FR2881754A1 - Milieux pour la detection specifique de micro-organismes resistants - Google Patents

Milieux pour la detection specifique de micro-organismes resistants Download PDF

Info

Publication number
FR2881754A1
FR2881754A1 FR0550394A FR0550394A FR2881754A1 FR 2881754 A1 FR2881754 A1 FR 2881754A1 FR 0550394 A FR0550394 A FR 0550394A FR 0550394 A FR0550394 A FR 0550394A FR 2881754 A1 FR2881754 A1 FR 2881754A1
Authority
FR
France
Prior art keywords
group
substrate
microorganisms
bacteria
activity
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
FR0550394A
Other languages
English (en)
Inventor
Sylvain Orenga
Dalbert Celine Roger
John Perry
Gilles Zambardi
Vanessa Chanteperdrix
Nathalie Bal
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Biomerieux SA
Original Assignee
Biomerieux SA
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Biomerieux SA filed Critical Biomerieux SA
Priority to FR0550394A priority Critical patent/FR2881754A1/fr
Priority to FR0553049A priority patent/FR2881755B1/fr
Priority to ES11188970.5T priority patent/ES2663304T3/es
Priority to US11/794,907 priority patent/US20080145879A1/en
Priority to EP06709488.8A priority patent/EP1846568B1/fr
Priority to EP11188970.5A priority patent/EP2465939B1/fr
Priority to PCT/FR2006/050109 priority patent/WO2006085027A2/fr
Priority to EP11189033A priority patent/EP2431479A3/fr
Priority to EP11189038.0A priority patent/EP2465940B1/fr
Priority to JP2007554612A priority patent/JP2008529514A/ja
Priority to ES11189038.0T priority patent/ES2662707T3/es
Priority to PL11189038T priority patent/PL2465940T3/pl
Priority to CN200680004645.6A priority patent/CN101115844B/zh
Priority to CN2012100745602A priority patent/CN102605040A/zh
Priority to CN201210073547.5A priority patent/CN102586390B/zh
Publication of FR2881754A1 publication Critical patent/FR2881754A1/fr
Priority to JP2012037899A priority patent/JP5808269B2/ja
Priority to JP2012037898A priority patent/JP5802148B2/ja
Priority to US13/539,119 priority patent/US20120270252A1/en
Priority to US13/539,127 priority patent/US20120276566A1/en
Priority to US13/539,083 priority patent/US20120270249A1/en
Priority to US14/715,222 priority patent/US20150247177A1/en
Priority to US15/330,777 priority patent/US10494658B2/en
Priority to US16/678,502 priority patent/US11111518B2/en
Priority to US17/392,346 priority patent/US20210363563A1/en
Pending legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/02—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving viable microorganisms
    • C12Q1/04—Determining presence or kind of microorganism; Use of selective media for testing antibiotics or bacteriocides; Compositions containing a chemical indicator therefor
    • C12Q1/045—Culture media therefor
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/02—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving viable microorganisms
    • C12Q1/04—Determining presence or kind of microorganism; Use of selective media for testing antibiotics or bacteriocides; Compositions containing a chemical indicator therefor

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

L'invention concerne l'utilisation d'une combinaison de deux milieux de culture pour distinguer au moins 3 groupes de microorganismes dans un échantillon biologique comprenant :. un premier groupe de microorganisme, appartenant à un premier taxon de microorganisme et comprenant au moins un premier mécanisme de résistance à un premier traitement. un deuxième groupe de microorganismes, appartenant à un deuxième taxon de microorganismes, et comprenant au moins un deuxième mécanisme de résistance à un deuxième traitement,. un troisième groupe de microorganismes, non résistants audits premier et deuxième traitementladite combinaison de deux milieux de culture comprenant :a. au moins un premier substrat permettant la détection d'au moins une première activité enzymatique ou métabolique dudit premier groupe de microorganismesb. au moins deux marqueurs permettant la différenciation du premier groupe de microorganismes et du deuxième groupe de microorganismesc. au moins un antimicrobien, actif sur ledit troisième groupe de microorganismes

