JP2000201677A5 - - Google Patents
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Description
【特許請求の範囲】
【請求項1】 8型脊髄小脳性運動失調(SCA8)コード配列の危険性のあるアレル内に位置するDNAフラグメントの存在を検査するための方法であって、
(a)前記SCA8コード配列のリピート領域を含むDNAフラグメントの独立の相補DNA分子をモル過剰量の2種類のオリゴヌクレオチドプライマーで処理し;
(b)当該プライマーを伸長させて前記リピート領域を含む所望のDNAフラグメントを合成するための鋳型を担う相補プライマー伸長生成物を形成し;
(c)このようにして増幅した前記フラグメントを検出し;そして
(d)この増幅したDNAフラグメントをCTGリピートを含んで成るリピート領域について分析する;
ことを含んで成る方法。
【請求項2】 前記2種類のオリゴヌクレオチドプライマーの第一オリゴヌクレオチドプライマーがSEQ ID NO:1のヌクレオチド1〜448から選ばれ、そして当該2種類のオリゴヌクレオチドプライマーの第二オリゴヌクレオチドプライマーがSEQ ID NO:1のヌクレオチド726〜1,159に相補性のヌクレオチドから選ばれ、ここで各プライマーが少なくとも11個のヌクレオチドを有する、請求項1記載の方法。
【請求項3】 前記第一オリゴヌクレオチドプライマーがSEQ ID NO:5,SEQ ID NO:8及びSEQ ID NO:4から成る群より選ばれ、そして前記第二オリゴヌクレオチドプライマーがSEQ ID NO:6,SEQ ID NO:9及びSEQ ID NO:12から成る群より選ばれる、請求項2記載の方法。
【請求項4】 個体が8型脊髄小脳性運動失調症を患っているか又はそれを発症する危険性を有するか否かを検査するためのキットであって、SEQ IDNO:1のヌクレオチド1〜448から選ばれる第一オリゴヌクレオチドプライマー及びSEQ ID NO:1のヌクレオチド726〜1,159に相補性のヌクレオチドから選ばれる第二オリゴヌクレオチドプライマーを含んで成り、ここで各プライマーが少なくとも11個のヌクレオチドを有する、キット。
【請求項5】 前記分析の段階が、(CTG)n リピート(式中、nは少なくとも約80である)を含んで成るリピート領域を分析することを含んで成る、請求項1記載の方法。
【請求項6】 前記分析の段階が、組合せ((CTG)/(CTA))n リピート(式中、nは少なくとも約92である)を含んで成るリピート領域を分析することを含んで成る、請求項1記載の方法。
【請求項7】 SCA8コード配列のリピート領域を含む少なくとも一種のDNA分子の存在を検出するための方法であって:
(a)ゲノムDNAを制限エンドヌクレアーゼで消化してDNAフラグメントを得る;
(b)当該DNAフラグメントを変性させてDNA分子を得、そしてこのDNA分子をハイブリダイゼーション条件下で検出可能式にラベルされたプローブでプロービングする、ここで当該プローブはSCA8コード配列のリピート領域を含むDNA分子にハイブリダイズする;
(c)前記DNA分子にハイブリダイズした前記プローブを検出する;そして
(d)当該DNA分子を正常なSCA8コード配列又は危険性のある状態のSCA8コード配列を特徴とするリピート領域について分析する;ことを含んで成る方法。
【請求項8】 前記プローブがSEQ ID NO:1のヌクレオチド1〜448もしくはSEQ ID NO:1のヌクレオチド726〜1,159、又はそれらの相補体から選ばれ、ここで当該プローブが少なくとも20個のヌクレオチドを有する、請求項7記載の方法。
【請求項9】 前記プローブがSEQ ID NO:1のヌクレオチド19〜449、又はその相補体を含んで成る、請求項7記載の方法。
【請求項10】 個体が8型脊髄小脳性運動失調症を患っている又はそれを発症する危険性があるか否かを検査するためのキットであって、SEQ IDNO:1のヌクレオチド1〜448もしくはSEQ ID NO:1のヌクレオチド726〜1,159、又はその相補体から選ばれるプローブを含んで成り、ここで各プローブは少なくとも20個のヌクレオチドを有するキット。
【請求項11】 前記分析の段階が、(CTG)n リピート(式中、nは少なくとも約80である)を含んで成るリピート領域を分析することを含んで成る、請求項7記載の方法。
