデオキシフォルスコリン、アジドピン、ジメチル−ｂ−シクロデキストリン、イベルメクチン、ＳＤＺ ＰＳＣ ８３３、ＳＤＺ ２８０−４４６、Ｂ６６９、Ｂ−８５９−３５（Ｒ鏡像異性体）およびその主な代謝物、ＭＳ−２０９（キノロン誘導体）、ＰＡＫ−１０４ｐ、アミロリド、アミトリプチリン、アトルバスタチン、オーレオバシジンおよび類似体、ベリリウムフルオリド（ＢｅＦｘ）、カルモジュリン阻害剤、クロロキン、クロロプロマジン、クロファジミン、クレモホールＥＬ、ジルチアゼム、ベラパミル、ニフェジピン、ベプリジル、ニカルジピン、ニグルジピン(niguldipine)、ニトレンジピン、トリフルオペラジン、フェロジピン、バリノマイシン、ジピリダモール、エリスロマイシン、フルオロキノロン類：フレロキサシン、エノキサシン、グレパフロキサシン、レボフロキサシン、ノルフロキサシン、グリベンクラミド類および類似体、グルコナート塩類、グラミシジン、ヒドロコルチゾン、イトラコナゾール、リドカイン、ホスファチジルコリン、プリスチナマイシンＩａ、プロパフェノン、プロパノロール、タリノロール、ピリジン類似体、ケルセチン４’−ｂ−グルコシド、キニーネおよびキニジン、キナクリン、シンコニン、リトナビル、サクイナビル、ネルフィナビル、タモキシフェンおよび代謝物、タキソイド（テトラサイクリックタキソピン(Tetracyclic taxopine)Ｃおよび誘導体）、テルフェナジン。
【００８４】
２１．癌細胞内のＭＤＲ１遺伝子産生物の発現レベルの変化をアッセイすることにより治療中に患者をモニターし、それによりＭＤＲ１遺伝子産生物の発現レベルの増加を、同患者へのイリノテカンの投与量を増量することで補うことをさらに含む、項目１７の方法。
【００８５】
２２．イリノテカンの有効量を患者に内部的に投与することを含む、同患者における癌の治療方法であって、治療計画を同患者のＭＤＲ１遺伝子の遺伝子型に基づいて修飾する前記方法。
【００８６】
２３．以下を含む癌の患者の母集団の治療法：
（ａ）患者がＭＤＲ１遺伝子の１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子を有するかどうかを、患者ごとにその患者について決定すること；
（ｂ）１つまたはそれ以上の該変異型対立遺伝子を有する患者において、該変異型対立遺伝子を有する患者を治療するのに十分な量のイリノテカン、すなわちＭＤＲ１遺伝子中の患者の対立遺伝子に関係なく投与する量と比較して、増量または減量した量を同患者に投与すること。
【００８７】
２４．患者がＭＤＲ１遺伝子の１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子を有するかどうかを決定することを含む、癌の患者におけるイリノテカンへの感受性を予測する方法であって、該対立遺伝子が、癌細胞が少量または多量かのＭＤＲ１タンパク質を発現することを示すことから、低発現はイリノテカンへの高い感受性を、そして高発現はイリノテカンへの耐性または耐性素因を示すことを予測する該方法。
【００８８】
２５．耐性または耐性素因を示す遺伝子型を有する患者に、ＭＤＲ１阻害剤を投与することをさらに含む、項目２４の方法。
２６．ＭＤＲ１阻害剤を以下からなる群から選択する項目２５の方法：ＧＦ１２０９１８、ＬＹ３３５９７９、ＸＲ ９５７６、ＸＲ ９０５１、フラボノイド類（例えばアピゲニン、ゲニスチン、ナリンギン、ケルセチン、フラボン、フラボノン、フラボピリドール）、ベルガモチン、クラリスロマイシン、ケトコナゾール、レゼルピン、１，９−ジデオキシフォルスコリン、アジドピン、ジメチル−ｂ−シクロデキストリン、イベルメクチン、ＳＤＺ ＰＳＣ ８３３、ＳＤＺ ２８０−４４６、Ｂ６６９、Ｂ−８５９−３５（Ｒ鏡像異性体）およびその主な代謝物、ＭＳ−２０９（キノロン誘導体）、ＰＡＫ−１０４ｐ、アミロリド、アミトリプチリン、アトルバスタチン、オーレオバシジンおよび類似体、ベリリウムフルオリド（ＢｅＦｘ）、カルモジュリン阻害剤、クロロキン、クロロプロマジン、クロファジミン、クレモホールＥＬ、ジルチアゼム、ベラパミル、ニフェジピン、ベプリジル、ニカルジピン、ニグルジピン、ニトレンジピン、トリフルオペラジン、フェロジピン、バリノマイシン、ジピリダモール、エリスロマイシン、フルオロキノロン類：フレロキサシン、エノキサシン、グレパフロキサシン、レボフロキサシン、ノルフロキサシン、グリベンクラミド類および類似体、グルコナート塩類、グラミシジン、ヒドロコルチゾン、イトラコナゾール、リドカイン、ホスファチジルコリン、プリスチナマイシンＩａ、プロパフェノン、プロパノロール、タリノロール、ピリジン類似体、ケルセチン４’−ｂ−グルコシド、キニーネおよびキニジン、キナクリン、シンコニン、リトナビル、サクイナビル、ネルフィナビル、タモキシフェンおよび代謝物、タキソイド（テトラサイクリックタキソピンＣおよび誘導体）、テルフェナジン。
【００８９】
２７．耐性または耐性素因を示す遺伝子型を有する患者を、癌細胞内のＭＤＲ１遺伝子産生物の発現レベルの変化をアッセイすることにより治療中にモニターし、その結果イリノテカンへの感受性の最新の予測を決定することができる、項目２５の方法。
【００９０】
先に本明細書で述べたように発現の低下は、機能的な遺伝子産生物をコードする転写物の量の減少に加えて、活性のないまたは有意に活性の低い遺伝子産生物をコードする転写物の量が、正常または増加していることさえあることもまた含む。
【００９１】
“ＭＤＲ１遺伝子中の患者の対立遺伝子に関係なく投与する量と比較して”により、遺伝子型に関係なく薬剤を必要とする患者に一律に投与する標準的な用量を意味する。このような一般的な患者の母集団は、正常な遺伝子型、すなわち野生型の遺伝子型を有するものとみなされている。
【００９２】
さらに本発明は、ＭＤＲ１タンパク質の発現特性またはタンパク質レベルとして後述する、タンパク質の特性または該タンパク質の活性レベルとして後述する、活性特性として後述する、ＭＤＲ１の発現レベルを決定することを含む、治療の改善および/または修飾のための方法を包含する。
【００９３】
“発現レベル”という用語は本発明の内容において述べる場合、ハウスキーピング遺伝子、例えばＰＬＡ２の転写物の量と相対してのＭＤＲ１遺伝子の検出可能な転写物の量を意味する。転写物の量は、ノーザン分析法、ＲＮアーゼプロテクション法、Taq-Man分析を含むＰＣＲの基づく技術を含む、標準的な分子生物学的技術により決定することができる。好ましくはこの決定は付記した実施例４または５に述べるように行うことができる。“発現特性”という用語は、前述の遺伝子のパネルの発現レベルを決定して、その発現レベルを参照とするスタンダードと比較することを意味する。参照のスタンダードとして好ましくは転写物は、被験者の細胞または組織のゲノム中に各遺伝子の前述の野生型対立遺伝子を有する、同被験者の細胞または組織より得る。
【００９４】
“タンパク質レベル”という用語は、ハウスキーピング遺伝子、例えばＰＬＡ２にコードされたタンパク質の量と相対してのＭＤＲ１の検出可能な量をいう。タンパク質の量は標準的な生化学的技術、例えばウェスタン分析、ＥＬＩＳＡ、ＲＩＡ、または当該技術分野に知られている他の抗体を基準とする技術により、決定することができる。
【００９５】
“タンパク質の特性”という用語は、前述のタンパク質のパネルのタンパク質レベルを決定して、そのタンパク質レベルを参照のスタンダードと比較することを意味する。参照のスタンダードとして好ましくはタンパク質は、被験者の細胞または組織のゲノム中に各遺伝子の前述の野生型対立遺伝子を有する同被験者の細胞または組織より得る。
【００９６】
“活性レベル”という用語は、本発明で開示したこれらの遺伝子に対応する野生型対立遺伝子にコードされたタンパク質の活性と相対しての、同遺伝子の変異型対立遺伝子にコードされたＭＤＲ１の検出可能な生物学的活性を意味する。前述のタンパク質の生物学的なアッセイは当該技術分野で周知であり、Hitzl et al., 2001, Pharmacogenetics 11: 293-8 に記載されている。参照のスタンダードとして好ましいタンパク質は、被験者の細胞または組織のゲノム中に各遺伝子の前述の野生型の対立遺伝子を有する被験者の細胞または組織より得る。
【００９７】
好ましくは前述の方法は以下のステップ、すなわち（ｉ）腫瘍治療の特定の段階中に患者から腫瘍サンプルを採取すること；および（ｉｉ）ＭＤＲ１に関する発現特性、タンパク質の特性または活性の特性を決定すること、を含む。発現特性に基づいて、適切な参照のスタンダードと比較してのタンパク質の特性を、臨床医は効率的に治療に適用することができる。このことは特に投与量の調整および/またはＭＤＲ１阻害剤の投与を含む調整を包含する。好ましくは該阻害剤は以下のＭＤＲ１阻害剤の群から選択する：ＧＦ１２０９１８、ＬＹ３３５９７９、ＸＲ ９５７６、ＸＲ ９０５１、フラボノイド類（例えばアピゲニン、ゲニスチン、ナリンギン、ケルセチン、フラボン、フラボノン、フラボピリドール）、ベルガモチン、クラリスロマイシン、ケトコナゾール、レゼルピン、１，９−ジデオキシフォルスコリン、アジドピン、ジメチル−ｂ−シクロデキストリン、イベルメクチン、ＳＤＺ ＰＳＣ ８３３、ＳＤＺ ２８０−４４６、Ｂ６６９、Ｂ−８５９−３５（Ｒ鏡像異性体）およびその主な代謝物、ＭＳ−２０９（キノロン誘導体）、ＰＡＫ−１０４ｐ、アミロリド、アミトリプチリン、アトルバスタチン、オーレオバシジンおよび類似体、ベリリウムフルオリド（ＢｅＦｘ）、カルモジュリン阻害剤、クロロキン、クロロプロマジン、クロファジミン、クレモホールＥＬ、ジルチアゼム、ベラパミル、ニフェジピン、ベプリジル、ニカルジピン、ニグルジピン、ニトレンジピン、トリフルオペラジン、フェロジピン、バリノマイシン、ジピリダモール、エリスロマイシン、フルオロキノロン類：フレロキサシン、エノキサシン、グレパフロキサシン、レボフロキサシン、ノルフロキサシン、グリベンクラミド類および類似体、グルコナート塩類、グラミシジン、ヒドロコルチゾン、イトラコナゾール、リドカイン、ホスファチジルコリン、プリスチナマイシンＩａ、プロパフェノン、プロパノロール、タリノロール、ピリジン類似体、ケルセチン４’−ｂ−グルコシド、キニーネおよびキニジン、キナクリン、シンコニン、リトナビル、サクイナビル、ネルフィナビル、タモキシフェンおよび代謝物、タキソイド（テトラサイクリックタキソピンＣおよび誘導体）、テルフェナジン（ HYPERLINK "http://bigfoot.med.unc.edu/watkinsLab/intesinfo.htm" http://bigfoot.med.unc.edu/watkinsLab/intesinfo.htm. Paul Watkins, University of North Carolina）。
【００９８】
阻害剤という用語は当明細書で使用する場合、競合阻害剤および非競合阻害剤を含む。好ましくは競合阻害剤は基質、例えば（ＧＦ１２０９１８、ＬＹ３３５９７９、ＸＲ ９５７６、ＸＲ ９０５１、フラボノイド類）である。好ましくは非競合阻害剤は基質、例えば（ＳＤＺ ＰＳＣ ８３３、ＳＤＺ ２８０−４４６、Ｂ６６９、Ｂ−８５９−３５、ベラパミル、ＭＳ−２０９、ＰＡＫ−１０４ｐ）である。
【００９９】
最後に本発明は、本発明の内容で述べた薬剤に対する耐性を患者が持つようになるかどうかを決定する方法を包含する。該方法は以下のステップ、すなわち（ｉ）腫瘍治療の特定の段階中に患者から腫瘍サンプルを採取すること；および（ｉｉ）ＭＤＲ１の発現レベルを決定すること、を含む。各遺伝子の発現は実施例４および５に述べるように、または上述のように決定することができる。該発現特性の評価に基づいて、臨床医はより効率的に治療を適合させることができる。このことは特に投与量の調整および/または先に述べたようにＭＤＲ１阻害剤の投与を含む調整を包含する。
【０１００】
当明細書に引用した各文献（あらゆる製造の明細書、指示書などを含む）を、参照として当明細書に援用する。
配列番号（ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ．）により本出願で述べた核酸配列およびアミノ酸配列を、以下の表１および２に列記する。多型のヌクレオチドの位置の表示について、以下の代用文字を核酸配列中で使用する：Ｒ、ＧまたはＡ；Ｙ、ＴまたはＣ；Ｍ、ＡまたはＣ；Ｋ、ＧまたはＴ；Ｓ、ＧまたはＣ；Ｗ、ＡまたはＴとする。
【０１０１】
アミノ酸配列は１文字のコードで示す。多型のアミノ酸の位置の文字Ｘは、修飾されたアミノ酸またはその対応する野生型アミノ酸（アクセション番号参照のこと）を表す。
さらにＧｅｎＢａｎｋアクセション番号を参照して当明細書で述べたすべての核酸およびアミノ酸について、以下の図４から２９に示す。
【０１０２】
【表１−１】

