JP2003501051A

JP2003501051A - 表現型薬物耐性と相関するｈｉｖ−１逆転写酵素における新規な変異プロフィル

Info

Publication number: JP2003501051A
Application number: JP2001500820A
Authority: JP
Inventors: ヘルトークス，クルト; ラーダー，ブレンダン; パウエルス，ルデイ・ビルフリート・ジヤン
Original assignee: ビルコ・エヌ・ブイ
Priority date: 1999-05-28
Filing date: 2000-05-25
Publication date: 2003-01-14
Also published as: AU5217500A; BR0011555A; AU783235B2; EP1185712A1; US20090162867A1; EP1185712B1; NZ516259A; DE60022036D1; US7494768B1; DE60022036T2; ES2246859T3; ATE302287T1; US8563236B2; WO2000073511A1; CA2374215A1; CA2374215C; EP1185712B8; MXPA01012270A

Abstract

(57)【要約】本発明は、ＨＩＶ薬に対する表現型耐性と相関するＨＩＶ−１逆転写酵素および／またはプロテアーゼ遺伝子の新規な変異、変異組み合わせ物または変異プロフィルを提供する。より具体的には、また本発明は、ウイルスの変異プロフィルを薬物耐性と相関させるために、ＨＩＶの標的集団の遺伝子型特徴の使用および表現型の解釈に対するこの情報の続いての相関関係に関する。また、本発明は、データベース、薬物の開発、すなわち薬物設計、および薬物改変、療法および治療計画、臨床管理および診断解析において本発明の変異プロフィルを利用する方法に関する。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】（技術分野）本出願は、１９９９年５月２８日出願の米国仮特許出願第６０／１３６，７４
３号の恩典を請求するものであり、そのすべては引用によって本明細書に組み入
れられている。

【０００２】本発明は、核酸診断の分野および標的核酸配列における塩基変異の同定に対向
される。より具体的には、本発明は、ウイルスの変異プロフィルを薬物耐性と相
関させるために、ＨＩＶの標的集団のそのような遺伝子型特徴の使用および表現
型の解釈に対するこの情報の続いての関連、すなわち相関関係に関する。また、
本発明は、薬物の開発、すなわち薬物設計、薬物改変および薬物開発、療法およ
び治療計画、臨床管理および診断解析において本発明の変異プロフィルを利用す
る方法に関する。

【０００３】ＨＩＶ感染のための主標的細胞は、Ｔ細胞のＣＤ４＋サブセットと同定された
。複製するためには、ＨＩＶは、先ず、ｇｐ１２０エンベロープタンパク質を通
しての結合により、ＣＤ４表面タンパク質およびコレセプターを発現している細
胞と相互作用する。エンベロープのｇｐ４１ドメインを介する融合に続いて、侵
入が達成され、ウイルス粒子が分解され、そしてＲＮＡゲノムが二本鎖の相補的
ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）に転写される。この遺伝物質がプレインテグレーション複合
体の一部として細胞核に運ばれ、ここで、ＤＮＡがウイルスのインテグラーゼに
よって処理され、そして宿主ゲノム中に組み込まれる。活性化された細胞におい
て、ウイルスゲノムは転写され、続いて、構造タンパク質および酵素前駆体に翻
訳される。ポリタンパク質、ＧａｇおよびＧａｇ−Ｐｏｌ含有マトリックス、キ
ャプシド、ヌクレオキャプシドならびに酵素類、逆転写酵素、プロテアーゼおよ
びインテグラーゼが、ウイルスプロテアーゼによるタンパク質分解的切断および
ビリオンパッケージングが起きる細胞膜に対向される。これらの事象のほとんど
は、広範囲に研究され、そしてウイルス複製を妨げるべく可能性のある介入のた
めの多数の段階が同定された。これらは、接着および宿主細胞への侵入、逆転写
酵素によるプロウイルスＤＮＡの形成、インテグラーゼによる宿主細胞染色体へ
のプロウイルスＤＮＡの組み込み、ならびにウイルスプロテアーゼによる前駆体
ウイルスタンパク質の切断を含むウイルスの組み立てを含む。臨床的に関連する
薬剤は、これらの標的段階Ｂ逆転写（逆転写酵素インヒビター（ＲＴＩ））およ
びウイルス組み立て（プロテアーゼインヒビター（ＰＩ））の２つに対して開発
されてきた。

【０００４】レトロウイルスのインヒビターは、種々の方法においてウイルス複製を遮断す
ることができる。例えば、ヌクレオシド逆転写酵素インヒビター（ＮＲＴＩ）は
、逆転写酵素によって伸長中のウイルスＤＮＡへの組み込みのための天然のヌク
レオシド三リン酸と競合する。これらの化合物を天然のヌクレオシドと区別する
化学的改変は、ＤＮＡ鎖の終結事象をもたらす。今日利用できるＮＲＴＩは、ジ
ドブジン（ＺＤＶ）、ジダノシン（ｄｄＩ）、ザルシタビン（ｄｄＣ）、スタブ
ジン（ｄ４Ｔ）、ラミブジン（３ＴＣ）およびアバカビル（ＡＢＣ）を含む。

【０００５】ヌクレオチド逆転写酵素インヒビター（ＮｔＲＴＩ）は、ＮＲＴＩと同じ作用
様式をもつが、それらは、既にモノリン酸化されていて、したがって、より少な
い代謝段階を必要とする点で異なる。アデホビル（ビス−ＰＯＭ−ＰＭＥＡ）お
よびビス−ＰＯＣＰＭＰＡはこの処理の部類に属する。

【０００６】非ヌクレオシド逆転写酵素インヒビター（ＮＮＲＴＩ）は、構造的に多様な化
合物の１群であり、これらは、ウイルスの逆転写酵素の活性部位への非競合的結
合または接近によってＨＩＶ逆転写酵素を阻害し、その結果ウイルスの活性を抑
制する。この群において利用できる化合物は、ネビラピン（ＮＶＰ）、デラビル
ジン（ＤＬＶ）およびエファビレンツ（ｅｆａｖｉｒｅｎｚ）を含む。

【０００７】プロテアーゼインヒビター（ＰＩ）はペプチド擬似物であり、そしてウイルス
プロテアーゼ酵素の活性部位に結合し、それによって、感染性ビリオンの構造的
および酵素的成分を生産するのに要する前駆体ポリタンパク質の切断を阻害する
。今日利用できるＰＩは、サキナビル（ＳＱＶ）、リトナビル（ＲＴＶ）、イン
ジナビル（ＩＤＶ）、ネルフィナビル（ＮＦＶ）、アンプレナビル（ＡＰＶ）お
よびＡＢＴ−３７８を含む。

【０００８】抗レトロウイルス療法に関する選択は、新規な薬剤が利用できるようになるに
つれて、かなり改良された。抗レトロウイルス療法に関する現在の指針は、初期
処置のための三剤組み合わせ治療処方、例えばＰＩ１剤およびＮＲＴＩ２剤
またはＮＮＲＴＩ１剤およびＮＲＴＩ２剤を推奨している。これらの組み合
わせ処方は、強い抗レトロウイルス活性を示し、そしてＨＡＡＲＴ（高活性抗ウ
イルス療法）と呼ばれる。ＨＡＡＲＴの導入は、これらの薬物へのアクセスによ
りＨＩＶ−１患者集団における罹病率および死亡率の有意な低下をもたらした。

【０００９】さらに、血漿ＨＩＶ−１ＲＮＡ定量アッセイの開発および標準化は、キーとな
る治療応答のモニタリングツールとしてのウイルス負荷測定法の使用をもたらし
た。前処置または最小の処置をされた患者におけるウイルス負荷レベルは、長期
の疾病進行の間の強い予測因子であり、そしてウイルス負荷における治療に誘導
された減少が臨床効果と関連されてきた。抗レトロウイルス療法のゴールは、長
期に基づき検出限界以下まで血漿ウイルス血症を低下させることである。このこ
とは標準のＨＡＡＲＴを用いて部分的に達成することが可能である。しかしなが
ら、有意な数の患者では、ウイルス複製の最大抑圧は達成されず、そしてこのゴ
ールに到達した患者でも、有意な数がウイルス負荷のリバウンドを経験する。血
漿ウイルス血症におけるリバウンドは治療の失敗の明白な指標であるけれども、
ウイルス負荷データは、失敗の原因についての情報を提供しない。

【００１０】治療の失敗の原因は多数のファクターによるものであるかも知れない。これら
は、処方の不十分な抗ウイルス活性、薬物代謝および薬力学における個人的変動
、用量処方を固守する難しさ、毒性による治療中断の必要、およびウイルスの薬
物耐性を含む。さらにまた、薬物耐性は、最適以下の抗レトロウイルス療法によ
り処置された患者において出現することもあるし、また、患者が薬物耐性のＨＩ
Ｖ−１により感染されているかも知れない。薬物耐性は、治療の失敗についての
主な理由ではないかも知れないが、多くの場合、インヒビターの存在下でウイル
ス複製を許すいかなる状況でも、耐性変異株の選択のための段階を設ける。

【００１１】より具体的には、レトロウイルス、例えばＨＩＶは、新しい核酸鎖を合成する
場合のプルーフ・リーディング機構をもたない。鎖の伸長の間にヌクレオチドを
組み入れる過程において生じる誤りは修正されない。このことは、複製しつつあ
るウイルス集団において多数の遺伝的変異株を連続的に発生することを許す。１
回のＨＩＶ複製サイクルについてヌクレオチド当たり３ｘ１０^-5変異が起きると
見積もられ、そして置換変異のタイプは、勿論いかなる１つの場所についてもラ
ンダムである。その結果、誤りの頻度および高率でのウイルス複製があれば、実
質的に、すべての可能な遺伝的変化は、多分非常に短い期間内に生成されるであ
ろう。より重要なことに、遺伝的変化は、ＲＴおよびプロテアーゼ分子の立体配
置を、それらが、それを標的として開発された化合物による阻害に対してもはや
感受性ではないように変えることができる。抗レトロウイルス療法が進行中であ
る場合、そしてウイルス複製が完全には抑圧することができない場合には、その
ような遺伝的変異株の選択は不可避である。ウイルス集団は投与される薬物に耐
性になるであろう。明らかに、ウイルス集団の効果的な抑圧は効果的な治療にと
って絶対に必要である。ウイルスの薬物耐性は、インヒビターの存在下で複製を
改良するウイルスにおけるすべての変化として定義できる。ＨＩＶ−１の薬物耐
性は１９８９年に最初に記述され、そしてその時点では唯一の治療選択肢を表し
たジドブジン１剤療法により治療された患者を巻き込んだ。参照、Ｌａｒｄｅｒ
，Ｂ．Ａ．，ｅｔａｌ．，Ｓｉｅｎｃｅ２４３，１７３１−１７３４（１９
８９）。耐性はイン・ビトロにおいて表現型として検出された：多くの患者では
、ウイルス分離株は、同じ個人からの治療前分離株と同程度に複製を抑制するた
めに、１００倍高いジドブジン濃度を要した。その後、ジドブジン耐性に関する
遺伝的基礎が特徴付けられた。

【００１２】耐性の出現は、単一の抗レトロウイルス薬物による患者の治療経過においてほ
とんど常に観察されている。同様に、抗レトロウイルス化合物の存在下で数ラウ
ンドの複製を通してのウイルス培養のイン・ビトロ継代は、ウイルスの複製サイ
クルが、使用される化合物に対してもはや感受性ではないウイルスの選択をもた
らす。

【００１３】また、耐性発展は、２剤ＮＲＴＩ組み合わせ療法の導入とともに、ならびにさ
らに強力なＮＮＲＴＩおよびＰＩの投与の間にも観察された。個々の抗レトロウ
イルス剤は、耐性が発展する速度において異なり：耐性変異株の選択が治療の週
内に起きることも、または耐性が、より長い治療期間後に発現することもある。
感受性の程度は、ウイルスによってかくまわれた変異のタイプ、そして使用され
る化合物のタイプおよび濃度に応じて、感受性における若干の低下から完全な耐
性までの全範囲を包含できる。

