ES2352777A1 - Metodo y kit para el pronostico del linfoma de celulas del manto. - Google Patents
Metodo y kit para el pronostico del linfoma de celulas del manto. Download PDFInfo
- Publication number
- ES2352777A1 ES2352777A1 ES200901738A ES200901738A ES2352777A1 ES 2352777 A1 ES2352777 A1 ES 2352777A1 ES 200901738 A ES200901738 A ES 200901738A ES 200901738 A ES200901738 A ES 200901738A ES 2352777 A1 ES2352777 A1 ES 2352777A1
- Authority
- ES
- Spain
- Prior art keywords
- expression
- sox11
- level
- genes
- gene
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
- C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/5005—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells
- G01N33/5008—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics
- G01N33/5044—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving human or animal cells for testing or evaluating the effect of chemical or biological compounds, e.g. drugs, cosmetics involving specific cell types
- G01N33/5047—Cells of the immune system
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
- G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
- G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
- G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
- G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
- G01N33/57407—Specifically defined cancers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/112—Disease subtyping, staging or classification
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/118—Prognosis of disease development
Landscapes
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Pathology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Hematology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Hospice & Palliative Care (AREA)
- Oncology (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Toxicology (AREA)
- Tropical Medicine & Parasitology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Método y kit para el pronóstico del linfoma de
células del manto.
El método y el kit son útiles como herramientas
para clasificar un paciente diagnosticado con linfoma de células del
manto dentro de la categoría de indolente o convencional. El método
comprende: a) proporcionar una muestra de un paciente que padezca
MCL; b) determinar el nivel de expresión de al menos un gen
seleccionado del grupo que consiste en: RNGTT, HDGFRP3, FARP1,
HMGB3, LGALS3BP, PON2, CDK2AP1, DBN1, CNR1, CNN3,
SOX11, SETMAR y CSNK1E en la muestra; y c) comparar el nivel de expresión de cada uno de los genes medidos con respecto al nivel de expresión de los mismos genes en una muestra control; donde la ausencia de expresión o la poca expresión de los genes con respecto a los mismos genes en la muestra control es indicativa del curso clínico indolente del MCL.
SOX11, SETMAR y CSNK1E en la muestra; y c) comparar el nivel de expresión de cada uno de los genes medidos con respecto al nivel de expresión de los mismos genes en una muestra control; donde la ausencia de expresión o la poca expresión de los genes con respecto a los mismos genes en la muestra control es indicativa del curso clínico indolente del MCL.
Description
Método y kit para el pronóstico del linfoma de
células del manto.
La presente invención está relacionada con
métodos para el pronóstico del cáncer, particularmente para el
pronóstico del linfoma de células del manto, y más particularmente
para el pronóstico de un tipo indolente de linfoma de células del
manto.
El linfoma de células del manto (MCL, "mantle
cell lymphoma") es una neoplasia linfoide agresiva con una rápida
evolución clínica, una débil respuesta a la terapia, frecuentes
recaídas, y una supervivencia media de 3-4 años. El
agresivo comportamiento biológico de este linfoma se atribuye a los
peculiares mecanismos genéticos y moleculares implicados en su
patogénesis que combinan la desregulación constitutiva de la
proliferación celular debida a la t(11; 14) (q13; q32) y la
sobreexpresión de ciclina D1, con un alto nivel de inestabilidad
cromosómica relacionada con la desregulación de la respuesta al daño
del ADN y la activación de los mecanismos de supervivencia de la
célula. Los pacientes que padecen MCL son tratados con diferentes
estrategias incluyendo regímenes intensos de quimioterapia, pero,
desgraciadamente, pocos pacientes se pueden curar con las terapias
actuales.
Además de los bien conocidos distintivos
moleculares para el diagnóstico del MCL, a saber la translocación de
t(11; 14) y sobreexpresión de ciclina D1, algunos autores han
asociado recientemente el MCL con otros marcadores moleculares. Wang
et al. (cfr. "The sub cellular Sox11 distribution pattern
identifies subsets of mantle cell lymphoma: correlation to overall
survival", British Journal of Haematology 2008, vol. 143,
p. 248-252) describe la sobreexpresión de SOX11 en
células MCL, mientras que Ortega-Paino et al.
describe la sobreexpresión de HDGFRP3 en MCL ("Functionally
associated targets in mantle cell lymphoma as defined by ADN
microarrays and RNA interference". Blood 2008. vol. 111,
p. 1617-24).
Estudios recientes han identificado a un grupo
de pacientes diagnosticados con MCL que siguen un curso clínico muy
indolente con una larga supervivencia de más de 7-10
años, algunos de ellos no necesitando tratamiento quimioterapéutico
(cfr. Espinet B. et al., "Clonal proliferation of cyclin
D1-positive mantle lymphocytes in an asymptomatic
patient: an early-stage event in the development or
an indolent form of a mantle cell lymphoma?", Human
Pathology 2005, vol. 36, p. 1232-1237; Swerdlow
S.H. et al., "From centrocytic to mantle cell lymphoma: a
clinicopathologic and molecular review of 3 decades", Human
Pathology 2002, vol. 33, p. 7-20). Se han
reconocido también pequeños subconjuntos de pacientes con una larga
evolución similar en la mayoría de estudios clínicos de este tumor
(cfr. Orchard J. et al., "A subset of t(11; 14)
lymphoma with mantle cell features displays mutated IgVH genes and
includes patients with good prognosis, nonnodal disease".
Blood 2003. vol. 101, p. 4975-81; Martin P,
et al., "Outcome of deferred inicial therapy in
mantle-cell lymphoma", J. Clin. Oncol.
2009, vol. 27, p. 1209-13).
Hoy en día, las herramientas de diagnóstico
disponibles permiten la identificación de pacientes que padecen el
MCL, pero no pueden proporcionar información sobre si la enfermedad
sigue su curso de manera indolente.
Por esta razón, existe la necesidad de
proporcionar medios para la identificación de un paciente que padece
un cáncer indolente de linfoma de células del manto.
Los inventores han encontrado que un conjunto de
genes están poco expresados o no expresados en células tumorales de
pacientes que padecen un linfoma de células del manto con un curso
clínico indolente.
Hay documentos recientes en el estado de la
técnica que revelan una relación entre la expresión de ciertos genes
y el MCL. Entre ellos, Wang et al. (supra) establece
una relación directa de la sobreexpresión de SOX11 y el diagnóstico
de MCL. De hecho, muchos autores han considerado SOX11 como un
biomarcador altamente fidedigno para el diagnóstico de MCL.
Similarmente, otros autores han establecido la sobreexpresión de
HDGFRP3 en MCL (ver Ortega-Paino et al.,
supra) y que su supresión inhibiría la proliferación del
tumor.
Sorprendentemente, los Inventores de la presente
invención han observado que SOX11 y HDGFRP3, entre otros genes, no
están expresados en células MCL extraídas de pacientes
diagnosticados con MCL con un curso indolente de la enfermedad.
