ES2675362T3 - ARNi para el control de hongos y oomicetos fitopatógenos mediante la inhibición de la expresión de genes CYP51 - Google Patents
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Abstract
Una molécula de ARNdc capaz de inhibir la expresión del gen CYP51A, el gen CYP51B y el gen CYP51C de un fitopatógeno del género Fusarium, comprendiendo el ARNdc: i) una secuencia sentido que es al menos el 70 % idéntica a al menos 20 nucleótidos contiguos de la secuencia codificante del gen CYP51A; ii) una secuencia sentido que es al menos el 70 % idéntica a al menos 20 nucleótidos contiguos de la secuencia codificante del gen CYP51B; iii) una secuencia sentido que es al menos el 70 % idéntica a al menos 20 nucleótidos contiguos de la secuencia codificante del gen CYP51C; y iv) secuencias antisentido que son sustancialmente complementarias a las secuencias sentido (i), (ii) y (iii); en la que la disposición de las secuencias en la molécula de ARNdc permite la hibridación de cada secuencia sentido con su secuencia antisentido sustancialmente complementaria.
Description
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DESCRIPCION
ARNi para el control de hongos y oomicetos fitopatógenos mediante la inhibición de la expresión de genes CYP51 Campo de la invención
La presente invención se refiere al silenciamiento génico de genes CYP51 de un fitopatógeno del género Fusarium mediado por ARN de doble cadena. Por consiguiente, la presente invención se refiere a moléculas de ARNdc para la inhibición de la expresión de los genes CYP51 y el uso de tales moléculas de ARNdc inhibidoras para controlar hongos y/u oomicetos fitopatógenos; a secuencias de ADN que proporcionan un molde transcripcional para moléculas de ARNdc inhibidoras o ARN antisentido; y plantas transgénicas tolerantes a fitopatógenos que comprenden tales secuencias de ADN.
Antecedentes de la invención
Las enfermedades de plantas causadas por hongos y oomicetos fitopatógenos son un riesgo serio en el cultivo de plantas. Las enfermedades de los cultivos de cereales tales como la fusariosis de la espiga y la podredumbre de la raíz causadas por los hongos fitopatógenos del género Fusarium ejercen mayor impacto económico y agronómico sobre la producción global de los cereales y la industria de los cereales. Los daños causados por los hongos y oomicetos fitopatógenos deterioran la calidad y la producción de los productos agrícolas hasta la pérdida total de los cultivos y, por lo tanto, dan como resultado pérdidas económicas significativas. Además, se puede comprometer la seguridad de los alimentos por la contaminación de los productos agrícolas con micotoxinas, que se producen por hongos fitopatógenos durante la infestación de la planta y representan un a grave amenaza para la salud de los seres humanos y de los animales. El riesgo de pérdidas devastadoras debido a los hongos y oomicetos fitopatógenos es particularmente alto en monocultivos, que actualmente representan el procedimiento predominante de producción de plantas de cultivos agrícolas.
En la actualidad, las principales estrategias en la gestión de hongos y oomicetos fitopatógenos incluyen la aplicación ampliamente usada de fungicidas, de estrategias de mejora de resistencia, control biológico e ingeniería genética. La última estrategia se basa en el uso de transgenes tales como quitinasa, defensinas, poligalacturonasa, y el uso de enzimas detoxificantes de micotoxina. Sin embargo, el uso de tales rasgos antifúngicos hasta ahora no ha proporcionado soluciones prácticas convincentes en términos de eficacia y fiabilidad en la práctica agronómica.
Los fungicidas, tales como los IDM (inhibidores de desmetilación) sistémicos, son actualmente esenciales para el control de enfermedades de plantas tales como fusariosis para lograr el nivel de producción que se puede alcanzar con las modernas variedades de cultivo de alto rendimiento. Los fungicidas IDM, tales como tebuconazol, triadimefon y procloraz, inhiben la biosíntesis de ergosterol al unirse a la lanosterol C-14 a-desmetilasa del citocromo P450 (CYP51), lo que da como resultado la alteración de la integridad de la membrana fúngica (Yoshida: Lanosterol 14a- demethylase. En: Schenkman, H., Grein, K. (Eds.), Cytochromes P450. Springer-Verlag, Berlín, 1993. páginas 627639). Sin embargo, la gran dependencia de los fungicidas IDM desde su descubrimiento a mediados de la década de 1970 ha llevado a la aparición de muchas cepas de fitopatógenos resistentes a IDM durante los últimos años. Por estas razones, el control de enfermedades de plantas causado por hongos y oomicetos fitopatógenos continúa siendo un reto.
Liu y col. (Fungal Genetics and Biology 2011, 48, 113-123) han documentado que los genes parálogos cyp51 en Fusarium graminearum median la sensibilidad diferencial a los inhibidores de la desmetilación del esterol.
El ARN de interferencia, también conocido como "ARNi", ha surgido como una herramienta genética que aceleró la investigación en biotecnología de plantas. El ARNi es una parte integral conservada de los procesos de regulación génica presentes en todos los eucariotas. Para el ARNi en plantas, se ha usado la expresión alternativa "silenciamiento génico postranscripcional" (SGPT). El SGPT comienza con el procesamiento o la escisión de un ARN de doble cadena precursor en ARN de interferencia (ARNip) de cadena simple o doble de aproximadamente 20-25 ribonucleótidos de longitud, o micro ARN (ARNmi) (Hamilton & Baulcombe, Science 286:950-952. 1999) mediante una enzima de tipo RNasalII llamada Dicer (Baulcombe, Nature 431:356-363. 2004). Los ARNip o ARNmi se incorporan en un complejo de silenciamiento inducido por ARN (RISC, del inglés RNA-induced silencing complex) que reconoce moléculas de ARN mensajero (ARNm) complementarias y las degrada, lo que resulta en niveles sustancialmente reducidos de traducción de proteínas y la desactivación de manera eficaz del gen correspondiente.
La expresión de ARN de doble cadena in planta se ha descrito recientemente para inducir el silenciamiento génico inducido por la planta hospedadora (HIGS, del inglés host plant-induce gene silencing) en células fúngicas. En la planta del tabaco, se documentó que el casete de interferencia del gen GUS (p-glucuronidasa) reduce de manera específica los niveles del tránscrito en una cepa de Fusarium verticillioides que expresa GUS durante la colonización de la planta (Tinoco y col., BMC Biol. 31(8):27. 2011). Nowara y col. (Plant Cell 22:3130-41. 2010) prepararon cebada que expresa un ARN de doble cadena dirigido al gen efector fúngico Avra10 y documentaron números reducidos de haustorios funcionales dentro de las células epidérmicas de las hojas. El silenciamiento transitorio de Puccinia triticina (roya foliar) mediado por Agrobacterium tumefaciens de genes de patogenicidad proteína cinasa 1 activada por mitógeno (PtMAPK1), ciclofilina (PtCYC1) y calcinoulina B (PtCNB) se describió que suprimía parcialmente el crecimiento de P. triticina, P. graminis y P. striiformis en trigo (Panwar y col., Plant J 73:521-32.
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2013). Los cereales transgénicos que expresan construcciones de ARNi diseñadas para silenciar determinados genes críticos en patógenos que provocan enfermedades en cereales se describen en el documento WO 2012/155112.
Fue un objeto de la presente invención proporcionar una estrategia basada en ARNi contra fitopatógenos fúngicos y de oomicetos, y en particular, proporcionar un procedimiento y medios para controlar tales fitopatógenos en la práctica agronómica.
Sumario de la invención
Los inventores han descubierto que el ARNi dirigido a al menos un gen CYP51 de un hongo u oomiceto fitopatógeno es eficaz en el control de tales fitopatógenos. Por consiguiente, los productos de protección de la planta y las plantas transgénicas basadas en dicha nueva estrategia pueden ser útiles en la producción de plantas de cultivo.
La presente invención proporciona una molécula de ARNdc capaz de inhibir la expresión del gen CYP51A, del gen CYP51B y del gen CYP51C de un fitopatógeno del género Fusarium. La molécula de ARNdc de la invención comprende:
(i) una secuencia sentido que es al menos el 70 % idéntica a al menos 20 nucleótidos contiguos de la secuencia codificante del gen CYP51A,
(ii) una secuencia sentido que es al menos el 70 % idéntica a al menos 20 nucleótidos contiguos de la secuencia codificante del gen CYP51B,
(iii) una secuencia sentido que es al menos el 70 % idéntica a al menos 20 nucleótidos contiguos de la secuencia codificante del gen CYP51C, y
(iv) una secuencia antisentido que es sustancialmente complementaria a las secuencias sentido (i), (ii) y (iii),
en la que la disposición de las secuencias en la molécula de ARNdc permite la hibridación de cada secuencia sentido con su secuencia antisentido sustancialmente complementaria.
La presente invención proporciona adicionalmente una secuencia de ADN o una multitud de secuencias de ADN que proporcionan un molde transcripcional de al menos las secuencias antisentido de la molécula de ARNdc de la invención.
La presente invención proporciona adicionalmente los procedimientos para la preparación de una planta transgénica que comprende la introducción de tal(es) secuencia(s) de ADN de la invención en la planta.
También se proporcionan plantas transgénicas que comprenden la(s) secuencia(s) de ADN de la invención así como los procedimientos para controlar un fitopatógeno fúngico y/o de oomiceto, en las que los procedimientos comprenden el cultivo de una planta transgénica de la invención permita la generación de ARN que comprende las secuencias antisentido de las moléculas de ARNdc de la invención por la planta.
La presente invención proporciona adicionalmente composiciones para controlar un fitopatógeno fúngico y/o de oomiceto que comprende la molécula de ARNdc de la invención y un vehículo compatible con la planta así como procedimientos para controlar un fitopatógeno fúngico y/o de oomiceto, en la que una planta infestada por o en riesgo de ser infectada por dicho fitopatógeno y/o la proximidad de dicha planta está en contacto con tal composición de la invención.
Breve descripción de las figuras
Figura 1: Morfología de macroconidias de Fusarium graminearum (Fg) cultivadas en cultivo axénico tras el tratamiento con CYP3RNA o tebuconazol. (a) Se suspendieron cien macroconidias de Fg en 100 pl de medio SNA líquido y se trataron con (i) 1,5 pg de ARNdc de CYP3RNA, (ii) 5 mg/l de tebuconazol y (iii) simulación (50x de tampón de alineamiento) a temperatura ambiente. Las imágenes se tomaron 72 horas después del tratamiento. Las flechas apuntan al hinchamiento y redondeamiento de las puntas de las hifas. (b) Cuantificación de tránscritos fúngicos CYP51A, CYP51B y CYP51C mediante RT-PCR usando las mismas muestras tratadas con simulacro y CYP3RNA que en (a). Los datos se normalizaron a p-tubulina.
Figura 2: Inhibición del crecimiento de macroconidias de Fg mediante CYP3RNA. Se suspendieron cien macroconidias de Fg en 100 pl de medio SNA líquido y se trataron con diferentes concentraciones de ARNdc de CYP3RNA en el intervalo de 75 pg a 1 pg de ARNdc. Las densidades de los cultivos de macroconidias de Fg se midieron al comienzo del tratamiento y a las 72 horas tras el tratamiento.
Figura 3: Síntomas de la infestación en hojas de Arabidopsis tras la inoculación con Fg. (a) Las hojas arrancadas de plantas de 5 semanas de edad se trataron con 5x104 macroconidias de Fg ml-1 y se evaluaron las lesiones necróticas a los 3 días tras la inoculación (dti). (i) Col-0 ts, (ii) Col-0 de control con vector vacío (vv), (iii) Col-0 que expresa CYP3RNA (L8 Col-0-CYP3RNA), y (iv) Col-0 inoculada con simulacro (Tween en agua). (b) Cuantificación del área de la hoja infestada por Fg a 3 dti; los síntomas típicos de infestación se expresan como un porcentaje del área total de la hoja. Las barras representan los valores medios ± DT de tres experimentos
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independientes, cada uno de los cuales usan 20 hojas recolectadas de 15 plantas diferentes de cada línea de planta transgénica, así como las plantas Col-0 ts y Col-0 vv. La reducción en los síntomas de infestación en hojas que expresan CYP3RNA en comparación con los controles Col-0 ts y Col-0 vv fue estadísticamente significativa (*** p<0,0001; prueba de la t de Student). (c)Hojas de Arabidopsis inoculadas con Fg a 5 dti. (i) La hoja de Col-0 vv está muy infestada por Fg; (ii) Col-0 que expresa CYP3RNA no presenta síntomas de infestación, aunque los micelios fúngicos son capaces de crecer en el agar que rodea a la hoja intacta y sin síntomas.
Figura 4: Abundancia de tránscritos del gen CYP51 y ARNip en hojas de Arabidopsis inoculadas con Fg. (a-c) Análisis específicos de gen de tránscritos CYP51 a 3 dti mediante qRT-PCR usando p-tubulina fúngica como el gen de referencia. (a) CYP51A, (b) CYP51B y (c) CYP51C. Se generó ADNc del ARN total aislado de hojas inoculadas con Fg recolectadas durante el ensayo de las hojas arrancadas. Las barras representan los valores medios ± DT de tres colecciones de muestras independientes. La reducción en la expresión génica de CYP51 en las hojas de Col-0-CYP3RNA inoculadas con Fg en comparación con el control de vv fue estadísticamente significativa (**p<0,001, *** p<0,0001; prueba de la t de Student). (d). Detección de ARNip de bajo peso molecular complementario a los genes CYP51 en tejido foliar agrupado de plantas Arabidopsis no infestadas e infestadas por Fg a 3 dti. El análisis por transferencia de Northern que usa CYP3RNA marcado con 32P se siguió mediante autorradiografía. No se detectó señal en las muestras de control de plantas Col-0 y Col-0-vv. El ARNr teñido con bromuro de etidio en el panel inferior sirvió como control de carga.
Figuras 5-9: Estrategia de combinación de fragmentos (apilado) en pGEM-T-CYP3 (Fig. 5) para generar CYP3RNA, una construcción diseñada a partir de secuencias parciales de CYP51A (SEQ ID NO:4), CYP51B (SEQ ID NO:5) y CYP51C (SEQ ID NO:6) para silenciar los tres genes CYP51. (Fig. 6) p7U10-RNAi, un vector binario con promotores CaMV35S de repetición invertida. (Fig. 7) p7U10-CYP3RNAi, generado mediante sustitución del fragmento GUS en p7U10-RNAi por el fragmento CYP3RNA (CYP51B-CYP51A-CYP51C) usando las enzimas de restricción HindIII/XmaI. (Fig. 8) p7i-Ubi-RNAi2, un vector binario con promotores CaMV35S de repetición invertida. (Fig. 9) p7i-UBi-CYP3RNAi, generado mediante sustitución del fragmento GUS en p7i-Ubi- rNaí2 por un fragmento CYP51ABC (CYP51A-CYP51B-CYP51C) usando las enzimas de restricción Hindlll/Xmal.
Figura 10: Hojas de cebada transgénica que expresan CYP51ABC (L2-L9, L14, L42), de una planta de control de tipo silvestre (var. Golden Promise; GP) y de una planta de control transgénica que solo comprende el vector de transfección (vector vacío; vv) 7 días tras la inoculación (7 dti= con Fg tal como se describe en el ejemplo 4.
Figura 11: Abundancia de tránscritos del gen CYP51 en hojas de cebada inoculadas con Fg. (a-c) Análisis específicos de gen de tránscritos CYP51 a 7 dti mediante qRT-PCR usando p-tubulina fúngica como el gen de referencia. (a) CYP51A, (b) CYP51B y (c) CYP51C. Se generó ADNc del ArN total aislado de hojas inoculadas con Fg recolectadas durante el ensayo de las hojas arrancadas.
Figura 12: Inhibición de crecimiento fúngico pulverizando hojas de cebada con ARNdc de CYP3RNA. Las hojas arrancadas de cebada se pulverizaron recubriendo el área (A) o de manera sistémica (B) con ARNdc de CYP3RNA ("ARN"), solo con tampón TE ("control" o ARNdc-GFp ("GFP"), respectivamente. 48 h después de la pulverización, las hojas se inocularon gota a gota con Fg. 6 días tras la infección, se registraron los síntomas de la infección (A, B) y se midió la cantidad relativa de ADN genómico de p-tubulina fúngica en hojas pulverizadas recubriendo la zona (C) o pulverizadas de forma sistémica (D), respectivamente, usando la PCR cuantitativa (qPCR). Los gráficos C y D muestran la cantidad relativa de ADN genómico de p-tubulina fúngica normalizada a la cantidad de ADN genómico de ubiquitina de la planta.
Descripción detallada de la invención
1) Definiciones
La expresión "fitopatógeno fúngico o de oomiceto", tal como se usa en el presente documento, se refiere a un hongo u oomiceto que es parásito en una planta hospedadora.
Los hongos fitopatógenos incluyen hongos del filo Ascomycota y Basidiomycota. La etapa de reproducción asexual (anamorfo) de tal hongo se puede conocer con un nombre diferente al de su etapa de reproducción sexual (teleomorfo). Por ejemplo, Fusarium graminearum se refiere al anamorfo y Gibberella zeae al teleomorfo de la misma especie fúngica. Para el fin de la presente invención, los nombres de Ascomycota y Basidiomycota usados en el presente documento pretenden referirse a las especies fúngicas per se en lugar de a una etapa de reproducción particular de las mismas.
Los genes CYP51 son genes que codifican una esterol 14a-desmetilasa del citocromo P450 (CYP51) y homólogos de la misma. Un fitopatógeno fúngico o de oomiceto puede tener más de un gen CYP51. Los diferentes genes CYP51 se pueden agrupar en clados mediante análisis filogenético molecular tal como se describe, por ejemplo, por Becher y col. (BMS Genomics 12: 52. 2011). Se han identificado tres clados de CYP51 para hongos del subfilo Pezizomycotina: CYP51A, CYP51B y CYP51C (citado anteriormente). Los genes CYP51, las proteínas CYP51 y las correspondientes secuencias codificantes de los hongos y oomicetos fitopatógenos se conocen en la materia y se pueden identificar mediante búsquedas de homología, por ejemplo, basándose en FGSG_04092.3, FGSG_01000.3
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y FGSG_11024.3, mediante análisis de secuencia tal como se describe, por ejemplo, por Becher y col. (BMS Genomics 12: 52. 2011; véase la sección de bioinformática), y a partir de las bases de datos tales como la base de datos del citocromo P450 fúngico (
http://p450.riceblast.snu.ac.kr).
http://p450.riceblast.snu.ac.kr).
La expresión "molécula de ARNdc", tal como se usa en el presente documento para designar una materia objeto de la invención, se refiere a una molécula que comprende una, dos o más hebras de polirribonucleótidos capaces de formar al menos una región de ARN de doble cadena. De ese modo, la expresión "moléculas de ARNdc de la invención" incluye moléculas, en las que solo parte del ARN, por ejemplo, al menos el 70 %, al menos el 80 % o al menos el 90 % o todo el ARN está presente como ARN de cadena doble. Por ejemplo, la expresión "molécula de ARNdc" incluye moléculas que consisten en uno, dos o más hebras de polirribonucleótidos. También se incluyen en la expresión moléculas que además comprenden grupos químicos adicionales, por ejemplo, grupos que estabilizan las regiones de ARN de cadena doble tal como se describe en el presente documento.
Se asume que el efecto de las moléculas de ARNdc de la invención se debe al ARN de interferencia. Los términos "ARNi" y "ARN de interferencia", usados en el presente documento, se refieren a un proceso de silenciamiento génico postranscripcional específico de la secuencia mediado por ARN de doble cadena. En el proceso del ARNi, se transforma un ARN de doble cadena en fragmentos relativamente pequeños, típicamente de 20-25 nucleótidos de longitud, que llegan a ser parte del complejo de silenciamiento inducido por ARN (RISC) que se une a y escinde el ARNm complementario y, por lo tanto, evita que se use el ARNm como un molde para la traducción.
La expresión "interferencia antisentido" también se refiere a un proceso de silenciamiento génico postranscripcional específico de la secuencia. En la interferencia antisentido, un ARN monocatenario antisentido (ARNmc antisentido) que es sustancialmene complementario a al menos una parte de un gen diana provoca la inhibición de la expresión del gen diana. Se asume que en este proceso, se forma ARN de cadena doble que se forma mediante la hibridación del ARNmc antisentido que hibrida con el ARNm complementario e inhibe la expresión del gen diana usando el mecanismo del ARNi.
La expresión "al menos parte de", cuando se usa con referencia a una secuencia, por ejemplo, con referencia a la secuencia codificante de un gen CYP51, se refiere a al menos 20 nucleótidos contiguos de dicha secuencia. Por ejemplo, "al menos parte de" se refiere a al menos 25, al menos 50, al menos 100, al menos 150 y preferentemente al menos 200 nucleótidos contiguos de la secuencia.
Un "alto grado de identidad", tal como se usa en el presente documento para definir el grado de identidad de secuencia de una secuencia sentido para al menos parte de la secuencia codificante de un gen CYP51 o una cualquiera de las SEQ ID NO: 1-6 y 8-13, se refiere a una identidad de al menos el 70 %, tal como, por ejemplo, al menos el 75%, al menos el 80%, al menos el 85%, al menos el 90 % y preferentemente se refiere a al menos el 95 % o al menos el 98 % y lo más preferentemente se refiere a al menos el 99 % o el 100 %.
Con relación a la identidad de secuencia entre las secuencias de ARN y de ADN, se considera un uracilo en una secuencia de ARN "idéntico" a una timina en una secuencia de ADN. Los procedimientos y las herramientas tales como programas informáticos para calcular la identidad de secuencia son bien conocidos en la materia. Por ejemplo, el grado de identidad entre las secuencias de nucleótidos se puede determinar usando una herramienta de búsqueda de alineación local básica (BLAST, del inglés Basic Local Alignment Search Tool) tal como BLAST de búsqueda de similitud (alineamiento con huecos) disponible en la página web del Broad Institute (
http://www.broadinstitute.org/annotation/genome/fusarium_graminearum/Blast.html?sp=Sblastn).
http://www.broadinstitute.org/annotation/genome/fusarium_graminearum/Blast.html?sp=Sblastn).
Una "secuencia antisentido" tal como se comprende por las moléculas de ARNdc de la presente invención es una secuencia de ARN que es sustancialmente complementaria a la correspondiente secuencia sentido.
Los polinucleótidos "complementarios" son aquellos de emparejar sus bases de acuerdo con las reglas de complementariedad de Watson y Crick. Específicamente, se formarán pares de bases entre purinas y pirimidinas que incluyen el emparejamiento de guanina con citosina (G:C) y el emparejamiento de adenina bien con timina (A:T) en el caso del ADN o bien el emparejamiento de adenina con uracilo (A:U) en el caso del ARN. Se entiende que dos polinucleótidos pueden hibridar entre sí incluso si no son completamente complementarios entre sí, siempre que cada una tenga al menos una región que es sustancialmente complementaria con la otra.
La expresión "sustancialmente complementaria", tal como se usa en el presente documento, por ejemplo, para caracterizar las secuencias antisentido de la molécula de ARNdc de la invención, significa que dos secuencias de nucleótidos son complementarias en al menos el 80 % de sus nucleótidos. Preferentemente, las dos secuencias de nucleótidos son complementarias en al menos el 85 %, al menos el 90 %, más preferentemente al menos un 95 %, al menos el 96 %, al menos el 97 %, al menos el 98 %, y lo más preferentemente al menos el 99 % de los nucleótidos hasta su longitud completa. Como alternativa, "sustancialmente complementaria" se puede referir a dos secuencias de ácido nucleico que pueden hibridar en condiciones rigurosas.
