JP2003512024A5 - - Google Patents
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Description
【特許請求の範囲】
【請求項1】
配列番号(SEQ ID NO)17に示されたヌクレオチド配列を含む単離された核酸分子またはその相補物。
【請求項2】
配列番号(SEQ ID NO)18に示されたアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする単離された核酸分子またはその相補物。
【請求項3】
配列番号(SEQ ID NO)18に示されたアミノ酸配列を含むポリペプチドの自然に発生する対立性変異体をコードする単離された核酸分子またはその相補物。
【請求項4】
配列番号(SEQ ID NO)17に示されたヌクレオチド配列全体に対し、少なくとも50%の相同性を持つヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子またはその相補物。
【請求項5】
配列番号(SEQ ID NO)17に示されたヌクレオチド配列の少なくとも15個の連続するヌクレオチドフラグメントを含む、単離された核酸分子またはその相補物。
【請求項6】
配列番号(SEQ ID NO)18に示されたアミノ酸配列全体に対し、少なくとも50%の相同性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする単離された核酸分子またはその相補物。
【請求項7】
請求項1から6のいずれかに記載の核酸分子、および異種ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む単離された核酸分子。
【請求項8】
請求項1から7のいずれかに記載の核酸分子を含むベクター。
【請求項9】
発現ベクターである、請求項8に記載のベクター。
【請求項10】
請求項9に記載の発現ベクターによりトランスフェクションされた宿主細胞。
【請求項11】
前記細胞が微生物である請求項10に記載の宿主細胞。
【請求項12】
前記細胞が、コリネバクテリウム属またはブレビバクテリウム属に属する請求項11に記載の宿主細胞。
【請求項13】
前記核酸分子の発現により、前記細胞からのファインケミカルの製造が調節される請求項10に記載の宿主細胞。
【請求項14】
ファインケミカルが、有機酸、タンパク原アミノ酸および非タンパク原アミノ酸、プリンおよびピリミジン塩基、ヌクレオシド、ヌクレオチド、脂質、飽和および不飽和の脂肪酸、ジオール、炭水化物、芳香族化合物、ビタミン、補助因子、ポリケチド、および酵素からなる群より選択される請求項13に記載の宿主細胞。
【請求項15】
適当な培地中で請求項10に記載の宿主細胞を培養し、これによりポリペプチドを製造するポリペプチドの製造方法。
【請求項16】
配列番号(SEQ ID NO)18に示されたアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項17】
配列番号(SEQ ID NO)18に示されたアミノ酸配列を含むポリペプチドの、自然に発生する対立性変異体を含む単離されたポリペプチド。
【請求項18】
配列番号(SEQ ID NO)17に示されたヌクレオチド配列全体に対し、少なくとも50%の相同性を持つヌクレオチド配列を含む核酸分子によりコードされた単離されたポリペプチド。
【請求項19】
配列番号(SEQ ID NO)18に示されたアミノ酸配列全体に対し、少なくとも50%の相同性を持つアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチド。
【請求項20】
配列番号(SEQ ID NO)18に示されたアミノ酸配列を含むポリペプチドフラグメントを含む単離されたポリペプチドであって、ポリペプチドフラグメントが配列番号(SEQ ID NO)18のアミノ酸配列を含むポリペプチドの生物学的活性を維持している単離されたポリペプチド。
【請求項21】
配列番号(SEQ ID NO)17に示されたヌクレオチド配列を含む核酸分子によりコードされたアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチド。
【請求項22】
異種アミノ酸配列を含む、請求項16から21のいずれかに記載の単離されたポリペプチド。
【請求項23】
請求項10に記載の細胞を培養してファインケミカルを製造する、ファインケミカルの製造方法。
【請求項24】
培養体からファインケミカルを回収する請求項23に記載の方法。
【請求項25】
細胞がコリネバクテリウム属またはブレビバクテリウム属に属する、請求項23に記載の方法。
【請求項26】
前記細胞が、コリネバクテリウム−グルタミカム、コリネバクテリウム−ヘルキュリス、コリネバクテリウム−リリウム、コリネバクテリウム−アセトアシドフィリウム、コリネバクテリウム−アセトグルタミカム、コリネバクテリウム−アセトフィリウム、コリネバクテリウム−アンモニアゲン、 コリネバクテリウム−フジオケンス、コリネバクテリウム−ニトリロフィリウス、 ブレビバクテリウム−アンモニアゲン、ブレビバクテリウム−ブタニカム、 ブレビバクテリウム−ジバリカツム、ブレビバクテリウム−フラビン、ブレビバクテリウム−ヘアリ、ブレビバクテリウム−ケトグルタミカム、ブレビバクテリウム−ケトソレダクタム、ブレビバクテリウム−ラクトフェルメンツム、ブレビバクテリウム−リネンス、ブレビバクテリウム−パラフィノリツカム、および表3に記載の株からなる群より選択される請求項23に記載の方法。
