JP2005253315A5 - - Google Patents
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従来、サンプルDNA中に目的とする塩基配列が存在するか否か検出する手法として、検出したい目的塩基配列の相補鎖関係にある塩基配列のDNAをプローブDNAとして作成し、ガラスやメンブレンなどに固定させてDNAチップを作り、サンプルDNAとDNAチップに固定化されているプローブDNAをハイブリダイゼーションさせ、サンプルDNAに目的の塩基配列があったときはサンプルDNA中の目的塩基配列を持つ部位とDNAチップに固定されているプローブDNAがハイブリッド形成されて結合される。目的とした塩基配列がなかったときはプローブDNAと結合されないため、溶液中で浮遊している状態になる。ハイブリダイゼーションのあと、DNAチップを洗うと浮遊しているDNAは流され、固定化しているものは流されない。よって、プローブDNAとハイブリッド形成しているサンプルDNAは結合されているため、DNAチップを洗っても流されないことになる。ハイブリッド形成しているプローブDNAの検出方法は、サンプルDNAに予め蛍光標識を付けておき、ランプやレーザーなどの光源で励起して発光させ、DNAチップ読取装置で画像を読み取り、どのプローブDNAにサンプルDNAが結合しているか、ハイブリダイゼーションの作用を使って、目的塩基配列の有無をプローブDNAとサンプルDNAで直接ハイブリダイズしておこなう1ステップ検出で検出している(非特許文献1を参照)。
図2は最近よく利用されているDNAチップを使った目的塩基配列の検出方法の例である。本例は、4種類の異なる目的塩基配列(1)1,目的塩基配列(2)2,目的塩基配列(3)3,目的塩基配列(4)4がサンプルDNA5に存在するか否かを検出する手法を現したものである。本例では、サンプルDNA中に目的塩基配列(1)1と目的塩基配列(4)4が存在するものを例として検出している。図2(A)はあらかじめ蛍光標識を付けたサンプルDNA5で、目的塩基配列(1)1と目的塩基配列(4)4が存在するサンプルDNA5である。図2(B)は検出したい目的塩基配列(1)1から目的塩基配列(4)4の対になっているDNA群14で、目的塩基配列(1)のDNA1aと目的塩基配列(1)の相補鎖DNA1b,目的塩基配列(2)のDNA2aと目的塩基配列(2)の相補鎖DNA2b,目的塩基配列(3)のDNA3aと目的塩基配列(3)の相補鎖DNA3bおよび目的塩基配列(4)のDNA4aと目的塩基配列(4)の相補鎖DNA4bからなる。このとき、目的塩基配列(1)のDNA1aと目的塩基配列(1)の相補鎖DNA1bの関係はハイブリダイズすればよいため、相補の関係が完全一致でもよいし、完全一致でなくてもよい。図2(C)は図2(B)の中から相補鎖DNA1bから4bをプローブDNA群8として、ガラスまたはメンブレン13に固定化し、図2(D)のDNAチップ9を作成する。図2(E)はサンプルDNA5とDNAチップ9に固定されているプローブDNA群8をハイブリダイゼーション溶液10に入れ、ハイブリダイズさせる。そのとき、サンプルDNA5の目的塩基配列(1)1の部位と目的塩基配列(1)の相補鎖DNA1bとが相補鎖関係にあるため、サンプルDNA5の目的塩基配列(1)1の部位と目的塩基配列(1)の相補鎖DNA1bがハイブリッド形成され結合される。図2(F)はハイブリダイゼーション後のDNAチップ9の読み取りで、方式はランプ11で蛍光標識6を励起して発光させ、DNAチップ読取装置7で読み取る。この例ではサンプルDNA5の目的塩基配列(1)1の部位とハイブリッド形成して結合されている目的塩基配列(1)1の相補鎖DNA1bの位置が光ることになる。図2(G)はDNAチップ読取装置7で読み取った画像12で、光っている位置からサンプルDNA5に目的塩基配列(1)1が存在していることがわかる。現在、このようにして、目的の塩基配列がサンプルDNAにあるか否かを検出している。
