JP2001309800A - 細胞特異的標的構造の同定法及び富化法 - Google Patents
細胞特異的標的構造の同定法及び富化法Info
- Publication number
- JP2001309800A JP2001309800A JP2001086055A JP2001086055A JP2001309800A JP 2001309800 A JP2001309800 A JP 2001309800A JP 2001086055 A JP2001086055 A JP 2001086055A JP 2001086055 A JP2001086055 A JP 2001086055A JP 2001309800 A JP2001309800 A JP 2001309800A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- cell
- target structure
- specific target
- reagent solution
- marker
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims abstract description 39
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 claims abstract description 40
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims abstract description 40
- 239000000203 mixture Substances 0.000 claims abstract description 11
- 238000000151 deposition Methods 0.000 claims abstract description 6
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 81
- 239000003550 marker Substances 0.000 claims description 24
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 20
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 claims description 7
- 210000002889 endothelial cell Anatomy 0.000 claims description 4
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 claims description 2
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 claims description 2
- 210000004748 cultured cell Anatomy 0.000 claims description 2
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 claims description 2
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 claims description 2
- 238000000926 separation method Methods 0.000 claims description 2
- 238000000539 two dimensional gel electrophoresis Methods 0.000 claims description 2
- 238000004135 animal tissue culture Methods 0.000 claims 1
- 238000007796 conventional method Methods 0.000 abstract 1
- 230000007547 defect Effects 0.000 abstract 1
- 235000018102 proteins Nutrition 0.000 description 32
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 8
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 4
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 4
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 4
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 3
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 3
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 3
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 238000009509 drug development Methods 0.000 description 2
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 2
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 2
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 description 2
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 2
- 210000003463 organelle Anatomy 0.000 description 2
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 2
- 102000018697 Membrane Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010052285 Membrane Proteins Proteins 0.000 description 1
- 238000012742 biochemical analysis Methods 0.000 description 1
- 238000002306 biochemical method Methods 0.000 description 1
- 210000004556 brain Anatomy 0.000 description 1
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 1
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 1
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 1
- 210000002865 immune cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000008611 intercellular interaction Effects 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 239000000463 material Substances 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 102000035118 modified proteins Human genes 0.000 description 1
- 108091005573 modified proteins Proteins 0.000 description 1
- 210000003205 muscle Anatomy 0.000 description 1
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 1
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 1
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 1
- 235000004252 protein component Nutrition 0.000 description 1
- 102220201851 rs143406017 Human genes 0.000 description 1
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000003556 vascular endothelial cell Anatomy 0.000 description 1
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