【０１０３】
【表１−２】

【０１０４】
【表１−３】

【０１０５】
【表１−４】

【０１０６】
【表１−５】

【０１０７】
【表１−６】

【０１０８】
【表１−７】

【０１０９】
【表１−８】

【０１１０】
【表１−９】

【０１１１】
【表１−１０】

【０１１２】
【表１−１１】

【０１１３】
【表１−１２】

【０１１４】
【表１−１３】

【０１１５】
【表１−１４】

【０１１６】
【表１−１５】

【０１１７】
【表１−１６】

【０１１８】
【表２−１】

【０１１９】
【表２−２】

【０１２０】
【表２−３】

【０１２１】
【表２−４】

【０１２２】
【表２−５】

【０１２３】
本発明を以下の生物学的実施例を参照として説明するが、これらは単に説明のためであり、本発明の範囲を限定する意図はない。
【実施例】
【０１２４】
実施例１：ＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号Ｍ２９４４５）の１７６の位置に対応する位置でのＣからＴへの置換による表現型への影響
ＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号Ｍ２９４４５）の１７６の位置に対応する位置でのＣからＴへの１つのヌクレオチドの置換は、ＭＤＲ１エキソン２６ ＳＮＰ Ｃ３４３５Ｔとも言うが、その腸内Ｐ−糖タンパク質（ＰＧＰ）の発現における影響を調べるため、２１名からの生検サンプルおよび十二指腸細胞標本をDr. Margarete Fischer-Bosch-Institute for Clnical Pharmacology（シュトゥットガルト）にて、定量的免疫組織化学法およびウェスタンブロット法により調べた。結果を図１に示す。Ｔ対立遺伝子（ＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：Ｍ２９４４５）の１７６の位置に対応する位置に１つのＴを有する）のホモ接合体のキャリヤーは、Ｃ対立遺伝子（ＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：Ｍ２９４４５）の１７６の位置に対応する位置にＣを有する）のホモ接合体のキャリヤーに比して、有意に高いＰＧＰレベルを示した。ヘテロ接合体の遺伝子型の人は中程度のＰＧＰ発現レベルを示した。
【０１２５】
さらにジゴキシンの腸内摂取に関する薬物動態学におけるＭＤＲ１の遺伝子型の影響を、ベルリンのUniversity Medical Center, Chariteの臨床試験において調べた。ジゴキシンの経口投与後の１４名の健常被験者において、定常状態でのジゴキシンの血中レベル最大値（Ｃｍａｘ）は、ＭＤＲ１ ３４３５Ｃ＞Ｔ遺伝子型との相関を示した。図２は、Ｔ対立遺伝子のホモ接合体のボランティアは、Ｃ/Ｃ遺伝子型のボランティアより統計学的に有意に低いジゴキシンレベルを示し（ｐ＝０．００６、Mann Whitney U 検定）、ジゴキシンの薬物動態にこの多型の影響を反映することを示している。
【０１２６】
実施例２：ＭＲＰ１多型とＭＲＰ１発現との相関およびＭＲＰ１基質による治療中の副作用
ＭＲＰ１遺伝子の機能的な多型は、結果的にＭＲＰ１基質薬剤の血漿レベルおよび/または細胞内濃度に変化をきたす輸送活性に影響を与える。このような薬剤レベルの増加は副作用をもたらす可能性があるが、他方レベルが低下すると、至適治療薬剤レベル以下となり治療が無効になり得る。ＭＲＰ１多型は、ＭＲＰ１基質薬剤で治療した患者における、薬剤由来の有害作用の発症および治療効能との相関を示した。ケースコントロール試験において、ＭＲＰ１のＳＮＰの頻度分布を健常なコントロール群に対して、シスプラチンに伴う腎毒性の患者群および抗癌剤に起因する腎毒性および肝毒性の患者群との間で比較した。さらにＭＲＰ１のｍＲＮＡレベルのわかっているサンプルを、ＭＲＰ１遺伝子型についてスクリーニングした。抗癌治療中に腎毒性および肝毒性を示した患者群の結果を、１つのＭＲＰ１のＳＮＰについて以下の表に列記する：
【０１２７】
【表３−１】

