FI106804B - Förfarande för detektering av mykobakterier och vid förfarandet användbara oligonukleotider ur SOD-gruppen - Google Patents

Förfarande för detektering av mykobakterier och vid förfarandet användbara oligonukleotider ur SOD-gruppen Download PDF

Info

Publication number
FI106804B
FI106804B FI934500A FI934500A FI106804B FI 106804 B FI106804 B FI 106804B FI 934500 A FI934500 A FI 934500A FI 934500 A FI934500 A FI 934500A FI 106804 B FI106804 B FI 106804B
Authority
FI
Finland
Prior art keywords
sequence
species
probe
sod
identification
Prior art date
Application number
FI934500A
Other languages
English (en)
Finnish (fi)
Other versions
FI934500A (fi
FI934500A0 (fi
Inventor
Werner Zolg
Original Assignee
Hoffmann La Roche
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Hoffmann La Roche filed Critical Hoffmann La Roche
Publication of FI934500A0 publication Critical patent/FI934500A0/fi
Publication of FI934500A publication Critical patent/FI934500A/fi
Application granted granted Critical
Publication of FI106804B publication Critical patent/FI106804B/sv

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • C12Q1/689Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for bacteria
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158Expression markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
  • Enzymes And Modification Thereof (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)

Claims (57)

