JP2002502262A - 高等植物の色素体におけるトランスジーン発現用色素体プロモーター - Google Patents

高等植物の色素体におけるトランスジーン発現用色素体プロモーター

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Abstract

(57)【要約】 本発明は、高等植物の色素体を安定に形質転換するために有用なプロモーターエレメントを提供する。本明細書に記載の構築物は、核にコードされる色素体RNAポリメラーゼ、色素体にコードされる色素体RNAポリメラーゼまたはその両方によって転写される特有のプロモーターを含む。本発明の新規構築物を使用することによって、より広範な植物種の形質転換が容易になり、多細胞植物の色素体における形質転換DNAの偏在性発現が可能になる。

Description

【発明の詳細な説明】 高等植物の色素体におけるトランスジーン発現用色素体プロモーター 米国特許法第202(c)条に従って、米国政府が、部分的に米国科学財団認 可番号MCB96−30763からの基金を用いて実施された本明細書に記載の 発明に特定の権利を有すること認める。 発明の分野 本発明は、植物遺伝子操作、特に高等植物における色素体形質転換に関する。 本発明は、種々の植物種における目的外来遺伝子の発現に有用な新規プロモータ ー配列を提供する。 発明の背景 葉緑体遺伝子は、E.coli RNAポリメラーゼのα、βおよびβ’サブ ユニットに相同な色素体にコードされるサブユニットを含有するRNAポリメラ ーゼによって転写される。この酵素によって利用されるプロモーターは、−35 および−10コンセンサスエレメントからなるE.coli σ70プロモーター に類似している(G.L.IgloiおよびH.Kossel,Crit.Re v.Plant Sci.10,525,1992;W.Gruissemおよ びJ.C.Tonkyn,Crit.Rev.Plant Sci.12:−1 9,1993)。色素体にコードされるRNAポリメラーゼによるプロモーター の選択は、核にコードされるシグマ様因子に依存する(Linkら,1994, Plant promoters and transcription fa ctors,Springer Verlag,Heidelberg,63− 83頁)。さらに、いくつかのプロモーターからの転写活性は、コアプロモータ ーの上流のエレメントと相互作用する、核にコードされる転写因子によって調節 されている(L.A.AllisonおよびP.Mali ga,EMBO J.,14:3721−3730;R.Iratni,L.B aeza,A.Andreeva,R.Mache,S.Lerbs−Mach e,Genes Dev.8,2928,1994,Sunら,Mol.Cel l Biol.9:5650−5659,1989)。これらの因子は、発達刺 激および環境刺激に応答しての色素体遺伝子発現の核制御を媒介する。 色素体において第2の核にコードされるポリメラーゼの転写系が存在すること が実証されている。しかし、この系の新規調節エレメントを含有する転写開始に 必要な関連する核酸配列は、未だに明らかにされていない。本発明の1つの目的 は、これらの新規遺伝子エレメントを提供することである。これらの調節エレメ ントを特定の色素体指向性DNA構築物に組込むことによって、色素体形質転換 に利用可能な植物種におけるより高い可撓性および範囲が可能になり、外来タン パク質および/またはRNAの偏在性発現が容易になり、そしてこの組込みは非 緑色色素体において有用である。 発明の要旨 プロモーターは、遺伝子発現を導くRNAポリメラーゼによる認識および転写 の開始を容易にするために、異なるDNA配列情報を含んでいる。本発明によっ て、単子葉植物および双子葉植物の両方において機能するプロモーターが見出さ れた。これらのプロモーターエレメントを、より広範な植物種において目的外来 遺伝子を発現させるために効果的に使用し得る。さらに、本発明のプロモーター エレメントは、非緑色組織における外来遺伝子の発現を駆動する。本発明の1つ の目的は、そのようなプロモーターを含有する多細胞植物の色素体を安定に形質 転換するためのDNA構築物および方法を提供することである。本発明のDNA 構築物は、形質転換し得る植物種の範囲を拡張する。 色素体にコードされる色素体RNA(PEP)ポリメラーゼによって認識され るプロモーターは、葉のような光合成組織において十分に特徴付けられている。 非緑色組織における外来タンパク質の発現のためのPEPプロモーターの利用を 本明細 書に示す。本発明の核にコードされる色素体(NEP)ポリメラーゼ転写系は、 根、種子、分裂組織および/または葉においても色素体遺伝子の発現を指向させ る。大部分の植物(トウモロコシ、綿およびコムギを含む)において、植物再生 は、体細胞胚形成を介して達成される(すなわち、分裂組織が関与する)。本発 明の好ましい実施態様において、これらの作物における色素体形質転換は、本発 明のNEPおよびPEP色素体転写系およびプロモーターの使用を介して、多い に容易になる。 本発明の構築物における使用に特に好ましいプロモーターは、単子葉植物およ び双子葉植物の形質転換用のclpP−111(配列番号15、16、30およ び31)プロモーター、ならびに双子葉植物における形質転換用のpclp−5 3プロモーターである。他の植物種由来の相同なclpPプロモーターは、本発 明の範囲内に入ることが意図される。 非緑色組織中の植物色素体における目的外来遺伝子の発現に使用するために好 ましい他のプロモーターは、16SrDNAオペロンに存在するPEPプロモー ターである(配列番号28および29)。本発明における使用に適切なさらなるプ ロモーターエレメントは、rpoBおよびatpBプロモーターである。 本発明のNEPプロモーターを、係属中の米国出願第08/189,256号 に記載され、SvabおよびMaliga,Proc.Natl.Acad.S ci.USA,90,913(1993)にも記載されるもののような現在利用 可能な色素体形質転換ベクター中に組込む。そのようなベクターを使用するため のプロトコルは、米国特許第5,451,513号に記載されている。上記で引 用した3つの参考文献の開示を全て本明細書に出典明示で援用する。トランスジ ェニック植物を得るために、非光合成組織の色素体を、NEPプロモーターから 発現され、核にコードされるポリメラーゼによって転写される選択マーカー遺伝 子とともに形質転換する。同様に、目的外来タンパク質を発現させるために、核 にコードされる色素体RNAポリメラーゼによって転写されるNEPプロモータ ーを使用して、非光合成組織における高レベル発現用の発現カセットを構築する 。本発明の別の態様において、本発明のPEPプロモーターを、現在利用可能な 色素体形質転換ベクターおよびその使用のためのプロトコルに組込む。 本発明のなお別の態様において、NEP転写系を、二重のNEP/PEPプロ モーターの使用を介して、σ70型の系と組み合わせてもよい。形質転換DNA構 築物において、プロモーターを、縦列に整列させ、目的外来遺伝子のコード領域 に作動可能に連結させる。本明細書で用いる用語、転写単位は、1つ以上の目的 外来タンパク質の本質的なコード領域を含む単離されたDNAセグメントをいう 。そのような転写単位は、エンハンサーエレメントのような遺伝子発現を増強す るための他のシスエレメントを含んでもよい。転写単位を本発明のプロモーター に作動可能に連結させ、その結果転写単位の発現は、このプロモーターによって 調節される。組合せでの使用に特に好ましいプロモーターは、双子葉植物におい てはclpP II型NEPプロモーターと組合せたPrrn PEPプロモー ターであり、単子葉植物および双子葉植物の両方における使用については、cl pP I型NEPプロモーターと組合せたPrrn PEPプロモーターである 。1つの適切なPrrnプロモーターは以下の配列(配列番号32)を有する 上記で列挙するものに対応する種々の植物種由来の相同なPEPおよびNEP プロモーターも、本発明の範囲内に入ると考えられる。形質転換DNAは、効率 的な転写終結のために、植物または細菌起源の3’調節領域も含む。例示的な3 ’調節領域を図13、配列番号27に示す。 図面の簡単な説明 図1は、緑色(G)および白色(W)iojapトウモロコシ葉におけるRN A定常状態濃度を示す一連のオートラジオグラフを示す。負荷について制御する ために、上記に示すブロットを記載(Dempseyら,Mol.Plan P ath.83:1021−1029,1993)のように細胞質25Sリボソー ムRNAについて再プローブした(下のパネル)。 図2Aおよび2Bは、clpPプロモーターのマッピングのための緑色(G) および白色(W)iojapトウモロコシ葉に対するプライマー伸張分析の結果 を示 す1対のオートラジオグラフである(図2A)。数字−111は、ATG翻訳開 始コドンに対しての転写物の5’末端を指す。図2Bは、一次転写物の5’末端 を同定するためのインビトロキャッピングおよびRNase保護アッセイの結果 を示すオートラジオグラフである。RNase保護構築物は短く、79ntのフ ラグメントのみを保護することに留意のこと。分子量(MW)マーカーの大きさ (100、200、300、400および500ヌクレオチド)も示す。 図3Aおよび3Bは、トウモロコシrpoBプロモーターのマッピングを示す 。図3Aは、緑色(G)および白色(W)iojapトウモロコシ葉由来のRN Aのプライマー伸張分析の結果を示すオートラジオグラフである。数字−147 は、転写物の5’末端を指す。図3Bは、一次転写物の5’末端を同定するため のインビトロキャッピングおよびRNase保護アッセイの結果を示す。RNa se保護構築物は短く、74ntのフラグメントのみを保護することに留意のこ と。分子量(MW)マーカーの大きさ(100、200、300、400および5 00ヌクレオチド)も示す。 