EP2914746A2 - Verfahren zur geschlechtsunabhängigen bestimmung von alterung - Google Patents

Verfahren zur geschlechtsunabhängigen bestimmung von alterung

Info

Publication number
EP2914746A2
EP2914746A2 EP13802255.3A EP13802255A EP2914746A2 EP 2914746 A2 EP2914746 A2 EP 2914746A2 EP 13802255 A EP13802255 A EP 13802255A EP 2914746 A2 EP2914746 A2 EP 2914746A2
Authority
EP
European Patent Office
Prior art keywords
seq
sample
aging
subject
genes
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Ceased
Application number
EP13802255.3A
Other languages
English (en)
French (fr)
Inventor
James ADJAYE
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Makrantonaki Eugenia
Zouboulis Christos C
Original Assignee
Makrantonaki Eugenia
Zouboulis Christos C
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Makrantonaki Eugenia, Zouboulis Christos C filed Critical Makrantonaki Eugenia
Publication of EP2914746A2 publication Critical patent/EP2914746A2/de
Ceased legal-status Critical Current

Links

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/68—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids
    • G01N33/6881—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing involving proteins, peptides or amino acids from skin
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/124—Animal traits, i.e. production traits, including athletic performance or the like
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/158—Expression markers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/16—Primer sets for multiplex assays

