ES2740957T3

ES2740957T3 - Método para predecir el aumento de la resistencia de una trucha arcoíris a la necrosis pancreática infecciosa (IPN)

Info

Publication number: ES2740957T3
Application number: ES15828394T
Authority: ES
Inventors: Nina Santi; Thomas Moen; Jørgen Ødegård
Original assignee: AQUA GEN AS
Current assignee: AQUA GEN AS
Priority date: 2014-11-18
Filing date: 2015-11-18
Publication date: 2020-02-07
Anticipated expiration: 2035-11-18
Also published as: EP3221471B1; RU2017120897A; RU2017120897A3; CA2967261A1; US11884983B2; CO2017006016A2; EP3221471A1; WO2016080844A1; CA2967261C; PL3221471T3; US20190241980A1; CL2017001267A1; DK3221471T3; RU2754039C2

Abstract

Un método para predecir el aumento de la resistancia de una trucha arcoíris (Oncorhynchus mykiss) a la necrosis pancreática infecciosa (IPN), el método comprende: determinar la presencia de al menos un alelo que confiere resistencia a la IPN ("alelo de resistencia a la IPN") con el genoma de dicha trucha arcoíris, en donde al menos un alelo de resistencia a la IPN es un alelo de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP), en donde al menos un SPN es seleccionado de los SNP enumerados en la Tabla 1.

Description

DESCRIPCIÓN

Método para predecir el aumento de la resistencia de una trucha arcoíris a la necrosis pancreática infecciosa (IPN) Campo de la invención

La presente invención se refiere generalmente a polimorfismos, y en particular a polimorfismos de un solo nucleótido (SNP), asociados con el aumento de la resistencia de una trucha arcoíris (Oncorhynchus mykiss) a la necrosis pancreática infecciosa (IPN). En particular, la presente invención proporciona métodos para predecir el aumento de la resistencia de una trucha arcoíris a la necrosis pancreática infecciosa (IPN) y métodos para seleccionar una trucha arcoíris con una mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa. La presente invención proporciona además células de trucha arcoíris aisladas y poblaciones de las mismas que portan al menos un alelo, tal como al menos dos alelos, que confieren resistencia a la IPN ("alelo de resistencia a la iPn ") en su genoma. La presente invención también proporciona un huevo o esperma aislado de la trucha arcoíris, y poblaciones del mismo, que comprenden dentro de su genoma al menos un alelo que confiere resistencia a la IPN; con la condición de que el huevo aislado de trucha arcoíris no esté fertilizado. Antecedentes de la invención

La necrosis pancreática infecciosa (IPN, por sus siglas en inglés) es una enfermedad viral que causa una gran mortalidad en el cultivo de la trucha arcoíris, en Noruega e internacionalmente. La enfermedad es causada por el virus de la IPN (IPNV), clasificado como un virus biRNA acuático, que causa necrosis de las células pancreáticas y las células del hígado, lo que resulta en letargo y mortalidad repentina.

Compañías reproductoras como AquaGen AS han llevado a cabo programas continuos de selección de peces con el objetivo de mejorar las poblaciones de acuicultura con respecto a la resistencia a enfermedades y se han desarrollado protocolos para probar la resistencia de los peces a varias enfermedades específicas. Estas pruebas de desafío se han usado para seleccionar peces como reproductores que poseen una resistencia a las enfermedades en cuestión superior a la media. Las pruebas convencionales implican pruebas de desafío controladas de los hermanos de los candidatos para la reproducción. Sin embargo, esta metodología se ve obstaculizada por el hecho de que los peces infectados no pueden usarse como reproductores (progenitores de la próxima generación). Por lo tanto, se tiene que recurrir a la selección de animales aleatorios (no probados) de las familias de los peces evaluados que obtuvieron mejores resultados en la prueba de desafío (la llamada selección de familia).

Por lo tanto, existe la necesidad de contar con metodologías mejoradas para evaluar la resistencia de la trucha arcoíris a la necrosis pancreática infecciosa (IPN), en particular metodologías que permitan el análisis directo y la selección de individuos resistentes a la IPN, mientras que se mantiene la posibilidad de usar los peces probados como reproductores. Molecular and general genetics, Springer Verlag, Berlin, De, vol. 265, no. 1, 14 de diciembre de 2000, páginas 23-32 se refiere a la identificación de dos QTL responsables de la susceptibilidad del virus IPN en la trucha arcoíris

Fish pathology, vol. 42, no. 3, 26 de septiembre de 2007, páginas 131-140se refiere a la identificación de un tercer QTL responsable de la susceptibilidad del virus IPN en la trucha arcoíris.

Bishop S C (ED): "Capítulo 8: Breeding for Resistance to viral diseases in salmonids", 1 de enero de 2010, Breeding for disease resistance in farmed animals, CABI Publ, Wallingford, páginas 166-179 se refiere a dichos tres QTL identificados en las dos publicaciones citadas anteriormente. WO2014/006428 se refiere a métodos para predecir la resistencia a la IPN en el salmón mediante el análisis de los SNP.

BMC Genomics, Biomed central LTD, Londres, Reino Unido, vol. 10, no. 1,7 de agosto de 2009, página 368 se relaciona con la genotipificación del salmón para 307 marcadores de SNP y 148 microsatélites para el mapeo de QTL para la resistencia a la IPN

Resumen de la invención

Los presentes inventores han resuelto esta necesidad al identificar un polimorfismo, y en particular polimorfismos de un solo nucleótido (SNP), dentro del genoma, y más particularmente en el cromosoma 1 de la trucha arcoíris que está asociado con una mayor resistencia de los peces a la necrosis pancreática infecciosa (IPN).

La presente invención proporciona en un primer aspecto un método para predecir el aumento de la resistencia de una trucha arcoíris (Oncorhynchus mykiss) a la necrosis pancreática infecciosa (IPN), el método comprende: determinar la presencia de al menos un alelo (tla como al menos dos) que confiere resistencia a la IPN ("alelo de resistencia a la IPN") dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, en donde al menos un alelo de resistencia a la IPN es un alelo de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP), en donde el al menos un SNP se selecciona de los SNP enumerados en la Tabla 1.

De acuerdo con ciertas modalidades, la presente invención proporciona un método para predecir el aumento de la resistencia de una trucha arcoíris (Oncorhynchus mykiss) a la necrosis pancreática infecciosa (IPN), el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con una mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP está ubicado dentro de dicho genoma en una posición correspondiente a la posición 36 de la secuencia de nucleótidos expuesta en cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 1 a 78 y sec. con núms. de ident.: 160 a 229, o en una posición correspondiente a la posición 36 de una secuencia de nucleótidos que se deriva de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 1 a 78 y sec. con núms. de ident.: 160 a 229 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos.

La trucha arcoíris tiene mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa cuando el nucleótido de al menos un alelo es un nucleótido correspondiente al alelo de resistencia a la IPN del SNP respectivo. El alelo de resistencia a la IPN de cada SNP se especifica en la Tabla 1.

De acuerdo con otras modalidades, la presente invención proporciona un método para predecir el aumento de la resistencia de una trucha arcoíris (Oncorhynchus mykiss) a la necrosis pancreática infecciosa (IPN), el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP es seleccionado del grupo que consiste en: AX-89929954, AX-89918280, AX-89938309, AX-89960828, AX-89930342, AX-89928530, AX-89949788, AX-89928131, AX-89949832, AX-89916790, AX-89973719, AX-89962023, AX-89921280, AX-89931666, AX-89921585, AX-89953905, AX-89952945, AX-89934682, AX-89951942, AX-89937020, AX-89924837, AX-89958601, AX-89923477, AX-89959350, AX-89929482, AX-89937712, AX-89949602, AX-89925103, AX-89938051, AX-89924174, AX-89936461, AX-89916703, AX-89935317, AX-89966423, AX-89933348, AX-89969315, AX-89919958, AX-89968417, AX-89946851, AX-89976917, AX-89945446, AX-89919457, AX-89973597, AX-89938138, AX-89971866, AX-89958882, AX-89961273, AX-89944901, AX-89919465, AX-89959425, AX-89917102, AX-89959281, AX-89916766, AX-89920507, AX-89957370, AX-89934009, AX-89929663, AX-89952300, AX-89916572, AX-89946911, AX-89974593, AX-89927158, AX-89970383, AX-89965404, AX-89955634, AX-89932926, AX-89941493, AX-89943031, AX-89957682, AX-89960611, AX-89950199, AX-89928407, AX-89962035, AX-89931951, AX-89976536, AX-89916801, AX-89929085, AX-89925267,chr1 7515539, chr1_7108873, chr1_6864558 chr1_7186663, chr1_ 6730531, chr1_27891953, AX_ 89953259, chr1_ 6740481, chr1_6770611, chr1_7412807 chr1_7360179, chr1 7411803, chr1_7431445, chr1 _7433199, chr1_ 7441254, chr1_7441877, chr1_7533570 chr1_6834898, chr1 6730142, chr1_6746052, chr1 _6794061, chr1_ 7399212, chr1_7442637, chr1_7358019 chr1_7709828, chr1 7598090, chr1_7626471, chr1 _7598743, chr1_ 7670293, chr1_7670561, chr1_7647634 chr1_7356089, chr1_ 8109044, chr1_10439048, chr1_8142346, chr1_ 8092208, chr1_8138683, chr1_8139206 chr1_8139744, chr1 8140789, chr1_8141687, chr1_8154917, chr1 7454708, chr1_7504847, chr1_7505686 chr1_7505817, chr1_ 8202031, chr1_8228173, chr1_8309469, chr1_8163977, chr1_27786931, chr1_8194629 chr1_7505259, chr1 8474659, chr1_8282602, chr1_8306806, chr1_8341618, chr1_8343786, chr1 8345836 chr1 8350569, chr1 8402403, AX_89962103, chr1 8279302, chr1 8334901, chr1 7561600, AX_89956272,chr1_7938827, chr1_10810229, chr1_11007071 y chr1_10884171.

La presente invención proporciona en un aspecto adicional un método para seleccionar una trucha arcoíris con mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa. En particular, la presente invención proporciona un método para seleccionar una trucha arcoíris con mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa, el método comprende: determinar la presencia de al menos un alelo que confiere resistencia a la IPN ("alelo de resistencia a la IPN") dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1) del genoma) de dicha trucha arcoíris; y

seleccionar dicha trucha arcoíris por tener mayor resistencia cuando está presente al menos un alelo de resistencia a la IPN; en donde al menos un alelo de resistencia a la IPN es un alelo de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP), en donde el al menos un SNP se selecciona de los SNP enumerados en la Tabla 1.

De acuerdo con modalidades particulares, la presente invención proporciona un método para seleccionar una trucha arcoíris que tiene mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con una mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP está ubicado dentro de dicho genoma en una posición correspondiente a la posición 36 de la secuencia de nucleótidos expuesta en cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 1 a 78 y sec. con núms. de ident.: 160 a 229, o en una posición correspondiente a la posición 36 de una secuencia de nucleótidos que se deriva de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 1 a 78 y sec. con núms. de ident.: 160 a 229 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos; y

seleccionar dicha trucha arcoíris por tener resistencia aumentada cuando el nucleótido de al menos un alelo es un nucleótido correspondiente al alelo de resistencia a la IPN del SNP respectivo. El alelo de resistencia a la IPN de cada SNP se especifica en la Tabla 1.

De acuerdo con otras modalidades particulares, la presente invención proporciona un método para seleccionar una trucha arcoíris que tiene mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP es seleccionado del grupo que consiste en: AX-89929954, AX-89918280, AX-89938309, AX-89960828, AX-89930342, AX-89928530, AX-89949788, AX-89928131, AX-89949832, AX-89916790, AX-89973719, AX-89962023, AX-89921280, AX-89931666, AX-89921585, AX-89953905, AX-89952945, AX-89934682, AX-89951942, AX-89937020, AX-89924837, AX-89958601, AX-89923477, AX-89959350, AX-89929482, AX-89937712, AX-89949602, AX-89925103, AX-89938051, AX-89924174, AX-89936461, AX-89916703, AX-89935317, AX-89966423, AX-89933348, AX-89969315, AX-89919958, AX-89968417, AX-89946851, AX-89976917, AX-89945446, AX-89919457, AX-89973597, AX-89938138, AX-89971866, AX-89958882, AX-89961273, AX-89944901, AX-89919465, AX-89959425, AX-89917102, AX-89959281, AX-89916766, AX-89920507, AX-89957370, AX-89934009, AX-89929663, AX-89952300, AX-89916572, AX-89946911, AX-89974593, AX-89927158, AX-89970383, AX-89965404, AX-89955634, AX-89932926, AX-89941493, AX-89943031, AX-89957682, AX-89960611, AX-89950199, AX-89928407, AX-89962035, AX-89931951, AX-89976536, AX-89916801, AX-89929085, AX-89925267,,chr1-7515539, chr1-7108873, chr1-6864558, chr1-7186663, chr1-6730531, chr1-27891953, AX-89953259, chr1-6740481, chr1-6770611, chr1-7412807, chr1-7360179, chr1-7411803, chr1-7431445, chr1-7433199, chr1-7441254, chr1-7441877, chr1-7533570, chr1-6834898, chr1-6730142, chr1_6746052, chr1-6794061, chr1-7399212, chr1-7442637, chr1-7358019, chr1-7709828, chr1-7598090, chr1-7626471, chr1-7598743, chr1-7670293, chr1-7670561, chr1-7647634, chr1-7356089, chr1-8109044, chr1-10439048, chr1-8142346, chr1-8092208, chr1-8138683, chr1-8139206, chr1-8139744, chr1-8140789, chr1-8141687, chr1-8154917, chr1-7454708, chr1-7504847, chr1-7505686, chr1-7505817, chr1-8202031, chr1-8228173, chr1-8309469, chr1-8163977, chr1-27786931, chr1-8194629, chr1-7505259, chr1-8474659, chr1-8282602, chr1-8306806, chr1-8341618, chr1-8343786, chr1-8345836, chr1-8350569, chr1-8402403, AX-89962103, chr1-8279302, chr1-8334901, chr1-7561600, AX-89956272,chr1-7938827, chr1-10810229, chr1-11007071 y chr1-10884171.

y

La presente invención proporciona en un aspecto adicional una célula de trucha arcoíris aislada que comprende dentro de su genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 de su genoma) al menos un alelo que confiere resistencia a la IPN ("alelo de resistencia a la IPN"), en donde al menos un alelo de resistencia a la IPN es un alelo de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP), en donde el al menos un SNP se selecciona de los SNP enumerados en la Tabla 1.

De acuerdo con ciertas modalidades, la presente invención proporciona una célula aislada de trucha arcoíris que comprende dentro de su genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 de su genoma) al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en la sec. con núms. de ident.: 79 a 156 y 230 a 299, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 79 a 156 y 230 a 299 por 1 a 5, tales como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no estén en la posición 36 de dicha secuencia derivada.

La presente invención proporciona en un aspecto adicional una población aislada de células de trucha arcoíris, cada célula individual dentro de la población aislada comprende dentro de su genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 de su genoma) al menos un alelo que confiere resistencia a la IPN ("alelo de resistencia a la IPN"), en donde al menos un alelo de resistencia a la IPN es un alelo de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP), en donde el al menos un SNP se selecciona de los SNP enumerados en la Tabla 1. De acuerdo con ciertas modalidades, la presente invención proporciona una población aislada de células de trucha arcoíris, cada célula individual dentro de la población aislada comprende dentro de su genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 de su genoma) al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en la sec. con núms. de ident.: 79 a 156 y 230 a 299, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 79 a 156 y 230 a 299 por 1 a 5, tales como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no estén en la posición 36 de dicha secuencia derivada.

La presente invención proporciona en un aspecto adicional un huevo o esperma no fertilizado aislado de trucha arcoíris que comprende dentro de su genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 de su genoma) al menos un alelo que confiere resistencia a la IPN ("alelo de resistencia a la IPN"), en donde al menos un alelo de resistencia a la IPN es un alelo de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP); al menos un SNP se selecciona de los SNP enumerados en la Tabla 1 y el huevo de trucha arcoíris aislado no está fertilizado.

De acuerdo con ciertas modalidades, la presente invención proporciona un huevo o esperma no fertilizado de trucha arcoíris aislado que comprende dentro de su genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 de su genoma) al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en las sec.

con núms. de ident.: 79 a 156 y 230 a 299, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 79 a 156 y 230 a 299 por 1 a 5, tales como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no estén en la posición 36 de dicha secuencia derivada.

La presente invención proporciona en un aspecto adicional una población aislada de huevos o esperma de la trucha arcoíris, cada huevo o esperma individual dentro de la población comprende dentro de su genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 de su genoma) al menos un alelo que confiere resistencia a la IPN ("alelo de resistencia a la IPN"), en donde al menos un alelo de resistencia a la IPN es un alelo de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido(SNP), al menos un SPN es seleccionado de los SNP enumerados en la Tabla 1 y cada huevo individual dentro de la población aislada de huevos de trucha arcoíris no está fertilizado.

De acuerdo con ciertas modalidades, la presente invención proporciona una población aislada de huevos sin fertilizar o esperma de la trucha arcoíris, cada huevo o esperma individual dentro de la población comprende dentro de su genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 de su genoma) al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en las sec. con núms. de ident.: 79 a 156 y 230 a 299, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 79 a 156 y 230 a 299 por 1 a 5, tales como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no estén en la posición 36 de dicha secuencia derivada.

