FR2858631A1 - Procede de detection et d'identification de la presence de matieres biologiques provenant de poissons, et oligonucleotides pour sa mise en oeuvre - Google Patents
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Abstract
La présente invention a pour objet un procédé de détection de la présence de matières biologiques provenant de poissons, notamment de gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, dans un échantillon de matière organique, caractérisé en ce que l'on détermine la présence d'ADN provenant de poissons, notamment de gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, dans ladite matière organique par amplification d'au moins une séquence ou fragment d'ADN spécifique du génome des poissons, notamment des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, et contenu(e) dans l'ADN extrait dudit échantillon, à savoir au moins une séquence ou fragment présent(e) dans les génomes des poissons, notamment des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, mais absent(e) dans les génomes des autres genres animaliers, et notamment des autres espèces animales.
Description
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PROCÉDÉ DE DÉTECTION ET D'IDENDIFICATION DE LA PRESENCE DE MATIERES BIOLOGIQUES PROVENANT DE POISSONS, ET OLIGONUCLEOTIDES POUR SA MISE EN OEUVRE
La présente invention a pour objet un procédé de détection et d'identification de la présence de matières biologiques provenant de poissons, notamment de gadiformes, dans un échantillon de matière organique.
La présente invention a pour objet un procédé de détection et d'identification de la présence de matières biologiques provenant de poissons, notamment de gadiformes, dans un échantillon de matière organique.
Elle a en outre pour objet les oligonucléotides pour la mise en #uvre de ce procédé, et les fragments d'ADN obtenus à l'aide desdits oligonucléotides.
La valeur économique croissante de certaines espèces animales utilisées pour l'alimentation humaine est liée à un déséquilibre important entre l'offre et la demande du marché. Ceci a pour conséquence directe la mise en place d'une pratique accrue de l'adultération des aliments. L'un des modes d'adultération des aliments le plus courant consiste en la substitution de composants provenant d'espèces animales à haute valeur commerciale par ceux provenant d'espèces de moindre valeur, ou même par des composants d'origine végétale comme le soja.
Cette exploitation incontrôlée de la biodiversité est encore plus marquée dans l'industrie de la pêche, où les procédés industriels comme le prélèvement des filets ou la congélation à bord rendent difficile, voir impossible, l'identification des espèces capturées. De plus, cette industrialisation de la pêche permet la capture d'espèces nouvelles de poissons qui sont les poissons des grands fonds.
L'adultération inter-spécifique des produits alimentaires est donc un problème à la fois économique, de santé publique et de préservation de l'environnement, qui concerne aussi bien les consommateurs, les distributeurs, les producteurs que les administrations chargées de l'Hygiène Alimentaire et de la Répression des Fraudes.
Il est donc important de pouvoir non seulement déterminer la présence dans les aliments de matières biologiques provenant d'espèces animales, mais également d'identifier l'origine de ces matières biologiques présentes dans les aliments.
Dans le domaine agro-alimentaire, la caractérisation d'espèces animales fait appel aux techniques biochimiques d'analyse des protéines (électrophorèse et immunoanalyse) ou aux techniques de la chimie (la chromatographie principalement). Ainsi, l'électrophorèse sur gel de polyacrylamide en conditions dénaturantes a été
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essentiellement développée pour l'analyse des aliments cuits (analyse de peptides ou de protéines dénaturés et coagulés par la cuisson (Patterson R. L.S., 1985, Biochemical identification of meat species, Elsevier ed)). Cette technique est maintenant supplantée par l'électrophorèse en gradient de pH (focalisation isoélectrique ou IEF ), beaucoup plus résolutive. L'industrie de la pêche utilise actuellement cette méthode pour l'identification d'espèces de poissons (comparaison du profil électrophorétique des protéines musculaires de l'espèce étudiée à un profil électrophorétique de référence (Sotelo C.G. et al., 1993, Trends in Food Science and Technology, 4 : 395-401)).
Cependant la focalisation isoélectrique est une technique délicate à mettre en #uvre.
Si ces techniques restent utilisées pour l'identification dans les aliments d'espèces communes (en particulier les espèces domestiquées), la multiplication du nombre d'espèces sauvages concernées (gibiers, poissons, crustacés, coquillages, mollusques) fait que la plupart de ces techniques trouvent aujourd'hui leurs limites.
L'analyse du génome au moyen de sondes nucléiques représente à l'évidence une nouvelle alternative pour l'identification d'espèces, encore peu développée à l'heure actuelle. En effet, les travaux menés sur l'ADN ancien (ou ADN fossile) depuis le début des années 1990 ont démontré que l'ADN est une molécule très stable après la mort, malgré l'action du temps et de l'environnement (Brown et al., 1994, Bioessays, 16 (10) : 719-26. ). Toutefois, quand il subsiste dans des substrats anciens, cet ADN est très dégradé et présent en petites quantités, sous formes de molécules abîmées et chimiquement modifiées (Pââbo et al., 1989, Journal of Biology Chemistry. 264,9709- 9712). Ces caractéristiques sont dues essentiellement aux phénomènes d'hydrolyse et d'oxydation (Lindahl, 1993, Nature, 362,709-715). Grâce à la réaction de polymérisation en chaîne (technique PCR ) ( Polymerase Chain Réaction ) qui constitue un outil d'une puissance analytique remarquable, il est possible de multiplier in vitro de façon quasi exponentielle un fragment donné d'ADN. En amplifiant de l'ADN d'une préparation alimentaire, qui a subi des modifications telles que la cuisson, la salaison, le fumage, des phénomènes d'hydrolyse et d'oxydation, il sera possible d'identifier chaque constituant d'origine animale ou végétale. La PCR a ainsi été récemment utilisée pour la caractérisation de la viande de porc cuite (Meyer et al., 1995, Journal of AOAC International, 78, (6) 1542 - 1551)), de mouton ou de chèvre (Chikuni et al., 1994, Animal Science and Technology, 65 (6), 571-579) par amplification de séquences spécifiques de l'espèce recherchée. De même, l'amplification de séquences
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spécifiques du chromosome Y a permis de déterminer le sexe de carcasses de boucherie d'origine bovine et ovine (Cotinot C. et al., 1991, Genomics. 10 (3) : 646-53, Apparao K. B.C., 1995, Meat Science, 39 (1) 123-126).
La demande internationale WO 98/50401 a pour objet un procédé de détection de la présence de matières biologiques d'origine bovine dans un échantillon de matière organique. Le procédé décrit dans cette référence fait appel à la PCR à l'aide d'oligonucléotides appropriés, amplifiant une partie de la région de contrôle de l'ADN mitochondrial. Cependant, le procédé décrit dans cette référence permet uniquement de détecter la présence ou l'absence d'une seule espèce bovine, à savoir l'espèce Bos taurus, et ainsi ne permet pas de détecter et d'identifier la présence de plusieurs espèces.
Les poissons appartenant à l'ordre des gadiformes constituent le groupe le plus important des poissons pêchés et commercialisés, représentant un peu plus de la moitié des captures totales de poissons. Ces poissons sont très utilisés dans le domaine agroalimentaire (filet, soupe, terrine, pâtés, préparation à base de poissons, graisses, farines...) et sont donc très exposés à l'adultération. Les gadiformes appartiennent à la classe des actinoptérygiens et font partie des téléostéens ou poissons osseux. Ils sont divisés en plusieurs familles, telles que les gadidés (merlan, cabillaud, colin, lieu...), les merluccidés (merlu), les macrouridés (grenadier), les moridés (moro) et d'autres familles non exploitées de façon industrielle.
D'un point de vue technique, des études ont été menées sur l'ADN mitochondrial (ADNmt) des gadiformes, qui est organisé de la même façon que pour les mammifères.
L'ADNmt est un excellent marqueur d'espèces qui est souvent utilisé en phylogénie. En effet, selon l'espèce que l'on étudie, certaines portions de l'ADNmt permettent de différencier des espèces entre elles, d'autres ont un pouvoir de résolution plus fin et permettent de distinguer des populations différentes (races géographiques, sousespèces) :région de contrôle de la réplication de l'ADNmt, régions codant pour le cytochrome b ou codant pour les ARN mitochondriaux (ARN 12S ou ARN 16S). La plupart des études menées sur l'ADNmt des gadiformes analysent la diversité génétique des espèces d'un point de vue populationnelle, en comparant les séquences entres elles ou en utilisant des marqueurs microsatellites (Purcell et al., 1996. Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 185-192 ; Ruzzante et al., 1998. Molecular Ecology.
7 : 1663-1680 ; Lage and Kornfiels, 1999. Molecular Ecology 8 : D'autres études se basent sur une région précise de l'ADNmt, et calculent des taux de divergence
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afin d'étudier l'évolution d'une espèce par rapport à une autre (Carr et al., 1999.
Canadian Journal of Zoology 77 : 19-22). Il est possible aussi de retracer leur histoire évolutive et d'apporter de nouveaux éléments quant à la place d'une espèce sur un arbre phylogénétique (Morita., 1999. Molecular Phylogeny of Evolutionl3 (3) 447-454).
L'ADNmt a été séquence en entier chez une seule espèce de gadidés : la morue (Gadus morhua) (Johansen and Bakke, 1996. Molecular Marine Biology and Biotechnology 5 (3) 203-214).
Il ressort donc de l'étude de l'état de la technique que des travaux d'analyses de l'ADN, et notamment de l'ADNmt de certaines espèces de gadiformes ont déjà été effectués. Néanmoins, aucun document de l'art antérieur ne décrit un procédé permettant de détecter au moins une espèce de poisson (notamment de gadiformes) présente dans un échantillon d'origine organique, et d'identifier l'espèce ou les espèces présente(s) dans ledit échantillon, par utilisation de la technique PCR à l'aide d'oligonucléotides appropriés. Aucun document de l'art antérieur ne décrit de méthode spécifique, sensible et fiable de détection et d'identification d'ADN dégradé ou non dégradé, provenant d'une ou de plusieurs espèces différentes de gadiformes, dans tout échantillon d'origine organique présentant des compositions très variées et pouvant contenir du poisson. Le demandeur s'est donc attaché à développer une méthode sensible et fiable permettant de pallier à ces absences.
L'un des buts de la présente invention est de fournir une méthode de détection de la présence de matières biologiques provenant de poissons dans un échantillon de matière organique.
L'un des autres buts de l'invention est de fournir une méthode d'identification du genre, notamment d'au moins une espèce de poissons présente dans un échantillon de matière organique.
Un autre but de l'invention est de fournir une méthode permettant de distinguer des espèces de poissons phylogénétiquement proches, mais de valeurs commerciales différentes.
Un autre but de l'invention est de fournir une méthode d'identification du genre, notamment d'au moins une espèce de poissons présente dans des aliments frais ou transformés (cuits, lyophilisés, séchés, saumurisés, appertisés, pasteurisés etc ...).
La présente invention a pour objet un procédé de détection de la présence de matières biologiques provenant de poissons, notamment de gadiformes choisis dans le
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groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, dans un échantillon de matière organique, caractérisé en ce que l'on détermine la présence d'ADN provenant de poissons, notamment de gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, dans ladite matière organique par amplification d'au moins une séquence ou fragment d'ADN spécifique du génome des poissons, notamment des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, et contenu(e) dans l'ADN extrait dudit échantillon, à savoir au moins une séquence ou fragment présent(e) dans les génomes des poissons, notamment des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, mais absent(e) dans les génomes des autres genres animaliers, et notamment des autres espèces animales.
La présente invention a en outre pour objet un procédé de détection de la présence de matières biologiques provenant de poissons, notamment de gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, dans un échantillon de matière organique et d'identification du genre, notamment d'au moins une espèce de poissons, notamment de gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, présente dans ledit échantillon, caractérisé en ce que l'on détermine la présence d'ADN provenant de poissons, notamment de gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, dans ladite matière organique par amplification d'au moins une séquence ou fragment d'ADN spécifique du génome des poissons, notamment des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, et contenu(e) dans l'ADN extrait dudit échantillon, à savoir au moins une séquence ou fragment présent(e) dans les génomes des poissons, notamment des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, mais absent(e) dans les génomes des autres genres animaliers, notamment des autres espèces animales, et en ce que l'on compare au moins une séquence ou fragment d'ADN spécifique du génome des poissons, notamment des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, ainsi amplifié(e) avec d'autres séquences d'ADN du génome des poissons, notamment des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les
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macrouridés et/ou les moridés, ladite séquence d'ADN ou ledit fragment d'ADN spécifique du génome des poissons, notamment des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, ainsi amplifié (e) présentant au moins environ 50% d'identité, notamment environ 60% d'identité avec les autres susdites séquences d'ADN du génome des poissons, notamment des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés.
On entend par genre une catégorie obligatoire à laquelle toute espèce doit appartenir et qui contient une espèce ou un groupe d'espèces (Wily, 1981).
On entend par espèce un groupe de population réellement ou partiellement capable de se croiser, et qui est reproductivement isolé des autres groupes ayant la même propriété. L'espèce animale se divise en sous-espèces, races, variétés et souches ; plusieurs espèces voisines forment un genre, qui est lui-même une subdivision de la famille.
On entend par matière organique toute matière solide ou liquide que l'on suppose avoir au moins partiellement une origine organique.
Le pourcentage d'identité concerne le résultat de la comparaison des acides nucléiques de la séquence d'ADN que l'on cherche à identifier, avec ceux des séquences d'ADN connues des poissons, notamment des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés.
Ainsi, lorsqu'une séquence ou un fragment d'ADN amplifié(e) spécifique du génome des gadiformes présente au moins environ 50% d'identité, notamment environ 60% avec les autres séquences d'ADN connues du génome des gadiformes, on pourra en déduire que l'échantillon de matière organique à analyser contient des matières biologiques provenant de gadiformes, tels que les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés.
Lorsqu'une séquence ou un fragment d'ADN amplifié(e) spécifique du génome des gadiformes présente moins d'environ 50% d'identité avec les autres séquences d'ADN connues du génome des gadiformes, on pourra en déduire que l'échantillon de matière organique à analyser ne contient pas de matières biologiques provenant de gadiformes, tels que les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés.
Selon un mode de réalisation avantageux de l'invention, le procédé permet de détecter et éventuellement d'identifier la présence de gadidés, notamment choisis dans
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le groupe constitué par Gadus morhua (morue commune), Melanogrammus aeglefinus (eglefin), Merlangius merlangus (merlan), Micromesistius poutassou (merlan bleu), Pollachius virens (lieu noir), Pollachius pollachius (lieu jaune), Trisopterus luscus (tacaud commun), Trisopterus minutus capelanus (capelan de méditerranée), Theragra chalcogramma (colin d'Alaska), Brosme brosme (brosme), Molva molva (lingue franche) ou Molva dypterygia dypterigia (lingue bleu).
Selon un autre mode de réalisation avantageux de l'invention, le procédé permet de détecter et éventuellement d'identifier la présence de merluccidés, notamment choisis dans le groupe constitué par Merluccius albidus (merlu du large), Merluccius australis (merlu d'Australie), Merluccius bilinearis (merlu argenté), Merluccius capensis (merlu blanc du cap), Merluccius gayi (merlu du Chili), Merluccius hubbsi (merlu argentin), Merluccius merluccius (merlu commun), Merluccius paradoxus (merlu noir du cap), Merluccius productus (merlu du pacifique), Merluccius senegalensis (merlu du Sénégal), Steindachneria argentea (merlu argenté).
Selon un autre mode de réalisation avantageux de l'invention, le procédé permet de détecter et éventuellement d'identifier la présence de macrouridés, notamment choisis dans le groupe constitué par Abyssicola macrochir (grenadier abyssal), Albatrossia pectoralis (grenadier géant), Bathygadus macrops (grenadier sp. ), Gadomus arcuatus (grenadier sp. ), Coelorinchus argentatus (grenadier argenté), Coryphaenoides acrolepis (grenadier du Pacifique), Coryphaenoides mexicanus (grenadier mexicain), Coryphaenoides rupestris (grenadier de roche), Cynomacrurus pirei (grenadier denté), Hymenocephalus italicus (grenadier italien), Lepidorhynchus denticulatus (grenadier javelot), Macrourus berglax (grenadier gris), Malacocephalus laevis (grenadier barbu), Mataeocephalus acipenserinus (grenadier esturgeon), Nezumia aequalis (grenadier lisse), Sphagemacrurus hirundo (grenadier ombre), Trachonurus sulcatus (grenadier hérissé), Trachyrincus helolepis (grenadier à tête armé), Ventrifossa atherodon (grenadier à dent pointue).
Selon un autre mode de réalisation avantageux de l'invention, le procédé permet de détecter et éventuellement d'identifier la présence de moridés, tels que mora moro (moro commun).
Avantageusement, chacune des séquences ou fragments amplifié (e)s génome des poissons, notamment des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les
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gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, est d'origine mitochondriale.
Le choix d'une séquence mitochondriale est particulièrement avantageux car, dans une cellule animale il y a environ 100 à 1000 copies d'ADN mitochondrial pour une copie d'ADN nucléaire. En cas de dégradation de l'ADN, la probabilité de détecter de l'ADN mitochondrial est donc beaucoup plus importante que la probabilité de détecter de l'ADN nucléaire. L'ADN mitonchondrial peut donc être plus sûrement détecté dans des matières organiques dans lesquelles l'ADN est soumis à divers facteurs physiques (température, pression ...), chimiques ou biochimiques tendant à sa dégradation.
Selon un mode de réalisation avantageux du procédé de l'invention, l'ADN extrait de l'échantillon de matière organique est : - de l'ADN non dégradé provenant notamment d'un échantillon frais ou, - de l'ADN dégradé, provenant notamment d'un échantillon transformé, notamment cuit, lyophilisé, séché, saumuré, appertisé, pasteurisé etc....
Préférentiellement, l'amplification d'au moins une séquence ou fragment d'ADN spécifique du génome des poissons, notamment des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, est effectuée par la méthode d'amplification en chaîne par polymérase (PCR), comprenant une répétition du cycle des étapes suivantes : - chauffage de l'ADN extrait de l'échantillon de matière organique, de façon à séparer l'ADN en deux brins monocaténaires, - hybridation d'amorces oligonucléotidiques aux brins d'ADN monocaténaires à une température adéquate, et - élongation des amorces oligonucléotidiques par une polymérase à une température adéquate, pour obtenir au moins une séquence ou fragment d'ADN amplifié(e) spécifique du génome des poissons, notamment des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés.
Dans ce qui précède et ce qui suit, chacune des séquences ou fragments d'ADN amplifiée(s) obtenue(s) à l'issue de la réaction de polymérisation en chaîne (PCR) à l'aide des amorces de l'invention, peut encore être dénommée fragment d'ADN amplifié , fragment d'ADN .
On entend par produit d'amplification dans ce qui précède et ce qui suit, le ou les fragments d'ADN ou la ou les séquences d'ADN amplifié(e)s obtenu(e)s à l'issue de
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la réaction de polymérisation en chaîne (PCR). Le produit d'amplification contient plusieurs copies de différents fragments ou de différentes séquences d'ADN amplifié (e)s lorsque l'échantillon de matière organique à analyser comporte un mélange de différents fragments d'ADN provenant de différentes espèces de poissons, notamment de gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés. Le produit d'amplification contient plusieurs copies du même fragment ou de la même séquence d'ADN amplifié(e) lorsque l'échantillon de matière organique à analyser comporte plusieurs fragments d'ADN provenant de la même espèce de poissons, notamment de gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés.
Dans ce qui précède et ce qui suit, les amorces oligonucléotidiques peuvent encore être appelées oligonucléotides ou amorces .
L'invention a également pour objet un procédé d'obtention d'au moins une séquence ou un fragment d'ADN provenant de poissons, notamment de gadiformes, et en particulier de gadidés tels que ceux cités ci-dessus, présentant une taille et une séquence déterminées, spécifique des poissons, notamment des gadiformes, et en particulier des gadidés, à partir d'un échantillon de matière organique, procédé par lequel on amplifie, par réaction de polymérisation en chaîne (PCR), au moins une séquence déterminée du génome des poissons, notamment des gadiformes, et en particulier des gadidés présente dans les génomes des poissons, notamment des gadiformes, et en particulier des gadidés, mais absente dans les génomes des autres espèces animales.
L'invention a également pour objet un procédé d'obtention d'au moins une séquence ou un fragment d'ADN provenant de poissons, notamment de gadiformes, et en particulier de merluccidés tels que ceux cités ci-dessus, présentant une taille et une séquence déterminées, spécifique des poissons, notamment des gadiformes, et en particulier des merluccidés, à partir d'un échantillon de matière organique, procédé par lequel on amplifie, par réaction de polymérisation en chaîne (PCR), au moins une séquence déterminée du génome des poissons, notamment des gadiformes, et en particulier des merluccidés présente dans les génomes des poissons, notamment des gadiformes, et en particulier des merluccidés, mais absente dans les génomes des autres espèces animales.
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Dans ce qui précède et dans ce qui suit, l'expression au moins une séquence ou un fragment d'ADN signifie soit qu'il y a plusieurs copies du même fragment ou de la même séquence d'ADN, soit qu'il y a plusieurs copies de différents fragments ou de différentes séquences d'ADN.
Selon un mode de réalisation avantageux du procédé de l'invention, chacune des séquences ou fragments amplifié(e)s du génome des poissons, notamment des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, est situé (e) la partie centrale du gène codant pour la cytochrome c oxydase de l'ADN mitochondrial, délimitée par les nucléotides situés aux environs des positions 6100 et 6601, et notamment aux environs des positions 6120 et 6590, et de préférence aux environs des positions 6131 et 6580 du gène codant pour la cytochrome c oxydase de l'ADN mitochondrial lesdites positions étant définies d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203- 214 .