図4A、4Bおよび4Cは、atpBプロモーターのマッピングを示す。図4 Aは、緑色(G)および白色(W)iojapトウモロコシ葉由来のRNAのプ ライマー伸張分析の結果を示す。数字−298および−601は、転写物の5’ 末端を指す。図4Bは、一次転写物の5’末端を同定するためのインビトロキャ ッピングおよびRNase保護アッセイの結果を示す。RNase保護構築物は 短く79ntのフラグメントのみを保護することに留意のこと。分子量(MW)マ ーカーの大きさ(100、200、300、400および500ヌクレオチド) も示す。図4Cは、atpB−rbcL遺伝子間領域の物理地図を示す。NEP およびPEPプロモーターについての一次転写物の5’末端のマップ位置をそれ ぞれ黒丸および白丸で示す。 図5Aは、NEPプロモーター転写開始部位に隣接するDNA配列のアライン メントを示す。転写開始部位を示す(黒丸)。有意な類似性を有する領域を四角 で囲む(Box IおよびBox II)。厳密でない10ntの双子葉植物N EPコンセンサスに対応する配列に細い下線を付す。トウモロコシにおけるcl pP−1 11プロモーター領域を太い下線で示す。図5Aは、それぞれトウモロコシにお けるrpoB(配列番号1)、atpB(配列番号2)およびclpP(配列番 号3)プロモーター領域を示す。トウモロコシ、モロコシ、オオムギ、コムギお よびイネにおけるatpBプロモーターのアラインメントおよびヌクレオチド配 列を図5Bに示し、これらはそれぞれ配列番号4、5、6、7および8に対応す る。図5Cはトウモロコシ(配列番号9)、イネ(配列番号10)およびタバコ (配列番号11)のrpoB配列のアラインメントを示す。トウモロコシ(配列 番号12)、イネ(配列番号13)およびコムギ(配列番号14)におけるcl pP配列のアラインメントを図5Dに示す。 図6は、タバコ(配列番号15)およびイネ(配列番号16)の色素体clp Pプロモーター領域の配列アラインメントを示す。NEP転写開始部位を黒丸で 示し、PEP転写開始部位を白丸で示す。第3のタバコNEPプロモーターは示 す配列の外側に存在する。clpPコード領域を四角で囲む。II型タバコPc lpP−53プロモーター周辺の29bpの共通相同領域に下線を付す。 図7はプラスミドpDS44の色素体標的化領域の模式図である。上方にキメ ラuidA遺伝子の制限地図を示す。PclpPは、図5の下部に示すSacI 部位とNcoI部位との間のイネclpPプロモーターフラグメントである(配 列番号17)。uidAはβ−グルクロニダーゼレポーター酵素をコードする。 Trps16は、rps16リボソームタンパク質遺伝子の3’非翻訳領域であ る。pPRV111A色素体ベクター(Gene Bank登録番号U1281 2)中の形質転換DNAのマップも示す(Zoubenkoら,Nucleic Acids Res.22:3819−3824,1994)。 図8Aおよび8Bはトランスジェニックタバコ色素体におけるイネclpPプ ロモーター領域のプロモーター活性を示す。図8Aは、イネPclpP::uid A::Trps16キメラ遺伝子上流のRNA5'末端をマッピングするためのプ ライマー伸張分析の結果を示す。プライマー伸張分析を、野生型(wt)および トランスプラストム(transplastomic)(T)タバコ植物の葉から単離した全細 胞RNAに対して実施した。数字(−61、−111、−136、−169、1 77)は、マッ ピングされた、イネclpP遺伝子のATG翻訳開始コドンに対しての5’末端 のヌクレオチド位を指す。図8Bは、イネ(Os)およびタバコ(Os in Nt)におけるイネclpPプロモーター領域ならびに野生型タバコclpP遺 伝子(Nt)の上流にマッピングされたRNAの5’末端の模式図である。相同 な系において同定されたプロモーターを示す(NEP、黒丸、PEP、白丸)。 数字は翻訳開始コドンからの距離を示す(ATG上流のヌクレオチドが−1位で ある)。 図9は、色素体clpP転写開始部位周辺で保存されているDNA配列のアラ インメントを示す。配列をMarchantia polymorpha(Ko chi)(配列番号18)、Pinus contorta(Clarke)( 配列番号19)、ホウレンソウ(Westhof)(配列番号20)、タバコ( Hajdukiewiczら,1977)(配列番号21)、イネ(配列番号2 2))、トウモロコシ(配列番号23)およびArabidopsis(配列番 号24)について整列させた。野生型RNA 5’末端を黒丸で示す。イネcl pP−uidAキメラmRNAの−61 5’末端をアステリスクで示す。少な くとも5つの種において同一である場合、保存ヌクレオチドを四角で囲む。翻訳 開始コドンに陰影を付す。 図10は、プラスミドpPS18の色素体標的化領域を示す。プラスミドpP S18は、PclpP−53(−22/+25)プロモーターから発現されるキ メラuidA遺伝子を含む、色素体ベクターpPRV111A(GenBank 登録番号U12812)の色素体標的化領域を有する。uidA遺伝子のDNA 配列を図13に示す(配列番号27)。 図11は、プロモーター活性について試験したclpP 5’フラグメントを 示す。最大のセグメントは、それぞれII型NEPおよびPEPプロモーター由 来のPclpP−53およびPclpP−95転写開始部位を含む。境界に、P clpP−53転写開始部位(+1)からのヌクレオチドでの距離を示す。配列 番号25は、−22と+25との間に存在する配列を含み、配列番号26は、− 10と+25との間に存在するヌクレオチドを示す。両方の配列はプロモーター として機能する。 図12は、図11中に含まれるclpP 5’フラグメントのプロモーター活 性を試験するためのプライマー伸張分析の結果を示す。PclpP−53(−5 3)、弱いNEPプロモーター(*)、PclpP−95(−95)よびPcl pP−173(−173)由来の転写物を示す。側方のDNA配列はヌクレオチ ドでのプライマーからの距離を示す。 図13は、キメラuidA遺伝子のDNA配列(配列番号27)を示す。Sa cIおよびHindIIIクローニング部位を示す。SacI、XhoI、Nc oI、XbaIおよびHindIII部位に下線を付す。翻訳開始(ATG)お よび終止(TGA)コドンに二重下線を付す。大文字はタバコ色素体ゲノム由来 のヌクレオチドであり;ゲノム内の最初および最後のヌクレオチドの位置を列挙 する。 図14は、イネの葉(L)および胚形成培養細胞(E)におけるRNA定常状 態濃度を示すノーザンブロットである。負荷について制御するために、ブロット を剥し、細胞質25SリボソームRNAについてプローブした(下のパネル)。 ハイブリダイゼーションシグナルをMolecular Dynamics P hosphorlmagerを用いて定量した。培養細胞シグナルを上回る葉に おける過剰の倍数をパネルの下に示す。 図15は、イネの葉(L)および培養胚形成細胞(E)における相対的色素体 ゲノムコピー数を示すサザンブロットである。EcoRI消化した全細胞DNA (1レーン当り約2μg)を色素体16SrDNA(上方)および核にコードさ れる25SrDNA(下方)についてプローブした。ハイブリダイゼーションシ グナルをMolecular Dynamics PhosphorImage rを用いて定量した。胚形成細胞に対しての葉における16SrDNA/25S rDNAシグナル強度の比は1.1であった。 図16は、プライマー伸張分析を使用した、イネの葉(L)および胚形成培養 細胞(E)における色素体mRNAプロモーターのマッピング結果を示すオート ラジオグラフである。右の数字は翻訳開始コドン(ATG)と、一次転写物(P EP、○;NEP、●)またはプロセシングされたmRNA(−)の5’末端と の間の距離を示す。左のDNA配列はサイズマーカーである。16SrDNAお よびclp Pについて示す配列ラダーを、プライマー伸張分析に使用したものと相同のテン プレートおよびオリゴヌクレオチドを用いて得た。 図17は、トウモロコシ(配列番号28)およびイネ(配列番号29)のrr nオペロン中のPEPプロモーターのアラインメントを示す(図17A)。図1 7Bは、トウモロコシにおける色素体clpPプロモーター領域(配列番号30 )のイネにおける相同領域(配列番号31)とのアラインメントを示す。PEP (○)およびNEP(●)転写開始部位ならびにプロセシングされた5’末端( −)を示す。16SrDNAの配列情報については、Strittmatter ら(1985)を参照のこと。本発明は、トウモロコシclpPについての配列 情報を提供する。 発明の説明 いくつかの報告によって、さらなる色素体に局在化する核にコードされるRN Aポリメラーゼの存在が示唆されていた(GruissemおよびTonkyn ,1993;IgloiおよびKossel,1992;Mullet,199 3;Link,1994に総説される)。タバコのE.coli様RNAポリメ ラーゼの必須βサブユニットをコードするrpoB遺伝子を欠失させることによ って、核にコードされる第2の色素体転写系の存在が確立されている(Alli sonら,1996,EMBO J.15:2802−2809)。rpoBの 欠失によって、光合成欠陥、色素欠損植物が生じた。 葉のような光合成活性組織における、以前知られていた色素体にコードされる σ70型転写系の活性は多くの研究の主題であったが、核にコードされるポリメラ ーゼの転写系は未だに特徴付けられていない。本発明によって、NEP系もまた 、根、種子および分裂組織における発現を指向させることが見出された。大部分 の植物(トウモロコシ、綿およびコムギを含む)において、植物再生は、体細胞胚 形成を介して達成される(すなわち、分裂組織が関与する)。これらの作物にお ける効率的な色素体形質転換が、本発明のNEP色素体転写系によって駆動され るclpPプロモーターの使用を介して、可能になるかまたは大いに容易になる 。 