JP2005050321A - プログラム及びそれを用いた計算方法 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】 本発明のプログラムは、原子の種類、座標、結合情報、ポテンシャルパラメータタイプ、電荷、質量に関する情報をメモリに格納する手順と、原子対の原子の番号を表に登録する第1の登録手順と、プロトンと水分子の番号を表に登録する第2の登録手順と、プロトンと水の結合パターンを表に登録する第3の登録手順と、原子間に働く古典的な相互作用を計算する第1の計算手順と、半量子的な相互作用を計算する第2の計算手順と、前記第1の計算手順の結果および第2の計算手順の結果から全ての原子の座標を更新する第3の計算手順と、プロトンと水分子中の水素を区別しプロトンの座標を決定する第4の計算手順と、拡散係数を計算する第5の計算手順を少なくとも実行させることを特徴とするものである。
【選択図】なし
Description
J. Ennari, M. Elomaa, F. Sundholm, Polymer, 40, 5035 (1999). J. Ennari, M. Elomaa, I. Neelov, F. Sundholm, Polymer, 41, 985 (2000). J. Ennari, Lars-Olof Pietil, V. Virkkunen, F. Sundholm, Polymer, 43, 5427 (2002). F. H. Stillinger and C. W. David, J. Chem. Phys., 69, 1473 (1978). F. H. Stillinger, J. Chem. Phys., 71, 1647 (1979). T. A. Weber and F. H. Stillinger, J. Phys. Chem., 86, 1314 (1982). U. W. Schmitt and G. A. Voth, J. Phys. Chem. B, 102, 5547 (1998). U. W. Schmitt and G. A. Voth, J. Chem. Phys., 111, 9361 (1999). R. Vuilleumier, D. Borgis, Chem. Phys. Lett., 284, 71 (1998). R. Vuilleumier, D. Borgis, J. Phys. Chem. B, 102, 4261 (1998). D. E. Sagnella, M. E. Tuckerman, J. Chem. Phys., 108, 2073 (1998).
本発明の新規なプロトンの拡散係数計算方法により、実験を行うことなく、高精度で高速に高分子中のプロトンの拡散係数を計算することができる。さらに、計算したプロトンの拡散係数を数式(10)に代入することでプロトン伝導度の計算が可能である。
以上説明したように、本発明によってプロトンの拡散係数やプロトン伝導度をシミュレーションで予測することが可能となったことによって、高分子電解質膜等の研究開発においてスピードアップ、ブレークスルーが期待できる。
高分子、水、プロトンを混合したモデルを構築し、高分子中のプロトンの拡散係数を本発明の半量子的相互作用を取り入れた分子動力学法によって計算した。高分子モデルには現在、燃料電池用電解質ポリマーとして主流となっているDuPont社のNafionを用いた。なお、分子動力学計算は東レ株式会社で独自に開発したFORTRANプログラムを用いて行い、分子軌道計算は汎用プログラムGAUSSIAN98を用いて行った。また、計算にはPentium(登録商標)4/2.4GHzを用いた。
Accelrys社製の分子設計システムCerius2上で3D−Sketcherを用いて構造式(1)に示すポリマーを作成した。
前記登録手順1〜3に従ってそれぞれ原子対表、プロトン・水分子表、結合パターン表をメモリに登録した。ここで、登録手順1においては、原子対表を作成するための原子間距離は11オングストロームとし、登録手順2においてはプロトン・水分子表を作成するための原子間距離は7オングストロームとした。また、登録手順3においては、1個のプロトンのみを対象として、該プロトンとその近傍にある6個の水分子について結合パターンをメモリに格納した。
計算手順1に従って古典的相互作用を計算した。ここで、vdW相互作用および実空間の静電相互作用の計算はカットオフ半径rc=10オングストロームとし、逆空間の静電相互作用はα=0.21オングストローム-1、|n|2 max=30としてEwald法を用いて計算を行った。古典的相互作用計算に用いたポテンシャルパラメータは、Nafion分子については結合長および結合角の力の定数(Kbond,Kangle)はDREIDINGパラメータを用い、平衡位置(R0,θ0)はB3LYP/6−31G**レベルの分子軌道計算によって決定したパラメータを用い、主鎖の二面角ポテンシャルパラメータ(Ktorsion,n,φ0)はRHF/6−31G**レベルの分子軌道計算によって決定したパラメータを用い、側鎖にはDREIDINGパラメータを用い、inversionポテンシャルパラメータ(Kinversion,ω0)にはDREIDINGパラメータを用いた。また、Nafion分子のvdWパラメータ(D0,r0)にはCF2部分に文献[P. Jedlovszky, M. Mezei. , J. Chem. Phys., 110, 2991 (1999)]のパラメータを用い、SO3 -部分には文献[W. R. Cannon, B. M. Pettitt, J. A. McCammon, J. Phys. Chem., 98, 6225 (1994)]のパラメータ、エーテル酸素にはAMBERパラメータを用い、電荷(q)はB3LYP/6−31G**レベルの分子軌道計算によって決定した値を用いた。水分子については分子間ポテンシャルパラメータにはTIP3Pパラメータを用い、分子内ポテンシャルパラメータは力の定数(Kbond,Kangle)には表4に記載の(Kb,Kθ)の値を用い、平衡位置(R0,θ0)にはTIP3Pパラメータを用いた。プロトンについては系に存在する10個のプロトンのうち、1個を半量子的に取り扱い、残りの9個を古典的に取扱った。なお、古典的に取扱うプロトンにはEnnariらのパラメータを用いた。H5O2 +の電荷についてはWeiとSalahubによって開発された方法を用いて計算した。
