JP2005000174A - オリゴヌクレオチドおよびdna分子のヌクレオチド配列の決定方法 - Google Patents
オリゴヌクレオチドおよびdna分子のヌクレオチド配列の決定方法 Download PDFInfo
- Publication number
- JP2005000174A JP2005000174A JP2004218570A JP2004218570A JP2005000174A JP 2005000174 A JP2005000174 A JP 2005000174A JP 2004218570 A JP2004218570 A JP 2004218570A JP 2004218570 A JP2004218570 A JP 2004218570A JP 2005000174 A JP2005000174 A JP 2005000174A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- primer
- dna
- deoxyribonucleotides
- deoxyribonucleotide
- nucleic acid
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6869—Methods for sequencing
Abstract
【解決手段】 次のステップ:
(a) エキソヌクレアーゼ活性の低いDNAポリメラーゼの存在下でプライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズさせた未知配列の核酸分子を少なくとも1つ含むテンプレート系を準備すること、
(b) 該テンプレート系と1種のデオキシリボヌクレオチドとを、該プライマーの3'末端への、蛍光成分を有する少なくとも1個のデオキシリボヌクレオチドの取込みによる該プライマーの伸長を可能にして伸長プライマーを形成させる条件下で接触させること、
(c) 蛍光成分から発生した蛍光シグナルを検出することにより該プライマーの伸長が起こったかを検出すること、およびさらに該蛍光成分を除去することなく蛍光シグナルを破壊すること、
(d) 該プライマーに取り込まれたデオキシリボヌクレオチドの数を検出すること、
(e) 取り込まれなかったデオキシリボヌクレオチドを除去すること、および
(f) ステップ(a)から(e)を繰り返して該核酸分子のヌクレオチド配列を決定すること、
を含んでなるDNA配列決定法。
【選択図】 なし
Description
において条件、[Pol] > 50nM + [DNA]、を満たすことが必要である。
dNMP取込み後に切り離し、過酸化水素と下流で反応させるカタラーゼ分子で各dNTPにタグを付す場合、ヌクレオチドの各取込みは、約25kcal/mol×N(Nはカタラーゼにより分解される過酸化水素分子数である)の熱を発生するだろう。過酸化水素の分解熱は、ヌクレオチド取込みに必要な熱よりもすでに約6〜8倍大きい(すなわち、3.5〜4kcal/mol)。約100〜150個の過酸化水素分子の分解について、1塩基の取込み当り発生する熱量は、増幅されていない反応のものの1000倍近い。同様に、酵素結合型免疫吸着アッセイ(ELISA)において一般的に用いられているような有色生成物を生成する酵素を、切り離し可能なタグとして取り込ませてもよい。例えば、酵素アルカリホスファターゼは、無色のp−ニトロフェニルリン酸を有色生成物(p−ニトロフェノール)に変換させ、酵素西洋ワサビペルオキシダーゼは無色のo−フェニレンジアミン塩酸塩を褐色生成物に変換させる。これらの酵素を抗体などのタンパク質に連結させる化学は当業者に公知であり、ポリメラーゼ酵素の活性部位から間隔を置いて酵素を保持するリンカーアームを介して、前記酵素をヌクレオチド塩基に連結させるのに適用させることができる。
Claims (9)
- 次のステップ:
(a) エキソヌクレアーゼ活性の低いDNAポリメラーゼの存在下でプライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズさせた未知配列の核酸分子を少なくとも1つ含むテンプレート系を準備すること、
(b) 該テンプレート系と1種のデオキシリボヌクレオチドとを、該プライマーの3'末端への、蛍光成分を有する少なくとも1個のデオキシリボヌクレオチドの取込みによる該プライマーの伸長を可能にして伸長プライマーを形成させる条件下で接触させること、
(c) 蛍光成分から発生した蛍光シグナルを検出することにより該プライマーの伸長が起こったかを検出すること、およびさらに該蛍光成分を除去することなく蛍光シグナルを破壊すること、
(d) 該プライマーに取り込まれたデオキシリボヌクレオチドの数を検出すること、
(e) 取り込まれなかったデオキシリボヌクレオチドを除去すること、および
(f) ステップ(a)から(e)を繰り返して該核酸分子のヌクレオチド配列を決定すること、
を含んでなるDNA配列決定法。 - 次のステップ:
(a) エキソヌクレアーゼ活性の低いDNAポリメラーゼの存在下でプライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズさせた未知配列の核酸分子を少なくとも1つ含むテンプレート系を準備すること、
(b) 該テンプレート系と1種のデオキシリボヌクレオチドとを、該プライマーの3'末端への少なくとも1個のデオキシリボヌクレオチドの取込みによる該プライマーの伸長を可能にして伸長プライマーを形成させる条件下で接触させること、
(c) 取り込まれなかったデオキシリボヌクレオチドの濃度の変化を検出することにより該プライマーの伸長が起こったかを検出すること、
(d) 該プライマーに取り込まれたデオキシリボヌクレオチドの数を検出すること、
(e) 取り込まれなかったデオキシリボヌクレオチドを除去すること、および
(f) ステップ(a)から(e)を繰り返して該核酸分子のヌクレオチド配列を決定すること、
を含んでなるDNA配列決定法。 - 次のステップ:
(a) エキソヌクレアーゼ活性の低いDNAポリメラーゼの存在下でプライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズさせた未知配列の核酸分子を少なくとも1つ含むテンプレート系を準備すること、
(b) 該テンプレート系と1種のデオキシリボヌクレオチドとを、該プライマーの3'末端への、発熱可能な少なくとも1個のデオキシリボヌクレオチドの取込みによる該プライマーの伸長を可能にして伸長プライマーを形成させる条件下で接触させること、
(c) 発熱可能なデオキシリボヌクレオチドを取り込むことにより発生した熱を検出することによって該プライマーの伸長が起こったかを検出すること、
(d) 該プライマーに取り込まれたデオキシリボヌクレオチドの数を検出すること、
(e) 取り込まれなかったデオキシリボヌクレオチドを除去すること、および
(f) ステップ(a)から(e)を繰り返して該核酸分子のヌクレオチド配列を決定すること、
を含んでなるDNA配列決定法。 - 発生した熱を検出するためにサーモパイルを用いる、請求項3記載の方法。
- 発生した熱を検出するためにサーミスターを用いる、請求項3記載の方法。
- 次のステップ:
(a) バッファー、およびエキソヌクレアーゼ活性の低いDNAポリメラーゼの存在下でプライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズさせた未知配列の核酸分子を少なくとも1つ含むテンプレート系を準備すること、
(b) 該テンプレート系と1種のデオキシリボヌクレオチドとを、該プライマーの3'末端への、バッファーにより吸収される熱を発生可能な少なくとも1個のデオキシリボヌクレオチドの取込みによる該プライマーの伸長を可能にして伸長プライマーを形成させる条件下で接触させること、
(c) バッファーの屈折率を測定することによって該プライマーの伸長が起こったかを検出すること、
(d) 該プライマーに取り込まれたデオキシリボヌクレオチドの数を検出すること、
(e) 取り込まれなかったデオキシリボヌクレオチドを除去すること、および
(f) ステップ(a)から(e)を繰り返して該核酸分子のヌクレオチド配列を決定すること、
