JP2005508186A - 支持体に適用したオリゴマー及び/又はポリマーの保管及び/又は配送方法、並びにその支持体 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】少なくとも1個の支持体に適用したオリゴマー及び/又はポリマーを保管及び/又は配送する方法であって、
(a)少なくとも1個の支持体に少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを適用し;
(b)該支持体を折るか、又は巻き;
(c)工程(b)の支持体を保管及び/又は配送する
工程を含む上記方法。折りたたみ式若しくは巻物型シート、ルーズリーフシート又はカードの形態である、少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを適用した支持体、並びに、少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを適用した水溶性支持体。
【効果】本発明によれば、分子性物質(オリゴマー及び/又はポリマー)が簡便なシステムで保管及び配送できる。このシステムは、その物質を汚染及び分解させることなく保護することができる。
(a)少なくとも1個の支持体に少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを適用し;
(b)該支持体を折るか、又は巻き;
(c)工程(b)の支持体を保管及び/又は配送する
工程を含む上記方法。折りたたみ式若しくは巻物型シート、ルーズリーフシート又はカードの形態である、少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを適用した支持体、並びに、少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを適用した水溶性支持体。
【効果】本発明によれば、分子性物質(オリゴマー及び/又はポリマー)が簡便なシステムで保管及び配送できる。このシステムは、その物質を汚染及び分解させることなく保護することができる。
Description
【技術分野】
【0001】
本発明は、支持体に適用したオリゴマー及び/又はポリマーを保管及び/又は配布する方法、並びにその支持体に関する。
【背景技術】
【0002】
生物学的サンプル及び材料は、従来、加熱シールしたガラスビンの形態で保管され配布されてきた。このシステムには、ラベルを貼付したままで維持し、サンプル特徴の記録をとっておかなければならないという問題や、保管又は配送しようとするサンプル若しくは材料と同じ数のバイアルを準備しておかねばならないという問題がある。
【0003】
対象とする分子性物質の断片を保管及び/又は配送するためのもう1つのシステムは、高分子断片(例えばDNA、RNA又はPNA)が固定又は印字してある複数のシート状支持体を積層して形成した小冊子の形態である(米国特許第6,258,542号)。しかし、この配送システムでは、支持体を小冊子の形態に作り上げる必要がある。
【0004】
分子性物質を含む支持体の配送に関連する技術分野におけるもう1つの問題は、保管又は配送しようとする対象の分子性物質の汚染及び分解の問題である。分子性物質を含む支持体を製造し、配送し、受け取る間には、何人もの作業者がその支持体を取り扱うので、それによって該支持体は汚染されてしまう可能性がある。また、保管及び配送の際の環境的条件(例えば湿度やUV光線など)によって、支持体に適用した分子性物質の品質が著しく損なわれる可能性もある。汚染は深刻な問題であり、その支持体から分子性物質が回収されると、その分子性分子の使用に支障をきたすこともある。例えば、支持体から回収したDNAをPCRの目的で使用する場合、汚染はPCR特性を著しく損なう可能性がある。
【0005】
米国特許第5,092,466号には、密閉封止したパケットに生物学的サンプルを保存し、それらをフィルムに取り付ける工程を含むことによる、生物学的サンプルの保管システムが開示されている。次に、パッケージされたサンプルが取り付けられているフィルムの部分を打ち抜くことにより、封止パケットがフィルムから取り出される。
【0006】
しかし、このシステムでは、システムを封止したり、密閉封止パケットやフィルムを製造する必要がある。更に、生物学的サンプルは、使用前にフィルムや密封封止パケージから抽出しなければならず、生物学的サンプルの汚染や分解の危険性が伴うことは避けられない。
【0007】
したがって、この技術分野では、対象とする分子性物質のための、該物質を汚染及び分解させることなく保護することができる、簡便な保管・配送システムが必要とされる。
【0008】
本発明の実施形態は、容易に製造、保管及び配送できる支持体を提供し、かつ汚染や分解の危険性を低減若しくは解消することにより、当該技術分野における上記の問題を解決するものである。
【発明の開示】
【0009】
本発明は、簡便な形態の保管及び/又は配送システムを提供することにより、当該技術分野における上記の問題を解決する。
【0010】
本発明はまた、保管及び/又は配送のための簡便なシステムの製造方法を提供する。
【0011】
本発明は更に、対象とする分子性物質の保管及び/又は配送方法を提供する。
【0012】
本発明者は、少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを適用した種々の形態の支持体を製造した。
【0013】
本発明の主題は以下のとおりである。
【0014】
1.少なくとも1個の支持体に適用したオリゴマー及び/又はポリマーを保管及び/又は配送する方法であって、
(a)少なくとも1個の支持体に少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを適用し;
(b)該支持体を折るか、又は巻き;
(c)工程(b)の支持体を保管及び/又は配送する
工程を含む上記方法。
【0015】
2.工程(b)において、支持体を1回又はそれ以上折る、第1項に記載の方法。
【0016】
3.工程(b)において、支持体を巻く、第1項に記載の方法。
【0017】
4.折った、又は巻いた支持体を、次いで容器に挿入する、第2項又は第3項に記載の方法。
【0018】
5.少なくとも1個の支持体に適用したオリゴマー及び/又はポリマーを保管及び/又は配送する方法であって、
(a)少なくとも1個の支持体に少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを適用し;
(b)該支持体を容器に挿入し;
(c)工程(b)の支持体を保管及び/又は配送する
工程を含む上記方法。
【0019】
6.容器が封筒、袋、缶、箱、ビン、アンプル又は筒である、第4項又は第5項に記載の方法。
【0020】
7.支持体がルーズリーフシートである、第4項又は第5項に記載の方法。
【0021】
8.支持体が水溶性、水分解性及び/又は水不溶性物質から作られている、第1〜7項のいずれか1項に記載の方法。
【0022】
9.支持体がシートの形態である、第1〜8項のいずれか1項に記載の方法。
【0023】
10.支持体がルーズリーフシートの形態である、第9項に記載の方法。
【0024】
11.水不溶性物質が主成分としてセルロースを含む、第8項に記載の方法。
【0025】
12.支持体がキチン及び/又はキトサンで被覆されている、第1〜11項のいずれか1項に記載の方法。
【0026】
13.工程(a)において、オリゴマー及び/又はポリマーを、結合成分としてキチン及び/又はキトサンを含んでいる溶液の形態で適用する、第1〜12項のいずれか1項に記載の方法。
【0027】
14.支持体がオブラートである、第8項に記載の方法。
【0028】
15.支持体がカードの形態である、第1〜14項のいずれか1項に記載の方法。
【0029】
16.複数の支持体がカードの形態であり、それらを容器に挿入し、保管及び/又は配送する、第15項に記載の方法。
【0030】
17.容器が箱である、第16項に記載の方法。
【0031】
18.支持体が紙である、第1〜17項のいずれか1項に記載の方法。
【0032】
19.支持体が、オリゴマー及び/又はポリマーを汚染及び/又は分解させることなく保護するためのマトリックスで覆われている、第1〜18項のいずれか1項に記載の方法。
【0033】
20.オリゴマー及び/又はポリマーを汚染及び/又は分解させることなく保護するための手段が、支持体上又は2個の支持体の間に適用されている、第1〜19項のいずれか1項に記載の方法。
【0034】
21.汚染及び/又は分解させることなく保護するための手段がシート状の手段である、第20項に記載の方法。
【0035】
22.少なくとも2種のオリゴマー及び/又はポリマーを1個又は複数個の支持体に適用する、第1〜21項のいずれか1項に記載の方法。
【0036】
23.オリゴマーが、オリゴヌクレオチド、オリゴペプチド、オリゴ糖、PNA及びそれらの混合物からなる群から選ばれる、第1〜22項のいずれか1項に記載の方法。
【0037】
24.ポリマーが、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、多糖、PNA及びそれらの混合物からなる群から選ばれる、第1〜23項のいずれか1項に記載の方法。
【0038】
25.オリゴマー及び/又はポリマーが、断片又は完全な分子である、第1〜24項のいずれか1項に記載の方法。
【0039】
26.オリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドが、ゲノムDNA、cDNA、RNA、mRNA、PNA及びそれらの組合せからなる群から選ばれる、第23項又は第24項に記載の方法。
【0040】
27.オリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドが、断片、EST配列、長鎖配列、全コード配列、及び全長配列からなる群から選ばれる、第23項又は第24項に記載の方法。
【0041】
28.オリゴヌクレオチド及び/又はポリヌクレオチドが、PCRプライマー又はオリゴヌクレオチドプローブである、第23〜27項のいずれか1項に記載の方法。
【0042】
29.オリゴマー及び/又はポリマーを、それを支持体上に固定又は印字することにより該支持体に適用する、第1〜28項のいずれか1項に記載の方法。
【0043】
30.オリゴマー及び/又はポリマーを、該オリゴマー及び/又はポリマーの溶液をピン、シリンジ又はインクジェットプリンターにより支持体に直接適用することによって該支持体に適用する、第29項に記載の方法。
【0044】
31.更に、in situでのPCRを行うか、支持体上でオリゴヌクレオチド及び/又はポリヌクレオチドを適切な制限エンドヌクレアーゼによりin situで処理する工程を含む、第1〜30項のいずれか1項に記載の方法。
【0045】
32.更に、オリゴマー及び/又はポリマーを、支持体からの溶出により回収する工程を含む、第1〜31項のいずれか1項に記載の方法。
【0046】
33.支持体が、該支持体上でのオリゴマー及び/又はポリマーの位置並びに該オリゴマー及び/又はポリマーの認識コード又は番号に関する情報を含むバーコード、チップ又はラベルを含む、第1〜32項のいずれか1項に記載の方法。
【0047】
34.回収が、支持体を装置に挿入し、該装置により該支持体からの溶出及び回収を自動的に行うことにより行われる、第32項に記載の方法。
【0048】
35.オペレーターが対象とするオリゴマー及び/又はポリマーを選択し、装置が該対象とするオリゴマー及び/又はポリマーを支持体から自動的に溶出させ回収する、第34項に記載の方法。
【0049】
36.少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを適用した支持体であって、折りたたみ式若しくは巻物型シート、ルーズリーフシート又はカードの形態である上記支持体。
【0050】
37.少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを適用した水溶性支持体。
【0051】
38.オブラートである、第37項に記載の支持体。
【0052】
39.少なくとも2種のオリゴマー及び/又はポリマーを1個又は複数個の支持体に適用した、第36〜38項のいずれか1項に記載の支持体。
【0053】
40.オリゴマーが、オリゴヌクレオチド、オリゴペプチド、オリゴ糖、PNA、及びそれらの混合物からなる群から選ばれる、第36〜39項のいずれか1項に記載の支持体。
【0054】
41.ポリマーが、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、多糖、PNA及びそれらの混合物からなる群から選ばれる、第36〜40項のいずれか1項に記載の支持体。
【0055】
42.オリゴマー及び/又はポリマーが、断片又は完全な分子である、第36〜41項のいずれか1項に記載の支持体。
【0056】
43.オリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドが、ゲノムDNA、cDNA、RNA、mRNA、PNA、及びそれらの組合せからなる群から選ばれる、第36〜42項のいずれか1項に記載の支持体。
【0057】
44.オリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドが、断片、EST配列、長鎖配列、全コード配列、及び全長配列からなる群から選ばれる、第36〜43項のいずれか1項に記載の支持体。
【0058】
45.オリゴヌクレオチド及び/又はポリヌクレオチドが、PCRプライマー又はオリゴヌクレオチドプローブである、第36〜44項のいずれか1項に記載の支持体。
【0059】
46.オリゴマー及び/又はポリマーが、それを支持体上に固定又は印字することにより該支持体に適用されている、第36〜45項のいずれか1項に記載の支持体。
【0060】
47.オリゴマー及び/又はポリマーが、該オリゴマー及び/又はポリマーの溶液をピン、シリンジ又はインクジェットプリンターにより支持体に直接適用することによって該支持体に適用されている、第46項に記載の支持体。
【0061】
48.容器に挿入される、第36〜47項のいずれか1項に記載の支持体。
【0062】
49.容器が封筒、袋、缶、箱、ビン、アンプル又は筒である、第48項に記載の支持体。
【0063】
50.第36〜49項のいずれか1項に記載の水溶性支持体の製造方法であって、少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを少なくとも1個の水溶性支持体に適用する工程を含む上記方法。
【0064】
51.第37〜49項のいずれか1項に記載の水溶性支持体を保管及び/又は配送する方法であって、
(a)少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを少なくとも1個の水溶性支持体に適用し;
(b)工程(a)の支持体を保管及び/又は配送する
工程を含む上記方法。
【0065】
52.第37〜49項のいずれか1項に記載の水溶性支持体からオリゴマー及び/又はポリマーを取り出すための方法であって、
(a)該水溶性支持体を水系溶液に溶解させ;
(b)工程(a)の水系溶液からオリゴマー及び/又はポリマーを分離させる
工程を含む上記方法。
53.オリゴマー及び/又はポリマーが核酸であり、Mg++を必要とする酵素の存在下で行われ、更に過剰なMg++を添加する工程を含む、第51項に記載の方法。
54.Mg++を必要とする酵素がポリメラーゼである、第54項に記載の方法。
55.過剰なMg++を添加する工程が増幅工程である、第53〜54項に記載の方法。
【0066】
本発明の記載の目的のための「オリゴマー」なる用語は、少数個の構成単位を含む分子から構成される任意の物質又は任意の物質の種類として定義される。その単位は、1以上の種からなるものであってもよい。本発明の記載の目的のための「ポリマー」なる用語は、多数個の構成単位(又は「マー(mer)」)を含む分子から構成される任意の物質として定義され、1以上の種からなるものであってもよい。
【0067】
本発明によるオリゴマーの例は、オリゴヌクレオチド、オリゴペプチド、オリゴ糖、PNA、又はそれらの混合物である。本発明によるポリマーの例は、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、多糖、PNA、及びそれらの混合物である。したがって、本発明によれば、支持体及び/又は印刷物に適用又は印刷されるオリゴマー及び/又はポリマーは、例えば、DNA、cDNA、RNA、PNA、プラスミド、プライマー、タンパク質、酵素などとしうる。したがって、本発明による支持体及び/又は印刷物は、迅速で、効率的で、安価なサンプル配布システムである。例えば、cDNAクローンがこのようにして有利に配布できる。更に、支持体に適用又は吸着させる緩衝液などの溶液もまた、本発明の範囲に含まれる。しかし、これらの溶液は緩衝液に限定されない。
本発明による支持体は、例えば、印刷物の1頁、リーフレットの1頁、所定の破断線若しくは印の付いた線で印刷物から取り外したり切り離すことが可能な該印刷物の1頁、印刷物に添付される独立した1頁、印刷物の1頁若しくは表紙に添付若しくは固定されるか又はその1頁若しくは表紙に固定されているポケットに挿入されるカードとして、オブラートなどの形態など、いずれの形態でも印刷物に添付、付加又は収容することができる。印刷物及び支持体の非限定的な幾つかの例を図に示す。しかし、本発明による印刷物及び支持体は図示のものに限定されない。
本発明による印刷物としては、定期刊行物、雑誌、論文、冊子、書籍(volumes)、小冊子、リーフレット、パンフレット、報告書、ポスター、抄録集、カード、ラベルなどの当該技術分野で公知の任意の種類の刊行物が挙げられる。
【0068】
本発明において、支持体は、その上に少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーが適用されるならば、どのような物質から製造されてもよい。例えば、支持体は、水溶性、水分解性又は水不溶性の物質から製造できる。水溶性物質の例としては、オブラート(wafer)〔アメリカン・ヘリテージ・ディクショナリー(American Heritage Dictionary), 1980年版に従う〕(オブラートは日本国では「オブラート(oblate)として知られている」が挙げられる。水溶性物質は、例えばコムギ粉ペースト(ステッドマンの英和医学辞典、第3版)を含みうる。オブラートは、どのような形態であってもよい(例えば、アメリカン・ヘリテージ・ディクショナリーを参照)。オブラートは、好ましくは薄い紙様のシートの形態としうる。しかし、水溶性物質はオブラートに限定されない。水分解性物質とは、その構成成分が水に溶解して、オリゴマー及び/又はポリマーを水に放出する物質をいう。水分解性紙の例としては、三島製紙株式会社(日本国)から製造されている紙が挙げられる。三島紙は、カルボキシメチルセルロースを用いて製造される。この種類の紙の説明については、Japan Soc. Col. Mater. 64(11), 1991年11月, 696-701でも見ることができる。この紙を水に浸すと、その紙を構成している繊維がバラバラにほどけ、その結果、オリゴマー及び/又はポリマーが水に放出される。本発明では、60MDP三島紙を使用した。
