JP2002527056A5

JP2002527056A5 -

Info

Publication number: JP2002527056A5
Application number: JP2000575985A
Authority: JP
Filing date: 1999-10-08
Publication date: 2006-11-24

Description

【特許請求の範囲】
【請求項１】
（１）配列番号１−２９、５７−８０、１０５、１０７、１０９−１１３、１１９−１２９、１３９−１４３および１４９−９０８で表される配列と、（２）配列番号１−２９、５７−８０、１０５、１０７、１０９−１１３、１１９−１２９、１３９−１４３および１４９−９０８で表される配列の相補体と、（３）配列番号１−２９、５７−８０、１０５、１０７、１０９−１１３、１１９−１２９、１３９−１４３および１４９−９０８で表される配列の逆相補体と、（４）配列番号１−２９、５７−８０、１０５、１０７、１０９−１１３、１１９−１２９、１３９−１４３および１４９−９０８で表される配列の逆配列と、（５）上記（１）−（４）で表される配列と比較して０．０１以下の期待値（「Ｅ」値）を生成するヌクレオチド配列と、（６）パラメータをデフォルトに設定したコンピュータアルゴリズムＢＬＡＳＴＮを用いて決定される、配列番号１−２９、５７−８０、１０５、１０７、１０９−１１３、１１９−１２９、１３９−１４３および１４９−９０８で表される配列に対し少なくとも９０％の同一性を有するヌクレオチド配列と、（７）パラメータをデフォルトに設定したコンピュータアルゴリズムＢＬＡＳＴＮを用いて決定される、配列番号１−２９、５７−８０、１０５、１０７、１０９−１１３、１１９−１２９、１３９−１４３および１４９−９０８で表される配列に対し少なくとも７５％の同一性を有するヌクレオチド配列と、（８）厳密なハイブリダイゼーション条件下で上記（１）−（４）で表される配列とハイブリダイゼーションするヌクレオチド配列と、（９）上記（１）−（４）で表される配列の２００量体であるヌクレオチド配列と、（１０）上記（１）−（４）で表される配列の１００量体であるヌクレオチド配列と、（１１）上記（１）−（４）で表される配列と縮退的に等価のヌクレオチド配列と、（１２）上記（１）−（４）で表される配列の対立遺伝子変異体のヌクレオチド配列とからなる群から選ばれるヌクレオチド配列を含む、単離ポリヌクレオチド。
【請求項２】
請求項１に記載のヌクレオチド配列の２０個の連続的な残基に対し相補的な少なくとも２０個の連続的な残基を含む、単離オリゴヌクレオチドプローブまたはプライマー。
【請求項３】
請求項２のオリゴヌクレオチドプローブまたはプライマーを複数含む、キット。
【請求項４】
複数のポリヌクレオチドが記録された記憶媒体であって、該ポリヌクレオチドの少なくとも１つは請求項１または２に記載のヌクレオチド配列を含む、記憶媒体。
【請求項５】
請求項１に記載のポリヌクレオチドを含む、コンストラクト。
【請求項６】
請求項５に記載のコンストラクトを含む、トランスジェニック細胞。
【請求項７】
（ａ）遺伝子プロモーター配列と、
（ｂ）（１）請求項１に記載のヌクレオチド配列にエンコードされるポリペプチドの少なくとも機能的な部分をコードするポリヌクレオチドと、（２）請求項１に記載の配列からなる群から選ばれるヌクレオチド配列にエンコードされるポリペプチドをコードする遺伝子のノンコーディング領域を含むポリヌクレオチドとのうち少なくとも１つを含む、ポリヌクレオチド配列と、
（ｃ）遺伝子ターミネーション配列とを５’から３’への方向で含む、コンストラクト。
【請求項８】
前記ポリヌクレオチドはセンス方向に配向される、請求項７に記載のコンストラクト。
【請求項９】
前記ポリヌクレオチドはアンチセンス方向に配向される、請求項７に記載のコンストラクト。
【請求項１０】
前記遺伝子プロモーター配列は木部での転写を可能にするために植物宿主において機能する、請求項７に記載のコンストラクト。
【請求項１１】
請求項７に記載のコンストラクトを含む、トランスジェニック植物細胞。
【請求項１２】
請求項１１に記載のトランスジェニック植物細胞を含む植物、その部分、栄養分体又は子孫。
【請求項１３】
植物の多糖含有量、多糖組成および多糖の構造のうちの１つ以上を調節する方法であって、該植物のゲノム中に請求項１に記載のポリヌクレオチドを安定的に取り込むことを含む、方法。
【請求項１４】
前記植物はユーカリおよびマツの種からなる群から選ばれる、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
請求項７記載のコンストラクトを前記植物のゲノムに安定して取り込むことを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
多糖含有量、多糖組成および多糖構造のうち１つ以上が変化した植物を作成する方法であって、
（ａ）トランスジェニック細胞を提供するために、請求項７に記載のコンストラクトで植物細胞を形質転換すること、および
（ｂ）再生および成熟植物の成長をもたらす条件下で形質転換細胞を培養することを含む、方法。
【請求項１７】
植物の多糖生合成経路に関与するポリペプチドの活性を改変する方法であって、該植物のゲノム中に請求項７に記載のコンストラクトを安定的に取り込むことを含む、方法。
【請求項１８】
（ａ）配列番号３０−５６、８１−１０４、１０６、１０８、１１４−１１８、１２９−１３８および１４４−１４８の配列と、（ｂ）パラメータをデフォルトに設定したコンピュータアルゴリズムＢＬＡＳＴＰを用いて決定される、配列番号３０、３３−３６、３９、４７、５２−５６、８１、８３、８４、８６、８８、８９、９１−９４、９８、９９、１０１、１０２、１０８、１１４−１１８、１２９−１３１、１３３、１３５、１３８、１４５および１４８の配列に対し少なくとも７０％の同一性を有する配列と、（ｃ）パラメータをデフォルトに設定したコンピュータアルゴリズムＢＬＡＳＴＰを用いて決定される、配列番号３０、３３−３６、３９、４３、４５−４７、４９、５２−５６、８１、８３、８４、８６、８８、８９、９１−９４、９７−９９、１０１、１０２、１０８、１１４−１１８、１２９−１３１、１３３−１３５、１３７、１３８、１４５および１４８の配列に対し少なくとも７５％の同一性を有する配列と、（ｄ）パラメータをデフォルトに設定したコンピュータアルゴリズムＢＬＡＳＴＰを用いて決定される、配列番号３０−３６、３９、４０、４２−５６、８１−８９、９１−１０４、１０６、１０８、１１４−１１８、１２９−１３５、１３７、１３８および１４４−１４８の配列に対し少なくとも９０％の同一性を有する配列とからなる群より選ばれるアミノ酸配列を含む、単離ポリペプチド。
