RU2017120897A - Способ прогнозирования резистентности - Google Patents
Способ прогнозирования резистентности Download PDFInfo
- Publication number
- RU2017120897A RU2017120897A RU2017120897A RU2017120897A RU2017120897A RU 2017120897 A RU2017120897 A RU 2017120897A RU 2017120897 A RU2017120897 A RU 2017120897A RU 2017120897 A RU2017120897 A RU 2017120897A RU 2017120897 A RU2017120897 A RU 2017120897A
- Authority
- RU
- Russia
- Prior art keywords
- seq
- allele
- snp
- nucleotide
- rainbow trout
- Prior art date
Links
- 238000000034 method Methods 0.000 title claims 14
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 claims 38
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims 35
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims 35
- 241000277275 Oncorhynchus mykiss Species 0.000 claims 22
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 12
- 208000009663 Acute Necrotizing Pancreatitis Diseases 0.000 claims 8
- 206010058096 Pancreatic necrosis Diseases 0.000 claims 8
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims 8
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 claims 8
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 claims 6
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 claims 6
- 230000002458 infectious effect Effects 0.000 claims 6
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims 4
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 claims 4
- 210000000496 pancreas Anatomy 0.000 claims 2
- 241000277331 Salmonidae Species 0.000 claims 1
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 claims 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/124—Animal traits, i.e. production traits, including athletic performance or the like
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
- Y02A40/00—Adaptation technologies in agriculture, forestry, livestock or agroalimentary production
- Y02A40/80—Adaptation technologies in agriculture, forestry, livestock or agroalimentary production in fisheries management
- Y02A40/81—Aquaculture, e.g. of fish
Claims (28)
1. Способ прогнозирования повышенной резистентности радужной форели (Oncorhynchus mykiss) к инфекционному некрозу поджелудочной железы (IPN), причем способ включает:
определение присутствия по меньшей мере одного аллеля, сообщающего резистентность к IPN ("аллель резистентности к IPN"), в геноме указанной радужной форели, где указанный по меньшей мере один аллель резистентности к IPN представляет собой аллель по меньшей мере одного однонуклеотидного полиморфизма (SNP), где указанный по меньшей мере один SNP выбран из SNP, приведенных в таблице 1.
2. Способ по п.1, причем способ включает:
определение идентичности нуклеотида по меньшей мере одного аллеля, необязательно по меньшей мере двух аллелей, по меньшей мере одного однонуклеотидного полиморфизма (SNP), ассоциированного с повышенной резистентностью к инфекционному некрозу поджелудочной железы, в геноме указанной радужной форели, причем указанный по меньшей мере один SNP расположен в указанном геноме в положении, соответствующем положению 36 нуклеотидной последовательности, указанной в любой из SEQ ID NO: 1-78 и SEQ ID NO: 160-229, или в положении, соответствующем положению 36 нуклеотидной последовательности, которая происходит из любой из SEQ ID NO: 1-78 и SEQ ID NO: 160-229 посредством 1-5 нуклеотидных замен.
3. Способ по п.1 или 2, причем способ включает:
определение идентичности нуклеотида по меньшей мере одного аллеля, необязательно по меньшей мере двух аллелей, по меньшей мере одного однонуклеотидного полиморфизма (SNP), ассоциированного с инфекционным некрозом поджелудочной железы, в геноме указанной радужной форели, причем указанный по меньшей мере один SNP расположен в указанном геноме в положении, соответствующем положению 36 нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 230, SEQ ID NO: 231 или SEQ ID NO: 232;
или в положении, соответствующем положению 36 нуклеотидной последовательности, которая происходит из SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2 SEQ ID NO: 230, SEQ ID NO: 231 или SEQ ID NO: 232 посредством 1-5 нуклеотидных замен;
где присутствие цитозина в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 1, присутствие гуанина в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 2, присутствие гуанина в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 230, присутствие гуанина в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 231, или присутствие цитозина в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 232, указывает на то, что радужная форель имеет повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы.