El término "hibridación", tal como se usa en el presente documento, incluye cualquier proceso mediante el cual una cadena de polinucleótidos se une con una cadena complementaria mediante emparejamiento de bases. (Coombs: Dictionary of Biotechnology, Stockton Press, Nueva York, 1994). La hibridación y la fuerza de hibridación (es decir, la fuerza de asociación entre las dos cadenas complementarias) están influenciadas por factores tales como el grado
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de complementariedad entre las cadenas, la rigurosidad de las condiciones implicadas, la temperatura de fusión de la doble cadena formada y la proporción de G:C en las cadenas. La temperatura de fusión (Tf) es la temperatura a la cual un grupo de polinucleótidos de cadena doble llega a estar semidisociada en cadenas simples. La Tf se puede calcular usando ecuaciones bien conocidas en la materia. Se da una estimación del valor de la Tf de un polinucleótido en una solución acuosa de NaCl 1 M mediante la ecuación: Tf=81,5+0,41(% G+C) (véase, por ejemplo, Anderson y Young: Quantitative Filter Hybridization, en Nucleic Acid Hybridization, 1985). Las condiciones rigurosas son conocidas por los expertos en la materia (véase, por ejemplo, Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley y Sons, N.Y., 6.3.1-6.3.6, 1989). En particular, la expresión "condiciones rigurosas", tal como se usa en el presente documento, se refiere a una hibridación con ácido nucleico unido a un filtro en 6x de cloruro de sodio/citrato de sodio (SSC) a aproximadamente 45 °C seguido por uno o más lavados en 0,2x de SSC/SDS (dodecilsulfato de sodio) al 0,1 % a aproximadamente 50-65 °C.
El término "expresión", tal como se usa en el presente documento con respecto a una secuencia génica, se refiere a la traducción de la secuencia codificante a un polipéptido. La inhibición de la expresión génica puede llegar a ser detectable a nivel de ARNm, a nivel del polipéptido o ambos. Los procedimientos para evaluar cambios a nivel de ARNm o a nivel de proteína de un gen son bien conocidos en la materia. Por ejemplo, el cambio a nivel de ARNm de un gen se puede evaluar mediante una PCR cuantitativa en tiempo real (qRT-PCR) o análisis por transferencia de Northern.
El "control" de un hongo u oomiceto fitopatógeno, tal como se usa en el presente documento, incluye medidas de prevención de la infestación de una planta por dicho patógeno así como medidas para combatir o curar la infestación de una planta por el patógeno. El término "combatir" se refiere a la reducción de la infestación por el patógeno. El término "curar" se refiere a la erradicación de la infestación por el patógeno.
Un vehículo "fitocompatible", tal como se usa en el presente documento, es un compuesto o una mezcla de compuestos que, en condiciones de su uso, no genera una actividad fitotóxica inaceptable para la planta tratada.
El término "planta" se usa en el presente documento para designar una planta completa en cualquier etapa de desarrollo, así como una parte o derivado de la misma, y por lo tanto, incluye, por ejemplo, una célula vegetal, un grupo de células vegetales, un tejido vegetal (por ejemplo, un tejido meristemático, tejido calloso), un órgano vegetal (por ejemplo, tallo, hojas, raíz, óvulo, estambre), una forma reproductiva o una parte reproductiva de una planta (por ejemplo, una semilla, tubérculo, esqueje, gametofito, esporofito, polen, microspora, embrión). Una célula vegetal o un grupo de células vegetales puede estar aislado (por ejemplo, en un cultivo en suspensión) o comprendido en un tejido vegetal, en un órgano vegetal o planta completa de cualquier etapa del desarrollo.
Una planta "transgénica" es una planta completa o una parte de la misma que se ha alterado usando la tecnología del ADN recombinante para que contenga una secuencia de ácido nucleico que de otro modo no estaría presente en dicha planta o que se habría expresado en un grado considerablemente menor. El término "planta transgénica" también incluye la progenie transgénica de una planta transgénica. una planta transgénica de la presente invención puede ser resultado de un cruzamiento de una planta transgénica de la invención con una planta no transgénica o con otra planta transgénica de la invención o con una planta transgénica que tiene un transgen diferente. En particular, el término "planta transgénica" también comprende el cultivo de verdaderas plantas transgénicas que se obtienen mediante etapas repetidas de endogamia.
Un "molde transcripcional" de una secuencia de ARN es una secuencia de ADN que puede servir como un molde para la generación del ARN mediante transcripción de enzimas con una ARN polimerasa.
El término "promotor", cuando se usa en el presente documento en el ámbito de la(s) secuencia(s) de ácido nucleico de la invención, se refiere al singular así como al plural, salvo que se indique explícitamente lo contrario. Un "promotor", tal como se usa en el presente documento, es una secuencia de ADN que, cuando se une a una secuencia de ADN de interés, es capaz de controlar la transcripción de dicha secuencia de ADN en ARN. Un promotor se localiza típicamente en 5' (por ejemplo, aguas arriba) de la secuencia de ADN de interés cuya transcripción a ARNm controla (por ejemplo, próximo al sitio de comienzo de la transcripción), y proporciona un sitio para la unión específica mediante ARN polimerasa y otros factores de transcripción para la iniciación de la transcripción. Un promotor puede ser un promotor constitutivo o un promotor regulado.
Un "promotor regulado" es un promotor que dirige la transcripción de manera no constitutiva pero de forma temporal y/o espacialmente restringida. Un promotor es regulado si la cantidad de ARN producida bajo el control del promotor activado es al menos el 30 %, 40 %, 50 %, 60 %, 70 %, 80 %, 90 %, 100 %, 200 % o 300 % superior a la cantidad de ARN producida en partes de la planta o en períodos de tiempo, en los que el promotor no está activado. Los promotores regulados incluyen promotores inducibles, promotores específicos de tejidos y promotores específicos del desarrollo. Los promotores específicos de tejido o específicos del desarrollo facilitan la transcripción de una secuencia de interés en tejidos específicos, órganos o tipos celulares, o en diferentes etapas específicas del desarrollo mientras que dejan al resto del organismo sin modificar. En el caso de las plantas, tales promotores pueden influir de manera específica en la expresión de genes en las raíces, inflorescencia, espigas de cereales, frutos o semillas, o durante la etapa vegetativa, de florecimiento o de establecimiento de la semilla. Los promotores inducibles facilitan la transcripción de una secuencia de interés en presencia o ausencia de compuestos químicos
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particulares (por ejemplo, un alcohol, tetraciclina, un esteroide o un metal) o dependiendo de las condiciones físicas particulares (por ejemplo, la presencia o ausencia de luz, bajas o altas temperaturas).
La expresión "tolerante para fitopatógenos" se usa en el presente documento para designar una planta transgénica de la invención capaz de reducir o prevenir el crecimiento y/o la propagación del fitopatógeno. La tolerancia al fitopatógeno puede ser transitoria, es decir, está presente durante un período de tiempo limitado, por ejemplo, debido a una expresión transitoria del ARNmc antisentido de la invención o la molécula de ARNdc descrita en el presente documento. Una planta que es "tolerante" a un fitopatógeno está infestada con menor gravedad y/o menor frecuencia por el fitopatógeno. La gravedad de la infestación del hongo u oomiceto se puede determinar basándose en los síntomas de la enfermedad observados después de que la planta se haya inoculado con o sea atacada por el fitopatógeno. Los síntomas de la enfermedad dependen de la naturaleza (especie, variedad) del fitopatógeno y de la planta. Los síntomas de infestaciones fúngicas o de oomicetos incluyen, pero sin limitación, el blanqueo prematuro de las espigas de los cereales y/o de las hojas; lesiones necróticas de la superficie exterior de los flósculos y de la gluma; atrofia del grano; deformación de la arista; decoloración de los granos y/o espiguillas; crecimiento del patógeno visible sobre las hojas, el tallo y/o las espigas de cereales.
2) Realizaciones particulares de la invención
La presente invención se refiere a moléculas de ARNdc y a secuencias de ADN que proporcionan moldes transcripcionales de ARNmc antisentido capaces de inhibir la expresión de genes CYP51 de un fitopatógeno del género Fusarium.
Además, las moléculas de ARNdc y el ARNmc antisentido descrito en el presente documento son capaces de reducir o evitar el crecimiento y/o la propagación de fitopatógenos fúngicos o de oomicetos. Específicamente, las moléculas de ARNdc y el ARNmc antisentido descritos en el presente documento son capaces de reducir o de erradicar la infestación de una planta por fitopatógenos fúngicos o de oomicetos, en los que dicha planta contiene y/o se trata con dichas moléculas de ARNdc o el ARNmc antisentido.
Las moléculas de ARNdc y el ARNmc antisentido descritos en el presente documento son útiles para controlar hongos y oomicetos fitopatógenos que incluyen, pero sin limitación, Albugo spp. (roya blanca) en plantas ornamentales, hortalizas (por ejemplo, A. candida) y girasoles (por ejemplo, A. tragopogonis); Alternaría spp. (mancha foliar de Alternaria) en hortalizas, colza (A. brassicola o brassicae), remolachas azucareras (A. tenuis), frutas, arroz, soja, patatas (por ejemplo A. solani o A. alternata), tomates (por ejemplo A. solani o A. alternata) y trigo; Aphanomyces spp. en remolachas azucareras y hortalizas; Ascochyta spp. en cereales y hortalizas, por ejemplo A. tr/t/c/(antracnosis) en trigo y A. hordei en cebada; Bipolaris y Drechslera spp. (teleomorfo: Cochliobolus spp.), por ejemplo, tizón sureño de la hoja (D. maydis) o tizón norteño de la hoja (B. zeicola) en maíz, por ejemplo la mancha parda (B. sorokiniana) en cereales y por ejemplo B. oryzae en arroz y césped; Blumeria (formalmente Erysiphe) graminis (oídio) en cereales (por ejemplo, en trigo o cebada); Botrytis cinerea (teleomorfo: Botryotinia fuckeliana: moho gris) en frutos y bayas (por ejemplo, fresas), hortalizas (por ejemplo, lechuga, zanahorias, apio y coles), colza, flores, vides, plantas forestales y trigo; Bremia lactucae (mildiú velloso) en lechugas; Ceratocystis (sin. Ophiostoma) spp. (podredumbre o marchitez) en árboles frondosos y árboles de hoja perenne, por ejemplo C. ulmi (enfermedad del olmo holandés) en olmos; Cercospora spp. (manchas foliares de Cercospora) en maíz (por ejemplo, mancha foliar gris: C. zeaemaydis), arroz, remolacha azucarera (por ejemplo C. beticola), caña de azúcar, hortalizas, café, soja (por ejemplo, C. sojina o C. kikuchii) y arroz; Cladosporium spp. en tomates (por ejemplo C. fulvum: moho foliar) y cereales, por ejemplo, C. herbarum (espiga negra) en trigo; Claviceps purpurea (cornezuelo) en cereales; Cochliobolus (anamorfo: Helminthasporium de Bipolaris) spp. (manchas foliares) en maíz (C. carbonum), cereales (por ejemplo, C. sativus, anamorfo: B. sorokiniana) y arroz (por ejemplo C. miyabeanus, anamorfo: H. oryzae); Colletatrichum (teleomorfo: Glomerella) spp. (antracnosis) en algodón (por ejemplo C. gossypii), maíz (por ejemplo, C. graminicola: podredumbre del tallo por antracnosis), frutos blandos, patatas (por ejemplo, C. coccodes: mancha negra), judías (por ejemplo C. lindemuthianum) y soja (por ejemplo C. truncatum o C. gloeosporioides); Corticium spp., por ejemplo, C. sasakii (tizón de la vaina) en arroz; Corynespora cassiicola (manchas foliares) en soja y plantas ornamentales; Cycloconium spp., por ejemplo, C. oleaginum en olivos; Cylindrocarpon spp. (por ejemplo, decaimiento del árbol frutal o declive de la vid joven, teleomorfo: Nectria o Neonectria spp.) en árboles frutales, vides (por ejemplo, C. liriodendri, teleomorfo: Neonectria liriodendri: Enfermedad del pie negro) y plantas ornamentales; Dematophora (teleomorfo: Rosellinia necatrix) (podredumbre de la raíz y del tallo) en soja; Diaporthe spp., por ejemplo, D. phaseolorum (marchitamiento fúngico) en soja; Drechslera (sin. Helminthosporium, teleomorfo: Pyrenophora) spp. en maíz, cereales, tales como la cebada (por ejemplo D. teres, mancha reticulada) y trigo (por ejemplo, D. tritici-repentis: mancha parda), arroz y césped; Esca (muerte regresiva, apoplejía) en vides, causados por Formitiporia (sin. Phellinus) punctata, F. mediterranea, Phaeomoniella chlamydospora (antes Phaeoacremonium chlamydosporum), Phaeoacremonium aleophilum y/o Botryosphaeria obtusa; Elsinoe spp. en frutas pomáceas (E. pyri), frutos blandos (E. veneta: antracnosis) y vides (E. ampelina: antracnosis); Entyloma oryzae (tizón foliar) en arroz; Epicoccum spp. (moho negro) en trigo; Erysiphe spp. (oídio) en remolachas azucareras (E. betae), hortalizas (por ejemplo E. pisi), tales como cucurbitáceas (por ejemplo E. cichoracearum), coles, colza (por ejemplo, E. cruciferarum); Eutypa lata (decaimiento o muerte regresiva de Eutypa, anamorfo: Cytosporina lata, sin. Libertella blepharis) en árboles frutales, vides y árboles ornamentales; Exserohilum (sin. Helminthosporium) spp. en maíz (por ejemplo, E. turcicum); Fusarium (teleomorfo: Gibberella) spp. (marchitez, podredumbre de raíz o tallo) en diversas plantas, tales como F. graminearum o F. culmorum (podredumbre de raíz, sarna o tizón de la espiga) en cereales
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(por ejemplo, trigo o cebada), F. oxysporum en tomates, F. solani (f. sp. glycines ahora sin. F. virguliforme) y F. tucumaniae y F. brasiliense causando cada uno el síndrome de la muerte súbita en la soja, y F. verticillioides en maíz; Gaeumannomyces graminis (mal del pie) en cereales (por ejemplo, trigo o cebada) y maíz; Gibberella spp. en cereales (por ejemplo G. zeae) y arroz (por ejemplo, G. fujikuroi: enfermedad de Bakanae); Glomerella cingulata en vides, frutas pomáceas y otras plantas y G. gossypii en algodón; complejo de tinción de grano en arroz; Guignardia bidwellii (podredumbre negra) en vides; Gymnosporangium spp. en plantas rosáceas y enebros, por ejemplo, G. sabinae (roya) en peras; Helminthosporium spp. (sin. Drechslera, teleomorfo: Cochliobolus) en maíz, cereales y arroz; Hemileia spp., por ejemplo H. vastatrix (roya de la hoja del café) en el café; Isariopsis clavispora (sin. Cladosporium vitis) en vides; Macrophomina phaseolina (sin. phaseoli) (podredumbre del tallo y de la raíz) en soja y algodón; Microdochium (sin. Fusarium) nivale (moho de nieve rosa) en cereales (por ejemplo, trigo o cebada); Microsphaera difusa (oídio) en soja; Monilinia spp., por ejemplo, M. laxa, M. fructicola y M. fructigena (tizón de la floración y de las ramitas, podredumbre marrón) en frutos con hueso y otras plantas rosáceas; Mycosphaerella spp. en cereales, plátanos, frutos blandos y cacahuetes, tales como por ejemplo M. graminicola (anamorfo: Septoria tritici, mancha de Septoria) en trigo o M. fijiensis (enfermedad de Sigatoka negra) en plátanos; Peronospora spp. (mildiú lanoso) en coles (por ejemplo, P. brassicae), colza (por ejemplo, P. parasítica), cebollas (por ejemplo P. destructor), tabaco (P. tabacina) y soja (por ejemplo, P. manshurica); Phakopsora pachyrhizi y P. meibomiae (roya de la soja) en soja; Phialophora spp. por ejemplo en vides (por ejemplo P. tracheiphila y P. tetraspora) y soja (por ejemplo, P. gregata: podredumbre del tallo); Phoma lingam (podredumbre de la raíz y del tallo) en colza y col y P. betae (podredumbre de la raíz, mancha foliar y marchitamiento) en remolachas azucareras; Phomopsis spp. en girasoles, vides (por ejemplo, P. viticola: mancha de caña y hoja) y soja (por ejemplo, podredumbre del tallo: P. phaseoli, teleomorfo: Diaporthe phaseolorum); Physoderma maydis (manchas pardas) en maíz; Phytophthora spp. (marchitez, podredumbre de raíz, hojas, fruto y tallo) en diversas plantas, tales como pimentón y cucurbitáceas (por ejemplo, P. capsici), soja (por ejemplo, P. megasperma, sin. P. sojae), patatas y tomates (por ejemplo P. infestans: tizón tardío) en árboles frondosos (por ejemplo, P. ramorum: muerte súbita del roble); Plasmodiophora brassicae (hernia de la col) en col, colza, rábano y otras plantas; Plasmopara spp., por ejemplo, P. viticola (mildiú lanoso de la vid) en vides y P. halstedii en girasoles; Podosphaera spp. (oídio) en plantas rosáceas, lúpulo, pomo y frutos blandos, por ejemplo, P. leucotricha en manzanas; Polymyxa spp., por ejemplo, en cereales, tales como cebada y trigo (P. graminis) y remolachas azucareras (P. betae) y, por lo tanto, enfermedades víricas transmitidas; Pseudocercosporella herpotrichoides (cercosporelosis, teleomorfo: Tapesia yallundae) en cereales, por ejemplo, trigo o cebada; Pseudoperonospora (mildiú lanoso) en diversas plantas, por ejemplo, P. cubensis en cucurbitáceas o P. humili en lúpulo; Pseudopezicula tracheiphila (enfermedad de fuego rojo o enrojecimiento parasitario, anamorfo: Phialophora) en vides; Puccinia spp. (roya) en diversas plantas, por ejemplo, P. triticina (roya marrón o foliar), P. striiformis (roya lineal amarilla), P. hordei (roya enana), P. graminis (roya negra o del tallo) o P. recondita (roya marrón o foliar) en cereales, tales como, por ejemplo, trigo, cebada o arroz, P. kuehnii (roya naranja) en caña de azúcar y P. asparagi en espárragos; Pyrenophora (anamorfo: Drechslera) tritici-repentis (mancha parda) en trigo o P. teres (mancha reticulada) en cebada; Pyricularia spp., por ejemplo, P. oryzae (teleomorfo: Magnaporthe grisea, añublo del arroz) en arroz y P. grisea en césped y cereales; Pythium spp. (marchitamiento) en césped, arroz, maíz, trigo, algodón, colza, girasoles, soja, remolacha azucarera, hortalizas y otras diversas plantas (por ejemplo, P. ultimum o P. aphanidermatum); Ramularia spp., por ejemplo R. collo-cygni (manchas foliares de Ramularia, manchas foliares fisiológicas) en cebada y R. beticola en remolachas azucareras; Rhizoctonia spp. en algodón, arroz, patatas, césped, maíz, colza, patatas, remolacha azucarera, hortalizas y otras diversas plantas, por ejemplo, R. solani (podredumbre de raíz y tallo) en soja, R. solani (tizón de la vaina) en arroz o R. cerealis (tizón de la primavera de Rizoctonia) en trigo o cebada; Rhizopus stolonifer (moho negro,podredumbre blanda) en fresas, zanahorias, col, vides y tomates; Rhynchosporium secalis (escaldadura) en cebada, arroz y triticale; Sarocladium oryzae y S. attenuatum (podredumbre de la vaina) en arroz; Sclerotinia spp. (podredumbre del tallo o moho blanco) en hortalizas y cultivos de campo, tales como colza, girasoles (por ejemplo, S. sclerotiorum) y soja (por ejemplo, S. rolfsii o S. sclerotiorum); Septoria spp. en diversas plantas, por ejemplo, S. glycines (mancha marrón) en soja, S. tritici (mancha de Septoria) en trigo y S. (sin. Stagonospora) nodorum (mancha de Stagonospora) en cereales; Uncinula (sin. Erysiphe) necator (oídio, anamorfo: Oidium tuckeri) en vides; Setospaeria spp. (tizón foliar) en maíz (por ejemplo, S. turcicum, sin. Helminthosporium turcicum) y césped; Sphacelotheca spp. (tizón) en maíz, (por ejemplo, S. reiliana: tizónde la espiga), sorgo y caña de azúcar; Sphaerotheca fuliginea (oídio) en cucurbitáceas; Spongospora subterranea (sarna pulverulenta) en patatas y, por lo tanto, enfermedades víricas transmitidas; Stagonospora spp. en cereales, por ejemplo, S. nodorum (mancha de Stagonospora, teleomorfo: Leptosphaeria [sin. Phaeosphaeria] nodorum) en trigo; Synchytrium endobioticum en patatas (sarna verrugosa de la patata); Taphrina spp., por ejemplo, T. deformans (enfermedad de enrollamiento foliar) en melocotones y T. pruni (ciruela pequeña) en ciruelas; Thielaviopsis spp. (podredumbre negra de la raíz) en la planta del tabaco, frutas pomáceas, hortalizas, soja y algodón, por ejemplo, T. basicola (sin. Chalara elegans); Tilletia spp. (copo común o tizón apestoso) en cereales, tales como por ejemplo T. tritici (sin. T caries, copo del trigo) y T. cantraversa (copo enano) en trigo; Typhula incarnata (moho de nieve gris) en cebada o trigo; Urocystis spp., por ejemplo, U. occulta (tizón del tallo) en arroz; Uromyces spp. (roya) en hortalizas, tales como judías (por ejemplo U. appendiculatus, sin. U. phaseoll) y remolachas azucareras (por ejemplo U. betae); Ustilago spp. (carbón desnudo) en cereales (por ejemplo U. nuda y U. avaenae), maíz (por ejemplo, U. maydis, tizón del maíz) y caña de azúcar; venturia spp. (sarna) en manzanas (por ejemplo, V. inaequalis) y peras; y Verticillium spp. (marchitez) en diversas plantas, tales como frutales y ornamentales, vides, frutos blandos, hortalizas y cultivos de campo, por ejemplo, V. dahliae en fresas, colza, patatas y tomates.
En particular, las moléculas de ARNdc y el ARNmc antisentido descrito en el presente documento son capaces de
inhibir la expresión de al menos un gen CYP51 de un fitopatógeno fúngico o de oomiceto seleccionado de los géneros Fusarium, Blumeria, Magnaparthe, Sclerotinia, Phakopsara, Botrytis, Puccinia, Pyrenophora, Phaeosphaeria, Fez, Cochliobolus, Ustilago, Rhynchosporium y Venturia. Los fitopatógenos particulares de estos géneros y sus genes CYP51 se enumeran en la Tabla 1 a continuación. Preferentemente, el fitopatógeno es un 5 hongo del género Fusarium.
Tabla ^ 1: Fitopatógenos fúngicos y de oomicetos y genes ^ CYP51 de los mismos
- Fitopatógeno
- Enfermedades gen(es) CYP51 [SEQ ID NO de la secuencia codificante]
- Fusarium graminearum (Fg)
- tizón de la espiga en trigo, cenada y otros cultivos de cereales CYP51A (FGSG- [1] 04092.3) 1 CYP51B (FGSG_ [2] 01000.3) 1 CYP51C (FGSG_ [3] 11024.3) 1
- Fusarium oxysporum
- marchitez de tomate y otros cultivos CYP51A (FOXG_ [8] 11545.2) 1 CYP51B (FOXG_ [9] 00394.2) 1 CYP51C (FOXG_ [10] 13138.2) 1
- Fusarium verticillioides
- podredumbre de la mazorca de maíz CYP51A (FVEG_ [11] 10277.3) 1 CYP518 (FVEG_ [12] 01123.3) 1 CYP51C (FVEG_ [13] 12391.3) 1
- Blumeria graminis
- oídio en céspedes CYP51 [14]
- Magnaporthe grisea
- Tizón de la plántula del arroz, añublo del arroz, mancha foliar ovalada de gramínea, enfermedad de la picadura, añublo de la ballica y mancha de Johnson CYP51A [15] CYP51B [16]
- Sclerotinia sclerotinium
- Moho blanco, podredumbre del algodón, podredumbre blanda acuosa, podredumbre del tallo, gotas, podredumbre de la copa y tizón de las flores CYP51B [17]
- Phakopsora pachyrhizi
- Roya de la soja asiática CYP51 [18]
- Botrytis cinerea
- Tizón de las flores y podredumbre del fruto también como manchas foliares y podredumbre del bulbo CYP51B [19]
- Puccinia triticina
- Enfermedad de la roya en cereales CYP51 [20]
- Puccinia graminis
- Enfermedad de la roya en cereales CYP51 [21]
- Puccinia recondita
- Enfermedad de la roya en cereales CYP51 [22]
- Pyrenophora teres
- Mancha de la cebada, mancha reticulada, y mancha reticulada de forma puntuada CYP51 [23]
- Pyrenophora tritici
- Mancha parda o helmintosporiosis en cereales CYP51A [24] CYP51B [25]
- Phaeosphaeria nodorum
- Mancha de la gluma y mancha de Septoria nodorum CYP51B [26]
- Septoria tritici
- Mancha foliar de Septoria CYP51 [27]
- Cochliobolus sativus
- Mancha puntuada y podredumbre común de la raíz CYP51B [28]
- Ustilago maydis
- Enfermedad del tizón en maíz CYP51 [29]
- Rhynchasporium secalis
- Escaldadura de la cenada y del centeno CYP51 [30]
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(continuación)
- Fitopatógeno
- Enfermedades
- Venturia inaequalis
- Enfermedad de sarna de la manzana CYP51 [31]
- 1 Las designaciones del gen se refieren a los loci en la base de datos comparativa de Fusarium accesible a través de, por ejemplo, la página web del Broad Institute (
http://www.broadinstitute.org).
