JP2002306154A - Dna断片増幅装置 - Google Patents

Dna断片増幅装置

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JP2002306154A
JP2002306154A JP2001117965A JP2001117965A JP2002306154A JP 2002306154 A JP2002306154 A JP 2002306154A JP 2001117965 A JP2001117965 A JP 2001117965A JP 2001117965 A JP2001117965 A JP 2001117965A JP 2002306154 A JP2002306154 A JP 2002306154A
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Hisashi Hagiwara
久 萩原
Hiroaki Machida
浩昭 町田
Hidemi Yoshida
秀美 吉田
Yusuke Miyazaki
祐輔 宮崎
Masayoshi Kodama
正吉 児玉
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Hitachi Electronics Engineering Co Ltd
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Abstract

(57)【要約】 【課題】 分取したDNA断片を別のPCR増幅装置に
移すことなく、分取したDNAチップ上で直接PCR増
幅することができるDNA断片増幅装置を提供する。 【解決手段】 両端に電極ポットを有する溝状のサンプ
ル分画レーンと、該分画レーンの途中で、該分画レーン
と交差する、両端に電極ポットを有する溝状のサンプル
導入レーンと、前記サンプル導入レーンから離れた位置
で、該分画レーンの途中で、該分画レーンから分岐さ
れ、端部に電極ポットを有する溝状のサンプル分取レー
ンとを有するDNAチップを載置するための昇降可能な
載置台を有し、該載置台の、前記分取レーンの端部のポ
ットの底部に対応する位置に、加熱手段及び温度測定手
段を配設し、前記加熱手段が配設された位置に対応する
位置に冷却手段を配設したことを特徴とするDNA断片
増幅装置。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明はDNAチップと呼ば
れるような超小型DNA電気泳動部材に関する。更に詳
細には、本発明は目的とするDNA断片を分取し、同時
に該断片をその場で増幅することができる超小型DNA
電気泳動部材を用いたDNA断片増幅装置に関する。
【0002】
【従来の技術】DNA等の塩基配列を決定する方法とし
て、ゲル電気泳動法が広く実施されている。電気泳動す
る際に、従来は試料をラジオアイソトープでラベルし、
分析していたが、この方法では手間と時間がかかる難点
があった。更に、放射能管理の点から常に最大限の安全
性と管理が求められ、特別な施設内でなければ分析を行
うことができない。このため、最近では、試料を蛍光体
でラベルする方式が検討されている。
【0003】光を用いる方法では、蛍光ラベルしたDN
A断片をゲル中を泳動させるが、泳動開始部から、15
〜20cm下方に各泳動路毎に光励起部と光検出器を設け
ておき、ここを通過するDNA断片を順に計測する。例
えば、配列を決定しようとするDNA鎖を鋳型として酵
素反応(ダイデオキシ法)による操作で末端塩基種がわ
かった種々の長さのDNAを複製し、これらに蛍光体を
標識する。つまり、蛍光体で標識されたアデニン(A)
断片群,シトシン(C)断片群,グアニン(G)断片群
およびチミン(T)断片群を得る。これらの断片群を混
合して電気泳動用ゲルの別々の泳動レーン溝に注入し、
電圧を印加する。DNAは負の電荷を持つ鎖状の重合体
高分子のため、ゲル中を分子量に反比例した速度で移動
する。短い(分子量の小さい)DNA鎖ほど早く、長い
