JP2003502018A - 蛋白質 - Google Patents
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Abstract
(57)【要約】Streptococcus pneumoniae
（肺炎球菌）から得られる種々の新規な抗原、ならびにそれらの同族体、誘導体及び断片を提供する。これらの医療、特に S. pneumoniae感染症の治療と予防における使用について述べている。また、診断におけるこれら抗原の使用についても述べている。
Description
【０００１】
本発明は、Streptococcus pneumoniaeから抽出される蛋白質、該蛋白質をコー
ド化する核酸分子、該核酸及び／又は蛋白質の、抗原／免疫原としての、また検
出／診断における使用、ならびに抗菌性ターゲットとして可能性がある蛋白質／
核酸配列をスクリーニングする方法に関する。
ド化する核酸分子、該核酸及び／又は蛋白質の、抗原／免疫原としての、また検
出／診断における使用、ならびに抗菌性ターゲットとして可能性がある蛋白質／
核酸配列をスクリーニングする方法に関する。
【０００２】
呼吸器疾患は、今なお世界の至る所で、病的状態と死亡の大きな原因となって
いる。肺炎球菌Streptococcus pneumoniaeは呼吸経路中の重要な病原菌である。
この病原菌による感染症には、中耳炎、下部呼吸経路の感染症、菌血症及び髄膜
炎が含まれる。
いる。肺炎球菌Streptococcus pneumoniaeは呼吸経路中の重要な病原菌である。
この病原菌による感染症には、中耳炎、下部呼吸経路の感染症、菌血症及び髄膜
炎が含まれる。
【０００３】
Streptococcus pneumoniaeは、俗に肺炎球菌と呼ばれる重要な病原菌である。
開発途上国及び先進国における人が罹る疾病との関連で、Streptococcus pneumo niae が依然として軽視できない存在であるという、権威筋の調査がある(Fiber,
G.R., Science, 265: 1385-1387 (1994))。この調査は、全地球的規模でこの微
生物が急性呼吸器感染症の病原菌として最も普遍的なものと信じられており、毎
年100万人もの児童の死を、大部分は開発途上国でもたらしていると見積もられ
ていることを示している (Stansfield, S.K., Pediatr. Infect. Dis., 6: 622(
1987))。米国では、肺炎球菌は依然として細菌性肺炎の最も普遍的な原因であり
、この病原菌による肺炎の罹患率は、特に幼児、高齢者、及び肺炎に罹患しやす
い条件となる、脾臓不全症(asplenia)、心臓疾患、肺疾患、腎臓疾患、糖尿病、
アルコール中毒、或いは免疫抑制型の機能障害、なかんずくAIDS(後天性免疫不
全症候群)等の患者において特に高いことが示唆されている (Breiman et al, Ar
ch. Intern. Med., 150:1401(1990))。これらのグループでは、肺炎菌による敗
血症、ひいては髄膜炎のリスクが高く、従って、肺炎球菌の感染が原因で死亡に
至る危険性が大きい。また、肺炎球菌は、中耳炎及び副鼻腔炎の最重要原因でも
あり、これらの疾病は、今日でも開発途上国の児童に広く蔓延している感染症で
あり、そのために多大の費用がかかっている。
開発途上国及び先進国における人が罹る疾病との関連で、Streptococcus pneumo niae が依然として軽視できない存在であるという、権威筋の調査がある(Fiber,
G.R., Science, 265: 1385-1387 (1994))。この調査は、全地球的規模でこの微
生物が急性呼吸器感染症の病原菌として最も普遍的なものと信じられており、毎
年100万人もの児童の死を、大部分は開発途上国でもたらしていると見積もられ
ていることを示している (Stansfield, S.K., Pediatr. Infect. Dis., 6: 622(
1987))。米国では、肺炎球菌は依然として細菌性肺炎の最も普遍的な原因であり
、この病原菌による肺炎の罹患率は、特に幼児、高齢者、及び肺炎に罹患しやす
い条件となる、脾臓不全症(asplenia)、心臓疾患、肺疾患、腎臓疾患、糖尿病、
アルコール中毒、或いは免疫抑制型の機能障害、なかんずくAIDS(後天性免疫不
全症候群)等の患者において特に高いことが示唆されている (Breiman et al, Ar
ch. Intern. Med., 150:1401(1990))。これらのグループでは、肺炎菌による敗
血症、ひいては髄膜炎のリスクが高く、従って、肺炎球菌の感染が原因で死亡に
至る危険性が大きい。また、肺炎球菌は、中耳炎及び副鼻腔炎の最重要原因でも
あり、これらの疾病は、今日でも開発途上国の児童に広く蔓延している感染症で
あり、そのために多大の費用がかかっている。
【０００４】
肺炎球菌による感染症に対する有効な予防策の必要性が、近年、ペニシリン耐
性肺炎球菌が出現したことによって注目を集めている。米国の12州の13箇所の病
院から単離された肺炎球菌の6.6％がペニシリン耐性であり、一部の菌は第3世代
のシクロスポリンを含む他の抗生物質にも耐性を持っていることが明らかになっ
たと報告されている (Schappert, S.M., Vital and Health Statistics of the
Centres for Disease Control/National Centre for Health Statistics, 214:
1 (1992))。一部の病院では、ペニシリン耐性菌は更に高率(最高20％)を占める
可能性がある (Breiman et al, J. Am. Med. Assoc., 271:1831(1994))。肺炎球
菌の間におけるペニシリン耐性菌の出現は、ペニシリンが何十年間も有効な治療
方法であり続けた後に、近年になって突然起こった事なので、これらの発見は、
我々に警告を与えるものと考えられている。
性肺炎球菌が出現したことによって注目を集めている。米国の12州の13箇所の病
院から単離された肺炎球菌の6.6％がペニシリン耐性であり、一部の菌は第3世代
のシクロスポリンを含む他の抗生物質にも耐性を持っていることが明らかになっ
たと報告されている (Schappert, S.M., Vital and Health Statistics of the
Centres for Disease Control/National Centre for Health Statistics, 214:
1 (1992))。一部の病院では、ペニシリン耐性菌は更に高率(最高20％)を占める
可能性がある (Breiman et al, J. Am. Med. Assoc., 271:1831(1994))。肺炎球
菌の間におけるペニシリン耐性菌の出現は、ペニシリンが何十年間も有効な治療
方法であり続けた後に、近年になって突然起こった事なので、これらの発見は、
我々に警告を与えるものと考えられている。
【０００５】
これらの病原菌が惹き起こす疾病による負担はきわめて大きなもので、国家予
算に対する影響も著しい。Streptococcus pneumoniaeに使用できるワクチンは存
在するが、このワクチンは、２歳未満の幼児に対してはあまり効果がない。感染
した患者に対する現在の治療法は、抗生物質に依存している。Streptocuccus pn eumoniae による感染症に罹っている患者たちには開発途上国で暮らしている者が
多く、そうした国の中には、適切な治療を受ける機会がきわめて限られている国
も存在する。つまり、抗生物質による治療を受けられない場合がある。先進国で
は抗生物質が入手できる反面、これらの細菌における抗生物質耐性の発現が無視
できないものとなっている。
算に対する影響も著しい。Streptococcus pneumoniaeに使用できるワクチンは存
在するが、このワクチンは、２歳未満の幼児に対してはあまり効果がない。感染
した患者に対する現在の治療法は、抗生物質に依存している。Streptocuccus pn eumoniae による感染症に罹っている患者たちには開発途上国で暮らしている者が
多く、そうした国の中には、適切な治療を受ける機会がきわめて限られている国
も存在する。つまり、抗生物質による治療を受けられない場合がある。先進国で
は抗生物質が入手できる反面、これらの細菌における抗生物質耐性の発現が無視
できないものとなっている。
【０００６】
それ故、S. pneumoniaeに対する有効なワクチンの開発が望ましい目的の一つ
である。特に、幼児に対して使用できるワクチンを開発することが望ましい。
である。特に、幼児に対して使用できるワクチンを開発することが望ましい。
【０００７】
肺炎球菌による感染症を予防するためのワクチンを準備するために、種々のア
プローチが行われてきた。困難は、例えばこの菌の外周にある多糖類の莢膜の構
造に基づく血清型(serotype)の多様性（少なくとも90種が存在する）によっても
たらされる。個々の血清型に対するワクチンが他の血清型には効かず、この事は
ワクチンが大多数の患者に有効であるためには全ての血清型を網羅する多糖類抗
原を含まねばならないことを意味する。もう一つの問題が生じている理由は、莢
膜の多糖類（各々が血清型を決定し、主要な保護抗原である）を精製し、ワクチ
ンとして使用しても、２歳未満の幼児、すなわち発病性(invasive)の肺炎球菌感
染、及び髄膜炎の発症件数が最も多い年齢グループには信頼できるレベルの防護
効果を持つ抗体応答を誘発しないことである。
プローチが行われてきた。困難は、例えばこの菌の外周にある多糖類の莢膜の構
造に基づく血清型(serotype)の多様性（少なくとも90種が存在する）によっても
たらされる。個々の血清型に対するワクチンが他の血清型には効かず、この事は
ワクチンが大多数の患者に有効であるためには全ての血清型を網羅する多糖類抗
原を含まねばならないことを意味する。もう一つの問題が生じている理由は、莢
膜の多糖類（各々が血清型を決定し、主要な保護抗原である）を精製し、ワクチ
ンとして使用しても、２歳未満の幼児、すなわち発病性(invasive)の肺炎球菌感
染、及び髄膜炎の発症件数が最も多い年齢グループには信頼できるレベルの防護
効果を持つ抗体応答を誘発しないことである。
【０００８】
莢膜の抗原を用いるアプローチの変法の一つは、多糖類を蛋白質に結合させる
ことにより、特に抗体応答にＴ細胞依存性を付与することによって、免疫応答を
増強するものである。このアプローチは、例えば、Haemophilus influenzae菌に
対するワクチンの開発に用いられたことがある。しかしながら、多種にわたる多
糖類を網羅するワクチンであることと、蛋白質を結合させることの両方に関連す
るコストの問題が存在する。
ことにより、特に抗体応答にＴ細胞依存性を付与することによって、免疫応答を
増強するものである。このアプローチは、例えば、Haemophilus influenzae菌に
対するワクチンの開発に用いられたことがある。しかしながら、多種にわたる多
糖類を網羅するワクチンであることと、蛋白質を結合させることの両方に関連す
るコストの問題が存在する。
【０００９】
第３のアプローチは、ワクチンの候補となる可能性をもった他の抗原性成分を
探すことである。これが、本発明の根拠である。現在、我々は、S. pneumoniae
から得られる抗原性／免疫原性をもつ多数の蛋白質を確認している。
探すことである。これが、本発明の根拠である。現在、我々は、S. pneumoniae
から得られる抗原性／免疫原性をもつ多数の蛋白質を確認している。
【００１０】
それ故に、本発明の第1の形態は、S. pneumoniaeから得られる、以下に列記す
るような蛋白質もしくはポリペプチドを提供することである。
るような蛋白質もしくはポリペプチドを提供することである。
【００１１】
(ｉ) SDS/PAGEによって測定した分子量が55kDaで、N(アミノ)-末端のアミ
ノ酸配列がＶＥＰＫＡＫＰＡＤＰＳＶＶであるもの；
ノ酸配列がＶＥＰＫＡＫＰＡＤＰＳＶＶであるもの；
【００１２】
(ii) SDS/PAGEによって測定した分子量が50kDaで、N-末端のアミノ酸配列
がＮＤＲＬＶＡＴＱＳＡＤＧＲＮＥＳＶＬＭＳＩＥＴであるもの；
がＮＤＲＬＶＡＴＱＳＡＤＧＲＮＥＳＶＬＭＳＩＥＴであるもの；
【００１３】
(iii) SDS/PAGEによって測定した分子量が85kDaで、N-末端のアミノ酸配列
がＥＤＴＴＮＳＲＦＧＳＱＦＤＫＹＲＱＰＮＡＥＰＤＨＳＨＤＡＶＳＡＤＮＳＴ
ＡＨＮＲＦＧＹＧＦＡＩＧＳＫＹＩＲＹＤであるもの；
がＥＤＴＴＮＳＲＦＧＳＱＦＤＫＹＲＱＰＮＡＥＰＤＨＳＨＤＡＶＳＡＤＮＳＴ
ＡＨＮＲＦＧＹＧＦＡＩＧＳＫＹＩＲＹＤであるもの；
【００１４】
(iv) SDS/PAGEによって測定した分子量が38kDaで、N-末端のアミノ酸配列
がＤＫＹＲＱＰＮＡＥＰＤＤＨＨＹＡＶであるもの；
がＤＫＹＲＱＰＮＡＥＰＤＤＨＨＹＡＶであるもの；
【００１５】
(ｖ) SDS/PAGEによって測定した分子量が30kDaで、N-末端のアミノ酸配列
がＤＡＶＳＡＤ又はＳＥＴＮＶＹであるもの；
がＤＡＶＳＡＤ又はＳＥＴＮＶＹであるもの；
【００１６】
(vi) SDS/PAGEによって測定した分子量が32kDAで、N-末端のアミノ酸配列
がＤＫＶＤＧＬＳＡＫＰＤＩＬＫＰであるもの；
がＤＫＶＤＧＬＳＡＫＰＤＩＬＫＰであるもの；
【００１７】
(vii) SDS/PAGEによって測定した分子量が43kDaで、N-末端のアミノ酸配列
がＥＬＫＥＥＧ(Ｗ)ＶＶＫであるもの；
がＥＬＫＥＥＧ(Ｗ)ＶＶＫであるもの；
【００１８】
(viii) SDS/PAGEによって測定した分子量が100kDaで、N-末端のアミノ酸配列
がＥＶＨＡであるもの； (ix) SDS/PAGEによって測定した分子量が14kDa未満で、N-末端のアミノ酸
配列がＭＫＬＮＥＶＫＥＦＶＫＥＬＲＡＥＴであるもの；
がＥＶＨＡであるもの； (ix) SDS/PAGEによって測定した分子量が14kDa未満で、N-末端のアミノ酸
配列がＭＫＬＮＥＶＫＥＦＶＫＥＬＲＡＥＴであるもの；
【００１９】
(ｘ) SDS/PAGEによって測定した分子量が14kDa未満で、N-末端のアミノ酸