【００１４】イン・ビボもしくはイン・ビトロの選択を通して得られた耐性ウイルス分離株
の広範な遺伝的解析は、耐性が、一般に、ウイルスゲノムのいくつかの特異的部
位におけるヌクレオチド配列を変える変異によって惹起されることを明らかにし
た。ＨＩＶ−１について観察され、報告されたり、そして薬物耐性に相関される
変異パターンは非常に多様である：ある抗レトロウイルス剤は、１つの単一遺伝
子変化のみを必要とし、一方他は、出現する耐性について多数の変異を必要とす
る。薬物耐性と相関されるＨＩＶゲノムにおける変異の総説が編集されている。
参照、Ｓｃｈｉｎａｚｉ，Ｒ．Ｆ．，Ｌａｒｄｅｒ，Ｂ．Ａ．＆Ｍｅｌｉｏｒ
ｓ，Ｊ．Ｗ．１９９７．Ｉｎｔ．ＡｎｔｉｖｉｒａｌＮｅｗｓ．５，１２９−
１４２（１９９７）。さらにまた、変異に関する電子リストが、ｈｔｔｐ：／／ｈｉｖ−ｗｅｂ．ｌａｎｌ．ｇｏｖまたはｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｖｉｒａｌｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ．ｃｏｍにおいて利用できるようになった。

【００１５】抗レトロウイルス化合物に対する遺伝的変異株の感受性の程度が、例えばＧｅ
ｎＢａｎｋにおいて見いだされ、その配列が引用によって本明細書に組み入れら
れているような野生型ウイルス（ＨＩＶＩＩＩ／Ｂ／ＬＡＩ参照配列）に関連
して本明細書に述べられていることに注目すべきである。感受性は、一般に、Ｉ
Ｃ₅₀もしくはＩＣ₉₀値の比として表される（ＩＣ₅₀もしくはＩＣ₉₀値は、ウイル
ス集団の５０％もしくは９０％が複製を阻害される薬物濃度である）。さらに、
遺伝的変異は、野生型ウイルスに関して通常記述される、すなわちＫ１０１Ｎは
コドン１０１におけるリジンのアスパラギンによる置換を指す。しかしながら、
本発明の変異は、本発明を実用とするために列挙される野生型の例には依存しな
い。例えば、変異１０１Ｎは、変異前に１０１においてリジンがあったか否かに
拘わらず、１０１コドンにおけるアスパラギンを指す。

【００１６】もちろん、抗レトロウイルス薬は、ほとんどは互いに組み合わせて、長時間投
与されるので、また新しい抗レトロウイルス剤が開発されつつあり、そして現在
の薬物に加えられるので、新しい耐性と相関する遺伝的変異株は今も発見されつ
つある。特に重要なことは、抗レトロウイルス剤の組み合わせが耐性の特徴に影
響を与えることができることである。例えば、種々のＮＮＲＴＩ耐性と相関する
変異が、ＮＮＲＴＩ−ジドブジン組み合わせ療法において選択され、そして種々
のＮＲＴＩ耐性相関変異が２剤ＮＲＴＩ組み合わせ療法において選択された。後
者の場合は、結果は全ＮＲＴＩに対する高レベルの多重薬物耐性である。また、
感受性における変化は、ＺＤＶ／３ＴＣにより治療された患者におけるＺＤＶ耐
性の逆転によって示されるように、２剤組み合わせ療法の間に耐性よりもむしろ
感受性に向かうこともある。この場合は、効果は、Ｍ１８４ＶとＺＤＶ耐性置換
との間の変異相互作用を通して媒介される。２剤組み合わせ療法における患者で
は、耐性までの時間は、ＺＤＶ／３ＴＣもしくはＺＤＶ／ＮＮＲＴＩ組み合わせ
物におけるＺＤＶ耐性について示されるように影響を受けるかも知れない。また
、研究は、組み合わせにおける薬剤の１種（これらの場合、ラミブジンもしくは
ＮＮＲＴＩ）に対する耐性は、他の薬剤（ここでは、ジドブジン）に対する耐性
よりも一貫して／しばしば現れることを例証した。さらにまた、ウイルス耐性が
一旦出現すると、救済療法の選択肢は、各薬物類の中での交差耐性により極端に
制限されるであろう。ウイルス複製動力学のモデルおよび先に議論した変異率に
基づいて、インヒビターの存在下でウイルスの複製の不完全な抑圧の条件下での
変異（耐性）ウイルス集団への移行は、時間の問題のみであることは明らかであ
ろう。かくして、耐性を防ぐことにおける重要なファクターは、ウイルスの複製
の完全な（最大の）抑圧を維持しつづけることである。

【００１７】ウイルス耐性の普及および治療の失敗におけるその役割に鑑みて、耐性進展の
防御は、抗レトロウイルス療法の管理における重要なゴールであらねばならない
。近年、関心事は、より良好な臨床管理のためのウイルス薬剤感受性における変
化の特徴付けに絞られてきた。抗レトロウイルス薬剤に対する耐性の存在と継続
する発展によって演じられる有意な役割が与えられた場合、治療処方についての
正しい選択は非常に重要である。これは、耐性の出現を最小にし、そして患者の
長期の予後を改善するために治療の変化が要求される場合と同様に、初期治療に
ついて重要である。治療処方の選択は、循環するウイルス集団の耐性プロフィル
の知識によって支持できる。さらに、治療組み合わせ物は、それらが特定のウイ
ルス集団を抑圧する例証された潜在力をもつ薬剤を含む場合は、有効となるより
大きい機会を有するであろう。かくして、患者のウイルスがそれに耐性である薬
物に伴う不必要な副作用および費用が回避することができる。しかしながら、今
日まで、ＨＩＶの変異と薬物耐性との間の相関関係および個々の薬剤に対する耐
性の特徴に及ぼす多剤組み合わせ物の影響の理解は、多くのこれらのゴールを達
成するためには不十分である。

【００１８】これらおよび他の利点を達成するため、そして本明細書において態様を示され
、広く記述される本発明の目的にしたがって、１つの態様では、本発明は、ＨＩ
Ｖ逆転写酵素における少なくとも１つの変異の存在および逆転写酵素インヒビタ
ー（ＲＴＩ）に対する少なくとも１株のＨＩＶの耐性を相関させるデータベース
；そして／またはＨＩＶプロテアーゼにおける少なくとも１つの変異の存在およ
びプロテアーゼインヒビター（ＰＩ）に対する少なくとも１株のＨＩＶの耐性を
相関させるデータベースを含むコンピューターシステムを提供する。より具体的
には、データベースは、変異と薬物耐性との間の相関関係に対応する１セットの
記録を含む。

【００１９】変異と薬物耐性との間の本発明の相関関係は：ＨＩＶ逆転写酵素の変異が８８
Ｅ，１０１Ｈ，１０１Ｎ，１０１Ｐ，１０１Ｑ，１０１Ｔ，１０３Ｈ，１０３Ｓ
，１７９Ｉ，１７９Ｅ，１８１Ｖ，１９０Ｅ，１９０Ｓ，１９０Ｔまたは１０３
Ｒと１７９Ｄの組み合わせか、またはこれらの変異のいずれかの組み合わせであ
る場合は、ＨＩＶ株は少なくとも１種のＮＮＲＴＩに対して耐性であり；ＨＩＶ
逆転写酵素の変異が６９Ｓ−［Ｓ−Ｓ］，１８４Ｇ，１８４Ｌ，２１５Ｖ，４４
Ｄ，４４Ａもしくは１１８Ｉか、またはそれらのいずれかの組み合わせである場
合は、ＨＩＶ株は少なくとも１種のＮＲＴＩに対して耐性であり；そしてプロテ
アーゼの変異が８８Ｔおよび／または変異３３Ｆと９０Ｍの組み合わせか、また
はそれらのいずれかの組み合わせである場合は、ＨＩＶ株は少なくとも１種のＰ
Ｉに対して耐性である。

【００２０】その他の実施態様では、本発明は、ＨＩＶ感染患者の抗レトロウイルス療法の
有効性を評価する方法であって、ＨＩＶ感染患者からサンプルを収集し；サンプ
ルが本明細書に記述される少なくとも１つの変異をもつＨＩＶ逆転写酵素をコー
ドしている少なくとも１種の核酸を含有しているか否かを決定し；そして抗ウイ
ルス療法の有効性を評価するためにその核酸の存在を使用すること：を含む方法
に関する。

【００２１】さらなる実施態様では、本発明は、ＨＩＶのＮＮＲＴＩもしくはＮＲＴＩ耐性
株に対して有効な薬物を同定する方法であって、本明細書に記述される少なくと
も１つの変異を含有するＨＩＶ逆転写酵素を含有する少なくとも１株のＨＩＶを
提供し、そのＨＩＶ株に対する薬物の表現型応答を決定し、そして薬物の有効性
を決定するためにその表現型応答を使用すること：の段階を含む方法を提供する
。なおさらなる実施態様では、本発明は、ＨＩＶのＰＩ耐性株に対して有効な薬
物を同定する方法であって、ＨＩＶ株が、本明細書に記述される少なくとも１つ
の変異を含有するＨＩＶプロテアーゼを含有し、該ＨＩＶ株に対する該薬物の表
現型応答を決定し、そして薬物の有効性を決定するためにその表現型応答を使用
する方法を提供する。

【００２２】その他の実施態様では、本発明は、本発明の方法を使用して同定される薬物を
提供する。

【００２３】また、本発明は、ＨＩＶにより感染された患者を治療するための療法を計画す
る方法であって、ＨＩＶ感染患者からサンプルを収集し；サンプルが本明細書に
記述される少なくとも１つの変異をもつＨＩＶ逆転写酵素か、または本明細書に
記述される少なくとも１つの変異を含有するＨＩＶプロテアーゼをコードしてい
る少なくとも１種の核酸を含有しているか否かを決定し；そしてその患者に対す
る療法を計画するためにその核酸の存在を使用すること：を含む方法を提供する
。また、本発明は、本明細書に記述される少なくとも１つの変異を含有する少
なくとも１種のＮＮＲＴＩまたは少なくとも１種のＮＲＴＩに対して耐性な単離
されたＨＩＶ逆転写酵素複合体、および本明細書に記述される少なくとも１つの
変異を含有するＰＩに対して耐性な単離されたＨＩＶプロテアーゼ複合体を含む
。さらなる本発明の目的および利点は、以下に続く記述において一部は述べられ
るであろうし、そして一部はその記述から明らかになるか、または本発明の実施
によって学ばれるであろう。本発明の目的および利点は、特に付随する特許請求
項において指摘される要素および組み合わせ物の手段によって実現され、そして
達成されるであろう。両前記の一般的記述および後記の詳細な記述が、単なる例示および説明であり、
そして特許請求されるような本発明を限定するものではないことを理解すべきで
ある。

【００２４】図面の簡単な記述図１：多重ヌクレオシド耐性および非ＭＤＲ臨床サンプルからのＲＴにおける
変異の頻度。白いバー（ＭＤＲ）は、試験された少なくとも４種のヌクレオシド
類似体に対してＩＣ₅₀値における＞４倍増加を有するＨＩＶ−１サンプルにおい
て見い出されたＲＴ変異の総頻度を表す。斜線のバー（非ＭＤＲ）は、４種以上
のヌクレオシドに対して交差耐性ではなかった分離株の変異頻度を示す。８９２
サンプルのこの集団において解析された個々の変異が１文字のアミノ酸コードに
おいて指示される。６９＋はコドン６９におけるアミノ酸挿入を示す。

【００２５】図２：ＭＤＲ患者由来の組み換えＨＩＶ変異株のヌクレオシド類似体感受性。
組み換えウイルスは、実施例２に記述されるように患者の血漿サンプルから生産
され、そして（ａ）ｄ４Ｔ，（ｂ）ｄｄＣおよび（ｃ）ｄｄＩに対する感受性を
試験された。野生型対照に比較してＩＣ₅₀値における平均増加倍数（平均耐性倍
数）が、種々の表現型をもつウイルスの群、すなわちコドン１５１−Ｍ多剤耐性
クラスター（ｎ＝２７）、６９Ｄ／Ｎをもつウイルス（ｎ＝１９５）、またはＡ
ＺＴおよび３ＴＣ耐性変異のバックグラウンドにおける７５Ｍ（ｎ＝４３）およ
びＡＺＴ耐性変異のバックグラウンドにおけるコドン６９挿入変異株（ｎ＝４５
）について示された。誤差バーは標準誤差を示す。総数（ｎ＝３１０）は、少数
群が６９Ｄ／Ｎおよび７５Ｍ２重変異株であり、そして両群において表されたの
で、３０２ＭＤＲサンプルより多いことに注意。

【００２６】図３：ＨＩＶ−１分離株がコドン６９挿入を現した患者３人の治療歴。ヌクレ
オシド類似体療法（ＡＺＴ，３ＴＣ，ｄｄＣ，ｄｄＩもしくはｄ４Ｔ）が、各患
者（１，２もしくは３）が特定の治療を受けた期間を示す水平バーとして示され
る。血漿サンプルが遺伝子型および表現型解析について得られた時点は、検出さ
れた特定のコドン６９挿入とともに矢印によって示される。これらの患者が受け
つつあったヌクレオシド以外のいかなる他の療法もこの図には指示されない。

