FR3099053A1 - Souches bacteriennes pour le traitement et la prevention d’une inflammation gastro-intestinale - Google Patents

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Abstract

Souches bactériennes pour le traitement et la prévention d’une inflammation gastro-intestinale La présente invention concerne une composition pour son utilisation dans le traitement et/ou la prévention d’une maladie gastro-intestinale inflammatoire chez un individu, la composition comprenant, dans un milieu physiologiquement acceptable, au moins (I) (a) une première souche bactérienne de l’espèce Faecalibacterium prausnitzii, et/ou (b) un surnageant de culture d’une première souche bactérienne de l’espèce Faecalibacterium prausnitzii ; et (II) (a) une seconde souche bactérienne choisie dans le groupe constitué de Christensenella minuta, Christensenella timonensis et leurs mélanges, et/ou (b) un surnageant de culture d’une seconde souche bactérienne choisie dans le groupe constitué de Christensenella minuta, Christensenella timonensis et leurs mélanges.

Description

SOUCHES BACTERIENNES POUR LE TRAITEMENT ET LA PREVENTION D’UNE INFLAMMATION GASTRO-INTESTINALE
La présente invention concerne une composition pour son utilisation dans le traitement et/ou la prévention de maladies gastro-intestinales inflammatoires chez un individu, en particulier d’affections intestinales inflammatoires.
Elle concerne en particulier une composition comprenant des souches bactériennes particulières, et/ou leurs surnageants, pour son utilisation dans le traitement et/ou la prévention de maladies gastro-intestinales inflammatoires chez un individu, en particulier d’affections intestinales inflammatoires.
L’inflammation est un processus biologique naturel, qui constitue une partie normale de la réponse à des lésions ou des infections et contribue à la protection de l’organisme contre les agressions internes ou externes.
Cependant, un dysfonctionnement des mécanismes de l’inflammation, en particulier une inflammation persistante ou trop abondante, peut causer des maladies douloureuses et mettant en danger la vie du patient. De telles maladies comprennent, par exemple, des troubles cutanés, des troubles intestinaux, des troubles neurologiques, l’arthrite et des maladies auto-immunes. Plusieurs de ces maladies inflammatoires restent sans traitement ou sans traitement adéquat.
Par conséquent, l’étude et la recherche de nouvelles stratégies de traitement anti-inflammatoire constituent un sujet majeur en médecine et en recherche biomédicale.
Une affection intestinale inflammatoire est un groupe de troubles caractérisés par une inflammation chronique et récurrente du tractus gastro-intestinal. La forme la plus courante de ce groupe est la maladie de Crohn. La pathogenèse met en œuvre une activation inappropriée et continue du système immunitaire muqueux entraînée par la présence du microbiote intestinal chez un patient génétiquement prédisposé.
Il existe un besoin constant de nouvelles substances, en particulier de probiotiques, ou de compositions pour le traitement et/ou la prévention de maladies gastro-intestinales inflammatoires, en particulier des affections intestinales inflammatoires, chez un individu.
Ainsi, la capacité à moduler la réponse immunitaire deChristensenella, et en particulier des souches bactériennesChristensenella minutaetChristensenella timonensis, a été testéein vitro. De plus, les inventeurs ont déterminé les propriétés anti-inflammatoires synergiques issues de la mise en œuvre d’association entre une souche deChristensenellaavec une souche deFaecalibacterium prausnitzii, un probiotique de nouvelle génération (NGP) bien connu.
La présente invention vise à proposer une composition pour son utilisation dans le traitement et/ou la prévention d’une maladie gastro-intestinale inflammatoire chez un individu, la composition comprenant, dans un milieu physiologiquement acceptable, au moins une première souche bactérienne de l’espèceFaecalibacterium prausnitzii, et une seconde souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella minuta,Christensenella timonensis, et/ou leurs surnageants.
Une composition pharmaceutique comprenant, dans un milieu physiologiquement acceptable, ces deux souches et/ou leurs surnageants est également visée.
L’objectif de la présente invention est de décrire de nouvelles substances, en particulier des probiotiques et/ou des surnageants de culture de probiotiques, et des compositions pour le traitement et/ou la prévention de maladies gastro-intestinales inflammatoires chez un individu, en particulier des affections intestinales inflammatoires chez un individu.
Dans le contexte de la présente invention, les termes «prévenir» et «prévention» désignent la réduction à un degré moindre du risque ou de la probabilité d’occurrence d’un phénomène donné, c’est-à-dire, dans la présente invention, une inflammation gastro-intestinale, en particulier une inflammation intestinale.
Dans le contexte de la présente demande, les termes «traiter» et «traitement» associés à une maladie gastro-intestinale inflammatoire désignent une diminution, voire une interruption, de ladite maladie gastro-intestinale inflammatoire.
La présente invention est basée sur la découverte par les inventeurs de la capacité de certaines bactériesChristensenellaà améliorer les propriétés immunomodulatrices d’une souche de l’espèceFaecalibacterium prausnitzii.
Comme le démontrent les résultats des inventeurs, l’utilisation simultanée d’une première souche bactérienneFaecalibacterium prausnitzii, ou d’un surnageant de celle-ci, et d’une seconde souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella minuta , Christensenella timonensiset leurs mélanges, ou d’un surnageant de celles-ci, permet d’obtenir des résultats anti-inflammatoires supérieurs à la simple somme des effets combinées de ces souches, ou de leur(s) surnageant(s), mis en œuvre séparément.
