JP2004261017A5 - - Google Patents

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プライマーペアは、両領域間の塩基配列を増幅できるように、すなわち、一方がセンスプライマーとなり他方がアンチセンスプライマーとなるように設定される。潜在プラスミドは環状であるため、両領域間の塩基配列は２つあるが、通常には短い方の塩基配列が増幅されるように設定される。
本発明キットは、プライマーペアの他に、ＰＣＲおよび／または増幅産物の検出を行うのに必要とされる試薬類をさらに含んでいてもよい。このような試薬類の例には、上記のハイブリダイゼーションプローブも含まれる。
【００３９】
【実施例１】ＰＣＲによる検出
クラミジア・トラコマティス（ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号Ｘ０６７０７）の潜在プラスミドの塩基配列（配列番号１）の第１の領域（塩基番号５１５７〜５２０１）および第２の領域（塩基番号５２４５〜５２７６）において、ＧＣ含量に富み（４８−５５％）、高いＴｍ値を有する（６３−６５℃（最近接塩基対法により算出））塩基配列を選択した。すなわち、３種類の上流プライマー（配列番号：２、３、４）および２種類の下流プライマー（配列番号：５、６）の標的結合配列を選択した。そしてこれらの標的結合配列を有するオリゴヌクレオチドをプライマーとして合成した。
配列番号：３−５のプライマーペアについては、アニーリング温度６８℃でクラミジア・トラコマティス菌体ゲノムＤＮＡ２コピーを検出可能であった。配列番号：４−６のプライマーペアについては、アニーリング温度６５℃でクラミジア・トラコマティス菌体ゲノムＤＮＡ２コピーを検出可能であった。
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