JP2002262891A - スタフィロコッカス・アウレウス由来の２成分シグナルトランスダクションシステムタンパク質 - Google Patents
スタフィロコッカス・アウレウス由来の２成分シグナルトランスダクションシステムタンパク質Info
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Abstract
(57)【要約】
【課題】 抗生物質活性を有する化合物をスクリーニン
グし、感染などの疾患の病因において、その役割を決定
することのできるファクターが望まれている。 【解決手段】 本発明は、新規応答レギュレーターポリ
ペプチドおよびかかるポリペプチドをコードしているＤ
ＮＡ（ＲＮＡ）ならびに組み換え法によるかかるポリペ
プチドの製造方法、その核酸配列およびそのポリペプチ
ドの宿主における存在に関連した疾病の検出のための診
断アッセイおよび、宿主における応答レギュレーターを
コードしているポリヌクレオチドの検出ならびに該ポリ
ペプチドの検出のための診断アッセイを提供する。
グし、感染などの疾患の病因において、その役割を決定
することのできるファクターが望まれている。 【解決手段】 本発明は、新規応答レギュレーターポリ
ペプチドおよびかかるポリペプチドをコードしているＤ
ＮＡ（ＲＮＡ）ならびに組み換え法によるかかるポリペ
プチドの製造方法、その核酸配列およびそのポリペプチ
ドの宿主における存在に関連した疾病の検出のための診
断アッセイおよび、宿主における応答レギュレーターを
コードしているポリヌクレオチドの検出ならびに該ポリ
ペプチドの検出のための診断アッセイを提供する。
Description
【０００１】（技術分野）本発明は、一般に、バシラス
・サチリス（Bacillus subtilis）由来のＲｅｓＤ応答
調節タンパク質のファミリーにおいて新たに同定された
ポリヌクレオチドおよびポリペプチドに関する。
・サチリス（Bacillus subtilis）由来のＲｅｓＤ応答
調節タンパク質のファミリーにおいて新たに同定された
ポリヌクレオチドおよびポリペプチドに関する。
【０００２】（従来技術）多くの２成分シグナルトラン
スダクションシステム（ＴＣＳＴＳ）が細菌において同
定されている（Stock, J. B.ら、(1989) Microbiol. Re
v. 53, 450-490)。これらは、その周囲を監視し、その
環境の変化に適応する細菌の能力に関連している。これ
らの細菌のＴＣＳＴＳのいくつかは、宿主内での毒性お
よび細菌性病原性に関連する。応答レギュレーターは、
ＴＣＳＴＳの成分である。これらのタンパク質は、ヒス
チジンキナーゼによりリン酸化され、一度リン酸化され
ると、しばしばＤＮＡ結合ドメインの活性化を介して、
応答に作用する。応答レギュレーターは、約１００アミ
ノ酸残基の保存Ｎ−末端ドメインにより特徴付けられ
る。応答レギュレーターのＮ−末端ドメインならびにＣ
ｈｅＹ中の残基Ｄ１２、Ｄ１３、Ｄ５７、Ｔ８７、Ｋ１
０９（Matsumura, P. ら、(1984) J. Bacteriol.160, 3
6-41）に対応する、保持された5個の機能的に重要な残
基は、保存された構造特性を有する（Volz, K. (1993)
Biochemistry 32, 11741-11753）。サルモネラ・チフィ
ムリウム（Salmonella typhimurium）（Stock, A. M.,
ら、(1989)Nature, 337, 745-749）およびエシェリシア
・コリ（Escherichia coli）（Volz, K. & Matsumura,
P. (1991) J. Biol. Chem. 266, 15511-15519）由来の
ＣｈｅＹの３次元構造およびエス・チフィムリウム由来
の窒素調節タンパク質ＣのＮ−末端ドメイン（Volkman,
B. F. ら、(1995) Biochemistry, 34 1413-1424）は、
バシラス・サチリス由来のＳｐｏＯＦの2次元構造（Feh
er, V. A. ら、(1995)Protein Science, 4, 1801-181
4）と同様、利用可能である。これらの構造は、（ａ／
ｂ）５の折りたたみ（fold）を有する。いくつかの構造
残基は、異なる応答レギュレーター配列間、特に、β−
シート疎水性コアおよびα−へリックス由来の部位中の
疎水性残基で保存されている。この応答レギュレーター
のファミリーには、ＲｅｓＤを含む。ＲｅｓＤは、ビー
・サチリス（B. subtilis）における好気的および嫌気
的呼吸の調節を制御し、さらに胞子形成、炭素源利用お
よびＰｈｏレギュロン調節に作用できる、ＴＣＳＴＳの
応答レギュレーターである（Sun, G.ら、(1996) J. Bac
teriol., 178, 1374-1385）。
スダクションシステム（ＴＣＳＴＳ）が細菌において同
定されている（Stock, J. B.ら、(1989) Microbiol. Re
v. 53, 450-490)。これらは、その周囲を監視し、その
環境の変化に適応する細菌の能力に関連している。これ
らの細菌のＴＣＳＴＳのいくつかは、宿主内での毒性お
よび細菌性病原性に関連する。応答レギュレーターは、
ＴＣＳＴＳの成分である。これらのタンパク質は、ヒス
チジンキナーゼによりリン酸化され、一度リン酸化され
ると、しばしばＤＮＡ結合ドメインの活性化を介して、
応答に作用する。応答レギュレーターは、約１００アミ
ノ酸残基の保存Ｎ−末端ドメインにより特徴付けられ
る。応答レギュレーターのＮ−末端ドメインならびにＣ
ｈｅＹ中の残基Ｄ１２、Ｄ１３、Ｄ５７、Ｔ８７、Ｋ１
０９（Matsumura, P. ら、(1984) J. Bacteriol.160, 3
6-41）に対応する、保持された5個の機能的に重要な残
基は、保存された構造特性を有する（Volz, K. (1993)
Biochemistry 32, 11741-11753）。サルモネラ・チフィ
ムリウム（Salmonella typhimurium）（Stock, A. M.,
ら、(1989)Nature, 337, 745-749）およびエシェリシア
・コリ（Escherichia coli）（Volz, K. & Matsumura,
P. (1991) J. Biol. Chem. 266, 15511-15519）由来の
ＣｈｅＹの３次元構造およびエス・チフィムリウム由来
の窒素調節タンパク質ＣのＮ−末端ドメイン（Volkman,
B. F. ら、(1995) Biochemistry, 34 1413-1424）は、
バシラス・サチリス由来のＳｐｏＯＦの2次元構造（Feh
er, V. A. ら、(1995)Protein Science, 4, 1801-181
4）と同様、利用可能である。これらの構造は、（ａ／
ｂ）５の折りたたみ（fold）を有する。いくつかの構造
残基は、異なる応答レギュレーター配列間、特に、β−
シート疎水性コアおよびα−へリックス由来の部位中の
疎水性残基で保存されている。この応答レギュレーター
のファミリーには、ＲｅｓＤを含む。ＲｅｓＤは、ビー
・サチリス（B. subtilis）における好気的および嫌気
的呼吸の調節を制御し、さらに胞子形成、炭素源利用お
よびＰｈｏレギュロン調節に作用できる、ＴＣＳＴＳの
応答レギュレーターである（Sun, G.ら、(1996) J. Bac
teriol., 178, 1374-1385）。
【０００３】ヒスチジンキナーゼは、ヒスチジン残基で
自動リン酸化するＴＣＳＴＳの成分である。ついで、リ
ン酸基は関連する応答レギュレーターに移される。ヒス
チジンキナーゼは、5個の短い保存されたアミノ酸配列
を有する（Stock. J. B. ら、(1989) Microbiol. Rev.
53, 450-490, Swanson, R. V. ら、(1994) TIBS 19 485
-491）。これらは、リン酸化される、保存アスパラギン
残基が約１００残基後に続く、ヒスチジン残基である。
さらに１５ないし４５残基後に、ＤＸＧＸＧモチーフが
見られ、さらに１０−２０残基後にＦＸＸＦモチーフが
続く。さらに１０−２０残基には、他のグリシンモチー
フ、ＧＸＧが見られる。２個のグリシンモチーフは、ヌ
クレオチド結合に関与するものと考えられている。ＴＣ
ＳＴＳにより調節されるプロセスには、毒性因子の生
成、運動性、抗生物質耐性および細胞複製がある。ＴＣ
ＳＴＳタンパク質の阻害剤は、病因に必要な因子の生成
を妨げることにより、細菌が宿主の感染を確立し維持す
ることを妨げ、それにより、抗細菌治療において有用性
がある。明らかに、抗生物質活性を有する化合物をスク
リーンするのに使用でき、感染、機能障害および疾患の
病因におけるそれらの役割を決定するのにも用いること
のできる因子が必要とされている。それゆえ、感染、機
能障害または疾患を妨げ、改善しまたは調整する役割を
担うことのできる該因子の同定および解析が必要とされ
ている。
自動リン酸化するＴＣＳＴＳの成分である。ついで、リ
ン酸基は関連する応答レギュレーターに移される。ヒス
チジンキナーゼは、5個の短い保存されたアミノ酸配列
を有する（Stock. J. B. ら、(1989) Microbiol. Rev.
53, 450-490, Swanson, R. V. ら、(1994) TIBS 19 485
-491）。これらは、リン酸化される、保存アスパラギン
残基が約１００残基後に続く、ヒスチジン残基である。
さらに１５ないし４５残基後に、ＤＸＧＸＧモチーフが
見られ、さらに１０−２０残基後にＦＸＸＦモチーフが
続く。さらに１０−２０残基には、他のグリシンモチー
フ、ＧＸＧが見られる。２個のグリシンモチーフは、ヌ
クレオチド結合に関与するものと考えられている。ＴＣ
ＳＴＳにより調節されるプロセスには、毒性因子の生
成、運動性、抗生物質耐性および細胞複製がある。ＴＣ
ＳＴＳタンパク質の阻害剤は、病因に必要な因子の生成
を妨げることにより、細菌が宿主の感染を確立し維持す
ることを妨げ、それにより、抗細菌治療において有用性
がある。明らかに、抗生物質活性を有する化合物をスク
リーンするのに使用でき、感染、機能障害および疾患の
病因におけるそれらの役割を決定するのにも用いること
のできる因子が必要とされている。それゆえ、感染、機
能障害または疾患を妨げ、改善しまたは調整する役割を
担うことのできる該因子の同定および解析が必要とされ
ている。
【０００４】（発明の開示）これらの目的、およびその
他に対し、本発明は、ポリペプチド、なかでも、図２に
示されるアミノ酸配列およびＲｅｓＤタンパク質などの
他のタンパク質の知られたアミノ酸配列間の比較によ
り、新規なペプチドであると同定されたポリペプチドを
提供することを目的とする。さらに、本発明の新規なポ
リペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供するこ
とを目的とする。本発明のこの態様の好ましい具体例に
おいて、ポリヌクレオチドは、図１（配列番号１）に示
される配列、またはそのフラグメント、アナログまたは
誘導体において、新規なポリペプチドをコードする領域
を含む。他の本発明の特に好ましい具体例において、図
２（配列番号２）のアミノ酸配列、またはそのフラグメ
ント、アナログまたは誘導体を含む、スタフィロコッカ
ス・アウレウス（Staphylococcus aureus）由来の新規
なタンパク質がある。本発明のこの態様によれば、Nati
onal Collection of Industrial and MarineBacteria L
td. (NCIMB), Aberdeen, Scotland に、受託番号ＮＣＩ
ＭＢ40711として、１９９５年９月１１日に寄託されて
いる、スタフィロコッカス・アウレウスＤＮＡにより発
現可能な成熟ポリペプチドをコードする単離された核酸
分子が提供される。
他に対し、本発明は、ポリペプチド、なかでも、図２に
示されるアミノ酸配列およびＲｅｓＤタンパク質などの
他のタンパク質の知られたアミノ酸配列間の比較によ
り、新規なペプチドであると同定されたポリペプチドを
提供することを目的とする。さらに、本発明の新規なポ
リペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供するこ
とを目的とする。本発明のこの態様の好ましい具体例に
おいて、ポリヌクレオチドは、図１（配列番号１）に示
される配列、またはそのフラグメント、アナログまたは
誘導体において、新規なポリペプチドをコードする領域
を含む。他の本発明の特に好ましい具体例において、図
２（配列番号２）のアミノ酸配列、またはそのフラグメ
ント、アナログまたは誘導体を含む、スタフィロコッカ
ス・アウレウス（Staphylococcus aureus）由来の新規
なタンパク質がある。本発明のこの態様によれば、Nati
onal Collection of Industrial and MarineBacteria L
td. (NCIMB), Aberdeen, Scotland に、受託番号ＮＣＩ
ＭＢ40711として、１９９５年９月１１日に寄託されて
いる、スタフィロコッカス・アウレウスＤＮＡにより発
現可能な成熟ポリペプチドをコードする単離された核酸
分子が提供される。
【０００５】本発明のこの態様によれば、ｍＲＮＡ、ｃ
ＤＮＡ、ゲノムＤＮＡを含む、新規ポリペプチドをコー
ドする単離核酸分子が提供され、さらに本発明のこの態
様の具体例には、生物学的に、診断的に、予防的に、臨
床的にまたは治療的に有用なそれらの変種、アナログま
たは誘導体、または、変種、アナログおよび誘導体のフ
ラグメントを含むフラグメント、および、同じ物を含む
組成物が含まれる。本発明の他の態様によれば、本発明
のポリヌクレオチドの治療的または予防的目的、特に、
遺伝学的免疫化における使用が提供される。本発明のこ
の態様の特に好ましい具体例は、新規核酸配列の自然に
生じる対立遺伝子変種およびそれによりコードされるポ
リペプチドである。本発明のこの態様によれば、配列番
号２のアミノ酸配列により特徴付けられる新規ポリペプ
チド、ならびに、生物学的に、診断的に、予防的に、臨
床的にまたは治療的に有用なそれらのフラグメント、変
種および誘導体、フラグメントの変種および誘導体、前
記のアナログ、同じ物を含む組成物が提供される。本発
明のこの態様の特に好ましい具体例は、配列番号１の核
酸配列により特徴付けられる本発明の遺伝子の自然に生
じる対立遺伝子によりコードされるポリペプチドの変種
である。本発明のこの態様の好ましい具体例において、
上述したポリペプチドを製造する方法が提供される。
ＤＮＡ、ゲノムＤＮＡを含む、新規ポリペプチドをコー
ドする単離核酸分子が提供され、さらに本発明のこの態
様の具体例には、生物学的に、診断的に、予防的に、臨
床的にまたは治療的に有用なそれらの変種、アナログま
たは誘導体、または、変種、アナログおよび誘導体のフ
ラグメントを含むフラグメント、および、同じ物を含む
組成物が含まれる。本発明の他の態様によれば、本発明
のポリヌクレオチドの治療的または予防的目的、特に、
遺伝学的免疫化における使用が提供される。本発明のこ
の態様の特に好ましい具体例は、新規核酸配列の自然に
生じる対立遺伝子変種およびそれによりコードされるポ
リペプチドである。本発明のこの態様によれば、配列番
号２のアミノ酸配列により特徴付けられる新規ポリペプ
チド、ならびに、生物学的に、診断的に、予防的に、臨
床的にまたは治療的に有用なそれらのフラグメント、変
種および誘導体、フラグメントの変種および誘導体、前
記のアナログ、同じ物を含む組成物が提供される。本発
明のこの態様の特に好ましい具体例は、配列番号１の核
酸配列により特徴付けられる本発明の遺伝子の自然に生
じる対立遺伝子によりコードされるポリペプチドの変種
である。本発明のこの態様の好ましい具体例において、
上述したポリペプチドを製造する方法が提供される。
【０００６】本発明のさらに別の態様によれば、たとえ
ば抗生物質を含む抗細菌剤として有用な該ポリペプチド
に対する阻害剤が提供される。本発明のこの態様の特定
の好ましい具体例によれば、生成物、組成物および方
法、なかでも：発現の評価；細菌感染の治療および防
御；遺伝学的変化のアッセイ；および、細菌、特にスタ
フィロコッカスに対する免疫学的応答を引き起こすため
の生物への本発明の新規なポリペプチドまたはポリヌク
レオチドの投与、が提供される。本発明のこの態様およ
び他の態様の特定の好ましい具体例によれば、配列番号
１を含む本発明の新規なポリヌクレオチド配列とハイブ
リダイズするポリヌクレオチドが提供される。本発明の
この態様のさらなる好ましい具体例によれば、本発明の
ポリペプチドに対する抗体が提供される。本発明の他の
態様によれば、好ましくは、静菌性または殺菌性でもあ
る、本発明のポリヌクレオチドおよび／またはポリペプ
チドに対するアゴニストが提供される。
ば抗生物質を含む抗細菌剤として有用な該ポリペプチド
に対する阻害剤が提供される。本発明のこの態様の特定
の好ましい具体例によれば、生成物、組成物および方
法、なかでも：発現の評価；細菌感染の治療および防
御；遺伝学的変化のアッセイ；および、細菌、特にスタ
フィロコッカスに対する免疫学的応答を引き起こすため
の生物への本発明の新規なポリペプチドまたはポリヌク
レオチドの投与、が提供される。本発明のこの態様およ
び他の態様の特定の好ましい具体例によれば、配列番号
１を含む本発明の新規なポリヌクレオチド配列とハイブ
リダイズするポリヌクレオチドが提供される。本発明の
この態様のさらなる好ましい具体例によれば、本発明の
ポリペプチドに対する抗体が提供される。本発明の他の
態様によれば、好ましくは、静菌性または殺菌性でもあ
る、本発明のポリヌクレオチドおよび／またはポリペプ
チドに対するアゴニストが提供される。
【０００７】本発明のさらに別の態様によれば、好まし
くは、静菌性または殺菌性でもある、本発明のポリヌク
レオチドおよび／またはポリペプチドに対するアンタゴ
ニストが提供される。本発明のさらなる態様によれば、
本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドを含む、
細胞または多細胞生物に投与するための、組成物が提供
される。以下の記載を読むことおよび本発明の開示の他
の部分を読むことにより、開示される発明の精神および
範囲内の様々な変更および修飾が当業者に明らかとなる
であろう。一般的には、本発明は、新たに同定された応
答レギュレーターのポリヌクレオチドおよびポリヌクレ
オチド、特に、ＲｅｓＤファミリーに関する。また、本
発明は、これらのポリヌクレオチドおよびポリペプチド
の変種および誘導体；これらのポリヌクレオチドおよび
これらのポリペプチド、ならびそれらの変種および誘導
体の製造方法；ポリペプチドのアゴニストおよびアンタ
ゴニスト；これらのポリヌクレオチド、ポリペプチド、
変種、誘導体、アゴニストおよびアンタゴニストの使用
を包含する。特に、本発明は、配列番号２に示されるア
ミノ酸配列またはそれらのフラグメント、アナログまた
は誘導体を含むと解析された、エス・アウレウスＷＣＵ
Ｈ２９由来の新規な応答レギュレータータンパク質に関
する。本発明の別の態様によれば、該ポリペプチドをコ
ードするポリヌクレオチド（ＤＮＡまたはＲＮＡ）が提
供される。
くは、静菌性または殺菌性でもある、本発明のポリヌク
レオチドおよび／またはポリペプチドに対するアンタゴ
ニストが提供される。本発明のさらなる態様によれば、
本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドを含む、
細胞または多細胞生物に投与するための、組成物が提供
される。以下の記載を読むことおよび本発明の開示の他
の部分を読むことにより、開示される発明の精神および
範囲内の様々な変更および修飾が当業者に明らかとなる
であろう。一般的には、本発明は、新たに同定された応
答レギュレーターのポリヌクレオチドおよびポリヌクレ
オチド、特に、ＲｅｓＤファミリーに関する。また、本
発明は、これらのポリヌクレオチドおよびポリペプチド
の変種および誘導体；これらのポリヌクレオチドおよび
これらのポリペプチド、ならびそれらの変種および誘導
体の製造方法；ポリペプチドのアゴニストおよびアンタ
ゴニスト；これらのポリヌクレオチド、ポリペプチド、
変種、誘導体、アゴニストおよびアンタゴニストの使用
を包含する。特に、本発明は、配列番号２に示されるア
ミノ酸配列またはそれらのフラグメント、アナログまた
は誘導体を含むと解析された、エス・アウレウスＷＣＵ
Ｈ２９由来の新規な応答レギュレータータンパク質に関
する。本発明の別の態様によれば、該ポリペプチドをコ
ードするポリヌクレオチド（ＤＮＡまたはＲＮＡ）が提
供される。
【０００８】（定義）以下の例示的な説明は、本明細
書、特に実施例において汎用される特定の用語の理解を
容易にするために提供される。説明は、便宜上示すもの
であり、本発明を限定するものではない。本明細書で用
いる「結合分子」は、例えば酵素基質、細胞膜成分およ
び古典的なレセプターを含め、本発明のポリペプチドま
たはポリヌクレオチドと特異的に結合または相互作用す
る分子またはイオンをいう。結合または相互作用分子を
含め、本発明のポリペプチドと、そのような分子間の結
合は、本発明のポリペプチドに対して独占的であること
が好ましく、またはその結合は本発明のポリペプチドに
高度に特異的であることもまた好ましく、またはその結
合は本発明のポリペプチドを包含するタンパク質群に高
度に特異的であることも好ましく、または少なくともそ
の一つが本発明のポリペプチドを含む、数種のタンパク
質群に特異的であってもよい。結合分子はまた、本発明
のポリペプチドに特異的に結合する抗体および抗体由来
の物質をも包含する。
書、特に実施例において汎用される特定の用語の理解を
容易にするために提供される。説明は、便宜上示すもの
であり、本発明を限定するものではない。本明細書で用
いる「結合分子」は、例えば酵素基質、細胞膜成分およ
び古典的なレセプターを含め、本発明のポリペプチドま
たはポリヌクレオチドと特異的に結合または相互作用す
る分子またはイオンをいう。結合または相互作用分子を
含め、本発明のポリペプチドと、そのような分子間の結
合は、本発明のポリペプチドに対して独占的であること
が好ましく、またはその結合は本発明のポリペプチドに
高度に特異的であることもまた好ましく、またはその結
合は本発明のポリペプチドを包含するタンパク質群に高
度に特異的であることも好ましく、または少なくともそ
の一つが本発明のポリペプチドを含む、数種のタンパク
質群に特異的であってもよい。結合分子はまた、本発明
のポリペプチドに特異的に結合する抗体および抗体由来
の物質をも包含する。
【０００９】「遺伝学的エレメント」は、一般に、ポリ
ペプチドをコードする領域、もしくは複製、転写もしく
は翻訳、もしくは宿主細胞においてポリペプチドを発現
するのに重要なその他の過程を制御するポリヌクレオチ
ド領域を含むポリヌクレオチド、またはポリペプチドを
コードする領域およびそれらに機能的に連結した発現を
制御する領域の両方を含むポリヌクレオチドを意味す
る。遺伝学的エレメントは、エピソームエレメント、す
なわち、宿主細胞ゲノムと物理的に独立した分子とし
て、複製するベクター内に含まれていてもよい。それら
はプラスミド内に含まれていてもよい。遺伝学的エレメ
ントはまた、自然の状態ではなく、むしろ単離、クロー
ニングおよび宿主細胞への導入のような操作の後に、精
製ＤＮＡの形態で宿主細胞ゲノム内またはとりわけベク
ター内にも含まれていてもよい。外来ＤＮＡが細胞膜中
に導入されている時、細胞は外来ＤＮＡにより「トラン
スフォーム」されている。外来ＤＮＡは、染色体ＤＮＡ
中に組み込まれ（共有結合して）細胞のゲノムを構成し
ていてもよく、していないくてもよい。たとえば、原核
細胞および酵母では、外来ＤＮＡは、プラスミドなどの
エピソームエレメントとして保持され得る。真核細胞に
ついてみると、安定にトランスフォームまたはトランス
フェクトされた細胞は、染色体複製により娘細胞に遺伝
するように、外来ＤＮＡが染色体中に組み込まれている
ものである。この安定性は、細胞系、または、外来ＤＮ
Ａを含む娘細胞の集団からなるクローンを確立する、真
核細胞の能力により示される。
ペプチドをコードする領域、もしくは複製、転写もしく
は翻訳、もしくは宿主細胞においてポリペプチドを発現
するのに重要なその他の過程を制御するポリヌクレオチ
ド領域を含むポリヌクレオチド、またはポリペプチドを
コードする領域およびそれらに機能的に連結した発現を
制御する領域の両方を含むポリヌクレオチドを意味す
る。遺伝学的エレメントは、エピソームエレメント、す
なわち、宿主細胞ゲノムと物理的に独立した分子とし
て、複製するベクター内に含まれていてもよい。それら
はプラスミド内に含まれていてもよい。遺伝学的エレメ
ントはまた、自然の状態ではなく、むしろ単離、クロー
ニングおよび宿主細胞への導入のような操作の後に、精
製ＤＮＡの形態で宿主細胞ゲノム内またはとりわけベク
ター内にも含まれていてもよい。外来ＤＮＡが細胞膜中
に導入されている時、細胞は外来ＤＮＡにより「トラン
スフォーム」されている。外来ＤＮＡは、染色体ＤＮＡ
中に組み込まれ（共有結合して）細胞のゲノムを構成し
ていてもよく、していないくてもよい。たとえば、原核
細胞および酵母では、外来ＤＮＡは、プラスミドなどの
エピソームエレメントとして保持され得る。真核細胞に
ついてみると、安定にトランスフォームまたはトランス
フェクトされた細胞は、染色体複製により娘細胞に遺伝
するように、外来ＤＮＡが染色体中に組み込まれている
ものである。この安定性は、細胞系、または、外来ＤＮ
Ａを含む娘細胞の集団からなるクローンを確立する、真
核細胞の能力により示される。
【００１０】「宿主細胞」は外来ポリヌクレオチド配列
によりトランスダクション、トランスフォーメーション
またはトランスフェクションされた細胞であるか、また
はトランスダクション、トランスフォーメーションまた
はトランスフェクションすることのできる細胞である。
「クローン」は、単一細胞または有糸分裂による共通の
祖先由来の細胞の集団である。「細胞系」は、多世代に
わたりインビトロで安定に生育できる一次細胞のクロー
ンである。「レプリコン」は、インビボでのＤＮＡ複製
の自律的単位として機能する、すなわち、その自らの制
御下で複製することのできる、遺伝的エレメント（たと
えば、プラスミド、染色体、ウイルス）である。「ベク
ター」は、プラスミド、ファージ、またはコスミドなど
のレプリコンであり、連結したセグメントの複製ができ
るように、これらに他のＤＮＡセグメントを連結させる
ことができる。「二本鎖ＤＮＡ分子」は、弛緩型および
超らせん型の両方の二本鎖ヘリックスにおけるデオキシ
リボヌクレオチド（塩基アデニン、グアニン、チミン、
またはシトシン）のポリマー形態を意味する。この用語
は、分子の一次元および二次元構造を意味するのみであ
り、特定の三次元構造を限定するものではない。それゆ
え、この用語は、とりわけ、直鎖状ＤＮＡ分子（たとえ
ば、制限フラグメント）、ウイルス、プラスミドおよび
染色体に見られる二本鎖ＤＮＡを含む。特定の二本鎖Ｄ
ＮＡ分子の構造を議論する場合、配列は、ＤＮＡの非転
写鎖（すなわち、ｍＲＮＡと相同性のある配列を有する
鎖）にそって５’から３’方向にある配列のみを記載す
る慣例にしたがって明細書中に記載されるものである。
によりトランスダクション、トランスフォーメーション
またはトランスフェクションされた細胞であるか、また
はトランスダクション、トランスフォーメーションまた
はトランスフェクションすることのできる細胞である。
「クローン」は、単一細胞または有糸分裂による共通の
祖先由来の細胞の集団である。「細胞系」は、多世代に
わたりインビトロで安定に生育できる一次細胞のクロー
ンである。「レプリコン」は、インビボでのＤＮＡ複製
の自律的単位として機能する、すなわち、その自らの制
御下で複製することのできる、遺伝的エレメント（たと
えば、プラスミド、染色体、ウイルス）である。「ベク
ター」は、プラスミド、ファージ、またはコスミドなど
のレプリコンであり、連結したセグメントの複製ができ
るように、これらに他のＤＮＡセグメントを連結させる
ことができる。「二本鎖ＤＮＡ分子」は、弛緩型および
超らせん型の両方の二本鎖ヘリックスにおけるデオキシ
リボヌクレオチド（塩基アデニン、グアニン、チミン、
またはシトシン）のポリマー形態を意味する。この用語
は、分子の一次元および二次元構造を意味するのみであ
り、特定の三次元構造を限定するものではない。それゆ
え、この用語は、とりわけ、直鎖状ＤＮＡ分子（たとえ
ば、制限フラグメント）、ウイルス、プラスミドおよび
染色体に見られる二本鎖ＤＮＡを含む。特定の二本鎖Ｄ
ＮＡ分子の構造を議論する場合、配列は、ＤＮＡの非転
写鎖（すなわち、ｍＲＮＡと相同性のある配列を有する
鎖）にそって５’から３’方向にある配列のみを記載す
る慣例にしたがって明細書中に記載されるものである。
【００１１】特定のタンパク質の「コーディング配列」
または特定のタンパク質を「コードするヌクレオチド配
列」のＤＮＡは、適当な調節配列の制御下に置かれる
と、転写され、タンパク質に翻訳されるＤＮＡ配列であ
る。「プロモーター配列」は、細胞中でＲＮＡポリメラ
ーゼと結合でき、下流（３’方向）コーディング配列の
転写を開始できるＤＮＡ調節領域である。本発明を定義
する目的では、プロモーター配列は、コーディング配列
の翻訳開始コドン（たとえば、ＡＴＧ）により３’末端
で境界が引かれ、上流（５’方向）にのび、バックグラ
ウンドよりも上の検出可能なレベルで転写を開始するの
に必要な塩基またはエレメントの最小数を含む。プロモ
ーター配列中に、転写開始部位（通常、ヌクレアーゼＳ
１でマッピングにより定義される）、ならびにＲＮＡポ
リメラーゼの結合に関与するタンパク質結合ドメイン
（コンセンサス配列）が見出される。真核プロモーター
は、しばしば、いつもでなないが、「ＴＡＴＡ」ボック
スおよび「ＣＡＴ」ボックスを含む。原核プロモーター
は、−１０および−３５コンセンサス配列に加え、シャ
イン−ダルガノ配列を含む。「ＤＮＡ制御配列」は、プ
ロモーター配列、リボソーム結合部位、ポリアデニレー
ションシグナル、転写終結配列、上流調節ドメイン、エ
ンハンサー、および宿主細胞中でコーディング配列の発
現（すなわち、転写および翻訳）を提供するようなもの
を、ひとまとめにして意味する。制御配列は、ＲＮＡポ
リメラーゼがプロモーター配列に結合し、コーディング
配列をｍＲＮＡに転写し、ついでコーディング配列にコ
ードされるポリペプチドに翻訳する時、細胞中でコーデ
ィング配列の発現を制御する。
または特定のタンパク質を「コードするヌクレオチド配
列」のＤＮＡは、適当な調節配列の制御下に置かれる
と、転写され、タンパク質に翻訳されるＤＮＡ配列であ
る。「プロモーター配列」は、細胞中でＲＮＡポリメラ
ーゼと結合でき、下流（３’方向）コーディング配列の
転写を開始できるＤＮＡ調節領域である。本発明を定義
する目的では、プロモーター配列は、コーディング配列
の翻訳開始コドン（たとえば、ＡＴＧ）により３’末端
で境界が引かれ、上流（５’方向）にのび、バックグラ
ウンドよりも上の検出可能なレベルで転写を開始するの
に必要な塩基またはエレメントの最小数を含む。プロモ
ーター配列中に、転写開始部位（通常、ヌクレアーゼＳ
１でマッピングにより定義される）、ならびにＲＮＡポ
リメラーゼの結合に関与するタンパク質結合ドメイン
（コンセンサス配列）が見出される。真核プロモーター
は、しばしば、いつもでなないが、「ＴＡＴＡ」ボック
スおよび「ＣＡＴ」ボックスを含む。原核プロモーター
は、−１０および−３５コンセンサス配列に加え、シャ
イン−ダルガノ配列を含む。「ＤＮＡ制御配列」は、プ
ロモーター配列、リボソーム結合部位、ポリアデニレー
ションシグナル、転写終結配列、上流調節ドメイン、エ
ンハンサー、および宿主細胞中でコーディング配列の発
現（すなわち、転写および翻訳）を提供するようなもの
を、ひとまとめにして意味する。制御配列は、ＲＮＡポ
リメラーゼがプロモーター配列に結合し、コーディング
配列をｍＲＮＡに転写し、ついでコーディング配列にコ
ードされるポリペプチドに翻訳する時、細胞中でコーデ
ィング配列の発現を制御する。
【００１２】「ＤＮＡの消化」とは、ＤＮＡのある配列
にのみ作用する制限酵素によるＤＮＡの触媒的切断をい
う。本明細書で用いられる種々の制限酵素は商業上入手
可能であり、それらの反応条件、補因子およびその他の
必要事項は、当業者において知られるものを用いた。分
析の目的では、典型的には、１μｇのプラスミドあるい
はＤＮＡフラグメントを約２単位の酵素とともに約２０
μｌの緩衝液中で用いる。プラスミド構築のためのＤＮ
Ａフラグメントを単離する目的では、典型的には、５な
いし５０μｇのＤＮＡが、大容量にて２０ないし２５０
単位の酵素で消化される。特定の制限酵素に対する適当
な緩衝液および基質濃度は製造者によって特定される。
３７℃で約１時間のインキュベーション時間が通常使用
されるが、供給者の指導にしたがって変更してもよい。
消化後、反応物をポリアクリルアミドゲル上で直接電気
泳動に付し、所望のフラグメントを単離する。切断フラ
グメントのサイズ分離を、Goeddel,D.ら、Nucleic Acid
s Res.,8:4057(1980)に記載される、８パーセントポリ
アクリルアミドゲルを用いて行う。
にのみ作用する制限酵素によるＤＮＡの触媒的切断をい
う。本明細書で用いられる種々の制限酵素は商業上入手
可能であり、それらの反応条件、補因子およびその他の
必要事項は、当業者において知られるものを用いた。分
析の目的では、典型的には、１μｇのプラスミドあるい
はＤＮＡフラグメントを約２単位の酵素とともに約２０
μｌの緩衝液中で用いる。プラスミド構築のためのＤＮ
Ａフラグメントを単離する目的では、典型的には、５な
いし５０μｇのＤＮＡが、大容量にて２０ないし２５０
単位の酵素で消化される。特定の制限酵素に対する適当
な緩衝液および基質濃度は製造者によって特定される。
３７℃で約１時間のインキュベーション時間が通常使用
されるが、供給者の指導にしたがって変更してもよい。
消化後、反応物をポリアクリルアミドゲル上で直接電気
泳動に付し、所望のフラグメントを単離する。切断フラ
グメントのサイズ分離を、Goeddel,D.ら、Nucleic Acid
s Res.,8:4057(1980)に記載される、８パーセントポリ
アクリルアミドゲルを用いて行う。
【００１３】ＤＮＡ構築物の「異種」領域は、天然の他
の分子と関連して見出されない、他のＤＮＡ分子中また
は他のＤＮＡ分子に結合する、ＤＮＡの同定可能なセグ
メントである。当該分野にて周知であるように「同一
性」または「類似性」は、配列を比較して測定される、
二つまたはそれ以上のポリペプチド配列間または二つま
たはそれ以上のポリヌクレオチド配列間の関係である。
当該分野において、同一性とはまた、時には、かかる配
列の２つの鎖の間の合致により決定されるようなポリペ
プチドまたはポリヌクレオチド配列間の配列の関連性の
程度をも意味する。同一性および類似性は共に容易に算
出できる（Computational Molecular Biology，Lesk,A.