【請求項１９】
請求項１の単離されたポリヌクレオチド配列によりコード化された単離ポリペプチド。 [Claims]
(1)
(1) the sequences represented by SEQ ID NOs: 1-29, 57-80, 105, 107, 109-113, 119-129, 139-143 and 149-908; and (2) the sequences represented by SEQ ID NOs: 1-29, 57- 80, 105, 107, 109-113, 119-129, 139-143 and the complement of the sequence represented by 149-908, and (3) SEQ ID NOs: 1-29, 57-80, 105, 107, 109- 113, 119-129, 139-143 and 149-908, and (4) SEQ ID NOs: 1-29, 57-80, 105, 107, 109-113, 119-129, 139 And (5) an expected value (“E” value) of 0.01 or less as compared with the sequence represented by (1)-(4) above. Generated Nucleus SEQ ID NOs: 1-29, 57-80, 105, 107, 109-113, 119-129, 139-143, and 149 determined using the peptide sequence and (6) the computer algorithm BLASTN with the parameters set to defaults. A nucleotide sequence having at least 90% identity to the sequence represented by -908, and (7) SEQ ID NOs: 1-29, 57-80, as determined using the computer algorithm BLASTN with default parameters. A nucleotide sequence having at least 75% identity to the sequences represented by 105, 107, 109-113, 119-129, 139-143 and 149-908, and (8) under stringent hybridization conditions, Hybridization with the sequence represented by 1)-(4) (9) a nucleotide sequence which is a 200-mer of the sequence represented by the above (1)-(4), and (10) a 100 sequence of the sequence represented by the above (1)-(4) (11) a nucleotide sequence degenerately equivalent to the sequence represented by the above (1)-(4), and (12) a nucleotide sequence represented by the above (1)-(4). An isolated polynucleotide comprising a nucleotide sequence selected from the group consisting of: a nucleotide sequence of an allelic variant.
(2)
An isolated oligonucleotide probe or primer comprising at least 20 consecutive residues complementary to 20 consecutive residues of the nucleotide sequence of claim 1.
(3)
A kit comprising a plurality of the oligonucleotide probes or primers according to claim 2.
(4)
A storage medium on which a plurality of polynucleotides are recorded, wherein at least one of the polynucleotides contains the nucleotide sequence according to claim 1 or 2.
(5)
A construct comprising the polynucleotide of claim 1.
6.
A transgenic cell comprising the construct according to claim 5.
7.
(A) a gene promoter sequence;
(B) (1) a polynucleotide encoding at least a functional part of a polypeptide encoded by the nucleotide sequence according to claim 1, and (2) a nucleotide selected from the group consisting of the sequence according to claim 1. A polynucleotide sequence comprising at least one of a polynucleotide comprising a non-coding region of a gene encoding a polypeptide encoded by the sequence;
