JP2001508573A - 治療結果を予測する方法および装置 - Google Patents
治療結果を予測する方法および装置Info
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Abstract
(57)【要約】
疾患を患っている患者の、その疾患のための治療療法への応答を評価する方法、ソフトウェア、およびシステムが示される。1つの局面では、疾患を患っている患者を処置するための処置療法の有用性を評価する、本発明の方法、システム、およびソフトウェアが提供される。上記局面の1つの実施形態では、処置療法の有用性を記述する統計モデルに関する少なくとも1つの診断変数の値が決定される。統計モデルは、判別およびロジスティック分析を含むように適合されている、強化された相似距離最小二乗(SMILES)分析を用いて導出される。次いで、診断変数の値はモデルに適用され、患者を処置する際の処置療法の推定有用性を提供する。ここに記載される方法、ソフトウェア、および装置を用いて、患者応答性の強力で統計学的に有意なモデルであって、処置変数の間の複雑な相互作用を簡略化しすぎる脆い現在の処置応答予測方法に関連する問題点を低減するモデルは、患者および臨床医が、治療を決定するのを助け得る。
Description
【発明の詳細な説明】
治療結果を予測する方法および装置
発明の背景
発明の分野
本発明は、観測された事象と、そのような観測された事象と推定上の統計関係
を持つ1つ以上の因子との相関を評価するためのソフトウェア、方法、および装
置に関する。より具体的には、本明細書に記載されるソフトウェア、方法、およ
び装置は、治療的療法を用いて処置されている患者に関する可能性の高い治療結
果の予測に関する。
背景
疾患の処置に対する統計的方法の適用は、近代医学の偉大な成功談の1つであ
る。統計的方法論を用いることにより、医師および科学者は、何世紀にわたって
人類を悩ませた多種多様の病気に関する原因、作用、および処置を確認すること
ができた。従って、例えば、先進国では、コレラのような疾患は、主に、それら
の疾患に関連する様々なリスクおよび処置因子の統計的解析を用いて、それらの
疾患の原因および処置を理解することによって撲滅された。
医学に対する統計的方法の特に重要な適用の1つは、疾患を処置するための療
法の効力の評価、および処置療法に対するある特定の患者の応答(response)の可
能性を決定するための統計モデルの使用である。癌、心臓疾患、およびB型肝炎
(「HBV」)、C型肝炎(「HCV」)、および後天性免疫不全症候群(「A
IDS」)を含むウイルス性感染症等の多くの疾患に関する処置療法が、潜在的
に問題のある結果を有する、費用、ライフスタイルの変化、および/または身体
的不快感の面で、処置を受ける患者の側に多くの犠牲を必要とするので、後者の
適用は特に重要である。例えば、HBVの治療選択肢は、不快な副作用があり、
高価なインターフェロン−α(「IFNα」)処置のコースに主に限られている
。実際、HBVのためのIFNα処置を受けている患者の中には、たとえその処
置
が効力を示していても、処置の副作用に苦しめられ、治療を完全に止めることを
選択するものもいる。さらに、HBVに苦しめられている人の約1/3のみが、
IFNα処置に肯定的な応答を示す(DiBisceglie、Fongら、1993年)。処置療
法の副作用があまり大きくない場合でも、統計的方法は、処置選択肢を評価する
際に医師および患者を補助するために使用され得る。従って、ある処置療法の成
功の可能性を評価するための方法に対するアクセスを、ある疾患に苦しめられて
いる患者にその療法を決定する前に持っていることは、臨床医にとって多大な利
益である。
特に、HBVはモデリングが難しい疾患である。この難しさは、少なくとも部
分的に、HBV病原体とその宿主との相互作用という非常に複雑な性質による。
この複雑な相互作用の局面には、特定の段階の宿主のライフサイクルの間の宿主
の血流におけるHBVレベルの変動、HBVに対する宿主の性別の影響、HBV
に対する宿主の環境の影響、HBVと、AIDSまたはマラリア等の宿主が感染
し得る他のウイルスとの間の相互作用が含まれる(CoveneyおよびHighfield、Bl
umberg、1994年)。従って、HBV処置に関する治療結果の予測のどのようなモ
デルも、ウイルス−宿主システム内の様々な非常に複雑な相互作用を考慮しなけ
ればならない。
一般的に、医療用途に使われる統計的方法は、疾患のために処置されている患
者から収集された臨床変数を、それらの患者に関して予想される処置結果と関連
づける、いわゆるロジスティック回帰方法に限定されてきた。ロジスティック回
帰方法は、関連の情報によって影響を受けるような、定義された結果の確率を推
定するために使用される。典型的には、これらの方法は、処置結果をモデリング
するために使用されるS字状ロジスティック確率関数(DillonおよびGoldstein
、1984年)を利用する。モデルのパラメータの値は、最尤推定方法を用いて決定
される。最尤推定手順の使用と合わせたロジスティック確率関数の非線形性は、
ロジスティック回帰方法を複雑にする。従って、このような方法は、研究されて
いる様々な臨床変数間の相互作用が存在する複雑なモデルに対してしばしば効果
がない。さらに、ロジスティック方法と、最尤方法とを合わせることにより、ロ
ジスティックモデルの認証が、モデルの真の能力を過大評価し得る遡及的予測に
限定される。
ロジスティックモデルは、研究されている臨床変数間の相互作用を考慮するた
めに判別解析と組み合わせられ、それによって、患者のカテゴリ(例えば、応答
者(responder)および未応答者)間を判別するのに効果的な線形統計モデルが提
供され得る。しばしば、これらのモデルは、研究されている臨床データの多変量
の積を含み、純粋なロジスティックモデルに一般的に使用される方法の改変を利
用する。さらに、組み合わせられたロジスティック/判別モデルは、遡及的統計
的方法に加えて見込み統計的方法を用いて認証され、それによって、モデルの予
測能力のより正確な査定が提供され得る。しかし、これらの組み合わせられたモ
デルは、限られた程度の臨床変数間の相互作用にのみ有効であり、その結果、多
くの適用には不十分である。
さらに、純粋なロジスティックモデルと、組み合わせられたロジスティック/
判別回帰モデルとの両方が、臨床変数または臨床変数の積を可能性の高い処置結
果の推定に相関させるように設計される。ある患者の臨床変数と、その患者の可
能性の高い処置結果との関係には有用性があるが、臨床医は、臨床検査結果の集
合よりも患者に関心があることが理解されるであろう。従って、治療結果を予測
する際に一般的に用いられる従来のロジスティック回帰のまさに基礎が疑問視さ
れなければならない。
従って、必要なのは、患者の変数間の複雑な相互作用を統計的にロバストな形
態でモデリングする特定の処置療法の可能性の高い処置結果を予測するための統
計的に有意なモデルを提供するための方法である。さらに、臨床医および患者に
、考慮されている療法の下での成功処置結果の確率に関する統計的に有意な推定
を提供することによって、処置療法を選択する際に臨床医および患者を補助する
方法およびシステムを提供する必要性がある。
発明の要旨
本発明によって、疾患に苦しめられている患者の、疾患のための治療的療法に
対する応答を評価するための方法、ソフトウェア、およびシステムが提供される
。本明細書に記載される方法、ソフトウェア、および装置を用いて、処置選択肢
を
決定する際に患者および臨床医を補助するために、処置療法に対する患者の応答
性に関するロバストで統計的に有意なモデルが展開され、利用される。従って、
本発明により、脆性で、処置変数間の複雑な相互作用を過度に単純化する現在の
処置応答予測方法に関連する問題が低減されることがわかるだろう。
ある局面において、本発明は、疾患に苦しめられている患者を処置するための
処置療法の有用性を評価するための方法、システム、およびソフトウェアを提供
する。本発明の方法のある実施形態では、処置療法の有用性を表す統計モデルに
関係する少なくとも1つの診断変数の値が決定される。統計モデルは、疾患に苦
しめられている個人の、問題の処置療法に対する応答を分類するのに有効な判別
関数を用いて導出される。この判別関数は、少なくとも部分的には、診断変数と
、問題の療法で処置された患者のデータ集合とに基づく。処置療法を用いて処置
されている個人の処置結果の確率を割当てるために、判別関数を用いたロジステ
ィック回帰が次に行われる。診断変数の値が次にモデルに適用され、それによっ
て、患者を処置する際の処置療法の推定有用性が提供される。
本発明のこの局面のある実施形態によれば、推定には、予測の可能性の高い処
置結果スコアが含まれる。別の実施形態によれば、判別関数が多項式関数を含み
得る。また別の実施形態では、判別関数は、データ集合の相似距離最小二乗(S
MILES)解析を用いて展開される。本発明のこの局面を用いて解析され得る
処置療法を持つ具体的な疾患には、HBV、HCV、およびAIDSが含まれる
。
別の局面においては、本発明は、哺乳類における疾患を処置するための処置療
法に対する可能性の高い応答の統計モデルを作成するための方法、システム、お
よびソフトウェアを提供する。本発明の方法のある実施形態では、疾患を表し、
研究中の処置療法を用いて処置されている個人の少なくとも1つの標本母集団が
得られる。母集団、疾患、または処置療法に関係する、疾患と推定上の関係を持
つ少なくとも1つの変数が決定される。このデータから、処置療法に対する可能
性の高い応答のモデルが導出される。導出ステップには、データを標準化するス
テップ、上記の方法を用いてデータを処理するステップ、予備モデルをロバスト
化するステップ、およびロジスティック解析を用いてモデルの結果を解析し、そ
れによって処置療法に対する応答の統計モデルが提供されるステップが含まれる
。
ある実施形態では、データを標準化するステップには、データの平均値および
標準偏差を計算するステップ、各データ点から平均値を減算するステップ、およ
びその差を標準偏差で割り算するステップが含まれる。本発明のこの局面の別の
実施形態では、元のデータを増加させるために空データが使用される。さらに別
の実施形態では、データ集合から判別関数を導出するために使用されるSMIL
ES解析には、患者ベクトルの集合(この集合からノードの集合が導出される)