Breve descripción de las figuras

Figura 1. "Diagrama de Manhattan" de un estudio de asociación de genoma amplio (GWAS), en busca de SNP asociados con la resistencia a la PN en trucha arcoíris. Los SNP distribuidos en el genoma de la trucha arcoíris se probaron para determinar su asociación con la resistencia a la IPN y, en consecuencia, su capacidad para predecir la resistencia a la IPN. Cada punto de datos representa un SNP individual, cada SNP ha sido probado individualmente. La posición de los SNP (eje x) corresponde a su posición en el mapa genético femenino. La línea horizontal indica el nivel de significación correspondiente a una tasa de falsos positivos (a) de 0,05 cuando la hipótesis nula supone que ninguno de los SNP está asociado con la resistencia a la IPN, y se aplica una corrección de Bonferroni para corregir el hecho de que (aproximadamente) 50000 SNPs fueron probados. La corrección de Bonferroni es altamente conservadora en este caso, ya que asume que todas las pruebas (SNP) son independientes, y no lo son. En el eje y, los SNP se trazan de acuerdo con el negativo del logaritmo en base 10 de sus valores p. Como se ilustra en la figura, los SNP más fuertemente asociados con la resistencia a la IPN se encuentran en el cromosoma 1.

Figura 2. Los niveles de significancia de los SNP, ubicados en el cromosoma 1 de la trucha arcoíris, probaron su asociación con la resistencia a la IPN. Los SNP se han ordenado de acuerdo a su posición en un mapa genético (más precisamente, un mapa genético basado en recombinaciones que ocurren en la trucha arcoíris hembra). cM = centi-Morgan, la medida estándar de la distancia genética; -log10 (valor p) = el negativo de los logaritmos de base 10 de los valores p de los SNP. Figura 3. Niveles de significancia de los SNP, obtenidos de un estudio que identifica SNP adicionales asociados con la resistencia a la IPN (Ejemplo 3). Se probaron SNP nuevos y ya conocidos en el cromosoma 1 para determinar su asociación con la resistencia a la IPN. Los valores en el eje x son posiciones, en pares de bases, de SNP a lo largo de una secuencia de referencia de ADN del cromosoma 1 de trucha arcoíris, los valores en el eje y son el negativo del logaritmo en base 10 de los valores p.

Descripción detallada de la invención

La invención se define por las reivindicaciones adjuntas.

A menos que se defina específicamente en la presente descripción, todos los términos técnicos y científicos usados tienen el mismo significado que entiende comúnmente un experto en la técnica en los campos de la genética, la bioquímica y la biología molecular.

Todos los métodos y materiales similares o equivalentes a los descritos en la presente descripción pueden usarse en la práctica o prueba de la presente invención, los métodos y materiales adecuados se describen en la presente descripción. Polimorfismos y alelos de resistencia a la IPN de la invención

Los presentes inventores han identificado un locus de rasgos cuantitativos (QTL) responsable de una fracción significativa de la variación genética en la resistencia a la IPN en la trucha arcoíris. Más específicamente, los presentes inventores han identificado polimorfismos, y en particular polimorfismos de un solo nucleótido (SNP), dentro del genoma, más particularmente en el cromosoma 1, de la trucha arcoíris, que están asociados con una mayor resistencia de los peces a la necrosis pancreática infecciosa (IPN). Los detalles específicos de los polimorfismos de un solo nucleótido de la invención se proporcionan en la Tabla 1 a continuación. Las secuencias de nucleótidos respectivas que incluyen el SNP (en la posición 36) se muestran en la Tabla 2.

Los polimorfismos de la invención pueden estar presentes en cualquiera de dos formas, es decir, los polimorfismos tienen dos alelos. Un alelo se puede caracterizar por ser un alelo que confiere mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa. Esto significa que una trucha arcoíris que tiene dicho alelo en la posición de un polimorfismo detallado en la presente descripción muestra una mayor resistencia a la IPN. Este alelo se denota en la presente descripción "alelo de resistencia a la IPN". El alelo de resistencia a la IPN respectivo para cada uno de los polimorfismos de un solo nucleótido de la invención se especifica en la Tabla 1 a continuación. Por lo tanto, un alelo de resistencia a la IPN de acuerdo con la presente invención puede usarse para predecir el aumento de la resistencia de una trucha arcoíris a la necrosis pancreática infecciosa. Un alelo de resistencia a la IPN de acuerdo con la presente invención puede usarse además para seleccionar una trucha arcoíris que tenga mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa. El otro alelo se puede caracterizar como un alelo que no confiere mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa. Tal alelo se denota aquí "alelo de no resistencia a la IPN".

Las truchas arcoíris son organismos diploides, en algunos casos triploides, y por lo tanto poseen al menos dos copias de los polimorfismos de la invención (una copia que se encuentra en cada copia del cromosoma 1).

Como se demuestra en la presente invención, si al menos un alelo de un polimorfismo, y más particularmente de un SNP, es el alelo de resistencia a la IPN respectivo, entonces la trucha arcoíris tiene mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa en comparación con una trucha arcoíris en donde ambos alelos son alelos de no resistencia a la IPN (es decir, la trucha arcoíris es homocigótica para el alelo de no resistencia a la IPN). En un gran número de casos, la resistencia a la necrosis pancreática infecciosa aumenta aún más si ambos alelos de un polimorfismo, y más particularmente de un SNP, son el alelo de resistencia a la IPN respectivo (tal trucha arcoíris es homocigótica para el alelo de resistencia a la IPN). Este aumento adicional se observa, por ejemplo, para los SNP AX-89929954 (SNP#1), AX-89918280 (SNP#2) y chr1_7515539 (SNP#160) que son los SNP más significativos estadísticamente asociados con la IPN (ver Tabla 3). Un polimorfismo de la invención puede ser cualquiera de varios polimorfismos asociados con el aumento de la resistencia de una trucha arcoíris a la necrosis pancreática infecciosa. Particularmente, un polimorfismo de la invención es un polimorfismo localizado en el cromosoma 1 de la trucha arcoíris (siguiendo la nomenclatura de Palti y otros (2011)), es decir, un polimorfismo que se encuentra en el cromosoma 1 sobre la base de un análisis de enlace genético, hibridación fluorescente in situ (FISH) o cualquier otro método que asigne polimorfismos de ADN a sus cromosomas respectivos. Un polimorfismo de la invención puede ser cualquier polimorfismo, incluyendo el polimorfismo de un solo nucleótido, localizado dentro de cualquiera de las secuencias genómicas de la trucha arcoíris enumeradas en la columna titulada "contigo GenBank" en la Tabla 1.

Un polimorfismo de la invención puede ser cualquier polimorfismo, incluyendo el polimorfismo de un solo nucleótido, localizado dentro de la secuencia genómica de la trucha arcoíris que tiene una identificación del GenBank FR904293.1. Un polimorfismo de la invención puede ser cualquier polimorfismo, incluyendo un polimorfismo de un solo nucleótido, cuya distancia genética de SNP AX-89929954 es menor o igual a 10 centi-Morgan. Aquí, la distancia genética se debe estimar sobre la base del evento de recombinación que ocurre en la trucha arcoíris hembra, y no de los eventos de recombinación que ocurren en la trucha arcoíris macho. Una persona experta en la técnica sabrá cómo estimar las distancias de mapas genéticos, así como qué material de datos se requiere para esta estimación.

Un polimorfismo de la invención puede ser cualquier polimorfismo, incluyendo un polimorfismo de un solo nucleótido, que se encuentra en un fuerte desequilibrio de ligamiento (LD) con SNP AX-89929954. Aquí, dos polimorfismos se definen en LD fuerte si el cuadrado del coeficiente de correlación entre los dos loci (r2, la medida más usada de LD) es igual o mayor que 0,5. Una persona experta en la técnica sabrá cómo estimar r2, así como qué material de datos se requiere para esta estimación.

Un polimorfismo de la invención puede ser al menos uno de los polimorfismos de un solo nucleótido enumerado en la Tabla 1. Por lo tanto, el al menos un SNP de la invención se selecciona de los SNP enumerados en la Tabla 1. Cada uno de los SNP enumerados en la Tabla 1 se contempla como divulgado individualmente como parte de la presente invención. Tabla 1: SNP asociados con una mayor resistencia a la IPN. A=Adenina, G=Guanina; C=Citosina, T=Timina. ID de Affymetix es un identificador único dado a cada SNP por Affymetrix, el proveedor de un ensayo de genotipado comercial que incorpora muchos de los SNP enumerados en la tabla; el ID de Affymerix sirve como un enlace a más detalles relacionados con los SNP, proporcionados en un archivo que se puede descargar desde http://www.affymetrix.com/estore/. Contigo GenBank es el nombre de un contigo de ADN del GenBank (una secuencia del genoma de la trucha arcoíris) donde reside el SNP, y la posición es la posición del SNP dentro de este contio. dbSNP ssno. (ss#) es el número de presentación del NCBI del SNP dentro de la Base de datos de polimorfismo de un solo nucleótido del NCBI (Centro Nacional de Información Biotecnológica) (dbSNP); el número SNP de referencia respectivo (rs) se puede recuperar de NCBI.

El NCBI dbSNP ss-no. en la Tabla 1 anterior indica una secuencia de referencia y una posición del SNP dentro de esa secuencia de referencia. Los expertos en la técnica pueden identificar fácilmente la secuencia de referencia y la posición del SNP usando el número de presentación dbSNP ss.

Tabla 2: Secuencia de nucleótidos que contiene SNP. [alelo de resistencia a la IPN/ alelo de no resistencia a la IPN] indica el sitio polimórfico incluyendo las variantes alélicas.

La columna en la Tabla 2 etiquetada como "Secuencia de nucleótidos que contiene SNP" proporciona una secuencia de nucleótidos de referencia para la identificación del SNP dentro del genoma de una trucha arcoíris. Las secuencias sec. con núms. de ident.: 1 a 78 y sec. con núms. de ident.: 160 a 229 son cada una de las secuencias polimórficas que incluyen un sitio polimórfico. Una "secuencia polimórfica" es una secuencia de nucleótidos que incluye un sitio polimórfico en el que se produce un SNP. El experto en la técnica puede usar toda o solo una parte de la secuencia polimórfica que flanquea el sitio polimórfico para identificar el SNP dentro del genoma de una trucha arcoíris.

De acuerdo con modalidades particulares, al menos un SNP de la invención se selecciona del grupo que consiste en: AX-89929954, AX-89918280, AX-89938309, AX-89960828, AX-89930342, AX-89928530, AX-89949788, AX-89928131, AX-89949832, AX-89916790, AX-89973719, AX-89962023, AX-89921280, AX-89931666, AX-89921585, AX-89953905, AX-89952945, AX-89934682, AX-89951942, AX-89937020, AX-89924837, AX-89958601, AX-89923477, AX-89959350, AX-89929482, AX-89937712, AX-89949602, AX-89925103, AX-89938051, AX-89924174, AX-89936461, AX-89916703, AX-89935317, AX-89966423, AX-89933348, AX-89969315, AX-89919958, AX-89968417, AX-89946851, AX-89976917, AX-89945446, AX-89919457, AX-89973597, AX-89938138, AX-89971866, AX-89958882, AX-89961273, AX-89944901, AX-89919465, AX-89959425, AX-89917102, AX-89959281, AX-89916766, AX-89920507, AX-89957370, AX-89934009, AX-89929663, AX-89952300, AX-89916572, AX-89946911, AX-89974593, AX-89927158, AX-89970383, AX-89965404, AX-89955634, AX-89932926, AX-89941493, AX-89943031, AX-89957682, AX-89960611, AX-89950199, AX-89928407, AX-89962035, AX-89931951, AX-89976536, AX-89916801, AX-89929085, AX-89925267, chr1 7515539, chr1 7108873, chr1_6864558, chr1_ 7186663, chr1_ 6730531, chr1_ 27891953, AX-89953259, chr1_ 6740481, chr1_6770611, chr1_7412807, chr1_ 7360179, chr1_ 7411803, chr1_ 7431445, chr1_7433199, chr1_ 7441254, chr1_7441877, chr1_7533570, chr1_ 6834898, chr1_ 6730142, chr1_ 6746052, chr1_6794061, chr1_ 7399212, chr1_7442637, chr1_7358019, chr1_ 7709828, chr1_ 7598090, chr1_ 7626471, chr1_7598743, chr1_ 7670293, chr1_7670561, chr1_7647634, chr1_ 7356089, chr1 _8109044,chr1_10439048, chr1_8142346, chr1_ 8092208, chr1_8138683, chr1_8139206, chr1 8139744, chr1 _8140789, chr1_8141687 chr1 8154917, chr1 7454708, chr1_7504847, chr1 7505686, chr1_7505817, chr1_8202031, chr1_8228173, chr1_8309469, chr1_8163977, chr1_27786931,chr1_8194629, chr1_7505259, chr1_8474659, chr1_8282602, chr1_8306806 chr1_8341618, chr1_8343786, chr1_8345836, chr1_8350569, chr1_8402403, AX-89962103, chr1_8279302 chr1 8334901, chr1_7561600, AX-89956272,chr1_7938827, chr1_10810229, chr1_11007071 y chr1_10884171.

De acuerdo con otras modalidades particulares, al menos un SPN de la invención es seleccionado del grupo que consiste en: AX-89929954, AX-89918280, AX-89938309, AX-89960828, AX-89930342, AX-89928530, AX-89949788, AX89928131, AX-89949832, AX-89916790, AX-89973719, AX-89962023, AX-89921280, AX-89931666, AX-89921585, AX-89953905, AX-89952945, AX-89934682, AX-89951942, AX-89937020, AX-89924837, AX-89958601, AX-89923477, AX-89959350, AX-89929482, AX-89937712, AX-89949602, AX-89925103, AX-89938051, AX-89924174, AX-89936461, AX-89916703, AX-89935317 y AX-89966423.

De acuerdo con otras modalidades particulares, al menos un SPN de la invención es seleccionado del grupo que consiste en: AX-89929954, AX-89918280, AX-89938309, AX-89960828, AX-89930342, AX-89928530, AX-89949788, AX-89928131, AX-89949832, AX-89916790, AX-89973719, AX-89962023, AX-89921280, AX-89931666, AX-89921585, AX-89953905, AX-89952945 y AX-89934682.

De acuerdo con otras modalidades particulares, al menos un SPN de la invención es AX-89929954 o AX-89918280. De acuerdo con más modalidades particulares, al menos un SPN de la invención es AX-89929954.

De acuerdo con otras modalidades particulares, al menos un SPN de la invención es AX-89918280.

De acuerdo con modalidades particulares adicionales, al menos un SPN de la invención es seleccionado del grupo que consiste en: chr1_7515539, chr1_7108873, chr1_6864558, chr1_7186663, chr1_6730531, chr1_27891953, AX-89953259, chr1_6740481, chr1_6770611, chr1_7412807, chr1_7360179, chr1_7411803, chr1_7431445, chr1_7433199, chr1_7441254, chr1_7441877, chr1_7533570, chr1_6834898, chr1_6730142, chr1_6746052, chr1_6794061, chr1_7399212, chr1_7442637, chr1_7358019, chr1_7709828, chr1_7598090, chr1_7626471, chr1_7598743, chr1_7670293, chr1_7670561, chr1_7647634, chr1_7356089, chr1_8109044, y chr1 10439048.

De acuerdo con modalidades particulares adicionales, al menos un SPN de la invención es seleccionado del grupo que consiste en: chr1_7515539, chr1_7108873 y chr1_6864558.

De acuerdo con ciertas modalidades, al menos un SPN de la invención es seleccionado de los SNP correspondientes a la posición 36 de las secuencias polimórficas expuestas en cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 1 a 78 y sec. con núms. de ident.: 160 a 229.

De acuerdo con modalidades particulares, al menos un SPN de la invención es seleccionado de los SNP correspondientes a la posición 36 de las secuencias polimórficas expuestas en cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 1 a 34.

De acuerdo con otras modalidades particulares adicionales, al menos un SPN de la invención es seleccionado de los SNP correspondientes a la posición 36 de las secuencias polimórficas expuestas en cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 160 a 193.

De acuerdo con otras modalidades particulares adicionales, al menos un SPN de la invención es seleccionado de los SNP correspondientes a la posición 36 de las secuencias polimórficas expuestas en cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 1 a 18.

De acuerdo con otras modalidades particulares adicionales, al menos un SPN de la invención es seleccionado de los SNP correspondientes a la posición 36 de las secuencias polimórficas expuestas en cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 160 a 162

De acuerdo con modalidades particulares, al menos un SPN de la invención es seleccionado de los SNP correspondientes a la posición 36 de las secuencias polimórficas expuestas en la sec. con núm. de ident.: 1 o la sec. con núm. de ident.: 2. De acuerdo con más modalidades particulares, al menos un SPN de la invención es el SNP definido por la posición 36 de la secuencia polimórfica expuesta en la sec. con núm. de ident:1.

De acuerdo con más modalidades particulares, al menos un SPN de la invención es el SNP definido por la posición 36 de la secuencia polimórfica expuesta en la sec. con núm. de ident:2.

De acuerdo con modalidades particulares, al menos un SPN de la invención es seleccionado de los SNP correspondientes a la posición 36 de las secuencias polimórficas expuestas en la sec. con núm. de ident.: 230, sec. con núm. de ident: 231 y sec. con núm. de ident:232.

De acuerdo con más modalidades particulares, al menos un SPN de la invención es el SNP definido por la posición 36 de la secuencia polimórfica expuesta en la sec. con núm. de ident: 230.