Description

DESCRIPTION
Le domaine de l'invention est celui de l'analyse microbiologique par voie biochimique, et en particulier de la détection et de l'identification de microorganismes, tels que notamment de bactéries ou de levures.
La résistance des bactéries aux antibiotiques est un problème majeur de santé publique. La résistance de microorganismes infectieux envers un traitement s'est développée en même temps que les molécules antiinfectieuses et représente aujourd'hui un obstacle majeur en thérapeutique. Cette résistance est source de problèmes multiples, incluant les difficultés de détection au laboratoire, les options de traitement limitées et un impact délétère sur l'issue clinique.
En particulier, l'augmentation rapide et irrépressible de la résistance des bactéries pathogènes, au cours des 20 dernières années, représente un des problèmes actuels majeurs de la médecine. Les infections causées par ces organismes sont à l'origine de l'allongement de la durée d'hospitalisation et sont associées à des taux élevés de morbidité et de mortalité, suite à des échecs thérapeutiques.
Plusieurs mécanismes de résistance peuvent être impliqués simultanément chez une souche bactérienne. Ils se classent en général en 3 catégories: défaut de pénétration de l'antibiotique dans la bactérie, inactivation ou excrétion de l'antibiotique par des systèmes enzymatiques bactériens et défaut d'affinité entre la cible bactérienne et l'antibiotique.
L'inactivation enzymatique est le mécanisme le plus fréquent de résistance acquise en termes de nombre d'espèces et d'antibiotiques concernés. Ainsi, les céphalosporinases chromosomiques de classe C constituent aujourd'hui un des mécanismes de résistance prédominants des bactéries gram-négatif, les bactéries exprimant de telles enzymes étant résistantes aux céphalosporines. De même, les 13-lactamases sont des enzymes exprimées par certaines bactéries, capables d'hydrolyser la liaison C-N du noyau 13-lactame, structure de base des antibiotiques de la famille des B-lactamines, pour donner un produit microbiologiquement inactif. Plusieurs inhibiteurs de B-lactamases (IBL), tels que l'acide clavulanique (AC), le tazobactam et le sulbactam, ont été développés pour augmenter l'activité antimicrobienne et élargir le spectre des B- lactamines qui leur sont associées. Agissant comme un substrat suicide des B-lactamases, ils empêchent la dégradation enzymatique des antibiotiques et leur permettent de devenir efficaces contre des bactéries initialement résistantes. Cependant, de par l'exposition persistante des souches à la pression antibiotique, les bactéries expriment leur capacité d'adaptation par la production continue et dynamique de 13-lactamases, évoluant en même temps que le développement de nouvelles molécules.
Les bactéries gram-négatif productric es de céphalosporinases chromosomiques de classe C de haut niveau (on parle de bactéries Case lIN) , ainsi que les bactéries gram négatif productrices de B-lactamases à spectre étendu (on parle alors de bactéries BLSE) sont devenues de ce fait une menace grandissante, en particulier parce que le nombre d'espèces bactériennes concernées augmente. Les bactéries Case HN et BLSE sont résistantes à des traitements à base de pénicillines et céphalosporines de 1ère et 2ème générations, mais également de céphalosporines de 3ème génération (C3G) (cefotaxime CTX, ceftazidime CAZ, cefpodoxime CPD, ceftiiaxone CRO) et des monobactams (aztreonam ATM). Par contre, les 7améthoxycéphalosporines (céphamycines: cefoxitine, cefotetan) et les carbapénèmes (imipénème, méropénème, ertapénème) conservent généralement leur activité. Les BLSE sont inhibées par les inhibiteurs de B- lactamases (IBL), ce qui permet de les différencier des autres céphalosporinases.
Ces bactéries expriment ainsi le plus souvent simultanément des résistances à plusieurs traitements, ce qui pose des difficultés pour installer un traitement pertinent et éviter les échecs thérapeutiques. Une bactérie Escherichia coli peut ainsi être Case HN et BLSE. En outre, comme les entérobactéries BLSE positives ont tendance à disséminer la résistance par transmission clonale de souches ou transfert plasmidique conjugatif, elles représentent un problème pour le contrôle des infections. Dans la plupart des études, Escherichia coli et Klebsiella pneumoniae demeurent les espèces productrices de BLSE les plus communes. Mais les BLSE ont, depuis quelques années, grandement élargi leur panel d'espèces hôtes. En effet, de nombreuses espèces d'entérobactéries et de bacilles gram-négatif non fermentants (comme Pseudomonas aeruginosa) ont également été rapportés comme producteurs de BLSE. Outre ces bactéries BLSE, on peut également citer les bactéries Staphylococcus aureus qui sont également des bactéries pathogènes développant de nombreux mécanismes de résistances, telles qu'une résistance à la méticilline, la péniciline, la tétracycline, l'érythromycine, la vancomycine. Enterococcus faecium est une autre bactérie multirésistante trouvée en milieu hospitalier, qui peut être résistante à la pénicilline, la vancomycine et au linezolide. Mycobacterium tuberculosis est couramment résistant à l'isoniazide et au rifampine. D'autres pathogènes offrent certaines résistances comme Salmonella, Campylobacter et Streptococcus.
Il devient donc indispensable, d'un point de vue de santé publique, de pouvoir identifier le plus rapidement possible de tels microorganismes, et de tels mécanismes de résistances.
En général, la recherche des micro-organismes résistants à un traitement se fait selon les étapes suivantes 1. prélèvement d'un échantillon biolo gique susceptible de contenir lesdits micro-organismes 2. ensemencement et incubation d'un milieu de culture (18 à 48H) pour induire une croissance exponentielle des micro-organismes 3. Repérage sur les milieux de culture des colonies de micro-organismes potentiellement significatifs 4. Caractérisation de l'espèce de micro-organisme 5. Identification des mécanismes de résistance des micro-organismes analysés, leur signification biologique et éventuellement la thérapie adaptée.
Cette succession d'étapes implique un temps important entre le prélèvement de l'échantillon susceptible de contenir des micro-organismes, et la prescription d'un traitement adapté pour le patient. De plus, l'utilisateur doit généralement réaliser manuellement des étapes de transfert de micro-organismes d'un premier milieu vers un deuxième milieu, ce qui peut induire des problèmes notamment de contamination mais également des risques pour la santé du manipulateur.
A titre d'exemple, pour détecter la présence de béta-lactamases à spectre étendu (BLSE) dans des souches d'Escherichia coli et de Klebsiella pneumoniae, on peut utiliser une technique de diffusion telle que décrite dans la publication de Jacoby & Han (J Clin Microbiol. 34(4): 908- 11, 1996) qui ne donne toutefois aucune information sur l'identification des souches testées: on peut déterminer si la bactéries est une bactérie productrice de BLSE ou non, mais on ne peut distinguer si une telle bactérie est une Escherichia coli ou une Klebsiella pneumoniae. Des substrats métaboliques sont également utilisés pour détecter la présence de BLSE ou Case HN. A ce titre, les laboratoires AES proposent un milieu dans une bi boîte associant un milieu Drigalski avec du céfotaxime et un milieu MacConkey avec de la Ceftazidime. Les milieux Drigalski et MacConkey permettent de révéler l'acidification du Lactose, métabolisme présent chez un très grand nombre d'espèces d'entérobactéries. Toutefois, un tel milieu permet uniquement de distinguer des bactéries résistantes de bactéries non résistantes, mais ne permet pas de distinguer les bactéries exprimant une BLSE de celles exprimant une Case HN. Ce milieu ne permet pas non plus l'identification d'espèces particulières de bactéries, et ne permet pas, par exemple de discriminer les bactéries E. coli, de bactéries K. pneumoniae.
Dans le cas de la détection de mécanismes de résistance autre que BLSE, on peut citer la demande de brevet EP0954560 qui concerne la recherche des entérocoques résistants à la Vancomycine, en combinant la Vancomycine avec un milieu chromogène révélant deux activités enzymatiques (B- glucosidase et pyrrolidonyl-arylamidase). Toutefois, ce milieu chromogène permet de déterminer uniquement si les souches résistantes à la vancomycine appartiennent ou n'appartiennent pas au genre Enterococcus, mais ne permet pas d'identifier l'espèce ou les mécanismes de résistance impliqués, notamment s'il s'agit d'une résistance acquise ou sauvage.
Ainsi, la caractérisation d'une espèce de microorganisme, puis l'identification de sa résistance à un traitement, est longue et fastidieuse. Si le laboratoire rend au clinicien un dépistage positif alors que l'isolat est en fait dépourvu de microorganismes résistants, cela peut entraîner un traitement inutile et inadapté. Inversement, ne pas communiquer un dépistage positif qui sera ensuite confirmé retarde la mise en place de l'isolement du patient (et éventuellement d'une thérapeutique adaptée) d'une journée. Cela montre le besoin d'un test de confirmation rapide et fiable.
La présente invention se propose donc d'améliorer l'état de la technique en présentant un nouvel outil de diagnostic permettant un gain de temps, de fiabilité et de pertinence dans la thérapie mise en oeuvre. Notre invention permet en une seule étape d'identifier les espèces de microorganismes présents dans un échantillon, déterminer leur mécanisme de résistance afin de proposer un traitement adapté à chaque patient. Cette invention est particulièrement adaptée pour discriminer différentes espèces de microorganismes, présentant différents mécanismes de résistance à différent traitement, mais toutes susceptible d'être présentes dans un même échantillon.
Avant d'aller plus avant dans l'exposé de l'invention, les définitions suivantes sont données afin de faciliter la compréhension de l'invention: Par milieu de culture, on entend un milieu comprenant tous les éléments nécessaires à la survie et/ou à la croissance de microorganismes. Le milieu de culture selon l'invention peut contenir d'éventuels autres additifs comme par exemple: des peptones, un ou plusieurs facteurs de croissance, des hydrates de carbone, un ou plusieurs agents sélectifs, des tampons, un ou plusieurs gélifiants... Ce milieu de culture peut se présenter sous forme de liquide, de gel prêt à l'emploi, c'est à dire prêt à l'ensemencement en tube, flacon, ou sur boite de Petri. Au sens de la présente invention, le terme microorganisme recouvre les bactéries, gram positif ou gram négatif, les levures et plus généralement, les organismes généralement unicellulaires, invisibles à l'oeil nu, qui peuvent être multipliés et manipulés en laboratoire.
A titre de bactéries Gram négatif, on peut citer les bactéries des genres suivants: Pseudomonas, Escherichia, Salmonella, Shigella, Enterobacter, Klebsiella, Serratia, Proteus, Campylobacter, Haemophilus, Morganella, Vibrio, Yersin ia, Acinetobacter, Branhamella, Neisseria, Burkholderia, Citrobacter, Hafnia, Edwardsiella, Aeromonas, Moraxella, Pasteurella, Providencia, et Legionella.
A titre de bactéries Gram positif, on peut citer les bactéries des genres suivants: Enterococcus, Streptococcus, Staphylococcus, Bacillus, Listeria, Clostridium, Gardnerella, Kocuria, Lactococcus, Leuconostoc, Micrococcus, Mycobacteria et Corynebacteria.
A titre de levures, on peut citer les levures des genres suivants: Candida, Cryptococcus, Saccharomyces et Trichosporon.
Par échantillon biologique, on entend un échantillon clinique, issu d'un prélèvement de liquide biologique, ou un échantillon alimentaire, issu de tout type d'aliment. Cet échantillon peut être ainsi liquide ou solide et on peut citer d'une manière non limitative, un échantillon clinique de sang, de plasma, d'urines, de fécès, de prélèvements de nez, de gorges, de peaux, de plaies, de liquide céphalo-rachidien, un échantillon alimentaire d'eau, de boissons tels que le lait, un jus de fruits; de yaourt, de viande, d'oeufs, de légumes, de mayonnaise, de fromage; de poisson..., un échantillon alimentaire issu d'une alimentation destinée aux animaux, tel que notamment un échantillon issu de farines animales.
Par mécanisme de résistance, on entend tout type de dispositif qui permet à un micro-organisme de rendre un traitement partiellement ou totalement inopérant sur ledit microorganisme, garantissant sa survie. Les mécanismes de résistance se classent en général en 3 catégories: défaut de pénétration de l'antibiotique dans la bactérie, inactivation ou excrétion de l'antibiotique par des systèmes enzymatiques bactériens et défaut d'affinité entre la cible bactérienne et l'antibiotique.
A titre indicatif, cn peut citer notamment les mécanismes de résistance liés à l'expression d'une enzyme appartenant au groupe des glactamases à spectre étendu; d'une enzyme appartenant au groupe des céphalosporinases chromosomiques de classe C haut niveau; les mécanismes de résistance aux glycopeptides, préférentiellement développés par des bactéries appartenant au genre Enterococcus.
On citera également les mécanismes de résistance à la méticilline, la péniciline, la tétracycline, l'érythromycine, la vancomycine lorsque le microorganismes est une bactérie Staphylococcus aureus On citera également les nécanismes de résistance à la pénicilline, la vancomycine et au linezolide lorsque le microorganismes est une bactérie Enterococcus faecium.
On citera également les mécanismes de résistance à l'amphotéricine B ou aux antifongiques de la famille des azolés lorsque le microorganisme est une levure.
On citera enfin les mécanismes de résistance à l'isoniazide et au rifampine lorsque le microorganismes est une bactérie Mycobacterium tuberculosis.
Par traitement, on entend un traitement susceptible d'empêcher ou de réduire la croissance de microorganismes issus d'un patient. Ce traitement peut comprendre notamment des composés antimicrobiens, tels que des antibiotiques, tels que pénicillines, céphalosporines classiques, céphalosporines à spectre étendu, monobactams, glycopeptides, aminosides ou tels que des antifongiques ou des composés inhibiteurs de la résistance. A noter que ce traitement peut comprendre en outre l'isolement du patient, ce qui empêche la propagation du microorganisme au sein d'autres patients.
Par substrat permettant la détection d'une activité enzymatique ou métabolique, on entend toute molécule susceptible d'engendrer directement ou indirectement un signal détectable dû à une activité enzymatique ou métabolique du microorganisme.
