JP2001505428A

JP2001505428A - 染色体異常の検出

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Publication number: JP2001505428A
Application number: JP52509098A
Authority: JP
Inventors: ニールズパリスガード; ペーターホクランド
Original assignee: ニールズパリスガード
Priority date: 1996-12-06
Filing date: 1997-12-08
Publication date: 2001-04-24
Also published as: AU5187798A; AU737190B2; WO1998024928A2; CA2274315A1; EP0943013A2; WO1998024928A3

Abstract

(57)【要約】本発明により、患者の状態に関連があり、各々が少なくとも一つの特徴的な核酸配列によって規定される染色体異常の有無を検出する方法が提供される。一般に、本方法には、核酸試料を多重分子増幅過程にかける段階が含まれる。該多重分子増幅過程には、一つの反応混合液中に、各々が少なくとも一つの特徴的な核酸配列の一端に規定されている少なくとも７個の相互に異なるプライマーの使用が含まれ、少なくとも７個の相互に異なるプライマーの少なくとも一つが、少なくとも二つの特徴的な核酸配列の第一の端に規定され、該少なくとも二つの特徴的な核酸配列が、少なくとも７個の相互に異なるプライマーの残りから選択される相互に異なるプライマーによりもう一方の端に規定され、それにより、増幅反応の結果、検出できる増幅された特徴的な核酸配列の数は、少なくとも1/2×n+1（式中、nは少なくとも７個の相互に異なるプライマーの数である）である。一つの態様において、I)試料中に存在する核酸断片と、II)該核酸断片の塩基配列を増幅するためのプライマーとを含む、内部陽性標準の使用が含まれる。

Description

【発明の詳細な説明】染色体異常の検出発明の分野本発明は、ある患者のある状態、特に悪性腫瘍性疾患、に関連し、少なくとも一つの特徴的な核酸配列で規定される染色体異常の有無を検出するための方法に関する。さらに、本発明は、特異的な核酸配列を持ったDNA断片、および染色体異常の検出に結びつくcDNAプライマーまたは分子増幅反応のプライマーとしてのその使用法に関連している。また、本発明は、本発明に従って検出に使用するために選択されたプライマーを含むキットにも関する。一般的な背景染色体転座は、腫瘍（特に造血系腫瘍）の形成において重要な事象であり、一貫して発生する異なる転座が５０以上報告されている（Rabbitts，T．H．Nature 372:143(1994)）。染色体異常の多くは、白血病またはリンパ腫の特定のサブタイプに特異的に見出されている。このため、造血系悪性疾患において転座を同定することは、診断においても予後を判定する際にも大きな意義をもっている。急性白血病の診断は、最もよく用いられる方法としては、標準的な病理学、免疫学、および細胞遺伝学により多くの学問領域により行われる。この状況の中で、フローサイトメトリーおよびモノクローナル抗体を用いて免疫形質の分類（immunophenotyping）することにより、リンパ系と骨髄細胞系とが迅速かつ正確に分類されるが、骨髄生検により、正常な造血の残存程度が明らかになると同時に、悪性の浸潤の程度が示される。免疫形質の分類も組織学も、患者の予後を判定するために十分な道具とはなりえない。これとは対照的に、細胞遺伝学的評価は、時間がかかるものの、予後不良なものと同様に良好な患者群についても、どちらも明らかにすることが示されている。予後判定手段として細胞遺伝学が価値を持つ基礎は、ユニークな遺伝子配列が形成される数多くのバランスのとれた染色体転座が存在することである（総説としてRabbitts，1995参照）。転座切断点のクローニングによって、これらの遺伝子が、その発現のレベルまたはそれらがコードする蛋白質の性質を変化させうることが示されてきた。こうした変化は、疾患の発症および恐らくは進行においても、重要な役割を果たすと考えられる。造血系腫瘍の形成と関連した染色体転座の分子レベルの研究により、腫瘍形成の機構に対する重要な洞察が与えられた。転座は、切断点またはその近傍に存在する細胞内の癌原遺伝子の機能または活性を変化させる可能性がある。これらの癌原遺伝子は、通常は細胞増殖、分化またはアポトーシスの制御に関与している。発癌性の変化は、(i)例えば白血病における免疫グロブリンおよびＴ細胞受容体遺伝子のような組織特異的遺伝子の制御エレメントに細胞内癌原遺伝子が接続し、癌遺伝子の不適切な発現がおこることによる（Leder，P．ら、Science 222: 765(1983);Finger，L．R．ら、Science 234:982(1986)）、または(ii)野生型の蛋白質とは異なる機能的特徴を持ったキメラ蛋白質をコードするような融合遺伝子の生成による（Borrow，A．D．ら、Science 249:1577(1990);de The、H．ら、 Nature 347:558(1990)）という二種類の一般的な機構のいずれかによって起こりうる。転座切断点は、非常によく保存されており、一般的には侵襲される遺伝子のイントロン内に存在する。このことにより、リーディングフレームおよび蛋白質の機能（不全）が制限されるだけでなく、イントロンのサイズ、およびイントロン内部の反復配列（例えばAlu）またはB細胞もしくはT細胞特異的な組換え酵素認識部位に相同な配列の存在するこも、転座の標的となり、転座の頻度に影響する可能性がある。しかし、数多くの融合遺伝子が、数種類の異なるサイズで発見されている。塩基配列の解析結果から、融合蛋白質の変異体間でリーディングフレームは保存されており、癌遺伝子の生成における蛋白質ドメインの結合にはある程度の自由度がありうることが示されている。急性骨髄性白血病および急性リンパ性白血病の両方において、融合にかかわる遺伝子の一つとして最も頻繁に見られるのは、造血において直接的な役割を持つと考えらる転写因子で、これがしばしば転座によって、造血系細胞においては通常活性でない第二の遺伝子に融合している。同一の遺伝子が、一つ以上の染色体パートナーとの融合に関与している例もある。転座切断点の遺伝子は、数個の融合パートナーを持つことがあり、その最も確実な例としては、染色体バンド11q23に存在するMLL遺伝子があり、これには、内部の重複に加えて１０種類の異なる融合パートナーが知られている。t(4;11)（q 21;q23）転座において検出されるMLL/AF4融合遺伝子は、小児ALLにおいてのみ検出されるが、t(6;11)（q27;q23）転座において検出されるMLL/AF6融合遺伝子はA MLのサブグループの患者において認められる（Prasad，R，ら，Cancer Res．53: 5624(1993)）。t(10；11)（p14；q23）転座は、MLLがAF10遺伝子に融合しているが、小児のALLおよびAML両方の患者で報告されている。このように、融合のパートナーにより、MLL遺伝子は、リンパ性もしくは骨髄性、またはその両方の疾患の発症に寄与することができる。例えば、t(1;19)（q23;p13）およびt(17；19) （q22；p13）におけるE2A/PBXおよびE2A/HLF、またはt(15;17)(q22;q21)，t(11; 17)(q23;q21)，t(5;17)(q35;q21)，t(2:5)(p23：q35)，t(3;5)(q25.1;q35)におけるそれぞれPML/RAR α，PLZF/RAR α，NPM/RAR α，NPM/ALK，NPM/MLFのような、数多くの切断点の遺伝子が、異なる転座において様々なパートナーと融合することが判明している。このように、造血系悪性疾患において検出される転座の少なくとも一部分は「融合遺伝子ファミリー」に分類することができる。転座を同定することは、一般的にはG-バンド染色法による核形分類、または近年では蛍光インサイチューハイブリダイゼーション(FISH)法によって行われてきた。しかし、臨床検体から常に染色体が調製できるとは限らず、細胞遺伝学的な診断は、少数の異常細胞に対しては感度が良くなく、すなわち再発のモニタリングには役に立たない。細胞遺伝学的解析は、大きな異常は検出できるかもしれないが、顕微鏡で見えない微細な変化は検出できない。これらの問題のいくつかは、PCRに基づいた技術を用いることによって克服できる可能性がある。しかし、わずか４種類の異なる染色体異常のみが、多重PCRによって同定されているにすぎない（Repp，R．ら、「多重PCRおよび蛍光に基づく自動DNA断片解析を用いた４種の異なる11q23染色体異常の検出（Detection of Four Different 11q23 Chr omosomal Abnormalities by Multiplex-PCR and Flourescene-Based Automatic DNA-Fragment Analysis）」：Leukemia（1995）9:210-215）。正常な核形の患者のうち10〜30％は、PCR法によって転座特異的融合遺伝子が検出でき、このことは、第二の染色体組換えが生じて正常な核形に修復したことを示している。PCR解析は、迅速かつ非常に高感度であるが、一般に一つの特定の融合遺伝子しか検出できない。PCR法の主な欠点は、時間がかかり偽陰性が検出しにくいことである。このため、これまで急性白血病で示されてきたような、多数の多様な転座に対しては、スクリーニング技術として用いることができなかった。関与している遺伝子が同定されている転座のほとんど全てに対して、融合遺伝子を検出するためのPCRに基づく方法が記載されてきた。しかし、反応条件および検出システムの多様性、融合遺伝子の数、および患者材料の必要量が問題となるため、現在の方法によって、一人の患者で記載されている融合遺伝子の数々をスクリーニングすることはほとんど不可能であると考えられる。このように、例えば悪性疾患のような病気に罹患した疑いのある患者の予後評価を可能にするような、迅速かつ信頼性の高いスクリーニング方法が必要なことは明らかである。