De acuerdo con más modalidades particulares, al menos un SPN de la invención es el SNP definido por la posición 36 de la secuencia polimórfica expuesta en la sec. con núm. de ident:231.

De acuerdo con más modalidades particulares, al menos un SPN de la invención es el SNP definido por la posición 36 de la secuencia polimórfica expuesta en la sec. con núm. de ident: 232.

Se entiende que la descripción anterior con respecto a los polimorfismos de la invención, y en particular con respecto a los SNP y alelos de resistencia a la IPN, es aplicable a los siguientes aspectos.

Métodos de la invención

La presente invención proporciona en un aspecto un método para predecir el aumento de la resistencia de una trucha arcoíris (Oncorhynchus mykiss) a la necrosis pancreática infecciosa (IPN). Particularmente, la presente invención proporciona un método para predecir el aumento de la resistencia de una trucha arcoíris (Oncorhynchus mykiss) a la necrosis pancreática infecciosa (IPN), el método comprende:

determinar la presencia de al menos un alelo que confiere resistencia a la IPN ("alelo de resistencia a la IPN") dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, en donde al menos un alelo de resistencia a la IPN es un alelo de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP), en donde al menos un SNP se selecciona de los SNP enumerados en la Tabla 1.

La trucha arcoíris tiene mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa cuando el nucleótido de al menos un alelo es un nucleótido correspondiente al alelo de resistencia a la IPN del SNP respectivo. El alelo de resistencia a la IPN de cada SNP se especifica en la Tabla 1 (y se repite en la Tabla 2).

De acuerdo con modalidades particulares, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con una mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP está ubicado dentro de dicho genoma en una posición correspondiente a la posición 36 de la secuencia de nucleótidos expuesta en cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 1 a 34 y 160 a 193, o en una posición correspondiente a la posición 36 de una secuencia de nucleótidos que se deriva de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 1 a 34 y 160 a 193 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos.

De acuerdo con estas modalidades particulares, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, presente en un sitio polimórfico de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con una mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP que se encuentra dentro de dicho genoma en una posición correspondiente a la posición 36 de la secuencia de nucleótidos expuesta en cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 1 a 18 y 160 a 162, o en una posición correspondiente a la posición 36 de una secuencia de nucleótidos que se deriva de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 1 a 18 y 160 a 162 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos.

De acuerdo con más modalidades particulares, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, dicho al menos un SNP localizado dentro de dicho genoma en una posición correspondiente a la posición 36 de la secuencia de nucleótidos expuesta en la sec. con núm. de ident.: 1 o la sec. con núm. de ident.: 2, o en una posición correspondiente a la posición 36 de una secuencia de nucleótidos que se deriva de la sec. con núm. de ident.: 1 o la sec. con núm. de ident.: 2 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos; en donde la presencia de una citosina en la posición correspondiente a la posición 36 de la sec. con núm. de ident.: 1 o la presencia de una guanina en la posición correspondiente a la posición 36 de la sec. con núm. de ident.: 2 indica que la trucha arcoíris ha aumentado la resistencia a la necrosis pancreática infecciosa.

De acuerdo con otras modalidades particulares adicionales el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, dicho al menos un SNP localizado dentro de dicho genoma en una posición correspondiente a la posición 36 de la secuencia de nucleótidos expuesta en la sec. con núm. de ident.: 160, sec. con núm. de ident.: 161 o la sec. con núm. de ident.: 162, o en una posición correspondiente a la posición 36 de una ^{secuencia de nucleótidos que se deriva de la sec. con núm. de ident.:}160^{, sec. con núm. de ident.:}161 ^{o sec. con núm.}de ident.: 162 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos;

en donde la presencia de una guanina en la posición correspondiente a la posición 36 de la sec. con núm. de ident.: 160, la presencia de una guanina en la posición correspondiente a la posición 36 de la sec. con núm. de ident.: 161 o la presencia de una citocina en la posición correspondiente a la posición 36 sec. con núm. de ident.: 162 indica que la trucha arcoíris ha aumentado la resistencia a la necrosis pancreática infecciosa.

De acuerdo con más modalidades particulares, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, dicho al menos un SNP localizado dentro de dicho genoma en una posición correspondiente a la posición 36 de la secuencia de nucleótidos expuesta en la sec. con núm. de ident.: 1, o en una posición correspondiente a la posición 36 de una secuencia de nucleótidos que se deriva de la sec. con núm. de ident.: 1 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos;

en donde la presencia de una citosina en la posición correspondiente a la posición 36 de la sec. con núm. de ident.: 1 indica que la trucha arcoíris ha aumentado la resistencia a la necrosis pancreática infecciosa.

De acuerdo con más modalidades particulares, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, dicho al menos un SNP localizado dentro de dicho genoma en una posición correspondiente a la posición 36 de la secuencia de nucleótidos expuesta en la sec. con núm. de ident.: 2, o en una posición correspondiente a la posición 36 de una secuencia de nucleótidos que se deriva de la sec. con núm. de ident.: 2 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos;

en donde la presencia de una guanina en la posición correspondiente a la posición 36 de la sec. con núm. de ident.: 2 indica que la trucha arcoíris ha aumentado la resistencia a la necrosis pancreática infecciosa.

De acuerdo con otras modalidades particulares adicionales el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, dicho al menos un SNP localizado dentro de dicho genoma en una posición correspondiente a la posición 36 de la secuencia de nucleótidos expuesta en la sec. con núm. de ident.: 160, o en una posición correspondiente a la posición 36 de una secuencia de nucleótidos que se deriva de la sec. con núm. de ident.: 160 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos;

en donde la presencia de una guanina en la posición correspondiente a la posición 36 de la sec. con núm. de ident.: 160 indica que la trucha arcoíris ha aumentado la resistencia a la necrosis pancreática infecciosa.

De acuerdo con otras modalidades particulares adicionales el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, dicho al menos un SNP localizado dentro de dicho genoma en una posición correspondiente a la posición 36 de la secuencia de nucleótidos expuesta en la sec. con núm. de ident.: 161, o en una posición correspondiente a la posición 36 de una secuencia de nucleótidos que se deriva de la sec. con núm. de ident.: 161 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos;

en donde la presencia de una guanina en la posición correspondiente a la posición 36 de la sec. con núm. de ident.: 161 indica que la trucha arcoíris ha aumentado la resistencia a la necrosis pancreática infecciosa.

De acuerdo con otras modalidades particulares adicionales el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, dicho al menos un SNP localizado dentro de dicho genoma en una posición correspondiente a la posición 36 de la secuencia de nucleótidos expuesta en la sec. con núm. de ident.: 162, o en una posición correspondiente a la posición 36 de una secuencia de nucleótidos que se deriva de la sec. con núm. de ^{ident.:162 por}1 ^{a 5, tal como}1 ^a2^{, sustituciones de nucleótidos;}

en donde la presencia de una citocina en la posición correspondiente a la posición 36 de la sec. con núm. de ident.: 162 indica que la trucha arcoíris ha aumentado la resistencia a la necrosis pancreática infecciosa.

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP es seleccionado del grupo que consiste en: AX-89929954, AX-89918280, AX-89938309, AX-89960828, AX-89930342, AX-89928530 AX-89949788, AX-89928131, AX-89949832, AX-89916790, AX-89973719, AX-89962023, AX-89921280, AX-89931666 AX-89921585, AX-89953905, AX-89952945, AX-89934682, AX-89951942, AX-89937020, AX-89924837, AX-89958601 AX-89923477, AX-89959350, AX-89929482, AX-89937712, AX-89949602, AX-89925103, AX-89938051, AX-89924174 AX-89936461, AX-89916703, AX-89935317, AX-89966423, AX-89933348, AX-89969315, AX-89919958, AX-89968417 AX-89946851, AX-89976917, AX-89945446, AX-89919457, AX-89973597, AX-89938138, AX-89971866, AX-89958882 AX-89961273, AX-89944901, AX-89919465, AX-89959425, AX-89917102, AX-89959281, AX-89916766, AX-89920507 AX-89957370, AX-89934009, AX-89929663, AX-89952300, AX-89916572, AX-89946911, AX-89974593, AX-89927158 AX-89970383, AX-89965404, AX-89955634, AX-89932926, AX-89941493, AX-89943031, AX-89957682, AX-89960611 AX-89950199, AX-89928407, AX-89962035, AX-89931951, AX-89976536, AX-89916801, AX-89929085 AX-89925267,chr1_7515539 chr1_7108873, chr1_6864558 chr1_7186663, chr1_6730531, chr1_27891953, AX-89953259, chr1_6740481, chr1_6770611, chr1_7412807 chr1 7360179, chr1 7411803, chr1 7431445 chr1 7433199, chr1 7441254 chr1_7441877, chr1_7533570 chr1_6834898, chr1_6730142, chr1_6746052, chr1_6794061, chr1_7399212, chr1_7442637, chr1_7358019 chr1_7709828, chr1_7598090, chr1_7626471, chr1_7598743, chr1_7670293, chr1_7670561, chr1 7647634 chr1_7356089, chr1_8109044, chr1_10439048, chr1_8142346, chr1_8092208, chr1_8138683,chr1_8139206, chr1_8139744, chr1_8140789, chr1_8141687, chr1_8154917, chr1_7454708, chr1_7504847, chr1_7505686, chr1_7505817, chr1_8202031, chr1_8228173, chr1_8309469, chr1_8163977, chr1_27786931, chr1_8194629, chr1_7505259, chr1_8474659, chr1_8282602, chr1_8306806, chr1_8341618, chr1_8343786, chr1_8345836, chr1_8350569, chr1_8402403, AX-89962103, chr1_8279302, chr1_8334901, chr1_7561600, AX-89956272,chr1_7938827, chr1_10810229, chr1_11007071 y chr1_10884171.

De acuerdo con modalidades particulares, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP es seleccionado del grupo que consiste en: AX-89929954, AX-89918280, AX-89938309, AX-89960828, AX-89930342, AX-89928530, AX-89949788, AX-89928131, AX-89949832, AX-89916790, AX-89973719, AX-89962023, AX-89921280, AX-89931666, AX-89921585, AX-89953905, AX-89952945, AX-89934682, AX-89951942, AX-89937020, AX-89924837, AX-89958601, AX-89923477, AX-89959350, AX-89929482, AX-89937712, AX-89949602, AX-89925103, AX-89938051, AX-89924174, AX-89936461, AX-89916703, AX-89935317 y AX-89966423.

De acuerdo con modalidades particulares, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP es seleccionado del grupo que consiste en: AX-89929954, AX-89918280, AX-89938309, AX-89960828, AX-89930342, AX-89928530, AX-89949788, AX-89928131, AX-89949832, AX-89916790, AX-89973719, AX-89962023, AX-89921280, AX-89931666, AX-89921585, AX-89953905, AX-89952945 y AX-89934682.

De acuerdo con más modalidades particulares, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP es AX-89929954 o AX-89918280;

en donde la presencia de una citosina en la posición de AX-89929954 o una guanina en la posición de AX-89918280 indica que la trucha arcoíris tiene mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa.

De acuerdo con más modalidades particulares, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP es AX-89929954;

en donde la presencia de una citosina en la posición de AX-89929954 indica que la trucha arcoíris tiene mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa.

De acuerdo con más modalidades particulares, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP es AX-89918280;

en donde la presencia de una guanina en la posición de AX-89918280 indica que la trucha arcoíris tiene mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa.

De acuerdo con modalidades particulares adicionales, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP es seleccionado del grupo que consiste en: chr1_7515539, chr1_7108873, chr1_6864558chr1_7186663, chr1_6730531, chr1_27891953 AX-89953259, chr1_6740481, chr1_6770611, chr1_7412807, chr1_7360179, chr1_7411803, chr1_7431445, chr1_7433199, chr1_7441254, chr1_7441877, chr1_7533570, chr1_6834898, chr1_6730142, chr1_6746052, chr1_6794061, chr1_7399212, chr1_7442637, chr1_7358019, chr1_7709828, chr1_7598090, chr1_7626471, chr1_7598743, chr1_7670293, chr1_7670561, chr1_7647634, chr1_7356089, chr1_8109044, y chr1 10439048.

De acuerdo con más modalidades particulares, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP es chr1_7515539, chr1_7108873 o chr1_6864558, en donde la presencia de una guanina en la posición de chr1_7515539, una guanina en la posición de chr1_7108873 o una citosina chr1_6864558 indica que la trucha arcoíris ha aumentado la resistencia a la necrosis pancreática infecciosa.

De acuerdo con otras modalidades particulares adicionales el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP es chr1_7515539;

en donde la presencia de una guanina en la posición de chr1_7515539 indica que la trucha arcoíris ha aumentado la resistencia a la necrosis pancreática infecciosa.

De acuerdo con más modalidades particulares, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP es chr1_7108873;

en donde la presencia de una guanina en la posición de chr1_7108873 indica que la trucha arcoíris ha aumentado la resistencia a la necrosis pancreática infecciosa.

De acuerdo con más modalidades particulares, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP es chr1_6864558;

en donde la presencia de una citocina en la posición de chr1_6864558 indica que la trucha arcoíris ha aumentado la resistencia a la necrosis pancreática infecciosa.

Los métodos para predecir el aumento de la resistencia de una trucha arcoíris a la IPN pueden implicar la determinación de la identidad de un nucleótido presente de al menos un alelo de más de un SNP, como al menos dos, al menos tres o al menos 4 SNP. La predicción puede basarse entonces en la presencia de los alelos de resistencia a la IPN para los SNP analizados. Por ejemplo, se pueden genotipar al menos los SNP AX-89929954 (SNP#1) y AX-89918280 (SNP#2). También se pueden genotipar al menos los SNP AX-89929954 (SNP#1), AX-89918280 (SNP#2) y AX-89938309 (SNP#3). También se pueden genotipar al menos los SNP AX-89929954 (SNP#1), AX-89918280 (SNP#2), AX-89938309 (SNP#3), AX-89960828 (SNP#4) y chr_1 7515539 (SNP#160).

La presente invención proporciona en un aspecto adicional un método para seleccionar una trucha arcoíris con mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa. En particular, la presente invención proporciona un método para seleccionar una trucha arcoíris con mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa, el método comprende: determinar la presencia de al menos un (tal como al menos dos) alelo que confiere resistencia a la IPN ("alelo de resistencia a la IPN") dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1) del genoma) de dicha trucha arcoíris; y seleccionar dicha trucha arcoíris que tiene resistencia aumentada cuando está presente al menos un alelo de resistencia a la IPN, en donde al menos un alelo de resistencia a la IPN es un alelo de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP), en donde al menos un SNP es seleccionado de los SNP enumerados en la Tabla 1.

De acuerdo con ciertas modalidades, la presente invención proporciona un método para seleccionar una trucha arcoíris que tiene mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa, el método comprende:

De acuerdo con modalidades particulares, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con una mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP está ubicado dentro de dicho genoma en una posición correspondiente a la posición 36 de la secuencia de nucleótidos expuesta en cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 1 a 34, o en una posición correspondiente a la posición 36 de una secuencia de nucleótidos que se deriva de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 1 a 34 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos; y

De acuerdo con modalidades particulares adicionales, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con una mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP está ubicado dentro de dicho genoma en una posición correspondiente a la posición 36 de la secuencia de nucleótidos expuesta en cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 160 a 193, o en una posición correspondiente a la posición 36 de una secuencia de nucleótidos que se deriva de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 160 a 193 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos; and

De acuerdo con modalidades particulares, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con una mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP está ubicado dentro de dicho genoma en una posición correspondiente a la posición 36 de la secuencia de nucleótidos expuesta en cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 1 a 18, o en una posición correspondiente a la posición 36 de una secuencia de nucleótidos que se deriva de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 1 a 18 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos; y

De acuerdo con modalidades particulares adicionales, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con una mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP está ubicado dentro de dicho genoma en una posición correspondiente a la posición 36 de la secuencia de nucleótidos expuesta en cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 160 a 162, o en una posición correspondiente a la posición 36 de una secuencia de nucleótidos que se deriva de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 160 a 162 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos; y

De acuerdo con más modalidades particulares, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, dicho al menos un SNP localizado dentro de dicho genoma en una posición correspondiente a la posición 36 de la secuencia de nucleótidos expuesta en la sec. con núm. de ident.: 1 o la sec. con núm. de ident.: 2, o en una posición correspondiente a la posición 36 de una secuencia de nucleótidos que se deriva de la sec. con núm. de ident.: 1 o la sec. con núm. de ident.: 2 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos; y

seleccionar dicha trucha arcoíris por tener una mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa cuando una citosina está presente en la posición correspondiente a la posición 36 de la sec. con núm. de ident.: 1 o una guanina está presente en la posición correspondiente a la posición 36 de la sec. con núm. de ident.: 2.

De acuerdo con otras modalidades particulares adicionales el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, dicho al menos un SNP localizado dentro de dicho genoma en una posición correspondiente a la posición 36 de la secuencia de nucleótidos expuesta en la sec. con núm. de ident.: 160, sec. con núm. de ident.:161 o sec. con núm. de ident.: 162, o en una posición correspondiente a la posición 36 de una secuencia de nucleótidos que se deriva de la sec. con núm. de ident.: 160, sec. con núm. de ident.:161 o sec. con núm. de ident.: 162 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos; y

seleccionar dicha trucha arcoíris por tener una mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa cuando una guanina está presente en la posición correspondiente a la posición 36 de la sec. con núm. de ident.: 160, guanina está presente en la posición correspondiente a la posición 36 de la sec. con núm. de ident.: 161 o una citosina está presente en la posición correspondiente a la posición 36 de la sec. con núm. de ident.: 162.