Lorsque cette activité est une activité enzymatique, on parle alors de substrat enzymatique. Par substrat enzymatique, on entend tout substrat pouvant être hydrolysé par une enzyme en un produit permettant la détection, directe ou indirecte d'un microorganisme. Ce substrat comprend notamment une première partie spécifique de l'activité enzymatique à révéler et une seconde partie faisant office de marqueur, ci-après appelée partie marqueur. Cette partie marqueur peut être chromogène, fluorogène, luminescente... Comme substrat chromogène, bien adapté aux supports solides (filtre, gélose, gel d'électrophorèse), on peut citer notamment les substrats à base d'indoxyl et ses dérivés, et les substrats à base d'hydroxyquinoline ou d'esculétine et leurs dérivés, qui permettent la détection d'activités osidase et estérase. On peut citer également les substrats à base de nitrophénol et nitroaniline et dérivés, permettant de détecter les activités osidases et estérases dans le cas de substrats à base de nitrophénol, et des activités peptidases dans le cas de substrats à base de la nitroaniline. On peut citer enfin les substrats à base de naphtol et naphtylamine et leurs dérivés, qui permettent de détecter les activités osidases et estérases par l'intermédiaire du naphtol, et les activités peptidases par l'intermédiaire de la naphtylamine. Ce substrat peut permettre notamment, mais d'une façon non limitative, la détection d'une activité enzymatique telle que l'activité d'une osidase, peptidase, estérase... Le substrat enzymatique peut également être un substrat naturel dont le produit d'hydrolyse est détecté directement ou indirectement. Comme substrat naturel, on peut notamment citer le Tryptophane pour détecter une activité tryptophanase ou desaminase, un acide aminé cyclique (Tryptophane, Phénylalanine, Histidine, Tyrosine) pour détecter une activité désaminase, le Phosphatidyl Inositol pour détecter une activité phospholipase, ...
Lorsque cette activité est une activité métabolique, le substrat est alors un substrat métabolique, telle qu'une source de carbone ou d'azote, couplée à un indicateur produisant une coloration en présence de l'un des produits du métabolisme.
Selon un mode préféré de réalisation de l'invention, ladite première et/ou deuxième activité enzymatique ou métabolique est une activité enzymatique, préférentiellement choisie parmi les activités enzymatiques: beta-glucosidase, desaminase, beta-glucuronidase, betagalactosidase, alpha- glucosidase, alpha- galactosidase, hexosaminidase, Nacétylhexosaminidase, phosphatase, estérase, aminopeptidase.
Par exemple, pour détecter E. coli, on utilise préférentiellement l'activité beta-glucuronidase ou B-galactosidase ou tryptophanase ou desaminase; pour détecter les Proteus on utilise préférentiellement l'activité désaminase, pour détecter les entérocoques, on utilise préférentiellement l'activité beta-glucosidase. Pour les Candida albicans, on privilégie l'hexosaminidase, pour les Listeria monocytogenes la phospholipase, pour les salmonelles l'estérase, pour les Pseudomonas aeruginosa l'estérase ou la B-alanine aminopeptidase, pour les Staphylococcus aureus la phosphatase ou l'alpha- glucosidase.
Par marqueur permettant la différenciation de deux groupes de microorganismes, on entend un composé qui n'a pas les mêmes propriétés sur un premier et sur un deuxième groupe. Ce composé peut être ainsi: É un substrat spécifique É un inhibiteur de mécanisme de résistance, qui permet alors d'inhiber la croissance des organismes développant une résistance particulière, sans discrimination de l'espèce de microorganismes Dans le cas de l'utilisation d'un substrat spécifique, on utilise préférentiellement l'activité beta-glucuronidase, ou beta- galactosidase ou tryptophanase ou desaminase pour détecter E. coli, pour détecter les Proteus on utilise préférentiellement l'activité désaminase, pour détecter les entérocoques, on utilise préférentiellement l'activité beta-glucosidase. Pour les Candida albicans, on privilégie l'hexosaminidase, pour les Listeria monocytogenes la phospholipase, pour les salmonelles l'estérase, pour les Pseudomonas aeruginosa l'estérase ou la 13-alanine aminopeptidase, pour les Staphylococcus aureus la phosphatase ou l'alphaglucosidase.
Dans le cas de l'utilisation d'un inhibiteur de mécanisme de résistance, on utilise préférentiellement É l'acide clavulanique, le tazobactam, ou le sulbactam lorsque le premier groupe et/ou le deuxième groupe comprend un mécanisme de résistance induit par l'expression de 13-lactamases. La concentration en acide clavulanique dans le milieu est alors préférentiellement comprise entre 0,05 et 32 mg/1, préférentiellement entre 0,1 et 8 mg/1 et encore plus préférentiellement entre 0,25 et 6mg/l.
É la cloxacilline ou la dicloxacilline lorsque le premier groupe et/ou le deuxième groupe comprend un mécanisme de résistance induit par l'expression de céphalosporinases Par taxon, on entend un groupe de microorganismes ayant une unité taxonomique. Un taxon peut être une famille, un genre, un ensemble de genres, une espèce, un ensemble d'espèces, une sous-espèce. A titre indicatif on peut citer les entérobactéries, les Klebsiella, les Escherichia, les Enterobacter, les Citrobacter, les Serratia, les KESC (Klebsiella, Enterobacter, Serratia, Citrobacter), les Proteeae, les Proteus, les Morganella, les Pseudomonas, les Staphylococcus, les Streptococcus, les Enterococcus, les Candida, Escherichia coli, Escherichia coli O157:H7, Klebsiella pneumoniae, Citrobacter freundii, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, les staphylocoques à coagulase négative, Candida albicans, Candida glabr2ta, Candida krusei, Candida lusitaniae.
Par antimicrobier, on entend tout composé susceptible d'empêcher ou de ralentir la croissance d'un microorganisme. Ce composé peut être un antibiotique ou un antifongique. Par antibiotique, on entend tout composé susceptible d'empêcher ou de ralentir la croissance d'une bactérie. A titre indicatif, on peut citer notamment les antibiotiques cefotaxime, ceftazidime, ceftriaxone, cefpodoxime, aztréonam, vancomycine, tobramycine, ciprofloxacine.
Par antifongique, on entend tout composé susceptible d'empêcher ou de ralentir la croissance d'une levure ou d'une moisissure. A titre indicatif, on peut citer notamment l'amphotéricine B, le fluconazole, l'itraconazole, le voriconazole, la cycloheximide.
Selon un mode préféré de réalisation de l'invention, lorsque l'antibiotique est É la cefotaxime, la concentration en cefotaxime dans le milieu est préférentiellement comprise entre 0,25 et 8 mg/1, préférentiellement entre 1 et 2 mg/l.
É la ceftazidime, la concentration en ceftazidime dans le milieu est préférentiellement comprise entre 0,25 et 8 mg/1, préférentiellement entre 2 et 2,5 mg/l.
É la ceftriaxone, la concentration en ceftriaxone dans le milieu est préférentiellement comprise entre 0,25 et 8 mg/1, préférentiellement entre 1 et 2,5 mg/l.
É la cefpodoxime, la concentration en cefpodoxime dans le milieu est préférentiellement comprise entre 0,1 et 32 mg/1, préférentiellement entre 0,75 et 10 mg/1 et encore plus préférentiellement entre 1 et 6 mg/1.
É l'aztréonam, la concentration en aztréonam dans le milieu est préférentiellement comprise entre 0,1 et 8 mg/1, préférentiellement entre 0,75 et 1,5 mg/1.
Selon un mode particulier de réalisation de l'invention, le milieu comprend une combinaison d'au moins deux antibiotiques. Préférentiellement, la combinaison d'au moins deux antibiotiques comprend cefotaxime et ceftazidime.
Quelque soit le mode de réalisation de l'invention, le milieu peut comprendre en outre un colorant. A titre indicatif, on peut citer comme colorant le bleu d'Evans, du rouge neutre, du sang de mouton, du sang de cheval, un opacifiant tel que l'oxyde de Titane, de la nitroaniline, du vert malachite, du vert brillant...
Tous les milieux peuvent comprendre, en outre, afin d'augmenter leur sensibilité É au moins un antimicrobien actif contre les bactéries gram positif, tel que notamment le linezolide ou la vancomycine.
É au moins un antimicrobien actif contre les levures, tel que notamment le voriconazole ou l'amphotéricine B. A ce titre, l'invention concerne l'utilisation d'une combinaison de deux milieux de culture pour distinguer au moins 3 groupes de microorganismes dans un échantillon biologique comprenant: É un premier groupe de microorganisme, appartenant à un premier taxon de microorganisme et comprenant au moins un premier mécanisme de résistance à un premier traitement É un deuxième groupe de microorganismes, appartenant à un deuxième taxon de microorganismes, et comprenant au moins un deuxième mécanisme de résistance à un deuxième traitement, É un troisième groupe de microorganismes, non résistants audits premier et deuxième traitement ladite combinaison de deux milieux de culture comprenant: lo a. au moins un premier substrat permettant la détection d'au moins une première activité enzymatique ou métabolique dudit premier groupe de microorganismes b. au moins deux marqueurs permettant la différenciation du premier groupe de microorganismes et du deuxième groupe de microorganismes c. au moins un antimicrobien, actif sur ledit troisième groupe de microorganismes Préférentiellement, le milieu comprend au moins deux marqueurs permettant la différenciation du premier groupe de microorganismes et du deuxième groupe de microorganismes dont au moins un est un inhibiteur dudit premier ou dudit deuxième mécanisme de résistance. Le milieu peut comprendre également au moins deux marqueurs permettant la différenciation du premier groupe de microorganismes et du deuxième groupe de microorganismes, qui sont chacun un inhibiteur dudit premier ou dudit deuxième mécanisme de résistance.
Ce premier mode de réalisation de l'invention permet de distinguer, dans un même échantillon, un premier et un deuxième groupe comprenant différentes espèces ou différents taxons de microorganismes, chacun des deux groupes étant résistants à un traitement différents.
Ce mode de réalisation de l'invention permet ainsi, par exemple de distinguer, dans un même échantillon, un premier groupe comprenant des bactéries E. coli BLSE, et un deuxième groupe comprenant des bactéries KESC Case HN. Dans ce cas particulier, la combinaison de deux milieux peut être la suivante: É Au moins un premier substrat qui permet l'identification de bacteries E. coli, par exemple un substrat de glucuronidase, tel que le 6-Chloro-3-indolyl- B-D-glucuronide ou un substrat de galactosidase, tel que le 5-Bromo-6-chloro- 3-indolyl-l3-Dgalactoside É Un premier marqueur d'identification qui est un substrat de glucosidase, tel que le 5-Bromo-4-chloro-3-indolyl-13-D-glucoside, permettant l'identification des bactéries KESC É Un deuxième marqueur d'identification qui est un inhibiteur de mécanisme de résistance, tel que la cloxacilline É Au moins un antimicrobien qui est un antibiotique, tel que la cefpodoxime On parle de combinaison de 2 milieux, c'est à dire qu'un premier milieu peut comprendre É Un premier substrat qui permet l'identification des E. coli, par exemple un substrat de glucuronidase, tel que le 6-Chloro-3-indolyl-13-D-glucuronide ou un substrat de galactosidase, tel que le 5-Bromo-6-chloro-3-indolyl-13-D-galactoside É Un premier marqueur qui est un inhibiteur de mécanisme de résistance, tel que la cloxacilline É Un antimicrobien qui est un antibiotique, tel que la cefpodoxime alors que le deuxième milieu comprend É Un premier substrat qui permet l'identification des E coli, par exemple un substrat de glucuronidase, tel que le 6-Chloro-.3-indolyl-B-D--glucuronide ou un substrat de galactosidase, tel que le 5 -Bromo-6-chloro-3-indolyl.-B-Dgalactoside É Un premier marqueur qui est un substrat de glucosidase, tel que le 5-Bromo-4-chloro-3-indolyl-B-D-glucoside, permettant l'identification des bactéries KESC É Un antimicrobien qui est un antibiotique, tel que la ceftazidime Une autre alternative serait d'utiliser un premier milieu comprenant É Un premier substrat qui permet l'identification des E. coli, par exemple un substrat de glucuronidase, tel que le 6-Chloro-3-indolyl-B-D--glucuronide ou un substrat de galactosidase, tel que le 5-Bromo-6-chloro-3-indolyl-13-D-galactoside É Un premier marqueur qui est un substrat de glucosid.ase, tel que le 5Bromo-4-chloro-3-indolyl-B-D-glucoside, permettant l'identification des bactéries KESC É Un antimicrobien qui est un antibiotique tel que l'Aztréonam alors que le deuxième milieu comprend É Un premier substrat qui permet l'identification des E. coli,par exemple un substrat de glucuronidase, tel que le 6-Chloro-3-indolyl-13-D-glucuronide ou un substrat de galactosidase, tel que le 5-Bromo-6-chloro-3-indolyl-.B-Dgalactoside É Un premier marqueur qui est un inhibiteur de mécanisme de résistance, tel que l'acide clavulanique É Un antimicrobien qui est unantibiotique tel que la ceftazidime L'homme du métier choisira chaque milieu de façon à obtenir systématiquement une combinaison selon l'invention. L'antimicrobien actif sur ledit troisième groupe est présent dans les deux milieux. L'homme du métier pourra notamment utiliser une biboite, permettant de comparer aisément les deux milieux sur lequel on aura déposé un même échantillon biologique.
A ce titre, l'invention concerne également une biboite comprenant une combinaison de deux milieux de culture, ladite combinaison comprenant: a. au moins un premier substrat permettant la détection d'au moins une première activité enzymatique ou métabolique dudit premier groupe de microorganismes b. au moins deux marqueurs permettant la différenciation du premier groupe de microorganismes et du deuxième groupe de microorganismes c. au moins un antimicrobien, actif sur ledit troisième groupe de microorganismes, ledit antimicrobien étant présent sur chaque coté de la biboite Ce premier mode de réalisation de l'invention n'est pas limité à la distinction de 3 groupes de microorganismes, mais peut permettre la distinction de 4, 5 ou même plus, groupes de microorganismes. Il est alors nécessaire de rajouter dans le ou les milieux des marqueurs d'identification supplémentaires, afin de discriminer les différents groupes.