を規定することが含まれる。患者ベクトルとノードとの間の距離が決定される(
その距離から相似値の集合が導出される)。相似値は、回帰解析に供され、回帰
解析から、予測結果値の集合が導出される。これらの予測結果値は、重み係数の
集合を提供するために回帰推定され、モデルをロバスト化する。これは、ある実
施形態では、リッジ回帰を用いて行われる。
ある実施形態では、相似値が、単調減少関数を用いて規定される。この関数は
、
を含む関数群から選択され得る(Dijはi番目の患者ベクトルとj番目のノード
との間の差であり、α、β、γおよびδは、適切な係数である)。ある具体的な
実施形態では、αは、上記データの標準偏差の二乗が約1.5sであるように選
択される(sは、上記統計モデルにおける変数の数である)。
さらに別の局面においては、本発明は、哺乳類における疾患を処置するための
療法の効力を決定するための検査スケジュールを最適化するための方法、ソフト
ウェア、およびシステムを提供する。ある実施形態では、方法には、少なくとも
2つの期間の処置療法を示す統計モデルを評価することが含まれる。統計モデル
は、上記の方法を用いて導出され、それによって、方法の効力を予測するための
最適な検査スケジュールが決定される。
本発明の上記および他の局面と利点とが、添付の図面に関連して以下の説明を
読むことにより、より明白となるであろう。
図面の簡単な説明
図1は、本発明による、患者に関する治療的療法の可能性の高い結果を予測す
るための統計モデルを作成するための方法を示すフローチャートである。
図2は、図1のステップ104をより詳細に示すフローチャートである。
図3は、図2のステップ202をより詳細に示すフローチャートである。
図4は、図2のステップ204をより詳細に示すフローチャートである。
図5は、本発明に従って構築された「患者ベクトル」および「ノード」の図示
である。
図6は、本発明によるコンピュータシステムの模式図である。
図7Aおよび図7Bは、時間の関数として、HBVを処置するための治療的療
法の可能性の高い結果を決定する際の臨床変数の相対差を理解するための、本発
明の方法の使用法を示す。図7Aは、処置の0ヶ月目における処置モデルの結果
を表す。図7Bは、処置の1ヶ月目における処置モデルの結果を表す。
具体的な実施形態の説明
本発明により、疾患を処置するための処置療法に対する患者の応答性の可能性
を評価するための方法、装置、およびソフトウェアが提供される。本明細書に例
示されるような方法、装置、およびソフトウェアを用いて、患者の応答性が、処
置されている患者を苦しめる疾患用の処置療法の適用の前およびその間に評価さ
れ、それによって、ある具体的な処置療法に関連するリスク、負担、および利益
に関する重要な情報が患者および臨床医に提供され得る。従って、本明細書に例
示される方法、装置、およびソフトウェアは、患者および臨床医の両方に対して
、患者の処置選択肢のより正確な査定を可能とすることにより、患者の生活の質
および処置の成功の可能性の向上に貢献し得ることが理解される。
第1の局面において、本発明は、哺乳類における疾患を処置するための処置療
法に対する患者の可能性の高い応答の統計モデルを作成するための方法を提供す
る。本明細書に使用されるように、「処置療法」は、患者の疾患状態に関連する
症状を治癒または低減させるための治療プロトコルと定義される。典型的には、
患者はヒトであるが、患者は、イヌ、ネコ、ウシ、ヒツジ、ウマ、またはブタ
(これらに限定されることはない)等のあらゆる哺乳類であり得ることが理解さ
れる。処置されている疾患は、そのために処置療法が規定され得るあらゆる病気
であることが理解される。疾患の例には、癌、ウイルス性感染症、真菌類感染症
、細菌性感染症、慢性疼痛、および変性疾患が含まれる(これらに限定されるこ
とはない)。ある実施形態では、本発明の方法が、B型肝炎ウイルス(「HBV
」)、C型肝炎ウイルス(「HCV」)、および後天性免疫不全症候群(「AI
DS」)の処置に対する患者の応答性をモデリングするために適用される。さら
に、本明細書に記載される方法は、処置療法または他の与えられた刺激過程に対
する植物(例えば、作物)、非哺乳類、または哺乳類の生物等の複雑なシステム
の応答の予測に関連して使用され得る。
100において本発明のこの第1の局面による方法のある実施形態を示す図1
を参照すると、疾患の処置療法に対する患者の応答性を予測するための統計モデ
ルの展開が、ステップ102の臨床データの収集により開始される。これには、
要因解析等の様々な実験計画法の使用が含まれ得る。本明細書に使用されるよう
に、「臨床データ」(本明細書では「臨床変数」とも呼ばれる)は、患者の応答
性の予測モデルの展開に有用性のあるあらゆる情報であり得る。このデータは、
1人以上の患者または個人の直接的診察から収集され得る。あるいは、既存のデ
ータベースから得られ得る。データは、統計的に有意なモデルを作成するために
十分な個人の母集団(「標本母集団」)から収集される。標本母集団の大きさは
、展開されている予測モデルの詳細に左右され、統計学および医学分野の当業者
に公知の方法を用いて決定され得る。
常にではないが、典型的には、ステップ102で収集されたデータは、処置さ
れている疾患の病因学または症状に対して、なんらかの生化学的、生物物理的、
遺伝的、または他の機械論的関係を有する。従って、収集されるべきデータの実
際の選択は、医学分野の当業者にはよく知られているように、処置されている疾
患に左右されることが明らかである。さらに、収集されたデータは、連続または
準連続的(例えば、酵素濃度)で、デジタル化されたデータ(例えば、心電図記
録または磁気共鳴画像)である値、または性別のような個別データ、または、参
考尺(例えば、痛みの度合い)を用いて導出された値を含み得る。ステップ10
2で収集されたデータ例には、年齢、性別、血球数(例えば、白血球または赤血
球数またはヘマトクリット)、抗体または抗原の存在および/または濃度、酵素
濃度、抗原決定基の有無(例えば、後天性免疫不全症候群に対するCD4の有無
)、疾患の進行の度合い(例えば、疾患の段階)、悪液質(衰弱)の有無、患者
に与えられている薬物の投与量、痛みの度合い、遺伝標識の有無、(患者または
感染生物における)遺伝子突然変異の有無、疾患の家族歴、および疾患の身体的
症状の有無およびそのような症状の度合い(例えば、繊維症の度合い)が含まれ
る(しかし、これらに限定されることはない)。上記のように、検査される臨床
変数の選択は、処置されている疾患に左右され、そのようなデータを得るために
必要とされる材料および方法と同様に、医学分野の当業者にはよく知られている
。
データが収集されると、ステップ102で得られたデータを用いて、ステップ
104において「判別関数」が構築され、このステップは、図2に関連して以下
により詳細に説明される。本明細書に使用されるように、「判別関数」という用
語は、数学関数、または独立変数の集合に基づいて個人を互いに排他的および網
羅的な群に分類するために統計的に効果的となるように決定される構築物を意味
し(DillonおよびGoldstein、1984年)、以下により詳細に説明される。独立変
数の集合は、典型的には、ステップ102で収集されたデータを含む。ロバスト
化された判別関数の展開および初期認証に続いて、判別関数が、判別関数を展開
するために使用された標本母集団とは無関係の第2の標本母集団にモデルを適用
することによって、ステップ106においてさらに認証される。モデルは次に、
予測の性能を査定するためにステップ108において評価される。ステップ11
0においてモデルに非常に信頼がおけると決定されれば、プロセスが終了する。
そうでなければ、追加のデータが収集され、新しい判別式が展開されるステップ
102へプロセスが戻る。モデルの性能の決定は、統計学分野の当業者には公知
の方法を用いて達成され得る。
図2の200では、本発明のある実施形態による、判別関数(図1のステップ
104)の展開に関連するステップを示す。ステップ202で始まり、ステップ
102で収集されたデータが、異なる物理量を表す変数が比較され得るように標
準化される。標準化のプロセスにより、広い動的範囲を持つデータの評価が可能
となり、その結果、データ解析が容易になる。ステップ304では、各変数集合
の平均および標準偏差が決定され、標準化変数の集合は、最初に、ある特定の変
数の平均値を、上記変数の値の集合の各値から減算することによって計算される
。次に、その差が、上記変数の値の集合の標準偏差によって割り算される。回帰
解析の結果を評価するためにステップ306において、任意のアウトライアーお
よび/または残差解析が行われ得る。これらの解析には、変数および効果の順位
付け、節減を達成するためのモデルの段階的単純化、アウトライアー処理、およ
び/または残差パターンの解析が含まれ得る(しかし、これらに限定されること
はない)。この手順の例は、以下の実施例においても提供される。
再び図2を参照すると、標準化データは次に、判別解析を用いてステップ20
4において処理され、それによって、研究されている処置療法に対する患者の可
能性の高い処置応答を予測するための判別関数が得られる。用いられる判別関数
は、処置療法の様々な結果間を判別するのに効果的な任意の関数であり得る。3
つ以上の結果が同様に取り扱われ得るが、通常、起こり得る結果は応答者または
未応答者である。ある実施形態では、判別関数には、多項式関数が含まれる。そ
のような関数は、一般的に、対の相互作用を越える統計モデルの変数間の相互作
用の影響が最小であるシステムに有用である。多項式変数はまた、一般的に、計
算の複雑さの面でより効率的である。従って、多項式判別関数は、中程度の複雑
さを持つモデルに有用であると認識される。しかし、時には、多項式判別関数は
、変数間の相互作用がより複雑であるモデルを導出するために使用され得る(例
えば、そのように作成されたモデルの予測結果が、対の相互作用を越える変数間
の相互作用の影響がモデルの予測能力に対して相対的影響をほとんど持たない場
合に結果を決定するために使用される)。判別関数を導出するために有用な関数
のさらに他の種類は、統計学分野の当業者には明らかであろう。
別の実施形態では、判別関数が相似距離最小二乗(「SMILES」)解析を
用いて導出される。SMILES解析は、相似したプロファイルを持つエンティ