水不溶性物質の例としてはセルロースが挙げられる。
【0069】
本発明では、セルロースを主成分として製造される物質、更に具体的には通常の普通コピー(PPC)紙などが、支持体として用いることができる。上記で記載したような水分解性紙(例えば三島紙)もまた使用できる。また、FTR(登録商標)紙〔Whatman製(UK)、米国特許第6,294,203号を参照〕も、支持体として使用できる。FTR紙は、病原体を不活性化し、かつDNAを分解させることなく保護するための混合物で被覆した通常の紙からなる。
【0070】
更に、セルロースを別のシートにコーティングして該シートをフィルム状セルロースで補強して製造される材料を、支持体として用いてもよい。この場合、本発明によるオリゴマー及び/又はポリマーの溶液(例えばDNA溶液)を、支持体のコーティングしたセルロースフィルムに付着させることが好ましい。
【0071】
また、オリゴマー及び/又はポリマーを固定した支持体の表面は、プラスチックなどでコーティングして、該支持体を補強するようにしてもよい。
【0072】
支持体の厚さは、例えば1mm以下とすることができる。この厚さを非常に薄くすれば(例えば0.1mm程度)、オリゴマー及び/又はポリマー固定支持体を多数枚積層して配布する場合でも、それらはそれ程嵩ばらないので、その支持体の作業性は向上する。
【発明を実施するための最良の形態】
【0073】
以下、図面を参照しながら、本発明の印刷物及び/又は支持体の実施形態の例を説明する。
【0074】
図1には、少なくとも1回折ったシートの形態の支持体(1)を示す。図1(a)には、この支持体の片面を示す。図1(b)には、この支持体のもう一方の面を示す。図1(c)には、この支持体の斜視図を示す。シートは、片面にオリゴマー及び/又はポリマー(例えばDNA、cDNA、RNA、mRNA、PNA、プライマー、プラスミド、ベクター、酵素、緩衝液、及びそれらの混合物など)のスポット(2)を含んでおり〔図1(a)〕、もう一方の面にはスポットを含んでいない〔図1(b)〕。支持体にはオリゴマー及び/又はポリマーの名称(10)が書いてある。科学者は、このオリゴマー及び/又はポリマーを用いて実験を行いたいと考えた時に、シートからスポットを含むストリップを切り取り、オリゴマー及び/又はポリマーを該ストリップから溶出させることにより、この物質を迅速に得ることができる。オリゴマー及び/又はポリマーが核酸である場合、それは、例えば適切なプライマーを用いるPCRなどの当該技術分野で公知の増幅技法により有利に回収できる。これらのプライマーは、同一の支持体に含まれていてもよいし、あるいは印刷物とは別の支持体に含まれていてもよい。回収された核酸はまた、Sambrookら, 1989などの公知の技法に従って大腸菌などの原核性又は真核性の宿主細胞に導入することができる。
【0075】
オリゴマー及び/又はポリマーを支持体の半面だけに適用することの利点は、その支持体を折っても、オリゴマー及び/又はポリマーが互いに接触せず、分子が汚染及び/又は分解する可能性が低減されることである。
【0076】
しかし、オリゴマー及び/又はポリマーは、支持体の全面に適用してもよい。その場合、支持体を折る前に、オリゴマー及び/又はポリマーを汚染及び/又は分解させることなく保護するための手段を支持体に適用しておくことが好ましい。
保護のための手段としては、シート状の手段が使用可能である。
【0077】
図2には、2回又はそれ以上(すなわち5回)折ったシートの形態の支持体(1)を示す。図2(a)には、この支持体の片面を示す。図2(b)には、この支持体のもう一方の面を示す。図2(c)には、この支持体の斜視図を示す。シートは、両面に、ポリマー(例えばポリヌクレオチド、ポリペプチド、多糖、PNA、及びそれらの混合物)のスポット(5)と、オリゴマー(例えばオリゴヌクレオチド、オリゴペプチド、オリゴ糖、PNA、及びそれらの混合物)のスポット(6)とを含んでいる〔図2(a)及び2(b)〕。支持体の両面に、ポリマーの名称(11)及びオリゴマーの名称(12)が書いてある。科学者は、このオリゴマー及び/又はポリマーを用いて実験を行いたいと考えた時に、シートからスポットを含むストリップを切り取り、オリゴマー及び/又はポリマーを該ストリップから溶出させることにより、この物質を迅速に得ることができる。
【0078】
図1の実施形態と同様に、オリゴマー及び/又はポリマーは、支持体の所定部分に適用して、支持体を折ってもオリゴマー及び/又はポリマーが互いに接触せず、分子の汚染及び/又は分解の可能性が低減されるようにすることが好ましい。
【0079】
しかし、オリゴマー及び/又はポリマーは、支持体の全面に適用してもよい。その場合、支持体を折る前に、オリゴマー及び/又はポリマーを汚染及び/又は分解から保護するための手段を支持体に適用しておくことが好ましい。
保護のための手段としては、シート状の手段が使用可能である。
【0080】
図1及び図2の実施形態の利点は、対象とするオリゴマー及び/又はポリマーを支持体に適用して該支持体を折れば、該オリゴマー及び/又はポリマーは該支持体の内側で保管され、したがって、その後の技師や郵便配達人などによる支持体の取り扱いから保護されることである。また、これらの実施形態は、オリゴマー及び/又はポリマーを、湿度、UV光線、雨などの外的な環境条件から保護するものでもあり、それらが該オリゴマー及び/又はポリマーに直接当たることはない。
【0081】
図1及び2の実施形態は、1個又は複数個の支持体を容器(例えば封筒、袋、冊子レフィル用のルーズリーフ用封筒若しくは袋、箱など)に挿入することにより、簡便に保管及び/又は配送できる。
【0082】
図2の実施形態に変更を加えた形態では、オリゴマー及び/又はポリマーは支持体の片面に適用する。
【0083】
図3には、図1及び/又は図2に従って製造した、オリゴマー及び/又はポリマー(例えばオリゴヌクレオチド、オリゴペプチド、オリゴ糖、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、多糖、PNA、及びそれらの混合物)を適用した折りたたみ式シート〔すなわち支持体(1)〕を収容した容器(3)を示す。この容器は箱である。この箱には、オリゴマー及び/又はポリマーが由来する種及び組織の名称(4)が書かれている。この箱に折りたたみ式シートを収容することにより、オリゴマー及び/又はポリマーは分類整理(分類)して保管及び配送できる。
【0084】
このシステムの更なる利点は、特定のライブラリー又は特定の組織のオリゴマー及び/又はポリマーの支持体が、別のライブラリー又は組織のオリゴマー及び/又はポリマーとは別にして、容器に入れて保管及び/又は配送され、2種類の異なるオリゴマー及び/又はポリマーを混同したり対象のオリゴマー及び/又はポリマーを間違える可能性が起こるのを防ぐことである。
【0085】
図4には、巻いたシートの形態の支持体(1)を示す。このシートは、片面に、ポリマー(例えばポリヌクレオチド、ポリペプチド、多糖、PNA、及びそれらの混合物)のスポット(5)と、オリゴマー(例えばオリゴヌクレオチド、オリゴペプチド、オリゴ糖、PNA、及びそれらの混合物)のスポット(6)とを含んでいる。支持体には、ポリマーの名称(11)及びオリゴマーの名称(12)が書いてある。科学者は、このオリゴマー及び/又はポリマーを用いて実験を行いたいと考えた時に、シートからスポットを含むストリップを切り取り、オリゴマー及び/又はポリマーを該ストリップから溶出させることにより、この物質を迅速に得ることができる。
【0086】
このシステムには、上記の実施形態のいずれかについて示したような利点がある。更なる利点は、オリゴマー及び/又はポリマーが、互いに接触することなく、支持体の全面に適用できることである。
【0087】
また、このシステムにおいても、支持体を巻く前に、汚染及び/又は分解から保護するための手段(例えばシート状の手段)を支持体に適用できる。例えば、支持体のもう一方の面を、オリゴマー及び/又はポリマーを汚染及び/又は分解させることなく保護するための適切な材料で被覆すればよい。
【0088】
図5には、オリゴマー及び/又はポリマー(例えばオリゴヌクレオチド、オリゴペプチド、オリゴ糖、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、多糖、PNA、及びそれらの混合物)のスポットを含む巻物型シート〔すなわち支持体(1)〕を収容している容器を示す。この容器は筒である。巻物型シートは図4で説明したようなものである。この筒には、オリゴマー及び/又はポリマーが由来する種及び組織の名称(4)が書いてある。巻物型シートを筒に入れることにより、オリゴマー及び/又はポリマーは、分類整理して保管及び配送できる。
【0089】
図6には、ルーズリーフシートの形状の支持体(1)を示す。このシートは、片面に、ポリマー(例えばポリヌクレオチド、ポリペプチド、多糖、PNA、及びそれらの混合物)のスポット(5)と、オリゴマー(例えばオリゴヌクレオチド、オリゴペプチド、オリゴ糖、PNA、及びそれらの混合物)のスポット(6)とを含んでいる。支持体には、ポリマーの名称(11)及びオリゴマーの名称(12)が書いてある。科学者は、このオリゴマー及び/又はポリマーを用いて実験を行いたいと考えた時に、シートからスポットを含むストリップを切り取り、オリゴマー及び/又はポリマーを該ストリップから溶出させることにより、この物質を迅速に得ることができる。
【0090】
このシステムには、冊子若しくはファイルの容器への挿入が容易な形態に作製できる、という更なる利点がある。
【0091】
この実施形態の支持体もまた、図1〜5及び図7に示す方法のいずれかに従って加工、保管及び/又は配送できる。
【0092】
図7には、オリゴマー及び/又はポリマー(例えばオリゴヌクレオチド、オリゴペプチド、オリゴ糖、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、多糖、PNA、及びそれらの混合物)のスポットを含むルーズリーフシート(すなわち支持体)を収容している容器(3)を示す。この容器は箱である。ルーズリーフシートは、合わせて綴じ込みリング(7)で綴じ、カバー(8)が付けてある。ルーズリーフシートは図6で説明したようなものである。箱には、オリゴマー及び/又はポリマーが由来する種及び組織の名称(4)が書かれている。ルーズリーフシートを綴じ込みリングで綴じ、それらのシートを箱に収容することにより、オリゴマー及び/又はポリマーは分類整理して保管及び配送できる。
【0093】
図8には、カードの形態の支持体(1)を示す。このカードは、片面に、ポリマー(例えばポリヌクレオチド、ポリペプチド、多糖、PNA、及びそれらの混合物)のスポット(5)と、オリゴマー(例えばオリゴヌクレオチド、オリゴペプチド、オリゴ糖、PNA、及びそれらの混合物)のスポット(6)とを含んでいる。支持体には、ポリマーの名称(11)及びオリゴマーの名称(12)が書いてある。科学者は、このオリゴマー及び/又はポリマーを用いて実験を行いたいと考えた時に、カードからスポットを含むストリップを切り取り、オリゴマー及び/又はポリマーを該ストリップから溶出させることにより、この物質を迅速に得ることができる。
【0094】
この実施形態によるカードの形態の支持体は、好ましくは、その支持体を別の支持体と区別するための、カード上でのオリゴマー及び/又はポリマーの位置に関する情報を含むバーコード、チップ又はラベルを含むことができる。あるいはまた、オリゴマー及び/又はポリマーの位置自体をコードにして、特定の支持体の性質に関する情報を与えてもよい。バーコードはまた、オリゴマー及び/又はポリマーについての情報、例えばその識別番号についての情報を保管するのにも有効である。バーコードの使用はこの実施形態に限定されないが、本発明によるいずれの支持体においても使用可能である。
【0095】
また、本発明によるカードの形態の支持体も、そのまま使用してもよいし、あるいは該支持体やそれに適用してあるオリゴマー及び/又はポリマーに関する情報を検出し、記録し、(好ましくはコンピューター画面に)表示し、印字する装置に挿入してもよい。
【0096】
オペレーターは、カードを装置に挿入した後で、好ましくは、ソフトウエアで管理される装置に上記情報を(例えばタッチスクリーンンシステムを用いて)入力することにより対象とするオリゴマー及び/又はポリマーを選択してもよく、その装置が、選択した該対象のオリゴマー及び/又はポリマーを支持体から溶出させて回収する。この装置に含まれる、又は該装置に取り付けたソフトウエアは、予めプログラミングしておいてもよく、選択したオリゴマー及び/又はポリマーの認識、溶出及び回収は、その装置によって自動的に実行される。
【0097】
したがって、本発明はまた、本発明の実施形態のいずれかに従って少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを少なくとも1個の支持体に適用する工程、並びに対象とするオリゴマー及び/又はポリマーを回収する工程、好ましくは本発明によるカードの形態の支持体を装置に挿入して、プログラムした装置が自動的に対象とするオリゴマー及び/又はポリマーを認識し、それを溶出させて回収するようにする該工程を含む方法も提供する。あるいはまた、オペレーターが対象とするオリゴマー及び/又はポリマーを選択し、その後で装置が該対象とするオリゴマー及び/又はポリマーの溶出及び回収を実行する。
【0098】
図9には、オリゴマー及び/又はポリマー(例えばオリゴヌクレオチド、オリゴペプチド、オリゴ糖、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、多糖、PNA、及びそれらの混合物)のスポットを含むカード(すなわち支持体)を収容している容器(3)を示す。この容器は箱である。カードは図8で説明したようなものである。箱には、オリゴマー及び/又はポリマーが由来する種及び組織の名称(4)が書いてある。カードを箱に入れることにより、オリゴマー及び/又はポリマーは分類整理して保管及び配送できる。
【0099】
図10には、DNAチップの形態の支持体(1)を示す。このDNAチップは、バーコード(9)と、オリゴマー及び/又はポリマーの1つ又はそれ以上のスポット(2)とを含んでいる。各スポットは、ピン、シリンジ又は任意の他の装置を用いて取り出すことができる。バーコードから、バーコード読取り装置を用いて、オリゴマー及び/又はポリマーに関する情報を得ることができる。この情報の例としては、支持体上でのオリゴマー及び/若しくはポリマーの位置、DNA配列、アミノ酸配列、該アミノ酸配列を含むタンパク質若しくはペプチドの3次元構造などが挙げられる。このチップは、1つの箱に、他のチップやこれらのチップのリストと共にパッケージすることができる。このタイプのチップは、オリゴマー及び/又はポリマーを小さな場所で室温にて保管できる点で都合が良い。また、オリゴマー及び/又はポリマーを簡便に配送するのにも有効である。
【0100】
本発明の上記の実施形態において、支持体は、キチン及び/又はキトサン(メルクインデックス、第9版)で被覆することができる。あるいはまた、オリゴマー及び/又はポリマーを、キチン及び/又はキトサンを含有する溶液に溶解させてもよく、得られた溶液を支持体に適用する。
【0101】
キチン及び/又はキトサンを含む溶液又は混合物で被覆した(あるいは、キチン及び/又はキトサンとオリゴマー及び/又はポリマーとの混合物で被覆した)支持体の利点は、かかる支持体にオリゴマー及び/又はポリマーがより安定な形態で適用され、保管及び/又は配送の間により良好に保存できることである。
【0102】
また、キチン及び/又はキトサンの使用は、保管及び/又は配送のために支持体を再使用することが望まれる場合にも有利である。キチン及び/又はキトサンを含む溶液又は混合物は、既に一度使用した支持体に適用することができる。この場合、キチン又はキトサンの分子が使用済みの基体を覆って、追加分のオリゴマー及び/又はポリマーを適用するための新たな再使用可能な表面を作り出す。
【0103】
本発明では、オリゴマー及び/又はポリマーは、支持体から溶出させることにより回収できる。この回収は、支持体を装置に挿入し、該装置により、カードの形態の支持体の実施形態について上記で記載したようにして支持体からの溶出及び回収を自動的に実行することにより行うことができる。
【0104】
この装置を使用する場合、オペレーターは、適当なオリゴマー及び/又はポリマーを選択すればよい。
核酸はまた、それを公知の技法(例えばSambrookら, 1989)に従ってプラスミド、ベクター及び/又は真核性若しくは原核性の宿主細胞(例えば大腸菌など)に導入することによっても回収できる。核酸は、次回の使用までこの形態で維持し保管することができる。
オリゴマー及び/又はポリマーが核酸である場合、本発明は、適用した核酸を含む印刷物及び/又は支持体を提供し、該核酸を宿主細胞に導入することにより該核酸を回収して保管することを含む、核酸の保管方法を開示する。
したがって、本発明は、支持体に少なくとも1種の核酸を適用し、本発明の実施形態のいずれかに従って支持体を処理し、該支持体を配布し、その少なくとも1種の核酸を、該支持体から宿主分子へと溶出、増幅及び/又は導入することにより回収する工程を含む、生物学的分子の配布方法を開示する。支持体に適用した生物学的材料がcDNAを含むプラスミドである場合、そのプラスミドを該支持体から回収する。次に、そのプラスミドをPCRなどの公知の技法に従って増幅にかけ、cDNAを増幅させる。次に、ゲル電気泳動(electrophoresis gel)を行い(例えばSambrookら, 1989)、cDNAをゲルから回収し、いずれかの目的で使用する。上記で述べたように、増幅したcDNAは、宿主細胞に「保管」し、次回の使用までその形態で保持することも可能である。宿主細胞に収容されているDNAは、この形態で更に配布することもできる。
本発明はまた、核酸、プライマー、酵素及び/又は溶液(緩衝液など)などの実験に必要な物質の一部又は全体を含む支持体を提供する。これらの分子又は物質は全て、支持体に適用し、本発明に従って処理し、次に読者若しくは受取人が回収することでき、そうすることにより、その読者若しくは受取人は実験を直ちに行うことができるようになり、単一の物質を必要とすることや、その物質の濃度を測定することや、それらを調製することが必要なくなる。
