JP2002218999A - ジェノグループii型小型球形ウイルスrnaの検出法 - Google Patents

ジェノグループii型小型球形ウイルスrnaの検出法

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JP2002218999A
JP2002218999A JP2001020231A JP2001020231A JP2002218999A JP 2002218999 A JP2002218999 A JP 2002218999A JP 2001020231 A JP2001020231 A JP 2001020231A JP 2001020231 A JP2001020231 A JP 2001020231A JP 2002218999 A JP2002218999 A JP 2002218999A
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Noriyoshi Masuda
昇佳 益田
Norihiko Ishiguro
敬彦 石黒
Kiyoshi Yasukawa
清 保川
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Tosoh Corp
Original Assignee
Tosoh Corp
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Abstract

(57)【要約】 (修正有) 【課題】ジェノグループII(GII)型小型球形ウイ
ルス(SRSV)RNAを特異的に増幅したり、検出及
び同定を高感度で行なうために有効なオリゴヌクレオチ
ドの組み合わせと、それらを用いたGII型SRSV
RNA検出法の提供。 【解決手段】RNA増幅工程を利用した検出法におい
て、第一のプライマーとして増幅されるジェノグループ
II型小型球形ウイルスRNA配列の一部と相同的な配
列を有する5種類の特定の配列で、いずれかの配列中の
少なくとも連続した10塩基以上からなるオリゴヌクレ
オチド、第二のプライマーとして増幅されるジェノグル
ープII型小型球形ウイルスRNA配列の一部と相同的
な配列を有する5種類の特定の配列で、いずれかの配列
中の少なくとも連続した10塩基以上からなるオリゴヌ
クレオチドを用いることを特徴とする検出法。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【発明の属する技術分野】小型球形ウイルス(Smal
l Round Structured Virus、
SRSV)は、一般にウイルス性食中毒の原因ウイルス
として知られている。本発明は、臨床検査、公衆衛生、
食品検査、食中毒検査におけるSRSV特にジェノグル
ープII(GII)に属するウイルスの検出法に関する
ものである。
【0002】
【従来の技術】小型球形ウイルス(Small Rou
nd Structured Virus、SRSV)
はヒトカリシウイルスに属する。ヒトカリシウイルス
は、ジェノグループI(GI)、ジェノグループII
(GII)、ジェノグループIII(GIII)の3種
の遺伝子型に区別されてきた。一般に、GI、GIIは
SRSV、GIIIは(狭義の)ヒトカリシウイルスと
呼ばれている。
【0003】我が国で届け出されている食中毒の約20
%はウイルスが原因と推定されている。これらのウイル
ス性食中毒例の約80%以上からSRSVが検出され
る。おもな感染源は食品で、しばしば生カキが問題とな
っている。また、乳幼児の(散発性の)急性胃腸炎から
もSRSVが検出され、ヒトからヒトへ伝播する可能性
も示唆されている。以上から、SRSVの検査は、公衆
衛生上および食品の品質管理上大きな課題となってい
る。
【0004】これまでSRSVの検出は、電子顕微鏡に
よる観察が基本であった。ただし、この方法は、検出す
るには106個/mL以上のウイルス量が必要で、対象
が患者糞便に限られている。また、ウイルスを観察でき
ても同定することはできなかった。
【0005】近年、ヒトカリシウイルスのウイルス様中
空粒子が生産できるようになり、これを用いた特異抗体
検出ELISAの検討も進められている。しかし、検出
感度は電子顕微鏡と同程度で決して高感度な方法とはい
えない。
【0006】
【発明が解決しようとする課題】以上のように、従来法
では複雑な操作と長時間を要し、また短時間で試料中に
存在する極微量のSRSVを検出することは困難であ
り、食品検査等に必要な迅速かつ高感度な検出法の出現
が望まれている。さらには、検査をより簡便にするため
には、自動化された検査装置の開発が要求されている。
【0007】高感度な検出法としては標的核酸を増幅す
る方法の利用が可能である。SRSVのようなゲノムが
RNAの特定配列の増幅法としては、逆転写―ポリメラ
ーゼチェインリアクション(RT−PCR)法が知られ
ている。この方法は、逆転写工程で標的RNAのcDN
Aを合成し、引き続いてcDNAの特定配列の両末端部
に相補的および相同な一組のプライマー(アンチセンス
プライマーは逆転写工程と共用でよい)と熱耐性DNA
ポリメラーゼ存在下で、熱変性、プライマー・アニー
ル、伸長反応からなるサイクルを繰り返し行なうことに
よって特定DNA配列を増幅する方法である。しかし、
RT−PCR法は、2段階の操作(逆転写工程およびP
CR工程)、および、急激な昇温・降温を繰り返す操作
が必要であり、そのことが自動化への障害として挙げら
れる。
【0008】一方、特定RNA配列の増幅法としては、
逆転写酵素およびRNAポリメラーゼの協奏的作用によ
って特定RNA配列を増幅するNASBA法や3SR法
等が知られている。この方法は、標的RNAを鋳型と
し、プロモーター配列を含むプライマー、逆転写酵素、
およびリボヌクレアーゼHにより、プロモーター配列を
含む2本鎖DNAを合成し、該2本鎖DNAを鋳型とし
てRNAポリメラーゼにより、標的RNAの特定塩基配