Así, el primer aspecto de la presente invención
proporciona un método para el pronóstico de un linfoma de células
del manto con un curso clínico indolente, que comprende los pasos
de: a) proporcionar una muestra de un paciente que padezca linfoma
de células del manto; b) determinar el nivel de expresión de al
menos un gen seleccionado del grupo que consiste en: RNGTT, HDGFRP3,
FARP1, HMGB3, LGALS3BP, PON2, CDK2AP1, DBN1, CNR1, CNN3, SOX11,
SEMAR y CSNK1E en la muestra; y c) comparar el nivel de expresión de
cada uno de los genes medidos con respecto al nivel de expresión de
los mismos genes en una muestra control;
donde la ausencia de expresión o la poca
expresión de los genes con respecto a los mismos genes en la muestra
control es indicativa del curso clínico indolente del linfoma de
células del manto.
Tal como se muestra después, el conjunto de
genes del método de la presente invención tiene un patrón de
expresión diferencial diferente en una muestra de un paciente con
linfoma de células del manto con un curso indolente cuando se
compara con una muestra de un paciente que padece un MCL
convencional. Particularmente, los inventores han encontrado que los
genes mencionados están sobreexpresados en células derivadas de MCL
convencional y poco expresados o no expresados en iMCL. Este patrón
de expresión diferencial hace del método relacionado con el primer
aspecto de la invención una valiosa herramienta que permite
distinguir con alta precisión entre las dos formas de MCL, el
convencional (cMCL, que está relacionado con una progresión rápida y
agresiva de la enfermedad) y el indolente (iMCL, que está
relacionado con una progresión menos agresiva de la enfermedad).
Hasta ahora, las herramientas disponibles en el
estado de la técnica han sido para el diagnóstico de MCL como un
linfoma altamente agresivo. De esta manera, cuando se diagnosticaba
al sujeto con MCL se le sometía a quimioterapia (que es el
tratamiento más agresivo para evitar la progresión del tumor).
Ventajosamente, se puede utilizar el método de
la presente invención para identificar a aquellos pacientes con
iMCL, que se caracterizan por tener una evolución lenta, en
comparación con pacientes con cMCL, que se caracterizan por un tumor
altamente agresivo. En otras palabras, el método de la invención
puede utilizarse como una herramienta para clasificar un paciente
diagnosticado con MCL dentro de la categoría de indolente o
convencional. Los pacientes que padecen de una forma indolente de
MCL tienen una supervivencia más larga y no necesitan tratarse con
una quimioterapia agresiva mientras que los pacientes con cMCL
necesitan estar sujetos inmediatamente a una terapia intensiva.
Hasta la fecha, no se podía predecir la forma indolente de la
enfermedad de ninguna manera, resultando así en la administración de
terapias agresivas en pacientes que no las necesitarían y
causándoles un sufrimiento innecesario. Consecuentemente, el método
de invención es de importancia para el campo de la terapia del
cáncer porque permitirá a la comunidad médica la aplicación de
estrategias de tratamiento adaptadas al riesgo en pacientes que
padecen
MCL.
MCL.
Como muestra de control de la etapa c), los
inventores han utilizado células tumorales extraídas de pacientes a
los que se les ha diagnosticado cMCL, es decir pacientes que
necesitan terapia a causa de la rápida progresión (siguiendo los
criterios estándar descritos por Cheson B.D. et al".,
Revised Response Criteria for Malignant Lymphoma", J. Clin.
Oncol. 2007, vol. 25, p. 579-86).
Por "pronóstico" se incluye el acto o
proceso de predecir el curso y el resultado probables de un linfoma,
p. ej. determinando la probabilidad de supervivencia.
SOX11 (SRY (región Y determinante del sexo)-
caja 11) codifica un miembro de la familia SOX de los factores de
transcripción implicados en la regulación del desarrollo embrionario
y en la determinación del destino de la célula. Las proteínas se
agrupan dentro de esta familia si contienen un dominio HMG (del
inglés High Mobility Group) de unión al ADN con una similitud alta
en 25 aminoácidos (habitualmente >50%) respecto al dominio HMG de
Sry, una proteína determinante del sexo. La secuencia del gen está
disponible en la base de datos Genbank con el número de referencia
NM_003108. La proteína codificada por SOX11 puede actuar como un
regulador transcripcional después de formar un complejo de proteínas
con otras proteínas. La proteína puede funcionar en el sistema
nervioso en vías de desarrollo y en tumorigénesis. Hay documentos
recientes en el estado de la técnica que revelan una relación
directa entre la sobreexpresión de SOX11 y el diagnóstico de MCL.
Sorprendentemente, tal como se muestra en los ejemplos de abajo, los
inventores han observado que el SOX11 no se expresa en células MCL
extraídas de pacientes con un curso indolente de la enfermedad.
HDGFRP3 (factor de crecimiento derivado del
hepatoma, proteína 3 relacionada, número de referencia de Genbank
NM_016073.2) es un miembro de la familia del factor de crecimiento
derivado del hepatoma (HDGF). Los HDGFs comparten todos un motivo de
secuencia común en su dominio N-terminal, llamado la
región HATH (homólogo al término amino de HDGF). Se ha descrito que
el HDGF estimula el crecimiento de fibroblastos y de algunas células
de hepatoma. Autores anteriores han descrito la sobreexpresión de
HDGFRP3 en MCL, y que su inactivación inhibe la proliferación. Sin
embargo, los inventores han observado que sorprendentemente las
células extraídas de un MCL que tiene un curso clínico indolente, no
tienen expresión para este gen.
CNN3 (calponina 3, número de referencia de
Genbank NP_001830.1) codifica una proteína con un extremo
C-terminal marcadamente ácido que se asocia con el
citoesqueleto pero que no está implicado en la contracción.
Originalmente, se aisló FARP1 (FERM, RhoGEF
(ARHGEF) y proteína 1 de dominio pleckstrina (derivada de
condrocito), número de referencia de Genbank NM_001001715) por medio
de hibridización sustractiva debido a su expresión aumentada en
condrocitos diferenciados versus condrocitos desdiferenciados. La
proteína resultante contiene un dominio predicho del tipo ezrina, un
dominio de homología Dbl, y un dominio de homología de pleckstrina.
Se cree que es un miembro de la superfamilia de la banda 4.1 cuyos
miembros unen el citoesqueleto a la membrana de célula. Para este
gen se han encontrado dos variantes transcripcionales producidas por
corte y empalme alternativo que codifican isoformas distintas.
PON2 (paraoxonasa 2, número de referencia de
Genbank NM_000305) codifica un miembro de la familia del gen del
paraoxonasa, que incluye tres miembros conocidos situados adyacentes
entre ellos en el brazo largo del cromosoma 7. La proteína
codificada se expresa ubicuamente en tejidos humanos, unida a la
membrana, y puede actuar como un antioxidante celular, protegiendo a
las células del estrés oxidativo. La actividad hidrolítica contra
las lactonas acilhomoserina, que son importantes mediadores
bacterianos de quorum sensing, sugiere que la proteína codificada
puede también tener un papel en las respuestas de defensa a las
bacterias patogénicas. Se pueden asociar las mutaciones en este gen
con una enfermedad vascular y con un número de fenotipos
cuantitativos relacionados con la diabetes.