配列がＡＫＹＥＩＬＹＩＥＬＰＮＩＥＥＦＡＫであるもの；
配列がＡＫＹＥＩＬＹＩＥＬＰＮＩＥＥＦＡＫであるもの；
【００２０】
(xi) SDS/PAGEによって測定した分子量が14kDa未満で、N-末端のアミノ酸
配列がＩ(Ｒ)ＬＴＲＭ(Ｅ)ＧＧＫＫＫＰ(Ｋ)ＦＹＹであるもの；
配列がＩ(Ｒ)ＬＴＲＭ(Ｅ)ＧＧＫＫＫＰ(Ｋ)ＦＹＹであるもの；
【００２１】
(xii) SDS/PAGEによって測定した分子量が16kDaで、N-末端のアミノ酸配列
がＶＭＴＤＰＩＡＤＸＬＸＲＩであるもの；
がＶＭＴＤＰＩＡＤＸＬＸＲＩであるもの；
【００２２】
(xiii) SDS/PAGEによって測定した分子量が27.5kDaで、N-末端のアミノ酸配
列が(ＶＡ)(ＫＥ)ＬＶＦＡＲＨＧＥ(ＬＴ)Ｅ(ＮＫ)であるもの；
列が(ＶＡ)(ＫＥ)ＬＶＦＡＲＨＧＥ(ＬＴ)Ｅ(ＮＫ)であるもの；
【００２３】
(xiv) SDS/PAGEによって測定した分子量が44kDaで、N-末端のアミノ酸配列
がＩＩＴＤＶＹＡＲＥＶＬＤＳＲＧＮＰＴＬであるもの；
がＩＩＴＤＶＹＡＲＥＶＬＤＳＲＧＮＰＴＬであるもの；
【００２４】
(xv) SDS PAGEによって還元条件下で測定した分子量が12kDa〜14kDaで、下
記のアミノ末端アミノ酸配列を有するもの；
記のアミノ末端アミノ酸配列を有するもの；
【００２５】
Ａ Ｌ Ｎ Ｉ Ｅ Ｎ Ｉ Ｉ Ａ Ｅ Ｉ Ｋ Ｉ Ａ Ｓ
Ala Leu Asn Ile Glu Asn Ile Ile Ala Glu Ile Lys Ile Ala Ser
【００２６】
(xvi) 上記(xv)に記載の蛋白質の低毒性の変種もしくは断片；
【００２７】
(xvii) SDS PAGEによって還元条件下で測定された分子量が約16kDaであるも
の；
の；
【００２８】
(xviii) SDS PAGEによって還元条件下で測定された分子量が約57kDaで、下記
のアミノ末端アミノ酸配列を有するもの；
のアミノ末端アミノ酸配列を有するもの；
【００２９】
Ｒ Ｉ Ｉ Ｋ Ｆ Ｖ Ｙ Ａ Ｋ
Alg Ile Ile Lys Phe Val Tyr Ala Lys
【００３０】
本発明の蛋白質又はポリペプチドは、実質的に純粋な形で得られる。例えば実
質的に他の蛋白質を含まない形で得られる。上記の分子量それぞれに関しては、
熟練者ならば、測定者が異なる場合は勿論、同一測定者が別の時期に測定した場
合にも、得られる結果が僅かに異なる場合があり得ることを理解できよう。それ
故に、本明細書中に記載する分子量の数値は、±５％、時には±10％の幅を持た
せて読むべきである。
質的に他の蛋白質を含まない形で得られる。上記の分子量それぞれに関しては、
熟練者ならば、測定者が異なる場合は勿論、同一測定者が別の時期に測定した場
合にも、得られる結果が僅かに異なる場合があり得ることを理解できよう。それ
故に、本明細書中に記載する分子量の数値は、±５％、時には±10％の幅を持た
せて読むべきである。
【００３１】
本明細書中で論ずるごとく、本発明の蛋白質及び／又はポリペプチドは、抗原
性物質として有用である。この種の物質は、「抗原性」及び／又は「免疫原性」
たり得る。一般に「抗原性」とは、該蛋白質もしくはポリペプチドが、抗体を発
生せしめるために使用され得るか、もしくは実際に患者に抗体応答を誘発せしめ
得ることを意味すると解される。「免疫原性」とは、該蛋白質もしくはポリペプ
チドが患者に免疫応答を誘発せしめ得ることを意味すると解される。それ故、後
者の場合には、該蛋白質もしくはポリペプチドは、抗体応答のみならず、それに
加えて抗体に基づかない免疫応答をも発生せしめる能力をもつ場合がある。
性物質として有用である。この種の物質は、「抗原性」及び／又は「免疫原性」
たり得る。一般に「抗原性」とは、該蛋白質もしくはポリペプチドが、抗体を発
生せしめるために使用され得るか、もしくは実際に患者に抗体応答を誘発せしめ
得ることを意味すると解される。「免疫原性」とは、該蛋白質もしくはポリペプ
チドが患者に免疫応答を誘発せしめ得ることを意味すると解される。それ故、後
者の場合には、該蛋白質もしくはポリペプチドは、抗体応答のみならず、それに
加えて抗体に基づかない免疫応答をも発生せしめる能力をもつ場合がある。
【００３２】
熟練者ならば、本発明の蛋白質もしくはポリペプチドの同族体又は誘導体も、
本発明の文脈中において、すなわち抗原性／免疫原性物質として用いられ得るこ
とを理解できよう。それ故、例えば１個又は２個以上の付加、欠失、置換又はそ
れに類するものを含む蛋白質もしくはポリペプチドも、本発明に包括されるので
ある。更に、１個のアミノ酸を、同一「タイプ」の他のアミノ酸で置き換えるこ
とも可能であろう。例えば、疎水性アミノ酸の１個を、別の疎水性アミノ酸で置
き換える類である。アミノ酸配列の比較には、CLUS-TALプログラムのようなプロ
グラムを使用することができる。このプログラムは、アミノ酸配列を比較し、適
切などちらかの配列にスペースを挿入することにより、最適のアラインメントを
見出すものである。最適アラインメントのためのアミノ酸の同一性又は類似性（
アミノ酸の同一性プラスアミノ酸タイプの保全）を計算することが可能である。
BLASTxのごときプログラムは、類似のアミノ酸配列の最長ストレッチが揃うよう
に調整し、適合度の数値を定めるであろう。かくして、それぞれ異なるスコアを
持った複数の類似性領域を有する場合の比較を行うことが可能である。本発明で
は、いずれのタイプの分析も想定されている。
本発明の文脈中において、すなわち抗原性／免疫原性物質として用いられ得るこ
とを理解できよう。それ故、例えば１個又は２個以上の付加、欠失、置換又はそ
れに類するものを含む蛋白質もしくはポリペプチドも、本発明に包括されるので
ある。更に、１個のアミノ酸を、同一「タイプ」の他のアミノ酸で置き換えるこ
とも可能であろう。例えば、疎水性アミノ酸の１個を、別の疎水性アミノ酸で置
き換える類である。アミノ酸配列の比較には、CLUS-TALプログラムのようなプロ
グラムを使用することができる。このプログラムは、アミノ酸配列を比較し、適
切などちらかの配列にスペースを挿入することにより、最適のアラインメントを
見出すものである。最適アラインメントのためのアミノ酸の同一性又は類似性（
アミノ酸の同一性プラスアミノ酸タイプの保全）を計算することが可能である。
BLASTxのごときプログラムは、類似のアミノ酸配列の最長ストレッチが揃うよう
に調整し、適合度の数値を定めるであろう。かくして、それぞれ異なるスコアを
持った複数の類似性領域を有する場合の比較を行うことが可能である。本発明で
は、いずれのタイプの分析も想定されている。
【００３３】
同族体及び誘導体の場合には、本明細書中に記述されている蛋白質又はポリペ
プチドとの同一性よりも、該同族体もしくは誘導体が、Streptococcus pneumoni ae に対する抗原性もしくは免疫原性を保持すべきことの方が、より重要である。
しかしながら、本明細書中に記述されている蛋白質もしくはポリペプチドと60％
以上の類似性(上に論じられたような)を持つ同族体もしくはポリペプチドが提供
されることが好都合である。70％以上、更には80％以上の類似性を持つ同族体又
は誘導体が提供されることが好ましく、90％以上、更には95％以上の類似性を持
つ同族体又は誘導体が提供されることが最も好ましい。
プチドとの同一性よりも、該同族体もしくは誘導体が、Streptococcus pneumoni ae に対する抗原性もしくは免疫原性を保持すべきことの方が、より重要である。
しかしながら、本明細書中に記述されている蛋白質もしくはポリペプチドと60％
以上の類似性(上に論じられたような)を持つ同族体もしくはポリペプチドが提供
されることが好都合である。70％以上、更には80％以上の類似性を持つ同族体又
は誘導体が提供されることが好ましく、90％以上、更には95％以上の類似性を持
つ同族体又は誘導体が提供されることが最も好ましい。
【００３４】
選ばれ得るアプローチの一つにおいては、該蛋白質もしくは誘導体は、例えば
所要の蛋白質もしくはポリペプチドに有効な標識を付けることにより精製を容易
ならしめるような部分を組み込んだ融合蛋白質とすることができる。「標識」の
除去が必要な場合もあり、また融合蛋白質自体が使用に耐えるに十分な抗原性を
保持している場合もあり得る。
所要の蛋白質もしくはポリペプチドに有効な標識を付けることにより精製を容易
ならしめるような部分を組み込んだ融合蛋白質とすることができる。「標識」の
除去が必要な場合もあり、また融合蛋白質自体が使用に耐えるに十分な抗原性を
保持している場合もあり得る。
【００３５】
本発明の別の要件では、本発明の蛋白質又はポリペプチド、或いはそれらの同
族体もしくは誘導体の、抗原性を有する断片が提供される。
族体もしくは誘導体の、抗原性を有する断片が提供される。
【００３６】
本明細書中に記述される蛋白質又はポリペプチド、或いはそれらの同族体もし
くは誘導体の断片の場合には、状況は多少異なっている。抗原性の蛋白質又はポ
リペプチドをスクリーニングして抗原決定領域(epitopic regions)、すなわち該
蛋白質又はポリペプチドに抗原性或いは免疫原性を付与している領域を確認する
ことが可能であることは周知である。かかるスクリーニングを実施するための方
法は、周知の技術である。それ故、本発明における「断片」は、かかる抗原決定
領域を１個もしくは複数含むか、さもなければそれらの抗原性／免疫原性を保持
するに十分なほど、該領域に類似しているべきである。それ故、本発明に従う断
片に対しては、同一度はおそらく無関係であろう。それらは、本明細書中に記載
されている蛋白質、ポリペプチド、同族体或いは誘導体の特定部分と 100％同一
であり得るからである。もう一度繰り返すが、該断片が抗原性／免疫原性を保持
していることが肝心なのである。
くは誘導体の断片の場合には、状況は多少異なっている。抗原性の蛋白質又はポ
リペプチドをスクリーニングして抗原決定領域(epitopic regions)、すなわち該
蛋白質又はポリペプチドに抗原性或いは免疫原性を付与している領域を確認する
ことが可能であることは周知である。かかるスクリーニングを実施するための方
法は、周知の技術である。それ故、本発明における「断片」は、かかる抗原決定
領域を１個もしくは複数含むか、さもなければそれらの抗原性／免疫原性を保持
するに十分なほど、該領域に類似しているべきである。それ故、本発明に従う断
片に対しては、同一度はおそらく無関係であろう。それらは、本明細書中に記載
されている蛋白質、ポリペプチド、同族体或いは誘導体の特定部分と 100％同一
であり得るからである。もう一度繰り返すが、該断片が抗原性／免疫原性を保持
していることが肝心なのである。
【００３７】
かくして、同族体、誘導体及び断片にとって重要なことは、それらが、由来す
る元の蛋白質又はポリペプチドの抗原性／免疫原性を、少なくともある程度保持
していることである。
る元の蛋白質又はポリペプチドの抗原性／免疫原性を、少なくともある程度保持
していることである。
【００３８】
該蛋白質は、抽出によってS. pneumoniaeから得ることができる。それ故、本
発明の別の形態によれば、単離精製された蛋白質を調製するプロセスが提供され
、このプロセスは下記の工程を含むんでいる。
発明の別の形態によれば、単離精製された蛋白質を調製するプロセスが提供され
、このプロセスは下記の工程を含むんでいる。
【００３９】
(a) S. pneumoniaeの培養を調製し、該培養を適切な条件の下で生育せしめ
、それを収穫した後に洗浄と遠心分離を行って、洗浄済みの菌細胞ペレットを得
る工程；
、それを収穫した後に洗浄と遠心分離を行って、洗浄済みの菌細胞ペレットを得
る工程；
【００４０】
(b) 洗浄済みの菌細胞ペレットを適当な緩衝溶液中に再懸濁し、その後、菌
細胞を破壊する工程；
細胞を破壊する工程；
【００４１】
(c) 遠心分離によって菌細胞の残片を除去し、細胞に含まれていた可溶性蛋
白質を含む上澄み液を得る工程；
白質を含む上澄み液を得る工程；
【００４２】
(d) 得られた溶液を陰イオン交換クロマトグラフィーに付し、塩化ナトリウ
ムで勾配溶出し、分離されるピークのそれぞれに相当する分取フラクションをプ
ールする工程；
ムで勾配溶出し、分離されるピークのそれぞれに相当する分取フラクションをプ
ールする工程；
【００４３】
(e) 蛋白質を含む分取フラクションを、0.5M Tris 塩酸塩 (pH 6.8)；10％(
容量／容量)グリセリン；10％(重量／容量)SDS(ドデシル硫酸ナトリウム)；0.05
％(重量／容量)ブロムフェノールブルー；及び 0.05％(容量／容量)β-メルカプ
トエタノール(モノチオグリコール)を含む緩衝液に懸濁し、混合液を煮沸後、12
％(重量／容量)アクリルアミド／BISの分離用ゲルと4％(重量／容量)のアクリル
アミド／BISのスタッキング用ゲルを使用し、スタッキング用ゲル中では16 mA、
分解(resolving)ゲル中では24 mAで電気泳動させるSDS-PAGE法によって精製する
工程；及び
容量／容量)グリセリン；10％(重量／容量)SDS(ドデシル硫酸ナトリウム)；0.05
％(重量／容量)ブロムフェノールブルー；及び 0.05％(容量／容量)β-メルカプ
トエタノール(モノチオグリコール)を含む緩衝液に懸濁し、混合液を煮沸後、12
％(重量／容量)アクリルアミド／BISの分離用ゲルと4％(重量／容量)のアクリル
アミド／BISのスタッキング用ゲルを使用し、スタッキング用ゲル中では16 mA、
分解(resolving)ゲル中では24 mAで電気泳動させるSDS-PAGE法によって精製する
工程；及び
【００４４】
(f) 分子量が12−14kDa、16kDa、34kDa又は57kDaの蛋白質を含む分画を選び
、選ばれた分画から蛋白質を単離する工程。
、選ばれた分画から蛋白質を単離する工程。
【００４５】
これに代わる方法として、本発明の蛋白質を実質的に純粋な形で得るために、
遺伝子クローニング技術を使用しても良い。この種の技術は、例えば、J. Sambr
ook et al, Molecular Cloning 2nd Edition, Cold Spring Harbor Laboratory