列を含むRNAを合成し、該RNAが引き続きプロモー
ター配列を含む2本鎖DNA合成の鋳型となる連鎖反応
を行なうものである。
【0009】このようにNASBA法や3SR法は一定
温度での核酸増幅が可能であり、自動化へ適している方
法だと考えられる。しかし、これらの増幅法は比較的低
温(例えば41℃)で反応を行なうために、標的RNA
が分子内構造を形成し、プライマーの結合を阻害し、反
応効率を低下させる可能性が考えられる。したがって、
増幅反応の前に標的RNAの熱変性を行なうことで、標
的RNAの分子内構造を壊し、プライマーの結合効率を
向上させるための操作が必要であった。
【0010】そこで本願発明は、SRSV、その中でも
特にGII型に属するウイルスのRNAを比較的低温か
つ一定温度(35℃から50℃、好ましくは41℃)で
特異的に切断したり、増幅したり、これらの検出および
同定を高感度で行なうために有用なオリゴヌクレオチド
の好適な組み合わせの提供を目的とするものである。
【0011】
【課題を解決するための手段】前記目的を達成するため
になされた本願請求項1の発明は、GII型SRSVR
NAの増幅行程であり、試料中に存在するGII型SR
SV RNAの特定配列を鋳型として、RNA依存性D
NAポリメラーゼによりcDNAを合成し、リボヌクレ
アーゼHによってRNA−DNA2本鎖のRNAを分解
して1本鎖DNAを生成し、該1本鎖のDNAを鋳型と
してDNA依存性DNAポリメラーゼにより、前記特定
配列または前記特定配列に相補的な配列からなるRNA
を転写可能なプロモーター配列を有する2本鎖DNAを
生成し、そして該2本鎖DNAがRNAポリメラーゼ存
在下でRNA転写産物を生成し、該RNA転写産物が引
き続き前記RNA依存性DNAポリメラーゼによるcD
NA合成の鋳型となるようなRNA増幅行程において、
GII型SRSV RNAに相同的な配列を有する配列
番号1から5に示したいずれかの配列中の少なくとも連
続した10塩基以上からなる第一のプライマーと、配列
番号6から12に示したいずれかの配列中の少なくとも
連続した10塩基以上からなる、増幅されるGII型S
RSV RNA配列の一部と相補的な配列を有する第二
のプライマー(ここで第一または第二のプライマーのい
ずれか一方は、その5’側にRNAポリメラーゼのプロ
モーター配列を含む)を用いることを特徴とする。
【0012】本願請求項2の発明は、前記請求項1の発
明に係わり、前記RNA増幅行程において、増幅により
生じるRNA転写産物と特異的に結合可能であり、か
つ、インターカレーター性蛍光色素で標識されたオリゴ
ヌクレオチド存在下で実施し、反応液の蛍光特性の変化
を測定することからなる(ただし該標識されたオリゴヌ
クレオチドは、前記第一および第二のプライマーとは異
なる配列である)。本願請求項3の発明は、前記請求項
2の発明に係わり、前記オリゴヌクレオチドが、RNA
転写産物の少なくとも一部の配列と相補結合するように
設計され、複合体を形成していない場合と比較して蛍光
特性が変化するものであることを特徴とする。そして本
願請求項4の発明は、前記請求項3の発明に係わり、前
記オリゴヌクレオチドが、配列番号13から16に示し
たいずれかの配列中の少なくとも連続した10塩基以上
からなる、またはその相補配列であることを特徴とす
る。以下、本発明を詳細に説明する。
【0013】本発明は、試料中のGII型SRSV R
NAを増幅するための核酸増幅行程や、核酸増幅行程に
よって生成したRNA転写産物の検出法を提供する。本
発明の増幅行程は、PCR法、NASBA法、3SR法
を含むが、中でも逆転写酵素およびRNAポリメラーゼ
の協奏的作用によって(逆転写酵素およびRNAポリメ
ラーゼが協奏的に作用するような条件下で反応させ)G
II型SRSVの特定RNA配列を増幅するNASBA
法、3SR法等の一定温度核酸増幅法が好ましい。
【0014】例えばNASBA法は、試料中に存在する
GII型SRSV RNAの特定配列を鋳型として、
RNA依存性DNAポリメラーゼによりcDNAを合成
し、リボヌクレアーゼHによってRNA−DNA2本鎖
のRNAを分解して1本鎖DNAを生成し、該1本鎖D
NAを鋳型としてDNA依存性DNAポリメラーゼによ
り、前記特定配列または前記特定配列に相補的な配列か
らなるRNAを転写可能なプロモーター配列を有する2
本鎖DNAを生成し、そして該2本鎖DNAがRNAポ
リメラーゼ存在下でRNA転写産物を生成し、該RNA
転写産物が引き続き前記RNA依存性DNAポリメラー
ゼによるcDNA合成の鋳型となるようなRNA増幅行
程であるが、本発明はGII型SRSV RNAに相同
的な配列を有する配列番号1から5に示したいずれかの
配列中の少なくとも連続した10塩基以上からなる第一
のプライマーと、配列番号6から12に示したいずれか
の配列中の少なくとも連続した10塩基以上からなる、
増幅されるGII型SRSV RNA配列の一部と相補
的な配列を有する第二のプライマー(ここで第一または
第二のプライマーのいずれか一方は、その5’末端側に
RNAポリメラーゼのプロモーター配列を含む)を用い
ることを特徴とする。
【0015】なお、RNA依存性DNAポリメラーゼ、
DNA依存性DNAポリメラーゼ、リボヌクレアーゼH
は特に限定しないが、これらの活性のすべてを有してい
るAMV逆転写酵素が好ましい。また、RNAポリメラ
ーゼについても特に限定するものではないが、T7ファ
ージRNAポリメラーゼ、SP6ファージRNAポリメ
ラーゼが好ましい。
【0016】上記増幅行程では、GII型SRSV R
NA配列の中で特定配列とする領域の5’末領域と重複
(1〜10塩基)して隣接する領域に対し相補的なオリ
ゴヌクレオチドを添加し、前記GII型SRSV RN
Aを特定配列の5’末領域で切断(リボヌクレアーゼH
による)して核酸増幅初期の鋳型とすることにより、特
定配列が5’末端に位置していないGII型SRSV
RNAをも増幅することができる。この切断のために