DBN1 (drebrina 1, número de referencia de
Genbank NM_004395) codifica una proteína citoplásmática de unión a
la actina que se cree que hace un papel en el proceso de crecimiento
neuronal. Es un miembro de la familia de proteínas drebrina que
están reguladas durante el desarrollo en el cerebro.
RNGTT (ARN guanililtransferasa y
5-fosfatasa, número de referencia de Genbank
NM_003800) codifica una enzima que tiene actividades en la adición
de la caperuza al ARNm y en la defosforilación de aminoácidos de las
proteínas.
CSNK1E (caseína quinasa 1 epsilon, número de
referencia de Genbank NM_001894) codifica una serina/treonina
proteína quinasa y un miembro de la familia de proteínas de caseína
quinasa I, cuyos miembros se han relacionado con el control de
procesos citoplasmáticos y nucleares, incluyendo la replicación y
reparación del ADN.
Se ha descrito que SETMAR (gen de fusión del
dominio SET y mariner transposasa, número de referencia de Genbank
NM_006515) está implicado en la reparación y transposición del
ADN.
HMGB3 (grupo de alta movilidad caja 3, número de
referencia de Genbank NM_005342) pertenece a la superfamilia de
proteína del grupo de alta movilidad (HMG). Como HMG1 (MIM 163905) y
HMG2 (MIM 163906), HMGB3 contiene cajas dominio de unión al ADN y se
clasifica dentro de la subfamilia "HMG box". Se cree que
miembros de la subfamilia "HMG box" tienen un papel fundamental
en la replicación del ADN, en el ensamblaje del nucleosoma y en la
transcripción.
Parece ser que LGALS3BP (lectina, de unión a
galactósido, soluble, 3 proteína de unión, número de referencia de
Genbank NM_005567) está implicado en la respuesta inmune asociada
con las células asesinas naturales (NK) y la citotoxicidad de las
células asesinas activadas por linfoquinas (LAK).
CDK2AP1 (proteína asociada a CDK2 1, número de
referencia de Genbank NM_004642) codifica una proteína que regula
negativamente la actividad de CDK2 secuestrando la forma monomérica
de CDK2, y dirigiendo a CDK2 hacia la proteólisis. Se descubrió que
esta proteína también interacciona con la ADN polimerasa
alfa/primasa y actúa de mediadora en la fosforilación de la
subunidad grande p180, que sugirió un papel regulatorio en la
replicación de ADN durante la fase S del ciclo celular.
CNR1 (receptor de cannabinoide tipo 1, número de
referencia de Genebank NM_016083) codifica una proteína que se
encuentra en el cerebro y se activa por la droga psicoactiva
cannabis y por un grupo de neurotransmisores endocannabinoides. Se
sabe que la proteína está implicada en la lipogénesis, la actividad
gastrointestinal, la actividad cardiovascular y el dolor.
En una realización del primer aspecto de la
invención se selecciona al menos uno de los genes del grupo que
consiste en: SOX11, FARP1, PON2, HDGFRP3, CNN3, DBN1, y HMGB3. Tal
como se muestra en los ejemplos de abajo, estos genes están
expresados más diferencialmente en células iMCL comparativamente con
células cMCL. Entre los genes mencionados, los genes con mejor
expresión diferencial son SOX11, HDGFRP3 y CNN3. Más
preferiblemente, el método de la invención se lleva a cabo
determinando el nivel de expresión de SOX11.
De acuerdo con la presente invención, el
pronóstico del iMCL puede realizarse determinando la expresión de al
menos uno de los genes mencionados anteriormente. De esta manera, el
experto en la materia puede elegir determinar: (a) la expresión de
solo uno de los genes anteriores, (b) la expresión de varios genes,
o (c) la expresión de todos los genes mencionados anteriormente.
Preferiblemente, se determinará la expresión de los genes detallados
en las realizaciones preferidas. Por ejemplo, la persona experta en
la materia puede elegir determinar la expresión de SOX11 y CNN3,
solos o junto a uno o más genes de la lista de 13 genes mencionados
anteriormente. También se podría llevar a cabo el método de la
invención determinando la expresión de los genes SOX11, FARP1, PON2,
CNN3, DBN1 y HMGB3. También será aparente para el experto en la
materia que el método de la invención puede utilizarse junto con
otros marcadores diagnósticos o pronósticos clínicos, patológicos o
moleculares para complementar la información obtenida por los
mencionados biomarcadores en el diagnóstico o pronóstico del
MCL.
En el sentido de la presente invención, se
pueden realizar determinaciones cualitativas,
semi-cuantitativas o cuantitativas del nivel de
expresión de los genes mencionados. El nivel de expresión de un gen
se puede determinar a nivel genómico, detectando la cantidad de ARNm
que ha sido transcrita del mencionado gen, o a un nivel proteómico,
detectando la cantidad de proteína codificada por el mencionado gen
que ha sido traducida en la célula.
Así, en otra realización del primer aspecto de
la invención, la determinación del nivel de expresión de la etapa
(b) se lleva a cabo determinando la cantidad de ARNm del (los)
gen(es) mencionado(s). Los métodos para determinar la
cantidad de ARNm de un gen particular en una muestra son bien
conocidos en el estado de la técnica.
La reacción en cadena de la polimerasa (PCR,
"polymerase chain reaction") es el método más extensamente
utilizado para la amplificación enzimática in vitro de los
ácidos nucleicos, pero no es el único. Se puede utilizar la reacción
en cadena de la ligasa (LCR, "ligase chain reaction") por
ejemplo, para la detección sensible de una secuencia de ADN con una
especificidad mayor en comparación con la PCR (se puede utilizar la
LCR para la discriminación entre alelos). Durante la LCR, para cada
una de las dos cadenas de ADN, se unen dos sondas parciales para
formar la real; así, la LCR utiliza dos enzimas: una ADN polimerasa
y una ADN ligasa. Cada ciclo resulta en la duplicación de la
molécula de ácidos nucleico diana.
Un método cuantitativo para la determinación de
ácidos nucleicos es la PCR a tiempo real. Se utiliza la PCR a tiempo
real, también llamada PCR cuantitativa a tiempo real (qPCR), para
amplificar y cuantificar simultáneamente una molécula diana de ADN.
El procedimiento sigue el principio general de la reacción en cadena
de polimerasa; su característica clave es que se cuantifica el ADN
amplificado tal como se acumula en la reacción a tiempo real después
de cada ciclo de amplificación. Dos métodos comunes de
cuantificación son la utilización de marcadores fluorescentes que se
intercalan en el ADN de doble cadena, y de sondas oligonucleotídicas
de ADN modificadas que emiten fluorescencia cuando hibridan con un
ADN complementario.
