JP2004524837A5

JP2004524837A5 -

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Publication number: JP2004524837A5
Application number: JP2002560518A
Authority: JP
Filing date: 2002-01-31
Publication date: 2005-08-04

Claims

腫瘍または新生物に含まれる悪性細胞において優先的にメチル化される、ＣｐＧアイランドを同定する方法であって、以下：
ａ）該悪性細胞から得られたゲノムＤＮＡを、切断頻度の低いメチル化感受性制限酵素で消化して、悪性細胞制限フラグメントのセットを提供する工程；
ｂ）非悪性のコントロール細胞から得られたゲノムＤＮＡを、切断頻度の低いメチル化感受性制限酵素で消化して、コントロール細胞制限フラグメントのセットを提供する工程；
ｃ）検出可能な標識を、該悪性細胞制限フラグメントおよび該コントロール制限フラグメントの末端に付着させる工程；
ｄ）該標識された悪性細胞制限フラグメントおよびコントロール細胞制限フラグメントを、第二の制限酵素で消化する工程；
ｅ）該標識された悪性細胞制限フラグメントおよび該標識されたコントロール細胞制限フラグメントを分離する工程であって、該悪性細胞制限フラグメントおよび該コントロール細胞制限フラグメントが、２つの異なるゲル上で電気泳動によって分離される、工程；
ｆ）該ゲルの各々における該制限フラグメントを、第三の制限酵素で消化する工程；
ｇ）該ゲルの各々における該制限フラグメントを、第一の方向に対して垂直な方向で電気泳動して、第一のパターンの検出可能な悪性細胞制限フラグメントおよび第二のパターンの検出可能なコントロール細胞制限フラグメントを提供する工程；ならびに
ｈ）該第一のパターンを該第二のパターンと比較して、該第二のパターンにおける、該第一のパターンに存在しないかまたは該第一のパターンにおいて減少した強度を示す、診断コントロール細胞制限フラグメントを同定する工程であって、該診断コントロール細胞制限フラグメントが、該コントロール細胞のＤＮＡにおいてはメチル化されず、そして該悪性細胞のＤＮＡにおいてはメチル化される、ＣｐＧアイランドを含む、工程、
を包含し、ここで、
該腫瘍または新生物は、結腸、神経膠腫、肺および非髄芽腫性未分化神経外胚葉性腫瘍（ＰＮＥＴ）からなる群より選択される、方法。
診断コントロール細胞制限フラグメントの少なくとも一部の配列を決定する工程をさらに包含し、該一部が、該フラグメントの末端またはその近くに位置する、請求項１に記載の方法。
診断コントロール細胞制限フラグメントを含むＤＮＡライブラリーから、クローンを得る工程をさらに包含する、請求項１に記載の方法。
癌を有することが疑われる被験体から得た組織を特徴付けるための、ポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドを調製する方法であって、以下：
請求項２に記載の方法に従って同定された診断コントロールフラグメントの１つの鎖における標的配列と同一であるか、または該標的配列と実質的に相補的である配列を含む、ポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドを合成する工程であって、該標的配列が、少なくとも２つのＣｐＧジヌクレオチドを含み、該オリゴヌクレオチドが、１５〜３４ヌクレオチド長であり；そして該ポリヌクレオチドが、３５〜２０００ヌクレオチド長である、工程、
を包含する、方法。
前記標的配列が、前記メチル化感受性制限酵素によって切断された、前記コントロール制限フラグメントの末端またはその近くに位置している、請求項４に記載の方法。
前記標的配列が、前記メチル化感受性制限酵素によって切断された、前記コントロール制限フラグメントの末端の約１００ヌクレオチド〜約５００ヌクレオチド下流に位置している、請求項４に記載の方法。
前記コントロール制限フラグメントが、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、配列番号５７、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６６、配列番号６７、配列番号６８、配列番号６９、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７７、配列番号７８、配列番号７９、配列番号８０、配列番号８１、配列番号８２、配列番号８３、配列番号８４、配列番号８５、配列番号８６、配列番号８７、配列番号８８、配列番号８９および配列番号９０からなる群より選択される配列を含む、請求項４に記載の方法。