は、たとえば、配列番号6から12のオリゴヌクレオチ
ド(ただし、前記増幅行程において第二のプライマーと
して使用したもの以外のオリゴヌクレオチド)を使用す
ることができる。なお、前記切断用オリゴヌクレオチド
は、3’末端からの伸長反応をおさえるために3’末水
酸基が化学的に修飾(たとえばアミノ化)されたもので
あることが望ましい。
【0017】以上の核酸増幅方法で得られた増幅産物は
既知の核酸検出方法で検出することができるが、好適な
態様では前記核酸増幅をインターカレーター性蛍光色素
で標識されたオリゴヌクレオチド存在下で実施し、反応
液の蛍光特性の変化を測定することが望ましい。該オリ
ゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチド中のリンにリン
カーを介してインターカレーター性蛍光色素を結合させ
たもので、標的核酸(相補的核酸)と2本鎖を形成する
とインターカレーター部分が2本鎖部分にインターカレ
ートして蛍光特性が変化するため、分離分析を必要とし
ないことを特徴とする(Ishiguro,T.ら(1
996)Nucleic AcidsRes.24(2
4)4992−4997)。
【0018】該オリゴヌクレオチドの配列は、増幅産物
の少なくとも一部に対して相補的な配列を有すれば特に
限定しないが、配列番号13から16に示した配列中の
少なくとも連続した10塩基からなる配列、あるいはそ
の相補配列であることが好ましい。また、該オリゴヌク
レオチドをプライマーとした伸長反応を抑えるために該
オリゴヌクレオチドの3’末の水酸基は化学的に修飾
(たとえばグリコール酸付加)することが望ましい。
【0019】これにより、GII型SRSV RNAの
中の特定配列と同じ配列からなるRNAを、一チューブ
内、一定温度、一段階で増幅し、検出することが可能と
なり、自動化への適用も容易となる。
【0020】
【発明の実施の形態】以下、本発明を実施例により更に
詳細に説明するが、本発明はこれら実施例により限定さ
れるものではない。
【0021】実施例1 GII型SRSVのRNAに特異的に結合するオリゴヌ
クレオチドを用いてRNA増幅反応を行なった。 (1)GII型SRSV RNAの塩基配列のうち、R
NA依存性RNAポリメラーゼ遺伝子の全域と構造蛋白
遺伝子の一部を含む合計2843塩基の領域、および
5’末端側にベクター(pCR2.1、Invitro
gen製)由来の部分領域69塩基を含む標準RNA
(配列番号17)をRNA希釈液(10mMTris−
HCl(pH8.0)、1mM EDTA、0.5U/
μL RNase Inhibitor(宝酒造製)、
5mM DTT)を用い、104コピー/5μLとなる
よう希釈した。コントロール試験区(陰性)には希釈液
のみを用いた。 (2)以下の組成の反応液20.8 μLを0.5 m
L容PCRチューブ(Gene Amp Thin−W
alled Reaction Tubes、パーキン
エルマー製)に分注し、これに上記RNA試料5μLを
添加した。
【0022】反応液の組成(各濃度は最終反応液量30
μLにおける濃度) 60mM Tris−塩酸緩衝液(pH8.6) 17mM 塩化マグネシウム 90mM 塩化カリウム 39U RNase Inhibitor 1mM DTT 各0.25mMのdATP、dCTP、dGTP、dT
TP 3.6mM ITP 各3.0mMのATP、CTP、GTP、UTP 0.16μMの第1オリゴヌクレオチド 1.0μMの第2オリゴヌクレオチド 1.0μMの第3オリゴヌクレオチド 13% DMSO 容量調整用蒸留水 (3)第1、第2、第3オリゴヌクレオチドとして、表
1の説明に示す配列のオリゴヌクレオチドを用いてRN
A増幅反応を行なった。なお、第1、第2、第3オリゴ
ヌクレオチドの組み合わせが表1に示す組み合わせにな
るよう溶液を調製した。 (4)上記の反応液を41℃で5分間保温後、以下の組
成の酵素液4.2μLを添加した。
【0023】酵素液の組成(各数値は最終反応液量30
μLにおける値) 1.7% ソルビトール 3μg 牛血清アルブミン 142U T7RNAポリメラーゼ(ギブコ製) 8U AMV逆転写酵素(宝酒造製) 容量調整用蒸留水 (5)引き続きPCRチューブを41℃で30分間保温
した。 (6)反応後のRNA増幅部分を確認するため、アガロ
ースゲル(アガロース濃度4%)電気泳動を実施した。
電気泳動後の染色はSYBR Green II(宝酒
造製)により行なった。標的RNAの特定部位にオリゴ
ヌクレオチドプローブが結合すると第2オリゴヌクレオ
チドと第3オリゴヌクレオチドに挟まれた部分のRNA
が増幅され、特定バンドが観察される。
【0024】電気泳動結果の写真(白黒反転)を図1か
ら図3に示した。この反応で増幅される特定バンドの鎖
長は表1に示した通りである。これより表1に示したオ
リゴヌクレオチドの組み合わせを用いたRNA増幅反応
において、組み合わせ(a)から(h)、(k)から
(l)にて特定バンドが確認できたため、これらの組み
合わせで使用したオリゴヌクレオチドはGII型SRS
Vの検出に有効であることが示された。
【0025】
【表1】 表1は本実験系で用いた第1、第2、第3オリゴヌクレ
オチドの組み合わせ、およびその組み合わせを用いてR
NA増幅反応させたときに増幅される特定バンドの鎖長
を示す。第1オリゴヌクレオチドの塩基配列のうち、
3’末端の水酸基はアミノ化されている。第2オリゴヌ
クレオチドの塩基配列のうち、5’末端第1番目の
「A」から22番目の「A」までの領域はT7プロモー
ター領域であり、それに続く23番目の「G」から28
番目の「A」までの領域はエンハンサー配列である。ま
た塩基番号は配列番号17のうち、GII型SRSVの
RNA依存性RNAポリメラーゼ遺伝子開始位置を1と
したときの番号である。