(分子量の大きい)DNA鎖ほどゆっくりと移動するの
で、分子量によりDNAを分画できる。
【0004】特開昭63−21556号公報には、レー
ザで照射される電気泳動装置のゲル上のラインと光ダイ
オードアレイの配列方向が電気泳動装置内のDNA断片
の泳動方向と直角となるように構成されたDNA塩基配
列決定装置が開示されている。この装置では、一対のガ
ラス板の間にポリアクリルアミドなどのゲル電解質を充
填し、ゲル電気泳動層を形成した後、該ゲル電気泳動層
の一端にDNAサンプルを注入し、ゲル電気泳動層の両
端をバッファ液に浸漬させながら、その両端に電圧を印
加してDNAサンプルを電気泳動させることによりゲル
電解質層上にDNA断片を展開する。光を用いる方法で
は、蛍光ラベルしたDNA断片をゲル中を泳動させる
が、泳動開始部から、15〜20cm下方に各泳動路毎に
光励起部と光検出器を設けておき、ここを通過するDN
A断片を順に計測する。例えば、配列を決定しようとす
るDNA鎖を鋳型として酵素反応(ダイデオキシ法)に
よる操作で末端塩基種がわかった種々の長さのDNAを
複製し、これらに蛍光体を標識する。つまり、蛍光体で
標識されたアデニン(A)断片群,シトシン(C)断片
群,グアニン(G)断片群およびチミン(T)断片群を
得る。これらの断片群を混合して電気泳動用ゲルの別々
の泳動レーン溝に注入し、電圧を印加する。DNAは負
の電荷を持つ鎖状の重合体高分子のため、ゲル中を分子
量に反比例した速度で移動する。短い(分子量の小さ
い)DNA鎖ほど早く、長い(分子量の大きい)DNA
鎖ほどゆっくりと移動するので、分子量によりDNAを
分画できる。
【0005】しかし、このような装置では一度に多量の
サンプルを取り扱うことができるという利点があるもの
の、泳動作業に数十時間も要し、DNA診断などのよう
な迅速な分析を必要とするような要望には答えることが
できなかった。
【0006】このような迅速分析という要求に応えるた
めに、DNAチップと呼ばれる超小型DNA電気泳動部
材が試作されている(例えば、特開平7−198680
号公報及び特開平11−183437号公報参照)。図
6はこのようなDNAチップ90の一例の基本パターン
を示す平面図である。このようなDNAチップにおける
通常の電気泳動は、チャネル内をゲルで満たし、ポット
94にDNAサンプルを添加し、ポット91はグランド
とし、ポット92に荷電を行う(すなわち、ポット9
2:+電位,ポット94:−電位)。すると、マイナス
に荷電したDNAサンプルはポット94からポット92
の方向に移動を始める。DNAサンプルがポット92に
到達する十分な時間経過後、ポット93に荷電を切り換
える。すると、DNAサンプルは電気泳動路94−92
と泳動路91−93の交点にある少量のDNAサンプル
がポット93方向へ分離の泳動を始める。“ふるい効
果”により分離されたDNA断片は分子量の大きさの小
さいものから電気泳動路95−96との交点を通過す
る。このとき、ポット95に荷電を行い、必要な大きさ
のDNA断片のみをポット95(すなわち、分取ポット
95)に取り込む。分取ポット95に取り込まれたDN
A断片はその後、PCR(ポリメラーゼ連鎖反応法)に
よる増幅及び塩基配列解析などの継続処理に使用され
る。
【0007】PCR法の原理は、例えば、実験医学,V
ol.7,No.2,14頁〜18頁(1989)に詳
細に説明されている。このPCR法は基本的に、特定
のDNA領域を挟んだ2種類のプライマーが結合された
2本鎖DNAを熱変性により1本鎖に変性し、プライ
マーをアニーリングし、Taqポリメラーゼにより伸
長させることからなる一連のサイクルからなり、このサ
イクルを数十回繰り返すことにより、その特定DNA領
域を数十万倍に増幅させることからなる。
【0008】従来のPCR自動増幅装置では、ポリメラ
ーゼ連鎖反応をプラスチック製のエッペンドルフチュー
ブのような小型試験管内で行っていた。このため、従来
の装置では、エッペンドルフチューブを温度調節可能な
