ES2746971T3 - Composiciones y procedimientos para el tratamiento de infecciones por burkholderia - Google Patents

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Abstract

Una composición de anticuerpos anti-IHF para (i) su uso en el tratamiento o prevención de la recurrencia de una infección por Burkholderia en un paciente con Fibrosis Quística (CF) que lo necesite, (ii) su uso en el tratamiento de una infección o enfermedad causada por Burkholderia en un paciente con CF infectado con Burkholderia, en la que el anticuerpo reconoce específicamente y se une a la secuencia de aminoácidos RPGRNPKTGDVVPVSARRVV.

Description

DESCRIPCIÓN
Composiciones y procedimientos para el tratamiento de infecciones por burkholderia
Antecedentes
A lo largo de esta divulgación, las referencias, tales como publicaciones técnicas, científicas y de patentes, se indican entre paréntesis. Esta información se incorpora por referencia en su totalidad en la presente divulgación para describir más completamente el estado de la técnica y respaldar el asunto objeto reivindicado.
La fibrosis quística (CF) es el trastorno letal hereditario más común que afecta a los caucásicos (Campana et al. (2004) J. Cyst. Fibros. 3: 159-163). El mayor impacto de este trastorno genético es la incapacidad de los pacientes con CF para erradicar los patógenos bacterianos de sus pulmones. Como resultado, se desarrolla un estado infeccioso crónico, el cual incluye un círculo vicioso de proliferación bacteriana seguido de retirada hacia un estado de biopelícula extracelular adherido y/o invasión de células huésped locales. Con cada ciclo de proliferación aguda, se provoca una respuesta intensa del huésped, y en un intento por eliminar estas infecciones, la respuesta inflamatoria excesivamente exuberante causa daño a los tejidos pulmonares, dando como resultado cicatrices que deterioran la función pulmonar y a menudo son fatales. Incluso hoy, al menos el 90 % de los pacientes con CF muere por insuficiencia respiratoria. Las modalidades de tratamiento actuales dependen en gran medida del uso de antibióticos, sin embargo, ciertos patógenos siguen siendo altamente recalcitrantes al tratamiento con antibióticos, un fenotipo al que contribuye significativamente su capacidad de residir dentro de una biopelícula. Una vez que se produce la formación de biopelículas y se establece la infección en el pulmón con CF, la erradicación de bacterias es rara (George et al. (2009) FEMS Microbiol. Lett. 300: 153-164).
Mientras que el principal patógeno en pacientes adultos con CF es Pseudomonas aeruginosa, entre los patógenos asociados con CF más nocivos están los miembros del complejo Burkholderia cepacia (Bcc), y quizás el miembro más virulento sea Burkholderia cenocepacia, un patógeno oportunista Gram negativo. De las 17 especies formalmente nombradas dentro del complejo, B. multivorans y B. cenocepacia dominan en la CF (Simpson et al. (1994) J. Antimicrob. Chemother. 34:353-361; Butler et al. (1995) J. Clin. Microbiol. 33:1001-1004; Castellani et al. (1995) Arch Dis Child 73:276; LiPuma et al. (1995) N. Engl. J. Med. 332:820-821) que representan aproximadamente 85-97 % de todas las infecciones de Burkholderia. Si bien los pacientes con CF infectados con cualquier especie de Bcc a menudo tienen un pronóstico desfavorable, la infección por B. cenocepacia se considera más grave y se asocia tanto con una menor supervivencia como con un mayor riesgo de desarrollar un “síndrome de cepacia” mortal (Simpson et al. (1994) J. Antimicrob. Chemother. 34:353-361; Butler et al. (1995) J. Clin. Microbiol. 33:1001-1004; Castellani et al. (1995) Arch. Dis. Child. 73:276; LiPuma et al. (1995) N. Engl. J. Med. 332:820-821; Burns et al. (1999) Pediatr. Infect. Dis. J. 18:155-156; Hopkins et al. (2009) Am. J. Respir. Crit. Care Med. 179:257-258; De Soyza et al. (2010) J. Heart. Lung Transplant 29:1395-1404; Nash et al. (2010) Transpl. Infect. Dis. 12:551-554). B. cenocepacia es intrínsecamente resistente a las polimixinas, aminoglucósidos y la mayoría de los p-lactámicos, y puede desarrollar resistencia a esencialmente todas las clases de fármacos antimicrobianos (Aaron et al. (2000) Am. J. Respir. Crit. Care Med. 161:1206-1212; Golini et al. (2006) Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 25:175-180; Dubarry et al. (2010) Appl. Environ. Microbiol. 76:1095-1102).
B. cenocepacia ganó notoriedad como patógeno en la CF porque es difícil de identificar y tratar, y también debido a su capacidad de propagarse fácilmente entre las personas con CF. Incluso fuera de la CF, se ha demostrado que las cepas epidémicas altamente transmisibles de B. cenocepacia contaminan los entornos sanitarios y se propagan nosocomialmente (Graindorge et al. (2010) Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 66: 29-40). También es probable que la B. cenocepacia resistente a múltiples fármacos pueda transferir mecanismos de resistencia a otros microbios presentes dentro de las vías respiratorias humanas, y particularmente a los que co-colonizan el pulmón con CF. Esta suposición está respaldada por la observación de que 25-45 % de los pacientes adultos con CF están infectados crónicamente con múltiples bacterias resistentes a múltiples fármacos (Lechtzin et al. (2006) Respiration 73: 27-33).