【０１２８】
コントロールのサンプルとは反対に、Ａ対立遺伝子（アクセション番号ＡＣ０２５２７７のＭＲＰ１遺伝子の１５０７２７の位置に一致する位置でのＧからＡへの置換）は、健常なコントロールと比較して薬剤に関連する腎臓および肝臓の副作用のある患者に統計的に有意に高く存在しており（ｐ＝０．０４４、カイ二乗検定）、したがってこれらの副作用の予測の可能性が示唆された。
【０１２９】
さらにリファンピシン投与前および投与後のＭＲＰ１遺伝子型とｍＲＮＡ発現との関連を、２つのＭＲＰ１ ＳＮＰ、すなわち９５Ｔ＞Ｃ（ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ．２０９、２１０、２１１および２１２、アクセション番号ＡＦ０２２８３１のＭＲＰ１遺伝子の９５の位置に対応する位置でのＴからＣへのヌクレオチドの置換）および２５９Ａ＞Ｇ（ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ．２７７、２７８、２７９および２８０、アクセション番号ＡＦ０２２８３１のＭＲＰ１遺伝子の２５９の位置に対応する位置でのＡからＧへのヌクレオチドの置換）について検出した。これらのＳＮＰはリンクして１つの対立遺伝子型を形成する。図３に示すように２つの独立した実験（リファンピシンの誘発のある場合およびない場合）において、この変異型対立遺伝子（ＭＲＰ１変異型、アクセション番号ＡＦ０２２８３１のＭＲＰ１遺伝子の９５の位置がＣ、および２５９の位置がＧ）は、ＭＲＰ１のｍＲＮＡの発現低下に、そして野生型対立遺伝子（ＭＲＰ１野生型、アクセション番号ＡＦ０２２８３１のＭＲＰ１遺伝子の９５の位置がＴ、および２５９の位置がＡ）はＭＲＰ１の発現増加に統計的に有意に相関する。
【０１３０】
ＭＲＰ１のｍＲＮＡの含有量の差は、ＭＲＰ１遺伝子型に関する個人差に基づいており、これらのＳＮＰを分析することでＭＲＰ１発現レベルに関する高度な診断および予後の評価が得られ、ＭＲＰ１基質の薬剤の治療結果および有害作用を予測することができる。
【０１３１】
実施例３：投与量の算出
イリノテカンの治療効能および有害作用は、親化合物および活性代謝物（例えばＳＮ−３８）の血漿レベルおよび細胞内濃度、ＣＹＰ３Ａ５およびＵＧ１Ａ１の関連する代謝にコントロールされる過程、およびＭＲＰ１およびＭＤＲ１の関連する輸送過程に依存する[Atsumi, et al., 1991, Xenobiotica 21: 1159-69, Iyer, et al., 1998, J Clin Invest 101: 847-54, Ciotti, et al., 1999, Biochem Biophy Res Commun 260: 199-202, Santos, et al., 2000, Clin Cancer Res 6: 2012-20, Kuhn, 1998, Oncology (Huntingt) 12: 39-42, Chen, et al., 1999, Mol Pharmacol 55: 921-8, Chu, et al., 1997, Cancer Res 57: 1934-8, Chu, et al., 1997, J Pharmacol Exp Ther 281: 304-14; Chu, et al., 1998, Cancer Res 58: 5137-43, Chu, et al., 1999, Drug Metab Dispos 27: 440-1, Chu, et al., 1999, J Pharmacol Exp Ther 288: 735-41, Mattern, et al., 1993, Oncol Res 5: 467-74, Hoki, et al., 1997, Cancer Chemother Pharmacol 40: 433-8, Sugiyama, et al., 1998, Cancer Chemother Pharmacol 42: S44-9]。例えばＭＲＰ１は細胞の解毒システムの一部としてグルクロノシルトランスファラーゼに近接して作用し、グルクロン酸抱合体、例えばＳＮ−３８Ｇを輸送することが知られている[Koenig et al., 1999, Biochim Biophys Acta 1461: 377-394, Kerb et al., 2001, Pharmacogenomics 2: 51-64]。例えばＳＮ−３８Ｇが細胞から胆汁中へのどの程度搬出されるかが、グルクロン酸抱合体の形成速度に大いに影響を与える。ＳＮ−３８の効率的な解毒には、ＵＧＴ１Ａ１による抱合およびグルクロニドの搬出の双方の過程が必要である。
【０１３２】
ＣＹＰ３Ａ５遺伝子（アクセション番号ＧＩ：１０２８１４５１）の４７５１８Ｔ＞Ｃ（ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ．１３７、１３８、１３９および１４０）および９７３６Ａ＞Ｇ（ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ．１４９、１５０、１５１、１５２）のヌクレオチドの置換、ならびにＣＹＰ３Ａ５遺伝子（アクセション番号ＧＩ：１１１７７４５２）の１４５６０１Ｔ＞Ｇ（ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ．１４１、１４２、１４３、１４４）および１４５９２９Ａ＞Ｇ（ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ．１４５、１４６、１４７および１４８）のヌクレオチドの置換はＣＹＰ３Ａ５の高発現に関連する対立遺伝子を形成し、そのためイリノテカンのより高い代謝の不活性化を伴う。この対立遺伝子を有する人は代謝能の高い群（ＥＭ）であり、そのため残りの代謝能の遅い群（ＰＭ）とは反対に、イリノテカンの毒性を受けにくい。高発現に関連する１つの対立遺伝子と低発現に関連する１つの対立遺伝子を伴う人は、代謝能の中程度の群（ＩＭ）とみなされる。
【０１３３】
ＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号２９４４５）の１７６Ｃ＞Ｔヌクレオチド置換（ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ．２１７、２１８、２１９および２２０）はＰＧＰ低発現に関連する薬剤の低排出を伴い、ＭＲＰ１遺伝子（アクセション番号ＡＦ０２２８３１）の９５Ｔ＞Ｃ（ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ．２０９、２１０、２１１および２１２）ならびに２５９Ａ＞Ｇ（ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ．２７７、２７８、２７９および２８０）のヌクレオチド置換はｍＲＮＡの低発現を伴い、ＭＲＰ１遺伝子（アクセション番号Ｍ２９４４５）の１５０７２７Ｇ＞Ａヌクレオチド置換（ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ．２１７、２１８、２１９および２２０）はＰＧＰ低発現に関連する薬剤の低排出を伴い、そしてＭＲＰ１遺伝子（アクセション番号ＡＣ０２５２７７）の１５０７２７Ｇ＞Ａヌクレオチド置換（ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ．２１７、２１８、２１９および２２０）は有害作用を伴う。したがって輸送体の低発現に関連する対立遺伝子を保有する個体は、細胞を毒性化合物から浄化する能力が劣る。輸送および代謝の双方が遺伝子と用量との依存の仕方に影響を及ぼす。各輸送タンパク質の低発現に関連する対立遺伝子の数により、各遺伝子について輸送能の高い群（ＥＴ）、輸送能の中程度の群（ＩＴ）または輸送能の低い群（ＰＴ）のいずれかに各個体を分類することができる。
【０１３４】
イリノテカンによる治療の開始前の遺伝子検査により、患者のＭＤＲ１およびＭＲＰ１に関する輸送能を予測することができる。有害作用に対する各個体のリスクはＰＭおよび/またはＰＴ対立遺伝子の数に依存する。ＣＹＰ３Ａ５およびＵＧＴ１Ａ１のＰＭに関連する対立遺伝子、およびＭＤＲ１およびＭＲＰ１のＰＴに関連する対立遺伝子を有する人は、イリノテカンの毒性を受けるリスクが最も高い。
【０１３５】
この知識に基づいて、ＣＹＰ２Ｄ６、ＣＹＰ２Ｃ９およびＣＹＰ２Ｃ１９の基質の薬剤に関してBrockmoller ら(2000, Pharmacogenomics 1:125)により示されたように、最初の投与前に初回の用量を調整することができる。
【０１３６】
用量の調整はスコアによるシステムを用いて行うことができる。ＰＭまたはＰＴに関連する各対立遺伝子について一定のスコアを割り付ける、例えばスコア２はＵＧＴ１Ａ１のＰＭ対立遺伝子２２６Ａ（ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ．９、１０、１１、１２、５４０、５４１）および７０１Ａ（ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ．２５，２６、２７、２８、５５４、５５５）に割り付け、スコア１はＣＹＰ３Ａ５のＰＭに関連する対立遺伝子（４７５２３Ｔプラス３５６４９Ａプラス１４５６０１Ｔプラス１４５９２９Ａ、４７５２３Ｔプラス３５６４９Ｇプラス１４５６０１Ｇプラス１４５９２９Ｇ、および４７５２３Ｃプラス３５６４９Ａプラス１４５６０１Ｔプラス１４５９２９Ａ）、ＭＤＲ１低発現の対立遺伝子１７６Ｔ（ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ．４１７、４１８、４１９および４２０）、ＭＲＰ１低発現の対立遺伝子１５０７２７Ａ（ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ．２１７、２１８、２１９および２２０）ならびに２５９Ｇ（ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ．２７７、２７８、２７９および２８０）、ＭＲＰ１の対立遺伝子１５０７２Ａ（ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ．２１７、２１８、２１９および２２０）に割り付ける。遺伝子型の分類の後スコアを合計し、イリノテカン投与量を合計値により調整する。各スコアの１点が１０％の用量の減量に対応する、すなわちスコア１は１０％、スコア２は２０％、スコア３は３０％などの用量の減量に対応する。
【０１３７】
実施例４：培養条件および生物学的アッセイ
ヒトの上皮性子宮頸癌細胞株ＫＢ３−１およびその２つのサブクローン（ＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺）およびＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺、ＣＹＰ３Ａ５））、ならびに膀胱癌細胞株ＲＴ１１２およびそのサブクローン（ＲＴ１１２（ＭＤＲ１⁺、ＵＧＴ１Ａ１））を３．７ｇ/ｌのＮａＨＣＯ₃、４．５ｇ/ｌのＤ−グルコース、１．０２８ｇ/ｌのＮ−アセチル−Ｌ−アラニル−Ｌ−グルタミンを含み、そして１０％ウシ胎仔（血清）、１ｍＭピルビン酸Ｎａおよび１％非必須アミノ酸を補ったダルベッコ変法イーグル培地（ＤＭＥＭ）中で培養した。ヒト結腸癌細胞株ＬＳ１７４Ｔは、Ｌ−グルタミン、ピロドキシン塩酸塩およびフェノールレッド不含２５ｍＭヘペスバッファーを含み、そして１０％ウシ胎仔（血清）、１ｍＭピルビン酸Ｎａおよび１％非必須アミノ酸を補ったダルベッコ変法イーグル培地中で培養した。すべての細胞は、加湿雰囲気下での５％ＣＯ₂下３７℃でインキュベーションした。
【０１３８】
薬剤
イリノテカン（ＣＰＴ−１１）およびその活性代謝物ＳＮ−３８はPharmaciaより入手した。ストック溶液の調製のため物質をメタノール中に溶かして、ＣＰＴ−１１は１０ｍｇ/ｍｌおよびＳＮ−３８は１ｍｇ/ｍｌとし、遮光して４℃で保存した。より低濃度の希釈液はＰＢＳおよび細胞培養培地にて調製した。Ｒ−ベラパミルはSIGMAより入手し、ＤＭＳＯ中に５０ｍｇ/ｍｌとなるように溶かし、さらにＰＢＳで希釈した。
【０１３９】
薬剤による細胞の処理
細胞を処理前２４時間に９６穴培養プレートに植えつけた。異なる成長速度に合わせて、ＫＢ３−１細胞およびＲＴ１１２細胞は細胞数７００/穴、ＲＴ１１２（ＭＤＲ１⁺、ＵＧＴ１Ａ１）は細胞数１０００/穴、ならびにＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺）およびＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺、ＣＹＰ３Ａ５）は細胞数１２００/穴として植えつけた。ＬＳ１７４Ｔは細胞数１．０×１０⁴/穴として植えつけた。細胞を培養培地で新たに調整した一連の希釈液、すなわちＣＰＴ−１１は０、０．５、１、２．５、５、７．５、１０、２５、５０、７５、１００および２００μｇ/ｍｌ、ならびにＳＮ−３８は０、０．１、０．２５、０．５、１、５、１０、２５、５０、７５、１００および２００ｎｇ/ｍｌとした希釈液で処理した。４穴を等しい薬剤の希釈液で処理した。加湿した５％ＣＯ₂雰囲気下３７℃で３日間インキュベーションした。
【０１４０】
ＭＤＲ１阻害の実験に関してはＲ−ベラパミルを最終濃度１０μ/ｍｌとなるように各薬剤希釈液の２穴に加えた。
細胞毒性のアッセイ
市販の入手可能なＭＴＳアッセイシステム（Promega, Madison, USA）を使用して、製品の指示書に従って増殖阻害および細胞死を決定した。薬剤添加後３日に、ＭＴＳ/ＰＭＳを合わせた溶液２０μｌを９６穴培養プレートの各穴に加えた。このプレートを加湿した５％ＣＯ₂雰囲気下３７℃で少なくとも４５分間インキュベーションし、４９２ｎｍでの吸光度を測定した。各プレートの未処理のコントロール細胞の吸光度を１００％増殖として設定し、残りの薬剤処理した細胞の成長を計算した。培養プレート上の未処理細胞を、増殖および生存の影響を受けていないコントロールとした。
細胞増殖の５０％阻害に影響を与えた薬剤の濃度をＩＣ₅₀と定義した。
【０１４１】
ＲＮＡの調製およびｃＤＮＡの合成
これらの実験で使用した各細胞のバッチからメッセンジャーＲＮＡを、細胞溶菌液よりオリゴｄＴ磁気ビーズ（μＭＡＣＳ ｍＲＮＡ単離キット；Miltenyl Biotech）にて製品の指示書に従って単離した。各細胞株の２５０ｎｇのｍＲＮＡを、Superscript II逆転写酵素（Gibco BRL）による２０μｌのｃＤＮＡ合成反応に用いた。このｃＤＮＡの希釈液を転写特異的増幅反応の鋳型とした。
【０１４２】
ＰＣＲプライマーおよび反応条件
ＰＣＲは表３に示したように、０．５ユニットのＴａｑポリメラーゼ（Qiagen）、２００μＭのヌクレオチド混合物、５μｌのｃＤＮＡ鋳型希釈液および０．２μＭの遺伝子特異的プライマーを含む２５μｌ反応液にて設定した。すべての反応はサイクル数のみ異なる（表）、同一の増幅条件下で行った、すなわち９４℃での２分間の予備変性、続いて増幅のため：９４℃での４５秒間の変性、６２℃での４５秒間のアニーリング、および７２℃での４５秒間の伸張とし、より長い２分の伸張を必要とするＵＧＴ１Ａ１だけは例外とした。
【０１４３】
【表３−２】