Cela est notamment matérialisé par la démonstration de la capacité de cette association de souches et/ou de surnageants, à réduire significativement la production de molécules pro-inflammatoires, notamment de l’interleukine 8 (IL-8).
Ainsi, selon un premier objet, la présente invention concerne une composition pour son utilisation dans le traitement et/ou la prévention d’une maladie gastro-intestinale inflammatoire chez un individu, la composition comprenant, dans un milieu physiologiquement acceptable, au moins :
(I) (a) une première souche bactérienne de l’espèceFaecalibacterium prausnitzii,
et/ou
(b) un surnageant de culture d’une première souche bactérienne de l’espèceFaecalibacterium prausnitzii;
et
(II) (a) une seconde souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella minuta,Christensenella timonensiset leurs mélanges,
et/ou
(b) un surnageant de culture d’une seconde souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella minuta,Christensenella timonensiset leurs mélanges.
Selon un mode de réalisation particulier, la première souche bactérienne est présente dans la composition sous une forme vivante, inactive et/ou morte, de préférence sous une forme vivante.
Selon un mode de réalisation particulier, la seconde souche bactérienne est présente dans la composition sous une forme vivante, inactive et/ou morte, de préférence sous une forme vivante.
Selon un mode de réalisation particulier, la composition comprend au moins :
(a) un surnageant de culture d’une première souche bactérienne de l’espèceFaecalibacterium prausnitzii; et
(b) un surnageant de culture d’une seconde souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella minuta,Christensenella timonensiset leurs mélanges.
En particulier, la première bactérienne de l’espèceFaecalibacterium prausnitziiest la souche A2-165, déposée à la German Collection of Microorganisms and Cell Cultures sous le numéro DSM-17677 en 1996.
En particulier, la seconde souche bactérienne est choisie dans le groupe constitué deChristensenella minutaDSMZ 22607,Christensenella timonensisDSMZ 102800 et leurs mélanges.
Un individu selon la présente invention peut en particulier être un mammifère, plus particulièrement un être humain.
Selon un mode de réalisation particulier, la composition est utilisée chez un individu dont le genreChristensenellareprésente au moins 0,01 % en nombre du total des genres bactériens de son microbiote intestinal.
Une maladie gastro-intestinale inflammatoire peut en particulier être une affection intestinale inflammatoire, plus particulièrement une affection intestinale inflammatoire colique.
Ladite affection intestinale inflammatoire colique peut, en particulier, être choisie dans le groupe constitué de la maladie de Crohn, de la recto-colite hémorragique et de la pochite, en particulier dans le groupe constitué de la maladie de Crohn et de la recto-colite hémorragique.
Selon un autre mode de réalisation, la composition selon l’invention est adaptée à une administration par la voie orale. La composition selon l’invention peut ainsi être sous la forme de poudre ou granulés, d’un produit alimentaire, d’une boisson, d’un produit pharmaceutique, d’un nutraceutique, d’un additif alimentaire, d’un complément alimentaire, d’un produit laitier, d’une capsule ou d’une gélule.
Plus particulièrement, la composition selon l’invention peut être comprise dans un complément alimentaire.
Selon un second objet, la présente invention concerne une composition pharmaceutique comprenant, dans un milieu physiologiquement acceptable, au moins :
(I) (a) une première souche bactérienne de l’espèceFaecalibacterium prausnitzii,
et/ou
(b) un surnageant de culture d’une première souche bactérienne de l’espèceFaecalibacterium prausnitzii;
et
(II) (a) une seconde souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella minuta,Christensenella timonensiset leurs mélanges,
et/ou
(b) un surnageant de culture d’une seconde souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella minuta,Christensenella timonensiset leurs mélanges.
représente la production d’interleukine-8 (IL-8) (en pg/mL) (ordonnée) dans des cellules HT-29 stimulées par (de gauche à droite) du TNF-α seul (YBHI mucin) ou en présence des souches C. minuta DSMZ 22607 (C. minuta), C. timonensis DSMZ 102800 (C. timonensis), F. prausnitzii A2-165 (F. prausnitzii), C. minuta DSMZ 22607 + F. prausnitzii A2-165 (C. minuta + F. prausnitzii) et C. timonensis DSMZ 102800 + F. prausnitzii A2-165 (C. timonensis + F. prausnitzii) (abscisse).
Description détaillée
Les inventeurs ont conduit des travaux approfondis afin d’identifier la capacité d’une composition comprenant une première souche bactérienne de l’espèceFaecalibacterium prausnitzii ,et/ou un surnageant de culture de cette première souche, et une seconde souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella minuta , Christensenella timonensiset leurs mélanges, et/ou un surnageant de culture de cette seconde souche, à traiter et/ou prévenir des maladies gastro-intestinales inflammatoires chez un individu, en particulier des affections intestinales inflammatoires.
En effet, les inventeurs ont déterminé de façon inattendue qu’une composition selon l’invention possède la capacité de réduire une inflammation gastro-intestinale, en particulier une inflammation intestinale, chez un individu.