【請求項27】
前記ベクターによる核酸分子の発現により、前記ファインケミカルの製造が調節される請求項23に記載の方法。
【請求項28】
前記ファインケミカルが、有機酸、タンパク質原アミノ酸および非タンパク質原アミノ酸、プリンおよびピリミジン塩基、ヌクレオシド、ヌクレオチド、脂質、飽和および不飽和の脂肪酸、ジオール、炭水化物、芳香族化合物、ビタミン、補助因子、ポリケチド、および酵素からなる群より選択される請求項23に記載の方法。
【請求項29】
前記ファインケミカルがアミノ酸である請求項23に記載の方法。
【請求項30】
前記アミノ酸が、リジン、グルタミン酸、グルタミン、アラニン、アスパラギン酸、グリシン、セリン、トレオニン、メチオニン、システイン、バリン、ロイシン、イソロイシン、アルギニン、プロリン、ヒスチジン、チロシン、フェニルアラニン、およびトリプトファンから成る群より選択される請求項29に記載の方法。
【請求項31】
請求項1から6のいずれかに記載の核酸分子の導入によってゲノムDNAが変異した細胞を培養するファインケミカルの製造方法。
【請求項32】
in vitroでのコリネバクテリウム−ジフテリアの存在または活性を検出する方法であって、請求項1〜6のいずれかに記載の核酸分子または請求項16〜21のいずれかに記載のポリペプチドのうちの1種以上の存在を検出する工程を含み、これによりコリネバクテリウム−ジフテリアの存在または活性を検出する、コリネバクテリウム−ジフテリアの存在または活性を検出する方法。
【請求項33】
配列番号(SEQ ID NO)17に示された核酸分子を含み、核酸分子が混乱している宿主細胞。
【請求項34】
配列番号(SEQ ID NO)17に示された核酸分子を含み、この核酸分子が配列番号(SEQ ID NO)17に示された配列に対して1個以上の核酸の修飾を含む宿主細胞。
【請求項35】
配列番号(SEQ ID NO)17に示された核酸分子を含み、核酸分子の調節領域が、この分子の野生型の調節領域に対して修飾されている、宿主細胞。
【請求項1】
配列番号(SEQ ID NO)17に示されたヌクレオチド配列を含む単離された核酸分子またはその相補物。
【請求項2】
配列番号(SEQ ID NO)18に示されたアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする単離された核酸分子またはその相補物。
【請求項3】
配列番号(SEQ ID NO)18に示されたアミノ酸配列を含むポリペプチドの自然に発生する対立性変異体をコードする単離された核酸分子またはその相補物。
【請求項4】
配列番号(SEQ ID NO)17に示されたヌクレオチド配列全体に対し、少なくとも50%の相同性を持つヌクレオチド配列を含む、単離された核酸分子またはその相補物。
【請求項5】
配列番号(SEQ ID NO)17に示されたヌクレオチド配列の少なくとも15個の連続するヌクレオチドフラグメントを含む、単離された核酸分子またはその相補物。
【請求項6】
配列番号(SEQ ID NO)18に示されたアミノ酸配列全体に対し、少なくとも50%の相同性を有するアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする単離された核酸分子またはその相補物。
【請求項7】
請求項1から6のいずれかに記載の核酸分子、および異種ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む単離された核酸分子。
【請求項8】
請求項1から7のいずれかに記載の核酸分子を含むベクター。
【請求項9】
発現ベクターである、請求項8に記載のベクター。
【請求項10】
請求項9に記載の発現ベクターによりトランスフェクションされた宿主細胞。
【請求項11】
前記細胞が微生物である請求項10に記載の宿主細胞。
【請求項12】
前記細胞が、コリネバクテリウム属またはブレビバクテリウム属に属する請求項11に記載の宿主細胞。
【請求項13】
前記核酸分子の発現により、前記細胞からのファインケミカルの製造が調節される請求項10に記載の宿主細胞。
【請求項14】
ファインケミカルが、有機酸、タンパク原アミノ酸および非タンパク原アミノ酸、プリンおよびピリミジン塩基、ヌクレオシド、ヌクレオチド、脂質、飽和および不飽和の脂肪酸、ジオール、炭水化物、芳香族化合物、ビタミン、補助因子、ポリケチド、および酵素からなる群より選択される請求項13に記載の宿主細胞。
【請求項15】
適当な培地中で請求項10に記載の宿主細胞を培養し、これによりポリペプチドを製造するポリペプチドの製造方法。
【請求項16】
配列番号(SEQ ID NO)18に示されたアミノ酸配列を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項17】
配列番号(SEQ ID NO)18に示されたアミノ酸配列を含むポリペプチドの、自然に発生する対立性変異体を含む単離されたポリペプチド。
【請求項18】
配列番号(SEQ ID NO)17に示されたヌクレオチド配列全体に対し、少なくとも50%の相同性を持つヌクレオチド配列を含む核酸分子によりコードされた単離されたポリペプチド。
【請求項19】
配列番号(SEQ ID NO)18に示されたアミノ酸配列全体に対し、少なくとも50%の相同性を持つアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチド。