Se han desarrollado más estrategias basadas en
la PCR original para la amplificación de ARN, como la transcripción
reversa seguida de la reacción en cadena de polimerasa
(RT-PCR). En esta técnica, se transcribe primero de
forma reversa la cadena de ARN en su ADN complemento o ADN
complementario, seguido de la amplificación del ADN resultante
utilizando la reacción en cadena de la polimerasa. Otro método que
se utiliza en biología molecular para amplificar las secuencias de
ARN es la amplificación basada en la secuencia de ácidos nucleicos
(NASBA, "nucleic acid sequence based amplification"). Explicado
brevemente, NASBA trabaja de la siguiente manera: (a) se suministra
el molde de ARN a la mezcla de reacción y el primer cebador se une a
su lugar complementario en el extremo 3' del molde; (b) la
transcriptasa reversa sintetiza la opuesta, la cadena de ADN
complementario; (c) la ARNasa H destruye el molde de ARN (la ARNsa H
solamente destruye el ARN en híbridos ARN-ADN, pero
no el ARN de cadena sencilla); (d) el segundo cebador se une al
extremo 5' de la cadena de ADN y la 5-T7 ARN
polimerasa produce una cadena complementaria de ARN que se puede
utilizar otra vez en la etapa (a). Se ha introducido el NASBA en
diagnósticos médicos, donde ha mostrado da resultados más rápidos
que la PCR, y también puede ser más sensible. La transcripción
reversa seguida de PCR y NASBA son técnicas adecuadas para la
determinación de la expresión del génica.
Preferiblemente, el nivel de expresión de los
genes se determina por RT-PCR. Más preferiblemente,
el método para determinar el nivel de expresión de los genes es la
transcripción reversa seguida de PCR cuantitativa.
Otras técnicas apropiadas para la determinación
de la expresión de los genes es el cribado mediante macroarray, el
cribado mediante microarray y el cribado mediante nanoarray.
En otra realización del primer aspecto de la
invención, el nivel de expresión del/los gen(es)
seleccionado(s) se determina por la cantidad de
proteína(s) codificadas por el/los mencionado(s)
gen(es).
Se conocen varios métodos en el estado de la
técnica para determinar la cantidad de una proteína determinada en
una muestra. Generalmente, estos métodos utilizarán grupos de
unión.
Por "grupo de unión" se entiende una
molécula o segmento de molécula capaz de unirse específicamente a
una proteína diana (en el presente caso la proteína diana es la
proteína codificada por el gen del cual se determina su expresión).
Preferiblemente el grupo de unión puede ser una molécula
polipeptídica (como un anticuerpo o fragmento del mismo) o un
aptámero de ácido nucleico, entre otros.
Los grupos de unión polipeptídicos se pueden
identificar por medio de un método de cribado. Un método de cribado
apropiado para identificar péptidos u otras moléculas que se unen
selectivamente a una proteína diana puede comprender el contacto de
la proteína diana con un péptido u otra molécula de prueba bajo
condiciones en las cuales puede tener lugar la unión, y entonces
determinar si la molécula o el péptido de prueba se ha unido a la
proteína o péptido diana. En el campo de la bioquímica se conocen
bien los métodos de detección de la unión entre dos grupos. Las
moléculas de unión polipeptídicas utilizadas más frecuentemente son
anticuerpos.
"Anticuerpo" se refiere a un anticuerpo
completo, incluyendo sin limitación un anticuerpo quimérico,
recombinante, transgénico, humanizado, injertado y de una única
cadena, y similares, así como cualquier proteína de fusión, sus
conjugados, sus fragmentos, o sus derivados que contengan uno o más
dominios que se unen selectivamente a la proteína diana o péptido.
Un fragmento de anticuerpo significa un Fv, un Fv unido por enlace
disulfuro, scFc, Fab, Fab', o fragmento F(ab')2, que se
conocen bien en el campo, o cualquier parte del anticuerpo con
tamaño y conformación adecuados para unirse a la proteína diana o
péptido. Hay varias ventajas derivadas de utilizar fragmentos de
anticuerpos, en lugar de anticuerpos completos. Por ejemplo, el
tamaño más pequeño de los fragmentos puede llevar a una mejor
penetración en el lugar diana, y se eliminan funciones efectoras de
anticuerpos completos como la fijación del complemento. Los Fab, Fv,
ScFv y fragmentos de anticuerpo dAb pueden expresarse y excretarse
en E. coli, permitiendo así una producción fácil de grandes
cantidades de estos fragmentos. Cuando se utilizan anticuerpos
completos para la presente invención, se prefieren anticuerpos
monoclonales.
Como se indica antes, los aptámeros también son
grupos de unión preferidos. Los aptámeros son moléculas de ácido
nucleico que están diseñados de tal manera que pueden unirse a la
molécula diana deseada (en el presente caso la molécula diana es la
proteína codificada por el gen del cual se determina su expresión) y
mostrar resistencia a nucleasa. Los aptámeros pueden sintetizarse a
través de rondas repetidas in vitro de partición, selección y
amplificación, una metodología conocida en el estado de la técnica
como "SELEX". Alternativamente, pueden sintetizarse por ejemplo
por fase sólida "stepwise".
Los grupos de unión como los anticuerpos se
utilizan frecuentemente para la determinación de la expresión de una
proteína determinada dentro de una célula por medio de técnicas
inmunohistoquímicas o inmunofluorescentes. Preferiblemente, la
técnica a utilizar en la presente invención es la inmunohistoquímica
(IHC). La IHC es una técnica bien conocida que se utiliza
ampliamente para comprender la distribución y localización de
biomarcadores y proteínas expresadas diferencialmente en diferentes
partes de un tejido biológico.
En un segundo aspecto, la presente invención
proporciona un kit para llevar a cabo el método de acuerdo al primer
aspecto de la invención, que comprende medios adecuados para
determinar el nivel de expresión de al menos un gen seleccionado del
grupo que consiste en: RNGTT, HDGFRP3, FARP1, HMGB3, LGALS3BP, PON2,
CDK2AP1, DBN1, CNR1, CNN3, SOX11, SEMAR, y CSNK1E. Preferiblemente
el kit comprende medios adecuados para determinar el nivel de
expresión de al menos un gen seleccionado del grupo que consiste en:
SOX11, HDGFRP3, CNN3, FARP1, PON2, DBN1 y HMGB3. Más
preferiblemente, el kit comprende medios adecuados para determinar
el nivel de expresión de al menos un gen seleccionado del grupo que
consiste en: SOX11, HDGRP3 y CNN3. Todavía más preferiblemente, el
kit comprende medios adecuados para determinar el nivel de expresión
de SOX11.
El kit puede incluir medios específicos para la
determinación del ARNm del/los gen(es) por una transcripción
reversa seguida de PCR cuantitativa. El kit puede contener entonces
todos los reactivos necesarios y controles para realizar la
transcripción reversa seguida de PCR cuantitativa, incluyendo
oligonucleótidos apropiados como cebadores para la amplificación de
los genes seleccionados.
En otra realización del segundo aspecto de la
invención, el kit contiene medios adecuados para determinar la
cantidad de proteína codificada por al menos uno de los genes
mencionados anteriormente.
El kit de la invención puede contener grupos de
unión que se unen específicamente a las proteínas codificadas por
los genes mencionados y también medios adicionales para realizar la
determinación de las mencionadas proteínas. Por ejemplo, si la
técnica seleccionada es el western blot, el kit puede contener
también soluciones tampón y reactivos para electroforesis y
transferencia, así como reactivos de desarrollo y muestras de
control, como marcadores de peso molecular de proteína. Si la
técnica a utilizar es IHC el kit puede adicionalmente contener
reactivos y controles para realizar la IHC.