- G01N33/6845—Methods of identifying protein-protein interactions in protein mixtures
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N1/00—Sampling; Preparing specimens for investigation
- G01N1/28—Preparing specimens for investigation including physical details of (bio-)chemical methods covered elsewhere, e.g. G01N33/50, C12Q
- G01N1/30—Staining; Impregnating ; Fixation; Dehydration; Multistep processes for preparing samples of tissue, cell or nucleic acid material and the like for analysis
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/569—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for microorganisms, e.g. protozoa, bacteria, viruses
- G01N33/56966—Animal cells
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
- G01N33/6803—General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
- G01N33/6842—Proteomic analysis of subsets of protein mixtures with reduced complexity, e.g. membrane proteins, phosphoproteins, organelle proteins
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Hematology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Pathology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Zoology (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Virology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Analysing Materials By The Use Of Radiation (AREA)
- Other Investigation Or Analysis Of Materials By Electrical Means (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
Abstract
(57)【要約】
【課題】 細胞特異的コンビネーションパターンの同定
及び富化を可能にし、従来技術の欠点を解消する方法の
提供。 【解決手段】 細胞特異的標的構造を同定及び富化する
ための、特に細胞の表面の細胞特異的タンパク質コンビ
ネーションパターンを同定するための、及び上記細胞を
富化するための方法であって、以下の工程：（ａ）事前
に定義された構造を有する一つ以上の表面上に異種細胞
混合物を沈着させ、対応する標的構造を有する細胞を、
上記表面に結合させる工程；（ｂ）上記表面から上記細
胞混合物の非結合細胞を除去する工程；（ｃ）上記表面
への細胞の結合に関与する細胞特異的標的構造を同定す
る工程；（ｄ）上記表面上の同一の細胞特異的標的構造
を有する細胞を選択し富化する工程；並びに（ｅ）工程
（ｄ）で選択された標的構造を生化学的に特徴付けする
工程；を含む方法を提供すること。
及び富化を可能にし、従来技術の欠点を解消する方法の
提供。 【解決手段】 細胞特異的標的構造を同定及び富化する
ための、特に細胞の表面の細胞特異的タンパク質コンビ
ネーションパターンを同定するための、及び上記細胞を
富化するための方法であって、以下の工程：（ａ）事前
に定義された構造を有する一つ以上の表面上に異種細胞
混合物を沈着させ、対応する標的構造を有する細胞を、
上記表面に結合させる工程；（ｂ）上記表面から上記細
胞混合物の非結合細胞を除去する工程；（ｃ）上記表面
への細胞の結合に関与する細胞特異的標的構造を同定す
る工程；（ｄ）上記表面上の同一の細胞特異的標的構造
を有する細胞を選択し富化する工程；並びに（ｅ）工程
（ｄ）で選択された標的構造を生化学的に特徴付けする
工程；を含む方法を提供すること。
Description
【０００１】
【発明の属する技術分野】本発明は、細胞特異的標的構
造の同定及び富化、特に細胞表面上の細胞特異的タンパ
ク質コンビネーションパターンの同定、及び上記細胞の
富化のための方法に関する。
造の同定及び富化、特に細胞表面上の細胞特異的タンパ
ク質コンビネーションパターンの同定、及び上記細胞の
富化のための方法に関する。
【０００２】
【従来の技術】細胞特異的標的構造の同定は、生物内で
無数の効果を引き起こす細胞間相互作用を解明するため
に必須である。特に、疾患特異的標的構造の知見は、効
果的であると同時に副作用がほとんど存在しない薬剤を
開発するための必要前提条件である。
無数の効果を引き起こす細胞間相互作用を解明するため
に必須である。特に、疾患特異的標的構造の知見は、効
果的であると同時に副作用がほとんど存在しない薬剤を
開発するための必要前提条件である。
【０００３】従来技術から、免疫細胞（リンパ細胞）
が、脳及び筋肉組織における血管の内皮細胞に結合する
ことに関与する、タンパク質コンビネーションパター
ン、略してＰＣＰと称される、タンパク質の特異的なコ
ンビネーションを発現しているであろうことが周知であ
る。しかしながら、他のタンパク質のコンビネーション
は、上記内皮細胞に対する何れの結合をも引き起こさな
いであろう。驚くべきことに、これらの特異的なコンビ
ネーションは、個体内で一致しており、常に同じ結合機
能を発揮する。従って、特異的なタンパク質コンビネー
ションパターンは、細胞特異的標的構造を表す、器官特
異的な内皮細胞表面に対する細胞表面の個体内で一致し
たリンパ細胞結合コードであるように解される。かくし
て、細胞特異的標的構造は、非常に特異的なタンパク質
コンビネーションパターンを示す。
が、脳及び筋肉組織における血管の内皮細胞に結合する
ことに関与する、タンパク質コンビネーションパター
ン、略してＰＣＰと称される、タンパク質の特異的なコ
ンビネーションを発現しているであろうことが周知であ
る。しかしながら、他のタンパク質のコンビネーション
は、上記内皮細胞に対する何れの結合をも引き起こさな
いであろう。驚くべきことに、これらの特異的なコンビ
ネーションは、個体内で一致しており、常に同じ結合機
能を発揮する。従って、特異的なタンパク質コンビネー
ションパターンは、細胞特異的標的構造を表す、器官特
異的な内皮細胞表面に対する細胞表面の個体内で一致し
たリンパ細胞結合コードであるように解される。かくし
て、細胞特異的標的構造は、非常に特異的なタンパク質
コンビネーションパターンを示す。
【０００４】侵襲的な腫瘍細胞の表面はまた、非常に攻
撃的な、即ち器官選択的な侵襲挙動を生ずる特異的なタ
ンパク質コンビネーションパターンを示す。このため、
上記タンパク質コンビネーションパターンは、可能性の
ある薬剤に対する標的構造を構成する。
撃的な、即ち器官選択的な侵襲挙動を生ずる特異的なタ
ンパク質コンビネーションパターンを示す。このため、
上記タンパク質コンビネーションパターンは、可能性の
ある薬剤に対する標的構造を構成する。
【０００５】しかしながら、上記非常に選択的な薬剤の
開発のための必須の前提条件は、これらの標的構想の分
子組成の知見である。
開発のための必須の前提条件は、これらの標的構想の分
子組成の知見である。
【０００６】健康な組織若しくは細胞の遺伝子発現プロ
フィールと比較した、疾患組織若しくは細胞の遺伝子発
現プロフィールの分析に基づいて、標的構造を同定する
方法が、従来技術において開示され、タンパク質発現プ
ロフィールとメッセンジャーリボ核酸（ｍＲＮＡ）の発
現プロフィールの両者は、疾患組織若しくは細胞におけ
る、新規なタンパク質、不良コントロールタンパク質、
若しくは異常に修飾されたタンパク質の出現に関する情
報を提供すると企図される（例えば、F. Lottspeich/H.
Zorbas; Bioanalytik; Spektrum Analytischer Verla
g; Heidelberg,1998)。
フィールと比較した、疾患組織若しくは細胞の遺伝子発
現プロフィールの分析に基づいて、標的構造を同定する
方法が、従来技術において開示され、タンパク質発現プ
ロフィールとメッセンジャーリボ核酸（ｍＲＮＡ）の発
現プロフィールの両者は、疾患組織若しくは細胞におけ
る、新規なタンパク質、不良コントロールタンパク質、
若しくは異常に修飾されたタンパク質の出現に関する情
報を提供すると企図される（例えば、F. Lottspeich/H.