チャンバ内に収容し、このチャンバ内の温度を変化させ
ることにより、エッペンドルフチューブ内の反応混合物
の温度を、熱変性、アニーリング伸長にそれぞれ
必要な温度に周期的に変化させる。例えば、熱変性の
場合は約94℃、アニーリングの場合は約55℃、
伸長の場合は約72℃にされる。
【0009】しかし、従来のPCR自動増幅装置の場
合、DNA断片の増幅に2時間、DNA断片の塩基配列
解析に1時間、合計3時間を要していた。このため、従
来の装置では、感染症の診断や食中毒の診断など、原因
を突き止めるための作業に時間が掛かりすぎ、発症から
手当までの間に長時間経過してしまい、存命率の低迷が
問題となっていた。
【0010】
【発明が解決しようとする課題】従って、本発明の目的
は、分取したDNA断片を別のPCR増幅装置に移すこ
となく、分取したDNAチップ上で直接PCR増幅する
ことができるDNA断片増幅装置を提供することであ
る。
【0011】
【課題を解決するための手段】前記課題は、両端に電極
ポットを有する溝状のサンプル分画レーンと、該分画レ
ーンの途中で、該分画レーンと交差する、両端に電極ポ
ットを有する溝状のサンプル導入レーンと、前記サンプ
ル導入レーンから離れた位置で、該分画レーンの途中
で、該分画レーンから分岐され、端部に電極ポットを有
する溝状のサンプル分取レーンとを有するDNAチップ
を載置するための昇降可能な載置台を有し、該載置台
の、前記分取レーンの端部のポットの底部に対応する位
置に、加熱手段及び温度測定手段を配設し、前記加熱手
段が配設された位置に対応する位置に冷却手段を配設す
ることにより解決される。
【0012】前記加熱手段は導電性金属のパターンから
なり、前記温度測定手段は前記加熱手段の導電性金属パ
ターン内に設けられた熱電対パターンであるか、又は前
記加熱手段用の導電性金属パターンを温度測定手段とし
て兼用することができる。また、前記冷却手段はペルチ
ェ素子からなることが好ましい。
【0013】
【発明の実施の形態】以下、図面を参照しながら本発明
の実施の形態について詳細に説明する。図1は本発明に
よるDNA断片増幅装置1の概要断面図である。図1に
おいて、DNA断片増幅装置1はDNAチップ載置台3
を有する。DNAチップ載置台3は適当な昇降機構5に
支持されている。DNAチップ載置台3の上面には加熱
手段6が配設されている。DNAチップ載置台3の一部
には貫通孔7が設けられている。DNAチップ載置台3
の下側には、冷却手段9が配設されている。冷却手段9
は例えば、ペルチェ素子11などである。ペルチェ素子
11は例えば、伝熱ブロック(例えば、アルミブロッ
ク)13と組み合わせて使用することが好ましい。ま
た、放熱などの効率を高めるために、ペルチェ素子11
の他方の側にヒートシンク15を接続させることが好ま
しい。更に、ヒートシンク15の効率を高めるために冷
却ファン17を併用することが好ましい。言うまでもな
く、ペルチェ素子以外の冷却手段も使用できる。昇降機
構5を駆動させてDNAチップ載置台3を下降させる
と、DNAチップ載置台3の貫通孔7内に伝熱ブロック
13が進入し、ブロック13の上面を加熱手段6の下面
に接触させることができる。昇降機構5は例えば、ステ
ッピングモータ、ボールスクリュー、ACモータなど任
意の精密制御可能な駆動手段を使用することができる。
【0014】図2は図1に示された加熱手段6の上面図
である。加熱手段6は、ガラス(例えばパイレックス
(登録商標)ガラス)又は合成樹脂(例えば、アクリル
樹脂)などのような誘電体の表面にパターン形成された
発熱部18と温度測定部19とを有する。発熱部18の
両端には接続端子21が配設されている。また、温度測
定部19の両端には接続端子23が配設されている。発
熱部18及び温度測定部19のパターン厚は例えば、
0.5μm程度である。発熱部18及び温度測定部19
の上面には例えば、テフロン(登録商標)コーティング
(図示されていない)などを施すこともできる。
【0015】図3は図2に示された加熱手段6のA部の
拡大図である。発熱部18は例えば、白金(Pt)又は