L'invention a également pour objet les oligonucléotides choisis parmi ceux : (1) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 1 suivante (positions 6131 à 6154 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
TRT AYC ARC AYY TRT TYT GRT TCT K dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, K est G ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 2 suivante (position 6134 à 6154 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
AYC ARC AYY TRT TYT GRT TCT dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, - ou constitué par la séquence SEQ ID N 3 suivante (position 6139 à 6153 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
AYY TRT TYT GRT TCT dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G,
TRT AYC ARC AYY TRT TYT GRT TCT K dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, K est G ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 2 suivante (position 6134 à 6154 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
AYC ARC AYY TRT TYT GRT TCT dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, - ou constitué par la séquence SEQ ID N 3 suivante (position 6139 à 6153 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
AYY TRT TYT GRT TCT dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G,
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ou ceux, (2) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 4 suivante (positions 6244 à 6269 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
TTY GGN YAY ATR GGN ATR GTN TGA GC dans laquelle Y est C ou T, N est A, C, G ou T, R est A ou G, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 5 suivante (position 6247 à 6269 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
GGN YAY ATR GGN ATR GTN TGA GC dans laquelle N est A, C, G ou T, Y est C ou T, R est A ou G, - ou constitué par la séquence SEQ ID N 6 suivante (position 6253 à 6269 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
RGG NAT RGT NTG AGC dans laquelle R est A ou G, N est A, C, G ou T, ou ceux, (3) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 7 suivante (positions 6556 à 6580 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
TAY GTW GTN GCN CAY TTY CAC TAC G dans laquelle Y est C ou T, W est A ou T, N est A, C, G ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 8 suivante (position 6556 à 6575 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5(3)203-214):
TAY GTW GTN GCN CAY TTY CA dans laquelle Y est C ou T, W est A ou T, N est A, C, G ou T,
TTY GGN YAY ATR GGN ATR GTN TGA GC dans laquelle Y est C ou T, N est A, C, G ou T, R est A ou G, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 5 suivante (position 6247 à 6269 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
GGN YAY ATR GGN ATR GTN TGA GC dans laquelle N est A, C, G ou T, Y est C ou T, R est A ou G, - ou constitué par la séquence SEQ ID N 6 suivante (position 6253 à 6269 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
RGG NAT RGT NTG AGC dans laquelle R est A ou G, N est A, C, G ou T, ou ceux, (3) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 7 suivante (positions 6556 à 6580 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
TAY GTW GTN GCN CAY TTY CAC TAC G dans laquelle Y est C ou T, W est A ou T, N est A, C, G ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 8 suivante (position 6556 à 6575 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5(3)203-214):
TAY GTW GTN GCN CAY TTY CA dans laquelle Y est C ou T, W est A ou T, N est A, C, G ou T,
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- ou constitué par la séquence SEQ ID N 9 suivante (position 6556 à 6570 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
TAY GTW GTN GCN CAY dans laquelle Y est C ou T, W est A ou T, N est A, C, G ou T, ou ceux, (4) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 10 suivante (positions 6131 à 6154 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
TRT AYC ARC AYY TRT TYT GRT TCT K dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, K est G ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 11suivante (position 6134 à 6154 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5(3) 203-214) :
ACC AAC ACT TAT TCT GAT TCT - ou constitué par la séquence SEQ ID N 12 suivante (position 6139 à
6154 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
AYY AAC ACT TAT TCT dans laquelle Y est C ou T, ou ceux, (5) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 13 suivante (positions 6277 à 6303 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
CYA TYG GMC TYT YGG YTT TAT YGT V dans laquelle Y est C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G,
5 (3) 203-214) :
TAY GTW GTN GCN CAY dans laquelle Y est C ou T, W est A ou T, N est A, C, G ou T, ou ceux, (4) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 10 suivante (positions 6131 à 6154 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
TRT AYC ARC AYY TRT TYT GRT TCT K dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, K est G ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 11suivante (position 6134 à 6154 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5(3) 203-214) :
ACC AAC ACT TAT TCT GAT TCT - ou constitué par la séquence SEQ ID N 12 suivante (position 6139 à
6154 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
AYY AAC ACT TAT TCT dans laquelle Y est C ou T, ou ceux, (5) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 13 suivante (positions 6277 à 6303 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
CYA TYG GMC TYT YGG YTT TAT YGT V dans laquelle Y est C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G,
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- ou comprenant la séquence SEQ ID N 14 suivante (position 6283 à 6303 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
GGC CTC CTT GGC TTT ATT GTA - ou constitué par la séquence SEQ ID N 15 suivante (position 6288 à
6303 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5(3) 203-214) :
YTY GGY TTT ATT GTV dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G, ou ceux, (6) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 16 suivante (positions 6496 à 6522 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
GGM YTW ACA GGN ATY RTH YTR GCY AA dans laquelle M est A ou C, W est A ou T, Y est C ou T, N est A, C, G ou T, R est A ou G, H est A, C ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 17 suivante (position 6496 à 6519 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5(3) 203-214) :
GGC TTA ACA GGA ATT GTA CTA GCT - ou constitué par la séquence SEQ ID N 18 suivante (position 6496 à
6510 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
GGC TTA ACA GGA ATT ou ceux, (7) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID
5 (3) 203-214) :
GGC CTC CTT GGC TTT ATT GTA - ou constitué par la séquence SEQ ID N 15 suivante (position 6288 à
6303 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5(3) 203-214) :
YTY GGY TTT ATT GTV dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G, ou ceux, (6) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 16 suivante (positions 6496 à 6522 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
GGM YTW ACA GGN ATY RTH YTR GCY AA dans laquelle M est A ou C, W est A ou T, Y est C ou T, N est A, C, G ou T, R est A ou G, H est A, C ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 17 suivante (position 6496 à 6519 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5(3) 203-214) :
GGC TTA ACA GGA ATT GTA CTA GCT - ou constitué par la séquence SEQ ID N 18 suivante (position 6496 à
6510 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
GGC TTA ACA GGA ATT ou ceux, (7) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID
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N 19 suivante (positions 6195 à 6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5(3) 203-214) :
CGG RAT AAT YTC YCA YAT YGT AGC C dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 20 suivante (position 6200 à 6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
TAA TYT CYC AYA TYG TAG CC dans laquelle Y est C ou T, - ou constitué par la séquence SEQ ID N 21 suivante (position 6205 à
6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
TCY CAY ATY GTA GCC dans laquelle Y est C ou T, ou ceux, (8) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 22 suivante (positions 6324 à 6348 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
AGT BGG RAT RGA YGT DGA YAC MCG T dans laquelle B est C, G ou T, R est A ou G, Y est C ou T, D est A, G ou T, M est A ou C, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 23 suivante (position 6329 à 6348 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5(3) 203-214) :
GRA TRG AYG TDG AYA CMC GT dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, D est A, G ou T, M est A ou C, - ou constitué par la séquence SEQ ID N 24 suivante (position 6334 à
6348 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
GAY GTD GAY ACM CGT
CGG RAT AAT YTC YCA YAT YGT AGC C dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 20 suivante (position 6200 à 6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
TAA TYT CYC AYA TYG TAG CC dans laquelle Y est C ou T, - ou constitué par la séquence SEQ ID N 21 suivante (position 6205 à
6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
TCY CAY ATY GTA GCC dans laquelle Y est C ou T, ou ceux, (8) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 22 suivante (positions 6324 à 6348 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
AGT BGG RAT RGA YGT DGA YAC MCG T dans laquelle B est C, G ou T, R est A ou G, Y est C ou T, D est A, G ou T, M est A ou C, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 23 suivante (position 6329 à 6348 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5(3) 203-214) :
GRA TRG AYG TDG AYA CMC GT dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, D est A, G ou T, M est A ou C, - ou constitué par la séquence SEQ ID N 24 suivante (position 6334 à
6348 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
GAY GTD GAY ACM CGT
<Desc/Clms Page number 15>
dans laquelle Y est C ou T, D est A, G ou T, M est A ou C, ou ceux, (9) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 25 suivante (positions 6498 à 6523 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
ACT TAC AGG NAT YRT HCT RGC YAA YT dans laquelle N est A, C, G ou T, Y est C ou T, R est A ou G, H est A, C ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 26 suivante (position 6498 à 6517 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
ACT TAC AGG NAT YRT HCT RG dans laquelle N est A, C, G ou T, Y est C ou T, R est A ou G, H est A, C ou T, - ou constitué par la séquence SEQ ID N 27 suivante (position 6498 à 6512 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
ACT TAC AGG NAT YRT dans laquelle N est A, C, G ou T, Y est C ou T, R est A ou G, ou ceux, (10) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 28 suivante (positions 6399 à 6423 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
AGT YTT YAG YTG AYT AGC AAC YYT V dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G,
ACT TAC AGG NAT YRT HCT RGC YAA YT dans laquelle N est A, C, G ou T, Y est C ou T, R est A ou G, H est A, C ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 26 suivante (position 6498 à 6517 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
ACT TAC AGG NAT YRT HCT RG dans laquelle N est A, C, G ou T, Y est C ou T, R est A ou G, H est A, C ou T, - ou constitué par la séquence SEQ ID N 27 suivante (position 6498 à 6512 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
ACT TAC AGG NAT YRT dans laquelle N est A, C, G ou T, Y est C ou T, R est A ou G, ou ceux, (10) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 28 suivante (positions 6399 à 6423 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
AGT YTT YAG YTG AYT AGC AAC YYT V dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G,
<Desc/Clms Page number 16>
- ou comprenant la séquence SEQ ID N 29 suivante (position 6404 à 6423 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
TTA GCT GAT TAG CAA CTT TA - ou constitué par la séquence SEQ ID N 30 suivante (position 6409 à 6423 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
TGA YTA GCA ACY YTV dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G, ou ceux, (11) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 31 suivante (positions 6552 à 6577 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5(3) 203-214) :
RTA YTA YGT AGT MGC YCA YTT YCA CT dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, M est A ou C, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 32 suivante (position 6552 à 6572 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
GTA TTA CGT AGT AGC CCA TT - ou constitué par la séquence SEQ ID N 33 suivante (position 6552 à
6566 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
RTA YTA YGT AGT MGC dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, M est A ou C, ou ceux, (12) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la
TTA GCT GAT TAG CAA CTT TA - ou constitué par la séquence SEQ ID N 30 suivante (position 6409 à 6423 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
TGA YTA GCA ACY YTV dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G, ou ceux, (11) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 31 suivante (positions 6552 à 6577 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5(3) 203-214) :
RTA YTA YGT AGT MGC YCA YTT YCA CT dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, M est A ou C, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 32 suivante (position 6552 à 6572 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
GTA TTA CGT AGT AGC CCA TT - ou constitué par la séquence SEQ ID N 33 suivante (position 6552 à
6566 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
RTA YTA YGT AGT MGC dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, M est A ou C, ou ceux, (12) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la
<Desc/Clms Page number 17>
séquence SEQ ID N 34 suivante (positions 6237 à 6261 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
AGA RCC NTT YGG RYA YAT RGG HAT R dans laquelle R est A ou G, N est A, C, G ou T, Y est C ou T, H est A, C ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 35 suivante (position 6242 à 6261 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
CCT TTG GAT ATA TAG GCA TG - ou constitué par la séquence SEQ ID N 36 suivante (position 6248 à
6261 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
GGR YAY ATR GGH ATR dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, H est A, C ou T, ou ceux, (13) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 37 suivante (positions 6381 à 6406 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
YAT YCC RAC AGG YGT WAA AGT YTT YA dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, W est A ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 38 suivante (position 6381 à 6400 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
TAT CCC AAC AGG TGT AAA AG - ou constitué par la séquence SEQ ID N 39 suivante (position 6381 à
6395 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
TAT YCC RAC AGG YGT dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G,
AGA RCC NTT YGG RYA YAT RGG HAT R dans laquelle R est A ou G, N est A, C, G ou T, Y est C ou T, H est A, C ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 35 suivante (position 6242 à 6261 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
CCT TTG GAT ATA TAG GCA TG - ou constitué par la séquence SEQ ID N 36 suivante (position 6248 à
6261 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
GGR YAY ATR GGH ATR dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, H est A, C ou T, ou ceux, (13) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 37 suivante (positions 6381 à 6406 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
YAT YCC RAC AGG YGT WAA AGT YTT YA dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, W est A ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 38 suivante (position 6381 à 6400 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
TAT CCC AAC AGG TGT AAA AG - ou constitué par la séquence SEQ ID N 39 suivante (position 6381 à
6395 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
TAT YCC RAC AGG YGT dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G,
<Desc/Clms Page number 18>
ou ceux, (14) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 40 suivante (positions 6267 à 6291 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
AGC YAT RAT RGC YAT YGG MCT YCT Y dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, M est A ou C, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 41 suivante (position 6272 à 6291 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
TGA TGG CTA TTG GCC TCC TC - ou constitué par la séquence SEQ ID N 42 suivante (position 6277 à
6291 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
GCY ATY GGM CTY CTY dans laquelle Y est C ou T, M est A ou C, ou ceux, (15) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 43 suivante (positions 6451 à 6475 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
HCC BMT MCT BTG RGC CCT V GG YTT YA dans laquelle H est A, C ou T, B est C, G ou T, M est A ou C, R est A ou G, V est A, C ouG,YestCouT, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 44 suivante (position 6451 à 6469 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
CCC TCT ACT CTG AGC CCT AG
AGC YAT RAT RGC YAT YGG MCT YCT Y dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, M est A ou C, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 41 suivante (position 6272 à 6291 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
TGA TGG CTA TTG GCC TCC TC - ou constitué par la séquence SEQ ID N 42 suivante (position 6277 à
6291 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
GCY ATY GGM CTY CTY dans laquelle Y est C ou T, M est A ou C, ou ceux, (15) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 43 suivante (positions 6451 à 6475 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
HCC BMT MCT BTG RGC CCT V GG YTT YA dans laquelle H est A, C ou T, B est C, G ou T, M est A ou C, R est A ou G, V est A, C ouG,YestCouT, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 44 suivante (position 6451 à 6469 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
CCC TCT ACT CTG AGC CCT AG
<Desc/Clms Page number 19>
- ou constitué par la séquence SEQ ID N 45 suivante (position 6451 à
6464 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
HCC BMT MCT BTG RGC dans laquelle H est A, C ou T, B est C, G ou T, M est A ou C, R est A ou G, ou ceux, (16) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 46 suivante (positions 6194 à 6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
TSG RAT AAT YTC YCA YAT YGT AGC V dans laquelle S est C ou G, R est A ou G, Y est C ou T, V est A, C ou G, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 47 suivante (position 6200 à 6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
TAA TTT CTC ACA TCG TAG CG - ou constitué par la séquence SEQ ID N 48 suivante (position 6205 à
6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
TCY CAY ATY GTA GCV dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G, ou ceux, (17) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 49 suivante (positions 6342 à 6366 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
YAC MCG WGC HTA CTT YAC ATC YGC A dans laquelle Y est C ou T, M est A ou C, W est A ou T, H est A, C ou T
6464 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
HCC BMT MCT BTG RGC dans laquelle H est A, C ou T, B est C, G ou T, M est A ou C, R est A ou G, ou ceux, (16) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 46 suivante (positions 6194 à 6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
TSG RAT AAT YTC YCA YAT YGT AGC V dans laquelle S est C ou G, R est A ou G, Y est C ou T, V est A, C ou G, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 47 suivante (position 6200 à 6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
TAA TTT CTC ACA TCG TAG CG - ou constitué par la séquence SEQ ID N 48 suivante (position 6205 à
6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
TCY CAY ATY GTA GCV dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G, ou ceux, (17) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 49 suivante (positions 6342 à 6366 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
YAC MCG WGC HTA CTT YAC ATC YGC A dans laquelle Y est C ou T, M est A ou C, W est A ou T, H est A, C ou T
<Desc/Clms Page number 20>
- ou comprenant la séquence SEQ ID N 50 suivante (position 6342 à 6361 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5(3) 203-214) :
TAC ACG TGC CTA CTT TAC AT - ou constitué par la séquence SEQ ID N 51 suivante (position 6342 à
6356 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
YAC MCG WGC HTA CTT dans laquelle Y est C ou T, M est A ou C, W est A ou T, H est A, C ou T, ou ceux, (18) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 52 suivante (positions 6152 à 6177 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5(3) 203-214) :
TCT KCG GNC AYC CYG AAG THT AYA TH dans laquelle K est G ou T, N est A, C, G ou T, Y est C ou T, H est A, C ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 53 suivante (position 6158 à 6177 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
GAC ACC CCG AAG TAT ACA TA - ou constitué par la séquence SEQ ID N 54 suivante (position 6163 à
6177 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
CCY GAA GTH TAY ATH dans laquelle Y est C ou T, H est A, C ou T, ou ceux, (19) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la
5(3) 203-214) :
TAC ACG TGC CTA CTT TAC AT - ou constitué par la séquence SEQ ID N 51 suivante (position 6342 à
6356 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
YAC MCG WGC HTA CTT dans laquelle Y est C ou T, M est A ou C, W est A ou T, H est A, C ou T, ou ceux, (18) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID N 52 suivante (positions 6152 à 6177 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5(3) 203-214) :
TCT KCG GNC AYC CYG AAG THT AYA TH dans laquelle K est G ou T, N est A, C, G ou T, Y est C ou T, H est A, C ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 53 suivante (position 6158 à 6177 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
GAC ACC CCG AAG TAT ACA TA - ou constitué par la séquence SEQ ID N 54 suivante (position 6163 à
6177 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
CCY GAA GTH TAY ATH dans laquelle Y est C ou T, H est A, C ou T, ou ceux, (19) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la
<Desc/Clms Page number 21>
séquence SEQ ID N 55 suivante (positions 6303 à 6328 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
VTG RGC YCA YCA CAT RTT YAC AGT BG dans laquelle V est A, C ou G, R est A ou G, Y est C ou T, B est C, G ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 56 suivante (position 6303 à 6322 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
GTG AGC CCA TCA CAT GTT TA - ou constitué par la séquence SEQ ID N 57 suivante (position 6303 à
6317 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
VTG RGC YCA YCA CAT, dans laquelle V est A, C ou G, R est A ou G, Y est C ou T.
VTG RGC YCA YCA CAT RTT YAC AGT BG dans laquelle V est A, C ou G, R est A ou G, Y est C ou T, B est C, G ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID N 56 suivante (position 6303 à 6322 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology,
5 (3) 203-214) :
GTG AGC CCA TCA CAT GTT TA - ou constitué par la séquence SEQ ID N 57 suivante (position 6303 à
6317 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
VTG RGC YCA YCA CAT, dans laquelle V est A, C ou G, R est A ou G, Y est C ou T.
Les oligonucléotides ou amorces tels que définis ci-dessus permettent de détecter et éventuellement d'identifier des fragments d'ADN provenant de poissons, notamment de gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés.
L'invention a également pour objet les couples d'amorces constitués : - par l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N l, SEQ ID N 2, SEQ ID N 3, SEQ ID N 4, SEQ ID N 5, SEQ ID N 6, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 7, SEQ ID N 8, SEQ ID N 9 tels que définis ci-dessus ou, - par l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 10, SEQ ID N 11, SEQ ID N 12, SEQ ID N 13, SEQ ID N 14, SEQ ID N 15, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 16, SEQ ID N 17, SEQ ID N 18 tels que définis ci-dessus ou, - par l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 19, SEQ ID N 20, SEQ ID N 21, SEQ ID N 22, SEQ ID N 23, SEQ ID N 24, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 25, SEQ ID N 26, SEQ ID N 27 tels que définis ci-dessus ou, - par l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 28, SEQ ID N 29, SEQ ID N 30, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 31, SEQ ID N 32, SEQ ID N 33 tels que définis ci-dessus ou,
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- par l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 34, SEQ ID N 35, SEQ ID N 36, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 37, SEQ ID N 38, SEQ ID N 39 tels que définis ci-dessus ou, - par l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 40, SEQ ID N 41, SEQ ID N 42, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 43, SEQ ID N 44, SEQ ID N 45 tels que définis ci-dessus ou, - par l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 46, SEQ ID N 47, SEQ ID N 48, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 49, SEQ ID N 50, SEQ ID N 51 tels que définis ci-dessus ou, - par l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 52, SEQ ID N 53, SEQ ID N 54, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 55, SEQ ID N 56, SEQ ID N 57 tels que définis ci-dessus, et avantageusement constitués par le couple d'oligonucléotides choisis parmi les couples suivants : - (SEQ ID N 2 et SEQ ID N 8), - (SEQ ID N 5 et SEQ ID N 8), - (SEQ ID N 11et SEQ ID N 17), - (SEQ ID N 14 et SEQ ID N 17), - (SEQ ID N 20 et SEQ ID N 26), - (SEQ ID N 23 et SEQ ID N 26), - (SEQ ID N 29 et SEQ ID N 32), - (SEQ ID N 35 et SEQ ID N 38), - (SEQ ID N 41 et SEQ ID N 44), - (SEQ ID N 47 et SEQ ID N 50), - (SEQ ID N 53 et SEQ ID N 56).
Les couples d'amorces (SEQ ID N 2 et SEQ ID N 8) et (SEQ ID N 5 et SEQ ID N 8) tels que définis ci-dessus, permettent chacun d'obtenir, par réaction PCR, au moins un fragment d'ADN provenant de poissons appartenant à l'ordre des gadiformes, présentant une taille et une séquence déterminées, spécifique des gadiformes.
Les couples d'amorces (SEQ ID N'Il et SEQ ID N 17) et (SEQ ID N 14 et SEQ ID N 17) tels que définis ci-dessus, permettent chacun d'obtenir, par réaction PCR, au moins un fragment d'ADN provenant de poissons appartenant à l'ordre des
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gadiformes, et en particulier à la famille des gadidés, présentant une taille et une séquence déterminées, spécifique des gadidés.
Les couples d'amorces (SEQ ID N 20 et SEQ ID N 26) et (SEQ ID N 23 et SEQ ID N 26) tels que définis ci-dessus, permettent chacun d'obtenir, par réaction PCR, au moins un fragment d'ADN provenant de poissons appartenant à l'ordre des gadiformes, et en particulier à la famille des merluccidés, présentant une taille et une séquence déterminées, spécifique des merluccidés.
Le couple d'amorce (SEQ ID N 29 et SEQ ID N 32) tel que défini ci-dessus, permet d'obtenir, par réaction PCR, au moins un fragment d'ADN provenant de poissons appartenant à l'ordre des gadiformes, et en particulier à la famille des gadidés, présentant une taille et une séquence déterminées, spécifique de l'espèce Gadus morhua (morue commune).
Le couple d'amorce (SEQ ID N 35 et SEQ ID N 38) tel que défini ci-dessus, permet d'obtenir, par réaction PCR, au moins un fragment d'ADN provenant de poissons appartenant à l'ordre des gadiformes, et en particulier à la famille des gadidés, présentant une taille et une séquence déterminées, spécifique de l'espèce Pollachius virens (lieu noir).
Le couple d'amorce (SEQ ID N 41 et SEQ ID N 44) tel que défini ci-dessus, permet d'obtenir, par réaction PCR, au moins un fragment d'ADN provenant de poissons appartenant à l'ordre des gadiformes, et en particulier à la famille des gadidés, présentant une taille et une séquence déterminées, spécifique de l'espèce Theragra chalcogramma (colin d'Alaska).
Le couple d'amorce (SEQ ID N 47 et SEQ ID N 50) tel que défini ci-dessus, permet d'obtenir, par réaction PCR, au moins un fragment d'ADN provenant de poissons appartenant à l'ordre des gadiformes, et en particulier à la famille des gadidés, présentant une taille et une séquence déterminées, spécifique de l'espèce Melanogrammus aeglefinus (eglefin).
Le couple d'amorce (SEQ ID N 53 et SEQ ID N 56) tel que défini ci-dessus, permet d'obtenir, par réaction PCR, au moins un fragment d'ADN provenant de poissons appartenant à l'ordre des gadiformes, et en particulier à la famille des gadidés, présentant une taille et une séquence déterminées, spécifique de l'espèce Merlangius merlangus (merlan).
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L'invention a encore pour objet les fragments d'ADN tels qu'amplifiés à l'issue du procédé tel que décrit ci-dessus, comprenant environ 100 à environ 500 paires de bases.
Un fragment d'ADN de l'invention présente avantageusement une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec l'une au moins des séquences contenues dans : - la SEQ ID N 58 suivante :
AYCARCAYYT RTTCTGATTC TKCGGNCAYC CYGAAGTHTA YATHCTNATY YTMCCHGGMT
TCGGRATAAT YTCYCAYATY GTAGCVTAYT AYTCAGGNAA RMAAGARCCN TTYGGRYAYA
TRGGHATRGT NTGAGCYATR ATRGCYATYG GMCTYCTYGG YTTTATYGTV TGRGCYCAYC
ACATRTTYAC AGTBGGRATR GAYGTDGAYA CMCGWGCHTA CTTYACATCY GCAACBATAA
TYATYGCYAT YCCRACAGGY GTWAAAGTYT TYAGYTGAYT AGCAACYYTV CAYGGRGGCT
CARTTAARTG RGAVACHCCB MTMCTBTGRG CCCTDGGYTT YATYTTYCTM TTYACMGTHG
GVGGMYTWAC AGGNATYRTH YTRGCYAAYT CYTCYCTAGA YATYGTDCTY CAYGAYACRT
AYTAMGTAGT MGCYCAYTTY CA dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, K est G ou T, N est A, C, G ou T, H est
A, C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence SEQ ID N 58 comprenant 442 paires de bases, - ou la SEQ ID N 59 suivante :
GGRYAYATRG GHATRGTNTG AGCYATRATR GCYATYGGMC TYCTYGGYTT TATYGTVTGR
GCYCAYCACA TRTTYACAGT BGGRATRGAY GTDGAYACMC GWGCHTACTT YACATCYGCA
ACBATAATYA TYGCYATYCC RACAGGYGTW AAAGTYTTYA GYTGAYTAGC ACYYTVCAYG
GRGGCTCART TAARTGRGAV ACHCCBMTMC TBTGRGCCCT DGGYTTYATY TTYCTMTTYA
CMGTHGGVGG MYTWACAGGN ATYRTHYTRG CYAAYTCYTC YCTAGAYATY GTDCTYCAYG
AYACRTAYTA MGTAGTMGCY CAYTTYCA dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, K est G ou T, N est A, C, G ou T, H est
A, C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence SEQ ID N 59 comprenant 328 paires de bases, - ou la SEQ ID N 60 suivante :
AYCARCAYYT RTTCTGATTC TKCGGNCAYC CYGAAGTHTA YATHCTNATY YTMCCHGGMT
TCGGRATAAT YTCYCAYATY GTAGCVTAYT AYTCAGGNAA RMAAGARCCN TTYGGRYAYA
TRGGHATRGT NTGAGCYATR ATRGCYATYG GMCTYCTYGG YTTTATYGTV TGRGCYCAYC
ACATRTTYAC AGTBGGRATR GAYGTDGAYA CMCGWGCHTA CTTYACATCY GCAACBATAA
TYATYGCYAT YCCRACAGGY GTWAAAGTYT TYAGYTGAYT AGCAACYYTV CAYGGRGGCT
AYCARCAYYT RTTCTGATTC TKCGGNCAYC CYGAAGTHTA YATHCTNATY YTMCCHGGMT
TCGGRATAAT YTCYCAYATY GTAGCVTAYT AYTCAGGNAA RMAAGARCCN TTYGGRYAYA
TRGGHATRGT NTGAGCYATR ATRGCYATYG GMCTYCTYGG YTTTATYGTV TGRGCYCAYC
ACATRTTYAC AGTBGGRATR GAYGTDGAYA CMCGWGCHTA CTTYACATCY GCAACBATAA
TYATYGCYAT YCCRACAGGY GTWAAAGTYT TYAGYTGAYT AGCAACYYTV CAYGGRGGCT
CARTTAARTG RGAVACHCCB MTMCTBTGRG CCCTDGGYTT YATYTTYCTM TTYACMGTHG
GVGGMYTWAC AGGNATYRTH YTRGCYAAYT CYTCYCTAGA YATYGTDCTY CAYGAYACRT
AYTAMGTAGT MGCYCAYTTY CA dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, K est G ou T, N est A, C, G ou T, H est
A, C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence SEQ ID N 58 comprenant 442 paires de bases, - ou la SEQ ID N 59 suivante :
GGRYAYATRG GHATRGTNTG AGCYATRATR GCYATYGGMC TYCTYGGYTT TATYGTVTGR
GCYCAYCACA TRTTYACAGT BGGRATRGAY GTDGAYACMC GWGCHTACTT YACATCYGCA
ACBATAATYA TYGCYATYCC RACAGGYGTW AAAGTYTTYA GYTGAYTAGC ACYYTVCAYG
GRGGCTCART TAARTGRGAV ACHCCBMTMC TBTGRGCCCT DGGYTTYATY TTYCTMTTYA
CMGTHGGVGG MYTWACAGGN ATYRTHYTRG CYAAYTCYTC YCTAGAYATY GTDCTYCAYG
AYACRTAYTA MGTAGTMGCY CAYTTYCA dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, K est G ou T, N est A, C, G ou T, H est
A, C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence SEQ ID N 59 comprenant 328 paires de bases, - ou la SEQ ID N 60 suivante :
AYCARCAYYT RTTCTGATTC TKCGGNCAYC CYGAAGTHTA YATHCTNATY YTMCCHGGMT
TCGGRATAAT YTCYCAYATY GTAGCVTAYT AYTCAGGNAA RMAAGARCCN TTYGGRYAYA
TRGGHATRGT NTGAGCYATR ATRGCYATYG GMCTYCTYGG YTTTATYGTV TGRGCYCAYC
ACATRTTYAC AGTBGGRATR GAYGTDGAYA CMCGWGCHTA CTTYACATCY GCAACBATAA
TYATYGCYAT YCCRACAGGY GTWAAAGTYT TYAGYTGAYT AGCAACYYTV CAYGGRGGCT
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CARTTAARTG RGAVACHCCB MTMCTBTGRG CCCTDGGYTT YATYTTYCTM TTYACMGTHG GVGGMYTWAC AGGNATYRTH YTRGCY dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, K est G ou T, N est A, C, G ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence SEQ ID N 60 comprenant 386 paires de bases, - ou la SEQ ID N 61 suivante : GGMCTYCTYG GYTTTATYGT VTGRGCYCAY CACATRTTYA CAGTBGGRAT RGAYGTDGAY ACMCGWGCHT ACTTYACATC YGCAACBATA ATYATYGCYA TYCCRACAGG YGTWAAAGTY TTYAGYTGAY TAGCAACYYT VCAYGGRGGC TCARTTAART GRGAVACHCC BMTMCTBTGR GCCCTDGGYT TYATYTTYCT MTTYACMGTH GGVGGMYTWA CAGGNATYRT HYTRGCY dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, K est G ou T, N est A, C, G ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence SEQ ID N 61 comprenant 237 paires de bases, - ou la SEQ ID N 62 suivante : TAATYTCYCA YATYGTAGCV TAYTAYTCAG GNAARMAAGA RCCNTTYGGR YAYATRGGHA TRGTNTGAGC YATRATRGCY ATYGGMCTYC TYGGYTTTAT YGTVTGRGCY CAYCACATRT TYACAGTBGG RATRGAYGTD GAYACMCGWG CHTACTTYAC ATCYGCAACB ATAATYATYG CYATYCCRAC AGGYGTWAAA GTYTTYAGYT GAYTAGCAAC YYTVCAYGGR GGCTCARTTA ARTGRGAVAC HCCBMTMCTB TGRGCCCTDG GYTTYATYTT YCTMTTYACM GTHGGVGGMY TWACAGGNAT YRTHYTRG dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, K est G ou T, N est A, C, G ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence SEQ ID N 62 comportant 318 paires de bases, - ou la SEQ ID N 63 suivante : GRATRGAYGT DGAYACMCGW GCHTACTTYA CATCYGCAAC BATAATYATY GCYATYCCRA CAGGYGTWAA AGTYTTYAGY TGAYTAGCAA CYYTVCAYGG RGGCTCARTT AARTGRGAVA CHCCBMTMCT BTGRGCCCTD GGYTTYATYT TYCTMTTYAC MGTHGGVGGM YTWACAGGNA TYRTHYTRG dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, D est A, G ou T, M est A ou C, W est A ou T, B est C, G ou T, V est A, C ou G, H est A, C ou T, N est A, C, G ou T, ladite séquence SEQ ID N 63 comprenant 189 paires de bases,
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- ou la SEQ ID N 64 suivante : TYAGYTGAYT AGCAACYYTV CAYGGRGGCT CARTTAARTG RGAVACHCCB MTMCTBTGRG CCCTDGGYTT YATYTTYCTM TTYACMGTHG GVGGMYTWAC AGGNATYRTH YTRGCYAAYT CYTCYCTAGA YATYGTDCTY CAYGAYACRT AYTAMGTAGT MGCYCAYT dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G, R est A ou G, B est C, G ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, D est A, G ou T, N est A, C, G ou T, ladite séquence SEQ ID N 64 comprenant 168 paires de bases, - ou la SEQ ID N 65 suivante : CNTTYGGRYA YATRGGHATR GTNTGAGCYA TRATRGCYAT YGGMCTYCTY GGYTTTATYG TVTGRGCYCA YCACATRTTY ACAGTBGGRA TRGAYGTDGA YACMCGWGCH TACTTYACAT CYGCAACBAT AATYATYGCY ATYCCRACAG GYGTWAAAG dans laquelle N est A, C, G ou T, R est A ou G, Y est C ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence comprenant 159 paires de bases, - ou la séquence SEQ ID N 66 suivante : TRATRGCYAT YGGMCTYCTY GGYTTTATYG TVTGRGCYCA YCACATRTTY ACAGTBGGRA TRGAYGTDGA YACMCGWGCH TACTTYACAT CYGCAACBAT AATYATYGCY ATYCCRACAG GYGTWAAAGT YTTYAGYTGA YTAGCAACYY TVCAYGGRGG CTCARTTAAR TGRGAVACHC CBMTMCTBTG RGCCCTDG dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, H est A, C ou T, ladite SEQ ID N 66 comprenant 198 paires de bases, - la SEQ ID N 67 suivante : TAATYTCYCA YATYGTAGCV TAYTAYTCAG GNAARMAAGA RCCNTTYGGR YAYATRGGHA TRGTNTGAGC YATRATRGCY ATYGGMCTYC TYGGYTTTAT YGTVTGRGCY CAYCACATRT TYACAGTBGG RATRGAYGTD GAYACMCGWG CHTACTTYAC AT dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G, N est A, C, G ou T, R est A ou G, M est A ou C, H est A, C ou T, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence SEQ ID N 67 comprenant 162 paires de bases, - ou la SEQ ID N 68 suivante : GNCAYCCYGA AGTHTAYATH CTNATYYTMC CHGGMTTCGG RATAATYTCY CAYATYGTAG CVTAYTAYTC AGGNAARMAA GARCCNTTYG GRYAYATRGG HATRGTNTGA GCYATRATRG
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CYATYGGMCT YCTYGGYTTT ATYGTVTGRG CYCAYCACAT RTTYA dans laquelle N est A, C, G ou T, Y est C ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, R est A ou G, V est A, C ou G, ladite séquence SEQ ID N 68 comprenant 165 paires de bases.
