JP2002508166A - ヒトDendriacおよびBrainiac−3 - Google Patents

ヒトDendriacおよびBrainiac−3

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JP2002508166A JP2000539039A JP2000539039A JP2002508166A JP 2002508166 A JP2002508166 A JP 2002508166A JP 2000539039 A JP2000539039 A JP 2000539039A JP 2000539039 A JP2000539039 A JP 2000539039A JP 2002508166 A JP2002508166 A JP 2002508166A
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dendriac
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クレイグ エイ. ローゼン,
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グレゴリー エイ. エンドレス,
キンバリー エイ. フローレンス,
ガオ−リャン ユ,
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Abstract

(57)【要約】 本発明は、Brainiacファミリーのメンバーである、新規なDendriacポリペプチドおよび新規なBrainiac−3ポリペプチドに関する。特に、ヒトDendriacポリペプチドおよびBrainiac−3ポリペプチドをコードする、単離された核酸を提供する。DendriacポリペプチドおよびBrainiac−3ポリペプチドはまた、ベクター、宿主細胞およびそれらを産生する組換え方法として提供される。本発明はさらに、Dendriac活性およびBrainiac−3活性のアゴニストまたはアンタゴニストを同定するためのスクリーニング方法に関する。免疫系関連障害および神経系関連障害の検出のための診断方法、ならびに免疫系関連障害および神経系関連障害の処置のための治療方法もまた提供される。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】 (発明の分野) 本発明は、ノッチ(Notch)ファミリーに関するポリペプチドをコードす
る2つの新規なヒト遺伝子に関する。より詳細には、Dendriac(デンド
リアック)(Brainiac−2(ブレイニアック−2)とも称する)および
Brainiac−3(ブレイニアック−3)と名付けられる2つのヒトポリペ
プチドをコードする単離された核酸分子が提供される。Dendriacおよび
Brainiac−3ポリペプチドも、ベクター、宿主細胞および産生する組換
え方法もまた同様に提供される。免疫系および神経系に関する障害を検出するた
めの診断方法ならびにこのような障害を処置するための処置方法もまた提供され
る。
【0002】 本発明はさらに、Dendriacおよび/またはBrainiac−3活性
のアゴニストおよびアンタゴニストを同定するためのスクリーニング方法に関す
る。
【0003】 (発明の背景) 細胞分裂の制御は、プログラムされた連続の事象に依存する多細胞生物の基礎
的な局面である。細胞増殖およびその制御における1つの因子は、種々のポリペ
プチドの成長因子の存在である。成長因子は、インビトロの細胞培養の増殖培地
の必須の成分であり、そしてインビボでの細胞生存に関与する。現在までに同定
されている成長因子の部分的なリストとしては、血小板由来成長因子(PDGF
;インビボでの脈管系の修復に関係する);上皮成長因子(EGF;外胚葉およ
び中胚葉起源の細胞に分裂促進因子として作用する);トランスフォーミング成
長因子(TGF)−α(それが正常細胞を軟寒天上で成長させ得ることを除いて
、EGFと同様に分裂促進因子として作用する);トランスフォーミング成長因
子(TGF)−β(ある細胞に対する分裂促進因子および別の細胞に対する増殖
インヒビター);および神経成長因子(NGF;交感神経および胚神経の発生お
よび維持に関与する)が挙げられる。(Watsonら、Molecular
Biology of the Gene、975頁;Benjamin/Cu
mmings(1987))。
【0004】 特定の細胞型は、正常な増殖および維持のために特定の成長因子を必要とする
ことは明らかである。ペプチド成長因子は、種々の組織から産生され、そして分
泌される。標的細胞は、代表的に成長因子の放出部位の近隣に位置される(パラ
クリン応答)。成長促進活性および分化誘導活性に加えて、成長因子は、それら
の標的細胞に対して広範な種々の効果を誘発し、そして炎症、免疫応答、および
創傷修復のようなプロセスに関与する(Pimentel、E.Handboo
k of Growth Factors、第1巻:General Basi
cs(CRC Press 1994)を参照のこと)。
【0005】 心筋肥大は、心臓の限局性のまたは全体的な拡大をいう。正常な肥大は、心臓
のポンプ運動を維持するように機能する代償性作用である。異常な肥大は、高血
圧、心筋梗塞、弁疾患、および心筋症を含む多くの状況で起こる(Simpso
n,P.C.HeartFailure 5:113(1989))。心筋細胞
のペプチド成長因子の効果は、遺伝子発現の区別されるパターンに反映される。
例えば、α−アドレナリン作用性レセプターの刺激は、培養された心筋細胞の肥
大を誘導し、そして転写レベルで遺伝子発現に特異的な変化を生成する(Sim
pson,P.C.「Cardiac Myocyte Hypertroph
y」Molecular Biology of the Cardiovas
cular System 、Roberts,R.ら編:125−133(1
990))。心筋細胞において、成長因子TGF−β1および塩基性FGFは、
同時に複合的および異種の応答を誘発する:特定の成体翻訳産物の選択的阻害、
それと同時の「胎児」の収縮性のタンパク質遺伝子のアップレギュレーション(
Schneiderら、「Oncogenes and Myogenesis
」Molecular Biology of the Cardiovasc
ular System、Roberts,R.ら編:63−71(1990)
)。
【0006】 心筋細胞および心臓の他の細胞(結合組織を含む)における成長因子の遺伝子
発現のモニタリングは、インビトロおよびインビボの両方における異常な肥大の
検出および研究に有用である。器官およびクローン細胞系は、心筋の分化の分析
のために開発されてきた(例えば、Bader,D.ら、Molecular
Biology of the Cardiovascular System
、Roberts,R.ら編:41−49(1990)を参照のこと)。これら
の系における分化は、心筋細胞、および筋特異的タンパク質に対して惹起された
モノクローナル抗体のインビトロでの分析によりモニターされ得る。
【0007】 さらに、ポリペプチド成長因子は、細胞増殖の刺激およびインビトロでの細胞
の生存を助けるための、非常に重要な細胞培養試薬である。
【0008】 この探索は、インビトロおよびインビボの両方での使用のための特定の細胞増
殖を刺激および/または阻害するポリペプチドを存在させるために続けられる。
さらに、この探索は、特定の細胞型または組織型の同定を助けるために定性的に
使用され得る、そして細胞、組織、または器官が、特定のポリペプチドの発現に
ついて異常であるか否かを評価するために定性的に使用され得る新規な組織特異
的マーカーについて続けられる。
【0009】 (発明の要旨) 本発明は、配列番号2に示される完全なアミノ酸配列、または1998年7月
9日にATCC受託番号203056として、プラスミドDNAとして寄託され
たcDNAクローンによりコードされる完全なアミノ酸配列を有するDendr
iacポリペプチドの少なくとも一部分をコードするポリヌクレオチドを含む単
離された核酸分子を提供する。寄託されたDendriacクローンの配列決定
により決定されたヌクレオチド配列(これは、図1A、図1B、および図1C(
配列番号1)で示される)は、319アミノ酸残基の完全なポリペプチドをコー
ドするオープンリーディングフレーム(これは、ヌクレオチド426位〜428 位でN末端のメチオニンをコードする開始コドンを含む)、および約38,19 7ダルトンの推定分子量を含む。本発明の核酸分子は、配列番号2で示されるN
末端のメチオニンを除く完全なアミノ酸配列、またはATCC受託番号2030
56のcDNAクローンによりコードされる、N末端のメチオニンを除く完全な
アミノ酸配列をコードする核酸分子を含み、この分子はまた、Dendriac
アミノ酸配列のN末端に融合される、さらなるアミノ酸をコードし得る。
【0010】 本発明は、配列番号10に示される完全なアミノ酸配列、または1998年2
月12日にATCC受託番号209627として、50の異なるプラスミドDN
A分子のプール中のプラスミドDNAとして寄託されたcDNAクローンにより
コードされる完全なアミノ酸配列を有するDendriacポリペプチドの少な
くとも一部分をコードするポリヌクレオチドを含む単離された核酸分子を提供す
る。寄託されたDendriacクローンの配列決定により決定されたヌクレオ
チド配列(これは、配列番号9で示される)は、319アミノ酸残基の完全なポ
リペプチドをコードするオープンリーディングフレーム(これは、ヌクレオチド 21位〜23位のN末端のメチオニンをコードする開始コドンを含む)、および 約38,197ダルトンの推定分子量を含む。本発明の核酸分子は、配列番号1
0で示されるN末端のメチオニンを除く完全なアミノ酸配列、またはATCC受
託番号209627のcDNAクローンによりコードされるN末端のメチオニン
を除く完全なアミノ酸配列をコードする核酸分子を含み、この分子はまた、De
ndriacアミノ酸配列のN末端に融合される、さらなるアミノ酸をコードし
得る。
【0011】 本発明はまた、配列番号4に示される完全なアミノ酸配列、または1998年
11月9日にATCC受託番号203451として、プラスミドDNAとして寄
託されたcDNAクローンによりコードされる完全なアミノ酸配列を有するBr
ainiac−3ポリペプチドの少なくとも一部分をコードするポリヌクレオチ
ドを含む単離された核酸分子を提供する。寄託されたBrainiac−3クロ
ーンの配列決定により決定されたヌクレオチド配列(これは、図2Aおよび2B
(配列番号3)で示される)は、352アミノ酸残基の完全なポリペプチドをコ
ードするオープンリーディングフレーム(これは、ヌクレオチド47位〜49位 のN末端のメチオニンをコードする開始コドンを含む)、および約39,521 ダルトンの推定分子量を含む。本発明の核酸分子は、配列番号4で示されるN末
端のメチオニンを除く完全なアミノ酸配列、またはATCC受託番号20345
1のcDNAクローンによりコードされる、N末端のメチオニンを除く完全なア
ミノ酸配列をコードする核酸分子を含み、この分子はまた、Brainiac−
3アミノ酸配列のN末端に融合される、さらなるアミノ酸をコードし得る。
【0012】 本発明はまた、配列番号12に示される完全なアミノ酸配列、または1997
年11月14日にATCC受託番号209463として、50の異なる分子をコ
ードする50の異なるプラスミドDNA分子のプール中のプラスミドDNAとし
て寄託されたcDNAクローンによりコードされる完全なアミノ酸配列を有する
Brainiac−3ポリペプチドの少なくとも一部分をコードするポリヌクレ
オチドを含む単離された核酸分子を提供する。寄託されたBrainiac−3
クローンの配列決定により決定されたヌクレオチド配列(これは、配列番号11
で示される)は、352アミノ酸残基の完全なポリペプチドをコードするオープ
ンリーディングフレーム(これは、ヌクレオチド47位〜49位でN末端のメチ オニンをコードする開始コドンを含む)、および約39,521ダルトンの推定 分子量を含む。本発明の核酸分子は、配列番号12で示される、N末端のメチオ
ニンを除く完全なアミノ酸配列、またはATCC受託番号209463のcDN
AクローンによりコードされるN末端のメチオニンを除く完全なアミノ酸配列を
コードする核酸分子を含み、この分子はまた、Brainiac−3アミノ酸配
列のN末端に融合される、さらなるアミノ酸をコードし得る。
【0013】 コードされるDendriacポリペプチドは、図1A、1B、および1Cに
下線で示される25アミノ酸の推定リーダー配列を有し;そして推定成熟Den
driacポリペプチドのアミノ酸配列はまた、図1A、1B、および1C、な
らびに配列番号2および配列番号10に、アミノ酸残基26〜319として示さ
れる。
【0014】 コードされるBrainiac−3ポリペプチドは、図2Aおよび2Bに下線
で示される28アミノ酸の推定リーダー配列を有し;そして推定成熟Brain
iac−3ポリペプチドのアミノ酸配列はまた、図2Aおよび2B、ならびに配
列番号4および配列番号12に、アミノ酸残基29〜352として示される。
【0015】 従って、本発明の1つの実施態様は、以下からなる群から選択されるヌクレオ
チド配列を有するポリヌクレオチドを含む単離された核酸分子を提供する:(a
)配列番号2および配列番号10の完全アミノ酸配列(すなわち、配列番号2お
よび配列番号10の−25〜294位)を有するDendriacポリペプチド
をコードするヌクレオチド配列;(b))N末端メチオニンを除く、配列番号2
および配列番号10の完全アミノ酸配列(すなわち、配列番号2および配列番号
10の−24〜294位)を有するDendriacポリペプチドをコードする
ヌクレオチド配列;(c)配列番号2および配列番号10の1〜294位でのア
ミノ酸配列を有する推定成熟Dendriacポリペプチドをコードするヌクレ
オチド配列;(d)ATCC受託番号203056およびATCC受託番号20
9627に含まれるcDNAクローンによりコードされる完全アミノ酸配列を有
するDendriacポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;(e)AT
CC受託番号203056およびATCC受託番号209056に含まれるcD
NAクローンによりコードされる、N末端メチオニンを除く完全アミノ酸配列を
有するDendriacポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;(f)A
TCC受託番号203056およびATCC受託番号209056に含まれるc
DNAクローンによりコードされるアミノ酸配列を有する成熟Dendriac
ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;ならびに(g)上記の(a)、(
b)、(c)、(d)、(e)、または(f)の任意のヌクレオチド配列に相補
的なヌクレオチド配列。
【0016】 本発明のさらなる実施態様は、以下からなる群から選択されるヌクレオチド配
列を有するポリヌクレオチドを含む単離された核酸分子を提供する:(a)配列
番号4および配列番号12の完全アミノ酸配列(すなわち、配列番号4の−28
〜324位)を有するBrainiac−3ポリペプチドをコードするヌクレオ
チド配列;(b)N末端メチオニンを除く、配列番号4および配列番号12の完
全アミノ酸配列(すなわち、配列番号4および配列番号12の−27〜324位
)を有するBrainiac−3ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;
(c)配列番号4および配列番号12の1〜324位のアミノ酸配列を有する推
定成熟Brainiac−3ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;(d
)ATCC受託番号203451およびATCC受託番号209463に含まれ
るcDNAクローンによりコードされる完全アミノ酸配列を有するBraini
ac−3ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;(e)ATCC受託番号
203451およびATCC受託番号209463に含まれるcDNAクローン
によりコードされるN末端メチオニンを除く、完全アミノ酸配列を有するBra
iniac−3ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;(f)ATCC受
託番号203451およびATCC受託番号209463に含まれるcDNAク
ローンよりにコードされるアミノ酸配列を有する成熟Brainiac−3ポリ
ペプチドをコードするヌクレオチド配列;ならびに(g)上記の(a)、(b)
、(c)、(d)、(e)、または(f)の任意のヌクレオチド配列に相補的な
ヌクレオチド配列。
【0017】 本発明のさらなる実施態様は、上記のDendriacおよびBrainia
c−3に関する(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)または(g)
のヌクレオチド配列のいずれかに対して、または上記のDendriacおよび
Brainiac−3に関する(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f
)または(g)のポリヌクレオチドに対してストリンジェントなハイブリダイゼ
ーション条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドに対して、少なくとも9
0%同一であり、そしてより好ましくは少なくとも95%、96%、97%、9
8%、または99%同一であるヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドを含
む単離された核酸分子を含む。このハイブリダイズするポリヌクレオチドは、A
残基のみからなるヌクレオチド配列、またはT残基のみからなるヌクレオチド配
列を有するポリヌクレオチドに対しストリンジェントなハイブリダイゼーション
条件下でハイブリダイズしない。
【0018】 本発明のさらなる核酸の実施態様は、上記のDendriacおよびBrai
niac−3に関する、(a)、(b)、(c)、(d)、(e)または(f)
のアミノ酸配列を有するDendriacおよびBrainiac−3ポリペプ
チドのエピトープ保有部分のアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドを含む
、単離された核酸分子に関する。本発明のさらなる核酸の実施態様は、少なくと
も1つの保存的アミノ酸置換を含むが、50以下の保存的アミノ酸置換、さらに
より好ましくは、40以下の保存的アミノ酸置換、なおより好ましくは、30以
下の保存的アミノ酸置換、そして、なおさらにより好ましくは、20以下のアミ
ノ酸置換を含むアミノ酸配列を有する、DendriacおよびBrainia
c−3ポリペプチドのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドを含む、単離
された核酸分子に関する。もちろん、さらに増して好ましくあるためには、De
ndriacおよびBrainiac−3ポリペプチドのアミノ酸配列をコード
するポリヌクレオチドが、10、9、8、7、6、5、4、3、2、または1以
下の保存的アミノ酸置換を含むアミノ酸配列を有することは、非常に好ましい。
【0019】 本発明はまた、本発明の単離された核酸分子を含む組換えベクター、および組
換えベクターを含む宿主細胞、ならびにこのようなベクターおよび宿主細胞の作
製方法、および組換え技術によるDendriacもしくはBrainiac−
3ポリペプチドまたはペプチドの産生にこれらを使用する方法に関する。
【0020】 本発明はまた、以下からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む単離された
Dendriacポリペプチドを提供する:(a)配列番号2および配列番号1
0に示される完全アミノ酸配列(すなわち、配列番号2および配列番号10の1
〜319位)を有する全長Dendriacポリペプチドのアミノ酸配列;(b
)N末端メチオニンを除く、配列番号2および配列番号10に示される完全アミ
ノ酸配列(すなわち、配列番号2および配列番号10の2〜319位)を有する
全長Dendriacポリペプチドのアミノ酸配列;(c)配列番号2および配
列番号10の26〜319位のアミノ酸配列を有する推定成熟Dendriac
ポリペプチドのアミノ酸配列;(d)ATCC受託番号203056およびAT
CC受託番号209627に含まれるcDNAクローンによりコードされる完全
アミノ酸配列;(e)ATCC受託番号203056およびATCC受託番号2
09627に含まれるcDNAクローンによりコードされる、N末端メチオニン
を除く完全アミノ酸配列;および(f)ATCC受託番号203056およびA
TCC受託番号209627に含まれるcDNAクローンによりコードされる推
定成熟Dendriacポリペプチドの完全アミノ酸配列。
【0021】 さらに、本発明は、以下からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む単離さ
れたBrainiac−3ポリペプチドを提供する:(a)配列番号4および配
列番号12に示される完全アミノ酸配列(すなわち、配列番号4および配列番号
12の1〜352位)を有する全長Brainiac−3ポリペプチドのアミノ
酸配列;(b)N末端メチオニンを除く、配列番号4および配列番号12に示さ
れる完全アミノ酸配列(すなわち、配列番号4および配列番号12の2〜352
位)を有する全長Brainiac−3ポリペプチドのアミノ酸配列;(c)配
列番号4および配列番号12の29〜352位のアミノ酸配列を有する推定成熟
Brainiac−3ポリペプチドのアミノ酸配列;(d)ATCC受託番号2
03451およびATCC受託番号209463に含まれるcDNAクローンに
よりコードされる完全アミノ酸配列;(e)ATCC受託番号203451およ
びATCC受託番号209463に含まれるcDNAクローンによりコードされ
る、N末端メチオニンを除く完全アミノ酸配列;および(f)ATCC受託番号
203451およびATCC受託番号209463に含まれるcDNAクローン
によりコードされる推定成熟Brainiac−3ポリペプチドの完全アミノ酸
配列。
【0022】 本発明のポリペプチドはまた、上記のDendriacおよびBrainia
c−3の(a)、(b)、(c)、(d)、(e)または(f)に記載されるポ
リペプチドに対し、少なくとも80%同一であり、より好ましくは少なくとも9
0%同一であり、そしてなおより好ましくは95%、96%、97%、98%、
または99%同一であるアミノ酸配列を有するポリペプチド、ならびに上記のD
endriacおよびBrainiac−3に対して少なくとも90%の類似性
、そしてより好ましくは少なくとも95%の類似性を有するアミノ酸配列を有す
るポリペプチドを含む。
【0023】 本発明のさらなる実施態様は、上記のDendriacおよびBrainia
c−3に関する、(a)、(b)、(c)、(d)、(e)または(f)に記載
されるアミノ酸配列を有するDendriacおよび/またはBrainiac
−3ポリペプチドのエピトープ保有部分のアミノ酸配列を含むペプチドまたはポ
リペプチドに関する。本発明のDendriacおよび/またはBrainia
c−3ポリペプチドのエピトープ保有部分のアミノ酸配列を有するペプチドまた
はポリペプチドは、少なくとも6個または7個、好ましくは少なくとも9個、そ
してより好ましくは少なくとも約30アミノ酸〜約50アミノ酸のこのようなポ
リペプチドの部分を含むが、任意の長さまでのエピトープ保有ポリペプチド、お
よび上記に記載された本発明のポリペプチドの完全なアミノ酸配列を含むエピト
ープ保有ポリペプチドもまた、本発明に含まれる。
【0024】 本発明のさらなる実施態様は、少なくとも1つの保存的アミノ酸置換を含むが
、50以下の保存的アミノ酸置換、さらにより好ましくは、40以下の保存的ア
ミノ酸置換、なおより好ましくは、30以下の保存的アミノ酸置換、そして、な
おさらにより好ましくは、20以下のアミノ酸置換を含むアミノ酸配列を有する
、Dendriacおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドのアミノ
酸配列を含む、ペプチドまたはポリペプチドに関する。もちろん、さらに増して
好ましくあるためには、ペプチドまたはポリペプチドが、少なくとも1つの保存
的アミノ酸置換を含むが、10、9、8、7、6、5、4、3、2、または1以
下の保存的アミノ酸置換を含む、Dendriacおよび/またはBraini
ac−3ポリペプチドのアミノ酸配列を含むアミノ酸配列を有することは、非常
に好ましい。
【0025】 別の実施態様において、本発明は、上記のDendriacおよびBrain
iac−3に関する、(a)、(b)、(c)、(d)、(e)または(f)に
記載されるアミノ酸配列を有するDendriacおよびBrainiac−3
ポリペプチドに対して特異的に結合する単離された抗体を提供する。本発明はさ
らに、本明細書中に記載されるアミノ酸配列を有するDendriacおよび/
またはBrainiac−3ポリペプチドに対して特異的に結合する抗体を単離
する方法を提供する。このような抗体は、以下に記載されるように診断上または
治療上有用である。
【0026】 本発明はまた、Dendriacおよび/またはBrainiac−3ポリペ
プチド、特にヒトDendriacおよび/またはBrainiac−3ポリペ
プチドを含む薬学的組成物を提供し、これは、例えば、免疫系および/または神
経系の疾患および障害に対して処置するために使用され得る。Dendriac
および/またはBrainiac−3ポリペプチドを必要とする個体を処置する
方法もまた、提供され得る。
【0027】 本発明はさらに、インビトロでの細胞、エキソビボでの細胞、およびインビボ
での細胞または多細胞生物への投与のためのDendriacおよび/またはB
rainiac−3ポリヌクレオチドまたはDendriacおよび/またはB
rainiac−3ポリペプチドを含む組成物を提供する。本発明のこの局面に
おける特定の特に好ましい実施態様において、組成物は、疾患の処置のために、
宿主生物中でのDendriacおよび/またはBrainiac−3ポリペプ
チドの発現のためのDendriacおよび/またはBrainiac−3ポリ
ヌクレオチドを含む。この点において特に好ましいのは、Dendriacおよ
び/またはBrainiac−3のポリヌクレオチドおよび/またはポリペプチ
ドの異所内在性活性に関連する機能障害の処置のためのヒト患者における発現で
ある。
【0028】 本発明はまた、Dendriacおよび/またはBrainiac−3ポリペ
プチドの生物学的活性を増強または阻害し得る化合物を同定するためのスクリー
ニング方法を提供する。この方法は、Dendriacおよび/またはBrai
niac−3ポリペプチド存在下で、候補化合物と、Dendriacおよび/
またはBrainiac−3ポリペプチドによりその活性が阻害または増強され
るレセプターとを接触する工程、候補化合物およびDendriacおよび/ま
たはBrainiac−3ポリペプチドの存在下で、レセプターの細胞分割活性
をアッセイする工程、およびそのレセプター活性と標準レベルの活性とを比較す
る工程(この標準は、Dendriacおよび/またはBrainiac−3ポ
リペプチド存在および候補化合物の非存在下でレセプターとの間で接触がなされ
る場合にアッセイされる)を含む。このアッセイでは、標準を超えるレセプター
活性の上昇は、候補化合物がDendriacおよび/またはBrainiac
−3活性のアゴニストであることを示し、そして標準と比較したレセプター活性
の減少は、その化合物がDendriacおよび/またはBrainiac−3
活性のアンタゴニストであることを示す。
【0029】 別の局面では、アゴニストおよびアンタゴニストについてのスクリーニングア
ッセイが提供され、このアッセイは、候補化合物がノッチファミリーの別のメン
バーへのDendriacおよび/またはBrainiac−3の結合に対して
有する効果を決定する工程を含む。特に、この方法は、Dendriacおよび
/またはBrainiac−3ポリペプチドおよび候補化合物をノッチファミリ
ーのメンバーと接触させる工程、および候補化合物の存在に起因してノッチファ
ミリーのメンバーへのDendriacおよび/またはBrainiac−3ポ
リペプチドの結合が増加するか減少するかを決定する工程を含む。このアッセイ
では、標準の結合を超えるDendriacおよび/またはBrainiac−
3の結合の増加は、候補化合物がDendriacおよび/またはBraini
ac−3結合活性のアゴニストであることを示し、そして標準と比較したDen
driacおよび/またはBrainiac−3結合の減少は、その化合物がD
endriacおよび/またはBrainiac−3結合活性のアンタゴニスト
であることを示す。 さらに別の局面において、Dendriacおよび/またはBrainiac−
3ポリペプチドは、ウイルスレセプターまたはコレセプターとしても機能する細
胞表面ポリペプチドに結合し得る。従って、Dendriacおよび/またはB
rainiac−3、あるいは、それらのアゴニストまたはアンタゴニストは、
ウイルス結合のレベルまたはDendriacおよび/またはBrainiac
−3のレセプターまたはコレセプターとの相互作用のレベルで、あるいはウイル
スの細胞への内部移行または侵入の過程でウイルスの感染力を調節するために使
用され得る。
【0030】 Dendriacは、樹状細胞のみならず、(HGS ESTデータベースの
BLAST分析を使用して)NTERA2細胞、成体肺組織、唾液腺、卵巣、C
aco−2大腸腺癌細胞株、平滑筋、小脳、8週齢全ヒト胚、血管外皮細胞腫、
扁桃、黒質、および全脳で発現されることが発見された。
【0031】 さらに、(ノーザンブロット解析を使用して)Dendriacのメッセージ
は、脳、腎臓、膵臓、精巣、胎児肝臓、および甲状腺で、大量に検出される。さ
らにノーザンブロット実験により、以下の組織においてDendriacの、よ
り低いが、明白なレベルの発現が示される;肺、肝臓、扁桃、尾状核、脳梁、海
馬、全脳、黒質、視床下核、視床、副腎皮質、小腸、胃、脾臓、リンパ節、およ
び大腸腺癌SW480。最後に、非常に低いレベルのDendriac発現が、
ノーザンブロットにより以下の組織で発現される:前立腺、子宮、肺癌A549
、および黒色腫G361。従って、本発明の核酸は、生物学サンプルでの組織ま
たは細胞型に存在する差異を同定するためのハイブリダイゼーションプローブと
して有用である。同様に、ポリペプチドおよびこれらのポリペプチドに指向され
る抗体は、組織または細胞型の差異を同定するための免疫学的プローブを提供す
るために有用である。さらに、上記の組織または細胞、特に免疫系の多数の障害
について、有意により高いレベル、またはより低いレベルのDendriac遺
伝子発現が、「標準的な」Dendriac遺伝子発現レベル(すなわち、免疫
系障害を有さない個体由来の健常組織のDendriac発現レベル)と比較し
て、このような障害を有する個体から採取した特定の組織(例えば、癌組織およ
び創傷組織)または体液(例えば、血清、血漿、尿、滑液または髄液)において
検出され得る。
【0032】 従って、本発明は、このような障害の診断において有用な診断方法を提供し、
この方法は以下を含む:(a)個体の細胞または体液でのDendriac遺伝
子発現レベルをアッセイする工程;(b)そのDendriac遺伝子発現レベ
ルを標準のDendriac遺伝子発現レベルと比較する工程、これにより、ア
ッセイしたDendriac遺伝子発現レベルの、標準発現レベルと比較した増
加または減少は、免疫系の障害の指標となる。
【0033】 Brainiac−3は、胎児脳のみならず、てんかん性前頭、および12週
齢の初期段階ヒトにおいて発現されることが発見された。さらに、(ノーザンブ
ロット解析を使用して)Brainiac−3のメッセージは、胎児脳および胎
児腎臓で大量に検出される。さらに、ノーザンブロット実験により、肺および肝
臓でのBrainiac−3のより低いが、明白なレベルの発現がまた示される
。さらに、Brainiac−3のノーザンブロット発現研究により、全てのポ
ジティブな組織で約1.35kbのバンド、胎児腎臓および胎児脳で約2.0k
bのバンド、ならびに胎児脳で約4.0kbのバンドが同定される。従って、本
発明の核酸は、生物学サンプルでの組織または細胞型の差異を同定するためのハ
イブリダイゼーションプローブとして有用である。同様に、ポリペプチドおよび
これらのポリペプチドに指向される抗体は、組織または細胞型の差異を同定する
ための免疫学的プローブを提供するために有用である。さらに、上記の組織また
は細胞、特に免疫系および神経系の多数の障害について、有意により高いレベル
、またはより低いレベルのBrainiac−3遺伝子発現が、「標準的な」B
rainiac−3遺伝子発現レベル(すなわち、免疫系障害を有さない個体由
来の健常組織のBrainiac−3発現レベル)と比較して、このような障害
を有する個体から採取した特定の組織(例えば、癌組織および創傷組織)または
体液(例えば、血清、血漿、尿、滑液または髄液)において検出され得る。
【0034】 従って、本発明は、このような障害の診断において有用な診断方法を提供し、
この方法は以下を含む:(a)個体の細胞または体液でのBrainiac−3
遺伝子発現レベルをアッセイする工程;(b)そのBrainiac−3遺伝子
発現レベルを標準のBrainiac−3遺伝子発現レベルと比較する工程、こ
れにより、アッセイしたBrainiac−3遺伝子発現レベルの、標準発現レ
ベルと比較した増加または減少は、免疫系および神経系の障害の指標となる。
【0035】 本発明の別の実施態様は、体内でのDendriac活性レベルの増加を必要
とする個体を処置するための方法に関し、このような個体に、治療的有効量の本
発明の単離されたDendriacポリペプチドまたはそのアゴニストを含む組
成物を投与する工程を含む。
【0036】 本発明のさらなる実施態様は、体内でのDendriac活性レベルの減少を
必要とする個体を処置するための方法に関し、このような個体に、治療的有効量
のDendriacアンタゴニストを含む組成物を投与する工程を含む。本発明
の使用のための好ましいアンタゴニストは、Dendriac特異的抗体である
【0037】 本発明のよりさらなる実施態様は、体内でのBrainiac−3活性レベル
の増加を必要とする個体を処置するための方法に関し、このような個体に、治療
的有効量の本発明の単離されたBrainiac−3ポリペプチドまたはそのア
ゴニストを含む組成物を投与する工程を含む。
【0038】 本発明のなおさらなる実施態様は、体内でのBrainiac−3活性レベル
の減少を必要とする個体を処置するための方法に関し、このような個体に、治療
的有効量のBrainiac−3アンタゴニストを含む組成物を投与する工程を
含む。本発明の使用のための好ましいアンタゴニストは、Brainiac−3
特異的抗体である。
【0039】 (発明の詳細な説明) 本発明は、クローン化されたcDNAを配列決定することにより決定された、
配列番号2で示されるアミノ酸配列を有するDendriacポリペプチドをコ
ードするポリヌクレオチドを含む単離された核酸分子を提供する。図1A、1B
、および1C(配列番号1)で示されるヌクレオチド配列は、HFVIF40
cDNAクローン(アメリカンタイプカルチャーコレクション 10801 U
niversity Boulevard,Manassas,Virgini
a 20110−2209に1998年7月9日に寄託され、そして、ATCC
受託番号203056が与えられた)を配列決定することにより得られた。寄託
されたクローンは、pBluescript SK(−)プラスミド(Stra
tagene、La Jolla、CA)に含まれる。このクローンのヌクレオ
チド配列およびアミノ酸配列は、米国仮特許取得出願番号60/077,687
において提供され、そしてそれぞれ配列番号9および配列番号10として本願に
おいて示される。
【0040】 本発明のDendriacをコードするmRNAについて決定されたヌクレオ
チド配列は翻訳され、配列番号10として示される決定されたアミノ酸配列を提
供する。配列番号10として示されるDendriacの決定されたアミノ酸配
列は、配列番号9として示される決定されたヌクレオチド配列を、タンパク質の
翻訳開始(「開始」)コドンまたはその付近で開始し、そして最初の翻訳終止(
「停止」)コドンまで続けることによりコードされた。配列番号9において示さ
れる決定されたヌクレオチド配列の翻訳は、同一オープンリーディングフレーム
内の最初のアミノ酸コドンから最初の停止コドンまで(すなわち、このオープン
リーディングフレームの中の最後のアミノ酸として同定された配列番号10にお
ける位置でアミノ酸をコードする、配列番号9の位置まで)のオープンリーディ
ングフレームにおいて持続される。
【0041】 本発明はさらに、クローン化されたcDNAを配列決定することにより決定さ
れた、配列番号4において示されるアミノ酸配列を有するBrainiac−3
ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む単離された核酸分子を提供す
る。図2Aおよび2B(配列番号3)において示されるヌクレオチド配列は、H
FCCQ50 cDNAクローン(アメリカンタイプカルチャーコレクション
10801 University Boulevard,Manassas,
Virginia 20110−2209に1998年11月9日に寄託され、
そして、ATCC受託番号203451が与えられた)を配列決定することによ
り得られた。寄託されたクローンは、pBluescript SK(−)プラ
スミド(Stratagene、La Jolla、CA)に含まれる。このク
ローンのヌクレオチド配列およびアミノ酸配列は、米国仮特許取得出願番号60