La patogénesis de la enfermedad de las vías respiratorias con CF es multifactorial e incluye actividad antimicrobiana defectuosa en las secreciones de las vías respiratorias, aclaramiento mucociliar alterado, función anormal de la glándula submucosa y sobreproducción de especies reactivas al oxígeno (ROS). La inflamación crónica es más importante para la patogénesis de la CF como consecuencia de las infecciones pulmonares y conduce al daño pulmonar que resulta en el 85 % de las muertes. Una contribución adicional a la patología pulmonar mejorada observada en pacientes con CF es una superabundancia de macrófagos alveolares secretores de citoquinas. Los mediadores proinflamatorios tales como IL-1p, IL-8, TNF-a e IL-10 antiinflamatorio se detectan en pacientes con CF, incluso en pacientes jóvenes en ausencia de infección con cultivo positivo. Además, mientras que los macrófagos alveolares típicamente engloban a los microbios que obtienen acceso a los pulmones, los encierran en vacuolas las cuales se fusionan con los lisosomas donde los contenidos se degradan y eliminan mediante un proceso llamado autofagia, los macrófagos con CF son defectuosos en este sentido. Esta autofagia débil inherente (Luciani et al. (2010) Nat. Cell. Biol. 12: 863-875; Luciani et al. (2011) Autophagy 7: 104-106; Luciani et al. (2012) Autophagy 8) es además aumentada por la capacidad de B. cenocepacia para subregular las moléculas esenciales de autofagia (Abdulrahman et al. (2011) Autophagy 7: 1359-1370).
El documento WO 2011/123396 divulga polipéptidos recombinantes para su uso en la vacunación de individuos que padecen enfermedades de biopelícula crónicas o recurrentes y como agente terapéutico para aquellos con infecciones existentes.
El documento WO212/034090 divulga procedimientos para descomponer una biopelícula, o inhibir, prevenir o tratar una infección microbiana que produce una biopelícula, que implica la administración de un polipéptido que tiene uno o más dominios de caja h Mg .
Gustave et al, Journal of Cystic Fibrosis, volumen 12, páginas 384-389, divulga el objetivo de los factores del huésped de integración bacteriana para destruir las biopelículas asociadas con la fibrosis quística. Brandstetter et al., The Laryngoscope, vol. 1233, páginas 2626-2632 divulga anticuerpos dirigidos contra factores del huésped de integración que median la eliminación de biopelículas de la nasopore. Estrella et al., Pharmaceuticals, volumen 3, páginas 1374-1393 describe una combinación de compuestos para el control de biopelículas y antibióticos como una forma de controlar las infecciones por biopelículas. Govan et al., Microbiol. Rev. tomo 60, páginas 539-574 describe la participación de Pseudomonas aeruginosa mucoide y Burkholderia cepacia en la patogénesis microbiana de la fibrosis quística.
La infección de un paciente con CF con B. cenocepacia se considera una sentencia de muerte virtual ya que estos pacientes son extremadamente difíciles de tratar y tampoco son elegibles para el trasplante de pulmón, a menudo su último recurso para salvar vidas. Por lo tanto, la necesidad de desarrollar enfoques novedosos y altamente efectivos para erradicar B. cenocepacia de los pulmones de pacientes con CF, así como de entornos médicos, no puede subestimarse. Esta invención satisface esta necesidad y también proporciona ventajas relacionadas.
Sumario de la divulgación
Los inventores han identificado un objetivo proteico para el desarrollo de un enfoque novedoso para el tratamiento de las infecciones por CF. Esta proteína objetivo, un miembro de la familia DNABII de proteínas de unión al ADN, es esencial para la formación de biopelículas y la estabilidad de múltiples patógenos humanos (Goodman et al. (2011) Mucosal Immunol. 4: 625-637; Justice et al. (2012) PLoS One 7: e48349; Gustave et al. (2012) J. Cyst. Fibros.) debido a su contribución al entramado estructural del ADN extracelular (ADNe) dentro de estas comunidades bacterianas. La familia DNABII es miembro de una clase de proteínas denominadas proteínas asociadas a nucleoides (NAPs), proteínas bacterianas que, en parte, dan forma al nucleoide bacteriano intracelular (Browning et al. (2010) Curr. Opin. Microbiol. 13: 773 -780). Además, esta familia es ubicua, expresada por prácticamente todas las eubacterias. Todos los miembros de la familia caracterizados hasta la fecha funcionan bien sea como un homodímero o heterodímero de subunidades. La familia se divide en dos tipos, HU (proteína similar a histona) e IHF (factor huésped de integración) con B. cenocepacia capaz de expresar ambos (genes de la cepa J2315: BCAL3530, hupA; BCAL1585, hupB; BCAL1487, ihfA y BCAL2949, ihfb ) La principal distinción entre estos miembros de la familia es que HU se une al ADN de manera independiente de la secuencia, mientras que IHF se une a una secuencia de consenso [WATCAANNNNTTR donde W es A o T y R es una purina, SEQ ID No .36) conservada en todos los géneros (Swinger et al. (2004) Curr. Opin. Struct. Biol. 14: 28-35)]. Todas las proteínas DNABII se unen y doblan el ADN considerablemente, por ejemplo E. coli IHF puede doblar el ADN en un giro en U virtual (Rice et al. (1996) Cell 87: 1295-1306). Además, todos los miembros de la familia tienen preferencia por las estructuras de ADN previamente dobladas o curvadas, por ejemplo uniones de Holliday, una estructura de tipo cruciforme central para la recombinación de ADN. De hecho, las proteínas DNABII funcionan como factores accesorios que facilitan todas las funciones intracelulares del ADN, incluida la expresión génica, la recombinación, la reparación y la replicación (Swinger et al. (2004) Curr. Opin. Struct. Biol. 14: 28-35).