【００２７】本発明の詳細な記述引用文献は、本発明の現時点で好適な実施態様に対して、ここで、詳細になさ
れるであろう。１つの態様では、本発明は、抗ＨＩＶ薬に対する表現型耐性と相
関するＨＩＶ−１逆転写酵素および／またはプロテアーゼ遺伝子の新規な変異ま
たは変異プロフィルを提供する。より具体的には、また本発明は、ウイルスの変
異プロフィルを薬物耐性と相関させるために、ＨＩＶの標的集団の遺伝子型特徴
の使用および表現型の解釈に対するこの情報の続いての相関関係に関する。また
、本発明は、データベース、薬物の開発、すなわち薬物設計、および薬物改変、
療法および治療計画、臨床管理および診断解析において本発明の変異プロフィル
を利用する方法に関する。

【００２８】理論に限定されることなく、本発明は、変異を耐性表現型と相関させるための
遺伝子型および表現型耐性試験を含む組み合わせアプローチを利用する。上述の
技術の特定の組み合わせなしに、変異と耐性との間のこの相関関係は検出されな
いであろう。日常の臨床実務からの分離株におけるこれらの遺伝子型および表現
型プロフィルの観察に加えて、これらの変異が実際にこのパターンの薬物耐性の
基礎を形成することを確認するために、部位特異的突然変異が作成された。抗レ
トロウイルス薬に対するＨＩＶの耐性は、ＨＩＶ−１ゲノムにおける変異を同定
し、そして耐性と相関することが知られる変異パターンを検索することを通して
抗レトロウイルス薬に対するＨＩＶ−１の耐性を推測することによって遺伝子型
レベルにおいて決定することもできる。あるいは、抗レトロウイルス薬に対する
ＨＩＶの耐性は、インヒビターの存在下でウイルスを培養し、そして薬物がどの
程度ウイルスの複製を阻止するかを測定することによって表現型レベルにおいて
決定されてもよい。この場合、あらゆる変異の相互作用の影響、まだ知られてな
いかまだ同定されてないような遺伝的変化の影響、表現型におけるバックグラウ
ンドの遺伝子型などの影響が測定される。

【００２９】ＨＩＶ−１における変異の検出のためのアッセイは、ウイルスゲノム配列のポ
リメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅に基づく。次いで、これらの増幅された配列
が、ハイブリダイゼーションもしくは配列決定技術のいずれかを用いて解析され
る。ハイブリダイゼーションに基づくアッセイは、プライマー特異的ＰＣＲを含
み、これはＤＮＡ合成の選択的開始を可能にするよう設計された合成オリゴヌク
レオチドの使用する。参照、Ｌａｒｄｅｒ，Ｂ．Ａ．，ｅｔａｌ．，ＡＩＤＳ５，１３７−１４４（１９９１）；Ｒｉｃｈｍａｎ，Ｄ．Ｄ．，ｅｔａｌ．
，Ｊ．Ｉｎｆｅｃｔ．Ｄｉｓ．１６４，１０７５−１０８１（１９９１）；Ｇｉ
ｎｇｅｒａｓ，Ｔ．Ｒ．，ｅｔａｌ．，Ｊ．Ｉｎｆｅｃｔ．Ｄｉｓ．１６４，
１０６６−１０７４（１９９１）。プライマー配列が３’末端において標的配列
（野生型もしくは変異株）に適合する場合のみ、標的配列の増幅が可能であり、
そしてＤＮＡフラグメントが作成される。プライマー配列の知識は、研究下のウ
イルス分離株の配列であるが、プライマー配列によってカバーされる領域につい
てのみ推定を可能にさせる。他のハイブリダイゼーションに基づくアッセイは、
分別（ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ）ハイブリダイゼーション（Ｅａｓｔｍａｎ，
Ｐ．Ｓ．，ｅｔａｌ．，Ｊ．Ａｃｑ．Ｉｍｍ．Ｄｅｆ．Ｓｙｎｄｒ．ＨｕｍａｎＲｅｔｒｏｖｉｒｏｌ．９，２６４−２７３（１９９５）；Ｈｏｌｏｄｎｉ
ｙ，Ｍ．，ｅｔａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．６９，３５１０−３５１６（１９９
５）；Ｅａｓｔｍａｎ，Ｐ．Ｓ．，ｅｔａｌ．，Ｊ．Ｃｌｉｎ，Ｍｉｃｒｏ．３３，２７７７−２７８０（１９９５））；ＬｉｎｅＰｒｏｂｅＡｓｓａｙ
（ＬｉＰＡＪＨＩＶ−１１ＲＴ，Ｉｎｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ）（Ｓｔｕｙｖｅ
ｒ，Ｌ．，ｅｔａｌ．，Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．ＡｇｅｎｔｓＣｈｅｍｏｔｈｅｒａｐ．４１，２８４−２９１（１９９７）．）およびＧｅｎｅＣｈｉｐ
ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）（Ｄ’Ａｑｕｉｌａ，Ｒ．Ｔ．Ｃｌｉｎ．Ｄｉａｇｎｏｓｔ．Ｖｉｒｏｌ．３，２９９−３１６（１９９５）；
Ｆｏｄｏｒ，Ｓ．Ｐ．Ａ．ｅｔａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ３６４，５５５−５５
６（１９９３）；Ｆｏｄｏｒ，Ｓ．Ｐ．Ａ．Ｎａｔｕｒｅ２２７，３９３−３
９５（１９９７））を含む。ＤＮＡ配列アッセイは、一方、配列決定される領域
の全ヌクレオチドに関する情報を提供する。標的配列はＰＣＲによって増幅され
る。配列解析は、主として、伸長するＤＮＡ配列におけるジデオキシ鎖末端のヌ
クレオチド（３’ヒドロキシル基を欠いている）の組み込みおよび得られる分子
のゲル電気泳動解析に基づく。ほとんどの配列決定技術は半自動的であり、そし
てポリアクリルアミドゲルから配列を「判読（”ｒｅａｄ” ｏｆｆ）」するた
めに、蛍光標識されたプライマーもしくはｄｄＮＴＰを使用する。

【００３０】表現型アッセイは、野生型の感受性ウイルスに比べて特異的インヒビターの存
在下での複製ウイルスの増殖能力を測定する。その結果、これらのアッセイは、
特異的インヒビターに対するウイルスの耐性もしくは感受性の程度を直接測定す
る。応用される表現型アッセイは、限定されるものではないが、ＰＢＭＣ（末梢
血液単核細胞）ｐ２４抗原アッセイを含み、これは臨床ＨＩＶ−１分離株におけ
るウイルスの薬物耐性の決定についての最初に標準化されたアッセイであった（
Ｊａｐｏｕｒ，Ａ．Ｊ．，ｅｔａｌ．，Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．ＡｇｅｎｔｓＣｈｅｍｏｔｈｅｒ．３７，１０９５−１１０１（１９９３）；Ｋｕｓｕｍｉ
，Ｋ．ｅｔａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．６６，８７５−８８５（１９９２）；お
よびＲＴインヒビターに対する表現型耐性を検査する代替手段として最初に記述
された組み換えウイルスアッセイ（ＲＶＡ）（Ｋｅｌｌａｍ，Ｐ．＆Ｌａｒｄ
ｅｒ，Ｂ．Ａ．，Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．ＡｇｅｎｔｓＣｈｅｍｏｔｈｅｒ，
３８，２３−３０（１９９４）；Ｈｅｒｔｏｇｓ，Ｋ．，ｅｔａｌ，５ｔｈＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌＷｏｒｋｓｈｏｐｏｎＨＩＶＤｒｕｇＲｅｓｉｓｔａｎｃｅ，Ｗｈｉｓｔｌｅｒ，Ｃａｎａｄａ．Ａｂｓｔｒ．６４（１
９９６）；Ｈｅｒｔｏｇｓ，Ｋ．，ｅｔａｌ．，Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．ＡｇｅｎｔｓＣｈｅｍｏｔｈｅｒ．４２，２６９−２７６（１９９８）；Ｈｅｒｔ
ｏｇｓ，Ｋ．，ｅｔａｌ．，ＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌＷｏｒｋｓｈｏｐｏｎＨＩＶＤｒｕｇＲｅｓｉｓｔａｎｃｅ，ＴｒｅａｔｍｅｎｔＳｔｒａｔｅｇｉｅｓａｎｄＥｒａｄｉｃａｔｉｏｎ，Ｓｔ．Ｐｅｔｅｒｓｂｕ
ｒｇ，Ｆｌｏｒｉｄａ，ＵＳＡ．Ａｂｓｔｒ．４３（１９９７）；およびＰａｕ
ｗｅｌｓ，Ｒ．，ｅｔａｌ．，２ｎｄＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌＷｏｒｋｓｈｏｐｏｎＨＩＶＤｒｕｇＲｅｓｉｓｔａｎｃｅａｎｄＴｒｅａｔｍｅｎｔＳｔｒａｔｅｇｉｅｓ，ＬａｋｅＭａｇｇｉｏｒｅ，Ｉｔａｌ
ｙ．Ａｂｓｔｒ．５１（１９９８）。

【００３１】遺伝子型アッセイの場合のように、組み換えウイルスアッセイは、ＰＣＲによ
るウイルスの標的配列の増幅で開始する。アンプリコンは、欠失されたアンプリ
コンに存在する配列に相同な配列を用いてプロウイルスの実験室クローン中に組
み込まれる。これによりキメラウイルスの保存株が生成する。ウイルスは、種々
の薬物濃度の存在下で増殖能を試験される。結果は、各インヒビターについての
ＩＣ₅₀値を計算し、そしてμＭ濃度で表されたＩＣ₅₀値として結果を報告するか
、または平行して試験される野生型感受性実験室ウイルスについて見い出された
ＩＣ₅₀値に対するキメラウイルスについて見い出されたＩＣ₅₀値の比を算定する
ことによって得られる。後者の場合には、耐性は、野生型感受性ＨＩＶ−１株に
比べられる「耐性倍数」として表される。

【００３２】個々の試験に関して高容量試験および短い回転時間の必要性に適合するために
、表現型アッセイの最終世代はさらに改変させられた。感受性試験のためのレポ
ーター遺伝子系の使用が、実験室自動化および標準化の実行を可能にする。参照
、Ｐａｕｗｅｌｓ，ｅｔａｌ．，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ２０，３
０９−３２１（１９９８）；Ｐａｕｌｏｕｓ，Ｓ．，ｅｔａｌ．，ＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌＷｏｒｋｓｈｏｐｏｎＨＩＶＤｒｕｇＲｅｓｉｓｔａｎｃｅ，ＴｒｅａｔｍｅｎｔＳｔｒａｔｅｇｉｅｓａｎｄＥｒａｄｉｃａｔｉｏｎ，Ｓｔ．Ｐｅｔｅｒｓｂｕｒｇ，Ｆｌｏｒｉｄａ，ＵＳＡ．Ａｂｓｔ
ｒ．４６（１９９７）；およびＤｅｅｋｓ，Ｓ．Ｇ．，ｅｔａｌ．，２ｎｄＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌＷｏｒｋｓｈｏｐｏｎＨＩＶＤｒｕｇＲｅｓｉｓｔａｎｃｅａｎｄＴｒｅａｔｍｅｎｔＳｔｒａｔｅｇｉｅｓ，Ｌ
ａｋｅＭａｇｇｉｏｒｅ，Ｉｔａｌｙ．Ａｂｓｔｒ．５３（１９９８）。