Definitions

  • the present invention relates to a method for determining the state of aging of a subject.
  • the method allows starting from certain nucleic acids or proteins and their expression levels
  • Age-related conditions within the meaning of this invention may be more particularly
  • the present invention also relates to a group of genes whose expression levels differ from the aging state of the subject - also
  • the invention relates to the determination of the expression level of the genes and the use of the
  • This invention also relates to devices, in particular arrays and chips, which can be used to determine the state of aging of a subject.
  • an object of the present invention is to enable a reliable and rapid, even gender-independent determination of the healthy state of aging of a subject, so that one can determine individual deviations that can lead to diseases.
  • the object is achieved by a method comprising the following steps: a. Providing a cell sample of a subject,
  • Comparison value wherein the comparison value is the expression level of the corresponding gene in a comparison sample and wherein the
  • expression level refers to the content of gene product of a particular gene per cell.
  • the gene product can be present both in the form of RNA and in the form of proteins.
  • the determination of the expression level can therefore be the determination of the amount of a protein or a nucleic acid, in particular RNA, include.
  • aging state preferably refers to the postnatal age of the subject
  • the state of aging is preferably to be regarded as the number of passages of the respective culture
  • the aging state can also be the presence of an age-associated disease or another age-associated condition
  • cancers especially cancers but also autoimmune diseases, e.g.
  • Erysipelas Erysipelas, urinary tract infection, pneumonia, zoster, metabolic diseases such. Metabolic syndrome, vascular diseases e.g. chronic venous
  • Insufficiency insufficiency, arterial occlusive disease, neurodegenerative diseases z. B. M. Alzheimer's, M. Parkinson's, musculoskeletal diseases, eg osteoporosis, Diseases of the internal organs such as coronary heart disease, COPD, precancerous lesions and tumors of the skin, eg. B. actinic keratoses,
  • Basal cell carcinoma Basal cell carcinoma, squamous cell carcinoma, leg ulcera (open leg).
  • the comparative value is inventively preferably determined by the
  • Expression levels can be determined from cell samples from subjects with known aging status.
  • the comparison value can be determined, for example, by a group of at least 2, preferably at least 5 and particularly preferably at least 10 comparable subjects with regard to the
  • Comparison subject (s) preferably belong to the same species as the subject to be examined.
  • the cell sample is a fixed animal tissue, in particular a skin sample, a saliva sample, a
  • the cell sample comprises at least one homogenate of cells.
  • the cell sample can be obtained from cell or tissue cultures or from living organism tissues, particularly a skin sample, a saliva sample, a smear cell sample, a blood sample, a urine sample or a stool sample after appropriate preparation.
  • both male and female genotype cells are suitable as cell samples.
  • preparations of the skin, preparations of the mucous membrane, a smear cell sample, a blood sample or a urine sample can be used as cell samples. This is particularly advantageous because skin, oral, genital and anal mucosa, blood, urine and stool are generally readily available for sampling.
  • Particularly suitable as a cell sample in this context are non-sun-exposed skin areas, since the aging there largely independent of external
  • Non-sun exposed skin areas are typically the Inside of the upper arm or the inside of the thigh and the buttocks.
  • tissue aging state of the skin allows conclusions to be drawn regarding the state of aging of other tissues of ectodermal origin.
  • ectodermal origin in the sense of this invention are preferably the central nervous system, the peripheral nervous system, teeth, hair and nails.
  • the aging condition of the skin, mucous membrane, blood, urine and stool allows conclusions about the aging of all other tissues subject to aging.
  • cell samples from each tissue can be used to determine the state of aging.
  • the present invention encompasses a group of genes with age-dependent expression change and their use as biomarkers for aging and / or age-associated conditions.
  • the determination of the expression level can take place both at the RNA and at the protein level, using methods known to the person skilled in the art.
  • Preferred methods for determining the expression level are Northern blotting, RNase protection, real-time PCR, macro and microarrays, SILAC, label-free absolute quantitation, Western blotting, ELISA, immunocytochemistry and immunohistochemistry.
  • RNA level preference is given to using classical electrophoretic methods. These are in particular Northern blotting and RNase protection, further preferred are PCR-based methods such. Eg real-time PCR. Particularly preferred
  • a particularly preferred method is real-time PCR.
  • mass spectrometric methods are in particular SILAC and label-free absolute quantification. Particularly preferred
  • antibody-based methods such as Western blotting, ELISA and immunocytochemistry and immunohistochemistry.
  • a particularly preferred method is immunohistochemistry.
  • a preferred application of the invention is the analysis of the influence of cosmetic and medical products on the state of aging
  • skin aging slowing products can be applied to defined areas of the skin and the effect analyzed by gene expression analysis
  • Another preferred application of the invention is the analysis of the influence of medicinal products on the aging of certain tissues or of the whole organism.
  • products slowing down the aging of certain tissues or of the whole organism can be systemically taken and the effect compared by analyzing the gene expression of the described genes on cell samples of the skin before and after ingesting the medical products.
  • Predispositions to certain age-related diseases can also be identified.
  • Another preferred application is the analysis of traces found at crime scenes, for example, which allows the victim to be restricted in age and thus narrow the circle of potential suspects. So the expert is known that often dander, hair or other Tissue can be ensured at the crime scene, which can then be used for a corresponding analysis in the sense of the invention.
  • age-slowing factors can be tested in high-throughput screening methods by qualitatively and quantitatively comparing the gene expression level of the genes described in this invention under the influence of the respective factors with corresponding comparative values of untreated cell cultures.
  • the genes are preferably selected from the following human genes or homologs thereof:
  • RDH16 (Unigene ID Hs.134958, nucleotide sequence SEQ ID NO: 1,
  • MGC3101 (Unigene ID Hs.301394, nucleotide sequence SEQ ID NO: 3,
  • GAMT (Unigene ID Hs.81131, nucleotide sequence SEQ ID NO: 11,
  • MFSD3 (Unigene ID Hs.7678, nucleotide sequence SEQ ID NO: 13,
  • LRIG3 (Unigene ID Hs.253736, nucleotide sequence SEQ ID NO: 19, amino acid sequence SEQ ID NO: 20),
  • DOCK9 (Unigene ID Hs.596105, nucleotide sequence SEQ ID NO: 21, amino acid sequence SEQ ID NO: 22),
  • NLGN2 (Unigene ID Hs.26229, nucleotide sequence SEQ ID NO: 23, amino acid sequence SEQ ID NO: 24),
  • B3GALT3 (Unigene ID Hs.418062, nucleotide sequence SEQ ID NO: 25, amino acid sequence SEQ ID NO: 26),
  • FZD7 (Unigene ID Hs.173859, nucleotide sequence SEQ ID NO: 27, amino acid sequence SEQ ID NO: 28),
  • TUBAL3 (Unigene ID Hs.163079, nucleotide sequence SEQ ID NO: 29, amino acid sequence SEQ ID NO: 30),
  • MMP27 (Unigene ID Hs.534479, nucleotide sequence SEQ ID NO: 31, amino acid sequence SEQ ID NO: 32),
  • PPARD Unigene ID Hs.696032, nucleotide sequence SEQ ID NO: 35, amino acid sequence SEQ ID NO: 36
  • SIRT6 Unigene ID Hs.423756, nucleotide sequence SEQ ID NO: 37, amino acid sequence SEQ ID NO: 38),
  • CPT1B (Unigene ID Hs.439777, nucleotide sequence SEQ ID NO: 39, amino acid sequence SEQ ID NO: 40) and
  • MATN4 (Unigene ID Hs.278489, nucleotide sequence SEQ ID NO: 41, amino acid sequence SEQ ID NO: 42).
  • RDH16 codes for "retinol dehydrogenase 16".
  • MGC3101 encodes "dysbindin domain-containing protein 1".
  • C9orfl l2 encodes "WD repeat-containing protein 85".
  • STK40 codes for "serine / threonine protein kinase 40".
  • TOM 1 L2 codes for "TOM I-like protein 2".
  • GAMT codes for "guanidinoacetate N-methyltransferase”.
  • MFSD3 codes for "major facilitator superfamily domain-containing protein 3".
  • C19orf24 codes for "uncharacterized membrane protein C19orf24".
  • TRIM33 encodes "E3 ubiquitin protein ligase TRIM33".
  • LRIG3 codes for "leucine-rich repeats and immunoglobulin-like domains protein 3".
  • DOCK9 codes for "dedicator of cytokinesis protein 9".
  • NLGN2 codes for "neuroligin-2”.
  • B3GALT3 encodes "UDP-GalNAc: beta-1,3-N-acetylgalactosaminyltransferase 1".
  • FZD7 codes for "frizzled-7".
  • TUBAL3 codes for "tubulin alpha chain-like 3".
  • MMP27 codes for "matrix metalloproteinase-27".
  • PPARD codes for "peroxisome proliferator-activated receptor delta".
  • SIRT6 codes for "NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6".
  • CPT1B codes for "Carnitine O-palmitoyltransferase 1B".
  • MATN4 encodes "matrilin-4". These genes have age-dependent expression levels, especially in human skin cells.
  • the expression levels of one or more genes can be investigated. It is a particular advantage that the expression levels can be determined in skin samples.
  • genes which contain polymorphisms, can be used in the context of the present invention. Therefore, within the scope of this description, the genes designated herein are also understood to mean those genes which show slight deviations in the sequences. Thus, such genes are also encompassed by the terms chosen herein which, with respect to the polynucleotides shown in the Sequence Listing, include a
  • Sequence match of at least 95%, preferably at least 96%, more preferably at least 97%, more preferably at least 98% and most preferably at least 99%.
  • sequence match 100%.
  • Sequence matching can be done by those skilled in the art
  • genes are suitable according to the invention: SIRT6, RDH16, CPT1B,
  • genes are preferred according to the invention: RDH16, MGC3101, C9orfl12, STK40, TOM1L2, GAMT, MFSD3, C19orf24, TRIM33, LRIG3, DOCK9, NLGN2, B3GALT3, FZD7, TUBAL3, MMP27, CORIN, PPARD and combinations thereof.
  • genes are also preferred according to the invention: SIRT6, CPT1B, RDH16, STK40, GAMT, LRIG3, DOCK9, FZD7, MATN4, MMP27, CORIN, PPARD and
  • the genes are selected from C9orfl12, TOM1L2, GAMT, MFSD3, C19orf24, TRIM33, LRIG3, DOCK9, NLGN2, B3GALT3 and FZD7. These genes show a qualitatively same age-dependent change of the
  • genes selected from TOM 1L2, NLGN2, B3GALT3 and FZD7 are particularly preferred. These genes show a particularly large age-dependent change in the level of expression.
  • the expression level of FZD7 and / or PPARD is determined at the protein level.
  • Expression levels of CORIN, SIRT6, CPT1B and / or MATN4 determined at the protein level.
  • the expression level of CORIN, FZD7, PPARD, SIRT6, CPT1B and / or MATN4 is determined at the protein level.
  • the method comprises the determination of an expression level of a gene selected from the group C9orfl12, TOM1L2, GAMT, MFSD3, C19orf24, wherein an expression level higher than the comparative value, one with respect to or the
  • Comparative subjects means stronger expression of the state of aging.
  • the expression levels of these genes are higher regardless of gender in individuals with a more pronounced state of aging.
  • An expression level is considered to be higher than the comparison value, in particular, if the expression level is at least 5%, more preferably at least 10%, particularly preferably at least 20% higher than the comparison value. Due to the advantageous properties of this method, even such slight deviations can be reliably detected.
  • the method comprises determining an expression level of a gene selected from the group TRIM33, LRIG3, DOCK9, NLGN2, B3GALT3, FZD7, wherein a
  • Expression level that is lower than the reference value which means a stronger expression of the aging state with regard to the subject (s).
  • the expression levels of these genes are gender independent in
  • Expression level is considered to be lower than the comparison value in particular if the expression level is at least 5%, more preferably at least 10%, particularly preferably at least 20% lower than the comparison value.
  • the device which can be used for the reliable and rapid determination of the aging state of a subject.
  • the device preferably comprises a carrier material as well as biological molecules which are immobilized on precisely defined positions on the carrier material.
  • the device is a microarray and / or biochip.
  • a biochip in the sense of this invention can be both a DNA chip and a protein chip.
  • the carrier material is preferably made of cardboard, paper, glass or plastic.
  • the biological molecules preferably comprise antibodies which specifically recognize at least one epitope on at least one of the proteins encoded by the genes of the invention.
  • the biological molecules particularly preferably comprise DNA molecules having a linear sequence of at least 12 nucleotides, the nucleotide sequence being selected from the sequence of one of the genes according to the invention.
  • Chips contain as preferred embodiment the preferred genes. They serve as target identification of differentially expressed genes in old age in both sexes by genomics and proteomics, especially in the form of biochips.
  • the carrier material is specially coated
  • Biochips are subdivided into the substances that are determined in the test: DNA chips are used to detect DNA and RNA fragments, while protein chips are used to detect certain proteins, often with the help of antibodies.
  • DNA chip technology uses semiconductor manufacturing techniques to identify and measure the activity of known genes on a fingernail-sized plastic or glass slide, the microarray.
  • aldehyde slides Preference is given to aldehyde slides.
  • aldehyde groups are attached to the surface of the chips, which bind the amino-modified oligonucleotides via an imine formation (covalent bond).
  • epoxy-modified South In epoxymodified South, amino-modified oligonucleotides bind to the epoxide group to form an amine.
  • streptavidin-modified South In streptavidin-modified South, biotin-modified oligonucleotides bind to the protein. The tetramer streptavidin has four binding sites, each of which can bind a biotin.
  • NHS slides These south are coated with NHS ester groups.
  • amino-lipids More preferred are amino-lipids.
  • an unmodified oligonucleotide binds at an indeterminate position during irradiation with light in the UV range (indefinite reaction).
  • the mode of operation of the protein-chip technique is comparable to an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) in a reduced format.
  • proteins are immobilized on a carrier chip (glass or plastic) in a precise arrangement.
  • Particularly preferred proteins are antibodies.
  • Protein chips in which the proteins used are antibodies are also referred to as antibody chips.
  • the protein-chip technique offers the ability to detect any binding to a protein in an assay format.
  • Other preferred coupling proteins are enzymes for detecting certain substrates or antigens for the detection of certain antibodies in a biological sample.
  • a protein chip is incubated with a biological sample and the binding of a biological marker to the immobilized protein is detected in the following steps.
  • the detection method varies depending on the experimental setup, preferably using immunoassays in a displacement format.
  • Detection kits with ready-to-use reagents, all-in-one concepts - consisting of microarrays, hybridization station, scanner (for example fluorescence) and analysis software are also according to the invention.
  • An attractively priced alternative to common fluorescence scanners are systems which detect hybridization electrochemically or by silver precipitation on gold nanoparticles.
  • the invention also relates to computer systems with databases in which information is collected about the expression of one or more polynucleotides according to the invention which have differential expression in young and older subjects.
  • Expression levels were determined as the quotient of the respective gene expressions of the older and the younger group. The quotients are each given as a logarithm to the base two (log 2 ).
  • SIRT6 NM 016539.1 Homo sapiens sirtuin 1.246 0.030 1.762 0.027
  • MGC3101 MGC3101
  • mRNA mRNA
  • TRIM33 NM_033020.2 Homo sapiens tripartite -0.396 0.002 -0.515 0.048 motif-containing 33
  • variant b mRNA.
  • LRIG3 NM 153377.3 Homo sapiens leucine- -0.398 0.002 -0.650 0.029 rich repeats and
  • DOCK9 mRNA
  • FZD7 NM_003507.1 Homo sapiens frizzled -0.915 0.045 -0.910 0.026 homolog 7 (Drosophila)
  • the example shows that the genes described have gender-independent an age-dependent change in the expression level. In particular, it can be seen that most genes have a qualitatively equal age-dependent
  • FZD7 a significantly higher expression level was detected in cell samples of younger volunteers compared to cell samples from older subjects.
  • PPARD a significantly lower level of expression was detected in comparison to cell samples from older subjects in cell samples from younger volunteers.
  • Example 2 shows by way of example that the determination of the age-dependent expression level of one of the genes according to the invention can also be carried out at the protein level. This is especially true for genes whose expression level increases in age as well as for genes whose expression level is reduced in old age.
  • SIRT6, CPT1B, MATN4 and CORIN were determined at the protein level by immunohistochemistry.
  • SIRT6 and CPT1B a significantly lower level of expression was detected in both sexes compared to cell samples from older subjects in cell samples from younger volunteers.
  • MATN4 and CORIN In cell samples of younger volunteers, a significantly higher expression level was detected compared to cell samples from elderly subjects in both sexes.
  • Example 3 shows by way of example that the determination of the age-dependent expression level of one of the genes according to the invention can also be carried out at the protein level. This is especially true for genes whose expression level age increases as well as for genes whose expression level is reduced in old age. old young

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Food Science & Technology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

Die vorliegende Erfindung bezieht sich auf ein Verfahren zur Bestimmung des Alterungszustandes eines Subjekts. Das Verfahren erlaubt es, ausgehend von bestimmten Nukleinsäuren oder Proteinen und deren Expressionslevel Rückschlüsse auf das Alter und mit dem Alter verbundene Zustände eines Subjektes – auch unabhängig vom Geschlecht – zu ziehen. Die vorliegende Erfindung betrifft außerdem eine Gruppe von Genen, deren Expressionslevel vom Alterungszustand des jeweiligen Subjekts – auch unabhängig vom Geschlecht – abhängt. Darüber hinaus betrifft die Erfindung die Bestimmung des Expressionslevels der Gene sowie die Benutzung der entsprechenden Expressionslevel zur Bestimmung von Alterungszuständen. Diese Erfindung betrifft auch Vorrichtungen, insbesondere Arrays und Chips, die zur Bestimmung des Alterungszustandes eines Subjekts eingesetzt werden können.

