JP2004180687A - ターゲット核酸断片の分析方法及びターゲット核酸断片の分析キット - Google Patents
ターゲット核酸断片の分析方法及びターゲット核酸断片の分析キット Download PDFInfo
- Publication number
- JP2004180687A JP2004180687A JP2004013850A JP2004013850A JP2004180687A JP 2004180687 A JP2004180687 A JP 2004180687A JP 2004013850 A JP2004013850 A JP 2004013850A JP 2004013850 A JP2004013850 A JP 2004013850A JP 2004180687 A JP2004180687 A JP 2004180687A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- nucleic acid
- target nucleic
- acid fragment
- reaction
- primer
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Images
Landscapes
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Investigating Or Analysing Materials By The Use Of Chemical Reactions (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
【解決手段】 分析するターゲット核酸断片の一部と相補的な少なくとも一種のプライマー、少なくとも一種のデオキシヌクレオシド3リン酸、少なくとも一種のポリメラーゼ、及びピロ燐酸定量用乾式分析素子の各要素を含むターゲット核酸断片の分析キットであって、前記ピロ燐酸定量用乾式分析素子が、キサントシンまたはイノシン、ピロホスファターゼ、プリンヌクレオシドホスホリラーゼ、キサンチンオキシダーゼ、ペルオキシダーゼ及び発色剤を含有する試薬層を備えるピロ燐酸定量用乾式分析素子であることを特徴とする、ターゲット核酸断片の分析キット。
【選択図】 なし
Description
(イ) ピロ燐酸の検出を、キサントシンまたはイノシン、ピロホスファターゼ、プリンヌクレオシドホスホリラーゼ、キサンチンオキシダーゼ、ペルオキシダーゼ及び発色剤を含有する試薬層を備えることを特徴とするピロ燐酸定量用乾式分析素子を用いて行う。
(ロ) ポリメラーゼが、DNAポリメラーゼI、DNAポリメラーゼIのクレノー断片、Bst DNAポリメラーゼ、及び逆転写酵素(リバーストランスクリプターゼ)からなるグループから選択されるポリメラーゼを用いる。
また、本発明の別の形態は、分析するターゲット核酸断片の一部と相補的な少なくとも一種のプライマー、少なくとも一種のデオキシヌクレオシド3リン酸(dNTP)、少なくとも一種のポリメラーゼ、及びピロ燐酸定量用乾式分析素子の各要素を含むキットにある。
(イ) ピロ燐酸を変換する酵素として、ピロホスファターゼを用いる。
(ロ) ポリメラーゼが、DNAポリメラーゼI、DNAポリメラーゼIのクレノー断片、Bst DNAポリメラーゼ、及び逆転写酵素(リバーストランスクリプターゼ)からなるグループから選択されるポリメラーゼを用いる。
本発明の方法を用いてターゲット核酸断片の塩基配列を検出する場合、特に変異または多型の有無を検出する場合は、目的の変異または多型の部分を含むように、変異または多型に対応する塩基の種類でプライマーを設計する。そうすることで、ターゲット核酸断片の変異または多型の有無により、ターゲット核酸断片へのプライマーのハイブリダイゼーションの有無に差異が生じ、結果的にポリメラーゼ伸長反応の差異として検出することが可能になる。また、変異または多型に対応する部分をプライマーの3'末端付近に設定することでポリメラーゼの反応部位の認識に差異が生じ、結果的にポリメラーゼ伸長反応の差異として検出することも可能である。
(1) 支持体上に試薬層を有するもの。
(2) 支持体上に検出層、試薬層をこの順に有するもの。
(3) 支持体上に検出層、光反射層、試薬層をこの順に有するもの。
(4) 支持体上に第2試薬層、光反射層、第1試薬層をこの順に有するもの。
(5) 支持体上に検出層、第2試薬層、光反射層、第1試薬層をこの順に有するもの。
(1) ピロ燐酸定量用乾式分析素子の作製
ゼラチン下塗層が設けられている厚さ180μmの無色透明ポリエチレンテレフタレート(PET)平滑フイルムシート(支持体)上に表1記載の組成(a)の水溶液を、以下の被覆率となるように塗布し、乾燥して試薬層を設けた。
男性、女性、各々1人づつから採取した血液検体に対して、市販の核酸抽出、精製キット(QIAGEN社製、QIAamp DNA Blood Mini Kit)を用いて抽出、精製したゲノミック核酸断片を1mLの精製蒸留水中に回収することで、ターゲット核酸断片試料液を調製した。