したがって、本発明はまた、本発明の実施形態のいずれかに従って処理した支持体上で実験を行うのに必要なオリゴマー及び/又はポリマーを準備し、配布し、且つ/又は保管する方法にも関する。
実験を行うのに必要な物質(核酸、プライマー、酵素及び緩衝液など)の一部又は全てを1つの支持体(カード又はシートなど)に適用することができる。したがって、本発明はまた、実験を実施するための物質の2種以上又は全てを含む単一の支持体に関する。更に、本発明は、支持体に適用した実験の実施に必要な物質の2種以上又は全てを含む、実験を実施するためのキットを提供する。この2種以上の物質は、核酸、プライマー(単数/複数)、酵素(単数/複数)、緩衝液、他の溶液などとすることができる。好ましくは、実験の実施に必要な全ての物質を支持体に添付することができる。支持体は、本発明のいずれかの実施形態で記載したような紙、カード、シートなどとすることができる。好ましくは、キットは、本発明による水分解性紙(例えば三島紙)に適用した、実験を実施するための2種以上の物質及び溶液を含む。
更に、本発明は、オリゴマー及び/又はポリマーを含むオブラート、並びに、オリゴマー及び/又はポリマーをオブラートに適用し、それを配布及び/又は保管することを含む、オリゴマー及び/又はポリマーの配布及び/又は保管方法を提供する。オリゴマー及び/又はポリマーは、そのオブラートを水に溶解させることにより回収できる。
更に、本発明はまた、cDNA、エキソン、好ましくは完全長cDNAをゲノムDNAから合成する方法も提供する。この方法は、1つの特定の遺伝子(例えばヒト黄体形成ホルモン(hLH))を含むゲノムDNAから行う(しかし、この方法は、この遺伝子の完全長FL又はエキソンの調製に限定されず、いずれの遺伝子又はエキソンも調製可能である)。
出発物質は、細胞(例えばヒト細胞)のゲノムDNA全体である。ゲノムDNAは、購入することもできるし(例えばBD Biosciences Clontech、米国)、あるいは標準的な技法を用いて調製することもできる。ゲノムDNAの供給源は、患者から得られるいずれの生物学的材料(例えば血液)とすることができる。本発明の目的のためには、血液、流体、液体又は任意の他の生物学的材料から調製したゲノムDNA、更には精製形態で購入したものや調製したものなど、いずれの形態のゲノムDNAも本明細書においては「鋳型」又は「鋳型DNA」とされる。
FL-hLH(完全長ヒト黄体形成ホルモン)(2つのエキソンから構成される)を調製するためのこの方法を実施するための一例を、図13及び実施例4に示す。目的とする遺伝子のエキソンを増幅及び/又は連結できる1セットのプライマーを用いる。このプライマーのセットは、それぞれのエキソンとハイブリダイズできる1対のプライマーから構成される。第1のプライマー対の一方のプライマーは、第1のエキソンとハイブリダイズし、同時に他方(次の)エキソンの端部とも部分的にハイブリダイズする。例えば、図13では、プライマーHsLH1Rt(エキソン1とハイブリダイズする)は、エキソン2の端部とも部分的に相補的である。プライマーHsLH2F(エキソン2とハイブリダイズする)は、エキソン1の端部とも部分的に相補的である。最終的な増幅産物は、目的とする遺伝子の全てのエキソンを含むcDNAからなり、したがってFL-cDNA(完全長cDNA)である。
図13及び実施例4に示すように、鋳型DNAからcDNAを調製するのに複数セットのプライマーが使用できる。この例では、エキソン1を増幅するためのプライマー対、エキソン2を増幅するためのプライマー対、及びそれらのエキソンを増幅し連結するためのプライマー対(したがって全てのプライマーのセットを含む)は、同一の支持体にスポットすることができる。この場合、完全長の遺伝子だけでなく、1以上のエキソンも合成される(図14に示す)。
したがって、本発明はまた、少なくとも1セットのプライマーを適用した、本発明のいずれかの実施形態に従って処理された印刷物及び/又は支持体を提供するものであり、この少なくとも1セットのプライマーは、ゲノムDNAからFL-cDNAを合成できる。このプライマーのセットは、鋳型DNAに含まれる遺伝子のエキソンを増幅するためのプライマーと、増幅されたエキソンを連結してFL-cDNAとするためのプライマーとを含む。また、支持体は、1以上のエキソンを増幅するための1以上のプライマーも含みうる。好ましくは、支持体は、FL-cDNAを合成するための1セットのプライマーと、場合によっては1以上のエキソンを増幅するためのもう1セットのプライマーを含みうる。
支持体は、更に、これらの反応を触媒する1種以上の酵素(例えばTaqポリメラーゼ)及び/又は実験の実施に必要な任意の溶液(例えば緩衝液)を含みうる。
したがって、印刷物及び/又は支持体の読者又は受取人は、支持体から少なくとも1セットのプライマーを回収し、鋳型DNA、酵素及び緩衝液を添加することができる。酵素及び緩衝液も支持体に適用される場合、受取人はそこから全ての要素を回収でき、その酵素や緩衝液を別の供給元から入手する必要はない。
次に、読者及び受取人は、実験を実施し、得られたFL-cDNAを回収することができる。実験反応の生成物は、公知の技法(例えばSambrookら, 1989)に従って電気泳動ゲルにかけることができ、FL-cDNAのDNAバンド及びエキソンのバンドがそのゲル上で同定できる。
したがって、本発明は、少なくとも1セットのプライマーを支持体に適用し(その少なくとも1セットのプライマーはゲノムDNAからFL-cDNAを合成できるものである)、本発明のいずれかの実施形態に従って該支持体を処理し、印刷物及び/又は支持体を配布及び/又は保管する工程を含む、印刷物及び/又は支持体の配布及び/又は保管方法を提供する。
医師は、患者の1以上の特定の遺伝子を分析しようとする場合、血液又は他の生物学的材料のサンプル(鋳型)を患者から得ればよい。次に、少なくとも1セットのプライマーが適用してある支持体(それぞれのプライマーのセットは特定のFL-cDNA遺伝子の増幅及び連結に特異的である)を含む本発明に従うキットを用いることができる。好ましくは、支持体は更に、酵素(例えばTaqポリメラーゼ)及び緩衝液を含む。医師又は補助員は、そのプライマーのセット並びに場合によっては酵素及び緩衝液を支持体から回収し、それらを鋳型DNAと混合すればよい。増幅(例えばPCR)プロセス及び電気泳動を行う。電気泳動によりFL-cDNA遺伝子が示される。医師は、その特定の遺伝子が欠失/挿入を起こしていれば、直ちに診断を行うことができる。
得られたFL-cDNAは、SNP分析(例えば配列決定)又はタンパク質発現アッセイにも使用できる。
したがって、本発明は、鋳型DNAからcDNA及び/又はcDNAを合成するための少なくとも1セットのプライマーを含む支持体を含むキット及び/又は診断キットを提供する。また、本発明は、1)患者から鋳型DNA(血液、流体又は他の生物学的材料)を調製し、2)少なくともそのプライマーのセットを支持体から回収し、場合により酵素及び緩衝液も支持体から回収し、3)鋳型と、プライマーのセットと、酵素及び緩衝液とを混合し、4)増幅及び/又は連結のプロセスを行い、5)電気泳動を行い、6)得られたcDNA(エキソン)及び/又はFL-cDNAに基づいて診断を判定する工程を含む診断方法も提供する。
また、本発明は、1)少なくとも1セットのプライマー並びに場合により酵素及び緩衝液を支持体から回収し、2)そのプライマーのセット、酵素及び緩衝液を鋳型と混合し、3)エキソンの増幅及び/又は連結を行い、4)電気泳動を行い、5)場合により、電気泳動手段からcDNA及び/又はFL-cDNAを回収する工程を含む、鋳型からのcDNA及び/又はFL-cDNAの調製方法も提供する。
更に、上記の方法は、得られたcDNA及び/若しくはFL-cDNAをSNP、欠失若しくは挿入の分析のために分析する工程、又はペプチド、ポリヌクレオチド若しくはタンパク質を発現させる工程を含む。
SNP、すなわち異常分析は、cDNA及び/又はFL-cDNAを配列決定することにより、あるいは他の公知の方法により行うことができる。
ペプチド、ポリヌクレオチド又はタンパク質の発現は、いずれかのペプチド、ポリヌクレオチド又はタンパク質の発現アッセイにより、例えば「短縮タンパク質試験」又はRoche Diagnostic社の「結合SP/T7のin vitro転写/翻訳キット」(それぞれ2002年版カタログ番号188839及び1814346)として知られているアッセイにより行うことができる。
本発明によるゲノムDNAからのhLHの完全長cDNAの調製方法は、実施例4で更に詳細に説明する。
また、本発明者らは、水溶性又は水分解性の紙(例えば三島紙)などの本発明による支持体が、キレート剤特性を示しうることも見出した。その結果は、Mg++を必要とする酵素(例えばポリメラーゼ)が使用される場合、支持体はMg++を結合して、その酵素に対するMg++のアベイラビリティを低下させ、したがってその酵素が有効に機能しない可能性がある、というものである。例えば、オリゴマー及び/又はポリマー(例えばcDNA)を本発明に従って規定される水溶性又は水分解性の支持体に適用し、Mg++を必要とする酵素の使用を含む更なる工程を行う場合、過剰なMg++を添加することが好ましい。
上記したようなMg++を添加することの利点は、実施例3で調べてあり、結果が図12に示されている。その図から判るように、特定濃度のMg++(例えば3.1mMを超える)では、増幅の効率が向上する。
したがって、本発明は、過剰なMg++をMg++を必要とする酵素の存在下で、そしてオリゴマー及び/又はポリマーを支持体の存在下で添加する工程を含む方法を提供する。
好ましくは、本発明は、過剰なMg++を添加する工程を含む、ポリメラーゼ及び支持体の存在下での核酸(例えばcDNA又はRNA)の増幅方法を提供する。Mg++の量は、どのような濃度であってもよい。少しだけ過剰な量のMg++が有効な場合もある。濃度は、好ましくは、例えば1mMより高い、3,1mMより高い、5.3mMより高い、7.5mMより高いものとすることができる(図12を参照)。
したがって、本発明は、例えばPCRなどの増幅、逆核酸調製、完全長cDNA調製のいずれかの方法であって、例えばMg++を必要とする酵素を用いる場合など、Mg++の添加が必要である該増幅方法に関する。支持体の存在下で過剰な(又は追加の)Mg++を添加する工程を含むこの方法は、本発明に従って処理した(折りたたみ型又は巻きとり型の)支持体に限定されず、いずれかの形態を有しいずれかの様式で処理された1個以上の支持体又はその一部並びに複数個の支持体に適用できる。
また、支持体は、粉体又は溶液の調製物の形態とすることも可能である。したがって、本発明はまた、オリゴマー及び/又はポリマーを担体(例えばメチルセルロース)と混合して含む粉体調製物を提供する。担体は、オリゴマー及び/又はポリマーとの混合に適する不活性担体であればいずれのものであってもよく、例えば薬物の調製に一般的に用いられる任意の担体が挙げられる。この粉体調製物は、更に、酵素及び緩衝液を含みうる。
担体と混合されるオリゴマー及び/又はポリマーは、核酸とすることができる。更に、この調製物には、少なくとも1つのプライマー又は1セットのプライマーを混合することもできる。場合により、酵素及び/又は緩衝液もこの調製物に混合できる。
したがって、本発明は、担体をオリゴマー及び/又はポリマーと混合し、かかる調製物を配布及び/又は保管することを含む、上記した粉体調製物の配布及び/又は保管方法を提供する。例えば、この方法は、核酸及び少なくとも1つのプライマー若しくは1セットのプライマー並びに場合により酵素及び緩衝液を不活性担体と混合することを含んでなる調製物の作製工程、並びにかかる調製物を配布及び/又は保管する工程を含む。特定の実施によれば、核酸はゲノムDNAであり、その少なくとも1セットのプライマーは上記で記載したようにゲノムDNAから完全長DNAを合成することができるものである。したがって、本発明は、上記したような調製物を用いることを含む、完全長DNAの調製方法にも関する。
また、調製物は、溶液の形態とすることも可能である。したがって、オリゴマー及び/又はポリマーは、液体担体と混合し、水溶性シェルに収容することができる。そのような水溶性シェルは、例えば、公知の技法に従って薬物を含むシェルと同様にして製造できる。液体調製物は、核酸及び少なくとも1つのプライマー若しくは1セットのプライマー並びに場合により緩衝液を含みうる。あるいはまた、液体調製物は、プライマー、酵素及び緩衝液を含むが核酸は含まないものとすることができる。液体調製物は、反応の開始に必要な物質(例えば酵素)を含む水系溶液に溶解させることができる。
【実施例】
【0105】
本発明を、以下の実施例を参照しながら更に詳細に説明する。しかし、本発明の範囲はこれらの実施例により限定されないものとする。
【0106】
実施例1
まず、それぞれ5mm×5mmの大きさ(A)並びに10mm×10mmの大きさ(B)の各種シートを準備した。
DNA試料としては、2種の溶液を調製した。一方の溶液(H溶液)は、約1.5kbpのプラスミドDNA断片(1377bpのλDNA断片をEcoRV部位でpBSに挿入したもの)を333ng/μlの濃度で含むものとした。他方の溶液(F溶液)は、同じプラスミドDNAと万年筆インクとをそれぞれ333ng/μl及び17%(v/v)の濃度で含むものとした。
【0107】
次に、(A)の大きさのシートには3μl(1μg)のH溶液及びF溶液の各々をスポットし、(B)の大きさのシートには6μl(2μg)のそれら溶液の各々をスポットし、これらのシートを65℃で30分間乾燥させた。その後、(A)の大きさのシートについては200μlの水に浸し、(B)の大きさのシートについては300μlの水に浸した。これらの浸したシートを65℃で10分間乾燥させ、更にそれらを室温で2時間処理して溶出を行った。
【0108】
溶出液についてフェノール抽出(フェノール:クロロホルム:イソアミルアルコール=25:24:1を用いて2度抽出)を繰り返し、次にエタノール沈殿法によりDNAを回収した。
【0109】
得られたDNAを10μlの水に溶かし、次の通りPCRを行った。最初の反応を94℃で3分間行った後、反応を94℃で1分及び68℃で2分で40サイクル繰り返して、最終反応容量を25μlとした。反応組成は次のようにした:M13(配列番号1)プライマー(M3-30:10μMの5’-CAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGT-3’を0.5μl、10μM のRV32(配列番号2): 5’-GATAACAATTTCACACAGGAAACAGCTATGAC-3’を0.5μl、ExTaq 10×緩衝液を2.5μl、2.5mMのdNTPを2μl、ExTaqを1unit及びDNA。このDNAは、1377bpの大きさのλDNAと両末端に配置されたプラスミドDNA分子とを含む約1.5kbpの大きさのDNA鋳型とした。
【0110】
DNAの塩基配列(配列番号3)は、次の通りであった。
【0111】
反応後、5μlの反応生成物を1%アガロース電気泳動にかけて、PCR産物(約1.5kbp)を検出した。その結果を図11に示す。
【0112】
レーン1はDNAサイズマーカー(λ/StyI 200μg)であり、レーン2は(A)の大きさの薬包紙にF溶液をスポットして得られた断片を示し、レーン3は(B)の大きさの薬包紙にF溶液をスポットして得られた断片を示し、レーン4は(A)の大きさのコピー用紙にF溶液をスポットして得られた断片を示し、レーン5は(B)の大きさのコピー用紙にF溶液をスポットして得られた断片を示し、レーン6は(A)の大きさの薬包紙にH溶液をスポットして得られた断片を示し、レーン7は(A)の大きさの薬包紙にH溶液をスポットして得られた断片を示し、レーン8は(A)の大きさのコピー用紙にH溶液をスポットして得られた断片を示し、レーン9は(B)の大きさのコピー用紙にH溶液をスポットして得られた断片を示し、レーン10はシートなしの断片(ポジティブコントロール)であり、レーン11はシートなしの別の断片(ネガティブコントロール)であり、レーン12はDNAサイズマーカー(λ/StyI 200μg)である。
レーン2、レーン3及びレーン6にはそれぞれ3μlのDNAを適用し、レーン4、レーン5、レーン7、レーン8及びレーン9にはそれぞれ1/50μlのDNAを適用した。
【0113】
更に詳細に述べると、上記した実験の結果のよれば、支持体として普通PPC用紙などのセルロースから製造されたものを用いて製造したDNA固定支持体では、該支持体に固定されたDNAは常温で保存可能であること;DNA固定支持体においては、支持体に固定されたDNAは該支持体からの溶出により回収可能であること;並びに、こうして溶出回収されたDNAはポリメラーゼ連鎖反応により増幅可能であることが明らかになった。
【0114】
支持体にDNAを付着させるには、次の方法を用いることができる。つまり、それらの方法は、DNAをピンを用いて拾い、ピンに付いたDNAを更に支持体に移す方法、シリンジに入れたDNA溶液を支持体に滴下してDNAを該支持体に付着させる方法、又は既存の印刷技術を利用してDNA溶液を印字した状態で支持体に付着させる方法である。
【0115】
この場合、既存の印刷システムとしては、例えば、インクジェットプリンターなどに用いられるインクジェット方式の印刷システムの印刷技術を用いることができる。
【0116】
インクジェット方式の印刷システムを用いるには、印刷インキなどの着色剤の代わりにDNA溶液を用い、インクジェット方式の印刷システムに従って印刷用紙に該当する支持体に該DNA溶液を用いて印字すればよい。好ましくは、印刷に使用するインキを着色するために、生物学的及び/又は製剤学的に許容される物質を選ぶことができる。したがって、異なるオリゴマー及び/又はポリマーを印字するのに異なる色を選択し使用して、かかるオリゴマー及び/又はポリマーが、上記で開示したようなオリゴマー及び/又はポリマー回収装置により容易に識別又は読み取りできるようにすることが可能である。
【0117】
このように、既存の印刷技術は、圧電素子や発熱素子を利用したインクジェット方式印刷システムに従い、印刷インキに代えてDNA溶液をそのまま使用できる点で、本発明によるDNA固定支持方法に極めて簡便に用いることができる。
【0118】
インクジェット方式印刷システムにおいては、一般的にそれぞれ直径が約20μm〜100μmのドットを印字することができるので、DNA溶液を高密度で支持体に付着させることが可能となる。
【0119】
更に、乾燥状態のDNAは、タンパク質などの他の生体分子とは違って安定であり、100℃前後の温度に十分に耐え得るので、レーザープリンターにより実現されるものをはじめとする電子印刷や熱転写型の印刷技術も、本発明によるDNA固定支持方法に用いることができる。
【0120】
実施例2
実施例1で用いたDNA分子に関する論文を調製した。これは、表題、著者名、要約、緒言、材料及び方法、結果、考察、謝辞並びに参考文献を含むものとした。論文の下部には、実施例1のF溶液を用いインクジェットプリンター(EPSON, PM-760C)により「鋳型」という文字を印字した。その結果、論文には鮮明な印刷文字が形成された。