クロム(Cr)などの導電性金属からなるパターンであ
る。線幅は例えば、0.3mm程度である。発熱部18
は例えば、10mm×10mm程度の面積を有する。温
度測定部19は例えば、線幅が0.2mm程度の銅パタ
ーン25と、線幅が0.2mm程度のコンスタンタンパ
ターン27とで構成される熱伝対であることができる。
銅パターン25とコンスタンタンパターン27とは中央
で接続されている。銅及びコンスタンタン以外の、例え
ば、クロメル・アルメル等のパターン化可能な金属類か
らなる熱電対も使用できる。
【0016】図4は図1に示された加熱手段6の別の実
施例の上面図である。この場合、加熱手段は、ガラスな
どの誘電体基板の表面に形成された発熱部40と、この
発熱部40と電源(図示されていない)とを接続するた
めの端子42,42とから構成されている。発熱部40
に用いる導電性金属は白金又はクロムなどの測温抵抗体
を用いている。これらの測温抵抗体は温度に比例して抵
抗値が変化し、温度センサーなどに用いられている材料
である。従って、この実施例では、発熱部40を構成す
る導電性金属パターンは、温度測定端子44,44にも
接続されている。発熱部40を構成する導電性金属パタ
ーンの端子42,42を加熱用電源(図示されていな
い)に接続して加熱し、温度測定端子44,44の抵抗
値を適当な温度測定器(図示されていない)でモニター
することにより1種類の導電性金属パターンのみで、加
熱と温度測定の両方の機能を達成させることができる。
【0017】図5は本発明のDNA断片増幅装置1の動
作を制御するための制御系の概要構成図である。加熱手
段6の温度測定部19はコントローラ30に接続されて
いる。コントローラ30は例えば、MPU32とメモリ
34を有する。メモリ34には本発明のDNA断片増幅
装置1の加熱、冷却、昇降などの各動作に関する制御プ
ログラムが格納されている。コントローラ30は電源回
路36に接続されており、この電源回路36は加熱手段
6の発熱部18、ペルチェ素子11、冷却ファン17及
び昇降機構5のモータに接続されている。
【0018】次に、本発明のDNA断片増幅装置1の動
作について説明する。まず、DNAチップ90を加熱手
段6の上面に載置する。この場合、DNAチップ90の
分取ポット95が加熱手段6の上面に位置するように、
DNAチップ90を加熱手段6の上面に位置決めして配
置する事が好ましい。この際、昇降機構5を駆動させ
て、DNAチップ載置台3を上昇させて、冷却手段9か
ら離しておく。DNAチップ90を加熱手段6の上面に
載置したら、発熱部18の端子21を介して電流を白金
パターンに流して発熱させる。同時に、温度測定部19
で温度測定を開始する。PCR増幅に必要な温度に達し
たら、その温度を維持するように、発熱部18をON/
OFFさせる。PCR増幅に必要な温度を所定時間維持
したら、昇降機構5を駆動させて、DNAチップ載置台
3を下降させ、加熱手段6の発熱部18の下面に冷却手
段9の伝熱ブロック13を接触させ、ペルチェ素子11
を駆動させ、更に必要に応じて冷却ファン17を駆動さ
せて冷却する。この時の冷却温度も温度測定部19で測
定できる。その後、再度加熱する場合、ペルチェ素子1
1及び冷却ファン17を停止させる。そして、昇降機構
5を駆動し、DNAチップ載置台3を上昇させて伝熱ブ
ロック13と加熱手段6とを離し、発熱部18に通電し
て加熱を再開し、温度測定部19で温度測定を行う。前
記のように、PCR増幅を行う場合、熱変性の場合は
約94℃、アニーリングの場合は約55℃、伸長の
場合は約72℃の温度に加熱する。ペルチェ素子11は
冷却だけでなく、加熱目的にも使用できる。
【0019】PCR増幅に必要なTaqポリメラーゼな
どの酵素類およびその他必要な試薬類は予め分取ポット
95内に添加しておくことができる。または、図示され
ていない他の自動供給装置を併用するか、又は手作業で
DNAチップの分取ポット95に事後的に供給すること
もできる。
【0020】
【発明の効果】以上説明したように、本発明の装置によ