プライマーは、Y染色体短腕上のSRY遺伝子を特異的に認識できるように設計した塩基配列を持つ、オリゴヌクレオチドのプライマーのセット(プライマー1、プライマー2)として合成した。
プライマー1:5’−GATCAGCAAGGAGCTGGGATACACGTG−3’(配列番号1)
プライマー2:5’−CTGTAGCTTCCCGTTGCGGTG−3’(配列番号2)
以下に示す反応液の組成で、PCRによるターゲット核酸断片の増幅を実施した。PCRは、[デネイチャー:94℃・30秒、アニーリング:65℃・30秒、ポリメラーゼ伸長反応:72℃・1分]を30サイクル繰り返することで実施した。
精製水 36.5μL
10×PCRバッファー 5μL
2.5mM dNTP 4μL
Taq FP(ニッポンジーン社製) 0.5μL
20μM プライマー 2μL
30ng/μLターゲット核酸断片試料液 2μL
前記(4)のポリメラーゼ伸長反応によるターゲット核酸断片の増幅反応に、ターゲット核酸断片を含まない試料液を用いた場合(コントロール)、男性から採取した血液から調製したターゲット核酸試料液を用いた場合(サンプルM)、及び女性から採取した血液から調製したターゲット核酸試料液を用いた場合(サンプルF)の、各々の反応後の液10μLを前記(1)で製作したピロ燐酸定量用乾式分析素子上に点着し、ピロ燐酸定量用乾式分析素子を37℃にて5分間インクベーション後、波長650nmにて支持体側から反射濃度(ODR)を測定しところ、コントロール、サンプルM、サンプルFについて、各々0.287、1.143、及び0.281であった。
(1) ターゲット核酸断片試料液の調製
予め塩基配列のシーケンシングにより、ALDH2遺伝子関連部位の特定の1塩基種が異なることにより、ALDH2活性型またはALDH2不活性型であることが既知である、各々1人から採取した血液検体をもとに、実施例1の(2)に記載されている方法と同様にして、ターゲット核酸断片試料液を、各々サンプルALDH2活性型、及びサンプルルALDH2不活性型として調製した。
プライマーは、12番染色体上のALDH2遺伝子関連部位のなかで、ALDH2の活性を決定する特定部分について、ALDH2活性型の塩基配列に特異的なプライマーとして設計した塩基配列を持つ、オリゴヌクレオチドのプライマー(プライマー1)と、前記特定部位の下流の塩基配列に特異的なプライマーとして設計した塩基配列を持つ、オリゴヌクレオチドのプライマー(プライマー2)のセットとして合成した。
プライマー1:5’−CAGGCATACACTGAAGTGAAAACTG−3’(配列番号3)(下線部のGAAの塩基配列がAAAになるとALDH2不活性型となる)
プライマー2:5’−AGGTCCTGAACTTCCAGCAG−3’(配列番号4)
ピロ燐酸定量用分析素子の作製は実施例1の(1)に、ポリメラーゼ伸長反応によるターゲット核酸断片の増幅(PCR)は実施例1の(4)に、及びポリメラーゼ伸長反応を行った後の反応液のピロリン酸分析乾式分析素子を用いての測定は実施例1の(5)に記載されている方法と同様にして、反射濃度(ORR)を測定したところ、コントロール、サンプルALDH2活性型、及びサンプルALDH2不活性型について、各々0.256、1.003、及び0.262であった。
実施例1の(1)に示されたピロ燐酸定量用乾式分析素子の作製において、表1の試薬層水溶液の組成(a)からピロホスファターゼを除いた以外は同様にして作製した無機燐定量用乾式分析素子を用いること、PCR反応後の反応液100μLを、10unitsのピロホスファターゼで処理(pH7.0、37℃、10分)した以外は、同様にして測定を行い、反射濃度(ORR)を測定しところ、コントロール、サンプルM、サンプルFについて、各々0.268、1.268、及び0.273であった。
(1) 緑膿菌を添加したヒト全血の調製
LB培地(Luria−Bertani medium)で一晩培養した緑膿菌(Pseudemonas Syringae)の培養液を元に、PBSによる希釈で濃度を変化させた溶液を、EDTA採血したヒト全血に添加することで、1mL当りそれぞれ、0、5×105、5×106、2.5×106、5×107、1×108 の菌体個数を含む6水準のヒト全血を調製した。ここで、菌体個数は分光光度計を用いて見積もった値である。
ゼラチン下塗層が設けられている厚さ180μmの無色透明ポリエチレンテレフタレ−ト(PET)平滑フイルムシ−ト(支持体)上に表4記載の組成(a)の水溶液を、以下の被覆率となるように塗布し、乾燥して試薬層を設けた。
上記(1)で調製した緑膿菌を添加し調製した6水準のヒト全血を試料とし、そのそれぞれから、市販の核酸抽出、精製キット(QIAGEN社製、QIAamp DNA Blood Mini Kit)を用いて抽出、精製したゲノミック核酸断片を1mLの精製蒸留水中に回収することで、タ−ゲット核酸断片を含む核酸試料液を調製した。
上記(3)で、6水準のヒト全血試料から抽出・精製して得たタ−ゲット核酸断片を含む核酸試料液をそのまま用いて、以下の条件でPCR増幅を行った。
緑膿菌のゲノム核酸に特異的(ice nucleation protein(Inak)N末)な配列を持つ以下のプライマ−セットを使用した。
プライマ−(upper);
5'-GCGATGCTGTAATGACTCTCGACAAGC-3'(配列番号5)