【０１４４】
実施例５：イリノテカンの代謝に関与する遺伝子の発現
ヒト膀胱癌細胞株ＲＴ１１２、そのザブクローンＲＴ１１２（ＭＤＲ１、ＵＧＴ１Ａ１）、ヒト上皮性子宮頸癌細胞株ＫＢ３−１および２つのサブクローンのＫＢ３−１（ＭＤＲ⁺⁺⁺）およびＫＢ３−１（ＭＤＲ⁺⁺⁺、ＣＹＰ３Ａ５）、ならびに直腸癌細胞株ＬＳ１７４Ｔ（ＡＴＣＣ ＣＬ−１８８）からメッセンジャーＲＮＡを単離した。これらのｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写し、転写特異的増幅反応の鋳型として、イリノテカンの転写および代謝に関与する遺伝子（ＭＤＲ１、ＭＲＰ１、ＵＧＴ１Ａ、ＵＧＴ１Ａ１、ＣＹＰ３Ａ４、ＣＹＰ３Ａ５）の発現レベルを決定するのに適用した。ハウスキーピング遺伝子のホスホリパーゼＡ２（ＰＬＡ２）の増幅を、反応中の対比すべきｃＤＮＡ量のコントロールとして使用した。
【０１４５】
図２９の増幅反応は、癌細胞株のＲＴ１１２、ＫＢ３−１およびＬＳ１７４Ｔは各々ＭＤＲ１を発現しないかまたは非常に低発現であることを示している。ＲＴ１１２（ＭＤＲ１、ＵＧＴ１Ａ１）はＲＴ１１２のサブクローンであるが、Seemannら（Urol Res 1995; 22: 353-360）が記載したように細胞毒性薬剤への耐性用として選択され、中程度のＭＤＲ１の発現増加を特徴とする。薬剤耐性サブクローンのＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺）およびＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺、ＣＹＰ３Ａ５）も、ＭＤＲ１基質への暴露によりオリジナルのＫＢ３−１細胞株から同様に誘導された。これらのサブクローンは高度に増加したＭＤＲ１の発現をを特徴とする。これらはオリジナルのＫＢ３−１細胞の２０倍以上の転写を示し、非常に高いＭＤＲ１活性を含む。ＭＲＰ１はすべての細胞株で同レベルの発現をする。ＵＧＴ１Ａ酵素の転写物は、ＲＴ１１２細胞、ＲＴ１１２（ＭＤＲ１、ＵＧＴ１Ａ１）細胞、およびＬＳ１７４Ｔ細胞のみで行われる。ＵＧＴ１Ａ１はＲＴ１１２ではわずかしか発現せず、ＲＴ１１２（ＭＤＲ１、ＵＧＴ１Ａ１）ではより強く、ＬＳ１７４Ｔ細胞では最も高い発現を示す。ＣＹＰ３Ａ４はＬＳ１７４Ｔでのみ非常に少量検出されただけであった。ＲＴ１１２細胞、ＲＴ１１２（ＭＤＲ１、ＵＧＴ１Ａ１）およびＬＳ１７４Ｔは、ＣＹＰ３Ａ５の機能的に不活性なスプライスバリアントおよび機能的に活性な転写物とのヘテロ接合体の発現を示す。反対にＫＢ３−１細胞およびＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺）細胞は、活性なＣＹＰ３Ａ５転写のみを有し、ＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺、ＣＹＰ３Ａ５）細胞は活性なＣＹＰ３Ａ５転写の最も高い発現を示し、後者が最も高いＣＹＰ３Ａ５活性を有することを含む結果であった。
【０１４６】
実施例６：ＭＤＲ１活性およびＣＹＰ３Ａ５活性のないまたは低い直腸癌および他の上皮性癌細胞株は、ＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８への感受性がある。
直腸癌細胞株ＬＳ１７４Ｔ、子宮頸癌細胞株ＫＢ３−１、および膀胱癌細胞株ＲＴ１１２を、処理前２４時間に９６穴の培養プレートに植え付けた。各細胞を４穴ずつ、ＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８の一連の希釈液にてインキュベーションし、上述のように分析した。図３０は、ＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８の処理で、３種類すべての上皮性癌細胞株が増殖を停止し死滅することを示している。ＣＰＴ−１１の５０％阻害（ＩＣ₅₀）に至る濃度は、ＬＳ１７４Ｔ細胞では１．５μｇ/ｍｌ、ＲＴ１１２細胞では２．５μｇ/ｍｌ、ＫＢ３−１細胞では５μｇ/ｍｌであった。ＣＰＴ−１１の活性代謝物であるＳＮ−３８は、１０³分の１の濃度で同程度の増殖阻害および細胞死を引き起こすため、ＣＰＴ−１１の１０００倍の効能を示す。ＳＮ−３８のＩＣ₅₀は、ＬＳ１７４Ｔ細胞では５ｎｇ/ｍｌ、ＲＴ１１２細胞では４ｎｇ/ｍｌ、ＫＢ３−１細胞では２５ｎｇ/ｍｌであった。
【０１４７】
これらの結果は、３種類すべての上皮性癌細胞株が異なる組織由来ではあるが、ＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８処理に対して類似の感受性があることを示す。この結果はまた、ＭＤＲ１を発現しないまたは低発現する癌細胞（図２９）は、ＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８により効率的に死滅させることができることも示している（図３０）。
【０１４８】
実施例７：ＭＤＲ１活性はＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８に対する癌細胞の耐性に相関する
ＫＢ３−１、ならびにＭＤＲ１を強く発現するそのサブクローンのＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺）およびＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺、ＣＹＰ３Ａ５）の細胞を、処理前２４時間に９６穴培地に植え付けた。各細胞株を４穴ずつ、ＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８の一連の希釈液にてインキュベーションし、上述のように処理した。ＭＤＲ１高発現のＫＢ３−１サブクローン（ＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺）およびＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺、ＣＹＰ３Ａ５））（図２９）の阻害曲線（図３１）は、ＭＤＲ１低発現のＫＢ３−１細胞株（ＫＢ３−１）に比して、ＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８に対する有意に高い耐性を示す。ＣＰＴ−１１についてのＩＣ₅₀はＫＢ３−１細胞の５μｇ/ｍｌからＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺）細胞の８５μｇ/ｍｌおよびＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺、ＣＹＰ３Ａ５）細胞の２００μｇ/ｍｌに、１７倍から４０倍の増加を示した。ＳＮ−３８のＩＣ₅₀はＫＢ３−１の２５ｎｇ/ｍｌからＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺）の２００ｎｇ/ｍｌおよびＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺、ＣＹＰ３Ａ５）の２００ｎｇ/ｍｌより多くに、少なくとも８倍増加した。
【０１４９】
ＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８はＭＤＲ１の基質であり、したがってＭＤＲ１活性により細胞から排出される。ＭＤＲ１の発現レベルは、ＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８に対する腫瘍細胞の感受性と負の相関を示す。その結果、ＭＤＲ１を高発現する表現型の細胞を死滅させるには、ずっと高濃度のＣＰＴ−１１が必要となる。
【０１５０】
実施例８：ＵＧＴ１Ａ１活性はＳＮ−３８への感受性には相関するが、ＣＰＴ−１１への相関はない
ＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８への感受性を、ＲＴ１１２細胞およびそのサブクローンのＲＴ１１２（ＭＤＲ１、ＵＧＴ１Ａ１）間で比較した。各細胞株を４穴ずつ、ＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８の一連の希釈液にてインキュベーションし、上述のように処理した。
【０１５１】
