JP2002521045A5 - - Google Patents
Download PDFInfo
- Publication number
- JP2002521045A5 JP2002521045A5 JP2000562052A JP2000562052A JP2002521045A5 JP 2002521045 A5 JP2002521045 A5 JP 2002521045A5 JP 2000562052 A JP2000562052 A JP 2000562052A JP 2000562052 A JP2000562052 A JP 2000562052A JP 2002521045 A5 JP2002521045 A5 JP 2002521045A5
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- seq
- base
- kvlqt1
- dna
- residue
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 229920003013 deoxyribonucleic acid Polymers 0.000 description 29
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 23
- 125000003338 L-glutaminyl group Chemical group O=C([*])[C@](N([H])[H])([H])C([H])([H])C([H])([H])C(=O)N([H])[H] 0.000 description 16
- 125000002041 N(2)-L-arginino group Chemical group [H]OC(=O)[C@@]([H])(N([H])[*])C([H])([H])C([H])([H])C([H])([H])N([H])C(=N[H])N([H])[H] 0.000 description 16
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 16
- 102000014021 KCNQ1 Potassium Channel Human genes 0.000 description 15
- 108010011185 KCNQ1 Potassium Channel Proteins 0.000 description 15
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 15
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 description 15
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 14
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 14
- 125000000510 L-tryptophano group Chemical group [H]C1=C([H])C([H])=C2N([H])C([H])=C(C([H])([H])[C@@]([H])(C(O[H])=O)N([H])[*])C2=C1[H] 0.000 description 11
- 208000004731 Long QT Syndrome Diseases 0.000 description 9
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 description 9
- 125000000241 L-isoleucino group Chemical group [H]OC(=O)[C@@]([H])(N([H])[*])[C@@](C([H])([H])[H])(C(C([H])([H])[H])([H])[H])[H] 0.000 description 8
- 125000002068 L-phenylalanino group Chemical group [H]OC(=O)[C@@]([H])(N([H])[*])C([H])([H])C1=C([H])C([H])=C([H])C([H])=C1[H] 0.000 description 8
- 125000000539 amino acid group Chemical group 0.000 description 8
- 229920000160 (ribonucleotides)n+m Polymers 0.000 description 6
- 108020004711 Nucleic Acid Probes Proteins 0.000 description 6
- 239000002853 nucleic acid probe Substances 0.000 description 6
- 230000000295 complement Effects 0.000 description 5
- 102000004965 antibodies Human genes 0.000 description 4
- 108090001123 antibodies Proteins 0.000 description 4
- 238000004166 bioassay Methods 0.000 description 4
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 4
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 4
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 description 3
- 125000000010 L-asparaginyl group Chemical group O=C([*])[C@](N([H])[H])([H])C([H])([H])C(=O)N([H])[H] 0.000 description 2
- 125000000415 L-cysteinyl group Chemical group O=C([*])[C@@](N([H])[H])([H])C([H])([H])S[H] 0.000 description 2
- 108020004999 Messenger RNA Proteins 0.000 description 2
- 241000269370 Xenopus <genus> Species 0.000 description 2
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 2
- 229940079593 drugs Drugs 0.000 description 2
- 238000002318 immunoblotting Methods 0.000 description 2
- 238000011065 in-situ storage Methods 0.000 description 2