(C) A construct comprising a gene termination sequence in a 5 ′ to 3 ′ direction.
8.
8. The construct of claim 7, wherein said polynucleotide is oriented in a sense direction.
9.
8. The construct of claim 7, wherein said polynucleotide is oriented in an antisense direction.
10.
8. The construct of claim 7, wherein said gene promoter sequence functions in a plant host to enable xylem transcription.
11.
A transgenic plant cell comprising the construct according to claim 7.
12.
A plant comprising the transgenic plant cell according to claim 11, a part thereof, a vegetative body or a progeny.
Claim 13
A method of regulating one or more of polysaccharide content, polysaccharide composition and polysaccharide structure of a plant, comprising stably incorporating the polynucleotide of claim 1 into the genome of the plant. .
14.
14. The method of claim 13, wherein the plant is selected from the group consisting of eucalyptus and pine species.
15.
14. The method of claim 13, comprising stably incorporating the construct of claim 7 into the plant genome.
16.
A method of producing a plant in which one or more of a polysaccharide content, a polysaccharide composition, and a polysaccharide structure are changed,
(A) transforming a plant cell with the construct of claim 7 to provide a transgenic cell; and (b) culturing the transformed cell under conditions that result in regeneration and growth of a mature plant. Including, methods.
17.
A method for modifying the activity of a polypeptide involved in the polysaccharide biosynthesis pathway of a plant, comprising stably incorporating the construct according to claim 7 into the genome of the plant.
18.
(A) Sequence numbers 30-56, 81-104, 106, 108, 114-118, 129-138 and 144-148, and (b) Determined using a computer algorithm BLASTP with parameters set to default , SEQ ID NOs: 30, 33-36, 39, 47, 52-56, 81, 83, 84, 86, 88, 89, 91-94, 98, 99, 101, 102, 108, 114-118, 129-131 , 133, 135, 138, 145, and 148 and at least 70% identity to (SEQ ID NO: 30, 33-, determined using the computer algorithm BLASTP with the parameters set to default). 36, 39, 43, 45-47, 49, 52-56, 81, 83, 84, 86, 88, 89 A sequence having at least 75% identity to the sequence of 91-94, 97-99, 101, 102, 108, 114-118, 129-131, 133-135, 137, 138, 145 and 148; ) SEQ ID NOs: 30-36, 39, 40, 42-56, 81-89, 91-104, 106, 108, 114-118, 129-135, determined using computer algorithm BLASTP with default parameters 137, 138, and 144-148, wherein the amino acid sequence is at least 90% identical to the sequence.
(19)
An isolated polypeptide encoded by the isolated polynucleotide sequence of claim 1.