ATP依存性Clpプロテアーゼは、原核生物細胞および真核生物細胞の両方 で、 偏在性ではないにせよ、広く存在する(Goldberg,Eur.J.Bio chem.203:9−23,1992)。Clpプロテアーゼの発現が最近、 chlamydomonasにおいて検討されている(Huangら,Mol. Gen.Genetics 244:151−159,1994)。この単細胞 藻類における遺伝子ノックアウト実験の結果によって以下が実証された: 1)全ての形質転換体は破壊されたclpPおよび野生型コピーの両方を含有す るヘテロプラスミー性変異体であることが見出された;2)形質転換体は破壊さ れたclpPについての選択圧下での6回の増殖およびスクリーニングの後にヘ テロプラスミー性変異体として維持された;3)ヘテロプラスミー性変異体は、 約80%のclpP DNAコピーが破壊されたレベルで安定した。これらのデ ータによって、光合成が必要とされない条件下においてさえも、clpPが細胞 増殖に重要であることが示される。 Shanklinらは、Arabidopsis葉緑体におけるclpPタン パク質の免疫局在化を検討した(Shanklinら,The Plant C ell 7:1713−1722,1995)。これらの研究によって、clp PおよびclpCがArabidopsisの全ての組織においてE.coli clpPおよびclpAに等価なレベルで構成的に発現されていることが判明 した。clpP NEPプロモーターが植物の全ての部分において構成的な遺伝 子発現を駆動するという観察によって、このプロモーターは、本発明における使 用に特に適切となっている。 本発明のNEPプロモーターを、係属中の米国出願第08/189,256号 に記載され、SvabおよびMaliga,Proc.Natl.Acad.S ci.USA,90,913(1993)にも記載されるもののような現在利用 可能な色素体形質転換ベクター中に組込む。そのようなベクターを使用するため のプロトコルは、来国特許第5,451,513号に記載されている。上記で引 用した3つの参考文献の開示を全て本明細書に出典明示で援用する。トランスジ ェニック植物を得るために、非光合成組織および光合成組織の色素体を、NEP プロモーターから発現され、核にコードされるポリメラーゼによって転写される 選択マー カー遺伝子とともに形質転換する。同様に、目的外来タンパク質を生産するため に、核にコードされる色素体RNAポリメラーゼによって転写されるclpP NEPプロモーターを使用して、非光合成組織における高レベル発現用の発現カ セットを構築する。NEP転写系を、二重のNEP/PEPプロモーターの使用 を介して、σ70型の系と組み合わせてもよい。 融通性および普遍的適用のためには、全ての標的化組織型における高レベルで の選択マーカー遺伝子の発現が、色素体形質転換に所望される。現在利用されて いる色素体形質転換ベクター中の選択マーカー遺伝子は、色素体にコードされる RNAポリメラーゼによって認識されるPEPプロモーターから発現される。P EPポリメラーゼは、光合成遺伝子およびいくつかのハウスキーピング遺伝子を 転写する。それゆえ、PEPポリメラーゼは、光合成活性葉組織における優勢な RNAポリメラーゼであるようである。葉細胞における葉緑体形質転換に基いて 、効率的な色素体形質転換が、タバコにおいて達成されている。しかし、最も農 学的に重要な穀物(トウモロコシ、イネ、コムギおよび綿を含む)の葉からの植 物再生は、実行可能でないかまたは実用的でない。これらの作物において、トラ ンスジェニック植物は代表的には、胚形成組織培養細胞または実生組織を形質転 換することによって得られる。これらの組織が非光合成性である場合、非緑色組 織において活性な構成性clpP NEPプロモーターによるマーカー遺伝子の 発現によって、全ての非光合成性組織型における色素体の形質転換が容易になる 。さらに、本明細書中で実証するように、リボソームRNAオペロンPEPプロ モーターはイネ胚形成細胞において非常に活性である。 下記の非限定的な実施例は、本発明をより詳細に説明する。詳細には、下記の 実施例I〜IIIは、本発明のDNA構築物の作製および使用ならびに本発明の 方法の実施の好ましい方法を記載する。具体的に記載しない全ての分子クローニ ングおよび組換えDNA技術を、例えば、Ausubel(編),Curren t Protocols in Molecular Biology,Joh n Wiley & Sons,Inc.(1994)に一般的に記載されるよ うな標準的な方法によって実施する。 実施例I リボソーム欠損トウモロコシ変異体iojapにおける 核にコードされる色素体RNAポリメラーゼに対するプロモーターの同定 上記のように、保存された−10/−35エレメントを有する色素体プロモー ターは、色素体にコードされる色素体RNAポリメラーゼ(PEP)について十 分に特徴付けられている。さらに、10ヌクレオチドのプロモーターコンセンサ スが、双子葉植物であるタバコにおいて、第2の核にコードされる色素体RNA ポリメラーゼ(NEP)について報告されている(Hajdukeiwiczら, 1997,印刷中)。この実施例において、単子葉植物において活性なNEPプ ロモーターを記載する。PEPを欠く無色素体リボソームトウモロコシ変異体i ojapにおいて、NEPプロモーターマッピングを実施した。これらの研究に よって、ATPaseサブユニット遺伝子であるatpBがNEPおよびPEP の両方に対するプロモーターを含むことが判明した。対照的に、プロテアーゼサ ブユニット遺伝子であるclpPならびにrpoB、rpoC1およびrpoC 2 PEPサブユニット遺伝子をコードするrpoBオペロンは、NEPプロモ ーターのみから転写される。これらの知見によって、特定の色素体遺伝子の発現 について、単子葉植物と双子葉植物との間で転写系が保存されていることが示唆 される。単子葉植物のNEPプロモーターは、双子葉植物において同定された1 0ヌクレオチドの厳密でないコンセンサスを含めて、転写開始部位周辺の配列相 同性を共有する。 光合成高等植物の色素体において、遺伝子は以下の少なくとも2つのRNAポ リメラーゼによって転写される:色素体にコードされる色素体RNAポリメラー ゼ(PEP)および核にコードされる色素体RNAポリメラーゼ(NEP)。シグ マ因子ホモログおよびPEP調節因子は核にコードされており、色素体に輸送さ れる(IgoliおよびKossel,(1992)前出;Link,(199 6)Bioessays 18:465−471;Stern DB,Higg sDC,Yang J(1997)Trends PlantSci 2:30 8−315)。NEPについてはずっと少ししか知られていない。NEPの1つ の興味深い候補は、酵母ミトコンドリアRNAポリメラーゼおよびT7 RNA ポリメラーゼに類似の生化学的特性を有する110kDタンパク質である。NE Pはその活性のためにCDF2のような補助因子を必要とする可能性がある(L erbs−Mache,1993;Iratniら,94;Genes and dev)。 NEPに対する双子葉植物プロモーターは、PEPβサブユニットをコードす るrpoBの欠失に起因してPEPを欠くタバコ植物において同定された。これ らの研究から浮かび上がる一般則は、色素体遺伝子が3つのクラスに入るという ことである。クラスIの遺伝子はPEPプロモーターのみを含む。このクラスの 例は光化学系(photosytem)IおよびII遺伝子である。クラスII遺伝子はNEP およびPEPプロモーターの両方を含む。このクラスの遺伝子の代表的なメンバ ーは、植物代謝に関与する遺伝子およびハウスキーピング遺伝子である。第3の クラスの遺伝子は、NEPプロモーターのみを含む。このクラスの遺伝子には、 rpoBおよびaccDが含まれる。 色素体形質転換は単子葉植物においては未だに利用可能でないので、Δrpo B植物をトウモロコシNEPプロモーター分析のために得ることはできなかった 。しかし、色素体リボソーム蓄積の欠陥を有する変異体がオオムギ(albos trians;Hessら,EMBO J.12:563−571,1993) およびトウモロコシ(iojap;WalbotおよびCoe,Proc.Na tl.Acad.Sci.76:2760−2764,1979;Hanら,P lanta 191:552−563,1993;Hanら,EMBO J.1 1:4037−4046,1992)において利用可能である。色素体リボソー ムの非存在下において、これらの変異体はPEPを合成することができない。両 方の変異体は、色素体遺伝子のサブセットに対するmRNAを蓄積し、このこと によってNEP活性の存在が示唆される(Hessら,1993,前出;Han ら,1993,前出)。 3つの色素体遺伝子についてのNEPプロモーターを、白色無リボソームトウ モロコシiojap実生においてマッピングした。データによって、トウモロコ シa tpB遺伝子は代替的なNEPおよびPEPプロモーターを有し、clpPおよ びrpoB遺伝子は白色および緑色の両方の実生においてもっぱらNEPプロモ ーターから転写されることが示される。DNA配列アラインメントによって、単 子葉植物NEPプロモーターが転写開始部位の直ぐ上流の相同性を共有すること が判明した。相同領域は、以前に同定されたタバコNEPプロモーターコンセン サスエレメントを含み、このことによって、単子葉植物と双子葉植物との間でN EP転写機構が保存されていることが示唆される。実施例Iについての材料および方法 植物材料。iojapはトウモロコシの劣性縞模様(striped)変異体である 。母性白色および緑色実生を、縞模様ij/ij母性親(1404)を野生型雄 性(同系交配Oh51a)由来の花粉と交配することによって得た。種子をRo b MartienssenおよびMary Byrne,Cold Spri ng Harbor Laboratoryから得た。