Se puede utilizar el kit proporcionado por la
invención presente en la práctica clínica rutinaria para identificar
pacientes que padecen un MCL con un curso clínico indolente,
diferenciando así estos pacientes de otros pacientes que padecen un
tipo de enfermedad más convencional y agresiva. Con el kit de la
invención los médicos podrán aplicar estrategias de tratamiento más
individualizadas y adaptadas al riesgo de los pacientes que padezcan
MCL.
En un tercer aspecto, la presente invención se
refiere al uso de SOX11 como marcador para el pronóstico de un
linfoma de células del manto con un curso clínico indolente.
A lo largo de la descripción y las
reivindicaciones la palabra "comprende" y sus variantes no
pretenden excluir otras características técnicas, aditivos,
componentes o pasos. Para los expertos en la materia, otros objetos,
ventajas y características de la invención se desprenderán en parte
de la descripción y en parte de la práctica de la invención. Los
siguientes ejemplos y dibujos se proporcionan a modo de ilustración,
y no se pretende que sean limitativos de la presente invención.
Además, la presente invención cubre todas las posibles combinaciones
de realizaciones particulares y preferidas aquí indicadas.
Fig. 1: Estimación de
Kaplan-Meier de la supervivencia total en 112
pacientes con MCL en las series de validación en relación con la
expresión SOX11 tal como está determinada por inmunohistoquímica de
tejidos tumorales fijados en formalina e incluidos en parafina. Cada
línea representa un subgrupo de pacientes MCL tal como están
definidos por la expresión SOX11: A) pacientes con expresión
negativa de SOX11 (n=15, fallecidos: 4); y B) pacientes con
expresión positiva de SOX11 (n=97, fallecidos: 68).
Se seleccionaron para el estudio doce pacientes
diagnosticados con MCL (desde mayo de 1994 a agosto de 2005) que
mostraban un curso clínico indolente durante más de dos años (media
6.4 años; rango de 2.5 a 10.4) sin quimioterapia. Estos casos fueron
llamados MCL indolente (iMCL) y se compararon con 15 convencionales
MCL (cMCL) que requerían quimioterapia y tenían disponibles células
tumorales en sangre periférica. Todos los casos tenían la
t(11; 14) y expresaban ciclina D1. Diez de los 12 iMCL habían
sido diagnosticados inicialmente como linfomas esplénicos de la zona
marginal (SMZL) (4 casos), leucemia linfocítica crónica (CLL) (4
casos), o neoplasia leucémica linfoide, no especificada de otra
manera (2 casos) y reclasificados como MCL durante la evolución de
la enfermedad cuando se identificó una translocación t(11;
14) y una sobreexpresión de ciclina D1. Se diagnosticó a los dos
pacientes adicionales con un MCL incidental "in situ" en
una biopsia de ganglio linfático en la cual las células positivas de
ciclina D1 estaban restringidas a la zona del manto de folículos de
otra manera reactivos. A pesar del diagnóstico de MCL, no se
consideró a ninguno de los 12 pacientes para quimioterapia a causa
de la evidencia de una enfermedad estable indolente desde el momento
del diagnóstico inicial hasta la reclasificación como MCL, o a causa
de la limitada enfermedad. Las características principales de los 12
iMCL y los 15 cMCL se resumen en la Tabla 1.
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
Los pacientes con iMCL tenían enfermedad
leucémica (11 pacientes) y ninguna evidencia (10 pacientes) o
solamente una linfoadenopatía aislada (>1 cm) (2 pacientes). Se
relacionan las principales características de los pacientes en la
Tabla 1 de arriba. Se realizó una esplenectomía a 5 pacientes y
ninguno recibió quimioterapia al diagnóstico. Después de un
seguimiento medio de 6.4 años, dos pacientes mostraron una
progresión de la enfermedad a 5 y 7 años después del diagnóstico. Un
paciente recibió clorambucil y finalmente fue esplenectomizado. El
otro desarrolló una linfoadenopatía periférica y una afectación
gastrointestinal y fue tratado con
rituximab-clorambucil, obteniendo una respuesta
completa.
\vskip1.000000\baselineskip
Se aislaron células mononucleares de sangre
periférica de 7 iMCL y 15 cMCL por medio de centrifugación en
gradiente, se congelaron en dimetil sulfóxido (DMSO) y se guardaron
en nitrógeno líquido hasta su análisis. Se purificaron las células
tumorales (>98% como determinadas por citometría de flujo)
utilizando microbolas magnéticas anti-CD19 (Miltenyi
Biotech®, Bergisch Gladbach, Alemania). Se purificaron también
células tumorales periféricas de 17 CLL, 7 linfoma fulicular (FL), 4
SMZL, 3 "hairy cell" leucemias (HCL), y 2
HCL-variantes (HCLv) diagnosticadas en relación con
la clasificación WHO (cfr. Swerdlow S.H. et al., (Eds) "WHO
Classification of Tumours of Haematopoietic and Lymphoid
Tissues", 2008, Fourth Edition. Lyon: IARC press).
Se extrajo el ARN total de las células tumorales
purificadas con el reactivo TRIzol® siguiendo las recomendaciones
del fabricante (Invitrogen Life Technologies®, Carlsbad, CA, USA).
Se examinó la integridad del ARN con el Agilent 2100 Bioanalyser
(Agllent Technologies®, Palo Alto, CA, USA) y solamente se
hibridizaron muestras de ARN de alta calidad con arrays Affymetrix
GeneChip® Human Genome U133 plus 2.0 (Affymetrix®), según los
protocolos standard de Affymetrix. El análisis de las imágenes
escaneadas y la determinación del valor de señal para cada juego de
sondas del array se obtuvieron con el GeneChip® Operating Software
(GCOS, Affymetrix®). Se realizó la normalización de datos por medio
del método global de escala con una intensidad diana establecida en
150. Se realizó el análisis de datos con el DNA-Chip
analyzer software 2006 (dChip, Boston, MA, USA) y
BRB-Array Tools, v.3.6.0 software® (cfr. Simón R.M.
et al., "Design and Analysis of ADN Microarray
Investigations" 2004, New York: Springer-Verlag).
Para realizar un análisis no supervisado de todos los casos
B-NHL, los genes se filtraron según la desviación
estándar (SD) a través de las muestras (1<SD<1000) y el nivel
de expresión (log2 señal \geq 7 en \geq 10% de muestras). En
total se retuvieron 3644 juegos de sondas después de aplicar los
criterios de filtrado descritos arriba, y se utilizaron para el
análisis de agrupamiento usando una correlación centrada como
distancia métrica y conexión de promedio. Se evaluó la solidez del
grupo utilizando la medida R (reproducibilidad) descrita por McShane
et al. (cfr. "Methods for assessing reproducibility of
clustering patterns observed in analysis of microarray data",
Bioinformatics 2002, vol. 18, p. 1462-9) e
implementada en BRB-Array Tools. Un R de 1 significa
una perfecta reproducibilidad de ese grupo, y un R de 0 significa no
reproducibilidad del grupo. Para el análisis supervisado de muestras
MCL, se determinaron las llamadas de detección de gen con el
software dChip y solamente se consideraron para un análisis
posterior los juegos de sondas que estaban presentes en por lo menos
75% de casos de MCL indolentes y convencionales. Además, se asignó
un valor arbitrario de 10 antes de la transformación log2 a los
juegos de sondas con una expresión por debajo de 10 antes de la
transformación log2. En total, se utilizaron 22732 juegos de sondas
para el análisis diferencial de expresión génica utilizando el
método de análisis significativo de datos de microarrays (SAM)
implementado en BRB-Array Tools (cfr. Simón R.M.
et al., supra). Se utilizaron dos niveles de
significación para detectar los genes expresados diferencialmente,
considerando una Proporción de Descubrimiento Falso media (FDR) <
0.1 y un percentil nonagésimo FDR < 0.1.