悪性細胞のゲノムＤＮＡにおける１つまたは複数のＣｐＧアイランドのメチル化に関連する癌を有すると疑われる被験体から得られた細胞を特徴付けるための、単離されたポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドは、請求項２に記載の方法によって同定された診断コントロールフラグメントの鎖の１つにおける標的配列と同一であるか、または該標的配列と相補的である配列を含み、該標的配列は、少なくとも２つのＣｐＧジヌクレオチドを含み、該オリゴヌクレオチドは、１５〜３４ヌクレオチド長であり、そして該ポリヌクレオチドは；３５〜３０００ヌクレオチド長である、単離されたポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド。
前記標的配列が、前記メチル化感受性制限酵素によって切断された前記コントロール制限フラグメントの末端またはその近くに位置している、請求項８に記載の単離されたポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド。
前記標的配列が、前記メチル化感受性制限酵素によって切断された前記コントロール制限フラグメントの末端の、約１００ヌクレオチド〜約５００ヌクレオチド下流に位置している、請求項８に記載の単離されたポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド。
悪性細胞のゲノムＤＮＡにおける１つまたは複数のＣｐＧアイランドのメチル化に関連する癌を有すると疑われる被験体から得られた細胞を特徴付けるための、単離されたポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドは、請求項２に記載の方法に従って同定された診断コントロールフラグメントの鎖の１つにおける改変された標的配列と同一であるか、または該標的配列に相補的である配列を含み、該改変された標的配列は、重亜硫酸ナトリウムで処理することによって改変された標的配列由来であり、該改変された標的配列は、シトシンを欠き、そして少なくとも２つのＵｐＧジヌクレオチドを含み、該オリゴヌクレオチドは、１５〜３４ヌクレオチド長であり；そして該ポリヌクレオチドは、３５〜３０００ヌクレオチド長である、単離されたポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド。
前記改変された標的配列が、前記メチル化感受性制限酵素によって切断された前記コントロール制限フラグメントの末端またはその近くに位置する標的配列由来である、請求項１１に記載の単離されたポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド。
前記改変された標的配列が、前記メチル化感受性制限酵素によって切断された前記コントロール制限フラグメントの末端の、約１００ヌクレオチド〜約５００ヌクレオチド下流に位置する標的配列由来である、請求項１１に記載の単離されたポリヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド。
癌を有すると疑われる被験体から得られた細胞を特徴付けるための、単離されたポリヌクレオチドであって、該癌は、神経膠腫、急性骨髄性白血病、小児期の未分化神経外胚葉性腫瘍、乳癌、結腸癌、頭部および頸部の癌、精巣癌ならびに肺癌からなる群より選択され；該ポリヌクレオチドが、３５〜３０００ヌクレオチド長であり、そして少なくとも２つのＣｐＧジヌクレオチドを含み、そして該ポリヌクレオチドが、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、配列番号５７、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６６、配列番号６７、配列番号６８、配列番号６９、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７７、配列番号７８、配列番号７９、配列番号８０、配列番号８１、配列番号８２、配列番号８３、配列番号８４、配列番号８５、配列番号８６、配列番号８７、配列番号８８、配列番号８９および配列番号９０からなる群より選択される配列に位置する標的配列と同一であるか、または該標的配列に相補的である配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
前記被験体が、神経膠腫を有すると疑われており、そして前記ポリヌクレオチドが、配列番号７８、配列番号７１、配列番号７５、配列番号１８、配列番号４、配列番号２２、配列番号８２、配列番号２７、配列番号３８、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５９、配列番号３６、配列番号４６、配列番号２、配列番号７、配列番号２０、配列番号３０、配列番号４５、配列番号７２、配列番号７０、配列番号２６、配列番号５４、または配列番号６９に位置する標的配列と同一であるか、または該標的配列に相補的である配列を含む、請求項１４に記載の単離されたポリヌクレオチド。