A ce titre l'invention concerne également une biboite comprenant une combinaison de deux milieux de culture, ladite combinaison comprenant pour le premier milieu É un premier substrat qui permet l'identification des E. coli, par exemple un substrat de glucuronidase tel que le 6-Chloro3-indolyl-B-D-glucuronide ou un substrat de galactosidase tel que le 5Bromo-6-chloro-3-indolyi-13-D-galactoside ou un substrat qui permet l'identification des Proteeae, par exemple le Tryptophane É un premier marqueur d'identification qui est un substrat de glucosidase, tel que le 5-Bromo-4-chloro-3 -indolyl-B-D-glucoside É un deuxième marqueur d'identification qui est un inhibiteur de résistance tel que la cloxacilline É au moins un antimicrobien qui est un antibiotique tel que la Cefpodoxime - pour le deuxième milieu É un premier substrat qui permet l'identification des entérocoques, par exemple un substrat de glucosidase tel que le 5-Bromo-4-chloro-3-indolyl-B-D-glucoside É un premier marqueur d'identification qui est un autre substrat de glucosidase tel que le Méthyl-a-glucoside É au moins un antimicrobien qui est un antibiotique tel que la Vancomycine L'invention concerne également l'utilisation d'un milieu de culture pour distinguer au moins 3 groupes de microorganismes dans un échantillon biologique comprenant: É un premier groupe de microorganismes, appartenant à un premier taxon de microorganismes et comprenant au moins un mécanisme de résistance à un traitement É un deuxième groupe de microorganismes, appartenant à un deuxième taxon de microorganismes, différent dudit premier taxon, mais comprenant au moins un mécanisme de résistance à un traitement, identique à celui du premier groupe É un troisième groupe de microorganismes, non résistants audit traitement ledit milieu de culture comprenant a. au moins un premier substrat permettant la détection d'au moins une première activité enzymatique ou métabolique dudit premier groupe de microorganismes b. au moins un marqueur permettant la différenciation du premier groupe de microorganismes et du deuxième groupe de microorganismes, ledit marqueur étant un substrat permettant la détection d'au moins une activité enzymatique ou métabolique dudit deuxième groupe de microorganismes c. au moins un antimicrobien, actif sur ledit troisième groupe de microorganismes Ce deuxième mode de réalisation de l'invention permet de distinguer dans un même échantillon, un premier et un deuxième groupe comprenant différentes espèces ou différents taxons de microorganismes, mais chacun des deux groupes étant résistants à un même traitement. Dans ce cas particulier de réalisation de l'invention, il n'est pas nécessaire d'utiliser une combinaison de milieu, un milieu seul comprenant les caractéristiques telles que définies ci dessus suffit.
Ce mode de réalisation de l'invention permet ainsi, par exemple de distinguer, dans un même échantillon, un premier groupe comprenant des bactéries E coli BLSE, et un deuxième groupe comprenant des bactéries KESC BLSE.
A ce titre, l'invention concerne un milieu de culture comprenant: É un premier substrat permettant la détection d'une activité enzymatique betaglucosidase, préférentiellement le 5-Bromo-4-chloro-3-indolyl-13-Dglucoside à une concentration comprise entre 25 et 500mg/l, préférentiellement entre 40 et 150mg/1 É un deuxième substrat permettant la détection du métabolisme de methyl alpha glucoside, en présence d'un indicateur coloré, préférentiellement le rouge neutre à une concentration comprise entre 2 et 100mg/1, préférentiellement entre 4 et 50mg/1 É un antimicrobien qui est un antibiotique, préférentiellement la vancomycine à une concentration comprise entre 0,5 et 128mg/1, préférentiellement entre 2 et 32mg/l Lorsque l'antibiotique est la vancomycine, ce milieu est préférentiellement utilisé pour distinguer: É un premier groupe de bactéries entérocoques développant une résistance acquise contre la vancomycine É un deuxième groupe de bactéries entérocoques développant une résistance naturelle contre la vancomycine É un troisième groupe de bactéries entérocoques, non résistantes à la vancomycine L'invention concerne également un milieu de culture comprenait É un premier substrat permettant la détection d'une activité enzymatique hexosaminidase, préférentiellement le 5-Bromo-4-chloro-3-indolyl-N-acétyl-13-Dglucosaminide à une concentration comprise entre 25 et 500 mg/1, préférentiellement entre 40 et 150 mg/1 É un deuxième substrat permettant la détection d'une activité beta glucosidase, préférentiellement le 6Chloro-3-indolyl-B-D-glucoside à une concentration comprise entre 25 et 500 mg/1, préférentiellement entre 40 et 200 mg/1 É un antimicrobien qui est un antifongique qui est préférentiellement l'amphotéricine B (amphoB) à une concentration comprise entre 0,5 et 64 mg/1, préférentiellement entre 1 et 16 mg/1, encore plus préférentiellement entre 1 et 8 mg/1 Lorsque l'antifongique est l'amphotéricine B, ce milieu est préférentiellement utilisé pour distinguer: É un premier groupe de levures comprenant Candida albicans développant une résistance à l'amphoB É un deuxième groupe de levures, comprenant Candida tropicalis et/ou C. lusitaniae et ou C. kefyr, développant une résistance à l'amphoB É un troisième groupe de levures, non résistantes à l'amphoB L'invention concerne également un milieu de culture comprenant É un premier substrat permettant la détection d'une activité enzymatique hexosaminidase, préférentiellement le 5-Bromo-4-chloro-3-indolyl-N-acétyl- 13-Dglucosaminide à une concentration comprise entre 25 et 500 mg/l, préférentiellement entre 40 et 150 mg/1 É un deuxième substrat permettant la détection d'une activité phosphatase, préférentiellement le 5-Bromo-6chloro-3-indolyl-phosphate à une concentration comprise entre 25 et 750 mg/1, préférentiellement entre 40 et 200 mg/1 É un antimicrobien qui est un antifongique qui est préférentiellement de l'amphoB à une concentration comprise entre 0,5 et 64 mg/l, préférerliellement entre 1 et 16 mg/1, encore plus préférentiellement entre 1 et 8 mg/1 Lorsque l'antifongique est l'amphotéricine B, ce milieu est préférentiellement utilisé pour distinguer: É un premier groupe de levures comprenant Candida albicans développant une résistance à l'amphoB É un deuxième groupe de levures, comprenant Candida tropicalis et/ou C. glabrata et ou C. krusei, développant une résistance à l'amphoB É un troisième groupe de levures, non résistantes à l'ampho B L'invention concerne également un milieu de culture comprenant É un premier substrat permettant la détection de l'activité enzymatique hexosaminidase dudit premier groupe, préférentiellement le 5-Bromo-4-chloro-3-indolyl-N-acétyl-13-Dglucosaminide à une concentration comprise entre 25 et 500 mg/1, préférentiellement entre 40 et 150 mg/1 É un deuxième substrat permettant la détection de l'activité beta glucosidase dudit deuxième groupe, préférentiellement le 6-Chloro-3-indolyl-B-D-glucoside à une concentration comprise entre 25 et 500 mg/1, préférentiellement entre 40 et 200 mg/1 É un antimicrobien qui est un antifongique, préférentiellement du fluconazole à une concentration comprise entre 1 et 256 mg/l, préférentiellement entre 2 et 128 mg/1, encore plus préférentiellement entre 8 et 64 mg/1 Lorsque l'antifongique est le fluconazole, ce milieu est préférentiellement utilisé pour distinguer: É un premier groupe de levures comprenant Candida albicans développant une résistance au fluconazole É un deuxième groupe de levures, comprenant Candida tropicalis et/ou C. lusitaniae et ou C. kefyr, développant une résistance au fluconazole É un troisième groupe de levures, non résistantes au fluconazole L'invention concerne également un milieu de culture comprenant É un premier substrat permettant la détection d'une activité enzymatique hexosaminidase, préférentiellement le 5-Bromo-4chloro-3-indolyl-N-acétyl-13-D-glucosaminide à une concentration comprise entre 25 et 500mg/l, préférentiellement entre 40 et 150mg/1 É un deuxième substrat permettant la détection d'une activité phosphatase préférentiellement le 5-Bromo-6-chloro-3-indolyl-phosphate à une concentration comprise entre 25 et 750mg/l, préférentiellement entre 40 et 200mg/l É un antimicrobien qui est un antifongique qui est préférentiellement du fluconazole à une concentration comprise entre 1 et 256mg/1, préférentiellement entre 2 et 128mg/1, encore plus préférentiellement entre 8 et 64mg/l Lorsque l'antifongique est le fluconazole, ce milieu est préférentiellement utilisé pour distinguer: É un premier groupe de levures comprenant Candida albicans développant une résistance au fluconazole É un deuxième groupe de levures, comprenant Candida tropicalis et/ou C. glabrata et ou C. krusei, développant une résistance au fluconazole É un troisième groupe de levures, non résistantes au fluconazole L'invention concerne également un milieu de culture comprenant É un premier substrat permettant la détection d'une activité enzymatique beta glucuronidase, préférentiellement 6-Chloro-3indolyl-B-D-glucuronide à une concentration comprise entre 25 et 750mg/l, préférentiellement entre 40 et 300mg/1 ou ou beta galactosidase, préférentiellement 5-Bromo-6-chloro-3-indolyl-13-D-galactoside à une concentration comprise entre 25 et 500mg/l, préférentiellement entre 40 et 150mg/l É un deuxième substrat permettant la détection d'une activité beta glucosidase préférentiellement le 5-Bromo-4-chloro-3-indolyl-13-Dglucoside à une concentration comprise entre 25 et 500mg/l, préférentiellement entre 40 et 250mg/1 ou tryptophanase ou desaminase, préférentiellement le Tryptophane à une concentration comprise entre 50 et 5000mg/1, préférentiellement entre 250 et 2000nng/l É un antimicrobien qui est un antibiotique, préférentiellement la ceftazidime. La concentration en ceftazidime dans le milieu est alors préférentiellement comprise entre 0,25 et 8 mg/1, préférentiellement entre 2 et 2,5 mg/l.
Lorsque l'antibiotique est la ceftazidime, ce milieu est préférentiellement utilisé pour distinguer: É un premier groupe de bactéries E. coli BLSE ou Case NH É un deuxième groupe de bactéries KESC BLSE ou Case NH É un troisième groupe de bactéries, non résistantes aux beta lactamines et aux céphalosporines L'invention concerne également un milieu de culture comprenant É Éun premier substrat permettant la détection d'une activité enzymatique beta glucuronidase ou beta galactosidase, préférentiellement 6-Chloro-3-indolyl-13-D-glucuronide à une concentration comprise entre 25 et 750mg/l, préférentiellement entre 40 et 300mg/1 ou 5-Bromo-6-chloro-3-indolyl-B-D-galactoside à une concentration comprise entre 25 et 500mg/l, préférentiellement entre 40 et 150mg/1 É .un deuxième substrat permettant la détection d'une activité beta glucosidase, préférentiellement le 5-Bromo-4-chloro-3-indolyl-B-:Dglucoside à une concentration comprise entre 25 et 500 mg/1, préférentiellement entre 40 et 250 mg/1 ou tryptophanase ou desaminase, préférentiellement le Tryptophane à une concentration comprise entre 50 et 5000 mg/1, préférentiellement entre 250 et 2000 mg/1 É un antimicrobien qui est un antibiotique, préférentiellement la cefpodoxime à une concentration comprise entre 0,5 et 32 mg/1, préférentiellement entre 0,75 et 10 mg/1 et encore plus préférentiellement entre 1 et 6 mg/l et de la cloxacilline à une concentration comprise entre 10 et 2000 mg/1, préférentiellement entre 50 et 500 mg/l Lorsque l'antibiotique est la cefpodoxime, ce milieu est préférentiellement utilisé pour distinguer: É un premier groupe de bactéries E. coli BLSE É un deuxième groupe de bactéries KESC BLSE É un troisième groupe de bactéries, non résistantes aux beta lactamines L'invention concerne également un milieu de culture comprenant É -un premier substrat permettant la détection d'une activité enzymatique beta glucuronidase préférentiellement 6-Chloro-3-indolyl-B-Dglucuronide à une concentration comprise entre 25 et 750 mg/1, préférentiellement entre 40 et 300 mg/1 ou beta galactosidase, préférentiellement 5-Bromo-6-Échloro-3-indolyl-13-D-galactoside à une concentration comprise entre 25 et 500mg/l, préférentiellement entre 40 et 150 mg/1 É .un deuxième substrat permettant la détection d'une activité beta glucosidase, préférentiellement le 5-Bromo-4-chloro-3indolyl-B-D-glucoside à une concentration comprise entre 25 et 500mg/l, préférentiellement entre 40 et 250mg/1 ou ou tryptophana se ou desaminase, préférentiellement le Tryptophane à une concentration comprise entre 50 et 5000mg/1, préférentiellement entre 250 et 2000mg/1 É une combinaison comprenant un antimicrobien,et un inhibiteur de resistance. Préférentiellement, cette combinaison comprend de la ceftiiaxone à une concentration comprise entre 0,25 et 8 mg/1, préférentiellement entre 1 et 2,5 mg/1 et de l'acide clavulanique à une concentration comprise entre 0,05 et 32 mg/1, préférentiellement entre 0,1 et 8 mg/1 et encore plus préférentiellement entre 0,25 et 6mg/1 Ce milieu est préférentiellement utilisé pour distinguer: É un premier groupe de bactéries E. coli CaseHN É .un deuxième groupe de bactéries KESC CaseHN É un troisième groupe de bactéries, non résistantes aux céphalosporines L'invention concerne également un milieu de culture comprenant: É .un premier substrat permettant la détection d'une activité enzymatique beta glucuronidase, préférentiellement 6-Chloro-3-indolyl-B-D-glucuronide à une concentration comprise entre 25 et 750 mg/I, préférentiellement entre 40 et 300 mg/1 ou beta galactosidase, préférentiellement 5-Bromo-6-chloro-3-indolyl-B-Dgalactoside à une concentration comprise entre 25 et 500 mg/1, préférentiellement entre 40 et 150 mg/1 É .un deuxième substrat permettait la détection d'une activité beta glucosidase, préférentiellement le 5-Bromo-4-chloro-3-indolyl-B-D-glucoside à une concentration comprise entre 25 et 500mg/1, préférentiellement entre 40 et 250mg/1 ou tryptophanase ou desaminase, préférentiellement le Tryptophane à une concentration comprise entre 50 et 5000mg/l, préférentiellement entre 250 et 2000mg/1 É Édeux antimicrobiens, qui sont préférentiellement deux antibiotiques, préférentiellement de la cefpodoxime à une concentration comprise entre 0,1 et 32 mg/l, préférentiellement entre 0,25 et 10 mg/1 et encore plus préférentiellement entre 0,5 et 4 mg/1 etÉde l'aztreonam à une concentration comprise entre 0,1 et 8 mg/1, préférentiellement entre 0,5 et 1,5 mg/1 Ce milieu est préférentiellement utilisé pour distinguer: É Éun premier groupe de bactéries E. coli BLSE ou Case NH É .un deuxième groupe de bactéries KESC BLSE ou Case NH É Éun troisième groupe de bactéries, non résistantes aux beta lactamines et/ou aux céphalosporines L'invention concerne également un milieu de culture comprenant: É Éau moins un premier substrat permettant la détection du métabolisme des alpha-glucosides préférentiellement le Méthyl-a-glucoside à une concentration comprise entre 1 et 50g/1, préférentiellement entre 5 et 20g/l ou le 5-Bromo-4-chloro-3-indolyla-D-glucoside à une concentration comprise entre 25 et 500mg/1, préférentiellement entre 40 et 250mg/1 É Éau moins un deuxième substrat permettant la détection d'une deuxième activité différente du métabolisme des alpha-glucosides préférentiellement le 5-Bromo-4-chloro-3-indolyl-B-D-glucoside à une concentration comprise entre 25 et 500mg/1, préférentiellement entre 40 et 250mg/1 É au moins un antimicrobien, préférentiellement un antibiotique, tel que la vancomycine à une concentration comprise entre 0, 5 et 128mg/l, préférentiellement entre 2 et 32mg/l Lorsque l'antibiotique est la vancomycine, ce milieu est préférentiellement utilisé pour distinguer: É .un premier groupe de microorganismes, comprenant Enterococcus faecalis et Enterococcus faecium, résistants à la vancomycine É Éun deuxième groupe de microorganismes, comprenant Enterococcus casselfavus et Enterococcus gallinarum, résistants à la vancomycine É Éun troisième groupe de microorganismes non résistants à la vancomycine Ce milieu est également préférentiellement utilisé pour distinguer: É Éun premier groupe de microorganisme, comprenant Enterococcus faecalis et Enterococcus faecium, résistants à la vancomycine É -un deuxième groupe de microorganismes, comprenant Staphylococcus aureus, intermédiaire ou résistant à la vancomycine É .un troisième groupe de microorganismes non résistants à la vancomycine L'invention concerne également un milieu de culture comprenant: É un antimicrobien, préférentiellement un antibiotique tel que la cloxacilline É un inhibiteur de mécanisme de résistance, tel que préférentiellement une céphalosporine de 3ème génération choisie parmi cefotaxime, ceftazidime, cefpodoxime, ceftriaxone Ce milieu est également préférentiellement utilisé pour détecter des bactéries BLSE Le deuxième mode de réalisation de l'invention n'est pas limité à la distinction de 3 groupes de microorganismes, mais peut permettre la distinction de 4, 5 ou même plus, groupes de microorganismes. Il est alors nécessaire de rajouter clans le milieu des marqueurs d'identification entre les différents groupes.