Zorbas; Bioanalytik; Spektrum Analytischer Verla
g; Heidelberg,1998)。
【０００７】しかしながらこれらの方法は、上記種類の
発現プロフィールを作製することが、これらの多数の細
胞によってのみ可能であるため、数千若しくは数百万の
細胞に通常基づく細胞ホモジェネートで全て使用され
る。該細胞ホモジェネートにおいて、タンパク質若しく
はｍＲＮＡは生化学的方法によって抽出され且つ分離さ
れるため、細胞は破壊されて開いた形態で含まれる。
発現プロフィールを作製することが、これらの多数の細
胞によってのみ可能であるため、数千若しくは数百万の
細胞に通常基づく細胞ホモジェネートで全て使用され
る。該細胞ホモジェネートにおいて、タンパク質若しく
はｍＲＮＡは生化学的方法によって抽出され且つ分離さ
れるため、細胞は破壊されて開いた形態で含まれる。
【０００８】これらの従来技術の方法は、上記タンパク
質コンビネーションパターンの個々のタンパク質構成成
分が、細胞ホモジェネートの生産、及び後の抽出工程に
よって完全に分離され、かくして細胞の及び組織の幾何
学的位置に関する関連情報が喪失されるため、タンパク
質コンビネーションパターンの同定のためには適してい
ない。さらに、細胞小器官を破壊することは、これらの
細胞小器官内のタンパク質のコンビネーション、及びそ
れらの関連する幾何学的相関関係に関する情報を得るこ
とを不可能にする。
質コンビネーションパターンの個々のタンパク質構成成
分が、細胞ホモジェネートの生産、及び後の抽出工程に
よって完全に分離され、かくして細胞の及び組織の幾何
学的位置に関する関連情報が喪失されるため、タンパク
質コンビネーションパターンの同定のためには適してい
ない。さらに、細胞小器官を破壊することは、これらの
細胞小器官内のタンパク質のコンビネーション、及びそ
れらの関連する幾何学的相関関係に関する情報を得るこ
とを不可能にする。
【０００９】従来技術の方法の別の欠点は、組織若しく
は細胞の調製工程から、タンパク質の単離若しくは分離
工程へと、組織若しくは細胞を導く若しくは回収する際
に、制御及び標準化が困難である非常に数多くの可変的
な外的影響を受けることである。
は細胞の調製工程から、タンパク質の単離若しくは分離
工程へと、組織若しくは細胞を導く若しくは回収する際
に、制御及び標準化が困難である非常に数多くの可変的
な外的影響を受けることである。
【００１０】さらに、従来技術の方法の別の欠点は、分
析を個々の細胞レベルで実施することが不可能であるこ
とであり、そのことは、個々の細胞がそのタンパク質コ
ンビネーションパターンにおいて異なる態様で検出する
ことを不可能にする。加えて、少量のみ存在するタンパ
ク質は、従来技術の方法によって検出されないであろ
う。これは例えば、少ない、さらには病原性の、疾患特
異的な細胞においてのみ存在するタンパク質若しくは特
異的タンパク質コンビネーションパターンについて、特
に当てはまる。
析を個々の細胞レベルで実施することが不可能であるこ
とであり、そのことは、個々の細胞がそのタンパク質コ
ンビネーションパターンにおいて異なる態様で検出する
ことを不可能にする。加えて、少量のみ存在するタンパ
ク質は、従来技術の方法によって検出されないであろ
う。これは例えば、少ない、さらには病原性の、疾患特
異的な細胞においてのみ存在するタンパク質若しくは特
異的タンパク質コンビネーションパターンについて、特
に当てはまる。
【００１１】
【発明が解決しようとする課題】それ故本発明の目的
は、細胞特異的コンビネーションパターンの同定及び富
化を可能にし、上述の従来技術の欠点を解消する上述の
種類の方法を提供することである。
は、細胞特異的コンビネーションパターンの同定及び富
化を可能にし、上述の従来技術の欠点を解消する上述の
種類の方法を提供することである。
【００１２】
【課題を解決するための手段】この目的は、細胞特異的
標的構造を同定及び富化、特に細胞表面上の細胞特異的
タンパク質コンビネーションパターンの同定、及びこれ
らの細胞の富化のための本発明の方法によって達成さ
れ、この方法は特許請求の範囲の請求項１の特徴を有す
る。
標的構造を同定及び富化、特に細胞表面上の細胞特異的
タンパク質コンビネーションパターンの同定、及びこれ
らの細胞の富化のための本発明の方法によって達成さ
れ、この方法は特許請求の範囲の請求項１の特徴を有す
る。
【００１３】本発明に従った方法の有利な実施態様は、
従属請求項に記載される。
従属請求項に記載される。
【００１４】
【発明の実施の形態】特に細胞表面上の細胞特異的タン
パク質コンビネーションパターンの同定のための、及び
上記細胞の富化のための、細胞特異的標的構造を同定及
び富化するための本発明に従った方法は、以下の工程を
含む：（ａ）事前に定義された構造を有する一つ以上の
表面上に異種細胞混合物を沈着させ、対応する標的構造
を有する細胞を、上記表面に結合させる工程；（ｂ）上
記表面から上記細胞混合物の非結合細胞を除去する工
程；（ｃ）上記表面への細胞の結合に関与する細胞特異
的標的構造を同定する工程；（ｄ）上記表面上の同一の
細胞特異的標的構造を有する細胞を選択し富化する工
程；並びに（ｅ）工程（ｄ）で選択された標的構造を生
化学的に特徴付けする工程。これにより、事前に定義さ
れた構造への結合に関与する細胞特異的標的構造、特に
細胞表面のタンパク質コンビネーションを同定すること
が可能である。さらに、均一な細胞表面のようなこれら
の細胞特異的標的構造を富化し、次いでそれらを生化学
的分析法にかけることが可能である。これにより例え
ば、少量のみ存在するタンパク質を富化及び分析するこ
とも可能である。これにより特に、例えば少ない、病原
性の、疾患特異的な細胞にのみ見出されるタンパク質若
しくは特異的なタンパク質コンビネーションパターンを
確認できる。この方法において、非常に選択的な結合に
関する一つのタイプ及び同じ機能的タイプの細胞が、該