Description

Verfahren zur geschlechtsunabhängigen Bestimmung von Alterung
Die vorliegende Erfindung bezieht sich auf ein Verfahren zur Bestimmung des Alterungszustandes eines Subjekts. Das Verfahren erlaubt es, ausgehend von bestimmten Nukleinsäuren oder Proteinen und deren Expressionslevel
Rückschlüsse auf das Alter und mit dem Alter verbundene Zustände eines Subjektes - auch unabhängig vom Geschlecht - zu ziehen. Mit dem Alter verbundene Zustände im Sinne dieser Erfindung können insbesondere
altersassoziierte Erkrankungen sein.
Die vorliegende Erfindung betrifft außerdem eine Gruppe von Genen, deren Expressionslevel vom Alterungszustand des jeweiligen Subjekts - auch
unabhängig vom Geschlecht - abhängt. Darüber hinaus betrifft die Erfindung die Bestimmung des Expressionslevels der Gene sowie die Benutzung der
entsprechenden Expressionslevel zur Bestimmung von Alterungszuständen.
Diese Erfindung betrifft auch Vorrichtungen, insbesondere Arrays und Chips, die zur Bestimmung des Alterungszustandes eines Subjekts eingesetzt werden können.
Alterung ist ein komplexer multifaktorieller Prozess, der nach heutiger
Auffassung sowohl erblichen als auch äußeren Einflüssen unterliegt. Die genauen Mechanismen des Alterns sind nicht bekannt. Es gibt jedoch mehrere Theorien zu Alterungsmechanismen, die sich nicht zwangsläufig gegenseitig ausschließen, sondern die durchaus als parallele oder sequentielle Prozesse im Sinne einer multifaktoriellen Genese Einfluss auf den Gesamtprozess des Alterns haben können. Diese Theorien umfassen zum einen Veränderungen der
Erbinformationen und deren Struktur, wie zum Beispiel eine fortschreitende Verkürzung der Telomere, chromosomale Anomalien und gehäuftes Auftreten von Mutationen ausgelöst oder begleitet von einer verringerten Kapazität zur DNA-Reparatur. Zum anderen wird vermutet, dass oxidativer Stress, auch im Zusammenhang mit Fehlfunktionen von Mitochondrien, sowie ein verstärktes Auftreten von fehlgefalteten Proteinen, ausgelöst durch eine Verringerung der Proteinfaltungskapazität und/oder eine Verringerung des Abbaus fehlgefalteter Proteine, mit dem Altern in Verbindung stehen. Es ist jedoch nach wie vor nicht bekannt, ob diese beobachteten Effekte Grund oder Folge des Alterns sind . Durch die steigende Lebenserwartung ist zu erwarten, dass altersbedingte Erscheinungen in Zukunft von verstärkter gesellschaftlicher Bedeutung sein werden. Es gibt daher weltweit große Bemühungen, den Einfluss verschiedenster Faktoren auf das Altern näher zu bestimmen und eventuelle
alterungsverlangsamende Einflüsse bzw. vorbeugende Maßnahmen für
altersassoziierte Krankheiten zu finden. Von zentraler Bedeutung für die
Untersuchung von Einflüssen auf das Altern ist hierbei eine Bestimmung des Fortschreitens des Alterns, bzw. des gesunden Alterns, anhand von objektiven, klar definierten und reproduzierbar bestimmbaren Parametern. Diese Parameter müssen sich in mindestens einer messbaren Eigenschaft in verschiedenen
Alterungszuständen unterscheiden.
Aus WO 2010/104573 AI ist bereits ein Verfahren bekannt, wonach bestimmte Gene identifiziert werden sollen, die zur Bestimmung des Alters eines Subjektes dienen können. Die Ermittlung des Alterungszustandes ist nach der dort beschriebenen Methode allerdings sehr schwierig, weil die Proben, an denen das Verfahren durchgeführt werden soll, schwer zugänglich sind und teilweise chirurgische Eingriffe erfordern. Die Ermittlung des Alterungszustandes nach dem dort beschriebenen Verfahren ist mithin sehr schwierig.
Im Stand der Technik ist kein Verfahren bekannt, mit dem der Alterungszustand eines Subjekts einfach und mit hinreichender Zuverlässigkeit bestimmt werden kann. Es ist aus dem Stand der Technik ebenfalls nicht bekannt, in wie fern die Expressionslevel bestimmter Biomarker geschlechtsspezifische Unterschiede aufweisen. Für die Verwendung von Genen als Biomarker ist es jedoch von immenser Bedeutung, dass eine Bestimmung des Alterungszustandes eines Subjektes geschlechtsunabhängig möglich ist. Dies ist nicht der Fall, wenn das entsprechende Gen als Biomarker nur für jeweils eines der Geschlechter geeignet ist. Bei den bisher bekannten Biomarkern für Alterung ist die Situation sogar noch unvorteilhafter, da nicht einmal bekannt ist, ob diese
geschlechtsunabhängig verwendet werden können. Dadurch kann es zu
Fehlinterpretationen der erhobenen Daten kommen.
Es ist daher eine Aufgabe der vorliegenden Erfindung, ein Verfahren zur
Verfügung zu stellen, das eine zuverlässige und schnelle, auch
geschlechtsunabhängige Bestimmung des Alterungszustandes eines Subjektes ermöglicht. Zusätzlich ist eine Aufgabe der vorliegenden Erfindung eine zuverlässige und schnelle, auch geschlechtsunabhängige Bestimmung des gesunden Alterungszustandes eines Subjektes zu ermöglichen, so dass man individuelle Abweichungen, die zu Erkrankungen führen können, feststellen kann. Die Aufgabe wird durch ein Verfahren gelöst, das folgende Schritte umfasst: a. Bereitstellung einer Zellprobe eines Subjekts,
b. Bestimmung des Expressionslevels mindestens eines Gens in der
Zellprobe, dessen Expressionslevel in dieser Zellprobe vom
Alterungszustand des Subjekts abhängig ist,
c. Vergleich des Expressionslevels des Gens mit mindestens einem
Vergleichswert, wobei der Vergleichswert der Expressionslevel des entsprechenden Gens in einer Vergleichsprobe ist und wobei der
Alterungszustand der Vergleichsprobe bekannt ist.
Als Subjekte, deren Zellen sich zur Bereitstellung einer Zellprobe eignen, kommen Lebewesen in Frage, insbesondere Tiere. Bevorzugte Subjekte sind Säugetiere, ein bevorzugtes Subjekt ist der Mensch.
„Expressionslevel" bezeichnet erfindungsgemäß den Gehalt an Genprodukt eines bestimmten Gens pro Zelle. Das Genprodukt kann sowohl in Form von RNA als auch in Form von Proteinen vorliegen. Die Bestimmung des Expressionslevels kann also die Bestimmung der Menge eines Proteins oder einer Nukleinsäure, insbesondere RNA, umfassen.
„Alterungszustand" bezeichnet erfindungsgemäß bevorzugt das postnatale Alter des Subjekts. Bei Zellproben aus Zellkulturen ist der Alterungszustand bevorzugt als die Passagenzahl der jeweiligen Kultur anzusehen. Der Alterungszustand kann auch das Vorhandensein einer altersassoziierten Erkrankung oder eines anderen altersassoziierten Zustands sein. Altersassoziierte Erkrankungen sind
insbesondere Krebserkrankungen aber auch Autoimmunerkrankungen z.B.
bullöse Dermatosen, Lupus erythematodes, infektiöse Erkrankungen z.B.
Erysipel, Harnwegsinfekt, Pneumonie, Zoster, Stoffwechselerkrankungen z. B. metabolisches Syndrom, vaskuläre Erkrankungen z.B. chronische venöse
Insuffizienz, arterielle Verschlusskrankheit, neurodegenerative Erkrankungen z. B. M . Alzheimer, M . Parkinson, muskuloskeletale Erkrankungen z.B. Osteoporose, Erkrankungen der inneren Organe z.B. Koronarherzkrankheit, COPD, Präkanzerosen und Tumore der Haut, z. B. aktinische Keratosen,
Basalzellkarzinom, Plattenepithelkarzinom, Beinulcera (offenes Bein).
Der Vergleichswert wird erfindungsgemäß bevorzugt bestimmt, indem die
Expressionslevel aus Zellproben von Subjekten mit bekanntem Alterungszustand bestimmt werden. Der Vergleichswert kann beispielsweise ermittelt werden, indem eine Gruppe von wenigstens 2, bevorzugt wenigstens 5 und besonders bevorzugt wenigstens 10 Vergleichssubjekten im Hinblick auf den
Expressionslevel des betrachteten Gens oder der betrachteten Gene untersucht werden (Vergleichsprobe). Es werden also bei den Vergleichssubjekten dieselben Schritte a und b durchgeführt wie bei dem zu untersuchenden Subjekt. Das Ergebnis liefert den Vergleichswert und erlaubt eine relative Aussage hinsichtlich des Alterungszustandes des untersuchten Subjekts. Es liegt auf der Hand, dass hiermit hinsichtlich fast beliebiger Aiterungszustände Aussagen möglich sind . Das Vergleichssubjekt bzw. die Vergleichssubjekte gehören vorzugsweise derselben Spezies an, wie das zu untersuchende Subjekt.
In einer bevorzugten Ausführungsform ist die Zellprobe ein fixiertes tierisches Gewebe, insbesondere eine Hautprobe, eine Speichelprobe, eine
Abstrichzellprobe, eine Blutprobe, eine Urinprobe oder eine Stuhlprobe. In einer bevorzugten Ausführungsform der Erfindung umfasst die Zellprobe wenigstens ein Homogenisat von Zellen. Die Zellprobe kann aus Zell- oder Gewebekulturen oder aus Geweben lebender Organismen, insbesondere einer Hautprobe, einer Speichelprobe, einer Abstrichzellprobe, einer Blutprobe, einer Urinprobe oder einer Stuhlprobe nach entsprechender Präparation gewonnen werden.