En effet, il est présentement décrit que la composition selon l’invention peut, en particulier, réduire la concentration de molécules pro-inflammatoires, telle que l’interleukine 8 (IL-8).
Il est par ailleurs démontré que l’association d’une souche bactérienne deChristensenella, en particulier de l’une ou des souche(s)Christensenella timonensisetChristensenella minuta , ou de leur surnageant, avecune souche bactérienne de l’espèceFaecalibacterium prausnitzii, en particulier la souche de référenceA2-165, ou avec son surnageant, possèdent des propriétés anti-inflammatoires supérieures à celles attendues par la simple addition des effets de ces souches et/ou surnageant mis en œuvre séparément.
De nos jours, il est reconnu que la bactérie commensale probiotiqueFaecalibacterium prausnitziireprésente environ 5 % du microbiote fécale chez les adultes sains (Hold, Schwiertzet al., Appl Environ Microbiol. 2003 Jul; 69(7):4320-4). L’importance de cette bactérie est reconnue à travers le monde, notamment en tant qu’acteur de la santé intestinale chez l’Homme. L’abondance relative deF. prausnitziipeut d’ailleurs servir comme indicateur ou biomarqueur de la santé intestinale chez les adultes.
En ce sens, il a été démontré que les niveaux deF. prausnitziisont moins importants dans les fèces des individus souffrant de désordres intestinaux et métaboliques tels que les affections intestinales inflammatoires (IBD), le syndrome du côlon irritable (IBS), le cancer colorectal (CRC), l’obésité et la maladie cœliaque (Balamurugan, Rajendiranet al.J Gastroenterol Hepatol. 2008 Aug;23(8 Pt 1):1298-1303, Sokol, Pigneuret al.Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Oct 28;105(43):16731-6; Neish Gastroenterology. 2009 Jan; 136(1):65-80 ; De Palma, Nadalet al.BMC Microbiol. 2010 Feb 24; 10:63 ; Furet, Konget al.Diabetes. 2010 Dec; 59(12):3049-57; Rajilic-Stojanovic, Biagiet al.Gastroenterology. 2011 Nov; 141(5):1792-801) ainsi que chez les personnes âgées (van Tongeren, Slaetset al.Appl Environ Microbiol. 2005 Oct; 71(10):6438-42).
Par ailleurs, il a également été démontré queF. prausnitzii,mis en œuvre sous une forme vivante, présente des effets anti-inflammatoiresin vitroetin vivo, ce qui laisse présager que cette bactérie pourrait contribuer à l’homéostasie dans un intestin sain (Sokol, Pigneuret al.Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Oct 28; 105(43):16731-6).
Christensenellaest une bactérie anaérobie et sa culture nécessite un équipement et un savoir-faire particulier. Bien qu'elle ne soit pas considérée comme un membre dominant du microbiote intestinal chez les adultes en bonne santé, elle représente 8,6% des bactéries identifiées dans les selles de la mère au moment de la naissance chez l’homme et représente 20% des bactéries présentes dans des échantillons de méconium du nourrisson (Koenig JE,et al.: Proc Natl Acad Sci U S A 2011, 108 Suppl 1:4578-4585). Il a par ailleurs été observé que les membres deChristensenellaceaeprésents dans les échantillons fécaux de volontaires sains sont plus nombreux que dans ceux de patients atteints d’une maladie gastro-intestinale inflammatoire dans des échantillons pédiatriques et jeunes (Papa Eet al.: PLoS One 2012, 7:e39242.). Ces observations ont suggéré l'hypothèse que cette bactérie est corrélée à un vieillissement en bonne santé.
Il a été décrit dans la demande WO2016156527 l’intérêt de rétablir une population minimale enChristensenellachez des individus présentant une maladie inflammatoire intestinale liée à une déficience enChristensenelladans le microbiote intestinal.
Par ailleurs, les demandes WO2018/162738 et WO2018/162726 enseignent que l’utilisation de bactéries particulières deChristensenella, appartenant à des espèces définies comme étant spécifiquement éloignées de celles des genresC h r istensenella minutaetC hristensenella timonensis, permettent de lutter notamment contre le surpoids et l’obésité, en intervenant par exemple sur la présence de graisse viscérale et sur la perméabilité intestinale.
Les inventeurs ont cependant déterminé, de manière surprenante, la capacité de souches deChristensenella, et en particulier de leurs surnageant, à augmenter les propriétés anti-inflammatoires d’une souche deFaecalibacterium prausnitzii, et notamment de son surnageant. Ainsi, les inventeurs ont mis en évidence l’existence d’un effet synergique d’une association d’une souche deChristensenella minutaet/ou deChristensenella timonensis(ou d’un surnageant de culture de telles souches) et d’une souche deFaecalibacterium prausnitzii(ou d’un surnageant de cette souche) sur la prévention et/ou le traitement d’une inflammation gastro-intestinale.
Le terme «individu» tel qu’utilisé dans le présent texte désigne de préférence un mammifère, y compris un mammifère non-humain, et plus particulièrement un être humain.
Les termes «milieu physiologiquement acceptable» désignent un milieu qui est compatible avec l’organisme de l’individu auquel ladite composition doit être administrée. Il peut s’agir, par exemple, d’un solvant non toxique tel que l’eau. En particulier, ledit milieu est compatible avec une administration orale. Une composition selon l’invention est de préférence adaptée à une administration par la voie orale.
