JP2002527066A

JP2002527066A - 転移性乳癌および結腸癌調節遺伝子

Info

Publication number: JP2002527066A
Application number: JP2000576020A
Authority: JP
Inventors: クラウスギース，
Original assignee: カイロンコーポレイション
Priority date: 1998-10-15
Filing date: 1999-10-14
Publication date: 2002-08-27
Also published as: DE69938190D1; US20020009739A1; EP1121437A2; WO2000022130A3; EP1121437B1; ATE386804T1; DE69938190T2; AU1316200A; WO2000022130A2; EP1953229A3; EP1953229A2; US6468790B1

Abstract

(57)【要約】配列番号１〜８５に示される遺伝子配列は、癌細胞、特に、乳癌細胞および結腸癌細胞の転移能力と有意に関連することが見出されている。本発明では、この腫瘍の転移の危険性を決定するための方法が、提供される。この腫瘍の転移の危険性を決定するための方法は、腫瘍由来の組織サンプルが、配列番号１〜８５、または配列番号１〜８５の実質的な部分に示される遺伝子によってコードされるポリペプチドを、発現するか否か、決定することに関与する。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】（発明の技術分野）本発明は、腫瘍の挙動を予測するための方法に関する。より詳細には、本発明
は、腫瘍サンプルが特定の遺伝子配列の発現について試験され、それによって転
移性の拡散についての傾向を示す、方法に関する。

【０００２】（発明の背景）乳癌は、女性において最も一般的な悪性疾患の１つであり、世界中で１年間に
約１，０００，０００人の新たな症例を有する。結腸癌は、もう１つの最も一般
的な癌である。多くの組織化学的マーカー、遺伝的マーカーおよび免疫学的マー
カーの使用にも関わらず、臨床医は、なお、腫瘍が他の器官に転移することを予
測することに困難な時間を有する。再発および転移を予防するためにアジュバン
ト治療の必要性のある患者もおり、そしてそうでない患者もいる。しかし、患者
のこれらの部分集団の間を区別することは、簡単ではなく、そして処置の過程に
ついて、容易に計画を立てられない。当該分野において、転移されるかまたは転
移された腫瘍と、ほとんど転移しないようである腫瘍との間を区別するための、
新たなマーカーについての必要性が存在する。

【０００３】（発明の要旨）本発明の目的は、転移されるかまたは転移された腫瘍と、ほとんど転移しない
ようである腫瘍との間を区別するためのマーカーを提供することである。本発明
のこれらの目的および他の目的は、以下に記載される１つ以上の実施形態によっ
て提供される。

【０００４】本発明の１つの実施形態は、配列番号１〜６３またはそれらの相補体からなる
群より選択されるヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列に対して
少なくとも８５％同一であるアミノ酸配列を有する単離および精製されたヒトタ
ンパク質を提供する。

【０００５】本発明の別の実施形態は、ペプチド結合によって互いに融合された第１のタン
パク質セグメントおよび第２のタンパク質セグメントを含む、融合タンパク質を
提供する。この第１のタンパク質セグメントは、配列番号１〜６３またはそれら
の相補体からなる群より選択されるヌクレオチド配列によってコードされるアミ
ノ酸配列から選択される少なくとも６つの連続するアミノ酸からなる。

【０００６】本発明のさらに別の実施形態は、配列番号１〜６３またはそれらの相補体から
なる群より選択されるヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を有
するヒトタンパク質の少なくとも６つの連続するアミノ酸からなる単離および精
製されたポリペプチドを提供する。

【０００７】本発明のなお別の実施形態は、配列番号１〜６３またはそれらの相補体からな
る群より選択されるヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を含む
ヒトタンパク質に特異的に結合する抗体の調製物を提供する。

【０００８】本発明のさらに別の実施形態は、配列番号１〜６３またはそれらの相補体から
なる群より選択されるヌクレオチド配列に対して少なくとも９６％同一であるヌ
クレオチド配列の少なくとも１１の連続するヌクレオチドを含む単離および精製
されたサブゲノムポリヌクレオチドを提供する。

【０００９】本発明の別の実施形態は、配列番号１〜６３またはそれらの相補体からなる群
より選択されるヌクレオチド配列を含むコード配列を含む単離および精製された
遺伝子を提供する。

【００１０】本発明のなお別の実施形態は、組織サンプルにおける転移を決定するための方
法を提供する。配列番号１、２、４、５、９、１１、１３、１４、１８、１９、
２０、２２、２４、２６、２９、３０、３３、３５、３６、３８〜４１、４５、
４８、５２、５５、５７、５８、６０、６３〜６６、６９〜７４、７６、８０、
８２および８３からなる群より選択されるコード配列を含む遺伝子の発現産物は
、組織サンプルにおいて測定される。この産物を発現する組織サンプルは、転移
性として分類される。

【００１１】本発明のなお別の実施形態は、組織サンプルにおける転移を決定するための方
法を提供する。配列番号３、７、８、１０、１２、１５〜１７、２１、２３、２
８、３１、３４、３７、４２〜４４、４６、４７、４９〜５１、５３、５９、６
１、６２、６７、６８、７５、７７〜７９、８１、８４および８５からなる群よ
り選択される配列を含む遺伝子の発現産物は、組織サンプルにおいて測定される
。この産物を発現しない組織サンプルは、転移性として分類される。

【００１２】本発明のさらに別の実施形態は、組織サンプルにおける転移可能性を決定する
ための方法を提供する。配列番号１、２、４、５、９、１１、１３、１４、１８
、１９、２０、２２、２４、２６、２９、３０、３３、３５、３６、３８〜４１
、４５、４８、５２、５５、５７、５８、６０、６３〜６６、６９〜７４、７６
、８０、８２および８３からなる群より選択される配列を含む遺伝子の発現産物
は、組織サンプルにおいて測定される。この産物を発現する組織サンプルは、転
移可能性を有するとして分類される。

【００１３】本発明のさらなる実施形態は、組織サンプルにおける転移可能性を決定するた
めの方法を提供する。配列番号３、７、８、１０、１２、１５〜１７、２１、２
３、２８、３１、３４、３７、４２〜４４、４６、４７、４９〜５１、５３、５
９、６１、６２、６７、６８、７５、７７〜７９、８１、８４および８５からな
る群より選択される配列を含む遺伝子の発現産物は、組織サンプルにおいて測定
される。この産物を発現しない組織サンプルは、転移可能性を有するとして分類
される。

【００１４】本発明の別の実施形態は、骨または肺への乳房腫瘍の優先的な転移性拡散につ
いての傾向を予測する方法を提供する。配列番号１、５、１１、１８、２０、２
２、２４、３０、３３、３５、３６、３８、４５、５２、５８、６５、６６、７
０、７４、７６および８０からなる群より選択される配列を含む遺伝子の発現産
物は、乳房腫瘍サンプルにおいて測定される。この産物を発現する乳房腫瘍サン
プルは、骨または肺に転移する傾向を有するとして分類される。

【００１５】本発明のさらに別の実施形態は、肺への乳房腫瘍の優先的な転移性拡散につい
ての傾向を予測する方法を提供する。配列番号２、４、９、１３、１４、１９、
２６、２９、３９〜４１、４８、５５、５７、６０、６３、６４、７２、７３、
８２および８３からなる群より選択される配列を含む遺伝子の発現産物は、乳房
腫瘍サンプルにおいて測定される。この産物を発現する乳房腫瘍サンプルは、肺
に転移する傾向を有するとして特徴付けられる。

【００１６】本発明のなお別の実施形態は、結腸腫瘍の転移性拡散についての傾向を予測す
る方法を提供する。配列番号５６に示されるヌクレオチド配列を含む遺伝子の発
現産物は、結腸腫瘍サンプルにおいて測定される。この産物を発現する結腸腫瘍
サンプルは、転移する低い傾向を有するとして特徴付けられる。

【００１７】本発明のさらに別の実施形態は、組織サンプルにおける転移を決定するための
方法を提供する。配列番号３、７、８、１０、１２、１５〜１７、２１、２３、
２５、２８、３１、３４、３７、４２〜４４、４６、４７、４９、６１、６２、
６７、６８、７５、７７〜７９、８１、８４および８５からなる群より選択され
るコード配列を含む遺伝子の発現産物は、組織サンプルにおいて測定される。こ
の産物を発現する組織サンプルは、非転移性として分類される。

【００１８】本発明のなお別の実施形態は、組織サンプルにおける転移を決定するための方
法を提供する。配列番号３、７、８、１０、１２、１５〜１７、２１、２３、２
５、２８、３１、３４、３７、４２〜４４、４６、４７、４９、６１、６２、６
７、６８、７５、７７〜７９、８１、８４および８５からなる群より選択される
コード配列を含む遺伝子の発現産物は、組織サンプルにおいて測定される。この
産物を発現しない組織サンプルは、転移性として分類される。

【００１９】従って、本発明は、当該分野に、転移のマーカーとして使用され得る、多くの
遺伝子およびタンパク質を提供する。これらは、乳癌患者または結腸癌患者のた
めの治療の過程をより合理的に規定するために有用である。

【００２０】（詳細な説明）本発明の発見は、多くの遺伝子が転移性癌細胞の間（特に、乳房および結腸の
癌細胞と、非転移性癌細胞との間）で示差的に発現されることである。これらの
遺伝子は、転移マーカー遺伝子である。この情報を利用して、示差的に発現され
た遺伝子の発現産物に特異的な診断試薬を作製し得る。これはまた、診断方法お
よび予後方法において使用され得、癌（特に、乳房または結腸の癌）についての
適切な処置レジメを計画する際に臨床医を助ける。

【００２１】本明細書中に開示されるポリヌクレオチドのいくつかは、非転移性癌細胞と、
転移する可能性を有する癌細胞との間に示差的に発現される新規な遺伝子を示す
。配列番号１〜６３は、新規な転移マーカー遺伝子を示す（表１）。配列番号６
４〜８５は、非転移性癌細胞と比較して転移性癌細胞において示差的に発現され
ることが見出されている既知の遺伝子を示す（表２）。本明細書中に開示される
転移マーカー遺伝子のいくつかは、非転移性細胞と比較して転移性細胞において
、特に、骨および肺に転移される乳癌細胞において、発現される（配列番号１、
５、１１、１８、２０、２２、２４、３０、３３、３５、３６、３８、４５、５
２、５８、６５、６６、７０、７４、７６および８０）。１つの転移マーカー遺
伝子（配列番号５６）は、非転移性乳癌細胞および低い転移可能性を有する結腸
癌細胞において発現される。他の転移マーカー遺伝子は、転移性癌細胞において
、特に肺にのみ転移される乳癌細胞において、発現される（配列番号２、４、９
、１３、１４、１９、２６、２９、３９〜４１、４８、５５、５７、６０、６３
、６４、７２、７３、８２および８３）。なお他の転移マーカー遺伝子（配列番
号３、７、８、１０、１２、１５〜１７、２１、２３、２８、３１、３４、３７
、４２〜４４、４６、４７、４９、６１、６２、６７、６８、７５、７７〜７９
、８１、８４および８５）は、代表的に転移しない癌細胞において、特に乳癌細
胞において、発現される。これらの関連およびマーカーの同定は、以下でさらに
記載されるような試薬の処方および方法を許容する。他の転移マーカー遺伝子（
例えば、配列番号６、２７、３２および５４に示されるヌクレオチド配列を含む
遺伝子）を使用して、癌性組織、特に乳癌組織を同定し得る。

【００２２】転移マーカー遺伝子の配列は、配列番号１〜８５に開示される。転移性マーカ
ータンパク質は、開示されたポリヌクレオチド分子の発現によって作製され得る
。本発明の新規なポリヌクレオチドによってコードされるアミノ酸配列は、開示
された配列およびその相補体についての３つのリーディングフレームの各々につ
いて翻訳プログラムを実行することによって予測され得る。完全なポリヌクレオ
チド配列は、染色体ウォーキング、重複クローンについてのライブラリーのスク
リーニング、５’ＲＡＣＥまたは当該分野で周知の他の技術によって得られ得る
。

【００２３】転移性マーカーヌクレオチド配列またはアミノ酸配列に対する参照は、以下に
記載されるように、非転移性細胞と比較して、転移性細胞において類似の発現パ
ターンを有する改変体を含む。転移性マーカーポリペプチドは、全長転移性マー
カータンパク質とは長さが異なり得、そして転移性マーカータンパク質の少なく
とも６、８、１０、１２、１５、１８、２０、２５、３０、３５、４０、４５、
５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１２
０、１４０、１６０、１８０、または２００以上の連続するアミノ酸を含み得る
。

【００２４】マーカータンパク質およびポリペプチドの改変体もまた、生じ得る。転移性マ
ーカータンパク質またはポリペプチドの改変体は、天然に存在し得るか、または
天然に存在し得ない。天然に存在する転移性マーカータンパク質またはポリペプ
チドの改変体は、ヒトまたは他の種において見出され、そして配列番号１〜８５
に示されるヌクレオチド配列またはそれらの相補体に対応する遺伝子によってコ
ードされるタンパク質に対して実質的に同一であるアミノ酸配列を含む。天然に
存在しない転移性マーカータンパク質またはポリペプチドの改変体（これらは、
非転移性癌細胞と比較して転移性癌細胞において、天然に存在する転移性マーカ
ータンパク質またはポリペプチドの改変体と実質的に同じ示差的発現パターンを
保持する）もまた、本発明に含まれる。好ましくは、天然に存在するかまたは天
然に存在しない転移性マーカータンパク質またはポリペプチドの改変体は、配列
番号１〜８５に示されるヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列に
対して少なくとも８５％、９０％または９５％同一である、アミノ酸配列を有す
る。より好ましくは、この分子は、少なくとも９８％または９９％同一である。
野生型タンパク質またはポリペプチドと、改変体との間のパーセント配列同一性
は、当該分野で公知であるように、この野生型タンパク質またはポリペプチドを
この改変体と整列して、最大数のアミノ酸の一致を得、この野生型と改変体との
間のアミノ酸の一致の数を計数し、そして一致の総数をこの野生型配列のアミノ
酸残基の総数で除算することによって決定される。

【００２５】好ましくは、転移性マーカータンパク質またはポリペプチドの改変体における
アミノ酸変化は、保存的アミノ酸変化（すなわち、同様に荷電したかまたは荷電
していないアミノ酸の置換）である。保存的アミノ酸変化は、それらの側鎖に関
連するアミノ酸のファミリーの１つの置換を含む。天然に存在するアミノ酸は、
一般に、４つのファミリーに分けられる：酸性アミノ酸（アスパラギン酸、グル
タミン酸）、塩基性アミノ酸（リジン、アルギニン、ヒスチジン）、非極性アミ
ノ酸（アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニ
ン、メチオニン、トリプトファン）、および非荷電極性アミノ酸（グリシン、ア
スパラギン、グルタミン、システイン、セリン、トレオニン、チロシン）。フェ
ニルアラニン、トリプトファン、およびチロシンは、時々、芳香族アミノ酸とし
て一緒に分類される。

【００２６】ロイシンの代わりにイソロイシンもしくはバリンで孤立した（ｉｓｏｌａｔｅ
ｄ）の置換、アスパラギン酸の代わりにグルタミン酸での孤立した置換、トレオ
ニンの代わりにセリンでの孤立した置換、またはあるアミノ酸の代わりに構造的
に関連するアミノ酸との類似の置換が、得られる転移性マーカータンパク質また
はポリペプチドの改変体の生物学的特性に対して主要な効果を有さないことを予
測することは、合理的である。転移性マーカータンパク質またはポリペプチドの
改変体の特性および機能は、配列番号１〜８５に示されるヌクレオチド配列によ
ってコードされるアミノ酸配列を含む転移性マーカータンパク質またはポリペプ
チドと同じ型の特性および機能であるが、改変体の特性および機能は、ある程度
で異なり得る。アミノ酸変化が適切な示差的発現パターンによって転移性マーカ
ータンパク質またはポリペプチドの改変体を生じるか否かは、容易に決定され得
る。例えば、ヌクレオチドプローブは、当該分野で公知であるように、本明細書
中に開示されるマーカー遺伝子配列から選択され得、そしてノーザンブロットま
たは組織切片においてマーカー遺伝子ｍＲＮＡを検出するために使用され得る。
あるいは、転移マーカー遺伝子のタンパク質産物に特異的に結合する抗体を使用
して、転移性マーカータンパク質の発現を検出し得る。

【００２７】転移性マーカー改変体としては、グリコシル化形態、他の分子との凝集性結合
体、および非関連化学部分との共有的結合体が、挙げられる。転移性マーカー改
変体としてはまた、対立遺伝子改変体、種改変体およびムテインが挙げられる。
転移マーカー遺伝子の示差的発現に影響を及ぼさない領域の短縮体または欠失体
はまた、転移性マーカー改変体である。共有結合的改変体は、当該分野で公知で
あるように、アミノ酸鎖においてまたはＮ末端残基もしくはＣ末端残基において
見出される群に対して官能基を連結させることによって、調製され得る。

【００２８】全長転移性マーカータンパク質は、標準的な生化学的方法を使用して、転移性
マーカータンパク質産生ヒト細胞（例えば、転移性乳癌細胞または結腸癌細胞）
から抽出され得る。単離および精製された転移性マーカータンパク質またはポリ
ペプチドは、通常、細胞中の転移性マーカータンパク質またはポリペプチドに結
合する他の化合物（例えば、特定のタンパク質、炭水化物、脂質または細胞内オ
ルガネラ）から分離される。単離および精製された転移性マーカータンパク質ま
たはポリペプチドの調製物は、少なくとも８０％純粋；好ましくは、この調製物
は、９０％、９５％または９９％純粋である。

【００２９】転移性マーカータンパク質およびポリペプチドはまた、組換えＤＮＡ方法によ
ってかまたは合成化学方法によって、産生され得る。組換え転移性マーカータン
パク質またはポリペプチドの産生について、配列番号１〜８５に示されるヌクレ
オチド配列から選択されるコード配列、または転移性マーカータンパク質をコー
ドするこれらの配列の改変体は、公知の原核生物発現系または真核生物発現系に
おいて発現され得る（以下を参照のこと）。細菌発現系、酵母発現系、昆虫発現
系、または哺乳動物発現系は、当該分野で公知であるように、使用され得る。

【００３０】あるいは、合成化学方法（例えば、固相ペプチド合成）を使用して、転移性マ
ーカータンパク質またはポリペプチドを合成し得る。ペプチド、アナログまたは
誘導体の産生のための一般的な手段は、ＣＨＥＭＩＳＴＲＹＡＮＤＢＩＯＣ
ＨＥＭＩＳＴＲＹＯＦＡＭＩＮＯＡＣＩＤＳ，ＰＥＰＴＩＤＥＳ，ＡＮＤ
ＰＲＯＴＥＩＮＳ −− ＡＳＵＲＶＥＹＯＦＲＥＣＥＮＴＤＥＶＥ
ＬＯＰＭＥＮＴＳ，Ｗｅｉｎｓｔｅｉｎ，Ｂ編、ＭａｒｃｅｌｌＤｅｋｋｅｒ
，Ｉｎｃ．，ｐｕｂｌ．，ＮｅｗＹｏｒｋ（１９８３）に概説される。さらに
、通常のＬ立体異性体の代わりにＤアミノ酸の置換を行って、この分子の半減期
を増加させ得る。転移性マーカー改変体は、同様に産生され得る。