De acuerdo con más modalidades particulares, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, dicho al menos un SNP localizado dentro de dicho genoma en una posición correspondiente a la posición 36 de la secuencia de nucleótidos expuesta en la sec. con núm. de ident.: 1, o en una posición correspondiente a la posición 36 de una secuencia de nucleótidos que se deriva de la sec. con núm. de ident.: 1 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos; y

seleccionar dicha trucha arcoíris por tener una mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa cuando una citosina está presente en la posición correspondiente a la posición 36 de la sec. con núm. de ident.: 1.

De acuerdo con más modalidades particulares, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, dicho al menos un SNP localizado dentro de dicho genoma en una posición correspondiente a la posición 36 de la secuencia de nucleótidos expuesta en la sec. con núm. de ident.: 1 o la sec. con núm. de ident.: 2, o en una posición correspondiente a la posición 36 de una secuencia de nucleótidos que se deriva de la sec. con núm. de ident.: 2 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos; y

seleccionar dicha trucha arcoíris por tener una mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa cuando una guanina está presente en la posición correspondiente a la posición 36 de la sec. con núm. de ident.: 2.

De acuerdo con otras modalidades , la presente invención proporciona un método para seleccionar una trucha arcoíris que tiene mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP es seleccionado del grupo que consiste en: AX-89929954, AX-89918280, AX-89938309, AX-89960828, AX-89930342, AX-89928530, AX-89949788, AX-89928131, AX-89949832, AX-89916790, AX-89973719, AX-89962023, AX-89921280, AX-89931666, AX-89921585, AX-89953905, AX-89952945, AX-89934682, AX-89951942, AX-89937020, AX-89924837, AX-89958601, AX-89923477, AX-89959350, AX-89929482, AX-89937712, AX-89949602, AX-89925103, AX-89938051, AX-89924174, AX-89936461, AX-89916703, AX-89935317, AX-89966423, AX-89933348, AX-89969315, AX-89919958, AX-89968417, AX-89946851, AX-89976917, AX-89945446, AX-89919457, AX-89973597, AX-89938138, AX-89971866, AX-89958882, AX-89961273, AX-89944901, AX-89919465, AX-89959425, AX-89917102, AX-89959281, AX-89916766, AX-89920507, AX-89957370, AX-89934009, AX-89929663, AX-89952300, AX-89916572, AX-89946911, AX-89974593, AX-89927158, AX-89970383, AX-89965404, AX-89955634, AX-89932926, AX-89941493, AX-89943031, AX-89957682, AX-89960611, AX-89950199, AX-89928407, AX-89962035, AX-89931951, AX-89976536, AX-89916801, AX-89929085, AX-89925267; and, chr1_7515539, chr1_7108873, chr1_6864558, chr1_7186663, chr1_6730531, chr1_27891953, AX-89953259, chr1_6740481, chr1_6770611, chr1_7412807, chr1_7360179, chr1_7411803, chr1_7431445, chr1_7433199, chr1_7441254, chr1_7441877, chr1_7533570, chr1_6834898, chr1_6730142, chr1_6746052, chr1_6794061, chr1_7399212, chr1_7442637, chr1_7358019, chr1_7709828, chr1_7598090, chr1_7626471, chr1_7598743, chr1_7670293, chr1_7670561, chr1_7647634, chr1_7356089, chr1_8109044, chr1_10439048, chr1_8142346, chr1_8092208, chr1_8138683, chr1_8139206, chr1_8139744, chr1_8140789, chr1_8141687, chr1_8154917, chr1_7454708, chr1_7504847, chr1_7505686, chr1_7505817, chr1_8202031, chr1_8228173, chr1_8309469, chr1_8163977, chr1_27786931 , chr1_8194629, chr1_7505259, chr1_8474659 chr1_8282602, chr1_8306806, chr1_8341618, chr1_8343786, chr1_8345836, chr1_8350569, chr1_8402403, AX-89962103, chr1_8279302, chr1_8334901, chrl 7561600, AX-89956272,chr1 _7938827, chr1_ 10810229, chrl 11007071 y chr1_ 10884171.

De acuerdo con modalidades particulares, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP es seleccionado del grupo que consiste en: AX-89929954, AX-89918280, AX-89938309, AX-89960828, AX-89930342, AX-89928530, AX-89949788, AX-89928131, AX-89949832, AX-89916790, AX-89973719, AX-89962023, AX-89921280, AX-89931666, AX-89921585, AX-89953905, AX-89952945, AX-89934682, AX-89951942, AX-89937020, AX-89924837, AX-89958601, AX-89923477, AX-89959350, AX-89929482, AX-89937712, AX-89949602, AX-89925103, AX-89938051, AX-89924174, AX-89936461, AX-89916703, AX-89935317 y AX-89966423; y

De acuerdo con estas modalidades particulares, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP es seleccionado del grupo que consiste en: AX-89929954, AX-89918280, AX-89938309, AX-89960828, AX-89930342, AX-89928530, AX-89949788, AX-89928131, AX-89949832, AX-89916790, AX-89973719, AX-89962023, AX-89921280, AX-89931666, AX-89921585, AX-89953905, AX-89952945 y AX-89934682; y

seleccionar dicha trucha arcoíris por tener mayor resistencia cuando el nucleótido de al menos un alelo es el alelo de resistencia a la IPN del SNP respectivo. El alelo de resistencia a la IPN de cada SNP se especifica en la Tabla 1.

De acuerdo con modalidades particulares adicionales, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP es seleccionado del grupo que consiste en: 7515539, chr1_7108873, chr1_6864558, chr1_7186663, chr1_6730531, chr1_27891953, AX-89953259, chr1_6740481, chr1_6770611, chr1_7412807, chr1_7360179, chr1_7411803, chr1_7431445, chr1_7433199, chr1_7441254, chr1_7441877, chr1_7533570, chr1_6834898, chr1_6730142, chr1_6746052, chr1_6794061, chr1_7399212, chr1_7442637, chr1_7358019, chr1_7709828, chr1_7598090, chr1_7626471, chr1_7598743, chr1_7670293, chr1_7670561, chr1_7647634, chr1_7356089, chr1_8109044, y chr1 10439048 y seleccionar dicha trucha arcoíris por tener mayor resistencia cuando el nucleótido de al menos un alelo es el alelo de resistencia a la IPN del SNP respectivo. El alelo de resistencia a la IPN de cada SNP se especifica en la Tabla 1. De acuerdo con otras modalidades adicionales, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP es seleccionado del grupo que consiste en: chr1 7515539, chr1_7108873 y chr1_6864558

De acuerdo con más modalidades particulares, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP es AX-89929954 o AX-89918280; y seleccionar dicha trucha arcoíris por tener una mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa cuando una citosina está presente en la posición de AX-89929954 o una guanina está presente en la posición de AX-89918280.

De acuerdo con más modalidades particulares, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP es AX-89929954; y

seleccionar dicha trucha arcoíris por tener una mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa cuando una citosina está presente en la posición de AX-89929954.

De acuerdo con más modalidades particulares, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP es AX-89918280; y

seleccionar dicha trucha arcoíris por tener una mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa cuando una guanina está presente en la posición de AX-89918280.

De acuerdo con otras modalidades particulares adicionales el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 del genoma) de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP es chr1-7515539, chr1_7108873 o chr1_6864558; y

seleccionar dicha trucha arcoíris por tener una mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa cuando una guanina está presente en la posición de chr1 7515539, a guanine está presente en la posición de chr1_7108873 o una citosina está presente en la posición de chr1_6864558.

Los métodos para seleccionar una trucha arcoíris que tiene mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa puede implicar determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo de más de un SNP, tal como al menos dos, al menos tres o al menos 4 SNP. La selección podrá entonces basarse en la presencia del alelo de resistencia a la IPN para los SNP analizados. Por ejemplo, se pueden genotipar al menos los SNP a X-89929954 (SNP#1) y AX-89918280 (SNP#2). También se pueden genotipar al menos los SNP AX-89929954 (SNP#1), AX-89918280 (SNP#2) y AX-89938309 (SNP#3). También se pueden genotipar al menos los SNP AX-89929954 (SNP#1), AX-89918280 (SNP#2), AX-89938309 (SNP#4), AX-89960828 (SNP#4) y chr1_7515539 (SNP#160).

En la técnica se conocen numerosas técnicas para determinar la identidad de un nucleótido de un alelo presente en un sitio polimórfico. Por ejemplo, la determinación puede involucrar el análisis de secuencia de la trucha arcoíris que se va a probar usando, por ejemplo, metodologías de secuencia tradicionales (por ejemplo, el "método de terminación de cadena mediada por dideoxi", también conocido como el "Método de Sanger" (Sanger, F., y otros, J. Molec. Biol. 94: 441 (1975); Prober y otros, Science 238: 336-340 (1987)) y el "método de degradación química" también conocido como el "método de Maxam-Gilbert" (Maxam, A. M., y otros, Proc. Natl. Acad. Sci. (U. S. A.) 74: 560 (1977). Alternativamente, la determinación puede involucrar la extensión de una sola base de oligonucleótidos de ADN que terminan en el sitio polimórfico (por ejemplo, ensayos iPLEXde Sequenom (San Diego, EE.UU.) y ensayos de Infinium de Illumina (San Diego, EE. UU.), ensayos de ligamiento específicos de alelos (por ejemplo, tecnología de axiomas de Affymetrix (San Diego, EE. UU.), PCR específica de alelo (por ejemplo, ensayos SNPtype de Fluidigm (San Francisco) o ensayos KASP de LGC Genomics (Teddington, UK)), o hibridación competitiva de sondas complementarias a los diferentes alelos (por ejemplo el ensayo TaqMan de Applied Biosystems (Foster City, EE. UU.)).

Los métodos para la detección de la variación alélica también son revisados por Nollau y otros, Clin. Chem. 43, 1114 1120, 1997; y en libros de texto estándar, por ejemplo "Laboratory Protocols for Mutation Detection", Ed. por U. Landegren, Oxford University Press, 1996 y "PCR", 2da Edición por Newton & Graham, BIOS Scientific Publishers Limited, 1997. Para analizar los SNP, puede ser apropiado, por ejemplo, usar oligonucleótidos específicos para alelos de SNP alternativos. Dichos oligonucleótidos que detectan variaciones de un solo nucleótido en secuencias diana pueden denominarse "oligonucleótidos específicos de alelo", "sondas específicas de alelo" o "cebadores específicos de alelo". El diseño y uso de sondas específicas de alelos para analizar polimorfismos se describen en, por ejemplo, Mutation Detection A Practical Approach, ed. Cotton y otros. Oxford University Press, 1998; Saiki y otros., Nature 324, 163-166 (1986); Dattagupta, EP235726; y Saiki, W O 89/11548.

De acuerdo con ciertas modalidades, al menos un SPN es seleccionado del grupo que consiste en: AX-89929954, AX-89918280, AX-89938309, AX-89960828, AX-89930342, AX-89928530, AX-89949788, AX-89928131, AX-89949832, AX-89916790, AX-89973719, AX-89962023, AX-89921280, AX-89931666, AX-89921585, AX-89953905, AX-89952945, AX-89934682, AX-89951942, AX-89937020, AX-89924837, AX-89958601, AX-89923477, AX-89959350, AX-89929482, AX-89937712, AX-89949602, AX-89925103, AX-89938051, AX-89924174, AX-89936461, AX-89916703, AX-89935317, AX-89966423, AX-89933348, AX-89969315, AX-89919958, AX-89968417, AX-89946851, AX-89976917, AX-89945446, AX-89919457, AX-89973597, AX-89938138, AX-89971866, AX-89958882, AX-89961273, AX-89944901, AX-89919465, AX-89959425, AX-89917102, AX-89959281, AX-89916766, AX-89920507, AX-89957370, AX-89934009, AX-89929663, AX-89952300, AX-89916572, AX-89946911, AX-89974593, AX-89927158, AX-89970383, AX-89965404, AX-89955634, AX-89932926, AX-89941493, AX-89943031, AX-89957682, AX-89960611, AX-89950199, AX-89928407, AX-89962035, AX 89931951, AX-89976536, AX-89916801, AX-89929085, AX-89925267 , chr1_7515539, chr1_7108873, chr1_6864558, chr1_7186663, chr1_6730531, chr1_27891953, AX-89953259, chr1_6740481, chr1_6770611, chr1_7412807, chr1_7360179, chr1_7411803, chr1_7431445, chr1_7433199, chr1_7441254, chr1_7441877, chr1_7533570, chr1_6834898, chr1_6730142, chr1_6746052, chr1_6794061, chr1_7399212, chr1_7442637, chr1_7358019, chr1_7709828, chr1_7598090, chr1_7626471, chr1_7598743, chr1_7670293, chr1_7670561, chr1_7647634, chr1_7356089, chr1_8109044, chr1_10439048, chr1_8142346, chr1_8092208, chr1_8138683, chr1_8139206, chr1_8139744, chr1_8140789, chr1_8141687, chr1_8154917, chr1_7454708, chr1_7504847, chr1_7505686, chr1_7505817, chr1_8202031, chr1_8228173, chr1_8309469, chr1_8163977, chr1_27786931, chr1_8194629, chr1_7505259, chr1_8474659, chr1_8282602, chr1_8306806, chr1_8341618, chr1_8343786, chr1_8345836, chr1_8350569, chr1_8402403, AX-89962103, chr1_8279302, chr1_8334901, chr1_7561600, AX-89956272,chr1_7938827, chr1_10810229, chr1_11007071 y chr1_10884171.

De acuerdo con modalidades particulares, al menos un SPN es seleccionado del grupo que consiste en: AX-89929954, AX-89918280, AX-89938309, AX-89960828, AX-89930342, AX-89928530, AX-89949788, AX-89928131, AX-89949832, AX-89916790, AX-89973719, AX-89962023, AX-89921280, AX-89931666, AX-89921585, AX-89953905, AX-89952945, AX-89934682, AX-89951942, AX-89937020, AX-89924837, AX-89958601, AX-89923477, AX-89959350, AX-89929482, AX-89937712, AX-89949602, AX-89925103, AX-89938051, AX-89924174, AX-89936461, AX-89916703, AX-89935317 y AX-89966423.

De acuerdo con otras modalidades particulares, al menos un SPN es seleccionado del grupo que consiste en: AX-89929954, AX-89918280, AX-89938309, AX-89960828, AX-89930342, AX-89928530, AX-89949788, AX-89928131, AX-89949832, AX-89916790, AX-89973719, AX-89962023, AX-89921280, AX-89931666, AX-89921585, AX-89953905, AX-89952945 y AX-89934682.

De acuerdo con más modalidades particulares, al menos un SPN es AX-89929954 o AX-89918280.

De acuerdo con otras modalidades particulares, al menos un SPN es AX-89929954.

De acuerdo con otras modalidades particulares, al menos un SPN es AX-89918280.

De acuerdo con ciertas modalidades, la presente invención proporciona una célula aislada de trucha arcoíris que ^{comprende dentro de su genoma (por ejemplo, en el cromosoma}1 ^{de su genoma) al menos una secuencia de nucleótidos}seleccionada del grupo que consiste en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en la sec. con núms. de ident.: 79 a 156, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 79 a 156 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada.

De acuerdo con modalidades particulares, la célula de trucha arcoíris aislada, comprende dentro de su genoma (por ^{ejemplo, en el cromosoma}1 ^{de su genoma) al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste}en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en las sec. con núms. de ident.: 79 a 112, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 79 a 112 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada.

De acuerdo con otras modalidades particulares, la célula de trucha arcoíris aislada, comprende dentro de su genoma (por ^{ejemplo, en el cromosoma}1 ^{de su genoma) al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste}en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en las sec. con núms. de ident.: 79 a 96, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 79 a 96 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada.

De acuerdo con más modalidades particulares, la célula de trucha arcoíris aislada, comprende dentro de su genoma (por ^{ejemplo, en el cromosoma}1 ^{de su genoma) al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste}en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en la sec. con núm. de ident.: 79 y la sec. con núm. de ident.: 80, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de la sec. con núm. de ident.: 79 y la sec. con núm. de ident.: 80 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada.

De acuerdo con más modalidades particulares, la célula de trucha arcoíris aislada, comprende dentro de su genoma (por ^{ejemplo, en el cromosoma}1 ^{de su genoma) al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste}en a) la secuencia de nucleótidos expuesta en la sec. con núm. de ident.: 79, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de la sec. con núm. de ident.: 79 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada.

De acuerdo con más modalidades particulares, la célula de trucha arcoíris aislada, comprende dentro de su genoma (por ^{ejemplo, en el cromosoma}1 ^{de su genoma) al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste}en a) la secuencia de nucleótidos expuesta en la sec. con núm. de ident.: 80, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de la sec. con núm. de ident.: 80 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada.

De acuerdo con modalidades particulares, la célula de trucha arcoíris aislada es un huevo aislado no fertilizado, tal como un huevo incubado aislado no fertilizado.

De acuerdo con modalidades particulares, la célula de trucha arcoíris aislada es una célula de esperma aislada.

De acuerdo con otras modalidades, la célula de trucha arcoíris aislada es una célula somática aislada.