M.編、Oxford University Press、New York、1988年；B
iocomputing：Informatics and Genome Projects，Smit
h,D.W.編、Academic Press、New York、1993年；Comput
er Analysis of Sequence Data，PARTＩ，Griffin,A.M.
およびGriffin,H.G.編、Humana Press、New Jersey、19
94年；Sequence Analysis in Molecular Biology，von
Heinje,G.、Academic Press、1987年；およびSequence
Analysis Primer，Gribskov,M.およびDevereux,J.編、
Ｍ Stockton Press、New York、1991年）。２つのポリ
ヌクレオチドまたは２つのポリペプチド間の同一性およ
び類似性を測定するための多くの方法がある一方で、そ
の両方の用語は当業者に周知である（Sequence Analysi
s in MolecularBiology, von Heinje , G., AcademicPr
ess, 1987; Squence AnalysisPrimer,Gribskov,M.およ
びDevereux,J.,編、MStockton Press, New York, 1991;
およびCarillo, H.,およびLipman, D., SIAMJ., Applie
dMath., 48:1073(1988)）。配列間で同一性または類似
性を測定するのに通常用いられる方法は、Carillo,H.お
よびLipman,D., SIAM J. Applied Math., 48:1073(198
8)に開示されている方法を包含するが、これらに限定さ
れるものではない。同一性を決定するための好ましい方
法は、試験する配列間で最も良く適合するように設計さ
れる。同一性および類似性を測定する方法は、コンピュ
ータープログラムに集成されている。二つの配列間の同
一性および類似性を測定する好ましいコンピュータープ
ログラム法は、ＧＣＧプログラムパッケージ（Devereu
x,J.ら、Nucleic Acids Research 12(1):387（1984）、
BLASTP、BLASTNおよびFASTA（Atschul,S.F.ら、J.Mole
c.Biol.215：403（1990）））を包含するが、これらに
限定されるものではない。
の分子と関連して見出されない、他のＤＮＡ分子中また
は他のＤＮＡ分子に結合する、ＤＮＡの同定可能なセグ
メントである。当該分野にて周知であるように「同一
性」または「類似性」は、配列を比較して測定される、
二つまたはそれ以上のポリペプチド配列間または二つま
たはそれ以上のポリヌクレオチド配列間の関係である。
当該分野において、同一性とはまた、時には、かかる配
列の２つの鎖の間の合致により決定されるようなポリペ
プチドまたはポリヌクレオチド配列間の配列の関連性の
程度をも意味する。同一性および類似性は共に容易に算
出できる（Computational Molecular Biology，Lesk,A.
M.編、Oxford University Press、New York、1988年；B
iocomputing：Informatics and Genome Projects，Smit
h,D.W.編、Academic Press、New York、1993年；Comput
er Analysis of Sequence Data，PARTＩ，Griffin,A.M.
およびGriffin,H.G.編、Humana Press、New Jersey、19
94年；Sequence Analysis in Molecular Biology，von
Heinje,G.、Academic Press、1987年；およびSequence
Analysis Primer，Gribskov,M.およびDevereux,J.編、
Ｍ Stockton Press、New York、1991年）。２つのポリ
ヌクレオチドまたは２つのポリペプチド間の同一性およ
び類似性を測定するための多くの方法がある一方で、そ
の両方の用語は当業者に周知である（Sequence Analysi
s in MolecularBiology, von Heinje , G., AcademicPr
ess, 1987; Squence AnalysisPrimer,Gribskov,M.およ
びDevereux,J.,編、MStockton Press, New York, 1991;
およびCarillo, H.,およびLipman, D., SIAMJ., Applie
dMath., 48:1073(1988)）。配列間で同一性または類似
性を測定するのに通常用いられる方法は、Carillo,H.お
よびLipman,D., SIAM J. Applied Math., 48:1073(198
8)に開示されている方法を包含するが、これらに限定さ
れるものではない。同一性を決定するための好ましい方
法は、試験する配列間で最も良く適合するように設計さ
れる。同一性および類似性を測定する方法は、コンピュ
ータープログラムに集成されている。二つの配列間の同
一性および類似性を測定する好ましいコンピュータープ
ログラム法は、ＧＣＧプログラムパッケージ（Devereu
x,J.ら、Nucleic Acids Research 12(1):387（1984）、
BLASTP、BLASTNおよびFASTA（Atschul,S.F.ら、J.Mole
c.Biol.215：403（1990）））を包含するが、これらに
限定されるものではない。
【００１４】「単離」とは、「人工的に」天然の状態か
ら変化させられた、すなわち、天然物の場合、その本来
の環境から変化または除去あるいはその両方が行われた
ことを意味する。例えば、生体に天然に存在するポリヌ
クレオチドまたはポリペプチドは、「単離」されていな
いが、その天然状態で共存する物質から分離された同じ
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、本明細書に用
いる用語としての「単離」がなされている。単離の一部
として、または単離の後に、かかるポリヌクレオチド
は、例えば、突然変異誘発のために、ＤＮＡなどの他の
ポリヌクレオチドに結合し、宿主における伸長および発
現のために、融合タンパク質を形成したりすることがで
きる。単離ポリヌクレオチドは単独で、またはベクター
などの他のポリヌクレオチドと結合して、培養物中また
は全生物中の宿主細胞に導入できる。培養物中または全
生物中の宿主細胞に導入されたかかるＤＮＡも本明細書
に用いる用語である、単離されたといえる。というのは
これらは天然の形態または環境にはないからである。同
様に、ポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、組成
物、例えば、培地処方、例えば細胞にポリヌクレオチド
またはポリペプチドを導入するための溶液、化学的また
は酵素的反応のための組成物または溶液中に生じさせて
もよく、これらは自然には存在しない組成物であり、本
明細書に用いる用語の単離されたポリヌクレオチドまた
はポリペプチドの意味の範囲内である。
ら変化させられた、すなわち、天然物の場合、その本来
の環境から変化または除去あるいはその両方が行われた
ことを意味する。例えば、生体に天然に存在するポリヌ
クレオチドまたはポリペプチドは、「単離」されていな
いが、その天然状態で共存する物質から分離された同じ
ポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、本明細書に用
いる用語としての「単離」がなされている。単離の一部
として、または単離の後に、かかるポリヌクレオチド
は、例えば、突然変異誘発のために、ＤＮＡなどの他の
ポリヌクレオチドに結合し、宿主における伸長および発
現のために、融合タンパク質を形成したりすることがで
きる。単離ポリヌクレオチドは単独で、またはベクター
などの他のポリヌクレオチドと結合して、培養物中また
は全生物中の宿主細胞に導入できる。培養物中または全
生物中の宿主細胞に導入されたかかるＤＮＡも本明細書
に用いる用語である、単離されたといえる。というのは
これらは天然の形態または環境にはないからである。同
様に、ポリヌクレオチドおよびポリペプチドは、組成
物、例えば、培地処方、例えば細胞にポリヌクレオチド
またはポリペプチドを導入するための溶液、化学的また
は酵素的反応のための組成物または溶液中に生じさせて
もよく、これらは自然には存在しない組成物であり、本
明細書に用いる用語の単離されたポリヌクレオチドまた
はポリペプチドの意味の範囲内である。
【００１５】「ポリヌクレオチド（複数でも可）」は、
一般に、修飾されていないＲＮＡもしくはＤＮＡ、また
は修飾されたＲＮＡもしくはＤＮＡであってよい、いず
れのポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌク
レオチドをも意味する。したがって、例えば、本明細書
で用いるポリヌクレオチドは、とりわけ一本鎖および二
本鎖ＤＮＡ、一本鎖および二本鎖領域の混合物または一
本鎖、二本鎖および三本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、
一本鎖および二本鎖ＲＮＡ、ならびに一本鎖および二本
鎖領域の混合物であるＲＮＡ、一本鎖もしくはより典型
的には二本鎖もしくは三本鎖、または一本鎖および二本
鎖領域の混合物であってもよいＤＮＡおよびＲＮＡを含
むハイブリッド分子を意味する。加えて、本明細書で用
いるポリヌクレオチドは、ＲＮＡもしくはＤＮＡまたは
ＲＮＡとＤＮＡの両方を含む三本鎖領域を意味する。か
かる領域における鎖は同一の分子または異なる分子由来
のものでよい。この領域はこれらの分子の一つまたはそ
れ以上の全てを含んでいてもよいが、より典型的にはい
くつかの分子の一領域のみを含む。三重らせん領域の分
子の一つは、オリゴヌクレオチドであることがしばしば
である。本明細書で用いる場合、ポリヌクレオチドなる
用語は、一つまたはそれ以上の修飾した塩基を含有す
る、前記したＤＮＡまたはＲＮＡを包含する。このよう
に、安定性または他の理由で修飾された骨格を有するＤ
ＮＡまたはＲＮＡも、該用語を本明細書が意図するろと
ころの「ポリヌクレオチド」である。さらに、イノシン
等の普通でない塩基、またはトリチル化塩基等の修飾塩
基を含むＤＮＡまたはＲＮＡ（二つの例だけを示す）
も、かかる用語を本明細書で用いる場合のポリヌクレオ
チドである。当業者に既知の多くの有用な目的を提供す
るＤＮＡおよびＲＮＡに、非常に多くの修飾がなされて
いることは、明らかであろう。ポリヌクレオチドなる用
語は、本明細書で用いる場合、ポリヌクレオチドのこの
ような化学的、酵素的または代謝的に修飾した形態、な
らびにウイルス、とりわけ単純型細胞および複雑型細胞
を含む、細胞に特徴的なＤＮＡおよびＲＮＡの化学的形
態を包含する。ポリヌクレオチドは、しばしば、オリゴ
ヌクレオチド（複数でも可）と称される短鎖ポリヌクレ
オチドを包含する。
一般に、修飾されていないＲＮＡもしくはＤＮＡ、また
は修飾されたＲＮＡもしくはＤＮＡであってよい、いず
れのポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボヌク
レオチドをも意味する。したがって、例えば、本明細書
で用いるポリヌクレオチドは、とりわけ一本鎖および二
本鎖ＤＮＡ、一本鎖および二本鎖領域の混合物または一
本鎖、二本鎖および三本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、
一本鎖および二本鎖ＲＮＡ、ならびに一本鎖および二本
鎖領域の混合物であるＲＮＡ、一本鎖もしくはより典型
的には二本鎖もしくは三本鎖、または一本鎖および二本
鎖領域の混合物であってもよいＤＮＡおよびＲＮＡを含
むハイブリッド分子を意味する。加えて、本明細書で用
いるポリヌクレオチドは、ＲＮＡもしくはＤＮＡまたは
ＲＮＡとＤＮＡの両方を含む三本鎖領域を意味する。か
かる領域における鎖は同一の分子または異なる分子由来
のものでよい。この領域はこれらの分子の一つまたはそ
れ以上の全てを含んでいてもよいが、より典型的にはい
くつかの分子の一領域のみを含む。三重らせん領域の分
子の一つは、オリゴヌクレオチドであることがしばしば
である。本明細書で用いる場合、ポリヌクレオチドなる
用語は、一つまたはそれ以上の修飾した塩基を含有す
る、前記したＤＮＡまたはＲＮＡを包含する。このよう
に、安定性または他の理由で修飾された骨格を有するＤ
ＮＡまたはＲＮＡも、該用語を本明細書が意図するろと
ころの「ポリヌクレオチド」である。さらに、イノシン
等の普通でない塩基、またはトリチル化塩基等の修飾塩
基を含むＤＮＡまたはＲＮＡ（二つの例だけを示す）
も、かかる用語を本明細書で用いる場合のポリヌクレオ
チドである。当業者に既知の多くの有用な目的を提供す
るＤＮＡおよびＲＮＡに、非常に多くの修飾がなされて
いることは、明らかであろう。ポリヌクレオチドなる用
語は、本明細書で用いる場合、ポリヌクレオチドのこの
ような化学的、酵素的または代謝的に修飾した形態、な
らびにウイルス、とりわけ単純型細胞および複雑型細胞
を含む、細胞に特徴的なＤＮＡおよびＲＮＡの化学的形
態を包含する。ポリヌクレオチドは、しばしば、オリゴ
ヌクレオチド（複数でも可）と称される短鎖ポリヌクレ
オチドを包含する。
【００１６】「連結」とは、二つの二本鎖核酸フラグメ
ント間でリン酸ジエステル結合を形成する過程をいう(M
aniatis, T.ら, Id., p. 146)。特記しない限り、連結
は既知の緩衝液および条件を用い、連結させるべきほぼ
等モル量のＤＮＡフラグメント０．５μｇ当たり、１０
単位のＴ４ＤＮＡリガーゼ（「リガーゼ」）を用いて行
ってもよい。
ント間でリン酸ジエステル結合を形成する過程をいう(M
aniatis, T.ら, Id., p. 146)。特記しない限り、連結
は既知の緩衝液および条件を用い、連結させるべきほぼ
等モル量のＤＮＡフラグメント０．５μｇ当たり、１０
単位のＴ４ＤＮＡリガーゼ（「リガーゼ」）を用いて行
ってもよい。
【００１７】本明細書で用いる「ポリペプチド」は、以
下に記載する全てのポリペプチドを包含する。ポリペプ
チドの基本的な構造は周知であり、非常に多くのテキス
トおよび当該分野の他の発行物に記載されている。これ
に関連して、この用語は、本明細書において、ペプチド
結合により直鎖で互いに結合している２個またはそれ以
上のアミノ酸を含むいずれかのペプチドまたはタンパク
質をいうのに用いる。本明細書で用いる場合、この用語
は、当該分野で通常例えばペプチド、オリゴペプチドお
よびオリゴマーとも称される短鎖、および多くの型があ
り、当該分野で一般的にタンパク質と称する長鎖の両方
を意味する。ポリペプチドは、しばしば、一般に２０種
の天然アミノ酸と称される２０種のアミノ酸以外のアミ
ノ酸を含有し、末端アミノ酸を含め、多くのアミノ酸
は、プロセッシングおよび他の翻訳後修飾のような自然
の工程により所定のポリペプチドで修飾されたものが含
まれるが、当業者に周知の化学的修飾技術によっても修
飾できることは理解されよう。ポリペプチドに自然に起
こる一般的な修飾でさえ余り多すぎて、余すところなく
列挙することはできないが、基礎的なテキストおよびさ
らに詳細な論文ならびに多数の研究文献にも詳しく記載
されており、これらは当業者に周知である。本発明のポ
リペプチドに施すことができる既知の修飾には、例を挙
げると、アセチル化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、
アミド化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、
ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂
質または脂質誘導体の共有結合、ホスホチジルイノシト
ールの共有結合、架橋結合、環化、ジスルフィド結合形
成、脱メチル化、共有結合架橋形成、シスチン形成、ピ
ログルタミン酸塩形成、ホルミル化、ガンマー−カルボ
キシル化、糖鎖形成、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシ
ル化、ヨード化、メチル化、ミリストイル化、酸化、タ
ンパク質加水分解プロセッシング、リン酸化、プレニル
化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化な
どの転移ＲＮＡ媒介のタンパク質へのアミノ酸付加、お
よびユビキチネーションがある。かかる修飾は当業者に
周知であり、科学文献に非常に詳細に記載されている。
いくつかの特に一般的な修飾、例えば糖鎖形成、脂質結
合、硫酸化、グルタミン酸残基のガンマーカルボキシル
化、ヒドロキシル化およびＡＤＰリボシル化は最も基礎
的なテキスト、例えばProteins-Structure and Molecul
ar Properties、第2版、T.E.Creighton、W.H.Freeman a
nd Company、New York（1993）に記載されている。例え
ば、PosttranslationalCovalent Modification of Prot
eins、B.C.Johnson編、Academic Press, New York（198
3）のWold,F.,Posttranslational Protein Modificatio
ns ：Perspective and Prospects、1〜12頁；Seifter
ら、Meth.Enzymol.182:626-646（1990）およびRattan
ら、Protein Synthesis：Posttranslational Modificat
ions and Aging，Ann. N. Y. Acad. Sci. 663:48-62（1
992）で提供される論文などの多くの詳細な論文が、本
主題に利用できる。ポリペプチドはいつも完全に直鎖で
あるとは限らないということは周知であり、前記した通
りであると理解されよう。例えばポリペプチドはユビキ
チン化の結果分岐していてもよく、一般には、天然のプ
ロセッシング事象を含む翻訳後の事象、および天然では
起こらない人為的操作によりもたらされる事象の結果、
分岐のある、または分岐のない環状にできる。環状、分
岐および分岐した環状ポリペプチドは、非翻訳天然のプ
ロセッシングにより、および同様に全く合成的な方法で
合成できる。修飾はペプチド骨格、アミノ酸側鎖および
アミノまたはカルボキシル末端を含め、ポリペプチドの
どこででも起こり得る。実際、共有結合の修飾による、
ポリペプチドのアミノまたはカルボキシル基またはその
両方のブロックは、天然および合成ポリペプチドに共通
し、かかる修飾は同様に本発明のポリペプチドにも存在
し得る。例えば、イー・コリ（E.coli）または他の細胞
で作られるポリペプチドのアミノ末端残基は、タンパク
質溶解のプロセッシングの前にほとんど必ずＮ−ホルミ
ルメチオニンになるであろう。ペプチドの翻訳後の修飾
の間に、ＮＨ２末端においてメチオニン残基を除去でき
る。したがって、本発明は、本発明タンパク質のメチオ
ニン含有およびメチオニン不含の両方のアミノ末端変種
の使用を意図する。ポリペプチドに起こる修飾はしばし
ばそれの作り方に影響される。例えば、宿主にクローン
化遺伝子を発現することにより作られるポリペプチドで
は、修飾の特性および程度は、大部分、宿主細胞の翻訳
後修飾能力およびポリペプチドアミノ酸配列に存在する
修飾シグナルにより決定される。例えば、周知のよう
に、糖鎖形成はイー・コリのような細菌宿主では起こら
ないことがはしばしばである。したがって、糖鎖形成が
望ましい場合、ポリペプチドを、糖鎖形成宿主、一般
に、真核細胞にて発現させるべきである。昆虫細胞は、
しばしば、哺乳動物細胞と同じ翻訳後糖鎖形成を行い、
この理由で昆虫細胞発現系が、とりわけ、糖鎖形成の本
来のパターンを有する哺乳動物タンパク質を効率よく発
現するように開発されている。同様の考察が他の修飾に
も適用される。修飾の同一の型が、所定のポリペプチド
のいくつかの部位で、同じまたは異なる程度で存在し得
ることは理解されよう。また、所定のポリペプチドは多
くの型の修飾を有していてもよい。一般に、本明細書で
用いる場合、ポリペプチドなる用語は、全てのこのよう
な修飾、特に宿主細胞においてポリヌクレオチドを発現
することにより合成したポリペプチドに存在する修飾を
包含する。
下に記載する全てのポリペプチドを包含する。ポリペプ
チドの基本的な構造は周知であり、非常に多くのテキス
トおよび当該分野の他の発行物に記載されている。これ
に関連して、この用語は、本明細書において、ペプチド
結合により直鎖で互いに結合している２個またはそれ以
上のアミノ酸を含むいずれかのペプチドまたはタンパク
質をいうのに用いる。本明細書で用いる場合、この用語
は、当該分野で通常例えばペプチド、オリゴペプチドお
よびオリゴマーとも称される短鎖、および多くの型があ
り、当該分野で一般的にタンパク質と称する長鎖の両方
を意味する。ポリペプチドは、しばしば、一般に２０種
の天然アミノ酸と称される２０種のアミノ酸以外のアミ
ノ酸を含有し、末端アミノ酸を含め、多くのアミノ酸
は、プロセッシングおよび他の翻訳後修飾のような自然
の工程により所定のポリペプチドで修飾されたものが含
まれるが、当業者に周知の化学的修飾技術によっても修
飾できることは理解されよう。ポリペプチドに自然に起
こる一般的な修飾でさえ余り多すぎて、余すところなく
列挙することはできないが、基礎的なテキストおよびさ
らに詳細な論文ならびに多数の研究文献にも詳しく記載
されており、これらは当業者に周知である。本発明のポ
リペプチドに施すことができる既知の修飾には、例を挙
げると、アセチル化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、
アミド化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、
ヌクレオチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂
質または脂質誘導体の共有結合、ホスホチジルイノシト
ールの共有結合、架橋結合、環化、ジスルフィド結合形
成、脱メチル化、共有結合架橋形成、シスチン形成、ピ
ログルタミン酸塩形成、ホルミル化、ガンマー−カルボ
キシル化、糖鎖形成、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシ
ル化、ヨード化、メチル化、ミリストイル化、酸化、タ
ンパク質加水分解プロセッシング、リン酸化、プレニル
化、ラセミ化、セレノイル化、硫酸化、アルギニル化な
どの転移ＲＮＡ媒介のタンパク質へのアミノ酸付加、お
よびユビキチネーションがある。かかる修飾は当業者に
周知であり、科学文献に非常に詳細に記載されている。
いくつかの特に一般的な修飾、例えば糖鎖形成、脂質結
合、硫酸化、グルタミン酸残基のガンマーカルボキシル
化、ヒドロキシル化およびＡＤＰリボシル化は最も基礎
的なテキスト、例えばProteins-Structure and Molecul
ar Properties、第2版、T.E.Creighton、W.H.Freeman a
nd Company、New York（1993）に記載されている。例え
ば、PosttranslationalCovalent Modification of Prot
eins、B.C.Johnson編、Academic Press, New York（198
3）のWold,F.,Posttranslational Protein Modificatio
ns ：Perspective and Prospects、1〜12頁；Seifter
ら、Meth.Enzymol.182:626-646（1990）およびRattan
ら、Protein Synthesis：Posttranslational Modificat
ions and Aging，Ann. N. Y. Acad. Sci. 663:48-62（1
992）で提供される論文などの多くの詳細な論文が、本
主題に利用できる。ポリペプチドはいつも完全に直鎖で
あるとは限らないということは周知であり、前記した通
りであると理解されよう。例えばポリペプチドはユビキ
チン化の結果分岐していてもよく、一般には、天然のプ
ロセッシング事象を含む翻訳後の事象、および天然では
起こらない人為的操作によりもたらされる事象の結果、
分岐のある、または分岐のない環状にできる。環状、分
岐および分岐した環状ポリペプチドは、非翻訳天然のプ
ロセッシングにより、および同様に全く合成的な方法で
合成できる。修飾はペプチド骨格、アミノ酸側鎖および
アミノまたはカルボキシル末端を含め、ポリペプチドの
どこででも起こり得る。実際、共有結合の修飾による、
ポリペプチドのアミノまたはカルボキシル基またはその
両方のブロックは、天然および合成ポリペプチドに共通
し、かかる修飾は同様に本発明のポリペプチドにも存在
し得る。例えば、イー・コリ（E.coli）または他の細胞
で作られるポリペプチドのアミノ末端残基は、タンパク
質溶解のプロセッシングの前にほとんど必ずＮ−ホルミ
ルメチオニンになるであろう。ペプチドの翻訳後の修飾
の間に、ＮＨ２末端においてメチオニン残基を除去でき
る。したがって、本発明は、本発明タンパク質のメチオ
ニン含有およびメチオニン不含の両方のアミノ末端変種
の使用を意図する。ポリペプチドに起こる修飾はしばし
ばそれの作り方に影響される。例えば、宿主にクローン
化遺伝子を発現することにより作られるポリペプチドで
は、修飾の特性および程度は、大部分、宿主細胞の翻訳
後修飾能力およびポリペプチドアミノ酸配列に存在する
修飾シグナルにより決定される。例えば、周知のよう
に、糖鎖形成はイー・コリのような細菌宿主では起こら
ないことがはしばしばである。したがって、糖鎖形成が
望ましい場合、ポリペプチドを、糖鎖形成宿主、一般
に、真核細胞にて発現させるべきである。昆虫細胞は、
しばしば、哺乳動物細胞と同じ翻訳後糖鎖形成を行い、
この理由で昆虫細胞発現系が、とりわけ、糖鎖形成の本
来のパターンを有する哺乳動物タンパク質を効率よく発
現するように開発されている。同様の考察が他の修飾に
も適用される。修飾の同一の型が、所定のポリペプチド
のいくつかの部位で、同じまたは異なる程度で存在し得
ることは理解されよう。また、所定のポリペプチドは多
くの型の修飾を有していてもよい。一般に、本明細書で
用いる場合、ポリペプチドなる用語は、全てのこのよう
な修飾、特に宿主細胞においてポリヌクレオチドを発現
することにより合成したポリペプチドに存在する修飾を
包含する。
【００１８】本明細書で用いる場合、ポリヌクレオチド
またはポリペプチドの「変種（複数でも可）」なる用語
は、対照標準のポリヌクレオチドまたはポリペプチドと
は各々異なるポリヌクレオチドまたはポリペプチドであ
る。この意味の変種は、本明細書の以下およびその他の
部分でより詳細に記載する。（１）ヌクレオチド配列に
て他の対照標準のポリヌクレオチドと異なるポリヌクレ
オチド。一般に、違いは対照標準と変種のヌクレオチド
配列が、全体的に非常に類似しており、多くの領域で同
一であるものに限られる。以下に記すように、変種にお
けるヌクレオチドの配列の変化はサイレントであっても
よい。すなわち、その変化がポリヌクレオチドによりコ
ードされるアミノ酸を変えなくてもよい。変化がこの型
のサイレント変化に限定される場合、変種は、対照標準
と同一のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードす
る。また以下に記すように、変種のヌクレオチド配列に
おける変化が、対照標準のポリヌクレオチドによりコー
ドされるポリペプチドのアミノ酸配列を変化させてもよ
い。このようなヌクレオチドの変化は、以下に論じるよ
うに、対照標準配列によりコードされるポリペプチドに
おけるアミノ酸置換、付加、欠失、融合および末端切断
をもたらす。（２）アミノ酸配列にて他の対照標準のポ
リペプチドと異なるポリペプチド。一般に、違いは対照
標準と変種の配列が全体的に非常に類似しており、多く
の領域で同一であるものに限られる。変種および対照標
準のポリペプチドは、１またはそれ以上の置換、付加、
欠失、融合および末端切断（いずれかの組み合わせで生
じていてもよい）により、アミノ酸配列にて異なってい
てもよい。
またはポリペプチドの「変種（複数でも可）」なる用語
は、対照標準のポリヌクレオチドまたはポリペプチドと
は各々異なるポリヌクレオチドまたはポリペプチドであ
る。この意味の変種は、本明細書の以下およびその他の
部分でより詳細に記載する。（１）ヌクレオチド配列に
て他の対照標準のポリヌクレオチドと異なるポリヌクレ
オチド。一般に、違いは対照標準と変種のヌクレオチド
配列が、全体的に非常に類似しており、多くの領域で同
一であるものに限られる。以下に記すように、変種にお
けるヌクレオチドの配列の変化はサイレントであっても
よい。すなわち、その変化がポリヌクレオチドによりコ
ードされるアミノ酸を変えなくてもよい。変化がこの型
のサイレント変化に限定される場合、変種は、対照標準
と同一のアミノ酸配列を有するポリペプチドをコードす
る。また以下に記すように、変種のヌクレオチド配列に
おける変化が、対照標準のポリヌクレオチドによりコー
ドされるポリペプチドのアミノ酸配列を変化させてもよ
い。このようなヌクレオチドの変化は、以下に論じるよ
うに、対照標準配列によりコードされるポリペプチドに
おけるアミノ酸置換、付加、欠失、融合および末端切断
をもたらす。（２）アミノ酸配列にて他の対照標準のポ
リペプチドと異なるポリペプチド。一般に、違いは対照
標準と変種の配列が全体的に非常に類似しており、多く
の領域で同一であるものに限られる。変種および対照標
準のポリペプチドは、１またはそれ以上の置換、付加、
欠失、融合および末端切断（いずれかの組み合わせで生
じていてもよい）により、アミノ酸配列にて異なってい
てもよい。
【００１９】（発明を実施するための最良の形態）本発
明は、配列番号２に示されるアミノ酸配列、またはその
フラグメント、アナログまたは誘導体を含むことで特徴
付けられる、スタフィロコッカス・アウレウス由来の新
規な応答レギュレーターに関する。以下、ポリペプチド
（複数でも可）なる用語は応答レギュレータータンパク
質、そのフラグメント、アナログまたは誘導体ならびに
ポリペプチドフラグメントまたはその誘導体を意味する
のに用いる。本発明は、本質的に、各々、図１および図
２に示すヌクレオチドおよびアミノ酸配列を有する遺伝
子、１９９５年９月１１日にＮＣＩＭＢ受託番号４０７
７１として、National Collection of Industrial and