【００３３】さらにまた、大規模にプロテアーゼおよび逆転写酵素感受性の同時試験を可能
にするアッセイが存在する。ＡｎｔｉｖｉｒｏｇｒａｍＪａｓｓａｙ（Ｖｉｒ
ｃｏ）（ＷＯ９７／２７４８０）は、患者由来のＨＩＶ−１ｇａｇ／ＰＲ／ＲＴ
配列の、対応してｇａｇ／ＰＲ／ＲＴ配列を欠失されたプロウイルスＨＩＶ−１
クローンへの相同組み換えに基づいている。参照、Ｐａｕｗｅｌｓ，ｅｔａｌ
．，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ２０，３０９−３２１（１９９８）。得
られる複製能力のある組み換えウイルスが、種々の濃度の抗レトロウイルス薬の
存在下でレポーター遺伝子に基づく細胞アッセイにおいて分析される。ＨＩＶ−
１特異的レポーター遺伝子シグナルが、標的細胞におけるウイルス複製の結果と
して生成される。自動高分解能光学が、単一細胞レベルにおける進行中のウイル
ス複製をモニターするために使用される。すべての現在利用できるＨＩＶ−１プ
ロテアーゼおよび逆転写酵素インヒビターは、シングル・ミクロタイタープレー
ト感受性アッセイにおいて分析される。類似のアッセイ（ＶｉｒｏＬｏｇｉｃ）
は、欠失されたＨＩＶ−１エンベロープ遺伝子に挿入された、指標遺伝子、ルシ
フェラーゼを保持している対応して欠失されたプロウイルスベクター中へ、患者
由来のＰＲ／ＲＴ配列を酵素的に結合させることに基づいている。参照、Ｄｅｅ
ｋｓ，Ｓ．Ｇ．，ｅｔａｌ．，２ｎｄＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌＷｏｒｋｓｈｏｐｏｎＨＩＶＤｒｕｇＲｅｓｉｓｔａｎｃｅａｎｄＴｒｅａｔｍｅｎｔＳｔｒａｔｅｇｉｅｓ，ＬａｋｅＭａｇｇｉｏｒｅ，Ｉｔａｌ
ｙ．Ａｂｓｔｒ．５３（１９９８）。また、これらの技術に関する多くの情報が
、Ｈｅｒｔｏｇｓｅｔａｌ．ＲｅｃｅｎｔＲｅｓ．Ｄｅｖ．Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．ＡｇｅｎｔｓＣｈｅｍｏｔｈｅｒ．３（Ｐｔ１）８３−１０４（
１９９９）；Ｈｅｒｔｏｇｓｅｔａｌ．Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．ＡｇｅｎｔｓＣｈｅｍｏｔｈｅｒ．４４（３）５６８−５７３（２０００）；および引用
によって本明細書に組み入れられている開示、Ｌａｒｄｅｒｅｔａｌ．Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．ＡｇｅｎｔｓＣｈｅｍｏｔｈｅｒ．，４３（８）１９６１
−１９６７（１９９９）において見い出すことができる。

【００３４】総括すると、高い処理能力のある表現型および遺伝子型アッセイは、３０，０
００以上の臨床分離株の表現型耐性データおよび遺伝子型配列を含有するデータ
ベースの確立を可能にした。データベースの相関性データ解析および変異クラス
ター解析は、随伴する耐性をもつ変異パターンの検索を可能にする。下記表１は
、抗レトロウイルス薬による治療後の臨床分離株において現れるもっとも普通に
存在する耐性と相関する変異を列挙している。

【００３５】

【表１】

【００３６】本発明は、限定されるものではないが、多重薬物耐性変異に加えてプロテアー
ゼインヒビターおよび逆転写酵素インヒビター（ＮＲＴＩ、ＮｔＲＴＩおよびＮ
ＮＲＴＩ）に耐性を与える変異を含む、すべての種類のＨＩＶ処置療法に対する
耐性と相関する変異を考慮している。

【００３７】１つの実施態様では、本発明は、プロテアーゼインヒビター（ＰＩ）に耐性を
与える変異を考慮している。表１は、すべてのＰＩについての２種類の変異：第
１および第２変異を列挙している。第１変異は、特定の薬物に対する耐性の発展
に主に寄与している。第２変異は、治療の経過における後期に現れて、耐性をも
たらすか、またはＰＩナイーブのウイルス分離株における天然の多型として既に
存在しているかのいずれかである。大多数の第２変異は、数種のＰＩインヒビタ
ーに対して同時に耐性を増強する。このことは、それらの第２変異の微妙な種々
の表現型効果が存在するけれども、この種のインヒビターに対して広範な交差耐
性をもたらすであろう。

【００３８】理論に限定されるものではないが、プロテアーゼ遺伝子に起きる変異は、プロ
テアーゼによるポリタンパク質の分解力を損なうかも知れない。補償変異は、変
異したプロテアーゼによってその部位のより効率的な切断を可能にするｇａｇ切
断部位において発見された。獲得性のＰＩ耐性と相関する変異をもつプロテアー
ゼ処置患者からの臨床分離株のいくつかの研究は、変異ウイルスの複製能を有意
に高められたｇａｇｐ７／ｐ１および／またはＰ１／ｐ６における変異を明らか
にした。

【００３９】本発明の実施における他の変異は、ＮＲＴＩおよびＮＮＲＴＩに対して耐性を
与えることができる。例えば、ＮＲＴＩジドブジンに典型的に耐性を与える変異
はＭ４１Ｌ，Ｄ６７Ｎ，Ｋ７０Ｒ，Ｌ２１０Ｗ，Ｔ２１５ＹおよびＫ２１９Ｑで
ある。ＨＩＶ−１逆転写酵素における多重変異は、また、ジドブジンおよび他の
ＮＲＴＩに対して高レベルの耐性を与えられる。多重変異は、存在する場合、相
乗的に作用し、そして感受性は、耐性と相関する変異数が増加するにつれ減少す
る。例えば、ジダノシンに対する耐性と相関する変異は、Ｌ７４Ｖ，Ｋ６５Ｒで
ある。また、ラミブジンに対する耐性は、変異Ｍ１８４ＶおよびＭ１８４Ｉの出
現と相関し、ジダノシンおよびザルシタビンに対する低レベルの耐性に加えて非
常に高い耐性レベルを与える。また、ラミブジンに対する低レベルの耐性は、１
８４変異の不在下で与えられ、一方、アバカビルに対する耐性は、変異Ｋ６５Ｒ
，Ｌ７４Ｖ，Ｙ１１５ＦおよびＭ１８４Ｖと相関している。

【００４０】本発明のその他の実施態様は、多剤耐性変異（ＭＤＲ）、特にＮＲＴＩに対す
るＭＤＲに関する。例えば、ＲＴ変異群Ａ６２Ｖ，Ｖ７５Ｔ，Ｆ７７Ｌ，Ｆ１１
６ＹおよびＱ１５１Ｍはともに、すべてのヌクレオシド類似体に対する耐性を惹
起する。非ヌクレオシド逆転写酵素インヒビター（ＮＮＲＴＩ）に対して耐性を
与える変異は、また、本発明によって考慮される。例えば、ネビラピンについて
の耐性と相関する変異は、Ａ９８Ｇ，Ｌ１００Ｉ，Ｋ１０３Ｎ，Ｖ１０６Ａ，Ｖ
１０８Ｉ，Ｙ１８１Ｃ／Ｉ，Ｙ１８８ＣおよびＧ１９０Ａである。これらの変異
は、デラビルジンについてはＫ１０３／Ｎ／Ｔ，Ｙ１８１ＣおよびＰ２３６Ｌで
あり、エファビレンツに対する耐性では、変異はＬ１００Ｉ，Ｋ１０１Ｅ，Ｋ１
０３Ｎ，Ｖ１０８Ｉ，Ｖ１７９Ｄ，Ｙ１８１ＣおよびＹ１８８Ｌである。

【００４１】本発明のその他の態様は逆変異に関する。例えば、Ｍ１８４Ｖラミブジン耐性
変異は、ジドブジン耐性変異Ｍ４１ＬおよびＴ２１５Ｙの効果を減少し、一方、
Ｌ７４Ｖジダノシン耐性変異は、ジドブジン耐性変異Ｔ２１５Ｙの効果を減少す
る。しかしながら、既述の逆効果が表現型として有意であるか否かは、存在して
いる変異の組み合わせによって異なる。

【００４２】その他の実施態様では、変異はインヒビターに対する感受性を増大することが
ある。例えば、デラビルジン変異、Ｐ２３６Ｌは、ネビラピンによる抑制に対す
るこの変異の感受性を増大し、そしてラミブジン耐性変異Ｍ１８４Ｖは、アデホ
ビルに対して、そして非変異配列以上にＰＭＰＡに対して増強された感受性を惹
起する。この増強された感受性は、高められた治療成果において反映されるよう
である。

【００４３】本発明の実施におけるＨＩＶ−１逆転写酵素（表２ａ）およびプロテアーゼ（
表２ｂ）の新規変異、およびそれらの相関する表現型薬物耐性は、限定されるも
のではないが表２において示されるものを含む。

【００４４】

【表２】

【００４５】

【表３】

【００４６】表１における単一変異またはいずれかの変異の組み合わせの存在は、相関する
種類からの１種以上の処置に対して耐性を与えるであろう。例えば、変異８８Ｅ
，Ｋ１０１Ｈ，Ｋ１０１Ｎ，Ｋ１０１Ｐ，Ｋ１０１Ｑ，Ｋ１０１Ｔ，Ｋ１０３Ｈ
，Ｋ１０３Ｓ，Ｋ１０３Ｓ＋Ｋ１０１Ｐ，Ｋ１０３Ｒ＋Ｋ１７９Ｄ，Ｖ１７９Ｉ
，Ｖ１７９Ｅ，Ｙ１８１Ｖ，Ｇ１９０Ｅ，Ｇ１９０ＳおよびＧ１９０ＴはＭＤＲ
であり、そして多数のＮＮＲＴＩに対して耐性を与えるが、一方変異Ｍ１８４Ｇ
およびＭ１８４Ｌは、３ＴＣに対してのみ耐性を与えることが見いだされ、そし
て変異２１５ＶはＡＺＴに対してのみ耐性を与えることが分かった。同様に、８
８Ｔにおけるプロテアーゼ変異はネルフィナビルに対する耐性を与え、一方プロ
テアーゼ変異の組み合わせ、３３Ｆ＋９０Ｍはアンプレナビルに対する耐性を与
える。しかしながら、本明細書に既述されるような適当なツール、例えばＶｉｒ
ｃｏｇｅｎが利用される場合は、表２に提供されるような同定された変異および
ある種の処置に対して相関する耐性を知ることができ、そして明細書に述べられ
る他の適当な処置に関してスクリーニングすることができる。したがって、また
本発明は、相関する薬物の種類で固められた列挙した変異および新しい変異の組
み合わせが、さらなるＰＩ，ＮＲＴＩ，ＮＮＲＴＩに対する耐性、またはＭＤＲ
耐性のような新しい耐性表現型を予測するために使用することができることを提
供する。さらに、変異の組み合わせの存在は、同じか異なる薬物耐性プロフィル
与えるであろう。

【００４７】また、本発明は、他の新規な変異および／または組み合わせ変異およびそれら
の相関する薬物耐性を提供する。特に、本発明の１つの目的は変異Ｅ４４Ｄ，Ｅ
４４ＡおよびＶ１１８Ｉである。各変異は、独立して、ＮＲＴＩ（３ＴＣ）に対
する耐性を生成することができる。

【００４８】その他の実施態様では、本発明は、ＨＩＶＲＴ変異Ｅ４４Ｄ，Ｅ４４Ａ，Ｖ
１１８Ｉおよび／またはＭ１８４Ｖの２種以上のいずれかの組み合わせと、１種
以上のＮＲＴＩ、そしてより具体的にはＺＤＶおよび／または３ＴＣに対する耐
性との間の相関関係を提供する。以前は、ＨＩＶ逆転写酵素の位置１８４におけ
るバリンもしくはイソロイシンへのメチオニン変異のみが、ＮＲＴＩ（ラミブジ
ン）に対する有意な表現型耐性と相関されていた。さらなる実施態様では、１種
以上の変異４１Ｌ，６７Ｎ，６９Ｄ，７０Ｒ，２１０Ｗ，２１１Ｋ，２１４Ｆ，
２１５Ｙ，２１５Ｆ，２１９Ｑおよび２１９Ｅとの組み合わせにおいて１種以上
の変異Ｅ４４Ｄ，Ｅ４４ＡおよびＶ１１８Ｉが、１種以上のＮＲＴＩ、そしてよ
り具体的にはＺＤＶおよび／または３ＴＣに対する耐性を与えることができる。

【００４９】本発明のその他の態様は、ＲＴのコドン６７と７０間の１，２もしくは３個の
アミノ酸挿入および／または再配列による、好ましくは６９Ｓ−［Ｓ−Ｓ］もし
くは６９Ｓ−［Ｓ−Ｇ］である挿入による１群のＭＤＲ変異である。これらの変
異のパターンは、高レベルの表現型多重ヌクレオシドもしくは多剤耐性と相関さ
れるであろう。コドン６９挿入変異は、単独でも、また他の変異との組み合わせ
であってもよい。他の好適なＲＴのコドン６７と７０間の変異および／または再
配列が表３に示される。（いくつかのこれらの変異および組み合わせに関する耐
性データは表４に示される。）また、これらの変異は単独または他の変異との組
み合わせにおいて耐性を与えるであろう。

【００５０】その他の実施態様では、ＲＴのコドン６７と７０の間の変異および／または再
配列は、１種以上の変異６２Ｖ，２１０Ｗ、および／または２１５Ｙとの組み合
わせにおいて耐性（ＭＤＲ）を与える。