La presente invención proporciona en un aspecto adicional una población aislada de células de trucha arcoíris, cada célula ^{individual dentro de la población aislada comprende dentro de su genoma (por ejemplo, en el cromosoma}1 ^{de su genoma)}al menos un alelo que confiere resistencia a la IPN ("alelo de resistencia a la iPn"), en donde al menos un alelo de resistencia a la IPN es un alelo de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP), en donde al menos un SPN es seleccionado de los SNP enumerados en la Tabla 1.

De acuerdo con ciertas modalidades, al menos un SPN es seleccionado del grupo que consiste en: AX-89929954, AX-89918280, AX-89938309, AX-89960828, AX-89930342, AX-89928530, AX-89949788, AX-89928131, AX-89949832, AX-89916790, AX-89973719, AX-89962023, AX-89921280, AX-89931666, AX-89921585, AX-89953905, AX-89952945, AX-89934682, AX-89951942, AX-89937020, AX-89924837, AX-89958601, AX-89923477, AX-89959350, AX-89929482, AX-89937712, AX-89949602, AX-89925103, AX-89938051, AX-89924174, AX-89936461, AX-89916703, AX-89935317, AX-89966423, AX-89933348, AX-89969315, AX-89919958, AX-89968417, AX-89946851, AX-89976917, AX-89945446, AX-89919457, AX-89973597, AX-89938138, AX-89971866, AX-89958882, AX-89961273, AX-89944901, AX-89919465, AX-89959425, AX-89917102, AX-89959281, AX-89916766, AX-89920507, AX-89957370, AX-89934009, AX-89929663, AX-89952300, AX-89916572, AX-89946911, AX-89974593, AX-89927158, AX-89970383, AX-89965404, AX-89955634, AX-89932926, AX-89941493, AX-89943031, AX-89957682, AX-89960611, AX-89950199, AX-89928407, AX-89962035, AX-89931951, AX-89976536, AX-89916801, AX-89929085, AX-89925267 , chr1_7515539, chr1_7108873, chr1_6864558, chr1_7186663, chr1_6730531, chr1_27891953, AX-89953259, chr1_6740481, chr1_6770611, chr1_7412807, chr1_7360179, chr1_7411803, chr1_7431445, chr1_7433199, chr1_7441254, chr1_7441877, chr1_7533570, chr1_6834898, chr1_6730142, chr1_6746052, chr1_6794061, chr1_7399212, chr1_7442637, chr1_7358019, chr1_7709828, chr1_7598090, chr1_7626471, chr1_7598743, chr1_7670293, chr1_7670561, chr1_7647634, chr1_7356089, chr1_8109044, chr1_10439048, chr1_8142346, chr1_8092208, chr1_8138683, chr1_8139206, chr1_8139744, chr1_8140789, chr1_8141687, chr1_8154917, chr1_7454708, chr1_7504847, chr1_7505686, chr1_7505817, chr1_8202031, chr1_8228173, chr1_8309469, chr1_8163977, chr1_27786931, chr1_8194629, chr1_7505259, chr1_8474659, chr1_8282602, chr1_8306806, chr1_8341618, chr1_8343786, chr1_8345836, chr1_8350569, chr1_8402403, AX-89962103, chr1_8279302, chr1_8334901, chr1_7561600, AX-89956272,chr1_7938827, chr1_10810229, chr1_11007071 y chr1_10884171.

De acuerdo con otras modalidades particulares, al menos un SPN es AX-89929954.

De acuerdo con otras modalidades particulares, al menos un SPN es AX-89918280.

De acuerdo con modalidades particulares adicionales, al menos un SPN es seleccionado del grupo: chr1 7515539, chr1_7108873, chr1_6864558, chr1_7186663, chr1_6730531, chr1_27891953, AX-89953259, chr1_6740481, chr1_6770611, chr1_7412807, chr1_7360179, chr1_7411803, chr1_7431445, chr1_7433199, chr1_7441254, chr1_7441877, chr1_7533570, chr1_6834898, chr1_6730142, chr1_6746052, chr1_6794061, chr1_7399212, chr1_7442637, chr1_7358019, chr1_7709828, chr1_7598090, chr1_7626471, chr1_7598743, chr1_7670293, chr1_7670561, chr1_7647634, chr1_7356089, chr1 8109044, y chr1_10439048

De acuerdo con más modalidades particulares adicionales, al menos un SPN es chr1_7515539, chr1_7108873 y chr1 6864558.

De acuerdo con otras modalidades particulares, al menos un SPN es chr1_7515539,

De acuerdo con otras modalidades particulares, al menos un SPN es chr1_7108873.

De acuerdo con otras modalidades particulares, al menos un SPN es chr1_6864558.

De acuerdo con ciertas modalidades, la presente invención proporciona una población aislada de células de trucha arcoíris, cada célula individual dentro de la población aislada comprende dentro de su genoma (por ejemplo, en el ^cromosoma1 ^{de su genoma) al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las}secuencias de nucleótidos expuestas en la sec. con núms. de ident.: 79 a 156, y 230 a 299 y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 79 a 156 y 230 a 299 por 1 a 5, tales como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no estén en la posición 36 de dicha secuencia derivada. De acuerdo con modalidades particulares, la población de células de trucha arcoíris aislada es una población en donde ^{cada célula individual dentro de la población aislada comprende dentro de su genoma (por ejemplo, en el cromosoma}1 de su genoma) al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en las sec. con núms. de ident.: 79 a 112, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 79 a 112 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada.

De acuerdo con otras modalidades particulares, la población de células de trucha arcoíris aislada es una población en donde cada célula individual dentro de la población aislada comprende dentro de su genoma (por ejemplo, en el ^cromosoma1 ^{de su genoma) al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las}secuencias de nucleótidos expuestas en las sec. con núms. de ident.: 79 a 96, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 79 a 96 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada.

De acuerdo con más modalidades particulares, la población de células de trucha arcoíris aislada es una población en donde cada célula individual dentro de la población aislada comprende dentro de su genoma (por ejemplo, en el ^cromosoma1 ^{de su genoma) al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las}secuencias de nucleótidos expuestas en sec. con núm. de ident.: 79 y la sec. con núm. de ident.: 80, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de la sec. con núm. de ident.: 79 y la sec. con núm. de ident.: 80 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada.

De acuerdo con más modalidades particulares, la población de células de trucha arcoíris aislada es una población en donde cada célula individual dentro de la población aislada comprende dentro de su genoma (por ejemplo, en el ^cromosoma1 ^{de su genoma) al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) la}secuencia de nucleótidos expuesta en la sec. con núm. de ident.: 79, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de la sec. con núm. de ident.: 79 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada.

De acuerdo con más modalidades particulares, la población de células de trucha arcoíris aislada es una población en ^{donde cada célula individual dentro de la problación comprende dentro de su genoma (por ejemplo, en el cromosoma}1 de su genoma) al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) la secuencia de nucleótidos expuesta en la sec. con núm. de ident.: 80, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de la sec. con núm. de ident.: 80 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada.

De acuerdo con modalidades particulares, las células de dicha población aislada son huevos no fertilizados, tal como huevos incubados no fertilizados.

De acuerdo con otras modalidades particulares, las células de dicha población aislada son células de esperma.

De acuerdo con otras modalidades, las células de dicha población aislada son células somáticas.

La presente invención proporciona en un aspecto particular un huevo de trucha arcoíris no fertilizado aislado que ^{comprende dentro de su genoma (por ejemplo, en el cromosoma}1 ^{de su genoma) al menos un alelo que confiere}resistencia a la IPN ("alelo de resistencia a la IPN"), al menos un alelo de resistencia a la IPN es un alelo de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) y al menos un SPN es seleccionado de los SNP enumerados en la Tabla 1. De acuerdo con modalidades particulares, al menos un SPN es AX-89929954 o AX-89918280.

De acuerdo con ciertas modalidades, la presente invención proporciona un huevo de trucha arcoíris no fertilizado aislado ^{que comprende dentro de su genoma (por ejemplo, en el cromosoma}1 ^{de su genoma) al menos una secuencia de}nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en las sec. con núms. de ident.: 79 a 156 y 230 a 299, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 79 a 156 y 230 a 299 por 1 a 5, tales como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no estén en la posición 36 de dicha secuencia derivada.

De acuerdo con modalidades particulares, la presente invención proporciona un huevo de trucha arcoíris no fertilizado ^{aislado que comprende dentro de su genoma (por ejemplo, en el cromosoma}1 ^{de su genoma) al menos una secuencia}de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en sec. con núm. de ident.: 79 y la sec. con núm. de ident.: 80, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de la sec. con núm. de ident.: 79 y la sec. con núm. de ident.: 80 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada.

De acuerdo con otras modalidades particulares adicionales, al menos un SPN es chr1 7515539, chr1_7108873 o chr1_6864558.

De acuerdo con modalidades particulares, la presente invención proporciona un huevo de trucha arcoíris no fertilizado ^{aislado que comprende dentro de su genoma (por ejemplo, en el cromosoma}1 ^{de su genoma) al menos una secuencia}de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en las sec. con núms. de ident.: 230 a 232 y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 230 a 232 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada.

De acuerdo con modalidades particulares, el huevo de trucha arcoíris no fertilizado aislado que es un huevo incubado no fertilizado aislado.

La presente invención proporciona en un aspecto adicional una población aislada de huevos de trucha arcoíris no fertilizados, cada huevo individual de la población aislada comprende dentro de su genoma (por ejemplo, en el cromosoma 1 de su genoma) al menos un alelo que confiere resistencia a la IPN ("alelo de resistencia a la IPN"), en donde al menos un alelo de resistencia a la IPN es un alelo de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido(SNP) y al menos un SPN es seleccionado de los SNP enumerados en la Tabla 1.

De acuerdo con modalidades particulares, al menos un SPN es AX-89929954 o AX-89918280.

De acuerdo con modalidades adicionales, al menos un SPN es chr1 7515539, chr1_7108873 o chr1_6864558.

De acuerdo con ciertas modalidades, la presente invención proporciona una población aislada de huevos de trucha arcoíris ^{no fertilizados que comprende dentro de su genoma (por ejemplo, en el cromosoma}1 ^{de su genoma) al menos una}secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en las sec. con núms. de ident.: 79 a 156, y 230 a 299 y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 79 a 156 y 230 a 299 por 1 a 5, tales como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no estén en la posición 36 de dicha secuencia derivada.

De acuerdo con modalidades particulares, la presente invención proporciona una población aislada de huevos de trucha arcoíris no fertilizados, cada huevo individual dentro de la población aislada comprende dentro de su genoma (por ejemplo, ^{en el cromosoma}1 ^{de su genoma) al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las}secuencias de nucleótidos expuestas en sec. con núm. de ident.: 79 y la sec. con núm. de ident.: 80, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de la sec. con núm. de ident.: 79 y la sec. con núm. de ident.: 80 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada.

De acuerdo con modalidades particulares, la presente invención proporciona una población aislada de huevos de trucha arcoíris no fertilizados, cada huevo individual dentro de la población aislada comprende dentro de su genoma (por ejemplo, ^{en el cromosoma}1 ^{de su genoma) al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las}secuencias de nucleótidos expuestas en las sec. con núms. de ident.: 230 a 232, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de la sec. con núm. de ident.: 230 a 232 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada.

De acuerdo con otras modalidades, la población aislada de huevos de trucha arcoíris no fertilizados es una población de huevos incubados no fertilizados.

Moléculas de ácido nucleico

La presente descripción también describe una molécula de ácido nucleico, tal como una molécula de ácido nucleico aislada. Más particularmente, la presente descripción discute un ácido nucleico, tal como un ácido nucleico aislado, que comprende al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en las sec. con núms. de ident.: 79 a 156 y 230 a 299, b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 79 a 156 y 230 a 299 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada, y c) complementos de a) y b).

La molécula de ácido nucleico, tal como una molécula de ácido nucleico aislada, puede comprender al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en las sec. con núms. de ident.: 79 a 112, b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 79 a 112 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada, y c) complementos de a) y b).

La molécula de ácido nucleico, tal como una molécula de ácido nucleico aislada, puede comprender al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en las sec. con núms. de ident.: 79 a 96, b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 79 a 96 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada, y c) complementos de a) y b).

La molécula de ácido nucleico, tal como una molécula de ácido nucleico aislada, puede comprender al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en las sec. con núms. de ident.: 79 y la sec. con núm. de ident.: 80, b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de la sec. con núm. de ident.: 79 y la sec. con núm. de ident.: 80 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada, y c) complementos de a) y b). La molécula de ácido nucleico, tal como una molécula de ácido nucleico aislada, puede comprender la secuencia de nucleótidos expuesta en la sec. con núm. de ident.: 79, o una secuencia de nucleótidos derivada de la sec. con núm. de ident.: 79 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada, o un complemento de estas.

La molécula de ácido nucleico, tal como una molécula de ácido nucleico aislada, puede comprender la secuencia de nucleótidos expuesta en la sec. con núm. de ident.: 80, o una secuencia de nucleótidos derivada de la sec. con núm. de ident.: 80 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada, o un complemento de estas.

La molécula de ácido nucleico, tal como una molécula de ácido nucleico aislada, puede comprender al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en las sec. con núms. de ident.: 230 a 263, b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 230 a 263 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada, y c) complementos de a) y b).

La molécula de ácido nucleico, tal como una molécula de ácido nucleico aislada, puede comprender al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en las sec. con núms. de ident.: 230 a 232, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 230 a 232 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada, y c) complementos de a) y b).

La molécula de ácido nucleico, tal como una molécula de ácido nucleico aislada, puede comprender la secuencia de nucleótidos expuesta en la sec. con núm. de ident.: 230, o una secuencia de nucleótidos derivada de la sec. con núm. de ident.: 230 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada, o un complemento de estas.

La molécula de ácido nucleico, tal como una molécula de ácido nucleico aislada, puede comprender la secuencia de nucleótidos expuesta en las sec. con núms. de ident.: 231 o una secuencia de nucleótidos derivada de la sec. con núm. de ident.: 231 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada, o un complemento de estas.

La molécula de ácido nucleico, tal como una molécula de ácido nucleico aislada, puede comprender la secuencia de nucleótidos expuesta en las sec. con núms. de ident.: 232 o una secuencia de nucleótidos derivada de la sec. con núm. de ident.: 232 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada, o un complemento de estas.

La molécula de ácido nucleico puede tener una longitud de al menos 71 nucleótidos, tal como al menos 75 nucleótidos o ^{al menos}100 ^{nucleótidos.}

De acuerdo con ciertas modalidades, el ácido nucleico tiene una longitud de 71 nucleótidos a 400 nucleótidos, tal como de 71 nucleótidos a 200 nucleótidos o de 71 a 100 nucleótidos.

La presente descripción describe además un oligonucleótido, tal como un oligonucleótido aislado. Más particularmente, ^{la presente descripción discute un oligonucleótido, tal como un oligonucleótido aislado, que comprende al menos}10 nucleótidos contiguos, tal como al menos 16 nucleótidos contiguos, de una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en las sec. con núms. de ident.: 79 a 156 y 230 a 299 y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 79 y 156 y 230 a 299 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada; en donde dichos al menos 10 nucleótidos contiguos incluyen el nucleótido en la posición 36 de a) o b); o un complemento de dicho oligonucleótido.

El oligonucleótido comprende al menos 10 nucleótidos contiguos, tal como al menos 16 nucleótidos contiguos, de una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en las sec. con núms. de ident.: 79 a 112, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de la sec. con núm. de ident.: 79 y 112 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada; en donde dichos al menos 10 nucleótidos contiguos incluyen el nucleótido en la posición 36 de a) o b); o un complemento de dicho oligonucleótido.

El oligonucleótido puede comprender al menos 10 nucleótidos contiguos, tal como al menos 16 nucleótidos contiguos, de una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en las sec. con núms. de ident.: 79 a 96, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de la sec. con núm. de ident.: 79 a 96 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada; en donde dichos al menos 10 nucleótidos contiguos incluyen el nucleótido en la posición 36 de a) o b); o un complemento de dicho oligonucleótido.

El oligonucleótido comprende al menos 10 nucleótidos contiguos, tal como al menos 16 nucleótidos contiguos, de una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en las sec. con núms. de ident.: 79 y 80, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de la sec. con núm. de ident.: 79 y 80 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada; en donde dichos al menos 10 nucleótidos contiguos incluyen el nucleótido en la posición 36 de a) o b); o un complemento de dicho oligonucleótido.

El oligonucleótido puede comprender al menos 10 nucleótidos contiguos, tal como al menos 16 nucleótidos contiguos, de una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) la secuencia de nucleótidos expuesta en las sec. con núms. de ident.: 79, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de la sec. con núm. de ident.: 79 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada; en donde dichos al menos 10 nucleótidos contiguos incluyen el nucleótido en la posición 36 de a) o b); o un complemento de dicho oligonucleótido.

El oligonucleótido puede comprender al menos 10 nucleótidos contiguos, tal como al menos 16 nucleótidos contiguos, de una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) la secuencia de nucleótidos expuesta en las sec. con núms. de ident.: 80, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de la sec. con núm. de ident.: 80 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada; en donde dichos al menos 10 nucleótidos contiguos incluyen el nucleótido en la posición 36 de a) o b); o un complemento de dicho oligonucleótido.

El oligonucleótido puede comprender al menos 10 nucleótidos contiguos, tal como al menos 16 nucleótidos contiguos, de una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en las sec. con núms. de ident.: 230 a 263, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de la sec. con núm. de ident.: 230 y 263 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada; en donde dichos al menos 10 nucleótidos contiguos incluyen el nucleótido en la posición 36 de a) o b); o un complemento de dicho oligonucleótido.