En los últimos 20 años, múltiples investigadores descubrieron que estas proteínas también existen extracelularmente (Gao (2000) Los Ángeles: Universidad del Sur de California University of Southern California; Winters et al. (1993) Infect. Immun. 61:3259-3264; Lunsford et al. (1996) Curr. Microbiol. 32:95-100; Boleij et al. (2009) Infect. Immun.
77:5519-5527). Hasta la fecha, se han descrito tres funciones extracelulares. Primero, se demuestra que la HU estreptocócica provoca una potente respuesta inmune innata inflamatoria al inducir la liberación de TNFa e interleucina-1 (Zhang et al. (1999) Infect. Immun. 67: 6473-6477). De manera interesante, B. cenocepacia induce daño periférico al exacerbar la producción de IL-1p a través del receptor del huésped Pyrin por un mecanismo aún desconocido (Gavrilin et al. (2012) Immunol. 188: 3469-3477; Kotrange et al. (2011) J. Leukoc. Biol. 89: 481-488). En este sentido, aún no se ha probado el papel extracelular de los miembros de la familia DNABII para B. cenocepacia. En segundo lugar, las proteínas extracelulares de DNABII se unen a la laminina y se cree que provocan el contacto directo con las células huésped (Winters et al. (1993) Infect. Immun. 61: 3259-3264). En tercer lugar, se sabe que las proteínas DNABII estabilizan la integridad estructural del ADNe dentro de la matriz o sustancia polimérica extracelular (o EPS) de la biopelícula de múltiples patógenos (Goodman et al. (2011) Mucosal Immunol. 4: 625-637). Los antisueros dirigidos contra estas proteínas son suficientes para desestabilizar las biopelículas, dando como resultado la exposición/liberación de las bacterias residentes, sensibilizándolas así a la acción tanto de los antimicrobianos como de los efectores del sistema inmune (Goodman et al. (2011) Mucosal Immunol. 4: 625 -637). Recientemente, también se ha demostrado que ambas subunidades de IHF son necesarias para una colonización eficiente de la vejiga urinaria por E. coli uropatógena y, además, que ambas subunidades de IHF influyen en la arquitectura comunitaria de las comunidades bacterianas intracelulares (Justice et al. (2012) PLoS One 7 : e48349). Sin pretender limitarse a ninguna teoría y considerando la abundancia de ADNe dentro de una biopelícula inducida por B. cenocepacia, los inventores investigaron si existía un papel para la familia de proteínas DNABII en la estabilización de estas biopelículas y, por lo tanto, si esta familia de proteínas sirve como un objetivo para la intervención terapéutica. Además, la presencia de proteínas DNABII extracelulares, quizás en asociación con células bacterianas, podría influir en la interacción de B. cenocepacia con las células huésped y particularmente con su reservorio primario, el macrófago.
Por lo tanto, después de la investigación y el estudio, los inventores del presente documento divulgan un enfoque inmunoterapéutico que se dirige a las proteínas DNABII, y particularmente cuando se acopla con los agentes terapéuticos convencionales existentes, se encontró que es altamente efectivo tanto para reducir el volumen de las biopelículas formadas por B. cenocepacia así como para producir las bacterias ahora liberado de la biopelícula EPS susceptible a la acción de los antibióticos. Los procedimientos pueden usarse para disminuir y erradicar reservorios de B. cenocepacia de los pulmones de pacientes con CF. Además, se muestra que este procedimiento previene la recurrencia de la enfermedad de CF al inhibir la capacidad de B. cenocepacia de multiplicarse dentro de los macrófagos aislados de ratones con CF, un modelo animal importante de CF en humanos.
Por lo tanto, en un aspecto, se proporciona una composición de anticuerpos para (i) usar en el tratamiento o prevenir la recurrencia de una infección por Burkholderia en un paciente con Fibrosis Quística (CF) que lo necesite, (ii) usar en el tratamiento de una infección o enfermedad causada por Burkholderia en un paciente con CF infectado con Burkholderia, en el que el anticuerpo reconoce y se une específicamente a la secuencia de aminoácidos RPGRNPKTGDVVPVSARRVV.