本発明による印刷物及び支持体は、当該技術分野で公知の技法により印刷可能である。オリゴマー及び/又はポリマー(例えばDNA溶液)は、同一の紙又は大きさや形が異なる別の紙若しくは支持体の所定又は印を付けた位置に適用(例えばスポット又は印刷)できる。場合により、支持体に適用するオリゴマー及び/又はポリマーの溶液に挿入色素(insert dye)(例えば赤色色素)を添加して、スポットの位置が支持体上で目視できるようにしてもよい。
オリゴマー及び/又はポリマーが適用されて含むシートは、冊子や雑誌などに綴じ込み、添付又は収容し、書店を通じて、又は配送便により読者に配布することができる。同封されている遺伝子に何らかの関心を持つ研究者、学生及び読者は、それらを直ちに回収し、自分達の研究に使用することができる。
実施例3
DNA 溶液の調製
様々な大きさのcDNAインサート(744bp、2440bp及び5460bp)(それぞれ配列番号4〜6として示す)を含む3種のRIKENプラスミドcDNAクローンを試験した。それらのcDNAは、公知の技法(Sambrookら, 1989)に従ってpBluescriptに挿入した。
上記のcDNAクローンを含むプラスミドDNAは、Qiagen Spin Miniprepキット(Qiagen, 日本国)を用いて精製した(あるいはまた、例えばSambrookら, 1989に記載されているような超遠心分離法も使用可能)。プラスミドDNAは、TE(10mM Tris-HCl(pH 8.0)、1mM EDTAに溶解した。DNA濃度は0.1μg/μlに調整した。
この工程において、回収時に支持体上のスポットの位置を同定しやすくするために、不活性色素(例えば赤色色素)を溶液に添加することができる。しかし、本実験では、プラスミドDNA溶液は印を付けた場所にスポットしたので、色素は不要であった。
DNA シートの調製
上記のようにして調製した約0.1μlのプラスミドDNA溶液を、96ピンツール(Multi 96-multiblotレプリケーターVP409、Bio Medical Science Inc.、米国)を用いてDNAシートとして使用する60MDP紙(三島製紙株式会社、日本国)に移した(この紙は予め印刷されていてもよいし、印刷されていなくてもよい)。こうして、所定量のDNA溶液を紙の所定の位置にスポットできた。紙の印を付けた位置にスポットしたので、スポットした位置は容易に同定された。(あるいはまた、上記の「DNA溶液の調製」で述べたように、DNA溶液に混ぜた赤色色素の存在により同定)。プラスミドDNA溶液は、各スポットについて5回ずつスポットし、全部で0.05μgのプラスミドを約0.5μLスポットした。
DNA の抽出及び回収
紙を30分以上風乾した後、DNAを次のようにしてシートから抽出した。選択したDNAスポットを含んだ60MDP紙の一片(0.4mm×0.4mm)をシートから切り出し、PCR用試験管に入れ、50μLのPCR溶液を加えた。PCR溶液は、各種濃度のMgCl2(それぞれ1mM、3.1mM、3.5mM及び7.5mM、図12を参照)の存在下に、1.5UのKOD Plus DNAポリメラーゼ(TOYOBO、日本国)、0.2μMの次のPCRプライマー:-21M13(配列番号7):5’-TGTAAAACGACGGCCAGT-3’及び1233-Rv(配列番号8):5’-AGCGGATAACAATTTCACACAGGA-3’、それぞれ0.2mMのdATP、dGTP、dCTP及びdTTPを含むものとした。得られた溶液を遠心分離した後、PCRサイクルを開始した。PCRサイクルは、94℃で2分;変性(94℃で1分)、アニーリング(55℃で1分)及び抽出(68℃で75秒)を29サイクル、そして74℃で15分からなるものとした。PCR溶液のアリコートを、公知の技法(Sambrookら, 1989)に従って行う1%アガロースゲル電気泳動を用いて分析した。
別法として、溶解したDNAシートを含む溶液のアリコートを、公知の技法(Sambrookら, 1989)に従い、別の試験管内でPCRにかけ、次いで大腸菌(Escherichia coli)での形質転換を行ってもよい。読者又は受取人は、残った溶液をバックアップとして、あるいは別の実験用にとっておくことができる。
結果: DNA シートにスポットした DNA の PCR による回収
図12から、cDNAインサート(レーン1、レーン4、レーン7及びレーン10では744bp;レーン2、レーン5、レーン8及びレーン11では2,440bp;レーン3、レーン6、レーン9及びレーン12では5,460bp)が、好ましくは5.3mMのMg++濃度においてうまく増幅されたことが判る。この試験から、選択した条件がDNAの効率的なスポット形成及び抽出を可能にすることが確認された。2つのレーンでは、末端に分子量(1、2、3、4及び5kb)を示すマーカーを添加した。
実施例4
ゲノム DNA からの完全長 cDNA の調製方法
本実験で鋳型DNAとして用いたヒトゲノムDNAは、BD Biosciences Clontech社(米国)から購入した。
ヒト黄体形成ホルモン(hLH)の完全長cDNAを合成するためのプライマーはInvitrogen社(米国)から購入した。
ヒト黄体形成ホルモンの完全長遺伝子は、(本実験の結果によれば)503bpであり、次の配列を有している(配列番号9としても報告する)(以下、エキソン1に該当する配列は大文字で記載し、エキソン2に該当する配列は小文字で記載する):
【0121】
【表1】
エキソン1の配列は、配列番号10として報告する。エキソン2の配列は、配列番号11として報告する。
プライマーの配列(下線は重複領域を示す)は次の通りとした。
HsLH1F:CCAGGGGCTGCTGCTGTTG(配列番号12)
HsLH1Rt:cagcacgcgcatCATGGTGGGGCAGTAGCC(配列番号13)
HsLH2Ft:TGCCCCACCATGatgcgcgtgctgcaggcg(配列番号14)
HsLH2R:tgcggattgagaagcctttattg(配列番号15)
HsLH1F及びHsLH1Rtは、ヒト黄体形成ホルモンのエキソン1の各末端に対して相補的な配列を有するものであり、HsLH2F及びHsLH2Rtは同じ遺伝子のエキソン2の各末端に対して相補的な配列を有するものである。HsLH1Rt及びHsLH2Fは、それらを互いに連結するために、次のエキソンに相補的な追加の配列を有している(図13)。
上記のプライマーを、10μlのTE(10mMのTris-HCl(pH 8.0)、1mMのEDTA)に溶解させ、最終濃度を10pmol/μlとした。スポット1用、スポット2用及びスポット3用として、上記のように調製したプライマー溶液を混合した。
スポット1用の溶液:HsLH2F溶液とHsLH2Rt溶液との1:1の割合の混合物;
スポット2用の溶液:HsLH1F溶液とHsLH1Rt溶液との1:1の割合の混合物;
スポット3用の溶液:HsLH2F溶液、HsLH2Rt溶液、HsLH1F溶液及びHsLH1Rt溶液の1:1:1:1の割合の混合物。
0.4μlのスポット1用溶液、0.4μlのスポット2用溶液及び0.8μlのスポット3用溶液を、図14に示すように60MDP紙(三島製紙株式会社、日本国)の対応するスポット領域にそれぞれ移した。
該紙を30分以上風乾した後、プライマーをシートから次にようにして抽出した。選択したプライマーのスポットを含んだ60MDP紙の一片(0.4mm×0.4mm)を、該シートから切り出し、3本のPCR用試験管に入れ、続いて50μlのPCRを添加した。PCR溶液は、10mMのTris-HCl(pH 8.3)、50mMのKCl、2.5mMのMgCl2、0.2mMのdNTP、100ngの鋳型DNA(ヒトゲノムDNA、BD Biosciences Clontech社(米国)から購入)、及び2.5UのTaq DNAポリメラーゼ(Roche Diagnostics社)を含むものとした。PCRサイクルは94℃で3分(94℃で30秒、40℃で30秒、72℃で30秒を50サイクル)、及び72℃で1分からなるものとした。
5μlの各PCR最終溶液(PCR溶液及びプライマー)を、3%NuSieve3:1アガロース(タカラバイオ、日本国)ゲル電気泳動を公知の技法(Sambrookら, 1989)に従って行うことにより分析した。図21 15に、電気泳動の結果を示す。レーン1は、DNAサイズマーカーとしてのpUC19/HpaIIであり(塩基対(bP)として報告)、各バンドの大きさはゲルの写真の左側に示してある(図14)。レーン2及びレーン3から、エキソン2(343bp)及びエキソン1(184bp)がうまく増幅されたことが判る。レーン4から、ヒト黄体形成ホルモンの完全長cDNA(503bp)が得られたことが判る。レーン5、レーン6およびレーン7は、レーン2、レーン3及びレーン4と同じ物質を含むが鋳型DNAは含んでいない対照サンプルであり、非特異的に増幅された産物は示されていない。
この結果から、この技法が、1本の試験管内で、その材料に保持されるプライマーを用いる一段階PCRによりゲノムDNAから完全長cDNAを得るのに使用できることが明らかになった。
実施例5
実施例1のF溶液及びH溶液の各々並びに実施例3のDNA溶液を、210mm×297mmの大きさの普通PPC用紙にスポットし、次にその用紙を一回折った。この用紙を箱に入れ、棚で保管した。
【0122】
実施例6
実施例1のF溶液及びH溶液の各々並びに実施例3のDNA溶液を、210mm×297mmの大きさの普通PPC用紙にスポットし、次にその用紙を巻いた。この用紙を筒に入れ、棚で保管した。
明細書、特許請求の範囲、図面及び要約書を含む日本国特許出願、すなわち、特願2001-339217号(2001年11月5日出願)の全ての開示内容は、参照により全体が本明細書に組み込まれるものとする。
本明細書中で引用されている全ての刊行物、特許及び特許出願は、参照により全体が本明細書に組み込まれるものとする。
【産業上の利用可能性】
【0123】
本発明によれば、対象とする分子性物質のための簡便な保管及び配送システムが提供される。このシステムは、その物質を汚染及び分解させることなく保護することができる。
本発明によれば、このシステムの製造方法も提供される。
更に、本発明によれば、対象とする分子性物質の保管及び/又は配送方法が提供される。
【図面の簡単な説明】
【0124】
【図1】図1は、1回だけ折ったシートの形態の支持体を示す。このシートは、片面にオリゴマー及び/又はポリマーのスポットを含んでおり、もう一方の面にはスポットを含んでいない。図1(a)には、この支持体の片面を示す。図1(b)には、この支持体のもう一方の面を示す。図1(c)には、この支持体の斜視図を示す。
【図2】図2は、2回又はそれ以上(すなわち5回)折ったシートの形態の支持体を示す。このシートは、両面にオリゴマー及びポリマーのスポットを含んでいる。図2(a)には、この支持体の片面を示す。図2(b)には、この支持体のもう一方の面を示す。図2(c)には、この支持体の斜視図を示す。
【図3】図3は、オリゴマー及び/又はポリマーのスポットを含む折りたたみ式シート(すなわち支持体)を収容した容器を示す。この容器は箱である。
【図4】図4は、巻いたシートの形態の支持体を示す。このシートは、片面にオリゴマー及びポリマーのスポットを含んでいる。
【図5】図5は、オリゴマー及び/又はポリマーのスポットを含む巻物型シート(すなわち支持体)を収容した容器を示す。この容器は筒である。
【図6】図6は、ルーズリーフシートの形態の支持体を示す。このシートは、片面にオリゴマー及びポリマーのスポットを含んでいる。
【図7】図7は、オリゴマー及び/又はポリマーのスポットを含むルーズリーフシート(すなわち支持体)を収容した容器を示す。この容器は箱である。ルーズリーフシートは、合わせて綴じ込みリングで綴じ、カバーが付けてある。
【図8】図8は、カードの形態の支持体を示す。このカードは、片面にオリゴマー及びポリマーのスポットを含んでいる。
【図9】図9は、オリゴマー及び/又はポリマーのスポットを含むカード(すなわち支持体)を収容した容器を示す。この容器は箱である。
【図10】図10は、DNAチップの形態の支持体を示す。このDNAチップは、バーコードと、オリゴマー及び/又はポリマーの1つ又はそれ以上のスポットとを含んでいる。
【図11】図11は、実施例1の実験の結果を示す電気泳動の写真である。
【図12】図12は、実施例3で説明した、種々の量のMg++の存在下でのDNAシート(支持体)にスポットしたcDNAのPCRによる回収を示すゲルである。目視できるバンドの存在により、DNAが増幅され回収されたことが確認される。
【図13】図13は、実施例4で報告した、ゲノムDNAからの遺伝子(この場合、hLH)の2つのエキソンの増幅及び連結の概略的な例である。増幅及び連結は、各エキソンに対する1対のプライマーを含む1セットのプライマーにより行う。エキソン1のプライマーHsLH1Rtは、エキソン2の端部にも部分的に相補的である。エキソン2のプライマーHsLH2Fは、エキソン1の端部にも部分的に相補的である。
【図14】図14は、ゲノムDNAからcDNAを調製するためのプライマーのセットが支持体にどのようにスポットされうるかの一例である。説明は実施例4に記載されている。
【図15】図15は、実施例4について行った実験による、ゲノムDNAから調製したhLHの2つのエキソン及び完全長cDNAのゲルを示す。レーン1は、マーカー及びそれらの相対的なbp数を示す。レーン2は、回収されたエキソン2のバンドを示す。レーン3は、回収されたエキソン1のバンドを示す。レーン4は、下から上に向かって、hLHのエキソン1、未同定のバンド、エキソン2、及び完全長cDNAのバンドをそれぞれ示す。レーン5、レーン6及びレーン7は、鋳型(ゲノムDNA)を含んでいないこと以外はレーン2、レーン3及びレーン4と同じ実験についてのものである。
【符号の説明】
【0125】
1 支持体
2 オリゴマー及び/又はポリマーのスポット
3 容器
4 オリゴマー及び/又はポリマーが由来する種及び組織の名称
5 ポリマーのスポット
6 オリゴマーのスポット
7 綴じ込みリング
8 カバー
9 バーコード
10 オリゴマー及び/又はポリマーの名称
11 ポリマーの名称
12 オリゴマーの名称
【配列表フリーテキスト】
【0126】
配列番号1は、実施例1で用いたM13プライマーの塩基配列を示す。
配列番号2は、実施例1で用いたRV32プライマーの塩基配列を示す。
配列番号3は、実施例1で用いた鋳型DNAの塩基配列を示す。
配列番号4〜6は、実施例3で試験した3種のcDNAマウスクローンの配列を示す。
配列番号7は、実施例3のDNAの増幅に用いた-21M13プライマーの配列を示す。
配列番号8は、実施例3のDNAの増幅に用いた1233-RVプライマーの配列を示す。
配列番号9は、実施例4で得られた完全長ヒト黄体形成ホルモン遺伝子(cDNA)の配列である。
配列番号10〜11は、それぞれ、ヒト黄体形成ホルモン(hLH)のエキソン1及びエキソン2の配列を示す。
配列番号12〜15は、hLHの2つのエキソンの増幅及び完全長hLHの合成のためのプライマーHsLH1F、HsLH1Rt、HsLH2Ft及びHsLH2Rの配列を示す。
【0001】
本発明は、支持体に適用したオリゴマー及び/又はポリマーを保管及び/又は配布する方法、並びにその支持体に関する。
【背景技術】
【0002】
生物学的サンプル及び材料は、従来、加熱シールしたガラスビンの形態で保管され配布されてきた。このシステムには、ラベルを貼付したままで維持し、サンプル特徴の記録をとっておかなければならないという問題や、保管又は配送しようとするサンプル若しくは材料と同じ数のバイアルを準備しておかねばならないという問題がある。
【0003】
対象とする分子性物質の断片を保管及び/又は配送するためのもう1つのシステムは、高分子断片(例えばDNA、RNA又はPNA)が固定又は印字してある複数のシート状支持体を積層して形成した小冊子の形態である(米国特許第6,258,542号)。しかし、この配送システムでは、支持体を小冊子の形態に作り上げる必要がある。
【0004】
分子性物質を含む支持体の配送に関連する技術分野におけるもう1つの問題は、保管又は配送しようとする対象の分子性物質の汚染及び分解の問題である。分子性物質を含む支持体を製造し、配送し、受け取る間には、何人もの作業者がその支持体を取り扱うので、それによって該支持体は汚染されてしまう可能性がある。また、保管及び配送の際の環境的条件(例えば湿度やUV光線など)によって、支持体に適用した分子性物質の品質が著しく損なわれる可能性もある。汚染は深刻な問題であり、その支持体から分子性物質が回収されると、その分子性分子の使用に支障をきたすこともある。例えば、支持体から回収したDNAをPCRの目的で使用する場合、汚染はPCR特性を著しく損なう可能性がある。
【0005】
米国特許第5,092,466号には、密閉封止したパケットに生物学的サンプルを保存し、それらをフィルムに取り付ける工程を含むことによる、生物学的サンプルの保管システムが開示されている。次に、パッケージされたサンプルが取り付けられているフィルムの部分を打ち抜くことにより、封止パケットがフィルムから取り出される。
【0006】
しかし、このシステムでは、システムを封止したり、密閉封止パケットやフィルムを製造する必要がある。更に、生物学的サンプルは、使用前にフィルムや密封封止パケージから抽出しなければならず、生物学的サンプルの汚染や分解の危険性が伴うことは避けられない。
【0007】
したがって、この技術分野では、対象とする分子性物質のための、該物質を汚染及び分解させることなく保護することができる、簡便な保管・配送システムが必要とされる。
【0008】
本発明の実施形態は、容易に製造、保管及び配送できる支持体を提供し、かつ汚染や分解の危険性を低減若しくは解消することにより、当該技術分野における上記の問題を解決するものである。
【発明の開示】
【0009】
本発明は、簡便な形態の保管及び/又は配送システムを提供することにより、当該技術分野における上記の問題を解決する。
【0010】
本発明はまた、保管及び/又は配送のための簡便なシステムの製造方法を提供する。
【0011】
本発明は更に、対象とする分子性物質の保管及び/又は配送方法を提供する。
【0012】
本発明者は、少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを適用した種々の形態の支持体を製造した。
【0013】
本発明の主題は以下のとおりである。
【0014】
1.少なくとも1個の支持体に適用したオリゴマー及び/又はポリマーを保管及び/又は配送する方法であって、
(a)少なくとも1個の支持体に少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを適用し;