ティがモデリングされている療法に対して相似した応答を持つという仮定を前提
としている。本発明の状況では、「エンティティ」とは、処置されている患者で
あり、「プロファイル」は、ステップ102で収集された臨床データによって定
義されるような患者の臨床プロファイルである。個々の患者の臨床情報に対して
直接的に回帰解析を行うよりも、SMILES解析は、患者の臨床情報間の相似
点に関する回帰分析を含む。これを行うためには、SMILESモデルは、臨床
情報および各患者の応答が単一の数学的オブジェクトとして扱われるオブジェク
ト指向回帰を用いる。数学的に相似したオブジェクト(モデルに含まれる患者ま
たは被験体)は、処置に対して同じまたは非常に相似した応答を持つ確率が高い
。逆に、相似していないオブジェクトは、処置に対して同じまたは非常に相似し
た応答を持つ確率が低い。意図的に、SMILESモデルは、オブジェクトが、
一貫した予測パターンが生じるように共に働くことを要求する。従って、雑音(
すなわち、偽りの、または誤った臨床情報)の影響がフィルタにかけられ取り除
かれる傾向がある。これにより、モデルの性能に対する非典型的な患者のプロフ
ァイル(アウトライアー)の影響が低減される。さらに、このようなアプローチ
は、様々な臨床量の予測とは対照的に、患者間の相似点および差異を強調するこ
とによって臨床医療行為と適合性があると認識される。
ある実施形態(図4に400で示される)においては、ベクトル解析が、各患
者の臨床プロファイルの多変量情報を整理するための方法として使用される。ス
クトルの各成分は、ステップ102において上記患者のために決定された具体的
な臨床変数の値である。すなわち、肝臓酵素濃度、性別インディケータ、ノデル(Knodell)肝生検スコア)であり
、nは、患者を描写するために使用されている臨床変数の数である。
よって規定される。
う用語は、実質的に統計的に区別不能(すなわち、性質が非常に似ており、統計
的に異なるとは考えられない)ではないエンティティを意味する。ノードの集合
ことが理解されるだろう。
別の実施形態では、不確定結果予測値(すなわち、応答/未応答の50%の可
能性)以外が同一のプロファイルを有する「零」患者ベクトルの第2の集合が構
されることを望まずに、このような増加により、以下に説明される前向く予測プ
ロセスの間に、「楽観的」およびアウトライアー結果の可能性を低減することに
より、より優れたモデルの安定性が提供される。さらに、そのような増加により
、以下に説明されるように、ノードの集合から導出される基底関数の集合の望ま
しくない残差の影響が最小限に抑えられる。「幻影患者ベクトル」の集合の使用
は、可能性の高い処置結果の最終予測に全く影響しない。なぜなら、そのような
ベクトルは真の不確定結果を表すのでベクトルが「情報中立的」であるからであ
る。
て得られる。
i番目およびj番目の患者およびノードの臨床変数をそれぞれ表す。この距離は
、図5に500で示され、図5では、軸502、504、および506を含む座
標
系が、患者ベクトル508およびノード510を規定するために用いられる。距
遠く離れている場合には、ベクトルの差の二乗の大きさは大きい。従って、患者
iの臨床プロファイルが患者jの臨床プロファイルに相似すればするほど、ベク
トルの差の二乗の大きさが小さくなり、これら2人の患者が処置に対して同じ、
または相似した応答を持つ可能性がより大きくなる。
図4を続けて参照すると、ステップ406において、相似スコアSijが、ステ
ップ404で決定されたベクトルの距離から計算され、この相似スコアは、局所
基底関数(この関数から統計モデルが構築される)を含む。方程式(1)で決
される。理解されるように、相違と相似との間に相反関係が存在する。ある実施
形態では、Sijは、距離Dijの単調減少関数である。適切な単調減少関数の例に
は、が含まれるが、これらに限定されることはない。ここでは、α、β、γ、および
εは係数であり、αおよびεは共にゼロより大きい。さらに他の適切な関数が、
として含む。すなわち、
である(MinorおよびMamini、1996年)。
本発明のある実施形態では、方程式(1)で決定された相違が、以下の方程式、
を用いて相似スコアに変換される。σは、局所基底関数間の重なりの度合いを制
御し、それによって基底関数の非直交性が制御される統計パラメータである。本
発明のある実施形態では、σは、モデルで考慮される臨床変数の数に約1.5倍
、すなわち、σ≒1.5sである。時には、σは、患者間のみならず、臨床変数
間でも異なり得る(すなわち、σは、ベクトルとして扱われ得る)。EKG記録
またはMR画像等の分野においてなど、利用可能なデータが「密」または準連続
的である場合には、σはまた、空間的位置の関数であり得る。
一般的に、σの値は、局所基底関数間で強い相関(重なり)を提供するように
選択されるべきである。しかし、全ての患者に一定の予測結果確率が生じ得るの
で、過度に強い相関を避ける注意が成されるべきである。しかし、少なすぎる相
関は、データを過剰に適合させ(overfit)、無用で、統計的に無意味な雑音を
含むモードを生成する傾向がある。どのような特定の演算理論にも制限されるこ
とを望まずに、本発明に記載されるような非直交局所基底関数の使用が、統計モ
デリングに固有の背景統計雑音のクラッタから統計的に有意な情報のパターンを
識別するのに非常に効果的であることがわかった。非直交関数を用いるアプロー
チは、直交基底関数が、統計モデルを作成するためにほぼ普遍的に使用される統
計学分野において独特であると認識される。
ステップ408では、相似スコアの回帰解析が、予測処置結果スコアおよびモ
デルを構築するために使用されるノードを重みづけする係数を得るために行われ
る。ある実施形態では、線形回帰解析(Kshirsager、1972年)が、方程式(3)
:
を用いて、j番目の患者Δjに関する判別関数の最適化推定を提供するために行
I1は、切片である。方程式(2)におけるSijの式を用いることにより、
が得られる。
ある実施形態では、重みWiを決定するための回帰が、いわゆるリッジ回帰技
術(Huber 1981年、Minor 1996年)を用いてノード間の非直交性を保持する技術
を用いて行われる。このような回帰は、市販の統計解析ソフトウェアを用いて行
われ得る。ステップ410では、第2の回帰が、冗長ノードを排除し、それによ
って方程式(3)および(4)に示されるのと同じ形式を持つが、最小の数のノ
ードを使用する節減モデルを得るために行われる。ある実施形態ではリッジ回帰
技術は、段階的回帰のために用いられる。
図2に戻って、SMILES/判別解析が終了する際に、作成されたモデルが
ステップ206で「ロバスト化される」。本明細書に使用されるように、「ロバ
スト化される」という用語は、モデルが、そのモデルの基礎となる仮定からの小
さな逸脱に対して妥当に統計的に鈍感であるようにする、ある処置モデルに対す
る追加の処理を意味する(Huber、1981年)。ある実施形態では、ステップ20
4のSMILES/判別解析のロバスト化は、i番目の患者の実際の結果が任意
に0.5(すなわち、不確定)に設定される上記のSMILES/判別解析が行
われる見込み予測プロセスを用いて行われる。この「削除された」患者に関する
を用いて計算される。ここでは、Δiは上記のように決定され、hjは、比例因
を用いて決定するためにロジスティック変換において使用され得る適合判別関数
である。ここでは、δは、統計パラメータであり、I2は、切片である。パラメ
ータδおよび切片I2は、ロジスティック回帰技術を用いて適合され、それによ
って、i番目の患者の応答の計算された確率が最適化される。あるいは、処置結
を用いて評価され得る。ここでは、δ’は、統計パラメータであり、I3は、切
片である(上記のδおよびI2に類似している)。
判別子Δは、ニューラルネットワーク表示を用いて評価され得る(Minorおよ
びNamini、1996年)。さらに、判別子が、ベクトル表示:を用いて、上記の二値の応答者/未応答者結果より複雑な結果を表すために一般
化され得ることが、統計学分野の当業者には理解されるであろう。ここでは、Δ1
,...,Δnの各々が、方程式(3)および(4)に関して上に説明されてような
判別子であり、nは可能な結果の数である。これは、単一の多重入力/多重出力
ニューラルネットワークまたはn個の単一ニューラルネットワークを用いて行わ
れ得る。
この時点で、モデルは、標準統計技術を用いて評価され、それによって、モデ
ルが統計的に有意な見込み予測を提供するか否かが決定され得る。モデルがその
ような予測を提供できない場合には、仮定およびデータの再評価が行われ、それ
によって、上記の方法を用いて新しいモデルが展開され得る。モデルが、見込み
予測に関して満足のいく性能を提供すれば、モデルが独立データ集合(すなわち
、モデルの展開に使用されていないデータ集合)に対して試験されるステップ1
06(図1を再び参照)が行われる。ステップ108では、モデルの性能の第2
の
評価が、統計的有意性を持つ新しいデータ集合の可能性の高い処置結果を予測す
る能力に関して行われる。ステップ110では、モデルの信頼性が評価される。
独立データ集合に関する予測が統計的に有意ではない場合には、モデルが再評価
される(追加または新しいデータが収集されるステップ102で始まる)。ある
いは、データは、実質的に元の形式で保持され、モデルが、上記のようにステッ
プ104で再び展開され得る。予測が統計的に有意である場合には、モデル展開
のプロセスが終了する。
モデルの結果は、モデリングされた処置療法に対する患者の可能性の高い応答
を評価するのに適した任意のフォーマットで表され得る。ある実施形態では、結
果は、1が治療法に対する応答の最も高い可能性を示し、0が治療法に対する未
応答の最も高い可能性を示すスケーリングされた数値を用いて表される。0と1
との間のスコアは、処置に対して応答する(または応答しない)という推定の可
能性を表す。より具体的な実施形態によれば、0.0〜1.0のスコア範囲にお
ける約0.6を越えるスコアは、可能性の高い応答者を示し、約0.4より少な
いスコアは、可能性の高い未応答者を示すとみなされる。0.4と約0.6との
間のスコアは、不確定(すなわち、このような患者に対するモデルの予測能力が
、可能性と有意に異なることがない)であるとみなされる。モデルの結果を表す
ための他の方法は、統計学および医学分野の当業者にはよく知られている。