1. Förfarande för detektering av patogena och apatogena organismeravsläktetmykobakterier, kännetecknat avattman 5 (a) amplifierar ett mälomräde av en superoxiddismutas- (SOD)- gen frän en organism genom att använda ett primerpar, som är specifikt för släktet mykobakterier, och som bestär av en första primer, vilken innehäller en sekvens med idenfikationsnr. 3 (Z261) som grundläggande primer och en andra primer, vilken innehäller en sekvens med identifikationsnr 2 (Z212) som 10 grundläggande primer, (b) bringar den amplifierade mälsekvensen i kontakt med ätminstone en olignukleotidsond som kan hybridisera med mälomrädet i SOD-genen, och (c) detekterar hybriderna som bildats mellan det amplifierade mäl-15 omrädet, om det finns och oligonukleotidsonden.
2. Förfarande enligt patentkrav 2, kännetecknat av att mälomrädet amplifieras medelst polymeraskedjereaktionen (PCR).
3. Förfarande enligt patentkrav 1 eller 2, kännetecknat av att oligonukleotidsonden kan hybridisera med ett omräde i mälsekvensen, 20 vilket är väsentligen bevarat bland SOD-generna hos olika arter inom släktet mykobakterier.
4. Förfarande enligt patentkrav 3, kännetecknat av att sonden som hybridiserande sekvens innehäller en sekvens med identifikationsnr. 4 eller en sekvens som är komplementär med den. 25 5. Förfarande enligt patentkrav 4, kännetecknat av att sonden som hybridiserande sekvens innehäller en sekvens ur gruppen bestäende av sekvenser med identifikationsnr.
5 (Z310);
6 (Z311); 7 (Z312); 8 (Z313); 9 (Z314); 10 (Z315); 11 (Z316); 12 (Z317), och sekvenserna som är komplementära med nägon av föregäende sekvenser. . 30 6. Förfarande enligt patentkrav 1 eller 2, kännetecknat av ·· att oligonukleotidsonden kan hybridisera med ett omräde i mälsekvensen, vilket varierar i en sadan grad att det möjliggör urskiljning bland SOD-generna av olika arter av släktet mykobakterier.
7. Förfarande enligt patentkrav 6, kännetecknat av att 35 sonden under stringenta hybridiseringförhällanden kan hybridisera med ett artspecifikt omräde i SOD-genen hos arten Mi intracellulare. • · · 66 106804
8. Förfarande enligt patentkrav 7, kännetecknat avatt sonden innehäller sekvensen med identifikationsnr. 13 (Z303), eller en sekvens som är komplementär med den.
9. Förfarande enligt patentkrav 6, kännetecknat avatt 5 sonden under stringenta hybridiseringsförhällanden kan hybridisera med ett artspecifikt omräde i SOD-genen hos arten M avium och M, brunense.
10. Förfarande enligt patentkrav 9, kännetecknat avatt sonden innehaller sekvensen med identifikationsnr. 14 (Z301), eller en sekvens som är komplementär med den. 10
11. Förfarande enligt patentkrav 6, kännetecknat avatt sonden kan hybridisera med ett artspecifikt omräde i SOD-genen hos arten M. qordonae.
12. Förfarande enligt patentkrav 11, kännetecknat avatt sonden innehaller sekvensen med indentifikationsnr. 15 (Z366), eller en sek- 15 vens som är komplementär med den.
13. Förfarande enligt patentkrav 6, kännetecknat avatt sonden kan hybridisera med ett artspecifikt omräde i SOD-genen hos M. simiae.
14. Förfarande enligt patentkrav 13, kännetecknat avatt 20 sonden innehaller sekvensen med identifikationsnr. 16 (Z304), eller en sekvens som är komplementär med den.
15. Förfarande enligt patentkrav 6, kännetecknat avatt sonden kan hybridisera med ett artspecifikt omräde i SOD-genen hos arten M. tuberculosis. : 25
16. Förfarande enligt patentkrav 15, kännetecknat avatt sonden innehäller sekvensen med identifiktationsnr. 17 (Z336), 23 (Z337) eller 22 (Z302), eller en sekvens som är komplementär därmed.
17. Förfarande enligt patentkrav 6, kännetecknat avatt sonden kan hybridisera med ett artspecifikt omräde i SOD-genen hos arten JVL _____ 30 xenopi.