/068,006において提供され、そしてそれぞれ配列番号11および配列番
号12として本願において示される。
【0042】 本発明のBrainiac−3をコードするmRNAについて決定されたヌク
レオチド配列は翻訳され、配列番号12として示される決定されたアミノ酸配列
を提供する。配列番号12として示されるBrainiac−3の決定されたア
ミノ酸配列は、配列番号11として示される決定されたヌクレオチド配列をタン
パク質の翻訳開始(「開始」)コドンまたはその付近で開始し、そして最初の翻
訳終止(「停止」)コドンまで続けることによりコードされた。配列番号11に
おいて示される決定されたヌクレオチド配列の翻訳は、同一オープンリーディン
グフレーム内の最初のアミノ酸コドンから最初の停止コドンまで(すなわち、こ
のオープンリーディングフレームの中の最後のアミノ酸として同定された配列番
号12における位置でアミノ酸をコードする、配列番号11の位置まで)の読み
取り枠において持続される。
【0043】 本発明のDendriacおよびBrainiac−3ポリペプチドは、Br
ainiacをコードするDrosophila Melanogaster
mRNAの翻訳産物と配列相同性を共有する(図3;配列番号5)。Brain
iac−3は、神経性分泌シグナルタンパク質と相同性を共有する。Droso
phila Brainiacは、胚形成細胞のニューロンへの分化において役
割を果たすと考えられる、重要な神経性分泌分子であることが考えられる。従っ
て、DendriacポリヌクレオチドおよびBrainiac−3ポリヌクレ
オチドならびに本発明のポリペプチドは、細胞の初期ステージにおける細胞分化
および組織発生に効力を発揮し、そして樹状細胞、または他の免疫系細胞、また
はニューロン、または神経系の他の細胞への胚形成細胞の分化において補助する
ために供され得ることが意図される。
【0044】 (核酸分子) 他に示されない限り、本明細書中でDNA分子を配列決定することによって決
定されたすべてのヌクレオチド配列は、自動化DNA配列決定機(例えば、Ap
plied Biosystems,Inc.,Foster City,CA
のModel 373)を用いて決定され、そして本明細書中で決定されるDN
A分子によってコードされるポリペプチドのすべてのアミノ酸配列は、上記のよ
うに決定されるDNA配列の翻訳によって推定された。従って、この自動化アプ
ローチによって決定された任意のDNA配列について当該分野において公知のよ
うに、本明細書中で決定される任意のヌクレオチド配列はいくつかの誤りを含み
得る。自動化によって決定されるヌクレオチド配列は、配列決定されるDNA分
子の実際のヌクレオチド配列に対して、代表的には少なくとも約90%同一、よ
り代表的には少なくとも約95%から少なくとも約99.9%同一である。実際
の配列は、当該分野において周知の手動DNA配列決定方法を含む他のアプロー
チによってさらに正確に決定され得る。当該分野においてまた公知のように、実
際の配列と比較した、決定されるヌクレオチド配列における単一の挿入または欠
失は、ヌクレオチド配列の翻訳においてフレームシフトを引き起こし、その結果
、決定されたヌクレオチド配列によってコードされる推定アミノ酸配列は、配列
決定されたDNA分子によって実際にコードされるアミノ酸配列とは完全に異な
り、このような挿入または欠失の点にて始まる。
【0045】 核酸分子またはポリヌクレオチドの「ヌクレオチド配列」によって、DNA分
子またはポリヌクレオチドについてはデオキシリボヌクレオチドの配列が、そし
てRNA分子またはポリヌクレオチドについてはリボヌクレオチド(A,G,C
,およびU)の対応する配列(ここで、特定されるデオキシリボヌクレオチド配
列における各チミジンデオキシリボヌクレオチド(T)は、リボヌクレオチドの
ウリジン(U)によって置き換えられる)が意図される。
【0046】 図1A、1B、および1C(配列番号1)ならびに配列番号9におけるヌクレ
オチド配列のような、本明細書中で提供される情報を使用して、Dendria
cポリペプチドをコードする本発明の核酸分子は、出発物質としてmRNAを使
用してcDNAをクローニングするための手順のような標準的なクローニングお
よびスクリーニング手順を使用して得られ得る。本発明の実例となる、図1A、
1B、および1C(配列番号1)ならびに配列番号9に記載される核酸分子は、
樹状細胞由来のcDNAライブラリーから発見された。同じ遺伝子のさらなるク
ローンは、以下の組織由来のcDNAライブラリーにおいてもまた同定された:
NTERA2細胞、成人肺組織、唾液腺、卵巣、Caco−2結腸腺癌細胞株、
平滑筋、小脳、8週齢全ヒト胚、血管外皮細胞腫(hemagiopericy
toma)、扁桃、黒質、および全脳。
【0047】 図2Aおよび2B(配列番号3)ならびに配列番号11におけるヌクレオチド
配列のような、本明細書中で提供される情報を使用して、Brainiac−3
ポリペプチドをコードする本発明の核酸分子は、出発物質としてmRNAを使用
してcDNAをクローニングするための手順のような標準的なクローニングおよ
びスクリーニング手順を使用して得られ得る。本発明の実例となる、図2Aおよ
び2B(配列番号3)ならびに配列番号11に記載される核酸分子は、胎児脳由
来のcDNAライブラリーから発見された。同じ遺伝子のさらなるクローンは、
以下の組織由来のcDNAライブラリーにおいてもまた同定された:てんかん性
前頭皮質、および12週齢の初期ステージのヒト。
【0048】 図1A、1B、および1C(配列番号1)のDendriac cDNAの決
定されたヌクレオチド配列は、319アミノ酸残基のポリペプチド(これは、図
1A、1B、および1C(配列番号1)におけるヌクレオチド配列のヌクレオチ
ド426〜428位での開始コドン、および約38,197ダルトンの推定分子
量を有する)をコードするオープンリーディングフレームを含む。配列番号9の
Dendriac cDNAの決定されたヌクレオチド配列は、319アミノ酸
残基のポリペプチド(これは、配列番号9におけるヌクレオチド配列のヌクレオ
チド21〜23位での開始コドン、および約38,197ダルトンの推定分子量
を有する)をコードするオープンリーディングフレームを含む。配列番号2およ
び配列番号10に示されるDendriacポリペプチドのアミノ酸配列は、B
rainiacについてのDrosophila melanogaster
mRNA(図3)(これは、GenBank登録番号U41449としてアクセ
スされ得る)に約29.7%同一である。
【0049】 図2Aおよび2B(配列番号3)ならびに配列番号11のBrainiac−
3 cDNAの決定されたヌクレオチド配列は、352アミノ酸残基のポリペプ
チド(これは、図2Aおよび2B(配列番号3)ならびに配列番号11における
ヌクレオチド配列のヌクレオチド47〜49位での開始コドン、および約39,
521ダルトンの推定分子量を有する)をコードするオープンリーディングフレ
ームを含む。配列番号4および配列番号12に示されるBrainiac−3ポ
リペプチドのアミノ酸配列は、BrainiacについてのDrosophil
a melanogaster mRNA(図3)(これは、GenBank登
録番号U41449としてアクセスされ得る)に約37.3%同一である。
【0050】 当業者が理解するように、上記で議論された配列決定誤差の可能性によって、
約319アミノ酸(Dendriac)および約352アミノ酸(Braini
ac−3)を含む、それぞれの寄託されたcDNAクローンによりコードされる
実際の完全なDendriacポリペプチドおよびBrainiac−3ポリペ
プチドは、いくらか長いかもしれないし、短いかもしれない。さらに一般的には
、DendriacおよびBrainiac−3を含む実際のオープンリーディ
ングフレームは、図1A、1B、および1C(配列番号1)ならびに配列番号9
(すなわち、Dendriac)、そして図2Aおよび2B(配列番号3)なら
びに配列番号11(すなわち、Brainiac−3)において示されるN末端
からのメチオニンコドンから推定されるものの、±20アミノ酸の範囲、よりお
そらくは±10アミノ酸の範囲のいずれかにあり得る。種々の機能ドメインを同
定するために使用される分析基準に依存して、Dendriacポリペプチドお
よび/またはBrainiac−3ポリペプチドのシグナル配列の正確な「所在
地」は、上記の推定位置からわずかに異なり得ることがさらに理解される。
【0051】 (リーダー配列および成熟配列) 完全DendriacポリペプチドおよびBrainiac−3ポリペプチド
の各アミノ酸配列は、配列番号2および配列番号10、ならびに配列番号4およ
び配列番号12においてそれぞれ示されるようなリーダー配列および成熟ポリペ
プチドを含む。より詳細には、本発明は、Dendriacポリペプチドまたは
Brainiac−3ポリペプチドのいずれかの成熟形態をコードする核酸分子
を提供する。従って、シグナル仮説によれば、粗面小胞体を通して伸長しつつあ
るポリペプチド鎖の輸送が一旦開始されると、哺乳動物細胞から分泌されるポリ
ペプチドは、ポリペプチドの分泌される「成熟」形態を生成するために完全なポ
リペプチドから切断されるシグナルまたは分泌リーダー配列を有する。ほとんど
の哺乳動物細胞および昆虫細胞もなお、同じ特異性で、分泌されるポリペプチド
を切断する。しかし、いくつかの場合、分泌されるポリペプチドの切断は、完全
には均一ではなく、これによってポリペプチドの2つ以上の成熟種が生じる。さ
らに、分泌されるポリペプチドの切断特異性が、完全なポリペプチドの一次構造
によって究極的に決定されること、すなわち、切断特異性はポリペプチドのアミ
ノ酸配列に固有であることが長い間知られている。従って、本発明は、ATCC
受託番号第203056号および同第209627号に含まれるcDNAクロー
ンによってコードされるアミノ酸配列を有する成熟Dendriacポリペプチ
ドをコードするヌクレオチド配列を提供する。従って本発明はまた、ATCC受
託番号第203451号および同第209463号に含まれるcDNAクローン
によってコードされるアミノ酸配列を有する成熟Brainiac−3ポリペプ
チドをコードするヌクレオチド配列を提供する。「ATCC受託番号第2030
56号および同第209627号に含まれるcDNAクローンによりコードされ
るアミノ酸配列を有する成熟Dendriacポリペプチド」により、寄託され
たクローンのヒトDNA配列によりコードされる完全なオープンリーディングフ
レームを哺乳動物細胞(例えば、以下に記載されるようなCOS細胞)で発現さ
せることにより産生されるDendriacポリペプチドの成熟形態が意味され
る。さらに、「ATCC受託番号第203451号および同第209463号に
含まれるcDNAクローンによりコードされるアミノ酸配列を有する成熟Bra
iniac−3ポリペプチド」により、寄託されたクローンのヒトDNA配列に
よりコードされる完全なオープンリーディングフレームを哺乳動物細胞(例えば
、以下に記載されるようなCOS細胞)で発現させることにより産生されるBr
ainiac−3ポリペプチドの成熟形態が意味される。
【0052】 さらに、分泌リーダーおよびそのリーダー配列のための切断点をポリペプチド
が有するか否かを推定する方法が利用可能である。例えば、McGeoch(V
irus Res. 3:271−286(1985))の方法は、完全(切断
されていない)ポリペプチドの短いN末端荷電領域および続く非荷電領域からの
情報を使用する。von Heinje(Nucleic Acids Res
. 14:4683−4690(1986))の方法は、切断部位、代表的には
残基−13〜+2(ここで、+1は成熟ポリペプチドのアミノ末端を示す)の周
囲の残基からの情報を使用する。これらの各方法についての公知の哺乳動物分泌
ポリペプチドの切断点を推定することの精度は、75〜80%の範囲である(v
on Heinje、前出)。しかし、この2つの方法は、所定のポリペプチド
について同じ推定切断点を常に生じるわけではない。
【0053】 この場合、完全DendriacポリペプチドおよびBrainiac−3ポ
リペプチドの推定アミノ酸配列は、コンピュータープログラム「SignalP
」(Nielsen,H.ら、Prot.Eng.10:1−6(1997)を
参照のこと)(このプログラムは、アミノ酸配列に基づいてポリペプチドの細胞
位置を推定するためのエキスパートシステムである)により分析される。位置決
めについてのこのコンピューター推定の一部として、von Heinjeの方
法が組み込まれている。従って、上記のコンピューター使用の分析は配列番号2
および配列番号10に示される完全なアミノ酸配列内の単一のシグナルペプチド
切断部位、ならびに配列番号4および配列番号12に示される完全なアミノ酸配
列内の単一のシグナルペプチド切断部位を推定した。
【0054】 Dendriacポリペプチドの推定シグナルペプチド配列は、配列番号10
として示されるアミノ酸配列のアミノ酸残基1〜27であることが本発明者らに
よって推定された。引き続いて、このシグナルペプチド配列が、配列番号2およ
び配列番号10として示されるアミノ酸配列のアミノ酸1〜25であることが、
SignalPコンピュータープログラムより推定された。従って、この推定シ
グナルペプチド配列は、20〜30の間の範囲であると推定される。従って、本
発明の好ましいポリペプチドは、任意の以下のポリペプチドを含む:配列番号2
および配列番号10のMet−21〜Tyr−319;Trp−22〜Tyr−
319;Tyr−23〜Tyr−319;Leu−24〜Tyr−319;Se
r−25〜Tyr−319;Leu−26〜Tyr−319;Pro−27〜T
yr−319;His−28〜Tyr−319;Tyr−29〜Tyr−319
;およびAsn−30〜Tyr−319。これらのポリペプチドをコードするポ
リヌクレオチドはまた、好ましい。
【0055】 同様に、Brainiac−3ポリペプチドの推定シグナルペプチド配列は、
配列番号12として示されるアミノ酸配列のアミノ酸残基1〜20であることが
本発明者らによって推定された。引き続いて、このシグナルペプチド配列が、配
列番号4および配列番号12として示されるアミノ酸配列のアミノ酸1〜28で
あることが、SignalPコンピュータープログラムより推定された。従って
、この推定シグナルペプチド配列は、15〜35の間の範囲であることが推定さ
れる。従って、本発明の好ましいポリペプチドは、任意の以下のポリペプチドを
含む:配列番号4および配列番号12のVal−15〜Arg−352;Leu
−16〜Arg−352;Leu−17〜Arg−352;Leu−18〜Ar
g−352;Gly−19〜Arg−352;Cys−20〜Arg−352;
Leu−21〜Arg−352;Leu−22〜Arg−352;Phe−23
〜Arg−352;Leu−24〜Arg−352;Arg−25〜Arg−3
52;Lys−26〜Arg−352;Ala−27〜Arg−352;Ala
−28〜Arg−352;Lys−29〜Arg−352;Pro−30〜Ar
g−352;Ala−31〜Arg−352;Glu−32〜Arg−352;
Thr−33〜Arg−352;Pro−34〜Arg−352;およびArg
−35〜Arg−352。これらのポリペプチドをコードするポリヌクレオチド
はまた、好ましい。
【0056】 示されるように、本発明の核酸分子は、RNA(例えば、mRNA)の形態、
またはDNA(例えば、cDNA、およびクローニングによって得られるか、ま
たは合成的に生成されるゲノムDNAを含む)の形態で存在し得る。DNAは、
二本鎖または一本鎖であり得る。一本鎖DNAまたはRNAは、コード鎖(セン
ス鎖としてもまた知られる)であり得るか、または非コード鎖(また、アンチセ
ンス鎖とも呼ばれる)であり得る。
【0057】 特定の実施態様において、本発明のポリヌクレオチドは、300kb、200
kb、100kb、50kb、15kb、10kbまたは7.5kb未満の長さ
である。さらなる実施態様において、本発明のポリヌクレオチドは、Dendr
iacまたはBrainiac−3コード配列の少なくとも15の隣接するヌク
レオチドを含むが、いずれのDendriacもしくはBrainiac−3の
イントロンの全体も部分も含まない。別の実施態様において、Dendriac
またはBrainiac−3コード配列を含む核酸は、ゲノム隣接遺伝子のコー
ド配列(すなわち、ゲノムにおけるDendriacもしくはBrainiac
−3コード配列の5’または3’)を含まない。
【0058】 「単離された」核酸分子によって、ネイティブな環境から取り出された核酸分
子(DNAまたはRNA)が意図される。例えば、ベクター中に含まれる組換え
DNA分子は、本発明の目的のために単離されていると考えられる。単離された
DNA分子のさらなる例は、異種の宿主細胞において維持される組換えDNA分
子、または溶液中の(部分的または実質的に)精製されたDNA分子を含む。単
離されたRNA分子は、本発明のDNA分子のインビボまたはインビトロでのR
NA転写物を含む。本発明に従う単離された核酸分子は、合成的に生成されたそ
のような分子をさらに含む。別の実施態様において、「単離された」核酸分子は
、細胞もしくは細胞溶解産物から単離または取り出された染色体(例えば、核型
におけるような、「染色体拡散(chromosome spread)」)を
含まない。
【0059】 本発明の単離された核酸分子は、図1A、1B、および1C(配列番号1)に
示されるヌクレオチド配列の426〜428位の開始コドンを伴うオープンリー
ディングフレーム(ORF)を含むDNA分子を含む。さらに、本発明の単離さ
れた核酸分子は、配列番号9に示されるヌクレオチド配列の21〜23位の開始
コドンを伴うオープンリーディングフレーム(ORF)を含むDNA分子を含む
。また、配列番号2および配列番号10の1〜294位で示される推定成熟De
ndriacポリペプチドについてのコード配列を含むDNA分子が含まれる。
【0060】 本発明の単離された核酸分子はまた、図2Aおよび2B(配列番号3)ならび
に配列番号11に示されるヌクレオチド配列の47〜49位の開始コドンを伴う
オープンリーディングフレーム(ORF)を含むDNA分子を含む。また、配列
番号2および配列番号12の1〜324位で示される推定成熟Brainiac
−3ポリペプチドについてのコード配列を含むDNA分子が含まれる。
【0061】 さらに、本発明の単離された核酸分子は、実質的に上記される配列とは異なる
配列を含むが、遺伝子コードの縮重に起因し、なお本発明のDendriacま
たはBrainiac−3ポリペプチドをコードする、DNA分子を含む。特定
の実施態様において、Dendriac改変体またはBrainiac−3改変
体(これは、5〜10、1〜5、または1〜2アミノ酸が、任意の組み合わせに
おいて置換、欠失、または付加される改変体)は、好ましい。もちろんのことな
がら、遺伝コードおよび種特異的コドン選好性は当該分野において周知である。
従って、当業者にとって、上記の縮重型改変体を生成する、例えば、特定の宿主
のためにコドン発現を最適化すること(例えば、ヒトmRNAのコドンをE.c
oliのような細菌宿主に好まれるコドンに変更すること)は慣用的である。
【0062】 別の実施態様において、本発明は、ATCC受託番号第203056号として
1998年7月9日に寄託されたプラスミド中に含まれるcDNAクローンによ
りコードされるアミノ酸配列を有するDendriacポリペプチドをコードす
る単離された核酸分子を提供する。好ましくは、この核酸分子は上記の寄託され
たcDNAクローンによってコードされる、成熟ポリペプチドをコードする。
【0063】 なお別の実施態様において、本発明は、ATCC受託番号第209627号と
して1998年2月12日に寄託されたプールされたプラスミド中に含まれるc
DNAクローンによりコードされるアミノ酸配列を有するDendriacポリ
ペプチドをコードする単離された核酸分子を提供する。好ましくは、この核酸分
子は上記の寄託されたcDNAクローンによってコードされる、成熟ポリペプチ
ドをコードする。
【0064】 本発明はさらに、図1A、1B、および1C(配列番号1)に示されるヌクレ
オチド配列、もしくは上記の寄託されたクローン中に含まれるDendriac
cDNAのヌクレオチド配列を有する単離された核酸分子、または上記配列の
1つに相補的な配列を有する核酸分子を提供する。本発明はなおさらに、配列番
号9に示されるヌクレオチド配列、もしくは上記の寄託されたクローン中に含ま
れるDendriac cDNAのヌクレオチド配列を有する単離された核酸分
子、または上記配列の1つに相補的な配列を有する核酸分子を提供する。このよ
うな単離された分子(特にDNA分子)は、染色体とのインサイチュハイブリダ
イゼーションによる遺伝子マッピングのため、および例えば、ノーザンブロット
分析によるヒト組織におけるDendriac遺伝子の発現を検出するためのプ
ローブとして有用である。
【0065】 別の実施態様において、本発明は、ATCC受託番号第203451号として
1998年11月8日に寄託されたプラスミド中に含まれるcDNAクローンに
よりコードされるアミノ酸配列を有するBrainiac−3ポリペプチドをコ
ードする単離された核酸分子を提供する。好ましくは、この核酸分子は上記の寄
託されたcDNAクローンによってコードされる、成熟ポリペプチドをコードす
る。
【0066】 なお別の実施態様において、本発明は、ATCC受託番号第209463号と
して1997年11月14日に寄託されたプラスミド中に含まれるcDNAクロ
ーンによりコードされるアミノ酸配列を有するBrainiac−3ポリペプチ
ドをコードする単離された核酸分子を提供する。好ましくは、この核酸分子は上
記の寄託されたcDNAクローンによってコードされる、成熟ポリペプチドをコ
ードする。
【0067】 本発明はさらに、図2Aおよび2B(配列番号3)ならびに配列番号11に示
されるヌクレオチド配列、もしくは上記の寄託されたクローン中に含まれるBr
ainiac−3 cDNAのヌクレオチド配列を有する単離された核酸分子、
または上記配列の1つに相補的な配列を有する核酸分子を提供する。このような
単離された分子(特にDNA分子)は、染色体とのインサイチュハイブリダイゼ
ーションによる遺伝子マッピングのため、および例えば、ノーザンブロット分析
によるヒト組織におけるBrainiac−3遺伝子の発現を検出するためのプ
ローブとして有用である。
【0068】 本発明はさらに、本明細書中に記載されるヌクレオチド配列の一部分をコード
する核酸分子、および本明細書中に記載される単離された核酸分子のフラグメン
トに関する。特に、本発明は配列番号1の一部分(これは、配列番号1の1〜1
391位からなる)を表すヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドを提供す
る。また特に、本発明は、配列番号9の一部分(これは、配列番号9の1〜17
73位からなる)を表すヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドを提供する
。さらに、本発明は配列番号1の1〜1391位からの配列番号1の、少なくと
も約30ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約50ヌクレオチドの任意の部分
を含み、以下の関連するcDNAクローン、およびその中の任意のサブフラグメ
ント:(HCEPM92RB(配列番号6))の配列を除外するポリヌクレオチ
ドを含む。また、本発明はさらに、配列番号9の1〜1773位からの配列番号
9の、少なくとも約30ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約50ヌクレオチ
ドの任意の部分を含み、以下の関連するcDNAクローン、およびその中の任意
のフラグメント:(HCEPM92RB(配列番号6))の配列を除外するポリ
ヌクレオチドを含む。
【0069】 さらに、本発明は1〜2168残基からの配列番号1の、少なくとも約25ヌ
クレオチド、好ましくは少なくとも約30ヌクレオチド、より好ましくは少なく
とも約40ヌクレオチド、そしてなおより好ましくは少なくとも約50ヌクレオ
チドの任意の部分を含むポリヌクレオチドを含む。より詳細には、本発明は、配
列番号1のうちの以下のヌクレオチドを含むポリヌクレオチドを含む:
【0070】
【数1】 さらに、本発明は、配列番号9の残基1〜1773のうちの、少なくとも約2
5ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約30ヌクレオチド、より好ましくは少
なくとも約40ヌクレオチド、そしてさらにより好ましくは少なくとも約50ヌ
クレオチドの任意の部分を含むポリヌクレオチドを含有する。より好ましくは、
本発明は、配列番号9のうちの以下のヌクレオチドを含むポリヌクレオチドを包
含する:
【0071】
【数2】 またより好ましくは、本発明は、配列番号9または寄託クローンにおけるcD
NAのヌクレオチド1〜50、51〜100、101〜150、151〜200
、201〜250、251〜300、301〜350、351〜400、401
〜450、451〜500、501〜550、551〜600、601〜650
、651〜700、または701〜末端を含むポリヌクレオチドを包含する。こ
の状況において「約」は、いずれかの末端または両方の末端において、いくつか
の(5、4、3、2、または1)ヌクレオチドが大きいかまたは小さい、具体的
に記載される範囲を含む。好ましくは、これらのフラグメントは、生物学的活性
を有するポリペプチドをコードする。
【0072】 本発明は、さらに、本明細書中で記載されるヌクレオチド配列の部分をコード
する核酸分子、ならびに本明細書中で記載される単離された核酸分子のフラグメ
ントに関する。特に、本発明は、配列番号3の1〜1102位からなる、配列番
号3の部分を表すヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドを提供する。また
特に、本発明は、配列番号11の1〜1271位からなる配列番号11の部分を
表すヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドを提供する。さらに、本発明は
、以下の関連cDNAクローン(HE2EJ66R(配列番号7)およびHFC
CQ50R(配列番号8))、およびその中の任意のサブフラグメントの配列を
除く、配列番号3の1〜1102位の、配列番号3の少なくとも約30ヌクレオ
チド、好ましくは少なくとも約50ヌクレオチドの任意の部分を含むポリヌクレ
オチドを包含する。また、本発明は、以下の関連cDNAクローン(HE2EJ
66R(配列番号7)およびHFCCQ50R(配列番号8))、およびその中
の任意のサブフラグメントの配列を除く、配列番号11の1〜1271位の配列
番号11のうちの、少なくとも約30ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約5
0ヌクレオチドの任意の部分を含むポリヌクレオチドを包含する。
【0073】 さらに、本発明は、配列番号3の残基1〜1253のうちの、少なくとも約2
5ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約30ヌクレオチド、より好ましくは少
なくとも約40ヌクレオチド、そしてさらにより好ましくは少なくとも約50ヌ
クレオチドの任意の部分を含むポリヌクレオチドを包含する。より好ましくは、
本発明は、配列番号3のうちの以下のヌクレオチドを含むポリヌクレオチドを包
含する:
【0074】
【数3】 さらに、本発明は、配列番号3の残基1〜1253のうちの、少なくとも約2
5ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約30ヌクレオチド、より好ましくは少
なくとも約40ヌクレオチド、そしてさらにより好ましくは少なくとも約50ヌ
クレオチドの任意の部分を含むポリヌクレオチドを包含する。より好ましくは、
本発明は、配列番号11のうちの以下のヌクレオチドを含むポリヌクレオチドを
包含する:
【0075】
【数4】 より一般的には、寄託されたcDNAのヌクレオチド配列、または図1A、図
1B、および図1C(配列番号1)および配列番号9に示される、ならびに図2
Aおよび図2B(配列番号3)および配列番号11に示されるようなヌクレオチ
ド配列を有する単離された核酸分子のフラグメントとは、少なくとも約15nt
、そしてより好ましくは少なくとも約20nt、さらにより好ましくは少なくと
も約30nt、そしてさらにより好ましくは少なくとも約40nt、50nt、
60nt、70nt、80nt、90nt、100nt、150nt、200n
t、250nt、300nt、400nt、または500ntの長さのフラグメ
ントを意図し、これらは本明細書中に記載されるように、診断用プローブおよび
プライマーとして有用である。当然ながら、50〜300ntの長さのより長い
フラグメントもまた、寄託されたcDNA、または図1A、図1B、および図1
C(配列番号1)および配列番号9に示される、ならびに図2Aおよび図2B(
配列番号3)および配列番号11に示されるようなヌクレオチド配列の、全てで
はないにしろ、そのほとんどに対応するフラグメントのように、本発明に従って
有用である。例えば、少なくとも20nt長のフラグメントとは、寄託されたc
DNAのヌクレオチド配列または図1A、図1B、および図1C(配列番号1)
および配列番号9に示されるような、ならびに図2Aおよび図2B(配列番号3
)および配列番号11に示されるようなヌクレオチド配列由来の20以上の連続
した塩基を含むフラグメントを意図する。「少なくとも約」の表現における「約
」とは、いくつかの、少数の、小さい数、5、4、3、2または1を意味する。
本発明の好ましい核酸フラグメントは、図4および図5でそれぞれ同定される、
ならびに以下で詳細に記載されるような、DendriacまたはBraini
ac−3ポリペプチドのエピトープ保有部分をコードする核酸分子を含む。
【0076】 さらなる実施態様において、本発明のポリヌクレオチドは、Dendriac
またはBrainiac−3の機能的な特性をコードする。このことについて本
発明の好ましい実施態様は、DendriacまたはBrainiac−3の、
αヘリックスおよびαヘリックス形成領域(「α領域」)、βシートおよびβシ
ート形成領域(「β領域」)、ターンおよびターン形成領域(「ターン領域」)
、コイルおよびコイル形成領域(「コイル領域」)、親水性領域、疎水性領域、
α両親媒性領域、β両親媒性領域、可撓性(flexible)領域、表面形成
領域および高抗原性指数領域を含むフラグメントを包含する。
【0077】 上記のような、図4および図5ならびに/あるいは表Iおよび表IIに示され
るDendriacまたはBrainiac−3の構造的または機能的な特性を
表すデータを、デフォールトパラメーターで設定されたDNA*STARの種々 のモジュールおよびアルゴリズムを使用して生成した。好ましい実施態様におい
て、表Iおよび表IIの第VIII欄、第IX欄、第XIII欄、および第XI
V欄に提示されるデータを使用し、抗原性について高い程度の可能性を示すDe
ndriacまたはBrainiac−3の領域を決定し得る。高抗原性の領域
は、第VIII欄、第IX欄、第XIII欄、および/または第IV欄に提示さ
れたデータから値を選択することによって決定される。これらの値は、抗原認識
が免疫応答の開始プロセスにおいて生じ得る環境におけるポリペプチドの表面に
曝露されるようであるポリペプチドの領域を表す。
【0078】 これらに関する特定の好ましい領域は、図4および図5で示されるが、表Iお
よび表IIでそれぞれ示されるように、図4および図5で提示されるデータの表
の表示を使用することによって表されるかまたは同定され得る。図4および図5
を生成するために使用されるDNA*STARコンピューターアルゴリズム(最 初のデフォールトパラメーターで設定)は、表の形式の図4および図5における
データを提示するために使用された(表Iおよび表IIをそれぞれ参照のこと)
。図4または図5のデータの表の形式は、好ましい領域の特定の境界を容易に決
定するために使用され得る。
【0079】 図4および図5ならびに表Iおよび表IIに示される上記の好ましい領域は、
図1A、図1B、および図1C、ならびに図2Aおよび図2Bに示されるアミノ
酸配列の分析によって同定される上述の型の領域を含むがこれらに限定されない
。図4および図5ならびに表Iおよび表IIに示されるように、このような好ま
しい領域は、高抗原性指数の、Garnier−Robson α領域、β領域
、ターン領域、およびコイル領域、Chou−Fasman α領域、β領域、
およびコイル領域、Kyte−Doolittle親水性領域および疎水性領域
、Eisenberg α両親媒性領域およびβ両親媒性領域、Karplus
−Schulz可撓性領域、Emini表面形成領域およびJameson−W
olf領域を含む。
【0080】
【表1】
【0081】
【表2】 なかでも、このことについて非常に好ましいフラグメントは、上記のいくつか
の特性のような、いくつかの構造的特性を組み合わせる、Dendriacまた
はBrainiac−3の領域を含むフラグメントである。
【0082】 別の実施態様において、本発明は、ストリンジェントなハイブリダイゼーショ
ン条件下で、上記の本発明の核酸分子(例えば、ATCC受託番号第20305
6号および同第209627号に含まれるDendriac cDNAクローン
、またはATCC受託番号第203451号および同第209463号に含まれ
るBrainiac−3 cDNAクローン)中のポリヌクレオチドの部分にハ
イブリダイズするポリヌクレオチドを含む単離された核酸分子を提供する。「ス
トリンジェントなハイブリダイゼーション条件」とは、以下:50%ホルムアミ
ド、5×SSC(750mM NaCl、75mMクエン酸三ナトリウム)、5
0mMリン酸ナトリウム(pH7.6)、5×デンハルト溶液、10%硫酸デキ
ストラン、および20μg/mlの変性剪断サケ精子DNA、を含む溶液中での
42℃での一晩のインキュベーション、続いて約65℃での0.1×SSC中で
フィルターの洗浄を意図する。
【0083】 ポリヌクレオチドの「部分」にハイブリダイズするポリヌクレオチドとは、参
照ポリヌクレオチドの少なくとも約15ヌクレオチド(nt)、そしてより好ま
しくは少なくとも約20nt、さらにより好ましくは少なくとも約30nt、そ
してさらにより好ましくは約30〜70(例えば、50)ntにハイブリダイズ
するポリヌクレオチド(DNAまたはRNAのいずれか)を意図する。これらは
、上記で考察され、そして以下でより詳細に考察されるように、診断用プローブ
およびプライマーとして有用である。
【0084】 例えば、「少なくとも20nt長」のポリヌクレオチドの部分とは、参照ポリ
ヌクレオチドのヌクレオチド配列(例えば、寄託されたcDNA、または図1A
、図1Bおよび図1C(配列番号1)および配列番号9、ならびに図2Aおよび
図2B(配列番号3)および配列番号11に示されるようなヌクレオチド配列)
由来の20以上の連続したヌクレオチドを意図する。当然のことながら、ポリA
配列(例えば、図1A、図1Bおよび図1C(配列番号1)および配列番号9、
ならびに図2Aおよび図2B(配列番号3)および配列番号11にそれぞれ示さ
れるDendriacまたはBrainiac−3 cDNAの3’末端ポリ(
A)付加物)にのみ、またはT(もしくはU)残基の相補的なストレッチにのみ
ハイブリダイズするポリヌクレオチドは、本発明の核酸の一部分にハイブリダイ
ズさせるために使用される本発明のポリヌクレオチドに含まれない。なぜなら、
このようなポリヌクレオチドは、ポリ(A)ストレッチまたはその相補体(例え
ば、実際には、任意の二本鎖cDNAクローン)を含む任意の核酸分子にハイブ
リダイズするからである。
【0085】 示されるように、Dendriacポリペプチドをコードする本発明の核酸分
子は、単独で成熟ポリペプチドのアミノ酸配列をコードする核酸分子;ならびに
成熟ポリペプチドおよび付加的配列(例えば、約25アミノ酸残基のリーダー配
列または分泌配列をコードする配列)のコード配列(例えば、プレタンパク質配
列またはプロタンパク質配列またはプレプロタンパク質配列);上記の付加的コ
ード配列を含むかまたは含まない、成熟ポリペプチドのコード配列、を含み得る
がこれらに限定されない。
【0086】 また、示されるように、Brainiac−3ポリペプチドをコードする本発
明の核酸分子は、単独で成熟ポリペプチドのアミノ酸配列をコードする核酸分子
;ならびに成熟ポリペプチドおよび付加的配列(例えば、約28アミノ酸残基の
リーダー配列または分泌配列をコードする配列)のコード配列(例えば、プレタ
ンパク質配列またはプロタンパク質配列またはプレプロタンパク質配列のような
約28アミノ酸残基のリーダー配列または分泌配列をコードする配列);上記の
付加的コード配列を含むかまたは含まない、成熟ポリペプチドのコード配列、を
含み得るがこれらに限定されない。
【0087】 本発明の核酸によってまた、付加的な非コード配列を有する上記ポリペプチド
配列がコードされ、付加的なコード配列は、例えばイントロンおよび非コード5
’および3’配列(例えば、転写、mRNAプロセシング(スプライシングシグ
ナルおよびポリアデニル化シグナルを含む)において役割(例えば、mRNAの
リボソーム結合および安定性)を演ずる、転写される非翻訳配列);さらなる機
能性を提供するアミノ酸のような付加的アミノ酸をコードする付加的コード配列
を含むがこれらに限定されない。
【0088】 従って、ポリペプチドをコードする配列は、融合されたポリペプチドの精製を
容易にするペプチドをコードする配列のようなマーカー配列と融合され得る。本
発明のこの局面の特定の好ましい実施態様において、マーカーアミノ酸配列は、
とりわけ、pQEベクター(QIAGEN,Inc.,9259 Eton A
venue,Chatsworth,CA,91311)中に提供されるタグの
ような、ヘキサヒスチジンペプチドであり、これらの多くは市販されている。例
えば、Gentzおよび共同研究者(Proc.Natl.Acad.Sci.