発明の目的本発明の目的は、これまでの方法にある欠点を持たない、染色体異常（転座の様な）のファミリーを検出するための、簡便かつ信頼性の高い方法を供給することである。従って、非常に特異的な診断を可能とする迅速で安全な方法であり、患者には20mlの血液でさえかなりの量とされる小児や乳児が含まれることから、可能なかぎり少量の試料によって行える方法であることもさらなる利点である。さらに、こうした新しい方法における手段（特に特定の有用なプライマーという形態で）を供給することも、本発明の目的の１つである。発明の説明本発明の発明者らは、ある患者のある状態に関連し、それぞれ少なくとも一つの特徴的な核酸配列によって規定される染色体異常の有無を検出する方法を提供した。一般に、本方法は、核酸の試料を、各々のプライマーが少なくとも一つの特徴的な核酸配列の一端を規定するような、多種類の相互に異なるプライマーを、一つの反応混合物中で用いる多重の分子増幅過程にかけることを含む。本発明に係る方法は、わずかな仕事量で、核酸の試料について、ある患者に起こりうる非常に多数の染色体異常をスクリーニングすることを可能にする。本発明の方法を用いることにより、ただ一回の実験で、８０種類以上のサブタイプのある約５０種類の染色体異常を検出することが可能となった。本発明の顕著な特徴の一つは、増幅反応において用いるプライマーが一組よりも２分の１だけ多く含む増幅プライマーを用いることであり、これによって対照となる全ての配列の増幅を行うのに必要なプライマーの数を減らすことができる。例えば、当技術分野における従来の方法を組み合わせる場合、検出したい染色体異常のそれぞれに対して二つのプライマーを用いる必要があった。一方、本発明では、例えば転座がファミリー内に含まれれば、一つの転座による産物の片割れの部分が、少なくとも一つの他の転座産物の中に存在するという事実を利用している。こうした二つの転座産物を検出するような単純な状況では、合計三種類のプライマーだけを用いる必要があると考えられる。例えば５種類の転座産物（これらは全て一種の転座の「片割れ」を共有している）を検出するような、より複雑な状況では、理想的には合計６種類のプライマーを用いることができる；このことは、従来の当技術分野のプライマーシステムを用いた多重増幅を行う際に必要なプライマーが１０種類であることと、きわめて対照的である。このため、本発明者は、造血器官の悪性疾患に関連した事実上全ての既知の染色体異常を検出するために必要なプライマーの総数を減らすために、転座のファミリーが存在することを用いた。さらに、７種以上の数のプライマー、すなわち、この目的のための多重PCRに、前例のないほど多数のプライマーを用いた多重P CR反応を行うことができるようになった。このように、本発明の第一の局面としては、それぞれの染色体異常が患者の状態に関連しており、これらの染色体異常の各々が少なくとも一つの特徴的な核酸配列によって規定される染色体異常の有無を検出する方法に関連する。この方法は、 a）該染色体異常の一つを有する可能性のある患者由来の核酸試料を得る段階、 b）核酸試料を多重分子増幅過程にかける段階であって、該特徴的な核酸配列の数が十分量存在する場合には増幅される段階、 c）段階b）の産物を回収し、増幅された特徴的な核酸配列の有無、およびそれによって対応する染色体異常の有無を検出する段階を含み、ここで、多重分子増幅過程は、少なくとも７種類の相互に異なるプライマーを一つの反応混合液中で用い、この少なくとも７種類の相互に異なるプライマーのそれぞれが少なくとも一つの特徴的な核酸配列の一端を規定し、少なくとも７種類の相互に異なるプライマーの少なくとも一つが、少なくとも二つの特徴的な核酸配列の第一の端を規定し、該少なくとも二つの特徴的な核酸配列は、各々が少なくとも７種類の異なったプライマーの残りから選択された相互に異なるプライマーによって反対側の端に規定され、それによって増幅反応の結果検出できる特徴的な増幅核酸配列の数は、nを少なくとも７種類の相互に異なるプライマーの数とすれば、少なくとも1/2×n+1である。本発明の方法を用いた分子増幅過程から信頼できる結果を得るために、分子増幅が十分に行われていることを確認する、即ち、増幅の結果が偽陰性とならぬように保証することがしばしば必要である。本発明にしたがえば、このことは、基準となる増幅を開始し持続するプライマーの組み合わせを含む反応混合液中で内部標準（核酸断片という形態での）を増幅することにより行うことができる。それゆえ、別の局面において、本発明は、それぞれの染色体異常は患者の状態に関連しており、さらにそれぞれの染色体異常は少なくとも一つの特徴的な核酸配列によって規定されている、染色体異常の有無を検出するための方法に関し、該方法には以下の段階が含まれる： a）該染色体異常の一つを有する可能性のある患者由来の核酸試料を得る段階、 b）核酸試料を多重分子増幅過程にかける段階であって、該特徴的な核酸配列の数が十分量存在する場合には増幅される段階、 c）段階b）の産物を回収し、増幅された特徴的な核酸配列の有無、およびそれによって対応する染色体異常の有無を検出する段階。この方法において、この多重分子増幅反応は、 1）I)試料中に存在する核酸断片と、II)該核酸断片のヌクレオチド配列を増幅するためのプライマーとを含む内部陽性標準の使用、および 2）ある特徴的な核酸配列の一端をそれぞれ規定する相互に異なるプライマーの個数、nを含み、 n個の相互に異なるプライマーの内、少なくとも一つが、少なくとも二つの相互に異なる特徴的な核酸配列の第一の端を規定し、該少なくとも二つの相互に異なる特徴的な核酸配列は、n個の相互に異なるプライマーの残りから選択された、少なくとも二つの相互に異なるプライマーによって、その反対側の端が規定されており、それにより、増幅過程の結果として検出できる増幅された特徴的な核酸配列の数は、少なくとも1/2×n+1である。本明細書において、「本発明の方法」または「本発明の複数の方法」という用語を用いる場合には、上記二つの本発明の局面を意味している。一つの反応混合液中で用いるプライマーの数は、少なくとも７種類であることが好ましいが、少なくとも８、１０、１２、１４、１６、２０、２６、または少なくとも３０といったより大きな数であっても好ましい。一つの反応混合液中のプライマーの数は、多くとも５０であり、特定の状況下では多くとも４０であるが、３５の場合すらあると考えられる。一つの反応溶液中のプライマーの好ましい特定の個数は、本請求の範囲から明らかである。本明細書中で用いているように、「染色体異常」および「複数の染色体異常」という用語は、健常人では通常認められない核酸の染色体配列を意味し、これらの配列は、疾患にかかっていたり、該疾患を発症する危険率が高かったり、またはよく知られている染色体欠陥を持っていたりする患者において典型的に発見されるものである。典型的には、こうした染色体異常は、転座、逆位、欠失、重複である。従って、（複数の）染色体異常は、通常は、疾患（多くは悪性）または染色体欠陥といった状態に関連しており、換言すれば、染色体異常は、平均的な人口におけるよりもそのような状態を持った患者に、有意に高い割合で存在すると考えられる。これと関連して、「特徴的な核酸配列」とは、染色体異常を持った患者のゲノムに含まれ、通常は「平均的な」健康状態の患者には認められないヌクレオチドの連続的な配列である。さらに、特徴的な核酸配列は、染色体異常に特有に結びついている、即ち、染色体異常を起こしていない患者からの任意の実質的な個数の核酸試料では認められないヌクレオチド配列の一つである。「分子増幅過程」という用語は、核酸配列が、標的配列（「鋳型」）にアニールする導火線となる配列（「プライマー」）を用いることによって増幅される、インビトロの過程を意味し、また、プライマーまたはその相補配列の伸長産物の増幅を開始し、持続することを意味する。こうした方法は、当技術分野においては周知であるが、EP-O 200 362，EP-O 201 184，EP-A-O 368 906，EP-A-O 379 3 68，EP-A-O 540 693に記載されている方法を具体例としてあげることができる。「多重」分子増幅過程という場合には、当技術分野においては周知のごとく、少なくとも３種類のプライマーの使用を含み、少なくとも二つの標的配列の増幅を起こす分子増幅過程を意味する。一般に、多重分子増幅過程はいくつかの特許出版物、例えば、EP-A-0364 255に記載されている。本発明に係る好ましい分子増幅方法は、多重PCRである。本発明の方法に従って、増幅過程で用いられるプライマーは「別個」でなければならず、この用語によって、配列が１００％同一ではなく、およびさらに、選択した増幅条件下では、所与の標的配列へのアニーリングを実質的に互いに競合しない核酸プライマーを意味する。本発明の方法の重要な態様は、核酸の試料が患者由来のcDNAの形であることである。このためには、患者由来のmRNAを逆転写してcDNAを得る前方法段階が必要であり、そのような過程は、それ故、患者細胞の少なくとも一部で実際に転写されていることを検出すべき特徴的な塩基配列の数を制限してしまうことが理解されると思われる。一方で、細胞からmRNAを回収する過程は、当技術分野では十分確立されており、標準的なセットアップで比較的問題が少ない。しかしながら、本発明の方法は、増幅過程にcDNAを鋳型として用いることに限定されるわけでは決してないことを強調しておく。一つの興味深い可能性は、患者の細胞から染色体DNAを抽出し、これを用いて直接、またはこれに由来する制限酵素切断断片を用いてのいずれかの方法で、多重の分子増幅を行うことである。これにより、抽出時には明らかな表現型を呈しないにもかかわらず、対象とする状態の重要なマーカーとなる可能性のある染色体異常を検出できる可能性がある。とはいえ、本発明の方法で行う分子増幅過程では、本過程の鋳型が患者由来の mRNAの形で、別個の分子増幅過程において特異的または非特異的なcDNAプライマーを用いて回収されたcDNAを用いることが好ましい。 mRNAを回収する標準的なスキームで用いられるcDNAプライマーは、通常は非特異的なものであるため、抽出されるmRNAは「任意に」プライミングされたものである。本発明では、全RNAからcDNAを合成する際に特異的なcDNAプライマーの混合物を用いると、検出段階で非常に優れた結果が得られることを見出した。