Les fragments d'ADN SEQ ID N 58 et SEQ ID N 59 tels que définis ci-dessus sont spécifiques de poissons appartenant à l'ordre des gadiformes. Les fragments d'ADN SEQ ID N 60 et SEQ ID N 61 tels que définis ci-dessus sont spécifiques de poissons appartenant à l'ordre des gadiformes, et plus particulièrement de poissons appartenant à la famille des gadidés. Les fragments d'ADN SEQ ID N 62 et SEQ ID N 63 tels que définis ci-dessus sont spécifiques de poissons appartenant à l'ordre des gadiformes, et plus particulièrement de poissons appartenant à la famille des merluccidés.
Le fragment d'ADN SEQ ID N 64 tel que défini ci-dessus est spécifique de poissons appartenant à l'ordre des gadiformes, plus particulièrement de poissons appartenant à la famille des gadidés, et plus particulièrement de l'espèce Gadus morhua (morue commune). Le fragment d'ADN SEQ ID N 65 tel que défini ci-dessus est spécifique de poissons appartenant à l'ordre des gadiformes, plus particulièrement de poissons appartenant à la famille des gadidés, et plus particulièrement de l'espèce Pollachius virens (lieu noir). Le fragment d'ADN SEQ ID N 66 tel que défini ci-dessus est spécifique de poissons appartenant à l'ordre des gadiformes, plus particulièrement de poissons appartenant à la famille des gadidés, et plus particulièrement de l'espèce Theragra chalcogramma (colin d'Alaska). Le fragment d'ADN SEQ ID N 67 tel que défini ci-dessus est spécifique de poissons appartenant à l'ordre des gadiformes, plus particulièrement de poissons appartenant à la famille des gadidés, et plus particulièrement de l'espèce Melanogrammus aeglefinus (eglefin). Le fragment d'ADN SEQ ID N 68 tel que défini ci-dessus est spécifique de poissons appartenant à l'ordre des gadiformes, plus particulièrement de poissons appartenant à la famille des gadidés, et plus particulièrement de l'espèce Merlangius merlangus (merlan).
Selon un mode de réalisation avantageux du procédé de l'invention, le ou les fragment(s) d'ADN amplifié(s) obtenu(s) contenu(s) dans le produit d'amplification est (sont) identifié(s) : - par séquençage d'au moins un fragment d'ADN amplifié contenu dans le produit d'amplification, et notamment d'un fragment d'ADN amplifié ou,
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- directement, par visualisation de la présence du produit d'amplification par électrophorèse sur gel.
Selon un mode de réalisation avantageux de l'invention, la méthode d'identification par séquençage d'au moins un fragment d'ADN amplifié obtenu, permet d'identifier les poissons appartenant à l'ordre des gadiformes, notamment choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés.
La méthode d'identification directe, par simple visualisation de la présence du produit d'amplification, permet d'identifier des espèces de poissons appartenant à l'ordre des gadiformes, et plus particulièrement des espèces de poissons appartenant à la famille des gadidés.
Chacune des deux méthodes d'identification est décrite plus en détail ci dessous.
1) La méthode d'identification par séquençage d'au moins un fragment d'ADN amplifié obtenu, est dénommée dans ce qui suit stratégie globale , car elle permet de détecter et d'identifier la présence ou l'absence de tous les gadiformes existants. A titre indicatif, une liste de gadiformes pouvant être détectés et identifiés par le procédé de l'invention est donnée dans le tableau 1 ci-après. Cette liste n'est cependant pas exhaustive.
Les amorces utilisées dans la stratégie globale afin d'effectuer l'amplification par la méthode PCR d'au moins une séquence ou fragment d'ADN spécifique du génome des poissons, notamment des gadiformes, éventuellement présent(e) dans un échantillon de matière organique à analyser, sont les 27 amorces listées ci-dessous et telles que définies ci-dessus :
SEQ ID N l, SEQ ID N 2, SEQ ID N 3, SEQ ID N 4, SEQ ID N 5, SEQ ID N 6, SEQ ID N 7, SEQ ID N 8, SEQ ID N 9, SEQ ID N 10, SEQ ID N 11, SEQ ID N 12, SEQ ID N 13, SEQ ID N 14, SEQ ID N 15, SEQ ID N 16, SEQ ID N 17, SEQ ID N 18, SEQ ID N 19, SEQ ID N 20, SEQ ID N 21, SEQ ID N 22, SEQ ID N 23, SEQ ID N 24, SEQ ID N 25, SEQ ID N 26 et SEQ ID N 27, et plus particulièrement les 9 amorces SEQ ID N 2, SEQ ID N 5, SEQ ID N 8, SEQ ID N 11, SEQ ID N 14, SEQ ID N 17, SEQ ID N 20, SEQ ID N 23 et SEQ ID N 26.
SEQ ID N l, SEQ ID N 2, SEQ ID N 3, SEQ ID N 4, SEQ ID N 5, SEQ ID N 6, SEQ ID N 7, SEQ ID N 8, SEQ ID N 9, SEQ ID N 10, SEQ ID N 11, SEQ ID N 12, SEQ ID N 13, SEQ ID N 14, SEQ ID N 15, SEQ ID N 16, SEQ ID N 17, SEQ ID N 18, SEQ ID N 19, SEQ ID N 20, SEQ ID N 21, SEQ ID N 22, SEQ ID N 23, SEQ ID N 24, SEQ ID N 25, SEQ ID N 26 et SEQ ID N 27, et plus particulièrement les 9 amorces SEQ ID N 2, SEQ ID N 5, SEQ ID N 8, SEQ ID N 11, SEQ ID N 14, SEQ ID N 17, SEQ ID N 20, SEQ ID N 23 et SEQ ID N 26.
Les couples d'amorces avantageusement utilisés sont tels que définis ci-dessus.
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Selon un mode de mise en #uvre particulièrement avantageux de la présente invention, une partie des étapes d'hybridation des cycles constituant la réaction d'amplification est effectuée à une température d'environ 50 C à environ 58 C. En outre, le Demandeur a trouvé qu'une température de 55 C était particulièrement appropriée pour obtenir une amplification spécifique. Un tel mode de mise en #uvre permet d'obtenir une plus grande spécificité d'amplification.
On notera à ce sujet que le Demandeur a résolu un certain nombre de problèmes techniques pour la mise en #uvre de ce procédé. Tout d'abord, le choix des amorces constituait un réel problème, car il fallait sélectionner d'une part des séquences communes aux différentes espèces de gadiformes mais pas à d'autres espèces de poissons, et d'autre part s'hybridant de manière stable, dans des conditions physicochimiques très variables, représentatives de la grande variabilité des matières organiques susceptibles de contenir des matières biologiques provenant de gadiformes. Les températures des étapes de séparation des brins et d'élongation sont avantageusement respectivement d'environ 94 C et d'environ 72 C.
Le procédé décrit ci-dessus est spécifique aux gadiformes mais global entre toutes les espèces de gadiformes car il ne donne aucune réaction d'amplification détectable en présence d'ADN d'origine autre que les gadiformes.
Selon un mode de réalisation avantageux du procédé de l'invention (stratégie globale), l'utilisation des couples d'amorces oligonucléotidiques suivants : - (SEQ ID N 2 et SEQ ID N 8), - (SEQ ID N 5 et SEQ ID N 8), - (SEQ ID N 11et SEQ ID N 17), - (SEQ ID N 14 et SEQ ID N 17), - (SEQ ID N 20 et SEQ ID N 26) et - (SEQ ID N 23 et SEQ ID N 26), permettent respectivement d'obtenir : - un fragment d'ADN SEQ ID N 58 tel que défini ci-dessus, - un fragment d'ADN SEQ ID N 59 tel que défini ci-dessus, - un fragment d'ADN SEQ ID N 60 tel que défini ci-dessus, - un fragment d'ADN SEQ ID N 61 tel que défini ci-dessus, - un fragment d'ADN SEQ ID N 62 tel que défini ci-dessus et, - un fragment d'ADN SEQ ID N 63 tel que défini ci-dessus.
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Les fragments d'ADN décrits ci-dessus, obtenus à l'issue de la réaction PCR, peuvent être détectés même lorsqu'une fraction importante de l'ADN est dégradée, à savoir après action de facteurs physiques, chimiques et/ou biochimiques, et lors de transformations diverses des échantillons de matière organique à analyser.
Le procédé décrit présente une grande simplicité d'interprétation, en raison de la production d'un seul et unique produit d'amplification, spécifique de l'ADN de gadiformes et qui donc ne se retrouve pas dans les produits d'amplifications d'ADN d'autres ordres. L'unicité du produit d'amplification obtenu à l'issue de la réaction PCR représente un autre avantage de la présente invention, celle-ci permettant d'obtenir une sensibilité importante et facilitant grandement l'interprétation des résultats. Le procédé selon la présente invention présente un grand nombre d'avantages par rapport aux techniques d'identification déjà connues.
Le produit d'amplification peut être mis en évidence par toute méthode connue de l'homme de métier, et en particulier par simple électrophorèse sur un gel d'agarose. La lecture des profils de migration du produit d'amplification obtenu avec le procédé de l'invention consiste donc simplement à déterminer la présence d'une seule et unique bande de migration dans un gel d'électrophorèse. En l'absence d'une telle bande, on peut considérer qu'il n'y a pas de traces détectables d'ADN de gadiformes. La présence d'une bande signifie au contraire que l'ADN de gadiformes est présent dans l'échantillon, et donc que l'échantillon en question contient de la matière biologique à base de gadiformes.
Lorsque le produit d'amplification obtenu comporte plusieurs copies du même fragment ou de la même séquence d'ADN amplifié(e), ce dernier peut ensuite être séquence afin de déterminer sa séquence nucléotidique. La comparaison de la séquence nucléotidique obtenue avec toutes les séquences nucléotidiques connues des gadiformes permet de déterminer l'espèce de gadiforme présente dans l'échantillon de matière organique, et ainsi de différencier les espèces les unes par rapport aux autres.
Lorsque le produit d'amplification obtenu comporte plusieurs copies de différents fragments ou de différentes séquences d'ADN amplifié(e)s, le séquençage de chacun des différents fragments d'ADN amplifiés sera précédé par un procédé de clonage. Ainsi, selon un mode de réalisation avantageux du procédé de l'invention, le séquençage de chacun des différents fragments d'ADN amplifiés est précédé par un procédé de clonage lorsque l'échantillon de matière organique comporte un mélange de différents fragments
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d'ADN provenant de différentes espèces de poissons, notamment de gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, ledit procédé de clonage permettant de séparer dudit mélange les différents fragments d'ADN provenant des différentes espèces de poissons.
Selon un mode de réalisation avantageux du procédé de l'invention, on détecte la présence d'ADN provenant de gadiformes dans un échantillon de matière organique, par amplification d'au moins une séquence d'ADN spécifique du génome des gadiformes à l'aide de l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N l, SEQ ID N 2, SEQ ID N 3, SEQ ID N 4, SEQ ID N 5, SEQ ID N 6, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 7, SEQ ID N 8, SEQ ID N 9 tels que définis ci-dessus, et avantageusement à l'aide du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 2 et SEQ ID N 8) ou du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 5 et SEQ ID N 8), afin d'obtenir respectivement au moins une des séquences d'ADN contenues dans la SEQ ID N 58 ou dans la SEQ ID N 59 telles que définies ci-dessus, lesdites séquences étant spécifiques du génome des gadiformes, et en ce que l'on identifie au moins une espèce de gadiforme présente dans ledit échantillon de matière organique par séquençage d'au moins une des séquences d'ADN contenues dans la SEQ ID N 58 ou dans la SEQ ID N 59, ledit séquençage étant éventuellement précédé d'un procédé de clonage lorsque le produit d'amplification obtenu à l'issue de la réaction PCR comporte un mélange de différents fragments ou de différentes séquences d'ADN provenant de différentes espèces de gadiformes.
Ainsi, les couples d'oligonucléotides (SEQ ID N 2 et SEQ ID N 8) ou (SEQ ID N 5 et SEQ ID N 8) permettent, par amplification suivie d'un séquençage, de détecter et d'identifier tous les gadiformes existants, quelle que soit la famille concernée (gadidés, merluccidés, macrouridés etc...).
Selon un autre mode de réalisation avantageux du procédé de l'invention, on détecte la présence d'ADN provenant de gadidés dans un échantillon de matière organique, par amplification d'au moins une séquence d'ADN spécifique du génome des gadidés à l'aide de l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 10, SEQ ID N 11, SEQ ID N 12, SEQ ID N 13, SEQ ID N 14, SEQ ID N 15, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 16, SEQ ID N 17, SEQ ID N 18 tels que définis cidessus,
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et avantageusement à l'aide du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 11et SEQ ID N 17) ou du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 14 et SEQ ID N 17), afin d'obtenir respectivement au moins une des séquences d'ADN contenues dans la SEQ ID N 60 ou dans la SEQ ID N 61 telles que définies ci-dessus, lesdites séquences étant spécifiques du génome des gadidés, et en ce que l'on identifie au moins une espèce de gadidés présente dans ledit échantillon de matière organique par séquençage d'au moins une des séquences d'ADN contenues dans la SEQ ID N 60 ou dans la SEQ ID N 61, ledit séquençage étant éventuellement précédé d'un procédé de clonage lorsque le produit d'amplification obtenu à l'issue de la réaction PCR comporte un mélange de différents fragments ou de différentes séquences d'ADN provenant de différentes espèces de gadidés.
Ainsi les couples d'oligonucléotides (SEQ ID N 11et SEQ ID N 17) ou (SEQ ID N 14 et SEQ ID N 17) permettent, par amplification suivie d'un séquençage, de détecter et d'identifier tous les gadidés existants, quelle que soit l'espèce ou le genre considéré, mais ne permettent pas de détecter et d'identifier les gadiformes n'appartenant pas à la famille des gadidés.
Selon un autre mode de réalisation avantageux du procédé de l'invention, on détecte la présence d'ADN provenant de merluccidés dans un échantillon de matière organique, par amplification d'au moins une séquence d'ADN spécifique du génome des merluccidés à l'aide de l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 19, SEQ ID N 20, SEQ ID N 21, SEQ ID N 22, SEQ ID N 23, SEQ ID N 24, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 25, SEQ ID N 26, SEQ ID N 27 tels que définis cidessus, et avantageusement à l'aide du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 20 et SEQ ID N 26) ou du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 23 et SEQ ID N 26), afin d'obtenir respectivement au moins une des séquences d'ADN contenues dans la SEQ ID N 62 ou dans la SEQ ID N 63 telles que définies ci-dessus, lesdites séquences étant spécifiques du génome des merluccidés, et en ce que l'on identifie au moins une espèce de merluccidés présente dans ledit échantillon de matière organique par séquençage d'au moins une des séquences d'ADN contenues dans la SEQ ID N 62 ou dans la SEQ ID N 63, ledit séquençage étant éventuellement précédé d'un procédé de clonage lorsque le produit d'amplification
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obtenu à l'issue de la réaction PCR comporte un mélange de différents fragments ou différentes séquences d'ADN provenant de différentes espèces de merluccidés.
Ainsi, les couples d'oligonucléotides (SEQ ID N 20 et SEQ ID N 26) et (SEQ ID N 23 et SEQ ID N 26) permettent, par amplification suivie d'un séquençage, de détecter et d'identifier tous les merluccidés existants, quelle que soit l'espèce ou le genre considéré, mais ne permettent pas de détecter et d'identifier les gadiformes n'appartenant pas à la famille des merluccidés.
2) La méthode d'identification directe, par simple visualisation de la présence du produit d'amplification à l'aide d'une électrophorèse sur gel, est dénommée dans ce qui suit stratégie spécifique , car elle permet de détecter et d'identifier directement des espèces de gadidés bien spécifiques. Dans la stratégie spécifique , l'étape de détection et d'identification est une étape simultanée.
En effet, cette méthode ne requiert pas, contrairement à la méthode décrite cidessus ( stratégie globale ), de procéder à une étape supplémentaire d'identification à l'issue de la l'étape de détection (la détection de la présence de matières biologiques provenant de gadiformes étant possible par l'obtention d'un produit d'amplification), et permet ainsi de détecter et d'identifier directement après amplification certaines espèces de poissons bien particulières, qui dans le présent cas sont des espèces très courantes car très utilisées dans les préparations alimentaires ou autres. Les espèces de poissons pouvant être simultanément détectées et identifiées selon le procédé de la présente invention sont plus particulièrement les cinq espèces de gadidés suivantes : - Gadus morhua (morue commune ou cabillaud), - Pollachius virens (lieu noir), - Theragra chalcogramma (colin d'Alaska), - Melanogrammus aeglefinus (églefin) et - Merlangius merlangus (merlan).
L'amplification de l'ADN est effectuée par la méthode d'amplification en chaîne par polymérase (PCR) comme décrit précédemment.
La stratégie spécifique, permettant de détecter et d'identifier simultanément la présence d'espèces bien spécifiques de gadidés dans un échantillon de matière organique, est décrite plus en détail ci-dessous.
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(a) Stratégie spécifique permettant d'identifier Gadus morhua (morue commune ou cabillaud).
Les amorces utilisées dans la stratégie spécifique afin d'effectuer l'amplification par la méthode PCR d'une séquence d'ADN provenant de gadidés, et plus particulièrement de Gadus morhua, éventuellement présente dans un échantillon de matière organique à analyser, sont les 6 amorces listées ci-dessous et telles que définies ci-dessus :
SEQ ID N 28, SEQ ID N 29, SEQ ID N 30, SEQ ID N 31, SEQ ID N 32, SEQ ID N 33, et plus particulièrement les 2 amorces SEQ ID N 29 et SEQ ID N 32.
SEQ ID N 28, SEQ ID N 29, SEQ ID N 30, SEQ ID N 31, SEQ ID N 32, SEQ ID N 33, et plus particulièrement les 2 amorces SEQ ID N 29 et SEQ ID N 32.
Selon un mode de réalisation avantageux du procédé de l'invention ( stratégie spécifique ), l'utilisation du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 29 et SEQ ID N 32) permet d'obtenir un produit d'amplification contenant un fragment d'ADN SEQ ID N 64 tel que défini ci-dessus. La présence dudit produit d'amplification est détectée par simple visualisation par électrophorèse sur gel d'agarose, et permet ainsi de détecter et d'identifier simultanément la présence de Gadus morhua (morue commune ou cabillaud).
L'expression produit d'amplification contenant un fragment d'ADN utilisée dans le paragraphe 2) ci-dessus et ci-après doit être entendue comme signifiant produit d'amplification contenant plusieurs copies du même fragment ou de la même séquence d'ADN .
(b) Stratégie spécifique permettant d'identifier Pollachius virens (lieu noir).
Les amorces utilisées dans la stratégie spécifique afin d'effectuer l'amplification par la méthode PCR d'une séquence d'ADN provenant de gadidés, et plus particulièrement de Pollachius virens, éventuellement présente dans un échantillon de matière organique à analyser, sont les 6 amorces listées ci-dessous et telles que définies ci-dessus :
SEQ ID N 34, SEQ ID N 35, SEQ ID N 36, SEQ ID N37, SEQ ID N 38, SEQ ID N 39, et plus particulièrement les 2 amorces SEQ ID N 35 et SEQ ID N 38.
SEQ ID N 34, SEQ ID N 35, SEQ ID N 36, SEQ ID N37, SEQ ID N 38, SEQ ID N 39, et plus particulièrement les 2 amorces SEQ ID N 35 et SEQ ID N 38.
Selon un mode de réalisation avantageux du procédé de l'invention, l'utilisation du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 35 et SEQ ID N 38), permet d'obtenir un produit d'amplification contenant un fragment d'ADN SEQ ID N 65 tel que défini cidessus. La présence dudit produit d'amplification est détectée par simple visualisation
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par électrophorèse sur gel d'agarose, et permet ainsi de détecter et d'identifier simultanément la présence de Pollachius virens (lieu noir).
(c) Stratégie spécifique permettant d'identifier Theragra chalcogramma (colin d'Alaska).
Les amorces utilisées dans la stratégie spécifique afin d'effectuer l'amplification par la méthode PCR d'une séquence d'ADN provenant de gadidés, et plus particulièrement de Theragra chalcogramma, éventuellement présente dans un échantillon de matière organique à analyser, sont les 6 amorces listées ci-dessous et telles que définies ci-dessus :
SEQ ID N 40, SEQ ID N 41, SEQ ID N 42, SEQ ID N 43, SEQ ID N 44, SEQ ID N 45, et plus particulièrement les 2 amorces SEQ ID N 41 et SEQ ID N 44.
SEQ ID N 40, SEQ ID N 41, SEQ ID N 42, SEQ ID N 43, SEQ ID N 44, SEQ ID N 45, et plus particulièrement les 2 amorces SEQ ID N 41 et SEQ ID N 44.
Selon un mode de réalisation avantageux du procédé de l'invention, l'utilisation du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 41 et SEQ ID N 44) permet d'obtenir un produit d'amplification contenant un fragment d'ADN SEQ ID N 66 tel que défini cidessus. La présence dudit produit d'amplification est détectée par simple visualisation par électrophorèse sur gel d'agarose, et permet ainsi de détecter et d'identifier simultanément la présence de Theragra chalcogramma (colin d'Alaska).
Selon un mode de mise en #uvre particulièrement avantageux de la présente invention, dans la stratégie spécifique permettant d'identifier respectivement Gadus morhua (morue commune ou cabillaud), Pollachius virens (lieu noir) et Theragra chalcogramma (colin d'Alaska), une partie des étapes d'hybridation des cycles constituant la réaction d'amplification est effectuée à une température de 60 C qui est particulièrement appropriée pour obtenir une amplification spécifique. Un tel mode de mise en #uvre permet d'obtenir une plus grande spécificité d'amplification.