表面滅菌種子を、インビ トロで2%MS培地上で発芽させた(24℃、16時間照明)。 RNAゲルブロット全細胞RNAを9日齢の実生の葉から調製した(Stik emaら,Plant Mol.Biol.11:255−269,1988) 。RNA(1レーン当り5μg)を1%アガロース/ホルムアルデヒドゲルで電 気泳動し、次いでPosiblot Transfer装置(Stratage ne)を使用してHybond N(Amersham)に移した。ランダムプ ライマー標識したフラグメントをRapid Hybridization B uffer(Amersham)中で一晩65℃で実施した。 二本鎖ptDNAプローブを、PCRで生成したかまたはゲル精製したDNA フラグメントをランダムプライム32P標識することによって調製した。PCRに 使用したプライマーの配列およびタバコ(N.t.;Genebank登録番号 Z00044)またはトウモロコシ(Z.m.;Genebank登録番号X8 6563)のptDNA内でのその位置は以下のとおりである: 以下のptDNAフラグメントをプローブとして使用した:rbcL(N.t .)、BamHIフラグメント(ptDNAにおけるヌクレオチド58047〜 59285);16SrDNA(N.t.)、EcoRI−EcoRVフラグメ ント(ptDNAにおけるヌクレオチド138447〜140855);rpo B、HindIIIフラグメント(nt24291〜24816)。 プライマー伸張分析。プライマー伸張反応を、記載(Allisonら,EM BO J.15:2802−2809,1996)のように10μgの全葉RN Aに対して実施した。プライマーを、公開されたトウモロコシ色素体ゲノム配列 (Maierら,J.Mol.Biol.251:614−628,1995) におけるヌクレオチド位とともに以下に列挙する。下線を付したオリゴヌクレオ チド(クローニング部位を作製するために付加した)もキャッピング構築物を生 成させるために使用した。この場合、ゲノム配列における第1のヌクレオチドを 、下線の直ぐ後に配置する。(注:atpB#2オリゴヌクレオチドの3'末端のCはnt位56644である ;公開された配列は本発明者らが見出した配列に比較して15ヌクレオチドの欠 失を有する)。 インビトロキャッピングによる一次転写物の同定。白色実生由来の全葉RNA (clpPについて20μg、またはrpoBおよびatpB転写物について1 00μg)を0.25または1.0mCi[α−32P]GTPの存在下でキャッ ピングした(KennellおよびPring,Mol.Gen.Genet. 216:16−24,1989)。標識RNAをRPAIIキット(Ambio n)を使用するリボヌクレアーゼ保護(Veraら,Plant Mol.Bi ol.19:309−311,1992)によって検出した。保護相補性RNA を調製するために、色素体ゲノムの適切なセグメントを以下に列挙するプライマ ーを使用してPCR増幅した。 上記の5’プライマーを、増幅フラグメントの上流にXbaI制限部位(下線 を付した)を付加するように設計した。3’プライマーを、増幅配列の下流にX hoI(atpB、rpoB)またはEcoRI(clpP)部位(下線を付し た)を付加するように設計した。適切な制限酵素で消化した後、増幅産物をpB SKS+ベクター(Stratagene)中にクローン化した。RNAの5’ 末端に相補 的な非標識RNAを生成させるために、得られたプラスミドをXhoI(atp B、rpoB)またはEcoRI(clpP)で線状化し、T7 RNAポリメ ラーゼを用いるMegascript(Ambion)反応物中で転写した。マー カー(100、200、300、400および500ヌクレオチド)を、製造業 者のプロトコルに従ってRNA Century Marker Templa te Set(Ambion)を用いて調製した。 DNA配列分析。DNA配列分析を、Wisconsin Sequence Analysis Package(Genetics Computer Group,Inc.)を利用して実施した。 結果および考察 母性白色および緑色トウモロコシ植物における色素体転写物の蓄積。 白色トウモロコシ植物中において16SrRNAの蓄積が無いことによって、 報告された、白色iojap実生中の色素体リボソームの無いことを確認した( WalbotおよびCoe 1979,前出)。PEPプロモーターから転写さ れることが知られているrbcLおよびpsbA mRNAが存在しないことに よって、母性白色植物が実際にPEP活性を欠いていることが示される(Han ら,1993,前出)。図1を参照のこと。 3つのさらなる色素体遺伝子clpP、rpoBおよびatpBの転写物の蓄 積がiojap植物において分析されている。NEPプロモーターの存在を示す 高い定常状態mRNAレベルが、これらの遺伝子について、それぞれiojap トウモロコシ(Hanら,1993,前出)、albostriansオオムギ (Hessら,1993,前出)およびΔrpoBタバコ(Hajdukiew iczら,EMBO J.,印刷中,1997)において報告されている。無リ ボソームiojap植物における容易に検出可能なmRNAの蓄積によって、活 性なNEPプロモーターがこれらの遺伝子の各々について発現を調節しているこ とを確認した(図1)。 clpP NEPプロモーターは白色および緑色実生において効率的に転写さ れる。 NEPプロモーターを同定するために、転写物の5’末端を、プライマー伸張 分析によってマッピングした。NEPプロモーター由来の転写物を表す5’末端 と、RNAプロセシングによって生成する5’末端とを区別するために、5’末 端をグアニリルトランスフェラーゼを使用してキャッピングした。 c1pPについては、白色および緑色の両方の実生において有意なmRNAの 蓄積が見出された。プライマー伸張分析によって、ヌクレオチド位−111(A TGの上流のヌクレオチドが−1位である)の1つのみの強いclpP 5’末 端が同定された。clpP−111転写物をインビトロでキャッピングすること ができた。図2Bを参照のこと。これらのデータによって、この5’末端が一次 転写物であることが確認され、また、トウモロコシNEPプロモーターPclp P−111が同定された。同じ5’末端が白色および緑色の両方のトウモロコシ 実生において観察され、このことによって、同じclpPプロモーターが葉緑体 および非光合成iojap色素体において活性であることが示される(図2A)。 それゆえ、PclpP−111は構成性プロモーターであると考えられる。イネ において、clpP転写物の5’末端は同じヌクレオチドにマッピングされ、こ のことによって、単子葉植物においてPclpP−111が保存されていること が示される(データは示さず)。 rpoB NEPプロモーター活性はiojap色素体において増強される。 RNAゲルブロット分析によって、rpoB mRNAが白色実生においての み検出可能なレベルまで蓄積されることが示される(図1)。しかし、より高感 度のプライマー伸張分析によって、同じ5’末端が白色および緑色の両方の葉に 存在することが判明した。ヌクレオチド位−147の強いバンドおよび−285 位の弱いバンドの2つの5’末端を同定することができた(図3A)。インビト ロキャッピングアッセイによって、−147 RNA種は一次転写物であり(図 3B)、それゆえPrpoB−147プロモーターの産物であることが確認され た。 atpB遺伝子は白色植物においてNEPプロモーターから転写され緑色実生 においてPEPプロモーターから転写される。 緑色葉中には実質的なatpB mRNAの蓄積が存在するが、白色ioja p葉中にはずっと少ししか見出されない(図1)。緑色葉由来のmRNAのプライ マー伸張分析によって、ヌクレオチド位−298の5’末端を有する転写物が同 定され(図4A)、このことによって以前の報告が確認された(Mulletら ,Plant Mol.Biol.4:39−54,1985)。この−298 mRNA種は、白色植物から単離した葉RNA中には存在せず、このことによ って−298 mRNAがPEP転写物であることが示される。代わりに、別の atpB転写物がヌクレオチド位−601にマッピングされた(図4A)。2つ のmRNAの大きさの差は図1に示すRNAゲルブロットで明らかである。 −601転写物をインビトロでグアニリルトランスフェラーゼによってキャッ ピングすることができた。このことによって、これが一次転写物であることが示 される(図4B)。それゆえ、これは、白色iojap葉においてのみ容易に検 出可能な活性を有するPatpB−601 NEPプロモーターの産物である。 単子葉植物NEP転写開始部位周辺の配列保存。 トウモロコシclpP、rpoBおよびatpB NEPプロモーターのアラ インメントによって、転写開始部位の上流の有意な相同性が判明した。13ヌク レオチドの領域において、8ヌクレオチドが3つ全てのプロモーターにおいて共 有されている(図5;Box I)。対での比較では、atpB/clpP、a tpB/rpoBおよびclpP/rpoBはそれぞれ11、10および8ヌク レオチドを共有する。さらに、atpBおよびclpPはさらに上流で9ヌクレ オチド中8ヌクレオチドを共有する(転写開始部位に対して−21〜−30;図 5中Box II)。 興味深いことに、各々のトウモロコシNEPプロモーターは、厳密でない双子 葉植物NEPプロモーターコンセンサスCATAGAATA/GAAと、転写開始部位周辺で 配列 類似性を有する(Hajdukiewiczら,1997,前出;図5中下線) 。clpPについては、10ヌクレオチド中9ヌクレオチドが保存されており; atpBおよびrpoBについては、保存ヌクレオチドの数は10個中7個であ る(図5)。さらに、第2の保存領域(Box II、図5)がatpBおよび clpPにおいてBox Iの上流に見出されるが、rpoBプロモーターには 見出されない。