【００５１】

【表４】

【００５２】野生型アミノ酸残基は主な見出で示され、そしてアミノ酸挿入は「Ｘ」として
印されている。また、Ｔｈｒ６９Ｓｅｒの置換のみをもつサンプルが示される。
代替アミノ酸残基は、異なるサンプルについて種々の位置において、または混合
ヌクレオチドが単一サンプル内で検出された場合に示される。アミノ酸が見られ
ない位置はダッシュ（−）で指示された。

【００５３】

【表５】

【００５４】変異は、部位特異的突然変異誘発によってＨＩＶ−１ＲＴにおいて創造され
、次いで変異ＲＴがＨＸＢ２−Ｄ野生型ウイルスバックグラウンド中に導入され
た。このバックグラウンドにおいて創造された特異的変異が指示される。変異ウ
イルスのヌクレオシド感受性（野生型ＨＸＢ２−Ｄウイルス対照に比較したＩＣ ₅₀ 値における倍数）は、「方法」において既述されるように調べられた。これら
のデータは、２回の独立した測定の平均値を表す。これらの実験における野生型
対照ウイルスについてのＩＣ₅₀値は次のとおりであった：ＡＺＴ，０．０４μＭ
、ｄ４Ｔ，２．３９μＭ、３ＴＣ，１．６７μＭ、ｄｄＩ，４．６μＭ、ｄｄＣ
，１．４１μＭおよび１５９２Ｕ８９，２．９μＭ。

【００５５】また、本発明は、本発明の相関関係を使用する方法に関する。１つの実施態様
では、本発明は、ＨＩＶ逆転写酵素における少なくとも１つの変異の存在および
逆転写酵素インヒビター（ＲＴＩ）に対する少なくとも１株のＨＩＶの耐性；あ
るいはＨＩＶプロテアーゼにおける少なくとも１つの変異の存在およびプロテア
ーゼインヒビター（ＰＩ）に対する少なくとも１株のＨＩＶの耐性：間の相関関
係を含むデータベースを提供する。

【００５６】さらなる実施態様では、データベースは、治療プログラムを開発するに際し、
または適当なＨＩＶ療法もしくは組み合わせ療法を決定するに際して医者を助け
ることができる。例えば、ＶｉｒｃｏＧＥＮＪ遺伝子型アッセイシステムは、Ｈ
ＩＶ−１薬物耐性をモニターするための診断ツールである。システムは、抗ＨＩ
Ｖ−１薬の臨床試行における耐性発展を研究するため、ＨＩＶ−１感染患者の臨
床管理を改善するため、そして薬物耐性の疫学的様相を研究するために使用する
ことができる。それは、抗レトロウイルス薬に曝露されているか、または薬物耐
性ＨＩＶ−１株に感染された患者の血漿中に循環しているＨＩＶ−１集団の薬物
感受性の急速決定を可能にする。

【００５７】また本発明は、ＶｉｒｃｏＧＥＮ^TMにおいて使用されるような方法を使用して
ＨＩＶ−１薬物耐性をモニターする方法であって、抗ウイルス薬耐性の存在の可
能性に関して、１つの試験において患者由来のＨＩＶ−１遺伝材料の遺伝子配列
の決定および患者のＨＩＶ株において見いだされる配列変異の解釈を合体する方
法を提供する。１つの実施態様では、種々のヌクレオシド逆転写酵素インヒビタ
ージドブジン（ＡＺＴ）、ジダノシン（ｄｄＩ）、ザルシタビン（ｄｄＣ）、
スタブジン（ｄ４Ｔ）、ラミブジン（３ＴＣ）およびアバカビル，ヌクレオチド
逆転写酵素インヒビターアデホビル（ＰＭＥＡ）、非ヌクレオシド逆転写酵素
インヒビターネビラピン、デラビルジンおよびエファビレンツ、ならびにプロ
テアーゼインヒビターサキナビル、リトナビルおよびネルフィナビルに対する
耐性に係わる変異が評価される。遺伝子型の解釈は、ピアー・レビュー（ｐｅｅ
ｒ−ｒｅｖｉｅｗｅｄ）雑誌において公表されている薬物耐性に関連する変異の
リストに基づいてもよい。

【００５８】ＨＩＶ−１薬物耐性をモニターする方法は、また、ウイルス分離株の表現型薬
物耐性試験と組み合わせて使用されてもよい。例えば、１つの実施態様では、患
者のウイルスＲＮＡから単離され、増幅されるプロテアーゼ（ＰＲ）および逆転
写酵素（ＲＴ）遺伝子配列からなるキメラＨＩＶ−１株の構築に基づいている表
現型試験が利用される。これらの株は、続いて、ＰＲ／ＲＴ遺伝子配列が欠失さ
れている標準の実験室同質遺伝子（ＨＸＢ２）ＨＩＶ−１ＤＮＡ構築物を用いて
ＣＤ４＋Ｔ細胞内で組み換えされる。次いで、組み換え株は、上記抗ウイルス薬
の存在下で増殖され、そしてウイルス分離株の感受性が、野生型実験室参照株に
おける薬物のＩＣ５０を超える患者分離株における薬物のＩＣ５０の倍数変化値
として表される。

【００５９】１つの実施態様では、試験されるべきサンプルは患者から調製され、そして遺
伝子型アッセイが、自動化された集団に基づく完全配列解析（ＡＢＩ）をとおし
て遂行される。したがって、使用される配列決定法は、配列決定された領域の全
ヌクレオチドに関する情報を提供できる。配列決定結果は、野生型参照配列に比
較される、プロテアーゼ遺伝子および逆転写酵素遺伝子の位置におけるアミノ酸
変化として報告される。遺伝子型の報告に含まれる変化は、薬物耐性に関連する
多型を証明するために既知の位置における変異に限定されてもよい。薬物耐性に
係わらない位置における多型は必要ではない。

【００６０】なおさらなる実施態様では、配列決定された患者のウイルスの領域、試験によ
って検出された変異、および／または得られる証拠の解釈を示す報告が作成され
てもよい。解釈は、抗レトロウイルス薬、既知の耐性に係わる変異が同定された
薬物および／または観察された変異が薬物に対する耐性を表す程度を含んでもよ
い。

【００６１】また、新規化合物に対するウイルス標的における触媒部位の知識とともに、相
関する遺伝子型および表現型の知識が、新規分子の構築およびＨＩＶに対する新
規（組み合わせ）治療の手段を仕立てるために利用できる。

【００６２】その他の実施態様では、本発明は、ＨＩＶに感染された患者の抗レトロウイル
ス療法の有効性を評価する方法であって、ＨＩＶ感染患者からサンプルを収集し
；そしてサンプルが少なくとも１つの変異をもつＨＩＶ逆転写酵素か、または少
なくとも１つの変異をもつＨＩＶプロテアーゼをコードしている少なくとも１種
の核酸を含有しているか否かを決定すること：を含む方法を提供する。サンプル
は、血漿サンプル、血液細胞または他の組織であってもよい。さらに、本発明は
、ＨＩＶ遺伝子型耐性診断を改善する可能性を有し、そして原則として、より良
好な療法をもたらすことができ、そしてある条件下では生命を救うことさえでき
る。

【００６３】さらなる実施態様では、本発明は、ＮＮＲＴＩもしくはＮＲＴＩ耐性ＨＩＶに
対して有効な薬物を同定もしくは設計する方法であって、少なくとも１つの変異
を含有するＨＩＶ逆転写酵素をコードしている核酸を含有する少なくとも１株の
ＨＩＶを提供し、そして薬物に対するＨＩＶ株の表現型応答を決定すること：の
段階を含む方法を提供する。なおさらなる実施態様では、本発明は、ＨＩＶ株が
少なくとも１つの変異を含有するＨＩＶプロテアーゼを含有するＨＩＶのＰＩ耐
性株に対して有効な薬物を同定し、そして該薬物に対する該ＨＩＶ株の表現型応
答を決定する方法を提供する。また、本発明は、ＨＩＶ分離株の耐性の解釈のた
めに有用である。それはまた、ＨＩＶの全配列解析において使用することができ
る。さらに、本発明は、ハイブリダイゼーションに基づくＨＩＶ解析のために、
または薬物の設計、開発、試験および市場開拓における応用を有する。さらなる
実施態様では、本発明は本発明の方法によって設計される薬物を含む。

【００６４】また、本発明は、ＨＩＶに感染された患者を治療するための療法を計画する方
法であって、上記の少なくとも１つの変異をもつＨＩＶ逆転写酵素の存在を少な
くとも１種のＮＮＲＴＩまたは少なくとも１種のＮＲＴＩに対する耐性と相関さ
せるか、または少なくとも１つの変異をもつＨＩＶプロテアーゼの存在を少なく
とも１種のＰＩに対する耐性と相関させることを含む方法を提供する。

【００６５】本発明の比較変異の同定は、改善された抗レトロウイルス薬治療プログラムを
もたらすことができる。先に略述されたように、薬物療法に対する貧しいウイル
ス学的応答が、１種、数種、または最悪の場合はすべての利用できる抗レトロウ
イルス薬に対する遺伝子型および／または表現型ウイルス耐性の存在と相関する
ことを例証する十分な証拠がある。結果として、本発明の相関関係を用いる耐性
試験は、血漿ウイルス負荷を減少させる方向にもはや寄与しない薬物を同定する
ための道具として使用されてもよい。

【００６６】実施例例１．ＨＩＶ−１逆転写酵素における新規変異パターンの同定および相関する表現型耐性血漿サンプルは、欧州および米国における日常の臨床実務由来のＨＩＶ−１感
染した個人から得られ、そしてドライアイス上で実験室まで運ばれ、分析まで−
７０℃に保存された。表現型解析は組み換えウイルスアッセイを用いて実施され
た。参照、Ｋｅｌｌａｍ，Ｐ．，ａｎｄＢ．Ａ．Ｌａｒｄｅｒ．Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．ＡｇｅｎｔｓＣｈｅｍｏｔｈｅｒ３８：２３−３０（１９９４）
；Ｈｅｒｔｏｇｓ，Ｋ．，ｅｔａｌ．ＡｇｅｎｔｓＣｈｅｍｏｔｈｅｒ．４
２：２６９−２７６（１９９８）；Ｐａｕｗｅｌｓ，Ｒ．，ｅｔａｌ．，Ａｂｓｔｒａｃｔｓｏｆｔｈｅ２ｎｄＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌＷｏｒｋｓｈｏｐｏｎＨＩＶＤｒｕｇＲｅｓｉｓｔａｎｃｅａｎｄＴｒｅａｔｍｅｎｔＳｔｒａｔｅｇｉｅｓ，Ａｂｓｔｒ．５１．ＬａｋｅＭａｇｇ
ｉｏｒｅ，Ｉｔａｌｙ（１９９８）。簡単に言えば、プロテアーゼ（ＰＲ）およ
び逆転写酵素（ＲＴ）コーディング配列が、ＨＩＶ−１特異的プライマーにより
患者由来のウイルスＲＮＡから増幅された。ＰＲ−ＲＴ欠失プロウイルスクロー
ンへのアンプリコンの相同組み換え後、得られる組み換えウイルスが収穫され、
タイター測定され、そして抗レトロウイルス薬に対するイン・ビトロの感受性試
験のために使用された。この解析の結果は、参照野生型ウイルス分離株（ＩＩＩ
Ｂ／ＬＡＩ）による試験の場合に得られる同じ薬物の平均ＩＣ₅₀（μＭ）に比較
して、患者由来の組み換えウイルス分離株による試験の場合の特定の薬物の平均
ＩＣ₅₀（μＭ）における増加倍数を反映する耐性倍数値として表された。遺伝子
型解析は自動化された集団に基づく完全配列解析（ＡＢＩ）によって遂行された
。遺伝子型解析の結果は、野生型（ＨＸＢ２）参照配列に比べられる逆転写酵素
遺伝子に沿う位置におけるアミノ酸変化として報告される。ＶｉｒｃｏＧＥＮ^J
インタープリテーションソフトウエア（ＶｉｒｃｏＬｔｄ，Ｃａｍｂｒｉｄｇ
ｅ，ＵＫ）によるクラスター解析は、臨床分離株の遺伝子配列を含むデータベー
スにおける変異パターンの存在の検出、および同じ分離株の対応する耐性パター
ンとの結合を可能にする。参照、Ｐａｕｗｅｌｓ，Ｒ．，ｅｔａｌ．２ｎｄＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌＷｏｒｋｓｈｏｐｏｎＨＩＶＤｒｕｇＲｅｓｉｓｔａｎｃｅａｎｄＴｒｅａｔｍｅｎｔＳｔｒａｔｅｇｉｅｓ，Ｌ
ａｋｅＭａｇｇｉｏｒｅ，Ｉｔａｌｙ．Ａｂｓｔｒ．５１（１９９８）。モデ
リング研究では、変異は、ＯｕｉｋＣｈａｎｇｅ”部位特異的突然変異誘発キッ
ト、Ｓｔｒａｇｅｎｅ^R，ＳｔｒａｇｅｎｅＣｌｏｎｉｎｇｓｙｓｔｅｍｓ
，ＬａＪｏｌｌａ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ，ＵＳＡを用いて、ＨＸＢ２、野生
型実験室ＨＩＶ−１株のＲＴ遺伝子において生成された。