USA 86:821−824(1989))によって記載されるように、ヘキ
サヒスチジンは、融合タンパク質の簡便な精製を提供する。「HA」タグは、イ
ンフルエンザ赤血球凝集素タンパク質由来のエピトープに対応する、精製のため
に有用な別のペプチドであり、それは、Wilsonおよび共同研究者(Cel
l 37:767(1984))によって記載されている。以下で考察したよう
に、他のそのような融合タンパク質には、N末端またはC末端にてFcに融合さ
れたDendriacまたはBrainiac−3ポリペプチドが含まれる。
【0089】 (改変体および変異体ポリヌクレオチド) 本発明は、さらに、DendriacおよびBrainiac−3ポリペプチ
ドの部分、アナログ、または誘導体をコードする、本発明の核酸分子の改変体に
関する。改変体は、天然の対立遺伝子改変体のように、天然に生じ得る。「対立
遺伝子改変体」とは、生物の染色体上の所定の遺伝子座を占める遺伝子のいくつ
かの代わりの形態の1つを意図する(Genes II, Lewin,B.編
、John Wiley&Sons, New York (1985))。天
然に生じない改変体は、当該分野で公知の変異誘発技術を用いて生成され得る。
【0090】 このような改変体には、ヌクレオチドの置換、欠失、または付加により生じる
改変体が含まれる。この置換、欠失、または付加には1つ以上のヌクレオチドが
含まれ得る。改変体は、コード領域、非コード領域、または両方において変更さ
れ得る。コード領域における変更は、保存的または非保存的なアミノ酸の置換、
欠失、または付加を生じ得る。これらの間で特に好ましいのは、サイレントな置
換、付加、および欠失であり、これらの変異はDendriacおよびBrai
niac−3ポリペプチド、またはそれらの部分の特性および活性を変化させな
い。また、このことについて特に好ましいのは、保存的な置換である。
【0091】 最も非常に好ましくは、配列番号2および配列番号10に示されるアミノ酸配
列を有する成熟ポリペプチドをコードする核酸分子、または寄託されたcDNA
クローンによりコードされる成熟Dendriacアミノ酸配列である。
【0092】 また、最も非常に好ましくは、配列番号4および配列番号12に示されるアミ
ノ酸配列を有する成熟ポリペプチドをコードする核酸分子、または寄託されたc
DNAクローンによりコードされる成熟Brainiac−3アミノ酸配列であ
る。
【0093】 従って、本発明の1つの実施態様は、以下からなる群から選択されるヌクレオ
チド配列を有するポリヌクレオチドを含む単離された核酸分子を提供する:(a
)配列番号2および配列番号10の完全アミノ酸配列を有するDendriac
ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列(すなわち、配列番号2および配列
番号10の−25〜294位);(b)N末端メチオニン以外の、配列番号2お
よび配列番号10の完全アミノ酸配列を有するDendriacポリペプチドを
コードするヌクレオチド配列(すなわち配列番号2および配列番号10の−24
〜294位);(c)配列番号2および配列番号10における位置1〜294の
アミノ酸配列を有する推定成熟Dendriacポリペプチドをコードするヌク
レオチド配列;(d)ATCC受託番号第203056号および同第20962
7号に含まれるcDNAクローンによってコードされる完全アミノ酸配列を有す
るDendriacポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;(e)ATC
C受託番号第203056号および同第209627号に含まれるcDNAクロ
ーンによってコードされる、N末端メチオニン以外の完全アミノ酸配列を有する
Dendriacポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;(f)ATCC
受託番号第203056号および同第209627号に含まれるcDNAクロー
ンによってコードされるアミノ酸配列を有する成熟Dendriacポリペプチ
ドをコードするヌクレオチド配列;ならびに(g)上記の(a)、(b)、(c
)、(d)、(e)または(f)のヌクレオチド配列のいずれかに相補的なヌク
レオチド配列。
【0094】 本発明のさらなる実施態様は、上記の(a)、(b)、(c)、(d)、(e
)、(f)、または(g)のヌクレオチド配列のいずれかに対して、少なくとも
90%同一、そしてより好ましくは少なくとも95%、96%、97%、98%
、または99%同一なヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチド、あるいは上
記の(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、または(g)のポリヌ
クレオチドにストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイ
ズするポリヌクレオチド、を含む単離された核酸分子を含む。このハイブリダイ
ズするポリヌクレオチドは、A残基のみまたはT残基のみからなるヌクレオチド
配列を有するポリヌクレオチドに、ストリンジェントなハイブリダイゼーション
条件下でハイブリダイズしない。本発明のさらなる核酸の実施態様は、上記の(
a)、(b)、(c)、(d)、(e)または(f)のアミノ酸配列を有するD
endriacポリペプチドのエピトープ保有部分のアミノ酸配列をコードする
ポリヌクレオチドを含む単離された核酸分子に関する。本発明のさらなる核酸の
実施態様は、50の保存的アミノ酸置換を超えず、さらにより好ましくは、40
の保存的アミノ酸置換を超えず、なおより好ましくは、30の保存的アミノ酸置
換を超えず、そしてなおさらにより好ましくは20の保存的アミノ酸置換を超え
ないが、少なくとも1つの保存的アミノ酸置換を含むアミノ酸配列を有するDe
ndriacポリペプチドのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドを含む
単離された核酸分子に関する。当然ではあるが、増えつづける好ましさのために
、Dendriacポリペプチドのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド
は、10、9、8、7、6、5、4、3、2または1つを超えない保存的なアミ
ノ酸置換を含むアミノ酸配列を有することが非常に好ましい。
【0095】 本発明はまた、本発明の単離された核酸分子を含む組換えベクター、および組
換えベクターを含む宿主細胞、ならびにこのようなベクターおよび宿主細胞の作
製方法、および組換え技術によってDendriacポリペプチドまたはペプチ
ドを産生するためのこれらの使用方法に関する。
【0096】 さらに、本発明のさらなる実施態様は、以下からなる群から選択されるヌクレ
オチド配列を有するポリヌクレオチドを含む単離された核酸分子を提供する:(
a)配列番号4および配列番号12の完全アミノ酸配列を有するBrainia
c−3ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列(すなわち、配列番号4およ
び配列番号12の−28〜324位);(b)N末端メチオニン以外の配列番号
4および配列番号12の完全アミノ酸配列を有するBrainiac−3ポリペ
プチドをコードするヌクレオチド配列(すなわち配列番号4および配列番号12
の−27〜324位);(c)配列番号4および配列番号12における1〜32
4位のアミノ酸配列を有する推定成熟Brainiac−3ポリペプチドをコー
ドするヌクレオチド配列;(d)ATCC受託番号第203451号および同第
209463号に含まれるcDNAクローンによってコードされる完全アミノ酸
配列を有するBrainiac−3ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列
;(e)ATCC受託番号第203451号および同第209463号に含まれ
るcDNAクローンによってコードされる、N末端メチオニン以外の完全アミノ
酸配列を有するBrainiac−3ポリペプチドをコードするヌクレオチド配
列;(f)ATCC受託番号第203451号および同第209463号に含ま
れるcDNAクローンによってコードされるアミノ酸配列を有する成熟Brai
niac−3ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列;ならびに(g)上記
の(a)、(b)、(c)、(d)、(e)または(f)のヌクレオチド配列の
いずれかに相補的なヌクレオチド配列。
【0097】 本発明のさらなる実施態様は、上記の(a)、(b)、(c)、(d)、(e
)、(f)、または(g)のヌクレオチド配列のいずれかに対して、少なくとも
90%同一、そしてより好ましくは少なくとも95%、96%、97%、98%
、または99%同一なヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチド、あるいは上
記の(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、または(g)のポリヌ
クレオチドにストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下でハイブリダイ
ズするポリヌクレオチド、を含む単離された核酸分子を含む。このハイブリダイ
ズするポリヌクレオチドは、A残基のみまたはT残基のみからなるヌクレオチド
配列を有するポリヌクレオチドに、ストリンジェントなハイブリダイゼーション
条件下でハイブリダイズしない。本発明のさらなる核酸の実施態様は、上記の(
a)、(b)、(c)、(d)、(e)または(f)のアミノ酸配列を有するB
rainiac−3ポリペプチドのエピトープ保有部分のアミノ酸配列をコード
するポリヌクレオチドを含む単離された核酸分子に関する。本発明のさらなる核
酸の実施態様は、50の保存的アミノ酸置換を超えず、さらにより好ましくは、
40の保存的アミノ酸置換を超えず、なおより好ましくは、30の保存的アミノ
酸置換を超えず、そしてなおさらにより好ましくは20の保存的アミノ酸置換を
超えないが、少なくとも1つの保存的アミノ酸置換を含むアミノ酸配列を有する
Brainiac−3ポリペプチドのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチ
ドを含む単離された核酸分子に関する。当然ではあるが、増えつづける好ましさ
のために、Brainiac−3ポリペプチドのアミノ酸配列をコードするポリ
ヌクレオチドは、10、9、8、7、6、5、4、3、2または1つを超えない
保存的なアミノ酸置換を含むアミノ酸配列を有することが非常に好ましい。
【0098】 本発明はまた、本発明の単離された核酸分子を含む組換えベクター、および組
換えベクターを含む宿主細胞、ならびにこのようなベクターおよび宿主細胞の作
製方法、および組換え技術によってBrainiac−3ポリペプチドまたはペ
プチドの産生のためのこれらの使用方法に関する。
【0099】 DendriacまたはBrainiac−3ポリペプチドをコードする参照
ヌクレオチド配列に、例えば、少なくとも95%「同一な」ヌクレオチド配列を
有するポリヌクレオチドとは、このポリヌクレオチドのヌクレオチド配列が、D
endriacまたはBrainiac−3ポリペプチドをコードする参照ヌク
レオチド配列の各100ヌクレオチドあたり5つまでの点変異をポリヌクレオチ
ド配列が含み得ることを除いて、参照配列に同一であることを意図する。言い換
えれば、参照ヌクレオチド配列と少なくとも95%同一であるヌクレオチド配列
を有するポリヌクレオチドを得るために、参照配列における5%までのヌクレオ
チドが欠失され得るか、もしくは別のヌクレオチドで置換され得るか、または参
照配列において全ヌクレオチドの5%までのある数のヌクレオチドが、参照配列
中に挿入され得る。参照配列のこれらの変異は、参照ヌクレオチド配列の5’も
しくは3’末端位置において、または参照配列中のヌクレオチド間で個々に、も
しくは参照配列内の1つ以上の連続した基のいずれかに散在されて、これらの末
端位置の間のどこかで生じ得る。
【0100】 実際には、任意の特定の核酸分子が、例えば、図1A、図1B、および図1C
または図2Aおよび図2Bに示されるヌクレオチド配列または寄託されたcDN
Aクローンのヌクレオチド配列に少なくとも90%、95%、96%、97%、
98%、または99%同一であるかどうかは、Bestfitプログラム(Wi
sconsin Sequence Analysis Package, V
ersion 8 for Unix, Genetics Computer
Group, University Research Park, 57
5 Science Drive, Madison, WI 53711)の
ような公知のコンピュータープログラムを用いて従来通りに決定され得る。Be
stfitは、SmithおよびWatermanの局所的相同性アルゴリズム
を用いて、2つの配列間の最も相同性のセグメントを見出す(Advances
in Applied Mathematics 2:482−489 (1
981))。Bestfitまたは任意の他の配列整列プログラムを使用して、
特定の配列が、本発明による参照配列に例えば95%同一であるか否かを決定す
る場合、パラメーターは、もちろん、同一性の百分率が、参照ヌクレオチド配列
の全長にわたって計算されるように、そして参照配列の総ヌクレオチド数の5%
までの相同性におけるギャップが許容されるように、設定される。問い合わせ配
列(本発明の配列)と対象配列との間の最適な全長の適合を決定するための好ま
しい方法はまた、全体的な配列整列と呼ばれ、Brutlagおよび共同研究者
らのアルゴリズム(Comp.App.Biosci.6:237〜245(1
990))に基づくFASTDBコンピュータープログラムを使用して決定され
得る。配列整列において、この問い合わせ配列および対象配列は、両方ともDN
A配列である。RNA配列は、UをTに変換することによって比較され得る。上
記の全体的な配列整列の結果は、同一性%である。同一性%を計算するためのD
NA配列のFASTDB整列において使用される好ましいパラメーターは、以下
である:Matrix=Unitary、k−tuple=4、Mismatc
h Penalty=1、Joining Penalty=30、Rando
mization Group Length=0、Cutoff Score
=1、Gap Penalty=5、Gap Size Penalty 0.
05、Window Size=500または対象ヌクレオチド配列の長さのい
ずれか短い方。
【0101】 対象配列が、内部欠失のためではなく、5’または3’欠失のために問い合わ
せ配列よりも短い場合、手動の補正が、その結果に対してなされなければならな
い。これは、FASTDBプログラムが同一性のパーセントを計算する場合に、
対象配列の5’および3’短縮化を計算しないためである。5’または3’末端
で短縮化された対象配列について、問い合わせ配列と比較して、パーセント同一
性は、対象配列の5’および3’にある、一致/整列しない、問い合わせ配列の
塩基の数を、問い合わせ配列の総塩基のパーセントとして計算することによって
補正される。ヌクレオチドが一致/整列されるか否かは、FASTDB配列整列
化の結果によって決定される。次いで、このパーセンテージは、パーセント同一
性から減算され、特定のパラメーターを使用して上記のFASTDBによって計
算されて、最終的なパーセント同一性スコアに到達される。この補正されたスコ
アは、本発明の目的のために使用されるものである。FASTDB整列化によっ
て示されるように、対象配列の5’および3’塩基の外側の塩基のみ(これは、
問い合わせ配列に一致/整列されない)が、パーセント同一性スコアを手動で調
整する目的のために計算される。
【0102】 例えば、90塩基の対象配列が、パーセント同一性を決定するために、100
塩基の問い合わせ配列に対して整列される。欠失は、対象配列の5’末端で起こ
り、従って、FASTDB整列化は、5’において最初の10塩基の一致/整列
を示さない。10個の不対塩基は、配列の10%を表し(5’および3’末端の
一致しない塩基数/問い合わせ配列における塩基の総数)、従って、10%は、
FASTDBプログラムによって計算されたパーセント同一性スコアから減数さ
れない。残りの90個の塩基が完全に一致した場合、最終パーセント同一性は、
90%である。別の例において、90塩基の対象配列が、100塩基の問い合わ
せ配列と比較される。このとき、問い合わせと一致/整列しない対象配列の5’
または3’に塩基がないように、欠失は内部の欠失である。この場合、FAST
DBによって計算されたパーセント同一性は、手動で補正されない。再度、問い
合わせ配列に一致/整列されない対象配列の5’および3’の塩基のみが、手動
で補正される。どんな他の手動補正も、本発明の目的のためになされない。
【0103】 本出願は、核酸がDendriac活性を有するポリペプチドをコードするか
否かに関わらず、図1A、図1B、および図1C(配列番号1)ならびに配列番
号9で示される核酸配列、または寄託されたcDNAの核酸配列に少なくとも9
0%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%同一である核酸分子に
関する。これは、特定の核酸分子がDendriac活性を有するポリペプチド
をコードしない場合でさえ、当業者が、核酸分子をいかに使用するかをなお理解
するためである(例えば、ハイブリダイゼーションプローブまたはポリメラーゼ
連鎖反応(PCR)プライマーとして)。Dendriac活性を有するポリペ
プチドをコードしない本発明の核酸分子の使用としては、とりわけ、(1)cD
NAライブラリー中のDendriac遺伝子またはその対立遺伝子改変体を単
離すること;(2)Vermaおよび共同研究者(Human Chromos
omes:A Manual of Basic Techniques、Pe
rgamon Press、New York(1988))に記載されるよう
な、Dendriac遺伝子の正確な染色体位置を提供するための、中期染色体
スプレッドに対するインサイチュハイブリダイゼーション(例えば、「FISH
」);および特定の組織におけるDendriac mRNA発現を検出するた
めのノーザンブロット分析が挙げられる。
【0104】 本出願は、核酸がBrainac−3活性を有するポリペプチドをコードする
か否かに関わらず、図2Aおよび図2B(配列番号3)ならびに配列番号11で
示される核酸配列、または寄託されたcDNAの核酸配列に少なくとも90%、
95%、96%、97%、98%、もしくは99%同一である核酸分子に関する
。これは、特定の核酸分子がBrainiac−3活性を有するポリペプチドを
コードしない場合でさえ、当業者が、核酸分子をいかに使用するかをなお理解す
るためである(例えば、ハイブリダイゼーションプローブまたはポリメラーゼ連
鎖反応(PCR)プライマーとして)。Brainiac−3活性を有するポリ
ペプチドをコードしない本発明の核酸分子の使用としては、とりわけ、(1)c
DNAライブラリー中のBrainiac−3遺伝子またはその対立遺伝子改変
体を単離すること;(2)Vermaおよび共同研究者(Human Chro
mosomes:A Manual of Basic Techniques
、Pergamon Press、New York(1988))に記載され
るような、Brainiac−3遺伝子の正確な染色体位置を提供するための、
中期染色体スプレッドに対するインサイチュハイブリダイゼーション(例えば、
「FISH」);および特定の組織におけるBrainiac−3 mRNA発
現を検出するためのノーザンブロット分析が挙げられる。
【0105】 しかし、実際には、Dendriacポリペプチド活性を有するポリペプチド
をコードする、図1A、図1B、および図1C(配列番号1)ならびに配列番号
9に示される核酸配列、または寄託されたcDNAの核酸配列に少なくとも90
%、95%、96%、97%、98%、もしくは99%同一である配列を有する
核酸分子が好ましい。「Dendriacポリペプチド活性を有するポリペプチ
ド」によって、特定の生物学的アッセイにおいて測定される場合に、本発明の成
熟Dendriacポリペプチドの活性に類似するが必ずしも同一ではない活性
を示すポリペプチドが意図される。
【0106】 また、実際には、Brainiac−3ポリペプチド活性を有するポリペプチ
ドをコードする、図2Aおよび図2B(配列番号3)ならびに配列番号11に示
される核酸配列、または寄託されたcDNAの核酸配列に少なくとも90%、9
5%、96%、97%、98%、もしくは99%同一である配列を有する核酸分
子が好ましい。「Brainiac−3ポリペプチド活性を有するポリペプチド
」によって、特定の生物学的アッセイにおいて測定される場合に、本発明の成熟
Brainiac−3ポリペプチドの活性に類似するが必ずしも同一ではない活
性を示すポリペプチドが意図される。
【0107】 例えば、本発明のDendriacポリペプチドおよびBrainiac−3
ポリペプチドは、細胞の成長および分化を調節する。従って、Dendriac
ポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドの生物学的活性
は、器官培養物アッセイもしくはアガロース培養物中のコロニーアッセイ系にお
いて試験され得る。細胞の増殖の刺激または阻害は、種々のアッセイによって測
定され得る。細胞成長の阻害の観察のために、固体培地または液体培地を使用し
得る。固体培地において、成長阻害を受ける細胞は、形成されたコロニーの大き
さを比較することによって対象細胞群から容易に選択され得る。液体培地におい
て、成長の阻害は、培養物ブイヨンの濁度(turbity)またはDNA中の
標識されたチミジン取り込みの測定によってスクリーニングされ得る。代表的に
、新規に合成されたDNA中へのヌクレオシドアナログの取り込みを使用して、
細胞の集団における増殖(すなわち、活性な細胞成長)を測定する。例えば、ブ
ロモデオキシウリジン(BrdU)は、DNA標識試薬として使用され得、そし
て抗BrdUマウスモノクローナル抗体(クローン BMC 9318 IgG 1 )は、検出試薬として使用され得る。この抗体は、ブロモデオキシウリジンを 取り込んだDNAを含む細胞のみに結合する。多くの検出方法(免疫蛍光検査、
免疫組織化学、ELISA、および比色定量法を含む)が、アッセイと組み合わ
せて使用され得る。ブロモデオキシウリジン(BrdU)および抗BrdUマウ
スモノクローナル抗体を含むキットは、Boehringer Mannhei
m(Indianapolis、IN)から市販されている。
【0108】 細胞の分化に対する効果は、種々の量のDendriacポリペプチドおよび
/またはBrainiac−3ポリペプチドと胚細胞を接触させ、そして胚細胞
の分化に対する効果を観察することによって測定され得る。組織特異的抗体およ
び顕微鏡検査を使用して、得られる細胞を同定し得る。
【0109】 Dendriacポリペプチドは、上記のアッセイにおいて用量依存的な様式
で、免疫系および/または神経系の細胞の増殖ならびに分化を調節する。従って
、「Dendriacポリペプチド活性を有するポリペプチド」は、上記のアッ
セイにおいて用量依存的な様式で、同様の増殖および分化調節活性のいずれかを
また示すポリペプチドを含む。用量依存的活性の程度はDendriacポリペ
プチドの活性と同一である必要はないが、好ましくは、「Dendriacポリ
ペプチド活性を有するポリペプチド」は、所定の活性において、Dendria
cポリペプチドと比較した場合に実質的に類似の用量依存を示す(すなわち、候
補ポリペプチドは参照Dendriacポリペプチドに対してより高い活性を示
すか、または約1/25以下、および好ましくは約1/10以下の活性を示す)
【0110】 Brainiac−3ポリペプチドは、上記のアッセイにおいて用量依存的な
様式で、免疫系および/または神経系の細胞の増殖ならびに分化を調節する。従
って、「Brainiac−3活性を有するポリペプチド」は、上記のアッセイ
において用量依存的な様式で、同様の増殖および分化調節活性のいずれかをまた
示すポリペプチドを含む。用量依存的活性の程度はBrainiac−3ポリペ
プチドの活性と同一である必要はないが、好ましくは、「Brainiac−3
ポリペプチド活性を有するポリペプチド」は、所定の活性において、Brain
iac−3ポリペプチドと比較した場合に実質的に類似の用量依存を示す(すな
わち、候補ポリペプチドは参照Brainiac−3ポリペプチドと比較してよ
り高い活性を示すか、または約1/25以下、および好ましくは約1/10以下
の活性を示す)。
【0111】 もちろん、遺伝子コードの縮重のために、当業者は、寄託されたcDNAの核
酸配列、または図1A、図1B、および図1C(配列番号1)ならびに配列番号
9に示される核酸配列に少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、
または99%同一である配列を有する多数の核酸分子が「Dendriacポリ
ペプチド活性を有する」ポリペプチドをコードすることを直ちに認識する。実際
に、これらのヌクレオチド配列の縮重改変体の全てが同じポリペプチドをコード
するので、このことは、たとえ上記の比較アッセイを行わないとしても、当業者
に明らかである。縮重改変体ではないそのような核酸分子について、妥当な数が
Dendriacポリペプチド活性を有するポリペプチドをコードすることもま
た、当該分野でさらに認識される。当業者はまた、寄託されたcDNAの核酸配
列、または図2Aおよび図2B(配列番号3)ならびに配列番号11に示される
核酸配列に少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、または99%
同一である配列を有する多数の核酸分子が「Brainiac−3ポリペプチド
活性を有する」ポリペプチドをコードすることを直ちに認識する。実際に、これ
らのヌクレオチド配列の縮重改変体の全てが同じポリペプチドをコードするので
、このことは、たとえ上記の比較アッセイを行わないとしても、当業者に明らか
である。縮重改変体ではないそのような核酸分子について、妥当な数がDend
riacポリペプチド活性またはBrainiac−3ポリペプチド活性のいず
れかを有するポリペプチドをコードすることもまた、当該分野でさらに認識され
る。これは、当業者が、以下にさらに記載されるように、ポリペプチドの機能に
有意に影響する可能性が低いか、またはその可能性がないかのいずれかのアミノ
酸置換(例えば、1つの脂肪族アミノ酸の第二の脂肪族アミノ酸での置換)を十
分に知っているからである。
【0112】 (ベクターおよび宿主細胞) 本発明はまた、本発明の単離されたDNA分子を含むベクター、この組換えベ
クターで遺伝子操作された宿主細胞、および組換え技術によるDendriac
ポリペプチドもしくはBrainiac−3ポリペプチドまたはそのフラグメン
トの産生に関する。ベクターは、例えば、ファージベクター、プラスミドベクタ
ー、ウイルスベクターまたはレトロウイルスベクターであり得る。レトロウイル
スベクターは複製適格または複製欠損であり得る。後者の場合、ウイルス増殖は
一般的に相補体宿主細胞においてのみ生じる。
【0113】 ポリヌクレオチドは、宿主における増殖のために、選択マーカーを含むベクタ
ーに結合され得る。一般的に、プラスミドベクターは、リン酸カルシウム沈澱物
のような沈澱物中か、または荷電された脂質との複合体中に導入される。ベクタ
ーがウイルスである場合、ベクターは、適切なパッケージング細胞株を用いてイ
ンビトロでパッケージングされ得、次いで宿主細胞に形質導入され得る。
【0114】 DNAインサートは、適切なプロモーター(例えば、少し名を挙げると、ファ
ージλPLプロモーター、E.coli lacプロモーター、trpプロモー
ター、phoAプロモーターおよびtacプロモーター、SV40初期プロモー
ターおよび後期プロモーター、ならびにレトロウイルスLTRのプロモーター)
に作動可能に連結されるべきである。他の適切なプロモーターは、当業者に公知
である。発現構築物は、さらに、転写開始、転写終結のための部位、および、転
写領域中に翻訳のためのリボゾーム結合部位を含む。構築物によって発現される
転写物のコード部分は、好ましくは、翻訳されるべきポリペプチドの始めに翻訳
開始コドンを含み、そして終わりに適切に位置される終止コドン(UAA、UG
A、またはUAG)を含む。
【0115】 示されるように、発現ベクターは、好ましくは、少なくとも1つの選択マーカ
ーを含む。このようなマーカーとしては、真核生物細胞培養についてはジヒドロ
葉酸レダクターゼ、G418またはネオマイシン耐性、ならびにE.coliお
よび他の細菌における培養についてはテトラサイクリン耐性遺伝子、カナマイシ
ン耐性遺伝子またはアンピシリン耐性遺伝子が挙げられる。適切な宿主の代表的
な例としては、細菌細胞(例えば、E.coli細胞、Streptomyce
s細胞、およびSalmonella typhimurium細胞);真菌細
胞(例えば酵母細胞);昆虫細胞(例えば、Drosophila S2細胞お
よびSpodoptera Sf9細胞);動物細胞(例えば、CHO細胞、C
OS細胞、293細胞、およびBowes黒色腫細胞);ならびに植物細胞が挙
げられるが、これらに限定されない。上記の宿主細胞のための適切な培養培地お
よび条件は当該分野で公知である。
【0116】 細菌における使用に好ましいベクターの中には、pHE4−5(ATCC受託
番号第209311号;およびその改変体)、pQE70、pQE60、および
pQE−9(QIAGEN,Inc.(前述));pBSベクター、Phage
scriptベクター、Bluescriptベクター、pNH8A、pNH1
6a、pNH18A、pNH46A(Stratagene);ならびにptr c99a、pKK223−3、pKK233−3、pDR540、pRIT5(
Pharmacia)が含まれる。好ましい真核生物ベクターの中には、pWL
NEO、pSV2CAT、pOG44、pXT1、およびpSG(Strata
gene);ならびにpSVK3、pBPV、pMSG、およびpSVL(Ph armacia)がある。他の適切なベクターは、当業者に容易に明らかである
【0117】 宿主細胞への構築物の導入は、リン酸カルシウムトランスフェクション、DE
AE−デキストラン媒介トランスフェクション、カチオン性脂質媒介トランスフ
ェクション、エレクトロポレーション、形質導入、感染または他の方法によって
もたらされ得る。このような方法は、多くの標準的な研究室マニュアルに記載さ
れている(例えば、Davisら, Basic Methods In Mol
ecular Biology(1986))。
【0118】 ポリペプチドは、融合タンパク質のような改変された形態で発現され得、そし
て分泌シグナルだけでなく、さらなる異種の機能的領域も含み得る。例えば、さ
らなるアミノ酸、特に荷電アミノ酸の領域が、精製の間の、または続く取り扱い
および保存の間の、宿主細胞における安定性および持続性を改善するために、ポ
リペプチドのN末端に付加され得る。また、ペプチド部分が、精製を容易にする
ためにポリペプチドへ付加され得る。このような領域は、ポリペプチドの最終調
製の前に除去され得る。とりわけ、分泌または排出を生じるため、安定性を改善
するため、および精製を容易にするためのペプチド部分のポリペプチドへの付加
は、当該分野でよく知られており、そして慣用的な技術である。好ましい融合タ
ンパク質は、ポリペプチドを安定化および精製するために有用な免疫グロブリン
由来の異種領域を含む。例えば、EP−A−O 464533(カナダ対応出願
第2045869号)は、別のヒトタンパク質、またはその一部とともに免疫グ
ロブリン分子の定常領域の種々の部分を含む融合タンパク質を開示する。多くの
場合、融合タンパク質中のFc部分は、治療および診断における使用に十分に有
利であり、従って、例えば改善された薬物動態学的特性を生じる(EP−A 0
232 262)。一方、いくつかの使用のために、融合タンパク質が、記載さ
れる有利な様式で、発現され、検出され、そして精製された後に、Fc部分を欠
失し得ることが望ましい。これは、Fc部分が、治療および診断における使用に
対して障害となると判明する場合(例えば、融合タンパク質が免疫のための抗原
として使用されるべき場合)である。薬物探索では、例えば、hIL−5のよう
なヒトタンパク質が、hIL−5のアンタゴニストを同定するための高処理能力
スクリーニングアッセイの目的でFc部分と融合されている。(Bennett
,D.ら、J.Molecular Recognition 8:52〜58
(1995);Johanson,K.ら、J.Biol.Chem.270:
9459〜9471(1995))。
【0119】 本発明のDendriacポリペプチドおよびBrainiac−3ポリペプ
チドは、硫酸アンモニウム沈澱またはエタノール沈澱、酸抽出、陰イオンもしく
は陽イオン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎
水性相互作用クロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、ヒドロ
キシルアパタイトクロマトグラフィー、およびレクチンクロマトグラフィーを含
む周知の方法によって組換え細胞培養物から回収され、そして精製され得る。最
も好ましくは、高速液体クロマトグラフィー(「HPLC」)が精製のために用
いられる。本発明のポリペプチドは以下を含む:直接単離されたか、または培養
された、体液、組織および細胞を含む天然の供給源からの精製産物;化学合成手
順の産物;ならびに原核生物宿主または真核生物宿主(例えば、細菌細胞、酵母
細胞、高等植物細胞、昆虫細胞、および哺乳動物細胞を含む)から組換え技術に
よって産生された産物。組換え産生手順において用いられる宿主に依存して、本
発明のポリペプチドは、グリコシル化されていても、またはグリコシル化されて
いなくてもよい。さらに、本発明のポリペプチドはまた、いくつかの場合、宿主
媒介プロセスの結果として、改変された開始メチオニン残基を含み得る。従って
、一般的に翻訳開始コドンによってコードされるN末端メチオニンは、全ての真
核生物細胞において、翻訳の後に任意のタンパク質から高い効率で除去されるこ
とが、当該分野で周知である。また、ほとんどの原核生物において、ほとんどの
タンパク質上のN末端メチオニンが効率よく除去されるが、いくつかのタンパク
質については、この原核生物除去プロセスは、N末端メチオニンが共有結合され
ているアミノ酸の性質に依存して、非効率的である。
【0120】 (ポリペプチドおよびフラグメント) 本発明はさらに、寄託されたcDNAによってコードされるアミノ酸配列、ま
たは配列番号2および配列番号10のアミノ酸配列を有する、単離されたDen
driacポリペプチド、あるいは上記ポリペプチドの部分を含むペプチドまた
はポリペプチドを提供する。本発明はまた、寄託されたcDNAによってコード
されるアミノ酸配列、または配列番号4および配列番号12のアミノ酸配列を有
する、単離されたBrainiac−3ポリペプチド、あるいは上記ポリペプチ
ドの部分を含むペプチドまたはポリペプチドを提供する。
【0121】 (改変体および変異体ポリペプチド) DendriacポリペプチドおよびBrainiac−3ポリペプチドの特
徴を改良または改変するために、タンパク質工学が使用され得る。当業者に公知
の組換えDNA技術は、単一もしくは複数のアミノ酸置換、欠失、付加、もしく
は融合ポリペプチドを含む、新規の変異体タンパク質またはムテインを作製する
ために使用され得る。このような改変されたポリペプチドは、例えば、増強され
た活性または増加した安定性を示し得る。さらに、少なくとも特定の精製条件お
よび保存条件のもとでは、これらはより高い収率で精製され得、そして対応する
天然のポリペプチドより良好な溶解性を示し得る。
【0122】 (N末端欠失変異体およびC末端欠失変異体) 例えば、膜結合タンパク質の細胞外ドメインまたは分泌タンパク質の成熟形態
を含む多くのタンパク質について、1つ以上のアミノ酸が生物学的機能の実質的
な損失なしでN末端またはC末端から欠失され得ることは当該分野で公知である