(d) Stratégie spécifique permettant d'identifier Melanogrammus aeglefinus (églefin).
Les amorces utilisées dans la stratégie spécifique afin d'effectuer l'amplification par la méthode PCR d'une séquence d'ADN provenant de gadidés, et plus particulièrement de Melanogrammus aeglefinus, éventuellement présente dans un échantillon de matière organique à analyser, sont les 6 amorces listées ci-dessous et telles que définies ci-dessus :
SEQ ID N 46, SEQ ID N 47, SEQ ID N 48, SEQ ID N 49, SEQ ID N 50, SEQ ID N 51, et plus particulièrement les 2 amorces SEQ ID N 47 et SEQ ID N 50.
SEQ ID N 46, SEQ ID N 47, SEQ ID N 48, SEQ ID N 49, SEQ ID N 50, SEQ ID N 51, et plus particulièrement les 2 amorces SEQ ID N 47 et SEQ ID N 50.
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Selon un mode de réalisation avantageux du procédé de l'invention, l'utilisation du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 47 et SEQ ID N 50) permet d'obtenir un produit d'amplification contenant un fragment d'ADN SEQ ID N 67 tel que défini cidessus. La présence dudit produit d'amplification est détectée par simple visualisation par électrophorèse sur gel d'agarose, et permet ainsi de détecter et d'identifier simultanément la présence de Melanogrammus aeglefinus (églefin).
(e) Stratégie spécifique permettant d'identifier Merlangius merlangus (merlan).
Les amorces utilisées dans la stratégie spécifique afin d'effectuer l'amplification par la méthode PCR d'une séquence d'ADN provenant de gadidés, et plus particulièrement de Merlangius merlangus, éventuellement présente dans un échantillon de matière organique à analyser, sont les 6 amorces listées ci-dessous et telles que définies ci-dessus :
SEQ ID N 52, SEQ ID N 53, SEQ ID N 54, SEQ ID N 55, SEQ ID N 56, SEQ ID N 57, et plus particulièrement les 2 amorces SEQ ID N 53 et SEQ ID N 56.
SEQ ID N 52, SEQ ID N 53, SEQ ID N 54, SEQ ID N 55, SEQ ID N 56, SEQ ID N 57, et plus particulièrement les 2 amorces SEQ ID N 53 et SEQ ID N 56.
Selon un mode de réalisation avantageux du procédé de l'invention, l'utilisation du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 53 et SEQ ID N 56), permet respectivement d'obtenir un produit d'amplification contenant un fragment d'ADN SEQ ID N 68 tel que défini ci-dessus. La présence dudit produit d'amplification est détectée par simple visualisation par électrophorèse sur gel d'agarose, et permet ainsi de détecter et d'identifier simultanément la présence de Merlangius merlangus (merlan).
Selon un mode de mise en #uvre particulièrement avantageux de la présente invention, dans la stratégie spécifique permettant d'identifier respectivement Melanogrammus aeglefinus (églefin) et Merlangius merlangus (merlan), une partie des étapes d'hybridation des cycles constituant la réaction d'amplification est effectuée à une température de 65 C qui est particulièrement appropriée pour obtenir une amplification spécifique. Un tel mode de mise en #uvre permet d'obtenir une plus grande spécificité d'amplification.
Selon un mode de réalisation avantageux du procédé de l'invention, on détecte la présence d'ADN provenant de gadiformes dans un échantillon de matière organique, notamment de gadidés choisis dans le groupe constitué par les espèces Gadus morhua, Pollachius virens, Theragra chalcogramma, Melanogrammus aeglefinus et Merlangius merlangus, et on identifie chacune des espèces susmentionnées par amplification d'au
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moins une séquence d'ADN spécifique du génome de chacune des espèces de gadidés susmentionnées, à l'aide respectivement : - de l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 28, SEQ ID N 29, SEQ ID N 30, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 31, SEQ ID N 32, SEQ ID N 33 tels que définis ci-dessus ou, - de l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 34, SEQ ID N 35, SEQ ID N 36, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 37, SEQ ID N 38, SEQ ID N 39 tels que définis ci-dessus ou, - de l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 40, SEQ ID N 41, SEQ ID N 42, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 43, SEQ ID N 44, SEQ ID N 45 tels que définis ci-dessus ou, - de l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 46, SEQ ID N 47, SEQ ID N 48, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 49, SEQ ID N 50, SEQ ID N 51 tels que définis ci-dessus ou, - de l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 52, SEQ ID N 53, SEQ ID N 54, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 55, SEQ ID N 56, SEQ ID N 57 tels que définis ci-dessus, et avantageusement à l'aide respectivement : - du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 29 et SEQ ID N 32) ou, - du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 35 et SEQ ID N 38) ou, - du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 41 et SEQ ID N 44) ou, - du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 47 et SEQ ID N 50) ou, - du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 53 et SEQ ID N 56), afin d'obtenir respectivement au moins une des séquences d'ADN contenues dans : - la SEQ ID N 64 spécifique du génome de Gadus morhua (morue commune), - la SEQ ID N 65 spécifique du génome de Pollachius virens (lieu noir), - la SEQ ID N 66 spécifique du génome de Theragra chalcogramma (colin d'Alaska), - la SEQ ID N 67 spécifique du génome de Melanogrammus aeglefinus (eglefin), - la SEQ ID N 68 spécifique du génome de Merlangius merlangus (merlan),
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lesdites SEQ ID N 64, SEQ ID N 65, SEQ ID N 66, SEQ ID N 67 et SEQ ID N 68 étant telles que définies ci-dessus.
Ainsi les couples d'oligonucléotides définis ci-dessus permettent de détecter et d'identifier directement par amplification une espèce bien particulière de gadidés.
Selon un mode de réalisation avantageux du procédé de l'invention (stratégie globale), lorsque l'expérimentateur suspecte plusieurs espèces différentes de gadiformes en présence dans l'échantillon de matière organique à analyser, le procédé de clonage sera effectué directement à l'issue de l'étape d'amplification par réaction PCR de l'ADN extrait de l'échantillon. A l'issue du procédé de clonage sera effectué le séquençage de chacun des différents fragments ou différentes séquences d'ADN correspondants respectivement à une seule et même espèce de gadiformes.
Selon un autre mode de réalisation avantageux du procédé de l'invention (stratégie globale), lorsque l'expérimentateur suspecte une seule espèce de gadiforme présente dans l'échantillon de matière organique à analyser, le séquençage sera effectué directement à l'issue de l'étape d'amplification par réaction PCR de l'ADN extrait de l'échantillon. Cependant si de nombreuses indéterminations apparaissent sur le profil obtenu à l'issue du séquençage, cela signifie que l'échantillon de matière organique à analyser contient au moins deux espèces différentes de gadiformes. Dans ce cas, il sera nécessaire de procéder au clonage afin d'effectuer ensuite le séquençage de chacun des différents fragments ou différentes séquences d'ADN correspondants respectivement à une seule et même espèce de gadiformes.
Selon un autre mode de réalisation avantageux du procédé de l'invention (stratégie spécifique), lorsque l'expérimentateur suspecte plusieurs espèces différentes de gadiformes en présence dans l'échantillon de matière organique à analyser, il effectuera successivement plusieurs amplifications par réaction PCR, à l'aide de chacun des couples d'amorces oligonucléotidiques appropriés, afin de détecter et d'identifier en une seule étape la présence de chacune des espèces de gadiformes dont il suspecte la présence dans l'échantillon de matière organique à analyser (telles que Gadus morhua, et/ou Pollachius virens, et/ou Theragra chalcogramma, et/ou Melanogrammus aeglefinus, et/ou Merlangius merlangus).
Selon un autre mode de réalisation avantageux du procédé de l'invention (stratégie spécifique), lorsque l'expérimentateur suspecte une seule espèce de gadiforme présente dans l'échantillon de matière organique à analyser, il effectuera une seule amplification
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par réaction PCR, à l'aide du couple d'amorces oligonucléotidiques approprié, afin de détecter et d'identifier en une seule étape la présence de l'espèce de gadiforme dont il suspecte la présence dans l'échantillon de matière organique à analyser (telles que Gadus morhua ou Pollachius virens ou Theragra chalcogramma ou Melanogrammus aeglefinus, ou Merlangius merlangus).
L'invention a également pour objet l'utilisation de séquences nucléotidiques choisies parmi les amorces oligonucléotidiques telles que définies ci-dessus, ou de fragments d'ADN tels que définis ci-dessus, pour la mise en #uvre d'une méthode de détection de la présence de matières biologiques provenant de poissons, notamment des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, et éventuellement d'identification d'au moins une espèce de poissons, notamment de gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés présente, dans un échantillon de matière organique susceptible de contenir de telles matières biologiques, et notamment dans des produits frais ou bien transformés tels que les produits agro-alimentaires, notamment filet, soupe, terrine, pâté, graisse, farine, préparations à base de poissons etc....
Description des figures
La figure 1 représente un gel d'agarose coloré par du bromure d'éthidium. Un marqueur de taille de 20 kilo paires de bases (Kpb) (M) est déposé sur le gel. Les ADN sont extraits à partir de différents échantillons de matières organiques tels que du filet de lieu noir (puits 1), de la morue salée (puits 2), un plat cuisiné avec du colin d'Alaska (puits 3), des rillettes de poisson (puits 4) et de la soupe de poisson (puits 5), et sont déposés sur le gel.
La figure 1 représente un gel d'agarose coloré par du bromure d'éthidium. Un marqueur de taille de 20 kilo paires de bases (Kpb) (M) est déposé sur le gel. Les ADN sont extraits à partir de différents échantillons de matières organiques tels que du filet de lieu noir (puits 1), de la morue salée (puits 2), un plat cuisiné avec du colin d'Alaska (puits 3), des rillettes de poisson (puits 4) et de la soupe de poisson (puits 5), et sont déposés sur le gel.
Les figures 2-a et 2-b représentent un gel d'agarose coloré par du bromure d'éthidium. Un marqueur de taille de 100 pb (M) est déposé sur le gel. Les oligonucléotides de la présente invention ont été testés au préalable sur des ADN de référence (ADN de gadiformes).
Dans la figure 2-a, les ADN de gadiformes (puits 1,2) ont été amplifiés à l'aide des amorces SEQ ID N 2 et SEQ ID N 8. Le produit d'amplification obtenu, contenant au moins un fragment SEQ ID N 58, migre en formant une bande de 442 paires de
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bases, spécifique du génome des gadiformes. Les ADN de gadiformes (puits 3,4) ont été amplifiés à l'aide des amorces SEQ ID N 5 et SEQ ID N 8. Le produit d'amplification obtenu, contenant au moins un fragment SEQ ID N 59, migre en formant une bande de 328 paires de bases, spécifique du génome des gadiformes. Le puits 5 est un témoin négatif d'amplification.
Dans la figure 2-b les ADN de gadiformes (puits 2,3) ont été amplifiés à l'aide des amorces SEQ ID N 20 et SEQ ID N 26. Le produit d'amplification obtenu, contenant au moins un fragment SEQ ID N 62, migre en formant une bande de 318 paires de bases, spécifique du génome des merluccidés. Le puits 1 est un témoin négatif d'amplification.
Les ADN de gadiformes (puits 5,6) ont été amplifiés à l'aide des amorces SEQ ID N 23 et SEQ ID N 26. Le produit d'amplification obtenu, contenant au moins un fragment SEQ ID N 63, migre en formant une bande de 189 paires de bases, spécifique du génome des merluccidés. Le puits 4 est un témoin négatif d'amplification.
La figure 3 représente des alignements de séquences nucléotidiques de 120 paires de bases (120 pb) du gène codant pour la cytochrome c oxydase de l'ADN mitochondrial de différentes espèces de poissons, notamment de gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés. Les séquences obtenues après séquençage sont alignées et comparées avec les séquences déjà connues. Les séquences des différentes espèces de poissons représentées sont respectivement les suivantes (en allant de haut en bas de la figure) : Gadus morhua (cabillaud ou morue), Theragra chalcogramma (colin d'Alaska), Melanogrammus aeglefinus (eglefin), Merlangius merlangus (merlan), Pollachius virens (lieu noir), Microgadus tomcod (poulamon atlantique), Trisopterus luscus (tacaud commun), Coryphaenoides armatus (grenadier), Merluccius capensis (merlu blanc du cap), Merluccius hubbsi (merlu argentin), Merluccius merluccius (merlu commun) et Molva molva (lingue franche ou julienne). Les points représentent les bases conservées avec celles de Gadus morhua (séquence de référence).
Les figures 4-a et 4-b représentent un gel d'agarose coloré par du bromure d'éthidium sur lequel est déposé un marqueur de taille de 100 pb (M). Ces figures représentent plus particulièrement des tests effectués selon la stratégie spécifique, sur différentes préparations alimentaires.
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Dans la figure 4-a, les ADN extraits à partir de différentes préparations alimentaires, filet (puits 1), brandade (puits 2), plat cuisiné (puits 3), soupe (puits 4) et rillettes (puits 5), ont été amplifiés à l'aide des amorces SEQ ID N 29 et SEQ ID N 32. Le produit d'amplification obtenu, contenant un fragment SEQ ID N 64, migre en formant une bande de 168 paires de bases, spécifique de Gadus morhua. Le puits 6 est un témoin négatif d'amplification. L'absence de produit d'amplification pour les puits 1, 3 et 4 indique qu'il n'y a pas de Gadus morhua dans les préparations alimentaires testées. Par contre la présence d'un produit d'amplification dans les puits 2 et 5 indique la présence de Gadus morhua dans les préparations alimentaires testées.
Dans la figure 4-b, les ADN extraits à partir de différentes préparations alimentaires, filet (puits 1), brandade (puits 2), plat cuisiné (puits 3), soupe (puits 4) et rillettes (puits 5) ont été amplifiés à l'aide des amorces SEQ ID N 41 et SEQ ID N 44. Le produit d'amplification obtenu, contenant un fragment SEQ ID N 66, migre en formant une bande de 198 paires de bases, spécifique de Theragra chalcogramma. Le puits 6 est un témoin négatif d'amplification. L'absence de produit d'amplification pour les puits 2,4 et 5 indique qu'il n'y a pas de Theragra chalcogramma dans les préparations alimentaires testées. Par contre la présence d'un produit d'amplification dans les puits 1 et 3 indique la présence de Theragra chalcogramma dans les préparations alimentaires testées.
Les figures 5-a et 5-b représentent des profils de séquences brutes obtenues selon la stratégie globale.
La figure 5-a représente plus particulièrement le profil obtenu après extraction de l'ADN d'une préparation alimentaire de type plat cuisiné, et amplification à l'aide des amorces SEQ ID N 2 et SEQ ID N 8. Le produit d'amplification obtenu, contenant au moins un fragment SEQ ID N 58, forme une bande de 442 paires de bases, spécifique du génome des gadiformes. La séquence obtenue à l'issue du séquençage est claire et aucune indétermination n'apparaît sur le profil. On peut donc en déduire qu'une seule espèce de gadiforme est présente dans la préparation alimentaire. Dans le cas présent, l'analyse de la séquence met en évidence la présence de Gadus morhua dans la préparation alimentaire.
La figure 5-b représente plus particulièrement le profil obtenu après extraction de l'ADN d'une préparation alimentaire de type plat cuisiné, et amplification à l'aide des
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amorces SEQ ID N 2 et SEQ ID N 8. Le produit d'amplification obtenu, contenant au moins un fragment SEQ ID N 58 forme une bande de 442 paires de bases, spécifique du génome des gadiformes. La séquence obtenue à l'issue du séquençage présente de nombreuses indéterminations (N) qui apparaissent sur le profil. On peut donc en déduire que la préparation alimentaire contient un mélange d'au moins deux espèces de gadiformes. Dans le cas présent il sera nécessaire, afin de déterminer précisément les espèces de gadiformes présentes dans la préparation alimentaire, de procéder à un clonage du produit d'amplification obtenu, contenant au moins un fragment SEQ ID N 58, ledit clonage permettant de séparer les différentes espèces de gadiformes présentes dans la préparation alimentaire. A l'issue du clonage, il sera ensuite possible de procéder au séquençage de chacun des fragments, et ainsi de déterminer les différentes espèces présentes dans la préparation alimentaire.
La figure 6 représente les positions, sur le gène codant pour la cytochrome c oxydase de l'ADN mitochondrial, lesdites positions étant définies par Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214 : - des amorces oligonucléotides de l'invention, à savoir SEQ ID N l, SEQ ID N 2, SEQ ID N 3, SEQ ID N 4, SEQ ID N 5, SEQ ID N 6, SEQ ID N 7, SEQ ID N 8, SEQ ID N 9, SEQ ID N 10, SEQ ID N 11, SEQ ID N 12, SEQ ID N 13, SEQ ID N 14, SEQ ID N 15, SEQ ID N 16, SEQ ID N 17, SEQ ID N 18, SEQ ID N 19, SEQ ID N 20, SEQ ID N 21, SEQ ID N 22, SEQ ID N 23, SEQ ID N 24, SEQ ID N 25, SEQ ID N 26, SEQ ID N 27, SEQ ID N 28, SEQ ID N 29, SEQ ID N 30, SEQ ID N 31, SEQ ID N 32, SEQ ID N 33, SEQ ID N 34, SEQ ID N 35, SEQ ID N 36, SEQ ID N 37, SEQ ID N 38, SEQ ID N 39, SEQ ID N 40, SEQ ID N 41, SEQ ID N 42, SEQ ID N 43, SEQ ID N 44, SEQ ID N 45, SEQ ID N 46, SEQ ID N 47, SEQ ID N 48, SEQ ID N 49, SEQ ID N 50, SEQ ID N 51, SEQ ID N 52, SEQ ID N 53, SEQ ID N 54, SEQ ID N 55, SEQ ID N 56, SEQ ID N 57 et, - des fragments d'ADN amplifiés à l'aide des amorces oligonucléotidiques de l'invention, à savoir SEQ ID N 58, SEQ ID N 59, SEQ ID N 60, SEQ ID N 61, SEQ ID N 62, SEQ ID N 63, SEQ ID N 64, SEQ ID N 65, SEQ ID N 66, SEQ ID N 67 et SEQ ID N 68.
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La figure 7 représente le procédé de clonage utilisé dans le cadre de l'invention afin de séparer les différents fragments d'ADN provenant de différentes espèces de poissons dans un même mélange.
La partie 1 de la figure 7 représente le plasmide pCR2.1 - TOPO sous forme linéaire. Le produit d'amplification de l'invention, qui contient plusieurs copies de différents fragments d'ADN, est mis en contact avec le plasmide pCR2.1 - TOPO, à l'aide d'une enzyme ligase.
La partie 2 représente une partie de chacun des fragments d'ADN (initialement contenus dans le produit d'amplification) ligués dans un plasmide pCR2.1 - TOPO. A chaque fragment d'ADN correspond un plasmide.
La partie 3 représente les cellules bactériennes Escherichia coli (E. coli).
Dans la partie 4, les bactéries E. coli sont transformées par introduction des plasmides représentés dans la partie 2. A chaque bactérie E. coli correspond un plasmide.
La partie 5 (symbolisée par une flèche) représente l'étalement des bactéries E. coli sur un milieu contenant un antibiotique (par exemple l'ampicilline), afin de sélectionner les bactéries ayant incorporé un plasmide.
La partie 6 représente une boîte de gélose sur laquelle ont poussé des colonies bleues (symbolisées par * ) et blanches (symbolisées par o ). Les colonies bleues sont caractéristiques des cellules bactériennes dans lesquelles les fragments d'ADN ne se sont pas ligués au plasmide, tandis que les colonies blanches sont caractéristiques des cellules bactériennes dans lesquelles les fragments d'ADN se sont ligués au plasmide.
La partie 7 représente le prélèvement individuel des colonies de bactéries blanches (par exemple 10 colonies bactériennes sélectionnées au hasard et symbolisées par les lettres A à J) qui sont mises en culture individuellement car, à chaque colonie bactérienne correspond un plasmide et donc un fragment d'ADN spécifique (symbolisé respectivement par les lettres A, B, C, D, E, F, G, H, 1 et J).
Dans la partie 8, les bactéries ont été éliminées afin de récupérer les plasmides et leurs fragments d'ADN (A à J). On obtient ainsi suffisamment d'ADN plasmidique afin de le séquencer.
La partie 9 représente le résultat du séquençage des différents fragments d'ADN A à J, effectué à l'aide de deux amorces spécifiques du plasmide qui encadrent le fragment d'ADN que l'on veut séquencer. Sur les dix fragments séquences, on obtient deux types
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différents de séquences. Ainsi, le mélange analysé comporte deux espèces différentes de gadiformes, en l'occurrence Gadus morhua (fragments A, B, D, E, F, G, I et J), et Merluccius hubbsi (fragments C et H).
Le tableau 1 ci-après représente une liste de gadiformes pouvant être détectés et identifiés selon le procédé de l'invention. Cette liste n'est cependant pas exhaustive ; ainsi, des espèces de gadiformes autres que celles spécifiquement citées dans le tableau 1 ci-après pourront être détectés et identifiées selon le procédé de l'invention.
Tableau 1 Gadiformes
<tb>
<tb> Familles <SEP> Genre <SEP> Espèces <SEP> Nom <SEP> commun
<tb> Bregmacerotidés <SEP> Bregmaceros <SEP> Bregmaceros <SEP> sp. <SEP> Bregmacères
<tb> Gadidés <SEP> Arctogadus <SEP> Arctogadus <SEP> glacialis <SEP> Morue <SEP> arctique
<tb> Boreogadus <SEP> Boreogadus <SEP> saida <SEP> Morue <SEP> polaire
<tb>
<tb> Familles <SEP> Genre <SEP> Espèces <SEP> Nom <SEP> commun
<tb> Bregmacerotidés <SEP> Bregmaceros <SEP> Bregmaceros <SEP> sp. <SEP> Bregmacères
<tb> Gadidés <SEP> Arctogadus <SEP> Arctogadus <SEP> glacialis <SEP> Morue <SEP> arctique
<tb> Boreogadus <SEP> Boreogadus <SEP> saida <SEP> Morue <SEP> polaire
<tb>
<tb>
<tb> Brosme <SEP> Brosme <SEP> brosme <SEP> Brosme
<tb> Ciliata <SEP> Ciliata <SEP> mustela <SEP> Motelle <SEP> à <SEP> 5 <SEP> barbillons
<tb> Eleginus <SEP> Eleginus <SEP> gracilis <SEP> Morue <SEP> boréale
<tb> Eleginus <SEP> navaga <SEP> Morue <SEP> arctique
<tb> Enchelyopus <SEP> Enchelyopus <SEP> cimbrius <SEP> Motelle <SEP> à <SEP> 4 <SEP> barbillons
<tb> Gadiculus <SEP> Gadiculus <SEP> argenteus <SEP> Merlan <SEP> argenté
<tb> Gadus <SEP> Gadus <SEP> macrocephalus <SEP> Morue <SEP> du <SEP> Pacifique
<tb> Gadus <SEP> morhua <SEP> Morue <SEP> commune <SEP> (cabillaud)
<tb> Gadus <SEP> ogac <SEP> Morue <SEP> ogac
<tb> Gaidropsarus <SEP> Gaidropsarus <SEP> vulgaris <SEP> Motelle <SEP> commune
<tb> Gaidropsarus <SEP> mediterraneus <SEP> Motelle <SEP> à <SEP> trois <SEP> barbillons
<tb> Lota <SEP> Lota <SEP> Iota <SEP> Lotte <SEP> de <SEP> rivière
<tb> Melanogrammus <SEP> Melanogrammus <SEP> aeglefinus <SEP> Eglefin
<tb> Merlangius <SEP> Merlangius <SEP> merlangus <SEP> Merlan
<tb> Microgadus <SEP> Microgadus <SEP> proximus <SEP> Poulamon <SEP> du <SEP> Pacifique
<tb> Microgadus <SEP> tomcod <SEP> Poulamon <SEP> de <SEP> l'Atlantique
<tb> Micromesistius <SEP> Micromesistius <SEP> poutassou <SEP> Merlan <SEP> bleu
<tb> Micromesistius <SEP> australis <SEP> Merlan <SEP> bleu <SEP> austral
<tb> Molva <SEP> Molva <SEP> dypterygia <SEP> Lingue <SEP> bleu
<tb> Molva <SEP> molva <SEP> Lingue <SEP> franche <SEP> (julienne)
<tb> Phycis <SEP> Phycis <SEP> blennoides <SEP> Phycis <SEP> de <SEP> fond
<tb> Phycis <SEP> chesteri <SEP> Merluche <SEP> à <SEP> longues <SEP> nageoires
<tb> Phycis <SEP> phycis <SEP> Phycis <SEP> de <SEP> roche
<tb> Pollachius <SEP> Pollachius <SEP> pollachius <SEP> Lieu <SEP> Jaune
<tb> Pollachius <SEP> virens <SEP> Lieu <SEP> noir
<tb>
<tb> Brosme <SEP> Brosme <SEP> brosme <SEP> Brosme
<tb> Ciliata <SEP> Ciliata <SEP> mustela <SEP> Motelle <SEP> à <SEP> 5 <SEP> barbillons
<tb> Eleginus <SEP> Eleginus <SEP> gracilis <SEP> Morue <SEP> boréale
<tb> Eleginus <SEP> navaga <SEP> Morue <SEP> arctique
<tb> Enchelyopus <SEP> Enchelyopus <SEP> cimbrius <SEP> Motelle <SEP> à <SEP> 4 <SEP> barbillons
<tb> Gadiculus <SEP> Gadiculus <SEP> argenteus <SEP> Merlan <SEP> argenté
<tb> Gadus <SEP> Gadus <SEP> macrocephalus <SEP> Morue <SEP> du <SEP> Pacifique
<tb> Gadus <SEP> morhua <SEP> Morue <SEP> commune <SEP> (cabillaud)
<tb> Gadus <SEP> ogac <SEP> Morue <SEP> ogac
<tb> Gaidropsarus <SEP> Gaidropsarus <SEP> vulgaris <SEP> Motelle <SEP> commune
<tb> Gaidropsarus <SEP> mediterraneus <SEP> Motelle <SEP> à <SEP> trois <SEP> barbillons
<tb> Lota <SEP> Lota <SEP> Iota <SEP> Lotte <SEP> de <SEP> rivière
<tb> Melanogrammus <SEP> Melanogrammus <SEP> aeglefinus <SEP> Eglefin
<tb> Merlangius <SEP> Merlangius <SEP> merlangus <SEP> Merlan
<tb> Microgadus <SEP> Microgadus <SEP> proximus <SEP> Poulamon <SEP> du <SEP> Pacifique
<tb> Microgadus <SEP> tomcod <SEP> Poulamon <SEP> de <SEP> l'Atlantique
<tb> Micromesistius <SEP> Micromesistius <SEP> poutassou <SEP> Merlan <SEP> bleu
<tb> Micromesistius <SEP> australis <SEP> Merlan <SEP> bleu <SEP> austral
<tb> Molva <SEP> Molva <SEP> dypterygia <SEP> Lingue <SEP> bleu
<tb> Molva <SEP> molva <SEP> Lingue <SEP> franche <SEP> (julienne)
<tb> Phycis <SEP> Phycis <SEP> blennoides <SEP> Phycis <SEP> de <SEP> fond
<tb> Phycis <SEP> chesteri <SEP> Merluche <SEP> à <SEP> longues <SEP> nageoires
<tb> Phycis <SEP> phycis <SEP> Phycis <SEP> de <SEP> roche
<tb> Pollachius <SEP> Pollachius <SEP> pollachius <SEP> Lieu <SEP> Jaune
<tb> Pollachius <SEP> virens <SEP> Lieu <SEP> noir
<tb>
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Tableau 1 (suite)
<tb>
<tb> Raniceps <SEP> Raniceps <SEP> raninus <SEP> Trident
<tb> Theragra <SEP> Theragra <SEP> chalcogramma <SEP> Colin <SEP> d'Alaska
<tb> Theragra <SEP> finnmarchica <SEP> Lieu <SEP> de <SEP> Norvège
<tb> Trisopterus <SEP> Trisopterus <SEP> esmarkii <SEP> Tacaud <SEP> Norvégien
<tb> Trisopterus <SEP> luscus <SEP> Tacaud <SEP> commun
<tb> Trisopterus <SEP> minutus <SEP> capelanus <SEP> Capelan <SEP> de <SEP> Méditerranée
<tb> Trisopterus <SEP> minutus <SEP> minutus <SEP> Petit <SEP> tacaud
<tb> Urophycis <SEP> Urophycis <SEP> brasiliensis <SEP> Phycis <SEP> brésilien
<tb> Urophycis <SEP> chuss <SEP> Phycis <SEP> écureil
<tb> Urophycis <SEP> floridana <SEP> Phycis <SEP> de <SEP> Floride
<tb> Urophycis <SEP> regia <SEP> Phycis <SEP> tacheté
<tb> Urophycis <SEP> tenuis <SEP> Merluche <SEP> blanche
<tb>
<tb> Raniceps <SEP> Raniceps <SEP> raninus <SEP> Trident
<tb> Theragra <SEP> Theragra <SEP> chalcogramma <SEP> Colin <SEP> d'Alaska
<tb> Theragra <SEP> finnmarchica <SEP> Lieu <SEP> de <SEP> Norvège
<tb> Trisopterus <SEP> Trisopterus <SEP> esmarkii <SEP> Tacaud <SEP> Norvégien
<tb> Trisopterus <SEP> luscus <SEP> Tacaud <SEP> commun
<tb> Trisopterus <SEP> minutus <SEP> capelanus <SEP> Capelan <SEP> de <SEP> Méditerranée
<tb> Trisopterus <SEP> minutus <SEP> minutus <SEP> Petit <SEP> tacaud
<tb> Urophycis <SEP> Urophycis <SEP> brasiliensis <SEP> Phycis <SEP> brésilien
<tb> Urophycis <SEP> chuss <SEP> Phycis <SEP> écureil
<tb> Urophycis <SEP> floridana <SEP> Phycis <SEP> de <SEP> Floride
<tb> Urophycis <SEP> regia <SEP> Phycis <SEP> tacheté
<tb> Urophycis <SEP> tenuis <SEP> Merluche <SEP> blanche
<tb>
<tb>
<tb> Macrouridés <SEP> Abyssicola <SEP> Abyssicola <SEP> macrochir <SEP> Grenadier <SEP> abyssal
<tb> Albatrossia <SEP> Albatrossia <SEP> pectoralis <SEP> Grenadier <SEP> géant
<tb>
<tb> Macrouridés <SEP> Abyssicola <SEP> Abyssicola <SEP> macrochir <SEP> Grenadier <SEP> abyssal
<tb> Albatrossia <SEP> Albatrossia <SEP> pectoralis <SEP> Grenadier <SEP> géant
<tb>
<tb>
<tb> Bathygadus <SEP> Bathygadus <SEP> macrops <SEP> Grenadier <SEP> sp.