【請求項12】 前記分析の段階が、組合せ((CTG)/(CTA))nリピート(式中、nは少なくとも約92である)を含んで成るリピート領域を分析することを含んで成る、請求項7記載の方法。
【請求項13】 個体が8型脊髄小脳性運動失調症を患っているか又はそれを発症する危険性があるか否かを決定するための方法であって、8型脊髄小脳性運動失調症コード配列のリピート領域を分析することを含んで成り、ここで8型脊髄小脳性運動失調症の発症の危険性のない個体は当該リピート領域内に80組未満のCTGリピートを有する、方法。
【請求項14】 SCA8コード配列の危険性のあるアレル内に位置するDNAフラグメントの存在を検出するための方法であって:
(a)前記SCA8コード配列のリピート領域を含むDNAフラグメントの独立の相補DNA分子をモル過剰量の第一オリゴヌクレオチドプライマーペアーで処理する;
(b)当該第一プライマーペアーを伸長させて、前記リピート領域を含む第一の所望のDNAフラグメントを合成するための鋳型を担う相補プライマー伸長生成物を形成する;
(c)当該リピート領域を含む第一の所望のDNAフラグメントを取り出す;
(d)当該リピート領域を含む第一の所望のDNAフラグメントの独立の相補鎖をモル過剰量の第二オリゴヌクレオチドプライマーペアーで処理する;
(e)当該第二プライマーペアーを伸長させて、前記リピート領域を含む第二の所望のDNAフラグメントを合成するための鋳型を担う相補プライマー伸長生成物を形成する;
(f)このようにして増幅した当該第二の所望のDNAフラグメントを検出する;そして
(g)この増幅したDNAフラグメントをリピート領域について分析する;
ことを含んで成る方法。
【請求項15】 前記第一オリゴヌクレオチドプライマーペアーが、SEQID NO:1のヌクレオチド1〜448から選ばれる第一オリゴヌクレオチドプライマーと、SEQ ID NO:1のヌクレオチド726〜1,159に相補性のヌクレオチドから選ばれる第二オリゴヌクレオチドプライマーとを含んで成り、ここで各プライマーが少なくとも11個のヌクレオチドを有する、請求項14記載の方法。
【請求項16】 前記第一オリゴヌクレオチドプライマーがSEQ IDNO:5,SEQ ID NO:8及びSEQ ID NO:4から成る群より選ばれ、そして前記第二オリゴヌクレオチドプライマーがSEQ ID NO:6,SEQ ID NO:9及びSEQ ID NO:12から成る群より選ばれる、請求項15記載の方法。
【請求項17】 前記第二オリゴヌクレオチドプライマーペアーがSEQID NO:1のヌクレオチド449〜725から選ばれる第一オリゴヌクレオチドプライマーと、SEQ ID NO:1のヌクレオチド726〜1,159に相補性のヌクレオチドから選ばれる第二オリゴヌクレオチドプライマーとを含んで成り、ここで各プライマーは少なくとも11個のヌクレオチドを有する、請求項14記載の方法。
【請求項18】 個体が8型脊髄小脳性運動失調症を患っているか又はそれを発症する危険性があるか否かを検査するためのキットであって、SEQ IDNO:1のヌクレオチド1〜448から選ばれる第一オリゴヌクレオチドプライマーとSEQ ID NO:1のヌクレオチド726〜1,159に相補性のヌクレオチドから選ばれる第二オリゴヌクレオチドプライマーとを含んで成る第一オリゴヌクレオチドプライマーペアー、及びSEQ ID NO:1のヌクレオチド449〜725から選ばれる第一オリゴヌクレオチドプライマーとSEQID NO:1のヌクレオチド726〜1,159に相補性のヌクレオチドから選ばれる第二オリゴヌクレオチドプライマーとを含んで成る第二オリゴヌクレオチドプライマーペアーを含んで成り、ここで各プライマーは少なくとも11個のヌクレオチドを有する、キット。
【請求項19】 前記第二オリゴヌクレオチドプライマーペアーが3組のCTGリピートが後続する3組のCTAリピートを有する第一オリゴヌクレオチドプライマーと、SEQ ID NO:1のヌクレオチド726〜1,159に相補性のヌクレオチドから選ばれる第二オリゴヌクレオチドプライマーとを含んで成る、請求項14記載の方法。
【請求項20】 前記分析段階が(CTG)n リピート(式中、nは少なくとも約80である)を含んで成るリピート領域を分析することを含んで成る、請求項14記載の方法。