La molécula de ARNdc es capaz de inhibir la expresión de una, dos, tres o todos los genes CYP51 de un fitopatógeno fúngico o de oomiceto y preferentemente es capaz de inhibir todos los genes CYP51 del fitopatógeno. La molécula de ARNdc de la invención es capaz de inhibir la expresión del gen CYP51A, el gen CYP51B y el gen CYP51C de un hongo fitopatógeno del género Fusarium.
Por ejemplo, el(los) gen(es) CYP51 a inhibir mediante la molécula de ARNdc descrita en el presente documento se selecciona(n) de los genes CYP51 de un fitopatógeno enumerado en la Tabla 1.
La molécula de ARNdc de puede estabilizar contra la degradación química y enzimática indeseada reduciendo la disociación del ARN de cadena doble en ARN de cadena simple no hibridado. Para este fin, las dos secuencias de ribonucleótidos de hibridación o las regiones adyacentes a las mismas se pueden unir de manera química entre sí tal como se describe, por ejemplo, en el documento US 2008/0171861 A1. Los grupos de unión química adecuados para las regiones de estabilización del ARN de cadena doble incluyen, pero sin limitación, análogos de purina que sustituyen purinas y análogos de nucleótidos ramificados que sustituyen nucleótidos. La molécula de ARNdc también se puede estabilizar contra la degradación enzimática indeseada mediante modificaciones de ribonucleótidos. Las modificaciones de ribonucleótidos adecuadas incluyen la sustitución del grupo 2'-hidroxilo de uno o más de un ribonucleótido mediante, preferentemente, un grupo 2'-amino o 2'-metilo; y la sustitución de uno o más de un ribonucleótido por el mismo número de nucleótidos bloqueados correspondientes, en los que el anillo de azúcar está químicamente modificado, preferentemente por un puente de 2'-O 4'-C metileno.
Las moléculas de ARNdc descritas en el presente documento comprenden una secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la secuencia codificante de un gen CYP51 de un fitopatógeno fúngico o de oomiceto, y una secuencia antisentido que es sustancialmente complementaria con dicha secuencia sentido. En este contexto, una "secuencia sentido" se refiere a una o más de una secuencia sentido, y un "gen CYP51" se refiere a uno o más de un gen CYP51. Ventajosamente, las secuencias antisentido abarcan una secuencia antisentido sustancialmente complementaria para cada secuencia sentido comprendida por la misma molécula de ARNdc. Generalmente, las expresiones tales como "una secuencia sentido", "una secuencia antisentido", "un polinucleótido", "un gen CYP51", cuando se usan en el presente documento, se refieren al singular así como al plural, a menos que se indique otra cosa.
Por consiguiente, las moléculas de ARNdc descritas en el presente documento pueden comprender
una primera secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la secuencia codificante de un primer gen CYP51, y
una segunda secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la secuencia codificante de un segundo gen CYP51,
en el que el primer gen CYP51 y el segundo gen CYP51 son diferentes genes CYP51 de un fitopatógeno fúngico o de oomiceto.
De manera más específica, las moléculas de ARNdc descritas en el presente documento pueden comprender
una primera secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la secuencia codificante de un primer gen CYP51,
una segunda secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la secuencia codificante de un segundo gen CYP51, y
una tercera secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la secuencia codificante de un segundo gen CYP51,
en la que el primer gen CYP51, el segundo gen CYP51 y el tercer gen CYP51 son diferentes genes CYP51 de un fitopatógeno fúngico o de oomiceto.
La secuencia codificante del al menos un gen CYP51, por ejemplo, el primer, el segundo y el tercer gen CYP51, se puede seleccionar de las secuencias codificantes de los genes CYP51 enumerados en la Tabla 1.
De acuerdo con un aspecto de la invención, la molécula de ARNdc es capaz de inhibir la expresión del gen CYP51A, del gen CYP51B y del gen CYP51C de Fusarium graminearum, y comprende (i) una secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la SEQ ID NO:1 o 4, (ii) una secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la SEQ ID NO:2 o 5, (iii) una secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la SEQ ID NO:3 o 6, y (iv) secuencias antisentido que son sustancialmente complementarias a dichas secuencias sentido (i), (ii) y (iii); en la que la disposición de las secuencias en la molécula
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de ARNdc permite la hibridación de cada secuencia sentido con su secuencia antisentido sustancialmente complementaria. De acuerdo con realizaciones particulares de dicho aspecto de la invención, la molécula de ARNdc:
(a) es capaz de inhibir la expresión del gen CYP51A de Fusarium graminearum y comprende una secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la SEQ ID NO:1 o la SEQ ID NO:4; y
(b) es capaz de inhibir la expresión del gen CYP51B de Fusarium graminearum y comprende una secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la SEQ ID NO:2 o la SEQ ID NO:5; y
(c) es capaz de inhibir la expresión del gen CYP51C de Fusarium graminearum y comprende una secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la SEQ ID NO:3 o la SEQ ID NO:6.
De acuerdo con un aspecto preferido de la invención, la molécula de ARNdc es capaz de inhibir la expresión de al menos un gen CYP51 de Fusarium graminearum y comprende una secuencia sentido que es al menos el 70 %, al menos el 75 %, al menos el 80 %, al menos el 85 %, al menos el 90 %, preferentemente al menos el 95 % o al menos el 98 %, y lo más preferentemente al menos el 99 % o el 100 % idéntica a la SEQ ID NO:7, y una secuencia antisentido que es sustancialmente complementaria a dicha secuencia sentido; en la que la disposición de las secuencias en la molécula de ARNdc permite la hibridación de dicha secuencia sentido y dicha secuencia antisentido correspondiente. De acuerdo con realizaciones particulares de dicho aspecto de la invención, la molécula de ARNdc consiste en dicha secuencia sentido y dicha secuencia antisentido. Por ejemplo, dicha molécula de ARNdc puede consistir en una primera cadena de ARN que tiene dicha secuencia sentido y una segunda secuencia de ARN que tiene dicha secuencia antisentido.
De acuerdo con un aspecto adicional de la invención, la molécula de ARNdc es capaz de inhibir la expresión del gen CYP51A, del gen CYP51B y del gen CYP51C de Fusarium axysparum, y comprende (i) una secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la SEQ ID NO: 8, (ii) una secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la SEQ ID NO:9, (iii) una secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la SEQ ID NO:10, y (iv) secuencias antisentido que son sustancialmente complementarias a dichas secuencias sentido (i), (ii) y (iii); en la que la disposición de las secuencias en la molécula de ARNdc permite la hibridación de cada secuencia sentido con su secuencia antisentido sustancialmente complementaria. De acuerdo con realizaciones particulares de dicho aspecto de la invención, la molécula de ARNdc:
(a) es capaz de inhibir la expresión del gen CYP51A de Fusarium oxysporum y comprende una secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la SEQ ID NO:8; y
(b) es capaz de inhibir la expresión del gen CYP51B de Fusarium oxysporum y comprende una secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la SEQ ID NO:9; y
(c) es capaz de inhibir la expresión del gen CYP51C de Fusarium oxysporum y comprende una secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la SEQ ID NO:10.
De acuerdo con un aspecto adicional de la invención, la molécula de ARNdc es capaz de inhibir la expresión de al menos un gen CYP51 de Fusarium vertlolllloides, y comprende (i) una secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la SEQ ID NO: 11, (ii) una secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la SEQ ID NO:12, (iii) una secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la SEQ ID NO: 13, y (iv) secuencias antisentido que son sustancialmente complementarias a dichas secuencias sentido (i), (ii) y (iii); en la que la disposición de las secuencias en la molécula de ARNdc permite la hibridación de cada secuencia sentido con su secuencia antisentido sustancialmente complementaria. De acuerdo con realizaciones particulares de dicho aspecto de la invención, la molécula de ARNdc:
(a) es capaz de inhibir la expresión del gen CYP51A de Fusarium verticillioides y comprende una secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la SEQ ID NO:11; y
(b) es capaz de inhibir la expresión del gen CYP51B de Fusarium verticillioides y comprende una secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la SEQ ID NO:12; y
(c) es capaz de inhibir la expresión del gen CYP51C de Fusarium verticillioides y comprende una secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la SEQ ID NO:13.
La molécula de ARNdc de la invención es capaz de inhibir la expresión del gen CYP51A, del gen CYP51B y del gen CYP51C de especies fitopatógenas de Fusarium; y dicha molécula de ARNdc comprende
(i) una secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la secuencia codificante de dicho gen CYP51A;
(ii) una secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la secuencia codificante de dicho gen CYP51B;
(iii) una secuencia sentido que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la secuencia codificante de dicho gen CYP51C; y
(iv) secuencias antisentido que son sustancialmente complementarias las secuencias sentido (i), (ii) y (iii);
en la que la disposición de las secuencias en la molécula de ARNdc permite la hibridación de cada secuencia sentido con su secuencia antisentido sustancialmente complementaria.
En realizaciones en las que la especie fitopatógena de Fusarium es Fusarium graminearum, la secuencia codificante
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de los genes CYP51 pueden ser las secuencias establecidas en la SEQ ID NO:1 (CYP51A), SEQ ID NO:2 (CYP51B) y SEQ ID NO:3 (CYP51C).
En realizaciones en las que la especie fitopatógena de Fusarium es Fusarium oxysporum, la secuencia codificante de los genes CYP51 pueden ser las secuencias establecidas en la SEQ ID NO:8 (CYP51A), SEQ ID NO:9 (CYP51B) y SEQ ID NO:10 (CYP51C).
En realizaciones en las que la especie fitopatógena de Fusarium es Fusarium verticillioides, la secuencia codificante de los genes CYP51 pueden ser las secuencias establecidas en la SEQ ID NO:11 (CYP51A), SEQ ID NO:12 (CYP51B) y SEQ ID NO:13 (CYP51C).
De acuerdo con una realización particular adicional de la invención, la molécula de ARNdc de la invención es capaz de inhibir la expresión del gen CYP51A, del gen CYP51B y del gen CYP51C de Fusarium graminearum, y dicha molécula de ARNdc comprende
una secuencia sentido (i) que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la SEQ ID NO: 4, una secuencia sentido (ii) que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la SEQ ID NO: 5, una secuencia sentido (iii) que tiene un alto grado de identidad con al menos parte de la SEQ ID NO: 6, y secuencias antisentido (iv) que son sustancialmente complementarias a las secuencias sentido (i), (ii) y (iii);
en la que la disposición de las secuencias en la molécula de ARNdc permite la hibridación de cada secuencia sentido con su secuencia antisentido sustancialmente complementaria.
La expresión "al menos parte de" la SEQ ID NO:4, la SEQ ID NO:5 o la SEQ ID NO:6 se refiere a al menos 20 nucleótidos contiguos, por ejemplo, al menos 25, al menos 50, al menos 100, al menos 150 y preferentemente al menos 200 nucleótidos contiguos de la SEQ ID NO:4, la SEQ ID NO: 5 o la SEQ ID NO: 6. De acuerdo con una realización particularmente preferida de la invención, el alto grado de identidad de las secuencias sentido (i), (ii) y (iii) pertenece a la longitud completa de la SEQ ID NO:4, la SEQ ID NO: 5 y la SEQ ID NO: 6, respectivamente.
Debido a la homología de secuencia de los genes CYP51A, CYP51B y CYP51C de las especies de Fusarium, se pueden diseñar moléculas de ARNdc, en las que las secuencias sentido tengan un alto grado de identidad con al menos pare de las secuencias codificantes de los genes CYP51A, los genes CYP51B y los genes CYP51C, respectivamente, de más de una especie fitopatógena de Fusarium. Por ejemplo, las secuencias sentido de ARNdc pueden tener un alto grado de identidad con al menos pare de la secuencia codificante de los genes CYP51A, los genes CYP51B y los genes CYP51C, respectivamente, de dos o más especies de Fusarium seleccionadas de F. graminearum, F. oxysporum y F. verticillioides.
Las secuencias sentido y antisentido se disponen en la molécula de ARNdc en una manera que permite la hibridación de cada secuencia sentido con su secuencia antisentido sustancialmente complementaria, formando de este modo regiones de ARN de cadena doble.
De acuerdo con una realización preferida, cada secuencia sentido se localiza en una cadena diferente de ARN de la molécula de ARNdc que su secuencia antisentido sustancialmente complementaria. De ese modo, las secuencias sentido y antisentido se pueden localizar en dos o más de dos cadenas separadas de la molécula de ARNdc. Tras la hibridación de las secuencias sustancialmente complementarias, las cadenas se pueden unir mediante emparejamiento de bases para formar una o más de una región de ARN de cadena doble. Las secuencias sentido pueden estar en cadenas separadas de la molécula de ARNdc. De acuerdo con una realización particular, las secuencias sentido y antisentido sustancialmente complementarias de la molécula de ARNdc de la invención se localizan en dos cadenas sustancialmente complementarias de la molécula de ARNdc.
Como alternativa, las secuencias sentido y antisentido sustancialmente complementarias de la molécula de ARNdc de la invención se localizan en una única cadena de la molécula de ARNdc. Las secuencias sustancialmente complementarias se disponen en la cadena simple de ARN de tal manera que tras su hibridación, la cadena se enrolla sobre sí misma mediante emparejamiento de bases para formar una o más de una estructura de horquilla. Una estructura de horquilla consiste en un tallo de cadena doble formado mediante la hibridación de un primer segmento de polinucleótidos con un segundo segmento de polinucleótidos, y un bucle monocatenario que une los dos segmentos.
Las secuencias sentido y antisentido hibridadas de la molécula de ARNdc de la invención pueden estar comprendidas en una región contigua de ARN de cadena doble. De acuerdo con una realización preferida, la molécula de ARNdc de la invención comprende una región de ARN de cadena doble que consiste esencialmente (es decir, en al menos el 80 %, al menos el 90 % o el 100 %) en las secuencias sentido y antisentido, lo más preferentemente consiste en una secuencia sentido (i), una secuencia sentido (ii) y una secuencia sentido (iii), cada una de ellas hibridada con una secuencia antisentido sustancialmente complementaria.
El orden de las regiones de ARN de cadena doble que comprende las secuencias sentido (i), (ii) y (iii) no está particularmente restringido. Por ejemplo, el ARN de cadena doble formado mediante la secuencia sentido (i) y su secuencia antisentido está flanqueado en un lado por el ARN de cadena doble formado por la secuencia sentido (ii) y
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su secuencia antisentido y en el otro lado por el ARN de cadena doble formado por la secuencia sentido (iii) y su secuencia antisentido.
Las moléculas de ARNdc de la presente invención son capaces de inhibir la expresión de los genes CYP51 del fitopatógeno fúngico o de oomiceto. La inhibición de la expresión del gen CYP51 mediante moléculas de ARNdc de la presente invención llega a ser detectable a nivel de ARNm, a nivel del polipéptido o ambos. Por ejemplo, el cambio a nivel de ARNm de un gen CYP51 se puede evaluar mediante una PcR cuantitativa en tiempo real (qRT- PCR) o análisis por transferencia de Northern.
Las moléculas de ARNdc de la presente invención son eficaces en la inhibición de la expresión del(los) gen(es) CYP51 del fitopatógeno fúngico o de oomiceto. La generación de moléculas de ARNdc de la invención en una planta inoculada con el fitopatógeno fúngico o de oomiceto puede dar como resultado niveles de ARNm del(los) gen(es) CYP51 que son al menos el 50 %, al menos el 60%, al menos el 70 % o, preferentemente, al menos el 75 % más bajos en comparación con los de una planta de control que no genera moléculas de ARN de la invención. Por ejemplo, tal cambio en los niveles de ARNm de CYP51 fúngico o de oomiceto (por ejemplo, niveles de ARNm de CYP51A, CYP51B y CYP51C de Fg) se puede determinar en hojas de Arabidopsis thaliana inoculadas tres días antes con el hongo u oomiceto (por ejemplo macroconidia Fg) del que proviene(n) el(los) gen(es) CYP51 que definen las secuencias sentido de la molécula de ARNdc. Por ejemplo, tal cambio en los niveles de ARNm de CYP51 fúngico o de oomiceto (por ejemplo, niveles de CYP51A, CYP51B y CYP51C Fg) se pueden determinar como alternativa en hojas de cebada inoculadas 7 días antes con el hongo u oomiceto (por ejemplo, macroconidia Fg) del que proviene(n) el(los) gen(es) CYP51 que definen las secuencias sentido de la molécula de ARNdc.
Las moléculas de ARNdc de la invención son útiles para controlar fitopatógenos fúngicos o de oomiceto, por ejemplo, fitopatógenos como los listados en la Tabla 1. En particular, las moléculas de ARNdc de la invención son adecuadas para el control de hongos del género Fusarium. De acuerdo con un aspecto preferido de la invención, el hongo fitopatógeno a controlar se selecciona de Fusarium graminearum, Fusarium oxysporum y Fusarium verticillioides.
Una molécula de ARNdc de la invención puede ser capaz de inhibir la expresión de dos o más fitopatógenos fúngicos y/o de oomicetos y, por consiguiente, pueden ser útiles para controlar dichas dos o más especies diferentes de fitopatógenos.
El control de un hongo u oomiceto fitopatógeno se refiere a medidas de prevención de la infestación de una planta por dicho patógeno así como medidas para combatir o curar la infestación de una planta por el patógeno. La infestación de una planta con un fitopatógeno fúngico o de oomiceto puede llegar a ser visible como una enfermedad de la planta. Por consiguiente, los usos y los procedimientos de la presente invención para el control de un hongo u oomiceto fitopatógeno son usos y procedimientos para la prevención y/o el tratamiento de enfermedades de la planta causadas por el hongo u oomiceto fitopatógeno, por ejemplo, los listados en la Tabla 1.
La presente divulgación también proporciona ARNmc antisentido que comprende las secuencias antisentido pero no las secuencia sentido de la molécula de ARNdc de la presente invención descrita en el presente documento. Tal ARNmc antisentido es capaz de inhibir la expresión de gen(es) CYP51 del fitopatógeno fúngico o de oomiceto y es útil para el control de dicho patógeno de forma comparable con las moléculas de ARNdc de la invención.
Para controlar un hongo u oomiceto fitopatógeno, se pueden aplicar las moléculas de ARNdc de la invención a una planta infestada por o en riesgo de ser infectada por el fitopatógeno y/o las proximidades de dicha planta. La molécula de ARNdc de la invención se aplica ventajosamente en la forma de una composición. Por consiguiente, la presente invención proporciona una composición para controlar un hongo u oomiceto fitopatógeno que comprende la molécula de ARNdc de la invención y un vehículo fitocompatible.
Los vehículos fitocompatibles pueden ser líquidos, sólidos o mezclas de los mismos, por ejemplo, seleccionadas de agua, alcoholes (por ejemplo, disolventes orgánicos de butanol), glicoles, ácidos grasos, aceites minerales y vegetales, derivados de aceites minerales y vegetales, minerales naturales (por ejemplo, caolines, arcillas, talco, creta) y minerales sintéticos (por ejemplo, sílice finamente dividida, silicatos), ceras, fertilizantes sólidos, derivados de celulosa (por ejemplo, metilcelulosa), y mezclas de los mismos. El vehículo se elige ventajosamente para ser compatible con la aplicación de la composición a la planta a proteger o a curar, o a las proximidades de la misma. Por ejemplo, en composiciones líquidas, el vehículo puede incluir al menos un tensioactivo (es decir, un compuesto que modifica la tensión superficial) para modificar de manera positiva la dispersión, la suspensión o la precipitación de los ingredientes y/o mejorar la humectación y la dispersión de la composición.
De acuerdo con una realización de la presente invención, la composición comprende moléculas de ARNdc de la invención aisladas o purificadas. De acuerdo con realizaciones alternativas, la composición de la invención comprende células hospedadoras, por ejemplo, células bacterianas o de levadura, capaces de expresar moléculas de ARNdc de la invención, o un extracto de tales células.
La composición de la invención puede comprender agentes adicionales que incluyen
agentes de protección de ARN que reducen o evitan la degradación química y/o enzimática indeseada de las
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moléculas de ARNdc, por ejemplo, inhibidores de RNasa;
compuestos que potencian o promueven la absorción de ARNdc por el fitopatógeno, por ejemplo, compuestos que generalmente promueven la absorción de ARN en células tales como lipofectamina; y fitofármacos y/o compuestos que promueven el crecimiento de la planta, por ejemplo, seleccionados de fungicidas, herbicidas, insecticidas, nematicidas, acaricidas, molusquicidas y sustancias activas de feromonas.
Las composiciones de la invención que comprenden tales fitofármacos y/o agentes que promueven el crecimiento de la planta pueden ejercer un espectro amplio de actividad biológica. Son particularmente ventajosas las composiciones que comprenden moléculas de ARNdc de la invención y un vehículo fitocompatible junto con uno o más de un fungicida adicional.
Las composiciones de la invención también son adecuadas para el control de hongos nocivos en la protección de productos almacenados o cosechas en la protección de materiales. La expresión "protección de materiales" se debe de entender que denota la protección de materiales técnicos y no vivos, tales como adhesivos, pegamentos, madera, papel y cartón, materiales textiles, cuero, dispersiones de pintura, plástico, lubricantes de enfriamiento, fibra o telas, frente a la infestación y la destrucción por microorganismos nocivos, tales como hongos. En cuanto a la protección de madera y otros materiales, se presta una particular atención a los siguientes hongos nocivos: Ascomicetos tales como Ophiostoma spp., Ceratocystis spp., Aureobasidium pullulans, Sclerophoma spp., Chaetomium spp., Humicola spp., Petriella spp., Trichurus spp.; Basidiomicetos tales como Coniophora spp., Coriolus spp., Gloeophyllum spp., Lentinus spp., Pleurotus spp., Poria spp., Serpula spp. y Tyromyces spp., Deuteromicetos tales como Aspergillus spp., Cladosporium spp., Penicillium spp., Trichorma spp., Alternaria spp., Paecilomyces spp. y Zigomicetos tales como Mucor spp., y además de la protección de productos almacenados y de cultivos, los siguientes hongos de levadura son dignos de mención: Candida spp. y Saccharomyces cerevisae.
La forma de la composición de la invención se adapta ventajosamente al modo de aplicación deseado. Las formas adecuadas incluyen composiciones listas para usar as'í como concentrados. Por ejemplo, la composición de la invención puede tener la forma de un líquido pulverizable, un polvo espolvoreable, un concentrado emulsionable, gránulos (por ejemplo, gránulos recubiertos, encapsulados o impregnados), una pasta, un polvo dispersable en agua o soluble en agua para el tratamiento de semillas. Los procedimientos de preparación de tales composiciones se conocen en la materia.
La invención proporciona un kit que comprende moléculas de ARNdc de la invención, o una célula hospedadora capaz de expresar las moléculas de ARNdc de la invención, o los ingredientes de una composición de la invención, o una composición de la invención. Se puede suministrar el kit con instrucciones adecuadas para su uso.
La presente invención proporciona el uso de moléculas de ARNdc de la invención, o una célula hospedadora capaz de expresar moléculas de ARNdc de la invención, o una composición de la invención para controlar el hongo u oomiceto fitopatógeno.