4. Способ селекции радужной форели, имеющей повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы, причем способ включает:
определение присутствия по меньшей мере одного аллеля, сообщающего резистентность к IPN ("аллель резистентности к IPN") в геноме указанной радужной форели; и
отбор указанной радужной форели как имеющей увеличенную резистентность, когда присутствует по меньшей мере один аллель резистентности к IPN,
где указанный по меньшей мере один аллель резистентности к IPN представляет собой аллель по меньшей мере одного однонуклеотидного полиморфизма (SNP), где указанный по меньшей мере один SNP выбран из SNP, приведенных в таблице 1.
5. Способ по п.4, причем способ включает:
определение идентичности нуклеотида по меньшей мере одного аллеля, необязательно по меньшей мере двух аллелей, по меньшей мере одного однонуклеотидного полиморфизма (SNP), ассоциированного с повышенной резистентностью к инфекционному некрозу поджелудочной железы, в геноме указанной радужной форели, причем указанный по меньшей мере один SNP расположен в указанном геноме в положении, соответствующем положению 36 нуклеотидной последовательности, указанной в любой из SEQ ID NO: 1-78 и SEQ ID NO: 160-229, или в положении, соответствующем положению 36 нуклеотидной последовательности, которая происходит из любой из SEQ ID NO: 1-78 и SEQ ID NO: 160-229 посредством 1-5 нуклеотидных замен; и
отбор указанной радужной форели как имеющей повышенную резистентность, когда нуклеотид по меньшей мере одного аллеля представляет собой нуклеотид, соответствующий аллелю резистентности к IPN у SNP (указан в таблице 1).
6. Способ по п.4, причем способ включает:
определение идентичности нуклеотида по меньшей мере одного аллеля, необязательно по меньшей мере двух аллелей, по меньшей мере одного однонуклеотидного полиморфизма (SNP), ассоциированного с инфекционным некрозом поджелудочной железы, в геноме указанной радужной форели, причем указанный по меньшей мере один SNP расположен в указанном геноме в положении, соответствующем положению 36 нуклеотидной последовательности, указанной в SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 160, SEQ ID NO: 161 или SEQ ID NO 162, в положении, соответствующем положению 36 нуклеотидной последовательности, которая происходит из SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 2, SEQ ID NO: 160, SEQ ID NO: 161 или SEQ ID NO: 162 посредством 1-5 нуклеотидных замен; и
отбор указанной радужной форели как имеющей повышенную резистентность к инфекционному некрозу поджелудочной железы, когда цитозин присутствует в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 1, гуанин присутствует в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 2, гуанин присутствует в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 230, гуанин присутствует в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 231, или цитозин присутствует в положении, соответствующем положению 36 SEQ ID NO: 232.
7. (Изолированная) радужная форель или ее потомство, содержащие в их геноме по меньшей мере один аллель, сообщающий резистентность к IPN, где указанный по меньшей мере один аллель резистентности к IPN представляет собой аллель по меньшей мере одного однонуклеотидного полиморфизма (SNP), и где указанный по меньшей мере один SNP выбран из SNP, приведенных в таблице 1.
8. Радужная форель или ее потомство по п.7, причем указанная радужная форель содержит в ее геноме по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-156 и 230-299, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-156 и 230-299 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены не находятся в положении 36 указанной происходящей последовательности.
9. (Изолированная) популяция радужной форели, причем каждая особь в популяции содержит в ее геноме по меньшей мере один аллель, сообщающий резистентность к IPN, где указанный по меньшей мере один аллель резистентности к IPN представляет собой аллель по меньшей мере одного однонуклеотидного полиморфизма (SNP), и где указанный по меньшей мере один SNP выбран из SNP, приведенных в таблице 1.
10. (Выделенная) клетка радужной форели, содержащая в ее геноме по меньшей мере один аллель, сообщающий резистентность к IPN, где указанный по меньшей мере один аллель резистентности к IPN представляет собой аллель по меньшей мере одного однонуклеотидного полиморфизма (SNP), и где указанный по меньшей мере один SNP выбран из SNP, приведенных в таблице 1.
11. (Выделенная) популяция клеток радужной форели, причем каждая индивидуальная клетка в популяции содержит в ее геноме по меньшей мере один аллель, сообщающий резистентность к IPN, где указанный по меньшей мере один аллель резистентности к IPN представляет собой аллель по меньшей мере одного однонуклеотидного полиморфизма (SNP), и где указанный по меньшей мере один SNP выбран из SNP, приведенных в таблице 1.
