JP2000500018A - 真核系サンプル中の特異的核酸配列を検出するためのin situハイブリダイゼーション - Google Patents
真核系サンプル中の特異的核酸配列を検出するためのin situハイブリダイゼーションInfo
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Abstract
Description
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1.in situハイブリダイゼーションを利用して真核系起源サンプル中の特異 的な核酸配列の存在を決定するための方法であって、 (1)前記サンプルの調製品を作る、ここでこのサンプルは固定化に委ねるも のとする、 (2)前記調製品を、決定すべき特異的核酸配列にハイブリダイズしてハイブ リドを形成することのできる少なくとも一種の結合パートナーと、前記核酸と前 記結合パートナーとの間で形成されるハイブリドの融点を下げて特異的結合、対 、非特異的結合との比を高めるのに有効な量のハイブリド不安定化剤とを含んで 成るハイブリダイゼーション溶液と接触させる、ここで前記結合パートナーは非 環式骨格を有する重合成分を含むポリマー鎖であり、このポリマー鎖が決定すべ き核酸配列にハイブリダイズすることのできるものである、 (3)任意の未結合及び任意の非特異的に結合した結合パートナーを除去する 、そして (4)前記調製品中の結合した結合パートナーの存在を決定する、 段階を含んで成る方法。 2.前記ポリマー鎖が次式(I)の重合成分 (式中、YはO又はSを表わし、 各Xは独立してO又はSを表わし、 各Qは天然核塩基、非天然核塩基、挿入基、核塩基結合基、ラベル又はHを表 わし、 uは1〜5の整数であり、 p及びsは独立して0又は1を表わし、 q及びrは独立して0又は1を表わし、 tは0又は1を表わし、 R1及びR10は独立してH又はC1-4アルキルを表わし、 R2,R3,R4,R5,R6,R7,R8及びR9は独立してH、天然アミノ酸の側 鎖又は非天然アミノ酸の側鎖を表わす)を含んで成る、請求項1記載の方法。 3.前記u,p,q,r,s,Y,X及びQが請求項2に記載の通りであり、 tが0であり、R1がH又はCH3であり、R3,R4,R6及びR9がHであり、そし てR2,R5,R7及びR8が独立してH又は天然アミノ酸の側鎖もしくは非天然ア ミノ酸の側鎖を表わす、請求項2記載の方法。 4.前記ポリマー鎖が、rが0であり、そしてq及びsが1である一般式(I )の成分である式(II)の重合成分 (式中、Y,X,Q,p,t及びuは請求項2に記載の通りであり、R2,R5 及びR7は独立してH、天然アミノ酸の側鎖又は非天然アミノ酸の側鎖を表わし 、そしてR1及びR10は独立してH又 はCH3を表わす)を含んで成る、請求項2記載の方法。 5.前記ポリマー鎖が、p,r及びtが0であり、そしてq及びsが1である 一般式(I)の成分である式(III)の重合成分 (式中、Y,X,Q及びuは請求項2に記載の通りであり、R2,R5及びR7 は独立してH、天然アミノ酸の側鎖又は非天然アミノ酸の側鎖である)を含んで 成る、請求項2記載の方法。 6.前記ポリマー鎖が、p,r及びtが0であり、そしてu,s及びqが1で ある一般式(I)の成分である式(IV)〜(VI)の重合成分 (式中、R2,R5及びR7はH、天然アミノ酸の側鎖又は非天然アミノ酸の側 鎖を表わし、そして各Qは独立して天然核塩基、非天然核塩基、挿入基又は核塩 基結合基を表わす)を含んで成る、請求項2記載の方法。 7.前記R2,R5及びR7がH又はAla,Asp,Cys,Glu,His,HomoCys,Lys, Orn,SerもしくはThrの側鎖を表わし、そしてQがチミン、アデニン、シトシン 、グアニン、ウラシル又はヒポキサンチンを表わす、請求項6記載の方法。 8.前記ポリマー鎖が、p,r及びtが0であり、そしてu,s及びqが1で ある式(I)の成分である式(VII)の重合成分 (式中、Qはチミン、アデニン、シトシン、グアニン、ウラシル又はヒポキサ ンチンを表わす)を含んで成る、請求項2記載の方法。 9.前記ポリマー鎖が8〜30個の式(I)〜(VII)の重合成分より成る、請 求項2〜8のいづれか1項記載の方法。 10.式(IV)〜(VIIの重合成分がポリマー鎖の75重量%以上を構成する、請 求項9記載の方法。 11.前記ハイブリド不安定化剤の濃度が10%を超える、請求項1〜10のいづれ か1項記載の方法。 12.前記ハイブリド不安定化剤がホルムアミド、エチレングリコール、及びグ リセロールより成る群から選ばれる、請求項11記載の方法。 13.前記ハイブリド不安定化剤が30〜50%の濃度のホルムアミドである、請求 項12記載の方法。 14.前記ハイブリド不安定化剤が50〜65%の濃度のエチレングリコールである 、請求項12記載の方法。 15.前記真核系起源のサンプルが組織切片、塗布細胞物、細胞もしくはその一 部の懸濁物、又は広がった染色体である、請求項1〜14のいづれか1項記載の方 法。 16.前記結合パートナーが相互に同一又は異なり合うことのある1又は複数個 のラベルを更に含んで成る、請求項1〜15のいづれか1項記載の方法。 17.前記ラベルが蛍光ラベル、ビオチン、ジゴキシゲニン、ジニトロ安息香酸 、ペプチドラベル、ローダミン、R−フィコエリスリン及びシアニン色素より成 る群から選ばれる、請求項16記載の方法。 18.少なくとも1個のラベルが蛍光ラベルである、請求項17記載の方法。 19.段階(3)における前記未結合及び非特異的に結合した結合パートナーを アルカリpHの洗浄バッファーを利用して除去する、請求項18記載の方法。 20.段階(3)における前記洗浄バッファーが8〜10.5のpH値を有する、請求 項19記載の方法。 21.真核系起源のサンプル中の特異的な核酸配列の存在の決定のための請求項 1〜20のいづれか1項記載の方法において使用するための診断キットであって、 重合成分のポリマー鎖であり且つ非環式骨格を有する1又は複数個の結合パート ナーを含んで成り、ここでこのポリマー鎖が決定すべき前記核酸配列にハイブリ ダイズすることのできるものである、前記キット。 22.サンプル調製のための試薬、ハイブリド不安定化剤及び任意的に形成ハイ ブリドの検出のための試薬を更に含んで成る、請求項21記載の診断キット。
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