La presente invención proporciona adicionalmente procedimientos para controlar el hongo u oomiceto fitopatógeno, en los que una planta infestada por o en riesgo de ser infestada por el hongo y/o las proximidades de dicha planta se ponen en contacto con la composición.
Los procedimientos de aplicación para poner en contacto una planta y/o las proximidades de la misma con una composición son conocidas en la materia. Los procedimientos de aplicación adecuados incluyen, pero sin limitación, pulverizar una composición líquida, espolvorear una composición de polvo, incorporar una composición de polvo o granular en el suelo, embadurnar una composición pastosa, y recubrir o aplicar una película a las semillas de la planta con la composición.
La dosis de moléculas de ARNdc de la presente invención aplicada en el procedimiento de la presente invención es típicamente de 0,0001 a 10.000 g/ha, preferentemente de 0,0001 a 1.000 g/ha y más preferentemente de 0,001 a 300 g/ha para el tratamiento foliar; de 0,0001 a 200 g de composición por 100 kg de semilla, preferentemente de 0,001 a 150 g por 100 kg de semilla; y de 0,0001 a 10.000 g/ha y preferentemente de 0,0001 a 5.000 g/ha para el tratamiento del suelo.
Las moléculas de ARNdc de la invención se pueden preparar mediante procedimientos conocidos en la materia tales como síntesis química clásica, mediante procedimientos de transcripción in vitro, o mediante expresión heteróloga en, por ejemplo, microorganismos (bacterias, levaduras), cultivos celulares o plantas. Por consiguiente, la transcripción puede estar mediada por una ARN polimerasa endógena de la célula hospedadora in vivo, o por una ARN polimerasa clonada para la transcripción in vivo o in vitro. Las moléculas de ARNdc de la invención pueden ser ARNdc purificado o aislado. Por ejemplo, el ARN puede purificarse a partir de una mezcla por extracción con un disolvente o resina, precipitación, electroforesis, cromatografía o una combinación de los mismos. Como alternativa, el ARNdc puede usarse con ninguna o solo con un mínimo de purificación para evitar pérdidas debido al procesamiento de la muestra. El ARN puede secarse para su almacenamiento o disolverse en una solución acuosa. La solución puede contener tampones o sales para promover el alineamiento y/o la estabilización de las regiones de ARN de cadena doble.
En el procedimiento de la presente invención para controlar un hongo u oomiceto fitopatógeno mediante la aplicación
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de una composición de la invención, la planta infestada por o en riesgo de ser infestada por el fitopatógeno y/o las proximidades de dicha planta se ponen ventajosamente en contacto con una cantidad eficaz de la composición. Una "cantidad eficaz" de una composición de la invención es una cantidad que comprende una cantidad de moléculas de ARNdc de la invención que es suficiente como para controlar el hongo. Tal cantidad eficaz puede variar en función del fitopatógeno a controlar, de la planta a proteger (especie, variedad, etapa de desarrollo), de las condiciones climáticas y de los componentes adicionales de la composición. La cantidad eficaz de la composición de la invención se puede determinar mediante ensayos de campo sistemáticos que son habituales y están dentro de las capacidades de un experto en la materia.
La presente invención también proporciona medios y procedimientos para controlar un hongo u oomiceto fitopatógeno generando las moléculas de ARNdc de la invención o ARNmc antisentido que comprende las secuencias antisentido pero no las secuencias sentido de la molécula de ARNdc de la invención en una planta a proteger del hongo. Por consiguiente, la presente invención proporciona un procedimiento para preparar una planta transgénica que es tolerante a un hongo u oomiceto fitopatógeno mediante la introducción en una planta de un molde transgénico de al menos las secuencias antisentido (iv) de la molécula de ARNdc de la invención.
Una planta a proteger de o a ser tratada contra la infestación con un fitopatógeno de acuerdo con la invención, por ejemplo, una planta transgénica de acuerdo con la presente invención, puede ser una planta monocotiledónea o dicotiledónea.
Los ejemplos de plantas monocotiledóneas son plantas que pertenecen a los géneros Avena (avena), Triticum (trigo), Secale (centeno), Hordeum (cebada), Oryza (arroz), Panicum, Pennisetum, Setaria, Sorghum y Zea (maíz).
Los ejemplos de plantas dicotiledóneas incluyen algodón, plantas leguminosas, en particular, alfalfa y soja, colza, tomate, remolacha azucarera, patata, plantas ornamentales y árboles. Las plantas útiles adicionales incluyen frutos (en particular, manzanas, peras, cerezas, uvas, cítricos, piña y plátanos), calabaza, pepino, vid, palmeras oleaginosas, arbusto del té, árboles del cacao y arbusto del café, tabaco, sisal, así como, con plantas medicinales, rauwolfia y digitalis.
La planta transgénica o no transgénica usada en los procedimientos de control del fitopatógeno de la presente invención en el presente documento se selecciona preferentemente de cebada, maíz, trigo, soja, avena, centeno, arroz, mijo, remolacha azucarera, colza, tomate, patata, algodón y tabaco; más preferentemente se selecciona de plantas de cebada, maíz, trigo, soja, avena, centeno y arroz; y lo más preferentemente se selecciona de plantas de cebada, de maíz y de trigo.
La presente invención proporciona una secuencia de ADN o una multitud de secuencias de ADN que proporcionan un molde transcripcional de al menos las secuencias antisentido (iv) de la molécula de ARN de la invención. De acuerdo con una realización preferida, la(s) secuencia(s) de ADN de la invención proporcionan un molde transcripcional de la molécula de ARNdc de la invención, es decir, que incluye las secuencias antisentido así como las secuencias sentido descritas en el presente documento. Como alternativa, la planta transgénica de la invención comprende un molde transcripcional de solo las secuencias antisentido, es decir, un molde transcripcional del ARNmc antisentido de la invención.
La(s) secuencia(s) de ADN de la invención pueden comprender adicionalmente al menos un promotor. El promotor comprendido por la(s) secuencia(s) de ADN de la invención está unido de manera operativa al molde transcripcional para permitir la generación de la molécula de ARNmc antisentido o de ARNdc de la presente invención mediante transcripción. Preferentemente, dicho promotor es un promotor que es funcional en una célula vegetal para permitir la generación de la molécula de ARNmc antisentido o ARNdc de la presente invención por una planta. El promotor se puede seleccionar a partir de promotores constitutivos y promotores regulados.
Los ejemplos no limitantes de promotores constitutivos incluyen el promotor 35S y el promotor 19S del virus del mosaico de la coliflor (CaMV35S y CaMV19S; documento Us 6255560), un promotor de ubiquitina tal como el promotor de ubiquitina-10 (UBQ10) de Arabidopsis (documentos EP 1210446, EP 342926) un promotor de opina (documento EP 729514), y un promotor activo tal como el promotor de actina 1 (Act-1) de arroz.
Los promotores regulados incluyen promotores inducibles, promotores específicos de tejidos y promotores específicos del desarrollo. Los ejemplos no limitantes de promotores inducibles regulados químicamente incluyen el promotor del gen de alcohol deshidrogenasa I (alcA) (documento EP 637339); sistemas de promotores sensibles a tetraciclina, por ejemplo, sistemas de promotores que incluyen una proteína represora de tetraciclina (TetR), una secuencia operadora de tetraciclina y una proteína de fusión transactivadora de tetraciclina, que es la fusión de TetR y una secuencia de activación de proteína 16 de virus herpes simple (VP16) (documentos US 6242667 y US 6252136); promotores sensibles a esteroides, por ejemplo, promotores basados en receptores de ecdisona, receptor de estrógeno humano o receptor de glucocorticoide de rata (documentos EP 1232273, EP 1242604, US 6379945, EP 1112360); promotores regulados por metales, por ejemplo, derivados de la metalotioneína; y promotores derivados de proteínas relacionadas con la patogénesis, por ejemplo, de Arabidopsis o de maíz (documentos US 5689044 y EP 1056862). Los ejemplos no limitantes de los promotores inducibles físicamente regulados incluyen promotores inducidos por choque de frío y de calor (documentos EP 159884, EP 787194) así como promotores
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inducibles por luz (documento EP 310619) y promotores represores de luz (documentos US 5639952 y EP 1077257). Los ejemplos no limitantes de promotores específicos de tejidos incluyen los promotores específicos de la raíz (documento EP 1248850), promotores del fruto (documentos EP 316441, eP 968292, EP 973922), y promotores de semilla (documentos eP 255378, EP 781849, US 6642437, EP 1019517). Los promotores regulados particularmente adecuados para la presente invención son los promotores inducidos por la presencia de un hongo u oomiceto fitopatógeno, pero no mediante organismos útiles tales como la micorriza; y promotores que son activos en el sitio de entrada del hongo u oomiceto fitopatógeno, tal como los promotores específicos de la epidermis. Se pueden usar promotores inducibles para generar de manera transitoria el ARNmc o la molécula de ARNdc de la invención, por ejemplo, en momentos cuando hay un riesgo agudo o elevado de infestación por fitopatógenos fúngicos o de oomicetos.
La presente invención proporciona un polinucleótido aislado que tiene o que comprende la(s) secuencia(s) de ADN de la presente invención, o una multitud de polinucleótidos aislados que tienen o que comprenden las secuencias de ADN de la presente invención. Dichos polinucleótidos aislados pueden ser vectores de transformación útiles para introducir secuencias de ADN en una planta. Tales vectores de transformación en plantas incluyen plásmidos (por ejemplo, plásmidos Ti, plásmidos Ri, plásmidos de la serie pUC o de la serie M13mp, pBR322), vectores víricos (por ejemplo, derivados del virus X de la patata, del virus del cascabeleo del tabaco, del virus Gemini) y otros vectores conocidos en la materia de la ingeniería genética. Los vectores de transformación en plantas pueden comprender secuencias de ADN que facilitan la transformación y/o la selección de plantas, tales como secuencias que codifican los marcadores de selección en plantas (por ejemplo, el gen bar) y secuencias de T-ADN.
La presente invención proporciona procedimientos para preparar una planta transgénica que comprende la introducción de la(s) secuencia(s) de ADN de la invención en la planta. La(s) secuencia(s) de ADN se puede(n) introducir en la forma de polinucleótido(s) aislado(s) de la invención (por ejemplo, en la forma de vectores de transformación en plantas). Están disponibles una serie de procedimientos bien conocidos para introducir polinucleótidos en una célula vegetal. Los procedimientos adecuados de transformación en plantas incluyen, pero sin limitación, la transformación en plantas por medio de T-ADN y la transformación de plantas Agrobacterium tumefaciens o Agrobacterium rhizogenes (documento EP 0116718) usando vectores víricos e infección vírica (documentos EP 0067553, US 4407956, WO 9534668, WO 9303161), la transformación en plantas por medio de polen (documento EP 0270356), la fusión de protoplastos, la absorción de ADN inducida por polietilenglicol, la transformación mediada por liposoma (documento US 4536475), la introducción biolística de ADN (Fromm y col., Bio/Technology 8(9):833-9, 1990), la electroporación, la microinyección y la incubación de embriones de planta secos en solución que comprende ADN.
Una planta transgénica de la presente invención es una planta, en la que al menos una célula de la planta contiene una secuencia de ADN o multitud de secuencias de ADN que proporcionan un molde transcripcional de al menos la(s) secuencia(s) antisentido de la molécula de ARNdc de la invención (es decir, un molde transcripcional para el ARNmc antisentido o la molécula de ARNdc de la invención). Preferentemente, dicha(s) secuencia(s) de ADN de la invención se integra(n) de manera estable en un cromosoma o en un elemento extracromosómico estable de la planta transgénica, de manera que la(s) secuencia(s) de ADN se pueda(n) pasar a la progenie de la planta transgénica. La tolerancia a hongos y/u oomicetos fitopatógenos conferida por la(s) secuencia(s) de ADN de la invención pueden ser heredadas, por lo tanto, por la progenie de la planta transgénica. La planta transgénica de la presente invención es preferentemente un cultivo cereal, por ejemplo, una planta de cebada, capaz de generar ARNmc antisentido o moléculas de ARNdc para controlar uno o más de un fitopatógeno, en particular, seleccionado de hongos fitopatógenos del género Fusarium, por ejemplo, F. graminearum.
Además de la transformación directa de una planta con secuencia(s) de ADN recombinante de la invención, se pueden preparar plantas transgénicas autopolinizando plantas que tienen dicha(s) secuencia(s) de ADN, o cruzando una primera planta que tiene dicha(s) secuencia(s) de ADN recombinante con una segunda planta que carece de tal secuencia de ADN recombinante. La semilla resultante se puede usar para cultivar una progenie de plantas que incluyen líneas de plantas que comprenden la(s) secuencia(s) de ADN de la presente invención. Por ejemplo, la(s) secuencia(s) de ADN de la invención se puede(n) introducir en una primera línea de plantas que es modificable para la transformación para producir una planta transgénica que se puede cruzar con una segunda línea de plantas para introducir dicha(s) secuencia(s) de ADN en la segunda línea de plantas. Puede ser ventajoso expresar secuencias de ADN de la invención en una planta estéril masculina, por ejemplo, como un medio para reducir la preocupación sobre el flujo de transgenes a las plantas adyacentes. En la práctica, la presente invención se puede combinar con otros rasgos antipatógenos en una planta.
De acuerdo con una realización preferida, la planta transgénica de la invención es capaz de genera ARNmc antisentido o la molécula de ARNdc de la invención. Dicho ARNmc antisentido y la molécula de ARNdc de la invención son capaces de inhibir la expresión del(los) gen(es) CYP51 del fitopatógeno fúngico o de oomiceto, preferentemente, los genes CYP51A, CYP51B y CYP51C de un hongo fitopatógeno del género Fusarium. Los niveles de ARNm de dicho(s) gen(es) CYP51 en una planta transgénica de la invención inoculada con el fitopatógeno pueden ser al menos el 50 %, al menos el 60%, al menos el 70 % o, preferentemente, al menos el 75 % más bajos en comparación con los de una planta de control que no genera ARNmc antisentido o moléculas de ARNdc de la invención. Tal cambio en los niveles de ARNm del(los) gen(es) CYP51 se puede determinar, por ejemplo, en hojas de planta inoculadas tres días antes con el fitopatógeno (por ejemplo, macroconidia de Fusarium).
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La planta de control es una planta que es sensible al fitopatógeno, y se cultiva e inocula con el fitopatógeno como la planta transgénica con la que se compara. La planta de control puede ser una planta que difiere de la planta transgénica de la invención en que carece de un molde transcripcional del ARNmc antisentido o la molécula de ARNdc de la invención. Por ejemplo, como planta de control, se puede usar una planta transgénica que comprende un vector vacío o un gen marcador pero no secuencia(s) de ADN de la invención o una planta no transgénica (es decir, tipo silvestre). Ventajosamente, los perfiles de expresión de la planta transgénica de la invención y la correspondiente planta de control difieren solo en la generación del ARNmc antisentido o de las moléculas de ARNdc de la invención, o la ausencia de las mismas.
La presente invención también proporciona procedimientos para controlar el hongo u oomiceto fitopatógeno, en los que los procedimientos comprenden el cultivo de una planta transgénica de la invención para permitir la generación del ARNmc antisentido o la molécula de ARNdc de la invención por la planta (es decir, la generación de ARN que comprende al menos la(s) secuencia(s) antisentido de las moléculas de ARNdc de la invención). La generación de ARNmc antisentido o moléculas de ARNdc de la invención mediante la planta transgénica puede conferir tolerancia al hongo u oomiceto fitopatógeno. En una planta transgénica tolerante a fitopatógenos de la presente invención, la gravedad y/o la frecuencia de la infestación con el fitopatógeno se puede reducir al menos el 5 %, al menos el 20 %, al menos el 50 %, al menos el 60 %, preferentemente al menos el 75 %, al menos el 80 %, al menos el 90 %, al menos el 95 % o el 100 % en comparación con una correspondiente planta de control. Como alternativa, la tolerancia a los patógenos de una planta transgénica de la presente invención se puede describir en referencia a un índice de susceptibilidad relativa que compara la susceptibilidad de la planta transgénica a dicho patógeno con la susceptibilidad de una planta control a dicho patógeno, estableciéndose la última al 100 %. El índice de susceptibilidad relativa de plantas transgénicas de la presente invención puede ser menos del 95 %, menos de 80, menos de un 50 %, menos de un 40 %, preferentemente menos de un 35 %, menos de un 20 % o menos de un 10 %.
La tolerancia de una planta a las infestaciones fúngicas o de oomicetos se puede ensayar mediante inoculación experimental con una dosis de fitopatógeno del hongo u oomiceto (por ejemplo, poniendo en contacto la planta o parte de la misma con una suspensión de conidias fúngicas). La infestación fúngica o de oomicetos se puede evaluar, por ejemplo, comparando el grado de infestación fúngica o de oomicetos en la planta transgénica con el grado de infestación fúngica o de oomicetos en una correspondiente planta de control. Los parámetros cuantificables incluyen, pero sin limitación, el número relativo de plantas infestadas, el número total de plantas infestadas en un tamaño de parcela dado; el número promedio de síntomas de enfermedad; el tamaño relativo del área de la hoja que presenta decoloración inducida por el hongo, necrosis o crecimiento fúngico; el número promedio de granos y/o el peso por planta; o el rendimiento por área cultivada. Por ejemplo, tras un tiempo dado (tal como 3 o 7 días después) la inoculación con el fitopatógeno, el área de la hoja infestada de una planta transgénica de la invención puede ser al menos el 50 %, al menos el 60 %, al menos el 70 %, preferentemente al menos el 75 %, al menos el 80 o al menos el 90 % más pequeña que el área de la hoja infestada de una correspondiente planta de control que no genera ARNmc antisentido o moléculas de ARNdc de la invención.
Los procedimientos de control de un fitopatógeno descrito en el presente documento usando una composición y/o una planta transgénica de la invención son útiles para aumentar el rendimiento y/o la calidad de las plantas. Las ventajas particulares de estos procedimientos de la invención incluyen:
• El ARNmc antisentido o las moléculas de ARNdc de la invención son altamente selectivas para el hongo fitopatógeno a controlar. De ese modo, los organismos benevolentes tales como las micorrizas o las abejas no se ven afectados.
• Los seres humanos y los animales que consumen alimentos producidos a partir de una planta transgénica de la invención, o de plantas tratadas con moléculas de ARNdc de la invención no están afectados por el ARNmc antisentido o las moléculas de ARNdc de la invención que son altamente selectivas y, siendo ARN biodegradable, no persiste ni se acumula en el ambiente.
• El ARNmc antisentido o las moléculas de ARNdc de la invención se pueden expresar en o transportar hacia partes de la planta que son difíciles de alcanzar con tratamiento químico, proporcionando de este modo una protección comprehensiva de la planta.
• La actividad antifúngica de las plantas transgénicas de la presente invención no recae en la expresión de nuevas proteínas en la planta, lo que podría suponer un riesgo alergénico.
• Las plantas transgénicas de la presente invención pueden tener una elevada homología proteómica o incluso una identidad proteómica total con el parental correspondiente, por ejemplo, plantas de tipo silvestre.
Ejemplos
Tabla 2: Listado de cebadores útiles para estudios de PCR y de qPCR
- N.°
- Nombre del cebador Secuencia del cebador Aplicación SEQ ID NO
- 1
- CYP51A_F CGGTCCATTGACAATCCCCGT Clonación de CYP51A 32
- CYP51A_R
- G CAG CAAACTCG G CAG TGAG Clonación de CYP51A 33
(continuación)
- N.°
- Nombre del cebador Secuencia del cebador Aplicación SEQ ID NO
- 2
- CYP51B(Aatll)_F G ACGT CCAG CAAGTTT GACG AG TC Clonación de CYP51B, Síntesis de ARNdc 34
- CYP518(Ncol)_R
- CCATGGAGAGTTCATAAGGTGC TTCA Clonación de CYP51B 35
- 3
- CYP51 C(Bcul)_F ACTAGTATTGGAAGCACCGTAC AAT Clonación de CYP51C 36
- CYP51C(Sacl)_R
- GAG CTCCATT G GAG CAGTCAT A AACAA Clonación de CYP51C, Síntesis de ARNdc 37
- 4
- CYP51 B(Hindlll)_ F AAGCTTCAGCAAGTTTGACGAG TC Transformación de la planta 38
- CYP51 C(Xma!) _R
- CCCGGGCATTGGAGCAGTCATA Transformación de la planta 39
- AACAA
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- T7_F T AAT ACGACT CACT AT AGG CAGC AAGTTT GACG AGT C Síntesis de ARNdc 40
- T7_R
- T AAT ACGACT CACT AT AGGCA TTGGAGCAGTCATAAACAA Síntesis de ARNdc 41
- 6
- CYP51A4_F CCTTTGGTGCCGGTAGACAT RT-PCR en tiempo real 42
- CYP51A4_R
- CCCATCGAATAAACGCAGGC RT-PCR en tiempo real 43
- 7
- QCYP51 B_F T CT ACACCGTT CT CACT ACTCC RT-PCR en tiempo real 44
- QCYP51 B_R
- GCTTCTCTTGAAGTAATCGC RT-PCR en tiempo real 45
- 8
- CYP51C2_F CGAGTCCCTGGCACTGAATG RT-PCR en tiempo real 46
- CYP51C2_R
- GCTCATCACCCCAAAACCGT RT-PCR en tiempo real 47
- 9
- qpcrBtubulin_F ATCTCGAGCCCGGTACCATGG RT-PCR en tiempo real 48
- qpcrBtubuHn_R
- CTCGGTGTAATGACCCTTGGCC RT-PCR en tiempo real 49
A) Procedimientos usados en los ejemplos
i) Construcción de moldes de CYP51A, CYP51B y CYP51C y síntesis de ARNdc
Las anotaciones de genes para Fg esterol 14 alfa-desmetilasas (CYP51) se obtuvieron de la base de datos del 5 Broad Institute (
http://www.broadinstitute.org). Se diseñaron cebadores para generar amplicones de PCR de 200-300 pb de longitud que se corresponden con exones de genes seleccionados: 294 pb de CYP51A (SEQ ID NO:4), 220 pb de CYP51B (SEQ ID NO:5), y 238 pb de CYP51C (SEQ ID NO:6). El ADN genómico del molde se extrajo de Fg usando el minikit de plantas DNeasy (Qiagen). Los tres amplicones se apilaron en el vector de clonación pGEM-T Easy cloning (Promega) (Fig. 5). El clon apilado (CYP51B-CYP51A-CYP51C) se usó como molde para la síntesis de 10 ARNdc (CYP3RNA; SEQ ID nO:7) usando los cebadores cyp51B (AatII)_F y cyp51C (Sacl)_R (Tabla 2). La síntesis de ARNdc para estudios in vitro se realizó usando el kit de transcripción BLOCK-iT RNAi TOPO (Invitrogen) así como el kit de transcripción de alto rendimiento MEGAscript® Kit (Ambion). Siguiendo los protocolos de MEGAscript®, los pares de cebadores T7_F y T7_R con la secuencia del promotor T7 en el extremo 5' de ambos cebadores directo e inverso se diseñaron para la amplificación de ARNdc (Tabla 2).
http://www.broadinstitute.org). Se diseñaron cebadores para generar amplicones de PCR de 200-300 pb de longitud que se corresponden con exones de genes seleccionados: 294 pb de CYP51A (SEQ ID NO:4), 220 pb de CYP51B (SEQ ID NO:5), y 238 pb de CYP51C (SEQ ID NO:6). El ADN genómico del molde se extrajo de Fg usando el minikit de plantas DNeasy (Qiagen). Los tres amplicones se apilaron en el vector de clonación pGEM-T Easy cloning (Promega) (Fig. 5). El clon apilado (CYP51B-CYP51A-CYP51C) se usó como molde para la síntesis de 10 ARNdc (CYP3RNA; SEQ ID nO:7) usando los cebadores cyp51B (AatII)_F y cyp51C (Sacl)_R (Tabla 2). La síntesis de ARNdc para estudios in vitro se realizó usando el kit de transcripción BLOCK-iT RNAi TOPO (Invitrogen) así como el kit de transcripción de alto rendimiento MEGAscript® Kit (Ambion). Siguiendo los protocolos de MEGAscript®, los pares de cebadores T7_F y T7_R con la secuencia del promotor T7 en el extremo 5' de ambos cebadores directo e inverso se diseñaron para la amplificación de ARNdc (Tabla 2).
