JP2002533135A - ヒトにおけるピルビン酸デヒドロゲナーゼキナーゼイソ酵素２（ｐｄｋ２）の一塩基多型 - Google Patents

ヒトにおけるピルビン酸デヒドロゲナーゼキナーゼイソ酵素２（ｐｄｋ２）の一塩基多型

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Abstract

(57)【要約】 本発明は、ヒトピルビン酸デヒドロゲナーゼキナーゼイソ酵素２（ＰＤＫ２）遺伝子における多型、特にヒトＰＤＫ２遺伝子のコード領域中の一塩基多型およびヒトＰＤＫ２遺伝子の３’非翻訳領域中の２つの一塩基多型に関する。本発明はまた、ＰＤＫ２遺伝子の対立遺伝子変異を解析するための方法および材料、並びにＰＤＫ２の阻害が療法的利益を有する可能性がある疾患、例えば糖尿病、肥満および敗血症の診断および治療におけるＰＤＫ２多型の使用にも関する。

Description

【発明の詳細な説明】
【０００１】 本発明は、ヒトピルビン酸デヒドロゲナーゼキナーゼイソ酵素２（ＰＤＫ２）
遺伝子における多型に関する。本発明はまた、ＰＤＫ２遺伝子の対立遺伝子変異
を解析するための方法および材料、並びにＰＤＫ２の阻害が療法的利益を有する
可能性がある疾患、例えば糖尿病、肥満および敗血症の診断および治療における
ＰＤＫ２多型の使用にも関する。
【０００２】 ＡＴＰは、組織内で、複雑な分子の合成のための、そして筋内で、収縮のため
のエネルギーを提供する。ＡＴＰは、グルコースまたは長鎖遊離脂肪酸などのエ
ネルギー豊富な基質の分解から生成される。酸化性組織、例えば筋肉において、
ＡＴＰは大部分、クエン酸回路に入る、アセチルＣｏＡから生成され；したがっ
て酸化性組織では、アセチルＣｏＡの供給がＡＴＰ産生の重要な決定因子である
。アセチルＣｏＡは、脂肪酸のβ酸化により、または解糖経路によるグルコース
代謝の結果として産生される。グルコースからのアセチルＣｏＡ形成速度を調節
する、重要な制御酵素は、ピルビン酸デヒドロゲナーゼ（ＰＤＨ）であり、該酵
素は、ピルビン酸のアセチルＣｏＡおよび二酸化炭素への酸化を触媒し、同時に
ＮＡＤをＮＡＤＨに還元する。
【０００３】 ＰＤＨはミトコンドリア内多酵素複合体であり、ピルビン酸からアセチルＣｏ
Ａへの変換を完了するのに必要な、３つの酵素活性を含む、いくつかのサブユニ
ットの多コピーからなる（ＰａｔｅｌおよびＲｏｃｈｅ １９９０；ＦＡＳＥＢ
Ｊ．， ４：３２２４−３２３３）。Ｅ１はピルビン酸からのＣＯ2の非可逆
的除去を触媒し；Ｅ２はアセチルＣｏＡを形成し、そしてＥ３はＮＡＤをＮＡＤ
Ｈに還元する。さらに２つの酵素活性が該複合体に結合する：３つのセリン残基
でＥ１をリン酸化することが可能な特異的キナーゼ（ＰＤＫ）である。３つのセ
リン残基のうち１つだけリン酸化すると、Ｅ１が不活性になる。さらに、該複合
体は、緩やかに結合する、リン酸化を逆転させる特異的ホスファターゼを含む：
したがって、活性（脱リン酸化）状態のＰＤＨの比率は、キナーゼおよびホスフ
ァターゼ活性の間のバランスにより決定される。キナーゼの活性は、ｉｎ ｖｉ
ｖｏで、ＮＡＤ／ＮＡＤＨ、ＣｏＡ／アセチルＣｏＡおよびＡＤＰ／ＡＴＰなど
の、代謝基質の相対的濃度により、それと共に、ピルビン酸自体の利用可能性に
より、制御され、そしてしたがって基質利用可能性の密接で適切な調節を提供す
ることが可能である。
【０００４】 ヒトには、ピルビン酸デヒドロゲナーゼキナーゼの少なくとも３つのイソ酵素
がある。Ｇｕｄｉら（１９９５）Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． ４８， ２８
９８９−２８９９４は、ＰＤＫ１、ＰＤＫ２およびＰＤＫ３の配列を報告した。
これらの研究では、ＰＤＫイソ酵素の組織分布は、顕著に異なった。最も高いレ
ベルのＰＤＫ２ ｍＲＮＡは、心臓および骨格筋で見られ、そして最低量は胎盤
および肺で見られた。
【０００５】 インスリン非依存性（ＮＩＤＤＭ）およびインスリン依存性糖尿病（ＩＤＤＭ
）両方などの疾患状態では、脂質の酸化が増加し、同時にグルコースの利用が減
少し、高血糖症に寄与する。ＰＤＨの活性は、インスリン依存性およびインスリ
ン非依存性糖尿病両方で減少する。さらに、ＰＤＨ活性減少の結果として、ピル
ビン酸濃度が増加し、肝臓糖新生の基質としての乳酸の利用可能性の増加を生じ
るであろう。糖尿病は、膵臓β細胞におけるＰＤＨ活性減少と関連することが示
されてきている、インスリン分泌の損傷により、さらに悪化するであろう。ＰＤ
Ｈ活性の増加は、肝臓グルコース流出量を減少させるのに加え、グルコース酸化
速度を増加させ、そしてしたがって全体的なグルコース利用を増加させるであろ
うと考えられる。
【０００６】 グルコースの酸化は、脂肪酸酸化より、酸素モル当たり、より多いＡＴＰ分子
を生じることが可能であり、したがって、エネルギー要求がエネルギー供給を超
える可能性がある状態、例えば心筋虚血および再灌流、間欠性跛行、大脳虚血お
よび再灌流では、基質利用バランスをグルコース代謝に有利にシフトさせると、
ＡＴＰレベルを維持する能力およびしたがって機能を改善すると期待することが
可能である。ＰＤＨの活性化は、この効果を有すると予測される。
【０００７】 ＰＤＨを活性化することが可能な剤は、循環乳酸の過剰が明らかな状態、例え
ば敗血症の特定の症例で、利益があると期待される。 動物において、急性投与後、ＰＤＨの活性を増加させる剤、ジクロロ酢酸（Ｖ
ａｒｙら， １９８８；Ｃｉｒｃ． Ｓｈｏｃｋ， ２４：３−１８）は、血糖
症減少に（Ｓｔａｃｐｏｏｌｅら， １９７８ Ｎ． Ｅｎｇｌ． Ｊ． Ｍｅ
ｄ． ２９８， ５２６−５３０）、そして心筋虚血（ＢｅｒｓｉｎおよびＳｔ
ａｃｐｏｏｌｅ １９９７；Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｈｅａｒｔ Ｊｏｕｒｎａｌ，
１３４：８４１−８５５）および乳酸酸血症（Ｓｔａｃｐｏｏｌｅら， １９
８３ Ｎ． Ｅｎｇｌ． Ｊ． Ｍｅｄ ３０９， ３９０−３９６）の療法と
して、予測される効果を有すると示されてきている。
【０００８】 ＰＤＫ２遺伝子をコードするｃＤＮＡがクローン化され、そしてＧｕｄｉら（
１９９５）Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． ２７０， ２８９８９−２８９９４
により公表されている。配列はＥＭＢＬ寄託番号：Ｌ４２４５１（１４２２ ｂ