を含んでなるDNA配列決定法。 - 次のステップ:
(a) エキソヌクレアーゼ活性の低いDNAポリメラーゼの存在下でプライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズさせた未知配列の核酸分子を少なくとも1つ含むテンプレート系を準備すること、
(b) 該テンプレート系と1種のデオキシリボヌクレオチドとを、該プライマーの3'末端への少なくとも1個のデオキシリボヌクレオチドの取込みによる該プライマーの伸長を可能にして伸長プライマーを形成させる条件下で接触させること、
(c) 該プライマーの3'末端へのデオキシリボヌクレオチドの付加により放出されるピロリン酸の濃度を検出することによって、該プライマーの伸長が起こったかを検出することであって、ピロリン酸濃度は、ピロリン酸を加水分解し、該ピロリン酸の加水分解により生じた熱を測定することによって検出される、
(d) 該プライマーに取り込まれたデオキシリボヌクレオチドの数を検出すること、
(e) 取り込まれなかったデオキシリボヌクレオチドを除去すること、および
(f) ステップ(a)から(e)を繰り返して該核酸分子のヌクレオチド配列を決定すること、
を含んでなるDNA配列決定法。 - 次のステップ:
(a) エキソヌクレアーゼ活性の低いDNAポリメラーゼの存在下でプライマーオリゴヌクレオチドにハイブリダイズさせた未知配列の核酸分子を少なくとも1つ含むテンプレート系を準備することであって、該DNAポリメラーゼが、アミノ酸残基Asp112のAlaによる置換およびGlu114のAlaによる置換を有するT4 DNAポリメラーゼである、
(b) 該テンプレート系と1種のデオキシリボヌクレオチドとを、該プライマーの3'末端への少なくとも1個のデオキシリボヌクレオチドの取込みによる該プライマーの伸長を可能にして伸長プライマーを形成させる条件下で接触させること、
(c) 該プライマーの伸長が起こったかを検出すること、
(d) 該プライマーに取り込まれたデオキシリボヌクレオチドの数を検出すること、
(e) 取り込まれなかったデオキシリボヌクレオチドを除去すること、および
(f) ステップ(a)から(e)を繰り返して該核酸分子のヌクレオチド配列を決定すること、
を含んでなるDNA配列決定法。 - DNAポリメラーゼが、アミノ酸残基Ile417のValによる置換を有するT4 DNAポリメラーゼをさらに含む、請求項6記載の方法。
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US8384098P | 1998-05-01 | 1998-05-01 |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2000547272A Division JP3813818B2 (ja) | 1998-05-01 | 1999-04-30 | オリゴヌクレオチドおよびdna分子のヌクレオチド配列の決定方法 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2005000174A true JP2005000174A (ja) | 2005-01-06 |
JP2005000174A5 JP2005000174A5 (ja) | 2006-08-17 |
Family
ID=22181035
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2000547272A Expired - Lifetime JP3813818B2 (ja) | 1998-05-01 | 1999-04-30 | オリゴヌクレオチドおよびdna分子のヌクレオチド配列の決定方法 |
JP2004218570A Pending JP2005000174A (ja) | 1998-05-01 | 2004-07-27 | オリゴヌクレオチドおよびdna分子のヌクレオチド配列の決定方法 |
Family Applications Before (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2000547272A Expired - Lifetime JP3813818B2 (ja) | 1998-05-01 | 1999-04-30 | オリゴヌクレオチドおよびdna分子のヌクレオチド配列の決定方法 |
Country Status (5)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US7037687B2 (ja) |
EP (1) | EP1082458A1 (ja) |
JP (2) | JP3813818B2 (ja) |
CA (1) | CA2330673C (ja) |
WO (1) | WO1999057321A1 (ja) |
Families Citing this family (144)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO1998035012A2 (en) * | 1997-02-12 | 1998-08-13 | Chan Eugene Y | Methods and products for analyzing polymers |
US7875440B2 (en) | 1998-05-01 | 2011-01-25 | Arizona Board Of Regents | Method of determining the nucleotide sequence of oligonucleotides and DNA molecules |
US6780591B2 (en) * | 1998-05-01 | 2004-08-24 | Arizona Board Of Regents | Method of determining the nucleotide sequence of oligonucleotides and DNA molecules |
US20100130368A1 (en) * | 1998-07-30 | 2010-05-27 | Shankar Balasubramanian | Method and system for sequencing polynucleotides |
US20040106110A1 (en) * | 1998-07-30 | 2004-06-03 | Solexa, Ltd. | Preparation of polynucleotide arrays |
AU772281B2 (en) * | 1998-12-14 | 2004-04-22 | Li-Cor Inc. | A system and methods for nucleic acid sequencing of single molecules by polymerase synthesis |
US7056661B2 (en) * | 1999-05-19 | 2006-06-06 | Cornell Research Foundation, Inc. | Method for sequencing nucleic acid molecules |
WO2001023610A2 (en) * | 1999-09-29 | 2001-04-05 | Solexa Ltd. | Polynucleotide sequencing |
EP1368460B1 (en) * | 2000-07-07 | 2007-10-31 | Visigen Biotechnologies, Inc. | Real-time sequence determination |
US20070172866A1 (en) * | 2000-07-07 | 2007-07-26 | Susan Hardin | Methods for sequence determination using depolymerizing agent |
ATE356222T1 (de) | 2000-10-06 | 2007-03-15 | Univ Columbia | Massives parallelverfahren zur dekodierung von dna und rna |