El oligonucleótido puede comprender al menos 10 nucleótidos contiguos, tal como al menos 16 nucleótidos contiguos, de una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en las sec. con núms. de ident.: 230 a 232 y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de la sec. con núm. de ident.: 230 a 232 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada; en donde dichos al menos 10 nucleótidos contiguos incluyen el nucleótido en la posición 36 de a) o b); o un complemento de dicho oligonucleótido.

El oligonucleótido puede comprender al menos 10 nucleótidos contiguos, tal como al menos 16 nucleótidos contiguos, de una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) la secuencia de nucleótidos expuesta en las sec. con núms. de ident.: 230, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de la sec. con núm. de ident.: 230 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada; en donde dichos al menos 10 nucleótidos contiguos incluyen el nucleótido en la posición 36 de a) o b); o un complemento de dicho oligonucleótido.

El oligonucleótido puede comprender al menos 10 nucleótidos contiguos, tal como al menos 16 nucleótidos contiguos, de una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) la secuencia de nucleótidos expuesta en las sec. con núms. de ident.: 80, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de la sec. con núm. de ident.: 231 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada; en donde dichos al menos 10 nucleótidos contiguos incluyen el nucleótido en la posición 36 de a) o b); o un complemento de dicho oligonucleótido.

El oligonucleótido puede comprender al menos 10 nucleótidos contiguos, tal como al menos 16 nucleótidos contiguos, de una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) la secuencia de nucleótidos expuesta en las sec. con núms. de ident.: 80, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de la sec. con núm. de ident.: 232 por 1 a 5, tal como 1 a 2, sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada; en donde dichos al menos 10 nucleótidos contiguos incluyen el nucleótido en la posición 36 de a) o b); o un complemento de dicho oligonucleótido.

El oligonucleótido o su complemento puede tener una longitud de al menos 10 nucleótidos, tal como al menos 16 nucleótidos.

El oligonucleótido o su complemento pueden tener una longitud de al menos 16 nucleótidos, tal como al menos 20 nucleótidos.

El oligonucleótido o su complemento pueden tener una longitud de al menos 20 nucleótidos, tal como al menos 25 nucleótidos.

El oligonucleótido o su complemento pueden tener una longitud de 10 a 200 nucleótidos, tal como 10 a 150 nucleótidos. El oligonucleótido o su complemento pueden tener una longitud de 10 a 100 nucleótidos, tal como 10 a 70 nucleótidos. El oligonucleótido o su complemento pueden tener una longitud de 16 a 100 nucleótidos, tal como 16 a 70 nucleótidos. El oligonucleótido o su complemento pueden tener una longitud de 10 a 50 nucleótidos, tal como 10 a 40 nucleótidos. El oligonucleótido o su complemento pueden tener una longitud de 16 a 50 nucleótidos, tal como 16 a 40 nucleótidos. ^{El oligonucleótido o su complemento pueden tener una longitud de 10 a 30 nucleótidos, tal como}8 ^{a 25 nucleótidos.}El oligonucleótido o su complemento pueden tener una longitud de 16 a 30 nucleótidos, tal como 16 a 25 nucleótidos. El oligonucleótido o su complemento puede ser un cebador, tal como un cebador de PCR.

El oligonucleótido o su complemento puede ser una sonda, tal como una sonda de hibridación.

La presente descripción también discute un complemento para el oligonucleótido especificado anteriormente. Dicho complemento puede usarse como una sonda, tal como una sonda de hibridación.

Una sonda o cebador puede tener adherida un marcador detectable o una molécula reportera. Los marcadores típicos incluyen isótopos radiactivos, sustratos de enzimas, cofactores, ligandos, agentes quimioluminiscentes o fluorescentes, haptenos y enzimas. Los métodos para marcar y orientar en la elección de los marcadores apropiados para varios propósitos se discuten, por ejemplo, en Sambrook y otros. (In Molecular Cloning, A Laboratory Manual, CSHL, Nueva York, 1989) y Ausubel y otros. (In Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, Nueva York, 1998). Como ejemplo particular, una sonda o cebador puede incluir un fluoróforo, como un fluoróforo aceptor o un fluoróforo donante. Dicho fluoróforo se puede unir en el extremo 5' o 3' de la sonda/cebador.

Las sondas generalmente tienen una longitud de al menos 15 nucleótidos, tal como al menos 16, al menos 17, al menos 18, al menos 19, al menos 20, al menos 25, al menos 30, al menos 35, al menos 40, al menos 45, al menos 50, al menos 55, al menos 60, al menos 65, al menos 70, o más nucleótidos contiguos complementarios a la molécula de ácido nucleido diana, tal como 20 a 70 nucleótidos, 20 a 60 nucleótidos, 20 a 50 nucleótidos, 20 a 40 nucleótidos, o 20 a 30 nucleótidos. Los cebadores son más cortos en longitud. Un oligonucleótido usado como cebador puede tener al menos 10 nucleótidos de longitud. La especificidad de un cebador aumenta con su longitud. Así, por ejemplo, un cebador que incluye 30 nucleótidos consecutivos se apareará a una secuencia diana con una especificidad más alta que un cebador correspondiente de solo 15 nucleótidos. Así, para obtener una mayor especificidad, los cebadores tienen una longitud de al menos 15 nucleótidos, tal como al menos 16, al menos 17, al menos 18, al menos 19, al menos 20, al menos 25, al menos 30, al menos 35, al menos 40, al menos 45, al menos 50, al menos 55, al menos 60, al menos 65, al menos 70, o más nucleótidos contiguos complementarios a la molécula de ácido nucleico diana, tal como 15 a 70 nucleótidos, 15 a 60 nucleótidos, 15 a 50 nucleótidos, 15 a 40 nucleótidos, o 15 a 30 nucleótidos. Los pares de cebadores pueden usarse para la amplificación de secuencias de ácido nucleico, por ejemplo, mediante PCT, PCR en tiempo real u otros métodos de amplificación de ácido nucleico conocidos en la técnica.

Validación de los resultados subyacentes a la presente invención.

Se llevaron a cabo dos pruebas de desafío, con el fin de validar la asociación entre la resistencia a la IPN y los alelos en cuatro de los polimorfismos de la invención. Las pruebas se llevaron a cabo en dos tanques de 100 litros, y en cada tanque se probó la resistencia de un grupo de individuos de truchas arcoíris contra una de las dos cepas del virus IPN. Las dos cepas fueron 1) una cepa (AGT11-2) del serotipo Sp aislado de la trucha arcoíris noruega criada en agua de mar; la misma cepa que se usó cuando se hicieron las invenciones por primera vez, y 2) una cepa del serotipo Wb aislada de un brote en la trucha arcoíris en Chile. El experimento de validación confirmó que existe una asociación estadísticamente significativa entre la resistencia a la iPn y los alelos en los cuatro polimorfismos investigados. Además, la asociación también fue válida cuando la cepa del virus IPN usada en el descubrimiento inicial de la invención (una cepa del serotipo Sp) se reemplazó por una cepa diferente (del serotipo Wb, West Buxon). De ello se deduce que la asociación entre los polimorfismos de ADN y la resistencia a la IPN es reproducible e independiente de la cepa del virus.

Los cuatro polimorfismos probados en el experimento de validación fueron representativos de todos los polimorfismos de la invención. Los polimorfismos restantes de la invención no se probaron directamente. Sin embargo, dado que todos los polimorfismos de las Invenciones son marcadores de un mismo locus de rasgos cuantitativos (QTL), es razonable concluir que cualquier otro polimorfismo de la Invención hubiera pasado la prueba de validación.

Es una consecuencia natural y necesaria de estos hallazgos que los polimorfismos de ADN de la presente invención se pueden usar para crear truchas arcoíris con mayor resistencia a la IPN. Los resultados de este estudio de validación se presentan en los Ejemplos 2 y 3.

Ciertas definiciones

Como se usa en la presente descripción, "mayor resistencia" a la necrosis pancreática infecciosa significa que un individuo que tiene mayor resistencia tiene una mayor probabilidad de sobrevivir a un brote de IPN que un individuo aleatorio (del mismo brote) con el que es comparable. Dos individuos son comparables si lo son, con respecto a todos los factores discriminatorios excepto el genotipo en el SNP que se usa para predecir la resistencia a la IPN, representantes aleatorios de una y de la misma población de truchas arcoíris. Un brote de IPN es una condición en la cual la trucha arcoíris viva está expuesta al virus de la IPN de tal manera que algunas personas se infectan y propagan el virus (lo que lleva a una propagación de la enfermedad). Un brote puede ser, por ejemplo, un brote no deseado del virus en un tanque o estanque de truchas arcoíris criadas en agua dulce, un brote no deseado en una red de truchas criadas en agua de mar, o un brote controlado inducido como parte de un experimento de laboratorio. La prueba de desafío de IPN que se describe aquí (pruebas de desafío 1, 2, 3 y 4) son ejemplos de experimentos de laboratorio que miden las tasas de supervivencia durante los brotes de IPN.

Como se usa en la presente descripción, un "alelo de resistencia a la IPN" es un alelo que confiere mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa. Esto significa que una trucha arcoíris que tiene dicho alelo en la posición de un polimorfismo detallado en la presente descripción muestra una mayor resistencia a la IPN. El "alelo de resistencia a la IPN" puede identificar un polimorfismo de nucleótido único que se puede usar para detectar o determinar el grado de resistencia a la IPN.

Como se usa en la presente descripción, un "polimorfismo" es una variación en una secuencia genómica. En particular, un polimorfismo es una posición en el genoma donde generalmente se encuentran diferentes variantes alélicas entre individuos de una población, o entre individuos de diferentes poblaciones. El polimorfismo puede ser una diferencia de un solo nucleótido presente en un lugar, o puede ser una inserción o eliminación de uno o unos pocos nucleótidos en una posición de un gen.

Como se usa en la presente descripción, un "polimorfismo de un solo nucleótido" o "SNP" se refiere a un polimorfismo de una sola base (nucleótido) en una secuencia de ADN entre individuos en una población. Como tal, un polimorfismo de un solo nucleótido se caracteriza por la presencia en una población de uno o dos, tres o cuatro nucleótidos diferentes (es decir, adenina, citosina, guanina o timina), típicamente menos de los cuatro nucleótidos, en un lugar particular en un genoma, como el genoma de la trucha arcoíris.

Como se usa en la presente descripción, "secuencia polimórfica" se refiere a una secuencia de nucleótidos que incluye un sitio polimórfico en el que se produce un SNP u otro tipo de polimorfismo.

Como se usa en la presente descripción, un "sitio polimórfico" es el lugar o posición dentro de una secuencia dada en la que se produce la divergencia. Los sitios polimórficos preferidos tienen al menos dos alelos, cada uno de los cuales aparece a una frecuencia superior al 1 %, y más preferentemente superior al 10 %. Los expertos en la técnica reconocerán que las moléculas de ácido nucleico pueden ser moléculas de doble cadena y que la referencia a un sitio particular en una cadena se refiere, también, al sitio correspondiente en una cadena complementaria. Al definir un sitio polimórfico o una referencia alélica a una adenina, una timina, una citosina o una guanina en un sitio particular en una cadena de una molécula de ácido nucleico también define la timina, adenina, guanina o citosina (respectivamente) en el sitio correspondiente en una cadena complementaria del ácido nucleico.

Aquí, cuando se especifica que un polimorfismo tiene un alelo particular, entonces se entiende que ese alelo particular va junto con la secuencia dada para el polimorfismo. Por ejemplo, cuando se dice que la guanina es el alelo de resistencia de SNP AX-89929954 (SNP#1), se entiende que el alelo de resistencia de AX-89929954 alberga un nucleótido de guanina en el sitio polimórfico, definido en la Tabla 2, cuando el ADN se lee en la dirección definida en la Tabla 2. En otras palabras, como se indica en la Tabla 2, la forma de resistencia de la secuencia de ADN de AX-89929954 (con la secuencia flanqueante) es GAAAGAAACAGTGATAGGCTTTTAGTGAGCACATACATTTGACACACAGTTGTGTGAAAA CAAAGCATGTG (sitio polimórfico subrayado) cuando se lee en la dirección definida en la Tabla 2. Cuando se lee en la dirección opuesta, la secuencia de AX-89929954 (con la secuencia flanqueante) es CACATGCTTTGTTTTCACACAACTGTGTGTCAAATGTATGTGCTCACTAAAAGCCTATCAC TGTTTCTTTC (sitio polimórfico subrayado). Aunque solo se usa una dirección cuando los alelos de resistencia a la IPN y los alelos de no resistencia a la IPN se definen en la presente descripción, las dos direcciones de lectura son equivalentes.

Como se usa en la presente descripción, una "muestra", tal como una muestra biológica que incluye moléculas de ácido nucleico, es una muestra obtenida de una trucha arcoíris, que incluye, entre otros, células, tejidos y fluidos corporales. Como se usa en la presente descripción, un "oligonucleótido" es una pluralidad de nucleótidos juntos unidos por enlaces ^{fosfodiéster nativos, típicamente de}8 ^{a 300 nucleótidos de longitud.}

^{Como se usa en la presente descripción, "sondas" y "cebador'' son oligonucleótidos aislados de al menos}8 ^{nucleótidos, tal como al menos}10 ^{nucleótidos, capaces de hibridar con un ácido nucleico diana.}

Como se usa en la presente descripción, "aislado" significa que un organismo o un componente biológico, tal como una célula, una población de células o una molécula de ácido nucleico, se ha separado de su entorno natural.

Como se usa en la presente descripción, "ligamiento genético" se refiere a la tendencia de los polimorfismos que se encuentran cerca uno del otro en un cromosoma para heredarse juntos durante la meiosis. Por lo tanto, se dice que los polimorfismos ubicados cerca uno del otro en el mismo cromosoma, están ligados genéticamente. Los alelos en dos de estos loci genéticamente ligados se heredan conjuntamente (de progenitores a descendencia) más a menudo de los que no lo son. Supongamos, por ejemplo, dos polimorfismos; polimorfismo A que tiene alelos A1 y A2, y polimorfismo B que tiene alelos B1 y B2. Supongamos además que una trucha arcoíris dada porta todos los alelos A1, A2, B1 y B2 (en otras palabras, esta trucha arcoíris es heterocigótica tanto en el marcador como en el marcador B). Si los alelos A1 y B1, en esta trucha arcoíris en particular, se localizan en la misma copia del cromosoma, entonces los alelos A1 y B1 se heredan conjuntamente más a frecuentemente, para la descendencia de la trucha arcoíris que no.

Tal como se usa en la presente descripción, "análisis de ligamiento genético" se refiere a un procedimiento estadístico donde se investigan datos genotípicos, provenientes de conjuntos de animales que comprenden progenitores y sus descendientes, para probar la presencia de ligamiento genético entre polimorfismos. El análisis de ligamiento genético se puede usar para asignar polimorfismos a los cromosomas, siempre que el análisis incorpore polimorfismos que ya se han asignado al cromosoma usando, por ejemplo, la hibridación fluorescente in situ.

Como se usa en la presente descripción "hibridación fluorescente in situ" o "FISH" se refiere a una técnica que detecta la presencia o ausencia de secuencias específicas de ADN en los cromosomas. El FISH puede usarse para asignar polimorfismos de ADN conocidos a los cromosomas.

"Centi-Morgan" es una unidad de medida, que se usa para describir distancias genéticas, donde la distancia genética es una medida de la medida en que dos polimorfismos están ligados genéticamente.

El desequilibrio de ligamiento (LD) o, más precisamente, el desequilibrio de ligamiento en la fase gamética, se usa para describir la herencia conjunta de alelos en polimorfismos genéticamente ligados, a nivel de la población. Supongamos, por ejemplo, dos polimorfismos ubicados en el mismo cromosoma; polimorfismo A que tiene alelos A1 y A2, y polimorfismo B que tiene alelos B1 y B2. Todas las copias del cromosoma en cuestión albergarán una combinación de alelos en los dos loci (es decir, un haplotipo), y hay cuatro posibles haplotipos: A1-B1, A1-B2, A2-B1, y A2-B2. Se dice que los dos loci son LD entre sí si el número de haplotipos A1-B1 y A2-B2 dentro de la población es significativamente mayor o ^{significativamente menor que el número de haplotipos A l-B}2 ^{y A}2^-B1^.

Cuando se indica un límite o rango numérico en la presente descripción, se incluyen los puntos finales. Además, todos los valores y subgrupos dentro de un límite o rango numérico se incluyen específicamente como si se escribieran explícitamente.

Con la descripción general de esta invención, puede obtenerse una comprensión adicional por referencia a ciertos ejemplos específicos, que se proporcionan en la presente descripción con fines de ilustración solamente y no se pretende que sean limitativos a menos que se especifique lo contrario.

EJEMPLOS

Ejemplo 1: Identificación de polimorfismos de un solo nucleótido predictivos para la IPN

Se realizaron dos pruebas de desafío, probando la resistencia de las truchas arcoíris a la IPN. La producción y la cría de grupos familiares, así como la preparación para el desafío, se realizaron como se describió anteriormente en Wetten y ^otros,2011^.