統計学および医学分野の当業者は、任意の医学処置療法を説明するために用い
られるデータ集合が、ある疾患の可能性のある全ての呈示を含んでいる可能性が
低いことを理解するであろう。なぜなら、そのような呈示の全てがデータ集合に
示されていることを我々は確信できないからである。従って、処置に対する患者
の応答性をモデリングするために使用されるあらゆる統計方法論に関して、モデ
ルが、可能性の高い患者全てを包含するのに十分大きいデータ集合に関して作成
されたか否かに関する先天的な不確定性が存在する。しかし、本明細書に記載さ
れる本発明の方法により、元来モデルを作成するために使用されたデータ集合に
おいては考慮されなかった臨床変数および処置応答を示す患者を扱うように容易
かつ迅速に適応させられる「生きた」モデルが提供される。これらの患者の各々
からのデータは、患者ベクトルとして示され、モデルが、この新しい患者ベクト
ルを考慮するために、上記の方法を用いて再構成される。従って、モデルが、よ
り多くの数の患者に関する処置応答を予測するために使用されるにつれて、予測
力が向上することがわかる。
別の局面では、本発明は、本発明に従って構築されたモデルを用いて決定され
るような、処置療法に対する患者の可能性の高い応答の評価に従った、疾患に対
する患者の処置方法を含む。本発明のこの局面のある実施形態によれば、本発明
に従って構築された統計モデルに関係する少なくとも1つの診断変数が、処置療
法に対する患者の可能性の高い応答の予測を得るためにモデルに適用される。統
計モデルに提供される診断変数の値は、公知の方法および材料を用いて(例えば
、直接的な物理的検査、生検解析、患者から採取された試料の化学分析、または
家系等によって)得られ得る。そのようにして得られた値は、モデルの呈示と一
貫した任意の様式でモデルに与えられ得る。例えば、モデルがコンピュータプロ
グラムとして示される場合には、臨床変数の値は、キー入力、データベースから
の電子的な取り出し、ペンベースの入力、またはキーボードまたはタッチスクリ
ーンを用いて行われる選択等によって与えられ得る。時には、モデルは、臨床変
数の値が手で記入され、スコア表またはスコアを参照して決定された結果が数学
的計算によって(卓上計算機の使用等によって)決定されるワークシートとして
表され得る。
予測が得られた後は、患者のための処置過程を決定する際に医師および患者を
補助するために使用され得る。評価における因子には、典型的には、年齢、費用
、そのために患者が処置を受けているかもしれない他の状況、ライフスタイルへ
の影響、および援助の利用可能度等の他の因子に加えて、処置療法に対する患者
の推定の応答が含まれる。一般的には、これらの選択肢は、臨床医と相談して患
者によって再検討される。決定に至ると、処置がそれに応じて行われる。例えば
、AIDSまたはHIVに苦しむ患者の場合は、処置選択肢に、ヌクレオシド類
似体(例えば、ddIまたはAZT)、あるいはプロテアーゼ阻害薬を苦しんで
いる患者に投与する決定が含まれ得る。
医学分野では周知のように、処置療法に対する患者の応答性を予測する因子は
、疾患の過程または処置の過程の間に変化し得る。従って、処置結果予測にとっ
て
最も有意な具体的な臨床変数は、経時的に変化し得る。例えば、以下により詳細
に説明されるように、インターフェロン−αを用いたB型肝炎ウイルスを処置す
るための処置結果予測の臨床変数の有意性は、処置の開始(0ヶ月目)から一月
の処置(1ヶ月目)で変化することがわかった。表5および表6と、図7Aおよ
び図7Bに示されるように、本発明の方法を用いた予測モデルの場合には、処置
の開始(0ヶ月目)では、患者に観測された繊維症の度合が、そのモデルに関す
る2番目に最も有意な臨床変数としてランクづけられたが、1ヶ月目では、繊維
症が、8番目に最も有意な臨床変数としてランクづけられたことがわかった。ま
た、一月より後に得られたデータを用いてモデルによって行われたさらなる予測
は、1月目で行われた予測と比較して、統計的により信頼のおけるものではなか
った。このような情報は、どの臨床検査を求め、可能性の高い処置結果または処
置の向上を示すものとして、どの検査結果に最も注意を払うかを決定する際に、
臨床医および患者にとって重要となり得る。
さらに、統計モデルの予測能力は、経時的な、関連性のある臨床変数の繰り返
し測定を用いても向上しないかもしれない。例えば、ある具体的な処置療法の下
で処置されている患者に関する処置結果を予測する統計モデルの能力は、処置過
程の期間における1つ以上の後の時点で収集されたデータと対比して、処置の最
初に収集された患者データに関して向上し得る。しかし、時には、予測モデルに
おける、より最近のデータの使用は、より正確な処置結果予測をもたらさない。
すなわち、処置を開始してから3ヶ月目で得られたデータを使用した予測結果計
算が、処置の1ヶ月後に得られたデータを用いた場合と比べて、より正確な予測
を提供しないかもしれない。収集された追加のデータが、処置に対する患者の可
能性の高い応答性に関するより正確な査定を提供しない場合には、処置の後の時
点での追加の検査の時間、起こり得る不快感および/またはリスク、および費用
に対して患者に耐えるように要求することが回避され得ることが理解されるだろ
う。従って、予測モデルの性能が、より多くの臨床データを収集することによっ
て向上され得る期間の知識を持つことにより、患者の快適さが向上され、臨床検
査に関連する患者のリスク(肝生検に関連する死亡率および罹病率等)が減少さ
れ、費用が減少され得る。このような情報はまた、高価な検査結果を得る必要が
低減され得るので、新しい薬物および処置開発の薬理経済学において有用である
。
これらの問題は、処置予測モデルを展開するための上記の方法が少なくとも2
つの異なる期間に行われ、そのように作成されたモデルから最適な検査スケジュ
ールの決定が成される本発明のある実施形態によって取り組まれる。このような
決定は、臨床データが得られる異なる期間に作成されたモデルの予測能力を比較
し、もしあれば、どの時点が、統計的に有意な臨床変数の1つまたは複数が連続
的モデル間で変化する時点、または連続的モデルが予測能力に統計的に有意な向
上をもたらさない時点を示すかを決定することによって行われ得る。このような
終点が見つかれば、臨床医および患者は、監視されている臨床変数間で焦点を変
える、または処置結果に対する予測を行うことに関して、その終点を過ぎる追加
の検査をなしで済ますことを決定し得る。もちろん、追加の臨床検査は、他の処
置問題点を監視および/または決定する(例えば、処置の向上を決定する)ため
に必要であり得る。
ある実施形態では、本発明は、1つまたは複数のコンピュータシステムに格納
される、および/または1つまたは複数のコンピュータシステムによって操作さ
れるデータに関与する様々な処理ステップを用いる。これらのステップは、物理
量の物理的操作を必要とする。通常(必ずではないが)、これらの量は、格納さ
れる、転送される、組み合わせられる、比較される、あるいは操作されることが
可能な電気または磁気信号の形態をとる。時には、主に一般的な慣例が理由で、
これらの信号を、ビット、値、要素、変数、記号、またはデータ構造等と呼ぶと
便利である。しかし、これらおよび類似の用語の全てが、適切な物理量に関連す
るものであり、単に、これらの量に適用された便利なラベルであることを覚えて
おく必要がある。
さらに、行われる操作は、しばしば、識別、実行、または比較等の用語で呼ば
れる。本発明の一部を形成する、本明細書に記載される動作の何れにおいても、
これらの動作は機械動作である。本発明の動作を行うのに有用な機械には、汎用
デジタルコンピュータまたは他の類似の装置が含まれる。全ての場合に、コンピ
ュータを動作させる際の動作方法と、計算自体の方法との区別が記憶されている
べきである。本発明は、電気的または他の物理的な信号を処理し、それによって
他の所望の物理的な信号を生成する際のコンピュータを動作させるための方法ス
テップに関する。
本発明はまた、これらの動作を行うための装置に関する。この装置は、要求さ
れる目的のために特別に構築され得る、あるいは、コンピュータに格納されたコ
ンピュータプログラムによって選択的に起動または再構成された汎用コンピュー
タであり得る。本明細書に示されるプロセスは、どのような特定のコンピュータ
または他の装置にも本質的に関係していない。具体的には、様々な汎用機械が、
本明細書の教示に従って書かれたプログラムを用いて使用され得、あるいは、必
要とされる方法ステップを行うためのより専門的装置を構築するとより便利であ
り得る。様々なこれらの機械に対して要求される構造は、以下に示される説明か
ら明らかとなるであろう。
その上、本発明はさらに、様々なコンピュータ実行動作を行うためのプログラ
ム命令を含むコンピュータ読み出し可能媒体に関する。媒体およびプログラム命
令は、本発明の目的のために特別に設計および構築されたものであり得る、ある
いは、コンピュータソフトウェア分野の当業者に周知で、入手可能な種類のもの
であり得る。コンピュータ読み出し可能媒体例には、ハードディスク、フロッピ
ーディスク、および磁気テープ等の磁気媒体、CD−ROMディスク等の光学媒
体、フロプティカルディスク等の磁気光学媒体、および読み出し専用メモリ装置
(ROM)およびランダムアクセスメモリ(RAM)等のプログラム命令を格納
する、および行うために特別に構成されたハードウェア装置が含まれる(ただし
、これらに限定されることはない)。プログラム命令の例には、コンパイラによ
って作成されたような機械コード、およびインタープリタを用いてコンピュータ
によって実行され得るよりハイレベルなコードを含むファイルの両方が含まれる
。
本明細書に記載されるコンピュータ実行方法が、情報科学分野では周知の技術
および装置を用いて、コンピュータシステム上でコンピュータプログラム命令を
実行するために実施され得る。本明細書に使用されるように、「コンピュータシ
ステム」という用語は、データおよび命令を処理装置と交換するための1つ以上
のデータ記憶装置(限定されることはないが、RAM、ROM、CD−ROM、
およびハードディスク等を含む)と接続された、データおよび命令を処理するた
めの処理装置(中央処理装置(CPU))を含むと定義される。データ記憶装置
は、専用的(すなわち、処理装置に直接接続されている)でもよく、遠隔的(す