A ce titre, l'invention également un milieu de culture comprenant: É un premier substrat permettant la détection d'une activité enzymatique beta glucuronidase, préférentiellement 6-Chloro-3-indolyl-B-D-glucuronide à une concentration comprise entre 25 et 750mg/1, préférentiellement entre 40 et 300mg/l ou béta galactosidase, préférentiellement 5-Bromo-6-chloro3-indolyl-B-D-galactoside à une concentration comprise entre 25 et 500mg/1, préférentiellement entre 40 et 150mg/l É un deuxième substrat permettant la détection d'une beta glucosidase, préférentiellement le 5Bromo-4-chloro-3-indolyl-13-D-glucoside à une concentration comprise entre 25 et 500mg/1, préférentiellement entre 40 et 250mg/l É une combinaison d'antimicrobien, préférentiellement une combinaison d'antibiotiques tel que o la cefpodoxime à une concentration comprise entre 0,5 et 32 mg/l, préférentiellement entre 0,75 et 10 mg/1 et encore plus préférentiellement entre 1 et 6 mg/1, o la cloxacilline à une concentration comprise entre 10 et 2000mg/1, préférentiellement entre 50 et 500mg/1, o la vancomycine à une concentration comprise entre 0,5 et 128mg/1, préférentiellement entre 2 et 32mg/l etÉ o l'ampho B à une concentration comprise entre 0,5 et 64mg/1, préférentiellement entre 1 et 16mg/1, encore plus préférentiellement entre 1 et 8mg/l É un troisième substrat permettant la détection d'une activité désaminase telle que l'Histidine, la Phénylalanine, le Tryptophane ou la Tyrosine à une concentration comprise entre 50 et 5000 mg/1, préférentiellement entre 250 et 2000 mg/1 Ce milieu est préférentiellement utilisé pour distinguer: É Éun premier groupe de bactéries E. colt BLSE É .un deuxième groupe de bactéries KESC BLSE É .un troisième groupe de bactéries, non résistantes aux beta lactamines et/ou aux cephalosporines É un quatrième groupe de bactéries Proteeae BLSE L'invention concerne également l'utilisation d'une combinaison de deux milieux de culture pour distinguer au moins 3 groupes de microorganismes dans un échantillon biologique comprenant: É un premier groupe de microorganismes, appartenant à une première espèce de microorganisme et comprenant un premier mécanisme de résistance à un premier traitement É un deuxième groupe de microorganismes, appartenant à une espèce de microorganismes identique de celle dudit premier groupe de microorganismes, mais comprenant un deuxième mécanisme de résistance à un deuxième traitement, différent de celui dudit premier groupe É un troisième groupe de microorganismes, non résistants audit premier et deuxième traitement ladite combinaison de deux milieux de culture comprenant: a. au moins un premier substrat permettant la détection d'au moins une première activité enzymatique ou métabolique dudit premier groupe de microorganismes b. au moins un marqueur permettant la différenciation du premier groupe de microorganismes et du deuxième groupe de microorganismes, ledit marqueur étant un inhibiteur du mécanisme de résistance au premier traitement et/ou au deuxième traitement c. au moins un antimicrobien, actif sur ledit troisième groupe de microorganismes Ce troisième mode de réalisation de l'invention permet de distinguer dans un même échantillon, un premier et un deuxième groupe comprenant une même espèce de microorganismes ou un même taxon, chacun des deux groupes étant résistants à des traitements différents.
Ce mode de réalisation de l'invention permet ainsi, par exemple de distinguer, dans un même échantillon, un premier groupe comprenant des bactéries E. coli BLSE, et un deuxième groupe comprenant des bactéries E. coli Case FIN. Dans ce cas particulier, la combinaison de deux milieux peut être la suivante: É Au moins un premier substrat qui permet l'identification des E. coli, par exemple un substrat de beta glucuronidase, tel que le 6-Chloro-3-indolyl-B-D-glucuronide ou de beta glucosidase, tel que le 5-Bromo-6-chloro-3-indolyl-13-D-galactoside É Un premier marqueur d'identification qui est un inhibiteur de mécanisme de résistance, préférentiellement la cloxacilline É Un deuxième marqueur d'identification qui est un autre inhibiteur de mécanisme de résistance, préférentiellement l'acide clavulanique É Au moins un antimicrobien qui est la cefpodoxime On parle de combinaison de 2 milieux, c'est à dire qu'un premier milieu peut comprendre É Un premier substrat qui permet l'identification des E. coli qui est le 6-Chloro-3-indolyl-B-Dglucuronide É Un premier marqueur qui est un inhibiteur de mécanisme de résistance, préférentiellement la Cloxacilline É Un antimicrobien, préférentiellement un antibiotique, préférentiellement la Cefpodoxime alors que le deuxième milieu comprend É Un premier substrat qui permet l'identification des E. coli, tel que le 6-Chloro-3-indolyl-B-Dglucuronide É Un deuxième marqueur qui est un autre inhibiteur de mécanisme de résistance, préférentiellement l'acide Clavulanique É Un antimicrobien, préférentiellement un antibiotique, préférentiellement la Cefpodoxime Une autre alternative serait d'utiliser un premier milieu comprenant É Un premier substrat qui permet l'identification des E. coli qui est le 5-Bromo-6-chloro- 3-indolyl-13-D- galactoside É Un premier marqueur qui est un substrat d'une desaminase ou d'une tryptophanase, préférentiellement le Tryptophane É Un antimicrobien, préférentiellement un antibiotique, préférentiellement la Cefpodoxime alors que le deuxième milieu comprend É Un premier substrat qui permet l'identification des E. coli qui est le 6-Chloro-3-indolyl-B-D-glucuronide É Un deuxième marqueur qui est un inhibiteur de mécanisme de résistance, préférentiellement l'acide Clavulanique É Un antimicrobien préférentiellement un antibiotique, préférentiellement qui est la Ceftazidime L'homme du métier choisira chaque milieu de façon à obtenir systématiquement une combinaison selon l'invention. L'antimicrobien actif sur ledit troisième groupe est présent dans les deux milieux. L'homme du métier pourra notamment utiliser une biboite, permettant de comparer aisément les deux milieux sur lequel on aura déposé un même échantillon biologique.
A ce titre, l'invention concerne également une biboite comprenant une combinaison de deux milieux de culture, ladite combinaison comprenant: a. au moins un premier substrat permettant la détection d'au moins une première activité enzymatique ou métabolique dudit premier groupe de microorganismes b. au moins un marqueur permettant la différenciation du premier groupe de microorganismes et du deuxième groupe de microorganismes, ledit marqueur étant un inhibiteur du mécanisme de résistance au premier traitement et/ou au deuxième traitement c. au moins un antimicrobien, actif sur ledit troisième groupe de microorganismes Ce troisième mode de réalisation de l'invention n'est pas limité à la distinction de 3 groupes de microorganismes, mais peut permettre la distinction de 4, 5 ou même plus, groupes de microorganismes. Il est alors nécessaire de rajouter clans le milieu des marqueurs d'identification supplémentaires, afin de discriminer les différents groupes.
A ce titre l'invention concerne une biboite comprenant une combinaison de deux milieux de culture, ladite combinaison comprenant: -pour le premier milieu: É un premier substrat qui permet l'identification des E. coli, par exemple un substrat de glucuronidase tel que 6-Chloro-3-indolyl-B-Dglucuronide ou un substrat de galactosidase tel que 5-Bromo-6-chloro-3indolyl-B-D-galactoside É un deuxième substrat qui permet l'identification des Proteeae, par exemple un substrat d'une desaminase ou d'une tryptophanase, tel que le Tryptophane É un troisième substrat qui permet l'identification du groupe KESC, par exemple un substrat de glucosidase tel que le 5-Bromo-4-chloro-3-indolyl-13-D-glucoside É un marqueur permettant la différenciation entre les souches BLSE et les souches CaseHN, préférentiellement un inhibiteur de résistance, préférentiellement 11'acide Clavulanique É au moins un antimicrobien qui est préférentiellement un antibiotique, préférentiellement la Ceftazidime pour le deuxième milieu É un premier substrat qui permet l'identification des E. coli, par exemple un substrat de glucuronidase, tel que notamment le 6-Chloro-3-indolyl-B-D-glucuronide ou un substrat de galactosidase, tel que notamment le 5-Bromo- 6-chloro- 3-indolyl-B-D- galactoside É un deuxième substrat qui permet l'identification des Proteeae, par exemple un substrat d'une desaminase ou d'une tryptophanase, tel que le Tryptophane É un troisième substrat qui permet l'identification du groupe KESC, par exemple un substrat de glucosidase, tel que notamment le le 5-Bromo-4-chloro-3-indolyl-13-D-glucoside É au moins un antimicrobien, préférentiellement un antibiotique, préférentiellement la Ceflliaxone Les exemples ci dessous sont donnés à titre explicatif et n'ont aucun caractère limitatif. Ils permettront de mieux comprendre l'invention.
EXEMPLE 1
L'exemple ci dessous est basé sur la détection phénotypique des BLSE utilisant la réduction de susceptibilité de ces souches aux antibiotiques et leur sensibilité aux associations avec les inhibiteurs de B-lactamases. Pour cela, une bi-boîte en base CPS ID 3 (milieu chromogène pour la détection des micro-organismes dans les urines et vendus par bioMérieuxsous la référence 43541) avec une demi-gélose contenant un antibiotique et une demi-gélose contenant une association antibiotique - inhibiteur de B-lactarnases a été utilisée.
1. Choix des souches Dans le cadre des manipulations effectuées, pour l'évaluation de l'activité des antibiotiques actifs sur les bacilles gramnégatif, différentes espèces d'entérobactéries (Escherichia coli, Enterobacter aerogenes, Klebsiella pneumoniae, Serratia marcescens, Proteus mirabilis) et de bacilles gram-négatif non fermentants (Pseudomonas aeruginosa) susceptibles de produire des BLSE ont été employées. Dans les essais sont comparées des souches BLSE positives, des souches productrices de céphalosporinase haut niveau (Case HN) et des souches sauvages.
Pour les manipulations concernant les antibiotiques actifs sur les bactéries gram positif, des souches de cocci gram-positif (Staphylococcus aureus, Staphylococcus saprophyticus, Staphylococcus epidermidis, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Streptococcus agalactiae) et de bacilles gram-positif (Lactobacillus spp) ont été testées.
Pour les essais destinés à évaluer l'activité des antifongiques, différentes souches de levures (Candida albicans, Candida glabrata, Candida tropicalis, Candida krusei, Candida dubliniensis, Saccharomyces cerevisiae, Geotrichum capitatum) ont été utilisées.
2. Préparation des milieux Le milieu utilisé était un milieu CPS ID3 (référence 43541) comprenant en outre au moins un antibiotique et au moins un inhibiteur de mécanisme de résistance.
La composition des milieu testés était la suivante: Substrat chromogénique Antibiotique Inhibiteur de résistance Milieu A 6-chloro-3- in dol yl-B-D-gl ucuronide Cefotaxime lmg/1 5-Bromo -4-chloro-3-indolyl13-D-glucoside Tryptophane FeC13 Total: l,73g/1 Milieu B 6-chloro-3indolyl-B-D-glucuronide Ceftazidime 1,5mg/l Ac clavulanique 0,25mg/1 5Bromo -4-chloro-3-indolyl-13-D-glucoside Tryptophane FeC13 Total: 1,73g/1 L'eau osmosée est ajoutée et le tout est homogénéisé et mis à fondre au bain-marie à 100 C. Le milieu de base est réparti en flacons, en nombre correspondant au nombre total de milieux à tester lors de la manipulation. Les flacons sont ensuite autoclavés 15 mn à 121 C. Les milieux sont ramenés et maintenus en surfusion à 55 3 C au bain-marie, afin d'ajouter stérilement les additifs thermolabiles (stérilisés préalablement par filtration sur 0,22 m).
Les milieux sont ensuite coulés en bi-boîtes de 90 mm de diamètre (soit environ 9,5 mL/demiboîte), et laissés sur une surface plane pour qu'ils puissent reprendre en masse. Puis la surface des géloses est séchée sous hotte à flux laminaire pendant 30 mn.
3. Ensemencement des milieux A partir de précultures de 24 heures à 36 C 2 C en atmosphère aérobie sur milieu TSA, un inoculum de 0,5 McF est réalisé en eau physiologique, puis 1 L de cette suspension est transféré dans 5 mL d'eau physiologique. Afin d'obtenir des colonies isolées suffisamment nombreuses, une gamme d'inocula a permis de déterminer que la quantité optimale de bactéries à ensemencer était de 103 à 104 CFU/mL. L'ensemencement se fait directement sur les 2 demi-géloses à l'aide d'un écouvillon stérile. Puis les cultures sont incubées à 37 C en atmosphère aérobie.
