RU2007101912A

RU2007101912A - Гены corynebacterium glutamicum, кодирующие белки, участвующие в метаболизме углерода и продуцировании энергии

Info

Publication number: RU2007101912A
Application number: RU2007101912/13A
Authority: RU
Inventors: Маркус ПОМПЕЙУС (DE); Маркус ПОМПЕЙУС; Буркхард КРЕГЕР (DE); Буркхард КРЕГЕР; Хартвиг ШРЕДЕР (DE); Хартвиг ШРЕДЕР; Оскар ЦЕЛЬДЕР (DE); Оскар Цельдер; Грегор ХАБЕРХАУЕР (DE); Грегор ХАБЕРХАУЕР
Original assignee: Басф Акциенгезелльшафт (De); Басф Акциенгезелльшафт
Priority date: 2007-01-18
Filing date: 2007-01-18
Publication date: 2008-07-27

Claims

1. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, содержащая нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из последовательностей с нечетными номерами SEQ ID No:3-39, 43-51, 55-69, 73-83, 87-177, 181-243 и 247-781, при условии, что молекула нуклеиновой кислоты не состоит ни из одного из F-обозначенных генов, представленных в таблице 1, или комплементарная ей последовательность.

2. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из последовательностей с четными номерами SEQ ID No:4-40, 44-52, 56-70, 74-84, 88-178, 182-224 и 248-782, при условии, что молекула нуклеиновой кислоты не состоит ни из одного F-обозначенных генов, представленных в таблице 1, или комплементарная ей последовательность.

3. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, которая кодирует природный аллельный вариант полипептида, содержащего аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из последовательностей с четными номерами SEQ ID NO:4-40, 44-52, 56-70, 74-84, 88-178, 182-224 и 248-782, при условии, что молекула нуклеиновой кислоты не состоит ни из одного из F-обозначенных генов, представленных в таблице 1, или комплементарная ей последовательность.

4. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, содержащая нуклеотидную последовательность, которая по меньшей мере на 50% идентична полноразмерной нуклеотидной последовательности любой последовательности с нечетным номером SEQ ID NO:3-39, 43-51, 55-69, 73-83, 87-177, 181-243 и 247-781, при условии, что молекула нуклеиновой кислоты не состоит ни из одного из F-обозначенных генов, представленных в таблице 1, или комплементарная ей последовательность.

5. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, содержащая фрагмент, состоящий по меньшей мере из 15 последовательных нуклеотидов любой нуклеотидной последовательности с нечетным номером SEQ ID NO:3-39, 43-51, 55-69, 73-83, 87-177, 181-243 и 247-781, при условии, что молекула нуклеиновой кислоты не состоит ни из одного из F-обозначенных генов, представленных в таблице 1, или комплементарная ей последовательность.

6. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, которая кодирует полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 50% идентична полноразмерной аминокислотной последовательности, выбранной из группы, состоящей из последовательностей с четными номерами SEQ ID NO:4-40, 44-52, 56-70, 74-84, 88-178, 182-224 и 248-782, при условии, что молекула нуклеиновой кислоты не состоит ни из одного из F-обозначенных генов, представленных в таблице 1, или комплементарная ей последовательность.

7. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, которая гибридизуется с любой комплементарной нуклеотидной последовательностью с нечетными номерами SEQ ID NO:3-39, 43-51, 55-69, 73-83, 87-177, 181-243 и 247-781, при условии, что молекула нуклеиновой кислоты не состоит ни из одного из F-обозначенных генов, представленных в таблице 1, в 6Х хлориде натрия/цитрате натрия (SSC) при 65°С, или комплементарная ей последовательность.

8. Выделенная молекула нуклеиновой кислоты, содержащая молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-7 и нуклеотидную последовательность, кодирующую гетерологичный полипептид.

9. Вектор, содержащий молекулу нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-8.

10. Вектор по п.9, который является экспрессирующим вектором.

11. Клетка-хозяин, трансфецированная экспрессирующим вектором по п.10.

12. Клетка-хозяин по п.11, где указанная клетка является микроорганизмом.

13. Клетка-хозяин по п.12, где указанная клетка принадлежит роду Corynebacterium или Brevibacterium.

14. Клетка-хозяин по п.11, где экспрессия указанной молекулы нуклеиновой кислоты приводит к модуляции продукции химического продукта тонкого органического синтеза из указанной клетки.

15. Клетка-хозяин по п.14, где указанный химический продукт тонкого органического синтеза выбран из группы, состоящей из органических кислот, протеиногенных и непротеиногенных аминокислот, пуриновых и пиримидиновых оснований, нуклеозидов, нуклеотидов, липидов, насыщенных и ненасыщенных жирных кислот, диолов, углеводов, ароматических соединений, витаминов, кофакторов, поликетидов и ферментов.

16. Способ получения полипептида, предусматривающий культивирование клетки-хозяина по п.11 в подходящей культуральной среде с получением, таким образом, полипептида.

17. Выделенный полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из последовательностей с четными номерами SEQ ID No:4-40, 44-52, 56-70, 74-84, 88-178, 182-224 и 248-782, при условии, что аминокислотная последовательность не кодируется никаким из F-обозначенных генов, представленных в таблице 1.

18. Выделенный полипептид, содержащий природный аллельный вариант полипептида, содержащий аминокислотную последовательность, выбранную из группы, состоящей из последовательностей с четными номерами SEQ ID NO:4-40, 44-52, 56-70, 74-84, 88-178, 182-224 и 248-782, при условии, что аминокислотная последовательность не кодируется никаким из F-обозначенных генов, представленных в таблице 1.