前記被験体が、急性骨髄性白血病を有すると疑われており、そして前記ポリヌクレオチドが、配列番号４、配列番号１８、配列番号２２、配列番号８２、配列番号１０、配列番号４４、配列番号４８、配列番号５８、配列番号７３、配列番号３、配列番号５、配列番号９、配列番号１４、配列番号２４、配列番号３３、配列番号５６、配列番号６８、配列番号７６、配列番号１７、配列番号５２、配列番号５７、配列番号３８、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５９、配列番号３６、配列番号４６、配列番号２、配列番号７、配列番号２０、配列番号３０、配列番号４５、配列番号７２、配列番号１６、配列番号５５、配列番号６１、配列番号６３、または配列番号７０に位置する標的配列と同一であるか、または該標的配列に相補的な配列を含む、請求項１４に記載の単離されたポリヌクレオチド。
前記被験体が、小児期の未分化神経外胚葉性腫瘍を有すると疑われており、そして前記ポリヌクレオチドが、配列番号３２、配列番号３９、配列番号４２、配列番号５０、配列番号９、配列番号１４、配列番号２４、配列番号３７、配列番号４、配列番号３６、配列番号４６、配列番号７２、配列番号２６、配列番号１５、配列番号１９、または配列番号６１に位置する標的配列と同一であるか、または該標的配列に相補的な配列を含む、請求項１４に記載の単離されたポリヌクレオチド。
前記被験体が、乳癌を有すると疑われており、そして前記ポリヌクレオチドが、配列番号２１、配列番号２８、配列番号４１、配列番号８０、配列番号３７、配列番号６３、配列番号７１、配列番号７５、配列番号１８、配列番号４、配列番号２２、配列番号８２、配列番号１２、配列番号２３、配列番号３１、配列番号３４、配列番号４３、配列番号６０、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６７、または配列番号７７に位置する標的配列と同一であるか、または該標的配列に相補的な配列を含む、請求項１４に記載の単離されたポリヌクレオチド。
前記被験体が、結腸癌を有すると疑われており、そして前記ポリヌクレオチドが、配列番号１１、配列番号４０、配列番号７４、配列番号８１、配列番号５３、配列番号６２、配列番号７６、配列番号１７、配列番号５２、配列番号５７、配列番号３７、配列番号７５、配列番号１８、配列番号４、配列番号２７、配列番号３８、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５９、配列番号３６、または配列番号４６に位置する標的配列と同一であるか、または該標的配列に相補的な配列を含む、請求項１４に記載の単離されたポリヌクレオチド。
前記被験体が、頭部および頸部の癌を有すると疑われており、そして前記ポリヌクレオチドが、配列番号１、配列番号７９、配列番号３、配列番号５、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５３、配列番号６２、配列番号７６、配列番号８、または配列番号１３に位置する標的配列と同一であるか、または該標的配列に相補的な配列を含む、請求項１４に記載の単離されたポリヌクレオチド。
前記被験体が、精巣癌を有すると疑われており、そして前記ポリヌクレオチドが、配列番号６、配列番号２５、配列番号３２、配列番号３５、配列番号６６、配列番号２９、配列番号３３、配列番号５６、配列番号６８、配列番号５１、配列番号５７、配列番号７０、配列番号５４、または配列番号６９に位置する標的配列と同一であるか、または該標的配列に相補的な配列を含む、請求項１４に記載の単離されたポリヌクレオチド。
前記被験体が、肺癌を有すると疑われており、そして前記ポリヌクレオチドが、配列番号８３、配列番号８４、配列番号８５、配列番号８６、配列番号８７、配列番号８８、配列番号８９または配列番号９０に位置する標的配列と同一であるか、または該標的配列に相補的な配列を含む、請求項１４に記載の単離されたポリヌクレオチド。