ＣＰＴ−１１への感受性の差は図３２Ａに示したようにわずかしかなかった。ＣＰＴ−１１に対するＲＴ１１２（ＭＤＲ１、ＵＧＴ１Ａ１）細胞のＩＣ₅₀は４μｇ/ｍｌで、ＲＴ１１２細胞（ＩＣ₅₀は２．５μｇ/ｍｌ）に比して２倍の高値であった。ＭＤＲ１を発現しないＲＴ１１２細胞とは反対に、ＲＴ１１２（ＭＤＲ１、ＵＧＴ１Ａ１）細胞は中程度の量のＭＤＲ１を発現し、このことからＣＰＴ−１１への感受性のわずかではあるが有意な増加を説明することができる。ＳＮ−３８による処理後、ＲＴ１１２細胞（ＩＣ₅₀は４ｎｇ/ｍｌ）およびＲＴ１１２（ＭＤＲ１、ＵＧＴ１Ａ１）細胞（ＩＣ₅₀は７５ｎｇ/ｍｌ）間にはずっと明確な差が認められる（図３２Ｂ）。ＲＴ１１２（ＭＤＲ１、ＵＧＴ１Ａ１）細胞株の１９倍高い耐性は、ＲＴ１１２細胞に比してＲＴ１１２（ＭＤＲ１、ＵＧＴ１Ａ１）ではより高レベルで発現する、ＵＧＴ１Ａ１のさらなる解毒効果により説明することができる（図２９）。ＳＮ−３８とは反対にＣＰＴ−１１はＵＧＴ類により代謝されない。そのためＣＰＴ−１１に関連する毒性はＵＧＴ１Ａ１の発現による影響を受けず、ＲＴ１１２（ＭＤＲ１、ＵＧＴ１Ａ１）細胞におけるＵＧＴ類の耐性増強能は、ＳＮ−３８投与によってのみ検出されることになる。
【０１５２】
実施例９：ＭＤＲ１の阻害は、ＭＤＲ１高発現の癌細胞ではＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８に対する感受性増強剤となるが、ＭＤＲ１低発現の癌細胞では有効ではない
特異的阻害剤のＲ−ベラパミルを用いてＭＤＲ１機能を遮断した後、ＫＢ３−１細胞ならびにそのサブクローンのＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺）およびＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺、ＣＹＰ３Ａ５）の、ＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８に対する感受性を評価した。各細胞株を４穴ずつ、ＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８の一連の希釈液にてインキュベーションし、上述のように分析した。２穴をさらにＭＤＲ１阻害剤のＲ−ベラパミルで処理した。図３３は、Ｒ−ベラパミルの添加はＭＤＲ１低発現のＫＢ３−１細胞の、ＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８への感受性にはわずかしか効果がないことを示す（ＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８の各ＩＣ₅₀は、Ｒ−ベラパミルを加えた場合の４．５μｇ/ｍｌおよび１５ｎｇ/ｍｌに対して、Ｒ−ベラパミルを加えない場合には５μｇ/ｍｌおよび２５ｎｇ/ｍｌ）。反対にＭＤＲ１発現細胞のＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺）およびＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺、ＣＹＰ３Ａ５）のＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８に対する感受性は、Ｒ−ベラパミルによるＭＤＲ１輸送機能の阻害後、８倍および１０倍高くなった。ＣＰＴ−１１に関するＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺、）細胞のＩＣ₅₀は、Ｒ−ベラパミルを加えない場合の８５μｇ/ｍｌから、加えた場合の１０μｇ/ｍｌに減少し、ＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺、ＣＹＰ３Ａ５）細胞ではＲ−ベラパミルを加えない場合の２００μｇ/ｍｌから、加えた場合の２５μｇ/ｍｌにまで減少した。ＳＮ−３８処理中のＭＤＲ１阻害効果は、これらのＭＤＲ１高発現細胞においてはさらに強く、Ｒ−ベラパミルはＭＤＲ１による輸送を完全に遮断し、ＭＤＲ１高発現細胞がＫＢ３−１細胞と同程度の感受性になる。
【０１５３】
これらの結果は、ＭＤＲ１活性はＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８に対する癌細胞の耐性に関連し、ＭＤＲ１を阻害することが細胞の感受性を高め、その結果癌細胞をより低濃度の薬剤でより効率的に死滅させることを示している。
【０１５４】
実施例１０：ＣＹＰ３Ａ５活性はＣＰＴ−１１への耐性に影響を与える
ＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺）細胞およびＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺、ＣＹＰ３Ａ５）細胞はそのＣＹＰ３Ａ５の量により異なる（図２９）。各細胞株を４穴ずつ、ＣＰＴ−１１、ＳＮ−３８の一連の希釈液にてインキュベーションし、上述のように分析した。２穴をさらにＭＤＲ１阻害剤Ｒ−ベラパミルで処理した。
【０１５５】
ＭＤＲ１の活性は、ＣＰＴ―１１およびＳＮ−３８に対する細胞の感受性の主な決定要素であるため、これらのＭＤＲ１高発現細胞株におけるＭＤＲ１活性を特異的なＭＤＲ１阻害剤であるＲ−ベラパミルを過剰に用いて完全に遮断し、ＭＤＲ１の介入を排除してＣＰＴ−１１およびＳＮ−３８に関するＣＹＰ３Ａ５の効果を分析した。
【０１５６】
ＣＹＰ３Ａ５高発現細胞株のＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺、ＣＹＰ３Ａ５）は、ＣＰＴ−１１に対して１０μｇ/ｍｌのＩＣ₅₀を示すＫＢ３−１（ＭＤＲ１⁺⁺⁺）に比して、２５μｇ/ｍｌのＩＣ₅₀という２．５倍の耐性を示す（図３４）。ＳＮ−３８に対する感受性については、これら２つの細胞株間の差は認められなかった。
【０１５７】
これらの実験は、ＳＮ−３８とは反対にＣＰＴ−１１への耐性においてＣＹＰ３Ａ５の発現の有意な効果を示している。ＣＹＰ３Ａ５の活性はＳＮ−３８の毒性に影響されなかったという事実は、ＳＮ−３８とは違ってＣＰＴ−１１はＣＹＰ３Ａ５に代謝されるため、ＣＹＰ３Ａ５の効果をさらに確かなものとしている。
【０１５８】
実施例１１：ＭＤＲ１遺伝子型の決定は、遺伝子型に基づいた予測および薬剤耐性のモニターによりイリノテカンの治療効能を改善する
イリノテカンの治療効能および有害作用は、親化合物および活性代謝物（例えばＳＮ−３８）の血漿レベルおよび腫瘍細胞内濃度に依存する。ＭＤＲ１遺伝子は、イリノテカンのＰＧＰ依存性の膜の貫通をコントロールしており[Luo et al., Drug Metab Dispos 2002, 30: 763-770; Jansen et al., Br J Cancer 1998, 77: 359-65; Chu et al., J Pharmacol Exp Ther 1999; 288, 735-41; Sugiyama et al., Cancer Chemother Pharmacol 1998, 42 Suppl: S44-9]、そのためイリノテカンの全身での利用可能性および細胞内蓄積に関する重要な決定要素である。ＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号Ｍ２９４４５）の１７６Ｃ＞Ｔヌクレオチドの置換（ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ．２１７、２１８、２１９および２２０）は、ＰＧＰ低発現に関連する薬剤の低排出を伴い、この置換を保有する患者は、以下の２つの理由からイリノテカン治療により反応しやすくなる、すなわち：１）腸嚢胞中のＰＧＰ量がより低いため、より多くのイリノテカンが腸のバリヤーを通過して体内に入ることができ、より多くのイリノテカンがその作用部位である腫瘍に到達する理由となる、２）腫瘍細胞膜中のより低い量のＰＧＰのため、より多くのイリノテカンが腫瘍細胞内に貫通することができ、その細胞毒性効果を奏功させることができる。現在使用されているイリノテカンの標準的な用量は、化学治療の１回目のサイクルで非常にわずかな薬剤耐性腫瘍細胞しか生き残らせずに、ほとんどの腫瘍細胞を非常に効率的に死滅させることができ、有害作用にも耐えられるものである。薬剤耐性のメカニズムは別として、これらの患者では生き残る細胞数が非常に少ないため、イリノテカン治療にもはや反応しない薬剤耐性腫瘍が出現することはない。
【０１５９】