【0026】 第1オリゴヌクレオチド G2−1S(配列番号18、塩基番号4から42) G2−2S(配列番号19、塩基番号29から67) G2−3S(配列番号20、 塩基番号87から125) G2−10S(配列番号21、塩基番号707から745) G2−11S(配列番号22、塩基番号792から831) G2−12S(配列番号23、塩基番号1303から1322) 第2オリゴヌクレオチド G2−1F1(配列番号24、塩基番号37から59) G2−1F2(配列番号25、塩基番号34から56) G2−2F1(配列番号26、塩基番号62から84) G2−2F2(配列番号27、塩基番号59から81) G2−3F1(配列番号28、塩基番号120から142) G2−3F2(配列番号29、塩基番号117から139) G2−10F1(配列番号30、塩基番号740から762) G2−10F2(配列番号31、塩基番号737から759) G2−11F1(配列番号32、塩基番号826から848) G2−11F2(配列番号33、塩基番号823から845) G2−12F1(配列番号34、塩基番号947から969) G2−12F2(配列番号35、塩基番号944から966) 第3オリゴヌクレオチド G2−8R(配列番号9、塩基番号324から344) G2−12R(配列番号11、塩基番号930から952) G2−17R(配列番号12、塩基番号1303から1322) 実施例2 本願発明によるオリゴヌクレオチドの組み合わせを用い
て、標的GII型SRSV RNAの様々な初期コピー
数における検出を行なった。 (1)実施例1と同様のGII型SRSV標準RNA
(配列番号17)をRNA希釈液(10mM Tris
−HCl(pH8.0)、1mM EDTA、0.5U
/μL RNase Inhibitor(宝酒造
製)、5mM DTT)を用い、105コピー/5μL
から101コピー/5μLまでとなるよう希釈した。コ
ントロール試験区(陰性)には希釈液のみを用いた。 (2)以下の組成の反応液20.8μLをPCR用チュ
ーブ(容量0.5 mL;Gene Amp Thin
−Walled Reaction Tubes、パー
キンエルマー製)に分注し、これに上記RNA試料5μ
Lを添加した。
【0027】反応液の組成(各濃度は最終反応液量30
μLにおける濃度) 60mM Tris−塩酸緩衝液(pH8.6) 17mM 塩化マグネシウム 150mM 塩化カリウム 39U RNase Inhibitor 1mM DTT 各0.25mMのdATP、dCTP、dGTP、dT
TP 3.6mM ITP 各3.0mMのATP、CTP、GTP、UTP 0.16μMの第1オリゴヌクレオチド(G2−1S、
配列番号18、3’末端の水酸基はアミノ化されてい
る。) 1.0μMの第2オリゴヌクレオチド(G2−1F2、
配列番号25) 1.0μMの第3オリゴヌクレオチド(G2−8R、配
列番号9) 25nMのインターカレーター性蛍光色素で標識された
オリゴヌクレオチド(YO−G2 SRSV−S−G、
配列番号16、5’末端から7番目の「T」と8番目の
「A」との間のリンにインターカレーター性蛍光色素が
標識されている。また3’末端の水酸基はグリコール基
で修飾されている。)13% DMSO容量調整用蒸留
水 (3)上記の反応液を41℃で5分間保温後、以下の組
成で、かつ、あらかじめ41℃で2分間保温した酵素液
4.2μLを添加した。
【0028】酵素液の組成(各濃度は最終反応液量30
μLにおける濃度) 1.7% ソルビトール 3μg 牛血清アルブミン 142U T7RNAポリメラーゼ(ギブコ製) 8U AMV逆転写酵素(宝酒造製) 容量調整用蒸留水 (4)引き続きPCRチューブを直接測定可能な温度調
節機能付き蛍光分光光度計を用い、41℃で保温して、
励起波長470nm、蛍光波長510nmで、反応溶液
を経時的に測定した。
【0029】酵素添加時の時刻を0分として、試料の蛍
光増加比(所定時刻の蛍光強度値÷バックグラウンドの
蛍光強度値)の経時変化を図4(A)に示した。また、
初期RNA量の対数値と立ち上がり時間(蛍光増加比が
陰性の平均値に標準偏差の3倍を加えた値:1.2にな
るまでの時間)との関係の結果を図4(B)に示した。
なお、初期RNA量は101コピー/試験から105コピ
ー/試験である。
【0030】図4より、103コピーが約20分で検出
された。標的RNAの初期濃度に依存した蛍光プロファ
イルと検量線が得られ、未知試料中に存在するGII型
SRSV RNAの定量が可能であることが示された。
以上より、本法により、GII型SRSV RNAの迅
速・高感度な検出が可能であることが示された。
【0031】
【発明の効果】以上の説明のように本発明によれば、試
料中のRNAが分子内構造を形成し、プライマーやプロ
ーブの結合を阻害しかねない、比較的低温かつ一定温度
(35℃から50℃、好ましくは41℃)条件下でも、
GII型SRSV RNAに特異的に結合し、標的RN
Aを迅速に増幅し、かつ検出等するためのオリゴヌクレ
オチドプライマーやオリゴヌクレオチドプローブの組み
合わせとして有用である。
【0032】本願発明の組み合わせにおけるオリゴヌク
レオチドの塩基長は、具体的に記載した長さに限られ
ず、これら配列中の少なくとも連続した10塩基以上か
らなるオリゴヌクレオチドを含む。これは、比較的低温
(好ましくは41℃)条件下で、プライマーまたはプロ
ーブの標的核酸への特異性を確保するためには10塩基
程度の塩基配列があれば十分であることから明らかであ
る。
【0033】