Erfindungsgemäß eignen sich als Zellproben sowohl Zellen mit weiblichem als auch Zellen mit männlichem Genotyp. Erfindungsgemäß können Präparationen der Haut, Präparationen der Schleimhaut, eine Abstrichzellprobe, eine Blutprobe oder eine Urinprobe als Zellproben verwendet werden. Dies ist besonders vorteilhaft, weil Haut, orale, genitale und anale Schleimhaut, Blut, Urin und Stuhl im Allgemeinen leicht zur Probenentnahme zugänglich ist. Ganz besonders als Zellprobe geeignet sind in diesem Zusammenhang nicht-sonnenexponierten Hautstellen, da die Alterung dort weitestgehend unabhängig von externen
Faktoren verläuft. Nicht-sonnenexponierte Hautstellen sind typischerweise die Innenseite des Oberarms oder die Innenseite des Oberschenkels sowie das Gesäß.
Der Alterungszustand der Haut erlaubt auch Rückschlüsse auf den
Alterungszustand aller anderen der Alterung unterworfener Gewebe.
Insbesondere erlaubt der Alterungszustand der Haut Rückschlüsse auf den Alterungszustand anderer Gewebe ektodermalen Ursprungs. Gewebe
ektodermalen Ursprungs im Sinne dieser Erfindung sind bevorzugt das zentrale Nervensystem, das periphere Nervensystem, Zähne, Haare und Nägel.
Der Alterungszustand der Haut, der Schleimhaut, des Blutes, des Urins und des Stuhls erlaubt Rückschlüsse auf den Alterungszustand aller anderen der Alterung unterworfener Gewebe.
Bei toten Organismen können Zellproben aus jedem Gewebe zur Bestimmung des Alterungszustandes dienen.
Der Vergleich des Expressionsieveis des Gens mit mindestens einem
Vergleichswert, wobei der Vergleichswert der Expressionslevel des
entsprechenden Gens in einer Vergleichsprobe ist und wobei der
Alterungszustand der Vergleichsprobe bekannt ist, wird durchgeführt, um eventuelle Übereinstimmungen oder Unterschiede des an der Zellprobe
gemessenen Expressionsieveis mit dem Expressionslevel des Vergleichswerts zu bestimmen.
Die vorliegende Erfindung umfasst eine Gruppe von Genen mit altersabhängiger Expressionsveränderung und deren Verwendung als Biomarker für Alterung und/oder altersassoziierte Zustände. Die Bestimmung des Expressionsieveis kann dabei sowohl auf RNA- als auch auf Proteinebene erfolgen, mit dem Fachmann bekannten Methoden.
Bevorzugte Methoden zur Bestimmung des Expressionsieveis sind Northern blotting, RNase Protektion, real-time PCR, Makro- und Mikroarrays, SILAC, markierungsfreie absolute Quantifizierung, Western blotting, ELISA, Immunzyto- und Immunhistochemie. Für die Bestimmung des Expressionslevels auf RNA-Ebene sind bevorzugt klassische elektrophoretische Verfahren zu verwenden. Dies sind insbesondere Northern blotting und RNase Protektion, weiter bevorzugt sind PCR-basierte Verfahren wie z. B. real-time PCR. Besonders bevorzugt sind
Hybridisierungsverfahren wie Makro- und Mikroarrays zu verwenden. Eine besonders bevorzugte Methode ist die real-time PCR.
Für die Bestimmung des Expressionslevels auf Proteinebene sind bevorzugt massenspektrometrische Verfahren zu verwenden. Dies sind insbesondere SILAC und markierungsfreie absolute Quantifizierung . Besonders bevorzugt sind
Antikörper-basierte Verfahren wie Western blotting, ELISA und Immunzyto- und Immunhistochemie zu verwenden. Eine besonders bevorzugte Methode ist die Immunhistochemie.
Eine bevorzugte Anwendung der Erfindung besteht in der Analyse des Einflusses kosmetischer und medizinischer Produkte auf den Alterungszustand,
insbesondere die Hautalterung . Zu diesem Zweck können beispielsweise die Hautalterung verlangsamende Produkte auf definierte Hautstellen aufgetragen werden und der Effekt mit Hilfe der Analyse der Genexpression der
beschriebenen Gene an behandelten und unbehandelten Stellen verglichen werden. Es können auch Prädispositionen für bestimmte altersbedingte
Erkrankungen identifiziert werden.
Eine weitere bevorzugte Anwendung der Erfindung besteht in der Analyse des Einflusses medizinischer Produkte auf die Alterung bestimmter Gewebe oder des Gesamtorganismus. Zu diesem Zweck können beispielsweise die Alterung bestimmter Gewebe oder des Gesamtorganismus verlangsamende Produkte systemisch eingenommen werden und der Effekt mit Hilfe der Analyse der Genexpression der beschriebenen Gene an Zellproben der Haut vor und nach der Einnahme der medizinischen Produkte verglichen werden. Es können auch Prädispositionen für bestimmte altersbedingte Erkrankungen identifiziert werden.
Eine weitere bevorzugte Anwendung besteht in der Analyse beispielsweise an Tatorten gefundener Spuren, welche eine Einschränkung des Alters des Täters ermöglicht und so den Kreis möglicher Verdächtiger einengen kann. So ist dem entsprechenden Fachmann bekannt, dass oft Hautschuppen, Haare oder andere Gewebe von Tätern am Tatort sichergestellt werden können, die dann für eine entsprechende Analyse im Sinne der Erfindung verwendet werden können.
Eine weitere mögliche Anwendung besteht in der Analyse von Zellen aus
Zellkulturen. Insbesondere können mögliche alterungsfördernde oder
alterungsverlangsamende Faktoren beispielsweise in Hochdurchsatz-Screening- Verfahren getestet werden, indem der Genexpressionslevel der in dieser Erfindung beschriebenen Gene unter Einfluss der jeweiligen Faktoren mit entsprechenden Vergleichswerten von unbehandelten Zellkulturen qualitativ und quantitativ verglichen wird.
Die Gene sind vorzugsweise ausgewählt aus folgenden humanen Genen oder Homologen davon :
RDH16 (Unigene ID Hs.134958, Nukleotidsequenz SEQ ID NO: 1,
Aminosäuresequenz SEQ ID NO: 2),
MGC3101 (Unigene ID Hs.301394, Nukleotidsequenz SEQ ID NO: 3,
Aminosäuresequenz SEQ ID NO: 4),
C9orfl l2 (Unigene ID Hs.292570, Nukleotidsequenz SEQ ID NO: 5,
Aminosäuresequenz SEQ ID NO: 6),
STK40 (Unigene ID Hs.471768, Nukleotidsequenz SEQ ID NO: 7,
Aminosäuresequenz SEQ ID NO: 8),
TOM 1 L2 (Unigene ID Hs.462379, Nukleotidsequenz SEQ ID NO: 9,
Aminosäuresequenz SEQ ID NO: 10),
GAMT (Unigene ID Hs.81131, Nukleotidsequenz SEQ ID NO: 11,
Aminosäuresequenz SEQ ID NO: 12),
MFSD3 (Unigene ID Hs.7678, Nukleotidsequenz SEQ ID NO: 13,
Aminosäuresequenz SEQ ID NO: 14),
C19orf24 (Unigene ID Hs.591383, Nukleotidsequenz SEQ ID NO: 15,
Aminosäuresequenz SEQ ID NO: 16), TRIM33 (Unigene ID Hs.26837, Nukleotidsequenz SEQ ID NO: 17, Aminosäuresequenz SEQ ID NO: 18),
LRIG3 (Unigene ID Hs.253736, Nukleotidsequenz SEQ ID NO: 19, Aminosäuresequenz SEQ ID NO: 20),
DOCK9 (Unigene ID Hs.596105, Nukleotidsequenz SEQ ID NO: 21, Aminosäuresequenz SEQ ID NO: 22),
NLGN2 (Unigene ID Hs.26229, Nukleotidsequenz SEQ ID NO: 23, Aminosäuresequenz SEQ ID NO: 24),
B3GALT3 (Unigene ID Hs.418062, Nukleotidsequenz SEQ ID NO: 25, Aminosäuresequenz SEQ ID NO: 26),
FZD7 (Unigene ID Hs.173859, Nukleotidsequenz SEQ ID NO: 27, Aminosäuresequenz SEQ ID NO: 28),
TUBAL3 (Unigene ID Hs.163079, Nukleotidsequenz SEQ ID NO: 29, Aminosäuresequenz SEQ ID NO: 30),
MMP27 (Unigene ID Hs.534479, Nukleotidsequenz SEQ ID NO: 31, Aminosäuresequenz SEQ ID NO: 32),
CORIN (Unigene ID Hs.518618, Nukleotidsequenz SEQ ID NO: 33, Aminosäuresequenz SEQ ID NO: 34),
PPARD (Unigene ID Hs.696032, Nukleotidsequenz SEQ ID NO: 35, Aminosäuresequenz SEQ ID NO: 36),
SIRT6 (Unigene ID Hs.423756, Nukleotidsequenz SEQ ID NO: 37, Aminosäuresequenz SEQ ID NO: 38),
CPT1B (Unigene ID Hs.439777, Nukleotidsequenz SEQ ID NO: 39, Aminosäuresequenz SEQ ID NO: 40) und
MATN4 (Unigene ID Hs.278489, Nukleotidsequenz SEQ ID NO: 41, Aminosäuresequenz SEQ ID NO: 42).
RDH16 kodiert für "retinol dehydrogenase 16". MGC3101 kodiert für "dysbindin domain-containing protein 1".
C9orfl l2 kodiert für "WD repeat-containing protein 85".
STK40 kodiert für "serine/threonine-protein kinase 40".
TOM 1 L2 kodiert für "TOM l-like protein 2".
GAMT kodiert für "guanidinoacetate N-methyltransferase".
MFSD3 kodiert für "major facilitator superfamily domain-containing protein 3".
C19orf24 kodiert für "uncharacterized membrane protein C19orf24".
TRIM33 kodiert für "E3 ubiquitin-protein ligase TRIM33".
LRIG3 kodiert für "leucine-rich repeats and immunoglobulin-like domains protein 3".
DOCK9 kodiert für "dedicator of cytokinesis protein 9". NLGN2 kodiert für "neuroligin-2".
B3GALT3 kodiert für "UDP-GalNAc: beta-l,3-N-acetylgalactosaminyltransferase 1".
FZD7 kodiert für "frizzled-7".
TUBAL3 kodiert für "tubulin alpha chain-like 3".
MMP27 kodiert für "matrix metalloproteinase-27".
CORIN kodiert für "atrial natriuretic peptide-converting enzyme".