US9708358B2 (en) | 2000-10-06 | 2017-07-18 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Massive parallel method for decoding DNA and RNA |
US7211414B2 (en) * | 2000-12-01 | 2007-05-01 | Visigen Biotechnologies, Inc. | Enzymatic nucleic acid synthesis: compositions and methods for altering monomer incorporation fidelity |
US7668697B2 (en) * | 2006-02-06 | 2010-02-23 | Andrei Volkov | Method for analyzing dynamic detectable events at the single molecule level |
US6767731B2 (en) | 2001-08-27 | 2004-07-27 | Intel Corporation | Electron induced fluorescent method for nucleic acid sequencing |
US7057026B2 (en) | 2001-12-04 | 2006-06-06 | Solexa Limited | Labelled nucleotides |
GB0129012D0 (en) | 2001-12-04 | 2002-01-23 | Solexa Ltd | Labelled nucleotides |
EP1378575A4 (en) | 2002-03-19 | 2006-05-24 | Matsushita Electric Ind Co Ltd | METHOD FOR DETECTION OF INORGANIC PHOSPHORIC ACID, PYROPHOSPHORIC ACID AND NUCLEIC ACID, AND TYPING OF SIMPLE DNA NUCLEOTIDE (PSN) POLYMORPHISM SEQUENCES |
US20030215816A1 (en) * | 2002-05-20 | 2003-11-20 | Narayan Sundararajan | Method for sequencing nucleic acids by observing the uptake of nucleotides modified with bulky groups |
US6952651B2 (en) * | 2002-06-17 | 2005-10-04 | Intel Corporation | Methods and apparatus for nucleic acid sequencing by signal stretching and data integration |
EP3002289B1 (en) | 2002-08-23 | 2018-02-28 | Illumina Cambridge Limited | Modified nucleotides for polynucleotide sequencing |
SI3147292T1 (sl) | 2002-08-23 | 2019-01-31 | Illumina Cambridge Limited | Označeni nukleotidi |
US7414116B2 (en) | 2002-08-23 | 2008-08-19 | Illumina Cambridge Limited | Labelled nucleotides |
US11008359B2 (en) | 2002-08-23 | 2021-05-18 | Illumina Cambridge Limited | Labelled nucleotides |
US20060035233A1 (en) * | 2002-12-02 | 2006-02-16 | Niall Gormley | Recovery of original template |
GB0308852D0 (en) * | 2003-04-16 | 2003-05-21 | Lingvitae As | Method |
EP1627218A2 (en) * | 2003-04-28 | 2006-02-22 | Arizona Board of Regents, acting for and on behalf of, Arizona State University | Thermoelectric biosensor for analytes in a gas |
US20050095599A1 (en) * | 2003-10-30 | 2005-05-05 | Pittaro Richard J. | Detection and identification of biopolymers using fluorescence quenching |
US7169560B2 (en) | 2003-11-12 | 2007-01-30 | Helicos Biosciences Corporation | Short cycle methods for sequencing polynucleotides |
WO2005080605A2 (en) | 2004-02-19 | 2005-09-01 | Helicos Biosciences Corporation | Methods and kits for analyzing polynucleotide sequences |
WO2005094571A1 (ja) * | 2004-03-31 | 2005-10-13 | Japan Science And Technology Agency | 遺伝子改変ヘテロ動物及び該動物を用いたエキソサイトシスの計測方法 |
US8536661B1 (en) | 2004-06-25 | 2013-09-17 | University Of Hawaii | Biosensor chip sensor protection methods |
US20060019259A1 (en) * | 2004-07-22 | 2006-01-26 | Joyce Timothy H | Characterization of biopolymers by resonance tunneling and fluorescence quenching |
US7785785B2 (en) | 2004-11-12 | 2010-08-31 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Charge perturbation detection system for DNA and other molecules |
US20060172328A1 (en) * | 2005-01-05 | 2006-08-03 | Buzby Philip R | Methods and compositions for correcting misincorporation in a nucleic acid synthesis reaction |
WO2007002204A2 (en) | 2005-06-21 | 2007-01-04 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Pyrosequencing methods and related compostions |
GB0514935D0 (en) * | 2005-07-20 | 2005-08-24 | Solexa Ltd | Methods for sequencing a polynucleotide template |
GB0517097D0 (en) | 2005-08-19 | 2005-09-28 | Solexa Ltd | Modified nucleosides and nucleotides and uses thereof |