.· 18. Förfarande enligt patentkrav 17, kännetecknat avatt sonden innehäller sekvensen med identifikationsnr. 18 (Z309), eller en sekvens som är komplementär med den.
19. Förfarande enligt patentkrav 6, kännetecknat avatt 35 sonden kan hybridisera med ett artspecifikt omräde i SOD-genen hos arten kansasii. 67 106804
20. Förfarande enligt patentkrav 19, kännetecknat avatt sonden innehaller sekvensen med identifikationsnr. 19 (Z340), eller en sek-vens som är komplementär med den.
21. Förfarande enligt patentkrav 6, kännetecknat avatt 5 sonden kan hybidisera med ett artspecifikt omräde i SOD-genen hos arten M. scrofulaceum.
22. Förfarande enligt patentkrav 21, kännetecknat avatt son den innehaller sekvensen med identifikationsnr. 20 (Z306), eller en sek-vens som är komplementär med den. 10
23. Förfarande enligt patentkrav 6, kännetecknat avatt sonden kan hybridisera med att artspecifikt omräde i SOD-genen hos arten M. fortuitum.
24. Förfarande enligt patentkrav 23, kännetecknat av att sonden innehäller sekvensen med identifikationsnr. 21 (Z369), eller en sek- 15 vens som är komplementär med den.
25. Oligonukleotid, kännetecknad av att den kan hybridisera med en enkelsträngad nukleinsyrasekvens (mälsekvens) som kan erhällas genom att amplifiera och denaturera en del av en gen som kodar för ett superoxiddismutas (SOD) i en mykobakterieart genom att använda en 20 polymeraskedjereaktion (PCR) och ett primerpar, där den första primern innehaller sekvensen med identifikationsnr. 3 (Z261) som grundläggande sekvens och den andra primern innehaller en sekvens med identifikationsnr. 2 (Z212) som grundläggande sekvens.
26. Oligonukleotid enligt patentkrav 25, kännetecknad av i 25 att den kan hybridisera med ett omräde i mälsekvensen, vilket väsentligen har bevarats bland SOD-generna hos olika alter tillhörande släktet mykobakterier.
27. Oligonukleotid enligt patentkrav 26, kännetecknad av att den har sekvensen 30 5-GACAAGCCSA CSGGHGANYT SGCCGCVGCS ATCGMY-3' ♦ ,··, (sekv. id.nr. 4) där symbolen H betecknar T, C eller A, symbolen M betecknar A eller C, symbolen N betecknar A, C, G eller T, symbolen S betecknar C eller G, 35 symbolen V betecknar A, C eller G och symbolen Y betecknar C eller T, eller en sekvens som är komplementär därmed. • <· 106804
28. Oligonukleotid enligt patentkrav 27, kännetecknad av att den valts ur gruppen bestaende av sekvenserna med identifikationsnr. 5 (Z310); 6 (Z311); 7 (Z312); 8 (Z313); 9 (Z314); 10 (Z315); 11 (Z316); och 12 (Z317), och sekvenser som är komplementära med nägon av dem.
29. Oligonukleotid enligt patentkrav 25, kännetecknad av att den kan hybridisera med ett omräde i en mälsekvens, vilket varierar i en sadan grad att det möjliggör urskiljning bland SOD-generna av olika arter av mykobakteriesläktet.
30. Oligonukleotid enligt patentkrav 29, k ä n n e t e c k n a d av att 10 den kan hybridisera med ett artspecifikt omräde i SOD-genen hos arten M. intracellulare.
31. Oligonukleotid enligt patentkrav 30, kännetecknad av att den innehäller sekvensen med identifikationsnr. 13 (Z303), eller en sekvens som är komplementär med den.
32. Oligonukleotid enligt patentkrav 29, kännetecknad av att den kan hybridisera med ett artspecifikt omräde i SOD-genen hos arten M. avium och Mi brunense.
33. Oligonukleotid enligt patentkrav 32, kännetecknad av att den innehäller sekvensen med identifikationsnr. 14 (Z301), eller en 20 sekvens som är komplementär med den.
34. Oligonukleotid enligt patentkrav 29, kännetecknad av att den kan hybridisera med ett artspecifikt omräde i SOD-genen hos arten M. gordonae.
35. Oligonukleotid enligt patentkrav 34, kännetecknad av 25 att den innehäller sekvensen med identifikationsnr. 15 (Z366), eller en sekvens som är komplementär med den.