【請求項21】 染色体13の長腕内に位置する8型脊髄小脳性運動失調症(SCA8)コード配列のリピート領域を含む核酸分子及び当該核酸分子の相補体。
【請求項22】 前記核酸がDNAを含んで成る、請求項21記載の核酸分子。
【請求項23】 前記DNAがcDNAである、請求項22記載の核酸分子。
【請求項24】 前記cDNAがSEQ ID NO:2を含んで成る、請求項22記載の核酸分子。
【請求項25】 前記cDNAがSEQ ID NO:3を含んで成る、請求項22記載の核酸分子。
【請求項26】 前記核酸がSEQ ID NO:1を含んで成る、請求項21記載の核酸分子。
【請求項27】 SEQ ID NO:1のヌクレオチド1〜448を含んで成る核酸分子及びその相補体。
【請求項28】 SEQ ID NO:1のヌクレオチド726〜1,159を含んで成る核酸分子及びその相補体。
【請求項29】 前記SCA8コード配列が、リピート領域の後続するSEQ ID NO:1のヌクレオチド1〜448を含んで成る、請求項21記載の核酸分子。
【請求項30】 前記SCA8コード配列が、リピート領域の先行するSEQ ID NO:1のヌクレオチド726〜1,159を含んで成る、請求項21記載の核酸分子。
【請求項31】 ベクターの中にSEQ ID NO:1のヌクレオチド1〜448を含んで成る核酸分子。
【請求項32】 SEQ ID NO:1のヌクレオチド1〜448及びリピート領域を含んで成る核酸分子、並びにその相補体。
【請求項33】 SEQ ID NO:1のヌクレオチド1〜448由来の少なくとも15個のヌクレオチドを含んで成るオリゴヌクレオチド、及びその相補ヌクレオチド。
【請求項34】 SEQ ID NO:1のヌクレオチド726〜1,159由来の少なくとも15個のヌクレオチドを含んで成るオリゴヌクレオチド、及びその相補ヌクレオチド。
【請求項35】 少なくとも約11個のヌクレオチドを有する、SCA8コード配列のリピート領域を含む核酸分子にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド。
【請求項36】 異種ベクター配列に作用可能式を連結されたSEQ IDNO:1のヌクレオチドを含んで成る組換ベクター。
【請求項1】 8型脊髄小脳性運動失調(SCA8)コード配列の危険性のあるアレル内に位置するDNAフラグメントの存在を検査するための方法であって、
(a)前記SCA8コード配列のリピート領域を含むDNAフラグメントの独立の相補DNA分子をモル過剰量の2種類のオリゴヌクレオチドプライマーで処理し;
(b)当該プライマーを伸長させて前記リピート領域を含む所望のDNAフラグメントを合成するための鋳型を担う相補プライマー伸長生成物を形成し;
(c)このようにして増幅した前記フラグメントを検出し;そして
(d)この増幅したDNAフラグメントをCTGリピートを含んで成るリピート領域について分析する;
ことを含んで成る方法。
【請求項2】 前記2種類のオリゴヌクレオチドプライマーの第一オリゴヌクレオチドプライマーがSEQ ID NO:1のヌクレオチド1〜448から選ばれ、そして当該2種類のオリゴヌクレオチドプライマーの第二オリゴヌクレオチドプライマーがSEQ ID NO:1のヌクレオチド726〜1,159に相補性のヌクレオチドから選ばれ、ここで各プライマーが少なくとも11個のヌクレオチドを有する、請求項1記載の方法。
【請求項3】 前記第一オリゴヌクレオチドプライマーがSEQ ID NO:5,SEQ ID NO:8及びSEQ ID NO:4から成る群より選ばれ、そして前記第二オリゴヌクレオチドプライマーがSEQ ID NO:6,SEQ ID NO:9及びSEQ ID NO:12から成る群より選ばれる、請求項2記載の方法。
【請求項4】 個体が8型脊髄小脳性運動失調症を患っているか又はそれを発症する危険性を有するか否かを検査するためのキットであって、SEQ IDNO:1のヌクレオチド1〜448から選ばれる第一オリゴヌクレオチドプライマー及びSEQ ID NO:1のヌクレオチド726〜1,159に相補性のヌクレオチドから選ばれる第二オリゴヌクレオチドプライマーを含んで成り、ここで各プライマーが少なくとも11個のヌクレオチドを有する、キット。
【請求項5】 前記分析の段階が、(CTG)n リピート(式中、nは少なくとも約80である)を含んで成るリピート領域を分析することを含んで成る、請求項1記載の方法。