ｐ）下にＥＭＢＬデータベースに提出され、そして本明細書中のすべての位は、
他に明記されない限りまたは背景から明らかでない限り、該寄託番号中の位に関
連する。
【０００９】 １つのアプローチは、多型の知識を用い、特定の薬剤での療法に最も適した患
者の同定を補助することである（これはしばしば「薬理遺伝学」と称される）。
薬理遺伝学はまた、薬剤選択過程を補助する薬学的研究にも用いてもよい。多型
は、ヒトゲノムマッピングに、そして疾患の遺伝的構成要素を解明するのに用い
られる。薬理遺伝学および多型検出の他の使用の詳細な背景には：Ｌｉｎｄｅｒ
ら（１９９７）， Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ， ４３， ２５４
；Ｍａｒｓｈａｌｌ（１９９７）， Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇ
ｙ， １５， １２４９；国際特許出願ＷＯ ９７／４０４６２， Ｓｐｅｃｔ
ｒａ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ；およびＳｃｈａｆｅｒら（１９９８）， Ｎａｔ
ｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， １６， ３３を参照されたい。
【００１０】 薬剤での治療に対する患者反応は、しばしば雑多であることが、臨床試験によ
り示されてきている。したがって、薬剤設計および療法に対する改善されたアプ
ローチが必要である。
【００１１】 本発明は、ヒトＰＤＫ２遺伝子のコード領域中の１つの一塩基多型（ＳＮＰ）
およびヒトＰＤＫ２遺伝子の３’非翻訳領域（３’ＵＴＲ）中の２つの一塩基多
型の発見に基づく。
【００１２】 本発明の１つの側面にしたがい、ヒトにおけるＰＤＫ２遺伝子の一塩基多型の
診断法であって、ＥＭＢＬ寄託番号Ｌ４２４５１の位により定義されるような、
ＰＤＫ２遺伝子中の２８８、１２８１および１３５７位の１つまたはそれ以上で
、ヒトの核酸配列を決定し、そしてＰＤＫ２遺伝子における多型を参照すること
により、該ヒトの状態を決定することを含む、前記方法が提供される。
【００１３】 ヒトという用語には、ＰＤＫ２仲介疾患を有するまたは有すると疑われるヒト
および無症候性のヒト両方であって、こうした疾患に対する素因または感受性に
関し試験することが可能な前記ヒトが含まれる。各位で、ヒトは、対立遺伝子に
関し、ホモ接合体であってもよいし、またはヒトはヘテロ接合体であってもよい
。
【００１４】 「ＰＤＫ２仲介疾患」という用語は、ＰＤＫ２レベルの変化またはＰＤＫ２活
性の変化が、療法的利益を有する可能性がある、いかなる疾患も意味する。 「ＰＤＫ２薬剤」という用語は、ＰＤＫ２レベルまたはＰＤＫ２活性を変化さ
せる、いかなる薬剤も意味する。ＰＤＫ２活性を阻害する薬剤が好ましい。
【００１５】 本発明の１つの態様において、好ましくは、本明細書に記載される診断法は、
２８８位の一塩基多型がＣおよび／またはＴの存在であるものである。 本発明の別の態様において、好ましくは、本明細書に記載される診断法は、１
２８１位の一塩基多型がＧおよび／またはＡの存在であるものである。
【００１６】 本発明の別の態様において、好ましくは、本明細書に記載される診断法は、１
３５７位の一塩基多型がＧおよび／またはＣの存在であるものである。 診断法は、好ましくは、配列が増幅不応性突然変異系および制限断片長多型よ
り選択される方法により決定されるものである。
【００１７】 本発明の別の側面において、我々は、ＰＤＫ２仲介疾患の診断法であって： ｉ）個体から試料核酸を得て、 ｉｉ）ＰＤＫ２遺伝子において、（ＥＭＢＬ寄託番号Ｌ４２４５１の位により定
義されるような）２８８、１２８１および１３５７位の１つまたはそれ以上で、
変異ヌクレオチドの存在または非存在を検出し、そして ｉｉｉ）ＰＤＫ２遺伝子における多型を参照することにより、該個体の状態を決
定する ことを含む、前記方法を提供する。
【００１８】 ２８８位の対立遺伝子変異は、Ｃ（公表塩基）から、好ましくはＴへの一塩基
置換からなる。１２８１位の対立遺伝子変異は、Ｇ（公表塩基）から、好ましく
はＡへの一塩基置換からなる。１３５７位の対立遺伝子変異は、Ｇ（公表塩基）
から、好ましくはＣへの一塩基置換からなる。個体の状態は、所望により、既知
の（または既知となる）遺伝子のいかなるものでもよい他の多型と組み合わせ、
いかなるものでもよい１つ、２つまたは３つすべての位での対立遺伝子変異を参
照することにより、決定することが可能である。
【００１９】 核酸の試験試料は、都合よくは、個体から得た血液、気管支肺胞洗浄液、痰、
または他の体液あるいは組織の試料中に存在する。試験試料は、試験試料中に該
配列に対応する核酸配列を同等に含んでもよく、すなわち、試料核酸中の領域の
すべてまたは一部をまず、対立遺伝子変異の解析前にいかなる好都合な技術を用
い、増幅してもよい。
【００２０】 当業者には、本発明の多型位の１つまたはそれ以上で変異ヌクレオチドの存在
または非存在を検出するのに用いてもよい、多数の解析法があることが明らかで
あろう。一般的に、対立遺伝子変異の検出は、突然変異識別技術、所望により、
増幅反応、および所望により、シグナル生成系を必要とする。表１は、いくつか
の突然変異検出技術を列挙し、ＰＣＲに基づくものもある。これらは、いくつか
のシグナル生成系と組み合わせて用いてもよい。シグナル生成系の選択は、表２
に列挙される。さらなる増幅技術が表３に列挙される。対立遺伝子変異を検出す
る、多くの現在の方法は、Ｎｏｌｌａｕら， Ｃｌｉｎ． Ｃｈｅｍ． ４３，
１１１４−１１２０， １９９７；および標準的な教科書、例えば“Ｌａｂｏ
ｒａｔｏｒｙ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｆｏｒ Ｍｕｔａｔｉｏｎ Ｄｅｔｅｃｔ
ｉｏｎ”， Ｕ． Ｌａｎｄｅｇｒｅｎ監修， Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓ
ｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ， １９９６および“ＰＣＲ”， 第２版， Ｎｅｗｔｏｎ
＆ Ｇｒａｈａｍ監修， ＢＩＯＳ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｐｕｂｌｉｓｈ
