JP2005341955A - 新規ポリヌクレオチド、それを用いた深在性輸入真菌症原因菌ペニシリウム・マルネッフェイ(Penicilliummarneffei)の検出用マーカ、プローブ、プライマー、検出方法およびキット - Google Patents
新規ポリヌクレオチド、それを用いた深在性輸入真菌症原因菌ペニシリウム・マルネッフェイ(Penicilliummarneffei)の検出用マーカ、プローブ、プライマー、検出方法およびキット Download PDFInfo
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Abstract
【解決手段】特定の塩基配列は、ペニシリウム・マルネッフェイに特異的な遺伝子配列の一例である。これを検出することにより、ペニシリウム・マルネッフェイを特異的に検出できる。例えば、特定の塩基配列のフォワード側プライマーと、特定の塩基配列のリバース側プライマーを用い、PCRにより該特定の塩基配列の遺伝子断片を増幅することにより、ペニシリウム・マルネフェイを特異的に検出できる。
【選択図】図1
Description
従来の深在性真菌症原因菌としては、カンジダ(Candida、以下C.と略す。)属真菌、アスペルギルス(Aspergillus、以下A.と略す。)属真菌、クリプトコッカス(Cryptococcus、以下Cr.と略す。)属真菌などが知られているが、的確な治療などのために、これらの深在性真菌感染とペニシリウム・マルネッフィとを迅速に区別する必要がある。
(a) 配列番号1記載の塩基配列(但し、任意の位置のチミン(t)は、ウラシル(u)で置換されていてもよい。以下、同じ)からなるポリヌクレオチド。
(b) 配列番号1記載の塩基配列と相補的配列からなるポリペプチド。
(c) 配列番号1記載の塩基配列において、1若しくは数個の塩基が、置換、欠失若しくは付加している塩基配列からなるポリペプチドであって、(a)または(b)のポリペプチドと、ストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリペプチド。
また、本発明の第2のポリヌクレオチドは、下記の(d),(e)および(f)のいずれかのポリヌクレオチドである。
(d) 配列番号1記載の塩基配列における少なくとも10塩基連続する塩基配列からなるポリヌクレオチド。
(e) 配列番号1記載の塩基配列と相補的配列における少なくとも10塩基連続する塩基配列からなるポリヌクレオチド。
(f) 配列番号1記載の塩基配列において、1若しくは数個の塩基が、置換、欠失若しくは付加している塩基配列における少なくとも10塩基連続する塩基配列からなるポリヌクレオチドであって、(d)または(e)のポリペプチドと、ストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリペプチド。
配列番号2および3の各塩基配列で表される各ポリヌクレオチドを化学合成した。以下、配列番号2若しくは3の塩基配列からなる各ポリヌクレオチドを、それぞれ核酸2,核酸3と呼ぶ
ポテトデキストロース液体培地で培養して得たペニシリウム・マルネッフェイ(Penicillium marneffei IFM45542)の菌体を、75%エタノール処理し殺菌した。1500g、10分間の遠心分離で菌体を得、DNA抽出試薬(タカラバイオ社製、Genとるくん(登録商標)酵母用)を用いて核酸を抽出し乾燥後、−20℃に保存した。
核酸2(Forward Primer; 10μlM) 0.5μl
核酸3(Reverse Primer: 10μlM) 0.5μl
Template(<30ng) 1μl
水にて全量を25μlにした。
熱変性:94℃、10秒
アニーリングと重合反応:60℃、30秒
サイクル数:40回
酸を加えて反応させた結果、ペニシリウム・マルネッフィから抽出した核酸のみに増幅反応が検出できた。すなわち、Penicillium chrysogenum(以後PenicilliumをP.と略す。)、P.citrinum、P.dendritium、P.duclauxii、P.expansum、P.minioluteum、P.purpurogenum、P.rugulosum、P.spinulosumの近縁なペニシリウム属菌では、増幅は全くみられず、高頻度に罹患する深在性真菌症原因菌である、A.fumigatus、C.albicans、Cr.neoformansから抽出した核酸においても増幅は全く認められなかった。
Claims (15)
- 下記の(a),(b)および(c)のいずれかのポリヌクレオチド。
(a) 配列番号1記載の塩基配列(但し、任意の位置のチミン(t)は、ウラシル(u)で置換されていてもよい。以下、同じ)からなるポリヌクレオチド。
(b) 配列番号1記載の塩基配列と相補的配列からなるポリペプチド。
(c) 配列番号1記載の塩基配列において、1若しくは数個の塩基が、置換、欠失若しくは付加している塩基配列からなるポリペプチドであって、(a)または(b)のポリペプチドと、ストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリペプチド。 - 前記(c)における前記(a)のポリペプチドとストリンジェンドな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチドが、配列番号4の塩基配列からなるポリヌクレオチドである請求項1記載のポリヌクレオチド。