実際に、特異的なcDNAプライマーを用いることで、問題とするシステムにより、感受性が約25から125倍上昇した。このため、cDNAプライマーが特異的であることは特に好ましく、実際に、後に続く多重の分子増幅過程と組み合わせて特異的cDNAプライマーを用いることは、それ自体、多重のPCR反応において実質的により高い感受性を達成できる、新しいアプローチであると考えられる。ゆえに、本発明のもう一つの部分は、そのように特異的にプライムされたcDNA産生を、後に続く多重の分子増幅と組み合わせることである。本明細書において、cDNAプライマーとの関連で用いられる「特異的」という用語は、上で定義した特徴的な核酸配列から転写されるRNAの大部分として存在する標的RNA配列にアニーリングするように、cDNAプライマーが予めデザインされていることを意味する本発明によれば、cDNAプライマーの数は、好ましくは、少なくとも25個とか、少なくとも30個とか、少なくとも50個、少なくとも100個、少なくとも150個、または少なくとも200個といったように、少なくとも20個である。多重の分子増幅過程にcDNA（またはその他あらゆる形の鋳型の核酸）を用いる場合、鋳型の核酸を回収する過程と多重の分子増幅過程との間で、反応液を交換する必要性をなくすことは、非常に有利である。このことは、本発明によれば、患者由来のcDNA（またはその他の鋳型の核酸）を回収する条件を分子増幅過程の条件と確実に一致させることにより、可能である。換言すれば、本発明の方法では、分子増幅過程用の反応液の化学組成を、たとえばcDNA合成過程のものと実質的に同じにすべきであるが、残存しているcDNAプライマーの融点は、多重の分子増幅過程に用いられるプライマーの融点と異なっていなければならない。このようにして、テストチューブの操作を最小限に制限し、その結果、多重の分子増幅反応の前に試料へ夾雑物が混入するのを避けることが可能と考えられる。本発明の一つの好ましい態様は、多重の分子増幅法であり、これは、ネステッドポリメラーゼ連鎖反応のようなネステッドの分子増幅過程である。ネステッド PCRが、初回のPCRから生じる数多くの人工的な増幅産物を排除することによってあらゆるPCR反応の特異性が増すことは、よく知られている。本発明に従って用いる適切なネステッドPCR法は、米国特許第4,683,195号、および特に手順に関してはEP-A O 519 338に記載されており、これらによりさらに、必要なネステッドの分子増幅過程を行う際に、個々の段階間で反応液や反応物を交換する必要がないことが確実になる。本発明方法の重要な態様は、染色体異常が転写された融合遺伝子の存在である方法である。上述したように、造血系由来の様々な悪性疾患との相関が高い有意性を示す数多くの発現融合遺伝子が同定されており、このため、そのような融合遺伝子の存在を検出することにより、患者の予後に関する重要で有用な情報を得ることができる。これは、ある種の悪性疾患には特異的な治療の処方が効果を上げることが知られているためである。そのような融合遺伝子が転写されるのは、典型的には、逆位、欠失、重複または癌原遺伝子の活性化が起こった結果である。該活性化された癌原遺伝子は、典型的には、Hox-11およびevi-1およびその他の、参照として本明細書に組み入れられるRabbits 1994に示されているようなものからなる群より選択される。しかしながら、例えば悪性細胞によく見られる遺伝的変異体は、本発明の方法に供される試料がcDNAではなく例えば染色体由来の核酸断片であれば、本発明に従って検出することができる可能性がある。この方法では、しばしば過剰発現されるc-mycのような遺伝子は検出できる可能性があり、疾患の指標として用いることができる。従って、本発明の方法の好ましい態様は、少なくとも一つの染色体異常が悪性新生物の状態、特に全身性の悪性新生物と関連しているようなものである、というのも、これらのうちで比較的多数のものが、例えば発現される融合遺伝子と関連していることが示されているためである。本発明によれば、そのような全身性の悪性新生物は、急性白血病（AL）、慢性白血病（CL）、Ｔ細胞性急性白血病（T-ALL）、Ｂ細胞性急性白血病（B-ALL）、Ｔ細胞性慢性白血病（T-CLL）、Ｂ細胞性慢性白血病（B-CLL）、前リンパ球性白血病（PLL）、急性未分化性白血病（AUL）、急性骨髄性白血病（AML）、慢性骨髄性白血病（CML）、慢性骨髄単球性白血病（CMML）、急性前骨髄球性白血病（A PL）、プレB-ALL、およびプロB-ALLのような白血病；バーキットリンパ腫（BL）、非ホジキンリンパ腫（NHL）、ホジキンリンパ腫（HL）、ろ胞性リンパ腫（FL ）、びまん性大細胞型リンパ腫（DLCL）、Ｔ細胞性リンパ腫、Ｂ細胞性リンパ腫のようなリンパ腫；脊髄形成異常；ならびに骨髄腫からなる群より選択される。以下の染色体組換えは全て、造血系の悪性疾患と関わりあっていることが示されている： dup(11q23)(dupエキソン5-9/2); dup(11q23)(dupエキソン5-9/4); inv(16)(p13;q22); t(1;11)(p32;q23); t(1;19)(q23;p13); t(10;11)(p14;q23); t(10:11)(P14;q23); t(10;11)(p14;q23); t(10;14)(q24;q11); t(11:17)(q23;q21); t(11;19)(q23;p１3.1); t(11;19)(q23;p13.3); t(12;21)(p13;q22); t(12;22)(p１3;q11); t(15;17)(q21;q22); t(15;17)(q21;q22); t(16;21)(p11;q22); t(17;19)(q22;p13); t(2;3)(P21;q26); t(2;5)(p23;q35); t(3;21)(q26;q22); t(3;3)(q21;q26); t(3;5)(q25.1;q34) t(4:11)(q21;q23); t(5;12)(q33;p13); t(5;17)(q35;q22); t(6;11)(q27;q23); t(6;9)(P23;q34); t(7;10)(q35;q24); t(7;9)(q34;q32); t(8;21)(q22;q22); t(9:11)(q22;q23); t(9;12)(q34;p13); t(9;22)(q34;q11); t(9;22)(q34;q11); t(X;11)(q13;q23)；および tall^d1-3（40kb欠失）（染色体組換えをこのように表示する際に用いられる「t」の文字は転座、「inv 」は逆位、および「dup」は重複を表す。）これらの異常と関連して、以下の遺伝子はしばしば発現するようになる：CBF β/MYH11、SIL1/TAL1、MLL1、EVI-1、MLL1/AFX1、MLL1/AF1p、MLL1/AF1q、E2A/P BX1、E2A/HLF、EV11、NPM/ALK、NPM/MLF、AML1/EV11、MLL1/AF4、TEL/PDGfβ、N PM/RARα、DEK/CAN、SET/CAN、MLL1/AF6、HOX11、AML1/MTG8、MLL1/AF9、BCR/AB L、MLL1/AF10、MLL1/AF17、PLZF/RARα、MLL/ELL、MLL/ENL、TEL/AML 1、PML/RA Rα、FUS/ERG、AML1/MDS、AML1/EAP、TEL/MN1、MLLエキソン5-9/2、およびMLLエキソン5-9/4。このことから、上記は、本発明の方法で検出するのに最も好ましい染色体異常および遺伝子であり、そのため、本発明の方法で用いたプライマー（cDNAおよび PCR双方の）は、これらの組換えに特徴的な塩基配列を特異的に増幅するためにデザインしなければならない。染色体組換えと悪性疾患との関連性に関する知識が主に造血系の腫瘍に関するものであるとはいえ、他の固形腫瘍においても類似の相関が存在することが知られている（Rabbits，1994参照）。このため、本発明の方法はまた、非全身性の新生物形成性悪性疾患の状態を検出するためにも用いられる。そのような悪性疾患の例としては、癌腫、腺癌、脂肪肉腫、線維肉腫、軟骨肉腫、骨肉腫、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、神経膠腫、神経芽腫、髄芽腫、悪性黒色腫、神経線維芽腫、血管肉腫、リンパ管肉腫、悪性奇形腫、未分化胚細胞腫、精上皮腫、および絨毛癌からなる群より選択される非全身性の新生物形成性悪性疾患がある。新生物形成性悪性疾患が癌腫である場合、好ましくは、胸部、気管支、結腸直腸、胃、前立腺、卵巣、リンパ組織、リンパ系髄質、子宮、膵臓、食道、膀胱、腎臓、または皮膚の癌腫からなる群より選択される。特に興味深い悪性新生物の状態は、乳頭状甲状腺腫、ユーイング肉腫、脂肪肉腫、横紋筋肉腫、滑膜肉腫、および軟部黒色腫からなる群より選択される。というのも、これらはすべて、ゲノムの組換えと正の相関があるためである（Rabbit s 1994参照）。本発明の方法に用いる核酸試料は、典型的には患者の骨髄細胞由来もしくは患者の末梢血の血球由来である。このことは、検出する疾患が造血系の悪性疾患である場合、特に興味深いわけであるが、（例えばダウン症候群のような）染色体欠陥で特徴づけられるような状態もまた、この方法で検出できる可能性がある。しかしながら、試料は患者の任意の他の部位由来であってもかまわないが、上述した染色体欠陥を検出する目的に特に興味深い部位は、胎盤細胞、胎児細胞、および羊水である。500万個の単核球細胞の試料があれば、通常は、核酸の量として５μg（3から8μg）のRNAを回収するのに十分であるが、細胞の増殖速度により異なる。骨髄由来の試料は、一般に、20mlで5μg（3から8μg）のRNAに相当する。従って最小量として10mlの試料があれば、本発明に係る方法を行うためには十分と考えられる。増幅した特徴的な塩基配列の検出を容易にするために、多重の分子増幅過程に用いるプライマーのうちの少なくとも一つを、本発明に従って標識することが可能である。標識は、放射性標識、色素標識、蛍光標識、ビオチン基、酵素群、リン酸、チオール化アミン、または直接的もしくは間接的に検出可能な他のあらゆる官能基のいずれでも可能である。