次に、計算手順2に従って半量子的相互作用を計算した。半量子的相互作用計算に用いたポテンシャルパラメータについて以下に詳述する。数式(3)の第1項のパラメータ(Kb +,a,r0 +)および数式(4)の第1項のパラメータ(Kθ+,θ0 +)はTuckermanらによって開発されたパラメータを用い、数式(3)の第2項のパラメータ(r0)、数式(4)の第2項のパラメータ(θ0)、数式(5)の第2項のパラメータ(D0,R0)、数式(6)のパラメータ(q)はTIP3Pパラメータを用いた。数式(3)の第2項のパラメータ(Kb)、数式(4)の第2項のパラメータ(Kθ)、数式(6)の第1項のパラメータ(q+)、数式(7)の第2項のパラメータ(Vend)は表4に示したパラメータを用いた。また、数式(5)の第1項のパラメータ(D0 +,R0 +)および数式(7)の第1項のパラメータ(V0,b,req)はTuckermanらによって開発されたパラメータを用いた。
次に、計算手順3に従って微小時間後の原子の座標を計算した。ここで、温度をNose−Hoover法[S. Nose and M. L. Klein, Mol. Phys., 50, 1055 (1983)/S. Nose, Mol. Phys., 52, 255 (1984)/S. Nose, J. Chem. Phys., 81, 511 (1984)]を用いて25℃に制御し、圧力を斜交系セルを用いるParrinello−Rahman法[M. Parrinello and A. Rahman, J. Appl. Phys., 52, 7182 (1981)]を用いて1atmに制御した。数値積分には多重時間刻み数値積分法を用い、時間刻みは表5に示した値を用いた。次に、計算手順4に従って更新された原子の座標データを用いて、水分子中の水素原子とプロトンを判別し、プロトンの座標をファイルに出力した。
ステップB〜Dを繰り返し実行し、半量子的に取扱ったプロトンの座標の軌跡(500ps)を得た。ここで、計算時間を短縮するために、ステップAにおいて原子対表、プロトン・水分子表を作成する頻度は100ステップに1回とした。次に、計算手順5に従って前記半量子的に取扱ったプロトンの座標の軌跡から、プロトンの拡散係数を計算した。ここで、平均二乗変位を計算するためのプロトンの座標の軌跡は100ps〜500psのデータを用い、拡散係数の計算に用いる平均二乗変位のデータは、2ps〜10psのデータを用いた。また、同様の方法で水の拡散係数を計算した。
実施例1と同一のモデルについて、古典的相互作用のみによる分子動力学法によってプロトンの拡散係数を計算した。なお、プロトンのポテンシャルパラメータにはEnnariらのパラメータを用いた。
実施例1と同一のモデルについて、多重時間刻み数値積分法を用いることなく、プロトンの拡散係数を計算した。なお、時間刻みは0.0625fsに設定した。
構造式(1)において、n=1であるNafionモデル分子(分子量=981、スルホン酸基の割合=1.05:単位mmol/g)と水10分子で構成されるモデルをAccelrys社製の分子設計システムCerius2を用いて作成し、分子力学計算を行って構造を緩和させた後、汎用プログラムGAUSSIAN98を用いてHF/3−21Gレベルの分子軌道計算を行い、原子に働く力を計算した。
Claims (6)
- 原子の種類、座標、結合情報、ポテンシャルパラメータタイプ、電荷、質量に関する情報をメモリに格納する手順と、一定距離内にある原子対の原子の番号を表に登録する第1の登録手順と、前記原子対表を用いて一定距離内にあるプロトンと水分子の番号を表に登録する第2の登録手順と、前記プロトン・水分子表からプロトンと水の結合パターンを表に登録する第3の登録手順と、前記原子対表から原子間に働く古典的な相互作用を計算する第1の計算手順と、前記プロトンと水の結合パターン表から半量子的な相互作用を計算する第2の計算手順と、前記第1の計算手順の結果および第2の計算手順の結果から全ての原子の座標を更新する第3の計算手順と、更新された原子の座標からプロトンと水分子中の水素を区別しプロトンの座標を決定する第4の計算手順と、プロトンの座標の軌跡から拡散係数を計算する第5の計算手順を少なくとも実行させることを特徴とするプログラム。
- 第3の登録手順においては、プロトンの近傍にある6分子以上20分子以下の水分子を対象として、プロトンと水の結合パターンを表に登録することを特徴とする請求項1記載のプログラム。
- 第3の登録手順においては、系に複数のプロトンが存在する場合に、1個のプロトンのみを対象として、プロトンと水の結合パターンを表に登録することを特徴とする請求項1または2に記載のプログラム。
- 第2の計算手順においては、数式(1)〜(7)で示したポテンシャル関数を用い、かつ、数式(1)〜(7)において用いるポテンシャルパラメータは、メモリー中に格納された表1に示される範囲の値を用いることを特徴とする請求項1〜3のいずれかに記載のプログラム。
数式(1)
- 第3の計算手順は多重時間刻み数値積分法を用い、時間刻みとしてメモリー中に格納された表2に示される範囲の値を用いることを特徴とする請求項1〜4のいずれかに記載のプログラム。
表2
- 請求項1〜5のいずれか記載のプログラムを格納した電子計算機を用いて、高分子中のプロトンの拡散係数を計算することを特徴とする計算方法。
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