Marine Bacteria Ltd. (NCIMB), Aberdeen, Scotlandに
寄託されているエス・アウレウスＷＣＵＨ２９のＤＮＡ
のヌクレオチドおよびアミノ酸配列に関する。本明細書
において、これを「寄託ＤＮＡ」と称する。図１（配列
番号１）および図２（配列番号２）に示されるヌクレオ
チドおよびアミノ酸配列は、寄託菌のＤＮＡを配列決定
することにより得られたことは理解されよう。それゆ
え、寄託菌の配列は、その配列（およびそれをコードす
る配列）と図１（配列番号１）および図２（配列番号
２）の配列の間のいずれの不一致についても支配的であ
る。
明は、配列番号２に示されるアミノ酸配列、またはその
フラグメント、アナログまたは誘導体を含むことで特徴
付けられる、スタフィロコッカス・アウレウス由来の新
規な応答レギュレーターに関する。以下、ポリペプチド
（複数でも可）なる用語は応答レギュレータータンパク
質、そのフラグメント、アナログまたは誘導体ならびに
ポリペプチドフラグメントまたはその誘導体を意味する
のに用いる。本発明は、本質的に、各々、図１および図
２に示すヌクレオチドおよびアミノ酸配列を有する遺伝
子、１９９５年９月１１日にＮＣＩＭＢ受託番号４０７
７１として、National Collection of Industrial and
Marine Bacteria Ltd. (NCIMB), Aberdeen, Scotlandに
寄託されているエス・アウレウスＷＣＵＨ２９のＤＮＡ
のヌクレオチドおよびアミノ酸配列に関する。本明細書
において、これを「寄託ＤＮＡ」と称する。図１（配列
番号１）および図２（配列番号２）に示されるヌクレオ
チドおよびアミノ酸配列は、寄託菌のＤＮＡを配列決定
することにより得られたことは理解されよう。それゆ
え、寄託菌の配列は、その配列（およびそれをコードす
る配列）と図１（配列番号１）および図２（配列番号
２）の配列の間のいずれの不一致についても支配的であ
る。
【００２０】特に、実験室条件および宿主感染条件下で
の生存性に適用すると、その技法は細菌における一時的
な遺伝子発現を評価するのに利用できる。それ自体生存
に必須であるかまたは感染の確立および／もしくは維持
に必須である遺伝子を同定するために、多くの方法を用
いることができる。これらの方法の一つにより配列の発
現を同定することにより、その機能についてのさらなる
情報が得られ、かかる配列をスクリーニングの標的とし
てさらに開発するための選別が可能となる。簡単には、
これらの研究には、例えば以下のものがある：
の生存性に適用すると、その技法は細菌における一時的
な遺伝子発現を評価するのに利用できる。それ自体生存
に必須であるかまたは感染の確立および／もしくは維持
に必須である遺伝子を同定するために、多くの方法を用
いることができる。これらの方法の一つにより配列の発
現を同定することにより、その機能についてのさらなる
情報が得られ、かかる配列をスクリーニングの標的とし
てさらに開発するための選別が可能となる。簡単には、
これらの研究には、例えば以下のものがある：
【００２１】１）シグナチャータグ化突然変異法（Sign
ature Tagged Mutagenesis：STM） この技法は、Henselら、Science 269:400-403（1995）
に記載されており、背景技術とする目的でその内容を出
典明示により本明細書の一部とする。シグナチャータグ
化突然変異誘発は、所定感染モデルにおける感染の確立
／維持に必要な遺伝子を同定する。この技法は、種々の
手段（例えばトランスポゾン）により、標的生物にラン
ダムに突然変異を誘発し、独特なＤＮＡ配列タグを突然
変異部位に非常に近接して挿入することに基づく。細菌
性突然変異体および感染宿主から回収した細菌の混合集
団由来のタグは、増幅、放射性標識化およびハイブリダ
イゼーション分析により検出される。毒性を減じた突然
変異体は、感染宿主から回収した細菌のプール由来のタ
グの欠如により表される。ストレプトコッカス・ニュー
モニエ（Streptococcus pneumoniae）においては、トラ
ンスポゾンシステムはあまりよく開発されていないの
で、タグ化突然変異体を作るためのより有効な方法とし
て、その内容を背景技術とする目的で出典明示により本
明細書の一部とする、Morrisonら、J. Bacteriol. 159:
870（1984）に記載される挿入-複製突然変異法を用い
る。
ature Tagged Mutagenesis：STM） この技法は、Henselら、Science 269:400-403（1995）
に記載されており、背景技術とする目的でその内容を出
典明示により本明細書の一部とする。シグナチャータグ
化突然変異誘発は、所定感染モデルにおける感染の確立
／維持に必要な遺伝子を同定する。この技法は、種々の
手段（例えばトランスポゾン）により、標的生物にラン
ダムに突然変異を誘発し、独特なＤＮＡ配列タグを突然
変異部位に非常に近接して挿入することに基づく。細菌
性突然変異体および感染宿主から回収した細菌の混合集
団由来のタグは、増幅、放射性標識化およびハイブリダ
イゼーション分析により検出される。毒性を減じた突然
変異体は、感染宿主から回収した細菌のプール由来のタ
グの欠如により表される。ストレプトコッカス・ニュー
モニエ（Streptococcus pneumoniae）においては、トラ
ンスポゾンシステムはあまりよく開発されていないの
で、タグ化突然変異体を作るためのより有効な方法とし
て、その内容を背景技術とする目的で出典明示により本
明細書の一部とする、Morrisonら、J. Bacteriol. 159:
870（1984）に記載される挿入-複製突然変異法を用い
る。
【００２２】２）インビボ発現法（In Vivo Expression
Technology：IVET） この技術はCamilliら、Proc. Nat’l. Acad. Sci. US
A．91, 2634-2638（1994）に記載されており、各々の内
容を背景技術とする目的で出典明示により本明細書の一
部とする。IVETは、実験培養と比較した場合、感染にお
いて重要な役割を有する、感染中にアップレギュレーシ
ョンする遺伝子を同定する。この技法により同定される
配列は感染の確立/維持に重要な役割を有する。この技
法では、標的生物のランダムな染色体フラグメントは、
プラスミドベクターのプロモーター不含リポーター遺伝
子の上流でクローン化される。プールを宿主に導入し、
感染後の種々の時間に細菌を回収し、リポーター遺伝子
発現の存在を評価できる。発現したリポーター遺伝子の
上流に担持される染色体フラグメントは、感染中に正常
なアップレギュレーションをうけるプロモーターまたは
遺伝子部分を担持するはずである。組換え酵素遺伝子の
上流を配列決定により、アップレギュレーションされた
遺伝子を同定できる。
Technology：IVET） この技術はCamilliら、Proc. Nat’l. Acad. Sci. US
A．91, 2634-2638（1994）に記載されており、各々の内
容を背景技術とする目的で出典明示により本明細書の一
部とする。IVETは、実験培養と比較した場合、感染にお
いて重要な役割を有する、感染中にアップレギュレーシ
ョンする遺伝子を同定する。この技法により同定される
配列は感染の確立/維持に重要な役割を有する。この技
法では、標的生物のランダムな染色体フラグメントは、
プラスミドベクターのプロモーター不含リポーター遺伝
子の上流でクローン化される。プールを宿主に導入し、
感染後の種々の時間に細菌を回収し、リポーター遺伝子
発現の存在を評価できる。発現したリポーター遺伝子の
上流に担持される染色体フラグメントは、感染中に正常
なアップレギュレーションをうけるプロモーターまたは
遺伝子部分を担持するはずである。組換え酵素遺伝子の
上流を配列決定により、アップレギュレーションされた
遺伝子を同定できる。
【００２３】３）引き算ディスプレイ この技法は、その内容を背景技術とする目的で出典明示
により本明細書の一部とする、Chuangら、J. Bacterio
l. 175, 2026-2036（1993）に記載されている。この方
法はランダムプライムＲＴ−ＰＣＲを用いてｍＲＮＡの
存在を同定することにより、生体において発現する遺伝
子を同定する。感染前および感染後のプロフィールを比
較することにより、感染中にアップレギュレーションお
よびダウンレギュレーションされる遺伝子を同定でき、
ＲＴ−ＰＣＲ生成物を配列決定し、ライブラリー配列に
適合させることができる。
により本明細書の一部とする、Chuangら、J. Bacterio
l. 175, 2026-2036（1993）に記載されている。この方
法はランダムプライムＲＴ−ＰＣＲを用いてｍＲＮＡの
存在を同定することにより、生体において発現する遺伝
子を同定する。感染前および感染後のプロフィールを比
較することにより、感染中にアップレギュレーションお
よびダウンレギュレーションされる遺伝子を同定でき、
ＲＴ−ＰＣＲ生成物を配列決定し、ライブラリー配列に
適合させることができる。
【００２４】４）トランスポゾン突然変異誘発による条
件致死変異体の発生 この技法は、その内容を背景技術とする目的で出典明示
により本明細書の一部とする、de Lorenzo，V.ら、Gene
123, 17-24（1993）；Neuwald, A. F. ら、Gene 125,
69-73（1993）およびTakiff, H. E. ら、J. Bacteriol.
174, 1544-1553（1992）に記載されており、発現が細
胞の生存に必須である遺伝子を同定する。この技法で
は、一方向または両方向でトランスポゾンから外側へ転
写する、調節可能なプロモーターを担持するトランスポ
ゾンを生じる。これらのトランスポゾンを標的生物にラ
ンダムに挿入し、続いてプロモーター活性のインデュー
サーの存在下で挿入突然変異体を単離すると、発現が細
胞の生存に必須である遺伝子のコーディング領域とプロ
モーターとを分離するインサートが回収されることが確
認される。このインサートは生存できないので、引き続
いてインデューサー不含のレプリカ平板法でかかるイン
サートを同定する。トランスポゾンに隣接する領域の配
列決定により挿入部位を同定し、分断された遺伝子を同
定する。インデューサー不存在下での成長中の細胞の過
程/形態の変化を精密にモニターし、遺伝子の可能な機
能に関する情報を得る。このようなモニター観察には、
フローサイトメトリー（細胞分割、溶解、酸化還元能、
ＤＮＡ複製）、ＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、脂質、ペ
プチドグリカンへの放射性化学的標識前駆体の取り込
み、既知の細胞性ストレスに応答するリポーター酵素遺
伝子融合物のモニター等がある。
件致死変異体の発生 この技法は、その内容を背景技術とする目的で出典明示
により本明細書の一部とする、de Lorenzo，V.ら、Gene
123, 17-24（1993）；Neuwald, A. F. ら、Gene 125,
69-73（1993）およびTakiff, H. E. ら、J. Bacteriol.
174, 1544-1553（1992）に記載されており、発現が細
胞の生存に必須である遺伝子を同定する。この技法で
は、一方向または両方向でトランスポゾンから外側へ転
写する、調節可能なプロモーターを担持するトランスポ
ゾンを生じる。これらのトランスポゾンを標的生物にラ
ンダムに挿入し、続いてプロモーター活性のインデュー
サーの存在下で挿入突然変異体を単離すると、発現が細
胞の生存に必須である遺伝子のコーディング領域とプロ
モーターとを分離するインサートが回収されることが確
認される。このインサートは生存できないので、引き続
いてインデューサー不含のレプリカ平板法でかかるイン
サートを同定する。トランスポゾンに隣接する領域の配
列決定により挿入部位を同定し、分断された遺伝子を同
定する。インデューサー不存在下での成長中の細胞の過
程/形態の変化を精密にモニターし、遺伝子の可能な機
能に関する情報を得る。このようなモニター観察には、
フローサイトメトリー（細胞分割、溶解、酸化還元能、
ＤＮＡ複製）、ＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、脂質、ペ
プチドグリカンへの放射性化学的標識前駆体の取り込
み、既知の細胞性ストレスに応答するリポーター酵素遺
伝子融合物のモニター等がある。
【００２５】５）化学的突然変異法による条件致死突然
変異体の発生 この技法は、出典明示により背景技術目的でその内容を
本明細書の一部とする、Beckwith, J. Methods in Enzy
mology 204, 3-18（1991）に記載されている。この技法
では、標的生物のランダム化学的突然変異を誘発し、生
理学的温度（許容温度）とは異なる温度で増殖させ、続
いてレプリカ平板法を行い、異なる温度（例えばｔｓ同
定のためには４２℃、ｃｓ同定のためには２５℃）で成
長させ、その時成長できなかった単離物（条件付き突然
変異体）を同定する。前記のように、非許容温度での増
殖における変化を精密にモニターし、突然変異遺伝子の
機能に関する情報を得る。標的生物からのライブラリー
により条件致死突然変異を相補し、および相補遺伝子を
配列決定することにより、ライブラリー配列と適合させ
ることができる。これらの技法の各々は、特定の適用に
応じて有利であったり、不利であったりする。当業者は
意図する特定の使用目的に最も関連する研究法を選択す
る。例えば、いくつかの遺伝子は感染に必須であると認
識されているが、実際には感染の開始にのみ必要であ
り、そのためそれらの産物は、確立された慢性の感染の
治療のために開発された抗細菌物質にとってはそれほど
魅力的な標的ではない。
変異体の発生 この技法は、出典明示により背景技術目的でその内容を
本明細書の一部とする、Beckwith, J. Methods in Enzy
mology 204, 3-18（1991）に記載されている。この技法
では、標的生物のランダム化学的突然変異を誘発し、生
理学的温度（許容温度）とは異なる温度で増殖させ、続
いてレプリカ平板法を行い、異なる温度（例えばｔｓ同
定のためには４２℃、ｃｓ同定のためには２５℃）で成
長させ、その時成長できなかった単離物（条件付き突然
変異体）を同定する。前記のように、非許容温度での増
殖における変化を精密にモニターし、突然変異遺伝子の
機能に関する情報を得る。標的生物からのライブラリー
により条件致死突然変異を相補し、および相補遺伝子を
配列決定することにより、ライブラリー配列と適合させ
ることができる。これらの技法の各々は、特定の適用に
応じて有利であったり、不利であったりする。当業者は
意図する特定の使用目的に最も関連する研究法を選択す
る。例えば、いくつかの遺伝子は感染に必須であると認
識されているが、実際には感染の開始にのみ必要であ
り、そのためそれらの産物は、確立された慢性の感染の
治療のために開発された抗細菌物質にとってはそれほど
魅力的な標的ではない。
【００２６】６）ＲＴ−ＰＣＲ 細菌のメッセンジャーＲＮＡ、好ましくはスタフィロコ
ッカスのものを、細菌感染した組織、例えば４８時間ネ
ズミ・肺感染の組織から単離し、ランダムヘキサヌクレ
オチドでプライムしたＲＮＡサンプルの逆転写により、
続いて遺伝子特異的プライマー対でのＰＣＲにより、ｍ
ＲＮＡ種の各々の量を評価する。得られたＰＣＲ生成物
の定量化により特定のｍＲＮＡ種の存在および量を決定
し、感染した組織に転写された細菌遺伝子に関する情報
を得る。遺伝子転写の分析は、感染の種々の時間で実施
でき、細菌による発病における遺伝子制御に関する詳細
な知識を得ることができ、遺伝子産物が新規な抗菌物質
をスクリーニングする標的に相当することが明快に理解
できるようになる。用いたＰＣＲプライマーの遺伝子特
異的特性のために、細菌性ｍＲＮＡ調製物は遊離の哺乳
動物ＲＮＡである必要はないことが理解されるべきであ
る。これにより研究者は、感染組織から簡単かつ迅速に
ＲＮＡを調製して、細菌中で非常に短時間しか生育でき
ない（半減期２分程度）細菌性ｍＲＮＡ種を得ることが
できる。最適には、ＴＲＩゾール（ギブコ−ＢＲＬ）を
非常に短時間存在させ、機械的に破壊することにより、
細菌性ｍＲＮＡを感染ネズミ肺組織から調製し、続いて
ＴＲＩゾール試薬の製造者の指示にしたがってプロセッ
シングし、ＤＮＡａｓｅ処理して夾雑ＤＮＡを除去す
る。好ましくは、適宜標識した配列特異的オリゴヌクレ
オチドプローブを用いてノーザンをプロービングするこ
とにより検出されるような細菌性の１６ＳリボソームＲ
ＮＡ、好ましくはスタフィロコッカス・アウレウスのも
のの最大量を得る条件を見出すことによりプロセッシン
グが最適化される。典型的には、最適には８から２５サ
イクルで終了するＰＣＲ反応における各ＰＣＲプライマ
ー対には５’色素標識プライマーを用いる。ＰＣＲ生成
物は６％ポリアクリルアミドゲルで分離し、GeneScanne
r（ＡＢＩ製）を用いて検出および定量する。
ッカスのものを、細菌感染した組織、例えば４８時間ネ
ズミ・肺感染の組織から単離し、ランダムヘキサヌクレ
オチドでプライムしたＲＮＡサンプルの逆転写により、
続いて遺伝子特異的プライマー対でのＰＣＲにより、ｍ
ＲＮＡ種の各々の量を評価する。得られたＰＣＲ生成物
の定量化により特定のｍＲＮＡ種の存在および量を決定
し、感染した組織に転写された細菌遺伝子に関する情報
を得る。遺伝子転写の分析は、感染の種々の時間で実施
でき、細菌による発病における遺伝子制御に関する詳細
な知識を得ることができ、遺伝子産物が新規な抗菌物質
をスクリーニングする標的に相当することが明快に理解
できるようになる。用いたＰＣＲプライマーの遺伝子特
異的特性のために、細菌性ｍＲＮＡ調製物は遊離の哺乳
動物ＲＮＡである必要はないことが理解されるべきであ
る。これにより研究者は、感染組織から簡単かつ迅速に
ＲＮＡを調製して、細菌中で非常に短時間しか生育でき
ない（半減期２分程度）細菌性ｍＲＮＡ種を得ることが
できる。最適には、ＴＲＩゾール（ギブコ−ＢＲＬ）を
非常に短時間存在させ、機械的に破壊することにより、
細菌性ｍＲＮＡを感染ネズミ肺組織から調製し、続いて
ＴＲＩゾール試薬の製造者の指示にしたがってプロセッ
シングし、ＤＮＡａｓｅ処理して夾雑ＤＮＡを除去す
る。好ましくは、適宜標識した配列特異的オリゴヌクレ
オチドプローブを用いてノーザンをプロービングするこ
とにより検出されるような細菌性の１６ＳリボソームＲ
ＮＡ、好ましくはスタフィロコッカス・アウレウスのも
のの最大量を得る条件を見出すことによりプロセッシン
グが最適化される。典型的には、最適には８から２５サ
イクルで終了するＰＣＲ反応における各ＰＣＲプライマ
ー対には５’色素標識プライマーを用いる。ＰＣＲ生成
物は６％ポリアクリルアミドゲルで分離し、GeneScanne
r（ＡＢＩ製）を用いて検出および定量する。
【００２７】本発明の配列に適用する場合、これらの技
法を用いると、感染中に発現する細菌性タンパク質、抗
細菌治療において利用できる阻害剤の同定が可能にな
る。
法を用いると、感染中に発現する細菌性タンパク質、抗
細菌治療において利用できる阻害剤の同定が可能にな
る。
【００２８】ポリヌクレオチド 本発明の一つの態様によれば、図２（配列番号２）の推
定アミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする単離
ポリヌクレオチドが提供される。本明細書中で用いる
「ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド」なる用
語には、本発明のポリペプチド、特に細菌性、さらに詳
細には、図２（配列番号２）に示されるアミノ酸配列を
有する本発明のポリペプチドをコードする配列を含む、
ポリヌクレオチドが包含される。該用語には、コーディ
ングおよび／または非コーディング配列をも含む付加領
域と共に、ポリペプチドをコードする単一の連続する領
域または非連続領域（たとえば、組み込まれたファージ
または挿入配列または修正により中断されたもの）を含
む、ポリヌクレオチドが包含される。
定アミノ酸配列を有するポリペプチドをコードする単離
ポリヌクレオチドが提供される。本明細書中で用いる
「ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド」なる用
語には、本発明のポリペプチド、特に細菌性、さらに詳
細には、図２（配列番号２）に示されるアミノ酸配列を
有する本発明のポリペプチドをコードする配列を含む、
ポリヌクレオチドが包含される。該用語には、コーディ
ングおよび／または非コーディング配列をも含む付加領
域と共に、ポリペプチドをコードする単一の連続する領
域または非連続領域（たとえば、組み込まれたファージ
または挿入配列または修正により中断されたもの）を含
む、ポリヌクレオチドが包含される。
【００２９】図１（配列番号１）に示すポリヌクレオチ
ド配列などの本明細書にて提供される情報を用いて、配
列番号２をコードする本発明のポリヌクレオチドまたは
そのフラグメントを、標準的なクローニングおよびスク
リーニングの手法、例えば、出発物質としてスタフィロ
コッカス・アウレウス細胞由来の染色体ＤＮＡフラグメ
ントをクローニングおよび配列決定し、つづいて完全長
のクローンを得るための手法を用いて得ることができ
る。例えば、図１（配列番号１）に示す配列などの本発
明の配列のポリヌクレオチドを得るためには、典型的に
は、イー・コリまたはいくつかの他の適当な宿主中のス
タフィロコッカス・アウレウスの染色体ＤＮＡのクロー
ンのライブラリーを、部分配列に由来する、好ましくは
１７量体またはそれ以上の長さの、放射標識したオリゴ
ヌクレオチドでプローブする。ついで、該プローブと同
一のＤＮＡを有するクローンは、非常にストリンジェン
トな洗浄により区別できる。元の配列から設計された配
列決定プライマーで同定された個々のクローンを配列決
定することにより、該配列を両方向に伸長し、完全遺伝
子配列を決定することが可能である。便利には、かかる
配列決定をプラスミドクローンから調製された変性二本
鎖ＤＮＡを用いて実施する。適当な技術については、Ma
niatis,T., Fritsch,E.F.およびSambrookら、Molecular
Cloning，A Laboratory Manual，2nd Ed.； Cold Spri
ng Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, Ne
w York (1989)に記載されている。（Screening By Hybr
idization 1.90 and Sequencing Denatured Double-Str
anded DNA Templates 13.70参照）本発明の例として、
図１（配列番号１）に示されるポリヌクレオチドは、ス
タフィロコッカス・アウレウスに由来するＤＮＡライブ
ラリー中で見出したものである。
ド配列などの本明細書にて提供される情報を用いて、配
列番号２をコードする本発明のポリヌクレオチドまたは
そのフラグメントを、標準的なクローニングおよびスク
リーニングの手法、例えば、出発物質としてスタフィロ
コッカス・アウレウス細胞由来の染色体ＤＮＡフラグメ
ントをクローニングおよび配列決定し、つづいて完全長
のクローンを得るための手法を用いて得ることができ
る。例えば、図１（配列番号１）に示す配列などの本発
明の配列のポリヌクレオチドを得るためには、典型的に
は、イー・コリまたはいくつかの他の適当な宿主中のス
タフィロコッカス・アウレウスの染色体ＤＮＡのクロー
ンのライブラリーを、部分配列に由来する、好ましくは
１７量体またはそれ以上の長さの、放射標識したオリゴ
ヌクレオチドでプローブする。ついで、該プローブと同
一のＤＮＡを有するクローンは、非常にストリンジェン
トな洗浄により区別できる。元の配列から設計された配
列決定プライマーで同定された個々のクローンを配列決
定することにより、該配列を両方向に伸長し、完全遺伝
子配列を決定することが可能である。便利には、かかる
配列決定をプラスミドクローンから調製された変性二本
鎖ＤＮＡを用いて実施する。適当な技術については、Ma
niatis,T., Fritsch,E.F.およびSambrookら、Molecular
Cloning，A Laboratory Manual，2nd Ed.； Cold Spri
ng Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, Ne
w York (1989)に記載されている。（Screening By Hybr
idization 1.90 and Sequencing Denatured Double-Str
anded DNA Templates 13.70参照）本発明の例として、
図１（配列番号１）に示されるポリヌクレオチドは、ス
タフィロコッカス・アウレウスに由来するＤＮＡライブ
ラリー中で見出したものである。
【００３０】寄託されたエス・アウレウスＷＣＵＨ２９
のＤＮＡにより特徴付けられた遺伝子の配列決定の結果
に示されるように、本発明の遺伝子は（配列番号１）、
構造的に他の応答レギュレーターに関連する。こうして
得られたＤＮＡ配列を図１（配列番号１）に示す。これ
は、当該分野に周知のアミノ酸残基の分子量を用いて計
算することのできる推定分子量を有する、図２（配列番
号２）に示すおよその数のアミノ酸残基を有するタンパ
ク質をコードする読み枠を有する。図２（配列番号２）
のポリペプチドは、バシラス・サチリス由来のＲｅｓＤ
調節タンパク質に対し約６６％の同一性を有する。
のＤＮＡにより特徴付けられた遺伝子の配列決定の結果
に示されるように、本発明の遺伝子は（配列番号１）、
構造的に他の応答レギュレーターに関連する。こうして
得られたＤＮＡ配列を図１（配列番号１）に示す。これ
は、当該分野に周知のアミノ酸残基の分子量を用いて計
算することのできる推定分子量を有する、図２（配列番
号２）に示すおよその数のアミノ酸残基を有するタンパ
ク質をコードする読み枠を有する。図２（配列番号２）
のポリペプチドは、バシラス・サチリス由来のＲｅｓＤ
調節タンパク質に対し約６６％の同一性を有する。
【００３１】本発明のポリヌクレオチドは、クローニン
グにより得るか、もしくは化学合成技術により得るか、
またはそれらを組み合わせて得た、ｍＲＮＡ等のＲＮＡ
の形態、または例えばｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡを含
むＤＮＡの形態であってもよい。ＤＮＡは二本鎖または
一本鎖のいずれであってもよい。一本鎖ＤＮＡはセンス
鎖としても知られているコーディング鎖であってもよ
く、またはアンチセンス鎖とも称される非コーディング
鎖であってもよい。ポリペプチドをコードする配列は、
図１（配列番号１）に示されるポリヌクレオチドのコー
ディング配列と同一であってもよい。また、それは、遺
伝暗号の重複性（縮重性）の結果、図２（配列番号２）
のポリペプチドをコードする異なる配列を有するポリヌ
クレオチドであってもよい。
グにより得るか、もしくは化学合成技術により得るか、
またはそれらを組み合わせて得た、ｍＲＮＡ等のＲＮＡ
の形態、または例えばｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡを含
むＤＮＡの形態であってもよい。ＤＮＡは二本鎖または
一本鎖のいずれであってもよい。一本鎖ＤＮＡはセンス
鎖としても知られているコーディング鎖であってもよ
く、またはアンチセンス鎖とも称される非コーディング
鎖であってもよい。ポリペプチドをコードする配列は、
図１（配列番号１）に示されるポリヌクレオチドのコー
ディング配列と同一であってもよい。また、それは、遺
伝暗号の重複性（縮重性）の結果、図２（配列番号２）
のポリペプチドをコードする異なる配列を有するポリヌ
クレオチドであってもよい。
【００３２】図２（配列番号２）のポリペプチドをコー
ドする本発明のポリヌクレオチドは、成熟ポリペプチド
のコーディング配列自体；成熟ポリペプチドのコーディ
ング配列および付加コーディング配列、例えばプレ、プ
ロ、プレプロタンパク質配列等のリーダーまたは分泌配
列をコードするコーディング配列；付加非コーディング
配列と一緒に、前記した付加コーディング配列と共にま
たはなしで、例えば、限定するものではないが、転写に
て役割を果たす転写された非翻訳配列（例えば、終止シ
グナルを含む）などの非コーディング５′および３′配
列、リボソーム結合部位、ｍＲＮＡ安定性エレメント、
付加機能を供給する配列などの付加アミノ酸をコードす
る付加コーディング配列を有する成熟ポリペプチドのコ
ーディング配列を包含するが、これらに限定されるもの
ではない。かくして、例えば、ポリペプチドは、融合ポ
リペプチドの精製を促す、ペプチドなどのマーカー配列
に融合していてもよい。本発明のこの態様のある具体例
において、マーカー配列はヘキサ−ヒスチジンペプチ
ド、例えば、とりわけｐＱＥベクター（Qiagen,Inc.）
中に提供されるタグであり、多くが市販により入手可能
である。例えば、Gentzら、Proc. Natl. Acad. Sci., U
SA，86:821-824（1989）に記載されるように、ヘキサ−
ヒスチジンは融合タンパク質の通常の精製法を提供す
る。ＨＡタグもまた融合タンパク質の生成に使用でき、
インフルエンザ・ヘマググルチニン・タンパク質由来の
エピトープに対応する（これについては例えばWilson
ら、Cell，37, 767（1984）に記載されている。)。本発
明のポリヌクレオチドはまた、構造遺伝子およびその天
然において関連している遺伝学的エレメントを含むポリ
ヌクレオチドを包含するが、これに限定されるものでは
ない。
ドする本発明のポリヌクレオチドは、成熟ポリペプチド
のコーディング配列自体；成熟ポリペプチドのコーディ
ング配列および付加コーディング配列、例えばプレ、プ
ロ、プレプロタンパク質配列等のリーダーまたは分泌配
列をコードするコーディング配列；付加非コーディング
配列と一緒に、前記した付加コーディング配列と共にま
たはなしで、例えば、限定するものではないが、転写に
て役割を果たす転写された非翻訳配列（例えば、終止シ
グナルを含む）などの非コーディング５′および３′配
列、リボソーム結合部位、ｍＲＮＡ安定性エレメント、
付加機能を供給する配列などの付加アミノ酸をコードす
る付加コーディング配列を有する成熟ポリペプチドのコ
ーディング配列を包含するが、これらに限定されるもの
ではない。かくして、例えば、ポリペプチドは、融合ポ
リペプチドの精製を促す、ペプチドなどのマーカー配列
に融合していてもよい。本発明のこの態様のある具体例
において、マーカー配列はヘキサ−ヒスチジンペプチ
ド、例えば、とりわけｐＱＥベクター（Qiagen,Inc.）
中に提供されるタグであり、多くが市販により入手可能
である。例えば、Gentzら、Proc. Natl. Acad. Sci., U