たとえば、ビオチン基はそれ自体で標識されているが、混合液を標識したアビジンまたはスプレプトアビジンと反応させることにより、ビオチン化した核酸断片の存在を検出することも可能である。本発明の方法の特に好ましい態様において、プライマーは蛍光標識または色素標識される。標識されたものおよびされていないものの両方のプライマーを多重の分子増幅過程に用いることにより、蛍光の程度を定量的な方法で用いることもまた可能となる。例えば、プライマーが、２つの形、たとえば標識したものとしないものというような異なる標識状態で存在し、既知の異なる量を用いた場合、増幅産物中の標識の確率的な分布により、最初に定めた標識の比に対応して、平均した程度の標識が増幅産物中に検出される。このため、プライマーの蛍光標識は比較的わずかしか知られていなくても、上述したテクニックを使えば、多数の異なる増幅断片を検出することが可能である。標識を用いる代わりに、異なる長さの増幅産物を生じるようなプライマーの組み合わせを、注意深く選ぶことも、もちろん可能である。その後、ゲル電気泳動、塩基配列解析、HPLC、FPLC、蛍光分光光度計およびその他の適当なクロマトグラフィー法のような方法を用いて、断片の長さ／塩基配列に基づいて増幅断片を検出できる様々な方法で増幅産物の有無を検出する。または、産物にハイブリダイズし、その後に標識により検出できる他の核酸断片のような、増幅された産物を検出するための標識手段を用いることも可能である。そのような方法は、当技術分野ではよく知られている。本発明によれば多数のプライマーを同じ反応容器内で使用することが可能であるとはいえ、それを越すと増幅過程が非常に不安定で信頼性のないものになってしまうような上限が存在する。本発明の重要な態様において、核酸試料は、本明細書で記載される多重の分子増幅に、少なくとも２回はかけられる、すなわち、患者由来の試料は数滴に分注され、各々が、本発明に従った多重の分子増幅過程にかけられる。（時間の浪費を節約するという観点から）少なくとも２回の多重の分子増幅過程を並行して行うことが好ましく、少なくとも２回の多重の分子増幅過程を、物理的なパラメーターおよびタイミングという点については実質的に同じ条件のもとで行うことが、特に好ましい；後者の好ましい態様は、全ての分注アリコートに、例えば（プライマーを例外とすれば）同じ反応緩衝液、同じ温度循環スキームを用いることができる点で優れている。このため、本質的に全ての反応が同じサーモサイクラーで行われる。試料に対して異なる増幅過程を行う正確な回数は変化する可能性があるが、少なくとも４，５，６，７，８，９，１０，１１，１２または少なくとも１５回のように、好ましくは少なくとも３回である。検出を要する染色体異常のファミリーの数により、回数は増える可能性がある。本発明の方法の１つで用いる内部標準は、好ましくは患者由来のcDNA分子であり、最も好ましくは、該cDNA分子は、増幅過程に用いる鋳型が患者由来のmRNAの形のもので、特異的または非特異的なcDNAプライマーを用いた分子増幅過程により得られるものである。実際に、患者由来の核酸試料のもととなったまさにその細胞由来の内部標準に由来し、かつ患者由来の核酸を得るために用いたのと同種の段階を内部標準を得るのに用いることにより、多重分子増幅過程に至りおよびそれを含む全ての段階が正確に実行されたかどうかが信頼性をもって示される。増幅産物の最終混合液の中に内部標準が存在することが示されれば、そのようなセットアップで、前段階のすべてが満足すべき状態で行われたことが示されるが、標準が存在しない場合、そのアッセイはやり直すべきであることが示される。このため、患者由来の核酸試料がcDNAからなる場合には、内部標準もまた、その他のcDNAが提供される分子増幅過程を含めて、その他のcDNAと並行して回収されるcDNAである。しかしながら、信頼性は低いがそれでもなお、過程の様々な段階が正しく実行されていることを満足すべき程度に確認することは、たとえば以下にあげるスキームの一つにより達成されうる： 1）既知の配列を持つRNA断片を、mRNAが抽出される全RNAの混合液に加えて、その後既知のRNAの産物を逆転写PCRで作成する；この方法で、全RNAの抽出を除く全ての段階を確認できる； 2）既知の塩基配列を持つ核酸断片を、適当なプライマーとともに多重の分子増幅用混合液に加える；この方法で、多重の分子増幅過程それ自体を確認できる。しかしながら、内部標準を「初めからずっと」用いる方が好ましく、本発明のそのような態様において、内部標準を成すcDNA分子とは、構成的に発現するRNA 断片に相当する。本実施例では、構成的に発現される遺伝子であるE2A由来の塩基配列を用いているが、対象とする細胞で構成的に発現されるあらゆる遺伝子を、標的として用いることが可能である。試料に含まれる核酸が直接染色体DNAに由来する態様においては、あらゆる「正常」遺伝子の塩基配列を、内部標準として用いることが可能であると考えられる。本発明の方法における重要な因子は、多重の分子増幅過程に用いるプライマーの選択である。一般に、プライマーは、当業者には既知の標準的なソフトウエアを用いてデザインし、反応混合液中のプライマーは以下の数多くの基準を満たす必要がある： 1）プライマーは、各々の標的配列に、実質的に同じまたはそれ以下の温度、好ましくは5℃以内の温度差でハイブリダイズせねばならない（融点が同じでなければならない）；以下に述べる実施例で報告するセットアップでは、融点は約70 ℃に選択されている。 2）プライマーは、実質的に各々の標的配列に特異的でなければならない、すなわち各々の「受け持ち」以外の鋳型配列で重合を開始してはならず、また相互にハイブリダイズできてはならない。この特異性は、プライマーが標的配列と完全に相補的であるという事実により獲得できるが、３点までの相違（変異）であれば、特異的なプライミングを起こすことができる。 3）プライマーは、実質的に、分子内でハイブリダイズしてはならない、または換言すれば、各プライマー内での二次構造形成を最小におさえねばならないということであり、これは通常、プライマー内でのデルタGが-1より大きい場合である。 4）プライマーは、３’端よりも５’端の方が融点が高くなければならず（すなわち、５’端での内部安定性が高く、３’端での安定性が相対的に低い）、融点の差は、2℃より大きいというように好ましくは1℃より大きく、4℃より大きいというように好ましくは3℃より大きく、6℃より大きいというようにより好ましくは5℃より大きいが、正確な差は、またプライマーのその他の望ましい特性に左右される可能性がある。 5）分子増幅の過程において、どの２種のプライマーも、患者の体内の条件とは関連なく通常存在する配列に対応する、試料中の核酸配列の増幅を、同時に開始し継続させうることはない。 6）好ましくは、３個以内のグアニジン残基のように、連続して５個より多くのグアニジン残基を含むプライマーはない。 7）実質的に分子間でのハイブリダイズを示さない、これはデルタGが-10より大きいプライマーダイマーで獲得される。プライマーを選択する際に更に制限となるのは、分子増幅過程が、検出対照となる増幅産物を生じる過程（すなわち、たとえばネステッドPCRの第２のPCRのような、最後の分子増幅過程）であり、かつ増幅産物をその長さ／配列で区別する過程である場合、異なる長さの断片を生じるように組み合わせねばならないということである。そのような状況においては、増幅された断片は、典型的には100 〜400bpの長さとなる。プライマーの正確な選択の仕方は、例えば検出すべき融合遺伝子のような塩基配列に一致させ、上述の基準を満たす限り、ほとんど無数にあることが理解されるはずである。しかしながら、PCRプライマーに関しては、配列番号：３３〜１７７のいずれかの配列を有するプライマーが、現在のところ特に好ましい。cDNA プライマーについては、配列番号：１〜３２および１７８〜１８２のいずれかの配列を有するプライマーが、現在のところ好ましい。別の局面では、本発明はまた、７種の相互に異なるプライマーを含むキットに関する。そのキットは、本発明に従って染色体異常の有無を検出するための方法に用いるプライマーのあらゆる望ましい組み合わせを含むものと考えられる。従って、キットには、配列番号：１〜配列番号：３２および配列番号：１７８〜配列番号：１８２からなるcDNAプライマー、ならびに配列番号：３３〜配列番号：１７７から選択されるPCRプライマーの群より選択されるプライマーを含むと考えられる。本発明のキットはまた、当技術分野では既知の緩衝液、酵素、および安定化剤のような添加物をも含むことが考えられる。ある好ましい態様においては、プライマーを、例えばマルチプレートのウェル、毛細管チューブ、棒、またはビーズ（磁気ビーズのような）のようなデバイスの表面に接着させる。この接着において、プライマーは、乾燥させてもよく、またはポリマー担体内への包埋を含むその他の任意の適当な形をとってもよい。更に別の態様において、キットに含まれるプライマーは、例えばチューブまたはウェルに入った液状である。また、上述した特異的プライマーは単体で、本明細書に記載のPCR増幅の際に同程度に効果的なそれらに由来する相同体として、またはcDNAプライマーとして、本発明のもうひとつの局面を形成する。図面の説明図１．多重のPCR増幅反応のセットアップ図は、各々、プライマー・ミックス１〜８を用いた８種類の多重のネステッド PCRにより増幅した、一人の患者由来の核酸試料をゲル電気泳動した代表的な結果を示す。最上段のレーン（レーン１）は、分子量マーカーを示す。レーン１〜８に見られるバンドは内部対照であるが、レーン５（プライマー・ミックス４）に見られる第２のバンドは、太字で示した染色体異常が検出されたものである。図２Ａおよび２Ｂ．図は、プライマー・ミックス１〜８を用いて多重のネステッドPCRにかけた１８人の患者由来の核酸試料をゲル電気泳動した結果を示す。各患者で、１つまたはそれ以上の染色体異常が、PCRで典型的かつ容易に同定できるバンド・パターンを生じることにより検出される。個々の患者を表す各パネルの上部に実際の染色体異常を明記した。図３．図は、多重解析で陽性を示した試料を、個別のプライマー・セットを用いて再度解析した結果を示す。上段の３枚のパネルは、各々、一人の患者由来の核酸試料を用いて多重のネステッドPCRを行ったゲル電気泳動の結果を示す。