JP2001507929A - 分子コーミングによる遺伝病の診断法および診断用キット - Google Patents
分子コーミングによる遺伝病の診断法および診断用キットInfo
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Abstract
Description
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1. 1以上の遺伝子、または特異的A DNAの1以上の配列、またはB DN AにおいてDNAと反応する1以上の分子の存在または位置を検出する方法であ って、 (a)ある量のB DNAをコーミング面に結合させ、次いでコーミング面上でコ ーミングし、 (b)Bコーミング生成物を、遺伝子と、または特異的A DNA配列と、またはD NAと反応可能な分子と結合した1以上の標識プローブと反応させ、 (c)以下のカテゴリー: (1)プローブの位置、 (2)プローブ間の距離、 (3)プローブの大きさ(大きさの合計により、ハイブリダイズしたプローブの 数の計数が可能になる) の少なくとも1つに対応する情報を導き出し、そこから、遺伝子または特異的A DNA配列の存在、位置および/または量を推定することを特徴とする方法。 2. ゲノムにおける破断の遺伝子異常を同定するための請求項1記載の方法 であって、 (a)ある量のゲノムをコーミング面に結合させ、次いでコーミング面上でコー ミングし、 (b)コーミング生成物を、異常性が調べられているゲノム配列に対応する1以 上の特異的プローブとハイブリダイズし、 (c)ハイブリダイゼーションシグナルに対応する断片サイズを測定し、次いで (d)そこから、直接測定によるか、対照長に対応する鎖対照と比較することに よるかのいずれかで破断の存在を推定する方法。 3. コーミング生成物を1以上の標識プローブと反応させる、請求項1およ び2のいすれか1項に記載の方法。 4. プローブが破断に関与していないゲノムの一部を覆っている、請求項2 および3のいずれか1項に記載の方法。 5. 測定したプローブの長さのヒストグラムを確立する、請求項2〜4のい ずれか1項に記載の方法。 6. プローブの長さのヒストグラムを、同じプローブを用いる対照ゲノムに 対して作成したヒストグラムと比較する、請求項5記載の方法。 7. ゲノム中の与えられたゲノム配列をアッセイするための請求項1記載の 方法であって、 (a)ある量のゲノムをコーミング面に結合させ、次いでコーミング面上でコー ミングし、 (b)コーミング生成物を、いわゆる対照ゲノム配列に相当する長さlt、すなわ ちそのゲノム中のコピー数が既知である標識した対照プローブと、アッセイする ゲノム配列に相当する長さlcの標識した特異的プローブを用いハイブリダイズさ せ、これらプローブは別々に同定することができ、 (c)次いで、この2つのプローブに対するハイブリダイゼーションシグナルの 全長、すなわちLcおよびLtを測定し、 (d)相当する配列のコピー数を各々について比率 によって算出し、 そこから対照配列に対してアッセイする配列のコピー数を推定する方法。 8. いわゆる対照ゲノム配列が、ゲノム当たりの全コピー数中に存在する配 列を有し、かつ、Ncが、Ntから推定される、存在するゲノム数に対して期待され る値とは有意に異なる場合に、そこから遺伝子異常の存在が推定される、請求項 7記載の方法。 9. いわゆる対照ゲノム配列が、そのゲノム当たりの全長ltが既知である種 々の別個の部分からなり、アッセイすべき配列が、そのゲノム当たりの全長lcが 既知である種々の別個の部分からなり、かつ、Ncが、Ntから推定される、存在す るゲノム数に対して期待される値とは有意に異なる場合に、遺伝子異常の存在が 推定される、請求項7記載の方法。 10. いわゆる対照ゲノム配列が、ゲノム当たり2コピーで存在する配列で あり、NcおよびNtが有意に異なる場合に、遺伝子異常の存在が推定される、請求 項7記載の方法。 11. アッセイすべき配列がトリソミー連鎖染色体に相当し、かつ、対照配 列が別の染色体の配列からなり、さらにNc/Nt比がトリソミーの場合には1.5に近 い、請求項7〜10のいずれか1項に記載の方法。 12. アッセイすべき配列がゲノムの欠失に相当し、好ましくは対照配列が 同染色体の配列である、請求項7記載の方法。 