【請求項6】 前記分析の段階が、組合せ((CTG)/(CTA))n リピート(式中、nは少なくとも約92である)を含んで成るリピート領域を分析することを含んで成る、請求項1記載の方法。
【請求項7】 SCA8コード配列のリピート領域を含む少なくとも一種のDNA分子の存在を検出するための方法であって:
(a)ゲノムDNAを制限エンドヌクレアーゼで消化してDNAフラグメントを得る;
(b)当該DNAフラグメントを変性させてDNA分子を得、そしてこのDNA分子をハイブリダイゼーション条件下で検出可能式にラベルされたプローブでプロービングする、ここで当該プローブはSCA8コード配列のリピート領域を含むDNA分子にハイブリダイズする;
(c)前記DNA分子にハイブリダイズした前記プローブを検出する;そして
(d)当該DNA分子を正常なSCA8コード配列又は危険性のある状態のSCA8コード配列を特徴とするリピート領域について分析する;ことを含んで成る方法。
【請求項8】 前記プローブがSEQ ID NO:1のヌクレオチド1〜448もしくはSEQ ID NO:1のヌクレオチド726〜1,159、又はそれらの相補体から選ばれ、ここで当該プローブが少なくとも20個のヌクレオチドを有する、請求項7記載の方法。
【請求項9】 前記プローブがSEQ ID NO:1のヌクレオチド19〜449、又はその相補体を含んで成る、請求項7記載の方法。
【請求項10】 個体が8型脊髄小脳性運動失調症を患っている又はそれを発症する危険性があるか否かを検査するためのキットであって、SEQ IDNO:1のヌクレオチド1〜448もしくはSEQ ID NO:1のヌクレオチド726〜1,159、又はその相補体から選ばれるプローブを含んで成り、ここで各プローブは少なくとも20個のヌクレオチドを有するキット。
【請求項11】 前記分析の段階が、(CTG)n リピート(式中、nは少なくとも約80である)を含んで成るリピート領域を分析することを含んで成る、請求項7記載の方法。
【請求項12】 前記分析の段階が、組合せ((CTG)/(CTA))nリピート(式中、nは少なくとも約92である)を含んで成るリピート領域を分析することを含んで成る、請求項7記載の方法。
【請求項13】 個体が8型脊髄小脳性運動失調症を患っているか又はそれを発症する危険性があるか否かを決定するための方法であって、8型脊髄小脳性運動失調症コード配列のリピート領域を分析することを含んで成り、ここで8型脊髄小脳性運動失調症の発症の危険性のない個体は当該リピート領域内に80組未満のCTGリピートを有する、方法。
【請求項14】 SCA8コード配列の危険性のあるアレル内に位置するDNAフラグメントの存在を検出するための方法であって:
(a)前記SCA8コード配列のリピート領域を含むDNAフラグメントの独立の相補DNA分子をモル過剰量の第一オリゴヌクレオチドプライマーペアーで処理する;
(b)当該第一プライマーペアーを伸長させて、前記リピート領域を含む第一の所望のDNAフラグメントを合成するための鋳型を担う相補プライマー伸長生成物を形成する;
(c)当該リピート領域を含む第一の所望のDNAフラグメントを取り出す;
(d)当該リピート領域を含む第一の所望のDNAフラグメントの独立の相補鎖をモル過剰量の第二オリゴヌクレオチドプライマーペアーで処理する;
(e)当該第二プライマーペアーを伸長させて、前記リピート領域を含む第二の所望のDNAフラグメントを合成するための鋳型を担う相補プライマー伸長生成物を形成する;
(f)このようにして増幅した当該第二の所望のDNAフラグメントを検出する;そして
(g)この増幅したDNAフラグメントをリピート領域について分析する;
ことを含んで成る方法。
【請求項15】 前記第一オリゴヌクレオチドプライマーペアーが、SEQID NO:1のヌクレオチド1〜448から選ばれる第一オリゴヌクレオチドプライマーと、SEQ ID NO:1のヌクレオチド726〜1,159に相補性のヌクレオチドから選ばれる第二オリゴヌクレオチドプライマーとを含んで成り、ここで各プライマーが少なくとも11個のヌクレオチドを有する、請求項14記載の方法。
【請求項16】 前記第一オリゴヌクレオチドプライマーがSEQ IDNO:5,SEQ ID NO:8及びSEQ ID NO:4から成る群より選ばれ、そして前記第二オリゴヌクレオチドプライマーがSEQ ID NO:6,SEQ ID NO:9及びSEQ ID NO:12から成る群より選ばれる、請求項15記載の方法。