4. Lecture des milieux: Les lectures sont effectuées à 18 heures ( 30 min), 24h ( 1h) et 48h ( 4h). Ont été observés la densité et la taille des colonies, l'aspect, la couleur et les intensités de coloration de la masse et des colonies isolées, selon les échelles de lecture 1 à 3 suivantes: 0: pas de croissance; 0,1: trace de pousse; 0,25: colonies de diamètre < 0,5 mm; 0,5: colonies de 0,5 mm diamètre; 0,75: 0,5 mm < diamètre < 1 mm; 1: colonies de 1 mm diamètre; 1,25: 1 mm < diamètre < 1,5 mm; 1,5: colonies de 1,5 mm diamètre; 2: colonies de 2 mm diamètre; 3: colonies de diamètre > 2 mm.
5. Résultats: a) Screening des antibiotiques Les 5 antibiotiques recommandés par le NCCLS (National Committee for Clinical Laboratory Standards) ont été testés. Pour chaque produit testé, une gamme a été effectuée afin de déterminer les concentrations permettant d'inhiber les souches sauvages des entérobactéries testées, sans affecter la croissance des souches BLSE positives ni les souches Case I-IN positives.
Les concentrations retenues sont répertoriées dans le tableau III ciaprès.
Tableau III. Valeurs limites des concentrations d'antibiotiques permettant une inhibition des souches sauvages des entérobactéries testées, sans affecter la croissance des souches BLSE-positives dans les conditions testées valeur basse valeur haute Cefotaxime 1 mg/L 2 mg/L Ceftazidime 2 mg/L 2,5 mg/L Ceftriaxone 1 mg/L 2,5 mg/L Cefpodoxime 2 mg/L 1 0 mg/L Aztreonam 1 mg/L 1,5 mg/L La valeur basse correspondant à la concentration minimale de l'antibiotique nécessaire à l'inhibition des souches sauvages des entérobactéries testées. La valeur haute correspond à la concentration maximale de l'antibiotique pouvant être utilisée sans affecter la croissance des souches BLSE positives testées.
A ces concentrations, la séparation des souches sauvages et résistantes est satisfaisante, et l'expression des activités enzymatiques sur le milieu CPS ID 3 est conforme.
En outre, il est à noter que la ceftazidime est le seul antibiotique testé et utilisé dans la détection des BLSE qui ait montré une activité sur les souches sauvages de P. aeruginosa. Une gamme a été effectuée afin de définir la concentration minimale permettant une inhibition totale de ces souches et la valeur limite est de 1,5 mg/L.
L'ajout d'antibiotiques n'avait aucune influence sur l'expression des activités enzymatiques bactériennes sur le milieu chromogénique. Les groupes de germes étaient aussi bien séparés et identifiés sur milieu CPS ID 3 témoin que sur les milieux comprenant les antibiotiques tels que décrit ci dessus.
b) Screening des inhibiteurs de 13- lactamases Trois inhibiteurs de 13lactamases (IBL), à savoir l'acide clavulanique, le tazobactam, et le sulbactam ont été utilisés. Chacun a été l'objet d'une gamme, en présence de cefotaxime, afin de déterminer la concentration optimale pour inhiber les souches BLSE positives, sans gêner la croissance des souches Case HN.
L'acide clavulanique apparaissait comme l'IBL le plus efficace en présence de cefotaxime. Le tazobactam et le sulbactam nécessitaient des concentrations supérieures à 2 mg/L pour inhiber les souches BLSE positives, alors que l'acide clavulanique était plus actif à des concentrations nettement inférieures et ce sur une plage d'utilisation large (de 0,1 à 8 mg/L lorsqu'il est utilisé en association avec le cefotaxime).
Chaque antibiotique (cefotaximine, ceftazidimine, ceftriaxone, cefpodoxime, aztreonam) a été testé en présence d'une gamme d'acide clavulanique afin de définir les combinaisons les plus efficaces. Les combinaisons retenues sont répertoriées dans le tableau IV ci-dessous.
Tableau IV. Associations retenues d'antibiotiques et d'acide clavulanique (AC), inhibant les souches d'entérobactéries testées BLSE positives, mais laissant pousser les souches Case lIN positives Cefotaxime 2 mg/L + AC 0, 1 mg/L Ceftazidime 2,5 mg/L + AC 2 mg/L Ceftriaxone 2 mg/L + AC 0,25 mg/L Cefpodoxime 9 mg/L + AC 0,25 mg/L Aztreonam 1 mg/L + AC 0,5 mg/L Les résultats obtenus en utilisant une bi-boîte contenant d'un côté l'antibiotique seul et de l'autre côté l'association antibiotique + acide clavulanique sont répertoriés dans le tableau V.
Tableau V
Antibiotique seul Antibiotique + acide clavulanique E. colt sauvage E. colt BLSE positif Colonies roses E. colt Case HN positif Colonies roses Colonies roses Proteeae sauvage Proteeae BLSE positif Colonies marron Proteeae Case HN positif Colonies marron Colonies marron KESC sauvage KESC BLSE positif Colonies vertes KESC Case HN positif Colonies vertes Colonies vertes L'ajout d'inhibiteurs de B-lactamases n'avait aucune influence sur l'expression des activités enzymatiques bactériennes sur le milieu chromogénique. Les groupes de germes étaient aussi bien séparés et identifiés sur milieu CPS ID 3 témoin que sur les milieux comprenant des inhibiteurs de B- lactamases.
c) Combinaison d'antibiotiques Compte tenu des activités relatives des antibiotiques et de l'acide clavulanique, il a été associé É le cefotaxime (antibiotique actif sur les souches BLSE positives en combinaison avec la plus faible concentration d'acide clavulanique), É la ceftazidime (antibiotique actif sur les souches sauvages de P. aeruginosa) , et É l'acide clavulanique, de façon à pouvoir inhiber d'une part les souches sauvages (y compris celles du bacille pyocyanique), et les souches BLSE positives des entérobactéries testées par l'ajout de l'IBL. Une telle association a été testée sur les souches de P. aeruginosa, cette espèce est naturellement résistante au cefotaxime mais sensible à la ceftazidime. En associant 1,5 mg/L de CAZ (ceftazidime), 1 mg/L de CTX (cefotaxime) et 0,25 mg/L d'AC (acide clavulanique), toutes les souches sauvages et les souches BLSE positives des entérobactéries testées ont été inhibées et ne poussait que l'ensemble des souches Case HN et les souches BLSE positives de P aeruginosa. Il s'agit d'une bi-boîte avec d'un côté la CAS? seule et de l'autre le CTX plus l'acide clavulanique.
L'ajout de ces combinaisons d'antibiotiques n'avait aucune influence sur l'expression des activités enzymatiques bactériennes sur le milieu chromogénique. Les groupes de germes étaient aussi bien séparés et identifiés sur milieu CPS II) 3 témoin que sur les milieux comprenant de telles combinaisons d'antibiotiques.
d). Essai de colorant Le milieu selon l'invention a également été mis en oeuvre pour une utilisation en bi-boîte, l'un des côtés contenant un antibiotique, et le second un autre antibiotique ou une combinaison d'antibiotiques. Etant donné que la même base de milieu CPS ID 3 est utilisée de part et d'autre, ces 2 côtés étaient différenciés par la présence d'un colorant.
Le colorant testé, le bleu d'Evans, donne au milieu une couleur verte. La coloration permettait de différencier aisément les 2 côtés de la bi-boîte, sans affecter la fertilité du milieu, ni gêner la lecture des activités enzymatiques des colonies. Après avoir effectué une gamme de bleu d'Evans, ajouté avant ou après autoclavage, les valeurs retenues étaient les suivantes: - 1,5 ou 2 mg/L si le colorant est ajouté après autoclavage entre 2 et 5 mg/L s'il est ajouté avant autoclavage.
e). Inhibition des bactéries Gram-positif Les BLSE sont un mécanisme de résistance aux 13-lactamines, retrouvé uniquement chez les bacilles Gramnégatif, il convient donc d'inhiber les bactéries Gram-positif par le milieu. Deux antibiotiques, le linezolide et la vancomycine ont été utilisés dans le milieu selon l'invention en vue d'inhiber les bactéries Gram-positif sensibles.
Pour la vancomycine, dans les conditions testées, une concentration comprise entre 2 et 32mg/1 et notamment 2 à 5mg/l permet l'inhibition des bactéries à Gram positif sensibles sans interférer avec la détection des bactéries BLSE.
Pour le linezolide, dans les conditions testées, une concentration comprise entre 2 et 64mg/l et notamment 4 à 16mg/1 permet l'inhibition des bactéries à Gram positif sensibles sans interférer avec la détection des bactéries BLSE.
L'inhibition des bactéries Gram positif permettait d'améliorer la détection des bactéries BLSE dans des prélèvements polymicrobiens et la spécificité de leur coloration.
f) Inhibition des levures Le milieu selon l'invention peut également comprendre des antifongiques afin d'inhiber la présence éventuelle de levures qui pourraient pousser sur le milieu et qui pourraient gêner la croissance des germes.
Deux antifongiques ont donc été testés: le voriconazole et l'amphotéricine B. Pour l'amphotéricine B, dans les conditions testées, une concentration comprise entre 1 et 32mg/1 et notamment 2 à 8mg/l permet l'inhibition des levures sensibles sans interférer avec la détection des bactéries BLSE.
Pour le voriconazole, dans les conditions testées, une concentration comprise entre 1 et 64mg/l et notamment 4 à 16mg/1 permet l'inhibition des bactéries à Gram positif sensibles sans interférer avec la détection des bactéries BLSE.
L'inhibition des levures permettait d'améliorer la détection des bactéries BLSE dans des prélèvements polymicrobiens et la spécificité de leur coloration.
6. Conclusion Ces résultats démontrent que le milieu selon l'invention permet l'isolement et l'identification présomptive des bactéries productrices de BLSE, en les différenciant des souches productrices de céphalosporinase à haut niveau. L'utilisation d'une bi-boîte contenant d'un (ôté une céphalosporine seule, et de l'autre une association céphalosporine/acide clavulanique, en base CPS ID 3, est particulièrement intéressante.
EXEMPLE 2
Ce deuxième exemple est basé sur la détection phénotypique des BLSE utilisant la réduction de susceptibilité aux antibiotiques et la sensibilité des Case HN aux associations avec la tobramycine ou la cloxacilline ou la di-cloxacilline et présente l'utilisation d'une céphalosporine mentionnée ci-dessus (CTX, CAZ, CPD, CRO, ATM) en combinaison avec un composé inhibant les céphalosporinases (cloxacilline, di-cloxacilline et la tobramycine). Un tel milieu permet l'inhibition des bactéries ayant une céphalosporinase naturelle , la plus part de celles ayant uniquement une céphalosporinase à haut niveau (Case HN), tout en permettant la croissance des bactéries BLSE.
1. Choix des souches Dans le cadre des manipulations effectuées, pour l'évaluation de l'activité des antibiotiques actifs sur les bacilles gramnégatif, différentes espèces d'entérobactéries (Escherichia coli, Enterobacter aerogenes, Klebsiella pneumoniae, Proteus mirabilis) et de bacilles gram-négatif non fermentants (Pseudomonas aeruginosa) susceptibles de produire des BLSE ont été employées. Dans les essais sont comparées des souches BLSE positives, des souches productrices de céphalosporinase haut niveau (Case HN) et des souches sauvages.
2. Préparation du milieu Le milieu utilisé était un milieu CPS ID3 (43541) comprenant en outre É la ceftazidime à 2.5 mg/L et la tobramycine à 2 mg/L (milieu A) ou É le ceftiiaxone à 2 mg/L et la cloxacilline à 150 mg/L (milieu B) ou É cefpodoxime à 2 mg/L et di-cloxacilline à une concentration comprise entre 500 et 1000 mg/L (milieu C) L'eau osmosée est ajoutée et le tout est homogénéisé et mis à fondre au bain-marie à 100 C. Le milieu de base est réparti en flacons, en nombre correspondant au nombre total de milieux à tester lors de la manipulation. Les flacons sont ensuite autoclavés 15 mn à 121 C. Les milieux sont ramenés et maintenus en surfusion à 55 + 3 C au bain-marie, afin d'ajouter stérilement les additifs thermolabiles (stérilisés préalablement par filtration sur 0,22 m).
Les milieux sont ensuite coulés en boites de 35 mm de diamètre et laissés sur une surface plane pour qu'ils puissent reprendre en masse. Puis la surface des géloses est séchée sous hotte à flux laminaire pendant 30 mn.
3. Ensemencement des milieux Cette étape est réalisée telle que décrite dans l'exemple 1 4. Lecture des milieux Cette étape est réalisée telle que décrite dans l'exemple 1 5. Résultats: Le milieu A comprenant la ceftazidime et la tobramycine permettait l'inhibition de toutes les souches sauvage et toutes les Case HN testées. Seules les souches BLSE positives étaient détectées sur ce milieu.
Le milieu B comprenant le ceftriaxone et la cloxacilline permettait d'inhiber toutes les Case HN et toutes les souches sauvages sauf P aeruginosa Case HN et sauvage, et ne poussait que la majorité des souches BLSE positives.
Le milieu C comprenant la cefpodoxime et la di-cloxacilline permettait l'inhibition de toutes les souches sauvages et la majorité des Case HN sans affecter la croissance des souches BLSE positives.
EXEMPLE 3
Ce troisième exemple est basé sur la détection phénotypique des entérocoques résistants aux glycopeptides, avec distinction spécifique des Enterococcus faecalis et E. faecium, utilisant la réduction de susceptibilité aux antibiotiques et la mise en évidence d'une activité enzymatique: la 13-glucosidase et d'une activité métabolique: l'acidification du Méthyla-glucoside.
1. Choix des souches Dans le cadre des manipulations effectuées, pour l'évaluation de l'activité des antibiotiques actifs sur les entérocoques, différentes espèces d'Enterococcus (Enterococccus faecalis, Enterococcus faecium, Enterococcus casseliflavus, Enterococcus gallinarum, ) ont été employées. Dans les essais sont comparées des souches résistantes aux glycopeptides (VRE) et des souches sauvages.
2. Préparation du milieu Le milieu utilisé était un milieu Columbia (51026) comprenant en outre É du 5-Bromo-4-chloro-3-indolyl-13-Dglucopyranoside (X-Glu) à 100mg/l É du Méthyl-a-D-glucoside à 9g/1 É du rouge neutre à 25mg/l É des sels biliaires à 5g/1 É de la vancomycine à 4mg/l É de l'amphotéricine B à 2mg/l L'eau osmosée est ajoutée et le tout est homogénéisé et mis à fondre au bain-marie à 100 C. Le milieu de base est réparti en flacons, en nombre correspondant au nombre total de milieux à tester lors de la manipulation. Les flacons sont ensuite autoclavés 15 mn à 121 C. Les milieux sont ramenés et maintenus en surfusion à 55 3 C au bain-marie, afin d'ajouter stérilement les additifs thermolabiles (stérilisés préalablement par filtration sur 0,22 m).
Les milieux sont ensuite coulés en boites de 90 mm de diamètre et laissés sur une surface plane pour qu'ils puissent reprendre en masse. Puis la surface des géloses est séchée sous hotte à flux laminaire pendant 30 mn.
3. Ensemencement des milieux Cette étape est réalisée telle que décrite dans l'exemple 1 4. Lecture des milieux Cette étape est réalisée telle que décrite dans l'exemple 1 5. Résultats: Sur ce milieu seules les souches d'entérocoques résistantes aux glycopeptides se développent et forment des colonies.
Les souches d'E. faecalis et d'E. faecium résistantes forment des colonies vertes, alors que celles d'E. casseliflavus et d'E. gallinarum forment des colonies bleues à violettes. Ce milieu permet donc de différentier ces deux groupes d'entérocoques et d'apporter une réponse thérapeutique adaptée.