Press(1989) に開示されている。かくして、本明細書中に開示されている蛋白質
のアミノ(N-)末端配列は、個々の蛋白質をコーディングする遺伝子を単離するた
めのプローブの根幹として使用することができる。そこで、本発明の別の要件で
は、下記のような遺伝子配列を含むか、下記のような配列から成る核酸分子を提
供する：
遺伝子クローニング技術を使用しても良い。この種の技術は、例えば、J. Sambr
ook et al, Molecular Cloning 2nd Edition, Cold Spring Harbor Laboratory
Press(1989) に開示されている。かくして、本明細書中に開示されている蛋白質
のアミノ(N-)末端配列は、個々の蛋白質をコーディングする遺伝子を単離するた
めのプローブの根幹として使用することができる。そこで、本発明の別の要件で
は、下記のような遺伝子配列を含むか、下記のような配列から成る核酸分子を提
供する：
【００４６】
(ｉ) 本明細書中に記載の蛋白質又はポリペプチドをコードするＤＮＡ配列、
又はそれに等価のＲＮＡ；
又はそれに等価のＲＮＡ；
【００４７】
(ii) 上記(ｉ)の配列のいずれかと相補的である配列；
【００４８】
(iii) 上記(ｉ)及び(ii)の配列のいずれかと実質的に同一な部分を持つ配列；
【００４９】
(iv) 本明細書中に記載の蛋白質の同族体、誘導体もしくは断片をコードする
配列。
配列。
【００５０】
本発明に係る核酸分子は、上記のような配列及び／又は断片を複数含んでも良
い。熟練者ならば、本発明は、本明細書中に例示されている特定の新規な核酸分
子の新規な変種をも含み得ることを理解するであろう。かかる変種は、本発明に
包括される。これらは、例えば菌株の変異のために、天然に存在する場合もある
。例えば、付加、置換及び／又は欠失が含まれる。更に、また特に微生物の発現
システムを利用する場合には、発現に用いられようとしている特定の生物に既知
の好ましいコドン処理を利用することによって核酸配列を操作したいと望まれる
場合もあり得る。かくして、合成の、すなわち天然には存在しない変種も、本発
明の範囲に包括されるのである。
い。熟練者ならば、本発明は、本明細書中に例示されている特定の新規な核酸分
子の新規な変種をも含み得ることを理解するであろう。かかる変種は、本発明に
包括される。これらは、例えば菌株の変異のために、天然に存在する場合もある
。例えば、付加、置換及び／又は欠失が含まれる。更に、また特に微生物の発現
システムを利用する場合には、発現に用いられようとしている特定の生物に既知
の好ましいコドン処理を利用することによって核酸配列を操作したいと望まれる
場合もあり得る。かくして、合成の、すなわち天然には存在しない変種も、本発
明の範囲に包括されるのである。
【００５１】
上に用いられている「等価のＲＮＡ(RNA equivalent)」という用語は、与えら
れたＲＮＡ分子の配列が、与えられたＤＮＡ分子のそれと相補的である（但し、
ＲＮＡでは“Ｕ”が遺伝子コードの“Ｔ”の代わりとなる事実を考慮して）こと
を示す。
れたＲＮＡ分子の配列が、与えられたＤＮＡ分子のそれと相補的である（但し、
ＲＮＡでは“Ｕ”が遺伝子コードの“Ｔ”の代わりとなる事実を考慮して）こと
を示す。
【００５２】
相同或いは同一性の度合を決定する目的で核酸の配列を比較する場合、BESTFI
T及びGAPのようなプログラム（いずれもウィスコンシン遺伝学コンピュータ・グ
ループ＝Wis- consin Genetics Computer Group, GCG＝のソフトウェア・パッケ
ージより）を使用することができる。例えば、BESTFIT は、２種の遺伝子配列を
比較して、最も近似したセグメントの最適のアラインメントを求めるものである
。 GAPは、２つの配列をそれらの全長にわたって並べ得るようにし、適当ないず
れかの配列にスペースを挿入することによって最適のアラインメントを見出すも
のである。本発明の文脈で、比較が核酸配列の同一性を論じる場合、比較は核酸
配列の全長にわたるアラインメントによって行うのが適当である。
T及びGAPのようなプログラム（いずれもウィスコンシン遺伝学コンピュータ・グ
ループ＝Wis- consin Genetics Computer Group, GCG＝のソフトウェア・パッケ
ージより）を使用することができる。例えば、BESTFIT は、２種の遺伝子配列を
比較して、最も近似したセグメントの最適のアラインメントを求めるものである
。 GAPは、２つの配列をそれらの全長にわたって並べ得るようにし、適当ないず
れかの配列にスペースを挿入することによって最適のアラインメントを見出すも
のである。本発明の文脈で、比較が核酸配列の同一性を論じる場合、比較は核酸
配列の全長にわたるアラインメントによって行うのが適当である。
【００５３】
好ましくは、実質的な同一性を持つ配列は、上記の配列と、50％以上の配列の
同一性を持ち、望ましくは75％以上の配列の同一性、更に望ましくは90％以上、
或いは95％以上の配列の同一性を持つ。場合によっては、配列の同一は99％以上
になり得る。
同一性を持ち、望ましくは75％以上の配列の同一性、更に望ましくは90％以上、
或いは95％以上の配列の同一性を持つ。場合によっては、配列の同一は99％以上
になり得る。
【００５４】
望ましくは、「実質的に同一の」という用語は、該用語に係る配列が、先行技
術の核酸配列に対してよりも、本明細書に記述される任意の配列に対して大きな
同一性を有することを表わす。
術の核酸配列に対してよりも、本明細書に記述される任意の配列に対して大きな
同一性を有することを表わす。
【００５５】
但し、本発明の核酸配列が、新規な遺伝子所産(gene product)の少なくとも一
部をコーディングしている場合には、本発明は、該遺伝子所産もしくはその新規
な一部分をコードする可能な配列のすべてをも、その範囲に含むことに注意すべ
きである。
部をコーディングしている場合には、本発明は、該遺伝子所産もしくはその新規
な一部分をコードする可能な配列のすべてをも、その範囲に含むことに注意すべ
きである。
【００５６】
核酸分子は、天然細胞から分離された形でも、組換えられた形でも良い。核酸
分子がベクターに組み込まれていても、更に該ベクターが宿主に組み込まれてい
ても良い。かかるベクター及び適当な宿主は、本発明の別の要件を構成するもの
である。
分子がベクターに組み込まれていても、更に該ベクターが宿主に組み込まれてい
ても良い。かかるベクター及び適当な宿主は、本発明の別の要件を構成するもの
である。
【００５７】
それ故、例えば本明細書中に記述されるアミノ(N-)末端アミノ酸配列に基づい
て設計されたプローブを使用することにより、Streptococcus pneumoniaeの遺伝
子が同定され得る。次いでこれら遺伝子を、制限酵素を用いて切断し、ベクター
中にクローニングすることができる。ベクターを、発現に適当な宿主に導入する
ことができる。
て設計されたプローブを使用することにより、Streptococcus pneumoniaeの遺伝
子が同定され得る。次いでこれら遺伝子を、制限酵素を用いて切断し、ベクター
中にクローニングすることができる。ベクターを、発現に適当な宿主に導入する
ことができる。
【００５８】
本発明の核酸分子は、該核酸分子の配列の一部と相補的な適当なプローブを用
いることにより、S. pneumoniaeから得られる。プローブとするための適当な大
きさの断片を得るためには、制限酵素もしくは超音波処理技術を用いることがで
きる。
いることにより、S. pneumoniaeから得られる。プローブとするための適当な大
きさの断片を得るためには、制限酵素もしくは超音波処理技術を用いることがで
きる。
【００５９】
或いは、所望の核酸配列を増幅するために、ＰＣＲ(ポリメラーゼ連鎖反応)技
術を使用しても良い。それ故、本明細書中に提供される遺伝子配列データを、Ｐ
ＣＲで使用し、遺伝子全体もしくはその断片を含む所要の配列を標的とし、次い
で高度に増幅するための、２個のプライマーの設計に使用することができる。１
個のプライマーは、通常、１個のＤＮＡストランド上に位置する第１の配列に高
度の特異性を示し、もう１個のプライマーは、通常、該ＤＮＡ配列の相補的スト
ランド上の、第１の配列に対する相補的配列から隔たった位置に存在する第２の
配列に高度の特異性を示すであろう。
術を使用しても良い。それ故、本明細書中に提供される遺伝子配列データを、Ｐ
ＣＲで使用し、遺伝子全体もしくはその断片を含む所要の配列を標的とし、次い
で高度に増幅するための、２個のプライマーの設計に使用することができる。１
個のプライマーは、通常、１個のＤＮＡストランド上に位置する第１の配列に高
度の特異性を示し、もう１個のプライマーは、通常、該ＤＮＡ配列の相補的スト
ランド上の、第１の配列に対する相補的配列から隔たった位置に存在する第２の
配列に高度の特異性を示すであろう。
【００６０】
典型的には、プライマーは、少なくともヌクレオチド単位15個ないし25個の長
さを持つであろう。
さを持つであろう。
【００６１】
更なる代替法として、化学合成を用いるても良い。比較的短い配列を化学的に
合成し、それらを結び合わせて長い配列とすることができる。
合成し、それらを結び合わせて長い配列とすることができる。
【００６２】
また、本明細書中で論ずるごとく、発明者等は、分子量が12〜14kDaの蛋白質
は毒素であり、もし変性して弱毒化するならば、効果の高いワクチンとなりそう
な事をも見出している。係る蛋白質の毒性部分を特定する方法には、遺伝子配列
が切り取られた断片もしくは突然変異株(mutant)を作ることが含まれる。
は毒素であり、もし変性して弱毒化するならば、効果の高いワクチンとなりそう
な事をも見出している。係る蛋白質の毒性部分を特定する方法には、遺伝子配列
が切り取られた断片もしくは突然変異株(mutant)を作ることが含まれる。
【００６３】
本明細書中で論ずるごとく、本発明の蛋白質も、またその同族体及び断片も、
免疫原としての用途に供される。それ故、もう一つの要件で、本発明は、本発明
の蛋白質、それらの同族体及び／又は断片の、医療用、特にS. pneumoniaeによ
る感染症の予防及び／又は治療用としての使用を提供する。
免疫原としての用途に供される。それ故、もう一つの要件で、本発明は、本発明
の蛋白質、それらの同族体及び／又は断片の、医療用、特にS. pneumoniaeによ
る感染症の予防及び／又は治療用としての使用を提供する。
【００６４】
更なる一要件として、本発明は、本明細書に記述する蛋白質又はポリペプチド
、もしくはその同族体又は誘導体、及び／又はこれらの内のいずれかの断片の、
１種以上を含む免疫原性／抗原性組成物を提供する。好ましい一具体例では、該
免疫原性／抗原性組成物は、ワクチンであるか、もしくは診断目的の試験に使用
されるためのものである。
、もしくはその同族体又は誘導体、及び／又はこれらの内のいずれかの断片の、
１種以上を含む免疫原性／抗原性組成物を提供する。好ましい一具体例では、該
免疫原性／抗原性組成物は、ワクチンであるか、もしくは診断目的の試験に使用
されるためのものである。
【００６５】
また、ワクチン組成物は、アジュバントを含んでも良い。専門分野で周知のア
ジュバントの例には、アルミニウム・ヒドロゲルのような無機質ゲルや、不完全
フロイント・アジュバントのような油中水エマルションが含まれる。熟練者には
、他の有用なアジュバントも良く知られているであろう。
ジュバントの例には、アルミニウム・ヒドロゲルのような無機質ゲルや、不完全
フロイント・アジュバントのような油中水エマルションが含まれる。熟練者には
、他の有用なアジュバントも良く知られているであろう。
【００６６】
本発明の蛋白質は、腸経由の（例えば経口、鼻経由、口腔経由、腸管局所、又
は肛門経由の投与）、或いは腸を経由しない（例えば静脈内、皮下、筋肉内、又
は腹腔内への投与）経路を含む、種々の経路で投与される。
は肛門経由の投与）、或いは腸を経由しない（例えば静脈内、皮下、筋肉内、又
は腹腔内への投与）経路を含む、種々の経路で投与される。
【００６７】
組成物がとる形態、ならびにそれが含む添加物は、勿論、選ばれる投与経路に
よって変わるであろう。例えば、経口投与用製剤は、シロップ、エリキシル剤（
内服用液剤）、錠剤又はカプセルといった形態であろうし、蛋白質が胃内におけ
る分解から保護し、腸に到達せしめるようにコーティングしても良い。鼻経由、
又は経皮投与用の製剤は、通常は、それぞれスプレー剤又はパッチ剤であろう。
注射用の製剤は、蒸留水もしくは他の医薬用として使用可能な溶媒もしくは懸濁
剤中の溶液又は懸濁液とすることができる。
よって変わるであろう。例えば、経口投与用製剤は、シロップ、エリキシル剤（
内服用液剤）、錠剤又はカプセルといった形態であろうし、蛋白質が胃内におけ
る分解から保護し、腸に到達せしめるようにコーティングしても良い。鼻経由、
又は経皮投与用の製剤は、通常は、それぞれスプレー剤又はパッチ剤であろう。
注射用の製剤は、蒸留水もしくは他の医薬用として使用可能な溶媒もしくは懸濁
剤中の溶液又は懸濁液とすることができる。
【００６８】
施用されるべき本発明の蛋白質の適切な投与量は、臨床医によって決定される
であろう。但し、およその見当として、適当な投与量は体重1kg当たり0.5〜20 m
gとして良い。多くの場合に、投与量は体重１kg当たり１〜15 mg、好ましくは体
重１kg当たり１〜10 mgであると予想される。それ故、体重が約70 kgの人の場合
、典型的な投与量は約70〜700 mgであろう。
であろう。但し、およその見当として、適当な投与量は体重1kg当たり0.5〜20 m
gとして良い。多くの場合に、投与量は体重１kg当たり１〜15 mg、好ましくは体
重１kg当たり１〜10 mgであると予想される。それ故、体重が約70 kgの人の場合
、典型的な投与量は約70〜700 mgであろう。
【００６９】
また、本明細書に記述される核酸配列を、いわゆるＤＮＡワクチンの調製に利
用することも可能である。それ故、本発明は、本明細書中に記載の１種以上の核
酸配列を含むワクチン組成物をも提供する。このようなＤＮＡワクチンの使用に