12. Радужная форель или ее потомство, содержащие в их геноме по меньшей мере один аллель, сообщающий резистентность к IPN, получаемые способом, включающим стадии:
a) генотипирования форели,
b) отбора особей, имеющих по меньшей мере один аллель, предпочтительно два аллеля, сообщающих резистентность к IPN ("аллель резистентности к IPN"); и
c) скрещивания особей таким образом, чтобы по меньшей мере одна особь в каждой скрещенной паре имела два аллеля, сообщающих резистентность к IPN, где по меньшей мере один аллель резистентности к IPN может представлять собой аллель по меньшей мере одного однонуклеотидного полиморфизма (SNP), и где по меньшей мере один SNP выбран из SNP, приведенных в таблице 1.
13. Радужная форель или ее потомство по п.12, причем указанная радужная форель содержит в ее геноме по меньшей мере одну нуклеотидную последовательность, выбранную из группы, состоящей из a) нуклеотидных последовательностей, указанных в SEQ ID NO: 79-156 и 230-299, и b) нуклеотидных последовательностей, происходящих из любой из SEQ ID NO: 79-156 и 230-299 посредством 1-5, например, 1-2, нуклеотидных замен, при условии, что указанные нуклеотидные замены не находятся в положении 36 указанной происходящей последовательности.
Applications Claiming Priority (3)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| NO20141382 | 2014-11-18 | ||
| NO20141382 | 2014-11-18 | ||
| PCT/NO2015/050218 WO2016080844A1 (en) | 2014-11-18 | 2015-11-18 | Method for predicting resistance |
Publications (3)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| RU2017120897A true RU2017120897A (ru) | 2018-12-19 |
| RU2017120897A3 RU2017120897A3 (ru) | 2019-05-29 |
| RU2754039C2 RU2754039C2 (ru) | 2021-08-25 |
Family
ID=55221476
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| RU2017120897A RU2754039C2 (ru) | 2014-11-18 | 2015-11-18 | Способ прогнозирования резистентности |
Country Status (10)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US11884983B2 (ru) |
| EP (1) | EP3221471B1 (ru) |
| CA (1) | CA2967261C (ru) |
| CL (1) | CL2017001267A1 (ru) |
| CO (1) | CO2017006016A2 (ru) |
| DK (1) | DK3221471T3 (ru) |
| ES (1) | ES2740957T3 (ru) |
| PL (1) | PL3221471T3 (ru) |
| RU (1) | RU2754039C2 (ru) |
| WO (1) | WO2016080844A1 (ru) |
Families Citing this family (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN112626224A (zh) * | 2020-11-27 | 2021-04-09 | 深圳海关动植物检验检疫技术中心 | 一种鲑科鱼发眼卵的活性检测试剂、方法及应用 |
Family Cites Families (5)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| FR904293A (fr) | 1943-09-29 | 1945-10-31 | Gazogène à combustion renversée, en particulier pour combustibles pauvres en goudrons, tels que les lignites et analogues | |
| NO870613L (no) | 1986-03-05 | 1987-09-07 | Molecular Diagnostics Inc | Deteksjon av mikroorganismer i en prve inneholdende nukleinsyre. |
| JP2897959B2 (ja) | 1988-05-20 | 1999-05-31 | エフ．ホフマン―ラ ロシュ アクチェンゲゼルシャフト | 固定化された配列特異的プローブ |
| GB201117448D0 (en) * | 2011-10-10 | 2011-11-23 | Univ St Andrews | Fish selection |
| GB201212069D0 (en) * | 2012-07-06 | 2012-08-22 | Aqua Gen As | Predicting resistance to disease |
-
2015
- 2015-11-18 US US15/527,592 patent/US11884983B2/en active Active
- 2015-11-18 DK DK15828394.5T patent/DK3221471T3/da active
- 2015-11-18 CA CA2967261A patent/CA2967261C/en active Active
- 2015-11-18 EP EP15828394.5A patent/EP3221471B1/en active Active
- 2015-11-18 WO PCT/NO2015/050218 patent/WO2016080844A1/en active Application Filing
- 2015-11-18 PL PL15828394T patent/PL3221471T3/pl unknown
- 2015-11-18 ES ES15828394T patent/ES2740957T3/es active Active