En otro aspecto, la invención proporciona un péptido aislado que consiste en la secuencia RPGRNPKTGDVVPVSARRVV y que opcionalmente comprende además un marcador adyuvante o detectable, así como un anticuerpo aislado que reconoce y une específicamente ese péptido, siendo el anticuerpo opcionalmente un anticuerpo policlonal, un anticuerpo monoclonal o un fragmento de unión a antígeno del mismo, que opcionalmente comprende además un vehículo farmacéuticamente aceptable. La invención también proporciona una línea celular de hibridoma que produce el anticuerpo monoclonal y un polinucleótido aislado que codifica un péptido o el anticuerpo.
También se describe un procedimiento para tratar o prevenir la recurrencia de una infección microbiana en un paciente con CF o en un paciente en riesgo de desarrollar la infección microbiana, que comprende, o alternativamente que consiste esencialmente, o que consiste aún además en administrar al sujeto una cantidad efectiva de un agente interferente, tratando o previniendo así la recurrencia de una infección microbiana en el paciente con CF.
Los agentes interferentes se pueden combinar con antimicrobianos para complementar además la terapia, por ejemplo, ceftazidima, ciprofloxacina, imipenem y minociclina. Por lo tanto, cualquiera de los procedimientos anteriores puede comprender adicionalmente, o consistir esencialmente en, o aún además consistir en la administración o contacto con una cantidad efectiva del antimicrobiano, por ejemplo, ceftazidima, ciprofloxacina, imipenem y minociclina. La administración o contacto del agente interferente se realiza en ausencia de un tratamiento con DNasa. El tratamiento con ADNsa que se excluye de la terapia comprende una enzima que cataliza la escisión de los enlaces fosfodiéster en el esqueleto del ADN. Tres ejemplos no limitantes de enzimas DNasa que se sabe que direccionan no solo las estructuras cruciformes, sino también una variedad de estructuras secundarias de ADN incluyen ADNsa I, T4 EndoVII y T7 Endo I. El tratamiento con DNasa que se excluye de la terapia comprende, o consiste esencialmente en, o consiste aún además en, Pulmozyme®, (dornase alpha; Genentech, Inc.).
Un agente que ocluye superficies críticas que son necesarias para la persistencia intercelular, interfiere o impide la unión del a Dn microbiano a la proteína o polipéptido DNABII incluyen:
(a) un polipéptido del factor huésped de integración (IHF) aislado o recombinante o un fragmento o un equivalente de cada uno de los mismos;
(b) una proteína o polipéptido aislado o recombinante identificado en la Tabla 1, Tabla 2, el fragmento de Arm identificado en la Tabla 2, Tabla 3 o un péptido de unión a ADN identificado en la Figura 9, o un fragmento o un equivalente de cada uno de los mismos;
(c) un polipéptido aislado o recombinante de la SEQ ID NO. 1 a 33 o un equivalente del mismo, o un fragmento o un equivalente de cada uno de los mismos;
(d) un polipéptido c-terminal aislado o recombinante de la SEQ ID NO. 5 hasta 11, 28, 29 o los identificados en la Tabla 1, o un fragmento o un equivalente de cada uno de los mismos;
(e) un polipéptido que compite con u ocluye superficies críticas sin desplazamiento o un factor huésped de integración al unirse a un ADN microbiano;
(f) un polinucleótido de unión de cuatro vías que se asemeja a una unión de Holliday, un polinucleótido de unión de 3 vías que se asemeja a una horquilla de replicación, un polinucleótido que tiene flexibilidad inherente o polinucleótido doblado;
(g) un polinucleótido aislado o recombinante que codifica uno cualquiera de (a) hasta (e);
(h) un fragmento de unión a anticuerpo o antígeno que reconoce o se une específicamente a uno cualquiera de (a) hasta (e), o un equivalente o fragmento de cada uno de los mismos;
(i) un polinucleótido aislado o recombinante que codifica el anticuerpo o fragmento de unión a antígeno de (h); y (j) una molécula pequeña que compite con la unión de una proteína o polipéptido de ADN BII a un ADN microbiano.
Un polipéptido aislado o recombinante que consiste esencialmente en una secuencia de aminoácidos seleccionada de la SEQ ID NO. 1 a 5 o 12 a 27 o 30 a 33, o se describe un péptido de unión a ADN identificado en la Figura 9. Los procedimientos se llevan a cabo con un polipéptido aislado o recombinante que comprende, o alternativamente que consiste esencialmente, o que consiste aún además en la SEQ ID NO. 1 o 2, con la condición de que el polipéptido no sea ninguno de la SeQ ID NO. 6 a 11, 28 o 29.
Los procedimientos se llevan a cabo con un polipéptido aislado o recombinante que comprende, o alternativamente que consiste esencialmente, o que consiste aún además en la SEQ ID NO. 3, 4 o 5, con la condición de que el polipéptido no sea ninguno de la SEQ ID NO. 6 a 11, 28 o 29.