(b)該支持体を折るか、又は巻き;
(c)工程(b)の支持体を保管及び/又は配送する
工程を含む上記方法。
【0015】
2.工程(b)において、支持体を1回又はそれ以上折る、第1項に記載の方法。
【0016】
3.工程(b)において、支持体を巻く、第1項に記載の方法。
【0017】
4.折った、又は巻いた支持体を、次いで容器に挿入する、第2項又は第3項に記載の方法。
【0018】
5.少なくとも1個の支持体に適用したオリゴマー及び/又はポリマーを保管及び/又は配送する方法であって、
(a)少なくとも1個の支持体に少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを適用し;
(b)該支持体を容器に挿入し;
(c)工程(b)の支持体を保管及び/又は配送する
工程を含む上記方法。
【0019】
6.容器が封筒、袋、缶、箱、ビン、アンプル又は筒である、第4項又は第5項に記載の方法。
【0020】
7.支持体がルーズリーフシートである、第4項又は第5項に記載の方法。
【0021】
8.支持体が水溶性、水分解性及び/又は水不溶性物質から作られている、第1〜7項のいずれか1項に記載の方法。
【0022】
9.支持体がシートの形態である、第1〜8項のいずれか1項に記載の方法。
【0023】
10.支持体がルーズリーフシートの形態である、第9項に記載の方法。
【0024】
11.水不溶性物質が主成分としてセルロースを含む、第8項に記載の方法。
【0025】
12.支持体がキチン及び/又はキトサンで被覆されている、第1〜11項のいずれか1項に記載の方法。
【0026】
13.工程(a)において、オリゴマー及び/又はポリマーを、結合成分としてキチン及び/又はキトサンを含んでいる溶液の形態で適用する、第1〜12項のいずれか1項に記載の方法。
【0027】
14.支持体がオブラートである、第8項に記載の方法。
【0028】
15.支持体がカードの形態である、第1〜14項のいずれか1項に記載の方法。
【0029】
16.複数の支持体がカードの形態であり、それらを容器に挿入し、保管及び/又は配送する、第15項に記載の方法。
【0030】
17.容器が箱である、第16項に記載の方法。
【0031】
18.支持体が紙である、第1〜17項のいずれか1項に記載の方法。
【0032】
19.支持体が、オリゴマー及び/又はポリマーを汚染及び/又は分解させることなく保護するためのマトリックスで覆われている、第1〜18項のいずれか1項に記載の方法。
【0033】
20.オリゴマー及び/又はポリマーを汚染及び/又は分解させることなく保護するための手段が、支持体上又は2個の支持体の間に適用されている、第1〜19項のいずれか1項に記載の方法。
【0034】
21.汚染及び/又は分解させることなく保護するための手段がシート状の手段である、第20項に記載の方法。
【0035】
22.少なくとも2種のオリゴマー及び/又はポリマーを1個又は複数個の支持体に適用する、第1〜21項のいずれか1項に記載の方法。
【0036】
23.オリゴマーが、オリゴヌクレオチド、オリゴペプチド、オリゴ糖、PNA及びそれらの混合物からなる群から選ばれる、第1〜22項のいずれか1項に記載の方法。
【0037】
24.ポリマーが、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、多糖、PNA及びそれらの混合物からなる群から選ばれる、第1〜23項のいずれか1項に記載の方法。
【0038】
25.オリゴマー及び/又はポリマーが、断片又は完全な分子である、第1〜24項のいずれか1項に記載の方法。
【0039】
26.オリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドが、ゲノムDNA、cDNA、RNA、mRNA、PNA及びそれらの組合せからなる群から選ばれる、第23項又は第24項に記載の方法。
【0040】
27.オリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドが、断片、EST配列、長鎖配列、全コード配列、及び全長配列からなる群から選ばれる、第23項又は第24項に記載の方法。
【0041】
28.オリゴヌクレオチド及び/又はポリヌクレオチドが、PCRプライマー又はオリゴヌクレオチドプローブである、第23〜27項のいずれか1項に記載の方法。
【0042】
29.オリゴマー及び/又はポリマーを、それを支持体上に固定又は印字することにより該支持体に適用する、第1〜28項のいずれか1項に記載の方法。
【0043】
30.オリゴマー及び/又はポリマーを、該オリゴマー及び/又はポリマーの溶液をピン、シリンジ又はインクジェットプリンターにより支持体に直接適用することによって該支持体に適用する、第29項に記載の方法。
【0044】
31.更に、in situでのPCRを行うか、支持体上でオリゴヌクレオチド及び/又はポリヌクレオチドを適切な制限エンドヌクレアーゼによりin situで処理する工程を含む、第1〜30項のいずれか1項に記載の方法。
【0045】
32.更に、オリゴマー及び/又はポリマーを、支持体からの溶出により回収する工程を含む、第1〜31項のいずれか1項に記載の方法。
【0046】
33.支持体が、該支持体上でのオリゴマー及び/又はポリマーの位置並びに該オリゴマー及び/又はポリマーの認識コード又は番号に関する情報を含むバーコード、チップ又はラベルを含む、第1〜32項のいずれか1項に記載の方法。
【0047】
34.回収が、支持体を装置に挿入し、該装置により該支持体からの溶出及び回収を自動的に行うことにより行われる、第32項に記載の方法。
【0048】
35.オペレーターが対象とするオリゴマー及び/又はポリマーを選択し、装置が該対象とするオリゴマー及び/又はポリマーを支持体から自動的に溶出させ回収する、第34項に記載の方法。
【0049】
36.少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを適用した支持体であって、折りたたみ式若しくは巻物型シート、ルーズリーフシート又はカードの形態である上記支持体。
【0050】
37.少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを適用した水溶性支持体。
【0051】
38.オブラートである、第37項に記載の支持体。
【0052】
39.少なくとも2種のオリゴマー及び/又はポリマーを1個又は複数個の支持体に適用した、第36〜38項のいずれか1項に記載の支持体。
【0053】
40.オリゴマーが、オリゴヌクレオチド、オリゴペプチド、オリゴ糖、PNA、及びそれらの混合物からなる群から選ばれる、第36〜39項のいずれか1項に記載の支持体。
【0054】
41.ポリマーが、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、多糖、PNA及びそれらの混合物からなる群から選ばれる、第36〜40項のいずれか1項に記載の支持体。
【0055】
42.オリゴマー及び/又はポリマーが、断片又は完全な分子である、第36〜41項のいずれか1項に記載の支持体。
【0056】
43.オリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドが、ゲノムDNA、cDNA、RNA、mRNA、PNA、及びそれらの組合せからなる群から選ばれる、第36〜42項のいずれか1項に記載の支持体。
【0057】
44.オリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドが、断片、EST配列、長鎖配列、全コード配列、及び全長配列からなる群から選ばれる、第36〜43項のいずれか1項に記載の支持体。
【0058】
45.オリゴヌクレオチド及び/又はポリヌクレオチドが、PCRプライマー又はオリゴヌクレオチドプローブである、第36〜44項のいずれか1項に記載の支持体。
【0059】
46.オリゴマー及び/又はポリマーが、それを支持体上に固定又は印字することにより該支持体に適用されている、第36〜45項のいずれか1項に記載の支持体。
【0060】
47.オリゴマー及び/又はポリマーが、該オリゴマー及び/又はポリマーの溶液をピン、シリンジ又はインクジェットプリンターにより支持体に直接適用することによって該支持体に適用されている、第46項に記載の支持体。
【0061】
48.容器に挿入される、第36〜47項のいずれか1項に記載の支持体。
【0062】
49.容器が封筒、袋、缶、箱、ビン、アンプル又は筒である、第48項に記載の支持体。
【0063】
50.第36〜49項のいずれか1項に記載の水溶性支持体の製造方法であって、少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを少なくとも1個の水溶性支持体に適用する工程を含む上記方法。
【0064】
51.第37〜49項のいずれか1項に記載の水溶性支持体を保管及び/又は配送する方法であって、
(a)少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを少なくとも1個の水溶性支持体に適用し;
(b)工程(a)の支持体を保管及び/又は配送する
工程を含む上記方法。
【0065】
52.第37〜49項のいずれか1項に記載の水溶性支持体からオリゴマー及び/又はポリマーを取り出すための方法であって、
(a)該水溶性支持体を水系溶液に溶解させ;
(b)工程(a)の水系溶液からオリゴマー及び/又はポリマーを分離させる
工程を含む上記方法。
53.オリゴマー及び/又はポリマーが核酸であり、Mg++を必要とする酵素の存在下で行われ、更に過剰なMg++を添加する工程を含む、第51項に記載の方法。
54.Mg++を必要とする酵素がポリメラーゼである、第54項に記載の方法。
55.過剰なMg++を添加する工程が増幅工程である、第53〜54項に記載の方法。
【0066】
本発明の記載の目的のための「オリゴマー」なる用語は、少数個の構成単位を含む分子から構成される任意の物質又は任意の物質の種類として定義される。その単位は、1以上の種からなるものであってもよい。本発明の記載の目的のための「ポリマー」なる用語は、多数個の構成単位(又は「マー(mer)」)を含む分子から構成される任意の物質として定義され、1以上の種からなるものであってもよい。
【0067】
本発明によるオリゴマーの例は、オリゴヌクレオチド、オリゴペプチド、オリゴ糖、PNA、又はそれらの混合物である。本発明によるポリマーの例は、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、多糖、PNA、及びそれらの混合物である。したがって、本発明によれば、支持体及び/又は印刷物に適用又は印刷されるオリゴマー及び/又はポリマーは、例えば、DNA、cDNA、RNA、PNA、プラスミド、プライマー、タンパク質、酵素などとしうる。したがって、本発明による支持体及び/又は印刷物は、迅速で、効率的で、安価なサンプル配布システムである。例えば、cDNAクローンがこのようにして有利に配布できる。更に、支持体に適用又は吸着させる緩衝液などの溶液もまた、本発明の範囲に含まれる。しかし、これらの溶液は緩衝液に限定されない。
本発明による支持体は、例えば、印刷物の1頁、リーフレットの1頁、所定の破断線若しくは印の付いた線で印刷物から取り外したり切り離すことが可能な該印刷物の1頁、印刷物に添付される独立した1頁、印刷物の1頁若しくは表紙に添付若しくは固定されるか又はその1頁若しくは表紙に固定されているポケットに挿入されるカードとして、オブラートなどの形態など、いずれの形態でも印刷物に添付、付加又は収容することができる。印刷物及び支持体の非限定的な幾つかの例を図に示す。しかし、本発明による印刷物及び支持体は図示のものに限定されない。
本発明による印刷物としては、定期刊行物、雑誌、論文、冊子、書籍(volumes)、小冊子、リーフレット、パンフレット、報告書、ポスター、抄録集、カード、ラベルなどの当該技術分野で公知の任意の種類の刊行物が挙げられる。
【0068】
本発明において、支持体は、その上に少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーが適用されるならば、どのような物質から製造されてもよい。例えば、支持体は、水溶性、水分解性又は水不溶性の物質から製造できる。水溶性物質の例としては、オブラート(wafer)〔アメリカン・ヘリテージ・ディクショナリー(American Heritage Dictionary), 1980年版に従う〕(オブラートは日本国では「オブラート(oblate)として知られている」が挙げられる。水溶性物質は、例えばコムギ粉ペースト(ステッドマンの英和医学辞典、第3版)を含みうる。オブラートは、どのような形態であってもよい(例えば、アメリカン・ヘリテージ・ディクショナリーを参照)。オブラートは、好ましくは薄い紙様のシートの形態としうる。しかし、水溶性物質はオブラートに限定されない。水分解性物質とは、その構成成分が水に溶解して、オリゴマー及び/又はポリマーを水に放出する物質をいう。水分解性紙の例としては、三島製紙株式会社(日本国)から製造されている紙が挙げられる。三島紙は、カルボキシメチルセルロースを用いて製造される。この種類の紙の説明については、Japan Soc. Col. Mater. 64(11), 1991年11月, 696-701でも見ることができる。この紙を水に浸すと、その紙を構成している繊維がバラバラにほどけ、その結果、オリゴマー及び/又はポリマーが水に放出される。本発明では、60MDP三島紙を使用した。
水不溶性物質の例としてはセルロースが挙げられる。
【0069】
本発明では、セルロースを主成分として製造される物質、更に具体的には通常の普通コピー(PPC)紙などが、支持体として用いることができる。上記で記載したような水分解性紙(例えば三島紙)もまた使用できる。また、FTR(登録商標)紙〔Whatman製(UK)、米国特許第6,294,203号を参照〕も、支持体として使用できる。FTR紙は、病原体を不活性化し、かつDNAを分解させることなく保護するための混合物で被覆した通常の紙からなる。
【0070】
更に、セルロースを別のシートにコーティングして該シートをフィルム状セルロースで補強して製造される材料を、支持体として用いてもよい。この場合、本発明によるオリゴマー及び/又はポリマーの溶液(例えばDNA溶液)を、支持体のコーティングしたセルロースフィルムに付着させることが好ましい。
【0071】
また、オリゴマー及び/又はポリマーを固定した支持体の表面は、プラスチックなどでコーティングして、該支持体を補強するようにしてもよい。
【0072】
支持体の厚さは、例えば1mm以下とすることができる。この厚さを非常に薄くすれば(例えば0.1mm程度)、オリゴマー及び/又はポリマー固定支持体を多数枚積層して配布する場合でも、それらはそれ程嵩ばらないので、その支持体の作業性は向上する。
【発明を実施するための最良の形態】
【0073】
以下、図面を参照しながら、本発明の印刷物及び/又は支持体の実施形態の例を説明する。
【0074】
図1には、少なくとも1回折ったシートの形態の支持体(1)を示す。図1(a)には、この支持体の片面を示す。図1(b)には、この支持体のもう一方の面を示す。図1(c)には、この支持体の斜視図を示す。シートは、片面にオリゴマー及び/又はポリマー(例えばDNA、cDNA、RNA、mRNA、PNA、プライマー、プラスミド、ベクター、酵素、緩衝液、及びそれらの混合物など)のスポット(2)を含んでおり〔図1(a)〕、もう一方の面にはスポットを含んでいない〔図1(b)〕。支持体にはオリゴマー及び/又はポリマーの名称(10)が書いてある。科学者は、このオリゴマー及び/又はポリマーを用いて実験を行いたいと考えた時に、シートからスポットを含むストリップを切り取り、オリゴマー及び/又はポリマーを該ストリップから溶出させることにより、この物質を迅速に得ることができる。オリゴマー及び/又はポリマーが核酸である場合、それは、例えば適切なプライマーを用いるPCRなどの当該技術分野で公知の増幅技法により有利に回収できる。これらのプライマーは、同一の支持体に含まれていてもよいし、あるいは印刷物とは別の支持体に含まれていてもよい。回収された核酸はまた、Sambrookら, 1989などの公知の技法に従って大腸菌などの原核性又は真核性の宿主細胞に導入することができる。
【0075】
オリゴマー及び/又はポリマーを支持体の半面だけに適用することの利点は、その支持体を折っても、オリゴマー及び/又はポリマーが互いに接触せず、分子が汚染及び/又は分解する可能性が低減されることである。
【0076】
しかし、オリゴマー及び/又はポリマーは、支持体の全面に適用してもよい。その場合、支持体を折る前に、オリゴマー及び/又はポリマーを汚染及び/又は分解させることなく保護するための手段を支持体に適用しておくことが好ましい。
保護のための手段としては、シート状の手段が使用可能である。
【0077】
図2には、2回又はそれ以上(すなわち5回)折ったシートの形態の支持体(1)を示す。図2(a)には、この支持体の片面を示す。図2(b)には、この支持体のもう一方の面を示す。図2(c)には、この支持体の斜視図を示す。シートは、両面に、ポリマー(例えばポリヌクレオチド、ポリペプチド、多糖、PNA、及びそれらの混合物)のスポット(5)と、オリゴマー(例えばオリゴヌクレオチド、オリゴペプチド、オリゴ糖、PNA、及びそれらの混合物)のスポット(6)とを含んでいる〔図2(a)及び2(b)〕。支持体の両面に、ポリマーの名称(11)及びオリゴマーの名称(12)が書いてある。科学者は、このオリゴマー及び/又はポリマーを用いて実験を行いたいと考えた時に、シートからスポットを含むストリップを切り取り、オリゴマー及び/又はポリマーを該ストリップから溶出させることにより、この物質を迅速に得ることができる。
【0078】
図1の実施形態と同様に、オリゴマー及び/又はポリマーは、支持体の所定部分に適用して、支持体を折ってもオリゴマー及び/又はポリマーが互いに接触せず、分子の汚染及び/又は分解の可能性が低減されるようにすることが好ましい。
【0079】
しかし、オリゴマー及び/又はポリマーは、支持体の全面に適用してもよい。その場合、支持体を折る前に、オリゴマー及び/又はポリマーを汚染及び/又は分解から保護するための手段を支持体に適用しておくことが好ましい。
保護のための手段としては、シート状の手段が使用可能である。
【0080】
図1及び図2の実施形態の利点は、対象とするオリゴマー及び/又はポリマーを支持体に適用して該支持体を折れば、該オリゴマー及び/又はポリマーは該支持体の内側で保管され、したがって、その後の技師や郵便配達人などによる支持体の取り扱いから保護されることである。また、これらの実施形態は、オリゴマー及び/又はポリマーを、湿度、UV光線、雨などの外的な環境条件から保護するものでもあり、それらが該オリゴマー及び/又はポリマーに直接当たることはない。