。例えば、Ronおよび共同研究者(J.Biol.Chem.、268:29
84〜2988(1993))は、3個、8個または27個のN末端のアミノ酸
残基を失った場合でさえ、ヘパリン結合活性を有する改変KGFタンパク質を報
告している。
【0123】 本発明の場合、本発明のDendriacポリペプチドはBrainiacポ
リペプチドファミリーのメンバーであるので、配列番号2および配列番号10の
57位のアルギニンまでのN末端アミノ酸の欠失は、いくつかの生物学的活性(
例えば、細胞の成長および分化を調節する能力)を維持し得る。さらに、配列番
号2および配列番号10のアルギニン−57残基を含むさらなるN末端欠失をさ
らに有するポリペプチドは、このような生物学的活性を保持するとは期待されな
い。なぜなら、Brainiac関連ポリペプチド中のこの残基が、生物学的活
性のために必要であると考えられる保存的ドメインの最初であるからである。
【0124】 しかし、タンパク質のN末端からの1つ以上のアミノ酸の欠失が、タンパク質
の1つ以上の生物学的機能の改変または損失を生じ得る場合でさえ、他の生物学
的活性はなお維持され得る。従って、このポリペプチドの完全形態または成熟形
態を認識する抗体を誘発し、そして/または抗体に結合する短縮型ポリペプチド
の能力は、一般に、ポリペプチドの完全形態または成熟形態の大部分より少ない
残基がN末端から除去される場合、維持される。完全ポリペプチドのN末端残基
を欠く特定のポリペプチドが、このような免疫的活性を維持するかどうかは、本
明細書に記載される慣用的な方法およびそうでなければ当該分野で公知の別の方
法により容易に決定され得る。
【0125】 従って、本発明はさらに、配列番号2および配列番号10に示されるDend
riacポリペプチドのアミノ酸配列のアミノ末端から1つ以上の残基が欠失さ
れたポリペプチド、番号57位のアルギニン残基までのポリペプチド、ならびに
このようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供する。詳細には、
本発明は、配列番号2および配列番号10の残基n1〜294のアミノ酸配列を 含むポリペプチドを提供する。ここで、n1は、−25から56の範囲の整数で あり、そして57は、Dendriacポリペプチドの細胞成長活性および細胞
分化活性の調節に必要であると考えられる、完全Dendriacポリペプチド
(配列番号2および配列番号10に示される)のN末端から最初の残基の位置で
ある。
【0126】 より詳細には、本発明は、配列番号2および配列番号10の以下の残基のアミ
ノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供する:
【0127】
【数5】 これらのポリペプチドをコードするポリヌクレオチドもまた、提供される。
【0128】 同様に、生物学的に機能的なC末端欠失ムテインの多くの例が公知である。例
えば、インターフェロンγは、タンパク質のカルボキシ末端から8〜10アミノ
酸残基を欠失させることにより10倍まで高い活性を示す(Dobeliら、J
.Biotechnology 7:199〜216(1988))。
【0129】 本発明の場合では、本発明のDendriacポリペプチドは、Braini
acポリペプチドファミリーのメンバーであるので、配列番号2および配列番号
10の292位のシステインまでのC末端アミノ酸までの欠失が、いくらかの生
物学的活性(例えば、細胞の成長および分化を調節する能力)を維持し得る。さ
らに、配列番号2および配列番号10の292位のシステイン残基を含むさらな
るC末端の欠失を有するポリペプチドは、このような生物学的活性を保持すると
は期待されない。なぜなら、この残基は、生物学的活性のために必要とされる保
存的ドメインの最初にあるからである。
【0130】 しかし、タンパク質のC末端からの1つ以上のアミノ酸の欠失が、タンパク質
の1つ以上の生物学的機能の損失という改変を生じる場合でさえ、他の生物学的
活性はそれでも維持され得る。従って、短縮型のタンパク質の完全または成熟形
態のポリペプチドを認識する抗体を誘発および/または結合する能力は一般に、
完全または成熟な形態のタンパク質の決して大部分ではない残基がC末端から除
去されている場合、維持される。完全なタンパク質のC末端残基を欠失した特定
のポリペプチドがこのような免疫活性を維持するかどうかは、本明細書で記載さ
れる慣用的な方法およびそうでなければ当該分野で公知の慣用的な方法により容
易に決定され得る。
【0131】 従って、本発明はさらに、配列番号2および配列番号10に示されるDend
riacポリペプチドのアミノ酸配列のカルボキシ末端から配列番号2および配
列番号10の292位のシステイン残基までの1つ以上の残基を有するポリペプ
チド、ならびにこのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供す
る。詳細には、本発明は、配列番号2および配列番号10のアミノ酸配列の残基
−25〜m1のアミノ酸配列を有するポリペプチドを提供する。ここで、m1は、
292から294の範囲の任意の整数であり、そして残基292は、Dendr
iacポリペプチドの細胞成長調節活性および細胞分化調節活性に必要であると
考えられる、完全Dendriacポリペプチド(配列番号2および配列番号1
0に示される)のC末端からの最初の残基の位置である。
【0132】 より詳細には、本発明は、配列番号2および配列番号10の以下の残基のアミ
ノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供する:−2
5〜292、−25〜293、および−25〜294。これらのポリペプチドを
コードするポリヌクレオチドもまた、提供される。
【0133】 本発明はまた、1つ以上のアミノ酸をアミノ末端およびカルボキシル末端の両
方から欠失させたポリペプチドを提供し、これらは一般には、配列番号2および
配列番号10のn1〜m1位の残基(ここで、n1およびm1は上記のような整数)
を有するとして記載され得る。
【0134】 ATCC受託番号第203056号および同第209627号に含まれるcD
NAクローンによりコードされる完全Dendriacアミノ酸配列の部分から
なるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列もまた含まれ、ここで、この部
分はATCC受託番号第203056号および同第209627号に含まれるc
DNAクローンによりコードされる完全アミノ酸配列のアミノ末端からの1〜約
81のアミノ酸、またはカルボキシ末端からの1〜約3のアミノ酸、あるいはA
TCC受託番号第203056号および同第209627号に含まれるcDNA
クローンによりコードされる完全アミノ酸配列の上記のアミノ末端およびカルボ
キシ末端欠失の任意の組合せを含まない。
【0135】 また本発明の場合、本発明のBrainiac−3ポリペプチドはBrain
iacポリペプチドファミリーのメンバーであるので、配列番号4および配列番
号12の81位のアルギニンまでのN末端アミノ酸の欠失は、いくらかの生物学
的活性(例えば、細胞の成長および分化を調節する能力)を維持し得る。さらに
、配列番号4および配列番号12のアルギニン−81残基を含むさらなるN末端
欠失を有するポリペプチドは、このような生物学的活性を維持しない。なぜなら
、Brainiac関連ポリペプチド中のこの残基が、生物学的活性のために必
要であると考えられる保存的ドメインの最初にあるからである。
【0136】 従って、本発明はさらに、配列番号4および配列番号12に示されるBrai
niac−3ポリペプチドのアミノ酸配列のアミノ末端から番号81位のアルギ
ニン残基までの1つ以上の残基が欠失されたポリペプチド、ならびにこのような
ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供する。詳細には、本発明は、
配列番号4および配列番号12の残基n2〜324のアミノ酸配列を含むポリペ プチドを提供する。ここで、n2は、−28から80の範囲の整数であり、そし て81は、Brainiac−3ポリペプチドの細胞成長活性および細胞分化活
性の調節に必要であると考えられる、完全Brainiac−3ポリペプチド(
配列番号4および配列番号12に示される)のN末端から最初の残基の位置であ
る。
【0137】 より詳細には、本発明は、配列番号4および配列番号12の以下の残基のアミ
ノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供する:
【0138】
【数6】 これらのポリペプチドをコードするポリヌクレオチドもまた、提供される。
【0139】 本発明の場合ではまた、本発明のBrainiac−3ポリペプチドは、Br
ainiacポリペプチドファミリーのメンバーであるので、配列番号4および
配列番号12の316位のシステインまでのC末端アミノ酸までの欠失が、いく
らかの生物学的活性(例えば、細胞の成長および分化を調節する能力)を維持し
得る。さらに、配列番号4および配列番号12の316位のシステイン残基を含
むさらなるC末端欠失を含むポリペプチドは、このような生物学的活性を保持す
ると期待されない。なぜなら、この残基が、生物学的活性のために必要とされる
保存的ドメインの最初にあるからである。
【0140】 従って、本発明はさらに、配列番号4および配列番号12に示されるBrai
niac−3ポリペプチドのアミノ酸配列のカルボキシ末端から配列番号4およ
び配列番号12の316位のシステイン残基までの1つ以上の残基を有するポリ
ペプチド、ならびにこのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提
供する。詳細には、本発明は、配列番号4および配列番号12のアミノ酸配列の
残基−28〜m2のアミノ酸配列を含むポリペプチドを提供する。ここで、m2
、316から324の範囲の任意の整数であり、そして残基316は、Brai
niac−3ポリペプチドの細胞成長調節活性および細胞分化調節活性に必要で
あると考えられる、完全Brainiac−3ポリペプチド(配列番号4および
配列番号12に示される)のC末端からの最初の残基の位置である。
【0141】 より詳細には、本発明は、配列番号4および配列番号12の以下の残基のアミ
ノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供する:−2
8〜324、−28〜323、−28〜322、−28〜321、−28〜32
0、−28〜319、−28〜318、および−28〜317。これらのポリペ
プチドをコードするポリヌクレオチドもまた、提供される。
【0142】 本発明はまた、1つ以上のアミノ酸をアミノ末端およびカルボキシル末端の両
方から欠失させたポリペプチドを提供し、これらは一般には、配列番号4および
配列番号12のn2〜m2位の残基(ここで、n2およびm2は上記のような整数)
を有するとして記載され得る。
【0143】 ATCC受託番号第203451号および同第209463号に含まれるcD
NAクローンによりコードされる完全Brainiac−3アミノ酸配列の部分
からなるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列もまた含まれ、ここで、こ
の部分はATCC受託番号第203451号および同第209463号に含まれ
るcDNAクローンによりコードされる完全アミノ酸配列のアミノ末端からの1
〜約108のアミノ酸、またはカルボキシ末端からの1〜約8のアミノ酸、ある
いはATCC受託番号第203451号および同第209463号に含まれるc
DNAクローンによりコードされる完全アミノ酸配列の上記のアミノ末端および
カルボキシ末端欠失の任意の組合せを含まない。上記の欠失変異体ポリペプチド
形態の全てをコードするポリヌクレオチドもまた提供される。
【0144】 上述したように、タンパク質のN末端からの1つ以上のアミノ酸の欠損が、そ
のタンパク質の1つ以上の生物学的機能の損失という改変を生じる場合でさえ、
他の生物学的活性はなお保持され得る。従って、完全または成熟形態のポリぺプ
チドを認識する抗体を誘発および/または結合する、短縮型のDendriac
およびBrainiac−3ムテインの能力は一般に、完全または成熟ポリぺプ
チドの決して大部分ではない残基がN末端から除去されている場合、維持される
。完全なポリぺプチドのN末端残基を欠失した特定のポリペプチドがこのような
免疫活性を維持するかどうかは、本明細書で記載される日常的な方法、およびそ
うでなければ当該分野で公知の日常的な方法により容易に決定され得る。多数の
N末端アミノ酸残基を除去されたDendriacまたはBrainiac−3
ムテインは、おそらく、いくつかの生物学的活性または免疫学的活性を保持し得
る。事実、DendriacまたはBrainiac−3のアミノ酸残基のわず
か6つからなるペプチドは、しばしば免疫応答を誘起し得る。
【0145】 従って、本発明はさらに、図1A、1B、および1C(すなわち、配列番号2
および配列番号10)に示されるDendriacアミノ酸配列のアミノ末端か
ら1つ以上の残基が欠失されたポリペプチド、番号314位のアスパラギン残基
までのポリペプチド、およびこのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオ
チドを提供する。詳細には、本発明は、図1A、1B、および1C(配列番号2
および配列番号10)の残基n3−314のアミノ酸配列を含むポリペプチドを 提供する。ここで、n3は、2から314の範囲の整数であり、そして315は 、Dendriacポリぺプチドの免疫原性活性に少なくとも必要とされると考
えられる、完全DendriacポリぺプチドのN末端の最初の残基の位置であ
る。
【0146】 さらに詳細には、本発明は、図1A、1B、および1Cに示されるDendr
iac配列の以下の残基のアミノ酸配列を含む(あるいは、からなる)ポリぺプ
チドをコードするポリヌクレオチドを提供する(図1A、1B、および1C中の
アミノ酸残基は、N末端からC末端の1から319まで連続して番号を付けられ
るが、配列番号2および配列番号10のアミノ酸残基は、推定シグナルペプチド
の位置を反映するように−25から294まで連続して番号を付けられることを
除いて、この配列は、配列番号2に示される配列ならびに配列番号10に示され
る配列と同一である):
【0147】
【数7】 これらのポリぺプチドをコードするポリヌクレオチドもまた、本発明に包含され
る。
【0148】 上述したように、タンパク質のC末端からの1つ以上のアミノ酸の欠損が、そ
のタンパク質の1つ以上の生物学的機能の欠損という改変を生じる場合でさえ、
他の生物学的活性は、なお保持され得る。従って、完全または成熟な形態のポリ
ぺプチドを認識する抗体を誘発および/または結合する、短縮型のDendri
acムテインの能力は一般に、完全または成熟ポリぺプチドの決して大部分では
ない残基がC末端から除去されている場合、保持される。完全なポリぺプチドの
C末端残基を欠失した特定のポリペプチドがこのような免疫活性を保持するかど
うかは、本明細書で記載される日常的な方法およびそうでなければ当該分野で公
知の日常的な方法により容易に決定され得る。多数のC末端アミノ酸残基を除去
されたDendriacムテインは、おそらく、いくつかの生物学的活性または
免疫学的活性を保持し得る。事実、Dendriacアミノ酸残基のわずか6つ
からなるペプチドは、しばしば免疫応答を誘起し得る。
【0149】 従って、本発明はさらに、図1A、1B、および1C(配列番号2および配列
番号10)に示されるDendriacポリぺプチドのアミノ酸配列のカルボキ
シ末端から1つ以上の残基が欠失されたポリペプチド、番号6位のロイシン残基
までのポリペプチド、およびこのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオ
チドを提供する。詳細には、本発明は、図1A、1B、および1C(すなわち、
配列番号2および配列番号10)の残基1−m3のアミノ酸配列を含むポリペプ チドを提供する。ここで、m3は、6から319の範囲の整数であり、そして6 は、Dendriacポリぺプチドの免疫原性活性に少なくとも必要とされると
考えられる、完全DendriacポリぺプチドのC末端の最初の残基の位置で
ある。
【0150】 さらに詳細には、本発明は、図1A、1B、および1Cに示されるDendr
iac配列の以下の残基のアミノ酸配列を含む(あるいは、からなる)ポリぺプ
チドをコードするポリヌクレオチドを提供する(図1A、1B、および1C中の
アミノ酸残基は、N末端からC末端の1から319まで連続して番号を付けられ
るが、配列番号2および配列番号10のアミノ酸残基は、推定シグナルペプチド
の位置を反映するように−25から294まで連続して番号を付けられることを
除いて、この配列は、配列番号2に示される配列ならびに配列番号10に示され
る配列と同一である):
【0151】
【数8】 これらのポリぺプチドをコードするポリヌクレオチドもまた、提供される。
【0152】 本発明はまた、Dendriacポリぺプチドのアミノ末端およびカルボキシ
ル末端の両方から1つ以上のアミノ酸を欠失させたポリぺプチドを提供し、これ
らは一般的には、図1A、1B、および1C(すなわち、配列番号2および配列
番号10)のn3−m3位の残基(ここで、上記のようにn3およびm3は整数であ
る)を有するように記載され得る。
【0153】 上述したように、さらに、タンパク質のN末端からの1つ以上のアミノ酸の欠
損が、そのタンパク質の1つ以上の生物学的機能の欠損という改変を生じる場合
でさえ、他の生物学的活性はなお保持され得る。従って、完全または成熟形態ポ
リぺプチドを認識する抗体を誘発および/または結合する、短縮型のBrain
iac−3ムテインの能力は一般に、完全または成熟ポリぺプチドの決して大部
分ではない残基がN末端から除去されている場合、維持される。完全ポリぺプチ
ドのN末端残基を欠失した特定のポリペプチドがこのような免疫活性を維持する
かどうかは、本明細書で記載される日常的な方法およびそうでなければ当該分野
で公知の日常的な方法により容易に決定され得る。多数のN末端アミノ酸残基を
除去されたBrainiac−3ムテインは、おそらく、いくつかの生物学的活
性または免疫原性活性を保持し得る。事実、Brainiac−3のアミノ酸残
基のわずか6つからなるペプチドは、しばしば免疫応答を誘起し得る。
【0154】 従って、本発明はさらに、図2Aおよび2B(配列番号4および配列番号12
)に示されるBrainiac−3アミノ酸配列のアミノ末端から1つ以上の残
基が欠失されたポリペプチド、番号347位のグリシン残基までのポリペプチド
、およびこのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供する。詳
細には、本発明は、図2Aおよび2B(配列番号4および配列番号12)のn4 −352残基のアミノ酸配列を含むポリペプチドを提供する。ここで、n4は、 2から347の範囲の整数であり、そして348は、Brainiac−3ポリ
ぺプチドの免疫原性活性に少なくとも必要とされると考えられる、完全Brai
niac−3ポリぺプチドのN末端の最初の残基の位置である。
【0155】 さらに詳細には、本発明は、図2Aおよび2Bに示されるBrainiac−
3配列の以下の残基のアミノ酸配列を含む(あるいは、からなる)ポリぺプチド
をコードするポリヌクレオチドを提供する(図2Aおよび2Bのアミノ酸残基は
、N末端からC末端の1から352まで連続して番号を付けられるが、配列番号
4および配列番号12のアミノ酸残基は、推定シグナルペプチドの位置を反映す
るように−28から324まで連続して番号を付けられることを除いて、この配
列は、配列番号4に示される配列ならびに配列番号12に示される配列と同一で
ある):
【0156】
【数9】 これらのポリぺプチドをコードするポリヌクレオチドもまた、本発明によって包
含される。
【0157】 上述したように、タンパク質のC末端からの1つ以上のアミノ酸の欠損が、タ
ンパク質の1つ以上の生物学的機能の欠損という改変を生じる場合でさえ、他の
生物学的活性はなお保持され得る。従って、完全または成熟形態のポリぺプチド
を認識する抗体を誘発および/または結合する、短縮型のBrainiac−3
ムテインの能力は一般に、完全または成熟ポリぺプチドの決して大部分ではない
残基がC末端から除去されている場合、保持される。完全なポリぺプチドのC末
端残基を欠失した特定のポリペプチドがこのような免疫活性を保持するかどうか
は、本明細書で記載される日常的な方法およびそうでなければ当該分野で公知の
日常的な方法により容易に決定され得る。多数のC末端アミノ酸残基を欠損され
たBrainiac−3ムテインは、おそらく、いくつかの生物学的活性または
免疫原性活性を保持し得る。事実、Brainiac−3のアミノ酸残基のわず
か6つからなるペプチドは、しばしば免疫応答を誘起し得る。
【0158】 従って、本発明はさらに、図2Aおよび2B(すなわち、配列番号4および配
列番号12)に示されるBrainiac−3のアミノ酸配列のカルボキシ末端
から1つ以上の残基が欠失されたポリペプチド、番号6位のシステイン残基まで
のポリペプチド、およびこのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド
を提供する。詳細には、本発明は、図2Aおよび2B(すなわち、配列番号4お
よび配列番号12)の1−m4残基のアミノ酸配列を含むポリペプチドを提供す る。ここで、m4は、6から351の範囲の整数であり、そして6は、Brai niac−3ポリぺプチドの免疫原性活性に少なくとも必要とされると考えられ
る、完全Brainiac−3ポリぺプチドのC末端の最初の残基の位置である
【0159】 さらに詳細には、本発明は、図2Aおよび2Bに示されるBrainiac−
3配列の配列の以下の残基のアミノ酸配列を含む(あるいは、からなる)ポリぺ
プチドをコードするポリヌクレオチドを提供する(図2Aおよび2Bのアミノ酸
残基は、N末端からC末端の1から352まで連続して番号を付けられるが、配
列番号4および配列番号12のアミノ酸残基は、推定シグナルペプチドの位置を
反映するように−28から324まで連続して番号を付けられることを除いて、
この配列は、配列番号4に示される配列ならびに配列番号12に示される配列と
同一である):
【0160】
【数10】 これらのポリぺプチドをコードするポリヌクレオチドもまた提供される。
【0161】 本発明はまた、Brainiac−3ポリぺプチドのアミノ末端およびカルボ
キシル末端の両方から1つ以上のアミノ酸を欠失させたポリぺプチドを提供し、
これらは一般的には、図2Aおよび2B(配列番号4および配列番号12)のn 4 −m4位の残基(ここで、上記のようにn4およびm4は整数である)のアミノ酸
配列を有するように記載され得る。
【0162】 (他の変異体) 上記で議論されたタンパク質の末端欠失形態に加えて、Dendriacおよ
びBrainiac−3ポリペプチドの幾つかのアミノ酸配列を、タンパク質の
構造または機能に有意な影響なしに変化し得ることもまた、当業者により認識さ
れる。配列中でのこのような差違を意図する場合、活性を決定するタンパク質の
決定的な領域が存在することに留意すべきである。
【0163】 従って、本発明は、実質的なDendriacまたはBrainiac−3の
ポリペプチド活性を示すDendriacおよびBrainiac−3ポリペプ
チドの改変体、または以下で議論されるポリぺプチド部分のようなDendri
acおよびのBrainiac−3のポリペプチド領域を含むDendriac
およびBrainiac−3ポリペプチドの改変体をさらに含む。このような変
異体は、欠失、挿入、転化、反復、および、当該分野で公知である一般的な規則
に従って、活性にほとんど影響しないように選択される型置換を含む。例えば、
表現型的にサイレントなアミノ酸置換をいかにして作製するかに関するガイダン
スが提供され、ここで著者らは、変化に対するアミノ酸配列の寛容性を研究する
ための2つの主だったアプローチが存在すると示している(Bowie,J.U
.,ら、Science 247:1306−1310(1990))。最初の
方法は進化のプロセスに依存し、ここで変異は天然の選択により受け入れられる
か、または拒絶されるかのどちらかである。第2のアプローチは、クローン化さ
れた遺伝子の特定部位でのアミノ酸変化を導入するための遺伝子工学ならびに機
能的に維持する配列を同定するための選択もしくはスクリーニングを使用する。
【0164】 著者らが述べるように、これらの研究は、タンパク質がアミノ酸置換に驚くほ
ど寛容性であることを明らかにしてきた。著者らは、タンパク質の特定の部位で
どのアミノ酸変化が許容性であると思われるかをさらに示している。例えば、ほ
とんどの包理したアミノ酸残基は非極性側鎖を必要とし、一方で表面側鎖のほと
んどの特徴は一般に保存されない。他のこのような表現型的にサイレントな置換
は、Bowieおよびその共同研究者ら(前出)およびその中で引用される参考
文献に記載される。代表的には、保存的置換として見出されるのは、それぞれ、
脂肪性アミノ酸のAla、Val、Leu、およびIleの間の置き換え;ヒド
ロキシル残基SerおよびThrの交換、酸性残基AspおよびGluの交換、
アミド残基AsnおよびGln間の置換、塩基性残基LysおよびArgの交換
、ならびに芳香族残基Phe、Tyrの間の置き換えである。
【0165】 従って、配列番号2、配列番号4、配列番号10、配列番号12のポリペプチ
ドのフラグメント、誘導体もしくはアナログ、または寄託されたcDNAにより
コードされるフラグメント、誘導体もしくはアナログは、(i)1つ以上のアミ
ノ酸残基が、保存されたまたは保存されていないアミノ酸残基(好ましくは保存
されたアミノ酸)で置換され、そしてこのような置換されたアミノ酸残基が遺伝
コードによりコードされてもよくされていなくてもよいもの;または(ii)1
つ以上のアミノ酸残基が置換基を含むもの、または(iii)Dendriac
成熟ポリペプチドまたはBrainiac−3成熟ポリペプチドのいずれかが、
ポリペプチドの半減期を増加させるための化合物(例えば、ポリエチレングリコ
ール)のような別の化合物と融合したもの、または(iv)さらなるアミノ酸が
上記の形態のポリペプチド(例えば、IgG Fc融合領域ペプチド配列もしく
はリーダー配列もしくは分泌配列または上記の形態のポリペプチド配列もしくは
プロタンパク質配列の精製のために使用される配列)と融合したものであり得る
。このようなフラグメント、誘導体およびアナログは、本明細書の教示より当業
者の範囲内であると見なされる。
【0166】 従って、本発明のDendriacポリペプチドおよびBrainiac−3
ポリペプチドは、天然の変異もしくは人工操作のいずれかに由来する1つ以上の
アミノ酸置換、欠失、または付加を含み得る。示されるように、タンパク質の折
り畳みまたは活性に有意に影響しない保存的アミノ酸置換のような、小さな性質
の変化が好ましい(表IIIを参照のこと)。
【0167】
【表3】 機能に必須である本発明のDendriacポリペプチドおよび/またはBr
ainiac−3ポリペプチドにおけるアミノ酸は、当該分野で公知の方法(例
えば、部位特異的変異誘発またはアラニンスキャン変異誘発(Cunningh
amおよびWells,Science 244:1081−1085(198
9))により同定され得る。後者の手順は、分子のすべての残基に単一のアラニ
ン変異を導入する。次いで、得られた変異体分子は生物学活性(例えば、レセプ
ター結合またはインビトロまたはインビトロでの増殖活性)について試験される
【0168】 特に興味深いのは、荷電したアミノ酸の、荷電した別のアミノ酸または中性の
アミノ酸での置換である。この置換によって、凝集しにくいなどのような、非常
に望ましい改善された特性を有するタンパク質が産生され得る。凝集は活性を減
少させるだけではなく、凝集体が免疫原性であり得るため、薬学的処方物を調製
する場合にも問題であり得る(Pinckardら、Clin.Exp.Imm
unol.2:331−340(1967);Robbinsら、Diabet
es 36:838−845(1987);Clelandら、Crit.Re
v.Therapeutic Drug Carrier Sytems 10
:307−377(1993))。
【0169】 アミノ酸の置換はまた、細胞表面のレセプターに対するリガンドの結合選択性
を変化させ得る。例えば、Ostadeら、Nature 361:266−2
68(1993)は、TNFレセプターの2つの公知の型の1つのみに対するT
NF−αの選択的な結合を生じる特定の変異体を記載する。リガンド−レセプタ
ー結合について決定的である部位はまた、構造解析(例えば、結晶化、核磁気共
鳴法または光親和性標識)により決定され得る(Smithら、J.Mol.B
iol.224:899−904(1992)およびde Vosら、Scie
nce 255:306−312(1992))。
【0170】 本発明のポリペプチドは、好ましくは単離された形態で提供され、そして好ま
しくは実質的に精製される。Dendriacポリペプチドおよび/またはBr
ainiac−3ポリペプチドの組換え産生バージョンは、SmithおよびJ
ohnson(Gene 67:31−40(1988))に記載される一工程
法により実質的に精製され得る。本発明のポリペプチドはまた、タンパク質精製
の分野で周知である方法で、本発明の抗Dendriac抗体および/または抗
Brainiac−3抗体を使用して、天然または組換えの供給源から精製され
得る。
【0171】 本発明はまた、以下からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む単離された
Dendriacポリペプチドを提供する:(a)配列番号2および配列番号1
0(すなわち、配列番号2および配列番号10の1〜319位)に示される完全
アミノ酸配列を有する全長Dendriacポリペプチドのアミノ酸配列;(b
)配列番号2および配列番号10に示される、N末端メチオニン(すなわち、配
列番号2および配列番号10の2〜319位)を除く、完全アミノ酸配列を有す
る全長Dendriacポリペプチドのアミノ酸配列;(c)配列番号2および
配列番号10の26〜319位のアミノ酸配列を有する推定成熟Dendria
cポリペプチドのアミノ酸配列;(d)ATCC受託番号203056およびA
TCC受託番号209627に含まれるcDNAクローンによってコードされる
完全アミノ酸配列;(e)ATCC受託番号203056およびATCC受託番
号209627に含まれるcDNAクローンによってコードされる、N末端メチ
オニンを除く完全アミノ酸配列;および(f)ATCC受託番号203056お
よびATCC受託番号209627に含まれるcDNAクローンによってコード
される推定成熟Dendriacポリペプチドの完全アミノ酸配列。本発明のポ
リペプチドはまた、上記の(a)、(b)、(c)、(d)、(e)または(f
)に記載されるポリペプチドに対して少なくとも80%の同一、より好ましくは
少なくとも90%の同一、そしてなおより好ましくは95%、96%、97%、
98%、または99%同一のアミノ酸配列を有するポリペプチドを含み、ならび
に上記配列に対して少なくとも90%の類似性、およびより好ましくは少なくと
も95%の類似性のアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。
【0172】 本発明のさらなるポリペプチドは、上記の配列に対して少なくとも90%の類
似性、より好ましくは少なくとも95%の類似性、そしてなおより好ましくは少
なくとも96%、97%、98%、または99%の類似性を有するポリペプチド
を含む。本発明のポリペプチドはまた、寄託されたcDNAによってコードされ
るポリペプチドまたは配列番号2および配列番号10のポリペプチドに対して少
なくとも80%同一、より好ましくは少なくとも90%または95%同一、なお
より好ましくは少なくとも96%、97%、98%、または99%同一であるポ
リペプチドを含む、ならびに少なくとも15のアミノ酸、より好ましくは少なく
とも30のアミノ酸、さらにより好ましくは少なくとも40のアミノ酸、なおさ
らに好ましくは少なくとも50のアミノ酸、なおより好ましくは少なくとも60
のアミノ酸、そしてなおさらにより好ましくは少なくとも75のアミノ酸を有す
るポリペプチドの一部を含む。
【0173】 さらに、本発明は、以下からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む単離さ
れたBrainiac−3ポリペプチドを提供する:(a)配列番号4および配
列番号12(すなわち、配列番号4および配列番号12の1〜352位)に示さ
れる完全アミノ酸配列を有する全長Brainiac−3ポリペプチドのアミノ
酸配列;(b)配列番号4および配列番号12に示される、N末端メチオニン(
すなわち、配列番号4および配列番号12の2〜352位)を除く、完全アミノ
酸配列を有する全長Brainiac−3ポリペプチドのアミノ酸配列;(c)
配列番号4および配列番号12の29〜352位のアミノ酸配列を有する推定成
熟Brainiac−3ポリペプチドのアミノ酸配列;(d)ATCC受託番号
203451およびATCC受託番号209463に含まれるcDNAクローン
によってコードされる完全アミノ酸配列;(e)ATCC受託番号203451
およびATCC受託番号209463に含まれるcDNAクローンによってコー
ドされる、N末端メチオニンを除く完全アミノ酸配列;および(f)ATCC受
託番号203451およびATCC受託番号209463に含まれるcDNAク
ローンによってコードされる推定成熟Brainiac−3ポリペプチドの完全
アミノ酸配列。本発明のポリペプチドはまた、上記の(a)、(b)、(c)、
(d)、(e)または(f)に記載されるポリペプチドに対して少なくとも80
%の同一、より好ましくは少なくとも90%の同一、そしてなおより好ましくは
95%、96%、97%、98%、または99%同一のアミノ酸配列を有するポ
リペプチドを含み、ならびに上記配列に対して少なくとも90%の類似性、およ
びより好ましくは少なくとも95%の類似性のアミノ酸配列を有するポリペプチ
ドを含む。
【0174】 本発明のさらなるポリペプチドは、上記の配列に対して少なくとも90%の類
似性、より好ましくは少なくとも95%の類似性、そしてなおより好ましくは少
なくとも96%、97%、98%、または99%の類似性を有するポリペプチド
を含む。本発明のポリペプチドはまた、寄託されたcDNAによってコードされ
るポリペプチドまたは配列番号4および配列番号12のポリペプチドに対して少
なくとも80%同一、より好ましくは少なくとも90%または95%同一、なお
より好ましくは少なくとも96%、97%、98%、または99%同一であるポ
リペプチドを含み、ならびに少なくとも15のアミノ酸、より好ましくは少なく
とも30のアミノ酸、さらにより好ましくは少なくとも40のアミノ酸、なおさ
らに好ましくは少なくとも50のアミノ酸、なおより好ましくは少なくとも60
のアミノ酸、そしてなおさらにより好ましくは少なくとも75のアミノ酸を有す
るポリペプチドの一部もまた含む。
【0175】 本発明のさらなる実施態様は、少なくとも1つの保存的アミノ酸の置換を含み
、しかし、50以下の保存的アミノ酸の置換、さらにより好ましくは、40以下
の連続するアミノ酸の置換、なおより好ましくは30以下の保存的アミノ酸の置
換、およびなおさらにより好ましくは20以下の保存的アミノ酸置換を含むアミ
ノ酸配列を有するDendriacまたはBrainiac−3ポリペプチドの
アミノ酸配列を含む、ペプチドまたはポリペプチドに関する。もちろん、さらに
大きな優先順では、ペプチドまたはポリペプチドが、少なくとも1つであるが1
0、9、8、7、6、5、4、3、2または1以下の保存的アミノ酸の置換を含
むDendriacまたはBrainiac−3ポリペプチドのアミノ酸配列を
含むアミノ酸を有することは、非常に好ましい。
【0176】 本発明のポリペプチドのフラグメントの代表的な例は、例えば、配列番号2、
配列番号4、配列番号10、配列番号12のアミノ酸番号約1〜20、21〜4
0、41〜60、61〜80、81〜100、101〜120、121〜140
、141〜160、または161〜末端のコード領域までのフラグメント、また