興味深いことに、単子葉植物Box IIは、順方向で双子葉植 物NEPコンセンサスの短縮型を含んでいる:トウモロコシclpP(ATAGAAT )およびatpB(AT-GAATA)遺伝子の場合は10bp中7bpが一致する(図 5)。これらの縦列反復配列は、NEPプロモーター活性の調節において役割を 担っている可能性がある。 仮のトウモロコシNEPプロモーター配列を含む領域(−30〜+25)を、 他の単子葉植物由来の相同領域と整列させた。図5B〜5Dを参照のこと。高度 の配列保存によって、これらの単子葉植物種の各々における機能的プロモーター の存在が示される。トウモロコシPclpP−111プロモーターのイネホモロ グについてのプロモーター活性をプライマー伸張分析によって確認した(データ は示さず)。 本明細書に報告するデータによって、トウモロコシ色素体NEPプロモーター 領域がタバコにおける保存CATAGAATA/GAA NEP配列モチーフと、転写開始部 位の周辺で配列相同性を共有することが示される(図5)。それゆえ、これらのプ ロモーターはI型 NEPプロモーターであると考えられる。この知見によって 、単子葉植物と双子葉植物との間でNEP転写機構が保存されていることが示さ れる。双子葉植物I型NEPプロモーターに類似して、図5に示すように、トウ モロコシclpP、rpoBおよびatpBプロモーターの間で、転写開始部位 の上流の配列は下流の配列よりも高く保存されている(Hajdukiewic zら,1997,前出)。 トウモロコシPclpP−111プロモーターおよびタバコPclpP−53 プロモーターの両方は構成性である。トウモロコシのプロモーターとは対照的に 、タバコのclpPプロモーター領域はCATAGAATA/GAA配列モチーフを欠いてお り(Hajdukiewiczら,1997,前出)、このことによって、異な るN EP特異性因子による認識が示唆される(II型NEPプロモーター)。興味深 いことに、下記の実施例に記載のように、II型NEPプロモーターにおいて、 転写開始部位の下流の配列は上流よりも高く保存されている。タバコPclpP −53プロモーターホモログは、色素体II型NEPプロモーターの唯一の既知 の例である。コケ類(Machantia polymorpha)および針葉 樹(Pinus contorta)を含めて、これは進化の間に高度に保存さ れてきた。clpP II型NEPプロモーター機能に必要とされるDNA配列 は維持されているが、この領域はトウモロコシ、イネおよびコムギにおいては転 写がサイレントである。穀物においてこの領域からの転写が無いことは、おそら くII型認識特異性の損失に起因する。実施例IIを参照のこと。従って、タバ コ(双子葉植物)II型clpPプロモーターは双子葉植物においてのみ色素体 トランスジーンの発現を駆動するために適切であり、穀物I型プロモーターは単 子葉植物および双子葉植物の両方において有用であり得る。 rpoBオペロンは、NEPのみによって発現されることが知られているわず かな遺伝子の1つである。PrpoB−147はI型NEPプロモーターである が、clpPおよびatpBとは異なり、Box IIを欠く(図5)。このプ ロモーター由来のmRNAの蓄積は、転写速度のダウンレギュレーションに起因 して成熟葉において低い(Baumgartnerら,Plant Physi ology 101:781−791,1993)。この研究において同定した PrpoB−147プロモーターはおそらく、色素体発達において中心的な役割 を担っている。なぜなら、これは5つの色素体にコードされるPEPサブユニッ トのうち4つの発現を調節しているからである(Shimadaら,Mol.G en.Genet.221:395−402,1990)。1つのモデルによれ ば、2つのRNAポリメラーゼは、葉緑体分化の間に発達カスケードを形成して いる。色素体発達の初期の間、色素体の転写および翻訳装置をコードする色素体 遺伝子はNEPによって転写される。一旦PEが作製されると、これはPEPプロ モーターからの光合成遺伝子の転写を開始し、代替PEPプロモーターからのハ ウスキーピング遺伝子の転写を引き継ぐ(Hessら,1993,前出;Ler bs−M ache,Proc.Natl.Acad.Sci.90:5509−5513 ,1993;Mullet,Plant Physiol.103:309−3 13,1993;Hajdukiewiczら,1997,前出)。NEPプロ モーターからのrpoBの転写はこのモデルに一致する。しかし、トウモロコシ において、少なくとも1つの遺伝子clpPは、成熟葉緑体においてもっぱらそ して効率的にNEPによって転写される。このことによって、たとえPEPが存 在していても、NEPが活性かつ細胞機能に重要なままであることが示される。 別の仮説を本明細書において提唱する。これは、NEPおよびPEPが構成的に 常に存在し、選択的転写がプロモーター特異的転写因子によって媒介されている と仮定する。双子葉植物(Hajdukiewiczら,1997,前出)および 単子葉植物(本明細書に記載)に対するNEPプロモーターの同定によって、色素 体の機能および発達においてこれら2つの色素体RNAポリメラーゼが担う役割 の解明が容易になる。 実施例II核にコードされる色素体RNAポリメラーゼによる変化したclpPプロモータ ー認識によって単子葉植物における保存色素体転写因子の損失が示唆される 色素体clpP遺伝子は、イネ(単子葉植物)およびタバコ(双子葉植物)に おいて核にコードされる色素体RNAポリメラーゼ(NEP)によって転写され る。しかし、2つのNEPプロモーターは、配列相同性を共有しない。単子葉植 物と双子葉植物との間のNEPプロモーター認識の保存を評価するために、イネ clpPプロモーター領域から発現されるレポーター遺伝子(uidA)をタバ コ色素体中に導入した。タバコにおいて転写が正確な部位でイネclpPプロモ ーターから開始することがデータによって示される。従って、この遺伝子につい てのNEPプロモーター認識は、単子葉植物および双子葉植物の両方で保存され ている。驚くべきことに、イネ配列からの転写は、タバコclpPプロモーター 領域に類似した短い範囲の相同配列を有する第2の部位で開始した。clpP転 写開始部位の周辺の配列は、タバコ(双子葉植物)、Marchantia p olymorpha(コ ケ類)およびPinus contorta(針葉樹)において保存されている 。イネおよび他の穀物においてこの領域からの転写がないことによって、NEP クラスIIプロモーター特異性に必要とされる因子の進化的損失が示される。 実施例IIについての材料および方法 プラスミドpDS44の構築 プラスミドpDS44は、Prrnプロモーターから発現されるuidAレポ ーター遺伝子を有するpLAA24誘導体である(Zoubenkoら,Nuc leic Acids Res.22:3819−3824,1994)。プラ スミドpDS44を、PrrnプロモーターをSacI/EcoRIフラグメン トとして切出し、これをSacI/EcoRIフラグメントとして加工したイネ clpPプロモーター領域で置換することによって得た。イネclpPプロモー ター領域を含む251ヌクレオチドのSacI/EcoRI DNAフラグメン ト(19塩基対のコード領域を含む)をPCR増幅によって得た。PCRプライ マーの配列およびイネ色素体ゲノム(Hiratsukaら,Mol.Gen. Genet.217:185−194,1989;GeneBank登録番号X 15901)におけるその最初のヌクレオチド(またはその相補物)の位置は以 下のとおりである: 大文字は色素体ゲノム由来のヌクレオチドである;小文字は制限部位を作製する ために含めたヌクレオチドである。SacIまたはEcoRI制限部位に下線を 付す。 タバコ色素体形質転換。色素体形質転換およびトランスジェニックタバコ植物 の再生を、SvabおよびMaliga(Proc.Natl.Acad.Sc i.90:913−917,1993)によって記載されるプロトコルに従って 実施した。簡潔に記載すると、タバコ葉を、DuPont PDS 1000H e Biolistic gunを使用してプラスミドpDS44 DNAでコ ートしたタングステン粒子でボンバードした。トランスジェニックシュートを、 50 0μg/mlのスペクチノマイシンジヒドロクロリドを含有するRMOP培地上 で選択した。推定の初代形質転換体を、uidAによってコードされるβ−グル クロニダーゼ活性についての組織化学的染色によって同定した(Jeffers on,Genetic Engineering,第10巻,Settlow, J.K.編Plenum Press,NY & London,247−26 3頁,1988)。形質転換した色素体ゲノムの一様な集団を、サザン分析によ って確認した(データは示さず)。 RNA 5’末端をマッピングするためのプライマー伸張分析。 全葉RNAをインビトロで増殖させた植物の葉からStiekemaら(前出 )の方法によって単離した。プライマー伸張反応を、20μgのRNAに対して 、AllisonおよびMaliga(1995)によって記載されるプライマ ーuidA PE1とともにプライマーP3:5'-GGCCGTCGAGTTTTTTGATTTCACGGG TTGGGG-3'(配列番号52)(uidAコード領域に相補的である)を使用して 実施した。 DNA配列分析。DNA配列分析を、実施例IVに記載のように、Wisco nsin Sequence Analysis Package(Genet ics Computer Group,Inc.)を利用して実施した。結果および考察 トランスジェニック植物の構築。プラスミドpDS44中にプロモーターフラ グメントとして含まれているイネclpP上流領域の配列を図6に示す。