PPARD kodiert für "peroxisome proliferator-activated receptor delta".
SIRT6 kodiert für "NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6".
CPT1B kodiert für "Carnitine O-palmitoyltransferase 1B".
MATN4 kodiert für "Matrilin-4". Diese Gene haben altersabhängige Expressionslevel, insbesondere in menschlichen Hautzellen. Im Rahmen des erfindungsgemäßen Verfahrens können die Expressionslevel eines oder mehrerer Gene untersucht werden. Es ist ein besonderer Vorteil, dass die Expressionslevel in Hautproben ermittelt werden können.
Die hierin erwähnten Gene sind im angehängten Sequenzprotokoll gezeigt.
Neben dem Gen selbst sind dort auch die entsprechenden Proteine gezeigt. Es liegt auf der Hand, dass die Sequenzen der Gene aufgrund natürlich
vorkommender Polymorphismen in verschiedenen Individuen unterschiedlich sein können. Trotzdem können diese Gene, welche Polymorphismen enthalten, im Rahmen der vorliegenden Erfindung verwendet werden. Daher werden von den hierin bezeichneten Genen im Rahmen dieser Beschreibung auch solche Gene verstanden, die leichte Abweichungen in den Sequenzen zeigen. Es werden mithin auch solche Gene von den hierin gewählten Bezeichnungen umfasst, die hinsichtlich der im Sequenzprotokoll gezeigten Polynucleotide eine
Sequenzübereinstimmung von wenigstens 95%, bevorzugt wenigstens 96%, weiter bevorzugt wenigstens 97%, mehr bevorzugt wenigstens 98% und besonders bevorzugt wenigstens 99% aufweisen. Natürlich sind auch solche Ausführungsformen erfindungsgemäß, bei denen die Sequenzübereinstimmung 100% beträgt. Die Sequenzübereinstimmung kann mit dem Fachmann
bekannten Computerprogrammen ermittelt werden, etwa mit Programmen aus dem Wisconsin Sequence Analysis Package, Version 8 (von Genetics Computer Group, Madison, USA), insbesondere BESTFIT, FASTA und GAP, die auf dem Algorithmus von Smith und Waterman basieren. Die Programme können mit den Standardeinstellungen verwendet werden, die der Hersteller empfiehlt.
Folgende Gene sind erfindungsgemäß geeignet: SIRT6, RDH16, CPT1B,
MGC3101, C9orfl l2, STK40, TOM 1L2, GAMT, MFSD3, C19orf24, TRIM33, LRIG3, DOCK9, NLGN2, B3GALT3, FZD7, TUBAL3, MMP27, MATN4, CORIN, PPARD und Kombinationen davon.
Folgende Gene sind erfindungsgemäß bevorzugt: RDH16, MGC3101, C9orfl l2, STK40, TOM 1L2, GAMT, MFSD3, C19orf24, TRIM33, LRIG3, DOCK9, NLGN2, B3GALT3, FZD7, TUBAL3, MMP27, CORIN, PPARD und Kombinationen davon. Folgende Gene sind erfindungsgemäß auch bevorzugt: SIRT6, CPT1 B, RDH 16, STK40, GAMT, LRIG3, DOCK9, FZD7, MATN4, MMP27, CORIN, PPARD und
Kombinationen davon.
In bevorzugten Ausführungsformen werden die Expressionslevel von wenigstens 2, weiter bevorzugt wenigstens 3, weiter bevorzugt wenigstens 4, weiter bevorzugt wenigstens 5, weiter bevorzugt wenigstens 6, weiter bevorzugt wenigstens 7, weiter bevorzugt wenigstens 8, weiter bevorzugt wenigstens 9, weiter bevorzugt wenigstens 10, weiter bevorzugt wenigstens 11, weiter bevorzugt wenigstens 12, weiter bevorzugt wenigstens 13, weiter bevorzugt wenigstens 14, weiter bevorzugt wenigstens 15, weiter bevorzugt wenigstens 16, weiter bevorzugt wenigstens 17, weiter bevorzugt wenigstens 18, weiter bevorzugt wenigstens 19, weiter bevorzugt wenigstens 20 und besonders bevorzugt 21 der erfindungsgemäß bevorzugt untersuchten Gene verwendet. Es können sogar mehr als 21 Gene verwendet werden.
Folgende Gene werden erfindungsgemäß besonders bevorzugt untersucht:
C9orfl l2, STK40, TOM 1L2, GAMT, MFSD3, C19orf24, TRIM33, LRIG3, DOCK9, NLGN2, B3GALT3 und FZD7. Diese Gene haben geschlechtsunabhängig
altersabhängig verschiedene Expressionslevel, was erfindungsgemäß sehr vorteilhaft ist.
Weiter bevorzugt sind die Gene ausgewählt aus C9orfl l2, TOM 1L2, GAMT, MFSD3, C19orf24, TRIM33, LRIG3, DOCK9, NLGN2, B3GALT3 und FZD7. Diese Gene zeigen eine qualitativ gleiche altersabhängige Änderung des
Expressionslevels.
Besonders bevorzugt sind die Gene ausgewählt aus TOM 1L2, NLGN2, B3GALT3 und FZD7. Diese Gene zeigen eine besonders große altersabhängige Änderung des Expressionslevels.
In einer besonders bevorzugten Ausführungsform wird der Expressionslevel von FZD7 und/oder PPARD auf Proteinebene bestimmt.
In einer weiteren besonders bevorzugten Ausführungsform wird der
Expressionslevel von CORIN, SIRT6, CPT1B und/oder MATN4 auf Proteinebene bestimmt. In einer weiteren besonders bevorzugten Ausführungsform wird der Expressionslevel von CORIN, FZD7, PPARD, SIRT6, CPT1B und/oder MATN4 auf Proteinebene bestimmt.
In einer bevorzugten Ausführungsform dieser Erfindung umfasst das Verfahren die Bestimmung eines Expressionslevels eines Gens, das ausgewählt ist aus der Gruppe C9orfl l2, TOM 1L2, GAMT, MFSD3, C19orf24, wobei ein Expressionslevel, der höher ist als der Vergleichswert, einen im Hinblick auf das oder die
Vergleichssubjekte stärkere Ausprägung des Alterungszustandes bedeutet. Die Expressionslevel dieser Gene sind geschlechtsunabhängig in Individuen mit stärker ausgeprägtem Alterungszustand höher. Ein Expressionslevel gilt insbesondere dann als höher als der Vergleichswert, wenn der Expressionslevel wenigstens 5%, weiter bevorzugt wenigstens 10%, besonders bevorzugt wenigstens 20% höher ist als der Vergleichswert. Aufgrund der vorteilhaften Eigenschaften dieses Verfahrens lassen sich schon solche leichten Abweichungen robust detektieren.
In einer bevorzugten Ausführungsform dieser Erfindung umfasst das Verfahren die Bestimmung eines Expressionslevels eines Gens, das ausgewählt ist aus der Gruppe TRIM33, LRIG3, DOCK9, NLGN2, B3GALT3, FZD7, wobei ein
Expressionslevel, der niedriger ist als der Vergleichswert, einen im Hinblick auf das oder die Vergleichssubjekte stärkere Ausprägung des Alterungszustandes bedeutet. Die Expressionslevel dieser Gene sind geschlechtsunabhängig in
Individuen mit stärker ausgeprägtem Alterungszustand niedriger. Ein
Expressionslevel gilt insbesondere dann als niedriger als der Vergleichswert, wenn der Expressionslevel wenigstens 5%, weiter bevorzugt wenigstens 10%, besonders bevorzugt wenigstens 20% niedriger ist als der Vergleichswert.
Aufgrund der vorteilhaften Eigenschaften dieses Verfahrens lassen sich schon solche leichten Abweichungen robust detektieren.
Erfindungsgemäß ist weiterhin eine Vorrichtung, welche zur zuverlässigen und schnellen Bestimmung des Alterungszustandes eines Subjektes verwendet werden kann. Die Vorrichtung umfasst vorzugsweise ein Trägermaterial sowie biologische Moleküle die an präzise definierten Positionen auf dem Trägermaterial immobilisiert sind . Besonders bevorzugt ist die Vorrichtung ein Microarray und/oder Biochip. Ein Biochip im Sinne dieser Erfindung kann sowohl ein DNA- Chip als auch ein Proteinchip sein.
Das Trägermaterial besteht bevorzugt aus Pappe, Papier, Glas oder Kunststoff.
Die biologischen Moleküle umfassen bevorzugt Antikörper, welche spezifisch mindestens ein Epitop auf mindestens einem der Proteine erkennen, die von den erfindungsgemäßen Genen kodiert werden. Die biologischen Moleküle umfassen besonders bevorzugt DNA-Moleküle mit einer linearen Sequenz von mindestens 12 Nukleotiden, wobei die Nukleotidsequenz ausgewählt ist aus der Sequenz eines der erfindungsgemäßen Gene.
Chips beinhalten als bevorzugte Ausführungsform die bevorzugten Gene. Sie dienen als Targetidentifikation von differentiell exprimierten Genen im Alter in beiden Geschlechtern durch Genomics und Proteomics, insbesondere in Form von Biochips.
Bei Biochips wird als Trägermaterial unter anderem speziell beschichteter
Kunststoff oder beschichtetes Glas verwendet, auf das mit Hilfe von Maschinen die oft nur einige Mikrometer großen Tests befestigt (immobilisiert) werden. Häufig werden Biochips nach den Substanzen unterteilt, die in den Test bestimmt werden : Bei DNA-Chips werden DNA- und RNA-Fragmente nachgewiesen, bei Protein-Chips werden bestimmte Proteine - oft mit Hilfe von Antikörpern - erkannt.
Die DNA-Chip-Technologie nutzt Techniken aus der Halbleiterfertigung, um bekannte Gene auf einem fingernagelgroßen Plastik- oder Glasplättchen, dem Microarray, zu identifizieren und deren Aktivität zu messen.
Bevorzugt sind Aldehydslides. Bei Aldehydslides sind an der Oberfläche der Chips Aldehydgruppen angebracht, die die aminomodifizierten Oligonukleotide über eine Iminbildung binden (kovalente Bindung).