SA，86:821-824（1989）に記載されるように、ヘキサ−
ヒスチジンは融合タンパク質の通常の精製法を提供す
る。ＨＡタグもまた融合タンパク質の生成に使用でき、
インフルエンザ・ヘマググルチニン・タンパク質由来の
エピトープに対応する（これについては例えばWilson
ら、Cell，37, 767（1984）に記載されている。)。本発
明のポリヌクレオチドはまた、構造遺伝子およびその天
然において関連している遺伝学的エレメントを含むポリ
ヌクレオチドを包含するが、これに限定されるものでは
ない。
【００３３】本発明はさらに、図２（配列番号２）の推
定アミノ酸配列を有するポリペプチドのフラグメント、
アナログおよび誘導体をコードする、本明細書で前記し
たポリヌクレオチドの変種に関する。ポリヌクレオチド
の変種は、自然に生じる対立遺伝子変種などの自然に生
じる変種であってもよく、または自然に発生することが
知られていない変種であってもよい。このようなポリヌ
クレオチドの非天然変種は、ポリヌクレオチド、細胞ま
たは生物に適用される方法を含め、突然変異誘発技術に
より作ることができる。この点における変種には、ヌク
レオチド置換、欠失または付加により前記のポリヌクレ
オチドとは異なる変種がある。置換、欠失または付加は
１またはそれ以上のヌクレオチドに起こる。変種はコー
ディングもしくは非コーディング領域またはその両方に
おいて変化していてもよい。コーディング領域における
変化が保存的または非保存的アミノ酸置換、欠損または
付加を生成するかもしれない。この点に関する本発明の
特に好ましい具体例には、図２（配列番号２）に示すア
ミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌク
レオチド；それらの変種、アナログ、誘導体およびフラ
グメントならびに変種、アナログおよび誘導体のフラグ
メントがある。
定アミノ酸配列を有するポリペプチドのフラグメント、
アナログおよび誘導体をコードする、本明細書で前記し
たポリヌクレオチドの変種に関する。ポリヌクレオチド
の変種は、自然に生じる対立遺伝子変種などの自然に生
じる変種であってもよく、または自然に発生することが
知られていない変種であってもよい。このようなポリヌ
クレオチドの非天然変種は、ポリヌクレオチド、細胞ま
たは生物に適用される方法を含め、突然変異誘発技術に
より作ることができる。この点における変種には、ヌク
レオチド置換、欠失または付加により前記のポリヌクレ
オチドとは異なる変種がある。置換、欠失または付加は
１またはそれ以上のヌクレオチドに起こる。変種はコー
ディングもしくは非コーディング領域またはその両方に
おいて変化していてもよい。コーディング領域における
変化が保存的または非保存的アミノ酸置換、欠損または
付加を生成するかもしれない。この点に関する本発明の
特に好ましい具体例には、図２（配列番号２）に示すア
ミノ酸配列を有するポリペプチドをコードするポリヌク
レオチド；それらの変種、アナログ、誘導体およびフラ
グメントならびに変種、アナログおよび誘導体のフラグ
メントがある。
【００３４】この点において、さらに特に好ましくは、
図２（配列番号２）のポリペプチドで、そのうち、数
個、わずかな、５〜１０、１〜５、１〜３、２、１また
は０個のアミノ酸残基がいずれかの組み合わせで置換、
欠失または付加されているアミノ酸配列を有する、配列
番号１の変種、アナログ、誘導体およびフラグメント、
ならびにそのフラグメントの変種、アナログおよび誘導
体をコードするポリヌクレオチドである。中でもとりわ
け好ましいものは、サイレント置換、付加および欠失で
あり、配列番号１の遺伝子の特性および活性を変えない
ものである。また、この点に関してとりわけ好ましいも
のは、保存的置換である。最も好ましいものは、置換さ
れていない、図２（配列番号２）のアミノ酸配列を有す
るポリペプチドをコードするポリヌクレオチドである。
図２（配列番号２）のポリペプチドで、そのうち、数
個、わずかな、５〜１０、１〜５、１〜３、２、１また
は０個のアミノ酸残基がいずれかの組み合わせで置換、
欠失または付加されているアミノ酸配列を有する、配列
番号１の変種、アナログ、誘導体およびフラグメント、
ならびにそのフラグメントの変種、アナログおよび誘導
体をコードするポリヌクレオチドである。中でもとりわ
け好ましいものは、サイレント置換、付加および欠失で
あり、配列番号１の遺伝子の特性および活性を変えない
ものである。また、この点に関してとりわけ好ましいも
のは、保存的置換である。最も好ましいものは、置換さ
れていない、図２（配列番号２）のアミノ酸配列を有す
るポリペプチドをコードするポリヌクレオチドである。
【００３５】本発明のさらに好ましい態様は、図２（配
列番号２）に示すアミノ酸配列を有するポリペプチドを
コードするポリヌクレオチドに対して全長にわたって少
なくとも７０％同一のポリヌクレオチド、およびかかる
ポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチドである。
また、寄託エス・アウレウスＷＣＵＨ２９のＤＮＡのポ
リペプチドをコードするポリヌクレオチドに対して全長
にわたって少なくとも８０％同一である領域を含むポリ
ヌクレオチド、およびそれらに相補的なポリヌクレオチ
ドが最も好ましい。この点において、その同じものに対
して全長にわたって少なくとも９０％の同一性を有する
ポリヌクレオチドがとりわけ好ましく、中でも少なくと
も９５％の同一性を有するものが特に好ましい。さらに
は、少なくとも９５％の同一性を有するものの中でも少
なくとも９７％であるのがより好ましく、その中でも少
なくとも９８％および少なくとも９９％であるのが特に
好ましく、さらに少なくとも９９％であるのがより好ま
しい。好ましい具体例において、本明細書において前記
したポリヌクレオチドに対しハイブリダイズするポリヌ
クレオチドは、配列番号２の推定アミノ酸配列により特
徴付けられるポリペプチドと本質的に同じ生物学的機能
または活性を保持するポリペプチドをコードする。
列番号２）に示すアミノ酸配列を有するポリペプチドを
コードするポリヌクレオチドに対して全長にわたって少
なくとも７０％同一のポリヌクレオチド、およびかかる
ポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチドである。
また、寄託エス・アウレウスＷＣＵＨ２９のＤＮＡのポ
リペプチドをコードするポリヌクレオチドに対して全長
にわたって少なくとも８０％同一である領域を含むポリ
ヌクレオチド、およびそれらに相補的なポリヌクレオチ
ドが最も好ましい。この点において、その同じものに対
して全長にわたって少なくとも９０％の同一性を有する
ポリヌクレオチドがとりわけ好ましく、中でも少なくと
も９５％の同一性を有するものが特に好ましい。さらに
は、少なくとも９５％の同一性を有するものの中でも少
なくとも９７％であるのがより好ましく、その中でも少
なくとも９８％および少なくとも９９％であるのが特に
好ましく、さらに少なくとも９９％であるのがより好ま
しい。好ましい具体例において、本明細書において前記
したポリヌクレオチドに対しハイブリダイズするポリヌ
クレオチドは、配列番号２の推定アミノ酸配列により特
徴付けられるポリペプチドと本質的に同じ生物学的機能
または活性を保持するポリペプチドをコードする。
【００３６】この点に関して好ましい具体例は、さらに
は、図１（配列番号１）のＤＮＡによりコードされる成
熟ポリペプチドと実質的に同一の生物学的機能または活
性を保持するポリペプチドをコードするポリヌクレオチ
ドである。本発明はさらに本明細書で前記した配列にハ
イブリダイズするポリヌクレオチドに関する。この点に
おいて、本発明は、特に、ストリンジェントな条件下で
本明細書で前記したポリヌクレオチドにハイブリダイズ
するポリヌクレオチドに関する。本明細書で用いる「ス
トリンジェントな条件」なる用語は、ハイブリダイゼー
ションが配列間で少なくとも９５％、好ましくは少なく
とも９７％の同一性がある場合にのみ起こることを意味
する。
は、図１（配列番号１）のＤＮＡによりコードされる成
熟ポリペプチドと実質的に同一の生物学的機能または活
性を保持するポリペプチドをコードするポリヌクレオチ
ドである。本発明はさらに本明細書で前記した配列にハ
イブリダイズするポリヌクレオチドに関する。この点に
おいて、本発明は、特に、ストリンジェントな条件下で
本明細書で前記したポリヌクレオチドにハイブリダイズ
するポリヌクレオチドに関する。本明細書で用いる「ス
トリンジェントな条件」なる用語は、ハイブリダイゼー
ションが配列間で少なくとも９５％、好ましくは少なく
とも９７％の同一性がある場合にのみ起こることを意味
する。
【００３７】本発明のポリヌクレオチドアッセイについ
て本明細書でさらに説明するように、例えば、前記した
ように本発明のポリヌクレオチドは、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ
およびゲノムＤＮＡのハイブリダイゼーションプローブ
として用い、配列番号１の配列をコードする完全長ｃＤ
ＮＡおよびゲノムクローンを単離し、ならびに配列番号
１に対して高度な配列類似性を有する他の遺伝子のｃＤ
ＮＡおよびゲノムクローンを単離することができる。か
かるプローブは、一般に、少なくとも１５塩基を含む。
好ましくは、かかるプローブは少なくとも３０塩基を含
み、少なくとも５０塩基を含んでいてもよい。特に好ま
しいプローブは少なくとも３０塩基を含み、５０以下の
塩基を含む。例えば、本発明の遺伝子のコーディング領
域は、既知ＤＮＡ配列を用いてスクリーニングして単離
し、オリゴヌクレオチドプローブを合成することができ
る。ついで、本発明の遺伝子の配列に相補的な配列を有
する標識化オリゴヌクレオチドを用いて、ｃＤＮＡ、ゲ
ノムＤＮＡまたはｍＲＮＡのライブラリーをスクリーニ
ングし、ライブラリーのどのメンバーがプローブとハイ
ブリダイズするかを決定する。
て本明細書でさらに説明するように、例えば、前記した
ように本発明のポリヌクレオチドは、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ
およびゲノムＤＮＡのハイブリダイゼーションプローブ
として用い、配列番号１の配列をコードする完全長ｃＤ
ＮＡおよびゲノムクローンを単離し、ならびに配列番号
１に対して高度な配列類似性を有する他の遺伝子のｃＤ
ＮＡおよびゲノムクローンを単離することができる。か
かるプローブは、一般に、少なくとも１５塩基を含む。
好ましくは、かかるプローブは少なくとも３０塩基を含
み、少なくとも５０塩基を含んでいてもよい。特に好ま
しいプローブは少なくとも３０塩基を含み、５０以下の
塩基を含む。例えば、本発明の遺伝子のコーディング領
域は、既知ＤＮＡ配列を用いてスクリーニングして単離
し、オリゴヌクレオチドプローブを合成することができ
る。ついで、本発明の遺伝子の配列に相補的な配列を有
する標識化オリゴヌクレオチドを用いて、ｃＤＮＡ、ゲ
ノムＤＮＡまたはｍＲＮＡのライブラリーをスクリーニ
ングし、ライブラリーのどのメンバーがプローブとハイ
ブリダイズするかを決定する。
【００３８】本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプ
チドは、さらにポリヌクレオチドアッセイに関連して本
明細書でさらに説明するように、疾患、特にヒト疾患の
治療法および診断法の発見のための研究試薬および材料
として使用できる。本発明のポリヌクレオチドおよびポ
リペプチドは、さらにはポリヌクレオチドアッセイに関
連して本明細書でさらに説明するように、疾患、特にヒ
ト疾患の治療法および診断法の発見のための研究試薬お
よび材料として使用できる。配列番号１の配列由来のオ
リゴヌクレオチドである本発明のポリヌクレオチドは、
本明細書にて記載した方法、好ましくはＰＣＲにて使用
でき、本明細書において同定された配列が、全体として
または部分的に、感染組織にて転写されるかどうかを決
定できる。かかる配列はまた、病原体が達成した感染の
段階および型の診断にも有用であると認識される。
チドは、さらにポリヌクレオチドアッセイに関連して本
明細書でさらに説明するように、疾患、特にヒト疾患の
治療法および診断法の発見のための研究試薬および材料
として使用できる。本発明のポリヌクレオチドおよびポ
リペプチドは、さらにはポリヌクレオチドアッセイに関
連して本明細書でさらに説明するように、疾患、特にヒ
ト疾患の治療法および診断法の発見のための研究試薬お
よび材料として使用できる。配列番号１の配列由来のオ
リゴヌクレオチドである本発明のポリヌクレオチドは、
本明細書にて記載した方法、好ましくはＰＣＲにて使用
でき、本明細書において同定された配列が、全体として
または部分的に、感染組織にて転写されるかどうかを決
定できる。かかる配列はまた、病原体が達成した感染の
段階および型の診断にも有用であると認識される。
【００３９】ポリヌクレオチドは、成熟タンパク質に、
さらなるアミノもしくはカルボキシル末端アミノ酸が加
わるか、または成熟ポリペプチドの内部にアミノ酸が加
わった（例えば成熟形態が一つ以上のポリペプチド鎖を
有する場合）ポリペプチドをコードできる。かかる配列
は前駆体から成熟形態へのタンパク質のプロセッシング
において役割を有し、タンパク質を輸送し、タンパク質
の半減期を長くしたり短くしたり、またはとりわけアッ
セイもしくは製造のためのタンパク質の取り扱いを容易
にすることができる。インビボで一般的なように、付加
アミノ酸は、細胞酵素により成熟タンパク質からプロセ
ッシングで取り除かれる。１またはそれ以上のプロ配列
と融合したポリペプチドの成熟形態を有する前駆体タン
パク質は、ポリペプチドの不活性形態であってもよい。
プロ配列が除去されると、このような不活性前駆体は一
般に活性化される。プロ配列のいくつかまたは全てを、
活性化の前に除去してもよい。一般に、このような前駆
体はプロタンパク質と称される。総じて、本発明のポリ
ヌクレオチドは成熟タンパク質、リーダー配列を加えた
成熟タンパク質（プレタンパク質と称することもでき
る）、プレタンパク質のリーダー配列ではない１または
それ以上のプロ配列を有する成熟タンパク質の前駆体、
またはリーダー配列および１またはそれ以上のポリペプ
チドの活性および成熟形態を生じるプロセッシング工程
で除去されるプロ配列を有するプロタンパク質の前駆体
であるプレプロタンパク質をコードしていてもよい。
さらなるアミノもしくはカルボキシル末端アミノ酸が加
わるか、または成熟ポリペプチドの内部にアミノ酸が加
わった（例えば成熟形態が一つ以上のポリペプチド鎖を
有する場合）ポリペプチドをコードできる。かかる配列
は前駆体から成熟形態へのタンパク質のプロセッシング
において役割を有し、タンパク質を輸送し、タンパク質
の半減期を長くしたり短くしたり、またはとりわけアッ
セイもしくは製造のためのタンパク質の取り扱いを容易
にすることができる。インビボで一般的なように、付加
アミノ酸は、細胞酵素により成熟タンパク質からプロセ
ッシングで取り除かれる。１またはそれ以上のプロ配列
と融合したポリペプチドの成熟形態を有する前駆体タン
パク質は、ポリペプチドの不活性形態であってもよい。
プロ配列が除去されると、このような不活性前駆体は一
般に活性化される。プロ配列のいくつかまたは全てを、
活性化の前に除去してもよい。一般に、このような前駆
体はプロタンパク質と称される。総じて、本発明のポリ
ヌクレオチドは成熟タンパク質、リーダー配列を加えた
成熟タンパク質（プレタンパク質と称することもでき
る）、プレタンパク質のリーダー配列ではない１または
それ以上のプロ配列を有する成熟タンパク質の前駆体、
またはリーダー配列および１またはそれ以上のポリペプ
チドの活性および成熟形態を生じるプロセッシング工程
で除去されるプロ配列を有するプロタンパク質の前駆体
であるプレプロタンパク質をコードしていてもよい。
【００４０】寄託材料 寄託は、特許手続きの目的で微生物寄託の国際承認に関
するブダペスト条約の条件下で行われている。特許が発
行されると何らの制限または条件もなく、最終的には株
は分譲される。寄託は当業者の便宜のためにのみ提供さ
れ、３５Ｕ．Ｓ．Ｃ．１１２条のもとに要求されるよう
な、寄託が実施可能要件であることを承認するものでは
ない。エス・アウレウスＷＨＵＨ２９は、National Col
lectionsof Industrial and Marine Bacteria Ltd. (NC
IMB),23 St. Machar Drive, Aberdeen, AB2 1RY Aberd
een, Scotland に、受託番号ＮＣＩＭＢ40711として、
１９９５年９月１１日に寄託されている。、寄託材料に
含まれるポリヌクレオチドの配列、ならびにそれにより
コードされるポリペプチドのアミノ酸配列は、本明細書
の配列の記載と矛盾する事象において支配的である。寄
託材料を製造、使用または販売するためにはライセンス
が必要であるが、そのようなライセンスはここで付与さ
れるものではない。
するブダペスト条約の条件下で行われている。特許が発
行されると何らの制限または条件もなく、最終的には株
は分譲される。寄託は当業者の便宜のためにのみ提供さ
れ、３５Ｕ．Ｓ．Ｃ．１１２条のもとに要求されるよう
な、寄託が実施可能要件であることを承認するものでは
ない。エス・アウレウスＷＨＵＨ２９は、National Col
lectionsof Industrial and Marine Bacteria Ltd. (NC
IMB),23 St. Machar Drive, Aberdeen, AB2 1RY Aberd
een, Scotland に、受託番号ＮＣＩＭＢ40711として、
１９９５年９月１１日に寄託されている。、寄託材料に
含まれるポリヌクレオチドの配列、ならびにそれにより
コードされるポリペプチドのアミノ酸配列は、本明細書
の配列の記載と矛盾する事象において支配的である。寄
託材料を製造、使用または販売するためにはライセンス
が必要であるが、そのようなライセンスはここで付与さ
れるものではない。
【００４１】ポリペプチド 本発明はさらには、図２（配列番号２）に示されるよう
な２３３アミノ酸の長さの推定アミノ酸配列を有する新
規なスタフィロコッカス・アウレウス応答レギュレータ
ータンパク質に関する。本発明のポリペプチドは、組換
えポリペプチド、天然ポリペプチドまたは合成ポリペプ
チドであってもよく、好ましくは、組換えポリペプチド
である。また、本発明は、これらのポリペプチドのフラ
グメント、アナログおよび誘導体にも関する。「フラグ
メント」、「誘導体」および「アナログ」なる用語は、
図２（配列番号２）のポリペプチドをいう場合、かかる
ポリペプチドと本質的に同一の生物学的機能または活性
を保持するポリペプチドを意味する。それゆえ、アナロ
グには、プロタンパク質部分を切断して活性成熟ポリペ
プチドを生成して活性化できるプロタンパク質が包含さ
れる。
な２３３アミノ酸の長さの推定アミノ酸配列を有する新
規なスタフィロコッカス・アウレウス応答レギュレータ
ータンパク質に関する。本発明のポリペプチドは、組換
えポリペプチド、天然ポリペプチドまたは合成ポリペプ
チドであってもよく、好ましくは、組換えポリペプチド
である。また、本発明は、これらのポリペプチドのフラ
グメント、アナログおよび誘導体にも関する。「フラグ
メント」、「誘導体」および「アナログ」なる用語は、
図２（配列番号２）のポリペプチドをいう場合、かかる
ポリペプチドと本質的に同一の生物学的機能または活性
を保持するポリペプチドを意味する。それゆえ、アナロ
グには、プロタンパク質部分を切断して活性成熟ポリペ
プチドを生成して活性化できるプロタンパク質が包含さ
れる。
【００４２】図２（配列番号２）のポリペプチドのフラ
グメント、誘導体もしくはアナログは、（ｉ）１または
それ以上のアミノ酸残基が保存的または非保存的アミノ
酸残基（好ましくは保存的アミノ酸残基）により置換さ
れたもので、かかる置換アミノ酸残基は遺伝暗号により
コードされたものであってもなくてもよい、または（ｉ
ｉ）１またはそれ以上のアミノ酸残基が置換基を含むも
の、または（ｉｉｉ）成熟ポリペプチドが別の化合物、
例えばポリペプチドの半減期を長くする化合物（例えば
ポリエチレングリコール）と融合したもの、または（ｉ
ｖ）付加アミノ酸がリーダーもしくは分泌配列、または
成熟ポリペプチドもしくはプロタンパク質配列の精製に
用いられる配列などの成熟ポリペプチドと融合したもの
であってもよい。かかるフラグメント、誘導体およびア
ナログは、本明細書の教示より当業者に明らかであると
考えられる。
グメント、誘導体もしくはアナログは、（ｉ）１または
それ以上のアミノ酸残基が保存的または非保存的アミノ
酸残基（好ましくは保存的アミノ酸残基）により置換さ
れたもので、かかる置換アミノ酸残基は遺伝暗号により
コードされたものであってもなくてもよい、または（ｉ
ｉ）１またはそれ以上のアミノ酸残基が置換基を含むも
の、または（ｉｉｉ）成熟ポリペプチドが別の化合物、
例えばポリペプチドの半減期を長くする化合物（例えば
ポリエチレングリコール）と融合したもの、または（ｉ
ｖ）付加アミノ酸がリーダーもしくは分泌配列、または
成熟ポリペプチドもしくはプロタンパク質配列の精製に
用いられる配列などの成熟ポリペプチドと融合したもの
であってもよい。かかるフラグメント、誘導体およびア
ナログは、本明細書の教示より当業者に明らかであると
考えられる。
【００４３】この点において、本発明の特に好ましい具
体例には、図２（配列番号２）に示される新規応答レギ
ュレータータンパク質のアミノ酸配列を有するポリペプ
チド、その変種、アナログ、誘導体およびフラグメン
ト、およびそのフラグメントの変種、アナログおよび誘
導体がある。また、この点において、本発明の特に好ま
しい具体例は、配列番号２のアミノ酸配列を有するポリ
ペプチド、その変種、アナログ、誘導体およびフラグメ
ント、およびそのフラグメントの変種、アナログおよび
誘導体である。好ましい変種には、保存的アミノ酸置換
により対照標準と異なる変種がある。かかる置換は、ポ
リペプチドの所定のアミノ酸を特性の類似した別のアミ
ノ酸で置換したものである。典型的には、保存的置換と
して認められるのは、脂肪族アミノ酸Ａｌａ、Ｖａｌ、
ＬｅｕおよびＩｌｅ間での相互の置換；ヒドロキシル残
基ＳｅｒおよびＴｈｒの交換、酸性残基ＡｓｐおよびＧ
ｌｕの交換、アミド残基ＡｓｎおよびＧｌｎ間での置
換、塩基性残基ＬｙｓおよびＡｒｇの交換および芳香族
残基Ｐｈｅ、Ｔｙｒ間での置換である。
体例には、図２（配列番号２）に示される新規応答レギ
ュレータータンパク質のアミノ酸配列を有するポリペプ
チド、その変種、アナログ、誘導体およびフラグメン
ト、およびそのフラグメントの変種、アナログおよび誘
導体がある。また、この点において、本発明の特に好ま
しい具体例は、配列番号２のアミノ酸配列を有するポリ
ペプチド、その変種、アナログ、誘導体およびフラグメ
ント、およびそのフラグメントの変種、アナログおよび
誘導体である。好ましい変種には、保存的アミノ酸置換
により対照標準と異なる変種がある。かかる置換は、ポ
リペプチドの所定のアミノ酸を特性の類似した別のアミ
ノ酸で置換したものである。典型的には、保存的置換と
して認められるのは、脂肪族アミノ酸Ａｌａ、Ｖａｌ、
ＬｅｕおよびＩｌｅ間での相互の置換；ヒドロキシル残
基ＳｅｒおよびＴｈｒの交換、酸性残基ＡｓｐおよびＧ
ｌｕの交換、アミド残基ＡｓｎおよびＧｌｎ間での置
換、塩基性残基ＬｙｓおよびＡｒｇの交換および芳香族
残基Ｐｈｅ、Ｔｙｒ間での置換である。
【００４４】この点においてさらに好ましいのは、数
個、わずかな、５〜１０、１〜５、１〜３、２、１また
は０個のアミノ酸残基をいずれか組み合わせて置換、欠
失または付加した、図２（配列番号２）のポリペプチド
のアミノ酸配列を有する、変種、アナログ、誘導体およ
びフラグメント、ならびにそのフラグメントの変種、ア
ナログおよび誘導体である。これらの中でもとりわけ好
ましいのは、本発明のポリペプチドの特性および活性を
変化させないサイレント置換、付加および欠失である。
またこの点において特に好ましいのは、保存的置換であ
る。最も好ましいのは、置換していない図２（配列番号
２）のアミノ酸配列を有するポリペプチドである。好ま
しくは、配列番号２の推定アミノ酸配列により特徴付け
られるポリペプチドのフラグメント、誘導体またはアナ
ログは、該ポリペプチドと本質的に同じ生物学的機能ま
たは活性を保持する。それゆえ、アナログには、プロタ
ンパク質部分を切断して活性成熟ポリペプチドを生成し
て活性化できるプロタンパク質が包含される。
個、わずかな、５〜１０、１〜５、１〜３、２、１また
は０個のアミノ酸残基をいずれか組み合わせて置換、欠
失または付加した、図２（配列番号２）のポリペプチド
のアミノ酸配列を有する、変種、アナログ、誘導体およ
びフラグメント、ならびにそのフラグメントの変種、ア
ナログおよび誘導体である。これらの中でもとりわけ好
ましいのは、本発明のポリペプチドの特性および活性を
変化させないサイレント置換、付加および欠失である。
またこの点において特に好ましいのは、保存的置換であ
る。最も好ましいのは、置換していない図２（配列番号
２）のアミノ酸配列を有するポリペプチドである。好ま
しくは、配列番号２の推定アミノ酸配列により特徴付け
られるポリペプチドのフラグメント、誘導体またはアナ
ログは、該ポリペプチドと本質的に同じ生物学的機能ま
たは活性を保持する。それゆえ、アナログには、プロタ
ンパク質部分を切断して活性成熟ポリペプチドを生成し
て活性化できるプロタンパク質が包含される。
【００４５】本発明のポリペプチドおよびポリヌクレオ
チドは単離形態で提供されるのが好ましく、均質になる
まで精製するのが好ましい。本発明のポリペプチドは、
図２（配列番号２）のポリペプチド（特に成熟ポリペプ
チド）ならびに図２（配列番号２）のポリペプチドに対
して少なくとも７０％の同一性を有するポリペプチド、
好ましくは図２（配列番号２）のポリペプチドに対して
少なくとも８０％の同一性、さらに好ましくは図２（配
列番号２）のポリペプチドに対して少なくとも９０％の
類似性（さらに好ましくは少なくとも９０％の同一
性）、その上さらに好ましくは図２（配列番号２）のポ
リペプチドに対して少なくとも９５％の類似性（そのう
えさらに好ましくは９５％の同一性）を有するポリペプ
チドを包含し、また一般に少なくとも３０個のアミノ
酸、さらに好ましくは少なくとも５０個のアミノ酸を含
むポリペプチドのそのような部分を有する、かかるポリ
ペプチドの部分も包含する。
チドは単離形態で提供されるのが好ましく、均質になる
まで精製するのが好ましい。本発明のポリペプチドは、
図２（配列番号２）のポリペプチド（特に成熟ポリペプ
チド）ならびに図２（配列番号２）のポリペプチドに対
して少なくとも７０％の同一性を有するポリペプチド、
好ましくは図２（配列番号２）のポリペプチドに対して
少なくとも８０％の同一性、さらに好ましくは図２（配
列番号２）のポリペプチドに対して少なくとも９０％の
類似性（さらに好ましくは少なくとも９０％の同一
性）、その上さらに好ましくは図２（配列番号２）のポ
リペプチドに対して少なくとも９５％の類似性（そのう
えさらに好ましくは９５％の同一性）を有するポリペプ
チドを包含し、また一般に少なくとも３０個のアミノ
酸、さらに好ましくは少なくとも５０個のアミノ酸を含
むポリペプチドのそのような部分を有する、かかるポリ
ペプチドの部分も包含する。
【００４６】本発明のポリペプチドのフラグメントまた
は部分は、ペプチド合成による対応完全長ポリペプチド
の製造に用いることができる；したがって、フラグメン
トを完全長のポリペプチドを製造するための中間体とし
て用いることができる。本発明のポリヌクレオチドのフ
ラグメントまたは部分を用いて本発明の完全長のポリヌ
クレオチドを合成することができる。
は部分は、ペプチド合成による対応完全長ポリペプチド
の製造に用いることができる；したがって、フラグメン
トを完全長のポリペプチドを製造するための中間体とし
て用いることができる。本発明のポリヌクレオチドのフ
ラグメントまたは部分を用いて本発明の完全長のポリヌ
クレオチドを合成することができる。
【００４７】フラグメント また本発明のこの態様の好ましい具体例には、配列番号
２（図２）のフラグメント、および図２（配列番号２）
のポリペプチドの変種および誘導体のフラグメントを含
むポリペプチドがある。この点において、フラグメント
は前記のポリペプチドおよびその変種または誘導体のア
ミノ酸配列が、全てではなく一部に対して全く同一であ
るアミノ酸配列を有するポリペプチドである。かかるフ
ラグメントは、「独立している」ものであってもよく、
すなわち他のアミノ酸またはポリペプチドの一部ではな
いか、もしくはそれに融合しておらず、または一部もし
くは領域を形成するより大きなポリペプチド内に含まれ
ていてもよい。より大きなポリペプチド内に含まれる場
合、本明細書で説明するフラグメントは単一の連続した
領域を形成するのが最も好ましい。しかしながら、数個
のフラグメントが単一の、より大きなポリペプチド内に
含まれてもよい。例えば、ある好ましい具体例は、フラ
グメントのアミノ末端に融合した異型のプレおよびプロ
ポリペプチド領域、および該フラグメントのカルボキシ
ル末端に融合した付加領域を有し、宿主中に発現するよ
うに設計された前駆体ポリペプチド内に含まれる本発明
のポリペプチドのフラグメントに関する。したがって、
本明細書の意図するところの一の態様におけるフラグメ
ントは、配列番号２由来の融合ポリペプチドまたは融合
タンパク質の一つのまたは複数の部分を意味する。
２（図２）のフラグメント、および図２（配列番号２）
のポリペプチドの変種および誘導体のフラグメントを含
むポリペプチドがある。この点において、フラグメント
は前記のポリペプチドおよびその変種または誘導体のア
ミノ酸配列が、全てではなく一部に対して全く同一であ
るアミノ酸配列を有するポリペプチドである。かかるフ
ラグメントは、「独立している」ものであってもよく、
すなわち他のアミノ酸またはポリペプチドの一部ではな
いか、もしくはそれに融合しておらず、または一部もし
くは領域を形成するより大きなポリペプチド内に含まれ
ていてもよい。より大きなポリペプチド内に含まれる場
合、本明細書で説明するフラグメントは単一の連続した
領域を形成するのが最も好ましい。しかしながら、数個
のフラグメントが単一の、より大きなポリペプチド内に
含まれてもよい。例えば、ある好ましい具体例は、フラ
グメントのアミノ末端に融合した異型のプレおよびプロ
ポリペプチド領域、および該フラグメントのカルボキシ
ル末端に融合した付加領域を有し、宿主中に発現するよ
うに設計された前駆体ポリペプチド内に含まれる本発明
のポリペプチドのフラグメントに関する。したがって、
本明細書の意図するところの一の態様におけるフラグメ
ントは、配列番号２由来の融合ポリペプチドまたは融合
タンパク質の一つのまたは複数の部分を意味する。
【００４８】本発明のポリペプチドフラグメントの代表