Los procedimientos se llevan a cabo con un polipéptido aislado o recombinante que comprende, o alternativamente que consiste esencialmente, o que consiste aún además en la SEQ ID NO. 12, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 30 o 32, con la condición de que el polipéptido no sea ninguno de la SEQ ID NO. 6 a 11, 28 o 29.
Los procedimientos se realizan con un polipéptido aislado o recombinante que comprende, o alternativamente que consiste esencialmente en, o que consiste aún además en la SEQ ID NO. 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 31 o 33, con la condición de que el polipéptido no sea ninguno de la SEQ ID NO. 6 a 11, 28 o 29.
Los procedimientos se llevan a cabo con un polipéptido aislado o recombinante que comprende, o alternativamente que consiste esencialmente, o que consiste aún además en la SEQ ID NO. 12 y 13 o 14 y 15 o 16 y 17 o 18 y 19 o 20 y 21 o 22 y 23 o 24 y 25, o 26 y 27 o 30 y 31 o 32 y 33, con la condición de que el polipéptido no sea ninguno de la SEQ ID NO. 6 a 11, 28 o 29.
Los procedimientos se realizan con un polipéptido aislado o recombinante que comprende, o alternativamente que consiste esencialmente, o que consiste aún además en la región c-terminal o péptido del polipéptido del grupo de un polipéptido de ADN BII, un polipéptido IHF, SEQ ID NO. 6 a 11, 28, 29 o los identificados en la Tabla 1, o un fragmento o un equivalente de cada uno de los mismos.
Los ejemplos no limitantes adicionales de agentes que se pueden usar en los procedimientos descritos incluyen:
(a) un polipéptido del factor huésped de integración aislado o recombinante (IHF) o un fragmento o un equivalente de cada uno de los mismos;
(b) una proteína de tipo histona aislada o recombinante del polipéptido de la cepa U93 (HU) de E. coli o un fragmento o un equivalente de cada uno de los mismos;
(c) una proteína o polipéptido aislado o recombinante identificado en la Tabla 1, Tabla 2, el fragmento de Arm identificado en la Tabla 2, Tabla 3, Tabla 4 o un péptido de unión a ADN identificado en la FIG. 9, o un fragmento o un equivalente de cada uno de los mismos;
(d) un polipéptido aislado o recombinante de la SEQ ID NO. 1 a 348, o un fragmento o un equivalente de cada uno de los mismos;
(e) un polipéptido C-terminal aislado o recombinante de la SEQ ID NO. 6 hasta 11, 28, 29, 42 a 100, la Tabla 1 o aquellos polipéptidos C-terminales identificados en la Tabla 4 o un fragmento o un equivalente de cada uno de los mismos;
(f) un polipéptido o polinucleótido que compite con un factor huésped de integración en la unión a un ADN microbiano;
(g) un polinucleótido de unión de cuatro vías que se asemeja a una unión de Holliday, un polinucleótido de unión de 3 vías que se asemeja a una horquilla de replicación, un polinucleótido que tiene flexibilidad inherente o polinucleótido doblado;
(h) un polinucleótido aislado o recombinante que codifica uno cualquiera de (a) hasta (f) o un polinucleótido aislado o recombinante de la SEQ NO. 36 o un equivalente de cada uno de los mismos, o un polinucleótido que híbrida bajo condiciones restrictivas con el polinucleótido, su equivalente o su complemento;
(i) un fragmento de unión a anticuerpo o antígeno que reconoce o se une específicamente a cualquiera de (a) hasta (f), o un equivalente o fragmento de cada anticuerpo o fragmento de unión a antígeno del mismo;
(j) un polinucleótido aislado o recombinante que codifica el anticuerpo o fragmento de unión a antígeno de (i) o su complemento; o
(k) una molécula pequeña que compite con u ocluye la unión de una proteína o polipéptido DNABII a un ADN microbiano.
También se describe en el presente documento un procedimiento para inducir una respuesta inmune o conferir inmunidad pasiva en un sujeto con CF que lo necesita, que comprende, o alternativamente que consiste esencialmente o que consiste aún además en administrar al sujeto con CF una cantidad efectiva de uno o más agentes del grupo:
(a) un polipéptido del factor huésped de integración aislado o recombinante (IHF), o un fragmento o un equivalente de cada uno de los mismos;
(b) una proteína de tipo histona aislada o recombinante del polipéptido de la cepa U93 (HU) de E. coli o un fragmento o un equivalente de cada uno de los mismos;
(c) un polipéptido de proteína aislado o recombinante identificado en la Tabla 1, Tabla 2, el fragmento de Arm identificado en la Tabla 2, Tabla 3, Tabla 4, o un péptido de unión a ADN identificado en la Figura 9, o un fragmento o un equivalente de cada uno de los mismos;
(d) un polipéptido aislado o recombinante de la SEQ ID NO. 1 a 348, o un fragmento o un equivalente del mismo;
(e) un polipéptido C-terminal aislado o recombinante de la SEQ ID NO. 6 hasta 11, 28, 29, 42 a 100, la Tabla 1 o aquellos polipéptidos C-terminales identificados en la Tabla 4 o un fragmento o un equivalente de cada uno de los mismos;
(f) un polinucleótido aislado o recombinante que codifica cualquiera de (a) hasta (e) o un polinucleótido aislado o recombinante de la SEQ ID NO. 36 o un equivalente de cada uno de los mismos, o un polinucleótido que hibrida bajo condiciones restrictivas con el polinucleótido, su equivalente o su complemento;
(g) un anticuerpo o fragmento de unión a antígeno que reconoce o se une específicamente a cualquiera de (a) hasta (e), o un equivalente o fragmento de cada uno de los mismos;
(h) un polinucleótido aislado o recombinante que codifica el anticuerpo o fragmento de unión a antígeno de (g); (i) una célula presentadora de antígeno pulsada con uno cualquiera de (a) hasta (e); y
(j) una célula presentadora de antígeno transfectada con uno o más polinucleótidos que codifican uno cualquiera de (a) hasta (e).