La primera prueba (Desafío 1) se realizó con el objetivo de encontrar el aislado de virus óptimo para el desafío de la IPN en la trucha arcoíris. Se probaron dos cepas de virus separadas; la cepa V-1244, que es virulenta para el salmón del Atlántico, y otra cepa aislada de la trucha arcoíris criada con agua de mar en Noruega (serotipo-Sp, AGTT11-2). Ambas ^{cepas se probaron en tanques por triplicado, cada uno con}100 ^{peces derivados de diez familias separadas de truchas.}Los individuos fallecidos o moribundos se muestrearon diariamente. La prueba finalizó 38 días después del inicio de la prueba. La cepa de salmón causó 20 % de mortalidad general, mientras que la cepa de trucha arcoíris fue mucho más virulenta, causando 85 % de mortalidad general.

La cepa del virus aislada de la trucha arcoíris (AGTT11-2) se usó en el segundo desafío (Desafío 2). El objetivo de este estudio fue identificar los SNP que son diagnósticos del nivel de resistencia a la IPN en truchas arcoíris individuales. Es decir, SNP asociados con resistencia a la IPN. Se incluyeron cincuenta familias diferentes de truchas arcoíris en la prueba, cada una representada con un tanque separado de 200 alevines (peso promedio de alevines = 0,2 gramos). Todas las familias se sometieron a un desafío de baño mediante la adición de un volumen de sobrenadante de virus correspondiente a una concentración final de virus de aproximadamente 106 TCID5o/ml de agua. Los individuos fallecidos o moribundos se muestrearon diariamente. Todos los peces que murieron durante el ensayo, así como todos los sobrevivientes recolectados al final de 40 días después del desafío, se congelaron a -18 °C para permitir el análisis de ADN. La prueba finalizó 48 días después del inicio de la prueba.

Del desafío 2, se incluyeron 8683 animales en el análisis; estos animales comprenden 46 grupos de hermanos completos originarios de 29 progenitores macho y 25 hembras. El número de grupos de hermanos completos por padre macho varió de 1 a 3, al igual que el número de grupos de hermanos completos por madre hembra.

La tasa de mortalidad general en la prueba de Desafío 2 fue de 93 %. Dentro de los grupos de hermanos completos, la tasa de mortalidad varió de 67,8 % a 99,5 %. De los 8683 individuos sometidos a prueba de desafío, 1723 fueron genotipados. Estos 1723 animales comprendían (en promedio) 19 muertes tempranas y 19 sobrevivientes o mortalidades tardías de cada uno de los 46 grupos de hermanos completos. Aquí, las primeras mortalidades fueron los primeros peces en morir dentro de su grupo de hermanos completos respectivo, excluyendo a los individuos que murieron antes del día 13 de la prueba de desafío 1 (se asumió que las pocas muertes ocurridas antes del día 13 no se debieron a la IPN). Las muertes tardías fueron los individuos que murieron, o que fueron los últimos en morir, dentro de sus grupos de hermanos respectivos. Los individuos fallecidos que mostraron signos de no haber podido sostenerse a sí mismos con alimentos sólidos no fueron genotipados; Estos se identificaron sobre la base de su pequeño tamaño y la falta de pigmentos rojos (provenientes del alimento) en sus aletas.

El ADN se extrajo de la aleta de la cola de los animales genotipados, usando un método estándar (el kit DNAeasy 96 de QIAGEN (Venlo, Países Bajos)).

Los 1723 animales se genotiparon usando la matriz de genotipado de truchas Axiom®, un chip SNP que alberga 57501 polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) en formato de 96 pocillos. Este chip SNP fue desarrollado por AquaGen en colaboración con el Departamento de Agricultura de los Estados Unidos (USDA) y Affymetrix, y está disponible comercialmente en Affymetrix (San Diego, EE. UU.). El genotipado se realizó usando la plataforma patentada Axiom de Affymetrix, siguiendo la Guía del usuario del flujo de trabajo automatizado del ensayo Axiom® 2.0 ^{(http://media.affymetrix.com/support/downloads/manuals/axiom_}2^{_assay_auto_workflow_user_guide.pdf).}

Basado en los datos sin procesar proporcionados por la maquinaria Axiom, los genotipos se nombraron usando el software Affymetrix PowerTools (http://www.affymetrix.com/estore/partners_programs/programs/developer/tools/powertools.aff x). El análisis e interpretación de los datos sin procesar se realizó de acuerdo con el flujo de trabajo de mejores prácticas proporcionado por Affymetrix (http://www.affymetrix.com/estore/partners_programs/programs/developer/tools/powertools.affx). Los SNP y los animales que tienen parámetros de calidad por debajo de los umbrales predeterminados, proporcionados en el Flujo de trabajo de mejores prácticas, no se consideraron para análisis posteriores.

Los SNP se probaron individualmente para determinar la asociación con la resistencia a la IPN, definida como el tiempo hasta la muerte (o el final de la prueba para los sobrevivientes) en la prueba de desafío. Las pruebas se realizaron a través de prueba de relación de probabilidad comparando un modelo lineal mixto que incluye el efecto aleatorio de la familia (incluidos los efectos poligénicos) y un SNP dado con un modelo base que ignora el efecto del SNP:

Ho: y = 1 (J Zu e

Hi: y = 1/7 Zu Mg e

donde y es un vector de fenotipos de tiempo hasta la muerte de individuos con genotipos conocidos para un locus SNP dado, y es el efecto fijo de la media global,

U~iV(0,I<7¿)

es un vector de efectos aleatorios de las familias, Z es una matriz de incidencia que vincula individuos con familias.

9■'N(Q,O^sNP)

es el efecto de sustitución alélica de un SNP específico, M es una matriz de genotipos (con los genotipos codificados 0, 1 ^y2 ^{para el primer homocigoto, heterocigoto y el otro homocigoto) y}

e~iV(0,Ia|)

es un vector de residuos aleatorios. Los componentes de la varianza asociados y la razón de probabilidad de los dos modelos se estimaron con el software DMU (Madsen & Jensen, 2013), usando una metodología de probabilidad máxima restringida (REML). Las probabilidades de REML para modelos anidados solo son comparables cuando las partes fijas de los dos modelos son idénticas, y el efecto de sustitución del SNP se definió como aleatorio.

La prueba de razón de probabilidad se realizó de la siguiente manera:

D - llnL-t - 2lnL0~Xi

^{donde lnL0 y lnL0 son las probabilidades de registro de REML de los modelos H}0 ^{y H}1^{, respectivamente. La prueba de}razón de probabilidad se realizó locus por locus, usando procedimientos de computación en paralelo.

Para corregir correcciones múltiples de una manera muy estricta, el umbral para declarar significancia en la prueba de asociación entre genotipos de s Np y resistencia a la IPN se dividió por 50000 (el número aproximado de SNP polimórficos de alta calidad), es decir, se aplicó una corrección de Bonferroni. Por lo tanto, un umbral de valor p para todo el ^{experimento para 0,05 se tradujo a un umbral de valor p de 10}-6 ^{para cada SNP individual. En otras palabras, la hipótesis}nula (H0) declaró que no se encontró ningún QTL para la resistencia a la IPN en el material investigado, la hipótesis alternativa declaró que al menos un QTL para la resistencia a la IPN existía en el material investigado, la probabilidad de observar al menos un QTL fue de 0,05 solo (5 %) si la hipótesis nula era cierta y un SNP individual necesitaba un valor ^{de p inferiora}10-6 ^{para ser declarado significativo para todo el experimento.}

Los mapas de ligamiento se produjeron usando el software Lep-MAP (Rastas y otros, 2013). Inicialmente, los SNP se colocaron en grupos de enlace mediante análisis de dos puntos usando el módulo 'Separate Chromosomes', especificando un umbral de LOD de 110 (lodLimit = 110), junto con los parámetros missingLimit = 5, achiasmaticMeiosis = 0, dataZTolerance = 2, malePrior= 0,1, femalePrior = 0,1 dataTolerance = 0,05 sizeLimit = 20 (vea las opciones del programa para una descripción completa de los parámetros para este y las etapas siguientes). Posteriormente, se agregaron SNP no ligados a cada grupo usando el módulo 'JoinSingles', especificando un umbral de LOD de 30 (lodLimit = 30) y requiriendo una diferencia de LOD mínima de 10 entre las ubicaciones de los grupos de enlaces candidatos (lodDifference = 10), junto con los parámetros achiasmaticMeiosis = 0, dataZTolerance = 2, malePrior =0 , 1 , femalePrior = 0,1, dataTolerance = 0,05. El ordenamiento de los SNP en cada grupo se realizó inicialmente usando el módulo 'OrderMarkers2' (cuatro iteraciones), con los parámetros missingLimit = 5, achiasmaticMeiosis = 0, nonNearldenticalLimit = 2 0,01, missingClusteringLimit = 0,01, hammingClusteringLimit = 0,001, filterldenticalSubset = 25 2, dataZTolerance = 2, initError = 0,005, initRecombination = 0,0001 0,001, alpha = 1, MAFLimit = 0,05, informativeFamilyLimit = 3. Tras el ordenamiento inicial, se eliminaron los marcadores con tasas de error superiores a 0,01. Se llevó a cabo una evaluación final de este de SNP corregido usando 'OrderMarkers2' (cuatro iteraciones) y especificando 'improvementOrder = 1' además de los mismos parámetros usados para el ordenamiento inicial. Los números de cromosomas se asignaron a los grupos de enlace resultantes según Phillips y otros. (2006). Se produjeron mapas de ligamiento masculino y femenino, basados en los eventos de recombinación observados en machos y hembras, respectivamente.

Las secuencias de SNP, es decir, secuencias de ADN de 71 pb centradas en los SNP, se alinearon contra una secuencia de referencia para el genoma de la trucha arcoíris (Berthelot y otros, 2014; ID de secuencia de referencia de GenBank: CCAF010000000). Para esto, se usó BLAST+ (Altschul y otros. 1990, Camacho y otros. 2008) con parámetros esperados ⁼0^,1^{, puntuación de coincidencia =}1^{, puntuación de falta de coincidencia = -}2^{, penalización por apertura de huecos =}0^,penalización por extensión de huecos = 0. Se usaron dos secuencias de entrada para cada secuencia de 71 pb, una para cada variante (alelo) del SNP. La sub-secuencia CCAF010000000 con el puntaje BLAST más alto fue aceptada como la subsecuencia que alberga el SNP, siempre que no haya más de dos faltas de coincidencia entre la subsecuencia y el mejor ajuste de las dos secuencias de 71 pb correspondientes a cada SNP.

Resultados

Entre los 57 501 SNP probados para asociación a resistencia a la IPN, cinco SNP cumplieron con el requisito de tener valores de p por debajo de 10-6, el requisito necesario para declarar la significación estadística del experimento. Como puede apreciarse en la Figura 1, todos estos cinco SNP se localizan en uno y el mismo cromosoma, es decir, el cromosoma 1 siguiendo la nomenclatura de Palti y otros. (2011). Además, como puede apreciarse en la Figura 1, el cromosoma 1 albergaba una gran fracción de los SNP que estaban individualmente, pero no significativos en el experimento (aquí, definidos como SNP que tienen valores de p por debajo de 0,01). Como puede apreciarse en la Figura 2, los SNP en el cromosoma 1 más fuertemente asociados con la resistencia a la IPN se localizaron en una subregión del cromosoma, centrada en el SNP más significativo. El agrupamiento de los SNP significativos dentro de una región relativamente estrecha del cromosoma indica fuertemente que los SNP asociados significativamente a la IPN son marcadores para uno y el mismo QTL. Ochenta y dos SNP fueron individual o experimentalmente significativos en la prueba de asociación con resistencia a la IPN, mientras que también se ubicaron en el cromosoma 1. La alineación de las secuencias de ADN pertenecientes a estos SNP contra la secuencia del genoma de la trucha arcoíris disponible en GenBank (Bertheloet y otros. 2014; ID de referencia de secuencia del GenBank: CCAF010000000) reveló que los SNP residían dentro de un número limitado de estructuras o cóntigos del genoma (Tabla 1).

En cualquiera de los SNP significativos, se espera que las truchas arcoíris que tienen diferentes genotipos de SNP difieran entre sí en términos de resistencia a la IPN. Por ejemplo, en el SNP más significativo, el SNP que tiene el identificador de Affymetrix SNP AX-89929954 (SNP#1, Tabla 1), se espera que los grupos de truchas homocigotas para el alelo que confieren una resistencia relativa a la IPN tengan un índice de supervivencia promedio de 45 % bajo condiciones similares a las condiciones de la prueba de desafío 1 (considerando solo a los individuos que fueron genotipados). En contraste, se espera que los grupos de truchas homocigotos para el alelo que no confieren resistencia relativa a la IPN tengan tasas de supervivencia promedio de 17 % en condiciones similares (considerando solo a los individuos que fueron genotipados), mientras que se espera que los grupos de individuos heterocigotos en el SNP tienen tasas de supervivencia promedio de 36 % en condiciones similares (considerando solo a los individuos que fueron genotipados) (ver Tabla 3). Por lo tanto, el SNP AX-89929954 puede usarse como una herramienta para predecir el nivel de resistencia a la IPN de cualquier individuo. Aquí, el nivel de resistencia se define como el nivel de resistencia relativa, lo que significa que un individuo será más resistente a la IPN, mientras el individuo porte más copias del alelo de resistencia a la IPN en AX-89929954. Más precisamente, se espera que un individuo que porta una copia del alelo de resistencia a la IPN (que es la citosina) sea más resistente a la IPN que un individuo que no porta alelos del alelo de resistencia a la IPN en AX-89929954, dado que otros determinantes de la resistencia de los individuos a la IPN es similar en los dos individuos. De manera similar, se espera que un individuo que porta dos copias del alelo de resistencia a la IPN en AX-89929954 sea más resistente a la IPN que un individuo que porta una copia del alelo de resistencia a la IPN en AX-89929954, dado que otros determinantes de la resistencia de los individuos a la IPN es similar en los dos individuos. Por lo tanto, los genotipos en AX-89929954 pueden usarse para predecir la resistencia a la IPN de una trucha arcoíris aislada y en una población de truchas arcoíris. Además, ya que es más probable que una persona transmita (a su descendencia) una copia del alelo de resistencia a la IPN en AX-89929954, mientras más copias del alelo de resistencia a la IPN este porta, también se pueden usar genotipos en AX-89929954 para predecir el nivel de resistencia a la IPN en la descendencia de un individuo. Al seleccionar animales que portan una o dos copias del alelo de resistencia a la IPN en AX-89929954 como progenitores, uno puede seleccionar grados más altos de resistencia a la IPN en la próxima generación.

Los otros SNP que son SNP significativos individualmente o por experimentos, detallados en la Tabla 1, comparten con AX-89929954 la capacidad de predecir los niveles de resistencia a la IPN, como se puede apreciar en la Tabla 1 y en la Tabla 3. Además, estos SNP se pueden usar en combinación, por ejemplo, en combinaciones de dos SNP, para formar herramientas predictivas aún más potentes.

Tabla 3: Tasas de supervivencia dentro de los grupos de peces de entre los peces genotipados de la prueba de desafío 2. Cada grupo consta de todos los peces genotipados que tienen el genotipo en cuestión en el SNP en cuestión. R = alelo de resistencia a la IPN; A = alelo de no resistencia a la IPN; AA. AR y RR = los tres genotipos posibles en cualquier SNP en particular; NA = no aplicable (porque ningún individuo tuvo el genotipo en cuestión en el s Np en cuestión). Las tasas de supervivencia son las tasas medias de supervivencia (± error estándar) dentro del grupo de animales que tienen el genotipo en cuestión en el SNP en cuestión.

Ejemplo 2: Crear truchas arcoíris con mayor resistencia a la IPN.

Se toma una muestra de tejido de cada padre potencial, es decir, de cada trucha arcoíris que es un padre candidato para la creación de dicha trucha con mayor resistencia a la IPN. La muestra de tejido se puede tomar usando cualquiera de las varias técnicas disponibles para el muestreo no invasivo de truchas vivas. Por ejemplo, la muestra puede ser un trozo de la aleta adiposa de la trucha, cortada con unas tijeras o un bisturí, o puede ser una biopsia de tejido muscular, tomada con un punzón de biopsia tal como el punch para biopsia con émbolo de 3,0 mm (BPP-30F) ) de Brymill (Basingstoke, Reino Unido). La muestra también puede ser algunas escamas recolectadas usando un fórceps. Después del muestreo, las muestras de tejido deben congelarse inmediatamente y mantenerse en estado congelado hasta la extracción de ADN, 0, alternativamente, colocarse en etanol para su almacenamiento a largo plazo en el congelador. Las muestras de escamas se pueden secar en una hoja de papel antes del almacenamiento. En el momento del muestreo, los progenitores potenciales deben estar físicamente marcados, usando, por ejemplo, los marcadores Passive Integrated Transponder (PIT). El marcaje físico facilitará la recuperación posterior de los individuos seleccionados usando el método.

El ADN se extrae de la muestra de tejido, usando cualquiera de los distintos métodos disponibles para extraer ADN de alta calidad de las muestras de trucha. Por ejemplo, el ^aDⁿse puede extraer utilizando el kit DNAeasy de QIAGEN (Venlo, Países Bajos), siguiendo el protocolo suministrado con ese kit.