【００６７】臨床分離株の解析表５は、ジドブジン（ＺＤＶ）およびラミブジン（３ＴＣ）に対する種々のレ
ベルの表現型耐性をもつ臨床分離株におけるＲＴ中の変異４４Ｄ／Ａ，１１８Ｉ
，１８４Ｖ，２１５Ｙおよび４１Ｌの頻度を報告している。ここで記述される変
異分離株は臨床分離株のプールから得られた。

【００６８】表５．完全な感受性分離株のサンプルに比べられたＺＤＶおよび／または３ＴＣに対して感受性または耐性な臨床分離株におけるＺＤＶおよびは３ＴＣ耐性に相関する変異の頻度

【００６９】

【表６】

【００７０】両ＺＤＶおよび３ＴＣに対して感受性である分離株（ＷＴ）（ｎ＝１９５）：
先に列挙されたすべて６変異の頻度は低かった。

【００７１】ＺＤＶに対して耐性である分離株（＞１０倍、ｎ＝２２０）：表５は、ＺＤＶ
耐性に相関する変異２１５Ｙ，４１Ｌおよび７０Ｒが、この種類では頻度が高く
、そしてすべての３ＴＣ耐性種にわたっていることを示す。変異１８４Ｖは、高
い耐性の３ＴＣ種（＞５０倍）において顕著な変異であるが、１８４Ｖは、中間
の３ＴＣ耐性群ではまれであり、そして低いレベルの耐性群および３ＴＣ感受性
群では存在しなかった。変異４４Ｄ／Ａおよび１１８Ｉはすべての３ＴＣ耐性種
において存在していた。

【００７２】３ＴＣに対して耐性である分離株（＞１０倍、ｎ＝２９５）：表５は、高レベ
ルの３ＴＣ耐性に相関する変異、１８４Ｖの頻度が、すべてのＺＤＶ耐性種（低
、中および高）において高く、そしてＺＤＶ感受性および中間耐性群では顕著な
変異であることを示す。ＺＤＶに対する耐性が増大するにつれ、ＺＤＶ耐性に相
関する変異４１Ｌ，７０Ｒおよび２１５Ｙの頻度は高まるが、一方、変異１８４
Ｖの頻度は減少した。

【００７３】かくして、結果は、３ＴＣに対する低および中間耐性が、変異１８４Ｖの存在
には無関係であることをさらに示している。事実、この変異は、これらの種類で
は実際に不在であった。さらに表５は、変異４４Ｄ／Ａおよび１１８Ｉが、ＺＤ
Ｖ耐性変異２１５Ｙ，４１Ｌおよび７０Ｒの存在下でのみ高い頻度において存在
していことを示す。ＺＤＶに対して感受性であった分離株では、ＺＤＶ耐性に相
関する変異の頻度は低く、そして４４Ｄ／Ａおよび１１８Ｉもまたまれであった
が、３ＴＣ耐性は１０倍を超えていた。この群では、１８４Ｖの高い頻度が３Ｔ
Ｃに対する耐性を説明していた。

【００７４】部位特異的突然変異誘発によって生成された変異の解析表６は、種々の変異株が薬物感受性アッセイにおいて試験された場合に得られ
た耐性倍数値とともに野生型ＨＸＢ２バックグラウンド中に導入されたコドン変
化を示す。変異１８４Ｖを担持している全６変異株は、３ＴＣに対して高度に耐
性であった。それらの２つは、両４４Ｄ／Ａおよび１１８Ｉを保持していたが、
一方、１つ（ＳＤＭ２３）を除くすべては、ＺＤＶ耐性に相関する変異を保持し
ていた。

【００７５】表６．３ＴＣおよびＺＤＶ耐性に相関する変異ならびに部位特異的突然変異誘発による変異株における表現型耐性

【００７６】

【表７】

【００７７】変異株のすべてが予測されたＺＤＶ耐性もしくは感受性パターンに従った。同
時に、３変異株は、コドン４４における変化により、３株はコドン１１８におけ
る変化により、そして３株は両コドン４４および１１８における変化により生成
された。これらの３群の内２変異株は、また、ＺＤＶに対する耐性に相関する位
置における変化を担持するが、１変異株はこれらのコドンにおいて野生型を維持
した。表６に列挙した薬物耐性値は、単独でも一緒でもコドン４４および１１８
における変異の存在が、変異１８４Ｖによって起きる３ＴＣに対する高い耐性（
＞６２倍）とは区別される、３ＴＣに対する中間の耐性（８〜３２倍）を惹起で
きることを明らかに示している。さらに、３ＴＣに対する中間の耐性は、位置４
４および／または１１８における変異がＺＤＶ耐性バックグラウンド（４１Ｌ，
６７Ｎ，２１０Ｗ，２１５Ｙ）において起きる場合のみ観察されるが、変異１８
４Ｖによって惹起される耐性はＺＤＶ耐性には明らかに関係していなかった。

【００７８】臨床サンプルにおけるＲＴ位置４４もしくは１１８における変化の存在と抗レ
トロウイルス療法との間の関係表６から推定できるように、位置４４および１１８における変化は、Ｍ１８４
Ｖ置換の有無にかかわらずウイルスサンプルにおいて起きるかもしれないが、そ
れらは、ＺＤＶ耐性をもつサンプルにおいてより高い発生率で出現した。したが
って、４４Ｄもしくは１１８Ｉを含有するＨＩＶ分離株を有する患者に対して投
与された抗レトロウイルス治療を考察することは興味あることであった。本発明
者らは、抗レトロウイルス治療歴が利用できた患者に由来する、４４Ｄをもつ８
６サンプルおよび１１８Ｉをもつ８８サンプルのサブセットを同定した。治療歴
にしたがうこのサブセットからの４４もしくは１１８における変化の発生に関す
る結論を引き出すことは不可能であったけれども、これは無作為化された研究で
はなかったので、この解析は、これらの位置において変異をもたらすであろう条
件に対して若干の光明を放った。

【００７９】４４Ｄサブセットでは、サンプルの５０／８６が、サンプル時点でラミブジン
を受けつつあった患者から生じ、そしてこのサブセットにおける５患者は、サン
プル時点の前およびそれまで３ＴＣを全く受けていなかった。全５患者は、ある
時期にはジドブジン／ジダノシンを受けており、そして全ＨＩＶ分離株は位置１
８４においては野生型であった。履歴理由について期待されるように、ジドブジ
ン治療経験は広範囲であった。１患者を除く全患者は、他のＮＲＴＩと組み合わ
せてジドブジンを受け、そしてまた７０／８６は、過去にジドブジン単剤療法を
受けていた。ジドブジンナイーブであると報告された１患者はスタブジンを受け
ていた。このサンプルは４１Ｌおよび２１５Ｙを含有した。

【００８０】１１８Ｉサブセットに関する結果は、５５／８８サンプルが、サンプル時点で
ラミブジンを受けつつあった患者から生じ、そして２患者がラミブジンを全く受
けていなかった（両者はジドブジンとジダノシンを受けていた）ということで類
似していた。ほとんどの患者、８３／８８は、他のＮＲＴＩと組み合わせてジド
ブジンを受け、そしてまた７０はジドブジン単剤療法を受けていた。５／８８の
ジドブジンナイーブ患者はスタブジンを受けていた。数人の患者では、４４Ｄも
しくは１１８Ｉの発展を示す一貫したサンプルが得られた。

【００８１】これらの結果は、ＨＩＶ−１ＲＴにおける変異Ｅ４４Ｄ／ＡおよびＶ１１８
Ｉは、それらがＺＤＶ耐性バックグラウンドを保持している臨床分離株において
起きる場合、３ＴＣに対する低〜中間の耐性を与えることを示している。遺伝子
型および表現型の特徴付けされた臨床分離株のクラスター解析および部位特異的
突然変異誘発実験からの結果は、事実、ＺＤＶ耐性に相関する変異が存在してい
るという限定で、コドン４４および１１８における変異が３ＴＣに対する低〜中
間の耐性と相関していることを確立する。さらに、治療歴が利用でき、そしてＺ
ＤＶの前曝露が広範であると分かった臨床サンプルの解析は、変異４４Ｄ／Ａお
よび１１８ＩがＺＤＶ変異に関して現れた本発明者らの大きい臨床データセット
から得られた結果を確認した。

【００８２】変異４４Ｄ／Ａおよび１１８Ｉの各々は、３ＴＣに対する耐性を独立して生成
することができる。部位特異的突然変異誘発による実験は、３ＴＣ耐性に及ぼす
それらの表現型効果に関して、２変異株間に相乗効果の存在を示さなかった。

【００８３】例２．ＨＩＶ−１多重ヌクレオシド耐性の遺伝的基礎の決定この研究は、比較的多数の臨床サンプルにおけるＨＩＶ−１多重ヌクレオシド
耐性の存在を研究し、そしてこの耐性の遺伝的基礎を決定するために計画された
。８９２のＨＩＶ−１サンプルが、患者の失敗療法からの本発明者らの耐性デー
タベースにおいて、標準的組み換えに基づく表現型アッセイを用いて、そしてＤ
ＮＡ破裂解析によって検査された。多重ヌクレオシドは、ＲＴコーディング領域
における複合変異パターンと相関している。血漿サンプルは抗レトロウイルス療
法を受けた患者から得られた。選択はウイルス負荷＞１０００ＨＩＶ−１ＲＮＡ
コピー／ｍｌを基礎とし、そしてこの研究の目的のために、このレベルの血漿Ｈ
ＩＶ−１をもつ患者が失敗療法であると考えられた。ウイルスＲＮＡは、ＱＩＡａｍｐウイルスＲＮＡ抽出キット（Ｑｉａｇｅｎ，Ｈ
ｉｌｄｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いて製造者の指示にしたがって患者血漿２０
０μｌから抽出された。ｐｏｌ遺伝子の部分を包含しているｃＤＮＡが、前記の
ようにＥｘｐａｎｄ^TM逆転写酵素（ＢｏｅｌｈｒｉｎｇｅｒＭａｎｎｈｅｉｍ
）を用いて作成された。参照、ＨｅｒｔｏｇｓＫ．，ｅｔａｌ．，Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．ＡｇｅｎｔｓＣｈｅｍｏｔｈｅｒ．４２：２６９−２７６（１
９９８）。プロテアーゼおよびＲＴ領域をコードしている２．２ｋｂフラグメン
トが、次に、既述のＰＣＲプライマーおよび条件を用いてネステッド（ｎｅｓｔ
ｅｄ）ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）によって増幅された。Ｉｄ．この遺伝子
材料は、続いて、両表現型および遺伝子型決定実験において使用された。ＭＴ−４細胞（ＨａｒａｄａＳ．，ｅｔａｌ，Ｓｃｉｅｎｃｅ２２９：５
６３−５６６（１９８５））は、既述のｐｏｌ遺伝子ＰＣＲフラグメントおよび
プロテアーゼ−ＲＴ欠失ＨＩＶ−１分子クローン、ｐＧＥＭ３ΔＰＲＴを同時に
トランスフェクションされた。参照、ＨｅｒｔｏｇｓＫ．，ｅｔａｌ．，Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．ＡｇｅｎｔｓＣｈｅｍｏｔｈｅｒ．４２：２６９−２７
６（１９９８）。これは、ドナーＰＣＲフラグメントからプロテアーゼ／ＲＴを
含有する生存しうる組み換えウイルスをもたらした。ヌクレオシド類似体に対す
る表現型感受性は、既述のようにＭＴ−４細胞ウイルス細胞変性効果保護アッセ
イを用いて決定された。Ｉｄ．耐性倍数値は、患者の組み換えウイルスについて
の平均ＩＣ₅₀を野生型対照ウイルス（ＨＸＢ２−Ｄ）についての平均ＩＣ₅₀によ
って割ることによって得られた。患者血漿サンプルから得られたＰＣＲ生成物は
ジデオキシヌクレオチドに基づく配列解析によって遺伝子型が決定された。サン
プルは、ＢｉｇＤｙｅターミネーターキット（ＡｐｐｌｉｅｄＢｉｏｓｙｓ
ｔｅｍｓ）を用いて配列決定され、そしてＡＢＩ３７７ＤＮＡシーケンサー
において解析された。ＲＴコーディング領域における変異は、ＨＩＶ−１ｐｏｌ遺伝子を包含し、ｐＧ
ＥＭ３（Ｐｒｏｍｅｇａ）中にクローン化された、野生型ＨＸＢ２−ＤＥｃｏＲ
Ｉ−ＰｓｔＩ制限酵素フラグメントの部位特異的突然変異誘発によって作成され
た。単一および多数のヌクレオチド変化が、ＥｘＳｉｔｅ変異誘発キット（Ｓｔ
ｒａｔｅｇｅｎｅ）を用いてＲＴ中に導入された。全変異クローンが、完全ＲＴ
のＤＮＡ配列解析によって証明された。ＰＣＲフラグメントは変異クローンから
調製され、そして変化されたＲＴコーディング領域が、上記の相同組み換えによ
ってＨＩＶ−１ＨＸＢ２−Ｄ遺伝子バックグラウンドに導入された。ヌクレオ
シド類似体に対するこれらの組み換えウイルスの感受性が、続いて、ＭＴ−４細
胞ＣＰＥ保護アッセイによって決定された。Ｉｄ．表現型感受性解析組み換えウイルスアッセイ（Ａｎｔｉｖｉｒｏｇｒａｍ^TM）が使用されて、Ａ
ＺＴ，３ＴＣ、ｄ４ＴｄｄＩおよびｄｄＣに対するサンプルの感受性を同時に
決定した。この解析から、これらのインヒビターの少なくとも４種に対するＩＣ ₅₀ において４倍またはそれを超える増加（野生型対照ウイルスに比べて）をもつ
３０２のサンプルが同定された。かくして、相当数のＭＤＲウイルスがサンプル
集団中に存在していた。