高発現ＭＤＲ１遺伝子型（ＭＤＲ１遺伝子、アクセション番号：Ｍ２９４４５の１７６の位置がヌクレオチドＣ）の患者は、イリノテカン治療に反応しにくい。薬剤耐性腫瘍の出現を予防するために腫瘍細胞を十分に効率的に死滅させるには、より高用量が必要となる。しかしイリノテカンの投与量の増加は、耐えられない有害作用（例えば下痢、好中球減少、または血栓塞栓症の併発）の発症のため限定される。その代わりにＰＧＰ阻害剤を加えることにより、イリノテカン治療の効能を改善することができる。ＰＧＰ阻害剤はＭＤＲ１高発現の患者において、ＭＤＲ１低発現の患者と同じ位効率的にイリノテカンの細胞毒性が効くように、イリノテカンを腫瘍細胞内に濃縮できるようにするという方法で、効率的にＰＧＰ機能を遮断する。その結果、遺伝子型ではＭＤＲ１高発現の患者が、表現型ではＭＤＲ１低発現の患者に匹敵するようになる。
【０１６０】
ＭＤＲ１遺伝子の低発現対立遺伝子または高発現対立遺伝子の数により、各個人を輸送能の高い群（ＥＴ、２つの高発現対立遺伝子）、輸送能の中程度の群（ＩＴ、１つの高発現対立遺伝子、１つの低発現対立遺伝子）または輸送能の低い群（ＰＴ、２つの低発現対立遺伝子）のいずれかを有するとして分類することができる。イリノテカンによる治療の開始前に遺伝子検査を行うことにより、患者をＥＴ、ＩＴ、またはＰＴとして分類することができ、患者のＭＤＲ１に関連する輸送能を予測することができる。不十分な抗癌治療となる個体のリスクは、ＭＤＲ１高発現対立遺伝子の数に伴って増加する。ＥＴ遺伝子型の個体はイリノテカンに十分に反応しないリスクが最も高く、薬剤耐性腫瘍の出現するリスクが最も高い。ＥＴの患者はイリノテカンに加えてＰＧＰ阻害剤で治療し、有害作用および化学治療に関連する薬剤耐性の出現をより頻繁にモニターされるべきである。さらに薬剤耐性腫瘍の出現するリスクの高いこれらの患者は、化学治療の各サイクルの間に腫瘍の生検を行い、その後の薬剤耐性に関する個体の腫瘍細胞の特性を知ることが特に有益となり得る。
【図面の簡単な説明】
【０１６１】
【図１】図１は、２１名のボランティアにおける、ウェスタンブロット分析により決定された、エキソン２６ＳＮＰと腸内ＭＤＲ１発現との相関を示す。ボックスプロットは、ＭＤＲ１遺伝子（GenBank アクセッション番号Ｍ２９４４５）の１７６の位置に対応する位置でのＭＤＲ１ ３４３５Ｃ＞Ｔ遺伝子型により集合した(clustered)、ＭＤＲ１発現の分布を示す。Ｔ対立遺伝子はｐ−糖タンパク質の低発現に関連していた。
【図２】図２は、定常状態でのジゴキシンの血漿レベルのピークを検討する臨床試験に参加した１４名の健常なボランティアにおける、ＭＤＲ１ ３４３５Ｃ＞Ｔ遺伝子型とジゴキシン摂取との相関を示す[Johne et al., 1999, Clin, Pharmacol. Ther 66: 338-345]。ジゴキシンレベルの最大値は、Ｔ対立遺伝子およびＣ対立遺伝子の各ホモ接合体の２群間で、統計的に有意な差が認められた（ｐ＝０．００６、Mann Whitney Ｕ検定）。
【図３】図３は、２つの独立した実験、すなわちリファピシン投与前および投与後の実験から抽出された、健常なボランティアからの十二指腸生検中のＭＲＰ１のｍＲＮＡ含有量と、遺伝子型（野生型/野生型：１、野生型/変異型および変異型/変異型：２）の相関を表す。リファピシンによる治療はＭＲＰ１のｍＲＮＡの発現には影響しなかった（ｐ＜０．００１、ペアｔ検定）。ＭＲＰ１遺伝子型の、ＭＲＰ１のｍＲＮＡのレベルとの強い関連傾向が認められた（ｐ＝０．０８６、Kruskal-Wallis 検定）。
【図４】図４は、当明細書で述べた核酸およびアミノ酸の配列を示す。
【図５】図５は、当明細書で述べた核酸およびアミノ酸の配列を示す。
【図６】図６は、当明細書で述べた核酸およびアミノ酸の配列を示す。
【図７】図７は、当明細書で述べた核酸およびアミノ酸の配列を示す。
【図８】図８は、当明細書で述べた核酸およびアミノ酸の配列を示す。
【図９】図９は、当明細書で述べた核酸およびアミノ酸の配列を示す。
【図１０】図１０は、当明細書で述べた核酸およびアミノ酸の配列を示す。
【図１１】図１１は、当明細書で述べた核酸およびアミノ酸の配列を示す。
【図１２】図１２は、当明細書で述べた核酸およびアミノ酸の配列を示す。
【図１３】図１３は、当明細書で述べた核酸およびアミノ酸の配列を示す。
【図１４】図１４は、当明細書で述べた核酸およびアミノ酸の配列を示す。
【図１５】図１５は、当明細書で述べた核酸およびアミノ酸の配列を示す。
【図１６】図１６は、当明細書で述べた核酸およびアミノ酸の配列を示す。
【図１７】図１７は、当明細書で述べた核酸およびアミノ酸の配列を示す。
【図１８】図１８は、当明細書で述べた核酸およびアミノ酸の配列を示す。
【図１９】図１９は、当明細書で述べた核酸およびアミノ酸の配列を示す。
【図２０】図２０は、当明細書で述べた核酸およびアミノ酸の配列を示す。
【図２１】図２１は、当明細書で述べた核酸およびアミノ酸の配列を示す。
【図２２】図２２は、当明細書で述べた核酸およびアミノ酸の配列を示す。
【図２３】図２３は、当明細書で述べた核酸およびアミノ酸の配列を示す。
【図２４】図２４は、当明細書で述べた核酸およびアミノ酸の配列を示す。
【図２５】図２５は、当明細書で述べた核酸およびアミノ酸の配列を示す。
【図２６】図２６は、当明細書で述べた核酸およびアミノ酸の配列を示す。
【図２７】図２７は、当明細書で述べた核酸およびアミノ酸の配列を示す。
【図２８】図２８は、当明細書で述べた核酸およびアミノ酸の配列を示す。
【図２９】図２９は、癌細胞株におけるイリノテカン代謝に関連する遺伝子の発現特性を示す。この半定量ＲＴ−ＰＣＲは、増幅産物の右に示した遺伝子の転写物の量を示している。ＰＣＲ産物はアガロース電気泳動で分析し、臭化エチジウムにて染色した。各断片のサイズは左に塩基対（ｂｐ）で示した。
【図３０】図３０は、上皮性癌細胞株ＬＳ１７４Ｔ（直腸）、ＫＢ３−１（子宮頸部）、ＲＴ１１２（膀胱）による、ＣＰＴ−１１（Ａ）およびＳＮ−３８（Ｂ）に関する成長阻害曲線を示す。ＣＰＴ−１１の濃度は０から２００μｇ/ｍｌ、およびＳＮ−３８の濃度は０から２００ｎｇ/ｍｌの範囲とした。細胞は３日間処理した。各濃度のデータは少なくとも３穴の平均値である。
【図３１】図３１は、上皮性子宮頸癌細胞株ＫＢ３−１、ならびに多量のＭＤＲ１を発現する２つのサブクローンのＫＢ３−１（ＭＤＲ１）およびＫＢ３−１（ＭＤＲ１、ＣＹＰ３Ａ５）による、ＣＰＴ−１１（Ａ）およびＳＮ−３８（Ｂ）に関する増殖阻害曲線を示す。ＣＰＴ−１１の濃度は０から２００μｇ/ｍｌ、およびＳＮ−３８の濃度は０から２００ｎｇ/ｍｌの範囲とした。細胞は３日間処理した。各濃度のデータは少なくとも３穴の平均値および標準偏差である。
【図３２】図３２は、膀胱癌細胞株ＲＴ１１２、ならびにＭＤＲ１およびより多量のＵＧＴ１Ａ１を発現するそのサブクローンのＲＴ１１２（ＭＤＲ１、ＵＧＴ１Ａ１）による、ＣＰＴ−１１（Ａ）およびＳＮ−３８（Ｂ）に関する成長阻害曲線を示す。ＣＰＴ−１１の濃度は０から２００μｇ/ｍｌ、およびＳＮ−３８の濃度は０から２００ｎｇ/ｍｌの範囲とした。細胞は３日間処理した。各濃度のデータは少なくとも３穴の平均値および標準偏差である。
【図３３】図３３は、Ｒ−ベラパミルによるＭＤＲ１の阻害を伴う、ＣＰＴ−１１（Ａ）およびＳＮ−３８（Ｂ）に関する成長阻害曲線を示す。上皮性子宮頸癌細胞株ＫＢ３−１、ならびにＭＤＲ１を高発現する２つのサブクローンのＫＢ３−１（ＭＤＲ１）およびＫＢ３−１（ＭＤＲ１、ＣＹＰ３Ａ５）について、薬剤感受性におけるＲ−ベラパミルによるＭＤＲ１阻害の影響を検討した。ＣＰＴ−１１の濃度は０から２００μｇ/ｍｌ、およびＳＮ−３８の濃度は０から２００ｎｇ/ｍｌの範囲とし、Ｒ−ベラパミルを最終濃度１０μｇ/ｍｌとなるように加えた（＋Ｖ）。細胞は３日間処理した。各濃度のデータは２穴の平均値である。
【図３４】図３４は、Ｒ−ベラパミルによるＭＤＲ１の阻害を伴う、ＣＰＴ−１１（Ａ）およびＳＮ−３８（Ｂ）に関する成長阻害曲線を示す。薬剤耐性細胞におけるＭＤＲ１の影響を回避するため、Ｒ−ベラパミルにて並行して処理した。ＣＹＰ３Ａ５発現の異なるＫＢ３−１（ＭＤＲ１）およびＫＢ３−１（ＭＤＲ１、ＣＹＰ３Ａ５）について、ＭＤＲ１阻害後に残存する耐性を調べた。ＣＰＴ−１１の濃度は０から２００μｇ/ｍｌ、およびＳＮ−３８の濃度は０から２００ｎｇ/ｍｌの範囲とし、Ｒ−ベラパミルを最終濃度１０μｇ/ｍｌとなるように加えた（＋Ｖ）。細胞は３日間処理した。各濃度のデータは２穴の平均値である。