「サイエンス(Science)」270 巻p467-470
図2は最近よく利用されているDNAチップを使った目的塩基配列の検出方法の例である。本例は、4種類の異なる目的塩基配列(1)1,目的塩基配列(2)2,目的塩基配列(3)3,目的塩基配列(4)4がサンプルDNA5に存在するか否かを検出する手法を現したものである。本例では、サンプルDNA中に目的塩基配列(1)1と目的塩基配列(4)4が存在するものを例として検出している。図2(A)はあらかじめ蛍光標識を付けたサンプルDNA5で、目的塩基配列(1)1と目的塩基配列(4)4が存在するサンプルDNA5である。図2(B)は検出したい目的塩基配列(1)1から目的塩基配列(4)4の対になっているDNA群14で、目的塩基配列(1)のDNA1aと目的塩基配列(1)の相補鎖DNA1b,目的塩基配列(2)のDNA2aと目的塩基配列(2)の相補鎖DNA2b,目的塩基配列(3)のDNA3aと目的塩基配列(3)の相補鎖DNA3bおよび目的塩基配列(4)のDNA4aと目的塩基配列(4)の相補鎖DNA4bからなる。このとき、目的塩基配列(1)のDNA1aと目的塩基配列(1)の相補鎖DNA1bの関係はハイブリダイズすればよいため、相補の関係が完全一致でもよいし、完全一致でなくてもよい。図2(C)は図2(B)の中から相補鎖DNA1bから4bをプローブDNA群8として、ガラスまたはメンブレン13に固定化し、図2(D)のDNAチップ9を作成する。図2(E)はサンプルDNA5とDNAチップ9に固定されているプローブDNA群8をハイブリダイゼーション溶液10に入れ、ハイブリダイズさせる。そのとき、サンプルDNA5の目的塩基配列(1)1の部位と目的塩基配列(1)の相補鎖DNA1bとが相補鎖関係にあるため、サンプルDNA5の目的塩基配列(1)1の部位と目的塩基配列(1)の相補鎖DNA1bがハイブリッド形成され結合される。図2(F)はハイブリダイゼーション後のDNAチップ9の読み取りで、方式はランプ11で蛍光標識6を励起して発光させ、DNAチップ読取装置7で読み取る。この例ではサンプルDNA5の目的塩基配列(1)1の部位とハイブリッド形成して結合されている目的塩基配列(1)1の相補鎖DNA1bの位置が光ることになる。図2(G)はDNAチップ読取装置7で読み取った画像12で、光っている位置からサンプルDNA5に目的塩基配列(1)1が存在していることがわかる。現在、このようにして、目的の塩基配列がサンプルDNAにあるか否かを検出している。
「サイエンス(Science)」270 巻p467-470
以下、本発明の一実施態様について説明する。図1は本発明の原理を説明する図であり、サンプルDNAに目的塩基配列が存在するか否か、検索手段を現したものである。本実施例は、求めたい目的塩基配列は4種類で、サンプルDNA5には、目的塩基配列(1)1、目的塩基配列(4)4が存在している例を使用して、検索方法を現している。この方法は、ステップ1として、サンプルDNAと目的塩基配列のプローブDNAとをハイブリダイズさせ、ステップ2として、ハイブリッド構成したプローブDNAを剥がして、プローブDNAの相補鎖DNAでハイブリダイズさせて求めるもので、2ステップ工程で検出している。図1(A)は目的塩基配列の検索対象のサンプルDNA5で、目的塩基配列(1)1、目的塩基配列(4)4が存在し、サンプルDNA5を制御するための磁気ビーズ17を結合させている。図1(B)は、目的塩基配列を検索するための、対になっているDNA群14で、目的塩基配列(1)のDNA1aと目的塩基配列(1)の相補鎖DNA1b,目的塩基配列(2)のDNA2aと目的塩基配列(2)の相補鎖DNA2b,目的塩基配列(3)のDNA3aと目的塩基配列(3)の相補鎖DNA3bおよび目的塩基配列(4)のDNA4aと目的塩基配列(4)の相補鎖DNA4bからなる。