Weiter bevorzugt sind epoxymodifizierte Südes. Bei epoxymodifizierten Südes binden aminomodifizierte Oligonukleotide an der Epoxidgruppe unter Bildung eines Amins. Weiter bevorzugt sind Streptavidin-modifizierte Südes. Bei Streptavidin- modifizierten Südes binden Biotin-modifizierte Oligonukleotide an das Protein. Das Tetramer Streptavidin besitzt vier Bindungsstellen, die je ein Biotin binden können.
Weiter bevorzugt sind NHS-Slides. Diese Südes sind mit NHS-Estergruppen beschichtet. Durch ein aminomodifiziertes Oligonukleotid bildet sich ein Amid (NHS = N-Hydroxysuccinimid).
Weiter bevorzugt sind Aminoslides. Bei Aminoslides bindet ein unmodifiziertes Oligonukleotid an einer unbestimmten Stelle, während der Bestrahlung mit Licht im UV-Bereich (unbestimmte Reaktion).
Die Funktionsweise der Protein-Chip-Technik ist vergleichbar mit einem ELISA (Enzyme-Iinked Immunosorbent Assay) im verkleinerten Format. Dazu werden Proteine auf einem Trägerchip (Glas oder Kunststoff) in genauer Anordnung immobilisiert. Besonders bevorzugt eingesetzte Proteine sind Antikörper. Protein- Chips, bei denen die eingesetzten Proteine Antikörper sind, werden auch als Antikörper-Chips bezeichnet. Grundsätzlich bietet die Protein-Chip-Technik die Möglichkeit, jede Bindung an ein Protein in einem Assay-Format zu erfassen. Andere bevorzugte Kopplungsproteine sind Enzyme zum Nachweis bestimmter Substrate oder Antigene für den Nachweis bestimmter Antikörper in einer biologischen Probe.
Ein Protein-Chip wird mit einer biologischen Probe inkubiert und die Bindung eines biologischen Markers an das immobilisierte Protein wird in den folgenden Schritten detektiert. Die Detektionsmethode variiert je nach Versuchsaufbau, eingesetzt werden bevorzugt Immunassays in einem Verdrängungs-Format.
Ähnlich wie ein DNA-Chip im Vergleich zu einem Southern-Blot oder Northern- Blot bietet das Protein-Chip-Format mehrere Vorteile gegenüber anderen
Techniken :
• Verringerung des Antikörper- und Reagenzienbedarfs
• Nachweis niedrigster Konzentrationen von Biomarkern • Integration mehrerer Assays auf einem Chip (beispielsweise verschiedene Biomarker)
• Miniaturisierung und Automatisierung des Analysesystems für
Routinediagnose
Erfindungsgemäß sind auch Detektionskits mit gebrauchsfertigen Reagenzien, AII-in-one-Konzepte - bestehend aus Microarrays, Hybridisierstation, Scanner (z.B. Fluoreszenz) und Analysensoftware. Eine preislich attraktive Alternative zu den gängigen Fluoreszenz-Scannern sind Systeme, welche die Hybridisierung elektrochemisch oder über eine Silberpräzipitation an Goldnanopartikeln nachweisen.
Erfindungsgemäß sind auch Computer-Systeme mit Datenbanken, in denen Informationen gesammelt werden über die Expression von einem oder mehreren erfindungsgemäßen Polynukleotiden, die bei jungen und älteren Probanden eine differentielle Expression aufweisen.
Die Erfindung soll exemplarisch an folgendem Beispiel erläutert werden. Das Beispiel beschreibt eine bevorzugte Ausführungsform der Erfindung . Die
Erfindung ist allerdings in keinem Fall auf eine Ausführung wie im Beispiel beschrieben beschränkt.
Beispiel 1:
Es wurden Hautproben von vier Gruppen von erwachsenen menschlichen
Subjekten genommen. Dabei waren die Gruppen wie folgt:
Gruppe A: Junge Frauen (Alter 26,7 ± 4 Jahre, n = 7),
Gruppe B: Alte Frauen (Alter 70,75 ± 3,3 Jahre, n=4),
Gruppe C: Junge Männer (Alter 25,8 ± 5,2 Jahre, n = 6),
Gruppe D: Alte Männer (Alter 76 ± 3,8 Jahre, n = 7).
Die Expression der unten beschriebenen Gene wurde für jede Gruppe separat bestimmt und gemittelt. Zur Bestimmung der Expression wurde nach
Zellhomogenisierung zunächst RNA isoliert und dann mittels reverser Transkription in DNA umgeschrieben. Diese wurde dann als Grundlage für die Herstellung biotinylierter cRNA verwendet, welche wiederum zur Hybridisierung auf human-8 BeadChips verwendet wurde. Die relative Änderung des
Expressionslevels wurde als Quotient der jeweiligen Genexpressionen der älteren und der jüngeren Gruppe bestimmt. Die Quotienten sind jeweils als Logarithmus zur Basis zwei (log2) angegeben.
Name NCBI Referenz Beschreibung Log2 P - Log2
(D/C) value (B/A)
SIRT6 NM 016539.1 Homo sapiens sirtuin 1.246 0.030 1.762 0.027
(silent mating type
Information regulation 2
homolog) 6 (S.
cerevisiae) (SIRT6),
mRNA.
RDH16 NM 003708.2 Homo sapiens retinol 1.016 0.014 1.186 0.048 dehydrogenase 16 (all- trans and 13-cis)
(RDH 16), mRNA.
CPT1B NM 152246.1 Homo sapiens carnitine 1.000 0.013 1.021 0.007 palmitoyltransferase 1B
(muscle) (CPT1B),
nuclear gene encoding
mitochondrial protein,
transcript variant 3,
mRNA.
MGC3101 NM 024043.2 Homo sapiens 0.796 0.001 1.446 0.043 hypothetical protein
MGC3101 (MGC3101), mRNA.
C9orfl l2 NM_138778.1 Homo sapiens 0.690 0.000 0.479
chromosome 9 open
reading frame 112
(C9orfll2), mRNA.
STK40 NM_032017.1 Homo sapiens 0.621 0.011 -0.419 0.023 serine/threonine kinase
40 (STK40), mRNA.
TOM1L2 NM_001033551.1 Homo sapiens target of 0.601 0.001 0.674
mybl-like 2 (chicken)
(TOM 1L2), transcript
variant 1, mRNA.
GAMT NM_000156.4 Homo sapiens 0.496 0.003 0.738
guanidinoacetate N
methyltransferase
(GAMT), transcript
variant 1, mRNA.
MFSD3 NM_138431.1 Homo sapiens major 0.452 0.028 0.595 0.034 facilitator superfamily
domain containing 3
(MFSD3), mRNA.
C19orf24 NM_017914.2 Homo sapiens 0.395 0.049 0.627
chromosome 19 open
reading frame 24
(C19orf24), mRNA.
TRIM33 NM_033020.2 Homo sapiens tripartite -0.396 0.002 -0.515 0.048 motif-containing 33
(TRIM33), transcript
variant b, mRNA. LRIG3 NM 153377.3 Homo sapiens leucine- -0.398 0.002 -0.650 0.029 rich repeats and
immunoglobulin-like
domains 3 (LRIG3),
mRNA.
DOCK9 NM 015296.1 Homo sapiens dedicator -0.415 0.014 -0.815 0.009 of cytokinesis 9
(DOCK9), mRNA.
NLGN2 NM 020795.2 Homo sapiens neuroligin -0.436 0.025 -0.476 0.049
2 (NLGN2), mRNA.
B3GALT3 NM 003781.2 Homo sapiens UDP- -0.590 0.043 -0.575 0.043
Gah betaGIcNAc beta
1,3- galactosyltransferase,
Polypeptide 3
(B3GALT3), transcript
variant 1, mRNA.
FZD7 NM_003507.1 Homo sapiens frizzled -0.915 0.045 -0.910 0.026 homolog 7 (Drosophila)
TUBAL3 NM_024803.1 Homo sapiens tubulin, -0.915 0.029 0.673 0.043 alpha-like 3 (TUBAL3),
mRNA.
MMP27 NM_022122.2 matrix metalloprotease -0.982 0.048 -1.579 0.001
27 MATN4 NM_003833.2 Homo sapiens matrilin 4 -1.393 0.014 -1.823 0.003
(MATN4), transcript
variant 1, mRNA.
CORIN NM_006587.2 Homo sapiens corin, -1.935 0.035 -3.216 0.014 serine peptidase
(CORIN), mRNA.
Das Beispiel zeigt, dass die beschriebenen Gene geschlechtsunabhängig eine altersabhängige Änderung des Expressionslevels aufweisen. Insbesondere ist ersichtlich, dass die meisten Gene eine qualitativ gleiche altersabhängige
Änderung des Expressionslevels aufweisen. Weiterhin zeigt das Beispiel, dass die altersabhängige Änderung des Expressionslevels je nach Gen eine Erhöhung oder Verringerung des Expressionslevels bedeuten kann.
Beispiel 2:
Der Expressionslevel von FZD7 und von PPARD in menschlichen Hautproben von Frauen (nl = 3) und Männern (n2=3) von nicht-sonnenexponierten Stellen wurde auf Proteinebene mittels Immunhistochemie bestimmt. Im Falle von FZD7 wurde im Vergleich zu Zellproben älterer Probanden in Zellproben jüngerer Probanden ein deutlich höherer Expressionslevel detektiert. Im Falle von PPARD wurde im Vergleich zu Zellproben älterer Probanden in Zellproben jüngerer Probanden ein deutlich geringerer Expressionslevel detektiert.
Beispiel 2 zeigt exemplarisch, dass die Bestimmung des altersabhängigen Expressionslevels eines der erfindungsgemäßen Gene auch auf Proteinebene erfolgen kann. Dies gilt insbesondere sowohl für Gene deren Expressionslevel im Alter erhöht als auch für Gene deren Expressionslevel im Alter verringert ist.
Beispiel 3:
Der Expressionslevel von SIRT6, CPT1B, MATN4 und CORIN in menschlichen Hautproben von Frauen (nl = 3) und Männern (n2=3) von nicht- sonnenexponierten Stellen wurde auf Proteinebene mittels Immunhistochemie bestimmt. Im Falle von SIRT6 und CPT1B wurde in beiden Geschlechtern im Vergleich zu Zellproben älterer Probanden in Zellproben jüngerer Probanden ein deutlich geringerer Expressionslevel detektiert. Im Falle von MATN4 und CORIN wurde in Zellproben jüngerer Probanden ein deutlich höherer Expressionslevel Vergleich zu Zellproben älterer Probanden in beiden Geschlechtern detektiert.
Beispiel 3 zeigt exemplarisch, dass die Bestimmung des altersabhängigen Expressionslevels eines der erfindungsgemäßen Gene auch auf Proteinebene erfolgen kann. Dies gilt insbesondere sowohl für Gene deren Expressionslevel Alter erhöht als auch für Gene deren Expressionslevel im Alter verringert ist. alt jung