はDendriacまたはBrainiac−3を発現する寄託されたcDNA
クローンのいずれかから発現されるポリペプチドまでを含む。さらに、ポリペプ
チドフラグメントは、約20、30、40、50、60、70、80、90、1
00、110、120、130、140または150アミノ酸の長さであり得る
。この状況において、「約」は、特定の引用される範囲(これは、極度または両
方の極度のいずれかにおいていくつかの(5、4、3、2または1)アミノ酸よ
り大きなまたは小さな範囲である)を含む。本発明はまた、配列番号2、配列番
号4、配列番号10、または配列番号12のアミノ酸中の、少なくとも約10、
30または100の連続するアミノ酸の配列と少なくとも90%同一のアミノ酸
配列を含む単離されたポリペプチドも含む。
【0177】 2つのポリペプチドについての「類似性%」によって、Bestfitプログ
ラム(Wisconsin Sequence Analysis Packa
ge,Version 8 for Unix、Genetics Compu
ter Group,University Research Park,5
75 Science Drive,Madison,WI 53711)およ
び類似性を決定するためのデフォルト設定を使用して2つのポリペプチドのアミ
ノ酸配列を比較することによって生じる類似性スコアが意図される。Bestf
itは、SmithおよびWatermanの局所相同性アルゴリズム(Adv
ances in Appied Mathematics 2:482−48
9,1981)を用いて、2つの配列の間の類似性について最良のセグメントを
見出す。
【0178】 例えば、DendriacまたはBrainiac−3ポリペプチドの参照ア
ミノ酸配列に少なくとも、95%「同一の」アミノ酸配列を有するポリペプチド
により、そのポリペプチド配列が、DendriacまたはBrainiac−
3ポリペプチドの参照アミノ酸配列の各100アミノ酸毎に5つまでのアミノ酸
改変を含み得ることを除いて、そのポリペプチドのアミノ酸配列は参照配列と同
一であることが意図される。言い換えれば、参照アミノ酸配列に対して少なくと
も95%同一のアミノ酸配列を有するポリペプチドを得るために、参照配列にお
いて5%までのアミノ酸残基が、欠失され得るかもしくは別のアミノ酸で置換さ
れ得るか、または参照配列における総アミノ酸残基の5%までの多数のアミノ酸
が参照配列に挿入され得る。これらの参照配列の改変は、参照アミノ酸配列のア
ミノ末端位置もしくはカルボキシ末端位置で、または参照配列の残基間で個々に
、もしくは参照配列内で1つ以上の連続した基内のいずれかに散在した、これら
の末端位置の間のどこかで起こり得る。
【0179】 実際に、任意の特定のポリペプチドが、例えば、図1A、図1B、および図1
C(配列番号2)ならびに配列番号10に示されるアミノ酸配列、図2Aおよび
図2B(配列番号4)ならびに配列番号12に示されるアミノ酸配列、寄託され
たcDNAクローンのHFVIF40およびHFCCQ50によりコードされる
アミノ酸配列、またはそれらのフラグメントに対して、少なくとも90%、95
%、96%、97%、98%、または99%同一であるかどうかは、Bestf
itプログラム(Wisconsin Sequence Analysis
Package,Version 8 for Unix、Genetics
Computer Group,University Research P
ark,575 Science Drive,Madison,WI 537
11)のような公知のコンピュータープログラムを使用して従来通りに決定され
得る。特定の配列が、例えば、本発明の参照配列に95%同一であるかどうかを
決定するために、Bestfitまたは任意の他の配列アラインメントプログラ
ムを使用する場合、当然のことながら、同一性のパーセンテージが参照アミノ酸
配列の全長にわたって計算され、そして参照配列内のアミノ酸残基の総数の5%
までの相同性におけるギャップが許容されるようにパラメーターが設定される。
【0180】 特定の実施態様において、参照(問い合わせ)配列(本発明の配列)および対
象配列(全配列アライメント(global sequence alignm
ent)ともいう)との間の同一性は、Brutlagらのアルゴリズム(Co
mp.App.Biosci.6:237−245(1990))に基づくFA
STDBコンピュータープログラムを使用して決定される。FASTDBアミノ
酸アライメントで使用される好ましいパラメーターは:マトリックス=PAM
0、k−tuple=2、ミスマッチペナルティ=1、ジョイニングペナルティ
=20、Randomization Group Length=0、カット
オフスコア=1、ウィンドウサイズ=配列長、Gapペナルティ=5、Gapサ
イズペナルティ=0.05、ウィンドウサイズ=500または、対象のアミノ酸
配列の長さ(どちらかより短い方)である。この実施態様に従って、対象配列が
、内部欠失ではなくNまたはC末端欠失のため、問い合わせ配列より短い場合、
手動補正は、FASTDBプログラムが全パーセント同一性を算出する際、対象
配列のN末端およびC末端切断の原因とはならないという事実を考慮した結果に
なる。N末端およびC末端での切断される対象配列について、問い合わせ配列に
比べ、同一性%は、対象配列のN末端およびC末端である問い合わせ配列の残基
(対応する対象残基と一致/整列しない)の数を、問い合わせ配列の全塩基の割
合として算出することによって補正される。残基が一致/整列するかどうかの決
定は、FASTDB配列アライメントの結果によって決定される。次いでこの百
分率を、同一性%から引き、特定のパラメーターを使用して上記FASTDBプ
ログラムによって算出し、最終同一性%スコアが求まる。この最終同一性%スコ
アは、何がこの実施態様の目的に使用されるものかである。対象配列のN末端お
よびC末端に対する残基(これは、問い合わせ配列と一致/整列されない)のみ
、同一性%スコアの手動調節の目的とみなす。すなわち、問い合わせ残基のみが
対象配列の最も遠いN末端およびC末端残基の外側に位置する。例えば、90ア
ミノ酸残基対象配列は、同一性%を決定する100残基の問い合わせ配列と整列
される。従って、対象配列のN末端で欠失が生じると、FASTDBアライメン
トは、N末端で最初の10残基の一致/整列を示さない。10の対でない残基は
、10%の配列(一致しないN末端およびC末端の残基の数/問い合わせ配列中
の残基の総数)を表わす。そのため、FASTDBプログラムより算出される同
一性%スコアから10%を引き算する。残っている90残基が完全に一致する場
合、最終同一性%は、90%になる。別の例では、90残基対象配列は、100
残基問い合わせ配列と比較される。欠失が内部欠失である場合、問い合わせ配列
と一致/整列しない対象配列のN末端またはC末端で残基は存在しない。この場
合、FASTDBによって算出される同一性%は、手動で補正されない。もう一
度、対象配列のN末端およびC末端の外側に位置する残基(問い合わせ配列と一
致/整列しない)のみが、FASTDBアライメントに提示されるように、手動
で補正される。他の手動補正は、この実施態様の目的のため行われない。
【0181】 本発明のポリペプチドは、当業者に周知の方法を用いるSDS−PAGEゲル
、または分子ふるいゲル濾過カラム上で分子量マーカーとして使用され得る。
【0182】 以下に詳細に示されるように、本発明のポリペプチドを用いて、ポリクローナ
ル抗体およびモノクローナル抗体もまた惹起し得る。これらの抗体は、以下に記
載のようにDendriacおよび/またはBrainiac−3ポリペプチド
発現を検出するためのアッセイに有用であり、あるいはDendriacおよび
/またはBrainiac−3ポリペプチド機能を増強または阻害し得るアゴニ
ストおよびアンタゴニストとして有用である。さらにこのようなポリペプチドは
酵母ツーハイブリッドシステムを使用して、本発明による候補アゴニストおよび
アンタゴニストでもあるDendriacおよび/またはBrainiac−3
ポリペプチド結合タンパク質を「捕獲」し得る。酵母ツーハイブリッドシステム
は、FieldsおよびSong、Nature 340:245−246(1
989)に記載される。
【0183】 (エピトープ保有部分) 別の局面において、本発明は、本発明のポリペプチドのエピトープ保有部分を
含むペプチドまたはポリペプチドを提供する。このポリペプチド部分のエピトー
プは、本発明のポリペプチドの免疫原性または抗原性エピトープである。「免疫
原性エピトープ」は、完全または全体のポリペプチドが免疫原である場合、抗体
応答を誘発するポリペプチドの一部として定義される。一方では、抗体が結合し
得るタンパク質分子の領域は、「抗原性エピトープ」として定義される。タンパ
ク質の免疫原性エピトープの数は、一般には、抗原性エピトープの数よりも少な
い。例えば、Geysenら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA
81:3998−4002(1983)を参照のこと。
【0184】 抗原性エピトープを保有する(すなわち、抗体が結合し得るポリペプチド分子
の領域を含む)ペプチドまたはポリペプチドの選択に関して、ポリペプチド配列
の一部を模倣する比較的短い合成ペプチドが、部分的に模倣されたポリペプチド
と反応する抗血清を慣用的に誘発し得ることが当該分野で周知である(例えば、
Sutcliffe,J.G.ら、Science 219:660−666(
1983)を参照のこと)。タンパク質反応性血清を誘発し得るペプチドは、ポ
リペプチドの一次配列で頻繁に示され、一連の単純な化学的法則により特徴付け
られ得、そしてインタクトなポリペプチドの免疫優性領域(すなわち、免疫原性
エピトープ)にも、アミノ末端またはカルボキシル末端にも、制限されない。そ
れゆえ本発明の抗原性エピトープ保有ペプチドおよびポリペプチドは、本発明の
ポリペプチドに特異的に結合する抗体(モノクローナル抗体を含む)を惹起する
ために有用である(例えば、Wilsonら、Cell 37:767−778
(1984)を参照のこと)。
【0185】 本発明の抗原性エピトープ保有ペプチドおよびポリペプチドは、本発明のポリ
ペプチドのアミノ酸配列内に含まれる、好ましくは少なくとも7個、より好まし
くは少なくとも9個、そして最も好ましくは約15〜約30個の間のアミノ酸の
配列を含む。Dendriac特異的抗体を産生するために使用され得る抗原性
ポリペプチドまたはペプチドの例は以下を含むが、これらに限定されない:配列
番号2および配列番号10のほぼLeu−30〜ほぼHis−38までのアミノ
酸残基を含むポリペプチド;配列番号2および配列番号10のほぼHis−50
〜ほぼAla−59までのアミノ酸残基を含むポリペプチド;配列番号2および
配列番号10のほぼTrp−64〜ほぼTrp−70までのアミノ酸残基を含む
ポリペプチド;配列番号2および配列番号10のほぼMet−208〜ほぼVa
l−213までのアミノ酸残基を含むポリペプチド;配列番号2および配列番号
10のほぼLys−224〜ほぼAsp−230までのアミノ酸残基を含むポリ
ペプチド;および配列番号2および配列番号10のほぼIle−246〜ほぼL
eu−252までのアミノ酸残基を含むポリペプチド;および配列番号2および
配列番号10のほぼGly−273〜ほぼGlu−278までのアミノ酸残基を
含むポリペプチド。図4および表Iに示されるように、上記のJameson−
Wolf抗原性指数の分析により、これらのポリペプチドフラグメントがDen
driacポリペプチドの抗原エピトープを保有することを決定した。
【0186】 本発明の抗原性エピトープ保有ペプチドおよびポリペプチドは、本発明のポリ
ペプチドのアミノ酸配列内に含まれる、好ましくは少なくとも7個、より好まし
くは少なくとも9個、そして最も好ましくは約15〜約30個の間のアミノ酸の
配列を含む。Brainiac−3特異的抗体を産生するために使用され得る抗
原性ポリペプチドまたはペプチドの例は以下を含むが、これらに限定されない:
配列番号4および配列番号12のほぼLys−1〜ほぼSer−12までのアミ
ノ酸残基を含むポリペプチド;配列番号4および配列番号12のほぼPro−1
6〜ほぼPro−25までのアミノ酸残基を含むポリペプチド;配列番号4およ
び配列番号12のほぼLeu−36〜ほぼArg−41までのアミノ酸残基を含
むポリペプチド;配列番号4および配列番号12のほぼPro−58〜ほぼAs
p−64までのアミノ酸残基を含むポリペプチド;配列番号4および配列番号1
2のほぼSer−73〜ほぼIle−84までのアミノ酸残基を含むポリペプチ
ド;および配列番号4および配列番号12のほぼThr−87〜ほぼPro−9
7までのアミノ酸残基を含むポリペプチド;および配列番号4および配列番号1
2のほぼLeu−161〜ほぼVal−167までのアミノ酸残基を含むポリペ
プチド;配列番号4および配列番号12のほぼAsp−179〜ほぼGln−1
85;配列番号4および配列番号12のほぼLeu−197〜ほぼLys−20
3;配列番号4および配列番号12のほぼGly−275〜ほぼAsp−284
までのアミノ酸残基を含むポリペプチド;および配列番号4および配列番号12
のほぼArg−296〜ほぼGlu−301までのアミノ酸残基を含むポリペプ
チド。図5および表IIに示されるように、上記のJameson−Wolf抗
原性指数の分析により、これらのポリペプチドフラグメントがBrainiac
−3ポリペプチドの抗原エピトープを保有することを決定した。
【0187】 本発明のエピトープ保有ペプチドおよびポリペプチドは、任意の従来の手段に
より産生され得る(例えば、Houghten,R.A.ら、Proc.Nat
l.Acad.Sci.USA 82:5131−5135(1985);およ
びHoughtenら(1986)の米国特許第4,631,211号を参照の
こと)。
【0188】 本発明のエピトープ保有ペプチドおよびポリペプチドは、抗体を誘導するため
に当該分野で周知の方法に従って使用される(例えば、Sutcliffeら(
前出);Wilsonら(前出);Chow,M.ら、Proc.Natl.A
cad.Sci.USA 82:910−914;およびBittle,F.J
.ら、J.Gen.Virol.66:2347−2354(1985)を参照
のこと)。本発明の免疫原性のエピトープ保有ペプチド(すなわち、全てのタン
パク質が免疫源である場合に、抗体応答を誘発するタンパク質の部分)は、当該
分野で公知の方法に従って同定される(例えばGeysenら(前出)を参照の
こと)。さらになお、Geysenの米国特許第5,194,392号は、目的
の抗体の特定のパラトープ(抗原結合部位)に対して相補的なエピトープ(すな
わち「ミモトープ」)の位相幾何学的等価物であるモノマー(アミノ酸または他
の化合物)の配列を検出または決定する一般的な方法を記載する。より一般的に
は、Geysenの米国特許第4,433,092号は、目的の特定のレセプタ
ーのリガンド結合部位に相補的であるリガンドの位相幾何学的等価物であるモノ
マーの配列を検出または決定する方法を記載する。同様に、Peralkyla
ted Oligopeptide Mixturesに関するHoughte
nらの米国特許第5,480,971号は、直鎖C1-C7-アルキル過アルキル
化オリゴペプチドならびにこのようなペプチドのセットおよびライブラリー、な
らびに目的のアクセプター分子に、優先的に結合する過アルキル化オリゴペプチ
ドの配列を決定するために、このようなオリゴペプチドのセットおよびライブラ
リーを使用する方法を開示する。従って、本発明のエピトープ保有ペプチドの非
ペプチドアナログはまた、これらの方法により慣用的に作製され得る。
【0189】 (融合タンパク質) 当業者が理解するように、本発明のDendriacおよび/またはBrai
niac−3ポリペプチドならびにその上記のエピトープ保有フラグメントは、
免疫グロブリン(IgG)の定常ドメインの部分と結合し得、キメラポリペプチ
ドを生じる。これらの融合タンパク質は、精製を容易にし、そしてインビボで半
減期の増加を示す。これは、例えば、ヒトCD4−ポリペプチドの最初の2つの
ドメインおよび哺乳動物免疫グロブリンの重鎖または軽鎖の定常領域の種々のド
メインからなるキメラタンパク質について示されている(EP A 394,8
27;Trauneckerら、Nature 331:84−86(1988
))。IgG部分によるジスルフィド結合二量体構造を有する融合タンパク質は
また、単量体Dendriacおよび/またはBrainiac−3ポリペプチ
ドまたはポリペプチドフラグメント単独よりも、他の分子の結合および中和にお
いてより効率的であり得る(Fountoulakisら、J.Biochem
.270:3958−3964(1995))。
【0190】 (抗体) 本発明で使用されるDendriacおよび/またはBrainiac−3ポ
リペプチド特異的抗体は、インタクトなDendriacおよび/またはBra
iniac−3ポリペプチドまたはその抗原性ポリペプチドフラグメントに対し
て惹起され得、これはキャリアタンパク質(例えば、アルブミン)を用いて、あ
るいは十分に長い場合では(少なくともほぼ25アミノ酸)キャリアを用いずに
動物の系(例えば、ウサギまたはマウス)に提示され得る。
【0191】 本明細書で使用される用語「抗体」(Ab)または「モノクローナル抗体」(
Mab)は、インタクトな分子ならびにDendriacおよび/またはBra
iniac−3ポリペプチドに対し特異的に結合し得る抗体フラグメント(例え
ば、FabおよびF(ab’)2フラグメント)を含むことを意味する。Fab
およびF(ab’)2フラグメントはインタクトな抗体のFcフラグメントを欠
落し、循環からより迅速に除去され、そしてインタクトな抗体の非特異的な組織
へのより少ない結合を有し得る(Wahlら、J.Nucl.Med.24:3
16−325(1983))。従って、これらのフラグメントは好ましい。
【0192】 本発明の抗体は、種々の方法のいずれかにより調製され得る。例えば、Den
driacおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドまたはその抗原性
フラグメントを発現する細胞は、ポリクローナル抗体を含む血清の産生を誘導す
るために動物に対して投与され得る。好ましい方法では、Dendriacおよ
び/またはBrainiac−3ポリペプチドの調製は、それを天然の混入物を
実質的に皆無にするために調製および精製される。次いで、このような調製物は
、より特異的な活性のポリクローナル抗血清を産生するために動物に導入される
【0193】 最も好ましい方法においては、本発明の抗体はモノクローナル抗体(またはそ
れらのDendriacおよび/またはBrainiac−3ポリペプチド結合
フラグメント)である。このようなモノクローナル抗体はハイブリドーマ技術(
Kohlerら、Nature 256:495(1975);Kohlerら
、Eur.J.Immunol.6:511(1976);Kohlerら、E
ur.J.Immunol.6:292(1976);Hammerlingら
:Monoclonal Antibodies and T−Cell Hy
bridomas,Elsevier,N.Y.,(1981)563−681
頁中)を使用して調製され得る。一般には、このような手順はDendriac
および/またはBrainiac−3ポリペプチド抗原、またはより好ましくは
Dendriacおよび/またはBrainiac−3ポリペプチド発現細胞で
の動物(好ましくはマウス)の免疫を含む。適切な細胞は、抗Dendriac
および/またはBrainiac−3ポリペプチド抗体に結合するそれらの能力
により認識され得る。このような細胞は任意の適切な組織培養培地で培養され得
るが、10%のウシ胎児血清(約56℃で不活化)を補充し、ならびに約10μ
g/lの非必須アミノ酸、約1,000U/mlのペニシリン、および約100
μg/mlのストレプトマイシンを補充したEarle改変Eagle培地中で
細胞を培養することが好ましい。このようなマウスの脾細胞は抽出され、そして
適切なミエローマ細胞株と融合される。任意の適切なミエローマ細胞株が本発明
に従って使用され得る。しかし、ミエローマ細胞の親細胞株(SP2O)(アメ リカンタイプカルチャーコレクション(Rockville,Maryland
)より入手可能)を使用することが好ましい。融合後、得られたハイブリドーマ
細胞はHAT培地中で選択的に維持され、次いで、Wandsら(Gastro
enterology 80:225−232(1981))により記載される
ような限界希釈によりクローン化される。次いで、このような選択を通じて得ら
れたハイブリドーマ細胞は、Dendriacおよび/またはBrainiac
−3ポリペプチド抗原に結合し得る抗体を分泌するクローンを同定するためにア
ッセイされる。
【0194】 あるいは、Dendriacおよび/またはBrainiac−3ポリペプチ
ド抗原に結合し得るさらなる抗体は、抗イディオタイプの抗体の使用を通じて2
段階の手順で産生され得る。このような方法は、抗体がそれ自体の抗原であると
いう事実を使用し、しかもそれゆえに、第2の抗体に結合する抗体を入手するこ
とが可能である。この方法に従って、Dendriacおよび/またはBrai
niac−3ポリペプチド特異的抗体は、動物(好ましくはマウス)を免疫する
ために使用される。次いで、このような動物の脾細胞は、ハイブリドーマ細胞を
産生するために使用され、そしてハイブリドーマ細胞は、そのDendriac
および/またはBrainiac−3ポリペプチド特異的抗体に結合する能力が
、Dendriacおよび/またはBrainiac−3ポリペプチド抗原によ
りブロックされ得る抗体を産生するクローンを同定するためにスクリーニングさ
れる。このような抗体は、Dendriacおよび/またはBrainiac−
3ポリペプチド特異的抗体に対する抗イディオタイプ抗体を含み、そしてさらな
るDendriacおよび/またはBrainiac−3ポリペプチド特異的抗
体の形成を誘導するための、動物の免疫に使用され得る。
【0195】 本発明のFabおよびF(ab’)2ならびに他の抗体のフラグメントは、本
明細書で開示される方法に従って使用され得ることが理解される。代表的には、
このようなフラグメントは、パパイン(Fabフラグメントを産生するため)ま
たはペプシン(F(ab’)2フラグメントを産生するため)のような酵素を使
用して、タンパク質分解切断により産生される。あるいは、Dendriacお
よび/またはBrainiac−3ポリペプチド結合フラグメントは、組換えD
NA技術の適用によって、または合成化学によって産生され得る。
【0196】 ヒトにおける、インビボでの抗Dendriacおよび/またはBraini
ac−3の使用については、「ヒト化」キメラモノクローナル抗体を使用するこ
とが好ましくあり得る。このような抗体は、上述されたモノクローナル抗体を産
生するハイブリドーマ細胞に由来する遺伝的構築物を使用して産生され得る。キ
メラ抗体を産生するための方法は、当該分野で公知である(Morrison,
Science 229:1202(1985);Oiら、BioTechni
ques 4:214(1986);Cabillyら、米国特許第4,816
,567号;Taniguchiら、EP 171496;Morrisonら
、EP 173494;Neubergerら、WO 8601533;Rob
insonら、WO 8702671;Boulianneら、Nature
312:643(1984);Neubergerら、Nature 314:
268(1985))。
【0197】 (免疫系および神経系関連障害) (診断法) 本発明者らは、Dendriacが、樹状細胞だけではなく、HGS EST
データベースのBLAST分析を用いて、NTERA2細胞、成人肺組織、唾液
腺、卵巣、Caco−2結腸腺癌細胞株、平滑筋、小脳、8週齢の全ヒト胚、血
管周囲細胞腫(hemagiopericytoma)、扁桃、黒質、および全
脳においても発現していることを発見した。さらに、本発明者らは、Brain
iac−3が、胎児脳においてだけではなく、てんかん前頭皮質および12週齢
の初期のヒトにおいても発現されていることを発見した。多くの免疫系および/
または神経系関連および/または発達障害のための、Dendriacおよび/
またはBrainiac−3遺伝子の発現レベルの実質的な変化(増加または減
少)を、「標準的な」Dendriacおよび/またはBrainiac−3遺
伝子の発現レベル(すなわち、免疫系および/または神経系の障害を有さない個
体由来の免疫系および/または神経系の組織または体液におけるDendria
cおよび/またはBrainiac−3の発現レベルに比較して、そのような障
害を有する個体から得た免疫系および/または神経系の組織または他の細胞また
は体液(例えば、血清、血漿、尿、滑液または髄液)において検出し得る。従っ
て、本発明は、免疫系障害および/または神経系障害の診断の間に有用な診断方
法を提供する。この方法は、個体からの免疫系および/または神経系の組織また
は他の細胞または体液におけるDendriacおよび/またはBrainia
c−3ポリペプチドをコードする遺伝子の発現レベルを測定する工程、および標
準的なDendriacおよび/またはBrainiac−3遺伝子発現レベル
と測定した遺伝子発現レベルとを比較する工程であって、それによって、標準と
比較しての遺伝子発現レベルの増加または減少が、免疫系および/または神経系
の障害の指標となる工程を包含する。
【0198】 特に、免疫系および神経系の癌を有する哺乳動物の特定の組織は、対応する「
標準的な」レベルと比較する場合、Dendriacポリペプチドおよび/また
はBrainiac−3ポリペプチド、およびDendriacポリペプチドお
よび/またはBrainiac−3ポリペプチドをコードするmRNAの有意に
増強されたまたは減少されたレベルを発現すると考えられる。さらに、Dend
riacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドの増強
されたレベルが、癌を有さない同じ種の哺乳動物由来の血清と比較される場合、
このような癌を有する哺乳動物由来の特定の体液(例えば、血清、血漿、尿およ
び髄液)で、検出され得ると考えられる。
【0199】 従って、本発明は、免疫系障害および/または神経系障害(これらの系の癌を
含む)の診断の間に有用な診断方法を提供し、この方法は、個体からの免疫系組
織および/または神経系組織または他の細胞または体液のDendriacポリ
ペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドをコードする遺伝子
の発現レベルを測定する工程、およびこの測定された遺伝子発現レベルを標準的
なDendriac遺伝子および/またはBrainiac−3遺伝子発現レベ
ルと比較する工程であって、これによって、標準と比較した遺伝子発現レベルの
増加または減少が、免疫系障害および/または神経系障害の指標となる、工程を
包含する。
【0200】 免疫系および/または神経系の障害の診断(腫瘍の診断を含む)が従来の方法
に従って既に行なわれているところで、本発明は、予後指標として有用である。
これによって、増強されたまたは抑制されたDendriac遺伝子および/ま
たはBrainiac−3遺伝子の発現を示す患者は、標準的レベルに近い遺伝
子レベルで、遺伝子を発現する患者と比較して、より悪い診療結果を経験する。
【0201】 「Dendriacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペ
プチドをコードする遺伝子の発現レベルをアッセイする」により、Dendri
acポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドのレベル、
またはDendriacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリ
ペプチドをコードするmRNAのレベルを、第1の生物学的サンプルで、直接(
例えば、タンパク質の絶対レベルまたはmRNAの絶対レベルの決定または推定
によって)か、または相対的に(例えば、第2の生物学的サンプル中のDend
riacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドのレベ
ルまたはmRNAレベルとの比較による)のいずれかで、定性的または定量的に
測定または推定することを意図する。好ましくは、第1の生物学的サンプル中の
Dendriacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチ
ドのレベルまたはmRNAレベルは、測定および推定され、そして標準的なDe
ndriacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドの
レベルまたはmRNAレベルと比較され、この標準は、障害を有さない個体から
得た第2の生物学的サンプルから得られるか、または免疫系および/または神経
系の障害を有さない個体集団からのレベルを平均して決定される。当該分野で理
解されるように、一旦、標準のDendriacポリペプチドおよび/またはB
rainiac−3ポリペプチドのレベルまたはmRNAレベルが判明すると、
比較のための標準として繰り返し使用され得る。
【0202】 「生物学的サンプル」によって、Dendriacポリペプチドおよび/また
はBrainiac−3ポリペプチドまたはmRNAを含有する、個体、体液、
細胞株、組織培養物、またはその他の供給源から得られた、任意の生物学的サン
プルが意図される。示されるように、生物学的サンプルは、遊離Dendria
cポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドを含む体液(
例えば、血清、血漿、尿、滑液、および髄液)、免疫系組織および/または神経
系組織、および完全もしくは成熟Dendriacポリペプチドおよび/または
Brainiac−3ポリペプチドまたはDendriacレセプターまたはB
rainiac−3レセプターを発現することが見出されているその他の組織供
給源を含む。哺乳動物から組織生検および体液を得る方法は、当該分野で周知で
ある。生物学的サンプルが、mRNAを含む場合、組織生検は、好ましい供給源
である。
【0203】 本発明は、哺乳動物、好ましくはヒトの種々の免疫系および/または神経系に
関連する障害の診断または処置に有用である。好ましい哺乳動物の非独占的なリ
ストは、サル(monkey)、サル(ape)、ネコ、イヌ、ウシ、ブタ、ウ
マ、ウサギおよびヒトを含む。ヒトは特に好ましい哺乳動物である。このような
免疫系および/または神経系の細胞および/または組織の機能の任意の調節不全
を含む障害には、アルツハイマー病、パーキンソン病、ハンティングトン病、ツ
レット症候群、てんかん、精神分裂症、躁病、痴呆、パラノイア、強迫性障害、
恐慌性障害、学習障害、ALS、精神病、自閉症および行動変化(栄養、睡眠パ
ターン、平衡および知覚の障害を含む)、神経細胞の生存;シナプス形成;伝導
力(conductance);神経の分化、自己免疫性、関節炎、白血病、リ
ンパ腫、免疫抑制、免疫、体液性免疫、炎症性腸疾患、骨髄抑制、リンパ球増殖
性障害、初期の造血性幹細胞および方向付けられた前駆体細胞由来の種々の造血
性系統の維持または分化、貧血、汎白血球減少症、白血球減少症、血小板減少症
または白血病、骨髄細胞のエキソビボ培養物、骨髄移植、骨髄の再構成、新形成
の放射線治療および化学治療、ぜん息、AIDSのような免疫不全疾患、慢性関
節リウマチ、敗血症、挫瘡、乾癬、グレーヴス病、リンパ球性甲状腺炎、甲状腺
機能亢進症、甲状腺機能低下症、対宿主性移植片反応、対宿主性移植片病、移殖
片に対する拒絶、骨髄性白血病、骨髄線維症、および骨髄増殖性の疾患:ハンテ
ィングトン病の遺伝子、ならびにI型およびIII型の脊髄小脳性運動失調、d
entatorubropallidoluysianおよび脊髄性延髄性筋性
萎縮などを含むその他の神経変性疾患が含まれるが、これらに限定されない。
【0204】 全細胞RNAが、ChomczynskiおよびSacchi(Anal.
Biochem. 162:156−159(1987))に記載の1工程のグ
アニジウム−チオシアネート−フェノール−クロロホルム法のような任意の適切
な技術を使用して、生物学的サンプルから単離され得る。次いで、Dendri
acポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドをコードす
るmRNAのレベルが、任意の適切な方法を使用してアッセイされる。これらの
方法には、ノーザンブロット分析、Slヌクレアーゼマッピング、ポリメラーゼ
連鎖反応(PCR)、ポリメラーゼ連鎖反応と組み合わせた逆転写(RT−PC
R)、およびリガーゼ連鎖反応と組み合わせた逆転写(RT−LCR)が挙げら
れる。
【0205】 生物学的サンプル中のDendriacポリペプチドおよび/またはBrai
niac−3ポリペプチドのレベルのアッセイは、抗体に基づく技術を用いて実
施され得る。例えば、組織でのDendriacポリペプチドおよび/またはB
rainiac−3ポリペプチドの発現は、古典的な免疫組織学的方法によって
研究され得る(Jalkanen,M.ら、J.Cell.Biol.101:
976−985(1985);Jalkanen,M.ら、J.Cell.Bi
ol.105:3087−3096(1987))。Dendriac遺伝子お
よび/またはBrainiac−3遺伝子の発現を検出するために有用なその他
の抗体に基づく方法は、イムノアッセイ(例えば、酵素結合免疫吸着測定法(E
LISA)およびラジオイムノアッセイ(RIA))を包含する。適切な抗体ア
ッセイ標識は、当該分野で公知であり、グルコースオキシダーゼのような酵素標
識、およびヨウ素(125I、121I)、炭素(14C)、イオウ(35S)、トリチウ
ム(3H)、インジウム(112In)、およびテクネチウム(99mTc)のような ラジオアイソトープ、およびフルオレセインおよびローダミンのような蛍光標識
、およびビオチンを包含する。
【0206】 個体から得た生物学的サンプル中のDendriacポリペプチドおよび/ま
たはBrainiac−3ポリペプチドのレベルのアッセイに加えて、Dend
riacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドはまた
、画像診断によってインビボで検出され得る。Dendriacポリペプチドお
よび/またはBrainiac−3ポリペプチドのインビボ画像診断のための抗
体標識またはマーカーは、X線撮影、NMR、またはESRによって検出可能な
ものを包含する。X線撮影については、適切な標識は、バリウムまたはセシウム
のようなラジオアイソトープを包含し、これは検出可能な放射線を放射するが、
被験体に対して明らかに有害ではない。NMRおよびESRのための適切なマー
カーは、ジュウテリウムのような検出可能な特徴的なスピンを有するものを包含
し、関連ハイブリドーマのための栄養物の標識によって、抗体へ組み込まれ得る
【0207】 ラジオアイソトープ(例えば、131I、112In、99mTc)、放射線不透過性 物質、または核磁気共鳴によって検出可能な物質のような、適切な検出可能イメ
ージング部分で標識された、Dendriac特異的抗体または抗体フラグメン
ト、あるいはBrainiac−3特異的抗体または抗体フラグメントが、免疫
系障害について試験されるべき哺乳動物へ導入される(例えば、非経口的、皮下
的または腹腔内に)。被験体の大きさおよび使用される画像診断システムが、診
断画像を作製するために必要な画像部分の量を決定することは、当該分野で理解
される。ラジオアイソープ部分の場合には、ヒト被験体について、注入される放
射活性の量は、通常、約5〜20ミリキュリーの99mTcの範囲である。次いで 、標識抗体または抗体フラグメントは、Dendriacポリペプチドおよび/
またはBrainiac−3ポリペプチドを含有する細胞の位置に、優先的に蓄
積する。インビボ腫瘍画像診断は、Burchielおよび共同研究者らよって
(Tumor Imagingの第13章: The Radiochemic
al Detection of Cancer,Burchiel、S.W.