Se calculó el valor de la firma de proliferación
molecular de los tumores tal como la describe Rosenwald et
al. (cfr. "The proliferation gene expresión signature is a
quantitative integrator of oncogenic events that predicts survival
in mantle cell lymphoma", Cancer Cell 2003, vol. 3, p.
185-97) utilizando 18 genes de los 20 de la firma de
proliferación que estaban presentes en el Affymetrix GeneChip® Human
Genome U133 plus 2.0. Cuando más de un juego de sondas estaba
presente para un gen específico los inventores utilizaron el
promedio como el valor de expresión génica para ese gen. Se
estandardizaron a través de las muestras los valores de expresión
génica y se informó del promedio de los dieciocho genes como un
valor de la firma de proliferación para cada muestra.
Para determinar la relación molecular de iMCL
con cMCL y otras neoplasias leucémicas linfoides los inventores
compararon el perfil de expresión génica de 7 iMCL, 15 cMCL, 17 CLL,
7 FL, 4 SMZL, 3 HCL y 2 HCLv. El análisis no supervisado jerárquico
de grupo reveló que todas las muestras estaban agrupadas según su
diagnóstico en cuatro grupos principales correspondiendo a
SMZL/HCL/HCLv, CLL, MCL, y FL (datos no mostrados). Se agruparon
juntos los iMCL y cMCL en un grupo robusto
(R-index=0.997). Este resultado apoya la idea que el
iMCL y el cMCL comparten un perfil de expresión génica común que es
diferente de las otras neoplasias leucémicas
linfoides.
linfoides.
El grupo MCL mostró una distribución asimétrica
de cMCL y de iMCL en dos subgrupos. Los inventores realizaron un
análisis supervisado para identificar los genes expresados
diferencialmente entre los dos subtipos utilizando el algoritmo de
análisis significativo de datos de microarrays (SAM). Cuando los
inventores consideraron una Proporción de Descubrimiento Falso media
(FDR) < 0.1, se seleccionaron 569 juegos de sondas como
diferencialmente expresadas (datos no mostrados). Un análisis más
riguroso (percentil nonagésimo FDR < 0.1) identificó 23 juegos de
sondas correspondiendo a trece genes anotados: RNGTT, HDGFRP3,
FARP1, CSNK1E, SETMAR, HMGB3, LGALS3BP, PON2, CDK2AP1, DBN1, CNR1,
CNN3, y SOX11 (Tabla 2). Estos genes estaban expresados fuertemente
en 13 de los 15 cMCL y poco expresados en todos los iMCL.
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
\vskip1.000000\baselineskip
(Tabla pasa a página
siguiente)
\newpage
Tres de estos genes, SOX11, HDGFRP3, y CNN3, se
expresaron mucho en 13 de los 15 cMCL y fueron virtualmente
negativos en todos los iMCL (P<0.001). No se detectaron
diferencias significativas en los niveles de ciclina D1 o en la
firma de proliferación basada en microarrays entre iMCL y cMCL
(datos no mostrados). Se analizaron las diferencias de expresión
entre iMCL y cMCL con un T-test y utilizando el SPSS
software package versión 14.0 (SPSS® Inc).
Para validar los resultados de los datos de
expresión de los microarrays los inventores
re-examinaron los niveles de ARNm de SOX11, HDGFRP3,
y CNN3 por transcripción reversa seguida de PCR cuantitativa. Un
\mug del ARN total de los 7 casos de iMCL y los 15 cMCL se trató
con Turbo ADNasa (Ambion® Inc, Austin, TX, USA). Se sintetizó
entonces ADN complementario (cADN) utilizando el sistema Superscript
III^{TM} (Invitrogen®) y siguiendo las instrucciones del
fabricante. Se determinaron los niveles de expresión génica con los
siguientes ensayos predesarrollados (Applied Biosystems®): SOX11
Hs00846583_s1; HDGFRP3 Hs01016437_m1; y CNN3 Hs00156565_m1. Se
calcularon los niveles de expresión con el método
2-^{\Delta \Delta Ct} utilizando human
\beta-glucoronidasa (GUS) como control endogéneo y
la línea celular Jurkat como calibrador matemático (cfr. Livak K.J.
et al., "Analysis of relative gene expression data using
real-time quantitative PCR and the 2(-Delta Delta
C(T)) Method", Methods 2001, vol. 25, p.
402-8). Se analizó la correlación entre las medidas
de microarrays y de la transcripción reversa seguida de PCR con el
test de correlación de Pearson. Se encontró que los niveles de
microarray versus los niveles de qRT-PCR era
R^{2}=0.89, 0.93 y 0.97, para SOX11, HDGFRP3, y CNN3,
respectivamente. Estos datos confirman la correlación entre los
resultados obtenidos para los niveles de expresión de ARNm por
microarrays y transcripción reversa seguida de PCR cuantitativa.
\vskip1.000000\baselineskip
Los inventores buscaron anticuerpos fidedignos
para calcular la expresión de proteína de los genes expresados
diferencialmente entre iMCL y cMCL en biopsias procesadas
rutinariamente y encontraron solamente un anticuerpo comercial
contra SOX11. De esta manera, se pudieron investigar por
inmunohistoquímica las secciones de tejido que se utilizaron para el
diagnóstico de MCL en 12 cMCL y 11 iMCL.
Se realizó inmunohistoquímica en tejidos fijados
con formalina, incluidos en parafina con el método
EnVision+System Peroxidase (DAB) (DAKO®, Carpintería, CA). Se hizo el desenmascaramiento del antígeno calentando muestras en solución de ácido etilenediaminetetraacético (EDTA) en un horno microondas. Se utilizó un anticuerpo primario contra SOX11 (HPA000536, Atlas Antibodies®, Stockholm, Sweden) a una dilución de 1/100. La expresión inmunohistoquímica de SOX11 solamente se detectó en secciones de tejido fijadas con formalina. Las biopsias de médula de hueso y los tejidos fijados con B-5 no se pudieron evaluar. Según la descripción original, la expresión de proteína SOX11 se identificó como una tinción nuclear fuerte de las células linfoides.