15 ii) Preparación de macroconidias fúngicas y tratamiento de silenciamiento de ARN in vitro
Tanto la cepa Fg de tipo silvestre (wt, del inglés wildtype) como la cepa de Fg que expresa GFP, WT-GFP (Jansen y col., Proc Natl Acad Sci EE.UU. 46:16892-16897. 2005) se cultivaron de forma habitual en medio nutritivo SnA sintético (Nirenberg, Can. J. Bot. 59:1599-1609. 1996). Las placas se incubaron a temperatura ambiente en iluminación constante de un tubo de UV cercano (Phillips TLD 36 W/08) y un tubo de luz blanca (Phillips TLD 36 20 W/830HF). Se recolectaron las conidias de cultivos de 1 semana con una varilla de vidrio estéril y agua estéril. Las
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macroconidias se filtraron a través de 4 capas de miracloth estéril, se recolectaron y se lavaron tres veces con agua destilada estéril y finalmente se diluyeron a 100 macroconidias en un volumen de 100 jl de medio SNA líquido, y se colocaron en una placa de microtítulo de 96 pocillos. Se añadieron 1,5 jg de ARNdc (600 ng/jl) suspendidos en 2,5 jl de 50x de tampón de alineamiento a muestras fúngicas y se añadió el mismo volumen de 50x de tampón de alineamiento a la muestra de control. Las placas se incubaron a temperatura ambiente. Tras la incubación durante 72 h, se realizaron estudios microscópicos con un microscopio invertido (Leica DM IL). Cada experimento se hizo por triplicado. En paralelo, se llevaron a cabo experimentos con tebuconazol (Sigma Aldrich). Se suspendieron cinco mg de tebuconazol en 1 ml de etanol absoluto para obtener una solución madre de 5 mg/ml. La muestra de control incluía la adición del mismo volumen de disolvente (agua estéril y alcohol) sin tebuconazol.
iii) Generación de plantas Arabidopsis transgénicas
La construcción de ARNdc CYP3RNAse amplificó mediante los cebadores específicos del gen CYP51B-HindIII_F y CYP51C-XmaI_R (Tabla 2) y se clonaron en le vector binario p7U10-RNAi (servicio de clonación de ADN) que contiene el gen del marcador seleccionable bar bajo el control del promotor de Ubiquitina-10 (UBQ10) de Arabidopsis y el promotor constitutivo CaMV35s (Fig. 5b). La construcción del plásmido resultante p7U10-CYP3RNA (Fig. 7) se introdujo en la cepa de Agrobacterium tumefaciens AGL1 (Lazo y col., Biotechnology (NY). 9:963-7. 1991) mediante electroporación. La transformación de la planta y la regeneración se realizó tal como se describe (Bechtold y col., C. R. Acad. Sci. París, Life Sciences 316:1194-1199. 1993), y se seleccionaron los transformantes mediante Basta (7 mg/l, Duchefa Biochemies).
iv) Selección molecular de los transformantes de Arabidopsis
El ADN genómico de las hojas jóvenes de 5 semanas de edad de líneas de A. thaliana transgénicas (T1) y no transgénicas se extrajo usando el procedimiento CTAB (Chen y col., Plant Mol Biol Rep 17:53-57. 1999). La integración de CYP3RNA en el genoma de Arabidopsis se confirmó mediante PCR usando los cebadores específicos del gen CYP51B-HindIII_F y CYP51 C-Xmal_R (Tabla 2).
Para la detección de ARNip, se extrajo el total de ARN de las líneas de Arabidopsis usando el reactivo TRIzol (Invitrogen) siguiendo el protocolo del fabricante. Se separó un total de 15 jg de ARN en un gen de poliacrilamida al 16 %-urea 7 M y se transfirió a una membrana de nylon Hybond (Amersham, Reino Unido) usando un material absorbente semiseco (BioRad) a corriente constante (250 mA) durante 3 horas. El ARN se reticuló por UV a la membrana a 1200 x 100 jjulios de energía (UV Stratalinker). La membrana se prehibridó durante 45 minutos a 42 °C en 20 ml de PerfectHyb-Puffer (Sigma). El amplicón completo de PCR de CYP3RNA de 791 pb se usó como molde para marcar de manera aleatoria (marcado aleatorio de ADN del cebador con Kit, NEB), se añadió al tampón de hibridación y se hibridó toda la noche a 42 °C. La membrana se lavó dos veces a temperatura ambiente con 5x de SSC + SDS al 0,01 %. La membrana se expuso en pantallas de autorradiografía (phosphorimaging) y se detectaron las señales usando un generador de imágenes molecular y el programa Quantity One (BioRad). Se usó una carga paralela de marcador de ARN de rango bajo (Fermentas) como marcador de tamaño.
v) Ensayo de infección de la planta Arabidopsis
Para el ensayo de infección de la hoja, se ajustó la concentración de conidias de Fg en el inóculo a 5 x104 conidias por ml. Para cada una de las plantas de la línea transgénica (T2) y de control (vector vacío y de tipo silvestre Col-0) se arrancaron veinte hojas en roseta de 15 plantas diferentes de 5 semanas de edad y se transfirieron a placas petri cuadradas que contienen agar al 2 % en agua. La inoculación se llevó a cabo tal como se describe por Koch y col., J Phytopathology 160(10):606-610. 2012. Para evaluar la progresión de los síntomas de la enfermedad, se midió el tamaño de la lesión (en cm) mediante 3 ppp de las imágenes digitales usando el programa informático gratuito Image J (
http://rsb.info.nih.gov/ij/index.html). Se calculó el porcentaje de área de la hoja que presente síntomas de infestación en relación con la hoja no inoculada. Se recogieron las hojas infestadas a 3 ppp, se transfirieron en tubos de 2 ml que contenían 1 ml de solución de azul de tripano (10 g de fenol, 10 ml de glicerol, 10 ml de ácido láctico, 10 mg de azul de tripano, disueltos en 10 ml de agua destilada), seguido por un hervido durante 3 minutos. Las hojas se destiñeron después en 1 ml de solución de hidrato de cloral (2,5 g de hidrato de cloral disueltos en 1 ml de agua destilada) durante toda la noche, y se analizaron con un microscopio de luz (Zeiss Axioplan 2 Imaging). Se analizó la Fg marcada con GFP usando un microscopio confocal (Leica TCS SP2).
http://rsb.info.nih.gov/ij/index.html). Se calculó el porcentaje de área de la hoja que presente síntomas de infestación en relación con la hoja no inoculada. Se recogieron las hojas infestadas a 3 ppp, se transfirieron en tubos de 2 ml que contenían 1 ml de solución de azul de tripano (10 g de fenol, 10 ml de glicerol, 10 ml de ácido láctico, 10 mg de azul de tripano, disueltos en 10 ml de agua destilada), seguido por un hervido durante 3 minutos. Las hojas se destiñeron después en 1 ml de solución de hidrato de cloral (2,5 g de hidrato de cloral disueltos en 1 ml de agua destilada) durante toda la noche, y se analizaron con un microscopio de luz (Zeiss Axioplan 2 Imaging). Se analizó la Fg marcada con GFP usando un microscopio confocal (Leica TCS SP2).
vi) Análisis del tránscrito fúngico
Para evaluar el silenciamiento de los genes CYP51 en Fg, se realizó un análisis de la expresión de ARNm usando una RT-PCR cuantitativa en tiempo real (qRT-PCR). Para el ensayo in vitro, se cultivaron 1,2 x 10 5 conidias de Fg en 2 ml de medio líquido SNA. Se añadieron 162 jg de ARNdc suspendidos en 200 jl agua sin nucleasa (810 ng/jl). Las muestras se cultivaron a temperatura ambiente mientras se agitaban (72 horas). Para el ensayo in vivo, las hojas de Arabidopsis arrancadas se inocularon con macroconidias de Fg y se recolectaron 3 días tras la inoculación (dti). La extracción de ARN de la muestra fúngica in vitro así como de las hojas enfermas se realizó con TRIzol® (Invitrogen, Alemania), siguiendo las instrucciones del fabricante. El ARNm recién extraído se usó para la síntesis de ADNc usando el kit de transcripción inversa QuantiTect® (QIAGEN, Alemania). Se almacenó ADNc a -20 °C. Para la qRT-PCR, se usaron 50 ng de ADNc como molde en el sistema de PCR en tiempo real 7500 FAST de Applied
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Biosystems. Las amplificaciones se realizaron en 7,5 |jl de SYBER green JumpStart Taq ReadyMix (Sigma-Aldrich, Alemania) con 0,5 pmol de oligonucleótidos. Cada muestra tuvo tres repeticiones. Los cebadores se usaron para estudiar la expresión de los genes diana CYP51 con referencia al gen de la beta tubulina (Tabla 2). Tras una etapa de activación inicial a 95 °C durante 5 minutos, se realizaron 40 ciclos (95 °C durante 30 segundos, 53 °C durante 30 segundos, 72 °C durante 30 segundos). Los valores de Ct se determinaron con el programa informático 7500 Fast suministrado con el instrumento. Los niveles de transcripción de genes CYP51 se determinaron mediante el procedimiento 2"ññCt (Livak y col., Methods 25:402-408. 2001) normalizando la cantidad de tránscrito diana a la cantidad de beta tubulina.
vii) Pulverización de ARNdc y ensayo de infección de la hoja
Se arrancaron hojas de plantas de cebada de la variedad de cultivo Golden Promise de tipo silvestre de 2-3 semanas de vida y se transfirieron a placas de Petri cuadradas que contienen agar al 1 %. Las hojas se pulverizaron después con ARNdc. El ARNdc se generó usando el kit de ARNi MEGAscript® (Invitrogen). Siguiendo los protocolos de MEGAscript®, los pares de cebadores T7_F y T7_R con la secuencia del promotor T7 en el extremo 5' de ambos cebadores directo e inverso se diseñaron para la amplificación de ARNdc (véase la Tabla 2). Para la aplicación por pulverización, se diluyó el ARNdc en 500 jl de Tween 20 al 0,02 % (v/v) hasta una concentración final de 20 ng/jl. La pulverización de las hojas se llevó a cabo usando un matraz de pulverización (capacidad de 10 ml). Cada placa que contenía seis hojas arrancadas se pulverizó de manera uniforme con ARNdc de CYP3RNA, solo tampón TE o ARNdc-GFP, respectivamente, rociándolas 3-4 veces. A continuación, las placas se dejaron en reposo abiertas hasta que se secó la superficie de cada hoja (lo que llevó aproximadamente 2 horas) y después se recubrieron con tapas. 48 horas después de la pulverización las hojas se trataron con una suspensión de conidias de Fg en Tween 20 al 0,02 % a una concentración de 2 x 10 4 conidias por ml aplicando una gota de 20 jl de suspensión a cada una de las partes superior, media e inferior de la hoja. De nuevo, las placas se recubrieron con tapas y se incubaron durante 6 días a temperatura ambiente. Para evaluar la gravedad de la infección, se evaluó el crecimiento fúngico midiendo la cantidad relativa de expresión del gen fúngico usando la qPCR. A tal fin, se eliminaron las gotas de cada hoja usando un papel de filtro, las hojas se recolectaron en tubos de 15 ml y se almacenaron a -80 °C hasta que se extrajo el ADN.
viii) Extracción de ADN y análisis de PCR para la cuantificación fúngica
Para evaluar la inhibición del crecimiento fúngico se midió la cantidad relativa del ADN genómico fúngico usando una PCR cuantitativa (qPCR). El ADN se extrajo usando el procedimiento CTAB (Chen y col., Plant Mol Biol Rep 17:53- 57. 1999). Para la qPCR, se usaron 50 ng de ADN como molde en el sistema de PCR en tiempo real 7500 FAST de Applied Biosystems. Las amplificaciones se realizaron en 7,5 jl de SYBER green JumpStart Taq ReadyMix (Sigma- Aldrich) con 0,5 pmol de oligonucleótidos. Cada muestra tuvo tres repeticiones. Se usaron los cebadores para determinar la cantidad de ADN genómico de beta tubulina fúngica con referencia al ADN genómico de ubiquitina de la cebada. Tras una activación inicial de la etapa a 95 °C durante 5 minutos, se realizaron 40 ciclos (95 °C durante 30 segundos, 57 °C durante 30 segundos, 72 °C durante 30 segundos). Los valores de Ct se determinaron con el programa informático 7500 Fast suministrado con el instrumento. Los niveles de transcripción del gen de beta tubulina se determinaron mediante el procedimiento 2'ññCt (Livak y col., Methods 25:402-408. 2001) normalizando la cantidad de ADN fúngico de beta tubulina a la cantidad de ADN de la planta de ubiquitina.
B) Ejemplos
Ejemplo 1: Inhibición del crecimiento fúngico y silenciamiento de genes Fg CYP51 mediante aplicación directa de ARNdc
Se generó un ARNdc de 791 pb (CYP3RNA) complementario con los tres genes fúngicos CYP51 (Fig. 5). El análisis microscópico de las macroconidias de Fg tratadas con CYP3RNA reveló un hinchamiento de las puntas de las hifas en 48 tras el tratamiento (htt, datos no mostrados). En 72 htt, los cambios morfológicos se habían vuelto más pronunciados, particularmente en las puntas de las hifas, (Fig. 1a,ii). En comparación, no se detectó tal hinchamiento en el control tratado por simulación (Fig. 1 a,i). Dado que las proteínas CYP51 son la diana de los fungicidas de azol, también se controló el fenotipo de las macroconidias de Fg tratadas con tebuconazol. Las macroconidias de Fg tratadas con tebuconazol (5 mg/l) presentaron un fenotipo comparable con el generado mediante el tratamiento de CYP3RNA (Fig. 1 a,iii).
El fenotipo similar de Fg tratado con CYP3RNA y tebuconazol indicó que el ARNdc silenció la expresión de uno o más genes CYP51. Esto se confirmó mediante la cuantificación de los niveles de transcripción para CYP51A, CYP51B, y CYP51C en macroconidias de Fg de control y tratadas con ARNdc a 72 htt usando una qPCR con beta tubulina como el gen de referencia. Los tránscritos para los tres genes se redujeron significativamente en macroconidias de Fg tratadas con CYP3RNA en comparación con los controles de simulación (Fig. 1b).
El crecimiento fúngico (determinado basándose en las densidades ópticas de cultivos de Fg a 600 nm a 0 htt y 72 htt) se inhibió fuertemente mediante CYP3RNA en una forma dependiente de la dosis (Fig. 2).
La capacidad de CYP3RNA para reducir el crecimiento de Fg y silenciar los genes CYP51 en macroconidias de Fg indica que el hongo puede tomar hasta un ARNdc de 791 pb sin un soporte de administración adicional, tal como
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polietilenglicol, cloruro de calcio, lipofectamina o electroporación.
Ejemplo 2: La expresión de CYP3RNA in planta confiere resistencia a Fg
Las plantas Col-0 de Arabidopsis thaliana se transformaron bien con p7U10-CYP3RNA, que contiene dos promotores 35S invertidos que dirigen la producción constitutiva de copias sentido y antisentido de CYP3RNA, o un control de vector vacío (vv) (Figs. 7 y 8). La resistencia a Fg se evaluó mediante la inoculación de hojas arrancadas de plantas Arabidopsis T2 de 5 semanas de vida (que expresan CYP3RNA) y las respectivas plantas control Col-0 vv de Arabidopsis con 5 x 104 macroconidias deFg por ml (véase el procedimiento v) anteriormente).
A los 3 días tras la inoculación (dti), tanto el Col-0 de tipo silvestre (ts) como la línea de control de vv presentaron lesiones empapadas en agua con lesiones cloróticas o necróticas; estos son síntomas típicos de una infestación de Fg (Fig. 3a, i-ii). En marcado contraste, cuatro líneas T2 de Arabidopsis independientes que contienen la construcción de silenciamiento de CYP3RNA (L1, L8, L10, L11) no presentaron síntomas de la enfermedad y sus hojas eran indistinguibles de las de los controles inoculados con un simulacro (Fig. 3a, iii, iv). El porcentaje de área infestada de la hoja en las cuatro líneas transgénicas fue del 0,9 %, mientras que el de los controles de vv fueron del 77 % (Fig. 3b). Las líneas que expresan CYP3RNA permanecieron sin síntomas de enfermedad a 5 dti, a diferencia de las plantas vv Col-0 que presentaron síntomas sustanciales en ese momento (Fig. 3c). Las hifas fúngicas se deben a la germinación y al crecimiento de los hongos en el agar inoculado, no sobre la hoja (Fig 3b,ii). Además, el crecimiento fúngico fue más lento y el pigmento de la colonia fue amarillo o pardusco en placas con líneas que expresan CYP3RNA en lugar del típico rosa en placas de control (datos no mostrados).
El crecimiento fúngico se caracterizó mediante análisis microscópico de las hojas arrancadas teñidas con azul de tripano para visualizar las hifas fúngicas tal como se describe anteriormente. Sobre las hojas del control de vv Col-0, las macroconidias fúngicas germinaron y desarrollaron micelios en 3 dti (datos no mostrados). El crecimiento de hifas profusas se vio fuera y dentro de la hoja, y no se restringió al sitio de inoculación. El desarrollo exitoso del hongo se indicó adicionalmente mediante la formación de esporodoquia suelta formada por conidióforos ramificados. En marcado contraste, la formación de micelios fúngicos en hojas que expresan CYP3RNA se redujo fuertemente (a cerca del 100 %) y se limitó exclusivamente al área herida que rodea de los sitios de infección; no se detectó colonización fúngica en el tejido foliar de alrededor. El crecimiento del hongo y los sitios de la herida formaron rápidamente un gran número de esporodoquia, que es indicativo de que el hongo se está desemparejando por el estrés.
Los resultados del ensayo de las hojas arrancadas se confirmaron mediante microscopia confocal de hojas intactas del control vv Col-0 y de plantas que expresan CYP3RNA inoculadas con macroconidias de una cepa de Fg que expresa la proteína verde fluorescente (GFP). Tal como se evidencia mediante la fluorescencia GFP, las hojas vv Col-0 de control colonizadas de manera eficaz por Fg, desarrollan micelios en 3 dti. En comparación, el crecimiento fúngico en hojas que expresan CYP3RNA se restringió al sitio de inoculación, en donde se observó una esporulación inducida por estrés.
Sorprendentemente, el nivel de resistencia alcanzado direccionando los tres genes parálogos CYP51 de Fg para inducir HIGS fue sustancialmente mayor que el observado en los estudios de HIGS publicados anteriormente.
Ejemplo 3: La resistencia a Fg en las líneas que expresan CYP3RNA se debe a HIGS de los genes CYP51
Para evaluar si el HIGS de los genes CYP51 fue responsable de la resistencia a Fg en las líneas que expresan CYP3RNA, a 3 dti (véase procedimiento (vi) anteriormente) se realizó un análisis de RT-PCR cuantitativa del ARN total de las hojas inoculadas con Fg de plantas que expresan CYP3RNA y plantas control con vv. Los niveles relativos de transcripción de Fg CYP51A, Fg CYP51B y Fg CYP51C se redujeron en promedio al 92 %, 89 % y 77 %, respectivamente, en muestras de líneas que expresan CYP3RNA (L1, L8, L10 y L11), en comparación con la línea de control con vv (Figs. 5-7).
Se analizó adicionalmente si esta reducción en los tránscritos de Fg CYP51 estaba asociada con la producción de los correspondientes ARNip. En análisis por transferencia de Northern que usa CYP3RNA como la sonda, se detectaron los ARNip que se corresponden con las secuencias diana de CYP51 tanto en hojas infestadas con Fg como en hojas no infestadas de plantas que expresan CYP3RNA (Fig. 8). Por el contrario, estos ARNip no se observaron en las hojas de plantas de ts o control con vv. Tomados en conjunto, estos resultados sugieren que la expresión de CYP3RNA silencia de manera eficaz los tres genes Fg CYP51, posiblemente dirigiendo la maquinaria de silenciamiento de la planta hospedadora para producir los correspondientes ARNip.
Ejemplo 4: Resistencia a Fg en hojas de cebada que expresan CYP3RNA
La cebada se transformó con p7i-Ubi-CYP3RNAi (Fig. 9). Se generó p7i-Ubi-CYP3RNA análogo a p7U10-CYP3RNAi sustituyendo el fragmento de GUS en p7i-Ubi-RNAi2 (Fig. 8) por un fragmento CYP51ABC (CYP51A-CYP51B- CYP51C) usando enzimas de restricción HindIII/Xmal. El vector binario p7i-Ubi-CYP3RNAi contiene dos promotores 35S que dirigen la producción constitutiva de copias sentido y antisentido de CYP51ABC. Para preparar las plantas de control, se transformó la cebada con el vector vacío (vv) (Fig. 8). Las plantas de cebada transgénicas que expresan CYP51ABC se identificaron mediante RT-PCR usando cebadores específicos del gen. Para cada línea
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transgénica (L2 a L9, L15 y L42) y las plantas de control (vector vacío y tipo silvestre var. Golden Promise) se arrancaron dos hojas de plantas de cebada de 2 semanas de edad y se transfirieron a placas de petri cuadradas que contienen agar al 2 % en agua. Cada hoja se inoculó en tres puntos diferentes (superior, medio, inferior) con gotas de 20 |jl de una suspensión que comprende 5x 10 4 macroconidias de Fg por ml. Después de 7 días, se tomaron imágenes de las hojas (véase la Fig. 10) y se determinaron los niveles relativos de los tránscritos de CYP51A, CYP51B y CYP51C análogo al procedimiento (vi) anterior (véase la Fig. 11). Las hojas de las líneas transgénicas (L2-L9, L14, L42) difirieron de manera significativa de las hojas de los controles (vv, GP) en relación con los síntomas de una infestación fúngica. Cuatro de las 10 líneas transgénicas (L2, L7, L9, L42) no presentaron síntomas de infestación fúngica (resistencia al 100 %). Las seis líneas restantes (L3-L6, L8 y L14) solo presentaron síntomas débiles y localmente restringidos. Por el contrario, las líneas de control presentaron una decoloración y un blanqueo significativo de las hojas inoculadas con Fg (véase Fig.10).
Ejemplo 5: Reducción del crecimiento de Fg tras la aplicación de ARNdc en hojas
Se generó un ARNdc de 791 pb (CYP3RNA) complementario con los tres genes fúngicos CYP51 (Fig. 5) y se aplicó a las hojas de cebada arrancadas y montadas sobre placas de agar. Como controles negativos, solo se aplicó tampón o una molécula de ARNdc no relacionada (ARNdc-GFP, que no tiene homología con genes fúngicos). 48 horas después de pulverizar las hojas de cebada con ARNdc CYP3RNA o los controles negativos, se infectaron las hojas con macroconidias de Fg. 6 días después de la inoculación (es decir, 8 días tras la pulverización), se observó una inhibición significativa del crecimiento fúngico con hojas tratadas con CYP3RNA ("ARNdc") en comparación con las hojas de control (que se pulverizaron solo con tampón ("control") o ARNdc-GFP ("GFP"), Fig. 12A). Estos hallazgos fueron consistentes con los resultados de la qPCR, en los que se descubrió que la cantidad relativa de ADN fúngico en hojas infectadas tratadas con CYP3RNA es significativamente menor que en hojas de control infectadas (Fig. 12C). Ni el tampón TE ni el ARNdc-GFP no relacionado tuvieron un efecto inhibidor sobre el crecimiento fúngico.
Ejemplo 6: Reducción del crecimiento de Fg tras la aplicación de ARN en áreas distales de la hoja
La parte superior de las hojas se pulverizó con ARNdc (CYP3RNA) o una muestra de control (solo tampón ("control") o ARNdc-GFP ("GFP")), mientras que las zonas media e inferior se recubrieron. Después de 2 días, la parte inferior de las hojas se sometió a inoculación fúngica. Se determinó la gravedad de la infección 6 días tras la inoculación midiendo la cantidad relativa del ADN fúngico. La inhibición del crecimiento fúngico en comparación con las hojas tratadas con control se observó no solo en la zona superior de la hoja tratada con CYP3RNA, sino también en el área inferior de la hoja de la misma hoja (Figs. 12B y 12D). Estos hallazgos indican que el ARNdc de CYP3RNA se toma por y se transporta en la hoja para proporcionar una protección sistémica de la infestación fúngica.