プライマ−(lower);
5'-GGTCTGCAAATTCTGCGGCGTCGTC-3'(配列番号6)
10×PCRバッファ− 5μL
2.5mM dNTP 4μL
20μM プライマ−(upper) 1μL
20μM プライマ−(lower) 1μL
Pyrobest 0.25μL
(3)で得た核酸試料液 5μL
精製水 33.75μL
前記(4)におけるPCR増幅反応後の溶液をそのまま、上記(2)で製作したピロ燐酸定量用乾式分析素子上に各々20μL点着し、ピロ燐酸定量用乾式分析素子を37℃にて5分間インキュベ−ション後、波長650nmにて支持体側から測定して得られた反射光学濃度(ODR)の時間変化を図4に、5分後の反射光学濃度(ODR)を図5に、ヒト全血中の緑膿菌個数と5分後の反射光学濃度(ODR)の関係を図6に示した。
(1)ターゲット核酸断片を含む核酸試料液の調製
予め塩基配列のシーケンシングにより、ALDH2遺伝子関連部位の特定の1塩基種が異なることにより、ALDH2活性型またはALDH2不活性型であることが既知である、各々1人から採取した血液試料のそれぞれから、市販の核酸抽出、精製キット(QIAGEN社製、QIAamp DNA Blood Mini Kit)を用いて抽出、精製したゲノミック核酸断片を1mLの精製蒸留水中に回収することで、ターゲット核酸断片を含む核酸試料液を調製した。
実施例4に記載の方法で、ピロ燐酸定量用乾式分析素子を作成した。
上記(1)で、ALDH2活性型またはALDH2不活性型それぞれのヒト全血試料から抽出・精製して得たタ−ゲット核酸断片を含む核酸試料液をそのまま用いて、以下の条件でPCR増幅を行った。
プライマーは、12番染色体上のALDH2遺伝子関連部位のなかに、共通のプライマー(upper)と、ALDH2の活性を決定する1塩基多型に対応する部分を3'末端付近に設定(lower-1とlower-2に記載のプライマー塩基配列の下線部分)した、ALDH2活性型および不活性型に対応する、2種のプライマ−(lower−1)および、プライマ−(lower−2)のセットを使用した。
5'−AACGAAGCCCAGCAAATGA−3'(配列番号7)
プライマー(lower-1):
5'−GGGCTGCAGGCATACACAGA−3'(配列番号8)
または、
プライマ−(upper):
5'−AACGAAGCCCAGCAAATGA−3'(配列番号9)
プライマ−(lower-2):
5'−GGGCTGCAGGCATACACAAA−3'(配列番号10)
10×PCRバッファ− 5μL
2.5mM dNTP 5μL
5μM プライマ−(upper) 2μL
5μM プライマ−(lower−1または−2) 2μL
Taq 0.5μL
(1)で得た核酸断片試料液 0.5μL
精製水 35μL
前記(3)におけるPCR増幅反応後の溶液をそのまま、上記(2)で製作したピロ燐酸定量用乾式分析素子上に各々20μL点着し、ピロ燐酸定量用乾式分析素子を37℃にて5分間インキュベーション後、波長650nmにて支持体側から測定して得られた反射光学濃度(ODR)の時間変化を図7に、5分後の反射光学濃度(ODR)を図8に示した。
21…基体
22…蓋
31…開口部
32…反応セル
33…検出部
41…細管
51…乾式分析素子
61…温度コントロール部
62…温度コントロール部
71…検出部
72…検出部
81…プライマー
82…デオキシヌクレオシド3リン酸(dNTP)
83…ポリメラーゼ
Claims (2)
- 分析するターゲット核酸断片の一部と相補的な少なくとも一種のプライマー、少なくとも一種のデオキシヌクレオシド3リン酸、少なくとも一種のポリメラーゼ、及びピロ燐酸定量用乾式分析素子の各要素を含むターゲット核酸断片の分析キットであって、前記ピロ燐酸定量用乾式分析素子が、キサントシンまたはイノシン、ピロホスファターゼ、プリンヌクレオシドホスホリラーゼ、キサンチンオキシダーゼ、ペルオキシダーゼ及び発色剤を含有する試薬層を備えるピロ燐酸定量用乾式分析素子であることを特徴とする、ターゲット核酸断片の分析キット。
- 分析するターゲット核酸断片の一部と相補的な少なくとも一種のプライマー、少なくとも一種のデオキシヌクレオシド3リン酸、少なくとも一種のポリメラーゼ、ピロホスファターゼ、及び無機燐定量用乾式分析素子の各要素を含むターゲット核酸断片の分析キットであって、前記無機燐定量用乾式分析素子が、キサントシンまたはイノシン、プリンヌクレオシドホスホリラーゼ、キサンチンオキシダーゼ、ペルオキシダーゼ及び発色剤を含有する試薬層を備える無機燐定量用乾式分析素子である、ターゲット核酸断片の分析キット。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2004013850A JP3705499B2 (ja) | 2001-06-14 | 2004-01-22 | ターゲット核酸断片の分析方法及びターゲット核酸断片の分析キット |
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2001180130 | 2001-06-14 | ||