【配列表】 SEQUENCE LISTING <110> TOSOH Corporation <120> ジェノグループII型小型球形ウイルスRNAの検出法 <130> PA211-0383 <160> 35 <210> 1 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> G2−1F <400> 1 ccaatcttag gtccaggcag tgcccc 26 <210> 2 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−2F <400> 2 caaaactcag caccaagact aaattt 26 <210> 3 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−3F <400> 3 tacctatgaa ccagcctacc ttggcg 26 <210> 4 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−10F <400> 4 gggactcaac acaacagagg gccgta 26 <210> 5 <211> 26 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−12F <400> 5 tcctcactct ctgtgcactt tctgag 26 <210> 6 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−1R <400> 6 taagattggt gcaccacagt 20 <210> 7 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−2R <400> 7 tgagttttgg ggcactgcct gg 22 <210> 8 <211> 22 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−3R <400> 8 tcataggtac caggtgggag tg 22 <210> 9 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−8R <400> 9 ttgtcgaggg atgcgcatgc t 21 <210> 10 <211> 21 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−10R <400> 10 ttgagtccca ccgagagtaa t 21 <210> 11 <211> 23 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−12R <400> 11 gagtgaggag ccagtgggcg atg 23 <210> 12 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−17R <400> 12 attaattgta tgggtctttg 20 <210> 13 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> プローブ(a) <400> 13 agtggtgctg tggatgatct 20 <210> 14 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> プローブ(b) <400> 14 ggacattgat gatggttttc 20 <210> 15 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> プローブ(c) <400> 15 aattgtttgt tcaaggacat 20 <210> 16 <211> 20 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> YO−G2 SRSV−S−G <400> 16 ccaaggtagg ctggttcata 20 <210> 17 <211> 2910 <212> RNA <213> Human calicivirus <220> <223> ジェノグループII(GII)型小型球形ウイルス(SRSV)の標準R NA <400> 17 gcgaauuggg cccucuagau gcaugcucga gcggccgcca gugugaugga uaucugcaga 60 auucggcuug gcggugacaa uaagggaacc uacuguggug caccaaucuu agguccaggc 120 agugccccaa aacucagcac caagacuaaa uuuuggagau cauccacagc accacuccca 180 ccugguaccu augaaccagc cuaccuuggc ggcaaggacc ccagagucaa gggugguccu 240 ucauugcaac aaguuaugag ggaccagcug aaaccauuca cugaacccag ggguaaacca 300 ccaaaaccaa guguguuaga agcugccaag aaaaccauca ucaauguccu ugaacaaaca 360 auugauccac cucaaaagug gucauucgcg caagcaugcg caucccucga caagaccacc 420uc uagugguc acccgcauca caugcggaaa aaugacugcu ggaacgggga guccuucaca 480 ggcaaauugg cagaccaggc uuccaaggcc aaccugaugu acgaagaggg aaagaacaug 540 accccaguuu acacgggugc gcuuaaggac gagcugguca agacugacaa aauuuauggc 600 aaaaucaaaa agaggcuucu cuggggcucg gaccuggcga ccaugauccg gugcgcucgg 660 gcuuuugggg gccugaugga ugaauucaag gcacauugug ucacacuccc cgucagagug 720 gguaugaaua ugaaugagga ugguccuauc aucuuugaga gacacuccag auauaaauau 780 cacuaugaug cugauuacuc ucggugggac ucaacacaac agagggccgu auuagcagca 