El ADN extraído se genotipa al menos para uno de los polimorfismos de un solo nucleótido (SNP) especificado en la Tabla 1. Por ejemplo, el ADN extraído puede ser genotipado usando el SNP AX-89929954 (SNP#1). El genotipado se puede realizar usando cualquier método bien establecido para genotipar SNP. Por ejemplo, el genotipado se puede realizar usando el protocolo iPlex® en el sistema MassARRAY® de Sequenom (San Diego, Estados Unidos). Para el genotipado de SNP AX-89929954 usando el protocolo iPlex, se pueden usar estos cebadores:

Cebador directo PCR: ACGTTGGATGTCCACAGTCCACATGCTTTG (SEQ ID NO: 157),

Cebador inverso PCR: ACGTTGGATGGGAAAGAAACAGTGATAGGC (SEQ ID NO: 158),

Cebador de extensión: CACACAACTGTGTGTCAAAT (sec. con núm. de ident.: 159)

Todos los demás parámetros experimentales están de acuerdo con el protocolo iPlex. El protocolo iPlex puede aplicarse en un múltiplex de varios SNP, en cuyo caso los parámetros experimentales, incluidas las secuencias de cebadores, pueden tener que ajustarse de acuerdo con las propiedades de otros SNP dentro del multiplex. Estos ajustes se realizan usando el software Assay Design Suite de Sequenom (https://ww.mysequenom.com/Tools).

Los datos sin procesar del genotipado iPlex se procesan usando el software Typer de Sequenom. Las muestras genotipadas se agruparán en tres grupos distintos y bien definidos correspondientes a los tres genotipos, siempre que los tres genotipos estén representados dentro de las muestras genotipadas.

Aplicando las etapas descritas anteriormente, se puede encontrar que algunas de las truchas genotipadas tienen dos copias del alelo citosina (C), mientras que otras pueden tener dos copias del alelo adenina (A). Sin embargo, otros pueden tener una copia de cada alelo (AC). Los progenitores que tengan dos copias de C (es decir, que tengan el genotipo CC) serán seleccionados como progenitores. La descendencia de estos progenitores será homocigótica para el alelo C en SNP AX-89929954, lo que significa que todos serán homocigotos (CC) para el alelo asociado con una mayor resistencia a la IPN. En condiciones similares a las condiciones usadas en el experimento para la prueba de desafío 2 descritas en el Ejemplo 1 anterior, se espera que dichos animales (CC) tengan una tasa de supervivencia del 45 %, mientras que los animales originados de progenitores seleccionados al azar tendrán una tasa de supervivencia esperada de 26 %.

Si no se encuentran individuos con genotipo CC, los individuos con genotipo AC pueden ser seleccionados como progenitores. Si los candidatos parentales (es decir, los animales genotipados) eran un subconjunto aleatorio de la población de la que se originaron, también se espera que el uso de estos animales AC como progenitores produzca descendencia con mayor resistencia a la IPN.

El método puede aplicarse usando cualquiera de los SNP enumerados en la Tabla 1. El método también se puede aplicar usando una combinación de dos o más SNP. Por ejemplo, se pueden genotipar los SNP AX-89929954 y AX-89918280 (SNP#2), y usar como progenitores, los individuos que tienen el genotipo CC en AX-89929954 y genotipo GG en AX-89918280.

Después de la identificación de los progenitores que usan el método, estos progenitores se recuperan separándolos del tanque en donde se encuentran (generalmente se hace mientras se mueve cada pez a otro tanque). No forma parte de la invención, se producen desendencias y se crían huevos fertilizados, usando métodos de acuicultura estándar.

Ejemplo 3: Experimentos de validación de los resultados subyacentes a la invención.

Se llevaron a cabo dos pruebas de desafío adicionales (prueba de desafío 3 y 4), para validar la asociación entre la resistencia a la IPN y los alelos en los polimorfismos de ADN de la invención. Las pruebas se llevaron a cabo en dos ^{tanques de}100 ^{litros, y en cada tanque se probó la resistencia de un grupo de individuos de truchas arcoíris contra una}de las dos cepas del virus IPN. Las dos cepas fueron 1) una cepa (AGT11-2) del serotipo Sp aislado de la trucha arcoíris noruega criada en agua de mar; la misma cepa que se usó en el Ejemplo 1, y 2) una cepa del serotipo Wb aislada de un brote de IPN en truchas arcoíris en Chile. Cada tanque contenía aprox. 12 alevines de trucha arcoíris de cada uno de 133 grupos de hermanos completos. El mismo conjunto de grupos de hermanos completos se usó en ambas pruebas. La ^{prueba se llevó a cabo}1 ^{semana después de la primera alimentación (es decir, después de la transición a la alimentación}sólida). Los peces se aclimataron y se alimentaron al inicio en el sitio de prueba. Al comienzo de las pruebas, el volumen ^{de agua se redujo a la mitad del volumen original, después de lo cual se agregaron}100 ^{ml del aislado de virus respectivo a cada tanque, para obtener una concentración final igual a una TCID50 de}10^{5partículas de virus por ml de agua. Tres}horas después de la adición del virus, el volumen de agua se llevó de nuevo al nivel previo al desafío (la aireación del agua se mantuvo durante estas tres horas). Las muestras de mortalidad se tomaron muestras y se registraron dos veces al día durante todo el período de prueba. El ADN se extrajo de los peces de prueba muestreados, usando un protocolo estándar. Ambas pruebas finalizaron 28 días después del inicio de la prueba. En ese momento, las tasas de mortalidad diarias fueron de 0,9 % (Sp) y de 0,19 % (Wb), y disminuyeron. En contraste, en el pico de la curva de mortalidad, la ^{mortalidad diaria había sido de}10,1 ^{% (Sp) y 1,56 % (Wb). En otras palabras, al final de las pruebas, la curva de}supervivencia se había allanado, y es razonable suponer que la mayoría de los peces que sobrevivieron al período de prueba habrían sobrevivido también si el período de prueba se hubiera prolongado. Las mortalidades acumuladas fueron 70,0 % (Sp) y 9,38 % (Wb). Todos los animales de la prueba Sp (1603 animales) y todas las mortalidades de la prueba Wb (174 animales) fueron muestreados y genotipados para cuatro de los polimorfismos de ADN de la invención. La genotipación se realizó usando el sistema de genotipado iPLEX de Agena Bioscience (San Diego, Estados Unidos) (el sistema iPLEX era anteriormente propiedad de Sequenom, San Diego, Estados Unidos). Los cebadores de PCR y de extensión para el genotipo iPLEX se diseñaron usando Assay Design Suite v2.0 (disponible en www.mysequenom.com/Tools), usando la configuración predeterminada y los cuatro polimorfismos de ADN se genotiparon en una misma reacción multiplex. Como se puede ver en la Tabla 4, las frecuencias de los alelos designados como alelos de resistencia a la IPN fueron significativamente mayores en los sobrevivientes de la prueba Sp que en la mortalidad de la prueba Sp, para los cuatro polimorfismos. Del mismo modo, las frecuencias de los alelos designados como alelos de resistencia a la IPN fueron significativamente mayores en los sobrevivientes de la prueba Wb que en las mortalidades de la prueba Wb. Aquí, la significación estadística se probó mediante la aplicación de una regresión logística del número de alelos de resistencia a la IPN en la supervivencia/no supervivencia binaria, para cada polimorfismo. La Tabla 4 contiene los valores p de esta prueba, para los cuatro polimorfismos. Para la prueba de Wb, donde solo se registraron las mortalidades, se estimaron los recuentos de genotipos entre los 1416 sobrevivientes suponiendo que las frecuencias de alelos en general eran las mismas en la prueba de Wb que en la prueba de Sp (una suposición razonable, dado que las dos pruebas de desafío contenían animales de las mismas familias, en las mismas relaciones), y asumiendo además que cada polimorfismo estaba en el equilibrio de Hardy-Weinberg.

El experimento de validación confirmó que existe una asociación estadísticamente significativa entre la resistencia a la IPN y los alelos en los cuatro polimorfismos investigados. Además, la asociación también fue válida cuando la cepa del virus IPN usada en el descubrimiento inicial de la invención (una cepa del serotipo Sp) se reemplazó por una cepa diferente (del serotipo Wb, West Buxon). De ello se deduce que la asociación entre los polimorfismos de ADN y la resistencia a la IPN es reproducible e independiente de la cepa del virus.

Es una consecuencia natural y necesaria de estos hallazgos que los polimorfismos de ADN de la invención se pueden usar para crear truchas arcoíris con mayor resistencia a la IPN. Por ejemplo, uno puede usar el polimorfismo de ADN AX-89929954 para detectar una cantidad de individuos de trucha arcoíris. Habiendo identificado un macho y una hembra que son homocigotos para el alelo de resistencia a la IPN (es decir, ambos tienen genotipo CC), estos dos animales pueden aparearse, y todas las descendencias que provengan de ese apareamiento tendrán el genotipo CC de acuerdo con las reglas de Mendel. Se espera que estos individuos sean más resistentes a la IPN que los individuos aleatorios (pero por lo demás comparables) provenientes de la misma población de truchas arcoíris, siempre que el alelo de mortalidad (A en el caso de AX-89929954) también exista en la población.

Tabla 4: Resultados del experimento que valida la asociación entre la resistencia a la IPN y los polimorfismos de la invención. Para cada uno de los cuatro polimorfismos, la tabla contiene: 1) la identidad de los alelos de resistencia y mortalidad (como se define en la Tabla 1 y en la Tabla 2), 2) recuentos de animales que tienen cualquiera de los tres genotipos posibles, dentro de los subgrupos de sobrevivientes Sp (SP_SURV), mortalidades So (SP_MORT) y mortalidades Wb (WB_MORT), 3) valores p de la regresión del número de alelos de resistencia a la IPN en el rasgo binario

*Los conteos para WB_SURV se estimaron como se describió arriba.

Claims

REIVINDICACIONES

i. Un método para predecir el aumento de la resistancia de una trucha arcoíris (Oncorhynchus mykiss) a la necrosis pancreática infecciosa (IPN), el método comprende:

determinar la presencia de al menos un alelo que confiere resistencia a la IPN ("alelo de resistencia a la IPN") con el genoma de dicha trucha arcoíris, en donde al menos un alelo de resistencia a la IPN es un alelo de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP), en donde al menos un SPN es seleccionado de los SNP enumerados en la Tabla 1.
2. El método de acuerdo con la reivindicación 1, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con una mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP se localiza dentro del genoma en una posición correspondiente a la posición 36 de la secuencia de nucleótidos expuestas en cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 1 a 78 y sec. con núms. de ident.: 160 a 229, o en una posición correspondiente a la posición 36 de una secuencia de nucleótidos que se deriva de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 1 a 78 y sec. con núms. de ident.: 160 a 229 por 1 a 5 sustituciones de nucleótidos.
3. El método de acuerdo con la reivindicación 1 o 2, el método comprende:

determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP se localiza dentro del genoma en una posición correspondiente a la posición 36 de la secuencia de nucleótidos expuesta en la sec. con núm. de ident.: 1, sec. con núm. de ident.: 2, sec. con núm. de ident.: 230, sec. con núm. de ident: 231 o sec. con núm. de ident.: 232, o en una posición correspondiente a la posición 36 de una secuencia de nucleótidos que se deriva de la sec. con núm. de ident.: 1, sec. con núm. de ident.: 2, sec. con núm. de ident.: 230, sec. con núm. de ident: 231 o sec. con núm. de ident.: 232 por 1 a 5 sustituciones de nucleótidos; en donde la presencia de una citosina en la posición correspondiente a la posición 36 de la sec. con núm. de ident.: 1, la presencia de una guanina en la posición correspondiente a la posición 36 de la sec. con núm. de ident.: 2, la presencia de una guanina en la posición correspondiente a la posición 36 de la sec. con núm. de ident.: 230, la presencia de una guanina en la posición correspondiente a la posición 36 de la sec. con núm. de ident.: 231 o la presencia de una citocina en la posición correspondiente a la posición 36 de la sec. con núm. de ident.: 232 indica que la trucha arcoíris ha aumentado la resistencia a la necrosis pancreática infecciosa.
4. Un método para seleccionar una trucha arcoíris que tiene mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa, el método comprende: determinar la presencia de al menos un alelo que confiere resistencia a la IPN ("alelo de resistencia a la IPN") dentro del genoma de dicha trucha arcoíris; y seleccionar dicha trucha arcoíris por tener mayor resistencia cuando al menos un alelo de resistencia a la IPN está presente, en donde al menos un alelo de resistencia a la IPN es un alelo de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido(SNP), en donde al menos un SPN es seleccionado de los SNP enumerados en la Tabla 1.
5. El método de acuerdo con la reivindicación 4, el método comprende: determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con una mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP se localiza dentro del genoma en una posición correspondiente a la posición 36 de la secuencia de nucleótidos expuesta en cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 1 a 78 y sec. con núms. de ident.: 160 a 229, o en una posición correspondiente a la posición 36 de una secuencia de nucleótidos que se deriva de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 1 a 78 y sec. con núms. de ident.: 160 a 229 por 1 a 5 sustituciones de nucleótidos; y seleccionar dicha trucha arcoíris por tener mayor resistencia cuando el nucleótido de al menos un alelo es un nucleótido correspondiente al alelo de resistencia a la IPN del SNP (como se especifica en la Tabla 1).
6. El método de acuerdo con la reivindicación 4, el método comprende: determinar la identidad de un nucleótido de al menos un alelo, opcionalmente de al menos dos alelos, de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP) asociado con la necrosis pancreática infecciosa dentro del genoma de dicha trucha arcoíris, al menos un SNP se localiza dentro del genoma en una posición correspondiente a la posición 36 de la secuencia de nucleótidos expuesta en la sec. con núm. de ident.: 1, sec. con núm. de ident.: 2, sec. con núm. de ident.: 160, sec. con núm. de ident.: 161 o sec. con núm. de ident.:162 en una posición correspondiente a la posición 36 de una secuencia de nucleótidos que se deriva de la sec. con núm. de ident.: 1, sec. con núm. de ident.: 2, sec. con núm. de ident.: 160, sec. con núm. de ident.: 161 o la sec. con núm. de ident.: 162 por 1 a 5 sustituciones de nucleótidos; y seleccionar dicha trucha arcoíris por tener una mayor resistencia a la necrosis pancreática infecciosa cuando una citosina está presente en la posición correspondiente a la posición 36 de la sec. con núm. de ident.: 1, una guanina está presente en la posición correspondiente a la posición 36 de la sec. con núm. de ident.: 2, una guanina está presente en la posición correspondiente a la posición 36 de la sec. con núm. de ident.: 230, una guanina está presente en la posición correspondiente a la posición 36 de la sec. con núm. de ident.: 231, o una citosina está presente en la posición correspondiente a la posición 36 de la sec. con núm. de ident.: 232.
7. Una célula de trucha arcoíris aislada que comprende dentro de su genoma al menos un alelo que confiere resistencia a la IPN ("alelo de resistencia a la IPN"), en donde al menos un alelo de resistencia a la IPN es un alelo de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP), en donde al menos un SPN es seleccionado de los SNP enumerados en la Tabla 1.
8. La célula de trucha arcoíris aislada de acuerdo con la reivindicación 7, en donde la célula de trucha arcoíris aislada, comprende dentro de su genoma al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en las sec. con núms. de ident.: 79 a 156 y 230 a 299, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 79 a 156 y 230 a 299 por 1 a 5 sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada.
9. Una población aislada de células de trucha arcoíris, cada célula individual dentro de la población aislada comprende dentro de su genoma al menos un alelo que confiere resistencia a la IPN ("alelo de resistencia a la IPN"), en donde al menos un alelo de resistencia a la IPN es un alelo de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP), en donde al menos un SPN es seleccionado de los SNP enumerados en la Tabla 1.
10. La población de células de trucha arcoíris aislada de acuerdo con la reivindicación 9, cada célula individual dentro de la población aislada comprende dentro de su genoma al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en las sec. con núms. de ident.: 79 a 156 y 230 a 299, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 79 a 156 y 230 a 299 por 1 a 5 sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada.
11. Un huevo o esperma de trucha arcoíris aislado que comprende dentro de su genoma al menos un alelo que confiere resistencia a la IPN ("alelo de resistencia a la IPN"), en donde al menos un alelo de resistencia a la IPN es un alelo de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP); al menos un SPN es seleccionado de los SNP enumerados en la Tabla 1 y el huevo aislado de trucha arcoíris no está fertilizado.
12. El huevo o esperma de trucha arcoíris aislado de acuerdo con la reivindicación 11, en donde el huevo o esperma de trucha arcoíris aislado comprende dentro de su genoma al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en las sec. con núms. de ident.: 79 a 156 y 230 a 299, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 79 a 156 y 230 a 299 por 1 a 5 sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada.
13. Una población aislada de huevos o esperma de la trucha arcoíris, cada huevo o esperma individual dentro de la población aislada comprende dentro de su genoma al menos un alelo que confiere resistencia a la IPN ("alelo de resistencia a la IPN"), en donde al menos un alelo de resistencia a la IPN es un alelo de al menos un polimorfismo de un solo nucleótido (SNP), al menos un SPN es seleccionado de los SNP enumerados en la Tabla 1 y cada huevo individual dentro de la población aislada de huevos de trucha arcoíris no está fertilizado.
14. La población aislada de huevos o esperma de la trucha arcoíris de acuerdo con la reivindicación 13, cada huevo o esperma individual dentro de la población aislada comprende dentro de su genoma al menos una secuencia de nucleótidos seleccionada del grupo que consiste en a) las secuencias de nucleótidos expuestas en las sec. con núms. de ident.: 79 a 156 y 230 a 299, y b) secuencias de nucleótidos derivadas de cualquiera de las sec. con núms. de ident.: 79 a 156 y 230 a 299 por 1 a 5 sustituciones de nucleótidos, siempre que dichas sustituciones de nucleótidos no sean en la posición 36 de dicha secuencia derivada.