US7666593B2 (en) | 2005-08-26 | 2010-02-23 | Helicos Biosciences Corporation | Single molecule sequencing of captured nucleic acids |
US8796432B2 (en) | 2005-10-31 | 2014-08-05 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Chemically cleavable 3'-o-allyl-DNTP-allyl-fluorophore fluorescent nucleotide analogues and related methods |
WO2007053702A2 (en) | 2005-10-31 | 2007-05-10 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Synthesis of four color 3'-o-allyl modified photocleavable fluorescent nucleotides and related methods |
US8088580B2 (en) * | 2006-06-07 | 2012-01-03 | Sumitomo Bakelite Company, Ltd. | RNA detection method |
US20080091005A1 (en) * | 2006-07-20 | 2008-04-17 | Visigen Biotechnologies, Inc. | Modified nucleotides, methods for making and using same |
WO2008042067A2 (en) | 2006-09-28 | 2008-04-10 | Illumina, Inc. | Compositions and methods for nucleotide sequencing |
WO2008069973A2 (en) | 2006-12-01 | 2008-06-12 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Four-color dna sequencing by synthesis using cleavable fluorescent nucleotide reversible terminators |
EP2677309B9 (en) | 2006-12-14 | 2014-11-19 | Life Technologies Corporation | Methods for sequencing a nucleic acid using large scale FET arrays, configured to measure a limited pH range |
US11339430B2 (en) | 2007-07-10 | 2022-05-24 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays |
US8349167B2 (en) | 2006-12-14 | 2013-01-08 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatus for detecting molecular interactions using FET arrays |
US8262900B2 (en) | 2006-12-14 | 2012-09-11 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatus for measuring analytes using large scale FET arrays |
US7932034B2 (en) * | 2006-12-20 | 2011-04-26 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Heat and pH measurement for sequencing of DNA |
US8481259B2 (en) | 2007-02-05 | 2013-07-09 | Intelligent Bio-Systems, Inc. | Methods and devices for sequencing nucleic acids in smaller batches |
US11035823B2 (en) | 2009-03-17 | 2021-06-15 | Qiagen Sciences, Llc | Methods and devices for sequencing nucleic acids in smaller batches |
US11940413B2 (en) | 2007-02-05 | 2024-03-26 | IsoPlexis Corporation | Methods and devices for sequencing nucleic acids in smaller batches |
US9395352B2 (en) | 2007-04-06 | 2016-07-19 | Arizona Board Of Regents On Behalf Of Arizona State University | Devices and methods for target molecule characterization |
US8043814B2 (en) * | 2007-07-31 | 2011-10-25 | Eric Guilbeau | Thermoelectric method of sequencing nucleic acids |
WO2009054922A1 (en) | 2007-10-19 | 2009-04-30 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Dna sequencing with non-fluorescent nucleotide reversible terminators and cleavable label modified nucleotide terminators |
EP4310194A2 (en) | 2007-10-19 | 2024-01-24 | The Trustees of Columbia University in the City of New York | Design and synthesis of cleavable fluorescent nucleotides as reversible terminators for dna sequencing by synthesis |
EP2294216A4 (en) | 2008-05-14 | 2011-11-23 | Dermtech Int | DIAGNOSIS OF MELANOMA AND SOLAR LENTIGO BY ANALYSIS OF NUCLEIC ACIDS |
CN102203282B (zh) | 2008-06-25 | 2014-04-30 | 生命技术公司 | 使用大规模fet阵列测量分析物的方法和装置 |
WO2010036287A1 (en) | 2008-09-24 | 2010-04-01 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Intermittent detection during analytical reactions |
US8968540B2 (en) | 2008-10-06 | 2015-03-03 | Arizona Board Of Regents, A Body Corporate Of The State Of Arizona Acting For And On Behalf Of Arizona State University | Trans-base tunnel reader for sequencing |