癌を有すると疑われる被験体から得られた細胞を特徴付けるための、単離されたＣｐＧ診断オリゴヌクレオチドであって、該癌は、神経膠腫、急性骨髄性白血病、小児期の未分化神経外胚葉性腫瘍、乳癌、結腸癌、頭部および頸部の癌、精巣癌ならびに肺癌からなる群より選択され；該オリゴヌクレオチドが、１５〜３４ヌクレオチド長であり、そして少なくとも２つのＣｐＧジヌクレオチドを含み、そして該オリゴヌクレオチドが、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、配列番号５７、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６６、配列番号６７、配列番号６８、配列番号６９、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７７、配列番号７８、配列番号７９、配列番号８０、配列番号８１、配列番号８２、配列番号８３、配列番号８４、配列番号８５、配列番号８６、配列番号８７、配列番号８８、配列番号８９および配列番号９０からなる群より選択される配列のヌクレオチド１からヌクレオチド９９にわたる領域に位置する標的配列と同一である配列、または該配列番号の約ヌクレオチド１００〜ヌクレオチド５００にわたる領域に位置する標的配列の逆方向相補体である配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
前記被験体が、神経膠腫を有すると疑われており、そして前記オリゴヌクレオチドが、配列番号７８、配列番号７１、配列番号７５、配列番号１８、配列番号４、配列番号２２、配列番号８２、配列番号２７、配列番号３８、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５９、配列番号３６、配列番号４６、配列番号２、配列番号７、配列番号２０、配列番号３０、配列番号４５、配列番号７２、配列番号７０、配列番号２６、配列番号５４、または配列番号６９のヌクレオチド１からヌクレオチド９９にわたる領域に位置する標的配列と同一である配列を含むか、または該オリゴヌクレオチドは、該配列番号の約ヌクレオチド１００〜ヌクレオチド５００にわたる領域に位置する標的配列の逆方向相補体である配列を含む、請求項２３に記載の単離されたオリゴヌクレオチド。
前記被験体が、急性骨髄性白血病を有すると疑われており、そして前記オリゴヌクレオチドが、配列番号４、配列番号１８、配列番号２２、配列番号８２、配列番号１０、配列番号４４、配列番号４８、配列番号５８、配列番号７３、配列番号３、配列番号５、配列番号９、配列番号１４、配列番号２４、配列番号３３、配列番号５６、配列番号６８、配列番号７６、配列番号１７、配列番号５２、配列番号５７、配列番号３８、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５９、配列番号３６、配列番号４６、配列番号２、配列番号７、配列番号２０、配列番号３０、配列番号４５、配列番号７２、配列番号１６、配列番号５５、配列番号６１、配列番号６３、または配列番号７０のヌクレオチド１からヌクレオチド９９にわたる領域に位置する標的配列と同一である配列を含むか、または該オリゴヌクレオチドは、該配列番号の約ヌクレオチド１００〜ヌクレオチド５００にわたる領域に位置する標的配列の逆方向相補体である配列を含む、請求項２３に記載の単離されたオリゴヌクレオチド。
前記被験体が、小児期の未分化神経外胚葉性腫瘍を有すると疑われており、そして前記オリゴヌクレオチドが、配列番号３２、配列番号３９、配列番号４２、配列番号５０、配列番号９、配列番号１４、配列番号２４、配列番号３７、配列番号４、配列番号３６、配列番号４６、配列番号７２、配列番号２６、配列番号１５、配列番号１９、または配列番号６１のヌクレオチド１からヌクレオチド９９にわたる領域に位置する標的配列と同一である配列を含むか、または該オリゴヌクレオチドは、該配列番号の約ヌクレオチド１００〜ヌクレオチド５００にわたる領域に位置する標的配列の逆方向相補体である配列を含む、請求項２３に記載の単離されたオリゴヌクレオチド。
前記被験体が、乳癌を有すると疑われており、そして前記オリゴヌクレオチドが、配列番号２１、配列番号２８、配列番号４１、配列番号８０、配列番号３７、配列番号６３、配列番号７１、配列番号７５、配列番号１８、配列番号４、配列番号２２、配列番号８２、配列番号１２、配列番号２３、配列番号３１、配列番号３４、配列番号４３、配列番号６０、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６７、または配列番号７７のヌクレオチド１からヌクレオチド９９にわたる領域に位置する標的配列と同一である配列を含むか、または該オリゴヌクレオチドは、該配列番号の約ヌクレオチド１００〜ヌクレオチド５００にわたる領域に位置する標的配列の逆方向相補体である配列を含む、請求項２３に記載の単離されたオリゴヌクレオチド。
前記被験体が、結腸癌を有すると疑われており、そして前記オリゴヌクレオチドが、配列番号１１、配列番号４０、配列番号７４、配列番号８１、配列番号５３、配列番号６２、配列番号７６、配列番号１７、配列番号５２、配列番号５７、配列番号３７、配列番号７５、配列番号１８、配列番号４、配列番号２７、配列番号３８、配列番号４７、配列番号４９、配列番号５９、配列番号３６、または配列番号４６のヌクレオチド１からヌクレオチド９９にわたる領域に位置する標的配列と同一である配列を含むか、または該オリゴヌクレオチドは、該配列番号の約ヌクレオチド１００〜ヌクレオチド５００にわたる領域に位置する標的配列の逆方向相補体である配列を含む、請求項２３に記載の単離されたオリゴヌクレオチド。