図1(C)は、サンプルDNAとハイブリダイゼーションさせて、検索するためのプローブDNA群8で、目的塩基配列(1)1のDNA1b,目的塩基配列(2)2のDNA2b,目的塩基配列(3)3のDNA3bおよび目的塩基配列(4)4のDNA4bで構成させる。図1(D)は、サンプルDNA5にハイブリダイズしたプローブDNAを検出するための手段で、プローブDNA群8の相補鎖関係にある目的塩基配列(1)の相補鎖DNA1aから目的塩基配列(4)の相補鎖DNA4aのc−プローブDNA群15をガラスまたはメンブレン13に固定化し、c−DNAチップ16化しておく。図1(E)は、サンプルDNA5とプローブDNA群8をハイブリダイゼーション溶液10に入れ、1つのチューブ19でハイブリダイゼーションさせる。このとき、サンプルDNA5にプローブDNAと相同の塩基配列があるときはハイブリッド形成して結合し、未結合のプローブDNAは溶液中で浮遊することになる。本例ではサンプルDNA5の目的塩基配列(1)1と目的塩基配列(4)4の部位に、目的塩基配列(1)の相補鎖DNA1bと目的塩基配列(4)の相補鎖DNA4bが結合することになる。
図1(F)と図1(G)は、図1(E)のハイブリダイゼーション後、サンプルDNA5に結合したプローブDNAと未結合のプローブDNAを分離するための手段で、サンプルDNA5を磁石18で図1(F)のように固定し、溶液を図1(F)から図1(E)に移す。このとき、サンプルDNA5に結合しているプローブDNAの目的塩基配列(1)の相補鎖DNA1bと目的塩基配列(4)の相補鎖DNA4bは移動せず、溶液中で浮遊している未結合のプローブDNAの目的塩基配列(2)の相補鎖DNA2bと目的塩基配列(3)の相補鎖DNA3bは図1(G)のように移動する。こうすることで、結合したプローブDNAと未結合のプローブDNAを分離することができ、サンプルDNA5に結合したプローブDNAを選択することができる。
図1(H)は、結合しているプローブDNA分離するため、目的塩基配列(1)の相補鎖DNA1bと目的塩基配列(4)の相補鎖DNA4bをサンプルDNA5から切り離す。切り離しは溶液をアルカリ性条件にするかまたは熱をかけて行なう。
図1(I)と図1(J)は、切り離したサンプルDNA5とプローブDNAを分離させるもので、サンプルDNA5を図1(H)から図1(I)に移動させる。こうすることで、図1(J)に結合していたプローブDNAが残り、サンプルDNA5とプローブDNAの目的塩基配列(1)の相補鎖DNA1bおよび目的塩基配列(4)の相補鎖DNA4bを分離することができる。そのあと、読み取りのため、図1(J)のように分離抽出したプローブDNAに蛍光物質を標識させるが、蛍光物質を標識するタイミングは図1(C)の時点でおこなってもよい。一方、図1(I)のサンプルDNA5は実際に実験をおこなったサンプルDNAとして、保存することができる。
図1(K)は、分離抽出したプローブDNAの種類を検出するため、ハイブリダイゼーション溶液10に、図1(J)の分離したプローブDNAと図1(D)のc−DNAチップ16を入れ、プローブDNAと相補鎖関係にあるc−プローブDNA群15とハイブリダイズさせる。その結果として、目的塩基配列(1)のDNA1aと目的塩基配列(1)の相補鎖DNA1bおよび目的塩基配列(4)のDNA4aと目的塩基配列(4)の相補鎖DNA4bがハイブリッド形成して結合される。
図1(L)は、ハイブリッド形成しているプローブDNAの検出で、従来のDNAチップ読取装置7でc−DNAチップを読み取る。
図(M)は、c−DNAチップを読み取った画像で、抽出したプローブDNAの結合している位置が光るため、どのプローブDNAが結合したか判別することができる。本実施例では目的塩基配列(1)と目的塩基配列(4)のプローブDNAがサンプルDNAに結合したいたことがわかる。