36. Oligonukleotid enligt patentkrav 29, kännetecknad av att den kan hybridisera med ett artspecifikt omräde i SOD-genen hos arten M. simiae.
37. Oligonukleotid enligt patentkrav 36, kännetecknad av ♦ .. att den innehäller sekvensen med identifikationsnr. 16 (Z304), eller en sekvens som är komplementär med den.
38. Oligonukleotid enligt patentkrav 29, kännetecknad av att den kan hybridisera med ett artspecifikt omräde i SOD-genen hos arten M 35 tuberculosis. 69 106804
39. Oligonukleotid enligt patentkrav 38, kännetecknad av att den innehäller sekvensen med identifikationsnr. 17 (Z336), 23 (Z337) eller 22 (Z302), eller en sekvens som är komplementär därmed.
40. Oligonukleotid enligt patentkrav 29, kännetecknad av 5 att den kan hybridisera med ett artspecifikt omräde i SOD-genen hos arten Ml xenopi.
41. Oligonukleotid enligt patentkrav 40, kännetecknad av att den innehäller sekvensen med identifikationsnr. 18 (Z309), eller en sekvens som är komplementär med den.
42. Oligonukleotid enligt patentkrav 29, kännetecknad av att den kan hybridisera med ett artspecifikt omräde i SOD-genen hos arten Ml kansasii.
43. Oligonukleotid enligt patentkrav 42, kännetecknad av att den innehäller sekvensen med identifikationsnr. 19 (Z340), eller en sek-15 vens som är komplementär med den.
44. Oligonukleotid enligt patentkrav 29 kännetecknad av att den kan hybridisera med ett artspecifikt omräde i SOD-genen hos arten M. scrofulaceum.
45. Oligonukleotid enligt patentkrav 44, kännetecknad av 20 att den innehäller sekvensen med identifikationsnr. 20 (Z306), eller en sekvens som är komplementär med den.
46. Oligonukleotid enligt patentkrav 29, kännetecknad av att den kan hybridisera med ett artspecifikt omräde i SOD-genen hos arten M. fortuitum. • 25
47. Oligonukleotid enligt patentkrav 46, kännetecknad av att av att den innehäller sekvensen med identifikationsnr. 21 (Z369), eller en sek- vens som är komplementär med den.
48. Sond, kännetecknad av att den som hybridiserande sek- vens innehäller en oligonukleotid enligt nägot av patentkraven 25 - 28.
49. En sondpol, kännetecknad av att den som hybridiserande sekvenser innehäller oligonukleotider enligt patentkrav 28.
50. Sond, kännetecknad av att den som hybridiserande sek- vens innehäller en oligonukleotid enligt nägot av patentkraven 29 - 47.
51. Primer, kännetecknad av att den som grundläggande 35 sekvens innehäller en sekvens som är väsentligen homolog med sekvensen Z 212. • c 70 106804
52. Primer, kännetecknad avatt den som grundläggande sek vens innehäller en sekvens som är väsentligen homolog med sekvensen Z261.
53. Primerpar, kännetecknat avatt den första primern 5 innehäller sekvensen Z261 sin grundläggande sekvens och den andra primern innehäller sekvensen Z212 som grundläggande sekvens.
54. Reagensset för att amplifiera en del av en gen som kodar superoxiddismutas (SOD), kännetecknat av att det innehäller en primer enligt patentkrav 51 och en primer enligt patentkrav 52.
55. Reagensset för att detektera arter av mykobakterier, känne tecknat av att det innehäller en sond enligt patentkrav 48 eller 49.
56. Reagensset för att urskilja olika arter tillhörande släktet mykobakterier, kännetecknat av att det innehäller en sond enligt patentkrav 50.
57. Reagensset enligt patentkrav 55 eller 56, kännetecknat av att det ytterligare innehäller en primer enligt patentkrav 51 och en primer enligt patentkrav 52. • r » > · • · ♦ t
FI934500A 1992-10-13 1993-10-12 Förfarande för detektering av mykobakterier och vid förfarandet användbara oligonukleotider ur SOD-gruppen FI106804B (sv)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
EP92810780 1992-10-13
EP92810780 1992-10-13