ｅｒｓ Ｌｉｍｉｔｅｄ， １９９７に概説される。 略語： ＡＬＥＸTM 増幅不応性突然変異系直線伸長 ＡＰＥＸ アレー化プライマー伸長 ＡＲＭＳTM 増幅不応性突然変異系 ｂ−ＤＮＡ 分枝ＤＮＡ ＣＭＣ 化学的ミスマッチ切断 ｂｐ 塩基対 ＣＯＰＳ 競合的オリゴヌクレオチドプライミング系 ＤＧＧＥ 変性勾配ゲル電気泳動 ＦＲＥＴ 蛍光共鳴エネルギー移動 ＩＤＤＭ インスリン依存性糖尿病 ＬＣＲ リガーゼ連鎖反応 ＭＡＳＤＡ 多対立遺伝子特異的診断アッセイ ＮＡＳＢＡ 核酸配列に基づく増幅 ＮＩＤＤＭ インスリン非依存性糖尿病 ＯＬＡ オリゴヌクレオチド連結アッセイ ＰＣＲ ポリメラーゼ連鎖反応 ＰＤＨ ピルビン酸デヒドロゲナーゼ ＰＤＫ ピルビン酸デヒドロゲナーゼキナーゼ ＰＤＫ２ ピルビン酸デヒドロゲナーゼキナーゼイソ酵素２ ＰＴＴ タンパク質一部切除（ｔｒｕｎｃａｔｉｏｎ）試験 ＲＦＬＰ 制限断片長多型 ＳＤＡ 鎖置換増幅 ＳＮＰ 一塩基多型 ＳＳＣＰ 一本鎖コンホメーション多型解析 ＳＳＲ 自己維持複製 ＴＧＧＥ 温度勾配ゲル電気泳動 ３’ＵＴＲ ３’非翻訳領域表１−突然変異検出技術 一般的：ＤＮＡ配列決定、ハイブリダイゼーションによる配列決定 スキャン：ＰＴＴ*、ＳＳＣＰ、ＤＧＧＥ、ＴＧＧＥ、クリーバーゼ（Ｃｌｅ
ａｖａｓｅ）、ヘテロ二重鎖解析、ＣＭＣ、酵素的ミスマッチ切断* 注：プロモーター多型の検出には有用でない ハイブリダイゼーションに基づく： 固相ハイブリダイゼーション：ドットブロット、ＭＡＳＤＡ、逆ドットブロッ
ト、オリゴヌクレオチドアレー（ＤＮＡチップ） 溶液相ハイブリダイゼーション：ＴａｑｍａｎTM−ＵＳ−５２１００１５ ＆
ＵＳ−５４８７９７２（Ｈｏｆｆｍａｎｎ−Ｌａ Ｒｏｃｈｅ）、分子ビーコ
ン−Ｔｙａｇｉら（１９９６）， Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ
， １４， ３０３；ＷＯ ９５／１３３９９（Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ
Ｉｎｓｔ．、ニューヨーク）。
【００２１】 伸長に基づく：ＡＲＭＳTM、ＡＬＥＸTM−欧州特許第ＥＰ ３３２４３５ Ｂ
１号（Ｚｅｎｅｃａ Ｌｉｍｉｔｅｄ）、ＣＯＰＳ−Ｇｉｂｂｓら（１９８９）
， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ， １７， ２３４７。
【００２２】 取り込みに基づく：Ｍｉｎｉ−配列決定、ＡＰＥＸ 制限酵素に基づく：ＲＦＬＰ、制限部位生成ＰＣＲ 連結に基づく：ＯＬＡ その他：インベーダー（Ｉｎｖａｄｅｒ）アッセイ表２−シグナル生成または検出系 蛍光：ＦＲＥＴ、蛍光消光、蛍光偏光−英国特許第２２２８９９８号（Ｚｅｎ
ｅｃａ Ｌｉｍｉｔｅｄ） その他：化学発光、電気化学発光、ラマン、放射能、比色、ハイブリダイゼー
ション保護アッセイ、質量分析。表３−さらなる増幅法 ＳＳＲ、ＮＡＳＢＡ、ＬＣＲ、ＳＤＡ、ｂ−ＤＮＡ 好ましい突然変異検出技術には、ＡＲＭＳTM、ＡＬＥＸTM、ＣＯＰＳ、Ｔａｑ
ｍａｎ、分子ビーコン、ＲＦＬＰ、および制限部位に基づくＰＣＲおよびＦＲＥ
Ｔ技術が含まれる。
【００２３】 特に好ましい方法には、ＡＲＭＳTMおよびＲＦＬＰに基づく方法が含まれる。
ＡＲＭＳTMが特に好ましい方法である。 さらなる側面において、本発明の診断法を用い、糖尿病、肥満、敗血症、およ
び末梢血管疾患などのＰＤＫ２仲介疾患の治療における、療法的化合物の有効性
を評価する。
【００２４】 アッセイ、例えばレポーターに基づくアッセイを工夫し、１つまたはそれ以上
の上記の多型が転写レベルおよび／またはメッセージ安定性に影響を与えるかど
うか検出してもよい。
【００２５】 したがって、ＰＤＫ２遺伝子の特定の対立遺伝子変異体を持つ個体は、異なる
生理学的条件下で、タンパク質生合成を制御する能力に相違を示す可能性があり
、そして異なる疾患に反応する能力の改変を示す可能性がある。さらに、対立遺
伝子変異の結果として生じるタンパク質制御の相違は、薬剤療法に対する個体の
反応に直接的な影響を有する可能性がある。本発明の診断法は、こうした剤に対
する臨床的反応を予測するのに、そして療法用量を決定するのに、共に有用であ
る可能性がある。
【００２６】 さらなる側面において、本発明の診断法を用い、ＰＤＫ２に仲介される疾患に
対する個体の素因を評価する。これは、糖尿病、肥満、敗血症、および末梢血管
疾患並びにＰＤＫ２に仲介される他の疾患の発生に、特に適切である可能性があ
る。本発明を用い、これらの状態を発生させるリスクが特にある個体を認識して
もよい。
【００２７】 低頻度多型は、以下に記載されるように、ハプロタイプ決定に特に有用である
可能性がある。ハプロタイプは、単一の（父性または母性）染色体上の連鎖多型
部位（例えば遺伝子内の）に見られる、一組の対立遺伝子である。遺伝子内の組
換えがランダムであれば、２nハプロタイプ、ここで２は各ＳＮＰでの対立遺伝
子の数であり、そしてｎはＳＮＰの数である、ものハプロタイプがある可能性が
ある。臨床的反応に相関する突然変異または多型を同定する１つのアプローチは
、関心の集団に同定することが可能なすべてのハプロタイプを用い、関連研究を
行うことである。各ハプロタイプの頻度は、もっとも稀な対立遺伝子の頻度によ
り制限され、したがって低い頻度の対立遺伝子を持つＳＮＰは、低頻度ハプロタ
イプのマーカーとして特に有用である。特定の臨床的特徴、例えば不都合なまた
は異常な事象に関連する、特定の突然変異または多型は、集団の中で低頻度であ
る可能性があるため、低頻度ＳＮＰは、これらの突然変異を同定するのに特に有
用である可能性がある（例えば：Ｌｉｎｋａｇｅ ｄｉｓｅｑｕｉｌｉｂｒｉｕ
ｍ ａｔ ｔｈｅ ｃｙｓｔａｔｈｉｏｎｉｎｅ ｂｅｔａ ｓｙｎｔｈａｓｅ
（ＣＢＳ） ｌｏｃｕｓ ａｎｄ ｔｈｅ ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ ｂｅｔ
ｗｅｅｎ ｇｅｎｅｔｉｃ ｖａｒｉａｔｉｏｎ ａｔ ｔｈｅ ＣＢＳ ｌｏ
ｃｕｓ ａｎｄ ｐｌａｓｍａ ｌｅｖｅｌｓ ｏｆ ｈｏｍｏｃｙｓｔｅｉｎ
ｅ． Ａｎｎ Ｈｕｍ Ｇｅｎｅｔ（１９９８）６２：４８１−９０， Ｄｅ
Ｓｔｅｆａｎｏ Ｖ， Ｄｅｋｏｕ Ｖ， Ｎｉｃａｕｄ Ｖ， Ｃｈａｓｓｅ
ＪＦ， Ｌｏｎｄｏｎ Ｊ， Ｓｔａｎｓｂｉｅ Ｄ， Ｈｕｍｐｈｒｉｅｓ