イネに おいて、この領域はOs−PclpP−111 I型NEPプロモーターを含む 。タバコにおける対応する配列は、2つのNEPプロモーターおよび1つのPE Pプロモーターを含む。Os−PclpP−111 NEPプロモーターを、リ ボソーム結合部位および図7に示すmRNAの安定化のためのrps16 3’ 非翻訳領域(Trps16)とともにuidAコード領域(β−グルクロニダー ゼまたはGUSをコードする)の上流にクローン化した。キメラuidA遺伝子 をpPRV111A色素体ベクター(GeneBank登録番号U12812) 中選択スペクチノマイシン耐性(aadA)遺伝子に隣接してクローン化し、タ バコ色素体に導入した。 ベクターの模式図を図7に示す。色素体形質転換体をスペクチノマイシン培地上 で選択した。25のスペクチノマイシン耐性株のうち、12がGUS陽性であっ た。標的部位におけるuidAの組込みをサザン分析によって確認した(データ は示さず)。 プロモーター活性を試験するためのプライマー伸張分析。Os−PclpP− 111プロモーター領域において開始するuidAの5’末端をマッピングする ために、プライマー伸張分析を実施した。3つの強いそして2つの弱いuidA 転写物をトランスジェニック植物の葉において同定した(図8A)。強い転写物 の5’末端は、イネと同じ位置であるヌクレオチド位−111にマッピングされ た。この結果によって、イネI型PclpP−111プロモーターが双子葉植物 であるタバコにおいて正しく認識されていることが示され、このことによって、 このプロモーターが種々の植物種において広く適用可能であることが示される。 最も強いシグナルを有する第2の強い転写物は、イネ−61位において見出され た。この転写物の5’末端は、タバコNt−PclpP−53プロモーター領域 に相同な29ヌクレオチドの範囲のイネ配列にマッピングされた(図6)これは 予想外であった。なぜなら、イネおよびトウモロコシにおいてこの領域は転写が サイレントだからである(実施例I)。第3の強い転写物は、上流単子葉植物N EP box(実施例I)内に入る−136位にマッピングされた。 2つの弱い転写物の5’末端は、ヌクレオチド位−169および−177にマ ッピングされた(図8)。これらの転写物はイネ葉RNA中には存在せず、いず れの既知のタバコclpP転写物にも対応しない。それゆえ、これらの5’末端 は、偶発性PEPまたはNEPプロモーターの一次転写物であるかかもしれず、 あるいはプロセシングされたmRNAの5’末端である。 clpPプロモーターを含む領域の配列アラインメント。イネclpPプロモ ーターフラグメントはタバコにおいて転写活性があった。このプロモーター配列 はタバコII型PclpP−53プロモーターに対応する。この領域において、 イネお よびタバコは29ヌクレオチドの範囲の相同配列を共有し、23ヌクレオチドが 保存されている。進化の間でのこの同じ領域の保存を試験するために、コケ類の Marchantia polymorpha(Kohchiら,Curr.G enet.14:147−154,1988)、針葉樹のPinus cont orta(Clarkeら,Plant Mol.Biol.26:851−8 62,1994)、双子葉植物のタバコ(Hajdukiewiczら,199 7,前出)、ホウレンソウ、Arabidopsis(Westhoff,Mol .Gen.Genet.201:115−123,1985)ならびに単子葉植 物のトウモロコシおよびイネを含めて、clpP転写開始部位の周辺の配列を整 列した。図9を参照のこと。タバコを除いて、単一の転写開始部位がclpP遺 伝子の各々についてマッピングされた。本発明者らは、clpP転写開始部位周 辺の29ヌクレオチドのセグメントが保存されていることを見出した。このこと によって、clpPがこれらの種の全てにおいてNEPによって転写されること が示唆(強調)される。 この実施例に示すデータによって、イネOs−PclpP−111 NEPプ ロモーターがタバコ色素体において正しく認識されることが示される。タバコに おけるイネPclpP−111 NEPプロモーターからの転写は、おそらく転 写開始部位周辺の領域が双子葉植物I型NEPプロモーターコンセンサスを含む ので観察された。イネにおけるように、Os−PclpP−111 NEPプロ モーターは成熟タバコ葉において活性である。それゆえ、これは成熟葉緑体およ びプロプラスチドにおいて活性な比較的少数のI型NEPプロモーターに属する 。 タバコPclpP−53 II型NEPプロモーターに相同な短い範囲の配列 を有する第2の部位でのイネclpP 5’領域からの転写は予想外であった。 イネはII型プロモーター活性に必要とされる全てのシスエレメントを含んでい るので、イネにおいて転写物がないことは、II型プロモーター認識に必要とさ れる特異性因子の進化的損失に起因するはずである。コケ類のMarchant ia polymorphaおよび針葉樹のPinus contortaにお いて活性なII型clpPプロモーターで明らかなように、この特異性因子は、 進化の間に良好に 保存されている(図9)。 イネOs−PclpP−111 NEPプロモーターについてここで報告した 実験によって、I型NEP転写機構が、異種プロモーターの忠実な認識を確実に するために十分に、単子葉植物と双子葉植物との間で保存されていることが示唆 される。clpP mRNAは、全ての色素体型において有意なレベルまで蓄積 される(Shanklinら,1995,前出;Hajdukiewiczら, 1997,前出;実施例I)。それゆえ、強力な構成性のOs−PclP−11 1 NEPプロモーターは、広範囲の作物におけるキメラ遺伝子の発現に適切で ある。 実施例III 核にコードされる色素体RNAポリメラーゼ(NEP)に対するII型 プロモーターPclpP−53のインビボにおける規定 タバコにおいて、clpP遺伝子は翻訳開始コドンの−511、−173およ び−53ヌクレオチド上流で開始する3つの強いNEPプロモーターならびにP EPプロモーター(5’末端−95)から転写される。II型PclpP−53 NEPプロモーターからの転写は野生型タバコ植物の緑色葉において維持され ている。それゆえ、選択マーカー遺伝子の発現を駆動する潜在性を仮定して、構 成性PclpP−53プロモーターを分析用に選択した。 実施例IIIについての材料および方法 プラスミドの構築。プラスミドpPS8はpBSKS+プラスミド(Stra tagene)中にSacl−HindIIIフラグメントとしてuidAレポ ーター遺伝子を含む。キメラuidA遺伝子は以下からなる:SacI部位とX hoI部位との間、clpP転写開始部位の22nt上流および25nt下流( +1は転写が開始するntである)を含むPclpP−53(−22/+25) プロモーターフラグメント;XhoI部位とNcoI部位との間、リボソーム結 合部位;NcoI部位とXbaI部位との間、ヒトc−mycタンパク質(Ko lodziejお よびYoung,Meth.Enz.194:508−519,1991)のカ ルボキシ末端ドメイン内のアミノ酸410〜419(EQKLISEEDL;配列番号53 )に対応するN末端c−mycタグを有するuidAコード領域;XbaI部位 とHindIII部位との間、rps16リボソームタンパク質遺伝子の3’非 翻訳領域(Trps16)。プラスミドpPS8中のSacI部位とHindI II部位との間のキメラuidA遺伝子のDNA配列を図13に示す。キメラu idA遺伝子の関連する制限部位を図10に示す。ここで、uidA遺伝子をプ ラスミドpPS18の一部として示す。プラスミドpPS18を、SacI−H indIIIフラグメントとしてuidA遺伝子をSacI−HindIII消 化したpPRVIIIA色素体形質転換ベクター中にクローン化することによっ て得た。pBSKS+プラスミド誘導体(Stratagene)であるプラス ミドpPRV111AはZoubenkoら,1994(前出)に記載されてい る。 図11に列挙するプラスミドpPS16、pPS37、pPS17およびpP S38を、プラスミドpPS18から、PclpP−53(−22/+25)S acI−XhoIプロモーターフラグメントを、それぞれPclpP−53(− 152/+154)、PclpP−53(−152/+41)、PclpP−5 3(−152/+10)、PclpP−53(−39/+154)プロモーター で置換することによって得た。SacI−XhoIフラグメントをPCR増幅に よって得た。PCRプライマーを、転写開始部位(タバコ色素体ゲノム中のnt 74557の相補物である:登録番号Z00044)に対する末端ヌクレオチド の位置に従って列挙する: 大文字は色素体ゲノム由来のアンカー配列である;小文字は制限部位(下線を 付す)を作製するために付加したヌクレオチドである。 タバコ色素体形質転換。色素体形質転換およびタバコ植物の再生を、Svab およびMaliga,1993(前出)によって記載されるように実施した。ト ランスジェニック植物を、500μg/mlのスペクチノマイシンジヒドロクロ リドを含有する再生培地上で選択した。 プライマー伸張分析。全葉RNAをRM培地上で維持したトランスジェニック 植物の葉からStiekemaら,1988(前出)の方法によって単離した。 プライマー伸張反応を、AllisonおよびMaliga,1995(前出) によって記載されるように、15μgの全RNAおよびuidAコード配列の5 ’末端に相補的なプライマーPE1を使用して実施した。 プライマーPE1の配列: 結果および考察 II型PclpP−53プロモーター中の機能的に重要な配列を同定するため に、clpP−53 NEP転写開始部位周辺の配列によって駆動されるレポー ター遺伝子の発現を測定した。5’および3’末端から配列を欠失させることに よって、プロモーターの境界の決定を容易にした。これらの研究によって、47 bpのフラグメントが正確な転写開始を支持するために十分であることが判明し た。