LISTADO DE SECUENCIAS
<110> BASF SE
<120> ARNi para el control de hongos y oomicetos fitopatógenos mediante la inhibición de la expresión de genes CYP51
<130> 75207/JAB <160> 49
<170> PatentIn versión 3.5
<210> 1 <211>1524 <212> ADN
<213> Fusarium graminearum <400> 1
atgttccatc
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tggttccctt
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<210>2 <211> 1581 <212> ADN
<213> Fusarium graminearum
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<210>3 <211> 1554 <212> ADN
5 <213> Fusarium graminearum
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<210>7 <211> 785 <212> ADN
<213> secuencia artificial <220>
<223> combina secuencias parciales de CYP51B-CYP51A-CYP51C de Fusarium graminearum <400> 7
cagcaagttt gacgagtccc tggccgctct ctaccacgac ctcgatatgg gcttcacccc 60
catcaacttc atgcttcact gggcccctct cccctggaac cgtaagcgcg accacgccca 120
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gccaagatct acatggacac tatcaaggag catgacatga tgaagcacct tatgaactct ccattgacaa tccccgtctt tggtagcgat atggaacaaa agaagtttgt caagtttggc cagttaatcg agcgagaggt tcttgactac actagcacca tcgatgtccc caaggcaatg tctttgcagg gtgaggaagt tcggagaaaa ggaagcaccg tacaatatgg catcgacccg tacggcgact gctttacctt tattctcctt aagggcaatg actttatcct caacggcaaa gggaaactta ccacgcccgt gtttggtgag
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- attgtcccaa 300
- cttacgcaaa
- aagcactcga 360
- gtcgaaactg
- atccatcctt 420
- gctgagataa
- caatctttac 480
- ctcactgccg
- agtttgctgc 540
- tacgcttttt
- tcttcgactg 600
- ggcaaatcaa
- cgactgtctt 660
- cacgccgatc
- tcaacgccga 720
- gaggttgttt
- atgactgctc 780
- 785
<213> Fusarium oxysporum <400>8
atgttctcac tcctatacta ccctctatgg ctcaacgtct tataccagaa gctccctcga tggcttccat tcgttgggaa tgctgttgct aagtgtcgag aaaagcacgg cgatgtcttc gcctgtcttg gtgttgacgg caatgacttt gccgaagaaa tctacagtcc attgacaacg tgtcccaact cgaagctcat ggagcaaaag gctctcgagt cccatgtcca gttgatcgag ccttcattct ctggaaagtc tggcacagtt atcttcactg ctgctcgctc tctgcagggc tttgcagctc tgtatcatga ccttgaccta tggctacctt tgcctcataa ccgacgtcga tacatggaca tcattaacgg acgaagaaga atgatcgcca acctgatgaa ttgcgagtac atcgcgcaca tgatgatcac ccttctcatg tcatggatca tactacatct ggcttcatcc
caactcatta acttgagtgc tgatggtgtt
aagcttcccc ttcttcagaa tgtcgtcaaa
tccattctgc gaaaggttaa gagacctatg
acagacaagg ttctcctcgc ttcaccaact
gacgcccaga gatggaatcc tcatcggtgg
gacgatgtca ttgactacgg ctacggcgct
ccctttggcg ctggtcggca tcgctgcatc
gttatcgtcg cgactttggt gcgcaacttc
attccagcaa ctgactacac ttctctcttc
tgggagcgca ggagggctta a
<210>9 <211>1584 <212> ADN
5 <213> Fusarium oxysporum
- gcctttgctt
- cctgcctagt tatcatcact 60
- aatgccaacg
- aacctccgtt agtgttccac 120
- tatggactcg
- acccttatgg tttctttgtg 180
- acctttatcc
- tcttcggtcg aaaaatcgtt 240
- gttctcaaca
- gtcgaattca ggacgccaac 300
- cctgtctttg
- gtagtgatgt cgtatacgat 360
- aagtttgtca
- agtttggcct tacacaaaag 420
- cgagaggttc
- tggagtacat ccaagctgta 480
- gatgtatcca
- aggcaatggc tgagataacc 540
- gaagaagttc
- gacggaagct tacagctgag 600
- ggcttcactc
- ctgtaaactt cctgttcccc 660
- gatgctgctc
- atgcaaagat gagagagatc 720
- ggcgtagggg
- acttggagaa aggaactgac 780
- aaaaacgggc
- agccgattcc ggacaaagag 840
- gctggacaac
- actcttcgtc atctgctagt 900
- actgacattg
- ctgaggaact ctaccaagag 960
- ctccctcccc
- ttcagtacac cgacctcgac 1020
- gaaacactcc
- gtgttcattc ttccattcac 1080
- caagcacctg
- gatcacctta caccatcacc 1140
- gttacagcgt
- tgagtgaaga acacttcacg 1200
- gataacaaac
- cccaggagga ggccgtgacg 1260
- gtttctaaag
- gaacgaagag cccatactta 1320
- ggggagaagt
- ttgcttatgt caacttgggc 1380
- agactgtcga
- ctcttgatgg caagcctggt 1440
- tcaaggccag
- cccaacctgc atacataaac 1500
- 1521
atgggtctcc tccaagaact tgcgagccac ctgggccagc agattggaat tggcttcgga gtgctcaacc agctactctt caagaaccgc cctttcgttg gaagcactat cacatacgga cgcgccaagc atggtgatgt tttcaccttt gttggcccca ctggaaacga cttcatcctc gagatttaca ctgttctcac tactcctgtc aatgccaaac tcatggagca gaagaagttc cgatcatacg tgcctattat ctccgccgag ttcaagggca agtccggtat tgtcgatatt actgcttcgc atgcccttca gggcagcgtc gctctctacc acgatctcga catgggtttc cctctcccct ggaaccgcaa gcgtgaccac gacaccatta aggagcgacg cgctaaggac catctcatga actctactta caagaacggc atgatgattg ctctcctcat ggctggccag atgctccgtc tcgctcagta ccctcacatc gaactcggtg ctgatttgcc tcccctgact
caggccatta tcaaggagac tctccgcctt
gtcaagtctc ccatgcctgt ccctggaacc
ctcgccgccc ccggtgtcag cgctactgac
gatcctcacc gatgggaggt cgactctccc
gacgaagaga agatcgacta tggctacggc
ctgccctttg gtgctggtcg tcaccgatgc
cagacaattg ttgctgaggt tgtgcgtgag
actctaatcg acaccgacta cgcctcgctt
cactgggaga gacgccagca gtag
<210> 10 <211> 1149 <212>ADN
5 <213> Fusarium oxysporum
- ccgctcgcac
- aacaatatca ggagctcccc 60
- gcattcataa
- ttctctctgt cgttctgaat 120
- aatgaacctc
- ccctagtctt ccactggttc 180
- atggaccccc
- ctaagttctt caaggagaac 240
- gtcctccttg
- gaaagaaaac cactgtcgct 300
- aacggaaagc
- tcaaggatgt ctctgccgag 360
- tttggcaagg
- atgtcgtgta cgattgccct 420
- atgaaaatcg
- ccctcacgac cgaagccttc 480
- gttcgcgatt
- acttcaagaa gagccctgat 540
- cccaagaaaa
- tggccgagat cactatcttc 600
- attcgtaaca
- agtttgacga gtctctggcc 660
- actcccatca
- acttcatgct tcactgggct 720
- gcccagcgca
- ctgttgccaa gatctatatg 780
- aacgatgaca
- ccgagcacga tatgatgaag 840
- acccctgtcc
- ctgatcatga ggtcgcccac 900
- cactcttctt
- cttctaccag ctcttggatc 960
- atggaggagc
- tgtaccaaga gcaggtcaga 1020
- tacgacaacc
- ttgccaagct gcccctcaac 1080
- cacgccccta
- tccactctat catgcgcgcc 1140
- aagtacacca
- tcccgacctc gcacactctt 1200
- tcggcctact
- tccccaaccc cgatgagtgg 1260
- aacttcccca
- gaatggctac ccgtggcgat 1320
- cttgtcagca
- agggttccgc ctctccttat 1380
- attggcgagc
- actttgccaa cgcccagctt 1440
- ttcaagttcc
- gcaatgtgga tggcggcaac 1500
- ttctcgcgac
- ccttggagcc cgccaacatt 1560
- 1584
5
atggatcaga agaggcttct caaacttggt ctcacaactg actcattgcg atgctacatc 60
cccaaattcg tcaaagaagt cgaagaatac atcgctactt caccctactt caaaggatca 120
actggcatcg tcaacatcac cgaagtaatg gccgagatca caatctacac cgcagcaggc 180
tccctcctcg gtaacgaagt ccgctccatg tttgacagca cattcgcaac cctgtaccgc 240
catctcgacg atggctttca acctatcaac ttcgtcatgc ctggtcttcc cctaccacaa 300
aacttccgtc gcgatcacgc acgaaaggtc atggaggaat tgttcagcga catcatccgc 360
aagcgtcgtg agattggaaa tcaaggcggt gagactgata tggtttggac gcttatgaat 420
gctaaataca aggatggtga ggacttgccg gatcatcatg cggcgaggat gttgattgct 480
attctgatgg gtgggcagca caacactgct gctagtggcg cctggctact tctcaatctt 540
gcgcataaac cgcatctcgt tcaagagttg tatgatgagc agcttgaggt tttgggatca 600
ccgcaagagc cgttgacgtg ggagaatttg cagaagttga cgctgaatgg acaggttatc 660
aaggagacct tgcgtcttca cagtccaatc cactctattc tccgacaggt caagtcacct 720
atgcgagttc ccggcacaga ctgggttgtt ccgccgtctc atacactcct cgcttctccc 780
ggtacacaag cacgatctga ggaattcttt cctagaccta tggaatggga tcctcatcgg 840
tgggataaaa ttgagtctct tgaggactcg aagggtaatg gggagacagt tgattatggc 900
ttcggcgtga tgaacaagtc tgtgagcagc ccatatctac cctttggcgc gggacggcat 960
cgctgtgttg gagagaacta cgcgtatgcc cagttgggcg ccatcattgc aacgtttgtg 1020
agactgcttc atattgaaca gcctgatccc aatgcacctc tacctgcgcc tgactattcg 1080
tcaatgtttt ctcggcctat gaacccagcc gtcatccgat ggactcgtcg taacacggag 1140
gccaattag 1149
<210> 11 <211> 1338 <212> ADN
<213> Fusarium verticiMioides <400> 11
5
tgtcttggtg
gaagaaatct
ccaaactcaa
cttgagtccc
tcattctctg
tttactgctg
gcagctctgt
ctacctctgc
atgggcatta
atcgccaact
gcacacatga
tggatcgtac
gtcatcaact
ctcccgcttc
attctgcgaa
gacaaggtta
gcccaaagat
gaagtcattg
tttggtgcgg
atcgtcgcga
ccagcaaccg
gaacgcagga
tgcacggcga tgtcttcacc ttgatggcaa tgactttgtt acgggccatt gacaacgcct agctcatgga gcaaaaaaag atgttcagtt gatcgaacga agaagtctgg cacagttgat cccgttctct gcaaggtgaa atcatgacct cgatctaggc ctcacaaccg acgtcgagac tcaatgaacg aagaagaggc tgatgagttg tgcctacaag tgatcactct tctcatggcc tgcatctggc ttcatcccct tgagtgctag cggcgctctc tccagaatgt tgtcaaagaa aggtcaagag acccatgcaa tcctcgcttc accaactgtt ggaatcctca tcggtgggat actacggcta cggtgctgtc gccggcatcg atgtatcgga cgttggtgcg taacttcaga acttcacttc tctcttctcg aggcttag
tttgtcctct tcggtcgaaa ctcaacagtc gaattcaaga gtctttggca gcgatgtcgt tttgtcaagt ttggtcttac gaggttttag agtacatcca gtatccaaag cgatggctga gaagttcgac ggaagcttac tttactccgg tcaacttcct gctgctcatt caaagatgag ggaggagact tggaaaaaag aacaggcagc ccattcctga ggacaacact cttcatcatc gatatcactg aggaactcta ccacccctgc agtactccga acactccgag ttcattcttc gcacctggcc caccttacac acagcgttga gtgaagaaca aataagcccc aggaggaggc tctaaaggaa caaaaagccc gagaagtatg cttatgtcaa ctgtcgactc ttgatggcaa agaccagccc aacctgccta
- gatcgttgcc
- 60
- cgccaacgcc
- 120
- atacgattgt
- 180
- ccaaaaggct
- 240
- agcagtacct
- 300
- gatcaccatc
- 360
- cgctgagttt
- 420
- gttcccctgg
- 480
- agagatctat
- 540
- aaccgatatg
- 600
- caaggagatc
- 660
- tgctagttca
- 720
- ccaagagcaa
- 780
- cctcgacaag
- 840
- tatccactct
- 900
- catcaccacc
- 960
- cttcccagac
- 1020
- cgtgacggac
- 1080
- atatttaccc
- 1140
- cttaggagtt
- 1200
- gcctggtgtt
- 1260
- catcaaatgg
- 1320
- 1338
<210> 12 <211> 1584 <212> ADN
<213> Fusarium verticiMioides
<400> 12
ctggcccagc
gtactcaacc
cccttcgttg
cgtgccaagc
gttggcccca
gagatttaca
aatgccaaac
cgatcatatg
ttcaagggca
actgcctcgc
gctctctacc
cctctgccct
gacaccatta
catctcatga
atgatgattg
atgctccgtc
gagctcggtg
caggccatta
gtcaagtctc
ctcgccgctc
gatcctcacc
gacgaagaga
ctgccctttg
cagacaattg
actctgatcg
cactgggaaa
- tccaagaact
- tgcgagccac
- aaattggaat
- tggctttgga
- agctactctt
- caagaaccgc
- gaagcactat
- cacatacgga
- atggtgatgt
- cttcaccttt
- ctggaaacga
- cttcatcctc
- ctgttctcac
- tactcctgtc
- tcatggagca
- gaagaagttc
- tgcctattat
- ctcctccgag
- agtccggtat
- tgtcgacatt
- atgccctcca
- aggcagcgtt
- acgatctcga
- catgggtttc
- ggaaccgcaa
- gcgcgatcac
- aggagcgacg
- cgctaaggac
- actctactta
- caagaacggc
- ctcttctcat
- ggctggccag
- tcgctcagta
- ccctcacatc
- ctgatttgcc
- tcccctgact
- tcaaggagac
- tctccgcctt
- ccatgcctgt
- tcctggaacc
- ctggtgtcag
- cgctaccgac
- gatgggaggc
- cgactctccc
- agatcgacta
- cggctacggt
- gtgctggtcg
- tcaccgatgc
- ttgctgaggt
- tgtgcgtgag
- acaccgacta
- cgcctcgctt
- gacgacagca
- gtag
ccgctcgcac aacaatatca gctttcgtag ttctctctgt aatgaaccac ccctggtctt atggaccccc ctaaattctt gtcctcctcg gaaagaaaac aacggaaagc tcaaggatgt ttcggcaagg atgtcgtgta atgaaaatcg ccctcacgac gttcgcgatt acttcaagaa cccaagaaaa tggccgagat atccgtaaca agtttgacga actcccatca actttatgct gcccagcgca ctgttgccaa aacgatgaca ccgagcacga acccctgtcc ctgatcacga cactcttctt cttctaccag atggaagagc tgtaccaaga tacgacgacc ttgccaagct cacgctccta ttcactccat aagtacacca tcccgacctc tcggcctact tccccaaccc aacttcccca gaatggctaa cttgtcagca agggttctgc attggcgagc actttgccaa ttcaagttcc gcaatgtgga ttctcacgac ccttggagcc
- ggagcttccc
- 60
- cgttctcaat
- 120
- ccactggttc
- 180
- cagggagaac
- 240
- cactgtcgct
- 300
- atctgccgag
- 360
- tgattgcccc
- 420
- cgaagccttc
- 480
- gagccccgat
- 540
- cactatcttc
- 600
- gtctctggcc
- 660
- tcactgggct
- 720
- gatctatatg
- 780
- tatgatgaag
- 840
- ggtcgcccac
- 900
- ctcttggatt
- 960
- gcaggttaga
- 1020
- gcccctcaac
- 1080
- catgcgcgcc
- 1140
- gcacactctt
- 1200
- cgatgagtgg
- 1260
- ccgtggcgat
- 1320
- ctctccttat
- 1380
- cgcccagctt
- 1440
- tggcggcaac
- 1500
- cgccaacatc
- 1560
- 1584
<210> 13 <211> 1146 <212> ADN
<213> Fusarium verticiMioides
5
cccaaattcg tcaaagaagt agaagactac atcgccacgt caccatactt caaaggtaac 120
accggaatcg tcaacatcac cgaagtaatg gccgagatca caatctacac tgcagcaggc 180
tccctcctcg gcaacgaagt ccgctccatg ttcgatagca cattcgcaac gctttaccga 240
catctcgacg atggtttcca gcccataaac ttcgtcatgc ctggtcttcc cttaccacag 300
aacttccgac gcgatcatgc gcgaaaggtc atggaagagc ttttcagcga tatcattcgc 360
aagcgtcgtg agatgggcaa tcaaggtgat gagactgata tggtttggac gcttatgaat 420
gctaaataca aggatggtga ggatctgccg aatcatcatg ccgcgaggat gttgattgct 480
attcttatgg gtggacagca taacactgct gcgagtggtg cttggctact tctcaacctt 540
gcgcataaac cgcatctggt caaggaattg tatgacgaac aagttgaggt tttgggatca 600
ccgcaggagc ccttgacgtg ggagaattta cagaaattga ccctcaatgg acaggtcatc 660
aaggaaactc tacgtcttca cagtccaatt cattctattc tccggcaggt caaatcacct 720
atgcgagttc ccggcacaga ctgggtagtt cctccatctc atacacttct cgcttcacct 780
ggtacacaag ctcgatctga ggaattcttc cctcggccta tggaatggga tcctcatcga 840
tgggataaga tcgagtctct tgatgatgcc aagaatgggg agacagtcga ttatgggttc 900
ggtatgatga gcaagtccgt cagcagcccg tatctgcctt ttggtgcagg gcgacatcgt 960
tgtgttgggg agaactacgc atatgcacag cttggtgcga ttattgcatc gtttgtgaga 1020
ttgcttcata ttgagcagcc tgatcctaag gcacctcttc ctgcgccaga ttattcttca 1080
atgttttctc ggcctatgaa cccagccgtc atccgatgga ctcgccgtaa cgcggagact 1140
ggttag 1146
<210> 14 <211> 1593 <212> ADN
<213> Blumeria graminis <400> 14
agcattgcgt tggctagtgg aattataagt ttattattac tattaacctt cttgaatgta 120
ttgaagcagc tactattcaa aaatccaaat gagccaccga tcgtgtttca ttggattcct 180
atcattggta gtacaatttc atatggaatg aatccctata aattctttca tgaatcccaa 240
gccaagtacg gaaatatttt cactttcata ttactgggta aaaagacgac agtatatcta 300
ggtcgacagg gaaacaattt tattcttaat ggaaaactga gggatgttaa tgctgaagaa 360
gtttattcag tcttaacgac tcctgtcttc gggactgatg tagtgtatga ctgtcctaat 420
tcaaaattaa tggaacaaaa gaagttcatg aaagcagccc ttacaactga ggccttccgc 480
tcttatgtac ctatcatcca aaatgaagtg gagagcttta taaataaatg cgacgatttt 540
cgaaaatcag aaggtatcat caatatcgct gccgtaatgg ctgaaattac gatatatacc 600
gcttcacaca ccctacaagg aaaagaggtt cgcgatagat ttgattcttc tttggcagtt 660
ttgtatcatg acctagatat gggctttacc ccaatcaatt tcatgcttca ctgggcacca 720
cttccgcaca atcgagctcg tgatcatgcc caacggacag tcgcaaaaat atacatggag 780
attatcaaca gccgtcggac gcagaaagaa actgataatt ccaatttaga tatcatgtgg 840
caattaatgc gctcttccta caaagatggc actcccgtac cggataaaga aattgcacat 900
atgatgatcg cgctcctgat ggctgggcaa cattcttcgt cctcgtccag cacatggatc 960
atgctgtggc ttgctgctcg accagatatc actgaagaac tctaccaaga acagctagaa 1020
atattgggat cagaattacc tcctgctaaa tatgaagatc tctcgaaact tactctgcat 1080
caaaatgtag tgaaagaggt cctccgtctg catgctccca tacattcgat cttacgaaaa 1140
gtaaagaatc caatgcccgt tccaggaact agttatgtaa tacctaagac caattctctc 1200
ttggcggccc ctgggtggac aagtcgagac gcctcatact tccctaatcc gcttacgtgg 1260
gacccacatc gttgggacac tggatctagt ggggtgatag gcacggatat ggaggatgaa 1320
aaattcgact atgggtatgg attaattagc acaggggcag caagccctta cttaccgttt 1380
ggggccggac ggcatcgctg cataggcgag cagtttgcaa cggtgcaatt agttacaatc 1440
atggccacca tggttcgcag tttcaagttt cacaaccttg acggaaggga gggcgttgcc 1500
gaaactgatt actcaagtat gttttctcgg ccaatggcac ctgccataat tgcatgggag 1560
aagagggaca aaaaggacaa aacggagtgt taa 1593
<210> 15 <211> 1581 <212> ADN
<213> Magnaporthe grísea <400> 15
atgggccttc tacaggacac caccggcccg ggggcgcagg ttggtgttgc cttcgtcagc gcgcagcaga tcttcttcaa gaacccccat gtcgtcggtt cgacggtcac gtatggaaag aagaagtacg gcaacatctt taccttcatt ggcaccgaag gcaacgagtt catcctcaac atctacggac ccatgaccac tcccgtgttc gccaagctga tggagcaaaa gaagtttatg tcttacgttc ctatcattgc cgacgaggtt aagggcccgt cgggcgtcgt caacatcccg
gcctcgcacg ccctccaggg taaggagatc
ttgtaccacg acctcgacat gggcttccac
ctcccccgca acatccgccg cgacaaggca
accatccagc gccgccgtgc gaagggtaag
cttatgaact cgacctacaa aaatggcacc
atgatcgctc tcctgatggc cggacagcac
ctccgcctcg ccagccgccc ggatattatg
ctgggtgccg acttgccccc tctccgctac
gccgtcatea aggagactct ccgcctccac
aagcaggacc tccccgttcc gggtaccaac
gccgcccccg gatactcggc cggtgacccc
ccgcaccgtt gggaggccga ctcgcgcctg
gatgaggagg agaagattga ttacggatac
tacttgccct ttggcgccgg tcgccaccgc
cttcagacca ttgtcgccat gattgtgcgc
ggcaaggtcg tcggcaccaa ctacgcctcg
atttactggg agaggcgcta a
<210> 16 <211> 1548 <212> ADN
5 <213> Magnaporthe grísea
- ctggtagatg
- ccttctacca gctgggcact 60
- ttcatcttcc
- tctcggtctt tttccacgta 120
- gagccgcccg
- tcgtcttcag ctggttcccc 180
- gacccgccac
- agttcttccg ggacatggcc 240
- ctcctcggaa
- agaagacaac cgtctacate 300
- ggcaagctgc
- gcgatgtcaa tgcagaggag 360
- ggcaaggacg
- tcgtctatga ctgccccaac 420
- aagatcgccc
- tcaccaccga ggccttccgt 480
- tcgagctacc
- tgaagcggac ccccgccttc 540
- cccaagatgg
- ccgagattac catcttcacc 600
- cgcgaccagt
- tcgacgagac cctggccgat 660
- ccggtcaact
- tcaagcttca ctggctaccc 720
- caaaagacca
- tcgccaagat ctacatggac 780
- gactccgagg
- ccaaggatat gatgtaccac 840
- cccgtccctg
- accacgagat cgcccacatg 900
- tcgtcgtcgt
- ccaccagctc ctggatcatg 960
- gaggaactgt
- accaggagca ggtccgcgcg 1020
- gaggacctcg
- ccaatctgcc tctccacctc 1080
- gctccgatca
- actccattct ccgcgccgtg 1140
- tacgtcatcg
- ccaaggacac caccgtcctc 1200
- aaccacttcc
- ctgagccgga actttgggag 1260
- gctccacgca
- tctcgatgag caacgacaac 1320
- ggcctcgtca
- gcaagggtac tacctctcct 1380
- tgcatcggtg
- aacacttcgc caacgtccag 1440
- gagttcaagt
- tccgcaacgt cgacggcagc 1500
- ctcttctcca
- ggcctgagga gcccgccaaa 1560
- 1581
ttcatcattg gctccataat actcaacttc atctggcagc aactgccccg tcccaaatcg 120
gaaccaccgc tggttttcca ctggttgccc ttcatcggca acgccgtctc ctacggcatg 180