- ペニシリウム・マルネッフェイを検出するためのマーカであって、請求項1または2記載のポリヌクレオチドを含むマーカ。
- 下記の(d),(e)および(f)のいずれかのポリヌクレオチド。
(d) 配列番号1記載の塩基配列における少なくとも10塩基連続する塩基配列からなるポリヌクレオチド。
(e) 配列番号1記載の塩基配列と相補的配列における少なくとも10塩基連続する塩基配列からなるポリヌクレオチド。
(f) 配列番号1記載の塩基配列において、1若しくは数個の塩基が、置換、欠失若しくは付加している塩基配列における少なくとも10塩基連続する塩基配列からなるポリヌクレオチドであって、(d)または(e)のポリペプチドと、ストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリペプチド。 - 少なくとも10塩基連続する塩基配列が、配列番号1の3‘末端若しくは5’末端から連続する塩基配列である請求項4記載のポリヌクレオチド。
- ペニシリウム・マルネッフェイを検出するためのプローブであって、請求項4または5記載のポリヌクレオチドを含むプローブ。
- ペニシリウム・マルネッフェイを検出するためのプライマーであって、請求項4または5記載のポリヌクレオチドを含むプライマー。
- 少なくとも10塩基連続する塩基配列が、配列番号2記載の塩基配列である請求項7記載のプライマー。
- フォワード側プライマーである請求項8記載のプライマー。
- 少なくとも10塩基連続する塩基配列が、配列番号3記載の塩基配列である請求項7記載のプライマー。
- リバース側プライマーである請求項10記載のプライマー。
- ペニシリウム・マルネッフェイの検出方法であって、請求項6記載のプローブを用い、ペニシリウム・マルネッフェイのチトクロームb遺伝子を検出する方法。
- 請求項12記載の方法によりペニシリウム・マルネッフェイを検出するためのキットであって、請求項6記載のプローブを含むキット。
- ペニシリウム・マルネッフェイの検出方法であって、請求項7から11のいずれかに記載のプライマーを用い、遺伝子増幅法によりペニシリウム・マルネッフェイのチトクロームb遺伝子を検出する方法。
- 請求項14記載の方法によりペニシリウム・マルネッフェイを検出するためのキットであって、請求項7から11のいずれかに記載のプライマーを含むキット。
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Cited By (2)
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---|---|---|---|---|
CN101705300B (zh) * | 2009-11-05 | 2012-06-06 | 北京大学第一医院 | 鉴定马尔尼菲青霉菌的专用探针与基因芯片 |
JP2015019631A (ja) * | 2013-07-22 | 2015-02-02 | 花王株式会社 | 耐熱性ペニシリウム属真菌の検出方法 |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO1998010073A1 (fr) * | 1996-09-09 | 1998-03-12 | Ss Pharmaceutical Co., Ltd. | Procede et materiau de detection de champignons |
JP2002142774A (ja) * | 2000-11-14 | 2002-05-21 | Ss Pharmaceut Co Ltd | 真菌検出用核酸及びそれを用いた真菌の検出方法 |
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2004
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---|---|---|---|---|
WO1998010073A1 (fr) * | 1996-09-09 | 1998-03-12 | Ss Pharmaceutical Co., Ltd. | Procede et materiau de detection de champignons |
JP2002142774A (ja) * | 2000-11-14 | 2002-05-21 | Ss Pharmaceut Co Ltd | 真菌検出用核酸及びそれを用いた真菌の検出方法 |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
CN101705300B (zh) * | 2009-11-05 | 2012-06-06 | 北京大学第一医院 | 鉴定马尔尼菲青霉菌的专用探针与基因芯片 |
JP2015019631A (ja) * | 2013-07-22 | 2015-02-02 | 花王株式会社 | 耐熱性ペニシリウム属真菌の検出方法 |
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