Los sujetos que necesitan tal respuesta o apoyo inmunitario incluyen aquellos en riesgo de padecer o que padecen una infección que produce una biopelícula microbiana.
También se describen en el presente documento polinucleótidos, polipéptidos y anticuerpos, fragmentos de unión a antígeno y composiciones para usar en los procedimientos anteriores, cuyos ejemplos no limitantes se analizan a continuación.
Se describe un polipéptido aislado o recombinante que comprende, o alternativamente que consiste esencialmente en, una secuencia de aminoácidos seleccionada de la SEQ ID NO. 1 a 5 o 12 a 27, 30 a 35, 101-348 o un péptido de unión a ADN identificado en la FIG. 9.
Se describe un polipéptido aislado o recombinante que comprende, o alternativamente que consiste esencialmente en, o aún además que consiste en la SEQ ID NO. 1 o 2, con la condición de que el polipéptido no sea ninguno de la SEQ ID NO. 6 a 11,28, 29 o a 100.
Se describe un polipéptido aislado o recombinante que comprende, o alternativamente que consiste esencialmente en, o aún además que consiste en la SEQ ID NO. 3, 4 o 5, con la condición de que el polipéptido no sea ninguno de la SEQ ID NO. 6 a 11, 28, 29 o 42 a 100.
Se describe un polipéptido aislado o recombinante que comprende, o alternativamente que consiste esencialmente en, o aún además, que consiste en la SEQ ID NO. l2, 14, 16, 18, 20, 22, 24, 26, 30 o 32, con la condición de que el polipéptido no pertenezca a la SEQ ID NO. 6 a 11,28, 29 o 42 a 100.
Se describe un polipéptido aislado o recombinante que comprende, o alternativamente que consiste esencialmente en, o aún además que consiste en la SEQ ID NO. 13, 15, 17, 19, 21, 23, 25, 27, 31 o 33, con la condición de que el polipéptido no pertenezca a la SEQ ID NO. 6 a 11,28, 29 o 42 a 100.
Se describe un polipéptido aislado o recombinante que comprende, o alternativamente que consiste esencialmente en, o aún además que consiste en la SEQ ID NO. 337, 338, 339 o 340, con la condición de que el polipéptido no sea ninguno de la SEQ ID NO, 6 a 11, 28, 29 o 42 a 100.
Se describe un polipéptido aislado o recombinante que comprende, o alternativamente que consiste esencialmente en, o aún además, que consta de la SEQ ID NO. 12 y 13 o 14 y 15 o 16 y 17 o 18 y 19 o 20 y 21 o 22 y 23 o 24 y 25, o 26 y 27 o 30 y 31 o 32 y 33, con la condición de que el polipéptido no sea ninguno de la s Eq ID NO. 6 a 11, 28, 29 o 42 a 100.
Se describe un polipéptido aislado o recombinante que comprende, o alternativamente que consiste esencialmente en, o aún además que consiste en, la región C-terminal que contiene al menos 10, o alternativamente al menos 15, o alternativamente al menos 20, o alternativamente al menos 25, o alternativamente al menos 30, aminoácidos C-terminales de un polipéptido del grupo de un polipéptido DNABII, un polipéptido IHF, un polipéptido HU, SEQ ID NO.
6 a 11, 28, 29 o aquellos identificados en la Tabla 1, Tabla 2, el fragmento de Arm identificado en la Tabla 2, Tabla 4 o un fragmento o un equivalente de cada uno de los mismos, o un polipéptido de las SEQ ID NOs.: 337 a 340, o un equivalente del mismo.
Se describe un polipéptido o polinucleótido aislado o recombinante del grupo de:
un polipéptido que comprende la SEQ ID NO. 12 y 13;
un polipéptido que comprende la SEQ ID NO. 14 y 15;
un polipéptido que comprende la SEQ ID NO. 16 y 17;
un polipéptido que comprende la SEQ ID NO. 18 y 19;
un polipéptido que comprende la SEQ ID NO. 20 y 21;
un polipéptido que comprende la SEQ ID NO. 23 y 24;
un polipéptido que comprende la SEQ ID NO. 25 y 26;
un polipéptido que comprende la SEQ ID NO. 30 y 31;
un polipéptido que comprende la SEQ ID NO. 32 y 33;
un polipéptido que comprende la SEQ ID NO. 34 y 35;
un polipéptido que comprende la SEQ ID NO. 337 y 338; o
un polipéptido que comprende la SEQ ID NO. 339 y 340;
un polinucleótido o polipéptido que comprende la SEQ ID NOS. 341 a 348;
con la condición de que el polipéptido no sea de tipo silvestre de uno cualquiera de IHF alfa, IHF beta o la SEQ ID NO. 6 a 11,28, 29 o 42 a 100.