US20100301398A1 (en) | 2009-05-29 | 2010-12-02 | Ion Torrent Systems Incorporated | Methods and apparatus for measuring analytes |
US20100137143A1 (en) | 2008-10-22 | 2010-06-03 | Ion Torrent Systems Incorporated | Methods and apparatus for measuring analytes |
US8574835B2 (en) | 2009-05-29 | 2013-11-05 | Life Technologies Corporation | Scaffolded nucleic acid polymer particles and methods of making and using |
US8673627B2 (en) | 2009-05-29 | 2014-03-18 | Life Technologies Corporation | Apparatus and methods for performing electrochemical reactions |
US8776573B2 (en) | 2009-05-29 | 2014-07-15 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatus for measuring analytes |
US8603741B2 (en) | 2010-02-18 | 2013-12-10 | Pacific Biosciences Of California, Inc. | Single molecule sequencing with two distinct chemistry steps |
WO2011156707A2 (en) | 2010-06-11 | 2011-12-15 | Life Technologies Corporation | Alternative nucleotide flows in sequencing-by-synthesis methods |
CN103154718B (zh) | 2010-06-30 | 2015-09-23 | 生命科技公司 | 感测离子的电荷堆积电路和方法 |
WO2012003380A2 (en) | 2010-06-30 | 2012-01-05 | Life Technologies Corporation | Array column integrator |
TWI539172B (zh) | 2010-06-30 | 2016-06-21 | 生命技術公司 | 用於測試離子感測場效電晶體(isfet)陣列之裝置及方法 |
US11307166B2 (en) | 2010-07-01 | 2022-04-19 | Life Technologies Corporation | Column ADC |
TWI527245B (zh) | 2010-07-03 | 2016-03-21 | 生命技術公司 | 具有微摻雜汲極之化學感測器 |
EP2617061B1 (en) | 2010-09-15 | 2021-06-30 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatus for measuring analytes |
US8796036B2 (en) | 2010-09-24 | 2014-08-05 | Life Technologies Corporation | Method and system for delta double sampling |
US10273540B2 (en) | 2010-10-27 | 2019-04-30 | Life Technologies Corporation | Methods and apparatuses for estimating parameters in a predictive model for use in sequencing-by-synthesis |
WO2012058459A2 (en) | 2010-10-27 | 2012-05-03 | Life Technologies Corporation | Predictive model for use in sequencing-by-synthesis |
EP2659408B1 (en) | 2010-12-29 | 2019-03-27 | Life Technologies Corporation | Time-warped background signal for sequencing-by-synthesis operations |
US20130060482A1 (en) | 2010-12-30 | 2013-03-07 | Life Technologies Corporation | Methods, systems, and computer readable media for making base calls in nucleic acid sequencing |
WO2012092515A2 (en) | 2010-12-30 | 2012-07-05 | Life Technologies Corporation | Methods, systems, and computer readable media for nucleic acid sequencing |
EP2658999B1 (en) | 2010-12-30 | 2019-03-13 | Life Technologies Corporation | Models for analyzing data from sequencing-by-synthesis operations |
KR101938343B1 (ko) | 2011-03-09 | 2019-01-14 | 셀 시그널링 테크놀러지, 인크. | 모노클로날 항체를 생성하는 방법 및 시약 |
US9428807B2 (en) | 2011-04-08 | 2016-08-30 | Life Technologies Corporation | Phase-protecting reagent flow orderings for use in sequencing-by-synthesis |
WO2012162429A2 (en) | 2011-05-23 | 2012-11-29 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Dna sequencing by synthesis using raman and infrared spectroscopy detection |
US10704164B2 (en) | 2011-08-31 | 2020-07-07 | Life Technologies Corporation | Methods, systems, computer readable media, and kits for sample identification |
US9970984B2 (en) | 2011-12-01 | 2018-05-15 | Life Technologies Corporation | Method and apparatus for identifying defects in a chemical sensor array |
US8821798B2 (en) | 2012-01-19 | 2014-09-02 | Life Technologies Corporation | Titanium nitride as sensing layer for microwell structure |
US8747748B2 (en) | 2012-01-19 | 2014-06-10 | Life Technologies Corporation | Chemical sensor with conductive cup-shaped sensor surface |