ついては、専門文献に記述されている。例えば、Donnelly et al, Ann. Rev. Im
munol., 15: 617-648(1997)参照。
用することも可能である。それ故、本発明は、本明細書中に記載の１種以上の核
酸配列を含むワクチン組成物をも提供する。このようなＤＮＡワクチンの使用に
ついては、専門文献に記述されている。例えば、Donnelly et al, Ann. Rev. Im
munol., 15: 617-648(1997)参照。
【００７０】
既に本明細書中で論じたように、本明細書に記述されている蛋白質又はポリペ
プチド、それらの同族体又は誘導体、及び／又はそれらの内のいずれかの断片を
、S. pneumoniaeの検出／診断法に使用することができる。かかる方法は、該蛋
白質に対する抗体が患者の患者の体内に検出されるか否かを試験することに基づ
く。それ故、本発明は、S. pneumoniaeの検出／診断方法において、試験すべき
サンプルを、本明細書に記述する蛋白質、同族体、誘導体又はその断片の１種以
上と接触せしめることを特徴とする方法を提供する。このサンプルは、試験され
るべき患者から採取された組織サンプル、又は血液もしくは唾液のサンプルのよ
うな生物学的サンプルが適当である。
プチド、それらの同族体又は誘導体、及び／又はそれらの内のいずれかの断片を
、S. pneumoniaeの検出／診断法に使用することができる。かかる方法は、該蛋
白質に対する抗体が患者の患者の体内に検出されるか否かを試験することに基づ
く。それ故、本発明は、S. pneumoniaeの検出／診断方法において、試験すべき
サンプルを、本明細書に記述する蛋白質、同族体、誘導体又はその断片の１種以
上と接触せしめることを特徴とする方法を提供する。このサンプルは、試験され
るべき患者から採取された組織サンプル、又は血液もしくは唾液のサンプルのよ
うな生物学的サンプルが適当である。
【００７１】
もう一つのアプローチでは、本明細書に記述する蛋白質、或いはその同族体、
誘導体、及び／又は断片を、抗体の誘起に使用し、その抗体を抗原、ひいてはS. pneumoniae の検出に使用することもできる。このような抗体は、本発明の別の
要件を構成する。本発明の範囲に含まれる抗体は、モノクローナルであっても、
またポリクローナルであっても良い。
誘導体、及び／又は断片を、抗体の誘起に使用し、その抗体を抗原、ひいてはS. pneumoniae の検出に使用することもできる。このような抗体は、本発明の別の
要件を構成する。本発明の範囲に含まれる抗体は、モノクローナルであっても、
またポリクローナルであっても良い。
【００７２】
ポリクローナル抗体は、適当な宿主動物（例えばマウス、ラット、モルモット
、兎、羊、山羊又は猿）の体内に本明細書に記述する蛋白質、或いはその同族体
、誘導体又は断片を注射するときにその産生が刺激されることによって誘起し得
る。所要に応じ、アジュバントを該蛋白質と共に投与しても良い。よく知られて
いるアジュバントには、フロイントのアジュバント(完全型と不完全型がある)及
び水酸化アルミニウムがある。その後に、抗体を上述のような蛋白質との結合に
基づいて精製することができる。
、兎、羊、山羊又は猿）の体内に本明細書に記述する蛋白質、或いはその同族体
、誘導体又は断片を注射するときにその産生が刺激されることによって誘起し得
る。所要に応じ、アジュバントを該蛋白質と共に投与しても良い。よく知られて
いるアジュバントには、フロイントのアジュバント(完全型と不完全型がある)及
び水酸化アルミニウムがある。その後に、抗体を上述のような蛋白質との結合に
基づいて精製することができる。
【００７３】
モノクローナル抗体は、ハイブリドーマから製造することができる。このハイ
ブリドーマは、骨髄腫細胞と所要の抗体を産生する脾臓細胞を融合せしめ、不死
化された細胞系とすることによって作られる。それ故、コーラーとミルスタイン
の手法(Kohler & Milstein technique: Nature 256(1975)) 、又はそれ以後の、
この技術に基づく変法を使用することができる。
ブリドーマは、骨髄腫細胞と所要の抗体を産生する脾臓細胞を融合せしめ、不死
化された細胞系とすることによって作られる。それ故、コーラーとミルスタイン
の手法(Kohler & Milstein technique: Nature 256(1975)) 、又はそれ以後の、
この技術に基づく変法を使用することができる。
【００７４】
特定のポリペプチド／蛋白質と結合するモノクローナル抗体及びポリクローナ
ル抗体を製造する技術は、現在ではこの専門領域では十分に開発されている。こ
れらについては、標準的な免疫学の教科書、例えば Roitt et al, Immunology s
econd edition(1989), Chur- chill Livingston, London 等に論じられている。
ル抗体を製造する技術は、現在ではこの専門領域では十分に開発されている。こ
れらについては、標準的な免疫学の教科書、例えば Roitt et al, Immunology s
econd edition(1989), Chur- chill Livingston, London 等に論じられている。
【００７５】
全部の抗体に加えて、本発明には、それらの誘導体であって、本明細書に記述
されている蛋白質等と結合する能力を持つものも含まれる。抗体の断片、及び合
成構造物の例が、Dougall等により、Tibtech 12, 372-379 (September 1994) に
示されている。
されている蛋白質等と結合する能力を持つものも含まれる。抗体の断片、及び合
成構造物の例が、Dougall等により、Tibtech 12, 372-379 (September 1994) に
示されている。
【００７６】
抗体の断片には、例えば、Fab、F(ab')２ 及びFvフラグメントが含まれる。Fa
bフラグメント(Roitt et al［前出］中に論じられている)。Fvフラグメントは、
変性せしめて、１本鎖Fv(scFv)分子として知られる合成構造体を作ることができ
る。これには、共有結合によってVｈ領域とVｌ領域を結合し、分子の安定性に寄
与するペプチド結合子(peptide linker)が含まれる。使用され得る他の合成構造
体には、CDRペプチドが含まれる。これは、抗原に結合する抗原決定基(determin
ant)を含む合成ペプチドである。擬似ペプチドも使用できる。これらの分子は、
CDRループの構造を模倣した、配座の制約された環系有機物で、抗原と相互作用
をする側鎖を有する。
bフラグメント(Roitt et al［前出］中に論じられている)。Fvフラグメントは、
変性せしめて、１本鎖Fv(scFv)分子として知られる合成構造体を作ることができ
る。これには、共有結合によってVｈ領域とVｌ領域を結合し、分子の安定性に寄
与するペプチド結合子(peptide linker)が含まれる。使用され得る他の合成構造
体には、CDRペプチドが含まれる。これは、抗原に結合する抗原決定基(determin
ant)を含む合成ペプチドである。擬似ペプチドも使用できる。これらの分子は、
CDRループの構造を模倣した、配座の制約された環系有機物で、抗原と相互作用
をする側鎖を有する。
【００７７】
合成構造物には、キメラ分子が含まれる。それ故、例えばヒト化（又は霊長類
化）抗体、もしくはその誘導体は、本発明の範囲に含まれる。ヒト化抗体の一例
としては、定常領域(framework region)はヒトのものであるが、げっ歯類由来の
高度可変領域(hypervariable region)を持つ抗体がある。キメラ抗体を作る方法
は、例えばモリソン等(Morison et al in PNAS, 81, 6851-6855(1984))や武田等
(Takeda et al in Nature, 314, 452-454(1985))によって論じられている。
化）抗体、もしくはその誘導体は、本発明の範囲に含まれる。ヒト化抗体の一例
としては、定常領域(framework region)はヒトのものであるが、げっ歯類由来の
高度可変領域(hypervariable region)を持つ抗体がある。キメラ抗体を作る方法
は、例えばモリソン等(Morison et al in PNAS, 81, 6851-6855(1984))や武田等
(Takeda et al in Nature, 314, 452-454(1985))によって論じられている。
【００７８】
合成構造体には、抗原との結合に加えて、ある所要の性質を分子に付与するよ
うな部分を有する分子も含まれる。例えば、その部分は標識要素（例えば蛍光性
又は放射性の標識）であっても良い。また、医薬としての活性を有するものであ
っても良い。
うな部分を有する分子も含まれる。例えば、その部分は標識要素（例えば蛍光性
又は放射性の標識）であっても良い。また、医薬としての活性を有するものであ
っても良い。
【００７９】
抗体、又はその誘導体は、S. pneumoniaeの検出／診断に使用することができ
る。それ故、もう一つの要件では、本発明は、S. pneumoniaeの検出／診断のた
めの方法において、試験すべきサンプルを、本明細書に記述されている蛋白質又
はポリペプチド、もしくはその同族体、誘導体及び／又は断片の１種以上と結合
する能力を有する抗体と接触せしめることを特徴とする方法を提供する。
る。それ故、もう一つの要件では、本発明は、S. pneumoniaeの検出／診断のた
めの方法において、試験すべきサンプルを、本明細書に記述されている蛋白質又
はポリペプチド、もしくはその同族体、誘導体及び／又は断片の１種以上と結合
する能力を有する抗体と接触せしめることを特徴とする方法を提供する。
【００８０】
更に、いわゆる「アフィ体(affibody)」を利用することもできる。これらは、
細菌のアルファ・ヘリックス状受容体の結合ライブラリ(Nord et al による) か
ら選ばれる結合性蛋白質である。このように、種々の標的蛋白質に特異的に結合
する能力を有する小さな蛋白質の特定領域(ドメイン)を、組み合わせアプローチ
によって選び出すことができる。
細菌のアルファ・ヘリックス状受容体の結合ライブラリ(Nord et al による) か
ら選ばれる結合性蛋白質である。このように、種々の標的蛋白質に特異的に結合
する能力を有する小さな蛋白質の特定領域(ドメイン)を、組み合わせアプローチ
によって選び出すことができる。
【００８１】
また、本明細書中に記述されている核酸配列をS. pneumoniaeの検出／診断に
使用し得ることも明らかであろう。それ故、更なる要件では、本発明は、S. pne umoniae の検出／診断のための方法において、試験すべきサンプルを、本明細書
に記述されている核酸配列の１種以上と接触せしめることを特徴とする方法を提
供する。該サンプルとしては、生物学的サンプル、例えば検査を受ける患者から
採取された組織サンプル、或いは血液又は唾液のサンプル等が適当である。サン
プルは、本発明の方法に使用される前に前処理されても良い。それ故、例えば、
サンプルを処理してＤＮＡを抽出しても良い。次いで、本明細書中に記述されて
いる核酸配列に基づくプローブ(すなわち、通常は該核酸配列の断片)を使用して
、S. pneumoniae由来の核酸を検出することができる。
使用し得ることも明らかであろう。それ故、更なる要件では、本発明は、S. pne umoniae の検出／診断のための方法において、試験すべきサンプルを、本明細書
に記述されている核酸配列の１種以上と接触せしめることを特徴とする方法を提
供する。該サンプルとしては、生物学的サンプル、例えば検査を受ける患者から
採取された組織サンプル、或いは血液又は唾液のサンプル等が適当である。サン
プルは、本発明の方法に使用される前に前処理されても良い。それ故、例えば、
サンプルを処理してＤＮＡを抽出しても良い。次いで、本明細書中に記述されて
いる核酸配列に基づくプローブ(すなわち、通常は該核酸配列の断片)を使用して
、S. pneumoniae由来の核酸を検出することができる。
【００８２】
それ以外の要件では、本発明は以下に列記するものを提供する：
【００８３】
(a) 患者にS. pneumoniaeに対するワクチンを接種する方法において、患者に
対し、本発明の蛋白質又はポリペプチド、或いはその誘導体、同族体又は断片、
もしくは本発明の免疫原性組成物を投与する段階を有することを特徴とする方法
；
対し、本発明の蛋白質又はポリペプチド、或いはその誘導体、同族体又は断片、
もしくは本発明の免疫原性組成物を投与する段階を有することを特徴とする方法
；
【００８４】
(b) 患者にS. pneumoniaeに対するワクチンを接種する方法において、患者に
対し、本明細書に記載の核酸分子を投与する段階を有することを特徴とする方法
；
対し、本明細書に記載の核酸分子を投与する段階を有することを特徴とする方法
；
【００８５】
(c) S. pneumoniaeによる感染症を予防又は治療するための方法において、患
者に対し、本発明の蛋白質又はポリペプチド、或いはその誘導体、同族体又は断
片、もしくは本発明の免疫原性組成物を投与する段階を有することを特徴とする
方法；
者に対し、本発明の蛋白質又はポリペプチド、或いはその誘導体、同族体又は断
片、もしくは本発明の免疫原性組成物を投与する段階を有することを特徴とする
方法；
【００８６】
(d) S. pneumoniaeによる感染症を予防又は治療するための方法において、患
者に対し、本明細書に記載の核酸分子を投与する段階を有することを特徴とする
方法；
者に対し、本明細書に記載の核酸分子を投与する段階を有することを特徴とする
方法；
【００８７】
(e) S. pneumoniaeによる感染症の検出／診断に使用されるキットであって、
１種以上の、本発明の蛋白質又はポリペプチド、或いはその誘導体、同族体又は
断片、もしくは本発明の抗原性組成物を含むことを特徴とする検出／診断用キッ
ト；
１種以上の、本発明の蛋白質又はポリペプチド、或いはその誘導体、同族体又は
断片、もしくは本発明の抗原性組成物を含むことを特徴とする検出／診断用キッ