細胞によって発現されるタンパク質のさらなる分析のた
めに入手可能となる。有利には、選択され富化された標
的構造は、特に２次元ゲル電気泳動といったタンパク質
分離方法のような、分子若しくは分子複合体の分離方法
によって、工程（ｅ）において生化学的に特徴付けされ
る。
パク質コンビネーションパターンの同定のための、及び
上記細胞の富化のための、細胞特異的標的構造を同定及
び富化するための本発明に従った方法は、以下の工程を
含む：（ａ）事前に定義された構造を有する一つ以上の
表面上に異種細胞混合物を沈着させ、対応する標的構造
を有する細胞を、上記表面に結合させる工程；（ｂ）上
記表面から上記細胞混合物の非結合細胞を除去する工
程；（ｃ）上記表面への細胞の結合に関与する細胞特異
的標的構造を同定する工程；（ｄ）上記表面上の同一の
細胞特異的標的構造を有する細胞を選択し富化する工
程；並びに（ｅ）工程（ｄ）で選択された標的構造を生
化学的に特徴付けする工程。これにより、事前に定義さ
れた構造への結合に関与する細胞特異的標的構造、特に
細胞表面のタンパク質コンビネーションを同定すること
が可能である。さらに、均一な細胞表面のようなこれら
の細胞特異的標的構造を富化し、次いでそれらを生化学
的分析法にかけることが可能である。これにより例え
ば、少量のみ存在するタンパク質を富化及び分析するこ
とも可能である。これにより特に、例えば少ない、病原
性の、疾患特異的な細胞にのみ見出されるタンパク質若
しくは特異的なタンパク質コンビネーションパターンを
確認できる。この方法において、非常に選択的な結合に
関する一つのタイプ及び同じ機能的タイプの細胞が、該
細胞によって発現されるタンパク質のさらなる分析のた
めに入手可能となる。有利には、選択され富化された標
的構造は、特に２次元ゲル電気泳動といったタンパク質
分離方法のような、分子若しくは分子複合体の分離方法
によって、工程（ｅ）において生化学的に特徴付けされ
る。
【００１５】
【実施例】本発明の工程（ａ）から（ｂ）を実施するた
めの一つの実施態様は、以下の部分的な方法を含む：
１）液体異種細胞混合物を、分析装置のチャンネル内若
しくはチャンネル上に、及び事前に定義された構造を含
む固定表面を有する標本スライド上に導入若しくは適用
する工程；２）上記チャンネルの窓部を介して非結合細
胞を除去し、容器内にこの材料を回収する工程；３）標
本スライドサーモスタットにより標本スライドを冷却す
る工程；並びに４）上記標本スライド上に結合した細胞
を固定する工程。
めの一つの実施態様は、以下の部分的な方法を含む：
１）液体異種細胞混合物を、分析装置のチャンネル内若
しくはチャンネル上に、及び事前に定義された構造を含
む固定表面を有する標本スライド上に導入若しくは適用
する工程；２）上記チャンネルの窓部を介して非結合細
胞を除去し、容器内にこの材料を回収する工程；３）標
本スライドサーモスタットにより標本スライドを冷却す
る工程；並びに４）上記標本スライド上に結合した細胞
を固定する工程。
【００１６】本発明の方法の有利な実施態様として、異
種細胞混合物は、ヒト若しくは動物組織またはヒト若し
くは動物体液から単離され、あるいはそれは培養細胞よ
り成り、表面はヒト若しくは動物組織切片、及び／また
は内皮細胞、及び／またはタンパク質チップ、及び／ま
たはヒト若しくは動物組織の培養切片である。これは、
薬剤の開発のための細胞特異的標的構造の迅速で意味深
い同定を可能にするであろう。
種細胞混合物は、ヒト若しくは動物組織またはヒト若し
くは動物体液から単離され、あるいはそれは培養細胞よ
り成り、表面はヒト若しくは動物組織切片、及び／また
は内皮細胞、及び／またはタンパク質チップ、及び／ま
たはヒト若しくは動物組織の培養切片である。これは、
薬剤の開発のための細胞特異的標的構造の迅速で意味深
い同定を可能にするであろう。
【００１７】本発明の方法のさらに別の有利な実施態様
として、細胞特異的標的構造は、以下の工程を含む方法
によって同定される：（Ｉ）上記細胞特異的標的構造上
の少なくとも一つのマーカー分子を含む試薬溶液Ｙ１を
自動的に沈着する工程；（ＩＩ）該試薬溶液Ｙ１を反応
させ、該試薬溶液Ｙ１でラベルされた標的構造の少なく
とも一つのマーカーパターンを自動的に検出する工程；
（ＩＩＩ）マーカーパターンを検出する前または後で上
記試薬溶液Ｙ１を除去し、それぞれ上記少なくとも一つ
のマーカー分子、及び／または少なくとも別のマーカー
分子を含む、さらなる試薬溶液Ｙｎ（ｎ＝２，３，・・
・、Ｎ）で工程（Ｉ）及び（ＩＩ）を繰り返す工程；並
びに（ＩＶ）工程（ＩＩ）で検出されたマーカーパター
ンを組み合わせ、細胞特異的標的構造の複合体分子コン
ビネーションパターンを与える工程。この同定法は、細
胞表面上のタンパク質コンビネーションパターンのよう
な細胞特異的標的構造の迅速で意味深い同定を可能にす
る。
として、細胞特異的標的構造は、以下の工程を含む方法
によって同定される：（Ｉ）上記細胞特異的標的構造上
の少なくとも一つのマーカー分子を含む試薬溶液Ｙ１を
自動的に沈着する工程；（ＩＩ）該試薬溶液Ｙ１を反応
させ、該試薬溶液Ｙ１でラベルされた標的構造の少なく
とも一つのマーカーパターンを自動的に検出する工程；
（ＩＩＩ）マーカーパターンを検出する前または後で上
記試薬溶液Ｙ１を除去し、それぞれ上記少なくとも一つ
のマーカー分子、及び／または少なくとも別のマーカー
分子を含む、さらなる試薬溶液Ｙｎ（ｎ＝２，３，・・
・、Ｎ）で工程（Ｉ）及び（ＩＩ）を繰り返す工程；並
びに（ＩＶ）工程（ＩＩ）で検出されたマーカーパター
ンを組み合わせ、細胞特異的標的構造の複合体分子コン
ビネーションパターンを与える工程。この同定法は、細
胞表面上のタンパク質コンビネーションパターンのよう
な細胞特異的標的構造の迅速で意味深い同定を可能にす
る。
【００１８】本発明の方法のさらに別の有利な実施態様
は、以下の工程を工程（ｄ）の後に実施することであ