- 229920002106 messenger RNA Polymers 0.000 description 2
- -1 Amino Chemical group 0.000 description 1
- 229920000665 Exon Polymers 0.000 description 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 1
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 1
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 description 1
- 230000001939 inductive effect Effects 0.000 description 1
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- 238000000034 method Methods 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 102000005614 monoclonal antibodies Human genes 0.000 description 1
- 108010045030 monoclonal antibodies Proteins 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 229920002401 polyacrylamide Polymers 0.000 description 1
- 230000002035 prolonged Effects 0.000 description 1
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 1
- 201000010874 syndrome Diseases 0.000 description 1
Description
【特許請求の範囲】
【請求項1】 配列番号:1の核酸を含む単離DNA。
【請求項2】 該DNAが塩基664にA、塩基1106にG、塩基1116にC、塩基1220にC、塩基1258にT、塩基662〜664の欠失、塩基694にC、塩基727にA、塩基979にT、塩基1078にA、塩基1097にT、塩基1184にA、あるいは塩基1196にA
から選択される変異を含むものである請求項1の単離DNA。
【請求項3】 QT延長症候群を引き起こす変異KVLQT1ポリペプチドをコードするDNAを含む単離DNAであって、変異を含むものであり、該変異により、下記のもの:
位置315にCys、位置318にAsn、位置353にPro、位置366にTrp、アミノ酸残基168の欠失に伴って位置167にTrp、位置178にPro、位置189にArg、位置273にPhe、位置306にArg、位置312にIle、位置341にGlu、あるいは位置345にGlu
からなる群より選択される変化したアミノ酸を有する配列番号:2のKVLQT1をコードするものとなっている単離DNA。
【請求項4】 配列番号:1のDNAとのハイブリダイゼーションを防止するストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で請求項2のDNAに特異的にハイブリダイゼーションする核酸プローブ。
【請求項5】 配列番号:1のDNAとのハイブリダイゼーションを防止するストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で請求項3のDNAに特異的にハイブリダイゼーションする核酸プローブ。
【請求項6】 QT延長症候群を引き起こす多型性の診断方法であって、請求項4のプローブと多型性を含む核酸とのハイブリダイゼーションを可能にするが、請求項4のプローブと野生型KVLQT1とのハイブリダイゼーションを防止するストリンジェントな条件下で請求項4のプローブを患者のDNAまたはRNA試料とハイブリダイゼーションさせることを含み、ハイブリダイゼーションシグナルの存在が該多型性の存在を示すものである方法。
【請求項7】 QT延長症候群を引き起こす多型性の診断方法であって、請求項5のプローブと多型性を含む核酸とのハイブリダイゼーションを可能にするが、請求項5のプローブと野生型KVLQT1とのハイブリダイゼーションを防止するストリンジェントな条件下で請求項5のプローブを患者のDNAまたはRNA試料とハイブリダイゼーションさせることを含み、ハイブリダイゼーションシグナルの存在が該多型性の存在を示すものである方法。
【請求項8】 患者のDNAまたはRNAが増幅されたものであり、該増幅されたDNAまたはRNAがハイブリダイゼーションされるものである、請求項6記載の方法。
【請求項9】 患者のDNAまたはRNAが増幅されたものであり、該増幅されたDNAまたはRNAがハイブリダイゼーションされるものである、請求項7記載の方法。
【請求項10】 ハイブリダイゼーションがイン・サイチュ(in situ)で行われる請求項8記載の方法。
【請求項11】 ハイブリダイゼーションがイン・サイチュ(in situ)で行われる請求項9記載の方法。
【請求項12】 QT延長症候群を引き起こすヒトKVLQT1における多型性の存在を診断する方法であって、該多型性の存在を同定する手段により行われ、該多型性が、下記のもの:
残基315にCys、残基318にAsn、残基353にPro、残基366にTrp、アミノ酸残基168の欠失に伴って位置167にTrp、位置178にPro、位置189にArg、位置273にPhe、位置306にArg、位置312にIle、位置341にGlu、あるいは位置345にGlu
からなる群より選択される変化したアミノ酸を有する配列番号:2のKVLQT1ポリペプチドの存在を生じさせるものである方法。
【請求項13】 該多型性が、塩基664にA、塩基1106にG、塩基1116にC、塩基1220にC、塩基1258にT、塩基662〜664の欠失、塩基694にC、塩基727にA、塩基979にT、塩基1078にA、塩基1097にT、塩基1184にA、あるいは塩基1196にAが存在するものである請求項12の方法。
【請求項14】 該手段が、1本鎖コンホーメーション多型性法を用いて該多型性をアッセイすることを含むものである請求項12の方法。
【請求項15】 該手段がヒトKVLQT1を配列決定することを含むものである請求項12の方法。
【請求項16】 該手段がRNAseアッセイを行うことを含むものである請求項12の方法。
【請求項17】 該手段が、1本鎖コンホーメーション多型性法を用いて該多型性をアッセイすることを含むものである請求項13の方法。
【請求項18】 該手段がヒトKVLQT1を配列決定することを含むものである請求項13の方法。
【請求項19】 該手段がRNAseアッセイを行うことを含むものである請求項13の方法。
【請求項20】 残基315にCys、残基318にAsn、残基353にPro、残基366にTrp、アミノ酸残基168の欠失に伴って位置167にTrp、位置178にPro、位置189にArg、位置273にPhe、位置306にArg、位置312にIle、位置341にGlu、あるいは位置345にGluを含む変異KVLQT1ポリペプチドに結合するが野生型KVLQT1ポリペプチドには結合しない抗体。