例は、例えば、アミノ酸番号約１ないし約２０、約２１
ないし約４０、約４１ないし約６０、約６１ないし約８
０、約８１ないし約１００、および約１０１ないし約２
２４のフラグメント、ならびにこれらの２０個のアミノ
酸からなるフラグメントの組み合わせを包含する。この
意味からすると、本明細書で用いる「約」は、詳細に
は、いずれかの末端または両末端において数個、少し、
５個、４個、３個、２個または１個のアミノ酸だけ長い
または短いことを包含する。本発明の好ましいフラグメ
ントは、例えば、配列番号２の末端切断ポリペプチドを
包含する。末端切断ポリペプチドは、アミノ末端を含む
一連の残基（すなわち、連続領域、一部または部分）も
しくはカルボキシル末端を含む一連の残基の欠失、また
は二重末端切断突然変異体のように一つはアミノ末端を
含み、一つはカルボキシル末端を含む二つの連続した一
連の残基の欠失を除けば、図２のアミノ酸配列を有する
ポリペプチド、またはその変種もしくは誘導体を包含す
る。前記した大きさの範囲のフラグメントもまた末端切
断フラグメントの好ましい具体例であり、一般に、フラ
グメントの中でも特に好ましい。宿主細胞、特にスタフ
ィロコッカスにおける本発明のポリヌクレオチドの縮重
形態もまた好ましい。
例は、例えば、アミノ酸番号約１ないし約２０、約２１
ないし約４０、約４１ないし約６０、約６１ないし約８
０、約８１ないし約１００、および約１０１ないし約２
２４のフラグメント、ならびにこれらの２０個のアミノ
酸からなるフラグメントの組み合わせを包含する。この
意味からすると、本明細書で用いる「約」は、詳細に
は、いずれかの末端または両末端において数個、少し、
５個、４個、３個、２個または１個のアミノ酸だけ長い
または短いことを包含する。本発明の好ましいフラグメ
ントは、例えば、配列番号２の末端切断ポリペプチドを
包含する。末端切断ポリペプチドは、アミノ末端を含む
一連の残基（すなわち、連続領域、一部または部分）も
しくはカルボキシル末端を含む一連の残基の欠失、また
は二重末端切断突然変異体のように一つはアミノ末端を
含み、一つはカルボキシル末端を含む二つの連続した一
連の残基の欠失を除けば、図２のアミノ酸配列を有する
ポリペプチド、またはその変種もしくは誘導体を包含す
る。前記した大きさの範囲のフラグメントもまた末端切
断フラグメントの好ましい具体例であり、一般に、フラ
グメントの中でも特に好ましい。宿主細胞、特にスタフ
ィロコッカスにおける本発明のポリヌクレオチドの縮重
形態もまた好ましい。
【００４９】また本発明のこの態様にて、配列番号２の
配列により特徴付けられるポリペプチドの構造的または
機能的属性により特徴づけられるフラグメントも好まし
い。この点において本発明の好ましい具体例は、本発明
のポリペプチドのアルファーヘリックスおよびアルファ
ーヘリックス形成領域、ベータシートおよびベータシー
ト形成領域、ターンおよびターン形成領域、コイルおよ
びコイル形成領域、親水領域、疎水領域、アルファー両
親媒性領域、ベータ両親媒性領域、可変領域、界面形成
領域、基質結合領域および高抗原指数領域を含むフラグ
メントおよびかかるフラグメントの組み合わせを包含す
る。好ましい領域は、本発明のポリペプチドの活性を媒
介する領域である。この点において、類似活性もしくは
改善された活性を有するもの、または望ましくない活性
を減じたものを含め、本発明の応答レギュレーターポリ
ペプチドの化学的、生物学的またはその他の活性を有す
るフラグメントが最も好ましい。さらに好ましいポリヌ
クレオチドフラグメントは、動物特にヒトにおいて抗原
的または免疫原的であるフラグメントである。
配列により特徴付けられるポリペプチドの構造的または
機能的属性により特徴づけられるフラグメントも好まし
い。この点において本発明の好ましい具体例は、本発明
のポリペプチドのアルファーヘリックスおよびアルファ
ーヘリックス形成領域、ベータシートおよびベータシー
ト形成領域、ターンおよびターン形成領域、コイルおよ
びコイル形成領域、親水領域、疎水領域、アルファー両
親媒性領域、ベータ両親媒性領域、可変領域、界面形成
領域、基質結合領域および高抗原指数領域を含むフラグ
メントおよびかかるフラグメントの組み合わせを包含す
る。好ましい領域は、本発明のポリペプチドの活性を媒
介する領域である。この点において、類似活性もしくは
改善された活性を有するもの、または望ましくない活性
を減じたものを含め、本発明の応答レギュレーターポリ
ペプチドの化学的、生物学的またはその他の活性を有す
るフラグメントが最も好ましい。さらに好ましいポリヌ
クレオチドフラグメントは、動物特にヒトにおいて抗原
的または免疫原的であるフラグメントである。
【００５０】本発明はまた、とりわけ、前記のフラグメ
ントをコードするポリヌクレオチド、そのフラグメント
をコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするポ
リヌクレオチド、特にストリンジェントな条件下でハイ
ブリダイズするポリヌクレオチド、およびそのフラグメ
ントをコードするポリヌクレオチドを増幅するためのＰ
ＣＲプライマーなどのポリヌクレオチドに関することが
理解されよう。この点において、好ましいポリヌクレオ
チドは、前記するような、好ましいフラグメントに対応
するポリヌクレオチドである。
ントをコードするポリヌクレオチド、そのフラグメント
をコードするポリヌクレオチドにハイブリダイズするポ
リヌクレオチド、特にストリンジェントな条件下でハイ
ブリダイズするポリヌクレオチド、およびそのフラグメ
ントをコードするポリヌクレオチドを増幅するためのＰ
ＣＲプライマーなどのポリヌクレオチドに関することが
理解されよう。この点において、好ましいポリヌクレオ
チドは、前記するような、好ましいフラグメントに対応
するポリヌクレオチドである。
【００５１】ベクター、宿主細胞、発現 本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドまたは複数の
ポリヌクレオチドを含むベクター、本発明のベクターで
遺伝子操作される宿主細胞および組換え技術による本発
明のポリペプチドの製造にも関する。宿主細胞（本明細
書中に定義するような）は、遺伝子操作して、本発明の
ポリヌクレオチドを組み込み、本発明のポリペプチドを
発現させることができる。ポリヌクレオチドの宿主細胞
への導入は、リン酸カルシウムトランスフェクション、
ＤＥＡＥ−デキストラン媒介トランスフェクション、ト
ランスベクション、マイクロインジェクション、陽イオ
ン脂質媒介トランスフェクション、エレクトロポレーシ
ョン、トランスダクション、スクレープ・ローディン
グ、弾道導入、感染または他の方法により行うことがで
きる。かかる方法は多くの標準的実験室マニュアル、例
えば、Davisら、Basic Methods in Molecular Biolog
y，（1986）およびSambrookら、Molecular Cloning；A
Laboratory Manual, 2nd Ed., ColdSpring Harbor Labo
ratory Press, Cold Spring Harbor, New York (1989)
に記載されている。操作された宿主細胞を、プロモータ
ーの活性化、トランスフォーマントの選択または遺伝子
の増幅に適当なように修飾された通常の栄養培地中で培
養できる。温度、ｐHなどのような培養条件は、発現の
選択された宿主細胞においてすでに用いられたものであ
り、当業者に明らかなものであろう。
ポリヌクレオチドを含むベクター、本発明のベクターで
遺伝子操作される宿主細胞および組換え技術による本発
明のポリペプチドの製造にも関する。宿主細胞（本明細
書中に定義するような）は、遺伝子操作して、本発明の
ポリヌクレオチドを組み込み、本発明のポリペプチドを
発現させることができる。ポリヌクレオチドの宿主細胞
への導入は、リン酸カルシウムトランスフェクション、
ＤＥＡＥ−デキストラン媒介トランスフェクション、ト
ランスベクション、マイクロインジェクション、陽イオ
ン脂質媒介トランスフェクション、エレクトロポレーシ
ョン、トランスダクション、スクレープ・ローディン
グ、弾道導入、感染または他の方法により行うことがで
きる。かかる方法は多くの標準的実験室マニュアル、例
えば、Davisら、Basic Methods in Molecular Biolog
y，（1986）およびSambrookら、Molecular Cloning；A
Laboratory Manual, 2nd Ed., ColdSpring Harbor Labo
ratory Press, Cold Spring Harbor, New York (1989)
に記載されている。操作された宿主細胞を、プロモータ
ーの活性化、トランスフォーマントの選択または遺伝子
の増幅に適当なように修飾された通常の栄養培地中で培
養できる。温度、ｐHなどのような培養条件は、発現の
選択された宿主細胞においてすでに用いられたものであ
り、当業者に明らかなものであろう。
【００５２】宿主細胞内のポリヌクレオチド構築物を通
常の方法に用いて、組換え配列によりコードされる遺伝
子産物を製造することができる。また、本発明のポリペ
プチドは通常のペプチド合成により合成的に製造でき
る。成熟タンパク質は、哺乳動物細胞、酵母、細菌また
は他の細胞中、適当なプロモーターの制御下で発現させ
ることができる。無細胞翻訳系を用いて、本発明のＤＮ
Ａ構築物に由来するＲＮＡを用いてかかるタンパク質を
製造することもできる。原核および真核生物宿主で用い
る適当なクローニングおよび発現ベクターは、Sambrook
ら、Molecular Cloning ：A Laboratory Manual，2nd E
d., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spri
ng Harbor, New York (1989)に記載されている。
常の方法に用いて、組換え配列によりコードされる遺伝
子産物を製造することができる。また、本発明のポリペ
プチドは通常のペプチド合成により合成的に製造でき
る。成熟タンパク質は、哺乳動物細胞、酵母、細菌また
は他の細胞中、適当なプロモーターの制御下で発現させ
ることができる。無細胞翻訳系を用いて、本発明のＤＮ
Ａ構築物に由来するＲＮＡを用いてかかるタンパク質を
製造することもできる。原核および真核生物宿主で用い
る適当なクローニングおよび発現ベクターは、Sambrook
ら、Molecular Cloning ：A Laboratory Manual，2nd E
d., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spri
ng Harbor, New York (1989)に記載されている。
【００５３】本発明のこの態様によれば、ベクターは、
例えば、プラスミドベクター、一本鎖または二本鎖ファ
ージベクター、一本鎖または二本鎖ＲＮＡまたはＤＮＡ
ウイルスベクターであってもよい。プラスミドは、一般
に、当業者に馴染みの標準的命名法にしたがって、小文
字ｐを前に、および／または大文字および／または数字
が続くようにデザインされている。本明細書に開示され
る出発プラスミドは、市販されているか、汎用されてい
るか、または周知の公知操作を汎用することにより利用
可能なプラスミドより構築することができる。本発明に
したがって用いることのできる、多くのプラスミドおよ
び他のクローニングおよび発現ベクターが周知であり、
当業者であれば容易に利用することもできる。ある点に
おいて、とりわけ好ましいベクターは、本発明のポリヌ
クレオチドおよびポリペプチの発現のためのベクターで
ある。一般に、かかるべクターは、発現させるべきポリ
ヌクレオチドに機能的に連結した、宿主における発現に
有効なシス作用調節領域を含む。適当なトランス作用性
因子は宿主により供給されるか、補足ベクターにより供
給されるか、または宿主への導入時にベクター自身によ
り供給されるかのいずれかである。
例えば、プラスミドベクター、一本鎖または二本鎖ファ
ージベクター、一本鎖または二本鎖ＲＮＡまたはＤＮＡ
ウイルスベクターであってもよい。プラスミドは、一般
に、当業者に馴染みの標準的命名法にしたがって、小文
字ｐを前に、および／または大文字および／または数字
が続くようにデザインされている。本明細書に開示され
る出発プラスミドは、市販されているか、汎用されてい
るか、または周知の公知操作を汎用することにより利用
可能なプラスミドより構築することができる。本発明に
したがって用いることのできる、多くのプラスミドおよ
び他のクローニングおよび発現ベクターが周知であり、
当業者であれば容易に利用することもできる。ある点に
おいて、とりわけ好ましいベクターは、本発明のポリヌ
クレオチドおよびポリペプチの発現のためのベクターで
ある。一般に、かかるべクターは、発現させるべきポリ
ヌクレオチドに機能的に連結した、宿主における発現に
有効なシス作用調節領域を含む。適当なトランス作用性
因子は宿主により供給されるか、補足ベクターにより供
給されるか、または宿主への導入時にベクター自身によ
り供給されるかのいずれかである。
【００５４】この点におけるある好ましい具体例では、
ベクターは特異的発現を提供する。かかる特異的発現
は、誘導可能な発現であるか、もしくはある型の細胞で
のみ発現するか、または誘導可能かつ細胞特異性の両方
での発現であってもよい。誘導可能なベクターのうち、
特に好ましいベクターは、温度および栄養添加物などの
操作が容易である環境因子により発現を誘導できるベク
ターである。本発明のこの態様に適当な種々のベクター
は、原核および真核宿主で用いられる構成および誘導可
能な発現ベクターを含め、当業者に周知であり、かつ慣
用されている。
ベクターは特異的発現を提供する。かかる特異的発現
は、誘導可能な発現であるか、もしくはある型の細胞で
のみ発現するか、または誘導可能かつ細胞特異性の両方
での発現であってもよい。誘導可能なベクターのうち、
特に好ましいベクターは、温度および栄養添加物などの
操作が容易である環境因子により発現を誘導できるベク
ターである。本発明のこの態様に適当な種々のベクター
は、原核および真核宿主で用いられる構成および誘導可
能な発現ベクターを含め、当業者に周知であり、かつ慣
用されている。
【００５５】非常に多くの種類の発現ベクターを用い
て、本発明のポリペプチドを発現できる。かかるベクタ
ーには、とりわけ染色体、エピソームおよびウイルス由
来のベクター、例えば細菌プラスミド由来、バクテリオ
ファージ由来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由
来、挿入エレメント由来、酵母染色体エレメント由来、
例えばバキュロウイルス、ＳＶ４０などのパポバウイル
ス、ワクシニアウイルス、アデノウイルス、ニワトリポ
ックスウイルス、偽狂犬病ウイルスおよびレトロウイル
ス等のウイルス由来のベクター、ならびにコスミドおよ
びファージミド（phagemids）などのプラスミドおよび
バクテリオファージ遺伝的エレメント由来のベクターの
ごとき、その組み合わせに由来するベクターがあり、全
て本発明のこの態様にしたがって発現に用いることがで
きる。一般に、宿主にてポリペプチドを発現するために
ポリヌクレオチドを保持、伸長または発現するのに適し
たいずれのベクターも、この点における発現に使用でき
る。適当なベクターの選択は、当業者のレベルにおいて
よく行うことができる。
て、本発明のポリペプチドを発現できる。かかるベクタ
ーには、とりわけ染色体、エピソームおよびウイルス由
来のベクター、例えば細菌プラスミド由来、バクテリオ
ファージ由来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由
来、挿入エレメント由来、酵母染色体エレメント由来、
例えばバキュロウイルス、ＳＶ４０などのパポバウイル
ス、ワクシニアウイルス、アデノウイルス、ニワトリポ
ックスウイルス、偽狂犬病ウイルスおよびレトロウイル
ス等のウイルス由来のベクター、ならびにコスミドおよ
びファージミド（phagemids）などのプラスミドおよび
バクテリオファージ遺伝的エレメント由来のベクターの
ごとき、その組み合わせに由来するベクターがあり、全
て本発明のこの態様にしたがって発現に用いることがで
きる。一般に、宿主にてポリペプチドを発現するために
ポリヌクレオチドを保持、伸長または発現するのに適し
たいずれのベクターも、この点における発現に使用でき
る。適当なベクターの選択は、当業者のレベルにおいて
よく行うことができる。
【００５６】適当なＤＮＡ配列は、例えば、Sambrook
ら、Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 2nd E
d.; Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spri
ng Harbor, New York (1989)に記載されている方法など
の種々の周知かつ慣用的技法によりベクターに正方向ま
たは逆方向に挿入できる。発現ベクター中のＤＮＡ配列
は、例えば、ｍＲＮＡ転写を指令するプロモーター、リ
ボソーム結合部位（細菌発現のため）および所望により
オペレーター（本明細書において、「制御（control）
エレメント」としてまとめて称する）を含む、適当な発
現制御配列（複数でも可）に作動するように連結され、
発現を可能とする。かかるプロモーターの代表例として
は、これに限定されるものではないが、ファージラムダ
ＰＬプロモーター、イー・コリ・ｌａｃ、ｔｒｐおよび
ｔａｃプロモーター、ＳＶ４０初期および後期プロモー
ターならびにレトロウイルスＬＴＲのプロモーター、プ
ロテインＡ遺伝子（ｓｐａ）遺伝子プロモーターおよび
シグナル配列、および他の真核または原核細胞またはそ
れらのウイルスにおいて遺伝子の発現を制御することが
知られる他のプロモーターが含まれる。
ら、Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 2nd E
d.; Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spri
ng Harbor, New York (1989)に記載されている方法など
の種々の周知かつ慣用的技法によりベクターに正方向ま
たは逆方向に挿入できる。発現ベクター中のＤＮＡ配列
は、例えば、ｍＲＮＡ転写を指令するプロモーター、リ
ボソーム結合部位（細菌発現のため）および所望により
オペレーター（本明細書において、「制御（control）
エレメント」としてまとめて称する）を含む、適当な発
現制御配列（複数でも可）に作動するように連結され、
発現を可能とする。かかるプロモーターの代表例として
は、これに限定されるものではないが、ファージラムダ
ＰＬプロモーター、イー・コリ・ｌａｃ、ｔｒｐおよび
ｔａｃプロモーター、ＳＶ４０初期および後期プロモー
ターならびにレトロウイルスＬＴＲのプロモーター、プ
ロテインＡ遺伝子（ｓｐａ）遺伝子プロモーターおよび
シグナル配列、および他の真核または原核細胞またはそ
れらのウイルスにおいて遺伝子の発現を制御することが
知られる他のプロモーターが含まれる。
【００５７】一般に、発現構築物は転写開始および終止
部位を含み、転写された領域では翻訳のためのリボソー
ム結合部位を含む。構築物により発現される成熟転写物
のコーディング部分は、開始部分に翻訳開始ＡＵＧ、そ
して翻訳されるべきポリペプチドの終末部分に適当に位
置する終止コドンを含む。制御配列に加えて、宿主細胞
の生育に関連するタンパク質配列の発現の制御を可能に
する調節配列を添加することが望ましい。調節配列は、
当業者に知られるものであり、例には、調節化合物の存
在を含む化学的または物理的刺激に応答してスイッチオ
ンまたはオフにされる遺伝子の発現を引き起こすものが
含まれる。調節エレメントの他の種類は、ベクター中、
たとえば、エンハンサー配列中に存在していてもよい。
一般に、多くの常套手段によれば、かかる領域は、転
写、例えばとりわけ転写因子、レプレッサー結合部位お
よび終止部位を調節することにより機能するであろう。
伸長および発現のためのベクターは、一般に、選択可能
なマーカーおよび増幅領域、例えば、上記に引用したSa
mbrookらに示される領域を有するであろう。
部位を含み、転写された領域では翻訳のためのリボソー
ム結合部位を含む。構築物により発現される成熟転写物
のコーディング部分は、開始部分に翻訳開始ＡＵＧ、そ
して翻訳されるべきポリペプチドの終末部分に適当に位
置する終止コドンを含む。制御配列に加えて、宿主細胞
の生育に関連するタンパク質配列の発現の制御を可能に
する調節配列を添加することが望ましい。調節配列は、
当業者に知られるものであり、例には、調節化合物の存
在を含む化学的または物理的刺激に応答してスイッチオ
ンまたはオフにされる遺伝子の発現を引き起こすものが
含まれる。調節エレメントの他の種類は、ベクター中、
たとえば、エンハンサー配列中に存在していてもよい。
一般に、多くの常套手段によれば、かかる領域は、転
写、例えばとりわけ転写因子、レプレッサー結合部位お
よび終止部位を調節することにより機能するであろう。
伸長および発現のためのベクターは、一般に、選択可能
なマーカーおよび増幅領域、例えば、上記に引用したSa
mbrookらに示される領域を有するであろう。
【００５８】発現ベクターは、制御配列に関してコーデ
ィング配列の位置および方向がコーディング配列が制御
配列の「制御」下に転写されるよう（すなわち、制御配
列でＤＮＡ分子に結合するＲＮＡポリメラーゼがコーデ
ィング配列を転写する）に、特定のコーディング配列が
適当な調節配列とともにベクター中に位置するように、
構築される。コーディング配列の修飾がこの目的を達成
するために所望される。たとえば、いくつかの場合にお
いて、適当な方向で制御配列に結合できるように；すな
わち、読み枠を維持するように、配列を修飾する必要が
あるであろう。制御配列および他の調節配列を、前記し
たクローニングベクターなどのベクター中に挿入する前
に、コーディング配列に連結することができる。別法と
して、コーディング配列をすでに制御配列および適当な
制限部位を有する発現ベクター中に直接クローニングす
ることができる。コーディング配列は、シグナルペプチ
ドまたはリーダー配列を含んでいてもよい。リーダー配
列は、細菌宿主により翻訳後プロセシングにおいて除去
できる。たとえば、米国特許第4,431,739；4,452,437；
4,338,397号参照。
ィング配列の位置および方向がコーディング配列が制御
配列の「制御」下に転写されるよう（すなわち、制御配
列でＤＮＡ分子に結合するＲＮＡポリメラーゼがコーデ
ィング配列を転写する）に、特定のコーディング配列が
適当な調節配列とともにベクター中に位置するように、
構築される。コーディング配列の修飾がこの目的を達成
するために所望される。たとえば、いくつかの場合にお
いて、適当な方向で制御配列に結合できるように；すな
わち、読み枠を維持するように、配列を修飾する必要が
あるであろう。制御配列および他の調節配列を、前記し
たクローニングベクターなどのベクター中に挿入する前
に、コーディング配列に連結することができる。別法と
して、コーディング配列をすでに制御配列および適当な
制限部位を有する発現ベクター中に直接クローニングす
ることができる。コーディング配列は、シグナルペプチ
ドまたはリーダー配列を含んでいてもよい。リーダー配
列は、細菌宿主により翻訳後プロセシングにおいて除去
できる。たとえば、米国特許第4,431,739；4,452,437；
4,338,397号参照。
【００５９】一般的に、組換え発現ベクターは、複製開
始点および宿主細胞のトランスフォーメーションを可能
にする選択マーカー（たとえば、イー・コリのアンピシ
リン耐性遺伝子およびエス・セレビシアエ（S. cerevis
iae）ＴＲＰ１遺伝子）、および下流構造配列の転写を
調節するための高度に発現される遺伝子由来のプロモー
ターを含む。異種構造配列は、翻訳開始および終止配
列、および好ましくは、ペリプラスム間隙または細胞外
培地中に翻訳されたタンパク質を直接分泌できるように
するリーダー配列とともに適当な配置として組み込まれ
る。所望により、異種配列は、たとえば、安定性または
発現組換え産物の簡単な精製などの所望の特徴を与える
Ｎ−末端同定ペプチドを含む、融合タンパク質をコード
することができる。
始点および宿主細胞のトランスフォーメーションを可能
にする選択マーカー（たとえば、イー・コリのアンピシ
リン耐性遺伝子およびエス・セレビシアエ（S. cerevis
iae）ＴＲＰ１遺伝子）、および下流構造配列の転写を
調節するための高度に発現される遺伝子由来のプロモー
ターを含む。異種構造配列は、翻訳開始および終止配
列、および好ましくは、ペリプラスム間隙または細胞外
培地中に翻訳されたタンパク質を直接分泌できるように
するリーダー配列とともに適当な配置として組み込まれ
る。所望により、異種配列は、たとえば、安定性または
発現組換え産物の簡単な精製などの所望の特徴を与える
Ｎ−末端同定ペプチドを含む、融合タンパク質をコード
することができる。
【００６０】適当な宿主の代表例は、細菌細胞、例えば
ストレプトコッカス（連鎖球菌）、スタフィロコッカス
（ブドウ球菌）、イー・コリ（大腸菌）、ストレプトマ
イセスおよびバシラス・サチリス細胞；真菌細胞、例え
ば酵母細胞およびアスペルギルス細胞；昆虫細胞、例え
ばドロソフィラＳ２およびスポドプテラＳf９細胞；動
物細胞、例えばＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨeＬa、Ｃ１２７、３
T３、ＢＨＫ、２９３およびボーウェス（Bows）黒色腫
細胞；ならびに植物細胞を包含する。
ストレプトコッカス（連鎖球菌）、スタフィロコッカス
（ブドウ球菌）、イー・コリ（大腸菌）、ストレプトマ
イセスおよびバシラス・サチリス細胞；真菌細胞、例え
ば酵母細胞およびアスペルギルス細胞；昆虫細胞、例え
ばドロソフィラＳ２およびスポドプテラＳf９細胞；動
物細胞、例えばＣＨＯ、ＣＯＳ、ＨeＬa、Ｃ１２７、３
T３、ＢＨＫ、２９３およびボーウェス（Bows）黒色腫
細胞；ならびに植物細胞を包含する。
【００６１】市販されている以下のベクターを例示とし
て示す。細菌中で使用するのに好ましいベクターには、
キアゲン（Qiagen）より入手可能なｐＱＥ７０、ｐＱＥ
６０およびｐＱＥ−９；ストラタジン（Stratagene）よ
り入手可能なｐＥＴ−３ベクター（Stratagene）、ｐＤ
１０、ｐｓｉＸ１７４、ｐＢＳベクター、ファージェス
クリプト（Phagescript）ベクター、ブルースクリプト
（Bluescript）ベクター、ｐＮＨ８Ａ、ｐＮＨ１６ａ、
ｐＮＨ１８ＡおよびｐＮＨ４６Ａ；ならびにファルマシ
ア（Pharmacia）より入手可能なｐｔｒｃ９９ａ、ｐＫ
Ｋ２２３−３、ｐＫＫ２３３−３、ｐＤＲ５４０、ｐＲ
ＩＴ５；およびｐＢＲ３２２（ＡＴＣＣ３７０１７）が
ある。好ましい真核生物ベクターには、ストラタジンよ
り入手可能なｐＷＬＮＥＯ、ｐＳＶ２ＣＡＴ、ｐＯＧ４
４、ｐＸＴ１およびｐＳＧ；ならびにファルマシアより
入手可能なｐＳＶＫ３、ｐＢＰＶ、ｐＭＳＧおよびｐＳ
ＶＬがある。クローニング用の組換えＤＮＡベクターお
よびそれらでトランスフォームされる宿主細胞の例に
は、バクテリオファージ（イー・コリ）、ｐＢＲ３２２
（イー・コリ）、ｐＡＣＹＣ１７７（イー・コリ）、ｐ
ＫＴ２３０（グラム−陰性細菌）、ｐＧＶ１１０６（グ
ラム−陰性細菌）、ｐＬＡＦＲ１（グラム−陰性細
菌）、ｐＭＥ２９０（非イー・コリグラム−陰性細
菌）、ｐＨＶ１４（イー・コリおよびバシラス・サチリ
ス）、ｐＢＤ９（バシラス）、ｐＩＪ６１（ストレプト
マイセス）、ｐＵＣ６（ストレプトマイセス）、ＹＩｐ
５（サッカロマイセス）、バキュロウイルス昆虫細胞
系、ＹＣｐ１９（サッカロマイセス）。一般には、"DNA
Cloning": Vols. I & II, Glover et al. ed. IRL Pr
ess Oxford (1985) (1987) および; T. Maniatis et a
l. "Molecular Cloning" Cold SpringHarbor Laborator
y (1982)を参照のこと。これらのベクターは単に多くの
市販されている周知のベクターを例示するために列挙し
てあるにすぎず、本発明のこの態様にしたがって使用す
るのに、当業者に入手可能なベクターである。宿主にて
本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドを、例え
ば、導入、保持、伸長または発現するのに適した他のプ
ラスミドまたはベクターが、本発明のこの態様において
使用できることは理解されよう。
て示す。細菌中で使用するのに好ましいベクターには、
キアゲン（Qiagen）より入手可能なｐＱＥ７０、ｐＱＥ
６０およびｐＱＥ−９；ストラタジン（Stratagene）よ
り入手可能なｐＥＴ−３ベクター（Stratagene）、ｐＤ
１０、ｐｓｉＸ１７４、ｐＢＳベクター、ファージェス
クリプト（Phagescript）ベクター、ブルースクリプト
（Bluescript）ベクター、ｐＮＨ８Ａ、ｐＮＨ１６ａ、
ｐＮＨ１８ＡおよびｐＮＨ４６Ａ；ならびにファルマシ
ア（Pharmacia）より入手可能なｐｔｒｃ９９ａ、ｐＫ
Ｋ２２３−３、ｐＫＫ２３３−３、ｐＤＲ５４０、ｐＲ
ＩＴ５；およびｐＢＲ３２２（ＡＴＣＣ３７０１７）が
ある。好ましい真核生物ベクターには、ストラタジンよ
り入手可能なｐＷＬＮＥＯ、ｐＳＶ２ＣＡＴ、ｐＯＧ４
４、ｐＸＴ１およびｐＳＧ；ならびにファルマシアより
入手可能なｐＳＶＫ３、ｐＢＰＶ、ｐＭＳＧおよびｐＳ
ＶＬがある。クローニング用の組換えＤＮＡベクターお
よびそれらでトランスフォームされる宿主細胞の例に
は、バクテリオファージ（イー・コリ）、ｐＢＲ３２２
（イー・コリ）、ｐＡＣＹＣ１７７（イー・コリ）、ｐ
ＫＴ２３０（グラム−陰性細菌）、ｐＧＶ１１０６（グ
ラム−陰性細菌）、ｐＬＡＦＲ１（グラム−陰性細
菌）、ｐＭＥ２９０（非イー・コリグラム−陰性細
菌）、ｐＨＶ１４（イー・コリおよびバシラス・サチリ
ス）、ｐＢＤ９（バシラス）、ｐＩＪ６１（ストレプト
マイセス）、ｐＵＣ６（ストレプトマイセス）、ＹＩｐ
５（サッカロマイセス）、バキュロウイルス昆虫細胞
系、ＹＣｐ１９（サッカロマイセス）。一般には、"DNA
Cloning": Vols. I & II, Glover et al. ed. IRL Pr
ess Oxford (1985) (1987) および; T. Maniatis et a
l. "Molecular Cloning" Cold SpringHarbor Laborator
y (1982)を参照のこと。これらのベクターは単に多くの
市販されている周知のベクターを例示するために列挙し
てあるにすぎず、本発明のこの態様にしたがって使用す