ＳＥ， およびＧｕｄｎａｓｏｎ Ｖ；およびＶａｒｉａｔｉｏｎ ａｔ ｔ
ｈｅ ｖｏｎ ｗｉｌｌｅｂｒａｎｄ ｆａｃｔｏｒ（ｖＷＦ） ｇｅｎｅ ｌ
ｏｃｕｓ ｉｓ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｐｌａｓｍａ ｖＷＦ：Ａ
ｇ ｌｅｖｅｌｓ： ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｒｅｅ ｎｏ
ｖｅｌ ｓｉｎｇｌｅ ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ
ｉｎ ｔｈｅ ｖＷＦ ｇｅｎｅ ｐｒｏｍｏｔｅｒ． Ｂｌｏｏｄ（１９９９
）９３：４２７７−８３， Ｋｅｉｇｈｔｌｅｙ ＡＭ， Ｌａｍ ＹＭ， Ｂ
ｒａｄｙ ＪＮ， Ｃａｍｅｒｏｎ ＣＬ， Ｌｉｌｌｉｃｒａｐ Ｄを参照さ
れたい）。
【００２８】 さらなる側面において、本発明の診断法を、ＰＤＫ２遺伝子の１つまたはそれ
以上の対立遺伝子変異体を選択的に標的とする、新規薬剤療法の開発に用いる。
特定の対立遺伝子変異体および疾患発生に対する素因または薬剤療法に対する反
応の間の関連の同定は、新規薬剤の設計に重要な影響を有する可能性がある。疾
患過程に関連する変異体の生物学的活性を制御する一方、他の変異体に対する影
響を最小限にする薬剤を設計することも可能である。
【００２９】 本発明のさらなる診断的側面において、変異ヌクレオチドの存在または非存在
は、所望により操作されている、制限酵素に認識される部位の損失または獲得を
参照することにより、検出される。付随する実施例２において、我々は、本発明
の多型の結果、損失されるまたは獲得される、好都合に操作された制限酵素部位
の詳細を提供する。
【００３０】 本発明の別の側面にしたがい、以下の多型： ＥＭＢＬ寄託番号Ｌ４２４５１の位により定義されるような、２８８位で、Ｔを
有するＥＭＢＬ寄託番号Ｌ４２４５１の核酸； ＥＭＢＬ寄託番号Ｌ４２４５１の位により定義されるような、１２８１位で、Ａ
を有するＥＭＢＬ寄託番号Ｌ４２４５１の核酸； ＥＭＢＬ寄託番号Ｌ４２４５１の位により定義されるような、１３５７位で、Ｃ
を有するＥＭＢＬ寄託番号Ｌ４２４５１の核酸； のいかなる１つでもよいものを含む、核酸 あるいはその相補鎖またはそのアンチセンス配列、または少なくとも１つの多型
を含む、少なくとも２０塩基のその断片が提供される。
【００３１】 断片は少なくとも１７塩基、より好ましくは、少なくとも２０塩基、より好ま
しくは、少なくとも３０塩基である。 本発明の範囲は、天然に見られるような、いかなる核酸にも拡張されない。本
発明の核酸は、好ましくは、単離型、例えば、（あるとすれば）共に天然に発生
するいかなる物質でもよいものから、少なくとも部分的に精製されることを通じ
た単離型である。
【００３２】 本明細書に開示される新規配列を、本発明の他の態様で用い、アンチセンス構
築物を使用することにより、細胞内の遺伝子の発現を制御してもよい。哺乳動物
細胞において、本発明の遺伝子発現を下方制御する方法を可能にするため、実施
例アンチセンス発現構築物を、例えばｐＲＥＰ１０ベクター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇ
ｅｎ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）を用い、容易に構築することが可能である。転
写物は、この種類の構築物でトランスフェクションされた細胞において、該遺伝
子の翻訳を阻害することが期待される。アンチセンス転写物は、天然遺伝子転写
物の翻訳を阻害するのに有効であり、そして本明細書に記載される効果（例えば
組織生理の制御）を誘導することが可能である。本明細書に開示される新規遺伝
子ｍＲＮＡのいかなる部分でもよい部分に相補的であり、そして該部分にハイブ
リダイズ可能なオリゴヌクレオチドが、療法的使用に意図される。１９９７年６
月１７日に発行された、米国特許第５，６３９，５９５号、Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃ
ａｔｉｏｎ ｏｆ Ｎｏｖｅｌ Ｄｒｕｇｓ ａｎｄ Ｒｅａｇｅｎｔｓは、ｉ
ｎ ｖｉｖｏ活性を示すオリゴヌクレオチド配列を同定する方法を完全に記載し
、本明細書に援用される。あらかじめ知られるポリヌクレオチド由来のランダム
オリゴヌクレオチド配列を含む発現ベクターを細胞に形質転換する。その後、オ
リゴヌクレオチドの望ましい活性から生じる表現型に関し、細胞をアッセイする
。望ましい表現型を持つ細胞が同定されたら、望ましい活性を有するオリゴヌク
レオチド配列を同定することが可能である。同定は、ベクターを回収し、または
ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅を行い、そして挿入核酸材料を含む領域を
配列決定することにより、達成することが可能である。アンチセンス療法のため
、ヌクレオチド分子を合成してもよい。これらのアンチセンス分子は、ＤＮＡ、
ホスホロチオエート類またはメチルホスホネート類などのＤＮＡの安定誘導体、
ＲＮＡ、２’−Ｏ−アルキルＲＮＡなどのＲＮＡの安定誘導体、あるいは他のオ
リゴヌクレオチド擬似体（ｍｉｍｅｔｉｃｓ）であってもよい。１９９７年７月
２９日に発行された、米国特許第５，６５２，３５５号、Ｈｙｂｒｉｄ Ｏｌｉ
ｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｐｈｏｓｐｈｏｒｏｔｈｉｏａｔｅｓ、および１９
９７年７月２９日に発行された、米国特許第５，６５２，３５６号、Ｉｎｖｅｒ
ｔｅｄ Ｃｈｉｍｅｒｉｃ ａｎｄ Ｈｙｂｒｉｄ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔ
ｉｄｅｓは、生理学的に安定なアンチセンス分子の合成および効果を記載し、本
明細書に援用される。アンチセンス分子は、マイクロインジェクション、リポソ
ーム被包により、またはアンチセンス配列を宿するベクターからの発現により、
細胞に導入してもよい。
【００３３】 本発明はさらに、本発明の多型を検出することが可能なヌクレオチドプライマ
ーを提供する。 本発明の別の側面にしたがい、ＥＭＢＬ寄託番号Ｌ４２４５１の位により定義
されるような、ＰＤＫ２遺伝子中の２８８、１２８１および１３５７位の１つま