【請求項20】
配列番号(SEQ ID NO)18に示されたアミノ酸配列を含むポリペプチドフラグメントを含む単離されたポリペプチドであって、ポリペプチドフラグメントが配列番号(SEQ ID NO)18のアミノ酸配列を含むポリペプチドの生物学的活性を維持している単離されたポリペプチド。
【請求項21】
配列番号(SEQ ID NO)17に示されたヌクレオチド配列を含む核酸分子によりコードされたアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチド。
【請求項22】
異種アミノ酸配列を含む、請求項16から21のいずれかに記載の単離されたポリペプチド。
【請求項23】
請求項10に記載の細胞を培養してファインケミカルを製造する、ファインケミカルの製造方法。
【請求項24】
培養体からファインケミカルを回収する請求項23に記載の方法。
【請求項25】
細胞がコリネバクテリウム属またはブレビバクテリウム属に属する、請求項23に記載の方法。
【請求項26】
前記細胞が、コリネバクテリウム−グルタミカム、コリネバクテリウム−ヘルキュリス、コリネバクテリウム−リリウム、コリネバクテリウム−アセトアシドフィリウム、コリネバクテリウム−アセトグルタミカム、コリネバクテリウム−アセトフィリウム、コリネバクテリウム−アンモニアゲン、 コリネバクテリウム−フジオケンス、コリネバクテリウム−ニトリロフィリウス、 ブレビバクテリウム−アンモニアゲン、ブレビバクテリウム−ブタニカム、 ブレビバクテリウム−ジバリカツム、ブレビバクテリウム−フラビン、ブレビバクテリウム−ヘアリ、ブレビバクテリウム−ケトグルタミカム、ブレビバクテリウム−ケトソレダクタム、ブレビバクテリウム−ラクトフェルメンツム、ブレビバクテリウム−リネンス、ブレビバクテリウム−パラフィノリツカム、および表3に記載の株からなる群より選択される請求項23に記載の方法。
【請求項27】
前記ベクターによる核酸分子の発現により、前記ファインケミカルの製造が調節される請求項23に記載の方法。
【請求項28】
前記ファインケミカルが、有機酸、タンパク質原アミノ酸および非タンパク質原アミノ酸、プリンおよびピリミジン塩基、ヌクレオシド、ヌクレオチド、脂質、飽和および不飽和の脂肪酸、ジオール、炭水化物、芳香族化合物、ビタミン、補助因子、ポリケチド、および酵素からなる群より選択される請求項23に記載の方法。
【請求項29】
前記ファインケミカルがアミノ酸である請求項23に記載の方法。
【請求項30】
前記アミノ酸が、リジン、グルタミン酸、グルタミン、アラニン、アスパラギン酸、グリシン、セリン、トレオニン、メチオニン、システイン、バリン、ロイシン、イソロイシン、アルギニン、プロリン、ヒスチジン、チロシン、フェニルアラニン、およびトリプトファンから成る群より選択される請求項29に記載の方法。
【請求項31】
請求項1から6のいずれかに記載の核酸分子の導入によってゲノムDNAが変異した細胞を培養するファインケミカルの製造方法。
【請求項32】
in vitroでのコリネバクテリウム−ジフテリアの存在または活性を検出する方法であって、請求項1〜6のいずれかに記載の核酸分子または請求項16〜21のいずれかに記載のポリペプチドのうちの1種以上の存在を検出する工程を含み、これによりコリネバクテリウム−ジフテリアの存在または活性を検出する、コリネバクテリウム−ジフテリアの存在または活性を検出する方法。
【請求項33】
配列番号(SEQ ID NO)17に示された核酸分子を含み、核酸分子が混乱している宿主細胞。
【請求項34】
配列番号(SEQ ID NO)17に示された核酸分子を含み、この核酸分子が配列番号(SEQ ID NO)17に示された配列に対して1個以上の核酸の修飾を含む宿主細胞。
【請求項35】
配列番号(SEQ ID NO)17に示された核酸分子を含み、核酸分子の調節領域が、この分子の野生型の調節領域に対して修飾されている、宿主細胞。
実施例3:DNAシーケンスとコンピューターによる機能解析
実施例2に記載されたゲノムライブラリーを標準的な方法、特にABI377シーケンスマシーンを用いた鎖成長停止反応法(例えばFleischman,R.D.ら(1995)'Whole-genome Random Sequencing and Assembly of Haemophilus Influenzae Rd.',Science, 269:496-512参照)によるDNAシーケンスに使用した。以下のヌクレオチド配列のシーケンスプライマーが使用された:5'-GGAAACAGTATGACCATG-3'(SEQ ID NO:1157)または5'-GTAAAACGACGGCCAGT-3'(SEQ ID NO:1158)。
実施例2に記載されたゲノムライブラリーを標準的な方法、特にABI377シーケンスマシーンを用いた鎖成長停止反応法(例えばFleischman,R.D.ら(1995)'Whole-genome Random Sequencing and Assembly of Haemophilus Influenzae Rd.',Science, 269:496-512参照)によるDNAシーケンスに使用した。以下のヌクレオチド配列のシーケンスプライマーが使用された:5'-GGAAACAGTATGACCATG-3'(SEQ ID NO:1157)または5'-GTAAAACGACGGCCAGT-3'(SEQ ID NO:1158)。
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