JP2005328707A - Nat2*6の変異の検出法ならびにそのための核酸プローブおよびキット - Google Patents
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Abstract
【解決手段】 G590A変異を含む領域をPCRで増幅し、末端が蛍光色素で標識され、ハイブリダイゼーションしたときに蛍光色素の蛍光が減少する核酸プローブであって、特定の塩基配列を有する前記核酸プローブを用いて、蛍光色素の蛍光を測定することにより融解曲線分析を行い、融解曲線分析の結果に基づいて変異を検出する。
【選択図】 図4
Description
クリニカルケミストリー(Clinical Chemistry)、2000年、第46巻、第5号、p.631−635 ミューテーション・リサーチ(Mutation Research)、1997年、第376巻、p.61−70
検出する方法およびそのためのキットを提供することを課題とする。
本発明は、以下のものを提供する。
(b)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号312で終わる15〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
(c)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号318で終わる15〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
(d)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号320で終わる15〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
(e)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号290から始まる15〜25塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている。
(f)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号294から始まる15〜25塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている。
(a)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号309で終わる15〜25塩基長の塩基配列に相
補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
(b)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号312で終わる15〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
(c)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号318で終わる15〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
(d)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号320で終わる15〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
(e)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号290から始まる15〜25塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている。
(f)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号294から始まる15〜25塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている。
本発明プローブは、末端が蛍光色素で標識され、ハイブリダイゼーションしたときに蛍光色素の蛍光が減少する核酸プローブであって、下記(a)〜(f)のいずれかを満たすことを特徴とする。
(a)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号309で終わる15〜25塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
(b)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号312で終わる15〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
(c)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号318で終わる15〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
(d)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号320で終わる15〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
(e)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号290から始まる15〜25塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている。
(f)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号294から始まる15〜25塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている。
ることを意味する。また、核酸プローブが塩基配列を有するとは、その塩基配列からなることを意味する。
(1) 変性、90〜98℃、1〜60秒
(2) アニーリング、60〜70℃、10〜60秒
(3) 伸長、60〜75℃、10〜180秒
本発明キットは、本発明の検出方法に用いるためのキットである。このキットは、末端が蛍光色素で標識され、ハイブリダイゼーションしたときに蛍光色素の蛍光が減少する核酸プローブ(消光プローブ)であって、上記(a)〜(f)のいずれかを満たす核酸プローブを含むことを特徴とする。
収容されていてもよいし、それらの一部が混合物とされていてもよい。
他の、Tm解析で解析の可能な蛍光強度の変化が認められたプローブを用いた場合も同様の結果が得られた。
Claims (9)
- 末端が蛍光色素で標識され、ハイブリダイゼーションしたときに蛍光色素の蛍光が減少する核酸プローブであって、下記(a)〜(f)のいずれかを満たす前記核酸プローブ。
(a)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号309で終わる15〜25塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
(b)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号312で終わる15〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
(c)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号318で終わる15〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
(d)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号320で終わる15〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
(e)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号290から始まる15〜25塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている。
(f)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号294から始まる15〜25塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている。 - 核酸プローブが、配列番号5〜9のいずれかに示す塩基配列を有する請求項1記載の核酸プローブ。
- 一塩基多型の部位を有する核酸について、蛍光色素で標識された核酸プローブを用いて、蛍光色素の蛍光を測定することにより融解曲線分析を行い、融解曲線分析の結果に基づいて変異を検出する方法であって、一塩基多型は、NAT2遺伝子のcDNAにおける590位の変異であり、核酸プローブは、請求項1または2に記載の核酸プローブである前記方法。
- 試料に含まれる核酸における一塩基多型の部位を含む領域を増幅して一塩基多型を有する核酸を得ることを含む請求項3記載の方法。
- 増幅をDNAポリメラーゼを用いる方法により行う請求項4記載の方法。
- 増幅を核酸プローブの存在下で行う請求項5記載の方法。
- 末端が蛍光色素で標識され、ハイブリダイゼーションしたときに蛍光色素の蛍光が減少する核酸プローブであって、下記(a)〜(f)のいずれかを満たす前記核酸プローブを含む、請求項3記載の方法のためのキット。
(a)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号309で終わる15〜25塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
(b)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号312で終わる15〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
(c)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号318で終わる15〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
(d)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号320で終わる15〜30塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、5’末端が蛍光色素で標識されている。
(e)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号290から始まる15〜25塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている。
(f)配列番号1に示す塩基配列において塩基番号294から始まる15〜25塩基長の塩基配列に相補的な塩基配列を有し、3’末端が蛍光色素で標識されている。 - 核酸プローブが、配列番号5〜9のいずれかに示す塩基配列を有する請求項7記載のキット。
- NAT2遺伝子のcDNAにおける590位の変異を含む領域を、DNAポリメラーゼを用いる方法で増幅するためのプライマーをさらに含む請求項7または8記載のキット。
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