Par «microbiote», on entend l'ensemble des micro-organismes ayant colonisé un individu et avec lesquels il cohabite : des bactéries pour l'essentiel, mais également des virus, des champignons, des levures et des protozoaires. La composition du microbiote diffère selon les surfaces colonisées : on distingue ainsi le microbiote cutané, le microbiote vaginal, le microbiote urinaire, le microbiote respiratoire, le microbiote ORL (otorhinolaryngologie) et le microbiote intestinal, autrefois appelé flore intestinale, de loin le plus important avec ses 100 000 milliards de germes. Ainsi, on entend par « microbiote intestinal » l’ensemble des micro-organismes, notamment des bactéries, qui peuplent l’intestin d’un individu donné.
Par «Indice de masse corporel» (IMC), on désigne, selon une définition officielle de l’Organisme Mondiale de la Santé (OMS), l’indicateur des risques pour la santé associé à un poids excessif et à un poids insuffisant.
L’IMC se calcule en divisant le poids de l’individu (en kilogrammes) par sa taille au carré (en mètres).
Composition selon l’invention
La présente invention concerne une composition pour son utilisation dans le traitement et/ou la prévention d’une maladie gastro-intestinale inflammatoire chez un individu, la composition comprenant, dans un milieu physiologiquement acceptable, au moins :
(I) (a) une première souche bactérienne de l’espèceFaecalibacterium prausnitzii,
et/ou
(b) un surnageant de culture d’une première souche bactérienne de l’espèceFaecalibacterium prausnitzii;
et
(II) (a) une seconde souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella minuta,Christensenella timonensiset leurs mélanges,
et/ou
(b) un surnageant de culture d’une seconde souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella minuta,Christensenella timonensiset leurs mélanges.
En particulier, l’individu défini selon l’invention n’est pas en surpoids, i.e. possède un indice de masse corporel (IMC) inférieur à 25.
Par «IMC inférieur à 25», on désigne un IMC strictement inférieur à 25, plus particulièrement un IMC inférieur ou égale à 24,99.
Selon l’un quelconque de ces modes de réalisation, ledit individu peut posséder un IMC inférieur à 25 et supérieur ou égal à 18,5.
Selon un mode de réalisation particulier, la composition est utilisée chez un individu non déficient enChristensenelladans le microbiote intestinal.
Par «non-déficient en Christensenella» dans le microbiote intestinal, au sens de la présente invention, on entend désigner un individu dont les bactéries du genreChristensenelladans son microbiote intestinal représente au moins 0.01% en nombre du total des genres bactériens décelés dans son microbiote intestinal, en particulier au moins 0,1% en nombre, et notamment au moins 0,5% en nombre du total des genres bactériens décelés dans son microbiote intestinal. Recueilli dans les selles, l'abondance enChristensenellapeut par exemple être mesurée par un test de séquençage Fish, ou de qPCR ou de méta analyse, bien connus de l’homme du métier.
Selon la présente invention, la première souche bactérienne de l’espèceFaecalibacterium prausnitziiet/ou la seconde souche bactérienne telle que définie selon l’invention peuvent être indépendamment mises en œuvre sous une forme vivante, semi-active, inactivée ou morte.
Au sens de l’invention, une souche bactérienne sous une forme semi-active est un microorganisme dont la capacité à proliférer est réduite, temporairement ou définitivement. Le terme "semi-active" désigne ainsi une bactérie à faible activité physiologique. Cette activité peut être mesurée par une phase de croissance exponentielle ou un temps de génération plus long, un métabolisme ralenti ou une réponse physiologique incomplète aux modifications de l'environnement, par exemple. Dans certains cas extrêmes, le nombre de bactéries peut être réduit puisqu'elles ne peuvent plus résister aux changements de l'environnement.
Ainsi, au sens de l'invention, une souche bactérienne «inactivé e» est une souche bactérienne qui n'est plus capable, temporairement ou définitivement, de proliférer.
Au sens de l'invention, une souche bactérienne «morte» est une souche bactérienne qui n'est plus capable, définitivement, de proliférer.
Les souches bactériennes mortes ou inactivées peuvent avoir les membranes cellulaires intactes ou rompues. Ainsi le terme «inactivé» désigne également les extraits et lysats de souches bactériennes obtenus comme détaillés ci-avant. L'obtention de souches bactériennes mortes ou inactivées peut être effectuée par toute méthode connue de l'homme du métier.
Une souche bactérienne inactivée convenant à l'invention peut être préparée par irradiation, inactivation thermique ou lyophilisation d'une préparation de souche bactérienne. Ces méthodes sont connues de l'homme du métier.
Plus particulièrement, l’inactivation de souches bactériennes par irradiation peut comprendre la mise en œuvre de rayons gamma, de rayons X ou une exposition aux UV. Le type de rayonnement, l'intensité, la dose et le temps d'exposition sont ajustés par l’homme du métier selon la quantité et la nature des souches bactériennes à inactiver.
L’inactivation par lyophilisation peut être effectuée par toute méthode connue dans le domaine. Avantageusement, des souches bactériennes inactivées par lyophilisation peuvent être remises en culture.