ES2776673T3 (es) | 2012-02-27 | 2020-07-31 | Univ North Carolina Chapel Hill | Métodos y usos para etiquetas moleculares |
US9646132B2 (en) | 2012-05-11 | 2017-05-09 | Life Technologies Corporation | Models for analyzing data from sequencing-by-synthesis operations |
US10233503B2 (en) | 2012-05-24 | 2019-03-19 | Fundació Institut D'investigació Biomèdica De Bellvitge (Idibell) | Method for the identification of the origin of a cancer of unknown primary origin by methylation analysis |
US8786331B2 (en) | 2012-05-29 | 2014-07-22 | Life Technologies Corporation | System for reducing noise in a chemical sensor array |
JPWO2014034275A1 (ja) * | 2012-08-30 | 2016-08-08 | 株式会社日立ハイテクノロジーズ | 核酸分析装置 |
US10329608B2 (en) | 2012-10-10 | 2019-06-25 | Life Technologies Corporation | Methods, systems, and computer readable media for repeat sequencing |
US9080968B2 (en) | 2013-01-04 | 2015-07-14 | Life Technologies Corporation | Methods and systems for point of use removal of sacrificial material |
US9841398B2 (en) | 2013-01-08 | 2017-12-12 | Life Technologies Corporation | Methods for manufacturing well structures for low-noise chemical sensors |
US8962366B2 (en) | 2013-01-28 | 2015-02-24 | Life Technologies Corporation | Self-aligned well structures for low-noise chemical sensors |
US8841217B1 (en) | 2013-03-13 | 2014-09-23 | Life Technologies Corporation | Chemical sensor with protruded sensor surface |
US8963216B2 (en) | 2013-03-13 | 2015-02-24 | Life Technologies Corporation | Chemical sensor with sidewall spacer sensor surface |
US9146248B2 (en) | 2013-03-14 | 2015-09-29 | Intelligent Bio-Systems, Inc. | Apparatus and methods for purging flow cells in nucleic acid sequencing instruments |
US20140296080A1 (en) | 2013-03-14 | 2014-10-02 | Life Technologies Corporation | Methods, Systems, and Computer Readable Media for Evaluating Variant Likelihood |
GB2525568B (en) | 2013-03-15 | 2020-10-14 | Abvitro Llc | Single cell barcoding for antibody discovery |
EP2972279B1 (en) | 2013-03-15 | 2021-10-06 | Life Technologies Corporation | Chemical sensors with consistent sensor surface areas |
US9255265B2 (en) | 2013-03-15 | 2016-02-09 | Illumina, Inc. | Methods for producing stranded cDNA libraries |
CN108864232B (zh) | 2013-03-15 | 2022-01-04 | 伊鲁米纳剑桥有限公司 | 修饰的核苷或核苷酸 |
CN105264366B (zh) | 2013-03-15 | 2019-04-16 | 生命科技公司 | 具有一致传感器表面区域的化学传感器 |
US9116117B2 (en) | 2013-03-15 | 2015-08-25 | Life Technologies Corporation | Chemical sensor with sidewall sensor surface |
US10648026B2 (en) | 2013-03-15 | 2020-05-12 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Raman cluster tagged molecules for biological imaging |
US9591268B2 (en) | 2013-03-15 | 2017-03-07 | Qiagen Waltham, Inc. | Flow cell alignment methods and systems |
US10458942B2 (en) | 2013-06-10 | 2019-10-29 | Life Technologies Corporation | Chemical sensor array having multiple sensors per well |
US9926597B2 (en) | 2013-07-26 | 2018-03-27 | Life Technologies Corporation | Control nucleic acid sequences for use in sequencing-by-synthesis and methods for designing the same |
EP3053072B1 (en) | 2013-10-04 | 2024-02-21 | Life Technologies Corporation | Methods and systems for modeling phasing effects in sequencing using termination chemistry |
CN105917003A (zh) | 2013-11-17 | 2016-08-31 | 宽腾矽公司 | 用于生物和化学试样的快速分析的有源像素集成装置 |
AU2015300778B2 (en) | 2014-08-08 | 2021-02-25 | Quantum-Si Incorporated | Optical system and assay chip for probing, detecting, and analyzing molecules |
EP3471402B1 (en) | 2014-08-08 | 2023-05-31 | Quantum-Si Incorporated | Integrated device for temporal binning of received photons |