Se describe un polinucleótido o polipéptido aislado o recombinante del grupo de:
un polipéptido que consiste esencialmente en la SEQ ID NO. 12 y 13;
un polipéptido que consiste esencialmente en la SEQ ID NO. 14 y 15;
un polipéptido que consiste esencialmente en la SEQ ID NO. 16 y 17;
un polipéptido que consiste esencialmente en la SEQ ID NO. 18 y 19;
un polipéptido que consiste esencialmente en la SEQ ID NO. 20 y 21;
un polipéptido que consiste esencialmente en la SEQ ID NO. 23 y 24;
un polipéptido que consiste esencialmente en la SEQ ID NO. 25 y 26;
un polipéptido que consiste esencialmente en la SEQ ID NO. 30 y 31;
un polipéptido que consiste esencialmente en la SEQ ID NO. 32 y 33;
un polipéptido que consiste esencialmente en la SEQ ID NO. 34 y 35;
un polipéptido que consiste esencialmente en la SEQ ID NO. 337 y 338; o
un polipéptido que consiste esencialmente en la SEQ ID NO. 339 y 340;
un polinucleótido o polipéptido que consiste esencialmente en uno cualquiera de la SEQ ID NOS. 341 a 348;
con la condición de que el polipéptido no sea de tipo silvestre de cualquiera de IHF alfa, IHF beta o SEQ ID NO. 6 a 11,28, 29 o 42 a 100.
También se describen polipéptidos aislados o recombinantes que comprenden, o que consisten alternativamente esencialmente o aún además, consisten en dos o más, o tres o más o cuatro o más, o múltiplos de los polipéptidos aislados identificados anteriormente, incluidos fragmentos y equivalentes de los mismos. Ejemplos de tales incluyen polipéptidos aislados que comprenden la SEQ ID NO. 1 a 4 y/o 12 a 29, y/o 30 a 33, y/o 30 a 35, por ejemplo, SEQ ID No .1 y 2, o alternativamente 1 y 3 o alternativamente 1 y 4, o alternativamente 2 y 3, o alternativamente SEQ ID NO. 1, 2 y 3 o alternativamente, 2, 3 y 4, o alternativamente 1, 3 y 4 o polipéptidos equivalentes, ejemplos de los cuales se muestran en la Tabla 2 y específicamente el fragmento Arm identificado en la Tabla 2 o un equivalente de los mismos, o un polipéptido de las SEQ ID NOs: 337 a 340, o un equivalente de los mismos. Los polipéptidos pueden estar en cualquier orientación, por ejemplo, SEQ ID NO. 1, 2 y 3 o SEQ ID NO. 3, 2 y 1 o alternativamente SEQ ID NO. 2, 1 y 3, o alternativamente, 3, 1 y 2, o alternativamente 11 y 12, o alternativamente 1 y 12, o alternativamente 2 y 12, o alternativamente, 1 y 12, o alternativamente 2 y 13, o alternativamente 12, 16 y 1, o alternativamente 1, 16 y 12.
Se describe un polipéptido aislado o recombinante que comprende la SEQ ID NO. 1 o 2 y 3 o 4 o un polipéptido o polipéptido recombinante que comprende, o alternativamente que consiste esencialmente, o que consiste además en un aminoácido que corresponde a fragmentos de una proteína DNABII tales como los fragmentos p-3 y/o a-3 de un microorganismo de Haemophilus influenzae IHF-a o IHF.beta., cuyos ejemplos no limitantes incluyen la SEQ ID NO. 12 a 27, o un fragmento o un equivalente de cada uno de los polipéptidos, cuyos ejemplos se muestran en las Tablas 2 y 3. Los polipéptidos de tipo silvestre aislados están específicamente excluidos, p. que el polipéptido no es ninguno de la SEQ ID NO. 6 a 11 o una secuencia de tipo silvestre identificada en la Tabla 1. En este caso, la SEQ ID NO. 1 o 2 o un polipéptido que comprende, o alternativamente que consiste esencialmente en, o que consiste además en un aminoácido correspondiente a los fragmentos p-3 y/o a-3 de un microorganismo alfa IHF. o IHF.beta., cuyos ejemplos no limitativos incluyen la SEQ ID NO. 12 a 27 y 30 a 33 o un equivalente de cada uno de los mismos se encuentra corriente arriba o en el terminal amino de la SEQ ID NO. 3 o 4 o un fragmento o un equivalente del mismo. El polipéptido aislado comprende la SEQ ID NO. 3 o 4 o un polipéptido que comprende, o alternativamente que consiste esencialmente en, o que consiste aún además en un aminoácido correspondiente a los fragmentos p-3 y/o a-3 de un microorganismo a IHF. o IHF.beta., cuyos ejemplos no limitanres incluyen la SEQ ID NO. 12 a 27, o un equivalente del mismo ubicado corriente arriba o terminal amino a la SEQ ID. NO. 1 o 2 o un equivalente de los mismos.