たはそれ以上で、ＰＤＫ２遺伝子多型を検出することが可能な、対立遺伝子特異
的プライマーが提供される。
【００３４】 対立遺伝子特異的プライマーを、一般的には一定のプライマーと共に、例えば
ＡＲＭＳTMアッセイに用いられるように、特定の配列位での１つの対立遺伝子の
選択的増幅を通じ、対立遺伝子間の区別を提供する、ＰＣＲ反応などの増幅反応
で用いる。対立遺伝子特異的プライマーは、好ましくは、１７−５０ヌクレオチ
ド、より好ましくは、約１７−３５ヌクレオチド、より好ましくは、約１７−３
０ヌクレオチドである。
【００３５】 対立遺伝子特異的プライマーは、好ましくは、検出しようとする対立遺伝子に
正確に対応するが、ヌクレオチドの３’末端の約６−８が検出しようとする対立
遺伝子に対応し、そして残りのヌクレオチドの１０までの、例えば８、６、４、
２、または１がプライマーの特性に有意に影響を与えることなく変化していても
よい、その誘導体もまた、意図される。
【００３６】 プライマーは、いかなる好都合な合成法を用い、製造してもよい。こうした方
法の例は、標準的な教科書、例えば“Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｆｏｒ Ｏｌｉｇｏ
ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ａｎｄ Ａｎａｌｏｇｕｅｓ； Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ
ａｎｄ Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，”Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａ
ｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｓｅｒｉｅｓ； 第２０巻； Ｓｕｄｈｉｒ Ａｇｒａｗ
ａｌ監修， Ｈｕｍａｎａ ＩＳＢＮ： ０−８９６０３−２４７−７； １９
９３； 第１版などに見出すことが可能である。必要な場合、単数または複数の
プライマーを標識し、検出を容易にしてもよい。
【００３７】 本発明の別の側面にしたがい、ＥＭＢＬ寄託番号Ｌ４２４５１の位により定義
されるような、ＰＤＫ２遺伝子中の２８８、１２８１および１３５７位の１つま
たはそれ以上で、ＰＤＫ２遺伝子多型を検出することが可能な、対立遺伝子特異
的オリゴヌクレオチドプローブが提供される。
【００３８】 対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプローブは、好ましくは、１７−５０ヌ
クレオチド、より好ましくは、約１７−３５ヌクレオチド、より好ましくは、約
１７−３０ヌクレオチドである。
【００３９】 こうしたプローブの設計は、一般的な技術を持つ分子生物学者に明らかであろ
う。こうしたプローブは、いかなる好都合な長さでもよく、例えば、長さ５０塩
基まで、４０塩基まで、より好都合には、３０塩基まで、例えば長さ８−２５ま
たは８−１５塩基であってもよい。一般的に、こうしたプローブは、遺伝子の対
応する野生型または変異体遺伝子座に、完全に相補的な塩基配列を含むであろう
。しかし、必要な場合、オリゴヌクレオチドプローブが区別する能力に過度に影
響を与えない限り、１つまたはそれ以上のミスマッチを導入してもよい。本発明
のプローブは、検出を容易にするため、１つまたはそれ以上の標識を持っていて
もよい。
【００４０】 本発明の別の側面にしたがい、本発明の対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチド
プローブおよび／または本発明の対立遺伝子特異的プライマーを含む、診断キッ
トが提供される。
【００４１】 診断キットは、適切なパッケージングおよび本発明の方法を使用するための指
示を含んでもよい。こうしたキットは、さらに、単数または複数の適切な緩衝液
、ヌクレオチド、および単数または複数のポリメラーゼ、例えば熱安定性ポリメ
ラーゼ、例えばｔａｑポリメラーゼを含んでもよい。
【００４２】 本発明の別の側面において、本発明の一塩基多型は、連鎖研究において、遺伝
的マーカーとして用いてもよい。これは特に、比較的高頻度である（以下を参照
されたい）ため、２８８（ＥＭＢＬ寄託番号Ｌ４２４５１の位により定義される
ようなもの）での多型に当てはまる。
【００４３】 本発明の別の側面にしたがい、ＰＤＫ２薬剤での治療が必要なヒトを治療する
方法であって： ｉ）ヒトにおけるＰＤＫ２遺伝子の一塩基多型の診断法であって、ＥＭＢＬ寄託
番号Ｌ４２４５１の位により定義されるような、ＰＤＫ２遺伝子の２８８、１２
８１および１３５７位の１つまたはそれ以上で、核酸配列を決定し、そしてＰＤ
Ｋ２遺伝子における多型を参照することにより、該ヒトの状態を決定することを
含む、前記診断法；および ｉｉ）有効量のＰＤＫ２薬剤の投与 を含む、前記方法が提供される。
【００４４】 好ましくは、ヒトの状態の決定は臨床的に有用である。臨床的有用性の例には
、単数または複数のどの薬剤を投与するかの決定および／または単数または複数
の薬剤の有効用量の確立が含まれる。
【００４５】 ＰＤＫ阻害剤は、以下の刊行物に開示されている：Ｗｈｉｔｅｈｏｕｓｅら（
１９７４）Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｊ． １４１， ７６１−７７４；およびＥｓｐｉ
ｎａｌら（１９９５）Ｄｒｕｇ Ｄｅｖ． Ｒｅｓ． ３５， １３０−１３６
。
【００４６】 ＰＤＫ阻害剤は、グルコース利用の障害と関連する疾患状態、例えば糖尿病、
肥満、並びに敗血症で見られるような、乳酸の過剰な産生および乳酸酸血症の他
の原因と関連する疾患状態を含む、いくつかの疾患状態で価値がある。さらに、
ＰＤＫ阻害剤は、組織へのエネルギー豊富な基質の供給が制限される疾患、例え
ば末梢血管疾患、冠不全および特定の心臓ミオパシー筋肉運動失調症、虚弱に有
用性を有すると期待される。
【００４７】 本発明の別の側面にしたがい、ＥＭＢＬ寄託番号Ｌ４２４５１の位により定義
されるような、ＰＤＫ２遺伝子中の２８８、１２８１および１３５７位の１つま
たはそれ以上で、一塩基多型を有すると診断されたヒトにおいて、ＰＤＫ２仲介
疾患を治療するための医薬品の調製における、ＰＤＫ２薬剤の使用が提供される
。
【００４８】 本発明の別の側面にしたがい、ＰＤＫ２薬剤、並びにＥＭＢＬ寄託番号Ｌ４２