MX2017001808A (es) | 2014-08-08 | 2018-02-08 | Quantum Si Inc | Dispositivo integrado con fuente de luz externa para el sondeo, deteccion y analisis de moleculas. |
AU2015318011B2 (en) | 2014-09-15 | 2020-07-23 | Abvitro Llc | High-throughput nucleotide library sequencing |
US10676787B2 (en) | 2014-10-13 | 2020-06-09 | Life Technologies Corporation | Methods, systems, and computer-readable media for accelerated base calling |
US10077472B2 (en) | 2014-12-18 | 2018-09-18 | Life Technologies Corporation | High data rate integrated circuit with power management |
US10605767B2 (en) | 2014-12-18 | 2020-03-31 | Life Technologies Corporation | High data rate integrated circuit with transmitter configuration |
CN111505087A (zh) | 2014-12-18 | 2020-08-07 | 生命科技公司 | 使用大规模 fet 阵列测量分析物的方法和装置 |
US9984201B2 (en) | 2015-01-18 | 2018-05-29 | Youhealth Biotech, Limited | Method and system for determining cancer status |
EP3295345B1 (en) | 2015-05-14 | 2023-01-25 | Life Technologies Corporation | Barcode sequences, and related systems and methods |
US11156611B2 (en) | 2015-09-24 | 2021-10-26 | Abvitro Llc | Single cell characterization using affinity-oligonucleotide conjugates and vessel barcoded polynucleotides |
US20180274021A1 (en) | 2015-09-24 | 2018-09-27 | Abvitro Llc | Single amplicon activated exclusion pcr |
WO2018057051A1 (en) | 2016-09-24 | 2018-03-29 | Abvitro Llc | Affinity-oligonucleotide conjugates and uses thereof |
EP3353550A1 (en) | 2015-09-25 | 2018-08-01 | AbVitro LLC | High throughput process for t cell receptor target identification of natively-paired t cell receptor sequences |
EP3350350B1 (en) | 2015-11-19 | 2021-04-14 | Pacific Biosciences of California, Inc. | Compounds and systems for improving signal detection |
US10619205B2 (en) | 2016-05-06 | 2020-04-14 | Life Technologies Corporation | Combinatorial barcode sequences, and related systems and methods |
US10202650B2 (en) | 2016-05-31 | 2019-02-12 | Youhealth Biotech, Limited | Methods for monitoring ELOVL2, KLF14 and PENK gene expression following treatment with vitamin C |
WO2018009707A1 (en) | 2016-07-06 | 2018-01-11 | Youhealth Biotech, Limited | Solid tumor methylation markers and uses thereof |
US11396678B2 (en) | 2016-07-06 | 2022-07-26 | The Regent Of The University Of California | Breast and ovarian cancer methylation markers and uses thereof |
US10093986B2 (en) | 2016-07-06 | 2018-10-09 | Youhealth Biotech, Limited | Leukemia methylation markers and uses thereof |
US11725232B2 (en) | 2016-10-31 | 2023-08-15 | The Hong Kong University Of Science And Technology | Compositions, methods and kits for detection of genetic variants for alzheimer's disease |
EP3574109B1 (en) | 2017-01-24 | 2023-07-26 | Vastogen, Inc. | Methods for constructing copies of nucleic acid molecules |
US10513739B2 (en) | 2017-03-02 | 2019-12-24 | Youhealth Oncotech, Limited | Methylation markers for diagnosing hepatocellular carcinoma and lung cancer |
WO2018213803A1 (en) | 2017-05-19 | 2018-11-22 | Neon Therapeutics, Inc. | Immunogenic neoantigen identification |
MA49352A (fr) | 2017-05-26 | 2020-04-08 | Abvitro Llc | Séquençage de bibliothèque de polynucléotides à haut rendement et analyse de transcriptome |
EP3658682A4 (en) | 2017-07-24 | 2021-06-02 | Quantum-si Incorporated | HIGH INTENSITY LABEL REAGENT COMPOSITIONS AND SEQUENCING METHODS |
EP3679370A1 (en) | 2017-09-07 | 2020-07-15 | Juno Therapeutics, Inc. | Methods of identifying cellular attributes related to outcomes associated with cell therapy |
WO2019055829A1 (en) | 2017-09-15 | 2019-03-21 | Nazarian Javad | METHODS OF DETECTION OF CANCER BIOMARKERS |