データによって、47bp中28bp以下がプロモーター機能に必須である ことがさらに示唆される。大部分の関連配列は、転写開始部位の下流に存在する 。 全ての色素体プロモーターは転写開始部位の約150ヌクレオチド以内に存在 するので、clpP−53転写開始部位周辺の306bpのフラグメント(15 2/+154)からのインビボにおける転写開始を評価した。プロモーター機能 を試験するために、clpPフラグメントを、β−グルクロニダーゼをコードす るuidAレポーター構築物の上流にクローン化した。図11を参照のこと。u idA構築物は、XhoI制限部位とNcoI制限部位との間のリボソーム結合 部位および mRNAを安定化させるための色素体rps16遺伝子の3’非翻訳領域(Tr ps16)を有する。キメラuidA遺伝子をタバコ色素体中に選択スペクチノ マイシン耐性(aadA)遺伝子に対する連鎖によって導入した。306bpの フラグメントは、PEPおよびNEPプロモーターを含む(図11)。両方のプロ モーターの機能をプライマー伸張分析によって確立した。図12を参照のこと。 306bpのフラグメントがNEP転写を駆動するために十分であることを確 認した後、一連の欠失を5’および3’末端から作製した。次いで、これらの構 築物を、タバコにおけるインビボでの転写開始について試験した。プロモーター 欠失の模式図を図11に示し、プライマー伸張データを図12に示す。一連の欠 失に対するプライマー伸張分析によって、−10〜+25(pPS43;図12 )および−5〜+25(pPS44;示さず)の範囲の配列がclp−53から の正確な開始を支持するために十分であることが示された。過剰露光に際して、 +1〜+25構築物においてさえも、正しい大きさの薄いバンドが観察された( pPS45、示さず)。また、−152/+10構築物(pPS17;図12) および−22〜+21構築物(pPS41;示さず)において、NEPプロモー ターからの転写は完全に無くなった。このことによって、+5と+25との間の 配列がNEPプロモーターからの転写に重要であることが示される。このデータ のいくらかを図11および12にまとめる。 NEPポリメラーゼによる転写に必要とされる配列は未知である。転写開始部 位周辺のATAGAATA/GAAの保存に基づくと(Hajdukiewiczら,199 7,前出)、大部分のNEPプロモーターはI型に分類された。ここで研究した プロモーターPclpP−53はこの配列モチーフを欠いており、そのためII 型に分類される。インビボにおけるプラスミドpPS18の短縮プロモーターフ ラグメントの転写分析によって、PclpP−53からの転写を支持するために 必要とされる配列は、転写開始部位に対して−5〜+25の範囲の30塩基対フ ラグメント内に位置することが示される。さらに、+10と+25との間のヌク レオチドは転写開始のために重要である。なぜなら、この領域を欠くプラスミド pPS17およびpPS41中のclpPプロモーター誘導体からの転写は存在 しないからである。 イネclpPプロモーター領域の発現によって、PclpP−53プロモータ ーの転写開始部位に相同性を有する領域にマッピングされる転写物が明らかにな った。イネおよびタバコ配列のアラインメントによって、転写開始部位の下流の 有意な相同性およびそれほど高くない上流の相同性が示される。このイネの配列 がインビボにおいてタバコによって認識されたことを考慮すると(実施例II) 、転写開始に重要な配列が、イネの配列中に存在するはずである。この情報を、 −22/+25配列がインビボにおける転写開始に十分であるという知見と組合 せると、−3〜+25の範囲の配列5'-ATTGTTACGTTTCCACCTCAAAGTGAAA-3'(配列 番号25の一部)がPclpP−53プロモーター機能に重要な情報を含むよう である。 構成性II型PclpP−53は全ての組織型において効率的に転写されるの で、これは全ての双子葉植物における選択マーカー遺伝子および経済的価値のあ るタンパク質の発現に有用である。 実施例IV イネ胚形成細胞培養物における色素体プロモーターの利用 タバコおよびトウモロコシ色素体におけるclpPプロモーターの利用は上記 実施例に記載されている。この実施例は、イネにおける色素体プロモーターの利 用の分析に関する。いくつかのmRNA種の5’末端を、培養胚形成イネ細胞お よび葉由来の試料においてマッピングした。clpPおよび16SrRNAに対 するRNAは胚形成イネ細胞において比較的豊富であり、このことによって、こ れらの遺伝子のプロモーターをイネにおける選択マーカー遺伝子および/または 目的外来遺伝子の色素体発現を駆動するために効果的に使用し得ることが示され る。 イネにおける色素体形質転換は、非常に所望されている。この実施例は、胚形 成培養イネ細胞におけるイネ色素体形質転換を実現するための組成物および方法 を提供する。そのような細胞を成熟植物に効率的に再生させ得る(Vasil, IK(1994)Plant Mol Biol 25:925−937;Ch ristou,P(1996)Trends Plant Sci 1:423 −431)。培養タバコ(BY2)細胞からのデータによって、組織培養物にお ける色素体プロモーターの利用は葉とは異なる可能性があることが示唆される( Vera A,Sugiura M(1995)Curr Genet 27: 280−284;Vera A,Hirose T,Sugiura M(19 96)Mol Gen Genet 251:518−525,1996;Ka poor S,Suzuki JY,Sugiura M(1997)Plan t J 11:327−337)。本明細書に示すデータによって、培養胚形成 イネ細胞および葉が同じプロモーターを利用することが明らかにされる。rbc L、atpB、16SrDNAおよびclpPは色素体にコードされる色素体R NAポリメラーゼ(PEP)によって認識されるプロモーターを各々1つのみ有 する。対照的に、clpPは両方の試料において核にコードされる色素体RNA ポリメラーゼ(NEP)によって転写される。clpPおよび16SrRNAに 対するRNAは胚形成細胞において比較的豊富であり、このことによって、これ らの遺伝子のプロモータが選択マーカー遺伝子の発現を駆動するために適切であ り得ることが示される。 実施例IVについての材料および方法 植物材料。胚形成イネカルスをcv.Taipei 309の成熟種子からL S2.5培地(Abdullah R,Cocking EC,Thornps on JA(1986)Bio/Technology 4:1088−109 0)上で開始(initiate)させた。カルスを液体AA培地(Muller AJ,G rafe R(1978)Mol Gen Genet 161:67−76) に導入して、胚形成懸濁培養物を樹立し、2週間間隔で継代培養した。DNAお よびRNAを、3ヶ月齢の培養物から継代培養の14日後に調製した。植物を胚 形成カルスから2mg/LのBAPおよび3%スクロースを補充した完全MS培 地上で再生させ(Murashige T,Skoog F(1962)Phy siol Plant 15:473−497 1962)、無ホルモンMS培 地上に移した。核酸単離用の葉を、これらの植物から4ヶ月後に取った。 RNAおよびDNAゲルブロット。全細胞RNAをStiekemaら,19 88(前出)に従って調製した。RNA(1レーン当り5μg)をホルムアルデ ヒド−アガロースゲルの電気泳動に供し、ブロットし、ハイブリダイズさせた( Hajdukiewicz PTJ,Allison LA,Maliga P (1997)EMBO J 16:4041−4048)。二本鎖ptDNAプ ローブをPCRで生成させたかまたはゲル精製したDNAフラグメントをランダ ムプライム32P標識することによって調製した。PCRに使用したプライマーの 配列およびタバコ(N.t.;登録番号Z00044; Shinozakiら 1986,前出)またはトウモロコシ(Z.m.;登録番号X86563; M aierら,1995,前出)のptDNA内でのその位置は以下のとおりであ る: 以下のptDNAフラグメントをプローブとして使用した:rbcL(N.t .)、BamHIフラグメント(ptDNAにおけるヌクレオチド58047〜 59285);16SrDNA(N.t.)、EcoRI−EcoRVフラグメ ント(ヌクレオチド138447〜140855)。 タバコ25SrRNAに対するプローブは、プラスミドpBR325中にクロ ーン化したタバコ25S/18S遺伝子座由来の3.75kb EcoRIフラ グメントを含むプラスミドpKDR1(Dempseyら,1993,前出)に 由来した。 相対的色素体ゲノムコピー数決定用の全葉DNAを調製し(Mettler IJ(1987)Plant Mol Biol Rep 5:346−349 )、EcoRI制限エンドヌクレアーゼで消化し、0.7%アガロースゲルで分 離し、ブロットし、色素体16SrDNAおよび細胞質25SrDNAプローブ とハイブ リダイズさせた(Allisonら,1996,前出)。 プライマー伸張分析。プライマー伸張反応を全葉RNAに対して記載(All isonおよびMaliga,1995,前出)のように実施した。プライマー を、公開されたイネ色素体ゲノム配列(Hiratsukaら,1989,前出) におけるヌクレオチド位とともに以下に列挙する。 プライマー伸張反応を葉由来のRNA1μgならびに胚形成細胞由来のRNA1 0μg(clpP、16SrRNA)および30μg(rbcL、atpB)を 用いて実施した。 結果および考察 いくつかの色素体プロモーターがイネおよび関連する単子葉植物において同定 されている。これらのプロモーターがこれらの植物種における選択マーカー遺伝 子および/または目的外来遺伝子の発現を駆動するために適切であるかどうかを 評価するために、転写物の蓄積を検討した。