<tb>
<tb> Bathygadus <SEP> Bathygadus <SEP> macrops <SEP> Grenadier <SEP> sp.
<tb>
Gadomus <SEP> Gadomus <SEP> arcuatus <SEP> Grenadier <SEP> sp.
<tb>
<tb>
Coelorinchus <SEP> Coelorinchus <SEP> argentatus <SEP> Grenadier <SEP> argenté
<tb> Coryphaenoides <SEP> Coryphaenoides <SEP> acrolepis <SEP> Grenadier <SEP> du <SEP> Pacifique
<tb> Coryphaenoides <SEP> mexicanus <SEP> Grenadier <SEP> mexicain
<tb> Coryphaenoides <SEP> rupestris <SEP> Grenadier <SEP> de <SEP> roche
<tb> Cynomacrurus <SEP> Cynomacrurus <SEP> pirei <SEP> Grenadier <SEP> denté
<tb> Hymenocephalus <SEP> Hymenocephalus <SEP> italiens <SEP> Grenadier <SEP> Italien
<tb> Lepidorhynchus <SEP> Lepidorhynchus <SEP> denticulatus <SEP> Grenadier <SEP> javelot
<tb> Macrous <SEP> Macrourus <SEP> berglax <SEP> Grenadier <SEP> gris
<tb> Malacocephalus <SEP> Malacocephalus <SEP> laevis <SEP> Grenadier <SEP> barbu
<tb> Mataeocephalus <SEP> Mataeocephalus <SEP> acipenserinus <SEP> Grenadier <SEP> esturgeon
<tb> Nezumia <SEP> ' <SEP> Nezumia <SEP> aequalis <SEP> Grenadier <SEP> lisse
<tb> Sphagemacrurus <SEP> Sphagemacrurus <SEP> hirundo <SEP> Grenadier <SEP> ombre
<tb> Trachonurus <SEP> Trachonurus <SEP> sulcatus <SEP> Grenadier <SEP> hérissé
<tb> Trachyrincus <SEP> Trachyrincus <SEP> helolepis <SEP> Grenadier <SEP> à <SEP> tête <SEP> armé
<tb> Ventrifossa <SEP> Ventrifossa <SEP> atherodon <SEP> Grenadier <SEP> à <SEP> dent <SEP> pointue
<tb>
<tb> Coryphaenoides <SEP> Coryphaenoides <SEP> acrolepis <SEP> Grenadier <SEP> du <SEP> Pacifique
<tb> Coryphaenoides <SEP> mexicanus <SEP> Grenadier <SEP> mexicain
<tb> Coryphaenoides <SEP> rupestris <SEP> Grenadier <SEP> de <SEP> roche
<tb> Cynomacrurus <SEP> Cynomacrurus <SEP> pirei <SEP> Grenadier <SEP> denté
<tb> Hymenocephalus <SEP> Hymenocephalus <SEP> italiens <SEP> Grenadier <SEP> Italien
<tb> Lepidorhynchus <SEP> Lepidorhynchus <SEP> denticulatus <SEP> Grenadier <SEP> javelot
<tb> Macrous <SEP> Macrourus <SEP> berglax <SEP> Grenadier <SEP> gris
<tb> Malacocephalus <SEP> Malacocephalus <SEP> laevis <SEP> Grenadier <SEP> barbu
<tb> Mataeocephalus <SEP> Mataeocephalus <SEP> acipenserinus <SEP> Grenadier <SEP> esturgeon
<tb> Nezumia <SEP> ' <SEP> Nezumia <SEP> aequalis <SEP> Grenadier <SEP> lisse
<tb> Sphagemacrurus <SEP> Sphagemacrurus <SEP> hirundo <SEP> Grenadier <SEP> ombre
<tb> Trachonurus <SEP> Trachonurus <SEP> sulcatus <SEP> Grenadier <SEP> hérissé
<tb> Trachyrincus <SEP> Trachyrincus <SEP> helolepis <SEP> Grenadier <SEP> à <SEP> tête <SEP> armé
<tb> Ventrifossa <SEP> Ventrifossa <SEP> atherodon <SEP> Grenadier <SEP> à <SEP> dent <SEP> pointue
<tb>
<Desc/Clms Page number 46>
Tableau 1 (suite)
<tb>
<tb> Merluccidés <SEP> Merluccius <SEP> Merluccius <SEP> albidus <SEP> Merlu <SEP> du <SEP> large
<tb> Merluccius <SEP> australis <SEP> Merlu <SEP> d'Australie
<tb> Merluccius <SEP> bilinearis <SEP> Merlu <SEP> argenté
<tb> Merluccius <SEP> capensis <SEP> Merlu <SEP> blanc <SEP> du <SEP> cap
<tb> Merluccius <SEP> gayi <SEP> Merlu <SEP> du <SEP> Chili
<tb> Merluccius <SEP> hubbsi <SEP> Merlu <SEP> argentin
<tb> Merluccius <SEP> merluccius <SEP> Merlu <SEP> commun
<tb> Merluccius <SEP> paradoxus <SEP> Merlu <SEP> noir <SEP> du <SEP> cap
<tb> Merluccius <SEP> productus <SEP> Merlu <SEP> du <SEP> Pacifique
<tb> Merluccius <SEP> senegalensis <SEP> Merlu <SEP> du <SEP> Sénégal
<tb> Steindachneria <SEP> Steindachneria <SEP> argentea <SEP> Merlu <SEP> argenté
<tb>
<tb> Merluccidés <SEP> Merluccius <SEP> Merluccius <SEP> albidus <SEP> Merlu <SEP> du <SEP> large
<tb> Merluccius <SEP> australis <SEP> Merlu <SEP> d'Australie
<tb> Merluccius <SEP> bilinearis <SEP> Merlu <SEP> argenté
<tb> Merluccius <SEP> capensis <SEP> Merlu <SEP> blanc <SEP> du <SEP> cap
<tb> Merluccius <SEP> gayi <SEP> Merlu <SEP> du <SEP> Chili
<tb> Merluccius <SEP> hubbsi <SEP> Merlu <SEP> argentin
<tb> Merluccius <SEP> merluccius <SEP> Merlu <SEP> commun
<tb> Merluccius <SEP> paradoxus <SEP> Merlu <SEP> noir <SEP> du <SEP> cap
<tb> Merluccius <SEP> productus <SEP> Merlu <SEP> du <SEP> Pacifique
<tb> Merluccius <SEP> senegalensis <SEP> Merlu <SEP> du <SEP> Sénégal
<tb> Steindachneria <SEP> Steindachneria <SEP> argentea <SEP> Merlu <SEP> argenté
<tb>
<tb>
<tb> Moridés <SEP> Antimora <SEP> Antimora <SEP> microlepsis <SEP> Antimore <SEP> violet
<tb> Auchenoceros <SEP> Auchenoceros <SEP> punctatus <SEP> Ahuru
<tb> Mora <SEP> Mora <SEP> moro <SEP> moro <SEP> commun
<tb>
<tb> Moridés <SEP> Antimora <SEP> Antimora <SEP> microlepsis <SEP> Antimore <SEP> violet
<tb> Auchenoceros <SEP> Auchenoceros <SEP> punctatus <SEP> Ahuru
<tb> Mora <SEP> Mora <SEP> moro <SEP> moro <SEP> commun
<tb>
Les exemples ci-après illustrent l'invention. Ils ne la limitent en aucune façon.
EXEMPLE 1 : Extraction d'ADN.
Afin de pouvoir mettre au point une méthode de détection par amplification génique de matières biologiques provenant de gadiformes dans des produits utilisés en production agro-alimentaire, et dans tous les autres domaines utilisant de la matière organique, les expériences décrites dans ce premier exemple ont été réalisées avec divers types d'échantillons représentant des sources potentielles de présence de matières biologiques provenant de poissons.
1) Extraction d'ADN par la méthode au phénol/chloroforme
Cette méthode s'adresse à tous les types d'échantillons susceptibles de contenir de la matière organique, tels que filet, soupe, terrine, pâté, graisse, farine, préparations à base de poissons etc....
Cette méthode s'adresse à tous les types d'échantillons susceptibles de contenir de la matière organique, tels que filet, soupe, terrine, pâté, graisse, farine, préparations à base de poissons etc....
Cette méthode fait appel à des techniques décrites dans les références HÂNNI et al., 1990, C.R. Acad. Sci. Paris., 310,365-370 et HÂNNI et al., 1995, Nucl. Acids Res., 23, 881-882, concernant l'extraction d'ADN à partir d'os et de dents.
Une quantité d'environ 1 à 2 g d'échantillon de matière organique est incubée pendant deux heures à 37 C dans 400 l de tampon de lyse de composition suivante :
<Desc/Clms Page number 47>
- STE IX (NaCl lOOmM, Tris lOmM à pH 7,4, EDTA (acide éthylènediaminetétraacétique) 1mM), - SDS 2%, - protéinase K à 0,5mg/ml.
La protéinase K permet de dégrader les protéines et de libérer les acides nucléiques. Le lysat est ensuite extrait deux fois par un volume de phénol/chloroforme (1/1). On centrifuge pendant 15 minutes à 1000 g, la phase organique est éliminée ce qui permet de se débarrasser de la partie protéique du lysat. L'ADN est précipité par 1/10 de volume d'acétate de sodium 2M puis par 2,5 volumes d'isopropanol et centrifugé 30 minutes à 10 000 g. L'ADN est repris dans de l'eau : on obtient ainsi un extrait d'ADN.
Le volume d'eau est fonction de la quantité d'ADN récupéré.
La migration des ADN provenant des divers échantillons donne des traînées caractéristiques d'un ADN dégradé, qui est cependant parfaitement amplifiable (figure 1).
2) Extraction d'ADN par la méthode kit d'extraction
Cette méthode est réalisée dans les conditions décrites par le fournisseur Qiagen.
Cette méthode est réalisée dans les conditions décrites par le fournisseur Qiagen.
EXEMPLE 2 : Amplification d'ADN
La PCR est effectuée avec le couple d'amorces SEQ ID N 2 et SEQ ID N 8 tel que défini ci-dessus. Les amplifications sont réalisées dans un volume total de 50 l contenant :
200 ug/ml de BSA (Sérum Albumine Bovine),
250 mM de dNTP (désoxynucléotide Triphosphate),
300 ng de chaque amorce,
1,5 mM de chlorure de magnésium (MgClz), tampon de PCR 10X (lOOmM Tris-HCl pH 8,3 ; mM KC1),
1 unité de Taq Polymerase, qsp 50 III d'eau distillée stérile, luid'extrait d'ADN.
La PCR est effectuée avec le couple d'amorces SEQ ID N 2 et SEQ ID N 8 tel que défini ci-dessus. Les amplifications sont réalisées dans un volume total de 50 l contenant :
200 ug/ml de BSA (Sérum Albumine Bovine),
250 mM de dNTP (désoxynucléotide Triphosphate),
300 ng de chaque amorce,
1,5 mM de chlorure de magnésium (MgClz), tampon de PCR 10X (lOOmM Tris-HCl pH 8,3 ; mM KC1),
1 unité de Taq Polymerase, qsp 50 III d'eau distillée stérile, luid'extrait d'ADN.
Le mélange réactionnel est effectué dans une pièce stérile sous hotte à flux horizontal, pour éviter autant que possible les contaminations. Les PCR sont effectuées sur un appareil PCR Ependorff. Chaque PCR est découpée comme suit : - 1 cycle initial à une température de 94 C pendant 2 minutes puis,
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- 40 cycles à une température de 94 C pendant 1 minute, à une température de 55 C à 63 C pendant 1 minute, à une température de 72 C pendant 2 minutes ; au dernier cycle on effectue une élongation terminale à une température de 72 C pendant 7 minutes.
Les produits d'amplification sont analysés par électrophorèse sur gel d'agarose à 2% sous tension constante de 100 V pendant 30 min, et à l'aide de bromure d'éthidium pour la visualisation des amplifications obtenues.
La réaction de PCR utilisant le couple d'amorces SEQ ID N 2 et SEQ ID N 8 a été effectuée sur une série d'extraits d'ADN de poissons. On observe un produit d'amplification unique, contenant au moins un fragment d'ADN SEQ ID N 58 d'une longueur de 442 paires de bases (voir puits 1 et 2 de la figure 2-a), pour les ADN de gadiformes, notamment choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés.
La réaction de PCR utilisant le couple d'amorces SEQ ID N 5 et SEQ ID N 8 a été effectuée sur une série d'extraits d'ADN de poissons. On observe un produit d'amplification unique, contenant au moins un fragment d'ADN SEQ ID N 59 d'une longueur de 328 paires de bases (voir puits 3 et 4 de la figure 2-a), pour les ADN de gadiformes, notamment choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés (figure 2-a).
La réaction de PCR utilisant le couple d'amorces SEQ ID N 20 et SEQ ID N 26 a été effectuée sur une série d'extraits d'ADN de poissons. On observe un produit d'amplification unique, contenant au moins un fragment d'ADN SEQ ID N 62 d'une longueur de 318paires de bases (voir puits 2 et 3 de la figure 2-b), pour les ADN de gadiformes, notamment choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés.
La réaction de PCR utilisant le couple d'amorces SEQ ID N 23 et SEQ ID N 26 a été effectuée sur une série d'extraits d'ADN de poissons. On observe un produit d'amplification unique contenant au moins un fragment d'ADN SEQ ID N 63 d'une longueur de 189 paires de bases (voir puits 5 et 6 de la figure 2-b), pour les ADN de gadiformes, notamment choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés (figure 2-b).
La totalité du produit de PCR (produit d'amplification) peut être purifiée directement grâce au système QIAquick PCR Purification Kit de Qiagen selon les
<Desc/Clms Page number 49>
conditions annoncées. La totalité du produit de PCR est passée sur une colonne de gel de silice. Les acides nucléiques sont retenus sur la colonne alors que les autres résidus de la PCR sont élués à la microcentrifugation. Les impuretés sont éliminées et l'ADN est élué par du tampon Tris ou de l'eau. L'ADN ainsi purifié est visualisé et quantifié sur gel d'agarose 2%.
EXEMPLE 3 : des fragments d'ADN par amplification suivie d'un séquençage direct ( Stratégie globale )
Le séquençage automatique est effectué sur les produits de PCR purifiés.
Le séquençage automatique est effectué sur les produits de PCR purifiés.
Les amorces utilisées sont celles qui ont servi à amplifier le ou les fragments d'ADN que l'on cherche à caractériser. Le Kit Perkin -Elmer est utilisé pour la réaction de PCR, qui est effectuée sur 25 cycles dans les conditions énoncées par le fournisseur. Chaque produit d'amplification obtenu à l'issue de la réaction PCR est précipité à l'éthanol et déposé sur un gel de polyacrylamide. Les séquences obtenues sont alors comparées avec celles des banques ou avec les séquences déjà obtenues (figure 3).
EXEMPLE 4: Caractérisation des fragments d'ADN par amplification directe ( Stratégie spécifique )
La PCR est effectuée avec les couples d'amorces (SEQ ID N 29 et SEQ ID N 32) et (SEQ ID N 41 et SEQ ID N 44).
La PCR est effectuée avec les couples d'amorces (SEQ ID N 29 et SEQ ID N 32) et (SEQ ID N 41 et SEQ ID N 44).
Les amplifications sont réalisées dans un volume total de 50 l contenant :
200 g/ml de BSA,
250 mM de dNTP,
300 ng de chaque amorce,
1,5 mM de MgCl2, tampon de PCR 10X (100 mM Tris-HCl pH 8,3 ; mM KC1),
1 unité de Taq Polymerase, qsp 50 l d'eau distillée stérile, lui d'extrait d'ADN
Le mélange réactionnel est effectué dans une pièce stérile sous hotte à flux horizontal, pour éviter autant que possible les contaminations. Les PCR sont effectuées sur un appareil PCR Ependorff.
200 g/ml de BSA,
250 mM de dNTP,
300 ng de chaque amorce,
1,5 mM de MgCl2, tampon de PCR 10X (100 mM Tris-HCl pH 8,3 ; mM KC1),
1 unité de Taq Polymerase, qsp 50 l d'eau distillée stérile, lui d'extrait d'ADN
Le mélange réactionnel est effectué dans une pièce stérile sous hotte à flux horizontal, pour éviter autant que possible les contaminations. Les PCR sont effectuées sur un appareil PCR Ependorff.
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Chaque PCR est découpée comme suit : - 1 cycle initial à une température de 94 C pendant 2 minutes puis, - 40 cycles à une température de 94 C pendant 1 minute, à une température d'environ 60 C à environ 65 C pendant 1 minute, à une température de 72 C pendant 2 minutes ; au dernier cycle on effectue une élongation terminale à une température de 72 C pendant 7 minutes.
Le produit d'amplification est analysé par électrophorèse sur gel d'agarose à 2 % sous tension constante de 100 V pendant 30 min, et à l'aide de bromure d'éthidium pour la visualisation de l'amplification obtenue (figure 4).
L'utilisation des amorces SEQ ID N 29 et SEQ ID N 32 permet d'obtenir un produit d'amplification contenant un fragment d'ADN SEQ ID N 64 qui migre en formant une bande de 168 paires de bases, spécifique de Gadus morhua (figure 4-a).
L'utilisation des amorces SEQ ID N 41 et SEQ ID N 44 permet d'obtenir un produit d'amplification contenant un fragment d'ADN SEQ ID N 66 qui migre en formant une bande de 198 paires de bases, spécifique de Theragra chalcogramma (figure 4-b).
EXEMPLE 5 : Caractérisation d'une préparation alimentaire contenant un mélange d'au moins deux espèces différentes de gadiformes.
Selon un mode de réalisation avantageux, la présente invention permet de détecter et d'identifier un mélange contenant au moins deux espèces différentes de gadiformes. Il est en effet courant de préparer des préparations alimentaires contenant plusieurs espèces de poissons (plats cuisinés, soupe, pâtés, terrine etc...). Ainsi, il peut notamment arriver que des préparations alimentaires soient constituées d'un mélange d'espèces contenant une espèce de poisson de valeur économique moindre par rapport à une autre espèce qui aurait due se trouver de manière unique dans la préparation (exemple : brandade de morue préparée avec un peu de morue (Gadus morhua) seulement, et beaucoup de morue du Pacifique (Gadus macrocephalus) qui est moins exploitée et moins chère).
1) Stratégie globale
Lorsque l'échantillon de matière organique à analyser comporte un mélange de différentes espèces de poissons, le produit d'amplification obtenu à l'issue de la réaction PCR contient plusieurs copies de différents fragments ou différentes séquences d'ADN
Lorsque l'échantillon de matière organique à analyser comporte un mélange de différentes espèces de poissons, le produit d'amplification obtenu à l'issue de la réaction PCR contient plusieurs copies de différents fragments ou différentes séquences d'ADN
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amplifié (e)s. Cependant, lorsqu'il est procédé au séquençage d'un tel produit d'amplification, on obtient une séquence contenant de nombreuses indéterminations : il est donc impossible de déterminer quelles sont les espèces de poissons présentes dans l'échantillon de matière organique à analyser. Selon un mode de réalisation avantageux de l'invention, il est alors procédé à un clonage du produit d'amplification obtenu : il est ensuite possible de procéder au séquençage des différents fragments d'ADN amplifiés ainsi séparés les uns des autres à l'aide du clonage.
L'extraction et l'amplification de l'ADN contenu dans un échantillon de matière organique contenant un mélange de différentes espèces de poissons est effectuée de la manière décrite ci-dessus (voir exemples 1 et 2 ci-dessus). On observe à l'issue de la réaction PCR un produit d'amplification unique (contenant au moins un fragment d'ADN représenté par SEQ ID N 58 d'une longueur de 442 paires de bases), obtenu à l'aide du couple d'amorce (SEQ ID N 2, SEQ ID N 8) permettant d'amplifier toutes les espèces de gadiformes.
Ledit produit d'amplification est donc susceptible de contenir différents fragments d'ADN caractéristiques de différentes espèces de gadiformes. Dans le présent exemple, le produit d'amplification (contenant au moins un fragment d'ADN représenté par SEQ ID N 58SEQ ID N 58) contient différents fragments d'ADN que l'on cherche à séparer afin de pouvoir les identifier. Selon un mode de réalisation avantageux de l'invention, l'utilisation d'un procédé de clonage permet de séparer l'ensemble des différents fragments d'ADN contenus dans le produit d'amplification, et ainsi d'identifier chacun de ces fragments (figure 7).
Après purification du produit d'amplification (contenant au moins un fragment d'ADN représenté par SEQ ID N 58), ce dernier est cloné grâce au système TOPO TA cloning kit d'Invitrogen selon les conditions annoncées, afin d'isoler et d'obtenir de nombreuses copies identiques de l'ensemble des différents fragments d'ADN contenus dans le produit d'amplification. A cet égard, le produit d'amplification est inséré par ligation dans le plasmide pCR#2.1-TOPO# 3. 9 kb commercialisé par Invitrogen, après coupure dudit plasmide à l'aide d'une enzyme de restriction : EcoR I (Figure 7-1).
*Chaque fragment d'ADN contenu dans le produit d'amplification va s'insérer dans un plasmide pCR#2.1-TOPO# (Figure 7-2). A chaque fragment d'ADN correspond donc un plasmide. L'ensemble des fragments d'ADN contenus dans le produit d'amplification SEQ ID N 58 sont ainsi séparés lors de cette étape.