【００３１】少なくとも６、８、１０、１２、１５、１８、２０、２５、３０、３５、４０
、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１
２０、１４０、１６０、１８０または２００以上の連続する転移性マーカーアミ
ノ酸を含む天然に存在しない融合タンパク質もまた、構築され得る。ヒト転移性
マーカー融合タンパク質は、転移性マーカーアミノ酸配列に対する抗体を生成す
るため、および種々のアッセイ系において使用するために、有用である。例えば
、転移性マーカー融合タンパク質を使用して、転移性マーカータンパク質と相互
作用し、そしてそれらの機能に影響を及ぼすタンパク質を同定し得る。物理的方
法（例えば、タンパク質アフィニティークロマトグラフィー）またはタンパク質
−タンパク質相互作用についてのライブラリーに基づくアッセイ（例えば、酵母
ツーハイブリッド系もしくはファージディスプレイ系）もまた、これらの目的の
ために使用され得る。このような方法は、当該分野で周知であり、そしてまた、
薬物スクリーニングとして使用され得る。

【００３２】転移性マーカー融合タンパク質は、ペプチド結合によってともに融合される２
つのタンパク質セグメントを含む。第１のタンパク質セグメントは、転移性マー
カータンパク質の少なくとも６、８、１０、１２、１５、１８、２０、２５、３
０、３５、４０、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９
５、１００、１２０、１４０、１６０、１８０または２００以上の連続するアミ
ノ酸を含む。これらのアミノ酸は、配列番号１〜８５に示されるヌクレオチド配
列によってコードされるアミノ酸配列からかまたはそれらの配列の改変体（例え
ば、上記の改変体）から選択され得る。この第１のタンパク質セグメントはまた
、全長転移性マーカータンパク質を含み得る。

【００３３】第２のタンパク質セグメントは、全長タンパク質またはタンパク質フラグメン
トもしくはポリペプチドであり得る。融合タンパク質は、当該分野で公知である
ように、検出可能なマーカー（例えば、放射性マーカー、蛍光マーカー、化学ル
ミネセンスマーカーまたはビオチン化マーカー）で標識され得る。第２のタンパ
ク質セグメントは、検出可能な産物を生成する酵素（例えば、β−ガラクトシダ
ーゼ）であり得る。第１のタンパク質セグメントは、簡便であるように、Ｎ末端
またはＣ末端であり得る。

【００３４】組換え的にかまたは２つのタンパク質セグメントを共有結合することによるか
のいずれかで、融合タンパク質を作製するための技術もまた、周知である。組換
えＤＮＡ方法を使用し、例えば、以下に記載されるように、第２のタンパク質セ
グメントをコードするヌクレオチドを有する適切なリーディングフレーム中で、
配列番号１〜８５から選択されるコード配列を含むＤＮＡ構築物を作製すること
、および宿主細胞中でそのＤＮＡ構築物を発現することによって、転移性マーカ
ー融合タンパク質を調製し得る。

【００３５】単離および精製された転移性マーカータンパク質、ポリペプチド、改変体また
は融合タンパク質は、転移性マーカータンパク質に特異的に結合する抗体の調製
物を得るために、免疫原として使用され得る。この抗体は、特に、ヒト組織中の
野生型転移性マーカータンパク質またはそれらの画分を検出するために使用され
得る。この抗体はまた、転移性マーカータンパク質の過少発現もしくは過剰発現
を生じるか、または変更されたサイズまたは電気泳動的移動度を有する転移性マ
ーカータンパク質の発現を生じる、転移マーカー遺伝子における変異の存在を検
出するために使用され得る。

【００３６】ポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体の調製物は、標準的な方法を使
用して作製され得る。単鎖抗体もまた、調製され得る。転移性マーカータンパク
質、ポリペプチド、改変体または融合タンパク質に特異的に結合する単鎖抗体は
、当該分野で公知であるように、例えば、単鎖免疫グロブリンディスプレイライ
ブラリーから単離され得る。このライブラリーは、転移性マーカータンパク質ア
ミノ酸配列に対して「パニングされ（ｐａｎｎｅｄ）」ており、そして転移性マ
ーカータンパク質の異なるエピトープに対して高親和性で結合する多くの単鎖抗
体が、単離され得る。Ｈａｙａｓｈｉら、１９９５、Ｇｅｎｅ１６０：１２９
〜３０。単鎖抗体はまた、ハイブリドーマｃＤＮＡを鋳型として使用する、ＤＮ
Ａ増幅方法（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ））を使用して構築され得
る。Ｔｈｉｒｉｏｎら、１９９６、Ｅｕｒ．Ｊ．ＣａｎｃｅｒＰｒｅｖ．５：
５０７〜１１。

【００３７】単鎖抗体は、一特異的（ｍｏｎｏｓｐｅｃｉｆｉｃ）であってもよいし、また
は二特異的（ｂｉｓｐｅｃｉｆｉｃ）であってもよいし、そして二価であっても
よいし、または四価であってもよい。四価の、二特異的な単鎖抗体の構築物は、
ＣｏｌｏｍａおよびＭｏｒｒｉｓｏｎ、１９９７、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏ
ｌ．１５：１５９〜６３に教示されている。二価の、二特異的な単鎖抗体の構築
物は、ＭａｌｌｅｎｄｅｒおよびＶｏｓｓ、１９９４、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ
．２６９：１９９〜２０６に教示されている。

【００３８】単鎖抗体をコードするヌクレオチド配列は、以下に記載されるように、手動ま
たは自動化ヌクレオチド合成を使用して構築され得、標準的な組換えＤＮＡ方法
を使用してＤＮＡ発現構築物中クローニングされ得、そしてコード配列を発現す
る細胞中に導入され得る。あるいは、単鎖抗体は、例えば、糸状ファージ技術を
使用して、直接的に産生され得る。Ｖｅｒｈａａｒら、１９９５、Ｉｎｔ．Ｊ．
Ｃａｎｃｅｒ６１：４９７〜５０１；Ｎｉｃｈｏｌｌｓら、１９９３、Ｊ．Ｉ
ｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈ．１６５：８１〜９１。

【００３９】転移性マーカー特異的抗体は、配列番号１〜８５に示されるヌクレオチド配列
によってコードされるアミノ酸配列を有する全長転移性マーカータンパク質中に
存在するエピトープに、転移性マーカーポリペプチドに、または転移性マーカー
改変体に、単独でかまたは融合タンパク質の一部としてかのいずれかで、特異的
に結合する。好ましくは、転移性マーカーエピトープは、他のヒトタンパク質中
に存在しない。代表的に、少なくとも６、８、１０または１２の連続するアミノ
酸が、エピトープを形成するために必要である。しかし、連続しないアミノ酸を
含むエピトープは、より多い（例えば、少なくとも１５、２５または５０）アミ
ノ酸を必要とし得る。

【００４０】転移性マーカータンパク質、ポリペプチド、融合タンパク質、または改変体に
特異的に結合する抗体は、ウェスタンブロットまたは他の免疫化学的アッセイに
おいて使用される場合に、他のタンパク質によって提供される検出シグナルより
も、少なくとも５倍、１０倍または２０倍高い検出シグナルを提供する。好まし
くは、転移性マーカーエピトープに特異的に結合する抗体は、免疫化学的アッセ
イにおいて他のタンパク質を検出せず、そして転移性マーカータンパク質、ポリ
ペプチド、融合タンパク質または改変体を溶液から免疫沈降し得る。

【００４１】抗体は、当該分野で周知の方法によって精製され得る。好ましくは、抗体は、
転移性マーカータンパク質、ポリペプチド、改変体または融合タンパク質が結合
されるカラムにわたってこの抗体を通過させることによって、アフィニティー精
製される。次いで、この結合された抗体は、例えば、高塩濃度を有する緩衝液を
使用して、このカラムから溶出され得る。

【００４２】サブゲノムポリヌクレオチドは、全染色体未満を含む。好ましくは、このポリ
ヌクレオチドは、イントロンを有さない。好ましい実施形態において、ポリヌク
レオチド分子は、配列番号１〜８５から選択される１０、１１、１２、１５、２
０、２５、３０、３２、３５、４０、４５、５０、６０、７０、７４、８０、９
０、１００、１２５、１５０、１５４、１７５、１８２、２００、２４３もしく
は２６８のヌクレオチドの連続する配列またはそれらの相補体を含む。配列番号
１〜８５に示されるヌクレオチド配列の相補体は、配列番号１〜８５に示される
連続するヌクレオチド配列と、ワトソン−クリック塩基対を形成する、連続する
ヌクレオチド配列である。配列番号１〜８５に示されるヌクレオチド配列の相補
体（アンチセンス鎖）はまた、サブゲノムポリヌクレオチドであり、そしてマー
カータンパク質アンチセンスオリゴヌクレオチドを提供するために使用され得る
。配列番号１〜８５に示されるヌクレオチド配列の１つを含む二本鎖ポリヌクレ
オチドもまた、サブゲノムポリヌクレオチドである。転移性マーカータンパク質
サブゲノムポリヌクレオチドはまた、転移性マーカータンパク質特異的単鎖抗体
およびリボザイム、または転移性マーカータンパク質アミノ酸配列を含む融合タ
ンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む。

【００４３】転移性マーカータンパク質およびまたは改変体のアミノ酸配列をコードする縮
合ヌクレオチド、ならびに配列番号１〜８５に示されるヌクレオチド配列に少な
くとも８５％、９０％、９５％、９８％または９９％同一である相同なヌクレオ
チド配列もまた、転移性マーカーサブゲノム（ｓｕｂｇｅｎｏｍｉｃ）ポリヌク
レオチドである。代表的には、相同な転移性マーカーサブゲノムポリヌクレオチ
ド配列は、当該分野で公知のようなストリンジェント条件下でのハイブリダイゼ
ーションによって確認され得る。野生型配列と相同な改変体配列との間のパーセ
ント配列同一性は、当該分野で公知のように、この野生型ポリヌクレオチドをこ
の改変体を整列させて最大数のヌクレオチド一致を得、この野生型とこの改変体
との間のヌクレオチド一致の数を計数し、そしてこの野生型配列ヌクレオチドの
総数で一致の総数を除算することによって、決定される。パーセント同一性を計
算するために好ましいアルゴリズムは、以下の検索パラメーター：ギャップオー
プンペナルティ１０およびギャップ伸長ペナルティ１、を用いてアフィンギャッ
プ検索を使用するＭＰＳＲＣＨプログラム（ＯｘｆｏｒｄＭｏｌｅｃｕｌａｒ
）において実行されるような、Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴ
リズムである。

【００４４】転移性マーカーサブゲノムポリヌクレオチドは、標準的な核酸精製技術を使用
して、他のヌクレオチド配列から単離され、そして精製され得る。例えば、制限
酵素およびプローブが使用されて、転移性マーカータンパク質をコードするヌク
レオチド配列を含むポリヌクレオチドフラグメントが単離され得る。単離されか
つ生成されたサブゲノムポリヌクレオチドは、他の分子を含まないか、または他
の分子を少なくとも９０％含まない調製物である。

【００４５】転移性マーカータンパク質をコードする相補的ＤＮＡ分子は、逆転写酵素を使
用して、テンプレートとして転移性マーカーｍＲＮＡを用いて作製され得る。ポ
リメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）または他の増幅技術が使用されて、当該分野で公
知のように、テンプレートとしてヒトのゲノムＤＮＡまたはｃＤＮＡのいずれか
を使用して、転移性マーカーサブゲノムポリヌクレオチドが得られ得る。あるい
は、合成化学技術が使用されて、転移性マーカータンパク質、単鎖抗体、もしく
はリボザイムの領域についてのコード配列を含むか、またはアンチセンスオリゴ
ヌクレオチドを含む、転移性マーカーサブゲノムポリヌクレオチドが合成され得
る。遺伝コードの縮重は、代替のヌクレオチド配列が、配列番号１〜８５に示さ
れるヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を含む転移性マーカー
タンパク質をコードするように合成されることを可能にする。

【００４６】精製されかつ単離された転移性マーカーサブゲノムポリヌクレオチドは、この
ポリヌクレオチドのさらなるコピーを得るためのプライマーとして、または野生
型および変異体転移性マーカータンパク質コード配列を同定するためのプローブ
として、使用され得る。転移性マーカーサブゲノムポリヌクレオチドが使用され
て、転移性マーカーｍＲＮＡ、タンパク質、ポリペプチドまたは融合タンパク質
が発現され得、そして転移性マーカーアンチセンスオリゴヌクレオチドおよびリ
ボザイムが生成され得る。

【００４７】転移性マーカータンパク質コード配列を含む転移性マーカーサブゲノムポリヌ
クレオチドは、発現構築物において使用され得る。好ましくは、この転移性マー
カーサブゲノムは、発現プラスミド（例えば、Ｅｃｄｙｓｏｎ系、ｐＩＮＤ、Ｉ
ｎＶｉｔｏｒｏＧｅｎｅ）に挿入される。転移性マーカーサブゲノムポリヌ
クレオチドは、当該分野で周知の技術を使用して、ベクターおよび細胞株におい
て増殖され得る。転移性マーカーサブゲノムポリヌクレオチドは、線状または環
状分子上にあり得る。それらは、自律的に複製される分子上にあり得るか、また
は複製配列を有しない分子上にあり得る。それらは、当該分野で公知のように、
それら自体によって、または他の調節配列によって調節され得る。

【００４８】次いで、転移性マーカー発現構築物を含む宿主細胞が使用されて、転移性マー
カータンパク質の全てまたは一部が発現され得る。転移性マーカー発現構築物を
含む宿主細胞は、原核生物または真核生物であり得る。種々の宿主細胞は、細菌
、酵母、昆虫およびヒトの発現系における使用のために利用可能であり、そして
転移性マーカー発現構築物を発現するため、または増殖するために使用され得る
（以下を参照のこと）。発現構築物は、当該分野で公知の任意の技術を使用して
、宿主細胞に導入され得る。これらの技術としては、以下が挙げられる：トラン
スフェリン−ポリカチオン媒介性ＤＮＡ移入、裸の核酸もしくは被包性核酸での
トランスフェクション、リポソーム媒介性細胞融合、ＤＮＡコートラテックスビ
ーズの細胞内輸送、プロトプラスト融合、ウイルス感染、エレクトロポレーショ
ン、およびリン酸カルシウム媒介性トランスフェクション。

【００４９】転移性マーカー発現構築物は、選択される宿主細胞において機能的であるプロ
モーターを含む。当業者は、当該分野で公知でありかつ使用される多数の細胞型
特異的プロモーターから、適切なプロモーターを容易に選択し得る。この発現構
築物はまた、宿主細胞において機能的である転写終結因子を含み得る。この発現
構築物は、転移性マーカータンパク質、改変体、融合タンパク質、抗体またはリ
ボザイムの全てまたは一部をコードするポリヌクレオチドセグメントを含む。こ
のポリヌクレオチドセグメントは、プロモーターから下流に配置される。このポ
リヌクレオチドセグメントの転写は、プロモーターで開始する。この発現構築物
は線状または環状であり得、そして所望であれば、自律複製のための配列を含み
得る。

【００５０】転移性マーカー発現構築物を発現するための細菌系としては、以下に記載され
る系が挙げられる：

【００５１】

【化１】酵母における発現系としては、以下に記載される系が挙げられる：

【００５２】

【化２】昆虫における転移性マーカー発現構築物の発現は、以下に記載されるように行
われ得る：

【００５３】

【化３】転移性マーカー発現構築物の哺乳動物発現は、以下に記載されるように達成さ
れ得る：

【００５４】

【化４】転移性マーカー発現構築物の哺乳動物発現の他の特徴は、以下に記載のように促
進され得る：

【００５５】

【化５】本発明のサブゲノムポリヌクレオチドはまた、遺伝子送達ビヒクルにおいて、
転移性マーカーｍＲＮＡまたはオリゴヌクレオチド（ネイティブの転移性マーカ
ーｍＲＮＡの配列もしくはその相補体配列のいずれかを有する）、全長転移性マ
ーカータンパク質、転移性マーカー融合タンパク質、転移性マーカーポリペプチ
ド、または転移性マーカー特異的リボザイムもしくは単鎖抗体を、細胞（好まし
くは、真核生物細胞）に送達する目的のために、使用され得る。本発明に従って
、遺伝子送達ビヒクルは、例えば、裸のプラスミドＤＮＡ、転移性マーカーサブ
ゲノムポリヌクレオチドを含むウイルス発現ベクター、または転移性マーカーポ
リヌクレオチド（リポソームもしくは縮合因子と組み合わせて）であり得る。

【００５６】本発明の１つの実施形態において、この遺伝子送達ビヒクルは、プロモーター
および転移性マーカーサブゲノムポリヌクレオチドを含む。好ましいプロモータ
ーは、組織特異的プロモーター、および細胞増殖によって活性化されるプロモー
ター（例えば、チミジンキナーゼおよびチミジレートシンターゼプロモーター）
である。他の好ましいプロモーターとしては、ウイルス感染によって活性化可能
なプロモーター（例えば、αーインターフェロンプロモーターおよびβ−インタ
ーフェロンプロモーター）およびホルモン（例えば、エストロゲン）によって活
性化可能なプロモーターが挙げられる。使用され得る他のプロモーターは、モロ
ニーウイルスＬＴＲ，ＣＭＶプロモーター、およびマウスアルブミンプロモータ
ーが挙げられる。

【００５７】転移マーカー遺伝子送達ビヒクルは、ウイルスの複製起点またはパッケージン
グシグナルのようなウイルス配列を含み得る。これらのウイルス配列は、以下の
ようなウイルスから選択される：アストロウイルス、コロナウイルス、オルソミ
クソウイルス、パポバウイルス、パラミクソウイルス、パルボウイルス、ピコル
ナウイルス、ポックスウイルス、レトロウイルス、トガウイルス、またはアデノ
ウイルス。好ましい実施形態において、この転移マーカー遺伝子送達ビヒクルは
、組換えレトロウイルスベクターである。組換えレトロウイルスおよびその様々
な使用は、例えば、以下を含む多くの参考文献に記載されている：