るのに、当業者に入手可能なベクターである。宿主にて
本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプチドを、例え
ば、導入、保持、伸長または発現するのに適した他のプ
ラスミドまたはベクターが、本発明のこの態様において
使用できることは理解されよう。
【００６２】制限部位または候補プロモーターフラグメ
ント、すなわちプロモーターを有するかもしれないフラ
グメントを導入するための部位の下流に、プロモーター
領域を欠いたリポーター転写ユニット、例えばクロラム
フェニコールアセチルトランスフェラーゼ（「ＣＡ
Ｔ」）転写ユニットを含有するベクターを用いて、いず
れか望ましい遺伝子からプロモーター領域を選択するこ
とができる。周知のように、プロモーター含有フラグメ
ントをｃａｔ遺伝子の上流の制限部位でベクターに導入
すると、ＣＡＴ活性の産生を引き起こし、その活性は標
準的なＣＡＴアッセイにより検出できる。ｐＫＫ２３２
−８およびｐＣＭ７などのこの目的に適するベクターが
周知であり、容易に入手可能である。本発明のポリヌク
レオチドを発現するためのプロモーターには、周知の容
易に入手できるプロモーターのみならず、リポーター遺
伝子を用いて前記の技術により容易に得ることができる
プロモーターもある。
ント、すなわちプロモーターを有するかもしれないフラ
グメントを導入するための部位の下流に、プロモーター
領域を欠いたリポーター転写ユニット、例えばクロラム
フェニコールアセチルトランスフェラーゼ（「ＣＡ
Ｔ」）転写ユニットを含有するベクターを用いて、いず
れか望ましい遺伝子からプロモーター領域を選択するこ
とができる。周知のように、プロモーター含有フラグメ
ントをｃａｔ遺伝子の上流の制限部位でベクターに導入
すると、ＣＡＴ活性の産生を引き起こし、その活性は標
準的なＣＡＴアッセイにより検出できる。ｐＫＫ２３２
−８およびｐＣＭ７などのこの目的に適するベクターが
周知であり、容易に入手可能である。本発明のポリヌク
レオチドを発現するためのプロモーターには、周知の容
易に入手できるプロモーターのみならず、リポーター遺
伝子を用いて前記の技術により容易に得ることができる
プロモーターもある。
【００６３】本発明によるポリヌクレオチドおよびポリ
ペプチドの発現に適した公知の原核生物プロモーターに
は、イー・コリのｌａｃＩおよびｌａｃＺプロモータ
ー、Ｔ３およびＴ７プロモーター、ｇｐｔプロモータ
ー、ラムダＰＲ、ＰＬプロモーターおよびｔｒｐプロモ
ーターがある。この点において適当な公知の真核生物プ
ロモーターには、ＣＭＶ即時型プロモーター、ＨＳＶチ
ミジンキナーゼプロモーター、初期および後期ＳＶ４０
プロモーター、レトロウイルスＬＴＲのプロモーター、
例えばラウス肉腫ウイルス（「ＲＳＶ」）のプロモータ
ーならびにマウス・メタロチオネイン−Ｉプロモーター
などのメタロチオネインプロモーター例えばがある。
ペプチドの発現に適した公知の原核生物プロモーターに
は、イー・コリのｌａｃＩおよびｌａｃＺプロモータ
ー、Ｔ３およびＴ７プロモーター、ｇｐｔプロモータ
ー、ラムダＰＲ、ＰＬプロモーターおよびｔｒｐプロモ
ーターがある。この点において適当な公知の真核生物プ
ロモーターには、ＣＭＶ即時型プロモーター、ＨＳＶチ
ミジンキナーゼプロモーター、初期および後期ＳＶ４０
プロモーター、レトロウイルスＬＴＲのプロモーター、
例えばラウス肉腫ウイルス（「ＲＳＶ」）のプロモータ
ーならびにマウス・メタロチオネイン−Ｉプロモーター
などのメタロチオネインプロモーター例えばがある。
【００６４】組換え発現ベクターは、例えば、複製開始
点、好ましくは、高発現遺伝子に由来し、下流の構造配
列の転写を指令するプロモーターおよびベクターに暴露
した後のベクター含有細胞の単離を可能とする選択可能
なマーカーを含む。たとえば、選択可能なマーカーは、
真核細胞培養のためのジヒドロフォレートレダクターゼ
またはネオマイシン耐性など、または、イー・コリにお
けるテトラサイクリンまたはアンピシリン耐性などの、
トランスフォームされた宿主細胞選択のための表現型の
特性を提供する。本発明のポリペプチドの異種構造配列
をコードする本発明のポリヌクレオチドを、一般に、標
準法を用いてベクターに挿入し、発現用プロモーターに
機能的に連結させる。ポリヌクレオチドを、転写開始部
位がリボソーム結合部位に対して適宜５′にあるように
位置させる。リボソーム結合部位は、発現させるべきポ
リペプチドの翻訳を開始するＡＵＧの５′にある。一般
に、開始コドン、通常ＡＵＧで始まり、リボソーム結合
部位および開始ＡＵＧの間にある、読み枠は他にない。
また、一般に、ポリペプチドの末端に翻訳停止コドンが
あり、真核生物宿主で用いられる構築物中に、ポリアデ
ニル化シグナルがあるであろう。転写領域の３′末端に
適宜配置される転写終止シグナルはまた、ポリヌクレオ
チド構築物に含まれていてもよい。
点、好ましくは、高発現遺伝子に由来し、下流の構造配
列の転写を指令するプロモーターおよびベクターに暴露
した後のベクター含有細胞の単離を可能とする選択可能
なマーカーを含む。たとえば、選択可能なマーカーは、
真核細胞培養のためのジヒドロフォレートレダクターゼ
またはネオマイシン耐性など、または、イー・コリにお
けるテトラサイクリンまたはアンピシリン耐性などの、
トランスフォームされた宿主細胞選択のための表現型の
特性を提供する。本発明のポリペプチドの異種構造配列
をコードする本発明のポリヌクレオチドを、一般に、標
準法を用いてベクターに挿入し、発現用プロモーターに
機能的に連結させる。ポリヌクレオチドを、転写開始部
位がリボソーム結合部位に対して適宜５′にあるように
位置させる。リボソーム結合部位は、発現させるべきポ
リペプチドの翻訳を開始するＡＵＧの５′にある。一般
に、開始コドン、通常ＡＵＧで始まり、リボソーム結合
部位および開始ＡＵＧの間にある、読み枠は他にない。
また、一般に、ポリペプチドの末端に翻訳停止コドンが
あり、真核生物宿主で用いられる構築物中に、ポリアデ
ニル化シグナルがあるであろう。転写領域の３′末端に
適宜配置される転写終止シグナルはまた、ポリヌクレオ
チド構築物に含まれていてもよい。
【００６５】翻訳タンパク質を、小胞体内腔、ペリプラ
スム間隙または細胞外環境へ分泌するために、適当な分
泌シグナルが発現するポリペプチドに組み込まれていて
もよい。これらのシグナルはポリペプチドに対する本来
のものであってもよく、または異種シグナルであっても
よい。
スム間隙または細胞外環境へ分泌するために、適当な分
泌シグナルが発現するポリペプチドに組み込まれていて
もよい。これらのシグナルはポリペプチドに対する本来
のものであってもよく、または異種シグナルであっても
よい。
【００６６】ポリペプチドは、修飾された形態、例えば
融合タンパク質の形態で発現してもよく、分泌シグナル
のみならず付加的な異種機能性領域を有していてもよ
い。このように、例えば付加アミノ酸、特に荷電アミノ
酸の領域を、ポリペプチドのＮ−末端に付加し、精製中
またはその後の操作および貯蔵中の、宿主細胞内での安
定性および持続性を改善する。また、精製を容易にする
ために、ポリペプチドに領域を付加することもできる。
かかる領域はポリペプチドの最終的な調製の前に除去で
きる。ペプチド部分をポリペプチドに付加し、とりわ
け、分泌または放出を誘起し、安定性を改善するかまた
は精製を容易にするのは、当該分野でよくあることであ
り、慣用される技術である。好ましい融合タンパク質
は、ポリペプチドを可溶化または精製するのに有用な免
疫グロブリンに由来する異種領域を含む。例えばＥＰ−
Ａ−０４６４ ５３３（カナダ国の対応特許２０４５８
６９）は、免疫グロブリン分子の定常領域の種々の部分
と、別のタンパク質またはその一部とからなる融合タン
パク質を開示する。薬物の開発において、例えば、タン
パク質を、高処理能力スクリーニングアッセイの目的で
抗体のＦｃ部分と融合させ、アンタゴニストを同定する
ことができる。D.Bennettら、Journal of Molecular Re
cognition，8, 52-58（1995）およびK.Johansonら、The
Journal of Biological Chemistry，270（16), 9459-
9471（1995）を参照のこと。
融合タンパク質の形態で発現してもよく、分泌シグナル
のみならず付加的な異種機能性領域を有していてもよ
い。このように、例えば付加アミノ酸、特に荷電アミノ
酸の領域を、ポリペプチドのＮ−末端に付加し、精製中
またはその後の操作および貯蔵中の、宿主細胞内での安
定性および持続性を改善する。また、精製を容易にする
ために、ポリペプチドに領域を付加することもできる。
かかる領域はポリペプチドの最終的な調製の前に除去で
きる。ペプチド部分をポリペプチドに付加し、とりわ
け、分泌または放出を誘起し、安定性を改善するかまた
は精製を容易にするのは、当該分野でよくあることであ
り、慣用される技術である。好ましい融合タンパク質
は、ポリペプチドを可溶化または精製するのに有用な免
疫グロブリンに由来する異種領域を含む。例えばＥＰ−
Ａ−０４６４ ５３３（カナダ国の対応特許２０４５８
６９）は、免疫グロブリン分子の定常領域の種々の部分
と、別のタンパク質またはその一部とからなる融合タン
パク質を開示する。薬物の開発において、例えば、タン
パク質を、高処理能力スクリーニングアッセイの目的で
抗体のＦｃ部分と融合させ、アンタゴニストを同定する
ことができる。D.Bennettら、Journal of Molecular Re
cognition，8, 52-58（1995）およびK.Johansonら、The
Journal of Biological Chemistry，270（16), 9459-
9471（1995）を参照のこと。
【００６７】選択した発現系および宿主に応じ、前記し
た発現ベクターでトランスフォームされた宿主細胞を対
象のポリペプチドが発現される条件下で生育させること
により、本発明のポリペプチドを製造できる。成熟タン
パク質がきわめて疎水性な領域を有しており過剰発現の
産物を不溶性とする場合、疎水性領域が削除された末端
切断されたタンパク質を発現することが所望される。適
当な生育条件および回収方法の選択は、当業者の技術の
範囲内である。組換え製造方法において用いた宿主に応
じ、本発明のポリペプチドはグリコシル化されてもよ
く、グリコシル化されなくてもよい。本発明のポリペプ
チドは、開始メチオニンアミノ酸残基を含んでいてもよ
い。ついで、ポリペプチドは宿主細胞から単離され、精
製される。発現系がポリペプチドを生育培地中に分泌す
る場合、ポリペプチドを培地から直接精製することがで
きる。ポリペプチドが分泌されない場合、細胞溶解物か
ら単離するかまたは細胞膜フラクションから回収する。
ポリペプチドが細胞表面上に位置する場合、細胞全体ま
たは単離膜を所望の遺伝子産物の解析可能源として用い
ることができる。
た発現ベクターでトランスフォームされた宿主細胞を対
象のポリペプチドが発現される条件下で生育させること
により、本発明のポリペプチドを製造できる。成熟タン
パク質がきわめて疎水性な領域を有しており過剰発現の
産物を不溶性とする場合、疎水性領域が削除された末端
切断されたタンパク質を発現することが所望される。適
当な生育条件および回収方法の選択は、当業者の技術の
範囲内である。組換え製造方法において用いた宿主に応
じ、本発明のポリペプチドはグリコシル化されてもよ
く、グリコシル化されなくてもよい。本発明のポリペプ
チドは、開始メチオニンアミノ酸残基を含んでいてもよ
い。ついで、ポリペプチドは宿主細胞から単離され、精
製される。発現系がポリペプチドを生育培地中に分泌す
る場合、ポリペプチドを培地から直接精製することがで
きる。ポリペプチドが分泌されない場合、細胞溶解物か
ら単離するかまたは細胞膜フラクションから回収する。
ポリペプチドが細胞表面上に位置する場合、細胞全体ま
たは単離膜を所望の遺伝子産物の解析可能源として用い
ることができる。
【００６８】ついで、典型的には、細胞を遠心分離によ
り収穫し、物理的または化学的手段により破壊し、得ら
れた粗抽出物をさらに精製するために保持する。タンパ
ク質の発現に用いた微生物細胞は、凍結−融解サイク
ル、ソニケーション、機械的破壊または細胞溶解剤の使
用を含め、常法により破壊でき、かかる方法は当業者に
周知である。本発明のポリペプチドは、硫酸アンモニウ
ムまたはエタノール沈澱、酸抽出、アニオンまたはカチ
オン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロースクロマ
トグラフィー、疎水相互作用クロマトグラフィー、アフ
ィニティークロマトグラフィー、ヒドロキシルアパタイ
トクロマトグラフィーおよびレクチンクロマトグラフィ
ーを包含する周知の方法によって、組換え細胞培養物か
ら回収および精製できる。最も好ましくは、高性能液体
クロマトグラフィーを精製に用いる。ポリペプチドが単
離および／または精製中に変性する場合、再び活性なコ
ンホーメーションを得るために、タンパク質を再生する
ための周知の技術を用いてもよい。
り収穫し、物理的または化学的手段により破壊し、得ら
れた粗抽出物をさらに精製するために保持する。タンパ
ク質の発現に用いた微生物細胞は、凍結−融解サイク
ル、ソニケーション、機械的破壊または細胞溶解剤の使
用を含め、常法により破壊でき、かかる方法は当業者に
周知である。本発明のポリペプチドは、硫酸アンモニウ
ムまたはエタノール沈澱、酸抽出、アニオンまたはカチ
オン交換クロマトグラフィー、ホスホセルロースクロマ
トグラフィー、疎水相互作用クロマトグラフィー、アフ
ィニティークロマトグラフィー、ヒドロキシルアパタイ
トクロマトグラフィーおよびレクチンクロマトグラフィ
ーを包含する周知の方法によって、組換え細胞培養物か
ら回収および精製できる。最も好ましくは、高性能液体
クロマトグラフィーを精製に用いる。ポリペプチドが単
離および／または精製中に変性する場合、再び活性なコ
ンホーメーションを得るために、タンパク質を再生する
ための周知の技術を用いてもよい。
【００６９】ポリヌクレオチドアッセイ 本発明はまた、例えば診断用試薬として相補的ポリヌク
レオチドを検出するための本発明のポリヌクレオチドの
使用にも関する。真核生物、特に哺乳動物、特にヒトに
おいて配列番号１の配列により特徴付けられる遺伝子を
検出することにより、疾患の診断方法が得られるであろ
う。本発明の遺伝子を有する生物に感染した真核生物
（本明細書において「個体」とも称する）、特に哺乳動
物、特にヒトを、種々の技術により、ＤＮＡレベルで検
出できる。診断用の核酸は感染した個体の細胞および組
織、例えば骨、血液、筋肉、軟骨および皮膚から入手で
きる。ゲノムＤＮＡは検出に直接使用してもよく、また
は分析前にＰＣＲを用いて酵素的に増幅させてもよい
（Saikiら、Nature, 324, 163-166（1986））。ＲＮＡ
またはｃＤＮＡもまた同様に用いることができる。一例
として、配列番号１の核酸に相補的なＰＣＲプライマー
を用いて、遺伝子の存在および／または発現を同定およ
び分析できる。ＰＣＲを用いて、真核生物、特に哺乳動
物、特にヒトに存在する原核生物の株を、原核生物遺伝
子の遺伝子型の分析により特徴づけできる。例えば、対
照標準の配列の遺伝子型と比較し、増幅産物の大きさの
変化により欠失および挿入を検出できる。点突然変異は
増幅したＤＮＡを放射性標識したＲＮＡに、また別法と
して放射性標識したアンチセンス ＤＮＡにハイブリダ
イゼーションさせることにより同定できる。完全に対合
する配列は、ＲＮaseＡ消化により、または融解温度の
差異により、誤対合二重らせんと区別できる。
レオチドを検出するための本発明のポリヌクレオチドの
使用にも関する。真核生物、特に哺乳動物、特にヒトに
おいて配列番号１の配列により特徴付けられる遺伝子を
検出することにより、疾患の診断方法が得られるであろ
う。本発明の遺伝子を有する生物に感染した真核生物
（本明細書において「個体」とも称する）、特に哺乳動
物、特にヒトを、種々の技術により、ＤＮＡレベルで検
出できる。診断用の核酸は感染した個体の細胞および組
織、例えば骨、血液、筋肉、軟骨および皮膚から入手で
きる。ゲノムＤＮＡは検出に直接使用してもよく、また
は分析前にＰＣＲを用いて酵素的に増幅させてもよい
（Saikiら、Nature, 324, 163-166（1986））。ＲＮＡ
またはｃＤＮＡもまた同様に用いることができる。一例
として、配列番号１の核酸に相補的なＰＣＲプライマー
を用いて、遺伝子の存在および／または発現を同定およ
び分析できる。ＰＣＲを用いて、真核生物、特に哺乳動
物、特にヒトに存在する原核生物の株を、原核生物遺伝
子の遺伝子型の分析により特徴づけできる。例えば、対
照標準の配列の遺伝子型と比較し、増幅産物の大きさの
変化により欠失および挿入を検出できる。点突然変異は
増幅したＤＮＡを放射性標識したＲＮＡに、また別法と
して放射性標識したアンチセンス ＤＮＡにハイブリダ
イゼーションさせることにより同定できる。完全に対合
する配列は、ＲＮaseＡ消化により、または融解温度の
差異により、誤対合二重らせんと区別できる。
【００７０】対照標準の遺伝子および突然変異を有する
遺伝子間の配列の違いはまた、直接的ＤＮＡ配列決定に
より明らかにすることもできる。加えて、クローン化Ｄ
ＮＡセグメントを特異的ＤＮＡセグメントを検出するた
めのプローブとして用いることができる。かかる方法の
感度は、ＰＣＲまたは別の増幅法を適宜使用することに
より、非常に増強させることができる。例えば、配列決
定プライマーを二本鎖ＰＣＲ生成物または修飾ＰＣＲに
より生じた一本鎖鋳型分子と共に用いる。配列決定は、
放射標識したヌクレオチドを用いる従来の方法により、
または蛍光タグを用いる自動配列決定法により行うこと
ができる。ＤＮＡ配列の差異に基づく遺伝的特徴付け
は、変性剤を含むまたは含まないゲル中のＤＮＡフラグ
メントの電気泳動度の変化を検出することにより達成で
きる。小さな配列の欠失および挿入は高分解ゲル電気泳
動により可視化できる。異なる配列のＤＮＡフラグメン
トは、その個々の融解または部分的融解温度によって、
異なるＤＮＡフラグメントの移動がゲル中の異なる位置
で遅くなる、変性ホルムアミド勾配ゲル上にて区別でき
る（例えばMeyersら、Science，230:1242（1985）参
照）。
遺伝子間の配列の違いはまた、直接的ＤＮＡ配列決定に
より明らかにすることもできる。加えて、クローン化Ｄ
ＮＡセグメントを特異的ＤＮＡセグメントを検出するた
めのプローブとして用いることができる。かかる方法の
感度は、ＰＣＲまたは別の増幅法を適宜使用することに
より、非常に増強させることができる。例えば、配列決
定プライマーを二本鎖ＰＣＲ生成物または修飾ＰＣＲに
より生じた一本鎖鋳型分子と共に用いる。配列決定は、
放射標識したヌクレオチドを用いる従来の方法により、
または蛍光タグを用いる自動配列決定法により行うこと
ができる。ＤＮＡ配列の差異に基づく遺伝的特徴付け
は、変性剤を含むまたは含まないゲル中のＤＮＡフラグ
メントの電気泳動度の変化を検出することにより達成で
きる。小さな配列の欠失および挿入は高分解ゲル電気泳
動により可視化できる。異なる配列のＤＮＡフラグメン
トは、その個々の融解または部分的融解温度によって、
異なるＤＮＡフラグメントの移動がゲル中の異なる位置
で遅くなる、変性ホルムアミド勾配ゲル上にて区別でき
る（例えばMeyersら、Science，230:1242（1985）参
照）。
【００７１】特異的な位置での配列の変化はまた、ＲＮ
aseおよびＳ１保護などのヌクレアーゼ保護アッセイま
たは化学的切断法によって明らかにすることができる
（例えば、Cottonら、Proc. Natl. Acad. Sci., USA，8
5:4397-4401（1985））。このように、ハイブリダイゼ
ーション、ＲＮase保護、化学的切断、直接的ＤＮＡ配
列決定または制限酵素の使用、例えば、制限フラグメン
ト長多形性（restriction fragment length polymorphi
sm「ＲＦＬＰ」）およびゲノムＤＮＡのサザンブロッテ
ィングなどの方法により、特異的ＤＮＡ配列を検出でき
る。従来のゲル電気泳動法およびＤＮＡ配列決定法に加
えて、突然変異をまたインサイチュー分析（in situ an
alysis）により検出することもできる。
aseおよびＳ１保護などのヌクレアーゼ保護アッセイま
たは化学的切断法によって明らかにすることができる
（例えば、Cottonら、Proc. Natl. Acad. Sci., USA，8
5:4397-4401（1985））。このように、ハイブリダイゼ
ーション、ＲＮase保護、化学的切断、直接的ＤＮＡ配
列決定または制限酵素の使用、例えば、制限フラグメン
ト長多形性（restriction fragment length polymorphi
sm「ＲＦＬＰ」）およびゲノムＤＮＡのサザンブロッテ
ィングなどの方法により、特異的ＤＮＡ配列を検出でき
る。従来のゲル電気泳動法およびＤＮＡ配列決定法に加
えて、突然変異をまたインサイチュー分析（in situ an
alysis）により検出することもできる。
【００７２】本発明の遺伝子の突然変異または多形型を
有する細胞をまた、例えば、抗原型決定を可能とする種
々の技法により、ＤＮＡレベルで検出することもでき
る。例えば、ＲＴ−ＰＣＲを突然変異を検出するのに使
用できる。ＲＴ−ＰＣＲを、例えば、GeneScanなどの自
動検出系と組み合わせて用いるのが特に好ましい。ＲＮ
ＡまたはｃＤＮＡもまた同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−
ＰＣＲに用いることができる。一例として、配列番号２
をコードする核酸に相補的なＰＣＲプライマーを変異を
同定および分析するのに用いることができる。適当なプ
ライマーは、配列番号１のフラグメント、好ましくは少
なくとも１５塩基対の長さのもの、ならびに、それらに
相補的な配列を含む。該プライマーを用いて個体から単
離した遺伝子を増幅し、ついでその遺伝子をＤＮＡ配列
を明らかにするための種々の技法に供してもよい。この
ようにして、ＤＮＡ配列における突然変異を診断しても
よい。
有する細胞をまた、例えば、抗原型決定を可能とする種
々の技法により、ＤＮＡレベルで検出することもでき
る。例えば、ＲＴ−ＰＣＲを突然変異を検出するのに使
用できる。ＲＴ−ＰＣＲを、例えば、GeneScanなどの自
動検出系と組み合わせて用いるのが特に好ましい。ＲＮ
ＡまたはｃＤＮＡもまた同じ目的でＰＣＲまたはＲＴ−
ＰＣＲに用いることができる。一例として、配列番号２
をコードする核酸に相補的なＰＣＲプライマーを変異を
同定および分析するのに用いることができる。適当なプ
ライマーは、配列番号１のフラグメント、好ましくは少
なくとも１５塩基対の長さのもの、ならびに、それらに
相補的な配列を含む。該プライマーを用いて個体から単
離した遺伝子を増幅し、ついでその遺伝子をＤＮＡ配列
を明らかにするための種々の技法に供してもよい。この
ようにして、ＤＮＡ配列における突然変異を診断しても
よい。
【００７３】本発明は、疾患、好ましくは細菌感染、さ
らに好ましくはスタフィロコッカス感染を診断する方法
であって、個体由来のサンプルより、図１（配列番号
１）の配列を有するポリヌクレオチドの発現レベルの増
加を測定することからなる方法を提供する。本発明のポ
リヌクレオチドの発現の増加は、例えば、ＰＣＲ、ＲＴ
−ＰＣＲ、ＲＮase保護、ノーザンブロッティングおよ
び他のハイブリダイゼーションなどのポリヌクレオチド
の定量について当該分野にて周知の方法を用いて測定す
ることができる。
らに好ましくはスタフィロコッカス感染を診断する方法
であって、個体由来のサンプルより、図１（配列番号
１）の配列を有するポリヌクレオチドの発現レベルの増
加を測定することからなる方法を提供する。本発明のポ
リヌクレオチドの発現の増加は、例えば、ＰＣＲ、ＲＴ
−ＰＣＲ、ＲＮase保護、ノーザンブロッティングおよ
び他のハイブリダイゼーションなどのポリヌクレオチド
の定量について当該分野にて周知の方法を用いて測定す
ることができる。
【００７４】ポリペプチドアッセイ 本発明はまた、正常および異常なレベルの測定を含め、
細胞および組織中の本発明のタンパク質およびポリペプ
チドのレベルを検出するための定量および診断アッセイ
などの診断アッセイに関する。このように、例えば、正
常な対照標準の組織サンプルと比較し、本発明のタンパ
ク質の過剰発現を検出することについて本発明による診
断アッセイを用いて、感染の存在を検出することができ
る。宿主由来のサンプル中の本発明のタンパク質のレベ
ルを測定するために用いることができるアッセイ技法は
当業者に周知である。かかるアッセイ方法は、ラジオイ
ムノアッセイ、競争結合アッセイ、ウエスタンブロット
分析およびＥＬＩＳＡアッセイを包含する。このうちＥ
ＬＩＳＡが好ましい。ＥＬＩＳＡアッセイではまず、本
発明のポリペプチド、特に配列番号２のアミノ酸配列に
より特徴付けられるポリペプチドまたはそれらの誘導体
に特異的な抗体を調製する。好ましくは、抗体はモノク
ローナル抗体である。加えて、一般に、モノクローナル
抗体に結合するリポーター抗体が調製される。リポータ
ー抗体は放射活性、蛍光または酵素試薬、たとえばセイ
ヨウワサビ・ペルオキシダーゼなどの検出可能な試薬に
結合する。
細胞および組織中の本発明のタンパク質およびポリペプ
チドのレベルを検出するための定量および診断アッセイ
などの診断アッセイに関する。このように、例えば、正
常な対照標準の組織サンプルと比較し、本発明のタンパ
ク質の過剰発現を検出することについて本発明による診
断アッセイを用いて、感染の存在を検出することができ
る。宿主由来のサンプル中の本発明のタンパク質のレベ
ルを測定するために用いることができるアッセイ技法は
当業者に周知である。かかるアッセイ方法は、ラジオイ
ムノアッセイ、競争結合アッセイ、ウエスタンブロット
分析およびＥＬＩＳＡアッセイを包含する。このうちＥ
ＬＩＳＡが好ましい。ＥＬＩＳＡアッセイではまず、本
発明のポリペプチド、特に配列番号２のアミノ酸配列に
より特徴付けられるポリペプチドまたはそれらの誘導体
に特異的な抗体を調製する。好ましくは、抗体はモノク
ローナル抗体である。加えて、一般に、モノクローナル
抗体に結合するリポーター抗体が調製される。リポータ
ー抗体は放射活性、蛍光または酵素試薬、たとえばセイ
ヨウワサビ・ペルオキシダーゼなどの検出可能な試薬に
結合する。
【００７５】抗体 ポリペプチド、そのフラグメントもしくは他の誘導体、
またはそのアナログ、またはそれらを発現する細胞は、
それらに対する抗体を生成する免疫原として用いること
ができる。本発明は、例えば、モノクローナルおよびポ
リクローナル抗体、キメラ、一本鎖およびヒト化抗体、
ならびにＦａｂフラグメントまたはＦａｂ発現ライブラ
リーの産物を包含する。発明の配列に対応するポリペプ
チドに対して得られる抗体は、ポリペプチドを、動物に
直接注射するかまたはポリペプチドを動物、好ましくは
ヒト以外の動物に投与することにより得ることができ
る。このようにして得られた抗体はポリペプチドそのも
のと結合する。この方法ではポリペプチドのフラグメン
トのみをコードする配列であっても元のポリペプチド全
体に結合する抗体の生成に用いることができる。かかる
抗体を用いて、ポリペプチドを発現する組織から該ポリ
ペプチドを単離することができる。
またはそのアナログ、またはそれらを発現する細胞は、
それらに対する抗体を生成する免疫原として用いること
ができる。本発明は、例えば、モノクローナルおよびポ
リクローナル抗体、キメラ、一本鎖およびヒト化抗体、
ならびにＦａｂフラグメントまたはＦａｂ発現ライブラ
リーの産物を包含する。発明の配列に対応するポリペプ
チドに対して得られる抗体は、ポリペプチドを、動物に
直接注射するかまたはポリペプチドを動物、好ましくは
ヒト以外の動物に投与することにより得ることができ
る。このようにして得られた抗体はポリペプチドそのも
のと結合する。この方法ではポリペプチドのフラグメン
トのみをコードする配列であっても元のポリペプチド全
体に結合する抗体の生成に用いることができる。かかる
抗体を用いて、ポリペプチドを発現する組織から該ポリ
ペプチドを単離することができる。
【００７６】モノクローナル抗体を調製するには、連続
的細胞系培養により産生される抗体を提供する当該分野
において公知のいずれの技術をも用いることができる。
例えば、Kohler，G.およびMilstein, C.，Nature，256,
495-497（1975）；Kozborら、Immunology Today，4：7
2（1983））；Coleら、Monoclonal Antibodies and Can
cer Therapy，Alan R Liss,Inc.、77-96頁（1985）に記
載の方法などの種々の方法が挙げられる。一本鎖抗体の
生成のために記載された技術（米国特許第４９４６７７
８号）を適用して、本発明の免疫原性ポリペプチド産物
に対する一本鎖抗体を産生することができる。また、ト
ランスジェニックマウスまたは他の哺乳動物などの他の
生物を用いて、本発明の免疫原性ポリペプチド産物に対
するヒト化抗体を発現させることができる。
的細胞系培養により産生される抗体を提供する当該分野
において公知のいずれの技術をも用いることができる。
例えば、Kohler，G.およびMilstein, C.，Nature，256,
495-497（1975）；Kozborら、Immunology Today，4：7
2（1983））；Coleら、Monoclonal Antibodies and Can
cer Therapy，Alan R Liss,Inc.、77-96頁（1985）に記
載の方法などの種々の方法が挙げられる。一本鎖抗体の
生成のために記載された技術（米国特許第４９４６７７
８号）を適用して、本発明の免疫原性ポリペプチド産物
に対する一本鎖抗体を産生することができる。また、ト
ランスジェニックマウスまたは他の哺乳動物などの他の
生物を用いて、本発明の免疫原性ポリペプチド産物に対
するヒト化抗体を発現させることができる。
【００７７】別法として、ファージディスプレイ技術を
利用して、抗Ｆｂｐの保持に関してスクリーニングした
ヒト由来のリンパ球のＰＣＲ増幅したｖ−遺伝子のレパ
ートリー由来の、または未処理のライブラリー由来のポ
リペプチドに対する結合活性を有する抗体遺伝子を選択
することができる（McCafferty, J.ら、Nature 348,552
-554（1990）；Marks, J.ら、Biotechnology 10, 779-7
83（1992））。これらの抗体の親和性は、チェーンシャ
フリング（chain shuffling）（Clackson, T.ら、Natur
e 352, 624-628（1991））により改善することもでき
る。２つの抗原結合ドメインがあるならば、各ドメイン
を、「二特異的」抗体と称される、異なるエピトープに