Une souche bactérienne selon l'invention peut être mise en œuvre sous forme entière, c'est-à-dire pour l'essentiel dans sa forme native, ou sous forme d'extraits ou de lysats comprenant des fractions et/ou des métabolites de ce microorganisme. Un tel lysat peut notamment être préparé comme indiqué ci-après.
Un lysat conforme à l'invention peut comprendre tout ou partie des éléments fractionnés et/ou des métabolites résultant de la lyse de la souche bactérienne.
Un lysat au sens de l'invention désigne le produit obtenu à l'issue de la destruction ou dissolution de cellules biologiques par un phénomène de lyse cellulaire provoquant la libération des constituants biologiques intracellulaires naturellement contenus dans les cellules de la souche bactérienne considérée.
Au sens de la présente invention, le terme «lysat» est utilisé indifféremment pour désigner l'intégralité du lysat obtenu par lyse de la souche bactérienne concernée ou seulement une fraction de celle-ci.
Au sens de la présente invention, les termes «lysat entier» sont utilisés pour désigner plus précisément l'intégralité du lysat obtenu par lyse de la souche bactérienne concernée.
Le lysat mis en œuvre est donc formé en tout ou partie des constituants biologiques intracellulaires et des constituants des parois et membranes cellulaires.
Selon un mode de réalisation, un lysat utilisé pour l'invention est l'intégralité du lysat obtenu par lyse de la souche bactérienne concernée.
Cette lyse cellulaire peut être réalisée à l’aide de différentes technologies, telles que par exemple un choc thermique, par ultrasons, un choc osmotique, ou sous contrainte mécanique, telle que par centrifugation.
Selon un mode de réalisation, un surnageant de culture de la première souche bactérienne telle que définie ci-dessus et/ou un surnageant de culture de la seconde souche bactérienne telle que définie ci-dessus peut être mis en œuvre dans une composition selon l’invention.
Par «surnageant de culture» on désigne au sens de la présente invention le milieu de culture dans lequel les souches bactériennes ont séjourné lors de leur culture, ou milieu extracellulaire.
Selon un mode de réalisation, la composition selon l’invention comprend au moins un surnageant de culture d’une souche bactérienne de l’espèceFaecalibacterium prausnitzii.
Selon un mode de réalisation, la composition selon l’invention comprend au moins une souche bactérienne de l’espèceFaecalibacterium prausnitzii.
Selon un mode de réalisation, la composition selon l’invention comprend au moins une souche bactérienne de l’espèceFaecalibacterium prausnitziiet au moins un surnageant de culture d’une souche bactérienne de l’espèceFaecalibacterium prausnitzii .
Selon l’un quelconque de ces modes de réalisation, la souche bactérienne de l’espèceFaecalibacterium prausnitziiest une souche de l’espèceF. prausnitziiayant des propriétés anti-inflammatoires.
Selon l’un quelconque de ces modes de réalisation, la souche bactérienne de l’espèceFaecalibacterium prausnitziiest la souche de référence A2-165.
Selon un mode de réalisation, la composition selon l’invention comprend un surnageant de culture d’au moins une souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella timonensis,Christensenella minutaet/ou leurs mélanges.
Selon un mode de réalisation, la composition selon l’invention comprend au moins une souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella timonensis,Christensenella minutaet/ou leurs mélanges et un surnageant de culture d’au moins une souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella timonensis,Christensenella minutaet/ou leurs mélanges.
Selon un mode de réalisation particulier de l’invention, la composition comprend au moins :
(a) un surnageant de culture d’une première souche bactérienne de l’espèceFaecalibacterium prausnitzii; et
(b) un surnageant de culture d’une seconde souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella minuta,Christensenella timonensiset leurs mélanges.
Selon un mode de réalisation particulier de l’invention, une composition de l’invention est adaptée pour l’administration d’une dose journalière représentant de 107à 1011unités formant des colonies (ufc) d’au moins une souche bactérienne de l’espèceFaecalibacterium prausnitzii, de préférence une dose journalière équivalente à 109ufc.
En particulier, une composition de l’invention est adaptée pour l’administration d’une dose journalière représentant de 107à 1011unités formant des colonies (ufc) d’au moins une souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella timonensis,Christensenella minutaet/ou leurs mélanges, de préférence une dose journalière équivalente à 109ufc.
Dans le cas de la mise en œuvre d’un surnageant de culture de l’une quelconque des souches bactériennes susmentionnées, une composition selon l’invention peut notamment en comprendre, indépendamment, une teneur comprise entre 0,1 % et 99,0 % en poids, notamment entre 5,0 % et 90,0 % en poids, en particulier de 25 à 70 % en poids et plus particulièrement de 30 à 50 % en poids, par rapport au poids total de la composition.
Ainsi, une composition selon l’un quelconque des modes de réalisation susmentionnés peut indépendamment comprendre une teneur comprise entre 0,1 % et 99,0 % en poids, notamment entre 5,0 % et 90,0 % en poids, par exemple entre 10,0 % et 90,0 % en poids ; en particulier de 25 à 70 % en poids et plus particulièrement de 30 à 50 % en poids, de surnageant d’une première souche bactérienne ou d’une seconde souche bactérienne telles que définies précédemment, par rapport au poids total de la composition.
En particulier, une composition selon l’invention est une composition pharmaceutique.