およびRhodes、B.A.編、Masson Publishing In
c. (1982))に記載されている。
【0208】 (処置) 上記のように、Dendriacおよび/またはBrainiac−3のポリ
ヌクレオチドおよびポリペプチドは、Dendriac活性および/またはBr
ainiac−3活性の異常に高いかまたは低い発現の関与する症状の診断に有
用である。Dendriacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3
ポリペプチドならびにDendriacポリペプチドおよび/またはBrain
iac−3ポリペプチドにより調節された活性が、発現された所定の細胞および
組織では、病理学的症状を引き起こす標準的または「通常の」レベルと比較して
、個体の実質的に変化(増加または減少)したDendriacポリペプチドお
よび/またはBrainiac−3ポリペプチドの発現レベル、Dendria
cポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドが発現され、
そして/またはそれらが活性である身体のシステムに関連することが容易に明ら
かである。
【0209】 さらに、特定の細胞の機能に加えて、細胞レセプター分子がまた、しばしば、
潜在的な宿主細胞への侵入を開始する手段としてのウイルスにより開発され得る
ことが当該分野で周知である。例えば、細胞のケモカインレセプターCCR5が
、細胞のケモカインレセプターとしてだけではなく、マクロファージトロピック
(macrophage−tropic)ヒト免疫不全ウイルス(HIV)−1
のレセプターとしても機能することが、最近Wuおよび共同研究者(J.Exp
.Med.185:1681−1691(1997))によって、見出された。
さらに、細胞のケモカインレセプターCCR5のアゴニストであるRANTES
、MIP−1aおよびMIP−1bが、HIV−1の種々の系統の感受性細胞株
への侵入を阻害する(Cocchi、F.ら、Science 270:181
1−1815(1995))。従って、本発明はまた、Dendriacレセプ
ターおよび/またはBrainiac−3レセプターとのウイルス粒子の相互作
用をブロックまたは破壊するためのDendriacポリペプチドおよび/また
はBrainiac−3ポリペプチド、あるいはそれらのアゴニストまたはアン
タゴニストの予防的または治療的投与を通して、ウイルスに曝露または感染した
個体を処置し、そして結果としてウイルスの感染の開始および継続をブロックす
る方法を提供する。
【0210】 本発明のDendriacポリペプチドは、Dendriacレセプターと結
合し、そしてイムノトロピック(immune−tropic)ウイルスの感染
を阻害するようである。Dendriac−Dendriacレセプター相互作
用のアゴニストおよびアンタゴニストはまた、イムノトロピックイルスの感染に
干渉するようである。結果として、そのような相互作用は、HIV−1、HIV
−2、HTLV−III、HSV−1、HSV−2などのような1つ以上のイム
ノトロピックイルスの感染生活環に干渉するようである。さらに、本発明のBr
ainiac−3ポリペプチドは、Brainiac−3レセプターに結合し、
そしてニューロトロピック(neuro−tropic)ウイルス感染をブロッ
クするようである。Brainiac−3−Brainiac−3レセプター相
互作用のアゴニストおよびアンタゴニストはまた、ニューロトロピックウイルス
の感染に干渉するようである。結果として、そのような相互作用は、HIV−1
、HIV−2、HTLV−III、HSV−1、HSV−2などのような1つ以
上のニューロトロピックウイルスの感染生活環に干渉するようである。
【0211】 ウイルスの感染を予防的または治療的にブロックするための、本発明のDen
driacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチド、あ
るいはそれらのアゴニストまたはアンタゴニストの能力は、当業者によって容易
に試験され得る。例えば、Simmonsおよび共同研究者ら(Science
276:276−279(1997))ならびにArenzana−Seis
dedosおよび共同研究者ら(Nature383:400(1996))は
各々、末梢血単核細胞の培養細胞中におけるCCR5ケモカインレセプターおよ
びCCケモカインRANTESそれぞれのアンタゴニストによるHIV−1感染
の抑制の観察の方法の概要を示す。上記の両方の場合において、細胞は培養され
、そしてHIV−1ウイルスに感染される。次いで、CCケモカインまたはその
レセプターのアゴニストまたはアンタゴニストを、すぐに培養培地に加える。ケ
モカインまたは細胞レセプターのアゴニストまたはアンタゴニストの能力の証拠
を、感染の3、6、および9日後のウイルス感染の相対的な成功の評価により決
定する。
【0212】 本発明の単離されたDendriacポリペプチドおよび/またはBrain
iac−3ポリペプチドのある量、またはそれらのアゴニストまたはアンタゴニ
ストのある量を含む薬学的組成物の、ウイルスに感染したかまたはウイルスに感
染する危険があるかのいずれかの個体に対する投与が、以下に記載される。
【0213】 本発明のDendriacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3
ポリペプチドがBrainiacファミリーのメンバーであるので、そのポリペ
プチドの成熟した分泌形態は、タンパク質分解切断によってDendriacポ
リペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドを発現する細胞か
ら可溶性形態で放出され得ることもまた、当業者によって理解される。それゆえ
、Dendriacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプ
チド成熟形態が、外来の供給源から個体の細胞、組織、または身体に添加される
場合、このポリペプチドは、その個体のその標的細胞についてその生理学的活性
を発揮する。
【0214】 それゆえ、個体のDendriac活性および/またはBrainiac−3
活性の標準的または通常のレベルの減少によって引き起こされる症状、特に免疫
系および/または神経系の障害は、Dendriacポリペプチドおよび/また
はBrainiac−3ポリペプチド(好ましくは、そのポリペプチドの成熟形
態で)の投与によって処置され得ることが理解され得る。従って、本発明はまた
、増加したレベルのDendriac活性および/またはBrainiac−3
活性を必要とする個体の処置の方法であって、そのような個体のDendria
cポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドの活性レベル
を増加させるために有効な量の、本発明の単離されたDendriacポリペプ
チドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチド、特に、本発明の成熟形
態のDendriacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペ
プチドを含む薬学的組成物を個体に投与する工程を含む、方法を提供する。
【0215】 (処方) Dendriacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプ
チド組成物は、個々の患者の臨床状態(特に、Dendriacポリペプチドお
よび/またはBrainiac−3ポリペプチド単独での処置の副作用)、De
ndriacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチド組
成物の送達部位、投与方法、投与計画、および当業者に公知のその他のファクタ
ーを考慮して、良好な医療処置と一致した様式で処方および調薬(dosed)
される。従って、本明細書での目的のためのDendriacポリペプチドおよ
び/またはBrainiac−3ポリペプチドの「有効量」は、このような考慮
によって決定される。
【0216】 一般的な提案として、用量あたり非経口的に投与されるDendriacポリ
ペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドの薬学的に有効な総
量は、患者の体重あたり約1μg/kg/日〜10mg/kg/日の範囲である
が、上記に示されているように、これは治療上の裁量に委ねられる。より好まし
くは、この用量は、少なくとも0.01mg/kg/日、そして最も好ましくは
、ヒトに対して、ホルモンについて約0.01と1mg/kg/日との間の範囲
である。継続的に投与される場合、Dendriacポリペプチドおよび/また
はBrainiac−3ポリペプチドは、代表的には、約1μg/kg/時間〜
約50μg/kg/時間の用量率で、1日あたり1〜4回注入によって、または
、例えば、ミニポンプを使用した継続的皮下注入によってのいずれかで投与され
る。静脈内点滴用バッグ溶液もまた使用され得る。変化を観察するのに必要な処
置の長さ、および応答が生じる処置後の間隔は、所望の効果に依存して変化する
ようである。
【0217】 本発明のDendriacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3
ポリペプチドを含有する薬学的組成物は、経口、直腸内、非経口、槽内(int
racistemally)、腟内、腹腔内、局所(粉末、軟膏、液滴、または
経皮パッチによるように)、口腔に(bucally)、または経口スプレーも
しくは経鼻スプレーとして、投与され得る。「薬学的に受容可能なキャリア」に
よって、任意の型の非毒性固体、半固体をもしくは液状の充填剤、希釈物、カプ
セル化材料、または処方補助剤を意味する。本明細書で使用されているように、
用語「非経口」は、静脈内、筋肉内、腹腔内、胸骨下(intrasterna
l)、皮下、および関節内の注射および注入を包含する、投与様式をいう。
【0218】 Dendriacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプ
チドはまた、持続放出システムにより適切に投与される。持続放出組成物の適切
な例は、成形物品(例えば、フィルムまたはマイクロカプセル(mirocap
sule))の形態での半透過性ポリマーマトリックスを包含する。持続放出マ
トリックスは、ポリラクチド(米国特許第3,773,919号、EP 58,
481)、L−グルタミン酸およびγ−エチル−L−グルタメートのコポリマー
(Sidman,U.ら、Biopolymers 22:547−556(1
983))、ポリ(2−ヒドロキシエチルメタクリレート;Langer,R.
ら、J.Biomed.Mater.Res.15:167−277(1981
)、およびLanger,R.、Chem.Tech.12:98−105(1
982))、エチレンビニルアセテート(Langer,R.ら、同書)または
ポリ−D−(−)−3−ヒドロキシ酪酸(EP 133,988)を包含する。
持続放出Dendriacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポ
リペプチド組成物はまた、リポソーム封入Dendriacポリペプチドおよび
/またはBrainiac−3ポリペプチドを包含する。Dendriacポリ
ペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチド含有リポソームは、
当該分野で公知の方法によって調製される(DE 3,218,121;Eps
teinら、Proc.Natl.Acad.Sci.(USA)82:368
8−3692(1985);Hwangら、Proc.Natl.Acad.S
ci.(USA)77:4030−4034(1980);EP 52,322
;EP 36,676;EP 88,046;EP 143,949;EP 1
42,641;日本国特許出願83−118008;米国特許第4,485,0
45号および同第4,544,545号;および、EP 102,324)。通
常、リポソームは、脂質含有量が約30モル%コレステロールより多い、小さな
(約200〜800オングストローム)単層型であり、選択される割合は、最適
なDendriacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプ
チド治療について調整される。
【0219】 非経口投与については、1つの実施態様で、Dendriacポリペプチドお
よび/またはBrainiac−3ポリペプチドは、一般的に、単位投与量の注
入可能形態(溶液、懸濁液、または乳濁液)の所望の純度で、薬学的に受容可能
なキャリア(すなわち、使用される投与量および濃度でレシピエントに対して非
毒性であり、かつ処方物のその他の成分と適合性であるもの)と混合することに
より、処方される。例えば、処方物は、好ましくは、酸化剤、およびポリペプチ
ドに対して有害なことが公知であるその他の化合物を含有しない。
【0220】 一般的に、処方物は、Dendriacポリペプチドおよび/またはBrai
niac−3ポリペプチドを均一および密接に、液体キャリアまたは細分割固体
キャリアまたは両方と接触させることによって、調製される。次いで、必要に応
じて、産物は、所望の処方物に成形される。好ましくは、キャリアは、非経口キ
ャリアであり、より好ましくはレシピエントの血液と等張である溶液である。こ
のようなキャリアビヒクルの例は、水、生理食塩水、リンゲル液、およびデキス
トロース溶液を包含する。固定油およびオレイン酸エチルのような、非水性ビヒ
クルもまた、リポソームと同様に、本明細書において有用である。
【0221】 キャリアは、等張性および化学安定性を増強する物質のような、微量の添加物
を適切に含有する。このような材料は、使用される投与量および濃度でレシピエ
ントに対して非毒性であり、そしてリン酸、クエン酸、コハク酸、酢酸、および
その他の有機酸またはその塩類のような、緩衝剤;アスコルビン酸のような、抗
酸化剤;低分子量(約10残基未満)ポリペプチド、例えば、ポリアルギニンま
たはトリペプチド;血清アルブミン、ゼラチン、または免疫グロブリンのような
、タンパク質;ポリビニルピロリドンのような、親水性ポリマー;グリシン、グ
ルタミン酸、アスパラギン酸、またはアルギニンのような、アミノ酸;セルロー
スまたはその誘導体、グルコース、マンノース、またはデキストリンを含む単糖
類、二糖類、およびその他の炭水化物;EDTAのような、キレート剤;マンニ
トールまたはソルビトールのような、糖アルコール;ナトリウムのような、対イ
オン;および/またはポリソルベート、ポリオキサマー(poloxamer)
、またはPEGのような、非イオン界面活性剤を包含する。
【0222】 Dendriacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプ
チドは、代表的には、約0.1 mg/ml〜100 mg/ml、好ましくは
1〜10 mg/mlの濃度で、pH約3〜8でこのようなビヒクル中に処方さ
れる。特定の前記賦形剤、キャリア、または安定剤の使用が、Dendriac
ポリペプチド塩および/またはBrainiac−3ポリペプチド塩の形成をも
たらすことは、理解される。
【0223】 治療投与に使用されるDendriacポリペプチドおよび/またはBrai
niac−3ポリペプチドは、無菌でなければならない。無菌は、滅菌濾過膜(
例えば、0.2ミクロン膜)を通す濾過によって、容易に達成される。治療De
ndriacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチド組
成物は、一般的に、無菌出入口を有する容器(例えば、皮下注射針によって刺し
通し得る栓を有する静脈内点滴用溶液バッグまたはバイアル)へ入れられる。
【0224】 通常は、Dendriacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3
ポリペプチドは、単回または多数回用量容器(例えば、密封アンプルまたはバイ
アル)中に、水溶液または再構成用の凍結乾燥処方物として、貯蔵される。凍結
乾燥処方物の例として、10 mlバイアルは、滅菌濾過された1%(w/v)
Dendriacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチ
ド水溶液(5ml)で満たされ、得られた混合物は、凍結乾燥される。注入溶液
は、注射用静菌蒸留水(WFI)を用いて、凍結乾燥Dendriacポリペプ
チドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドを再構成することによっ
て、調製される。
【0225】 本発明はまた、本発明の薬学的組成物の1つ以上の成分で満たされた、1つ以
上の容器を含む、薬学的パックまたはキットを提供する。このような容器には、
薬品または生物学的製品の製造、使用、または販売を規制する政府機関によって
規定された形式の注意書が伴われ得、この注意書は、ヒト投与に対する製造、使
用または販売の機関による認可を反映する。さらに、本発明のポリペプチドは、
その他の治療化合物と併用して使用され得る。
【0226】 (アゴニストおよびアンタゴニスト−アッセイおよび分子) 本発明はまた、細胞に対するDendriacポリペプチドおよび/またはB
rainiac−3ポリペプチドの作用(例えば、レセプター分子のようなDe
ndriacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチド結
合分子とのその相互作用)を増強するかまたはブロックする化合物を同定するた
めの化合物のスクリーニング方法を提供する。アゴニストは、Dendriac
ポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドの天然の生物学
的機能を増加させるか、またはDendriacポリペプチドおよび/またはB
rainiac−3ポリペプチドと類似の様式で機能する化合物であるが、アン
タゴニストはこのような機能を減少させるかまたは消失させる。
【0227】 本発明のこの実施態様の別の局面において、本発明は、Dendriacポリ
ペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドに特異的に結合する
、レセプタータンパク質または他のリガンド結合タンパク質を同定するための方
法を提供する。例えば、細胞区画(例えば、膜またはその調製物)は、Dend
riacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドに結合
する分子を発現する細胞から調製され得る。調製物は、標識されたDendri
acポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドとともにイ
ンキュベートされ、そしてレセプターまたは他の結合タンパク質に結合したDe
ndriacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドの
複合体は、当該分野で公知の日常的方法に従って、単離および特徴付けられる。
あるいは、Dendriacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3
ポリペプチドは、細胞から可溶化された結合分子がカラムに結合されるように固
体支持体へ結合され得、次いで、日常的な方法に従って溶出および特徴付けられ
得る。
【0228】 アゴニストまたはアンタゴニストについての本発明のアッセイにおいて、細胞
区画(例えば、膜またはその調製物)は、Dendriacポリペプチドおよび
/またはBrainiac−3ポリペプチドを結合する分子(例えば、Dend
riacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドにより
調節されるシグナル伝達経路または調節経路の分子)を発現する細胞から調製さ
れ得る。調製物は、候補分子(Dendriacポリペプチドおよび/またはB
rainiac−3ポリペプチドアゴニストまたはDendriacポリペプチ
ドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドアンタゴニストであり得る
)の非存在下または存在下で、標識されたDendriacポリペプチドおよび
/またはBrainiac−3ポリペプチドとともにインキュベートされる。結
合分子に結合する候補分子の能力は、標識されたリガンドの結合の減少に反映さ
れる。不必要に(すなわち、Dendriacポリペプチドおよび/またはBr
ainiac−3ポリペプチド結合分子を結合することに対してDendria
cポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドの効果を誘導
することなく)結合する分子は、良好なアンタゴニストである可能性が最も高い
。Dendriacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプ
チドとうまく結合し、Dendriacポリペプチドおよび/またはBrain
iac−3ポリペプチドと同じ効果またはそれらと密接に関連する効果を誘発す
る分子は、アゴニストである。
【0229】 潜在的なアゴニストおよびアンタゴニストのDendriacポリペプチドお
よび/またはBrainiac−3ポリペプチド様の効果は、例えば、細胞また
は適切な細胞調製物と候補分子の相互作用後に、二次メッセンジャーシステムの
活性を決定すること、およびこの効果を、Dendriacポリペプチドおよび
/またはBrainiac−3ポリペプチドと同じ効果を誘発するDendri
acおよび/またはBrainiac−3のポリペプチドまたは分子の効果と比
較することにより測定され得る。この点で有用であり得る二次メッセンジャーシ
ステムは、AMPグアニル酸シクラーゼ、イオンチャンネルまたはホスホイノシ
チド加水分解二次メッセンジャーシステムを含むが、これらに限定されない。
【0230】 Dendriacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプ
チドアンタゴニストについてのアッセイの別の例は、競合阻害アッセイに適切な
条件下で、膜結合Dendriacポリペプチドおよび/またはBrainia
c−3ポリペプチドのレセプター分子または組換えDendriacポリペプチ
ドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドのレセプター分子と、De
ndriacポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドお
よび潜在的なアンタゴニストを組み合わせる競合アッセイである。Dendri
acポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチドは、潜在的
なアンタゴニストの有効性を評価するために、レセプター分子に結合したDen
driacポリペプチド分子および/またはBrainiac−3ポリペプチド
分子の数が正確に決定され得るように、(例えば、放射能により)標識され得る
【0231】 潜在的なアンタゴニストは、本発明のポリペプチドに結合し、それによりその
ポリペプチドの活性を阻害するかまたは失わせる、有機低分子、ペプチド、ポリ
ペプチドおよび抗体を含む。潜在的なアンタゴニストはまた、Dendriac
ポリペプチドおよび/またはBrainiac−3ポリペプチド誘導性活性を誘
導することなく、結合分子(例えば、レセプター分子)上の同じ部位に結合し、
それにより、Dendriacポリペプチドおよび/またはBrainiac−
3ポリペプチドを結合から除外することによりDendriacポリペプチドお
よび/またはBrainiac−3ポリペプチドの作用を妨害する、密接に関連
したタンパク質または抗体のような、有機低分子、ペプチド、ポリペプチドであ
り得る。
【0232】 他の潜在的なアンタゴニストはアンチセンス分子を含む。アンチセンス技術は
、アンチセンスDNAまたはアンチセンスRNAによって、または三重らせん形
成によって、遺伝子発現を制御するために使用され得る。アンチセンス技術は、
多くの研究において議論されている(例えば,Okano,J.Neuroch
em.56:560(1991);「Oligodeoxynucleotid
es as Antisense Inhibitors of Gene E
xpression.」CRC Press,Boca Raton,FL(1
988)。三重らせん形成が、同様に多くの研究において議論されている(例え
ば、Leeら、Nucleic Acids Research 6:3073
(1979);Cooneyら、Science 241:456(1988)
;Dervanら、Science 251:1360(1991))。この方
法は相補的なDNAまたはRNAにポリヌクレオチドを結合させることに基づく
。例えば、本発明の成熟ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの5’コー
ド部分は、約10〜40塩基対の長さのアンチセンスRNAオリゴヌクレオチド
を設計するために使用され得る。DNAオリゴヌクレオチドは、転写に関係する
遺伝子領域に相補的であり、それにより、Dendriacポリペプチドおよび
/またはBrainiac−3ポリペプチドの転写および産生が防止されるよう
に設計される。アンチセンスRNAオリゴヌクレオチドは、インビボでmRNA
にハイブリダイズし、mRNA分子のDendriacポリペプチドおよび/ま
たはBrainiac−3ポリペプチドへの翻訳をブロックする。上記のオリゴ
ヌクレオチドはまた、Dendriacポリペプチドおよび/またはBrain
iac−3ポリペプチドの産生を阻害するためにアンチセンスRNAまたはアン
チセンスDNAがインビボで発現され得るように細胞へ送達され得る。
【0233】 アゴニストおよびアンタゴニストは、薬学的に受容可能なキャリア(例えば、
上記のもの)を有する組成物において使用され得る。
【0234】 (遺伝子マッピング) 本発明の核酸分子はまた、染色体同定のために役立つ。配列は、個々のヒト染
色体上の特定の位置へ特異的に標的化されそしてハイブリダイズし得る。さらに
、現在、染色体上の特定の部位を同定する必要性がある。染色体位置をマーキン
グするために現在利用可能な、実際の配列データ(反復多型)に基づく染色体マ
ーキング試薬は、ほとんどない。本発明による染色体へのDNAのマッピングは
、それらの配列を、疾患に関連した遺伝子と相関づけることにおいて重要な第一
歩である。
【0235】 この点についての特定の好ましい実施態様において、本明細書中で開示される
cDNAは、Dendriac遺伝子および/またはBrainiac−3遺伝
子のゲノムDNAをクローニングするために用いられる。これは、一般的に市販
される、種々の周知の技術およびライブラリーを用いて達成され得る。次いで、
ゲノムDNAが、この目的のために周知の技術を用いて、インサイチュ染色体マ
ッピングのために用いられる。
【0236】 さらに、いくつかの場合において、配列は、cDNAからPCRプライマー(
好ましくは、15〜25bp)を調製することにより、染色体にマッピングされ
得る。遺伝子の3’非翻訳領域のコンピューター分析を用いて、ゲノムDNAに
おいて1つを超えるエキソンにまたがらないプライマーを迅速に選択し、従って
、増幅プロセスを複雑化する。次いで、これらのプライマーは、個々のヒト染色
体を含有する体細胞ハイブリッドのPCRスクリーニングのために用いられる。
中期染色体展開物に対するcDNAクローンの蛍光インサイチュハイブリダイゼ
ーション(「FISH」)は、一工程で、正確な染色体位置を提供するために用
いられ得る。この技術は、50または60bp程度の短さのcDNA由来のプロ
ーブと共に用いられ得る(この技術の概説については、Vermaら、Huma
n Chromosomes:A Manual Of Basic Tech
niques,Pergamon Press,New York(1988)
を参照のこと)。
【0237】 一旦、配列が正確な染色体位置にマッピングされると、染色体上の配列の物理
的な位置は、遺伝地図データと相関づけられ得る。このようなデータは、例えば
、ワールドワイドウェブ上で(McKusick V.Mendelian I
nheritance In Man、Johns Hopkins Univ
ersity、Welch Medical Libraryを通してオンライ
ンで入手可能)見出される。次いで、同じ染色体領域にマッピングされた遺伝子
と疾患との間の関連が、連鎖分析(物理的に隣接した遺伝子の同時遺伝)によっ
て同定される。
【0238】 次に、罹患個体と非罹患個体との間でのcDNAまたはゲノム配列における差
異を決定することが必要である。変異が罹患個体のいくらかまたは全てにおいて
認められるが、いずれの正常個体でも認められない場合、変異は、疾患の原因因
子である可能性がある。
【0239】 本発明を一般的に記載してきたが、本発明は、以下の実施例を参照することに
より、より容易に理解される。以下の実施例は、例示のために提供され、限定す
ることは意図されない。
【0240】 (実施例) (実施例1:E.coliにおける「Hisタグ化」Dendriacの発現
および精製) 細菌性発現ベクターの新規のpHE4系列、特にpHE4−5ベクターを、本
実施例の細菌性発現のために使用し得る(QIAGEN、Inc.,9259
Eton Avenue、Chatsworth、CA、91311)。pHE
4−5/MPIFD23ベクターのプラスミドDNAは、別のORFをコードす
るインサートを含む。この構築物は、アメリカンタイプカルチャーコレクション
、10801 University Boulevard、Manassas
、Virginia 20110−2209に、1997年9月30日に寄託さ
れ、登録番号209311を得た。無関係なMPIF ORFインサートに隣接
する制限酵素部位NdeIおよびAsp718を用いて、当業者は、現在の分子
生物学的技術を容易に用いて、pHE4−5ベクター中の無関係なORFを本発
明のDendriacORFまたはBrainiac−3ORFにおきかえ得る
【0241】 pHE4−5細菌性発現ベクターは、E.coliの複製起点、T5ファージ
プロモーター配列、2つのlacオペレーター配列、Shine−Delgar
no配列およびラクトースオペロンリプレッサー遺伝子(lacIq)選択のた
めのネオマイシンホスホトランスフェラーゼ遺伝子を含む。これらのエレメント
は、ポリペプチドをコードする挿入されたDNAフラグメントが、そのポリペプ
チドのアミノ末端に共有結合的に結合した6つのHis残基(すなわち、「6X
His tag」)を有するポリペプチドを発現するように配列される。pH
E4−5ベクターのプロモーターおよびオペレーター配列を、合成的に作製した
。核酸配列の合成産物は、当該分野において周知である(CLONETECH
95/96 カタログ、215−216頁、CLONETECH、1020 E
ast Meadow Circle、Palo Alto、CA 94303
)。
【0242】 Dendriacアミノ酸配列の成熟形態を含むDendriacポリペプチ
ドの所望の部分をコードするDNA配列は、Dendriacポリペプチドの所
望の部分のアミノ末端配列、および寄託された構築物におけるcDNAコード配
列に対して3’側の配列にアニーリングするPCRオリゴヌクレオチドプライマ
ーを用いて、寄託されたcDNAクローンから増幅される。pHE4−5ベクタ
ーにおけるクローニングを容易にする制限部位を含むさらなるヌクレオチドは、
それぞれ、5’および3’プライマー配列に付加される。
【0243】 成熟形態のDendriacポリペプチドをクローニングするために、5’プ
ライマーは、下線を付したBamHI制限部位、続いて配列番号2および配列番
号10の成熟Dendriac配列のアミノ末端コード配列の18ヌクレオチド
を含む、配列5’CAATTGGATCCCTTCCCCACTACAATGT
G3’(配列番号13)を有する。当然、タンパク質コード配列において、5’
プライマーが始まる点は、このポリペプチドの成熟形態より短いかまたは長い、
完全なDendriacポリペプチドの任意の所望の部分をコードするDNAセ
グメントを増幅するために変動し得ることを、当業者は理解する。3’プライマ
ーは、下線を付したHind III制限部位、続いて図1A、1Bおよび1C
(および配列番号1中のそして配列番号9中の)に示したDendriac D
NA配列のコード配列の3’末端の配列に相補的な17ヌクレオチドを含む、配
列5’GTACGCAAGATAATGGCATGTGGTGTTCC3’(配
列番号14)を有する。
【0244】 増幅されたDendriac DNAフラグメントおよびpHE4−5ベクタ
ーは、BamHIおよびHind IIIで消化され、次いで消化されたDNA
は、一緒に連結される。制限処理されたpHE4−5ベクターへDendria
c DNAを挿入することによって、IPTG誘導性プロモーターの下流および
開始AUGおよび6つのヒスチジンコドンにインフレームに、Dendriac
ポリペプチドコード領域を配置する。
【0245】 当業者は、同様のアプローチが、E.coliでのBrainiac−3の発
現のために、pHE4−5に基づいた細菌性発現構築物を作製するために容易に
設計および利用し得ることを理解する。これは、Brainiac−3に対する
遺伝子特異的配列が結合された同様の制限エンドヌクレアーゼ認識配列を含む、
PCRプライマーを設計することによって行なわれ、そして前述のDendri
acについて述べたように進められる。
【0246】 連結混合物を、Sambrookおよび共同研究者ら(Molecular
Cloning:a Laboratory Manual、第2版;Cold
Spring Harbor Laboratory Press、Cold
Spring Harbor、NY(1989))に記載される手順のような
標準的な手順を用いて、コンピテントなE.coli細胞に形質転換する。複数
のプラスミドpREP4のコピー(これは、lacリプレッサーを発現し、そし
てカナマイシン耐性(「Kanr」)を付与する)を含有するE.coli株M
15/rep4を本明細書中に記載の例示的実施例を行うにあたって使用する。
この株(これは、Dendriacポリペプチドを発現するために適切である多
くの株の内の唯一の株である)は、市販されている(QIAGEN Inc.(
前出))。形質転換体を、アンピシリンおよびカナマイシンの存在下でLBプレ
ート上で増殖するそれらの能力により同定する。プラスミドDNAを耐性コロニ
ーから単離し、そしてクローニングされたDNAの同一性を、制限分析、PCR
およびDNA配列決定により確認する。
【0247】 所望の構築物を含むクローンを、アンピシリン(100μg/ml)およびカ
ナマイシン(25μg/ml)の両方を補充したLB培地における液体培養物中
で一晩(「O/N」)増殖させる。O/N培養物を用いて約1:25〜1:25
0の希釈で大規模培養物に接種する。細胞を、600nmでの光学密度(「OD
600」)が、0.4と0.6との間になるまで増殖させる。次いで、イソプロ
ピル−β−D−チオガラクトピラノシド(「IPTG」)を1mMの最終濃度で
加えて、lacIリプレッサーを不活化することにより、lacリプレッサー感
受性プロモーターからの転写を誘導する。細胞をさらに3時間から4時間の間、
引き続きインキュベートする。次いで細胞を遠心分離により採集する。
【0248】 次いで、細胞を6Mグアニジン−HCl(pH8)中で、4℃にて3〜4時間
撹拌する。細胞細片を遠心分離により除去し、そしてDendriacポリペプ
チドを含む上清をニッケル−ニトリロ−三酢酸(「Ni−NTA」)アフィニテ
ィー樹脂カラム(QIAGEN,Inc.前出)にロードする。6×His タ
グを有するタンパク質は、高い親和性でNi−NTA樹脂に結合し、そして、単
純な一工程手順で精製され得る(詳細については、The QIAexpres
sionist,1995,QIAGEN,Inc.前出を参照のこと)。簡単
にいうと、この上清を6Mグアニジン−HCl(pH8)中のカラムにロードす
る。このカラムを、最初に10容量の6Mグアニジン−HCl(pH8)で洗浄
し、次いで10容量の6Mグアニジン−HCl(pH6)で洗浄し、そして最終
的に、このDendriacポリペプチドを6Mグアニジン−HCl(pH5)
で溶出する。
【0249】 次いで、この精製ポリペプチドを、リン酸緩衝化生理食塩水(PBS)または
50mM 酢酸ナトリウム緩衝液(pH6)および200mM NaClに対し
てそのポリペプチドを透析することにより再生する。あるいは、タンパク質をN
i−NTAカラムに固定する間に、首尾良く再び折り畳みさせ得る。推奨する条
件は次のようである:プロテアーゼインヒビターを含む、500mM NaCl
、20%グリセロール、20mM Tris/HCl(pH7.4)中で、6M
〜1M尿素への直線勾配を使用する再生。再生は1.5時間以上の期間にわたり
実施すべきである。再生後、このタンパク質を250mMのイミダゾールの添加
により溶出し得る。イミダゾールを、PBSまたは50mM 酢酸ナトリウム緩
衝液(pH6)および200mM NaClに対する最終透析工程により除去す
る。精製タンパク質は4℃で保存するかまたは−80℃で凍結する。
【0250】 次の代替方法は、封入体の形態で存在する場合、E coli中に発現したD
endriacポリペプチドを精製するために使用され得る。他に明記されない
限り、以下の全ての工程は4〜10℃で実施される。
【0251】 E.coli発酵の産生相の完了に際して、細胞培養物を4〜10℃まで冷却
し、そして細胞を、15,000rpmの連続的な遠心分離(Heraeus
Sepatech)により採集する。細胞ペーストの単位重量あたりで期待され
るタンパク質の収量および要求される精製タンパク質量に基づいて、適切な量(
重量)の細胞ペーストを、100mM Tris、50mM EDTA(pH7
.4)を含む緩衝溶液中で懸濁する。細胞を高剪断ミキサーを使用して、均一な
懸濁液になるまで分散させる。
【0252】 次いで細胞を、4000〜6000psiで2回、マイクロフルイダイザー(
Microfuidics,Corp.またはAPV Gaulin,Inc.