【請求項21】 QT延長症候群を診断する方法であって、患者の試料を請求項20の抗体と反応させることにより患者中の変異KVLQT1ポリペプチドの存在に関してアッセイすることを含み、陽性反応の存在がQT延長症候群を示すものである方法。
【請求項22】 該抗体がモノクローナル抗体である請求項21の方法。
【請求項23】 該アッセイが免疫ブロッティングを含むものである請求項21の方法。
【請求項24】 該アッセイが免疫細胞化学的方法を含むものである請求項21の方法。
【請求項25】 QT延長症候群を引き起こす変異を含む単離KVLQT1ポリペプチドであって、該変異が、残基315にCys、残基318にAsn、残基353にPro、残基366にTrp、アミノ酸残基168の欠失に伴って位置167にTrp、位置178にPro、位置189にArg、位置273にPhe、位置306にArg、位置312にIle、位置341にGlu、あるいは位置345にGluである単離KVLQT1ポリペプチド。
【請求項26】 ヒトにおけるQT延長症候群の診断方法であって、該ヒトから得たKVLQT1ポリペプチドを配列決定すること、あるいは該ヒト由来の核酸から合成されたKVLQT1ポリペプチドを配列決定することを含み、残基315にCys、残基318にAsn、残基353にPro、残基366にTrp、アミノ酸残基168の欠失に伴って位置167にTrp、位置178にPro、位置189にArg、位置273にPhe、位置306にArg、位置312にIle、位置341にGlu、あるいは位置345にGluの存在がQT延長症候群を示すものである方法。
【請求項27】 配列番号:41、配列番号:42、配列番号:43、配列番号:44、配列番号:45、配列番号:46、配列番号:47、配列番号:51、配列番号:52、配列番号:53、配列番号:54、配列番号:55、配列番号:56、配列番号:57、配列番号:58、配列番号:59、配列番号:60、配列番号:61、配列番号:62、配列番号:63、配列番号:64、配列番号:65、配列番号:66、配列番号:67、配列番号:68、配列番号:69、配列番号:70、配列番号:71、配列番号:72、配列番号:73および配列番号:74からなる群より選択される単離核酸。
【請求項28】 プライマーが以下のもの:
a)配列番号:41および42;
b)配列番号:43および44;
c)配列番号:45および46;
d)配列番号:47および48;
e)配列番号:51および52;
f)配列番号:53および54;
g)配列番号:55および56;
h)配列番号:57および58;
i)配列番号:59および60;
j)配列番号:61および62;
k)配列番号:63および64;
l)配列番号:65および66;
m)配列番号:67および68;
n)配列番号:69および70;
o)配列番号:71および72;または
p)配列番号:73および74
である核酸プライマーのペアー。
【請求項29】 請求項28記載のプライマーのペアーから選択されるプライマーのペアーを使用することを含む、KVLQT1のエキソンを増幅する方法。
【請求項30】 アミノ酸残基315にCys、アミノ酸残基318にAsn、アミノ酸残基353にPro、アミノ酸残基366にTrp、アミノ酸残基168の欠失に伴って位置167にTrp、位置178にPro、位置189にArg、位置273にPhe、位置306にArg、位置312にIle、位置341にGlu、あるいは位置345にGluを生じさせるKVLQT1中の変異を有するヒトの治療に有用な薬剤のスクリーニング方法であって、
a)変異を有するKVLQT1を発現する第1のセットの細胞を浴溶液中に入れて1回目に誘導されるK+電流を測定すること、ここに該変異は、アミノ酸残基315にCys、アミノ酸残基318にAsn、アミノ酸残基353にPro、アミノ酸残基366にTrp、アミノ酸残基168の欠失に伴って位置167にTrp、位置178にPro、位置189にArg、位置273にPhe、位置306にArg、位置312にIle、位置341にGlu、あるいは位置345にGluであり;
b)該1回目に誘導されたK+電流を測定すること;
c)野生型KVLQT1を発現する第2のセットの細胞を浴溶液中に入れて2回目に誘導されるK+電流を測定すること;
d)該2回目に誘導されたK+電流を測定すること;
e)工程(a)の浴溶液に薬剤を添加すること;
f)工程(e)において3回目に誘導された細胞のK+電流を測定すること;
g)3回目に誘導されたK+電流が、1回目に誘導されたK+電流よりも2回目に誘導されたK+電流に近いかどうかを調べること
を含み、1回目に誘導されたK+電流よりも2回目に誘導されたK+電流に近い3回目に誘導されたK+電流を生じさせる薬剤が該ヒトの治療に有用なものである方法。
【請求項31】 該第1のセットの細胞または該第2のセットの細胞がトランスジェニック動物から得られるものである請求項30の方法。
【請求項32】 配列番号:1のいずれか15個の連続したヌクレオチドまたはその相補物を含み、
配列番号:1が塩基664にA、塩基1106にG、塩基1116にC、塩基1220にC、塩基1258にT、塩基662〜664の欠失、塩基694にC、塩基727にA、塩基979にT、塩基1078にA、塩基1097にT、塩基1184にA、あるいは塩基1196にA
からなる群より選択される1またはそれ以上の変異を含む単離核酸。
【請求項33】 配列番号:1のいずれか12個の連続したヌクレオチドまたはその相補物を含み、
配列番号:1が塩基664にA、塩基1106にG、塩基1116にC、塩基1220にC、塩基1258にT、塩基662〜664の欠失、塩基694にC、塩基727にA、塩基979にT、塩基1078にA、塩基1097にT、塩基1184にA、あるいは塩基1196にA
からなる群より選択される1またはそれ以上の変異を含む単離核酸。
【請求項34】 請求項1のDNAでトランスフェクションされた細胞。
【請求項35】 請求項2のDNAでトランスフェクションされた細胞。
【請求項36】 請求項3のDNAでトランスフェクションされた細胞。
【請求項37】 請求項1の単離DNAを含むベクター。
【請求項38】 請求項2の単離DNAを含むベクター。
【請求項39】 請求項3の単離DNAを含むベクター。
【請求項40】 請求項37のベクターでトランスフェクションされた細胞。
【請求項41】 請求項28のベクターでトランスフェクションされた細胞。
【請求項42】 請求項39のベクターでトランスフェクションされた細胞。