なわち、コンピュータネットワーク上で処理装置に接続されている)でもよい。
コンピュータネットワーク上で処理装置に接続された遠隔データ記憶装置は、あ
る具体的なワークステーション上での実行のために、プログラム命令を処理装置
に送ることが可能であり得ることが理解される。さらに、処理装置は、1つ以上
の追加の処理装置と、同じ物理的な構造(例えば、並列プロセッサにおいて)を
通して、またはコンピュータネットワーク(例えば、分散プロセッサ)上で接続
され得る。このような遠隔的に接続されたデータ記憶装置およびプロセッサの使
用は、情報科学分野の当業者にはよく知られている。本明細書に使用されるよう
な「コンピュータネットワーク」という用語は、互いに通信し得る1組のコンピ
ュータシステムを相互接続する1組の通信チャネルを含むと定義される。通信チ
ャネルは、ツイストペア線、同軸ケーブル、光ファイバ、衛星リンク、またはデ
ジタルマイクロ波無線(ただし、これらに限定されることはない)等の伝送媒体
を含み得る。コンピュータシステムは、大きな、または「広い」領域にわたって
(例えば、数十、数百、または数千マイルにわたって(すなわち、広域ネットワ
ークWAN))、あるいはローカルエリアネットワーク(例えば、数フィートか
ら数百フィートにわたって(すなわちLAN))上で分散され得る。さらに、様
々なローカルエリアおよび広域ネットワークが、コンピュータシステムの統合ネ
ットワークを形成するために組み合わせられ得る。このようなコンピュータネッ
トワークの連合の一例は、「インターネット」である。上記の装置および材料が
、コンピュータハードウェアおよびソフトウェア分野の当業者にはよく知られて
いる。
図6の600は、本発明による典型的なコンピュータベースシステムを示す。
コンピュータには、中央処理装置(CPU)、または並列プロセッサまたは分散
プロセッサを含むマルチプロセッサ(ただし、これに限定されることはない)等
の、演算を行うのに効果的な処理装置602が含まれる。プロセッサ602は、
ランダムアクセスメモリ(RAM)および読み出し専用メモリ等の一次メモリ6
04に接続される。典型的には、RAMには、プロセッサ602上で現在動作し
ているプロセスのためのプログラミング命令およびデータ(分散オブジェクトお
よびその関連のデータおよび命令を含む)が含まれる。ROMには、典型的には
、基本動作命令(機能を行うためにコンピュータによって使用されるデータおよ
びオブジェクト)が含まれる。さらに、ハードディスク、CD ROM、磁気光
学(フロプティカル)ドライブ、またはテープドライブ等の二次記憶装置608
が、プロセッサ602と双方向的に接続される。二次記憶装置608には、一般
的に、追加のプログラミング命令(すなわち、アドレス空間が、例えば仮想メモ
リ等のためにプロセッサによってアクセスされ得るが、典型的にはプロセッサに
よって活発に使用されていないデータおよびオブジェクト)が含まれる。上記の
コンピュータはさらに、キーボードおよびポインタデバイス(例えば、マウスま
たはスタイラス)等の入力媒体を典型的に含む入力/出力源610を含む。コン
ピュータ600はまた、ネットワーク接続612を含む。追加の大容量記憶装置
(不図示)は、ネットワーク接続612を介してCPU602に接続されてもよ
い。上記のハードウェアおよびソフトウェア要素と、ネットワーク装置とが、標
準設計および構造のものであることが当業者には理解されるであろう。
実施例
以下の実施例は、本発明を例示し、当業者による本発明の理解および実施を助
けるために本発明の具体的な局面を説明する。しかし、この実施例は、どの様に
も本発明を限定するものとして解釈されるべきではない。
B型肝炎の処置に関するインターフェロン−α療法結果予測値の解析
(HBV)
上記の方法を、インターフェロン−α(IFNα)処置に応答する可能性の高
いHBV患者を予測するためのモデルを決定するために適用した。本発明の方法
を用いて得られた結果を、次に、IFNα処置の効力についての以前の研究から
得られたデータ集合に関する同じ処置療法の二段階ロジスティックモデルと比較
した(Hoofnagle、Petersら、1988年;DiBisceglie、Fongら、1993年)。
表1は、モデルに使用された臨床データの変数をリストする。これらの変数は
、
治療法を考慮されるHBV感染患者に関して一般的に記録される臨床情報を表す
ように選択され、標準的方法および材料を用いて得られた。考慮された臨床変数
には、肝臓酵素アミノトランスフェラーゼ([ALT])およびアスパラギン酸塩
アミノトランスフェラーゼ([AST])の血清濃度、血清HBV DNA濃度([
HBV DNA])、組織活動の測定(Knodellスコア)、年齢、性別、およびイン
ターフェロン投与量が含まれた。肝生検が、治療の1ヶ月だけ後(すなわち、1
ヶ月目)ではなく、典型的には処置前(すなわち、0ヶ月目)に行われることを
考えると、Knodellスコアは、1ヶ月目では入手可能ではなかった。自然対数(
1n)変換を、全ての酵素およびHBV DNA濃度に適用した。0より大きい
値を必要とする対数変換を行うために、HBV DNAレベルを決定するために
使用されるbDNAアッセイ(カリフォルニア州エメリービルのChiron Corpora
tionより市販されている)の0.7MEqの定量化限界点を下回る全ての血清H
BV DNA値を、0.7Meq(これは、ChironのbDNAアッセイに用いら
れる単位であり、このモデルに取り入れられた)に設定した。臨床データは、肝
臓酵素および血清HBV DNAの測定の両方に関して、0ヶ月目と1ヶ月目の
両方で入手可能であった。このデータを、1ヶ月目で決定された濃度の自然対数
と、0ヶ月目で決定された濃度の自然対数との比として定義される「正規化」自
然対数として、モデルに取り入れた。例えば、
である。ここでは、[AST1]は、1ヶ月目のAST濃度であり、[AST0]は、
0ヶ月目のAST濃度である。このような比は、処置に対するこれらの臨床変数
の変化を反映し、その結果、インターフェロン処置に対する患者の応答の測定を
提供する。 ロバスト性および数値的性質を向上させるために、全ての変数(Vで表され
ある。二段階ロジスティック回帰モデルに関しては、異なる集合の変数を、0ヶ
月目および1ヶ月目に含んだ。0ヶ月目では、モデルに使用された変数には、l
n([ALT])、性別、および繊維症が含まれ、1ヶ月目では、二段階ロジステ
ィック回帰モデルには、1ヶ月目の正規化ln([HBV DNA])、性別、1
ヶ月目の正規化ln([AST])、および繊維症が含まれた。全ての利用可能な
変数を、0ヶ月目および1ヶ月目の両方で、本発明の二段階SMILES/判別
ロジスティック回帰モデルに含めた。bDNAアッセイ結果および肝臓酵素測定
等の連続的独立変数を、応答者判別のKshirsager回帰方法に従って使用し、性別
等のカテゴリー的独立変数を、Kshirsager回帰解析(Kshirsager、1972年)の適
合性を向上させるために使用した。観測された応答を正確に表現したモデルを作
成するために必要とされる変数の最小集合を決定するために、公知の方法(Mill
er、1990年)を用いて、段階的回帰を表1に示される変数に関して行った。二段
階ロジスティック解析においては、この集合は、臨床変数およびそれらの対の相
互作用を含み、SMILES方法に関しては、この集合は、最小数の冗長度を持
つ患者(すなわち、臨床プロファイルが、近隣の患者のプロファイルによって規
定されるほど近かった患者)の部分集合に関する全ての変数を含んでいた。
二段階ロジスティックモデルに関して、方程式:
を用いてある患者j(Δj)に関する判別関数の最適化推定を決定するために、
回帰解析を行った。ここでは、Iは、切片であり、Vijは、患者jの臨床データ
であり、Wiは、重みづけパラメータであり、sは、臨床変数Vの総数である。
最適化を行うために、切片I、および臨床データ集合において誤りの予測を最小
限に押さえたパラメータの集合wを、線形回帰解析(Kshirsager、1972年)を用
いて決定した。従って、j番目の患者に関する0ヶ月目についての判別関数は、
であるとわかった。ここでは、ALT0jは、0ヶ月目のALTの濃度であり、Gj
は性別であり、Fjは、患者jの繊維症スコアである。j番目の患者に関する1
ヶ月目についての判別関数は、
であることがわかった。ここでは、HBV0jおよびHBV1jが、それぞれ0ヶ月
目および1ヶ月目の患者jのHBV DNA濃度である。
方程式(9)および方程式(10)の判別関数の各々の見込み値を、データ集
合から各患者の結果を次々と除去し、削除された患者に関して応答と未応答とを
判別した予測値を見込み計算することで生成した。この様に、見込み判別値の集
合を、上記の判別関数を対応する確率に転換するためにロジスティック変換が使
用される解析の第2段階中に決定した。これは、方程式:
に関するI2およびmの値を決定することによって行った。この方程式を、デー
タ集合から除去された患者jの応答の計算された確率のための従来の方法を用い
て最適化した。従って、j番目の患者に関する0ヶ月目および1ヶ月目の応答に
関する確率を、方程式(9)および方程式(10)を方程式(11)に代入し、
方程式:
をそれぞれ導く最適化を行うことによって決定した。
上記のような本発明の方法を用いて、IFNα処置の治療結果を予測するため
の統計モデルを提供するために、上で参照された患者データを処理した。最終の
、ロバスト化されたモデルは、下の表2に示される切片および患者ベクトルの節
減「基本集合」を、関連の係数および統計的有意性の測定と共に含んでいた。「
NNi」と表示される量は、データ集合中の個々の患者である。 上にリストされた患者ベクトルを用いて、患者jに関する0ヶ月目および1ヶ月
目の応答の確率は、
であると決定された。
見込みケース(上記)および遡及的ケース(すなわち、無関係のデータ集合に
対する)の両方の方法論の予測結果が、下の表3で提供される。合計83のデー
タポイントが、これらの解析に含まれた。結果を、0ヶ月目および1ヶ月目に関
するパラメータを用いて、正確な予測の割合として示す。二段階ロジスティック
回帰モデルは、0ヶ月目における応答者の61%および未応答者の76%を(見
込みによって)正確に予測した。1ヶ月目では、より高い率(69%の正確さ)
の応答者の予測が得られたが、未応答者の予測(77%の正確さ)に関しては向