JP2004013850A JP3705499B2 (ja) | 2001-06-14 | 2004-01-22 | ターゲット核酸断片の分析方法及びターゲット核酸断片の分析キット |
Related Parent Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2002162625A Division JP3532907B2 (ja) | 2001-06-14 | 2002-06-04 | ターゲット核酸断片の分析方法及びターゲット核酸断片の分析キット |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2004180687A true JP2004180687A (ja) | 2004-07-02 |
JP3705499B2 JP3705499B2 (ja) | 2005-10-12 |
Family
ID=32774223
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2004013850A Expired - Fee Related JP3705499B2 (ja) | 2001-06-14 | 2004-01-22 | ターゲット核酸断片の分析方法及びターゲット核酸断片の分析キット |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
JP (1) | JP3705499B2 (ja) |
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2006217909A (ja) * | 2005-01-11 | 2006-08-24 | Fuji Photo Film Co Ltd | 抗酸菌属細菌の検出方法およびそのキット |
JP2018505660A (ja) * | 2014-12-31 | 2018-03-01 | クリック ダイアグノスティクス,インコーポレイテッド | 分子診断試験のためのデバイス及び方法 |
-
2004
- 2004-01-22 JP JP2004013850A patent/JP3705499B2/ja not_active Expired - Fee Related
Cited By (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2006217909A (ja) * | 2005-01-11 | 2006-08-24 | Fuji Photo Film Co Ltd | 抗酸菌属細菌の検出方法およびそのキット |
JP2018505660A (ja) * | 2014-12-31 | 2018-03-01 | クリック ダイアグノスティクス,インコーポレイテッド | 分子診断試験のためのデバイス及び方法 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP3705499B2 (ja) | 2005-10-12 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP3580801B2 (ja) | 核酸の分離精製方法 | |
US20050266450A1 (en) | Method for analyzing a target nucleic acid fragment and a kit for analyzing a target nucleic acid fragment | |
KR100774713B1 (ko) | 화학 증폭 반응용 거대 다공성 지지체 | |
US20050084851A1 (en) | Method | |
JP4116856B2 (ja) | 1塩基多型の検出方法 | |
EP3036341B1 (en) | Detection of nucleic acid amplification in a porous substrate | |
US11332780B2 (en) | Simplified polynucleotide sequence detection method | |
EP1380642B1 (en) | A method for the separation and purification of nucleic acid | |
JP3705499B2 (ja) | ターゲット核酸断片の分析方法及びターゲット核酸断片の分析キット | |
JP2012501174A (ja) | インピーダンス分光法を用いたdnaの測定 | |
JP3532907B2 (ja) | ターゲット核酸断片の分析方法及びターゲット核酸断片の分析キット | |
EP1418240B1 (en) | A method and kit for analyzing a target nucleic acid fragment | |
JP4185763B2 (ja) | ターゲット核酸の定量方法 | |
JP4102149B2 (ja) | 核酸の分離精製装置 | |
US20090023141A1 (en) | Method for detecting bacteria of the genus mycobacterium (acid-fast bacteria) and kit for the same | |