【請求項43】 請求項1のDNAを含む非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項44】 請求項2のDNAを含む非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項45】 請求項3のDNAを含む非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項46】 ヒト対象におけるQT延長症候群の危険性を評価する方法であって、該対象の組織試料から単離されたKVLQT1遺伝子またはその発現産物の配列を野生型KVLQT1遺伝子またはその発現産物と比較することによりKVLQT1遺伝子中の変異に関して該対象をスクリーニングすることを含み、ここに、該変異が、配列番号:1の塩基664におけるA、配列番号:1の塩基1106におけるG、配列番号:1の塩基1220におけるC、配列番号:1の塩基1258におけるT、配列番号:1の塩基662−664の欠失、配列番号:1の塩基694におけるC、配列番号:1の塩基727におけるA、配列番号:1の塩基979におけるT、配列番号:1の塩基1078におけるA、配列番号:1の塩基1097におけるT、配列番号:1の塩基1184におけるA、配列番号:1の塩基1196におけるA、配列番号:2の位置315におけるCys、配列番号:2の位置318におけるAsn、配列番号:2の位置353におけるPro、配列番号:2の位置366におけるTrp、配列番号:2のアミノ酸残基の欠失に伴う位置167におけるTrp、配列番号:2の位置178におけるTrp、配列番号:2の位置189におけるArg、配列番号:2の位置273におけるPhe、配列番号:2の位置306におけるArg、配列番号:2の位置312におけるIle、配列番号:2の位置341におけるGlu、または配列番号:2の位置345におけるGluよりなる群から選択され、対象の配列中の変異がQT延長症候群の危険性を示すものである方法。
【請求項47】 該発現産物が、KVLQT1遺伝子のmRNAおよびKVLQT1遺伝子によりコードされるKVLQT1ポリペプチドからなる群より選択されるものである請求項46の方法。
【請求項48】 1またはそれ以上の下記手順:
(a)非変性ポリアクリルアミドゲル上において、該試料から得た1本鎖DNAの電気泳動度の変化を観察すること;
(b)KVLQT1遺伝子へのKVLQT1遺伝子プローブのハイブリダイゼーションに適した条件下において、該試料から単離されたゲノムDNAにKVLQT1遺伝子プローブをハイブリダイゼーションさせること;
(c)該試料からのゲノムDNAへの対立遺伝子特異的プローブのハイブリダイゼーションを調べること;
(d)該試料からのKVLQT1遺伝子の全体または一部を増幅して増幅された配列を得て、次いで、増幅された配列を配列決定すること;
(e)該試料中の特異的なKVLQT1変異対立遺伝子の存在を核酸増幅により調べること;
(f)該試料から得たKVLQT1遺伝子の全体または一部を分子クローニングしてクローン化配列を得て、次いで、クローン化配列を配列決定すること;
(g)分子(1)該試料から単離されたKVLQT1遺伝子ゲノムDNAまたはKVLQT1 mRNAと、(2)ヒト野生型KVLQT1遺伝子DNAに相補的な核酸プローブとが互いにハイブリダイゼーションして2本鎖を形成する場合に、分子(1)と(2)との間のミスマッチが存在するかどうかを調べること;
(h)該試料中のKVLQT1遺伝子配列を増幅し、次いで、増幅された配列を、野生型KVLQT1遺伝子配列を含む核酸プローブとハイブリダイゼーションさせること;
(i)該組織中のKVLQT1遺伝子配列を増幅し、次いで、増幅された配列を、変異KVLQT1遺伝子配列を含む核酸プローブとハイブリダイゼーションさせること;
(j)欠失突然変異に関してスクリーニングすること;
(k)点突然変異に関してスクリーニングすること;
(l)挿入突然変異に関してスクリーニングすること;
(m)KCNE1遺伝子配列または変異KVLQT1遺伝子配列を含む1種またはそれ以上の核酸プローブへの該試料中のKVLQT1遺伝子のin situハイブリダイゼーションを調べること;
(n)イムノブロッティングすること;
(o)免疫細胞化学的分析を行うこと;
(p)該組織から単離されたKVLQT1遺伝子タンパク質と、KVLQT1変異対立遺伝子のポリペプチド発現産物に特異的に結合し得る結合パートナーおよび/または配列番号:2に示すアミノ酸配列を有するKVLQT1ポリペプチドに対する結合パートナーとの間の結合相互作用につきアッセイすること;ならびに
(q)該結合パートナーの生化学的活性の阻害につきアッセイすること
が行われる請求項46の方法。
【請求項49】 配列番号:113に示すアミノ酸配列を有するアフリカツメガエルKVLQT1ポリペプチドをコードする単離核酸。
【請求項50】 配列番号:113に示すアミノ酸配列を有する単離されたアフリカツメガエルのポリペプチド。
【請求項51】 請求項49の核酸のいずれか15個の連続したヌクレオチドまたはその相補物を含む単離核酸。
【請求項52】 請求項49の核酸のいずれか12個の連続したヌクレオチドまたはその相補物を含む単離核酸。
【請求項53】 請求項50のポリペプチドに特異的に結合する抗体。
【請求項1】 配列番号:1の核酸を含む単離DNA。
【請求項2】 該DNAが塩基664にA、塩基1106にG、塩基1116にC、塩基1220にC、塩基1258にT、塩基662〜664の欠失、塩基694にC、塩基727にA、塩基979にT、塩基1078にA、塩基1097にT、塩基1184にA、あるいは塩基1196にA
から選択される変異を含むものである請求項1の単離DNA。
【請求項3】 QT延長症候群を引き起こす変異KVLQT1ポリペプチドをコードするDNAを含む単離DNAであって、変異を含むものであり、該変異により、下記のもの:
位置315にCys、位置318にAsn、位置353にPro、位置366にTrp、アミノ酸残基168の欠失に伴って位置167にTrp、位置178にPro、位置189にArg、位置273にPhe、位置306にArg、位置312にIle、位置341にGlu、あるいは位置345にGlu
からなる群より選択される変化したアミノ酸を有する配列番号:2のKVLQT1をコードするものとなっている単離DNA。
【請求項4】 配列番号:1のDNAとのハイブリダイゼーションを防止するストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で請求項2のDNAに特異的にハイブリダイゼーションする核酸プローブ。
【請求項5】 配列番号:1のDNAとのハイブリダイゼーションを防止するストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で請求項3のDNAに特異的にハイブリダイゼーションする核酸プローブ。
【請求項6】 QT延長症候群を引き起こす多型性の診断方法であって、請求項4のプローブと多型性を含む核酸とのハイブリダイゼーションを可能にするが、請求項4のプローブと野生型KVLQT1とのハイブリダイゼーションを防止するストリンジェントな条件下で請求項4のプローブを患者のDNAまたはRNA試料とハイブリダイゼーションさせることを含み、ハイブリダイゼーションシグナルの存在が該多型性の存在を示すものである方法。
【請求項7】 QT延長症候群を引き起こす多型性の診断方法であって、請求項5のプローブと多型性を含む核酸とのハイブリダイゼーションを可能にするが、請求項5のプローブと野生型KVLQT1とのハイブリダイゼーションを防止するストリンジェントな条件下で請求項5のプローブを患者のDNAまたはRNA試料とハイブリダイゼーションさせることを含み、ハイブリダイゼーションシグナルの存在が該多型性の存在を示すものである方法。