Claims

Ansprüche
1. Verfahren zur Bestimmung des Alterungszustandes eines Subjekts,
umfassend
a. Bereitstellung einer Zellprobe des Subjekts,
b. Bestimmung des Expressionslevels mindestens eines Gens, dessen Expressionslevel vom Alterungszustand des Subjekts abhängig ist, und c. Vergleich des Expressionslevels des Gens mit mindestens einem
Vergleichswert, wobei der Vergleichswert der Expressionslevel des entsprechenden Gens in einer Vergleichsprobe ist.
2. Verfahren nach Anspruch 1, wobei der Expressionslevel
geschlechtsunabhängig vom Alterungszustand des Subjekts abhängig ist.
3. Verfahren nach Anspruch 1 oder 2, wobei das Gen ausgewählt ist aus
einem oder mehreren der folgenden humanen Gene oder einem dazu homologen Gen : CORIN (SEQ ID NO: 33), SIRT6 (SEQ ID NO: 37), CPTIB (SEQ ID NO: 39), MATN4 (SEQ ID NO: 41), RDH16 (SEQ ID NO: 1), MGC3101 (SEQ ID NO: 3), C9orfl l2 (SEQ ID NO: 5), STK40 (SEQ ID NO: 7), TOM 1L2 (SEQ ID NO: 9), GAMT (SEQ ID NO: 11), MFSD3 (SEQ ID NO: 13), C19orf24 (SEQ ID NO: 15), TRIM33 (SEQ ID NO: 17), LRIG3 (SEQ ID NO: 19), DOCK9 (SEQ ID NO: 21), NLGN2 (SEQ ID NO: 23), B3GALT3 (SEQ ID NO: 25), FZD7 (SEQ ID NO: 27), TUBAL3 (SEQ ID NO: 29), MMP27 (SEQ ID NO: 31) und PPARD (SEQ ID NO: 35).
4. Verfahren nach Anspruch 1 oder 2, wobei das Gen ausgewählt ist aus
einem oder mehreren der folgenden humanen Gene oder einem dazu homologen Gen : CORIN (SEQ ID NO: 33), RDH16 (SEQ ID NO: 1), MGC3101 (SEQ ID NO: 3), C9orfl l2 (SEQ ID NO: 5), STK40 (SEQ ID NO: 7), TOM 1L2 (SEQ ID NO: 9), GAMT (SEQ ID NO: 11), MFSD3 (SEQ ID NO: 13), C19orf24 (SEQ ID NO: 15), TRIM33 (SEQ ID NO: 17), LRIG3 (SEQ ID NO: 19), DOCK9 (SEQ ID NO: 21), NLGN2 (SEQ ID NO: 23), B3GALT3 (SEQ ID NO: 25), FZD7 (SEQ ID NO: 27), TUBAL3 (SEQ ID NO: 29), MMP27 (SEQ ID NO: 31) und PPARD (SEQ ID NO: 35).
5. Verfahren nach Anspruch 1 oder 2, wobei das Gen ausgewählt ist aus
einem oder mehreren der folgenden humanen Gene oder einem dazu homologen Gen : C9orfl l2 (SEQ ID NO: 5), STK40 (SEQ ID NO: 7), TOM 1L2 (SEQ ID NO: 9), GAMT (SEQ ID NO: 11), MFSD3 (SEQ ID NO: 13), C19orf24 (SEQ ID NO: 15), TRIM33 (SEQ ID NO: 17), LRIG3 (SEQ ID NO: 19), DOCK9 (SEQ ID NO: 21), NLGN2 (SEQ ID NO: 23), B3GALT3 (SEQ ID NO: 25) und FZD7 (SEQ ID NO: 27).
6. Verfahren nach Anspruch nach einem der Ansprüche 1 bis 5, wobei die Zellprobe eine Hautprobe, eine Schleimhautprobe, eine Abstrichzellprobe, eine Blutprobe, eine Urinprobe oder eine Stuhlprobe ist.
7. Verfahren nach Anspruch nach einem der Ansprüche 1 bis 6, wobei die Zellprobe eine Probe aus einem toten Organismus ist.
8. Verfahren nach einem der vorhergehenden Ansprüche, wobei der
Expressionslevel auf RNA-Ebene oder Proteinebene bestimmt wird.
9. Verfahren nach einem oder mehreren der vorhergehenden Ansprüche, wobei das Subjekt ein Säugetier ist.
10. Verfahren nach einem oder mehreren der vorhergehenden Ansprüche, wobei die Zellprobe Zellen aus Zellkultur enthält.
11. Vorrichtung zur Bestimmung des Alterungszustandes eines Subjekts,
insbesondere Chip oder Array, umfassend
a. ein Trägermaterial
b. biologische Moleküle die an präzise definierten Positionen auf dem
Trägermaterial immobilisiert sind .
12. Vorrichtung nach Anspruch 11, wobei die biologischen Moleküle DNA
Moleküle mit einer linearen Sequenz von mindestens 12 Nukleotiden umfassen und die Nukleotidsequenz ausgewählt ist aus der Sequenz eines der in Anspruch 3 genannten Gene.
13. Vorrichtung nach Anspruch 10, wobei die biologischen Moleküle DNA
Moleküle mit einer linearen Sequenz von mindestens 12 Nukleotiden umfassen und die Nukleotidsequenz ausgewählt ist aus der Sequenz eines der in Anspruch 4 oder 5 genannten Gene.
14. Vorrichtung nach Anspruch 10, wobei die biologischen Moleküle Antikörper sind, welche spezifisch mindestens ein Epitop auf mindestens einem der Proteine erkennen, die von den in Anspruch 3 genannten Genen kodiert werden.
15. Vorrichtung nach Anspruch 10, wobei die biologischen Moleküle Antikörper sind, welche spezifisch mindestens ein Epitop auf mindestens einem der Proteine erkennen, die von den in Anspruch 4 oder 5 genannten Genen kodiert werden.
EP13802255.3A 2012-11-01 2013-11-01 Verfahren zur geschlechtsunabhängigen bestimmung von alterung Ceased EP2914746A2 (de)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
DE102012110469.7A DE102012110469A1 (de) 2012-11-01 2012-11-01 Verfahren zur geschlechtsunabhängigen Bestimmung von Alterung
PCT/EP2013/072878 WO2014068092A2 (de) 2012-11-01 2013-11-01 Verfahren zur geschlechtsunabhängigen bestimmung von alterung