JP2004187604A (ja) | 遺伝子発現量の分析方法 | |
JP2004180637A (ja) | 核酸の分離精製装置 | |
US20040121374A1 (en) | Method for detecting single nucleotide polymorphisms | |
JP2004321127A (ja) | ターゲット核酸断片の検出方法 | |
JP4130143B2 (ja) | 核酸の分離精製装置 | |
US20030124560A1 (en) | Method for analyzing a target nucleic acid fragment and a kit for analyzing a target nucleic acid fragment | |
US20110229893A1 (en) | METHOD OF MEASURING CYTOKERATIN 19 mRNA | |
JP3819001B2 (ja) | 核酸の分離精製方法 | |
JP2004187605A (ja) | ターゲット核酸の検出方法 | |
US20050227261A1 (en) | Method for sequencing-by-synthesis |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20050603 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20050720 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20050721 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 Ref document number: 3705499 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |
|
S111 | Request for change of ownership or part of ownership |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R313111 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20080805 Year of fee payment: 3 |
|
R350 | Written notification of registration of transfer |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R350 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20080805 Year of fee payment: 3 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20090805 Year of fee payment: 4 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20090805 Year of fee payment: 4 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20100805 Year of fee payment: 5 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20110805 Year of fee payment: 6 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20110805 Year of fee payment: 6 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20120805 Year of fee payment: 7 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20120805 Year of fee payment: 7 |
|
FPAY | Renewal fee payment (event date is renewal date of database) |
Free format text: PAYMENT UNTIL: 20130805 Year of fee payment: 8 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
R250 | Receipt of annual fees |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R250 |
|
LAPS | Cancellation because of no payment of annual fees |