Claims (22)

REVENDICATIONS
1) Utilisation d'un milieu de culture pour distinguer au moins 3 groupes de microorganismes dans un échantillon biologique comprenant: É un premier groupe de microorganismes, appartenant à un premier taxon de microorganismes et comprenant au moins un mécanisme de résistance à un traitement É un deuxième groupe de microorganismes, appartenant à un deuxième taxon de microorganismes, différent dudit premier taxon, mais comprenant au moins un mécanisme de résistance à un traitement, identique à celui du premier groupe É un troisième groupe de microorganismes, non résistants audit traitement ledit milieu de culture comprenant a. au moins un premier substrat permettant la détection d'au moins une première activité enzymatique ou métabolique dudit premier groupe de microorganismes b. au moins un marqueur permettant la différenciation du premier groupe de microorganismes et du deuxième groupes de microorganismes, ledit marqueur étant un substrat permettant la détection d'au moins une activité enzymatique ou métabolique dudit deuxième groupe de microorganismes c. au moins un antimicrobien, actif sur ledit troisième groupe de microorganismes
2) Milieu de culture comprenant: É un premier substrat permettant la détection d'une activité enzymatique betaglucosidase, É un deuxième substrat permettant la détection du métabolisme de methyl alpha glucoside, en présence d'un indicateur coloré, É un antibiotique qui la vancomycine
3) Utilisation d'un milieu selon la revendication 2 pour distinguer: É un premier groupe de bactéries entérocoques développant une résistance acquise contre la vancomycine É un deuxième groupe de bactéries entérocoques développant une résistance naturelle contre la vancomycine É un troisième groupe de bactéries entérocoques, non résistantes à la vancomycine
4) Milieu de culture comprenant É un premier substrat permettant la détection d'une activité enzymatique hexosaminidase, É un deuxième substrat permettant la détection d'une activité beta glucosidase, É un antifongique qui est l'amphotéricine B
5) Utilisation du milieu selon la revendication 4 pour distinguer: É un premier groupe de levures comprenant Candida albicans développant une résistance à l'amphoB É un deuxième groupe de levures, comprenant Candida tropicalis et/ou C. lusitaniae et ou C. kefyr, développant une résistance à l'amphoB É un troisième groupe de levures, non résistantes à l'amphoB
6) Milieu de culture comprenant É un premier substrat permettant la détection d'une activité enzymatique hexosaminidase, É un deuxième substrat permettant la détection d'une activité phosphatase, É un antifongique qui est de l'amphoB
7) Utilisation d'un milieu de culture selon la revendication 6 pour distinguer: É un premier groupe de levures comprenant Candida albicans développant une résistance à l'amphoB É un deuxième groupe de levures, comprenant Candida tropicalis et/ou C. glabrata et ou C. krusei, développant une résistance à l'amphoB É un troisième groupe de levures, non résistantes à 1'ampho B
8) Milieu de culture comprenant É un premier substrat permettant la détection d'une activité enzymatique hexosaminidase É un deuxième substrat permettant la détection d'une activité beta glucosidase É un antifongique qui est le fluconazole
9) Utilisation d'un milieu de culture selon la revendication 8 pour distinguer: É un premier groupe de levures comprenant Candida albicans développant une résistance au fluconazole É un deuxième groupe de levures, comprenant Candida tropicalis et/ou C. lusitaniae et ou C. kefyr, développant une résistance au fluconazole É un troisième groupe de levures, non résistantes au fluconazole
10) Milieu de culture comprenant É un premier substrat permettant la détection d'une activité enzymatique hexosaminidase, É un deuxième substrat permettant la détection d'une activité phosphatase É un antifongique qui est le fluconazole
11) Utilisation d'un milieu de culture selon la revendication 10 pour distinguer: É un premier groupe de levures comprenant Candida albicans développant une résistance au fluconazole É un deuxième groupe de levures, comprenant Candida tropicalis et/ou C. glabrata et ou C. krusei, développant une résistance au fluconazole É un troisième groupe de levures, non résistantes au fluconazole
12) Milieu de culture comprenant É un premier substrat permettant la détection d'une activité enzymatique beta glucuronidase ou beta galactosidase, É un deuxième substrat permettant la détection d'une activité beta glucosidase ou tryptophanase ou desaminase, É un antibiotique qui est la ceftazidime.
13) Utilisation du milieu selon la revendication 12 pour distinguer: É un premier groupe de bactéries E. coli BLSE ou Case NH É un deuxième groupe de bactéries KESC BLSE ou Case NH É un troisième groupe de bactéries, non résistantes aux beta lactamines et aux céphalosporines
14) Milieu de culture comprenant É .un premier substrat permettant la détection d'une activité enzymatique beta glucuronidase ou beta galactosidase, É Éun deuxième substrat permettant la détection d'une activité beta glucosidase ou tryptophanase ou desaminase, É un antibiotique qui est la cefpodoxime É un antibiotique qui est la cloxacilline
15) Utilisation d'un milieu selon la revendication 14 pour distinguer: É un premier groupe de bactéries E. coli BLSE É un deuxième groupe de bactéries KESC BLSE É un troisième groupe de bactéries, non résistantes aux beta lactamines
16) Milieu de culture comprenant É .un premier substrat permettant la détection d'une activité enzymatique beta glucuronidase ou beta galactosidase, É .un deuxième substrat permettant la détection d'une activité beta glucosidase ou ou desaminase ou tryptophanase, É une combinaison comprenant de la ceftriaxone et de l'acide clavulanique
17) Utilisation d'un milieu selon la revendication 16 pour distinguer: É un premier groupe de bactéries E. coli CaseHN É .un deuxième groupe de bactéries KESC CaseHN É un troisième groupe de bactéries, non résistantes aux céphalosporines
18) Milieu de culture comprenant: É .un premier substrat permettant la détection d'une activité enzymatique beta glucuronidase ou beta galactosidase, É .un deuxième substrat permettant la détection d'une activité beta glucosidase ou desaminase ou tryptophanase, É Édeux deux antibiotiques, qui sont la cefpodoxime etÉ l'aztreonam
19) Utilisation d'un milieu de culture selon la revendication 18 pour distinguer: É Éun premier groupe de bactéries E. coli BLSE ou Case NH É Éun deuxième groupe de bactéries KESC BLSE ou Case NH É .un troisième groupe de bactéries, non résistantes aux beta lactamines et/ou aux céphalosporines
20) Milieu de culture comprenant: É . au moins un premier substrat permettant la détection du métabolisme des alpha- glucosides É Éau moins un deuxième substrat permettant la détection d'une deuxième activité différente du métabolisme des alpha-glucosides É au moins un antibiotique, qui est la vancomycine
21) Utilisation d'un milieu de culture selon la revendication 20 pour distinguer: É .un premier groupe de microorganisme, comprenant Enterococcus faecalis et Enterococcus faecium, résistants à la vancomycine É .un deuxième groupe de microorganismes, comprenant Enterococcus casseliflavus et Enterococcus gallinarum, résistants à la vancomycine É .un troisième groupe de microorganismes non résistants à la vancomycine
22) Utilisation d'un milieu de culture selon la revendication 20 pour distinguer: É Éun premier groupe de microorganisme, comprenant Enterococcus faecalis et Enterococcus faecium, résistants à la vancomycine É -un deuxième groupe de microorganismes, comprenant Staphylococcus aureus, intermédiaire ou résistant à la vancomycine É .un troisième groupe de microorganismes non résistants à la vancomycine
FR0550394A 2005-02-10 2005-02-10 Milieux pour la detection specifique de micro-organismes resistants Pending FR2881754A1 (fr)