４５１の位により定義されるような、ＰＤＫ２遺伝子中の２８８、１２８１およ
び１３５７位の１つまたはそれ以上で、一塩基多型に関し診断試験されたヒトへ
の該薬剤の投与のための指示を含む、薬剤パックが提供される。
【００４９】 本発明の別の側面にしたがい、媒体上に保存される、本発明の少なくとも１つ
の新規ポリヌクレオチド配列を含む、コンピューター読み取り可能媒体が提供さ
れる。コンピューター読み取り可能媒体は、例えば、相同性検索、マッピング、
ハプロタイプ決定、遺伝子型決定または薬理遺伝学的解析あるいはいかなるもの
でもよい他のバイオインフォマティク解析で用いてもよい。Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍ
ａｔｉｃｓ， Ａ ｐｒａｃｔｉｃａｌ ｇｕｉｄｅ ｔｏ ｔｈｅ ａｎａｌ
ｙｓｉｓ ｏｆ ｇｅｎｅｓ ａｎｄ ｐｒｏｔｅｉｎｓ，Ａ Ｄ Ｂａｘｅｖ
ａｎｉｓ ＆ Ｂ Ｆ Ｆ Ｏｕｅｌｌｅｔｔｅ監修， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ
＆ Ｓｏｎｓ， １９８８を参照されたい。いかなるコンピューター読み取り
可能媒体、例えばコンパクトディスク、テープ、フロッピー（登録商標）ディス
ク、ハードドライブまたはコンピューターチップを用いてもよい。
【００５０】 本発明のポリヌクレオチド配列、またはその一部、特に本明細書に同定される
一塩基多型に関連し、そして該多型を同定するものは、例えば、ハプロタイプお
よび他のサブグループ、例えば特定の薬剤での治療に対する感受性の研究に基づ
き、個体を性質決定する、価値ある情報源に相当する。これらのアプローチは、
配列情報をコンピューター読み取り可能媒体に保存し、そしてその後、標準的バ
イオインフォマティクスプログラムで該情報を用いることにより、または“ＧＣ
Ｇ”などの最新技術の検索ツールを用い、配列データベースを検索することによ
り、最も簡単に容易にされる。したがって、本発明のポリヌクレオチド配列は、
配列同一性および他の検索解析に有用なデータベースの構成要素として、特に有
用である。本明細書において、コンピューター読み取り可能媒体での配列情報の
保存および「本発明のポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチド配列」に関連す
る配列データベースにおける使用は、好ましくは、コンピューター読み取り可能
な型の、コンピューターディスクなどの、有形の（ｔａｎｇｉｂｌｅ）媒体に、
縮小し、変換し、または保存してもよい、本発明のポリヌクレオチドのいかなる
検出可能な化学的または物理的特性も含む。例えば、クロマトグラフィースキャ
ンデータまたはピークデータ、写真スキャンまたはピークデータ、質量分析デー
タ、配列ゲル（または他の）データである。
【００５１】 本発明は、本発明の１つまたはそれ以上のポリヌクレオチド配列が保存されて
いる、コンピューター読み取り可能媒体を提供する。例えば：本発明のポリヌク
レオチド配列を含むポリヌクレオチド、本発明のポリヌクレオチドからなるポリ
ヌクレオチド、本発明のポリヌクレオチドの一部を含むポリヌクレオチドであっ
て、該一部が、本発明の多型の少なくとも１つを含む、前記ポリヌクレオチド、
本発明のポリヌクレオチドの少なくとも１つを含む、一組のポリヌクレオチド配
列、本発明のポリヌクレオチド配列または本明細書に同定される多型の少なくと
も１つを含むその一部を含む、あるいは前記配列またはその一部からなるデータ
組からなる群より選択される、メンバーを含み、そして保存する、コンピュータ
ー読み取り可能媒体が提供される。
【００５２】 配列同定を実行するためのコンピューターに基づく方法であって、コンピュー
ター読み取り可能媒体中の本発明の多型を含むポリヌクレオチド配列を提供し；
そして前記多型含有ポリヌクレオチド配列を、少なくとも１つの他のポリヌクレ
オチドまたはポリペプチド配列に比較し、同一性（相同性）を同定し、すなわち
多型の存在に関しスクリーニングする段階を含む、前記方法もまた提供される。
【００５３】 本発明は、ここで、以下の実施例により例示されるが、限定されない。すべて
の温度は、度セルシウスである。 以下の実施例において、別に明記されない限り、以下の方法論および材料が適
用されている。
【００５４】 Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ Ｃｅｔｕｓから入手可能なＡＭＰＬＩＴＡＱTMま
たはＡＭＰＬＩＴＡＱ ＧＯＬＤTMを、熱安定性ＤＮＡポリメラーゼの供給源と
して用いる。
【００５５】 一般的な分子生物学的方法は、“Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ− Ａ
Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ”第２版， Ｓａｍｂｒｏｏｋ， Ｆｒ
ｉｔｓｈおよびＭａｎｉａｔｉｓ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌ
ａｂｏｒａｔｏｒｙ， １９８９）に記載されるいずれの方法から追ってもよい
。
【００５６】 電気泳動図は、標準的方法により得た：データはＡＢＩ３７７データ収集ソフ
トウェアにより収集し、そして波形は、ＡＢＩ Ｐｒｉｓｍ配列決定解析（２．
１．２）により生成した。
【００５７】
【実施例】実施例１ 多型の同定 １．方法 ｃ−ＤＮＡ調製 ＲＮＡは標準的実験室プロトコル（ＣｈｏｍｃｚｙｎｓｋｉおよびＳａｃｃｈ
ｉ， Ａｎａｌ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． １６２， １５６−１５９， １９８７
）を用い、コーカソイドドナー由来のリンパ芽球腫細胞株から調製し、そして第
一鎖ｃＤＮＡを生成するのに用いた（ＧｕｂｌｅｒおよびＨｏｆｆｍａｎ， Ｇ
ｅｎｅ ２５， ２６３−２６９， １９８３）。
【００５８】 テンプレート調製 テンプレートは、以下に示されるオリゴヌクレオチドプライマーおよびアニー
リング温度を用いたＰＣＲにより調製した。伸長温度は７２°であり、そして変
性温度は９４°であった；各段階は１分間であった。一般的に、各反応に１００
ｐｇ ｃＤＮＡを用い、そして４０サイクルのＰＣＲに供した。
【００５９】
【表１】
【００６０】 ダイ・プライマー配列決定には、順方向プライマーを修飾し、オリゴヌクレオ