る：（ｄ１）細胞特異的タンパク質コンビネーションパ
ターンの一つ以上のタンパク質である、工程（ｄ）で選
択された細胞特異的標的構造の一つ以上の成分に関し
て、阻害実験を実施し、成分の結合階層を検出する工
程。これにより、タンパク質階層中のタンパク質が、上
記選択的な結合に特に関与しているか否かを測定するこ
とが可能である。関連タンパク質は、非常に選択的な薬
剤の開発のための標的を構成する。
は、以下の工程を工程（ｄ）の後に実施することであ
る：（ｄ１）細胞特異的タンパク質コンビネーションパ
ターンの一つ以上のタンパク質である、工程（ｄ）で選
択された細胞特異的標的構造の一つ以上の成分に関し
て、阻害実験を実施し、成分の結合階層を検出する工
程。これにより、タンパク質階層中のタンパク質が、上
記選択的な結合に特に関与しているか否かを測定するこ
とが可能である。関連タンパク質は、非常に選択的な薬
剤の開発のための標的を構成する。
【００１９】本発明の方法のさらに別の有利な実施態様
として、以下の工程が工程（ｅ）の代わりに実施され
る：（ｆ）上記選択され富化された細胞特異的標的構造
上の少なくとも一つのマーカー分子を含む、試薬溶液Ｙ
１を自動的に沈着する工程；（ｇ）試薬溶液Ｙ１を反応
させ、該試薬溶液Ｙ１でラベルされた標的構造の少なく
とも一つのマーカーパターンを自動的に検出する工程；
（ｈ）マーカーパターンを検出する前または後で上記試
薬溶液Ｙ１を除去し、それぞれ上記少なくとも一つのマ
ーカー分子、及び／または少なくとも別のマーカー分子
を含む、さらなる試薬溶液Ｙｎ（ｎ＝２，３，・・・、
Ｎ）で工程（ｆ）及び（ｇ）を繰り返す工程；並びに
（ｉ）工程（ｇ）で検出されたマーカーパターンを組み
合わせ、選択され富化された細胞特異的標的構造の複合
体分子コンビネーションパターンを与える工程。本発明
に従って富化され選択された同じタイプの細胞により、
細胞特異的標的構造のさらにより詳細な説明が、工程
（ｆ）から（ｉ）によって可能となる。
として、以下の工程が工程（ｅ）の代わりに実施され
る：（ｆ）上記選択され富化された細胞特異的標的構造
上の少なくとも一つのマーカー分子を含む、試薬溶液Ｙ
１を自動的に沈着する工程；（ｇ）試薬溶液Ｙ１を反応
させ、該試薬溶液Ｙ１でラベルされた標的構造の少なく
とも一つのマーカーパターンを自動的に検出する工程；
（ｈ）マーカーパターンを検出する前または後で上記試
薬溶液Ｙ１を除去し、それぞれ上記少なくとも一つのマ
ーカー分子、及び／または少なくとも別のマーカー分子
を含む、さらなる試薬溶液Ｙｎ（ｎ＝２，３，・・・、
Ｎ）で工程（ｆ）及び（ｇ）を繰り返す工程；並びに
（ｉ）工程（ｇ）で検出されたマーカーパターンを組み
合わせ、選択され富化された細胞特異的標的構造の複合
体分子コンビネーションパターンを与える工程。本発明
に従って富化され選択された同じタイプの細胞により、
細胞特異的標的構造のさらにより詳細な説明が、工程
（ｆ）から（ｉ）によって可能となる。
【００２０】要約すると、本発明の方法は、標的構造の
同定のための生物学的な選択的機構を使用することによ
って、薬剤の開発のための他のものから、関連する有効
な標的構造を効率的に見出すことを可能とする。
同定のための生物学的な選択的機構を使用することによ
って、薬剤の開発のための他のものから、関連する有効
な標的構造を効率的に見出すことを可能とする。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考） Ｃ１２Ｒ 1:91） Ｃ１２Ｎ 5/00 Ｅ
Claims (9)
- 【請求項１】 細胞特異的標的構造を同定及び富化する
ための、特に細胞の表面の細胞特異的タンパク質コンビ
ネーションパターンを同定するための、及び上記細胞を
富化するための方法であって、以下の工程： （ａ）事前に定義された構造を有する一つ以上の表面上
に異種細胞混合物を沈着させ、対応する標的構造を有す
る細胞を、上記表面に結合させる工程； （ｂ）上記表面から上記細胞混合物の非結合細胞を除去
する工程； （ｃ）上記表面への細胞の結合に関与する細胞特異的標
的構造を同定する工程； （ｄ）上記表面上の同一の細胞特異的標的構造を有する
細胞を選択し富化する工程；並びに （ｅ）工程（ｄ）で選択された標的構造を生化学的に特
徴付けする工程；を含む方法。 - 【請求項２】 上記異種細胞混合物が、ヒト若しくは動
物組織またはヒト若しくは動物体液から単離され、ある
いは培養細胞より成る、請求項１記載の方法。 - 【請求項３】 上記表面が、ヒト若しくは動物組織切
片、及び／または内皮細胞、及び／またはタンパク質チ
ップ、及び／またはヒト若しくは動物組織の培養切片で
ある、請求項１または２記載の方法。 - 【請求項４】 上記細胞特異的標的構造が、以下の工
程： （Ｉ）上記細胞特異的標的構造上の少なくとも一つのマ
ーカー分子を含む試薬溶液Ｙ１を自動的に沈着する工
程； （ＩＩ）該試薬溶液Ｙ１を反応させ、該試薬溶液Ｙ１で
ラベルされた標的構造の少なくとも一つのマーカーパタ
ーンを自動的に検出する工程； （ＩＩＩ）マーカーパターンを検出する前または後で上
記試薬溶液Ｙ１を除去し、それぞれ上記少なくとも一つ
のマーカー分子、及び／または少なくとも別のマーカー
分子を含む、さらなる試薬溶液Ｙｎ（ｎ＝２，３，・・
・、Ｎ）で工程（Ｉ）及び（ＩＩ）を繰り返す工程；並
びに （ＩＶ）工程（ＩＩ）で検出されたマーカーパターンを
組み合わせ、細胞特異的標的構造の複合体分子コンビネ
ーションパターンを与える工程；を含む方法において同
定される、請求項１から３のいずれか一項記載の方法。 - 【請求項５】 上記選択された標的構造が、特にタンパ
ク質分離方法のような、分子若しくは分子複合体の分離
方法によって、工程（ｅ）において生化学的に特徴付け
される、請求項１から４のいずれか一項記載の方法。 - 【請求項６】 上記タンパク質分離方法が、２次元ゲル