これらの各ゲルの中で、一つのレーンが、正確な性状および変異体が容易には検出できないような、染色体異常を各個体が有することを示している。この異常を明確に同定するため、各患者由来の核酸を、今度は異常に関わる融合遺伝子の性状が決定できるような個別のプライマーセットを用いて、更に１回PCRにかけた（下段の３枚のパネル）。実施例１多重PCRを用いた患者試料中の染色体異常の検出材料および方法患者試料および細胞系骨髄または末梢血の試料は、使用前にフィコールによる濃度勾配で分画し、凍結保存した。Karpas-299、ML-2、Mono-Mac-6、NB-4、697、JOSK-1、NALM-6およびRPMI-8402の各細胞系は、DSM-Deutsche Sammlungvon Mikroorganismen und Ze llkulturen（Braunschweig、Germany）-より取得した（DSM寄託番号は、それぞれ31、15、124、207、42、155、128および290）。RS4;11およびMV-4-11の両細胞系は、アメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション（American Type Cultur e Collection（Rockville、MD））より取得した（ATCC寄託番号は各々CRL 1873 およびCRL 9591）。HAL-01細胞系は、Ohyashikiら、（1991）、Leukemja 5:pp． 322-331に記載されている。細胞系は全て10％ウシ胎仔血清を添加したRPMI-1640 培地で培養した。Mono-Mac-6細胞系の培地には、9μg/mLのウシインシュリンを添加した。 RNAの調製全RNAは、グアニジニウムチオシアネート−フェノールクロロホルム法（Chomc zynski、Anal．Biochem．162:156，1987）、またはRNeasy Kit（Quiagen）を用いた製造者の支持に従った方法により調製した。その後、RNA溶液を、0.1 unit/ μLのRNaseフリーのDNase（Boehringer）を含む50mmol/L Tris-HCl，pH8.0、10m mol/L MgCl₂で、37℃にて30分処理した。DNase処理後、EDTA pH8.0を10mmol/Lとなるように加え、RNA溶液をフェノール／クロロホルム1:1で１度抽出し、200mmo l/Lとなるように酢酸ナトリウムを加えて、等量のイソプロパノールで沈澱させた。エッペンドルフ遠心機で13,000rpmで30分間遠心してRNAをペレットとし、80 ％エタノールで洗浄した。RNAを25μLのDEPddH₂Oに再懸濁し、5μLを採取して、 Genequant（Pharmacia）で定量した。その後、RNAを0.1μg/μLに希釈し、10μL のアリコートに分注して、使用するまで-80℃に保存した。逆転写酵素PCR 全RNA 1μgを、転座特異的cDNAプライマー混合物（各2.5pmol）と５分間反応させた後、20ユニットのRNase阻害剤（Boehringer）、1mmol/Lの各dNTP、10mmol /Lジチオスレイトール、1xRT緩衝液（50mmol/L Tris-HCl pH8.3、75mmol/L KCl 、3mmol/L MgCl₂）、および400ユニットのモロニーマウス白血病ウイルス逆転写酵素（BRL、Bethesda、MD）を含む全量25mLの溶液中で、37℃にて45分反応させた。反応を終える際に、cDNA反応混合液をddH₂Oで50μLに希釈した。PCRによる増幅は、Perkin Elmer 9600サーモサイクラーで、８種のネステッド（２回の）多重反応を並行して行った。希釈したcDNA反応液5μLを、1.1xPCR緩衝液（10mmo l/LTris-HCl pH8.3、50mmol/L KCl．1.5mmol/L MgCl₂）、0.2mmol/Lの各dNTP、1 2.5pmolの各プライマーおよび１.5ユニットのAmpliTaq-Goldポリメラーゼ（Perk in Elmer）を含む８種の20μLの多重混合液のそれぞれに加えた。第１のPCRは、 95℃15分処理してポリメラーゼの最初の活性化を行い、25サイクルのPCR増幅（5 8℃30秒のアニーリング、72℃1分の伸長、および95℃30秒の変性）を行った。第１回のPCR終了後、８種のPCR反応液のそれぞれから1μLのアリコートを取り、1x PCR緩衝液（10mmol/L Tris-HCl pH8.3、50mmol/L KCLl、5mmol/L MgCl₂）、0.2m mol/Lの各dNTP、5〜12.5pmolの各プライマーおよび1.5ユニットのAmpliTaq-Gold ポリメラーゼ（Perkin Elmer）を含む24μLの第２回多重混合液８種に加えた。第２のPCR反応の時間は、95℃15分で最初にポリメラーゼを活性化し、20サイクルのPCR反応（58℃30秒でアニーリング、72℃1分で伸長、および95℃30秒で変性）を行った後、72℃で10分間伸長を行った。PCR反応液の15μLを1.5％のアガロースゲルで60分間、100Vで電気泳動し、臭化エチジウムで染色した。陽性を示した試料を、１反応当たりわずか0.75ユニットのAmpliTaq-Goldポリメラーゼを用いた他は多重PCRの場合と同じ条件で、cDNAを形成し、個々のプライマーセットを用いるネステッドPCRを行って再度解析し、同定／検出を行った。RNA量の少ない陽性試料は、第１回の多重PCR産物の1μLを鋳型とし、個別のプライマーセットを用いた第２回のPCRのみを行って再度解析した。この解析は、内部標準プライマーの存在下および非存在下で行い、転座はDNA塩基配列の解析により確認した。DNA鋳型を含まない陰性対照は、全てのPCR反応混合液に含まれている。混入の危険性を最小にするため、全ての段階にフィルター付きのチップを用い、ストック溶液の準備、RNA調製およびcDNA合成／第１のPCRのセットアップ、第１から第２のPCRへの移行、およびゲル電気泳動は、４つの個別の実験室で異なるピペットを用いて行った。プライマーデザインおよびDNA塩基配列決定 PCR用のオリゴヌクレオチドプライマーは全て、EMBL DNAデータベースから得たデータを用いて、Windowsのプライマー解析ソフトウエアOLIG Oversion 5.0（ National Bioxciences Inc.、Plymouth、MN）によりデザインした。オリゴヌクレオチドプライマーは、DNAテクノロジー社（DNA Technology：Science Park、D K-8000 Aarhus.）より、HPLC精製した状態で入手した。DNAの塩基配列は、アガロースゲルで精製したPCR断片を、Taq Dye Deoxy Terminator Sequencing kit（ Perkin Elmer）を用いて、373A自動DNAシーケンサー（Applied Biosystems、Fos ter City、CA）で決定した。PCR断片の両鎖の塩基配列を決定した。cDNAプライマーは、以下の通りであった：以下の諸表は、８種のネステッドPCRの反応に用いた１６種の各々の反応混合液の組成、PCRプライマーと検出対象となる染色体組換えとの相互関係、および結果として生成するPCR断片を列挙したものである（「NP」混合液は、ある一つの組換えを検出するのに適したストック溶液であるが、「R mixes」は、多重のネステッドPCR反応に用いたNP混合液の組み合わせであり、さらにM-mixesは、R-mi xesの代替液で、違いは、M-mixesはさらに５つの融合遺伝子を検出できるが、R- mixesでの試験の通りHOX11およびEVY1の活性化は検出できないことである）。対照のプライマーセット（NP-mix No．41）は、示したとおりの試験に含まれている。略語： NO、番号； t、転座； inv、逆位； p、染色体短腕； q、染色体長腕； ex、エキソン； ins、挿入； T、理論的に可能な転座変異体； AML、急性骨髄性白血病； ALL、急性リンパ性白血病； CML(-BC)、慢性骨髄性白血病（急性転化時）； MDS、骨髄異形成症候群； APL、急性前骨髄球性白血病； AUL、急性未分化性白血病； CMML、慢性骨髄単球性白血病； ALCL、退性大細胞型リンパ腫； AMMOL、急性骨髄単球性白血病。 § 融合遺伝子の後につけた括弧内の文字および数字は、もう一つの切断点および／またはスプライシングの変異体を示す。 ‡ R1〜R8は、多重の反応の番号を示し、A〜Fの添宇は、分割した反応を示す。＊試験に用いることのできなかった細胞系は、陽性と表示した：ME-1，Karpas -45，Kasumi-1，SKH1，UTP-L12，KOCL-44。＃括弧内の数字は、MLL1エキソン５用のプライマーを用いて同時に増幅したPC R断片の大きさを示す。口融合型のmRNAは産生されず、遺伝子発現のみを検討したもの。＄ AML1/MDS/EVIIの融合を引き起こす3番染色体長腕q26領域と21番染色体長腕q 22領域との転座[t(3;21)(q26;q22)]は、多重反応のR4およびR7で検出される。略語： NO、番号； t、転座； inv、逆位； p、染色体短腕； q、染色体長腕； ex、エキソン； ins、挿入； T、理論的に可能な転座変異体； AML、急性骨髄性白血病； ALL、急性リンパ性白血病； CML(-BC)、慢性骨髄性白血病（急性転化）； MDS、骨髄異形成症候群； APL、急性前骨髄球性白血病； AUL、急性未分化性白血病； CMML、慢性骨髄単球性白血病； ALCL、退性大細胞型リンパ腫； AMMOL、急性骨髄単球性白血病。 § 融合遺伝子の後につけた括弧内の文字および数字は、もう一つの切断点および／またはスプライシングの変異体を示す。 ‡ R1〜R8は、多重の反応の番号を示し、A〜Fの添字は、分割した反応を示す。＊試験に用いることのできなかった細胞系は、陽性と表示した：ME-1，Karpas -45，Kasumi-1，SKH1，UTP-L12，KOCL-44，KOPN-1。＃括弧内の数字は、MLL1エキソン５用のプライマーを用いて同時に増幅したPC R断片の大きさを示す。