チドの５’端に、Ｍ１３順方向プライマー（ＡＢＩプロトコルＰ／Ｎ ４０２１
１４、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を含んだ。
【００６１】 ダイ・プライマー配列決定 Ｍ１３順方向プライマーを用いたダイ・プライマー配列決定は、“Ａｍｐｌｉ
Ｔａｑ ＦＳ”TM ＤＮＡポリメラーゼを含むＡＢＩ ＰｒｉｓｍTMダイ・プラ
イマーサイクル配列決定コアキットのためのＡＢＩプロトコルＰ／Ｎ ４０２１
１４に記載される通りであり、アニーリング温度を４５°にし、そしてサイクル
配列決定混合物に、最終濃度５％までＤＭＳＯを添加する点を修飾した。
【００６２】 各塩基の伸長反応をプールし、エタノール／酢酸ナトリウム沈殿し、洗浄し、
そしてホルムアミド装填緩衝液に再懸濁した。 ４．２５％アクリルアミドゲルを自動化配列決定装置上で泳動した（ＡＢＩ３
７７、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）。
【００６３】 ２．結果 新規多型
【００６４】
【表２】
【００６５】 頻度は、コントロール被験者における変異体対立遺伝子の対立遺伝子頻度であ
る。 “ｅｎｇ”＝操作ＲＦＬＰ実施例２ 多型検出のための操作制限部位 標準的方法論を用い、ｃＤＮＡテンプレートを用い、以下に示される材料に基
づき、位（ＥＭＢＬ寄託番号Ｌ４２４５１の位により定義されるような２８８お
よび１３５７）での多型を検出してもよい。
【００６６】
【表３】
【００６７】 プライマー配列５’−３’
【００６８】
【化１】
【００６９】 ２８８位のＴは、上述の診断断片１３−３１４にＢｓｒ Ｇ ＩまたはＦｓｐ
Ｉ部位を生成する。 １３５７位のＧは、上述の診断断片８６１−１３７９にＢａｍＨ Ｉ部位を生
成する。実施例３ 染色体１７ｑ２１に対するＰＤＫ２遺伝子のマッピング ＰＤＫ２の３’ＵＴＲおよび伸展（ｓｐａｎｎｉｎｇ）イントロン７中のプラ
イマー対を用い、Ｇ３ ＲＨパネルを用いて、遺伝子をマッピングした。イント
ロン７ ＰＣＲ産物は、配列決定により、確認した。１７ｑ２１にマッピングし
たＰＤＫ２は共に、マーカーＳＨＧＣ−５４６００に連鎖した。染色体１７の本
領域は、動物モデルにおいて、ＮＩＤＤＭおよび肥満と関連する領域にシンテニ
ー性であった（Ｇａｌｌｉ Ｊ， Ｌｉ ＬＳ， Ｇｌａｓｅｒ Ａら， Ｇｅ
ｎｅｔｉｃ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｎｏｎ−ｉｎｓｕｌｉｎ ｄｅｐｅｎｄ
ｅｎｔ ｄｉａｂｅｔｅｓ ｍｅｌｌｉｔｕｓ ｉｎ ｔｈｅ ＧＫ ｒａｔ．
Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ． １９９６；１２：３１−３７；およびＢｒｏｃｋｍａ
ｎｎ Ｇ， Ｔｉｍｔｃｈｅｎｋｏ Ｄ， Ｄａｓ Ｐら， Ｄｅｔｅｃｔｉｏ
ｎ ｏｆ ＱＴＬ ｆｏｒ ｂｏｄｙ ｗｅｉｇｈｔ ａｎｄ ｂｏｄｙ ｆａ
ｔ ｃｏｎｔｅｎｔ ｉｎ ｍｉｃｅ ｕｓｉｎｇ ｇｅｎｅｔｉｃ ｍａｒｋ
ｅｒｓ． Ｊ． Ａｎｉｍ． Ｂｒｅｅｄ Ｇｅｎｅｔ． １９９６；１１３：
３７３−３７９）。結果は、ＰＤＫ２がこれらの疾患状態の調節に制御的役割を
有する証拠を提供する。実施例４ ＰＤＫ ＳＮＰ １２８１および１３５７に関する“Ｓｃｏｒｐｉｏｎｓ”TMア ッセイ ＰＤＫ２ ＳＮＰは、増幅条件が４５サイクル、９４℃４５秒、５５℃４５秒
であったのを除き、Ｗｈｉｔｃｏｍｂｅら， Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ
１７， ８０４−８０７， １９９９に記載される“Ｓｃｏｒｐｉｏｎｓ”TM法
にしたがい、検出した。
【００７０】 ＳＮＰ １２８１では、Ａ対立遺伝子色素にＦＡＭを用い、そしてＧ対立遺伝
子にＴｅｔを用いた。ＳＮＰ １３５７では、Ｃ対立遺伝子色素にＦＡＭを用い
、そしてＧ対立遺伝子にＴｅｔを用いた。
【００７１】 プライマー配列５’−３’
【００７２】
【化２】
【００７３】 ５＝色素 ６＝ヘクスエチレングリコール ７＝メチルレッド 配列表フリーテキスト ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．１ ＜２２３＞人工配列の説明：プライマー ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．２ ＜２２３＞人工配列の説明：プライマー ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．３ ＜２２３＞人工配列の説明：プライマー ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．４ ＜２２３＞人工配列の説明：プライマー ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．５ ＜２２３＞人工配列の説明：プライマー ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．６ ＜２２３＞人工配列の説明：プライマー ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．７ ＜２２３＞人工配列の説明：プライマー ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．８ ＜２２３＞人工配列の説明：プライマー ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ．９ ＜２２３＞人工配列の説明：プライマー
【配列表】