電気泳動である、請求項５記載の方法。 - 【請求項７】 以下の工程： （ｄ１）工程（ｄ）で選択された細胞特異的標的構造の
一つ以上の成分に関して、阻害実験を実施し、成分の結
合階層を検出する工程：を工程（ｄ）の後に実施する、
請求項１から６のいずれか一項記載の方法。 - 【請求項８】 上記成分が、細胞特異的タンパク質コン
ビネーションパターンの一つ以上のタンパク質である、
請求項７記載の方法。 - 【請求項９】 以下の工程： （ｆ）上記選択され富化された細胞特異的標的構造上の
少なくとも一つのマーカー分子を含む、試薬溶液Ｙ１を
自動的に沈着する工程； （ｇ）試薬溶液Ｙ１を反応させ、該試薬溶液Ｙ１でラベ
ルされた標的構造の少なくとも一つのマーカーパターン
を自動的に検出する工程； （ｈ）マーカーパターンを検出する前または後で上記試
薬溶液Ｙ１を除去し、それぞれ上記少なくとも一つのマ
ーカー分子、及び／または少なくとも別のマーカー分子
を含む、さらなる試薬溶液Ｙｎ（ｎ＝２，３，・・・、
Ｎ）で工程（ｆ）及び（ｇ）を繰り返す工程；並びに （ｉ）工程（ｇ）で検出されたマーカーパターンを組み
合わせ、選択され富化された細胞特異的標的構造の複合
体分子コンビネーションパターンを与える工程；を工程
（ｅ）の代わりに実施する、請求項１記載の方法。
Applications Claiming Priority (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| DE10014708.9 | 2000-03-24 | ||
| DE10014708A DE10014708A1 (de) | 2000-03-24 | 2000-03-24 | Verfahren zur Identifizierung und Anreicherung von zellspezifischen Zielstrukturen |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| JP2001309800A true JP2001309800A (ja) | 2001-11-06 |
Family
ID=7636221
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| JP2001086055A Pending JP2001309800A (ja) | 2000-03-24 | 2001-03-23 | 細胞特異的標的構造の同定法及び富化法 |
Country Status (7)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US6974675B2 (ja) |
| EP (1) | EP1136823B1 (ja) |
| JP (1) | JP2001309800A (ja) |
| CN (1) | CN100350247C (ja) |
| AT (1) | ATE317125T1 (ja) |
| DE (2) | DE10014708A1 (ja) |
| SG (1) | SG106604A1 (ja) |
Families Citing this family (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| DE10014708A1 (de) * | 2000-03-24 | 2001-10-31 | Walter Schubert | Verfahren zur Identifizierung und Anreicherung von zellspezifischen Zielstrukturen |
| DE10043470B4 (de) | 2000-09-04 | 2006-01-19 | Mpb Meltec Patent- Und Beteiligungsgesellschaft Mbh | Verfahren zur Identifizierung von zellspezifischen Proteinen |
| DE50202704D1 (de) * | 2002-01-22 | 2005-05-12 | Mpb Meltec Patent Und Beteilig | Verfahren und Vorrichtung für die Probenvorbereitung zur Analyse von biologischen Proben |
| EP1722230A3 (en) * | 2005-04-27 | 2009-05-27 | MPB MelTec Patent- und Beteiligungsgesellschaft mbH | Method for detection of a disease-specific combinatorial molecular pattern motif in a tissue sample of a patient's skin |
Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JPH0339088A (ja) * | 1989-06-29 | 1991-02-20 | Applied Immune Sci Inc | 細胞捕獲及び回収のための装置及び方法 |
| JPH09508534A (ja) * | 1994-06-14 | 1997-09-02 | バクスター インターナショナル インコーポレイテッド | ペプチド放出により媒介されるポジティブ細胞選択およびポジティブ／ネガティブ細胞選択 |
| JPH10123027A (ja) * | 1996-05-29 | 1998-05-15 | Walter Dr Schubert | 自動決定および測定装置および方法 |
| WO1999019506A2 (en) * | 1997-10-09 | 1999-04-22 | Ixsys, Incorporated | Method for identifying binding ligands to receptors |