【００８４】多重ヌクレオシド耐性サンプルの遺伝子型解析遺伝子型解析はジデオキシヌクレオチド配列決定によって全８９２サンプルに
おいて実施された。多数の変異の複合パターンがＭＤＲサンプルのＲＴコーディ
ング領域において見られた。これらは、ＡＺＴおよび３ＴＣ耐性変異（特に１８
４Ｖ／Ｉとともに４１Ｌ，６７Ｎ，２１０Ｗおよび２１５Ｙ）と、コドン６９（
Ｔ６９Ａ／Ｎ）および／または７５（Ｖ７５Ｍ）における変異の組み合わせを含
む。調査された集団においてＭＤＲサンプル対非ＭＤＲにおける特異的ＲＴ変異
の出現の比較が図１に示される。この解析は、ＭＤＲ群におけるコドン１５１変
異クラスターの出現を明らかにした。さらにまた、コドン６７と７０との間のア
ミノ酸挿入および再配列の新規ファミリーはＭＤＲ群において一般的であった。
これらの変異の２パターンは、高レベルの表現型多重ヌクレオシド耐性（図２）
と相関していて、２７サンプルはコドン１５１クラスターをもち、そして４５サ
ンプルは挿入および再配列をもつ（典型的にはＴ６９Ｓ置換、続く２アミノ酸の
挿入）。これらの種々の群についてのｄ４Ｔ，ｄｄＩおよびｄｄＣに対するＩＣ ₅₀ における平均増加倍数が図２に示される。この解析は、コドン６９挿入変異体
が、高度のｄ４ＴおよびｄｄＣ耐性（＞１０倍）もち、これがまたコドン１５１
クラスターとともに見られることを示した。しかしながら、ＡＺＴおよび３ＴＣ
耐性変異と、Ｔ６９Ａ／ＮもしくはＶ１７５Ｍをもつサンプルは、これらの薬物
に対して弱いレベルの耐性のみを示した（図２）。驚くべきことではないが、図
２に示された全４群は、ＡＺＴおよび３ＴＣに対して高度に耐性であった（ＡＺ
ＴＩＣ₅₀における平均増加倍数＞５００倍および３ＴＣでは＞３０倍）。これは
、多数のＭＤＲサンプルは、ＡＺＴ耐性（例えば、４１Ｌ，６７Ｎ，２１０Ｗお
よび２１５Ｙ）および３ＴＣ耐性（Ｍｅｔ１８４Ｖ／Ｉ）を与える変異を含有し
ているからであった。

【００８５】ＲＴコドン６７〜７０領域において見られる種々の挿入スペクトルＲＴのコドン６７〜７０領域における広範な挿入が表３に総括されている。最
大の群（ｎ＝１６）は、Ｔ６９Ｓ置換とそれに続く２つのＳ残基の挿入をもつ。
次の最大群（ｎ＝１０）はまた、Ｔ６９Ｓ置換をもつが、この場合は異なるＳ−
Ｇの挿入である。６９Ｓｅｒ後に挿入された多くの種々の２重アミノ酸を含有す
るサンプルがまた同定された。さらに、コドン６８と６９間には２または３アミ
ノ酸の挿入も見られた。これらの挿入の位置は、Ｔ６９およびＬ７０が隣接して
いるという事実に基づいた。あるサンプルでは、共通の６７ＮＡＺＴ耐性変異
よりむしろコドン６７（Ａ６７Ｇ／Ｓ／Ｇ）における置換がまれに観察された。
２つのサンプルでは、コドン７０の欠失が観察され（コドン６８および６９間の
３残基の挿入の後）、そして挿入なしのＴ６９Ｓの単一置換が４サンプルにおい
て見られた（表３）。挿入された残基は、コドン使用の点でいかなる明瞭なパタ
ーンも示さなかった。例えば、Ｓ−Ｓ挿入は、Ｓ６９コドンのまれな直接反復で
あって、Ｓ６９の単純な反復がＲＴにおけるこれらの挿入の状態を説明できない
ことを示唆している。

【００８６】コドン６９挿入に関する患者の治療パターンコドン６９挿入は、ＡＺＴ耐性変異、特にＴ２１５Ｙ／Ｆの背景において常に
存在していた。これは、サンプルがＡＺＴ療法と、それに続くヌクレオシドおよ
びプロテアーゼインヒビターによる組み合わせ療法の共通のパターンを明らかに
したこの研究において解析された多くの患者からの治療歴として驚くべきもので
はない（データ未掲載）。図３は、その時点のサンプルがウイルス解析のために
得られたことを示す、３患者についての典型的な治療パターンを示す。コドン６
９挿入の選択に関与するヌクレオシド類似体を正確に決定することは、これらの
治療歴からは不可能であった。患者１からの連続サンプルは、３ＴＣ／ｄ４Ｔ組
み合わせ療法の期間に６９Ｓ−［Ｓ−Ｇ］への６９Ｓ−［Ｓ−Ｓ］の興味ある転
移を表した。

【００８７】部位特異的突然変異誘発によって構築されたＨＩＶ−１変異株の感受性解析ＭＤＲウイルスに相関する観察された変異パターンの有意性を研究するために
、定義された遺伝子バックグラウンド（ＨＸＢ２−Ｄ）における特定の変化をも
つ、部位特異的突然変異誘発による一連のウイルスが構築された。ＡＺＴ変異の
バックグラウンドにおけるＴ６９ＡもしくはＶ７５Ｍは、３ＴＣ，ｄ４Ｔ，ｄｄ
ＩもしくはｄｄＣに対して、ほとんどまたは全く耐性を付与しなかった。また、
変異株は、６９Ｓ−［Ｓ−Ｓ］により、それ単独か、または２種のＡＺＴ耐性変
異（２１０Ｗおよび２１５Ｙ）とともに構築された。さらに、Ａ６２Ｖの潜在的
役割、また、しばしば挿入に相関される置換が、６９Ｓ−［Ｓ−Ｓ］と２１０Ｗ
／２１５Ｙのバックグラウンドにこの変異を付加することによって研究された。
６種のヌクレオシド類似体についての感受性データが表４に総括される。これら
のデータは、６９Ｓ−［Ｓ−Ｓ］単独では、多重ヌクレオシド耐性を与えないこ
とを示した。事実、このウイルスのみが、３ＴＣに対する感受性において有意な
減少をもった。これに対して、インサートプラスＡＺＴ耐性変異をもつ変異株は
、ＡＺＴ、３ＴＣ、ｄ４Ｔ、ｄｄＣおよびアバカビル（４−［（２−アミノ−６
−シクロプロピル−アミノ）−９Ｈ−プリン−９−イル］−２−シクロペンテン
−１−メタノール，１５９２Ｕ８９）に対する感受性を減少し、６９挿入プラス
ＡＺＴ変異がＭＤＲ表現型を与えることを確認した。

【００８８】本明細書に引用されるすべての参考文献、特許および特許出願は、完全に引用
によって組み入れられている。

【００８９】種々の修飾および改変が、本発明の精神または範囲から逸脱することなく本発
明の組成物および方法において可能であることは当業者には明らかである。かく
して、本記述は、付随する特許請求およびそれらの等価物の範囲内にはいると規
定された本発明の修飾および改変にわたることが意図される。

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁷ 識別記号ＦＩテーマコート゛(参考）Ｇ０１Ｎ 33/15 Ｇ０１Ｎ 33/50 Ｚ 33/50 33/569 Ｈ 33/569 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡ (81)指定国ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ，ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，ＩＴ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＧＷ，ＭＬ，ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，ＧＭ，ＫＥ，ＬＳ，ＭＷ，ＭＺ，ＳＤ，ＳＬ，ＳＺ，ＴＺ，ＵＧ，ＺＷ)，ＥＡ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ，ＲＵ，ＴＪ，ＴＭ)，ＡＥ，ＡＧ，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ，ＡＵ，ＡＺ，ＢＡ，ＢＢ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，ＣＡ，ＣＨ，ＣＮ，ＣＲ，ＣＵ，ＣＺ，ＤＥ，ＤＫ，ＤＭ，ＤＺ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＤ，ＧＥ，ＧＨ，ＧＭ，ＨＲ，ＨＵ，ＩＤ，ＩＬ，ＩＮ，ＩＳ，ＪＰ，ＫＥ，ＫＧ，ＫＰ，ＫＲ，ＫＺ，ＬＣ，ＬＫ，ＬＲ，ＬＳ，ＬＴ，ＬＵ，ＬＶ，ＭＡ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ，ＭＮ，ＭＷ，ＭＸ，ＭＺ，ＮＯ，ＮＺ，ＰＬ，ＰＴ，ＲＯ，ＲＵ，ＳＤ，ＳＥ，ＳＧ，ＳＩ，ＳＫ，ＳＬ，ＴＪ，ＴＭ，ＴＲ，ＴＴ，ＴＺ，ＵＡ，ＵＧ，ＵＳ，ＵＺ，ＶＮ，ＹＵ，ＺＡ，ＺＷ (72)発明者パウエルス，ルデイ・ビルフリート・ジヤンベルギー・ビー−2820ボンハイデン・ベレントローデドレーフ27 Ｆターム(参考） 2G045 AA25 AA40 CB21 DA12 DA13 DA14 FB02 4B024 AA01 AA14 BA80 CA01 CA04 CA11 HA12 HA17 HA20 4B063 QA01 QA17 QA19 QQ10 QQ42 QQ52 QR08 QR42 QR55 QR62 QS25 QS34 QS36 QX02 QX10 4C084 AA17 ZB33 ZC55