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Après ligation de chacun des fragments d'ADN dans un plasmide, chaque plasmide est introduit dans une bactérie, par exemple Escherichia coli (E. coli) (Figure 7-4), par un procédé appelé transformation qui fait intervenir un choc osmotique et un choc de température ou un choc électrique. Les bactéries E. coli ainsi obtenues sont mises en culture sur gélose afin d'être multipliées, en présence d'un antibiotique (par exemple l'ampicilline). La présence de l'antibiotique permet de sélectionner les bactéries E. coli ayant incorporé un plasmide, car les plasmides possèdent naturellement un gène de résistance à un antibiotique. Ainsi, les bactéries E. coli n'ayant pas incorporé un plasmide ne pourront pas se développer.
Pour sélectionner les bactéries E. coli ayant incorporé un plasmide dans lequel s'est ligué un fragment d'ADN, on utilise un système visuel. En effet, dans le milieu gélosé ont été introduits deux réactifs (IPTG et X-Gal) qui, en contact avec l'enzyme ssgalactosidase, vont produire une coloration bleue. Les colonies de bactéries bleues obtenues sont celles qui synthétisent de la P-galactosidase, et qui contiennent un plasmide dans lequel ne s'est pas ligué un fragment d'ADN. Les colonies de bactéries blanches obtenues sont celles qui ne synthétisent pas de la P-galactosidase, et qui contiennent un plasmide dans lequel s'est ligué un fragment d'ADN. Ceci est lié au fait que le fragment d'ADN s'insert dans le plasmide au milieu d'un gène codant pour l'enzyme P-galactosidase dont il bloque la synthèse.
Chaque colonie bactérienne blanche obtenue contient un seul fragment ou une seule séquence d'ADN amplifié(e), ledit fragment ou ladite séquence d'ADN correspondant à une seule et même espèce de gadiformes. Les ADN plasmidiques contenant les fragments d'ADN doivent ensuite être récupérés, c'est-à-dire séparés des ADN bactériens pour être séquences. Selon un mode de réalisation avantageux du procédé de l'invention, on récupère environ une dizaine d'ADN plasmidique (symbolisés respectivement par les lettres A, B, C, D, E, F, G, H, 1 et J sur la figure 7-8) provenant de 10 colonies bactériennes blanches indépendantes sélectionnées au hasard (représentées par les lettres A à J sur la figure 7-7). A partir de chaque colonie blanche sélectionnée, on prépare une culture bactérienne. L'ADN bactérien est éliminé grâce au système QIAprep Spin Miniprep Kit de Qiagen selon les conditions annoncées. Cette purification vise essentiellement à éliminer les traces de l'ADN bactérien restant. Elle est effectuée sur résine qui fixe les petites molécules d'ADN (tels que celles d'ADN
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plasmidique), et non pas l'ADN bactérien qui est bien plus long. L'ADN plasmidique est fixé sur la résine puis élué.
Les 10 ADN plasmidiques (symbolisés par les lettres A à J sur la figure 7-8) ainsi récupérés sont ensuite séquences avec les amorces fournies dans le Kit Invitrogen. Les 10 séquences obtenues sont analysées de manière à identifier si l'on a des profils différents ou non. Les résultats obtenus (figure 7-9) indiquent que l'échantillon de matière organique comporte un mélange de deux espèces, en l'occurrence Gadus morhua (fragments A, B, D, E, F, G, 1 et J) qui est un poisson appartenant à la famille des gadidés, et Merluccius hubbsi (fragments C et H) qui est un poisson appartenant à la famille des merluccidés.
Ainsi, si l'ADN extrait à partir de l'échantillon de matière organique à analyser ne contient qu'une seule espèce de gadiformes, on obtiendra un seul profil de séquence pour les 10 clones prélevés et séquences. La comparaison de la séquence obtenue avec les séquences de référence permettra d'identifier l'espèce présente dans l'échantillon de matière organique.
Si au contraire l'ADN extrait à partir de l'échantillon de matière organique à analyser est représentatif de plusieurs espèces de gadiformes, on obtiendra différents profils correspondants respectivement au nombre d'espèces présentes dans l'échantillon.
La comparaison des différentes séquences obtenues avec les séquences de référence permettra d'identifier respectivement les différentes espèces présentes dans l'échantillon de matière organique.
Il est important de noter que le nombre de colonies bactériennes blanches prélevé peut être augmenté si l'on suspecte un nombre important d'espèces à identifier présentes dans l'échantillon de matière organique à analyser. a) Détection et identification d'un mélange de gadiformes : le colin d'Alaska (Theragra chalcogramma) appartenant à la famille des gadidés, et le merlu Argentin (Merluccius hubbsi) appartenant à la famille des merluccidés.
L'extraction de l'ADN à partir d'un échantillon à base de poisson est effectuée de la façon décrite dans l'exemple 1 ci-dessus.
La PCR est effectuée avec les amorces SEQ ID N 5 et SEQ ID N 8 telles que définies ci-dessus. On observe un produit d'amplification unique, contenant au moins un fragment d'ADN représenté par SEQ ID N 59 d'une longueur de 328 paires de bases,
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caractéristique d'ADN de gadiformes, notamment choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés.
Ledit produit d'amplification est purifié, cloné puis séquence de la manière décrite ci-dessus. On observe deux profils de séquence sur les 10 clones analysés.
L'interprétation de ces deux profils montre qu'ils correspondent respectivement à une espèce de gadidés : le colin d'Alaska (Theragra chalcogramma), et une espèce de merluccidés : le merlu Argentin (Merluccius hubbsi). b) Détection et identification d'un mélange de gadidés : la morue (Gadus morhua) et la lingue (Molva molva).
L'extraction de l'ADN à partir d'un échantillon à base de poisson est effectuée de la façon décrite dans l'exemple 1 ci-dessus.
La PCR est effectuée avec les amorces SEQ ID N 14 et SEQ ID N 17 telles que définies ci-dessus. On observe un produit d'amplification unique, contenant au moins un fragment d'ADN représenté par SEQ ID N 61 d'une longueur de 237 paires de bases, caractéristique d'ADN de gadidés.
Ledit produit d'amplification est purifié, cloné puis séquence de la manière décrite ci-dessus. On observe deux profils de séquences sur les 10 clones analysés.
L'interprétation de ces deux profils montre qu'ils correspondent respectivement à deux espèces différentes de gadidés : la morue (Gadus morhua) et la lingue (Molva molva). c) Détection et identification d'un mélange de merluccidés : le merlu du Cap (Merluccius capensis) et le merlu commun (Merluccius merluccius).
L'extraction de l'ADN à partir d'un échantillon à base de poisson est effectuée de la façon décrite dans l'exemple 1 ci-dessus.
La PCR est effectuée avec les amorces SEQ ID N 23 et SEQ ID N 26 telles que définies ci-dessus. On observe un produit d'amplification unique, contenant au moins un fragment d'ADN représenté par SEQ ID N 63 d'une longueur de 189 paires de bases, caractéristique d'ADN de merluccidés.
Ledit produit d'amplification est purifié, cloné puis séquence de la manière définie ci-dessus. On observe deux profils de séquences sur les 10 clones analysés.
L'interprétation de ces deux profils montre qu'ils correspondent respectivement à deux espèces différentes de merluccidés : merlu du Cap (Merluccius capensis) et le merlu commun (Merluccius merluccius).
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2) Stratégie spécifique
Dans le cas de la stratégie spécifique, il est également possible de détecter et d'identifier un mélange d'espèces différentes, et ceci sans utiliser le clonage puisque l'on dispose d'amorces spécifiques à 5 espèces différentes de gadidés. Il est ainsi possible de détecter et d'identifier un mélange entre précisément ces 5 espèces de gadidés.
Dans le cas de la stratégie spécifique, il est également possible de détecter et d'identifier un mélange d'espèces différentes, et ceci sans utiliser le clonage puisque l'on dispose d'amorces spécifiques à 5 espèces différentes de gadidés. Il est ainsi possible de détecter et d'identifier un mélange entre précisément ces 5 espèces de gadidés.
L'exemple ci-dessous illustre la détection et l'identification d'un mélange de deux espèces de gadidés : la morue commune (Gadus morhua) et le colin d'Alaska (Theragra chalcogramma).
L'extraction de l'ADN à partir d'un échantillon à base de poisson est effectuée de la façon décrite dans l'exemple 1 ci-dessus.
La PCR est effectuée avec successivement les 5 couples d'amorces tels que définis ci-dessus pour la détection et l'identification directe, à savoir : (SEQ ID N 29 et SEQ ID N 32), (SEQ ID N 35 et SEQ ID N 38), (SEQ ID N 41 et SEQ ID N 44), (SEQ ID N 47 et SEQ ID N 50) et, (SEQ ID N 53 et SEQ ID N 56).
On observe deux produits d'amplification, contenant respectivement un fragment d'ADN représenté par SEQ ID N 64 d'une longueur de 168 paires de bases, et un fragment d'ADN représenté SEQ ID N 66 d'une longueur de 198 paires de bases, caractéristiques d'ADN de gadidés. Par contre, aucune bande d'amplification n'est observée pour les autres puits (correspondant aux autres amorces).
Ainsi, on en déduit que l'échantillon de matière organique à analyser contient de la morue commune (Gadus morhua) et du colin d'Alaska (Theragra chalcogramma).
Claims (21)
1. Procédé de détection de la présence de matières biologiques provenant de gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, dans un échantillon de matière organique, caractérisé en ce que l'on détermine la présence d'ADN mitochondrial provenant de gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, dans ladite matière organique par amplification d'au moins une séquence ou fragment d'ADN mitochondrial spécifique du génome des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, et contenu(e) dans l'ADN mitochondrial extrait dudit échantillon, à savoir au moins une séquence ou fragment présent(e) dans les génomes des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, mais absent(e) dans les génomes des autres genres d'animaux, et notamment des autres espèces animales.
2. Procédé de détection de la présence de matières biologiques provenant de gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, dans un échantillon de matière organique et d'identification du genre, notamment d'au moins une espèce de gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, présente dans ledit échantillon, caractérisé en ce que l'on détermine la présence d'ADN mitochondrial provenant de gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, dans ladite matière organique par amplification d'au moins une séquence ou fragment d'ADN mitochondrial spécifique du génome des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, et contenu(e) dans l'ADN mitochondrial extrait dudit échantillon, à savoir au moins une séquence ou fragment présent(e) dans les génomes des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, mais absent(e) dans les génomes des autres genres d'animaux, notamment des autres espèces animales, et en ce que l'on compare au moins une séquence ou fragment d'ADN mitochondrial spécifique du
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génome des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, ainsi amplifié (e) d'autres séquences d'ADN mitochondrial du génome des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, ladite séquence d'ADN mitochondrial ou ledit fragment d'ADN mitochondrial spécifique du génome des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, ainsi amplifié(e) présentant au moins environ 50% d'identité, notamment environ 60% d'identité avec les autres susdites séquences d'ADN mitochondrial du génome des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés.
3. Procédé selon la revendication 1 ou la revendication 2, caractérisé en ce qu'il permet de détecter et éventuellement d'identifier la présence de gadidés, notamment choisis dans le groupe constitué par Gadus morhua (morue commune), Melanogrammus aeglefinus (eglefin), Merlangius merlangus (merlan), Micromesistius poutassou (merlan bleu), Pollachius virens (lieu noir), Pollachius pollachius (lieu jaune), Trisopterus luscus (tacaud commun), Trisopterus minutus capelanus (capelan de méditerranée), Theragra chalcogramma (colin d'Alaska), Brosme brosme (brosme), Molva molva (lingue franche) ou Molva dypterygia dypterigia (lingue bleu).
4. Procédé selon la revendication 1 ou la revendication 2, caractérisé en ce qu'il permet de détecter et éventuellement d'identifier la présence de merluccidés, notamment choisis dans le groupe constitué par Merluccius albidus (merlu du large), Merluccius australis (merlu d'Australie), Merluccius bilinearis (merlu argenté), Merluccius capensis (merlu blanc du cap), Merluccius gayi (merlu du Chili), Merluccius hubbsi (merlu argentin), Merluccius merluccius (merlu commun), Merluccius paradoxus (merlu noir du cap), Merluccius productus (merlu du pacifique), Merluccius senegalensis (merlu du Sénégal), Steindachneria argentea (merlu argenté).
5. Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 4, caractérisé en ce que la séquence ou fragment amplifié (e) génome des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, est situé(e) dans la partie centrale du gène codant pour la cytochrome c oxydase de l'ADN
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6601, et notamment aux environs des positions 6120 et 6590, et de préférence aux environs des positions 6131 et 6580 du gène codant pour la cytochrome c oxydase de l'ADN mitochondrial.
mitochondrial, délimitée par les nucléotides situés aux environs des positions 6100 et
6. Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 5, caractérisé en ce que ladite séquence ou ledit fragment d'ADN mitochondrial à amplifier, spécifique du génome des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, est un oligonucléotide choisi parmi ceux : (1) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO: 1 suivante (positions 6131 à 6154 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
TRT AYC ARC AYY TRT TYT GRT TCT K dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, K est G ou T, - ou comprenant la séquence SEQIDNO:2 suivante (position 6134 à
6154 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
AYC ARC AYY TRT TYT GRT TCT dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, - ou constitué par la séquence SEQIDNO : 3 suivante (position 6139 à
6153 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
AYY TRT TYT GRT TCT dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, ou ceux, (2) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence
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TAY GTW GTN GCN CAY TTY CA dans laquelle Y est C ou T, W est A ou T, N est A, C, G ou T,
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6575 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TAY GTW GTN GCN CAY TTY CAC TAC G dans laquelle Y est C ou T, W est A ou T, N est A, C, G ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 8 suivante (position 6556 à
RGG NAT RGT NTG AGC dans laquelle R est A ou G, N est A, C, G ou T, ou ceux, (3) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO: 7 suivante (positions 6556 à 6580 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6269 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
GGN YAY ATR GGN ATR GTN TGA GC dans laquelle N est A, C, G ou T, Y est C ou T, R est A ou G, - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 6 suivante (position 6253 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6269 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TTY GGN YAY ATR GGN ATR GTN TGA GC dans laquelle Y est C ou T, N est A, C, G ou T, R est A ou G, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 5 suivante (position 6247 à
SEQ ID NO: 4 suivante (positions 6244 à 6269 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
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CYA TYG GMC TYT YGG YTT TAT YGT V dans laquelle Y est C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G,
AYY AAC ACT TAT TCT dans laquelle Y est C ou T, ou ceux, (5) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQIDNO : 13 suivante (positions 6277 à 6303 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6154 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
ACC AAC ACT TAT TCT GAT TCT - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 12 suivante (position 6139 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6154 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TRT AYC ARC AYY TRT TYT GRT TCT K dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, K est G ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 11 suivante (position 6134 à
TAY GTW GTN GCN CAY dans laquelle Y est C ou T, W est A ou T, N est A, C, G ou T, ou ceux, (4) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQIDNO : 10 suivante (positions 6131 à 6154 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6570 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
- ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 9 suivante (position 6556 à
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GGC TTA ACA GGA ATT ou ceux, (7) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6510 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
GGC TTA ACA GGA ATT GTA CTA GCT - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 18 suivante (position 6496 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6519 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
GGM YTW ACA GGN ATY RTH YTR GCY AA dans laquelle M est A ou C, W est A ou T, Y est C ou T, N est A, C, G ou T, R est AouG,HestA,CouT, - ou comprenant la séquence SEQIDNO : 17 suivante (position 6496 à
YTY GGY TTT ATT GTV dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G, ou ceux, (6) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQIDNO : 16 suivante (positions 6496 à 6522 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6303 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
GGC CTC CTT GGC TTT ATT GTA - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 15 suivante (position 6288 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6303 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
- ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 14 suivante (position 6283 à
<Desc/Clms Page number 62>
GRA TRG AYG TDG AYA CMC GT dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, D est A, G ou T, M est A ou C,
Biotechnology, 5(3) 203-214) :
6348 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
AGT BGG RAT RGA YGT DGA YAC MCG T dans laquelle B est C, G ou T, R est A ou G, Y est C ou T, D est A, G ou T, M est AouC, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 23 suivante (position 6329 à
TCY CAY ATY GTA GCC dans laquelle Y est C ou T, ou ceux, (8) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQIDNO: 22 suivante (positions 6324 à 6348 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TAA TYT CYC AYA TYG TAG CC dans laquelle Y est C ou T, - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 21 suivante (position 6205 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
CGG RAT AAT YTC YCA YAT YGT AGC C dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 20 suivante (position 6200 à
SEQIDNO : 19 suivante (positions 6195 à 6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
<Desc/Clms Page number 63>
ACT TAC AGG NAT YRT dans laquelle N est A, C, G ou T, Y est C ou T, R est A ou G, ou ceux, (10) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 28 suivante (positions 6399 à 6423 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6512 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
ACT TAC AGG NAT YRT HCT RG dans laquelle N est A, C, G ou T, Y est C ou T, R est A ou G, H est A, C ou T, - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 27 suivante (position 6498 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6517 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
ACT TAC AGG NAT YRT HCT RGC YAA YT dans laquelle N est A, C, G ou T, Y est C ou T, R est A ou G, H est A, C ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 26 suivante (position 6498 à
GAY GTD GAY ACM CGT dans laquelle Y est C ou T, D est A, G ou T, M est A ou C, ou ceux, (9) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO: 25 suivante (positions 6498 à 6523 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6348 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
- ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 24 suivante (position 6334 à
<Desc/Clms Page number 64>
RTA YTA YGT AGT MGC dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, M est A ou C,
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6566 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
GTA TTA CGT AGT AGC CCA TT - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 33 suivante (position 6552 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6572 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
RTA YTA YGT AGT MGC YCA YTT YCA CT dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, M est A ou C, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 32 suivante (position 6552 à
TGA YTA GCA ACY YTV dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G, ou ceux, (11) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 31 suivante (positions 6552 à 6577 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6423 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TTA GCT GAT TAG CAA CTT TA - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 30 suivante (position 6409 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6423 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
AGT YTT YAG YTG AYT AGC AAC YYT V dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 29 suivante (position 6404 à
<Desc/Clms Page number 65>
TAT CCC AAC AGG TGT AAA AG
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6400 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
YAT YCC RAC AGG YGT WAA AGT YTT YA dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, W est A ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 38suivante (position 6381 à
GGR YAY ATR GGH ATR dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, H est A, C ou T, ou ceux, (13) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 37 suivante (positions 6381 à 6406 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6261 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
CCT TTG GAT ATA TAG GCA TG - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 36 suivante (position 6248 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6261 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
AGA RCC NTT YGG RYA YAT RGG HAT R dans laquelle R est A ou G, N est A, C, G ou T, Y est C ou T, H est A, C ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 35suivante (position 6242 à
ou ceux, (12) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 34 suivante (positions 6237 à 6261 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
<Desc/Clms Page number 66>
GCY ATY GGM CTY CTY dans laquelle Y est C ou T, M est A ou C, ou ceux, (15) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 43 suivante (positions 6451 à 6475 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6291 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TGA TGG CTA TTG GCC TCC TC - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 42 suivante (position 6277 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6291 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
AGC YAT RAT RGC YAT YGG MCT YCT Y dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, M est A ou C, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 41 suivante (position 6272 à
TAT YCC RAC AGG YGT dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, ou ceux, (14) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 40 suivante (positions 6267 à 6291 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6395 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
- ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 39 suivante (position 6381 à
<Desc/Clms Page number 67>
TCY CAY ATY GTA GCV dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G,
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TAA TTT CTC ACA TCG TAG CG - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 48 suivante (position 6205 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TSG RAT AAT YTC YCA YAT YGT AGC V dans laquelle S est C ou G, R est A ou G, Y est C ou T, V est A, C ou G, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO :47 suivante (position 6200 à
HCC BMT MCT BTG RGC dans laquelle H est A, C ou T, B est C, G ou T, M est A ou C, R est A ou G, ou ceux, (16) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 46 suivante (positions 6194 à 6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6464 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
CCC TCT ACT CTG AGC CCT AG - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 45 suivante (position 6451 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6469 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
HCC BMT MCT BTG RGC CCT V GG YTT YA dans laquelle H est A, C ou T, B est C, G ou T, M est A ou C, R est A ou G, V est A,CouG,YestCouT, - ou comprenant la séquence SEQIDNO : 44 suivante (position 6451 à
<Desc/Clms Page number 68>
GAC ACC CCG AAG TAT ACA TA
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6177 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TCT KCG GNC AYC CYG AAG THT AYA TH dans laquelle K est G ou T, N est A, C, G ou T, Y est C ou T, H est A, C ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 53 suivante (position 6158 à
YAC MCG WGC HTA CTT dans laquelle Y est C ou T, M est A ou C, W est A ou T, H est A, C ou T, ou ceux, (18) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 52 suivante (positions 6152 à 6177 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6356 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TAC ACG TGC CTA CTT TAC AT - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 51suivante (position 6342 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6361 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
YAC MCG WGC HTA CTT YAC ATC YGC A dans laquelle Y est C ou T, M est A ou C, W est A ou T, H est A, C ou T - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 50 suivante (position 6342 à
ou ceux, (17) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 49 suivante (positions 6342 à 6366 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
<Desc/Clms Page number 69>
VTG RGC YCA YCA CAT, dans laquelle V est A, C ou G, R est A ou G, Y est C ou T.
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6317 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
GTG AGC CCA TCA CAT GTT TA - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 57 suivante (position 6303 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6322 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
VTG RGC YCA YCA CAT RTT YAC AGT BG dans laquelle V est A, C ou G, R est A ou G, Y est C ou T, B est C, G ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 56 suivante (position 6303 à
CCY GAA GTH TAY ATH dans laquelle Y est C ou T, H est A, C ou T, ou ceux, (19) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 55 suivante (positions 6303 à 6328 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6177 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
- ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 54 suivante (position 6163 à
7. Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 5, caractérisé en ce que ladite séquence ou ledit fragment d'ADN amplifié(e), spécifique du génome des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, est un fragment d'ADN comprenant environ 100 à environ 500 paires de bases, et présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec l'une au moins des séquences contenues dans :
<Desc/Clms Page number 70>
GVGGMYTWAC AGGNATYRTH YTRGCY dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, K est G ou T, N est A, C, G ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence SEQ ID N 60 comprenant 386 paires de bases,
CARTTAARTG RGAVACHCCB MTMCTBTGRG CCCTDGGYTT YATYTTYCTM TTYACMGTHG
TYATYGCYAT YCCRACAGGY GTWAAAGTYT TYAGYTGAYT AGCAACYYTV CAYGGRGGCT
ACATRTTYAC AGTBGGRATR GAYGTDGAYA CMCGWGCHTA CTTYACATCY GCAACBATAA
TRGGHATRGT NTGAGCYATR ATRGCYATYG GMCTYCTYGG YTTTATYGTV TGRGCYCAYC
TCGGRATAAT YTCYCAYATY GTAGCVTAYT AYTCAGGNAA RMAAGARCCN TTYGGRYAYA
AYCARCAYYT RTTCTGATTC TKCGGNCAYC CYGAAGTHTA YATHCTNATY YTMCCHGGMT
AYACRTAYTA MGTAGTMGCY CAYTTYCA dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, K est G ou T, N est A, C, G ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence SEQ ID N 59 comprenant 328 paires de bases, - ou la SEQ ID N 60 suivante :
CMGTHGGVGG MYTWACAGGN ATYRTHYTRG CYAAYTCYTC YCTAGAYATY GTDCTYCAYG
GRGGCTCART TAARTGRGAV ACHCCBMTMC TBTGRGCCCT DGGYTTYATY TTYCTMTTYA
ACBATAATYA TYGCYATYCC RACAGGYGTW AAAGTYTTYA GYTGAYTAGC ACYYTVCAYG
GCYCAYCACA TRTTYACAGT BGGRATRGAY GTDGAYACMC GWGCHTACTT YACATCYGCA
GGRYAYATRG GHATRGTNTG AGCYATRATR GCYATYGGMC TYCTYGGYTT TATYGTVTGR
AYTAMGTAGT MGCYCAYTTY CA dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, K est G ou T, N est A, C, G ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence SEQ ID N 58 comprenant 442 paires de bases, - ou la SEQ ID N 59 suivante :
GVGGMYTWAC AGGNATYRTH YTRGCYAAYT CYTCYCTAGA YATYGTDCTY CAYGAYACRT
CARTTAARTG RGAVACHCCB MTMCTBTGRG CCCTDGGYTT YATYTTYCTM TTYACMGTHG
TYATYGCYAT YCCRACAGGY GTWAAAGTYT TYAGYTGAYT AGCAACYYTV CAYGGRGGCT
ACATRTTYAC AGTBGGRATR GAYGTDGAYA CMCGWGCHTA CTTYACATCY GCAACBATAA
TRGGHATRGT NTGAGCYATR ATRGCYATYG GMCTYCTYGG YTTTATYGTV TGRGCYCAYC
TCGGRATAAT YTCYCAYATY GTAGCVTAYT AYTCAGGNAA RMAAGARCCN TTYGGRYAYA
AYCARCAYYT RTTCTGATTC TKCGGNCAYC CYGAAGTHTA YATHCTNATY YTMCCHGGMT
- la SEQ ID N 58 suivante :
<Desc/Clms Page number 71>
CYTCYCTAGA YATYGTDCTY CAYGAYACRT AYTAMGTAGT MGCYCAYT
CCCTDGGYTT YATYTTYCTM TTYACMGTHG GVGGMYTWAC AGGNATYRTH YTRGCYAAYT
TYAGYTGAYT AGCAACYYTV CAYGGRGGCT CARTTAARTG RGAVACHCCB MTMCTBTGRG
TYRTHYTRG dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, D est A, G ou T, M est A ou C, W est A ou T, B est C, G ou T, V est A, C ou G, H est A, C ou T, N est A, C, G ou T, ladite séquence SEQ ID N 63 comprenant 189 paires de bases, - ou la SEQ ID N 64 suivante :
CHCCBMTMCT BTGRGCCCTD GGYTTYATYT TYCTMTTYAC MGTHGGVGGM YTWACAGGNA
CAGGYGTWAA AGTYTTYAGY TGAYTAGCAA CYYTVCAYGG RGGCTCARTT AARTGRGAVA
GRATRGAYGT DGAYACMCGW GCHTACTTYA CATCYGCAAC BATAATYATY GCYATYCCRA
TWACAGGNAT YRTHYTRG dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, K est G ou T, N est A, C, G ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence SEQ ID N 62 comportant 318 paires de bases, - ou la SEQ ID N 63 suivante :
ARTGRGAVAC HCCBMTMCTB TGRGCCCTDG GYTTYATYTT YCTMTTYACM GTHGGVGGMY
CYATYCCRAC AGGYGTWAAA GTYTTYAGYT GAYTAGCAAC YYTVCAYGGR GGCTCARTTA
TYACAGTBGG RATRGAYGTD GAYACMCGWG CHTACTTYAC ATCYGCAACB ATAATYATYG
TRGTNTGAGC YATRATRGCY ATYGGMCTYC TYGGYTTTAT YGTVTGRGCY CAYCACATRT
TAATYTCYCA YATYGTAGCV TAYTAYTCAG GNAARMAAGA RCCNTTYGGR YAYATRGGHA
GCCCTDGGYT TYATYTTYCT MTTYACMGTH GGVGGMYTWA CAGGNATYRT HYTRGCY dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, K est G ou T, N est A, C, G ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence SEQ ID N 61 comprenant 237 paires de bases, - ou la SEQ ID N 62 suivante :
TTYAGYTGAY TAGCAACYYT VCAYGGRGGC TCARTTAART GRGAVACHCC BMTMCTBTGR
ACMCGWGCHT ACTTYACATC YGCAACBATA ATYATYGCYA TYCCRACAGG YGTWAAAGTY
GGMCTYCTYG GYTTTATYGT VTGRGCYCAY CACATRTTYA CAGTBGGRAT RGAYGTDGAY
- ou la SEQ ID N 61 suivante :
<Desc/Clms Page number 72>
CYATYGGMCT YCTYGGYTTT ATYGTVTGRG CYCAYCACAT RTTYA dans laquelle N est A, C, G ou T, Y est C ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, R est A ou G, V est A, C ou G, ladite séquence SEQ ID N 68 comprenant 165 paires de bases.