Maladies gastro-intestinales inflammatoires
Comme indiqué précédemment, une composition selon l’invention, telle que décrite ci-dessus, est mise en œuvre dans le traitement et/ou la prévention d’une maladie gastro-intestinale inflammatoire chez un individu, plus particulièrement un être humain.
Au sens de la présente invention, une maladie gastro-intestinale inflammatoire est, en particulier, une affection intestinale inflammatoire, plus particulièrement une affection intestinale inflammatoire colique.
Ladite affection intestinale inflammatoire colique peut, en particulier, être choisie dans le groupe constitué de la maladie de Crohn (MC), la recto-colite hémorragique (RCH) et la pochite, en particulier la maladie de Crohn et la recto-colite hémorragique.
La maladie de Crohn et la recto-colite hémorragique sont deux maladies qui se caractérisent par l'inflammation de la paroi d'une partie du tube digestif, liée à une hyperactivité du système immunitaire digestif.
En particulier, les affections intestinales inflammatoires notamment coliques, plus particulièrement la maladie de Crohn (MC), la recto-colite hémorragique (RCH) et la pochite, sont des maladies frappant avec prédilection l'adulte jeune, i.e. entre 20 et 30 ans, et qui évoluent par poussées entrecoupées de périodes de rémission. Ces maladies peuvent toucher tout le tube digestif, de la bouche à l'anus.
Par «maladie de Crohn» on désigne une maladie gastro-intestinale inflammatoire qui peut atteindre tout le tube digestif. La maladie de Crohn, de cause inconnue, est caractérisée par une inflammation le plus souvent retrouvée au niveau de l'iléon, du côlon et de l’anus, qui est d'origine multifactorielle, faisant intervenir entre autres une composante génétique et le microbiome. La maladie de Crohn évolue typiquement par poussées espacées par des phases dites de rémission, asymptomatiques. Les signes digestifs sont le plus souvent à type de diarrhée, de douleur abdominale ou de lésion proctologique. Le diagnostic de la maladie de Crohn nécessite une fibroscopie œsogastrique et une coloscopie avec réalisation de biopsies. La maladie de Crohn peut aussi être détectée grâce à une vidéo-capsule, celle-ci permettant de visualiser les intestins et plus particulièrement le grêle.
Par «recto-colite hémorragique» on désigne une maladie inflammatoire chronique de l'intestin qui affecte l'extrémité distale du tube digestif, i.e. le côlon et le rectum. Elle se caractérise par des lésions continues le plus souvent superficielles qui débutent dans le rectum et peuvent s'étendre sur l'ensemble du colon sans jamais atteindre d'autres segments du tube digestif. Elle évolue par poussées entrecoupées de périodes de rémissions (périodes calmes sans symptômes).
Par «pochite» on désigne l'inflammation du réservoir iléal obtenu après qu’un chirurgien ait effectué une anastomose entre deux parties des intestins, i.e. l'iléon et l'anus. Elle concerne avant tout les patients souffrant de recto-colite hémorragique, et ayant subi une coloprotectomie totale.
Une composition selon la présente invention est notamment prévue pour le tube digestif, en particulier l’intestin.
Par conséquent, une composition selon l’invention peut être adaptée à une administration par la voie orale ou rectale.
Selon un mode de réalisation, une composition de l’invention est une composition orale, c’est-à-dire qu’elle est adaptée à une administration par la voie orale à un individu.
Une telle composition peut être sous la forme d’une suspension, un comprimé, une pilule, une capsule, un granulé ou une poudre.
La composition selon l’invention pour la voie orale peut être choisie dans le groupe constitué d’un produit alimentaire, une boisson, un produit pharmaceutique, un nutraceutique, un additif alimentaire, un supplément alimentaire ou un produit laitier, et est, en particulier, un complément alimentaire.
Selon un mode de réalisation particulier, une composition selon la présente invention est un complément alimentaire.
Un complément alimentaire pour une administration orale peut être présent dans des capsules, des gélules, des capsules molles, des comprimés, des comprimés dragéifiés, des pilules, des pâtes, des pastilles, des gommes, des solutions ou émulsions buvables, un sirop ou un gel.
Avantageusement, une composition selon la présente invention, prévue pour une administration orale, peut être pourvu d’un enrobage résistant au suc gastrique, afin d’assurer que la souche bactérienne de la présente invention comprise dans ladite composition puisse traverser l’estomac endommagé. La libération de la souche bactérienne peut ainsi se produire pour la première fois dans le tractus intestinal supérieur.
Un complément alimentaire selon la présente invention peut comprendre en outre un édulcorant, un stabilisant, un antioxydant, un additif, un agent aromatisant et/ou un colorant.
La formulation de celui-ci est effectuée au moyen des procédés usuels pour produire des comprimés dragéifiés, des gélules, des gels, des hydrogels pour libération contrôlée, des émulsions, des comprimés ou des capsules.
Une composition selon la présente invention peut également être sous la forme d’une composition nutritionnelle.
Une composition nutritionnelle selon la présente invention est sous la forme d’un yogourt, une barre de céréale, des céréales pour le petit-déjeuner, un dessert, un aliment congelé, une soupe, un aliment pour animaux de compagnie, une suspension liquide, une poudre, un comprimé, une gomme ou un bonbon.