Publications (1)

Publication Number Publication Date
EP2914746A2 true EP2914746A2 (de) 2015-09-09

Family

ID=49726698

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
EP13802255.3A Ceased EP2914746A2 (de) 2012-11-01 2013-11-01 Verfahren zur geschlechtsunabhängigen bestimmung von alterung

Country Status (6)

Country Link
US (1) US20150284795A1 (de)
EP (1) EP2914746A2 (de)
KR (1) KR20150094601A (de)
CN (1) CN104797719A (de)
DE (1) DE102012110469A1 (de)
WO (1) WO2014068092A2 (de)

Families Citing this family (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN108949771B (zh) * 2018-08-02 2021-10-19 南京农业大学 拟环纹豹蛛c家族杀虫基因及其编码的成熟肽与应用

Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2008178390A (ja) * 2006-12-27 2008-08-07 Nippon Menaade Keshohin Kk 皮膚の状態を評価する方法及びその用途

Family Cites Families (6)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5744300A (en) * 1993-03-24 1998-04-28 Geron Corporation Methods and reagents for the identification and regulation of senescence-related genes
DE60141740D1 (de) * 2000-01-21 2010-05-20 Polymun Scient Immunbio Forsch Tumor- und seneszenzsmarker
AU2001273208A1 (en) * 2000-07-06 2002-01-21 Lifespan Biosciences, Inc. Proteins associated with aging
US7041449B2 (en) * 2001-03-19 2006-05-09 Wisconsin Alumni Research Foundation Methods of screening for compounds that inhibit expression of biomarker sequences differentially expressed with age in mice
US8158347B2 (en) * 2004-09-27 2012-04-17 The University Of North Carolina At Chapel Hill Determination of molecular age by detection of INK4a/ARF expression
JP2012520072A (ja) * 2009-03-11 2012-09-06 ネステク ソシエテ アノニム 組織特異的な加齢バイオマーカー

Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JP2008178390A (ja) * 2006-12-27 2008-08-07 Nippon Menaade Keshohin Kk 皮膚の状態を評価する方法及びその用途

Non-Patent Citations (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
ANONYMOUS: "[HG_U95B] Affymetrix Human Genome U95B Array", 11 March 2002 (2002-03-11), XP055381716, Retrieved from the Internet <URL:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL92> [retrieved on 20170614] *
ANONYMOUS: "[HG-U133_Plus_2 ] Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0 Array", 7 November 2003 (2003-11-07), XP055381695, Retrieved from the Internet <URL:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL570> [retrieved on 20170614] *
ANONYMOUS: "Data Sheet. GeneChip Human Genome U95 Set", 1 January 2003 (2003-01-01), pages 1 - 2, XP055381769, Retrieved from the Internet <URL:http://tools.thermofisher.com/content/sfs/brochures/hgu95_datasheet.pdf> [retrieved on 20170614] *
ANONYMOUS: "GeneAnnot Overview Page", 14 June 2017 (2017-06-14), XP055381758, Retrieved from the Internet <URL:https://genecards.weizmann.ac.il/geneannot/overview.shtml> [retrieved on 20170614] *
DEKKER PIM ET AL: "Microarray-based identification of age-dependent differences in gene expression of human dermal fibroblasts", MECHANISMS OF AGEING AND DEVELOPMENT, vol. 133, no. 7, 1 January 2012 (2012-01-01), pages 498 - 507, XP028930368, ISSN: 0047-6374, DOI: 10.1016/J.MAD.2012.06.002 *
N N: "GeneAnnot Search: CORIN", GENE ANNOT MICROARRAY GENE ANNOTATION DATABASE, 13 October 2016 (2016-10-13), XP055310440, Retrieved from the Internet <URL:https://genecards.weizmann.ac.il/cgi-bin/geneannot/GA_search.pl?array=HG-U95&array=HG-U133&array=HG-U133_Plus_2&keyword_type=gene_symbol&keyword=corin&target=integrated&.submit=Submit+Query> [retrieved on 20161013] *
SWINDELL, WR: "META-PROFILES OF GENE EXPRESSION DURING AGING: LIMITED SIMILARITIES BETWEEN MOUSE AND HUMAN AND AN UNEXPECTEDLY DECREASED INFLAMMATRY SIGNATURE", PLOS ONE, vol. 7, no. 3, 1 March 2012 (2012-03-01) *

Also Published As

Publication number Publication date
US20150284795A1 (en) 2015-10-08
WO2014068092A2 (de) 2014-05-08
WO2014068092A3 (de) 2014-06-26
CN104797719A (zh) 2015-07-22
KR20150094601A (ko) 2015-08-19
DE102012110469A1 (de) 2014-05-08

Similar Documents

Publication Publication Date Title
DE69918072T2 (de) P53-regulierte gene
DE10296990B4 (de) Verwendung eines Biochips zur Diagnose von Sepsis und sepsisähnlichem Syndrom
DE10100121A1 (de) Verfahren zur Bestimmung des Hautstreß oder der Hautalterung in vitro
WO2002053774A2 (de) Verfahren zur bestimmung der homeostase der haut
DE112016003948T5 (de) Molekulare verfahren zum beurteilen einer urothelialen erkrankung
EP3184646B1 (de) Spezifische signaturen in alzheimer durch multizentrische mirna-profile
WO2004016809A1 (de) Nukleinsäurearray bestehend aus selektiven monozyten-makrophagen-gene
Yin et al. Identification of genes expressed in hyperpigmented skin using meta-analysis of microarray data sets
EP2884278A2 (de) Markersequenzen für rheumatoide Arthritis und deren Verwendung
EP2902505A2 (de) Markersequenzen für Prostataentzündungserkrankungen, Prostatakarzinom und deren Verwendung
DE202011050012U1 (de) Gerät zur Messung von Gengruppen
EP2914746A2 (de) Verfahren zur geschlechtsunabhängigen bestimmung von alterung
KR20140125553A (ko) 비만 진단용 조성물
KR20200065599A (ko) 2.5 마이크로미터 이하 미세먼지 피부 노출 여부 확인용 바이오마커
KR101735415B1 (ko) 헥산알 노출 특이적 메틸화 마커 유전자 및 이를 이용한 확인 방법
WO2004059002A2 (de) Verfahren zur bestimmung der homeostase behaarter haut
DE10315031B4 (de) Verfahren zur Erkennung von Sepsis und/oder sepsisähnlichen Zuständen
DE102017125335B4 (de) Amplikon-Region als epigenetischer Marker zur Identifizierung von Immunzellen, insbesondere nicht-klassischer Monozyten
WO2004059001A2 (de) Verfahren zur bestimmung von markern humaner gesichtshaut
DE10336511A1 (de) Verfahren zur Erkennung von schwerer Sepsis
DE102007041657A1 (de) Markersequenzen für Multiple Sklerose und deren Verwendung
WO2009015799A2 (de) Nachweis der platinresistenz
WO2004005542A2 (de) Verfahren zur identifikation infektionsspezifisch regulierter gene der haut
Burdach et al. Funktionelle Genomik und Proteomik
DE102018112644A1 (de) CXCR3 als epigenetischer Marker zur Identifizierung von inflammatorischen Immunzellen, insbesonder CD8+ Gedächnis-T-Zellen

Legal Events

Date Code Title Description
PUAI Public reference made under article 153(3) epc to a published international application that has entered the european phase

Free format text: ORIGINAL CODE: 0009012

17P Request for examination filed

Effective date: 20150526

AK Designated contracting states

Kind code of ref document: A2

Designated state(s): AL AT BE BG CH CY CZ DE DK EE ES FI FR GB GR HR HU IE IS IT LI LT LU LV MC MK MT NL NO PL PT RO RS SE SI SK SM TR

AX Request for extension of the european patent

Extension state: BA ME

DAX Request for extension of the european patent (deleted)
STAA Information on the status of an ep patent application or granted ep patent

Free format text: STATUS: EXAMINATION IS IN PROGRESS

17Q First examination report despatched

Effective date: 20161024

STAA Information on the status of an ep patent application or granted ep patent

Free format text: STATUS: THE APPLICATION HAS BEEN REFUSED

REG Reference to a national code

Ref country code: DE

Ref legal event code: R003

STAA Information on the status of an ep patent application or granted ep patent

Free format text: STATUS: THE APPLICATION HAS BEEN REFUSED

18R Application refused

Effective date: 20180525