EnVision+System Peroxidase (DAB) (DAKO®, Carpintería, CA). Se hizo el desenmascaramiento del antígeno calentando muestras en solución de ácido etilenediaminetetraacético (EDTA) en un horno microondas. Se utilizó un anticuerpo primario contra SOX11 (HPA000536, Atlas Antibodies®, Stockholm, Sweden) a una dilución de 1/100. La expresión inmunohistoquímica de SOX11 solamente se detectó en secciones de tejido fijadas con formalina. Las biopsias de médula de hueso y los tejidos fijados con B-5 no se pudieron evaluar. Según la descripción original, la expresión de proteína SOX11 se identificó como una tinción nuclear fuerte de las células linfoides.
Concordantemente con los datos de los
microarrays, se detectó la expresión nuclear fuerte de SOX11 en 11
de los 12 cMCL, mientras que era negativa en los 6 iMCL examinados
previamente por microarrays. El cMCL negativo también era negativo
por ARNm. Los 5 iMCL adicionales que no pudieron estudiarse por
microarrays también eran negativos para la proteína SOX11. Así, el
ARNm de SOX11 y/o la expresión de proteína fueron negativos o
significativamente pocos expresados en todos los iMCL mientras que
estaba altamente expresado en 13 de los 15 cMCL.
\vskip1.000000\baselineskip
Para confirmar si el SOX11 podía ser un
biomarcador para reconocer dos subtipos de MCL con características
clinicopatológicas y evolución de la enfermedad diferentes, los
inventores investigaron por inmunohistoquímica la expresión de
proteína en una serie independiente de 112 pacientes diagnosticados
y tratados como MCL estándar sin tener en cuenta el status de SOX11.
Se diagnosticó a los 112 pacientes con MCL de 1986 a 2007 en el
Hospital Clínico de Barcelona, el Centro Nacional de Investigación
Oncológica, Madrid, España, y el Instituto de Patología, Würzburg,
Alemania. Estos casos tenían información clínica disponible y
secciones de tejido fijadas con formalina e incluidas en parafina,
que se habían utilizado para el diagnóstico de MCL. Se realizó la
inmunohistoquímica en estos tejidos. Se aprobó el estudio por el
Comité Ético Institucional de las respectivas instituciones.
Se detectó una expresión nuclear de SOX11 en 97
(87%) tejidos tumorales y estuvo ausente en 15 (13%). Las
principales características clínicas y biológicas de los pacientes
en relación con la expresión de SOX11 se resumen en la Tabla 3. Los
pacientes negativos para SOX11 tenían más frecuentemente
esplenomegalia, recuentos de glóbulos blancos y linfocitos más
elevados que los positivos para SOX11. En relación a la presentación
clínica, ocho pacientes mostraban una presentación clínica sin
ganglios linfáticos, 7 de ellos (87%) fueron negativos para SOX11 y
solamente 1 fue SOX11-positivo (P<0.001).
La mediana de la supervivencia total (OS) de la
serie fue de 4 años. Los pacientes negativos para SOX11 tuvieron una
OS más larga que los positivos para SOX11 (5-años
OS: 78% (95% intervalo de confianza [Cl]: 56-100)
vs. 36% (95% Cl: 25-47), respectivamente; P=0.001)
(Fig. 1). Dado que se ha descrito que el MCL con una presentación no
ganglionar puede ser una posible variante indolente de este tumor
(cfr. Orchard J. et al., supra), los inventores
examinaron si la variable más importante para OS era la presentación
ganglionar/no ganglionar o la expresión de SOX11 por medio de un
análisis de Cox. Solamente SOX11 retuvo un valor predictivo en este
modelo (p<0.001; riesgo relativo [RR]: 5.8). Finalmente, cuando
el índice de proliferación Ki67 se incorporó al modelo Cox, SOX11
(P=0.006; RR: 3.8) y Ki67 >50% (P=0.02; RR: 1.9) resultaron ser
las variables más importantes para OS.
Los inventores encontraron que una comparación
supervisada de los perfiles de expresión de los genes iMCL y cMCL
revelaba 13 genes con diferencias altamente significativas, todos
ellos sobreexpresados en cMCL y poco expresados en iMCL. Estos
hallazgos indican que la expresión de esta firma puede ser muy
específica de cMCL ya que estos genes no se expresaron en iMCL u
otras neoplasias leucémicas linfoides. Además, la falta de expresión
de SOX11 identificó un subgrupo de pacientes con presentación no
ganglionar, recuentos más altos de linfocitos, y una supervivencia
más larga similar a la de los iMCL inicial. Por el contrario, el MCL
con SOX11-positivo tenía una presentación
convencional nodular y una supervivencia peor. Además, los
inventores también encontraron que la expresión SOX11 podía
distinguir los casos de evolución favorable de MCL mejor que la
presentación nodular o el índice Ki67.
Claims (16)
1. Método para el pronóstico de un linfoma de
células del manto con un curso clínico indolente, que comprende los
pasos de:
a) proporcionar una muestra de un paciente que
padezca linfoma de células del manto;
b) determinar el nivel de expresión de al menos
un gen seleccionado del grupo que consiste en: RNGTT, HDGFRP3,
FARP1, HMGB3, LGALS3BP, PON2, CDK2AP1, DBN1, CNR1, CNN3, SOX11,
SEMAR y CSNK1E en la muestra; y
c) comparar el nivel de expresión de cada uno de
los genes medidos con respecto al nivel de expresión de los mismos
genes en una muestra control;
donde la ausencia de expresión o la poca
expresión de los genes con respecto a los mismos genes en la muestra
control es indicativa del curso clínico indolente del linfoma de
células del manto.
\vskip1.000000\baselineskip
2. Método según la reivindicación 1, donde el
nivel de expresión se determina para al menos un gen seleccionado
del grupo que consiste en: SOX11, HDGFRP3, CNN3, FARP1, PON2, DBN1 y
HMGB3.
3. Método según la reivindicación 2, donde el
nivel de expresión se determina para al menos un gen seleccionado
del grupo que consiste en: SOX11, HDGFRP3 y CNN3.
4. Método según la reivindicación 3, donde se
determina el nivel de expresión de SOX11.
5. Método según cualquiera de las
reivindicaciones anteriores, donde la determinación del nivel de
expresión del paso (b) se lleva a cabo determinando la cantidad de
ARNm del gen o genes seleccionados.
6. Método según la reivindicación 5, donde la
determinación se lleva a cabo por transcripción reversa seguida de
PCR cuantitativa.
7. Método según cualquiera de las
reivindicaciones 1-4, donde la determinación del
nivel de expresión del paso (b) se lleva a cabo determinado la
cantidad de proteína codificada por el gen o genes
seleccionados.
8. Método según la reivindicación 7, donde la
determinación se lleva a cabo por inmunohistoquímica.
9. Kit para llevar a cabo el método tal como se
define en cualquiera de las reivindicaciones 1-8,
que comprende medios adecuados para determinar el nivel de expresión
de al menos un gen seleccionado del grupo que consiste en: RNGTT,
HDGFRP3, FARP1, HMGB3, LGALS3BP, PON2, CDK2AP1, DBN1, CNR1, CNN3,
SOX11, SEMAR y CSNK1E.
10. Kit según la reivindicación 9, que comprende
medios adecuados para determinar el nivel de expresión de al menos
un gen seleccionado del grupo que consiste en: SOX11, HDGFRP3, CNN3,
FARP1, PON2, DBN1 y HMGB3.