上が見られなかった。対照的に、SMILES方法は、両方の時点において、応
答者および未応答者の両方で、より高い予測率をもたらした(0ヶ月目では、7
7%の正確さで予測された応答者および87%の正確さで予測された未応答者、
そして1ヶ月目では、正確に予測された86%の応答者および92%の未応答者
)。
表3に示されるように、2段階ロジスティック回帰モデルに対するSMILE
S法による相対的な向上は、1ヶ月目の変数を考慮すると特に、応答者の見込み
予測に関して最も大きかった。比較のために、両方の予後モデルの正しく予測さ
れた遡及パーセンテージを判定した。これらの結果は、表の左側に示される。期
待通り、正しく予測された遡及値は、両方のモデルの応答者および非応答者につ
いて、より高かった。言うまでもなく、遡及分析が、この遡及分析が得られるデ
ータセットに適合されることを考えると、これらの値は、必ずしも実際的な予測
結果を提供するわけではない。より実際的な予測結果は、より強力な(robust)
予期分析により提供される。それでも、SMILES法は、0ヶ月目で応答者の
92%および非応答者の97%を正確に予測し、且つ、1ヶ月目で応答者の96
%および非応答者の97%を正確に予測する顕著な精度を提供した。 0.2未満の確率(応答なしの可能性が強い)、0.8を上回る確率(応答の
可能性が強い)、および0.2〜0.8の確率(その中間)により規定された応
答確率範囲の各々の範囲内の患者数とそれに対応するエラーの比が、2段階モデ
ルと、本発明の方法を用いて展開されたモデルとの両方について、表4に示され
る。結果は、0ヶ月目では、低い(<0.20)応答確率での2段階ロジスティ
ック回帰モデルの全エラーの比が6%であったことを示しており、患者が結局は
、応答者である可能性を約6%しか有していないことを示している。中間範囲(
0.20〜0.80)では、0ヶ月目の応答確率の全エラーの比は約40%であ
り、この応答確率範囲では、コイン投げとほとんど同じくらいであることを示し
ている。高い(>0.80)応答確率では、データセットから利用可能な患者数
が少なすぎたため、エラーの比の統計学的に有意な判定を行うことができなかっ
た(ND)。
上記表1のデータの場合と同様に、1ヶ月目での、低応答確率および中間応答
確率についての2段階ロジスティック回帰モデルの全エラーの比は、0ヶ月目と
比べて向上しなかった(それぞれ、約6%および約40%)。しかし、高応答確
率範囲では、5人中5人の患者が、応答者として正確に予測された。これは、1
ヶ月目の2段階ロジスティック回帰モデルが、この範囲では十分に機能している
ことを意味している。これらの結果は、2段階ロジスティックモデルが、0ヶ月
目および1ヶ月目の両方での低応答確率を有する非応答者の予測と、1ヶ月目で
の高応答確率を有する応答者の予測とについて十分に機能することを示している
。しかし、2段階ロジスティック回帰モデルは、中間の応答確率範囲の患者の応
答を予測する能力が制限される。残念なことに、患者の過半数は、2段階ロジス
ティック回帰モデルにより、中間の応答確率範囲に分類された(0ヶ月目では8
2人中49人、1ヶ月目では82人中44人)。
特に1ヶ月目の全エラーの比がより低いことと、中間の応答確率範囲から低お
よび高応答確率範囲への患者の分布の増加とにより証明されるように、より信頼
性のある予測は、SMILES法で得られた。0ヶ月目では、低い範囲および中
間の範囲での応答確率のエラーの比は、2段階ロジスティック回帰モデルの応答
確率と同様であった(それぞれ5%および約40%)。しかし、0ヶ月目の2段
階ロジスティック回帰モデルと比べて、より多くの患者が低応答確率範囲に分類
され、より少ない患者が中間の応答確率範囲に分類された。高応答範囲確率では
、6人中6人の患者が、応答者として正確に予測されており、これは、0ヶ月目
では、SMILES法が、この範囲で十分に機能していることを意味している。
1ヶ月目では、SMILES法の全エラーの比は、低応答確率範囲および中間
の応答確率範囲の両方について、より低く、それぞれ2%および約30%に低下
している。さらに、1ヶ月目では、SMILES法により、より多くの患者が低
および高応答確率範囲に分布され、より少ない患者が中間確率範囲に分類された
。1ヶ月目の高応答確率を有する応答者の予測において、SMILES法の能力
は、2段階ロジスティック回帰モデルの能力よりも上であった。0.80を上回
る応答確率で分類された17人の患者のうち16人がSMILES法で応答者と
して正しく予測されており、エラーの比は、ほんの6%であった。これは、1ヶ
月目
でSMILES法により可能性のある応答者の範囲で予測された患者が、最終的
には、実際に応答者である可能性を94%有することを示している。
SMILES法のより優れた能力はまた、個々の患者のより正確な予測に見ら
れ得る。表5は、応答者6人および非応答者2人を含む8人の個々の患者の見込
み予測および臨床プロファイルをリストにしている(M0およびM1はそれぞれ0
ヶ月目および1ヶ月目を示し、「AST」はln([AST])を示し、「HB
V」はln([HBV DNA])を示し、「Fib」は線維症を示す)。この
8人のサブセットは、2段階モデルが0ヶ月で予測することが最も難しい患者グ
ループであり、0.45〜0.55の応答確率の範囲内に分類された患者グルー
プであった。これら8人の患者は、明らかに中間の応答確率範囲内にあったため
、2段階ロジスティックモデルは、これらの患者が0ヶ月で応答者であるか非応
答者であるかを予測することができなかった。1人(患者23)を除くすべての
患者について、1ヶ月目の2段階ロジスティックモデルの予測は、0ヶ月目の予
測に対して向上しなかった。2段階ロジスティック回帰モデルは、最終的にIF
Nα処置に応答した患者である患者23については、1ヶ月目でより高い応答確
率を予測した。しかし、2段階ロジスティック回帰モデルはまた、同様に最終的
に応答者であった患者10について、1ヶ月目でより低い応答確率を予測した。
従って、これら8人の患者のほとんどについての2段階モデルの予測は良く言っ
てもあいまいであり、悪く言えば誤りである。
対照的に、SMILES法を用いて8人の患者全員について0ヶ月目に行われ
た予測は正確であった。6人中6人の患者は、応答者であると正しく予測され、
2人中2人の患者は、非応答者であると正しく予測された。予測は、1ケ月目で
はさらに優れており、8人中7人の患者が正しく予測された。しかし、SMIL
ES法は、最終的には非応答者であった患者51については、誤って、より高い
応答確率を予測した。それでも、SMILES法を用いて行われた予測は、0ヶ
月目および1ヶ月目の両方で、これら8人の患者のほとんどについて正しく、臨
床変数の間でいかなる明らかな単変量傾向がない場合でも、正しかった。
SMILES法を用いて、応答確率が増加する患者のシーケンスについて行わ
れた予測が、図7に示される。比較しやすくするために、臨床変数は、y軸上に
示されるのと同じ原点およびスケールを有するように標準化された。この例示で
は、共通の原点(即ち、ゼロ)は、標準化された臨床変数の各々についての平均
値であり、共通のスケールは、臨床変数の各々についての標準偏差の単位で規定
され、異なる臨床変数間の直接の比較を可能にする。応答者対非応答者のデータ
の比較により、最も高い応答確率を有する患者が、臨床変数の値がデータセット
の平均から最も離れている臨床プロファイルを有していることが示される。逆に
、最も低い応答確率を有する患者は、臨床変数の値がデータセットの平均に最も
近い臨床プロファイルを有している。
0ヶ月目(図7A)および1ヶ月目(図7B)の両方で、最も高い応答確率を
有する患者は、肝酵素(ASTおよびALT)とノデルスコアの4つの成分のう
ちの3つ(線維症、小葉炎症、および門脈周囲炎症)について平均値よりも高い
値を有し、HBV DNAレベルについて平均値よりも低い値を有する。従って
、これらの臨床変数は、非応答と応答とを区別する際に最も有用である。臨床変
数
のサブセット(門脈炎症、年齢、1ヶ月目の正規化されたASTおよびALT)
は、応答しない患者および応答する患者の両方について、平均値に近い値を示す
。
1ヶ月目のモデルは、中間の応答性確率を有する患者について、標準化された
臨床変数間の分散がより少ないという点で、0ヶ月目のモデルとは異なる。例え
ば、50%の応答確率点では、値は、0ヶ月目ではおよそ−0.2〜0.5の範
囲であるが、1ヶ月目ではわずか−0.3〜0.3の範囲であった。1ヶ月目の
標準化された臨床変数のこのより少ない分散は、0ヶ月目と比べて、1ヶ月目の
応答を予測する際のSMILES法の感度がより高いことを示している。従って
、1ヶ月目で入手可能な追加の臨床情報は、応答の予測を向上する。
本発明の2段階ロジスティック回帰モデルおよびSMILES回帰モデルへの
各臨床変数の相対的な寄与を、仮想パラメータ法により評価し、どの臨床変数(
単数または複数)が、可能性のある応答の判定に最も影響を及ぼすかを判定した
。この分析は、以下の方法を用いて行われた。1に設定された「仮想パラメータ
」α1を、各患者ベクトルについて各臨床変数P1に割り当てた。以下の偏導関数
を決定することにより、各仮想パラメータの影響を、結果として得られる判別関
数Δ1(α1,P1)について判定し、それにより、各患者ベクトルに対応する偏
導関数の、結果として得られるベクトルを得た。
結果として得られるこのベクトルから、各患者について結果として得られる各ベ
クトルの外積の和を含む行列が構成された。この行列の逆行列を得、この逆行列
の対角成分にσ2を掛け、Δの残差平方和を患者数で割って、おおよそのF分布
を得た。F分布から、標準の方法を用いて、各臨床変数のおおよそのp値が決定
され得、モデルにおいて使用された各臨床変数の有意性のランク付けを得た。
2段階モデル(表6)およびSMILES法(表7)について、以下の表6お
よび表7に結果が示される。表6を参照して、0ヶ月目で、2段階ロジスティッ
ク回帰モデルの予測結果に最も大きな影響を及ぼす臨床変数は、ln([ALT
])であった。性別および線維症もまた、2段階ロジスティック回帰モデルの
予測結果にとって重要であったが、血清HBV DNAレベルおよび組織学的活
性の他の測定値、などの変数は、0ヶ月目では、モデルに統計学的に有意な程度
には影響を及ぼさなかった。1ヶ月目では、正規化されたln([HBV DN