Publications (3)

Publication Number Publication Date
FI934500A0 FI934500A0 (fi) 1993-10-12
FI934500A FI934500A (fi) 1994-04-14
FI106804B true FI106804B (sv) 2001-04-12

Family

ID=8212004

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
FI934500A FI106804B (sv) 1992-10-13 1993-10-12 Förfarande för detektering av mykobakterier och vid förfarandet användbara oligonukleotider ur SOD-gruppen

Country Status (19)

Country Link
US (1) US5525463A (sv)
EP (1) EP0592894B1 (sv)
JP (1) JP2502035B2 (sv)
KR (1) KR970005053B1 (sv)
CN (1) CN1053472C (sv)
AT (1) ATE201716T1 (sv)
AU (1) AU662841B2 (sv)
BR (1) BR9304214A (sv)
CA (1) CA2108247C (sv)
DE (1) DE69330263T2 (sv)
DK (1) DK0592894T3 (sv)
ES (1) ES2158854T3 (sv)
FI (1) FI106804B (sv)
GR (1) GR3036435T3 (sv)
IL (1) IL107220A (sv)
NO (1) NO315664B1 (sv)
NZ (1) NZ248896A (sv)
PT (1) PT592894E (sv)
ZA (1) ZA937420B (sv)

Families Citing this family (18)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
FR2721617B1 (fr) * 1994-06-24 1996-09-06 Pasteur Institut Fragments d'acides nucléiques, dérivés du génome de Mycobacterium xenopi et leurs applications.
US5500341A (en) * 1994-09-19 1996-03-19 Becton, Dickinson And Company Species-specific detection of Mycobacterium kansasii
US6329139B1 (en) 1995-04-25 2001-12-11 Discovery Partners International Automated sorting system for matrices with memory
US6190658B1 (en) * 1998-05-08 2001-02-20 Webb-Waring Institute For Biomedical Research Genetically modified manganese superoxide dismutase for treating oxidative damage
US6384204B1 (en) * 1998-07-27 2002-05-07 Evan Samuel Deneris Reagents and methods for the screening of compounds useful in the treatment of neurological diseases
EP1135501A1 (en) 1998-12-01 2001-09-26 Aventis Pasteur Limited Chlamydia antigens and corresponding dna fragments and uses thereof
US6635470B1 (en) * 1999-01-08 2003-10-21 Applera Corporation Fiber array and methods for using and making same
US6066461A (en) * 1999-04-12 2000-05-23 Becton Dickinson And Company Amplification and detection of Campylobacter jejuni and Campylobacter coli
US6569650B1 (en) * 1999-08-13 2003-05-27 Degussa Ag Process for the fermentative preparation of metabolic products and for the nucleotide sequences encoding for the sod gene
GB0106949D0 (en) * 2001-03-20 2001-05-09 Norchip As Detection of mycobacteria
WO2002100293A2 (en) * 2001-06-13 2002-12-19 Webb-Waring Institute For Biomedical Research A diagnostic and prognostic method for evaluating ocular inflammation and oxidative stress and the treatment of the same
US6972329B2 (en) * 2001-11-15 2005-12-06 Whatman, Inc. Materials and methods for releasing genetic material
US20060189893A1 (en) * 2005-01-06 2006-08-24 Diamics, Inc. Systems and methods for detecting abnormal cells
US20060161076A1 (en) * 2005-01-06 2006-07-20 Diamics, Inc. Systems and methods for collection of cell clusters
GB0526033D0 (en) * 2005-12-21 2006-02-01 Bioeos Ltd Method
CA2618289A1 (en) * 2007-04-19 2008-10-19 Christoph Kluge Detection method of non-tuberculosis mycobacteria
ES2603380B1 (es) 2017-01-17 2017-09-12 Ox-Cta, S.L. Equipo y procedimiento de detección de protozoos
KR102483837B1 (ko) * 2022-05-17 2023-01-03 (주) 현대알루미늄 파이프 주조 장치 및 이를 이용하여 제조된 파이프조립체

Family Cites Families (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5597911A (en) * 1989-09-06 1997-01-28 Institut Pasteur Mycobacterial nucleic acid hybridization probes and methods of use
GB9020621D0 (en) * 1990-09-21 1990-10-31 Imp Cancer Res Tech Identification of organisms
DE69132830T2 (de) * 1990-10-05 2002-07-18 Hoffmann La Roche Verfahren und Reagentien für die Identifikation von Bakterien

Also Published As

Publication number Publication date
NZ248896A (en) 1995-09-26
KR970005053B1 (ko) 1997-04-11
ZA937420B (en) 1994-04-13
CN1085957A (zh) 1994-04-27
FI934500A (fi) 1994-04-14
CA2108247A1 (en) 1994-04-14
NO933678D0 (no) 1993-10-12
BR9304214A (pt) 1994-06-07
CA2108247C (en) 2001-08-14
NO315664B1 (no) 2003-10-06
CN1053472C (zh) 2000-06-14
KR940009336A (ko) 1994-05-20
ATE201716T1 (de) 2001-06-15
US5525463A (en) 1996-06-11
EP0592894B1 (en) 2001-05-30
DK0592894T3 (da) 2001-08-06
JP2502035B2 (ja) 1996-05-29
EP0592894A1 (en) 1994-04-20
NO933678L (no) 1994-04-14
AU4891993A (en) 1994-05-19
IL107220A (en) 2000-08-13
GR3036435T3 (en) 2001-11-30
DE69330263T2 (de) 2002-04-25
IL107220A0 (en) 1994-01-25
FI934500A0 (fi) 1993-10-12
DE69330263D1 (de) 2001-07-05
PT592894E (pt) 2001-11-30
AU662841B2 (en) 1995-09-14
JPH06197769A (ja) 1994-07-19
ES2158854T3 (es) 2001-09-16

Similar Documents

Publication Publication Date Title
FI106804B (sv) Förfarande för detektering av mykobakterier och vid förfarandet användbara oligonukleotider ur SOD-gruppen
US6025132A (en) Probes targeted to rRNA spacer regions, methods and kits for using said probes, for the detection of respiratory tract pathogens
Zolg et al. The superoxide dismutase gene, a target for detection and identification of mycobacteria by PCR
EP0571911B1 (en) Mycobacteria probes
AU702237B2 (en) Universal targets for species identification
EP0528306B1 (en) Mycobacterium primer pair
CA2126250C (en) Method, reagents and kits for the detection of neisseria gonorrhoeae
US5422242A (en) Mycobacterium primers and probes
EP0619375B1 (en) Detection and identification of mycobacteria
EP0707075B1 (en) Species-specific detection of Mycobacterium kansasii
EP0512342A2 (en) Methods and reagents for gamma-globin typing

Legal Events

Date Code Title Description
MA Patent expired