以下にcDNA合成およびPCR増幅反応に用いたプロトコールに関わる詳細を示す： cDNA合成（PCR実験室＃１にて）： 1．10μlのDEP処理済みH₂Oに再懸濁した1μgの全RNAを、（各々）1pmol/μlの特異的cDNAプライマー2.5μlと混合する。 2．65℃で5分間反応させ、氷上に置く。 3．12.5μlのMcDNA-mixを加え、混合して、軽くスピンする。McDNA-mix（12.5 μl）の組成は以下の通り： 5μl 5x第１標準緩衝液、 2.5μl 100mM DTT、 2.5μl 10mM （各）dNTP（Pharmacia）、 2.0μl MoMLV RT 200u/μl（BRL）、および 0.5μl 25u/μl RNase阻害剤（Boehringer）。 4．37℃で45分間反応させる。 5．ddH₂OでcDNAを55μlに希釈する。１．PCR増幅（PCR実験室＃１にて）： 1．氷上に置いた８種の200μlのPCRチューブに、20μlのR1A-R8AのPCR混合液を加える。 8x RnA PCR混合液を、氷上で作成する（各々20μl）： 2.5μl 10xTaq緩衝液、 0.5μl 10mM（各）dNTP、 1μl プライマー混合液（R1A〜R8Aのいずれかのプライマー混合液）、 15.7μl ddH₂O、および 0.3μl 5u/μl AmpliTaq Gold（Perkin Elmer）。 2．８種のR1A〜R8A混合液のそれぞれに、Biohit Proline電動ディスペンサーまたは同等品を用いて、希釈したcDNA5μlを加える。 3．チューブを9600サーモサイクラー（Perkin Elmer）に移し、RA PCRにかける： 95℃15分。その後、以下の25サイクルを行う： 95℃30秒。 58℃30秒。 72℃90秒。２．PCR増幅（PCR実験室＃２にて）： 1．８チャンネルの0.2〜10μl用Biohit電動ピペットを用いて、８種のR1A〜R 8A PCR反応液からそれぞれ1μlを取り、これを各々24μｌのR1B〜R8B PCR混合液を入れた８本のチューブに加える。 8xRnB PCR混合液を、氷上で作成する（各々24μl）： 2.5μl 10xTaq緩衝液、 0.5μl 10mM（各）dNTP、 1μl プライマー混合液（R1B〜R8B）、 19.7μl ddH₂O、および 0.3μl 5u/μl AmpliTaq Gold（Perkin Elmer）。 2．チューブをサーモサイクラーに移し、RBプログラムを開始する： 95℃15分。その後、以下の20サイクルを行う： 95℃30秒。 58℃30秒。 72℃90秒。その後72℃で10分。 D．アガロースゲル電気泳動（PCR実験室＃３にて）： 1．PCR産物12.5μlをとり、4μlの5x泳動用緩衝液を加えて、15μlを、25μl/ Lの10mg/ml臭化エチジウムを加えた1.5％のアガロースゲルで、100ｖで60分泳動する。本発明の方法を用いた結果の例を、図１〜３に示す。上述のプライマー混合液で検出できる染色体異常について患者血清が陰性である場合、ゲル電気泳動で認められるのは、内部陽性対照のバンドのみである（例えば図１のレーン1〜3および5〜8参照）。陽性試料は、内部標準の位置とは異なる位置にバンドを生じる（図１レーン4参照）。ゲル上での正確な位置、そしてその後に組換えの種類を、正確に同定する（この場合、8番染色体および21番染色体の転座が陽性の反応を示す）。内部陽性対照が欠損していることから、擬陰性が存在する可能性があるため、この方法を繰り返す必要がある。図２AおよびBは、本質的には図１と同じ図であるが、異なる染色体組換えに対するもので、同定される遺伝子は各パネルの上に示してある。陽性試料のうちで、遺伝子組換えの性状を正確に決定することが不可能な場合には、上のリストにあげたNP混合液から選んだ特定のプライマーを用いて、その試料を、個別の（多重でない）PCR反応にかける。これにより、染色体異常の正確な変異を決定することが可能である（図４参照）。

【手続補正書】特許法第１８４条の８第１項【提出日】平成１１年３月８日（１９９９．３．８）【補正内容】請求の範囲１．（a）染色体異常の一つを有すると考えられる患者由来の核酸試料を得る段階であって、該核酸が、分子増幅過程において特異的または非特異的cDNAプライマーを使用することにより得られるcDNAの形態であり、該過程における鋳型が患者由来のmRNAの形態である、核酸試料を得る段階、（b）核酸試料を多重分子増幅過程にかける段階であって、特徴的な核酸配列の数が十分量存在すれば増幅される段階、（c）段階(b)による産物を回収し、増幅された特徴的な核酸配列の有無を検出することにより、対応する染色体異常の有無が検出される段階を含む、染色体異常の有無を検出する方法であって、各染色体異常が患者の状態に関連しており、かつ少なくとも一つの特徴的な核酸配列により規定される方法において、（1）I)試料中に存在する核酸断片と、II)該核酸断片の塩基配列を増幅するためのプライマーと、III)分子増幅過程における特異的または非特異的cDNAプライマーを用いることにより得られるcDNAである内部標準の核酸断片であって、該過程における鋳型が患者由来のmRNAの形態である内部標準核酸断片とを含む、内部陽性標準の使用、および（2）各々が特徴的な核酸配列の一端に規定されている相互に異なるプライマーの数、ｎが多重分子増幅反応に含まれ、 n個の相互に異なるプライマーの少なくとも一つが、少なくとも二つの相互に異なる特徴的な核酸配列の第一の端に規定され、該少なくとも二つの相互に異なる特徴的な核酸配列が、n個の相互に異なるプライマーの残りから選択される少なくとも二つの相互に異なるプライマーのもう一方の端に規定され、それによって増幅過程の結果、検出できる増幅された特徴的な核酸配列の数が少なくとも1/2 ×n+1である、検出方法。２．nが7〜50の範囲である、請求項１記載の方法。３．cDNAプライマーが特異的である、請求項１または２記載の方法。４．cDNAプライマーの数が少なくとも20である、請求項３記載の方法。５．患者由来のcDNAを得る条件が分子増幅過程の条件と一致する、請求項３記載の方法。６．多重分子増幅が多重ポリメラーゼ連鎖反応である、前記請求項のいずれか一項記載の方法。７．多重ポリメラーゼ連鎖反応がネステッドポリメラーゼ連鎖反応である、請求項６記載の方法。８．染色体異常が、転写された融合遺伝子が存在することである、前記請求項のいずれか一項記載の方法。９．転写された融合遺伝子の存在が、逆位の結果である、請求項８記載の方法。１０．転写された融合遺伝子の存在が、欠失の結果である、請求項８記載の方法。１１．転写された融合遺伝子の存在が、重複の結果である、請求項８記載の方法。１２．転写された融合遺伝子の存在が、Hox-11およびevi-1のような癌原遺伝子が活性化された結果である、請求項８記載の方法。１３．少なくとも一つの染色体異常が、悪性新生物形成状態と関連している、前記請求項のいずれか一項記載の方法。１４．悪性新生物形成状態が、全身性の新生物形成性悪性疾患である、請求項１３記載の方法。１５．全身性の新生物形成性悪性疾患が、急性白血病（AL）、慢性白血病（CL）、Ｔ細胞性急性白血病（T-ALL）、Ｂ細胞性急性白血病（B-ALL）、Ｔ細胞性慢性白血病（T-CLL）、Ｂ細胞性慢性白血病（B-CLL）、前リンパ球性白血病（PLL）、急性未分化性白血病（AUL）、急性骨髄性白血病（AML）、慢性骨髄性白血病（ CML）、慢性骨髄単球性白血病（CMML）、急性前骨髄球性白血病（APL）、プレB- ALL、およびプロB-ALLのような白血病；バーキットリンパ腫（BL）、非ホジキンリンパ腫（NHL）、ホジキンリンパ腫（HL）、ろ胞性リンパ腫（FL）、びまん性大細胞型リンパ腫（DLCL）、Ｔ細胞性リンパ腫、Ｂ細胞性リンパ腫のようなリンパ腫；脊髄形成異常；ならびに骨髄腫からなる群より選択される、請求項１４記載の方法。１６．染色体異常が、 dup(11q23)(dupエキソン5-9/2); dup(11q23)(dupエキソン5-9/4); inv(16)(p13;q22); t(1;11)(p32;q23); t(1;19)(q23;p13); t(10;11)(p14;q23); t(10;14)(q24;q11); t(11;17)(q23;q21); t(11;19)(q23;p13.1) t(11;19)(q23;p13.3); t(12;21)(p13;q22); t(12;22)(p13;q11); t(15;17)(q21;q22); t(16;21)(p11;q22); t(17;19)(q22;p13); t(2;3)(p21;q26); t(2;5)(p23;q35); t(3;21)(q26;q22) t(3;3)(q21;q26); t(3;5)(q25.1;q34); t(4;11)(q21;q23); t(5;12)(q33;p13); t(5;17)(q35;q22); t(6;11)(q27;q23); t(6;9)(p23;q34); t(7;10)(q35;q24); t(7;9)(q34;q32); t(8;21)(q22;q22); t(9;11)(q22;q23); t(9;12)(q34;p13); t(9;22)(q34;q11); t(X;11)(q13;q23); およびta11 dl-3（40kbの欠失）からなる群より選択されるか、または染色体異常が、CBFβ/MYH11、SIL1/TAL1、MLL1、EVI-1、MLL1/AFX1、MLL1/AF1p、MLL1/AF 1q、E2A/PBX1、E2A/HLF、EVI1、NPM/ALK、NPM/MLF、AML1/EVI1、MLL1/AF4、TEL/ PDGfβ、NPM/RARα、DEK/CAN、SET/CAN、MLL1/AF6、HOX11、AML1/MTG8、MLL1/AF 9、BCR/ABL、HLL1/AF10、MLL1/AF17、PLZF/RARα、MLL/ELL、MLL/ENL、TEL/AML1 、PML/RARα、FUS/ERG、AML1/MDS、AML1/EAP、TEL/MN1、MLLエキソン5-9/2、およびMLLエキソン5-9/4からなる群の遺伝子より選択される、請求項１４または１５記載の方法。１７．悪性新生物形成状態が、非全身性の新生物形成性悪性疾患である、請求項１３記載の方法。１８．