ト；
【００８８】
(f) S. pneumoniaeによる感染症の検出／診断に使用されるキットであって、
１種以上の、本明細書に記載の核酸分子を含むことを特徴とする検出／診断用キ
ット。
１種以上の、本明細書に記載の核酸分子を含むことを特徴とする検出／診断用キ
ット。
【００８９】
一群の重要な蛋白質が確認されたとすれば、これらの蛋白質は、抗菌療法(ant
i-microbial therapy)の標的となり得る可能性をもつ。但し、個々の蛋白質が、
当の微生物の生存に必須であるか否かを決定することが必要である。かくして、
本発明は、本明細書中に記載されている蛋白質又はポリペプチドが、抗菌ターゲ
ットとしての可能性を有するか否かを決定する方法において、該蛋白質又はポリ
ペプチドの活性を失わしめてもS. pneumoniae が、インヴィトロもしくは生体内
で生存し得るか否かを決定することを特徴とする方法をも提供する。 該蛋白質の活性を失わしめる適当な方法の一つは、遺伝子の選択的ノックアウ
ト(人為的欠失)を起こさせ、該蛋白質の発現を阻止して、その結果致死的な変化
が起こるか否かを決定することである。かかる遺伝子ノックアウトを実施するた
めの適当な方法は、Li et al, P.N.A.S., 94:13251-13256 (1997) に記述されて
いる。
i-microbial therapy)の標的となり得る可能性をもつ。但し、個々の蛋白質が、
当の微生物の生存に必須であるか否かを決定することが必要である。かくして、
本発明は、本明細書中に記載されている蛋白質又はポリペプチドが、抗菌ターゲ
ットとしての可能性を有するか否かを決定する方法において、該蛋白質又はポリ
ペプチドの活性を失わしめてもS. pneumoniae が、インヴィトロもしくは生体内
で生存し得るか否かを決定することを特徴とする方法をも提供する。 該蛋白質の活性を失わしめる適当な方法の一つは、遺伝子の選択的ノックアウ
ト(人為的欠失)を起こさせ、該蛋白質の発現を阻止して、その結果致死的な変化
が起こるか否かを決定することである。かかる遺伝子ノックアウトを実施するた
めの適当な方法は、Li et al, P.N.A.S., 94:13251-13256 (1997) に記述されて
いる。
【００９０】
本発明は更に別の形態において、本発明の蛋白質又はポリペプチドの機能もし
くは発現を拮抗、阻害又はその他の態様で妨害する能力を有する作動薬(agent)
の、S. pneumoniaeによる感染症の治療用又は予防用の薬剤の製造における使用
を提供する。
くは発現を拮抗、阻害又はその他の態様で妨害する能力を有する作動薬(agent)
の、S. pneumoniaeによる感染症の治療用又は予防用の薬剤の製造における使用
を提供する。
【００９１】
本発明を以下の実施例に関して記述するが、それらの実施例は、いかなる意味
であれ、本発明の範囲を限定するものと解釈されてはならない。
であれ、本発明の範囲を限定するものと解釈されてはならない。
【００９２】実施例１
抗原性又は免疫原性蛋白質の、S. pneumoniaeからの単離
【００９３】
本明細書中に同定されている蛋白質を、S. pneumoniae NCTC 7466株(血清型２
)の細胞莢膜から単離した。この菌株を、ウマの血液10%とグルコース0.5％を含
むバクトトリプティック・ソイブロス(Bacto Tryptic Soy Broth)中で振盪せず
に37℃で１夜生育せしめ、定常期に達せしめた。次いで、この1夜培養液10mlを
取って500mlのグルコース0.5％を含むがウマの血液は含まないバクトトリプティ
ック・ソイブロスに接種し、37℃で振盪せずに１夜培養した。次いで無傷の菌細
胞を3,000rpm (1,100 g)で25分間遠心分離することによって回収し、40mlの50mM
Tris マレイン酸塩溶液(pH 6.8)に再懸濁し、これにプロテアーゼ阻害剤を加え
た。細菌を、コンスタント・システムズ社製の細胞破壊機(cell breaker: 形式
番号 No.22/40/AA/AA)中で、圧力の設定を40 Kpsiとして破裂せしめた。細胞ホ
モジェネートを、2,600rpm(1,100 g)で10分間、4℃で遠心分離し、無傷の細胞を
除去した。次いで上澄み液を15,000rpm (27,000 g) で15分間、4℃で遠心分離し
、菌の細胞膜ペレットを得た。次に、細胞ペレットを２回、遠心分離により、10
mlのプロテアーゼ阻害剤含有50mM Trisマレイン酸塩溶液(pH 6.8)中で洗浄した
。最後に、細胞ペレットを種々の化合物を含む同一の緩衝液と混合し、どの蛋白
質が細胞膜材料から溶出されるかを決定した。細胞膜材料から抽出された蛋白質
は、遠心分離後の上澄み液中に存在していた。細胞膜材料から抽出された蛋白質
を、SDS-PAGE法で分析した。図１の写真は、細胞膜材料から抽出し、それぞれ1M
濃度の酢酸アンモニウム、塩化アンモニウム、塩化トリメチルアンモニウム、又
は Tris-HCl(pH 6.8) の溶液で処理した蛋白質を 12% SDS-PAGE ゲルで分析した
像の写真を示す。
)の細胞莢膜から単離した。この菌株を、ウマの血液10%とグルコース0.5％を含
むバクトトリプティック・ソイブロス(Bacto Tryptic Soy Broth)中で振盪せず
に37℃で１夜生育せしめ、定常期に達せしめた。次いで、この1夜培養液10mlを
取って500mlのグルコース0.5％を含むがウマの血液は含まないバクトトリプティ
ック・ソイブロスに接種し、37℃で振盪せずに１夜培養した。次いで無傷の菌細
胞を3,000rpm (1,100 g)で25分間遠心分離することによって回収し、40mlの50mM
Tris マレイン酸塩溶液(pH 6.8)に再懸濁し、これにプロテアーゼ阻害剤を加え
た。細菌を、コンスタント・システムズ社製の細胞破壊機(cell breaker: 形式
番号 No.22/40/AA/AA)中で、圧力の設定を40 Kpsiとして破裂せしめた。細胞ホ
モジェネートを、2,600rpm(1,100 g)で10分間、4℃で遠心分離し、無傷の細胞を
除去した。次いで上澄み液を15,000rpm (27,000 g) で15分間、4℃で遠心分離し
、菌の細胞膜ペレットを得た。次に、細胞ペレットを２回、遠心分離により、10
mlのプロテアーゼ阻害剤含有50mM Trisマレイン酸塩溶液(pH 6.8)中で洗浄した
。最後に、細胞ペレットを種々の化合物を含む同一の緩衝液と混合し、どの蛋白
質が細胞膜材料から溶出されるかを決定した。細胞膜材料から抽出された蛋白質
は、遠心分離後の上澄み液中に存在していた。細胞膜材料から抽出された蛋白質
を、SDS-PAGE法で分析した。図１の写真は、細胞膜材料から抽出し、それぞれ1M
濃度の酢酸アンモニウム、塩化アンモニウム、塩化トリメチルアンモニウム、又
は Tris-HCl(pH 6.8) の溶液で処理した蛋白質を 12% SDS-PAGE ゲルで分析した
像の写真を示す。
【００９４】
抽出した蛋白質を、「セントリコン(Centricon) 10」スピンフィルターを用い
て濃縮し、ポリアクリルアミドの種々異なる濃度を使用して SDS-PAGE 法によっ
て分離した。次いで、分離した蛋白質をニトロセルロース膜に移し、単離とアミ
ノ(N-)末端の配列決定(sequencing)に供した。
て濃縮し、ポリアクリルアミドの種々異なる濃度を使用して SDS-PAGE 法によっ
て分離した。次いで、分離した蛋白質をニトロセルロース膜に移し、単離とアミ
ノ(N-)末端の配列決定(sequencing)に供した。
【００９５】
N-末端の配列決定は、アプライド・バイオシステムズ社のプロトコールに従っ
て行った。但し、その方法以外に、熟練者ならば、該配列決定を松平が記述して
いる方法(J. Biol. Chem., 262: 10035-10038 (1997)) に従って実施することも
できる。
て行った。但し、その方法以外に、熟練者ならば、該配列決定を松平が記述して
いる方法(J. Biol. Chem., 262: 10035-10038 (1997)) に従って実施することも
できる。
【００９６】実施例２
【００９７】
動物試験
上の例で調製された蛋白質混合物が、マウスを肺炎球菌の攻撃から防護する能
力を比較する試験を実施した。この試験には、種々のアジュバントも使用した。
鼻腔内に肺炎球菌の攻撃を行った後に、抗体レベル及び生存率を評価した。
力を比較する試験を実施した。この試験には、種々のアジュバントも使用した。
鼻腔内に肺炎球菌の攻撃を行った後に、抗体レベル及び生存率を評価した。
【００９８】
ワクチンの接種方式
生後７週間の雌のCBA/Ca 系マウスに第1週でワクチンを接種し、助剤がフロイ
ント・アジュバントの場合と「タイターマックス」アジュバントの場合には第５
週、「リバイ(ribi)」アジュバントの場合には第4週に追加ワクチン接種(ブース
ト)を行った後、第8週に、鼻腔内接種による肺炎球菌の攻撃を受けさせた。各回
のワクチン接種量は 20μgで、皮下注射によって投与した。完全型フロイント・
アジュバント＋混合蛋白質、及び「タイターマックス」＋混合蛋白質は、首筋に
皮下注射することにより、「リバイ」＋混合蛋白質は、腹部に皮下注射すること
によって投与した。
ント・アジュバントの場合と「タイターマックス」アジュバントの場合には第５
週、「リバイ(ribi)」アジュバントの場合には第4週に追加ワクチン接種(ブース
ト)を行った後、第8週に、鼻腔内接種による肺炎球菌の攻撃を受けさせた。各回
のワクチン接種量は 20μgで、皮下注射によって投与した。完全型フロイント・
アジュバント＋混合蛋白質、及び「タイターマックス」＋混合蛋白質は、首筋に
皮下注射することにより、「リバイ」＋混合蛋白質は、腹部に皮下注射すること
によって投与した。
【００９９】
採血(Bleeds)
抗体の力価を比較するために、第２週、第４週及び第６週に血液を採取した。
【０１００】
肺炎球菌による攻撃
４型 Streptococcus pneumoniae の標準種菌を準備し、肺炎球菌培養の原液（
１×）を、マウスの体内を通過せしめ、感染したマウスの血液から菌を採取し、
肉汁培地中で生存菌体数が約10９cfu/ml の、あらかじめ定められた値になるま
で生育せしめた後に、培養を凍結保存する。以下に、調製手順をフローチャート
によって示す。
１×）を、マウスの体内を通過せしめ、感染したマウスの血液から菌を採取し、
肉汁培地中で生存菌体数が約10９cfu/ml の、あらかじめ定められた値になるま
で生育せしめた後に、培養を凍結保存する。以下に、調製手順をフローチャート
によって示す。
【０１０１】
肺炎菌をストリーク状に平板培養し、
同一性を確認する。
↓
上記の平板上の4−5個のコロニーから菌を
採取し、１夜培養する。
↓
肺炎球菌の動物(マウス)体内通過処理(菌
採取のための、心臓からの採血の腹腔内注射)
↓
動物体内通過処理後の肺炎球菌を、
１夜培養する。
↓
動物体内通過処理後、1夜培養された菌を、日中培養
(あらかじめ定められた光学的濃度に達するまで)し
た後に−70℃で冷凍する。これが最小標準( standard
minimum) である。
↓
分取した接種用標準を解凍し、生存菌個体数をカウント
する。
↓
接種用標準を用いて、有効投与量を決定する(ビルレンス
試験と呼ばれる)。
↓
以後の攻撃には、接種用標準を有効投与量となるように
希釈して使用する。
【０１０２】
分取した接種用標準をPBS(生理的平衡溶液)で500倍に希釈し、マウスへの接種
用に使用した。
用に使用した。
【０１０３】
マウスをハロセンを使用して軽く麻酔させ、各マウスの鼻腔に1.4×10５ cfu
の肺炎球菌を含む 50μlを投与した。マウスは放置したまま麻酔状態から回復さ
せるが、呼吸が正常となれば菌の吸入は促進される。
の肺炎球菌を含む 50μlを投与した。マウスは放置したまま麻酔状態から回復さ
せるが、呼吸が正常となれば菌の吸入は促進される。
【０１０４】
感染している間、マウスの症状を所定の間隔で記録した。
【０１０５】結 果
【０１０６】
生存データ
24時間までに、ワクチンを接種しなかった対照群のマウスは感染の症状を示し
、生存時間の中央値は49.2時間であった。フロイント・アジュバント＋蛋白質の
場合には、中央値生存時間は 124.5時間、リバイ＋蛋白質及びタイターマックス
＋蛋白質の場合には 168時間であった。フロイント・アジュバント群のマウスは
６頭中２頭が生存し、リバイ群では６頭中４頭、タイターマックス群では６頭中
６頭が生存した。
、生存時間の中央値は49.2時間であった。フロイント・アジュバント＋蛋白質の
場合には、中央値生存時間は 124.5時間、リバイ＋蛋白質及びタイターマックス
＋蛋白質の場合には 168時間であった。フロイント・アジュバント群のマウスは
６頭中２頭が生存し、リバイ群では６頭中４頭、タイターマックス群では６頭中
６頭が生存した。
【０１０７】
フロイント・アジュバント＋蛋白質の群、及びリバイ＋蛋白質の群で発病した
マウスの場合、発病時期は、ワクチン接種を受けなかった対照群のマウスよりも
遅れた。
マウスの場合、発病時期は、ワクチン接種を受けなかった対照群のマウスよりも
遅れた。
【０１０８】
抗体の力価
各アジュバント群の免疫応答を、ＥＬＩＳＡを用いて比較評価した。フロイン
ト・アジュバント群では、２回目及び３回目の採血時における力価の中央値は、
199024及び722119であった。リバイ群では、2回目及び3回目の採血時における力
価の中央値は16674及び1474354であった。タイターマックス群では、２回目と３
回目の採血時における力価の中央値は138455及び705486であった。
ト・アジュバント群では、２回目及び３回目の採血時における力価の中央値は、
199024及び722119であった。リバイ群では、2回目及び3回目の採血時における力
価の中央値は16674及び1474354であった。タイターマックス群では、２回目と３
回目の採血時における力価の中央値は138455及び705486であった。
【０１０９】実施例２─抗原の単離と精製 細 菌
血清グループ3の Streptococcus pneumoniae (ATCC 49619) を、この研究で対