Claims

【特許請求の範囲】

【請求項１】８８Ｅ，１０１Ｈ，１０１Ｎ，１０１Ｐ，１０１Ｑ，１０１
Ｔ，１０３Ｈ，１０３Ｓ，１７９Ｉ，１７９Ｅ，１８１Ｖ，１９０Ｅ，１９０Ｓ
，１９０Ｔまたは１０３Ｒと１７９Ｄの組み合わせから選ばれる少なくとも１つ
の第１の変異、および少なくとも１種の非ヌクレオシド逆転写酵素インヒビター
に対する耐性の間の相関関係に対応する第１の記録のセット；ならびに６９Ｓ−［Ｓ−Ｓ］，１８４Ｇ，１８４Ｌ，２１５Ｖ，４４Ｄ，４４Ａもしくは
１１８Ｉから選ばれる少なくとも１つの第２の変異、および少なくとも１種のヌ
クレオシド逆転写酵素インヒビターに対する耐性の間の相関関係に対応する第２
の記録のセット；を含む、ＨＩＶ逆転写酵素における少なくとも１つの変異の存在および逆転写酵
素インヒビターに対する少なくとも１株のＨＩＶの耐性を相関させるデータベー
ス：を含むコンピューターシステム。
【請求項２】該少なくとも１つの第１の変異が１０３Ｓであり、そして該
ＨＩＶ逆転写酵素が少なくとも１つのさらなる変異１０１Ｐをさらに含有する、
請求項１記載のコンピューターシステム。
【請求項３】該少なくとも１つの第２の変異が、４４Ｄ，４４Ａもしくは
１１８Ｉから選ばれ、そして該ＨＩＶ逆転写酵素が、４１Ｌ，６７Ｎ，６９Ｄ，
７０Ｒ，２１０Ｗ，２１１Ｋ，２１４Ｆ，２１５Ｙ，２１５Ｆ，２１９Ｑもしく
は２１９Ｅから選ばれる少なくとも１つのさらなる変異をさらに含有する、請求
項１記載のコンピューターシステム。
【請求項４】該少なくとも１つの第２の変異が、１１８Ｉおよび４４Ｄ；
１１８Ｉおよび４４Ａ；そして１１８Ｉ、４４Ａおよび４４Ｄから選ばれる変異
の組み合わせである、請求項３記載のコンピューターシステム。
【請求項５】該少なくとも１つの第２の変異が、６９Ｓ−［Ｓ−Ｓ］であ
り、そして該ＨＩＶ逆転写酵素が、６２Ｖ，２１０Ｗ，２１５Ｙから選ばれる少
なくとも１つのさらなる変異をさらに含有する、請求項１記載のコンピューター
システム。
【請求項６】８８Ｔから選ばれる少なくとも１つの第１の変異と変異３３
Ｆおよび９０Ｍの組み合わせ物との間の相関関係に対応する第１の記録のセット
を含む、ＨＩＶプロテアーゼにおける少なくとも１つの変異の存在およびプロテ
アーゼインヒビターに対する少なくとも１株のＨＩＶの耐性を相関させるデータ
ベース：を含むコンピューターシステム。
【請求項７】ＨＩＶ感染患者の抗ウイルス療法の有効性を評価する方法で
あって、（ｉ）ＨＩＶ感染患者からサンプルを収集し；（ｉｉ）サンプルが、（ａ）８８Ｅ，１０１Ｈ，１０１Ｎ，１０１Ｐ，１０１Ｑ，１０１Ｔ，１０３
Ｈ，１０３Ｓ，１７９Ｉ，１７９Ｅ，１８１Ｖ，１９０Ｅ，１９０Ｓ，１９０Ｔ
および変異１０３Ｒと１７９Ｄの組み合わせから選ばれる少なくとも１つの変異
をもち、該少なくとも１つの変異の存在が少なくとも１種のＮＮＲＴＩに対する
耐性と相関しているＨＩＶ逆転写酵素をコードしている第１の核酸；（ｂ）６９Ｓ−［Ｓ−Ｓ］，１８４Ｇ，１８４Ｌ，２１５Ｖ，４４Ｄ，４４Ａ
および１１８Ｉから選ばれる少なくとも１つの変異をもち、該少なくとも１つの
変異の存在が少なくとも１種のＮＲＴＩに対する耐性と相関しているＨＩＶ逆転
写酵素をコードしている第２の核酸；および（ｃ）８８Ｔおよび変異３３Ｆおよび９０Ｍの組み合わせから選ばれる少なく
とも１つの変異をもち、該少なくとも１つの変異の存在が少なくとも１種のＰＩ
に対する耐性と相関しているＨＩＶプロテアーゼをコードしている第３の核酸；
から選ばれる少なくとも１種の核酸を含有しているか否かを決定し；そして（ｉｉｉ）該抗ウイルス療法の有効性を評価するために該少なくとも１種の核酸
の存在を使用すること：を含む方法。
【請求項８】該第１の核酸の該少なくとも１つの変異が１０３Ｓであり、
そして該ＨＩＶ逆転写酵素が少なくとも１つのさらなる変異１０１Ｐをさらに含
有する、請求項７記載の方法。
【請求項９】該第２に核酸の該少なくとも１つの変異が、４４Ｄ，４４Ａ
および１１８Ｉから選ばれ、そして該ＨＩＶ逆転写酵素が、４１Ｌ，６７Ｎ，６
９Ｄ，７０Ｒ，２１０Ｗ，２１１Ｋ，２１４Ｆ，２１５Ｙ，２１５Ｆ，２１９Ｑ
および２１９Ｅから選ばれる少なくとも１つのさらなる変異をさらに含有する、
請求項７記載の方法。
【請求項１０】該第２の核酸の該少なくとも１つの変異が、１１８Ｉおよ
び４４Ｄ；１１８Ｉおよび４４Ａ；そして１１８Ｉ、４４Ａおよび４４Ｄから選
ばれる変異の組み合わせである、請求項９記載の方法。
【請求項１１】該第２の核酸の該少なくとも１つの変異が６９Ｓ−［Ｓ−
Ｓ］であり、そして該ＨＩＶ逆転写酵素が、６２Ｖ，２１０Ｗ，２１５Ｙから選
ばれる少なくとも１つのさらなる変異をさらに含有する、請求項７記載の方法。
【請求項１２】ＨＩＶのＮＮＲＴＩ耐性株に対して有効な薬物を同定する
方法であって、（ａ）８８Ｅ，１０１Ｈ，１０１Ｎ，１０１Ｐ，１０１Ｑ，１０１Ｔ，１０３Ｈ
，１０３Ｓ，１７９Ｉ，１７９Ｅ，１８１Ｖ，１９０Ｅ，１９０Ｓ，１９０Ｔま
たは変異１０３Ｒと１７９Ｄの組み合わせから選ばれる少なくとも１つの変異を
含有するＨＩＶ逆転写酵素を含有する少なくとも１株のＨＩＶを提供し；（ｂ）該ＨＩＶ株に対する該薬物の表現型応答を決定し；そして（ｃ）該薬物の有効性を決定するために該表現型応答を使用すること：を含む方法。
【請求項１３】請求項１２の方法を用いて同定される薬物。
【請求項１４】該表現型応答が組み換えウイルスアッセイを用いて決定さ
れる、請求項１２の方法。
【請求項１５】該少なくとも１つの変異が１０３Ｓであり、そして該ＨＩ
Ｖ逆転写酵素が少なくとも１つのさらなる変異１０１Ｐをさらに含有する、請求
項１２記載の方法。
【請求項１６】ＨＩＶのＮＲＴＩ耐性株に対して有効な薬物を同定する方
法であって、（ａ）６９Ｓ−［Ｓ−Ｓ］，１８４Ｇ，１８４Ｌ，２１５Ｖ，４４Ｄ，４４Ａも
しくは１１８Ｉから選ばれる少なくとも１つの変異を含有するＨＩＶ逆転写酵素
を含有する少なくとも１株のＨＩＶを提供し；（ｂ）該ＨＩＶ株に対する該薬物の表現型応答を決定し；そして（ｃ）該薬物の有効性を決定するために該表現型応答を使用すること：を含む方法。
【請求項１７】請求項１６の方法を用いて同定される薬物。
【請求項１８】該表現型応答が組み換えウイルスアッセイを用いて決定さ
れる、請求項１６の方法。
【請求項１９】該少なくとも１つの変異が、４４Ｄ，４４Ａおよび１１８
Ｉから選ばれ、そして該ＨＩＶ逆転写酵素が、４１Ｌ，６７Ｎ，６９Ｄ，７０Ｒ
，２１０Ｗ，２１１Ｋ，２１４Ｆ，２１５Ｙ，２１５Ｆ，２１９Ｑもしくは２１
９Ｅから選ばれる少なくとも１つのさらなる変異をさらに含有する、請求項１６
記載の方法。
【請求項２０】該少なくとも１つの変異が、１１８Ｉおよび４４Ｄ；１１
８Ｉおよび４４Ａ；または１１８Ｉ、４４Ａおよび４４Ｄから選ばれる変異の組
み合わせである、請求項１９記載の方法。
【請求項２１】該少なくとも１つの変異が６９Ｓ−［Ｓ−Ｓ］であり、そ
して該ＨＩＶ逆転写酵素が、６２Ｖ，２１０Ｗもしくは２１５Ｙから選ばれる少
なくとも１つのさらなる変異をさらに含有する、請求項１６記載の方法。
【請求項２２】ＨＩＶのＰＩ耐性株に対して有効な薬物を同定する方法で
あって、（ａ）８８Ｔまたは変異３３Ｆおよび９０Ｍの組み合わせから選ばれる少なくと
も１つの変異を含有するＨＩＶプロテアーゼを含有する少なくとも１株のＨＩＶ
を提供し；（ｂ）該ＨＩＶ株に対する該薬物の表現型応答を決定し；そして（ｃ）該薬物の有効性を決定するために該表現型応答を使用すること：を含む方法。
【請求項２３】請求項２２の方法を用いて同定される薬物。
【請求項２４】該表現型応答が組み換えウイルスアッセイを用いて決定さ
れる、請求項２２の方法。
【請求項２５】ＨＩＶにより感染された患者の治療のための療法を計画す
る方法であって、（ｉ）ＨＩＶ感染患者からサンプルを収集し；（ｉｉ）サンプルが、（ａ）８８Ｅ，１０１Ｈ，１０１Ｎ，１０１Ｐ，１０１Ｑ，１０１Ｔ，１０３
Ｈ，１０３Ｓ，１７９Ｉ，１７９Ｅ，１８１Ｖ，１９０Ｅ，１９０Ｓ，１９０Ｔ
および変異１０３Ｒと１７９Ｄの組み合わせから選ばれる少なくとも１つの変異
をもち、該少なくとも１つの変異の存在が少なくとも１種のＮＮＲＴＩに対する
耐性と相関しているＨＩＶ逆転写酵素をコードしている第１の核酸；（ｂ）６９Ｓ−［Ｓ−Ｓ］，１８４Ｇ，１８４Ｌ，２１５Ｖ，４４Ｄ，４４Ａ
および１１８Ｉから選ばれる少なくとも１つの変異をもち、該少なくとも１つの
変異の存在が少なくとも１種のＮＲＴＩに対する耐性と相関しているＨＩＶ逆転
写酵素をコードしている第２の核酸；および（ｃ）８８Ｔおよび変異３３Ｆおよび９０Ｍの組み合わせから選ばれる少なく
とも１つの変異をもち、該少なくとも１つの変異の存在が少なくとも１種のＰＩ
に対する耐性と相関しているＨＩＶプロテアーゼをコードしている第３の核酸；
から選ばれる少なくとも１種の核酸を含有しているか否かを決定し；そして（ｉｉｉ）該患者に対する療法を計画するために該少なくとも１種の核酸の存在
を使用すること：を含む方法。
【請求項２６】該第１の核酸の該少なくとも１つの変異が１０３Ｓであり
、そして該ＨＩＶ逆転写酵素が少なくとも１つのさらなる変異１０１Ｐをさらに
含有する、請求項２５記載の方法。
【請求項２７】該第２に核酸の該少なくとも１つの変異が、４４Ｄ，４４
Ａおよび１１８Ｉから選ばれ、そして該ＨＩＶ逆転写酵素が、４１Ｌ，６７Ｎ，
６９Ｄ，７０Ｒ，２１０Ｗ，２１１Ｋ，２１４Ｆ，２１５Ｙ，２１５Ｆ，２１９
Ｑおよび２１９Ｅから選ばれる少なくとも１つのさらなる変異をさらに含有する
、請求項２５記載の方法。
【請求項２８】該第２の核酸の該少なくとも１つの変異が、１１８Ｉおよ
び４４Ｄ；１１８Ｉおよび４４Ａ；そして１１８Ｉ、４４Ａおよび４４Ｄから選
ばれる変異の組み合わせから選ばれる、請求項２７記載の方法。
【請求項２９】該第２の核酸の該少なくとも１つの変異が６９Ｓ−［Ｓ−
Ｓ］であり、そして該ＨＩＶ逆転写酵素が、６２Ｖ,２１０Ｗ,２１５Ｙから選ば
れる少なくとも１つのさらなる変異をさらに含有する、請求項２５記載の方法。
【請求項３０】患者において循環しているＨＩＶ集団の薬物感受性を決定
する方法であって、（ａ）患者からのサンプルを収集し；（ｂ）患者由来のＨＩＶ遺伝材料の遺伝子配列の決定し；（ｃ）少なくとも１つの変異が、遺伝子配列において存在しているか否かを決定
し；（ｄ）変異が既知の薬物耐性に関連する変異と一致するか否かを決定し；そして
（ｅ）既知の薬物耐性に関連する変異が同定されている抗ウイルス薬を列挙する
報告を作成し、その報告が患者において循環しているＨＩＶ集団の薬物感受性を
決定するために使用されること：を含む方法。