非全身性の新生物形成性悪性疾患が、癌腫、腺癌、脂肪肉腫、線維肉腫、軟骨肉腫、骨肉腫、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、神経膠腫、神経芽腫、髄芽腫、悪性黒色腫、神経線維芽腫、血管肉腫、リンパ管肉腫、悪性奇形腫、未分化胚細胞腫、精上皮腫、および絨毛癌からなる群より選択される、請求項１７記載の方法。１９．癌腫が、胸部、気管支、結腸直腸、胃、前立腺、卵巣、リンパ組織、リンパ系髄質、子宮、膵臓、食道、膀胱、腎臓、または皮膚の癌腫より選択される、請求項１８記載の方法。２０．悪性新生物形成状態が、乳頭状甲状腺腫、ユーイング肉腫、脂肪肉腫、横紋筋肉腫、滑膜肉腫、および軟部黒色腫からなる群より選択される、請求項１８記載の方法。２１．核酸の試料が患者の骨髄細胞に由来する、前記請求項のいずれか一項記載の方法。２２．核酸の試料が患者の末梢血細胞に由来する、請求項1〜20のいずれか一項記載の方法。２３．核酸の試料が胎盤細胞に由来する、請求項1〜20のいずれか一項記載の方法。２４．核酸の試料が胎児細胞に由来する、請求項1〜20のいずれか一項記載の方法。２５．核酸の試料が羊水に由来する、請求項1〜20のいずれか一項記載の方法。２６．多重分子増幅過程に用いられるプライマーの少なくとも一つが標識されている、前記請求項のいずれか一項記載の方法。２７．標識が、放射性標識、色素標識、蛍光標識、ビオチン標識、リン酸標識、アミン標識、およびチオール標識からなる群より選択される、請求項２６記載の方法。２８．核酸の試料が、前記請求項のいずれか一項に規定されているように、少なくとも２回の多重分子増幅過程にかけられる、前記請求項のいずれか一項記載の方法。２９．少なくとも２回の多重分子増幅過程が並行して行われる、請求項２８記載の方法。３０．少なくとも２回の多重分子増幅過程が、物理的パラメーターおよびタイミングに関して実質的に同じ条件下で行われる、請求項２８または２９記載の方法。３１．特徴的な配列の有無が、ゲル電気泳動、塩基配列解析、HPLC、FPLCおよび蛍光光度計を用いて決定される、前記請求項のいずれか一項記載の方法。３２．cDNA分子が構成的に発現するDNA断片に相当する、請求項１記載の方法。３３．分子増幅過程に用いられるプライマーが、下記の条件を満たすように構築される、前記請求項のいずれか一項記載の方法： 1)それら各々の標的配列に、実質的に同じ温度またはそれ以下の温度でハイブリダイズする、 2)それら各々の標的配列に実質的に特異的である、 3)実質的に分子内でハイブリダイズしない、 4)５’端の融点が、３’端の融点よりも高い、 5)分子増幅の過程において、いずれの２種のプライマーも、患者の状態どは関連なく通常存在する配列に対応する試料中の核酸断片の増幅を、同時に開始し継続させることができない、 6)連続して５個より多くのグアニジン残基を含むプライマーが存在しない、 7)実質的に分子間でハイブリダイズしない。３４．プライマーが、5℃以内の温度差で、各々の標的配列にハイブリダイズする、請求項３３記載の方法。３５．プライマーが、各々の配列に相補的である、請求項３３および３４のいずれか一項記載の方法。３６．プライマーが、該プライマー内部で-1より大きいデルタGを有する、請求項３３〜３５のいずれか一項記載の方法。３７．プライマーの５’端の融点が、３’端の融点よりも少なくとも1℃好ましくは少なくとも6℃高い、請求項３３〜３６のいずれか一項記載の方法。３８．連続して３個より多くのグアニジン残基を含むプライマーが存在しない、請求項３３〜３７のいずれか一項記載の方法。３９．プライマーダイマーが、-10より大きいデルタGを有する、請求項３３〜３８のいずれか一項記載の方法。４０．分子増幅過程に用いられるプライマーが、配列番号：１〜配列番号：１８２からなる群より選択される核酸配列を有する、前記請求項のいずれか一項記載の方法。４１．cDNAプライマーが、配列番号：１〜配列番号：３２および配列番号：１７８〜配列番号：１８２からなる群より選択される、前記請求項のいずれか一項記載の方法。４２．試料物質が、多重分子増幅の各過程につき1μgの核酸である、前記請求項のいずれか一項記載の方法。４３．配列番号：１〜配列番号：１８２からなる群より選択される核酸配列を有する核酸断片。４４．配列番号：１〜配列番号：３２および配列番号：１７８〜配列番号：１８２からなるcDNAプライマー；ならびに配列番号：３３〜配列番号：１７７より選択されるPCRプライマーの群より選択される、７種の相互に異なるプライマーを含むキット。４５．プライマーが、ウェル、毛細管チューブ、棒、およびビーズからなる群より選択されるデバイスに接着されている、請求項４４記載のキット。

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (81)指定国ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，ＩＴ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＭＬ，ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，ＫＥ，ＬＳ，ＭＷ，ＳＤ，ＳＺ，ＵＧ，ＺＷ)，ＥＡ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ，ＲＵ，ＴＪ，ＴＭ)，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ，ＡＴ，ＡＵ，ＡＺ，ＢＡ，ＢＢ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，ＣＡ，ＣＨ，ＣＮ，ＣＵ，ＣＺ，ＣＺ，ＤＥ，ＤＥ，ＤＫ，ＤＫ，ＥＥ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＥ，ＧＨ，ＨＵ，ＩＤ，ＩＬ，ＩＳ，ＪＰ，ＫＥ，ＫＧ，ＫＰ，ＫＲ，ＫＺ，ＬＣ，ＬＫ，ＬＲ，ＬＳ，ＬＴ，ＬＵ，ＬＶ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ，ＭＮ，ＭＷ，ＭＸ，ＮＯ，ＮＺ，ＰＬ，ＰＴ，ＲＯ，ＲＵ，ＳＤ，ＳＥ，ＳＧ，ＳＩ，ＳＫ，ＳＫ，ＳＬ，ＴＪ，ＴＭ，ＴＲ，ＴＴ，ＵＡ，ＵＧ，ＵＳ，ＵＺ，ＶＮ，ＹＵ，ＺＷ

Claims

【特許請求の範囲】１．（a）染色体異常の一つを有すると考えられる患者由来の核酸試料を得る段階、（b）核酸試料を多重分子増幅過程にかける段階であって、特徴的な核酸配列の数が十分量存在すれば増幅される段階、（c）段階(b)による産物を回収し、増幅された特徴的な核酸配列の有無を検出することにより、対応する染色体異常の有無が検出される段階を含む、染色体異常の有無を検出する方法であって、各染色体異常が患者の状態に関連しており、かつ少なくとも一つの特徴的な核酸配列により規定される方法において、多重分子増幅過程が、一つの反応混合液中に少なくとも７個の相互に異なるプライマーの使用を含み、該少なくとも７個の相互に異なるプライマーの各々が、少なくとも一つの特徴的な核酸配列の一端に規定され、少なくとも７個の相互に異なるプライマーの少なくとも一つが、少なくとも二つの特徴的な核酸配列の第一の端に規定され、該少なくとも二つの特徴的な核酸配列の各々が、少なくとも７個の相互に異なるプライマーの残りから選択される相互に異なるプライマーによりもう一方の端に規定され、それによって、増幅反応の結果、検出される増幅された特徴的な核酸配列の数が、少なくとも1/2×n+1（式中、nは少なくとも７個の異なるプライマーの数である）である、検出方法。２．（a）染色体異常の一つを有すると考えられる患者由来の核酸試料を得る段階、（b）核酸試料を多重分子増幅過程にかける段階であって、特徴的な核酸配列の数が十分量存在すれば増幅される段階、（c）段階(b)による産物を回収し、増幅された特徴的な核酸配列の有無を検出することにより、対応する染色体異常の有無が検出される段階を含む、染色体異常の有無を検出する方法であって、各染色体異常が患者の状態に関連しており、かつ少なくとも一つの特徴的な核酸配列により規定される方法において、（1）I)試料中に存在する核酸断片と、II)該核酸断片の塩基配列を増幅するためのプライマーとを含む、内部陽性標準の使用、および（2）各々が特徴的な核酸配列の一端に規定されている相互に異なるプライマーの数、ｎが多重分子増幅反応に含まれ、 n個の相互に異なるプライマーの少なくとも一つが、少なくとも二つの相互に異なる特徴的な核酸配列の第一の端に規定され、該少なくとも二つの相互に異なる特徴的な核酸配列が、n個の相互に異なるプライマーの残りから選択される少なくとも二つの相互に異なるプライマーのもう一方の端に規定され、それによって増幅過程の結果、検出できる増幅された特徴的な核酸配列の数が少なくとも1/2 ×n+1である、検出方法。３．ｎが７である、請求項１または２記載の方法。４．ｎが８である、請求項１または２記載の方法。５．ｎが９である、請求項１または２記載の方法。６．ｎが10である、請求項１または２記載の方法。７．ｎが11である、請求項１または２記載の方法。８．ｎが12である、請求項１または２記載の方法。９．ｎが13である、請求項１または２記載の方法。１０．ｎが14である、請求項１または２記載の方法。１１．ｎが15である、請求項１または２記載の方法。１２．ｎが16である、請求項１または２記載の方法。１３．ｎが17である、請求項１または２記載の方法。１４．ｎが18である、請求項１または２記載の方法。１５．ｎが19である、請求項１または２記載の方法。１６．ｎが20である、請求項１または２記載の方法。１７．ｎが21である、請求項１または２記載の方法。１８．ｎが22である、請求項１または２記載の方法。１９．ｎが23である、請求項１または２記載の方法。２０．ｎが24である、請求項１または２記載の方法。２１．ｎが25である、請求項１または２記載の方法。２２．ｎが30から34の範囲である、請求項１または２記載の方法。２３．ｎが35から39の範囲である、請求項１または２記載の方法。２４．ｎが40から44の範囲である、請求項１または２記載の方法。２５．ｎが45から50の範囲である、請求項１または２記載の方法。２６．患者由来の核酸試料がcDNAの形態である、前記請求項のいずれか一項記載の方法。