前記被験体が、頭部および頸部の癌を有すると疑われており、そして前記オリゴヌクレオチドが、配列番号１、配列番号７９、配列番号３、配列番号５、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５３、配列番号６２、配列番号７６、配列番号８、または配列番号１３のヌクレオチド１からヌクレオチド９９にわたる領域に位置する標的配列と同一である配列を含むか、または該オリゴヌクレオチドは、該配列番号の約ヌクレオチド１００〜ヌクレオチド５００にわたる領域に位置する標的配列の逆方向相補体である配列を含む、請求項２３に記載の単離されたオリゴヌクレオチド。
前記被験体が、精巣癌を有すると疑われており、そして前記オリゴヌクレオチドが、配列番号６、配列番号２５、配列番号３２、配列番号３５、配列番号６６、配列番号２９、配列番号３３、配列番号５６、配列番号６８、配列番号５１、配列番号５７、配列番号７０、配列番号５４、または配列番号６９のヌクレオチド１からヌクレオチド９９にわたる領域に位置する標的配列と同一である配列を含むか、または該オリゴヌクレオチドは、該配列番号の約ヌクレオチド１００〜ヌクレオチド５００にわたる領域に位置する標的配列の逆方向相補体である配列を含む、請求項２３に記載の単離されたオリゴヌクレオチド。
前記被験体が、肺癌を有すると疑われており、そして前記オリゴヌクレオチドが、配列番号８３、配列番号８４、配列番号８５、配列番号８６、配列番号８７、配列番号８８、配列番号８９または配列番号９０のヌクレオチド１からヌクレオチド９９にわたる領域に位置する標的配列と同一である配列を含むか、または該オリゴヌクレオチドは、該配列番号の約ヌクレオチド１００〜ヌクレオチド５００にわたる領域に位置する標的配列の逆方向相補体である配列を含む、請求項２３に記載の単離されたオリゴヌクレオチド。
癌を有すると疑われる被験体から得られた細胞が悪性であるか非悪性であるかを決定するための方法であって、以下：
ａ）該細胞から単離されたＤＮＡを、メチル化感受性制限酵素で消化して、制限フラグメントのセットを提供する工程；
ｂ）該制限フラグメントを、請求項２に記載の方法に従って同定された診断コントロールフラグメントの鎖の１つの標的配列と同一であるか、または該標的配列に相補的である配列を含むＣｐＧ診断ポリヌクレオチドとハイブリダイズさせる工程であって、該方法は、該メチル化感受性制限酵素を使用し、該標的配列は、少なくとも２つのＣｐＧジヌクレオチドを含み、該ポリヌクレオチドは、３５〜３０００ヌクレオチド長であり、そして該反応は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で実施される、工程；ならびに
ｃ）工程ｂ）の反応生成物をアッセイして、該ＣｐＧ診断ポリヌクレオチドがハイブリダイズした制限フラグメントの大きさまたは配列を決定する工程、
を包含する、方法。
前記被験体が、神経膠腫、急性骨髄性白血病、小児期の未分化神経外胚葉性腫瘍、乳癌、結腸癌、頭部および頸部の癌、ならびに精巣癌からなる群より選択される癌を有すると疑われており；
前記ＤＮＡサンプルが、ＮｏｔＩで消化され；そして
前記ポリヌクレオチドが、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、配列番号５７、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６６、配列番号６７、配列番号６８、配列番号６９、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７７、配列番号７８、配列番号７９、配列番号８０、配列番号８１、または配列番号８２に位置する標的配列と同一であるかまたは該標的配列に相補的である配列を含む、請求項３２に記載の方法。
前記被験体が、肺癌を有すると疑われており、
前記ＤＮＡが、ＡｓｃＩで消化され、そして
前記ポリヌクレオチドが、配列番号８３、配列番号８４、配列番号８５、配列番号８６、配列番号８７、配列番号８８、配列番号８９または配列番号９０に位置する標的配列と同一であるか、または該標的配列に相補的である配列を含む、請求項３２に記載の方法。
癌を有すると疑われる被験体から得られた組織サンプルに含まれる細胞が悪性であるか否かを決定する方法であって、以下：
ａ）メチル化されていないシトシンを異なるヌクレオチド塩基に変換する化合物で、該組織サンプルから単離されたＤＮＡを処理する工程；
ｂ）癌を有することが既知の被験体の悪性細胞において優先的にメチル化されるＣｐＧアイランドを含む標的配列に相補的な、ＣｐＧ診断オリゴヌクレオチドと、該処理されたＤＮＡの一部とを反応させる工程；