【００５８】

【化６】多くのレトロウイルス遺伝子送達ビヒクルが、本発明において利用され得、この
ビヒクルとしては、以下に記載されるものが挙げられる：

【００５９】

【化７】特に好ましいレトロウイルスは、以下を含むレトロウイルスに由来する：鳥類
白血症ウイルス（ＡＴＣＣ番号ＶＲ−５３５およびＶＲ−２４７）、ウシ白血病
ウイルス（ＶＲ−１３１５）、マウス白血病ウイルス（ＭＬＶ）、ミンク細胞病
巣誘導ウイルス（ｍｉｎｋ−ｃｅｌｌｆｏｃｕｓ−ｉｎｄｕｃｉｎｇｖｉｒ
ｕｓ）（Ｋｏｃｈら、Ｊ．Ｖｉｒ．４９：８２８、１９８４；およびＯｌｉｆｆ
ら、Ｊ．Ｖｉｒ．４８：５４２、１９８３）、マウス肉腫ウイルス（ＡＴＣＣ番
号ＶＲ−８４４、４５０１０および４５０１６）、細網内皮症ウイルス（ＡＴＣ
Ｃ番号ＶＲ−９９４、ＶＲ−７７０および４５０１１）、ラウス肉腫ウイルス、
マソン−ファイザーサルウイルス、ヒヒ内因性ウイルス、内因性ネコレトロウイ
ルス（例えば、ＲＤ１１４）、およびレトロウイルスベクターとして使用される
マウスまたはラットｇｌ３０配列。組換えレトロウイルスが生成され得るＭＬＶ
の特に好ましい株としては、以下が挙げられる：４０７０Ａおよび１５０４Ａ（
ＨａｒｔｌｅｙおよびＲｏｗｅ、Ｊ．Ｖｉｒ．１９：１９，１９７６）、エーベ
ルソン（ＡＴＣＣ番号ＶＲ−９９９）、フレンド（ＡＴＣＣ番号ＶＲ−２４５）
、グラッフィ（Ｒｕら、Ｊ．Ｖｉｒ．６７：４７２２、１９９３；およびＹａｎ
ｔｃｈｅｖＮｅｏｐｌａｓｍａ２６：３９７、１９７９）、Ｇｒｏｓｓ（Ａ
ＴＣＣ番号ＶＲ−５９０）、Ｋｒｉｓｔｅｎ（Ａｌｂｉｎｏら、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍ
ｅｄ．１６４：１７０、１９８６）、Ｈａｒｖｅｙ肉腫ウイルス（Ｍａｎｌｙら
、Ｊ．Ｖｉｒ．６２：３５４０，１９８８；およびＡｌｂｉｎｏら、Ｊ．Ｅｘｐ
．Ｍｅｄ．１６４：１７１０、１９８６）およびローシャー（ＡＴＣＣ番号ＶＲ
−９９８）、ならびにモロニーＭＬＶ（ＡＴＣＣ番号ＶＲ−１９０）。特に好ま
しい非マウスレトロウイルスは、ラウス肉腫ウイルスである。好ましいラウス肉
腫ウイルスとしては、以下が挙げられる：Ｂｒａｔｉｓｌａｖａウイルス（Ｍａ
ｎｌｙら、Ｊ．Ｖｉｒ．６２：３５４０，１９８８；およびＡｌｂｉｎｏら、Ｊ
．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１６４：１７１０、１９８６）、Ｂｒｙａｎ高力価ウイルス
（例えば、ＡＴＣＣ番号ＶＲ−３３４、ＶＲ−６５７、ＶＲ−７２６、ＶＲ−６
５９、およびＶＲ−７２８）、Ｂｒｙａｎ標準ウイルス（ＡＴＣＣ番号ＶＲ−１
４０）、Ｃａｒｒ−Ｚｉｌｂｅｒウイルス（Ａｄｇｉｇｈｉｔｏｖら、Ｎｅｏｐ
ｌａｓｍａ２７：１５９、１９８０）、Ｅｎｇｅｌｂｒｅｔｈ−Ｈｏｌｍウイ
ルス（Ｌａｕｒｅｎｔら、ＢｉｏｃｈｅｍＢｉｏｐｈｙｓＡｃｔａ９０８
：２４１、１９８７）、Ｈａｒｒｉｓウイルス、プラハウイルス（例えば、ＡＴ
ＣＣ番号ＶＲ−７７２および４５０３３）、ならびにＳｃｈｍｉｄｔ−Ｒｕｐｐ
ｉｎウイルス（例えば、ＡＴＣＣ番号ＶＲ−７２４、ＶＲ−７２５、ＶＲ−３５
４）。

【００６０】任意の上記のレトロウイルスは、本明細書中に提供される開示および当該分野
で公知の標準的な組換え技術（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａ
ｒＣｌｏｎｉｎｇ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ、第２版、Ｃｏ
ｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＰｒｅｓｓ，１９８９、およびＫｕｎｋｅ
ｌ，ＰＮＡＳ８２：４８８、１９８５）によって、レトロウイルス転移マーカ
ー遺伝子送達ビヒクルをアセンブルまたは構築するために、容易に利用され得る
。レトロウイルス転移性マーカー発現ベクターの部分は、異なるレトロウイルス
に由来し得る。例えば、レトロベクターＬＴＲは、マウス肉腫ウイルスに由来し
得、ｔＲＮＡ結合部位は、ラウス肉腫ウイルスに由来し得、パッケージングシグ
ナルは、マウス白血病ウイルスに由来し得、そして第２鎖合成の起点は、鳥類白
血症ウイルスに由来し得る。これらの組換えレトロウイルスベクターを使用して
、形質導入コンピテントなレトロウイルスベクター粒子を、適切なパッケージン
グ細胞株に導入することによって生成し得る（１９９１年１１月２９日に出願し
た、出願番号第０７／８００，９２１号を参照のこと）。組換えレトロウイルス
ゲノムの宿主細胞ＤＮＡの特定の領域への部位特異的組み込むを指向する組換え
レトロウイルスが産生され得るこのような、部位特異的組み込みは、レトロウイ
ルス粒子に取り込まれるキメラインテグラーゼによって媒介され得る（１９９５
年５月２２日に出願した、出願番号第０８／４５５，４６６を参照のこと）。組
換えウイルス遺伝子送達ビヒクルが複製欠損組換えウイルスであることが好まし
い。

【００６１】上記のレトロウイルス遺伝子送達ビヒクルとの使用に適切なパッケージング細
胞株は容易に調製され得（１９９４年５月９日に出願した、出願番号第０８／２
４０，０３０号を参照のこと；ＷＯ９２／０５２６６もまた参照のこと）、そし
て組換えウイルス粒子の産生のためのプロデューサー細胞株（ベクター細胞株ま
たは「ＶＣＬ」ともいわれる）を作製するために使用され得る。本発明の特に好
ましい実施形態において、パッケージング細胞株は、ヒト細胞株（例えば、ＨＴ
１０８０細胞）またはミンク親細胞株から作製され得、それにより、ヒト結成に
おける不活化を生存し得る組換えレトロウイルス遺伝子送達ビヒクルの産生を可
能にする。組換えレトロウイルス遺伝子送達ビヒクルの構築は、ＷＯ９１／０２
８０５において詳細に記載される。これらの組換えレトロウイルス遺伝子送達ビ
ヒクルを使用して、形質導入コンピテントなレトロウイルス粒子を、適切なパッ
ケージング細胞株に導入することによって生成し得る（例えば、出願番号第０７
／８００，９２１号を参照のこと）。同様に、アデノウイルス遺伝子送達ビヒク
ルはまた、本明細書中に提供される開示によって、容易に調製および利用され得
る（Ｂｅｒｋｎｅｒ，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ６：６１６−６２７、１９
８８およびＲｏｓｅｎｆｅｌｄら、Ｓｃｉｅｎｃｅ２５２：４３１−４３４、
１９９１、ＷＯ９３／０７２８３、ＷＯ９３／０６２２３、およびＷＯ９３／０
７２８２を参照のこと）。

【００６２】転移マーカー遺伝子送達ビヒクルはまた、組換えアデノウイルス遺伝子送達ビ
ヒクルであり得る。このようなビヒクルは、本明細書中に提供される開示によっ
て、容易に調製および利用され得る（Ｂｅｒｋｎｅｒ，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕ
ｅｓ６：６１６−６２７、１９８８およびＲｏｓｅｎｆｅｌｄら、Ｓｃｉｅｎ
ｃｅ２５２：４３１−４３４、１９９１、ＷＯ９３／０７２８３、ＷＯ９３／
０６２２３、およびＷＯ９３／０７２８２を参照のこと）。アデノ随伴ウイルス
転移マーカー遺伝子送達ビヒクルもまた構築され得、そして転移性マーカーアミ
ノ酸またはヌクレオチドを送達するために使用される。インビトロでのアデノ随
伴ウイルス遺伝子送達ベクターの使用は、以下に記載される：

【００６３】

【化８】これらのビヒクルのインビボでの使用は、以下に記載される：

【００６４】

【化９】本発明の別の実施形態において、転移性腫瘍マーカー遺伝子送達ビヒクルは、
トガウイルスに由来する。好ましいトガウイルスとしては、アルファウイルス、
特に米国特許出願番号第０８／４０５，６２８号（１９９５年３月１５日出願）
、ＷＯ９５／０７９９４に記載されるものが挙げられる。アルファウイルス（シ
ンドビスウイルスおよびＥＬＶＳウイルスを含む）は、転移性マーカーポリヌク
レオチドのための遺伝子送達ビヒクルであり得る。アルファウイルスは、ＷＯ９
４／２１７９２、ＷＯ９２／１０５７８およびＷＯ９５／０７９９４に記載され
る。いくつかの異なるアルファウイルス遺伝子送達ビヒクル系が構築され、そし
て転移性マーカーサブゲノムポリヌクレオチドを本発明に従って細胞に送達する
ために使用され得る。このような系の例示的な例としては、米国特許第５，０９
１，３０９号および同第５，２１７，８７９号に記載される系が挙げられる。本
発明における使用のために特に好ましいアルファウイルス遺伝子送達ビヒクルと
しては、ＷＯ９５／０７９９４号および米国特許出願番号第０８／４０５，６２
７が挙げられる。

【００６５】好ましくは、組換えウイルスビヒクルは、シンドビスウイルスに基づく組換え
アルファウイルスウイルスビヒクルである。シンドビス構築物および多くの類似
の構築物は、米国特許出願番号０８／１９８，４５０に記載されるように本質的
に容易に調製され得る。シンドビスウイルス遺伝子送達ビヒクルは、代表的には
、シンドビスウイルス転写を開始し得る５’配列、シンドビス非構造タンパク質
をコードするヌクレオチド配列、サブゲノムフラグメント転写を防止するように
不活化されるウイルス連結領域、およびシンドビスＲＡＮポリメラーゼ認識配列
を含む。必要に応じて、ウイルス連結領域は改変され得、その結果、サブゲノム
ポリヌクレオチド転写が減少されるか、増加されるか、または維持される。当業
者に明らかなように、他のアルファウイルス由来の対応する領域は、上記の領域
の変わりに使用され得る。

【００６６】アルファウイルス由来遺伝子送達ビヒクルのウイルス連結領域は、サブゲノム
ポリヌクレオチドの転写を防止するために不活化されている第１のウイルス連結
領域、およびサブゲノムポリヌクレオチド転写が減少されるように改変されてい
る第２のウイルス連結領域を含み得る。アルファウイルス由来ビヒクルはまた、
ｃＤＮＡからウイルスＲＮＡの合成を開始し得る５’プロモーター、および転写
終結を制御する３’配列を含み得る。

【００６７】本発明において利用され得る他の組換えトガウイルス遺伝子送達ビヒクルとし
ては、以下に由来するビヒクルが挙げられる：セムリキ森林ウイルス（ＡＴＣＣ
ＶＲ−６７；ＡＴＣＣＶＲ−１２４７）、Ｍｉｄｄｅｌｂｅｒｇウイルス（
ＡＴＣＣＶＲ−３７０）、ロス川ウイルス（ＡＴＣＣＶＲ−３７３；ＡＴＣ
ＣＶＲ−１２４６）、ベネズエラウマ脳炎ウイルス（ＡＴＣＣＶＲ９２３；
ＡＴＣＣＶＲ−１２５０；ＡＴＣＣＶＲ−１２４９；ＡＴＣＣＶＲ−５３
２）、および米国特許第５，０９１，３０９号および同第５，２１７，８７９号
ならびにＷＯ９２／１２５０８に記載され得るウイルス。上記のシンドビスウイ
ルスおよび多くの同様の構築物は、米国特許出願番号第０８／１９８，４５０号
に記載されるように、本質的に容易に調製され得る。

【００６８】本発明における使用に適切な他のウイルス遺伝子送達ビヒクルとしては、例え
ば、以下に由来するビヒクルが挙げられる：

【００６９】

【化１０】本発明のサブゲノム転移性マーカーポリヌクレオチドはまた、縮重剤と組み合わ
されて、遺伝子送達ビヒクルが形成され得る。好ましい実施形態において、この
縮重剤は、ポリリジン、ポリアルギニン、ポリオルチニン、プロタミン、スペル
ミン、スペルミジン、およびプトレシンのようなポリカチオンである。このよう
な連結を作製するために適切な多くの方法もまた、当該分野で公知である（例え
ば、出願番号第０８／３６６，７８７号（１９９４年１２月３０日出願）を参照
のこと）。

【００７０】代替の実施形態において、転移性マーカーサブゲノムポリヌクレオチドは、遺
伝子送達ビヒクルを形成するためにリポソームと結合される。リポソームは、脂
質二重層によって囲まれた水性区画（代表的には、数百オングストロームの直径
の球状またはわずかに伸長した構造）からなる小さな脂質小疱である。適切な条
件下では、リポソームは、細胞の原形質膜、またはリポソームをインターナライ
ズした細胞内の嚢胞内膜小疱の膜と融合し得、それにより、その内容物を細胞質
に放出する。しかし、細胞の表面との相互作用の前に、このリポソーム膜は、例
えば、分解性酵素からその内容物を隔離および保護する、比較的不浸透性の障壁
として作用する。さらに、リポソームは合成構造物であるので、所望の特徴を取
り込む、特別に設計されたリポソームが産生され得る。例えば、以下を参照のこ
と：

【００７１】

【化１１】リポソームは、種々の核酸分子（ＤＮＡ、ＲＮＡ、プラスミドを含む）、および
本発明において開示されるような転移性マーカーサブゲノムポリヌクレオチドを
含む発現構築物を被包し得る。

【００７２】本発明における使用のためのリポソーム調製物としては、カチオン性（正に荷
電された）、アニオン性（負に荷電された）および中性調製物が挙げられる。カ
チオン性リポソームは、プラスミドＤＮＡ（Ｆｅｌｇｎｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａ
ｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８４：７４１３−７４１６、１９８７）、ｍ
ＲＮＡ（Ｍａｌｏｎｅら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８
６：６９７７−６０８１、１９８９）、および生成転写因子（Ｄｅｂｓら、Ｊ．
Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６５：１０１８９−１０１９２、１９９０）の細胞内誘
導体をその機能的形態で媒介することが示されている。カチオン性リポソームは
、容易に入手可能である。例えば、Ｎ［１−２，３−ジオレイルオキシ）プロピ
ル］−Ｎ，Ｎ，Ｎ−トリメチルアンモニウム（ＤＯＴＭＡ）リポソームは、Ｌｉ
ｐｆｅｃｔｉｎの商標で、ＧＩＢＣＯＢＲＬ，ＧｒａｎｄＩｓｌａｎｄ，Ｎ
Ｙから入手可能である。Ｆｌｅｇｎｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓ
ｃｉ．ＵＳＡ９１：５１４８−５１５２．８７、１９９４もまた参照のこと。
他の市販のリポソームとしては、Ｔｒａｎｓｆｅｃｔａｃｅ（ＤＤＡＢ／ＤＯＰ
Ｅ）およびＤＯＴＡＰ／ＤＯＰＥ（Ｂｏｅｒｈｉｎｇｅｒ）が挙げられる。他の
カチオン性リポソームとしては、当該分野で周知の技術を使用して、容易に入手
可能な材料から調製され得る。ＤＯＴＡＰ（１，２−ビス（オレイルオキシ）−
３−（トリメチルアンモニオ）プロパン）リポソームの合成の記載については、
例えば、Ｓｚｏｋａら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ７５
：４１９４−４１９８、１９７８；およびＷＯ９０／１１０９２を参照のこと。

【００７３】同様に、アニオン性リポソームおよび中性リポソームは、例えば、Ａｖａｎｔ
ｉＰｏｌａｒＬｉｐｉｄｓ（Ｂｉｒｍｉｎｇｈａｍ，ＡＬ）から容易に入手
可能であるか、または容易に入手可能な材料を使用して、容易に調製され得る。
このような材料としては、以下が挙げられる：ホスファチジルコリン、コレステ
ロール、ホスファチジルエタノールアミン、ジオレイルホスファチジルクロリン
（ＤＯＣＰ）、ジオレイルホスファチジルグリセロール（ＤＯＰＧ）、ジオレイ
ルホスファチジルエタノールアミン（ＤＯＰＥ）、など。これらの材料はまた、
ＤＯＴＭＡおよびＤＯＴＡＰ開始物質と適切な比で混合され得る。これらの材料
を使用してリポソームを作製するための方法は、当該分野で周知である。

【００７４】リポソームは、多層小疱（ＭＬＶ）、小さな単層小疱（ＳＵＶ）、または大き
な単層小疱（ＬＵＶ）を含み得る。様々なリポソーム−核酸複合体は、当該分野
で公知の方法を使用して調製される。例えば、以下を参照のこと：

【００７５】

【化１２】さらに、リポタンパク質は、細胞への送達のために、転移マーカーサブゲノム
ポリヌクレオチドと共に含められ得る。このようなリポタンパク質の例としては
、カイロミクロン、ＨＤＬ、ＩＤＬ、ＬＤＬ、およびＶＬＤＬが挙げられる。こ
れらのタンパク質の変異体、フラグメント、または融合物もまた使用され得る。
天然に存在するリポタンパク質の改変体（例えば、アセチル化ＬＤＬ）もまた使
用され得る。これらのリポタンパク質は、リポタンパク質レセプターを発現する
細胞へのポリヌクレオチドの送達を標的化し得る。好ましくは、リポタンパク質
がポリヌクレオチドと共に含められる場合、いかなる他の標的化リガンドもこの
組成物中には含まれない。

【００７６】別の実施形態では、ＷＯ９０／１１０９２および米国特許第５，５８０，８５
９号に記載のように、裸の転移マーカーサブゲノムポリヌクレオチド分子を、遺
伝子送達ビヒクルとして使用する。このような遺伝子送達ビヒクルは、転移マー
カーＤＮＡまたはＲＮＡのいずれかであり得、特定の実施形態では、殺傷したア
デノウイルスに連結される。Ｃｕｒｉｅｌら、Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ．Ｔｈｅｒ３
：１４７−１５４、１９９２。他の適切なビヒクルとしては、以下が挙げられる
：ＤＮＡ−リガンド（Ｗｕら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６４：１６９８５−
１６９８７、１９８９）、脂質−ＤＮＡの組み合わせ（Ｆｅｌｇｎｅｒら、Ｐｒ
ｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８４：７４１３７４１７、１
９８９）、リポソーム（Ｗａｎｇら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ
．８４：７８５１−７８５５、１９８７）、およびマイクロプロジェクタイル（
Ｗｉｌｌｉａｍｓら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８８
：２７２６−２７３０、１９９１）。