13. アッセイすべき配列が反復配列であり、さらに、好ましくは正常配列 が同染色体の配列である、請求項1および7のいずれか1項に記載の方法。 14. いわゆる対照ゲノム配列およびアッセイすべき配列が、与えられたゲ ノムに関して同一であり、かつ、いくつかの異なるゲノムを同じコーミング面上 でコーミングし、さらに、各種のゲノムのそれぞれの量を測定する、請求項7記 載の方法。 15. (a)ある量のゲノムをコーミング面に結合させ、次いでコーミング面 上でコーミングし、 (b)コーミング生成物を、各クローンに対応する、ビーズ、粒子などの放射活 性または蛍光エレメントなどで標識したプローブとハイブリダイズし、その結果 プローブが特に色により特異的に表示でき、 (c)各クローンの位置ならびにサイズに対応する、また、ゲノム上の距離に対 応する情報を導き出し、 (d)P色、標識または異なる表示様式を用い、n回のハイブリダイゼーションの 後、Pnクローンの位置決定ができるという知見において、色、標識またはプロー ブの表示様式を変更することにより、工程b)とc)をn回繰り返す、請求項1記載 の方法。 16. 所望により別々に表示する、修飾ヌクレオチドで標識したプローブを 用いる、請求項1〜15のいずれか1項に記載の方法。 17. ビオチニル化により、DIG、または抗体もしくは特異的分子の積層系 により表示する他のハプテン類を用いて修飾したヌクレオチドの組み込みにより 標識したプローブを用いる、請求項1〜16のいずれか1項に記載の方法。 18. 蛍光ヌクレオチドで標識したプローブもまた用いる、請求項1〜16 のいずれか1項に記載の方法。 19. いくつかの原子が置換されているヌクレオチドプローブを用いる、請 求項1〜16のいずれか1項に記載の方法。 20. 少なくとも約10コピーのゲノムをコーミング面に置く、請求項1〜1 9のいずれか1項に記載の方法。 21. Nc/Nt比において20%より少ない統計誤差を持つように、十分な数のシ グナルがコーミング面上に存在する、請求項1〜14のいずれか1項に記載の方 法。 22. 表面が、各測定値の較正を可能にする較正DNAを含む、請求項1〜 21のいずれか1項に記載の方法。 23. 生物学的流体のサンプルから、または生物起源の組織からゲノムを得 る、請求項2〜22のいずれか1項に記載の方法。 24. 少なくとも80%の胎児起源の遺伝学的材料を含有する生物学的材料か らゲノムを得る、請求項2〜22のいずれか1項に記載の方法。 25. 請求項1〜24のいずれか1項に記載の方法を行うための診断用、ま たは遺伝子の位置決定用キットであって、以下の構成要素: コーミング面、 検出すべき異常性に対応する、標識された、または標識されることを意図した プローブ、 DNAをコーミングさせる装置、 対照ゲノムおよび/または対応する対照プローブ、このゲノムは所望によりコ ーミングすべき表面でコーミングし、 例えばエキスパートシステム(例えばソフトウエア)の形態で行われる診断で 得られる結果を判断するためのグリッドを提供するため、1以上の対照位置で前 記のプロトコールを用いて得られた1以上の特異的な結果、 本発明の方法に従う診断の実施を助けることができるエキスパートシステムの うち少なくとも1つを含むキット。 26. 配列の位置決定を可能にする参照標準プローブおよび遺伝子マーカー を含む、請求項1〜24のいずれか1項に記載の方法を行うための診断用キット 。 27. 分子コーミング条件下で、転写、翻訳または調節の生成物に相当する プローブと反応できるゲノムDNAもしくはゲノムDNAの一部。 28. 少なくとも1つのプローブがDNAと相互作用可能な生成物である、 請求項1記載の方法。 29. 少なくとも1つのプローブがDNAと相互作用可能な治療上注目する 生成物である、請求項1記載の方法。 30. プローブのコーミングDNAとの反応が、1以上の分子、溶媒または 他の関連パラメーターにより調整される、請求項1記載の方法。 31. 前記請求項の方法の1つにより単離される、コーミングし得るゲノム DNAと反応可能な分子。 32. 前記請求項の方法の1つにより同定されるパラメーターに関連する分 子、溶媒、または方法。
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