Family Cites Families (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US5256542A (en) * | 1992-03-09 | 1993-10-26 | Tanox Biosystems, Inc. | Selecting low frequency antigen-specific single B lymphocytes with correction for background noise |
| US5275933A (en) * | 1992-09-25 | 1994-01-04 | The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University | Triple gradient process for recovering nucleated fetal cells from maternal blood |
| DE19709348C2 (de) * | 1996-05-29 | 1999-07-01 | Schubert Walter Dr Md | Automatisches Multi-Epitop-Ligand-Kartierungsverfahren |
| DE10014708A1 (de) * | 2000-03-24 | 2001-10-31 | Walter Schubert | Verfahren zur Identifizierung und Anreicherung von zellspezifischen Zielstrukturen |
-
2000
- 2000-03-24 DE DE10014708A patent/DE10014708A1/de not_active Withdrawn
-
2001
- 2001-03-14 US US09/808,225 patent/US6974675B2/en not_active Expired - Fee Related
- 2001-03-15 EP EP01106572A patent/EP1136823B1/de not_active Expired - Lifetime
- 2001-03-15 DE DE50108823T patent/DE50108823D1/de not_active Expired - Lifetime
- 2001-03-15 AT AT01106572T patent/ATE317125T1/de not_active IP Right Cessation
- 2001-03-20 SG SG200101757A patent/SG106604A1/en unknown
- 2001-03-23 JP JP2001086055A patent/JP2001309800A/ja active Pending
- 2001-03-23 CN CNB011097213A patent/CN100350247C/zh not_active Expired - Fee Related
Patent Citations (4)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| JPH0339088A (ja) * | 1989-06-29 | 1991-02-20 | Applied Immune Sci Inc | 細胞捕獲及び回収のための装置及び方法 |
| JPH09508534A (ja) * | 1994-06-14 | 1997-09-02 | バクスター インターナショナル インコーポレイテッド | ペプチド放出により媒介されるポジティブ細胞選択およびポジティブ／ネガティブ細胞選択 |
| JPH10123027A (ja) * | 1996-05-29 | 1998-05-15 | Walter Dr Schubert | 自動決定および測定装置および方法 |
| WO1999019506A2 (en) * | 1997-10-09 | 1999-04-22 | Ixsys, Incorporated | Method for identifying binding ligands to receptors |
Non-Patent Citations (1)
| Title |
|---|
| EUROPEAN JOURNAL OF CELL BIOLOGY, vol. 58, JPN6011009499, 1992, pages 395 - 410, ISSN: 0001854860 * |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| EP1136823A3 (de) | 2002-05-02 |
| CN100350247C (zh) | 2007-11-21 |
| EP1136823B1 (de) | 2006-02-01 |
| DE10014708A1 (de) | 2001-10-31 |
| DE50108823D1 (de) | 2006-04-13 |
| US6974675B2 (en) | 2005-12-13 |
| CN1332375A (zh) | 2002-01-23 |
| US20010039024A1 (en) | 2001-11-08 |
| SG106604A1 (en) | 2004-10-29 |
| ATE317125T1 (de) | 2006-02-15 |
| EP1136823A2 (de) | 2001-09-26 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US6924115B2 (en) | Process for identifying cell-specific target structures | |