BR112021013787A2 (pt) | 2019-01-23 | 2021-10-05 | Quantum-Si Incorporated | Composições reagentes marcadas com alta densidade e métodos para sequenciamento |
WO2020198229A1 (en) | 2019-03-26 | 2020-10-01 | Dermtech, Inc. | Novel gene classifiers and uses thereof in skin cancers |
WO2023278750A1 (en) * | 2021-07-02 | 2023-01-05 | Illumina, Inc. | Polynucleotide sequencing using ionophores |
Family Cites Families (11)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4863849A (en) * | 1985-07-18 | 1989-09-05 | New York Medical College | Automatable process for sequencing nucleotide |
US4971903A (en) * | 1988-03-25 | 1990-11-20 | Edward Hyman | Pyrophosphate-based method and apparatus for sequencing nucleic acids |
GB8910880D0 (en) * | 1989-05-11 | 1989-06-28 | Amersham Int Plc | Sequencing method |
US5302509A (en) | 1989-08-14 | 1994-04-12 | Beckman Instruments, Inc. | Method for sequencing polynucleotides |
WO1991006678A1 (en) * | 1989-10-26 | 1991-05-16 | Sri International | Dna sequencing |
GB9208733D0 (en) | 1992-04-22 | 1992-06-10 | Medical Res Council | Dna sequencing method |
US5436149A (en) * | 1993-02-19 | 1995-07-25 | Barnes; Wayne M. | Thermostable DNA polymerase with enhanced thermostability and enhanced length and efficiency of primer extension |
US5547859A (en) * | 1993-08-02 | 1996-08-20 | Goodman; Myron F. | Chain-terminating nucleotides for DNA sequencing methods |
US6028190A (en) | 1994-02-01 | 2000-02-22 | The Regents Of The University Of California | Probes labeled with energy transfer coupled dyes |
AU5171696A (en) | 1995-02-27 | 1996-09-18 | Ely Michael Rabani | Device, compounds, algorithms, and methods of molecular characterization and manipulation with molecular parallelism |
US5945284A (en) | 1997-05-27 | 1999-08-31 | The Perkin-Elmer Corporation | Length determination of nucleic acid repeat sequences by discontinuous primer extension |
-
1999
- 1999-04-30 WO PCT/US1999/009616 patent/WO1999057321A1/en not_active Application Discontinuation
- 1999-04-30 JP JP2000547272A patent/JP3813818B2/ja not_active Expired - Lifetime
- 1999-04-30 CA CA002330673A patent/CA2330673C/en not_active Expired - Lifetime
- 1999-04-30 EP EP99920270A patent/EP1082458A1/en not_active Withdrawn
-
2002
- 2002-08-28 US US10/229,997 patent/US7037687B2/en not_active Expired - Lifetime
-
2004
- 2004-07-27 JP JP2004218570A patent/JP2005000174A/ja active Pending
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CA2330673A1 (en) | 1999-11-11 |
JP3813818B2 (ja) | 2006-08-23 |
US7037687B2 (en) | 2006-05-02 |
CA2330673C (en) | 2009-05-26 |
WO1999057321A1 (en) | 1999-11-11 |
WO1999057321A8 (en) | 1999-12-16 |
JP2002513594A (ja) | 2002-05-14 |
US20030138809A1 (en) | 2003-07-24 |
WO1999057321A9 (en) | 2000-02-17 |
EP1082458A1 (en) | 2001-03-14 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP3813818B2 (ja) | オリゴヌクレオチドおよびdna分子のヌクレオチド配列の決定方法 | |
US9957561B2 (en) | Method of determining the nucleotide sequence of oligonucleotides and DNA molecules | |
US6780591B2 (en) | Method of determining the nucleotide sequence of oligonucleotides and DNA molecules | |
US20090011514A1 (en) | Dna Crosslinking for Primer Extension Assays | |
AU2002323489A1 (en) | Method of determining the nucleotide sequence of oligonucleotides and DNA molecules |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20060501 |
|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20060621 |
|
A521 | Written amendment |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20060623 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20070508 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20071016 |