【請求項8】 患者のDNAまたはRNAが増幅されたものであり、該増幅されたDNAまたはRNAがハイブリダイゼーションされるものである、請求項6記載の方法。
【請求項9】 患者のDNAまたはRNAが増幅されたものであり、該増幅されたDNAまたはRNAがハイブリダイゼーションされるものである、請求項7記載の方法。
【請求項10】 ハイブリダイゼーションがイン・サイチュ(in situ)で行われる請求項8記載の方法。
【請求項11】 ハイブリダイゼーションがイン・サイチュ(in situ)で行われる請求項9記載の方法。
【請求項12】 QT延長症候群を引き起こすヒトKVLQT1における多型性の存在を診断する方法であって、該多型性の存在を同定する手段により行われ、該多型性が、下記のもの:
残基315にCys、残基318にAsn、残基353にPro、残基366にTrp、アミノ酸残基168の欠失に伴って位置167にTrp、位置178にPro、位置189にArg、位置273にPhe、位置306にArg、位置312にIle、位置341にGlu、あるいは位置345にGlu
からなる群より選択される変化したアミノ酸を有する配列番号:2のKVLQT1ポリペプチドの存在を生じさせるものである方法。
【請求項13】 該多型性が、塩基664にA、塩基1106にG、塩基1116にC、塩基1220にC、塩基1258にT、塩基662〜664の欠失、塩基694にC、塩基727にA、塩基979にT、塩基1078にA、塩基1097にT、塩基1184にA、あるいは塩基1196にAが存在するものである請求項12の方法。
【請求項14】 該手段が、1本鎖コンホーメーション多型性法を用いて該多型性をアッセイすることを含むものである請求項12の方法。
【請求項15】 該手段がヒトKVLQT1を配列決定することを含むものである請求項12の方法。
【請求項16】 該手段がRNAseアッセイを行うことを含むものである請求項12の方法。
【請求項17】 該手段が、1本鎖コンホーメーション多型性法を用いて該多型性をアッセイすることを含むものである請求項13の方法。
【請求項18】 該手段がヒトKVLQT1を配列決定することを含むものである請求項13の方法。
【請求項19】 該手段がRNAseアッセイを行うことを含むものである請求項13の方法。
【請求項20】 残基315にCys、残基318にAsn、残基353にPro、残基366にTrp、アミノ酸残基168の欠失に伴って位置167にTrp、位置178にPro、位置189にArg、位置273にPhe、位置306にArg、位置312にIle、位置341にGlu、あるいは位置345にGluを含む変異KVLQT1ポリペプチドに結合するが野生型KVLQT1ポリペプチドには結合しない抗体。
【請求項21】 QT延長症候群を診断する方法であって、患者の試料を請求項20の抗体と反応させることにより患者中の変異KVLQT1ポリペプチドの存在に関してアッセイすることを含み、陽性反応の存在がQT延長症候群を示すものである方法。
【請求項22】 該抗体がモノクローナル抗体である請求項21の方法。
【請求項23】 該アッセイが免疫ブロッティングを含むものである請求項21の方法。
【請求項24】 該アッセイが免疫細胞化学的方法を含むものである請求項21の方法。
【請求項25】 QT延長症候群を引き起こす変異を含む単離KVLQT1ポリペプチドであって、該変異が、残基315にCys、残基318にAsn、残基353にPro、残基366にTrp、アミノ酸残基168の欠失に伴って位置167にTrp、位置178にPro、位置189にArg、位置273にPhe、位置306にArg、位置312にIle、位置341にGlu、あるいは位置345にGluである単離KVLQT1ポリペプチド。
【請求項26】 ヒトにおけるQT延長症候群の診断方法であって、該ヒトから得たKVLQT1ポリペプチドを配列決定すること、あるいは該ヒト由来の核酸から合成されたKVLQT1ポリペプチドを配列決定することを含み、残基315にCys、残基318にAsn、残基353にPro、残基366にTrp、アミノ酸残基168の欠失に伴って位置167にTrp、位置178にPro、位置189にArg、位置273にPhe、位置306にArg、位置312にIle、位置341にGlu、あるいは位置345にGluの存在がQT延長症候群を示すものである方法。
【請求項27】 配列番号:41、配列番号:42、配列番号:43、配列番号:44、配列番号:45、配列番号:46、配列番号:47、配列番号:51、配列番号:52、配列番号:53、配列番号:54、配列番号:55、配列番号:56、配列番号:57、配列番号:58、配列番号:59、配列番号:60、配列番号:61、配列番号:62、配列番号:63、配列番号:64、配列番号:65、配列番号:66、配列番号:67、配列番号:68、配列番号:69、配列番号:70、配列番号:71、配列番号:72、配列番号:73および配列番号:74からなる群より選択される単離核酸。
【請求項28】 プライマーが以下のもの:
a)配列番号:41および42;
b)配列番号:43および44;
c)配列番号:45および46;
d)配列番号:47および48;
e)配列番号:51および52;
f)配列番号:53および54;
g)配列番号:55および56;
h)配列番号:57および58;
i)配列番号:59および60;
j)配列番号:61および62;
k)配列番号:63および64;
l)配列番号:65および66;
m)配列番号:67および68;
n)配列番号:69および70;
o)配列番号:71および72;または
p)配列番号:73および74
である核酸プライマーのペアー。
【請求項29】 請求項28記載のプライマーのペアーから選択されるプライマーのペアーを使用することを含む、KVLQT1のエキソンを増幅する方法。
【請求項30】 アミノ酸残基315にCys、アミノ酸残基318にAsn、アミノ酸残基353にPro、アミノ酸残基366にTrp、アミノ酸残基168の欠失に伴って位置167にTrp、位置178にPro、位置189にArg、位置273にPhe、位置306にArg、位置312にIle、位置341にGlu、あるいは位置345にGluを生じさせるKVLQT1中の変異を有するヒトの治療に有用な薬剤のスクリーニング方法であって、
a)変異を有するKVLQT1を発現する第1のセットの細胞を浴溶液中に入れて1回目に誘導されるK+電流を測定すること、ここに該変異は、アミノ酸残基315にCys、アミノ酸残基318にAsn、アミノ酸残基353にPro、アミノ酸残基366にTrp、アミノ酸残基168の欠失に伴って位置167にTrp、位置178にPro、位置189にArg、位置273にPhe、位置306にArg、位置312にIle、位置341にGlu、あるいは位置345にGluであり;
b)該1回目に誘導されたK+電流を測定すること;
c)野生型KVLQT1を発現する第2のセットの細胞を浴溶液中に入れて2回目に誘導されるK+電流を測定すること;