イネおよびトウモロコシにおいてr bcL遺伝子はPEPプロモーターから転写される(Mulletら,1985 ,前出;Nishiziwa Y,Hirai A(1987)Jpn J G enet 62:389−395)。トウモロコシ葉緑体においてatpB遺伝 子はPEPプロモーターから転写され(Mulletら,1985,前出)、一 方、PEPを欠く母性白色iojap実生において、これは代替NEPプロモー ターから転写される。オオムギ葉緑体において16SrDNA遺伝子(色素体リ ボソームRNAオペロンの第1遺伝子)はPEPプロモーターから転写され(R eirlbo the S,Reibothe C,Heintzen C,Seidenbe cher C,Parthier B(1993)EMBO J 12:150 5−1512)、一方、PEPを欠く白色albostrians実生において 、これは特徴付けられていないNEPプロモーターから転写される(Hessら ,1993,前出)。野生型およびiojapトウモロコシ葉緑体においてcl pP遺伝子はNEPプロモーターから転写される。 胚形成イネ細胞および葉細胞におけるこれらの遺伝子の発現レベルを測定する ために、mRNAの蓄積をノーザンブロットで評価した。データによって、葉に 比較しての胚形成細胞における転写物レベルは、rbcLについてはわずかに検 出可能であり(153倍低い)、atpB(37倍低い)および16SrDNA (7倍低い)については低下しており、clpPについては同様である(約1. 1倍低い)ことが明らかにされる。図14を参照のこと。興味深いことに、1細 胞当りの色素体ゲノムコピー数(ptDNA)は胚形成細胞および葉においてほ ぼ同じである。図15を参照のこと。従って、転写物レベルの差は、ptDNA コピー数について標準化した値を表す。 活性色素体プロモーターをさらに特徴付けるために、転写物の5’末端を、培 養胚形成細胞および葉においてプライマー伸張によってマッピングした。2つの 異なる5’末端(翻訳開始コドンの上流312および58ヌクレオチド)がrbc Lについてマッピングされた。図16を参照のこと。同じ2つの5’末端が、葉 の葉緑体および胚形成細胞の色素体においても同定された。2つの5’末端がイ ネ葉緑体においてS1ヌクレアーゼ分析によって同様な位置にマッピングされた (NishizawaおよびHirai,1987,前出)。rbcLの−31 2末端は、単子葉植物において保存されている−10/−35 σ70型プロモー ターエレメントの下流に存在し;−58末端はRNAプロセシングによって生成 される(Mulletら,1985,前出;Reinbotheら,1993, 前出)。 atpBについて、単一の5’末端が翻訳開始コドンの310ヌクレオチド上 流にマッピングされた。rbcLについて、同じ5’末端が胚形成細胞および葉 において同定された。図16を参照のこと。−310末端はPEPプロモーター エレメ ントに関連し、イネ(Nishizawa Y,Hirai A(1989)J pn J Genet 64:223−229)およびトウモロコシ(Mull etら,1985,前出)について葉緑体において以前に報告されている。 rRNAオペロンについて、同じ2つの5’末端が、図16に示すように胚形 成細胞および葉において成熟16SrRNAの上流にマッピングされた。DNA 配列保存に基づくと、−116末端はPEPプロモーターの産物であり、一方− 28末端はmRNAプロセシングに由来する。図17Aを参照のこと;Stri ttmatter G,Godzicka−Josefiak A,Kosse l H(1985)EMBO J 4:599−604;VeraよびSugi ura,1995,前出;Allisonら,1996,前出。 clpPについて、同じ5’末端が胚形成組織培養細胞および葉においてマッ ピングされた。図16を参照のこと。転写物は10ヌクレオチドのNEPコンセ ンサス内、翻訳開始コドンの111ヌクレオチド上流で開始し(図5Aに示す) 、これはclpP I型NEPプロモーターの産物である。 rbcL、atpB、16SrDNAおよびclpPの上流のRNA 5’末 端のマッピングによって、イネの培養胚形成細胞および葉において同じプロモー ターが同定された。イネにおけるこれらの研究から得られたデータをタバコにつ いて報告された結果に対照させることができる。タバコにおいて、atpBおよ び16SrDNAは、葉においてはPEPプロモーターから、そしてBY2組織 培養細胞においてはNEPプロモーターから優先的に転写される(Veraおよ びSugiura 1995;Kapoorら,1997)。イネ胚形成培養物 において、検討したいずれの色素体遺伝子についても、PEPからNEPへのプ ロモーターの切り換えは観察されなかつた。データによって、PEPからNEP へのプロモーターの切り換えは細胞培養物への適応に必須ではないことが示唆さ れる。あるいは、上記の実施例において論じたように他の単子葉植物においてP EPおよびNEPプロモーターを有する遺伝子であるatpBおよび16SrD NAは、イネにおいてNEPプロモーターを有しない。 胚形成イネ細胞とタバコBY2細胞株との間の1つの重要な差は、培養時間の 長 さである。本明細書に記載のイネ細胞培養株は、わずか数ヶ月齢であり、植物に 再生する能力を維持していた。BY2細胞株は、培養物中で数年間培養されてお り、植物再生能を失っている(Yasuda T,Kuroiwa T,Nag ata T(1988)Planta 174:235−241)。従って、B Y2細胞において色素体遺伝子発現が短期間培養のタバコ細胞またはタバコ植物 とは異なる可能性が残る。 本明細書に示す結果によって、トランスジェニックイネ細胞および/または植 物の生産のための実用的暗示が提供される。イネ胚形成細胞において活性な以下 の2つの強力なプロモーターが本明細書に記載されている:clpP NEPプ ロモーターおよびrrn PEPプロモーター。両方のプロモーターは、胚形成 イネ細胞における色素体形質転換のための選択マーカー遺伝子の発現を駆動する ために適切である。 本発明の特定の好ましい実施態様を記載し、具体的に上記で例示したが、本発 明がそのような実施態様に限定されることは意図しない。下記の請求の範囲に記 載するような本発明の範囲および精神から逸脱することなく種々の改変がなされ 得る。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (81)指定国 EP(AT,BE,CH,CY, DE,DK,ES,FI,FR,GB,GR,IE,I T,LU,MC,NL,PT,SE),OA(BF,BJ ,CF,CG,CI,CM,GA,GN,ML,MR, NE,SN,TD,TG),AP(GH,GM,KE,L S,MW,SD,SZ,UG,ZW),EA(AM,AZ ,BY,KG,KZ,MD,RU,TJ,TM),AL ,AM,AT,AU,AZ,BA,BB,BG,BR, BY,CA,CH,CN,CU,CZ,DE,DK,E E,ES,FI,GB,GE,GH,GM,GW,HU ,ID,IL,IS,JP,KE,KG,KP,KR, KZ,LC,LK,LR,LS,LT,LU,LV,M D,MG,MK,MN,MW,MX,NO,NZ,PL ,PT,RO,RU,SD,SE,SG,SI,SK, SL,TJ,TM,TR,TT,UA,UG,US,U Z,VN,YU,ZW (72)発明者 スリラマン,プリヤ アメリカ合衆国08854ニュージャージー州 ピスカタウェイ、デイビッドソン・ロー ド900番、アパートメント60

Claims (1)

  1. 【特許請求の範囲】 1.配列番号1、配列番号9および配列番号11によってコードされるプロモ ーターエレメントの群より選択される、植物細胞の色素体における少なくとも1 つの目的外来タンパク質の生産を増強するための、単離されたrpoBプロモー ターエレメントおよびそのホモログ。 2.配列番号2、配列番号4、配列番号6および配列番号8によってコードさ れるプロモーターエレメントの群より選択される、植物細胞の色素体における少 なくとも1つの目的外来タンパク質の生産を増強するための、単離されたatp Bプロモーターエレメントおよびそのホモログ。 3.配列番号3、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15 、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、 配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、配 列番号26、配列番号30および配列番号31によってコードされるプロモータ ーエレメントの群より選択される、植物細胞の色素体における少なくとも1つの 目的外来タンパク質の生産を増強するための、単離されたclpPプロモーター エレメントおよびそのホモログ。 4.配列番号28および配列番号29によってコードされるプロモーターエレ メントの群より選択される、植物細胞の色素体における少なくとも1つの目的外 来タンパク質の生産を増強するための、単離された16SrDNAプロモーター エレメントおよびそのホモログ。 5.高等植物の色素体を安定に形質転換するためのDNA構築物であって: a)少なくとも1つの目的外来タンパク質をコードする転写単位; b)該転写単位に作動可能に連結された縦列の第1のNEPプロモーターおよ び第2のPEPプロモーター;ならびに c)該プロモーターによって調節される該転写単位の発現 を含む構築物。 6.NEPプロモーターがclpP−111でありPEPプロモーターがPr r n−114である請求項5記載のDNA構築物。 7.NEPプロモーターがclpP−53でありPEPプロモーターがPrr n−114である請求項5記載のDNA構築物。
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