２７．cDNAが分子増幅の過程で特異的または非特異的cDNAプライマーを用いることにより得られ、該過程における鋳型が患者由来のmRNAの形態である、請求項２６記載の方法。２８．cDNAプライマーが特異的である、請求項２７記載の方法。２９．cDNAプライマーの数が少なくとも20である、請求項２８記載の方法。３０．cDNAプライマーの数が少なくとも50である、請求項２８記載の方法。３１．cDNAプライマーの数が少なくとも100である、請求項２８記載の方法。３２．cDNAプライマーの数が少なくとも150である、請求項２８記載の方法。３３．cDNAプライマーの数が少なくとも200である、請求項２８記載の方法。３４．患者由来のcDNAを得る条件が分子増幅過程の条件と一致する、請求項２６〜３３のいずれか一項記載の方法。３５．多重分子増幅が多重ポリメラーゼ連鎖反応である、前記請求項のいずれか一項記載の方法。３６．多重ポリメラーゼ連鎖反応がネステッドポリメラーゼ連鎖反応である、請求項８記載の方法。３７．染色体異常が、転写された融合遺伝子が存在することである、前記請求項のいずれか一項記載の方法。３８．転写された融合遺伝子の存在が、逆位の結果である、請求項２９記載の方法。３９．転写された融合遺伝子の存在が、欠失の結果である、請求項２９記載の方法。４０．転写された融合遺伝子の存在が、重複の結果である、請求項２９記載の方法。４１．転写された融合遺伝子の存在が、Hox-11およびevi-1のような癌原遺伝子が活性化された結果である、請求項２９記載の方法。４２．少なくとも一つの染色体異常が、悪性新生物形成状態と関連している、前記請求項のいずれか一項記載の方法。４３．悪性新生物形成状態が、全身性の新生物形成性悪性疾患である、請求項４２記載の方法。４４．全身性の新生物形成性悪性疾患が、急性白血病（AL）、慢性白血病（CL）、Ｔ細胞性急性白血病（T-ALL）、Ｂ細胞性急性白血病（B-ALL）、Ｔ細胞性慢性白血病（T-CLL）、Ｂ細胞性慢性白血病（B-CLL）、前リンパ球性白血病（PLL）、急性未分化性白血病（AUL）、急性骨髄性白血病（AML）、慢性骨髄性白血病（ CML）、慢性骨髄単球性白血病（CMML）、急性前骨髄球性白血病（APL）、プレB- ALL、およびプロB-ALLのような白血病；バーキットリンパ腫（BL）、非ホジキンリンパ腫（NHL）、ホジキンリンパ腫（HL）、ろ胞性リンパ腫（FL）、びまん性大細胞型リンバ腫（DLCL）、Ｔ細胞性リンパ腫、Ｂ細胞性リンパ腫のようなリンパ腫；脊髄形成異常；ならびに骨髄腫からなる群より選択される、請求項４３記載の方法。４５．染色体異常が、 dup(llq23)(dupエキソン5-9/2); dup(llq23)(dupエキソン5-9/4); inv(16)(p13;q22); t(1;11)(p32;q23); t(1;19)(q23;p13); t(10;11)(p14;q23); t(10;11)(p14;q23); t(10;14)(q24;q11); t(11;17)(q23;q21); t(11;19)(q23;p13.1) t(11;19)(q23;p13.3); t(12;21)(p13;q22); t(12;22)(p13;q11); t(15;17)(q21;q22); t(15;17)(q21;q22); t(16;21)(p11;q22); t(17;19)(q22;p13); t(2;3)(p21;q26); t(2;5)(p23;q35); t(3;21)(q26;q22) t(3;3)(q21;q26); t(3;5)(q25.1;q34); t(4;11)(q21;q23); t(5;12)(q33;p13); t(5;17)(q35;q22); t(6;11)(q27;q23); t(6;9)(p23;q34); t(7;10)(q35;q24); t(7;9)(q34;q32); t(8;21)(q22;q22); t(9;11)(q22;q23); t(9;12)(q34;p13); t(9;22)(q34;q11); t(9;22)(q34;q11); t(X;11)(q13;q23); およびtall^d1-3（40kbの欠失）からなる群より選択されるか、または染色体異常が、CBFβ/MYH11、SIL1/TAL1、MLL1、EVI-1、MLL1/AFX1、MLL1/AF1p、MLL1/AF1q 、E2A/PBX1、E2A/HLF、EVI1、NPM/ALK、NPM/MLF、AML1/EVI1、MLL1/AF4、TEL/PD Gfβ、NPM/RARα、DEK/CAN，SET/CAN，MLL1/AF6、HOX11、AML1/MTG8、MLL1/AF9 、BCR/ABL、MLL1/AF10、MLL1/AF17、PLZF/RARα、MLL/ELL、MLL/ENL、TEL/AML1 、PML/RARα、FUS/ERG、AML1/MDS、AML1/EAP、TEL/MN1、MLLエキソン5-9/2、および MLLエキソン5-9/4からなる群の遺伝子より選択される、請求項４３または４４記載の方法。４６．悪性新生物形成状態が、非全身性の新生物形成性悪性疾患である、請求項４２記載の方法。４７．非全身性の新生物形成性悪性疾患が、癌腫、腺癌、脂肪肉腫、線維肉腫、軟骨肉腫、骨肉腫、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、神経膠腫、神経芽腫、髄芽腫、悪性黒色腫、神経線維芽腫、血管肉腫、リンパ管肉腫、悪性奇形腫、未分化胚細胞腫、精上皮腫、および絨毛癌からなる群より選択される、請求項４６記載の方法。４８．癌腫が、胸部、気管支、結腸直腸、胃、前立腺、卵巣、リンパ組織、リンパ系髄質、子宮、膵臓、食道、膀胱、腎臓、または皮膚の癌腫より選択される、請求項４７記載の方法。４９．悪性新生物形成状態が、乳頭状甲状腺腫、ユーイング肉腫、脂肪肉腫、横紋筋肉腫、滑膜肉腫、および軟部黒色腫からなる群より選択される、請求項４７記載の方法。５０．核酸の試料が患者の骨髄細胞に由来する、前記請求項のいずれか一項記載の方法。５１．核酸の試料が患者の末梢血細胞に由来する、請求項1〜49のいずれか一項記載の方法。５２．核酸の試料が胎盤細胞に由来する、請求項1〜49のいずれか一項記載の方法。５３．核酸の試料が胎児細胞に由来する、請求項1〜49のいずれか一項記載の方法。５４．核酸の試料が羊水に由来する、請求項1〜49のいずれか一項記載の方法。５５．多重分子増幅過程に用いられるプライマーの少なくとも一つが標識されている、前記請求項のいずれか一項記載の方法。５６．標識が、放射性標識、色素標識、蛍光標識、ビオチン標識、リン酸標識、アミン標識、およびチオール標識からなる群より選択される、請求項５５記載の方法。５７．核酸の試料が、前記請求項のいずれか一項に規定されているように、少なくとも２回の多重分子増幅過程にかけられる、前記請求項のいずれか一項記載の方法。５８．少なくとも２回の多重分子増幅過程が並行して行われる、請求項５７記載の方法。５９．少なくとも２回の多重分子増幅過程が、物理的パラメーターおよびタイミングに関して実質的に同じ条件下で行われる、請求項５７または５８記載の方法。６０．特徴的な配列の有無が、ゲル電気泳動、塩基配列解析、HPLC，FPLCおよび蛍光光度計を用いて決定される、前記請求項のいずれか一項記載の方法。６１．内部標準の核酸断片が患者に由来するcDNA分子である、請求項２〜６０のいずれか一項記載の方法。６２．cDNA分子が、分子増幅過程において、特異的または非特異的なcDNAプライマーを用いて得られ、該過程における鋳型が患者由来のmRNAの形態である、請求項６１記載の方法。６３．cDNA分子が請求項２７記載の分子増幅過程により得られる、請求項６２記載の方法。６４．cDNA分子が構成的に発現するDNA断片に相当する、請求項６２記載の方法。６５．分子増幅過程に用いられるプライマーが、下記の条件を満たすように構築される、前記請求項のいずれか一項記載の方法： 1)それら各々の標的配列に、実質的に同じ温度またはそれ以下の温度でハイブリダイズする、 2)それら各々の標的配列に実質的に特異的である、 3)実質的に分子内でハイブリダイズしない、 4)５’端の融点が、３’端の融点よりも高い、 5)分子増幅の過程において、いずれの２種のプライマーも、患者の状態とは関連なく通常存在する配列に対応する試料中の核酸配列の増幅を、同時に開始し継続させることができない、 6)連続して５個より多くのグアニジン残基を含むプライマーが存在しない、 7)実質的に分子間でハイブリダイズしない。６６．プライマーが、5℃以内の温度差で、各々の標的配列にハイブリダイズする、請求項６５記載の方法。６７．プライマーが、各々の配列に相補的である、請求項６５および６６のいずれか一項記載の方法。６８．プライマーが、該プライマー内部で-1より大きいデルタGを有する、請求項６５〜６７のいずれか一項記載の方法。６９．プライマーの５’端の融点が、３’端の融点よりも少なくとも1℃、好ましくは少なくとも6℃高い、請求項６５〜６８のいずれか一項記載の方法。７０．連続して３個より多くのグアニジン残基を含むプライマーが存在しない、請求項６５〜６９のいずれか一項記載の方法。７１．プライマーダイマーが、-10より高いデルタGを有する、請求項６５〜７０のいずれか一項記載の方法。７２．分子増幅過程に用いられるプライマーが、配列番号：１〜配列番号：１８２からなる群より選択される核酸配列を有する、前記請求項のいずれか一項記載の方法。７３．cDNAプライマーが、配列番号：１〜配列番号：３２および配列番号：１７８〜配列番号：１８２からなる群より選択される、請求項２７〜７２のいずれか一項記載の方法。７４．試料物質が、多重分子増幅の各過程につき1μｇの核酸である、前記請求項のいずれか一項記載の方法。７５．配列番号：１〜配列番号：１８２からなる群より選択される核酸配列を有する核酸断片。７６．配列番号：１〜配列番号：３２および配列番号：１７８〜配列番号：１８２からなるcDNAプライマー；ならびに配列番号：３３〜配列番号：１７７より選択されるPCRプライマーの群より選択される、７種の相互に異なるプライマーを含むキット。７７．プライマーが、ウェル、毛細管チューブ、棒、およびビーズからなる群より選択されるデバイスに接着されている、請求項７７記載のキット。