【００７７】細胞内への裸の転移マーカーサブゲノムポリヌクレオチドの取り込みの効率は
、生分解性ラテックスビーズ上にポリヌクレオチドをコーティングすることによ
り増加され得る。このアプローチは、ラテックスビーズが、培養において細胞と
共にインキュベートされる場合に、細胞の核周囲領域内に効率的に輸送され、そ
して濃縮されるという観察を利用している。次いで、このビーズは、筋肉内に注
射される場合に細胞に輸送される。転移マーカーサブゲノムポリヌクレオチドを
コーティングしたラテックスビーズは、このラテックスビーズによりエンドサイ
トーシスが開始した後に、効率的に細胞内に輸送され、このようにして遺伝子移
入および発現効率を増加させる。この方法は、それらの疎水性を増加させるよう
にビーズを処理し、それによりエンドソームの破壊および細胞質内への転移マー
カーサブゲノムポリヌクレオチドの放出を容易にすることにより、さらに改善さ
れ得る。

【００７８】本発明は、生物学的サンプル中の転移マーカー遺伝子の発現を検出する方法を
提供する。転移マーカー遺伝子発現の検出は、例えば、転移を同定するため、ま
たは組織サンプル（好ましくは、腫瘍）における転移能力を決定するために有用
である。次いで、適切な処置レジメンを、身体内の他の器官において転移性癌を
発症する危険性がある患者について設計し得る。

【００７９】身体サンプルは、例えば、固形組織または液体サンプルであり得る。タンパク
質または核酸の発現産物が、身体サンプルにおいて検出され得る。１つの実施形
態では、身体サンプルを、転移マーカータンパク質の存在についてアッセイする
。転移マーカータンパク質は、配列番号１〜８５に示されるヌクレオチド配列ま
たはその相補体によりコードされる配列を含み、そして本発明のマーカータンパ
ク質特異的抗体を使用して検出され得る。この抗体は、例えば、放射性タグ、蛍
光タグ、ビオチン化タグ、または酵素的タグで標識され得、そして直接的に検出
され得るか、または標識化二次抗体を用いる間接的免疫化学方法を使用して検出
され得る。転移マーカータンパク質の存在を、例えば、組織切片において免疫細
胞学により、または溶解産物において、当該分野で公知のようなウェスタンブロ
ッティングを使用して、アッセイし得る。

【００８０】別の実施形態では、身体サンプルを、マーカータンパク質のｍＲＮＡの存在に
ついてアッセイする。サンプルは、選択されたポリペプチドに対応するｍＲＮＡ
とハイブリダイズし得る核酸ハイブリダイゼーションプローブと接触され得る。
なおさらに、このサンプルをノーザンブロッティング技術に供して、ｍＲＮＡを
検出し得、これはポリペプチドの発現を示す。ｍＲＮＡが検出されるこれらの技
術のために、サンプルを核酸増幅プロセスに供し得、これによりｍＲＮＡ分子ま
たはその選択された部分を、適切なヌクレオチドプライマーを使用して増幅する
。他のＲＮＡ検出技術もまた使用され得、これにはインサイチュハイブリダイゼ
ーションが挙げられるが、これに限定されない。

【００８１】マーカータンパク質特異的プローブを、配列番号１〜８５に開示されるｃＤＮ
Ａ配列を使用して生成し得る。プローブは、好ましくは、少なくとも１５〜５０
ヌクレオチド長であるが、これらは、少なくとも８、１０、１１、１２、２０、
２５、３０、３５、４０、４５、６０、７５、もしくは１００以上のヌクレオチ
ド長であり得る。プローブは、化学的に合成され得るか、またはより長いポリヌ
クレオチドから制限酵素を用いて生成され得る。プローブは、例えば、放射性タ
グ、ビオチン化タグ、または蛍光タグで標識され得る。

【００８２】必要に応じて、身体サンプル中の特定の転移マーカーの発現産物のレベルを、
定量し得る。定量は、例えば、身体サンプル中で検出される発現産物のレベルを
、検量線において存在する産物の量と比較することにより達成され得る。比較は
、可視的にかまたはデンシトメトリーのような技術を使用して、コンピューター
支援を伴ってかまたは伴わずに、なされ得る。コントロールとしての使用のため
に、身体サンプルを、他のヒト、試験される患者の他の非癌性器官、または試験
される患者由来の非転移性乳癌もしくは結腸癌から単離し得る。

【００８３】本発明の転移マーカー特異的試薬（例えば、抗体およびヌクレオチドプローブ
）をコードするポリヌクレオチドを、生物学的サンプルにおけるマーカー遺伝子
発現産物を検出するためのキットに供給し得る。このキットはまた、緩衝液また
は標識化成分、ならびに、生物学的サンプルにおいてマーカー発現産物を検出す
るために試薬を使用するための指示書を備え得る。

【００８４】配列番号２、４、９、１３、１４、１９、２６、２９、３９〜４１、４８、５
５、５７、６０、６３、６４、７２、７３、８２、または８３に示されるヌクレ
オチド配列を有する転移マーカー遺伝子の発現が検出される場合、この生物学的
産物は、肺に転移する可能性が高い癌細胞を含む。配列番号１、５、１１、１８
、２０、２２、２４、３０、３３、３５、３６、３８、４５、５２、５８、６５
、６６、７０、７４、７６、または８０に示されるヌクレオチド配列を有する転
移マーカー遺伝子の発現が検出される場合、この生物学的産物は、骨および／ま
たは肺に転移する可能性が高い癌細胞を含む。他方で、配列番号３、７、８、１
０、１２、１５〜１７、２１、２３、２５、２８、３１、３４、３７、４２〜４
４、４６、４７、４９〜５１、５３、５９、６１、６２、６７、６８、７５、７
７〜７９、８１、８４、または８５に示されるヌクレオチド配列を有する転移マ
ーカー遺伝子の発現が検出される場合、この生物学的産物は、転移しない可能性
が高い癌細胞を含む。配列番号５６に示されるヌクレオチド配列を含む転移マー
カー遺伝子の発現の検出はまた、この生物学的産物が、転移する可能性が高い癌
細胞を含むことを示す。この情報は、例えば、処置レジメンを設計するために使
用され得る。処置レジメンは、所望される場合、１つ以上の転移マーカー遺伝子
の発現を改変することを含み得る。転移マーカー遺伝子の発現は、以下に記載さ
れるように、治療目的のために改変され得るか、または治療剤を同定するために
使用され得る。

【００８５】本発明の１つの実施形態では、転移性癌において発現がアップレギュレートさ
れる転移マーカー遺伝子の発現を、リボザイム（触媒活性を有するＲＮＡ分子）
を使用して減少させる。例えば、Ｃｅｃｈ、１９８７、Ｓｃｉｅｎｃｅ２３６
：１５３２−１５３９；Ｃｅｃｈ、１９９０、Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ
．５９：５４３−５６８；Ｃｅｃｈ、１９９２、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕ
ｃｔ．Ｂｉｏｌ．２：６０５−６０９；ＣｏｕｔｕｒｅおよびＳｔｉｎｃｈｃｏ
ｍｂ、１９９６、ＴｒｅｎｄｓＧｅｎｅｔ．１２：５１０−５１５を参照のこ
と。リボザイムを使用して、当該分野において公知のように、ＲＮＡ配列を切断
することによって遺伝子機能を阻害し得る（例えば、Ｈａｓｅｌｏｆｆら、Ｕ．
Ｓ．５，６４１，６７３）。

【００８６】転移マーカー遺伝子のコード配列を使用して、転移マーカー遺伝子から転写さ
れるｍＲＮＡに特異的に切断するリボザイムを生成し得る。高度に配列特異的な
様式で、運搬中（ｉｎｔｒａｎｓ）の他のＲＮＡ分子を切断し得るリボザイム
を設計および構築する方法が開発されており、そして当該分野において記載され
ている（Ｈａｓｅｌｏｆｆ，Ｊ．ら（１９８８）、Ｎａｔｕｒｅ３３４：５８
５−５９１を参照のこと）。例えば、リボザイムの切断活性は、個々の「ハイブ
リダイゼーション」領域をリボザイム内に操作することにより、特定のＲＮＡに
標的化され得る。ハイブリダイゼーション領域は、標的ＲＮＡに対して相補的な
配列を含み、従って、標的と特異的にハイブリダイズする（例えば、Ｇｅｒｌａ
ｃｈ，Ｗ．Ｌ．ら、ＥＰ３２１，２０１を参照のこと）。より長い相補的配列
を使用して、標的に対するハイブリダイゼーション配列の親和性を増加させ得る
。リボザイムのハイブリダイズする領域および切断領域を、統合して関連付け得
る；このようにして、相補的領域を通して標的ＲＮＡにハイブリダイズする際に
、リボザイムの触媒領域は、この標的を切断し得る。

【００８７】リボザイムは、当該分野において公知のように、ＤＮＡ構築物の部分として、
細胞内に導入され得る。ＤＮＡ構築物はまた、細胞におけるリボザイムの転写を
制御するために、転写調節エレメント（例えば、プロモーターエレメント、エン
ハンサーまたはＵＡＳエレメント）および転写終結シグナルを含み得る。

【００８８】機械的方法（例えば、微量注入、リポソーム媒介性トランスフェクション、エ
レクトロポレーション、またはリン酸カルシウム沈降）を使用して、上記のよう
な、分裂を減少させることが所望される細胞内に、リボザイム含有ＤＮＡ構築物
を導入し得る。あるいは、ＤＮＡ構築物が細胞により安定的に保持されることが
所望される場合、当該分野において公知のように、ＤＮＡ構築物をプラスミドに
供給し得、そして別個のエレメントとして維持され得るか、または細胞のゲノム
中に組込み得る。

【００８９】Ｈａｓｅｌｏｆｆら、米国特許第５，６４１，６７３号に教示されるように、
リボザイムの発現が、転移マーカー遺伝子の発現を誘導する因子に応答して生じ
るように、リボザイムを操作し得る。リボザイムはまた、調節のさらなるレベル
を提供するように操作され得、その結果、ｍＲＮＡの破壊は、リボザイムおよび
転移マーカー遺伝子の両方が細胞内で発現される場合にのみ生じる。

【００９０】転移マーカー遺伝子の発現はまた、アンチセンスオリゴヌクレオチド配列を使
用して改変され得る。アンチセンス配列は、配列番号１〜８５に示されるヌクレ
オチド配列を有する転移マーカー遺伝子のコード配列の少なくとも一部分に対し
て、相補的である。配列番号１〜８５に示されるヌクレオチド配列の相補体は、
配列番号１〜８５に示される連続的ヌクレオチド配列とワトソン−クリック塩基
対を形成する、ヌクレオチドの連続的配列である。

【００９１】好ましくは、アンチセンスオリゴヌクレオチド配列は、少なくとも６ヌクレオ
チド長であるが、少なくとも約８、１２、１５、２０、２５、３０、３５、４０
、４５、または５０ヌクレオチド長であり得る。より長い配列もまた使用され得
る。アンチセンスオリゴヌクレオチド分子は、上記のように、ＤＮＡ構築物中に
提供され得、そして分裂が減少されるべき細胞内に導入され得る。

【００９２】アンチセンスオリゴヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレ
オチド、または両方の組み合わせを含み得る。オリゴヌクレオチドは、非ホスホ
ジエステルのヌクレオチド間連結（例えば、アルキルホスホネート、ホスホロチ
オエート、ホスホロジチオエート、アルキルホスホノチオエート、アルキルホス
ホネート、ホスホロアミデート（ｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄａｔｅ）、リン酸エ
ステル、カルバメート、アセトアミド、カルボキシメチルエステル、カルボネー
ト、およびリン酸トリエステル）で、１つのヌクレオチドの５’末端を、別のヌ
クレオチドの３’末端と共有結合することにより、手動または自動化合成装置に
よって合成され得る。Ｂｒｏｗｎ、１９９４、Ｍｅｔｈ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２
０：１−８；Ｓｏｎｖｅａｕｘ、１９９４、Ｍｅｔｈ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６
：１−７２；Ｕｈｌｍａｎｎら、１９９０、Ｃｈｅｍ．Ｒｅｖ．９０：５４３−
５８３を参照のこと。

【００９３】正確な相補性は、アンチセンス分子と転移マーカー遺伝子の相補的コード鎖と
の間の首尾良い二重鎖形成のために必要とされないが、１つを超えないミスマッ
チを有するアンチセンス分子が好ましい。当業者は、特定のアンチセンスオリゴ
ヌクレオチドと特定の選択された遺伝子のコード配列との間で許容されるミスマ
ッチの程度を決定するために、転移マーカー遺伝子のアンチセンス−センス対の
計算された融点を、容易に使用し得る。

【００９４】アンチセンスオリゴヌクレオチドは、転移マーカータンパク質コード配列にハ
イブリダイズするそれらの能力に影響することなく、改変され得る。これらの改
変は、アンチセンス分子の内部、またはその一端もしくは両端であり得る。例え
ば、ヌクレオシド間のリン酸結合を、アミノ基と末端リボースとの間に種々の数
の炭素残基を有するコレステリルまたはジアミン部分を添加することにより改変
し得る。改変された塩基および／または糖（例えば、リボースの代わりのアラビ
ノース、または３’，５’−置換オリゴヌクレオチド（ここでは、３’ヒドロキ
シル基または５’リン酸基が置換されている））もまた、改変されたアンチセン
スオリゴヌクレオチドにおいて使用され得る。これらの改変されたオリゴヌクレ
オチドは、当該分野において周知の方法により調製され得る。Ａｇｒａｗａｌら
、１９９２、ＴｒｅｎｄｓＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１０：１５２−１５８；Ｕ
ｈｌｍａｎｎら、１９９０、Ｃｈｅｍ．Ｒｅｖ．９０：５４３−５８４；Ｕｈｌ
ｍａｎｎら、１９８７、Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ．Ｌｅｔｔ．２１５：３５３９
−３５４２。

【００９５】転移マーカータンパク質に特異的に結合する本発明の抗体もまた、転移マーカ
ー遺伝子の発現を改変するために使用され得る。抗体とは、タンパク質について
の特異的結合を保持する、抗体またはその部分もしくは誘導体、例えば、単鎖抗
体を意味する。特異的抗体は、転移マーカータンパク質に結合し、そしてこのタ
ンパク質が細胞内で機能することを妨げる。本発明の特異的抗体をコードするポ
リヌクレオチドを、上記のように、細胞内に導入し得る。

【００９６】本発明のマーカータンパク質を使用して、治療的な抗転移性効果を有する薬物
をスクリーニングし得る。転移マーカータンパク質合成に対する試験化合物の効
果はまた、転移を調節する試験化合物を同定するために使用され得る。スクリー
ニングされ得る試験化合物としては、任意の物質（天然産物であろうと、または
合成であろうと）が挙げられ、これは被験体に投与され得る。化合物のライブラ
リーまたは混合物が、試験され得る。化合物または物質は、薬学的効果が以前に
公知または未知である化合物または物質であり得る。

【００９７】細胞を試験化合物と接触させる。細胞は、測定される転移マーカータンパク質
を通常合成する任意の細胞（例えば、結腸癌細胞）であり得る。例えば、表１お
よび２は、スクリーニングアッセイに使用され得る適切な細胞型を提供する。

【００９８】転移マーカータンパク質の合成を、当該分野において公知のタンパク質合成を
測定するための任意の手段（例えば、タンパク質への標識化アミノ酸の取り込み
、およびポリアクリルアミドゲルにおける標識化転移マーカータンパク質の検出
）により、測定され得る。転移マーカータンパク質の量を、例えば、ウェスタン
ブロットにおいて本発明の転移マーカータンパク質特異的抗体を使用して、検出
し得る。試験化合物の存在下または非存在下において合成される転移マーカータ
ンパク質の量を、当該分野において公知の任意の手段（例えば、合成された転移
マーカータンパク質の量と、検量線において存在する転移マーカータンパク質の
量との比較）により決定し得る。

【００９９】転移マーカータンパク質合成に対する試験化合物の効果はまた、当該分野にお
いて公知のように、本発明の転移マーカータンパク質特異的ヌクレオチドプロー
ブを使用して、試験化合物に応答する転移マーカータンパク質のｍＲＮＡの発現
の量を測定することによって、ノーザンブロット分析により測定され得る。

【０１００】代表的に、生物学的サンプルを、一定範囲の濃度の試験化合物（例えば、１．
０ｎＭ、５．０ｎＭ、１０ｎＭ、５０ｎＭ、１００ｎＭ、５００ｎＭ、１ｍＭ、
１０ｍＭ、５０ｍＭ、および１００ｍＭ）と接触させる。好ましくは、試験化合
物は、転移マーカータンパク質の発現を６０％、７５％、または８０％増加また
は減少させる。より好ましくは、８５％、９０％、９５％、または９８％の増加
または減少が達成される。

【０１０１】本発明は、転移マーカータンパク質の発現を増加または減少させるための組成
物を提供する。転移マーカー遺伝子の発現を増加させるための治療組成物は、転
移細胞においてダウンレギュレートされているマーカーのために望ましい。これ
らの組成物は、転移マーカータンパク質の遺伝子の発現産物のすべてまたは少な
くとも一部分をコードするポリヌクレオチドを含む。好ましくは、治療組成物は
、プロモーター、および転移能力を増加または減少させるために有効な転移マー
カータンパク質の少なくとも一部分をコードするポリヌクレオチドセグメントを
含む、発現構築物を含む。細胞の転移能力を減少させるために有効な転移マーカ
ー遺伝子またはタンパク質の部分は、例えば、当該分野において公知のように、
転移細胞株（例えば、ＭＤＡ−ＭＢ−２３１、ＭＤＡ−ＭＢ−４３５、Ｋｍ１２
Ｃ、またはＫｍ１２Ｌ４）に転移マーカー遺伝子またはポリペプチドの種々の部
分を導入すること、および細胞の分裂速度または細胞がインビボで移植された場
合に転移を形成する能力をアッセイすることにより、決定され得る。非転移細胞
株（例えば、ＭＣＦ−７）を使用して、転移マーカータンパク質の一部分が転移
マーカー遺伝子の発現を増加させる能力をアッセイし得る。

【０１０２】発現構築物において、ポリヌクレオチドセグメントをプロモーターから下流に
位置付け、そしてこのポリヌクレオチドセグメントの転写をこのプロモーターで
開始させる。遺伝子移入ベクター（特に、レトロウイルスベクター）のより完全
な説明は、米国特許出願番号０８／８６９，３０９（これを、本明細書中で参考
として援用する）に含まれる。

【０１０３】転移マーカー遺伝子の発現の減少は、このマーカー遺伝子が転移性癌において
アップレギュレートされている状況下で所望される。これらの障害を処置するた
めの治療組成物は、本明細書中で開示されるような、転移マーカータンパク質発
現産物に特異的に結合する試薬をコードするポリヌクレオチドを含む。

【０１０４】本発明の転移マーカー治療組成物は、薬学的に受容可能なキャリアを含み得る
。薬学的に受容可能なキャリアは、当業者に周知である。このようなキャリアと
しては、タンパク質、ポリサッカリド、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、ポリマー
性アミノ酸、アミノ酸コポリマー、および不活性ウイルス粒子のような、大きく
緩徐に代謝される高分子が挙げられるが、これらに限定されない。薬学的に受容
可能な塩（例えば、鉱物塩（例えば、ヒドロクロリド、ヒドロブロミド、ホスフ
ェート、またはスルフェート）、ならびに有機酸の塩（例えば、アセテート、プ
ロピオネート、マロネート、またはベンゾエート））もまた、この組成物中で使
用され得る。