【0081】
図1及び2の実施形態は、1個又は複数個の支持体を容器(例えば封筒、袋、冊子レフィル用のルーズリーフ用封筒若しくは袋、箱など)に挿入することにより、簡便に保管及び/又は配送できる。
【0082】
図2の実施形態に変更を加えた形態では、オリゴマー及び/又はポリマーは支持体の片面に適用する。
【0083】
図3には、図1及び/又は図2に従って製造した、オリゴマー及び/又はポリマー(例えばオリゴヌクレオチド、オリゴペプチド、オリゴ糖、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、多糖、PNA、及びそれらの混合物)を適用した折りたたみ式シート〔すなわち支持体(1)〕を収容した容器(3)を示す。この容器は箱である。この箱には、オリゴマー及び/又はポリマーが由来する種及び組織の名称(4)が書かれている。この箱に折りたたみ式シートを収容することにより、オリゴマー及び/又はポリマーは分類整理(分類)して保管及び配送できる。
【0084】
このシステムの更なる利点は、特定のライブラリー又は特定の組織のオリゴマー及び/又はポリマーの支持体が、別のライブラリー又は組織のオリゴマー及び/又はポリマーとは別にして、容器に入れて保管及び/又は配送され、2種類の異なるオリゴマー及び/又はポリマーを混同したり対象のオリゴマー及び/又はポリマーを間違える可能性が起こるのを防ぐことである。
【0085】
図4には、巻いたシートの形態の支持体(1)を示す。このシートは、片面に、ポリマー(例えばポリヌクレオチド、ポリペプチド、多糖、PNA、及びそれらの混合物)のスポット(5)と、オリゴマー(例えばオリゴヌクレオチド、オリゴペプチド、オリゴ糖、PNA、及びそれらの混合物)のスポット(6)とを含んでいる。支持体には、ポリマーの名称(11)及びオリゴマーの名称(12)が書いてある。科学者は、このオリゴマー及び/又はポリマーを用いて実験を行いたいと考えた時に、シートからスポットを含むストリップを切り取り、オリゴマー及び/又はポリマーを該ストリップから溶出させることにより、この物質を迅速に得ることができる。
【0086】
このシステムには、上記の実施形態のいずれかについて示したような利点がある。更なる利点は、オリゴマー及び/又はポリマーが、互いに接触することなく、支持体の全面に適用できることである。
【0087】
また、このシステムにおいても、支持体を巻く前に、汚染及び/又は分解から保護するための手段(例えばシート状の手段)を支持体に適用できる。例えば、支持体のもう一方の面を、オリゴマー及び/又はポリマーを汚染及び/又は分解させることなく保護するための適切な材料で被覆すればよい。
【0088】
図5には、オリゴマー及び/又はポリマー(例えばオリゴヌクレオチド、オリゴペプチド、オリゴ糖、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、多糖、PNA、及びそれらの混合物)のスポットを含む巻物型シート〔すなわち支持体(1)〕を収容している容器を示す。この容器は筒である。巻物型シートは図4で説明したようなものである。この筒には、オリゴマー及び/又はポリマーが由来する種及び組織の名称(4)が書いてある。巻物型シートを筒に入れることにより、オリゴマー及び/又はポリマーは、分類整理して保管及び配送できる。
【0089】
図6には、ルーズリーフシートの形状の支持体(1)を示す。このシートは、片面に、ポリマー(例えばポリヌクレオチド、ポリペプチド、多糖、PNA、及びそれらの混合物)のスポット(5)と、オリゴマー(例えばオリゴヌクレオチド、オリゴペプチド、オリゴ糖、PNA、及びそれらの混合物)のスポット(6)とを含んでいる。支持体には、ポリマーの名称(11)及びオリゴマーの名称(12)が書いてある。科学者は、このオリゴマー及び/又はポリマーを用いて実験を行いたいと考えた時に、シートからスポットを含むストリップを切り取り、オリゴマー及び/又はポリマーを該ストリップから溶出させることにより、この物質を迅速に得ることができる。
【0090】
このシステムには、冊子若しくはファイルの容器への挿入が容易な形態に作製できる、という更なる利点がある。
【0091】
この実施形態の支持体もまた、図1〜5及び図7に示す方法のいずれかに従って加工、保管及び/又は配送できる。
【0092】
図7には、オリゴマー及び/又はポリマー(例えばオリゴヌクレオチド、オリゴペプチド、オリゴ糖、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、多糖、PNA、及びそれらの混合物)のスポットを含むルーズリーフシート(すなわち支持体)を収容している容器(3)を示す。この容器は箱である。ルーズリーフシートは、合わせて綴じ込みリング(7)で綴じ、カバー(8)が付けてある。ルーズリーフシートは図6で説明したようなものである。箱には、オリゴマー及び/又はポリマーが由来する種及び組織の名称(4)が書かれている。ルーズリーフシートを綴じ込みリングで綴じ、それらのシートを箱に収容することにより、オリゴマー及び/又はポリマーは分類整理して保管及び配送できる。
【0093】
図8には、カードの形態の支持体(1)を示す。このカードは、片面に、ポリマー(例えばポリヌクレオチド、ポリペプチド、多糖、PNA、及びそれらの混合物)のスポット(5)と、オリゴマー(例えばオリゴヌクレオチド、オリゴペプチド、オリゴ糖、PNA、及びそれらの混合物)のスポット(6)とを含んでいる。支持体には、ポリマーの名称(11)及びオリゴマーの名称(12)が書いてある。科学者は、このオリゴマー及び/又はポリマーを用いて実験を行いたいと考えた時に、カードからスポットを含むストリップを切り取り、オリゴマー及び/又はポリマーを該ストリップから溶出させることにより、この物質を迅速に得ることができる。
【0094】
この実施形態によるカードの形態の支持体は、好ましくは、その支持体を別の支持体と区別するための、カード上でのオリゴマー及び/又はポリマーの位置に関する情報を含むバーコード、チップ又はラベルを含むことができる。あるいはまた、オリゴマー及び/又はポリマーの位置自体をコードにして、特定の支持体の性質に関する情報を与えてもよい。バーコードはまた、オリゴマー及び/又はポリマーについての情報、例えばその識別番号についての情報を保管するのにも有効である。バーコードの使用はこの実施形態に限定されないが、本発明によるいずれの支持体においても使用可能である。
【0095】
また、本発明によるカードの形態の支持体も、そのまま使用してもよいし、あるいは該支持体やそれに適用してあるオリゴマー及び/又はポリマーに関する情報を検出し、記録し、(好ましくはコンピューター画面に)表示し、印字する装置に挿入してもよい。
【0096】
オペレーターは、カードを装置に挿入した後で、好ましくは、ソフトウエアで管理される装置に上記情報を(例えばタッチスクリーンンシステムを用いて)入力することにより対象とするオリゴマー及び/又はポリマーを選択してもよく、その装置が、選択した該対象のオリゴマー及び/又はポリマーを支持体から溶出させて回収する。この装置に含まれる、又は該装置に取り付けたソフトウエアは、予めプログラミングしておいてもよく、選択したオリゴマー及び/又はポリマーの認識、溶出及び回収は、その装置によって自動的に実行される。
【0097】
したがって、本発明はまた、本発明の実施形態のいずれかに従って少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを少なくとも1個の支持体に適用する工程、並びに対象とするオリゴマー及び/又はポリマーを回収する工程、好ましくは本発明によるカードの形態の支持体を装置に挿入して、プログラムした装置が自動的に対象とするオリゴマー及び/又はポリマーを認識し、それを溶出させて回収するようにする該工程を含む方法も提供する。あるいはまた、オペレーターが対象とするオリゴマー及び/又はポリマーを選択し、その後で装置が該対象とするオリゴマー及び/又はポリマーの溶出及び回収を実行する。
【0098】
図9には、オリゴマー及び/又はポリマー(例えばオリゴヌクレオチド、オリゴペプチド、オリゴ糖、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、多糖、PNA、及びそれらの混合物)のスポットを含むカード(すなわち支持体)を収容している容器(3)を示す。この容器は箱である。カードは図8で説明したようなものである。箱には、オリゴマー及び/又はポリマーが由来する種及び組織の名称(4)が書いてある。カードを箱に入れることにより、オリゴマー及び/又はポリマーは分類整理して保管及び配送できる。
【0099】
図10には、DNAチップの形態の支持体(1)を示す。このDNAチップは、バーコード(9)と、オリゴマー及び/又はポリマーの1つ又はそれ以上のスポット(2)とを含んでいる。各スポットは、ピン、シリンジ又は任意の他の装置を用いて取り出すことができる。バーコードから、バーコード読取り装置を用いて、オリゴマー及び/又はポリマーに関する情報を得ることができる。この情報の例としては、支持体上でのオリゴマー及び/若しくはポリマーの位置、DNA配列、アミノ酸配列、該アミノ酸配列を含むタンパク質若しくはペプチドの3次元構造などが挙げられる。このチップは、1つの箱に、他のチップやこれらのチップのリストと共にパッケージすることができる。このタイプのチップは、オリゴマー及び/又はポリマーを小さな場所で室温にて保管できる点で都合が良い。また、オリゴマー及び/又はポリマーを簡便に配送するのにも有効である。
【0100】
本発明の上記の実施形態において、支持体は、キチン及び/又はキトサン(メルクインデックス、第9版)で被覆することができる。あるいはまた、オリゴマー及び/又はポリマーを、キチン及び/又はキトサンを含有する溶液に溶解させてもよく、得られた溶液を支持体に適用する。
【0101】
キチン及び/又はキトサンを含む溶液又は混合物で被覆した(あるいは、キチン及び/又はキトサンとオリゴマー及び/又はポリマーとの混合物で被覆した)支持体の利点は、かかる支持体にオリゴマー及び/又はポリマーがより安定な形態で適用され、保管及び/又は配送の間により良好に保存できることである。
【0102】
また、キチン及び/又はキトサンの使用は、保管及び/又は配送のために支持体を再使用することが望まれる場合にも有利である。キチン及び/又はキトサンを含む溶液又は混合物は、既に一度使用した支持体に適用することができる。この場合、キチン又はキトサンの分子が使用済みの基体を覆って、追加分のオリゴマー及び/又はポリマーを適用するための新たな再使用可能な表面を作り出す。
【0103】
本発明では、オリゴマー及び/又はポリマーは、支持体から溶出させることにより回収できる。この回収は、支持体を装置に挿入し、該装置により、カードの形態の支持体の実施形態について上記で記載したようにして支持体からの溶出及び回収を自動的に実行することにより行うことができる。
【0104】
この装置を使用する場合、オペレーターは、適当なオリゴマー及び/又はポリマーを選択すればよい。
核酸はまた、それを公知の技法(例えばSambrookら, 1989)に従ってプラスミド、ベクター及び/又は真核性若しくは原核性の宿主細胞(例えば大腸菌など)に導入することによっても回収できる。核酸は、次回の使用までこの形態で維持し保管することができる。
オリゴマー及び/又はポリマーが核酸である場合、本発明は、適用した核酸を含む印刷物及び/又は支持体を提供し、該核酸を宿主細胞に導入することにより該核酸を回収して保管することを含む、核酸の保管方法を開示する。
したがって、本発明は、支持体に少なくとも1種の核酸を適用し、本発明の実施形態のいずれかに従って支持体を処理し、該支持体を配布し、その少なくとも1種の核酸を、該支持体から宿主分子へと溶出、増幅及び/又は導入することにより回収する工程を含む、生物学的分子の配布方法を開示する。支持体に適用した生物学的材料がcDNAを含むプラスミドである場合、そのプラスミドを該支持体から回収する。次に、そのプラスミドをPCRなどの公知の技法に従って増幅にかけ、cDNAを増幅させる。次に、ゲル電気泳動(electrophoresis gel)を行い(例えばSambrookら, 1989)、cDNAをゲルから回収し、いずれかの目的で使用する。上記で述べたように、増幅したcDNAは、宿主細胞に「保管」し、次回の使用までその形態で保持することも可能である。宿主細胞に収容されているDNAは、この形態で更に配布することもできる。
本発明はまた、核酸、プライマー、酵素及び/又は溶液(緩衝液など)などの実験に必要な物質の一部又は全体を含む支持体を提供する。これらの分子又は物質は全て、支持体に適用し、本発明に従って処理し、次に読者若しくは受取人が回収することでき、そうすることにより、その読者若しくは受取人は実験を直ちに行うことができるようになり、単一の物質を必要とすることや、その物質の濃度を測定することや、それらを調製することが必要なくなる。
したがって、本発明はまた、本発明の実施形態のいずれかに従って処理した支持体上で実験を行うのに必要なオリゴマー及び/又はポリマーを準備し、配布し、且つ/又は保管する方法にも関する。
実験を行うのに必要な物質(核酸、プライマー、酵素及び緩衝液など)の一部又は全てを1つの支持体(カード又はシートなど)に適用することができる。したがって、本発明はまた、実験を実施するための物質の2種以上又は全てを含む単一の支持体に関する。更に、本発明は、支持体に適用した実験の実施に必要な物質の2種以上又は全てを含む、実験を実施するためのキットを提供する。この2種以上の物質は、核酸、プライマー(単数/複数)、酵素(単数/複数)、緩衝液、他の溶液などとすることができる。好ましくは、実験の実施に必要な全ての物質を支持体に添付することができる。支持体は、本発明のいずれかの実施形態で記載したような紙、カード、シートなどとすることができる。好ましくは、キットは、本発明による水分解性紙(例えば三島紙)に適用した、実験を実施するための2種以上の物質及び溶液を含む。
更に、本発明は、オリゴマー及び/又はポリマーを含むオブラート、並びに、オリゴマー及び/又はポリマーをオブラートに適用し、それを配布及び/又は保管することを含む、オリゴマー及び/又はポリマーの配布及び/又は保管方法を提供する。オリゴマー及び/又はポリマーは、そのオブラートを水に溶解させることにより回収できる。
更に、本発明はまた、cDNA、エキソン、好ましくは完全長cDNAをゲノムDNAから合成する方法も提供する。この方法は、1つの特定の遺伝子(例えばヒト黄体形成ホルモン(hLH))を含むゲノムDNAから行う(しかし、この方法は、この遺伝子の完全長FL又はエキソンの調製に限定されず、いずれの遺伝子又はエキソンも調製可能である)。
出発物質は、細胞(例えばヒト細胞)のゲノムDNA全体である。ゲノムDNAは、購入することもできるし(例えばBD Biosciences Clontech、米国)、あるいは標準的な技法を用いて調製することもできる。ゲノムDNAの供給源は、患者から得られるいずれの生物学的材料(例えば血液)とすることができる。本発明の目的のためには、血液、流体、液体又は任意の他の生物学的材料から調製したゲノムDNA、更には精製形態で購入したものや調製したものなど、いずれの形態のゲノムDNAも本明細書においては「鋳型」又は「鋳型DNA」とされる。
FL-hLH(完全長ヒト黄体形成ホルモン)(2つのエキソンから構成される)を調製するためのこの方法を実施するための一例を、図13及び実施例4に示す。目的とする遺伝子のエキソンを増幅及び/又は連結できる1セットのプライマーを用いる。このプライマーのセットは、それぞれのエキソンとハイブリダイズできる1対のプライマーから構成される。第1のプライマー対の一方のプライマーは、第1のエキソンとハイブリダイズし、同時に他方(次の)エキソンの端部とも部分的にハイブリダイズする。例えば、図13では、プライマーHsLH1Rt(エキソン1とハイブリダイズする)は、エキソン2の端部とも部分的に相補的である。プライマーHsLH2F(エキソン2とハイブリダイズする)は、エキソン1の端部とも部分的に相補的である。最終的な増幅産物は、目的とする遺伝子の全てのエキソンを含むcDNAからなり、したがってFL-cDNA(完全長cDNA)である。
図13及び実施例4に示すように、鋳型DNAからcDNAを調製するのに複数セットのプライマーが使用できる。この例では、エキソン1を増幅するためのプライマー対、エキソン2を増幅するためのプライマー対、及びそれらのエキソンを増幅し連結するためのプライマー対(したがって全てのプライマーのセットを含む)は、同一の支持体にスポットすることができる。この場合、完全長の遺伝子だけでなく、1以上のエキソンも合成される(図14に示す)。
したがって、本発明はまた、少なくとも1セットのプライマーを適用した、本発明のいずれかの実施形態に従って処理された印刷物及び/又は支持体を提供するものであり、この少なくとも1セットのプライマーは、ゲノムDNAからFL-cDNAを合成できる。このプライマーのセットは、鋳型DNAに含まれる遺伝子のエキソンを増幅するためのプライマーと、増幅されたエキソンを連結してFL-cDNAとするためのプライマーとを含む。また、支持体は、1以上のエキソンを増幅するための1以上のプライマーも含みうる。好ましくは、支持体は、FL-cDNAを合成するための1セットのプライマーと、場合によっては1以上のエキソンを増幅するためのもう1セットのプライマーを含みうる。
支持体は、更に、これらの反応を触媒する1種以上の酵素(例えばTaqポリメラーゼ)及び/又は実験の実施に必要な任意の溶液(例えば緩衝液)を含みうる。
したがって、印刷物及び/又は支持体の読者又は受取人は、支持体から少なくとも1セットのプライマーを回収し、鋳型DNA、酵素及び緩衝液を添加することができる。酵素及び緩衝液も支持体に適用される場合、受取人はそこから全ての要素を回収でき、その酵素や緩衝液を別の供給元から入手する必要はない。
次に、読者及び受取人は、実験を実施し、得られたFL-cDNAを回収することができる。実験反応の生成物は、公知の技法(例えばSambrookら, 1989)に従って電気泳動ゲルにかけることができ、FL-cDNAのDNAバンド及びエキソンのバンドがそのゲル上で同定できる。
したがって、本発明は、少なくとも1セットのプライマーを支持体に適用し(その少なくとも1セットのプライマーはゲノムDNAからFL-cDNAを合成できるものである)、本発明のいずれかの実施形態に従って該支持体を処理し、印刷物及び/又は支持体を配布及び/又は保管する工程を含む、印刷物及び/又は支持体の配布及び/又は保管方法を提供する。