象となった抗原を得るために使用し、また動物試験における均一源の菌による攻
撃試験にも使用した。菌株は、血液寒天(blood agar)培地上、37℃、5％ ＣＯ２ で１夜生育せしめるか、トリプティック・ソヤブロス培地（供給元はオキソイ
ド社、英国ハンプシャー州ベイシングストーク）を用い、振盪培養器内、37℃で
１夜培養した。
象となった抗原を得るために使用し、また動物試験における均一源の菌による攻
撃試験にも使用した。菌株は、血液寒天(blood agar)培地上、37℃、5％ ＣＯ２ で１夜生育せしめるか、トリプティック・ソヤブロス培地（供給元はオキソイ
ド社、英国ハンプシャー州ベイシングストーク）を用い、振盪培養器内、37℃で
１夜培養した。
【０１１０】蛋白質の精製 細胞膜蛋白質の抽出
無菌室中で、接種用金属耳(loop) １杯分の S. pneumoniae を、滅菌したトリ
プトン・ソヤブロス培地10mLに接種し、37℃で１夜、振盪培養器中で培養した。
５mLずつ分取したものを容量 500mLの滅菌したトリプトン・ソヤブロス培地に加
え、37℃の振盪培養器で１夜培養し、サブカルチャーを得た。無菌室内で、金属
耳１杯分の菌懸濁液をそれぞれのサブカルチャーから採取し、血液寒天平板培地
上に線を引くように塗抹し、ＣＯ２ 雰囲気中、37℃で１夜培養して、生育状態
と雑菌混入の有無をチェックした。
プトン・ソヤブロス培地10mLに接種し、37℃で１夜、振盪培養器中で培養した。
５mLずつ分取したものを容量 500mLの滅菌したトリプトン・ソヤブロス培地に加
え、37℃の振盪培養器で１夜培養し、サブカルチャーを得た。無菌室内で、金属
耳１杯分の菌懸濁液をそれぞれのサブカルチャーから採取し、血液寒天平板培地
上に線を引くように塗抹し、ＣＯ２ 雰囲気中、37℃で１夜培養して、生育状態
と雑菌混入の有無をチェックした。
【０１１１】
菌の培養を「ベックマンJ-2(商標名)」遠心分離機を用い、18,000×gの遠心力
を加え、４℃で20分間遠心分離した。ペレットを燐酸塩で緩衝した食塩水(PBS＝
生理的平衡溶液)中で２回、遠心分離によって洗浄し、次いで10mLのPBSに200μl
の10％(重量／容量)デオキシコール酸ナトリウム溶液を加えた液に再懸濁し、室
温で１時間攪拌した。懸濁液を 27,000×g、４℃で15分間遠心分離し、上澄み液
を回収し、攪拌しながら徐々に硫酸アンモニウムを加えて、最終濃度を70％（重
量／容量）とした。懸濁液を27,000×g、4℃で15分間遠心分離し、ペレットを10
mM燐酸ナトリウム溶液(pH 7.0)に再溶解した。ペレットを再懸濁せしめた液を、
1Lずつの10mM燐酸ナトリウム溶液(pH 7.0)を用い、４℃で、各回の間、最短２時
間以上放置し、３回透析を行った。透析処理を経た蛋白質懸濁液を４℃、15,000
rpm で20分間遠心分離し、上澄み液を集めて蛋白質の分析を行った。蛋白質懸濁
液を凍結乾燥によって濃縮し、ドデシル硫酸ナトリウム−ポリアクリルアミドゲ
ル電気泳動(SDS-PAGE)分析を行った。
を加え、４℃で20分間遠心分離した。ペレットを燐酸塩で緩衝した食塩水(PBS＝
生理的平衡溶液)中で２回、遠心分離によって洗浄し、次いで10mLのPBSに200μl
の10％(重量／容量)デオキシコール酸ナトリウム溶液を加えた液に再懸濁し、室
温で１時間攪拌した。懸濁液を 27,000×g、４℃で15分間遠心分離し、上澄み液
を回収し、攪拌しながら徐々に硫酸アンモニウムを加えて、最終濃度を70％（重
量／容量）とした。懸濁液を27,000×g、4℃で15分間遠心分離し、ペレットを10
mM燐酸ナトリウム溶液(pH 7.0)に再溶解した。ペレットを再懸濁せしめた液を、
1Lずつの10mM燐酸ナトリウム溶液(pH 7.0)を用い、４℃で、各回の間、最短２時
間以上放置し、３回透析を行った。透析処理を経た蛋白質懸濁液を４℃、15,000
rpm で20分間遠心分離し、上澄み液を集めて蛋白質の分析を行った。蛋白質懸濁
液を凍結乾燥によって濃縮し、ドデシル硫酸ナトリウム−ポリアクリルアミドゲ
ル電気泳動(SDS-PAGE)分析を行った。
【０１１２】SDS-PAGE
「Protean II xi cell(商標名；バイオ-ラド社) 」を使用して、蛋白質を、分
子量に従って分別した。12％(重量／容量)アクリルアミド／BIS 分離用ゲル及び
４％(重量／容量)アクリルアミド／BIS スタッキング(上部)ゲルから成る不連続
ゲルを、アクリルアミド／BIS(N,N'-メチレンビスアクリルアミド)の保存用原液
(Tris緩衝液中、30％(重量／容量)を含む)から調製した。ポリアクリルアミド・
ゲルは、過硫酸アンモニウムとTEMED を用いて重合せしめた。凍結乾燥された蛋
白質抽出物を容量／容量比１:１で、0.5M Tris 塩酸塩(pH 6.8)に10％(容量／容
量)のグリセリン、10％(重量／容量)のドデシル硫酸ナトリウム、0.05％(重量／
容量)のブロムフェノールブルー、0.05％(容量／容量)のβ-メルカプトエタノー
ルを加えたサンプル用緩衝液に懸濁せしめ、５分間煮沸した後に、この液の約１
mLをゲルの最上部に載置した。ゲル単位当たり16mAの一定電流で、色素による着
色帯の前端がスタッカーを通過するまで電気泳動を行い、それから分解用ゲル内
を電気泳動させるために電流を24mAに強めた。電気泳動時間は、平均４ないし５
時間であった。分離された蛋白質を、ＢＩＯＲＡＤ(商標名)平床型電気溶離装置
を使用し、200V、最大電流0.2mAで1時間電気溶離することにより、30本の分取管
に回収した。回収した各フラクションの蛋白質組成を分析用SDS-PAGEによる展開
と、クーマシー色素又は銀染色法による蛋白質の染色によって判定した。SDS-PA
GE法による分析は、Mini-protean II (商標名；バイオ・ラド社製)を使用し、電
圧は200V一定として45分間行った。蛋白質濃度は、Pierce Micro BCA(商標名)蛋
白質分析装置を使用し、標準アルブミンと比較して測定した。
子量に従って分別した。12％(重量／容量)アクリルアミド／BIS 分離用ゲル及び
４％(重量／容量)アクリルアミド／BIS スタッキング(上部)ゲルから成る不連続
ゲルを、アクリルアミド／BIS(N,N'-メチレンビスアクリルアミド)の保存用原液
(Tris緩衝液中、30％(重量／容量)を含む)から調製した。ポリアクリルアミド・
ゲルは、過硫酸アンモニウムとTEMED を用いて重合せしめた。凍結乾燥された蛋
白質抽出物を容量／容量比１:１で、0.5M Tris 塩酸塩(pH 6.8)に10％(容量／容
量)のグリセリン、10％(重量／容量)のドデシル硫酸ナトリウム、0.05％(重量／
容量)のブロムフェノールブルー、0.05％(容量／容量)のβ-メルカプトエタノー
ルを加えたサンプル用緩衝液に懸濁せしめ、５分間煮沸した後に、この液の約１
mLをゲルの最上部に載置した。ゲル単位当たり16mAの一定電流で、色素による着
色帯の前端がスタッカーを通過するまで電気泳動を行い、それから分解用ゲル内
を電気泳動させるために電流を24mAに強めた。電気泳動時間は、平均４ないし５
時間であった。分離された蛋白質を、ＢＩＯＲＡＤ(商標名)平床型電気溶離装置
を使用し、200V、最大電流0.2mAで1時間電気溶離することにより、30本の分取管
に回収した。回収した各フラクションの蛋白質組成を分析用SDS-PAGEによる展開
と、クーマシー色素又は銀染色法による蛋白質の染色によって判定した。SDS-PA
GE法による分析は、Mini-protean II (商標名；バイオ・ラド社製)を使用し、電
圧は200V一定として45分間行った。蛋白質濃度は、Pierce Micro BCA(商標名)蛋
白質分析装置を使用し、標準アルブミンと比較して測定した。
【０１１３】精製した蛋白質からのSDS除去
SDS を含んだままの試料を、試料1mL当たり200μL 容量の100mM 燐酸カリウム
溶液で処理し、氷上に60分間放置した。この試料を、ミクロ遠心分離機を使用し
、４℃で、10,000×g 、20分間遠心分離した。上澄み液を回収し、「ナノ純水(n
anopure water)」に対して１夜透析を行って脱塩した。
溶液で処理し、氷上に60分間放置した。この試料を、ミクロ遠心分離機を使用し
、４℃で、10,000×g 、20分間遠心分離した。上澄み液を回収し、「ナノ純水(n
anopure water)」に対して１夜透析を行って脱塩した。
【０１１４】液体クロマトグラフィーによる分別 陰イオン交換液体クロマトグラフィー
抽出した蛋白質を、更にインイオン交換クロマトグラフィーによって精製し、
蛋白質分子の電荷の相互作用に従って分別した。カラム(バイオ・ラド社の Q5カ
ラム)に、流速１mL／分で低塩分緩衝液 (20mM Tris塩酸塩溶液、pH 8.45)を10分
間通して平衡させた。凍結乾燥した細胞膜抽出物を、濃度５mg/mL となるように
同じ緩衝液に再懸濁せしめ、それをカラムに注入した。蛋白質を、カラムに通さ
れる20mM Tris塩酸塩溶液、500mM 塩化ナトリウム溶液(pH 8.6) の比率を徐々に
増加せしめることにより、塩類濃度が昇り勾配になるようにして溶離した。フラ
クションを回収し、凍結乾燥し、分析用SDS-PAGEで分析評価した。液体クロマト
グラフィーを複数回繰り返してフラクションを集め、蛋白質を、先に記述した分
取用の大型セルを用いるSDS-PAGE及び電気溶離によって更に精製した。
蛋白質分子の電荷の相互作用に従って分別した。カラム(バイオ・ラド社の Q5カ
ラム)に、流速１mL／分で低塩分緩衝液 (20mM Tris塩酸塩溶液、pH 8.45)を10分
間通して平衡させた。凍結乾燥した細胞膜抽出物を、濃度５mg/mL となるように
同じ緩衝液に再懸濁せしめ、それをカラムに注入した。蛋白質を、カラムに通さ
れる20mM Tris塩酸塩溶液、500mM 塩化ナトリウム溶液(pH 8.6) の比率を徐々に
増加せしめることにより、塩類濃度が昇り勾配になるようにして溶離した。フラ
クションを回収し、凍結乾燥し、分析用SDS-PAGEで分析評価した。液体クロマト
グラフィーを複数回繰り返してフラクションを集め、蛋白質を、先に記述した分
取用の大型セルを用いるSDS-PAGE及び電気溶離によって更に精製した。
【０１１５】結 果
上に記述した方法によって、分子量が異なる10種類の蛋白質が成功裏に精製さ
れ、それらを後出の実施例４に記述されている動物の免疫試験によって評価する
ことができた。最も活性の強い蛋白質は、分子量が 12−14kDa、16kDa、34kDa及
び57kDaのものであった。全体では、６Lの培養中から、収量が20ないし500μgの
範囲にある、23種類の異なった蛋白質が分離された。また、細胞膜抽出物中の全
蛋白質濃度は、25-30mgであった。図2に、細胞膜抽出物と、未精製蛋白質抽出物
から電気溶離法で抽出された種々の蛋白質の展開像(profile) を示す。すべての
蛋白質が単一の蛋白質溶離帯(protein band)として溶離されたわけではなく、２
種類ないし３種類の異なった蛋白質から成るフラクションもあった。
れ、それらを後出の実施例４に記述されている動物の免疫試験によって評価する
ことができた。最も活性の強い蛋白質は、分子量が 12−14kDa、16kDa、34kDa及
び57kDaのものであった。全体では、６Lの培養中から、収量が20ないし500μgの
範囲にある、23種類の異なった蛋白質が分離された。また、細胞膜抽出物中の全
蛋白質濃度は、25-30mgであった。図2に、細胞膜抽出物と、未精製蛋白質抽出物
から電気溶離法で抽出された種々の蛋白質の展開像(profile) を示す。すべての
蛋白質が単一の蛋白質溶離帯(protein band)として溶離されたわけではなく、２
種類ないし３種類の異なった蛋白質から成るフラクションもあった。
【０１１６】陰イオン交換クロマトグラフィーによる細胞膜蛋白質の溶離プロファイル
陰イオン交換クロマトグラフィーの溶離プロファイルを図３に示す。最初のピ
ークは[SDS と]結合していない蛋白質の溶離を示すものである。それに続く２個
の大きなピークは、塩類濃度を上昇させながら溶離された蛋白質の大部分を含ん
でいた。これらのピークに含まれる蛋白質を、SDS-PAGEによって更に精製した。
ークは[SDS と]結合していない蛋白質の溶離を示すものである。それに続く２個
の大きなピークは、塩類濃度を上昇させながら溶離された蛋白質の大部分を含ん
でいた。これらのピークに含まれる蛋白質を、SDS-PAGEによって更に精製した。
【０１１７】実施例３─アミノ(N-)末端配列の分析
分析用SDS-PAGEから切り取った蛋白質のバンド(band)を用いて、その蛋白質の
アミノ(N-)末端におけるアミノ酸配列決定を行った。分析は、オーストラリアの
首都特別地区にある John Curtin School of Medical Science の Biomolecular
Resource Unit によって実施された。
アミノ(N-)末端におけるアミノ酸配列決定を行った。分析は、オーストラリアの
首都特別地区にある John Curtin School of Medical Science の Biomolecular
Resource Unit によって実施された。
【０１１８】
【表１】
【０１１９】
蛋白質の特性判別を助けるべく、部分的なアミノ酸配列から得られる情報を G
enBank データベースによって検索し、既知の蛋白質におけるアミノ酸配列との
相同関係を決定した。12−14 kDaの蛋白質は、S. pneumoniae から得られる 12
kDaの蛋白質の配列と、100％一致する相同関係を有することが見出された。34kD
aの蛋白質は、枯草菌(Bacillus subtillus) の蛋白質の配列と78％一致する配列
相同関係を有すると決定された。限られた研究で、これらの蛋白質はいずれもリ
ボソームの蛋白質と仮定されているが、これは、なお確認が必要である。
enBank データベースによって検索し、既知の蛋白質におけるアミノ酸配列との
相同関係を決定した。12−14 kDaの蛋白質は、S. pneumoniae から得られる 12