Dans un autre mode de réalisation de la présente invention, une composition contenant la souche bactérienne de l’invention est administrée par voie intrarectale.
En particulier, une composition selon l’invention administrée par la voie rectale peut se présenter sous la forme d’un suppositoire, d’un lavement ou d’une mousse.
Une composition selon l’invention peut comprendre en outre au moins un ingrédient choisi parmi : des antioxydants, des huiles de poisson, DHA, EPA, des vitamines, des minéraux, des phytonutriments, une protéine, un lipide, des probiotiques et des combinaisons de ceux-ci.
L’invention est décrite ci-dessous de façon plus détaillée au moyen des exemples suivants qui sont présentés à titre d’illustration uniquement.
Souches bactériennes, culture cellulaire et conditions de croissance
Toutes les souches décrites ci-après sont issues de la collection allemande DSMZ (Institut Leibnitz DSMZ). Les souchesChristensenella minutaDSMZ 22607,Christensenella timonensisDSMZ 102800 etFaecalibacterium prausnitziiA2-165 (déposée à la German Collection of Microorganisms and Cell Cultures under number DSM-17677 en 1996) sont cultivées à 37 °C dans un milieu YBHI [milieu de perfusion cerveau-coeur complété avec 0.5 % d'extrait de levure (Difco)] additionné de cellobiose (1 mg/ml ; Sigma), de maltose (1 mg/ml ; Sigma), de cystéine (0,5 mg/ml ; Sigma) et de mucine (1 mg/ml ; Sigma) dans une chambre anaérobie remplie avec N2= 85 %, CO2= 10 % et H2= 5 %.
La lignée cellulaire HT-29 (ATCC HTB-38) (LGC-Standars) est cultivée dans le milieu minimal essentiel de l'aigle modifié de Dulbecco (DMEM) (Sigma-Aldrich) complété avec 10% (p/v) de sérum foetal bovin (FBS) thermo-inactivé (GibcoBRL, Eragny, France) et de pénicillin G/ streptomycine (5000 IU/mL, 5000 µg/ml) (Sigma-Aldrich). Les cultures sont incubées dans des flacons de culture tissulaire de 25 cm2(Nunc, Roskilde, Danemark) à 37 ºC dans une atmosphère de CO2à 5% (v/v) jusqu'à confluence.
Expériences d'alimentation croisée
Les cultures simples et les co-cultures composées des combinaisons entre les souches énumérées sont préparées au temps 0. A 24h, les échantillons bactériens sont centrifugés pendant 10 minutes à 6000 rpm. Les surnageants ainsi obtenus sont conservés à -80°C afin de poursuivre l'analyse de leurs propriétés immunomodulatricesin vitro.
Propriétés immunomodulatrices utilisant des cellules HT-29
Des tests anti-inflammatoires sont effectués selon la procédure décrite par Kechaouet al., 2012 (Kechaou Net al .:Appl Environ Microbiol 2012, 79:1491-1499). Spécifiquement, 50000 cellules HeLa ou HT-29 par puits sont semées dans des plaques de culture de 24 puits (Nunc). Vingt-quatre heures avant la mise en contact bactérienne, le milieu de culture est remplacé par un milieu contenant 5 % de FBS. Les expériences sont entreprises le 7e jour après l'ensemencement, alors que les cellules sont à confluence (1,83x106cellules/puits). Vingt-quatre heures avant la co-culture bactérienne (jour 6), le milieu de culture est remplacé par un milieu contenant 5% de FBS inactivé à la chaleur et 1% de glutamine. Le jour de la co-culture, 10 % de surnageant bactérien sont ajoutés au DMEM dans un volume total de 500 μL. Les cellules sont stimulées simultanément avec du TNF-α humain (5 ng/mL ; Peprotech, NJ) pendant 6 h à 37°C dans 10% de CO2. Après la co-incubation, les surnageants cellulaires sont prélevés et stockés à -80 °C jusqu'à ce qu’une mesure plus poussée des concentrations d'interleukine-8 (IL-8) par ELISA (Biolegend, San Diego, CA) soit effectuée.
Ces expériences ont été réalisées au moins en trois exemplaires.
Les résultats obtenus sont représentés en Figure 1.
Ces résultats sont exprimés en IL-8 (pg/mL) et sont normalisés en utilisant comme valeur de référence l'IL-8 produit après la co-incubation avec le PBS comme témoin négatif.
Analyse statistique
Le logiciel GraphPad (GraphPad Sofware, La Jolla, CA, USA) a été utilisé pour l'analyse statistique. Des comparaisons sont réalisées avec le test non paramétrique de Kruskal-Wallis suivi d'une comparaison multiple de Dunn. Une valeur p inférieure à 0,05 a été jugée significative (*p< 0,05 ; **p<0,01).
Résultats
Christensenella minuta DSM Z 22607 et Christensenella timonensis DSM Z 102800 présentent des propriétés anti-inflammatoires in vitro.
La souche de référenceF . prausnitziiA2-165 est bien connue pour ses propriétés immunomodulatrices et plus particulièrement pour ses effets anti-inflammatoires. Pour déterminer si les souches deC. minutaDSMZ 22607 etC. timonensisDSMZ 102800 sont capables de moduler la réponse immunitaire, les inventeurs ont testéin vitroles propriétés immunomodulatrices des surnageants de ces souches dans un modèle basé sur la capacité à bloquer la production de IL-8 (une cytokine pro-inflammatoire) induite par stimulation TNF-α dans des cellules épithéliales HT-29.