れば、DNAチップの分取ポットに分取された所望のD
NA断片を、DNAチップ上でその場でPCR増幅する
ことができる。その結果、従来のPCR増幅装置では増
幅に2時間以上要していたが、本発明の装置によれば約
30分間程度で本検査が可能となる。従って、感染症の
診断や、食中毒の診断など非常に迅速に実施することが
でき、発症から手当までの時間が短縮され、存命率を高
めることができる。
【図面の簡単な説明】
【図1】本発明のDNA断片増幅装置の概要構成図であ
る。
【図2】図1に示されたDNA断片増幅装置における加
熱手段の上面図である。
【図3】図2に示された加熱手段のA部の部分拡大図で
ある。
【図4】図1に示されたDNA断片増幅装置における加
熱手段の別の実施例の上面図である。
【図5】本発明のDNA断片増幅装置の制御系を示す概
要ブロック図である。
【図6】DNAチップ90の一例の基本パターンを示す
平面図である。
【符号の説明】
1 本発明のDNA断片増幅装置 3 DNAチップ載置台 5 昇降機構 6 加熱手段 7 貫通孔 9 冷却手段 11 ペルチェ素子 13 伝熱ブロック 15 ヒートシンク 17 冷却ファン 18 発熱部 19 温度測定部 21,23 接続端子 25 銅パターン 27 コンスタンタンパターン 30 コントローラ 32 MPU 34 メモリ 36 電源回路 40 発熱部 42,44 接続端子 90 DNAチップ 95 分取ポット
フロントページの続き (72)発明者 吉田 秀美 東京都渋谷区東3丁目16番3号 日立電子 エンジニアリング株式会社内 (72)発明者 宮崎 祐輔 東京都渋谷区東3丁目16番3号 日立電子 エンジニアリング株式会社内 (72)発明者 児玉 正吉 東京都渋谷区東3丁目16番3号 日立電子 エンジニアリング株式会社内 Fターム(参考) 4B024 AA20 CA01 CA11 HA14 HA19 4B029 AA23 BB20 CC02

Claims (6)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 両端に電極ポットを有する溝状のサンプ
    ル分画レーンと、該分画レーンの途中で、該分画レーン
    と交差する、両端に電極ポットを有する溝状のサンプル
    導入レーンと、前記サンプル導入レーンから離れた位置
    で、該分画レーンの途中で、該分画レーンから分岐さ
    れ、端部に電極ポットを有する溝状のサンプル分取レー
    ンとを有するDNAチップを載置するための昇降可能な
    載置台を有し、該載置台の、前記分取レーンの端部のポ
    ットの底部に対応する位置に、加熱手段及び温度測定手
    段を配設し、前記加熱手段が配設された位置に対応する
    位置に冷却手段を配設したことを特徴とするDNA断片
    増幅装置。
  2. 【請求項2】 前記加熱手段は誘電体基板上に形成され
    た導電体パターンからなり、前記温度測定手段は前記加
    熱手段と同じ位置に形成された熱電対であることを特徴
    とする請求項1に記載のDNA断片増幅装置。
  3. 【請求項3】 前記加熱手段は誘電体基板上に形成され
    た導電体パターンからなり、前記導電体パターンが前記
    温度測定手段としても兼用されることを特徴とする請求
    項1に記載のDNA断片増幅装置。
  4. 【請求項4】 前記冷却手段はペルチェ素子であること
    を特徴とする請求項1に記載のDNA断片増幅装置。
  5. 【請求項5】 前記ペルチェ素子は伝熱ブロックと、ヒ
    ートシンクと冷却ファンを組み合わせて併用されること
    を特徴とする請求項4に記載のDNA断片増幅装置。
  6. 【請求項6】 前記加熱手段及び温度測定手段は、ガラ
    ス及び合成樹脂からなる群から選択される誘電体基板の
    表面に形成されることを特徴とする請求項2に記載のD
    NA断片増幅装置。
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