)を介して溶液を通過させることにより溶解した。次いで、ホモジネートを、0
.5M NaClの最終濃度までNaCl溶液と混合し、次いで、15分間、7
000×gで遠心分離する。得られたペレットを0.5M NaCl、100m
M Tris、50mM EDTA(pH7.4)を使用して、再び洗浄する。
【0253】 生じた洗浄封入体を、2〜4時間、1.5Mの塩酸グアニジン(GuHCl)
を用いて可溶化する。15分間の7000×gでの遠心分離後、ペレットを捨て
、そして、さらなるGuHCl抽出を可能にするために、Dendriacポリ
ペプチドを含む上清を一晩4℃でインキュベートする。
【0254】 不溶性粒子を除去するための高速遠心分離(30,000×g)に続いて、G
uHCl抽出物を50mMナトリウム、150mM NaCl、2mM EDT
Aを含む20容量の緩衝液(pH4.5)と激しい撹拌によって迅速に混合する
ことにより、GuHCl可溶化タンパク質を、再び折り畳む。再び折り畳まれ、
希釈されたタンパク質溶液を、さらなる精製工程前の12時間、混合することな
く4℃に保つ。
【0255】 再び折り畳まれたDendriacポリペプチド溶液を明澄化するために、予
め調製した、適切な表面積を有する0.16μm膜フィルターを備え、40mM
の酢酸ナトリウム(pH6.0)で平衡化した接線(tangential)濾
過ユニット(例えば、Filtron)を使用する。濾過サンプルを陽イオン交
換樹脂(例えば、Poros HS−50、Perseptive Biosy
stems)にロードする。カラムを40mMの酢酸ナトリウム(pH6.0)
で洗浄し、そして段階的な様式で、同じ緩衝液中の250mM、500mM、1
000mM、および1500mM NaClで溶出した。溶出物の280nmの
吸光度を連続的にモニタリングした。画分を採集し、SDS−PAGEによりさ
らに分析した。
【0256】 次いで、Dendriacポリペプチドを含む画分をプールし、そして4容量
の水と混合する。次いで、希釈サンプルを強陰イオン交換樹脂(Poros H
Q−50,Perseptive Biosystems)および弱陰イオン交
換樹脂(Poros CM−20,Perseptive Biosystem
s)の予め調製した1組の直列型カラムにロードする。カラムを40mMの酢酸
ナトリウム(pH6.0)で平衡化する。両方のカラムを40mMの酢酸ナトリ
ウム(pH6.0)、200mM NaClで洗浄する。次いで、CM−20カ
ラムを、0.2M NaCl、50mM酢酸ナトリウム(pH6.0)〜1.0
M NaCl、50mM酢酸ナトリウム(pH6.5)の範囲で、10カラム容
量の直線勾配を使用して溶出する。画分を、溶出物の一定のA280モニター下で 採集する。次いで、Dendriacポリペプチドを含む画分(例えば、16%
SDS−PAGEにより決定した)をプールする。
【0257】 生じたDendriacポリペプチドは、上記の再折り畳み工程および精製工
程後、95%を超える純度を示す。5μgの精製タンパク質がロードされる場合
、主な夾雑物のバンドは、クーマーシーブルー染色した16% SDS−PAG
Eゲルから観察されない。精製タンパク質はまた、エンドトキシン/LPS夾雑
について試験され、そして代表的にLPS含量はLALアッセイによれば0.1
ng/ml未満である。
【0258】 次の代替方法は、封入体の形態で存在する場合、E coli中に発現したD
endriacポリペプチドを精製するために使用され得る。他に明記されない
限り、以下の全ての工程は4〜10℃で実施される。
【0259】 E.coli発酵の産生相の完了に際して、細胞培養物を4〜10℃まで冷却
し、そして細胞を、15,000rpmの連続的な遠心分離(Heraeus
Sepatech)により採集する。細胞ペーストの単位重量あたりで期待され
るタンパク質の収量、および要求される精製タンパク質量に基づいて、適切な量
(重量)の細胞ペーストを、100mM Tris、50mM EDTA(pH
7.4)を含む緩衝溶液中で懸濁する。細胞を高剪断ミキサーを使用して、均一
な懸濁液になるまで分散させる。
【0260】 次いで細胞を、4000〜6000psiで2回、マイクロフルイダイザー(
Microfuidics,Corp.またはAPV Gaulin,Inc.
)を介して溶液を通過させることにより溶解した。次いで、ホモジネートを、0
.5M NaClの最終濃度までNaCl溶液と混合し、次いで、15分間、7
000×gで遠心分離する。得られたペレットを0.5M NaCl、100m
M Tris、50mM EDTA(pH7.4)を使用して、再び洗浄する。
【0261】 生じた洗浄封入体を、2〜4時間、1.5Mの塩酸グアニジン(GuHCl)
を用いて可溶化する。15分間の7000×gでの遠心分離後、ペレットを捨て
、そして、さらなるGuHCl抽出を可能にするために、Dendriacポリ
ペプチドを含む上清を一晩4℃でインキュベートする。
【0262】 不溶性粒子を除去するための高速遠心分離(30,000×g)に続いて、G
uHCl抽出物を50mMナトリウム(pH4.5)、150mM NaCl、
2mM EDTAを含む20容量の緩衝液と激しい撹拌によって迅速に混合する
ことにより、GuHCl可溶化タンパク質を、再び折り畳む。再び折り畳まれ、
希釈されたタンパク質溶液を、さらなる精製工程前の12時間、混合することな
く4℃に保つ。
【0263】 再び折り畳まれたDendriacポリペプチド溶液を明澄化するために、予
め調製した、適切な表面積を有する0.16μm膜フィルターを備え、40mM
の酢酸ナトリウム(pH6.0)で平衡化した接線(tangential)濾
過ユニット(例えば、Filtron)を使用する。濾過サンプルを陽イオン交
換樹脂(例えば、Poros HS−50、Perseptive Biosy
stems)にロードする。カラムを40mMの酢酸ナトリウム(pH6.0)
で洗浄し、そして段階的な様式で、同じ緩衝液中の250mM、500mM、1
000mM、および1500mM NaClで溶出した。溶出物の280nmの
吸光度を連続的にモニタリングした。画分を採集し、SDS−PAGEによりさ
らに分析した。
【0264】 次いで、Dendriacポリペプチドを含む画分をプールし、4容量の水と
混合する。次いで、希釈サンプルを強陰イオン交換樹脂(Poros HQ−5
0,Perseptive Biosystems)および弱陰イオン交換樹脂
(Poros CM−20,Perseptive Biosystems)の
予め調製した1組の直列型カラムにロードする。カラムを40mMの酢酸ナトリ
ウム(pH6.0)で平衡化する。両方のカラムを40mM酢酸ナトリウム(p
H6.0)、200mM NaClで洗浄する。次いで、CM−20カラムを、
0.2M NaCl、50mM酢酸ナトリウム(pH6.0)〜1.0M Na
Cl、50mM酢酸ナトリウム(pH6.5)の範囲で、10カラム容量の直線
勾配を使用して溶出する。画分を、溶出物の一定のA280モニター下で採集する 。次いで、Dendriacポリペプチドを含む画分(例えば、16% SDS
−PAGEにより決定した)をプールする。
【0265】 生じたDendriacポリペプチドは、上記の再折り畳み工程および精製工
程後、95%を超える純度を示す。5μgの精製タンパク質がロードされる場合
、主な夾雑物のバンドは、クーマーシーブルー染色した16% SDS−PAG
Eゲルから観察されない。精製タンパク質はまた、エンドトキシン/LPS夾雑
について試験され、そして代表的にLPS含量はLALアッセイによれば0.1
ng/ml未満である。
【0266】 (実施例2:バキュロウイルス発現系におけるDendriacポリペプチド
のクローニングおよび発現) この例示的実施例において、プラスミドシャトルベクターpA2を用いて、そ
の天然で会合している分泌シグナル(リーダー)配列を含む、完全なポリペプチ
ドをコードするクローニングされたDNAを、成熟Dendriacポリペプチ
ドを発現するために、バキュロウイルスに、Summersら、および同僚(A
Manual of Methods for Baculovirus V
ectors and Insect Cell Culture Proce
dures、Texas Agricultural Experimenta
l Station Bulletin 第1555号(1987))によって
記載されたような標準的な方法を用いて挿入する。この発現ベクターは、Aut
ographa californica核多角体病ウイルス(AcMNPV)
の強力なポリヘドリンプロモーターを含み、続いて、BamHI、XbaI、お
よびAsp718のような都合良い制限部位を含む。シミアンウイルス40(「
SV40」)のポリアデニル化部位を、効率的なポリアデニル化のために用いる
。組換えウイルスの平易な選択のために、プラスミドは、同じ方向で、弱いDr
osophilaプロモーターの制御下において、E.coli由来のβ−ガラ
クトシダーゼ遺伝子を含み、次いで、ポリヘドリン遺伝子のポリアデニル化シグ
ナルを含む。挿入遺伝子は、野生型ウイルスのDNAとの細胞媒介性相同組換え
のために両側にウイルス配列を隣接し、クローニングされたポリヌクレオチドを
発現する生存ウイルスを生成する。
【0267】 当業者に容易に理解されるように、構築物が、必要に応じて、シグナルペプチ
ドおよびインフレームのAUGを含む、転写、翻訳、分泌などのための適切に配
置されたシグナルを提供する限り、多くの他のバキュロウイルスベクターを、上
記のベクター(例えば、pAc373、pVL941、およびpAcIM1)の
代わりに用い得る。このようなベクターは、例えば、Luckowおよび共同研
究者(Virology 170:31〜39(1989))によってに記載さ
れる。
【0268】 寄託されたクローン中の、全長のDendriacポリペプチドをコードする
cDNA配列(AUG開始コドン、ならびに配列番号2および配列番号10に示
される天然に付随するリーダー配列を含む)を、この遺伝子の5’配列および3
’配列に対応するPCRオリゴヌクレオチドプライマーを用いて増幅する。この
5’プライマーは、真核生物細胞における翻訳を開始するための効率的なシグナ
ルである下線を付したBamHI制限酵素部位を含む配列5’CGC GGA TCC GCC ATC ATG TCA CTG AGA TCC C 3’
(配列番号15)を有し((イタリックで示される);Kozak,M.,J.
Mol.Biol.196:947〜950(1987)を参照のこと)、次い
で図1A、図1B、および図1C、ならびに配列番号2および配列番号10に示
されるAUG開始コドンで始まる完全Dendriacポリペプチドの配列の1
6ヌクレオチドを含む。3’プライマーは、下線を付したAsp 718制限部
位、次いで図1A、図1B、および図1Cにおいて(ならびに配列番号2および
配列番号10において)3’非コード配列に相補的な17ヌクレオチドを含む、
配列5’CAC TTA GGT ACC ATA ATG GCA TGT
GGT GGT CC 3’(配列番号16)を有する。
【0269】 増幅されたフラグメントを、市販のキット(「Geneclean」BIO
101 Inc.,La Jolla,Ca)を用いて1%アガロースゲルから
単離する。次いで、このフラグメントを、BamHIおよびAsp718で消化
し、そして再度1%アガロースゲル上で精製する。このフラグメントを、本明細
書中において、F1と称する。
【0270】 プラスミドを、制限酵素BamHIおよび制限酵素Asp718で消化し、そ
して必要に応じて、当該分野で公知の日常的な手順を用いて、仔ウシ腸ホスファ
ターゼを用いて脱リン酸化し得る。次いで、このDNAを市販のキット(「Ge
neclean」BIO 101 Inc.,La Jolla,Ca)を用い
て1%アガロースゲルから単離する。このベクターDNAを本明細書中において
、「V1」と称する。
【0271】 フラグメントF1および脱リン酸化プラスミドV1を、一緒に、T4 DNA
リガーゼで連結する。E.coli HB101またはXL−1 Blue細胞
(Statagene Cloning Systems,La Jolla,
CA)のような他の適切なE.coli宿主を、連結混合物で形質転換し、そし
て培養プレートに塗布する。個々のコロニー由来のDNAを消化すること(Ba
mHIおよびAsp718)、および次いでゲル電気泳動により消化産物を分析
することによって、ヒトDendriac遺伝子を有するプラスミドを含む細菌
を同定する。クローニングされたフラグメントの配列を、DNA配列決定によっ
て確認する。このプラスミドを、本明細書中で、pA2 Dendriacと称
する。
【0272】 5μgのプラスミドpA2 Dendriacを、Felgnerおよび同僚
、Proc.Natl.Acad.Sci.USA 84:7413−7417
(1987)によって記載されるリポフェクション法を用いて、1.0μgの
市販の線状化バキュロウイルスDNA(「BaculoGoldTM bacul
ovirus DNA」,Pharmingen,San Diego,CA.
)と同時トランスフェクトする。1μgのBaculoGoldTMウイルスDN
Aおよび5μgのプラスミドpA2 Dendriacを、50μlの無血清グ
レース培地(Life Technologies Inc.,Gaither
sburg,MD)を含むマイクロタイタープレートの無菌ウェル中で混合する
。その後、10μlのリポフェクチンおよび90μlのグレース培地を添加し、
混合し、そして室温にて15分間インキュベートする。次いで、このトランスフ
ェクション混合物を、無血清グレース培地1mlを有する35mm組織培養プレ
ートに播種されたSf9昆虫細胞(ATCC CRL 1711)に滴下して加
える。次いでプレートを、27℃で5時間インキュベートする。次いで、トラン
スフェクション溶液をプレートから除去し、そして10%ウシ胎児血清を補充し
た1mlのグレース昆虫培地を添加する。次いで、27℃で4日間培養を続ける
【0273】 4日後、上清を回収し、そしてSummersおよびSmith(前出)に記
載されるようにプラークアッセイを行う。青く染色されたプラークを産生するg
al発現クローンの容易な同定および単離を可能にするために、「Blue G
al」(Life Technologies Inc.,Gaithersb
urg)を有するアガロースゲルを用いる。(このタイプの「プラークアッセイ
」の詳細な説明はまた、Life Technologies Inc.、Ga
ithersburg、で配布される昆虫細胞培養およびバキュロウイルス学の
使用者ガイド(9〜10頁)においても見い出され得る)。適切なインキュベー
ションの後、青く染色されたプラークをマイクロピペッターの(例えば、エッペ
ンドルフ)チップで拾う。次いで、組換えウイルスを含む寒天を、200μlの
グレース培地を含む微小遠心管中に再懸濁する。そして、組換えバキュロウイル
スを含む懸濁液を用いて、35mmディッシュに播種されたSf9細胞に感染さ
せる。4日後、これらの培養ディッシュの上清を回収し、次いでそれらを4℃で
保存する。この組換えウイルスをV−Dendriacと称する。
【0274】 Dendriac遺伝子の発現を確認するために、Sf9細胞を、10%熱不
活性化FBSを補充したグレース培地中で増殖させる。細胞を、約2の感染多重
度(「MOI」)で組換えバキュロウイルスV−Dendriacに感染させる
。放射性標識タンパク質が所望される場合、6時間後、その培地を除去し、そし
てメチオニンおよびシステインを除いたSF900 II培地(Life Te
chnologies Inc.,Rockville,MDから入手可能)に
置き換える。42時間後、5μCiの35S−メチオニンおよび5μCiの35S−
システイン(Amershamから入手可能)を添加する。細胞をさらに16時
間インキュベートし、次いで細胞を遠心分離により収集する。上清中のポリペプ
チドおよび細胞内のポリペプチドをSDS−PAGE、次いで(放射性標識され
た場合)オートラジオグラフィーにより分析する。
【0275】 精製ポリペプチドのアミノ末端のアミノ酸配列の微小配列決定を用いて、成熟
形態のDendriacポリペプチドのアミノ末端配列を決定し得、従って切断
点および天然に結合する分泌シグナルペプチドの長さを決定し得る。
【0276】 当業者は、同様のアプローチが、容易に設計および利用され、昆虫細胞中のB
rainiac−3の発現のための、pA−2に基づくバキュロウイルスの発現
構築物を生成し得ることを認識する。これは、Brainiac−3に関する遺
伝子特異的配列と組み合わせた制限エンドヌクレアーゼ認識配列を含むPCRプ
ライマーを設計することにより、および上記Dendriacに関して記載され
るような処置によって行われる。
【0277】 (実施例3:哺乳動物細胞におけるDendriacのクローニングおよび発
現) 代表的な哺乳動物発現ベクターは、プロモーターエレメント(これは、mRN
Aの転写の開始を媒介する)、ポリペプチドコード配列、ならびに転写の終結お
よび転写物のポリアデニル化に必要なシグナルを含む。さらなるエレメントとし
ては、エンハンサー、Kozak配列、ならびにRNAスプライシングのための
ドナー部位およびアクセプター部位に隣接する介在配列が挙げられる。非常に効
率的な転写を、SV40由来の初期および後期プロモーター、レトロウイルス由
来の長末端反復(LTR)(例えば、RSV、HTLVI、HIV−I)ならび
にサイトメガロウイルス(CMV)の初期プロモーターを用いて達成し得る。し
かし、細胞性エレメント(例えば、ヒトアクチンプロモーター)もまた使用され
得る。本発明の実施における使用に適切な発現ベクターとしては、例えば、pS
VLおよびpMSG(Pharmacia,Uppsala,Sweden)、
pRSVcat(ATCC 37152)、pSV2dhfr(ATCC 37
146)、ならびにpBC12MI(ATCC 67109)のようなベクター
が挙げられる。使用され得る哺乳動物宿主細胞としては、ヒトHela細胞、2
93細胞、H9細胞およびJurkat細胞、マウスNIH3T3細胞およびC
127細胞、Cos1細胞、Cos7細胞およびCV1細胞、ウズラQC1−3
細胞、マウスL細胞、ならびにチャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞が挙
げられる。
【0278】 あるいは、遺伝子は、染色体に組み込まれた遺伝子を含む安定な細胞株におい
て発現され得る。選択マーカー(例えば、dhfr、gpt、ネオマイシン、ハ
イグロマイシン)との同時トランスフェクションは、トランスフェクトされた細
胞の同定および単離を可能にする。
【0279】 トランスフェクトされた遺伝子はまた、増幅されて大量のコードされたタンパ
ク質を発現し得る。DHFR(ジヒドロ葉酸レダクターゼ)マーカーは、目的の
遺伝子の数百または数千ものコピーを有する細胞株を開発するのに有用である。
別の有用な選択マーカーは、酵素グルタミンシンターゼ(GS)である(Mur
phyら、Biochem J.227:277−279(1991);Beb
bingtonら、Bio/Technology 10:169−175(1
992))。これらのマーカーを使用して、哺乳動物細胞を選択培地において増
殖させ、そして最も高い耐性を有する細胞を選択する。これらの細胞株は染色体
に組み込まれた増幅された遺伝子を含む。チャイニーズハムスター卵巣(CHO
)細胞およびNSO細胞は、ポリペプチドの産生にしばしば使用される。
【0280】 発現ベクターpC1およびpC4は、ラウス肉腫ウイルスの強力なプロモータ
ー(LTR)(Cullenら、Mol.Cel.Biol.5:438−44
7(1985))およびCMVエンハンサーのフラグメント(Boshartら
、Cell 41:521−530(1985))を含む。複数のクローニング
部位(例えば、制限酵素切断部位BamHI、XbaI、およびAsp718を
有する)は、目的の遺伝子のクローニングを容易にする。ベクターはさらに、ラ
ットプレプロインシュリン遺伝子の3'イントロン、ポリアデニル化シグナル、 および終結シグナルを含む。
【0281】 以下の実施例(3(a)および3(b))は、サブクローニングおよび哺乳動
物細胞におけるDendriacの発現を教示するが、当業者は同様のアプロー
チが、容易に設計および利用され、哺乳動物細胞におけるBrainiac−3
の発現のための哺乳動物発現構築物を生成し得ることを認識する。これは、Br
ainiac−3に関する遺伝子特異的配列と組み合わせて同様の制限エンドヌ
クレアーゼ認識配列を含むPCRプライマーを設計することにより、および上記
Dendriacに関して記載されるような処置によって行われる。
【0282】 (実施例3(a):COS細胞におけるクローニングおよび発現) 発現プラスミドpDendriacHAを、Dendriacポリペプチドの
成熟型をコードするcDNAの一部を発現ベクターpcDNAI/Ampまたは
pcDNAIII(これは、Invitrogen,Inc.から入手し得る)
にクローニングすることによって作製する。
【0283】 発現ベクターpcDNAI/ampは以下を含む:(1)E.coliおよび
他の原核生物細胞における増殖に有効なE.coli複製起点;(2)プラスミ
ド含有原核生物細胞の選択のためのアンピシリン耐性遺伝子;(3)真核生物細
胞における増殖のためのSV40複製起点;(4)CMVプロモーター、ポリリ
ンカー、SV40イントロン;(5)cDNAが都合良くCMVプロモーターの
発現制御下におかれ、そしてポリリンカーにおける制限部位によってSV40イ
ントロンおよびポリアデニル化シグナルに作動可能に連結され得るように配置さ
れた、赤血球凝集素フラグメント(すなわち、精製を容易にするための「HA」
タグ)をコードするいくつかのコドン、次いで終止コドン、およびポリアデニル
化シグナル。HAタグは、Wilson、および同僚(Cell 37:767
(1984))によって記載されたインフルエンザ赤血球凝集素タンパク質に由
来するエピトープに対応する。標的ポリペプチドへのHAタグの融合は、HAエ
ピトープを認識する抗体を用いる、組換えタンパク質の容易な検出および回収を
可能にする。pcDNAIIIはさらに、ネオマイシン選択マーカーを含む。
【0284】 成熟形態のDendriacポリペプチドをコードするDNAフラグメントを
、組換えポリペプチド発現がCMVプロモーターによって導かれるように、ベク
ターのポリリンカー領域にクローン化する。プラスミド構築ストラテジーは以下
の通りである。寄託されたクローンのDendriac cDNAを、E.co
liにおけるDendriacの発現のためのベクターの構築について先に記載
されるのとほとんど同じように、都合の良い制限部位を含むプライマーを用いて
増幅する。適切なプライマーは、以下の本実施例に使用されたプライマーを含む
。下線を付したBamHI制限酵素部位、Kozak配列(イタリック体)、A UG開始コドン、および成熟Dendriacポリペプチドの5’をコードする
領域の16ヌクレオチドを含む5’プライマーは、以下の配列を有する:5’C
GC GGA TCC GCC ATC ATG TCA CTG AGA T
CC C3’(配列番号15)。下線を付したAsp718部位、および終始コ
ドンの直前の3’コード配列に相補的な17ヌクレオチドを含む、3’プライマ
ーは、以下の配列を有する:5’CAC TTA GGT ACC ATA A
TG GCA TGT GGT GTT CC 3’(配列番号16)。
【0285】 PCR増幅DNAフラグメントおよびベクターpcDNAI/Ampを、Ba
mHIおよびAsp718で消化し、次いで連結する。連結混合物を、E.co
li株SURE(Stratagene Cloning Systems,L
a Jolla,CA 92037より入手可能)へ形質転換し、そして形質転
換培養物を、アンピシリン培地プレートへプレーティングし、次いでこれをイン
キュベートしてアンピシリン耐性コロニーの増殖を可能にする。プラスミドDN
Aを耐性コロニーから単離し、そして完全なDendriacポリペプチドをコ
ードするフラグメントの存在について制限分析または他の手段によって試験する
【0286】 組換えDendriacの発現のために、COS細胞を、例えば、Sambr
ookおよび共同研究者(Molecular Cloning: a Lab
oratory Manual,Cold Spring Laborator
y Press,Cold Spring Harbor,New York(
1989))に記載のようにDEAE−デキストランを用いて、上記のように発
現ベクターでトランスフェクトする。細胞を、ベクターによるDendriac
の発現のための条件下でインキュベートする。
【0287】 Dendriac−HA融合ポリペプチドの発現を、例えば、Harlowお
よび同僚(Antibodies: A Laboratory Manual
,第2版; Cold Spring Harbor Laboratory
Press,Cold Spring Harbor,New York(19
88))に記載された方法を用いて、放射標識化および免疫沈降法によって検出
する。この目的のため、トランスフェクションの2日後に、細胞を、35S−シス
テインを含む培地中で8時間インキュベートすることによって標識する。細胞お
よび培地を採取し、そして細胞を洗浄し、そしてWilsonおよび同僚(前出
)に記載されるように、界面活性剤含有RIPA緩衝液:150mM NaCl
、1% NP−40、0.1% SDS、1% NP−40、0.5% DOC
、50mM TRIS(pH 7.5)で溶解する。ポリペプチドを、HA特異
的モノクローナル抗体を用いて細胞溶解物および培養培地から沈降させる。次い
で、沈降させたポリペプチドを、SDS−PAGEおよびオートラジオグラフィ
ーによって分析する。期待されるサイズの発現産物は、細胞溶解物において観察
され、これはネガティブコントロールにおいては見られない。
【0288】 (実施例3(b):CHO細胞におけるクローニングおよび発現) ベクターpC4を、Dendriacポリペプチドの発現のために使用する。
プラスミドpC4は、プラスミドpSV2−dhfr(ATCC受託番号371
46)の誘導体である。このプラスミドは、SV40初期プロモーターの制御下
で、マウスDHFR遺伝子を含む。これらのプラスミドでトランスフェクトされ
るジヒドロ葉酸活性を欠如するチャイニーズハムスター卵巣細胞または他の細胞
は、化学療法剤メトトレキサートを補充した選択培地(αマイナスMEM、Li
fe Technologies)中で細胞を増殖させることによって選択され
得る。メトトレキサート(MTX)に耐性である細胞におけるDHFR遺伝子の
増幅は、よく考証されている(例えば、Alt,F.W.ら、J.Biol.C
hem.253:1357−1370(1978);Hamlin,J.L.お
よびMa,C.,Biochem.et Biophys.Acta,1097
:107−143(1990);Page,M.J.およびSydenham,
M.A.,Biotechnology 9:64−68(1991)を参照の
こと)。漸増濃度のMTXにおいて増殖した細胞は、DHFR遺伝子の増幅の結
果として、標的酵素DHFRを過剰産生することによって薬物に対する耐性を発
達させる。第2の遺伝子がDHFR遺伝子と連鎖する場合、通常、同時増幅され
、そして過剰発現される。増幅した遺伝子の1,000を超えるコピーを有する
細胞株を開発するためにこのアプローチを使用し得ることは、当該分野において
公知である。続いて、メトトレキサートが取り除かれる場合、宿主細胞の1つ以
上の染色体に組み込まれた増幅遺伝子を含む細胞株が得られる。
【0289】 プラスミドpC4は、目的の遺伝子の発現のために、ラウス肉腫ウイルス(C
ullenら、Mol.Cell.Biol.5:438−447(1985)
)の長末端反復(LTR)の強力なプロモーター、およびヒトサイトメガロウイ
ルス(CMV:Boshartら、Cell 41:521−530(1985
))の前初期遺伝子のエンハンサーから単離されたフラグメントを含む。プロモ
ーターの下流には、遺伝子の組み込みを可能にする以下の単一の制限酵素切断部
位が存在する:BamHI、XbaI、およびAsp718。プラスミドは、こ
れらのクローニング部位の後ろに、ラットプレプロインスリン遺伝子の3’イン
トロンおよびポリアデニル化部位を含む。他の高効率プロモーター(例えば、ヒ
トβアクチンプロモーター、SV40初期もしくは後期プロモーター、または他
のレトロウイルス(例えば、HIVおよびHTLVI)由来の長末端反復)もま
た、発現のために使用され得る。ClontechのTet−OffおよびTe
t−On遺伝子発現系および同様の系は、哺乳動物細胞において調節された方法
でDendriacポリペプチドを発現するために使用され得る(Gossen
,M.,およびBujard,H.Proc.Natl.Acad.Sci.U
SA 89:5547−5551(1992))。mRNAのポリアデニル化の
ために、他のシグナル(例えば、ヒト成長ホルモンまたはグロビン遺伝子由来)
もまた、使用され得る。染色体に組み込まれた目的の遺伝子を含む安定な細胞株
もまた、選択マーカー(例えば、gpt、G418、またはハイグロマイシン)
との同時トランスフェクションに際して選択され得る。最初は、1つより多い選
択マーカー(例えば、G418およびメトトレキサート)を使用することが、有
利である。
【0290】 プラスミドpC4を、制限酵素BamHIおよび制限酵素Asp718で消化
し、次いでウシ腸ホスファターゼを用いて、当該分野で公知の手順によって脱リ
ン酸化する。次いで、ベクターを、1%アガロースゲルから単離する。
【0291】 完全なDendriacポリペプチドをコードするDNA配列を、所望の遺伝
子部分の5’配列および3’配列に対応するPCRオリゴヌクレオチドプライマ
ーを用いて、増幅する。下線を付したBamHI部位、Kozak配列、AUG
開始コドン、および完全なDendriacポリペプチドの5’をコードする領
域の16ヌクレオチドを含む5’プライマーは、以下の配列を有する:5’CG
GGA TCC GCC ATC ATG TCA CTG AGA TC
C C3’(配列番号15)。下線を付したAsp718部位、および図1(配
列番号1)に示すような終始コドンの直前の3’コード配列に相補的な17ヌク
レオチドを含む、3’プライマーは、以下の配列を有する:5’CAC TTA
GGT ACC ATA ATG GCA TGT GGT GTT CC
3’(配列番号16)。
【0292】 増幅させたフラグメントを、BamHIエンドヌクレアーゼおよびAsp71
8エンドヌクレアーゼで消化し、次いで1%アガロースゲルで再び精製する。次
いで、単離したフラグメントおよび脱リン酸化ベクターをT4 DNAリガーゼ
で連結する。次いで、E.coli HB101またはXL−1 Blue細胞
を形質転換し、そして例えば制限酵素分析を用いてプラスミドpC4に挿入され
たフラグメントを含む細菌を同定する。
【0293】 活性なDHFR遺伝子を欠失するチャイニーズハムスター卵巣細胞を、トラン
スフェクションのために使用する。5μgの発現プラスミドpC4を、リポフェ
クチン(Felgnerら、前出)を用いて、0.5μgのプラスミドpSVn
eoと同時トランスフェクトする。プラスミドpSV2−neoは、優性選択マ
ーカー(G418を含む一群の抗生物質に対する耐性を与える酵素をコードする
Tn5由来のneo遺伝子)を含む。細胞を、1mg/mlのG418を補充し
たαマイナスMEMに播種する。2日後、細胞をトリプシン処理し、そして10
、25、または50ng/mlのメトトレキサートおよび1mg/ml G41
8を補充したαマイナスMEM中のハイブリドーマクローニングプレート(Gr
einer,Germany)に播種する。約10〜14日後、単一のクローン
をトリプシン処理し、次いで異なる濃度のメトトレキサート(50nM、100
nM、200nM、400nM、800nM)を用いて、6ウェルペトリ皿また
は10mlフラスコに播種する。次いで、最高濃度のメトトレキサートで増殖す
るクローンを、さらに高濃度のメトトレキサート(1μM、2μM、5μM、1
0mM、20mM)を含む新たな6ウェルプレートに移す。同じ手順を、100
〜200μMの濃度で増殖するクローンが得られるまで繰り返す。所望の遺伝子
産物の発現を、例えば、SDS−PAGEおよびウェスタンブロットによって、
または逆相HPLC分析によって分析する。
【0294】 (実施例4:Dendriacおよび/またはBrainiac−3 mRN
A発現の組織分布) ノーザンブロット分析を、とりわけSambrookおよび同僚(前出)によ
って記載される方法を用いて行って、ヒト組織におけるDendriacおよび
/またはBrainiac−3遺伝子の発現を調べる。Dendriacポリペ
プチドまたはBrainiac−3ポリペプチドの全ヌクレオチド配列(配列番
号1)を含むcDNAプローブを、rediprimeTM DNA標識システム
(Amersham Life Science)を製造者の説明書に従って用
いて32Pで標識した。標識後、プローブを、CHROMA SPIN−100TM カラム(Clontech Laboratories,Inc.)を製造者の
プロトコル番号PT1200−1に従って用いて精製した。次いで、精製した標
識プローブを用いて、種々のヒト組織をDendriacおよび/またはBra
iniac−3 mRNAについて調べた。
【0295】 種々のヒト組織(H)またはヒト免疫系組織(IM)を含む多重組織ノーザン
(Multiple Tissue Northern)(MTN)ブロットを
、Clontechから入手し、そしてExpressHybTMハイブリダイゼ
ーション溶液(Clontech)を製造者のプロトコル番号PT1190−1
に従って用いて標識プローブで調べた。ハイブリダイゼーションおよび洗浄後、
ブロットをマウントし、そして−70℃にて一晩フィルムに曝露した。そしてフ
ィルムを標準的な手順に従って現像する。
【0296】 本質的にDendriac mRNAの発現を試験するために上記のように行
ったノーザンブロット実験の結果は、以下を含む。ノーザンブロット分析を使用
して、Dendriacのメッセージを、脳、腎臓、膵臓、精巣、胎児肝臓、お
よび甲状腺中に豊富に検出した。さらに、ノーザンブロット実験は、以下の組織
においてDendriacの低いが、明瞭な、レベルの発現を示した:肺、肝臓
、扁桃、尾状核、脳梁、海馬、脳全体、黒質、視床下核、視床、副腎皮質、小腸
、胃、脾臓、リンパ節、および大腸腺癌SW480。最後に、非常に低いレベル
のDendriac発現を、以下の組織においてノーザンブロットにより観察し
た:前立腺、子宮、肺癌腫A549、および黒色腫G361。さらに、Brai
niac−3のメッセージを、胎児脳、胎児腎臓中に豊富に検出し、そして、低
いが、明瞭な、レベルの発現を肺および肝臓中に検出した。さらに、Brain
iac−3のノーザンブロット発現研究は、全ての陽性の組織中で約1.35k
bのバンド、胎児腎臓および胎児脳中で約2.0kbのバンド、ならびに胎児脳
中で約4.0kbのバンドを同定した。
【0297】 本発明が、前述の説明および実施例に詳細に記載される以外の方法で実施され
得ることは明白である。本発明の多くの改変および変更が、上記の教示を考慮し
て可能であり、従って添付の請求の範囲の範囲内である。
【0298】 本明細書中に引用される全ての刊行物(特許、特許出願、学術論文、実験室マ
ニュアル、書籍、または他の文書を含む)の開示の全体が、これによって本明細
書中で参考として援用される。
【0299】 さらに、コンピューターおよび紙面の両方において本明細書と共に提出された
配列リスト、ならびに米国仮出願番号第60/108,928号(1998年1
1月17日提出);米国仮出願番号第60/068,006号(1997年12
月18日提出);および米国仮特許番号第60/077,687号(1998年
3月12日提出)と共に提出された配列リスト(これらの各々に対して本願は、
米国特許法119条(e)下で出願日の利益を主張する)は、本明細書でその全
体が参考として援用される。
【0300】
【表4】
【0301】
【表5】
【0302】
【表6】
【0303】
【表7】
【配列表】
【図面の簡単な説明】
【図1A】 図1Aは、Dendriacのヌクレオチド配列(配列番号1)および推定ア