- 2015-11-18 RU RU2017120897A patent/RU2754039C2/ru active
-
2017
- 2017-05-17 CL CL2017001267A patent/CL2017001267A1/es unknown
- 2017-06-16 CO CONC2017/0006016A patent/CO2017006016A2/es unknown
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CL2017001267A1 (es) | 2017-12-29 |
| ES2740957T3 (es) | 2020-02-07 |
| RU2754039C2 (ru) | 2021-08-25 |
| CA2967261C (en) | 2023-02-14 |
| US20190241980A1 (en) | 2019-08-08 |
| WO2016080844A1 (en) | 2016-05-26 |
| CO2017006016A2 (es) | 2017-09-11 |
| CA2967261A1 (en) | 2016-05-26 |
| RU2017120897A3 (ru) | 2019-05-29 |
| DK3221471T3 (da) | 2019-08-12 |
| US11884983B2 (en) | 2024-01-30 |
| PL3221471T3 (pl) | 2019-10-31 |
| EP3221471A1 (en) | 2017-09-27 |
| EP3221471B1 (en) | 2019-07-17 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Derenko et al. | Origin and post-glacial dispersal of mitochondrial DNA haplogroups C and D in northern Asia | |
| MA48157A1 (fr) | Résistance au virus tolcndv du melon | |
| WO2014116729A3 (en) | Haplotying of hla loci with ultra-deep shotgun sequencing | |
| Lee et al. | A SNP-based genetic linkage map of Capsicum baccatum and its comparison to the Capsicum annuum reference physical map | |
| EA201990924A1 (ru) | Создание маиса, устойчивого к северной пятнистости листьев | |
| Minn et al. | Genetic variation of teak (Tectona grandis Linn. f.) in Myanmar revealed by microsatellites | |
| Smith et al. | Twenty‐fold difference in evolutionary rates between the mitochondrial and plastid genomes of species with secondary red plastids | |
| Burren et al. | Fine-scale population structure analysis of seven local Swiss sheep breeds using genome-wide SNP data | |
| Lou et al. | High‐throughput mining of E‐genome‐specific SNP s for characterizing Thinopyrum elongatum introgressions in common wheat | |
| MX2018013510A (es) | Metodos para determinacion genotipica simultanea y combinada. | |
| Ackiss et al. | Genetic patterns in peripheral marine populations of the fusilier fish Caesio cuning within the Kuroshio Current | |
| Zeng et al. | Microsatellite development for the endangered Y angtze sturgeon (A cipenser dabryanus D uméril, 1869) using 454 sequencing | |
| Resque et al. | Estimates of interethnic admixture in the Brazilian population using a panel of 24 X‐linked insertion/deletion markers | |
| RU2017120897A (ru) | Способ прогнозирования резистентности | |
| NZ735461A (en) | Disease resistance loci in onion | |
| Darrin Hulsey et al. | Mitochondrial genome primers for Lake Malawi cichlids | |
| Sun et al. | Genetic diversity of eight wild populations of Pampus argenteus along the coast of China inferred from fifteen polymorphic microsatellite markers | |
| MY195106A (en) | White Rust Resistant Chrysanthemum Plants | |
| Huang et al. | The genomics of linkage drag in sunflower | |
| Shu et al. | An endemic frog harbors multiple expression loci with different patterns of variation in the MHC class II B gene | |
| MX2020003101A (es) | Plantas de pimientos resistentes al virus del mosaico del pepino. | |
| Marosi et al. | Identification and characterization of major histocompatibility complex class IIB alleles from three species of European ranid frogs | |
| Katsumura et al. | Medaka population genome structure and demographic history unveiled via Genotyping-by-Sequencing | |
| He et al. | Allozymic genetic diversity in Manglietia patungensis, an endangered species, and its conservation strategies | |
| Dodd et al. | Ancestral seed zones and genetic mixture of tanoak |