840 gccuuagaaa ucaugguuaa guucucccca gaaccucauc uggcccaaaa gguugcagaa 900 gaccuucucu cucccagcgu gauggaugua ggugacuuca gaauaucaau caaugagggu 960 cuccccuccg ggguacccug caccucccaa uggaacucca ucgcccacug gcuccucacu 1020 cucugugcac uuucugaggu uacaaaccug uccccugaca uuauccaggc caacucccuc 1080 uuuuccuucu auggugauga ugaaauugug agcacagacg uaaagcugga cccagagaag 1140 uugacagcaa aacucaagga auacgggcug aaaccaaccc gcccugacaa gacugaggga 1200 ccccuuguua ucucugagga ccugaauggc uugaccuucc ugcggaggac ugugacccgc 1260 gauccagcug gcugguuugg aaaauuggaa cagaguucaa uacuuaggca aauguacugg 1320 acuaggggcc cuaaucauga agacccaucu gaaacaauga uaccacacuc ccaaagaccc 1380 auacaauuaa ugucuuugcu gggcgaggcu gcccuccacg gcccagcauu cuacagcaaa 1440 aucagcaagu uggucauugc agaacuaaag gaagguggca uggauuucua cgugcccaga 1500 caagagccaa uguucagaug gaugagauuc ucagaucuga gcacguggga gggcgaucgc 1560 aaucuggcuc ccaguuuugu gaaugaagau ggcgucgaau gacgccgcuc caucaaauga 1620 uggugcagcu agucucguac cagagggcau uaaugagacu augccauugg aacccguugc 1680 uggcgcaucu auugcugccc caguggcggg acaaaccaac auaauugacc ccuggauaag 1740 aacaaauuuu guacaagccc ccaauggaga guuuacagug ucaccaagaa auuccccugg 1800 agaaauuuua uuaaauuuag aauuaggacc agaucugaau ccuuauuugg cccaucuuuc 1860 aagaauguac aaugguuaug cuggaggugu ugaggugcaa gugcuccuug cugggaacgc 1920 guucacagca gguaagauau uguuugcagc aaucccaccu aacuuuccug uagauaugau 1980 uagcccagcu caaauuacua ugcuucccca uuugauugua gauguuagga cuuuggaacc 2040 uauuaugaua cccuugccug auguuaggaa uguguucuau cauuuuaaua aucaaccuca 2100 accuagaaug agguuagugg cuaugcucua caccccauug aggucuaaug guucaggaga 2160 ugaugucuuc acugugucuu guagaguacu aacuaggcca acuccugauu uugaauuuau 2220 uuaccuggug cccccuucug uagaguccaa aacuaaacca uucacacuac caauauuaac 2280 cauuucugaa uugaccaacu cccgguuccc cauuccaauc gagcaauugu auacggcucc 2340 aaaugaaacc aauguugucc agugucagaa uggcaggugc accuuagaug gagagcucca 2400 gggcacaacc cagcuguuau caagugcagu uugcucuuac aggggcagga cuguggcuaa 2460 uaauggggau aauugggacc aaaauuugcu ccagcugacc uauccaaaug gugcaagcua 2520 ugaccccacu gaugaagugc cagcaccauu gggcacucag gauuuuagug ggauguugua 2580 uggaguguug acccaggaca augugaaugu gagcacagga gaggccaaaa augcuaaggg 2640 aauauacaua uccaccacua guggaaaauu caccccaaaa auugggucaa uuggauugca 2700 uucaauaacu gagcaugugc accccaacca acagucgcgg uucacccccg ucggagucgc 2760 cgugaaugag aacacccccu uccagcaaug gguucugcca cauuaugcag guagucucgc 2820 ucucaacacc aauuuggcac cugcuguugc cccgacuuuc ccuggugagc aauugcuguu 2880 cuucaggucc cgugucccau gcguucaagg 2910 <210> 18 <211> 39 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−1S <400> 18 taagattggt gcaccacagt aggttccctt attgtcacc 39 <210> 19 <211> 39 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−2S <400> 19 tgagttttgg ggcactgcct ggacctaaga ttggtgcac 39 <210> 20 <211> 39 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−3S <400> 20 tcataggtac caggtgggag tggtgctgtg gatgatctc 39 <210> 21 <211> 39 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−10S <400> 21 ttgagtccca ccgagagtaa tcagcatcat agtgatatt 39 <210> 22 <211> 39 <212> DNA <213> Artifiial sequence <220> <223> G2−11S <400> 22 ttctgcaacc ttttgggcca gatgaggttc tggggagaa 39 <210> 23 <211> 39 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−12S <400> 23 gagtgaggag ccagtgggcg atggagttcc attgggagg 39 <210> 24 <211> 51 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−1F1 <400> 24 aattctaata cgactcacta tagggagaat cttaggtcca ggcagtgccc c 51 <210> 25 <211> 51 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−1F2 <400> 25 aattctaata cgactcacta tagggagacc aatcttaggt ccaggcagtg c 51 <210> 26 <211> 51 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−2F1 <400> 26 aattctaata cgactcacta tagggagaaa ctcagcacca agactaaatt t 51 <210> 27 <211> 51 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−2F2 <400> 27 aattctaata cgactcacta tagggagaca aaactcagca ccaagactaa a 51 <210> 28 <211> 51 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−3F1 <400> 28 aattctaata cgactcacta tagggagact atgaaccagc ctaccttggc g 51 <210> 29 <211> 51 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−3F2 <400> 29 aattctaata cgactcacta tagggagata cctatgaacc agcctacctt g 51 <210> 30 <211> 51 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−10F1 <400> 30 aattctaata cgactcacta tagggagaac tcaacacaac agagggccgt a 51 <210> 31 <211> 51 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−10F2 <400> 31 aattctaata cgactcacta tagggagagg gactcaacac aacagagggc c 51 <210> 32 <211> 51 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−11F1 <400> 32 aattctaata cgactcacta tagggagagc agaagacctt ctctctccca g 51 <210> 33 <211> 51 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−11F2 <400> 33 aattctaata cgactcacta tagggagagt tgcagaagac cttctctctc c 51 <210> 34 <211> 51 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−12F1 <400> 34 aattctaata cgactcacta tagggagatc actctctgtg cactttctga g 51 <210> 35 <211> 51 <212> DNA <213> Artificial sequence <220> <223> G2−12F2 <400> 35 aattctaata cgactcacta tagggagatc ctcactctct gtgcactttc t 51
【0034】
【図面の簡単な説明】
【図1】実施例1で行なった初期RNA量104コピー
/試験において、表2の組み合わせ(a)〜(d)のオ
リゴヌクレオチドを用いてRNA増幅反応させた時の電
気泳動写真(白黒反転)。レーン1・2が組み合わせ
(a)、レーン4・5が組み合わせ(b)、レーン7・
8が組み合わせ(c)、レーン10・11が組み合わせ
(d)のそれぞれの結果であり、レーン3・6・9・1
2が陰性コントロール(RNA試料の代わりに希釈液の
みを用いたもの)である。また分子量マーカーはφX1
74/HaeIII digest(Marker
4)を使用した(レーンM)。いずれの組み合わせを用