【０１０５】治療組成物はまた、液体（例えば、水、生理食塩水、グリセロール、およびエ
タノール）ならびに物質（例えば、湿潤剤、乳化剤、またはｐＨ緩衝化剤）を含
み得る。リポソーム（例えば、Ｕ．Ｓ．５，４２２，１２０、ＷＯ９５／１３７
９６、ＷＯ９１／１４４４５、またはＥＰ５２４，９６８Ｂ１に記載される
リポソーム）もまた、治療組成物のためのキャリアとして使用され得る。

【０１０６】代表的に、治療的転移マーカー組成物を、溶液または懸濁液のいずれかとして
、注射可能物として調製する；しかし、注射前の液体ビヒクル中の溶液または懸
濁液に適切な固形もまた調製され得る。転移マーカー組成物はまた、Ｕ．Ｓ．４
，８５３，２３０、ＥＰ２２５，１８９、ＡＵ９，２２４，２９６、および
ＡＵ９，２３０，８０１に記載のような、当該分野において公知の方法に従っ
て、腸溶性錠剤またはゲルカプセル中に処方され得る。

【０１０７】本発明の転移マーカー治療剤の投与は、局所的（ｌｏｃａｌ）投与または全身
的投与（注射、経口投与、パーティクルガン、またはカテーテルでの投与を含む
）、および局所的（ｔｏｐｉｃａｌ）投与が挙げられ得る。種々の方法を使用し
て、身体内の特定の部位に直接的に、治療的転移マーカー組成物を投与し得る。

【０１０８】腫瘍（転移性病変を含む）の処置のために、例えば、治療的転移マーカー組成
物は、腫瘍の体内におけるいくつかの異なる位置に数回注射され得る。あるいは
、腫瘍に直接的に組成物を送達するために、腫瘍を供給する動脈を同定し得、そ
して治療組成物をこのような動脈内に注射し得る。

【０１０９】壊死中心を有する腫瘍を吸引し得、そしてここで空となった腫瘍の中心内に直
接的に組成物を注射し得る。治療的転移マーカー組成物は、例えば、この組成物
の局所的適用により、腫瘍の表面に直接的に投与され得る。Ｘ線画像化が、上記
送達方法の確証を援助するために使用され得る。転移マーカータンパク質もしく
はポリペプチド、または転移マーカーサブゲノムポリヌクレオチド、および他の
治療剤を含む併用療法剤を、同時にかまたは連続的に投与し得る。

【０１１０】レセプター媒介性標的化送達を使用して、転移マーカーサブゲノムポリヌクレ
オチド、タンパク質、または試薬（例えば、抗体、リボザイム、またはアンチセ
ンスオリゴヌクレオチド）を含む治療組成物を、特定の組織に送達し得る。レセ
プター媒介性送達技術は、例えば、以下に記載されている：Ｆｉｎｄｅｉｓら（
１９９３）、ＴｒｅｎｄｓｉｎＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１１、２０２−０５
；Ｃｈｉｏｕら（１９９４）、ＧＥＮＥＴＨＥＲＡＰＥＵＴＩＣＳ：ＭＥＴＨ
ＯＤＳＡＮＤＡＰＰＬＩＣＡＴＩＯＮＳＯＦＤＩＲＥＣＴＧＥＮＥ
ＴＲＡＮＳＦＥＲ（Ｊ．Ａ．Ｗｏｌｆｆ編）；ＷｕおよびＷｕ（１９８８）Ｊ．
Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６３：６２１−２４；Ｗｕら（１９９４）、Ｊ．Ｂｉｏ
ｌ．Ｃｈｅｍ．２６９、５４２−４６；Ｚｅｎｋｅら（１９９０）、Ｐｒｏｃ．
Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８７：３６５５−５９；Ｗｕら（１９
９１）、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６６、３３８−４２。

【０１１１】あるいは、転移マーカー治療組成物をエキソビボでヒト細胞内に導入し得、次
いで、この細胞をヒトの中に配置する。細胞を、種々の位置から（例えば、選択
した腫瘍から、または罹患した器官から、を含む）取り出し得る。さらに、治療
組成物を、罹患していない、例えば、皮膚の線維芽細胞または末梢血白血球内に
挿入し得る。所望される場合、細胞の特定の画分（例えば、幹細胞のＴ細胞サブ
セット）もまた、血液から特に取り出され得る（例えば、ＰＣＴＷＯ９１／１
６１１６を参照のこと）。次いで、取り出された細胞を、上記の技術のいずれか
を利用して転移マーカー治療組成物と接触させ得、次いで、この細胞をヒトに（
好ましくは、腫瘍もしくは腫瘍近傍、または処置されるべき他の部位に）戻す。
上記の方法はさらに、ヒトから腫瘍細胞を取り除くことに対して二次的に線維芽
細胞または他の非夾雑腫瘍細胞を枯渇させる工程、および／または細胞を不活性
化する工程（例えば、照射によって）を包含し得る。

【０１１２】転移マーカー組成物の用量および投与の手段の両方は、治療組成物の特定の量
、患者の状態、年齢、および体重、疾患の進行、ならびに他の関連因子に基づい
て決定され得る。好ましくは、本発明の治療組成物は、転移マーカー遺伝子の発
現を、５０％、６０％、７０％、または８０％増加または減少させる。最も好ま
しくは、転移マーカー遺伝子の発現は、９０％、９５％、９９％、または１００
％増加または減少される。転移マーカー遺伝子の発現を改変するために選択され
た機構の有効性を、当該分野において周知の方法（例えば、転移マーカー遺伝子
のｍＲＮＡに対するヌクレオチドプローブのハイブリダイゼーション、定量的Ｐ
ＣＲ、または本発明の特異的抗体を使用した転移マーカータンパク質の検出）を
使用して、評価し得る。

【０１１３】組成物が、転移マーカータンパク質、ポリペプチド、または抗体を含む場合、
組成物の有効投薬量は、患者の体重の約５μｇ／ｋｇ〜約５０μｇ／ｋｇ、患者
の体重の約５０μｇ／ｋｇ〜約５ｍｇ／ｋｇ、約１００μｇ／ｋｇ〜約５００μ
ｇ／ｋｇ、そして約２００μｇ／ｋｇ〜約２５０μｇ／ｋｇの範囲にある。

【０１１４】転移マーカーサブゲノムポリヌクレオチドを含む治療組成物は、局所的（ｌｏ
ｃａｌ）投与のためには、約１００ｎｇ〜約２００ｍｇのＤＮＡの範囲で投与さ
れ得る。約５００ｎｇ〜約５０ｍｇ、約１μｇ〜約２ｍｇ、約５μｇ〜約５００
μｇ、および約２０μｇ〜約１００μｇのＤＮＡの濃度範囲もまた、遺伝子治療
プロトコールの間に使用され得る。形質転換および発現の実施方法および効率の
ような要因は、転移マーカーサブゲノムポリヌクレオチドの究極的な効率のため
に必要とされる投薬量に影響する、考慮すべき点である。より高い発現がより広
い組織にわたって所望される場合、転移マーカーサブゲノムポリヌクレオチドの
より多い量、もしくは投与の連続的プロトコールにおいて再投与される同じ量、
または例えば、腫瘍部位の組織部分に隣接または近接した異なる部分への数回の
投与が、ポジティブな治療結果をもたらすために必要とされ得る。すべての場合
において、臨床試験における慣用的実験が、最適な治療効果のための特定の範囲
を決定する。

【０１１５】細胞における内在性の転移マーカー遺伝子の発現はまた、相同組換えによって
、転移マーカータンパク質標的化配列、調節配列、エキソン、および不対のスプ
ライスドナー部位を含むＤＮＡ構築物を、内在性の転移マーカー遺伝子とインフ
レームで導入することにより改変され得、その結果、このＤＮＡ構築物を含む相
同的な組換え細胞が形成される。新たな転写単位を使用して、所望されるように
、転移マーカー遺伝子をオンまたはオフにし得る。内在性遺伝子の発現に影響す
るこの方法は、米国特許第５，６４１，６７０号（これを、本明細書中で参考と
して援用する）に教示される。

【０１１６】標的化配列は、配列番号１〜８５に示されるヌクレオチド配列またはその相補
体から選択される、少なくとも１０、１２、１５、２０、または５０の連続した
ヌクレオチドのセグメントである。転写単位を、内在性の転移マーカータンパク
質の遺伝子のコード配列の上流に位置付ける。外因性の調節配列が、転移マーカ
ー遺伝子のコード配列の転写を指向させる。

【０１１７】転移性マーカーのサブゲノムポリヌクレオチドはまた、転移性マーカーサブゲ
ノムポリヌクレオチドの細胞への移入を増強するのに有用である化合物か、また
は細胞内での転移性マーカーサブゲノムポリヌクレオチドのその後の生物学的効
果を増強に有用である化合物について、試験化合物をスクリーニングする目的で
、被験体に送達され得る。このような生物学的効果としては、相補的転移性マー
カーｍＲＮＡへのハイブリダイゼーションおよびその転写の阻害、転移性マーカ
ーｍＲＮＡおよび／または転移性マーカータンパク質を形成するための転移性マ
ーカーサブゲノムポリヌクレオチドの発現、ならびに転移性マーカーサブゲノム
ポリヌクレオチドの複製および組み込みが挙げられる。被験体は、細胞培養物ま
たは動物、好ましくは哺乳動物、より好ましくはヒトである。

【０１１８】スクリーニングされ得る試験化合物としては、天然の産物または合成のいずれ
かである、被験体に投与され得る任意の物質が挙げられる。化合物のライブラリ
ーまたは混合物を試験し得る。この化合物または物質は、薬学的効果が以前に公
知であるか、または未知である、化合物または物質であり得る。この化合物また
は物質は、転移性マーカーサブゲノムポリヌクレオチドの前、後、またはそれと
同時に送達され得る。これらは、別々に投与され得るか、または転移性マーカー
サブゲノムポリヌクレオチドとの混合物で投与され得る。

【０１１９】送達された転移性マーカーサブゲノムポリヌクレオチドの組み込みは、当該分
野で公知の任意の手段によってモニターされ得る。例えば、この送達された転移
性マーカーサブゲノムポリヌクレオチドのサザンブロッティングを実行し得る。
送達されたポリヌクレオチドのフラグメントのサイズにおける変化は、組み込み
を示す。送達されたポリヌクレオチドの複製は、とりわけ、転移性マーカープロ
ーブへのハイブリダイゼーションと組み合わせた、標識ヌクレオチドの組み込み
を検出することによってモニターされ得る。転移性マーカーサブゲノムポリヌク
レオチドの発現は、この送達されたポリヌクレオチドにハイブリダイズする転移
性マーカーｍＲＮＡの生成の検出によって、または転移性マーカータンパク質を
検出することによってモニターされ得る。転移性マーカータンパク質は、免疫学
的に検出され得る。従って、本発明による転移性マーカーサブゲノムポリヌクレ
オチドの送達は、インビトロでの細胞、または動物（好ましくは、哺乳動物、よ
り好ましくは、ヒト）における、送達、組み込み、ハイブリダイゼーション、発
現、複製または組み込みを増強することによって転移性マーカーサブゲノムポリ
ヌクレオチドの細胞への移入を増強する化合物の能力について、試験化合物をス
クリーニングするための優れたシステムを提供する。

【０１２０】上記の開示は、一般的に本発明を記載する。より完全な理解は、以下の特定の
実施例を参照することによって得られ得、これらは、例示目的のみで本明細書中
に提供され、そして本発明の範囲を限定することを意図されない。

【０１２１】（実施例Ｉ）（差示的に発現された遺伝子）本実施例は、ヒト乳癌細胞株または結腸癌細胞株において、差示的に発現され
るポリヌクレオチドを実証する。

【０１２２】差示的に発現されるポリヌクレオチドを同定するために使用されるヒト細胞株
は、ヒト乳癌細胞株ＭＣＦ−７（非転移性）、ＭＤＡ−ＭＢ−２３１（骨および
／または肺への転移性）、およびＭＤＡ−ＭＢ−４３５（肺への転移性）（Ｂｒ
ｉｎｋｌｅｙおよびＣａｉｌｌｅａｕ，１９８０，ＣａｎｃｅｒＲｅｓ．４０
：３１１８）、ならびに結腸癌細胞株Ｋｍ１２Ｃ（低転移性）およびＫｍ１２Ｌ
４Ａ（高転移性）（Ｍｏｒｉｋａｗａら、１９８８、ＣａｎｃｅｒＲｅｓ．４
８：１９４２−１９４８）。

【０１２３】ＲＮＡを、各細胞株から調製し、そして逆転写してｃＤＮＡを形成した。この
ｃＤＮＡを、ランダムプライマーを使用して増幅させた。増幅産物を、配列決定
ゲル上で可視化し、そしてこれらの細胞株において差示的に発現されたｍＲＮＡ
に対応するｃＤＮＡを、同定した。

【０１２４】新規な転移性マーカーポリヌクレオチドの発現パターンおよび配列番号を、表
１に示す。

【０１２５】公知の遺伝子に対応する転移性マーカーポリヌクレオチドの発現パターンおよ
び配列番号を、表２に示し、そして対応するタンパク質を、以下に記載する。

【０１２６】（オステオポンチン）（配列番号６４）（ＯＰＮまたは分泌リンタンパク質１
に対するＳｐｐ１）は、Ｈｅｙｍａｎｎら、１９９８、Ｃｙｔｏｋｉｎｅ１０
：１５５−１６８に記載されるように、分泌細胞外マトリクスタンパク質であり
、しばしば、創傷治癒の間に発現され、破骨細胞の分化および活性化に関与する
。オステオポンチンは、骨および他の上皮細胞において見出され、そして前立腺
上皮細胞の休止亜集団の増殖を刺激することが見出された（Ｅｌｇａｖｉｓｈら
、１９９８、Ｐｒｏｓｔａｔｅ３５：８３−９４を参照のこと）。

【０１２７】オステオポンチンは、糖尿病性腎症の発症（Ｆｉｓｈｃｈｅｒら、１９９８、
Ｄｉａｂｅｔｅｓ４７：１５１２−１５１８）；骨折後の強固な骨治癒の間の
軟骨から骨への遷移のプロセス（Ｎａｋａｓｅら、１９９８、ＡｃｔａＨｉｓ
ｔｏｃｈｅｍ１００：２８７−２９５）；限局性発作（ｆｏｃａｌｓｔｒｏ
ｋｅ）後のインテグリンレセプターα（ｖ）β３との相互作用による創傷治癒（
Ｅｌｌｉｓｏｎら、１９９８、Ｓｔｒｏｋｅ２９：１６９８−１７０６）；骨
芽細胞の細胞接着および力学的刺激の間のインテグリンレセプターの結合および
シグナル伝達（Ｃａｒｖａｌｈｏら、１９９８、Ｊ．ＣｅｌｌＢｉｏｃｈｅｍ
７０：３７６−３９０）；腎臓形態形成（Ｄｅｎｄａら、１９９８、Ｍｏｌ．
Ｂｉｏｌ．Ｃｅｌｌ９：１４２５−１４３５）；および腎炎における間質性化
学誘引物質として関連する（ＲｏｖｉｎおよびＰｈａｎ，１９９８，Ａｍ．Ｊ．
ＫｉｄｎｅｙＤｉｓ．３１：１０６５−１０８４）。オステオポンチン遺伝子
を欠失するマウスは、野生型マウスとは異なる骨芽細胞における調節を示した（
Ｒｉｔｔｌｉｎｇら、１９９８、Ｊ．ＢｏｎｅＭｉｎｅｒＲｅｓ．１３：１
１０１−１１１１を参照のこと）。

【０１２８】オステオポンチンは、損傷部位内の単球およびマクロファージによって合成さ
れ、そしてＢａｙｌｅｓｓら、１９９８、Ｊ．ＣｅｌｌＳｃｉ．１１１：１１
６５−１１７４に記載されるように、α４β１インテグリンを介するリンパ球接
着を促進し得る。オステオポンチンは、レチノイン酸によって転写調節され（Ｍ
ａｎｊｉら、１９９８、Ｊ．ＣｅｌｌＰｈｙｓｉｏｌ．１７６：１−９を参照
のこと）；軽度な脳腫瘍と比較して重度な転移性脳腫瘍において優位に発現され
、そして神経膠腫細胞株において組織プラスミノゲン活性化因子（ｔＰＡ）によ
って誘導性である（Ｔｕｃｋｅｒら、１９９８、ＡｎｔｉｃａｎｃｅｒＲｅｓ
．１８：８０７−８１２を参照のこと）。オステオポンチンは、約７３％の主要
な胃癌組織において発現され、そしてヒトの胃癌およびリンパ性転移の進行に相
関付けられる（Ｕｅら、１９９８、Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ７９：１２７−
１３２を参照のこと）。

【０１２９】Ｎｉｐ（配列番号６５）は、Ｂｏｙｄら、１９９４、Ｃｅｌｌ７９：３４１
−３５１に記載される。アデノウイルスＥ１Ｂ１９ｋＤａタンパク質は、ウイ
ルス感染および外部刺激によって誘導される細胞死に対して防御し、そしてＢｃ
ｌ−２プロトオンコジーンと機能的に置換され得る。Ｅ１Ｂ１９ｋＤａ相互作
用タンパク質（Ｎｉｐ１、Ｎｉｐ２およびＮｉｐ３）は、Ｂｏｙｄら、前出に記
載されるように、１９ｋＤａタンパク質と相互作用するタンパク質を識別するた
めに行われた、酵母ツーハイブリッド研究において発見された。Ｎｉｐ１、Ｎｉ
ｐ２およびＮｉｐ３は、Ｅ１Ｂ１９ｋＤａの別々のドメインと相互作用し、そ
してまた、Ｂｃｌ−２とも同様に相互作用し、両方の場合において、細胞生存を
促進する。

【０１３０】Ｃａ依存性プロテアーゼ（配列番号６６）は、Ｃａ⁺²依存性プロテアーゼ（カ
ルパインとも呼ばれる）であり、その活性は、試験された全ての脊椎動物細胞中
に存在する。Ｃａ⁺²依存性プロテアーゼ活性は、種々の酵素活性の調節を変化さ
せる切断、細胞の細胞骨格の再構築または分解、およびホルモンレセプターの切
断に関連する（Ｇｏｌｌら、１９９２、Ｂｉｏａｓｓａｙｓ１４（８）：５４
９−５５６を参照のこと）。Ｃａ⁺²依存性プロテアーゼ活性は、Ｇｏｌｌらに記
載されるように、Ｃａ⁺²のカルパイン分子上の特異的部位への結合によって調節
され、各部位への結合は、特異的活性（タンパク質分解活性、カルパスタチン結
合など）と相関付けられる特異的応答を生じる。Ｃａ⁺²依存性プロテアーゼカル
パインの過剰な活性化は、脳虚血、白内障、心筋虚血、筋ジストロフィー、およ
び血小板凝集を含む障害の病理における役割を果たし得る。治療適用としては、
ＷａｎｇおよびＹｕｅｎ、１９９４、ＴｒｅｎｄｓＰｈａｒｍａｃｏｌ．Ｓｃ
ｉ．１５（１１）：４１２−４１９において記載されるように、選択的Ｃａ⁺²依
存性プロテアーゼ阻害が挙げられる。