gacccctacc gcttctactc tcaatgccgg gaaaagcacg gcgatgtctt tacgtttgtc 240
ttgttcggca ggcgcatgac cgtcttctta ggcgtccagg gcaacgactt catcctgaac 300
ggcaagctgc aggacctcaa tgctgaggag atatacagcc ctctcaccac accagttttc 360
ggaagtgata ttatctacga ctgccccaac tccaaactca tggagcaaaa gaagtttgtc 420
aagtttggcc tgacgcaaaa ggctctggat tcctacgtcc ccctgatcga gagggaggtc 480
ctcgactaca tagagtcctc acccgtcttc caagccggca accacggcat cgtagacatt 540
cccagcatga tggccgagat aaccattttc acagccagtc gtaccttgca aggccccgag 600
gtcaggaaga agctgactgg agaattcgca cgactctatc acgacttgga cctgggtttc 660
cgccccatca acttcctagc cccgtgggcg ccccttcccc agaaccgccg acgcgacgtt 720
gctcatgctc gaatgcgcga tgtttacatg gacctcatca acaaacgccg ccgacagaag 780
gacgatcaag aagaagaaga agaagcagag ccagacatga tccgccacct gatgggcagc 840
tgcgtgtaca aaaacggcca agccctcccc gacaaggaaa tcgcccacat gatgatcacg 900
cttctcatgg caggccagca ttcttcctcc tcttcgagcg cgtggatcat gctccgcctc 960
gcgtcgcggc ccgacatcgc cgaggaggtg taccaagaag tgcagcggct cgggcacgca 1020
tccctgcagc actcggacct cgacaagctg ccgctgctcg caaacgtggt caaggagacg 1080
ctgcgggtgc actcgtccat ccactccatc atgcgcaagg tgaagcggcc gatgcggatt 1140
ccgggcagcg actacgtcgt caccccgggc aaggtgctcg tgtccgcgcc catcatgacg 1200
cacctggacg aggagcactt ccgcgacgcg cgggcttggg agccgcatcg gtgggatgac 1260
gccgtcgacg cccaggacga cgagattgtc gattacggct acggggccac gtccaagggc 1320
accaagagtc cttacctgcc ctttggcgcc ggtcggcatc gctgcatcgg tgaaaagttt 1380
gcctatctca acctggcggc catcgtcagc accttggtcc ggaacttcaa gttctccacg 1440
ctggatggca aggccaccgt gccgcccact gattacactt ctatgttctc tcggcctatg 1500
cagcctgcga cggtgaggtg ggagcgacgc agcccgaaga ctgcgtag 1548
<210> 17 <211> 1569 <212> ADN
<213> Sclerotinia sclerotinium <400> 17
tttgctgttg
ctgaatcaag
atcattggta
gcaaagtacg
ggacgaaatg
atatatactg
gcgaaattga
tcctacgtcc
aagggacaaa
gcttcgcata
ctctaccacg
cttcctcaca
attattaaaa
caattgatgc
atgatgatcg
ctgcttcgtc
gttctgggcg
caaaacatct
gtcacaacac
atggcatctc
gaccctcata
ttccaagatt
ggtgctggca
atggccactg
ggtactgatt
cgacgataa
- tcgaaacaat
- tgccgggcca ttggctcaag agatttcgca aaggtcaacc 60
- ttgctgctgg
- cgtggcagca ttcgtcgttc tatctgtcat tctcaatgtc 120
- tgttatttgc
- gaaccccaat gaaccaccag tggtcttcca ctggtttcca 180
- gcaccgtcac
- ttatggtatg gacccttata aattcttctt cgagtgtcgc 240
- gtgatatttt
- cacatttgtc ttgctcggaa agaagaatac agtatatctt 300
- gcaatgactt
- tattctcaat ggcaagctta aggatctcaa tgcggaggaa 360
- ttttgacaac
- tcccgtgttt ggaaaggatg tagtctacga ttgccccaat 420
- tggagcaaaa
- aaagttcatg aaaattggct tgtctactga agctttccga 480
- caattataca
- aatggaagtg gaaaacttca tgaaacgttc ttcggtattc 540
- agggaactgc
- cgatattggt cccgctatgg ctgaaatcac catctatacc 600
- ctctacaagg
- aaaggaagtc cgtgatcgat ttgatactac tttcgcctct 660
- accttgatat
- gggctttagt cccatcaact ttatgcttca ctgggctcct 720
- accgtgcccg
- cgaccatgcg cagagaactg tcgcagcaac atatatggat 780
- aacgacgtgc
- tcaggctacg gaagccgact tcaaatccga cattatgtgg 840
- gctcgtccta
- caaagatgga acccccgttc cagaccgaga gattgctcac 900
- ctcttctcat
- ggccggacag cactcttcct catcttctat ctcttggatt 960
- ttgcctcacg
- cccagatatc atggaagaac tctatcaaga acaaatccaa 1020
- ccgatctccc
- tgctctcaag tacgaggacc tggccaaact tcctcttcat 1080
- tgaaggaaac
- tctccgcatc cacactccca tccattctat tatgcgcaaa 1140
- caatgccaat
- tagcggaaca aaatatgtca ttccaacctc gcatactctt 1200
- ctggttgtac
- aagtcgagac gcggattact tcccagagcc acttgagtgg 1260
- gatgggacat
- tggctcgggc cgtgtaattg gcaatgatca ggacgaagaa 1320
- atggctatgg
- aatgatcagc aaaggtgctt ctagtcctta ccttccattc 1380
- gacacaggtg
- tatcggtgaa caattcgcca atgtacagct catcactatc 1440
- tggttagaat
- gttcaaattc aagaacgttg atggcagcaa ggatgtcatt 1500
- acaccagttt
- attcaccagg ccattggcgc cagcagttat agcatgggag 1560
- 1569
<210> 18 <211> 1587 <212> ADN
<213> Phakopsora pachyrhizi
atgtcttcca
acatcgctaa
ttcaaggaca
ataagctatg
gtgtttacgt
acgttggtct
actacacctg
cagaaaaagt
attgttagag
tctgtcacta
actctacagg
gacctagatg
tacagacgta
aaaaggagag
cagcactaca
gtccttatgg
gctcattgcc
ggggatggta
aattcttgta
gttaagtcac
atcataccct
gtttgggacc
aagcaggaac
aattcgccct
tacatccagt
agaaaggagt
actgtgaagt
<210> 19 <211> 1569
- gcgttataat
- cgatcagctc tactcattct caactaccag tctcatcatc 60
- cttccatcct
- cacaatcatc gtcatcctca atgtcactaa tcagttgttg 120
- ggaatacccc
- accgctagtc ttccacatat ttccggtgct cggctctgtg 180
- gcatggatcc
- gtaccaattc tttgaggact gtcggaggaa gcatggaaat 240
- ttgtgctgtt
- gaacaagaag gtcaccgtag ctctcggtcc ggagggaaac 300
- taaatggaaa
- gctctcagag gtcaatgccg aagaagctta cacccatttc 360
- tctttggtaa
- ggatgtagtc taygatgtac ccaactcgat cctaatgcag 420
- tcatcaaggc
- tggccttact actgagaaat ttaagaaata tgtggggata 480
- aarcaacaag
- ttacctggaa gatcatttat tctgctctcc aaatgtaaaa 540
- aggacgtcca
- tgatattact tctgagataa cgatttgtac tgcagcagca 600
- gaaaagaagt
- cagagaaggg ctagacaaat cctttgctaa actctatcac 660
- gtggatttac
- accgttgaac tttgtttttc cgaacctgcc cttaccctcc 720
- gggacaaggc
- acaggtctcg atgacaaact tttatctgaa cattctaaag 780
- ccgaaaacag
- gcaggatgag ttcaatgaca tgttggatgt cttgcaggrg 840
- aggacggcag
- agctttatcg gacagggaaa ttgctcacat aatgattgcc 900
- ctggtcaaca
- cactagtgct gcgaccggcg cctggttatt gacccatctg 960
- ctgacttggt
- tgatagactg aggcgtgaac aggycgaggt ctttggtaag 1020
- gtggagagtt
- ggaagatcta gattacgatc gactccaaac acctctatta 1080
- tcaaagaggt
- cttacgtcta caccctccca ttcattcaat cttgcgcaaa 1140
- cgatccttgt
- tcccaaaaca ctctcctcaa ttgacaagaa caaccaatac 1200
- cttcccacta
- cgtcctagcc gcacctggcg tctctcagat tgatccatcg 1260
- atccaaaaga
- gttcagacca gagagatggc tatcgaactt taagaaagat 1320
- aggaggagga
- gatggttgac tacggctttg gagcgatcag cagcggagcc 1380
- atctaccctt
- tggggctggt cgacatcggt gtatcggaga gcagtttgcg 1440
- tggccgccgt
- tgctgttgct gtcattagga actgcgacct cgagctcgtc 1500
- tccctctacc
- tgattatacc acgatgttag ttggacccag gaaacctaca 1560
- ttactagaag
- aaattaa 1587
<212> ADN <213> Botrytis cinerea
ggcgttgttg
ttgaaccaag
gtaattggca
gcaaagtatg
ggacgcaagg
atatatactg
gcgaagttga
tcctacgtcc
aaaggtccaa
gcttcgcaca
ctctaccacg
ctccctcaca
atcattcaaa
cagttgatgc
atgatgattg
atgcttcgcc
gtcttaggtg
cagaacgttc
gttaccacac
atggcatctc
gatcctcaca
ttccaagatt
ggtgctggca
atggcaactg
ggtaccgatt
cgacgataa
ttgaagctgt aaccgggcca tagctgctgg cgtggcagca tgttatttgc aaaccccaat gcactatcac ttatggtatg gtgacatttt cacatttgtc gcaacgactt tattctcaat ttttgacaac ccccgtattt tggagcaaaa gaagttcatg caatcataca aatggaggtg agggaactgc tgacattggt ctctgcaagg aaaggaagtc acctcgacat gggcttcagt accgtgcccg cgatcatgcc accgacgtgc tcaagctacg gctcgtctta caaggatgga
ctcttctcat ggccggacaa tcgcctcacg cccagacatt ctgatctccc tgctctcaag tcaaggaaac tctacgcctc caatgccaat cagcggaacc ctggttgcac aagtcgagat gatgggatct tggttccggc atggttacgg aatgattagc gacatagatg cattggtgaa tcgttagatt gttcaaattt acgcaagttt attcaccagg
ttggctcagg aaatttcgca ttcatcgttt tatctgtcgt gagcctccca tggtcttcca gacccttaca aattcttctt ttgcttggaa agaagaccac ggcaagctca aggatctcaa ggcaaagatg tagtttacga aaaattggct tgtctacaga gaaaacttta tgaagcgttc cccgctatgg ctgaaatcac cgcgatcgat tcgatacete cctatcaact ttatgettea cagcgaactg tagccaaaac gaagcagagt tcaaatctga actccagttc cagataagga
cattcttcct catcttctat atggaagaac tctaccaaga tatgaggatt tgtccaaact cacaccccaa tccattctat aaatatgtca ttccaacatc gacgaattct tccccgaagc cgtgttgttg gaaatgatca aaaggcgctt ccagtcctta caattcgcga ctgtacagct aagaacattg atggcagcaa ccattggcgc cagccgttgt
- gcggtcaact
- 60
- tctcaatgtt
- 120
- ctggctccca
- 180
- cgattgtcgc
- 240
- cgtatatete
- 300
- cgcggaggag
- 360
- ctgcccaaat
- 420
- agctttccga
- 480
- ttcggcgttc
- 540
- catctacact
- 600
- ctttgcctct
- 660
- ctgggcccct
- 720
- ctatatggat
- 780
- tattatgtgg
- 840
- aatcgctaac
- 900
- ctcgtggatt
- 960
- acaaatccaa
- 1020
- ccctctccat
- 1080
- catgcgcaaa
- 1140
- acatacactt
- 1200
- acttgagtgg
- 1260
- ggatgaggaa
- 1320
- ccttccattt
- 1380
- tgtcacgatc
- 1440
- ggatgtgatt
- 1500
- agcttgggag
- 1560
- 1569
<210> 20
<211> 1569
<212> ADN
<213> Puccinia triticina
gtgctcatct acttggtgct agccgttgtc tcgatcatct cgatcaacat cttcgaccaa 120
ttggctattc ccaaagatcc gacggctcca ccagtggtgt ttcatttgtt tccgttcatt 180
ggctcggccg tgtcctacgg aatcgacccc tacgctttct tggaatcatg caggaagaag 240
tatgggaatg tgttcacctt cgtcctcttg aacaagaaag tcaccgtcgc tctcggtctc 300
gaaggaaacg cactggtcct caacggaaaa ctatctcaag ttaatgctga agaagcttac 360
acagcactca caatcttgat gcaacaaaag aaattcgtca agtctgggtt gactaacgaa 420
aactttcgga aatacgtatc actgattgcg gaggagacga taagctatct tgaagatcat 480
gtatttgaga accccaaaac gcaacagact gtgaaagata ccttcaaagt ggcttctgag 540
attactatct gcacggcctc agccaccctc caagggcccg aagtccgaga agctctcaac 600
aaatcattcg cccagttata ccatgactta gatggcggtt ttaccccttt gcatttcgct 660
ttccccaact tgcccttacc atcatatcgg cgtcgagacc gggcgcaact ggcgatgcga 720
aacttctata tgaacatcat caagaagaga cgagaagatg acagagaggg ccagcttgga 780
gacatgatcg atagcttaca gggccaaacg tacaaggatg gccgcccttt gaacgataaa 840
gagatcgccc acattatgat tgcccttctg atggccggcc aacacaccag tgctgctact 900
ggctcctggc tactcctgca tctcgcttct cgtcccgaca tcgtcgctga attgagacag 960
gagcagatcg acttgtttgg caaaccgggc caaactgacg atcaagaact cgaccctcta 1020
gaccttgaac gtgtccagag tcccttaatg attgcatgca tcaaggaagt cctcaggctt 1080
catcccccaa tccattctat catgcgaaag gttaaatcgc ctatcaccgt gccgaggact 1140
ttggcgtcac gcaacgagga tacaccatac ataatccctt caagcaactt tgtcttggca 1200
gcgccgggaa cagcccagct cgacggatcg atctggagct cgccccacga gttcgacccg 1260
agccgatggc tgaagctcca gtctcctttc aaggccggag agacgcagga agagatggtc 1320
gattacggct tcgggatgat cagcagtggg gctaattcgc ccttcctgcc cttcggcgcc 1380
ggccgtcatc gctgtatcgg tgaacagttc gcttacatcc agctgtctac tttcgccgct 1440
accgtcatca ggaactgcga tctcgaatta actgcccctg agttccctaa acctgattat 1500
accgttcgtt tatctctctg tctctcacac atttcgatta tcagccgtca agttgaagct 1560
catctctga 1569
<210>21 <211> 1524 <212> ADN
<213> Puccinia graminis <400> 21
atgtcttccc tcatcgaccc actgatcgag ttcattggct cattctcaac cttcaatcaa 60
atcctcatct acttcctact ctccatcacc tcgatcatct ccatcaacat cttcaaccaa 120
ttggctattc ccaaagatcc gaccacccca cctgtggtct tccatctatt cccattcatc 180
ggctcagctg tgtcctacgg aatcgaccct tacgctttcc tcgaatcttg tcggaagaaa 240
tacgggaatg tcttcacctt cgtcctcttg aataaaaaag tcaccgtcgc actcggtctc 300
gaaggaaacg cattgatcct caacggaaaa ctgtctcaag ttaatgctga agaagcttac 360
acagcactca ctacacctgt gttcggaact aaaatggtct atgatacgat aagctacctc 420
gaagaccatg tatttgagaa accgaaaacg cagcaagctg tcaaagactg cttcaaagtg 480
gcatctgaga tcactatctg cacagcctca gccacccttc aaggtcccga agtccgcgaa 540
ggactcaaca aatcatttgc caatctatac cacgatttag acggcgggtt taccccacta 600
catttcgcat tccccaacct acccttacca tcatatcgac gacgagatcg ggcgcaagtg 660
gcgatgcgca acttctacat gaacataatc cagaagagac gagaggacaa ccgagaaggc 720
cagctcggag acatgatcga cagcttgcag ggccaaacct acaaggatgg gcggccgttg 780
accgacaagg agatcgctca tatcatgatt gcccttctga tggccggcca acataccagt 840
gctgccactg gatcatggct cctcctccac ctcgcctctc gcccagatat tgttgccgaa 900
ttgaggcagg aacagatcga agtgttcggc aaacctggac aaactgatga taaagaactc 960
gaccctctag acctcgaacg tgtgcagagt cccttgatgc tcgcttgcat caaggaggtc 1020
ctcagacttc atccgcccat ccattcaatc atgcgaaagg tcaaatcacc gatcactgtc 1080
ccgcgaacat tagcatccca taacgaagat acgccataca tcattccgtc gagtaacttt 1140
gtcttagcag cgccgggggc atcgcagatc gacccggcaa tctggagctc acctcacgag 1200
ttcgagccca gtcgatggct gaagctcacc tcgcccttca aggccggcgg gggagagaca 1260
caagaagaga tggtcgacta cggcttcgga atgatcagca gcggcgccaa ctcgcccttc 1320
ctccccttcg gcgcaggccg tcatcgctgt atcggcgaac agttcgctta ccttcagctc 1380
tctactctcg gcgctaccgt cattaggaac tgcgaactcg aactagtctc caatcagttc 1440
cctaaacctg attatactac tatgttggtc tgtcctatca aaccaagaga cgtcaagttt 1500
actaggagga acacccactc gtaa 1524
<210> 22 <211> 1611 <212>ADN
<213> Puccinia recóndita <400> 22
atgtcttctg
gtgctcatct
ttggctattc
ggctcggccg
tatgggaatg
gaaggaaacg
acagcactca
ttgatgcaac
gtatcactga
aaaacgcaac
gcctcagcca
ttataccatg
ttaccatcat
atcatcaaga
ttacagggcc
atgattgccc
ctgcatctcg
tttggcaaac
cagagtccct
tctatcatgc
gaggatacac
cagctcgacg
ctccagtctc
atgatcagca
atcggtgaac
tgcgatctcg
tgtcctctga
- tgatcggctc
- gctgctcgag
- acttggtgct
- agccgttgtc
- ccaaagatcc
- gacggctcca
- tgtcctacgg
- aatcgacccc
- tgttcacctt
- cgtcctcttg
- cactggtcct
- caacggaaaa
- cgacccctgt
- attcggaact
- aaaagaaatt
- cgtcaagtct
- ttgcggagga
- gacgataagc
- agactgtgaa
- agataccttc
- ccctccaagg
- gcccgaagtc
- acttagatgg
- cggttttacc
- atcggcgtcg
- agaccgggcg
- agagacgaga
- agatgacaga
- aaacgtacaa
- ggatggccgc
- ttctgatggc
- cggccaacac
- cttctcgtcc
- cgacatcgtc
- cgggccaaac
- tgacgatcaa
- taatgattgc
- atgcatcaag
- gaaaggttaa
- atcgcctatc
- catacataat
- cccttcaagc
- gatcgatctg
- gagctcgccc
- ctttcaaggc
- cggagagacg
- gtggggctaa
- ttcgcccttc
- agttcgctta
- catccagctg
- aattaactgc
- ccctgagttc
- aaccaaggga
- catcaaattt
cccatcggat ccttctcaac tcgatcatct cgatcaacat ccagtggtgt ttcatttgtt tacgctttct tggaatcatg aacaagaaag tcaccgtcgc ctatctcaag ttaatgctga gatgttgtct atgatgtccc gggttgacta acgaaaactt tatcttgaag atcatgtatt aaagtggctt ctgagattac cgagaagctc tcaacaaatc cctttgcatt tcgctttccc caactggcga tgcgaaactt gagggccagc ttggagacat cctttgaacg ataaagagat accagtgctg ctactggctc gctgaattga gacaggagca gaactcgacc ctctagacct gaagtcctca ggcttcatcc
accgtgccga ggactttggc aactttgtct tggcagcgcc cacgagttcg acccgagccg caggaagaga tggtcgatta ctgcccttcg gcgccggccg tctactttcg ccgctaccgt cctaaacctg attataccac actcgaagaa accatctctg
- tttcaaccaa
- 60
- cttcgaccaa
- 120
- tccgttcatt
- 180
- caggaagaag
- 240
- tctcggtctc
- 300
- agaagcttac
- 360
- caacgcaatc
- 420
- tcggaaatac
- 480
- tgagaacccc
- 540
- tatctgcacg
- 600
- attcgcccag
- 660
- caacttaccc
- 720
- ctatatgaac
- 780
- gatcgatagc
- 840
- cgcccacatt
- 900
- ctggctactc
- 960
- gatcgacttg
- 1020
- cgaacgtgtc
- 1080
- cccaatccat
- 1140
- gtcacgcaac
- 1200
- gggaacagcc
- 1260
- atggctgaag
- 1320
- cggcttcggg
- 1380
- tcatcgctgt
- 1440
- catcaggaac
- 1500
- catgttggtt
- 1560
- a
- 1611
<210> 23 <211> 1584 <212> ADN
<213> Pyrenophora teres
cctgtcgtcg
ctcaagcagt
ataattggca
aagaagtatg
gacacggcgg
atttactctc
tcgaaactca
tcctacgtca
aagggacaac
gcctctcgtt
ctgtaccacg
cttccccaca
ctggttcgca
ctgatggaat
atgattgccc
ctccgcctcg
ctaggcaaaa
caagtcgtca
aagcaacctc
tcctcgcccg
ccccaccgtt
gagaagattg
tttggcgctg
atcctagtag
gttggcaccg
gagaggcggc
- tcgctgatgt
- cgccggccct
- ctgccgccgc
- cttcgcctcc
- tgctgttcaa
- gaaggcgaat
- gtacagtcac
- atatggcatg
- gcaatgtctt
- cacatttatt
- gcaacaactt
- catcctaaac
- cgctgaccac
- ccccgtcttc
- tggagcagaa
- aaagtttgtc
- ccctcatcac
- acaagaatgc
- ggggcacttt
- tgacgtgacc
- cgctccaggg
- cgaggaaatc
- acctcgacat
- gggcttttca
- accgcgcacg
- cgacaatgca
- agcgcaggtc
- gggcgccgtg
- gcaagtacaa
- ggacggcacc
- tgctcatggc
- tggacagcat
- cgcagaaccc
- gcacattatt
- acctccccgc
- ccttacctat
- aggaaaccct
- ccgtatccac
- tggttgtcga
- tggaacaaat
- gtttctctgc
- acagctcgat
- gggatccaga
- ccaaaacaac
- actatggctg
- gggtgtcgtg
- gacggcatcg
- ttgcattggt
- cgtttgtgag
- agagttcaag
- actactccag
- tctcttctcc
- agaaggaatg
- ttag
ctggctaact ttacatccaa tttatcctgc tctccgtcgt gagccgccca tggtcttcca gatccgtatg ccttcttctt ctccttggcc gcaagatgac ggaaagatca aggacgtcaa ggcaaggacg tcgtgtacga aagtatggac tcacgcagga gaagacttca tgaagcgcca aaggtcatgg ctgagctcac cgcaagtcgt tcgattcaaa cctgtcaact ttatgctctc cgcgagacta tgataaagct aagaaggact cacacgacat caggtgccgg aacacgagat tcgtcttcct cgaccatcgc gacgaactgc ttgcggagca gacgacctcc agaagcttcc gcccccatcc actccatcat tacgttgttc ccacttccca
acccactttg tcaaccccgc tacgacgaag agcgcgacga tccaagggaa ccaactcgcc gagcaatttg cctacttgca ctcaggaatg ttggtggtag cgcccactag cacctggcat
- gtcgtccacg
- 60
- cctcaatgta
- 120
- ttggctgcct
- 180
- tgcgaatcac
- 240
- cgtgtgcctt
- 300
- cgccgaggag
- 360
- ctgtccaaac
- 420
- ggccctccgt
- 480
- caaagctttc
- 540
- catctacact
- 600
- gtttgccgaa
- 660
- atgggccccg
- 720
- atactctgat
- 780
- gatttggcac
- 840
- tgctggcatc
- 900
- atggatcctc
- 960
- aacgtccatc
- 1020
- ccttcacgcc
- 1080
- gcgcaaggtc
- 1140
- cacactcatg
- 1200
- tgtctgggac
- 1260
- cgccgatcag
- 1320
- atatcttccc
- 1380
- attacagact
- 1440
- taaagacatt
- 1500
- agttgagtgg
- 1560
- 1584
<210> 24 <211> 1584 <212> ADN
<213> Pyrenophora tritici
cctgtcgtcg ctgccgccgc cttcgcctcc tttatcctgc tctccgtcgt cctcaatgta 120
ctcaagcagt tgctgttcaa gaaggcgaat gagccgccca tggtcttcca ttggctgcct 180
ataattggca gtacagtcac atatggcatg gatccgtatg ccttcttctt tgcgaatcac 240
aagaagtatg gcaatgtctt cacatttatt ctccttggcc gcaagatgac cgtgtgcctt 300
gacacggcgg gcaacaactt catcctaaac ggaaagatca aggacgtcaa cgccgaggag 360
atttactctc cgctgaccac ccccgtcttc ggcaaggacg tcgtgtacga ctgtccaaac 420
tcgaaactca tggagcagaa aaagtttgtc aagtatggac tcacgcagga ggccctccgt 480
tcctacgtca ccctcatcac acaagaatgc gaagacttca tgaagcgcca caaagctttc 540