kDaの蛋白質の配列と、100％一致する相同関係を有することが見出された。34kD
aの蛋白質は、枯草菌(Bacillus subtillus) の蛋白質の配列と78％一致する配列
相同関係を有すると決定された。限られた研究で、これらの蛋白質はいずれもリ
ボソームの蛋白質と仮定されているが、これは、なお確認が必要である。
【０１２０】
Koberg 等の研究 (Microbiology, 143(1), 55−61(Jan 1997))によれば、Stre ptococcus pneumoniae
に対する2種のモノクローナル抗体が、高度に保存された
抗原抗体反応で、真性細菌のL7/L12リボソーム蛋白質と反応した。異なった27の
種を代表する66種類の真性細菌に共通して、高度のアミノ酸配列相同性が見出さ
れている。我々の、分子量が約12−14kDa の蛋白質は、この(Koberg 等の) 研究
の分子量 12kDa の蛋白質と、100％合致する配列を持つものであった。この蛋白
質は毒性を持つと仮定されており、しかもグラム陰性細菌まで含む複数の種に共
通して保存されているのであるから、今後の研究でこの蛋白質の特性を明らかに
し、肺炎球菌と関連をもつ疾病の病毒力におけるこの蛋白質の関与の有無を決定
することには、大きな興味が持たれる。
抗原抗体反応で、真性細菌のL7/L12リボソーム蛋白質と反応した。異なった27の
種を代表する66種類の真性細菌に共通して、高度のアミノ酸配列相同性が見出さ
れている。我々の、分子量が約12−14kDa の蛋白質は、この(Koberg 等の) 研究
の分子量 12kDa の蛋白質と、100％合致する配列を持つものであった。この蛋白
質は毒性を持つと仮定されており、しかもグラム陰性細菌まで含む複数の種に共
通して保存されているのであるから、今後の研究でこの蛋白質の特性を明らかに
し、肺炎球菌と関連をもつ疾病の病毒力におけるこの蛋白質の関与の有無を決定
することには、大きな興味が持たれる。
【０１２１】
分子量 34kDaの蛋白質は、最も近い一致が、Bacillus subtillusのリボソーム
蛋白質S6であった故に、S. pneumoniae の蛋白質としては、新規なもののように
見える。リボソーム蛋白質S6は、細胞周期における染色体修復の開始において、
ある役割を持つ(Moriya et al, Nucleic Acids Res., 13, 2251-2265 (1985))。
この相同関係の一致は、この蛋白質が種に共通して保存されている程度を明らか
にするものである。
蛋白質S6であった故に、S. pneumoniae の蛋白質としては、新規なもののように
見える。リボソーム蛋白質S6は、細胞周期における染色体修復の開始において、
ある役割を持つ(Moriya et al, Nucleic Acids Res., 13, 2251-2265 (1985))。
この相同関係の一致は、この蛋白質が種に共通して保存されている程度を明らか
にするものである。
【０１２２】実施例４─マウスの肺のクリアランス・モデル 動 物
週齢6−10のBalb/c 系列のマウスを飼育用の篭に入れ、無菌の環境中で、滅菌
した飼料と水を自由に摂取できる状態にして飼養した。
した飼料と水を自由に摂取できる状態にして飼養した。
【０１２３】生きた細菌の用意
細菌を、血液寒天平板培地上、37℃、５％ ＣＯ２ の雰囲気中で1夜培養した
。菌を採取し、滅菌した生理的平衡溶液(PBS)で、室温で10,000×gの遠心分離に
より菌体と溶液を分離しながら２回洗浄した。菌体濃度は、405 nmにおける光学
濃度によって測定し、回帰曲線を用いて算出した。この濃度による生菌数のカウ
ントが正確であることを、滴定と1夜の培養によって確認した。
。菌を採取し、滅菌した生理的平衡溶液(PBS)で、室温で10,000×gの遠心分離に
より菌体と溶液を分離しながら２回洗浄した。菌体濃度は、405 nmにおける光学
濃度によって測定し、回帰曲線を用いて算出した。この濃度による生菌数のカウ
ントが正確であることを、滴定と1夜の培養によって確認した。
【０１２４】免疫化(immunization)の方法
マウスに、０日経過時に最初のパイエル板(Peyer’s patch)ワクチン接種を行
い、14日後に、気管内投与によって追加接種(ブースト)を行った。21日経過時に
、マウスを生きた S. pneumoniae によって攻撃した。
い、14日後に、気管内投与によって追加接種(ブースト)を行った。21日経過時に
、マウスを生きた S. pneumoniae によって攻撃した。
【０１２５】パイエル板接種による免疫化
マウスに0.25 mLのケタミン／キシラジン混合液(用量はケタミン塩酸塩 5 mg/
mL、キシラジン塩酸塩 ２ mg/mL)を皮下注射して鎮静せしめた。腹部の正中線を
切開して小腸を露出せしめ、蛋白質を漿膜内(subserosal)注射によって、各パイ
エル板に注入した。免疫化用の蛋白質は、2.5μg/μLの抗原蛋白質を、量比１で
不完全型フロイント・アジュバント（米国ミシガン州セントルイスのシグマ・イ
ムノケミカルズ社製）と共に乳化し、各マウスに全濃度10μg の蛋白質を投与し
た。
mL、キシラジン塩酸塩 ２ mg/mL)を皮下注射して鎮静せしめた。腹部の正中線を
切開して小腸を露出せしめ、蛋白質を漿膜内(subserosal)注射によって、各パイ
エル板に注入した。免疫化用の蛋白質は、2.5μg/μLの抗原蛋白質を、量比１で
不完全型フロイント・アジュバント（米国ミシガン州セントルイスのシグマ・イ
ムノケミカルズ社製）と共に乳化し、各マウスに全濃度10μg の蛋白質を投与し
た。
【０１２６】マウスへの気管内接種
14日経過時に、マウスの気管内に、追加抗原接種(ブースト)を行った。マウス
に体重kg当たり20mgのサファン(saffan)を静脈注射して鎮静せしめた。10μgの
蛋白質を生理的平衡溶液(PBS)に溶解して全容量20μLとしたものを、22.1/2G カ
テーテルを使用して気管経由で肺に到達せしめた。
に体重kg当たり20mgのサファン(saffan)を静脈注射して鎮静せしめた。10μgの
蛋白質を生理的平衡溶液(PBS)に溶解して全容量20μLとしたものを、22.1/2G カ
テーテルを使用して気管経由で肺に到達せしめた。
【０１２７】肺の攻撃(Pulmonary Challenge)
21日経過時に、マウスに生きた細菌による攻撃を受けさせた。マウスを上に述
べた方法で鎮静させ、生きたS. pneumoniae １×10７ CFUを含む20μLの接種液
を、気管内追加抗原接種と同様に、気管経由で肺に導入した。攻撃から５時間経
過後、ペントバルビタール・ナトリウム塩 0.2mLの腹腔内注射によって、マウス
を安楽死せしめた。
べた方法で鎮静させ、生きたS. pneumoniae １×10７ CFUを含む20μLの接種液
を、気管内追加抗原接種と同様に、気管経由で肺に導入した。攻撃から５時間経
過後、ペントバルビタール・ナトリウム塩 0.2mLの腹腔内注射によって、マウス
を安楽死せしめた。
【０１２８】
心臓を切開して血液を集め、分離した血清を、分析に先立って−20℃で保存し
た。気管を露出せしめ、滅菌した生理的平衡溶液(PBS) を注入し、排出させるこ
とによって肺を洗浄した。回収した液(BAL) を10倍ずつに順次希釈した液を血液
寒天培地上に培養して CFU値を決定することにより、菌の回収率評価を行った。
BALの一部を取って、「サイトスピン」スライドの調製、染色、及び細胞の差別
計数(differential count)に供した。次いで、BALを４℃、1,000 rpmで10分間遠
心分離し、上澄み液は必要になるまで−20℃よりも低い温度で保存した。ペレッ
トはメチレンブルーを含む生理的平衡溶液(PBS)に再懸濁し、BAL中の白色細胞の
総数をカウントした。洗浄後、肺を摘出し、2mLの滅菌生理的平衡溶液(PBS)中に
入れ、ホモジナイズした。この肺ホモジェネートを10倍ずつ順次希釈し、血液寒
天培地上で平板培養して CFUを求めた。肺クリアランスを、統計学上有意の程度
で示した蛋白質についてのみ、結果を示す。
た。気管を露出せしめ、滅菌した生理的平衡溶液(PBS) を注入し、排出させるこ
とによって肺を洗浄した。回収した液(BAL) を10倍ずつに順次希釈した液を血液
寒天培地上に培養して CFU値を決定することにより、菌の回収率評価を行った。
BALの一部を取って、「サイトスピン」スライドの調製、染色、及び細胞の差別
計数(differential count)に供した。次いで、BALを４℃、1,000 rpmで10分間遠
心分離し、上澄み液は必要になるまで−20℃よりも低い温度で保存した。ペレッ
トはメチレンブルーを含む生理的平衡溶液(PBS)に再懸濁し、BAL中の白色細胞の
総数をカウントした。洗浄後、肺を摘出し、2mLの滅菌生理的平衡溶液(PBS)中に
入れ、ホモジナイズした。この肺ホモジェネートを10倍ずつ順次希釈し、血液寒
天培地上で平板培養して CFUを求めた。肺クリアランスを、統計学上有意の程度
で示した蛋白質についてのみ、結果を示す。
【０１２９】結 果
免疫及び細菌による攻撃による評価試験に供した蛋白質の内、３種が統計学的
に有意な程度の肺からの病原菌除去(pulmonary clearance) を示した。これらは
、分子量が 16kDa、34kDa 及び 57kDaの蛋白質であり、上の表１に同定結果が示
されている。病原菌の除去効果に関する試験結果と、同時に攻撃試験に用いた免
疫処理を施さなかったマウスにおける肺ホモジェネートからの菌回収率との比較
を、下の表２に示し、図５−図７にそれを図示する。重要な意味をもつ４番目の
蛋白質は、分子量が12−14kDa の蛋白質であった。別々に、その都度新しく単離
された蛋白質を使用して実施した免疫試験では、それぞれの場合に免疫処理は致
死的であり、大部分のマウスは麻酔から回復しなかった。３回の実験を通じて17
頭中13頭のマウスが死亡し、どの実験でも、生き残ったマウスは最大２頭に過ぎ
なかった。この蛋白質は毒素であり、しかもS. pneumoniae の病毒成分の疑いが
ある故に興味が持たれる。毒性成分を同定し、その蛋白質を無毒化すれば、効果
の大きな抗原が得られる可能性がある。この蛋白質は、先にモノクローナル抗体
試験(上記参照)によって、多くの種類の細菌中に存在することが確認されている
。しかしながら、文献中には、これがワクチン抗原として試験された証拠は見当
たらない。
に有意な程度の肺からの病原菌除去(pulmonary clearance) を示した。これらは
、分子量が 16kDa、34kDa 及び 57kDaの蛋白質であり、上の表１に同定結果が示
されている。病原菌の除去効果に関する試験結果と、同時に攻撃試験に用いた免
疫処理を施さなかったマウスにおける肺ホモジェネートからの菌回収率との比較
を、下の表２に示し、図５−図７にそれを図示する。重要な意味をもつ４番目の
蛋白質は、分子量が12−14kDa の蛋白質であった。別々に、その都度新しく単離
された蛋白質を使用して実施した免疫試験では、それぞれの場合に免疫処理は致
死的であり、大部分のマウスは麻酔から回復しなかった。３回の実験を通じて17
頭中13頭のマウスが死亡し、どの実験でも、生き残ったマウスは最大２頭に過ぎ
なかった。この蛋白質は毒素であり、しかもS. pneumoniae の病毒成分の疑いが
ある故に興味が持たれる。毒性成分を同定し、その蛋白質を無毒化すれば、効果
の大きな抗原が得られる可能性がある。この蛋白質は、先にモノクローナル抗体
試験(上記参照)によって、多くの種類の細菌中に存在することが確認されている
。しかしながら、文献中には、これがワクチン抗原として試験された証拠は見当
たらない。
【０１３０】
【表２】
【図面の簡単な説明】
【図１】
細胞膜の構成物質から抽出し、種々の物質の1M溶液で処理した蛋白質の 12％S
DS-PAGE(SDS-ポリアクリルアミドゲル電気泳動法)ゲルの写真を示す。 １．酢酸アンモニウム；２．塩化アンモニウム；３．塩化トリメチルアンモニ
ウム；４．Tris 塩酸塩 (pH 6.8)。
DS-PAGE(SDS-ポリアクリルアミドゲル電気泳動法)ゲルの写真を示す。 １．酢酸アンモニウム；２．塩化アンモニウム；３．塩化トリメチルアンモニ
ウム；４．Tris 塩酸塩 (pH 6.8)。
【図２】
本発明で使用される蛋白質精製手順の概要を模式的に示すフローチャートであ
る。
る。
【図３】
S. pneumoniae 細胞膜抽出物をSDS-PAGE分析して得られた電気溶離像(elec-tr
oelution profile)である。 レーン1： SDS-PAGE法で分離した粗抽出物のクーマシー染色像。 レーン3： 分子量標準物質(molecular mass standard)。 レーン2 及び 4−11： 電気溶離によって回収された蛋白質。
oelution profile)である。 レーン1： SDS-PAGE法で分離した粗抽出物のクーマシー染色像。 レーン3： 分子量標準物質(molecular mass standard)。 レーン2 及び 4−11： 電気溶離によって回収された蛋白質。
【図４】
陰イオン交換クロマトグラフィーによる分離像である。
【図５】
分子量 14 kDa、16 kDa、34 kDa 及び 57 kDa の、精製された S. pneumoniae
蛋白質を示す。
【図６】
分子量 16 kDa の S. pneumoniae 蛋白質による免疫化後の、肺のクリアラン
ス(pulmonary clearance)を示すヒストグラムである。
ス(pulmonary clearance)を示すヒストグラムである。
【図７】
分子量 34 kDa の S. pneumoniae 蛋白質による免疫化後の、肺のクリアラン
スを示すヒストグラムである。
スを示すヒストグラムである。
【図８】
分子量 57 kDa の S. pneumoniae 蛋白質による免疫化後の、肺のクリアラン
スを示すヒストグラムである。
スを示すヒストグラムである。
─────────────────────────────────────────────────────
フロントページの続き
(51)Int.Cl.7 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考）