d)該2回目に誘導されたK+電流を測定すること;
e)工程(a)の浴溶液に薬剤を添加すること;
f)工程(e)において3回目に誘導された細胞のK+電流を測定すること;
g)3回目に誘導されたK+電流が、1回目に誘導されたK+電流よりも2回目に誘導されたK+電流に近いかどうかを調べること
を含み、1回目に誘導されたK+電流よりも2回目に誘導されたK+電流に近い3回目に誘導されたK+電流を生じさせる薬剤が該ヒトの治療に有用なものである方法。
【請求項31】 該第1のセットの細胞または該第2のセットの細胞がトランスジェニック動物から得られるものである請求項30の方法。
【請求項32】 配列番号:1のいずれか15個の連続したヌクレオチドまたはその相補物を含み、
配列番号:1が塩基664にA、塩基1106にG、塩基1116にC、塩基1220にC、塩基1258にT、塩基662〜664の欠失、塩基694にC、塩基727にA、塩基979にT、塩基1078にA、塩基1097にT、塩基1184にA、あるいは塩基1196にA
からなる群より選択される1またはそれ以上の変異を含む単離核酸。
【請求項33】 配列番号:1のいずれか12個の連続したヌクレオチドまたはその相補物を含み、
配列番号:1が塩基664にA、塩基1106にG、塩基1116にC、塩基1220にC、塩基1258にT、塩基662〜664の欠失、塩基694にC、塩基727にA、塩基979にT、塩基1078にA、塩基1097にT、塩基1184にA、あるいは塩基1196にA
からなる群より選択される1またはそれ以上の変異を含む単離核酸。
【請求項34】 請求項1のDNAでトランスフェクションされた細胞。
【請求項35】 請求項2のDNAでトランスフェクションされた細胞。
【請求項36】 請求項3のDNAでトランスフェクションされた細胞。
【請求項37】 請求項1の単離DNAを含むベクター。
【請求項38】 請求項2の単離DNAを含むベクター。
【請求項39】 請求項3の単離DNAを含むベクター。
【請求項40】 請求項37のベクターでトランスフェクションされた細胞。
【請求項41】 請求項28のベクターでトランスフェクションされた細胞。
【請求項42】 請求項39のベクターでトランスフェクションされた細胞。
【請求項43】 請求項1のDNAを含む非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項44】 請求項2のDNAを含む非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項45】 請求項3のDNAを含む非ヒトトランスジェニック動物。
【請求項46】 ヒト対象におけるQT延長症候群の危険性を評価する方法であって、該対象の組織試料から単離されたKVLQT1遺伝子またはその発現産物の配列を野生型KVLQT1遺伝子またはその発現産物と比較することによりKVLQT1遺伝子中の変異に関して該対象をスクリーニングすることを含み、ここに、該変異が、配列番号:1の塩基664におけるA、配列番号:1の塩基1106におけるG、配列番号:1の塩基1220におけるC、配列番号:1の塩基1258におけるT、配列番号:1の塩基662−664の欠失、配列番号:1の塩基694におけるC、配列番号:1の塩基727におけるA、配列番号:1の塩基979におけるT、配列番号:1の塩基1078におけるA、配列番号:1の塩基1097におけるT、配列番号:1の塩基1184におけるA、配列番号:1の塩基1196におけるA、配列番号:2の位置315におけるCys、配列番号:2の位置318におけるAsn、配列番号:2の位置353におけるPro、配列番号:2の位置366におけるTrp、配列番号:2のアミノ酸残基の欠失に伴う位置167におけるTrp、配列番号:2の位置178におけるTrp、配列番号:2の位置189におけるArg、配列番号:2の位置273におけるPhe、配列番号:2の位置306におけるArg、配列番号:2の位置312におけるIle、配列番号:2の位置341におけるGlu、または配列番号:2の位置345におけるGluよりなる群から選択され、対象の配列中の変異がQT延長症候群の危険性を示すものである方法。
【請求項47】 該発現産物が、KVLQT1遺伝子のmRNAおよびKVLQT1遺伝子によりコードされるKVLQT1ポリペプチドからなる群より選択されるものである請求項46の方法。
【請求項48】 1またはそれ以上の下記手順:
(a)非変性ポリアクリルアミドゲル上において、該試料から得た1本鎖DNAの電気泳動度の変化を観察すること;
(b)KVLQT1遺伝子へのKVLQT1遺伝子プローブのハイブリダイゼーションに適した条件下において、該試料から単離されたゲノムDNAにKVLQT1遺伝子プローブをハイブリダイゼーションさせること;
(c)該試料からのゲノムDNAへの対立遺伝子特異的プローブのハイブリダイゼーションを調べること;
(d)該試料からのKVLQT1遺伝子の全体または一部を増幅して増幅された配列を得て、次いで、増幅された配列を配列決定すること;
(e)該試料中の特異的なKVLQT1変異対立遺伝子の存在を核酸増幅により調べること;
(f)該試料から得たKVLQT1遺伝子の全体または一部を分子クローニングしてクローン化配列を得て、次いで、クローン化配列を配列決定すること;
(g)分子(1)該試料から単離されたKVLQT1遺伝子ゲノムDNAまたはKVLQT1 mRNAと、(2)ヒト野生型KVLQT1遺伝子DNAに相補的な核酸プローブとが互いにハイブリダイゼーションして2本鎖を形成する場合に、分子(1)と(2)との間のミスマッチが存在するかどうかを調べること;
(h)該試料中のKVLQT1遺伝子配列を増幅し、次いで、増幅された配列を、野生型KVLQT1遺伝子配列を含む核酸プローブとハイブリダイゼーションさせること;
(i)該組織中のKVLQT1遺伝子配列を増幅し、次いで、増幅された配列を、変異KVLQT1遺伝子配列を含む核酸プローブとハイブリダイゼーションさせること;
(j)欠失突然変異に関してスクリーニングすること;
(k)点突然変異に関してスクリーニングすること;
(l)挿入突然変異に関してスクリーニングすること;
(m)KCNE1遺伝子配列または変異KVLQT1遺伝子配列を含む1種またはそれ以上の核酸プローブへの該試料中のKVLQT1遺伝子のin situハイブリダイゼーションを調べること;
(n)イムノブロッティングすること;
(o)免疫細胞化学的分析を行うこと;
(p)該組織から単離されたKVLQT1遺伝子タンパク質と、KVLQT1変異対立遺伝子のポリペプチド発現産物に特異的に結合し得る結合パートナーおよび/または配列番号:2に示すアミノ酸配列を有するKVLQT1ポリペプチドに対する結合パートナーとの間の結合相互作用につきアッセイすること;ならびに
(q)該結合パートナーの生化学的活性の阻害につきアッセイすること
が行われる請求項46の方法。
【請求項49】 配列番号:113に示すアミノ酸配列を有するアフリカツメガエルKVLQT1ポリペプチドをコードする単離核酸。
【請求項50】 配列番号:113に示すアミノ酸配列を有する単離されたアフリカツメガエルのポリペプチド。
【請求項51】 請求項49の核酸のいずれか15個の連続したヌクレオチドまたはその相補物を含む単離核酸。