CVTAYTAYTC AGGNAARMAA GARCCNTTYG GRYAYATRGG HATRGTNTGA GCYATRATRG
GNCAYCCYGA AGTHTAYATH CTNATYYTMC CHGGMTTCGG RATAATYTCY CAYATYGTAG
TYACAGTBGG RATRGAYGTD GAYACMCGWG CHTACTTYAC AT dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G, N est A, C, G ou T, R est A ou G, M est A ou C, H est A, C ou T, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence SEQ ID N 67 comprenant 162 paires de bases, - ou la SEQ ID N 68 suivante :
TRGTNTGAGC YATRATRGCY ATYGGMCTYC TYGGYTTTAT YGTVTGRGCY CAYCACATRT
TAATYTCYCA YATYGTAGCV TAYTAYTCAG GNAARMAAGA RCCNTTYGGR YAYATRGGHA
CBMTMCTBTG RGCCCTDG dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, H est A, C ou T, ladite SEQ ID N 66 comprenant 198 paires de bases, - la SEQ ID N 67 suivante :
GYGTWAAAGT YTTYAGYTGA YTAGCAACYY TVCAYGGRGG CTCARTTAAR TGRGAVACHC
TRGAYGTDGA YACMCGWGCH TACTTYACAT CYGCAACBAT AATYATYGCY ATYCCRACAG
TRATRGCYAT YGGMCTYCTY GGYTTTATYG TVTGRGCYCA YCACATRTTY ACAGTBGGRA
CYGCAACBAT AATYATYGCY ATYCCRACAG GYGTWAAAG dans laquelle N est A, C, G ou T, R est A ou G, Y est C ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence comprenant 159 paires de bases, - ou la séquence SEQ ID N 66 suivante :
TVTGRGCYCA YCACATRTTY ACAGTBGGRA TRGAYGTDGA YACMCGWGCH TACTTYACAT
CNTTYGGRYA YATRGGHATR GTNTGAGCYA TRATRGCYAT YGGMCTYCTY GGYTTTATYG
dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G, R est A ou G, B est C, G ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, D est A, G ou T, N est A, C, G ou T, ladite séquence SEQ ID N 64 comprenant 168 paires de bases, - ou la SEQ ID N 65 suivante :
<Desc/Clms Page number 73>
8. Utilisation : # d'oligonucléotides, caractérisés en ce qu'ils sont choisis parmi ceux : (1) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO: 1 suivante (positions 6131 à 6154 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5(3) 203-214) :
TRT AYC ARC AYY TRT TYT GRT TCT K dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, K est G ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 2 suivante (position 6134 à
6154 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
AYC ARC AYY TRT TYT GRT TCT dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 3 suivante (position 6139 à
6153 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5(3) 203-214) :
AYY TRT TYT GRT TCT dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, ou ceux, (2) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 4 suivante (positions 6244 à 6269 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5(3) 203-214) :
TTY GGN YAY ATR GGN ATR GTN TGA GC dans laquelle Y est C ou T, N est A, C, G ou T, R est A ou G, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 5 suivante (position 6247 à
6269 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
<Desc/Clms Page number 74>
TAY GTW GTN GCN CAY dans laquelle Y est C ou T, W est A ou T, N est A, C, G ou T, ou ceux, (4) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6570 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TAY GTW GTN GCN CAY TTY CA dans laquelle Y est C ou T, W est A ou T, N est A, C, G ou T, - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 9 suivante (position 6556 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6575 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TAY GTW GTN GCN CAY TTY CAC TAC G dans laquelle Y est C ou T, W est A ou T, N est A, C, G ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 8 suivante (position 6556 à
RGG NAT RGT NTG AGC dans laquelle R est A ou G, N est A, C, G ou T, ou ceux, (3) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 7 suivante (positions 6556 à 6580 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6269 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
GGN YAY ATR GGN ATR GTN TGA GC dans laquelle N est A, C, G ou T, Y est C ou T, R est A ou G, - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 6 suivante (position 6253 à
<Desc/Clms Page number 75>
YTY GGY TTT ATT GTV dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G,
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6303 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
GGC CTC CTT GGC TTT ATT GTA - ou constitué par la séquence SEQIDNO : 15 suivante (position 6288 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6303 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
CYA TYG GMC TYT YGG YTT TAT YGT V dans laquelle Y est C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 14 suivante (position 6283 à
AYY AAC ACT TAT TCT dans laquelle Y est C ou T, ou ceux, (5) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 13 suivante (positions 6277 à 6303 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6154 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
ACC AAC ACT TAT TCT GAT TCT - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 12 suivante (position 6139 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6154 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TRT AYC ARC AYY TRT TYT GRT TCT K dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, K est G ou T, - ou comprenant la séquence SEQIDNO : 11 suivante (position 6134 à
SEQIDNO : 10 suivante (positions 6131 à 6154 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
<Desc/Clms Page number 76>
TAA TYT CYC AYA TYG TAG CC dans laquelle Y est C ou T,
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
CGG RAT AAT YTC YCA YAT YGT AGC C dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 20 suivante (position 6200 à
GGC TTA ACA GGA ATT ou ceux, (7) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQIDNO: 19 suivante (positions 6195 à 6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6510 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
GGC TTA ACA GGA ATT GTA CTA GCT - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 18 suivante (position 6496 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6519 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
GGM YTW ACA GGN ATY RTH YTR GCY AA dans laquelle M est A ou C, W est A ou T, Y est C ou T, N est A, C, G ou T, R est AouG,HestA,CouT, - ou comprenant la séquence SEQIDNO : 17 suivante (position 6496 à
ou ceux, (6) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQIDNO: 16 suivante (positions 6496 à 6522 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
<Desc/Clms Page number 77>
GAY GTD GAY ACM CGT dans laquelle Y est C ou T, D est A, G ou T, M est A ou C, ou ceux, (9) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 25 suivante (positions 6498 à 6523 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6348 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
GRA TRG AYG TDG AYA CMC GT dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, D est A, G ou T, M est A ou C, - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 24 suivante (position 6334 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6348 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
AGT BGG RAT RGA YGT DGA YAC MCG T dans laquelle B est C, G ou T, R est A ou G, Y est C ou T, D est A, G ou T, M est AouC, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 23 suivante (position 6329 à
TCY CAY ATY GTA GCC dans laquelle Y est C ou T, ou ceux, (8) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO: 22 suivante (positions 6324 à 6348 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5(3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
- ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 21 suivante (position 6205 à
<Desc/Clms Page number 78>
TGA YTA GCA ACY YTV dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G,
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6423 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TTA GCT GAT TAG CAA CTT TA - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 30 suivante (position 6409 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6423 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
AGT YTT YAG YTG AYT AGC AAC YYT V dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 29 suivante (position 6404 à
ACT TAC AGG NAT YRT dans laquelle N est A, C, G ou T, Y est C ou T, R est A ou G, ou ceux, (10) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 28 suivante (positions 6399 à 6423 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6512 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
ACT TAC AGG NAT YRT HCT RG dans laquelle N est A, C, G ou T, Y est C ou T, R est A ou G, H est A, C ou T, - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 27 suivante (position 6498 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6517 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
ACT TAC AGG NAT YRT HCT RGC YAA YT dans laquelle N est A, C, G ou T, Y est C ou T, R est A ou G, H est A, C ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO :26 suivante (position 6498 à
<Desc/Clms Page number 79>
CCT TTG GAT ATA TAG GCA TG
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6261 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
AGA RCC NTT YGG RYA YAT RGG HAT R dans laquelle R est A ou G, N est A, C, G ou T, Y est C ou T, H est A, C ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 35suivante (position 6242 à
RTA YTA YGT AGT MGC dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, M est A ou C, ou ceux, (12) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 34 suivante (positions 6237 à 6261 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5(3) 203-214) :
6566 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
GTA TTA CGT AGT AGC CCA TT - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 33 suivante (position 6552 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6572 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
RTA YTA YGT AGT MGC YCA YTT YCA CT dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, M est A ou C, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 32 suivante (position 6552 à
ou ceux, (11) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 31 suivante (positions 6552 à 6577 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5(3) 203-214) :
<Desc/Clms Page number 80>
AGC YAT RAT RGC YAT YGG MCT YCT Y dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, M est A ou C,
TAT YCC RAC AGG YGT dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, ou ceux, (14) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 40 suivante (positions 6267 à 6291 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6395 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TAT CCC AAC AGG TGT AAA AG - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 39 suivante (position 6381 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6400 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
YAT YCC RAC AGG YGT WAA AGT YTT YA dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, W est A ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO: 38 suivante (position 6381 à
GGR YAY ATR GGH ATR dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, H est A, C ou T, ou ceux, (13) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 37 suivante (positions 6381 à 6406 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6261 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
- ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 36 suivante (position 6248 à
<Desc/Clms Page number 81>
HCC BMT MCT BTG RGC dans laquelle H est A, C ou T, B est C, G ou T, M est A ou C, R est A ou G, ou ceux, (16) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6464 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
CCC TCT ACT CTG AGC CCT AG - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 45 suivante (position 6451à
Biotechnology, 5(3) 203-214) :
6469 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
HCC BMT MCT BTG RGC CCT V GG YTT YA dans laquelle H est A, C ou T, B est C, G ou T, M est A ou C, R est A ou G, V est A,CouG,YestCouT, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 44 suivante (position 6451à
GCY ATY GGM CTY CTY dans laquelle Y est C ou T, M est A ou C, ou ceux, (15) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 43 suivante (positions 6451 à 6475 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6291 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TGA TGG CTA TTG GCC TCC TC - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 42 suivante (position 6277 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6291 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
- ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 41 suivante (position 6272 à
<Desc/Clms Page number 82>
YAC MCG WGC HTA CTT dans laquelle Y est C ou T, M est A ou C, W est A ou T, H est A, C ou T,
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6356 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TAC ACG TGC CTA CTT TAC AT - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 51 suivante (position 6342 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6361 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
YAC MCG WGC HTA CTT YAC ATC YGC A dans laquelle Y est C ou T, M est A ou C, W est A ou T, H est A, C ou T - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 50 suivante (position 6342 à
TCY CAY ATY GTA GCV dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G, ou ceux, (17) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 49 suivante (positions 6342 à 6366 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5(3) 203-214) :
6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TAA TTT CTC ACA TCG TAG CG - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 48 suivante (position 6205 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TSG RAT AAT YTC YCA YAT YGT AGC V dans laquelle S est C ou G, R est A ou G, Y est C ou T, V est A, C ou G, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 47 suivante (position 6200 à
d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 46 suivante (positions 6194 à 6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
<Desc/Clms Page number 83>
GTG AGC CCA TCA CAT GTT TA
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6322 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
VTG RGC YCA YCA CAT RTT YAC AGT BG dans laquelle V est A, C ou G, R est A ou G, Y est C ou T, B est C, G ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 56 suivante (position 6303 à
CCY GAA GTH TAY ATH dans laquelle Y est C ou T, H est A, C ou T, ou ceux, (19) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 55 suivante (positions 6303 à 6328 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5(3) 203-214) :
6177 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
GAC ACC CCG AAG TAT ACA TA - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 54 suivante (position 6163 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6177 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TCT KCG GNC AYC CYG AAG THT AYA TH dans laquelle K est G ou T, N est A, C, G ou T, Y est C ou T, H est A, C ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 53 suivante (position 6158 à
ou ceux, (18) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 52 suivante (positions 6152 à 6177 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
<Desc/Clms Page number 84>
AYACRTAYTA MGTAGTMGCY CAYTTYCA dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, K est G ou T, N est A, C, G ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence SEQ ID N 59 comprenant 328 paires de bases,
CMGTHGGVGG MYTWACAGGN ATYRTHYTRG CYAAYTCYTC YCTAGAYATY GTDCTYCAYG
GRGGCTCART TAARTGRGAV ACHCCBMTMC TBTGRGCCCT DGGYTTYATY TTYCTMTTYA
ACBATAATYA TYGCYATYCC RACAGGYGTW AAAGTYTTYA GYTGAYTAGC ACYYTVCAYG
GCYCAYCACA TRTTYACAGT BGGRATRGAY GTDGAYACMC GWGCHTACTT YACATCYGCA
GGRYAYATRG GHATRGTNTG AGCYATRATR GCYATYGGMC TYCTYGGYTT TATYGTVTGR
AYTAMGTAGT MGCYCAYTTY CA dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, K est G ou T, N est A, C, G ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, WestA ou T, ladite séquence SEQ ID N 58 comprenant 442 paires de bases, - ou la SEQ ID N 59 suivante :
GVGGMYTWAC AGGNATYRTH YTRGCYAAYT CYTCYCTAGA YATYGTDCTY CAYGAYACRT
CARTTAARTG RGAVACHCCB MTMCTBTGRG CCCTDGGYTT YATYTTYCTM TTYACMGTHG
TYATYGCYAT YCCRACAGGY GTWAAAGTYT TYAGYTGAYT AGCAACYYTV CAYGGRGGCT
ACATRTTYAC AGTBGGRATR GAYGTDGAYA CMCGWGCHTA CTTYACATCY GCAACBATAA
TRGGHATRGT NTGAGCYATR ATRGCYATYG GMCTYCTYGG YTTTATYGTV TGRGCYCAYC
TCGGRATAAT YTCYCAYATY GTAGCVTAYT AYTCAGGNAA RMAAGARCCN TTYGGRYAYA
AYCARCAYYT RTTCTGATTC TKCGGNCAYC CYGAAGTHTA YATHCTNATY YTMCCHGGMT
VTG RGC YCA YCA CAT, dans laquelle V est A, C ou G, R est A ou G, Y est C ou T, # ou de fragments d'ADN comprenant environ 100 à environ 500 paires de bases, et présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec l'une au moins des séquences contenues dans : - la SEQ ID N 58 suivante :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6317 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
- ou constitué par la séquence SEQ ID NO: 57 suivante (position 6303 à
<Desc/Clms Page number 85>
CAGGYGTWAA AGTYTTYAGY TGAYTAGCAA CYYTVCAYGG RGGCTCARTT AARTGRGAVA
GRATRGAYGT DGAYACMCGW GCHTACTTYA CATCYGCAAC BATAATYATY GCYATYCCRA
TWACAGGNAT YRTHYTRG dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, K est G ou T, N est A, C, G ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence SEQ ID N 62 comportant 318 paires de bases, - ou la SEQ ID N 63 suivante :
ARTGRGAVAC HCCBMTMCTB TGRGCCCTDG GYTTYATYTT YCTMTTYACM GTHGGVGGMY
CYATYCCRAC AGGYGTWAAA GTYTTYAGYT GAYTAGCAAC YYTVCAYGGR GGCTCARTTA
TYACAGTBGG RATRGAYGTD GAYACMCGWG CHTACTTYAC ATCYGCAACB ATAATYATYG
TRGTNTGAGC YATRATRGCY ATYGGMCTYC TYGGYTTTAT YGTVTGRGCY CAYCACATRT
TAATYTCYCA YATYGTAGCV TAYTAYTCAG GNAARMAAGA RCCNTTYGGR YAYATRGGHA
GCCCTDGGYT TYATYTTYCT MTTYACMGTH GGVGGMYTWA CAGGNATYRT HYTRGCY dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, K est G ou T, N est A, C, G ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence SEQ ID N 61 comprenant 237 paires de bases, - ou la SEQ ID N 62 suivante :
TTYAGYTGAY TAGCAACYYT VCAYGGRGGC TCARTTAART GRGAVACHCC BMTMCTBTGR
ACMCGWGCHT ACTTYACATC YGCAACBATA ATYATYGCYA TYCCRACAGG YGTWAAAGTY
GGMCTYCTYG GYTTTATYGT VTGRGCYCAY CACATRTTYA CAGTBGGRAT RGAYGTDGAY
GVGGMYTWAC AGGNATYRTH YTRGCY dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, K est G ou T, N est A, C, G ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence SEQ ID N 60 comprenant 386 paires de bases, - ou la SEQ ID N 61 suivante :
CARTTAARTG RGAVACHCCB MTMCTBTGRG CCCTDGGYTT YATYTTYCTM TTYACMGTHG
TYATYGCYAT YCCRACAGGY GTWAAAGTYT TYAGYTGAYT AGCAACYYTV CAYGGRGGCT
ACATRTTYAC AGTBGGRATR GAYGTDGAYA CMCGWGCHTA CTTYACATCY GCAACBATAA
TRGGHATRGT NTGAGCYATR ATRGCYATYG GMCTYCTYGG YTTTATYGTV TGRGCYCAYC
TCGGRATAAT YTCYCAYATY GTAGCVTAYT AYTCAGGNAA RMAAGARCCN TTYGGRYAYA
AYCARCAYYT RTTCTGATTC TKCGGNCAYC CYGAAGTHTA YATHCTNATY YTMCCHGGMT
- ou la SEQ ID N 60 suivante :
<Desc/Clms Page number 86>
TYACAGTBGG RATRGAYGTD GAYACMCGWG CHTACTTYAC AT dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G, N est A, C, G ou T, R est A ou G, M est A ou C, H est A, C ou T, B est C, G ou T, D est A, G ou T, WestAouT,
TRGTNTGAGC YATRATRGCY ATYGGMCTYC TYGGYTTTAT YGTVTGRGCY CAYCACATRT
TAATYTCYCA YATYGTAGCV TAYTAYTCAG GNAARMAAGA RCCNTTYGGR YAYATRGGHA
CBMTMCTBTG RGCCCTDG dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, H est A, C ou T, ladite SEQ ID N 66 comprenant 198 paires de bases, - la SEQ ID N 67 suivante :
GYGTWAAAGT YTTYAGYTGA YTAGCAACYY TVCAYGGRGG CTCARTTAAR TGRGAVACHC
TRGAYGTDGA YACMCGWGCH TACTTYACAT CYGCAACBAT AATYATYGCY ATYCCRACAG
TRATRGCYAT YGGMCTYCTY GGYTTTATYG TVTGRGCYCA YCACATRTTY ACAGTBGGRA
CYGCAACBAT AATYATYGCY ATYCCRACAG GYGTWAAAG dans laquelle N est A, C, G ou T, R est A ou G, Y est C ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence comprenant 159 paires de bases, - ou la séquence SEQ ID N 66 suivante :
TVTGRGCYCA YCACATRTTY ACAGTBGGRA TRGAYGTDGA YACMCGWGCH TACTTYACAT
CNTTYGGRYA YATRGGHATR GTNTGAGCYA TRATRGCYAT YGGMCTYCTY GGYTTTATYG
CYTCYCTAGA YATYGTDCTY CAYGAYACRT AYTAMGTAGT MGCYCAYT dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G, R est A ou G, B est C, G ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, D est A, G ou T, N est A, C, G ou T, ladite séquence SEQ ID N 64 comprenant 168 paires de bases, - ou la SEQ ID N 65 suivante :
CCCTDGGYTT YATYTTYCTM TTYACMGTHG GVGGMYTWAC AGGNATYRTH YTRGCYAAYT
TYAGYTGAYT AGCAACYYTV CAYGGRGGCT CARTTAARTG RGAVACHCCB MTMCTBTGRG
TYRTHYTRG dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, D est A, G ou T, M est A ou C, W est A ou T, B est C, G ou T, V est A, C ou G, H est A, C ou T, N est A, C, G ou T, ladite séquence SEQ ID N 63 comprenant 189 paires de bases, - ou la SEQ ID N 64 suivante :
CHCCBMTMCT BTGRGCCCTD GGYTTYATYT TYCTMTTYAC MGTHGGVGGM YTWACAGGNA
<Desc/Clms Page number 87>
CYATYGGMCT YCTYGGYTTT ATYGTVTGRG CYCAYCACAT RTTYA dans laquelle N est A, C, G ou T, Y est C ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, R est A ou G, V est A, C ou G, ladite séquence SEQ ID N 68 comprenant 165 paires de bases. pour la mise en #uvre d'un procédé de détection de la présence de matières biologiques provenant de gadiformes, et éventuellement d'identification d'au moins une espèce de gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés présente, dans un échantillon de matière organique susceptible de contenir de telles matières biologiques, ledit procédé étant tel que défini dans l'une quelconque des revendications 1 à 5.