医師は、患者の1以上の特定の遺伝子を分析しようとする場合、血液又は他の生物学的材料のサンプル(鋳型)を患者から得ればよい。次に、少なくとも1セットのプライマーが適用してある支持体(それぞれのプライマーのセットは特定のFL-cDNA遺伝子の増幅及び連結に特異的である)を含む本発明に従うキットを用いることができる。好ましくは、支持体は更に、酵素(例えばTaqポリメラーゼ)及び緩衝液を含む。医師又は補助員は、そのプライマーのセット並びに場合によっては酵素及び緩衝液を支持体から回収し、それらを鋳型DNAと混合すればよい。増幅(例えばPCR)プロセス及び電気泳動を行う。電気泳動によりFL-cDNA遺伝子が示される。医師は、その特定の遺伝子が欠失/挿入を起こしていれば、直ちに診断を行うことができる。
得られたFL-cDNAは、SNP分析(例えば配列決定)又はタンパク質発現アッセイにも使用できる。
したがって、本発明は、鋳型DNAからcDNA及び/又はcDNAを合成するための少なくとも1セットのプライマーを含む支持体を含むキット及び/又は診断キットを提供する。また、本発明は、1)患者から鋳型DNA(血液、流体又は他の生物学的材料)を調製し、2)少なくともそのプライマーのセットを支持体から回収し、場合により酵素及び緩衝液も支持体から回収し、3)鋳型と、プライマーのセットと、酵素及び緩衝液とを混合し、4)増幅及び/又は連結のプロセスを行い、5)電気泳動を行い、6)得られたcDNA(エキソン)及び/又はFL-cDNAに基づいて診断を判定する工程を含む診断方法も提供する。
また、本発明は、1)少なくとも1セットのプライマー並びに場合により酵素及び緩衝液を支持体から回収し、2)そのプライマーのセット、酵素及び緩衝液を鋳型と混合し、3)エキソンの増幅及び/又は連結を行い、4)電気泳動を行い、5)場合により、電気泳動手段からcDNA及び/又はFL-cDNAを回収する工程を含む、鋳型からのcDNA及び/又はFL-cDNAの調製方法も提供する。
更に、上記の方法は、得られたcDNA及び/若しくはFL-cDNAをSNP、欠失若しくは挿入の分析のために分析する工程、又はペプチド、ポリヌクレオチド若しくはタンパク質を発現させる工程を含む。
SNP、すなわち異常分析は、cDNA及び/又はFL-cDNAを配列決定することにより、あるいは他の公知の方法により行うことができる。
ペプチド、ポリヌクレオチド又はタンパク質の発現は、いずれかのペプチド、ポリヌクレオチド又はタンパク質の発現アッセイにより、例えば「短縮タンパク質試験」又はRoche Diagnostic社の「結合SP/T7のin vitro転写/翻訳キット」(それぞれ2002年版カタログ番号188839及び1814346)として知られているアッセイにより行うことができる。
本発明によるゲノムDNAからのhLHの完全長cDNAの調製方法は、実施例4で更に詳細に説明する。
また、本発明者らは、水溶性又は水分解性の紙(例えば三島紙)などの本発明による支持体が、キレート剤特性を示しうることも見出した。その結果は、Mg++を必要とする酵素(例えばポリメラーゼ)が使用される場合、支持体はMg++を結合して、その酵素に対するMg++のアベイラビリティを低下させ、したがってその酵素が有効に機能しない可能性がある、というものである。例えば、オリゴマー及び/又はポリマー(例えばcDNA)を本発明に従って規定される水溶性又は水分解性の支持体に適用し、Mg++を必要とする酵素の使用を含む更なる工程を行う場合、過剰なMg++を添加することが好ましい。
上記したようなMg++を添加することの利点は、実施例3で調べてあり、結果が図12に示されている。その図から判るように、特定濃度のMg++(例えば3.1mMを超える)では、増幅の効率が向上する。
したがって、本発明は、過剰なMg++をMg++を必要とする酵素の存在下で、そしてオリゴマー及び/又はポリマーを支持体の存在下で添加する工程を含む方法を提供する。
好ましくは、本発明は、過剰なMg++を添加する工程を含む、ポリメラーゼ及び支持体の存在下での核酸(例えばcDNA又はRNA)の増幅方法を提供する。Mg++の量は、どのような濃度であってもよい。少しだけ過剰な量のMg++が有効な場合もある。濃度は、好ましくは、例えば1mMより高い、3,1mMより高い、5.3mMより高い、7.5mMより高いものとすることができる(図12を参照)。
したがって、本発明は、例えばPCRなどの増幅、逆核酸調製、完全長cDNA調製のいずれかの方法であって、例えばMg++を必要とする酵素を用いる場合など、Mg++の添加が必要である該増幅方法に関する。支持体の存在下で過剰な(又は追加の)Mg++を添加する工程を含むこの方法は、本発明に従って処理した(折りたたみ型又は巻きとり型の)支持体に限定されず、いずれかの形態を有しいずれかの様式で処理された1個以上の支持体又はその一部並びに複数個の支持体に適用できる。
また、支持体は、粉体又は溶液の調製物の形態とすることも可能である。したがって、本発明はまた、オリゴマー及び/又はポリマーを担体(例えばメチルセルロース)と混合して含む粉体調製物を提供する。担体は、オリゴマー及び/又はポリマーとの混合に適する不活性担体であればいずれのものであってもよく、例えば薬物の調製に一般的に用いられる任意の担体が挙げられる。この粉体調製物は、更に、酵素及び緩衝液を含みうる。
担体と混合されるオリゴマー及び/又はポリマーは、核酸とすることができる。更に、この調製物には、少なくとも1つのプライマー又は1セットのプライマーを混合することもできる。場合により、酵素及び/又は緩衝液もこの調製物に混合できる。
したがって、本発明は、担体をオリゴマー及び/又はポリマーと混合し、かかる調製物を配布及び/又は保管することを含む、上記した粉体調製物の配布及び/又は保管方法を提供する。例えば、この方法は、核酸及び少なくとも1つのプライマー若しくは1セットのプライマー並びに場合により酵素及び緩衝液を不活性担体と混合することを含んでなる調製物の作製工程、並びにかかる調製物を配布及び/又は保管する工程を含む。特定の実施によれば、核酸はゲノムDNAであり、その少なくとも1セットのプライマーは上記で記載したようにゲノムDNAから完全長DNAを合成することができるものである。したがって、本発明は、上記したような調製物を用いることを含む、完全長DNAの調製方法にも関する。
また、調製物は、溶液の形態とすることも可能である。したがって、オリゴマー及び/又はポリマーは、液体担体と混合し、水溶性シェルに収容することができる。そのような水溶性シェルは、例えば、公知の技法に従って薬物を含むシェルと同様にして製造できる。液体調製物は、核酸及び少なくとも1つのプライマー若しくは1セットのプライマー並びに場合により緩衝液を含みうる。あるいはまた、液体調製物は、プライマー、酵素及び緩衝液を含むが核酸は含まないものとすることができる。液体調製物は、反応の開始に必要な物質(例えば酵素)を含む水系溶液に溶解させることができる。
【実施例】
【0105】
本発明を、以下の実施例を参照しながら更に詳細に説明する。しかし、本発明の範囲はこれらの実施例により限定されないものとする。
【0106】
実施例1
まず、それぞれ5mm×5mmの大きさ(A)並びに10mm×10mmの大きさ(B)の各種シートを準備した。
DNA試料としては、2種の溶液を調製した。一方の溶液(H溶液)は、約1.5kbpのプラスミドDNA断片(1377bpのλDNA断片をEcoRV部位でpBSに挿入したもの)を333ng/μlの濃度で含むものとした。他方の溶液(F溶液)は、同じプラスミドDNAと万年筆インクとをそれぞれ333ng/μl及び17%(v/v)の濃度で含むものとした。
【0107】
次に、(A)の大きさのシートには3μl(1μg)のH溶液及びF溶液の各々をスポットし、(B)の大きさのシートには6μl(2μg)のそれら溶液の各々をスポットし、これらのシートを65℃で30分間乾燥させた。その後、(A)の大きさのシートについては200μlの水に浸し、(B)の大きさのシートについては300μlの水に浸した。これらの浸したシートを65℃で10分間乾燥させ、更にそれらを室温で2時間処理して溶出を行った。
【0108】
溶出液についてフェノール抽出(フェノール:クロロホルム:イソアミルアルコール=25:24:1を用いて2度抽出)を繰り返し、次にエタノール沈殿法によりDNAを回収した。
【0109】
得られたDNAを10μlの水に溶かし、次の通りPCRを行った。最初の反応を94℃で3分間行った後、反応を94℃で1分及び68℃で2分で40サイクル繰り返して、最終反応容量を25μlとした。反応組成は次のようにした:M13(配列番号1)プライマー(M3-30:10μMの5’-CAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGT-3’を0.5μl、10μM のRV32(配列番号2): 5’-GATAACAATTTCACACAGGAAACAGCTATGAC-3’を0.5μl、ExTaq 10×緩衝液を2.5μl、2.5mMのdNTPを2μl、ExTaqを1unit及びDNA。このDNAは、1377bpの大きさのλDNAと両末端に配置されたプラスミドDNA分子とを含む約1.5kbpの大きさのDNA鋳型とした。
【0110】
DNAの塩基配列(配列番号3)は、次の通りであった。
【0111】
反応後、5μlの反応生成物を1%アガロース電気泳動にかけて、PCR産物(約1.5kbp)を検出した。その結果を図11に示す。
【0112】
レーン1はDNAサイズマーカー(λ/StyI 200μg)であり、レーン2は(A)の大きさの薬包紙にF溶液をスポットして得られた断片を示し、レーン3は(B)の大きさの薬包紙にF溶液をスポットして得られた断片を示し、レーン4は(A)の大きさのコピー用紙にF溶液をスポットして得られた断片を示し、レーン5は(B)の大きさのコピー用紙にF溶液をスポットして得られた断片を示し、レーン6は(A)の大きさの薬包紙にH溶液をスポットして得られた断片を示し、レーン7は(A)の大きさの薬包紙にH溶液をスポットして得られた断片を示し、レーン8は(A)の大きさのコピー用紙にH溶液をスポットして得られた断片を示し、レーン9は(B)の大きさのコピー用紙にH溶液をスポットして得られた断片を示し、レーン10はシートなしの断片(ポジティブコントロール)であり、レーン11はシートなしの別の断片(ネガティブコントロール)であり、レーン12はDNAサイズマーカー(λ/StyI 200μg)である。
レーン2、レーン3及びレーン6にはそれぞれ3μlのDNAを適用し、レーン4、レーン5、レーン7、レーン8及びレーン9にはそれぞれ1/50μlのDNAを適用した。
【0113】
更に詳細に述べると、上記した実験の結果のよれば、支持体として普通PPC用紙などのセルロースから製造されたものを用いて製造したDNA固定支持体では、該支持体に固定されたDNAは常温で保存可能であること;DNA固定支持体においては、支持体に固定されたDNAは該支持体からの溶出により回収可能であること;並びに、こうして溶出回収されたDNAはポリメラーゼ連鎖反応により増幅可能であることが明らかになった。
【0114】
支持体にDNAを付着させるには、次の方法を用いることができる。つまり、それらの方法は、DNAをピンを用いて拾い、ピンに付いたDNAを更に支持体に移す方法、シリンジに入れたDNA溶液を支持体に滴下してDNAを該支持体に付着させる方法、又は既存の印刷技術を利用してDNA溶液を印字した状態で支持体に付着させる方法である。
【0115】
この場合、既存の印刷システムとしては、例えば、インクジェットプリンターなどに用いられるインクジェット方式の印刷システムの印刷技術を用いることができる。
【0116】
インクジェット方式の印刷システムを用いるには、印刷インキなどの着色剤の代わりにDNA溶液を用い、インクジェット方式の印刷システムに従って印刷用紙に該当する支持体に該DNA溶液を用いて印字すればよい。好ましくは、印刷に使用するインキを着色するために、生物学的及び/又は製剤学的に許容される物質を選ぶことができる。したがって、異なるオリゴマー及び/又はポリマーを印字するのに異なる色を選択し使用して、かかるオリゴマー及び/又はポリマーが、上記で開示したようなオリゴマー及び/又はポリマー回収装置により容易に識別又は読み取りできるようにすることが可能である。
【0117】
このように、既存の印刷技術は、圧電素子や発熱素子を利用したインクジェット方式印刷システムに従い、印刷インキに代えてDNA溶液をそのまま使用できる点で、本発明によるDNA固定支持方法に極めて簡便に用いることができる。
【0118】
インクジェット方式印刷システムにおいては、一般的にそれぞれ直径が約20μm〜100μmのドットを印字することができるので、DNA溶液を高密度で支持体に付着させることが可能となる。
【0119】
更に、乾燥状態のDNAは、タンパク質などの他の生体分子とは違って安定であり、100℃前後の温度に十分に耐え得るので、レーザープリンターにより実現されるものをはじめとする電子印刷や熱転写型の印刷技術も、本発明によるDNA固定支持方法に用いることができる。
【0120】
実施例2
実施例1で用いたDNA分子に関する論文を調製した。これは、表題、著者名、要約、緒言、材料及び方法、結果、考察、謝辞並びに参考文献を含むものとした。論文の下部には、実施例1のF溶液を用いインクジェットプリンター(EPSON, PM-760C)により「鋳型」という文字を印字した。その結果、論文には鮮明な印刷文字が形成された。
本発明による印刷物及び支持体は、当該技術分野で公知の技法により印刷可能である。オリゴマー及び/又はポリマー(例えばDNA溶液)は、同一の紙又は大きさや形が異なる別の紙若しくは支持体の所定又は印を付けた位置に適用(例えばスポット又は印刷)できる。場合により、支持体に適用するオリゴマー及び/又はポリマーの溶液に挿入色素(insert dye)(例えば赤色色素)を添加して、スポットの位置が支持体上で目視できるようにしてもよい。
オリゴマー及び/又はポリマーが適用されて含むシートは、冊子や雑誌などに綴じ込み、添付又は収容し、書店を通じて、又は配送便により読者に配布することができる。同封されている遺伝子に何らかの関心を持つ研究者、学生及び読者は、それらを直ちに回収し、自分達の研究に使用することができる。
実施例3
DNA 溶液の調製
様々な大きさのcDNAインサート(744bp、2440bp及び5460bp)(それぞれ配列番号4〜6として示す)を含む3種のRIKENプラスミドcDNAクローンを試験した。それらのcDNAは、公知の技法(Sambrookら, 1989)に従ってpBluescriptに挿入した。
上記のcDNAクローンを含むプラスミドDNAは、Qiagen Spin Miniprepキット(Qiagen, 日本国)を用いて精製した(あるいはまた、例えばSambrookら, 1989に記載されているような超遠心分離法も使用可能)。プラスミドDNAは、TE(10mM Tris-HCl(pH 8.0)、1mM EDTAに溶解した。DNA濃度は0.1μg/μlに調整した。
この工程において、回収時に支持体上のスポットの位置を同定しやすくするために、不活性色素(例えば赤色色素)を溶液に添加することができる。しかし、本実験では、プラスミドDNA溶液は印を付けた場所にスポットしたので、色素は不要であった。
DNA シートの調製
上記のようにして調製した約0.1μlのプラスミドDNA溶液を、96ピンツール(Multi 96-multiblotレプリケーターVP409、Bio Medical Science Inc.、米国)を用いてDNAシートとして使用する60MDP紙(三島製紙株式会社、日本国)に移した(この紙は予め印刷されていてもよいし、印刷されていなくてもよい)。こうして、所定量のDNA溶液を紙の所定の位置にスポットできた。紙の印を付けた位置にスポットしたので、スポットした位置は容易に同定された。(あるいはまた、上記の「DNA溶液の調製」で述べたように、DNA溶液に混ぜた赤色色素の存在により同定)。プラスミドDNA溶液は、各スポットについて5回ずつスポットし、全部で0.05μgのプラスミドを約0.5μLスポットした。
DNA の抽出及び回収
紙を30分以上風乾した後、DNAを次のようにしてシートから抽出した。選択したDNAスポットを含んだ60MDP紙の一片(0.4mm×0.4mm)をシートから切り出し、PCR用試験管に入れ、50μLのPCR溶液を加えた。PCR溶液は、各種濃度のMgCl2(それぞれ1mM、3.1mM、3.5mM及び7.5mM、図12を参照)の存在下に、1.5UのKOD Plus DNAポリメラーゼ(TOYOBO、日本国)、0.2μMの次のPCRプライマー:-21M13(配列番号7):5’-TGTAAAACGACGGCCAGT-3’及び1233-Rv(配列番号8):5’-AGCGGATAACAATTTCACACAGGA-3’、それぞれ0.2mMのdATP、dGTP、dCTP及びdTTPを含むものとした。得られた溶液を遠心分離した後、PCRサイクルを開始した。PCRサイクルは、94℃で2分;変性(94℃で1分)、アニーリング(55℃で1分)及び抽出(68℃で75秒)を29サイクル、そして74℃で15分からなるものとした。PCR溶液のアリコートを、公知の技法(Sambrookら, 1989)に従って行う1%アガロースゲル電気泳動を用いて分析した。
別法として、溶解したDNAシートを含む溶液のアリコートを、公知の技法(Sambrookら, 1989)に従い、別の試験管内でPCRにかけ、次いで大腸菌(Escherichia coli)での形質転換を行ってもよい。読者又は受取人は、残った溶液をバックアップとして、あるいは別の実験用にとっておくことができる。
結果: DNA シートにスポットした DNA の PCR による回収
図12から、cDNAインサート(レーン1、レーン4、レーン7及びレーン10では744bp;レーン2、レーン5、レーン8及びレーン11では2,440bp;レーン3、レーン6、レーン9及びレーン12では5,460bp)が、好ましくは5.3mMのMg++濃度においてうまく増幅されたことが判る。この試験から、選択した条件がDNAの効率的なスポット形成及び抽出を可能にすることが確認された。2つのレーンでは、末端に分子量(1、2、3、4及び5kb)を示すマーカーを添加した。
実施例4
ゲノム DNA からの完全長 cDNA の調製方法
本実験で鋳型DNAとして用いたヒトゲノムDNAは、BD Biosciences Clontech社(米国)から購入した。
ヒト黄体形成ホルモン(hLH)の完全長cDNAを合成するためのプライマーはInvitrogen社(米国)から購入した。
ヒト黄体形成ホルモンの完全長遺伝子は、(本実験の結果によれば)503bpであり、次の配列を有している(配列番号9としても報告する)(以下、エキソン1に該当する配列は大文字で記載し、エキソン2に該当する配列は小文字で記載する):
【0121】
【表1】
エキソン1の配列は、配列番号10として報告する。エキソン2の配列は、配列番号11として報告する。
プライマーの配列(下線は重複領域を示す)は次の通りとした。
HsLH1F:CCAGGGGCTGCTGCTGTTG(配列番号12)