aagggacaac ggggcacttt tgacgtgacc aaggtcatgg ctgagctcac catctacact 600
gcctctcgtt cgctccaggg cgaggaaatc cgcaagtcgt tcgattcaaa gtttgccgaa 660
ctgtaccacg acctcgacat gggcttttca cctgtcaact ttatgctctc atgggccccg 720
cttccccaca accgcgcacg cgacaatgca cgcgagacta tgataaagct atactctgat 780
ctggttcgca agcgcaggtc gggcgccgtg aagaaggact cacacgacat gatttggcac 840
ctgatggaat gcaagtacaa ggacggcacc caggtgccgg aacacgagat tgctggcatc 900
atgattgccc tgctcatggc tggacagcat tcgtcttcct cgaccatcgc atggatcctc 960
ctccgcctcg cgcagaaccc gcacattatt gacgaactgc ttgcggagca aacgtccatc 1020
ctaggcaaaa acctccccgc ccttacctat gacgacctcc agaagcttcc ccttcacgcc 1080
caagtcgtca aggaaaccct ccgtatccac gcccccatcc actccatcat gcgcaaggtc 1140
aagcaacctc tggttgtcga tggaacaaat tacgttgttc ccacttccca cacactcatg 1200
tcctcgcccg gtttctctgc acagctcgat acccactttg tcaaccccgc tgtctgggac 1260
ccccaccgtt gggatccaga ccaaaacaac tacgacgaag agcgcgacga cgccgatcag 1320
gagaagattg actatggctg gggtgtcgtg tccaagggaa ccaactcgcc atatcttccc 1380
tttggcgctg gacggcatcg ttgcattggt gagcaatttg cctacttgca attacagact 1440
atcctagtag cgtttgtgag agagttcaag ctcaggaatg ttggtggtag taaagacatt 1500
gttggcaccg actactccag tctcttctcc cgcccactag cacctggcat agttgagtgg 1560
gagaggcggc agaaggaatg ttag 1584
<210> 25 <211> 1512 <212>ADN
<213> Pyrenophora tritici <400> 25
gccaacatca tccgccagct gcttcttcca aacaccaaag aaccacccgt cgtcttccac 120
tggcttccct ggcttgggag cgccatcacc tacggcaaag acccctataa gtttctgttc 180
gccgccagag agaagcatgg agatgtcttc acctttgtcc tgctaggccg caacgtcacc 240
gttcacttgg gcgttgccgg aaacgatttt gtcttcaacg gcaaagagac acatgtcaat 300
gccgaggaaa tctacggtcc cctatgtaac cccgtcttcg gcgagggcgt cgtgtacgac 360
tgtcccaatt ccaagctcat ggaacagaaa aaattcgtca agtttggtct gacaaccgac 420
gctctcaagg cacatgtgca actgattgag caagaggtcg tagactacat caaagcctcc 480
cgagagttca agggacaatc aggcaccatc aatgtgcccc ccgtcatggc tcaaatcacc 540
atcttcaccg ccgccatcgc cttacaaggg cctgaagtgc gcagcaagct cacaaacgag 600
tttgcaagcc tataccacga tctcgacggc ggttttagtc ccatcaattt tgttctccct 660
cgcgcgccct tcccccacaa catcaagaga gatcgggccc agctaaagat gcgcaagatt 720
tacgagacca tcatcgcaga acgccgcgct ggcaagatcc ctcccaccac cgacatgatc 780
agtcatctca tgcagtgctc gtataaagac ggccgtcctg tgccagactc ggaaatcgca 840
aacatgatga ttaccattct aatggcgggc cagcacaact cctccaacat tgcgtcttgg 900
atcatgttgc accttgccaa caagccgcaa ctctgcgaag agctatacca ggaacagctt 960
gatcaactgg ctgatgagca tggcaacttg cccaagctcg acctgcagac cttggagaag 1020
ctcaagctgc attctaatgt cgtcaaagag acgcttcgca tgcacaactc cattcactct 1080
atcatgcgcc ttgtcaaaca gccactcccc gtccccaata cgtcgtggac cataccgcct 1140
ggccatgccc ttctcgcttc acctggtatc tcagcaaaca gcgaagaata cttctataac 1200
ccggataagt ggaatccaca tcgctgggac gaccgcgtca tcgaagaaga cgatgagagc 1260
gagatggtgg actacggcta tggacgcatg tccaggggta caaagagcgc ctacctcccg 1320
ttcggtggag gtcgccatcg ctgcattggc gaaaagtttg cttacctcaa cttggaagtc 1380
atcacggcga ttatggtgcg aaacttttgc tttaagaatc tcgatggtag ggagggtgtt 1440
ccaggcaccg attacagcac catgttttcg cgtccgctag agcctgccga gattgtttgg 1500
cagaggcgat ga 1512
<210> 26 <211> 1599 <212> ADN
<213> Phaeosphaeria nodorum <400> 26
gccactctca ttgccgcggg cttcgcctcc tttatcgtcc tctccgtcgt tctcaacgtt 120
ttgaagcagc tgctgtggaa ggatcccact gcgcccccgg tcgtcttcca cctgttcccg 180
atcatcggaa gcaccgtcac gtacggcatc gacccgtaca agttcttctt cgcgcagcag 240
aagaagaagg cgcaagctaa caagagacag tatggcgatg tcttcacctt catccttctc 300
ggccgcaaga tgaccgtgtg tctcgacacc aagggcaaca acctcatcct gaacggaaag 360
ctcaaggagg tcaatgccga ggagatctac tcgccgctca ccacacccgt cttcggcaag 420
gatgtcgtct acgactgccc gaactcgaag ctcatggagc agaagaagtt cgtcaagttt 480
ggtctgaccc aggaagccct ccgctcctac gttggcatca tcacccaaga atgcgaggat 540
tttttcaagc gtcacaaggc tttcaaggga caaaagggca cttttgatgt gaccaaggtc 600
atggccgagc tcaccatcta caccgcctcc cactctcttc agggtaagga gatccgcaag 660
tcgttcgact ccaagtttgc cgacctttac cacgatctcg atatgggctt ctctcccgtc 720
aacttcatgc tgtcatgggc cccccttccc cacaaccgcg cccgcgacgt cgctcgcgag 780
acaatgatca agctatactc cgagattgtg cgcaagcgaa gggctggcaa cgtcaagaag 840
gactcgcatg acatgatctg gcacttgatg gactgcaagt acaaggatgg cacacaggtt 900
cctgaacacg agatcgctgg tatcatgatt gcgctgctga tggctggaca acactcctct 960
tcctccacaa tcgcctggat tattctccgt ctggcacagt accctcacct tctcgaagag 1020
cttcttgcag agcagaaggc ggtcatgggc gaggaccttc cagcagtcac ctacgaagac 1080
ctcaacaagc tgccgctaca cgcccaggtt gtcaaggaga ctcttcgcat ccacgctcct 1140
atccactcaa tcatgcgcac cgtcaaatcg cctatcgttg ttgagggaac aaactacgtt 1200
atccccactt cgcacaacct catgtcctcc cccggctact ccgcactcct cgacagctac 1260
tttgtcaacg ctgcaacctg ggacccacat cgatgggacg ccggccagca caactacgac 1320
gaggctgaga acgacgacga cgagaagatc gactatggct ggggtgttgt ctccaaaggc 1380
acaaactcgc cttacctacc atttggtgct ggaaggcatc gatgcattgg cgagcagttc 1440
gcctacctgc agctccagac gatcctcgtc gcatttgtca gggagttcaa gttcaggaac 1500
gttaacggta gcaaggacat tgttggtaca gattacacaa gtctgttctc gagaccgctt 1560
gcacctggta cggtcgagtg ggagcgcagg gaatcatag 1599
<210> 27 <211> 1635
<212> ADN <213> Septoria tritici 5 <400> 27
tggaaacttg tcggacttgg attcctcgcc ttcagcacgc tcgccatcct cctcaatgtc 120
ctctcacaac ttctcttccg tggcaagttg tccgatccgc cactcgtatt ccactgggtg 180
cccttcatcg gaagcaccat cacatacggc atcgacccat acaagttctt cttctcctgt 240
cgggaaaagt atggagatgt ctttacattc atcctgctgg gaaagaagac gacggtgtgc 300
ttgggcacca agggcaatga ttttattttg aatggaaaac tgaaggacgt caacgcggag 360
gagatataca gcccgctgac cactcctgtc tttggcaagg atgtggttta tgattgtccc 420
aattcgaagc tcatggagca gaagaagttc gtcaagtacg gcctcacaac ctctgccctc 480
cagtcctacg tgaccttgat cgccgccgag acccgccagt tcttcgaccg caacaaccct 540
cataagaagt tcgcatcgac cagcggcacg atcgatctcc caccagccct cgccgaactt 600
acgatctata ctgccagccg atcattgcaa ggaaaggaag tccgcgaggg cttcgactcg 660
tctttcgcgg acctctacca ctacctcgat atgggattca caccgatcaa ctttatgctt 720
ccgtgggcgc cccttcccca gaaccgacgc cgcgattatg cgcagaagaa gatgtccgag 780
acatacatgt cgatcattca gaagagacga gagtccaaaa cgggcgaaca tgaggaagac 840
atgatccaca acttgatgca gtgcaaatac aaggacggca atgccattcc cgacaaggag 900
attgctcata tgatgattgc gctgctcatg gccggccagc actcttcatc tgcgaccgag 960
tcctggatca ctctccgcct cgcatcccgc cccgacatcc aagacgaact cctccaagaa 1020
caaaaggata tgctcggtgt gaacgccgac ggcagtatca aggagctcac atacgccaac 1080
ctctcgaaac tcaccctcct caatcaagtc gtcaaagaaa cccttcgtat tcacgctcca 1140
atccactcca ttctgcgcaa ggtcaagtct cccatgccca tcgaaggtac ggcatacgtc 1200
attccaacca cccacactct tctggccgct ccgggcacaa cgagccgcat ggacgagcac 1260
tttcccgact gcctccattg ggagccgcat cgatgggacg agagcccgtc cgagaaatac 1320
aagcacctgt ccccgacgac tgccctagga agcatcgccg aggagaaaga agactatggc 1380
tacggcctgg taagcaaggg cgcggcgtcg ccatacttac cctttggtgc gggacgacac 1440
agatgtatcg gcgagcaatt cgcgtacgtg caattgcaga ccattacagc gacgatggtt 1500
cgcgatttca agttttacaa tgtggatggc agcgacaacg tggtgggtac ggattacagc 1560
agtttgttca gccggccgct gtcgccggca gtagtaaagt gggagaggag ggaggagaag 1620
gaggagaaga actga 1635
<210> 28 <211> 1581 <212> ADN
5 <213> Cochliobolus sativus
5
cctgtcgtcg
ctgaagcagt
ataattggta
aagaagtatg
gacacggcgg
atttactctc
tcgaaactca
tcctacgtca
aagggagaaa
gcctctcgtt
ctgtaccacg
cttcctcaca
ctggttcgca
ctgatggact
atgattgccc
ctccgcctcg
ctaggcaaaa
caggttgtca
aagcaacctc
tcctcgcccg
ccccaccgtt
gagaagattg
tttggcgctg
attctagtag
gttagcaccg
gagaggcggc
<210> 29 <211> 1686 <212> ADN <213> Ustilago
- tggctgatgt
- caccggccct
- cttctgccgc
- cttcgcctcc
- tgctgttcaa
- gaaggcgaat
- gtacagtcac
- atatggcatg
- gcaatgtctt
- tacatttatt
- gcaacaactt
- catcctaaat
- ccctcaccac
- acccgtcttc
- tggagcagaa
- aaagtttgtc
- ccctcatcac
- acaagaatgc
- agggcacttt
- tgacgtgacc
- cgctccaggg
- cgaggaaatc
- acctcgatat
- gggcttttcg
- accgcgcacg
- cgacaatgca
- agcgcaggtc
- gggcgccgtg
- gcaagtacaa
- ggacggcacc
- tgctcatggc
- cggacagcat
- cgcagaaccc
- gcacgttatt
- acctccccgc
- cctaacctac
- aggaaaccct
- ccgtatccac
- ttgttgtcga
- tggaacaaac
- gtttctccgc
- acagctcgat
- gggatccaga
- ccaaaacaac
- actatggctg
- gggtgtcgtg
- gacggcatcg
- ttgtattggg
- catttgtgag
- agagttcaag
- actacaccag
- tctcttctcc
- agaacctata
- a
ctggccaact ttacatccca tttatcctgc tctccgtcgt gagccgccca tggtcttcca gatccgtatg ccttcttctt cttctcggcc gcaagatgac ggaaagatca aggacgtcaa ggcaaggacg tcgtgtatga aagtacggtc tcacgcagga gaagacttta tgaagcgcca aaggtcatgg ctgagctcac cgcaagtctt tcgattcaaa cctataaact ttatgctctc cgcgagacca tgataaagct aagaaggact cgcacgacat caggtgcccg aacacgagat tcgtcttcct caaccatcgc gaggaattac ttgccgagca gacgacctcc agaagcttcc gcccccattc actccatcat tacgttgttc ccacttccca acccactttg tcaaccccgc tacgacgaag agcgcgacga tccaagggaa ccaactcacc gagcaattcg cctacctgca ttcaggaacg ttggtggtag
cgcccactag cacctggcat
- gtcgtccacg
- 60
- cctcaatgta
- 120
- ttggctgcct
- 180
- cgcgaatcac
- 240
- tgtgtgtctg
- 300
- cgccgaggag
- 360
- ttgtccaaac
- 420
- ggccctccgt
- 480
- caaggctttc
- 540
- catctacacc
- 600
- gtttgccgaa
- 660
- atgggccccg
- 720
- atactcggat
- 780
- gatttggcac
- 840
- tgctggcatc
- 900
- atggatcctt
- 960
- aaagtccatc
- 1020
- cctccatgcc
- 1080
- gcgcaaggtc
- 1140
- cacactcatg
- 1200
- tgtctgggac
- 1260
- cgccgaccag
- 1320
- atatcttccc
- 1380
- actacagact
- 1440
- caaagacatt
- 1500
- agttgagtgg
- 1560
- 1581
maydis
Claims (21)
- 5101520253035404550REIVINDICACIONES1. Una molécula de ARNdc capaz de inhibir la expresión del gen CYP51A, el gen CYP51B y el gen CYP51C de un fitopatógeno del género Fusarium, comprendiendo el ARNdc:i) una secuencia sentido que es al menos el 70 % idéntica a al menos 20 nucleótidos contiguos de la secuencia codificante del gen CYP51A;ii) una secuencia sentido que es al menos el 70 % idéntica a al menos 20 nucleótidos contiguos de la secuencia codificante del gen CYP51B;iii) una secuencia sentido que es al menos el 70 % idéntica a al menos 20 nucleótidos contiguos de la secuencia codificante del gen CYP51C; yiv) secuencias antisentido que son sustancialmente complementarias a las secuencias sentido (i), (ii) y (iii);en la que la disposición de las secuencias en la molécula de ARNdc permite la hibridación de cada secuencia sentido con su secuencia antisentido sustancialmente complementaria.
- 2. La molécula de ARNdc de la reivindicación 1, en la que el fitopatógeno es Fusarium graminearum, yla secuencia sentido (i) es al menos el 70 % idéntica a al menos 20 nucleótidos contiguos de la SEQ ID NO:1; la secuencia sentido (ii) es al menos el 70 % idéntica a al menos 20 nucleótidos contiguos de la SEQ ID NO:2; y la secuencia sentido (iii) es al menos el 70 % idéntica a al menos 20 nucleótidos contiguos de la SEQ ID NO:3.
- 3. La molécula de ARNdc de la reivindicación 2, en la que,la secuencia sentido (i) es al menos el 70 % idéntica a al menos 20 nucleótidos contiguos de la SEQ ID NO:4; la secuencia sentido (ii) es al menos el 70 % idéntica a al menos 20 nucleótidos contiguos de la SEQ ID NO:5; y la secuencia sentido (iii) es al menos el 70 % idéntica a al menos 20 nucleótidos contiguos de la SEQ ID NO:6.
- 4. La molécula de ARNdc de la reivindicación 1, en la que el fitopatógeno es Fusarium oxysporum, yla secuencia sentido (i) es al menos el 70 % idéntica a al menos 20 nucleótidos contiguos de la SEQ ID NO:8; la secuencia sentido (ii) es al menos el 70 % idéntica a al menos 20 nucleótidos contiguos de la SEQ ID NO:9; y la secuencia sentido (iii) es al menos el 70 % idéntica a al menos 20 nucleótidos contiguos de la SEQ ID NO:10.
- 5. La molécula de ARNdc de la reivindicación 1, en la que el fitopatógeno es Fusarium verticillioides, yla secuencia sentido (i), es al menos el 70 % idéntica a al menos 20 nucleótidos contiguos de la SEQ ID NO:11; la secuencia sentido (ii) es al menos el 70 % idéntica a al menos 20 nucleótidos contiguos de la SEQ ID NO:12; y la secuencia sentido (iii) es al menos el 70 % idéntica a al menos 20 nucleótidos contiguos de la SEQ ID NO:13.
- 6. La molécula de ARNdc de la reivindicación 1, que comprende una secuencia sentido que es al menos el 70 % idéntica a la SEQ ID NO:7, y una secuencia antisentido que es sustancialmente complementaria a dicha secuencia sentido, en la que la disposición de las secuencias en la molécula de ARNdc permite la hibridación de dicha secuencia sentido con dicha secuencia antisentido.
- 7. La molécula de ARNdc de una cualquiera de las reivindicaciones 1-6, en la que la identidad de secuencia de cada secuencia sentido pertenece a al menos 25, al menos 50, al menos 100, al menos 150, al menos 200 o todos los nucleótidos contiguos de su respectiva secuencia de referencia.
- 8. La molécula de ARNdc de una cualquiera de las reivindicaciones 1-7, en la que la identidad de secuencia de cada secuencia sentido con su respectiva secuencia de referencia es de al menos el 75 %, al menos el 80 %, al menos el 85 %, al menos el 90 %, al menos el 95 %, al menos el 98 %, al menos el 99 %, al menos el 100 %.
- 9. La molécula de ARNdc de una cualquiera de las reivindicaciones 1-8, en la que cada secuencia sentido se localiza en una cadena de ARN diferente de la molécula de ARNdc que su correspondiente secuencia antisentido.
- 10. La molécula de ARNdc de una cualquiera de las reivindicaciones 1-9, en la que las secuencias sentido y las secuencias antisentido se localizan en una única cadena de ARN que se enrolla sobre sí misma para formar una estructura de horquilla.
- 11. Una secuencia de ADN o una multitud de secuencias de ADN que proporcionan un molde transcripcional de al menos las secuencias antisentido de la molécula de ARNdc de una cualquiera de las reivindicaciones 1-10.
- 12. La(s) secuencia(s) de ADN de la reivindicación 11 que proporciona(n) un molde transcripcional de la molécula de ARNdc de una cualquiera de las reivindicaciones 1-10.
- 13. La(s) secuencia(s) de ADN de la reivindicación 12, en la(s) que el molde transcripcional está unido de manera operativa a al menos un promotor.
- 14. La(s) secuencia(s) de ADN de la reivindicación 13, en la(s) que el al menos un promotor es funcional en una célula vegetal.
- 15. Un polinucleótido aislado que comprende la(s) secuencia(s) de ADN de una cualquiera de las reivindicaciones11-14 o una multitud de polinucleótidos aislados que comprenden las secuencias de ADN de una cualquiera de las reivindicaciones 11-14.
- 16. Una planta transgénica que comprende la(s) secuencia(s) de ADN de una cualquiera de las reivindicaciones 1114 o el polinucleótido de la reivindicación 15.5 17. La planta transgénica de la reivindicación 16, en la que la planta es capaz de generar al menos las secuenciasantisentido de la molécula de ARNdc de una cualquiera de las reivindicaciones 1-10.
- 18. La planta transgénica de la reivindicación 17, en la que la planta es capaz de generar moléculas de ARNdc de una cualquiera de las reivindicaciones 1-10.
- 19. La planta transgénica de una cualquiera de las reivindicaciones 16-18, en la que la planta transgénica es un 10 cultivo cereal.
- 20. Un procedimiento de control de un fitopatógeno fúngico o de oomiceto, en el que una planta transgénica de acuerdo con una cualquiera de las reivindicaciones 16-19 se cultiva para permitir la generación de ARN que comprende las secuencias antisentido de la molécula de ARNdc de una cualquiera de las reivindicaciones 1-10, y dicho ARN inhibe el crecimiento y/o la propagación de dicho fitopatógeno.15 21. Una composición para controlar un fitopatógeno fúngico o de oomiceto que comprende la molécula de ARNdc deuna cualquiera de las reivindicaciones 1-10, y un vehículo fitocompatible.
- 22. Un procedimiento de control de un fitopatógeno fúngico o de oomiceto, en el que una planta infestada por o en riesgo de ser infestada por dicho fitopatógeno y/o la proximidad de dicha planta, se pone en contacto con una cantidad eficaz de la composición de la reivindicación 21.20aenb
imagen1 0,035<LO 0,03U 0,025 « ! 5 0,02 JT52 0,015C1 0,01Q_UJ 0,005 0imagen2 controlimagen3 ARNdeimagen4 0,05imagen5 Control ARNdec5’Q>imagen6 imagen7 imagen8 LíneaB Línea 10 Línea 11 Linealimagen9 p EjnB|j8I.0Z-90-ZZLfr89eZH3imagen10 imagen11 UBQ10RNAt11610 pbBamHIColEIFigura 6imagen12 imagen13 Sm/Spp7i-Ubi-RNA¡2AflllXmalIntronColE135SPvuSbflSse232lSaIntron 1 /SacBsrGIBsiWIT35s HindlBamHISpelAatllimagen14 BamlUp7i-Ubi-CYP3RNAi 12974 pbFigura 9Xma IHindlllBsrG Iimagen15 imagen16 imagen17 Figura 11imagen18 Figura 12ARN a las 48 h Control a las 48 h GFP a las 48 h - 0.34Ü.330,320,310,290,280,27ARN a las 48 h Control a las 48 h GFP a las 48 h
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