いても特定バンドが確認できた。
【0035】
【図2】実施例1で行なった初期RNA量104コピー
/試験において、表2の組み合わせ(e)〜(h)のオ
リゴヌクレオチドを用いてRNA増幅反応させた時の電
気泳動写真(白黒反転)。レーン1・2が組み合わせ
(e)、レーン4・5が組み合わせ(f)、レーン7・
8が組み合わせ(g)、レーン10・11が組み合わせ
(h)のそれぞれの結果であり、レーン3・6・9・1
2が陰性コントロール(RNA試料の代わりに希釈液の
みを用いたもの)である。また分子量マーカーはφX1
74/HaeIII digest(Marker
4)を使用した(レーンM)。いずれの組み合わせを用
いても特定バンドが確認できた。
【0036】
【図3】実施例2で行なった初期RNA量104コピー
/試験において、表2の組み合わせ(i)〜(l)のオ
リゴヌクレオチドを用いてRNA増幅反応させた時の電
気泳動写真(白黒反転)。レーン1・2が組み合わせ
(i)、レーン4・5が組み合わせ(j)、レーン7・
8が組み合わせ(k)、レーン10・11が組み合わせ
(l)のそれぞれの結果であり、レーン3・6・9・1
2が陰性コントロール(RNA試料の代わりに希釈液の
みを用いたもの)である。また分子量マーカーはφX1
74/HaeIII digest(Marker
4)を使用した(レーンM)。このうち組み合わせ
(k)と(l)で特定バンドが確認できた。
【0037】
【図4】図4は実施例2で行なった初期RNA量101
コピー/試験から105 コピー/試験において、反応時
間とRNAの生成とともに増大する蛍光増加比のグラフ
(A)および初期RNA量の対数値と立ち上がり時間と
の間で得られた検量線(B)である。初期コピー数10
3 コピー/試験のRNAが反応約20分で検出でき、初
期RNA量と立ち上がり時間との間に相関関係のあるこ
とが示された。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き Fターム(参考) 4B024 AA14 CA01 CA04 CA09 CA11 FA02 FA06 HA12 4B063 QA01 QA07 QA18 QA19 QQ03 QQ10 QQ16 QQ52 QR08 QR14 QR32 QR39 QR41 QR42 QR44 QR48 QR56 QR62 QS03 QS16 QS25 QS32 QS36 QX02

Claims (4)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】試料中に存在するジェノグループII型小
    型球形ウイルスRNAの特定配列を鋳型として、RNA
    依存性DNAポリメラーゼによりcDNAを合成し、リ
    ボヌクレアーゼHによってRNA−DNA2本鎖のRN
    Aを分解して1本鎖DNAを生成し、該1本鎖DNAを
    鋳型としてDNA依存性DNAポリメラーゼにより、前
    記特定配列または前記特定配列に相補的な配列からなる
    RNAを転写可能なプロモーター配列を有する2本鎖D
    NAを生成し、そして該2本鎖DNAがRNAポリメラ
    ーゼ存在下でRNA転写産物を生成し、該RNA転写産
    物が引き続き前記RNA依存性DNAポリメラーゼによ
    るcDNA合成の鋳型となるようなRNA増幅工程を利
    用した検出法において、配列番号1から5に示したいず
    れかの配列中の少なくとも連続した10塩基以上からな
    る、増幅されるジェノグループII型小型球形ウイルス
    RNA配列の一部と相同的な配列を有する第一のプライ
    マーと、配列番号6から12に示したいずれかの配列中
    の少なくとも連続した10塩基以上からなるジェノグル
    ープII型小型球形ウイルスRNAの配列の一部と相補
    的な配列を有する第二のプライマー(ここで第一または
    第二のプライマーのいずれか一方は、5’側にRNAポ
    リメラーゼのプロモーター配列を付加した配列を有する
    プライマーである)を用いることを特徴とするジェノグ
    ループII型小型球形ウイルスRNAの増幅行程。
  2. 【請求項2】前記RNA増幅工程において、増幅により
    生じるRNA転写産物と特異的に結合可能であり、かつ
    インターカレーター性蛍光色素で標識されたオリゴヌク
    レオチド存在下で実施し、反応液の蛍光特性の変化を測
    定することからなる請求項第1項に記載の工程(ただし
    該標識されたオリゴヌクレオチドは、前記第一および第
    二のプライマーとは異なる配列である)。
  3. 【請求項3】前記プローブが、RNA転写産物の少なく
    とも一部の配列と相補結合するように設計され、複合体
    を形成していない場合と比較して蛍光特性が変化するも
    のであることを特徴とする請求項第2項に記載の検出方
    法。
  4. 【請求項4】前記プローブが、配列番号13から16に
    示したいずれかの配列中の少なくとも連続した10塩基
    からなる配列、あるいはその相補配列であることを特徴
    とする請求項第3項に記載の検出方法。
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Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2005245434A (ja) * 2004-02-04 2005-09-15 Tosoh Corp ノロウイルスの検出試薬
JP2009000063A (ja) * 2007-06-22 2009-01-08 Tosoh Corp 改良されたノロウイルスrna検出方法

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
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