| US7676328B2 (en) | Method for identifying cell-specific proteins | |
| CN102277353B (zh) | 选择适配体的方法 | |
| WO2003002758A1 (en) | Nucleic acid ligands to complex targets | |
| Paulo et al. | Mass spectrometry-based quantitative proteomic profiling of human pancreatic and hepatic stellate cell lines | |
| Lau et al. | Systems-wide approaches in induced pluripotent stem cell models | |
| Chu et al. | The power of single‐cell analysis for the study of liver pathobiology | |
| Lo et al. | Astrocyte heterogeneity in multiple sclerosis: current understanding and technical challenges | |
| Boorman et al. | Toxicogenomics, drug discovery, and the pathologist | |
| JP6645981B2 (ja) | サーマルシフトアッセイを使用して薬物反応の減少の指標となるバイオマーカーを識別するための方法 | |
| Melliou et al. | The promise of organoids for unraveling the proteomic landscape of the developing human brain | |
| Meyer et al. | High‐performance proteomics as a tool in biomarker discovery | |
| JP2001309800A (ja) | 細胞特異的標的構造の同定法及び富化法 | |
| Reduzzi et al. | Development of a protocol for single-cell analysis of circulating tumor cells in patients with solid tumors | |
| Egyházi et al. | Phosphorylation of some chromosomal nonhistone proteins in active genes is blocked by the transcription inhibitor 5, 6-dichloro-1-beta-D-ribofuranosylbenzimidazole (DRB). | |
| DE602004015932D1 (de) | Verfahren zur bildung eines protein-mikroarraysystems | |
| CN112143783A (zh) | 一种可识别混合物对复杂生物体系的鉴别方法 | |
| Norkin et al. | TORNADO-seq: A Protocol for High-Throughput Targeted RNA-seq-Based Drug Screening in Organoids | |
| Kim et al. | Recent methodological advances towards single-cell proteomics | |
| HUE030060T2 (en) | A method for selecting a biological target for weak interactions with poor affinity chromatography | |
| Izzi et al. | Integration of matrisome omics: towards system biology of the tumor matrisome | |
| Schaumlöffel | The position of metallomics within other omics fields | |
| Kurokawa et al. | New approach to evaluating the effects of a drug on protein complexes with quantitative proteomics, using the SILAC method and bioinformatic approach | |
| Hashmi et al. | Single-cell omics for drug discovery and development | |
| Pitt et al. | 24 CHAPTER Genomics, Proteomics, and Metabolomics |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| A711 | Notification of change in applicant |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A711 Effective date: 20050805 |
|
| A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20080318 |
|
| A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20110222 |
|
| A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20111004 |