19. Выделенный полипептид, который кодируется молекулой нуклеиновой кислоты, содержащей нуклеотидную последовательность, которая по меньшей мере на 50% идентична любой полноразмерной последовательности нуклеиновой кислоты с нечетным номером SEQ ID NO:3-39, 43-51, 55-69, 73-83, 87-177, 181-243 и 247-781, при условии, что молекула нуклеиновой кислоты не содержит никакой из F-обозначенных молекул нуклеиновых кислот, представленных в таблице 1.

18. Выделенный полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, которая по меньшей мере на 50% идентична любой полноразмерной аминокислотной последовательности с четным номером SEQ ID NO:4-40, 44-52, 56-70, 74-84, 88-178, 182-224 и 248-782, при условии, что аминокислотная последовательность не кодируется никаким из F-обозначенных генов, представленных в таблице 1.

21. Выделенный полипептид, содержащий фрагмент любой аминокислотной последовательности с четным номером SEQ ID No:4-40, 44-52, 56-70, 74-84, 88-178, 182-224 и 248-782, при условии, что эта аминокислотная последовательность не кодируется никаким из F-обозначенных генов, представленных в таблице 1, где указанный полипептидный фрагмент сохраняет биологическую активность полипептида, содержащего аминокислотную последовательность.

22. Выделенный полипептид, содержащий аминокислотную последовательность, которая кодируется нуклеотидной последовательностью, выбранной из группы, состоящей из любой последовательности с четным номером SEQ ID No:4-40, 44-52, 56-70, 74-84, 88-178, 182-224 и 248-782, при условии, что эта аминокислотная последовательность не кодируется никаким из F-обозначенных генов, представленных в таблице 1.

23. Выделенный полипептид по любому из пп.17-22, дополнительно содержащий гетерологичные аминокислотные последовательности.

24. Способ получения химического продукта тонкого органического синтеза, предусматривающий культивирование клетки по п.11 с получением химического продукта тонкого органического синтеза.

25. Способ по п.24, где указанный способ дополнительно включает стадию извлечения химического продукта тонкого органического синтеза из указанной культуры.

26. Способ по п.24, где указанная клетка принадлежит роду Corynebacterium или Brevibacterium.

27. Способ по п.24, где указанная клетка выбрана из группы, состоящей из Corynebacterium glutamicum, Corynebacterium herculis, Corynebacterium lilium, Corynebacterium acetoacidophilum, Corynebacterium acetoglutamicum, Corynebacterium acetophilum, Corynebacterium ammoniagenes, Corynebacterium fujiokense, Corynebacterium nitrilophilus, Brevibacterium ammoniagenes, Brevibacterium butanicum, Brevibacterium divaricatum, Brevibacterium flavum, Brevibacterium healii, Brevibacterium ketoglutamicum, Brevibacterium ketosoreductum, Brevibacterium lactofermentum, Brevibacterium linens, Brevibacterium paraffinolyticum и штаммов, представленных в таблице 3.

28. Способ по п.24, где экспрессия молекулы нуклеиновой кислоты из указанного вектора приводит к модуляции продуцирования указанного химического продукта тонкого органического синтеза.

29. Способ по п.24, где указанный химический продукт тонкого органического синтеза выбран из группы, состоящей из органических кислот, протеиногенных и непротеиногенных аминокислот, пуриновых и пиримидиновых оснований, нуклеозидов, нуклеотидов, липидов, насыщенных и ненасыщенных жирных кислот, диолов, углеводов, ароматических соединений, витаминов, кофакторов, поликетидов и ферментов.

30. Способ по п.24, где указанный химический продукт является аминокислотой.

31. Способ по п.30, где указанная аминокислота выбрана из группы, состоящей из лизина, глутамата, глутамина, аланина, аспартата, глицина, серина, треонина, метионина, цистеина, валина, лейцина, изолейцина, аргинина, пролина, гистидина, тирозина, фенилаланина и триптофана.

32. Способ получения химического продукта тонкого органического синтеза, предусматривающий культивирование клетки, геномная ДНК которой была изменена включением молекулы нуклеиновой кислоты по любому из пп.1-8.

33. Способ диагностики или определение активности Corynebacterium diphtheriae у пациента, предусматривающий определение по меньшей мере одной молекулы нуклеиновой кислоты по пп.1-7 или по меньшей мере одной молекулы полипептида по пп.17-22, таким образом диагностируя или определяя активность Corynebacterium diphtheriae у пациента.

34. Клетка-хозяин, содержащая молекулу нуклеиновой кислоты, выбранную из группы, состоящей из последовательностей с нечетными номерами SEQ ID NO:3-39, 43-51, 55-69, 73-83, 87-177, 181-243 и 247-781, где молекула нуклеиновой кислоты является разрушенной.

35. Клетка-хозяин, содержащая молекулу нуклеиновой кислоты, выбранную из группы, состоящей из последовательностей с нечетными номерами SEQ ID NO:3-39, 43-51, 55-69, 73-83, 87-177, 181-243 и 247-781, где молекула нуклеиновой кислоты содержит одну или несколько модификаций нуклеиновой кислоты по сравнению с любой последовательностью с нечетным номером SEQ ID NO:3-39, 43-51, 55-69, 73-83, 87-177, 181-243 и 247-781.

36. Клетка-хозяин, содержащая молекулу нуклеиновой кислоты, выбранную из группы, состоящей из последовательностей с нечетными номерами SEQ ID NO:3-39, 43-51, 55-69, 73-83, 87-177, 181-243 и 247-781, где регуляторный участок молекулы нуклеиновой кислоты модифицирован относительно регуляторного участка молекулы дикого типа.