11. Kit según la reivindicación 10, que
comprende medios adecuados para determinar el nivel de expresión de
al menos un gen seleccionado del grupo que consistente en: SOX11,
HDGFRP3 y CNN3.
12. Kit según la reivindicación 11, que
comprende medios adecuados para determinar el nivel de expresión de
SOX11.
13. Kit según cualquiera de las reivindicaciones
9-12, que comprende medios adecuados para determinar
la cantidad de proteína codificada por el gen o genes
seleccionados.
14. Kit según cualquiera de las reivindicaciones
9-12, que comprende medios adecuados para determinar
la cantidad de ARNm del gen o genes seleccionados.
15. Kit según la reivindicación 14, que
comprende sustancias requeridas para llevar a cabo una transcripción
reversa seguida de PCR cuantitativa.
16. Uso de SOX11 como un marcador para el
pronóstico de un linfoma de células del manto con un curso clínico
indolente.
Priority Applications (4)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| ES200901738A ES2352777B1 (es) | 2009-07-31 | 2009-07-31 | Metodo y kit para el pronostico del linfoma de celulas del manto |
| US13/387,658 US20120225432A1 (en) | 2009-07-31 | 2010-07-30 | Method and Kit for the Prognosis of Mantle Cell Lymphoma |
| PCT/ES2010/070531 WO2011012763A2 (es) | 2009-07-31 | 2010-07-30 | Método y kit para el pronóstico de linfoma de células del manto |
| EP10803952A EP2460892A4 (en) | 2009-07-31 | 2010-07-30 | METHOD AND TEST SET FOR THE PROGNOSIS OF COAT CELL LYMPHOMA |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| ES200901738A ES2352777B1 (es) | 2009-07-31 | 2009-07-31 | Metodo y kit para el pronostico del linfoma de celulas del manto |
Publications (2)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| ES2352777A1 true ES2352777A1 (es) | 2011-02-23 |
| ES2352777B1 ES2352777B1 (es) | 2012-01-23 |
Family
ID=43529766
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| ES200901738A Expired - Fee Related ES2352777B1 (es) | 2009-07-31 | 2009-07-31 | Metodo y kit para el pronostico del linfoma de celulas del manto |
Country Status (4)
| Country | Link |
|---|---|
| US (1) | US20120225432A1 (es) |
| EP (1) | EP2460892A4 (es) |
| ES (1) | ES2352777B1 (es) |
| WO (1) | WO2011012763A2 (es) |
Families Citing this family (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| US10607717B2 (en) | 2013-11-06 | 2020-03-31 | The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | Method for subtyping lymphoma types by means of expression profiling |
| JP7075896B2 (ja) * | 2016-04-20 | 2022-05-26 | アメリカ合衆国 | マントル細胞リンパ腫の評価及びそれに関連する方法 |
Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2006017239A1 (en) * | 2004-07-12 | 2006-02-16 | Sbarro Health Research Organization | Methods for determining presence of cancer by analyzing the expression of cdk9 and/or cyclin t1 in lymphoid tissue |
| WO2008139169A1 (en) * | 2007-05-11 | 2008-11-20 | Immunovia Ab | Sox11 expression in malignant lymphomas |
| WO2009063111A1 (es) * | 2007-11-14 | 2009-05-22 | Universidad De Barcelona | Método y kit para predecir la supervivencia de pacientes con linfoma de células del manto |
-
2009
- 2009-07-31 ES ES200901738A patent/ES2352777B1/es not_active Expired - Fee Related
-
2010
- 2010-07-30 US US13/387,658 patent/US20120225432A1/en not_active Abandoned
- 2010-07-30 EP EP10803952A patent/EP2460892A4/en not_active Withdrawn
- 2010-07-30 WO PCT/ES2010/070531 patent/WO2011012763A2/es active Application Filing
Patent Citations (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| WO2006017239A1 (en) * | 2004-07-12 | 2006-02-16 | Sbarro Health Research Organization | Methods for determining presence of cancer by analyzing the expression of cdk9 and/or cyclin t1 in lymphoid tissue |
| WO2008139169A1 (en) * | 2007-05-11 | 2008-11-20 | Immunovia Ab | Sox11 expression in malignant lymphomas |
| WO2009063111A1 (es) * | 2007-11-14 | 2009-05-22 | Universidad De Barcelona | Método y kit para predecir la supervivencia de pacientes con linfoma de células del manto |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| US20120225432A1 (en) | 2012-09-06 |
| WO2011012763A3 (es) | 2011-08-11 |
| WO2011012763A2 (es) | 2011-02-03 |
| EP2460892A4 (en) | 2013-03-13 |
| ES2352777B1 (es) | 2012-01-23 |
| EP2460892A2 (en) | 2012-06-06 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| US20230016456A1 (en) | ncRNA AND USES THEREOF | |
| US10941451B2 (en) | Biomarker panel for the detection of cancer | |
| US20160348178A1 (en) | Disease-associated genetic variations and methods for obtaining and using same | |
| JP6745820B2 (ja) | 前立腺がん予後判定の方法 | |
| US20150024956A1 (en) | Methods for diagnosis and/or prognosis of gynecological cancer | |
| US8735061B2 (en) | Biomarkers of cancer metastasis | |
| CN102947446B (zh) | 肺腺癌的预后预测方法、肺腺癌的检测试剂盒以及用于治疗肺腺癌的医药组合物 | |
| ES2906203T3 (es) | Variante de CIP2A novedosa y usos de la misma | |
| Lotan et al. | Urine-Based Markers for Detection of Urothelial Cancer and for the Management of Non–muscle-Invasive Bladder Cancer | |
| BR112019011031A2 (pt) | Método para estratificação de risco, produto de programa de computador, kit de diagnóstico e uso de um perfil de expressão gênica para estratificação de risco | |
| KR101847815B1 (ko) | 삼중음성유방암의 아형 분류 방법 | |
| ES2352777B1 (es) | Metodo y kit para el pronostico del linfoma de celulas del manto | |
| KR102384992B1 (ko) | 대장암 환자의 연령 특이적 바이오마커 및 이의 용도 | |
| US20130237444A1 (en) | Gbm molecular contexts associated with patient survival | |
| ES2343996B1 (es) | Metodo para la subclasificacion de tumores. | |
| WO2017168031A1 (es) | Uso de tcfl5/cha como nuevo marcador para el pronóstico y/o diagnóstico diferencial de leucemias linfoblásticas agudas | |
| WO2019215394A1 (en) | Arpp19 as biomarker for haematological cancers | |
| KR20210096801A (ko) | 종양형태에 따른 신장암의 예후 진단용 조성물 및 키트 | |
| WO2011070005A1 (en) | Egfr and pten gene alterations predicts survival in patients with brain tumors | |
| WO2015144968A1 (es) | Método de predicción de respuesta al tratamiento de la leucemia linfoblástica aguda |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| FG2A | Definitive protection |
Ref document number: 2352777 Country of ref document: ES Kind code of ref document: B1 Effective date: 20120123 |
|
| FD2A | Announcement of lapse in spain |
Effective date: 20180924 |