【０１３１】ＩＧＦ−Ｒ（インスリン様増殖因子レセプター）（配列番号６７）は、ｒａｓ
−ｒａｆ−ＭＡＰＫ（分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ）カスケードに関
連する膜貫通チロシンキナーゼであり、そして細胞周期を進行するために細胞に
必要とされる（ＷｅｒｎｅｒおよびＲｏｉｔｈ，１９９７，Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．
Ｏｎｃｏｇ８（１）：７１−９２）。ＩＧＦ−Ｒは、有糸分裂、成長ホルモン
作用、細胞生存、ならびに悪性表現型への形質転換および悪性表現型の維持を媒
介する。ＩＧＦ−Ｒは、成長因子レセプターチロシンキナーゼスーパーファミリ
ーのメンバーであり、各モノマーが２つのサブユニットから構成される共有結合
的に架橋されたダイマーとして存在し、そして細胞外ドメインにおけるリガンド
によって結合される（ＭｃＩｎｎｅｓおよびＳｙｋｅｓ，１９９７，Ｂｉｏｐｏ
ｌｙｍｅｒｓ４３（５）：３３９−３６６）。

【０１３２】ＩＧＦ−Ｒのドメインは、Ｓｅｐｐ−Ｌｏｒｅｎｚｉｎｏ，１９９８，Ｂｒｅ
ａｓｔＣａｎｃｅｒＲｅｓＴｒｅａｔ４７（３）：２３５−２５３に記
載され、有糸分裂、形質転換、およびアポトーシスからの保護を担うドメインを
含む。ＩＧＦ−Ｒ発現は、Ｓｕｒｍａｃｚら、１９９８、ＢｒｅａｓｔＣａｎ
ｃｅｒＲｅｓＴｒｅａｔ４７（３）：２５５−２６７に記載されるように
、腫瘍の組織および細胞株から誘導された乳癌細胞において増加され、増加され
たＩＧＦ−Ｒは、増殖、細胞生存、および細胞間相互作用を促進することによっ
て、細胞塊を増加し得、そして／または腫瘍再発を補助し得る。ヒト膵臓癌は、
ＩＧＦ−Ｒおよびそのリガンドを過剰発現し（Ｋｏｒｃ，１９９８，Ｓｕｒｇ
ＯｎｃｏｌＣｌｉｎＮＡｍ７（１）：２５−４１）、そしてＩＧＦ−Ｉ
およびＩＧＦ−Ｒの発現は、甲状腺癌におけるリンパ球浸潤についての予後因子
（新生物細胞とその微小環境との間の相互作用を反映する）であることが決定さ
れる（Ｆｏｎｓｅｃａら、１９９７、ＶｅｒｈＤｔｓｃｈＧｅｓＰａｔｈ
ｏｌ８１：８２−９６）。

【０１３３】ＩＬＧＦ−ＢＰ５（配列番号６８）は、インスリン様増殖因子結合タンパク質
５であり、Ａｌｌａｎｄｅｒら、１９９４、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６９：
１０８９１−１０８９８に記載される。ＩＧＦ−ＢＰ５の遺伝子およびプロモー
ターは、Ａｌｌａｎｄｅｒら、１９９４、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６９：１
０８９１−１０８９８によって特徴付けられ、そしてＩＧＦ−ＢＰのいくつかの
一般的作用は、ＣｈａｎおよびＳｐｅｎｃｅｒ，１９９７，Ｅｎｄｏｃｒｉｎｅ
７：９５−９７に記載される。ＩＧＦ−ＢＰの癌細胞増殖に対する潜在的効果
は、Ｏｈ，１９９７，Ｅｎｄｏｃｒｉｎｅ７：１１１−１１３、およびＯｈ，
１９９８，ＢｒｅａｓｔＣａｎｃｅｒＲｅｓＴｒｅａｔ４７：２８３−
２９３に記載される。ＩＧＦ−ＢＰ５は、脳の発達の間に発現される：ＩＧＦ−
ＢＰ５およびＩＧＦ−１のｍＲＮＡは、ＢｏｎｄｙおよびＬｅｅ，１９９３，Ｊ
．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ１３（１２）：５０９２−５１０４に記載されるように、
感覚リレー系（嗅球、内側膝状体および背部外側膝状体、ならびに腹側核、蝸牛
神経核、絨帯核および前庭神経核を含む）の主要なニューロンにおいて同時に共
発現され、そして視床前核の主要なニューロンにおいて一過的に共発現される。
ＩＧＦ−ＢＰ５は、実質的に全ての卵胞における管腔または丘状顆粒膜細胞によ
って発現され、そして成熟卵巣の間質性間細胞において高度に豊富である（Ｚｈ
ｏｕおよびＢｏｎｄｙ、１９９３、Ｂｉｏｌ．Ｒｅｐｒｏｄ４８：４６７−４
８２を参照のこと）。ＩＧＦ−ＢＰ５誘導は、Ｒｏｕｓｓｅら、１９９８、Ｅｎ
ｄｏｃｒｉｎｏｌｏｇｙ１３９：１４８７−１４９３に記載されるように、骨
格筋芽細胞の分化の間に強力に刺激され、そしてＩＧＦ−Ｒ活性化と相関付けら
れる。ＩＧＦ−ＢＰ５およびＩＧＦ系の他の成分は、出生後の脳の発達において
重要である（Ｌｅｅら、１９９６、Ｊ．ＣｅｒｅｂＢｌｏｏｄＦｌｏｗＭ
ｅｔａｂ１６：２２７−２３６を参照のこと）。

【０１３４】ＩＧＦ−ＢＰ５は、Ｍｏｈａｎら、１９９５、Ｊ．ＢｉｏｌＣｈｅｍ２７
０：２０４２４−２０４３１に記載のように、ＩＧＦ−ＢＰ５特異的細胞表面結
合部位に関与するＩＧＦ非依存性機構によって骨細胞増殖を刺激する。結合組織
細胞型において、ＩＧＦ−ＢＰ５は、細胞外マトリクスに対する低下した結合親
和性を有し、これは、ＩＧＦ−Ｉがレセプターとより良好に平衡化するのを可能
にし、次いで、このレセプターが、線維芽細胞および平滑筋細胞に対するＩＧＦ
−Ｉ作用を増強する（Ｃｌｅｍｍｏｎｓ，ＭｏｌＣｅｌｌＥｎｄｏｃｒｉｎ
ｏｌｏｇｙ１４０：１９−２４）。

【０１３５】乳酸デヒドロゲナーゼ（配列番号６９）は、２つのサブユニット、ＬＤＨ−Ａ
およびＬＤＨ−Ｂの組み合わせから構成される５つのアイソフォームを有する、
ＬＤＨグループの四量体酵素のメンバーである。Ｓｈｉｍら、１９９７、Ｐｒｏ
ｃ．Ｎａｔ’ｌＡｃａｄ．Ｓｃｉ．９４：６６５８−６６６３は、ＬＤＨ−Ａ
と新生物との間の関係を記載した。特に、ＬＤＨ−Ａの過剰発現は、新生物増殖
の利点を付与する、変化された代謝に寄与し得る。本発明のＬＤＨの発現パター
ンは、ＬＤＨ発現が、非転移性乳癌細胞株よりも２つの転移性乳癌細胞株におい
てより高度であるという点で一致する（表２）。腫瘍の組織または細胞における
、高いか、または増加中の乳酸デヒドロゲナーゼ（ＬＤＨ）レベルは、Ｒａｙら
、１９９８、ＣａｎｃｅｒＤｅｔｅｃｔＰｒｅｖ２２：２９３−３０４に
記載されるように、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）における低い生存率に関連し、これ
は、Ｓｔｏｋｋｅｌら、１９９８、Ｊ．ＣａｎｃｅｒＲｅｓＣｌｉｎＯｎ
ｃｏｌ１２４：２１５−２１９に記載のように、このＬＤＨレベルをＳＣＬＣ
についての有用な予後標識にする。

【０１３６】ＵｆｏＴＫＲ（配列番号７０）は、Ｓｃｈｕｌｚら、１９９３、Ｏｎｃｏｇ
ｅｎｅ８：５０９−５１３に記載される。このタンパク質は、腫瘍におけるマ
ーカーとして報告されているが、乳癌においては以前に報告されていない。本発
明に従って、発現は、ＭＤＡ−ＭＢ−２３１乳癌細胞株において見出されたが、
ＭＳＦ−７またはＭＤＡ−ＭＢ−４３５細胞株においては見出されなかった。こ
の遺伝子およびタンパク質は、転移の潜在性の異なる型の乳癌組織を識別するた
めの新規マーカーを提供する。

【０１３７】主要なヒト骨髄性白血病細胞から最初に単離された、ｕｆｏオンコジーン（Ａ
ｘｌまたはＡｒｋとも呼ばれる）は、レセプターチロシンキナーゼ（ＲＴＫ）で
ある。そのゲノム構造は、Ｓｃｈｕｌｚら、前出に記載され、そしてその差示的
発現は、Ｃｈａｌｌｉｅｒら、１９９６、Ｌｅｕｋｅｉｍｉａ１０：７８２−
７８７に記載される。ｕｆｏタンパク質は、細胞外部分に２つのフィブロネクチ
ンＩＩＩ型ドメインおよび２つの免疫グロブリン様ドメインを有するＲＴＫの１
クラスのメンバーであり、そして単球、間質細胞、およびいくつかのＣＤ３４陽
性前駆細胞において優先的に発現される（Ｎｅｕｂａｕｅｒら、１９９７、Ｌｅ
ｕｋＬｙｍｐｈｏｍａ２５：９１−９６）。Ｕｆｏは、神経細胞接着分子に
類似する細胞外構造を有し、そしてＰＬＣγ、ＧＲＢ２、ｃ−ｓｒｃおよびｌｃ
ｋについての直接的または間接的な結合部位を有する（Ｂｒａｕｎｇｅｒら、１
９９７、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ１４：２６１９−２６３１）。

【０１３８】ｅｉＦ−２（配列番号７１）は、翻訳開始因子であり、そして４０Ｓリボゾー
ムサブユニットへのメチオニル−ｔＲＮＡの補充に関与するヘテロ三量体ＧＴＰ
結合タンパク質として機能する（Ｇａｓｐｅｒら、１９９４，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃ
ｈｅｍ．２６９：３４１５−３４２２）。本発明に従って、より高い発現は、２
つの転移性乳癌細胞株において見出され、そして細胞株ＭＣＦ−７において見出
されない。

【０１３９】ｅＩＦ−２は、翻訳機構へ、イニシエータｔＲＮＡを導入すること、およびペ
プチド鎖伸張サイクルにおける最初の工程を行うことに関与する。ｅＩＦ−２は
、ｅＩＦ−２Ｂと呼ばれるＧＴＰ再循環機能を有する５つのサブユニット分子と
関連する（ＫｙｒｐｉｄｅｓおよびＷｏｅｓｅ、１９９８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’
ｌＡｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９５：３７２６−３７３０、およびＫｉｍｂａ
ｌｌら、１９９８，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７３：１２８４１−１２８４５
）。

【０１４０】ｅＩＦ−２は、サブユニットαおよびサブユニットβを有する。ｅＩＦ−２α
は、Ｋｉｍｂａｌｌら、１９９８，ＰｒｏｔｅｉｎＥｘｐｒ．Ｐｕｒｉｆ．１
２：４１５−４１９、Ｋｉｍｂａｌｌら、１９９８，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．
２７３：３０３９−３０４４、およびＰａｖｉｔｔ、１９９８，ＧｅｎｅｓＤ
ｅｖ．１２：５１４−５２６に記載されるように、Ｓｅｒ５１でリン酸化され、
次いでｅＩＦ−２とｅＩＦ−２Ｂとの相互作用を調節する。翻訳開始を調節する
ことにより、真核生物細胞における細胞増殖および細胞分裂の制御が達成される
ことが報告されている：例えば、クロトリマゾール（インビトロおよびインビボ
での強力な抗増殖剤）は、ＰＫＲを活性化して、ｅＩＦ−２αのリン酸化、なら
びにＧ１期におけるタンパク質合成の最終的な阻害および細胞周期の妨害を生じ
る、細胞内Ｃａ⁺²貯蔵物を枯渇させる（Ａｋｔａｓら、１９９８，Ｐｒｏｃ．Ｎ
ａｔ’ｌＡｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９５：８２８０−８２８５）。さらに、
Ｋｉｍら、１９９８，Ｍｏｌ．Ｍｅｄ．４：１７９−１９０は、一酸化窒素（Ｎ
Ｏ）が、ｅＩＦ−２αのリン酸化を刺激することにより、ヒト卵巣腫瘍細胞を含
む細胞型におけるタンパク質合成を抑制することを示す。

【０１４１】グルタミニルシクラーゼ（配列番号７２）は、Ｓｏｎｇら、１９９４，Ｊ．Ｍ
ｏｌ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．１３：７７−８６に記載され、そして低転移性株
であるＭＤＡ−ＭＢ−２３１および非転移性株であるＭＣＦ−７と比較して、最
も高転移性の細胞株であるＭＤＡ−ＭＢ−４３５において最も高く発現される。
グルタミニルシクラーゼ（グルタミンシクロトランスフェラーゼとも呼ばれる）
は、Ｂｕｓｂｙら、１９８７，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６２：８５３２−８
５３６、ＦｉｓｃｈｅｒおよびＳｐｉｅｓｓ，１９８７，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ
Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８４：３６２８−３６３２、およびＰｏｈｌら、
１９９１，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌＡｃａｄ．Ｓｃｉ．８８：１００５９−１０
０６３に記載されるように、グルタミニルペプチド（例えば、生殖腺刺激ホルモ
ン放出ホルモンおよび甲状腺刺激ホルモン放出ホルモン）をピログルタミルペプ
チドへと転換する。ヒト下垂体ｃＤＮＡライブラリー由来のグルタミニルシクラ
ーゼのクローニングおよび配列分析は、Ｓｏｎｇら、１９９４，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅ
ｎｄｃｒｉｎｏｌ．１３：７７−８６に記載される。グルタミニルシクラーゼの
触媒経路およびその基質特異性における研究は、Ｇｏｌｏｂｏｖら、１９９６，
Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．ＨｏｐｐｅＳｅｙｌｅｒ３７７：３９５−３９８に記
載される。グルタミニルシクラーゼ活性の存在についてのアッセイは、Ｋｏｇｅ
ｒら、１９８９，ＭｅｔｈｏｄＥｎｚｙｍｏｌ．１６８：３５８−３６５およ
びＨｏｕｓｅｋｎｅｃｈｔら、１９９８，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ２４：
３４６に記載される。

【０１４２】ｇｐ１３０（配列番号７３）は、膜貫通タンパク質である糖タンパク質１３０
である。ｇｐ１３０は、インターロイキン−６（ＩＬ−６）−型サイトカイン（
ＩＬ−６、ＩＬ−１１、白血病インヒビター因子（ＬＩＦ）、オンコスタチンＭ
（ＯＳＭ）、網様体神経栄養素因子（ｎｅｕｒｏｔｒｏｐｈｉｃｆａｃｔｏｒ
）およびカルジオトロピン（ｃａｒｄｉｏｔｒｏｐｈｉｎ）−１を含む）に対す
るレセプター複合体のシグナル伝達共有成分である（Ｈｉｒａｎｏら、１９９７
，ＣｙｔｏｋｉｎｅＧｒｏｗｔｈＦａｃｔｏｒＲｅｖ．８：２４１−２５
２）。ｇｐ１３０のＮ末端は、タンパク質の細胞外免疫グロブリン様部分である
（Ｈａｍｍａｃｈｅｒら、１９９８，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７３：２２７
０１−２２７０７）。ｇｐ１３０を含むシグナル伝達は、ｇｐ１３０／Ｊａｋ／
ＳＴＡＴ経路１を通じて起こる（Ｈｅｉｎｒｉｃｈ１９９８，Ｂｉｏｃｈｅｍ
．Ｊ．３３４：２９７−３１４）。ｇｐ１３０（ｇｐ１３０サイトカインとも呼
ばれる）を含む経路を通じて作用するサイトカインは、免疫効果、造血効果、お
よび神経効果を含む多面発現性（ｐｌｅｉｔｒｏｐｉｃ）生物学的活性を示す（
ＮａｋａｓｈｉｍａおよびＴａｇａ，１９９８，ＳｅｍｉｎＨｅｍａｔｏｌ．
３５：２１０−２２１，Ｔｈｏｍｐｓｏｎら、１９９８，Ｎｅｕｒｏｓｃｉｅｎ
ｃｅ８４：１２４７−１２５５，Ｈｉｒａｎｏ，１９９８，Ｉｎｔ．Ｒｅｖ．
Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６：２４９−２８４，Ｍａｒｚら、１９９７，Ｅｕｒ．Ｊ．
Ｎｅｕｒｏｓｃｉ，９：２７６５−２７７３，およびＢｅｔｚおよびＭｕｌｌｅ
ｒ，１９９８，ＩｎｔＩｍｍｕｎｏｌ１０：１１７５−１１８４）。

【０１４３】ｇｐ１３０サイトカインは、骨髄腫細胞株および原発性骨髄腫細胞の生存およ
び増殖を制御することが報告されている（Ｋｌｅｉｎ，１９９８，Ｃｕｒｒ．Ｏ
ｐｉｎ．Ｈｅｍａｔｏｌ．５：１８６−１９１）。ｇｐ１３０は、大多数の腎細
胞癌腫において発現され、そしていくつかの腎細胞癌腫細胞株の増殖において重
要な役割を有する（Ｃｏｓｔｅｓら、１９９７，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｐａｔｈｏｌ．
５０：８３５−８４０）。

【０１４４】Ｅ−カドヘリン（配列番号７５）は、カルシウム依存細胞間接着を担う糖タン
パク質のファミリーのメンバーであり、そして細胞骨格の完全性を維持すること
に関係する。癌細胞における上皮性カドヘリン（Ｅ−カドヘリン）媒介細胞接着
系は、特定の腫瘍型の病理学的特徴に対応する複数の機構によって、不活化され
る（Ｈｉｒｏｈａｓｈｉ，１９９８．ＡｍＪＰａｔｈｏｌ１５３：３３３
−３３９）。一般に、カドヘリン系は、Ｃａ⁺²−依存性同種親和性細胞間接着を
媒介する。Ｅ−カドヘリン発現の転写不活化は、腫瘍進行において頻繁に生じ、
従ってＥ−カドヘリンの不活化またはダウンレギュレーションは、多段階発癌に
おいて有意な役割を果たす（Ｈｉｒｏｈａｓｈｉ，１９９８，ＡｍＪＰａｔ
ｈｏｌ１５３：３３３−３３９）。

【０１４５】Ｅ−カドヘリンは、ＭａｃＧｒｏｕｇａｎおよびＢｏｏｋｓｔｅｉｎ，１９９
７，ＳｅｍｉｎＣａｎｃｅｒＢｉｏｌ８：１１−１９に記載されるように
、転移表現型の腫瘍サプレッサーとして特徴付けられ、そしてカドヘリンは、ｖ
ａｎｄｅｒＬｉｎｄｅｎ，１９９６，ＥａｒｌｙＰｒｅｇｎａｎｃｙ２
：５−１４、およびＹａｐ，１９９８，ＣａｎｃｅｒＩｎｖｅｓｔ．１６：２
５２−２６１に記載されるように、非侵襲性癌腫を含む、組織形態学の重要な決
定因子である。