ミノ酸配列(配列番号2)を示す。約25アミノ酸の推定リーダー配列に下線を
付した。5つの潜在的なアスパラギン結合型グリコシル化部位を、Dendri
acのアミノ酸配列において印付けした。グリコシル化の潜在的部位は、図1A
のアスパラギン−60、アスパラギン−142、アスパラギン−186、アスパ
ラギン−200、およびアスパラギン−314(これらの位置は、配列番号2お
よび配列番号10におけるアスパラギン−35、アスパラギン−117、アスパ
ラギン−160、アスパラギン−175、およびアスパラギン−289に位置し
た、同一の配列に対応する)で開始する。潜在的グリコシル化部位は、図1Aの
アミノ酸配列において、ヌクレオチド配列の上部にボールド打ち込み記号(#)
が、アスパラギンについてのボールドの1文字略記(N)と対になって印付けら
れる。 DendriacとBrainiac−3と密接に関連したDrosophi
la Brainiacとの間の高度な同一性領域(図3において提示されるこ
れらの配列のアラインメント)は、図1Aにおいて二重線を付して示される。こ
れらの領域は限定的でなく、そして図1Aにおいて保存性ドメイン(CD)−I
、CD−II、CD−III、CD−IV、CD−V、CD−VI、CD−VI
I、CD−VIII、CD−IX、CD−X、およびCD−XIとして標記され
る。
【図1B】 図1Bは、Dendriacのヌクレオチド配列(配列番号1)および推定ア
ミノ酸配列(配列番号2)を示す。約25アミノ酸の推定リーダー配列に下線を
付した。5つの潜在的なアスパラギン結合型グリコシル化部位を、Dendri
acのアミノ酸配列において印付けした。グリコシル化の潜在的部位は、図1B
のアスパラギン−60、アスパラギン−142、アスパラギン−186、アスパ
ラギン−200、およびアスパラギン−314(これらの位置は、配列番号2お
よび配列番号10におけるアスパラギン−35、アスパラギン−117、アスパ
ラギン−160、アスパラギン−175、およびアスパラギン−289に位置し
た、同一の配列に対応する)で開始する。潜在的グリコシル化部位は、図1Bの
アミノ酸配列において、ヌクレオチド配列の上部にボールド打ち込み記号(#)
が、アスパラギンについてのボールドの1文字略記(N)と対になって印付けら
れる。 DendriacとBrainiac−3と密接に関連したDrosophi
la Brainiacとの間の高度な同一性領域(図3において提示されるこ
れらの配列のアラインメント)は、図1Bにおいて二重線を付して示される。こ
れらの領域は限定的でなく、そして図1Bにおいて保存性ドメイン(CD)−I
、CD−II、CD−III、CD−IV、CD−V、CD−VI、CD−VI
I、CD−VIII、CD−IX、CD−X、およびCD−XIとして標記され
る。
【図1C】 図1Cは、Dendriacのヌクレオチド配列(配列番号1)および推定ア
ミノ酸配列(配列番号2)を示す。約25アミノ酸の推定リーダー配列に下線を
付した。5つの潜在的なアスパラギン結合型グリコシル化部位を、Dendri
acのアミノ酸配列において印付けした。グリコシル化の潜在的部位は、図1C
のアスパラギン−60、アスパラギン−142、アスパラギン−186、アスパ
ラギン−200、およびアスパラギン−314(これらの位置は、配列番号2お
よび配列番号10におけるアスパラギン−35、アスパラギン−117、アスパ
ラギン−160、アスパラギン−175、およびアスパラギン−289に位置し
た、同一の配列に対応する)で開始する。潜在的グリコシル化部位は、図1Cの
アミノ酸配列において、ヌクレオチド配列の上部にボールド打ち込み記号(#)
が、アスパラギンについてのボールドの1文字略記(N)と対になって印付けら
れる。 DendriacとBrainiac−3と密接に関連したDrosophi
la Brainiacとの間の高度な同一性領域(図3において提示されるこ
れらの配列のアラインメント)は、図1Cにおいて二重線を付して示される。こ
れらの領域は限定的でなく、そして図1Cにおいて保存性ドメイン(CD)−I
、CD−II、CD−III、CD−IV、CD−V、CD−VI、CD−VI
I、CD−VIII、CD−IX、CD−X、およびCD−XIとして標記され
る。
【図2A】 図2Aは、Brainiac−3のヌクレオチド配列(配列番号3)および推
定アミノ酸配列(配列番号4)を示す。約28アミノ酸の推定リーダー配列に下
線を付した。3つの潜在的なアスパラギン結合型グリコシル化部位を、Brai
niac−3のアミノ酸配列において印付けした。グリコシル化の潜在的部位は
、図2Aのアスパラギン−54、アスパラギン−79、およびアスパラギン−1
66(これらの位置は、配列番号4および配列番号12におけるアスパラギン−
26、アスパラギン−51、およびアスパラギン−138に位置した、同一の配
列に対応する)で開始する。潜在的なグリコシル化部位は、図2Aのアミノ酸配
列において、ヌクレオチド配列の上部にボールド打ち込み記号(#)が、アスパ
ラギンについてのボールドの1文字略記(N)と対になって印付けられる。 DendriacとBrainiac−3と密接に関連したDrosophi
la Brainiacとの間の高度な同一性領域(図3において提示されるこ
れらの配列のアラインメント)は、図2Aにおいて二重線を付して示される。こ
れらの領域は限定的でなく、そして図2Aにおいて保存性ドメイン(CD)−I
、CD−II、CD−III、CD−IV、CD−V、CD−VI、CD−VI
I、CD−VIII、CD−IX、CD−X、およびCD−XIとして標記され
る。
【図2B】 図2Bは、Brainiac−3のヌクレオチド配列(配列番号3)および推
定アミノ酸配列(配列番号4)を示す。約28アミノ酸の推定リーダー配列に下
線を付した。3つの潜在的なアスパラギン結合型グリコシル化部位を、Brai
niac−3のアミノ酸配列において印付けした。グリコシル化の潜在的部位は
、図2Bのアスパラギン−54、アスパラギン−79、およびアスパラギン−1
66(これらの位置は、配列番号4および配列番号12におけるアスパラギン−
26、アスパラギン−51、およびアスパラギン−138に位置した、同一の配
列に対応する)で開始する。潜在的なグリコシル化部位は、図2Bのアミノ酸配
列において、ヌクレオチド配列の上部にボールド打ち込み記号(#)が、アスパ
ラギンについてのボールドの1文字略記(N)と対になって印付けられる。 DendriacとBrainiac−3と密接に関連したDrosophi
la Brainiacとの間の高度な同一性領域(図3において提示されるこ
れらの配列のアラインメント)は、図2Bにおいて二重線を付して示される。こ
れらの領域は限定的でなく、そして図2Bにおいて保存性ドメイン(CD)−I
、CD−II、CD−III、CD−IV、CD−V、CD−VI、CD−VI
I、CD−VIII、CD−IX、CD−X、およびCD−XIとして標記され
る。
【図3A】 図3Aは、DendriacポリペプチドとBrainiac−3ポリペプチ
ドとBrainiacについてのDrosophila melanogast
er mRNA(配列番号5;GenBank登録番号U41449)の翻訳産
物のアミノ酸配列の間の同一性領域を示す。これは、コンピュータープログラム
MegAlign(DNA*STAR ヌクレオチド配列およびアミノ酸配列分 析パッケージ)を、初期設定のパラメータを使用することにより決定された。
【図3B】 図3Bは、DendriacポリペプチドとBrainiac−3ポリペプチ
ドとBrainiacについてのDrosophila melanogast
er mRNA(配列番号5;GenBank登録番号U41449)の翻訳産
物のアミノ酸配列の間の同一性領域を示す。これは、コンピュータープログラム
MegAlign(DNA*STAR ヌクレオチド配列およびアミノ酸配列分 析パッケージ)を、初期設定のパラメータを使用することにより決定された。
【図4】 図4は、Dendriacアミノ酸配列の分析を示す。α、β、ターン、およ
びコイル領域;親水性および疎水性;両親媒性領域;可撓性領域;抗原性指数、
ならびに表面確率を示す。「抗原性指数またはJameson−Wolf」のグ
ラフでは、正のピークが、Dendriacポリペプチドの高い抗原性の領域(
すなわち、本発明のエピトープ保有ペプチドが得られ得る領域)の位置を示す。
【図5】 図5は、Brainiac−3アミノ酸配列の分析を示す。α、β、ターン、
およびコイル領域;親水性および疎水性;両親媒性領域;可撓性領域;抗原性指
数、ならびに表面確率を示す。「抗原性指数またはJameson−Wolf」
のグラフでは、正のピークが、Brainiac−3ポリペプチドの高い抗原性
の領域(すなわち、本発明のエピトープ保有ペプチドが得られ得る領域)の位置
を示す。 図4および5において示されたデータはまた、それぞれ表IおよびIIにおい
て表の形式で表現される。各表のカラムは、表題「残基」、「位置」、およびロ
ーマ数字I−XIVで標識される。カラムの表題は、図4および5ならびに表I
およびIIにおいてそれぞれ提示される、アミノ酸配列の以下の特徴をいう:「
残基」:それぞれ、配列番号2および4、または図1A、1B、および1C、な
らびに図2Aおよび2Bのアミノ酸残基;「位置」:それぞれ、配列番号2およ
び配列番号4、または図1A、1B、および1C、ならびに図2Aおよび2B内
の対応する残基の位置;I:α、領域−Garnier−Robson;II:
α、領域−Chou−Fasman;III:β、領域−Garnier−Ro
bson;IV:β、領域−Chou−Fasman;V:ターン、領域−Ga
rnier−Robson;VI:ターン、領域−Chou−Fasman;V
II:コイル、領域−Garnier−Robson;VIII:親水性プロッ
ト−Kyte−Doolittle;IX:疎水性プロット−Hopp−Woo
ds;X:α、両親媒性領域−Eisenberg;XI:β、両親媒性領域−
Eisenberg;XII:可撓性領域−Karplus−Schulz;X
III:抗原性指数−Jameson−Wolf;およびXIV:表面確率プロ
ット−Emini。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) C12N 1/21 C12P 21/02 C 5/10 A61P 1/00 C12P 21/02 7/00 // A61K 38/00 7/04 A61P 1/00 7/06 7/00 19/02 7/04 25/00 7/06 25/08 19/02 25/14 25/00 25/16 25/08 25/18 25/14 25/28 25/16 29/00 101 25/18 35/00 25/28 35/02 29/00 101 37/06 35/00 C12N 15/00 ZNAA 35/02 5/00 A 37/06 A61K 37/02 (31)優先権主張番号 60/108,928 (32)優先日 平成10年11月17日(1998.11.17) (33)優先権主張国 米国(US) (81)指定国 EP(AT,BE,CH,CY, DE,DK,ES,FI,FR,GB,GR,IE,I T,LU,MC,NL,PT,SE),OA(BF,BJ ,CF,CG,CI,CM,GA,GN,GW,ML, MR,NE,SN,TD,TG),AP(GH,GM,K E,LS,MW,SD,SZ,UG,ZW),EA(AM ,AZ,BY,KG,KZ,MD,RU,TJ,TM) ,AL,AM,AT,AU,AZ,BA,BB,BG, BR,BY,CA,CH,CN,CU,CZ,DE,D K,EE,ES,FI,GB,GE,GH,GM,HR ,HU,ID,IL,IS,JP,KE,KG,KP, KR,KZ,LC,LK,LR,LS,LT,LU,L V,MD,MG,MK,MN,MW,MX,NO,NZ ,PL,PT,RO,RU,SD,SE,SG,SI, SK,SL,TJ,TM,TR,TT,UA,UG,U S,UZ,VN,YU,ZW (71)出願人 9410 Key West Avenue, Rockville, Marylan d 20850, United State s of America (72)発明者 ローゼン, クレイグ エイ. アメリカ合衆国 メリーランド 20882, レイトンズビル, ローリング ヒル ロード 22400 (72)発明者 エブナー, レインハード アメリカ合衆国 メリーランド 20878, ゲイザーズバーグ, シェルバーン テ ラス ナンバー316 9906 (72)発明者 ソペット, ダニエル アール. アメリカ合衆国 バージニア 22020, センタービル, スティルフィールド プ レイス 15050 (72)発明者 エンドレス, グレゴリー エイ. アメリカ合衆国 メリーランド 20854, ポトマック, クラゲット ファーム ドライブ 9729 (72)発明者 フローレンス, キンバリー エイ. アメリカ合衆国 メリーランド 20851, ロックビル, アトランティック アベ ニュー 12805 (72)発明者 ユ, ガオ−リャン アメリカ合衆国 カリフォルニア 94403, サン マテオ, マリーナ コート 1714シー Fターム(参考) 4B024 AA01 AA11 BA21 BA41 BA80 CA04 CA09 DA02 DA06 EA02 EA04 FA18 GA11 HA01 HA12 4B064 AG01 AG27 CA02 CA10 CA19 CC24 DA01 DA13 4B065 AA26X AA90X AA93Y AB01 AC14 AC15 BA02 CA24 CA25 CA44 CA46 4C084 AA07 BA01 BA08 BA22 BA23 NA14 ZA012 ZA062 ZA122 ZA152 ZA162 ZA182 ZA592 ZA892 ZA962 ZB022 ZB052 ZB072 ZB152 ZB212 ZB262 ZB272 ZC062 4H045 AA10 AA11 AA20 BA10 CA40 DA01 DA75 DA76 EA21 EA22 FA72 FA73 FA74 HA05

Claims (26)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 以下からなる群から選択される配列に対して少なくとも95
    %同一であるヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドを含む、単離された核
    酸分子: (a)配列番号2および配列番号10における完全アミノ酸配列(すなわち、
    配列番号2および配列番号10の−25位〜294位)を有するDendria
    cポリペプチドをコードする、ヌクレオチド配列; (b)N末端メチオニンを除く、配列番号2および配列番号10における完全
    アミノ酸配列(すなわち、配列番号2および配列番号10の−24位〜294位
    )を有するDendriacポリペプチドをコードする、ヌクレオチド配列; (c)配列番号2および配列番号10における1位〜294位のアミノ酸配列
    を有する推定成熟Dendriacポリペプチドをコードする、ヌクレオチド配
    列; (d)ATCC受託番号203056およびATCC受託番号209056に
    含まれるcDNAクローンによりコードされる完全アミノ酸配列を有するDen
    driacポリペプチドをコードする、ヌクレオチド配列; (e)ATCC受託番号203056およびATCC受託番号209056に
    含まれるcDNAクローンによりコードされる、N末端メチオニンを除く完全ア
    ミノ酸配列を有するDendriacポリペプチドをコードする、ヌクレオチド
    配列; (f)ATCC受託番号203056およびATCC受託番号209056に
    含まれるcDNAクローンによりコードされるアミノ酸配列を有する成熟Den
    driacポリペプチドをコードする、ヌクレオチド配列; (g)配列番号4および配列番号12における完全アミノ酸配列(すなわち、
    配列番号4の−28位〜324位)を有するBrainiac−3ポリペプチド
    をコードする、ヌクレオチド配列; (h)N末端メチオニンを除く、配列番号4および配列番号12における完全
    アミノ酸配列(すなわち、配列番号4および配列番号12の−27位〜324位
    )を有するBrainiac−3ポリペプチドをコードする、ヌクレオチド配列
    ; (i)配列番号4および配列番号12における1位〜324位のアミノ酸配列
    を有する推定成熟Brainiac−3ポリペプチドをコードする、ヌクレオチ
    ド配列; (j)ATCC受託番号203451およびATCC受託番号209463に
    含まれるcDNAクローンによりコードされる完全アミノ酸配列を有するBra
    iniac−3ポリペプチドをコードする、ヌクレオチド配列; (k)ATCC受託番号203451およびATCC受託番号209463に
    含まれるcDNAクローンによりコードされる、N末端メチオニンを除く完全ア
    ミノ酸配列を有するBrainiac−3ポリペプチドをコードする、ヌクレオ
    チド配列; (l)ATCC受託番号203451およびATCC受託番号209463に
    含まれるcDNAクローンによりコードされるアミノ酸配列を有する成熟Bra
    iniac−3ポリペプチドをコードする、ヌクレオチド配列;ならびに (m)上記の(a)、(b)、(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(
    h)、(i)、(j)、(k)または(l)におけるヌクレオチド配列のいずれ
    かに相補的な、ヌクレオチド配列。
  2. 【請求項2】 前記ポリヌクレオチドが、図1A、1B、および1C(配列
    番号1)、配列番号9、図2Aおよび2B(配列番号3)、または配列番号11
    における完全ヌクレオチド配列を有する、請求項1に記載の核酸分子。
  3. 【請求項3】 前記ポリヌクレオチドが、配列番号2および配列番号10の
    −25位〜294位のアミノ酸配列を有するDendriacポリペプチドをコ
    ードする、図1A、1B、および1C(配列番号1)、または配列番号9におけ
    るヌクレオチド配列を有する、請求項1に記載の核酸分子。
  4. 【請求項4】 前記ポリヌクレオチドが、配列番号4および配列番号12の
    −28位〜324位のアミノ酸配列を有するBrainiac−3ポリペプチド
    をコードする、図2Aおよび2B(配列番号3)、または配列番号11における
    ヌクレオチド配列を有する、請求項1に記載の核酸分子。
  5. 【請求項5】 前記ポリヌクレオチドが、配列番号2および配列番号10の
    −24位〜294位のアミノ酸配列を有するDendriacポリペプチドをコ
    ードする、図1A、1B、および1C(配列番号1)、または配列番号9におけ
    るヌクレオチド配列を有する、請求項1に記載の核酸分子。
  6. 【請求項6】 前記ポリヌクレオチドが、配列番号4および配列番号12の
    −27位〜324位のアミノ酸配列を有するBrainiac−3ポリペプチド
    をコードする、図2Aおよび2B(配列番号3)、または配列番号11における
    ヌクレオチド配列を有する、請求項1に記載の核酸分子。
  7. 【請求項7】 前記ポリヌクレオチドが、配列番号2および配列番号10の
    約1〜約294のアミノ酸配列を有するDendriacポリペプチドの成熟形
    態をコードする、図1A、1B、および1C(配列番号1)、または配列番号9
    におけるヌクレオチド配列を有する、請求項1に記載の核酸分子。
  8. 【請求項8】 前記ポリヌクレオチドが、配列番号4および配列番号12の
    約1〜約324のアミノ酸配列を有するBrainiac−3ポリペプチドの成
    熟形態をコードする、図2Aおよび2B(配列番号3)におけるヌクレオチド配
    列を有する、請求項1に記載の核酸分子。
  9. 【請求項9】 以下からなる群から選択される配列に対して少なくとも95
    %同一であるヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドを含む、単離された核
    酸分子: (a)配列番号2および配列番号10の残基n1〜294のアミノ酸配列を含 むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここでn1は、−25 〜56の範囲の整数である、ヌクレオチド配列; (b)配列番号2および配列番号10の残基−25〜m1のアミノ酸配列を含 むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここでm1は、292 〜294の範囲の整数である、ヌクレオチド配列; (c)配列番号2および配列番号10の残基n1〜m1からなるアミノ酸配列を
    有するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここでnおよびm
    は、上記の(a)および(b)にそれぞれ規定される整数である、ヌクレオチド
    配列; (d)ATCC受託番号203056およびATCC受託番号209627に
    含まれるcDNAクローンによりコードされる完全Dendriacアミノ酸配
    列の部分からなるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここで
    、該部分は、ATCC受託番号203056およびATCC受託番号20962
    7に含まれるcDNAクローンによりコードされる該完全アミノ酸配列のアミノ
    末端から1〜約81のアミノ酸を除く、ヌクレオチド配列; (e)ATCC受託番号203056およびATCC受託番号209627に
    含まれるcDNAクローンによりコードされる完全Dendriacアミノ酸配
    列の部分からなるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここで
    、該部分は、ATCC受託番号203056およびATCC受託番号20962
    7に含まれるcDNAクローンによりコードされる該完全アミノ酸配列のカルボ
    キシ末端から1〜約3のアミノ酸を除く、ヌクレオチド配列; (f)ATCC受託番号203056およびATCC受託番号209627に
    含まれるcDNAクローンによりコードされる完全Dendriacアミノ酸配
    列の部分からなるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここで
    、該部分は、上記の(d)および(e)のアミノ末端欠失およびカルボキシ末端
    欠失の任意の組み合わせを含む、ヌクレオチド配列; (g)配列番号4および配列番号12の残基n2〜324のアミノ酸配列を含 むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここでn2は、−28 〜80の範囲の整数である、ヌクレオチド配列; (h)配列番号4および配列番号12の残基−28〜m2のアミノ酸配列を含 むポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここでm2は、316 〜324の範囲の整数である、ヌクレオチド配列; (i)配列番号4および配列番号12の残基n2〜m2からなるアミノ酸配列を有
    するポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここでn2およびm2 は、上記の(a)〜(d)にそれぞれ規定される整数である、ヌクレオチド配列
    ; (j)ATCC受託番号203451およびATCC受託番号209463に含
    まれるcDNAクローンによりコードされる完全Brainiac−3アミノ酸
    配列の部分からなるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここ
    で、該部分は、ATCC受託番号203451およびATCC受託番号2094
    63に含まれるcDNAクローンによりコードされる該完全アミノ酸配列のアミ
    ノ末端から1〜約108アミノ酸を除く、ヌクレオチド配列; (k)ATCC受託番号203451およびATCC受託番号209463に含
    まれるcDNAクローンによりコードされる完全Brainiac−3アミノ酸
    配列の部分からなるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここ
    で、該部分は、ATCC受託番号203451およびATCC受託番号2094
    63に含まれるcDNAクローンによりコードされる該完全アミノ酸配列のカル
    ボキシ末端から1〜約8アミノ酸を除く、ヌクレオチド配列;ならびに (l)ATCC受託番号203451およびATCC受託番号209463に含
    まれるcDNAクローンによりコードされる完全Brainiac−3アミノ酸
    配列の部分からなるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列であって、ここ
    で、該部分は、上記の(d)および(e)のアミノ末端欠失およびカルボキシ末
    端欠失の任意の組み合わせを含む、ヌクレオチド配列。
  10. 【請求項10】 前記ポリヌクレオチドが、ATCC受託番号203056
    、ATCC受託番号209627、ATCC受託番号203451、またはAT
    CC受託番号209463に含まれるcDNAクローンの完全ヌクレオチド配列
    を有する、請求項1に記載の核酸分子。
  11. 【請求項11】 前記ポリヌクレオチドが、ATCC受託番号203056
    、ATCC受託番号209627、ATCC受託番号203451、またはAT
    CC受託番号209463に含まれるcDNAクローンによりコードされる、N
    末端メチオニンを除く完全アミノ酸配列を有するDendriacポリペプチド
    またはBrainiac−3ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を有す
    る、請求項1に記載の核酸分子。
  12. 【請求項12】 前記ポリヌクレオチドが、ATCC受託番号203056
    、ATCC受託番号209627、ATCC受託番号203451、またはAT
    CC受託番号209463に含まれるcDNAクローンによりコードされるアミ
    ノ酸配列を有する、Dendriacポリペプチドの成熟形態またはBrain
    iac−3ポリペプチドの成熟形態をコードするヌクレオチド配列を有する、請
    求項1に記載の核酸分子。
  13. 【請求項13】 単離された核酸分子であって、請求項1に記載の(a)、
    (b)、(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(i)、(j)、
    (k)、(l)または(m)のヌクレオチド配列に対して同一なヌクレオチド配
    列を有するポリヌクレオチドに、ストリンジェントなハイブリダイゼーションの
    条件下でハイブリダイズするポリヌクレオチドを含み、ここで、ハイブリダイズ
    する該ポリヌクレオチドが、A残基のみ、またはT残基のみからなるヌクレオチ
    ド配列を有するポリヌクレオチドに、ストリンジェントなハイブリダイゼーショ
    ンの条件下でハイブリダイズしない、核酸分子。
  14. 【請求項14】 単離された核酸分子であって、請求項1に記載の(a)、
    (b)、(c)、(d)、(e)、(f)、(g)、(h)、(i)、(j)、
    (k)、(l)または(m)のアミノ酸配列を有するDendriacポリペプ
    チドまたはBrainiac−3ポリペプチドのエピトープ保有部分のアミノ酸
    配列をコードするポリヌクレオチドを含む、核酸分子。
  15. 【請求項15】 請求項14に記載の単離された核酸分子であって、Den
    driacポリペプチドのエピトープ保有部分をコードし、ここで、該部分のア
    ミノ酸配列が、約Leu−30〜約His−38;約His−50〜約Ala−
    59;約Trp−64〜約Trp−70;約Met−208〜約Val−213
    ;約Lys−224〜約Asp−230;約Ile−246〜約Leu−252
    ;および約Gly−273〜Glu−278からなる配列番号2および配列番号
    10の配列の群から選択される、核酸分子。
  16. 【請求項16】 請求項14に記載の単離された核酸分子であって、Bra
    iniac−3ポリペプチドのエピトープ保有部分をコードし、ここで、該部分
    のアミノ酸配列が、約Lys−1〜約Ser−12;約Pro−16〜約Pro
    −25;約Leu−36〜約Arg−41;約Pro−58〜約Asp−64;
    約Ser−73〜約Ile−84;約Thr−87〜約Pro−97;約Leu
    −161〜約Val〜167;約Asp−179〜約Gln−185;約Leu
    −197〜約Lys−203;約Gly−275〜約Asp−284;および約
    Arg−296〜約Glu−301からなる配列番号4および配列番号12の配
    列の群から選択される、核酸分子。
  17. 【請求項17】 請求項1に記載の単離された核酸分子をベクターへ挿入す
    る工程を包含する、組換えベクターの作製のための方法。
  18. 【請求項18】 請求項17に記載の方法により作製される、組換えベクタ
    ー。
  19. 【請求項19】 請求項18に記載の組換えベクターを宿主細胞へ導入する
    工程を包含する、組換え宿主細胞の作製方法。
  20. 【請求項20】 請求項19に記載の方法により産生される、組換え宿主細
    胞。
  21. 【請求項21】 DendriacポリペプチドまたはBrainiac−
    3ポリペプチドを産生するための組換え方法であって、該ポリペプチドが発現さ
    れるような条件下で請求項20に記載の前記組換え宿主細胞を培養する工程、お
    よび該ポリペプチドを回収する工程を包含する、組換え方法。
  22. 【請求項22】 単離されたDendriacポリペプチドまたはBrai
    niac−3ポリペプチドであって、以下からなる群から選択される配列に対し
    て少なくとも95%同一であるアミノ酸配列を含む、ポリペプチド: (a)配列番号2および配列番号10に示される完全アミノ酸配列(すなわち
    、配列番号2および配列番号10の−25位〜294位)を有する完全長Den
    driacポリペプチドのアミノ酸配列; (b)N末端メチオニンを除く、配列番号2および配列番号10に示される完
    全アミノ酸配列(すなわち、配列番号2および配列番号10の−24位〜294
    位)を有する完全長Dendriacポリペプチドのアミノ酸配列; (c)配列番号2および配列番号10の1位〜294位のアミノ酸配列を有す
    る推定成熟Dendriacポリペプチドのアミノ酸配列; (d)ATCC受託番号203056およびATCC受託番号209627に
    含まれるcDNAクローンによりコードされる完全アミノ酸配列; (e)ATCC受託番号203056およびATCC受託番号209627に
    含まれるcDNAクローンによりコードされる、N末端メチオニンを除く完全ア
    ミノ酸配列; (f)ATCC受託番号203056およびATCC受託番号209627に
    含まれるcDNAクローンによりコードされる推定成熟Dendriacポリペ
    プチドの完全アミノ酸配列; (g)配列番号4および配列番号12に示される完全アミノ酸配列(すなわち
    、配列番号4および配列番号12の−28位〜324位)を有する完全長Bra
    iniac−3ポリペプチドのアミノ酸配列; (h)N末端メチオニンを除く、配列番号4および配列番号12に示される完
    全アミノ酸配列(すなわち、配列番号4および配列番号12の−27位〜324
    位)を有する完全長Brainiac−3ポリペプチドのアミノ酸配列; (i)配列番号4および配列番号12の1位〜324位のアミノ酸配列を有す
    る推定成熟Brainiac−3ポリペプチドのアミノ酸配列; (j)ATCC受託番号203451およびATCC受託番号209463に
    含まれるcDNAクローンによりコードされる完全アミノ酸配列; (k)ATCC受託番号203451およびATCC受託番号209463に
    含まれるcDNAクローンによりコードされる、N末端メチオニンを除く完全ア
    ミノ酸配列;ならびに (l)ATCC受託番号203451およびATCC受託番号209463に
    含まれるcDNAクローンによりコードされる推定成熟Brainiac−3ポ
    リペプチドの完全アミノ酸配列。
  23. 【請求項23】 単離されたポリペプチドであって、Dendriacタン
    パク質のエピトープ保有部分を含み、ここで、該部分が、以下からなる群から選
    択される、ポリペプチド:配列番号2および配列番号10のアミノ酸残基約Le
    u−30〜約His−38を含むポリペプチド;配列番号2および配列番号10
    のアミノ酸残基約His−50〜約Ala−59を含むポリペプチド;配列番号
    2および配列番号10のアミノ酸残基約Trp−64〜約Trp−70を含むポ
    リペプチド;配列番号2および配列番号10のアミノ酸残基約Met−208〜
    約Val−213を含むポリペプチド;配列番号2および配列番号10のアミノ
    酸残基約Lys−224〜約Asp−230を含むポリペプチド;配列番号2お
    よび配列番号10のアミノ酸残基約Ile−246〜約Leu−252を含むポ
    リペプチド;配列番号2および配列番号10のアミノ酸残基約Gly−273〜
    約Glu−278を含むポリペプチド。
  24. 【請求項24】 単離されたポリペプチドであって、Brainiac−3
    タンパク質のエピトープ保有部分を含み、ここで、該部分が、以下からなる群か
    ら選択される、ポリペプチド:配列番号4および配列番号12のアミノ酸残基約
    Lys−1〜約Ser−12を含むポリペプチド;配列番号4および配列番号1
    2のアミノ酸残基約Pro−16〜約Pro−25を含むポリペプチド;配列番
    号4および配列番号12のアミノ酸残基約Leu−36〜約Arg−41を含む
    ポリペプチド;配列番号4および配列番号12のアミノ酸残基約Pro−58〜
    約Asp−64を含むポリペプチド;配列番号4および配列番号12のアミノ酸
    残基約Ser−73〜約Ile−84を含むポリペプチド;配列番号4および配
    列番号12のアミノ酸残基約Thr−87〜約Pro−97を含むポリペプチド
    ;配列番号4および配列番号12のアミノ酸残基約Leu−161〜約Val−
    167を含むポリペプチド;配列番号4および配列番号12のアミノ酸残基約A
    sp−179〜約Gln−185を含むポリペプチド;配列番号4および配列番
    号12のアミノ酸残基約Leu−197〜約Lys−203を含むポリペプチド
    ;配列番号4および配列番号12のアミノ酸残基約Gly−275〜約Asp−
    284を含むポリペプチド;配列番号4および配列番号12のアミノ酸残基約A
    rg−296〜約Glu−301を含むポリペプチド。
  25. 【請求項25】 請求項22に記載のDendriacポリペプチドまたは
    Brainiac−3ポリペプチドに特異的に結合する、単離された抗体。
  26. 【請求項26】 以下からなる群から選択される配列に対して少なくとも9
    5%同一である配列を有するポリヌクレオチドを含む、単離された核酸分子: (a)配列番号6のヌクレオチド配列 (b)配列番号7のヌクレオチド配列 (c)配列番号8のヌクレオチド配列 (d)図2Aおよび2B(配列番号3)に示される配列の部分のヌクレオチド
    配列であって、ここで、該部分は、ヌクレオチド150〜650の少なくとも5
    0連続するヌクレオチドを含む、ヌクレオチド配列; (e)上記の(a)、(b)、(c)、および(d)の任意のヌクレオチド配
    列に対して相補的なヌクレオチド配列。
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