Ainsi, les inventeurs ont observé que les deux souches sont capables de bloquer la production d'IL-8 de la même manière que le témoin positif (F . prausnitziiA2-165) (Figure 1).
C. minuta DSM Z 22607 et C. timonensis DSM Z 102800 augmentent les propriétés anti-inflammatoires d e la souche F . prausnitziiA2-165in vitro.
Afin de tester si les membres deChristensenellaétaient capables d'augmenter les propriétés anti-inflammatoires d'autres membres du microbiote intestinale, des co-cultures avecF . prausnitziiA2-165 ont été réalisées.
Comme le montre également la Figure 1,C. minutaDSMZ 22607 etC. timonensisDSMZ 102800 permettent avantageusement, et de manière tout à fait inattendue, d’augmenter synergiquement les propriétés anti-inflammatoires de la soucheF . prausnitziiA2-165 de manière statistiquement significative.

Claims (14)

  1. Composition pour son utilisation dans le traitement et/ou la prévention d’une maladie gastro-intestinale inflammatoire chez un individu, la composition comprenant, dans un milieu physiologiquement acceptable, au moins :
    (I) (a) une première souche bactérienne de l’espèceFaecalibacterium prausnitzii,
    et/ou
    (b) un surnageant de culture d’une première souche bactérienne de l’espèceFaecalibacterium prausnitzii;
    et
    (II) (a) une seconde souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella minuta,Christensenella timonensiset leurs mélanges,
    et/ou
    (b) un surnageant de culture d’une seconde souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella minuta,Christensenella timonensiset leurs mélanges.
  2. Composition pour son utilisation selon la revendication 1, caractérisée en ce que la première souche bactérienne est présente dans la composition sous une forme vivante, inactive et/ou morte, de préférence sous une forme vivante.
  3. Composition pour son utilisation selon la revendication 1 ou 2, caractérisée en ce que la seconde souche bactérienne est présente dans la composition sous une forme vivante, inactive et/ou morte, de préférence sous une forme vivante.
  4. Composition pour son utilisation selon la revendication 1, comprenant au moins :
    (a) un surnageant de culture d’une première souche bactérienne de l’espèceFaecalibacterium prausnitzii; et
    (b) un surnageant de culture d’une seconde souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella minuta,Christensenella timonensiset leurs mélanges.
  5. Composition pour son utilisation selon l’une quelconque des revendications précédentes, caractérisée en ce que la première souche bactérienne, de l’espèceFaecalibacterium prausnitzii ,est la souche A2-165, déposée à la German Collection of Microorganisms and Cell Cultures sous le numéro DSM-17677 en 1996.
  6. Composition pour son utilisation selon l’une quelconque des revendications précédentes, caractérisée en ce que la seconde souche est choisie dans le groupe constitué deChristensenella minutaDSMZ 22607,Christensenella timonensisDSMZ 102800 et leurs mélanges.
  7. Composition pour son utilisation selon l’une quelconque des revendications précédentes, caractérisée en ce que l’individu est un mammifère, plus particulièrement un être humain.
  8. Composition pour son utilisation selon l’une quelconque des revendications précédentes, caractérisée en ce que la maladie gastro-intestinale inflammatoire est une affection intestinale inflammatoire.
  9. Composition pour son utilisation selon l’une quelconque des revendications précédentes, caractérisée en ce que l’affection intestinale inflammatoire est une affection intestinale inflammatoire colique, en particulier choisie dans le groupe constitué de la maladie de Crohn, la recto-colite hémorragique et la pochite.
  10. Composition pour son utilisation selon la revendication 9, caractérisée en ce que l’affection intestinale inflammatoire colique est choisie dans le groupe constitué de la maladie de Crohn et la recto-colite hémorragique.
  11. Composition pour son utilisation selon l’une quelconque des revendications précédentes, caractérisée en ce que la composition est adaptée à une administration par la voie orale.
  12. Composition pour son utilisation selon l’une quelconque des revendications précédentes, ladite composition étant sous la forme de poudre ou granulés, d’un produit alimentaire, d’une boisson, d’un produit pharmaceutique, d’un nutraceutique, d’un additif alimentaire, d’un complément alimentaire, d’un produit laitier, d’une capsule ou d’une gélule, en particulier sous la forme d’un complément alimentaire.
  13. Composition pharmaceutique comprenant, dans un milieu physiologiquement acceptable, au moins :
    (I) (a) une première souche bactérienne de l’espèceFaecalibacterium prausnitzii,
    et/ou
    (b) un surnageant de culture d’une première souche bactérienne de l’espèceFaecalibacterium prausnitzii;
    et
    (II) (a) une seconde souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella minuta,Christensenella timonensiset leurs mélanges,
    et/ou
    (b) un surnageant de culture d’une seconde souche bactérienne choisie dans le groupe constitué deChristensenella minuta,Christensenella timonensiset leurs mélanges.
  14. Composition pharmaceutique selon la revendication 13, telle que définie dans l’une quelconque des revendications 1 à 13.
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