【請求項52】 請求項49の核酸のいずれか12個の連続したヌクレオチドまたはその相補物を含む単離核酸。
【請求項53】 請求項50のポリペプチドに特異的に結合する抗体。
Applications Claiming Priority (5)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US9447798P | 1998-07-29 | 1998-07-29 | |
US60/094,477 | 1998-07-29 | ||
US09/135,010 US6277978B1 (en) | 1995-12-22 | 1998-08-17 | KVLQT1—a long QT syndrome gene |
US09/135,010 | 1998-08-17 | ||
PCT/US1999/010260 WO2000006199A1 (en) | 1998-07-29 | 1999-05-12 | Kvlqt1 - a long qt syndrome gene |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2002521045A JP2002521045A (ja) | 2002-07-16 |
JP2002521045A5 true JP2002521045A5 (ja) | 2006-07-13 |
Family
ID=26788931
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2000562052A Pending JP2002521045A (ja) | 1998-07-29 | 1999-05-12 | Kvlqt1−qt延長症候群 |
Country Status (8)
Country | Link |
---|---|
US (5) | US6277978B1 (ja) |
EP (1) | EP1100538B1 (ja) |
JP (1) | JP2002521045A (ja) |
AT (1) | ATE369420T1 (ja) |
AU (1) | AU758048B2 (ja) |
CA (1) | CA2336263A1 (ja) |
DE (1) | DE69936781T2 (ja) |
WO (1) | WO2000006199A1 (ja) |
Families Citing this family (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6797486B2 (en) * | 1996-09-11 | 2004-09-28 | Icagen, Incorporated | Small and intermediate conductance, calcium-activated potassium channels and uses thereof |
ATE381626T1 (de) | 2000-04-13 | 2008-01-15 | Univ Georgetown | Genetische diagnose zur feststellung von qt- verlängerungen als unerwünschte reaktion auf arzneimittel |
US6348486B1 (en) * | 2000-10-17 | 2002-02-19 | American Home Products Corporation | Methods for modulating bladder function |
JP2005503149A (ja) * | 2001-08-20 | 2005-02-03 | ジェネッサンス ファーマシューティカルズ,インコーポレイティド | イオン・チャネル疾患に関与する遺伝子多型 |
JP2006511218A (ja) * | 2002-12-21 | 2006-04-06 | ファイザー・プロダクツ・インク | 薬物誘発性不整脈に関連する方法および組成物 |
US7537928B2 (en) * | 2003-08-22 | 2009-05-26 | Masonic Medical Research Laboratory | Mutations in ion channel proteins associated with sudden cardiac death |
US7833718B2 (en) * | 2006-11-06 | 2010-11-16 | Masonic Medical Research Laboratory | CACNA1C nucleic acid mutations as indicators of shorter than normal QT interval and ST segment elevation associated with sudden cardiac death |
Family Cites Families (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
NZ330744A (en) * | 1995-12-22 | 1999-02-25 | Univ Utah Res Found | A long qt syndrome gene which encodes kvlqt1 and its association with mink |
JP4346685B2 (ja) | 1996-10-21 | 2009-10-21 | ユーロビタ アクティーゼルスカブ | パルテニウム・インテグリフォリウム又はその部分若しくはそのエキス又はその成分を含有する医薬組成物、かかる植物材料の医薬製造のための使用、及びパルテニウム・インテグリフォリウムのエキスの製造方法 |
PL207723B1 (pl) | 1998-03-26 | 2011-01-31 | Phytopharm Plc | Zastosowanie smilageniny do leczenia choroby Parkinsona |
AUPP797598A0 (en) | 1998-12-30 | 1999-01-28 | Butters, Desley | Therapeutic agent |
US6194469B1 (en) | 1998-12-11 | 2001-02-27 | Board Of Trustees Operating Michigan State Univeristy | Method for inhibiting cyclooxygenase and inflammation using cherry bioflavonoids |
US20010006686A1 (en) | 1999-03-19 | 2001-07-05 | David G. Corley | Inflammatory mediation obtained from atractylodes lancea |
-
1998
- 1998-08-17 US US09/135,010 patent/US6277978B1/en not_active Expired - Lifetime