このように、c−DNAチップに結合したプローブDNAを求めることで、サンプルDNAにどの目的塩基配列が存在するか検出することができる。なお、ここではサンプルDNAに結合したプローブDNAの分類と検出に、自動化されているDNAチップを利用した塩基配列の検出方法を説明したが、サンプルDNAに結合したプローブDNAの分類と検出の方法は手法であってもよい。また、本発明のプローブDNAの検出を相補鎖プローブDNAで検出する方式は、DNAチップ以外のものにも適用できることはもちろんである。
以下、上記の手法により、サンプルDNAに選択的に結合したプローブを回収した例を示す。
図1(F)と図1(G)は、図1(E)のハイブリダイゼーション後、サンプルDNA5に結合したプローブDNAと未結合のプローブDNAを分離するための手段で、サンプルDNA5を磁石18で図1(F)のように固定し、溶液を図1(F)から図1(E)に移す。このとき、サンプルDNA5に結合しているプローブDNAの目的塩基配列(1)の相補鎖DNA1bと目的塩基配列(4)の相補鎖DNA4bは移動せず、溶液中で浮遊している未結合のプローブDNAの目的塩基配列(2)の相補鎖DNA2bと目的塩基配列(3)の相補鎖DNA3bは図1(G)のように移動する。こうすることで、結合したプローブDNAと未結合のプローブDNAを分離することができ、サンプルDNA5に結合したプローブDNAを選択することができる。
図1(H)は、結合しているプローブDNA分離するため、目的塩基配列(1)の相補鎖DNA1bと目的塩基配列(4)の相補鎖DNA4bをサンプルDNA5から切り離す。切り離しは溶液をアルカリ性条件にするかまたは熱をかけて行なう。
図1(I)と図1(J)は、切り離したサンプルDNA5とプローブDNAを分離させるもので、サンプルDNA5を図1(H)から図1(I)に移動させる。こうすることで、図1(J)に結合していたプローブDNAが残り、サンプルDNA5とプローブDNAの目的塩基配列(1)の相補鎖DNA1bおよび目的塩基配列(4)の相補鎖DNA4bを分離することができる。そのあと、読み取りのため、図1(J)のように分離抽出したプローブDNAに蛍光物質を標識させるが、蛍光物質を標識するタイミングは図1(C)の時点でおこなってもよい。一方、図1(I)のサンプルDNA5は実際に実験をおこなったサンプルDNAとして、保存することができる。
図1(K)は、分離抽出したプローブDNAの種類を検出するため、ハイブリダイゼーション溶液10に、図1(J)の分離したプローブDNAと図1(D)のc−DNAチップ16を入れ、プローブDNAと相補鎖関係にあるc−プローブDNA群15とハイブリダイズさせる。その結果として、目的塩基配列(1)のDNA1aと目的塩基配列(1)の相補鎖DNA1bおよび目的塩基配列(4)のDNA4aと目的塩基配列(4)の相補鎖DNA4bがハイブリッド形成して結合される。
図1(L)は、ハイブリッド形成しているプローブDNAの検出で、従来のDNAチップ読取装置7でc−DNAチップを読み取る。
図(M)は、c−DNAチップを読み取った画像で、抽出したプローブDNAの結合している位置が光るため、どのプローブDNAが結合したか判別することができる。本実施例では目的塩基配列(1)と目的塩基配列(4)のプローブDNAがサンプルDNAに結合したいたことがわかる。
このように、c−DNAチップに結合したプローブDNAを求めることで、サンプルDNAにどの目的塩基配列が存在するか検出することができる。なお、ここではサンプルDNAに結合したプローブDNAの分類と検出に、自動化されているDNAチップを利用した塩基配列の検出方法を説明したが、サンプルDNAに結合したプローブDNAの分類と検出の方法は手法であってもよい。また、本発明のプローブDNAの検出を相補鎖プローブDNAで検出する方式は、DNAチップ以外のものにも適用できることはもちろんである。
以下、上記の手法により、サンプルDNAに選択的に結合したプローブを回収した例を示す。
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