Claims (37)

1. 癌の患者を治療するためにイリノテカンを使用する方法であって、以下の内容：
   （ａ）患者が、癌組織中にＭＤＲ１遺伝子の１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子を有するかどうかを決定すること；
   （ｂ）１つまたはそれ以上の該変異型対立遺伝子を有する患者において、該変異型対立遺伝子を有する患者を治療するのに十分な量のイリノテカン、すなわちＭＤＲ１遺伝子中の患者の対立遺伝子に関係なく投与する量と比較して、増量または減量した量を同患者に投与すること；
   を含む、前記方法。
2. 癌が結腸直腸癌、子宮頸癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、または膵臓癌である、請求項１に記載の方法。
3. 以下の内容：
   （ａ）１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子が、患者におけるＭＤＲ１遺伝子産生物の低い量の発現という結果をもたらすため、毒性を回避するためにその患者に投与するイリノテカンの量を減量すること；または
   （ｂ）１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子が、患者におけるＭＤＲ１遺伝子産生物の高い量の発現という結果をもたらすため、薬効を高めるためにその患者に投与するイリノテカンの量を増量すること；
   を含む、請求項２に記載の方法。
4. １つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子がＭＤＲ１遺伝子のプロモーター領域にある、請求項３に記載の方法。
5. １つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子がＭＤＲ１遺伝子のコード領域にある、請求項３に記載の方法。
6. １つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子がＭＤＲ１遺伝子のプロモーター領域またはコード領域のいずれにもない、請求項３に記載の方法。
7. １つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子がＭＤＲ１遺伝子のプロモーター領域およびコード領域の双方にある、請求項３に記載の方法。
8. １つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子が以下からなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む請求項３に記載の方法であって、その群が：
   （ａ）ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ：３３７、３３８、３４１、３４２、３４５、３４６、３４９、３５０、３５３、３５４、３５７、３５８、３６１、３６２、３６５、３６６、３６９、３７０、３７３、３７４、３７７、３７８、３８１、３８２、３８５、３８６、３８９、３９０、３９３、３９４、３９７、３９８、４０１、４０２、４０５、４０６、４０９、４１０、４１３、４１４、４１７、４１８、４２１、４２２、４２５、４２６、４２９、４３０、４３３、４３４、４３７、４３８、４４１、４４２、４４５、４４６、４４９、４５０、４５３、４５４、４５７、４５８、４６１、４６２、４６５、４６６、４６９、４７０、４７３、４７４、４７７、４７８、４８１、４８２、４８５、４８６、４８９、４９０、４９３、４９４、４９７、４９８、５０１、５０２、５０５、５０６、５０９、５１０、５１３、５１４、５１７、５１８、５２１、５２２、５２５、５２６、６３６、６３７、６４０および/または６４１のいずれか一つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
   （ｂ）ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ：６０６、６０８、６１０、６１２、６１８、６２０、６２２、６２４、および/または６２８のいずれか一つのアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
   （ｃ）多剤耐性１（ＭＤＲ１）遺伝子とハイブリダイズすることのできるポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリヌクレオチドがＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:ＡＣ００２４５７）の１４０８３７、１４１５２９、１４１５９０、１４５９８４、１７１４０４、１７１４５６、１７１４６６、１７１５１１、１７１５１２、１７４９０１、１７５０６８、１７５０７４、１７５１４２、１７５１８０、１３９０１５、１３９０６４、１３９１１９、１３９１７７、１３９２７６、１４０１１８、１４０２１６、１４０４９０、１４０５６８、１４０５７６、１４０５９５、１４０７２７、１３９４７９、１３９６１９、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:ＡＣ００５０６８）の８４７０１、８３９４６、８３９７３、８４０３２、８４０７４、８４１１９、７７８１１、７８１７０、７３２５２、７０２００、７０２０４、７０２３７、７０２５３、７０３７１、６５２４１、５０５３７、４３２６３、４３１６２、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:Ｍ２９４３２）の１０１、３０８、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:Ｍ２９４４５）の１３７、１７６の位置に対応する位置に、少なくとも１つのヌクレオチドの置換または欠失を有する、ポリヌクレオチド；
   （ｄ）ＭＤＲ１遺伝子とハイブリダイズすることのできるポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリヌクレオチドがＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００５０６８）の８３９４６、７０２００、７０２３７、６５２４１、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：Ｍ２９４３２）の１０１、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００２４５７）の１４１５２９、１７４９０１、１３９１７７、１４０１１８、１４０５６８、１４０７２７、１３９４７９の位置に対応する位置にＡを有する、ＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：Ｍ２９４３２）の３０８、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００５０６８）の８４７０１、８３９７３、８４０７４、８４１１９、７８１７０、７０２０４、７０２５３、７０３７１、５０５３７、４３１６２、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：Ｍ２９４４５）の１３７または１７６、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００２４５７）の１４５９８４、１７１４６６、１７５０６８、１７５０７４、１３９０６４、１３９２７６、１４０５７６の位置に対応する位置にＴを有する、ＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００２４５７）の１４０８３７、１７１４０４、１７１４５６、１７１５１１、１７１５１２、１３９１１９、１４０４９０、１３９６１９、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００５０６８）の４３２６３の位置に対応する位置にＣを有する、ＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００５０６８）の８４０３２、７７８１１、７３２５２、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００２４５７）の１４１５９０、１７５１４２、１７５１８０、１３９０１５、１４０２１６、１４０５９５の位置に対応する位置にＧを有する、ポリヌクレオチド；
   （ｅ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはその断片をコードするポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリペプチドが、ＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の２１、１０３、１６８、４００、８９３、９９９、１００１、１１０７および/または１１４１の位置に対応する位置にアミノ酸の置換を含む、ポリヌクレオチド；
   （ｆ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはその断片をコードするポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリペプチドが、ＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の２１の位置に対応する位置でＡｓｎからＡｓｐに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の１０３の位置に対応する位置でＰｈｅからＬｅｕに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の１６８の位置に対応する位置でＶａｌからＩｌｅに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の４００の位置に対応する位置でＳｅｒからＡｓｎに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の８９３の位置に対応する位置でＡｌａからＳｅｒに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の９９９の位置に対応する位置でＡｌａからＴｈｒに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の１００１の位置に対応する位置でＡｌａからＴｈｒに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の１１０７の位置に対応する位置でＧｌｎからＰｒｏに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の１１４１の位置に対応する位置でＳｅｒからＴｈｒへのアミノ酸の置換を含む、ポリヌクレオチド；
   である、前記方法。
9. １つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子が、以下からなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む請求項８に記載の方法であって、その群が：
   （ａ）ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ：３４５、４１７または６３６のいずれか一つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
   （ｂ）ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ：６１２または６１８のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
   （ｃ）ＭＤＲ１遺伝子とハイブリダイズすることのできるポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリヌクレオチドがＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:Ｍ２９４３２）の１０１、ＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:Ｍ２９４４５）の１７６、またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:ＧＩ：１０１２２１３５）の８８８８３の位置に対応する位置に置換を有する、ポリヌクレオチド；
   （ｄ）ＭＤＲ１遺伝子とハイブリダイズすることのできるポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリヌクレオチドがＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：Ｍ２９４３２）の１０１、もしくはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:ＧＩ：１０１２２１３５）の８８８８３の位置に対応する位置にＡを有する、またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：Ｍ２９４４５）の１７６、もしくはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:ＧＩ：１０１２２１３５）の８８８８３の位置に対応する位置にＴを有する、ポリヌクレオチド；
   （ｅ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはその断片をコードするポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリペプチドが、ＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の４００または８９３の位置に対応する位置にアミノ酸の置換を含む、ポリヌクレオチド；
   （ｆ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはその断片をコードするポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリペプチドが、ＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の４００の位置に対応する位置でＳｅｒからＡｓｎに、または８９３の位置に対応する位置でＡｌａからＳｅｒへのアミノ酸の置換を含む、ポリヌクレオチド；
   である、前記方法。
10. １つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子が、患者におけるＭＤＲ１遺伝子産生物の低い量の発現という結果をもたらすため、その患者に投与するイリノテカンの量を減量する、請求項８に記載の方法。
11. １つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子が、患者におけるＭＤＲ１遺伝子産生物の高い量の発現という結果をもたらすため、その患者に投与するイリノテカンの量を増量する、請求項８に記載の方法。
12. １つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子が、患者におけるＭＤＲ１遺伝子産生物の低い量の発現という結果をもたらすため、その患者に投与するイリノテカンの量を減量する、請求項９に記載の方法。
13. １つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子が、患者におけるＭＤＲ１遺伝子産生物の高い量の発現という結果をもたらすため、その患者に投与するイリノテカンの量を増量する、請求項９に記載の方法。
14. 患者がＭＤＲ１遺伝子の１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子を有するかどうかを決定することを含む、患者がイリノテカンによる治療に対して有毒な反応についてのリスクがあるかどうかを決定する方法。
15. 患者にイリノテカンを減量して投与することをさらに含む、請求項１４に記載の方法。
16. 以下の内容：
    （ａ）患者がＭＤＲ１遺伝子の１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子を有するかどうかを決定すること；