【請求項17】 前記第二オリゴヌクレオチドプライマーペアーがSEQID NO:1のヌクレオチド449〜725から選ばれる第一オリゴヌクレオチドプライマーと、SEQ ID NO:1のヌクレオチド726〜1,159に相補性のヌクレオチドから選ばれる第二オリゴヌクレオチドプライマーとを含んで成り、ここで各プライマーは少なくとも11個のヌクレオチドを有する、請求項14記載の方法。
【請求項18】 個体が8型脊髄小脳性運動失調症を患っているか又はそれを発症する危険性があるか否かを検査するためのキットであって、SEQ IDNO:1のヌクレオチド1〜448から選ばれる第一オリゴヌクレオチドプライマーとSEQ ID NO:1のヌクレオチド726〜1,159に相補性のヌクレオチドから選ばれる第二オリゴヌクレオチドプライマーとを含んで成る第一オリゴヌクレオチドプライマーペアー、及びSEQ ID NO:1のヌクレオチド449〜725から選ばれる第一オリゴヌクレオチドプライマーとSEQID NO:1のヌクレオチド726〜1,159に相補性のヌクレオチドから選ばれる第二オリゴヌクレオチドプライマーとを含んで成る第二オリゴヌクレオチドプライマーペアーを含んで成り、ここで各プライマーは少なくとも11個のヌクレオチドを有する、キット。
【請求項19】 前記第二オリゴヌクレオチドプライマーペアーが3組のCTGリピートが後続する3組のCTAリピートを有する第一オリゴヌクレオチドプライマーと、SEQ ID NO:1のヌクレオチド726〜1,159に相補性のヌクレオチドから選ばれる第二オリゴヌクレオチドプライマーとを含んで成る、請求項14記載の方法。
【請求項20】 前記分析段階が(CTG)n リピート(式中、nは少なくとも約80である)を含んで成るリピート領域を分析することを含んで成る、請求項14記載の方法。
【請求項21】 染色体13の長腕内に位置する8型脊髄小脳性運動失調症(SCA8)コード配列のリピート領域を含む核酸分子及び当該核酸分子の相補体。
【請求項22】 前記核酸がDNAを含んで成る、請求項21記載の核酸分子。
【請求項23】 前記DNAがcDNAである、請求項22記載の核酸分子。
【請求項24】 前記cDNAがSEQ ID NO:2を含んで成る、請求項22記載の核酸分子。
【請求項25】 前記cDNAがSEQ ID NO:3を含んで成る、請求項22記載の核酸分子。
【請求項26】 前記核酸がSEQ ID NO:1を含んで成る、請求項21記載の核酸分子。
【請求項27】 SEQ ID NO:1のヌクレオチド1〜448を含んで成る核酸分子及びその相補体。
【請求項28】 SEQ ID NO:1のヌクレオチド726〜1,159を含んで成る核酸分子及びその相補体。
【請求項29】 前記SCA8コード配列が、リピート領域の後続するSEQ ID NO:1のヌクレオチド1〜448を含んで成る、請求項21記載の核酸分子。
【請求項30】 前記SCA8コード配列が、リピート領域の先行するSEQ ID NO:1のヌクレオチド726〜1,159を含んで成る、請求項21記載の核酸分子。
【請求項31】 ベクターの中にSEQ ID NO:1のヌクレオチド1〜448を含んで成る核酸分子。
【請求項32】 SEQ ID NO:1のヌクレオチド1〜448及びリピート領域を含んで成る核酸分子、並びにその相補体。
【請求項33】 SEQ ID NO:1のヌクレオチド1〜448由来の少なくとも15個のヌクレオチドを含んで成るオリゴヌクレオチド、及びその相補ヌクレオチド。
【請求項34】 SEQ ID NO:1のヌクレオチド726〜1,159由来の少なくとも15個のヌクレオチドを含んで成るオリゴヌクレオチド、及びその相補ヌクレオチド。
【請求項35】 少なくとも約11個のヌクレオチドを有する、SCA8コード配列のリピート領域を含む核酸分子にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド。
【請求項36】 異種ベクター配列に作用可能式を連結されたSEQ IDNO:1のヌクレオチドを含んで成る組換ベクター。
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