A])は、2段階ロジスティック回帰モデルの予測結果に最も大きな影響を及ぼ
した。0ヶ月目のln([ALT])、性別、および線維症もまた、1ヶ月目の
2段階ロジスティック回帰モデルの予測結果にとって重要な変数のままであった
。
本発明のモデル(表7)の0ヶ月目対1ヶ月目の臨床変数の相対的な重要性に
おいて、興味深い傾向に気付いた。ASTおよびHBV DNAの測定値は、0
ヶ月目および1ヶ月目の両方で、モデルに最も大きな影響を及ぼした。これは、
これら2つの変数の測定が、両方の時点での予測にとって重要であることを示し
ている。さらに、1ヶ月目では、正規化されたAST、ALT、およびHBV
DNAの値が、モデルに最も影響を及ぼした。これは、臨床変数のうちの3つの
変数がすべて、応答を予測する際に重要であることを示している。モデルにおけ
る臨床変数の相対的な重要性を評価する際には、個々の変数について示されたp
値が、変数自体の影響だけではなく、上記のような臨床データセットの他の変数
と組み合わせた変数の相乗効果も考慮に入れていることを心に留めておくことが
重要である。概して、変数と応答との間の相関がゼロに近いことが可能であるが
、それでも、変数は、応答の予測にとって重要である他の変数と組み合わせた相
乗
効果によって応答を予測する際に有用であり得ることが認識される。
以上から、本明細書に説明された方法、ソフトウェア、および装置が、以前に
利用可能であったものよりも正確で且つ強力な、処置への患者応答の統計モデル
を提供することが認識される。本明細書に説明された方法、ソフトウェア、およ
び装置を用いて、臨床医および患者は、本発明により提供される処置応答の推定
値に少なくとも部分的に基づいて、より情報を知った上での処置決定を行うこと
ができる。
以上、ある特定の実施形態および実施例を用いて本発明を説明してきたが、本
発明の範囲および精神から逸脱することなく、上記実施形態および/または実施
例に様々な変更がなされ得ることが、当業者に明らかである。
本明細書において、以下の資料の全体を、あらゆる目的のために参考として援
用する。
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1.疾患を処置するための処置療法の、該疾患にかかっている患者への該処置の 適用のための有用性を評価する方法であって、 a)該処置療法の有用性を記述する統計モデルに関する少なくとも1つの診断 変数を決定するステップを包含し、該統計モデルが、 i)該疾患を患っている個体の、該処置療法への応答を分類するために効 果的な判別関数であって、少なくとも部分的に、該診断変数と、該処置療法を用 いて該疾患の処置を受けている患者のデータセットとに基づく判別関数を展開す るステップと、 ii)該判別関数を用いてロジスティック回帰を行い、それにより、該個 体についての処置結果の確率を割り当てるステップと、により導出され、 b)該診断変数を該統計モデルに適用して、該患者における該疾患の処置のた めの該処置療法の有用性の推定値を得るステップをさらに包含する、方法。 2.前記推定値が、見積もられた、可能性のある処置結果スコアを含む、請求項 1に記載の方法。 3.前記処置療法の有用性の前記決定に従って、前記疾患について前記患者を処 置するステップをさらに包含する、請求項2に記載の方法。 4.前記処置結果スコアが、処置結果スケールを構成する値のセットから選択さ れる値を含み、該処置結果スコアが、成功の可能性のある領域、失敗の可能性の ある領域、および中間領域を含む、請求項3に記載の方法。 5.前記判別関数が多項式関数を含む、請求項3に記載の方法。 6.前記判別関数が、前記データセットの相似距離最小二乗(SMILES)分 析を用いて展開される、請求項3に記載の方法。 7.前記統計モデルの前記導出が、前記データセットを用いて見込み予測を行う 追加のステップを包含する、請求項6に記載の方法。 8.前記疾患が、AIDS、HBV、およびHCVからなる群から選択される、 請求項7に記載の方法。 9.前記疾患がHBVである、請求項8に記載の方法。 10.哺乳動物における疾患を処置するための処置療法への可能性のある応答の 統計モデルを生成する方法であって、 a)該疾患を表す個体の少なくとも1つのサンプル母集団であって、該疾患を 処置するための該処置療法を用いて、該疾患の処置を受けている該サンプル母集 団を得るステップと、 b)該サンプル母集団から、該母集団、該疾患、または該療法に関する少なく とも1つの変数についてのデータのセットを決定するステップと、を包含し、該 変数は、該疾患を処置するための該療法と推定相関を有し、 c)該データのセットから、該疾患を処置するための該療法に対する該可能性 のある応答の該統計モデルを導出するステップをさらに包含し、該導出ステップ が、 i)該データを標準化するサブステップと、 ii)該疾患を患っている個体の、該処置療法への応答を分類するために 効果的な判別関数であって、少なくとも部分的に、該診断変数と該データセット とに基づく該判別関数を展開するサブステップと、 iii)該判別関数を用いてロジスティック回帰を行い、それにより、該 個体についての処置結果の確率を割り当てるサブステップと、を包含する、方法 。 11.前記データを標準化する前記サブステップが、 a)前記データのセットの平均および標準偏差を決定するサブステップと、 b)該データから該平均を引くサブステップと、 c)該サブステップb)の結果を該標準偏差で割り、それにより、正規化デー タのセットを生成するサブステップと、を包含する、請求項10に記載の方法。 12.前記正規化データのセットのアウトライヤ分析を行うステップをさらに包 含する、請求項11に記載の方法。 13.前記判別関数が多項式関数を含む、請求項10に記載の方法。 14.前記判別関数が、前記データセットの相似距離最小二乗(SMILES) 分析から導出される、請求項10に記載の方法。 15.a)前記SMILES分析が、 i)前記データを含む患者ベクトルのセットを規定するサブステップと、 ii)該患者ベクトルのセットからノードを規定するサブステップと、 iii)該患者ベクトルの各々から該ノードの各々までの距離を決定し、 それにより、距離のセットを導出するサブステップと、 iv)該距離のセットを用いて、類似度値のセットを決定するサブステッ プと、 v)該類似度値のセットについて回帰を行い、それにより、予測結果値の セットと、重み付け係数のセットとを得るサブステップと、 vi)該予測結果値のセットと、該重み付け係数のセットとについて回帰 を行い、それにより、強化されたモデルを提供するサブステップと、を包含し、 b)前記方法が、 i)該統計モデルを強化するステップと、 ii)前記データセットを用いて該統計モデルで見込み予測を行うステッ プと、をさらに包含する、請求項14に記載の方法。 16.前記強化ステップが、前記予測結果値のセットと、前記重み付け係数のセ ットとについてリッジ回帰を行うステップを包含する、請求項15に記載の方法 。 17.前記類似度値のセットが、単調な減少関数から導出される、請求項15に 記載の方法。 18.前記単調な減少関数が、以下の数学的な形を有し、 ここで、Dijは、i番目のデータポイントからj番目のノードまでの距離であり 、εは、パラメータである、請求項17に記載の方法。 19.前記単調な減少関数が、以下の数学的な形を有し、 ここで、Dijは、i番目のデータポイントからj番目のノードまでの距離であり 、α、β、およびγは、パラメータである、請求項17に記載の方法。 20.前記単調な減少関数が、以下の数学的な形を有し、 ここで、Dijは、i番目のデータポイントからj番目のノードまでの距離であり 、α、β、およびγは、パラメータである、請求項17に記載の方法。 21.αが、前記データの標準偏差の二乗が約1.5nとなるように選ばれ、こ こで、nは、前記統計モデルにおける変数の個数である、請求項20に記載の方 法。 22.哺乳動物における疾患を処置するための療法の有効性を決定するためのテ ストスケジュールを最適化する方法であって、少なくとも2つの期間の該処置療 法を記述する統計モデルであって、請求項10に記載の方法を用いて導出される 統計モデルを評価し、それにより、該方法の有効性を決定するための該最適なテ ストスケジュールを決定するステップを包含する、方法。 23.前記疾患が、AIDS、HBV、およびHCVからなる群から独立して選 択される群から独立して選択される、請求項22に記載の方法。 24.前記疾患がHBVである、請求項23に記載の方法。 25.前記統計モデルが、前記データセットのSMILES分析を用いて導出さ れる、請求項24に記載の方法。 26.疾患を表す個体の少なくとも1つのサンプル母集団から導出されるデータ のセットを用いて、哺乳動物における該疾患を処置するための療法の統計モデル を生成するコンピュータシステムであって、該サンプル母集団が、該疾患を処置 するための処置療法を用いて該疾患の処置を受けており、該システムが、 a)該データのセットを標準化して、正規化データのセットを生成する前処理 機構と、 b)該標準化データを処理する処理機構と、を含み、 該処理機構が、 i)該個体の応答を分類するために有効な判別関数であって、少なくとも 部分的に診断変数と該データセットのセットとに基づく該判別関数を展開し、且 つ、 ii)該判別関数を用いてロジスティック回帰を行い、それにより、該個 体についての処置結果の確率を割り当てるように構成される、コンピュータシス テム。 27.前記データを標準化する前記前処理機構が、 a)前記データのセットの平均および標準偏差を決定し、 b)該データから該平均を引き、且つ、 c)該サブステップb)の結果を該標準偏差で割り、それにより、正規化デー タのセットを生成するように構成される、請求項26に記載のコンピュータシス テム。 28.前記前処理機構がさらに、前記正規化データのセットのアウトライヤ分析 を行うように構成される、請求項27に記載のコンピュータシステム。 29.前記前処理機構がさらに、ゼロデータで、前記正規化データのセットを増 加するように構成される、請求項28に記載のコンピュータシステム。 30.前記前処理機構がさらに、ゼロデータで、前記正規化データのセットを増 加するように構成される、請求項26に記載のコンピュータシステム。 31.