【０１４６】カドヘリンの作用の機構は、ＤａｎｉｅｌおよびＲｅｙｎｏｌｄｓ、１９９７
，Ｂｉｏｅｓｓａｙｓ１９：８８３−８９１において議論される。Ｅ−カドヘ
リンを含む、細胞接着分子の構造および機能は、Ｊｏｓｅｐｈ−Ｓｉｌｖｅｒｓ
ｔｅｉｎおよびＳｉｌｖｅｒｓｔｅｉｎ，１９９８，ＣａｎｃｅｒＩｎｖｅｓ
ｔ．１６：１７６−１８２、Ｙａｐら、１９９７，Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｃｅｌｌ
Ｄｅｖ．Ｂｉｏｌ．１３：１１９−１４６、およびＵｅｍｕｒａ、１９９８，
Ｃｅｌｌ９３：１０９５−１０９８に記載される。Ｅ−カドヘリンを含む、細
胞接着分子は、ＢｕｃｋｌｅｙおよびＳｉｍｍｏｎｓ，１９９７，Ｍｏｌ．Ｍｅ
ｄ．Ｔｏｄａｙ３：４４９−４５６，ＭｏｌｌおよびＭｏｌｌ，１９９８，Ｖ
ｉｒｃｈｏｗｓＡｒｃｈ４３２：４８７−５０４に記載されるように、急性
または慢性の炎症疾患を処置するための、抗癌剤および治療薬に対する潜在的標
的である。

【０１４７】本発明に従って、Ｅ−カドヘリンは、非転移性乳癌細胞株であるＭＣＦ−７に
おいて発現され、そしてＭＤＡ−ＭＢ−２３１およびＭＤＡ−ＭＢ−４３５にお
いて発現されない。発現産物は、乳癌組織サンプルの転移能力を示す診断マーカ
ーである。

【０１４８】セリンプロテアーゼインヒビターであるセルピン（Ｓｅｒｐｉｎ）（配列番号
７６）は、キモトリプシン様セリンプロテアーゼを阻害し（Ｗｈｉｓｓｔｏｃｋ
ら、１９９８，ＴｒｅｎｄｓＢｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．２３：６３−６７）、
かつそれらの反応中心ループの立体配座を変化させることによって、それらの活
性を調節する固有の能力を有する、プロテアーゼインヒビターのファミリーであ
る；セルピン改変体の研究は、折り畳みを制御するセルピンの機能的ドメインに
ついての定義を提供し、そしてセルピン変異体を疾患に結び付ける（Ｓｔｅｉｎ
およびＣａｒｒｅｌｌ，１９９５，Ｎａｔ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．２：９６
−１１３を参照のこと）。タンパク質のセリンプロテアーゼ切断は、広範な種々
の生物学的プロセスに必須であり、そしてこの切断は、Ｗｒｉｇｈｔ、１９９６
，Ｂｉｏｅｓｓａｙ１８：４５３−４６４に記載されるように、切断インヒビ
ターによって主に調節される。セルピンファミリーのメンバーとしては、α１−
抗トリプシン（ＡＡＴ）（Ｃａｒｅｌｌら、１９９６，Ｃｈｅｓｔ１１０：２
４３Ｓ−２４７Ｓ）、α２−抗プラスミン（ＰＡＩ−１およびＰＡＩ−２）（Ａ
ｎｄｒｅａｓｅｎら、１９９７，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ７２：１−２２）
、トロンビン、ウロキナーゼプラスミノーゲン活性化因子、およびカリクレイン
（ＴｕｒｇｅｏｎおよびＨｏｕｅｎｏｕ，１９９７，ＢｒａｉｎＲｅｓＢｒ
ａｉｎＲｅｓＲｅｖ２５：８５−９５）が挙げられる。いくつかのセルピ
ンはまた、神経の分化および生存活性（Ｂｅｃｅｒｒａ、１９９７，Ａｄｖ．Ｅ
ｘｐ．Ｍｅｄ．Ｂｉｏｌ．４２５：３３２−２３７）、ならびに腫瘍抑制（Ｓａ
ｇｅｒら、１９９７，Ａｄｖ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．Ｂｉｏｌ．４２５：７７−８８
）を含む他の活性を有する。ＰＡＩ−１およびＰＡＩ−２は、Ａｎｄｒｅａｓｅ
ｎら、１９９７，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ７２：１−２２に記載されるよう
に、癌の転移と関係がある。

【０１４９】ｐＳ２（配列番号７７）は、Ｔａｋａｈａｓｈｉら、１９９０，ＦＥＢＳＬ
ｅｔｔｅｒｓ２６１：２８３−２８６に記載されるように、ＭＣＦ７ヒト乳癌
細胞から単離された。ｐＳ２は、エストロゲンを調節する。Ｓｐｅｉｓｅｒら、
１９９７，ＡｎｔｉｃａｎｃｅｒＲｅｓｅａｒｃｈ１７：６７９−６８４は
、ｐＳ２状態が、高分化型から低分化型の卵巣癌へと減退したことを報告した。
ｐＳ２発現はまた、乳癌患者の良好な予後と関連する。本発明に従って、ｐＳ２
は、ＭＣＦ−７細胞において発現されるが、２つの転移性乳癌細胞株において発
現されない。

【０１５０】ｐＳ２（プレセニリン−２、またはトリホイル（ｔｒｅｆｏｉｌ）因子１（Ｔ
ＦＦ１））は、胃腸管の粘膜において通常発現されるトリホイルポリペプチドで
あり、そして胃腸管炎症障害および種々の癌腫において異所的に見出される（Ｍ
ａｙおよびＷｅｓｔｌｅｙ，１９９７，Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ．１８３：４−７）。
ｐＳ２は、乳癌において発現される（Ｐｏｕｌｓｏｍら、１９９７，Ｊ．Ｐａｔ
ｈｏｌ．１８３：３０−３８）。ｐＳ２は、ムチン重合、細胞運動性（Ｍｏｄｌ
ｉｎおよびＰｏｕｌｓｏｍ，１９９７，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒ
ｏｌ２５（１）：Ｓ９４−Ｓ１００）、細胞の増殖および／または分化、なら
びにおそらく神経系（Ｒｉｂｉｅｒａｓら、１９９８，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏ
ｐｙｓ．Ａｃｔａ．１３７８：Ｆ６１−Ｆ７７を参照のこと）に関与する多面発
現性因子である。

【０１５１】ＬＩＶ−１（配列番号７８）は、ＭＣＦ−７細胞株において報告さている、エ
ストロゲン調節タンパク質である（Ｇｒｅｅｎら、ＧｅｎｅＢａｎｋ登録番号Ｕ
４１０６０）。本発明に従って、ＬＩＶ−１は、ＭＣＦ−７細胞において発現さ
れるが、２つの転移性乳癌細胞株においては発現されない。

【０１５２】ロイシン−イソロイシン−バリン−１（ＬＩＶ−１）およびＬＩＶファミリー
（ＬＩＶ−２、３、および４）の他のメンバーは、Ｙａｍａｍｏｔｏら、１９７
９，Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１３８：２４−３２、およびＹａｍａｍｏｔｏお
よびＡｎｒａｋｕ、１９８０，Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１４４：３６−４４に
記載されるように、Ｅ．ｃｏｌｉにおける分枝鎖アミノ酸のための輸送システム
を提示する、結合タンパク質である。ＬＩＶ−１に対するヒトホモログは、エス
トロゲンおよびＭＣＦ−７ヒト乳癌細胞株において誘導性の増殖因子の両方であ
る（Ｅｌ−ＴａｎａｎｉおよびＧｒｅｅｎ、１９９７，Ｊ．Ｓｔｅｒｏｉｄ．Ｂ
ｉｏｃｈｅｍ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ６０：２６９−２７６；Ｅｌ−Ｔａｎａｎｉ
およびＧｒｅｅｎ、１９９６，ＭｏｌＣｅｌｌＥｎｄｏｃｒｉｎｏｌ１２
４：７１−７７；およびＥｌ−ＴａｎａｎｉおよびＧｒｅｅｎ、１９９６，Ｍｏ
ｌＣｅｌｌＥｎｄｃｒｉｎｏｌ１２１：２９−３５）。

【０１５３】ＧＴＰ−結合タンパク質（配列番号７９）は、グアニンヌクレオチド結合調節
タンパク質であるＧタンパク質のファミリーのメンバーである。このタンパク質
は、ＭＣＦ−７細胞において発現されるが、２つの転移性乳癌細胞株において発
現されない。

【０１５４】Ｇタンパク質は、ＤｈａｎａｓｅｋａｒａｎおよびＰｒａｓａｄ，１９９８，
Ｂｉｏｌ．ＳｉｇｎａｌｓＲｅｃｅｐｔ７：１０９−１１７に記載されるよ
うに、レセプターの蛇行状（ｓｅｒｐｅｎｔｉｎｅ）ファミリーについてのシグ
ナル伝達機構を提供する。研究は、ＧＴＰ結合タンパク質のαおよびβのγサブ
ユニットが、いくつかの細胞性応答の調節に関与し、これらの応答いくつかは、
細胞の増殖および分化の調節に重要であることを示す（Ｄｈａｎａｓｅｋａｒａ
ｎおよびＰｒａｓａｄ，１９９８，Ｂｉｏｌ．ＳｉｇｎａｌｓＲｅｃｅｐｔ
７：１０９−１１７）。Ｇタンパク質結合レセプターは、Ｒｕｓｓｅｌｌおよび
Ｈｏｅｆｌｌｅｒ、１９９６，Ｊ．Ｉｎｖｅｓｔ．ＤｅｒｍａｔｏｌＳｙｍｐ
Ｐｒｏｃ１：１１９−１２２に記載されるように、分裂促進因子活性化タン
パク質キナーゼ経路を調節し、従って細胞増殖を制御することにおいて役割を果
たす。ＧＴＰ結合タンパク質はまた、Ｋｔｉｓｔａｋｉｓ、１９９８，Ｂｉｏｅ
ｓｓａｙｓ２０：４９５−５０４に記載されるように細胞内輸送の調節に関与
する。

【０１５５】ケモカインは、ＭａｇｈａｚａｃｈｉおよびＡｌ−Ａｕｋａｔｙ、１９９８，
ＦＡＳＥＢＪ．１２：９１３−９２４に記載されるように、ＧＴＰ結合タンパ
ク質の活性化メンバーによって天然のキラー細胞における様々な細胞内シグナル
伝達経路を誘導する。ヘテロ三量体ＧＴＰ結合タンパク質は、Ｖｏｙｏｎｏ−Ｙ
ａｓｅｎｅｔｓｋａｙａ、１９９８，ＢｉｏｌＳｉｇｎａｌｓＲｅｃｅｐｔ
７：１１８−１２４に記載されるように、別のシグナル伝達経路を調節し、次
いで、これらのいくつかは、Ｎａ＋／Ｈ＋交換タンパク質の活性を調節する。

【０１５６】デスモプラキン（配列番号８４）は、細胞質中間フィラメントに対する細胞表
面付着部位として役立つ、タンパク質のファミリーのメンバーである。

【０１５７】ビメンチン（配列番号８０）は、中間フィラメント遺伝子ファミリーのメンバ
ーである（Ｅｖａｎｓ、１９９８，Ｂｉｏｅｓｓａｙｓ２０：７９−８６）。
中間フィラメントは、高等真核生物の細胞骨格の主要成分である。ビメンチン遺
伝子ノックアウトマウスは、小脳プルキンエ細胞の変性を示す（Ｇａｌｏｕら、
１９９７，ＢｉｏｌＣｅｌｌ８９：８５−９７）。ビメンチンは、肉腫およ
び関連する病変の免疫組織学的反応（Ｇａｕｄｉｎら、１９９８，ＡｍＪＳ
ｕｒｇＰａｔｈｏｌ２２：１４８−１６２）、および線維形成小円形細胞腫
瘍およびそれらの改変体の免疫組織学的反応（Ｇｅｒａｌｄら、１９９８，Ｊ．
Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．１６：３０２８−３０３６）において陽性である。ビメ
ンチンはまた、Ｐｅｒｅｚ−ＯｒｄｏｎｅｚおよびＲｏｓａｉ、１９９８，Ｓｅ
ｍｉｎ．Ｄｉａｇｎ．Ｐａｔｈｏｌ．１５：１４４−１５４に記載されるような
小脳樹状細胞の分化を示す新生物において、およびＧｕａｒｉｎｏら、１９９８
，Ｔｕｍｏｒｉ８４：３９１−３９７に記載されるような、二相性（癌性−肉
腫性）の悪性混合型ミュラー腫瘍において発現される。

【０１５８】シトクロームＣオキシダーゼ（ＣｃＯ）（配列番号８１）は、ミトコンドリア
および好気細菌の呼吸鎖の末端酵素である：これは、シトクロームＣから分子酸
素への電子移動を触媒して、酸素を水に還元する（Ｍｉｃｈｅｌら、１９９８，
ＡｎｎｕＲｅｖＢｉｏｐｈｙｓＢｉｏｍｏｌＳｔｒｕｃｔ２７：３２
９−３５６）。シトクロムＣオキシダーゼは、ＭｕｓｓｅｒおよびＣｈａｎ、１
９８８，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅｖｏｌ．４６：５０８−５２０に記載されるような、低
スピンヘム、ならびにヘム−銅二酸素活性化中心および還元中心を連結する６つ
の位置的に保存されたヒスチジンを含む相同サブユニットに関係する、キノール
およびシトクロムＣオキシダーゼ複合体のスーパーファミリーのメンバーである
。シトクロームＣおよびユビキノールオキシダーゼは、膜を横切るプロトン電流
に電流を共役させる、膜結合酸化還元駆動プロトンポンプである（Ｋａｒｐｅｆ
ｏｒｓら、１９９８，ＢｉｏｃｈｅｍＢｉｏｐｈｙｓＡｃｔａ１３６５：
１５９−１６９を参照のこと）。シトクロムＣオキシダーゼの変異体形態の分析
は、ＭｉｌｌｓおよびＦｅｒｇｕｓｏｎ−Ｍｉｌｌｅｒ，１９９８，Ｂｉｏｃｈ
ｅｍＢｉｏｐｈｙｓＡｃｔａ３６５：４６−５２に記載される。一酸化窒
素は、Ｔｏｒｒｅｓら、１９９８，Ｊ．ＢｉｏｅｎｅｒｇＢｉｏｍｅｍｂｅｒ
３０：６３−６９に記載されるように、シトクロムＣオキシダーゼにおける呼
吸を阻害する。

【０１５９】熱ショックタンパク質９０（ｈｓｐ９０）（配列番号８２）は、糖質コルチコ
イドおよびプロゲステロン核レセプターと関連するシャペロン分子として作用し
、そしてこれらの相互作用を容易にするためのＡ、Ｂ、およびＺ領域を有する（
Ｄｏａ−Ｐｈａｎら、１９９７，ＭｏｌＥｎｄｏｃｒｉｎｏｌ１１：９６２
−９７２）。ｈｓｐ９０のレベルは、活発な全身性エリテマトーデスにおいて上
昇することが報告されている（Ｓｔｅｐｈａｎｏｕら、１９９７，Ｂｉｏｃｈｅ
ｍＪ３２１：１０３−１０６）。増加したｈｓｐ９０発現は、Ｇａｌｅａ−
Ｌａｕｒｉら、１９９６，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５７：４１０９−４１１８に
記載されるように、プログラム細胞死を導く細胞傷害の形態の調節に関与する。
Ｈｓｐ９０は、再生している線維、およびデュシェーヌ筋ジストロフィーに罹患
した繊維においてアップレギュレートされ（Ｂｏｒｎｍａｎら、１９９６，Ｍｕ
ｓｃｌｅＮｅｒｖｅ１９：５７４−５８０）、そしていくつかの乳癌細胞の
イオン化放射線誘導アポトーシスの間のタンパク質分解のための候補基質である
（Ｐｒａｓａｄら、１９９８，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｏｎｃｏｌ１３：７５７−７６４
）。Ｈｓｐ９０は、Ｉｍａｍｕｒａら、１９９８，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２
７３：１１１８３−１１１８８に記載されるように、小胞体からサイトゾルへの
変異体インスリンレセプターの転位に関与し、そしてＧａｒｃｉａ−Ｃａｒｄｅ
ｎａら、１９９８，Ｎａｔｕｒｅ３９２：８２１−８２４に記載されるように
、内皮一酸化窒素シンターゼと関連しかつ活性化する。

【０１６０】インテグリンα６（配列番号８３）は、インテグリンファミリーにおける、細
胞間相互作用および細胞マトリックス相互作用を媒介する、ヘテロ二量体のカチ
オン依存細胞膜接着分子である。インテグリンα６は、ヘミデスモソーム複合体
の成分である（Ｊｏｎｅｓら、１９９８，Ｂｉｏｅｓｓａｙ２０：４８８−４
９４）。インテグリンは、組織の完全性を維持し、かつ細胞の増殖、成長、分化
、および移動を調節する（Ｔｈｏｍａｓら、１９９７，ＯｒａｌＯｎｃｏｌ
３３：３８１−３８８を参照のこと）。口腔扁平上皮細胞癌腫において、Ｔｈｏ
ｍａｓら、１９９７，ＯｒａｌＯｎｃｏｌ．３３：３８１−３８８に記載され
るように、インテグリンα６の不定喪失（ｖａｒｉａｂｌｅｌｏｓｓ）または
減少した発現が存在する。α６インテグリンはまた、Ｋｏｉｋｅら、１９９７，
Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ．Ｒｅｓ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．１２３Ｌ：３１０−３１６
に記載されるように、代表的な胃癌細胞株の腸型および散在型の細胞の侵襲にお
いて活発に役割を果たす。

【０１６１】骨形成タンパク質−１（ＯＰ−１）（ＢＭＰ−７とも呼ばれる）（配列番号８
５）は、腎臓において高度に発現される形態形成因子（および増殖因子の骨形態
形成タンパク質（ＢＭＰ）ファミリーのメンバー）であり、そして組織修復およ
び発達に関与する（Ａｌｍａｎｚａｒら、１９９８，Ｊ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｎｅｐ
ｈｒｏｌ．９：１４５６−１４６３、を参照のこと）。ＯＰ−１はまた、Ｇｕｏ
ら、１９９８、Ｎｅｕｒｏｓｃｉ。Ｌｅｔｔ２４５：１３１−１３４に記載さ
れるように、発達する神経系において発現され、そして交感ニューロンにおいて
樹状突起の成長を誘導し得る。ＯＰ−１は、Ｋｌｅｉｎ−Ｎｕｌｅｎｄら、１９
９８，Ｊ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｍａｔｅｒ．Ｒｅｓ．４０：６１４−６２０に記載さ
れるように、軟骨形成を刺激する。