Se puede agregar un enlazador peptídico al N-terminal o al C-terminal del polipéptido, fragmento o equivalente del mismo. El enlazador se une a los polipéptidos, por ejemplo, SEQ ID NO. 1 a 4, 28, 29, 34 o 35 o 30 a 33, 34 o 35 o un polipéptido que comprende, o alternativamente que consiste esencialmente, o que consiste aún además en un aminoácido correspondiente a los fragmentos de p-3 y/o .alpha.-3 de un microorganismo Haemophilus influenza IHF.alpha. o IHF.beta., cuyos ejemplos no limitativos incluyen la SEQ ID NO. 12 a 27 o un equivalente de cada uno de los mismos. Un "enlazador" o "enlazador peptídico" se refiere a una secuencia peptídica unida bien sea al N-terminal o al C-terminal de una secuencia polipeptídica. En un aspecto, el enlazador tiene una longitud de aproximadamente 1 a aproximadamente 20 residuos de aminoácidos o, alternativamente, de 2 a aproximadamente 10, de aproximadamente 3 a aproximadamente 5 residuos de aminoácidos de longitud. Un ejemplo de un enlazador peptídico es Gly-Pro-Ser-Leu-Lys-Leu (SEQ ID NO: 37).
Se describe adicionalmente un fragmento o un equivalente del polipéptido aislado o recombinante de cualquiera de los polipéptidos identificados anteriormente, así como un polipéptido aislado o recombinante que comprende, o alternativamente que consiste esencialmente, o que consiste además, de dos o más de los polipéptidos aislados o recombinantes identificados anteriormente.
Aún además se describe un polinucleótido que interfiere con la unión del ADN microbiano con un polipéptido o fragmento o equivalente del mismo, por ejemplo, SEQ ID 36, o un polinucleótido de unión de cuatro vías que se asemeja a una unión de Holliday, un polinucleótido de unión de 3 vías que se asemeja a una replicación fork, un polinucleótido que tiene flexibilidad inherente o polinucleótido doblado; un polinucleótido aislado o recombinante que codifica un polipéptido descrito anteriormente o un anticuerpo o fragmento del mismo, el cual puede enlazarse

Claims (11)

REIVINDICACIONES
1. Una composición de anticuerpos anti-IHF para (i) su uso en el tratamiento o prevención de la recurrencia de una infección por B u r k h o ld e r ia en un paciente con Fibrosis Quística (CF) que lo necesite, (ii) su uso en el tratamiento de una infección o enfermedad causada por B u r k h o ld e r ia en un paciente con CF infectado con B u r k h o ld e r ia , en la que el anticuerpo reconoce específicamente y se une a la secuencia de aminoácidos RPGRNPKTGDVVPVSARRVV.
2. La composición de anticuerpos para su uso de acuerdo con la reivindicación 1, en la que el anticuerpo anti-IHF se administra al paciente en ausencia de un tratamiento con DNasa.
3. La composición de anticuerpos para su uso de acuerdo con la reivindicación 1 o 2, y un antimicrobiano que inhibe el crecimiento de la B u r k h o ld e r ia , opcionalmente B u r k h o ld e r ia c e n o c e p a c ia o B . m u l t iv o r a n s .
4. La composición de anticuerpos para su uso de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 3, en la que el anticuerpo anti-IHF es un anticuerpo IgG, un anticuerpo policlonal, un anticuerpo monoclonal o un fragmento de unión a antígeno del mismo.
5. La composición de anticuerpos para su uso de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 4, en la que el sujeto es un mamífero, opcionalmente un paciente humano, y/o un paciente pediátrico.
6. La composición de anticuerpos para su uso de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 5, en la que el sujeto infectado con B u r k h o ld e r ia es un sujeto con fibrosis quística.
7. La composición de anticuerpos para su uso de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 1 a 6, que comprende además una etapa de poner en contacto la biopelícula o B u r k h o ld e r ia con una cantidad efectiva de un antimicrobiano que inhibe el crecimiento de la B u r k h o ld e r ia que produce la biopelícula.
8. Un péptido aislado que consiste en la secuencia RPGRNPKTGDVVPVSARRVV y que comprende opcionalmente además un marcador adyuvante o detectable.
9. Un anticuerpo aislado que reconoce específicamente y se une al péptido aislado de la reivindicación 8 que es opcionalmente un anticuerpo policlonal, un anticuerpo monoclonal o un fragmento de unión a antígeno del mismo, que opcionalmente comprende además un vehículo farmacéuticamente aceptable.
10. Una línea celular de hibridoma que produce el anticuerpo monoclonal de la reivindicación 9.
11. Un polinucleótido aislado que codifica un péptido aislado de la reivindicación 8 o el anticuerpo de la reivindicación 9 o 10.
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