    （ｂ）１つまたはそれ以上の該変異型対立遺伝子を有する患者において、ＭＤＲ１遺伝子中の同患者の対立遺伝子に関係なくイリノテカンを投与する場合の同患者のピークの量と比較して、同患者のイリノテカンのピークの量を低下させるように投与計画を変更すること；
    を含む、癌の患者にイリノテカンを投与するための最適な投与計画を決定する方法。
17. ＭＤＲ１遺伝子産生物の発現レベルが一般的な母集団の場合より低く、そのためイリノテカンへの高い感受性を示すような、ＭＤＲ１遺伝子の１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子を有する患者において、イリノテカンを減量して同患者に投与することを含む、癌の治療法。
18. ＭＤＲ１遺伝子産生物の発現レベルが一般的な母集団の場合より高く、そのためイリノテカンへの耐性または耐性素因を示すような、ＭＤＲ１遺伝子の１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子を有する患者において、イリノテカンを増量して同患者に投与することを含む、癌の治療法。
19. 耐性または耐性素因を示す変異型対立遺伝子を有する患者を、ＭＤＲ１阻害剤を用いて治療する請求項１８に記載の方法。
20. ＭＤＲ１阻害剤が以下の：
    ＧＦ１２０９１８、ＬＹ３３５９７９、ＸＲ ９５７６、ＸＲ ９０５１、フラボノイド類（例えばアピゲニン、ゲニスチン、ナリンギン、ケルセチン、フラボン、フラボノン、フラボピリドール）、ベルガモチン、クラリスロマイシン、ケトコナゾール、レゼルピン、１，９−ジデオキシフォルスコリン、アジドピン、ジメチル−ｂ−シクロデキストリン、イベルメクチン、ＳＤＺ ＰＳＣ ８３３、ＳＤＺ ２８０−４４６、Ｂ６６９、Ｂ−８５９−３５（Ｒ鏡像異性体）およびその主な代謝物、ＭＳ−２０９（キノロン誘導体）、ＰＡＫ−１０４ｐ、アミロリド、アミトリプチリン、アトルバスタチン、オーレオバシジンおよび類似体、ベリリウムフルオリド（ＢｅＦｘ）、カルモジュリン阻害剤、クロロキン、クロロプロマジン、クロファジミン、クレモホールＥＬ、ジルチアゼム、ベラパミル、ニフェジピン、ベプリジル、ニカルジピン、ニグルジピン、ニトレンジピン、トリフルオペラジン、フェロジピン、バリノマイシン、ジピリダモール、エリスロマイシン、フルオロキノロン類：フレロキサシン、エノキサシン、グレパフロキサシン、レボフロキサシン、ノルフロキサシン、グリベンクラミド類および類似体、グルコナート塩類、グラミシジン、ヒドロコルチゾン、イトラコナゾール、リドカイン、ホスファチジルコリン、プリスチナマイシンＩａ、プロパフェノン、プロパノロール、タリノロール、ピリジン類似体、ケルセチン４’−ｂ−グルコシド、キニーネおよびキニジン、キナクリン、シンコニン、リトナビル、サクイナビル、ネルフィナビル、タモキシフェンおよび代謝物、タキソイド（テトラサイクリックタキソピンＣおよび誘導体）、テルフェナジン、
    からなる群から選択される、請求項１９の方法。
21. 癌細胞内のＭＤＲ１遺伝子産生物の発現レベルの変化をアッセイすることにより治療中に患者をモニターし、それによりＭＤＲ１遺伝子産生物の発現レベルの増加を、同患者へのイリノテカンの投与量を増量することで補うことをさらに含む、請求項１７に記載の方法。
22. イリノテカンの有効量を患者に内部的に投与することを含む、同患者における癌の治療方法であって、治療計画を同患者のＭＤＲ１遺伝子の遺伝子型に基づいて修飾する前記方法。
23. 以下の内容：
    （ａ）患者がＭＤＲ１遺伝子の１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子を有するかどうかを、患者ごとにその患者について決定すること；
    （ｂ）１つまたはそれ以上の該変異型対立遺伝子を有する患者において、該変異型対立遺伝子を有する患者を治療するのに十分な量のイリノテカン、すなわちＭＤＲ１遺伝子中の患者の対立遺伝子に関係なく投与する量と比較して、増量または減量した量を同患者に投与すること；
    を含む癌の患者の母集団の治療方法。
24. 患者がＭＤＲ１遺伝子の１つまたはそれ以上の変異型対立遺伝子を有するかどうかを決定することを含む、癌の患者におけるイリノテカンへの感受性を予測する方法であって、該対立遺伝子が癌細胞が低い量または高い量のＭＤＲ１タンパク質を発現することを示し、それにより低発現はイリノテカンへの高い感受性を、および高発現はイリノテカンへの耐性または耐性素因を示す、前記方法。
25. 耐性または耐性素因を示す遺伝子型を有する患者に、ＭＤＲ１阻害剤を投与することをさらに含む、請求項２４に記載の方法。
26. ＭＤＲ１阻害剤が以下：
    ＧＦ１２０９１８、ＬＹ３３５９７９、ＸＲ ９５７６、ＸＲ ９０５１、フラボノイド類（例えばアピゲニン、ゲニスチン、ナリンギン、ケルセチン、フラボン、フラボノン、フラボピリドール）、ベルガモチン、クラリスロマイシン、ケトコナゾール、レゼルピン、１，９−ジデオキシフォルスコリン、アジドピン、ジメチル−ｂ−シクロデキストリン、イベルメクチン、ＳＤＺ ＰＳＣ ８３３、ＳＤＺ ２８０−４４６、Ｂ６６９、Ｂ−８５９−３５（Ｒ鏡像異性体）およびその主な代謝物、ＭＳ−２０９（キノロン誘導体）、ＰＡＫ−１０４ｐ、アミロリド、アミトリプチリン、アトルバスタチン、オーレオバシジンおよび類似体、ベリリウムフルオリド（ＢｅＦｘ）、カルモジュリン阻害剤、クロロキン、クロロプロマジン、クロファジミン、クレモホールＥＬ、ジルチアゼム、ベラパミル、ニフェジピン、ベプリジル、ニカルジピン、ニグルジピン、ニトレンジピン、トリフルオペラジン、フェロジピン、バリノマイシン、ジピリダモール、エリスロマイシン、フルオロキノロン類、フレロキサシン、エノキサシン、グレパフロキサシン、レボフロキサシン、ノルフロキサシン、グリベンクラミド類および類似体、グルコナート塩類、グラミシジン、ヒドロコルチゾン、イトラコナゾール、リドカイン、ホスファチジルコリン、プリスチナマイシンＩａ、プロパフェノン、プロパノロール、タリノロール、ピリジン類似体、ケルセチン４’−ｂ−グルコシド、キニーネおよびキニジン、キナクリン、シンコニン、リトナビル、サクイナビル、ネルフィナビル、タモキシフェンおよび代謝物、タキソイド（テトラサイクリックタキソピンＣおよび誘導体）、テルフェナジン、
    からなる群から選択される、請求項２５に記載の方法。
27. 耐性または耐性素因を示す遺伝子型を有する患者を、癌細胞内のＭＤＲ１遺伝子産生物の発現レベルの変化をアッセイすることにより治療中にモニターし、その結果イリノテカンへの感受性の最新の予測を決定してもよい、請求項２５に記載の方法。
28. 以下からなる群から選択されるポリヌクレオチドを含む第１の対立遺伝子を含むゲノムを有する被験者における、結腸直腸癌、子宮頸癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、および膵臓癌の治療用医薬組成物を製造するための、イリノテカンまたはその誘導体の使用であって、その群が：
    （ａ）ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ：３３７、３３８、３４１、３４２、３４５、３４６、３４９、３５０、３５３、３５４、３５７、３５８、３６１、３６２、３６５、３６６、３６９、３７０、３７３、３７４、３７７、３７８、３８１、３８２、３８５、３８６、３８９、３９０、３９３、３９４、３９７、３９８、４０１、４０２、４０５、４０６、４０９、４１０、４１３、４１４、４１７、４１８、４２１、４２２、４２５、４２６、４２９、４３０、４３３、４３４、４３７、４３８、４４１、４４２、４４５、４４６、４４９、４５０、４５３、４５４、４５７、４５８、４６１、４６２、４６５、４６６、４６９、４７０、４７３、４７４、４７７、４７８、４８１、４８２、４８５、４８６、４８９、４９０、４９３、４９４、４９７、４９８、５０１、５０２、５０５、５０６、５０９、５１０、５１３、５１４、５１７、５１８、５２１、５２２、５２５および/または５２６のいずれか一つの核酸配列を有するポリヌクレオチド；
    （ｂ）ＳＥＱ．ＩＤ ＮＯ：６０６、６０８、６１０、６１２、６１８、６２０、６２２、６２４、および/または６２８のいずれか一つのアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；
    （ｃ）多剤耐性１（ＭＤＲ１）遺伝子とハイブリダイズすることのできるポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリヌクレオチドがＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:ＡＣ００２４５７）の１４０８３７、１４１５２９、１４１５９０、１４５９８４、１７１４０４、１７１４５６、１７１４６６、１７１５１１、１７１５１２、１７４９０１、１７５０６８、１７５０７４、１７５１４２、１７５１８０、１３９０１５、１３９０６４、１３９１１９、１３９１７７、１３９２７６、１４０１１８、１４０２１６、１４０４９０、１４０５６８、１４０５７６、１４０５９５、１４０７２７、１３９４７９、１３９６１９、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:ＡＣ００５０６８）の８４７０１、８３９４６、８３９７３、８４０３２、８４０７４、８４１１９、７７８１１、７８１７０、７３２５２、７０２００、７０２０４、７０２３７、７０２５３、７０３７１、４３２６３、４３１６２、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:Ｍ２９４３２）の１０１、３０８、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号:Ｍ２９４４５）の１３７、１７６の位置に対応する位置に、少なくとも１つのヌクレオチドの置換または欠失を有する、ポリヌクレオチド；
    （ｄ）ＭＤＲ１遺伝子とハイブリダイズすることのできるポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリヌクレオチドがＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００５０６８）の８３９４６、７０２００、７０２３７、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：Ｍ２９４３２）の１０１、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００２４５７）の１４１５３０、１７４９０１、１３９１７７、１４０１１８、１４０５６８、１４０７２７、１３９４７９の位置に対応する位置にＡを有する、ＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：Ｍ２９４３２）の３０８、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００５０６８）の８４７０１、８３９７３、８４０７４、８４１１９、７８１７０、７０２０４、７０２５３、７０３７１、４３１６２、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：Ｍ２９４４５）の１３７または１７６、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００２４５７）の１４５９８４、１７１４６６、１７５０６８、１７５０７４、１３９０６４、１３９２７６、１４０５７６の位置に対応する位置にＴを有する、ＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００２４５７）の１４０８２７、１７１４０４、１７１４５６、１７１５１１、１７１５１２、１３９１１９、１４０４９０、１３９６１９、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００５０６８）の８４０３２、７７８１１、７３２５２の位置に対応する位置にＣを有する、ＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００５０６８）の４３２６３、および/またはＭＤＲ１遺伝子（アクセション番号：ＡＣ００２４５７）の１４１５９０、１７５１４２、１７５１８０、１３９０１５、１４０２１６、１４０５９５の位置に対応する位置にＧを有する、ポリヌクレオチド；
    （ｅ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはその断片をコードするポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリペプチドが、ＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の２１、１０３、１６８、４００、８９３、９９９、１００１、１１０７および/または１１４１の位置に対応する位置にアミノ酸の置換を含む、ポリヌクレオチド；
    （ｆ）ＭＤＲ１ポリペプチドまたはその断片をコードするポリヌクレオチドであって、ここで、該ポリペプチドが、ＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の２１の位置に対応する位置でＡｓｎからＡｓｐに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の１０３の位置に対応する位置でＰｈｅからＬｅｕに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の１６８の位置に対応する位置でＶａｌからＩｌｅに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の４００の位置に対応する位置でＳｅｒからＡｓｎに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の８９３の位置に対応する位置でＡｌａからＳｅｒに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の９９９の位置に対応する位置でＡｌａからＴｈｒに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の１００１の位置に対応する位置でＡｌａからＴｈｒに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の１１０７の位置に対応する位置でＧｌｎからＰｒｏに、または/およびＭＤＲ１ポリペプチド（アクセション番号：Ｇ２５０６１１８）の１１４１の位置に対応する位置でＳｅｒからＴｈｒへのアミノ酸の置換を含む、ポリヌクレオチド；
    である、前記方法。
29. 前記ポリヌクレオチドに含まれるヌクレオチドの欠失、付加、および/または置換により、対応する野生型対立遺伝子と比較しての変異型対立遺伝子の発現に変化をきたす、請求項２８のいずれか１項に記載の使用。
30. 前記の発現の変化が発現の低下または増加である、請求項２９に記載の使用。
31. 前記ポリヌクレオチドに含まれるヌクレオチドの欠失、付加、および/または置換により、対応する野生型対立遺伝子にコードされたポリペプチドと比較しての、変異型対立遺伝子にコードされたポリペプチドの活性に変化をきたす、請求項２８から３０のいずれか１項に記載の使用。
32. 前記の活性の変化が活性の低下または増加である、請求項３１に記載の使用。
33. 前記被験者が動物である請求項２８から３２のいずれか１項に記載の使用。
34. 前記被験者がマウスである請求項３３に記載の使用。
35. 前記被験者がヒトである請求項２８から３２のいずれか１項に記載の使用。
36. 前記ヒトがアフリカ系またはアジア系である請求項３５に記載の使用。
37. 結腸直腸癌、子宮頸癌、胃癌、肺癌、悪性神経膠腫、卵巣癌、および膵臓癌の被験者に対して適切な治療を選択するための方法であって、以下の内容：
    （ａ）該被験者から得たサンプルの被験者のゲノムについて、請求項１から５のいずれか１項で特定した変異型対立遺伝子の存在の有無を決定すること；および
    （ｂ）（ａ）で得られた結果に基づいて該被験者のための適切な治療を選択すること；
    を含む、前記方法。

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