Priority Applications (24)

Application Number Priority Date Filing Date Title
FR0550394A FR2881754A1 (fr) 2005-02-10 2005-02-10 Milieux pour la detection specifique de micro-organismes resistants
FR0553049A FR2881755B1 (fr) 2005-02-10 2005-10-07 Milieux pour la detection specifique de micro-organismes resistants
PL11189038T PL2465940T3 (pl) 2005-02-10 2006-02-09 Środowiska do specyficznego wykrywania mikroorganizmów opornych
CN2012100745602A CN102605040A (zh) 2005-02-10 2006-02-09 用于特异地检测抗性生物的培养基
EP06709488.8A EP1846568B1 (fr) 2005-02-10 2006-02-09 Milieux pour la detection specifique de microorganismes resistants
EP11188970.5A EP2465939B1 (fr) 2005-02-10 2006-02-09 Milieux pour la détection spécifique de microorganismes résistants
PCT/FR2006/050109 WO2006085027A2 (fr) 2005-02-10 2006-02-09 Milieux pour la detection specifique de microorganismes resistants
EP11189033A EP2431479A3 (fr) 2005-02-10 2006-02-09 Milieux pour la détection spécifique de microorganismes résistants
EP11189038.0A EP2465940B1 (fr) 2005-02-10 2006-02-09 Milieux pour la détection spécifique de microorganismes résistants
JP2007554612A JP2008529514A (ja) 2005-02-10 2006-02-09 耐性微生物の特異的検出用の培地
ES11189038.0T ES2662707T3 (es) 2005-02-10 2006-02-09 Medios para la detección específica de microorganismos resistentes
ES11188970.5T ES2663304T3 (es) 2005-02-10 2006-02-09 Medio para la detección específica de microorganismos resistentes
CN200680004645.6A CN101115844B (zh) 2005-02-10 2006-02-09 用于特异地检测抗性生物的培养基
US11/794,907 US20080145879A1 (en) 2005-02-10 2006-02-09 Medium for the Specific Detection of Resistant Microorganisms
CN201210073547.5A CN102586390B (zh) 2005-02-10 2006-02-09 用于特异地检测抗性生物的培养基
JP2012037899A JP5808269B2 (ja) 2005-02-10 2012-02-23 耐性微生物の特異的検出用の培地
JP2012037898A JP5802148B2 (ja) 2005-02-10 2012-02-23 耐性微生物の特異的検出用の培地
US13/539,119 US20120270252A1 (en) 2005-02-10 2012-06-29 Medium for the specific detection of resistant microorganisms
US13/539,127 US20120276566A1 (en) 2005-02-10 2012-06-29 Medium for the specific detection of resistant microorganisms
US13/539,083 US20120270249A1 (en) 2005-02-10 2012-06-29 Medium for the specific detection of resistant microorganisms
US14/715,222 US20150247177A1 (en) 2005-02-10 2015-05-18 Medium for the specific detection of resistant microorganisms
US15/330,777 US10494658B2 (en) 2005-02-10 2016-11-07 Medium for the specific detection of resistant microorganisms
US16/678,502 US11111518B2 (en) 2005-02-10 2019-11-08 Medium for the specific detection of resistant microorganisms
US17/392,346 US20210363563A1 (en) 2005-02-10 2021-08-03 Medium for the specific detection of resistant microorganisms

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
FR0550394A FR2881754A1 (fr) 2005-02-10 2005-02-10 Milieux pour la detection specifique de micro-organismes resistants

Publications (1)

Publication Number Publication Date
FR2881754A1 true FR2881754A1 (fr) 2006-08-11

Family

ID=35500579

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
FR0550394A Pending FR2881754A1 (fr) 2005-02-10 2005-02-10 Milieux pour la detection specifique de micro-organismes resistants

Country Status (2)

Country Link
CN (1) CN101115844B (fr)
FR (1) FR2881754A1 (fr)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
FR2912424A1 (fr) * 2007-02-08 2008-08-15 Biomerieux Sa Milieu de detection et/ou d'identification de bacteries

Families Citing this family (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
FR2936816B1 (fr) * 2008-10-08 2013-03-22 Biomerieux Sa Milieu reactionnel pour les bacteries staphylococcus aureus resistantes a la meticilline (mrsa)
BRPI1015218B1 (pt) 2009-05-07 2019-10-08 Biomerieux Inc. Métodos para determinar a resistência antimicrobiana
CN102652751A (zh) * 2011-03-04 2012-09-05 珠海联邦制药股份有限公司 一种含有头孢噻肟的药物组合物及其制剂和制备方法

Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5210022A (en) * 1990-04-20 1993-05-11 Rcr Scientific, Inc. Method test media and chromogenic compounds for identifying and differentiating general coliforms and Escherichia coli bacteria
US5510243A (en) * 1994-06-21 1996-04-23 Gelman Sciences, Inc. Multiple chromogen enzyme targeting (MCET) for use in bacterial contamination monitoring
EP0954560A1 (fr) * 1996-07-26 1999-11-10 Idexx Laboratories, Inc. Procede et milieu de detection de l'enterocoque resistant a la vancomycine
US6350588B1 (en) * 1999-07-20 2002-02-26 Micrology Laboratories, Llc Test media and quantitative or qualitative method for identification and differentiation of biological materials in a test sample
US20040121404A1 (en) * 2001-03-30 2004-06-24 Christine Cotte Staphylococcus aureus-specific detection media and identifying and/or counting method using same

Patent Citations (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5210022A (en) * 1990-04-20 1993-05-11 Rcr Scientific, Inc. Method test media and chromogenic compounds for identifying and differentiating general coliforms and Escherichia coli bacteria
US5510243A (en) * 1994-06-21 1996-04-23 Gelman Sciences, Inc. Multiple chromogen enzyme targeting (MCET) for use in bacterial contamination monitoring
EP0954560A1 (fr) * 1996-07-26 1999-11-10 Idexx Laboratories, Inc. Procede et milieu de detection de l'enterocoque resistant a la vancomycine
US6350588B1 (en) * 1999-07-20 2002-02-26 Micrology Laboratories, Llc Test media and quantitative or qualitative method for identification and differentiation of biological materials in a test sample
US20040121404A1 (en) * 2001-03-30 2004-06-24 Christine Cotte Staphylococcus aureus-specific detection media and identifying and/or counting method using same

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
MARTIN C ET AL: "INTERET DES MILIEUX CONTENANT DES SUBSTRATS CHROMOGENES POUR L'IDENTIFICATION ET LA NUMERATION DES BACTERIES URINAIRES", PATHOLOGIE ET BIOLOGIE, L'EXPANSION SCIENTIFIQUE FRANCAISE, PARIS, FR, vol. 43, no. 9, November 1995 (1995-11-01), pages 749 - 753, XP002047436, ISSN: 0369-8114 *

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
FR2912424A1 (fr) * 2007-02-08 2008-08-15 Biomerieux Sa Milieu de detection et/ou d'identification de bacteries
WO2008104681A2 (fr) * 2007-02-08 2008-09-04 bioMérieux Milieu de détection et/ou d'identification de bactéries
WO2008104681A3 (fr) * 2007-02-08 2009-03-19 Biomerieux Sa Milieu de détection et/ou d'identification de bactéries

Also Published As

Publication number Publication date
CN101115844B (zh) 2015-07-29
CN101115844A (zh) 2008-01-30

Similar Documents

Publication Publication Date Title
EP2465939B1 (fr) Milieux pour la détection spécifique de microorganismes résistants
WO2011012790A1 (fr) Milieux pour la detection specifique de bacteries gram negatives resistantes aux betalactamines
EP2235202A2 (fr) Procédé de détection et/ou d&#39;identification de clostridium difficile
EP2877591B1 (fr) Procede de detection de bacteries productrices de carbapenemases de type oxa-048
FR2881754A1 (fr) Milieux pour la detection specifique de micro-organismes resistants
FR2973041A1 (fr) Detection de bacteries presentant une resistance enzymatique aux carbapenemes
WO2009071831A1 (fr) Milieu réactionnel pour la détection et/ou l&#39;identification de staphyloccocus aureus
EP2981619A1 (fr) Utilisation d&#39;au moins un substrat de phosphatase chromogène et/ou fluorogène pour la détection et/ou le dénombrement d&#39;entérobactéries dans un échantillon
EP2785857B1 (fr) Procede de detection de bacteries yersinia enterocolitica pathogenes