【０１６２】ＯＰ−１は、Ｙｅｈら、１９９７，Ｅｎｄｃｒｉｎｏｌｏｇｙ１３８：４１
８１−４１９０に記載されるように、インスリン様成長因子結合タンパク質（特
に、ＩＧＦＢＰ−５）のダウンレギュレートを誘導し、従って骨細胞の分化およ
びミネラル化骨小結節形成の状況においてＩＧＦ−１に罹患する。ＯＰ−１を骨
移植片の代用として用いて、脊椎固定術を促進し、そして金属インプラントの組
み込みを助ける（ＣｏｏｋおよびＲｕｅｇｅｒ、１９９６，Ｃｌｉｎ．Ｏｒｔｈ
ｏｐ．３２４：２９−３８）。ＯＰ−１の三次元構造は、Ｇｒｉｆｆｉｔｈら、
１９９６，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌＡｃａｄＳｃｉ９３：８７８−８８３に
おいて報告されている。

【０１６３】配列番号５６によってコードされるタンパク質は、推定の分泌タンパク質であ
り、そして脂肪組織において高度に発現される。

【０１６４】（表１．新規の示差的に発現された転移性マーカーポリヌクレオチド）

【０１６５】

【表１】転写物番号３１６について、逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）は、乳癌細胞株にお
いて発現を検出するために用いられる。

【０１６６】（表２．示差的に発現された転移性マーカーポリヌクレオチド）

【０１６７】

【表２】本発明の範囲内では、上記のタンパク質の改変体である。改変体は、ポリヌク
レオチドによってコードされ、ここで、このＤＮＡの全体的な配列同一性は、本
明細書中の対応する配列番号と比較した場合、以下の検索パラメーターを用いる
アファインギャップ検索を使用するＭＰＳＲＣＨプログラム（ＯｘｆｏｒｄＭ
ｏｌｅｃｕｌａｒ）において実行される、Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎホモロ
ジー検索アルゴリズムによって決定される場合に、少なくとも６５％である：１
２のギャップオープンペナルティー、および１のギャップ伸長ペナルティー。上
記の配列同一性を有するＤＮＡによってコードされるタンパク質は、予想された
パラグラフにおいて記載されるパーセント活性を示す。

【０１６８】また、本発明の範囲は、本明細書中に開示されるタンパク質および改変体を含
む融合タンパク質である。融合タンパク質構築物において好適に用いられるタン
パク質としては、β−ガラクトシダーゼ、β−グルクロニダーゼ、グリーン蛍光
タンパク質（ＧＦＰ）、ブルー蛍光タンパク質（ＢＦＰ）を含む自己蛍光タンパ
ク質、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ、ルシフェラーゼ、西洋ワサビペ
ルオキシダーゼ（ＨＰＲ）およびクロラムフェニコールアセチルトランスフェラ
ーゼ（ＣＡＴ）が挙げられる。さらに、エピトープタグは、融合タンパク質構築
物において用いられ、これらのタグとしては、ヒスチジン（Ｈｉｓ）タグ、ＦＬ
ＡＧタグ、インフルエンザ赤血球凝集素（ＨＡ）タグ、Ｍｙｃタグ、ＶＳＶ−Ｇ
タグ、およびチオレドキシン（Ｔｒｘ）タグが挙げられる。他の融合構築物とし
ては、マルトース結合タンパク質（ＭＢＰ）、Ｓ−タグ、ＬｅｘＡＤＮＡ結
合ドメイン（ＤＢＤ）融合物、ＧＡＬ４ＤＮＡ結合ドメイン融合物、および単
純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）ＢＰ１６タンパク質融合物が挙げられ得る。

【０１６９】これらの融合物は、分子生物学の分野における標準的手順によってなされ得、
そして多くは、例えば、ＰｒｏｍｅｇａＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（Ｍａｄｉｓ
ｏｎ、ＷＩ）；Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ（ＬａＪｏｌｌａ，ＣＡ）；Ｃｌｏｎｅ
ｔｅｃｈ（Ｍｏｕｎｔａｉｎｖｉｅｗ，ＣＡ）；ＳａｎｔａＣｒｕｚＢｉｏ
ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（ＳａｎｔａＣｒｕｚ，ＣＡ）；ＭＢＬＩｎｔｅｒｎ
ａｔｉｏｎａｌＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（ＭＩＣ，Ｗａｔｅｒｔｏｗｎ，ＭＡ
）；およびＱｕａｎｔｕｍＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（Ｍｏｎｔｒｅａ
ｌ、Ｃａｎａｄａ）からのキットとして入手可能である。

【０１７０】本発明のタンパク質、および本明細書中に記載される改変体は、例えば、米国
特許第５，６７４，７３９に記載されるように、酵母ツーハイブリット系を使用
して、インビボでのタンパク質相互作用を検出するために用いられ得る。

【０１７１】上記のリボゾームおよびアンチセンス構築物に加えて、本発明のポリヌクレオ
チドは、米国特許第５，６７４，７３９に開示されるように三重鎖形成を介する
転写の阻害のために用いられ得る。

【０１７２】当業者は、せいぜい慣用的実験を用いて、本明細書中記載されるような本発明
の特定の実施形態に対する多くの等価物を認識するかまたは認め得る。このよう
な特定の実施形態および等価物は、添付の特許請求の範囲に含まれることが意図
される。

【０１７３】本明細書中で引用される、全ての特許、公開された特許出願、および公報は、
本明細書中でその全体が参考として援用される。

【配列表】

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁷ 識別記号ＦＩテーマコート゛(参考）Ｃ１２Ｎ 1/19 Ｃ１２Ｎ 1/21 1/21 Ｃ１２Ｑ 1/02 5/10 1/68 ＡＣ１２Ｑ 1/02 Ｇ０１Ｎ 33/53 Ｍ 1/68 33/566 Ｇ０１Ｎ 33/53 33/574 Ａ 33/566 Ｃ１２Ｎ 15/00 Ａ 33/574 5/00 Ａ (81)指定国ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ，ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，ＩＴ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＧＷ，ＭＬ，ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，ＧＭ，ＫＥ，ＬＳ，ＭＷ，ＳＤ，ＳＬ，ＳＺ，ＴＺ，ＵＧ，ＺＷ )，ＥＡ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ，ＲＵ，ＴＪ，ＴＭ)，ＡＥ，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ，ＡＵ，ＡＺ，ＢＡ，ＢＢ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，ＣＡ，ＣＨ，ＣＮ，ＣＲ，ＣＵ，ＣＺ，ＤＥ，ＤＫ，ＤＭ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＤ，ＧＥ，ＧＨ，ＧＭ，ＨＲ，ＨＵ，ＩＤ，ＩＬ，ＩＮ，ＩＳ，ＪＰ，ＫＥ，ＫＧ，ＫＰ，ＫＲ，ＫＺ，ＬＣ，ＬＫ，ＬＲ，ＬＳ，ＬＴ，ＬＵ，ＬＶ，ＭＡ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ，ＭＮ，ＭＷ，ＭＸ，ＮＯ，ＮＺ，ＰＬ，ＰＴ，ＲＯ，ＲＵ，ＳＤ，ＳＥ，ＳＧ，ＳＩ，ＳＫ，ＳＬ，ＴＪ，ＴＭ，ＴＲ，ＴＴ，ＵＡ，ＵＧ，ＵＺ，ＶＮ，ＹＵ，ＺＡ，ＺＷＦターム(参考） 4B024 AA12 BA44 CA01 CA12 GA11 HA12 HA15 4B063 QA19 QQ02 QQ53 QQ79 QQ96 QR32 QR55 QS33 QS34 QX01 4B065 AB01 AC14 BA02 CA25 CA46 4H045 AA10 AA11 AA30 BA10 BA41 CA40 DA76 EA51 FA74

Claims

【特許請求の範囲】

【請求項１】単離されかつ精製されたヒトタンパク質であって、該タンパ
ク質は、配列番号１〜６３またはその相補体からなる群から選択されるヌクレオ
チド配列によってコードされるアミノ酸配列に少なくとも８５％同一であるアミ
ノ酸配列を含む、タンパク質。
【請求項２】前記アミノ酸配列が、少なくとも９５％同一である、請求項
１に記載の単離されかつ精製されたヒトタンパク質。
【請求項３】前記アミノ酸配列が、配列番号１〜６３またはその相補体か
らなる群から選択される配列によってコードされる、請求項１に記載の単離され
かつ精製されたヒトタンパク質。
【請求項４】ペプチド結合によってお互いに融合された第１のタンパク質
セグメントおよび第２のタンパク質セグメントを含む融合タンパク質であって、
該第１のタンパク質セグメントは、配列番号１〜６３またはその相補体からなる
群から選択されるヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列から選択
される、少なくとも６の連続したアミノ酸からなる、融合タンパク質。
【請求項５】配列番号１〜６３またはその相補体からなる群から選択され
るヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を含むヒトタンパク質に
特異的に結合する、抗体の調製物。
【請求項６】組織サンプルにおいて、転移性腫瘍細胞を検出する方法であ
って、該方法は以下の工程：該組織サンプルにおいて、配列番号１、２、４、５、９、１１、１３、１４、
１８、１９、２０、２２、２４、２６、２９、３０、３３、３５、３６、３８〜
４１、４５、４８、５２、５５、５７、５８、６０、６３〜６６、６９〜７４、
７６、８０、８２、および８３からなる群から選択されるコード配列を含む遺伝
子の発現産物を測定する工程であって、ここで該産物を発現する組織サンプルは、転移性腫瘍細胞を含むと分類される
、工程、を包含する、方法。
【請求項７】前記発現産物が、タンパク質である、請求項６に記載の方法
。
【請求項８】前記タンパク質が、該タンパク質に特異的に結合する抗体を
用いて測定される、請求項７に記載の方法。
【請求項９】前記発現産物が、ｍＲＮＡである、請求項６に記載の方法。
【請求項１０】前記ｍＲＮＡが、該ｍＲＮＡに特異的にハイブリダイズす
るヌクレオチドプローブを用いて測定される、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】前記ｍＲＮＡが、定量的ＲＴ−ＰＣＲ、ノーザンブロッテ
ィング、およびインサイチュハイブリダイゼーションからなる群から選択される
技術を用いて測定される、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】組織サンプルにおいて、転移性腫瘍細胞を検出する方法で
あって、該方法は以下の工程：組織サンプルにおいて、配列番号３、７、８、１０、１２、１５〜１７、２１
、２３、２５、２８、３１、３４、３７、４２〜４４、４６、４７、４９〜５１
、５３、５９、６１、６２、６７、６８、７５、７７〜７９、８１、８４、およ
び８５からなる群から選択される配列を含む遺伝子の発現産物を測定する工程で
あって、ここで該産物を発現しない組織サンプルは、転移性と分類される、工程、を包含する、方法。
【請求項１３】前記発現産物が、タンパク質である、請求項１２に記載の
方法。
【請求項１４】前記タンパク質が、前記タンパク質に特異的に結合する抗
体を用いて測定される、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】前記発現産物が、ｍＲＮＡである、請求項１２に記載の方
法。
【請求項１６】前記ｍＲＮＡが、該ｍＲＮＡに特異的にハイブリダイズす
るヌクレオチドプローブを用いて測定される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】前記ｍＲＮＡが、定量的ＲＴ−ＰＣＲ、ノーザンブロッテ
ィング、およびインサイチュハイブリダイゼーションからなる群から選択される
技術を用いて測定される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】組織サンプルにおいて、転移の可能性を検出する方法であ
って、該方法は以下の工程：組織サンプルにおいて、配列番号１、２、４、５、９、１１、１３、１４、１
８、１９、２０、２２、２４、２６、２９、３０、３３、３５、３６、３８〜４
１、４５、４８、５２、５５、５７、５８、６０、６３〜６６、６９〜７４、７
６、８０、８２、および８３からなる群から選択される配列を含む遺伝子の発現
産物を測定する工程であって、ここで該産物を発現する組織サンプルは、転移の可能性を有すると分類される
、工程、を包含する、方法。
【請求項１９】記発現産物が、タンパク質である、請求項１８に記載の方
法。
【請求項２０】前記タンパク質が、該タンパク質に特異的に結合する抗体
を用いて測定される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】前記発現産物が、ｍＲＮＡである、請求項１８に記載の方
法。
【請求項２２】前記ｍＲＮＡが、該ｍＲＮＡに特異的にハイブリダイズす
るヌクレオチドプローブを用いて測定される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】前記ｍＲＮＡが、定量的ＲＴ−ＰＣＲ、ノーザンブロッテ
ィング、およびインサイチュハイブリダイゼーションからなる群から選択される
技術を用いて測定される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２４】組織サンプルにおいて、転移の可能性を検出する方法であ
って、該方法は以下の工程：組織サンプルにおいて、配列番号３、７、８、１０、１２、１５〜１７、２１
、２３、２８、３１、３４、３７、４２〜４４、４６、４７、４９〜５１、５３
、５９、６１、６２、６７、６８、７５、７７〜７９、８１、８４、および８５
からなる群から選択される配列を含む遺伝子の発現産物を測定する工程であって
、ここで該産物を発現しない組織サンプルは、転移の可能性を有すると分類され
る、工程、を包含する、方法。
【請求項２５】記発現産物が、タンパク質である、請求項２４に記載の方
法。
【請求項２６】前記タンパク質が、該タンパク質に特異的に結合する抗体
を用いて測定される、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】前記発現産物が、ｍＲＮＡである、請求項２４に記載の方
法。
【請求項２８】前記ｍＲＮＡが、該ｍＲＮＡに特異的にハイブリダイズす
るヌクレオチドプローブを用いて測定される、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】前記ｍＲＮＡが、定量的ＲＴ−ＰＣＲ、ノーザンブロッテ
ィング、およびインサイチュハイブリダイゼーションからなる群から選択される
技術を用いて測定される、請求項２７に記載の方法。
【請求項３０】骨または肺に優先的な乳癌の転移性の伝播の性質を予測す
る方法であって、該方法は以下の工程：乳癌サンプルにおいて、配列番号１、５、１１、１８、２０、２２、２４、３
０、３３、３５、３６、３８、４５、５２、５８、６５、６６、７０、７４、７
６、および８０からなる群から選択される配列を含む遺伝子の発現産物を測定す
る工程であって、ここで該産物を発現する乳癌サンプルは、骨または肺に転移する性質を有する
と分類される、工程、を包含する、方法。
【請求項３１】肺に優先的な乳癌の転移性の伝播の性質を予測する方法で
あって、該方法は以下の工程：乳癌サンプルにおいて、配列番号２、４、９、１３、１４、１９、２６、２９
、３９〜４１、４８、５５、５７、６０、６３、６４、７２、７３、８２、およ
び８３からなる群から選択される配列を含む遺伝子の発現産物を測定する工程で
あって、ここで該産物を発現する乳癌サンプルは、肺に転移する性質を有すると分類さ
れる、工程、を包含する、方法。
【請求項３２】結腸癌の転移性の伝播の性質を予測する方法であって、該
方法は以下の工程：該結腸癌サンプルにおいて、配列番号５６に示されるヌクレオチド配列を含む
遺伝子の発現産物を測定する工程であって、ここで該産物を発現する結腸癌サンプルは、転移する弱い性質を有すると分類
される、工程、を包含する、方法。
【請求項３３】単離された核酸分子であって、該核酸分子は以下：ａ．配列番号１、２４、２７、２８、３４、３８、４３、４８、５０および５
５からなる群から選択される、ポリヌクレオチド；ｂ．配列番号１、２４、２７、２８、３４、３８、４３、４８、５０および
５５からなる群から選択される配列に相補的である、ポリヌクレオチド；ｃ．配列番号１、２４、２７、２８、３４、３８、４３、４８、５０または
５５の少なくとも１１の連続する残基からなるポリヌクレオチド；ｄ．ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で配列番号１、２４
、２７、２８、３４、３８、４３、４８、５０および５５からなる群から選択さ
れる配列にハイブリダイズするポリヌクレオチド；およびｅ．配列番号１、２４、２７、２８、３４、３８、４３、４８、５０および
５５からなる群から選択される配列に少なくとも９５％同一であるポリヌクレオ
チドであって、ここで、少なくとも９５％同一である該ポリヌクレオチドは、対
応する配列番号１、２４、２７、２８、３４、３８、４３、４８、５０または５
５の示差的発現プロフィールを共有するポリヌクレオチドとハイブリダイズする
、ヌクレオチドからなる群から選択される、ポリポリヌクレオチド含む、単離された核酸分子。
【請求項３４】ＤＮＡである、請求項３３に記載の単離された核酸分子。
【請求項３５】請求項３４に記載の核酸分子を宿主細胞に挿入する工程を
包含する、組換えベクターを作製する方法。
【請求項３６】請求項３５に記載の方法によって産生される、組換えベク
ター。
【請求項３７】請求項３６に記載の組換えベクターを宿主細胞に導入する
工程を包含する、組換え宿主細胞を作製する方法。
【請求項３８】請求項３７に記載の方法によって産生される、組換え宿主
細胞。
【請求項３９】請求項３３に記載の単離された核酸分子であって、ここで
前記ポリヌクレオチドは、配列番号１、２４、３８、４８または５５に示される
ポリヌクレオチドに少なくとも９５％同一であり、ここで該ポリヌクレオチドは
、非転移性乳癌細胞によるレベルよりも、より高い転移性乳癌細胞によるレベル
で発現される、単離された核酸分子。
【請求項４０】請求項３３に記載の単離された核酸分子であって、ここで
該ポリヌクレオチドは、配列番号２８、３４、４３または５０に示されるポリヌ
クレオチドに少なくとも９５％同一であり、ここで該ポリヌクレオチドは、転移
性乳癌細胞によるレベルよりも、より高い非転移性乳癌細胞によるレベルで発現
される、単離された核酸分子。
【請求項４１】単離された核酸分子であって、該核酸分子は以下：ａ．配列番号２〜２３、２５、２６、２９〜３３、３５〜３７、３９〜４２、
４９、５１〜５４、および５６〜６３からなる群から選択される、ポリヌクレオ
チド；ｂ．配列番号２〜２３、２５、２６、２９〜３３、３５〜３７、３９〜４２
、４９、５１〜５４、および５６〜６３からなる群から選択される配列に相補的
である、ポリヌクレオチド；ｃ．配列番号２〜２３、２５、２６、２９〜３３、３５〜３７、３９〜４２
、４９、５１〜５４、または５６〜６３の少なくとも１１の連続する残基からな
るポリヌクレオチド；およびｄ．ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で配列番号２〜２３
、２５、２６、２９〜３３、３５〜３７、３９〜４２、４９、５１〜５４、およ
び５６〜６３からなる群から選択されるポリヌクレオチドにハイブリダイズする
ポリヌクレオチド、からなる群から選択される、ポリヌクレオチド含む、単離された核酸分子。
【請求項４２】ＤＮＡである、請求項４１に記載の単離された核酸分子。
【請求項４３】請求項４２に記載の核酸分子を宿主細胞に挿入する工程を
包含する、組換えベクターを作製する方法。
【請求項４４】請求項４３に記載の方法によって産生される、組換えベク
ター。
【請求項４５】請求項４４に記載の組換えベクターを宿主細胞に導入する
工程を包含する、組換え宿主細胞を作製する方法。
【請求項４６】請求項４５に記載の方法によって産生される、組換え宿主
細胞。