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考） Ａ６１Ｐ 7/00 Ｃ１２Ｑ 1/68 Ａ Ｃ１２Ｑ 1/68 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡ (81)指定国 ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ， ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，Ｉ Ｔ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＧＷ，ＭＬ， ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，ＧＭ，Ｋ Ｅ，ＬＳ，ＭＷ，ＳＤ，ＳＬ，ＳＺ，ＴＺ，ＵＧ，ＺＷ )，ＥＡ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ，ＲＵ， ＴＪ，ＴＭ)，ＡＥ，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ，ＡＵ，ＡＺ， ＢＡ，ＢＢ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，ＣＡ，ＣＨ，ＣＮ，Ｃ Ｒ，ＣＵ，ＣＺ，ＤＥ，ＤＫ，ＤＭ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ ，ＧＢ，ＧＤ，ＧＥ，ＧＨ，ＧＭ，ＨＲ，ＨＵ，ＩＤ， ＩＬ，ＩＮ，ＩＳ，ＪＰ，ＫＥ，ＫＧ，ＫＰ，ＫＲ，Ｋ Ｚ，ＬＣ，ＬＫ，ＬＲ，ＬＳ，ＬＴ，ＬＵ，ＬＶ，ＭＡ ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ，ＭＮ，ＭＷ，ＭＸ，ＮＯ，ＮＺ， ＰＬ，ＰＴ，ＲＯ，ＲＵ，ＳＤ，ＳＥ，ＳＧ，ＳＩ，Ｓ Ｋ，ＳＬ，ＴＪ，ＴＭ，ＴＲ，ＴＴ，ＴＺ，ＵＡ，ＵＧ ，ＵＳ，ＵＺ，ＶＮ，ＹＵ，ＺＡ，ＺＷ (72)発明者 スミス，ジョン・クレイグ イギリス国チェシャー エスケイ10・４テ ィージー，マクレスフィールド，アルダー レイ・パーク，メアサイド Ｆターム(参考） 4B024 AA01 AA11 BA10 CA09 HA12 4B063 QA05 QA19 QQ02 QQ12 QQ44 QR32 QR55 QR56 QR62 QS25 QS32 4C084 AA13 MA01 NA14 ZA512 ZA702 ZC352 4C086 AA01 AA02 EA16 MA01 MA04 NA14 ZA51 ZA70 ZC35

Claims (12)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項１】 ヒトにおける、ピルビン酸デヒドロゲナーゼキナーゼイソ
    酵素２（ＰＤＫ２）遺伝子の一塩基多型の診断法であって、ＥＭＢＬ寄託番号Ｌ
    ４２４５１の位により定義されるような、ＰＤＫ２遺伝子中の２８８、１２８１
    および１３５７位の１つまたはそれ以上で、ヒトの核酸配列を決定し、そしてＰ
    ＤＫ２遺伝子における多型を参照することにより、該ヒトの状態を決定すること
    を含む、前記方法。
  2. 【請求項２】 一塩基多型が： ２８８位の一塩基多型がＣおよび／またはＴの存在であり； １２８１位の一塩基多型がＧおよび／またはＡの存在であり； １３５７位の一塩基多型がＧおよび／またはＣの存在である と、さらに定義される、請求項１記載の診断法。
  3. 【請求項３】 配列が増幅不応性（ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ）突然変異系お
    よび制限断片長多型より選択される方法により決定される、請求項１または２記
    載の診断法。
  4. 【請求項４】 ＰＤＫ２仲介疾患の治療において、療法化合物に対する臨
    床的反応を予測する、または化合物の療法的用量を決定するための、請求項１−
    ３のいずれでもよいもの記載の方法の使用。
  5. 【請求項５】 ＰＤＫ２に仲介される疾患に対する個体の素因（ｐｒｅｄ
    ｉｓｐｏｓｉｔｉｏｎ）を評価するための、請求項１−３のいずれでもよいもの
    記載の方法の使用。
  6. 【請求項６】 以下の多型： ＥＭＢＬ寄託番号Ｌ４２４５１の位により定義されるような、２８８位で、Ｔを
    有するＥＭＢＬ寄託番号Ｌ４２４５１の核酸； および／または ＥＭＢＬ寄託番号Ｌ４２４５１の位により定義されるような、１２８１位で、Ａ
    を有するＥＭＢＬ寄託番号Ｌ４２４５１の核酸； および／または ＥＭＢＬ寄託番号Ｌ４２４５１の位により定義されるような、１３５７位で、Ｃ
    を有するＥＭＢＬ寄託番号Ｌ４２４５１の核酸； のいかなる１つでもよいものを含む、核酸 あるいはその相補鎖またはそのアンチセンス配列、または少なくとも１つの多型
    を含む、少なくとも２０塩基のその断片。
  7. 【請求項７】 ＥＭＢＬ寄託番号Ｌ４２４５１の位により定義されるよう
    な、ＰＤＫ２遺伝子中の２８８、１２８１および１３５７位の１つまたはそれ以
    上で、ＰＤＫ２遺伝子多型を検出することが可能な、対立遺伝子特異的プライマ
    ー。
  8. 【請求項８】 ＥＭＢＬ寄託番号Ｌ４２４５１の位により定義されるよう
    な、ＰＤＫ２遺伝子中の２８８、１２８１および１３５７位の１つまたはそれ以
    上で、ＰＤＫ２遺伝子多型を検出することが可能な、対立遺伝子特異的オリゴヌ
    クレオチドプローブ。
  9. 【請求項９】 請求項７に定義されるような対立遺伝子特異的プライマー
    または請求項８に定義されるような対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドプロー
    ブを含む、診断キット。
  10. 【請求項１０】 ＰＤＫ２薬剤での治療が必要なヒトを治療する方法であ
    って： （ｉ）ヒトにおけるＰＤＫ２遺伝子の一塩基多型の診断法であって、ＥＭＢＬ寄
    託番号Ｌ４２４５１の位により定義されるような、ＰＤＫ２遺伝子の２８８、１
    ２８１および１３５７位の１つまたはそれ以上で、核酸配列を決定し、そしてＰ
    ＤＫ２遺伝子における多型を参照することにより、該ヒトの状態を決定すること
    を含む、前記診断法； および （ｉｉ）有効量のＰＤＫ２薬剤の投与 を含む、前記方法。
  11. 【請求項１１】 ＥＭＢＬ寄託番号Ｌ４２４５１の位により定義されるよ
    うな、ＰＤＫ２遺伝子の２８８、１２８１および１３５７位の１つまたはそれ以
    上で、一塩基多型を有すると診断されたヒトにおいて、ＰＤＫ２仲介疾患を治療
    するための医薬品の調製における、ＰＤＫ２薬剤の使用。
  12. 【請求項１２】 媒体上に保存される、少なくとも１つの請求項６に定義
    されるような核酸配列を含む、コンピューター読み取り可能媒体。
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