HsLH1Rt:cagcacgcgcatCATGGTGGGGCAGTAGCC(配列番号13)
HsLH2Ft:TGCCCCACCATGatgcgcgtgctgcaggcg(配列番号14)
HsLH2R:tgcggattgagaagcctttattg(配列番号15)
HsLH1F及びHsLH1Rtは、ヒト黄体形成ホルモンのエキソン1の各末端に対して相補的な配列を有するものであり、HsLH2F及びHsLH2Rtは同じ遺伝子のエキソン2の各末端に対して相補的な配列を有するものである。HsLH1Rt及びHsLH2Fは、それらを互いに連結するために、次のエキソンに相補的な追加の配列を有している(図13)。
上記のプライマーを、10μlのTE(10mMのTris-HCl(pH 8.0)、1mMのEDTA)に溶解させ、最終濃度を10pmol/μlとした。スポット1用、スポット2用及びスポット3用として、上記のように調製したプライマー溶液を混合した。
スポット1用の溶液:HsLH2F溶液とHsLH2Rt溶液との1:1の割合の混合物;
スポット2用の溶液:HsLH1F溶液とHsLH1Rt溶液との1:1の割合の混合物;
スポット3用の溶液:HsLH2F溶液、HsLH2Rt溶液、HsLH1F溶液及びHsLH1Rt溶液の1:1:1:1の割合の混合物。
0.4μlのスポット1用溶液、0.4μlのスポット2用溶液及び0.8μlのスポット3用溶液を、図14に示すように60MDP紙(三島製紙株式会社、日本国)の対応するスポット領域にそれぞれ移した。
該紙を30分以上風乾した後、プライマーをシートから次にようにして抽出した。選択したプライマーのスポットを含んだ60MDP紙の一片(0.4mm×0.4mm)を、該シートから切り出し、3本のPCR用試験管に入れ、続いて50μlのPCRを添加した。PCR溶液は、10mMのTris-HCl(pH 8.3)、50mMのKCl、2.5mMのMgCl2、0.2mMのdNTP、100ngの鋳型DNA(ヒトゲノムDNA、BD Biosciences Clontech社(米国)から購入)、及び2.5UのTaq DNAポリメラーゼ(Roche Diagnostics社)を含むものとした。PCRサイクルは94℃で3分(94℃で30秒、40℃で30秒、72℃で30秒を50サイクル)、及び72℃で1分からなるものとした。
5μlの各PCR最終溶液(PCR溶液及びプライマー)を、3%NuSieve3:1アガロース(タカラバイオ、日本国)ゲル電気泳動を公知の技法(Sambrookら, 1989)に従って行うことにより分析した。図21 15に、電気泳動の結果を示す。レーン1は、DNAサイズマーカーとしてのpUC19/HpaIIであり(塩基対(bP)として報告)、各バンドの大きさはゲルの写真の左側に示してある(図14)。レーン2及びレーン3から、エキソン2(343bp)及びエキソン1(184bp)がうまく増幅されたことが判る。レーン4から、ヒト黄体形成ホルモンの完全長cDNA(503bp)が得られたことが判る。レーン5、レーン6およびレーン7は、レーン2、レーン3及びレーン4と同じ物質を含むが鋳型DNAは含んでいない対照サンプルであり、非特異的に増幅された産物は示されていない。
この結果から、この技法が、1本の試験管内で、その材料に保持されるプライマーを用いる一段階PCRによりゲノムDNAから完全長cDNAを得るのに使用できることが明らかになった。
実施例5
実施例1のF溶液及びH溶液の各々並びに実施例3のDNA溶液を、210mm×297mmの大きさの普通PPC用紙にスポットし、次にその用紙を一回折った。この用紙を箱に入れ、棚で保管した。
【0122】
実施例6
実施例1のF溶液及びH溶液の各々並びに実施例3のDNA溶液を、210mm×297mmの大きさの普通PPC用紙にスポットし、次にその用紙を巻いた。この用紙を筒に入れ、棚で保管した。
明細書、特許請求の範囲、図面及び要約書を含む日本国特許出願、すなわち、特願2001-339217号(2001年11月5日出願)の全ての開示内容は、参照により全体が本明細書に組み込まれるものとする。
本明細書中で引用されている全ての刊行物、特許及び特許出願は、参照により全体が本明細書に組み込まれるものとする。
【産業上の利用可能性】
【0123】
本発明によれば、対象とする分子性物質のための簡便な保管及び配送システムが提供される。このシステムは、その物質を汚染及び分解させることなく保護することができる。
本発明によれば、このシステムの製造方法も提供される。
更に、本発明によれば、対象とする分子性物質の保管及び/又は配送方法が提供される。
【図面の簡単な説明】
【0124】
【図1】図1は、1回だけ折ったシートの形態の支持体を示す。このシートは、片面にオリゴマー及び/又はポリマーのスポットを含んでおり、もう一方の面にはスポットを含んでいない。図1(a)には、この支持体の片面を示す。図1(b)には、この支持体のもう一方の面を示す。図1(c)には、この支持体の斜視図を示す。
【図2】図2は、2回又はそれ以上(すなわち5回)折ったシートの形態の支持体を示す。このシートは、両面にオリゴマー及びポリマーのスポットを含んでいる。図2(a)には、この支持体の片面を示す。図2(b)には、この支持体のもう一方の面を示す。図2(c)には、この支持体の斜視図を示す。
【図3】図3は、オリゴマー及び/又はポリマーのスポットを含む折りたたみ式シート(すなわち支持体)を収容した容器を示す。この容器は箱である。
【図4】図4は、巻いたシートの形態の支持体を示す。このシートは、片面にオリゴマー及びポリマーのスポットを含んでいる。
【図5】図5は、オリゴマー及び/又はポリマーのスポットを含む巻物型シート(すなわち支持体)を収容した容器を示す。この容器は筒である。
【図6】図6は、ルーズリーフシートの形態の支持体を示す。このシートは、片面にオリゴマー及びポリマーのスポットを含んでいる。
【図7】図7は、オリゴマー及び/又はポリマーのスポットを含むルーズリーフシート(すなわち支持体)を収容した容器を示す。この容器は箱である。ルーズリーフシートは、合わせて綴じ込みリングで綴じ、カバーが付けてある。
【図8】図8は、カードの形態の支持体を示す。このカードは、片面にオリゴマー及びポリマーのスポットを含んでいる。
【図9】図9は、オリゴマー及び/又はポリマーのスポットを含むカード(すなわち支持体)を収容した容器を示す。この容器は箱である。
【図10】図10は、DNAチップの形態の支持体を示す。このDNAチップは、バーコードと、オリゴマー及び/又はポリマーの1つ又はそれ以上のスポットとを含んでいる。
【図11】図11は、実施例1の実験の結果を示す電気泳動の写真である。
【図12】図12は、実施例3で説明した、種々の量のMg++の存在下でのDNAシート(支持体)にスポットしたcDNAのPCRによる回収を示すゲルである。目視できるバンドの存在により、DNAが増幅され回収されたことが確認される。
【図13】図13は、実施例4で報告した、ゲノムDNAからの遺伝子(この場合、hLH)の2つのエキソンの増幅及び連結の概略的な例である。増幅及び連結は、各エキソンに対する1対のプライマーを含む1セットのプライマーにより行う。エキソン1のプライマーHsLH1Rtは、エキソン2の端部にも部分的に相補的である。エキソン2のプライマーHsLH2Fは、エキソン1の端部にも部分的に相補的である。
【図14】図14は、ゲノムDNAからcDNAを調製するためのプライマーのセットが支持体にどのようにスポットされうるかの一例である。説明は実施例4に記載されている。
【図15】図15は、実施例4について行った実験による、ゲノムDNAから調製したhLHの2つのエキソン及び完全長cDNAのゲルを示す。レーン1は、マーカー及びそれらの相対的なbp数を示す。レーン2は、回収されたエキソン2のバンドを示す。レーン3は、回収されたエキソン1のバンドを示す。レーン4は、下から上に向かって、hLHのエキソン1、未同定のバンド、エキソン2、及び完全長cDNAのバンドをそれぞれ示す。レーン5、レーン6及びレーン7は、鋳型(ゲノムDNA)を含んでいないこと以外はレーン2、レーン3及びレーン4と同じ実験についてのものである。
【符号の説明】
【0125】
1 支持体
2 オリゴマー及び/又はポリマーのスポット
3 容器
4 オリゴマー及び/又はポリマーが由来する種及び組織の名称
5 ポリマーのスポット
6 オリゴマーのスポット
7 綴じ込みリング
8 カバー
9 バーコード
10 オリゴマー及び/又はポリマーの名称
11 ポリマーの名称
12 オリゴマーの名称
【配列表フリーテキスト】
【0126】
配列番号1は、実施例1で用いたM13プライマーの塩基配列を示す。
配列番号2は、実施例1で用いたRV32プライマーの塩基配列を示す。
配列番号3は、実施例1で用いた鋳型DNAの塩基配列を示す。
配列番号4〜6は、実施例3で試験した3種のcDNAマウスクローンの配列を示す。
配列番号7は、実施例3のDNAの増幅に用いた-21M13プライマーの配列を示す。
配列番号8は、実施例3のDNAの増幅に用いた1233-RVプライマーの配列を示す。
配列番号9は、実施例4で得られた完全長ヒト黄体形成ホルモン遺伝子(cDNA)の配列である。
配列番号10〜11は、それぞれ、ヒト黄体形成ホルモン(hLH)のエキソン1及びエキソン2の配列を示す。
配列番号12〜15は、hLHの2つのエキソンの増幅及び完全長hLHの合成のためのプライマーHsLH1F、HsLH1Rt、HsLH2Ft及びHsLH2Rの配列を示す。
Claims (55)
- 少なくとも1個の支持体に適用したオリゴマー及び/又はポリマーを保管及び/又は配送する方法であって、
(a)少なくとも1個の支持体に少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを適用し;
(b)該支持体を折るか、又は巻き;
(c)工程(b)の支持体を保管及び/又は配送する
工程を含む上記方法。 - 工程(b)において、支持体を1回又はそれ以上折る、請求項1に記載の方法。
- 工程(b)において、支持体を巻く、請求項1に記載の方法。
- 折った、又は巻いた支持体を、次いで容器に挿入する、請求項2又は3に記載の方法。
- 少なくとも1個の支持体に適用したオリゴマー及び/又はポリマーを保管及び/又は配送する方法であって、
(a)少なくとも1個の支持体に少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを適用し;
(b)該支持体を容器に挿入し;
(c)工程(b)の支持体を保管及び/又は配送する
工程を含む上記方法。 - 容器が封筒、袋、缶、箱、ビン、アンプル又は筒である、請求項4又は5に記載の方法。
- 支持体がルーズリーフシートである、請求項4又は5に記載の方法。
- 支持体が水溶性、水分解性及び/又は水不溶性物質から作られている、請求項1〜7のいずれか1項に記載の方法。
- 支持体がシートの形態である、請求項1〜8のいずれか1項に記載の方法。
- 支持体がルーズリーフシートの形態である、請求項9に記載の方法。
- 水不溶性物質が主成分としてセルロースを含む、請求項8に記載の方法。
- 支持体がキチン及び/又はキトサンで被覆されている、請求項1〜11のいずれか1項に記載の方法。
- 工程(a)において、オリゴマー及び/又はポリマーを、結合成分としてキチン及び/又はキトサンを含んでいる溶液の形態で適用する、請求項1〜12のいずれか1項に記載の方法。
- 支持体がオブラートである、請求項8に記載の方法。
- 支持体がカードの形態である、請求項1〜14のいずれか1項に記載の方法。
- 複数の支持体がカードの形態であり、それらを容器に挿入し、保管及び/又は配送する、請求項15に記載の方法。
- 容器が箱である、請求項16に記載の方法。
- 支持体が紙である、請求項1〜17のいずれか1項に記載の方法。
- 支持体が、オリゴマー及び/又はポリマーを汚染及び/又は分解させることなく保護するためのマトリックスで覆われている、請求項1〜18のいずれか1項に記載の方法。
- オリゴマー及び/又はポリマーを汚染及び/又は分解させることなく保護するための手段が、支持体上又は2個の支持体の間に適用されている、請求項1〜19のいずれか1項に記載の方法。
- 汚染及び/又は分解させることなく保護するための手段がシート状の手段である、請求項20に記載の方法。
- 少なくとも2種のオリゴマー及び/又はポリマーを1個又は複数個の支持体に適用する、請求項1〜21のいずれか1項に記載の方法。
- オリゴマーが、オリゴヌクレオチド、オリゴペプチド、オリゴ糖、PNA及びそれらの混合物からなる群から選ばれる、請求項1〜22のいずれか1項に記載の方法。
- ポリマーが、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、多糖、PNA及びそれらの混合物からなる群から選ばれる、請求項1〜23のいずれか1項に記載の方法。
- オリゴマー及び/又はポリマーが、断片又は完全な分子である、請求項1〜24のいずれか1項に記載の方法。
- オリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドが、ゲノムDNA、cDNA、RNA、mRNA、PNA及びそれらの組合せからなる群から選ばれる、請求項23又は24に記載の方法。
- オリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドが、断片、EST配列、長鎖配列、全コード配列、及び全長配列からなる群から選ばれる、請求項23又は24に記載の方法。
- オリゴヌクレオチド及び/又はポリヌクレオチドが、PCRプライマー又はオリゴヌクレオチドプローブである、請求項23〜27のいずれか1項に記載の方法。
- オリゴマー及び/又はポリマーを、それを支持体上に固定又は印字することにより該支持体に適用する、請求項1〜28のいずれか1項に記載の方法。
- オリゴマー及び/又はポリマーを、該オリゴマー及び/又はポリマーの溶液をピン、シリンジ又はインクジェットプリンターにより支持体に直接適用することによって該支持体に適用する、請求項29に記載の方法。
- 更に、in situでのPCRを行うか、支持体上でオリゴヌクレオチド及び/又はポリヌクレオチドを適切な制限エンドヌクレアーゼによりin situで処理する工程を含む、請求項1〜30のいずれか1項に記載の方法。
- 更に、オリゴマー及び/又はポリマーを、支持体からの溶出により回収する工程を含む、請求項1〜31のいずれか1項に記載の方法。
- 支持体が、該支持体上でのオリゴマー及び/若しくはポリマーの位置並びにオリゴマー及び/若しくはポリマーの識別コード若しくは番号に関する情報を含むバーコード、チップ又はラベルを含む、請求項1〜32のいずれか1項に記載の方法。
- 回収が、支持体を装置に挿入し、該装置により該支持体からの溶出及び回収を自動的に行うことにより行われる、請求項32に記載の方法。
- オペレーターが対象とするオリゴマー及び/又はポリマーを選択し、装置が該対象とするオリゴマー及び/又はポリマーを支持体から自動的に溶出させ回収する、請求項34に記載の方法。
- 少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを適用した支持体であって、折りたたみ式若しくは巻物型シート、ルーズリーフシート又はカードの形態である上記支持体。
- 少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを適用した水溶性支持体。
- オブラートである、請求項37に記載の支持体。
- 少なくとも2種のオリゴマー及び/又はポリマーを1個又は複数個の支持体に適用した、請求項36〜38のいずれか1項に記載の支持体。
- オリゴマーが、オリゴヌクレオチド、オリゴペプチド、オリゴ糖、PNA、及びそれらの混合物からなる群から選ばれる、請求項36〜39のいずれか1項に記載の支持体。
- ポリマーが、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、多糖、PNA及びそれらの混合物からなる群から選ばれる、請求項36〜40のいずれか1項に記載の支持体。
- オリゴマー及び/又はポリマーが、断片又は完全な分子である、請求項36〜41のいずれか1項に記載の支持体。
- オリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドが、ゲノムDNA、cDNA、RNA、mRNA、PNA、及びそれらの組合せからなる群から選ばれる、請求項36〜42のいずれか1項に記載の支持体。
- オリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドが、断片、EST配列、長鎖配列、全コード配列、及び全長配列からなる群から選ばれる、請求項36〜43のいずれか1項に記載の支持体。
- オリゴヌクレオチド及び/又はポリヌクレオチドが、PCRプライマー又はオリゴヌクレオチドプローブである、請求項36〜44のいずれか1項に記載の支持体。
- オリゴマー及び/又はポリマーが、それを支持体上に固定又は印字することにより該支持体に適用されている、請求項36〜45のいずれか1項に記載の支持体。
- オリゴマー及び/又はポリマーが、該オリゴマー及び/又はポリマーの溶液をピン、シリンジ又はインクジェットプリンターにより支持体に直接適用することによって該支持体に適用されている、請求項46に記載の支持体。
- 容器に挿入される、請求項36〜47のいずれか1項に記載の支持体。
- 容器が封筒、袋、缶、箱、ビン、アンプル又は筒である、請求項48に記載の支持体。
- 請求項36〜49のいずれか1項に記載の水溶性支持体の製造方法であって、少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを少なくとも1個の水溶性支持体に適用する工程を含む上記方法。
- 請求項37〜49のいずれか1項に記載の水溶性支持体を保管及び/又は配送する方法であって、
(a)少なくとも1種のオリゴマー及び/又はポリマーを少なくとも1個の水溶性支持体に適用し;
(b)工程(a)の支持体を保管及び/又は配送する
工程を含む上記方法。 - 請求項37〜49のいずれか1項に記載の水溶性支持体からオリゴマー及び/又はポリマーを取り出すための方法であって、
(a)該水溶性支持体を水系溶液に溶解させ;
(b)工程(a)の水系溶液からオリゴマー及び/又はポリマーを分離させる
工程を含む上記方法。 - オリゴマー及び/又はポリマーが核酸であり、Mg++を必要とする酵素の存在下で行われ、更に過剰なMg++を添加する工程を含む、請求項51に記載の方法。
- Mg++を必要とする酵素がポリメラーゼである、請求項54に記載の方法。
- 過剰なMg++を添加する工程が増幅工程である、請求項53〜54に記載の方法。
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