CVTAYTAYTC AGGNAARMAA GARCCNTTYG GRYAYATRGG HATRGTNTGA GCYATRATRG
GNCAYCCYGA AGTHTAYATH CTNATYYTMC CHGGMTTCGG RATAATYTCY CAYATYGTAG
ladite séquence SEQ ID N 67 comprenant 162 paires de bases, - ou la SEQ ID N 68 suivante :
9. Oligonucléotides caractérisés en ce qu'ils sont choisis parmi ceux : (1) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQIDNO: 1 suivante (positions 6131 à 6154 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
TRT AYC ARC AYY TRT TYT GRT TCT K dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, K est G ou T, sous réserve que les séquences suivantes soient exclues :
CGG GAT CCT GTT CTG ATT CTT GAT TTC C et
CGA CGG GAT CCC AAC ACC TGT TTC GAT CAT CGC GGC AAC - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 2 suivante (position 6134 à
6154 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
AYC ARC AYY TRT TYT GRT TCT dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G,
<Desc/Clms Page number 88>
TAY GTW GTN GCN CAY TTY CAC TAC G dans laquelle Y est C ou T, W est A ou T, N est A, C, G ou T,
RGG NAT RGT NTG AGC dans laquelle R est A ou G, N est A, C, G ou T, ou ceux, (3) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 7 suivante (positions 6556 à 6580 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5(3) 203-214) :
6269 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
GGN YAY ATR GGN ATR GTN TGA GC dans laquelle N est A, C, G ou T, Y est C ou T, R est A ou G, - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 6 suivante (position 6253 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6269 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TTY GGN YAY ATR GGN ATR GTN TGA GC dans laquelle Y est C ou T, N est A, C, G ou T, R est A ou G, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 5 suivante (position 6247 à
AYY TRT TYT GRT TCT dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, ou ceux, (2) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQIDNO:4 suivante (positions 6244 à 6269 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6153 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
- ou constitué par la séquence SEQ ID NO: 3 suivante (position 6139 à
<Desc/Clms Page number 89>
AYY AAC ACT TAT TCT dans laquelle Y est C ou T, ou ceux, (5) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6154 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
ACC AAC ACT TAT TCT GAT TCT - ou constitué par la séquence SEQIDNO : 12 suivante (position 6139 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6154 d'après Johansen et Bakke, 1996, - Molecular Marine Biology and
TRT AYC ARC AYY TRT TYT GRT TCT K dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, K est G ou T, - ou comprenant la séquence SEQIDNO : 11 suivante (position 6134 à
TAY GTW GTN GCN CAY dans laquelle Y est C ou T, W est A ou T, N est A, C, G ou T, ou ceux, (4) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQIDNO : 10 suivante (positions 6131 à 6154 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6570 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TAY GTW GTN GCN CAY TTY CA dans laquelle Y est C ou T, W est A ou T, N est A, C, G ou T, - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 9 suivante (position 6556 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6575 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
- ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 8 suivante (position 6556 à
<Desc/Clms Page number 90>
GGC TTA ACA GGA ATT GTA CTA GCT
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6519 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
GGM YTW ACA GGN ATY RTH YTR GCY AA dans laquelle M est A ou C, W est A ou T, Y est C ou T, N est A, C, G ou T, R est AouG,HestA,CouT, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 17 suivante (position 6496 à
YTY GGY TTT ATT GTV dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G, ou ceux, (6) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQIDNO: 16 suivante (positions 6496 à 6522 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6303 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
GGC CTC CTT GGC TTT ATT GTA - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 15 suivante (position 6288 à
Biotechnology, 5(3) 203-214) :
6303 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
CYA TYG GMC TYT YGG YTT TAT YGT V dans laquelle Y est C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 14 suivante (position 6283 à
à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQIDNO : 13 suivante (positions 6277 à 6303 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5(3) 203-214) :
<Desc/Clms Page number 91>
AGT BGG RAT RGA YGT DGA YAC MCG T dans laquelle B est C, G ou T, R est A ou G, Y est C ou T, D est A, G ou T, M est AouC,
TCY CAY ATY GTA GCC dans laquelle Y est C ou T, ou ceux, (8) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO'- 22 suivante (positions 6324 à 6348 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TAA TYT CYC AYA TYG TAG CC dans laquelle Y est C ou T, - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 21 suivante (position 6205 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
CGG RAT AAT YTC YCA YAT YGT AGC C dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 20 suivante (position 6200 à
GGC TTA ACA GGA ATT ou ceux, (7) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 19 suivante (positions 6195 à 6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6510 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
- ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 18suivante (position 6496 à
<Desc/Clms Page number 92>
ACT TAC AGG NAT YRT dans laquelle N est A, C, G ou T, Y est C ou T, R est A ou G,
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6512 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
ACT TAC AGG NAT YRT HCT RG dans laquelle N est A, C, G ou T, Y est C ou T, R est A ou G, H est A, C ou T, - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 27 suivante (position 6498 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6517 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
ACT TAC AGG NAT YRT HCT RGC YAA YT dans laquelle N est A, C, G ou T, Y est C ou T, R est A ou G, H est A, C ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 26 suivante (position 6498 à
GAY GTD GAY ACM CGT dans laquelle Y est C ou T, D est A, G ou T, M est A ou C, ou ceux, (9) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO: 25 suivante (positions 6498 à 6523 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6348 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
GRA TRG AYG TDG AYA CMC GT dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, D est A, G ou T, M est A ou C, - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 24 suivante (position 6334 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6348 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
- ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 23 suivante (position 6329 à
<Desc/Clms Page number 93>
GTA TTA CGT AGT AGC CCA TT
Biotechnology, 5(3) 203-214) :
6572 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
RTA YTA YGT AGT MGC YCA YTT YCA CT dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, M est A ou C, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 32 suivante (position 6552 à
TGA YTA GCA ACY YTV dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G, ou ceux, (11) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO :31 suivante (positions 6552 à 6577 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6423 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TTA GCT GAT TAG CAA CTT TA - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 30 suivante (position 6409 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6423 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
AGT YTT YAG YTG AYT AGC AAC YYT V dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 29 suivante (position 6404 à
ou ceux, (10) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 28 suivante (positions 6399 à 6423 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5(3) 203-214) :
<Desc/Clms Page number 94>
YAT YCC RAC AGG YGT WAA AGT YTT YA dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, W est A ou T,
GGR YAY ATR GGH ATR dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, H est A, C ou T, ou ceux, (13) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 37 suivante (positions 6381 à 6406 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6261 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
CCT TTG GAT ATA TAG GCA TG - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 36 suivante (position 6248 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6261 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
AGA RCC NTT YGG RYA YAT RGG HAT R dans laquelle R est A ou G, N est A, C, G ou T, Y est C ou T, H est A, C ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 35suivante (position 6242 à
RTA YTA YGT AGT MGC dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, M est A ou C, ou ceux, (12) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ IDNO : 34 suivante (positions 6237 à 6261 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5(3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6566 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
- ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 33 suivante (position 6552 à
<Desc/Clms Page number 95>
GCY ATY GGM CTY CTY dans laquelle Y est C ou T, M est A ou C, ou ceux, (15) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6291 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TGA TGG CTA TTG GCC TCC TC - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 42 suivante (position 6277 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6291 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
AGC YAT RAT RGC YAT YGG MCT YCT Y dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, M est A ou C, - ou comprenant la séquence SEQIDNO : 41 suivante (position 6272 à
TAT YCC RAC AGG YGT dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, ou ceux, (14) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 40 suivante (positions 6267 à 6291 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6395 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TAT CCC AAC AGG TGT AAA AG - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 39 suivante (position 6381 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6400 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
- ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 38 suivante (position 6381 à
<Desc/Clms Page number 96>
TCY CAY ATY GTA GCV dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G,
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TAA TTT CTC ACA TCG TAG CG - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 48 suivante (position 6205 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TSG RAT AAT YTC YCA YAT YGT AGC V dans laquelle S est C ou G, R est A ou G, Y est C ou T, V est A, C ou G, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 47 suivante (position 6200 à
HCC BMT MCT BTG RGC dans laquelle H est A, C ou T, B est C, G ou T, M est A ou C, R est A ou G, ou ceux, (16) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 46 suivante (positions 6194 à 6219 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6464 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
CCC TCT ACT CTG AGC CCT AG - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 45 suivante (position 6451 à
Biotechnology, 5(3) 203-214) :
6469 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
HCC BMT MCT BTG RGC CCT V GG YTT YA dans laquelle H est A, C ou T, B est C, G ou T, M est A ou C, R est A ou G, V est A,CouG,YestCouT, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO: 44 suivante (position 6451 à
séquence SEQ ID NO : 43 suivante (positions 6451 à 6475 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
<Desc/Clms Page number 97>
GAC ACC CCG AAG TAT ACA TA
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6177 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TCT KCG GNC AYC CYG AAG THT AYA TH dans laquelle K est G ou T, N est A, C, G ou T, Y est C ou T, H est A, C ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO: 53 suivante (position 6158 à
YAC MCG WGC HTA CTT dans laquelle Y est C ou T, M est A ou C, W est A ou T, H est A, C ou T, ou ceux, (18) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 52 suivante (positions 6152 à 6177 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6356 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
TAC ACG TGC CTA CTT TAC AT - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 51suivante (position 6342 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6361 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
YAC MCG WGC HTA CTT YAC ATC YGC A dans laquelle Y est C ou T, M est A ou C, W est A ou T, H est A, C ou T - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 50 suivante (position 6342 à
ou ceux, (17) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 49 suivante (positions 6342 à 6366 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
<Desc/Clms Page number 98>
VTG RGC YCA YCA CAT, dans laquelle V est A, C ou G, R est A ou G, Y est C ou T.
Biotechnology, 5(3) 203-214) :
6317 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
GTG AGC CCA TCA CAT GTT TA - ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 57 suivante (position 6303 à
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6322 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
VTG RGC YCA YCA CAT RTT YAC AGT BG dans laquelle V est A, C ou G, R est A ou G, Y est C ou T, B est C, G ou T, - ou comprenant la séquence SEQ ID NO : 56 suivante (position 6303 à
CCY GAA GTH TAY ATH dans laquelle Y est C ou T, H est A, C ou T, ou ceux, (19) - présentant une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec un oligonucléotide constitué d'une séquence d'environ 15 à 25 nucléotides, notamment 20 à 25 nucléotides, comprise dans la séquence SEQ ID NO : 55 suivante (positions 6303 à 6328 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
Biotechnology, 5 (3) 203-214) :
6177 d'après Johansen et Bakke, 1996, Molecular Marine Biology and
- ou constitué par la séquence SEQ ID NO : 54 suivante (position 6163 à
10. Couples d'amorces caractérisés en ce qu'ils sont constitués : - par l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N l, SEQ ID N 2, SEQ ID N 3, SEQ ID N 4, SEQ ID N 5, SEQ ID N 6, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 7, SEQ ID N 8, SEQ ID N 9 selon la revendication 9 ou, - par l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 10, SEQ ID N 11, SEQ ID N 12, SEQ ID N 13, SEQ ID N 14, SEQ ID N 15, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 16, SEQ ID N 17, SEQ ID N 18 selon la revendication 9 ou,
<Desc/Clms Page number 99>
- par l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 19, SEQ ID N 20, SEQ ID N 21, SEQ ID N 22, SEQ ID N 23, SEQ ID N 24, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 25, SEQ ID N 26, SEQ ID N 27 selon la revendication 9 ou, - par l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 28, SEQ ID N 29, SEQ ID N 30, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 31, SEQ ID N 32, SEQ ID N 33 selon la revendication 9 ou, - par l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 34, SEQ ID N 35, SEQ ID N 36, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 37, SEQ ID N 38, SEQ ID N 39 selon la revendication 9 ou, - par l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 40, SEQ ID N 41, SEQ ID N 42, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 43, SEQ ID N 44, SEQ ID N 45 selon la revendication 9 ou, - par l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 46, SEQ ID N 47, SEQ ID N 48, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 49, SEQ ID N 50, SEQ ID N 51selon la revendication 9 ou, - par l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 52, SEQ ID N 53, SEQ ID N 54, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 55, SEQ ID N 56, SEQ ID N 57 selon la revendication 9, et avantageusement constitués par le couple d'oligonucléotides choisis parmi les couples suivants : - (SEQ ID N 2 et SEQ ID N 8), - (SEQ ID N 5 et SEQ ID N 8), - (SEQ ID N 11 et SEQ ID N 17), - (SEQ ID N 14 et SEQ ID N 17), - (SEQ ID N 20 et SEQ ID N 26), - (SEQ ID N 23 et SEQ ID N 26), - (SEQ ID N 29 et SEQ ID N 32), - (SEQ ID N 35 et SEQ ID N 38), - (SEQ ID N 41 et SEQ ID N 44), - (SEQ ID N 47 et SEQ ID N 50), - (SEQ ID N 53 et SEQ ID N 56).
<Desc/Clms Page number 100>
11. Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 7, caractérisé en ce que l'amplification d'au moins une séquence ou fragment d'ADN mitochondrial spécifique du génome des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, est effectuée par la méthode d'amplification en chaîne par polymérase (PCR), comprenant une répétition du cycle des étapes suivantes : - chauffage de l'ADN extrait de l'échantillon de matière organique, de façon à séparer l'ADN en deux brins monocaténaires, - hybridation d'amorces oligonucléotidiques selon les revendications 9 et 10 ou de séquences CGG GAT CCT GTT CTG ATT CTT GAT TTC C et CGA CGG GAT CCC AAC ACC TGT TTC GAT CAT CGC GGC AAC, aux brins d'ADN monocaténaires à une température adéquate, et - élongation des amorces oligonucléotidiques par une polymérase à une température adéquate, pour obtenir au moins une séquence ou fragment d'ADN amplifié(e) spécifique du génome des gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés.
12. Procédé selon l'une des revendications 1 à 7 ou 11, caractérisé en ce que le ou les fragment(s) d'ADN mitochondrial amplifié(s) obtenu(s) contenu(s) dans le produit d'amplification est (sont) identifié(s) : - par séquençage d'au moins un fragment d'ADN amplifié, et notamment d'un fragment d'ADN amplifié ou, - directement, par visualisation de la présence du produit d'amplification par électrophorèse sur gel.
13. Procédé selon la revendication 12, caractérisé en ce que le séquençage de chacun des fragments d'ADN amplifiés est précédé par un procédé de clonage lorsque l'échantillon de matière organique comporte un mélange de différents fragments d'ADN provenant de différentes espèces de gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, ledit procédé de clonage permettant de séparer dudit mélange les différents fragments d'ADN provenant des différentes espèces de gadiformes.
<Desc/Clms Page number 101>
14. Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 7 ou 11 à 13, caractérisé en ce que l'ADN extrait de l'échantillon de matière organique est : - de l'ADN non dégradé provenant notamment d'un échantillon frais ou, - de l'ADN dégradé, provenant notamment d'un échantillon transformé, notamment cuit, lyophilisé, séché, saumuré, appertisé, pasteurisé etc....
15. Fragment d'ADN tel qu'amplifié à l'issue du procédé selon l'une des revendications 1 à 7 ou 11 à 14, caractérisé en ce qu'il comprend environ 100 à environ 500 paires de bases.
16. Fragment d'ADN selon la revendication 15, caractérisé en ce qu'il présente une identité de séquence d'au moins 80%, préférentiellement 90% et avantageusement 95% avec l'une au moins des séquences contenues dans : - la SEQ ID N 58 suivante :
AYCARCAYYT RTTCTGATTC TKCGGNCAYC CYGAAGTHTA YATHCTNATY YTMCCHGGMT
TCGGRATAAT YTCYCAYATY GTAGCVTAYT AYTCAGGNAA RMAAGARCCN TTYGGRYAYA
TRGGHATRGT NTGAGCYATR ATRGCYATYG GMCTYCTYGG YTTTATYGTV TGRGCYCAYC
ACATRTTYAC AGTBGGRATR GAYGTDGAYA CMCGWGCHTA CTTYACATCY GCAACBATAA
TYATYGCYAT YCCRACAGGY GTWAAAGTYT TYAGYTGAYT AGCAACYYTV CAYGGRGGCT
CARTTAARTG RGAVACHCCB MTMCTBTGRG CCCTDGGYTT YATYTTYCTM TTYACMGTHG
GVGGMYTWAC AGGNATYRTH YTRGCYAAYT CYTCYCTAGA YATYGTDCTY CAYGAYACRT
AYTAMGTAGT MGCYCAYTTY CA dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, K est G ou T, N est A, C, G ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence SEQ ID N 58 comprenant 442 paires de bases, - ou la SEQ ID N 59 suivante :
GGRYAYATRG GHATRGTNTG AGCYATRATR GCYATYGGMC TYCTYGGYTT TATYGTVTGR
GCYCAYCACA TRTTYACAGT BGGRATRGAY GTDGAYACMC GWGCHTACTT YACATCYGCA
ACBATAATYA TYGCYATYCC RACAGGYGTW AAAGTYTTYA GYTGAYTAGC ACYYTVCAYG
GRGGCTCART TAARTGRGAV ACHCCBMTMC TBTGRGCCCT DGGYTTYATY TTYCTMTTYA
CMGTHGGVGG MYTWACAGGN ATYRTHYTRG CYAAYTCYTC YCTAGAYATY GTDCTYCAYG
AYACRTAYTA MGTAGTMGCY CAYTTYCA dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, K est G ou T, N est A, C, G ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T,
<Desc/Clms Page number 102>
TWACAGGNAT YRTHYTRG dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, K est G ou T, N est A, C, G ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence SEQ ID N 62 comportant 318 paires de bases,
ARTGRGAVAC HCCBMTMCTB TGRGCCCTDG GYTTYATYTT YCTMTTYACM GTHGGVGGMY
CYATYCCRAC AGGYGTWAAA GTYTTYAGYT GAYTAGCAAC YYTVCAYGGR GGCTCARTTA
TYACAGTBGG RATRGAYGTD GAYACMCGWG CHTACTTYAC ATCYGCAACB ATAATYATYG
TRGTNTGAGC YATRATRGCY ATYGGMCTYC TYGGYTTTAT YGTVTGRGCY CAYCACATRT
TAATYTCYCA YATYGTAGCV TAYTAYTCAG GNAARMAAGA RCCNTTYGGR YAYATRGGHA
GCCCTDGGYT TYATYTTYCT MTTYACMGTH GGVGGMYTWA CAGGNATYRT HYTRGCY dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, K est G ou T, N est A, C, G ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence SEQ ID N 61 comprenant 237 paires de bases, - ou la SEQ ID N 62 suivante :
TTYAGYTGAY TAGCAACYYT VCAYGGRGGC TCARTTAART GRGAVACHCC BMTMCTBTGR
ACMCGWGCHT ACTTYACATC YGCAACBATA ATYATYGCYA TYCCRACAGG YGTWAAAGTY
GGMCTYCTYG GYTTTATYGT VTGRGCYCAY CACATRTTYA CAGTBGGRAT RGAYGTDGAY
GVGGMYTWAC AGGNATYRTH YTRGCY dans laquelle Y est C ou T, R est A ou G, K est G ou T, N est A, C, G ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence SEQ ID N 60 comprenant 386 paires de bases, - ou la SEQ ID N 61 suivante :
CARTTAARTG RGAVACHCCB MTMCTBTGRG CCCTDGGYTT YATYTTYCTM TTYACMGTHG
TYATYGCYAT YCCRACAGGY GTWAAAGTYT TYAGYTGAYT AGCAACYYTV CAYGGRGGCT
ACATRTTYAC AGTBGGRATR GAYGTDGAYA CMCGWGCHTA CTTYACATCY GCAACBATAA
TRGGHATRGT NTGAGCYATR ATRGCYATYG GMCTYCTYGG YTTTATYGTV TGRGCYCAYC
TCGGRATAAT YTCYCAYATY GTAGCVTAYT AYTCAGGNAA RMAAGARCCN TTYGGRYAYA
AYCARCAYYT RTTCTGATTC TKCGGNCAYC CYGAAGTHTA YATHCTNATY YTMCCHGGMT
ladite séquence SEQ ID N 59 comprenant 328 paires de bases, - ou la SEQ ID N 60 suivante :
<Desc/Clms Page number 103>
TRGTNTGAGC YATRATRGCY ATYGGMCTYC TYGGYTTTAT YGTVTGRGCY CAYCACATRT
TAATYTCYCA YATYGTAGCV TAYTAYTCAG GNAARMAAGA RCCNTTYGGR YAYATRGGHA
CBMTMCTBTG RGCCCTDG dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, H est A, C ou T, ladite SEQ ID N 66 comprenant 198 paires de bases, - la SEQ ID N 67 suivante :
GYGTWAAAGT YTTYAGYTGA YTAGCAACYY TVCAYGGRGG CTCARTTAAR TGRGAVACHC
TRGAYGTDGA YACMCGWGCH TACTTYACAT CYGCAACBAT AATYATYGCY ATYCCRACAG
TRATRGCYAT YGGMCTYCTY GGYTTTATYG TVTGRGCYCA YCACATRTTY ACAGTBGGRA
CYGCAACBAT AATYATYGCY ATYCCRACAG GYGTWAAAG dans laquelle N est A, C, G ou T, R est A ou G, Y est C ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, V est A, C ou G, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence comprenant 159 paires de bases, - ou la séquence SEQ ID N 66 suivante :
TVTGRGCYCA YCACATRTTY ACAGTBGGRA TRGAYGTDGA YACMCGWGCH TACTTYACAT
CNTTYGGRYA YATRGGHATR GTNTGAGCYA TRATRGCYAT YGGMCTYCTY GGYTTTATYG
CYTCYCTAGA YATYGTDCTY CAYGAYACRT AYTAMGTAGT MGCYCAYT dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G, R est A ou G, B est C, G ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, D est A, G ou T, N est A, C, G ou T, ladite séquence SEQ ID N 64 comprenant 168 paires de bases, - ou la SEQ ID N 65 suivante :
CCCTDGGYTT YATYTTYCTM TTYACMGTHG GVGGMYTWAC AGGNATYRTH YTRGCYAAYT
TYAGYTGAYT AGCAACYYTV CAYGGRGGCT CARTTAARTG RGAVACHCCB MTMCTBTGRG
TYRTHYTRG dans laquelle R est A ou G, Y est C ou T, D est A, G ou T, M est A ou C, W est A ou T, B est C, G ou T, V est A, C ou G, H est A, C ou T, N est A, C, G ou T, ladite séquence SEQ ID N 63 comprenant 189 paires de bases, - ou la SEQ ID N 64 suivante :
CHCCBMTMCT BTGRGCCCTD GGYTTYATYT TYCTMTTYAC MGTHGGVGGM YTWACAGGNA
CAGGYGTWAA AGTYTTYAGY TGAYTAGCAA CYYTVCAYGG RGGCTCARTT AARTGRGAVA
GRATRGAYGT DGAYACMCGW GCHTACTTYA CATCYGCAAC BATAATYATY GCYATYCCRA
- ou la SEQ ID N 63 suivante :
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CYATYGGMCT YCTYGGYTTT ATYGTVTGRG CYCAYCACAT RTTYA dans laquelle N est A, C, G ou T, Y est C ou T, H est A, C ou T, M est A ou C, R est A ou G, V est A, C ou G, ladite séquence SEQ ID N 68 comprenant 165 paires de bases.
CVTAYTAYTC AGGNAARMAA GARCCNTTYG GRYAYATRGG HATRGTNTGA GCYATRATRG
GNCAYCCYGA AGTHTAYATH CTNATYYTMC CHGGMTTCGG RATAATYTCY CAYATYGTAG
TYACAGTBGG RATRGAYGTD GAYACMCGWG CHTACTTYAC AT dans laquelle Y est C ou T, V est A, C ou G, N est A, C, G ou T, R est A ou G, M est A ou C, H est A, C ou T, B est C, G ou T, D est A, G ou T, W est A ou T, ladite séquence SEQ ID N 67 comprenant 162 paires de bases, - ou la SEQ ID N 68 suivante :
17. Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 7 ou 11 à 14, caractérisé en ce que l'on détecte la présence d'ADN mitochondrial provenant de gadiformes dans un échantillon de matière organique, par amplification d'au moins une séquence d'ADN mitochondrial spécifique du génome des gadiformes à l'aide de l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N l, SEQ ID N 2, SEQ ID N 3, SEQ ID N 4, SEQ ID N 5, SEQ ID N 6, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 7, SEQ ID N 8, SEQ ID N 9 tels que définis à la revendication 9, et avantageusement à l'aide du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 2 et SEQ ID N 8) ou du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 5 et SEQ ID N 8), afin d'obtenir respectivement au moins une des séquences d'ADN contenues dans la SEQ ID N 58 ou dans la SEQ ID N 59 telles que définies à la revendication 16, lesdites séquences étant spécifiques du génome des gadiformes, et en ce que l'on identifie au moins une espèce de gadiforme présente dans ledit échantillon de matière organique par séquençage d'au moins une des séquences d'ADN contenues dans la SEQ ID N 58 ou dans la SEQ ID N 59.
18. Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 7 ou 11 à 14, caractérisé en ce que l'on détecte la présence d'ADN mitochondrial provenant de gadidés dans un échantillon de matière organique, par amplification d'au moins une séquence d'ADN mitochondrial spécifique du génome des gadidés à l'aide de l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 10, SEQ ID N 11, SEQ ID N 12, SEQ ID
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N 13, SEQ ID N 14, SEQ ID N 15, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 16, SEQ ID N 17, SEQ ID N 18tels que définis à la revendication 9, et avantageusement à l'aide du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 11et SEQ ID N 17) ou du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 14 et SEQ ID N 17), afin d'obtenir respectivement au moins une des séquences d'ADN contenues dans la SEQ ID N 60 ou dans la SEQ ID N 61 telles que définies à la revendication 16, lesdites séquences étant spécifiques du génome des gadidés, et en ce que l'on identifie au moins une espèce de gadidés présente dans ledit échantillon de matière organique par séquençage d'au moins une des séquences d'ADN contenues dans la SEQ ID N 60 ou dans la SEQ ID N 61.
19. Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 7 ou 11 à 14, caractérisé en ce que l'on détecte la présence d'ADN provenant de merluccidés dans un échantillon de matière organique, par amplification d'au moins une séquence d'ADN mitochondrial spécifique du génome des merluccidés à l'aide de l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 19, SEQ ID N 20, SEQ ID N 21, SEQ ID N 22, SEQ ID N 23, SEQ ID N 24, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 25, SEQ ID N 26, SEQ ID N 27 tels que définis à la revendication 9, et avantageusement à l'aide du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 20 et SEQ ID N 26) ou du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 23 et SEQ ID N 26), afin d'obtenir respectivement au moins une des séquences d'ADN contenues dans la SEQ ID N 62 ou dans la SEQ ID N 63 telles que définies à la revendication 16, lesdites séquences étant spécifiques du génome des merluccidés, et en ce que l'on identifie au moins une espèce de merluccidés présente dans ledit échantillon de matière organique par séquençage d'au moins une des séquences d'ADN contenues dans la SEQ ID N 62 ou dans la SEQ ID N 63.
20. Procédé selon l'une quelconque des revendications 1 à 7, 11 à 12 ou 14, caractérisé en ce que l'on détecte la présence d'ADN mitochondrial provenant de gadiformes dans un échantillon de matière organique, et notamment de gadidés choisis dans le groupe constitué par les espèces Gadus morhua (morue commune), Pollachius virens (lieu noir), Theragra chalcogramma (colin d'Alaska), Melanogrammus aeglefinus (eglefin) et Merlangius merlangus (merlan), et en ce que l'on identifie
<Desc/Clms Page number 106>
chacune des espèces susmentionnées par amplification d'au moins une séquence d'ADN spécifique du génome de chacune des espèces de gadidés susmentionnées, à l'aide respectivement : - de l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 28, SEQ ID N 29, SEQ ID N 30, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 31, SEQ ID N 32, SEQ ID N 33 tels que définis à la revendication 9 ou, - de l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 34, SEQ ID N 35, SEQ ID N 36, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 37, SEQ ID N 38, SEQ ID N 39 tels que définis à la revendication 9 ou, - de l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 40, SEQ ID N 41, SEQ ID N 42, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 43, SEQ ID N 44, SEQ ID N 45 tels que définis à la revendication 9 ou, - de l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 46, SEQ ID N 47, SEQ ID N 48, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 49, SEQ ID N 50, SEQ ID N 51 tels que définis à la revendication 9 ou, - de l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 52, SEQ ID N 53, SEQ ID N 54, et l'un quelconque des oligonucléotides SEQ ID N 55, SEQ ID N 56, SEQ ID N 57 tels que définis à la revendication 9, et avantageusement à l'aide respectivement : - du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 29 et SEQ ID N 32) ou, - du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 35 et SEQ ID N 38) ou, - du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 41 et SEQ ID N 44) ou, - du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 47 et SEQ ID N 50) ou, - du couple d'oligonucléotides (SEQ ID N 53 et SEQ ID N 56), afin d'obtenir respectivement au moins une des séquences d'ADN contenues dans : - la SEQ ID N 64 spécifique du génome de Gadus morhua (morue commune), - la SEQ ID N 65 spécifique du génome de Pollachius virens (lieu noir), - la SEQ ID N 66 spécifique du génome de Theragra chalcogramma (colin d' Alaska), - la SEQ ID N 67 spécifique du génome de Melanogrammus aeglefinus (eglefin), - la SEQ ED N 68 spécifique du génome de Merlangius merlangus (merlan),
<Desc/Clms Page number 107>
lesdites SEQ ID N 64, SEQ ID N 65, SEQ ID N 66, SEQ ID N 67 et SEQ ID N 68 étant telles que définies à la revendication 16.
21. Utilisation de séquences nucléotidiques choisies parmi les amorces oligonucléotidiques selon l'une quelconque des revendications 9 à 10 ou de séquences CGG GAT CCT GTT CTG ATT CTT GAT TTC C et CGA CGG GAT CCC AAC ACC TGT TTC GAT CAT CGC GGC AAC, ou de fragments d'ADN mitochondrial selon l'une quelconque des revendications 15 à 16, pour la mise en #uvre d'une méthode de détection de la présence de matières biologiques provenant de gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés, et éventuellement d'identification d'au moins une espèce de gadiformes choisis dans le groupe constitué par les gadidés, les merluccidés, les macrouridés et/ou les moridés présente, dans un échantillon de matière organique susceptible de contenir de telles matières biologiques.
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