前記処理機構が、 a)前記データの各々についてノードを規定するステップと、 b)該データのセットの各ポイントから該ノードの各々までの距離を決定し、 それにより、距離のセットを導出するステップと、 c)該距離のセットを用いて、相似値のセットを決定するステップと、 d)該類似度値のセットについて回帰を行い、それにより、予測結果値のセッ トと、重み付け係数のセットとを得るステップと、 e)該予測結果値のセットと、該重み付け係数のセットとについて回帰を行い 、それにより、強化されたモデルを提供するステップと、を包含する相似距離最 小二乗(SMILES)分析を行うように構成される、請求項30に記載のコン ピュータシステム。 32.前記処理機構が、前記予測結果値のセットと、前記重み付け係数のセット とについてリッジ回帰を行うように構成される、請求項31に記載のコンピュー タシステム。 33.前記類似度値のセットが、単調な減少関数から導出される、請求項32に 記載のコンピュータシステム。 34.前記単調な減少関数が、以下の数学的な形を有し、 ここで、Dijは、i番目のデータボイントからj番目のノードまでの距離であり 、α、βおよびγは、パラメータである、請求項33に記載のコンピュータシス テム。 35.疾患を処置するための処置療法の、該疾患にかかっている患者への該処置 の適用のための有用性を評価するコンピュータシステムであって、該処置療法の 有用性を記述する統計モデルであって、請求項10に記載の方法を用いて導出さ れる該統計モデルに関する、該患者から得られる少なくとも1つの診断変数を処 理し、それにより、該患者における該疾患の処置のための該処置療法の有用性の 推定値を生成するように構成されるプロセッサを含む、コンピュータシステム。 36.前記推定値が、見積もられた、可能性のある処置結果スコアを含む、請求 項35に記載のコンピュータシステム。 37.前記処置結果スコアが、処置結果スケールを構成する値のセットから選択 される値を含み、該処置結果スケールが、成功の可能性のある領域、失敗の可能 性のある領域、および中間領域を含む、請求項36に記載のコンピュータシステ ム。 38.前記統計モデルが、多項式関数を含む判別関数を含む、請求項37に記載 のコンピュータシステム。 39.前記統計モデルが、前記データセットの相似距離最小二乗(SMILES )から導出される判別関数を含む、請求項38に記載のコンピュータシステム。 40.前記疾患が、AIDS、HBV、およびHCVからなる群から選択される 、請求項39に記載のコンピュータシステム。 41.前記疾患がHBVである、請求項40に記載のコンピュータシステム。 42.哺乳動物における疾患を処置するための療法の有効性を決定するためのテ ストスケジュールを最適化するためのコンピュータシステムであって、少なくと も2つの期間の該処置療法を記述する統計モデルであって、請求項10に記載の 方法を用いて導出される該統計モデルを評価し、それにより、該方法の有効性を 決定するための該最適化されたテストスケジュールを提供するように構成される プロセッサを含む、コンピュータシステム。 43.前記疾患が、AIDS、HBV、およびHCVからなる群から独立して選 択される群から独立して選択される、請求項45に記載の方法。 44.前記疾患がHBVである、請求項46に記載の方法。 45.コンピュータ読み出し可能媒体を含むコンピュータプログラムプロダクト であって、該媒体は、該媒体において実現され、疾患を表す個体の少なくとも1 つのサンプル母集団から得られるデータを用いて、哺乳動物における該疾患を処 置するための療法の統計モデルを生成するための、コンピュータで読み出し可能 なプログラムコード装置を有し、該サンプル母集団が、該処置療法を用いて該疾 患の処置を受けており、該プログラムコード装置が、 a)該データを標準化して、標準化データを生成するステップと、 b)該標準化データを処理し、該個体の、該処置療法への応答を分類するため に有効な判別関数であって、少なくとも部分的に診断変数と該標準化データとに 基づく判別関数を展開するステップと、 c)該判別関数を用いてロジスティック回帰を行い、それにより、該個体につ いての処置結果の確率を割り当てるステップとを、コンピュータに行わせるよう に構成される、コンピュータプログラムプロダクト。 46.前記プログラムコード装置がさらに、 a)前記データのセットの平均および標準偏差を決定するサブステップと、 b)該データから該平均を引くサブステップと、 c)該サブステップb)の結果を該標準偏差で割り、それにより、正規化デー タのセットを生成するサブステップと、をコンピュータに行わせるように構成さ れる、請求項45に記載のコンピュータプログラムプロダクト。 47.前記プログラムコード装置がさらに、前記正規化データのセットのアウト ライヤ分析をコンピュータに行わせるように構成される、請求項47に記載のコ ンピュータプログラムプロダクト。 48.前記プログラムコード装置がさらに、ゼロデータで、前記正規化データの セットを増加するステップをコンピュータに行わせるように構成される、請求項 47に記載のコンピュータプログラムプロダクト。 49.前記プログラムコード装置がさらに、ゼロデータで、前記正規化データの セットを増加するステップをコンピュータに行わせるように構成される、請求項 46に記載のコンピュータプログラムプロダクト。 50.前記プログラムコード装置がさらに、前記標準化データの相似距離最小二 乗(SMILES)分析をコンピュータに行わせるように構成され、該SMIL ES分析が、 a)前記データからノードを規定するサブステップと、 b)前記処置療法を用いて処置されている個体に対応する該データのセットの 各ポイントから該ノードの各々までの距離を決定し、それにより、距離のセット を導出するサブステップと、 c)該距離のセットを用いて、類似度値のセットを決定するサブステップと、 d)該類似度値のセットについて回帰を行い、それにより、予測結果値のセッ トと、重み付け係数のセットとを得るサブステップと、 e)該予測結果値のセットと該重み付け係数のセットとについて回帰を行い、 それにより、強化されたモデルを提供するサブステップと、を包含する、請求項 49に記載のコンピュータプログラムプロダクト。 51.前記プログラムコード装置がさらに、コンピュータに、前記予測結果値の セットと、前記重み付け係数のセットとについてリッジ回帰を行わせるように構 成される、請求項50に記載のコンピュータプログラムプロダクト。 52.前記類似度値のセットが、単調な減少関数から導出される、請求項51に 記載のコンピュータプログラムプロダクト。 53.前記単調な減少関数が、以下の数学的な形を有し、 ここで、Dijは、i番目のデータポイントからj番目のノードまでの距離であり 、α、βおよびγは、パラメータである、請求項52に記載のコンピュータプロ グラムプロダクト。 54.コンピュータ読み出し可能媒体を含むコンピュータプログラムプロダクト であって、該媒体は、該媒体において実現され、疾患を処置するための処置療法 の、該疾患にかかっている患者への該処置の適用のための有用性を評価するため の、該コンピュータで読み出し可能なプログラムコード装置を有し、該プログラ ムコード装置が、コンピュータに、該処置療法の有用性を記述する統計モデルで あって、請求項10の方法を用いて導出される該統計モデルに関する少なくとも 1つの診断変数を処理させ、それにより、該患者を処置するための該処置療法の 有用性を決定するように構成される、コンピュータプログラムプロダクト。 55.前記プログラムコード装置が、前記コンピュータに、見積もられた、可能 性のある処置結果スコアを決定させるように構成される、請求項54に記載のコ ンピュータプログラムプロダクト。 56.前記統計モデルが、前記データセットの相似距離最小二乗(SMILES )分析を用いて導出される判別関数を含む、請求項55に記載のコンピュータプ ログラムプロダクト。 57.前記疾患が、AIDS、HBV、およびHCVからなる群から選択される 、請求項56に記載のコンピュータプログラムプロダクト。 58.前記疾患がHBVである、請求項57に記載のコンピュータプログラムプ ロダクト。 59.コンピュータ読み出し可能媒体を含むコンピュータプログラムプロダクト であって、該媒体は、該媒体において実現され、哺乳動物における疾患を処置す るための療法の有効性を決定するためのテストスケジュールを最適化するための 、コンピュータで読み出し可能なプログラムコード装置を有し、該プログラムコ ード装置が、コンピュータに、少なくとも2つの期間の該処置療法を記述する統 計モデルであって、請求項10の方法を用いて導出される該統計モデルを評価さ せ、それにより、該方法の有効性を決定するための該最適なテストスケジュール を決定するように構成される、コンピュータプログラムプロダクト。 60.前記疾患が、AIDS、HBV、およびHCVからなる群から独立して選 択される群から独立して選択される、請求項59に記載のコンピュータプログラ ムプロダクト。 61.前記疾患がHBVである、請求項60に記載のコンピュータプログラムプ ロダクト。 62.疾患にかかっている患者における該疾患を処置する方法であって、 a)患者の、処置療法への可能性のある応答を記述する統計モデルであって、 請求項10の方法を用いて導出される該統計モデルに関する少なくとも1つの診 断変数を適用し、それにより、該処置療法への患者応答の予測値を得るステップ と、 b)推定値を評価して、該患者についての処置の仕方を決定するステップと、 c)該決定に従って、該疾患について該患者を処置するステップと、を包含す る、方法。 63.前記推定値が、見積もられた、可能性のある処置結果スコアを含む、請求 項62に記載の方法。 64.前記処置結果スコアが、処置結果スケールを構成する値のセットから選択 される値を含み、該処置結果スケールが、成功の可能性のある領域、失敗の可能 性のある領域、および中間領域を含む、請求項63に記載の方法。 65.前記統計モデルが、多項式関数を含む判別関数を含む、請求項64に記載 の方法。 66.前記統計モデルが、データセットの相似距離最小二乗(SMILES)分 析を用いて導出される判別関数を含む、請求項65に記載の方法。 67.前記疾患が、AIDS、HBV、およびHCVからなる群から選択される 、請求項66に記載の方法。 68.前記疾患がHBVである、請求項67に記載の方法。
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