ｃ）該標的配列におけるシトシンが該異なるヌクレオチド塩基で置換された改変標的配列に相補的な、改変ＣｐＧ診断オリゴヌクレオチドと、該処理されたＤＮＡの一部とを反応させる工程；ならびに
ｄ）工程ｂおよび工程ｃの反応生成物をアッセイして、該処理されたＤＮＡが、該ＣｐＧ診断オリゴヌクレオチドとハイブリダイズしたか、該改変されたＣｐＧ診断オリゴヌクレオチドとハイブリダイズしたかを決定する工程であって；該処理されたＤＮＡと該ＣｐＧ診断オリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションが、該改変ＣｐＧ診断オリゴヌクレオチドとは対照的に、該ＤＮＡが悪性細胞から得られたことを示す、工程、
を包含する、方法。
前記化合物が、重亜硫酸ナトリウムであり、そして前記メチル化されていないシトシンが、ウラシルに変換される、請求項３５に記載の方法。
前記アッセイが、ポリメラーゼ連鎖反応であり、
前記処理されたＤＮＡの一部が、２つの診断ＣｐＧオリゴヌクレオチドを含む第一のプライマーセットと反応され；そして
該処理されたＤＮＡの一部が、２つの改変された診断ＣｐＧオリゴヌクレオチドを含む第二のプライマーセットと反応される、
請求項３５に記載の方法。
前記被験体が、神経膠腫、急性骨髄性白血病、小児期の未分化神経外胚葉性腫瘍、乳癌、結腸癌、頭部および頸部の癌、精巣癌ならびに肺癌からなる群より選択される癌を有すると疑われており；そして
前記ＣｐＧ診断オリゴヌクレオチドが、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、配列番号５７、配列番号５８、配列番号５９、配列番号６０、配列番号６１、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６６、配列番号６７、配列番号６８、配列番号６９、配列番号７０、配列番号７１、配列番号７２、配列番号７３、配列番号７４、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７７、配列番号７８、配列番号７９、配列番号８０、配列番号８１、配列番号８２、配列番号８３、配列番号８４、配列番号８５、配列番号８６、配列番号８７、配列番号８８、配列番号８９および配列番号９０に位置する標的配列と同一であるかまたは該標的配列と相補的である配列を含む、該ポリヌクレオチドからなる群より選択される配列の、ヌクレオチド１とヌクレオチド１００との間に位置する標的配列に同一な配列、または該配列番号の約ヌクレオチド１００〜ヌクレオチド５００にわたる領域に位置する標的配列の逆方向の相補体である配列を含む、
請求項３５に記載の方法。
癌を有すると疑われる被験体から得られた細胞を特徴付けるための、単離されたポリヌクレオチドであって、該癌は、神経膠腫、急性骨髄性白血病、小児期の未分化神経外胚葉性腫瘍、乳癌、結腸癌、頭部および頸部の癌、精巣癌ならびに肺癌からなる群より選択され；該ポリヌクレオチドが、３５〜１０００ヌクレオチド長であり、そして少なくとも２つのＣｐＧジヌクレオチドを含み、そして該ポリヌクレオチドが、配列番号１、配列番号２、配列番号３、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２７、配列番号２８、配列番号２９、配列番号３０、配列番号３１、配列番号３２、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号４０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０、配列番号５１、配列番号５２、配列番号５３、配列番号５４、配列番号５５、配列番号５６、配列番号５８、配列番号６０、配列番号６２、配列番号６３、配列番号６４、配列番号６５、配列番号６６、配列番号６７、配列番号６９、配列番号７０、配列番号７２、配列番号７３、配列番号７５、配列番号７６、配列番号７７、配列番号７８、配列番号７９、配列番号８０、配列番号８１、配列番号８２、配列番号８３、配列番号８６、配列番号８７、配列番号８８、配列番号８９および配列番号９０のヌクレオチド１とヌクレオチド１５との間を起源とする標的配列と同一である配列、または該標的配列に相補的な配列を含む、単離されたポリヌクレオチド。
前記腫瘍または新生物は、結腸由来のものが、ＡｍｅｒｉｃａｎＪｏｉｎｔＣｏｍｍｉｔｔｅｅｏｎＣａｎｃｅｒ病期分類に従う病期Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩまたはＶＩであり；およびＰＮＥＴ由来のものは、テント上ＰＮＥＴである、請求項１に記載の方法。
前記腫瘍または新生物が、原発性腫瘍または原発性新生物である、請求項１に記載の方法。