-
1999
- 1999-05-12 AU AU39800/99A patent/AU758048B2/en not_active Ceased
- 1999-05-12 DE DE69936781T patent/DE69936781T2/de not_active Expired - Lifetime
- 1999-05-12 WO PCT/US1999/010260 patent/WO2000006199A1/en active IP Right Grant
- 1999-05-12 EP EP99922910A patent/EP1100538B1/en not_active Expired - Lifetime
- 1999-05-12 CA CA002336263A patent/CA2336263A1/en not_active Abandoned
- 1999-05-12 JP JP2000562052A patent/JP2002521045A/ja active Pending
- 1999-05-12 AT AT99922910T patent/ATE369420T1/de not_active IP Right Cessation
-
2000
- 2000-06-19 US US09/597,732 patent/US6451534B1/en not_active Expired - Lifetime
- 2000-06-19 US US09/597,735 patent/US6420124B1/en not_active Expired - Lifetime
- 2000-06-19 US US09/597,731 patent/US6582913B1/en not_active Expired - Lifetime
-
2003
- 2003-02-20 US US10/368,643 patent/US6972176B2/en not_active Expired - Lifetime
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP4472173B2 (ja) | 5−リポキシゲナーゼ活性化タンパク(flap)のゲノム配列、その多型マーカーおよび喘息の検出方法 | |
Machida et al. | Transforming growth factor-α (TGFA): Genomic structure, boundary sequences, and mutation analysis in nonsyndromic cleft lip/palate and cleft palate only | |
Li et al. | Melanocortin 3 receptor (MC3R) gene variants in extremely obese women | |
JP2003530814A5 (ja) | ||
JP2005130764A (ja) | Narc−1遺伝子上の多型を利用した脂質代謝異常に起因する疾患の検査方法、および創薬のための用途 | |
JP2002521065A5 (ja) | ||
CA2336236A1 (en) | Mutations in and genomic structure of herg - a long qt syndrome gene | |
CA2337491A1 (en) | Human mink gene mutations associated with arrhythmia | |
CA2307316A1 (en) | Kcnq2 and kcnq3-potassium channel genes which are mutated in benign familial neonatal convulsions (bfnc) and other epilepsies | |
JP2001514904A5 (ja) | ||
JP2009511026A (ja) | 血栓塞栓性及び冠状動脈性心疾患の診断方法 | |
Jirapongsananuruk et al. | CYBB mutation analysis in X-linked chronic granulomatous disease | |
Wong et al. | Detection of mitochondrial DNA mutations using temporal temperature gradient gel electrophoresis | |
JP2002521045A5 (ja) | ||
US20030129596A1 (en) | Chemical compounds | |
Williams et al. | Comparative semi-automated analysis of (CAG) repeats in the Huntington disease gene: use of internal standards | |
US20050233321A1 (en) | Identification of novel polymorphic sites in the human mglur8 gene and uses thereof | |
CA2369812A1 (en) | Mink-related genes, formation of potassium channels and association with cardiac arrhythmia | |
Haider et al. | Evaluation and molecular characterization of EHD1, a candidate gene for Bardet–Biedl syndrome 1 (BBS1) | |
Nolsøe et al. | Complete mutation scan of the human Fas ligand gene: linkage studies in Type I diabetes mellitus families | |
JP4111481B2 (ja) | 心筋梗塞の遺伝的要因を判定するための方法及びこれに使用されるオリゴヌクレオチド | |
Nakagaki et al. | Transgenic mice with a tandem duplication of the Necdin gene overexpress Necdin | |
Kamio et al. | Direct determination of MUC5B promoter haplotypes based on the method of single-strand conformation polymorphism and their statistical estimation | |
CN1764728A (zh) | 猪的多态性及其检测方法 | |
Laurent et al. | Characterization of a single nucleotide polymorphism in the coding sequence of the bovine transferrin gene |