向けることができる。前記の抗体を用いて、本発明のポ
リペプチドを発現するクローンを単離もしくは同定し、
該抗体を単離および／または精製するための固体支持体
に結合させることで、アフィニティクロマトグラフィー
により、該ポリペプチドを精製することができる。
利用して、抗Ｆｂｐの保持に関してスクリーニングした
ヒト由来のリンパ球のＰＣＲ増幅したｖ−遺伝子のレパ
ートリー由来の、または未処理のライブラリー由来のポ
リペプチドに対する結合活性を有する抗体遺伝子を選択
することができる（McCafferty, J.ら、Nature 348,552
-554（1990）；Marks, J.ら、Biotechnology 10, 779-7
83（1992））。これらの抗体の親和性は、チェーンシャ
フリング（chain shuffling）（Clackson, T.ら、Natur
e 352, 624-628（1991））により改善することもでき
る。２つの抗原結合ドメインがあるならば、各ドメイン
を、「二特異的」抗体と称される、異なるエピトープに
向けることができる。前記の抗体を用いて、本発明のポ
リペプチドを発現するクローンを単離もしくは同定し、
該抗体を単離および／または精製するための固体支持体
に結合させることで、アフィニティクロマトグラフィー
により、該ポリペプチドを精製することができる。
【００７８】したがって、とりわけ本発明のポリペプチ
ドに対する抗体を用いて、感染、特に細菌感染およびス
タフィロコッカス感染を阻害および／または治療するこ
とができる。ポリペプチド誘導体は、本発明の特定の態
様を形成する、抗原的に、エピトープ的にまたは免疫学
的に等価な誘導体を包含する。本明細書で用いる「抗原
的に等価な誘導体」なる用語は、本発明にしたがって、
タンパク質またはポリペプチドに対して誘起された場
合、病原体および哺乳動物宿主間での即時的身体的相互
作用を妨げるある種の抗体により特異的に認識されるで
あろうポリペプチドまたはそれの同等物を包含する。本
明細書で用いる「免疫学的に等価な誘導体」なる用語
は、脊椎動物において抗体を誘起させるのに適した処方
にて用いた場合、抗体が病原体および哺乳動物宿主間で
の即時的身体的相互作用を妨げるように作用するペプチ
ドまたはその同等物を包含する。
ドに対する抗体を用いて、感染、特に細菌感染およびス
タフィロコッカス感染を阻害および／または治療するこ
とができる。ポリペプチド誘導体は、本発明の特定の態
様を形成する、抗原的に、エピトープ的にまたは免疫学
的に等価な誘導体を包含する。本明細書で用いる「抗原
的に等価な誘導体」なる用語は、本発明にしたがって、
タンパク質またはポリペプチドに対して誘起された場
合、病原体および哺乳動物宿主間での即時的身体的相互
作用を妨げるある種の抗体により特異的に認識されるで
あろうポリペプチドまたはそれの同等物を包含する。本
明細書で用いる「免疫学的に等価な誘導体」なる用語
は、脊椎動物において抗体を誘起させるのに適した処方
にて用いた場合、抗体が病原体および哺乳動物宿主間で
の即時的身体的相互作用を妨げるように作用するペプチ
ドまたはその同等物を包含する。
【００７９】ポリペプチド、例えば抗原的または免疫学
的に等価な誘導体またはその融合タンパク質は、マウス
またはその他の動物、例えばラットもしくはニワトリを
免疫するための抗原として使用できる。融合タンパク質
はポリペプチドに安定性を付与できる。抗原は、例えば
接合することにより、免疫原性キャリヤタンパク質、例
えばウシ・血清アルブミン（ＢＳＡ）またはキーホール
・リムペット・ヘモシアニン（keyhole limpet haemocy
anin：ＫＬＨ）に結合させることができる。別法とし
て、タンパク質もしくはポリペプチド、またはその抗原
的もしくは免疫学的に等価なポリペプチドの多重コピー
を含む多重抗原性ペプチドは、免疫原生を改良するため
に十分な抗原性を有しており、キャリヤーを使用しなく
てよい。好ましくは、抗体またはその誘導体を修飾し
て、個体における免疫原性を低下させる。例えば、個体
がヒトである場合、抗体は「ヒト化」されているのが最
も好ましく；その場合、ハイブリドーマ由来の抗体の相
補性決定領域（複数でも可）がヒト・モノクローナル抗
体に移されており、例えば、Jones, P.ら、Nature321,
522-525（1986）またはTempestら、Biotechnology 9, 2
66-273（1991）に記載されている。
的に等価な誘導体またはその融合タンパク質は、マウス
またはその他の動物、例えばラットもしくはニワトリを
免疫するための抗原として使用できる。融合タンパク質
はポリペプチドに安定性を付与できる。抗原は、例えば
接合することにより、免疫原性キャリヤタンパク質、例
えばウシ・血清アルブミン（ＢＳＡ）またはキーホール
・リムペット・ヘモシアニン（keyhole limpet haemocy
anin：ＫＬＨ）に結合させることができる。別法とし
て、タンパク質もしくはポリペプチド、またはその抗原
的もしくは免疫学的に等価なポリペプチドの多重コピー
を含む多重抗原性ペプチドは、免疫原生を改良するため
に十分な抗原性を有しており、キャリヤーを使用しなく
てよい。好ましくは、抗体またはその誘導体を修飾し
て、個体における免疫原性を低下させる。例えば、個体
がヒトである場合、抗体は「ヒト化」されているのが最
も好ましく；その場合、ハイブリドーマ由来の抗体の相
補性決定領域（複数でも可）がヒト・モノクローナル抗
体に移されており、例えば、Jones, P.ら、Nature321,
522-525（1986）またはTempestら、Biotechnology 9, 2
66-273（1991）に記載されている。
【００８０】本発明のポリヌクレオチドを遺伝的免疫に
使用する場合、好ましくは、例えばプラスミドＤＮＡの
筋肉への直接注射（Wolffら、Hum Mol Genet, 1:363（1
992）；Manthorpeら、Hum. Gene Ther., 4, 419（196
3））、特異的タンパク質キャリヤを複合させたＤＮＡ
の送達（Wuら、J. Biol. Chem., 264, 16985（198
9））、リン酸カルシウムを用いるＤＮＡ共沈（Benveni
sty & Reshef、Proc. Natl. Acad. Sci., 83, 9551（1
986））、種々の形態のリポソーム中へのＤＮＡ封入（K
anedaら、Science 243, 375（1989））、微粒子爆撃（T
angら、Nature 356, 152（1992）；Eisenbraunら、DNA
Cell Biol., 12, 91（1993））およびクローン化レトロ
ウイルスを用いたインビボ感染（Seegerら、Proc. Nat
l. Acad. Sci.,USA, 81, 5849（1984））などの適当な
送達方法を用いる。
使用する場合、好ましくは、例えばプラスミドＤＮＡの
筋肉への直接注射（Wolffら、Hum Mol Genet, 1:363（1
992）；Manthorpeら、Hum. Gene Ther., 4, 419（196
3））、特異的タンパク質キャリヤを複合させたＤＮＡ
の送達（Wuら、J. Biol. Chem., 264, 16985（198
9））、リン酸カルシウムを用いるＤＮＡ共沈（Benveni
sty & Reshef、Proc. Natl. Acad. Sci., 83, 9551（1
986））、種々の形態のリポソーム中へのＤＮＡ封入（K
anedaら、Science 243, 375（1989））、微粒子爆撃（T
angら、Nature 356, 152（1992）；Eisenbraunら、DNA
Cell Biol., 12, 91（1993））およびクローン化レトロ
ウイルスを用いたインビボ感染（Seegerら、Proc. Nat
l. Acad. Sci.,USA, 81, 5849（1984））などの適当な
送達方法を用いる。
【００８１】結合分子およびアッセイ 本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドおよびポリペ
プチドに結合する結合分子などの分子の同定方法をも提
供する。該結合タンパク質をコードする遺伝子は、当業
者に公知の多くの方法、例えばリガンドパンニングおよ
びＦＡＣＳソーティングより同定できる。かかる方法は
多くの実験室マニュアル、例えば、Coliganら、Current
Protocols in Immunology、1（2）：Chapter 5（199
1）に記載されている。また、標識されたリガンドを細
胞抽出物に光親和性結合させることもできる。また、本
発明のポリペプチドを用いて、細胞中、または無細胞調
製物中の、これらの結合分子の結合能力を評価すること
ができる。本発明のポリペプチドを用いて、例えば、細
胞、無細胞調製物、化学的ライブラリー、および天然産
物の混合物中における小型分子基質とリガンドとの結合
を評価することもできる。
プチドに結合する結合分子などの分子の同定方法をも提
供する。該結合タンパク質をコードする遺伝子は、当業
者に公知の多くの方法、例えばリガンドパンニングおよ
びＦＡＣＳソーティングより同定できる。かかる方法は
多くの実験室マニュアル、例えば、Coliganら、Current
Protocols in Immunology、1（2）：Chapter 5（199
1）に記載されている。また、標識されたリガンドを細
胞抽出物に光親和性結合させることもできる。また、本
発明のポリペプチドを用いて、細胞中、または無細胞調
製物中の、これらの結合分子の結合能力を評価すること
ができる。本発明のポリペプチドを用いて、例えば、細
胞、無細胞調製物、化学的ライブラリー、および天然産
物の混合物中における小型分子基質とリガンドとの結合
を評価することもできる。
【００８２】アンタゴニストおよびアゴニスト−アッセ
イおよび分子 本発明はまた、本発明の結合分子との相互作用などの、
本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドの作用を
亢進（アゴニスト）または遮断（アンタゴニスト）する
化合物を同定するための化合物のスクリーニング方法を
も提供する。例えば、アゴニストまたはアンタゴニスト
をスクリーニングするために、膜、細胞エンベロープも
しくは細胞壁のごとき細胞コンパートメント、またはそ
れらのいずれかの調製物を、本発明のポリヌクレオチド
またはポリペプチドと結合する分子を発現する細胞より
調製することができる。該調製物を、アゴニストまたは
アンタゴニストであるかもしれない候補分子の存在下ま
たは不在下で標識した本発明のポリペプチドまたはポリ
ヌクレオチドと一緒にインキュベーションする。候補分
子が結合分子に結合する能力は、標識リガンドの結合の
低下に反映される。結合しても影響を及ぼさない分子
は、ほとんどの場合、良好なアンタゴニストであろう。
よく結合し、本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプ
チドと同じまたは密接に関連する効果を誘起する分子は
アゴニストである。
イおよび分子 本発明はまた、本発明の結合分子との相互作用などの、
本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドの作用を
亢進（アゴニスト）または遮断（アンタゴニスト）する
化合物を同定するための化合物のスクリーニング方法を
も提供する。例えば、アゴニストまたはアンタゴニスト
をスクリーニングするために、膜、細胞エンベロープも
しくは細胞壁のごとき細胞コンパートメント、またはそ
れらのいずれかの調製物を、本発明のポリヌクレオチド
またはポリペプチドと結合する分子を発現する細胞より
調製することができる。該調製物を、アゴニストまたは
アンタゴニストであるかもしれない候補分子の存在下ま
たは不在下で標識した本発明のポリペプチドまたはポリ
ヌクレオチドと一緒にインキュベーションする。候補分
子が結合分子に結合する能力は、標識リガンドの結合の
低下に反映される。結合しても影響を及ぼさない分子
は、ほとんどの場合、良好なアンタゴニストであろう。
よく結合し、本発明のポリヌクレオチドまたはポリペプ
チドと同じまたは密接に関連する効果を誘起する分子は
アゴニストである。
【００８３】たとえば、抗細菌効果などの潜在的アゴニ
ストおよびアンタゴニストの効果は、例えば、候補分子
と細胞または適当な細胞調製物との相互反応の後の、リ
ポーターシステムの活性を測定し、本発明の組成物と同
じ効果を惹起する本発明のポリヌクレオチドおよびポリ
ペプチドまたは分子の効果と比較することにより測定さ
れる。この点に関して有用なリポーターシステムは、生
成物に転換される比色標識基質、活性の変化に応答する
リポーター遺伝子、および当該分野で公知の結合アッセ
イを包含するが、これらに限定するものではない。アン
タゴニストのアッセイの別の例は、競争阻害アッセイに
適した条件下で、本発明のポリペプチドまたはポリヌク
レオチドおよび潜在的なアンタゴニストを、本発明のポ
リヌクレオチドまたはポリペプチドと結合する膜結合分
子、組換え結合分子、天然基質もしくはリガンド、また
は基質もしくはリガンド擬似物質と組み合わせる、競合
アッセイである。本発明のポリヌクレオチドまたはポリ
ペプチドを例えば放射活性または比色化合物により標識
し、結合分子に結合した、または生成物に変換した本発
明の分子の数を正確に決定して、潜在的なアンタゴニス
トの効果を評価できる。
ストおよびアンタゴニストの効果は、例えば、候補分子
と細胞または適当な細胞調製物との相互反応の後の、リ
ポーターシステムの活性を測定し、本発明の組成物と同
じ効果を惹起する本発明のポリヌクレオチドおよびポリ
ペプチドまたは分子の効果と比較することにより測定さ
れる。この点に関して有用なリポーターシステムは、生
成物に転換される比色標識基質、活性の変化に応答する
リポーター遺伝子、および当該分野で公知の結合アッセ
イを包含するが、これらに限定するものではない。アン
タゴニストのアッセイの別の例は、競争阻害アッセイに
適した条件下で、本発明のポリペプチドまたはポリヌク
レオチドおよび潜在的なアンタゴニストを、本発明のポ
リヌクレオチドまたはポリペプチドと結合する膜結合分
子、組換え結合分子、天然基質もしくはリガンド、また
は基質もしくはリガンド擬似物質と組み合わせる、競合
アッセイである。本発明のポリヌクレオチドまたはポリ
ペプチドを例えば放射活性または比色化合物により標識
し、結合分子に結合した、または生成物に変換した本発
明の分子の数を正確に決定して、潜在的なアンタゴニス
トの効果を評価できる。
【００８４】潜在的なアンタゴニストは、本発明のポリ
ペプチドに結合し、それによりその活性を阻害し、消滅
させる小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドおよび抗
体を包含する。潜在的アンタゴニストはまた、結合分子
などの、本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチド
の活性を誘導することなく、結合分子の同一部位に結合
し、それにより分子を結合より排除することにより分子
の作用を妨げる、密接に関連したタンパク質または抗体
などの、小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドであっ
てもよい。潜在的なアンタゴニストは、ポリペプチドの
結合部位に結合して占領し、それにより細胞性結合分子
への結合を妨げ、正常な生物学的活性を妨げる小型分子
を包含する。小型分子の例は、小型有機分子、ペプチ
ド、ペプチド様分子を包含するが、これらに限定するも
のではない。
ペプチドに結合し、それによりその活性を阻害し、消滅
させる小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドおよび抗
体を包含する。潜在的アンタゴニストはまた、結合分子
などの、本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチド
の活性を誘導することなく、結合分子の同一部位に結合
し、それにより分子を結合より排除することにより分子
の作用を妨げる、密接に関連したタンパク質または抗体
などの、小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドであっ
てもよい。潜在的なアンタゴニストは、ポリペプチドの
結合部位に結合して占領し、それにより細胞性結合分子
への結合を妨げ、正常な生物学的活性を妨げる小型分子
を包含する。小型分子の例は、小型有機分子、ペプチ
ド、ペプチド様分子を包含するが、これらに限定するも
のではない。
【００８５】その他の潜在的なアンタゴニストはアンチ
センス分子を包含する（これらの分子についての記載に
関しては、Okano, J. Neurochem., 56, 560(1991); Oli
godeoxynucleotides as Antisense Inhibitors of Gene
Expression，CRC Press, Boca Raton, FL(1988）を参
照のこと）。他の潜在的アンタゴニストは、本発明の遺
伝子に関連する化合物およびその誘導体を包含する。特
定の態様において、本発明は、感染の続発症に関与す
る、病因および哺乳動物宿主間の最初の物理的相互作用
を妨害するための本発明のポリペプチド、ポリヌクレオ
チドまたは阻害剤の使用を提供する。特に本発明の分子
を、ｉ）細菌、特にグラム陽性細菌の内在装置上の哺乳
動物細胞外マトリックスタンパク質、または創傷部の細
胞外マトリックスタンパク質への付着の妨げ；ｉｉ）例
えば、哺乳動物チロシンキナーゼのリン酸化の開始によ
り、哺乳動物細胞侵入を媒介する応答レギュレータータ
ンパク質の遮断（Rosenshineら、Infect. Immun. 60, 2
211 (1992))；ｉｉｉ）哺乳動物細胞外マトリックスタ
ンパク質と組織損傷を媒介する細菌性応答レギュレータ
ータンパク質との間の細菌付着の遮断；ｉｖ）内在装置
の埋め込みまたはその他の手術以外により開始した感染
における病状の通常の進行の遮断に使用することができ
る。
センス分子を包含する（これらの分子についての記載に
関しては、Okano, J. Neurochem., 56, 560(1991); Oli
godeoxynucleotides as Antisense Inhibitors of Gene
Expression，CRC Press, Boca Raton, FL(1988）を参
照のこと）。他の潜在的アンタゴニストは、本発明の遺
伝子に関連する化合物およびその誘導体を包含する。特
定の態様において、本発明は、感染の続発症に関与す
る、病因および哺乳動物宿主間の最初の物理的相互作用
を妨害するための本発明のポリペプチド、ポリヌクレオ
チドまたは阻害剤の使用を提供する。特に本発明の分子
を、ｉ）細菌、特にグラム陽性細菌の内在装置上の哺乳
動物細胞外マトリックスタンパク質、または創傷部の細
胞外マトリックスタンパク質への付着の妨げ；ｉｉ）例
えば、哺乳動物チロシンキナーゼのリン酸化の開始によ
り、哺乳動物細胞侵入を媒介する応答レギュレータータ
ンパク質の遮断（Rosenshineら、Infect. Immun. 60, 2
211 (1992))；ｉｉｉ）哺乳動物細胞外マトリックスタ
ンパク質と組織損傷を媒介する細菌性応答レギュレータ
ータンパク質との間の細菌付着の遮断；ｉｖ）内在装置
の埋め込みまたはその他の手術以外により開始した感染
における病状の通常の進行の遮断に使用することができ
る。
【００８６】本明細書で提供される各々のＤＮＡ配列は
抗細菌化合物の発見および開発に用いることができる。
発現された場合、コードされたタンパク質は、抗菌薬物
のスクリーニングのための標的として用いることができ
る。加えて、コードされたタンパク質のアミノ末端領域
をコードしているＤＮＡ配列または個々のｍＲＮＡのSh
ine-Delgarnoもしくは他の翻訳促進配列を用いて、目的
のコーディング配列の発現を調節するアンチセンス配列
を構築することができる。アンタゴニストおよびアゴニ
ストは、例えば、細菌感染、特にスタフィロコッカス感
染の抑制に用いることができる。
抗細菌化合物の発見および開発に用いることができる。
発現された場合、コードされたタンパク質は、抗菌薬物
のスクリーニングのための標的として用いることができ
る。加えて、コードされたタンパク質のアミノ末端領域
をコードしているＤＮＡ配列または個々のｍＲＮＡのSh
ine-Delgarnoもしくは他の翻訳促進配列を用いて、目的
のコーディング配列の発現を調節するアンチセンス配列
を構築することができる。アンタゴニストおよびアゴニ
ストは、例えば、細菌感染、特にスタフィロコッカス感
染の抑制に用いることができる。
【００８７】さらなる態様において、本発明は、薬剤を
スクリーニングし、それらを同定する方法であって、
ｉ）応答レギュレーターとヒスチジンキナーゼとの相互
作用を妨害する薬剤について、応答レギュレーターとヒ
スチジンキナーゼを薬剤の存在下でインキュベートし、
この相互作用を遮断する薬剤の能力を測定することを含
む方法、ｉｉ）ヒスチジンキナーゼからそれ自身へのリ
ン酸基の輸送を触媒する応答レギュレーターの能力を妨
害する薬剤について、応答レギュレーターと薬剤をイン
キュベートし、リン酸化ヒスチジンキナーゼからのリン
酸の除去を触媒する応答レギュレーターの能力を測定す
ることを含む方法、、および／またはｉｉｉ）リン酸が
いったん輸送された場合に分子が自己脱リン酸化する能
力を妨害する薬剤について、リン酸化応答レギュレータ
ーと薬剤をインキュベートし、自己脱リン酸化を触媒す
る応答レギュレーターの能力を測定することを含む方
法、を提供する。
スクリーニングし、それらを同定する方法であって、
ｉ）応答レギュレーターとヒスチジンキナーゼとの相互
作用を妨害する薬剤について、応答レギュレーターとヒ
スチジンキナーゼを薬剤の存在下でインキュベートし、
この相互作用を遮断する薬剤の能力を測定することを含
む方法、ｉｉ）ヒスチジンキナーゼからそれ自身へのリ
ン酸基の輸送を触媒する応答レギュレーターの能力を妨
害する薬剤について、応答レギュレーターと薬剤をイン
キュベートし、リン酸化ヒスチジンキナーゼからのリン
酸の除去を触媒する応答レギュレーターの能力を測定す
ることを含む方法、、および／またはｉｉｉ）リン酸が
いったん輸送された場合に分子が自己脱リン酸化する能
力を妨害する薬剤について、リン酸化応答レギュレータ
ーと薬剤をインキュベートし、自己脱リン酸化を触媒す
る応答レギュレーターの能力を測定することを含む方
法、を提供する。
【００８８】好ましくは、ヒスチジンキナーゼは、応答
レギュレーターの同種のヒスチジンキナーゼであるか、
または、応答レギュレーターの基質として作用できる他
のヒスチジンキナーゼであり、好ましくは、スタフィロ
コッカス・アウレウス由来であるが、たとえば、バシラ
スなどの他の微生物由来であってもよい。一般に、ヒス
チジンキナーゼおよびその同種の応答レギュレーターの
遺伝子は、染色体上の近くで共に見られるので、適当な
ヒスチジンキナーゼは、染色体に沿ってさらに配列決定
することにより、簡便に同定できる。本発明はそれによ
り同定された阻害剤にも関する。
レギュレーターの同種のヒスチジンキナーゼであるか、
または、応答レギュレーターの基質として作用できる他
のヒスチジンキナーゼであり、好ましくは、スタフィロ
コッカス・アウレウス由来であるが、たとえば、バシラ
スなどの他の微生物由来であってもよい。一般に、ヒス
チジンキナーゼおよびその同種の応答レギュレーターの
遺伝子は、染色体上の近くで共に見られるので、適当な
ヒスチジンキナーゼは、染色体に沿ってさらに配列決定
することにより、簡便に同定できる。本発明はそれによ
り同定された阻害剤にも関する。
【００８９】ワクチン 本発明の別の態様は、個体、特に哺乳動物における免疫
学的応答を誘起する方法であって、抗体を生成するのに
適当な本発明の遺伝子、またはそのフラグメントもしく
は変種を個体に接種し、該個体を感染、特に細菌感染、
とりわけスタフィロコッカス感染から保護することから
なる方法に関する。本発明のまた別の態様は、個体にて
免疫学的応答を誘起する方法であって、遺伝子治療によ
り、免疫学的応答を誘発させるために、インビボで、遺
伝子、またはそのフラグメントもしくは変種を発現させ
るため、配列番号１および２の配列により特徴付けられ
る遺伝子またはそのフラグメントもしくは変種を送達
し、抗体を生成し、該個体を疾患から防御する方法に関
する。
学的応答を誘起する方法であって、抗体を生成するのに
適当な本発明の遺伝子、またはそのフラグメントもしく
は変種を個体に接種し、該個体を感染、特に細菌感染、
とりわけスタフィロコッカス感染から保護することから
なる方法に関する。本発明のまた別の態様は、個体にて
免疫学的応答を誘起する方法であって、遺伝子治療によ
り、免疫学的応答を誘発させるために、インビボで、遺
伝子、またはそのフラグメントもしくは変種を発現させ
るため、配列番号１および２の配列により特徴付けられ
る遺伝子またはそのフラグメントもしくは変種を送達
し、抗体を生成し、該個体を疾患から防御する方法に関
する。
【００９０】本発明のさらなる態様は、免疫学的応答を
宿主内に誘起できる、または誘起した宿主に導入した場
合、そのような宿主中で本発明のポリヌクレオチド配列
により特徴付けられる遺伝子またはそれによりコードさ
れるタンパク質に対する免疫学的応答を誘起する免疫学
的組成物であって、該遺伝子の抗原をコードし、発現す
るＤＮＡまたはそれによりコードされるタンパク質を含
んでなる、組換え遺伝子またはそれによりコードされる
タンパク質を含んでなる組成物に関する。遺伝子または
そのフラグメントは、それ自身は抗体を産生しないが、
第１のタンパク質を安定化し、免疫原性があり防御特性
を有する融合タンパク質を形成することができる補タン
パク質（co-protein）と融合できる。このように融合し
た組換えタンパク質は、好ましくはさらに抗原性補タン
パク質、例えばグルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ
（ＧＳＴ）またはベーターガラクトシダーゼ、タンパク
質を可溶化し、その生成および精製を容易にする比較的
大きな補タンパク質を含む。さらには、補タンパク質
は、免疫系の全身的刺激を提供するという意味で、アジ
ュバントとして作用し得る。補タンパク質は第１のタン
パク質のアミノ末端またはカルボキシル末端のいずれに
結合してもよい。
宿主内に誘起できる、または誘起した宿主に導入した場
合、そのような宿主中で本発明のポリヌクレオチド配列
により特徴付けられる遺伝子またはそれによりコードさ
れるタンパク質に対する免疫学的応答を誘起する免疫学
的組成物であって、該遺伝子の抗原をコードし、発現す
るＤＮＡまたはそれによりコードされるタンパク質を含
んでなる、組換え遺伝子またはそれによりコードされる
タンパク質を含んでなる組成物に関する。遺伝子または
そのフラグメントは、それ自身は抗体を産生しないが、
第１のタンパク質を安定化し、免疫原性があり防御特性
を有する融合タンパク質を形成することができる補タン
パク質（co-protein）と融合できる。このように融合し
た組換えタンパク質は、好ましくはさらに抗原性補タン
パク質、例えばグルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ
（ＧＳＴ）またはベーターガラクトシダーゼ、タンパク
質を可溶化し、その生成および精製を容易にする比較的
大きな補タンパク質を含む。さらには、補タンパク質
は、免疫系の全身的刺激を提供するという意味で、アジ
ュバントとして作用し得る。補タンパク質は第１のタン
パク質のアミノ末端またはカルボキシル末端のいずれに
結合してもよい。
【００９１】本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオ
チドおよび Sato, Y.ら、Science 273, 352(1996)に記
載されるような免疫刺激性ＤＮＡ配列を含んでなる組成
物、特にワクチン組成物、および方法が本発明により提
供される。また、本発明は、スタフィロコッカス・アウ
レウスに感染した動物モデルにおける、このような遺伝
的免疫化実験で用いるＤＮＡ構築物の、細菌性細胞表面
タンパク質の不変領域をコードすることが示されている
前記のポリヌクレオチドまたはとりわけそのフラグメン
トを用いる方法であって、とりわけ予防的または治療的
免疫反応を生じることができるタンパク質エピトープを
同定するのに有用な方法を提供するものである。このア
プローチは、哺乳動物、とりわけヒトにおけるスタフィ
ロコッカス・アウレウス感染の予防薬または治療的処置
の開発のために、感染に抵抗しまたは一掃するのに成功
した動物の必須器官から特に価値あるモノクローナル抗
体をうまく調製することを可能にすると考えられる。
チドおよび Sato, Y.ら、Science 273, 352(1996)に記
載されるような免疫刺激性ＤＮＡ配列を含んでなる組成
物、特にワクチン組成物、および方法が本発明により提
供される。また、本発明は、スタフィロコッカス・アウ
レウスに感染した動物モデルにおける、このような遺伝
的免疫化実験で用いるＤＮＡ構築物の、細菌性細胞表面
タンパク質の不変領域をコードすることが示されている
前記のポリヌクレオチドまたはとりわけそのフラグメン
トを用いる方法であって、とりわけ予防的または治療的
免疫反応を生じることができるタンパク質エピトープを
同定するのに有用な方法を提供するものである。このア
プローチは、哺乳動物、とりわけヒトにおけるスタフィ
ロコッカス・アウレウス感染の予防薬または治療的処置
の開発のために、感染に抵抗しまたは一掃するのに成功
した動物の必須器官から特に価値あるモノクローナル抗
体をうまく調製することを可能にすると考えられる。
【００９２】ポリペプチドは、例えば細菌の損傷組織へ
の付着を阻害することにより、細菌の侵入に対して防御
的な特異的抗体を産生するための宿主のワクチン化のた
めの抗原として使用することができる。組織損傷の例
は、例えば機械的、化学的もしくは熱損傷により、また
は内在装置の埋め込みにより、引き起こされた皮膚また
は結合組織の創傷、または粘膜例えば口、乳腺、尿道ま
たは膣の創傷を包含する。本発明はまた、免疫原性組換
えタンパク質および適当な担体を含んでなるワクチン処
方を包含する。タンパク質は胃で分解するので、例え
ば、皮下、筋肉内、静脈内または皮内投与を含め、非経
口的に投与するのが好ましい。非経口投与に適した処方
は、抗酸化剤、緩衝液、静菌剤およびその処方を個体の
体液、好ましくは血液と等張にする溶質を含有してもよ
い水性または非水性滅菌注射液；および懸濁化剤または
増粘剤を含有していてもよい水性または非水性滅菌懸濁
液を包含する。処方は1回投与または複数回投与用容