Ａ６１Ｋ 45/00 Ａ６１Ｐ 31/04 ４Ｃ０８５
48/00 Ｃ０７Ｋ 14/315 ４Ｃ０８６
Ａ６１Ｐ 11/00 16/12 ４Ｈ０４５
31/04 Ｃ１２Ｎ 1/15
Ｃ０７Ｋ 14/315 1/19
16/12 1/21
Ｃ１２Ｎ 1/15 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ
1/19 Ｃ１２Ｑ 1/04
1/21 1/68 Ａ
5/10 Ｇ０１Ｎ 30/34 Ｅ
Ｃ１２Ｐ 21/02 30/88 Ｊ
Ｃ１２Ｑ 1/04 33/566
1/68 33/569 Ｆ
Ｇ０１Ｎ 30/34 Ｃ１２Ｒ 1:46
30/88 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡ
33/566 Ａ
33/569 5/00 Ａ
//(Ｃ１２Ｎ 15/09 Ａ６１Ｋ 37/02
Ｃ１２Ｒ 1:46）
(81)指定国 ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ，
ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，Ｉ
Ｔ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＣＮ，ＪＰ，Ｕ
Ｓ
(72)発明者 キッド、ジェンネル・マリー
オーストラリア国、2617 オーストラリア
ン・キャピタル・テリトリー、マクケラ
ー、バグ・クレセント ６
(72)発明者 ジョマー、マハ
オーストラリア国、2905 オーストラリア
ン・キャピタル・テリトリー、セオドー
ル、バーデット・クレセント 21
(72)発明者 ウェルス、ジェレミー・マーク
イギリス国、エヌアール４ ７ユーエイ
ノルウィッチ、コルネイ、ノルウィッチ・
リサーチ・パーク、ノルウィッチ・ラボラ
トリー、インスティチュート・オブ・フー
ド・リサーチ
(72)発明者 ハンスブロー、フィリップ・マイケル
オーストラリア国、2300 ニュー・サウ
ス・ウエールズ、ユニバーシティ・オブ・
ニューキャッスル、デパートメント・オ
ブ・マイクロバイオロジー
Ｆターム(参考） 4B024 AA01 AA13 BA31 CA02 CA09
CA12 CA20 DA01 DA02 DA05
DA12 GA11 HA03 HA12 HA17
4B063 QA05 QA18 QA19 QQ06 QQ43
QQ53 QQ79 QQ96 QR32 QR35
QR39 QR55 QR62 QR75 QS33
QS34 QX02 QX10
4B064 AG31 CA01 CA02 CA19 CC01
CC24 CE02 CE11 CE14 DA01
DA15
4B065 AA01X AA49X AA49Y AA58X
AA72X AA87X AB01 AC14
BA02 BB01 BC03 BC26 BD01
BD14 CA24 CA45 CA46
4C084 AA02 AA13 BA44 CA04 CA62
MA17 MA55 NA14 ZA592
ZB352
4C085 AA03 BA14 CC08 EE01
4C086 AA02 EA16 MA01 MA04 NA14
ZA59 ZB35
4H045 AA10 AA11 AA20 AA30 BA10
CA10 DA75 DA86 EA29 EA52
FA71 FA73 FA74 GA01 GA15
GA23 GA30
Claims (24)
- 【請求項１】 Streptococcus pneumoniaeから得られる、下記のものから選
ばれる蛋白質又はポリペプチド： (ｉ) SDS/PAGE法によって測定した分子量が55kDaで、かつN-末端のアミノ
酸配列がＶＥＰＫＡＫＰＡＤＰＳＶＶである蛋白質又はポリペプチド； (ii) SDS/PAGE法によって測定した分子量が50kDaで、かつN-末端のアミノ
酸配列がＮＤＲＬＶＡＴＱＳＡＤＧＲＮＥＳＶＬＭＳＩＥＴである蛋白質又はポ
リペプチド； (iii) SDS/PAGE法によって測定した分子量が85kDaで、かつN-末端のアミノ
酸配列がＥＤＴＴＮＳＲＦＧＳＱＦＤＫＹＲＱＰＮＡＥＰＤＨＳＨＤＡＶＳＡＤ
ＮＳＴＡＨＮＲＦＧＹＧＦＡＩＧＳＫＹＩＲＹＤである蛋白質又はポリペプチド
； (iv) SDS/PAGE法によって測定した分子量が38kDaで、かつN-末端のアミノ
酸配列がＤＫＹＲＱＰＮＡＥＰＤＤＨＨＹＡＶである蛋白質又はポリペプチド； (ｖ) SDS/PAGE法によって測定した分子量が30kDaで、かつN-末端のアミノ
酸配列がＤＡＶＳＡＤ又はＳＥＴＮＶＹである蛋白質又はポリペプチド； (vi) SDS/PAGE法によって測定した分子量が32kDAで、かつN-末端のアミノ
酸配列がＤＫＶＤＧＬＳＡＫＰＤＩＬＫＰである蛋白質又はポリペプチド； (vii) SDS/PAGE法によって測定した分子量が43kDaで、かつN-末端のアミノ
酸配列がＥＬＫＥＥＧ(Ｗ)ＶＶＫである蛋白質又はポリペプチド； (viii) SDS/PAGE法によって測定した分子量が100kDaで、かつN-末端のアミノ
酸配列がＥＶＨＡである蛋白質又はポリペプチド； (ix) SDS/PAGE法によって測定した分子量が14kDa未満で、かつN-末端のア
ミノ酸配列がＭＫＬＮＥＶＫＥＦＶＫＥＬＲＡＥＴである蛋白質又はポリペプチ
ド； (ｘ) SDS/PAGE法によって測定した分子量が14kDa未満で、かつN-末端のア
ミノ酸配列がＡＫＹＥＩＬＹＩＥＬＰＮＩＥＥＦＡＫである蛋白質又はポリペプ
チド； (xi) SDS/PAGE法によって測定した分子量が14kDa未満で、かつN-末端のア
ミノ酸配列がＩ(Ｒ)ＬＴＲＭ(Ｅ)ＧＧＫＫＫＰ(Ｋ)ＦＹＹである蛋白質又はポリ
ペプチド； (xii) SDS/PAGE法によって測定した分子量が16kDaで、かつN-末端のアミノ
酸配列がＶＭＴＤＰＩＡＤＸＬＸＲＩである蛋白質又はポリペプチド； (xiii) SDS/PAGE法によって測定した分子量が27.5kDaで、かつN-末端のアミ
ノ酸配列が(ＶＡ)(ＫＥ)ＬＶＦＡＲＨＧＥ(ＬＴ)Ｅ(ＮＫ)である蛋白質又はポリ
ペプチド； (xiv) SDS/PAGE法によって測定した分子量が44kDaで、かつN-末端のアミノ
酸配列がＩＩＴＤＶＹＡＲＥＶＬＤＳＲＧＮＰＴＬである蛋白質又はポリペプチ
ド； (xv) SDS PAGE法によって還元条件下で測定した分子量が12-14kDa で、か
つ下記のアミノ末端アミノ酸配列を有する蛋白質又はポリペプチド； Ａ Ｌ Ｎ Ｉ Ｅ Ｎ Ｉ Ｉ Ａ Ｅ Ｉ Ｋ Ｉ Ａ Ｓ Ala Leu Asn Ile Glu Asn Ile Ile Ala Glu Ile Lys Ile Ala Ser (xvi) 上記(xv)に記載の蛋白質の、低毒性の変種もしくは断片； (xvii) SDS PAGEによって還元条件下で測定された分子量が約16kDaである蛋
白質又はポリペプチド； (xviii) SDS PAGEによって還元条件下で測定された分子量が約57kDaで、かつ
下記のアミノ末端アミノ酸配列を有する蛋白質又はポリペプチド； Ｒ Ｉ Ｉ Ｋ Ｆ Ｖ Ｙ Ａ Ｋ Alg Ile Ile Lys Phe Val Tyr Ala Lys - 【請求項２】 請求項１に記載の蛋白質又はポリペプチドにおいて、実質的
に純粋な形であることを特徴とする蛋白質又はポリペプチド。 - 【請求項３】 請求項１又は請求項２に記載の蛋白質又はポリペプチドの同
族体もしくは誘導体。 - 【請求項４】 請求項１又は請求項２に記載の蛋白質もしくはポリペプチド
の、又は、請求項３に記載の同族体もしくは誘導体の１種又はそれ以上の抗原性
断片。 - 【請求項５】 核酸分子であって、下記の配列を含むか、下記の配列から成
ることを特徴とする核酸分子： (ｉ) 請求項１又は請求項２に記載の蛋白質又はポリペプチドをコードする
ＤＮＡ配列、又はそれと等価のＲＮＡ； (ii) 上記(ｉ)の配列のいずれかと相補的である配列； (iii) 上記(ｉ)及び(ii)の配列と実質的な同一性を有する配列； (iv) 請求項１から４までのいずれかに記載の蛋白質又はポリペプチドの同
族体、誘導体もしくは断片をコーディングする配列。 - 【請求項６】 請求項５に記載の核酸分子を含むベクター。
- 【請求項７】 請求項６に記載のベクターを含む宿主細胞。
- 【請求項８】 請求項１又は請求項２に記載の蛋白質又はポリペプチド、も
しくは請求項３に記載の同族体又は誘導体の、医療における使用。 - 【請求項９】 免疫原性／抗原性組成物において、１種以上の、請求項１又
は請求項２に記載の蛋白質又はポリペプチド、もしくはそれらの同族体又は誘導
体、及び／又はこれらのいずれかの断片を含むことを特徴とする組成物。 - 【請求項１０】 請求項９に記載の組成物において、該組成物がワクチンで
あるか、診断試験用のものであることを特徴とする組成物。 - 【請求項１１】 ワクチン組成物において、請求項５に記載の核酸分子を１
種以上含むことを特徴とするワクチン組成物。 - 【請求項１２】 抗体であって、請求項１又は請求項２に記載の蛋白質又は
ポリペプチド、請求項３に記載の同族体又は誘導体、もしくは請求項４に記載の
断片に対して誘起されるか、それらと結合する能力を有するか、或いはその両方
の性質をもつことを特徴とする抗体。 - 【請求項１３】 S. pneumoniaeの検出／診断を行う方法において、試験す
べきサンプルを、請求項１又は請求項２に記載の蛋白質又はポリペプチド、請求
項３に記載の同族体又は誘導体、もしくは請求項４に記載の断片の内の、少なく
とも一つと接触せしめる段階を含むことを特徴とする方法。 - 【請求項１４】 S. pneumoniaeの検出／診断を行う方法において、試験す
べきサンプルを、請求項１又は請求項２に定義する蛋白質又はポリペプチド、又
は請求項３に定義する同族体又は誘導体、もしくは請求項４に記載の断片の１種
以上と結合する能力を有する抗体の１種以上と接触せしめる段階を含むことを特
徴とする方法。 - 【請求項１５】 S. pneumoniaeの検出／診断を行う方法において、試験す
べきサンプルを、請求項５に記載の核酸分子の１種以上と接触せしめる段階を含
むことを特徴とする方法。 - 【請求項１６】 患者にS. pneumoniaeに対するワクチンを接種する方法に
おいて、該患者に対し、請求項１又は請求項２に記載の蛋白質又はポリペプチド
、請求項３に記載の同族体又は誘導体、請求項４に記載のそれらの断片、もしく
は請求項９又は請求項１０に記載の免疫原性組成物を投与する段階を含むことを
特徴とする方法。 - 【請求項１７】 患者にS. pneumoniaeに対するワクチンを接種する方法に
おいて、該患者に対し、請求項５に記載の核酸分子を投与する段階を含むことを
特徴とする方法。 - 【請求項１８】 S. pneumoniaeによる感染症を予防もしくは治療する方法
において、患者に請求項１又は請求項２に記載の蛋白質又はポリペプチド、請求
項３に記載の誘導体又は同族体、請求項４に記載の断片、もしくは請求項９又は
請求項１０に記載の免疫原性組成物を投与する段階を含むことを特徴とする方法
。 - 【請求項１９】 S. pneumoniae感染症を予防もしくは治療する方法におい
て、患者に請求項５に記載の核酸分子を投与する段階を含むことを特徴とする方
法。 - 【請求項２０】 S. pneumoniae感染症の検出／診断に用いられるキットに
おいて、請求項１又は請求項２に記載の蛋白質又はポリペプチド、請求項３に記
載の同族体又は誘導体、請求項４に記載の断片、もしくは請求項９又は請求項１
０に記載の抗原性組成物の内の、少なくとも一つを含むことを特徴とする検出／
診断用キット。 - 【請求項２１】 S. pneumoniae感染症の検出／診断に用いられるキットに
おいて、請求項５に記載の核酸分子の１種以上を含むことを特徴とする検出／診
断用キット。 - 【請求項２２】 請求項１又は請求項２に記載の蛋白質又はポリペプチドが
抗菌性標的(anti-microbial target)たり得る可能性を持つか否かを決定する方
法において、前記蛋白質又はポリペプチドを不活性化し、S. pneumoniaeがその
後も生存し得るか否かをインヴィトロ又は生体内で決定することを特徴とする方
法。 - 【請求項２３】 請求項１又は請求項２に記載の蛋白質又はポリペプチドの
機能もしくは発現を拮抗、阻害又はその他の態様で妨害する能力を有する作動薬
(agent)の、S. pneumoniae感染症の治療又は予防用の薬剤の製造における使用。 - 【請求項２４】 単離され精製された蛋白質を製造するプロセスにおいて、
下記の工程を含むことを特徴とするプロセス： (a) S. pneumoniaeの培養を調製し、該培養を適切な条件の下で生育せしめ
、それを収穫した後に洗浄と遠心分離を行って、洗浄済みの菌細胞ペレットを得
る工程； (b) 洗浄済みの菌細胞ペレットを適当な緩衝溶液中に再懸濁し、その後、菌
細胞を破壊する工程； (c) 遠心分離によって菌細胞の残片を除去し、細胞に含まれていた可溶性の
蛋白質を含む上澄み液を得る工程； (d) 得られた溶液を陰イオン交換クロマトグラフィーに付し、塩化ナトリウ
ムを用いて勾配溶出し、分離される各ピークに相当する分取フラクションをプー
ルする工程； (e) 蛋白質を含む分取フラクションを、0.5M Tris塩酸塩(pH 6.8)；10％(容
量／容量)グリセリン；10％(重量／容量)SDS；0.05％(重量／容量)ブロムフェノ
ールブルー；及び 0.05％(容量／容量)β-メルカプトエタノールを含む緩衝液に
懸濁し、混合液を煮沸後、12％(重量／容量)アクリルアミド／BISの分離用ゲル
と4％(重量／容量)アクリルアミド／BISのスタッキング用ゲルを使用し、スタッ
キング用ゲル中では16mA、分解用ゲル中では24mAで電気泳動させるSDS-PAGE法に
よって精製する工程；及び (f) 分子量が 12-14kDa、16kDa、34kDa又は57kDaの蛋白質を含むフラクショ
ンを選び、選ばれたフラクションから蛋白質を単離する工程。
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