器、例えば密封したアンプルおよびバイアルに入れてよ
く、使用直前に滅菌液体担体を添加するだけでよい凍結
乾燥状態で貯蔵することができる。ワクチン処方はま
た、処方の免疫原性を高めるアジュバント系、例えば水
中油系または当該分野で公知の他の系を含んでいてもよ
い。投与量はワクチンの比活性に依存し、慣用的実験操
作により容易に決定できる。
の付着を阻害することにより、細菌の侵入に対して防御
的な特異的抗体を産生するための宿主のワクチン化のた
めの抗原として使用することができる。組織損傷の例
は、例えば機械的、化学的もしくは熱損傷により、また
は内在装置の埋め込みにより、引き起こされた皮膚また
は結合組織の創傷、または粘膜例えば口、乳腺、尿道ま
たは膣の創傷を包含する。本発明はまた、免疫原性組換
えタンパク質および適当な担体を含んでなるワクチン処
方を包含する。タンパク質は胃で分解するので、例え
ば、皮下、筋肉内、静脈内または皮内投与を含め、非経
口的に投与するのが好ましい。非経口投与に適した処方
は、抗酸化剤、緩衝液、静菌剤およびその処方を個体の
体液、好ましくは血液と等張にする溶質を含有してもよ
い水性または非水性滅菌注射液；および懸濁化剤または
増粘剤を含有していてもよい水性または非水性滅菌懸濁
液を包含する。処方は1回投与または複数回投与用容
器、例えば密封したアンプルおよびバイアルに入れてよ
く、使用直前に滅菌液体担体を添加するだけでよい凍結
乾燥状態で貯蔵することができる。ワクチン処方はま
た、処方の免疫原性を高めるアジュバント系、例えば水
中油系または当該分野で公知の他の系を含んでいてもよ
い。投与量はワクチンの比活性に依存し、慣用的実験操
作により容易に決定できる。
【００９３】本発明は配列番号１のポリヌクレオチド配
列および配列番号２のアミノ酸配列により特徴付けられ
る遺伝子に関して記載されているが、これは天然のタン
パク質および、実質的に組換えタンパク質の免疫原特性
に影響しない付加、欠失または置換を有する類似のタン
パク質のフラグメントを包含することが理解されよう。
列および配列番号２のアミノ酸配列により特徴付けられ
る遺伝子に関して記載されているが、これは天然のタン
パク質および、実質的に組換えタンパク質の免疫原特性
に影響しない付加、欠失または置換を有する類似のタン
パク質のフラグメントを包含することが理解されよう。
【００９４】組成物 また、本発明は前記のポリヌクレオチドもしくはポリペ
プチド、またはアゴニストもしくはアンタゴニストを含
んでなる組成物にも関する。したがって、本発明のポリ
ペプチドは、対象に投与するのに適した医薬担体など
の、細胞、組織または生物で使用するための非滅菌もし
くは滅菌した担体と組み合わせて用いることができる。
このような組成物は、例えば媒体添加物または治療上有
効量の本発明のポリペプチド、および医薬上許容できる
担体または賦形剤からなる。このような担体は、食塩
水、緩衝食塩水、デキストロース、水、グリセロール、
エタノールおよびそれらの組み合わせを包含するが、こ
れらに限定するものではない。処方は投与法に適合させ
なければならない。
プチド、またはアゴニストもしくはアンタゴニストを含
んでなる組成物にも関する。したがって、本発明のポリ
ペプチドは、対象に投与するのに適した医薬担体など
の、細胞、組織または生物で使用するための非滅菌もし
くは滅菌した担体と組み合わせて用いることができる。
このような組成物は、例えば媒体添加物または治療上有
効量の本発明のポリペプチド、および医薬上許容できる
担体または賦形剤からなる。このような担体は、食塩
水、緩衝食塩水、デキストロース、水、グリセロール、
エタノールおよびそれらの組み合わせを包含するが、こ
れらに限定するものではない。処方は投与法に適合させ
なければならない。
【００９５】キット 本発明はさらに、前記した本発明の組成物の成分を１ま
たはそれ以上を充填した１またはそれ以上の容器からな
る診断用および医薬用パックおよびキットに関する。こ
のような容器（複数でも可）に、医薬または生物学的生
成物の製造、使用または販売を規制する政府機関により
規定された形態の、ヒトへの投与用の産物の製品、使用
または販売に関する該政府機関の承認を示す注意書きを
添付することができる。
たはそれ以上を充填した１またはそれ以上の容器からな
る診断用および医薬用パックおよびキットに関する。こ
のような容器（複数でも可）に、医薬または生物学的生
成物の製造、使用または販売を規制する政府機関により
規定された形態の、ヒトへの投与用の産物の製品、使用
または販売に関する該政府機関の承認を示す注意書きを
添付することができる。
【００９６】投与 本発明のポリペプチドおよび他の化合物は、単独でまた
は治療用化合物などの他の化合物と組み合わせて用いる
ことができる。医薬組成物は、例えば、とりわけ局所、
経口、経肛門、経膣、静脈内、腹膜腔内、筋肉内、皮
下、鼻腔内または皮内の経路を含め、効果的な、簡便な
方法で投与できる。医薬組成物は、一般に、個々の適応
症または複数の適応症の治療または予防に有効な量にて
投与される。一般に、この組成物は少なくとも約１０μ
ｇ／ｋｇ体重の量で投与される。大抵の場合、投与量は
１日あたり約８ｍｇ／ｋｇ体重を越えない量で投与され
る。好ましくは、大抵の場合、投与量は１日あたり約１
０μｇ／ｋｇから約１ｍｇ／ｋｇ体重である。至適投与
量は、適応症、その重篤度、投与経路、合併症等を考慮
に入れて、各々の治療様式および適応症についての標準
法により決定されることは理解されよう。
は治療用化合物などの他の化合物と組み合わせて用いる
ことができる。医薬組成物は、例えば、とりわけ局所、
経口、経肛門、経膣、静脈内、腹膜腔内、筋肉内、皮
下、鼻腔内または皮内の経路を含め、効果的な、簡便な
方法で投与できる。医薬組成物は、一般に、個々の適応
症または複数の適応症の治療または予防に有効な量にて
投与される。一般に、この組成物は少なくとも約１０μ
ｇ／ｋｇ体重の量で投与される。大抵の場合、投与量は
１日あたり約８ｍｇ／ｋｇ体重を越えない量で投与され
る。好ましくは、大抵の場合、投与量は１日あたり約１
０μｇ／ｋｇから約１ｍｇ／ｋｇ体重である。至適投与
量は、適応症、その重篤度、投与経路、合併症等を考慮
に入れて、各々の治療様式および適応症についての標準
法により決定されることは理解されよう。
【００９７】治療において、または予防用に、活性物質
を注射用組成物として、例えば、好ましくは等張の滅菌
水性分散物として個体に投与できる。また、組成物は、
局所塗布用に、例えば軟膏、クリーム、ローション、眼
軟膏、点眼液、点耳液、洗口剤、含浸包帯および縫合糸
ならびにエアゾルの形態に処方してもよく、例えば保存
剤、薬物の浸透を補助する溶媒、ならびに軟膏およびク
リームにおける軟化剤を含め、適当な慣用的添加剤を含
有してもよい。このような局所用処方はまた、適合する
慣用的な担体、例えばクリームまたは軟膏基剤、および
ローションの場合、エタノールまたはオレイルアルコー
ルも含めることができる。このような担体は処方の約１
％から約９８重量％であってもよく；より一般的には、
処方の約８０重量％までとする。哺乳動物、特にヒトに
投与する場合、有効成分の１日あたりの投与量は、０．
０１ｍｇ／ｋｇから１０ｍｇ／ｋｇであり、典型的には
約１ｍｇ／ｋｇである。医者はいずれの場合も、個体に
最も適した実際の投与量を決定し、個々の個体の年齢、
体重および応答に応じて変える。前記の投与量は、平均
的なケースの一例である。もちろん、高いおよび低い用
量の範囲が適当な個体もあり、それらも本発明の範囲内
である。
を注射用組成物として、例えば、好ましくは等張の滅菌
水性分散物として個体に投与できる。また、組成物は、
局所塗布用に、例えば軟膏、クリーム、ローション、眼
軟膏、点眼液、点耳液、洗口剤、含浸包帯および縫合糸
ならびにエアゾルの形態に処方してもよく、例えば保存
剤、薬物の浸透を補助する溶媒、ならびに軟膏およびク
リームにおける軟化剤を含め、適当な慣用的添加剤を含
有してもよい。このような局所用処方はまた、適合する
慣用的な担体、例えばクリームまたは軟膏基剤、および
ローションの場合、エタノールまたはオレイルアルコー
ルも含めることができる。このような担体は処方の約１
％から約９８重量％であってもよく；より一般的には、
処方の約８０重量％までとする。哺乳動物、特にヒトに
投与する場合、有効成分の１日あたりの投与量は、０．
０１ｍｇ／ｋｇから１０ｍｇ／ｋｇであり、典型的には
約１ｍｇ／ｋｇである。医者はいずれの場合も、個体に
最も適した実際の投与量を決定し、個々の個体の年齢、
体重および応答に応じて変える。前記の投与量は、平均
的なケースの一例である。もちろん、高いおよび低い用
量の範囲が適当な個体もあり、それらも本発明の範囲内
である。
【００９８】内在装置には外科移植、補綴およびカテー
テル、即ち個体の体内に導入され、長時間その位置に止
まる装置が包含される。このような装置には、例えば人
工関節、心臓弁、ペースメーカー、血管移植片、血管カ
テーテル、脊髄液シャント、尿カテーテル、連続歩行腹
膜透析（ＣＡＰＤ）カテーテル等を包含する。本発明の
組成物を注射により投与し、内在装置の挿入の直前に、
関連する細菌に対する全身的効果を得ることができる。
手術後、装置が体内に在る時間、治療を続けてよい。加
えて、手術用の手術周辺カバーを広げて、スタフィロコ
ッカス創傷感染を防御するために用いることができる。
多くの整形外科医は、補綴関節を有するヒトは、菌血症
が生じ得る歯の治療前に、抗生物質による予防を考慮す
べきであると考えている。後の重い感染は、重篤な合併
症であり、時には補綴関節を喪失し、著しい羅病率およ
び死亡率を伴う。従って、該活性物質をこの状況の予防
的抗生物質の代替品として使用することにまで拡張する
ことが可能である。
テル、即ち個体の体内に導入され、長時間その位置に止
まる装置が包含される。このような装置には、例えば人
工関節、心臓弁、ペースメーカー、血管移植片、血管カ
テーテル、脊髄液シャント、尿カテーテル、連続歩行腹
膜透析（ＣＡＰＤ）カテーテル等を包含する。本発明の
組成物を注射により投与し、内在装置の挿入の直前に、
関連する細菌に対する全身的効果を得ることができる。
手術後、装置が体内に在る時間、治療を続けてよい。加
えて、手術用の手術周辺カバーを広げて、スタフィロコ
ッカス創傷感染を防御するために用いることができる。
多くの整形外科医は、補綴関節を有するヒトは、菌血症
が生じ得る歯の治療前に、抗生物質による予防を考慮す
べきであると考えている。後の重い感染は、重篤な合併
症であり、時には補綴関節を喪失し、著しい羅病率およ
び死亡率を伴う。従って、該活性物質をこの状況の予防
的抗生物質の代替品として使用することにまで拡張する
ことが可能である。
【００９９】前記の治療に加え、本発明の組成物は、一
般に、創傷組織に露出したマトリックスタンパク質に細
菌が付着するのを防ぐための創傷治療薬として使用で
き、歯科治療において抗生物質の予防法に代わって、ま
たはそれと組み合わせて、予防的に使用できる。また、
本発明の組成物は、挿入直前に内在装置を浸すのに使用
できる。有効成分は、創傷または内在装置を浸す場合、
１ｍｇ／ｍｌから１０ｍｇ／ｍｌの濃度であるのが好ま
しい。ワクチン組成物は、注射可能な形態であるのが都
合がよい。慣用的なアジュバントは免疫応答を高めるた
めに用いることができる。予防接種に適した単位投与量
は、抗原０.５〜５ｍｇ／ｋｇであり、このような投与
量は１〜３週間隔で１〜３回投与するのが好ましい。提
示した投与量範囲では、本発明の化合物で、適当な個体
への投与を妨げるような、不利な毒性効果は観察されな
い。前記の抗体もまた、本発明の応答レギュレーターを
含有する細菌の存在を検出するための診断試薬として使
用できる。
般に、創傷組織に露出したマトリックスタンパク質に細
菌が付着するのを防ぐための創傷治療薬として使用で
き、歯科治療において抗生物質の予防法に代わって、ま
たはそれと組み合わせて、予防的に使用できる。また、
本発明の組成物は、挿入直前に内在装置を浸すのに使用
できる。有効成分は、創傷または内在装置を浸す場合、
１ｍｇ／ｍｌから１０ｍｇ／ｍｌの濃度であるのが好ま
しい。ワクチン組成物は、注射可能な形態であるのが都
合がよい。慣用的なアジュバントは免疫応答を高めるた
めに用いることができる。予防接種に適した単位投与量
は、抗原０.５〜５ｍｇ／ｋｇであり、このような投与
量は１〜３週間隔で１〜３回投与するのが好ましい。提
示した投与量範囲では、本発明の化合物で、適当な個体
への投与を妨げるような、不利な毒性効果は観察されな
い。前記の抗体もまた、本発明の応答レギュレーターを
含有する細菌の存在を検出するための診断試薬として使
用できる。
【０１００】（実施例）本発明を以下の実施例を用いて
さらに詳しく説明する。これらの例示は本発明の特定の
具体的な態様を説明するものであり、本発明に開示する
範囲を限定または規定するものではない。本明細書で用
いる特定の用語は前記した定義で説明する。全ての実施
例は、別に詳細に記載するもの以外は、当業者に周知で
慣用される標準法を用いて実施した。以下の実施例の慣
用的な分子生物学的技術は、例えば上記に引用したSamb
rookらなどの標準的な実験室マニュアルに記載されるよ
うに実施できる。
さらに詳しく説明する。これらの例示は本発明の特定の
具体的な態様を説明するものであり、本発明に開示する
範囲を限定または規定するものではない。本明細書で用
いる特定の用語は前記した定義で説明する。全ての実施
例は、別に詳細に記載するもの以外は、当業者に周知で
慣用される標準法を用いて実施した。以下の実施例の慣
用的な分子生物学的技術は、例えば上記に引用したSamb
rookらなどの標準的な実験室マニュアルに記載されるよ
うに実施できる。
【０１０１】実施例１ エス・アウレウスＷＣＵＨ２９由来の新規な応答レギュ
レータータンパク質をコードするＤＮＡの単離 配列番号１に示すＤＮＡ配列を有するポリヌクレオチド
をエーコリにおけるエス・アウレウスＷＣＵＨ２９の染
色体ＤＮＡのクローンのライブラリーから得た。ライブ
ラリーは慣用的方法、例えば方法１および２により製造
できる。全細胞ＤＮＡは、スタフィロコッカス・アウレ
ウス株ＷＣＵＨ２９（ＮＣＩＭＢ４０７１１）から、標
準的な方法にしたがって単離し、二つの方法のどちらか
によりサイズ分画する。
レータータンパク質をコードするＤＮＡの単離 配列番号１に示すＤＮＡ配列を有するポリヌクレオチド
をエーコリにおけるエス・アウレウスＷＣＵＨ２９の染
色体ＤＮＡのクローンのライブラリーから得た。ライブ
ラリーは慣用的方法、例えば方法１および２により製造
できる。全細胞ＤＮＡは、スタフィロコッカス・アウレ
ウス株ＷＣＵＨ２９（ＮＣＩＭＢ４０７１１）から、標
準的な方法にしたがって単離し、二つの方法のどちらか
によりサイズ分画する。
【０１０２】方法１ 標準法によりサイズ分画するために、全細胞ＤＮＡを注
射針に通して機械的に剪断する。１１ｋｂｐまでの大き
さのＤＮＡフラグメントを、エクソヌクレアーゼおよび
ＤＮＡポリメラーゼで処理することにより、平滑末端化
し、ＥｃｏＲＩリンカーを加える。フラグメントを、Ｅ
ｃｏＲＩで切断したベクターラムダＺａｐＩＩに連結
し、標準法によりライブラリーをパッケージングし、お
よびパッケージングしたライブラリーでイー・コリを感
染させる。ライブラリーは標準法により増幅する。
射針に通して機械的に剪断する。１１ｋｂｐまでの大き
さのＤＮＡフラグメントを、エクソヌクレアーゼおよび
ＤＮＡポリメラーゼで処理することにより、平滑末端化
し、ＥｃｏＲＩリンカーを加える。フラグメントを、Ｅ
ｃｏＲＩで切断したベクターラムダＺａｐＩＩに連結
し、標準法によりライブラリーをパッケージングし、お
よびパッケージングしたライブラリーでイー・コリを感
染させる。ライブラリーは標準法により増幅する。
【０１０３】方法２ 全細胞ＤＮＡを、四種の制限酵素（ＲｓａＩ、Ｐａｌ
Ｉ、ＡｌｕＩおよびＢｓｈｌ２３５Ｉ）を組み合わせた
もので部分加水分解し、標準法によりサイズ分画する。
ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡおよびフラグメントに連結
し、次いでＥｃｏＲＩで切断したベクターラムダＺａｐ
ＩＩに連結し、標準法によりライブラリーをパッケージ
ングし、そのパッケージングしたライブラリーでイー・
コリを感染させる。ライブラリーは標準法により増幅す
る。新規化合物の配列を図１および図２、配列番号１お
よび２に示す。配列番号２のアミノ酸配列は、配列番号
１の読み枠を翻訳したものであり、バシラス・サチリス
由来のＲｅｓＤ調節タンパク質に対し相同性（６６％の
同一性)を示す。
Ｉ、ＡｌｕＩおよびＢｓｈｌ２３５Ｉ）を組み合わせた
もので部分加水分解し、標準法によりサイズ分画する。
ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡおよびフラグメントに連結
し、次いでＥｃｏＲＩで切断したベクターラムダＺａｐ
ＩＩに連結し、標準法によりライブラリーをパッケージ
ングし、そのパッケージングしたライブラリーでイー・
コリを感染させる。ライブラリーは標準法により増幅す
る。新規化合物の配列を図１および図２、配列番号１お
よび２に示す。配列番号２のアミノ酸配列は、配列番号
１の読み枠を翻訳したものであり、バシラス・サチリス
由来のＲｅｓＤ調節タンパク質に対し相同性（６６％の
同一性)を示す。
【０１０４】
【表１】
【０１０５】
【配列表】 ＜110＞SmithKline Beecham P.L.C. ＜120＞Two Cpmponent Signal Transducing System Protein From Staphylococc us Aureus ＜130＞181843 ＜150＞ ＜151＞ ＜160＞4 ＜210＞1 ＜211＞900 ＜212＞DNA ＜213＞Staphylococcus aureus ＜400＞1 GATATAATAC TTTTGTAAAG AAAAGCATGT GTGGGAGGTA TGACCTGTAT GTCGAACGAA 60 ATACTTATCG TAGATGATGA GGATAGAATC AGAAGATTAC TTAAAATGTA TTTAGAAAGA 120 GAATCTTTTG AAATCCATGA AGCAAGTAAT GGCCAAGAGG CTTATGAACT TGCAATGGAG 180 AATAATTATG CTTGCATACT ACTAGATTTA ATGTTGCCTG AAATGGATGG TATCCAGGTG 240 GCAACTAAAT TGCGTGAACA TAAACAAACA CCGATTATTA TGTTGACTGC TAAGGTGAAG 300 AAACCACACC GTGTTGAAGG TTTTGAATCT GGTGCAGATG ATAATATCGT CAAACCATTT 360 TCACCAAGAG AAGTAGTCTT AAGAGTTAAA GCACTTCTAA GAAGAACGCA ATCTACAACT 420 GTAGAACAAA GCGAACCTCA CGCACGTGAT GTGATTGTAT TTAAACATTT AGAAATAGAT 480 AATGATGCAC ATGCACTTGC TGATAATCAA GAAGTTAATT TGACTCCTAA AGAGTACGAA 540 TTATTAATAT ATTTAGCTAA AACACCAAAT AAAGTATTTG ACCGTGAACA ATTATTAAAA 600 GAAGTTTGGC ATTATGAATT CTATGGTGAT TTAAGAACAG TTGATACTCA TGTTAAACGA 660 CTTAGAGAAA AGTTAAATCG TGTGTCTAGC GAAGCTGCGC ATATGATTCA AACAGTCTGG 720 GGCGTTGGGT ATAAATTTGA GGTTAAATCT AATGATGAGC CGGCTAAATA GTGTCGTAAT 780 TAAACTGTGG TTAACTATTA TTTTAATAGT GACGACAGTT TTAATTTTAT TAAGTATTGC 840 TTTAATTACC TTTATGCAAT ACTATTTCAC ACAAGAAACC GAAAATGCCA TAAGAGAAGA 900 ＜210＞2 ＜211＞243 ＜212＞PRT ＜213＞Staphylococcus aureus ＜400＞2 Met Thr Cys Met Ser Asn Glu Ile Leu Ile Val Asp Asp Glu Asp Arg 1 5 10 15 Ile Arg Arg Leu Leu Lys Met Tyr Leu Glu Arg Glu Ser Phe Glu Ile 20 25 30 His Glu Ala Ser Asn Gly Gln Glu Ala Tyr Glu Leu Ala Met Glu Asn 35 40 45 Asn Tyr Ala Cys Ile Leu Leu Asp Leu Met Leu Pro Glu Met Asp Gly 50 55 60 Ile Gln Val Ala Thr Lys Leu Arg Glu His Lys Gln Thr Pro Ile Ile 65 70 75 80 Met Leu Thr Ala Lys Val Lys Lys Pro His Arg Val Glu Gly Phe Glu 85 90 95 Ser Gly Ala Asp Asp Asn Ile Val Lys Pro Phe Ser Pro Arg Glu Val 100 105 110 Val Leu Arg Val Lys Ala Leu Leu Arg Arg Thr Gln Ser Thr Thr Val 115 120 125 Glu Gln Ser Glu Pro His Ala Arg Asp Val Ile Vat Phe Lys His Leu 130 135 140 Glu Ile Asp Asn Asp Ala His Ala Leu Ala Asp Asn Gln Glu Val Asn 145 150 155 160 Leu Thr Pro Lys Glu Tyr Glu Leu Leu Ile Tyr Leu Ala Lys Thr Pro 165 170 175 Asn Lys Val Phe Asp Arg Glu Gln Leu Leu Lys Glu Val Trp His Tyr 180 185 190 Glu Phe Tyr Gly Asp Leu Arg Thr Val Asp Thr His Val Lys Arg Leu 195 200 205 Arg Glu Lys Leu Asn Arg Val Ser Ser Glu Ala Ala His Met Ile Gln 210 215 220 Thr Val Trp Gly Val Gly Tyr Lys Phe Glu Val Lys Ser Asn Asp Glu 225 230 235 240 Pro Ala Lys
【図１】 本発明の遺伝子の核酸配列（配列番号１）を
示す。
示す。
【図２】 本発明のポリペプチドのアミノ酸配列（配列
番号２）を示す。
番号２）を示す。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考） Ａ６１Ｋ 45/00 Ａ６１Ｐ 31/04 ４Ｃ０８４ 48/00 Ｃ０７Ｋ 14/195 ４Ｃ０８５ Ａ６１Ｐ 31/04 16/12 ４Ｃ０８６ Ｃ０７Ｋ 14/195 Ｃ１２Ｎ 1/15 ４Ｈ０４５ 16/12 1/19 Ｃ１２Ｎ 1/15 1/20 Ａ 1/19 1/21 1/20 Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｃ 1/21 Ｃ１２Ｑ 1/02 5/10 1/68 Ａ Ｃ１２Ｐ 21/02 Ｇ０１Ｎ 33/15 Ｚ Ｃ１２Ｑ 1/02 33/50 Ｚ 1/68 33/53 Ｄ Ｇ０１Ｎ 33/15 33/68 33/50 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡ 33/53 5/00 Ａ 33/68 Ａ６１Ｋ 37/02 (72)発明者 ニコラ・ウォリス アメリカ合衆国19426−0989ペンシルベニ ア州カレッジビル、ポスト・オフィス・ボ ックス5089、サウス・カレッジビル・ロー ド1250番、スミスクライン・ビーチャム・ ファーマシューティカルズ (72)発明者 ジョン・エドワード・ホッジソン アメリカ合衆国19426−0989ペンシルベニ ア州カレッジビル、ポスト・オフィス・ボ ックス5089、サウス・カレッジビル・ロー ド1250番、スミスクライン・ビーチャム・ ファーマシューティカルズ Ｆターム(参考） 2G045 AA34 AA35 DA13 DA36 FB07 4B024 AA01 AA11 AA13 BA80 CA02 CA04 DA06 EA03 GA11 HA15 HA17 4B063 QA01 QA13 QA19 QQ02 QQ06 QQ41 QQ43 QQ79 QR08 QR42 QR56 QS25 QS34 QX02 4B064 AG01 CA02 CA19 CC24 DA01 DA15 4B065 AA26X AA53Y AB01 BA02 CA44 CA46 4C084 AA02 AA06 AA07 AA13 AA17 BA01 BA02 BA08 BA22 BA23 CA04 NA14 ZB35 4C085 AA03 BA13 BB11 CC21 EE01 4C086 AA01 AA03 EA16 NA14 ZB35 4H045 AA10 AA11 AA20 AA30 BA09 BA10 CA11 DA50 EA22 EA29 EA50 EA52 FA72 FA74
Claims (22)
- 【請求項１】（ａ）配列番号２のアミノ酸１から２４３
までを含むポリペプチドをコードしているポリヌクレオ
チドに対して少なくとも７０％の同一性を有するポリヌ
クレオチド、（ｂ）（ａ）のポリヌクレオチドに対して
相捕的なポリヌクレオチド、および、（ｃ）（ａ）また
は（ｂ）のポリヌクレオチドの少なくとも１５個の連続
した塩基を含むポリヌクレオチドからなる群より選択さ
れるメンバーを含む単離ポリヌクレオチド。 - 【請求項２】 ポリヌクレオチドがＤＮＡである請求項
１記載のポリヌクレオチド。 - 【請求項３】 ポリヌクレオチドがＲＮＡである請求項
１記載のポリヌクレオチド。 - 【請求項４】 配列番号１に示されるヌクレオチド１か
ら９００までを含む、請求項２記載のポリヌクレオチ
ド。 - 【請求項５】 配列番号２のアミノ酸１から２４３まで
を含むポリペプチドをコードしている請求項２記載のポ
リヌクレオチド。 - 【請求項６】（ａ）National Collection of Industria
l and Marine Bacteria Ltd.（ＮＣＩＭＢ）受託番号４
０７７１に含まれる遺伝子により発現されるのと同じ成
熟ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチドに対
して少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチ
ド、（ｂ）（ａ）のポリヌクレオチドに対して相捕的な
ポリヌクレオチド、および（ｃ）（ａ）または（ｂ）の
ポリヌクレオチドの少なくとも１５個の塩基を含むポリ
ヌクレオチドからなる群より選択されるメンバーを含む
単離ポリヌクレオチド。 - 【請求項７】 請求項２記載のＤＮＡを含むベクター。
- 【請求項８】 請求項７記載のベクターを含む宿主細
胞。 - 【請求項９】 請求項８記載の宿主細胞から該ＤＮＡに
よりコードされているポリペプチドを発現させることを
含む、ポリペプチドの製造方法。 - 【請求項１０】 請求項７記載のベクターで細胞をトラ
ンスフォーメーションまたはトランスフェクションし
て、ベクター中に含まれるｃＤＮＡによりコードされて
いるポリペプチドを細胞が発現するようにすることを含
む、ポリペプチドを発現する細胞の製造方法。 - 【請求項１１】 配列番号２のアミノ酸１から２４３ま
でに対して少なくとも７０％同一であるアミノ酸配列を
含むポリペプチド。 - 【請求項１２】 配列番号２に示されるアミノ酸配列を
含むポリペプチド。 - 【請求項１３】 請求項１１記載のポリペプチドに対す
る抗体。 - 【請求項１４】 治療上有効量の請求項１１記載のポリ
ペプチドを個体に投与することを含む、抗細菌剤を必要
とする個体の治療方法。 - 【請求項１５】 該ポリペプチドをコードしていてイン
ビボで該ポリペプチドを発現するＤＮＡを個体に提供す
ることにより該治療上有効量のポリペプチドが投与され
る請求項１４の方法。 - 【請求項１６】 治療上有効量の配列番号２のアミノ酸
１から２４３までに対して少なくとも７０％同一である
アミノ酸配列を含むポリペプチドの活性を阻害するアン
タゴニストを個体に投与することを含む、細菌感染を阻
害する必要のある個体の治療方法。 - 【請求項１７】 請求項１１記載のポリペプチドの発現
に関連した疾病の診断方法であって、該ポリペプチドを
コードしている核酸配列を決定することを含む方法。 - 【請求項１８】 宿主由来の試料中の請求項１１記載の
ポリペプチドの存在について分析することを含む診断方
法。 - 【請求項１９】 結合手段への結合を可能にする条件下
にて、ポリペプチドに対する結合手段（該結合手段は、
該結合手段への化合物の結合に応答して検出可能シグナ
ルを発しうる第２の成分に結合しているものである）を
表面上に発現する細胞をスクリーニングすべき化合物と
接触させ、 化合物と結合手段との相互作用により生じるシグナルの
存在または不存在を検出することにより、化合物が結合
物質に結合し、これを活性化または阻害するかどうかを
決定することを含む、請求項１１記載のポリペプチドに
結合し、その活性を阻害する化合物の同定方法。 - 【請求項２０】 哺乳動物を細菌感染から防御する抗体
を産生させるに十分な請求項１１または１２に記載のポ
リペプチド、またはそのフラグメントもしくは変種を哺
乳動物に接種することを含む、哺乳動物における免疫学
的応答を誘導する方法。 - 【請求項２１】 遺伝子治療により、配列番号２により
特徴付けられるポリペプチド、またはそのフラグメント
または変種を発現させるために、配列番号１をコードす
る遺伝子、そのフラグメントもしくは変種を、インビボ
で送達して、哺乳動物を疾病から防御する抗体を産生さ
せる免疫学的応答を誘導することを含む、哺乳動物にお
ける免疫学的応答を誘導する方法。 - 【請求項２２】 配列番号１の配列により特徴付けられ
るポリヌクレオチドをコードしていてこれを発現するＤ
ＮＡまたはそれによりコードされているタンパク質を含
んでなる免疫学的組成物であって、哺乳動物中に導入さ
れた場合、該ポリヌクレオチドまたはそれによりコード
されているタンパク質に対する免疫学的応答を哺乳動物
において誘導する組成物。
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